lowQualScore : 1 1 22222222222222 3333333333333 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 11111 1 3333 1111 11111 11 111 3333333 22
lowQualScore : 1 2 2 5 6 99999999999999 4444444444444 2 33 77777 2 0 99999999 77 444 2 5 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 77777 44 3 1 2222 88 1 8 88888 66 2 3 3333 1 7777 00000 0 8 77 000 3333333 77
lowQualScore : . . . . . .............. ............. . .. ..... . . ........ .. ... . . . ............................................................................. ..... .. . . .... .. . . ..... .. . . .... . .... ..... . . .. ... ....... ..
lowQualScore : 8 7 0 4 0 44444444444444 5555555555555 7 77 55555 5 2 11111111 55 777 7 2 7 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77777 22 1 4 8888 77 1 9 77777 11 0 6 7777 0 0000 55555 2 8 00 222 5555555 55
consensus : TTGAATCATTAGATTTCGTGGGAGCTCAATTTTCGTGGATTTCATCTAGGNACCTGNATCCC-AT--N--ACG--AATTTCAA-ACCACA--AC----GA-AATA--------CAC-A---ATT-TATACAATGTTTCA-------CA-ATNCG----GAA---ACC----TA---AT--AA---TG--ATC-C-----ATC----N-------CAAC-----GAA--ACTGT-AAAATCTCGACG--ATNCACCA-AA-CA--T--GGCCCCCAATGAATA-TCAATTGAAA----TGATTTTACGTTAACTAGTACG-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAATTACGTGGAATAT
Reference ( gi|2 ) : TTGAATCATTTGATTTTGAGGGAGCCCAATTTTCGTGTATTTCATCTAGGAACTTGAATCCC-AT--G--ATG--AATTTCAA-ACCACA--AT----GA-AATA--------CAT-A---ATT-TGTACAATGTTTCA-------CA-ATCCG----GAA---ACCTT--TA---AT--AA---TG--ATC-C-----ATT----A-------CAAC-----GAA--ACTGT-AAAATCTTGATG--ATATACCA-AA-CA--T--GGCCCCCAATGAATAATCAATTGAAA----TGATTTTATGTTAACTAGTACA-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAAT--CGTGGAATAT
gi|1 : TTGAATCATTTGATTTTGAGGGAGCCCAATTTTCGTGTATTTCATCTAGGAACTTGAATCCC-AT--G--ATG--AATTTCAA-ACCACA--AT----GA-AATA--------CAT-A---ATT-TGTACAATGTTTCA-------CA-ATCCG----GAA---ACCTT--TA---AT--AA---TG--ATC-C-----ATT----A-------CAAC-----GAA--ACTGT-AAAATCTTGATG--ATATACCA-AA-CA--T--GGCCCCCAATGAATAATCAATTGAAA----TGATTTTATGTTAACTAGTACA-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAAT--CGTGGAATA
gi|3 : gGAATCATTAGATTTTGTTGGGGTTTCATTTTTTT---TTTC-TGTGAGAACCTGTATCCC-CC--C--ACT--AATTTCAA-AGCACATTATTCAAGA-AAAAAAAGACCCCAC-A---ATT-TATACAAT--------------A-AT--G----AAA---ATCCA--CA---A---AA---TT--ACC-C-----CT-------------CGAT-----GAA--CCTGT-AAAATCTCCACT--CTCAACAA-AA-CA--T--GGCCCTC-ATGAAT------TT-ATA----TAATTTTG----AAGTA-TACGCTCCCAATATTGCA
gi|6 : tgGAATCAATAAATTTCATGGTGGCTAAATATTCGTGGATTTCA---AGG--CT---ACGCC-ACCAA--ACA--AATTTCTA-ACCACA--------------G--------CAA-A---ATC-TGT--GATGTTT---------CA-AT--A----GAA---ATCTTAGCA---ACTAAA---TT--AT--------ATC----C-------CAAT-----GAA--AATGGAAAAATCTTCA----GTATTCCATAA-AAATT--GGCCGCCAA-AAAT-GTCAAT
gi|7 : accatgGAATAATTATATTTTGTAGAGGATCAATTTTT-TGGAT---ATCT--------GTATCTC--T------TT--AATTTCAA-AGGAAA--NC----GA-GG-----------ATCA---ATTCTGTATAACGTTTCA-------AT-GTACA----GAATTCATATTCATA---A---AA---TT--ATT--------TC----C-------CAAT-----GAA--CCTGT-AAAA---TAATGTCAAATAGCA-AATCA--T--GGCCTCC-ATGAAT--TTAAATGAgattccacagaataacaca
gi|13 : tgAATAATTAGATTTCGTAGGAGCTCAATTATTATATATTTC--CTGGGTACTAGTATTCC--T------CG--AATTTCAACACCACG--AC----GA-GATA--------CAC-A---ATG-TATACACT-TTTCA-------
gi|18 : acagtgaGATTTCATGGGAGCTCAATTTTCATGGATTT------GGGG--TGTATCCCTAT--CCTACA--AATGTCAA-ACCACA--GC----CA-AATA--------atgcacagaa
gi|5 : ttactgtgaaaggaataGGGAGCCCAATTTTCGTGTATTTCATCTAGGAACTTGAATCCC-AT--G--ATG--AATTTCAA-ACCACA--AT----GA-AATA--------CAT-A---ATT-TGTACAATGTTTCA-------CA-ATCCG----GAA---ACCTT--TA---AT--AA---TG--ATC-C-----ATT----A-------CAAC-----GAA--ACTGT-AAAATCTTGATG--ATATACCA-AA-CA--T--GGCCCCCAATGAATAATCAATTGAAA----TGATTTTATGTT-ACTAGTACA-TTCCAA-ATatgt
gi|14 : GGAAGTTCAATTTTCATGGATTTCATCTATACCCCT--ATCCT-CT--C--ATAC-AATTTCAA-ACAGCA--AC----AA-AATA--------TACAA---ATT-T---CAATGT---A-------CA-AT---------A---AC------A---AT-------T----TC-C-----A-T----A-------TAAT----------ACTGT-AAAAT
gi|11 : tATTTCGT--AGGTATCT--ATCC---T--G---TA--AATGTTAA-ACCACA--AC----AA-AATA--------CAC-A---ATC-TATTCTATGTTTC-----------ATTGG----GCA-----------A---AT--AA-------GTA-C-----ATTCCTGAC------CAAC-----AAA--ACTGT-AAAATCT
gi|10 : atagagattccaGGATTCC-A------ACA--ACTTTAAA-AGCACA--AC----AATAATA--------C-C-A---ACT-TATATGATGTATCAATGTATATA-ATCCA----TAA---A-----------AT--AA-----------C-----ATT----C-------AAAC-----CAA--ACTGT-AAAATCCTGGTT--ATCCATGA-AA-AC--T--GGCCcacttatcca
gi|8 : caccccaAACCCT-AT--C--ATACAAATTTAGA-ATCACA--AC----AA-AATA--------CAT-G---ATT-TTCA-GATGTTTTA-------AT-GTACA----GAA---ATCCA--TAGCCAT--AAAATTGT-GTC-A-----ATA----AACTCTCCCAAC-----AAACCACTGT-GCAATCTCGGCA--ATCCATAA-AA-T---T--GGTCCCC-----ATA---GATTAAAA----TGATTGTAaacacagatcaagatg
gi|9 : catggctATCCC-C------ATG--AATTTCAA-ACCACA--AT----AA-AA-A---------AT-A---A------ACAATGTTT-A-------CATGTGCA----GAA---ACC---------AT---A---TG--ATC-CACAATATT----A-------TATCCCTTTGAA--ACTGT-AAAATCTCAACA--ATcagcaaacaca
gi|4 : TCCC-AC--A--A-----ATTTCAA-ACCACA--AC----AA-AATA--------CAC-A---ATT-CATCCAATGTTTCAATGTGTACA-AACCATAT-GAACA-AC------A---AA--AA---T---ACC-C-----ATC----C-------AAAC-----AAA--ACTGT-AAAATGTCAACA--AT---CCACAA-CAATT--AG-CCCCAACAGAT------TTGAGATAATTGATTTCACAGTAGTTTTTAC--TTCT---ATTACAA-------GAATATTAAATTATATGAAATATccatgaattccacagtaccattatgaaatatgaattttc
gi|19 : agatggcactcccgCCT-AT--C--CTG--AATTTCAA-ACCACA--AG----GA-AATA--------CAA-ATCTATT-TATTCAATGT
gi|12 : gtgggtacc--ATG--AATTTCAA--CCACA--AT----GA-AATA--------CAT-G---ATT-TATACA--GTTTTA-------CA-A--CGTAAAGAA---ATC-A--TA---AT--CA---TGAAATCAC-----ACC----C-------CAAT-----GAA--ACAGT-AAAATCTgttaatgtatagaaaccatatccaaagatta
gi|15 : ccc----GA-AGTA--------CAA-A---ACT-TATTCAATATTTCA-------AT-ATGCA----GAA---AGCAT---A---AT--CA---TGCAATTAC-----ATC----C-------CAAC-----GAA--A--GT-AAAGTCTCAACA--ATCCATGA-AA--A--TTAGGCCCCctacaatccatgaatttaaatg
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CAAACACACAATTTATAAAATGCTTGAATGTACATAAACTATATCCATGAAATATCCTAACGACACGGTAAAATAGCGACGATTCACGAAAATTAGGCACCATGAATTT
Unaligned ( gi|17 ): AATTTATATCCTGTTTGGATGTGTAAAAGCCATATTCACGGAATTTCGTCCCAATAAAACTATAAATAACTGACTTGTCAATCCATGGCCTCTGTGAATTTAAATGA
Unaligned ( gi|20 ): TCATGGCTACCCCTATCTTACAAATTCAAACCAACAATGAAAAACATAAATTTGAAATGCTTTATTGTCC
Unaligned ( gi|21 ): TTCCATTGAAACTGTAAAATCCTGGCAATCCATGAGGATGGGACTTCCATGAAATTGAATTATTC
Alignments
lowQualScore : 111 33333333333 2222222222222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 1 3333 1111 11 33
lowQualScore : 3 3 555 5 2 2 444 00000000000 2 777777 2 2 88888888 22 444 2 0 0000000000000000000000 2 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 33 2 2 2 1 99 33333333 44 3 1111 4444 6 0 0 5 77 0 8 7 00
lowQualScore : . . ... . . . ... ........... . ...... . . ........ .. ... . . ...................... . . ........................................................ . .. . . . . .. ........ .. . .... .... . . . . .. . . . ..
lowQualScore : 7 9 222 8 2 5 444 88888888888 5 222222 2 2 11111111 99 111 4 4 5555555555555555555555 5 5 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 44 5 7 7 0 66 22222222 66 0 0000 2222 3 6 8 0 66 8 0 3 77
consensus : TTGAATCATTAGATTTCGTGGGAGCTCAATTTTCGTGNATTTCATCTAGGNACCTGTATC-C---C-AT---A--CGAATTTCAA-ACCACA------ACGA-A-ATA--------CAC-A---ATT-TATACAATGTTTC-------ACA----A--TACGG-A-AACC-------T----A-----A-T--A---A-----TG---AT---C-C----------ATCCCAACGAA--ACTGT-AAAATC-TCGACGATCCACNAAA-CA--T--GG--CCCCCAATGAAT-ATCAATTGAAA----TGATTTTACGTTAACTAGTACA-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAAT--CGTGGAATAT
Reference ( family-3249 ) : TTGAATCATTAGATTTCGTGGGAGCTCAATTTTCGTGGATTTCATCTAGGNACCTGNATC-C---C-ATN--A--CGAATTTCAA-ACCACA------ACGA-A-ATA--------CAC-A---ATT-TATACAATGTTTC-------ACA----A--TNCGG-A-AACC-------T----A-----A-T--A---A-----TG---AT---C-C----------ATCNCAACGAA--ACTGT-AAAATC-TCGACGATNCACCAAA-CA--T--GG--CCCCCAATGAAT-ATCAATTGAAA----TGATTTTACGTTAACTAGTACG-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAATTACGTGGAATAT
gi|1 : TTGAATCATTTGATTTTGAGGGAGCCCAATTTTCGTGTATTTCATCTAGGAACTTGAATC-C---C-ATG--A--TGAATTTCAA-ACCACA------ATGA-A-ATA--------CAT-A---ATT-TGTACAATGTTTC-------ACA----A--TCCGG-A-AACCTT-----T----A-----A-T--A---A-----TG---AT---C-C----------ATTACAACGAA--ACTGT-AAAATC-TTGATGATATACCAAA-CA--T--GG--CCCCCAATGAATAATCAATTGAAA----TGATTTTATGTTAACTAGTACA-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAAT--CGTGGAATA
gi|10 : gCCAGGATT-C---C-A----A--CAACTTTAAA-AGCACA------ACAATA-ATA--------C-C-A---ACT-TATATGATGTATC-------AAT----G--TATAT-A-ATCCA------T----A-----A----A---A-----TA---A------C----------ATTCAAACCAA--ACTGT-AAAATC-CTGGTTATCCATGAAA-AC--T--GG--CC
gi|11 : caccATTTCGT--AGGTATCT--ATC-C---T-GTA--A-----ATGTTAA-ACCACA------ACAA-A-ATA--------CAC-A---ATC-TATTCTATGTTTC--------------A--TTGGGCA-AA---------T----A-----AGT--AC--A-----T-----T---C-C----------TGACCAACAAA--ACTGT-AAAATC-TCaacacagatcaagatg
gi|12 : atagagattccaC-C---C-AT-------GAATTTCAA--CCACA------ATGA-A-ATA--------CAT-G---ATT-TATACA--GTTTT-------ACA----ACGTAAAG-A-AATCA------T----A-----A-T--C---A-----TGAA-AT---CAC----------ACCCCAATGAA--ACAGT-AAAATC-TCTACAATCCAacttatcca
gi|13 : AATAATTAGATTTCGTAGGAGCTCAATTATTATATATTTC--CTGGGTACTAGTATT-C---C--T------CGAATTTCAACACCACG------ACGA-G-ATA--------CAC-A---ATG-TATACACT-TTTC-------Atgaatttaaatg
gi|14 : acagtgaTGGAAGTTCAATTTTCATGGATTTCATCTA--TACCCCTATC-CTCTC-AT---A--C-AATTTCAA-ACAGCA------ACAA-A-ATA--------TACAA---ATT-T---CAATGT----------ACA----A--T-------AAC-------------A-----A-T------------T-----T---C-C----------AT----ATAAT--ACTGT-AAAATatgcacagaa
gi|15 : GA-A-GTA--------CAA-A---ACT-TATTCAATATTTC-------AAT----A--TGCAG-A-AAGCA------T----A-----A-T--C---A-----TGCA-AT---TAC----------ATCCCAACGAA--A--GT-AAAGTC-TCAACAATCCATGAAA--A--TTAGG--CCCC
gi|16 : A-A-ACA--------CAC-A---ATT-TATAAAATGCTTG-------AAT----G--TACAT-A-AACT------------------A-T--ATCCA-----TG---AA---A-T----------ATCCTAACGAC--ACGGT-AAAATA-GCGACGATTCACGAAA--A--TTAGG--CACC--ATGAAT-tcgaattt
gi|18 : cTAGATTTCATGGGAGCTCAATTTTCATGGATTT------GGGG--TGTATC-C---CTATCCTA--CAAATGTCAA-ACCACA------GCCA-A-ATA--------tt
gi|19 : ttactgtgaaaggaaTGGGTACCCCTATC-C---T----------GAATTTCAA-ACCACA------AGGA-A-ATA--------CAA-ATCTATT-TATTCAATGTGTT-------AAT----G--TATAG-A-AACC-------atgt
gi|2 : gTTGAATCATTTGATTTTGAGGGAGCCCAATTTTCGTGTATTTCATCTAGGAACTTGAATC-C---C-ATG--A--TGAATTTCAA-ACCACA------ATGA-A-ATA--------CAT-A---ATT-TGTACAATGTTTC-------ACA----A--TCCGG-A-AACCTT-----T----A-----A-T--A---A-----TG---AT---C-C----------ATTACAACGAA--ACTGT-AAAATC-TTGATGATATACCAAA-CA--T--GG--CCCCCAATGAATAATCAATTGAAA----TGATTTTATGTTAACTAGTACA-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAAT--CGTGGAATATatatccaaagatta
gi|21 : GAA--ACTGT-AAAATC-CTGGCAATCCA-TGAG-GA--T--GGGACTTCC-ATGA------AATTGAA
gi|3 : ttccattGAATCATTAGATTTTGTTGGGGTTTCATTTTTTT---TTTC-TGTGAGAACCTGTATC-C---C-CCC--A--CTAATTTCAA-AGCACATTATTCAAGA-A-AAAAAAGACCCCAC-A---ATT-TATACAAT--------------A----A--T--GA-A-AATC-------C----AC----A-A--A---A-----TT---AC---C-C------------CTCGATGAA--CCTGT-AAAATC-TCCACTCTCAACAAAA-CA--T--GG--CCCTC-ATGAAT------TT-ATA----TAATTTTG----AAGTA-TACGCTCCCAATATTGCAttattc
gi|4 : tgTC-C---C-GTCCCA--CAAATTTCAA-ACCACA------ACAA-A-ATA--------CAC-A---ATT-CATCCAATGTTTCAATGTGTACAAACCA--TATGA-ACAAC-------------A-----A-A--A---A-----T----AC---C-C----------ATCCAAACAAA--ACTGT-AAAATG-TCAACAATCCAC--AA-CAATT--AG---CCCCAACAGAT------TTGAGATAATTGATTTCACAGTAGTTTTTAC--TTCT---ATTACAA-------GAATATTAAATTATATGAAATAT
gi|5 : agatggcacGGGAGCCCAATTTTCGTGTATTTCATCTAGGAACTTGAATC-C---C-ATG--A--TGAATTTCAA-ACCACA------ATGA-A-ATA--------CAT-A---ATT-TGTACAATGTTTC-------ACA----A--TCCGG-A-AACCTT-----T----A-----A-T--A---A-----TG---AT---C-C----------ATTACAACGAA--ACTGT-AAAATC-TTGATGATATACCAAA-CA--T--GG--CCCCCAATGAATAATCAATTGAAA----TGATTTTATGTT-ACTAGTACA-TTCCAA-AT
gi|6 : GAATCAATAAATTTCATGGTGGCTAAATATTCGTGGATTTCA---AGG---CTACGCCAC---C-A-A--A--CAAATTTCTA-ACCACA------GCAA-A-AT---------C-------------TGTGATGTTT---------CA----A--TA--G-A-AATC-------TTAGCA-----A-CTAA---A-----TT---AT----------------ATCCCAATGAA--AATGGAAAAATCTTCAGTATTCCATAAAA-AT--T--GG--CCGCCAA-AAAT-GTCAAT
gi|7 : accatgGAATAATTATATTTTGTAGAGGATCAATTTTT-TGGAT-----------ATCTGTATC-T---C-TTT--A-----ATTTCAA-AGGAAA------NCGA-GGAT-----------C-A---ATTCTGTATAACGTTTC-------AAT----G--TACAG-A-ATTCATATTCAT----A-----A----A---A-----TT---AT---T-------------TCCCAATGAA--CCTGT-AAAATA-ATGTCAA-ATAGCAAATCA--T--GG--CCTCC-ATGAAT--TTAAATGAgattccacagaataacaca
gi|8 : tgACC-C---T-ATC--ATACAAATTTAGA-ATCACA------ACAA-A-ATA--------CAT-G---ATT-TTCA-GATGTTTT-------AAT----G--TACAG-A-AATC-------C----ATAGCCA-T--A---AAATTGTGTCAATAAAC-T----------CTCCCAACAAACCACTGT-GCAATC-TCGGCAATCCATAAAA-T---T--GG--TCCCC-----AT-A--GATTAAAA----TGATTGTAC
gi|9 : catggctaATC-C---C---C--A--TGAATTTCAA-ACCACA------ATAA-A-A--------------A---A---TAAACAATGTTT--------ACAT---G--TGCAG-A-AACC------------------A-T------A-----TG---AT---C-CACAATATTATATCCCTTTGAA--ACTGT-AAAATC-TCAACAATCCAagcaaacaca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AATTTATATCCTGTTTGGATGTGTAAAAGCCATATTCACGGAATTTCGTCCCAATAAAACTATAAATAACTGACTTGTCAATCCATGGCCTCTGTGAATTTAAATGA
Unaligned ( gi|20 ): TCATGGCTACCCCTATCTTACAAATTCAAACCAACAATGAAAAACATAAATTTGAAATGCTTTATTGTCC
Alignments
lowQualScore : 111 333333333 111111111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 1 33333 1111 11 11
lowQualScore : 3 2 555 5 22 2 444 111111111 2 777777 2 2 88888888 2 444 2 0 999999999999999999 777 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 2 2 3 3 2222222 44 3 11111 4444 6 0 0 5 11 0 8 7 88
lowQualScore : . . ... . .. . ... ......... . ...... . . ........ . ... . . .................. ... . .......................................................... .. . . . . ....... .. . ..... .... . . . . .. . . . ..
lowQualScore : 7 6 222 8 22 7 444 111111111 5 222222 2 2 11111111 4 111 4 4 777777777777777777 999 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 5 7 5 8 0000000 66 0 99999 2222 3 6 8 0 88 8 0 3 33
consensus : TTGAATCATTAGATTTCGTGGGAGCTCAATTTTCGTGNATTTCATCTAGGNACCTGTATC-C---C-AT---ACGAATTTCAA-ACCACA------ACGA-A-ATA--------CAC-A---ATT-TATACAATGTTTC-------ACA----A--TACGGA-AACC-------T----A-----A-T--A---A-----TG---A--T---C-C----------ATCCCAACGAA--ACTGT-AAAATC-TCGACGATCCACGAAACA--T--GG--CCCCCAATGAAT-A-TCAATTGAAA----TGATTTTACGTTAACTAGTACA-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAAT--CGTGGAATAT
Reference ( family-3249 ) : TTGAATCATTAGATTTCGTGGGAGCTCAATTTTCGTGNATTTCATCTAGGNACCTGTATC-C---C-AT---ACGAATTTCAA-ACCACA------ACGA-A-ATA--------CAC-A---ATT-TATACAATGTTTC-------ACA----A--TACGGA-AACC-------T----A-----A-T--A---A-----TG---A--T---C-C----------ATCCCAACGAA--ACTGT-AAAATC-TCGACGATCCACNAAACA--T--GG--CCCCCAATGAAT-A-TCAATTGAAA----TGATTTTACGTTAACTAGTACA-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAAT--CGTGGAATAT
gi|1 : TTGAATCATTTGATTTTGAGGGAGCCCAATTTTCGTGTATTTCATCTAGGAACTTGAATC-C---C-ATG--ATGAATTTCAA-ACCACA------ATGA-A-ATA--------CAT-A---ATT-TGTACAATGTTTC-------ACA----A--TCCGGA-AACC-------TTT--A-----A-T--A---A-----TG---A--T---C-C----------ATTACAACGAA--ACTGT-AAAATC-TTGATGATATACCAAACA--T--GG--CCCCCAATGAAT-AATCAATTGAAA----TGATTTTATGTTAACTAGTACA-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAAT--CGTGGAATA
gi|10 : gATT-C---C-A----ACAACTTTAAA-AGCACA------ACAATA-ATA--------C-C-A---ACT-TATATGATGTATC-------AAT----G--TATATA-ATCCA------T----A-----A----A---A-----TA---A--------C----------ATTCAAACCAA--ACTGT-AAAATC-CTGGTTATCCATGAAAAC--T--GG--CC
gi|11 : caccccaggATTTCGT--AGGTATCT--ATC-C---T-GT---A--AATGTTAA-ACCACA------ACAA-A-ATA--------CAC-A---ATC-TATTCTATGTTTC-------AT--------TGGGCA-AA---------T----A-----AGT--AC--A-----T-------T---C-C----------TGACCAACAAA--ACTGT-AAAATC-TCACTTATCCAaacacagatcaagatg
gi|12 : atagagattccaC-C---C-AT-----GAATTTCAA--CCACA------ATGA-A-ATA--------CAT-G---ATT-TATACA--GTTTT-------ACA----ACGTAAAGA-AATCA------T----A-----A-T--C---A-----TG---AAAT---CAC----------ACCCCAATGAA--ACAGT-AAAATC-TCTACAATCCATGAA
gi|13 : AATAATTAGATTTCGTAGGAGCTCAATTATTATATATTTC--CTGGGTACTAGTATT-C---C--T----CGAATTTCAACACCACG------ACGA-G-ATA--------CAC-A---ATG-TATACACT-TTTC-------Atttaaatg
gi|14 : acagtgaTGGAAGTTCAATTTTCATGGATTTCATCTA--TACCCCTATC-CTCTC-AT---AC-AATTTCAA-ACAGCA------ACAA-A-ATA--------TACAA---ATT-T---CAATGT----------ACA----A--T------AAC-------------A-----A-T------------T-------T---C-C----------AT----ATAAT--ACTGT-AAAATatgcacagaa
gi|15 : GA-A-GTA--------CAA-A---ACT-TATTCAATATTTC-------AAT----A--TGCAGA-AAGCA------T----A-----A-T--C---A-----TGCA-A--T---TAC----------ATCCCAACGAA--A--GT-AAAGTC-TCAACAATCCATGAAA-A--TTAGG--CCCC
gi|16 : A-A-ACA--------CAC-A---ATT-TATAAAATGCTTG-------AAT----G--TACATA-AACT------------------A-T--ATCCA-----TG---A--A---A-T----------ATCCTAACGAC--ACGGT-AAAATA-GCGACGATTCACGAAA-A--TTAGG--CACC--ATGAAT-tcgaattt
gi|18 : cTAGATTTCATGGGAGCTCAATTTTCATGGATTT------GGGG--TGTATC-C---CTATCCTACAAATGTCAA-ACCACA------GCCA-A-ATA--------tt
gi|19 : ttactgtgaaaggaaTGGGTACCCCTATC-C---T--------GAATTTCAA-ACCACA------AGGA-A-ATA--------CAA-ATCTATT-TATTCAATGTGTT-------AAT----G--TATAGA-AACC-------atgt
gi|2 : gTTGAATCATTTGATTTTGAGGGAGCCCAATTTTCGTGTATTTCATCTAGGAACTTGAATC-C---C-ATG--ATGAATTTCAA-ACCACA------ATGA-A-ATA--------CAT-A---ATT-TGTACAATGTTTC-------ACA----A--TCCGGA-AACC-------TTT--A-----A-T--A---A-----TG---A--T---C-C----------ATTACAACGAA--ACTGT-AAAATC-TTGATGATATACCAAACA--T--GG--CCCCCAATGAAT-AATCAATTGAAA----TGATTTTATGTTAACTAGTACA-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAAT--CGTGGAATATatatccaaagatta
gi|21 : TTCCATTGAA--ACTGT-AAAATC-CTGGCAATCCATGAGG-A--T--GGGACTTCC-ATGA-------AATTGAA
gi|3 : GAATCATTAGATTTTGTTGGGGTTTCATTTTTTT---TTTC-TGTGAGAACCTGTATC-C---C-CCC--ACTAATTTCAA-AGCACATTATTCAAGA-A-AAAAAAGACCCCAC-A---ATT-TATACAAT--------------A----A--T--GAA-AATC-------C----AC----A-A--A---A-----TT---A--C---C-C------------CTCGATGAA--CCTGT-AAAATC-TCCACTCTCAACAAAACA--T--GG--CCCTC-ATGAAT-------TT-ATA----TAATTTTG----AAGTA-TACGCTCCCAATATTGCAttattc
gi|4 : tgTC-C---C-A-----CAAATTTCAA-ACCACA------ACAA-A-ATA--------CAC-A---ATT-CATCCAATGTTTCAATGTGTACAAACCA--TATGAACAAC-------------A-----A-A--A---A-----T----A--C---C-C----------ATCCAAACAAA--ACTGT-AAAATG-TCAACAATCCAC--AACAATT--AG---CCCCAACAGAT-------TTGAGATAATTGATTTCACAGTAGTTTTTAC--TTCT---ATTACAA-------GAATATTAAATTATATGAAATAT
gi|5 : agatggcactcccgGGGAGCCCAATTTTCGTGTATTTCATCTAGGAACTTGAATC-C---C-ATG--ATGAATTTCAA-ACCACA------ATGA-A-ATA--------CAT-A---ATT-TGTACAATGTTTC-------ACA----A--TCCGGA-AACC-------TTT--A-----A-T--A---A-----TG---A--T---C-C----------ATTACAACGAA--ACTGT-AAAATC-TTGATGATATACCAAACA--T--GG--CCCCCAATGAATAA-TCAATTGAAA----TGATTTTATGTT-ACTAGTACA-TTCCAA-AT
gi|6 : GAATCAATAAATTTCATGGTGGCTAAATATTCGTGGATTTCA---AGG---CTACGCCAC---C-AA---ACAAATTTCTA-ACCACA------GCAA-A-AT-----------C-----------TGTGATGTTT---------CA----A--TA--GA-AATC-------TTAGCA-----A-CTAA---A-----TT---A--T----------------ATCCCAATGAA--AATGGAAAAATCTTCAGTATTCCATAAAAAT--T--GG--CCGCCAA-AAAT-G-TCAAT
gi|7 : accatgGAATAATTATATTTTGTAGAGGATCAATTTTT-TGGAT-----------ATCTGTATC-T---C-TT-----TAATTTCAA-AGGAAA------NCGA-GGAT-----------C-A---ATTCTGTATAACGTTTC-------AAT----G--TACAGA-ATTCATATTCAT----A-----A----A---A-----TT---A--T---T-------------TCCCAATGAA--CCTGT-AAAATA-ATGTCAAATAGCAAATCA--T--GG--CCTCC-ATGAAT---TTAAATGAgattccacagaataacaca
gi|8 : tg---C-AT---ACAAATTTAGA-ATCACA------ACAA-A-ATA--------CAT-G---ATT-TTCA-GATGTTTT-------AAT----G--TACAGA-AATC-------C----ATAGCCA-T--A---AAATTGTGTCAA--TAAAC-T----------CTCCCAACAAACCACTGT-GCAATC-TCGGCAATCCATAAAAT---T--GG--TCCCC-----AT-A---GATTAAAA----TGATTGTAC
gi|9 : catggctaaccctatATC-C---C--C---ATGAATTTCAA-ACCACA------ATAA-A-A--------------A---A---TAAACAATGTTT--------ACAT---G--TGCAGA-AACC------------------A-T------A-----TG---A--T---C-CACAATATTATATCCCTTTGAA--ACTGT-AAAATC-TCAACAATCCATGAAagcaaacaca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AATTTATATCCTGTTTGGATGTGTAAAAGCCATATTCACGGAATTTCGTCCCAATAAAACTATAAATAACTGACTTGTCAATCCATGGCCTCTGTGAATTTAAATGA
Unaligned ( gi|20 ): TCATGGCTACCCCTATCTTACAAATTCAAACCAACAATGAAAAACATAAATTTGAAATGCTTTATTGTCC
Alignments
lowQualScore : 111 333333333 111111111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 1 33333 1111 11 11
lowQualScore : 3 2 555 5 22 2 444 111111111 2 777777 2 2 88888888 2 444 2 0 999999999999999999 777 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 2 2 3 3 2222222 44 3 11111 4444 6 0 0 5 11 0 8 7 88
lowQualScore : . . ... . .. . ... ......... . ...... . . ........ . ... . . .................. ... . .......................................................... .. . . . . ....... .. . ..... .... . . . . .. . . . ..
lowQualScore : 7 6 222 8 22 7 444 111111111 5 222222 2 2 11111111 4 111 4 4 777777777777777777 999 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 5 7 5 5 0000000 66 0 99999 2222 3 6 8 0 88 8 0 3 33
consensus : TTGAATCATTAGATTTCGTGGGAGCTCAATTTTCGTGNATTTCATCTAGGNACCTGTATC-C---C-AT---ACGAATTTCAA-ACCACA------ACGA-A-ATA--------CAC-A---ATT-TATACAATGTTTC-------ACA----A--TACGGA-AACC-------T----A-----A-T--A---A-----TG---A--T---C-C----------ATCCCAACGAA--ACTGT-AAAATC-TCGACGATCCACGAAACA--T--GG--CCCCCAATGAAT-A-TCAATTGAAA----TGATTTTACGTTAACTAGTACA-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAAT--CGTGGAATAT
Reference ( family-3249 ) : TTGAATCATTAGATTTCGTGGGAGCTCAATTTTCGTGNATTTCATCTAGGNACCTGTATC-C---C-AT---ACGAATTTCAA-ACCACA------ACGA-A-ATA--------CAC-A---ATT-TATACAATGTTTC-------ACA----A--TACGGA-AACC-------T----A-----A-T--A---A-----TG---A--T---C-C----------ATCCCAACGAA--ACTGT-AAAATC-TCGACGATCCACGAAACA--T--GG--CCCCCAATGAAT-A-TCAATTGAAA----TGATTTTACGTTAACTAGTACA-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAAT--CGTGGAATAT
gi|1 : TTGAATCATTTGATTTTGAGGGAGCCCAATTTTCGTGTATTTCATCTAGGAACTTGAATC-C---C-ATG--ATGAATTTCAA-ACCACA------ATGA-A-ATA--------CAT-A---ATT-TGTACAATGTTTC-------ACA----A--TCCGGA-AACC-------TTT--A-----A-T--A---A-----TG---A--T---C-C----------ATTACAACGAA--ACTGT-AAAATC-TTGATGATATACCAAACA--T--GG--CCCCCAATGAAT-AATCAATTGAAA----TGATTTTATGTTAACTAGTACA-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAAT--CGTGGAATA
gi|10 : gATT-C---C-A----ACAACTTTAAA-AGCACA------ACAATA-ATA--------C-C-A---ACT-TATATGATGTATC-------AAT----G--TATATA-ATCCA------T----A-----A----A---A-----TA---A--------C----------ATTCAAACCAA--ACTGT-AAAATC-CTGGTTATCCATGAAAAC--T--GG--CC
gi|11 : caccccaggATTTCGT--AGGTATCT--ATC-C---T-GT---A--AATGTTAA-ACCACA------ACAA-A-ATA--------CAC-A---ATC-TATTCTATGTTTC-------AT--------TGGGCA-AA---------T----A-----AGT--AC--A-----T-------T---C-C----------TGACCAACAAA--ACTGT-AAAATC-TCACTTATCCAaacacagatcaagatg
gi|12 : atagagattccaC-C---C-AT-----GAATTTCAA--CCACA------ATGA-A-ATA--------CAT-G---ATT-TATACA--GTTTT-------ACA----ACGTAAAGA-AATCA------T----A-----A-T--C---A-----TG---AAAT---CAC----------ACCCCAATGAA--ACAGT-AAAATC-TCTACAATCCATGAA
gi|13 : AATAATTAGATTTCGTAGGAGCTCAATTATTATATATTTC--CTGGGTACTAGTATT-C---C--T----CGAATTTCAACACCACG------ACGA-G-ATA--------CAC-A---ATG-TATACACT-TTTC-------Atttaaatg
gi|14 : acagtgaTGGAAGTTCAATTTTCATGGATTTCATCTA--TACCCCTATC-CTCTC-AT---AC-AATTTCAA-ACAGCA------ACAA-A-ATA--------TACAA---ATT-T---CAATGT----------ACA----A--T------AAC-------------A-----A-T------------T-------T---C-C----------AT----ATAAT--ACTGT-AAAATatgcacagaa
gi|15 : GA-A-GTA--------CAA-A---ACT-TATTCAATATTTC-------AAT----A--TGCAGA-AAGCA------T----A-----A-T--C---A-----TGCA-A--T---TAC----------ATCCCAACGAA--A--GT-AAAGTC-TCAACAATCCATGAAA-A--TTAGG--CCCC
gi|16 : A-A-ACA--------CAC-A---ATT-TATAAAATGCTTG-------AAT----G--TACATA-AACT------------------A-T--ATCCA-----TG---A--A---A-T----------ATCCTAACGAC--ACGGT-AAAATA-GCGACGATTCACGAAA-A--TTAGG--CACC--ATGAAT-tcgaattt
gi|18 : cTAGATTTCATGGGAGCTCAATTTTCATGGATTT------GGGG--TGTATC-C---CTATCCTACAAATGTCAA-ACCACA------GCCA-A-ATA--------tt
gi|19 : ttactgtgaaaggaaTGGGTACCCCTATC-C---T--------GAATTTCAA-ACCACA------AGGA-A-ATA--------CAA-ATCTATT-TATTCAATGTGTT-------AAT----G--TATAGA-AACC-------atgt
gi|2 : gTTGAATCATTTGATTTTGAGGGAGCCCAATTTTCGTGTATTTCATCTAGGAACTTGAATC-C---C-ATG--ATGAATTTCAA-ACCACA------ATGA-A-ATA--------CAT-A---ATT-TGTACAATGTTTC-------ACA----A--TCCGGA-AACC-------TTT--A-----A-T--A---A-----TG---A--T---C-C----------ATTACAACGAA--ACTGT-AAAATC-TTGATGATATACCAAACA--T--GG--CCCCCAATGAAT-AATCAATTGAAA----TGATTTTATGTTAACTAGTACA-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAAT--CGTGGAATATatatccaaagatta
gi|21 : TTCCATTGAA--ACTGT-AAAATC-CTGGCAATCCATGAGG-A--T--GGGACTTCC-ATGA-------AATTGAA
gi|3 : GAATCATTAGATTTTGTTGGGGTTTCATTTTTTT---TTTC-TGTGAGAACCTGTATC-C---C-CCC--ACTAATTTCAA-AGCACATTATTCAAGA-A-AAAAAAGACCCCAC-A---ATT-TATACAAT--------------A----A--T--GAA-AATC-------C----AC----A-A--A---A-----TT---A--C---C-C------------CTCGATGAA--CCTGT-AAAATC-TCCACTCTCAACAAAACA--T--GG--CCCTC-ATGAAT-------TT-ATA----TAATTTTG----AAGTA-TACGCTCCCAATATTGCAttattc
gi|4 : tgTC-C---C-A-----CAAATTTCAA-ACCACA------ACAA-A-ATA--------CAC-A---ATT-CATCCAATGTTTCAATGTGTACAAACCA--TATGAACAAC-------------A-----A-A--A---A-----T----A--C---C-C----------ATCCAAACAAA--ACTGT-AAAATG-TCAACAATCCAC--AACAATT--AG---CCCCAACAGAT-------TTGAGATAATTGATTTCACAGTAGTTTTTAC--TTCT---ATTACAA-------GAATATTAAATTATATGAAATAT
gi|5 : agatggcactcccgGGGAGCCCAATTTTCGTGTATTTCATCTAGGAACTTGAATC-C---C-ATG--ATGAATTTCAA-ACCACA------ATGA-A-ATA--------CAT-A---ATT-TGTACAATGTTTC-------ACA----A--TCCGGA-AACC-------TTT--A-----A-T--A---A-----TG---A--T---C-C----------ATTACAACGAA--ACTGT-AAAATC-TTGATGATATACCAAACA--T--GG--CCCCCAATGAATAA-TCAATTGAAA----TGATTTTATGTT-ACTAGTACA-TTCCAA-AT
gi|6 : GAATCAATAAATTTCATGGTGGCTAAATATTCGTGGATTTCA---AGG---CTACGCCAC---C-AA---ACAAATTTCTA-ACCACA------GCAA-A-AT-----------C-----------TGTGATGTTT---------CA----A--TA--GA-AATC-------TTAGCA-----A-CTAA---A-----TT---A--T----------------ATCCCAATGAA--AATGGAAAAATCTTCAGTATTCCATAAAAAT--T--GG--CCGCCAA-AAAT-G-TCAAT
gi|7 : accatgGAATAATTATATTTTGTAGAGGATCAATTTTT-TGGAT-----------ATCTGTATC-T---C-TT-----TAATTTCAA-AGGAAA------NCGA-GGAT-----------C-A---ATTCTGTATAACGTTTC-------AAT----G--TACAGA-ATTCATATTCAT----A-----A----A---A-----TT---A--T---T-------------TCCCAATGAA--CCTGT-AAAATA-ATGTCAAATAGCAAATCA--T--GG--CCTCC-ATGAAT---TTAAATGAgattccacagaataacaca
gi|8 : tg---C-AT---ACAAATTTAGA-ATCACA------ACAA-A-ATA--------CAT-G---ATT-TTCA-GATGTTTT-------AAT----G--TACAGA-AATC-------C----ATAGCCA-T--A---AAATTGTGTCAA--TAAAC-T----------CTCCCAACAAACCACTGT-GCAATC-TCGGCAATCCATAAAAT---T--GG--TCCCC-----AT-A---GATTAAAA----TGATTGTAC
gi|9 : catggctaaccctatATC-C---C--C---ATGAATTTCAA-ACCACA------ATAA-A-A--------------A---A---TAAACAATGTTT--------ACAT---G--TGCAGA-AACC------------------A-T------A-----TG---A--T---C-CACAATATTATATCCCTTTGAA--ACTGT-AAAATC-TCAACAATCCATGAAagcaaacaca
blockSeqs : A T ATC T GT A TCT TATCCTACA C TTATTC T G AAAGACCC A TCT C CAATGTGTACAAACCA ATA C CATAGCCATAAAATTGTGTCAATAAACT CC A T T G CAATT GA A AATC TAAT T G GC T T TA
blockSeqs : A G ATC T CT . . ATGATG . . . . . . . . TACAACG GGG . ATATGATCCACAATATTAT . . . T G ATTA . A AATC . C T A . . .
blockSeqs : A G ATC T GT . . CCCACT . . . . . . . . CAATG AAA . ATATTCATAAAATTATT . . . A G ATTA . A GTC . T G A .
blockSeqs : G T GT G CT . . ATGATG . . . . . . . . CAATA GCA . ATAATCATGAAATCAC . . . A G ACT . A TT . C . . .
blockSeqs : T T TG T GA . . AAACA . . . . . . . . GAATG ACA . ATAATCATGCAATTAC . . . G C CAT . . A . .
blockSeqs : G G C A GT . . ATACA . . . . . . . . TAATG ATA . TTAGCAACTAAATTAT . . . G G CAT . . .
blockSeqs : G G A A GA . . AACA . . . . . . . . CACAA CCG . TTTAATAATGATCC . . . A A CAT . . .
blockSeqs : . . . A AC . . ATAC . . . . . . . . CACAA ATG . TTTAATAATGATCC . . . T C ATT . . .
blockSeqs : . . GT . . CATG . . . . . . . . CAATG CCG . ATATCCATGAAAT . . . A A CAT . .
blockSeqs : . . . . GTA . . . . . . . . TAATG ACA . CACAAAATTACCC . . . G A AT .
blockSeqs : . . ATG . . . . . . . . ACATG ACA . TAAGTACATTCC . . . A A TT .
blockSeqs : . . TCG . . . . . . . . ACAA GCA . ATAAAATAAC . . . A G
blockSeqs : . . ACA . . . . . . . . CAT G . AAAAATACCC . . . A .
blockSeqs : . . TTT . . . . . . . . CAA A . AATTTCC . . . A
blockSeqs : . G . . . . . . . . AA . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ATACG**** T****
originalCons : TTGAATCATTAGATTTCGTGGGAGCTCAATTTTCGTGNATTTCATCTAGGNACCTGTATC-C---C-AT---ACGAATTTCAA-ACCACA------ACGA-A-ATA--------CAC-A---ATT-TATACAATGTTTC-------ACA----A--TACGGA-AACC-------T----A-----A-T--A---A-----TG---A--T---C-C----------ATCCCAACGAA--ACTGT-AAAATC-TCGACGATCCACGAAACA--T--GG--CCCCCAATGAAT-A-TCAATTGAAA----TGATTTTACGTTAACTAGTACA-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAAT--CGTGGAATAT
finalCons : TTGAATCATTAGATTTCGTGGGAGCTCAATTTTCGTGNATTTCATCTAGGNACCTGTATC-C---CATACG----AATTTCAA-ACCACA------ACGA-A-ATA--------CAC-A---ATT-TATACAATGTTTC-------ACA----A--TACGGA-AACC-------T----A-----A-T--A---A-----TG---A--T---C-C----------ATCCCAACGAA--ACTGT-AAAATC-TCGACGATCCACGAAACA--T--GG--CCCCCAATGAATT----AATTGAAA----TGATTTTACGTTAACTAGTACA-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAAT--CGTGGAATAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AATTTATATCCTGTTTGGATGTGTAAAAGCCATATTCACGGAATTTCGTCCCAATAAAACTATAAATAACTGACTTGTCAATCCATGGCCTCTGTGAATTTAAATGA
Unaligned ( gi|20 ): TCATGGCTACCCCTATCTTACAAATTCAAACCAACAATGAAAAACATAAATTTGAAATGCTTTATTGTCC
Alignments
lowQualScore : 111 3333333333 111111111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 1 1111 1111 11 11
lowQualScore : 3 2 555 5 22 2 444 1111111111 2 777777 2 2 88888888 2 444 2 0 999999999999999999 777 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 2 2 3 3 2222222 44 5 666 3 8888 0 11 2222 4 0 0 5 11 0 8 7 88
lowQualScore : . . ... . .. . ... .......... . ...... . . ........ . ... . . .................. ... . .......................................................... .. . . . . ....... .. . ... . .... . .. .... . . . . .. . . . ..
lowQualScore : 7 6 222 8 22 7 444 1111111111 5 222222 2 2 11111111 4 111 4 4 777777777777777777 999 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 5 7 5 5 0000000 66 5 444 6 9999 8 99 1111 0 6 8 0 88 8 0 3 33
consensus : TTGAATCATTAGATTTCGTGGGAGCTCAATTTTCGTGNATTTCATCTAGGNACCTGTATC-C---C-A---T-ACGAATTTCAA-ACCACA------ACGA-A-ATA--------CAC-A---ATT-TATACAATGTTTC-------ACA----A--TACGGA-AACC-------T----A-----A-T--A---A-----TG---A--T---C-C----------ATCCCAACGAA--ACTGT-AAAATC-TCGACGATCCACGAAACA--T--GG--CCCCCAATG---AA-T---TAATTGAAA----TGATTTTACGTTAACTAGTACA-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAAT--CGTGGAATAT
Reference ( family-3249 ) : TTGAATCATTAGATTTCGTGGGAGCTCAATTTTCGTGNATTTCATCTAGGNACCTGTATC-C---C-A---T-ACGAATTTCAA-ACCACA------ACGA-A-ATA--------CAC-A---ATT-TATACAATGTTTC-------ACA----A--TACGGA-AACC-------T----A-----A-T--A---A-----TG---A--T---C-C----------ATCCCAACGAA--ACTGT-AAAATC-TCGACGATCCACGAAACA--T--GG--CCCCCAATG---AA-T---TAATTGAAA----TGATTTTACGTTAACTAGTACA-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAAT--CGTGGAATAT
gi|1 : TTGAATCATTTGATTTTGAGGGAGCCCAATTTTCGTGTATTTCATCTAGGAACTTGAATC-C---C-A---TGATGAATTTCAA-ACCACA------ATGA-A-ATA--------CAT-A---ATT-TGTACAATGTTTC-------ACA----A--TCCGGA-AACC-------TTT--A-----A-T--A---A-----TG---A--T---C-C----------ATTACAACGAA--ACTGT-AAAATC-TTGATGATATACCAAACA--T--GG--CCCCCAATG---AA-TAATCAATTGAAA----TGATTTTATGTTAACTAGTACA-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAAT--CGTGGAATA
gi|10 : gATT-C---C-A-----ACAACTTTAAA-AGCACA------ACAATA-ATA--------C-C-A---ACT-TATATGATGTATC-------AAT----G--TATATA-ATCCA------T----A-----A----A---A-----TA---A--------C----------ATTCAAACCAA--ACTGT-AAAATC-CTGGTTATCCATGAAAAC--T--GG--CC
gi|11 : caccccaggATTTCGT--AGGTATCT--ATC-C---T-G---T-A--AATGTTAA-ACCACA------ACAA-A-ATA--------CAC-A---ATC-TATTCTATGTTTC-------AT--------TGGGCA-AA---------T----A-----AGT--AC--A-----T-------T---C-C----------TGACCAACAAA--ACTGT-AAAATC-TCACTTATCCAaacacagatcaagatg
gi|12 : atagagattccaC-C---C-A---T---GAATTTCAA--CCACA------ATGA-A-ATA--------CAT-G---ATT-TATACA--GTTTT-------ACA----ACGTAAAGA-AATCA------T----A-----A-T--C---A-----TG---AAAT---CAC----------ACCCCAATGAA--ACAGT-AAAATC-TCTACAATCCATGAA
gi|13 : AATAATTAGATTTCGTAGGAGCTCAATTATTATATATTTC--CTGGGTACTAGTATT-C---C-----T--CGAATTTCAACACCACG------ACGA-G-ATA--------CAC-A---ATG-TATACACT-TTTC-------Atttaaatg
gi|14 : acagtgaTGGAAGTTCAATTTTCATGGATTTCATCTA--TACCCCTATC-CTCTC-A---T-AC-AATTTCAA-ACAGCA------ACAA-A-ATA--------TACAA---ATT-T---CAATGT----------ACA----A--T------AAC-------------A-----A-T------------T-------T---C-C----------AT----ATAAT--ACTGT-AAAATatgcacagaa
gi|15 : GA-A-GTA--------CAA-A---ACT-TATTCAATATTTC-------AAT----A--TGCAGA-AAGCA------T----A-----A-T--C---A-----TGCA-A--T---TAC----------ATCCCAACGAA--A--GT-AAAGTC-TCAACAATCCATGAAA-A--TTAGG--CCCCT--CG---AA-T---T
gi|16 : A-A-ACA--------CAC-A---ATT-TATAAAATGCTTG-------AAT----G--TACATA-AACT------------------A-T--ATCCA-----TG---A--A---A-T----------ATCCTAACGAC--ACGGT-AAAATA-GCGACGATTCACGAAA-A--TTAGG--CACC--ATG---AA-T---Tt
gi|18 : cTAGATTTCATGGGAGCTCAATTTTCATGGATT-----TGGGG---TGTATC-C---CTATCCT-ACAAATGTCAA-ACCACA------GCCA-A-ATA--------t
gi|19 : ttactgtgaaaggaaTGGGTACCCCTATC-C---T---------GAATTTCAA-ACCACA------AGGA-A-ATA--------CAA-ATCTATT-TATTCAATGTGTT-------AAT----G--TATAGA-AACC-------atgt
gi|2 : gTTGAATCATTTGATTTTGAGGGAGCCCAATTTTCGTGTATTTCATCTAGGAACTTGAATC-C---C-A---TGATGAATTTCAA-ACCACA------ATGA-A-ATA--------CAT-A---ATT-TGTACAATGTTTC-------ACA----A--TCCGGA-AACC-------TTT--A-----A-T--A---A-----TG---A--T---C-C----------ATTACAACGAA--ACTGT-AAAATC-TTGATGATATACCAAACA--T--GG--CCCCCAATG---AA-TAATCAATTGAAA----TGATTTTATGTTAACTAGTACA-TTCCAA-ATTGCAGTTTTTATGGATATTGAAT--CGTGGAATATatatccaaagatta
gi|21 : TTCCATTGAA--ACTGT-AAAATC-CTGGCAATCCATGAGG-A--T--GGGACTTCC-ATG---A-------AATTGAA
gi|3 : GAATCATTAGATTTTGTTGGGGTTTCATTTTTTT---TTTC-TGTGAGAACCTGTATC-C---C-C---CCACTAATTTCAA-AGCACATTATTCAAGA-A-AAAAAAGACCCCAC-A---ATT-TATACAAT--------------A----A--T--GAA-AATC-------C----AC----A-A--A---A-----TT---A--C---C-C------------CTCGATGAA--CCTGT-AAAATC-TCCACTCTCAACAAAACA--T--GG--CCCTC-ATG---AA-T---TTAT----A----TAATTTTG----AAGTA-TACGCTCCCAATATTGCAttattc
gi|4 : tgTC-C---C-A------CAAATTTCAA-ACCACA------ACAA-A-ATA--------CAC-A---ATT-CATCCAATGTTTCAATGTGTACAAACCA--TATGAACAAC-------------A-----A-A--A---A-----T----A--C---C-C----------ATCCAAACAAA--ACTGT-AAAATG-TCAACAATCCAC--AACAATT--AG---CCCCAACA---GA-T------TTGAGATAATTGATTTCACAGTAGTTTTTAC--TTCT---ATTACAA-------GAATATTAAATTATATGAAATAT
gi|5 : agatggcactcccgGGGAGCCCAATTTTCGTGTATTTCATCTAGGAACTTGAATC-C---C-A---TGATGAATTTCAA-ACCACA------ATGA-A-ATA--------CAT-A---ATT-TGTACAATGTTTC-------ACA----A--TCCGGA-AACC-------TTT--A-----A-T--A---A-----TG---A--T---C-C----------ATTACAACGAA--ACTGT-AAAATC-TTGATGATATACCAAACA--T--GG--CCCCCAATGAATAA-T---CAATTGAAA----TGATTTTATGTT-ACTAGTACA-TTCCAA-AT
gi|6 : GAATCAATAAATTTCATGGTGGCTAAATATTCGTGGATTTCA---AGG---CTACGCCAC---C-A---A-ACAAATTTCTA-ACCACA------GCAA-A-AT-----------C-----------TGTGATGTTT---------CA----A--TA--GA-AATC-------TTAGCA-----A-CTAA---A-----TT---A--T----------------ATCCCAATGAA--AATGGAAAAATCTTCAGTATTCCATAAAAAT--T--GG--CCGCCAA-A---AA-T-----GTC--AA----TGATTCCAC
gi|7 : accatgGAATAATTATATTTTGTAGAGGATCAATTTTT-TGGAT-----------ATCTGTATC-T---C-T---T---TAATTTCAA-AGGAAA------NCGA-GGAT-----------C-A---ATTCTGTATAACGTTTC-------AAT----G--TACAGA-ATTCATATTCAT----A-----A----A---A-----TT---A--T---T-------------TCCCAATGAA--CCTGT-AAAATA-ATGTCAAATAGCAAATCA--T--GG--CCTCC-ATG---AATT---TAAATGAagaataacaca
gi|8 : tg---C-A---T-ACAAATTTAGA-ATCACA------ACAA-A-ATA--------CAT-G---ATT-TTCA-GATGTTTT-------AAT----G--TACAGA-AATC-------C----ATAGCCA-T--A---AAATTGTGTCAA--TAAAC-T----------CTCCCAACAAACCACTGT-GCAATC-TCGGCAATCCATAAAAT---T--GG--TCCCC-ATA---GA-T---TA----AAA----TGATTGTAC
gi|9 : catggctaaccctatATC-C---C-----C-ATGAATTTCAA-ACCACA------ATAA-A-A--------------A---A---TAAACAATGTTT--------ACAT---G--TGCAGA-AACC------------------A-T------A-----TG---A--T---C-CACAATATTATATCCCTTTGAA--ACTGT-AAAATC-TCAACAATCCATGAAagcaaacaca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AATTTATATCCTGTTTGGATGTGTAAAAGCCATATTCACGGAATTTCGTCCCAATAAAACTATAAATAACTGACTTGTCAATCCATGGCCTCTGTGAATTTAAATGA
Unaligned ( gi|20 ): TCATGGCTACCCCTATCTTACAAATTCAAACCAACAATGAAAAACATAAATTTGAAATGCTTTATTGTCC