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consensus : AGGCC--CAC-N-A-GT--CC--GA-A--G-G-T---------T-C----A----TC---T---CCGAA----------GC-----G--------CCCA-C--G--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-T--T-CA-TC-CG--AG---T-CCG-A--A----G--G-C-C-C-A-C--G-A------G--T---C-------G-A-A---G--G-T--T-CACT-C--AG----T-CCG-A-A----G-G--C-------C-CA-CGAG-GT-CC-G--AA---G--T-TCA--AGT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG--TT--GATA-T------TAC-GC--A-A-GA-T--TG-T-A-ACA-----GG----AAAA---------NA----TA-------------------------AA----TA--ATA-TA----CT-A---GT--A--T-CTAGA-T-C---C-A-AAGT---C-A--TT-G---TT----AT-A-AAGGT-C----G-G-T--G-ATT--AT--------C---AA------A---------TA-----TG--AAGG---CC--TTCA--A-G-TACATA
Reference ( gi|4 ) : AGGCC--CAC-T-A-GT--CC--AA-A--G-G-T---------T-C----A----TC---C---CCGAG----------GC-----G--------CCCA-C--A--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-T--T-CA-TC-CA--AGC--T-CCG-A--A----G--G-C-C-C-A-C--G-A------G--T---C-------G-A-A---G--G-T--T-CATT-C--AG----T-CCG-A-A----G-G--C-------C-CA-CGAGGGTACC-G--AA---G--T-TCA--AGT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG--TT--GATA-T-----GTAC-GC--A-A-GA-T--TG-T-A-ACA-----GG----AAAA---------CA----TA-C-----------------------AG----TA--ATT-TT----CT-A---GT--A--T-CTAGA-T-C---C-A-AAGT---A-A--TT-G---TT----AT-C-AAGGT-C----G-G-T--A-ATT--AT--------C---AA------A---------TA-----TA--AAGG---TC--TTCA--A-G-TACATA
gi|10 : AGGTT--CAT-C-A-GT--CC--AA-A----G-T-------------------------------------------------------------CCCA-T--G--A-GTT--T---C--A--A---A-G--G-T--T-CA--C-CA--G----T-CCG-A--A----G--G-C-C-T-A-C--G-A------G--TC--C-------G-A-A---G--G-T--T-CAGT----AG----T-CCG-A-A----
gi|6 : ggtccacgagtccgactgAGGCC--CACGG-A-AT--CC--GA-A--G-T-A---------T-C----A----CA---G---TCGAA----------G----------------CCA-C--G--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-T--T-CA--C-CA--G------TCG-A--A-------G-C-C-C-A-C--G-A------G--TC--C-------G-A-A---G--G-T--T-CAGT----AG----T-CCG-A-A----attgggttgatatacgcaagattgtaacaggaaaaaataataatctagtatctagatccaaagtcattcttataaaggtcggtg
gi|25 : cgaAGGCT--CAC-A-T-GT--CC--GA-A--G-G-T---------T-C----A----TCAG-T---CCGAA----------G------G--------CCCA-C--G--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-T--T-CA-actgggttgatatacaaagattgtaacaggaaaaattatatactagtatctagatccaatgtaattgttctaaagtcggtgattagcaaatatgaaggccttcaagtacaataaaggtcgtaaccaaatgtggtgtgtggggggg
gi|5 : tcactccgaAGACC--CAC-T-A-GT--CG--AA-G--G-T-T---------T-C----A-----------------------------C-----G--------C----C--A--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-CG-C-CA-CC-AA--AGG--C-CGG-A--A----G--G-T-T-C-A-G--T-A------G--T---C-------G-A-AATGG--G-T--T-GATT-T--Agtagttcgtaattgggttgatataccggtacgcaagattgtaacaggacaaaa
gi|11 : cacggtccacgagtccgaaggcccaAGGTC--CAC-G-ATGT--CG--AT-A--G-G-T---------T-C----A----AC---CAGTCCGAA----------GA-----G--------CCCA-CT-A--A-G-T--C---C--G--G---A-G--G-T--ccaagaacacggaagaataatatactaagtatgctagatccaagttcaatgtcatataagatctctgataatcaagggacatgaaggccttcaagatacatgaaagatccgtaaccgtggtggattgttggtggggggg
gi|8 : cggtccacgagtccgaaggttatcagtccgatcgaAGGTC--CAC-G-A-GT--CC--GA-A--G-G-CCCCACGTAGT-C----A----TC---C---C-GAGAA--------G------G--------TCCA-T--A--A---T--C---C--G--A---AAG--G-T--T-CA--C-CG-------T-CCG-A--A----aagcagatcccgacaatggagttgaaatacgcaagattgaacgaaaaattatacagtatatagg
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gi|1 : cgcgtggtccactagtccggaAGGCCCACAC-G-A-GT--CC--GA-A--G-T-T---------T-C----A----GTAAGT---CCGAATTTT------G------G--------CCCA-C--G--A-G-T--C---C--G--A---A-G--T-T--T-CAGT-------AT--T-GCG-AC-G----G--G-CAC-C-A-C--G-A------GTCT---C-------GCA-C---G--G-TG-T-CATG-T--AG----T-CCG-A-aaaattggttgaaatacgcttagattgtaacatgaaaaataatatactagtttctaggttataaaggtgagtaattgtcaaatatgagggccttca
gi|7 : gtccacgagtccgaAGGCC--CAC-T-AAGT--CCG-AA-A--G-G-T---------T-----------TC----------AG----------------------------CA-C-------G-T--C---C--G--A---A-G--GCT--T-CA--C-CA--AG---T-CCG-A--A----A--G-C-TGG-G-C--G-ATAATACG--T---C-------A-A-A---G--G-T--T-gaaattggtcgactatacgcaacgacaacaggacacaagtatcatactagtcgatctctagagtaccacagtcttgatcttattaaaggtcacaggatgattatagcaaaagtggacttttattaggaaaaggcccagtacactgaacagactgtgtgatggtgtgggtgggcgggggctccactacgggtgcagcgtgctaccccatgtttacctgaaaaatgctaagaactgta
gi|43 : tccaccgagttgccgaaggtcatttttagtccgaAGGCA--CAC-T-A-GT--CC--GA-A--G-G-T---------T-C----A----TCAG-T---CCGAA----------A------G--------TTCA-C--G--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-T--T-CA-gtaacatagtacttataaatgataatatacttataattagatgccaaagtcattgttgtaaaggtcggttgattagaccaaaatacatttagtacgaaagccttttccatcatgtacataataa
gi|45 : tcacggtctacgagtccgaAAGTT--CAC-G-A-GT--CC--AA-A-----------------------------------------------------------G--------CCCA-CT-A--A-G-T------C--G--A---A-G--GAT--T-CA-T---G--AG---T-CCG-A--A----A--G-C-C-C-A-C--G-A------G--TC--C-------G-A-A---G--G-gtg
gi|32 : tcgAGGCC--TGC-T-A-GT--CT--AA-T--G-G-T---------T----------------------GAG----------T--------------------------A-G-T--C---T--G--A---A-G------------TC-CC--AGCAGT-CCA-A--A----A--G-C-C-C-A-C--T-A------G--T---------------A---A--G-T--T-CAT--C--AG----T-CCA-A-A----G-G--C-------C-CA-CTAGccacga
gi|49 : tccaaAAGCA--CAC-T-A-GT--CC--GA-A--G-G-T---------TCC----A----TC---tccga
gi|56 : cggtctacgagtccgAAGCC--CAC-C-A-GT--CC--TA-A--G-G-T---------T-C----A----agtcagaaagttacgagtccga
gi|3 : ctgcacacgagttcgaGGTC--CAC-G-A-GT--CC--GA-AT-A-G-T---------T-C----A----CT---CAGTCCGAA----------G------G--------CCCA-C--GGCA-G-T--C---C--GTCG---A-G--G-C----CA-GT-CA--TG---T-CCG-A--A----G--G-C-----A-C--G-----------T---T-------A------------T--T-CAC--C--AG----T-CCG-A-A----G----C-------C-CA-CAAG----TC-G--AA---GGGT-TCC--AAT-AG--T---C---G-A-AA--CTGGG--TTTGAATA-TA----GCGC-GC--A-A-GA-T--TG-T-A---A-----AG----CGAA---------CA-------------------------------AT----TA--ATA-TA----CT-A---GT--A--T--------------------------A--TT-G---TT----CTAG-AAGGT-C----GCG-T--G-ATT--ACTGAGCTAGC---AA------A---------TA-----TG--AAGG---CG--TTCA--A-G-TAcgagttcga
gi|15 : atgGGTC--CAC-T-A-GT--CC--GG-A--A-G------------------------------------------------------G--------CCCA-C--T--A-G-T--C---C--G--A---A-G--GTT--T-CA--C-CA--G----T-CCG-A--A----agtaaaaggtgtaaccacagtgtgtgtgtgtgtgggggggggggggggggggggtccacgtgcaaccaaattttaaaatgaaaaatg
gi|36 : cgcgtGGTC--CAC-GGA-GT--CC--GA-A--G-G-T---------T-C----A----TCAG-T---CCGAA----------G------G---------CCA-C--G--A-G-T--C---C--G------A-G--G-T--T-CA--C-CA--G------TCG-A--A----G--aaattggttgaaatacgcttagattgtaacatgaaaaataatatactagtttctaggttataaaggtgagtaattgtcaaatatgagggccttca
gi|48 : GGCC--CAC-TCA-GT--CC--GA-A--GTG-T---------T-----------------------------------------------------CA-C--T--A-G-T--C---C--G--A---A-A--G-C--C-CA-CC------GCG-T-CCG-A--A----G--T-T-C-C-A-C--G-A------G--T---C-------ttgggtttgaaatcgcaaagatcgtgtaac
gi|59 : tcGGTC--CAC-G-A-GT--CC--AA-A--G-G-T---------T-C----A----TC---
gi|60 : gggtcacGGTC--CAC-G-A-GT--CC--GA-A--G-G-T---------T-C----A----TC---
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gi|23 : ggtgtccGCC--CAC-G-A-GT--CC--GA-A--C---T---------T-C----ACTAGTC---C---GTAAA----------GC----------------CA-C--G--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-T--T----TC-AA--TAT--T-CCG-A--A----T--G-C-C-C-A-C--GGA------G--T---CC------G-A-A---T--G-T--T-CACG-C--A-----T-CCG-A-A----A-G--C-------C-CA-C--GGGT-CC-G--AA---G--T-Tatt
gi|47 : ccGCC--CAC-G-A-GT--CC--GA-A--G-G-T---------T-C----A--------------CGAG----------TCCGAAAG--------CCCA-T--G--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-T--C-CA----CG--AG---T-CCG-A--A----tcacga
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gi|51 : tccGCC--CAC-T-A-GT--CC--GA-A--G-G-T---------T-C----A--------------CGAG----------TCGAAA-G--------CCCA-C--G--A-G-C--C---C--G--A---A-G--G-T--T-CA-cgtgccga
gi|46 : cGCC--CAC-G-A-GTAACC--GA-A--G-G-T---------T-C----A----CTTAGT---CCGAA----------GG-----T--------CTCA-C--G--A-G-T--C---T--G--A---A-A--G-cgag
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gi|21 : tccCC--CAC-T-A-GT--CG--GA-A--G---T---------T-C----A--------------CGAGCGCGATTAAAGT-----G--------CCCA-T--A----G-T--C---------G---A-G--G-T--T-CA----CG--A----T-CCGTA--A----A--G-C-C-C-A-C--T-A------T--C---C-------G-A-A---G----T--T-CAT-----GG----T-CCG-A-A----A-G--C-------C-CA-CGA---TTCCGG--AA---G--T-TCA--CG--AG--T---CC--G-A-
gi|57 : ccgtCC--CAC-T-A-GT--CC--GA-A--G-G-T---------T-----------TC---A---CGGAG----------TCCGAAAG--------CCCA-C--T--A-G-T--C---
gi|44 : cgcC--TAC-C-A-GT--CC--GA-A--G-G-T---------T-C----A----TTAG-T---CCGAA----------G------A--------CCCA-C--T--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-T--T-CA--C-CA--G----T-CCG-A--A----
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gi|29 : tC--CAC-CGA-GT--CC--GAGA--G-G-T---------T-C----A-------------ACGAG----------TC-----GAAAAAGTCCTCA-T--G--A-G-T--C---C--G--A---A-G--A-G--T-C---T-CA--CGA--T-CCG-AGAA----A--G-C-C-C-T-TT-G-A------G--TA--C-------G-A-A---G--G-T--T-CACT-tcacgtgagttgaccgtaactggtttgatagtatacggtaagattgtaataattttgaaaaacgttactatactagtatctga
gi|33 : --CAC-A-A-GC--CC--GA-A--T-G-T---------T-C----G----TT---AGA-CCGAA----------A------G--------CCCA-C--A--A-G-T--C---C--G--A---C-G--G-T--T-CA-gcgtgtaaaccgaaat
gi|41 : gaaggatcactataccgagtctgttagtccaAC-T-A-GT--CC--GA-AGCG-G-TA--------T-C----A--------------CGAG----------TCCGAAAG--------CCCA-CTTA--A-G-TC-C---C--G--A---A-G--G-T--T-CA-T---G--AG---T-CCG-A--A----A--G-C-C-T-A-C--G-A------G--T---ctaactagttcgaaa
gi|26 : T--CC--AG-A--G---T---------T-C----A----TCAG-T---CCGAA----------G------G--------CCCA-C--G--A-GGT--C---C--G--A---A-G--G-T--T-Ctccg
gi|26 : tccgaaggtcacatgtT--CC--GA-A--G-G-T---------CAC----A----TG---T---TCCAG----------A------G--------TTCA-T--C--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-C--C-CA----CG--AGG--T-CCG-A--A----G--G-cagtagtttcgtattgggtgatataaccggtaagcaaagatttgtaacaggacaaaa
gi|45 : -A--A-G-T---------T-C----A--------------CGAG----------TCCAAA-G--------CCCA-CT-A--A-G-T--C------G--A---A-G--GAT--T-CA-T---G--AG---T-CCG-A--A----A--G-C-C-C-A-C--G-A------G--T---C------------------------------------------CG-A-A----G-G----------C-CA-CGAttccagtagtttcgtattgggtgatataaccggtaagcaaagatttgtaacaggacaaaa
gi|25 : tcg---------T-C----A-----C---T---CCGAA----------G------G--------CTCA-C--A--T-G-T--C---C--G--A---A-G--G-T--T-CA-TC-----AG---T-CCG-A--A----G--G-C-C-C-A-C--G-A------G--TC--C-------G-A-A---G--G-T--T-CAGT----AG----T-TCG-
gi|1 : ---CCGAA----------G------G--------CCCA-C--ACGA-G-T--C---C--G--A---A-G--T-T--T-CA--G-TA--AG---T-CCG-A--ATTTTG--G-C-C-C-A-C--G-A------G--TC--C-------G-A-A---G--T-T--T-CAGT----AT----T-GCG-ACG----G-G--CA------C-CA-CGA--GTCTC-G--CACG-G--TGTCA--TGT-AG--T---CCGAG-A-AA--TT-GG--TC--GAC--T-----ATAC-GC--A-ACGA-------C-A-ACA-----GG-------A---------CA----CA-------------------------AG----TA--TCA-TA----CT-A---GTCGATCT-CTAGAGTAC---C-A-CAGT-----C--TT-GATCTT----AT-TAAAGGT-CACAGG-A-T--G-ATT--ATAG------C---AA------A---------taattgggttgatataccggtacgcaagattgtaacaggacaaaa
gi|43 : gtccacgagt---CCGAA----------G------G--------CACA-C--T--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-T--T-CA-TC-----AG---T-CCG-A--A----A--G-T-T-C-A-C--G-A------G--TC--C-------G-A-A---G--G-T--T-CAagtggacttttattaggaaaaggcccagtacactgaacagactgtgtgatggtgtgggtgggcgggggctccactacgggtgcagcgtgctaccccatgtttacctgaaaaatgctaagaactgta
gi|55 : tcacggtctacgagt---CCGAA----------A------G--------CCCA-C--G--A-G-T--T---C--G--A---A-G--G-T--T-CA----CT--AG---T-CCG-A--gtg
gi|49 : ccacccaccagt---CCGAA----------GC-----A--------C--A-C--T--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-T--TCCA-TC-----AG---T-CAG-A--A----A--G---T-T-A-C--G-A------G--T---C-------
gi|6 : cggtctacgagtCGAA----------G------G--------CCCA-C--GG-A-A-T--C---C--G--A---A-G---------TA-TC-AC--AGT-----CG-A--A----G------C-C-A-C--G-A------G--T---CC------G-A-A---G--G-T--T-CAC--C--AG----T-C-G-A-A----G----C-------C-CA-CGAG--T-CC-G--AA---GG-T-TCA---GT-AG--T---CC--G-A-AA--CTGGG--TT--GATA-T-----ACA------A-A-GA-T--TG-T-A-ACA-----GG----AAAA---------AT----TA-T-----------------------A-----TA------------CT-A---GT--A--T-CTAGA-T-C---C-A-ATGT---A-A--TT-G---TT----CT---AAAGT-C----G-G-T--G-ATT--AG--------C---AA------A---------TA-----TG--AAGG---CC--TTCA--A-G-TACAcga
gi|30 : C-----G--------CCCA-C--A--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-T--T-CA--A-TA--A----T-CCG-A--A----A--G-C-C-C-A-C--C-A------GC-C---C-------G-A-A---A--G-T--T-C-TT-G--AG----T-CCG-A-A----A-G--C-------C-CG-CCA--AT-CC-G--AAG--G--T-TCA--CG--AG--T---CC--G-A-AA--TTataaaggtcgtaaccaaatgtggtgtgtggggggg
gi|47 : ggtgtcC-----G--------CCCA-C--G--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-T--T-CA----CG--AG---T-CCG-A--A----A--G-C-C-C-A-T--G-A------G--TC--C-------G-A-A---G--G-T--C-CA---CG-AG----T-CCG-A-A----
gi|37 : cC-----G--------CCCA-C--G--A---T--C---C--G--A---A-G--G-T--T-CA-----G--AGA--T-CCG-A--A----G------C-C-ATC--G-A------G--T---C-------G-A-A---G--G-T--T-CA---G--AGA---T-GCG-A-A----A-G--C-------C-CA--GAGAGT--C-G--AAG--G--T-TCA--CGT-G-------CC--G-A-a
gi|51 : tcC-----G--------CCCA-C--T--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-T--T-CA----CG--AG-----TCG-A--A----A--G-C-C-C-A-C--G-A------GC-C---C-------G-A-A---G--G-T--T-CA
gi|46 : C-----G--------CCCA-C--G--A-G-TAAC---C--G--A---A-G--G-T--T-CA--C-TT--AG---T-CCG-A--A----G--GTC-T-C-A-C--G-A------G--T---CT------G-A-A---A--G-cgag
gi|54 : tcC-----G--------TCCA-C--T--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-T--T-CA----CG--AG---T-CCG-A--A----A--G-C-C-C-A-C--T-A------G--T---C-------accccatatcgagt
gi|10 : tc-----G--------TCCA-C--G--A-G-T--C---C--G--ACTGA-G--G-T--T-CA-TC-----AG---T-CCA-A--A----G--T-C-C-C-A-T--G-A------G--TTT-C-------A-A-A---G--G-T--T-CAC--C--AG----T-CCG-A-A----G-G--C-------C-TA-CGAG--T-CC-G--AA---GG-T-TCA---GT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG--TT--GATA-T-------AC-GC--A-A-GA-T--TG-T-A-ACA-----GG----AAAA---------AA----TA--------------------------A----TA--AT--------CT-A---GT--A--T-CTAGA-T-C---C-A-AAGT---C-A--TT-C---TT----AT-A-AAGGT-C----G-G-T--cga
gi|5 : g-----G--------TCCA-C--G--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-----------------------CCC-A--A----G--A-C-C-C-A-C--T-A------G--T---C-------G-A-A---G--GTT--T-CACG-CCAAG----T-CCG-A-A----G-G--CG------C-CACCAAAGG--CC-GGAAG---G--T-TC---AGT-AG--T----C--G-A-AA---TGGG--TT--GAT--T------TAC--C--A-A-G----------A-ACAC----GG----AAG-------------------------------------------AA----TA--ATA-TA----CTAA---GT--A--TGCTAGA-T-C---C-A-AGTT---C-A--AT-G---TC----ATAT-AAGAT-C----T-C-T--G-ATA--AT--------C---AAGGG---A---------CA-----TG--AAGG---CC--TTCA--A-GATACATg
gi|11 : cacg-----G--------TCCA-C--G--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-TTAT-CAGTC-CG--A------TCG-A--A----G--G-T-C-C-A-C--G-AT-----G--T---C-------G-ATA---G--G-T--T-CAAC-C--AG----T-CCG-A-A----GAG--C-------C-CA-CTA-AGT-CC-G--GA---G--G-T-A--AGC-AGATC---CC--G-ACAA--TGGAG--TT--GAAA--------TAC-GC--A-A-GA-T--TG---A-ACG-----AA----AAAT---------TA----TA-C-----------------------AG----TA--gaaagatccgtaaccgtggtggattgttggtggggggg
gi|22 : cg-----G--------TCCA-C--G--A-G-T--C---C--G--A---A-G--T-T--T-TA-TC-----AG---T-CCG-A--A----G--G-C-C-C-A-tatagg
gi|43 : cacg-----G--------TCTA-C--G--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G------CA-CA-CT--AG---T-CCG-A--A----G--G-T-T-C-A-T--C-A------G--TC--C-------G-A-A---A--G-T--T-CA---CG-AG----T-CCG-A-A----G-G--T-------T-CA-accaataatcgaatgaaataccgcaagattgtaacatgaaaaaataatatactagtatctaggttataaaggttggtaattatca
gi|52 : tcacg-----G--------TCCA-C--G--A-T-T--C---C--G--A---A-G--G-T--T-CA-TC-----AG---T-CCG-A--A----gtg
gi|53 : cg-----G--------TCCA-A--G--A-A-T--C---C--G--A---A-G--G-T--T-CA-GT-----AG---T-ACG-A--A----A--G-C-C-C-A-C--G-A------G--TC--C-------G-A-A---G--G-T--T-attgggttaaaatacgcaag
gi|59 : g-----G--------TCCA-C--G--A-G-T--C---C--A--A---A-G--G-T--T-CA-TC-
gi|60 : gggtcacg-----G--------TCCA-C--G--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-T--T-CA-TC-
gi|49 : tggttacg-----G--------TCTA-C--G--A-G-T--C---C--G--A---A-G---------CA-CA-CT--AG---T-CCG-A--A----G--GTT-C-C-A-T--C-A------G--T---CA------G-A-A---A--G-T--TACG------AG----T-CCG-A-
gi|56 : cg-----G--------CACA-C--G--A-G-T--T---C--G--A---A-A--G-C--C-CA-CC-----AG---T-CCT-A--A----G--G-T-T-C-A-C--G-A------GT-T---C-------G-A-
gi|2 : ct-----G--------TCCA-C--G--ATG-T--CAACC--G--A---A-G--A-TAAT-CA-TC-----AG---T-CCA-A--T----GTAG-T-T-C-A-CT-G-T------T--T---C-------G-A-G---G--C-C--T-CAA--C--AG------CCG-A-C----A-G--CAGATGCACGCA-CGGAGTTACC-G--GACGGG--T-T-G--AGT-AG--TT--CC--A-A-AA--CTGG---TC--AATA------------AC--A-A-G--------------------GA----AAAA---------AA----TA-A-----------------------TA----TA--ATT-TTG---CT-A---G---A--T-CTTGA-T-CTCGC-ATACCT---G-ATCTT-GA--TT----ATAC-TAGTT-CTCA-G-G-T--GCATT--AG--------CACTAA------A---------TA-----TG--AAGG---CCA-TTCA--
gi|57 : tcacg--------CCCA-C--T--A-G-T--C---C--G--A---A-G--GTT--T-CA--C-GG--AG---T-CCG-A--A----A--G-C-C-C-A-C--T-A------G--T---C-------gattaattaaaaggccgtaaccaaaatgcggtgtcgggggggcatatctttgagaaatgtgtggggtatttacgggtgcacagtgcacgcccaatttaaagatgaaaaatactta
gi|44 : cgcCTA-C--C--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-T--T-CA-TT-----AG---T-CCG-A--A----G--A-C-C-C-A-C--T-A------G--T---CC------G-A-A---G--G-T--T-CAC--C--AG----T-CCG-A-A----
gi|7 : CCA-CC-G--A-G-TTGC---C--G--A---A-G--G-T----CA-TT-TTT-AG---T-CCG-A--A----G--G-C-C-C-A-CT-A-A------G--T---CCG-----A-A-A---G--G-T--T----T-C--AGCACGT-CCG-A-A----G-G--C-------TTCA-C------------------------CA--AGT---------CC--G-A-AAG-CTGGG--C---GATA-------ATAC-GTCAA-A-GG-T--TG-T-A-ACA-----T-----AGTA---------CT----TA-T-----------------------AAATGATA--ATA-TA----CT-T---AT--A--A-TTAGA-TGC---C-A-AAGT---C-A--TT-G---TT----GT-A-AAGGT-C----G-GTT--G-ATTAGAC--------C---AA------A----------A-----TA--attgggttgatatact
gi|19 : tCCA-C--G--A-G-T--C---CTCG--A---A-G--G-T--T-CA--C-CA--G----T-CCGAA--A----G--G-C-C-C-A-catttagtacgaaagccttttccatcatgtacataataa
gi|38 : tCCG-C--A--G-T-T--C---C--G--GCC-A-GT-G-T--T-CG-TA-CG--AGG--TGCCG-A--A----A--G-C-C-CCA-C--G-A------G--T---CCC-----G-A-A---G--G-T--T-CATC-G--TA----T-CCG-A-AGAATG-G--C-------C-CA-CT-GAGTACC-G--tcgcgtccgcaggtttcacgtgagttgaccgtaactggtttgatagtatacggtaagattgtaataattttgaaaaacgttactatactagtatctga
gi|8 : CA-C--G--A-G-T--C---C--G--A---A-G--G-T--C-CA----CG--AG---T-CCG-A--A----G--G-C-C-CCA-C--GTA------G--T---CATCCCGAG-A-A---G--G-T--C-CAT-----AA----T-CCG-A-A----A-G----------------------------------G--T-TCA----C-CG--T---CC--G-A-A---TTGAG--TTT-GAAA-------ATAC-GCG-A-A-GA-T--TG-C-A-AC-------G----ATAG----------A----TA-------------------------AA----TA--TTTATC----CT-A---GT--A--T-CTAGG-T-TA--T-A-AAGTTGTACA--TT-C---CT----AT-C----GTAC----G-G------AT---AT--------C---AA------T---------TA-----TG--AAGG---CC--TTCA--A-G-TACAT
gi|40 : CA-C--G--A-G----C---C--G--A---A-G--G-T--T--A----CT--AG---T-CAG-A--A----A--G-C-T-C---C--G-A------G--T---CC------G-A-A---G--G-T--T-CACTGC--AG----T-caaggccaaacaaatatgtgggtgtggtgggggggg
gi|41 : tA-C--T--A-G-T--C---C--G--A---A-GCGG-T-----A-TCACG--AG---T-CCG-A--A----A--G-C-C-C-A-CTTA-A------G--T---CCC-----G-A-A---G--G-T--T-CATG----AG----T-CCG-A-A----A-G--C-------C-TA-CGAGggcgtaactaacatatagaagttgcaa
gi|45 : ---C--G--A---A-G----T--T-CA----CG--AG---T-CCA-A--A----G----C-C-C-A-CT-A-A------G--T---C-------G-A-A---G--GAT--T-CATG----AG----T-CCG-A-A----A-G--C-------C-CA-CGAGttccg
gi|54 : t-T--C-CG-TC-CACTAG---T-CCG-A--A----G--G-T-T-C-A-C--G-A------G--TC--C-------G-A-A---A--G-C--C-CACT----AG----T-CCG-A-tccgaaggccacga
gi|55 : -CA-CC-CACCAG---T-CCG-A--A----A--G-C-C-C-A-C--G-A------GT-T---C-------G-A-A---G--G-T--T-CACT----AG----T-CCG-A-
gi|15 : c-TC-CACTAGT--C-CGG-A--A----G--G-C-C-C-A-C--T-A------G--TC--C-------G-A-A---G--GTT--T-CA-C-C--AG----T-CCG-A-A----
gi|53 : cgcgtgg-TC-CA--AGAA-T-CCG-A--A----G--G-T-T-C-A-G--T-A------G--TA--C-------G-A-A---A--G-C--C-CA---CG-AG----T-CCG-A-A----G-G--aaattggttgaaatacgcttagattgtaacatgaaaaataatatactagtttctaggttataaaggtgagtaattgtcaaatatgagggccttca
gi|29 : ggC-CG--AG---T-CCG-AG-A----G--G-T-T-C-AAC--G-A------G--T---C-------G-A-A---AAAG-TCCT-CATG----AG----T-CCG-A-A----G-AGTC-------T-CA-CGAtt
gi|25 : ccaC--T-CCG-A--A----G--G-C-T-C-A-C--A-T------G--T---CC------G-A-A---G--G-T--T-CAT--C--AG----T-CCG-A-A----G-G--C-------C-CA-CGA--GT-CC-G--AAG--G--T-TC---AGT-AG--T---TC--G-T-AA--TTGGG--TT--GATA-TACCG-GTAC-GC--A-A-GA-T--TG-T-A-ACA-----GG----ACAA---------tccgagaaagccctttgagtacgaaggttcactgcgtgtaaaccgaaat
gi|26 : tca--T-CCG-A--A----G--G-T-CAC-A-T--G--------T--T---C-------C-A-G---A--G-T--T-CAT--C--AG----T-CCG-A-A----G-G--C-------C-CA-CGA-GGT-CC-G--AAG--G--T-TCC--AGT-AG--T---TT--C-G-TA--TTGGG---T--GATA-TAACCGGTAA-GCA-A-A-GATT--TG-T-A-ACA-----GG----ACAA---------aa
gi|43 : --T-CCG-A--A----G--G-C-A-C-A-C--T-A------G--T---CC------G-A-A---G--G-T--T-CAT--C--AG----T-CCG-A-A----A-G--T-------T-CA-CGA--GT-CC-G--AAG--G--T-TCA--aa
gi|51 : tcacggtctacgag--T-CCG-A--A----G--G-T-T-C-A-C--G-A------G--T---C-------G-A-A---A--G-C--C-CA---CG-AG----C-CCG-A-A----G-G--T-------T-CA-CGAGgtg
gi|49 : cgcccactag--T-CCG-A--A----G----C-A-C-A-C--T-A------G--T---CC------G-A-A---G--G-T--T-CCAT-C--AG----T-CAG-A-A----A-G----------T-TA-CGAG
gi|16 : cggtctacgag-CCG-A--A----G--G-C-C-C-A-C--T-A---------T---C-------G-A-A---G--G-T--T-CAtccga
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gi|36 : cac----G--G-T-C-C-A-C--GGA------G--T---CC------G-A-A---G--G-T--T-CAT--C--AG----T-CCG-A-A----G-G----------C-CA-CGA--GT-CC-G--AG---G--T-TCACCAGT----------C--G-A-AG--TTGGGT-TT--GAAA-T--------C-GCA-A-A-GA-TCGTG-T-A-AC
gi|52 : ----G--G-T-C-C-A-C--G-A------T--T---CC------G-A-A---G--G-T--T-CAT--C--AG----T-CCG-A-A----
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gi|48 : ----G--G-C-C-C-A-C--TCA------G--T---CC------G-A-A---GT-G-T--T-CACT----AG----T-CCG-A-A----A-G--C-------C-CA-CC-GCGT-CC-G--AA---G--T-TCC--ACG-AG--T---Cgtt
gi|60 : tc----G--G-T-C-C-A-C--G-A------G--T---CC------G-A-A---G--G-T--T-CAT
gi|13 : tggttac--G-T-C-C-A-T--C-A------G--T---CC------G-A-A---G--G-T--T-CAGT----AG----T-CCG-A-A----c
gi|47 : --G-C-C-C-A-C--G-A------G--TC--C-------G-A-A---G--G-T--T-CA---CG-AG----T-CCG-A-A----A-G--C-------C-CA-TGA--GT-CC-G--AA---G--G-TCC--ACG-AG--T---CC--G-A-AA--attgggttgatataccggtacgcaagtttgtaacaggaaaaaatatactagtatctagatccaaagtcattgttataaagattggtaattatcaaatataaaggtctccaagtacatacaacg
gi|46 : cc--G-C-C-C-A-C--G-A------G--TAACC-------G-A-A---G--G-T--T-CACT-T--AG----T-CCG-A-A----G-GT-C-------T-CA-CGAG
gi|56 : tcc--G-C-A-C-A-C--G-A------GT-T---C-------G-A-A---A--G-C--C-CA-C-C--AG----T-CCT-A-A----G-G--T-------T-CA-CGAGtctgaaagaccccatatcgagt
gi|57 : ct-C-C-C-A-C--T-A------G--T---CC------G-A-A---G--G-T--TTCACG-G--AG----T-CCG-A-A----A-G--C-------C-CA-CTAGttcga
gi|44 : cgc-C-T-A-C--C-A------G--T---CC------G-A-A---G--G-T--T-CATT----AG----T-CCG-A-A----G-A--C-------C-CA-CTAG--T-CC-G--AA---GG-T-TCA--C-C-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG--TT--GATA-T-----tc
gi|19 : -C-C-A-C--G-A------G--T---CCTC----G-A-A---G--G-T--T-CA-C-C--AG----T-CCGAA-A----G-G--C-------C-CATC--GCGT-CC-G--CA---GGTT-TCA--CGTGAG--TTGACC--G-T-AA--CTGGT--TT--GATAGT-----ATACGGT--A-A-GA-T--TG-T-A-ATAATTTTGA----AAAA---------CG----T--------------------------------TA--CTA-TA----CT-A---GT--A--T-CTact
gi|40 : t-C-A-C--G-A------G--C---C-------G-A-A---G--G-T--T--ACT----AG----T-CAG-A-A----A-G--C-------T-C--CGA--GT-CC-G--AAG--G--T-TCA--ga
gi|41 : t-A-C--T-A------G--T---CC------G-A-A---GCGG-TA-T-CA---CG-AG----T-CCG-A-A----A-G--C-------C-CA-CTTAAGTCCC-G--AA---GG-T-TCA--TG--AG--T---CC--G-A-AA--ctgcagtggcgtaactaacatatagaagttgcaa
gi|45 : --T---C-------G-A-A---G----T--T-CA---CG-AG----T-CCA-A-A----G----C-------C-CA-CTAAG---TC-G--AA---GGAT-TCA--TG--AG--T---CC--G-A-AA--gcctacgagttccg
gi|15 : ---G--G-T--C-CACT----AG----T-CCGGA-A----G-G--C-------C-CA-CTAG--T-CC-G--AA---GGTT-TCA--C-C-AG--T---CC--G-A-AAAATTGG---TT--GAAA-T-------AC-GC--TTA-GA-T--TG-T-A-ACA-----TG----AAA-------------------------------------------AA----TA--ATA-TA----CT-A---GT--T--T-CTAG---------------------------G---TT----AT-A-AAGGT-G----A-G-T--A-ATT--GT--------C---AA------A---------TA-----TG--AGGG---CC--TTCA--gcccacgagtccgaaggccacga
gi|54 : cgcgt--G-T--C-CACT----AG----T-CCG-A-A----G-G--T-------T-CA-CGA--GT-CC-G--AA---A--G-CCC--ACT-AG--T---CC--G-A-
gi|55 : tcc-C--AG----T-CCG-A-A----A-G--C-------C-CA-CGA--GT-TC-G--AAG--G--T-TC---ACT-AG--T---CC--G-A-
gi|16 : ccacccac-CCG-A-A----G-G--C-------C-CA-C-----TATC-G--AA---GG-T-TCACCAA--AG--T---CC--G-A-AA--TTGGGTTTT--GAAA--------TAC-GC--A-A-GA-TAATG-CAA-ACA-----TG----AAAA---------TA----TA-T-----------------------TA----TA------------CC-A---GT--A--T-CTAG---------------------------G---TT----AT-A-AAAGT-T----G-G-T--A-ATT--AT--------C---AA------A---------TA-----TG--AAGG---CC--TTCGC-A-G-TA
gi|52 : ac----G-G--T-------C-CA-CGA---TTCC-G--AA---GG-T-TCA----TCAG--T---CC--G-A-AA--TTGGG--TT--AAAA--------TAC-GC--A-A-Gaca
gi|46 : c-G--C-------C-CA-CGAGTA-ACC-G--AAG--G--T-TCA--CTT-AG--T---CC--G-A-A
gi|13 : tccCC-G--AA---GG-T-TCA---GT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG--TT--GATA-TACCG-GTAC-GC--A-A-GT-T--TG-T-A-ACA-----GG----AAAA---------AA----TA-T-----------------------A-------------------CT-A---GT--A--T-CTAGA-T-C---C-A-AAGT---C-A--TT-G---TT----AT-A-AAGAT-T----G-G-T--A-ATT--AT--------C---AA------A---------TA-----TA--AAGG---TC--TCCA--A-G-TACATAggtctcacgagtctgaaagaccccatatcgagt
gi|9 : gtccatcagtCC-G--AA---A--G-TCA---GT-AA--TG--CC--GGA-AA--TTGG---TT--GA-A-TC----ATAC-GC--A-A-GA-T--TGGT-A-ACG-----GG----AAAAAACTAATAATA----CA-C-----------------------AA----CG--ATT-GTGTAACT-ACGAGT--A--T-CTAGA-C-C---C-A-AAGT---C-A--TT-G---TT----AT-A-AAGGT-C----GAG-TTGC-ATT--AT--------T---CA------ATAC------TA-----TG--AAGC---T---TTCATCA-G-TACATAcaacg
gi|18 : ggaagttcaccaagtT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGTG--T---GATA-T------TACCGC--A---GA-T--GC-T-A-ACA-----GG----AAAA---------CA----TA-A-----------------------TA----TACTATC-TT----TT-----GT--A--T-CTTGA-T-C---C-A-AAGT---C-A--TT-GTT-TT----AT---AAGGT-T----G-A-T--G-ATT--AT--------C---AA------A---------TA-----T---GAGGTTTTT--TTCA--A-G-TACATaaacaaggccgaaccaaagtagggggatccatggg
gi|12 : atTGGG--TC--GATA-T-------AC-GC--A-A-GA-T--TG-T-A-ACA-----GG----AAAA------------------------------------------AA----TA--ATA-TG----CT-A---GT--A--T-CTAGA-T-C---C-A-AAGT---C-A--TT-G---TT----GT-A-AAGGT-C----G-G-T--G-ATT--AG--------C---AAAAATTTA---------TA-----TG--AAGG---CC--TTCA--A-T-TACATAtcaa
gi|28 : cTGGG--TC--GATA-C-------AC-GC--A-A-GA-T--TA-T-A-ACA-----GG----AAAA---------AA----TAAC-----------------------A-----TA------------CT-A---GT--A--T-CTAGA-T-C---C-A-AAGT---C-A--TT-G---TTGTTAAT-T-AAGGT-T----G-G-T--G-ATT--AG--------C---AA------A---------AA-----TA--AAaaaggccgtaatcaaagtgtgtgtgtgggggggg
gi|14 : TGGG--TC--GATA-T-------AC-GC--A-A-GA-T--TG-T-A--CA-----GG----AAAA------------------------------------------AA----TA--ATA-TA----CT-A---GT--A--T-CTATA-T-C---C---AAGT---C-A--TT-G---TT----G--A-AAGGT-C----G-G-T--G-ATT--AG--------C---AAAAATTTA---------TA-----TG--AAGG---CC--TTCA--ATT-TACATAatgtatatgaa
gi|24 : cTGGG--TT--GATA-T-------AC-G----------------T-A-ACA-----GGGAAAAAAA---------TA----TA-C-----------------------AT----TA------------CT-A---GC--A--T-CTAGA-T-C---CAA-AAGT---C-A--TTGG---TTTA--AA-A-AAAGTAC----G-G-T--G-ATT--A---------C---AA------ATAAACCCCGTA-----TG--AAG-----C--TTCC--A-G-TACATAaaaggccgtaatcaaaagtgtgtgttaatggggggg
gi|34 : G--TT--GAAA-T-------AC-GC--A-A-GA-T--TG-T-A-GCA-----CG----AAAA---------AA----TA--------------------------G----TA------TA----CT-A---GT--A--T-C---------------AAG------------G---TT----AT-A-AAGGT-G----G-G-T--G-ATT--AT--------C---AA------A---------TA-----TG--AAGG---TC--TTCA--A-G-TACAca
gi|39 : -GC--A-A-GA-T--TG-C-ACACA-----TG----AAAA---------AA----TA-T-----------------------TA----TA------------CT-A---GT--A--T-CTAGG-T----------------------------TT----ATAC-AAG-T-T----G-G-T--A-ATT--AT--------C---AA------AA--------TA-----TG--AAGG---CC--TTCA--A-G-TACAT
gi|17 : C--A-A-GA-T--TG-T-A-ACA-----GG----AAAA---------TAAATATA-CTAGTATCTAGATCCAAATGNAAAAA----TA--ATG-TA----CT-A---GT--A--T-CTAGA-T-C---C-A-AAGG---C-A--TT-G---TT----GA-A-AATGT-C----G-G-T--G-ATT--AT--------C---TA------C---------TACCCGGTAGGAAGG---CC--TTCA--A-G-TACATA
gi|35 : a--TG-T-A-ACA-----GG----AAAA---------CA----TA-----------------------------------ATA-TA----CT-A---GT--A--T-CTTGA-T-C---C-A-AAGT---C-A--TT-G---TT----AT-A-AAGGT-T----G-A-T--G-ATT--AT--------C---AA------A---------TA-----TG--AAGG---TT--TTCA--A-G-TACA
gi|27 : ata-ACA-----GG----AAAA------------------------------------------AA----GA--ATA-TA----CT-A---GT--A--T-CTAGA-T-C---C-A-AAGT---C-A--TT-A---TT----TT-A-AAGGC-C----G-G-T--G-ATT--A
gi|50 : ----CT-A---GT--A--T-CTAGG-T----------------------------TT----AT---AAAGT-T----G-G-T--A-ATT--AT--------G---AA------A---------TA-----TG--AACG---CCTTTTCA--A-A-TACgacagaggacatgaaaaaaggccgtaccgaaaggggtggggtgggggggg
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-3164 ) : AGGCCCACN-AGT--CCGA-A-GGTTC--A-TC---T---CCG------AA---GCGCCCA-C-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---TC--A-T----C-CG-AG-T-CC--G-AA----G--GCC-C-A-C--G-A-G-T---C---GA-AGG-TTCACT---C--A-GTCC---G-A-A----G-G-C-CCAC--G-AGG-T-CC-GA-A--G--T--TC---A--AGT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TAT------TAC---GC--A-A-GA-T--TG-----TA-A-CA-----GGAA----AANATA------------------------AAT---A-AT-A-----------------TA------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATA
gi|1 : GTCCACG-AGT--CCGA-A-GGCCC--A-----------------------------CA-C-G--A-GT--C---CG--A---AG--T--T---TC--A-G----T--A-AG-T-CC--G-AATTTTG--GCC-C-A-C--G-A-G-T---CC--GA-AGT-TTCAGT------A-TTGC---G-ACG----G-G-CACCAC--G-AGT-C-TC-GC-ACGG--TG-TC---A--TGT-AG--T---CCGAG-A-AA--TT-GG-TC--GACTA-------TAC---GC--A-ACGA-----------CA-A-CA-----GG-------ACACA------------------------AGT---A-TC-A-----------------TA------CT-A------GTCGATCT-CTAGAGTAC---C-ACA----GT----C-TT-GATCTT----ATTA-A-AGGT-CACAGG-A--TG-ATT--ATAG------C---AA-------A----------
gi|10 : GTCCA-C-G--A-GT--C---CG--ACTGAG--G--T---TC--A-T----C----AG-T-CC--A-AA----G--TCC-C-A-T--G-A-G-TTT-C---AA-AGG-TTCAC----C--A-GTCC---G-A-A----G-G-C-CTAC--G-AG--T-CC-GA-A--GG-T--TC---A---GT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TAT-------AC---GC--A-A-GA-T--TG-----TA-A-CA-----GGAA----AAAATA------------------------A-T---A-AT---------------------------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-C---TT----A-TA-A-AGGT-C----G-G--TG-agtggacttttattaggaaaaggcccagtacactgaacagactgtgtgatggtgtgggtgggcgggggctccactacgggtgcagcgtgctaccccatgtttacctgaaaaatgctaagaactgta
gi|11 : gGTCCA-C-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--TTA-TC--AGT----C-CG-A----TC--G-AA----G--GTC-C-A-C--G-ATG-T---C---GATAGG-TTCAAC---C--A-GTCC---G-A-A----GAG-C-CCAC--T-AAG-T-CC-GG-A--G--G--T----A--AGC-AGATC---CC--G-ACAA--TGGAG-TT--GA--AA------TAC---GC--A-A-GA-T--TG------A-A-C-------GAA----AAATTA------------------------TAC---A-GT-A-----------------TA-------T-A------G
gi|12 : cgTGGG-TC--GA-TAT-------AC---GC--A-A-GA-T--TG-----TA-A-CA-----GGAA----AA----------------------------AAT---A-AT-A-----------------TG------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----G-TA-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AG--------C---AAAAATTT-A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-T-TACATAg
gi|13 : cGTCCA-T-C--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---TC--A---------GTAG-T-CC--G-AA----aaaggccgtaatcaaagtgtgtgtgtgggggggg
gi|13 : G-T-CC-GA-A--GG-T--TC---A---GT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TATACCGG-TAC---GC--A-A-GT-T--TG-----TA-A-CA-----GGAA----AA----------------------------------A-AT-A-----------------TA------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGAT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-AAAGG---TC--T------CCA--A-G-TACATAattgggttgatataccggtacgcaagtttgtaacaggaaaaaatatactagtatctagatccaaagtcattgttataaagattggtaattatcaaatataaaggtctccaagtacatacaacg
gi|14 : gtccatcaTGGG-TC--GA-TAT-------AC---GC--A-A-GA-T--TG-----TA---CA-----GGAA----AA----------------------------AAT---A-AT-A-----------------TA------CT-A------GT--A--T-CTATA-T-C---C--AA----GT----CATT-G---TT----G--A-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AG--------C---AAAAATTT-A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--ATT-TACATAcaacg
gi|15 : cGG-TCCACT------A-GTCC---GGA-A----G-G-C-CCAC--T-AG--T-CC-GA-A--GGTT--TC---A--C-C-AG--T---CC--G-A-AAAATTGG--TT--GA-AAT-------AC---GC--TTA-GA-T--TG-----TA-A-CA-----TGAA----AA-----------------------------AT---A-AT-A-----------------TA------CT-A------GT--T--T-CTAG----------------------------G---TT----A-TA-A-AGGT-G----A-G--TA-ATT--GT--------C---AA-------A----------TAT-GAGGG---CC--T------TCA--aaaggccgtaatcaaaagtgtgtgttaatggggggg
gi|16 : cgcgtCC---G-A-A----G-G-C-CCAC--T-A-----TC-GA-A--GG-T--TC---ACCAA--AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TTTTGA-AAT-------AC---GC--A-A-GA-TAATG-----CA-AACA-----TGAA----AATATA--------------------------T------T-A-----------------TA------CC-A------GT--A--T-CTAG----------------------------G---TT----A-TA-A-AAGT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCGC-A-G-TA
gi|17 : acC--A-A-GA-T--TG-----TA-A-CA-----GGAAAATAAATATACTAGTATCTAGATCCAAATGNAAAAAT---A-AT-G-----------------TA------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GG----CATT-G---TT----G-AA-A-ATGT-C----G-G--TG-ATT--AT--------C---TACTACCCGG----------TAG-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATAaca
gi|18 : aT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGTG-T---GA-TAT------TACC--GC--A---GA-T--GC-----TA-A-CA-----GGAA----AACATA------------------------A--------T-A-----------------TA------CT-ATCTTTTGT--A--T-CTTGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----T-TATA-AGGT-T----G-A--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-G-AGGTTTTT--T------TCA--A-G-TACAT
gi|19 : atC-C-A-C--G-A-G-T---CCTCGA-AGG-TTCAC----C--A-GTCC---GAA-A----G-G-C-CCAT--C-GCG-T-CC-GC-A--GGTT--TC---A--CGTGAG--TTGACC--G-T-AA--CTGGT-TT--GA-TAG------TATACGGT--A-A-GA-T--TG-----TA-A-TAATTTTGAAA----AACGT---------------------------T---A-CT-A-----------------TA------CT-A------GT--A--T-CTtcaa
gi|2 : tGTCCA-C-G--ATGT--CAACCG--A---AG--A--TAA-TC--A-T----C----AG-T-CC--A-AT----GTAGTT-C-A-CT-G-T-T-T---C---GA-GGC-CTCAA----C--A-G-CC---G-A-C----A-G-C-AGAT--GCACG-C-AC-GG-A--G--T--T-----------A-------CC--G-G-A----CGGG-TT--GAGTAG------TTC----C--A-A-AA-C--TGGTCAATA-A-CAA----GGAA----AA---A------------------------AAT---A-AT-A-----------------TAATTTTGCT-A------G---A--T-CTTGA-T-CTCGC-ATACCTGAT----C-TT-GA--TT----A-TA-CTAGTT-CTCA-G-G--TGCATT--AG--------CACTAA-------A----------TAT-GAAGG---CCA-T------TCA--ga
gi|20 : tcacgGCCCACG-AGT--ACGA-A-GGTTC--A-TTAGTT---CCG------AA---GC--CCA-C-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---TC--A--------CT-AG-T-TC--G-AA----A--GCC---A-C----A-G-T---CC--GA-AGG-TTCAGC---G--A-GTCCC--G-A-A----A-G-C-CCAC--G-A-G-T-CC-GA-AG-G--T--TC---A--ACG-AG--T---CC--gattaattaaaaggccgtaaccaaaatgcggtgtcgggggggcatatctttgagaaatgtgtggggtatttacgggtgcacagtgcacgcccaatttaaagatgaaaaatactta
gi|21 : tgtccCCCACT-AGT--CGGA-A-G-TTC--A-CG---A---GCGCGATTAAA---GTGCCCA-T----A-GT--C-------G---AG--G--T---TC--A--------CG-A--T-CC--GTAA----A--GCC-C-A-C--T-A-T-C---C---GA-AG--TTCAT-------G-GTCC---G-A-A----A-G-C-CCAC--G-A-T-T-CCGGA-A--G--T--TC---A--CG--AG--T---CC--G-A-cga
gi|22 : ccgt----G--GTC-C-A-C--G-A-G-T---CC--GA-AGT-TTTA-T---C--A-GTCC---G-A-A----G-G-C-CCA-----A-----CC-AA--------------------T-AA--T---C---G-A-A----------T--GA-AAT------ACC---GC--A-A-GA-T--TG-----TA-A-CA-----TGAA----AA----------------------------AAT---A-AT-A-----------------TA------CT-A------GT--A--T-CTAG----------------------------G---TT----A-TA-A-AGGT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---A
gi|23 : cacGCCCACG-AGT--CCGA-A-C-TTC--A-CTAG-T---CCGTA----AA---GC---CA-C-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---TTCAA-T---------AT-T-CC--G-AA----T--GCC-C-A-CG-G-A-G-TC--C---GA-ATG-TTCACG---C--A--TCC---G-A-A----A-G-C-CCAC--G--GG-T-CC-GA-A--G--T--T
gi|24 : ccTGGG-TT--GA-TAT-------AC---G--------------------TA-A-CA-----GGGA----AAAAAA------------------------TAT---ACAT-------------------TA------CT-A------GC--A--T-CTAGA-T-C---CAAAA----GT----CATTGG---TTTA--A-AA-A-AAGTAC----G-G--TG-ATT--A---------C---AA-------ATAAACCCCG-TAT-GAAG-----C--T------TCC--A-G-TACATAtcacga
gi|25 : -T-CC--G-AA----G--GCT-C-A-C--A-T-G-T---CC--GA-AGG-TTCA-T---C--A-GTCC---G-A-A----G-G-C-CCAC--G-A-G-T-CC-GA-AG-G--T--TC------AGT-AG--T---TC--G-T-AA--TTGGG-TT--GA-TATACCGG-TAC---GC--A-A-GA-T--TG-----TA-A-CA-----GGAC----AAAAca
gi|26 : tcac-T-CC--G-AA----G--GTCAC-A-T--G---T-T---C---CA-GAG-TTCA-T---C--A-GTCC---G-A-A----G-G-C-CCAC--G-AGG-T-CC-GA-AG-G--T--TC---C--AGT-AG--T---TT--C-G-TA--TTGGG--T--GA-TATAACCGGTAA---GCA-A-A-GATT--TG-----TA-A-CA-----GGAC----AAAA
gi|27 : -A-CA-----GGAA----AA----------------------------AAG---A-AT-A-----------------TA------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-A---TT----T-TA-A-AGGC-C----G-G--TG-ATT--A
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gi|29 : CCACCGAGT--CCGAGA-GGTTC--A-AC---GAG-TCG------AAAAAGTCCTCA-T-G--A-GT--C---CG--A---AG--A--G---TC----T----CACG-A--T-CCGAG-AA----A--GCC-CTT-T--G-A-G-TA--C---GA-AGG-TTCACT---atgtatatgaa
gi|3 : GGTCCACG-AGT--CCGA-ATAGTTC--ACTCAG-T---CCG------AA---G-GCCCA-C-GGCA-GT--C---CGTCG---AG--G--CCAGTC--A-T----------G-T-CC--G-AA----G--GC----A-C--G-----T---T---A------TTCAC----C--A-GTCC---G-A-A----G---C-CCAC--A-AG----TC-GA-A--GGGT--TC---C--AAT-AG--T---C---G-A-AA--CTGGG-TTTGAA-TATAG----CGC---GC--A-A-GA-T--TG-----TA-A--A-----GCGA----ACAAT---------------------------T---A-AT-A-----------------TA------CT-A------GT--A--T-----------------------------ATT-G---TT----C-TAGA-AGGT-C----GCG--TG-ATT--ACTGAGCTAGC---AA-------A----------TAT-GAAGG---CG--T------TCA--A-G-TAgcgtgtaaaccgaaat
gi|30 : atgGCCCACA-AGT--CCGA-A-GGTTC--A-ATAA-T---CCG------AA---A-GCCCA-C-C--A-GC--C---CG--A---AA--G--T---TC--T-T-------G-AG-T-CC--G-AA----A--GCC-C-G-C--C-A-A-TC--C---GA-AGG-TTCAC----G--A-GTCC---G-A-A----agtaaaaggtgtaaccacagtgtgtgtgtgtgtgggggggggggggggggggggtccacgtgcaaccaaattttaaaatgaaaaatg
gi|32 : ggtgtcc--A-GT--C---TG--A---AG--T--C---CC--A-G----C----AG-T-CC--A-AA----A--GCC-C-A-C--T-A-G-T----------AAG-TTCA-T---C--A-GTCC---A-A-A----G-G-C-CCAC--T-A-G-T-CC-GA-att
gi|33 : tccaaaggcctgctagtctaatggttgagtG--A---AG--G--A---TC--A-CTATAC-CG-AG-T-CT--GTTA----G--TCCAC-A-C--A-A-GCC---C---GA-ATG-TTCG-T---T--A-GACC---G-A-A----A-G-C-CCAC----AAG-T-CC-GACG--G--T--TCACTA--ACT-AG--T---TC--G-A-AA--
gi|33 : CA-C-A--A-GC--C---CG--A---AT--G--T---TC--G-T----T-AG-A----CC--G-AA----A--GCC-C-A-C--A-A-G-T---CC--GA-CGG-TTCACTAACT--A-GTTC---G-A-A----
gi|34 : gaaggatcactataccgagtctgttagtccaG-TT--GA-AAT-------AC---GC--A-A-GA-T--TG-----TA-G-CA-----CGAA----AA----------------------------AAT---A-GT-A-----------------TA------CT-A------GT--A--T-C--------------AA----G----------G---TT----A-TA-A-AGGT-G----G-G--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---TC--T------TCA--A-G-TACAa
gi|35 : --TG-----TA-A-CA-----GGAA----AACATA------------------------A--------T-A-----------------TA------CT-A------GT--A--T-CTTGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-T----G-A--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---TT--T------TCA--A-G-TACA
gi|36 : ata----G--GTC-C-A-C--GGA-G-T---CC--GA-AGG-TTCA-T---C--A-GTCC---G-A-A----G-G---CCAC--G-A-G-T-CC-GA-G--G--T--TC---ACCAGT----------C--G-A-AG--TTGGGTTT--GA-AAT--------C---GCA-A-A-GA-TCGTG-----TA-A-C
gi|37 : GCCCACG-A-T--CCGA-A-GGTTCAGA-GA---T---CCG------AA---G---CCATC-G--A-GT------CG--A---AG--G--T---TC--A---------G-AGAT-GC--G-AA----A--GCC-C-AGA--G-A-G-T---C---GA-AGG-TTCAC
gi|38 : tcc--G--T---TC--G-T----A-CG-AGGTGCC--G-AA----A--GCC-CCA-C--G-A-G-T---CCC-GA-AGG-TTCA-T---C--GTATCC---G-A-AGAATG-G-C-CCACT-G-AGgtgccga
gi|38 : ccgcagttccggccagt---CCG------AAA--GC-CCCA-C-G--A-GTC-C---CG--A---AG--G--T---TC--A-T------CG-TA-T-CC--G-AAGAATG--GCC-C-A-CT-G-A-G-T---taccg
gi|39 : ccgcagttccggccagtgttcgtacgaggtg---GC--A-A-GA-T--TG-----CACA-CA-----TGAA----AA----------------------------AAT---A-TT-A-----------------TA------CT-A------GT--A--T-CTAGG-T-----------------------------TT----A-TA-C-AAGT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---AA-------AA---------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATaccg
gi|4 : AGGCCCACT-AGT--CCAA-A-GGTTC--A-TC---C---CCG------AG---GCGCCCA-C-A--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---TC--A-T----C-CA-AGCT-CC--G-AA----G--GCC-C-A-C--G-A-G-T---C---GA-AGG-TTCATT---C--A-GTCC---G-A-A----G-G-C-CCAC--G-AGGGTACC-GA-A--G--T--TC---A--AGT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TATG-----TAC---GC--A-A-GA-T--TG-----TA-A-CA-----GGAA----AACATAC-----------------------AGT---A-AT-T-----------------TT------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----AATT-G---TT----A-TC-A-AGGT-C----G-G--TA-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-AAAGG---TC--T------TCA--A-G-TACATA
gi|40 : CA-C-G--A-G---C---CG--A---AG--G--T---T---A--------CT-AG-T-CA--G-AA----A--GCT-C---C--G-A-G-T---CC--GA-AGG-TTCACTG--C--A-GT
gi|41 : tA-C-T--A-GT--C---CG--A---AGCGG--TA--TC--A--------CG-AG-T-CC--G-AA----A--GCC-C-A-CTTA-A-G-T---CCC-GA-AGG-TTCA-T---G--A-GTCC---G-A-A----A-G-C-CTAC--G-AGT-T-CC-Gggcgtaactaacatatagaagttgcaa
gi|42 : -G---TT----C-TA-C-ATGT------G-G--TG-ATT--AG--------C---AA-------A----------TCTGGAAGG---CC---------TCA--A-G-
gi|43 : -CG-AG-T-CC--G-AA----G--GCA-C-A-C--T-A-G-TC--C---GA-AGG-TTCA-T---C--A-GTCC---G-A-A----A-G-T-TCAC--G-A-G-T-CC-GA-AG-G--T--TC---A--aaataaaaggccgtaacccaaagcgcggggggggggggg
gi|44 : tcacggtctaC-T-A-C--C-A-G-T---CC--GA-AGG-TTCATT------A-GTCC---G-A-A----G-A-C-CCAC--T-AG--T-CC-GA-A--GG-T--TC---A--C-C-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TAT------gtg
gi|45 : ---CG--A---AG-----T---TC--A--------CG-AG-T-CC--A-AA----G---CC-C-A-CT-A-A-G-T---C---GA-AGGATTCA-T---G--A-GTCC---G-A-A----A-G-C-CCAC--G-A-G-T-CC-GA-A--G--act
gi|46 : t--GCC-C-A-C--G-A-G-TAACC---GA-AGG-TTCACT---T--A-GTCC---G-A-A----G-GTC-TCAC--G-A-G-T-CT-GA-A--gccacga
gi|46 : tccGCCCACG-AGTAACCGA-A-GGTTC--A-CT---TAGTCCG------AA---GGTCTCA-C-G--A-GT--C---TG--A---AA--GACC---CC--A-TA---T-CG-AG-T-agaccccatatcgagt
gi|47 : tccCGCCCA-C-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---TC--A--------CG-AG-T-CC--G-AA----A--GCC-C-A-T--G-A-G-TC--C---GA-AGG-TCCAC----G--A-GTCC---G-A-A----
gi|48 : c----G-G-C-CCAC--T-CAG-T-CC-GA-A--G--TGTTC---A--C-T-AG--T---CC--G-A-AA--a
gi|48 : tc---T---CCG------AA---GTGTTCA-C-T--A-GT--C---CG--A---AA--G--C---CC--A------C-CG-CG-T-CC--G-AA----G--TTC-C-A-C--G-A-G-T---C---gcccaccgcgtccgaagttccacgagtc
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus : AGGCCCAC-GAGT--CCGA-A-GGTTC---ANT---T---CCG------AA---GCGCCCA-C-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-T----C-CG-AG-T-CC--G-AA----G--GCC-C-A-C--G-A-G-T---C---GA-AGG-TTCACT---C--A-GT-CC---G-A-A----G-G-C-CCAC--G-AGG-T-CC-GA-A--GG-T-TC---A--AGT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TAT------TAC---GC--A-A-GA-T--TG-----TA-A-CA-G----GAA-------------------------AA-A--T------AATA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATA
Reference ( family-3164 ) : AGGCCCAC-GAGT--CCGA-A-GGTTC---ANC---T---CCG------AA---GCGCCCA-C-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-T----C-CG-AG-T-CC--G-AA----G--GCC-C-A-C--G-A-G-T---C---GA-AGG-TTCACT---C--A-GT-CC---G-A-A----G-G-C-CCAC--G-AGG-T-CC-GA-A--G--T-TC---A--AGT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TAT------TAC---GC--A-A-GA-T--TG-----TA-A-CA-G----GAA-------------------------AA-A--T----A-AATA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATA
gi|1 : GTCCAC-GAGT--CCGA-A-GGCCC---A----------------------------CA-C-G--A-GT--C---CG--A---AG--T--T---T--C--A-G----T--A-AG-T-CC--G-AATTTTG--GCC-C-A-C--G-A-G-T---CC--GA-AGT-TTCAGT------A-TT-GC---G-ACG----G-G-CACCAC--G-AGT-C-TC-GC-ACGG--TGTC---A--TGT-AG--T---CCGAG-A-AA--TT-GG-TC--GACTA-------TAC---GC--A-ACGA-----------CA-A-CA-G----G---------------------------AC-A--C----A-AGTA-TC-A-----------------T-A------CT-A------GTCGATCT-CTAGAGTAC---C-ACA----GT----C-TT-GATCTT----ATTA-A-AGGT-CACAGG-A--TG-ATT--ATAG------C---AA-------A----------
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gi|11 : gGTCCA-C-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---TATC--AGT----C-CG-A----TC--G-AA----G--GTC-C-A-C--G-ATG-T---C---GATAGG-TTCAAC---C--A-GT-CC---G-A-A----GAG-C-CCAC--T-AAG-T-CC-GG-A--G--G-T----A--AGC-AGATC---CC--G-ACAA--TGGAG-TT--GA--AA------TAC---GC--A-A-GA-T--TG------A-A-C-------GAA-------------------------AA-A--T------------T-A-----------------T-A------C--A------GT--A--T-ATAG
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gi|13 : cGTCCA-T-C--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A---------GTAG-T-CC--G-AA----aaaggccgtaatcaaagtgtgtgtgtgggggggg
gi|13 : G-T-CC-GA-A--GG-T-TC---A---GT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TATACCGG-TAC---GC--A-A-GT-T--TG-----TA-A-CA-G----GAA-------------------------AA-A--------------AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGAT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-AAAGG---TC--T------CCA--A-G-TACATAattgggttgatataccggtacgcaagtttgtaacaggaaaaaatatactagtatctagatccaaagtcattgttataaagattggtaattatcaaatataaaggtctccaagtacatacaacg
gi|14 : gtccatcaTGGG-TC--GA-TAT-------AC---GC--A-A-GA-T--TG-----TA---CA-G----GAA-------------------------AA-A----------ATA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTATA-T-C---C--AA----GT----CATT-G---TT----G--A-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AG--------C---AAAAATTT-A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--ATT-TACATAcaacg
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gi|23 : cacGCCCAC-GAGT--CCGA-A--CTTC---ACTAG-T---CCGTA----AA---G---CCA-C-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--TCAA-T---------AT-T-CC--G-AA----T--GCC-C-A-CG-G-A-G-TC--C---GA-ATG-TTCACG---C--A--T-CC---G-A-A----A-G-C-CCAC--G--GG-T-CC-GA-A--G--T-T
gi|24 : ccTGGG-TT--GA-TAT-------AC---G--------------------TA-A-CA-G----GGA-------------------------AA-A-------A-AATATAC-A-----------------TTA------CT-A------GC--A--T-CTAGA-T-C---CAAAA----GT----CATTGG---TTTA--A-AA-A-AAGTAC----G-G--TG-ATT--A---------C---AA-------ATAAACCCCG-TAT-GAAG-----C--T------TCC--A-G-TACATAtcacga
gi|25 : -T-CC--G-AA----G--GCT-C-A-C--A-T-G-T---CC--GA-AGG-TTCA-T---C--A-GT-CC---G-A-A----G-G-C-CCAC--G-A-G-T-CC-GA-AG-G--T-TC------AGT-AG--T---TC--G-T-AA--TTGGG-TT--GA-TATACCGG-TAC---GC--A-A-GA-T--TG-----TA-A-CA-G----GAC-------------------------AA-A--ca
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gi|27 : -A-CA-G----GAA-------------------------AA-A----------AGA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-A---TT----T-TA-A-AGGC-C----G-G--TG-ATT--Aa
gi|28 : TGGG-TC--GA-TAC-------AC---GC--A-A-GA-T--TA-----TA-A-CA-G----GAA-------------------------AA-A----------ATA-AC-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TTGTTAA-TT-A-AGGT-T----G-G--TG-ATT--AG--------C---AA-------A----------AAT-AAAgacagaggacatgaaaaaaggccgtaccgaaaggggtggggtgggggggg
gi|29 : CCACCGAGT--CCGAGA-GGTTC---AAC---GAG-TCG------AAAAAGTCCTCA-T-G--A-GT--C---CG--A---AG--A--G---T--C----T----CACG-A--T-CCGAG-AA----A--GCC-CTT-T--G-A-G-TA--C---GA-AGG-TTCACT---atgtatatgaa
gi|3 : GGTCCAC-GAGT--CCGA-ATAGTTC---ACTCAGT---CCG------AA---G-GCCCA-C-GGCA-GT--C---CGTCG---AG--G--CCAGT--C--A-T----------G-T-CC--G-AA----G--GC----A-C--G-----T---T---A------TTCAC----C--A-GT-CC---G-A-A----G---C-CCAC--A-AG----TC-GA-A--GGGT-TC---C--AAT-AG--T---C---G-A-AA--CTGGG-TTTGAA-TATAG----CGC---GC--A-A-GA-T--TG-----TA-A--A-GC---GAA-------------------------CA-A--T--------TA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-----------------------------ATT-G---TT----C-TAGA-AGGT-C----GCG--TG-ATT--ACTGAGCTAGC---AA-------A----------TAT-GAAGG---CG--T------TCA--A-G-TAgcgtgtaaaccgaaat
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gi|33 : tccaaaggcctgctagtctaatggttgagtG--A---AG--G--A---T--C--A-CTATAC-CG-AG-T-CT--GTTA----G--TCCAC-A-C--A-A-GCC---C---GA-ATG-TTCG-T---T--A-GA-CC---G-A-A----A-G-C-CCAC----AAG-T-CC-GACG--G--T-TCACTA--ACT-AG--T---TC--G-A-AA--
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gi|35 : --TG-----TA-A-CA-G----GAA-------------------------AA-C----------ATA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTTGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-T----G-A--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---TT--T------TCA--A-G-TACA
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gi|38 : tcc--G--T---T--C--G-T----A-CG-AGGTGCC--G-AA----A--GCC-CCA-C--G-A-G-T---CCC-GA-AGG-TTCA-T---C--GTAT-CC---G-A-AGAATG-G-C-CCACT-G-AGgtgccga
gi|38 : ccgcagttccggccagt---CCG------AAA--GC-CCCA-C-G--A-GTC-C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-T------CG-TA-T-CC--G-AAGAATG--GCC-C-A-CT-G-A-G-T---taccg
gi|39 : ccgcagttccggccagtgttcgtacgaggtg---GC--A-A-GA-T--TG-----CACA-CA-T----GAA-------------------------AA-A----------ATA-TT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGG-T-----------------------------TT----A-TA-C-AAGT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---AA-------AA---------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATaccg
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gi|42 : -G---TT----C-TA-C-ATGT------G-G--TG-ATT--AG--------C---AA-------A----------TCTGGAAGG---CC---------TCA--A-G-
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gi|46 : t--GCC-C-A-C--G-A-G-TAACC---GA-AGG-TTCACT---T--A-GT-CC---G-A-A----G-GTC-TCAC--G-A-G-T-CT-GA-A--gccacga
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3164 ) : AGGCCCAC-GAGT--CCGA-A-GGTTCANT---T---CCG------AA---GCGCCCAC-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-T----C-CG-AG-T-CC--G-AA----G--GCC-C-A-C--G-A-G-T---C---GA-AGG-TTCACTC--A-G-TCC---G-A-A----G-G-C-------C-CAC--GAGG-T--CCG-AA--GG-T-TC---A--AGT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TAT------TAC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA-G----GAA-----AA---A--TAATA-ATA-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATA
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gi|16 : cgcgtCC---G-A-A----G-G-C-------C-CAC--TA------TCG-AA--GG-T-TC---ACCAA--AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TTTTGA-AAT-------AC---GC--A-A-GA-TAATG-CA-AACA-T----GAA-----AA------TA-TA-TTA-----------------T-A------CC-A------GT--A--T-CTAG----------------------------G---TT----A-TA-A-AAGT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCGC-A-G-TA
gi|17 : acC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA-G----GAA-----AA------TAA---ATA-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----aca
gi|17 : a----GNA-----AA---A----ATA-ATG-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GG----CATT-G---TT----G-AA-A-ATGT-C----G-G--TG-ATT--AT--------C---TACTACCCGG----------TAG-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATAtgnaaaaataatgtactagtatctagatccaaaggcattgttgaaaatgtcggtgattatctactacccggtaggaaggccttcaagtacata
gi|18 : acaagattgtaacaggaaaataaatatactagtatctagatccaaatT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGTG-T---GA-TAT------TACC--GC--A---GA-T--GC-TA-A-CA-G----GAA-----AA---C----ATA-ATA-----------------T-A------CT-ATCTTTTGT--A--T-CTTGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----T-TATA-AGGT-T----G-A--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-G-AGGTTTTT--T------TCA--A-G-TACAT
gi|19 : atC-C-A-C--G-A-G-T---CCTCGA-AGG-TTCAC-C--A-G-TCC---GAA-A----G-G-C-------C-CAT--CGCG-T--CCG-CA--GGTT-TC---A--CGTGAG--TTGACC--G-T-AA--CTGGT-TT--GA-TAG------TATACGGT--A-A-GA-T--TG-TA-A-TA-ATTTTGAA-----AA---A--CGTTA-CTA-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTtcaa
gi|2 : tGTCCAC-G--ATGT--CAACCG--A---AG--A--TAA-T--C--A-T----C----AG-T-CC--A-AT----GTAGTT-C-A-CT-G-T-T-T---C---GA-GGC-CTCAA-C--A-G--CC---G-A-C----A-G-CAGATGCACGCAC--GGAG-TTACCG-GACGGG-T-T----G--AGT-AG--TT--CC--A-A-AA--CTGG------------------T------C--A-A----------TA-A-CA-A----GGA-----AA---A--AAATA-ATA-----------------T-AATTTTGCT-A------G---A--T-CTTGA-T-CTCGC-ATACCTGAT----C-TT-GA--TT----A-TA-CTAGTT-CTCA-G-G--TGCATT--AG--------CACTAA-------A----------TAT-GAAGG---CCA-T------TCA--ga
gi|20 : tcacgGCCCAC-GAGT--ACGA-A-GGTTCATTAGTT---CCG------AA---GC--CCAC-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A--------CT-AG-T-TC--G-AA----A--GCC---A-C----A-G-T---CC--GA-AGG-TTCAGCG--A-G-TCCC--G-A-A----A-G-C-------C-CAC--GAG--T--CCG-AA--GG-T-TC---A--ACG-AG--T---CC--gattaattaaaaggccgtaaccaaaatgcggtgtcgggggggcatatctttgagaaatgtgtggggtatttacgggtgcacagtgcacgcccaatttaaagatgaaaaatactta
gi|21 : tgtccCCCAC-TAGT--CGGA-A-G-TTCACG---A---GCGCGATTAAA---GTGCCCAT----A-GT--C-------G---AG--G--T---T--C--A--------CG-A--T-CC--GTAA----A--GCC-C-A-C--T-A-T-C---C---GA-AG--TTCAT----G-G-TCC---G-A-A----A-G-C-------C-CAC--GA-T-T--CCG-GA--AG-T-TC---A--CG--AG--T---CC--G-A-cga
gi|22 : ccgt----G--GTC-C-A-C--G-A-G-T---CC--GA-AGT-TTTA-TC--A-G-TCC---G-A-A----G-G-C-------C-CA----A------CCA-A------------------T-AA--T---C---G-A-A----------T--GA-AAT------ACC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA-T----GAA-----AA---A----ATA-ATA-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAG----------------------------G---TT----A-TA-A-AGGT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---A
gi|23 : cacGCCCAC-GAGT--CCGA-A--CTTCACTAG-T---CCGTA----AA---G---CCAC-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--TCAA-T---------AT-T-CC--G-AA----T--GCC-C-A-CG-G-A-G-TC--C---GA-ATG-TTCACGC--A---TCC---G-A-A----A-G-C-------C-CAC--G-GG-T--CCG-AA--GT-T-TC---A--
gi|24 : ccTGGG-TT--GA-TAT-------AC---G----------------TA-A-CA-G----GGA-----AA---A--AAATATACA-----------------TTA------CT-A------GC--A--T-CTAGA-T-C---CAAAA----GT----CATTGG---TTTA--A-AA-A-AAGTAC----G-G--TG-ATT--A---------C---AA-------ATAAACCCCG-TAT-GAAG-----C--T------TCC--A-G-TACATAcga
gi|25 : -T-CC--G-AA----G--GCT-C-A-C--A-T-G-T---CC--GA-AGG-TTCA-TC--A-G-TCC---G-A-A----G-G-C-------C-CAC--GA-G-T--CCG-AA--GG-T-TC------AGT-AG--T---TC--G-T-AA--TTGGG-TT--GA-TATACCGG-TAC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA-G----GAC-----AA---A--ca
gi|26 : tcac-T-CC--G-AA----G--GTCAC-A-T--G---T-T---C---CA-GAG-TTCA-TC--A-G-TCC---G-A-A----G-G-C-------C-CAC--GAGG-T--CCG-AA--GG-T-TC---C--AGT-AG--T---TT--C-G-TA--TTGGG--T--GA-TATAACCGGTAA---GCA-A-A-GATT--TG-TA-A-CA-G----GAC-----AA---A--a
gi|27 : -A-CA-G----GAA-----AA---A----AGA-ATA-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-A---TT----T-TA-A-AGGC-C----G-G--TG-ATT--Aa
gi|28 : TGGG-TC--GA-TAC-------AC---GC--A-A-GA-T--TA-TA-A-CA-G----GAA-----AA---A----ATA-ACA-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TTGTTAA-TT-A-AGGT-T----G-G--TG-ATT--AG--------C---AA-------A----------AAT-AAAgacagaggacatgaaaaaaggccgtaccgaaaggggtggggtgggggggg
gi|29 : CCACCGAGT--CCGAGA-GGTTCAAC---GAG-TCG------AAAAAGTCCTCAT-G--A-GT--C---CG--A---AG--A--G---T--C----T----CACG-A--T-CCGAG-AA----A--GCC-CTT-T--G-A-G-TA--C---GA-AGG-TTCACTatgtatatgaa
gi|3 : GGTCCAC-GAGT--CCGA-ATAGTTCACTCAGT---CCG------AA---G-GCCCAC-GGCA-GT--C---CGTCG---AG--G--CCAGT--C--A-T----------G-T-CC--G-AA----G--GC----A-C--G-----T---T---A------TTCAC-C--A-G-TCC---G-A-A----G---C-------C-CAC--AAG-----TCG-AA--GGGT-TC---C--AAT-AG--T---C---G-A-AA--CTGGG-TTTGAA-TATAG----CGC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A--A-GC---GAA-----CA---A--T--TA-ATA-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-----------------------------ATT-G---TT----C-TAGA-AGGT-C----GCG--TG-ATT--ACTGAGCTAGC---AA-------A----------TAT-GAAGG---CG--T------TCA--A-G-TAgcgtgtaaaccgaaat
gi|30 : atgCGCCCAC-A--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--CA-A-T---------AA-T-CC--G-AA----A--GCC-C-A-C--C-A-GCC---C---GA-AAG-TTC-TTG--A-G-TCC---G-A-A----A-G-C-------C-CGC--CA-A-T--CCG-AA--GG-T-TC---A--CG--AG--T---CC--G-A-AA--TTagtaaaaggtgtaaccacagtgtgtgtgtgtgtgggggggggggggggggggggtccacgtgcaaccaaattttaaaatgaaaaatg
gi|32 : ggtgtc-TCC---A-A-A----G-G-C-------C-TGC--TAG--T--CTA-AT--GG-T-T----G--AGT-AG--T---CT--G-A-AG--T
gi|32 : --A-GT--C---TG--A---AG--T--C---C--C--A-G----C----AG-T-CC--A-AA----A--GCC-C-A-C--T-A-G-T----------AAG-TTCA-TC--A-G-TCC---A-A-A----G-G-C-------C-CAC--TA-G-T--CCG-Acccagcagtccaaaagcccactagtaagttcatcagtccaaaggcccactagtccga
gi|33 : tccaaaggcctgctagtctaatggttgagtG--A---AG--G--A---T--C--A-CTATAC-CG-AG-T-CT--GTTA----G--TCCAC-A-C--A-A-GCC---C---GA-ATG-TTCG-TT--A-G-ACC---G-A-A----A-G-C-------C-CAC---AAG-T--CCG-AC--GG-T-TCACTA--ACT-AG--T---TC--G-A-AA--
gi|34 : G-TT--GA-AAT-------AC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-G-CA-C----GAA-----AA---A----ATA-GTA-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-C--------------AA----G----------G---TT----A-TA-A-AGGT-G----G-G--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---TC--T------TCA--A-G-TACA
gi|35 : --TG-TA-A-CA-G----GAA-----AA---C----ATA-ATA-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTTGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-T----G-A--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---TT--T------TCA--A-G-TACA
gi|36 : ata----G--GTC-C-A-C--GGA-G-T---CC--GA-AGG-TTCA-TC--A-G-TCC---G-A-A----G-G---------C-CAC--GA-G-T--CCG--A--GG-T-TC---ACCAGT----------C--G-A-AG--TTGGGTTT--GA-AAT--------C---GCA-A-A-GA-TCGTG-TA-A-C
gi|37 : CGCCCAC-G--A--T--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A---------G-AGAT-CC--G-AA----G----C-C-ATC--G-A-G-T---C---GA-AGG-TTCA--G--A-GATGC---G-A-A----A-G-C-------C-CA---GAGA-G--TCG-AA--GG-T-TC---A--CGT-G-------CC--G-A-
gi|38 : tc--G--T---T--C--G-T----A-CG-AGGTGCC--G-AA----A--GCC-CCA-C--G-A-G-T---CCC-GA-AGG-TTCA-TC--GTA-TCC---G-A-AGAATG-G-C-------C-CACT-GAG
gi|38 : ccgcagttccggccagt---CCG------AAA--GC-CCCAC-G--A-GTC-C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-T------CG-TA-T-CC--G-AAGAATG--GCC-C-A-CT-G-A-G-T---taccg
gi|39 : ccgcagttccggccagtgttcgtacgaggtg---GC--A-A-GA-T--TG-CACA-CA-T----GAA-----AA---A----ATA-TTA-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGG-T-----------------------------TT----A-TA-C-AAGT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---AA-------AA---------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATaccg
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gi|42 : -G---TT----C-TA-C-ATGT------G-G--TG-ATT--AG--------C---AA-------A----------TCTGGAAGG---CC---------TCA--A-G-
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gi|46 : tccGCCCAC-GAGTAACCGA-A-GGTTCACT---TAGTCCG------AA---GGTCTCAC-G--A-GT--C---TG--A---AA--GACC---C--C--A-TA---T-CG-AG-T-accccatatcgagt
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gi|51 : CGCCCAC-T--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A--------CG-AG-T--C--G-AA----A--GCC-C-A-C--G-A-GCC---C---GA-AGG-TTCAC
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gi|56 : ccacccaccGCACAC-G--A-GT--T---CG--A---AA--G--C---C--C--A-C----C----AG-T-CC--T-AA----G--GTT-C-A-C--G-A-GTT---C---GA-
gi|57 : ctCCCAC-T--A-GT--C---CG--A---AG--GT-T---T--C--A------C-GG-AG-T-CC--G-AA----A--GCC-C-A-C--T-A-G-T---C---
gi|59 : cgcGTCCAC-G--A-GT--C---CA--A---AG--G--T---T--C--A-T----C-
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gi|60 : GTCCAC-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-T----C-ataaaggtcgtaaccaaatgtggtgtgtggggggg
gi|7 : tggttacgCCACCG--A-GTTGC---CG--A---AG--G--T------C--A-T----T-TTTAG-T-CC--G-AA----G--GCC-C-A-CT-A-A-G-T---CCG-AA-AGG-TT---TC--A-G------------------------------CAC--G----T--CCG-AA--GGCT-TC---A--CCA-AG--T---CC--G-A-AAG-CTGGG-C---GA-TAA------TAC---GTCAA-A-GG-T--TG-TA-A-CATA----GTACTTATAA---A--TGATA-ATA-----------------T-A------CT-T------AT--A--A-TTAGA-TGC---C-AAA----GT----CATT-G---TT----G-TA-A-AGGT-C----G-GT-TG-ATTAGAC--------C---AA-------AATACATTTAGTAC-GAAAG---CC--TTTTCCATCA--T-G-TACATA
gi|8 : tCAC-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---C--C--A--------CG-AG-T-CC--G-AA----G--GCC-CCA-C--GTA-G-T---C---A-------------------TCCCGAG-A-A----G-G-T-------C-CAT--AA---T--CCG-AAA-GG-T-TC---A----C-CG--T---CC--G-A-A---TTGAG-TTT-GA-AAA------TAC---GCG-A-A-GA-T--TG-CA-A-CG-ATA--GAT-----AA---A--TATT---TA-----------------T-C------CT-A------GT--A--T-CTAGG-T-TA--T-AAA----GTTGTACATT-C---CT----A-TC-----GTAC----G-G-----AT---AT--------C---AA-------T----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATataa
gi|9 : ---G-G-A----A-G-T-------T-CAC--CAAG-T--CCG-AA--AG-T-C-------AGT-AA--TG--CC--GGA-AA--TTGG--TT--GA--ATCA----TAC---GC--A-A-GA-T--TGGTA-A-CG-G----GAA-----AA---AACTAATA-ATACACAACGATTGTGTAACT-A------CG-A------GT--A--T-CTAGA-C-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-C----G-AGTTGCATT--AT--------T---CA-------ATAC-------TAT-GAA-G---CT--T------TCATCA-G-TACATAcaaggccaaacaaatatgtgggtgtggtgggggggg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus : AGGCCCAC-GAGT--CCGA-A-GGTTCACT--G--T-C-CG--A-------A---GCGCCCA-C-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-T-C-CG-AG-T-CC--G-AA----G--GCC-C-A-C--G-A-G-T---C---GA-AGG-TTCACT---C--A-GT-CC---G-A-A----G-G-C-------C-CAC--GAGG-T--CCGAA--GG-T-TCA--AGT-AG--T---CCG-A--AA--TTGGG-TT--GA-TAT------TAC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA--G----G-A-----AAA---A-A---A-TA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATA
Reference ( family-3164 ) : AGGCCCAC-GAGT--CCGA-A-GGTTCANT--G--T-C-CG--A-------A---GCGCCCA-C-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-T-C-CG-AG-T-CC--G-AA----G--GCC-C-A-C--G-A-G-T---C---GA-AGG-TTCACT---C--A-GT-CC---G-A-A----G-G-C-------C-CAC--GAGG-T--CCGAA--GG-T-TCA--AGT-AG--T---CCG-A--AA--TTGGG-TT--GA-TAT------TAC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA--G----G-A-----AAA---A-A---A-TA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATA
gi|1 : GTCCAC-GAGT--CCGA-A-GGCCCA--------------------------------CA-C-G--A-GT--C---CG--A---AG--T--T---T--C--A-G-T--A-AG-T-CC--G-AATTTTG--GCC-C-A-C--G-A-G-T---CC--GA-AGT-TTCAGT------A-TT-GC---G-ACG----G-G-CA------C-CAC--GAGT-C--TCGCAC-GG-TGTCA--TGT-AG--T---CCG-AGAAA--TTGG--TC--GACTAT-------AC---GC--A-ACGA-C------A-A-CA--G----G-A-----CAC---A-A---G-TA-TC-A-----------------T-A------CT-A------GTCGATCT-CTAGAGTAC---C-ACA----GT----C-TT-GATCTT----ATTA-A-AGGT-CACAGG-A--TG-ATT--ATAG------C---AA-------A----------
gi|10 : GTCCA-C-G--A-GT--C---CG--ACTGAG--G--T---T--C--A-T-C----AG-T-CC--A-AA----G--TCC-C-A-T--G-A-G-TTT-C---AA-AGG-TTCAC----C--A-GT-CC---G-A-A----G-G-C-------C-TAC--GAG--T--CCGAA--GG-T-TCA---GT-AG--T---CCG-A--AA--TTGGG-TT--GA-TAT-------AC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA--G----G-A-----AAA-----A---A-TA-AT-A-----------------A-T------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-C---TT----A-TA-A-AGGT-C----G-G--TG-agtggacttttattaggaaaaggcccagtacactgaacagactgtgtgatggtgtgggtgggcgggggctccactacgggtgcagcgtgctaccccatgtttacctgaaaaatgctaagaactgta
gi|11 : gGTCCA-C-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---TATC--AGT-C-CG-A----TC--G-AA----G--GTC-C-A-C--G-ATG-T---C---GATAGG-TTCAAC---C--A-GT-CC---G-A-A----GAG-C-------C-CAC--TAAG-T--CCGGA--GG-T---A--AGC-AGATC---CCG-AC-AA--TGGAG-TT--GA-AAT-------AC---GC--A-A-GA-T--TG--A-A-C----------------GAA---A-A---A-T---T-A-----------------T-A------C--A------GT--A--T-ATAG
gi|12 : cgTGGG-TC--GA-TAT-------AC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA--G----G-A-----AAA-----A---A-TA-AT-A-----------------T-G------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----G-TA-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AG--------C---AAAAATTT-A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-T-TACATAg
gi|13 : cGTCCAT-CAGT--CCGA-A-GGTTCAGTA-G--T-C-CG--A-------A---aaaggccgtaatcaaagtgtgtgtgtgggggggg
gi|13 : G-T--CCGAA--GG-T-TCA---GT-AG--T---CCG-A--AA--TTGGG-TT--GA-TATACCGG-TAC---GC--A-A-GT-T--TG-TA-A-CA--G----G-A-----AAA---A-A---------T-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGAT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-AAAGG---TC--T------CCA--A-G-TACATAattgggttgatataccggtacgcaagtttgtaacaggaaaaaatatactagtatctagatccaaagtcattgttataaagattggtaattatcaaatataaaggtctccaagtacatacaacg
gi|14 : gtccatcaTGGG-TC--GA-TAT-------AC---GC--A-A-GA-T--TG-TA---CA--G----G-A-----AAA-----A---A-TA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTATA-T-C---C--AA----GT----CATT-G---TT----G--A-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AG--------C---AAAAATTT-A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--ATT-TACATAcaacg
gi|15 : cGG-TCCACT------A-GT-CC---GGA-A----G-G-C-------C-CAC--TAG--T--CCGAA--GG-T-TTC--ACC-AG--T---CCG-A--AAAATTGG--TT--GA-AAT-------AC---GC--TTA-GA-T--TG-TA-A-CA--T----G-A-----AAA---------A-TA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--T--T-CTAG----------------------------G---TT----A-TA-A-AGGT-G----A-G--TA-ATT--GT--------C---AA-------A----------TAT-GAGGG---CC--T------TCA--aaaggccgtaatcaaaagtgtgtgttaatggggggg
gi|16 : cgcgt-CC---G-A-A----G-G-C-------C-CAC--TA------TCGAA--GG-T-TCACCAA--AG--T---CCG-A--AA--TTGGG-TTTTGA-AAT-------AC---GC--A-A-GA-TAATG-CA-AACA--T----G-A-----AAA---T-A-----TA-TT-A-----------------T-A------CC-A------GT--A--T-CTAG----------------------------G---TT----A-TA-A-AAGT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCGC-A-G-TA
gi|17 : acC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA--G----G-A-----AAA---T-A---A----AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----aca
gi|17 : aAA---A-A---A-TA-AT-G-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GG----CATT-G---TT----G-AA-A-ATGT-C----G-G--TG-ATT--AT--------C---TACTACCCGG----------TAG-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATAtgnaaaaataatgtactagtatctagatccaaaggcattgttgaaaatgtcggtgattatctactacccggtaggaaggccttcaagtacata
gi|18 : acaagattgtaacaggaaaataaatatactagtatctagatccaaatgnT-AG--T---CCG-A--AA--TTGTG-T---GA-TAT------TACC--GC--A---GA-T--GC-TA-A-CA--G----G-A-----AAA---C-A-----TA-AT-A-----------------T-A------CT-ATCTTTTGT--A--T-CTTGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----T-TATA-AGGT-T----G-A--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-G-AGGTTTTT--T------TCA--A-G-TACAT
gi|19 : atC-C-A-C--G-A-G-T---CCTCGA-AGG-TTCAC----C--A-GT-CC---GAA-A----G-G-C-------C-CAT--CGCG-T--CCGCA--GGTT-TCA--CGTGAG--TTGACCG-T--AA--CTGGT-TT--GA-TAG------TATACGGT--A-A-GA-T--TG-TA-A-TA--ATTTTG-A-----AAA---A-C---GTTA-CT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTtcaa
gi|2 : tGTCCA-C-G--ATGT--CAACCG--A---AG--A--TAA-T--C--A-T-C----AG-T-CC--A-AT----GTAGTT-C-A-CT-G-T-T-T---C---GA-GGC-CTCAA----C--A-G--CC---G-A-C----A-G-CAGATGCACGCAC--GGAG-TTACCGGACGGG-T-T-G--AGT-AG--TT--CCA-A--AA--CTGG------------------T------C--A-A----------TA-A-CAA-G----G-A-----AAA---A-A---A-TA-AT-A-----------------T-AATTTTGCT-A------G---A--T-CTTGA-T-CTCGC-ATACCTGAT----C-TT-GA--TT----A-TA-CTAGTT-CTCA-G-G--TGCATT--AG--------CACTAA-------A----------TAT-GAAGG---CCA-T------TCA--ga
gi|20 : tcacgGCCCAC-GAGT--ACGA-A-GGTTCATT--AGTT-C-CG--A-------A---GC--CCA-C-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-----CT-AG-T-TC--G-AA----A--G-C-C-A-C----A-G-TC--C---GA-AGG-TTCAGC---G--A-GTCCC---G-A-A----A-G-C-------C-CAC--GA-G-T--CCGAA--GG-T-TCA--ACG-AG--T---CCgattaattaaaaggccgtaaccaaaatgcggtgtcgggggggcatatctttgagaaatgtgtggggtatttacgggtgcacagtgcacgcccaatttaaagatgaaaaatactta
gi|21 : tgtccCCCAC-TAGT--CGGA-A-G-TTCACG--A--G-CGCG--ATTAA---A---GTGCCCA-T----A-GT--C-------G---AG--G--T---T--C--A-----CG-A--T-CC--GTAA----A--GCC-C-A-C--T-A-T-C---C---GA-AG--TTCAT-------G-GT-CC---G-A-A----A-G-C-------C-CAC--GA-T-T--CCGGA--AG-T-TCA--CG--AG--T---CCG-A--cga
gi|22 : ccgt----G--GTC-C-A-C--G-A-G-T---CC--GA-AGT-TTTA-T---C--A-GT-CC---G-A-A----G-G-C-------C-CA----A------CCAA---------------T-AA--T---C-G-A--A----------T--GA-AAT------ACC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA--T----G-A-----AAA---A-A-----TA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAG----------------------------G---TT----A-TA-A-AGGT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---A
gi|23 : cacGCCCAC-GAGT--CCGA-A--CTTCACTA-G--T-C-CGTAA-------A---G---CCA-C-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--TCAA-T------AT-T-CC--G-AA----T--GCC-C-A-CG-G-A-G-TC--C---GA-ATG-TTCACG---C--A--T-CC---G-A-A----A-G-C-------C-CAC--G-GG-T--CCGAA--GT-T-TCA--
gi|24 : ccTGGG-TT--GA-TAT-------AC---G----------------TA-A-CA--G----GGA-----AAA---A-A---A-TATAC-A-----------------TTA------CT-A------GC--A--T-CTAGA-T-C---CAAAA----GT----CATTGG---TTTA--A-AA-A-AAGTAC----G-G--TG-ATT--A---------C---AA-------ATAAACCCCG-TAT-GAAG-----C--T------TCC--A-G-TACATAcga
gi|25 : -T-CC--G-AA----G--GCT-C-A-C--A-T-G-T---CC--GA-AGG-TTCA-T---C--A-GT-CC---G-A-A----G-G-C-------C-CAC--GA-G-T--CCGAA--GG-T-TC---AGT-AG--T---TCG-T--AA--TTGGG-TT--GA-TATACCGG-TAC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA--G----G-A-----CAA---A-A---ca
gi|26 : tcac-T-CC--G-AA----G--GTCAC-A-T--G---T-T---C---CA-GAG-TTCA-T---C--A-GT-CC---G-A-A----G-G-C-------C-CAC--GAGG-T--CCGAA--GG-T-TCC--AGT-AG--T---TTC-G--TA--TTGGG--T--GA-TATAACCGGTAA---GCA-A-A-GATT--TG-TA-A-CA--G----G-A-----CAA---A-A---
gi|27 : -A-CA--G----G-A-----AAA---A-A---G--A-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-A---TT----T-TA-A-AGGC-C----G-G--TG-ATT--A
gi|28 : TGGG-TC--GA-TAC-------AC---GC--A-A-GA-T--TA-TA-A-CA--G----G-A-----AAA---A-A-----TA-AC-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TTGTTAA-TT-A-AGGT-T----G-G--TG-ATT--AG--------C---AA-------A----------AAT-AAAgacagaggacatgaaaaaaggccgtaccgaaaggggtggggtgggggggg
gi|29 : CCACCGAGT--CCGAGA-GGTTCAAC--GAGT-C--G--A-------AAAAGTCCTCA-T-G--A-GT--C---CG--A---AG--A--G---T--C----T-CACG-A--T-CCGAG-AA----A--GCC-CTT-T--G-A-G-TA--C---GA-AGG-TTCACT---atgtatatgaa
gi|3 : GGTCCAC-GAGT--CCGA-ATAGTTCACTCAG--T-C-CG--A-------A---G-GCCCA-C-GGCA-GT--C---CGTCG---AG--G--CCAGT--C--A-T-------G-T-CC--G-AA----G--GC----A-C--G-----T---T---A------TTCAC----C--A-GT-CC---G-A-A----G---C-------C-CAC--AAG-----TCGAA--GGGT-TCC--AAT-AG--T---C-G-A--AA--CTGGG-TTTGAA-TATAG----CGC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A--A--G----C-G-----AAC---A-A---T-TA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-----------------------------ATT-G---TT----C-TAGA-AGGT-C----GCG--TG-ATT--ACTGAGCTAGC---AA-------A----------TAT-GAAGG---CG--T------TCA--A-G-TAgcgtgtaaaccgaaat
gi|30 : atgCGCCCA-C-A--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--CA-A-T------AA-T-CC--G-AA----A--GCC-C-A-C--C-A-GCC---C---GA-AAG-TTC-TT---G--A-GT-CC---G-A-A----A-G-C-------C-CGC--CA-A-T--CCGAA--GG-T-TCA--CG--AG--T---CCG-A--AA--TTagtaaaaggtgtaaccacagtgtgtgtgtgtgtgggggggggggggggggggggtccacgtgcaaccaaattttaaaatgaaaaatg
gi|32 : ggtgtcT-CC---A-A-A----G-G-C-------C-TGC--TAG--T--CTAAT--GG-T-T-G--AGT-AG--T---CTG-A--AG--T
gi|32 : --A-GT--C---TG--A---AG--T--C---C--C--A-G-C----AG-T-CC--A-AA----A--GCC-C-A-C--T-A-G-T----------AAG-TTCA-T---C--A-GT-CC---A-A-A----G-G-C-------C-CAC--TA-G-T--CCGAcccagcagtccaaaagcccactagtaagttcatcagtccaaaggcccactagtccga
gi|33 : tccaaaggcctgctagtctaatggttgagtGA-A-GGATCACT--A--TAC-CG--AGTCTGTTA---GTCCACA-C-A--A-GC--C---CG--A---AT--G--T---T--C--G-T-T-AG-A----CC--G-AA----A--GCC-C-A-C--A-A-G-T---CC--GA-CGG-TTCACTAACT--A-GT-TC---G-A-A----
gi|34 : G-TT--GA-AAT-------AC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-G-CA--C----G-A-----AAA---A-A-----TA-GT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-C--------------AA----G----------G---TT----A-TA-A-AGGT-G----G-G--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---TC--T------TCA--A-G-TACAa
gi|35 : --TG-TA-A-CA--G----G-A-----AAA---C-A-----TA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTTGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-T----G-A--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---TT--T------TCA--A-G-TACA
gi|36 : ata----G--GTC-C-A-C--GGA-G-T---CC--GA-AGG-TTCA-T---C--A-GT-CC---G-A-A----G-G---------C-CAC--GA-G-T--CCG-A--GG-T-TCACCAGT----------CG-A--AG--TTGGGTTT--GA-AAT--------C---GCA-A-A-GA-TCGTG-TA-A-C
gi|37 : GCCCAC-GA-T--CCGA-A-GGTTCAGA--GA-T-C-CG--A-------A---G---CCATC-G--A-GT------CG--A---AG--G--T---T--C--A------G-AGAT-GC--G-AA----A--GCC-C-AGA--G-A-G-T---C---GA-AGG-TTCAC
gi|38 : tcc--G--T---T--C--G-T-A-CG-AGGTGCC--G-AA----A--GCC-CCA-C--G-A-G-T---CCC-GA-AGG-TTCA-T---C--GTAT-CC---G-A-AGAATG-G-C-------C-CACT-GAGgtgccga
gi|38 : ccgcagttccggccagt-C-CG--A-------AA--GC-CCCA-C-G--A-GTC-C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-T---CG-TA-T-CC--G-AAGAATG--GCC-C-A-CT-G-A-G-T---taccg
gi|39 : ccgcagttccggccagtgttcgtacgaggtg---GC--A-A-GA-T--TG-CACA-CA--T----G-A-----AAA---A-A-----TA-TT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGG-T-----------------------------TT----A-TA-C-AAGT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---AA-------AA---------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATaccg
gi|4 : AGGCCCAC-TAGT--CCAA-A-GGTTCA-T--C--C-C-CG--A-------G---GCGCCCA-C-A--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-T-C-CA-AGCT-CC--G-AA----G--GCC-C-A-C--G-A-G-T---C---GA-AGG-TTCATT---C--A-GT-CC---G-A-A----G-G-C-------C-CAC--GAGGGTA-CCGAA--G--T-TCA--AGT-AG--T---CCG-A--AA--TTGGG-TT--GA-TATG-----TAC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA--G----G-A-----AAACATACA---G-TA-AT-T-----------------T-T------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----AATT-G---TT----A-TC-A-AGGT-C----G-G--TA-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-AAAGG---TC--T------TCA--A-G-TACATA
gi|40 : -C-A-C--G-A-G-C---C---GA-AGG-TT-ACT------A-GT-CA---G-A-A----A-G-C-------T-C-C--GA-G-T--CCGAA--GG-T-TCA--
gi|41 : tA-C-T--A-GT--C---CG--A---AGCGG--TA--T--C--A-----CG-AG-T-CC--G-AA----A--GCC-C-A-CTTA-A-G-T---CCC-GA-AGG-TTCA-T---G--A-GT-CC---G-A-A----A-G-C-------C-TAC--GAGT-T--CCGctgcagtggcgtaactaacatatagaagttgcaa
gi|42 : -G---TT----C-TA-C-ATGT------G-G--TG-ATT--AG--------C---AA-------A----------TCTGGAAGG---CC---------TCA--A-G-
gi|43 : -CG-AG-T-CC--G-AA----G--GCA-C-A-C--T-A-G-TC--C---GA-AGG-TTCA-T---C--A-GT-CC---G-A-A----A-G-T-------T-CAC--GA-G-T--CCGAA--GG-T-TCA--aaataaaaggccgtaacccaaagcgcggggggggggggg
gi|44 : tcacggtctaC-T-A-C--C-A-G-T---CC--GA-AGG-TTCATT------A-GT-CC---G-A-A----G-A-C-------C-CAC--TAG--T--CCGAA--GG-T-TCA--C-C-AG--T---CCG-A--AA--TTGGG-TT--GA-TAT------gtg
gi|45 : ---CG--A---AG-----T---T--C--A-----CG-AG-T-CC--A-AA----G---CC-C-A-CT-A-A-G-T---C---GA-AGGATTCA-T---G--A-GT-CC---G-A-A----A-G-C-------C-CAC--GA-G-T--CCGAA--GG-act
gi|46 : t--GCC-C-A-C--G-A-G-TAACC---GA-AGG-TTCACT---T--A-GT-CC---G-A-A----G-GTC-------T-CAC--GA-G-T--CTGAA--AG-ccacga
gi|46 : tccGCCCAC-GAGTAACCGA-A-GGTTCACTTAG--T-C-CG--A-------A---GGTCTCA-C-G--A-GT--C---TG--A---AA--GACC---C--C--A-TAT-CG-AG-T-accccatatcgagt
gi|47 : tccCGCCCA-C-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-----CG-AG-T-CC--G-AA----A--GCC-C-A-T--G-A-G-TC--C---GA-AGG-TCCAC----G--A-GT-CC---G-A-A----
gi|48 : c-GGCCCACTCAG--T-C-CG--A-------A---GTGTTCA-C-T--A-GT--C---CG--A---AA--G--C---C--C--A---C-CG-CG-T-CC--G-AA----G--TTC-C-A-C--G-A-G-T---C---a
gi|49 : tc-CG-AG-T-CC--G-AA-------GCA-C-A-C--T-A-G-TC--C---GA-AGG-TTCCAT---C--A-GT-CA---G-A-A----A-G---------T-TAC--GA-G-T--CCGA
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3164 ) : AGGCCCAC-GAGT--CCGA-A-GGTTCACT--G--T-C-CG--A-------A---GCGCCCAC-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-T-C-CG-AG-T-CC--G-AA----G--GCC-C-A-C--G-A-G-T---C---GA-AGG-TTCACT---C--A-G-T-CC---G-A-A----G-G-C-------C-CAC--GAGG-T--CCG-AA--GG-T-TCA--AGT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TAT------TAC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA--G----G-A-----AAA---A-A---A-TA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATA
gi|1 : GTCCAC-GAGT--CCGA-A-GGCCCAC--------------------------------AC-G--A-GT--C---CG--A---AG--T--T---T--C--A-G-T--A-AG-T-CC--G-AATTTTG--GCC-C-A-C--G-A-G-TC--C---GA-AGT-TTCAGT------A-T-T-GC---G-ACG----G-G-CA------C-CAC--GAGT-C--TCGCAC--GG-TGTCA--TGT-AG--T---CCGAG-A-AA--TT-GG-TC--GACTA-------TAC---GC--A-ACGA-------CA-A-CA--G----G-A-----CAC---A-A---G-TA-TC-A-----------------T-A------CT-A------GTCGATCT-CTAGAGTAC---C-ACA----GT----C-TT-GATCTT----ATTA-A-AGGT-CACAGG-A--TG-ATT--ATAG------C---AA-------A----------
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gi|11 : gGTCCAC-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---TATC--AGT-C-CG-A----TC--G-AA----G--GTC-C-A-C--G-ATG-T---C---GATAGG-TTCAAC---C--A-G-T-CC---G-A-A----GAG-C-------C-CAC--TAAG-T--CCG-GA--GG-T---A--AGC-AGATC---CC--G-ACAA--TGGAG-TT--GA-AAT-------AC---GC--A-A-GA-T--TG--A-A-C----------------GAA---A-A---A-T---T-A-----------------T-A------C--A------GT--A--T-ATAG
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gi|14 : gtccatcaTGGG-TC--GA-TAT-------AC---GC--A-A-GA-T--TG-TA---CA--G----G-A-----AAA-----A---A-TA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTATA-T-C---C--AA----GT----CATT-G---TT----G--A-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AG--------C---AAAAATTT-A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--ATT-TACATAcaacg
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gi|21 : tgtccCCCAC-TAGT--CGGA-A-G-TTCACG--A--G-CGCG--ATTAA---A---GTGCCCAT----A-GT--C-------G---AG--G--T---T--C--A-----CG-A--T-CC--GTAA----A--GCC-C-A-C--T-A-T-C---C---GA-AG--TTCAT-------G-G-T-CC---G-A-A----A-G-C-------C-CAC--GA-T-T--CCG-GA--AG-T-TCA--CG--AG--T---CC--G-A-cga
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gi|24 : ccTGGG-TT--GA-TAT-------AC---G----------------TA-A-CA--G----GGA-----AAA---A-A---A-TATAC-A-----------------TTA------CT-A------GC--A--T-CTAGA-T-C---CAAAA----GT----CATTGG---TTTA--A-AA-A-AAGTAC----G-G--TG-ATT--A---------C---AA-------ATAAACCCCG-TAT-GAAG-----C--T------TCC--A-G-TACATAcga
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gi|3 : GGTCCAC-GAGT--CCGA-ATAGTTCACTCAG--T-C-CG--A-------A---G-GCCCAC-GGCA-GT--C---CGTCG---AG--G--CCAGT--C--A-T-------G-T-CC--G-AA----G--GC----A-C--G-----T---T---A------TTCAC----C--A-G-T-CC---G-A-A----G---C-------C-CAC--AAG-----TCG-AA--GGGT-TCC--AAT-AG--T---C---G-A-AA--CTGGG-TTTGAA-TATAG----CGC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A--A--G----C-G-----AAC---A-A---T-TA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-----------------------------ATT-G---TT----C-TAGA-AGGT-C----GCG--TG-ATT--ACTGAGCTAGC---AA-------A----------TAT-GAAGG---CG--T------TCA--A-G-TAgcgtgtaaaccgaaat
gi|30 : atgCGCCCAC-A--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--CA-A-T------AA-T-CC--G-AA----A--GCC-C-A-C--C-A-GCC---C---GA-AAG-TTC-TT---G--A-G-T-CC---G-A-A----A-G-C-------C-CGC--CA-A-T--CCG-AA--GG-T-TCA--CG--AG--T---CC--G-A-AA--TTagtaaaaggtgtaaccacagtgtgtgtgtgtgtgggggggggggggggggggggtccacgtgcaaccaaattttaaaatgaaaaatg
gi|32 : ggtgtc-T-CC---A-A-A----G-G-C-------C-TGC--TAG--T--CTA-AT--GG-T-T-G--AGT-AG--T---CT--G-A-AG--T
gi|32 : --A-GT--C---TG--A---AG--T--C---C--C--A-G-C----AG-T-CC--A-AA----A--GCC-C-A-C--T-A-G-T----------AAG-TTCA-T---C--A-G-T-CC---A-A-A----G-G-C-------C-CAC--TA-G-T--CCG-Acccagcagtccaaaagcccactagtaagttcatcagtccaaaggcccactagtccga
gi|33 : tccaaaggcctgctagtctaatggttgagtGA-A-GGATCACT--A--TAC-CG--AGTCTGTTA---GTCCACAC-A--A-GC--C---CG--A---AT--G--T---T--C--G-T-T-AG-A----CC--G-AA----A--GCC-C-A-C--A-A-G-T---CC--GA-CGG-TTCACTAACT--A-G-T-TC---G-A-A----
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gi|36 : ata----G--GTC-C-A-C--GGA-G-T---CC--GA-AGG-TTCA-T---C--A-G-T-CC---G-A-A----G-G---------C-CAC--GA-G-T--CCG--A--GG-T-TCACCAGT----------C--G-A-AG--TTGGGTTT--GA-AAT--------C---GCA-A-A-GA-TCGTG-TA-A-C
gi|37 : CGCCCAC-G--A--T--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A------G-AGAT-CC--G-AA----G----C-C-ATC--G-A-G-T---C---GA-AGG-TTCA-----G--A-GAT-GC---G-A-A----A-G-C-------C-CA---GAGA-G--TCG-AA--GG-T-TCA--CGT-G-------CC--G-A-
gi|38 : tc--G--T---T--C--G-T-A-CG-AGGTGCC--G-AA----A--GCC-CCA-C--G-A-G-T---CCC-GA-AGG-TTCA-T---C--GTA-T-CC---G-A-AGAATG-G-C-------C-CACT-GAG
gi|38 : ccgcagttccggccagt-C-CG--A-------AA--GC-CCCAC-G--A-GTC-C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-T---CG-TA-T-CC--G-AAGAATG--GCC-C-A-CT-G-A-G-T---taccg
gi|39 : ccgcagttccggccagtgttcgtacgaggtg---GC--A-A-GA-T--TG-CACA-CA--T----G-A-----AAA---A-A-----TA-TT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGG-T-----------------------------TT----A-TA-C-AAGT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---AA-------AA---------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATaccg
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gi|40 : -C-A-C--G-A-G-C---C---GA-AGG-TT-ACT------A-G-T-CA---G-A-A----A-G-C-------T-C-C--GA-G-T--CCG-AA--GG-T-TCA--
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gi|42 : -G---TT----C-TA-C-ATGT------G-G--TG-ATT--AG--------C---AA-------A----------TCTGGAAGG---CC---------TCA--A-G-
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gi|46 : t--GCC-C-A-C--G-A-G-TAACC---GA-AGG-TTCACT---T--A-G-T-CC---G-A-A----G-GTC-------T-CAC--GA-G-T--CTG-AA--AG-ccacga
gi|46 : tccGCCCAC-GAGTAACCGA-A-GGTTCACTTAG--T-C-CG--A-------A---GGTCTCAC-G--A-GT--C---TG--A---AA--GACC---C--C--A-TAT-CG-AG-T-accccatatcgagt
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3164 ) : AGGCCCAC-GAGT--CCGA-A-GGTTCACT--G--T-C-CG--A-------A---GCGCCCAC-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-T-C-CG-AG-T-CC--G-AA----G--GCC-C-A-C--G-A-G-T---C---GA-AGG-TTCACT---C--A-G-T-CC---G-A-A----G-G-C-------C-CAC--GAGG-T--CCG-AA--GG-T-TCA--AGT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TAT------TAC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA--G----G-A-----AAA---A-A---A-TA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATA
gi|1 : GTCCAC-GAGT--CCGA-A-GGCCCAC--------------------------------AC-G--A-GT--C---CG--A---AG--T--T---T--C--A-G-T--A-AG-T-CC--G-AATTTTG--GCC-C-A-C--G-A-G-TC--C---GA-AGT-TTCAGT------A-T-T-GC---G-ACG----G-G-CA------C-CAC--GAGT-C--TCGCAC--GG-TGTCA--TGT-AG--T---CCGAG-A-AA--TT-GG-TC--GACTA-------TAC---GC--A-ACGA-------CA-A-CA--G----G-A-----CAC---A-A---G-TA-TC-A-----------------T-A------CT-A------GTCGATCT-CTAGAGTAC---C-ACA----GT----C-TT-GATCTT----ATTA-A-AGGT-CACAGG-A--TG-ATT--ATAG------C---AA-------A----------
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gi|14 : gtccatcaTGGG-TC--GA-TAT-------AC---GC--A-A-GA-T--TG-TA---CA--G----G-A-----AAA-----A---A-TA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTATA-T-C---C--AA----GT----CATT-G---TT----G--A-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AG--------C---AAAAATTT-A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--ATT-TACATAcaacg
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gi|17 : aAA---A-A---A-TA-AT-G-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GG----CATT-G---TT----G-AA-A-ATGT-C----G-G--TG-ATT--AT--------C---TACTACCCGG----------TAG-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATAtgnaaaaataatgtactagtatctagatccaaaggcattgttgaaaatgtcggtgattatctactacccggtaggaaggccttcaagtacata
gi|18 : acaagattgtaacaggaaaataaatatactagtatctagatccaaatgnT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGTG-T---GA-TAT------TACC--GC--A---GA-T--GC-TA-A-CA--G----G-A-----AAA---C-A-----TA-AT-A-----------------T-A------CT-ATCTTTTGT--A--T-CTTGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----T-TATA-AGGT-T----G-A--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-G-AGGTTTTT--T------TCA--A-G-TACAT
gi|19 : atC-C-A-C--G-A-G-T---CCTCGA-AGG-TTCAC----C--A-G-T-CC---GAA-A----G-G-C-------C-CAT--CGCG-T--CCG-CA--GGTT-TCA--CGTGAG--TTGACC--G-T-AA--CTGGT-TT--GA-TAG------TATACGGT--A-A-GA-T--TG-TA-A-TA--ATTTTG-A-----AAA---A-C---GTTA-CT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTtcaa
gi|2 : tGTCCAC-G--ATGT--CAACCG--A---AG--A--TAA-T--C--A-T-C----AG-T-CC--A-AT----GTAGTT-C-A-CT-G-T-T-T---C---GA-GGC-CTCAA----C--A-G---CC---G-A-C----A-G-CAGATGCACGCAC--GGAG-TTACCG-GACGGG-T-T-G--AGT-AG--TT--CC--A-A-AA--CTGG------------------T------C--A-A----------TA-A-CAA-G----G-A-----AAA---A-A---A-TA-AT-A-----------------T-AATTTTGCT-A------G---A--T-CTTGA-T-CTCGC-ATACCTGAT----C-TT-GA--TT----A-TA-CTAGTT-CTCA-G-G--TGCATT--AG--------CACTAA-------A----------TAT-GAAGG---CCA-T------TCA--ga
gi|20 : tcacgGCCCAC-GAGT--ACGA-A-GGTTCATT--AGTT-C-CG--A-------A---GC--CCAC-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-----CT-AG-T-TC--G-AA----A--G-C-C-A-C----A-G-TC--C---GA-AGG-TTCAGC---G--A-G-TCCC---G-A-A----A-G-C-------C-CAC--GA-G-T--CCG-AA--GG-T-TCA--ACG-AG--T---CC--gattaattaaaaggccgtaaccaaaatgcggtgtcgggggggcatatctttgagaaatgtgtggggtatttacgggtgcacagtgcacgcccaatttaaagatgaaaaatactta
gi|21 : tgtccCCCAC-TAGT--CGGA-A-G-TTCACG--A--G-CGCG--ATTAA---A---GTGCCCAT----A-GT--C-------G---AG--G--T---T--C--A-----CG-A--T-CC--GTAA----A--GCC-C-A-C--T-A-T-C---C---GA-AG--TTCAT-------G-G-T-CC---G-A-A----A-G-C-------C-CAC--GA-T-T--CCG-GA--AG-T-TCA--CG--AG--T---CC--G-A-cga
gi|22 : ccgt----G--GTC-C-A-C--G-A-G-T---CC--GA-AGT-TTTA-T---C--A-G-T-CC---G-A-A----G-G-C-------C-CA----A------CCA-A---------------T-AA--T---C---G-A-A----------T--GA-AAT------ACC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA--T----G-A-----AAA---A-A-----TA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAG----------------------------G---TT----A-TA-A-AGGT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---A
gi|23 : cacGCCCAC-GAGT--CCGA-A--CTTCACTA-G--T-C-CGTAA-------A---G---CCAC-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--TCAA-T------AT-T-CC--G-AA----T--GCC-C-A-CG-G-A-G-TC--C---GA-ATG-TTCACG---C--A---T-CC---G-A-A----A-G-C-------C-CAC--G-GG-T--CCG-AA--GT-T-TCA--
gi|24 : ccTGGG-TT--GA-TAT-------AC---G----------------TA-A-CA--G----GGA-----AAA---A-A---A-TATAC-A-----------------TTA------CT-A------GC--A--T-CTAGA-T-C---CAAAA----GT----CATTGG---TTTA--A-AA-A-AAGTAC----G-G--TG-ATT--A---------C---AA-------ATAAACCCCG-TAT-GAAG-----C--T------TCC--A-G-TACATAcga
gi|25 : -T-CC--G-AA----G--GCT-C-A-C--A-T-G-T---CC--GA-AGG-TTCA-T---C--A-G-T-CC---G-A-A----G-G-C-------C-CAC--GA-G-T--CCG-AA--GG-T-TC---AGT-AG--T---TC--G-T-AA--TTGGG-TT--GA-TATACCGG-TAC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA--G----G-A-----CAA---A-A---ca
gi|26 : tcac-T-CC--G-AA----G--GTCAC-A-T--G---T-T---C---CA-GAG-TTCA-T---C--A-G-T-CC---G-A-A----G-G-C-------C-CAC--GAGG-T--CCG-AA--GG-T-TCC--AGT-AG--T---TT--C-G-TA--TTGGG--T--GA-TATAACCGGTAA---GCA-A-A-GATT--TG-TA-A-CA--G----G-A-----CAA---A-A---
gi|27 : -A-CA--G----G-A-----AAA---A-A---G--A-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-A---TT----T-TA-A-AGGC-C----G-G--TG-ATT--A
gi|28 : TGGG-TC--GA-TAC-------AC---GC--A-A-GA-T--TA-TA-A-CA--G----G-A-----AAA---A-A-----TA-AC-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TTGTTAA-TT-A-AGGT-T----G-G--TG-ATT--AG--------C---AA-------A----------AAT-AAAgacagaggacatgaaaaaaggccgtaccgaaaggggtggggtgggggggg
gi|29 : CCACCGAGT--CCGAGA-GGTTCAAC--GAGT-C--G--A-------AAAAGTCCTCAT-G--A-GT--C---CG--A---AG--A--G---T--C----T-CACG-A--T-CCGAG-AA----A--GCC-CTT-T--G-A-G-TA--C---GA-AGG-TTCACT---atgtatatgaa
gi|3 : GGTCCAC-GAGT--CCGA-ATAGTTCACTCAG--T-C-CG--A-------A---G-GCCCAC-GGCA-GT--C---CGTCG---AG--G--CCAGT--C--A-T-------G-T-CC--G-AA----G--GC----A-C--G-----T---T---A------TTCAC----C--A-G-T-CC---G-A-A----G---C-------C-CAC--AAG-----TCG-AA--GGGT-TCC--AAT-AG--T---C---G-A-AA--CTGGG-TTTGAA-TATAG----CGC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A--A--G----C-G-----AAC---A-A---T-TA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-----------------------------ATT-G---TT----C-TAGA-AGGT-C----GCG--TG-ATT--ACTGAGCTAGC---AA-------A----------TAT-GAAGG---CG--T------TCA--A-G-TAgcgtgtaaaccgaaat
gi|30 : atgCGCCCAC-A--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--CA-A-T------AA-T-CC--G-AA----A--GCC-C-A-C--C-A-GCC---C---GA-AAG-TTC-TT---G--A-G-T-CC---G-A-A----A-G-C-------C-CGC--CA-A-T--CCG-AA--GG-T-TCA--CG--AG--T---CC--G-A-AA--TTagtaaaaggtgtaaccacagtgtgtgtgtgtgtgggggggggggggggggggggtccacgtgcaaccaaattttaaaatgaaaaatg
gi|32 : ggtgtc-T-CC---A-A-A----G-G-C-------C-TGC--TAG--T--CTA-AT--GG-T-T-G--AGT-AG--T---CT--G-A-AG--T
gi|32 : --A-GT--C---TG--A---AG--T--C---C--C--A-G-C----AG-T-CC--A-AA----A--GCC-C-A-C--T-A-G-T----------AAG-TTCA-T---C--A-G-T-CC---A-A-A----G-G-C-------C-CAC--TA-G-T--CCG-Acccagcagtccaaaagcccactagtaagttcatcagtccaaaggcccactagtccga
gi|33 : tccaaaggcctgctagtctaatggttgagtGA-A-GGATCACT--A--TAC-CG--AGTCTGTTA---GTCCACAC-A--A-GC--C---CG--A---AT--G--T---T--C--G-T-T-AG-A----CC--G-AA----A--GCC-C-A-C--A-A-G-T---CC--GA-CGG-TTCACTAACT--A-G-T-TC---G-A-A----
gi|34 : G-TT--GA-AAT-------AC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-G-CA--C----G-A-----AAA---A-A-----TA-GT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-C--------------AA----G----------G---TT----A-TA-A-AGGT-G----G-G--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---TC--T------TCA--A-G-TACAa
gi|35 : --TG-TA-A-CA--G----G-A-----AAA---C-A-----TA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTTGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-T----G-A--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---TT--T------TCA--A-G-TACA
gi|36 : ata----G--GTC-C-A-C--GGA-G-T---CC--GA-AGG-TTCA-T---C--A-G-T-CC---G-A-A----G-G---------C-CAC--GA-G-T--CCG--A--GG-T-TCACCAGT----------C--G-A-AG--TTGGGTTT--GA-AAT--------C---GCA-A-A-GA-TCGTG-TA-A-C
gi|37 : CGCCCAC-G--A--T--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A------G-AGAT-CC--G-AA----G----C-C-ATC--G-A-G-T---C---GA-AGG-TTCA-----G--A-GAT-GC---G-A-A----A-G-C-------C-CA---GAGA-G--TCG-AA--GG-T-TCA--CGT-G-------CC--G-A-
gi|38 : tc--G--T---T--C--G-T-A-CG-AGGTGCC--G-AA----A--GCC-CCA-C--G-A-G-T---CCC-GA-AGG-TTCA-T---C--GTA-T-CC---G-A-AGAATG-G-C-------C-CACT-GAG
gi|38 : ccgcagttccggccagt-C-CG--A-------AA--GC-CCCAC-G--A-GTC-C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-T---CG-TA-T-CC--G-AAGAATG--GCC-C-A-CT-G-A-G-T---taccg
gi|39 : ccgcagttccggccagtgttcgtacgaggtg---GC--A-A-GA-T--TG-CACA-CA--T----G-A-----AAA---A-A-----TA-TT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGG-T-----------------------------TT----A-TA-C-AAGT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---AA-------AA---------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATaccg
gi|4 : AGGCCCAC-TAGT--CCAA-A-GGTTCA-T--C--C-C-CG--A-------G---GCGCCCAC-A--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-T-C-CA-AGCT-CC--G-AA----G--GCC-C-A-C--G-A-G-T---C---GA-AGG-TTCATT---C--A-G-T-CC---G-A-A----G-G-C-------C-CAC--GAGGGTA-CCG-AA--G--T-TCA--AGT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TATG-----TAC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA--G----G-A-----AAACATACA---G-TA-AT-T-----------------T-T------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----AATT-G---TT----A-TC-A-AGGT-C----G-G--TA-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-AAAGG---TC--T------TCA--A-G-TACATA
gi|40 : -C-A-C--G-A-G-C---C---GA-AGG-TT-ACT------A-G-T-CA---G-A-A----A-G-C-------T-C-C--GA-G-T--CCG-AA--GG-T-TCA--
gi|41 : tAC-T--A-GT--C---CG--A---AGCGG--TA--T--C--A-----CG-AG-T-CC--G-AA----A--GCC-C-A-CTTA-A-G-T---CCC-GA-AGG-TTCA-T---G--A-G-T-CC---G-A-A----A-G-C-------C-TAC--GAGT-T--CCG-ctgcagtggcgtaactaacatatagaagttgcaa
gi|42 : -G---TT----C-TA-C-ATGT------G-G--TG-ATT--AG--------C---AA-------A----------TCTGGAAGG---CC---------TCA--A-G-
gi|43 : -CG-AG-T-CC--G-AA----G--GCA-C-A-C--T-A-G-TC--C---GA-AGG-TTCA-T---C--A-G-T-CC---G-A-A----A-G-T-------T-CAC--GA-G-T--CCG-AA--GG-T-TCA--aaataaaaggccgtaacccaaagcgcggggggggggggg
gi|44 : tcacggtctaC-T-A-C--C-A-G-T---CC--GA-AGG-TTCATT------A-G-T-CC---G-A-A----G-A-C-------C-CAC--TAG--T--CCG-AA--GG-T-TCA--C-C-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TAT------gtg
gi|45 : ---CG--A---AG-----T---T--C--A-----CG-AG-T-CC--A-AA----G---CC-C-A-CT-A-A-G-T---C---GA-AGGATTCA-T---G--A-G-T-CC---G-A-A----A-G-C-------C-CAC--GA-G-T--CCG-AA--GG-act
gi|46 : t--GCC-C-A-C--G-A-G-TAACC---GA-AGG-TTCACT---T--A-G-T-CC---G-A-A----G-GTC-------T-CAC--GA-G-T--CTG-AA--AG-ccacga
gi|46 : tccGCCCAC-GAGTAACCGA-A-GGTTCACTTAG--T-C-CG--A-------A---GGTCTCAC-G--A-GT--C---TG--A---AA--GACC---C--C--A-TAT-CG-AG-T-accccatatcgagt
gi|47 : tccCGCCCAC-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-----CG-AG-T-CC--G-AA----A--GCC-C-A-T--G-A-G-TC--C---GA-AGG-TCCAC----G--A-G-T-CC---G-A-A----
gi|48 : c-GGCCCACTCAG--T-C-CG--A-------A---GTGTTCAC-T--A-GT--C---CG--A---AA--G--C---C--C--A---C-CG-CG-T-CC--G-AA----G--TTC-C-A-C--G-A-G-T---C---a
gi|49 : tcGGTCTAC-GAGT--CCGA-A--GCACACTA-G--T-C-CG--A-------A---GGTTCCAT-C--A-GT--C---AG--A---AA--G--T---T-----A-----CG-AG-T-CC--G-A
gi|5 : cGTCCAC-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--------------------------CC--C-AA----G--ACC-C-A-C--T-A-G-T---C---GA-AGGTTTCACG---CCAA-G-T-CC---G-A-A----G-G-CG------C-CACCAAAGG-C--CGG-AA--GG-T-TC---AGT-AG--T----C--G-A-AA---TGGG-TT--GA-T-T------TAC----C--A-A-G---------A-A-CAC-G----G--------AA---G-A---A-TA-AT-A-----------------T-A------CTAA------GT--A--TGCTAGA-T-C---C-AAG----TT----CAAT-G---TC----A-TATA-AGAT-C----T-C--TG-ATA--AT--------C---AAGGG----A----------CAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-GATACAT
gi|50 : cacg-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGG-T-----------------------------TT----A-TA-A-AG-T-T----G-G--TA-ATT--AT--------G---AA-------A----------TAT-GAACG---CCTTT------TCA--A-A-TACgaaagatccgtaaccgtggtggattgttggtggggggg
gi|51 : CGCCCAC-T--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-----CG-AG-T--C--G-AA----A--GCC-C-A-C--G-A-GCC---C---GA-AGG-TTCAC
gi|52 : ----G-G-T-------C-CAC--GAT--T--CCG-AA--GG-T-TCA----TCAG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--AA--AA------TAC---GC--A-A-Ggag
gi|53 : cGGTCCAA-GAAT--CCGA-A-GGTTCAGTA-G--T-A-CG--A-------A---A-GCCCAC-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--
gi|54 : CGTCCAC-T--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-----CG-AG-T-CC--G-AA----A--GCC-C-A-C--T-A-G-T---C---
gi|55 : tc-AG-T-CC--G-AA----A--GCC-C-A-C--G-A-GTT---C---GA-AGG-TTCACT------A-G-T-CC---G-A-cga
gi|56 : ccacccacc--G--T-T-CG--A-------A---A-GCCCAC-C--A-GT--C---CT--A---AG--G--T---T--C--A-----CG-AG-T-TC--G-A
gi|57 : ctgcacacgaCCCAC-T--A-GT--C---CG--A---AG--GT-T---T--C--A---C-GG-AG-T-CC--G-AA----A--GCC-C-A-C--T-A-G-T---C---
gi|59 : cgcGTCCAC-G--A-GT--C---CA--A---AG--G--T---T--C--A-T-C-
gi|6 : gggtcacg-CG--A-------A---G-GCCCAC-GG-A-AT--C---CG--A---AG------------T--A-T-C-AC-AG-T-C---G-AA----G----C-C-A-C--G-A-G-T---CC--GA-AGG-TTCAC----C--A-G-T-C----G-A-A----G---C-------C-CAC--GAG--T--CCG-AA--GG-T-TCA---GT-AG--T---CC--G-A-AA--CTGGG-TT--GA-TAT-------AC---A---A-A-GA-T--TG-TA-A-CA--G----G-A-----AAA---A-------TT-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAT----GT----AATT-G---TT----C-TA-A-AG-T-C----G-G--TG-ATT--AG--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACA
gi|60 : GTCCAC-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-T-C-ataaaggtcgtaaccaaatgtggtgtgtggggggg
gi|7 : tggttacgCCACCG--A-GTTGC---CG--A---AG--G--T------C--A-T-T-TTTAG-T-CC--G-AA----G--GCC-C-A-CT-A-A-G-T---CCG-AA-AGG-TT---T---C--A-G-------------------------------CAC--G----T--CCG-AA--GGCT-TCA--CCA-AG--T---CC--G-A-AAG-CTGGG-C---GA-TAA------TAC---GTCAA-A-GG-T--TG-TA-A-CATAG----T-ACTTATAAA---T-G---A-TA-AT-A-----------------T-A------CT-T------AT--A--A-TTAGA-TGC---C-AAA----GT----CATT-G---TT----G-TA-A-AGGT-C----G-GT-TG-ATTAGAC--------C---AA-------AATACATTTAGTAC-GAAAG---CC--TTTTCCATCA--T-G-TACATA
gi|8 : tCAC-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---C--C--A-----CG-AG-T-CC--G-AA----G--GCC-CCA-C--GTA-G-T---C---A----------------------T-CCCGAG-A-A----G-G-T-------C-CAT--AA---T--CCG-AAA-GG-T-TCA----C-CG--T---CC--G-A-A---TTGAG-TTT-GA-AAA------TAC---GCG-A-A-GA-T--TG-CA-A-CG--A----T-A-----GAT---A-A---A-TA-TTTA-----------------T-C------CT-A------GT--A--T-CTAGG-T-TA--T-AAA----GTTGTACATT-C---CT----A-TC-----GTAC----G-G-----AT---AT--------C---AA-------T----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATataa
gi|9 : ---G-G-A----A-G-T-------T-CAC--CAAG-T--CCG-AA--AG-T-C----AGT-AA--TG--CC--GGA-AA--TTGG--TT--GA--ATCA----TAC---GC--A-A-GA-T--TGGTA-A-CG--G----G-A-----AAA---A-ACTAA-TA-AT-ACACAACGATTGTGTAACT-A------CG-A------GT--A--T-CTAGA-C-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-C----G-AGTTGCATT--AT--------T---CA-------ATAC-------TAT-GAA-G---CT--T------TCATCA-G-TACATAcaaggccaaacaaatatgtgggtgtggtgggggggg
blockSeqs : C AA G T AGT A G TA GTCTGTTAGT GGC T TG AAC TC CTG CG AC CAG AT CA GTCCG A G GA T GAAT TA A T T TTA T C CCTC T A CTAACT T A C CGA G . GAAT A T AGATGCA G CA GGG TA . CG T . CCAGT AT TGA . G C AA T TT T AACCGGT ACG CA T . T AA G C A TA TTTT G CTTAT CATACAG T T CACAACGATTGTGTAAC T ATTTTG A TCTTTT . . G A CTCG A CCTGAT G A GTTA . T T CTCA C GT C AG CTGAGCTAG ACT AATACATTTAG G TTT TT TTTCCA TC T A
blockSeqs : . . . . GAG . . . TTAAAGT GG . C . . . . T AA . A TCACG G . . . . . . C . TG . C AACC . T CGCCA . . . . A . . . . G . T AG A . A G . CCAA . T . . . G . TG A ACCGGT C A . . . CG . . . A . . . AACTAA . . . . . . . . . . A GC . GTTGTA . . TA . G . AC . T C . G . ATAAACCCCG . . A . C . .
blockSeqs : . . . . CAG . . . AAAAGT CG . . . . . . . A . . TATCG C . . . . . . C . GG . T TTC . . ACC . . . . . . . . . . . . CG . . . C . CGTG . G . . . . . T T ACCGGT . A . . . . . . . C . . . ACGT . . . . . . . . . . A TA . GT . . . . T . AC . . . . T . CTACCCGG . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . CAG . . . AGC G . . . . . . . . . . TTAG . . . . . . . . . TG . . CCC . . CGC . . . . . . . . . . . . GG . . . . . ACC . . . . . . . . T CAT . . . . . . . . . . . . . TAA . . . . . . . . . . A C . GT . . . . . . C . . . . T . AAATTTA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AG . . . GGC G . . . . . . . . . . TACG . . . . . . . . . TA . . CCG . . TTG . . . . . . . . . . . . GG . . . . . AGT . . . . . . . . A GT . . . . . . . . . . . . . AAA . . . . . . . . . . A C . GT . . . . . . T . . . . T . GGGA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AG . . . AGG G . . . . . . . . . . TCCA . . . . . . . . . TA . . CC . . TTC . . . . . . . . . . . . GA . . . . . ACG . . . . . . . . A T . . . . . . . . . . . . . AAA . . . . . . . . . . A C . GG . . . . . . C . . . . T . ATAC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AG . . . AGT G . . . . . . . . . . TCAC . . . . . . . . . GT . . CC . . CTT . . . . . . . . . . . . GT . . . . . AGT . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . AAA . . . . . . . . . . A C . GT . . . . . . G . . . . T . AA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AG . . . AGG G . . . . . . . . . . TCG . . . . . . . . . G . . CC . . CC . . . . . . . . . . . . GG . . . . . AGT . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . AAG . . . . . . . . . . A C . GT . . . . . . T . . . . G . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . AG A . . . . . . . . . . CCG . . . . . . . . . G . . CC . . CT . . . . . . . . . . . . AG . . . . . AAT . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . AAT . . . . . . . . . . A C . GT . . . . . . C . . . . T . A . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . AG A . . . . . . . . . . CGG . . . . . . . . . G . . AC . . CC . . . . . . . . . . . . G . . . . . AGT . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . GAA . . . . . . . . . . A C . GT . . . . . . T . . . . G . A . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . AA G . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . T . . CC . . AC . . . . . . . . . . . . G . . . . . CGT . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . TGA . . . . . . . . . . A C . GT . . . . . . T . . . . T . A . . . . . . .
blockSeqs : G . . . AA G . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . G . . CC . . TC . . . . . . . . . . . . G . . . . . AGT . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . AAA . . . . . . . . . . G C . GT . . . . . . C . . . . T . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . AG A . . . . . . . . . . CT . . . . . . . . . A . . CC . . TC . . . . . . . . . . . . T . . . . . AGT . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . A C . TT . . . . . . T . . . . T . A . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . CG . . . . . . . . . G . . CC . . TC . . . . . . . . . . . . G . . . . . CCA . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . A C . GT . . . . . . C . . . . T . A . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . GC . . . . . . . . . G . . CC . . CC . . . . . . . . . . . . G . . . . . AGT . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . G C . GT . . . . . . G . . . . G . A . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . CG . . . . . . . . . G . . CC . . TC . . . . . . . . . . . . A . . . . . GT . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . A C . GT . . . . . . T . . . . T . A . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . CG . . . . . . . . . C . . C . . TC . . . . . . . . . . . . G . . . . . GT . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . A C . G . . . . . . T . . . . T . A . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . CG . . . . . . . . . T . . C . . TC . . . . . . . . . . . . G . . . . . CG . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . C . . . . G . A . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . CG . . . . . . . . . A . . C . . CT . . . . . . . . . . . . G . . . . . CG . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . C . . . . C . A . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . CG . . . . . . . . . G . . C . . TG . . . . . . . . . . . . G . . . . . CC . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . A .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . CG . . . . . . . . . G . . T . . TC . . . . . . . . . . . . G . . . . . TC . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . T . T
blockSeqs : T . . . . . . . . . . CG . . . . . . . . . G . . C . . TT . . . . . . . . . . . . G . . . . . GT . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . CG . . . . . . . . . G . . C . . TG . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . C . . CG . . . . . . . . . . . . G . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . C . . CT . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . G . . C . . CC . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . G . . C . . TC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . C . . . .
blockSeqs : . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : AG*** AG*********** CG****** **** CC***** ******* G** ** T* T****** AA********* ** ** A* C**** *** C***** T********
originalCons : AGGCCCAC-GAGT--CCGA-A-GGTTCACT--G--T-C-CG--A-------A---GCGCCCAC-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--A-T-C-CG-AG-T-CC--G-AA----G--GCC-C-A-C--G-A-G-T---C---GA-AGG-TTCACT---C--A-G-T-CC---G-A-A----G-G-C-------C-CAC--GAGG-T--CCG-AA--GG-T-TCA--AGT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TAT------TAC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA--G----G-A-----AAA---A-A---A-TA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATA
finalCons : AGGCCCAC-GAGT--CCGA-A-GGTTCACTAG---T-C-CG--AAG-----------GCCCAC-G--A-GT--C---CG--A---AG--G--T---T--C--ACG------AG-T-CC--G-AA----G--GCC-C-A-C--G-A-G-TCC-----GA-AGG-TTCACT---C--A-G-T-CC---G-A-A----G-G-C-------C-CAC--GAG--T--CCG-AA--GG-T-TCA--AGT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GAT-ATT------AC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA--G----G-A-----AAAAA---------TA-AT-A-----------------T-A------CT-A------GT--A--T-CTAGA-TC----C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGTC-----G-G--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): ATGAAGGCCTTCAATTAAATAAAAGGCCGTGATCAAAGTGTGTGTTTGGGGGGGGTGTGTCCACTAGGTGGACGTGCACCCCAATTTAAAAATGAAAA
Unaligned ( gi|58 ): CCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCC
Alignments
lowQualScore : 1111111 22222222 1111111 2222222 11111111111111111 333333333333333333
lowQualScore : 444 2 2 55 2 1 66 2 2 0000000 333 3 55 3 77777 1 22 222 1 22 222 1 2 555 1 11 5555555 3 22 1 4444 2222 11 1 777 1 1 11 444444 22 1 1 1 1 1 11111111 1 1 2222 2 6666 2222 1 33 2 333 55555555 1 11 44 1 1 1 33 3 1 4444444 22 666 22 1 1 44 1 55 33 9999999 444 66 1 1 1 33 1 1 1 1 4444 4444444 1 1 33333 4444 0 1 00000000000000000 444444 33333 1 444444 22 22 1 11 66666 1 4444444444 0 1 444 5555 1 4 1 777777 1 33 3 22 888888888 222 000000000000000000 1 333 44 555555 44 2 2
lowQualScore : ... . . .. . . .. . . ....... ... . .. . ..... . .. ... . .. ... . . ... . .. ....... . .. . .... .... .. . ... . . .. ...... .. . . . . . ........ . . .... . .... .... . .. . ... ........ . .. .. . . . .. . . ....... .. ... .. . . .. . .. .. ....... ... .. . . . .. . . . . .... ....... . . ..... .... . . ................. ...... ..... . ...... .. .. . .. ..... . .......... . . ... .... . . . ...... . .. . .. ......... ... .................. . ... .. ...... .. . .
lowQualScore : 777 2 2 00 1 9 22 1 0 8888888 000 3 00 0 44444 5 00 666 5 00 666 3 6 222 2 77 7777777 5 99 2 4444 7777 77 2 888 2 2 66 666666 99 2 2 2 3 3 00000000 4 3 9999 8 2222 8888 4 33 8 777 55555555 3 88 55 4 4 4 77 1 6 4444444 33 222 33 7 7 33 5 66 77 6666666 111 22 4 4 5 99 4 4 4 4 3333 5555555 4 4 44444 8888 5 4 00000000000000000 111111 66666 4 111111 00 00 4 88 66666 5 0000000000 7 5 222 4444 5 6 5 888888 5 77 1 22 666666666 999 888888888888888888 8 333 55 555555 55 1 1
consensus : AGGCCCAC-G-AGTCCGA-A-G--GT-TCA-CN-AGT-CCG-A-------A---G-GCC--CA-C--G--A-GT--C---C-G--A---AG-G-T---T-C--A--CG---AG-T--CCG-A----A----G--GCCC-AC-G-A-G-T--C------C--GA-A-GG-T-TC-ACT---C--A-GT-C----CG-A----A----G-G--C-CCA---C--G-----A-G--T--C-C-G-AA--GG-T-TCA--AGT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TAT------TAC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA-G----G-------A-AA-A-----AA----TAAT-A-----------------TA------C-----T-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATA
Reference ( family-3164 ) : AGGCCCAC-G-AGTCCGA-A-G--GT-TCA-CT-AGT-CCG-A-------A---G-GCC--CA-C--G--A-GT--C---C-G--A---AG-G-T---T-C--A--CG---AG-T--CCG-A----A----G--GCCC-AC-G-A-G-T--C------C--GA-A-GG-T-TC-ACT---C--A-GT-C----CG-A----A----G-G--C-CCA---C--G-----A-G--T--C-C-G-AA--GG-T-TCA--AGT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TAT------TAC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA-G----G-------A-AA-A-----AA----TAAT-A-----------------TA------C-----T-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATA
gi|1 : --GT-CCA-CG-AGT-CCG-A-------A---G-GCCCACA-C--G--A-GT--C---C-G--A---AG-T-T---T-C--AG-TA---AG-T--CCG-A----ATTTTG--GCCC-AC-G-A-G-T--C------C--GA-A-GT-T-TC-AGT------A-TT-G----CG-AC---G----G-G--CACCA---C--G-----A-G--T--CTC-GCAC--GG-TGTCA--TGT-AG--T---CCGAG-A-AA--TT-GG-TC--GACTA-------TAC---GC--A-ACGA-------CA-A-CA-G----G-------ACAC-A-----AG----TATC-A-----------------TA------C-----T-A------GTCGATCT-CTAGAGTAC---C-ACA----GT----C-TT-GATCTT----ATTA-A-AGGT-CACAGG-A--TG-ATT--ATAG------C---AA-------A----------
gi|10 : ---G-GTC--CA-C--G--A-GT--C---C-G--ACTGAG-G-T---T-C--A--TC---AG-T--CCA-A----A----G--TCCC-AT-G-A-G-T--TT-----C--AA-A-GG-T-TC-AC----C--A-GT-C----CG-A----A----G-G--C-CTA---C--G-----A-G--T--C-C-G-AA--GG-T-TCA---GT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TAT-------AC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA-G----G-------A-AA-A-----AA----TAAT-A-----------------AT------C-----T-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-C---TT----A-TA-A-AGGT-C----G-G--TG-agtggacttttattaggaaaaggcccagtacactgaacagactgtgtgatggtgtgggtgggcgggggctccactacgggtgcagcgtgctaccccatgtttacctgaaaaatgctaagaactgta
gi|11 : ---G-GTC--CA-C--G--A-GT--C---C-G--A---AG-G-T---T----A--TC---AG-T--CCG-ATCGAA----G--GTCC-AC-G-ATG-T--C---------GATA-GG-T-TC-AAC---C--A-GT-C----CG-A----A----GAG--C-CCA---CT-A-----A-G--T--C-C-G-GA--GG-T---A--AGC-AGATC---CC--G-ACAA--TGGAG-TT--GA--AA------TAC---GC--A-A-GA-T--TG--A-A-C---------------G-AA-A-----AA----T--T-A-----------------TA------C-------A------GT--A--T-ATAG
gi|12 : cTGGG-TC--GA-TAT-------AC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA-G----G-------A-AA-A-----AA----TAAT-A-----------------TG------C-----T-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----G-TA-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AG--------C---AAAAATTT-A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-T-TACATAg
gi|13 : c-G--T-CCA---T--C-----A-G--T--C-C-G-AA--GG-T-TCA---GT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TATACCGG-TAC---GC--A-A-GT-T--TG-TA-A-CA-G----G-------A-AA-A-----AA----TA---------------------TA------C-----T-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGAT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-AAAGG---TC--T------CCA--A-G-TACATAaaaggccgtaatcaaagtgtgtgtgtgggggggg
gi|14 : TGGG-TC--GA-TAT-------AC---GC--A-A-GA-T--TG-TA---CA-G----G-------A-AA-A-----AA----TAAT-A-----------------TA------C-----T-A------GT--A--T-CTATA-T-C---C--AA----GT----CATT-G---TT----G--A-A-AGGT-C----G-G--TG-ATT--AG--------C---AAAAATTT-A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--ATT-TACATAcaacg
gi|15 : c-GG-T-CC-ACT------A-GT-C----CGGA----A----G-G--C-CCA---C--T-----A-G--T--C-C-G-AA--GG-T-TTC--ACC-AG--T---CC--G-A-AAAATTGG--TT--GA-AAT-------AC---GC--TTA-GA-T--TG-TA-A-CA-T----G-------A-AA-A-----A-----TAAT-A-----------------TA------C-----T-A------GT--T--T-CTAG----------------------------G---TT----A-TA-A-AGGT-G----A-G--TA-ATT--GT--------C---AA-------A----------TAT-GAGGG---CC--T------TCA--aaaggccgtaatcaaaagtgtgtgttaatggggggg
gi|16 : cgcgt-C----CG-A----A----G-G--C-CCA---C--T-----A-------T-C-G-AA--GG-T-TCACCAA--AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TTTTGA-AAT-------AC---GC--A-A-GA-TAATG-CA-AACA-T----G-------A-AA-A-----TA----TATT-A-----------------TA------C-----C-A------GT--A--T-CTAG----------------------------G---TT----A-TA-A-AAGT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCGC-A-G-TA
gi|17 : acC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA-G----G-------A-AA-A-----TA-----AAT-A-----------------TA------C-----T-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----aca
gi|17 : a----G-------N-AA-A-----AA----TAAT-G-----------------TA------C-----T-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GG----CATT-G---TT----G-AA-A-ATGT-C----G-G--TG-ATT--AT--------C---TACTACCCGG----------TAG-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATAtgnaaaaataatgtactagtatctagatccaaaggcattgttgaaaatgtcggtgattatctactacccggtaggaaggccttcaagtacata
gi|18 : acaagattgtaacaggaaaataaatatactagtatctagatccaaatT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGTG-T---GA-TAT------TACC--GC--A---GA-T--GC-TA-A-CA-G----G-------A-AA-A-----CA----TAAT-A-----------------TA------C-----T-ATCTTTTGT--A--T-CTTGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----T-TATA-AGGT-T----G-A--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-G-AGGTTTTT--T------TCA--A-G-TACAT
gi|19 : atCC-AC-G-A-G-T--C------CTCGA-A-GG-T-TC-AC----C--A-GT-C----CGAA----A----G-G--C-CCAT--C--G-----C-G--T--C-C-G-CA--GGTT-TCA--CGTGAG--TTGACC--G-T-AA--CTGGT-TT--GA-TAG------TATACGGT--A-A-GA-T--TG-TA-A-TA-ATTTTG-------A-AA-A-----ACGT--TACT-A-----------------TA------C-----T-A------GT--A--T-CTtcaa
gi|2 : t---G-GTC--CA-C--G--ATGT--CAACC-G--A---AG-A-TAA-T-C--A--TC---AG-T--CCA-A----T----GTAGTTC-AC-T-G-T-T--T------C--GA-G-GC-C-TC-AA----C--A-G--C----CG-ACAGCA----G-A--T-GCA---C--GCACGGA-G--TTAC-C-G-GACGGG-T-T-G--AGT-AG--TT--CC--A-A-AA--CTGG--TC--AA-TA-------------AC--A-A-G----------------G----A-------A-AA-A-----AA----TAAT-A-----------------TAATTTTGC-----T-A------G---A--T-CTTGA-T-CTCGC-ATACCTGAT----C-TT-GA--TT----A-TA-CTAGTT-CTCA-G-G--TGCATT--AG--------CACTAA-------A----------TAT-GAAGG---CCA-T------TCA--ga
gi|20 : tcacGCCCAC-G-AGTACGA-A-G--GT-TCA-TT-AGTTCCG-A-------A---G--CC--CA-C--G--A-GT--C---C-G--A---AG-G-T---T-C--A--CT---AG-T--TCG-A----A----A--G-CC-AC---A-G-T--C------C--GA-A-GG-T-TC-AGC---G--A-GTCC----CG-A----A----A-G--C-CCA---C--G-----A-G--T--C-C-G-AA--GG-T-TCA--ACG-AG--T---CC--gattaattaaaaggccgtaaccaaaatgcggtgtcgggggggcatatctttgagaaatgtgtggggtatttacgggtgcacagtgcacgcccaatttaaagatgaaaaatactta
gi|21 : tgtccCCCAC-T-AGTCGGA-A-G---T-TCA-CG-AGC-GCG-ATTAA---A---GTGCC--CA-T-----A-GT--C--------G---AG-G-T---T-C--A--CG---A--T--CCGTA----A----A--GCCC-AC-T-A---T--C------C--GA-A-G--T-TC-AT-------G-GT-C----CG-A----A----A-G--C-CCA---C--G-----A-T--T--C-C-G-GA--AG-T-TCA--CG--AG--T---CC--G-A-cga
gi|22 : ccgt----G--GTCC-AC-G-A-G-T--C------C--GA-A-GT-T-TT-A-T---C--A-GT-C----CG-A----A----G-G--C-CCA------------A-------C-C-A-A---------------T-AA--T---C---G-A-A----------T--GA-AAT------ACC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA-T----G-------A-AA-A-----AA----TAAT-A-----------------TA------C-----T-A------GT--A--T-CTAG----------------------------G---TT----A-TA-A-AGGT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---A
gi|23 : cacGCCCAC-G-AGTCCGA-A-C---T-TCA-CT-AGT-CCGTA-------A---A-G-C--CA-C--G--A-GT--C---C-G--A---AG-GTT---T-C--A--AT---AT-T--CCG-A----A----T--GCCC-ACGG-A-G-T--C------C--GA-A-TG-T-TC-ACG---C--A--T-C----CG-A----A----A-G--C-CCA---C--G-----G-G--T--C-C-G-AA--GT-T-TCA--
gi|24 : ccTGGG-TT--GA-TAT-------AC---G----------------TA-A-CA-G----G-------G-AA-A-----AA-----AAT-A-----------------TA------CATTACT-A------GC--A--T-CTAGA-T-C---CAAAA----GT----CATTGG---TTTA--A-AA-A-AAGTAC----G-G--TG-ATT--A---------C---AA-------ATAAACCCCG-TAT-GAAG-----C--T------TCC--A-G-TACATAcga
gi|25 : ---T-C--A--C-------T--CCG-A----A----G--GCTC-AC-A-T-G-T--C------C--GA-A-GG-T-TC-A-T---C--A-GT-C----CG-A----A----G-G--C-CCA---C--G-----A-G--T--C-C-G-AA--GG-T-TC---AGT-AG--T---TC--G-T-AA--TTGGG-TT--GA-TATACCGG-TAC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA-G----G-------A-CA-A-----AA----ca
gi|26 : -T--CCG-A----A----G--GTC--AC-A-T-G-T--T------C--CA-G-AG-T-TC-A-T---C--A-GT-C----CG-A----A----G-G--C-CCA---C--G-----AGG--T--C-C-G-AA--GG-T-TCC--AGT-AG--T---TT--C-G-TA--TTGGG--T--GA-TATAACCGGTAA---GCA-A-A-GATT--TG-TA-A-CA-G----G-------A-CA-A-----AA----
gi|27 : -A-CA-G----G-------A-AA-A-----AA----GAAT-A-----------------TA------C-----T-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-A---TT----T-TA-A-AGGC-C----G-G--TG-ATT--A
gi|28 : TGGG-TC--GA-TAC-------AC---GC--A-A-GA-T--TA-TA-A-CA-G----G-------A-AA-A-----AA----TAAC-A-----------------TA------C-----T-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TTGTTAA-TT-A-AGGT-T----G-G--TG-ATT--AG--------C---AA-------A----------AAT-AAAgacagaggacatgaaaaaaggccgtaccgaaaggggtggggtgggggggg
gi|29 : CCACCG-AGTCCGAGA-G--GT-TCAACG-AGT-C-G-A-------AAAAG-TCCT-CA-T--G--A-GT--C---C-G--A---AGAG-TC--T-C--A--CG---A--T--CCG-AGA--A----A--GCCC-TTTG-A-G-T--A------C--GA-A-GG-T-TC-ACT---atgtatatgaa
gi|3 : GGTCCAC-G-AGTCCGA-ATA--GT-TCA-CTCAGT-CCG-A-------A---G-GCC--CA-C--GGCA-GT--C---C-GTCG---AG-G-CCAGT-C--A--TG------T--CCG-A----A----G--GC---AC-G-----T--T---------------A-T-TC-AC----C--A-GT-C----CG-A----A----G----C-CCA---C--A-----A-G--T--C-G-A-AG--GG-T-TCC--AAT-AG--T---C---G-A-AA--CTGGG-TTTGAA-TATAG----CGC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A--A-GC---G-------A-AC-A-----AT----TAAT-A-----------------TA------C-----T-A------GT--A--T-----------------------------ATT-G---TT----C-TAGA-AGGT-C----GCG--TG-ATT--ACTGAGCTAGC---AA-------A----------TAT-GAAGG---CG--T------TCA--A-G-TAgcgtgtaaaccgaaat
gi|30 : atgGCCCAC-A-AGTCCGA-A-G--GT-TCA-AT-AAT-CCG-A-------A---A-GCC--CA-C--C--A-GC--C---C-G--A---AA-G-T---T-C--T--TG---AG-T--CCG-A----A----A--GCCC-GC-C-A-A-T--C------C--GA-A-GG-T-TC-AC----G--A-GT-C----CG-A----A----agtaaaaggtgtaaccacagtgtgtgtgtgtgtgggggggggggggggggggggtccacgtgcaaccaaattttaaaatgaaaaatg
gi|32 : ggtgtccTCCAA-A-G--GC-CTG-CT-AGT-CTA-A-------T---G-GTT--GA-G--T--A-GT--C---T-G--A---AG-T-C---C-C--A--GC---AG-T--CCA-A----A----A--GCCC-AC-T-A-G-T---------------A-AG-T-TC-A-T---C--A-GT-C----CA-A----A----G-G--C-CCA---C--T-----A-G--T--C-C-G-Aatt
gi|33 : GA-A-G--GA-TCA-CT-ATA-CCG-AGTCTGTTA---G-TCCA-CA-C--A--A-GC--C---C-G--A---AT-G-T---T-C--G--TT---AG-A--CCG-A----A----A--GCCC-AC-A-A-G-T--C------C--GA-C-GG-T-TC-ACTAACT--A-GT-T----CG-A----A----
gi|34 : G-TT--GA-AAT-------AC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-G-CA-C----G-------A-AA-A-----AA----TAGT-A-----------------TA------C-----T-A------GT--A--T-C--------------AA----G----------G---TT----A-TA-A-AGGT-G----G-G--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---TC--T------TCA--A-G-TACAa
gi|35 : --TG-TA-A-CA-G----G-------A-AA-A-----CA----TAAT-A-----------------TA------C-----T-A------GT--A--T-CTTGA-T-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-T----G-A--TG-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---TT--T------TCA--A-G-TACA
gi|36 : ata----G--GTCC-AC-GGA-G-T--C------C--GA-A-GG-T-TC-A-T---C--A-GT-C----CG-A----A----G-G--C-C-A---C--G-----A-G--T--C-C-G-A---GG-T-TCACCAGT----------C--G-A-AG--TTGGGTTT--GA-AAT--------C---GCA-A-A-GA-TCGTG-TA-A-C
gi|37 : GCCCAC-G-A-TCCGA-A-G--GT-TCA-GA-GAT-CCG-A-------A---G---C--CATC--G--A-GT--C-----G--A---AG-G-T---T-C--A---G---AGAT--GCG-A----A----A--GCCC-AGAG-A-G-T--C---------GA-A-GG-T-TC-AC
gi|38 : tcc-G-T---T-CGTA--CG---AGGTG-CCG-A----A----A--GCCCCAC-G-A-G-T--C------CC-GA-A-GG-T-TC-A-T---C--GTAT-C----CG-A----AGAATG-G--C-CCA---CT-G-----A-G--TA-C-C-G-gtgccga
gi|39 : ccgcagttccggccagt---GC--A-A-GA-T--TG-CACA-CA-T----G-------A-AA-A-----AA----TATT-A-----------------TA------C-----T-A------GT--A--T-CTAGG-T-----------------------------TT----A-TA-C-AAGT-T----G-G--TA-ATT--AT--------C---AA-------AA---------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACAT
gi|4 : AGGCCCAC-T-AGTCCAA-A-G--GT-TCA-TC---C-CCG-A-------G---GCGCC--CA-C--A--A-GT--C---C-G--A---AG-G-T---T-C--ATCCA---AGCT--CCG-A----A----G--GCCC-AC-G-A-G-T--C---------GA-A-GG-T-TC-ATT---C--A-GT-C----CG-A----A----G-G--C-CCA---C--G-----A-GGGTA-C-C-G-AA--G--T-TCA--AGT-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TATG-----TAC---GC--A-A-GA-T--TG-TA-A-CA-G----G-------A-AA-ACATACAG----TAAT-T-----------------TT------C-----T-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAA----GT----AATT-G---TT----A-TC-A-AGGT-C----G-G--TA-ATT--AT--------C---AA-------A----------TAT-AAAGG---TC--T------TCA--A-G-TACATA
gi|40 : --CA-C--G--A-G---C---C-G--A---AG-G-T---T----A--CT---AG-T--CAG-A----A----A--GCTC--C-G-A-G-T--C------C--GA-A-GG-T-TC-ACTG--C--A-GT-
gi|41 : tAC-T-AGTCCGA-A-GCGGTATCA-CG-AGT-CCG-A-------A---A-GCC--CA-CTTA--A-GT--C---CCG--A---AG-G-T---T-C--A--TG---AG-T--CCG-A----A----A--GCCT-AC-G-A-GTT--C------C--Gggcgtaactaacatatagaagttgcaa
gi|42 : -G---TT----C-TA-C-ATGT------G-G--TG-ATT--AG--------C---AA-------A----------TCTGGAAGG---CC---------TCA--A-G-
gi|43 : G-G-T---C-T--A--CG---AG-T--CCG-A----A----G--GCAC-AC-T-A-G-T--C------C--GA-A-GG-T-TC-A-T---C--A-GT-C----CG-A----A----A-G--T-TCA---C--G-----A-G--T--C-C-G-AA--GG-T-TCA--aaataaaaggccgtaacccaaagcgcggggggggggggg
gi|44 : tcacCT-AC-C-A-G-T--C------C--GA-A-GG-T-TC-ATT------A-GT-C----CG-A----A----G-A--C-CCA---C--T-----A-G--T--C-C-G-AA--GG-T-TC---ACC-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--GA-TAT------gtg
gi|45 : CGA-A-G---T-TCA-CG-AGT-CCA-A-------A---G--CC--CA-CT-A--A-GT--C-----G--A---AG-GAT---T-C--A--TG---AG-T--CCG-A----A----A--GCCC-AC-G-A-G-T--C------C--GA-A-GG-act
gi|46 : t--GCCC-AC-G-A-G-TAAC------C--GA-A-GG-T-TC-ACT---T--A-GT-C----CG-A----A----G-GT-C-TCA---C--G-----A-G--T--C-T-G-AA--AG-ccacga
gi|46 : tcc-C--A--CG---AG-TAACCG-A----A----G--GTTC-AC-TTA-G-T--C------C--GA-A-GG-TCTC-AC----G--A-GT-C----TG-A----A----A-GACC-CCATATC--G-----A-G--T--accccatatcgagt
gi|47 : tccgccGCCCAC-G-AGTCCGA-A-G--GT-TCA-CG-AGT-CCG-A-------A---A-GCC--CA-T--G--A-GT--C---C-G--A---AG-G-T---C-C--A--CG---AG-T--CCG-A----A----
gi|48 : ccGGCCCAC-TCAGTCCGA-A-GT-GT-TCA-CT-AGT-CCG-A-------A---A-GCC--CACC--G--C-GT--C---C-G--A---AG-T-T---C-C--A--CG---AG-T--Ca
gi|49 : tcG-G-T---C-T--A--CG---AG-T--CCG-A----A----G---CAC-AC-T-A-G-T--C------C--GA-A-GG-T-TC-CAT---C--A-GT-C----AG-A----A----A-G----TTA---C--G-----A-G--T--C-C-G-A
gi|5 : cG-G-T---C-C--A--CG---AG-T--CCG-A----A----G--GCCC-AA-G-A-C-C--CACTAGTC--GA-A-GGTT-TC-ACG---CCAA-GT-C----CG-A----A----G-G--CGCCA---CCAA-----A-G--G--C-CGG-AA--GG-T-TC---AGT-AG--T----C--G-A-AA---TGGG-TT--GA-T-T------TAC----C--A-A-G---------A-A-CA-C----G-------G-AA-G-----AA----TAAT-A-----------------TA------C-----TAA------GT--A--TGCTAGA-T-C---C-AAG----TT----CAAT-G---TC----A-TATA-AGAT-C----T-C--TG-ATA--AT--------C---AAGGG----A----------CAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-GATACAT
gi|50 : cacAT-A-----------------TA------C-----T-A------GT--A--T-CTAGG-T-----------------------------TT----A-TA-A-AG-T-T----G-G--TA-ATT--AT--------G---AA-------A----------TAT-GAACG---CCTTT------TCA--A-A-TACgaaagatccgtaaccgtggtggattgttggtggggggg
gi|51 : GCCCAC-T-AGTCCGA-A-G--GT-TCA-CG-AGT-C-G-A-------A---A-GCC--CA-C--G--A-GC--C---C-G--A---AG-G-T---T-C--A--CG---AG-
gi|52 : c----G-G--T-CCA---C--G-----A-T--T--C-C-G-AA--GG-T-TC---ATC-AG--T---CC--G-A-AA--TTGGG-TT--AA--AA------TAC---GC--A-A-G
gi|53 : cGGTCCAA-G-AATCCGA-A-G--GT-TCA-GT-AGT-ACG-A-------A---A-GCC--CA-C--G--A-GT--C---C-G--A---AG-G-T---T-
gi|54 : -GTC--CA-C--T--A-GT--C---C-G--A---AG-G-T---T-C--A--CG---AG-T--CCG-A----A----A--GCCC-AC-T-A-G-T--C------C--GA-
gi|55 : tccCA-CC-AGT-CCG-A-------A---A-GCC--CA-C--G--A-GT--T---C-G--A---AG-G-T---T-C--A--CT---AG-T--CCG-A----
gi|56 : ccaccCA-CG-AGT-TCG-A-------A---A-GCC--CA-C--C--A-GT--C---C-T--A---AG-G-T---T-C--A--CG---AG-T--TCG-A----
gi|57 : ctgcaCC--CA-C--T--A-GT--C---C-G--A---AG-G-T---TTC--A--CGG--AG-T--CCG-A----A----A--GCCC-AC-T-A-G-T--C------
gi|59 : cgcGGTCCAC-G-AGTCCAA-A-G--GT-TCA-
gi|6 : gggtcacCG-A-------A---G-GCC--CA-C--GG-A-AT--C---C-G--A---AG-T-A---T-C--A--C----AG-T--C-G-A----A----G----CC-AC-G-A-G-T--C------C--GA-A-GG-T-TC-AC----C--A-GT-C-----G-A----A----G----C-CCA---C--G-----A-G--T--C-C-G-AA--GG-T-TCA---GT-AG--T---CC--G-A-AA--CTGGG-TT--GA-TAT-------AC---A---A-A-GA-T--TG-TA-A-CA-G----G-------A-AA-A-----AT----TA-T-A-----------------TA------C-----T-A------GT--A--T-CTAGA-T-C---C-AAT----GT----AATT-G---TT----C-TA-A-AG-T-C----G-G--TG-ATT--AG--------C---AA-------A----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACAtc
gi|60 : GGTCCAC-G-AGTCCGA-A-G--GT-TCA-ataaaggtcgtaaccaaatgtggtgtgtggggggg
gi|7 : tggttacC--CA-CC-G--A-GTTGC---C-G--A---AG-G-T-----C--A--TTTTTAG-T--CCG-A----A----G--GCCC-ACTA-A-G-T--C------C--GA-AAGG-T-T----T---C--A-G----------------------------CA---C--G----------T--C-C-G-AA--GGCT-TCA--CCA-AG--T---CC--G-A-AAG-CTGGG-C---GA-TAA------TAC---GTCAA-A-GG-T--TG-TA-A-CATA----GTACTTATA-AA-T-----GA----TAAT-A-----------------TA------C-----T-T------AT--A--A-TTAGA-TGC---C-AAA----GT----CATT-G---TT----G-TA-A-AGGT-C----G-GT-TG-ATTAGAC--------C---AA-------AATACATTTAGTAC-GAAAG---CC--TTTTCCATCA--T-G-TACATAtc
gi|8 : t-C--A--CG---AG-T--CCG-A----A----G--GTCC-AC-G-A-G-T--C------C--GA-A-GG-C-CCCACG---T--A-GT-CATCCCG-AGA--A----G-G--T-CCA---T--A-----A----T--C-C-G-AAA-GG-T-TCA----C-CG--T---CC--G-A-A---TTGAG-TTT-GA-AAA------TAC---GCG-A-A-GA-T--TG-CA-A-CG-A----T-------A-GATA-----AA----TATTTA-----------------TC------C-----T-A------GT--A--T-CTAGG-T-TA--T-AAA----GTTGTACATT-C---CT----A-TC-----GTAC----G-G-----AT---AT--------C---AA-------T----------TAT-GAAGG---CC--T------TCA--A-G-TACATataa
gi|9 : ---C--A-----A-G--T--C-C-G-AA--AG-T-C----AGT-AA--TG--CC--GGA-AA--TTGG--TT--GA--ATCA----TAC---GC--A-A-GA-T--TGGTA-A-CG-G----G-------A-AA-A-----AACTAATAAT-ACACAACGATTGTGTAACTA------C-----G-A------GT--A--T-CTAGA-C-C---C-AAA----GT----CATT-G---TT----A-TA-A-AGGT-C----G-AGTTGCATT--AT--------T---CA-------ATAC-------TAT-GAA-G---CT--T------TCATCA-G-TACATAcaaggccaaacaaatatgtgggtgtggtgggggggg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): ATGAAGGCCTTCAATTAAATAAAAGGCCGTGATCAAAGTGTGTGTTTGGGGGGGGTGTGTCCACTAGGTGGACGTGCACCCCAATTTAAAAATGAAAA
Unaligned ( gi|58 ): CCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCC