lowQualScore                  :                             2222      11111             5555555555555555555555555555555                       111111                         111                  111111           11          1   22     1111         1111  11    1 222        11           1         1 1   22222222222222222   11      1         1    111111111          22   1       11  11   11       222          22222222     11    1111    11    111      11        333    3333      2222    1 1    1   1   1    2222222   2     222   111           22222   1111  55                777777777777777      33333333      111        1  555555555555             11            11   1    444444444444444               3333333333333333333333333333         2222   111        222222        11   111111          222222                 11111111           1  1111        66666666666666666666666666666        111                111                                   
lowQualScore                  :              33  7   2 2    5555  444 00000     7 33    9999999999999999999999999999999      77777777  22   1 999999              44 77  777 777     999999       888888         8 44   9      0   33 2   7777         4444  33    0 333        33      3    0         0 0   33333333333333333   11    7 0       2 0    999999999     2 0  00   0    3  33  33   33       888   2      99999999     33    7777    33    666      33        222    4444      1111    0 0    0   0   0    1111111   0     555   666 6         11111   7777  55 8           8  444444444444444      00000000      111        0  000000000000  3    88    88     8   8  11   6    555555555555555  88    8  0   9999999999999999999999999999   0     5555   222 8      000000 8    8 11 6 111111     6    666666  9999   6  99 3 55555555  6    666 3  4444        99999999999999999999999999999  6     111  6    6 6      000          6  6 6     6 6           
lowQualScore                  :              ..  .   . .    ....  ... .....     . ..    ...............................      ........  ..   . ......              .. ..  ... ...     ......       ......         . ..   .      .   .. .   ....         ....  ..    . ...        ..      .    .         . .   .................   ..    . .       . .    .........     . .  ..   .    .  ..  ..   ..       ...   .      ........     ..    ....    ..    ...      ..        ...    ....      ....    . .    .   .   .    .......   .     ...   ... .         .....   ....  .. .           .  ...............      ........      ...        .  ............  .    ..    ..     .   .  ..   .    ...............  ..    .  .   ............................   .     ....   ... .      ...... .    . .. . ......     .    ......  ....   .  .. . ........  .    ... .  ....        .............................  .     ...  .    . .      ...          .  . .     . .           
lowQualScore                  :              77  5   4 4    4444  111 00000     1 22    9999999999999999999999999999999      66666666  99   8 333333              22 33  000 555     555555       666666         0 22   8      0   88 5   8888         8888  88    0 222        22      2    0         0 0   55555555555555555   88    0 0       5 0    222222222     5 8  55   0    2  88  22   88       888   2      88888888     22    8888    88    222      88        888    0000      2222    0 0    0   0   0    0000000   0     000   000 0         66666   0000  00 0           0  888888888888888      00000000      000        0  222222222222  2    88    66     0   0  00   0    666666666666666  88    0  8   0000000000000000000000000000   8     0000   222 0      888888 0    0 00 7 888888     7    777777  3333   7  22 2 22222222  7    888 3  2222        00000000000000000000000000000  7     777  7    7 7      222          7  7 7     7 7           
consensus                     :       ACGGACA--AG-TAA-C-ATTT----GG---T----GGCAGC-T--TGTC------------C--------A---------AGTGGA--------AA--TTTAA-----AGTTAATGTTGAGCC--C--TG---T---TGACA--T-ACCTTCCAA---AT-AAATTCAAT-TTCCATTAACATC-TAC--AGAAA-G--CATAACCCT--A-TC--GAAG-G-A-ATCCGTTTT-GAATTTTCCAA-TTGATGCCT-C-AACTCGTG-TAC-TTC-GA-GCTGTTGTATT-TCGAGGGGA-ATATCC-ATCC--GGAACNAACG-TGAC-CGTCTTG--AAT-TGA--TTCAAAAGGTTTTCCCCCGG-A------TATTT-TGTCA--C-TGTA--GTTGC--CAGTTA--TACTCCAA--GGCATC---AAACAT----TACA-G-CCAC-ATG-TTA-TCTG-A-----CACGACAGAC--AGT-G-CCATAAATGATAAGT-CTA----ATTCA-TTGTACAAGAC-ACAACAAC--AA-ACA-TGAACA-CGTTTGNTTTCTA-A-TATACTAG-TAATCCA-TG--TCTATTTTTA-GCAGA-ATCTT-AGC-AC--TTA-TCAGCC--TATGTNA---CAC-AAACG-CTTTAAAT-G--AT-A----C-AG----ATC---GGATCTTCT----AAA-T-T-AAAACCGG-C-AA-GGAC-A--A-C-GC---AGAAA-TTTC--C---GG--A-ATA-CT--TAG--A-C---TA-TTTT-T-A-CC----GAAAAAAA-----A--AGAT--A-T-G-C-G------GC-AGGGT---AA-ACTT-A-AATGCGG-CGGGCCTGAGA-AC-C-AATCT-T-ATTTTTTTTTT
Reference ( gi|4 )            :       ACAGACA--AG-TAA-C-ATTT--T-GG---T----AGCAGC-T--TGTC------------C--------A---------AGTGGA--------AA--TTTAA-----AGTTAATGTTGAGCC--C--TG---T---TGACA--T-ACCTTCCAA---AT-AAATTCAAT-TTTCATTAACATC-TAC--AGAAA-G--CATAACCCT--A-TC--AAAG-G-A-ATCCGTTTT-GAATTTTCCAA-TTGATGCCT-C-AACTTGTG-TAC-TTC-GA-GCTGTTGTATT-TCGAGGGGA-ATATCC-ATCC--GGAACCAACG-AGAC-CGTCTTG--AAT-TGA--TTCAAAAAGTTTTTCCCCGG-A------TATTT-TGTCA--C-TGTA--GTTGC--CAGTTA--TACTCCAA--GGCATC---AAACAT----TACA-G-CCAC-ATG-TTA-TCTG-A-----CACGACAGA---AGT-G-CTATAAATGATAAGT-CTA----AT--A-TTGTACAAGAC-ACATCAACTGAA-ACA-TGAACA-TGTTTGTTTTCTA-A-TATACTAG-TA--TCA-TG--T-TATTTTTA-GCAGA-ATCTT-AGC-AC--TTA-TCAGT---TATGTGA---CAC-AAACG-CTTTAAAT-G--AT-A----C-AG----ATC---GGATCTTCT----AAA-T-T-AAAACC-G-C-AA-GGAC-A--A-C-AC---AGAAA-TTTC--C---GG--A-ATA-CT--TAG--A-C---TA-TTTT-T-A-CC----GAAAAAAA-----A-TGGAT--A-T-G-C-G------GC-AGGGT---AA-ACTT-A-AATGCGG-GGGGCCTGAGA-AC-C-AATCT-T-ATTTTTTTTTT
gi|3                          :       ACAGACA--AG-TAA-C-AATT--T-GT---T-----GCAGC-T--TGTC------------C--------A---------AGCTGA--------AA--CTTAA-----G--TAATGTTGAGCC--C--TG---T---TGACA--TTACCTTCCAA---AT-AAATTCAAT-TTACATAAACATCCTACC-AGAAA-G--CATAACCCT--A-TC--GAAG-G---ATCCGTGTTAGAATTTTCCAA-TTGATGCCT-C-AAC-TGTG-TACATTC-GA-GCTG-TGTATT-TCGAGGGGA-ATATCCAATCC--GGAACCAACG-TGAC-TGTC-TG--AAT-TGA--TGCAAAAG--TTTTCCCCGG-A------TATTT---TCA--CTTGTA--GTTGC--CAGTTA--TACTCCAA---GCATCA--AAACAT----TACA-G-CCACAATG-TTA-TCTG-A-----CAC-ACAGA---AGT---CCATAAATGAT-AGT-CTA----ATTCA-TTGTACAAGAC-ACA--AAC--AA-ACACTGAACA--GTTTG--TTCTA-ATTATACTAGCTAATCCA-TG--TCTATTTTTAGGCAGA-ATCTT-AGC-AC--TTA-TCAGGCA-TATGTTA----AA-AAACG-CTTTAATT-G--AT-A----CAAG----ATCTTGGGATCTTCTA---AAA-T-TAAAAACCGG-C-AACGGAC-A--A-CGGC---AGAAA-TTGCCGC---GG--ACATA-CC--TAG--ACC---TA-TTTT-T-A-CG----GAAAAAAA-----A--AGATGAA-T-GCC-G------GC-A-GGTCTAAA-ACTTAA-AATGCGC-GGGG-CTGAGA-AC-C-AA--T-T-GTTTTTTTTTT
gi|5                          :   gaatACAGACA--AG-TAA-C-ATTT----GG---T----AGCA-C-T--TGTC------------C--------A---------AGTGCA--------AA--TTTAA------GTTAATGTTGA-CC--C--TG---T---TGACA--T-ACCT-CCAA---AT-AAAATCAAT-TTCAATTAACATC-TAC--A-AAA-G--CATAACCCT--AATC--AAAG-G-A-ATCCGTTTT-GAATTT--CAA-TTGAATCCT-CTAAC-TGTG-TAC-TTC-GATGCTGTTGTA-T-TCGAGGGGACATAT-C-A--C--GGAACAACCGTAGAC-CGTCTTG--AA--TGAATTTCAAAAAGTTTTCCTCCGGAA------TTTTT-TGTCA--C-TGTA--GTTGC--CACTTA--TACTCCAA---GCAT----AAACAT----TACA-GCCCAC-ATGTTTA-TCTG-A-----CAC-ACAGA---AGTCG-CCATAAATGATAGTC-CTACCCCATTCA-TGGTACAAGAC-AC---------A-ACA-TCACGA-CGT---TTTTCTA-A-TATACTAG-TA--TCA-TG--TCTA-TTTTA-GCAG--ATCTTAAGC-AC--TTATTCAGC---AATGTT----CAC--AACG-CTTTAA---G--ATAA----C-AGA---ATC---GGA--CTCT----AAA-T-T-AAAACC-G-T-CA-AGAC-AATA-C-GC---AGAAA-TTTC--C---GG--A-ATA-CT--TAG--A-C---TATTTTT-T-ACCC----GAAAAAAA-----A---GATA-A-T-G---G------GCAAGGGT---AA-ACTT-A-AATGCGG-CGGGCCTGAGA-ACGC-AATCT-T-ATTTTTTTTTTtt
gi|2                          :     gaACA-ACA--AG-TAAAC-AGTT--T-GGAAAT----AGC-GC-TAATGTC------------C--------ACTCCA----AGTGTA--------A---TTTAA------GTTAAT-CTGAGCT--C--CG---TGGTTGACA--T-ACCTTCCAA---A--AAATTCAAT-T--CATTAACATC-TGC--AGAAGCG--CATAACCCT--A-TC--GAGGAG-A-TTCCATTTT-GAATATTCCAA-TTGATGCCT-C-AACTCGTGGTAC-TTCAGA-GCTGTTGTATTCTCGAGGGGA-ATATC--ACCA--GGAACCAACG-TGACACGTCTTAGAAAT-CGA--TTCAAAA-GTTTTCCCACGG-A------TATTT-TGTCA--C-TGTA--GTTG---CAGTCA--TACGTCAA--GGCATTTCAAAACAT----TACA-G-CCAC-ATG-TTATTCTG-A-----CACGACAGACTCGGG-G-CCATAACTAAT-AGTGCTA----ATTCACTTGTACAAGACAACAAC-ACCGAACAC--TGAACA--GTTTTGTTTCTA-A-TATACTAG-TAATCCA-TGTCT-TATTTTTA-GCAGA-ATCTT-AGG-AC--TTA-TCAGCA--TATGT-----TAA-AAACG-CT---AAT-GTAAT-AGAATC-AG----TCT---GGATCTTCT----AAA-A-T-TAAACC-G-G-CA-GGAC-A--A-C-GCAGAAGAAA-TTTC--CTT-AG--A-ATA-CT--T-G--A-CCTATA-TTTTAC-A-CC----AAAAAAAA-----A-AAGATA-A-T-G-C--------GC-AGGGA---AATACTT-A-AATTCGT-GAGGCCTGAGACAC-C-AATCT-T-ATTTTTTTTTT
gi|1                          :    gatACAGACA--AGATAA-C-ATTT--TCGG---T----AGCAGCGT--TGTC------------T--------A---------AGTGGA--------AAGATTTAATTAACGATTAATGTTGAGCC--CG-TG---T---TGACAACT-ACCTTCCAA---ATTAAATTCAATATTCCAT-AACATC-GACGAAGAAA-AGCCATCACCCTGAA-TCCAAAAG-GCACATCCGTTT--GAATTGTCCAAATTGATGCCTTC-AACT--------------G-GCC--TGTACT-ACGAGGG---ATATCC-ATCCTTGGAACAAGCG-TGAC-CGTCTTG--AATATGA--TTCAAAAG--TTTCCCCCGG-ACGTAATTATTTCTGTCAACT-TGTAAGGTTGCCACAGTTACTTACTCCAACGAGCATC---AAAAACAATGTACACG-CCAC-ATG-TTA-TCTGTATCCATCAC-ACAGACC-AGT-GCCCATAAATGCTA--T-CTA----ATTCA-TTGTACAAGAC-ACAACAAC-----ACC-GGAACACTATTTGCTTTCTCTA-TATACTAG-TAATCCATTG--TCTATTTTT--GCAGAGATTTA-AGCAAC--TTA-TCAGC---TCTATGATGTCACAAAACC-TTTTAAATCG--AT-AC---C-AGCATCACC---GGATCTTCTGAGAAAA-TAT-AAAACCGG-CAAA-GAACAA--A-C-AC---ACAAGCTTTCA-C---GGACA-ATG-CTAATAGACA-C---TA-TTTT-T-ACCC----GAAAAAAAGAAAGA-TTAATTAG-T-G-C-GCGGACAGC-AGGAT---AA-ACTT-ACAATGCGG-CGGGCCGGAGA-AC-CGAATCT-T-ATTTTTGTTTT
gi|9                          : caatgatCAGACA--AGCTAA-C-ATTT----GG---T----GGCAGC-T--TGTCTGATGGA-----C--------A---------ACTGGA--------AA--TTT-A-----AGTTAATGTTGAGCCGTCAATG---T---TGAat
gi|12                         :       tCGGACA--AG-TAA-C-ATTT----GG---T----GGCAGT-T--TGTC------------CGTTGGAC-A---------AGTGAA--------AA--TTTAA------GCTAATGTTGAGCC--C--gccgtctttta
gi|8                          :      ctCGGACA--AG-TAA-C-ATTT----GG---T----GGCAGC-T--TGTT------------TGATGGAG-A---------AGTGGA--------AA--TTTAA-----GG-TGGTGTTGAACC--C--TGCCAT---TGGGC--T--TCTTCTAATGTCT-AAATTCAAT-
gi|10                         :        CGGACA--AGGTAA-C-GTTT--T-GG---T----GGCAGG-T--TGTC------------T--------GATTGAC---AGTGGA--------AA---TTGA-----AGTTAATGTTGAGCC--A--TG---
gi|14                         :     attCGGACA--AG-TAA-T-ATTT----GG---T----GGCAGC-T--TGTCTTTTAGA-----T--------A---------AGTGGA--------AA--TTT-A-----AGTTAATGTTG
gi|17                         :        CGGACA--AG-TAG-C-ATTTGTT-GG----------------------------------C--------A---------AGTGGA--------AA--TTTAA------GTTAATGTTGAGCC--C--TG---T---T
gi|11                         :    cattCGGACATTAG-TAA-C-ATTT----GG---T----GGCAGCTT--TGCCCGATGGACATTTC--------A---------AGTGGA--------AA--TTTAA-------TTAATGTTGAGa
gi|13                         :      ttCGGACA---G-TAA-C-ATTT----GG---T----GGCAGC-T---GTT------------C--------GGAGATGGACAATGGA--------AA--ATTGA-----AGTACATGTTGA
gi|18                         :          GACA---G-TAA-C-GTTT----GG---T----GGCAG--T--TGTC------------CGTTGGAC-A---------AGTGGA--------AA--TTTTA-----AGTTAATG
gi|15                         :       ttcGAAA--AG-TAA-CGATT------G---T----GGCAGC-T--TGTC------------C--------G---------ATTGGACAAGCTGGAA--CTTTA-----AGTGAATGTT
gi|21                         :         ggACA--AA-TAA-C-ATT-----GG---T----GGCAGC-T--TGTC------------C--------G---------A-TGG----------------AC-----AGTTAATGTTAAGCC--C--
gi|19                         :                 G-TTA-C-ATTA----GG---T----GGCAGC-T--CGTC------------CCGATGGACA---------AGTGGA--------AA--TTTTA-----AGATAA-GTTGA
gi|16                         :                     A-C-ATTC--T-GA---TTCATAACATCCT--TGGA------------C--------A---------AGTGGA--------AA--TTTAA------GTTAATGTTGAGCC--C--TG---
gi|20                         :                                                      tgt------------C--------A---------AGTGGA--------AA--TTTAA------GTTAATGTTGAGCC--C--TG---CATATGACA--T-G--TTCCA
gi|22                         :                                                       ga------------C--------A---------AGTGGA--------AA--TTTAA------GTTAATGTTGAACC--C--T
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gga-----CACGACAGA---AGT-G-CCATAAATGAATAGT-CTA----ATTCA-TTGTACACGAC-A
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 A-GCAG---TCTT-AGC-ACCTTTACTCAGGCCATATGTGG---CAC-AAACGGCTTTAA-T-G--AT-A----C-AG----ATCC--GGATCTTCT----AAAAT-T-AAAACC-GGC-AA-GGAC-A--ATC-GC---AGAAA-TTTC--C---CG--G-ATAACT--TAG--A-C---TA-TTTT-TTA-CC----GAAAAAAA-----AACAGAT--AAT-G-CTG------GC-AGGGT---AA-ACTT-A-AATGCGG-CGGGCCTGAGA-AC-C-AATCTAT-ATTTTTTTTTTgtattcttatcacttcagattgccactgccctcaaatcacgcacatcttttctccgacagcctagatctatcctatttcttcgcaccaacaaaactgctgctagtatttctaggagtctatcacataaggagcagtcttagcacctttactcaggccatatgtggcacaaacggctttaatgatacagatccggatcttctaaaattaaaaccggcaaggacaatcgcagaaatttcccggataacttagactattttttaccgaaaaaaaaacagataatgctggcagggtaaacttaaatgcggcgggcctgagaaccaatctatatttttttttt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cacgacagaagtgccataaatgaatagtctaattcattgtacacgacagtattcttatcacttcagattgccactgccctcaaatcacgcacatcttttctccgacagcctagatctatcctatttcttcgcaccaacaaaactgctgctagtatttctaggagtctatcacataagg-C-GC---AGTAA-TTTT--CTTCGG--A--TA-CT--TCG--ATC---TA-ATTT-T-A-CCACGAGAACAAAG-----A-TTTAT--G-TCG-C-G------GC-AGGGT---AA-ACTT-A-AATGCGACGGGGCCCGAGA-AC-C--ATAT-TAATTTTTTTTTT

lowQualScore                  :                                                                    555555555555555555555555555555                             111111                         111                  111111                           11     1111         11    11      111                                      2                                                11                       11       11        22            222222           1111    11       11    11        222    2222      1111                        22222     1     3333                 11      1111                          222222222     22   111                    11                      11                 1     333333333    11111            111       2222    2222222222         2222                    1111111    11      111          222222                    11111                      11         5555555555555555555555        111                                                      
lowQualScore                  :                              33  7   2 2 2   77  444       4 33    222222222222222222222222222222 555555     77777777  22   3 555555              33 66  666 555     77 55        222222         6 44   6      8   99     2222         11 8  11    8 666        88      0    8         8 8    3   8   8   8  8    5    3 8         8      8 3  11     1     8   8    0  11  88   11        00          8 333333     88    2222    11       11    11        444    5555      7777    8 8    8   8   8    00000 6   5     9999   6   6         33  6   4444     6           6   6  1 666666666     11   222      8 8        8  11   8    8  0     6    44     6   6  99   3   6 444444444    11111     6      333 99  6 0000 6  3333333333         0000   888 6         55 4444444  5 33 5 5  000     5    111111  77 5   5  77 1 77 11111  5    5 5 5  5       33  5 77   5555555555555555555555  5     000  5    5 5        5          5  5 5     5 5           
lowQualScore                  :                              ..  .   . . .   ..  ...       . ..    .............................. ......     ........  ..   . ......              .. ..  ... ...     .. ..        ......         . ..   .      .   ..     ....         .. .  ..    . ...        ..      .    .         . .    .   .   .   .  .    .    . .         .      . .  ..     .     .   .    .  ..  ..   ..        ..          . ......     ..    ....    ..       ..    ..        ...    ....      ....    . .    .   .   .    ..... .   .     ....   .   .         ..  .   ....     .           .   .  . .........     ..   ...      . .        .  ..   .    .  .     .    ..     .   .  ..   .   . .........    .....     .      ... ..  . .... .  ..........         ....   ... .         .. .......  . .. . .  ...     .    ......  .. .   .  .. . .. .....  .    . . .  .       ..  . ..   ......................  .     ...  .    . .        .          .  . .     . .           
lowQualScore                  :                              44  1   4 4 4   99  111       4 11    666666666666666666666666666666 888888     22222222  88   8 444444              99 88  444 666     99 99        555555         7 00   0      0   00     2222         00 0  00    0 888        88      8    0         0 0    2   0   0   0  0    6    8 0         0      0 8  00     0     0   0    8  00  88   00        66          0 000000     88    2222    00       00    00        222    2222      0000    0 0    0   0   0    00000 7   0     2222   7   7         33  7   2222     7           7   0  0 666666666     22   444      0 0        0  22   0    0  8     7    00     7   7  22   3   7 333333333    22222     7      333 22  7 8888 7  2222222222         8888   777 7         99 4444444  7 66 7 7  000     7    444444  99 7   7  99 4 99 44444  7    7 7 7  7       66  7 99   6666666666666666666666  7     000  7    7 7        7          7  7 7     7 7           
consensus                     :                       ACGGACA--AG-TAA-C-A-TTT--GG---TGGCAGC-T--TGTC------------C-------A---------A------GTGGA--------AA--TTTAA-----AGTTAATGTTGAGCC--C--TG---T---TGACA--T-ACCTTCCAA---AT-AAATTCAAT-TTCCATTAACATC-TAC--AGAAA-G--CATAACCCT--A-TC--GAAG-G-A-ATCCGTTTT-GAATTTTCCAA-TTGATGCCT-C-AACT-GTG-TAC-TTC-GA-GCTGTTGTATT-TCGAGGGGA-ATATCC-ATCC--GGAACCAACGT-GAC-CGTCTTG--AAT-TGA--TTCAAAAGGTTTTCCCCCGG-A------TATTT-TGTCA--C-TGTA--GTTGCCA--GTTA--TACTCCAA--GGCATC---AAACAT----TACA-G-CCAC-ATG-TTA-TCTG-----A-CACGACAGA----AGT-GCC-ATAAATGATAAGT-CTA----ATTCA-TTGTACAAGAC-ACAACAAC--GAACACTGAACAC-GTTTG-TTTCTA-A-TATACTAG-TAATCCA-TGTC-TATTTTTA-GCAGA-ATCTT-AGC-AC--TTA-TCA-G-C-N-T---ATGTTACACAAACG-CTTTAAAT-G--AT-A----C-AG----ATC---GGATCTTCT----AAA-T-T-AAAACCGGC-AA-GG----AC-A--A-C-GC---AGAAA-TTTC--C---GG--A-ATA-CT--TAG--A-C---TA-TTTT-T-A-CC-GAAAAAA--AA-A--GATN-----A-TG---C-G------GC-AGGGT---AA-ACTT-A-AATGCGGC-GGGCCTGAGA-AC-C-AATCT-T-ATTTTTTTTTT
Reference ( family-3265 )     :                       ACGGACA--AG-TAA-C-A-TTT--GG---TGGCAGC-T--TGTC------------C-------A---------A------GTGGA--------AA--TTTAA-----AGTTAATGTTGAGCC--C--TG---T---TGACA--T-ACCTTCCAA---AT-AAATTCAAT-TTCCATTAACATC-TAC--AGAAA-G--CATAACCCT--A-TC--GAAG-G-A-ATCCGTTTT-GAATTTTCCAA-TTGATGCCT-C-AACTCGTG-TAC-TTC-GA-GCTGTTGTATT-TCGAGGGGA-ATATCC-ATCC--GGAACNAACGT-GAC-CGTCTTG--AAT-TGA--TTCAAAAGGTTTTCCCCCGG-A------TATTT-TGTCA--C-TGTA--GTTGCCA--GTTA--TACTCCAA--GGCATC---AAACAT----TACA-G-CCAC-ATG-TTA-TCTG-----A-CACGACAGA--C-AGT-GCC-ATAAATGATAAGT-CTA----ATTCA-TTGTACAAGAC-ACAACAAC--AAACA-TGAACAC-GTTTGNTTTCTA-A-TATACTAG-TAATCCA-TGTC-TATTTTTA-GCAGA-ATCTT-AGC-AC--TTA-TCA-G-C-C-T---ATGTNACACAAACG-CTTTAAAT-G--AT-A----C-AG----ATC---GGATCTTCT----AAA-T-T-AAAACCGGC-AA-GG----AC-A--A-C-GC---AGAAA-TTTC--C---GG--A-ATA-CT--TAG--A-C---TA-TTTT-T-A-CC-GAAAAAA--AA-A--GAT------A-TG---C-G------GC-AGGGT---AA-ACTT-A-AATGCGGC-GGGCCTGAGA-AC-C-AATCT-T-ATTTTTTTTTT
gi|1                          :                       ACAGACA--AGATAA-C-A-TTTTCGG---TAGCAGCGT--TGTC------------T-------A---------A------GTGGA--------AAGATTTAATTAACGATTAATGTTGAGCC--CG-TG---T---TGACAACT-ACCTTCCAA---ATTAAATTCAATATTCCAT-AACATC-GACGAAGAAA-AGCCATCACCCTGAA-TCCAAAAG-GCACATCCGTTT--GAATTGTCCAAATTGATGCCTTC-AACT--------------G-GCC--TGTACT-ACGAGGG---ATATCC-ATCCTTGGAACAAGCGT-GAC-CGTCTTG--AATATGA--TTCAAAAG--TTTCCCCCGG-ACGTAATTATTTCTGTCAACT-TGTAAGGTTGCCACAGTTACTTACTCCAACGAGCATC---AAAAACAATGTACACG-CCAC-ATG-TTA-TCTGTATCCATCAC-ACAGA--CCAGT-GCCCATAAATGCTA--T-CTA----ATTCA-TTGTACAAGAC-ACAACAAC----ACC-GGAACACTATTTGCTTTCTCTA-TATACTAG-TAATCCATTGTC-TATTTTT--GCAGAGATTTA-AGCAAC--TTA-TCA-G-CTC-TATGATGTCACA-AAACC-TTTTAAATCG--AT-AC---C-AGCATCACC---GGATCTTCTGAGAAAA-TAT-AAAACCGGCAAA-GA----ACAA--A-C-AC---ACAAGCTTTCA-C---GGACA-ATG-CTAATAGACA-C---TA-TTTT-T-ACCC-GAAAAAAAGAA-A--GATTAATTAG-TG---C-GCGGACAGC-AGGAT---AA-ACTT-ACAATGCGGC-GGGCCGGAGA-AC-CGAATCT-T-ATTTTTGTTTT
gi|10                         :                 caatgatCGGACA--AGGTAA-C-G-TTTT-GG---TGGCAGG-T--TGTC------------T-------G---------ATTGACAGTGGA--------AA--TT-GA-----AGTTAATGTTGAGCC--A--TG---at
gi|11                         :                     attCGGACATTAG-TAA-C-A-TTT--GG---TGGCAGCTT--TGCCCGATGGACATTTC-------A---------A------GTGGA--------AA--TTTAA-------TTAATGTTGAG
gi|12                         :                      ttCGGACA--AG-TAA-C-A-TTT--GG---TGGCAGT-T--TGTCCGTTGGA-----C-------A---------A------GTGAA--------AA--TTT-A-----AGCTAATGTTGAGCC--C--
gi|13                         :                      ctCGGACA---G-TAA-C-A-TTT--GG---TGGCAGC----TGTT------------C-------GGAGATGGACA------ATGGA--------AA--ATTGA-----AGTACATGTTGA
gi|14                         :                        CGGACA--AG-TAA-T-A-TTT--GG---TGGCAGC-T--TGTCTTTTAGA-----T-------A---------A------GTGGA--------AA--TTT-A-----AGTTAATGTTG
gi|15                         :                         GGAAA--AG-TAA-CGA-TT----G---TGGCAGC-T--TGTC------------C-------G---------A------TTGGACAAGCTGGAA--CTTTA-----AGTGAATGTT
gi|16                         :                                                          gC-T--TGGA------------C-------A---------A------GTGGA--------AA--TTTAA------GTTAATGTTGAGCC--C--TG---
gi|17                         : tgtacattctgattcataacatcCGGACA--AG-TAG-C-A-TTT--GT---TGGCA----------------------------------------A------GTGGA--------AA--TTTAA------GTTAATGTTGAGCC--C--TG---T---T
gi|18                         :                      cattGACA---G-TAA-C-G-TTT--GG---TGGCAG--T--TGTC------------CGTTGGACA---------A------GTGGA--------AA--TTTTA-----AGTTAATGa
gi|19                         :                              ttcG-TTA-C-A-TTA--GG---TGGCAGC-T--CGTCCCGATGGA----C-------A---------A------GTGGA--------AA--TTTTA-----AGATAA-GTTGA
gi|2                          :                           ACA--AG-TAAAC-AGTTT--GGAAATAGC-GC-TAATGTC------------C-------ACTCCA----A------GTGTA--------A---TTTAA------GTTAAT-CTGAGCT--C--CG---TGGTTGACA--T-ACCTTCCAA---A--AAATTCAAT-T--CATTAACATC-TGC--AGAAGCG--CATAACCCT--A-TC--GAGGAG-A-TTCCATTTT-GAATATTCCAA-TTGATGCCT-C-AACTCGTGGTAC-TTCAGA-GCTGTTGTATTCTCGAGGGGA-ATATC--ACCA--GGAACCAACGT-GACACGTCTTAGAAAT-CGA--TTCAAAAG-TTTTCCCACGG-A------TATTT-TGTCA--C-TGTA--GTTG-CA--GTCA--TACGTCAA--GGCATTTCAAAACAT----TACA-G-CCAC-ATG-TTATTCTG-----A-CACGACAGACTC-GGG-GCC-ATAACTAAT-AGTGCTA----ATTCACTTGTACAAGACAACAACACC--GAACACTGAACA--GTTTTGTTTCTA-A-TATACTAG-TAATCCA-TGTCTTATTTTTA-GCAGA-ATCTT-AGG-AC--TTA-TCA-G-C-A-T---ATGTTA-A-AAACG-CT---AAT-GTAAT-AGAATC-AG----TCT---GGATCTTCT----AAA-A-T-TAAACCGGC--A-GG----AC-A--A-C-GCAGAAGAAA-TTTC--CTT-AG--A-ATA-CT--T-G--A-CCTATA-TTTTAC-A-CCAAAAAAAA--AA-A--GATA-----A-TG---C--------GC-AGGGA---AATACTT-A-AATTCGTG-AGGCCTGAGACAC-C-AATCT-T-ATTTTTTTTTT
gi|20                         :                                                              gataca------------C-------A---------A------GTGGA--------AA--TTTAA------GTTAATGTTGAGCC--C--TG---CATATGACA--T-G--TTCCA
gi|21                         :                         gaACA--AA-TAA-C-A-TT---GG---TGGCAGC-T--TGTC------------C-------G---------A-------TGG----------------AC-----AGTTAATGTTAAGCC--C--
gi|22                         :                                                                    ------------C-------A---------A------GTGGA--------AA--TTTAA------GTTAATGTTGAACC--C--T
gi|3                          :                    ggaACAGACA--AG-TAA-C-A-ATT--TG---TTGCAGC-T--TGTC------------C-------A---------A------GCTGA--------AA--CTTAA-----G--TAATGTTGAGCC--C--TG---T---TGACA--TTACCTTCCAA---AT-AAATTCAAT-TTACATAAACATCCTACC-AGAAA-G--CATAACCCT--A-TC--GAAG-G---ATCCGTGTTAGAATTTTCCAA-TTGATGCCT-C-AACT-GTG-TACATTC-GA-GCTG-TGTATT-TCGAGGGGA-ATATCCAATCC--GGAACCAACGT-GAC-TGTC-TG--AAT-TGA--TGCAAAAG--TTTTCCCCGG-A------TATTT---TCA--CTTGTA--GTTGCCA--GTTA--TACTCCAA---GCATCA--AAACAT----TACA-G-CCACAATG-TTA-TCTG-----A-CAC-ACAGA----AGT--CC-ATAAATGAT-AGT-CTA----ATTCA-TTGTACAAGAC-ACA--AAC--AAACACTGAACA--GTTTG--TTCTA-ATTATACTAGCTAATCCA-TGTC-TATTTTTAGGCAGA-ATCTT-AGC-AC--TTA-TCAGG-C-A-T---ATGTTA-AAAAACG-CTTTAATT-G--AT-A----CAAG----ATCTTGGGATCTTCTA---AAA-T-TAAAAACCGGC-AACGG----AC-A--A-CGGC---AGAAA-TTGCCGC---GG--ACATA-CC--TAG--ACC---TA-TTTT-T-A-CG-GAAAAAA--AA-A--GATGA----A-TGC--C-G------GC-A-GGTCTAAA-ACTTAA-AATGC-GC-GGGGCTGAGA-AC-C-AA--T-T-GTTTTTTTTTT
gi|4                          :                   gaatACAGACA--AG-TAA-C-A-TTTT-GG---TAGCAGC-T--TGTC------------C-------A---------A------GTGGA--------AA--TTTAA-----AGTTAATGTTGAGCC--C--TG---T---TGACA--T-ACCTTCCAA---AT-AAATTCAAT-TTTCATTAACATC-TAC--AGAAA-G--CATAACCCT--A-TC--AAAG-G-A-ATCCGTTTT-GAATTTTCCAA-TTGATGCCT-C-AACTTGTG-TAC-TTC-GA-GCTGTTGTATT-TCGAGGGGA-ATATCC-ATCC--GGAACCAACGA-GAC-CGTCTTG--AAT-TGA--TTCAAAAAGTTTTTCCCCGG-A------TATTT-TGTCA--C-TGTA--GTTGCCA--GTTA--TACTCCAA--GGCATC---AAACAT----TACA-G-CCAC-ATG-TTA-TCTG-----A-CACGACAGA----AGT-GCT-ATAAATGATAAGT-CTA----AT--A-TTGTACAAGAC-ACATCAACTGAAACA-TGAACAT-GTTTGTTTTCTA-A-TATACTAG-TA--TCA-TGT--TATTTTTA-GCAGA-ATCTT-AGC-AC--TTA-TCA-G---T-T---ATGTGACACAAACG-CTTTAAAT-G--AT-A----C-AG----ATC---GGATCTTCT----AAA-T-T-AAAACC-GC-AA-GG----AC-A--A-C-AC---AGAAA-TTTC--C---GG--A-ATA-CT--TAG--A-C---TA-TTTT-T-A-CC-GAAAAAA--AATG--GAT------A-TG---C-G------GC-AGGGT---AA-ACTT-A-AATGCGGG-GGGCCTGAGA-AC-C-AATCT-T-ATTTTTTTTTTtt
gi|5                          :                       ACAGACA--AG-TAA-C-A-TTT--GG---TAGCA-C-T--TGTC------------C-------A---------A------GTGCA--------AA--TTTAA------GTTAATGTTGA-CC--C--TG---T---TGACA--T-ACCT-CCAA---AT-AAAATCAAT-TTCAATTAACATC-TAC--A-AAA-G--CATAACCCT--AATC--AAAG-G-A-ATCCGTTTT-GAATTT--CAA-TTGAATCCT-CTAACT-GTG-TAC-TTC-GATGCTGTTGTA-T-TCGAGGGGACATAT-C-A--C--GGAACAACCGTAGAC-CGTCTTG--AA--TGAATTTCAAAAAGTTTTCCTCCGGAA------TTTTT-TGTCA--C-TGTA--GTTGCCA--CTTA--TACTCCAA---GCAT----AAACAT----TACA-GCCCAC-ATGTTTA-TCTG-----A-CAC-ACAGA----AGTCGCC-ATAAATGATAGTC-CTACCCCATTCA-TGGTACAAGAC-ACAACATC----ACG------AC-GTT---TTTCTA-A-TATACTAG-TA--TCA-TGTC-TA-TTTTA-GCAG--ATCTTAAGC-AC--TTATTCA-G-C-A-----ATGTT-CAC-AACG-CTTTAA---G--ATAA----C-AGA---ATC---GGA--CTCT----AAA-T-T-AAAACCGTC-AA--G----AC-AATA-C-GC---AGAAA-TTTC--C---GG--A-ATA-CT--TAG--A-C---TATTTTT-T-A-CC-CGAAAAA--AA-A--GATA-----A-TG-----G------GCAAGGGT---AA-ACTT-A-AATGCGGC-GGGCCTGAGA-ACGC-AATCT-T-ATTTTTTTTTT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ga-CACGACAGA----AGT-GCC-ATAAATGAATAGT-CTA----ATTCA-TTGTACACGAC-A
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                A-GCAG---TCTT-AGC-ACCTTTACTCA-GGC-CAT---ATGTGGCACAAACGGCTTTAA-T-G--AT-A----C-AG----ATCC--GGATCTTCT----AAAAT-T-AAAACCGGC-AA-GG----AC-A--ATC-GC---AGAAA-TTTC--C---CG--G-ATAACT--TAG--A-C---TA-TTTT-TTA-CC-GAAAAAA--AA-ACAGAT------AATG---CTG------GC-AGGGT---AA-ACTT-A-AATGCGGC-GGGCCTGAGA-AC-C-AATCTAT-ATTTTTTTTTTgtattcttatcacttcagattgccactgccctcaaatcacgcacatcttttctccgacagcctagatctatcctatttcttcgcaccaacaaaactgctgctagtatttctaggagtctatcacataaggagcagtcttagcacctttactcaggccatatgtggcacaaacggctttaatgatacagatccggatcttctaaaattaaaaccggcaaggacaatcgcagaaatttcccggataacttagactattttttaccgaaaaaaaaacagataatgctggcagggtaaacttaaatgcggcgggcctgagaaccaatctatatttttttttt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cacgacagaagtgccataaatgaatagtctaattcattgtacacgacagtattcttatcacttcagattgccactgccctcaaatcacgcacatcttttctccgacagcctagatctatcctatttcttcgcaccaacaaaactgctgctagtatttctaggagtctatcacataaggAAACCGGC-GA-CTCCCCAC-AC-G-C-GC---AGTAA-TTTT--CTTCGG--A--TA-CT--TCG--ATC---TA-ATTT-T-A-CC-ACGAGAAC-AA-A--GATTT----A-TGTCGC-G------GC-AGGGT---AA-ACTT-A-AATGCGACGGGGCCCGAGA-AC-C--ATAT-TAATTTTTTTTTT
gi|8                          :      ctggcatttttcatcaatCGGACA--AG-TAA-C-A-TTT--GG---TGGCAGC-T--TGTT------------TGATGGAGA---------A------GTGGA--------AA--TTTAA-----GG-TGGTGTTGAACC--C--TGCCAT---TGGGC--T--TCTTCTAATGTCT-AAATTCAAT-gg
gi|9                          :                        CAGACA--AGCTAA-C-A-TTT--GG---TGGCAGC-T--TGTCTGATGGA-----C-------A---------A------CTGGA--------AA--TTT-A-----AGTTAATGTTGAGCCGTCAATG---T---TGA

lowQualScore                  :                                                                    555555555555555555555555555555                             111111                         111                  111111                           11     1111         11    11      111                                      1                          11              11    11                       11   11  11        22           333333           1111    11       11    11        111    2222      1111                        22222     1     222                 11      1111                        11  222222222     11     22                   11                                                222222222    11111            111      2222222222222222222         2222                      11111      11    111          222222                    11111        1            11         33333333333333333333333        111                                                      
lowQualScore                  :                              33  7   2 2 2   77  444       4 33    222222222222222222222222222222 555555     77777777  22   3 555555              33 66  666 555     77 55        222222         6 44   6      8   99     2222         11 8  11    8 666        88      0    8         8 8    6 0 8   8   8  8    5      44        8     88 3  11           8   8    0  11   11  11        00           111111     88    2222    11       11    11        444    5555      7777    8   8  8     8  8   00000 6   5     000   6   6         33  6   4444     6            6  6  11  000000000     66     11     8 8        8  11   8    8      0 6     99     6  6  99   6 6  6 444444444    11111     6      333 99   8888888888888888888         0000   888 6         55 5 55555  5 5 33 5  000     5    111111  77 5   5  77 1 77 11111      5 1 5  5       33  5 77   66666666666666666666666   5    000  5    5 5        5          5  5 5     5 5           
lowQualScore                  :                              ..  .   . . .   ..  ...       . ..    .............................. ......     ........  ..   . ......              .. ..  ... ...     .. ..        ......         . ..   .      .   ..     ....         .. .  ..    . ...        ..      .    .         . .    . . .   .   .  .    .      ..        .     .. .  ..           .   .    .  ..   ..  ..        ..           ......     ..    ....    ..       ..    ..        ...    ....      ....    .   .  .     .  .   ..... .   .     ...   .   .         ..  .   ....     .            .  .  ..  .........     ..     ..     . .        .  ..   .    .      . .     ..     .  .  ..   . .  . .........    .....     .      ... ..   ...................         ....   ... .         .. . .....  . . .. .  ...     .    ......  .. .   .  .. . .. .....      . . .  .       ..  . ..   .......................   .    ...  .    . .        .          .  . .     . .           
lowQualScore                  :                              44  1   4 4 4   99  111       4 11    666666666666666666666666666666 888888     22222222  88   8 444444              99 88  444 666     99 99        555555         7 00   0      0   00     2222         00 0  00    0 888        88      8    0         0 0    0 8 0   0   0  0    6      00        0     00 8  00           0   0    8  00   88  00        66           000000     88    2222    00       00    00        222    2222      0000    0   0  0     0  0   00000 7   0     888   7   7         33  7   2222     7            7  0  00  222222222     22     66     0 0        0  22   0    0      8 7     88     7  7  22   7 7  7 333333333    77777     7      333 22   3333333333333333333         8888   777 7         99 7 11111  7 7 66 7  000     7    444444  99 7   7  99 4 99 44444      7 4 7  7       66  7 99   44444444444444444444444   7    000  7    7 7        7          7  7 7     7 7           
consensus                     :                       ACGGACA--AG-TAA-C-A-TTT--GG---TGGCAGC-T--TGTC------------C-------A---------A------GTGGA--------AA--TTTAA-----AGTTAATGTTGAGCC--C--TG---T---TGACA--T-ACCTTCCAA---AT-AAATTCAAT-TTCCATTAACATC-TAC--AGAAA-G--CATAACCCT--A-TC--GAAG-G-A-ATCCGTTTT-GAATTTTCCAA-TTGATGCCT-C-AACT-GTG-TAC-TTC-GA-GCTGTTGTATT-TCGAGGGGA-ATATCC-ATCC--GGAACCAACGT-GAC-CGTCTTG--AAT-TGA--TTCAAAAGGTTTTCCCCCGGA------TATTT-TGTCA--C-TGTA--GTTGCCA--GTTA--TACTCCAA--GGCATC---AAACAT----TACA-GCC-AC-ATGTT-AT-CTG-----A-CACGACAGA---AGT-GCC-ATAAATGATAAGT-CTA----ATTCA-TTGTACAAGACA-CAACA--AC--GAACACTGAACAC-GTTTG-TTTCTA-A-TATACTAG-TAATCCA-TGTC-TATTTTTA-GCAGA-ATCTTA-GC-AC--TTA-T-CA-G--CAT----ATGTTACACAAACG-CTTTAAAT-G--ATA----C-AG----A-TC---GGATCTTCT----AAA-T-T-AAAACCGGC-AA-GG----AC-A-A--C-GC---AGAAA-TTTC--C---GG--A-ATA-CT--TAG--A-C---TATTTT-T-A-CC-GAAAAAA--AA-A--GAT-A-A-----TG---C-G------GCA-GGGT---AA-ACTT-A-AATGCGGC-GGGCCTGAGA-AC-C-AATCT-T-ATTTTTTTTTT
Reference ( family-3265 )     :                       ACGGACA--AG-TAA-C-A-TTT--GG---TGGCAGC-T--TGTC------------C-------A---------A------GTGGA--------AA--TTTAA-----AGTTAATGTTGAGCC--C--TG---T---TGACA--T-ACCTTCCAA---AT-AAATTCAAT-TTCCATTAACATC-TAC--AGAAA-G--CATAACCCT--A-TC--GAAG-G-A-ATCCGTTTT-GAATTTTCCAA-TTGATGCCT-C-AACT-GTG-TAC-TTC-GA-GCTGTTGTATT-TCGAGGGGA-ATATCC-ATCC--GGAACCAACGT-GAC-CGTCTTG--AAT-TGA--TTCAAAAGGTTTTCCCCCGGA------TATTT-TGTCA--C-TGTA--GTTGCCA--GTTA--TACTCCAA--GGCATC---AAACAT----TACA-GCC-AC-ATGTT-AT-CTG-----A-CACGACAGA---AGT-GCC-ATAAATGATAAGT-CTA----ATTCA-TTGTACAAGACA-CAACA--AC--GAACACTGAACAC-GTTTG-TTTCTA-A-TATACTAG-TAATCCA-TGTC-TATTTTTA-GCAGA-ATCTTA-GC-AC--TTA-T-CA-G--CNT----ATGTTACACAAACG-CTTTAAAT-G--ATA----C-AG----A-TC---GGATCTTCT----AAA-T-T-AAAACCGGC-AA-GG----AC-A-A--C-GC---AGAAA-TTTC--C---GG--A-ATA-CT--TAG--A-C---TATTTT-T-A-CC-GAAAAAA--AA-A--GAT-N-A-----TG---C-G------GCA-GGGT---AA-ACTT-A-AATGCGGC-GGGCCTGAGA-AC-C-AATCT-T-ATTTTTTTTTT
gi|1                          :                       ACAGACA--AGATAA-C-A-TTTTCGG---TAGCAGCGT--TGTC------------T-------A---------A------GTGGA--------AAGATTTAATTAACGATTAATGTTGAGCC--CG-TG---T---TGACAACT-ACCTTCCAA---ATTAAATTCAATATTCCAT-AACATC-GACGAAGAAA-AGCCATCACCCTGAA-TCCAAAAG-GCACATCCGTTT--GAATTGTCCAAATTGATGCCTTC-AACT-G--------------GCC--TGTACT-ACGAGGG---ATATCC-ATCCTTGGAACAAGCGT-GAC-CGTCTTG--AATATGA--TTCAAAAG--TTTCCCCCGGACGTAATTATTTCTGTCAACT-TGTAAGGTTGCCACAGTTACTTACTCCAACGAGCATC---AAAAACAATGTACACGCC-AC-ATGTT-AT-CTGTATCCATCAC-ACAGACC-AGT-GCCCATAAATGCTA--T-CTA----ATTCA-TTGTACAAGACA-CAACA--AC----AC-CGGAACACTATTTGCTTTCTCTA-TATACTAG-TAATCCATTGTC-TATTTTT--GCAGAGATTTAA-GCAAC--TTA-T-CA-G--CTCTATGATGTCACA-AAACC-TTTTAAATCG--ATAC---C-AGCATCA-CC---GGATCTTCTGAGAAAA-TAT-AAAACCGGCAAA-GA----ACAA-A--C-AC---ACAAGCTTTCA-C---GGACA-ATG-CTAATAGACA-C---TATTTT-T-ACCC-GAAAAAAAGAA-A--GAT-T-AATTAGTG---C-GCGGACAGCA-GGAT---AA-ACTT-ACAATGCGGC-GGGCCGGAGA-AC-CGAATCT-T-ATTTTTGTTTT
gi|10                         :                 caatgatCGGACA--AGGTAA-C-G-TTTT-GG---TGGCAGG-T--TGTC------------T-------G---------ATTGACAGTGGA--------AA--TT-GA-----AGTTAATGTTGAGCC--A--TG---at
gi|11                         :                     attCGGACATTAG-TAA-C-A-TTT--GG---TGGCAGCTT--TGCCCGATGGACATTTC-------A---------A------GTGGA--------AA--TTTAA-------TTAATGTTGAG
gi|12                         :                      ttCGGACA--AG-TAA-C-A-TTT--GG---TGGCAGT-T--TGTCCGTTGGA-----C-------A---------A------GTGAA--------AA--TTT-A-----AGCTAATGTTGAGCC--C--
gi|13                         :                      ctCGGACA---G-TAA-C-A-TTT--GG---TGGCAGC----TGTT------------C-------GGAGATGGACA------ATGGA--------AA--ATTGA-----AGTACATGTTGA
gi|14                         :                        CGGACA--AG-TAA-T-A-TTT--GG---TGGCAGC-T--TGTCTTTTAGA-----T-------A---------A------GTGGA--------AA--TTT-A-----AGTTAATGTTG
gi|15                         :                         GGAAA--AG-TAA-CGA-TT----G---TGGCAGC-T--TGTC------------C-------G---------A------TTGGACAAGCTGGAA--CTTTA-----AGTGAATGTT
gi|16                         :                                                          gC-T--TGGA------------C-------A---------A------GTGGA--------AA--TTTAA------GTTAATGTTGAGCC--C--TG---
gi|17                         : tgtacattctgattcataacatcCGGACA--AG-TAG-C-A-TTT--GT---TGGCA----------------------------------------A------GTGGA--------AA--TTTAA------GTTAATGTTGAGCC--C--TG---T---T
gi|18                         :                      cattGACA---G-TAA-C-G-TTT--GG---TGGCAG--T--TGTC------------CGTTGGACA---------A------GTGGA--------AA--TTTTA-----AGTTAATGa
gi|19                         :                              ttcG-TTA-C-A-TTA--GG---TGGCAGC-T--CGTCCCGATGGA----C-------A---------A------GTGGA--------AA--TTTTA-----AGATAA-GTTGA
gi|2                          :                           ACA--AG-TAAAC-AGTTT--GGAAATAGC-GC-TAATGTC------------C-------ACTCCA----A------GTGTA--------A---TTTAA------GTTAAT-CTGAGCT--C--CG---TGGTTGACA--T-ACCTTCCAA---A--AAATTCAAT-T--CATTAACATC-TGC--AGAAGCG--CATAACCCT--A-TC--GAGGAG-A-TTCCATTTT-GAATATTCCAA-TTGATGCCT-C-AACTCGTGGTAC-TTCAGA-GCTGTTGTATTCTCGAGGGGA-ATATC--ACCA--GGAACCAACGT-GACACGTCTTAGAAAT-CGA--TTCAAAAG-TTTTCCCACGGA------TATTT-TGTCA--C-TGTA--GTTGC-A--GTCA--TACGTCAA--GGCATTTCAAAACAT----TACA-GCC-AC-ATGTT-ATTCTG-----A-CACGACAGACTCGGG-GCC-ATAACTAATA-GTGCTA----ATTCACTTGTACAAGACAACAACA--CC--GAACACTGAACAG-TTTTG-TTTCTA-A-TATACTAG-TAATCCA-TGTCTTATTTTTA-GCAGA-ATCTTA-GG-AC--TTA-T-CA-G--CAT----ATGTTA-A-AAACG-CT---AAT-GTAATAGAATC-AG----T-CT---GGATCTTCT----AAA-A-T-TAAACCGGC--A-GG----AC-A-A--C-GCAGAAGAAA-TTTC--CTT-AG--A-ATA-CT--T-G--A-CCTATATTTTAC-A-CCAAAAAAAA--AA-A--GAT-A-A-----TG---C--------GCA-GGGA---AATACTT-A-AATTCGTG-AGGCCTGAGACAC-C-AATCT-T-ATTTTTTTTTT
gi|20                         :                                                              gataca------------C-------A---------A------GTGGA--------AA--TTTAA------GTTAATGTTGAGCC--C--TG---CATATGACA--T-G--TTCCA
gi|21                         :                         gaACA--AA-TAA-C-A-TT---GG---TGGCAGC-T--TGTC------------C-------G---------A-------TGG----------------AC-----AGTTAATGTTAAGCC--C--
gi|22                         :                                                                    ------------C-------A---------A------GTGGA--------AA--TTTAA------GTTAATGTTGAACC--C--T
gi|3                          :                    ggaACAGACA--AG-TAA-C-A-ATT--TG---TTGCAGC-T--TGTC------------C-------A---------A------GCTGA--------AA--CTTAA-----G--TAATGTTGAGCC--C--TG---T---TGACA--TTACCTTCCAA---AT-AAATTCAAT-TTACATAAACATCCTACC-AGAAA-G--CATAACCCT--A-TC--GAAG-G---ATCCGTGTTAGAATTTTCCAA-TTGATGCCT-C-AACT-GTG-TACATTC-GA-GCTG-TGTATT-TCGAGGGGA-ATATCCAATCC--GGAACCAACGT-GAC-TGTC-TG--AAT-TGA--TGCAAAAG--TTTTCCCCGGA------TATTT---TCA--CTTGTA--GTTGCCA--GTTA--TACTCCAA---GCATCA--AAACAT----TACA-GCC-ACAATGTT-AT-CTG-----A-CAC-ACAGA---AGT--CC-ATAAATGAT-AGT-CTA----ATTCA-TTGTACAAGACA-CA--A--AC--AAACACTGAACA--GTTTG--TTCTA-ATTATACTAGCTAATCCA-TGTC-TATTTTTAGGCAGA-ATCTTA-GC-AC--TTA-T-CAGG--CAT----ATGTTA-AAAAACG-CTTTAATT-G--ATA----CAAG----A-TCTTGGGATCTTCTA---AAA-T-TAAAAACCGGC-AACGG----AC-A-A--CGGC---AGAAA-TTGCCGC---GG--ACATA-CC--TAG--ACC---TATTTT-T-A-CG-GAAAAAA--AA-A--GATGA-A-----TGC--C-G------GCA--GGTCTAAA-ACTTAA-AATGC-GC-GGGGCTGAGA-AC-C-AA--T-T-GTTTTTTTTTT
gi|4                          :                   gaatACAGACA--AG-TAA-C-A-TTTT-GG---TAGCAGC-T--TGTC------------C-------A---------A------GTGGA--------AA--TTTAA-----AGTTAATGTTGAGCC--C--TG---T---TGACA--T-ACCTTCCAA---AT-AAATTCAAT-TTTCATTAACATC-TAC--AGAAA-G--CATAACCCT--A-TC--AAAG-G-A-ATCCGTTTT-GAATTTTCCAA-TTGATGCCT-C-AACTTGTG-TAC-TTC-GA-GCTGTTGTATT-TCGAGGGGA-ATATCC-ATCC--GGAACCAACGA-GAC-CGTCTTG--AAT-TGA--TTCAAAAAGTTTTTCCCCGGA------TATTT-TGTCA--C-TGTA--GTTGCCA--GTTA--TACTCCAA--GGCATC---AAACAT----TACA-GCC-AC-ATGTT-AT-CTG-----A-CACGACAGA---AGT-GCT-ATAAATGATAAGT-CTA----AT--A-TTGTACAAGACA-CATCA--ACTGAAACA-TGAACAT-GTTTGTTTTCTA-A-TATACTAG-TA--TCA-TGT--TATTTTTA-GCAGA-ATCTTA-GC-AC--TTA-T-CA-G---TT----ATGTGACACAAACG-CTTTAAAT-G--ATA----C-AG----A-TC---GGATCTTCT----AAA-T-T-AAAACC-GC-AA-GG----AC-A-A--C-AC---AGAAA-TTTC--C---GG--A-ATA-CT--TAG--A-C---TATTTT-T-A-CC-GAAAAAA--AATG--GAT---A-----TG---C-G------GCA-GGGT---AA-ACTT-A-AATGCGGG-GGGCCTGAGA-AC-C-AATCT-T-ATTTTTTTTTTtt
gi|5                          :                       ACAGACA--AG-TAA-C-A-TTT--GG---TAGCA-C-T--TGTC------------C-------A---------A------GTGCA--------AA--TTTAA------GTTAATGTTGA-CC--C--TG---T---TGACA--T-ACCT-CCAA---AT-AAAATCAAT-TTCAATTAACATC-TAC--A-AAA-G--CATAACCCT--AATC--AAAG-G-A-ATCCGTTTT-GAATTT--CAA-TTGAATCCT-CTAACT-GTG-TAC-TTC-GATGCTGTTGTATT--CGAGGGGACATATC--A--C--GGAACAACCGTAGAC-CGTCTTG--AAT--GAATTTCAAAAAGTTTTCCTCCGGAA-----TTTTT-TGTCA--C-TGTA--GTTGCCA--CTTA--TACTCCAA--G-CAT----AAACAT----TACA-GCCCAC-ATGTTTAT-CTG-----A-CAC-ACAGA---AGTCGCC-ATAAATGATAGTC-CTACCCCATTCA-TGGTACAAGACA-CAACATCAC--GA----------C-GTTT---TTCTA-A-TATACTAG-TA--TCA-TGTC-TATTTT-A-GCAGA--TCTTAAGC-AC--TTA-TTCA-G--CA-----ATGTT-CACAA-CG-CTTTAA---G--ATAA---C-AG----AATC---GGAC--TCT----AAA-T-T-AAAACCGTC-AA-G-----AC-A-ATAC-GC---AGAAA-TTTC--C---GG--A-ATA-CT--TAG--A-C---TATTTT-TTA-CC-CGAAAAA--AA-A--GAT-A-A-----TG-----G------GCAAGGGT---AA-ACTT-A-AATGCGGC-GGGCCTGAGA-ACGC-AATCT-T-ATTTTTTTTTT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ga-CACGACAGA---AGT-GCC-ATAAATGAATAGT-CTA----ATTCA-TTGTACACGACA-
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                A-GCAG---TCTTA-GC-ACCTTTACT-CA-GGCCAT----ATGTGGCACAAACGGCTTTAA-T-G--ATA----C-AG----A-TCC--GGATCTTCT----AAAAT-T-AAAACCGGC-AA-GG----AC-A-AT-C-GC---AGAAA-TTTC--C---CG--G-ATAACT--TAG--A-C---TATTTT-TTA-CC-GAAAAAA--AA-ACAGAT-A-A-----TG---CTG------GCA-GGGT---AA-ACTT-A-AATGCGGC-GGGCCTGAGA-AC-C-AATCTAT-ATTTTTTTTTTgtattcttatcacttcagattgccactgccctcaaatcacgcacatcttttctccgacagcctagatctatcctatttcttcgcaccaacaaaactgctgctagtatttctaggagtctatcacataaggagcagtcttagcacctttactcaggccatatgtggcacaaacggctttaatgatacagatccggatcttctaaaattaaaaccggcaaggacaatcgcagaaatttcccggataacttagactattttttaccgaaaaaaaaacagataatgctggcagggtaaacttaaatgcggcgggcctgagaaccaatctatatttttttttt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cacgacagaagtgccataaatgaatagtctaattcattgtacacgacagtattcttatcacttcagattgccactgccctcaaatcacgcacatcttttctccgacagcctagatctatcctatttcttcgcaccaacaaaactgctgctagtatttctaggagtctatcacataaggAAACCGGC-GA-CTCCCCAC-ACG--C-GC---AGTAA-TTTT--CTTCGG--A--TA-CT--TCG--ATC---TAATTT-T-A-CC-ACGAGAAC-AA-A--GAT-TTA-----TGTCGC-G------GCA-GGGT---AA-ACTT-A-AATGCGACGGGGCCCGAGA-AC-C--ATAT-TAATTTTTTTTTT
gi|8                          :      ctggcatttttcatcaatCGGACA--AG-TAA-C-A-TTT--GG---TGGCAGC-T--TGTT------------TGATGGAGA---------A------GTGGA--------AA--TTTAA-----GG-TGGTGTTGAACC--C--TGCCAT---TGGGC--T--TCTTCTAATGTCT-AAATTCAAT-gg
gi|9                          :                        CAGACA--AGCTAA-C-A-TTT--GG---TGGCAGC-T--TGTCTGATGGA-----C-------A---------A------CTGGA--------AA--TTT-A-----AGTTAATGTTGAGCCGTCAATG---T---TGA