lowQualScore : 111111111111111
lowQualScore : 111111111111111 1 11111111 111111 3333333333333333
lowQualScore : 6 3 9 55 3 666666666666666 33 33 33 2 2 1 1 1 1 1 4 1 66666666 1 444444 2 33 777777 1 11 11 11 1 4444 1 6666666 222 33 5555555555555555 1 1 2222 1 1
lowQualScore : . . . .. . ............... .. .. .. . . . . . . . . . ........ . ...... . .. ...... . .. .. .. . .... . ....... ... .. ................ . . .... . .
lowQualScore : 0 3 0 00 6 111111111111111 77 00 11 1 0 8 7 6 3 4 7 3 00000000 3 000000 8 33 111111 2 77 88 88 3 0000 3 7777777 333 77 9999999999999999 4 4 9999 4 7
consensus : NNNNNNACAAGATGTGTTTGTGAA--A-CACTGA-------TGATGCCC-CC-GG--AT-TA-C-AACAAAG-T-GGAACT-GT-AAGACA-TTGTAG-------T-TG------AAA-C--T-NT---TG-T--AG--CA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-GAAG----T----------A-A-TTTT----CA-TTTTGTTC-ACCTT
Reference ( gi|9 ) : TAAATGATAAGACGCATTTGTGAA--A-CACTGAATTAAAGTGATGGCT-CT-GG--AT-TA-C-AACAAAG-T-GGAACT-GT-ACGACA-TTGTAC-------T-TG------AAA-C--T-AC---TG-T--AG--CA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-AAAA----TA---------A-A-TTTT----CA-TTTTGTTC-ACCTT
gi|11 : ACAAGATGTGGTTGTGAA--A-CACTAAATTAAA---ATTGCT-CCCGG--AT-TA-C-AACAATG-T-GGAACT-GT-AAAGCA-TTGTAG-------A-TG------GAA-C--T-TT---TG-T--AC--CA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-GAAG----T----------A-A-TTTT----CT-TTTTGTTT-ACCTT
gi|6 : AGACG-ATTTGTGAA----CATTGA--------------T-CT-CGCAAT-TA-C-A-CAAAG-TTGGAACT-GT-GAGAAA-TTGTAG-------T-TG------GAA-C--T-TT---TG-T---G--CA--A-TACTAAG----A-AT-------GTGAT-GAAG----TA---------ATA-TTTT----CA-TTTTATTC-AC
gi|36 : AAATGTGTTTGTGAA--A-CACCGA----------TCCCC-CA-AG--AT-TA-C-AATAAAG-T-GGAACT-gctctttatttaagatcaatttcaacgtcaccagatgtaa
gi|14 : gGATGTGTTTGTAAA--A-CGCT---------T-ATGTCA-CC-GG--AA-TA-C-AATAAAA-T-GTAACT-AA-AAAACA-TTGTAG-------T-TA------AAA-C--T-TT---TG-T--AG--CA--A-TACTGAA----A-AT-------G---T-GAAG----T----------A-A-TTTT----CA-ATTTGTTC-ACCcaattt
gi|33 : GATGTATTTGTGAA--A-CACTACAC------GATGCTC-CT-GG--AT-TA-C-AACAAAG-T-GAAACT-
gi|44 : aacatGATGCATTTGTGAA--A-CACTGAca
gi|22 : aaacatATTGGTGAA--A-CACTGA----------TGCCC-CC-GT--AT-TA-T-AACAAAA-T-GAAACT-GT-AAGACA--TATAG-------T-TG------AAA-C--T-AT---TT-T--AG--CAATA-TACTGAG----A-ccaagatgctc
gi|12 : atTTTGTAAA--A-CACTGA--TA---------CC-CT-AG--AT-TA-C-AACAAAG-T-GGAACT-GCAAAGACA-TTATAG-------TGTG------AAAGC--TAAT---TG-TAAAG--CA--A-TACTGAGA---A-AT-------G---T---AA----T--------------TTTT----CA-TTTTGTTCAACCTT
gi|2 : agatgtggTTTGTGAA--ACCACT--ATCCA----ATGCCCACT--G--AT-TA-CAAACAAAA-T-GGAGCT-GC-AAGGCA-TTGTACATGTAGTT-TG------AAA-C--T-GT---TG-T--AA--CA--ATTACCGAG----A-AT-------G---C-AGGACTGGTATACAGTTGTA-A-GTTT----CA--TTTGTT--ACCTTt
gi|35 : tgTTTGTGAA--A-CACTGA----------TG-CT-CC-AG--AT-GA-C-AACTA-G-T-GGAAAT-GT-AAGACA-TTGTAC-------T-ttactaagagatcaaaatcatggtcaattgcgtaccaatggggaaaggtattctcgtaagaaatgcacagtcctgagtgccttatttggtttagctagacaaatact
gi|1 : tgTTGTGAAGAA-CACTG---TA---TGCCG--T-CC-GG--ATGTAGC-AACAAAA-A-GGAGCG-GT-AAAACA-TTGTAG-------T-TG-------AC-C--T-ACTTTTGCT--AG--CA--A-TTCTGAG----AGGT-------G---TGAAGG----TA---------A-AGTTTT----CA-TGTAGTTC-
gi|19 : acatagagagttgttgTGATGGCC-CT-GG--AT-TA-C-AAAAAAGGT-GGAACT-GT-ATGACA-TTGCAC-------T-TA------AAA-C--C--T---TG-C--AG--CA--A-TATTGAG----A-AT-------G---C-AAAG----T----------A-A-TTTT----CA-TTTTGATC-accatttaatctggggtcaagttcaagtcaccaagtcaaagatcctggtgtacccagtatgaagaagtcactcacagtaatgccacatgcctaaaaatgaaaggggggtgcctttacaagtttagatacatat
gi|20 : aatcTGGTGCCT-CT-GG--AT-TA-C-AACAAAG-T-AGAAAT-GT-AAAACA-TTGTAG-------T-TA------AAA-CT-T-GG---TG-T--AG--CA--A-TGCTGAG----A-AT-------G---T-AAAG----T----------A-A-TTTT----CA-
gi|4 : gtgaaaacacTGATGCCT-GC-AG--GT-TA-C-ATGGAAG-T-GGAACT-GT-AAGACA-TTGTGG-------T-TG------AA-------AC---TG-T--------------CTGAA----A-AT-------G---T-GAAC----T----------A-A-TTTT----CATTTTTGCTC-ACCTT
gi|7 : aaacttgtgtgtttgaaaacatTGATGCCC-CC-GA--AT-AA-C-AACAAAG-T-GGAACT-GT-AAAACA-CTGTAG-------T-GG------AAA-C--T-TT---TG-T--GGGTTT--T-TTTT----------T-------G---T--------------------A-A-TTTT----CA-TTTTGTTC-CCCTTtgaatttaggtcacaaggccaccaattatggtgacaatggaacggtcttctcaaaa
gi|45 : aacaagaggtcttcgcaaaaaaaaccGATGCCC-CC-GG--AT-TA-C-ATCAAAG-T-GAAACttatttaggtcaatatcaagatca
gi|17 : caaTGCCC-CC-GG--AT-TA-C-AA-AAAA-T-AG---T-GT-AAGGTA-TTGTAG-------A-TG------AAA-C--T-AT---TG-T--AG--CA--A-TACTGAA----A-AT-------G---C-GGTG----T----------C-A-TTTT----CA-TTTCGTTC-ACCccatt
gi|3 : aacaagatgcgtactCC-CC-AG--AT-TA-C-AACAAAG-T-GGAGCT-GT-AAGACA-TTGCAG-------T-TG------AAA-C--G-TT---TG-T--AG--CA--A-AATTGAG----A-AT-------G---T-GAAG----C----------A-A-TTTT----CA-TTTAGTTC-AACTT
gi|16 : T-GG--AT-TA-C-AGTAAAT-T-AGAACT-GA-AGGACA-ATATAC-------A-TGTAGATAAAA-C--T-TC---TG-T--AG--CA--A-TACTGAG----A-GA-------C---T-GAAG----T----------A-A-TTTC----CA-TTTctgtttagaggtcaatttcaaggccacaaggtcaacaaatatggtcttctctcaagaaatgtcatggtaaatatgaaagcagtgttctatggtttaaactgtaaatacacata
gi|26 : ggaaactgatacacgT-TA-C-AACAAAG-T-GGAACT-AA-AATATA-TTGTAG-------G-TG------AAG-C--T---------T--TG--CA--A-TGCTGAG----A-ATGACACTAG---T-GAAG----TA---------A-T-TTTT----gatgcat
gi|30 : -C-AACAAAA-T-GGAACT-GT-AAAAAA-AGGTGG-------T-TG------AAA-G--T-TT---TG-T--TG--CA--A-CACTGGG----A-AT-------G---T-AAAG----T------------A-TTTT----CA-
gi|21 : -AACAATG-T-GGAACC-GT-AAGACAATTGAAA-------T-TG------AAAAC--T--C---TT-T--AG--CA--A-CACTGAG----A-AT-------G---T-GAAG----T------------A-TTTT----CC-TTTTGTTC-ACCTT
gi|34 : -AACAAAG-T-GGAACT-GT-AAGATA-TTGTAG-------T-TG------AAA-C--T-AT---TG-C--TA--CA--A-TATTGAG----A-AT-------G---C-Attattca
gi|23 : aAAAG-T-GGAACA-GT-AAGACA-ACATAG-------T-TG------AAT-C--T-A----TG-T--GG--CA--A-TACCAAG----A-ATACC----G---T-GAAA----AC---------A-A-TTTT----CA-TTTTGT
gi|32 : aAAAG-T-GGAACTGGT-A-GACA-TTGTAG-------T-AG------AAA-C--T-TT---TG-T--gtt
gi|15 : cgag-GGAACT-GT-AAGACA-TCGTAG-------T-TG------AAA-C--T-TT---GG-T--AG--CA--A-TACTAAG----A-AT-------G---T-GGAG----C----------A-A-TTTT----CA-TTTTGATC-tttcagtttattcatcttttattt
gi|28 : AACT-AT-AAGACA-TTGAAG-------T-AG------AAA-C--T-AT---TG-T--AG--CA--A-TACTGAG----A-AT-------T---T-AAAG----T----------G-A-TATT----CA-TGTTGTTC-ACCTTtttaacctttatctaggtcaatctcaaggtcactaagt
gi|25 : AACT-GT-AAGACA-TTGTAG-------T-TT------AAA-C--T-AT---TG-T--AA--CA--A-T-CTGAGAATCA-AT-------G---T-ACAG----C----------A-A-TTTTGTGAAA-TATTGTTC-ct
gi|27 : ACT-GA-AAGACA-TTGTAG-------T-TC------AAA-C--T-AT---TG---------------AC--------A-AT-------G---T-AAAG----TA---------A---TTTT----CA-TTTTGTTC-ATCTTtt
gi|8 : CT-GT-AAAACA-TTGTAG-------T-TG------AAA-T--T-AT---TG-T--AG--CC--A-TAGTGAG----A-A--------G---T-AAAG----T----------A-A-TTTT----CA-TTTTGTTC-ACCTTtaaatcaaggtcac
gi|29 : T-GT-ACG-----TGTAG-------T-TG------GAA-C--T-TT---TA-T--AG--CA--A-TACCGAG----A-AT-------G---T-GAAG----T----------A-A-TTTT----CA-TTTAGTTC-ttatttagagttcaaatcaaggtcagaaagtcaacacatttatctggaaccgatggaaaggtctcctcaca
gi|18 : attgtaagatcg-GT-AAAATA-TTGTAG-------T-TA------AAG-C--T-AT---TG-T--AG--CA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-AAAG----T----------A-A-CTTT----CA-TTTTGTTC-ACCT
gi|24 : T-AAGACA-TTGTTA-------T-TG------AAA-C--T-TT---TG-T--AG--CT--T-TACTCAG----A-AT-------G---T--GAA----TG---------A-G-TTTT----TA-TTTTGTTA-ACTTTgttactcagagttcaaaatcaaagtcacaaga
gi|5 : aatc-TTGTAA-------A-TG------AAA-CATT-TT---TT-T--AG--CA--A-TACTGAG----A-AT-------G---C-AAAG----T----------A-A-TTTT----CA-TTTTGTTC-AACTTttattt
gi|42 : tg---TG-T--AG--CA--A-TACTGAG----A-CT-------G---T-AAAG----T----------A-A-TTTT----CA-TTTTATTC-ttatttagaagtaaaaaattgtaagtcagaaggtcaactacattggcactgatgggaaggtattctcacaagaaatgctaaatattataagcagtgt
gi|41 : ---TG-T--AC--CA--A-TACTAAG----A-AT-------G---C-GATG----T----------A-A-TTTT----AA-TTTTGTTC-AGCT
gi|39 : t-T--AG--CA--A-TACAAAG----A-AA-------G---T-AAAG----T----------A-A-TTTT----CA-GTTTGTTG-CCCTT
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AATATTTGGTAAATGATGGAAACAGTCTTTCACAATAAATACCAACACCAAAAATATTGAAAAGGTCAACCTCTTTATGGTGTAAAAAACATGGACCAAGGTTAAATTTCTGCCACAGCCATGGACAGACAAAC
Unaligned ( gi|13 ): TGAGGCCATTTCGGGATTTAAATATTTACCGTTTATTTAGAGTCAAATTTCAAAGGTCGCAAGGTCAACACATCTGGTGCCTCTCACAAGAAAAAATATGTAAAAATATGGAAACAG
Unaligned ( gi|31 ): TAGGTAGATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAAATATGAAAGC
Unaligned ( gi|37 ): TGTCAAGNATCTTCATTTTATTCACCAATTATTTGGAGGTCAAAATCAAAGTCATAA
Unaligned ( gi|38 ): CAAATTTAAAAGGGCTACAGTAACCTCTTAATATGGTGTAAAAGATATGACCAAG
Unaligned ( gi|40 ): AAACAATCACTTGATAGCTTAAATTGTCAGAACACAAATGAAGGAATTAA
Unaligned ( gi|43 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGAACT
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333
lowQualScore : 2 33 2 2 33 5555555555555555555 2 4 2 1 1 1 1 1 1 333 55555 222 2222 1 11 2 33 22 1 11 11 1 2222 1 6666666 222 111 8888888888888 1 11 33 2222 1 1
lowQualScore : . .. . . .. ................... . . . . . . . . . ... ..... ... .... . .. . .. .. . .. .. . .... . ....... ... ... ............. . .. .. .... . .
lowQualScore : 9 22 4 4 22 8888888888888888888 0 2 0 9 7 6 5 3 3 555 55555 333 8888 3 88 7 22 33 2 77 77 2 7777 2 5555555 333 666 7777777777777 3 88 22 8888 4 6
consensus : NNNNNNACAAGATGTG-TTTGTGAA--A-C-A--CTG-A-------T---GA---TGCC-CCCG-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GGAACTGT-AAGA-CA---T-----TGTA---G----T-TGAA--A-C--T-NTTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-ACCTT
Reference ( family-3167 ) : NNNNNNACAAGATGTG-TTTGTGAA--A-C-A--CTG-A-------T---GA---TGCC-CCCG-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GGAACTGT-AAGA-CA---T-----TGTA---G----T-TGAA--A-C--T-NTTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-ACCTT
gi|1 : TTGTGAAGAA-C-A--CTG---------T----A---TGCCGTCCG-GATGTAGCAA-CAAAA-A-GGAGCGGT-AAAA-CA---T-----TGTA---G----T-TGACCTA-C--T-TTTGCT--AGCA--A-TTCTGAG----AGGT-------G---T-G-AAG------------GT-A--AAGTTTT----CA-TGTAGTTC-
gi|11 : acatagagagttgttgACAAGATGTG-GTTGTGAA--A-C-A--CTA-AAT-----T---AAAATTGCT-CCCG-GAT-TA-CAA-CAATG-T-GGAACTGT-AAAG-CA---T-----TGTA---G----A-TGGA--A-C--T-TTTG-T--ACCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----CT-TTTTGTTT-ACCTTaccatttaatctggggtcaagttcaagtcaccaagtcaaagatcctggtgtacccagtatgaagaagtcactcacagtaatgccacatgcctaaaaatgaaaggggggtgcctttacaagtttagatacatat
gi|12 : AGATGTGGTTTGTAAA--A-C-A--CTG-A-------T---A-------C-CCTA-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GGAACTGCAAAGA-CA---T-----TATA---G----TGTGAA--AGC--TAATTG-TAAAGCA--A-TACTGAG----A-A----------------AT-------------GT-A--AT-TTTT----CA-TTTTGTTCAACCTT
gi|14 : GATGTG-TTTGTAAA--A-C-G--CT----------T----A---TGTC-ACCG-GAA-TA-CAA-TAAAA-T-GTAACTAA-AAAA-CA---T-----TGTA---G----T-TAAA--A-C--T-TTTG-T--AGCA--A-TACTGAA----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-ATTTGTTC-ACCt
gi|15 : -GGAACTGT-AAGA-CA---T-----CGTA---G----T-TGAA--A-C--T-TTGG-T--AGCA--A-TACTAAG----A-AT-------G---T-G-GA-------------GC-A--A--TTTT----CA-TTTTGATC-
gi|16 : GAA--A-C----------------T---GA---TACA-CGTG-GAT-TA-CAG-TAAAT-T-AGAACTGA-AGGA-CAATATACA--TGTA---G----A-TAAA--A-C--T-TCTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-GA-------C---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTC----CA-TTTtttaacctttatctaggtcaatctcaaggtcactaagt
gi|17 : gACAAGATGCG-T-------------A--CT-------------------TGCC-CCCG-GAT-TA-CAA--AAAA-T-AG---TGT-AAGG-TA---T-----TGTA---G----A-TGAA--A-C--T-ATTG-T--AGCA--A-TACTGAA----A-AT-------G---C-G-GT-------------GT-C--A--TTTT----CA-TTTCGTTC-ACCgatgcat
gi|18 : aGT-AAAA-TA---T-----TGTA---G----T-TAAA--G-C--T-ATTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-A-AA-------------GT-A--A--CTTT----CA-TTTTGTTC-ACCT
gi|19 : -------T---GA---TGGC-CCTG-GAT-TA-CAA-AAAAGGT-GGAACTGT-ATGA-CA---T-----TGCA---C----T-TAAA--A-C----CTTG-C--AGCA--A-TATTGAG----A-AT-------G---C-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGATC-gttactcagagttcaaaatcaaagtcacaaga
gi|2 : aatcTG-TTTGTGAA--A-CCA--CT--A-------TCC-AA---TGCC-CACT-GAT-TA-CAAACAAAA-T-GGAGCTGC-AAGG-CA---T-----TGTACATGTAGTT-TGAA--A-C--T-GTTG-T--AACA--ATTACCGAG----A-AT-------G---CAG-GACTGGTATACAGTTGT-A--A--GTTT----CA--TTTGTT--ACCTT
gi|20 : GTGAA--AAC-A--CTG-G-------T---G------CC-TCTG-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-AGAAATGT-AAAA-CA---T-----TGTA---G----T-TAAA--A-CT-T-GGTG-T--AGCA--A-TGCTGAG----A-AT-------G---T-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-ttactaagagatcaaaatcatggtcaattgcgtaccaatggggaaaggtattctcgtaagaaatgcacagtcctgagtgccttatttggtttagctagacaaatact
gi|21 : AA-CAATG-T-GGAACCGT-AAGA-CAA--T-----TGAA---A----T-TGAA--AAC--T-CTT--T--AGCA--A-CACTGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT----A--TTTT----CC-TTTTGTTC-ACCTT
gi|22 : TA-TTGGTGAA--A-C-A--CTG-A-------T---------GCC-CCCG-TAT-TA-TAA-CAAAA-T-GAAACTGT-AAGA-CA---------TATA---G----T-TGAA--A-C--T-ATTT-T--AGCAATA-TACTGAG----A-ttattca
gi|23 : aAAAG-T-GGAACAGT-AAGA-CA---A-----CATA---G----T-TGAA--T-C--T-A-TG-T--GGCA--A-TACCAAG----A-ATACC----G---T-GAAA-------------AC-A--A--TTTT----CA-TTTTGT
gi|24 : aT-AAGA-CA---T-----TGTT---A----T-TGAA--A-C--T-TTTG-T--AGCT--T-TACTCAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------TG-A--G--TTTT----TA-TTTTGTTA-ACTTTgtt
gi|25 : aatcAACTGT-AAGA-CA---T-----TGTA---G----T-TTAA--A-C--T-ATTG-T--AACA--A-T-CTGAGAATCA-AT-------G---T-A-CA-------------GC-A--A--TTTTGTGAAA-TATTGTTC-ttattt
gi|26 : T-TA-CAA-CAAAG-T-GGAACTAA-AATA-TA---T-----TGTA---G----G-TGAA--G-C--T-TT-------GCA--A-TGCTGAG----A-ATGACACTAG---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----tt
gi|27 : ACTGA-AAGA-CA---T-----TGTA---G----T-TCAA--A-C--T-ATTG-------------AC--------A-AT-------G---T-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-ATCTTt
gi|28 : AACTAT-AAGA-CA---T-----TGAA---G----T-AGAA--A-C--T-ATTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------T---T-A-AA-------------GT-G--A--TATT----CA-TGTTGTTC-ACCTTtaaatcaaggtcac
gi|29 : ATTGT-AAGATCG---TGTACGTGTA---G----T-TGGA--A-C--T-TTTA-T--AGCA--A-TACCGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTAGTTC-ct
gi|3 : C-CCCA-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GGAGCTGT-AAGA-CA---T-----TGCA---G----T-TGAA--A-C--G-TTTG-T--AGCA--A-AATTGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GC-A--A--TTTT----CA-TTTAGTTC-AACTT
gi|30 : -CAA-CAAAA-T-GGAACTGT-AAAA-AA---A-----GGTG---G----T-TGAA--A-G--T-TTTG-T--TGCA--A-CACTGGG----A-AT-------G---T-A-AA-------------GT----A--TTTT----CA-ctgtttagaggtcaatttcaaggccacaaggtcaacaaatatggtcttctctcaagaaatgtcatggtaaatatgaaagcagtgttctatggtttaaactgtaaatacacata
gi|32 : AAAG-T-GGAACTGG-TAGA-CA---T-----TGTA---G----T-AGAA--A-C--T-TTTG-T--
gi|33 : cgagACATGATGTA-TTTGTGAA--A-C-A--CTACA-------C---GA---TGCT-CCTG-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GAAACTtttcagtttattcatcttttattt
gi|34 : aAA-CAAAG-T-GGAACTGT-AAGA-TA---T-----TGTA---G----T-TGAA--A-C--T-ATTG-C--TACA--A-TATTGAG----A-AT-------G---ca
gi|35 : aTG-TTTGTGAA--A-C-A--CTG-A-------T---G-------C-TCCA-GAT-GA-CAA-CTA-G-T-GGAAATGT-AAGA-CA---T-----TGTA---ca
gi|36 : AAATGTG-TTTGTGAA--A-C-A--CCG-A-------T----------CC-CCCAAGAT-TA-CAA-TAAAG-T-GGAACTct
gi|39 : g-T--AGCA--A-TACAAAG----A-AA-------G---T-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-GTTTGTTG-CCCTTcaattt
gi|4 : TGTG-TTTG-AAA--A-C-A--TTG-A-------T---G------CC-TGCA-GGT-TA-CAT-GGAAG-T-GGAACTGT-AAGA-CA---T-----TGTG---G----T-TGAA--A-C--T-GT----------------CTGAA----A-AT-------G---T-G-AA-------------CT-A--A--TTTT----CATTTTTGCTC-ACCTTttatttaga
gi|41 : aaacttgTTG-T--ACCA--A-TACTAAG----A-AT-------G---C-G-AT-------------GT-A--A--TTTT----AA-TTTTGTTC-AGCTtgaatttaggtcacaaggccaccaattatggtgacaatggaacggtcttctcaaaa
gi|42 : TG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-CT-------G---T-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTATTC-
gi|44 : ACATGATGCA-TTTGTGAA--A-C-A--CTG-A-------CCAAGA---TGCT-C
gi|45 : aa---GA---TGCC-CCCG-GAT-TA-CAT-CAAAG-T-GAAAC
gi|5 : caa---T-----TGTA---A----A-TGAA--A-CATT-TTTT-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---C-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-AACTTccatt
gi|6 : tgAGACG-A-TTTGTGAA----C-A--TTG-A-------T-------------CTCGCAAT-TA-CA--CAAAG-TTGGAACTGT-GAGA-AA---T-----TGTA---G----T-TGGA--A-C--T-TTTG-T---GCA--A-TACTAAG----A-AT-------GTGAT-G-AA-------------GT-AATA--TTTT----CA-TTTTATTC-ACttatttagaagtaaaaaattgtaagtcagaaggtcaactacattggcactgatgggaaggtattctcacaagaaatgctaaatattataagcagtgt
gi|7 : ACAAGAGGTC-TTCGCAAA--A-A-AAACC----------T---GA---TGCC-CCCG-AAT-AA-CAA-CAAAG-T-GGAACTGT-AAAA-CA---C-----TGTA---G----T-GGAA--A-C--T-TTTG-T--GGGT--T-TTTT----------T-------T---T------------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-CCCTTgctctttatttaagatcaatttcaacgtcaccagatgtaa
gi|8 : aCTGT-AAAA-CA---T-----TGTA---G----T-TGAA--A-T--T-ATTG-T--AGCC--A-TAGTGAG----A-A--------G---T-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-ACCTTttatttaggtcaatatcaagatca
gi|9 : ATAAGACGCA-TTTGTGAA--A-C-A--CTG-AATTAAAGT---GA---TGGC-TCTG-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GGAACTGT-ACGA-CA---T-----TGTA---C----T-TGAA--A-C--T-ACTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-A-AA-------------ATAA--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-ACCTTttatttagagttcaaatcaaggtcagaaagtcaacacatttatctggaaccgatggaaaggtctcctcaca
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AATATTTGGTAAATGATGGAAACAGTCTTTCACAATAAATACCAACACCAAAAATATTGAAAAGGTCAACCTCTTTATGGTGTAAAAAACATGGACCAAGGTTAAATTTCTGCCACAGCCATGGACAGACAAAC
Unaligned ( gi|13 ): TGAGGCCATTTCGGGATTTAAATATTTACCGTTTATTTAGAGTCAAATTTCAAAGGTCGCAAGGTCAACACATCTGGTGCCTCTCACAAGAAAAAATATGTAAAAATATGGAAACAG
Unaligned ( gi|31 ): TAGGTAGATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAAATATGAAAGC
Unaligned ( gi|37 ): TGTCAAGNATCTTCATTTTATTCACCAATTATTTGGAGGTCAAAATCAAAGTCATAA
Unaligned ( gi|38 ): CAAATTTAAAAGGGCTACAGTAACCTCTTAATATGGTGTAAAAGATATGACCAAG
Unaligned ( gi|40 ): AAACAATCACTTGATAGCTTAAATTGTCAGAACACAAATGAAGGAATTAA
Unaligned ( gi|43 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGAACT
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333
lowQualScore : 2 33 2 2 33 5555555555555555555 2 4 2 1 1 1 1 1 1 333 55555 222 2222 1 11 2 33 22 1 11 11 1 2222 1 6666666 222 111 8888888888888 1 11 33 2222 1 1
lowQualScore : . .. . . .. ................... . . . . . . . . . ... ..... ... .... . .. . .. .. . .. .. . .... . ....... ... ... ............. . .. .. .... . .
lowQualScore : 9 22 4 4 22 8888888888888888888 0 2 0 9 7 6 5 3 3 555 55555 333 8888 3 88 7 22 33 2 77 77 2 7777 2 5555555 333 666 7777777777777 3 88 22 8888 4 6
consensus : NNNNNNACAAGATGTG-TTTGTGAA--A-C-A--CTG-A-------T---GA---TGCC-CCCG-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GGAACTGT-AAGA-CA---T-----TGTA---G----T-TGAA--A-C--T-NTTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-ACCTT
Reference ( family-3167 ) : NNNNNNACAAGATGTG-TTTGTGAA--A-C-A--CTG-A-------T---GA---TGCC-CCCG-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GGAACTGT-AAGA-CA---T-----TGTA---G----T-TGAA--A-C--T-NTTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-ACCTT
gi|1 : TTGTGAAGAA-C-A--CTG---------T----A---TGCCGTCCG-GATGTAGCAA-CAAAA-A-GGAGCGGT-AAAA-CA---T-----TGTA---G----T-TGACCTA-C--T-TTTGCT--AGCA--A-TTCTGAG----AGGT-------G---T-G-AAG------------GT-A--AAGTTTT----CA-TGTAGTTC-
gi|11 : acatagagagttgttgACAAGATGTG-GTTGTGAA--A-C-A--CTA-AAT-----T---AAAATTGCT-CCCG-GAT-TA-CAA-CAATG-T-GGAACTGT-AAAG-CA---T-----TGTA---G----A-TGGA--A-C--T-TTTG-T--ACCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----CT-TTTTGTTT-ACCTTaccatttaatctggggtcaagttcaagtcaccaagtcaaagatcctggtgtacccagtatgaagaagtcactcacagtaatgccacatgcctaaaaatgaaaggggggtgcctttacaagtttagatacatat
gi|12 : AGATGTGGTTTGTAAA--A-C-A--CTG-A-------T---A-------C-CCTA-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GGAACTGCAAAGA-CA---T-----TATA---G----TGTGAA--AGC--TAATTG-TAAAGCA--A-TACTGAG----A-A----------------AT-------------GT-A--AT-TTTT----CA-TTTTGTTCAACCTT
gi|14 : GATGTG-TTTGTAAA--A-C-G--CT----------T----A---TGTC-ACCG-GAA-TA-CAA-TAAAA-T-GTAACTAA-AAAA-CA---T-----TGTA---G----T-TAAA--A-C--T-TTTG-T--AGCA--A-TACTGAA----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-ATTTGTTC-ACCt
gi|15 : -GGAACTGT-AAGA-CA---T-----CGTA---G----T-TGAA--A-C--T-TTGG-T--AGCA--A-TACTAAG----A-AT-------G---T-G-GA-------------GC-A--A--TTTT----CA-TTTTGATC-
gi|16 : GAA--A-C----------------T---GA---TACA-CGTG-GAT-TA-CAG-TAAAT-T-AGAACTGA-AGGA-CAATATACA--TGTA---G----A-TAAA--A-C--T-TCTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-GA-------C---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTC----CA-TTTtttaacctttatctaggtcaatctcaaggtcactaagt
gi|17 : gACAAGATGCG-T-------------A--CT-------------------TGCC-CCCG-GAT-TA-CAA--AAAA-T-AG---TGT-AAGG-TA---T-----TGTA---G----A-TGAA--A-C--T-ATTG-T--AGCA--A-TACTGAA----A-AT-------G---C-G-GT-------------GT-C--A--TTTT----CA-TTTCGTTC-ACCgatgcat
gi|18 : aGT-AAAA-TA---T-----TGTA---G----T-TAAA--G-C--T-ATTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-A-AA-------------GT-A--A--CTTT----CA-TTTTGTTC-ACCT
gi|19 : -------T---GA---TGGC-CCTG-GAT-TA-CAA-AAAAGGT-GGAACTGT-ATGA-CA---T-----TGCA---C----T-TAAA--A-C----CTTG-C--AGCA--A-TATTGAG----A-AT-------G---C-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGATC-gttactcagagttcaaaatcaaagtcacaaga
gi|2 : aatcTG-TTTGTGAA--A-CCA--CT--A-------TCC-AA---TGCC-CACT-GAT-TA-CAAACAAAA-T-GGAGCTGC-AAGG-CA---T-----TGTACATGTAGTT-TGAA--A-C--T-GTTG-T--AACA--ATTACCGAG----A-AT-------G---CAG-GACTGGTATACAGTTGT-A--A--GTTT----CA--TTTGTT--ACCTT
gi|20 : GTGAA--AAC-A--CTG-G-------T---G------CC-TCTG-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-AGAAATGT-AAAA-CA---T-----TGTA---G----T-TAAA--A-CT-T-GGTG-T--AGCA--A-TGCTGAG----A-AT-------G---T-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-ttactaagagatcaaaatcatggtcaattgcgtaccaatggggaaaggtattctcgtaagaaatgcacagtcctgagtgccttatttggtttagctagacaaatact
gi|21 : AA-CAATG-T-GGAACCGT-AAGA-CAA--T-----TGAA---A----T-TGAA--AAC--T-CTT--T--AGCA--A-CACTGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT----A--TTTT----CC-TTTTGTTC-ACCTT
gi|22 : TA-TTGGTGAA--A-C-A--CTG-A-------T---------GCC-CCCG-TAT-TA-TAA-CAAAA-T-GAAACTGT-AAGA-CA---------TATA---G----T-TGAA--A-C--T-ATTT-T--AGCAATA-TACTGAG----A-ttattca
gi|23 : aAAAG-T-GGAACAGT-AAGA-CA---A-----CATA---G----T-TGAA--T-C--T-A-TG-T--GGCA--A-TACCAAG----A-ATACC----G---T-GAAA-------------AC-A--A--TTTT----CA-TTTTGT
gi|24 : aT-AAGA-CA---T-----TGTT---A----T-TGAA--A-C--T-TTTG-T--AGCT--T-TACTCAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------TG-A--G--TTTT----TA-TTTTGTTA-ACTTTgtt
gi|25 : aatcAACTGT-AAGA-CA---T-----TGTA---G----T-TTAA--A-C--T-ATTG-T--AACA--A-T-CTGAGAATCA-AT-------G---T-A-CA-------------GC-A--A--TTTTGTGAAA-TATTGTTC-ttattt
gi|26 : T-TA-CAA-CAAAG-T-GGAACTAA-AATA-TA---T-----TGTA---G----G-TGAA--G-C--T-TT-------GCA--A-TGCTGAG----A-ATGACACTAG---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----tt
gi|27 : ACTGA-AAGA-CA---T-----TGTA---G----T-TCAA--A-C--T-ATTG-------------AC--------A-AT-------G---T-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-ATCTTt
gi|28 : AACTAT-AAGA-CA---T-----TGAA---G----T-AGAA--A-C--T-ATTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------T---T-A-AA-------------GT-G--A--TATT----CA-TGTTGTTC-ACCTTtaaatcaaggtcac
gi|29 : ATTGT-AAGATCG---TGTACGTGTA---G----T-TGGA--A-C--T-TTTA-T--AGCA--A-TACCGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTAGTTC-ct
gi|3 : C-CCCA-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GGAGCTGT-AAGA-CA---T-----TGCA---G----T-TGAA--A-C--G-TTTG-T--AGCA--A-AATTGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GC-A--A--TTTT----CA-TTTAGTTC-AACTT
gi|30 : -CAA-CAAAA-T-GGAACTGT-AAAA-AA---A-----GGTG---G----T-TGAA--A-G--T-TTTG-T--TGCA--A-CACTGGG----A-AT-------G---T-A-AA-------------GT----A--TTTT----CA-ctgtttagaggtcaatttcaaggccacaaggtcaacaaatatggtcttctctcaagaaatgtcatggtaaatatgaaagcagtgttctatggtttaaactgtaaatacacata
gi|32 : AAAG-T-GGAACTGG-TAGA-CA---T-----TGTA---G----T-AGAA--A-C--T-TTTG-T--
gi|33 : cgagACATGATGTA-TTTGTGAA--A-C-A--CTACA-------C---GA---TGCT-CCTG-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GAAACTtttcagtttattcatcttttattt
gi|34 : aAA-CAAAG-T-GGAACTGT-AAGA-TA---T-----TGTA---G----T-TGAA--A-C--T-ATTG-C--TACA--A-TATTGAG----A-AT-------G---ca
gi|35 : aTG-TTTGTGAA--A-C-A--CTG-A-------T---G-------C-TCCA-GAT-GA-CAA-CTA-G-T-GGAAATGT-AAGA-CA---T-----TGTA---ca
gi|36 : AAATGTG-TTTGTGAA--A-C-A--CCG-A-------T----------CC-CCCAAGAT-TA-CAA-TAAAG-T-GGAACTct
gi|39 : g-T--AGCA--A-TACAAAG----A-AA-------G---T-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-GTTTGTTG-CCCTTcaattt
gi|4 : TGTG-TTTG-AAA--A-C-A--TTG-A-------T---G------CC-TGCA-GGT-TA-CAT-GGAAG-T-GGAACTGT-AAGA-CA---T-----TGTG---G----T-TGAA--A-C--T-GT----------------CTGAA----A-AT-------G---T-G-AA-------------CT-A--A--TTTT----CATTTTTGCTC-ACCTTttatttaga
gi|41 : aaacttgTTG-T--ACCA--A-TACTAAG----A-AT-------G---C-G-AT-------------GT-A--A--TTTT----AA-TTTTGTTC-AGCTtgaatttaggtcacaaggccaccaattatggtgacaatggaacggtcttctcaaaa
gi|42 : TG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-CT-------G---T-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTATTC-
gi|44 : ACATGATGCA-TTTGTGAA--A-C-A--CTG-A-------CCAAGA---TGCT-C
gi|45 : aa---GA---TGCC-CCCG-GAT-TA-CAT-CAAAG-T-GAAAC
gi|5 : caa---T-----TGTA---A----A-TGAA--A-CATT-TTTT-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---C-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-AACTTccatt
gi|6 : tgAGACG-A-TTTGTGAA----C-A--TTG-A-------T-------------CTCGCAAT-TA-CA--CAAAG-TTGGAACTGT-GAGA-AA---T-----TGTA---G----T-TGGA--A-C--T-TTTG-T---GCA--A-TACTAAG----A-AT-------GTGAT-G-AA-------------GT-AATA--TTTT----CA-TTTTATTC-ACttatttagaagtaaaaaattgtaagtcagaaggtcaactacattggcactgatgggaaggtattctcacaagaaatgctaaatattataagcagtgt
gi|7 : ACAAGAGGTC-TTCGCAAA--A-A-AAACC----------T---GA---TGCC-CCCG-AAT-AA-CAA-CAAAG-T-GGAACTGT-AAAA-CA---C-----TGTA---G----T-GGAA--A-C--T-TTTG-T--GGGT--T-TTTT----------T-------T---T------------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-CCCTTgctctttatttaagatcaatttcaacgtcaccagatgtaa
gi|8 : aCTGT-AAAA-CA---T-----TGTA---G----T-TGAA--A-T--T-ATTG-T--AGCC--A-TAGTGAG----A-A--------G---T-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-ACCTTttatttaggtcaatatcaagatca
gi|9 : ATAAGACGCA-TTTGTGAA--A-C-A--CTG-AATTAAAGT---GA---TGGC-TCTG-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GGAACTGT-ACGA-CA---T-----TGTA---C----T-TGAA--A-C--T-ACTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-A-AA-------------ATAA--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-ACCTTttatttagagttcaaatcaaggtcagaaagtcaacacatttatctggaaccgatggaaaggtctcctcaca
blockSeqs : G . A C AA GAATTAAAGTGA . A . . A G T A T ATA GTACG CAT TAGT G . G AT AA . AA AT T AATC . GACACTA TGA AG CTGGTATACAGTT A AT T GTGA T A
blockSeqs : . . . . . AAATTAAAAT . C . . . . . . . A ACA . . . . A T T . . . . . . ACC . GA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GACCAAGA . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . ATCCAA . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . ACACGA . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GATA . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GGTG . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GATG . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GATG . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TGA . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GAT . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GAT . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GAT . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TGA . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** ** ************* **
originalCons : NNNNNNACAAGATGTG-TTTGTGAA--A-C-A--CTG-A-------T---GA---TGCC-CCCG-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GGAACTGT-AAGA-CA---T-----TGTA---G----T-TGAA--A-C--T-NTTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-ACCTT
finalCons : NNNNNNACAAGATGTG-TTTGTGAA--A-C-A--CTG-A-------T---GA---TGCC-CCCG-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GGAACTGT-AAGA-CA---T-----TGTA---G----T-TGAA--A-C--T-NTTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-ACCTT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AATATTTGGTAAATGATGGAAACAGTCTTTCACAATAAATACCAACACCAAAAATATTGAAAAGGTCAACCTCTTTATGGTGTAAAAAACATGGACCAAGGTTAAATTTCTGCCACAGCCATGGACAGACAAAC
Unaligned ( gi|13 ): TGAGGCCATTTCGGGATTTAAATATTTACCGTTTATTTAGAGTCAAATTTCAAAGGTCGCAAGGTCAACACATCTGGTGCCTCTCACAAGAAAAAATATGTAAAAATATGGAAACAG
Unaligned ( gi|31 ): TAGGTAGATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAAATATGAAAGC
Unaligned ( gi|37 ): TGTCAAGNATCTTCATTTTATTCACCAATTATTTGGAGGTCAAAATCAAAGTCATAA
Unaligned ( gi|38 ): CAAATTTAAAAGGGCTACAGTAACCTCTTAATATGGTGTAAAAGATATGACCAAG
Unaligned ( gi|40 ): AAACAATCACTTGATAGCTTAAATTGTCAGAACACAAATGAAGGAATTAA
Unaligned ( gi|43 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGAACT
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333
lowQualScore : 2 33 2 2 33 5555555555555555555 2 4 2 1 1 1 1 1 1 333 55555 222 2222 1 11 2 33 22 1 11 11 1 2222 1 6666666 222 111 8888888888888 1 11 33 2222 1 1
lowQualScore : . .. . . .. ................... . . . . . . . . . ... ..... ... .... . .. . .. .. . .. .. . .... . ....... ... ... ............. . .. .. .... . .
lowQualScore : 9 22 4 4 22 8888888888888888888 0 2 0 9 7 6 5 3 3 555 55555 333 8888 3 88 7 22 33 2 77 77 2 7777 2 5555555 333 666 7777777777777 3 88 22 8888 4 6
consensus : NNNNNNACAAGATGTG-TTTGTGAA--A-C-A--CTG-A-------T---GA---TGCC-CCCG-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GGAACTGT-AAGA-CA---T-----TGTA---G----T-TGAA--A-C--T-NTTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-ACCTT
Reference ( family-3167 ) : NNNNNNACAAGATGTG-TTTGTGAA--A-C-A--CTG-A-------T---GA---TGCC-CCCG-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GGAACTGT-AAGA-CA---T-----TGTA---G----T-TGAA--A-C--T-NTTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-ACCTT
gi|1 : TTGTGAAGAA-C-A--CTG---------T----A---TGCCGTCCG-GATGTAGCAA-CAAAA-A-GGAGCGGT-AAAA-CA---T-----TGTA---G----T-TGACCTA-C--T-TTTGCT--AGCA--A-TTCTGAG----AGGT-------G---T-G-AAG------------GT-A--AAGTTTT----CA-TGTAGTTC-
gi|11 : acatagagagttgttgACAAGATGTG-GTTGTGAA--A-C-A--CTA-AAT-----T---AAAATTGCT-CCCG-GAT-TA-CAA-CAATG-T-GGAACTGT-AAAG-CA---T-----TGTA---G----A-TGGA--A-C--T-TTTG-T--ACCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----CT-TTTTGTTT-ACCTTaccatttaatctggggtcaagttcaagtcaccaagtcaaagatcctggtgtacccagtatgaagaagtcactcacagtaatgccacatgcctaaaaatgaaaggggggtgcctttacaagtttagatacatat
gi|12 : AGATGTGGTTTGTAAA--A-C-A--CTG-A-------T---A-------C-CCTA-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GGAACTGCAAAGA-CA---T-----TATA---G----TGTGAA--AGC--TAATTG-TAAAGCA--A-TACTGAG----A-A----------------AT-------------GT-A--AT-TTTT----CA-TTTTGTTCAACCTT
gi|14 : GATGTG-TTTGTAAA--A-C-G--CT----------T----A---TGTC-ACCG-GAA-TA-CAA-TAAAA-T-GTAACTAA-AAAA-CA---T-----TGTA---G----T-TAAA--A-C--T-TTTG-T--AGCA--A-TACTGAA----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-ATTTGTTC-ACCt
gi|15 : -GGAACTGT-AAGA-CA---T-----CGTA---G----T-TGAA--A-C--T-TTGG-T--AGCA--A-TACTAAG----A-AT-------G---T-G-GA-------------GC-A--A--TTTT----CA-TTTTGATC-
gi|16 : GAA--A-C----------------T---GA---TACA-CGTG-GAT-TA-CAG-TAAAT-T-AGAACTGA-AGGA-CAATATACA--TGTA---G----A-TAAA--A-C--T-TCTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-GA-------C---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTC----CA-TTTtttaacctttatctaggtcaatctcaaggtcactaagt
gi|17 : gACAAGATGCG-T-------------A--CT-------------------TGCC-CCCG-GAT-TA-CAA--AAAA-T-AG---TGT-AAGG-TA---T-----TGTA---G----A-TGAA--A-C--T-ATTG-T--AGCA--A-TACTGAA----A-AT-------G---C-G-GT-------------GT-C--A--TTTT----CA-TTTCGTTC-ACCgatgcat
gi|18 : aGT-AAAA-TA---T-----TGTA---G----T-TAAA--G-C--T-ATTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-A-AA-------------GT-A--A--CTTT----CA-TTTTGTTC-ACCT
gi|19 : -------T---GA---TGGC-CCTG-GAT-TA-CAA-AAAAGGT-GGAACTGT-ATGA-CA---T-----TGCA---C----T-TAAA--A-C----CTTG-C--AGCA--A-TATTGAG----A-AT-------G---C-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGATC-gttactcagagttcaaaatcaaagtcacaaga
gi|2 : aatcTG-TTTGTGAA--A-CCA--CT--A-------TCC-AA---TGCC-CACT-GAT-TA-CAAACAAAA-T-GGAGCTGC-AAGG-CA---T-----TGTACATGTAGTT-TGAA--A-C--T-GTTG-T--AACA--ATTACCGAG----A-AT-------G---CAG-GACTGGTATACAGTTGT-A--A--GTTT----CA--TTTGTT--ACCTT
gi|20 : GTGAA--AAC-A--CTG-G-------T---G------CC-TCTG-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-AGAAATGT-AAAA-CA---T-----TGTA---G----T-TAAA--A-CT-T-GGTG-T--AGCA--A-TGCTGAG----A-AT-------G---T-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-ttactaagagatcaaaatcatggtcaattgcgtaccaatggggaaaggtattctcgtaagaaatgcacagtcctgagtgccttatttggtttagctagacaaatact
gi|21 : AA-CAATG-T-GGAACCGT-AAGA-CAA--T-----TGAA---A----T-TGAA--AAC--T-CTT--T--AGCA--A-CACTGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT----A--TTTT----CC-TTTTGTTC-ACCTT
gi|22 : TA-TTGGTGAA--A-C-A--CTG-A-------T---------GCC-CCCG-TAT-TA-TAA-CAAAA-T-GAAACTGT-AAGA-CA---------TATA---G----T-TGAA--A-C--T-ATTT-T--AGCAATA-TACTGAG----A-ttattca
gi|23 : aAAAG-T-GGAACAGT-AAGA-CA---A-----CATA---G----T-TGAA--T-C--T-A-TG-T--GGCA--A-TACCAAG----A-ATACC----G---T-GAAA-------------AC-A--A--TTTT----CA-TTTTGT
gi|24 : aT-AAGA-CA---T-----TGTT---A----T-TGAA--A-C--T-TTTG-T--AGCT--T-TACTCAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------TG-A--G--TTTT----TA-TTTTGTTA-ACTTTgtt
gi|25 : aatcAACTGT-AAGA-CA---T-----TGTA---G----T-TTAA--A-C--T-ATTG-T--AACA--A-T-CTGAGAATCA-AT-------G---T-A-CA-------------GC-A--A--TTTTGTGAAA-TATTGTTC-ttattt
gi|26 : T-TA-CAA-CAAAG-T-GGAACTAA-AATA-TA---T-----TGTA---G----G-TGAA--G-C--T-TT-------GCA--A-TGCTGAG----A-ATGACACTAG---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----tt
gi|27 : ACTGA-AAGA-CA---T-----TGTA---G----T-TCAA--A-C--T-ATTG-------------AC--------A-AT-------G---T-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-ATCTTt
gi|28 : AACTAT-AAGA-CA---T-----TGAA---G----T-AGAA--A-C--T-ATTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------T---T-A-AA-------------GT-G--A--TATT----CA-TGTTGTTC-ACCTTtaaatcaaggtcac
gi|29 : ATTGT-AAGATCG---TGTACGTGTA---G----T-TGGA--A-C--T-TTTA-T--AGCA--A-TACCGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTAGTTC-ct
gi|3 : C-CCCA-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GGAGCTGT-AAGA-CA---T-----TGCA---G----T-TGAA--A-C--G-TTTG-T--AGCA--A-AATTGAG----A-AT-------G---T-G-AA-------------GC-A--A--TTTT----CA-TTTAGTTC-AACTT
gi|30 : -CAA-CAAAA-T-GGAACTGT-AAAA-AA---A-----GGTG---G----T-TGAA--A-G--T-TTTG-T--TGCA--A-CACTGGG----A-AT-------G---T-A-AA-------------GT----A--TTTT----CA-ctgtttagaggtcaatttcaaggccacaaggtcaacaaatatggtcttctctcaagaaatgtcatggtaaatatgaaagcagtgttctatggtttaaactgtaaatacacata
gi|32 : AAAG-T-GGAACTGG-TAGA-CA---T-----TGTA---G----T-AGAA--A-C--T-TTTG-T--
gi|33 : cgagACATGATGTA-TTTGTGAA--A-C-A--CTACA-------C---GA---TGCT-CCTG-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GAAACTtttcagtttattcatcttttattt
gi|34 : aAA-CAAAG-T-GGAACTGT-AAGA-TA---T-----TGTA---G----T-TGAA--A-C--T-ATTG-C--TACA--A-TATTGAG----A-AT-------G---ca
gi|35 : aTG-TTTGTGAA--A-C-A--CTG-A-------T---G-------C-TCCA-GAT-GA-CAA-CTA-G-T-GGAAATGT-AAGA-CA---T-----TGTA---ca
gi|36 : AAATGTG-TTTGTGAA--A-C-A--CCG-A-------T----------CC-CCCAAGAT-TA-CAA-TAAAG-T-GGAACTct
gi|39 : g-T--AGCA--A-TACAAAG----A-AA-------G---T-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-GTTTGTTG-CCCTTcaattt
gi|4 : TGTG-TTTG-AAA--A-C-A--TTG-A-------T---G------CC-TGCA-GGT-TA-CAT-GGAAG-T-GGAACTGT-AAGA-CA---T-----TGTG---G----T-TGAA--A-C--T-GT----------------CTGAA----A-AT-------G---T-G-AA-------------CT-A--A--TTTT----CATTTTTGCTC-ACCTTttatttaga
gi|41 : aaacttgTTG-T--ACCA--A-TACTAAG----A-AT-------G---C-G-AT-------------GT-A--A--TTTT----AA-TTTTGTTC-AGCTtgaatttaggtcacaaggccaccaattatggtgacaatggaacggtcttctcaaaa
gi|42 : TG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-CT-------G---T-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTATTC-
gi|44 : ACATGATGCA-TTTGTGAA--A-C-A--CTG-A-------CCAAGA---TGCT-C
gi|45 : aa---GA---TGCC-CCCG-GAT-TA-CAT-CAAAG-T-GAAAC
gi|5 : caa---T-----TGTA---A----A-TGAA--A-CATT-TTTT-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---C-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-AACTTccatt
gi|6 : tgAGACG-A-TTTGTGAA----C-A--TTG-A-------T-------------CTCGCAAT-TA-CA--CAAAG-TTGGAACTGT-GAGA-AA---T-----TGTA---G----T-TGGA--A-C--T-TTTG-T---GCA--A-TACTAAG----A-AT-------GTGAT-G-AA-------------GT-AATA--TTTT----CA-TTTTATTC-ACttatttagaagtaaaaaattgtaagtcagaaggtcaactacattggcactgatgggaaggtattctcacaagaaatgctaaatattataagcagtgt
gi|7 : ACAAGAGGTC-TTCGCAAA--A-A-AAACC----------T---GA---TGCC-CCCG-AAT-AA-CAA-CAAAG-T-GGAACTGT-AAAA-CA---C-----TGTA---G----T-GGAA--A-C--T-TTTG-T--GGGT--T-TTTT----------T-------T---T------------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-CCCTTgctctttatttaagatcaatttcaacgtcaccagatgtaa
gi|8 : aCTGT-AAAA-CA---T-----TGTA---G----T-TGAA--A-T--T-ATTG-T--AGCC--A-TAGTGAG----A-A--------G---T-A-AA-------------GT-A--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-ACCTTttatttaggtcaatatcaagatca
gi|9 : ATAAGACGCA-TTTGTGAA--A-C-A--CTG-AATTAAAGT---GA---TGGC-TCTG-GAT-TA-CAA-CAAAG-T-GGAACTGT-ACGA-CA---T-----TGTA---C----T-TGAA--A-C--T-ACTG-T--AGCA--A-TACTGAG----A-AT-------G---T-A-AA-------------ATAA--A--TTTT----CA-TTTTGTTC-ACCTTttatttagagttcaaatcaaggtcagaaagtcaacacatttatctggaaccgatggaaaggtctcctcaca
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AATATTTGGTAAATGATGGAAACAGTCTTTCACAATAAATACCAACACCAAAAATATTGAAAAGGTCAACCTCTTTATGGTGTAAAAAACATGGACCAAGGTTAAATTTCTGCCACAGCCATGGACAGACAAAC
Unaligned ( gi|13 ): TGAGGCCATTTCGGGATTTAAATATTTACCGTTTATTTAGAGTCAAATTTCAAAGGTCGCAAGGTCAACACATCTGGTGCCTCTCACAAGAAAAAATATGTAAAAATATGGAAACAG
Unaligned ( gi|31 ): TAGGTAGATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAAATATGAAAGC
Unaligned ( gi|37 ): TGTCAAGNATCTTCATTTTATTCACCAATTATTTGGAGGTCAAAATCAAAGTCATAA
Unaligned ( gi|38 ): CAAATTTAAAAGGGCTACAGTAACCTCTTAATATGGTGTAAAAGATATGACCAAG
Unaligned ( gi|40 ): AAACAATCACTTGATAGCTTAAATTGTCAGAACACAAATGAAGGAATTAA
Unaligned ( gi|43 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGAACT