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gi|3 : ATATTTTTTAACATAA-AT-ATTGATAAGAA---ATATTACAGA--AACAT---AATATTTA-----TTATC-TACAG---TAAAT--GTGACGTCACAC-GGAA--TTGTAAATGGCCGCTT-GTCA-AAACAGAG-T-TTTGAAAAAATGG-AATAA---AAGTGG-A-TTC-G-AGGT-GG---A-AC--TGTG-GGG-TA-TT---TAAGG--TCA-GGAA-TTCATTA-A-TTGAC--A-TT-AC--GG-ATGTGA-TTT--C--TTGT-GTTT-GGAGTG-GTC---G--------A----ATTAG-GTAA-A-TAG--A-------GAAA-ATC---TG--G-A-A-A--ACA--------CAT--C--CTG---TCG-C--TTC--------GCTC-GCT--A-C------TC-TC-GCGAA---GC-TC--A-TG-------G--------G--TAGT-AT--TTT-T------A--CA-G--A-T-
gi|1 : cagttctatcaataaagtaa-ATTATCCTACAT---CAAAT--GTGACGTCACAC-G--AAATTGTAAATGGCCGCTT-GTCA-AAACAGAA-T-TTTGAAAAAGTGG-AAT-A---AAGTGA-AGTTC-G-A-GT-GG---A-A---TG-A-GGG-TACTT---GGAGGGTTCA-GGAATTTCGTTA-A-TTG----A-TT-AC--GGAATGTGA-TTTTCC--TTGT-GTTT-GGAGTGCGTC---GT-------A----ATAG--GTAA-A-GAGAAA-------GAAG-ATC---TG--GAACACA--ACGT-TGTC--CAT--CGGCTGTGTTCG-A--TTC--------GCTC--CT--A-C------GC-TC-GCGAA---GC-TC--A-GT-------G--------C--TAGG-A---TTTGT------AACCT-G--A-T-AT-TTC--A-C----ATAA---C--TT-CTAACT-TT---TTAATTT-GA-T-AAAATG-GCTCGGTA-CTCaaatgaacttgccaaaagattttggacattttcaatgcctcgaaacatcaaatgaatacaaatttcactatttgtttgaaattccccacaaacgcaagtataagattatctccctttatttttgaataatgacatttggatatcattacggagacgatatgcacggtgatatttttttatatgtgtataaaaaaaaataacaaagactattaatatattgcaaatattttttttaataacatatacatatcaacttgatgtataataattatctacagtaaaagtgacgtcacacggattgtaaatggccgcttgtcaaaacagaattttgaaaaaatggaataaaggattcgaggtggaactgtggggtattgaagtcaggaattcattaattgacattacggatgtgatttttgtgtttggagtggtcggaattcccaattaggtaaatagagaaaatctggaaaacacgttgccatcctgtcgcttcgctcgctacgctcgcgaagctcactggtagtatttttaccgatatttcacatacttctactttattgataaatttgccgattcctg
gi|4 : ac-ATTATC-TACAG---TAAAT--GTGTCGTCACAC-G--AAATTGTAAATGGCCGCTT-GTCA-AAACAGAA-T-TTTGAAAAAGTAG-AATAA---AAGTGG-A-TTC-G-AGGG-GG---A-AC--TG-AGGGG-TA-TT---GAAGG--TCA-GGAA-TTCATTA-A-TTGAC--A-TT-AC--GG-ATGTGA-TTT--C--TTGT-GTTT-GGAGTG-GTC---G--------A----ATTAG-GTAA-A-TAG--A-------GAAA-ATC---TG--GAA-A-AC-ACGT-TG-C--CAT--C--CTG---TCG-C--TTC--------GCTC-GCT--A-C------GC-TC-GCGAA---GC-TC--A-GT-------G--------C--TAGG-AT--TTT-T------A--CC-G--A-T-AT-TTC--A-C----AT-A---C--TT-CTA--C-TT---TAT---T-GA-T-AAAATT-GC-CG--A-CTCCaaaattattatgtttctgtaattatttcagatatttcttatcataatatttatgtttaaaaaatataaatgaactgaccaaacagccgcccaaagttgttggacattttccatgcctcgaaacatcaatgatacgaatttcactatctgctttcaaatccccacaaacgcaagtagatctataaagattatctcccttatatttttgaaatattgacattgatatcattacggagacatatatgccacgtgattatttttaatgtattataaaaaaaataacaaagtactattaagaatagtggttaaatattttttaaataacaataggccctacatatcaacttcgaaatgtataaatattatctacagtaaatgtgacgtcacacggaattgtaaatgccgcttgtcaaaacagaatttttgaaaaagtggtaataaaagtgaatcgaggtaactgaggggtatagtcaggaatcattaaattacacttacggcatgtgacttcttgtgtttggagttcgaaattagtaagagagaaaatctggaaacacgttgcatcctttcgcttcgctcctacgtccgaagctcgtgctagatttttaccaaattcatcatacttttgcactttattgataaaattggccgacct
gi|6 : AAATTCGTGACGTCACGC-AGAA--ATATTAATGGCGGCTG-GTTA-AGATCGAG-A-TTTGAAGAAATGA-TATAA---AAGCGA-A-TGCGT-GGGG-GT---A-AC--TGTG-GGG-TA-GT---AAATA--ACT-GGAG-TTAATT--AACTGGC----CT-AC--GG-ATGTGG-TCC--C--TTGT-GTTT-GGAGT----C------------------TT----------TAC--A-------GAAA-ATC---TG--GAA-A-AC-ACGT-TG-T--CAT--C--CTG-----------------------TC-GCT--A-C------GC-TC-GCGAA---GC-TT--A--T-------G--------C--T--C-A---TT-----------------------T-TTC--A-C----AT-G---T--TT-CTA--T-TC---TGC---T-GA-T-AAAATT-GT-CG--A-CTCCTGTaaattattatgtttctgtaatatttcagatatttctatatcaaatatatatgttaaaaatatagaatgacgtacttaccaaacagccgctccaaattgttggacatttttccatgcctcgaaacaatcaaatgaatacgaatttcactaatctgctttcaaattccccacaaacgcaagtataagtatgcgtttctcctttcccttattttttgaattattgaaattttggatat
gi|8 : cCACAC-G--AAATTGTAAATAGCCGCTT-GTCA-AAACAGAA-T-TTTGAAAAAATAG-AATAA---AAGTGA-A-TTC-T-AGGT-GG---A-AC--TATG-GGG-TG-TT---TAAGG--TCA-GAAA-TTCATTA-A-TTGAC--A-TC-AC--GG-ATGTGATTTT--C--TTGT-GTTTGGGAGTG-GT----G--------A----ATTAGGGTAA-A-TAGA-A-------GAAA-ATCCT-TG--GAA-A-AC-ACGT-TG-CCACAT--C--CTGT--TCGCC--TTC--------G-TC-GCT--A-C------GC-TC-GCGAAAAGGC-T---A-GT-------G--------C--TAGG-AT--TTT-T------A--CC-G--A-T-AT-TTTTAG-C----AT-A---C--TT--TA--C-TT---TAT---T-GA-T-AAAATG-GC-CG--A-CTCCgggacaaagggagataatccaatagttgcataatccttttgatattatcattgcggagtagattttctagatatttgttcgtttgggcattgaaaaataacaaaaac
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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lowQualScore : 11 0 6 00000000000000000000000000000 3333333333333333333 6666 66666666666 55 0 00000 6666666666666666 55555555 55 55 0 0 0 0 1 0 9 0 55 888 888 0 0 00000 7 99 7 99 0 0 0 99 0 99 0 0 7 66 7 66 7 7 0 88 0 2 0 8888 2 22 0 555 5 8 5 0 0 2 2 0 5 2 88 00000 0 555 2222 0 2 0 0 6 5 5555555555 2 2 0 8 22 0 55 0 0 22 8 8 000000000000 000 4 0 22 3333 7 7 7 111 3 7 1 7 7 7 7 0 3 7 4 7 7 4 3 1111111111 66 3 7 666 99 5 88 2 0 4 11 3 66 3 222222 9 7 333 3 00 7777777 7 666666666 8888 11 2 0000 66 4 11 4 2 2
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Reference ( family-3172 ) : GAGT--CG-GCAATTTTA-TCAA--TAAAG---TAG---AAG---T-----ATGTG---AA-AT-A-T-CGG--TAAAAAT-C--CTA--G--------CACT--GAGCTTC-GCGAG-----CG--------A---A--AGCGA--------CAG--G--ATGG-CA-ACG-T-GTTTTC-CAGATTTT-CT--CTATTTACCTAA---TTC---GAC-CAC-TCCAAACACAA--G--AAATCACAT-CC--GT-AAT--GTCAATT-AATGAA-TTCC-TGA--CC-TT--AAATACCCCNCAGT-T-CCA--C-TCGAA--TCCACT-T-TTATTCCATTTTTTCAAAATTCTGTTTTGACAAGCGGCCATTTACAATTTCGTGTGACGTCACATTTACTGTAG-ATAATAAA--TATTATGTTTCTGTAAT-ATTTCAGATATTTCT-TATC-A--ATATTTATGTT-AAAAAATATA-AATGA---ACTTACCAAACAGCCGCTCCAAGTTGTTGGACA-TTTTCCATGCCTCGAAAC-ATCAAATGAATACGAATTTCACT-ATCTGCTTTCAAATTCCCCACAAACGCAAGT--AT-----AAG-AT---TATCTC----CCTT-TATTTTTTGAA-TATTGACA-TTTGGATATCATTACGGAGACGATATATG-CAC-G-TGATATTTTTTTATATGTG-TATAAAAAAAA-TAACAAAG-ACTATTAAT-ATATTGG-TAAATATTTTTTTAAATAACATA-TAGGCCCT---ACATATCAACTT---GATGTATAAATATTATCTACAGTAAAT--GTGACGTCACACGGAAATTGTAAATGGCCGCTT-GTCA-AAACAGAA-T-TTTGAAAAAATGG-AATAAAAGTGA-ATTCGAGGTGG-AACTGTGGGGTATTNAAGGTCAGGAATTCATTAATTGACA-TTACGG-ATGTGA-TTTCTTGT-GTTT-GGAGTGGTCG--------AATTA-GGTAAATAG-AGAAAATC---TG--GAAAACACGTTGC--CATCCTG-TCG-C--TTCGCTC-GCT--A-C------GC-TC-GCGAA---GC-TCA-GTGC-------TAGGATTTT-----T---ACC-G--ATATTTC--A-CAT----AC--TT-CT--ACTTTATTGAT-AAAATT-GCCGA-CTCCTGT
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gi|28 : T--ACTTTATTGAT-AAAATT-GCCGA-CTCCCGT
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blockSeqs : . . . TAGGCCAAG AGTA C C . . . AA . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . G . G C G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . GTAGAATA TCTG . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . G T C . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . G . G T G . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . .
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gi|7 : cGAATTTGTAAATAGCCGCTTTGTCA-AAA--AAA-T-TTTGAAAAA-TG--AATAAAAGTGAGATTCTAGGTGG-AA-TATGGGGTGTTTAAGTTCAGAAATTCATTAATTGACA-TCACGGAATGTGA-TTTTATGTGGTTTGGGAGTGGT-G--------AATTA-GGTAAATAG-AG-AAATCCTGTG--GAAAA-AC--TGCCACATCC-G-TCG-CCTTTCGC-C-GCTAAA-C------GCTTC-GCGAA---GC-TTA-G-GC--------AGGATTTT-----T---ACCTG--ATATTT---A--AT----AC--TT--T--ACTTTATTGAT-AAAA-T-GCCGA-CTgggacaaagggagataatccaatagttgcataatccttttgatattatcattgcggagtagattttctagatatttgttcgtttgggcattgaaaaataacaaaaac
gi|8 : aatgatcatctaaagcgacactatcacggagtcggacaacCACACG-AAATTGTAAATAGCCGCTT-GTCA-AAACAGAA-T-TTTGAAAAAATAG-AATAAAAGTGA-ATTCTAGGTGG-AACTATGGGGTGTTTAAGGTCAGAAATTCATTAATTGACA-TCACGG-ATGTGATTTTCTTGT-GTTTGGGAGTGGT-G--------AATTAGGGTAAATAGAAGAAAATCCT-TG--GAAAACACGTTGCCACATCCTGTTCGCC--TTCG-TC-GCT--A-C------GC-TC-GCGAAAAGGC-T-A-GTGC-------TAGGATTTT-----T---ACC-G--ATATTTTTAG-CAT----AC--TT--T--ACTTTATTGAT-AAAATG-GCCGA-CTCC
gi|9 : cGATT--CG-GCAATTTTA-TCAA--TAAAG---TAG---AAG---T-----ATGTG---A-----T-A----GG--TAA---AAA-T-ATACTT--C--------CACT--GAGCTTC-GCGA---------G---------CG---AAGCGA--------CAG--G--ATGG-CA-ACG-T-GTTTTC-CAGATTTT-CT--CTATTTACCTAA---TTC---GAC-CAC-TCCAAACACAA--G--AAATCACAT-CC--GT-AAT--GTCAATT-AATGAA-TTCC-TGA--CC-TT--AAATACCCCTTAGTAC-CCA--C-TCGAA--TCCACT-T-TTATTCCATTTTTTCAAcc
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Unaligned ( gi|22 ): AATTGGCAGTCTTATCTGAATAGGTATACAATTTGAACAACAATCACTATCCTTCGCAAGCGA