lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 77777777777777777777777777777777777 11 11111111111111111111111 333333333333333333 1111111 11111111111 111111111 44444444444444444444 11 11111 1111 4444444444 2222 222222222 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 11 22 11 1 2222 11 11 111 111 222 2222222 1 1 1111 1 33333333333333 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 555555 3333333333 2222222 11111 4444444444444444444444 2222222222222 222222222 2222222 22222 1111 11 1 333333333 11 11 1 1 1 1 11 1 1 111111
lowQualScore : 66 66 555 4 4 4 4 4 00000000000000000000000000000000000 22 1 0 3 5555 55555555555555555555555 7 111111111111111111 4 8 99 77 3333333 4 777 55 55 5 55555555555 4 66 4 777777777 4 66 8 4 1 66 0 5 5 5 5 66 5 5 77 0 77777777777777777777 33 5 00000 77 1111 5 0000000000 1 66 5 7777 9999 77 0 6 222222222 6 4444 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 5 5 7 00 44 5 5 5 5 55 1 777 5 0000 6 6 6 6 44 6 5 7 8 6 0 11 0 8 0 8 9 111 888 6 6 333 1111111 99 6 6 99 6 3 3 6 0000 99 3 55 6 6 6 99 77 33333333333333 3 9999 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 1 4 777 6 4 00000 000000 2222222222 5 6666666 00000 8 5 5 1111111111111111111111 8888888888888 666666666 6666666 8 0 8 8 88888 11 0 7777 0 0 11 8 0 8 5 333333333 66 33 0 7 0 0 7 7 88 7 3 3 999999
lowQualScore : .. .. ... . . . . . ................................... .. . . . .... ....................... . .................. . . .. .. ....... . ... .. .. . ........... . .. . ......... . .. . . . .. . . . . . .. . . .. . .................... .. . ..... .. .... . .......... . .. . .... .... .. . . ......... . .... .................................................................................................................................................... . . . . .. .. . . . . .. . ... . .... . . . . .. . . . . . . .. . . . . . ... ... . . ... ....... .. . . .. . . . . .... .. . .. . . . .. .. .............. . .... ................................................................................ . . . ... . . ..... ...... .......... . ....... ..... . . . ...................... ............. ......... ....... . . . . ..... .. . .... . . .. . . . . ......... .. .. . . . . . . .. . . . ......
lowQualScore : 11 11 333 4 4 4 4 4 66666666666666666666666666666666666 22 9 8 6 5555 22222222222222222222222 3 888888888888888888 0 0 55 22 8888888 0 000 55 55 2 00000000000 4 11 4 888888888 4 11 9 4 9 11 4 0 0 0 0 99 7 7 99 1 33333333333333333333 66 7 33333 99 6666 7 0000000000 7 99 0 5555 6666 00 7 7 555555555 7 2222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 7 0 1 00 44 7 7 7 7 77 4 999 7 7777 7 7 7 7 22 7 2 3 0 6 8 00 8 0 8 0 0 777 333 7 7 222 7777777 22 7 7 22 7 3 3 7 8888 22 3 77 7 7 7 22 44 77777777777777 0 4444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 1 0 000 8 0 00000 111111 3333333333 7 4444444 33333 4 7 7 7777777777777777777777 0000000000000 777777777 0000000 0 8 0 0 00000 44 6 0000 8 6 00 0 8 0 0 555555555 00 22 0 0 0 0 3 3 33 3 3 3 777777
consensus : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAAAGT-CAC---GT-GAC----GT--A--CATGTAA--GTGCA-TGATCAG--TTCAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACT-T--G-AGCGT-GAAT-CC----A---T-GAGAAGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TCTATT-------G---AAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----AAA--TTTC-GAGTT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGCGTAAATTTG-AAATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCT-------GNCNNAACACGNNNNCNNCCCTNNAAAANCCTGA-NNNNNNANCNCCNAATNTTNCTCCCNGANAGNNCGNTGAANTCCCGNNNGCTA----ATTGTGT-ACTTT-CGT-GG-TTTTTTTTTTT----TTTTTTC-A-T--ATC-CAT-ATTACATAG-AAGG-AATAATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TT-AGG--TTAAT-ATTTT-TT-AC-TC-AAT-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATAAATCAA--AATA-CTG-ACATGTATTT---TT---CTA-AA-TTACA-A-TACGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATTTGACTGAATT-TC-TTTTT-GTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-GACTGAATGATAAA-GA-GCATCAG-CA--AATGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAGAGAGAGA----GGGGGGG---------AGGGAGAG------AGCCCTTTAN-AAT-TC------AT-------AACAAA-----T---GGAA----CCCATTA-A---AACCCATAAAA-GGTA-----TTC-A---TATTCCAAAATAGCAACTGAA--------A-GGGG-AT-------TGAT-C---TCAAT-TATTTG-CTACA-----------GG---------GGGTG-TCC-AAC-A--ATGGG---------GAAACTA-------A-CTTT-GTA-CCT-----AAAAAAAAA----CAAACC--C-GAAAATCA-ACTCAAATT--AT---GATTACTC-AGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-CAGTA
Reference ( gi|2 ) : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAAAGT-CAC---G--GAC----AT--A--CATGTTA--GTGCA-TGATCAG--TTCAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACT-T--A-AGCGT-GAAT-T-----A---T-GAGAAGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TCTACT-------G---AAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----AAA--TTTC-GAGTT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGCGTAAATTTG-AAATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCT-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATTGTGT-ACTT--CGT-GGGTTTTTTTTTTCTTCTTTTTTTC-A-T--ATC-CAT-ATTACATAG-AAGG-AATAATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TT-A-G--TTAAT-ATTTT-TT-AC-TC-GAT-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATTAATCAA--AATA-CTG-ACATGTGTTT---TT---CTA-AA-TTACA-A-TACGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATTTGACTGAATT-TC-TTTTT-GTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-GACTGAATGATAAA-GA-GCATCAG-CA--AATGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAGAGAGAGA----GGGGGGG---------GGGGAGAG------AGCCCTTTAT-AAT-TC------AT-------AACAAA-----T---GGAT----CCCATTA-A---AACCTATAAAA-GGTA-----TT--A---TATTCCAAAATAGCAACTGAA--------A-GGGG-AT-------TGAT-C---TCAAT-TATTTG-CTACA-----------GG---------GGGTG-T-C-AACAA--ATGGG---------GAAACTA-------A-CTTT-GTA-CCT-----AAAAAAAAA----CAAACC--C-GAAAATCA-ACTGAAAT---AT---GATTACTC-GGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAAATACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-TAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTC
gi|1 : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAAAG-------------------------CATGTGA---CGTA-TGATCAG--T-CAATAA-TA-GGCCGGACGGT--------TA---GAAC-T--G-AGCGTAGAATAC-----AACCC-GAAGAGGGAATG-T-GACTTTT-GAC--A--C------TGA-ACCAT---T-A--TT--TCTATT-------G---AATTTAATT--T-C---------G-C--GA-T-T-CAACC--TCCTCCCTGG-ATG-CATA-TA-G-A--AGCT-AACTT--TAGAACT----------T----GGGTTATA--TTTCCGATTC--TC--TTAA-CTGAC-ATC----------TAAGCCTTAAGCAAA-AATA-GTTCGT----------------AT-GT-------G-TA-CAGCTTAGCT-------GGCAGAACCTGTAGTCTCTCTTGAAAAA-CCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTGT-ACTT--CGTCGGGTTTTTTTCC------------C-A-T--ATA-CATCATTGCA-AGTAAGC-AATA-TGA-AATTGC-A-C-GTT--AGTCTTG-TT-A-GGTCTAAT-ATGTTGTT-ACCTC-AATTCATATCTAGGGCACAT-AAA-ATAAATCAA--A-TA-CTGGACGTGTATTT---TTT--CTA-AACTTACACA-TACGTAA-------GGAAACGTGTGGCAGG--TATT-GACTGAATT-TC-TTTTTTGTTG-CTC-TATACCTAGGATC-TA--AATGTAA-GAG-GAATGATAAA-GACGCA-CAG-CACAAACTGAG-----------------------GAGAGAGAAAGA----GGGGGAG--------------------------CTTTTAA-GAT-TCTTAAC-ATGA-----AACAAA-----TAAAGGAAAAAACCTA--A-A---AACCCATAAAACGGTAATGTTTT--A---TCTCCCAAATCAGCAAATGAG----------GGGG-AT-------TGATTC---CCAGTATATTTG-C-ACATTCAACAGAGGGG---------AGGTGAC-C-AACAAGAATGGGAGCAAGAAAGAAACTACGAAAAAA-CTTTAGTAACCTTGAAAAGAAAAAAAGGCGCAACCCGGC-GAAAATCAGACTCAAATTATAT---GATTACTC-AGTAAA
gi|9 : gaattgtgcggatgtaatttttaagccctaggagttattttgtctatgtgatgtgcttttatcattatgtatgtgcttttatcattatggtactgcttgtcttcatgcatttcttgacatcaattatgtgcaatgtattgcttttgattattatgtgatgtgcatttgtattattgtgattgtgcactccattatgttatcgtcgcagtgtcatttatggatgtgccaAACTT--CGTTTTA-T-AATGA-T-GA-T-CAAAGT-CAC---GTTGACGTTAAT--A--CATGTAA--GTGCA-TGATAAG--TTCAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACT-T--A-AGCGT-GATT-C-----AT--T-GAG-AGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--A--C------TGA---CAT---TTA---T--TCTAAT-------T---GAAG-AATT--TCC---------GCC--GA-T-TTCAAC----TCTCCCTGGGATG-CATA-TATG-A--AGCTAA-CTT--TAGAACT----------T----GA---AAA--TTTC-GAGTT--TG--T--A-TTGAC-ATC----------TAGG-CT--AGCAAA-A-TA-GTT--CGTAAATTTGAAAATGGAT-GT-------G-TATC----TAGCTTTAGTGCTTAGCTGCAGAACTTAAGCTCTCTGAAAACCTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATTGTGTAACTTTCCGT-GGTTTTTTTTTTTC----------CAA-T--ATC-CAT-ATTACATAGAAAGG-AAT-ATGA-AATTGC-A-C-GTTTAAGT-T---TT-AGG--TTAA
gi|14 : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAAAGT-CAC---GT-GAC----GT--A---------------A-TGATCAG--GTCAATAA-TG-G--CGGACGGT-------ATA---GACT-T--G-AGCGT-GATT-C-----A---T--AG-AGGGACTGGC-AACTTTT-GAT--AT-C--------A-ACTAT---TCA--TT--TCTATT-------G---AAAT-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTC-ACC--TCC-CCCTGGGATG-CACA-TA-GAA--AGCT-A-CTT--TAGGACT----------TGGGGG----AAA--TTTT-GA-TG--TT--T--ATTTGAC-ATCTACAAATG--TAGACCT--AAGAAA-A--A-GTT--CGTAAATTTG-AA
gi|4 : AACTT---GTT--A---GATGA-T--A-T-CAA----CAC---GT-GAC----GT--AA-CATGTAA--GTGCA-TGATCAG--TT-AATAA-TG-G--CGGAC-GT-------GTG---A--T-T--A-AGCGT-GAAT-C-----A---T-GATA--GGAC--GT-GACTTTT-GAC--AG-T------TGA-ACCAT---AT---TT--TCTATT-------G----AAG-AA-T--T-C---------G-C--GA-T-TTC-ACC--TCCT-CCTGGGATGCCATA-TG-G-AGTAGCT-A-CTT--T-GAACT----------T----G----GAAATTTTC-GAGTT--TTGCT----TTGAC-ATC----------T
gi|12 : cattaatttgagtgcttattatcattatagtgtatggctattaacattatataatgattctattacattaattgatgtctattatcattatatgagtattatcattatatgaattgtgctatttatattatagtggattgctttatcaatttgtgtgatgtgcatacattatgtaatgtgcttgttatcatactgatgtcttttatcattttggatgtcatttgatcattatgtgatgtgcatttgcattaggagtgctctctatcatattcggtgtgcattaacatcattttattgtgtggctttggggatcgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataattttgcatcaattaatggtaggtgcttttaatcattatgtgatgtgcatttgtcattatagtgtatgttgcacttgccattgatgttatgttgcagtttcatatatgattgcaAACTTTCCGTT--A-T-GA-GA-T-GAAT-CAAAGTTCAC---T--GAC-------------CGTAA--AT------ATCAG--T-CAATAAATGAG--CGGACGGT-------ATAAAAGACC-TTGG-AGCGT-GAAT-TTC---A---T-GAGA--GGACTGGC-GACTTTT-ACCG-AT-C--------A-ACTAT---TCA--TT--TCTATT-------G---AAAT-AATT--T-CCCCCGCCCCG-C--GATT-TTCAA-C--TCCTCCCGGGGGAG-CACA-TA-G-A--AAGC-A-CTTAGTAG-ACTGGGGGGCAAGG----G----AAA--TTTT-GAGTTAGTT--T--A-TTGACGATCTCCCAATTGGTAGACCT--AGCAAA-A-T--GTTC-CGTAAATTTG-AAATGGA
gi|19 : tgtcatgtgcactttgccattatgttatgtttgcattgtcattcatatgaggaAACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAAAGT-CAC---GT-GACGTA-AT--A--CATGTAA--GTGCA-TGATCAG--TTCAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GAC--T--A-AGCGT-GAAT-T-----
gi|7 : AACTT--CGTT--ATT-GATGATT-GA-T-AACAGT-CACCGTG--GAC----GTAAA--CATGTAAATGTGCACTGATCAGCCTTCAA-AA-TG-G--CGGGAGGT-------Gc
gi|3 : cattatgtttgagtgccttttattatcatttgtgtgattgcattttatccatctatgattgatgtgttattgtcttattgtttgaattgttgctctttatcattacgtgattgctgctttaattcattatgcgattgttgcgtttatcattatttgggatggccactttgtgcattatgtagatgtgacttctattccatttacttggtgtgcatttttacatcattacgtgattggtgctattgtcatatgttcgatgctgcactttgtacaattacgtgatgtaatgatgcatttgtcaatttatgtttgatgtgcctttatcatttatgttagtgtgctaattttttttatgttgatgtgcattttttgcatcataatgtgatgtcgcttctttaattagttatgtagatctgtgcattttgtctttatgtgcatgtaatgacttagccaatttatagttatgtgcagtttgtcattattattgatgttgcaACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-TTCAAAGT-CAC---GT-GAC----GT--A---------------A-TGATCAG--GTCAATAA-TG----CGGACGGT-------ATA---GACT-T--G-AGCGT-GAAT-TC----A---T-GAGA-GGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TCTATT-------G---GAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC----CTCCCTGAGATG-CATAATA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----GGAG-TTTC-GA-TT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAA-CCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGT---AATTTG-AAATGGAC-GT-------G-TA-C----TAGCT-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---ATTGTGT-ACTT--CGT-G--TTTTTTTTTTTTTCCC-----C-A----ATC-CAT-ATTGCATAG-AAGC-AATA-TGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TT-A-G--GTTAT-ATTTT-TTTAC-TC-AAT-CATATCTAGGGCAAATTAAATATAAATCAA--AATA-CTG-ACATGTATTT---TT---CTA-AA-TTACA---TACGTAA-------GGAA--GT-TGGCAG---TATTTGACTGAATT-TC-TTTTT-GTTG-CTCATATACCTAGG-T--TA--AATGTAA-GAGTGAATGATAAA-GA-GCATCAG-CA--AATGGAGA-GA--------------AGAAAGAGAGAGAGAGA----GAGAGAG---------AGGGGGG-----------CTTTAT-AAT-TC------TT-------AA---------T---GGAA----CCCATTA-A---AACC-ATAAAA-GGTA-----TTTTA---TATTCCAAAATAGCAACTGAA--------A-GGGGGAT-------TGAT-C---TCAAT-TATTTG-CTACA-----------GG---------GGGTG-T-CCAACAA---TAGG---------GAAACTA-------A-CTTT-GTA-CCT-----AAAAAAAAA----TAAACC--CCGAAAATCA-ACTCAAATT--AT---GATTACTCCAGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-CAGTAat
gi|16 : ACTT--CGTT--A-TTGATGA-TTGA-T-AACAGT-CACCGTG--GAC----GT--AAACATGTAAATGTGCACTGATCAGCCTTCAA-AA-TG-G--CGGGAGGT-------Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgcacaattaaaattc
gi|10 : CAATAA-TG-C--TGAACGGTTCATCCAATG---TGCT--------CGTCGAAT-C-----A---T-GA--AGGGACTCGT--ACTTTT-TAC--AT-CGTACTGCGACACCATATACTA--TTATCCTATT-------G---AA-G-AATT--T-C---------T-C--CA-T-TTCAACC--TCCCTCGTGCGA---CTTA-TA-A-A--atagatatgcggagattgcgtgtaaaccacctcatggcggaaagtttgctagtgaattcattgaggagggactggtggacttttggaccaatactgaaccatatctcga
gi|16 : tttgtcatatgtgatgtctttatgtgaaattcatggacatcttgattgtatgtgcctttatcattagaggtatgtgcatttttcatttatgtagtgcatttttgcatcattaatgtgatgtgcttttatatatgtgactggcattgatcattatgtgtgtgcacttcataatttatggcatgttgttcatagcctgatttatgattttgcttaacacgacttatatcgtgtcgattgatgatagacactagtaactcgaagcgtacattattcatcctacagtataA-TG-G--CGGAAAGT-------TTG------C-T--A----GT-GAAT-TC----A---TTGAGGAGGGACTGGTGGACTTTTGGACCAATAC------TGA-ACCA-----TA--TC--TCttcacttaatagg
gi|15 : acttcgttattgatgattgataacagtcaccgtggacgtaaacatgtaaatgtgcactgatcagccttcaaaatggcgggaggtgatagatatgcggagattgcgtgtaaaccacctc---GACTGT--ATAGCGT-GAAT-TCTCCTA---T-GAGA-GGGCCTGAT-GCCTTTTTGAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TCTTCTTATTTACGCACAAAG-AATCTGT-C---------G-CCGGATT-TTCAGACGGTCCTCga
gi|6 : gcgtgatcggatgtagaGCGT-GAAT-TC----A---T-GAGA-GGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTAAATT--TCTATT-------G---AAAG-ATTT--T-C---------G-C--GA-TATTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------TGG--G----AAA--TTTC-GAG-T--TT--T--A-TTGAC-ATA----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTT--CGTAATTTTT-GAATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCTN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATTGTGT-ACTT--CGT-GG--------------TTTTTTTTC-A-T--ATC-CAT-A-TACATAG-AAGG-AAT-ATGA-AATTGC-A-CAGTT--AGT-TTG-TT-AGG--TTAATAATTTT-TT-AC-TCAAAT-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATTAATC-A--AATA-CTG-ACATGCATTT---TT---CTA-AA-TTACA-A-TACGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CA-TTGACTGAATT-TCTTTTTT-GTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAAGGACTGAATAATAAA-AA-GCATCAG-CA--AAAGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAG-----------GGGG-------------------G------AGCCCTTTAT-AAT-TC------AT-------AA-AAA-----T---GGAA----CCCATTATA---AACCCATAAAA-GGTA-----TTC-A---TATTCCAAAATAGCAACTGAA--------AGGGGG-AT-------TGAT-C---T-AAT-TATTTG-CTACA-----------AG---------GGGTG-TCC-AAC-A--ATGGA---------GAAACTA-------A-CTTT-GTA-CCTA----AAAAAAAAA----CAAACC--C-GAAAATCA-ACTgcaccgtcgggagtcatactcagaacgcctagggcttgttaaagaccattgagaaattttctgatgttttt
gi|13 : gC----------TAGGCTA--AGCAAACA-AA-GTTCG--TAAATTTG--AATC-AT-G-----------A-T----TAG---------GACCTACTACGTTAACTGTCCATCAACTTCTTAA-AAAAACAACACCAAATTTTGCTCCCGAATAAGTCGGTGAATTCTCCATC--------ATTGACT-ACTG--CGT-G-------TTTTTTGGGTTTTTTTC-A-CTAATC-CAT-AT-ACATAA-AAG--AATTATGA-AATTGCAA-C-G-T--AGT-TTGATTAA-G--GTAAT-A-CTT-TT-AC-TA-CAT-CATATCTA-GGCAAATTAAc
gi|5 : catcga--AGCAAA-A-TAAGTTCG--TAAATTTG-AATTGGATAGTTCCTAAGGCTA-C----TAGCT-------AACTGAAAACTGTAGCATCTCTAAAAA--CTTGA-TCTCTGATCTTCCAATATTTTTTTCTGAGAGTATGTTAAAGTTCTGCAAGCTA------TGTGT-ACTTT-CGT-TG------TTTTTTGAGGTTTTTTC-A-T--ATCTCAT-AT-A-ATAA-AAGGTAATATGGAGAATTGC-AAC-GTT--AGTATTG-TT-A-GG-TTTAT-ATTTT-TT-AC-TC-AGT-CATAT---AGGCAAAT-AAA-ATTAATCAACAAATATCTG-ACATGT--TA---TT---TTA-AA-TTACA---TACGTAACTTCGTAAGAA--GT-TG-CAGGACTATTTGACTGAATTCTT-TTTTT-GTTGTCTCATATACCTAGT-TCCTA--AATGTAA-GACTGAATGA-AAA-GA-GCATCAG--A--AATG-AGA-GA-------------GAGAAAGAGAG---GAGA----GGGGGGG---------AGGA------------CTCTTTAT-AATATC-----------------TAAA-----G---GAA------ACATTA-A---AAAC-ATCAAA-GGTA-----TTTCA---TAT-CCAAAATAGCAACTGAA--------AGGGGG-AT-------TGAT-C---TC-AT-TATTTG-CTACA------------G---------GGGTG-TCC-AAC-A--ATGGG---------G-AACTA-------A-C-TT-GTA-CAT-----AAA-----------AAACC--C-G-AAATCA-ACTCAAAT---ATATGAATTACTC-AGTAAAAT--ACTTCTAGG-CTTTAAAAATTACATCC-GC-TT--CTTGAATTCCA--CGTTATGTGTACCATGCATCATTATATAT-TA-TAGTAct
gi|8 : tcta-ACTTTCCGT-GGTTTTTTTTTTTC----------C-AAT--ATC-CAT-ATTACATAGAAAGG-AAT-ATGA-AATTGC-A-C-GTTTAAGT-T---TT-AGG--TTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|11 : ta-ATTTT-AT-AT-TC-AGT-CATATCCATGGCAAATTAAG-ATAAATCAA--AATA-C---ATATATATTT---TTTAATTACAA-TTACA-ATTTCGTAA-------GGAA--GT-TTGCGGG--CATTTGACTGAACT-TCATTTTT-GATG-CCCATACAT--------------ATGTTA-----GAATGATATG-GA-GCATCAGACA--CATGGCGT-GATTTTTCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNN---------NNNNNNNN------NNNNNTTTAA-AAT-TCTTTACAATGAAACAAAATAAA-----T---GGGA----CCCATTA-A---AACTCGCAAAA-GGTA-----TTCCC---TACTCCAAAATAGCAACCTAAGCGGGTGGA-GGGG-GTGGGGTTATAAT-T---TC-AT-TATTTG-CTACA-----------GG---------GGGTggtagtaaggaagttgcaggcatttgactgaatttcttttttgttgctcatatacctaggtctatgaatgtaatgactgaatgataaaagagcatcagcaaatggagacgagagaaagacagagagaggagggggggggggggggggggggggagaaaacctttaataaattcatacaatgaacaaaaataactgaacccataaaaggtatttcatattccaaaatagcaactgaaaggggggatctcattaatttgcctacagggggtgtccaacaatggggaaactaacctttgtacctaaaacaacaccccgaaaatcaactcaattatattactcagtaaaataaacttctaggtgcttaaaaattacatcctgcttttctttgaatcaaccgttagtttacatgcatattatataattccagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|8 : cattgtttactttgccGTTTAAGTT---TTA-GG-TTAAG-G-TA-GTAA-------GGAA--GT-TG-CAGG--CATTTGACTGAATT-TC-TTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TATGAATGTAATGACTGAATGATAAAAGA-GCATCAG-CA--AATGGAGACGA-------------GAGAAAGACAGAGAGAGGAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGAGAA------AACCTTTAATAAAT-TC------AT--------AC-AA-----T---GAAC----AAAAATA-ACTGAACCCATAAAA-GGTA-----TTTCA---TATTCCAAAATAGCAACTGAA--------A-GGGG-G---------GAT-C---TCATT-AATTTGCCTACA-----------GG---------GGGTG-TCC-AAC-A--ATGGG---------GAAACTA-------ACCTTT-GTA-CCT-----AAAACAACA----C---CC--C-GAAAATCA-ACTCAATT---AT----ATTACTC-AGTAAAATAAACTTCTAGGTGCTTAAAAATTACATCCTGCTTTTCTTTGAAT--CAACCGTTA-GTTTA-CATGCAT-ATTATATA-ATTCCAGTA
gi|20 : taactttccgtggtttttttttttccaatatccatattacatagaaaggaatatgaaattgcacGAGA-GA-------------GAGAGAGAGAGAGAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|18 : AGAGAGAGAGAGA----GAGAGAG---------AAAAAGAGTTTTGAAACTCTTGAC-AAT--C------A--------AACAAAATATAT---GGGA----CTCATTA-A---AGCCTATAAAA--GTA-----TTCGC---TATTCCAAAATActcttaaaattattgacaactgggactcaatgaaaactataaaaggtatacgcttttccaaaatcacttataagg
gi|21 : GAGAGAGAGAGA----GAGAGTT---------TGGGAG------------TTTTGA-AAT-TC------TT-------GACAA------T---AAAA----CAAATTA-A---AGCCTATAAAA-GGTA-----TTCGC---TATTCCAAAATAACa
gi|20 : tGAGA----GAGAGAG---------AGAGAGAG------AGCTCTTAA--AAT-TA------TT-------GACAAC-----T---GGGA----CTCAATG-A---AAACTATAAAA-GGTA------T--ACGCTTTTCCAAAATg
gi|17 : GA---------GAGAAAAG------AGC--TTTGA-AAT-TCTTGACAATCA-----AACAAAA----T---AGATGGGACTCATTA-A---ATCCTATAAAA-G-TA-----TT--CGC-TATTCCAAAATTACG--TAAA--------G-GGGG-ATAT-----TGAT-TCAATCCAT-TACTTG-CTAAA-----------GAAAGGGGGGAGGGTG-T-C-A--------GAG---------GAAAcacttataagg
gi|1 : AAAAT-AACTCCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAACTCCCCGTCGAGGCCTCATCTAAGGATTGCGTGTAAACCAACTCTGGCGGAAG
Unaligned ( gi|23 ): CACGTCGAGGCCTCATCTAAGGACCAACTCTGGCGGAAG
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333 111111 11111111 11111111111 11 1111111 111111111 33333333333333333333 11 1111111 3333333333 2222 1111111 1111 2222222222222222222222222222222 1111111 333333333333333 2222 111 2222222222222222222 1 11 11 1 111 111 1111111 1 33333333333333 2222222222 3333333333333333333 444444444444444444444 111111111 1111 22222 2222222222 22222222222 333333333333333 111 222222222 2222222 11 2222222 111 11 1 1 1
lowQualScore : 55 55 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 7 3 55 666 3333333333333333333333 3 222222 3 3 44 22222222 777 7777 6 88888888888 3 88 3 7 88 55 1111111 3 666 55 55 7777 777 9999 4 55 4 666666666 4 55 8 4 0 55 4 4 4 4 66 5 5 66 99999999999999999999 11 5 5 66 3333333 5 5555555555 0 66 4 4444 1111 4 66 5 8888888 5 5 2222 8888888888888888888888888888888 66 1111111 1 11 1 1 11 00 11 1 2222 1 0 1 222222222222222 5 7777 5 000 0 7777777777777777777 5 66 5 5 9 5 77 99 5 5 5 5 33 0 3 5 5 5 5 5 5 5 5 3 5 6 4 99 7 6 6 6 555 5 5 888 8888888 77 5 4 77 5 5 5 7 5 6666 77 888 22 5 5 5 77 77 33333333333333 9999 0000000000 5555555555555555555 666 3 999999999999999999999 3 999999999 7777 2 3 6 3 1111 11111 2222222222 00000000000 5 888 6 5 5 000000000000000 888 666666666 1111111 6 6 6 55 1 1111111 6 99 6 0 999 8 8 88 8 8 8 3 3 33 3 0 0 3 3
lowQualScore : .. .. . . . . . . . . . . . . .. ... ...................... . ...... . . .. ........ ... .... . ........... . .. . . .. .. ....... . ... .. .. .... ... .... . .. . ......... . .. . . . .. . . . . .. . . .. .................... .. . . .. ....... . .......... . .. . .... .... . .. . ....... . . .... ............................... .. ....... . .. . . .. .. .. . .... . . . ............... . .... . ... . ................... . .. . . . . .. .. . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . ... . . ... ....... .. . . .. . . . . . .... .. ... .. . . . .. .. .............. .... .......... ................... ... . ..................... . ......... .... . . . . .... ..... .......... ........... . ... . . . ............... ... ......... ....... . . . .. . ....... . .. . . ... . . .. . . . . . .. . . . . .
lowQualScore : 55 55 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 3 6 00 444 4444444444444444444444 6 555555 3 3 66 44444444 000 7777 7 00000000000 6 11 6 3 66 77 7777777 6 444 00 00 7777 000 3333 0 55 0 000000000 0 55 0 0 8 55 4 4 4 4 11 0 0 99 00000000000000000000 99 0 6 99 0000000 0 6666666666 2 11 4 7777 9999 4 11 7 6666666 7 7 1111 7777777777777777777777777777777 77 7777777 0 11 0 0 11 33 11 0 3333 0 1 0 333333333333333 0 4444 0 666 1 6666666666666666666 0 99 0 0 4 0 55 11 0 0 0 0 88 0 2 0 0 0 7 7 7 7 7 0 0 7 0 22 3 7 7 7 777 7 7 666 6666666 99 7 3 99 0 7 7 1 7 6666 99 666 11 7 7 7 99 44 77777777777777 4444 8888888888 3333333333333333333 000 6 333333333333333333333 5 111111111 7777 6 6 4 6 4444 55555 9999999999 00000000000 0 888 2 0 0 888888888888888 333 777777777 7777777 7 7 7 88 5 7777777 7 22 7 8 888 0 0 88 0 0 0 2 2 88 2 0 0 2 3
consensus : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A--CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--GAGCGT-GAATT-C----A---T-GAGAAGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TATT---G---AAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----AAA--TTTC-GAGTT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGCGTAAATTTG-AA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCT---G-GCNNA---NCACGNNNNCNGCTCTTNAAAAA-CCTGA-NNNNNNANCNCCNAATNTTNCTCCCNGANAGNNCGNTGAANTCCCGNNNGCTA----ATTGTGT-ACTT--T-C-GTGG-TTTTTT----TTTT----TTTTTTCC-AT--ATC-CAT-ATTACATAG-AAGG-AATAATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTAGGT-TA-ATA-TTTT-TTAC-TCAA-T-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATNAATCAA--AATA-CTG-ACATGT-ATTTTT---CTA-AA-TTACA-A-TACGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATTTGACTGAATT-TC-TTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-G-ACTGAATGATAAA-GA-GCATCAG-CA--AATGGAGA-GA-------------GAGAAAGA----GAGA---------GAGAGAGGGGGGGAGGGAGA-G------AGCCCTTTA--NAAT-T-----C------AT-------AACAAA-----T---GG----AACCCATTA-AAACCCATAAAA-GGTA----TT-C-GCTATTCCAAAATAGCAACTGAA--------A-GGGG--AT-------TGA-TC---TCAAT-TATTTG-CTACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTCAAAT--TATG-ATTACT-CAGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-CAGTA
Reference ( family-3207 ) : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A--CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--GAGCGT-GAATC-C----A---T-GAGAAGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TATT---G---AAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----AAA--TTTC-GAGTT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGCGTAAATTTG-AA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCT---G-NCNNA---ACACGNNNNCNNCCCTNNAAAAN-CCTGA-NNNNNNANCNCCNAATNTTNCTCCCNGANAGNNCGNTGAANTCCCGNNNGCTA----ATTGTGT-ACTT--T-C-GTGG-TTTTTT----TTTT----TTTTTTTC-AT--ATC-CAT-ATTACATAG-AAGG-AATAATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTAGGT-TA-ATA-TTTT-TTAC-TCAA-T-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATAAATCAA--AATA-CTG-ACATGT-ATTTTT---CTA-AA-TTACA-A-TACGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATTTGACTGAATT-TC-TTTTT-GTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-G-ACTGAATGATAAA-GA-GCATCAG-CA--AATGGAGA-GA-------------GAGAAAGA----GAGA---------GAGAGAGGGGGGGAGGGAGA-G------AGCCCTTTA--NAAT-T-----C------AT-------AACAAA-----T---GG----AACCCATTA-AAACCCATAAAA-GGTA----TT-C-A-TATTCCAAAATAGCAACTGAA--------A-GGGG--AT-------TGA-TC---TCAAT-TATTTG-CTACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTCAAAT--TATG-ATTACT-CAGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-CAGTA
gi|1 : AAAAT-AACTCCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-
gi|1 : gaattgtAACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AG--CA-T-GT-G-A--CG---T----A-----------------TGAT-CAG--T---CAATAA-TA-GGCCGGACGGT--------TA---GAACT--GAGCGTAGAATA-C----AACCC-GAAGAGGGAATG-T-GACTTTT-GAC--A--C------TGA-ACCAT---T-A--TT--TC----TATT---G---AATTTAATT--T-C---------G-C--GA-T-T-CAACC--TCCTCCCTGG-ATG-CATA-TA-G-A--AGCT-AACTT--TAGAACT----------T----GGGTTATA--TTTCCGATTC--TC--TTAA-CTGAC-ATC----------TAAGCCTTAAGCAAA-AATA-GTTCGT------------------AT-GT-------G-TA-CAGCTTAGCT---G-GCAGA---ACCTGTAGTCT-CTCTTGAAAAA-CCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTGT-ACTTCGT-C-G-GG-TTTTTT----TCC------------C-AT--ATA-CATCATTGCA-AGTAAGC-AATA-TGA-AATTGC-A-C-GTT--AGTCTTG-TTAGGTCTA-ATA-TGTTGTTACCTCAA-TTCATATCTAGGGCACAT-AAA-ATAAATCAA--A-TA-CTGGACGTGT-ATTTTTT--CTA-AACTTACACA-TACGTAA-------GGAAACGTGTGGCAGG--TATT-GACTGAATT-TC-TTTTTTGTTG-CTC-TATACCTAGGATC-TA--AATGTAA-G-AG-GAATGATAAA-GACGCA-CAG-CACAAACTGAG-----------------------GA----GAGA---------GAAAGAGGGGGAG------------------CTTTTA--AGAT-TCTTAAC------ATGA-----AACAAA-----TAAAGGAAAAAACCTA--A-AAACCCATAAAACGGTAATGTTT-T-A-TCTCCCAAATCAGCAAATG-A--------G-GGGG--AT-------TGATTC---CCAGTATATTTG-C-ACATTCAACAGAGGG---GAGGTGACCAACAAGAATGGGAGCAAGAAAGAAACTACGAAAAAA-CTTTAGTAACCTTGAAAAGAAAAAAAGGCGCAAC-CCGGCGAAAATCAGACTCAAATTATATG-ATTACT-CAGTAAAgtctatgtgatgtgcttttatcattatgtatgtgcttttatcattatggtactgcttgtcttcatgcatttcttgacatcaattatgtgcaatgtattgcttttgattattatgtgatgtgcatttgtattattgtgattgtgcactccattatgttatcgtcgcagtgtcatttatggatgtgccaaacttcgttatgatgatgatcaaagcatgtgacgtatgatcagtcaataataggccggacggttagaactgagcgtagaatacaacccgaagagggaatgtgacttttgacactgaaccattatttctattgaatttaatttcgcgattcaacctcctccctggatgcatatagaagctaactttagaacttgggttatatttccgattctcttaactgacatctaagccttaagcaaaaatagttcgtatgtgtacagcttagctggcagaacctgtagtctctcttgaaaaacctgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgtgtacttcgtcgggtttttttcccatatacatcattgcaagtaagcaatatgaaattgcacgttagtcttgttaggtctaatatgttgttacctcaattcatatctagggcacataaaataaatcaaatactggacgtgtattttttctaaacttacacatacgtaaggaaacgtgtggcaggtattgactgaatttcttttttgttgctctatacctaggatctaaatgtaagaggaatgataaagacgcacagcacaaactgaggagagagaaagagggggagcttttaagattcttaacatgaaacaaataaaggaaaaaacctaaaaacccataaaacggtaatgttttatctcccaaatcagcaaatgagggggattgattcccagtatatttgcacattcaacagaggggaggtgaccaacaagaatgggagcaagaaagaaactacgaaaaaactttagtaaccttgaaaagaaaaaaaggcgcaacccggcgaaaatcagactcaaattatatgattactcagtaaa
gi|10 : gaattgtgcggatgtaatttttaagccctaggagttattttgtctatgtgatgtgcttttatcattatgtatgtgcttttatcattatggtactgcttgtcttcatgcatttcttgacatcaattatgtgcaatgtattgcttttgattattatgtgatgtgcatttgtattattgtgattgtgcactccattatgttatcgtcgcagtgtcatttatggatgtgcca-T-GATGA-T-AG-A-CACTAGT-AA-C-TC-G-AAGCG---T----A--CAT-TA----TTCA-TCCTACAG--TATACAATAA-TG-C--TGAACGGTTCATCCAATG---TGCT------CGTCGAATC------A---T-GA--AGGGACTCGT--ACTTTT-TAC--AT-CGTACTGCGACACCATATACTA--TTATCC----TATT---G---AA-G-AATT--T-C---------T-C--CA-T-TTCAACC--TCCCTCGTGCGA---CTTA-TA-A-A--
gi|11 : tttgtcatatgtgatgtctttatgtgaaattcatggacatcttgattgtatgtgcctttatcattagaggtatgtgcatttttcatttatgtagtgcatttttgcatcattaatgtgatgtgcttttatatatgtgactggcattgatcattatgtgtgtgcacttcataatttatggcatgttgttcatagcctgatttatgattttgcttaacacgacttatatcgtgtcgatA-TTTT-ATAT-TCAG-T-CATATCCATGGCAAATTAAG-ATAAATCAA--AATA-C---ATATAT-ATTTTTTAATTACAA-TTACA-ATTTCGTAA-------GGAA--GT-TTGCGGG--CATTTGACTGAACT-TCATTTTT-GATG-CCCATACAT--------------ATGTTA------GAATGATATG-GA-GCATCAGACA--CATGGCGT-GATTTTTCTTNNNNNNNNNNNNN----NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N------NNNNNTTTA--AAAT-T-----CTTTACAATGAAACAAAATAAA-----T---GG----GACCCATTA-AAACTCGCAAAA-GGTA----TTCC-C-TACTCCAAAATAGCAACCTAAGCGGGTGGA-GGGG--GTGGGGTTATAA-TT---TC-AT-TATTTG-CTACA-----------G---GGGGTttcacttaatagg
gi|12 : cattgtttactttgccAACTTTCCGTT--A-T-GA-GA-T-GAAT-CAA-AGTTCA-C--T-G-A--C--------------CGTAA--AT------AT-CAG--T---CAATAAATGAG--CGGACGGT-------ATAAAAGACCTTGGAGCGT-GAATTTC----A---T-GAGA--GGACTGGC-GACTTTT-ACCG-AT-C--------A-ACTAT---TCA--TT--TC----TATT---G---AAAT-AATT--T-CCCCCGCCCCG-C--GATT-TTCAA-C--TCCTCCCGGGGGAG-CACA-TA-G-A--AAGC-A-CTTAGTAG-ACTGGGGGGCAAGG----G----AAA--TTTT-GAGTTAGTT--T--A-TTGACGATCTCCCAATTGGTAGACCT--AGCAAA-A-T--GTTC-CGTAAATTTG-AA--ATGGA
gi|13 : tgtcatgtgcactttgccattatgttatgtttgcattgtcattcatatgaggaC----------TAGGCTA--AGCAAACA-AA-GTTCG--TAAATTTG-AATCATG----------------A-T----TAG-----G-ACCTA---CTACGTTAACTGTCCATCAACTT-CTTAA-AAAAACAACACCAAATTTTGCTCCCGAATAAGTCGGTGAATTCTCCATC--------ATTGACT-ACTG----C-GTG---TTTTT----TGGG----TTTTTTTC-ACTAATC-CAT-AT-ACATAA-AAG--AATTATGA-AATTGCAA-C-G-T--AGT-TTGATTAAGG-TA-ATA--CTT-TTAC-TACA-T-CATATCTA-GGCAAATTAA
gi|14 : catcgaAACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A---------------A-TGAT-CAG--G-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------ATA---GACTT--GAGCGT-G-ATT-C----A---T--AG-AGGGACTGGC-AACTTTT-GAT--AT-C--------A-ACTAT---TCA--TT--TC----TATT---G---AAAT-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTC-ACC--TCC-CCCTGGGATG-CACA-TA-GAA--AGCT-A-CTT--TAGGACT----------TGGGGG----AAA--TTTT-GA-TG--TT--T--ATTTGAC-ATCTACAAATG--TAGACCT--AAGAAA-A--A-GTT--CGTAAATTTG-AA--ct
gi|15 : AGCGT-GAATT-CTCCTA---T-GAGA-GGGCCTGAT-GCCTTTTTGAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TCTTCTTATTTACGCACAAAG-AATCTGT-C---------G-CCGGATT-TTCAGACGGTCCTC
gi|16 : gcgtgatcggatgtagagactgtatACTT--CGTT--A-TTGATGA-TTGA-T-AAC-AGT-CA-CCGT-GGA--CG---T----AAACATGTAAATGTGCACTGAT-CAGCCT-T-CAA-AA-TG-G--CGGGAGGT-------Ggcaccgtcgggagtcatactcagaacgcctagggcttgttaaagaccattgagaaattttctgatgttttt
gi|16 : A-TG-G--CGGAAAGT-------TTG-----CT----AG--T-GAATT-C----A---TTGAGGAGGGACTGGTGGACTTTTGGACCAATAC------TGA-ACCA-----TA--TC--TC----atagatatgcggagattgcgtgtaaaccacctcatggcggaaagtttgctagtgaattcattgaggagggactggtggacttttggaccaatactgaaccatatctcga
gi|17 : acttcgttattgatgattgataacagtcaccgtggacgtaaacatgtaaatgtgcactgatcagccttcaaaatggcgggaggtgatagatatgcggagattgcgtgtaaaccacctcGAGAGAAAAG------AGC--TTTG--AAAT-T-----CTTGACAATCA-----AACAAAATAGAT---GG----GACTCATTA-AATCCTATAAAA-G-TA----TT-C-GCTATTCCAAAATTACG--TAAA--------G-GGGGATAT-------TGA-TTCAATCCAT-TACTTG-CTAAA-----------GAAAGGGGga
gi|18 : AGA----GAGA---------GAGAGAGAGAGAGAAAAAGA-GTTTTGAAACTCTTGA--CAAT-------C------A--------AACAAAATATAT---GG----GACTCATTA-AAGCCTATAAAA-G-TA----TT-C-GCTATTCCAAAATAggagggtgtcagaggaaa
gi|19 : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CGTAAT----A--CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GAC-T--AAGCGT-GAATT-C----a
gi|2 : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-G--G-A--CA---T----A--CATGTTA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--AAGCGT-GAATT------A---T-GAGAAGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TACT---G---AAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----AAA--TTTC-GAGTT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGCGTAAATTTG-AA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCT---N-NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATTGTGT-ACTT----C-GTGGGTTTTTT----TTTTCTTCTTTTTTTC-AT--ATC-CAT-ATTACATAG-AAGG-AATAATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTAG-T-TA-ATA-TTTT-TTAC-TCGA-T-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATTAATCAA--AATA-CTG-ACATGT-GTTTTT---CTA-AA-TTACA-A-TACGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATTTGACTGAATT-TC-TTTTT-GTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-G-ACTGAATGATAAA-GA-GCATCAG-CA--AATGGAGA-GA-------------GAGAAAGA----GAGA---------GAGAGAGGGGGGGGGGGAGA-G------AGCCCTTTA--TAAT-T-----C------AT-------AACAAA-----T---GG----ATCCCATTA-AAACCTATAAAA-GGTA----TT---A-TATTCCAAAATAGCAACTGAA--------A-GGGG--AT-------TGA-TC---TCAAT-TATTTG-CTACA-----------G---GGGGTGT-CAACA--AATGGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTGAAA---TATG-ATTACT-CGGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAAATACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-TAGTA
gi|20 : GAGAGAGAGAGAGAGAGA-G------AGCTCTT-A--AAAT-T-----A------TT-------GACAAC-----T---GG----GACTCAATG-AAAACTATAAAA-GGTA----TA-C-GCTTTTCCAAAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttc
gi|21 : GA----GAGA---------GAGAGAGAGAGTTTGGGAG-------------TTTTG--AAAT-T-----C------TT-------GAC-AA-----T---AA----AACAAATTA-AAGCCTATAAAA-GGTA----TT-C-GCTATTCCAAAATAACcacttataagg
gi|3 : tACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-TTCAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A---------------A-TGAT-CAG--G-T-CAATAA-TG----CGGACGGT-------ATA---GACTT--GAGCGT-GAATT-C----A---T-GAGA-GGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TATT---G---GAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC----CTCCCTGAGATG-CATAATA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----GGAG-TTTC-GA-TT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAA-CCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGT---AATTTG-AA--ATGGAC-GT-------G-TA-C----TAGCT---N-NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---ATTGTGT-ACTT----C-GTG---TTTTT----TTTT----TTTTCCCC-A---ATC-CAT-ATTGCATAG-AAGC-AATA-TGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTAGGT-TATAT--TTTT-TTAC-TCAA-T-CATATCTAGGGCAAATTAAATATAAATCAA--AATA-CTG-ACATGT-ATTTTT---CTA-AA-TTACA---TACGTAA-------GGAA--GT-TGGCAG---TATTTGACTGAATT-TC-TTTTT-GTTG-CTCATATACCTAGG-T--TA--AATGTAA-G-AGTGAATGATAAA-GA-GCATCAG-CA--AATGGAGA-GA--------------AGAAAGA----GAGA---------GAGAGAGAGAGAGAGGGGGG------------CTTTA--TAAT-T-----C------TT-------AA---------T---GG----AACCCATTA-AAACC-ATAAAA-GGTA----TT-TTA-TATTCCAAAATAGCAACTGAA--------A-GGGGG-AT-------TGA-TC---TCAAT-TATTTG-CTACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATAGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------TAAACCC--CGAAAATCA-ACTCAAAT--TATG-ATTACTCCAGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-CAGTAg
gi|4 : AACTT---GTT--A---GATGA-T--A-T-CAA-----CA-C-GT-G-A--CG---T----AA-CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T--AATAA-TG-G--CGGAC-GT-------GTG---A--TT--AAGCGT-GAAT--C----A---T-GATA--GGAC--GT-GACTTTT-GAC--AG-T------TGA-ACCAT---AT---TT--TC----TATT---G----AAG-AA-T--T-C---------G-C--GA-T-TTC-ACC--TCCT-CCTGGGATGCCATA-TG-G-AGTAGCT-A-CTT--T-GAACT----------T----G----GAAATTTTC-GAGTT--TTGCT----TTGAC-ATC----------Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgcacaattaaaattc
gi|5 : cattaatttgagtgcttattatcattatagtgtatggctattaacattatataatgattctattacattaattgatgtctattatcattatatgagtattatcattatatgaattgtgctatttatattatagtggattgctttatcaatttgtgtgatgtgcatacattatgtaatgtgcttgttatcatactgatgtcttttatcattttggatgtcatttgatcattatgtgatgtgcatttgcattaggagtgctctctatcatattcggtgtgcattaacatcattttattgtgtggctttggggatcgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataattttgcatcaattaatggtaggtgcttttaatcattatgtgatgtgcatttgtcattatagtgtatgttgcacttgccattgatgttatgttgcagtttcatatatgattgca--AGCAAA-A-TAAGTTCG--TAAATTTG-AA--TTGGATAGTTCCTAAGGCTA-C----TAGCT---A-ACTGA---AAACTGTAGCATCTCT--AAAAA-CTTGA-TCTCTGATCTTCCAATATTTTTTTCTGAGAGTATGTTAAAGTTCTGCAAGCTA------TGTGT-ACTT--T-C-GTTG-TTTTTTGAGGTTTT----TT-----C-AT--ATCTCAT-AT-A-ATAA-AAGGTAATATGGAGAATTGC-AAC-GTT--AGTATTG-TTAGGT-TT-ATA-TTTT-TTAC-TCAG-T-CATAT---AGGCAAAT-AAA-ATTAATCAACAAATATCTG-ACATGTTATTTT------A-AA-TTACA---TACGTAACTTCGTAAGAA--GT-TG-CAGGACTATTTGACTGAATTCTT-TTTTT-GTTGTCTCATATACCTAGT-TCCTA--AATGTAA-G-ACTGAATGA-AAA-GA-GCATCAG--A--AATG-AGA-GA-------------GAGAAAGA----GAG------------GAGAGGGGGGGAGGA-------------CTCTTTA--TAATAT-----C-----------------TAAA-----G---GA----AAC--ATTA-AAAAC-ATCAAA-GGTA----TTTC-A-TAT-CCAAAATAGCAACTGAA--------AGGGGG--AT-------TGA-TC---TC-AT-TATTTG-CTACA---------------GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------G-AACT-------AA-C-TT-GT-ACAT--AAA--------------AAA-CC--CG-AAATCA-ACTCAAATA-TATGAATTACT-CAGTAAAAT--ACTTCTAGG-CTTTAAAAATTACATCC-GC-TT--CTTGAATTCCA--CGTTATGTGTACCATGCATCATTATATAT
gi|6 : tctaGCGT-GAATT-C----A---T-GAGA-GGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTAAATT--TC----TATT---G---AAAG-ATTT--T-C---------G-C--GA-TATTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----GGG--AAA--TTTC-GAGTT--TT-----A-TTGAC-ATA----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCG--TAATTTTT-GA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCT---N-NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATTGTGT-ACTT----C-GTGG-TTTTTT----TT-------------C-AT--ATC-CAT-AT-ACATAG-AAGG-AATA-TGA-AATTGC-A-CAGTT--AGT-TTG-TTAGGT-TA-ATAATTTT-TTAC-TCAAAT-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATTAATCAA--A-TA-CTG-ACATGC-ATTTTT---CTA-AA-TTACA-A-TACGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATT-GACTGAATT-TC-TTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-GGACTGAATAATAAA-AA-GCATCAG-CA--AAAGGAGA-GA-------------GAGAAAGA----GAG-------------------GGGG--------G------AGCCCTTTA--TAAT-T-----C------AT-------AA-AAA-----T---GG----AACCCATTATAAACCCATAAAA-GGTA----TT-C-A-TATTCCAAAATAGCAACTGAA--------AGGGGG--AT-------TGA-TC---T-AAT-TATTTG-CTACA-----------A---GGGGTGTCCAAC---AATGGA---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCTA-AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTCtatagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|7 : gAACTT--CGTT--ATT-GATGATT-GA-T-AAC-AGT-CACC-GTGG-A--CG---TAA--A--CATGTAAATGTGCACTGAT-CAGCCT-T-CAA-AA-TG-G--CGGGAGGT-------G
gi|8 : cattatgtttgagtgccttttattatcatttgtgtgattgcattttatccatctatgattgatgtgttattgtcttattgtttgaattgttgctctttatcattacgtgattgctgctttaattcattatgcgattgttgcgtttatcattatttgggatggccactttgtgcattatgtagatgtgacttctattccatttacttggtgtgcatttttacatcattacgtgattggtgctattgtcatatgttcgatgctgcactttgtacaattacgtgatgtaatgatgcatttgtcaatttatgtttgatgtgcctttatcatttatgttagtgtgctaattttttttatgttgatgtgcattttttgcatcataatgtgatgtcgcttctttaattagttatgtagatctgtgcattttgtctttatgtgcatgtaatgacttagccaatttatagttatgtgcagtttgtcattattattgatgttgca-ACTT--T-CCGTGG-TTTT--------TT----TTTTTCCA-AT--ATC-CAT-ATTACATAGAAAGG-AAT-ATGA-AATTGC-A-C-GTTTAAGT-T---TTAGGT-TA-Aat
gi|8 : taTT---TTA-GG-TTAAG-G-TA-GTAA-------GGAA--GT-TG-CAGG--CATTTGACTGAATT-TC-TTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TATGAATGTAATG-ACTGAATGATAAAAGA-GCATCAG-CA--AATGGAGACGA-------------GAGAAAGACAGAGAGAGGAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGAGA-A------AA-CCTTTAATAAAT-T-----C------ATAC-----AATGAA-----C---AA----AAATAACT--GAACCCATAAAA-GGTAT---TT-C-A-TATTCCAAAATAGCAACTGAA--------A-GGGG--G---------GA-TC---TCATT-AATTTGCCTACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------GAAACT-------AACCTTT-GT-ACCT--AAAACAACA-------C----CC--CGAAAATCA-ACTC-AAT--TAT--ATTACT-CAGTAAAATAAACTTCTAGGTGCTTAAAAATTACATCCTGCTTTTCTTTGAAT--CAACCGTTA-GTTTA-CATGCAT-ATTATATA-ATTCCAGTAggtagtaaggaagttgcaggcatttgactgaatttcttttttgttgctcatatacctaggtctatgaatgtaatgactgaatgataaaagagcatcagcaaatggagacgagagaaagacagagagaggagggggggggggggggggggggggagaaaacctttaataaattcatacaatgaacaaaaataactgaacccataaaaggtatttcatattccaaaatagcaactgaaaggggggatctcattaatttgcctacagggggtgtccaacaatggggaaactaacctttgtacctaaaacaacaccccgaaaatcaactcaattatattactcagtaaaataaacttctaggtgcttaaaaattacatcctgcttttctttgaatcaaccgttagtttacatgcatattatataattccagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9 : taactttccgtggtttttttttttccaatatccatattacatagaaaggaatatgaaattgcacgtttaagAACTT--CGTTTTA-T-AATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GTTG-A--CG---TTAATA--CATGTAA--GTGCA-TGAT-AAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--AAGCGT-G-ATT-C----AT--T-GAG-AGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--A--C------TGA---CAT---TTA--TT--CT----AATT---G----AAG-AATT--TCC---------GCC--GA-T-TTCAAC----TCTCCCTGGGATG-CATA-TATG-A--AGCTAA-CTT--TAGAACT----------T----GA---AAA--TTTC-GAGTT--TG--T--A-TTGAC-ATC----------TAGG-CT--AGCAAA-A-TA-GTT--CGTAAATTTGAAA--ATGGAT-GT-------G-TATC----TAGCTTTAGTGCTTAGCTGCAGAACTTAAGCTCTCTGAAAA-CCTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATTGTGTAACTT--TCC-GTGG------T----TTTT----TTTTTTCCAAT--ATC-CAT-ATTACATAGAAAGG-AAT-ATGA-AATTGC-A-C-GTTTAAGT-T---TTAGGT-TA-Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAACTCCCCGTCGAGGCCTCATCTAAGGATTGCGTGTAAACCAACTCTGGCGGAAG
Unaligned ( gi|23 ): CACGTCGAGGCCTCATCTAAGGACCAACTCTGGCGGAAG
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333 111111 11111111 111 11 1111111 111111111 33333333333333333333 11 1111111 3333333333 2222 1111111 1111 2222222222222222222222222 1111111 333333333333333 2222 222222222222222222222 1 11 11 1 1 111 11 1111111 11 33333333333333 2222222222222 3333333333333333 44444444444444444444444444444444444444 111 2222222222 1111111 333333333333333 111 222222222 2222222 11 2222222 111 11 1 1 1
lowQualScore : 55 55 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 7 3 55 666 3333333333333333333333 3 222222 3 3 44 22222222 777 7777 6 3 7777 000 3 88 3 7 88 55 1111111 3 666 55 55 7777 777 9999 4 55 4 666666666 4 55 8 4 0 55 4 4 4 4 66 5 5 66 99999999999999999999 11 5 5 66 3333333 5 5555555555 0 66 4 4444 1111 4 66 5 8888888 5 5 2222 4444444444444444444444444 77 5 1111111 1 11 1 1 11 00 11 1 2222 1 0 1 222222222222222 5 1111 5 5 55 0 888888888888888888888 5 3 5 5 9 5 77 99 5 5 5 5 33 0 3 5 5 5 999 5 1 3 6 1 99 6 6 666 000 5 5 22 5 8888888 77 5 4 77 1 5 6666 77 888 4 5 5 33 77 33333333333333 3 2222222222222 5 3 0000000000000000 666 3 88888888888888888888888888888888888888 7777 2 3 0 1 3 666 333 3 3 7777777777 66 6666666 5 888 6 5 5 000000000000000 888 666666666 1111111 6 6 6 55 1 1111111 6 99 6 0 999 8 8 88 8 8 8 3 3 33 3 0 0 3 3
lowQualScore : .. .. . . . . . . . . . . . . .. ... ...................... . ...... . . .. ........ ... .... . . .... ... . .. . . .. .. ....... . ... .. .. .... ... .... . .. . ......... . .. . . . .. . . . . .. . . .. .................... .. . . .. ....... . .......... . .. . .... .... . .. . ....... . . .... ......................... .. . ....... . .. . . .. .. .. . .... . . . ............... . .... . . .. . ..................... . . . . . . .. .. . . . . .. . . . . . ... . . . . . .. . . ... ... . . .. . ....... .. . . .. . . .... .. ... . . . .. .. .............. . ............. . . ................ ... . ...................................... .... . . . . . ... ... . . .......... .. ....... . ... . . . ............... ... ......... ....... . . . .. . ....... . .. . . ... . . .. . . . . . .. . . . . .
lowQualScore : 55 55 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 3 6 00 444 4444444444444444444444 6 555555 3 3 66 44444444 000 7777 7 3 1111 000 6 11 6 3 66 77 7777777 6 444 00 00 7777 000 3333 0 55 0 000000000 0 55 0 0 8 55 4 4 4 4 11 0 0 99 00000000000000000000 99 0 6 99 0000000 0 6666666666 2 11 4 7777 9999 4 11 7 6666666 7 7 1111 1111111111111111111111111 44 7 7777777 0 11 0 0 11 33 11 0 3333 0 1 0 333333333333333 0 2222 0 0 66 1 000000000000000000000 0 2 0 0 4 0 55 11 0 0 0 0 88 0 2 0 0 0 444 7 4 0 7 0 22 7 7 888 000 7 7 99 7 6666666 99 7 3 99 7 7 6666 99 666 3 7 7 66 44 77777777777777 0 0000000000000 0 6 2222222222222222 000 6 55555555555555555555555555555555555555 7777 6 6 5 8 6 444 666 6 6 9999999999 99 2222222 0 888 2 0 0 888888888888888 333 777777777 7777777 7 7 7 88 5 7777777 7 22 7 8 888 0 0 88 0 0 0 2 2 88 2 0 0 2 3
consensus : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A--CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--GAGCGT-GAATT-C----A---T-GAGAAGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TATT---G---AAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----AAA--TTTC-GAGTT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGCGTAAATTTG-AA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCT---G-GCNNA---NCACGNNNNCNGCTCTTNAAAAA-CCTGA-NNNNNNANCNCCNAATNTTNCTCCCNGANAGNNCGNTGAANTCCCGNNNGCTA----ATTGTGT-ACTT--T-C-GT-GGTTTTTT----T---TTT----TTTTTCCC-ATATC-CAT-ATTACATAG-AAGG-AATAATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTAGGT-TA-ATA-T-TTTTTA-CTCAA-TCATATCTAGGGCAAATTAAA-ATNAATCAA--AATA-CT-GACATGT-A-TTTTTC---TA-AA-TTACA-ATA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATTTGACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-G-ACTGAATGATAAA-GA-GCATCAG--CAAATGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAGAGAGAGA-------------GGGGGGGAGGGAGA-G------AGCCCTTTAN--AAT-T-----C------AT-------A--ACAAA-----T---GG----AACCCATTA-AAACCCATAAAA-GGTA---TTCGCTAT-TCCAAAAT-AGCAACTGAA--------AGGGGG--AT-------TGA-TC---TCAAT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTCAAAT--TATG-ATTACT-CAGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-CAGTA
Reference ( family-3207 ) : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A--CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--GAGCGT-GAATT-C----A---T-GAGAAGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TATT---G---AAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----AAA--TTTC-GAGTT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGCGTAAATTTG-AA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCT---G-GCNNA---NCACGNNNNCNGCTCTTNAAAAA-CCTGA-NNNNNNANCNCCNAATNTTNCTCCCNGANAGNNCGNTGAANTCCCGNNNGCTA----ATTGTGT-ACTT--T-C-GT-GGTTTTTT----T---TTT----TTTTTTCC-ATATC-CAT-ATTACATAG-AAGG-AATAATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTAGGT-TA-ATA-T-TTTTTA-CTCAA-TCATATCTAGGGCAAATTAAA-ATNAATCAA--AATA-CT-GACATGT-A-TTTTTC---TA-AA-TTACA-ATA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATTTGACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-G-ACTGAATGATAAA-GA-GCATCAG--CAAATGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAGAGAGAGA-------------GGGGGGGAGGGAGA-G------AGCCCTTTAN--AAT-T-----C------AT-------A--ACAAA-----T---GG----AACCCATTA-AAACCCATAAAA-GGTA---TTCGCTAT-TCCAAAAT-AGCAACTGAA--------A-GGGG--AT-------TGA-TC---TCAAT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTCAAAT--TATG-ATTACT-CAGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-CAGTA
gi|1 : AAAAT-AACTCCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-
gi|1 : gaattgtAACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AG--CA-T-GT-G-A--CG---T----A-----------------TGAT-CAG--T---CAATAA-TA-GGCCGGACGGT--------TA---GAACT--GAGCGTAGAATA-C----AACCC-GAAGAGGGAATG-T-GACTTTT-GAC--A--C------TGA-ACCAT---T-A--TT--TC----TATT---G---AATTTAATT--T-C---------G-C--GA-T-T-CAACC--TCCTCCCTGG-ATG-CATA-TA-G-A--AGCT-AACTT--TAGAACT----------T----GGGTTATA--TTTCCGATTC--TC--TTAA-CTGAC-ATC----------TAAGCCTTAAGCAAA-AATA-GTTCGT------------------AT-GT-------G-TA-CAGCTTAGCT---G-GCAGA---ACCTGTAGTCT-CTCTTGAAAAA-CCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTGT-ACTTCGT-C-G--GGTTTTTT----T---C------------CC-ATATA-CATCATTGCA-AGTAAGC-AATA-TGA-AATTGC-A-C-GTT--AGTCTTG-TTAGGTCTA-ATA-TGTTGTTACCTCAATTCATATCTAGGGCACA-TAAA-ATAAATC-A--AATA-CTGGACGTGT-ATTTTTTC---TA-AACTTACACATA-CGTAA-------GGAAACGTGTGGCAGG--TA-TTGACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTC-TATACCTAGGATC-TA--AATGTAA-G-A-GGAATGATAAA-GACGCA-CAGCACAAACTGAG-----------------------GAGAGAGAAAGA-------------GGGGGAG------------------CTTTTAA--GAT-TCTTAAC------ATGA-----A--ACAAA-----TAAAGGAAAAAACCTA--A-AAACCCATAAAACGGTAATGTT--TTATCTCCCAAATCAGCAAATG-A--------G-GGGG--AT-------TGATTC---CCAGTATATTTGC--ACATTCAACAGAGGG---GAGGTGACCAACAAGAATGGGAGCAAGAAAGAAACTACGAAAAAA-CTTTAGTAACCTTGAAAAGAAAAAAAGGCGCAAC-CCGGCGAAAATCAGACTCAAATTATATG-ATTACT-CAGTAAAgtctatgtgatgtgcttttatcattatgtatgtgcttttatcattatggtactgcttgtcttcatgcatttcttgacatcaattatgtgcaatgtattgcttttgattattatgtgatgtgcatttgtattattgtgattgtgcactccattatgttatcgtcgcagtgtcatttatggatgtgccaaacttcgttatgatgatgatcaaagcatgtgacgtatgatcagtcaataataggccggacggttagaactgagcgtagaatacaacccgaagagggaatgtgacttttgacactgaaccattatttctattgaatttaatttcgcgattcaacctcctccctggatgcatatagaagctaactttagaacttgggttatatttccgattctcttaactgacatctaagccttaagcaaaaatagttcgtatgtgtacagcttagctggcagaacctgtagtctctcttgaaaaacctgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgtgtacttcgtcgggtttttttcccatatacatcattgcaagtaagcaatatgaaattgcacgttagtcttgttaggtctaatatgttgttacctcaattcatatctagggcacataaaataaatcaaatactggacgtgtattttttctaaacttacacatacgtaaggaaacgtgtggcaggtattgactgaatttcttttttgttgctctatacctaggatctaaatgtaagaggaatgataaagacgcacagcacaaactgaggagagagaaagagggggagcttttaagattcttaacatgaaacaaataaaggaaaaaacctaaaaacccataaaacggtaatgttttatctcccaaatcagcaaatgagggggattgattcccagtatatttgcacattcaacagaggggaggtgaccaacaagaatgggagcaagaaagaaactacgaaaaaactttagtaaccttgaaaagaaaaaaaggcgcaacccggcgaaaatcagactcaaattatatgattactcagtaaa
gi|10 : gaattgtgcggatgtaatttttaagccctaggagttattttgtctatgtgatgtgcttttatcattatgtatgtgcttttatcattatggtactgcttgtcttcatgcatttcttgacatcaattatgtgcaatgtattgcttttgattattatgtgatgtgcatttgtattattgtgattgtgcactccattatgttatcgtcgcagtgtcatttatggatgtgcca-T-GATGA-T-AG-A-CACTAGT-AA-C-TC-G-AAGCG---T----A--CAT-TA----TTCA-TCCTACAG--TATACAATAA-TG-C--TGAACGGTTCATCCAATG---TGCT------CGTCGAAT--C----A---T-GA--AGGGACTCGT--ACTTTT-TAC--AT-CGTACTGCGACACCATATACTA--TTATCC----TATT---G---AA-G-AATT--T-C---------T-C--CA-T-TTCAACC--TCCCTCGTGCGA---CTTA-TA-A-A--
gi|11 : tttgtcatatgtgatgtctttatgtgaaattcatggacatcttgattgtatgtgcctttatcattagaggtatgtgcatttttcatttatgtagtgcatttttgcatcattaatgtgatgtgcttttatatatgtgactggcattgatcattatgtgtgtgcacttcataatttatggcatgttgttcatagcctgatttatgattttgcttaacacgacttatatcgtgtcgatA-T-TTTATA-TTCAG-TCATATCCATGGCAAATTAAG-ATAAATCAA--AATA-C---ATATAT-A-TTTTTTAATTACAA-TTACA-ATTTCGTAA-------GGAA--GT-TTGCGGG--CATTTGACTGAACTTCATTTTTGATG-CCCATACAT--------------ATGTTA------GAATGATATG-GA-GCATCAGA-CACATGGCGT-GATTTTTCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNNN-N------NNNNNTTTAA--AAT-T-----CTTTACAATGAAACAAA--ATAAA-----T---GG----GACCCATTA-AAACTCGCAAAA-GGTA---TTCCCTAC-TCCAAAAT-AGCAACCTAAGCGGGTGGA-GGGG--GTGGGGTTATAA-TT---TC-AT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTttcacttaatagg
gi|12 : cattgtttactttgccAACTTTCCGTT--A-T-GA-GA-T-GAAT-CAA-AGTTCA-C--T-G-A--C--------------CGTAA--AT------AT-CAG--T---CAATAAATGAG--CGGACGGT-------ATAAAAGACCTTGGAGCGT-GAATTTC----A---T-GAGA--GGACTGGC-GACTTTT-ACCG-AT-C--------A-ACTAT---TCA--TT--TC----TATT---G---AAAT-AATT--T-CCCCCGCCCCG-C--GATT-TTCAA-C--TCCTCCCGGGGGAG-CACA-TA-G-A--AAGC-A-CTTAGTAG-ACTGGGGGGCAAGG----G----AAA--TTTT-GAGTTAGTT--T--A-TTGACGATCTCCCAATTGGTAGACCT--AGCAAA-A-T--GTTC-CGTAAATTTG-AA--ATGGA
gi|13 : tgtcatgtgcactttgccattatgttatgtttgcattgtcattcatatgaggaC----------TAGGCTA--AGCAAACA-AA-GTTCG--TAAATTTG-AATCATG----------------A-T----TAG-----G-ACCTA---CTACGTTAACTGTCCATCAACTT-CTTAA-AAAAACAACACCAAATTTTGCTCCCGAATAAGTCGGTGAATTCTCCATC--------ATTGACT-ACTG----C-GT-G--TTTTT----TGGGTTT----TTTTCACT-A-ATC-CAT-AT-ACATAA-AAG--AATTATGA-AATTGCAA-C-G-T--AGT-TTGATTAAGG-TA-ATA---CTTTTA-CTACA-TCATATCTA-GGCAAATTAA
gi|14 : catcgaAACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A---------------A-TGAT-CAG--G-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------ATA---GACTT--GAGCGT-G-ATT-C----A---T--AG-AGGGACTGGC-AACTTTT-GAT--AT-C--------A-ACTAT---TCA--TT--TC----TATT---G---AAAT-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTC-ACC--TCC-CCCTGGGATG-CACA-TA-GAA--AGCT-A-CTT--TAGGACT----------TGGGGG----AAA--TTTT-GA-TG--TT--T--ATTTGAC-ATCTACAAATG--TAGACCT--AAGAAA-A--A-GTT--CGTAAATTTG-AA--ct
gi|15 : AGCGT-GAATT-CTCCTA---T-GAGA-GGGCCTGAT-GCCTTTTTGAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TCTTCTTATTTACGCACAAAG-AATCTGT-C---------G-CCGGATT-TTCAGACGGTCCTC
gi|16 : gcgtgatcggatgtagagactgtatACTT--CGTT--A-TTGATGA-TTGA-T-AAC-AGT-CA-CCGT-GGA--CG---T----AAACATGTAAATGTGCACTGAT-CAGCCT-T-CAA-AA-TG-G--CGGGAGGT-------Ggcaccgtcgggagtcatactcagaacgcctagggcttgttaaagaccattgagaaattttctgatgttttt
gi|16 : A-TG-G--CGGAAAGT-------TTG-----CT----AG--T-GAATT-C----A---TTGAGGAGGGACTGGTGGACTTTTGGACCAATAC------TGA-ACCA-----TA--TC--TC----atagatatgcggagattgcgtgtaaaccacctcatggcggaaagtttgctagtgaattcattgaggagggactggtggacttttggaccaatactgaaccatatctcga
gi|17 : acttcgttattgatgattgataacagtcaccgtggacgtaaacatgtaaatgtgcactgatcagccttcaaaatggcgggaggtgatagatatgcggagattgcgtgtaaaccacctcGAGAGAAAAG------AGC--TTTGA--AAT-T-----CTTGACAATCA-----A--ACAAAATAGAT---GG----GACTCATTA-AATCCTATAAAA-G-TA---TTCGCTAT-TCCAAAAT-TACG--TAAA--------G-GGGGATAT-------TGA-TTCAATCCAT-TACTTGC-TAAA-----------GAAAGGGGga
gi|18 : AGAGAGAGAGAGA-------------GAGAGAGAAAAAGA-GTTTTGAAACTCTTGAC--AAT-------C------A--------A--ACAAAATATAT---GG----GACTCATTA-AAGCCTATAAAA-G-TA---TTCGCTAT-TCCAAAAT-Aggagggtgtcagaggaaa
gi|19 : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CGTAAT----A--CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GAC-T--AAGCGT-GAATT-C----a
gi|2 : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-G--G-A--CA---T----A--CATGTTA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--AAGCGT-GAATT------A---T-GAGAAGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TACT---G---AAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----AAA--TTTC-GAGTT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGCGTAAATTTG-AA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCT---N-NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATTGTGT-AC-T--T-C-GTGGGTTTTTT----T---TTTCTTCTTTTTTTC-ATATC-CAT-ATTACATAG-AAGG-AATAATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTA-GT-TA-ATA-T-TTTTTA-CTCGA-TCATATCTAGGGCAAATTAAA-ATTAATCAA--AATA-CT-GACATGT-G-TTTTTC---TA-AA-TTACA-ATA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATTTGACTGAATTTC-TTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-G-ACTGAATGATAAA-GA-GCATCAG--CAAATGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAGAGAGAGA-------------GGGGGGGGGGGAGA-G------AGCCCTTTAT--AAT-T-----C------AT-------A--ACAAA-----T---GG----ATCCCATTA-AAACCTATAAAA-GGTA---TT--ATAT-TCCAAAAT-AGCAACTGAA--------A-GGGG--AT-------TGA-TC---TCAAT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTGT-CAACA--AATGGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTGAAA---TATG-ATTACT-CGGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAAATACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-TAGTA
gi|20 : GAGA-------------GAGAGAGAGAGAGA-G------AGCTCTT-AA--AAT-T-----A------TT-------G--ACAAC-----T---GG----GACTCAATG-AAAACTATAAAA-GGTA---TACGCTTT-TCCAAAAT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttc
gi|21 : GAGAGAGAGAGA-------------GAGAGTTTGGGAG-------------TTTTGA--AAT-T-----C------TT-------G--AC-AA-----T---AA----AACAAATTA-AAGCCTATAAAA-GGTA---TTCGCTAT-TCCAAAAT-AACcacttataagg
gi|3 : tACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-TTCAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A---------------A-TGAT-CAG--G-T-CAATAA-TG----CGGACGGT-------ATA---GACTT--GAGCGT-GAATT-C----A---T-GAGA-GGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TATT---G---GAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC----CTCCCTGAGATG-CATAATA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----GGAG-TTTC-GA-TT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAA-CCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGT---AATTTG-AA--ATGGAC-GT-------G-TA-C----TAGCT---N-NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---ATTGTGT-ACTT----C-GT-G--TTTTT----T---TTT----TTTTCCCC-A-ATC-CAT-ATTGCATAG-AAGC-AATA-TGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTAGGT-TATAT--T-TTTTTA-CTCAA-TCATATCTAGGGCAAATTAAATATAAATCAA--AATA-CT-GACATGT-A-TTTTTC---TA-AA-TTACA--TA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAG---TATTTGACTGAATTTCTTTTT-GTTG-CTCATATACCTAGG-T--TA--AATGTAA-G-AGTGAATGATAAA-GA-GCATCAG--CAAATGGAGA-GA--------------AGAAAGAGAGAGAGAGA-------------GAGAGAGAGGGGGG------------CTTTAT--AAT-T-----C------TT-------A--A---------T---GG----AACCCATTA-AAA-CCATAAAA-GGTA---TTTTATAT-TCCAAAAT-AGCAACTGAA--------AGGGGG--AT-------TGA-TC---TCAAT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATAGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------TAAACCC--CGAAAATCA-ACTCAAAT--TATG-ATTACTCCAGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-CAGTAg
gi|4 : AACTT---GTT--A---GATGA-T--A-T-CAA-----CA-C-GT-G-A--CG---T----AA-CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T--AATAA-TG-G--CGGAC-GT-------GTG---A--TT--AAGCGT-GAA-T-C----A---T-GATA--GGAC--GT-GACTTTT-GAC--AG-T------TGA-ACCAT---AT---TT--TC----TATT---G----AAG-AA-T--T-C---------G-C--GA-T-TTC-ACC--TCCT-CCTGGGATGCCATA-TG-G-AGTAGCT-A-CTT--T-GAACT----------T----G----GAAATTTTC-GAGTT--TTGCT----TTGAC-ATC----------Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgcacaattaaaattc
gi|5 : cattaatttgagtgcttattatcattatagtgtatggctattaacattatataatgattctattacattaattgatgtctattatcattatatgagtattatcattatatgaattgtgctatttatattatagtggattgctttatcaatttgtgtgatgtgcatacattatgtaatgtgcttgttatcatactgatgtcttttatcattttggatgtcatttgatcattatgtgatgtgcatttgcattaggagtgctctctatcatattcggtgtgcattaacatcattttattgtgtggctttggggatcgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataattttgcatcaattaatggtaggtgcttttaatcattatgtgatgtgcatttgtcattatagtgtatgttgcacttgccattgatgttatgttgcagtttcatatatgattgca--AGCAAA-A-TAAGTTCG--TAAATTTG-AA--TTGGATAGTTCCTAAGGCTA-C----TAGCT---A-ACTGA---AAACTGTAGCATCTCT--AAAAA-CTTGA-TCTCTGATCTTCCAATATTTTTTTCTGAGAGTATGTTAAAGTTCTGCAAGCTA------TGTGT-ACTT--T-C-GT-TGTTTTTTGAGGT---TTT----TT-----C-ATATCTCAT-AT-A-ATAA-AAGGTAATATGGAGAATTGC-AAC-GTT--AGTATTG-TTAGGT-TT-ATA-T-TTTTTA-CTCAG-TCATAT---AGGCAAAT-AAA-ATTAATCAACAAATATCT-GACATGTTA-TTTT------A-AA-TTACA--TA-CGTAACTTCGTAAGAA--GT-TG-CAGGACTATTTGACTGAATTCTTTTTTTGTTGTCTCATATACCTAGT-TCCTA--AATGTAA-G-ACTGAATGA-AAA-GA-GCATCAG---AAATG-AGA-GA-------------GAGAAAGAGAG---GAGA-------------GGGGGGGAGGA-------------CTCTTTAT--AATAT-----C-------------------TAAA-----G---GA----AAC--ATTA-AAAAC-ATCAAA-GGTA---TTTCATAT--CCAAAAT-AGCAACTGAA--------AGGGGG--AT-------TGA-TC---TC-AT-TATTTGC-TACA---------------GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------G-AACT-------AA-C-TT-GT-ACAT--AAA--------------AAA-CC--CG-AAATCA-ACTCAAATA-TATGAATTACT-CAGTAAAAT--ACTTCTAGG-CTTTAAAAATTACATCC-GC-TT--CTTGAATTCCA--CGTTATGTGTACCATGCATCATTATATAT
gi|6 : tctaGCGT-GAATT-C----A---T-GAGA-GGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTAAATT--TC----TATT---G---AAAG-ATTT--T-C---------G-C--GA-TATTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----GGG--AAA--TTTC-GAGTT--TT-----A-TTGAC-ATA----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCG--TAATTTTT-GA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCT---N-NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATTGTGT-ACTT----C-GT-GGTTTTTT----T---T-------------C-ATATC-CAT-AT-ACATAG-AAGG-AATA-TGA-AATTGC-A-CAGTT--AGT-TTG-TTAGGT-TA-ATAAT-TTTTTA-CTCAAATCATATCTAGGGCAAATTAAA-ATTAATCAA--A-TA-CT-GACATGC-A-TTTTTC---TA-AA-TTACA-ATA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATT-GACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-GGACTGAATAATAAA-AA-GCATCAG--CAAAAGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAG---------------------GGGG----------G------AGCCCTTTAT--AAT-T-----C------AT-------A--A-AAA-----T---GG----AACCCATTATAAACCCATAAAA-GGTA---TTCA-TAT-TCCAAAAT-AGCAACTGAA--------AGGGGG--AT-------TGA-TC---T-AAT-TATTTGC-TACA-----------A---GGGGTGTCCAAC---AATGGA---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCTA-AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTCtatagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|7 : gAACTT--CGTT--ATT-GATGATT-GA-T-AAC-AGT-CACC-GTGG-A--CG---TAA--A--CATGTAAATGTGCACTGAT-CAGCCT-T-CAA-AA-TG-G--CGGGAGGT-------G
gi|8 : cattatgtttgagtgccttttattatcatttgtgtgattgcattttatccatctatgattgatgtgttattgtcttattgtttgaattgttgctctttatcattacgtgattgctgctttaattcattatgcgattgttgcgtttatcattatttgggatggccactttgtgcattatgtagatgtgacttctattccatttacttggtgtgcatttttacatcattacgtgattggtgctattgtcatatgttcgatgctgcactttgtacaattacgtgatgtaatgatgcatttgtcaatttatgtttgatgtgcctttatcatttatgttagtgtgctaattttttttatgttgatgtgcattttttgcatcataatgtgatgtcgcttctttaattagttatgtagatctgtgcattttgtctttatgtgcatgtaatgacttagccaatttatagttatgtgcagtttgtcattattattgatgttgca-ACTT--T-CCGT-GGTTTT-----------TT----TTTTTCCA-ATATC-CAT-ATTACATAGAAAGG-AAT-ATGA-AATTGC-A-C-GTTTAAGT-T---TTAGGT-TA-Aat
gi|8 : taTTT---TA-GG-TTAAG-GTA--GTAA-------GGAA--GT-TG-CAGG--CATTTGACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TATGAATGTAATG-ACTGAATGATAAAAGA-GCATCAG--CAAATGGAGACGA-------------GAGAAAGACAGAGAGAGGAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGAGA-A------AACC-TTTAATAAAT-T-----C------AT-------ACAATGAA-----C---AA----AAATAACTG-AA-CCCATAAAA-GGTA---TTTCATAT-TCCAAAAT-AGCAACTGAA--------A-GGGG--G---------GA-TC---TCATT-AATTTGCCTACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------GAAACT-------AACCTTT-GT-ACCT--AAAACAACA-------C----CC--CGAAAATCA-ACTC-AAT--TAT--ATTACT-CAGTAAAATAAACTTCTAGGTGCTTAAAAATTACATCCTGCTTTTCTTTGAAT--CAACCGTTA-GTTTA-CATGCAT-ATTATATA-ATTCCAGTAggtagtaaggaagttgcaggcatttgactgaatttcttttttgttgctcatatacctaggtctatgaatgtaatgactgaatgataaaagagcatcagcaaatggagacgagagaaagacagagagaggagggggggggggggggggggggggagaaaacctttaataaattcatacaatgaacaaaaataactgaacccataaaaggtatttcatattccaaaatagcaactgaaaggggggatctcattaatttgcctacagggggtgtccaacaatggggaaactaacctttgtacctaaaacaacaccccgaaaatcaactcaattatattactcagtaaaataaacttctaggtgcttaaaaattacatcctgcttttctttgaatcaaccgttagtttacatgcatattatataattccagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9 : taactttccgtggtttttttttttccaatatccatattacatagaaaggaatatgaaattgcacgtttaagAACTT--CGTTTTA-T-AATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GTTG-A--CG---TTAATA--CATGTAA--GTGCA-TGAT-AAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--AAGCGT-G-ATT-C----AT--T-GAG-AGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--A--C------TGA---CAT---TTA--TT--CT----AATT---G----AAG-AATT--TCC---------GCC--GA-T-TTCAAC----TCTCCCTGGGATG-CATA-TATG-A--AGCTAA-CTT--TAGAACT----------T----GA---AAA--TTTC-GAGTT--TG--T--A-TTGAC-ATC----------TAGG-CT--AGCAAA-A-TA-GTT--CGTAAATTTGAAA--ATGGAT-GT-------G-TATC----TAGCTTTAGTGCTTAGCTGCAGAACTTAAGCTCTCTGAAAA-CCTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATTGTGTAACTT--TCC-GT-GG-----T----T---TTT----TTTTTTCCAATATC-CAT-ATTACATAGAAAGG-AAT-ATGA-AATTGC-A-C-GTTTAAGT-T---TTAGGT-TA-Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAACTCCCCGTCGAGGCCTCATCTAAGGATTGCGTGTAAACCAACTCTGGCGGAAG
Unaligned ( gi|23 ): CACGTCGAGGCCTCATCTAAGGACCAACTCTGGCGGAAG
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333 111111 11111111 111 11 1111111 111111111 33333333333333333333 11 1111111 3333333333 2222 1111111 1111 2222222222222222222222222 1111111 333333333333333 2222 222222222222222222222 1 11 11 1 1 11111 1111111 11 33333333333333 2222222222222 33333333333333333333 444444444444444444444444 111111111 111 222222222 333333333333333 111 222222222 2222222 11 2222222 111 11 1 1 1
lowQualScore : 55 55 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 7 3 55 666 3333333333333333333333 3 222222 3 3 44 22222222 777 7777 6 3 7777 000 3 88 3 7 88 55 1111111 3 666 55 55 7777 777 9999 4 55 4 666666666 4 55 8 4 0 55 4 4 4 4 66 5 5 66 99999999999999999999 11 5 5 66 3333333 5 5555555555 0 66 4 4444 1111 4 66 5 8888888 5 5 2222 4444444444444444444444444 77 5 1111111 1 11 1 1 11 00 11 1 2222 1 0 1 222222222222222 5 1111 5 5 444444444444444444444 3 5 5 9 5 77 99 5 5 5 5 33 0 3 5 5 0 1 5 5 5 5 3 5 6 1 99 7 6 6 6 33333 5 5 666 5 8888888 77 5 4 77 5 8 5 6666 77 888 4 5 5 33 77 33333333333333 3 2222222222222 11111111111111111111 666 3 999999999999999999999999 1 999999999 7777 2 3 0 1 3 666 333 3 3 000000000 888 66 66 5 888 6 5 5 000000000000000 888 666666666 1111111 6 6 6 55 1 1111111 6 99 6 0 999 8 8 88 8 8 8 3 3 33 3 0 0 3 3
lowQualScore : .. .. . . . . . . . . . . . . .. ... ...................... . ...... . . .. ........ ... .... . . .... ... . .. . . .. .. ....... . ... .. .. .... ... .... . .. . ......... . .. . . . .. . . . . .. . . .. .................... .. . . .. ....... . .......... . .. . .... .... . .. . ....... . . .... ......................... .. . ....... . .. . . .. .. .. . .... . . . ............... . .... . . ..................... . . . . . .. .. . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . ..... . . ... . ....... .. . . .. . . . .... .. ... . . . .. .. .............. . ............. .................... ... . ........................ . ......... .... . . . . . ... ... . . ......... ... .. .. . ... . . . ............... ... ......... ....... . . . .. . ....... . .. . . ... . . .. . . . . . .. . . . . .
lowQualScore : 55 55 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 3 6 00 444 4444444444444444444444 6 555555 3 3 66 44444444 000 7777 7 3 1111 000 6 11 6 3 66 77 7777777 6 444 00 00 7777 000 3333 0 55 0 000000000 0 55 0 0 8 55 4 4 4 4 11 0 0 99 00000000000000000000 99 0 6 99 0000000 0 6666666666 2 11 4 7777 9999 4 11 7 6666666 7 7 1111 1111111111111111111111111 44 7 7777777 0 11 0 0 11 33 11 0 3333 0 1 0 333333333333333 0 2222 0 0 000000000000000000000 2 0 0 4 0 55 11 0 0 0 0 88 0 2 0 0 4 4 7 7 7 7 0 0 7 0 22 3 7 7 7 99999 7 7 000 7 6666666 99 7 3 99 0 7 7 6666 99 666 3 7 7 66 44 77777777777777 0 0000000000000 55555555555555555555 000 6 666666666666666666666666 2 111111111 7777 6 6 5 8 6 444 666 6 6 000000000 888 99 99 0 888 2 0 0 888888888888888 333 777777777 7777777 7 7 7 88 5 7777777 7 22 7 8 888 0 0 88 0 0 0 2 2 88 2 0 0 2 3
consensus : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A--CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--GAGCGT-GAATT-C----A---T-GAGAAGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TATT---G---AAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----AAA--TTTC-GAGTT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGCGTAAATTTG-AA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCT---G-GCNNA---NCACGNNNNCNGCTCTTNAAAAA-CCTGA-NNNNNNANCNCCNAATNTTNCTCCCNGANAGNNCGNTGAANTCCCGNNNGCTA----ATTGTGT-ACTT--T-C-GT-GGTTTTTT----TTTT----TTTTTC-CCATATC-CAT-ATTACATAG-AAGG-AATAATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTAGGT-TAATA-TTTT-TTAC-TCAA-T-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATNAATCAA--AATA-CTG-ACATGT-ATTTTT-C---TA-AA-TTACA-ATA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATTTGACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-G-ACTGAATGATAAA-GA-GCATCAG--CAAATGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAGAGAGAGA-------------GGGGGGGAGGGAGA-G------AGCCCTTTAN--AAT-T-----C------AT-------A--ACAAA-----T---GG----AACCCATTA-AAACCCATAAAA-GGTA---TTCGCTAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG--AT--TGA-TC---TCAAT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTCAAAT--TATG-ATTACT-CAGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-CAGTA
Reference ( family-3207 ) : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A--CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--GAGCGT-GAATT-C----A---T-GAGAAGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TATT---G---AAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----AAA--TTTC-GAGTT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGCGTAAATTTG-AA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCT---G-GCNNA---NCACGNNNNCNGCTCTTNAAAAA-CCTGA-NNNNNNANCNCCNAATNTTNCTCCCNGANAGNNCGNTGAANTCCCGNNNGCTA----ATTGTGT-ACTT--T-C-GT-GGTTTTTT----TTTT----TTTTTC-CCATATC-CAT-ATTACATAG-AAGG-AATAATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTAGGT-TAATA-TTTT-TTAC-TCAA-T-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATNAATCAA--AATA-CTG-ACATGT-ATTTTT-C---TA-AA-TTACA-ATA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATTTGACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-G-ACTGAATGATAAA-GA-GCATCAG--CAAATGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAGAGAGAGA-------------GGGGGGGAGGGAGA-G------AGCCCTTTAN--AAT-T-----C------AT-------A--ACAAA-----T---GG----AACCCATTA-AAACCCATAAAA-GGTA---TTCGCTAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG--AT--TGA-TC---TCAAT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTCAAAT--TATG-ATTACT-CAGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-CAGTA
gi|1 : AAAAT-AACTCCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-
gi|1 : gaattgtAACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AG--CA-T-GT-G-A--CG---T----A-----------------TGAT-CAG--T---CAATAA-TA-GGCCGGACGGT--------TA---GAACT--GAGCGTAGAATA-C----AACCC-GAAGAGGGAATG-T-GACTTTT-GAC--A--C------TGA-ACCAT---T-A--TT--TC----TATT---G---AATTTAATT--T-C---------G-C--GA-T-T-CAACC--TCCTCCCTGG-ATG-CATA-TA-G-A--AGCT-AACTT--TAGAACT----------T----GGGTTATA--TTTCCGATTC--TC--TTAA-CTGAC-ATC----------TAAGCCTTAAGCAAA-AATA-GTTCGT------------------AT-GT-------G-TA-CAGCTTAGCT---G-GCAGA---ACCTGTAGTCT-CTCTTGAAAAA-CCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTGT-ACTTCGT-C-G--GGTTTTTT----T------------C-CCATATA-CATCATTGCA-AGTAAGC-AATA-TGA-AATTGC-A-C-GTT--AGTCTTG-TTAGGTCTAATA-TGTTGTTACCTCAA-TTCATATCTAGGGCACAT-AAA-ATAAATCAA--A-TA-CTGGACGTGT-ATTTTTTC---TA-AACTTACACATA-CGTAA-------GGAAACGTGTGGCAGG--TATT-GACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTC-TATACCTAGGATC-TA--AATGTAA-G-A-GGAATGATAAA-GACGCA-CAGCACAAACTGAG-----------------------GAGAGAGAAAGA-------------GGGGGAG------------------CTTTTAA--GAT-TCTTAAC------ATGA-----A--ACAAA-----TAAAGGAAAAAACCTA--A-AAACCCATAAAACGGTAATGTT--TTATCTCCCAAATCAGCAAA---------TG--AGG---GGG--AT--TGATTC---CCAGTATATTTGC--ACATTCAACAGAGGG---GAGGTGACCAACAAGAATGGGAGCAAGAAAGAAACTACGAAAAAA-CTTTAGTAACCTTGAAAAGAAAAAAAGGCGCAAC-CCGGCGAAAATCAGACTCAAATTATATG-ATTACT-CAGTAAAgtctatgtgatgtgcttttatcattatgtatgtgcttttatcattatggtactgcttgtcttcatgcatttcttgacatcaattatgtgcaatgtattgcttttgattattatgtgatgtgcatttgtattattgtgattgtgcactccattatgttatcgtcgcagtgtcatttatggatgtgccaaacttcgttatgatgatgatcaaagcatgtgacgtatgatcagtcaataataggccggacggttagaactgagcgtagaatacaacccgaagagggaatgtgacttttgacactgaaccattatttctattgaatttaatttcgcgattcaacctcctccctggatgcatatagaagctaactttagaacttgggttatatttccgattctcttaactgacatctaagccttaagcaaaaatagttcgtatgtgtacagcttagctggcagaacctgtagtctctcttgaaaaacctgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgtgtacttcgtcgggtttttttcccatatacatcattgcaagtaagcaatatgaaattgcacgttagtcttgttaggtctaatatgttgttacctcaattcatatctagggcacataaaataaatcaaatactggacgtgtattttttctaaacttacacatacgtaaggaaacgtgtggcaggtattgactgaatttcttttttgttgctctatacctaggatctaaatgtaagaggaatgataaagacgcacagcacaaactgaggagagagaaagagggggagcttttaagattcttaacatgaaacaaataaaggaaaaaacctaaaaacccataaaacggtaatgttttatctcccaaatcagcaaatgagggggattgattcccagtatatttgcacattcaacagaggggaggtgaccaacaagaatgggagcaagaaagaaactacgaaaaaactttagtaaccttgaaaagaaaaaaaggcgcaacccggcgaaaatcagactcaaattatatgattactcagtaaa
gi|10 : gaattgtgcggatgtaatttttaagccctaggagttattttgtctatgtgatgtgcttttatcattatgtatgtgcttttatcattatggtactgcttgtcttcatgcatttcttgacatcaattatgtgcaatgtattgcttttgattattatgtgatgtgcatttgtattattgtgattgtgcactccattatgttatcgtcgcagtgtcatttatggatgtgcca-T-GATGA-T-AG-A-CACTAGT-AA-C-TC-G-AAGCG---T----A--CAT-TA----TTCA-TCCTACAG--TATACAATAA-TG-C--TGAACGGTTCATCCAATG---TGCT------CGTCGAAT--C----A---T-GA--AGGGACTCGT--ACTTTT-TAC--AT-CGTACTGCGACACCATATACTA--TTATCC----TATT---G---AA-G-AATT--T-C---------T-C--CA-T-TTCAACC--TCCCTCGTGCGA---CTTA-TA-A-A--
gi|11 : tttgtcatatgtgatgtctttatgtgaaattcatggacatcttgattgtatgtgcctttatcattagaggtatgtgcatttttcatttatgtagtgcatttttgcatcattaatgtgatgtgcttttatatatgtgactggcattgatcattatgtgtgtgcacttcataatttatggcatgttgttcatagcctgatttatgattttgcttaacacgacttatatcgtgtcgatA-TTTT-ATAT-TCAG-T-CATATCCATGGCAAATTAAG-ATAAATCAA--AATA-C---ATATAT-ATTTTT-TAATTACAA-TTACA-ATTTCGTAA-------GGAA--GT-TTGCGGG--CATTTGACTGAACTTCATTTTTGATG-CCCATACAT--------------ATGTTA------GAATGATATG-GA-GCATCAGA-CACATGGCGT-GATTTTTCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNNN-N------NNNNNTTTAA--AAT-T-----CTTTACAATGAAACAAA--ATAAA-----T---GG----GACCCATTA-AAACTCGCAAAA-GGTA---TTCCCTAC-TCCAAAAT-AGCAACCTAAGCGGGTGGAGGGGGTGGG--GTTATAA-TT---TC-AT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTttcacttaatagg
gi|12 : cattgtttactttgccAACTTTCCGTT--A-T-GA-GA-T-GAAT-CAA-AGTTCA-C--T-G-A--C--------------CGTAA--AT------AT-CAG--T---CAATAAATGAG--CGGACGGT-------ATAAAAGACCTTGGAGCGT-GAATTTC----A---T-GAGA--GGACTGGC-GACTTTT-ACCG-AT-C--------A-ACTAT---TCA--TT--TC----TATT---G---AAAT-AATT--T-CCCCCGCCCCG-C--GATT-TTCAA-C--TCCTCCCGGGGGAG-CACA-TA-G-A--AAGC-A-CTTAGTAG-ACTGGGGGGCAAGG----G----AAA--TTTT-GAGTTAGTT--T--A-TTGACGATCTCCCAATTGGTAGACCT--AGCAAA-A-T--GTTC-CGTAAATTTG-AA--ATGGA
gi|13 : tgtcatgtgcactttgccattatgttatgtttgcattgtcattcatatgaggaC----------TAGGCTA--AGCAAACA-AA-GTTCG--TAAATTTG-AATCATG----------------A-T----TAG-----G-ACCTA---CTACGTTAACTGTCCATCAACTT-CTTAA-AAAAACAACACCAAATTTTGCTCCCGAATAAGTCGGTGAATTCTCCATC--------ATTGACT-ACTG----C-GT-GTTTTTTG----GGTT----TTTTTCACTA-ATC-CAT-AT-ACATAA-AAG--AATTATGA-AATTGCAA-C-G-T--AGT-TTGATTAAGG-TAATA--CTT-TTAC-TACA-T-CATATCTA-GGCAAATTAA
gi|14 : catcgaAACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A---------------A-TGAT-CAG--G-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------ATA---GACTT--GAGCGT-G-ATT-C----A---T--AG-AGGGACTGGC-AACTTTT-GAT--AT-C--------A-ACTAT---TCA--TT--TC----TATT---G---AAAT-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTC-ACC--TCC-CCCTGGGATG-CACA-TA-GAA--AGCT-A-CTT--TAGGACT----------TGGGGG----AAA--TTTT-GA-TG--TT--T--ATTTGAC-ATCTACAAATG--TAGACCT--AAGAAA-A--A-GTT--CGTAAATTTG-AA--ct
gi|15 : AGCGT-GAATT-CTCCTA---T-GAGA-GGGCCTGAT-GCCTTTTTGAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TCTTCTTATTTACGCACAAAG-AATCTGT-C---------G-CCGGATT-TTCAGACGGTCCTC
gi|16 : gcgtgatcggatgtagagactgtatACTT--CGTT--A-TTGATGA-TTGA-T-AAC-AGT-CA-CCGT-GGA--CG---T----AAACATGTAAATGTGCACTGAT-CAGCCT-T-CAA-AA-TG-G--CGGGAGGT-------Ggcaccgtcgggagtcatactcagaacgcctagggcttgttaaagaccattgagaaattttctgatgttttt
gi|16 : A-TG-G--CGGAAAGT-------TTG-----CT----AG--T-GAATT-C----A---TTGAGGAGGGACTGGTGGACTTTTGGACCAATAC------TGA-ACCA-----TA--TC--TC----atagatatgcggagattgcgtgtaaaccacctcatggcggaaagtttgctagtgaattcattgaggagggactggtggacttttggaccaatactgaaccatatctcga
gi|17 : acttcgttattgatgattgataacagtcaccgtggacgtaaacatgtaaatgtgcactgatcagccttcaaaatggcgggaggtgatagatatgcggagattgcgtgtaaaccacctcGAGAGAAAAG------AGC--TTTGA--AAT-T-----CTTGACAATCA-----A--ACAAAATAGAT---GG----GACTCATTA-AATCCTATAAAA-G-TA---TTCGCTAT-TCCAAAAT----TAC---------GTAAAGG---GGGATAT--TGA-TTCAATCCAT-TACTTGC-TAAA-----------GAAAGGGGga
gi|18 : AGAGAGAGAGAGA-------------GAGAGAGAAAAAGA-GTTTTGAAACTCTTGAC--AAT-------C------A--------A--ACAAAATATAT---GG----GACTCATTA-AAGCCTATAAAA-G-TA---TTCGCTAT-TCCAAAAT-Aggagggtgtcagaggaaa
gi|19 : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CGTAAT----A--CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GAC-T--AAGCGT-GAATT-C----a
gi|2 : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-G--G-A--CA---T----A--CATGTTA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--AAGCGT-GAATT------A---T-GAGAAGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TACT---G---AAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----AAA--TTTC-GAGTT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGCGTAAATTTG-AA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCT---N-NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATTGTGT-AC-T--T-C-GTGGGTTTTTT----TTTTCTTCTTTTTT-TCATATC-CAT-ATTACATAG-AAGG-AATAATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTA-GT-TAATA-TTTT-TTAC-TCGA-T-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATTAATCAA--AATA-CTG-ACATGT-GTTTTT-C---TA-AA-TTACA-ATA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATTTGACTGAATTTC-TTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-G-ACTGAATGATAAA-GA-GCATCAG--CAAATGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAGAGAGAGA-------------GGGGGGGGGGGAGA-G------AGCCCTTTAT--AAT-T-----C------AT-------A--ACAAA-----T---GG----ATCCCATTA-AAACCTATAAAA-GGTA---TT--ATAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAA-G---GGG--AT--TGA-TC---TCAAT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTGT-CAACA--AATGGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTGAAA---TATG-ATTACT-CGGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAAATACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-TAGTA
gi|20 : GAGA-------------GAGAGAGAGAGAGA-G------AGCTCTT-AA--AAT-T-----A------TT-------G--ACAAC-----T---GG----GACTCAATG-AAAACTATAAAA-GGTA---TACGCTTT-TCCAAAAT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttc
gi|21 : GAGAGAGAGAGA-------------GAGAGTTTGGGAG-------------TTTTGA--AAT-T-----C------TT-------G--AC-AA-----T---AA----AACAAATTA-AAGCCTATAAAA-GGTA---TTCGCTAT-TCCAAAAT-AACcacttataagg
gi|3 : tACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-TTCAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A---------------A-TGAT-CAG--G-T-CAATAA-TG----CGGACGGT-------ATA---GACTT--GAGCGT-GAATT-C----A---T-GAGA-GGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TATT---G---GAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC----CTCCCTGAGATG-CATAATA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----GGAG-TTTC-GA-TT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAA-CCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGT---AATTTG-AA--ATGGAC-GT-------G-TA-C----TAGCT---N-NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---ATTGTGT-ACTT----C-GT-GTTTTT------TTTT----TTTTCC-CCA-ATC-CAT-ATTGCATAG-AAGC-AAT-ATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTAGGT-T-ATATTTTT-TTAC-TCAA-T-CATATCTAGGGCAAATTAAATATAAATCAA--AATA-CTG-ACATGT-ATTTTT-C---TA-AA-TTAC--ATA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCA-G--TATTTGACTGAATTTC-TTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-T--TA--AATGTAA-G-AGTGAATGATAAA-GA-GCATCAG--CAAATGGAGA-GA--------------AGAAAGAGAGAGAGAGA-------------GAGAGAGAGGGGGG------------CTTTAT--AAT-T-----C------TT-------------AA-----T---GG----AACCCATTA-AAA-CCATAAAA-GGTA---TTTTATAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG--AT--TGA-TC---TCAAT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATAGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------TAAACCC--CGAAAATCA-ACTCAAAT--TATG-ATTACTCCAGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-CAGTAg
gi|4 : AACTT---GTT--A---GATGA-T--A-T-CAA-----CA-C-GT-G-A--CG---T----AA-CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T--AATAA-TG-G--CGGAC-GT-------GTG---A--TT--AAGCGT-GAA-T-C----A---T-GATA--GGAC--GT-GACTTTT-GAC--AG-T------TGA-ACCAT---AT---TT--TC----TATT---G----AAG-AA-T--T-C---------G-C--GA-T-TTC-ACC--TCCT-CCTGGGATGCCATA-TG-G-AGTAGCT-A-CTT--T-GAACT----------T----G----GAAATTTTC-GAGTT--TTGCT----TTGAC-ATC----------Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgcacaattaaaattc
gi|5 : cattaatttgagtgcttattatcattatagtgtatggctattaacattatataatgattctattacattaattgatgtctattatcattatatgagtattatcattatatgaattgtgctatttatattatagtggattgctttatcaatttgtgtgatgtgcatacattatgtaatgtgcttgttatcatactgatgtcttttatcattttggatgtcatttgatcattatgtgatgtgcatttgcattaggagtgctctctatcatattcggtgtgcattaacatcattttattgtgtggctttggggatcgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataattttgcatcaattaatggtaggtgcttttaatcattatgtgatgtgcatttgtcattatagtgtatgttgcacttgccattgatgttatgttgcagtttcatatatgattgca--AGCAAA-A-TAAGTTCG--TAAATTTG-AA--TTGGATAGTTCCTAAGGCTA-C----TAGCT---A-ACTGA---AAACTGTAGCATCTCT--AAAAA-CTTGA-TCTCTGATCTTCCAATATTTTTTTCTGAGAGTATGTTAAAGTTCTGCAAGCTA------TGTGT-ACTT--T-C-GT-TGTTTTTTGAGGTTTT----TT------CATATCTCAT-AT-A-ATAA-AAGGTAATATGGAGAATTGC-AAC-GTT--AGTATTG-TTAGGT-TTATA-TTTT-TTAC-TCAG-T-CATAT---AGGCAAAT-AAA-ATTAATCAACAAATATCTG-ACATGTTATTTT-------A-AA-TTACA--TA-CGTAACTTCGTAAGAA--GT-TG-CAGGACTATTTGACTGAATTCTTTTTTTGTTGTCTCATATACCTAGT-TCCTA--AATGTAA-G-ACTGAATGA-AAA-GA-GCATCAG---AAATG-AGA-GA-------------GAGAAAGAGAG---GAGA-------------GGGGGGGAGGA-------------CTCTTTAT--AATAT-----C-------------------TAAA-----G---GA----AAC--ATTA-AAAAC-ATCAAA-GGTA---TTTCATAT--CCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG--AT--TGA-TC---TC-AT-TATTTGC-TACA---------------GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------G-AACT-------AA-C-TT-GT-ACAT--AAA--------------AAA-CC--CG-AAATCA-ACTCAAATA-TATGAATTACT-CAGTAAAAT--ACTTCTAGG-CTTTAAAAATTACATCC-GC-TT--CTTGAATTCCA--CGTTATGTGTACCATGCATCATTATATAT
gi|6 : tctaGCGT-GAATT-C----A---T-GAGA-GGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTAAATT--TC----TATT---G---AAAG-ATTT--T-C---------G-C--GA-TATTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----GGG--AAA--TTTC-GAGTT--TT-----A-TTGAC-ATA----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCG--TAATTTTT-GA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCT---N-NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATTGTGT-ACTT----C-GT-GGTTTTTT----TT--------------CATATC-CAT-AT-ACATAG-AAGG-AATA-TGA-AATTGC-A-CAGTT--AGT-TTG-TTAGGT-TAATAATTTT-TTAC-TCAAAT-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATTAATCAA--A-TA-CTG-ACATGC-ATTTTT-C---TA-AA-TTACA-ATA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATT-GACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-GGACTGAATAATAAA-AA-GCATCAG--CAAAAGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAG-----------------------GGGG--------G------AGCCCTTTAT--AAT-T-----C------AT-------A--A-AAA-----T---GG----AACCCATTATAAACCCATAAAA-GGTA---TTCA-TAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG--AT--TGA-TC---T-AAT-TATTTGC-TACA-----------A---GGGGTGTCCAAC---AATGGA---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCTA-AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTCtatagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|7 : gAACTT--CGTT--ATT-GATGATT-GA-T-AAC-AGT-CACC-GTGG-A--CG---TAA--A--CATGTAAATGTGCACTGAT-CAGCCT-T-CAA-AA-TG-G--CGGGAGGT-------G
gi|8 : cattatgtttgagtgccttttattatcatttgtgtgattgcattttatccatctatgattgatgtgttattgtcttattgtttgaattgttgctctttatcattacgtgattgctgctttaattcattatgcgattgttgcgtttatcattatttgggatggccactttgtgcattatgtagatgtgacttctattccatttacttggtgtgcatttttacatcattacgtgattggtgctattgtcatatgttcgatgctgcactttgtacaattacgtgatgtaatgatgcatttgtcaatttatgtttgatgtgcctttatcatttatgttagtgtgctaattttttttatgttgatgtgcattttttgcatcataatgtgatgtcgcttctttaattagttatgtagatctgtgcattttgtctttatgtgcatgtaatgacttagccaatttatagttatgtgcagtttgtcattattattgatgttgca-ACTT--T-CCGT-GGTTTT--------TT----TTTTTC-CAATATC-CAT-ATTACATAGAAAGG-AAT-ATGA-AATTGC-A-C-GTTTAAGT-T---TTAGGT-TAAat
gi|8 : taTT-T---TA-GG-TTAAG-GTA--GTAA-------GGAA--GT-TG-CAGG--CATTTGACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TATGAATGTAATG-ACTGAATGATAAAAGA-GCATCAG--CAAATGGAGACGA-------------GAGAAAGACAGAGAGAGGAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGAGA-A------AACC-TTTAATAAAT-T-----C------AT-------ACAATGAA-----C---AA----AAATAACTG-AA-CCCATAAAA-GGTA---TTTCATAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG-------GA-TC---TCATT-AATTTGCCTACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------GAAACT-------AACCTTT-GT-ACCT--AAAACAACA-------C----CC--CGAAAATCA-ACTC-AAT--TAT--ATTACT-CAGTAAAATAAACTTCTAGGTGCTTAAAAATTACATCCTGCTTTTCTTTGAAT--CAACCGTTA-GTTTA-CATGCAT-ATTATATA-ATTCCAGTAggtagtaaggaagttgcaggcatttgactgaatttcttttttgttgctcatatacctaggtctatgaatgtaatgactgaatgataaaagagcatcagcaaatggagacgagagaaagacagagagaggagggggggggggggggggggggggagaaaacctttaataaattcatacaatgaacaaaaataactgaacccataaaaggtatttcatattccaaaatagcaactgaaaggggggatctcattaatttgcctacagggggtgtccaacaatggggaaactaacctttgtacctaaaacaacaccccgaaaatcaactcaattatattactcagtaaaataaacttctaggtgcttaaaaattacatcctgcttttctttgaatcaaccgttagtttacatgcatattatataattccagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9 : taactttccgtggtttttttttttccaatatccatattacatagaaaggaatatgaaattgcacgtttaagAACTT--CGTTTTA-T-AATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GTTG-A--CG---TTAATA--CATGTAA--GTGCA-TGAT-AAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--AAGCGT-G-ATT-C----AT--T-GAG-AGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--A--C------TGA---CAT---TTA--TT--CT----AATT---G----AAG-AATT--TCC---------GCC--GA-T-TTCAAC----TCTCCCTGGGATG-CATA-TATG-A--AGCTAA-CTT--TAGAACT----------T----GA---AAA--TTTC-GAGTT--TG--T--A-TTGAC-ATC----------TAGG-CT--AGCAAA-A-TA-GTT--CGTAAATTTGAAA--ATGGAT-GT-------G-TATC----TAGCTTTAGTGCTTAGCTGCAGAACTTAAGCTCTCTGAAAA-CCTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATTGTGTAACTT--TCC-GT-GG----TT----TTTT----TTTTTC-CAATATC-CAT-ATTACATAGAAAGG-AAT-ATGA-AATTGC-A-C-GTTTAAGT-T---TTAGGT-TAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAACTCCCCGTCGAGGCCTCATCTAAGGATTGCGTGTAAACCAACTCTGGCGGAAG
Unaligned ( gi|23 ): CACGTCGAGGCCTCATCTAAGGACCAACTCTGGCGGAAG
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333 111111 11111111 111 11 1111111 111111111 33333333333333333333 11 1111111 3333333333 2222 1111111 1111 2222222222222222222222222 1111111 333333333333333 2222 222222222222222222222 1 11 11 1 1 11111 1111111 11 33333333333333 2222222222222 33333333333333333333 444444444444444444444444 111111111 111 222222222 333333333333333 111 222222222 2222222 11 2222222 111 11 1 1 1
lowQualScore : 55 55 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 7 3 55 666 3333333333333333333333 3 222222 3 3 44 22222222 777 7777 6 3 7777 000 3 88 3 7 88 55 1111111 3 666 55 55 7777 777 9999 4 55 4 666666666 4 55 8 4 0 55 4 4 4 4 66 5 5 66 99999999999999999999 11 5 5 66 3333333 5 5555555555 0 66 4 4444 1111 4 66 5 8888888 5 5 2222 4444444444444444444444444 77 5 1111111 1 11 1 1 11 00 11 1 2222 1 0 1 222222222222222 5 1111 5 5 444444444444444444444 3 5 5 9 5 77 99 5 5 5 5 33 0 3 5 5 0 1 5 5 5 5 3 5 6 1 99 7 6 6 6 33333 5 5 666 5 8888888 77 5 4 77 5 8 5 6666 77 888 4 5 5 33 77 33333333333333 3 2222222222222 11111111111111111111 666 3 999999999999999999999999 1 999999999 7777 2 3 0 1 3 666 333 3 3 000000000 888 66 66 5 888 6 5 5 000000000000000 888 666666666 1111111 6 6 6 55 1 1111111 6 99 6 0 999 8 8 88 8 8 8 3 3 33 3 0 0 3 3
lowQualScore : .. .. . . . . . . . . . . . . .. ... ...................... . ...... . . .. ........ ... .... . . .... ... . .. . . .. .. ....... . ... .. .. .... ... .... . .. . ......... . .. . . . .. . . . . .. . . .. .................... .. . . .. ....... . .......... . .. . .... .... . .. . ....... . . .... ......................... .. . ....... . .. . . .. .. .. . .... . . . ............... . .... . . ..................... . . . . . .. .. . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . ..... . . ... . ....... .. . . .. . . . .... .. ... . . . .. .. .............. . ............. .................... ... . ........................ . ......... .... . . . . . ... ... . . ......... ... .. .. . ... . . . ............... ... ......... ....... . . . .. . ....... . .. . . ... . . .. . . . . . .. . . . . .
lowQualScore : 55 55 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 3 6 00 444 4444444444444444444444 6 555555 3 3 66 44444444 000 7777 7 3 1111 000 6 11 6 3 66 77 7777777 6 444 00 00 7777 000 3333 0 55 0 000000000 0 55 0 0 8 55 4 4 4 4 11 0 0 99 00000000000000000000 99 0 6 99 0000000 0 6666666666 2 11 4 7777 9999 4 11 7 6666666 7 7 1111 1111111111111111111111111 44 7 7777777 0 11 0 0 11 33 11 0 3333 0 1 0 333333333333333 0 2222 0 0 000000000000000000000 2 0 0 4 0 55 11 0 0 0 0 88 0 2 0 0 4 4 7 7 7 7 0 0 7 0 22 3 7 7 7 99999 7 7 000 7 6666666 99 7 3 99 0 7 7 6666 99 666 3 7 7 66 44 77777777777777 0 0000000000000 55555555555555555555 000 6 666666666666666666666666 2 111111111 7777 6 6 5 8 6 444 666 6 6 000000000 888 99 99 0 888 2 0 0 888888888888888 333 777777777 7777777 7 7 7 88 5 7777777 7 22 7 8 888 0 0 88 0 0 0 2 2 88 2 0 0 2 3
consensus : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A--CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--GAGCGT-GAATT-C----A---T-GAGAAGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TATT---G---AAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----AAA--TTTC-GAGTT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGCGTAAATTTG-AA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCT---G-GCNNA---NCACGNNNNCNGCTCTTNAAAAA-CCTGA-NNNNNNANCNCCNAATNTTNCTCCCNGANAGNNCGNTGAANTCCCGNNNGCTA----ATTGTGT-ACTT--T-C-GT-GGTTTTTT----TTTT----TTTTTC-CCATATC-CAT-ATTACATAG-AAGG-AATAATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTAGGT-TAATA-TTTT-TTAC-TCAA-T-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATNAATCAA--AATA-CTG-ACATGT-ATTTTT-C---TA-AA-TTACA-ATA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATTTGACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-G-ACTGAATGATAAA-GA-GCATCAG--CAAATGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAGAGAGAGA-------------GGGGGGGAGGGAGA-G------AGCCCTTTAN--AAT-T-----C------AT-------A--ACAAA-----T---GG----AACCCATTA-AAACCCATAAAA-GGTA---TTCGCTAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG--AT--TGA-TC---TCAAT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTCAAAT--TATG-ATTACT-CAGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-CAGTA
Reference ( family-3207 ) : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A--CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--GAGCGT-GAATT-C----A---T-GAGAAGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TATT---G---AAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----AAA--TTTC-GAGTT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGCGTAAATTTG-AA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCT---G-GCNNA---NCACGNNNNCNGCTCTTNAAAAA-CCTGA-NNNNNNANCNCCNAATNTTNCTCCCNGANAGNNCGNTGAANTCCCGNNNGCTA----ATTGTGT-ACTT--T-C-GT-GGTTTTTT----TTTT----TTTTTC-CCATATC-CAT-ATTACATAG-AAGG-AATAATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTAGGT-TAATA-TTTT-TTAC-TCAA-T-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATNAATCAA--AATA-CTG-ACATGT-ATTTTT-C---TA-AA-TTACA-ATA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATTTGACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-G-ACTGAATGATAAA-GA-GCATCAG--CAAATGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAGAGAGAGA-------------GGGGGGGAGGGAGA-G------AGCCCTTTAN--AAT-T-----C------AT-------A--ACAAA-----T---GG----AACCCATTA-AAACCCATAAAA-GGTA---TTCGCTAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG--AT--TGA-TC---TCAAT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTCAAAT--TATG-ATTACT-CAGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-CAGTA
gi|1 : AAAAT-AACTCCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-
gi|1 : gaattgtAACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AG--CA-T-GT-G-A--CG---T----A-----------------TGAT-CAG--T---CAATAA-TA-GGCCGGACGGT--------TA---GAACT--GAGCGTAGAATA-C----AACCC-GAAGAGGGAATG-T-GACTTTT-GAC--A--C------TGA-ACCAT---T-A--TT--TC----TATT---G---AATTTAATT--T-C---------G-C--GA-T-T-CAACC--TCCTCCCTGG-ATG-CATA-TA-G-A--AGCT-AACTT--TAGAACT----------T----GGGTTATA--TTTCCGATTC--TC--TTAA-CTGAC-ATC----------TAAGCCTTAAGCAAA-AATA-GTTCGT------------------AT-GT-------G-TA-CAGCTTAGCT---G-GCAGA---ACCTGTAGTCT-CTCTTGAAAAA-CCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTGT-ACTTCGT-C-G--GGTTTTTT----T------------C-CCATATA-CATCATTGCA-AGTAAGC-AATA-TGA-AATTGC-A-C-GTT--AGTCTTG-TTAGGTCTAATA-TGTTGTTACCTCAA-TTCATATCTAGGGCACAT-AAA-ATAAATCAA--A-TA-CTGGACGTGT-ATTTTTTC---TA-AACTTACACATA-CGTAA-------GGAAACGTGTGGCAGG--TATT-GACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTC-TATACCTAGGATC-TA--AATGTAA-G-A-GGAATGATAAA-GACGCA-CAGCACAAACTGAG-----------------------GAGAGAGAAAGA-------------GGGGGAG------------------CTTTTAA--GAT-TCTTAAC------ATGA-----A--ACAAA-----TAAAGGAAAAAACCTA--A-AAACCCATAAAACGGTAATGTT--TTATCTCCCAAATCAGCAAA---------TG--AGG---GGG--AT--TGATTC---CCAGTATATTTGC--ACATTCAACAGAGGG---GAGGTGACCAACAAGAATGGGAGCAAGAAAGAAACTACGAAAAAA-CTTTAGTAACCTTGAAAAGAAAAAAAGGCGCAAC-CCGGCGAAAATCAGACTCAAATTATATG-ATTACT-CAGTAAAgtctatgtgatgtgcttttatcattatgtatgtgcttttatcattatggtactgcttgtcttcatgcatttcttgacatcaattatgtgcaatgtattgcttttgattattatgtgatgtgcatttgtattattgtgattgtgcactccattatgttatcgtcgcagtgtcatttatggatgtgccaaacttcgttatgatgatgatcaaagcatgtgacgtatgatcagtcaataataggccggacggttagaactgagcgtagaatacaacccgaagagggaatgtgacttttgacactgaaccattatttctattgaatttaatttcgcgattcaacctcctccctggatgcatatagaagctaactttagaacttgggttatatttccgattctcttaactgacatctaagccttaagcaaaaatagttcgtatgtgtacagcttagctggcagaacctgtagtctctcttgaaaaacctgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgtgtacttcgtcgggtttttttcccatatacatcattgcaagtaagcaatatgaaattgcacgttagtcttgttaggtctaatatgttgttacctcaattcatatctagggcacataaaataaatcaaatactggacgtgtattttttctaaacttacacatacgtaaggaaacgtgtggcaggtattgactgaatttcttttttgttgctctatacctaggatctaaatgtaagaggaatgataaagacgcacagcacaaactgaggagagagaaagagggggagcttttaagattcttaacatgaaacaaataaaggaaaaaacctaaaaacccataaaacggtaatgttttatctcccaaatcagcaaatgagggggattgattcccagtatatttgcacattcaacagaggggaggtgaccaacaagaatgggagcaagaaagaaactacgaaaaaactttagtaaccttgaaaagaaaaaaaggcgcaacccggcgaaaatcagactcaaattatatgattactcagtaaa
gi|10 : gaattgtgcggatgtaatttttaagccctaggagttattttgtctatgtgatgtgcttttatcattatgtatgtgcttttatcattatggtactgcttgtcttcatgcatttcttgacatcaattatgtgcaatgtattgcttttgattattatgtgatgtgcatttgtattattgtgattgtgcactccattatgttatcgtcgcagtgtcatttatggatgtgcca-T-GATGA-T-AG-A-CACTAGT-AA-C-TC-G-AAGCG---T----A--CAT-TA----TTCA-TCCTACAG--TATACAATAA-TG-C--TGAACGGTTCATCCAATG---TGCT------CGTCGAAT--C----A---T-GA--AGGGACTCGT--ACTTTT-TAC--AT-CGTACTGCGACACCATATACTA--TTATCC----TATT---G---AA-G-AATT--T-C---------T-C--CA-T-TTCAACC--TCCCTCGTGCGA---CTTA-TA-A-A--
gi|11 : tttgtcatatgtgatgtctttatgtgaaattcatggacatcttgattgtatgtgcctttatcattagaggtatgtgcatttttcatttatgtagtgcatttttgcatcattaatgtgatgtgcttttatatatgtgactggcattgatcattatgtgtgtgcacttcataatttatggcatgttgttcatagcctgatttatgattttgcttaacacgacttatatcgtgtcgatA-TTTT-ATAT-TCAG-T-CATATCCATGGCAAATTAAG-ATAAATCAA--AATA-C---ATATAT-ATTTTT-TAATTACAA-TTACA-ATTTCGTAA-------GGAA--GT-TTGCGGG--CATTTGACTGAACTTCATTTTTGATG-CCCATACAT--------------ATGTTA------GAATGATATG-GA-GCATCAGA-CACATGGCGT-GATTTTTCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNNN-N------NNNNNTTTAA--AAT-T-----CTTTACAATGAAACAAA--ATAAA-----T---GG----GACCCATTA-AAACTCGCAAAA-GGTA---TTCCCTAC-TCCAAAAT-AGCAACCTAAGCGGGTGGAGGGGGTGGG--GTTATAA-TT---TC-AT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTttcacttaatagg
gi|12 : cattgtttactttgccAACTTTCCGTT--A-T-GA-GA-T-GAAT-CAA-AGTTCA-C--T-G-A--C--------------CGTAA--AT------AT-CAG--T---CAATAAATGAG--CGGACGGT-------ATAAAAGACCTTGGAGCGT-GAATTTC----A---T-GAGA--GGACTGGC-GACTTTT-ACCG-AT-C--------A-ACTAT---TCA--TT--TC----TATT---G---AAAT-AATT--T-CCCCCGCCCCG-C--GATT-TTCAA-C--TCCTCCCGGGGGAG-CACA-TA-G-A--AAGC-A-CTTAGTAG-ACTGGGGGGCAAGG----G----AAA--TTTT-GAGTTAGTT--T--A-TTGACGATCTCCCAATTGGTAGACCT--AGCAAA-A-T--GTTC-CGTAAATTTG-AA--ATGGA
gi|13 : tgtcatgtgcactttgccattatgttatgtttgcattgtcattcatatgaggaC----------TAGGCTA--AGCAAACA-AA-GTTCG--TAAATTTG-AATCATG----------------A-T----TAG-----G-ACCTA---CTACGTTAACTGTCCATCAACTT-CTTAA-AAAAACAACACCAAATTTTGCTCCCGAATAAGTCGGTGAATTCTCCATC--------ATTGACT-ACTG----C-GT-GTTTTTTG----GGTT----TTTTTCACTA-ATC-CAT-AT-ACATAA-AAG--AATTATGA-AATTGCAA-C-G-T--AGT-TTGATTAAGG-TAATA--CTT-TTAC-TACA-T-CATATCTA-GGCAAATTAA
gi|14 : catcgaAACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A---------------A-TGAT-CAG--G-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------ATA---GACTT--GAGCGT-G-ATT-C----A---T--AG-AGGGACTGGC-AACTTTT-GAT--AT-C--------A-ACTAT---TCA--TT--TC----TATT---G---AAAT-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTC-ACC--TCC-CCCTGGGATG-CACA-TA-GAA--AGCT-A-CTT--TAGGACT----------TGGGGG----AAA--TTTT-GA-TG--TT--T--ATTTGAC-ATCTACAAATG--TAGACCT--AAGAAA-A--A-GTT--CGTAAATTTG-AA--ct
gi|15 : AGCGT-GAATT-CTCCTA---T-GAGA-GGGCCTGAT-GCCTTTTTGAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TCTTCTTATTTACGCACAAAG-AATCTGT-C---------G-CCGGATT-TTCAGACGGTCCTC
gi|16 : gcgtgatcggatgtagagactgtatACTT--CGTT--A-TTGATGA-TTGA-T-AAC-AGT-CA-CCGT-GGA--CG---T----AAACATGTAAATGTGCACTGAT-CAGCCT-T-CAA-AA-TG-G--CGGGAGGT-------Ggcaccgtcgggagtcatactcagaacgcctagggcttgttaaagaccattgagaaattttctgatgttttt
gi|16 : A-TG-G--CGGAAAGT-------TTG-----CT----AG--T-GAATT-C----A---TTGAGGAGGGACTGGTGGACTTTTGGACCAATAC------TGA-ACCA-----TA--TC--TC----atagatatgcggagattgcgtgtaaaccacctcatggcggaaagtttgctagtgaattcattgaggagggactggtggacttttggaccaatactgaaccatatctcga
gi|17 : acttcgttattgatgattgataacagtcaccgtggacgtaaacatgtaaatgtgcactgatcagccttcaaaatggcgggaggtgatagatatgcggagattgcgtgtaaaccacctcGAGAGAAAAG------AGC--TTTGA--AAT-T-----CTTGACAATCA-----A--ACAAAATAGAT---GG----GACTCATTA-AATCCTATAAAA-G-TA---TTCGCTAT-TCCAAAAT----TAC---------GTAAAGG---GGGATAT--TGA-TTCAATCCAT-TACTTGC-TAAA-----------GAAAGGGGga
gi|18 : AGAGAGAGAGAGA-------------GAGAGAGAAAAAGA-GTTTTGAAACTCTTGAC--AAT-------C------A--------A--ACAAAATATAT---GG----GACTCATTA-AAGCCTATAAAA-G-TA---TTCGCTAT-TCCAAAAT-Aggagggtgtcagaggaaa
gi|19 : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CGTAAT----A--CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GAC-T--AAGCGT-GAATT-C----a
gi|2 : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-G--G-A--CA---T----A--CATGTTA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--AAGCGT-GAATT------A---T-GAGAAGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TACT---G---AAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----AAA--TTTC-GAGTT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGCGTAAATTTG-AA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCT---N-NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATTGTGT-AC-T--T-C-GTGGGTTTTTT----TTTTCTTCTTTTTT-TCATATC-CAT-ATTACATAG-AAGG-AATAATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTA-GT-TAATA-TTTT-TTAC-TCGA-T-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATTAATCAA--AATA-CTG-ACATGT-GTTTTT-C---TA-AA-TTACA-ATA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATTTGACTGAATTTC-TTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-G-ACTGAATGATAAA-GA-GCATCAG--CAAATGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAGAGAGAGA-------------GGGGGGGGGGGAGA-G------AGCCCTTTAT--AAT-T-----C------AT-------A--ACAAA-----T---GG----ATCCCATTA-AAACCTATAAAA-GGTA---TT--ATAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAA-G---GGG--AT--TGA-TC---TCAAT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTGT-CAACA--AATGGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTGAAA---TATG-ATTACT-CGGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAAATACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-TAGTA
gi|20 : GAGA-------------GAGAGAGAGAGAGA-G------AGCTCTT-AA--AAT-T-----A------TT-------G--ACAAC-----T---GG----GACTCAATG-AAAACTATAAAA-GGTA---TACGCTTT-TCCAAAAT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttc
gi|21 : GAGAGAGAGAGA-------------GAGAGTTTGGGAG-------------TTTTGA--AAT-T-----C------TT-------G--AC-AA-----T---AA----AACAAATTA-AAGCCTATAAAA-GGTA---TTCGCTAT-TCCAAAAT-AACcacttataagg
gi|3 : tACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-TTCAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A---------------A-TGAT-CAG--G-T-CAATAA-TG----CGGACGGT-------ATA---GACTT--GAGCGT-GAATT-C----A---T-GAGA-GGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TATT---G---GAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC----CTCCCTGAGATG-CATAATA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----GGAG-TTTC-GA-TT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAA-CCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGT---AATTTG-AA--ATGGAC-GT-------G-TA-C----TAGCT---N-NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---ATTGTGT-ACTT----C-GT-GTTTTT------TTTT----TTTTCC-CCA-ATC-CAT-ATTGCATAG-AAGC-AAT-ATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTAGGT-T-ATATTTTT-TTAC-TCAA-T-CATATCTAGGGCAAATTAAATATAAATCAA--AATA-CTG-ACATGT-ATTTTT-C---TA-AA-TTAC--ATA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCA-G--TATTTGACTGAATTTC-TTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-T--TA--AATGTAA-G-AGTGAATGATAAA-GA-GCATCAG--CAAATGGAGA-GA--------------AGAAAGAGAGAGAGAGA-------------GAGAGAGAGGGGGG------------CTTTAT--AAT-T-----C------TT-------------AA-----T---GG----AACCCATTA-AAA-CCATAAAA-GGTA---TTTTATAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG--AT--TGA-TC---TCAAT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATAGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------TAAACCC--CGAAAATCA-ACTCAAAT--TATG-ATTACTCCAGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-CAGTAg
gi|4 : AACTT---GTT--A---GATGA-T--A-T-CAA-----CA-C-GT-G-A--CG---T----AA-CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T--AATAA-TG-G--CGGAC-GT-------GTG---A--TT--AAGCGT-GAA-T-C----A---T-GATA--GGAC--GT-GACTTTT-GAC--AG-T------TGA-ACCAT---AT---TT--TC----TATT---G----AAG-AA-T--T-C---------G-C--GA-T-TTC-ACC--TCCT-CCTGGGATGCCATA-TG-G-AGTAGCT-A-CTT--T-GAACT----------T----G----GAAATTTTC-GAGTT--TTGCT----TTGAC-ATC----------Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgcacaattaaaattc
gi|5 : cattaatttgagtgcttattatcattatagtgtatggctattaacattatataatgattctattacattaattgatgtctattatcattatatgagtattatcattatatgaattgtgctatttatattatagtggattgctttatcaatttgtgtgatgtgcatacattatgtaatgtgcttgttatcatactgatgtcttttatcattttggatgtcatttgatcattatgtgatgtgcatttgcattaggagtgctctctatcatattcggtgtgcattaacatcattttattgtgtggctttggggatcgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataattttgcatcaattaatggtaggtgcttttaatcattatgtgatgtgcatttgtcattatagtgtatgttgcacttgccattgatgttatgttgcagtttcatatatgattgca--AGCAAA-A-TAAGTTCG--TAAATTTG-AA--TTGGATAGTTCCTAAGGCTA-C----TAGCT---A-ACTGA---AAACTGTAGCATCTCT--AAAAA-CTTGA-TCTCTGATCTTCCAATATTTTTTTCTGAGAGTATGTTAAAGTTCTGCAAGCTA------TGTGT-ACTT--T-C-GT-TGTTTTTTGAGGTTTT----TT------CATATCTCAT-AT-A-ATAA-AAGGTAATATGGAGAATTGC-AAC-GTT--AGTATTG-TTAGGT-TTATA-TTTT-TTAC-TCAG-T-CATAT---AGGCAAAT-AAA-ATTAATCAACAAATATCTG-ACATGTTATTTT-------A-AA-TTACA--TA-CGTAACTTCGTAAGAA--GT-TG-CAGGACTATTTGACTGAATTCTTTTTTTGTTGTCTCATATACCTAGT-TCCTA--AATGTAA-G-ACTGAATGA-AAA-GA-GCATCAG---AAATG-AGA-GA-------------GAGAAAGAGAG---GAGA-------------GGGGGGGAGGA-------------CTCTTTAT--AATAT-----C-------------------TAAA-----G---GA----AAC--ATTA-AAAAC-ATCAAA-GGTA---TTTCATAT--CCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG--AT--TGA-TC---TC-AT-TATTTGC-TACA---------------GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------G-AACT-------AA-C-TT-GT-ACAT--AAA--------------AAA-CC--CG-AAATCA-ACTCAAATA-TATGAATTACT-CAGTAAAAT--ACTTCTAGG-CTTTAAAAATTACATCC-GC-TT--CTTGAATTCCA--CGTTATGTGTACCATGCATCATTATATAT
gi|6 : tctaGCGT-GAATT-C----A---T-GAGA-GGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTAAATT--TC----TATT---G---AAAG-ATTT--T-C---------G-C--GA-TATTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----GGG--AAA--TTTC-GAGTT--TT-----A-TTGAC-ATA----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCG--TAATTTTT-GA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCT---N-NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATTGTGT-ACTT----C-GT-GGTTTTTT----TT--------------CATATC-CAT-AT-ACATAG-AAGG-AATA-TGA-AATTGC-A-CAGTT--AGT-TTG-TTAGGT-TAATAATTTT-TTAC-TCAAAT-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATTAATCAA--A-TA-CTG-ACATGC-ATTTTT-C---TA-AA-TTACA-ATA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATT-GACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-GGACTGAATAATAAA-AA-GCATCAG--CAAAAGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAG-----------------------GGGG--------G------AGCCCTTTAT--AAT-T-----C------AT-------A--A-AAA-----T---GG----AACCCATTATAAACCCATAAAA-GGTA---TTCA-TAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG--AT--TGA-TC---T-AAT-TATTTGC-TACA-----------A---GGGGTGTCCAAC---AATGGA---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCTA-AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTCtatagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|7 : gAACTT--CGTT--ATT-GATGATT-GA-T-AAC-AGT-CACC-GTGG-A--CG---TAA--A--CATGTAAATGTGCACTGAT-CAGCCT-T-CAA-AA-TG-G--CGGGAGGT-------G
gi|8 : cattatgtttgagtgccttttattatcatttgtgtgattgcattttatccatctatgattgatgtgttattgtcttattgtttgaattgttgctctttatcattacgtgattgctgctttaattcattatgcgattgttgcgtttatcattatttgggatggccactttgtgcattatgtagatgtgacttctattccatttacttggtgtgcatttttacatcattacgtgattggtgctattgtcatatgttcgatgctgcactttgtacaattacgtgatgtaatgatgcatttgtcaatttatgtttgatgtgcctttatcatttatgttagtgtgctaattttttttatgttgatgtgcattttttgcatcataatgtgatgtcgcttctttaattagttatgtagatctgtgcattttgtctttatgtgcatgtaatgacttagccaatttatagttatgtgcagtttgtcattattattgatgttgca-ACTT--T-CCGT-GGTTTT--------TT----TTTTTC-CAATATC-CAT-ATTACATAGAAAGG-AAT-ATGA-AATTGC-A-C-GTTTAAGT-T---TTAGGT-TAAat
gi|8 : taTT-T---TA-GG-TTAAG-GTA--GTAA-------GGAA--GT-TG-CAGG--CATTTGACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TATGAATGTAATG-ACTGAATGATAAAAGA-GCATCAG--CAAATGGAGACGA-------------GAGAAAGACAGAGAGAGGAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGAGA-A------AACC-TTTAATAAAT-T-----C------AT-------ACAATGAA-----C---AA----AAATAACTG-AA-CCCATAAAA-GGTA---TTTCATAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG-------GA-TC---TCATT-AATTTGCCTACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------GAAACT-------AACCTTT-GT-ACCT--AAAACAACA-------C----CC--CGAAAATCA-ACTC-AAT--TAT--ATTACT-CAGTAAAATAAACTTCTAGGTGCTTAAAAATTACATCCTGCTTTTCTTTGAAT--CAACCGTTA-GTTTA-CATGCAT-ATTATATA-ATTCCAGTAggtagtaaggaagttgcaggcatttgactgaatttcttttttgttgctcatatacctaggtctatgaatgtaatgactgaatgataaaagagcatcagcaaatggagacgagagaaagacagagagaggagggggggggggggggggggggggagaaaacctttaataaattcatacaatgaacaaaaataactgaacccataaaaggtatttcatattccaaaatagcaactgaaaggggggatctcattaatttgcctacagggggtgtccaacaatggggaaactaacctttgtacctaaaacaacaccccgaaaatcaactcaattatattactcagtaaaataaacttctaggtgcttaaaaattacatcctgcttttctttgaatcaaccgttagtttacatgcatattatataattccagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9 : taactttccgtggtttttttttttccaatatccatattacatagaaaggaatatgaaattgcacgtttaagAACTT--CGTTTTA-T-AATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GTTG-A--CG---TTAATA--CATGTAA--GTGCA-TGAT-AAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--AAGCGT-G-ATT-C----AT--T-GAG-AGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--A--C------TGA---CAT---TTA--TT--CT----AATT---G----AAG-AATT--TCC---------GCC--GA-T-TTCAAC----TCTCCCTGGGATG-CATA-TATG-A--AGCTAA-CTT--TAGAACT----------T----GA---AAA--TTTC-GAGTT--TG--T--A-TTGAC-ATC----------TAGG-CT--AGCAAA-A-TA-GTT--CGTAAATTTGAAA--ATGGAT-GT-------G-TATC----TAGCTTTAGTGCTTAGCTGCAGAACTTAAGCTCTCTGAAAA-CCTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATTGTGTAACTT--TCC-GT-GG----TT----TTTT----TTTTTC-CAATATC-CAT-ATTACATAGAAAGG-AAT-ATGA-AATTGC-A-C-GTTTAAGT-T---TTAGGT-TAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
blockSeqs : TC TT T T T T A T T T C C G G AG TAA AAACATGTAAATGTGCAC A TATA A A . TCATCCAA AAA TTGG C T TCCT T T GA G T CA TA GTACTGC C ATA AA AT TTCT TAC CACA . TG C CCCCGCCCC C CG T A GG C A T A GT A . AG GGGGGGCAAGGG AT . G AG TAT G TCCCAATTGG . C TAA CGCG A TC A TCCTAAG C T . TTAGTGCTTAGCTGCAGAACTTAAG TC N NNNNNNN A AC A T GC GA T AGTC G T NNNNNNNNNNNN A TC C G TTTTTTCTTCTTTTTT T T . T A GT TA G A A A TA A T A . T . . A . T T T A CA A T . T TAAT C . AA T CTTCGTA . . G AC T A T TCC TG GG C A . A AC TTTTTCTTNNNNNN N AGGGGGGGGGGGG AAAAAGAGTTTTGAAACTC ATA A CTTTACAATGAAACAAA T ATAGAT . C T C . . CCC . . CTAAGCGGG GGT AT TA . CAA C . C GAAA A . . C . . A A . C . . TA A C AA T T T T T AC T C C T C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . AAACATGTAAATGTGCAC . CCTT . . . A . TG . . . . . AA . G G T T . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . . . . . TGGGGG G . G . GCT . TACAAATG . . AA CCG . . . . . . . GACCTACTACGTTAACTG NN . AAAAAC N NN N N NN NN N NNNN N N NNNNNNNNNNN . T . . TGGGTTTTTTTCA T . . T A G AA . . . . TA . T . . A . . . . G T . T . A . . . C . . AA . . . . G . T T . TC . TG G . . . T G A . NNNNNNNNNNNNN A . CTTGACAATCAA C ATATAT . T . T . . CGC . . . . . . . . A . . G . . . . . . . A . . . . T . . A . . . T T . T . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TAATACATGTAAGTGCA . CCTT . . . A . TA . . . . . A . . . T T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . TGGG . . G . TA . . . . TA CGT . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNN NN . NNNNNN N NN N N NN NN N NNNN N N TCTGCAAGCTA . T . . TTGAGGTTTTTT T . . T . C AT . . . . . . T . . . . . . . G T . A . A . . . C . . AA . . . . G . T T . TC . G C . . . A G A . GGGGAGAGAGCCC A . CATACA C T . T . T . . CGC . . . . . . . . A . . G . . . . . . . A . . . . T . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AACATGTAAGTGCA . GT . . . G . TA . . . . . A . . . T T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . TGA . . G . TA . . . . TA CG . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNN NN . NNNNNN T TT C A TT TG G GTAT T G NNNNNNNNNNN . T . . TTTTTTTTTTTC T . . T . G A . . . . . . T . . . . . . . A T . T . A . . . C . . GG . . . . G . T T . TC . G C . . . A G A . AGAGAGAGAGCTC C . CATA C T . C . T . . CGC . . . . . . . . A . . G . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . ACATGTAAGTGCA . TT . . . T . TG . . . . . A . . . T T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . TG . . G . TA . . . . TA CG . . . . . . . AACTGAAAACTGTAGCAT CT . TCTCTG N NN N N NN NN N NNNN N N NNNNNNNNNNN . . . . TTTTTTTTCC T . . . . G A . . . . . . T . . . . . . . G T . T . . . . . T . . A . . . . . . T . . T . G C . . . A G A . AGAGAAAAGAGC T . ATTG C T . T . T . . CGC . . . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . ACATGTTAGTGCA . TT . . . G . TA . . . . . A . . . T T . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . TA . . . . TA CG . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNN . . NNNNNN N NN N N NN NN N NNNN N N CTCCATC . . . . TTTTTTTC . . . . . G A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . GGGGAGAAAACC A . CTTG C T . A . T . . TTA . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . ACATTATTCA . GT . . . G . TA . . . . . A . . . T T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . A . . . . T CG . . . . . . TTTT . . . . . . A . . . . . . . . . . . AGGGGGGC A . CATA T T . C . C . . TCA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . CGTAAAT . TT . . . A . . . . . . . A . . . G T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A CG . . . . TGGGAGT T . CAA T G . C . C . . TCA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AA . TT . . . G . . . . . . . A . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . AGGACTC T . CTT . T . T . C . . CA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . AA . T . . . G . . . . . A . . . . . . . . . . GAGCCC T . C . C . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . G . . .
blockSeqCons : ACATGTAAGTGCA********* TT**** ** G******* *** A* T* TGGG**************** TA***** ** TA** CG** **** GACCGANNACNNTAGCNN******* TCTGCAAGCTA**** T*** TTTTTTTTTC*********** C**** AA* ** TC** ** A* G************* AGGGAGAGAGCCC******* CATA******************** T******** **** *** CGC G************** *** ********* ******* ** ******* ** T**
originalCons : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A--CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--GAGCGT-GAATT-C----A---T-GAGAAGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TATT---G---AAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACT----------T----G----AAA--TTTC-GAGTT--TT--T--A-TTGAC-ATC----------TAGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGCGTAAATTTG-AA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCT---G-GCNNA---NCACGNNNNCNGCTCTTNAAAAA-CCTGA-NNNNNNANCNCCNAATNTTNCTCCCNGANAGNNCGNTGAANTCCCGNNNGCTA----ATTGTGT-ACTT--T-C-GT-GGTTTTTT----TTTT----TTTTTC-CCATATC-CAT-ATTACATAG-AAGG-AATAATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTAGGT-TAATA-TTTT-TTAC-TCAA-T-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATNAATCAA--AATA-CTG-ACATGT-ATTTTT-C---TA-AA-TTACA-ATA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATTTGACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-G-ACTGAATGATAAA-GA-GCATCAG--CAAATGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAGAGAGAGA-------------GGGGGGGAGGGAGA-G------AGCCCTTTAN--AAT-T-----C------AT-------A--ACAAA-----T---GG----AACCCATTA-AAACCCATAAAA-GGTA---TTCGCTAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG--AT--TGA-TC---TCAAT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTCAAAT--TATG-ATTACT-CAGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-CAGTA
finalCons : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---TACATGTAAGTGCA---------TGAT-CAGTT----CAATAA-TG-G--CGGACGGTG-------TG---GACTT--GAGCGT-GAATT-C----A---T-GAGA-GGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TATT---G---AAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TTCAACC--TCCTCCCTGGGATG-CATA-TA-G-A--AGCT-A-CTT--TAGAACTTGGG----------------AAA--TTTC-GAGTT--TTTA-----TTGAC-ATC----------TAGGCCT--AGCAAA-ATA--GTTCG--TAAATTTG-AA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGCTGACCGANNACNNTAGCNN-------CTCTTNAAAAA-CCTGA-NNNNNNANCNCCNAATNTTNCTCCCNGANAGNNCGNTGAANTTCTGCAAGCTA----ATTGTGT-ACTTT---C-GT-GGTTTTTTTTTTTTTC-----------CCATATC-CAT-ATTACATAG-AAGG-AATAATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTAGGT-TAATA-TTTT-TTAC-TCAA-T-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATNAATCAA--AATA-CTG-ACATGT-ATTTTTC----TA-AA-TTACAA-TA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATTTGACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGGTC--TA--AATGTAA-G-ACTGAATGATAAA-GA-GCATCAG--CAAATGGAGA-GAG-------------AGAAAGAGAGAGAGAGA-------------GGGGGGGAGGGAGAGAGCCC-------TTTAN--AAT-TCATA--------------------ACAAAT--------GG----AACCCATTA-AAACCCATAAAA-GGTA---TTCGCTAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG--AT--TGA-TC---TCAAT-TATTTGC-TACAG--------------GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTCAAAT--TATG-ATTACT-CAGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-CAGTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAACTCCCCGTCGAGGCCTCATCTAAGGATTGCGTGTAAACCAACTCTGGCGGAAG
Unaligned ( gi|23 ): CACGTCGAGGCCTCATCTAAGGACCAACTCTGGCGGAAG
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333 111111 11111111 111 1111111 111111111 111 22222222 1111111 2222222222222222222 1111111 1111 222222222 111 1111111 222222222 2222 222222222222222222 1 11 11 1 11111 11 1111111 11 33333333333333 2222222222222 33333333333333333333 44444444444444444444444444444444444444 111 222222222 333333333333333 111 222222222 2222222 11 2222222 111 11 1 1 1
lowQualScore : 55 55 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 7 3 55 666 3333333333333333333333 3 222222 3 3 44 22222222 777 7777 6 3 7777 000 3 777 3 7 88 55 1111111 3 666 55 55 7777 777 9999 4 55 4 666666666 4 55 4 4 4 0 55 777 55 0 4 99 4 4 55 4 4 4 222 66 66 4 66 777 22222222 66 4 88 66 0000000 5 6666666666666666666 0 66 4 4 4 66 2 4 66 5 8888888 5 5 2222 222222222 666 444 22 000 77 5 1111111 1 11 1 1 11 00 11 1 2222 1 0 6 1 555555555 5 1111 5 5 111111111111111111 3 5 5 9 5 77 99 5 5 5 5 33 0 3 5 5 5 5 5 5 5 5 3 5 6 1 99 7 6 6 6 33333 5 5 22 5 8888888 77 5 4 77 5 1 5 6666 77 888 4 5 5 33 77 33333333333333 3 2222222222222 11111111111111111111 666 3 88888888888888888888888888888888888888 7777 2 3 0 6 3 666 333 3 3 000000000 888 66 66 5 888 6 5 5 000000000000000 888 666666666 1111111 6 6 6 55 1 1111111 6 99 6 0 999 8 8 88 8 8 8 3 3 33 3 0 0 3 3
lowQualScore : .. .. . . . . . . . . . . . . .. ... ...................... . ...... . . .. ........ ... .... . . .... ... . ... . . .. .. ....... . ... .. .. .... ... .... . .. . ......... . .. . . . . .. ... .. . . .. . . .. . . . ... .. .. . .. ... ........ .. . .. .. ....... . ................... . .. . . . .. . . .. . ....... . . .... ......... ... ... .. ... .. . ....... . .. . . .. .. .. . .... . . . . ......... . .... . . .................. . . . . . .. .. . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . ..... . . .. . ....... .. . . .. . . . .... .. ... . . . .. .. .............. . ............. .................... ... . ...................................... .... . . . . . ... ... . . ......... ... .. .. . ... . . . ............... ... ......... ....... . . . .. . ....... . .. . . ... . . .. . . . . . .. . . . . .
lowQualScore : 55 55 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 3 6 00 444 4444444444444444444444 6 555555 3 3 66 44444444 000 7777 7 3 1111 000 6 777 6 3 66 77 7777777 6 444 00 00 7777 000 3333 0 55 0 000000000 0 55 0 0 0 8 55 000 55 9 0 55 0 0 55 4 4 4 222 11 11 4 11 222 22222222 11 4 33 11 8888888 0 6666666666666666666 2 11 4 4 4 11 0 4 11 7 6666666 7 7 1111 999999999 999 333 00 111 44 7 7777777 0 11 0 0 11 33 11 0 3333 0 1 6 4 666666666 0 2222 0 0 111111111111111111 2 0 0 4 0 55 11 0 0 0 0 88 0 2 0 0 0 7 7 7 7 7 0 0 7 0 22 3 7 7 7 99999 7 7 99 7 6666666 99 7 3 99 0 7 7 6666 99 666 3 7 7 66 44 77777777777777 0 0000000000000 55555555555555555555 000 6 55555555555555555555555555555555555555 7777 6 6 5 4 6 444 666 6 6 000000000 888 99 99 0 888 2 0 0 888888888888888 333 777777777 7777777 7 7 7 88 5 7777777 7 22 7 8 888 0 0 88 0 0 0 2 2 88 2 0 0 2 3
consensus : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A--CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--GAGCGT-GAATT-C----A---T-GA-G-AGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TATT---G---AAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TT-CAACC--TCCTC---CC--TGGGATG-CATA--TA-G-A--A-G-CT-A---CT--T--TAGA-AC--TT--GGG--------AAATTT--C-GA-GTT--TT--T--A-TTGAC-ATC--------T----------AGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTT--CGTAAATTTG-AA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGC---------TGGCCG-ANNACTNTAGCNTCTCTTNAAAAA-CCTGA-NNNNNNANCNCCNAATNTTNCTCCCNGANAGNNCGNTGAAGTTCTNCAAGCTN----ATTGTGT-ACTT--T-C-GT-GGTTTTTT----TTTTTTTC------CCATATC-CAT-ATTACATAG-AAGG-AATAATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTAGGT-TA-ATA-TTTT-TTAC-TCAA-T-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATNAATCAA--AATA-CTG-ACATGT-ATTTTT-C---TA-AA-TTACA-ATA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATTTGACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-G-ACTGAATGATAAA-GA-GCATCAG--CAAATGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAGAGAGAGA-------------GGGGGGGAGGGAGA-G------AGCCCTTTAN--AAT-T-----C------AT-------A--ACAAA-----T---GG----AACCCATTA-AAACCCATAAAA-GGTA---TTCGCTAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG--AT--TGA-TC---TCAAT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTCAAAT--TATG-ATTACT-CAGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-CAGTA
Reference ( family-3207 ) : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A--CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--GAGCGT-GAATT-C----A---T-GA-G-AGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TATT---G---AAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TT-CAACC--TCCTC---CC--TGGGATG-CATA--TA-G-A--A-G-CT-A---CT--T--TAGA-AC--TT--GGG--------AAATTT--C-GA-GTT--TT--T--A-TTGAC-ATC--------T----------AGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTT--CGTAAATTTG-AA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGC---------TGACCG-ANNACNNTAGCNNCTCTTNAAAAA-CCTGA-NNNNNNANCNCCNAATNTTNCTCCCNGANAGNNCGNTGAANTTCTGCAAGCTA----ATTGTGT-ACTT--T-C-GT-GGTTTTTT----TTTTTTTC------CCATATC-CAT-ATTACATAG-AAGG-AATAATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTAGGT-TA-ATA-TTTT-TTAC-TCAA-T-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATNAATCAA--AATA-CTG-ACATGT-ATTTTT-C---TA-AA-TTACA-ATA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATTTGACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-G-ACTGAATGATAAA-GA-GCATCAG--CAAATGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAGAGAGAGA-------------GGGGGGGAGGGAGA-G------AGCCCTTTAN--AAT-T-----C------AT-------A--ACAAA-----T---GG----AACCCATTA-AAACCCATAAAA-GGTA---TTCGCTAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG--AT--TGA-TC---TCAAT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTCAAAT--TATG-ATTACT-CAGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-CAGTA
gi|1 : AAAAT-AACTCCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-
gi|1 : gaattgtAACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AG--CA-T-GT-G-A--CG---T----A-----------------TGAT-CAG--T---CAATAA-TA-GGCCGGACGGT--------TA---GAACT--GAGCGTAGAATA-C----AACCC-GAAG-AGGGAATG-T-GACTTTT-GAC--A--C------TGA-ACCAT---T-A--TT--TC----TATT---G---AATTTAATT--T-C---------G-C--GA-T-T--CAACC--TCCTC---CC--TGG-ATG-CATA--TA-G-A--A-G-CT-AA--CT--T--TAGA-AC--TT--GGGTT------ATATTT--CCGA-TTC--TC--TTAA-CTGAC-ATC--------T----------AAGCCTTAAGCAAA-AATA-GTT--CGTA----------------T-GT-------G-TA-CAGCTTAGC---------TGGCAG-AAC-CTGTAGTCTCTCTTGAAAAA-CCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTGT-ACTTCGT-C-G--GGTTTTTT----T------C------CCATATA-CATCATTGCA-AGTAAGC-AATA-TGA-AATTGC-A-C-GTT--AGTCTTG-TTAGGTCTA-ATA-TGTTGTTACCTCAA-TTCATATCTAGGGCACAT-AAA-ATAAATCAA--A-TA-CTGGACGTGT-ATTTTTTC---TA-AACTTACACATA-CGTAA-------GGAAACGTGTGGCAGG--TATT-GACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTC-TATACCTAGGATC-TA--AATGTAA-G-A-GGAATGATAAA-GACGCA-CAGCACAAACTGAG-----------------------GAGAGAGAAAGA-------------GGGGGAG------------------CTTTTAA--GAT-TCTTAAC------ATGA-----A--ACAAA-----TAAAGGAAAAAACCTA--A-AAACCCATAAAACGGTAATGTT--TTATCTCCCAAATCAGCAAA---------TG--AGG---GGG--AT--TGATTC---CCAGTATATTTGC--ACATTCAACAGAGGG---GAGGTGACCAACAAGAATGGGAGCAAGAAAGAAACTACGAAAAAA-CTTTAGTAACCTTGAAAAGAAAAAAAGGCGCAAC-CCGGCGAAAATCAGACTCAAATTATATG-ATTACT-CAGTAAAgtctatgtgatgtgcttttatcattatgtatgtgcttttatcattatggtactgcttgtcttcatgcatttcttgacatcaattatgtgcaatgtattgcttttgattattatgtgatgtgcatttgtattattgtgattgtgcactccattatgttatcgtcgcagtgtcatttatggatgtgccaaacttcgttatgatgatgatcaaagcatgtgacgtatgatcagtcaataataggccggacggttagaactgagcgtagaatacaacccgaagagggaatgtgacttttgacactgaaccattatttctattgaatttaatttcgcgattcaacctcctccctggatgcatatagaagctaactttagaacttgggttatatttccgattctcttaactgacatctaagccttaagcaaaaatagttcgtatgtgtacagcttagctggcagaacctgtagtctctcttgaaaaacctgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgtgtacttcgtcgggtttttttcccatatacatcattgcaagtaagcaatatgaaattgcacgttagtcttgttaggtctaatatgttgttacctcaattcatatctagggcacataaaataaatcaaatactggacgtgtattttttctaaacttacacatacgtaaggaaacgtgtggcaggtattgactgaatttcttttttgttgctctatacctaggatctaaatgtaagaggaatgataaagacgcacagcacaaactgaggagagagaaagagggggagcttttaagattcttaacatgaaacaaataaaggaaaaaacctaaaaacccataaaacggtaatgttttatctcccaaatcagcaaatgagggggattgattcccagtatatttgcacattcaacagaggggaggtgaccaacaagaatgggagcaagaaagaaactacgaaaaaactttagtaaccttgaaaagaaaaaaaggcgcaacccggcgaaaatcagactcaaattatatgattactcagtaaa
gi|10 : gaattgtgcggatgtaatttttaagccctaggagttattttgtctatgtgatgtgcttttatcattatgtatgtgcttttatcattatggtactgcttgtcttcatgcatttcttgacatcaattatgtgcaatgtattgcttttgattattatgtgatgtgcatttgtattattgtgattgtgcactccattatgttatcgtcgcagtgtcatttatggatgtgcca-T-GATGA-T-AG-A-CACTAGT-AA-C-TC-G-AAGCG---T----A--CAT-TA----TTCA-TCCTACAG--TATACAATAA-TG-C--TGAACGGTTCATCCAATG---TGCT------CGTCGAAT--C----A---T-GA---AGGGACTCGT--ACTTTT-TAC--AT-CGTACTGCGACACCATATACTA--TTATCC----TATT---G---AA-G-AATT--T-C---------T-C--CA-T-TT-CAACC--TCCCT---CG--TGCGA---CTTA--TA-A-A--
gi|11 : tttgtcatatgtgatgtctttatgtgaaattcatggacatcttgattgtatgtgcctttatcattagaggtatgtgcatttttcatttatgtagtgcatttttgcatcattaatgtgatgtgcttttatatatgtgactggcattgatcattatgtgtgtgcacttcataatttatggcatgttgttcatagcctgatttatgattttgcttaacacgacttatatcgtgtcgatA-TTTT-ATAT-TCAG-T-CATATCCATGGCAAATTAAG-ATAAATCAA--AATA-C---ATATAT-ATTTTT-TAATTACAA-TTACA-ATTTCGTAA-------GGAA--GT-TTGCGGG--CATTTGACTGAACTTCATTTTTGATG-CCCATACAT--------------ATGTTA------GAATGATATG-GA-GCATCAGA-CACATGGCGT-GATTTTTCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNNN-N------NNNNNTTTAA--AAT-T-----CTTTACAATGAAACAAA--ATAAA-----T---GG----GACCCATTA-AAACTCGCAAAA-GGTA---TTCCCTAC-TCCAAAAT-AGCAACCTAAGCGGGTGGAGGGGGTGGG--GTTATAA-TT---TC-AT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTttcacttaatagg
gi|12 : cattgtttactttgccAACTTTCCGTT--A-T-GA-GA-T-GAAT-CAA-AGTTCA-C--T-G-A--C--------------CGTAA--AT------AT-CAG--T---CAATAAATGAG--CGGACGGT-------ATAAAAGACCTTGGAGCGT-GAATTTC----A---T-GA-G-AGG-ACTGGC-GACTTTT-ACCG-AT-C--------A-ACTAT---TCA--TT--TC----TATT---G---AAAT-AATT--T-CCCCCGCCCCG-C--GA-T-TTTCAAC---TCCTC---CC--GGGGGAG-CACA--TA-G-A--A-A-GC-A---CT--TAGTAGA--C--TG--GGGGGCAAGGGAAATTT--T-GA-GTTAGTT--T--A-TTGACGATC--------TCCCAATTGGTAGACCT--AGCAAA-A-TG-TTC--CGTAAATTTG-AA--ATGGA
gi|13 : tgtcatgtgcactttgccattatgttatgtttgcattgtcattcatatgaggaC--------T----------AGGCTA--AGCAAACA-AA-GTT--CGTAAATTTG-AATCATG----------------A-T----TAG-----------GACCT-ACTACGTTAACTGTCCATCAACTT-CTTAA-AAAAACAACACCAAATTTTGCTCCCGAATAAGTCGGTGAA-TTCTCCA---TC----ATTGACT-ACTG----C-GT-G-TTTTTTGGG-TTTTTTTCA-----CTA-ATC-CAT-AT-ACATAA-AAG--AATTATGA-AATTGCAA-C-G-T--AGT-TTGATTAAGG-TA-ATA--CTT-TTAC-TACA-T-CATATCTA-GGCAAATTAA
gi|14 : catcgaAACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A---------------A-TGAT-CAG--G-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------ATA---GACTT--GAGCGT-G-ATT-C----A---T--A-G-AGGGACTGGC-AACTTTT-GAT--AT-C--------A-ACTAT---TCA--TT--TC----TATT---G---AAAT-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TT-C-ACC--TCC-C---CC--TGGGATG-CACA--TA-GAA--A-G-CT-A---CT--T--TAGG-AC--TTGGGGG--------AAATTT--T-GA--TG--TT--T--ATTTGAC-ATCTACAAATGT----------AGACCT--AAGAAA-A--A-GTT--CGTAAATTTG-AA--ct
gi|15 : AGCGT-GAATT-CTCCTA---T-GA-G-AGGGCCTGAT-GCCTTTTTGAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TCTTCTTATTTACGCACAAAG-AATCTGT-C---------G-CCGGATT-TT-CAGACGGTCCTCGCACCGTCGGGAGT-CATACTCA-G-A--ACGCCT-AGGGCTTGT--TAAAGACCATT--GAG--------AAATTTTCT-GATGTT--TT--T--
gi|16 : gcgtgatcggatgtagagactgtatACTT--CGTT--A-TTGATGA-TTGA-T-AAC-AGT-CA-CCGT-GGA--CG---T----AAACATGTAAATGTGCACTGAT-CAGCCT-T-CAA-AA-TG-G--CGGGAGGT-------G
gi|16 : A-TG-G--CGGAAAGT-------TTG-----CT----AG--T-GAATT-C----A---TTGA-GGAGGGACTGGTGGACTTTTGGACCAATAC------TGA-ACCA-----TA--TC--TC----atagatatgcggagattgcgtgtaaaccacctcatggcggaaagtttgctagtgaattcattgaggagggactggtggacttttggaccaatactgaaccatatctcga
gi|17 : acttcgttattgatgattgataacagtcaccgtggacgtaaacatgtaaatgtgcactgatcagccttcaaaatggcgggaggtgatagatatgcggagattgcgtgtaaaccacctcGAGAGAAAAG------AGC--TTTGA--AAT-T-----CTTGACAATCA-----A--ACAAAATAGAT---GG----GACTCATTA-AATCCTATAAAA-G-TA---TTCGCTAT-TCCAAAAT----TAC---------GTAAAGG---GGGATAT--TGA-TTCAATCCAT-TACTTGC-TAAA-----------GAAAGGGGga
gi|18 : AGAGAGAGAGAGA-------------GAGAGAGAAAAAGA-GTTTTGAAACTCTTGAC--AAT-------C------A--------A--ACAAAATATAT---GG----GACTCATTA-AAGCCTATAAAA-G-TA---TTCGCTAT-TCCAAAAT-Aggagggtgtcagaggaaa
gi|19 : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CGTAAT----A--CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GAC-T--AAGCGT-GAATT-C----a
gi|2 : AACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-G--G-A--CA---T----A--CATGTTA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--AAGCGT-GAATT------A---T-GA-GAAGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TACT---G---AAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TT-CAACC--TCCTC---CC--TGGGATG-CATA--TA-G-A--A-G-CT-A---CT--T--TAGA-AC--TT----G--------AAATTT--C-GA-GTT--TT--T--A-TTGAC-ATC--------T----------AGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTTCGCGTAAATTTG-AA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGC---------TNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATTGTGT-AC-T--T-C-GTGGGTTTTTT----TTTTCTTCTTTTTTTCATATC-CAT-ATTACATAG-AAGG-AATAATGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTA-GT-TA-ATA-TTTT-TTAC-TCGA-T-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATTAATCAA--AATA-CTG-ACATGT-GTTTTT-C---TA-AA-TTACA-ATA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATTTGACTGAATTTC-TTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-G-ACTGAATGATAAA-GA-GCATCAG--CAAATGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAGAGAGAGA-------------GGGGGGGGGGGAGA-G------AGCCCTTTAT--AAT-T-----C------AT-------A--ACAAA-----T---GG----ATCCCATTA-AAACCTATAAAA-GGTA---TT--ATAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAA-G---GGG--AT--TGA-TC---TCAAT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTGT-CAACA--AATGGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTGAAA---TATG-ATTACT-CGGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAAATACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-TAGTA
gi|20 : GAGA-------------GAGAGAGAGAGAGA-G------AGCTCTT-AA--AAT-T-----A------TT-------G--ACAAC-----T---GG----GACTCAATG-AAAACTATAAAA-GGTA---TACGCTTT-TCCAAAAT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttc
gi|21 : GAGAGAGAGAGA-------------GAGAGTTTGGGAG-------------TTTTGA--AAT-T-----C------TT-------G--AC-AA-----T---AA----AACAAATTA-AAGCCTATAAAA-GGTA---TTCGCTAT-TCCAAAAT-AACcacttataagg
gi|3 : tACTT--CGTT--A-T-GATGA-T-GA-TTCAA-AGT-CA-C-GT-G-A--CG---T----A---------------A-TGAT-CAG--G-T-CAATAA-TG----CGGACGGT-------ATA---GACTT--GAGCGT-GAATT-C----A---T-GA-G-AGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTA--TT--TC----TATT---G---GAAG-AATT--T-C---------G-C--GA-T-TT-CAACC----CTC---CC--TGAGATG-CATAA-TA-G-A--A-G-CT-A---CT--T--TAGA-AC--TT--GGG--------AG-TTT--C-GA--TT--TT--T--A-TTGAC-ATC--------T----------AA-CCT--AGCAAA-A-TA-GTT--CGTAA-TTTG-AA--ATGGAC-GT-------G-TA-C----TAGC---------TNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---ATTGTGT-ACTT----C-GT-GTTTTTTT----TTTTTTCC------CCA-ATC-CAT-ATTGCATAG-AAGC-AATA-TGA-AATTGC-A-C-GTT--AGT-TTG-TTAGGT-TATAT--TTTT-TTAC-TCAA-T-CATATCTAGGGCAAATTAAATATAAATCAA--AATA-CTG-ACATGT-ATTTTT-C---TA-AA-TTACA--TA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAG---TATTTGACTGAATTTCTTTTT-GTTG-CTCATATACCTAGG-T--TA--AATGTAA-G-AGTGAATGATAAA-GA-GCATCAG--CAAATGGAGA-GA--------------AGAAAGAGAGAGAGAGA-------------GAGAGAGAGGGGGG------------CTTTAT--AAT-T-----C------TT-------A--A---------T---GG----AACCCATTA-AAACC-ATAAAA-GGTA---TTTTATAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG--AT--TGA-TC---TCAAT-TATTTGC-TACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATAGG---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCT--AAAAAAAAA-------TAAACCC--CGAAAATCA-ACTCAAAT--TATG-ATTACTCCAGTAAAAT-AACTTCTAGG-GCTTAAAAATTACATCC-GC-TTTCTTTGAATTCCA--CGTTATGTGTA-CATGCAT-ATTATATATATT-CAGTAg
gi|4 : AACTT---GTT--A---GATGA-T--A-T-CAA-----CA-C-GT-G-A--CG---T----AA-CATGTAA--GTGCA-TGAT-CAG--T-T--AATAA-TG-G--CGGAC-GT-------GTG---A--TT--AAGCGT-GAA-T-C----A---T-GA-T-A-GGAC--GT-GACTTTT-GAC--AG-T------TGA-ACCAT---AT---TT--TC----TATT---G----AAG-AA-T--T-C---------G-C--GA-T-TT-C-ACC--TCCT----CC--TGGGATGCCATA--TG-G-AGTA-G-CT-A---CT--T--T-GA-AC--TT--GGA--------AATTTT--C-GA-GTT--TTGCT----TTGAC-ATC--------T----------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgcacaattaaaattc
gi|5 : cattaatttgagtgcttattatcattatagtgtatggctattaacattatataatgattctattacattaattgatgtctattatcattatatgagtattatcattatatgaattgtgctatttatattatagtggattgctttatcaatttgtgtgatgtgcatacattatgtaatgtgcttgttatcatactgatgtcttttatcattttggatgtcatttgatcattatgtgatgtgcatttgcattaggagtgctctctatcatattcggtgtgcattaacatcattttattgtgtggctttggggatcgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataattttgcatcaattaatggtaggtgcttttaatcattatgtgatgtgcatttgtcattatagtgtatgttgcacttgccattgatgttatgttgcagtttcatatatgattgca--AGCAAA-A-TAAGTT--CGTAAATTTG-AA--TTGGATAGTTCCTAAGGCTA-C----TAGC---------TAACTG-AAAACTGTAGCATCTCT--AAAAA-CTTGA-TCTCTGATCTTCCAATATTTTTTTCTGAGAGTATGTTAAAGTTCTGCAAGCTA------TGTGT-ACTT--T-C-GT-TGTTTTTTGAGGTTTTTT---------CATATCTCAT-AT-A-ATAA-AAGGTAATATGGAGAATTGC-AAC-GTT--AGTATTG-TTAGGT-TT-ATA-TTTT-TTAC-TCAG-T-CATAT---AGGCAAAT-AAA-ATTAATCAACAAATATCTG-ACATGTTATTTT-------A-AA-TTACA--TA-CGTAACTTCGTAAGAA--GT-TG-CAGGACTATTTGACTGAATTCTTTTTTTGTTGTCTCATATACCTAGT-TCCTA--AATGTAA-G-ACTGAATGA-AAA-GA-GCATCAG---AAATG-AGA-GA-------------GAGAAAGAGAG---GAGA-------------GGGGGGGAGGA-------------CTCTTTAT--AATAT-----C-------------------TAAA-----G---GA----AAC--ATTA-AAAAC-ATCAAA-GGTA---TTTCATAT--CCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG--AT--TGA-TC---TC-AT-TATTTGC-TACA---------------GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------G-AACT-------AA-C-TT-GT-ACAT--AAA--------------AAA-CC--CG-AAATCA-ACTCAAATA-TATGAATTACT-CAGTAAAAT--ACTTCTAGG-CTTTAAAAATTACATCC-GC-TT--CTTGAATTCCA--CGTTATGTGTACCATGCATCATTATATAT
gi|6 : tctaGCGT-GAATT-C----A---T-GA-G-AGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--AT-C------TGA-ACCAT---TTAAATT--TC----TATT---G---AAAG-ATTT--T-C---------G-C--GA-TATT-CAACC--TCCTC---CC--TGGGATG-CATA--TA-G-A--A-G-CT-A---CT--T--TAGA-AC--TT--GGG--------AAATTT--C-GA-GTT--TT-----A-TTGAC-ATA--------T----------AGGCCT--AGCAAA-A-TA-GTT--CGTAATTTTT-GA--ATGGAT-GT-------G-TA-C----TAGC---------TNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATTGTGT-ACTT----C-GT-GGTTTTTT----TT-------------CATATC-CAT-AT-ACATAG-AAGG-AATA-TGA-AATTGC-A-CAGTT--AGT-TTG-TTAGGT-TA-ATAATTTT-TTAC-TCAAAT-CATATCTAGGGCAAATTAAA-ATTAATCAA--A-TA-CTG-ACATGC-ATTTTT-C---TA-AA-TTACA-ATA-CGTAA-------GGAA--GT-TGGCAGG--CATT-GACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TA--AATGTAA-GGACTGAATAATAAA-AA-GCATCAG--CAAAAGGAGA-GA-------------GAGAAAGAGAG-----------------------GGGG--------G------AGCCCTTTAT--AAT-T-----C------AT-------A--A-AAA-----T---GG----AACCCATTATAAACCCATAAAA-GGTA---TTCA-TAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG--AT--TGA-TC---T-AAT-TATTTGC-TACA-----------A---GGGGTGTCCAAC---AATGGA---------GAAACT-------AA-CTTT-GT-ACCTA-AAAAAAAAA-------CAAA-CC--CGAAAATCA-ACTCtatagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|7 : gAACTT--CGTT--ATT-GATGATT-GA-T-AAC-AGT-CACC-GTGG-A--CG---TAA--A--CATGTAAATGTGCACTGAT-CAGCCT-T-CAA-AA-TG-G--CGGGAGGT-------G
gi|8 : cattatgtttgagtgccttttattatcatttgtgtgattgcattttatccatctatgattgatgtgttattgtcttattgtttgaattgttgctctttatcattacgtgattgctgctttaattcattatgcgattgttgcgtttatcattatttgggatggccactttgtgcattatgtagatgtgacttctattccatttacttggtgtgcatttttacatcattacgtgattggtgctattgtcatatgttcgatgctgcactttgtacaattacgtgatgtaatgatgcatttgtcaatttatgtttgatgtgcctttatcatttatgttagtgtgctaattttttttatgttgatgtgcattttttgcatcataatgtgatgtcgcttctttaattagttatgtagatctgtgcattttgtctttatgtgcatgtaatgacttagccaatttatagttatgtgcagtttgtcattattattgatgttgca-ACTT--T-CCGT-GGTTTT------TTTTTTTC------CAATATC-CAT-ATTACATAGAAAGG-AAT-ATGA-AATTGC-A-C-GTTTAAGT-T---TTAGGT-TA-Aat
gi|8 : taTT-T---TA-GG-TTAAG-GTA--GTAA-------GGAA--GT-TG-CAGG--CATTTGACTGAATTTCTTTTTTGTTG-CTCATATACCTAGG-TC-TATGAATGTAATG-ACTGAATGATAAAAGA-GCATCAG--CAAATGGAGACGA-------------GAGAAAGACAGAGAGAGGAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGAGA-A------AACC-TTTAATAAAT-T-----C------AT-------ACAATGAA-----C---AA----AAATAACTG-AA-CCCATAAAA-GGTA---TTTCATAT-TCCAAAAT-AGCAAC---------TGAAAGG---GGG-------GA-TC---TCATT-AATTTGCCTACA-----------G---GGGGTGTCCAAC---AATGGG---------GAAACT-------AACCTTT-GT-ACCT--AAAACAACA-------C----CC--CGAAAATCA-ACTC-AAT--TAT--ATTACT-CAGTAAAATAAACTTCTAGGTGCTTAAAAATTACATCCTGCTTTTCTTTGAAT--CAACCGTTA-GTTTA-CATGCAT-ATTATATA-ATTCCAGTAggtagtaaggaagttgcaggcatttgactgaatttcttttttgttgctcatatacctaggtctatgaatgtaatgactgaatgataaaagagcatcagcaaatggagacgagagaaagacagagagaggagggggggggggggggggggggggagaaaacctttaataaattcatacaatgaacaaaaataactgaacccataaaaggtatttcatattccaaaatagcaactgaaaggggggatctcattaatttgcctacagggggtgtccaacaatggggaaactaacctttgtacctaaaacaacaccccgaaaatcaactcaattatattactcagtaaaataaacttctaggtgcttaaaaattacatcctgcttttctttgaatcaaccgttagtttacatgcatattatataattccagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9 : taactttccgtggtttttttttttccaatatccatattacatagaaaggaatatgaaattgcacgtttaagAACTT--CGTTTTA-T-AATGA-T-GA-T-CAA-AGT-CA-C-GTTG-A--CG---TTAATA--CATGTAA--GTGCA-TGAT-AAG--T-T-CAATAA-TG-G--CGGACGGT-------GTG---GACTT--AAGCGT-G-ATT-C----AT--T-GA-G-AGGGACTGGT-GACTTTT-GAC--A--C------TGA---CAT---TTA--TT--CT----AATT---G----AAG-AATT--TCC---------GCC--GA-T-TT-CAAC----TCTC---CC--TGGGATG-CATA--TATG-A--A-G-CTAA---CT--T--TAGA-AC--TT---GA--------AAATTT--C-GA-GTT--TG--T--A-TTGAC-ATC--------T----------AGG-CT--AGCAAA-A-TA-GTT--CGTAAATTTGAAA--ATGGAT-GT-------G-TATC----TAGCTTTAGTGCTTAGCTGCAGAACTTAAG---CTCTCTGAAAA-CCTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATTGTGTAACTT--TCC-GT-GG--TTTT----TTTTTTTC------CAATATC-CAT-ATTACATAGAAAGG-AAT-ATGA-AATTGC-A-C-GTTTAAGT-T---TTAGGT-TA-Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AAACTCCCCGTCGAGGCCTCATCTAAGGATTGCGTGTAAACCAACTCTGGCGGAAG
Unaligned ( gi|23 ): CACGTCGAGGCCTCATCTAAGGACCAACTCTGGCGGAAG