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lowQualScore                  :        ..      . .   . .    .. .        . . ....................      .  .   . ...     .  .  ..    . .  .  ..   . . ..  .    ...   .    . ..  .          ........      ..   .. .  .... . . .  .     .   .  ..    .........  . .. ...   .      ..    ..     ...    .    .    .   ...   ...        .   .    .  ...   . ....        ..  . ....  . .  ..... .  .    .   .  ..    . ..  .    . ... .   .  ..    .....    .  .. ..     .. .. .    ... . . ...   .  ......  .    ...    ...  ..  ..         .      ...  .   .  .   .  .      .  .... . .      ..   .   ... .. .... . ........    .  .    .. .. . . .    .    ..    . ..     ..  .....................  .      .      .     ....    .     .   .  ................  .    ..... .    ..   .      ........     .............     .       ..  .  . .   ..  ......  ...  .. ..  ...................... .   . .         ..               
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Reference ( gi|1 )            :    ATATAAAGACGC-G-TTA-G-TTCA--A-AACAATAT-A-T--------------------TCCACG-GAAGGGAC---CAATT-AC-TA--AGCA-A-CCATC--GGC-T-G--TT-AAAA-T-TGG-CCTG-C--AA-GAGTGCTCCG--------TTTTCT--CAA--A-CA----C-T-C-TC-CTCACTTTT-CG--GGGTGCT-G----AA-G--T---TTT-CAACTTT-TGAC--GCGAA--TTTCA-GTAT-CAAA-ATG--GACCCT-TAGAGAGTGTTTCTCCTTATA-ACAT-C----AAATAGTT--AT-G----AA-G-TA--T--A-GC-AATA-GAAGTT--TGCTTC--AT-TGGT-A---CTTTG-TA--AGTT----CATTT-AT-AC--GACTA--A--TTAAGA---C-A-ATT-ATG-CT------TC-AAAC---TCGAA--GC--GC--CGTTCGGGG-TGGCGGT--CT-ATG-CG-CCC-CA-CGGGGTAGC--G-G-A-TTGCTTA-AGA-AAT---AGGGATTTA-TGT------TGCCTACAGTTC--TCCT-CTGCTTTA-TATT-GGGGA-C--AAAAAG-ACT-TACGTTACGTGGTC-TTACTT-GAATTA-TTACGATTTTGTGATGGTGCGATGTT-ATT-AC----------G-----ATCTGAA-T---A-AACA--AAA-TATGCG----T---AATTT----T-AAATAGTTTTAC-TATGCAG--AA-AGAG-TATT-CC-----TTA---ATGAT--AC-TGA-C-TGCACT---------T-TTC-CTCGTAAGTTTACTCTTTCCTTTGCGTT
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gi|8                          :                                                                               g---CAATT-AC-AT--AGCA-A-CCCTC--GGC-T-G--TT-AAAA-T-TGG-CCTG-C--AA-GAGTGCTCCG--------TTTTCT--CAA--A-CA----C-T-C-TC-CTCACTTTT-CG--GGGTGCT-G----AA-G--T---TTT-CAACTTT-TGAC--GCGAA--TTTCA-GCAT-CAAA-ATG--GACCCT-TAGAGAGAGTTTCTCCTAAT--ACAT-C----GAATAGTT--AT-A----AA-G-TA--T--A-GC-AATA-TAATTT--TGCTTC--AT-TGTT-A---C-TTG-TA--AGTT-----ATTT-AT-GC--GACT---A--TTAAGA---C-A-AGT-ATG-C-------TC-AAAC---TCG-A--TC--GC--CGTTCGGGG-TGGCGGT--CT-ATG-CG--TC-CA-CGGGGTGGC--G-G-A-TTGCTT--AGA-AAT---AAGGATTAA-TTT------TGCCTACAGTTCTTTTTT-CTGCTTTA-TATT-GGGGA-C--AAtg
gi|6                          :                                                                                                                                                                       T--CGA--A-CA----C-T-CCTC-CTCACTTTT-CG--GGGTA--------------------T-CGACTTG-TGAC--GCAAA--ATTCT-GTAT-TCAA-ATT--GACCTTCTATAGAGT-TTTTTCCTTATT-ATAT-C----AATTAGTT--AT-C----AC-G-CA--T--T-GC-ATTA-TAATTTATTGC--C--AT-TGGT-A---CATTG-GA--AGTC----AATAT-AT-GC--TACTA--A--C-AAGA---C-A-A---A-G-CT------TC-AAAC---TCGAT--GC--GC--CGCTCGGGG-TGGCGGT--CT-CTG-CG-CCT-TG-CGGGGTGGC--G-G-A-CGGTTTATATC-AGT---A---ATGCA-TGT-------------AGCTG--TCCC-CTGGTCTA-TTTT-TAGGA-CCAAAAAAC-ACC-TACACTACTTG-----------GAATTA-CTAGGGTTATGTCTTGGTTCGATATT-ATT-TC----------GTATAAACCTGGT-T---ATAACA--AA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TCTCCT-ATT-ACAT-C----GAATAGTT--AT-G----AA-G-TA--G--A-GG-AATA-GAAGTT--TGCTTC--AC-TGGT-A---CTTTG-TA--AGTT----AATTT-AT-GC--GTGCA--A--TGAAGA---C-A-ATT-ATG-CT------TC-AAAC---TCGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   --T--A-GC-AATA-AAATTT--TGCTGC---T-TGGT-A---CTTTGATA--AGTT----CATTT-AT-GC--GCCT------TTAAGA---CAA-ATT-ATG-CT------TC-AAAT---T--AATTGC--GC--CGTTCGGGG-TGGCGGA--CTGATG--G---C-CA-TGGGGTGGCCGG-G-A-TTGCTTA-AGA-AAT---AGGG-TTTATTTT------TGTCTACTGTTT--TTCTCCTGCTTT--TATTCGGAAA-C--AAAAAG-ACC-T-TGTCA------------TT-GAATTA-TT-CGATTTTGTGATAGTGCGATATT-ATT-AC----------A-----AT-TGAA-TAAAA-AACA--AAACTATGCG----T---AATTTTA--T-AAATATCTTTACTTATGCAG--AA-GAGG-TATA-CCGAAATTTA---ATTAT--Atg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     c--A-GC-AATA-GAATTT--TGCTTCCGAT-TGGC-A---CCTTG-TA--AGTT----AATTT-AT-GA--GAC-A--A--TT------------TT-ATG-CT------TC-AAAC---TCGAT--GC--GC--CGTTCGGGA-TGGCGGT--CT-CTG-ac
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 agT-CGGT-A---CTTTG-TA--AGTT----CATTT-AT--C---ACTA--A--TTAAGA---C-ATATT-ATG-CT------TC-AAAC---TCACATCGCGAGC--CGTTCGGGG-GGGCGGT--CTAATG-CG-CCC-CACCGGGGTGGC--G-GCA-TTGCTTAGAGACAAT---AGGGATTTA-TG-------TGCGTACGTTTC--TCCT-C-GCTTTA-TA-T-GGGGA-C--AAAAAGAACTCTACGTTGC-TGGTC--TA-TT-GAATAG-TAACGA-TTTGT-AT-GTGC-ATGTA-CTT-GC----------G-----ATTTGAA-TTA-A-AACA--AAA-AATACGGGGTT---AATTTAAAAA-AAATA-TGTTAC-TAT-CAG--AA-AGAG-TATT-CC-----Ttttggaaatccgccaccccttgtggcgcatt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tcct-CT------TC-AAAC---TCGAT--GC--AC--CACTCGGGG-TGGTGGG--CT-CTG-CG-CCT-TG-CGGGGCGGT--G-G-A-CGGTTT--AGA-AAT---A------CA-TGTCAGTAATGCATGTAGCTG--TCTT-CTGGTTTA-TTTT-CAGGAGC--AAAAAA-AAA-AACAACACTTG--CATCACTTGGGATTA-TTA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                at-ATG-CG-CCA-CA-AGGGGTGGC--G-G-A-TTTCC-----A-AAC---AGAGA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             agagcaatagaattttgcttccgattggcaccttgtaagttaatttatgagacaattttatgcttcaaactcgatgcgccgttcgggatggcggTTTAAA-C---A-AATATAAAG-TATGCA----A---AATTT----T-GATTACGTTTAT-TATGCAG--AA-AG-G-TATCACC-----GTA---ATTTT--AC-TG--T-TG-ACT---------T-TTT-TTCGCAAGTTt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           A--AAG-TATGCA----A---AATTT----T-GATTACGTTTAT-TATGCAG--AA-AGGG-TATCACC-----GTA---ATT-T--AC-TGA-C-TTGACT---------T-TTT-TTCGCAAGTTT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       atataT-CC-----TTA---ATGAT--AC-TGA---TGAACT---------TGTTT-CTCGTAAGTTTATTCTTTCCTTTGCGT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               C-----TTA---ATGATGAACATGAAC-TGAACT---------T-TTC-C--GTAAGTTTTTTTCTTCCTTTGCGTTagtagtgcatggacggatgtagaaggg

Unaligned ( gi|25 ): ATTAATAGCTGTTGGCTCTTTAATTTGATATGTATACGCTAATTAAAATAAATCGTTGA
Unaligned ( gi|26 ): ATTAATAGCTGTTGGCTCTTTAATTTGATATGTATACGCTAATTAAAATAAATCGTTGA

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Reference ( family-3254 )     :    ATATCTAG-ACGC-G-TTA-G-TTCA--A-AACAATAT-A-T--------------------TCCACG-GAAGGGAC---CAATT-AC-TA--AGCA-A-CCCTC--GGC-T-G--TT-AAAA--CTGG-CCTG-C-AA-GAGTGCTCCG--------TTTTCT--CAA--A-CA----C-T-C-TC-CTCACTTTT-CG--GGGTACT-G----AA-G--T---TTT-CAACT-TNTGAC--GCGAAN--TTCA-GTAT-CAAA-ATG--GACCCT-TAGAGAG-T-TT-TC-TCCTCATA-A-CAT-CGA-ATAGTT--AT-G----AA-G-TA--T--A-GC-AATA-GAATTT--TGCTTC--AT-TGGT-A---CTTTG-TA--AGTT----CATTT-AT-GC--GACTA--A--TTAAGA---C-A-ATTATG-CT------TC-AAAC---TC--G-AT-GC--GCCGTTCGGGG-TGGCGGT--CT-ATG-CG-CCC-CA-CGGGGTGG-C--GG-A-TTGCTTA-AGA-AAT---AGGGATTNATTTTGCCTACNGTTC--TCCTCC-GCTTTA-TATTCGG-GA-C--AAAAAGA--CCTACGTTAC-TGG--TC-TACTT-GAATTA-TTACGATTTTGTGATA-GTG---CGATATT-AT----T---AC--AGATCTGAA-T---A-AACA--AAA-TATGCG----T-AA--TTT----T-AAATACGTTTAC-TATGCAG--AA-AGAG-TATCACC-----NTA---ATNAT--AC-TGA-C------------TGAACTT-TTTCTCGTAAGTTTTTTCTTTCCTTTGCGTT
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      t--A-GC-AATA-GAATTT--TGCTTCCGAT-TGGC-A---CCTTG-TA--AGTT----AATTT-AT-GA--GAC-A--A--TT------------TTATG-CT------TC-AAAC---TC--G-AT-GC--GCCGTTCGGGA-TGGCGGT--CT-CTG-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ag-ATG-CG-CCA-CA-AGGGGTGG-C--GG-A-TTTCC-----A-AAC---AGAGAtttggaaatccgccaccccttgtggcgcatt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                        agagcaatagaattttgcttccgattggcaccttgtaagttaatttatgagacaattttatgcttcaaactcgatgcgccgttcgggatggcgg-TC-TCCT-ATT-A-CAT-CGA-ATAGTT--AT-G----AA-G-TA--G--A-GG-AATA-GAAGTT--TGCTTC--AC-TGGT-A---CTTTG-TA--AGTT----AATTT-AT-GC--GTGCA--A--TGAAGA---C-A-ATTATG-CT------TC-AAAC---TC--G-AT-Gt
gi|2                          :                      A-G-TTCA--A-AACAATAT-A-T--------------------CCCACGAGAAG-------CAA---ACATA--AGCA---CCCTC--G-C-G-G--TT-AAAA--CTGG-CCTG-C-AA-GAGT---CCC--------TTT-----CAATAA-CA----C-T-C-CC-TCCACTTAT-CG--GG-TACT-G----AA-G--T---TTT-TGAAT-T--GAC--GCGAAT--TTCA--TAT-CAAATATG---ACCTT-TAGA------TT-TC-TCCTAATA---CAT-CGA-ATAGTT--AT-GT---AA-G-CCCTT--A-GCCAAT--GAATTT---GCCCA--AT-T--T-A---TTTT---A--AGTT----CATTT-AT--C--GA-TA--AACTTAAGA---C-A-AT-ATG-CT------TC-AAAC---TC--A-AT-GC--CCCGTTC-GGG-TCGCA----CT-ATGACG-CCA-CA-CAATGTGGCC--CG-A-ATGCTAA-TGA-AATTAGAGCGTTTTAATCTGCC-ACTGTTCT-TCTTCC-GCTTTA-TATTC-G-GA-C--AAAAA-A--CCTAT-TTAA-TTG--TCTTACCT-GAATTA-TTACGATTTT----TATGTGCCCCGATATC-ACA---TAAAACCGAGATCTGAATT---A-AACA--AAACTATGCGTC--T-GACTTTT----T-AATTATG-TTAC-TATGCAG--AACAAAGCTATC-CC-----GTATTTATAAT--AC-C-A-CGTTCCTTAAAAATGA--TT-TCTCTC-TAAGTTTTTTCTTTCCT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aagtttgTTTAAA-C---A-AATATAAAG-TATGCA----A-AA--TTT----T-GATTACGTTTAT-TATGCAG--AA-AG-G-TATCACC-----GTA---ATTTT--AC-TG--T------------TG-ACTT-TTTTTCGCAAGTT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   A--AAG-TATGCA----A-AA--TTT----T-GATTACGTTTAT-TATGCAG--AA-AGGG-TATCACC-----GTA---ATT-T--AC-TGA-C------------TTGACTT-TTTTTCGCAAGTTT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atataC-----TTA---ATGATGAACATGAAC------------TGAACTT-TTCC--GTAAGTTTTTTTCTTCCTTTGCGTT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tCC-----TTA---ATGAT--AC-TGA--------------TGAACTTGTTTCTCGTAAGTTTATTCTTTCCTTTGCGTagtatgccataggcggtgtagaaggg
gi|24                         :   tATATCTAG-ACGC-G-TTA-G-TTCA--A-AACAATAT-A-T--------------------TCCACG-GAAAGGGA---TAATTAAC-TA--AGCACA-CCCTC--GGC-T-G--TT-AAAA--agtagtgcatggacggatgtagaaggg
gi|27                         :  atATATCTAG-ACAC-G-TTA-G-TTCA--A-AACAATAT-A----------------------TCCACG-GAAGGGA
gi|3                          :    ATATCTTT-ACGCCG-TTA-G-TTCA--A-A-CATTA--A-T--------------------CCCACG-GA-GGGAC---CAATTTAC-TA--A-CA-A-CC-TC--GGC-TTG--TT-AAAAA-CTGG-CCTG-CCAA-GAGTGCTCTG--------TTTTCT--CAA--AACA----C-T-CCTCACTCACTTTT-CG--AGGTACTTG----AA-A--T---TTT-CAACT-TGTGAC--GCGAAAATTTCA-GTAT-CAAA--TG--AACCCT-TAGAAGG-T-TT-TT-TCCTCCCATA-CAT-CGA-ATAGTTTAAT-G----AAAG-TA--T--ATAC-AATA-GAATTT--TGCTTC--AT-TGGT-A---CTTTG-TA--AGTT----CATTT-ATGGC--GACTA--A--TTAAGACCCC-A-ATTATG-CT------TCAAAAG---TC--A-AT-GCG-GCCGTTCGGGGTTGGGGGA--CT-ATG-CG-CCC-CA-TGGGGTGG-C---G-A-TTGCTTA-AGA-AAT---AGGGTTTAATTTTGTCTACTGTTC--TCTT---GCTTTATTATTCGG-GA-CATAAAAAGA--CC-------C-TTG--TC--ACTT-GAATTATTTACGATTTTGTGATA-ATG---CGATATTAAT----TA--AC--AAATCTGAA-TA--A-AACA--AAA-TATGCG----TAAA--TTT----TAAAATATGTTCAC-TATGCAGAAAA-AGAG-TATCACC-----GTA---AT
gi|4                          :   aATATCTAG-ATGC-G-TTA-G-TTCACAA-AACAATAT-A-T--------------------TTCACG-GAATGGGCAAGCAATC-AC-----AGCA-AACCCTC--GGC-TAG--TA-AAAA--ATGGTCCTG-T-AA-GAA-GTTCCG--------TTTTCT--CCT--A-AA----C-T-C-TC-CT--------------------G----AACG--T---TTTTCAACC-TATGACCCGCAAAA--TTCT-GTAT-CAAA-ATG--AACC----AAAGAA-T-TTATT-TCCCCATA-A-TATTCAA-ATATTT--ATTG----AA-G-TA-----A-GC-AATA-GAATTT--TGCTCC--ATATGGT-A---CCTTG-CA--AGGT----AATTTAAT-GCAGGACTA--A--T--AGA---C-A-ACT--------------------------G-AT-GG--ACCGTTC-GGG-TGGCGGT--CT-CTG-CG-CCC-CA-C--GGT-G-C--GT-A-TTGCATA-AG--AAC---GGGGAT--AATTTGCCTACACTTC--T-CTCC-G-TTTA-TATTC-G-GA-C--CAAAAGA--CTCGTGTTAT-Tttcaattatacaatg
gi|5                          :   tATAT-TAGTACGCCG-TTT-A-TTCA--A-AACAATATTA-T--------------------CCCGCG-GACAGGAC----AATT-AC-TATCAGCA-A-CC-TC--GGC-T-GCTTT-AAAATGCTCG-CT---C-AA-GAGTGCTCCG--------TTTTCTGTCAA--A-CA----C-T-C-CT-TCCACTTTTTCG--AGGTAC--G----AA-G--TATTCTT-CAACTCTGTGAC--GCGCAA--TTCACGTAT-CAAATATGACGACT------AGAG-T-TT-TC-TCCCCATACATCGT-CGACATACTTC-AT-G----AA---CA--TTAA-AC-AATACGAATTT--TGCGGC--AT-TGGT-AACCTTTTG-TACAAGTT----CATTT-AT-GC--GACTA--A--TTAAGA---C-A-ATTATGCCT------TC-GAACAGATC--A-AT-GC--GCC-TTC-GGG-TGGCGG---GT-ATG-CG-CCCACA-CCGAGGGA-C--Gtgaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                      tT--CGA--A-CA----C-T-CCTC-CTCACTTTT-CG--GGGTA--------------------T-CGACT-TGTGAC--GCAAAA--TTCT-GTAT-TCAA-ATT--GACCTTCTATAGAG-T-TT-TT-TCCTTATT-A-TAT-CAA-TTAGTT--AT-C----AC-G-CA--T--T-GC-ATTA-TAATTTATTGC--C--AT-TGGT-A---CATTG-GA--AGTC----AATAT-AT-GC--TACTA--A--C-AAGA---C-A-A--A-G-CT------TC-AAAC---TC--G-AT-GC--GCCGCTCGGGG-TGGCGGT--CT-CTG-CG-CCT-TG-CGGGGTGG-C--GG-A-CGGTTT-------AT-------ATCAGTAATGCATGTAGCTG--TCCCCT-GGTCTA-TTTTTAG-GA-CCAAAAAACA--CCTACA-----------C-TACTTGGAATTA-CTAGGGTTATGTCTTG-GTT---CGATATT-ATTTCGT---AT--AAACCTGGT-T---ATAACA--AAcg
gi|7                          :    ATATCTAG-ACGC-G-TTAAG-TTCA--AGAACAATAT-A-T--------------------CCCACG-GAAGGCAC---CAATT-AC-TA--AGCA-A-CCCTC--GGCCT-G--TT-AAAA--CTGG-CCTT-C-AA-GAGTGCTCCG--------TTTTTC--CAA--A-CA----C-T-C-CT-CTCACTTTT-CG--AGGTACT-G----AA-G--T---TTTTCAACT-TGTGAC--GCGAAT--TTCA-GTATTCCAA-ATG--GACCCT-TAGAGGG-T-TT-TC-TCCCCATA---CAT--GA-ATAGTT--AT-G----AA-GATA--T--A--C-AATA-GAATTT--TGCTGC--A--TGGTAA---CTTTG-TA--AGTT----CATTT-AT-GC--GACTA--A--TTAAGA---C-A-ATTATG-CT------TC-GAGG---TC--A-AT-GC--GCCGTTCGGGG-T-GCGGTGACT-ATG-CGCCCC-CA-TGGGGTGG-C--GG-ATTTGCTTA-
gi|8                          :                                                                                 ---CAATT-AC-AT--AGCA-A-CCCTC--GGC-T-G--TT-AAAA--TTGG-CCTG-C-AA-GAGTGCTCCG--------TTTTCT--CAA--A-CA----C-T-C-TC-CTCACTTTT-CG--GGGTGCT-G----AA-G--T---TTT-CAACT-TTTGAC--GCGAAT--TTCA-GCAT-CAAA-ATG--GACCCT-TAGAGAGAG-TT-TC-TCCTAAT--A-CAT-CGA-ATAGTT--AT-A----AA-G-TA--T--A-GC-AATA-TAATTT--TGCTTC--AT-TGTT-A---C-TTG-TA--AGTT-----ATTT-AT-GC--GACT---A--TTAAGA---C-A-AGTATG-C-------TC-AAAC---TC--G-AT--C--GCCGTTCGGGG-TGGCGGT--CT-ATG-CG--TC-CA-CGGGGTGG-C--GG-A-TTGCTT--AGA-AAT---AAGGATTAATTTTGCCTACAGTTCTTTTTTCT-GCTTTA-TATTGGG-GA-C--AA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    --T--A-GC-AATA-AAATTT--TGCTGC---T-TGGT-A---CTTTGATA--AGTT----CATTT-AT-GC--GCCT------TTAAGA---CAA-ATTATG-CT------TC-AAAT---TA--A-TT-GC--GCCGTTCGGGG-TGGCGGA--CTGATG--G---C-CA-TGGGGTGG-CCGGG-A-TTGCTTA-AGA-AAT---AGGGTTTATTTTTGTCTACTGTTT--TTCTCCTGCTTT--TATTCGGAAA-C--AAAAAGA--CCT-TGTCA-------------TT-GAATTA-TT-CGATTTTGTGATA-GTG---CGATATT-AT----T---AC--A-AT-TGAA-TAAAA-AACA--AAACTATGCG----T-AA--TTTTA--T-AAATATCTTTACTTATGCAG--AA-GAGG-TAT-ACCGAAATTTA---ATTAT--A

Unaligned ( gi|25 ): ATTAATAGCTGTTGGCTCTTTAATTTGATATGTATACGCTAATTAAAATAAATCGTTGA
Unaligned ( gi|26 ): ATTAATAGCTGTTGGCTCTTTAATTTGATATGTATACGCTAATTAAAATAAATCGTTGA

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Reference ( family-3254 )     :    ATATCTAG-ACGC-G-TTA-G-TTCA--A-AACAATAT-A-T--------------------TCCACG-GAAGGGAC---CAATT-AC-TA--AGCA-A-CCCTC--GGC-T-G--TT-AAAA--CTGG-CCTG-C-AA-GAGTGCTCCG--------TTTTCT--CAA--A-CA----C-T-C-TC-CTCACTTTT-CG--GGGTACT-G----AA-G--T---TTT-CAACT-TNTGAC--GCGAAN--TTCA-GTAT-CAAA-ATG--GACCCT-TAGAGAG-T-TT-TC-TCCTCATA-A-CAT-CGA-ATAGTT--AT-G----AA-G-TA--T--A-GC-AATA-GAATTT--TGCTTC--AT-TGGT-A---CTTTG-TA--AGTT----CATTT-AT-GC--GACTA--A--TTAAGA---C-A-ATTATG-CT------TC-AAAC---TC--G-AT-GC--GCCGTTCGGGG-TGGCGGT--CT-ATG-CG-CCC-CA-CGGGGTGG-C--GG-A-TTGCTTA-AGA-AA-TAGGGA---TTAATTTTGCCTACAGTTC--TCCTCC-GCTTTA-TATTCGG-GA-C--AAAAAGA--CCTACGTTAC-TTG--TC-TACTT-GAATTA-TTACGATTTTGTGATA-GTG---CGATATT-AT----T---AC--AGATCTGAA-T---A-AACA--AAA-TATGCG----T-AA--TTT----T-AANTACGTTTAC-TATGCAG--AA-AGAG-TATCACC-----NTA---ATNAT--AC-TGA-C------------TGAACTT-TTTCTCGTAAGTTTNTTCTTTCCTTTGCGTT
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      t--A-GC-AATA-GAATTT--TGCTTCCGAT-TGGC-A---CCTTG-TA--AGTT----AATTT-AT-GA--GAC-A--A--TT------------TTATG-CT------TC-AAAC---TC--G-AT-GC--GCCGTTCGGGA-TGGCGGT--CT-CTG-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ag-ATG-CG-CCA-CA-AGGGGTGG-C--GG-A-TTTCC-----A-AA-CAGAGA---tttggaaatccgccaccccttgtggcgcatt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                        agagcaatagaattttgcttccgattggcaccttgtaagttaatttatgagacaattttatgcttcaaactcgatgcgccgttcgggatggcgg-TC-TCCT-ATT-A-CAT-CGA-ATAGTT--AT-G----AA-G-TA--G--A-GG-AATA-GAAGTT--TGCTTC--AC-TGGT-A---CTTTG-TA--AGTT----AATTT-AT-GC--GTGCA--A--TGAAGA---C-A-ATTATG-CT------TC-AAAC---TC--G-AT-Gt
gi|2                          :                      A-G-TTCA--A-AACAATAT-A-T--------------------CCCACGAGAAG-------CAA---ACATA--AGCA---CCCTC--G-C-G-G--TT-AAAA--CTGG-CCTG-C-AA-GAGT---CCC--------TTT-----CAATAA-CA----C-T-C-CC-TCCACTTAT-CG--GG-TACT-G----AA-G--T---TTT-TGAAT-T--GAC--GCGAAT--TTCA--TAT-CAAATATG---ACCTT-TAGA------TT-TC-TCCTAATA---CAT-CGA-ATAGTT--AT-GT---AA-G-CCCTT--A-GCCAAT--GAATTT---GCCCA--AT-T--T-A---TTTT---A--AGTT----CATTT-AT--C--GA-TA--AACTTAAGA---C-A-AT-ATG-CT------TC-AAAC---TC--A-AT-GC--CCCGTTC-GGG-TCGCA----CT-ATGACG-CCA-CA-CAATGTGGCC--CG-A-ATGCTAA-TGA-AATTAGAGCGTTTTAA-TCTGCC-ACTGTTCT-TCTTCC-GCTTTA-TATTC-G-GA-C--AAAAA-A--CCTAT-TTAA-TTG--TCTTACCT-GAATTA-TTACGATTTT----TATGTGCCCCGATATC-ACA---TAAAACCGAGATCTGAATT---A-AACA--AAACTATGCGTC--T-GACTTTT----T-AATTATG-TTAC-TATGCAG--AACAAAGCTATC-CC-----GTATTTATAAT--AC-C-A-CGTTCCTTAAAAATGA--TT-TCTCTC-TAAGTTTTTTCTTTCCT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aagtttgTTTAAA-C---A-AATATAAAG-TATGCA----A-AA--TTT----T-GATTACGTTTAT-TATGCAG--AA-AG-G-TATCACC-----GTA---ATTTT--AC-TG--T------------TG-ACTT-TTTTTCGCAAGTT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    A--AAG-TATGCA----A-AA--TTT----T-GATTACGTTTAT-TATGCAG--AA-AGGG-TATCACC-----GTA---ATT-T--AC-TGA-C------------TTGACTT-TTTTTCGCAAGTTT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   atataC-----TTA---ATGATGAACATGAAC------------TGAACTT-TTCC--GTAAGTTTTTTTCTTCCTTTGCGTT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tCC-----TTA---ATGAT--AC-TGA--------------TGAACTTGTTTCTCGTAAGTTTATTCTTTCCTTTGCGTagtatgccataggcggtgtagaaggg
gi|24                         :   tATATCTAG-ACGC-G-TTA-G-TTCA--A-AACAATAT-A-T--------------------TCCACG-GAAAGGGA---TAATTAAC-TA--AGCACA-CCCTC--GGC-T-G--TT-AAAA--agtagtgcatggacggatgtagaaggg
gi|27                         :  atATATCTAG-ACAC-G-TTA-G-TTCA--A-AACAATAT-A----------------------TCCACG-GAAGGGA
gi|3                          :    ATATCTTT-ACGCCG-TTA-G-TTCA--A-A-CATTA--A-T--------------------CCCACG-GA-GGGAC---CAATTTAC-TA--A-CA-A-CC-TC--GGC-TTG--TT-AAAAA-CTGG-CCTG-CCAA-GAGTGCTCTG--------TTTTCT--CAA--AACA----C-T-CCTCACTCACTTTT-CG--AGGTACTTG----AA-A--T---TTT-CAACT-TGTGAC--GCGAAAATTTCA-GTAT-CAAA--TG--AACCCT-TAGAAGG-T-TT-TT-TCCTCCCATA-CAT-CGA-ATAGTTTAAT-G----AAAG-TA--T--ATAC-AATA-GAATTT--TGCTTC--AT-TGGT-A---CTTTG-TA--AGTT----CATTT-ATGGC--GACTA--A--TTAAGACCCC-A-ATTATG-CT------TCAAAAG---TC--A-AT-GCG-GCCGTTCGGGGTTGGGGGA--CT-ATG-CG-CCC-CA-TGGGGTGG-C---G-A-TTGCTTA-AGA-AA-TAGGGT---TTAATTTTGTCTACTGTTC--TCTT---GCTTTATTATTCGG-GA-CATAAAAAGA--CC-------C-TTG--TC--ACTT-GAATTATTTACGATTTTGTGATA-ATG---CGATATTAAT----TA--AC--AAATCTGAA-TA--A-AACA--AAA-TATGCG----TAAA--TTT----TAAAATATGTTCAC-TATGCAGAAAA-AGAG-TATCACC-----GTA---AT
gi|4                          :   aATATCTAG-ATGC-G-TTA-G-TTCACAA-AACAATAT-A-T--------------------TTCACG-GAATGGGCAAGCAATC-AC-----AGCA-AACCCTC--GGC-TAG--TA-AAAA--ATGGTCCTG-T-AA-GAA-GTTCCG--------TTTTCT--CCT--A-AA----C-T-C-TC-CT--------------------G----AACG--T---TTTTCAACC-TATGACCCGCAAAA--TTCT-GTAT-CAAA-ATG--AACC----AAAGAA-T-TTATT-TCCCCATA-A-TATTCAA-ATATTT--ATTG----AA-G-TA-----A-GC-AATA-GAATTT--TGCTCC--ATATGGT-A---CCTTG-CA--AGGT----AATTTAAT-GCAGGACTA--A--T--AGA---C-A-ACT--------------------------G-AT-GG--ACCGTTC-GGG-TGGCGGT--CT-CTG-CG-CCC-CA-C--GGT-G-C--GT-A-TTGCATA-AG--AA-CGGGGA----TAA-TTTGCCTACACTTC--T-CTCC-G-TTTA-TATTC-G-GA-C--CAAAAGA--CTCGTGTTAT-TTG--ttcaattatacaatg
gi|5                          :   tATAT-TAGTACGCCG-TTT-A-TTCA--A-AACAATATTA-T--------------------CCCGCG-GACAGGAC----AATT-AC-TATCAGCA-A-CC-TC--GGC-T-GCTTT-AAAATGCTCG-CT---C-AA-GAGTGCTCCG--------TTTTCTGTCAA--A-CA----C-T-C-CT-TCCACTTTTTCG--AGGTAC--G----AA-G--TATTCTT-CAACTCTGTGAC--GCGCAA--TTCACGTAT-CAAATATGACGACT------AGAG-T-TT-TC-TCCCCATACATCGT-CGACATACTTC-AT-G----AA---CA--TTAA-AC-AATACGAATTT--TGCGGC--AT-TGGT-AACCTTTTG-TACAAGTT----CATTT-AT-GC--GACTA--A--TTAAGA---C-A-ATTATGCCT------TC-GAACAGATC--A-AT-GC--GCC-TTC-GGG-TGGCGG---GT-ATG-CG-CCCACA-CCGAGGGA-C--Gaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                      tT--CGA--A-CA----C-T-CCTC-CTCACTTTT-CG--GGGTA--------------------T-CGACT-TGTGAC--GCAAAA--TTCT-GTAT-TCAA-ATT--GACCTTCTATAGAG-T-TT-TT-TCCTTATT-A-TAT-CAA-TTAGTT--AT-C----AC-G-CA--T--T-GC-ATTA-TAATTTATTGC--C--AT-TGGT-A---CATTG-GA--AGTC----AATAT-AT-GC--TACTA--A--C-AAGA---C-A-A--A-G-CT------TC-AAAC---TC--G-AT-GC--GCCGCTCGGGG-TGGCGGT--CT-CTG-CG-CCT-TG-CGGGGTGG-C--GG-A-CGGTTT-------A-T----A---TCAGTAATGCATGTAGCTG--TCCCCT-GGTCTA-TTTTTAG-GA-CCAAAAAACA--CCTACACTAC-TTG-----------GAATTA-CTAGGGTTATGTCTTG-GTT---CGATATT-ATTTCGT---AT--AAACCTGGT-T---ATAACA--AAcg
gi|7                          :    ATATCTAG-ACGC-G-TTAAG-TTCA--AGAACAATAT-A-T--------------------CCCACG-GAAGGCAC---CAATT-AC-TA--AGCA-A-CCCTC--GGCCT-G--TT-AAAA--CTGG-CCTT-C-AA-GAGTGCTCCG--------TTTTTC--CAA--A-CA----C-T-C-CT-CTCACTTTT-CG--AGGTACT-G----AA-G--T---TTTTCAACT-TGTGAC--GCGAAT--TTCA-GTATTCCAA-ATG--GACCCT-TAGAGGG-T-TT-TC-TCCCCATA---CAT--GA-ATAGTT--AT-G----AA-GATA--T--A--C-AATA-GAATTT--TGCTGC--A--TGGTAA---CTTTG-TA--AGTT----CATTT-AT-GC--GACTA--A--TTAAGA---C-A-ATTATG-CT------TC-GAGG---TC--A-AT-GC--GCCGTTCGGGG-T-GCGGTGACT-ATG-CGCCCC-CA-TGGGGTGG-C--GG-ATTTGCTTA-
gi|8                          :                                                                                 ---CAATT-AC-AT--AGCA-A-CCCTC--GGC-T-G--TT-AAAA--TTGG-CCTG-C-AA-GAGTGCTCCG--------TTTTCT--CAA--A-CA----C-T-C-TC-CTCACTTTT-CG--GGGTGCT-G----AA-G--T---TTT-CAACT-TTTGAC--GCGAAT--TTCA-GCAT-CAAA-ATG--GACCCT-TAGAGAGAG-TT-TC-TCCTAAT--A-CAT-CGA-ATAGTT--AT-A----AA-G-TA--T--A-GC-AATA-TAATTT--TGCTTC--AT-TGTT-A---C-TTG-TA--AGTT-----ATTT-AT-GC--GACT---A--TTAAGA---C-A-AGTATG-C-------TC-AAAC---TC--G-AT--C--GCCGTTCGGGG-TGGCGGT--CT-ATG-CG--TC-CA-CGGGGTGG-C--GG-A-TTGCTT--AGA-AA-TAAGGA---TTAATTTTGCCTACAGTTCTTTTTTCT-GCTTTA-TATTGGG-GA-C--AA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    --T--A-GC-AATA-AAATTT--TGCTGC---T-TGGT-A---CTTTGATA--AGTT----CATTT-AT-GC--GCCT------TTAAGA---CAA-ATTATG-CT------TC-AAAT---TA--A-TT-GC--GCCGTTCGGGG-TGGCGGA--CTGATG--G---C-CA-TGGGGTGG-CCGGG-A-TTGCTTA-AGA-AA-TAGGGT---TTATTTTTGTCTACTGTTT--TTCTCCTGCTTT--TATTCGGAAA-C--AAAAAGA--C--------C-TTG--TC--A-TT-GAATTA-TT-CGATTTTGTGATA-GTG---CGATATT-AT----T---AC--A-AT-TGAA-TAAAA-AACA--AAACTATGCG----T-AA--TTTTA--T-AAATATCTTTACTTATGCAG--AA-GAGG-TAT-ACCGAAATTTA---ATTAT--A