lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 444444444444444444 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 7777777777777777777 666666666666 333
lowQualScore : 4 888888888888888888 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 6 4444444444444444444 444444444444 333 6
lowQualScore : . .................. ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. . ................... ............ ... .
lowQualScore : 0 888888888888888888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 0 0000000000000000000 777777777777 555 0
consensus : NGCGCNCTGTGTGCGCTCACCGTNCAGTTCTGTTCGCGTTCACCGTGC--TCACGA-CGT--GCN---CA----CT-----------GCGC---GCGTTCACCGTG--C----GTTCA-NCGTTCGTNC-A-----T--CTTTT----T---T--GC---ATTGCCATTCGAAACTTTAAAG-TAAAAGGATCGA-T-CT---------T-ATA--NATGCGGAGA---NG------CGAAAATGA--AAGTTTGT----CAATCATG-----CTAC-A---T-G--TA-ATGT--ATATGAACGCATGGCTGAAAATAATGACGATTAAT-GA----CANNAAG------------AT-TATTAG------TTAA-TT-NCTGG--GAAT------TGA-------TTTTA--TT---T--AAATG-CTTA--TAAAAT----AATTG----A--AGGGAGAACGNTTN-ATATAGAAAAA-CA--ACA----ATAATC-AATT--ACATCA--TGTTGACAAA-GTTG--TCT---AAC-TCGAGGAAAT-GCA-CTTT-GAATCAACTT-TTAATCCTG-TCTACAACAGAC-------G-----CATATCATT-------TTTCTN-----AATAGAGGGAG----GC-GA--CGATCGGAAGGAGATAAATNTAAAGCTNGCCTTTCAA--AAATTCCT----GACAAGCATTTAAC-AN-AT---AA---------TT--GCCG-T-TAAAA-----ATTGATAAATANAATATTNTTCATTACNC-------GTA-------T-C--TAT-NAAT----A------AAAATGGTGTCGAGTT--AAGCACG---TGCTGA-NTTTA--CCTGTAGCCGAGATGACTG-ATTTA-TTC---------------G---TGA-TT--A------AG-----TAAA-T---GATTT--GT-AAACGAAA---TAC--AAAGAAC-G----CTTTG------TGTTTGCAATTCGAAATACAAG-CAAG-TTC--TT--AGAAATCCCTATG---TACACATACGCTGTAATTGTAAACAT
Reference ( gi|2 ) : TGCGCTCTGTGTGTGTTAATTGTGC-GTACTGCTAGCGTTCACCGTGC--TCACAA-CGT--GCC---CA----CT-----------GCGC---GCGTTCACCGTG--A----ATTCA-ATGTTCGTAC-A-----T--CTTTT----T---T--GC---ATTATCATTTGAAACTTTAAAC-TGAAAAGATCAA-T-CT---------T-ATA--AATGCGAAAA---TA------CAAAAATGA--AAGGTTGT----CAATAATG-----TTAC-A---T-G--TAAATGT--ATATGAATGCATGACTGAAAATAATGACGATTGAT-GA----CATCAAG------------AT-TATCAG------TTA---T-GTTGG--GA--------TGA-------TTTT--------T--AAATG-CTTA--TAAAAT----AATTG----A--AGGGAGAATGGTTT-ATATAGAAAAA-CA--ACATTATGTAATCTAGCTCAACATTA--TGTTGACAAA-GTTG--TCT---G-C-TCGAGGAAAT-GCA-CTTT-AAATAAACTTCTTAATCCTG-TCTACAACAGGT-------G-----CATGTC----------TTTTTA-----AATAGAGAGAG----AC-GG--CGATCGTAAGGCGATATATTTGAAGCTAGCCTCTCAA--ACATTTCT----GACAAGCACTTAA--AG-AT---AG---------CT--GCCG-T-TAAAA-----ATTGATAAAAAAGATATTGTTCGTTACCC-------ATA-------T-CAATAT-CAAT----A------AAAATGGGGTCGAGAT--AAGCATG---TGCCGA-GTTTA--CTTGTAGCCGAGATGAC---ATCTA-TCC---------------G---TGA-TT--A------A------TAAA-T---GATTT--AT-AAACCAAA----AC--AAAGAAC-G----TTTTAACAGAGTGTTTGCAATCAGAAGTACAAGTTAAAGTTCGTTT--AGAAATCCCTATAACCTATACCTACACTGTAAT--CAAATATTC
gi|10 : GTGCACTGTGTGTGTTCACCGTGT-GTTCTGTTTGCGTTCACTGTGT--AC-CTA-C-T--GTT---CA----CTTTTCACCAATCACTC---GCGTTCACTGTG--T----GTTGA-GCATT----C-A-----G--CCTT------------------TTATCAGTT----------------AAAGA--------------------------ATGCAGAGA---GG------CGAAAATGA--AAGATTGT----CAATCATT-----CTAT-A---T-GAACAAATG
gi|16 : GCGCTCTGTGTGCGCTCACCATTCAGT----TTTGCGTTCTCCGT----TCA----------CC---AA----CC-----------GCTC---GCGTTCACCGTG--g
gi|6 : GCTCGCGTTCACCGTTT--ACAGAG-CGTTTGCCTTTCA----CT------------CACCATACGTTCATCGTG--C----GTTTA-----TCGTATGA-----TTACTTTT----TAT-TCAGC---GTTTT--TCTGAA-CTTTAAAA-TAATAGGATCGATT-TT---------T-ATG--CATGTAGAGA---AG------CAAACATGG--AAATTTGT----CCA----------TCAC-A---C----------T--CTATCAACGCATGACTGAAGCTAAAGACACTC-----A----CAT-AAA------------ATGTATTA-------TGA---TAGTTAA--GA--------TTA-------------------T--AAATGACTCAACCAGAATCTCGCATTG----ATTAG---GAATAG-TT-ATATcgttaagcttgcgttcagc
gi|12 : GTGTTTACCG--C--TCACAA-AGC--GTA---CAGCATCT-----------GC------TGACCACTG-G--ATTTCATTCA-ACATTC--AC-------T--CTTTG----T---T--TCTTAATTGTTATTCAGAATTCTGAAG-TAAAAGGATCAA-TCCC---------T-CTAACAATGACAAA-----A------CCAAAATGA--AGG--TGTGCAACAACAATG-----
gi|13 : CGTTCACCGTGCGTTCATCC-TGT--GCT---C------T-----------ACGT---GCGTTCACTGTG--C----ACTCACAT-----TAC-AATCAGT--CTTTTATATT---T--GC---ATTGTCATTCGTAACTTTAAAG-TTAAAATATCGA-T-CG---------T-ATG--CATG
gi|4 : CGGGT--TCACAATCAT--TCG---CA----TT-----------GT-C----CGTTCACCTTG--C----GCTC--CTCTTTAAGT-C-----T--CTTTTCA--T---T--GT---ATTGCCATTCGAAACATAAAAA-TAAATGGA-------CTGG-------T-ATT--AATGC--ATA---TAGGCAGGCGAAAATGA--AAATGTGT----TA--AATG-------ACGA---T-GA-TGCATGT--ATTTAAACAGATGGTTCATAATTATGACAATT-AT-GATCAGTATCAAGCAAGCATTGCAAAT-TACTAGATGTAATTAATTT-GCTGATCAAAT------TAA-------TTCTATATTCT-T--AAATG-CTTA--TAAAAT----AATTG----A--AGGAAAAACGTTTG-ATACA-AGAAA-CA--TCAT
gi|1 : TAC--TCATG--CGT--TCA---CA----CT------------CGT---GCGCTCGTGGTGTAA----GTTCA-CAGTTCGTTC-AG----T--CTTTT----TCTTT--GT---CCTTCCATTCGGAACTTGAAAAGTGAAAAGACCGA-T-CCCTCAGAGCAT-GTA--AGAGAGGAAAGCTTA-------ACGAATTATTAAACTTGT----CAATCATAGATTATTAT-AGGTTAG--TAAATATGAAAATGAATG--TGGCTGAAA-TGATGATGATTAATTGA----CAGTAA-------------AT-TATCAG------GTAAATT-TCTGG--GAATGAATGTTGA-------TTTTAGTTTTCCTGAAAATG-CTTA--TAAAAC----AACTGGCGAA--AGGGAGAA-------ATATTGGAATA-TATGACA----ATAATC-AATT--ATATCGATTGCTGACAAAAGTTGGATCT---A-AATCGGGGAATTTACAACTTTGAAATCAACTT-TTAATCCTGATATATAACAGGTTGGGACAGAATCTTATTTT----------TTTTTACCCCGAGTAGAGAGGGGCTAAC-GAATCGATCTTAAGA-----------AAACTAGCTCATCAACAAAATTCCTTAAAGACAAGCATTTAAT-AT-AT---AAAAAAAAGTCTT--GCAAAT-TAAAAGTTTTATTGATAACAATAAT-TTATTCATTACTCTATTTTAATA-------TACATTAT-AAATTCGTA------AAAATAGTGTC-AGTTTAAAGTATGCCCTGCTGATATTTAACCTT-CACCTGAAATCATT--GTTTA-TTC---------------TCTCTGAATT--A------AA-----TAAAAT---GATTT--GTTAAGCGAGAGAGTAC--AAAGAAC---------T----GAATGCTTGCAATTCGAAATACAAATTAAGCTTCG-TT--ACGAATCTCT----CTTACATATACACTTTAATTGTAAACATagttagcaaagcggtctaacttgaaa
gi|8 : cgttTCGTTC-AG----T--CTTTTATCTT---T--GT---ATTGCCATTT-AAACTTTAAAG-TGAAATGGTCAA-T-CT---------T----------C----A---CA------CAAAA--GA--AAGTTTGT----C-AT------------C-A---T--------------CATGAACACTCGGTTGAGAATAATGACAATTATT-GA----CA
gi|15 : cgttcaA-T-CT---------TTATA--CATGTGGAGA---GG------CAAAAATGA--AAGTTTGT----CAACCATG-----CTA----------------AT--ATATGAATGCATGGCTGAAAATAATGACGATTAAT-GA----CAGAAAG------------AT-TATgttagacgtcagtattactattaagcaagaatatttacaagtattaggtgtaacctatttagggatgaattctaattttataaatgctaatgaaataattgaaggaagaacatttgatatagaaaaac
gi|8 : TA---T-TTAGG--GA--------TGAATTCTAATTTTA-------T--AAATG-CTAA--TGAAAT----AATTG----A--AGGAAGAACATTTG-ATATAGAAAAA-C
gi|5 : cgttcatcgttcagtcttttatctttgtattgccatttaaactttaaagtgaaatggtcaatcttcacacaaaagaaagtttgtcatcatcatgaacactcggttgagaataatgacaattattgacagttagacgtcagtattactattaagcaagaatatttacaagtattaggtgtaaccA--------TGC-------TTTT--------A--AAATG-CTTA--TGGGAT----AATTG----A--AGGGAGAA-GGTTTGATATAGAAAAAACA--ACA---------------------TA--TGA-GACAAA-GTTG--TCTCTAA-C-TCGAAGAAAT-GCA-CATC-GAATAAACTT-TTAATCCTG-TCTAAAACAGAC-------G-----CGTATCATTTGAATTTTTTTTC-----AATAGAGGGAG----GT-GA--CGATCGGAAG
gi|11 : ttaataacagtaacatcaatattaatcaagaattacatttgtaaattatattctacatgtatttttggatgagttaattctaatttttaaaaaCAACAT-A--TGTTACCAAA-GTTG--TCT---AAC-TCGAGGAAAT-GCA-TTTT-GGATCAACTT-TTAAT-CTG-TCTACAACAGAC-------G-----CATATCATT-------TTTCTG-----AA-AGAGGGA-----ACGGG--CAATCGGAAGGAGATAAATCTAAAGCTGGCTTCTCAA--AAATTCCT----GACAAGCta
gi|3 : gataaaA--TGTTAACAAA-GTTG--TCT---AAC-TCGAAGAAAT-GCA-CTTT-GAAT------------------CGACAAGATTT-------G-----AA-ATT----------TTCCTC-----ACTGGATGGAG----GT-GA--CGATCAGAAGGATATAAATTAGAATCTTGTCTTCCAA--A--TCCCT----GACAAGCATTTAACAAGCATTTAAA---------TTATGCCG-TGTAAAT-----ATTGATAAATCA-ATATTCGTCATTATCC-------ATA-------T-TTGTATTCAAT----ATTCTATGAATTGGTGTCGAGTT--A-GCCCG---TGCTGA-TTTTA--CCAGTAGCCAAGATGAT---ATTTT-TCC-------------------TGA-TT--A------A------TAAA-T---GATTC--CA-AAACTAAA----AC--AAAGAACTG----CTTT---------TCTGCAATTCGAAATACAAGACAAAATTTCTTTTCAGAAAGCCCTATA---TA----TACGCTGTAAT--TA
gi|7 : tttgatatataaaaaagcaCGAAAGGAGAAAAATATAAAGCT-GCCTTTCAA--AC-TTTCT----GACAAGCATTTTT--AA-AA---AG---------TG--GTCG-T-TAAAA-----AT--ATTAATAGAACATTTTTCAATACAC-------GTAGTTTTATT-C--TAT-TCAT----A------AAAA-GGTGTCATGAT--AACCATG---TGCTGA-GTTTT--TCTGTGGCCGAGATGACTGAAT-TATTTC---------------A---TGT-TT--ATATTTCA------TTAA-TTGCAACTTTGAT-AAAT--AATTTTAC--AAAGAAA-GAGAATTTCA------TGTTTGCAATTGGGAATAtcatttgcataaatgtgttcgtggcagtcgtgtttttgcttttttacaagaaattgcctgtacttg
gi|9 : TTTA--CCTGTAGCGGAGATGACTG-ATTTA-TTTCATGTTGATCTCTAAG---TAA-TTGCA------AGTTTGGTAAA-T---GGTTT--GT-AAAAAAAA----ACCCAAAGAAC---------TG-CA---TGTTCGCAATCTGAAATA-------------------AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTAa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GAGTTTATCTGTGGCCGAGATGACTGAATTAATTCATATGTATATCTCATTAATTGCAACTTTAATAAATAATTTTACAAAGAGAGATAATTTCATGTTTGCAATTGGGAATAATG
Unaligned ( gi|17 ): TCGCCAAGATGACTGAGTGACTTCAAATTTATCTCTGATTAATTGCAACTTTGTTAAATGATTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 1 11111 5555555555555555555555555555555 111111 22222222 222222222222222 1111 111111 000000000000000000000000000000 2222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111 111 1111 777777777777777777 1111 1111 444444444444444444444444 2222222 1111 11 1111 6666666666666666666666666 111 22222 888888888888888888888888888888888888888888888 111 111 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 88888888888888888888 4444
lowQualScore : 1 0 0 1 3 6 4 44444 3333333333333333333333333333333 888 66 5 4 888888 5 55555555 1 66 7 66 5 3 4 555555555555555 7777 0 1 3 888 444444 0 999999999999999999999999999999 2 3 9999999999 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7777 000 3 0 1 1 4444 111111111111111111 5555 6 6 99 99 8 8 8 7777 8 0 5 8 3 222222222222222222222222 6666666 1 0 99 8 5 0 1 1 1 7777 8 2 0 11 11 7777 3333333333333333333333333 111 55555 3 888 3 1 1 444444444444444444444444444444444444444444444 3 6 4 777 2 777 77 6 222 6 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 2 11111111111111111111 6666 4 2 444
lowQualScore : . . . . . . . ..... ............................... ... .. . . ...... . ........ . .. . .. . . . ............... .... . . . ... ...... . .............................. . . .......... . ..................................................................................................................... .... ... . . . . .... .................. .... . . .. .. . . . .... . . . . . ........................ ....... . . .. . . . . . . .... . . . .. .. .... ......................... ... ..... . ... . . . ............................................. . . . ... . ... .. . ... . ............................................................................................................. . . .................... .... . . ...
lowQualScore : 0 7 7 0 7 0 2 99999 0000000000000000000000000000000 888 11 3 4 444444 0 44444444 1 11 6 99 0 1 4 333333333333333 9999 2 0 1 888 444444 1 777777777777777777777777777777 5 2 2222222222 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0000 222 8 8 0 0 0000 222222222222222222 9999 7 7 22 22 0 0 0 0000 0 8 0 0 2 000000000000000000000000 0000000 0 8 44 0 2 6 0 0 0 0000 8 2 8 00 44 0000 5555555555555555555555555 000 00000 2 222 2 0 0 555555555555555555555555555555555555555555555 2 5 0 000 0 555 77 7 333 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 5 88888888888888888888 5555 2 0 888
consensus : NGCGCTCTGTGTGCGTTCACCGTGC-GT-CTGCTCGCGTTCACCGTGC--TCAC-GA-CGT--GCN---CA----CTGCGC---GCGTTCACCG---TGC--GTTCANCGTT-CGNTCA-TCT-TTT----T---TGCATTGC-CATTCGGAACTTTAA--A-GTGAAAGGATCGA-T-C--TT-A-TG--N-ATG-CG-GAGAGGCGAA---AATGAA------AGTTTGTCAATCATG-----CTAC----ATGT-----A-TGT--ATATGAACGCATGGCTGAAAATAA----------TGACGATTA---------AT-GAC--------AGCAAG--------ATTAT--T----AG------T--------TAA----TTT-CTGG--GAAT------T--GATTTTA--T----TT-----AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAACGTTTGATATAGAAAAACA--ACA----ATAATC-AA-T--ACATCA--T-GTTGACAAA-GTTG--TCT--AACTCGAGGAAAT-GCA-CTTTGAA-TCAAC----TT-TTAATCCTG-TCTACAACAG------AC-GCATATCA-------TTTTT-------CTNAATAGAGGGAGGC-GACGA-TCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTAGCCTCTCAA--AAATTCCT----GACAAGCATTTAATA--NAT---AG---------T--TGCCG-T-TAAAA-----ATTGATAAANANAATATTNTTCATTACCC-------ATA-------T---C--TA---TCAAT----A------AAAATGGTGTCGAGNT--AAGCATG---TGCTGAG-TTTA-CCTGTAGCCGAGATGACTG-ATTTA-TTC---------------G---TG----------A-TT--A------A-----GTAAA-TG-A--TTTG-T-AAAC-AAA---TACAAAGAAC-G----TTTC------G--TGTTTGCAATTNGAAATACAAG-TT-AAG--TTCG-TT---AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTAATTGTAAACAT
Reference ( family-317 ) : NGCGCNCTGTGTGCGCTCACCGTNCAGTTCTGTTCGCGTTCACCGTGC--TCAC-GA-CGT--GCN---CA----CTGCGC---GCGTTCACCG---TGC--GTTCANCGTT-CGTNCA-TCT-TTT----T---TGCATTGC-CATTCGAAACTTTAA--A-GTAAAAGGATCGA-T-C--TT-A-TA--N-ATG-CG-GAGANGCGAA---AATGAA------AGTTTGTCAATCATG-----CTAC----ATGT-----AATGT--ATATGAACGCATGGCTGAAAATAA----------TGACGATTA---------AT-GAC--------ANNAAG--------ATTAT--T----AG------T--------TAA----TTN-CTGG--GAAT------T--GATTTTA--T----TT-----AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAACGNTTNATATAGAAAAACA--ACA----ATAATC-AATT--ACATCA--T-GTTGACAAA-GTTG--TCT--AACTCGAGGAAAT-GCA-CTTTGAA-TCAAC----TT-TTAATCCTG-TCTACAACAG------AC-GCATATCA-------TTTTT-------CTNAATAGAGGGAGGC-GACGA-TCGGAAGGAGATAAATNT----AAAGCTNGCCTTTCAA--AAATTCCT----GACAAGCATTTAACA--NAT---AA---------T--TGCCG-T-TAAAA-----ATTGATAAATANAATATTNTTCATTACNC-------GTA-------T---C--TA---TNAAT----A------AAAATGGTGTCGAGTT--AAGCACG---TGCTGAN-TTTA-CCTGTAGCCGAGATGACTG-ATTTA-TTC---------------G---TG----------A-TT--A------A-----GTAAA-TG-A--TTTG-T-AAACGAAA---TACAAAGAAC-G----CTTT------G--TGTTTGCAATTCGAAATACAAG-C--AAG--TTC--TT---AGAAATCCCTATG---TACACATACGCTGTAATTGTAAACAT
gi|1 : TAC--TCAT-G--CGT--TCA---CA----CT-CGT---GCGCTCGTGG---TGTAAGTTCACAGTT-CGTTCAGTCT-TTT----TCTTTGTCCTTC-CATTCGGAACTTGAA--AAGTGAAAAGACCGA-T-CCCTC-A-GA--GCATG-TAAGAGAGGAAAGCTTAACGAATTATTAAACTTGTCAATCATAGATTATTAT----AGGTTAGTAAATATGAAAATGAATG--TGGCTGAAA-TGA----------TGATGATTA---------ATTGAC--------AGTAA---------ATTAT--C----AG------G--------TAAA---TTT-CTGG--GAATGAATGTT--GATTTTAGTT----TTCCTGAAAATGCTTATAAAACAACTGGCGAAAGGGAGAA------ATATTGGAATATATGACA----ATAATC-AATT--ATATCGATT-GCTGACAAAAGTTGGATCT--AAATCGGGGAATTTACAACTTTGAAATCAAC----TT-TTAATCCTGATATATAACAGGTTGGGACAGAATCTTA-------TTTTTTTTTACCCCGAGTAGAGAGGGGCTAACGAATCG-----------ATCTTAAGAAAACTAGCTCATCAACAAAATTCCTTAAAGACAAGCATTTAATA--TAT---AAAAAAAAGTCT--TGCAAAT-TAAAAGTTTTATTGATAACAATAAT-TTATTCATTACTCTATTTTAATA-------TACAT--TA---TAAATTCGTA------AAAATAGTGTC-AGTTTAAAGTATGCCCTGCTGATATTTAACCTTCACCTGAAATCATTG--TTTA-TTC---------------TCTCTG----------AATT--A------A-----ATAAAATG-A--TTTG-TTAAGCGAGAGAGTACAAAGAAC---------T------GAATGCTTGCAATTCGAAATACAAA-TT-AAGC-TTCG-TT---ACGAATCTCTCT----TACATATACACTTTAATTGTAAACAT
gi|10 : cgttGTGCACTGTGTGTGTTCACCGTGT-GTTCTGTTTGCGTTCACTGTGT--AC-C-TA-C-T--GTT---CA----CTT---------TTCACCA---ATC--ACTC-GCGTT-C--AC--------T----G---TGTGTTGAGCATTC-AGCCTTTTATCA-GTTAAAG---------------------A-ATG-CA-GAGAGGCGAA---AATGAA------AGATTGTCAATCATT-----CTAT----ATG
gi|11 : ----ATAAAC-AA-----CAT-A--T-GTTACCAAA-GTTG--TCT--AACTCGAGGAAAT-GCA-TTTTGGA-TCAAC----TT-TTAATC-TG-TCTACAACAG------AC-GCATATCA-------TTTTT-------CTGAA-AGAGGGAACG-GGCAA-TCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTGGCTTCTCAA--AAATTCCT----GACAAGCaacaaatgg
gi|12 : gGTGTTTACCG--C--TCAC-AA-AGC--GTA---CAGCATCTGC------TGACCACTGGATTTC--ATTCAACATT-CACTCT-TTG-TTT----C---TTAATTGT-TATTCAGAATTCTGA--A-GTAAAAGGATCAA-TCC--CT-C-TAACA-ATGAC----AAAACCAA---AATGAA------GGTGTG-CAA
gi|13 : CGTTCACCGTGCGTTCAT-CC-TGT--GCT---C------TACGT---GCGTTCACTG---TGC--ACTCA-CATTACAATCAGTCT-TTTATATT---TGCATTGT-CATTCGTAACTTTAA--A-GTTAAAATATCGA-T-C--GT-A-TG--C-ATG-caacaatg
gi|14 : GAG-TTTA-TCTGTGGCCGAGATGACTGAATTAA-TTC---------------A---TATGTATATCTCA-TT--A------ATT---GCAAC-T-----TTAA-T-AAAT--AATTTTACAAAGAGA-GATAATTTC------A--TGTTTGCAATTGGGAATA
gi|15 : A-T-C--TTTA-TA--C-ATG-TG-GAGAGGCAAA---AATGAA------AGTTTGTCAACCATG-----CTA-----------------AT--ATATGAATGCATGGCTGAAAATAA----------TGACGATTA---------AT-GAC--------AGAAAG--------ATTAT--atg
gi|16 : GCGCTCTGTGTGCGCTCACCATTCAGT----TTTGCGTTCTCCGT----TCAC-CA-------------A----CCGCTC---GCGTTCACCG---TGC--GTTAAGCTTG-CGTTCA-
gi|2 : GCGCTCTGTGTGTGTTAATTGTGC-GTACTGCTAGCGTTCACCGTGC--TCAC-AA-CGT--GCC---CA----CTGCGC---GCGTTCACCG---TGA--ATTCAATGTT-CGTACA-TCT-TTT----T---TGCATTAT-CATTTGAAACTTTAA--A-CTGAAAAGATCAA-T-C--TT-A-TA--A-ATG-CG-AAAATACAAA---AATGAA------AGGTTGTCAATAATG-----TTAC----ATGTA----AATGT--ATATGAATGCATGACTGAAAATAA----------TGACGATTG---------AT-GAC--------ATCAAG--------ATTAT--C----AG------T--------TA------TG-TTGG--GA--------T--GATT-----T----TT-----AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAATGGTTTATATAGAAAAACA--ACATTATGTAATCTAGCTCAACATTA--T-GTTGACAAA-GTTG--TCT---GCTCGAGGAAAT-GCA-CTTTAAA-TAAAC----TTCTTAATCCTG-TCTACAACAG------GT-GCATGTC----------TTT-------TTAAATAGAGAGAGAC-GGCGA-TCGTAAGGCGATATATTT----GAAGCTAGCCTCTCAA--ACATTTCT----GACAAGCACTTAA-A--GAT---AG---------C--TGCCG-T-TAAAA-----ATTGATAAAAAAGATATTGTTCGTTACCC-------ATA-------T---CAATA---TCAAT----A------AAAATGGGGTCGAGAT--AAGCATG---TGCCGAG-TTTA-CTTGTAGCCGAGATGAC---ATCTA-TCC---------------G---TG----------A-TT--A------A------TAAA-TG-A--TTTA-T-AAACCAAA----ACAAAGAAC-G----TTTTAACAGAG--TGTTTGCAATCAGAAGTACAAG-TTAAAG--TTCGTTT---AGAAATCCCTATAACCTATACCTACACTGTAAT--CAAATATgc
gi|3 : tA--T-GTTAACAAA-GTTG--TCT--AACTCGAAGAAAT-GCA-CTTTGAA-TCGACAAGATT-TGAA--------------------------------A-------TTTTC-------CTCACTGGATGGAGGT-GACGA-TCAGAAGGATATAAATTA----GAATCTTGTCTTCC----AAATCCCT----GACAAGCATTTAACAAGCATTTAAA---------TTATGCCG-TGTAAAT-----ATTGATAAAT-CAATATTCGTCATTATCC-------ATA-------T---T--TGTATTCAAT----ATTCTATGAATTGGTGTCGAGTT---AGCCCG---TGCTGAT-TTTA-CCAGTAGCCAAGATGAT---ATTT--TTC---------------C---TG----------A-TT--A------A------TAAA-TG-A--TTCC-A-AAACTAAA----ACAAAGAACTG----CTTT-----------TCTGCAATTCGAAATACAAGAC--AAAATTTC--TTTTCAGAAAGCCCTAT-------ATATACGCTGTAATTATtc
gi|4 : tttgatatataaaaaagcaCGGGT--TCAC-AATCAT--TCG---CA----TTGT-C----CGTTCACCT---TGC--GCTCCTCTTT-AAGTC--TCT-TTTCA--T---TGTATTGC-CATTCGAAACATAAA--A-ATAAATGGACTGG-T-A--TT-AATG--C-ATA-TA-GGCAGGCGAA---AATGAA------AATGTGTTAA--ATG-------ACGATGATGC-----A-TGT--ATTTAAACAGATGGTTCATAATTA----------TGACAATTA----------T-GATCAGTATCAAGCAAGCATTGCAAATTAC--T----AGATGTAAT--------TAA----TTTGCTGATCAAAT------T--AATTCTA--TATTCTT-----AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGAAAAACGTTTGAT--------ACA--AGA----A------------ACATCA--TAGTTAGCAAA-GCGG--TCT--AACTTGAcatttgcataaatgtgttcgtggcagtcgtgtttttgcttttttacaagaaattgcctgtacttg
gi|5 : --------TAA----TTT-TTAA--AAAA------T--GCTTTTA--------------AAATGCTTATGGGATAATTG----AAGGGAGAAGGTTTGATATAGAAAAA----ACA----A-------------CAT-A--T-GA-GACAAA-GTTG--TCTCTAACTCGAAGAAAT-GCA-CATCGAA-TAAAC----TT-TTAATCCTG-TCTAAAACAG------AC-GCGTATCATTTGAATTTTTT-------TTCAATAGAGGGAGGT-GACGA-TCGGAAGaa
gi|6 : ttaataacagtaacatcaatattaatcaagaattacatttgtaaattatattctacatgtatttttggatgagttaattcGCTCGCGTTCACCGT----TTACAGAGCGTTTGCCTTTCA----CT-CACCATACGTTCATCG---TGC--GTTTATCGTA-TGATTA-CTT-TTT----A---TTCAGCGT-TTTTCTGAACTTTAA--A-ATAATAGGATCGATT-T--TT-A-TG--C-ATG-TA-GAGAAGCAAA---CATGGA------AATTTGTCCATCACA-----CT-C---------------------TATCAACGCATGACTGAAGCTAA----------AGAC----A---------CT-CAC--------ATAAAATGT-----ATTATGAT----AG------T--------TAA----ta
gi|7 : CGAAAGGAGAAAAATAT----AAAGCT-GCCTTTCAA--AC-TTTCT----GACAAGCATTTT-TA--AAA---AG---------T--GGTCG-T-TAAAA-----AT--ATTAATAGAACATTTTTCAATACAC-------GTAGTTTTATT---C--TA---TTCAT----A------AAAA-GGTGTCATGAT--AACCATG---TGCTGAG-TTTT-TCTGTGGCCGAGATGACTG-AATTATTTC---------------A---TG----------T-TT--ATATTTCA-----TTAAT-TGCAACTTTGAT-AAAT--AATTTTACAAAGAAA-GAGAATTTC------A--TGTTTGCAATTGGGAATAgattataaatgactcaaccagaatctcgcattgattaggaatagttatat
gi|8 : C--GTTCATCGTT-CAGTCT-TTTATCT----T---TGTATTGC-CATTT-AAACTTTAA--A-GTGAAATGGTCAA-T-C--TT-------------C-----ACACAAA---A--GAA------AGTTTGTCA-TCAT-------------------------------CATGAACACTCGGTTGAGAATAATGACAATTATTGACAGTTAGACGTCAGTAT-TACTATTA---AGCAAG--------AATAT--TTACAAG------TATTAGGTGTAACCTATTT-AGGGATGAAT------TCTAATTTTA--T-----------AAATGCTAATGAAATAATTG----AAGGAAGAACATTTGATATAGAAAAACa
gi|9 : -TTTA-CCTGTAGCGGAGATGACTG-ATTTA-TTTCATGTTGATCTCTAAG---TA----------A-TTGCA------AGTTTGGTAAA-TG-G--TTTG-TAAAAAAAAA---CCCAAAGAACTG----C---------A--TGTTCGCAATCTGAAATA-----------------------AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTATTTGAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TCGCCAAGATGACTGAGTGACTTCAAATTTATCTCTGATTAATTGCAACTTTGTTAAATGATTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2 11111 5555555555555555555555555555555 11 22222222 222222222222222 111 1111 111111 999999999999999999999999999999999 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 1111 999999999999999999999999999 1111 3333333333333333333333333 2222222 1111 111 1111 11 666666666666666666 1 1 22222 777777777777777777777777777777777777777777777 111 111 111 00000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 1 3333333333 66666666666666666 444444444444444444 3333333
lowQualScore : 0 3 6 22 4 99999 4444444444444444444444444444444 888 66 5 0 4 1 22 5 66 55555555 1 66 3 5 5 2 666666666666666 333 0 6666 0000 444444 0 000000000000000000000000000000000 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 8 6666 333333333333333333333333333 6 99 99 8 8 8 7777 8 0 5 8 3 7777777777777777777777777 6666666 1 0 99 8 5 0 1 1 1 7777 9 1 111 11 7777 00 1 1 777777777777777777 0 0 55555 3 555 3 1 0 666666666666666666666666666666666666666666666 3 6 1 777 777 8 6 222 6 66666666666666666666666666666666666666666666666666 3333 3 1111111111 99 00000000000000000 1 2 333333333333333333 2222222 444
lowQualScore : . . . .. . ..... ............................... ... .. . . . . .. . .. ........ . .. . . . . ............... ... . .... .... ...... . ................................. . .................................................................................................................................... .... . .... ........................... . .. .. . . . .... . . . . . ......................... ....... . . .. . . . . . . .... . . ... .. .... .. . . .................. . . ..... . ... . . . ............................................. . . . ... ... . . ... . .................................................. .... . .......... .. ................. . . .................. ....... ...
lowQualScore : 7 3 7 88 2 11111 9999999999999999999999999999999 888 11 3 9 4 0 88 0 99 44444444 1 11 4 0 0 2 222222222222222 555 2 4444 6666 444444 1 777777777777777777777777777777777 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0000 2 1111 222222222222222222222222222 7 22 22 0 0 0 0000 0 8 0 0 2 0000000000000000000000000 0000000 0 8 44 0 2 6 0 0 4 0000 0 4 888 44 0000 22 0 2 555555555555555555 0 0 00000 2 222 2 0 2 555555555555555555555555555555555555555555555 2 5 0 000 555 0 7 333 7 33333333333333333333333333333333333333333333333333 3333 3 5555555555 22 88888888888888888 0 5 000000000000000000 8888888 888
consensus : NGCGCTCTGTGTGCGTTCACCGTGC-GT-CTGCTCGCGTTCACCGTGC--TCAC-GA-CGT--GCN---CA----CTGCGC---GCGTTCACCG---TGC--GTTCANCGTT-CGNTCA-TCT-TT--T----T---TGCATTGC-CATTCGGAACTTT-A-AAGTGAAAGGATCGAT--CT---T-A-T-GCATGC-GGAGAGGCGAA----AATGA------AAGTTTGTCAATCA-----TGCTAC----ATG--------T--ATGTATATGAACGCATGGCTGAAAATAATGACGA----------TTA---------A-TGAC--------AGCAA-G--------ATTAT--T----AG------T--------T-AA----TTT-CTGG--GAA------TT--GATTTTA-T----TT------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAACGTTTGATATAGAAAAACA--ACA----ATAA-C-A-----ACATCA--T-GTTGAC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAGGAA-ATGC-ACTTTG-AATCAAC----TT-TTAATCCTG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTNAATAGAGGGAGGC-GACG-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTAGCCTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGCATTTAATAAATAG---------T-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAANANAATATTNTTCATTACCC-------ATA-------T---C--TA---TCAA----TA------AAAATGGTGTCGAGNT--AAGCATG---TGCTGA-GTTT-ACCTGTAGCCGAGATGACTG-ATTTA-TTC---------------GTG----------ATT--A------A--GT-----AAATG-A--TTTG-TAAAC----NA--NNAC--AAAGAAC-G----TTTC------ATGTTTGCAATTNGAAATACAAGTT-AAG--TTCG-TT--AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTAATTGTAAACAT
Reference ( family-317 ) : NGCGCTCTGTGTGCGTTCACCGTGC-GT-CTGCTCGCGTTCACCGTGC--TCAC-GA-CGT--GCN---CA----CTGCGC---GCGTTCACCG---TGC--GTTCANCGTT-CGNTCA-TCT-TT--T----T---TGCATTGC-CATTCGGAACTTT-A-AAGTGAAAGGATCGAT--CT---T-A-T-GNATGC-GGAGAGGCGAA----AATGA------AAGTTTGTCAATCA-----TGCTAC----ATG--------T--ATGTATATGAACGCATGGCTGAAAATAATGACGA----------TTA---------A-TGAC--------AGCAA-G--------ATTAT--T----AG------T--------T-AA----TTT-CTGG--GAA------TT--GATTTTA-T----TT------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAACGTTTGATATAGAAAAACA--ACA----ATAATCAA--T--ACATCA--T-GTTGAC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAGGAA-ATGC-ACTTTG-AATCAAC----TT-TTAATCCTG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTNAATAGAGGGAGGC-GACG-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTAGCCTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGCATTTAATANATAG---------T-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAANANAATATTNTTCATTACCC-------ATA-------T---C--TA---TCAA----TA------AAAATGGTGTCGAGNT--AAGCATG---TGCTGA-GTTT-ACCTGTAGCCGAGATGACTG-ATTTA-TTC---------------GTG----------ATT--A------A--GT-----AAATG-A--TTTG-TAAAC----AA--ATAC--AAAGAAC-G----TTTC------GTGTTTGCAATTNGAAATACAAGTT-AAG--TTCG-TT--AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTAATTGTAAACAT
gi|1 : TAC--TCAT-G--CGT--TCA---CA----CT-CGT---GCGCTCGTGG---TGTAAGTTCACAGTT-CGTTCAGTCT-TT--T----TCTTTGTCCTTC-CATTCGGAACTTGAA-AAGTGAAAAGACCGATCCCT---C-A-GAGCATGTAAGAGAGG-AAAGCTTAACGAATTATTAAACTTGTCAATCATAGATTATTAT----AGGTTAGTAAAT--ATGAAAATGAATG--TGGCTG-AAATGATGATGA----------TTA---------ATTGAC--------AGTAA----------ATTAT--C----AG------G--------TAAA----TTT-CTGG--GAATGAATGTT--GATTTTAGT----TTTCCTGAAAATGCTTATAAAACAACTGGCGAAAGGGAGAA------ATATTGGAATATATGACA----ATAATCAAT-T--ATATCGATT-GCTGACAAAAGTTGGATCT--AAATCGGGGAATTTACAACTTTGAAATCAAC----TT-TTAATCCTGATATATAACAGGTTGGGACAGAATCTTA-------TTTTTTTTTACCCCGAGTAGAGAGGGGCTAACGAATCG-----------ATCTTAAGAAAACTAGCTCATCAACAAAATTCCTTAAAGACAAGCATTTAATATATAAAAAAAAGTCT-------TGCAAAT-TAAAAGTTTTATTGATAACAATAAT-TTATTCATTACTCTATTTTAATA-------TACAT--TA---TAAATTCGTA------AAAATAGTGTC-AGTTTAAAGTATGCCCTGCTGATATTTAACCTTCACCTGAAATCATTG--TTTA-TTCTCT------------CTGA---------ATT--A------A--ATA----AAATG-A--TTTGTTAAGCGAGAGA--GTAC--AAAGAAC-------TGA------ATGCTTGCAATTCGAAATACAAATT-AAGC-TTCG-TT--ACGAATCTCTCT----TACATATACACTTTAATTGTAAACAT
gi|10 : cgttGTGCACTGTGTGTGTTCACCGTGT-GTTCTGTTTGCGTTCACTGTG-------------T--ACC---TA----CTG---------TTCACT----T-----TTCACCAAT-CACTCG-CGT-TCACT----G---TGTGTTGAGCATTCAGCCTTTT-ATCAGTTAAAG---------------------AATGC-AGAGAGGCGAA----AATGA------AAGATTGTCAATCA-----TTCTAT----ATG--------
gi|11 : ----ATAAACAA------CAT-A--T-GTTACC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAGGAA-ATGC-ATTTTG-GATCAAC----TT-TTAATC-TG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTGAA-AGAGGGAACG-GGCA-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTGGCTTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGCaacaaatgg
gi|12 : gGTGTTTACCG--C--TCAC-AA-AGC--GTA---CAGCATCTGC------TGACCACTGGATTTC--ATTCAACATT-CACTCT-TTG-TT--T----C---TTAATTGT-TATTCAGAATTCT-G-AAGTAAAAGGATCAAT--CCCTCT-A-A-CAATGA-CAAAA--CCAA----AATGA------AGGTGTG-CAA
gi|13 : CGTTCACCGTGCGTTCAT-CC-TGT--GCT---C------TACGT---GCGTTCACTG---TGC--ACTCA-CATTACAATCAGTCT-TT--TATATT---TGCATTGT-CATTCGTAACTTT-A-AAGTTAAAATATCGAT--CG---T-A-T-GCATGcaacaatg
gi|14 : GA-GTTT-ATCTGTGGCCGAGATGACTGAATTAA-TTC---------------ATATGTATATCTCATT--A------ATTGC-----AACT-----TTAA-TAAAT----AATTTTAC--AAAGAGA-GATAATTTC------ATGTTTGCAATTGGGAATA
gi|15 : AT--CT---TTA-T-ACATGT-GGAGAGGCAAA----AATGA------AAGTTTGTCAACCA-----TGCTA---------------------ATATATGAATGCATGGCTGAAAATAATGACGA----------TTA---------A-TGAC--------AGAAA-G--------ATTAT--atg
gi|16 : GCGCTCTGTGTGCGCTCACCATTCAGT-TT---TGCGTTCTCCGT----TCAC-CA-------------A----CCGCTC---GCGTTCACCG---TGC--GTTAAGCTTG-CGTTCA-
gi|2 : GCGCTCTGTGTGTGTTAATTGTGC-GTACTGCTAGCGTTCACCGTGC--TCAC-AA-CGT--GCC---CA----CTGCGC---GCGTTCACCG---TGA--ATTCAATGTT-CGTACA-TCT-TT--T----T---TGCATTAT-CATTTGAAACTTT-A-AACTGAAAAGATCAAT--CT---T-A-T-AAATGC-GAAAATACAAA----AATGA------AAGGTTGTCAATAA-----TGTTAC----ATG--------TAAATGTATATGAATGCATGACTGAAAATAATGACGA----------TTG---------A-TGAC--------ATCAA-G--------ATTAT--C----AG------T--------T-A------TG-TTGG--GA--------T--GATT----T----TT------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAATGGTTTATATAGAAAAACA--ACATTATGTAATCTAGCTCAACATTA--T-GTTGAC-AAAGTTG--TCT---GCTCGAGGAA-ATGC-ACTTTA-AATAAAC----TTCTTAATCCTG-TCTACAACA------GGT-GCATGTC----------TTT-------TTAAATAGAGAGAGAC-GGCG-ATCGTAAGGCGATATATTT----GAAGCTAGCCTCTCA--AACATTTCT----GACAAGCACTTAA-AGATAG---------C-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAAAAAGATATTGTTCGTTACCC-------ATA-------T---CAATA---TCAA----TA------AAAATGGGGTCGAGAT--AAGCATG---TGCCGA-GTTT-ACTTGTAGCCGAGATGAC---ATCTA-TCC---------------GTG----------ATT--A------A---T-----AAATG-A--TTTA-TAAAC----CA--AAAC--AAAGAAC-G----TTTTAACAGAGTGTTTGCAATCAGAAGTACAAGTTAAAG--TTCGTTT--AGAAATCCCTATAACCTATACCTACACTGTAAT--CAAATATgc
gi|3 : tTTTGATATATAAAAA-A--GCA----AT---------------------GTTAAC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAAGAA-ATGC-ACTTTG-AATCGACAAGATT-TGAA--------------------------------A-------TTTTC-------CTCACTGGATGGAGGT-GACG-ATCAGAAGGATATAAATTA----GAATCTTGTCTTCC----AAATCCCT----GACAAGCATTTAACAAGCAT---------TTAAATTATGC-CGTGTAAAT-----ATTGATAAAT-CAATATTCGTCATTATCC-------ATA-------T---T--TGTATTCAA----TATTCTATGAATTGGTGTCGAGTT---AGCCCG---TGCTGA-TTTT-ACCAGTAGCCAAGATGAT---ATTT--TTC---------------CTG----------ATT--A------A---T-----AAATG-A--TTCC-AAAAC----TA--AAAC--AAAGAACTG----CTTT---------TCTGCAATTCGAAATACAAGAC-AAAATTTCT-TTTCAGAAAGCCC-------TATATATACGCTGTAATTATtc
gi|4 : CGGGT--TCAC-AATCAT--TCG---CA----TTGT-C----CGTTCACCT---TGC--GCTCCTCTTT-AAGTC--TCT-TT--TCA--T---TGTATTGC-CATTCGAAACATA-A-AAATAAATGGACTGGT--AT---T-AAT-GCATAT-AGGCAGGCGAA----AATGA------AAATGTGTTAA--A-----TG--ACGATGATG--------C--ATGTATTTAAACAGATGGTTCATAATTATGACAA----------TTA-----------TGATCAGTATCAAGCAA-GCATTGCAAATTAC--T----AGATGTAAT--------T-AA----TTTGCTGATCAAA------TT--AATTCTA-TATTCTT------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGAAAAACGTTTGAT--------ACA--AGA----A------------ACATCA--TAGTTAGC-AAAGCGG--TCT--AACTTGAcatttgcataaatgtgttcgtggcagtcgtgtttttgcttttttacaagaaattgcctgtacttg
gi|5 : --------T-AA----TTT-TTAA--AAA------AT--GCTTTTA--------------AAATGCTTATGGGATAATTG----AAGGGAGAAGGTTTGATATAGAAAAA----ACA----A-------------CAT-A--T-GA-GAC-AAAGTTG--TCTCTAACTCGAAGAA-ATGC-ACATCG-AATAAAC----TT-TTAATCCTG-TCTAAAACA------GAC-GCGTATCATTTGAATTTTTT-------TTCAATAGAGGGAGGT-GACG-ATCGGAAGaa
gi|6 : ttaataacagtaacatcaatattaatcaagaattacatttgtaaattatattctacatgtatttttggatgagttaattcGCTCGCGTTCACCGT----TTACAGAGCGTTTGCCTTTCA----CT-CACCATACGTTCATCG---TGC--GTTTATCGTA-TGATTA-CTT-TT--T----A---TTCAGCGT-TTTTCTGAACTTT-A-AAATAATAGGATCGAT--TT---TTA-T-GCATGT-AGAGAAGCAAA----CATGG------AAATTTGTCCATCA-----CACT-C-----------------------TATCAACGCATGACTGAAGCTAAAGACAC----------TCAC--------A-TAA------------AATGT-------ATTATGAT----AG------T--------T-AA----ta
gi|7 : CGAAAGGAGAAAAATAT----AAAGCT-GCCTTTCA--AAC-TTTCT----GACAAGCATTTT-TAAAAAG---------T-------GGT-CGT-TAAAA-----AT--ATTAATAGAACATTTTTCAATACAC-------GTAGTTTTATT---C--TA---TTCA----TA------AAAA-GGTGTCATGAT--AACCATG---TGCTGA-GTTT-TTCTGTGGCCGAGATGACTG-AATTATTTC---------------ATG----------TTT--ATATTTCA--TT-----AATTGCAACTTTGATAAAT----AATTTTAC--AAAGAAA-GAGAATTTC------ATGTTTGCAATTGGGAATAgattataaatgactcaaccagaatctcgcattgattaggaatagttatat
gi|8 : C--GTTCATCGTT-CAGTCT-TTTATC--T----T---TGTATTGC-CATTTA-AACTTT-A-AAGTGAAATGGTCAAT--CT---T------CACAC----------AA----AA-GA------AAGTTTGTCA-TCA-----T----------------------------CATGAACACTCGGTTGAGAATAATGACAATTATTGACAGTTAGACGTCAGTA-TTACTATTA---AGCAA-G--------AATAT--TTACAAG------TATTAGGTGT-AACCTATTT-AGGGATGAA------TTCTAATTTTA-T------------AAATGCTAATGAAATAATTG----AAGGAAGAACATTTGATATAGAAAAACa
gi|9 : TTT-ACCTGTAGCGGAGATGACTG-ATTTA-TTTCATGTTGATCTCTAAGTA----------ATTGCA------A--GTTTGGTAAATG-G--TTTG-TAAAA----AA--AAACCCAAAGAAC-------TGC------ATGTTCGCAATCTGAAATA---------------------AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTATTTGAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TCGCCAAGATGACTGAGTGACTTCAAATTTATCTCTGATTAATTGCAACTTTGTTAAATGATTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2 11111 5555555555555555555555555555555 11 22222222 222222 11 1111 111111 999999999999999999999999999999999 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 999999999999999999999999999 1111 1111 3333333333333333333333333 2222222 1111 111 1111 11 666666666666666666 1 1 22222 777777777777777777777777777777777777777777777 111 111 111 00000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 1 2222222222 55555555555555555 444444444444444444 3333333
lowQualScore : 0 3 6 22 4 99999 4444444444444444444444444444444 888 66 5 0 4 1 22 5 66 55555555 1 66 3 5 5 2 66 000000 22 33 2222 0 666666 0 0 000000000000000000000000000000000 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 8 444444444444444444444444444 6666 6 6 99 99 8 8 8 7777 8 0 5 8 3 7777777777777777777777777 6666666 1 0 99 8 5 0 1 1 1 7777 9 1 111 11 7777 00 1 1 777777777777777777 0 0 55555 3 555 3 1 0 666666666666666666666666666666666666666666666 3 6 1 777 777 8 6 222 6 66666666666666666666666666666666666666666666666666 3333 3 6666666666 99 11111111111111111 1 2 333333333333333333 2222222 444
lowQualScore : . . . .. . ..... ............................... ... .. . . . . .. . .. ........ . .. . . . . .. ...... .. .. .... . ...... . . ................................. . .................................................................................................................................... .... . ........................... .... . . .. .. . . . .... . . . . . ......................... ....... . . .. . . . . . . .... . . ... .. .... .. . . .................. . . ..... . ... . . . ............................................. . . . ... ... . . ... . .................................................. .... . .......... .. ................. . . .................. ....... ...
lowQualScore : 7 3 7 88 2 11111 9999999999999999999999999999999 888 11 3 9 4 0 88 0 99 44444444 1 11 4 0 0 2 11 444444 00 44 1111 1 444444 3 1 777777777777777777777777777777777 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0000 2 333333333333333333333333333 2222 7 7 22 22 0 0 0 0000 0 8 0 0 2 0000000000000000000000000 0000000 0 8 44 0 2 6 0 0 4 0000 0 4 888 44 0000 22 2 2 555555555555555555 0 0 00000 2 222 2 0 2 555555555555555555555555555555555555555555555 2 5 0 000 555 0 7 333 7 33333333333333333333333333333333333333333333333333 3333 3 5555555555 22 00000000000000000 0 5 000000000000000000 8888888 888
consensus : NGCGCTCTGTGTGCGTTCACCGTGC-GT-CTGCTCGCGTTCACCGTGC--TCAC-GA-CGT--GCN---CA----CTGCGC---GCGTTCACCG---TGC--GTTCANCGTT-CGNTCA-TCT-TT--T----T---TGCATTGC-CATTCGGAACTTT-A-AAGTGAAAGGATCGAT--CTT-A-T-GCATGC-GGAGAGGCGAA----AATGA------AAGTTTGTCAATCA-----TGCTAC----ATG--------T--ATGTATATGAACGCATGGCTGAAAATAATGACGA----------TTA---------A-TGAC--------AGCAA-G--------ATTAT--T----AG------T--------T-AA----TTT-CTGG--GAA------TT--GATTTTA-T----TT------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAACGTTTGATATAGAAAAACA--ACA-----TAA-------CA---ACATCA--T-GTTGAC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAGGAA-ATGC-ACTTTG-AATCAAC----TT-TTAATCCTG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTNAATAGAGGGAGGC-GACG-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTAGCCTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGCATTTAATAAATAG---------T-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAANANAATATTNTTCATTACCC-------ATA-------T---C--TA---TCAA----TA------AAAATGGTGTCGAGNT--AAGCATG---TGCTGA-GTTT-ACCTGTAGCCGAGATGACTG-ATTTA-TTC---------------GTG----------ATT--A------A--GT-----AAATG-A--TTTG-TAAAC----NA--NNAC--AAAGAAC-G----TTTCA------TGTTTGCAATTNGAAATACAAGTT-AAG--TTCG-TT--AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTAATTGTAAACAT
Reference ( family-317 ) : NGCGCTCTGTGTGCGTTCACCGTGC-GT-CTGCTCGCGTTCACCGTGC--TCAC-GA-CGT--GCN---CA----CTGCGC---GCGTTCACCG---TGC--GTTCANCGTT-CGNTCA-TCT-TT--T----T---TGCATTGC-CATTCGGAACTTT-A-AAGTGAAAGGATCGAT--CTT-A-T-GCATGC-GGAGAGGCGAA----AATGA------AAGTTTGTCAATCA-----TGCTAC----ATG--------T--ATGTATATGAACGCATGGCTGAAAATAATGACGA----------TTA---------A-TGAC--------AGCAA-G--------ATTAT--T----AG------T--------T-AA----TTT-CTGG--GAA------TT--GATTTTA-T----TT------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAACGTTTGATATAGAAAAACA--ACA----ATAA-------CA---ACATCA--T-GTTGAC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAGGAA-ATGC-ACTTTG-AATCAAC----TT-TTAATCCTG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTNAATAGAGGGAGGC-GACG-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTAGCCTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGCATTTAATAAATAG---------T-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAANANAATATTNTTCATTACCC-------ATA-------T---C--TA---TCAA----TA------AAAATGGTGTCGAGNT--AAGCATG---TGCTGA-GTTT-ACCTGTAGCCGAGATGACTG-ATTTA-TTC---------------GTG----------ATT--A------A--GT-----AAATG-A--TTTG-TAAAC----NA--NNAC--AAAGAAC-G----TTTCA------TGTTTGCAATTNGAAATACAAGTT-AAG--TTCG-TT--AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTAATTGTAAACAT
gi|1 : TAC--TCAT-G--CGT--TCA---CA----CT-CGT---GCGCTCGTGG---TGTAAGTTCACAGTT-CGTTCAGTCT-TT--T----TCTTTGTCCTTC-CATTCGGAACTTGAA-AAGTGAAAAGACCGATCCCTC-A-GAGCATGTAAGAGAGG-AAAGCTTAACGAATTATTAAACTTGTCAATCATAGATTATTAT----AGGTTAGTAAAT--ATGAAAATGAATG--TGGCTG-AAATGATGATGA----------TTA---------ATTGAC--------AGTAA----------ATTAT--C----AG------G--------TAAA----TTT-CTGG--GAATGAATGTT--GATTTTAGT----TTTCCTGAAAATGCTTATAAAACAACTGGCGAAAGGGAGAA------ATATTGGAATATATGACA----ATAAT------CAATTATATCGATT-GCTGACAAAAGTTGGATCT--AAATCGGGGAATTTACAACTTTGAAATCAAC----TT-TTAATCCTGATATATAACAGGTTGGGACAGAATCTTA-------TTTTTTTTTACCCCGAGTAGAGAGGGGCTAACGAATCG-----------ATCTTAAGAAAACTAGCTCATCAACAAAATTCCTTAAAGACAAGCATTTAATATATAAAAAAAAGTCT-------TGCAAAT-TAAAAGTTTTATTGATAACAATAAT-TTATTCATTACTCTATTTTAATA-------TACAT--TA---TAAATTCGTA------AAAATAGTGTC-AGTTTAAAGTATGCCCTGCTGATATTTAACCTTCACCTGAAATCATTG--TTTA-TTCTCT------------CTGA---------ATT--A------A--ATA----AAATG-A--TTTGTTAAGCGAGAGA--GTAC--AAAGAAC-------TGAA------TGCTTGCAATTCGAAATACAAATT-AAGC-TTCG-TT--ACGAATCTCTCT----TACATATACACTTTAATTGTAAACAT
gi|10 : cgttGTGCACTGTGTGTGTTCACCGTGT-GTTCTGTTTGCGTTCACTGTG-------------T--ACC---TA----CTG---------TTCACT----T-----TTCACCAAT-CACTCG-CGT-TCACT----G---TGTGTTGAGCATTCAGCCTTTT-ATCAGTTAAAGAAT------------------GC-AGAGAGGCGAA----AATGA------AAGATTGTCAATCA-----TTCTAT----ATG--------
gi|11 : AA-------CA---ACAT-A--T-GTTACC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAGGAA-ATGC-ATTTTG-GATCAAC----TT-TTAATC-TG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTGAA-AGAGGGAACG-GGCA-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTGGCTTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGCaacaaatgg
gi|12 : gataGTGTTTACCG--C--TCAC-AA-AGC--GTA---CAGCATCTGC------TGACCACTGGATTTC--ATTCAACATT-CACTCT-TTG-TT--T----C---TTAATTGT-TATTCAGAATTCT-G-AAGTAAAAGGATCAAT--C
gi|13 : CGTTCACCGTGCGTTCAT-CC-TGT--GCT---C------TACGT---GCGTTCACTG---TGC--ACTCA-CATTACAATCAGTCT-TT--TATATT---TGCATTGT-CATTCGTAACTTT-A-AAGTTAAAATATCGAT--CGT-A-T-GCATGcctctaacaatgacaaaaccaaaatgaaggtgtgcaacaacaatg
gi|14 : GA-GTTT-ATCTGTGGCCGAGATGACTGAATTAA-TTC---------------ATATGTATATCTCATT--A------ATTGC-----AACT-----TTAA-TAAAT----AATTTTAC--AAAGAGA-GATAATTTCA------TGTTTGCAATTGGGAATA
gi|15 : AT--CTTTA-T-ACATGT-GGAGAGGCAAA----AATGA------AAGTTTGTCAACCA-----TGCTA---------------------ATATATGAATGCATGGCTGAAAATAATGACGA----------TTA---------A-TGAC--------AGAAA-G--------ATTAT--atg
gi|16 : GCGCTCTGTGTGCGCTCACCATTCAGT-TT---TGCGTTCTCCGT----TCAC-CA-------------A----CCGCTC---GCGTTCACCG---TGC--GTTAAGCTTG-CGTTCA-
gi|2 : GCGCTCTGTGTGTGTTAATTGTGC-GTACTGCTAGCGTTCACCGTGC--TCAC-AA-CGT--GCC---CA----CTGCGC---GCGTTCACCG---TGA--ATTCAATGTT-CGTACA-TCT-TT--T----T---TGCATTAT-CATTTGAAACTTT-A-AACTGAAAAGATCAAT--CTT-A-T-AAATGC-GAAAATACAAA----AATGA------AAGGTTGTCAATAA-----TGTTAC----ATG--------TAAATGTATATGAATGCATGACTGAAAATAATGACGA----------TTG---------A-TGAC--------ATCAA-G--------ATTAT--C----AG------T--------T-A------TG-TTGG--GA--------T--GATT----T----TT------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAATGGTTTATATAGAAAAACA--ACATTATGTAATCTAGCTCA---ACATTA--T-GTTGAC-AAAGTTG--TCT---GCTCGAGGAA-ATGC-ACTTTA-AATAAAC----TTCTTAATCCTG-TCTACAACA------GGT-GCATGTC----------TTT-------TTAAATAGAGAGAGAC-GGCG-ATCGTAAGGCGATATATTT----GAAGCTAGCCTCTCA--AACATTTCT----GACAAGCACTTAA-AGATAG---------C-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAAAAAGATATTGTTCGTTACCC-------ATA-------T---CAATA---TCAA----TA------AAAATGGGGTCGAGAT--AAGCATG---TGCCGA-GTTT-ACTTGTAGCCGAGATGAC---ATCTA-TCC---------------GTG----------ATT--A------A---T-----AAATG-A--TTTA-TAAAC----CA--AAAC--AAAGAAC-G----TTTTAACAGAGTGTTTGCAATCAGAAGTACAAGTTAAAG--TTCGTTT--AGAAATCCCTATAACCTATACCTACACTGTAAT--CAAATATgc
gi|3 : tTTTGATATATAAAAA-----------------------A---GCA--A--T-GTTAAC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAAGAA-ATGC-ACTTTG-AATCGACAAGATT-TGAA--------------------------------A-------TTTTC-------CTCACTGGATGGAGGT-GACG-ATCAGAAGGATATAAATTA----GAATCTTGTCTTCC----AAATCCCT----GACAAGCATTTAACAAGCAT---------TTAAATTATGC-CGTGTAAAT-----ATTGATAAAT-CAATATTCGTCATTATCC-------ATA-------T---T--TGTATTCAA----TATTCTATGAATTGGTGTCGAGTT---AGCCCG---TGCTGA-TTTT-ACCAGTAGCCAAGATGAT---ATTT--TTC---------------CTG----------ATT--A------A---T-----AAATG-A--TTCC-AAAAC----TA--AAAC--AAAGAACTG----CTTT---------TCTGCAATTCGAAATACAAGAC-AAAATTTCT-TTTCAGAAAGCCC-------TATATATACGCTGTAATTATtc
gi|4 : CGGGT--TCAC-AATCAT--TCG---CA----TTGT-C----CGTTCACCT---TGC--GCTCCTCTTT-AAGTC--TCT-TT--TCA--T---TGTATTGC-CATTCGAAACATA-A-AAATAAATGGACTGGT--ATT-AAT-GCATAT-AGGCAGGCGAA----AATGA------AAATGTGTTAA--A-----TG--ACGATGATG--------C--ATGTATTTAAACAGATGGTTCATAATTATGACAA----------TTA-----------TGATCAGTATCAAGCAA-GCATTGCAAATTAC--T----AGATGTAAT--------T-AA----TTTGCTGATCAAA------TT--AATTCTA-TATTCTT------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGAAAAACGTTTGAT--------ACA--AGA----------------A---ACATCA--TAGTTAGC-AAAGCGG--TCT--AACTTGAcatttgcataaatgtgttcgtggcagtcgtgtttttgcttttttacaagaaattgcctgtacttg
gi|5 : --------T-AA----TTT-TTAA--AAA------AT--GCTTTTA--------------AAATGCTTATGGGATAATTG----AAGGGAGAAGGTTTGATATAGAAAAA--------------A-------CA---ACAT-A--T-GA-GAC-AAAGTTG--TCTCTAACTCGAAGAA-ATGC-ACATCG-AATAAAC----TT-TTAATCCTG-TCTAAAACA------GAC-GCGTATCATTTGAATTTTTT-------TTCAATAGAGGGAGGT-GACG-ATCGGAAGaa
gi|6 : ttaataacagtaacatcaatattaatcaagaattacatttgtaaattatattctacatgtatttttggatgagttaattcGCTCGCGTTCACCGT----TTACAGAGCGTTTGCCTTTCA----CT-CACCATACGTTCATCG---TGC--GTTTATCGTA-TGATTA-CTT-TT--T----A---TTCAGCGT-TTTTCTGAACTTT-A-AAATAATAGGATCGAT--TTTTA-T-GCATGT-AGAGAAGCAAA----CATGG------AAATTTGTCCATCA-----CACT-C-----------------------TATCAACGCATGACTGAAGCTAAAGACAC----------TCAC--------A-TAA------------AATGT-------ATTATGAT----AG------T--------T-AA----ta
gi|7 : CGAAAGGAGAAAAATAT----AAAGCT-GCCTTTCA--AAC-TTTCT----GACAAGCATTTT-TAAAAAG---------T-------GGT-CGT-TAAAA-----AT--ATTAATAGAACATTTTTCAATACAC-------GTAGTTTTATT---C--TA---TTCA----TA------AAAA-GGTGTCATGAT--AACCATG---TGCTGA-GTTT-TTCTGTGGCCGAGATGACTG-AATTATTTC---------------ATG----------TTT--ATATTTCA--TT-----AATTGCAACTTTGATAAAT----AATTTTAC--AAAGAAA-GAGAATTTCA------TGTTTGCAATTGGGAATAgattataaatgactcaaccagaatctcgcattgattaggaatagttatat
gi|8 : C--GTTCATCGTT-CAGTCT-TTTATC--T----T---TGTATTGC-CATTTA-AACTTT-A-AAGTGAAATGGTCAAT--CTT------CACAC----------AA----AA-GA------AAGTTTGTCA-TCA-----T----------------------------CATGAACACTCGGTTGAGAATAATGACAATTATTGACAGTTAGACGTCAGTA-TTACTATTA---AGCAA-G--------AATAT--TTACAAG------TATTAGGTGT-AACCTATTT-AGGGATGAA------TTCTAATTTTA-T------------AAATGCTAATGAAATAATTG----AAGGAAGAACATTTGATATAGAAAAACa
gi|9 : TTT-ACCTGTAGCGGAGATGACTG-ATTTA-TTTCATGTTGATCTCTAAGTA----------ATTGCA------A--GTTTGGTAAATG-G--TTTG-TAAAA----AA--AAACCCAAAGAAC-------TGCA------TGTTCGCAATCTGAAATA---------------------AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTATTTGAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TCGCCAAGATGACTGAGTGACTTCAAATTTATCTCTGATTAATTGCAACTTTGTTAAATGATTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2 11111 5555555555555555555555555555555 11 22222222 222222 11 1111 111111 999999999999999999999999999999999 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 999999999999999999999999999999 1111 3333333333333333333333333 2222222 1111 111 1111 11 666666666666666666 1 1 22222 777777777777777777777777777777777777777777777 111 111 111 00000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 1 2222222222 55555555555555555 444444444444444444 3333333
lowQualScore : 0 3 6 22 4 99999 4444444444444444444444444444444 888 66 5 0 4 1 22 5 66 55555555 1 66 3 5 5 2 66 000000 22 33 2222 0 666666 0 0 000000000000000000000000000000000 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 3 99 6 000000000000000000000000000000 6 99 99 8 8 8 7777 8 0 5 8 3 7777777777777777777777777 6666666 1 0 99 8 5 0 1 1 1 7777 9 1 111 11 7777 00 1 1 777777777777777777 0 0 55555 3 555 3 1 0 666666666666666666666666666666666666666666666 3 6 1 777 777 8 6 222 6 66666666666666666666666666666666666666666666666666 3333 3 6666666666 99 11111111111111111 1 2 333333333333333333 2222222 444
lowQualScore : . . . .. . ..... ............................... ... .. . . . . .. . .. ........ . .. . . . . .. ...... .. .. .... . ...... . . ................................. . .................................................................................................................................... .... . .. . .............................. . .. .. . . . .... . . . . . ......................... ....... . . .. . . . . . . .... . . ... .. .... .. . . .................. . . ..... . ... . . . ............................................. . . . ... ... . . ... . .................................................. .... . .......... .. ................. . . .................. ....... ...
lowQualScore : 7 3 7 88 2 11111 9999999999999999999999999999999 888 11 3 9 4 0 88 0 99 44444444 1 11 4 0 0 2 11 444444 00 44 1111 1 444444 3 1 777777777777777777777777777777777 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0000 2 22 7 666666666666666666666666666666 7 22 22 0 0 0 0000 0 8 0 0 2 0000000000000000000000000 0000000 0 8 44 0 2 6 0 0 4 0000 0 4 888 44 0000 22 2 2 555555555555555555 0 0 00000 2 222 2 0 2 555555555555555555555555555555555555555555555 2 5 0 000 555 0 7 333 7 33333333333333333333333333333333333333333333333333 3333 3 5555555555 22 00000000000000000 0 5 000000000000000000 8888888 888
consensus : NGCGCTCTGTGTGCGTTCACCGTGC-GT-CTGCTCGCGTTCACCGTGC--TCAC-GA-CGT--GCN---CA----CTGCGC---GCGTTCACCG---TGC--GTTCANCGTT-CGNTCA-TCT-TT--T----T---TGCATTGC-CATTCGGAACTTT-A-AAGTGAAAGGATCGAT--CTT-A-T-GCATGC-GGAGAGGCGAA----AATGA------AAGTTTGTCAATCA-----TGCTAC----ATG--------TA--TGTATATGAACGCATGGCTGAAAATAATGACGA----------TTA---------A-TGAC--------AGCAA-G--------ATTAT--T----AG------T--------T-AA----TTT-CTGG--GAA------TT--GATTTTA-T----TT------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAACGTTTG--ATATAGAAAAACAACAT-----AA-------CAACAT-A--TGTTGAC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAGGAA-ATGC-ACTTTG-AATCAAC----TT-TTAATCCTG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTNAATAGAGGGAGGC-GACG-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTAGCCTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGCATTTAATAAATAG---------T-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAANANAATATTNTTCATTACCC-------ATA-------T---C--TA---TCAA----TA------AAAATGGTGTCGAGNT--AAGCATG---TGCTGA-GTTT-ACCTGTAGCCGAGATGACTG-ATTTA-TTC---------------GTG----------ATT--A------A--GT-----AAATG-A--TTTG-TAAAC----NA--NNAC--AAAGAAC-G----TTTCA------TGTTTGCAATTNGAAATACAAGTT-AAG--TTCG-TT--AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTAATTGTAAACAT
Reference ( family-317 ) : NGCGCTCTGTGTGCGTTCACCGTGC-GT-CTGCTCGCGTTCACCGTGC--TCAC-GA-CGT--GCN---CA----CTGCGC---GCGTTCACCG---TGC--GTTCANCGTT-CGNTCA-TCT-TT--T----T---TGCATTGC-CATTCGGAACTTT-A-AAGTGAAAGGATCGAT--CTT-A-T-GCATGC-GGAGAGGCGAA----AATGA------AAGTTTGTCAATCA-----TGCTAC----ATG--------TA--TGTATATGAACGCATGGCTGAAAATAATGACGA----------TTA---------A-TGAC--------AGCAA-G--------ATTAT--T----AG------T--------T-AA----TTT-CTGG--GAA------TT--GATTTTA-T----TT------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAACGTTTG--ATATAGAAAAACAACAT-----AA-------CAACATCA--TGTTGAC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAGGAA-ATGC-ACTTTG-AATCAAC----TT-TTAATCCTG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTNAATAGAGGGAGGC-GACG-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTAGCCTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGCATTTAATAAATAG---------T-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAANANAATATTNTTCATTACCC-------ATA-------T---C--TA---TCAA----TA------AAAATGGTGTCGAGNT--AAGCATG---TGCTGA-GTTT-ACCTGTAGCCGAGATGACTG-ATTTA-TTC---------------GTG----------ATT--A------A--GT-----AAATG-A--TTTG-TAAAC----NA--NNAC--AAAGAAC-G----TTTCA------TGTTTGCAATTNGAAATACAAGTT-AAG--TTCG-TT--AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTAATTGTAAACAT
gi|1 : TAC--TCAT-G--CGT--TCA---CA----CT-CGT---GCGCTCGTGG---TGTAAGTTCACAGTT-CGTTCAGTCT-TT--T----TCTTTGTCCTTC-CATTCGGAACTTGAA-AAGTGAAAAGACCGATCCCTC-A-GAGCATGTAAGAGAGG-AAAGCTTAACGAATTATTAAACTTGTCAATCATAGATTATTAT----AGGTTAGTAAATA--TGAAAATGAATG--TGGCTG-AAATGATGATGA----------TTA---------ATTGAC--------AGTAA----------ATTAT--C----AG------G--------TAAA----TTT-CTGG--GAATGAATGTT--GATTTTAGT----TTTCCTGAAAATGCTTATAAAACAACTGGCGAAAGGGAGAAATATTGGAATATATGACAATAAT-C-----AA-------TTATATCGATTGCTGACAAAAGTTGGATCT--AAATCGGGGAATTTACAACTTTGAAATCAAC----TT-TTAATCCTGATATATAACAGGTTGGGACAGAATCTTA-------TTTTTTTTTACCCCGAGTAGAGAGGGGCTAACGAATCG-----------ATCTTAAGAAAACTAGCTCATCAACAAAATTCCTTAAAGACAAGCATTTAATATATAAAAAAAAGTCT-------TGCAAAT-TAAAAGTTTTATTGATAACAATAAT-TTATTCATTACTCTATTTTAATA-------TACAT--TA---TAAATTCGTA------AAAATAGTGTC-AGTTTAAAGTATGCCCTGCTGATATTTAACCTTCACCTGAAATCATTG--TTTA-TTCTCT------------CTGA---------ATT--A------A--ATA----AAATG-A--TTTGTTAAGCGAGAGA--GTAC--AAAGAAC-------TGAA------TGCTTGCAATTCGAAATACAAATT-AAGC-TTCG-TT--ACGAATCTCTCT----TACATATACACTTTAATTGTAAACAT
gi|10 : cgttGTGCACTGTGTGTGTTCACCGTGT-GTTCTGTTTGCGTTCACTGTG-------------T--ACC---TA----CTG---------TTCACT----T-----TTCACCAAT-CACTCG-CGT-TCACT----G---TGTGTTGAGCATTCAGCCTTTT-ATCAGTTAAAGAAT------------------GC-AGAGAGGCGAA----AATGA------AAGATTGTCAATCA-----TTCTAT----ATG--------
gi|11 : -----AA-------CAACAT-A--TGTTACC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAGGAA-ATGC-ATTTTG-GATCAAC----TT-TTAATC-TG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTGAA-AGAGGGAACG-GGCA-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTGGCTTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGCaacaaatgg
gi|12 : gataGTGTTTACCG--C--TCAC-AA-AGC--GTA---CAGCATCTGC------TGACCACTGGATTTC--ATTCAACATT-CACTCT-TTG-TT--T----C---TTAATTGT-TATTCAGAATTCT-G-AAGTAAAAGGATCAAT--C
gi|13 : CGTTCACCGTGCGTTCAT-CC-TGT--GCT---C------TACGT---GCGTTCACTG---TGC--ACTCA-CATTACAATCAGTCT-TT--TATATT---TGCATTGT-CATTCGTAACTTT-A-AAGTTAAAATATCGAT--CGT-A-T-GCATGcctctaacaatgacaaaaccaaaatgaaggtgtgcaacaacaatg
gi|14 : GA-GTTT-ATCTGTGGCCGAGATGACTGAATTAA-TTC---------------ATATGTATATCTCATT--A------ATTGC-----AACT-----TTAA-TAAAT----AATTTTAC--AAAGAGA-GATAATTTCA------TGTTTGCAATTGGGAATA
gi|15 : AT--CTTTA-T-ACATGT-GGAGAGGCAAA----AATGA------AAGTTTGTCAACCA-----TGCTA---------------------ATATATGAATGCATGGCTGAAAATAATGACGA----------TTA---------A-TGAC--------AGAAA-G--------ATTAT--atg
gi|16 : GCGCTCTGTGTGCGCTCACCATTCAGT-TT---TGCGTTCTCCGT----TCAC-CA-------------A----CCGCTC---GCGTTCACCG---TGC--GTTAAGCTTG-CGTTCA-
gi|2 : GCGCTCTGTGTGTGTTAATTGTGC-GTACTGCTAGCGTTCACCGTGC--TCAC-AA-CGT--GCC---CA----CTGCGC---GCGTTCACCG---TGA--ATTCAATGTT-CGTACA-TCT-TT--T----T---TGCATTAT-CATTTGAAACTTT-A-AACTGAAAAGATCAAT--CTT-A-T-AAATGC-GAAAATACAAA----AATGA------AAGGTTGTCAATAA-----TGTTAC----ATG--------TAAATGTATATGAATGCATGACTGAAAATAATGACGA----------TTG---------A-TGAC--------ATCAA-G--------ATTAT--C----AG------T--------T-A------TG-TTGG--GA--------T--GATTTT--------T------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAATGGTTT--ATATAGAAAAACAACATTATGTAATCTAGCTCAACATTA--TGTTGAC-AAAGTTG--TCT--G-CTCGAGGAA-ATGC-ACTTTA-AATAAAC----TTCTTAATCCTG-TCTACAACA------GGT-GCATGTC----------TTT-------TTAAATAGAGAGAGAC-GGCG-ATCGTAAGGCGATATATTT----GAAGCTAGCCTCTCA--AACATTTCT----GACAAGCACTTAA-AGATAG---------C-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAAAAAGATATTGTTCGTTACCC-------ATA-------T---CAATA---TCAA----TA------AAAATGGGGTCGAGAT--AAGCATG---TGCCGA-GTTT-ACTTGTAGCCGAGATGAC---ATCTA-TCC---------------GTG----------ATT--A------A---T-----AAATG-A--TTTA-TAAAC----CA--AAAC--AAAGAAC-G----TTTTAACAGAGTGTTTGCAATCAGAAGTACAAGTTAAAG--TTCGTTT--AGAAATCCCTATAACCTATACCTACACTGTAAT--CAAATATgc
gi|3 : tTTTG--ATATATAAAAA---------------------AGCA--A--TGTTAAC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAAGAA-ATGC-ACTTTG-AATCGACAAGATT-TGAA--------------------------------A-------TTTTC-------CTCACTGGATGGAGGT-GACG-ATCAGAAGGATATAAATTA----GAATCTTGTCTTCC----AAATCCCT----GACAAGCATTTAACAAGCAT---------TTAAATTATGC-CGTGTAAAT-----ATTGATAAAT-CAATATTCGTCATTATCC-------ATA-------T---T--TGTATTCAA----TATTCTATGAATTGGTGTCGAGTT---AGCCCG---TGCTGA-TTTT-ACCAGTAGCCAAGATGAT---ATTT--TTC---------------CTG----------ATT--A------A---T-----AAATG-A--TTCC-AAAAC----TA--AAAC--AAAGAACTG----CTTT---------TCTGCAATTCGAAATACAAGAC-AAAATTTCT-TTTCAGAAAGCCC-------TATATATACGCTGTAATTATtc
gi|4 : CGGGT--TCAC-AATCAT--TCG---CA----TTGT-C----CGTTCACCT---TGC--GCTCCTCTTT-AAGTC--TCT-TT--TCA--T---TGTATTGC-CATTCGAAACATA-A-AAATAAATGGACTGGT--ATT-AAT-GCATAT-AGGCAGGCGAA----AATGA------AAATGTGTTAA--A-----TG--ACGATGATG--------CA--TGTATTTAAACAGATGGTTCATAATTATGACAA----------TTA-----------TGATCAGTATCAAGCAA-GCATTGCAAATTAC--T----AGATGTAAT--------T-AA----TTTGCTGATCAAA------TT--AATTCTA-TATTCTT------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGAAAAACGTTTG--ATACA-AGAAACATCAT-----A-------------------GTTAGC-AAAGCGG--TCT--AACTTGAcatttgcataaatgtgttcgtggcagtcgtgtttttgcttttttacaagaaattgcctgtacttg
gi|5 : --------T-AA----TTT-TTAA--AAA------AT--GCTTTTA--------------AAATGCTTATGGGATAATTG----AAGGGAGAAGGTTTG--ATATAGAAAAA------------A-------CAACAT-A--TGA-GAC-AAAGTTG--TCTCTAACTCGAAGAA-ATGC-ACATCG-AATAAAC----TT-TTAATCCTG-TCTAAAACA------GAC-GCGTATCATTTGAATTTTTT-------TTCAATAGAGGGAGGT-GACG-ATCGGAAGaa
gi|6 : ttaataacagtaacatcaatattaatcaagaattacatttgtaaattatattctacatgtatttttggatgagttaattcGCTCGCGTTCACCGT----TTACAGAGCGTTTGCCTTTCA----CT-CACCATACGTTCATCG---TGC--GTTTATCGTA-TGATTA-CTT-TT--T----A---TTCAGCGT-TTTTCTGAACTTT-A-AAATAATAGGATCGAT--TTTTA-T-GCATGT-AGAGAAGCAAA----CATGG------AAATTTGTCCATCA-----CACT-C-----------------------TATCAACGCATGACTGAAGCTAAAGACAC----------TCAC--------A-TAA------------AATGT-------ATTATGAT----AG------T--------T-AA----ta
gi|7 : CGAAAGGAGAAAAATAT----AAAGCT-GCCTTTCA--AAC-TTTCT----GACAAGCATTTT-TAAAAAG---------T-------GGT-CGT-TAAAA-----AT--ATTAATAGAACATTTTTCAATACAC-------GTAGTTTTATT---C--TA---TTCA----TA------AAAA-GGTGTCATGAT--AACCATG---TGCTGA-GTTT-TTCTGTGGCCGAGATGACTG-AATTATTTC---------------ATG----------TTT--ATATTTCA--TT-----AATTGCAACTTTGATAAAT----AATTTTAC--AAAGAAA-GAGAATTTCA------TGTTTGCAATTGGGAATAgattataaatgactcaaccagaatctcgcattgattaggaatagttatat
gi|8 : C--GTTCATCGTT-CAGTCT-TTTATC--T----T---TGTATTGC-CATTTA-AACTTT-A-AAGTGAAATGGTCAAT--CTT------CACAC----------AA----AA-GA------AAGTTTGTCA-TCA-----T----------------------------CATGAACACTCGGTTGAGAATAATGACAATTATTGACAGTTAGACGTCAGTA-TTACTATTA---AGCAA-G--------AATAT--TTACAAG------TATTAGGTGT-AACCTATTT-AGGGATGAA------TTCTAATTTTA-T------------AAATGCTAATGAAATAATTG----AAGGAAGAACATTTG--ATATAGAAAAACa
gi|9 : TTT-ACCTGTAGCGGAGATGACTG-ATTTA-TTTCATGTTGATCTCTAAGTA----------ATTGCA------A--GTTTGGTAAATG-G--TTTG-TAAAA----AA--AAACCCAAAGAAC-------TGCA------TGTTCGCAATCTGAAATA---------------------AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTATTTGAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TCGCCAAGATGACTGAGTGACTTCAAATTTATCTCTGATTAATTGCAACTTTGTTAAATGATTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2 11111 5555555555555555555555555555555 11 22222222 222222 11 1111 111111 999999999999999999999999999999999 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 9999999999999999999999999999999999999 1111 3333333333333333333333333 2222222 1111 111 1111 11 666666666666666666 1 1 22222 777777777777777777777777777777777777777777777 111 111 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 1 222222222222222 55555555555555555 444444444444444444 3333333
lowQualScore : 0 3 6 22 4 99999 4444444444444444444444444444444 888 66 5 0 4 1 22 5 66 55555555 1 66 3 5 5 2 66 000000 22 33 2222 0 666666 0 0 000000000000000000000000000000000 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 8 2 3333333333333333333333333333333333333 6 99 99 8 8 8 7777 8 55 8 3 7777777777777777777777777 6666666 1 0 99 8 5 0 1 1 1 7777 9 1 111 11 7777 00 1 1 777777777777777777 0 0 55555 3 555 3 1 0 666666666666666666666666666666666666666666666 3 6 1 777 777 8 6 7 3 6666666666666666666666666666666666666666666666666 3333 3 666666666666666 11111111111111111 1 2 333333333333333333 2222222 444
lowQualScore : . . . .. . ..... ............................... ... .. . . . . .. . .. ........ . .. . . . . .. ...... .. .. .... . ...... . . ................................. . .................................................................................................................................... .... . . ..................................... . .. .. . . . .... . .. . . ......................... ....... . . .. . . . . . . .... . . ... .. .... .. . . .................. . . ..... . ... . . . ............................................. . . . ... ... . . . . ................................................. .... . ............... ................. . . .................. ....... ...
lowQualScore : 7 3 7 88 2 11111 9999999999999999999999999999999 888 11 3 9 4 0 88 0 99 44444444 1 11 4 0 0 2 11 444444 00 44 1111 1 444444 3 1 777777777777777777777777777777777 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0000 2 5 9999999999999999999999999999999999999 7 22 22 0 0 0 0000 0 88 0 2 0000000000000000000000000 0000000 0 8 44 0 2 6 0 0 4 0000 0 4 888 44 0000 22 2 2 555555555555555555 0 0 00000 2 222 2 0 2 555555555555555555555555555555555555555555555 2 5 0 000 555 0 7 3 3 3333333333333333333333333333333333333333333333333 3333 3 777777777777777 00000000000000000 0 5 000000000000000000 8888888 888
consensus : NGCGCTCTGTGTGCGTTCACCGTGC-GT-CTGCTCGCGTTCACCGTGC--TCAC-GA-CGT--GCN---CA----CTGCGC---GCGTTCACCG---TGC--GTTCANCGTT-CGNTCA-TCT-TT--T----T---TGCATTGC-CATTCGGAACTTT-A-AAGTGAAAGGATCGAT--CTT-A-T-GCATGC-GGAGAGGCGAA----AATGA------AAGTTTGTCAATCA-----TGCTAC----ATG--------TA--TGTATATGAACGCATGGCTGAAAATAATGACGA----------TTA---------A-TGAC--------AGCAA-G--------ATTAT--T----AG------T--------T-AA----TTT-CTGG--GAA------TT--GATTTTA-T----TT------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAACGTTTGATATAGAAAAACA--AC-AT-----AA-------CAA-CAT-A-----TGTTGAC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAGGAA-ATGC-ACTTTG-AATCAAC----TT-TTAATCCTG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTNAATAGAGGGAGGC-GACG-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTAGCCTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGCATTTAATAAATAG---------T-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAANANAATATTNTTCATTACCC-------ATA-------T---C--TA---TCAA----TA------AAAATGGTGTCGAGNT--AAGCATG---TGCTGA-GTTT-ACCTGTAGCCGAGATGACTGATTTA-TTC---------------GTG----------ATT--A------A-----GT-AAATG-A--TTTG-TAAAC----NA--NN--A--CAAAGAAC-G----TTTCA------TGTTTGCAATTNGAAATACAAGTT-AAG--TTCG-TT--AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTAATTGTAAACAT
Reference ( family-317 ) : NGCGCTCTGTGTGCGTTCACCGTGC-GT-CTGCTCGCGTTCACCGTGC--TCAC-GA-CGT--GCN---CA----CTGCGC---GCGTTCACCG---TGC--GTTCANCGTT-CGNTCA-TCT-TT--T----T---TGCATTGC-CATTCGGAACTTT-A-AAGTGAAAGGATCGAT--CTT-A-T-GCATGC-GGAGAGGCGAA----AATGA------AAGTTTGTCAATCA-----TGCTAC----ATG--------TA--TGTATATGAACGCATGGCTGAAAATAATGACGA----------TTA---------A-TGAC--------AGCAA-G--------ATTAT--T----AG------T--------T-AA----TTT-CTGG--GAA------TT--GATTTTA-T----TT------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAACGTTTGATATAGAAAAACA--AC-AT-----AA-------CAA-CAT-A-----TGTTGAC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAGGAA-ATGC-ACTTTG-AATCAAC----TT-TTAATCCTG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTNAATAGAGGGAGGC-GACG-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTAGCCTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGCATTTAATAAATAG---------T-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAANANAATATTNTTCATTACCC-------ATA-------T---C--TA---TCAA----TA------AAAATGGTGTCGAGNT--AAGCATG---TGCTGA-GTTT-ACCTGTAGCCGAGATGACTGATTTA-TTC---------------GTG----------ATT--A------A-----GT-AAATG-A--TTTG-TAAAC----NA--NN--A--CAAAGAAC-G----TTTCA------TGTTTGCAATTNGAAATACAAGTT-AAG--TTCG-TT--AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTAATTGTAAACAT
gi|1 : TAC--TCAT-G--CGT--TCA---CA----CT-CGT---GCGCTCGTGG---TGTAAGTTCACAGTT-CGTTCAGTCT-TT--T----TCTTTGTCCTTC-CATTCGGAACTTGAA-AAGTGAAAAGACCGATCCCTC-A-GAGCATGTAAGAGAGG-AAAGCTTAACGAATTATTAAACTTGTCAATCATAGATTATTAT----AGGTTAGTAAATA--TGAAAATGAATG--TGGCTG-AAATGATGATGA----------TTA---------ATTGAC--------AGTAA----------ATTAT--C----AG------G--------TAAA----TTT-CTGG--GAATGAATGTT--GATTTTAGT----TTTCCTGAAAATGCTTATAAAACAACTGGCGAAAGGGAGAA------ATATTGGAATATATGACAAT-----AAT------CAATTAT-ATCGATTGCTGACAAAAGTTGGATCT--AAATCGGGGAATTTACAACTTTGAAATCAAC----TT-TTAATCCTGATATATAACAGGTTGGGACAGAATCTTA-------TTTTTTTTTACCCCGAGTAGAGAGGGGCTAACGAATCG-----------ATCTTAAGAAAACTAGCTCATCAACAAAATTCCTTAAAGACAAGCATTTAATATATAAAAAAAAGTCT-------TGCAAAT-TAAAAGTTTTATTGATAACAATAAT-TTATTCATTACTCTATTTTAATA-------TACAT--TA---TAAATTCGTA------AAAATAGTGTC-AGTTTAAAGTATGCCCTGCTGATATTTAACCTTCACCTGAAATCATTG-TTTA-TTCTCT------------CTGA---------ATT--A------A-----ATAAAATG-A--TTTGTTAAGCGAGAGA--GT--A--CAAAGAAC-------TGAA------TGCTTGCAATTCGAAATACAAATT-AAGC-TTCG-TT--ACGAATCTCTCT----TACATATACACTTTAATTGTAAACAT
gi|10 : cgttGTGCACTGTGTGTGTTCACCGTGT-GTTCTGTTTGCGTTCACTGTG-------------T--ACC---TA----CTG---------TTCACT----T-----TTCACCAAT-CACTCG-CGT-TCACT----G---TGTGTTGAGCATTCAGCCTTTT-ATCAGTTAAAGAAT------------------GC-AGAGAGGCGAA----AATGA------AAGATTGTCAATCA-----TTCTAT----ATG--------
gi|11 : -----AA-------CAA-CAT-A-----TGTTACC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAGGAA-ATGC-ATTTTG-GATCAAC----TT-TTAAT-CTG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTGAA-AGAGGGAACG-GGCA-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTGGCTTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGCaacaaatgg
gi|12 : gataGTGTTTACCG--C--TCAC-AA-AGC--GTA---CAGCATCTGC------TGACCACTGGATTTC--ATTCAACATT-CACTCT-TTG-TT--T----C---TTAATTGT-TATTCAGAATTCT-G-AAGTAAAAGGATCAAT--C
gi|13 : CGTTCACCGTGCGTTCAT-CC-TGT--GCT---C------TACGT---GCGTTCACTG---TGC--ACTCA-CATTACAATCAGTCT-TT--TATATT---TGCATTGT-CATTCGTAACTTT-A-AAGTTAAAATATCGAT--CGT-A-T-GCATGcctctaacaatgacaaaaccaaaatgaaggtgtgcaacaacaatg
gi|14 : GA-GTTT-ATCTGTGGCCGAGATGACTGAATTAATTC---------------ATATGTATATCTCATT--A------ATT---GC-AACT-----TTAA-TAAAT----AA--TTTTA--CAAAGAGA-GATAATTTCA------TGTTTGCAATTGGGAATA
gi|15 : AT--CTTTA-T-ACATGT-GGAGAGGCAAA----AATGA------AAGTTTGTCAACCA-----TGCTA---------------------ATATATGAATGCATGGCTGAAAATAATGACGA----------TTA---------A-TGAC--------AGAAA-G--------ATTAT--atg
gi|16 : GCGCTCTGTGTGCGCTCACCATTCAGT-TT---TGCGTTCTCCGT----TCAC-CA-------------A----CCGCTC---GCGTTCACCG---TGC--GTTAAGCTTG-CGTTCA-
gi|2 : GCGCTCTGTGTGTGTTAATTGTGC-GTACTGCTAGCGTTCACCGTGC--TCAC-AA-CGT--GCC---CA----CTGCGC---GCGTTCACCG---TGA--ATTCAATGTT-CGTACA-TCT-TT--T----T---TGCATTAT-CATTTGAAACTTT-A-AACTGAAAAGATCAAT--CTT-A-T-AAATGC-GAAAATACAAA----AATGA------AAGGTTGTCAATAA-----TGTTAC----ATG--------TAAATGTATATGAATGCATGACTGAAAATAATGACGA----------TTG---------A-TGAC--------ATCAA-G--------ATTAT--C----AG------T--------T-A------TG-TTGG--GA--------T--GATTTT--------T------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAATGGTTTATATAGAAAAACA--AC-ATTATGTAATCTAGCTCAA-CATTA-----TGTTGAC-AAAGTTG--TCT--G-CTCGAGGAA-ATGC-ACTTTA-AATAAAC----TTCTTAATCCTG-TCTACAACA------GGT-GCATGTC----------TTT-------TTAAATAGAGAGAGAC-GGCG-ATCGTAAGGCGATATATTT----GAAGCTAGCCTCTCA--AACATTTCT----GACAAGCACTTAA-AGATAG---------C-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAAAAAGATATTGTTCGTTACCC-------ATA-------T---CAATA---TCAA----TA------AAAATGGGGTCGAGAT--AAGCATG---TGCCGA-GTTT-ACTTGTAGCCGAGATGAC--ATCTA-TCC---------------GTG----------ATT--A------A------T-AAATG-A--TTTA-TAAAC----CA--AA--A--CAAAGAAC-G----TTTTAACAGAGTGTTTGCAATCAGAAGTACAAGTTAAAG--TTCGTTT--AGAAATCCCTATAACCTATACCTACACTGTAAT--CAAATATgc
gi|3 : tTTTGATATATAAAAA------------------------AG-CA--A-----TGTTAAC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAAGAA-ATGC-ACTTTG-AATCGACAAGATT-TGAA--------------------------------A-------TTTTC-------CTCACTGGATGGAGGT-GACG-ATCAGAAGGATATAAATTA----GAATCTTGTCTTCC----AAATCCCT----GACAAGCATTTAACAAGCAT---------TTAAATTATGC-CGTGTAAAT-----ATTGATAAAT-CAATATTCGTCATTATCC-------ATA-------T---T--TGTATTCAA----TATTCTATGAATTGGTGTCGAGTT---AGCCCG---TGCTGA-TTTT-ACCAGTAGCCAAGATGAT--ATTT--TTC---------------CTG----------ATT--A------A------T-AAATG-A--TTCC-AAAAC----TA--AA--A--CAAAGAACTG----CTTT---------TCTGCAATTCGAAATACAAGAC-AAAATTTCT-TTTCAGAAAGCCC-------TATATATACGCTGTAATTATtc
gi|4 : CGGGT--TCAC-AATCAT--TCG---CA----TTGT-C----CGTTCACCT---TGC--GCTCCTCTTT-AAGTC--TCT-TT--TCA--T---TGTATTGC-CATTCGAAACATA-A-AAATAAATGGACTGGT--ATT-AAT-GCATAT-AGGCAGGCGAA----AATGA------AAATGTGTTAA--A-----TG--ACGATGATG--------CA--TGTATTTAAACAGATGGTTCATAATTATGACAA----------TTA-----------TGATCAGTATCAAGCAA-GCATTGCAAATTAC--T----AGATGTAAT--------T-AA----TTTGCTGATCAAA------TT--AATTCTA-TATTCTT------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGAAAAACGTTTGATACA-AGAAACA--TC-AT-----A-----------------------GTTAGC-AAAGCGG--TCT--AACTTGAcatttgcataaatgtgttcgtggcagtcgtgtttttgcttttttacaagaaattgcctgtacttg
gi|5 : --------T-AA----TTT-TTAA--AAA------AT--GCTTTTA--------------AAATGCTTATGGGATAATTG----AAGGGAGAAGGTTTGATATAGAAAAA---------------A-------CAA-CAT-A-----TGA-GAC-AAAGTTG--TCTCTAACTCGAAGAA-ATGC-ACATCG-AATAAAC----TT-TTAATCCTG-TCTAAAACA------GAC-GCGTATCATTTGAATTTTTT-------TTCAATAGAGGGAGGT-GACG-ATCGGAAGaa
gi|6 : ttaataacagtaacatcaatattaatcaagaattacatttgtaaattatattctacatgtatttttggatgagttaattcGCTCGCGTTCACCGT----TTACAGAGCGTTTGCCTTTCA----CT-CACCATACGTTCATCG---TGC--GTTTATCGTA-TGATTA-CTT-TT--T----A---TTCAGCGT-TTTTCTGAACTTT-A-AAATAATAGGATCGAT--TTTTA-T-GCATGT-AGAGAAGCAAA----CATGG------AAATTTGTCCATCA-----CACT-C-----------------------TATCAACGCATGACTGAAGCTAAAGACAC----------TCAC--------A-TAA------------AATGT-------ATTATGAT----AG------T--------T-AA----ta
gi|7 : CGAAAGGAGAAAAATAT----AAAGCT-GCCTTTCA--AAC-TTTCT----GACAAGCATTTT-TAAAAAG---------T-------GGT-CGT-TAAAA-----AT--ATTAATAGAACATTTTTCAATACAC-------GTAGTTTTATT---C--TA---TTCA----TA------AAAA-GGTGTCATGAT--AACCATG---TGCTGA-GTTT-TTCTGTGGCCGAGATGACTGAATTATTTC---------------ATG----------TTT--ATATTTCA-----TT-AATTGCAACTTTGATAAAT----AATTTT--A--CAAAGAAA-GAGAATTTCA------TGTTTGCAATTGGGAATAgattataaatgactcaaccagaatctcgcattgattaggaatagttatat
gi|8 : C--GTTCATCGTT-CAGTCT-TTTATC--T----T---TGTATTGC-CATTTA-AACTTT-A-AAGTGAAATGGTCAAT--CTT------CACAC----------AA----AA-GA------AAGTTTGTCA-TCA-----T----------------------------CATGAACACTCGGTTGAGAATAATGACAATTATTGACAGTTAGACGTCAGTA-TTACTATTA---AGCAA-G--------AATAT--TTACAAG------TATTAGGTGT-AACCTATTT-AGGGATGAA------TTCTAATTTTA-T------------AAATGCTAATGAAATAATTG----AAGGAAGAACATTTGATATAGAAAAACa
gi|9 : TTT-ACCTGTAGCGGAGATGACTGATTTA-TTTCATGTTGATCTCTAAGTA----------ATTGCA------AGTTTGGT-AAATG-G--TTTG-TAAAA----AA--AA--ACCCAAAGAAC-------TGCA------TGTTCGCAATCTGAAATA---------------------AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTATTTGAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TCGCCAAGATGACTGAGTGACTTCAAATTTATCTCTGATTAATTGCAACTTTGTTAAATGATTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2 11111 5555555555555555555555555555555 11 22222222 222222 11 1111 111111 999999999999999999999999999999999 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 9999999999999999999999999999999999999 1111 3333333333333333333333333 2222222 1111 111 1111 11 666666666666666666 1 1 22222 777777777777777777777777777777777777777777777 111 111 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 1 222222222222222 55555555555555555 444444444444444444 3333333
lowQualScore : 0 3 6 22 4 99999 4444444444444444444444444444444 888 66 5 0 4 1 22 5 66 55555555 1 66 3 5 5 2 66 000000 22 33 2222 0 666666 0 0 000000000000000000000000000000000 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 8 2 3333333333333333333333333333333333333 6 99 99 8 8 8 7777 8 55 8 3 7777777777777777777777777 6666666 1 0 99 8 5 0 1 1 1 7777 9 1 111 11 7777 00 1 1 777777777777777777 0 0 55555 3 555 3 1 0 666666666666666666666666666666666666666666666 3 6 1 777 777 8 6 7 3 6666666666666666666666666666666666666666666666666 3333 3 666666666666666 11111111111111111 1 2 333333333333333333 2222222 444
lowQualScore : . . . .. . ..... ............................... ... .. . . . . .. . .. ........ . .. . . . . .. ...... .. .. .... . ...... . . ................................. . .................................................................................................................................... .... . . ..................................... . .. .. . . . .... . .. . . ......................... ....... . . .. . . . . . . .... . . ... .. .... .. . . .................. . . ..... . ... . . . ............................................. . . . ... ... . . . . ................................................. .... . ............... ................. . . .................. ....... ...
lowQualScore : 7 3 7 88 2 11111 9999999999999999999999999999999 888 11 3 9 4 0 88 0 99 44444444 1 11 4 0 0 2 11 444444 00 44 1111 1 444444 3 1 777777777777777777777777777777777 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0000 2 5 9999999999999999999999999999999999999 7 22 22 0 0 0 0000 0 88 0 2 0000000000000000000000000 0000000 0 8 44 0 2 6 0 0 4 0000 0 4 888 44 0000 22 2 2 555555555555555555 0 0 00000 2 222 2 0 2 555555555555555555555555555555555555555555555 2 5 0 000 555 0 7 3 3 3333333333333333333333333333333333333333333333333 3333 3 777777777777777 00000000000000000 0 5 000000000000000000 8888888 888
consensus : NGCGCTCTGTGTGCGTTCACCGTGC-GT-CTGCTCGCGTTCACCGTGC--TCAC-GA-CGT--GCN---CA----CTGCGC---GCGTTCACCG---TGC--GTTCANCGTT-CGNTCA-TCT-TT--T----T---TGCATTGC-CATTCGGAACTTT-A-AAGTGAAAGGATCGAT--CTT-A-T-GCATGC-GGAGAGGCGAA----AATGA------AAGTTTGTCAATCA-----TGCTAC----ATG--------TA--TGTATATGAACGCATGGCTGAAAATAATGACGA----------TTA---------A-TGAC--------AGCAA-G--------ATTAT--T----AG------T--------T-AA----TTT-CTGG--GAA------TT--GATTTTA-T----TT------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAACGTTTGATATAGAAAAACA--AC-AT-----AA-------CAA-CAT-A-----TGTTGAC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAGGAA-ATGC-ACTTTG-AATCAAC----TT-TTAATCCTG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTNAATAGAGGGAGGC-GACG-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTAGCCTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGCATTTAATAAATAG---------T-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAANANAATATTNTTCATTACCC-------ATA-------T---C--TA---TCAA----TA------AAAATGGTGTCGAGNT--AAGCATG---TGCTGA-GTTT-ACCTGTAGCCGAGATGACTGATTTA-TTC---------------GTG----------ATT--A------A-----GT-AAATG-A--TTTG-TAAAC----NA--NN--A--CAAAGAAC-G----TTTCA------TGTTTGCAATTNGAAATACAAGTT-AAG--TTCG-TT--AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTAATTGTAAACAT
Reference ( family-317 ) : NGCGCTCTGTGTGCGTTCACCGTGC-GT-CTGCTCGCGTTCACCGTGC--TCAC-GA-CGT--GCN---CA----CTGCGC---GCGTTCACCG---TGC--GTTCANCGTT-CGNTCA-TCT-TT--T----T---TGCATTGC-CATTCGGAACTTT-A-AAGTGAAAGGATCGAT--CTT-A-T-GCATGC-GGAGAGGCGAA----AATGA------AAGTTTGTCAATCA-----TGCTAC----ATG--------TA--TGTATATGAACGCATGGCTGAAAATAATGACGA----------TTA---------A-TGAC--------AGCAA-G--------ATTAT--T----AG------T--------T-AA----TTT-CTGG--GAA------TT--GATTTTA-T----TT------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAACGTTTGATATAGAAAAACA--AC-AT-----AA-------CAA-CAT-A-----TGTTGAC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAGGAA-ATGC-ACTTTG-AATCAAC----TT-TTAATCCTG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTNAATAGAGGGAGGC-GACG-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTAGCCTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGCATTTAATAAATAG---------T-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAANANAATATTNTTCATTACCC-------ATA-------T---C--TA---TCAA----TA------AAAATGGTGTCGAGNT--AAGCATG---TGCTGA-GTTT-ACCTGTAGCCGAGATGACTGATTTA-TTC---------------GTG----------ATT--A------A-----GT-AAATG-A--TTTG-TAAAC----NA--NN--A--CAAAGAAC-G----TTTCA------TGTTTGCAATTNGAAATACAAGTT-AAG--TTCG-TT--AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTAATTGTAAACAT
gi|1 : TAC--TCAT-G--CGT--TCA---CA----CT-CGT---GCGCTCGTGG---TGTAAGTTCACAGTT-CGTTCAGTCT-TT--T----TCTTTGTCCTTC-CATTCGGAACTTGAA-AAGTGAAAAGACCGATCCCTC-A-GAGCATGTAAGAGAGG-AAAGCTTAACGAATTATTAAACTTGTCAATCATAGATTATTAT----AGGTTAGTAAATA--TGAAAATGAATG--TGGCTG-AAATGATGATGA----------TTA---------ATTGAC--------AGTAA----------ATTAT--C----AG------G--------TAAA----TTT-CTGG--GAATGAATGTT--GATTTTAGT----TTTCCTGAAAATGCTTATAAAACAACTGGCGAAAGGGAGAA------ATATTGGAATATATGACAAT-----AAT------CAATTAT-ATCGATTGCTGACAAAAGTTGGATCT--AAATCGGGGAATTTACAACTTTGAAATCAAC----TT-TTAATCCTGATATATAACAGGTTGGGACAGAATCTTA-------TTTTTTTTTACCCCGAGTAGAGAGGGGCTAACGAATCG-----------ATCTTAAGAAAACTAGCTCATCAACAAAATTCCTTAAAGACAAGCATTTAATATATAAAAAAAAGTCT-------TGCAAAT-TAAAAGTTTTATTGATAACAATAAT-TTATTCATTACTCTATTTTAATA-------TACAT--TA---TAAATTCGTA------AAAATAGTGTC-AGTTTAAAGTATGCCCTGCTGATATTTAACCTTCACCTGAAATCATTG-TTTA-TTCTCT------------CTGA---------ATT--A------A-----ATAAAATG-A--TTTGTTAAGCGAGAGA--GT--A--CAAAGAAC-------TGAA------TGCTTGCAATTCGAAATACAAATT-AAGC-TTCG-TT--ACGAATCTCTCT----TACATATACACTTTAATTGTAAACAT
gi|10 : cgttGTGCACTGTGTGTGTTCACCGTGT-GTTCTGTTTGCGTTCACTGTG-------------T--ACC---TA----CTG---------TTCACT----T-----TTCACCAAT-CACTCG-CGT-TCACT----G---TGTGTTGAGCATTCAGCCTTTT-ATCAGTTAAAGAAT------------------GC-AGAGAGGCGAA----AATGA------AAGATTGTCAATCA-----TTCTAT----ATG--------
gi|11 : -----AA-------CAA-CAT-A-----TGTTACC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAGGAA-ATGC-ATTTTG-GATCAAC----TT-TTAAT-CTG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTGAA-AGAGGGAACG-GGCA-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTGGCTTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGCaacaaatgg
gi|12 : gataGTGTTTACCG--C--TCAC-AA-AGC--GTA---CAGCATCTGC------TGACCACTGGATTTC--ATTCAACATT-CACTCT-TTG-TT--T----C---TTAATTGT-TATTCAGAATTCT-G-AAGTAAAAGGATCAAT--C
gi|13 : CGTTCACCGTGCGTTCAT-CC-TGT--GCT---C------TACGT---GCGTTCACTG---TGC--ACTCA-CATTACAATCAGTCT-TT--TATATT---TGCATTGT-CATTCGTAACTTT-A-AAGTTAAAATATCGAT--CGT-A-T-GCATGcctctaacaatgacaaaaccaaaatgaaggtgtgcaacaacaatg
gi|14 : GA-GTTT-ATCTGTGGCCGAGATGACTGAATTAATTC---------------ATATGTATATCTCATT--A------ATT---GC-AACT-----TTAA-TAAAT----AA--TTTTA--CAAAGAGA-GATAATTTCA------TGTTTGCAATTGGGAATA
gi|15 : AT--CTTTA-T-ACATGT-GGAGAGGCAAA----AATGA------AAGTTTGTCAACCA-----TGCTA---------------------ATATATGAATGCATGGCTGAAAATAATGACGA----------TTA---------A-TGAC--------AGAAA-G--------ATTAT--atg
gi|16 : GCGCTCTGTGTGCGCTCACCATTCAGT-TT---TGCGTTCTCCGT----TCAC-CA-------------A----CCGCTC---GCGTTCACCG---TGC--GTTAAGCTTG-CGTTCA-
gi|2 : GCGCTCTGTGTGTGTTAATTGTGC-GTACTGCTAGCGTTCACCGTGC--TCAC-AA-CGT--GCC---CA----CTGCGC---GCGTTCACCG---TGA--ATTCAATGTT-CGTACA-TCT-TT--T----T---TGCATTAT-CATTTGAAACTTT-A-AACTGAAAAGATCAAT--CTT-A-T-AAATGC-GAAAATACAAA----AATGA------AAGGTTGTCAATAA-----TGTTAC----ATG--------TAAATGTATATGAATGCATGACTGAAAATAATGACGA----------TTG---------A-TGAC--------ATCAA-G--------ATTAT--C----AG------T--------T-A------TG-TTGG--GA--------T--GATTTT--------T------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAATGGTTTATATAGAAAAACA--AC-ATTATGTAATCTAGCTCAA-CATTA-----TGTTGAC-AAAGTTG--TCT--G-CTCGAGGAA-ATGC-ACTTTA-AATAAAC----TTCTTAATCCTG-TCTACAACA------GGT-GCATGTC----------TTT-------TTAAATAGAGAGAGAC-GGCG-ATCGTAAGGCGATATATTT----GAAGCTAGCCTCTCA--AACATTTCT----GACAAGCACTTAA-AGATAG---------C-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAAAAAGATATTGTTCGTTACCC-------ATA-------T---CAATA---TCAA----TA------AAAATGGGGTCGAGAT--AAGCATG---TGCCGA-GTTT-ACTTGTAGCCGAGATGAC--ATCTA-TCC---------------GTG----------ATT--A------A------T-AAATG-A--TTTA-TAAAC----CA--AA--A--CAAAGAAC-G----TTTTAACAGAGTGTTTGCAATCAGAAGTACAAGTTAAAG--TTCGTTT--AGAAATCCCTATAACCTATACCTACACTGTAAT--CAAATATgc
gi|3 : tTTTGATATATAAAAA------------------------AG-CA--A-----TGTTAAC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAAGAA-ATGC-ACTTTG-AATCGACAAGATT-TGAA--------------------------------A-------TTTTC-------CTCACTGGATGGAGGT-GACG-ATCAGAAGGATATAAATTA----GAATCTTGTCTTCC----AAATCCCT----GACAAGCATTTAACAAGCAT---------TTAAATTATGC-CGTGTAAAT-----ATTGATAAAT-CAATATTCGTCATTATCC-------ATA-------T---T--TGTATTCAA----TATTCTATGAATTGGTGTCGAGTT---AGCCCG---TGCTGA-TTTT-ACCAGTAGCCAAGATGAT--ATTT--TTC---------------CTG----------ATT--A------A------T-AAATG-A--TTCC-AAAAC----TA--AA--A--CAAAGAACTG----CTTT---------TCTGCAATTCGAAATACAAGAC-AAAATTTCT-TTTCAGAAAGCCC-------TATATATACGCTGTAATTATtc
gi|4 : CGGGT--TCAC-AATCAT--TCG---CA----TTGT-C----CGTTCACCT---TGC--GCTCCTCTTT-AAGTC--TCT-TT--TCA--T---TGTATTGC-CATTCGAAACATA-A-AAATAAATGGACTGGT--ATT-AAT-GCATAT-AGGCAGGCGAA----AATGA------AAATGTGTTAA--A-----TG--ACGATGATG--------CA--TGTATTTAAACAGATGGTTCATAATTATGACAA----------TTA-----------TGATCAGTATCAAGCAA-GCATTGCAAATTAC--T----AGATGTAAT--------T-AA----TTTGCTGATCAAA------TT--AATTCTA-TATTCTT------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGAAAAACGTTTGATACA-AGAAACA--TC-AT-----A-----------------------GTTAGC-AAAGCGG--TCT--AACTTGAcatttgcataaatgtgttcgtggcagtcgtgtttttgcttttttacaagaaattgcctgtacttg
gi|5 : --------T-AA----TTT-TTAA--AAA------AT--GCTTTTA--------------AAATGCTTATGGGATAATTG----AAGGGAGAAGGTTTGATATAGAAAAA---------------A-------CAA-CAT-A-----TGA-GAC-AAAGTTG--TCTCTAACTCGAAGAA-ATGC-ACATCG-AATAAAC----TT-TTAATCCTG-TCTAAAACA------GAC-GCGTATCATTTGAATTTTTT-------TTCAATAGAGGGAGGT-GACG-ATCGGAAGaa
gi|6 : ttaataacagtaacatcaatattaatcaagaattacatttgtaaattatattctacatgtatttttggatgagttaattcGCTCGCGTTCACCGT----TTACAGAGCGTTTGCCTTTCA----CT-CACCATACGTTCATCG---TGC--GTTTATCGTA-TGATTA-CTT-TT--T----A---TTCAGCGT-TTTTCTGAACTTT-A-AAATAATAGGATCGAT--TTTTA-T-GCATGT-AGAGAAGCAAA----CATGG------AAATTTGTCCATCA-----CACT-C-----------------------TATCAACGCATGACTGAAGCTAAAGACAC----------TCAC--------A-TAA------------AATGT-------ATTATGAT----AG------T--------T-AA----ta
gi|7 : CGAAAGGAGAAAAATAT----AAAGCT-GCCTTTCA--AAC-TTTCT----GACAAGCATTTT-TAAAAAG---------T-------GGT-CGT-TAAAA-----AT--ATTAATAGAACATTTTTCAATACAC-------GTAGTTTTATT---C--TA---TTCA----TA------AAAA-GGTGTCATGAT--AACCATG---TGCTGA-GTTT-TTCTGTGGCCGAGATGACTGAATTATTTC---------------ATG----------TTT--ATATTTCA-----TT-AATTGCAACTTTGATAAAT----AATTTT--A--CAAAGAAA-GAGAATTTCA------TGTTTGCAATTGGGAATAgattataaatgactcaaccagaatctcgcattgattaggaatagttatat
gi|8 : C--GTTCATCGTT-CAGTCT-TTTATC--T----T---TGTATTGC-CATTTA-AACTTT-A-AAGTGAAATGGTCAAT--CTT------CACAC----------AA----AA-GA------AAGTTTGTCA-TCA-----T----------------------------CATGAACACTCGGTTGAGAATAATGACAATTATTGACAGTTAGACGTCAGTA-TTACTATTA---AGCAA-G--------AATAT--TTACAAG------TATTAGGTGT-AACCTATTT-AGGGATGAA------TTCTAATTTTA-T------------AAATGCTAATGAAATAATTG----AAGGAAGAACATTTGATATAGAAAAACa
gi|9 : TTT-ACCTGTAGCGGAGATGACTGATTTA-TTTCATGTTGATCTCTAAGTA----------ATTGCA------AGTTTGGT-AAATG-G--TTTG-TAAAA----AA--AA--ACCCAAAGAAC-------TGCA------TGTTCGCAATCTGAAATA---------------------AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTATTTGAAAA
blockSeqs : A A GC T TGCGT AGAGCGTTTGCCTTTCACTCACCATA GAT . C A C AG A AC ATATT T AG G . T T . TATA A CG . . TGTTACATGTAAATGT C TTATTGACAGTTAGACGTCAGTATTACTATTAAGCAAGAATATTTACAAGTATTAGGTGTAACCTATTTAGGGATGAATTCTAATTTTAT . T G CAACATTATGTAATCTAGCTCAACATTA . . CT . . . AAGA C TC . C GACGCGTATCATTTGAAT . G G . G T A C . G C A AA . AC G T TTTAAATTA . G . T AAA A G ATATTTGTATTCAATATTCTAT T G A A . . . T A CATGTTGATCTCTAAGTAATTGCAAGTTTGGT CAAC A AATTTTA GTTTTAACAGAG G C GACAAAATTTCTTTTC TATAACC TAT
blockSeqs : . . GC A TGC AAAGCGTACAGCATCTGC . . A . C G . . CAT A T G . . A . AATG G CA . . TGACGATGATGCATGT C TTATGATCAGTATCAAGCAAGCATTGCAAATTACTAGATGTAATTAATTTGCTGATCAAATTAATTCTATATTCTT . C T ACAACATA . . . . . . . . TC . C GACGCATATCA . A C . T T T T . A C A CA . A A C GC . . . T TAG A C GTAGTTTTATTCTATTCATA T G T A . . . T T ATATGTATATCTCATTAATTGC A . AATTTTA GATAATTTCA A C GTTAAAGTTCGTTT TATGA TGA
blockSeqs : . C GGT AACGTGCCCACTGCGCG . . G . A T . . G C T T . . T . TATG G CA . . TGCTAAT G TTGATGACATCAAGATTATCAGTTATGTTGGGATGATTTTT . G G CATCATA . . . . . . . . T . A GGTGCATGTC . C T . G T A T . T T A AA . T A A GT . . . . TC A T ATATCAATATCAATA . A A . . . . T . ATGTTTATATTTCATT A . AAAAACC GAGAATTTCA C . . . C
blockSeqs : TG AATCATTCGCATTGTC . . A . T A . . C C T A . . G . ATG A CG . . CACTC C . C G AGCAA . . . . . . . . . . . A . C T . G A A A . . T . C . . . . . GTGATTAAT G . CAAAA TGCTTT G
blockSeqs : C CCTGTGCTCTACGTG . . T . T A . . T T C A . . A . ATA A CA . . T C . . . . A . . . CTGATTAAT . . TAAAA TGCA T
blockSeqs : T CAACCGCTCG . . T . G A . . A C T G . . A . . . . . .
blockSeqs : T TACCTACTG . . T . A T . . T T C . . . G . .
blockSeqs : . . . G . .
blockSeqCons : TGC** AACGTGCCCACTGCCG*************** ** N* N******* ** A* CG **** ****** CGNTGGT************************** **** CANCATA****************************** ** ******* T* **** A** **** GCGTTATTCTNATTAAT******************************** AATTTTA******** GGTTTCA**********
originalCons : NGCGCTCTGTGTGCGTTCACCGTGC-GT-CTGCTCGCGTTCACCGTGC--TCAC-GA-CGT--GCN---CA----CTGCGC---GCGTTCACCG---TGC--GTTCANCGTT-CGNTCA-TCT-TT--T----T---TGCATTGC-CATTCGGAACTTT-A-AAGTGAAAGGATCGAT--CTT-A-T-GCATGC-GGAGAGGCGAA----AATGA------AAGTTTGTCAATCA-----TGCTAC----ATG--------TA--TGTATATGAACGCATGGCTGAAAATAATGACGA----------TTA---------A-TGAC--------AGCAA-G--------ATTAT--T----AG------T--------T-AA----TTT-CTGG--GAA------TT--GATTTTA-T----TT------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAACGTTTGATATAGAAAAACA--AC-AT-----AA-------CAA-CAT-A-----TGTTGAC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAGGAA-ATGC-ACTTTG-AATCAAC----TT-TTAATCCTG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTNAATAGAGGGAGGC-GACG-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTAGCCTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGCATTTAATAAATAG---------T-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAANANAATATTNTTCATTACCC-------ATA-------T---C--TA---TCAA----TA------AAAATGGTGTCGAGNT--AAGCATG---TGCTGA-GTTT-ACCTGTAGCCGAGATGACTGATTTA-TTC---------------GTG----------ATT--A------A-----GT-AAATG-A--TTTG-TAAAC----NA--NN--A--CAAAGAAC-G----TTTCA------TGTTTGCAATTNGAAATACAAGTT-AAG--TTCG-TT--AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTAATTGTAAACAT
finalCons : NGCGCTCTGTGTGCGTTCACCGTGC-GT-CTGCTCGCGTTCACCGTGC--TCACAACGTGCCCACTGCCG---------------CGTTCACCG---TGC--GTTCANCGTT-CGNTCN-TCT-TT--TN-------TGCATTGC-CATTCGGAACTTT-A-AAGTGAAAGGATCGAT--CTT-A-T-GCATGCA-GAGAGGCGAA----AATGA------AAGTTTGTCAATCACGNTGGT--------------------------ATATGAACGCATGGCTGAAAATAATGACGA----------TTA---------A-TGAC--------AGCAA-G--------ATTAT--T----AG------T--------T-AA----TTT-CTGG--GAA------TT--GATTTTA-T----TT------AAATGCTTATAAAATAATTG----AAGGGAGAACGTTTGATATAGAAAAACANCATA------------------------------TGTTGAC-AAAGTTG--TCT--AACTCGAGGAA-ATGC-ACTTTG-AATCAAC----TT-TTAATCCTG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTNAATAGAGGGAGGT-GACG-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTAGCCTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGCATTTAATAAATAG---------T-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAANANAATATTNTTCATTACCC-------ATA-------T---C--TA---TCAA----TA------AAAATGGTGTCGAGNT--AAGCATG---TGCTGA-GTTT-ACCTGTAGCCGAGATGACTGATTTA-TTCGCGTTATTCTNATTAAT--------------------------------AAATG-A--TTTG-TAAACAATTTTA--------CAAAGAACGGTTTCA----------TGTTTGCAATTNGAAATACAAGTT-AAG--TTCG-TT--AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTAATTGTAAACAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TCGCCAAGATGACTGAGTGACTTCAAATTTATCTCTGATTAATTGCAACTTTGTTAAATGATTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 33 11111 44444444444444444444444444444444 11 111111111 22222222222 111111 8888888888888888888888888888888 11 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222 3333333333 1111 1111 6666666666666666666666666666 1111 3333333333333333333333333 2222222 1111 111 1111 11 666666666666666666 1 1 22222 777777777777777777777777777777777777777777777 111 111 111 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 444444444444444 444444444444444444 3333333
lowQualScore : 0 3 33 4 44444 99999999999999999999999999999999 888 66 5 0 4 1 55 5 66 888888888 1 66 3 5 5 2 4 55555555555 4 4 9999 0 4 888 444444 0 5 0000000000000000000000000000000 77 0 77 3 00 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00000 5555555555 7777 3 99 66 5 5 3333 1 3333333333333333333333333333 6 99 99 8 8 8 7777 8 55 8 3 7777777777777777777777777 6666666 1 0 8 8 5 0 1 1 1 7777 9 1 111 11 7777 00 1 1 777777777777777777 0 0 55555 3 555 3 1 0 666666666666666666666666666666666666666666666 3 6 1 777 777 8 6 222 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 111111111111111 1 2 333333333333333333 2222222 444
lowQualScore : . . .. . ..... ................................ ... .. . . . . .. . .. ......... . .. . . . . . ........... . . .... . . ... ...... . . ............................... .. . .. . .. . ................................................................................................................... ..... .......... .... . .. .. . . .... . ............................ . .. .. . . . .... . .. . . ......................... ....... . . . . . . . . . .... . . ... .. .... .. . . .................. . . ..... . ... . . . ............................................. . . . ... ... . . ... . ...................................................................... ... ............... . . .................. ....... ...
lowQualScore : 7 3 33 2 99999 22222222222222222222222222222222 888 11 3 9 4 0 99 0 99 222222222 1 11 4 0 0 2 4 00000000000 4 4 8888 2 2 888 444444 1 0 8888888888888888888888888888888 99 7 99 2 22 7 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 00000 0000000000 0000 2 22 44 7 7 0000 0 5555555555555555555555555555 7 22 22 0 0 0 0000 0 88 0 2 0000000000000000000000000 0000000 0 8 0 0 2 6 0 0 4 0000 0 4 888 44 0000 22 2 2 555555555555555555 0 0 00000 2 222 2 0 2 555555555555555555555555555555555555555555555 2 5 0 000 555 0 7 333 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777 000000000000000 0 5 000000000000000000 8888888 888
consensus : NGCGCTCTGTGTGCGTTCACCGTGC-GT-CTGCTCGCGTTCACCGTGC--TCA-CAA-CGT--GCC---CA----CT-GC-CG--CGTTCACCG---TGC--GTTCANCGTT-CGNTCA-TCT-TT--TN---T----GCATTGC-CATTCGGAACTTTA-AA-GTGAAAGGATCGA-TC---TT-A-T-GC-ATG-CA-GAGAGGCGAA---AATGAA------AGTTTGTCAA-TCAC------------GNTA---------GTA--TATGAA--CGCATG--GCTGAAAATAATGACGATTA-AT-GAC--------AGCAA-G--------AT-----TAT--TA--G------TTA---------A-TTT-CTGA--GAAT------T-GATTT----TA--T----TT-----A------AATGC-----TTATAA----------AATAATTG----AAGGGAGAACGTTTG--ATATA-GA-AA-AA-C--ANCAT---------------------AT-----GTTGACAAA-GTTG--TCT--AACTCGAGGAAAT-GCA-CTTTGAA-TCAAC----TT-TTAATCCTG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTNAATAGAGGGAGG-TGACG-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTAGCCTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGCATTTAATAAATAG---------T-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAANANAATATTNTTCATTACCC-------ATA-------T---C--TA---TCAA----TA------AAAATGGTGTCGAGNT--AAGCATG---TGCTGA-GTTT-ACCTGTAGCCGAGATGACTG-ATTTA-TTCATG-T-T-AT-TCT-NATT-AA------------T---AAATG-A--TTTG-TAAAC-AAA---TA----CAAAGA---ACN---GTTT--CA---TGTTTGCAATTNGAAATACAAGTT-AAG--TTCG-TT--AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTAATTGTAAACAT
Reference ( family-317 ) : NGCGCTCTGTGTGCGTTCACCGTGC-GT-CTGCTCGCGTTCACCGTGC--TCA-CAA-CGT--GCC---CA----CT-GC-CG--CGTTCACCG---TGC--GTTCANCGTT-CGNTCN-TCT-TT--TN---T----GCATTGC-CATTCGGAACTTTA-AA-GTGAAAGGATCGA-TC---TT-A-T-GC-ATG-CA-GAGAGGCGAA---AATGAA------AGTTTGTCAA-TCAC------------GNTG---------GTA--TATGAA--CGCATG--GCTGAAAATAATGACGATTA-AT-GAC--------AGCAA-G--------AT-----TAT--TA--G------TTA---------A-TTT-CTGG--GAAT------T-GATTT----TA--T----TT-----A------AATGC-----TTATAA----------AATAATTG----AAGGGAGAACGTTTG--ATATA-GA-AA-AA-C--ANCAT---------------------AT-----GTTGACAAA-GTTG--TCT--AACTCGAGGAAAT-GCA-CTTTGAA-TCAAC----TT-TTAATCCTG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTNAATAGAGGGAGG-TGACG-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTAGCCTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGCATTTAATAAATAG---------T-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAANANAATATTNTTCATTACCC-------ATA-------T---C--TA---TCAA----TA------AAAATGGTGTCGAGNT--AAGCATG---TGCTGA-GTTT-ACCTGTAGCCGAGATGACTG-ATTTA-TTCGCG-T-T-AT-TCT-NATT-AA------------T---AAATG-A--TTTG-TAAAC--AATTTTA----CAAAGA---ACG---GTTT--CA---TGTTTGCAATTNGAAATACAAGTT-AAG--TTCG-TT--AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTAATTGTAAACAT
gi|1 : TAC--TCA-TG--CGT--TCA---CA----CT-CG-TG--CGCTCGTGG---TGTAAGTTCACAGTT-CGTTCAGTCT-TT--TTCTTT----GTCCTTC-CATTCGGAACTTGA-AAAGTGAAAAGACCGA-TCCC-TC-A-GAGC-ATG-TAAGAGAGGAAAGCTTAACGAATTATTAAACTTGTCAA-TCATAGATTATTATAGGTTA---------GTAAATATGAAAATGAATGTGGCTGAAA-TGATGATGATTA-ATTGAC--------AGTAA----------AT-----TAT--CA--G------GTA---------AATTT-CTGG--GAATGAATGTT-GATTT----TAGTT----TTCCTGAA------AATGC-----TTATAA----------AACAACTGGCGAAAGGGAGAAATATTGGAATATATGACAATAA-TCAATTAT---------------------ATCGATTGCTGACAAAAGTTGGATCT--AAATCGGGGAATTTACAACTTTGAAATCAAC----TT-TTAATCCTGATATATAACAGGTTGGGACAGAATCTTA-------TTTTTTTTTACCCCGAGTAGAGAGGGGCTAACGAATCG-----------ATCTTAAGAAAACTAGCTCATCAACAAAATTCCTTAAAGACAAGCATTTAATATATAAAAAAAAGTCT-------TGCAAAT-TAAAAGTTTTATTGATAACAATAAT-TTATTCATTACTCTATTTTAATA-------TACAT--TA---TAAATTCGTA------AAAATAGTGTC-AGTTTAAAGTATGCCCTGCTGATATTTAACCTTCACCTGAAATCATTG--TTTA-TTCTC---------TCTGAATTAAA------------TA--AAATG-A--TTTGTTAAGCGAGAGAGTA----CAAAGA---ACT---G-----AA---TGCTTGCAATTCGAAATACAAATT-AAGC-TTCG-TT--ACGAATCTCTCT----TACATATACACTTTAATTGTAAACAT
gi|10 : cgttGTGCACTGTGTGTGTTCACCGTGT-GTTCTGTTTGCGTTCACTGTG-------------T--ACC---TA----CT-G--------TTCACT----T-----TTCACCAAT-CACTCG-CGT-TCACTG---T----GTGTTGAGCATTCAGCCTTTTATCA-GTTAAAGAAT---------------------G-CA-GAGAGGCGAA---AATGAA------AGATTGTCAA-TCA---------------TT---------CTA--TATGAA--CAAATG--G
gi|11 : -GA-TA-AA-C--AACAT---------------------AT-----GTTACCAAA-GTTG--TCT--AACTCGAGGAAAT-GCA-TTTTGGA-TCAAC----TT-TTAAT-CTG-TCTACAACA------GAC-GCATATCA-------TTTTT-------CTGAA-AGAGGGAAC-GGGCA-ATCGGAAGGAGATAAATCT----AAAGCTGGCTTCTCA--AAAATTCCT----GACAAGC
gi|12 : GTGTTTACCG--C--TCA-CAA-AGC--GTA---CAGCATCT-GC-TGA-C---CACTGGATTTC--ATTCAACATT-CACTCT-TTG-TT--TC---T----TAATTGT-TATTCAGAATTCTG-AA-GTAAAAGGATCAA-TCCCTCT-A---ACAATGACA----AAACCAA---AATGAA------GGTGTG-CAA-CAAC------------AATG---------
gi|13 : CGTTCACCGTGCGTTCA-TCC-TGT--GCT---C------T-ACGTG--CGTTCACTG---TGC--ACTCA-CATTACAATCAGTCT-TT--TA---TATTTGCATTGT-CATTCGTAACTTTA-AA-GTTAAAATATCGA-TC---GT-A-T-GC-ATG-
gi|14 : GA-GTTT-ATCTGTGGCCGAGATGACTGAATTAA-TTCATA-TGT-ATATCT-CATT-AA------------TTGCAACT-----TTAA-TAAAT--AATTTTA----CAAAGAGAGATA---ATTT--CA---TGTTTGCAATTGGGAATA
gi|15 : A-TC---TTTA-T-AC-ATG-TG-GAGAGGCAAA---AATGAA------AGTTTGTCAA-CCAT------------GCTA---------ATA--TATGAA--TGCATG--GCTGAAAATAATGACGATTA-AT-GAC--------AGAAA-G--------AT-----TAT--atg
gi|16 : GCGCTCTGTGTGCGCTCACCATTCAGT----TTTGCGTTCTCCGT----TCACCAA--------C---CG----CT----CG--CGTTCACCG---TGC--GTTAAGCTTG-CGTTC
gi|2 : GCGCTCTGTGTGTGTTAATTGTGC-GTACTGCTAGCGTTCACCGTGC--TCA-CAA-CGT--GCC---CA----CT-GCGCG--CGTTCACCG---TGA--ATTCAATGTT-CGTACA-TCT-TT--TT---T----GCATTAT-CATTTGAAACTTTA-AA-CTGAAAAGATCAA-TC---TT-A-T-AA-ATG-CG-AAAATACAAA---AATGAA------AGGTTGTCAA-TAAT------------GTTACATGTAAATGTA--TATGAA--TGCATG--ACTGAAAATAATGACGATTG-AT-GAC--------ATCAA-G--------AT-----TAT--CA--G------TTA------------TG-TTGG--GA--------T-GATTT----T---------T-----A------AATGC-----TTATAA----------AATAATTG----AAGGGAGAATGGTTT--ATATA-GA-AA-AA-C--AACATTATGTAATCTAGCTCAACATTAT-----GTTGACAAA-GTTG--TCT--G-CTCGAGGAAAT-GCA-CTTTAAA-TAAAC----TTCTTAATCCTG-TCTACAACA------GGT-GCATGTC----------TTT-------TTAAATAGAGAGAGA-CGGCG-ATCGTAAGGCGATATATTT----GAAGCTAGCCTCTCA--AACATTTCT----GACAAGCACTTAA-AGATAG---------C-------TGC-CGT-TAAAA-----ATTGATAAAAAAGATATTGTTCGTTACCC-------ATA-------T---CAATA---TCAA----TA------AAAATGGGGTCGAGAT--AAGCATG---TGCCGA-GTTT-ACTTGTAGCCGAGATGAC---ATCTA-TCCG------------T-GATT-AA------------T---AAATG-A--TTTA-TAAACCAAA----A----CAAAGA---ACG---TTTTAACAGAGTGTTTGCAATCAGAAGTACAAGTTAAAG--TTCGTTT--AGAAATCCCTATAACCTATACCTACACTGTAAT--CAAATATagc
gi|3 : tTTTG--ATATA-TA-AA-AA----AGCA----------------------AT-----GTTAACAAA-GTTG--TCT--AACTCGAAGAAAT-GCA-CTTTGAA-TCGACAAGATT-TGAA--------------------------------A-------TTTTC-------CTCACTGGATGGAGG-TGACG-ATCAGAAGGATATAAATTA----GAATCTTGTCTTCC----AAATCCCT----GACAAGCATTTAACAAGCAT---------TTAAATTATGC-CGTGTAAAT-----ATTGATAAAT-CAATATTCGTCATTATCC-------ATA-------T---T--TGTATTCAA----TATTCTATGAATTGGTGTCGAGTT---AGCCCG---TGCTGA-TTTT-ACCAGTAGCCAAGATGAT---ATTT--TTC------------CT-GATT-AA------------T---AAATG-A--TTCC-AAAACTAAA----A----CAAAGA---ACT---GCTT--T------TCTGCAATTCGAAATACAAGAC-AAAATTTCT-TTTCAGAAAGCCC-------TATATATACGCTGTAATTATtc
gi|4 : CGGGT--TCA-CAATCAT--TCG---CA----TT-GT-C---CGTTCACCT---TGC--GCTCCTCTTT-AAGTC--TCT-TT--TCAT-T----GTATTGC-CATTCGAAACATAA-AA-ATAAATGGACTGG-TA---TT-AAT-GC-ATA-TA-GGCAGGCGAA---AATGAA------AATGTGTTAAATGAC------------GATGATGCAT---GTA--TTTAAA--CAGATG--GTTCATAATTATGACAATTA--T-GATCAGTATCAAGCAA-GCATTGCAAAT-----TAC--TA--GATGTAATTA---------A-TTTGCTGATCAAAT------T-AATTC----TA--TATTCTT-----A------AATGC-----TTATAA----------AATAATTG----AAGGAAAAACGTTTG--ATACA--A-GA-AA-C--ATCAT---------------------A------GTTAGCAAA-GCGG--TCT--AACTTGAcatttgcataaatgtgttcgtggcagtcgtgtttttgcttttttacaagaaattgcctgtacttg
gi|5 : TA---------A-TTT-TTAA--AAAA------T-GCTTT----TA--------------A------AATGC-----TTATGG----------GATAATTG----AAGGGAGAAGGTTTG--ATATA-GA-AA-AAAC--AACAT---------------------AT-----GA-GACAAA-GTTG--TCTCTAACTCGAAGAAAT-GCA-CATCGAA-TAAAC----TT-TTAATCCTG-TCTAAAACA------GAC-GCGTATCATTTGAATTTTTT-------TTCAATAGAGGGAGG-TGACG-ATCGGAAGaa
gi|6 : ttaataacagtaacatcaatattaatcaagaattacatttgtaaattatattctacatgtatttttggatgagttaattcGCTCGCGTTCACCGTTT--ACA-GAG-CGTTTGCCTTTCA----CTCAC-CATACGTTCATCG---TGC--GTTTATCGTA-TGATTA-CTT-TT--TA---T----TCAGCGT-TTTTCTGAACTTTA-AA-ATAATAGGATCGATTT---TT-A-T-GC-ATG-TA-GAGAAGCAAA---CATGGA------AATTTGTCCA-TCAC------------AC------------TC--TATCAA--CGCATG--ACTGAAGCTAAAGACACTCACAT-AA------------AATGT-------AT-----TATGATA--G------TTA---------A-ta
gi|7 : CGAAAGGAGAAAAATAT----AAAGCT-GCCTTTCA--AAC-TTTCT----GACAAGCATTTT-TAAAAAG---------T-------GGT-CGT-TAAAA-----AT--ATTAATAGAACATTTTTCAATACAC-------GTAGTTTTATT---C--TA---TTCA----TA------AAAA-GGTGTCATGAT--AACCATG---TGCTGA-GTTT-TTCTGTGGCCGAGATGACTG-AATTATTTCATGTT-T-ATATTT-CATT-AA------------T------TGCAACTTTGATAAAT--AATTTTA----CAAAGA---AAGAGAATTT--CA---TGTTTGCAATTGGGAATAgattataaatgactcaaccagaatctcgcattgattaggaatagttatat
gi|8 : C--GTTCATCGTT-CAGTCT-TTTATC--TT---T----GTATTGC-CATTTA-AACTTTA-AA-GTGAAATGGTCAA-TC---TT------C-ACA-CA---------AA---A--GAA------AGTTTGTC-A-TCAT------------------------------CATGAA--CACTCG--GTTGAGAATAATGACAATTA-TT-GAC--------AGTTA-G--------ACGTCAGTAT--TACTA------TTAAGCAAGAATA-TTT-ACAA--GTAT------TAGGTGTAACCTA--T----TT-----AGGGATGAATTCTAATTTTATAAATGCTAATGAAATAATTG----AAGGAAGAACATTTG--ATATA-GA-AA-AA-C--a
gi|9 : TTT-ACCTGTAGCGGAGATGACTG-ATTTATTTCATG-T-TGATCTCT-AAGT-AATTGCAAGTTTGGT---AAATG-G--TTTG-TAAAA--AA----AAACCCAAAGA---ACT---G-----CA---TGTTCGCAATCTGAAATA---------------------AGAAATCCCTATGA--TATACATACACTGTATTTGAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TCGCCAAGATGACTGAGTGACTTCAAATTTATCTCTGATTAATTGCAACTTTGTTAAATGATTT