lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 555555 111 333333333 1 2222222 3333333333333 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 5555555555555 2222 111 11111111 22222 22222 11 333333333 2222222 1 222222 1 1111 999999999 1 4444444444444 111111 222222222222 1 1111 22 5555555555 1 111 666666666666 333333333333333 4444444444444444 1 1 222 1111111 11111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33333333333333333333 1111111 11111 111111111 111 11 1111 222222
lowQualScore : 777777 6 444 555555555 6 5 1111111 6 5 1111111111111 6 99 6 3 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 77 6666666666666 1111 111 3 66666666 00000 00000 11 000000000 0 1111111 33 0 2 99 555555 0 5 0000 888 000000000 8 3 1 5 6666666666666 6 777777 999999999999 6 7 66 5 5555 2 6 99 2222222222 1 1 5 777 6 7 111111111111 7 000000000000000 99 6 6 6 6 6 99 3333333333333333 5 0 222 4 4 4 4 666 8 9 2 4444444 777 5 99 22222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55 22222222222222222222 0 0 7777 3 33 2 5555555 55 3 2 0 22222 000000000 2 2 44 222 2 1 66 44 4444 111111 777 1
lowQualScore : ...... . ... ......... . . ....... . . ............. . .. . . ............................................................................................ .. ............. .... ... . ........ ..... ..... .. ......... . ....... .. . . .. ...... . . .... ... ......... . . . . ............. . ...... ............ . . .. . .... . . .. .......... . . . ... . . ............ . ............... .. . . . . . .. ................ . . ... . . . . ... . . . ....... ... . .. ..... ............................................................................................................................................................................................................................................. .. .................... . . .... . .. . ....... .. . . . ..... ......... . . .. ... . . .. .. .... ...... ... .
lowQualScore : 000000 0 000 444444444 0 0 7777777 7 2 8888888888888 0 22 7 7 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77 5555555555555 0000 777 5 00000000 00000 00000 00 999999999 1 9999999 99 2 2 99 444444 0 0 6666 888 666666666 6 7 4 7 3333333333333 0 555555 000000000000 0 4 99 0 6666 2 0 33 4444444444 0 8 0 000 7 5 555555555555 3 555555555555555 22 0 7 0 0 7 22 9999999999999999 2 2 999 2 2 4 2 999 3 2 0 4444444 888 4 99 55555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 55555555555555555555 8 3 7777 6 99 9 6666666 99 2 4 4 55555 777777777 1 3 11 999 9 6 33 22 1111 666666 888 0
consensus : AATATGTTTGATCCATCCAT---TATTTCTT--AC----CTAAATAAAGTTGACATGCAAGTTACATT-------GT-ACTATT--N-TA-------TATATAATG--CAT-ACACTG-G-AC-CGCG--ATCAGCATGACGATA-------G---TA-------------T----TGTAA----TC---C------------------CTGT-GTTGCAACCAC------------ATGGC-AC-GCA---ATGTAAAT----A--TTACCTT-----CTA-----TA--ACACATT----T----TGTGCATCAATAT--CTCGCACCTTCACATCGAAAAA-TN--AA-TCTACTTAATTA-TT----TG---CAACC-A-CA-CTATTATTCTATATCAATTAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACG------C---ATGTA--C---CGCAT---A--TCCTCGTCGCGTCNCCTTTGTT--TACAA----GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTTTAGT-CCATGAGCCGGAATTAGAGTTACCCGCCCTT-TAATATTAGCAAT----ACA---TGAATTAATATTT----ACTTT-AGTACATA--TTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTT--CTC-TGATTTTTTT-TTTCTAATAGAATTTCTATTAAAATTTGCCNGTTTGTAAAA-TTATTT--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGTC--GTNTAGACGTC-----GGGT--------------GATC-AACTA-------ATT--------------TGA--------AATTNTCTC---------TCA-----------AA--ATGAT------------------------G----AAC-TTG---------------A--A-----------N-TA-----------AG---ACA-------AAATAT-AATT-------------A-------T--TA---NA--AACA--------------------CTTCCCAAACTTGAT----TCA-A--AACG-TTGATTCAA-CG----TC--GATGCAACGTT-GAAATTT-----CGA---------CGTCGAA-ATGAGAACGTTG-TATCAAC-G--TTGA-A--AACGGT-TG-T---TCGACGTCGCCA
Reference ( gi|3 ) : AATATGTT------ATCTAT---TATTTCTT--A-----ATAAATAAAGTTGGCATTCAAGTTACATT-------GT-ACTATT--A-TA-------TATATAACG--CAT-ACACTA-GTAC-TGTA--ATCAGCATGACAATA-------G---TA------------------TGTAA----TC---C------------------CTGT-TTTGCAACCAC------------ATGGCAAC-ACA---ATATAAAT----A--TTACCTT-----CTA-----TA--ATACATT----G----TGTGCATCAATAT--CGCGAACCTTTACATAAAAAAAATT--AA-TCTACTTAATTA-TT----TG---CA---------CTACTATTCTATATCAGTTAGTGATGTTTACCGGTTGCAA-GCCATCG------C---ATGCA--C---CACAT---A--TCTTCGTTGCGTCGCCTTTGTT--TAGAA----GTTTTCTAAAAT-GCCCGCGCTTTTCAAT-TTAGGAGCCGGAATGAGAGTTACCCAACCTT-TAATATCAGCAAT----GAA---TTAATTAATATTT----ACTTTTAGTGCATA--TTAACGGTT-TAATGTTCTCTTCCCTTTTTA-CATCTTT--CTG-T-ATTTTTTTTTTTCTAATATAACTTCTATAACAATTTGCCTGTTTGTGAAA-TTGTTT--ATTTCAAACGT-------CACTTAGACGTC--ATCTATACGTC-----GGGT--------------GGTG-AACTA-------ATT--------------TGA--------AATTATCTC---------TCA-----------AA--ATGAT------------------------G----AAC-TTG---------------A--A-----------A-TA-----------AG---ACA-------AAATAT-AATT-------------A-------T--TA---CA--AACA--------------------CTTCCCAAACTTGAT----TCA-A--AACG-TTGATTCAA-AG----TC--AATGCAACGTT-GAAATTT-----CAA---------CGTCGAA-ATGAGAACGTTG-TATCAAA-G--TTGA-A--AATGAT-TT-T---TCAACGTCGCCA
gi|2 : AATATTTT------ATCCAT---CATTTCTT--A-----CTAAATAAGATTGACATGCAAGTTGCATT-------GT-ACTATT--C-TA-------TATA--ATG--CAT-GCACT--------GCG--ACCAGCATGACA--------------TG------------------TATAA----TC---C------------------CTGC-GTTGCAACCAG------------ATGCCCAT-GCA---ATGTAAAT----A--TTACCTT-----CTA-----TA--ACACATT----A----TATGCATCAATA----GC------TCACA-----------------CCACTTAATTA-TC----T----CA---------ATATTATTCTACATCAATTAGTGATGTTTACTTGATATAA-GCCAACA------C---ATGTA--C---CACTC---AGTTCCTCGTCGCGTCGCCTTTGTT--TACAA----ATTTTCCAAAA---CCCGTGTTATTTAGT-C-ATGGGCTGGAATTAGAGATACC-AGCCAT-ACATATTATTAAT----ACA---TGAATTAATATTT----ACTTTAAGTACATA--TTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTTTCTGAC-ATTTTT------CTAATTGAATTTCTATAAAAATTTGCCTGTTTGTAAAA-CTATTT--ATATTAAACCT-------CACTAAGACATC--ATTTAGACGTT-----GAAT--------------AGTC-AACTA-------TTT--------------TGA--------AATTCTCTC---------TCC-----------AA--ATGATGAACTTACATTTTACTACGTATACG----AAG-TTG---------------ATTA-----------A-CACGA--------AG---ACA-------AAATAT-AATT-------------A-------T--TA---GA--AATA--------------------CTTCCCAAATTAGAT----TCA-A--AACG-TTGATTCAA-AG----TC--AATGTAACGTT-GAA
gi|6 : tatAATATGTTTGATCCATCCAT---TATTTCTT--A-----CTAAATAAAGTTGACATGCAAGTTACATT-------TTAACGAGT--A-TATTACTGTTGTATGATG--CAT-ATATTGCATAC-TCTACGATCAGCATGACGATA-------G----A------------------TCTAG----TA---CATGCATACTTTGTCAATACTGT-GTTGCAACCAC------------ATGGCTAC-ACA---ATGTAAAT----A--TTACCTT-----CTA-----TC--ATACATT----T----TGTGAATCAATAT--CTCGCACTTTCATATCAAAAAATTA--AA-TCTACTTAACTA-TT----TG---CAATCGAACC-CTAATATTCTATATCAATTAGTGATGATTACCTGTTGCAA-GCCAATG------C---ATGTACCC---CGCAT---A--ACCTCGTCGCATCACCTTTGTT--TGCAA----GTCTTCCAAAAA-GCCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttctccaaatatcaacgttgagtgcctgctggg
gi|7 : ctATATGTTTG----ATCCATCCATATTTCTTCTAC----ATAATAAAAGTTGACATGCAAGTACCATTTTAACGAGT-A-TATT--ACTT-------TGTATGATG--CAT-ATATTG-CAAC-TCTACGATCAGCATGACGATA-------GATCTAGTACATGCATACTT----TGTCA----TA---A------------------CTGT-GTTGCAACCAC-------------TGGCTAC-ACA---ATGTAAAT----A---TA-CTT-----CTA-----TATCATACATT----T----TGTGAATC-ATAT--CTCGCA-CTTCA-AT-CAAAAAATTAAAA-TCTACTTAACTA-TT----TG---CATCGAACC--CTAATATTCTATATCAATTAGTGATGATTACCTGTTGCAA-GCCAATG----------ATGTAC-C---CGCAT---A--ACCTCGTCGCATCACCTTTGTT--TGCAA----GTCTTCCAAAAA-GCCC
gi|14 : tTATATT------ATCCAT---TATTTCTT--ACATGCACGAATAAAGTTGACATGCAAGTTACACT-------GT-ACTATTCTA-TA-------TATATAATG--CAT-ACACTG-G-------G--ATTAGCATGACAATAGACAATAG---TACACGCTTACATGACACTTTGTAAAACGGC---C------------------CTGTGTTTGCAACCACGTGCAT------ATGGC--C-GCA---TTGTAAAT----A--TTAtc
gi|22 : atacTATGTTTGATCCACCCAT---TATTTCTT--A-----CTAAATAAAGTTGACAT
gi|9 : tctaatTAAGTAAACTTAACATGCAAGTTACATT-------GA-ATTATT--C-TG-------TATATAATA--CAT-ACACT--------GCG--ATCAGCATGACAATATA-----G---TACACGCATACATAATACTTTGTAA----AC---C------------------CTGT-GTTGCAACCACGTGCACATGATCATGGC--T-ACA---ATGTAAATTTATA--TTACCTTGGCTTCTA-----TA--ACACATT----T----TGTGCATCAATAT--ATCGCACCTTCACATAGAAAA--TT--AAATCTACTTAATTA-TA----TG---CAATCTAACA-CTATTATTCTATATCAAATAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACG------A---ATGTA--C---CACTC---C--TCCACGTCGCGTCTCCTTTGTT--TACAA----GGTTTg
gi|1 : cATAAACTTAACATGCAAGTTACATT-------GT-AGTACT--C-TG-------TATATAATGAGCATGACA-TA-GTACACGTA----TA-CATGA---TA-------C---TT------------------TGTAAAC--TCGGCC------------------CTGT-GTTGCACCC----------------GGCAACCACATGCACATGGCT----AGCCTACCTT-----CTAGAATCTA--ACACATTTTCAGATTTTGTGCATCGATATATCGCAAAG--TCGCATAGAAAA--TT--AAATCTACTTAATTA-TA----TG---CAACCTAAGA-CTATTATTCTATATCAATTAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACGAATATGCGAAATGTA--C---CAC-TCGGA--TCCACGTCGCGTCACCTTTGTT--TACAA----GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTT-AAAG-TCATGAGCCAGAATTAGAGTTACCCGCCCTT-TAATATAAAAAAT----ACA---T-GGCCAATATTT----ACTTTAAGCGCGTAAATTAACATTT-TAATGTTCTTTTTTATTTTTA-CATCTTT--CTC-T-GGTTGTTTTTT---AATAAAATTGCGCTGAAAATTTGCCTGTTTGTAAAA-TCATAT--TTTTCAA-CGT-------CACTTAGACGTT------------------GGGT--------------GATC-AGCTA-------ATT--------------TGA--------AATTCTCT----------TTA-----------AA--ATGAT------------------------G----AAC-TTA---------------T--ATTTTACTACGTA-TA-----------AA---AAAGTTTGATAAACATCAATTAAGACAAAATATCA-------T--TATTACA--GACA--------------------CTTCCCACACTTGAT----TCA-ANNNNNN-NNNNNNNNN-NN----NN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNN-----NNN---------NNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNN-N--NNNN-A--AGTGG--TG-T---TCGACGTCGCCA
gi|17 : CATT----T----TGTGCATCAATAT--TTCACACCTTCATATAAAAAAA-TA--AA-TCTACTAAATTAATTCCAATGTAACA---------CTATTATTCTATATTAGTTAGTGATGTTTACTTGTTGCAA-GCCAccaaatatcaacgttgaaacaacgttgatacaacgttgcgtgcctgctgggt
gi|4 : TT----G----TG-GCATCAATAT--TTCATACCTA-ACATCAAAAAGATT--AA-A--ATTTAATTA-AT----TG---CAAATTCTAACCTATTATTCTAT-TCAATTA-TGATGTTTACTG-TTGCAAAGCT---G------A---ATGTA--CTCTCAGAA---A--TC---GTCGCGTCTC--TTGTT--TACAAC---GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTTTTACGTCATGAGCCCGGATTAGAGTTACCCGCCCTTATAATATTAGCAAT------------AATTTATA-------------AGTACATA--TTAACAGTTGTAAAGTTCTTTTCTATTTTTAACACCCTT--CTC-TGATTTTTTAA---CAAATAGAATTTCTA-----------CTGTT-GTAAAAATTATTCTGATTTTAAACGTGTGGGCTCACTTAGACGTCGGATAAAT-CCTCTTTCAAAAT--------------GGTGAAACT---------TT--------------T----------AATTACTACGTATACAAGTCA-----------AA--GTT-T------------------------GCCTTAACAATG---------------A--A-----------T-TA-----------AG---AAA-------AAATAT-AA--------------------------TA---AA--TATA--------------------CTTCCGCCAC-TGA-----TCG-A--AACG-TTGATTCAACGG----TC--AATGCAACGTT-GAAA-TT-----CAA---------CGTCGAA-TTGAG-ACGTTG-TATC-AC-G--TTGA-A--AA
gi|21 : CGCACCTTCATATCAAAAAATTA--AA-TCTACATAACTA-TT----TG---CA---------gtgtat
gi|16 : CGTCGCGTCTCCTTTGTAAATACAA----GTCTTCCAAAAAAGCCAGCGCTTTTAAGT----------------AGAGTTACCCACCCCA-TGATGTTAGCGAT----ACA---TGAATTAATATTT----ACTTTTAGTAAGTA--TTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCatcgaacttta
gi|5 : CACCTTTGTT--TACAATTATGTCTTCCAAAA-----AGCGCTTTTTAGT-C-ATGAGCCGGAATTAGAGTTACCGGCCCTT-TAATATTAGCAATTTAAGCA---TGAATTA-TATTTGTAAACTTT-A----ATA--TTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTT--CTC-TGATTTTTAT----CTAAAAGAATTTCTATTAAAATTTGCCAGTTTGTAAAA-TTGTT---ATATGACACGT-------CACCTAGACGTC--ATCTAGACGTC-----GGGC--------------AATG-AACTAGTTTGAAATTCTCTCTCAAAATGATGA--------ATTTATATT---------TTACTACGTATATAAAGTATGAT------------------------T----AAC-ATG---------------A--A-----------T-TA-----------AA---ACG-------AAATAT-AATT-------------AATAACTAT--TA---TA--AACA--------------------CTTGCCAAACTTGTT----TCA-A--AACG-TTGATT
gi|8 : GAGCCGGTATTAGAGTTACCCGCCCTT-TAATATTAGCAATTT--GAAACATGAATTA-CATTTGTAAACTTT-A----ATA--TTAACAGTT-TAATGTTCGTTTCTCTTTTTA-CATCTTT--CTC-TGATTTT-----TTCTAATAGAATTTCTATTGAAATTTGCCAGTTTGTAAAA-TTATTT--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGTC--GTATAGACGTC-----AGAT--------------AATC-AACAA-------ATT--------------AGA--------AATTCTCTC---------TCA-----------AA--ATGAT------------------------G----ATT-TTA---------------A--ATTTT-------ACTA-----------CGTATATA-------AAGTCT-GATTAACATGA------A-------T--TA----A--AACAAAATATAATTATTTTAAAAACTTATTAAACTTGTT----TCA-A--AACG-TTGATTCAG-CA----TC--AATGCAACGTT-GAAATTT-----Cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaacgttgcgtgcctgctggga
gi|18 : atTTA-CATCTTT--CTC-TGATTTT----TTTCTAAAAGAATTTCTATTAAAACTTGCCAGTTTGTGAAA-TTATTG--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGT
gi|10 : TTTTTTCTAATAGAATTTCCATTAAAATTTGCCAGTTTGTAAAA-TTACTT--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGTC--ATTTACAAGTC-----GGGT------------------------------------------------------------ATTGTCTC---------TCA-----------AA--ATGAT------------------------G----AAT-TT-------------------------------A-TATTTTACTACGTAT---ATA-------AAGTCT-GATTAAAATGA------A-------T--TA----A--AACA--------------------------AAATATAATTATATCATA--AACA-CT--TCCCA-AACTGTTC--AA---AACGC----GATCT-----CAACTCAATGCACGT-GAA-ATGAGAA-GTTG-TATC-AC-G--TTGA-A--AATGGT-TG-T---TCGTCGTCGCCA
gi|12 : tctctgaTTTTTCTAATAGAA-TTCCATTAAAATT-GCCCAGTTGTAAAA-TTACTT--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGTC--ATTTACAAGTC-----GGGTATTGTCTCTCAAATGATG-AATTAT------ATT--------------TGACTACGTATAATAAAGTC---------TGATT---------AA--ATGA-------------------------------AT-TTA---------------A--A-----------A-CA-----------A--------------AAATAT-AATT-------------A-------TATCA---TA--AACA--------------------CTTCCCAAACTTGTT----TCA-A--AACGCTTGATTCAA-CG----TCA-AATGCAACGTC-GAAAT----------------------------TGAGAACGTTG-TATCAAC-G--TTGA-A--AAAAATGTTGT---TCGTCGTCGCCccagatatcaacgttgatcaacgttgaaacaacgttgcgtgcctgctgg
gi|11 : tgaATAA-AATTTGCCTGTTTGTAAAA-TTATTT--TTTTTCGACGT-------CACTTAGACGTC--GTCTAGACGTC-----GGAT--------------GATC-AACTG-------AAT--------------TGA--------AATTCTCTC---------T-A-----------AA--ATGAT------------------------G----AAC-TTATATTTACTACGTATCA--A-----------T-TA-----------AG---ACA-------AAATAT-AATT-------------A-------T--TA---GA--AACA--------------------CTTCCCAAACTTGAT----TCA-A--AACG-TTGATTCAA-CG----TC--AGTGCAACGTT-GAAATTT-----CAA---------CGTCGAA-ATGAGAACGTTG-TATCAAC-G--TTGATA--AATGGT-TG-T---TCGACGTCG
gi|13 : aaatttcgaTGAA------------------------A----AAC-ATC---------------A--A-----------T-TA-----------AA---ACG-------AAATAT-GATT-------------A-------T--TA---GA--AACA--------------------CTCTCCATACTTGAT----TGA-A--AACA-TTCATTCAA-CG----TC--AGTGCAACGTT-GAAATTT-----CAA---------CGTCGAG-ATGAGAACGTTG-TATCAAC-A--TTGATA--AATGGT-TG-T---TCGACGTCACCAaaatgagaacgttgatac
gi|15 : aaagtt-------AAACAC-AACT-------------A-----------A---CAGTAACA--------------------CTCCCCACACTTGAT----TAA-A--AATG-TTGATTTAA-CG----TC--TGTACAACGTT-AAAATTG-----CAA---------TGTCGGA-ATGGTAAC-TTG-TATCATC-G--TTGA-AG-AACGGT-TG-T---TTGGCGTCACCAcgaaatatcaacgttgaaatagcgttgctacaacgttgcgtgtctgctggg
gi|4 : ACTT--T----TCA-A----CG-T-GATACAA-CG----TCTCAATTCGACGTT-GAA-TTT-----CAA---------CGTTGCA-TT--GACCGTTG-AATCAAC-G--TTccacatatcaacgttgaaacaataatgtctgcctgctggg
gi|1 : ttgtggcatcaatatttcatacctaacatcaaaaagattaaaatttaattaattgcaaattctaacctattattctattcaattatgatgtttactgttgcaaagctgaatgtactctcagaaatcgtcgcgtctcttgtttacaacgtcttccaaaaagcccgcgcttttttacgtcatgagcccggattagagttacccgcccttataatattagcaataatttataagtacatattaacagttgtaaagttcttttctatttttaacacccttctctgattttttaacaaatagaatttctactgttgtaaaaattattctgattttaaacgtgtgggctcacttagacgtcggataaatcctctttcaaaatggtgaaacttttaattactacgtatacaagtcaaagtttgccttaacaatgaattaagaaaaaatataataaatatacttccgccactgatcga--AACG-TTGTATCAA-CG----TT--GTTTCAACGTT-GATATTTGGTGGCGA---------CGTCGAA-gtat
gi|11 : ataaacttaacatgcaagttacattgtagtactctgtatataatgagcatgacatagtacacgtatacatgatactttgtaaactcggccctgtgttgcacccggcaaccacatgcacatggctagcctaccttctagaatctaacacattttcagattttgtgcatcgatatatcgcaaagtcgcatagaaaattaaatctacttaattatatgcaacctaagactattattctatatcaattagtgatgtttacctgttgcaagccaacgaatatgcgaaatgtaccactcggatccacgtcgcgtcacctttgtttacaagtcttccaaaaagcccgcgctttaaagtcatgagccagaattagagttacccgccctttaatataaaaaatacatggccaatatttactttaagcgcgtaaattaacattttaatgttcttttttatttttacatctttctctggttgttttttaataaaattgcgctgaaaatttgcctgtttgtaaaatcatatttttcaacgtcacttagacgttgggtgatcagctaatttgaaattctctttaaaatgatgaacttatattttactacgtataaaaaagtttgataaacatcaattaagacaaaatatcattattacagacacttcccacacttgattcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtggtg--AACG-TTGATACAA-CGTTC-TC--ATTTCGACGTT-GAAATTT-----CAA---------CGTTGCA-CTG---ACGTTG-AATCAAC-G--TTgcgtgcctgctgggt
gi|10 : aaatttcgaataaaatttgcctgtttgtaaaattattttttttcgacgtcacttagacgtcgtctagacgtcggatgatcaactgaattgaaattctctctaaaatgatgaacttatatttactacgtatcaattaagacaaaatataattattagaaacacttcccaaacttgattcaa--AACG-TTGTTTCAA-CG----TT--GAT-CAACGTT-GATATCTGGTGGCGA---------CGACGAA-gataaatggttgttcgacgtcgaaatgagaacgttgatac
gi|12 : tctctgattttttctaatagaatttccattaaaatttgccagtttgtaaaattacttatatgagacgtcacttagacgtcatttacaagtcgggtattgtctctcaaaatgatgaatttatattttactacgtatataaagtctgattaaaatgaattaaaacaaaatataattatatcataaacacttcccaaactgttcaaaacgcgatctcaactcaatgcacgtgaaatgagaagttgtatcacgttgaaaatggttgTTCAA-CG----TT--GATACAACGTTCTCAATTT-----CGA---------CGTTGCATTTG---ACGTTG-AATCAAGCGTTTTGA-A--Agcgtgcctgctgg
gi|11 : tgatttttctaatagaattccattaaaattgcccagttgtaaaattacttatatgagacgtcacttagacgtcatttacaagtcgggtattgtctctcaaatgatgaattatatttgactacgtataataaagtctgattaaatgaatttaaaacaaaaatataattatatcataaacacttcccaaacttgTCAA-CG----TT--GATACAACGTT-CTCATTT-----CGA---------CGTTGAA-ATTTCAACGTTG-CACTGAC-G--TTGA-ATCAACG-T-TT-TGAATCAaaaaatgttgttcgtcgtcgcc
gi|13 : aaatttcgaataaaatttgcctgtttgtaaaattattttttttcgacgtcacttagacgtcgtctagacgtcggatgatcaactgaattgaaattctctctaaaatgatgaacttatatttactacgtatcaattaagacaaaatataattattagaaacacttcccaaacTCAA-TG----TT--GATACAACGTT-CTCATCT-----CGA---------CGTTGAA-ATTTCAACGTTG-CACTGAC-G--TTGA-ATGAATG---TT-T---TCAtaaatggttgttcgacgtcgaaatgagaacgttgatac
gi|10 : aaagtttgaaaaacatcaattaaaacgaaatatgattattagaaacactctccatacttgaACGCAACGTT-G---TTT-----CAA---------CGTTG---AT--CAACGTTGATATCtaaatggttgttcgacgtcaccacgaaatatcaacgttgaaatagcgttgctacaacgttgcgtgtctgctggg
gi|1 : tctctgattttttctaatagaatttccattaaaatttgccagtttgtaaaattacttatatgagacgtcacttagacgtcatttacaagtcgggtattgtctctcaaaatgatgaatttatattttactacgtatataaagtctgattaaaatgaattaaaacaaaatataattatatcataaacacttcccaaactgttcaaaacgcgatctcaactcaatgcacgtgaaatgagaagttgtatcacgttgaaaatggttgttcgtcgtcgccaccaAACGTTG-TATCAAC-G--TTG-------------T-T---TCAACGTTGgcctgctgg
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTTTTAAATAGAATTTTTATAAAGATTGCGCGTTTGTAAAATTATTTATTCTAAACATCACATAAACAGACGTA
Unaligned ( gi|20 ): TCACCGACGTCGTGACCAAATATCGACCATTTCTGAACGTTGTATAGACGTCGTGTGCCCGCTGG
Unaligned ( gi|23 ): GAACGTTGTATAGACGTCGTGTGCCCGCTG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 1111 444444444 66666666666 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 1111111 444444444444444 1111 11111 11111 11111111 111 11 55555555555 3333333333 11 11111111 1111 33333333 22222 2222 11111 222222 1111111 11111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 33333333333333333 22222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 1111111 1111111111111 111111111 22222222222222 222222222222222222222 111111111111111111 1111111 22222222222
lowQualScore : 7777 1 11111 2222 111111111 5 77 66 6 77 5 77777777777 7 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 8888888 6666666 88 444444444444444 77 2222 66666 66666 99 88888888 5 0 0 3 77 222 2 00 11111111111 0 5 1 0000000000 33 5 2 88888888 1 66 3333 55 33333333 77 5 66666 0 1 8 4444 5 5 88888 77 5 5 222222 1 2 2 1 3 55 2 3 2 1111111 555 1 4 66666666 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9999999999 1 0 66 22222222222222222 4 11111 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99999999 0000000 3 3 3 99 6666 1 8888888888888 222222222 3 555 3 3 00000000000000 555 666666666666666666666 44 666666666666666666 0 0000000 0 1 44444444444 9999 5
lowQualScore : .... . ..... .... ......... . .. .. . .. . ........... . ....................................................... . ....... ....... .. ............... .. .... ..... ..... .. ........ . . . . .. ... . .. ........... . . . .......... .. . . ........ . .. .... .. ........ .. . ..... . . . .... . . ..... .. . . ...... . . . . . .. . . . ....... ... . . ........ ............................................................. .......... . . .. ................. . ..... .. .......................................................... ........ ....... . . . .. .... . ............. ......... . ... . . .............. ... ..................... .. .................. . ....... . . ........... .... .
lowQualScore : 0000 7 22222 1111 444444444 3 99 77 0 99 7 00000000000 6 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 6666666 6666666 77 444444444444444 99 1111 77777 77777 22 11111111 0 2 1 7 33 888 6 66 22222222222 2 0 7 7777777777 66 7 7 33333333 0 11 9999 44 22222222 44 7 44444 7 4 4 3333 7 7 66666 99 7 7 666666 2 5 1 0 6 00 8 6 6 8888888 000 6 0 11111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4444444444 0 1 11 33333333333333333 4 88888 44 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555555 8888888 3 1 1 22 8888 3 3333333333333 333333333 1 444 1 3 66666666666666 444 222222222222222222222 22 000000000000000000 5 2222222 2 1 44444444444 4444 0
consensus : AATATGTTTGATCCATCCATTATTTCTT--AC-TA----AATAAAGTTGACATGCAAGTTACATT---------GTACTAT--TN-TATATATAATG--CAT-ACACTGN-A----C-TGCGATCAGCATGACGATA--GA-------------TACT------------------TTGT-AA----TC---CCTGTG-TTGCA-------ACCAC------ATG-GC-A-CG----------CAATG--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TA--ACACATTTT--------GTG-CATCAATATCTCGCACCTTCACATNAAAAA-A-TNAA--TCTACTTAATTATTTGCAA---CC--A-CACTATTATTCTATATCAATTAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACG------C---ATGTA--C-CGC--ANA--TCCTCGTCGCGTCGCCTTTGTT--TACAA----GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTTT-A-GTC-ATGAGCCGGAATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATTAGCAAT-----ACATGAATTAATATTT----AC-TTT-A-GTACATA--TTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGATTTTTTTTTTCTAATAGAATTTCTATTAAAATTTGCCNGTTTGTAAAA-TTATTT--ATNTNAGACGT-------CACTTAGACGTCGTCTAGA-CGTC--------GGGT--------------GATCAAC---T-----A-A------------TT--------------TGAAAT----------TNTCT--CT-----CA----------A-AA-----TGATGAACTT------------------G---------------A----ATT--------------AAG--------ACA-------AAA-TATAAT-T-AT--TA---NAAACACTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAC-GTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CGACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAACGTTGA-A--A-ACG--GTT----GTT-CGACGTCGCCA
Reference ( family-316 ) : AATATGTTTGATCCATCCATTATTTCTT--ACCTA----AATAAAGTTGACATGCAAGTTACATT---------GTACTAT--TN-TATATATAATG--CAT-ACACTGG-A----C-CGCGATCAGCATGACGATA--G--------------TA--------------------TTGT-AA----TC---CCTGTG-TTGCA-------ACCAC------ATG-GC-A-CG----------CAATG--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TA--ACACATTTT--------GTG-CATCAATATCTCGCACCTTCACATCGAAAA-A-TNAA--TCTACTTAATTATTTGCAA---CC--A-CACTATTATTCTATATCAATTAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACG------C---ATGTA--C-CGC--ATA--TCCTCGTCGCGTCNCCTTTGTT--TACAA----GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTTT-A-GTCCATGAGCCGGAATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATTAGCAAT-----ACATGAATTAATATTT----AC-TTT-A-GTACATA--TTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGATTTTTTTTTTCTAATAGAATTTCTATTAAAATTTGCCNGTTTGTAAAA-TTATTT--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGTCGTNTAGA-CGTC--------GGGT--------------GATCAAC---T-----A-A------------TT--------------TGAAAT----------TNTCT--CT-----CA----------A-AA-----TGATGAACTT------------------G---------------A----ANT--------------AAG--------ACA-------AAA-TATAAT-T-AT--TA---NAAACACTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAC-GTC-GA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CGACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAACGTTGA-A--A-ACG--GTT----GTT-CGACGTCGCCA
gi|1 : ATAAACTTAACATGCAAGTTACATT---------GTAGTAC--TC-TGTATATAATGAGCATGACATAGT-A----CACGT-AT--ACATGA---TA--C--------------T---------------------TTGT-AAAC--TCGGCCCTGTG-TTGCACCCGGCAACCAC------ATG--C-A-C-------------ATGGCTAGCC------TACCTT-----CTAGAATCTA--ACACATTTTCAGATTTTGTG-CATCGATATATCGCAAAGTCGCATAGAAAA-T-TAAA--TCTACTTAATTATATGCAA---CCTAA-GACTATTATTCTATATCAATTAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACGAATATGCGAAATGTA--C-CACTCGGA--TCCACGTCGCGTCACCTTTGTT--TACAA----GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTAA-A-GTC-ATGAGCCAGAATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATAAAAAAT-----ACATGG-CCAATATTT----AC-TTT-AAGCGCGTAAATTAACATTT-TAATGTTCTTTTTTATTTTTA-CATCTTTCTCTGGTTGTTTTTT---AATAAAATTGCGCTGAAAATTTGCCTGTTTGTAAAA-TCATAT--TTTTCA-ACGT-------CACTTAGACGTTG--------------------GGT--------------GATCAGC---T-----A-ATTTGAAATTCTCTT--------------TAAAATGATGAACTTATATTTTACTACGTATA----------A-AAAAGTTTGATAAACAT------------------C---------------A----ATT--------------AAG--------ACA-------AAA-TATCAT-T-AT--TA---CAGACACTTCCCACACTTGATT-------------CAA---------NNNN-NNNN---N-NNNNN-NNN-NN-----------NN---NN---------------------NNNNNNN--NN-----N-----NN-----NNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N--N-AAGT-GGT----GTT-CGACGTCGCCA
gi|1 : ---------AACG-TTGT---A-TCAAC-GTT-GT-----------TT---CA---------------------ACGTTGA--TA-----T-----TTGGTGGCGACGTCG-----AAccaaatatcaacgttgaaacaacgttgatacaacgttgcgtgcctgctgggt
gi|10 : ataaacttaacatgcaagttacattgtagtactctgtatataatgagcatgacatagtacacgtatacatgatactttgtaaactcggccctgtgttgcacccggcaaccacatgcacatggctagcctaccttctagaatctaacacattttcagattttgtgcatcgatatatcgcaaagtcgcatagaaaattaaatctacttaattatatgcaacctaagactattattctatatcaattagtgatgtttacctgttgcaagccaacgaatatgcgaaatgtaccactcggatccacgtcgcgtcacctttgtttacaagtcttccaaaaagcccgcgctttaaagtcatgagccagaattagagttacccgccctttaatataaaaaatacatggccaatatttactttaagcgcgtaaattaacattttaatgttcttttttatttttacatctttctctggttgttttttaataaaattgcgctgaaaatttgcctgtttgtaaaatcatatttttcaacgtcacttagacgttgggtgatcagctaatttgaaattctctttaaaatgatgaacttatattttactacgtataaaaaagtttgataaacatcaattaagacaaaatatcattattacagacacttcccacacttgattcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtggtgTCTCTGATTTTTT----CTAATAGAATTTCCATTAAAATTTGCCAGTTTGTAAAA-TTACTT--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGTCATTTACA-AGTC--------GGGT---------------ATTGTC---TCTCAAA-A------------TGA-------------TGAATT----------TATAT--TT-----TACTACGTATATA-AAGTC--TGATTAAAAT------------------G---------------A----ATT--------------AAA--------ACA-------AAA-TATAAT-T-ATATCA---TAAACACTTCCCAAACT--GTT-------------CAA---------AACG-C-GA---TCTCAAC--TC-AA-----------TG---CACGTGAAATGAGAAGTTGTATCACGTTGA--AAATGGTTG----TT-----CGTCGTCGCCACCAGATATCAACGTTG-ATCAACGTTGA-AACA-AC---GTT----Ggcgtgcctgctgggt
gi|11 : AATTTCGAATAAAATTTGCCTGTTTGTAAAA-TTATTT--TTTTTCGACGT-------CACTTAGACGTCGTCTAGA-CGTC--------GGAT--------------GATCAAC---T-----G-A------------AT--------------TGAAAT----------TCTCT--CT------A----------A-AA-----TGATGAACTT------------------ATATTTACTACGTATCA----ATT--------------AAG--------ACA-------AAA-TATAAT-T-AT--TA---GAAACACTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAC-GTC-AG-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CAACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAACGTTGATA--A-ATG--GTT----GTT-CGACGTCGcgtgcctgctgg
gi|11 : a---CA---------------------ACGTTCT--CA-----T-----TT-----CGACGTCG-----A----ACAACCATTTATCAACGTTGATAC-A-AC---GTTCTCATTT-CGACGTTGaaatgagaacgttgatac
gi|12 : aaatttcgaataaaatttgcctgtttgtaaaattattttttttcgacgtcacttagacgtcgtctagacgtcggatgatcaactgaattgaaattctctctaaaatgatgaacttatatttactacgtatcaattaagacaaaatataattattagaaacacttcccaaacttgattcaaaacgttgattcaacgtcagtgcaacgttgaaatttTTTTTCTAATAGAATTCC-ATTAAAATT-GCCCAGTTGTAAAA-TTACTT--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGTCATTTACA-AGTC--------GGGTATTGTCTCTCAAATGATGAAT---T-----ATA------------TT--------------TGA--C----------TACGT--AT-----AAT---------A-AAGTC--TGATTAAAT-------------------G---------------A----ATTT-------------AAA--------ACA-------AAAATATAAT-T-ATATCA---TAAACACTTCCCAAACTTGTTT-------------CAA---------AACGCTTGA---T-TCAAC-GTCAAA-----------TG---CA---------------------ACGTCGA--AA-----T----------------------------TGAGAACGTTGTATCAACGTTGA-A--A-AAAATGTT----GTT-CGTCGTCGCCatac
gi|13 : tga-----TGAAAAACAT------------------C---------------A----ATT--------------AAA--------ACG-------AAA-TATGAT-T-AT--TA---GAAACACTCTCCATACTTGATT-------------GAA---------AACA-TTCA---T-TCAAC-GTC-AG-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CAACGTCG-----AGATGAGAACGTTGTATCAACATTGATA--A-ATG--GTT----GTT-CGACGTCACCA
gi|13 : aaagtt-----TGAAAAACAT------------------C---------------A----ATT--------------AAA--------ACG-------AAA-TATGAT-T-AT--TA---GAAACACTCTCCATACTTGATTGAAAACATTCATTCAACGTCAGTGCAACG-TTGAAATT-TCAAC-GTC-GAGATGAGAACGTTGTATCA---------------------ACATTGATAAA-----TGGTTGTT-----CGACGTCA-----CCACGAAA------TATCAACGTTGA-A--ATAGC--GTT----GCTACAACGTTGCcgaaatatcaacgttgaaatagcgttgctacaacgttgcgtgtctgctggg
gi|14 : aaagttATCCATTATTTCTT--ACATGCACGAATAAAGTTGACATGCAAGTTACACT---------GTACTATTCTA-TATATATAATG--CAT-ACACTGG-----------GATTAGCATGACAATA--GACAA----------TAGTACACGCTTACATGACACTTTGT-AAAACGGC---CCTGTGTTTGCA-------ACCACGTGCATATG-GC---CG----------CATTG--TAAAT----ATTAgtgtctgctggg
gi|15 : atactatatt-------AAA-CACAAC-T-AA--CA---GTAACACTCCCCACACTTGATT-------------AAA---------AATG-TTGA---T-TTAAC-GTC-TG-----------TA---CA---------------------ACGTTAA--AA-----T-----TG-----CAATGTCG-----GAATGGTAAC-TTGTATCATCGTTGA-AG-A-ACG--GTT----GTT-TGGCGTCACCA
gi|16 : CGTCGCGTCTCCTTTGTAAATACAA----GTCTTCCAAAAAAGCCAGCGCTTTT-----------------AAGTAGAGTTACCCACCCCA-TG-ATGTTAGCGAT-----ACATGAATTAATATTT----ACTTTT-A-GTAAGTA--TTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCccacatatcaacgttgaaacaataatgtctgcctgctggg
gi|17 : CATTTT--------GTG-CATCAATATTTCACACCTTCATATAAAAAA-A-TAAA--TCTACTAAATTAATTCCAATG-TA--A-CACTATTATTCTATATTAGTTAGTGATGTTTACTTGTTGCAA-GCCA
gi|18 : TTA-CATCTTTCTCTGATTTT---TTTCTAAAAGAATTTCTATTAAAACTTGCCAGTTTGTGAAA-TTATTG--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGT
gi|19 : TTTTTAAATAGAATTTTTATAAAGATT-GCGCGTTTGTAAAA-TTATTT--ATTCTAAACAT-------CACATAAAC-------AGA-CGT
gi|2 : AATAT-TTT-----ATCCATCATTTCTT--AC-TA----AATAAGATTGACATGCAAGTTGCATT---------GTACTAT--TC-TATATA--ATG--CAT-GCACTG-----------CGACCAGCATGAC-AT---G--------------TA--------------------T----AA----TC---CCTGCG-TTGCA-------ACCAG------ATG-CCCA-TG----------CAATG--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TA--ACACATTAT--------ATG-CATCAATAGCTCACACC-------------------------ACTTAATTATCT-CAA------------TATTATTCTACATCAATTAGTGATGTTTACTTGATATAA-GCCAACA------C---ATGTA--C-CAC--TCAGTTCCTCGTCGCGTCGCCTTTGTT--TACAA----ATTTTCCAAAA---CCCGTGTTATTT-A-GTC-ATGGGCTGGAATTAGAGATACCAGCCAT---ACATATTATTAAT-----ACATGAATTAATATTT----AC-TTT-AAGTACATA--TTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTTTCTGACATTTTT---CTAATTGAATTTCTATAAAAATTTGCCTGTTTGTAAAA-CTATTT--ATATTAAACCT-------CACTAAGACATCATTTAGA-CGTT--------GAAT--------------AGTCAAC---T-----A-T------------TT--------------TGAAAT----------TCTCT--CT-----CC----------A-AA-----TGATGAACTTACATTTTACTACGTATACG---------------A----AGTTGATTAACACG---AAG--------ACA-------AAA-TATAAT-T-AT--TA---GAAATACTTCCCAAATTAGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAA-GTC-AA-----------TG---TA---------------------ACGTTGA--Aa
gi|21 : tatCGCACCTTCATATCAAAAA-A-TTAAA-TCTACATAACTATTTGCAA---TC--G-AACT-TTAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttctccaaatatcaacgttgagtgcctgctggg
gi|22 : TATGTTTGATCCACCCATTATTTCTT--A-CTA----AATAAAGTTGACATG
gi|3 : tctaatAATATGTT------ATCTATTATTTCTT--AA-TA----AATAAAGTTGGCATTCAAGTTACATT---------GTACTAT--TA-TATATATAACG--CAT-ACACTAGTA----C-TGTAATCAGCATGACAATA--G--------------TA--------------------T-GT-AA----TC---CCTGTT-TTGCA-------ACCAC------ATG-GC-AACA----------CAATA--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TA--ATACATTGT--------GTG-CATCAATATCGCGAACCTTTACATAAAAAA-AATTAA--TCTACTTAATTATTTGCA------------CTACTATTCTATATCAGTTAGTGATGTTTACCGGTTGCAA-GCCATCG------C---ATGCA--C-CAC--ATA--TCTTCGTTGCGTCGCCTTTGTT--TAGAA----GTTTTCTAAAAT-GCCCGCGCTTTTC-A-ATTTAGGAGCCGGAATGAGAGTTACCCAACCTT-TA-ATATCAGCAAT-----GAATTAATTAATATTT----AC-TTTTA-GTGCATA--TTAACGGTT-TAATGTTCTCTTCCCTTTTTA-CATCTTTCTGTATTTTTTTTTTTCTAATATAACTTCTATAACAATTTGCCTGTTTGTGAAA-TTGTTT--ATTTCAAACGT-------CACTTAGACGTCATCTATA-CGTC--------GGGT--------------GGTGAAC---T-----A-A------------TT--------------TGAAAT----------TATCT--CT-----CA----------A-AA-----TGATGAACTT------------------G---------------A----AAT--------------AAG--------ACA-------AAA-TATAAT-T-AT--TA---CAAACACTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAA-GTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CAACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAAAGTTGA-A--A-ATG--ATT----TTT-CAACGTCGCCA
gi|4 : TT--------GTGGCATCAATATTTCATACCT-AACATCAAAAAGA-TTAA--A--ATTTAATTAATTGCAAATTCT--A-ACCTATTATTCTAT-TCAATTA-TGATGTTTAC-TGTTGCAAAGCTGA------------ATGTA--CTCTC--AGA---AATCGTCGCGTCTC--TTGTT--TACAAC---GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTTTTACGTC-ATGAGCCCGGATTAGAGTTACCCGCCCTTATA-ATATTAGCAAT-----A-----------ATTT----A---TA-A-GTACATA--TTAACAGTTGTAAAGTTCTTTTCTATTTTTAACACCCTTCTCTGATTTTTTAA--CAAATAGAATTTCTA-----------CTGTT-GTAAAAATTATTCTGATTTTAAACGTGTGGGCTCACTTAGACGTCGGATAAATCCTCTTTCAAAATGGT--------------GA--AACTTTT-----A-A------------TTACTACGTATACAAGTCAAAG----------TTTGC--CT-----TA----------ACAA-----TGA----------------------------------------------ATT--------------AAG--------AAA-------AAA-TATAA--------TA---AATATACTTCCGCCAC-TGA-T-------------CGA---------AACG-TTGA---T-TCAACGGTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----------TT-----CAACGTCG-----AATTGAG-ACGTTGTATC-ACGTTGA-A--A-A
gi|5 : CACCTTTGTT--TACAATTATGTCTTCCAAAAA-GC----GCTTTTT-A-GTC-ATGAGCCGGAATTAGAGTTACCGGCCCTT-TA-ATATTAGCAATTTAA-GCATGAATTA-TATTTGTAAAC-TTT-A-----ATA--TTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGATTTTTAT---CTAAAAGAATTTCTATTAAAATTTGCCAGTTTGTAAAA-TTGTT---ATATGACACGT-------CACCTAGACGTCATCTAGA-CGTC--------GGGC--------------AATGAAC---T-----A-G------------TT--------------TGAAAT----------TCTCT--CT-----CA----------A-AA-----TGATGAATTT------------------AT--------------ATTTTACT--------------ACGTAT-----ATA-------AAG-TATGAT-T-Agtgtat
gi|5 : -T-AT--TA---TAAACACTTGCCAAACTTGTTT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-Tacatgaattaaaacgaaatataattaataactattataaacacttgccaaacttgtttcaaaacgttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaacgttgcgtgcctgctggga
gi|6 : cacctttgtttacaattatgtcttccaaaaagcgctttttagtcatgagccggaattagagttaccggccctttaatattagcaatttaagcatgaattatatttgtaaactttaatattaacagtttaatgttcttttctctttttacatctttctctgatttttatctaaaagaatttctattaaaatttgccagtttgtaaaattgttatatgacacgtcacctagacgtcatctagacgtcgggcaatgaactagtttgaaattctctctcaaaatgatgaatttatattttactacgtatataaagtatgattaacatgaattaaaacgaaatataattaataacAATATGTTTGATCCATCCATTATTTCTT--AC-TA----AATAAAGTTGACATGCAAGTTACATTTTAACGAGTATATTAC--TG-T-TGTATGATG--CAT-ATATTGC-ATACTC-TACGATCAGCATGACGATA--GATCTAGTACATGCATACT------------------TTGTCAA----TA---C-TGTG-TTGCA-------ACCAC------ATG-GCTA-CA----------CAATG--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TC--ATACATTTT--------GTG-AATCAATATCTCGCACTTTCATATCAAAAA-ATTAAA--TCTACTTAACTATTTGCAA---TCGAA-CCCTAATATTCTATATCAATTAGTGATGATTACCTGTTGCAA-GCCAATG------C---ATGTACCC-CGC--ATA--ACCTCGTCGCATCACCTTTGTT--TGCAA----GTCTTCCAAAAA-GCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaacgttgcgtgcctgctggga
gi|7 : ctATATGTTTGATCCATCCAT-ATTTCTTCTACATA----ATAAAAGTTGACATGCAAGTACCATTTTAACGA--GTA-TAT--TACTTTGTATGATG--CAT-ATATTGC-AACT-C-TACGATCAGCATGACGATA--GATCTAGTACATGCATACT------------------TTGT-CA----TA---ACTGTG-TTGCA-------ACCAC-------TG-GCTA-CA----------CAATG--TAAAT----AT-AC-TT-----CTA-----TATCATACATTTT--------GTG-AATCA-TATCTCGCAC-TTCA-ATCAAAAA-A-TTAAAATCTACTTAACTATTTGCAT---CG--AACCCTAATATTCTATATCAATTAGTGATGATTACCTGTTGCAA-GCCAATG----------ATGTAC-C-CGC--ATA--ACCTCGTCGCATCACCTTTGTT--TGCAA----GTCTTCCAAAAA-GCCC
gi|8 : tATGAGCCGGTATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATTAGCAATTTGAAACATGAATTA-CATTTGTAAAC-TTT-A-----ATA--TTAACAGTT-TAATGTTCGTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGATTTT----TTCTAATAGAATTTCTATTGAAATTTGCCAGTTTGTAAAA-TTATTT--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGTCGTATAGA-CGTC--------AGAT--------------AATCAAC---A-----A-A------------TT--------------AGAAAT----------TCTCT--CT-----CA----------A-AA-----TGATGATTTT------------------A---------------A----ATTTTACTACGTATATAAAGTCTGATTAACATGAATTAAAA-CAAAATATAAT--TATTTTAAAAACTTATTAAACTTGTTT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAGC-ATC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----Ctc
gi|9 : CTA----AGTAAACTTAACATGCAAGTTACATT---------GAATTAT--TC-TGTATATAATA--CAT-ACACTG-----------CGATCAGCATGACAATATAG--------------TACACGCATACATAATACT---TTGT-AA----AC---CCTGTG-TTGCA-------ACCAC------GTGCAC-A-TGATCATGGCTACAATG--TAAATTTATATTACCTTGGCTTCTA-----TA--ACACATTTT--------GTG-CATCAATATATCGCACCTTCACATAGAAAA-T-TAAA--TCTACTTAATTATATGCAA---TCTAA-CACTATTATTCTATATCAAATAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACG------A---ATGTA--C-CAC--TCC--TCCACGTCGCGTCTCCTTTGTT--TACAA----G
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TCACCGACGTCGTGACCAAATATCGACCATTTCTGAACGTTGTATAGACGTCGTGTGCCCGCTGG
Unaligned ( gi|23 ): GAACGTTGTATAGACGTCGTGTGCCCGCTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 111 444444444 333333333 44444444444444444444444444444444444444444 222222222 1111111 1111111 444444444444444 1111 11111 11111 11111111 111 11 55555555555 3333333333 11 11111111 1111 1111 22222 2222 1111111 222222 1111111 222222222222222 11111 2222222222 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111 3333333333333 1111 1111111111111 111111111 11111111111 222222222222222222222 111111111111111111 1111111 22222222222
lowQualScore : 7777 1 44444 000 5 111111111 5 77 66 6 77 5 0 5 666666666 5 44444444444444444444444444444444444444444 4 5 555555555 5 8888888 6666666 88 444444444444444 77 2222 66666 66666 99 88888888 5 0 0 3 2 222 2 00 11111111111 0 5 1 0000000000 33 5 2 77777777 5 66 3333 55 4444 5 77 5 66666 0 1 8 4444 5 5555555 77 5 5 555555 1 2 2 1 3 55 1 1 2 1111111 888 777777777777777 5 11111 4 4 1 1 1 3333333333 222 55 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 55555555555 6 3 3333333333333 99 2222 44 1 8888888888888 222222222 3 555 3 3 3 55555555555 555 666666666666666666666 44 666666666666666666 0 0000000 0 1 44444444444 9999 5
lowQualScore : .... . ..... ... . ......... . .. .. . .. . . . ......... . ......................................... . . ......... . ....... ....... .. ............... .. .... ..... ..... .. ........ . . . . . ... . .. ........... . . . .......... .. . . ........ . .. .... .. .... . .. . ..... . . . .... . ....... .. . . ...... . . . . . .. . . . ....... ... ............... . ..... . . . . . .......... ... .. ............................................................................................... . ........... . . ............. .. .... .. . ............. ......... . ... . . . ........... ... ..................... .. .................. . ....... . . ........... .... .
lowQualScore : 0000 7 33333 000 0 444444444 3 99 77 0 99 7 4 7 111111111 7 44444444444444444444444444444444444444444 3 7 333333333 7 6666666 6666666 77 444444444444444 99 1111 77777 77777 22 11111111 0 2 1 7 6 888 6 66 22222222222 2 0 7 7777777777 66 7 7 11111111 4 11 9999 44 3333 7 44 7 44444 7 4 4 3333 7 3333333 99 7 7 000000 2 5 1 0 6 00 0 0 6 8888888 555 000000000000000 7 11111 4 4 0 9 9 9999999999 777 00 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 88888888888 7 1 5555555555555 22 7777 66 3 3333333333333 333333333 1 444 1 3 3 88888888888 444 222222222222222222222 22 000000000000000000 5 2222222 2 1 44444444444 4444 0
consensus : AATATGTTTGATCCATCCATTATTTCTTAC-----TA---AATAAA-GTTGACATGCAAGTTACATT---------GTACTAT--TN-TATATATAATG--CAT-ACACT-GCA----CTACG-ATCAGCATGACGATA---------------------GAT-------------ACTTTGT-AA----TC---CCTGTG-TTGCA-------ACCAC------ATG-GC-A-CG----------CAATG--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TA--ACACATTTT--------GTG-CATCAATATCTCGCACCTTCACATNAAAAA-A-TNAA--TCTACTTAATTATTTGCAA---CC--A-CACTATTATTCTATATCAATTAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACG------C---ATGTA--C-CGC--ANA--TCCTCGTCGCGTCGCCTTTGTT--TACAA----GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTTT-A-GTC-ATGAGCCGGAATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATTAGCAAT-----ACATGAATTAATATTT----AC-TTT-A-GTACAT--ATTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGATTTTTTTTTTCTAATAGAATTTCTATTAAAATTTGCCNGTTTGTAAAA-TTATTT--ATNTNAGACGT-------CACTTAGACGTCGTCTAGACGTCGGGT--------------GATCAACT-----A-ATT-TGAAATTCTCTCTCA----------AAA---TGATGAA--CTT------------------G---------------A-----AT-----------T--------------AA------G--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------AT--TA---NAAA--CACTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAC-GTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CGACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAACGTTGA-A--A-ACG--GTT----GTT-CGACGTCGCCA
Reference ( family-316 ) : AATATGTTTGATCCATCCATTATTTCTTAC-----TA---AATAAA-GTTGACATGCAAGTTACATT---------GTACTAT--TN-TATATATAATG--CAT-ACACT-GNA----CTGCG-ATCAGCATGACGATA---------------------GAT-------------ACTTTGT-AA----TC---CCTGTG-TTGCA-------ACCAC------ATG-GC-A-CG----------CAATG--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TA--ACACATTTT--------GTG-CATCAATATCTCGCACCTTCACATNAAAAA-A-TNAA--TCTACTTAATTATTTGCAA---CC--A-CACTATTATTCTATATCAATTAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACG------C---ATGTA--C-CGC--ANA--TCCTCGTCGCGTCGCCTTTGTT--TACAA----GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTTT-A-GTC-ATGAGCCGGAATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATTAGCAAT-----ACATGAATTAATATTT----AC-TTT-A-GTACAT--ATTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGATTTTTTTTTTCTAATAGAATTTCTATTAAAATTTGCCNGTTTGTAAAA-TTATTT--ATNTNAGACGT-------CACTTAGACGTCGTCTAGACGTCGGGT--------------GATCAACT-----A-ATT-TGAAATTNTCTCTCA----------AAA---TGATGAA--CTT------------------G---------------A-----AT-----------T--------------AA------G--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------AT--TA---NAAA--CACTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAC-GTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CGACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAACGTTGA-A--A-ACG--GTT----GTT-CGACGTCGCCA
gi|1 : ATAAA-CTTAACATGCAAGTTACATT---------GTAGTAC--TC-TGTATATAATGAGCATGACATA-GTA----C-ACGTAT--ACATGA----------------------------T-------------ACTTTGT-AAAC--TCGGCCCTGTG-TTGCACCCGGCAACCAC------ATG--C-A-C-------------ATGGCTAGCC------TACCTT-----CTAGAATCTA--ACACATTTTCAGATTTTGTG-CATCGATATATCGCAAAGTCGCATAGAAAA-T-TAAA--TCTACTTAATTATATGCAA---CCTAA-GACTATTATTCTATATCAATTAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACGAATATGCGAAATGTA--C-CACTCGGA--TCCACGTCGCGTCACCTTTGTT--TACAA----GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTAA-A-GTC-ATGAGCCAGAATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATAAAAAAT-----ACATG-GCCAATATTT----AC-TTTAA-GCGCGTAAATTAACATTT-TAATGTTCTTTTTTATTTTTA-CATCTTTCTCTGGTTGTTTTT---TAATAAAATTGCGCTGAAAATTTGCCTGTTTGTAAAA-TCATAT--TTTTCA-ACGT-------CACT-----------TAGACGTTGGGT--------------GATCAGCT-----A-ATT-TGAAATTCTCT-TTA----------AAA---TGATGAA--CTT------------------A---------------T-----ATTTTACTACGTAT--------------AA------A--------AAAGTTTGATAAA-C-----------ATCAAT-TAAGACAAAATATCAT--TATTACAGA--CACTTCCCACACTTGATT-------------CAA---------NNNN-NNNN---N-NNNNN-NNN-NN-----------NN---NN---------------------NNNNNNN--NN-----N-----NN-----NNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N--N-AAGT-GGT----GTT-CGACGTCGCCA
gi|1 : ---------AACG-TTGT---A-TCAAC-GTT-GT-----------TT---CA---------------------ACGTTGA--TA-----T-----TTGGTGGCGACGTCG-----AAccaaatatcaacgttgaaacaacgttgatacaacgttgcgtgcctgctgggt
gi|10 : ataaacttaacatgcaagttacattgtagtactctgtatataatgagcatgacatagtacacgtatacatgatactttgtaaactcggccctgtgttgcacccggcaaccacatgcacatggctagcctaccttctagaatctaacacattttcagattttgtgcatcgatatatcgcaaagtcgcatagaaaattaaatctacttaattatatgcaacctaagactattattctatatcaattagtgatgtttacctgttgcaagccaacgaatatgcgaaatgtaccactcggatccacgtcgcgtcacctttgtttacaagtcttccaaaaagcccgcgctttaaagtcatgagccagaattagagttacccgccctttaatataaaaaatacatggccaatatttactttaagcgcgtaaattaacattttaatgttcttttttatttttacatctttctctggttgttttttaataaaattgcgctgaaaatttgcctgtttgtaaaatcatatttttcaacgtcacttagacgttgggtgatcagctaatttgaaattctctttaaaatgatgaacttatattttactacgtataaaaaagtttgataaacatcaattaagacaaaatatcattattacagacacttcccacacttgattcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtggtgTCTCTGATTTTTT----CTAATAGAATTTCCATTAAAATTTGCCAGTTTGTAAAA-TTACTT--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGTCATTTACAAGTCGGGT---------------ATTGTCTCTCAAA-ATGATGAATTTATATTTTACTACGTATATAAAGTCTGATTAA--AAT------------------G---------------A-----AT-----------T--------------AA------A--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------ATATCA---TAAA--CACTTCCCAAACT--GTT-------------CAA---------AACG-C-GA---TCTCAAC--TC-AA-----------TG---CACGTGAAATGAGAAGTTGTATCACGTTGA--AAATGGTTG----TT-----CGTCGTCGCCACCAGATATCAACGTTG-ATCAACGTTGA-AACA-AC---GTT----Ggcgtgcctgctgggt
gi|11 : AATTTCGAATAAAATTTGCCTGTTTGTAAAA-TTATTT--TTTTTCGACGT-------CACTTAGACGTCGTCTAGACGTCGGAT--------------GATCAACT-----G-AAT-TGAAATTCTCTCT-A----------AAA---TGATGAA--CTT------------------ATATTTACTACGTATCA-----AT-----------T--------------AA------G--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------AT--TA---GAAA--CACTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAC-GTC-AG-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CAACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAACGTTGATA--A-ATG--GTT----GTT-CGACGTCGcgtgcctgctgg
gi|11 : a---CA---------------------ACGTTCT--CA-----T-----TT-----CGACGTCG-----A----ACAACCATTTATCAACGTTGATAC-A-AC---GTTCTCATTT-CGACGTTGaaatgagaacgttgatac
gi|12 : aaatttcgaataaaatttgcctgtttgtaaaattattttttttcgacgtcacttagacgtcgtctagacgtcggatgatcaactgaattgaaattctctctaaaatgatgaacttatatttactacgtatcaattaagacaaaatataattattagaaacacttcccaaacttgattcaaaacgttgattcaacgtcagtgcaacgttgaaatttTTTTTCTAATAGAATTCC-ATTAAAATT-GCCCAGTTGTAAAA-TTACTT--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGTCATTTACAAGTCGGGTATTGTCTCTCAAATGATGAATT-----ATATT-TGA--CTACGTATAAT---------AAAGTCTGATTAA--AT-------------------G---------------A-----AT-----------TT-------------AA------A--------ACA-------AAAAT-----------AT-AAT-T-------------ATATCA---TAAA--CACTTCCCAAACTTGTTT-------------CAA---------AACGCTTGA---T-TCAAC-GTCAAA-----------TG---CA---------------------ACGTCGA--AA-----T----------------------------TGAGAACGTTGTATCAACGTTGA-A--A-AAAATGTT----GTT-CGTCGTCGCCatac
gi|13 : tga---TGAAAAA--CAT------------------C---------------A-----AT-----------T--------------AA------A--------ACG-------AAA-T-----------AT-GAT-T-------------AT--TA---GAAA--CACTCTCCATACTTGATT-------------GAA---------AACA-TTCA---T-TCAAC-GTC-AG-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CAACGTCG-----AGATGAGAACGTTGTATCAACATTGATA--A-ATG--GTT----GTT-CGACGTCACCA
gi|13 : aaagtt---TGAAAAA--CAT------------------C---------------A-----AT-----------T--------------AA------A--------ACG-------AAA-T-----------AT-GAT-T-------------AT--TA---GAAA--CACTCTCCATACTTGATTGAAAACATTCATTCAACGTCAGTGCAACG-TTGAAATT-TCAAC-GTC-GAGATGAGAACGTTGTATCA---------------------ACATTGATAAA-----TGGTTGTT-----CGACGTCA-----CCACGAAA------TATCAACGTTGA-A--ATAGC--GTT----GCTACAACGTTGCcgaaatatcaacgttgaaatagcgttgctacaacgttgcgtgtctgctggg
gi|14 : aaagttATCCATTATTTCTTACATGCACG---AATAAA-GTTGACATGCAAGTTACACT---------GTACTATTCTA-TATATATAATG--CAT-ACACT-GG---------G-ATTAGCATGACAATAGACAATAGTACACGCTTACATGAC-------------ACTTTGT-AAAACGGC---CCTGTGTTTGCA-------ACCACGTGCATATG-GC---CG----------CATTG--TAAAT----ATTAgtgtctgctggg
gi|15 : atactatatt-------AAA-C-----------AC-AAC-T-------------AA--CA---GTAA--CACTCCCCACACTTGATT-------------AAA---------AATG-TTGA---T-TTAAC-GTC-TG-----------TA---CA---------------------ACGTTAA--AA-----T-----TG-----CAATGTCG-----GAATGGTAAC-TTGTATCATCGTTGA-AG-A-ACG--GTT----GTT-TGGCGTCACCA
gi|16 : CGTCGCGTCTCCTTTGTAAATACAA----GTCTTCCAAAAAAGCCAGCGCTTTT-----------------AAGTAGAGTTACCCACCCCA-TG-ATGTTAGCGAT-----ACATGAATTAATATTT----ACTTTT-A-GTAAGT--ATTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCccacatatcaacgttgaaacaataatgtctgcctgctggg
gi|17 : CATTTT--------GTG-CATCAATATTTCACACCTTCATATAAAAAA-A-TAAA--TCTACTAAATTAATTCCAATG-TA--A-CACTATTATTCTATATTAGTTAGTGATGTTTACTTGTTGCAA-GCCA
gi|18 : TTA-CATCTTTCTCTGATTTT---TTTCTAAAAGAATTTCTATTAAAACTTGCCAGTTTGTGAAA-TTATTG--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGT
gi|19 : TTTTTAAATAGAATTTTTATAAAGATT-GCGCGTTTGTAAAA-TTATTT--ATTCTAAACAT-------CACATAAAC-------AGACGT
gi|2 : AATAT-TTT-----ATCCATCATTTCTTAC-----TA---AATAAG-ATTGACATGCAAGTTGCATT---------GTACTAT--TC-TATATA--ATG--CAT-------GCA----CTGCG-ACCAGCATGAC--------------------------AT-------------G---TAT-AA----TC---CCTGCG-TTGCA-------ACCAG------ATG-CCCA-TG----------CAATG--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TA--ACACATTAT--------ATG-CATCAATAGCTCACACC-------------------------ACTTAATTATCT-CAA------------TATTATTCTACATCAATTAGTGATGTTTACTTGATATAA-GCCAACA------C---ATGTA--C-CAC--TCAGTTCCTCGTCGCGTCGCCTTTGTT--TACAA----ATTTTCCAAAA---CCCGTGTTATTT-A-GTC-ATGGGCTGGAATTAGAGATACCAGCCAT---ACATATTATTAAT-----ACATGAATTAATATTT----AC-TTT-AAGTACAT--ATTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTTTCTGACATTTTT---CTAATTGAATTTCTATAAAAATTTGCCTGTTTGTAAAA-CTATTT--ATATTAAACCT-------CACTAAGACATCATTTAGACGTTGAAT--------------AGTCAACT-----A-TTT-TGAAATTCTCTCTCC----------AAA---TGATGAA--CTTACATTTTACTACGTATACG---------------AAGTTGAT-----------T--------------AACACGAAG--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------AT--TA---GAAA--TACTTCCCAAATTAGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAA-GTC-AA-----------TG---TA---------------------ACGTTGA--Aa
gi|21 : tatCGCACCTTCATATCAAAAA-A-TTAAA-TCTACATAACTATTTGCAA---TC--G-AACT-TTAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttctccaaatatcaacgttgagtgcctgctggg
gi|22 : TATGTTTGATCCACCCATTATTTCTTAC-----TA---AATAAA-GTTGACATG
gi|3 : tctaatAATATGTT------ATCTATTATTTCTTAA-----TA---AATAAA-GTTGGCATTCAAGTTACATT---------GTACTAT--TA-TATATATAACG--CAT-ACACTAGTA----CTGTA-ATCAGCATGACAATA---------------------G-T-------------A---TGT-AA----TC---CCTGTT-TTGCA-------ACCAC------ATG-GC-AACA----------CAATA--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TA--ATACATTGT--------GTG-CATCAATATCGCGAACCTTTACATAAAAAA-AATTAA--TCTACTTAATTATTTGCA------------CTACTATTCTATATCAGTTAGTGATGTTTACCGGTTGCAA-GCCATCG------C---ATGCA--C-CAC--ATA--TCTTCGTTGCGTCGCCTTTGTT--TAGAA----GTTTTCTAAAAT-GCCCGCGCTTTTC-A-ATTTAGGAGCCGGAATGAGAGTTACCCAACCTT-TA-ATATCAGCAAT-----GAATTAATTAATATTT----AC-TTTTA-GTGCAT--ATTAACGGTT-TAATGTTCTCTTCCCTTTTTA-CATCTTTCTGTATTTTTTTTTTTCTAATATAACTTCTATAACAATTTGCCTGTTTGTGAAA-TTGTTT--ATTTCAAACGT-------CACTTAGACGTCATCTATACGTCGGGT--------------GGTGAACT-----A-ATT-TGAAATTATCTCTCA----------AAA---TGATGAA--CTT------------------G---------------A-----AA-----------T--------------AA------G--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------AT--TA---CAAA--CACTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAA-GTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CAACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAAAGTTGA-A--A-ATG--ATT----TTT-CAACGTCGCCA
gi|4 : TT--------GTGGCATCAATATTTCATACCT-AACATCAAAAAGA-TTAA--A--ATTTAATTAATTGCAAATTCT--A-ACCTATTATTCTAT-TCAATTA-TGATGTTTAC-TGTTGCAAAGCTGA------------ATGTA--CTCTC--AGA---AATCGTCGCGTCTC--TTGTT--TACAAC---GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTTTTACGTC-ATGAGCCCGGATTAGAGTTACCCGCCCTTATA-ATATTAGCAAT-----A-----------ATTT----A---TA-A-GTACAT--ATTAACAGTTGTAAAGTTCTTTTCTATTTTTAACACCCTTCTCTGATTTTTTAA--CAAATAGAATTTCTA-----------CTGTT-GTAAAAATTATTCTGATTTTAAACGTGTGGGCTCACTTAGACGTCG----------------------------GAT------------------AAATCCTCTTTCA----------AAA---TGGTGAAACTTT------------------T---------------A-----AT-----------TACTACGTATAC---AA------G--------TCA-------AAG-TTTGCCTTAACAATGAAT-TAAGAAAAAAT---AT--AA---TAAATATACTTCCGCCAC-TGA-T-------------CGA---------AACG-TTGA---T-TCAACGGTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----------TT-----CAACGTCG-----AATTGAG-ACGTTGTATC-ACGTTGA-A--A-A
gi|5 : CACCTTTGTT--TACAATTATGTCTTCCAAAAA-GC----GCTTTTT-A-GTC-ATGAGCCGGAATTAGAGTTACCGGCCCTT-TA-ATATTAGCAATTTAA-GCATGAATTA-TATTTGTAAAC-TTT-A-----AT--ATTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGATTTTTAT---CTAAAAGAATTTCTATTAAAATTTGCCAGTTTGTAAAA-TTGTT---ATATGACACGT-------CACCTAGACGTCATCTAGACGTCGGGC--------------AATGAACT-----A-GTT-TGAAATTCTCTCTCA----------AAA---TGATGAA--TTT------------------A---------------T-----ATTTTAC------T--------------AC------GTAT-----ATA-------AAG-T-----------AT-GAT-T-------------Agtgtat
gi|5 : -T-------------AT--TA---TAAA--CACTTGCCAAACTTGTTT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-Tacatgaattaaaacgaaatataattaataactattataaacacttgccaaacttgtttcaaaacgttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaacgttgcgtgcctgctggga
gi|6 : cacctttgtttacaattatgtcttccaaaaagcgctttttagtcatgagccggaattagagttaccggccctttaatattagcaatttaagcatgaattatatttgtaaactttaatattaacagtttaatgttcttttctctttttacatctttctctgatttttatctaaaagaatttctattaaaatttgccagtttgtaaaattgttatatgacacgtcacctagacgtcatctagacgtcgggcaatgaactagtttgaaattctctctcaaaatgatgaatttatattttactacgtatataaagtatgattaacatgaattaaaacgaaatataattaataacAATATGTTTGATCCATCCATTATTTCTTAC-----TA---AATAAA-GTTGACATGCAAGTTACATTTTAACGAGTATATTAC--TG-T-TGTATGATG--CAT-ATATT-GCATACTCTACG-ATCAGCATGACGATA---------------------GATCTAGTACATGCATACTTTGTCAA----TA---C-TGTG-TTGCA-------ACCAC------ATG-GCTA-CA----------CAATG--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TC--ATACATTTT--------GTG-AATCAATATCTCGCACTTTCATATCAAAAA-ATTAAA--TCTACTTAACTATTTGCAA---TCGAA-CCCTAATATTCTATATCAATTAGTGATGATTACCTGTTGCAA-GCCAATG------C---ATGTACCC-CGC--ATA--ACCTCGTCGCATCACCTTTGTT--TGCAA----GTCTTCCAAAAA-GCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaacgttgcgtgcctgctggga
gi|7 : ctATATGTTTGATCCATCCAT-ATTTCTT-C-----TACATAATAAAAGTTGACATGCAAGTACCATTTTAACGA--GTA-TAT--TACTTTGTATGATG--CAT-ATATT-GCAACT-CTACG-ATCAGCATGACGATA---------------------GATCTAGTACATGCATACTTTGT-CA----TA---ACTGTG-TTGCA-------ACCAC-------TG-GCTA-CA----------CAATG--TAAAT----AT-AC-TT-----CTA-----TATCATACATTTT--------GTG-AATCA-TATCTCGCAC-TTCA-ATCAAAAA-A-TTAAAATCTACTTAACTATTTGCAT---CG--AACCCTAATATTCTATATCAATTAGTGATGATTACCTGTTGCAA-GCCAATG----------ATGTAC-C-CGC--ATA--ACCTCGTCGCATCACCTTTGTT--TGCAA----GTCTTCCAAAAA-GCCC
gi|8 : t-ATGAGCCGGTATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATTAGCAATTTGAAACATGAATTA-CATTTGTAAAC-TTT-A-----AT--ATTAACAGTT-TAATGTTCGTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGATTTT----TTCTAATAGAATTTCTATTGAAATTTGCCAGTTTGTAAAA-TTATTT--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGTCGTATAGACGTCAGAT--------------AATCAACA-----A-ATT-AGAAATTCTCTCTCA----------AAA---TGATGAT--TTT------------------A---------------A-----AT-----------TTTACTACGTATATAAA------GTCTGATTAACATGAATTAAAA-C-----------AA-AATATA------------AT--TATTTTAAA--AACTTATTAAACTTGTTT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAGC-ATC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----Ctc
gi|9 : C-----TA---AGTAAA-CTTAACATGCAAGTTACATT---------GAATTAT--TC-TGTATATAATA--CAT-ACACT-G---------CG-ATCAGCATGACAATATAGTACACGCATACAT-----AAT-------------ACTTTGT-AA----AC---CCTGTG-TTGCA-------ACCAC------GTGCAC-A-TGATCATGGCTACAATG--TAAATTTATATTACCTTGGCTTCTA-----TA--ACACATTTT--------GTG-CATCAATATATCGCACCTTCACATAGAAAA-T-TAAA--TCTACTTAATTATATGCAA---TCTAA-CACTATTATTCTATATCAAATAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACG------A---ATGTA--C-CAC--TCC--TCCACGTCGCGTCTCCTTTGTT--TACAA----G
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TCACCGACGTCGTGACCAAATATCGACCATTTCTGAACGTTGTATAGACGTCGTGTGCCCGCTGG
Unaligned ( gi|23 ): GAACGTTGTATAGACGTCGTGTGCCCGCTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 111 444444444 4444444444 44444444444444444444444444444444444444444 222222222 1111111 1111111 444444444444444 1111 11111 11111 11111111 111 11 55555555555 3333333333 11 11111111 1111 1111 22222 2222 1111111 222222 1111111 222222222222222 11111 2222222222 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 333333333333333333333333333333 1111111111111 111111111 11111111111 222222222222222222222 111111111111111111 1111111 22222222222
lowQualScore : 7777 1 44444 000 5 111111111 5 77 66 6 77 5 5 7777777777 5 44444444444444444444444444444444444444444 4 5 555555555 5 8888888 6666666 88 444444444444444 77 2222 66666 66666 99 88888888 5 0 0 3 2 222 2 00 11111111111 0 5 1 0000000000 33 5 2 77777777 5 66 3333 55 4444 5 77 5 66666 0 1 8 4444 5 5555555 77 5 5 555555 1 2 2 1 3 55 1 1 2 1111111 888 777777777777777 5 11111 4 4 4 4 1 1 3333333333 111 44 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 44444444444 6 3 777777777777777777777777777777 44 1 8888888888888 222222222 3 555 3 3 3 55555555555 555 666666666666666666666 44 666666666666666666 0 0000000 0 1 44444444444 9999 5
lowQualScore : .... . ..... ... . ......... . .. .. . .. . . .......... . ......................................... . . ......... . ....... ....... .. ............... .. .... ..... ..... .. ........ . . . . . ... . .. ........... . . . .......... .. . . ........ . .. .... .. .... . .. . ..... . . . .... . ....... .. . . ...... . . . . . .. . . . ....... ... ............... . ..... . . . . . . .......... ... .. ............................................................................................... . ........... . . .............................. .. . ............. ......... . ... . . . ........... ... ..................... .. .................. . ....... . . ........... .... .
lowQualScore : 0000 7 33333 000 0 444444444 3 99 77 0 99 7 7 7777777777 7 44444444444444444444444444444444444444444 3 7 333333333 7 6666666 6666666 77 444444444444444 99 1111 77777 77777 22 11111111 0 2 1 7 6 888 6 66 22222222222 2 0 7 7777777777 66 7 7 11111111 4 11 9999 44 3333 7 44 7 44444 7 4 4 3333 7 3333333 99 7 7 000000 2 5 1 0 6 00 0 0 6 8888888 555 000000000000000 7 11111 4 4 4 4 9 9 9999999999 777 66 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 66666666666 2 1 444444444444444444444444444444 66 3 3333333333333 333333333 1 444 1 3 3 88888888888 444 222222222222222222222 22 000000000000000000 5 2222222 2 1 44444444444 4444 0
consensus : AATATGTTTGATCCATCCATTATTTCTTAC-----TA---AATAAA-GTTGACATGCAAGTTACATT---------GTACTAT--TN-TATATATAATG--CAT-ACACT-GCA----CTACG-ATCAGCATGACGATA---------------------GAT-------------ACTTTGT-AA----TC---CCTGTG-TTGCA-------ACCAC------ATG-GC-A-CG----------CAATG--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TA--ACACATTTT--------GTG-CATCAATATCTCGCACCTTCACATNAAAAA-A-TNAA--TCTACTTAATTATTTGCAA---CC--A-CACTATTATTCTATATCAATTAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACG------C---ATGTA--C-CGC--ANA--TCCTCGTCGCGTCGCCTTTGTT--TACAA----GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTTT-A-GTC-ATGAGCCGGAATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATTAGCAAT-----ACATGAATTAATATTT----AC-TTT-A-GTACAT--ATTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGATTTTTTTTTTCTAATAGAATTTCTATTAAAATTTGCCNGTTTGTAAAA-TTATTT--ATNTNAGACGT-------CACTTAGACGTCGTCTAGACGTCGGGT--------------GATCAACT-----A-ATT-TGAAATTCT-C-TCTCA----------AAA---TGATGAA--CTT------------------G---------------A-----AT-----------T--------------AA------G--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------A-------T--TA---NAAA--CACTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAC-GTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CGACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAACGTTGA-A--A-ACG--GTT----GTT-CGACGTCGCCA
Reference ( family-316 ) : AATATGTTTGATCCATCCATTATTTCTTAC-----TA---AATAAA-GTTGACATGCAAGTTACATT---------GTACTAT--TN-TATATATAATG--CAT-ACACT-GCA----CTACG-ATCAGCATGACGATA---------------------GAT-------------ACTTTGT-AA----TC---CCTGTG-TTGCA-------ACCAC------ATG-GC-A-CG----------CAATG--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TA--ACACATTTT--------GTG-CATCAATATCTCGCACCTTCACATNAAAAA-A-TNAA--TCTACTTAATTATTTGCAA---CC--A-CACTATTATTCTATATCAATTAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACG------C---ATGTA--C-CGC--ANA--TCCTCGTCGCGTCGCCTTTGTT--TACAA----GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTTT-A-GTC-ATGAGCCGGAATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATTAGCAAT-----ACATGAATTAATATTT----AC-TTT-A-GTACAT--ATTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGATTTTTTTTTTCTAATAGAATTTCTATTAAAATTTGCCNGTTTGTAAAA-TTATTT--ATNTNAGACGT-------CACTTAGACGTCGTCTAGACGTCGGGT--------------GATCAACT-----A-ATT-TGAAATTCT-C-TCTCA----------AAA---TGATGAA--CTT------------------G---------------A-----AT-----------T--------------AA------G--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------A-------T--TA---NAAA--CACTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAC-GTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CGACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAACGTTGA-A--A-ACG--GTT----GTT-CGACGTCGCCA
gi|1 : ATAAA-CTTAACATGCAAGTTACATT---------GTAGTAC--TC-TGTATATAATGAGCATGACATA-GTA----C-ACGTAT--ACATGA----------------------------T-------------ACTTTGT-AAAC--TCGGCCCTGTG-TTGCACCCGGCAACCAC------ATG--C-A-C-------------ATGGCTAGCC------TACCTT-----CTAGAATCTA--ACACATTTTCAGATTTTGTG-CATCGATATATCGCAAAGTCGCATAGAAAA-T-TAAA--TCTACTTAATTATATGCAA---CCTAA-GACTATTATTCTATATCAATTAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACGAATATGCGAAATGTA--C-CACTCGGA--TCCACGTCGCGTCACCTTTGTT--TACAA----GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTAA-A-GTC-ATGAGCCAGAATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATAAAAAAT-----ACATG-GCCAATATTT----AC-TTTAA-GCGCGTAAATTAACATTT-TAATGTTCTTTTTTATTTTTA-CATCTTTCTCTGGTTGTTTTT---TAATAAAATTGCGCTGAAAATTTGCCTGTTTGTAAAA-TCATAT--TTTTCA-ACGT-------CACT-----------TAGACGTTGGGT--------------GATCAGCT-----A-ATT-TGAAATTCT-C-T-TTA----------AAA---TGATGAA--CTT------------------A---------------T-----ATTTTACTACGTAT--------------AA------A--------AAAGTTTGATAAA-C-----------ATCAAT-TAAGACAAAATATCA-------T--TATTACAGA--CACTTCCCACACTTGATT-------------CAA---------NNNN-NNNN---N-NNNNN-NNN-NN-----------NN---NN---------------------NNNNNNN--NN-----N-----NN-----NNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N--N-AAGT-GGT----GTT-CGACGTCGCCA
gi|1 : ---------AACG-TTGT---A-TCAAC-GTT-GT-----------TT---CA---------------------ACGTTGA--TA-----T-----TTGGTGGCGACGTCG-----AAccaaatatcaacgttgaaacaacgttgatacaacgttgcgtgcctgctgggt
gi|10 : ataaacttaacatgcaagttacattgtagtactctgtatataatgagcatgacatagtacacgtatacatgatactttgtaaactcggccctgtgttgcacccggcaaccacatgcacatggctagcctaccttctagaatctaacacattttcagattttgtgcatcgatatatcgcaaagtcgcatagaaaattaaatctacttaattatatgcaacctaagactattattctatatcaattagtgatgtttacctgttgcaagccaacgaatatgcgaaatgtaccactcggatccacgtcgcgtcacctttgtttacaagtcttccaaaaagcccgcgctttaaagtcatgagccagaattagagttacccgccctttaatataaaaaatacatggccaatatttactttaagcgcgtaaattaacattttaatgttcttttttatttttacatctttctctggttgttttttaataaaattgcgctgaaaatttgcctgtttgtaaaatcatatttttcaacgtcacttagacgttgggtgatcagctaatttgaaattctctttaaaatgatgaacttatattttactacgtataaaaaagtttgataaacatcaattaagacaaaatatcattattacagacacttcccacacttgattcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtggtgTCTCTGATTTTTT----CTAATAGAATTTCCATTAAAATTTGCCAGTTTGTAAAA-TTACTT--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGTCATTTACAAGTCGGGT---------------ATTGTCTCTCAAA-ATGATGAATTTAT-A-TTTTACTACGTATATAAAGTCTGATTAA--AAT------------------G---------------A-----AT-----------T--------------AA------A--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------A-------TATCA---TAAA--CACTTCCCAAACT--GTT-------------CAA---------AACG-C-GA---TCTCAAC--TC-AA-----------TG---CACGTGAAATGAGAAGTTGTATCACGTTGA--AAATGGTTG----TT-----CGTCGTCGCCACCAGATATCAACGTTG-ATCAACGTTGA-AACA-AC---GTT----Ggcgtgcctgctgggt
gi|11 : AATTTCGAATAAAATTTGCCTGTTTGTAAAA-TTATTT--TTTTTCGACGT-------CACTTAGACGTCGTCTAGACGTCGGAT--------------GATCAACT-----G-AAT-TGAAATTCT-C-TCT-A----------AAA---TGATGAA--CTT------------------ATATTTACTACGTATCA-----AT-----------T--------------AA------G--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------A-------T--TA---GAAA--CACTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAC-GTC-AG-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CAACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAACGTTGATA--A-ATG--GTT----GTT-CGACGTCGcgtgcctgctgg
gi|11 : a---CA---------------------ACGTTCT--CA-----T-----TT-----CGACGTCG-----A----ACAACCATTTATCAACGTTGATAC-A-AC---GTTCTCATTT-CGACGTTGaaatgagaacgttgatac
gi|12 : aaatttcgaataaaatttgcctgtttgtaaaattattttttttcgacgtcacttagacgtcgtctagacgtcggatgatcaactgaattgaaattctctctaaaatgatgaacttatatttactacgtatcaattaagacaaaatataattattagaaacacttcccaaacttgattcaaaacgttgattcaacgtcagtgcaacgttgaaatttTTTTTCTAATAGAATTCC-ATTAAAATT-GCCCAGTTGTAAAA-TTACTT--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGTCATTTACAAGTCGGGTATTGTCTCTCAAATGATGAATT-----ATATT-TGA----CTACGTATAAT---------AAAGTCTGATTAA--AT-------------------G---------------A-----AT-----------TT-------------AA------A--------ACA-------AAAAT-----------AT-AAT-T-------------A-------TATCA---TAAA--CACTTCCCAAACTTGTTT-------------CAA---------AACGCTTGA---T-TCAAC-GTCAAA-----------TG---CA---------------------ACGTCGA--AA-----T----------------------------TGAGAACGTTGTATCAACGTTGA-A--A-AAAATGTT----GTT-CGTCGTCGCCatac
gi|13 : tga---TGAAAAA--CAT------------------C---------------A-----AT-----------T--------------AA------A--------ACG-------AAA-T-----------AT-GAT-T-------------A-------T--TA---GAAA--CACTCTCCATACTTGATT-------------GAA---------AACA-TTCA---T-TCAAC-GTC-AG-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CAACGTCG-----AGATGAGAACGTTGTATCAACATTGATA--A-ATG--GTT----GTT-CGACGTCACCA
gi|13 : aaagtt---TGAAAAA--CAT------------------C---------------A-----AT-----------T--------------AA------A--------ACG-------AAA-T-----------AT-GAT-T-------------A-------T--TA---GAAA--CACTCTCCATACTTGATTGAAAACATTCATTCAACGTCAGTGCAACG-TTGAAATT-TCAAC-GTC-GAGATGAGAACGTTGTATCA---------------------ACATTGATAAA-----TGGTTGTT-----CGACGTCA-----CCACGAAA------TATCAACGTTGA-A--ATAGC--GTT----GCTACAACGTTGCcgaaatatcaacgttgaaatagcgttgctacaacgttgcgtgtctgctggg
gi|14 : aaagttATCCATTATTTCTTACATGCACG---AATAAA-GTTGACATGCAAGTTACACT---------GTACTATTCTA-TATATATAATG--CAT-ACACT-G---------GG-ATTAGCATGACAATAGACAATAGTACACGCTTACATGAC-------------ACTTTGT-AAAACGGC---CCTGTGTTTGCA-------ACCACGTGCATATG-GC---CG----------CATTG--TAAAT----ATTAgtgtctgctggg
gi|15 : atactatatt-------AAA-C-----------AC-AAC-T-------------A-------A--CA---GTAA--CACTCCCCACACTTGATT-------------AAA---------AATG-TTGA---T-TTAAC-GTC-TG-----------TA---CA---------------------ACGTTAA--AA-----T-----TG-----CAATGTCG-----GAATGGTAAC-TTGTATCATCGTTGA-AG-A-ACG--GTT----GTT-TGGCGTCACCA
gi|16 : CGTCGCGTCTCCTTTGTAAATACAA----GTCTTCCAAAAAAGCCAGCGCTTTT-----------------AAGTAGAGTTACCCACCCCA-TG-ATGTTAGCGAT-----ACATGAATTAATATTT----ACTTTT-A-GTAAGT--ATTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCccacatatcaacgttgaaacaataatgtctgcctgctggg
gi|17 : CATTTT--------GTG-CATCAATATTTCACACCTTCATATAAAAAA-A-TAAA--TCTACTAAATTAATTCCAATG-TA--A-CACTATTATTCTATATTAGTTAGTGATGTTTACTTGTTGCAA-GCCA
gi|18 : TTA-CATCTTTCTCTGATTTT---TTTCTAAAAGAATTTCTATTAAAACTTGCCAGTTTGTGAAA-TTATTG--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGT
gi|19 : TTTTTAAATAGAATTTTTATAAAGATT-GCGCGTTTGTAAAA-TTATTT--ATTCTAAACAT-------CACATAAAC-------AGACGT
gi|2 : AATAT-TTT-----ATCCATCATTTCTTAC-----TA---AATAAG-ATTGACATGCAAGTTGCATT---------GTACTAT--TC-TATATA--ATG--CAT-GCACT-GC---------G-ACCAGCATGAC--------------------------AT-------------G---TAT-AA----TC---CCTGCG-TTGCA-------ACCAG------ATG-CCCA-TG----------CAATG--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TA--ACACATTAT--------ATG-CATCAATAGCTCACACC-------------------------ACTTAATTATCT-CAA------------TATTATTCTACATCAATTAGTGATGTTTACTTGATATAA-GCCAACA------C---ATGTA--C-CAC--TCAGTTCCTCGTCGCGTCGCCTTTGTT--TACAA----ATTTTCCAAAA---CCCGTGTTATTT-A-GTC-ATGGGCTGGAATTAGAGATACCAGCCAT---ACATATTATTAAT-----ACATGAATTAATATTT----AC-TTT-AAGTACAT--ATTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTTTCTGACATTTTT---CTAATTGAATTTCTATAAAAATTTGCCTGTTTGTAAAA-CTATTT--ATATTAAACCT-------CACTAAGACATCATTTAGACGTTGAAT--------------AGTCAACT-----A-TTT-TGAAATTCT-C-TCTCC----------AAA---TGATGAA--CTTACATTTTACTACGTATACG---------------AAGTTGAT-----------T--------------AACACGAAG--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------A-------T--TA---GAAA--TACTTCCCAAATTAGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAA-GTC-AA-----------TG---TA---------------------ACGTTGA--Aa
gi|21 : tatCGCACCTTCATATCAAAAA-A-TTAAA-TCTACATAACTATTTGCAA---TC--G-AACT-TTAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttctccaaatatcaacgttgagtgcctgctggg
gi|22 : TATGTTTGATCCACCCATTATTTCTTAC-----TA---AATAAA-GTTGACATG
gi|3 : tctaatAATATGTT------ATCTATTATTTCTTAA-----TA---AATAAA-GTTGGCATTCAAGTTACATT---------GTACTAT--TA-TATATATAACG--CAT-ACACTAGTA----CTGTA-ATCAGCATGACAATA---------------------G-T-------------A---TGT-AA----TC---CCTGTT-TTGCA-------ACCAC------ATG-GC-AACA----------CAATA--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TA--ATACATTGT--------GTG-CATCAATATCGCGAACCTTTACATAAAAAA-AATTAA--TCTACTTAATTATTTGCA------------CTACTATTCTATATCAGTTAGTGATGTTTACCGGTTGCAA-GCCATCG------C---ATGCA--C-CAC--ATA--TCTTCGTTGCGTCGCCTTTGTT--TAGAA----GTTTTCTAAAAT-GCCCGCGCTTTTC-A-ATTTAGGAGCCGGAATGAGAGTTACCCAACCTT-TA-ATATCAGCAAT-----GAATTAATTAATATTT----AC-TTTTA-GTGCAT--ATTAACGGTT-TAATGTTCTCTTCCCTTTTTA-CATCTTTCTGTATTTTTTTTTTTCTAATATAACTTCTATAACAATTTGCCTGTTTGTGAAA-TTGTTT--ATTTCAAACGT-------CACTTAGACGTCATCTATACGTCGGGT--------------GGTGAACT-----A-ATT-TGAAATTAT-C-TCTCA----------AAA---TGATGAA--CTT------------------G---------------A-----AA-----------T--------------AA------G--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------A-------T--TA---CAAA--CACTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAA-GTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CAACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAAAGTTGA-A--A-ATG--ATT----TTT-CAACGTCGCCA
gi|4 : TT--------GTGGCATCAATATTTCATACCT-AACATCAAAAAGA-TTAA--A--ATTTAATTAATTGCAAATTCT--A-ACCTATTATTCTAT-TCAATTA-TGATGTTTAC-TGTTGCAAAGCTGA------------ATGTA--CTCTC--AGA---AATCGTCGCGTCTC--TTGTT--TACAAC---GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTTTTACGTC-ATGAGCCCGGATTAGAGTTACCCGCCCTTATA-ATATTAGCAAT-----A-----------ATTT----A---TA-A-GTACAT--ATTAACAGTTGTAAAGTTCTTTTCTATTTTTAACACCCTTCTCTGATTTTTTAA--CAAATAGAATTTCTA-----------CTGTT-GTAAAAATTATTCTGATTTTAAACGTGTGGGCTCACTTAGACGTCG----------------------------GAT------------------AAATCCT-C-TTTCA----------AAA---TGGTGAAACTTT------------------T---------------A-----AT-----------TACTACGTATAC---AA------G--------TCA-------AAG-TTTGCCTTAACAATGAAT-TAAGAAAAAAT---A-------T--AA---TAAATATACTTCCGCCAC-TGA-T-------------CGA---------AACG-TTGA---T-TCAACGGTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----------TT-----CAACGTCG-----AATTGAG-ACGTTGTATC-ACGTTGA-A--A-A
gi|5 : CACCTTTGTT--TACAATTATGTCTTCCAAAAA-GC----GCTTTTT-A-GTC-ATGAGCCGGAATTAGAGTTACCGGCCCTT-TA-ATATTAGCAATTTAA-GCATGAATTA-TATTTGTAAAC-TTT-A-----AT--ATTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGATTTTTAT---CTAAAAGAATTTCTATTAAAATTTGCCAGTTTGTAAAA-TTGTT---ATATGACACGT-------CACCTAGACGTCATCTAGACGTCGGGC--------------AATGAACT-----A-GTT-TGAAATTCT-C-TCTCA----------AAA---TGATGAA--TTT------------------A---------------T-----ATTTTAC------T--------------AC------GTAT-----ATA-------AAG-T-----------AT-GAT-T-------------A-------gtgtat
gi|5 : A---TGATTAA--CAT------------------G---------------A-----AT-----------T--------------AA------A--------ACG-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------AATAACTAT--TA---TAAA--CACTTGCCAAACTTGTTT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-Tacatgaattaaaacgaaatataattaataactattataaacacttgccaaacttgtttcaaaacgttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaacgttgcgtgcctgctggga
gi|6 : cacctttgtttacaattatgtcttccaaaaagcgctttttagtcatgagccggaattagagttaccggccctttaatattagcaatttaagcatgaattatatttgtaaactttaatattaacagtttaatgttcttttctctttttacatctttctctgatttttatctaaaagaatttctattaaaatttgccagtttgtaaaattgttatatgacacgtcacctagacgtcatctagacgtcgggcaatgaactagtttgaaattctctctcaaaatgatgaatttatattttactacgtatataaagtAATATGTTTGATCCATCCATTATTTCTTAC-----TA---AATAAA-GTTGACATGCAAGTTACATTTTAACGAGTATATTAC--TG-T-TGTATGATG--CAT-ATATT-GCATACTCTACG-ATCAGCATGACGATA---------------------GATCTAGTACATGCATACTTTGTCAA----TA---C-TGTG-TTGCA-------ACCAC------ATG-GCTA-CA----------CAATG--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TC--ATACATTTT--------GTG-AATCAATATCTCGCACTTTCATATCAAAAA-ATTAAA--TCTACTTAACTATTTGCAA---TCGAA-CCCTAATATTCTATATCAATTAGTGATGATTACCTGTTGCAA-GCCAATG------C---ATGTACCC-CGC--ATA--ACCTCGTCGCATCACCTTTGTT--TGCAA----GTCTTCCAAAAA-GCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaacgttgcgtgcctgctggga
gi|7 : ctATATGTTTGATCCATCCAT-ATTTCTT-C-----TACATAATAAAAGTTGACATGCAAGTACCATTTTAACGA--GTA-TAT--TACTTTGTATGATG--CAT-ATATT-GCAACT-CTACG-ATCAGCATGACGATA---------------------GATCTAGTACATGCATACTTTGT-CA----TA---ACTGTG-TTGCA-------ACCAC-------TG-GCTA-CA----------CAATG--TAAAT----AT-AC-TT-----CTA-----TATCATACATTTT--------GTG-AATCA-TATCTCGCAC-TTCA-ATCAAAAA-A-TTAAAATCTACTTAACTATTTGCAT---CG--AACCCTAATATTCTATATCAATTAGTGATGATTACCTGTTGCAA-GCCAATG----------ATGTAC-C-CGC--ATA--ACCTCGTCGCATCACCTTTGTT--TGCAA----GTCTTCCAAAAA-GCCC
gi|8 : t-ATGAGCCGGTATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATTAGCAATTTGAAACATGAATTA-CATTTGTAAAC-TTT-A-----AT--ATTAACAGTT-TAATGTTCGTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGATTTT----TTCTAATAGAATTTCTATTGAAATTTGCCAGTTTGTAAAA-TTATTT--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGTCGTATAGACGTCAGAT--------------AATCAACA-----A-ATT-AGAAATTCT-C-TCTCA----------AAA---TGATGAT--TTT------------------A---------------A-----AT-----------TTTACTACGTATATAAA------GTCTGATTAACATGAATTAAAA-C-----------AA-AATATA------------A-------T--TATTTTAAA--AACTTATTAAACTTGTTT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAGC-ATC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----Ctc
gi|9 : C-----TA---AGTAAA-CTTAACATGCAAGTTACATT---------GAATTAT--TC-TGTATATAATA--CAT-ACACT-GC---------G-ATCAGCATGACAATATAGTACACGCATACAT-----AAT-------------ACTTTGT-AA----AC---CCTGTG-TTGCA-------ACCAC------GTGCAC-A-TGATCATGGCTACAATG--TAAATTTATATTACCTTGGCTTCTA-----TA--ACACATTTT--------GTG-CATCAATATATCGCACCTTCACATAGAAAA-T-TAAA--TCTACTTAATTATATGCAA---TCTAA-CACTATTATTCTATATCAAATAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACG------A---ATGTA--C-CAC--TCC--TCCACGTCGCGTCTCCTTTGTT--TACAA----G
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TCACCGACGTCGTGACCAAATATCGACCATTTCTGAACGTTGTATAGACGTCGTGTGCCCGCTGG
Unaligned ( gi|23 ): GAACGTTGTATAGACGTCGTGTGCCCGCTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 111 444444444 4444444444 44444444444444444444444444444444444444444 222222222 1111111 1111111 444444444444444 1111 11111 11111 11111111 111 11 55555555555 3333333333 11 11111111 1111 1111 22222 2222 1111111 222222 1111111 222222222222222 11111 2222222222 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 333333333333333333333333333333 1111111111111 111111111 11111111111 222222222222222222222 111111111111111111 1111111 22222222222
lowQualScore : 7777 1 44444 000 5 111111111 5 77 66 6 77 5 5 7777777777 5 44444444444444444444444444444444444444444 4 5 555555555 5 8888888 6666666 88 444444444444444 77 2222 66666 66666 99 88888888 5 0 0 3 2 222 2 00 11111111111 0 5 1 0000000000 33 5 2 77777777 5 66 3333 55 4444 5 77 5 66666 0 1 8 4444 5 5555555 77 5 5 555555 1 2 2 1 3 55 1 1 2 1111111 888 777777777777777 5 11111 4 4 4 4 1 1 3333333333 111 44 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 44444444444 6 3 777777777777777777777777777777 44 1 8888888888888 222222222 3 555 3 3 3 55555555555 555 666666666666666666666 44 666666666666666666 0 0000000 0 1 44444444444 9999 5
lowQualScore : .... . ..... ... . ......... . .. .. . .. . . .......... . ......................................... . . ......... . ....... ....... .. ............... .. .... ..... ..... .. ........ . . . . . ... . .. ........... . . . .......... .. . . ........ . .. .... .. .... . .. . ..... . . . .... . ....... .. . . ...... . . . . . .. . . . ....... ... ............... . ..... . . . . . . .......... ... .. ............................................................................................... . ........... . . .............................. .. . ............. ......... . ... . . . ........... ... ..................... .. .................. . ....... . . ........... .... .
lowQualScore : 0000 7 33333 000 0 444444444 3 99 77 0 99 7 7 7777777777 7 44444444444444444444444444444444444444444 3 7 333333333 7 6666666 6666666 77 444444444444444 99 1111 77777 77777 22 11111111 0 2 1 7 6 888 6 66 22222222222 2 0 7 7777777777 66 7 7 11111111 4 11 9999 44 3333 7 44 7 44444 7 4 4 3333 7 3333333 99 7 7 000000 2 5 1 0 6 00 0 0 6 8888888 555 000000000000000 7 11111 4 4 4 4 9 9 9999999999 777 66 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 66666666666 2 1 444444444444444444444444444444 66 3 3333333333333 333333333 1 444 1 3 3 88888888888 444 222222222222222222222 22 000000000000000000 5 2222222 2 1 44444444444 4444 0
consensus : AATATGTTTGATCCATCCATTATTTCTTAC-----TA---AATAAA-GTTGACATGCAAGTTACATT---------GTACTAT--TN-TATATATAATG--CAT-ACACT-GCA----CTACG-ATCAGCATGACGATA---------------------GAT-------------ACTTTGT-AA----TC---CCTGTG-TTGCA-------ACCAC------ATG-GC-A-CG----------CAATG--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TA--ACACATTTT--------GTG-CATCAATATCTCGCACCTTCACATNAAAAA-A-TNAA--TCTACTTAATTATTTGCAA---CC--A-CACTATTATTCTATATCAATTAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACG------C---ATGTA--C-CGC--ANA--TCCTCGTCGCGTCGCCTTTGTT--TACAA----GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTTT-A-GTC-ATGAGCCGGAATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATTAGCAAT-----ACATGAATTAATATTT----AC-TTT-A-GTACAT--ATTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGATTTTTTTTTTCTAATAGAATTTCTATTAAAATTTGCCNGTTTGTAAAA-TTATTT--ATNTNAGACGT-------CACTTAGACGTCGTCTAGACGTCGGGT--------------GATCAACT-----A-ATT-TGAAATTCT-C-TCTCA----------AAA---TGATGAA--CTT------------------G---------------A-----AT-----------T--------------AA------G--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------A-------T--TA---NAAA--CACTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAC-GTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CGACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAACGTTGA-A--A-ACG--GTT----GTT-CGACGTCGCCA
Reference ( family-316 ) : AATATGTTTGATCCATCCATTATTTCTTAC-----TA---AATAAA-GTTGACATGCAAGTTACATT---------GTACTAT--TN-TATATATAATG--CAT-ACACT-GCA----CTACG-ATCAGCATGACGATA---------------------GAT-------------ACTTTGT-AA----TC---CCTGTG-TTGCA-------ACCAC------ATG-GC-A-CG----------CAATG--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TA--ACACATTTT--------GTG-CATCAATATCTCGCACCTTCACATNAAAAA-A-TNAA--TCTACTTAATTATTTGCAA---CC--A-CACTATTATTCTATATCAATTAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACG------C---ATGTA--C-CGC--ANA--TCCTCGTCGCGTCGCCTTTGTT--TACAA----GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTTT-A-GTC-ATGAGCCGGAATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATTAGCAAT-----ACATGAATTAATATTT----AC-TTT-A-GTACAT--ATTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGATTTTTTTTTTCTAATAGAATTTCTATTAAAATTTGCCNGTTTGTAAAA-TTATTT--ATNTNAGACGT-------CACTTAGACGTCGTCTAGACGTCGGGT--------------GATCAACT-----A-ATT-TGAAATTCT-C-TCTCA----------AAA---TGATGAA--CTT------------------G---------------A-----AT-----------T--------------AA------G--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------A-------T--TA---NAAA--CACTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAC-GTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CGACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAACGTTGA-A--A-ACG--GTT----GTT-CGACGTCGCCA
gi|1 : ATAAA-CTTAACATGCAAGTTACATT---------GTAGTAC--TC-TGTATATAATGAGCATGACATA-GTA----C-ACGTAT--ACATGA----------------------------T-------------ACTTTGT-AAAC--TCGGCCCTGTG-TTGCACCCGGCAACCAC------ATG--C-A-C-------------ATGGCTAGCC------TACCTT-----CTAGAATCTA--ACACATTTTCAGATTTTGTG-CATCGATATATCGCAAAGTCGCATAGAAAA-T-TAAA--TCTACTTAATTATATGCAA---CCTAA-GACTATTATTCTATATCAATTAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACGAATATGCGAAATGTA--C-CACTCGGA--TCCACGTCGCGTCACCTTTGTT--TACAA----GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTAA-A-GTC-ATGAGCCAGAATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATAAAAAAT-----ACATG-GCCAATATTT----AC-TTTAA-GCGCGTAAATTAACATTT-TAATGTTCTTTTTTATTTTTA-CATCTTTCTCTGGTTGTTTTT---TAATAAAATTGCGCTGAAAATTTGCCTGTTTGTAAAA-TCATAT--TTTTCA-ACGT-------CACT-----------TAGACGTTGGGT--------------GATCAGCT-----A-ATT-TGAAATTCT-C-T-TTA----------AAA---TGATGAA--CTT------------------A---------------T-----ATTTTACTACGTAT--------------AA------A--------AAAGTTTGATAAA-C-----------ATCAAT-TAAGACAAAATATCA-------T--TATTACAGA--CACTTCCCACACTTGATT-------------CAA---------NNNN-NNNN---N-NNNNN-NNN-NN-----------NN---NN---------------------NNNNNNN--NN-----N-----NN-----NNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N--N-AAGT-GGT----GTT-CGACGTCGCCA
gi|1 : ---------AACG-TTGT---A-TCAAC-GTT-GT-----------TT---CA---------------------ACGTTGA--TA-----T-----TTGGTGGCGACGTCG-----AAccaaatatcaacgttgaaacaacgttgatacaacgttgcgtgcctgctgggt
gi|10 : ataaacttaacatgcaagttacattgtagtactctgtatataatgagcatgacatagtacacgtatacatgatactttgtaaactcggccctgtgttgcacccggcaaccacatgcacatggctagcctaccttctagaatctaacacattttcagattttgtgcatcgatatatcgcaaagtcgcatagaaaattaaatctacttaattatatgcaacctaagactattattctatatcaattagtgatgtttacctgttgcaagccaacgaatatgcgaaatgtaccactcggatccacgtcgcgtcacctttgtttacaagtcttccaaaaagcccgcgctttaaagtcatgagccagaattagagttacccgccctttaatataaaaaatacatggccaatatttactttaagcgcgtaaattaacattttaatgttcttttttatttttacatctttctctggttgttttttaataaaattgcgctgaaaatttgcctgtttgtaaaatcatatttttcaacgtcacttagacgttgggtgatcagctaatttgaaattctctttaaaatgatgaacttatattttactacgtataaaaaagtttgataaacatcaattaagacaaaatatcattattacagacacttcccacacttgattcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtggtgTCTCTGATTTTTT----CTAATAGAATTTCCATTAAAATTTGCCAGTTTGTAAAA-TTACTT--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGTCATTTACAAGTCGGGT---------------ATTGTCTCTCAAA-ATGATGAATTTAT-A-TTTTACTACGTATATAAAGTCTGATTAA--AAT------------------G---------------A-----AT-----------T--------------AA------A--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------A-------TATCA---TAAA--CACTTCCCAAACT--GTT-------------CAA---------AACG-C-GA---TCTCAAC--TC-AA-----------TG---CACGTGAAATGAGAAGTTGTATCACGTTGA--AAATGGTTG----TT-----CGTCGTCGCCACCAGATATCAACGTTG-ATCAACGTTGA-AACA-AC---GTT----Ggcgtgcctgctgggt
gi|11 : AATTTCGAATAAAATTTGCCTGTTTGTAAAA-TTATTT--TTTTTCGACGT-------CACTTAGACGTCGTCTAGACGTCGGAT--------------GATCAACT-----G-AAT-TGAAATTCT-C-TCT-A----------AAA---TGATGAA--CTT------------------ATATTTACTACGTATCA-----AT-----------T--------------AA------G--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------A-------T--TA---GAAA--CACTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAC-GTC-AG-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CAACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAACGTTGATA--A-ATG--GTT----GTT-CGACGTCGcgtgcctgctgg
gi|11 : a---CA---------------------ACGTTCT--CA-----T-----TT-----CGACGTCG-----A----ACAACCATTTATCAACGTTGATAC-A-AC---GTTCTCATTT-CGACGTTGaaatgagaacgttgatac
gi|12 : aaatttcgaataaaatttgcctgtttgtaaaattattttttttcgacgtcacttagacgtcgtctagacgtcggatgatcaactgaattgaaattctctctaaaatgatgaacttatatttactacgtatcaattaagacaaaatataattattagaaacacttcccaaacttgattcaaaacgttgattcaacgtcagtgcaacgttgaaatttTTTTTCTAATAGAATTCC-ATTAAAATT-GCCCAGTTGTAAAA-TTACTT--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGTCATTTACAAGTCGGGTATTGTCTCTCAAATGATGAATT-----ATATT-TGA----CTACGTATAAT---------AAAGTCTGATTAA--AT-------------------G---------------A-----AT-----------TT-------------AA------A--------ACA-------AAAAT-----------AT-AAT-T-------------A-------TATCA---TAAA--CACTTCCCAAACTTGTTT-------------CAA---------AACGCTTGA---T-TCAAC-GTCAAA-----------TG---CA---------------------ACGTCGA--AA-----T----------------------------TGAGAACGTTGTATCAACGTTGA-A--A-AAAATGTT----GTT-CGTCGTCGCCatac
gi|13 : tga---TGAAAAA--CAT------------------C---------------A-----AT-----------T--------------AA------A--------ACG-------AAA-T-----------AT-GAT-T-------------A-------T--TA---GAAA--CACTCTCCATACTTGATT-------------GAA---------AACA-TTCA---T-TCAAC-GTC-AG-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CAACGTCG-----AGATGAGAACGTTGTATCAACATTGATA--A-ATG--GTT----GTT-CGACGTCACCA
gi|13 : aaagtt---TGAAAAA--CAT------------------C---------------A-----AT-----------T--------------AA------A--------ACG-------AAA-T-----------AT-GAT-T-------------A-------T--TA---GAAA--CACTCTCCATACTTGATTGAAAACATTCATTCAACGTCAGTGCAACG-TTGAAATT-TCAAC-GTC-GAGATGAGAACGTTGTATCA---------------------ACATTGATAAA-----TGGTTGTT-----CGACGTCA-----CCACGAAA------TATCAACGTTGA-A--ATAGC--GTT----GCTACAACGTTGCcgaaatatcaacgttgaaatagcgttgctacaacgttgcgtgtctgctggg
gi|14 : aaagttATCCATTATTTCTTACATGCACG---AATAAA-GTTGACATGCAAGTTACACT---------GTACTATTCTA-TATATATAATG--CAT-ACACT-G---------GG-ATTAGCATGACAATAGACAATAGTACACGCTTACATGAC-------------ACTTTGT-AAAACGGC---CCTGTGTTTGCA-------ACCACGTGCATATG-GC---CG----------CATTG--TAAAT----ATTAgtgtctgctggg
gi|15 : atactatatt-------AAA-C-----------AC-AAC-T-------------A-------A--CA---GTAA--CACTCCCCACACTTGATT-------------AAA---------AATG-TTGA---T-TTAAC-GTC-TG-----------TA---CA---------------------ACGTTAA--AA-----T-----TG-----CAATGTCG-----GAATGGTAAC-TTGTATCATCGTTGA-AG-A-ACG--GTT----GTT-TGGCGTCACCA
gi|16 : CGTCGCGTCTCCTTTGTAAATACAA----GTCTTCCAAAAAAGCCAGCGCTTTT-----------------AAGTAGAGTTACCCACCCCA-TG-ATGTTAGCGAT-----ACATGAATTAATATTT----ACTTTT-A-GTAAGT--ATTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCccacatatcaacgttgaaacaataatgtctgcctgctggg
gi|17 : CATTTT--------GTG-CATCAATATTTCACACCTTCATATAAAAAA-A-TAAA--TCTACTAAATTAATTCCAATG-TA--A-CACTATTATTCTATATTAGTTAGTGATGTTTACTTGTTGCAA-GCCA
gi|18 : TTA-CATCTTTCTCTGATTTT---TTTCTAAAAGAATTTCTATTAAAACTTGCCAGTTTGTGAAA-TTATTG--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGT
gi|19 : TTTTTAAATAGAATTTTTATAAAGATT-GCGCGTTTGTAAAA-TTATTT--ATTCTAAACAT-------CACATAAAC-------AGACGT
gi|2 : AATAT-TTT-----ATCCATCATTTCTTAC-----TA---AATAAG-ATTGACATGCAAGTTGCATT---------GTACTAT--TC-TATATA--ATG--CAT-GCACT-GC---------G-ACCAGCATGAC--------------------------AT-------------G---TAT-AA----TC---CCTGCG-TTGCA-------ACCAG------ATG-CCCA-TG----------CAATG--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TA--ACACATTAT--------ATG-CATCAATAGCTCACACC-------------------------ACTTAATTATCT-CAA------------TATTATTCTACATCAATTAGTGATGTTTACTTGATATAA-GCCAACA------C---ATGTA--C-CAC--TCAGTTCCTCGTCGCGTCGCCTTTGTT--TACAA----ATTTTCCAAAA---CCCGTGTTATTT-A-GTC-ATGGGCTGGAATTAGAGATACCAGCCAT---ACATATTATTAAT-----ACATGAATTAATATTT----AC-TTT-AAGTACAT--ATTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTTTCTGACATTTTT---CTAATTGAATTTCTATAAAAATTTGCCTGTTTGTAAAA-CTATTT--ATATTAAACCT-------CACTAAGACATCATTTAGACGTTGAAT--------------AGTCAACT-----A-TTT-TGAAATTCT-C-TCTCC----------AAA---TGATGAA--CTTACATTTTACTACGTATACG---------------AAGTTGAT-----------T--------------AACACGAAG--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------A-------T--TA---GAAA--TACTTCCCAAATTAGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAA-GTC-AA-----------TG---TA---------------------ACGTTGA--Aa
gi|21 : tatCGCACCTTCATATCAAAAA-A-TTAAA-TCTACATAACTATTTGCAA---TC--G-AACT-TTAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttctccaaatatcaacgttgagtgcctgctggg
gi|22 : TATGTTTGATCCACCCATTATTTCTTAC-----TA---AATAAA-GTTGACATG
gi|3 : tctaatAATATGTT------ATCTATTATTTCTTAA-----TA---AATAAA-GTTGGCATTCAAGTTACATT---------GTACTAT--TA-TATATATAACG--CAT-ACACTAGTA----CTGTA-ATCAGCATGACAATA---------------------G-T-------------A---TGT-AA----TC---CCTGTT-TTGCA-------ACCAC------ATG-GC-AACA----------CAATA--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TA--ATACATTGT--------GTG-CATCAATATCGCGAACCTTTACATAAAAAA-AATTAA--TCTACTTAATTATTTGCA------------CTACTATTCTATATCAGTTAGTGATGTTTACCGGTTGCAA-GCCATCG------C---ATGCA--C-CAC--ATA--TCTTCGTTGCGTCGCCTTTGTT--TAGAA----GTTTTCTAAAAT-GCCCGCGCTTTTC-A-ATTTAGGAGCCGGAATGAGAGTTACCCAACCTT-TA-ATATCAGCAAT-----GAATTAATTAATATTT----AC-TTTTA-GTGCAT--ATTAACGGTT-TAATGTTCTCTTCCCTTTTTA-CATCTTTCTGTATTTTTTTTTTTCTAATATAACTTCTATAACAATTTGCCTGTTTGTGAAA-TTGTTT--ATTTCAAACGT-------CACTTAGACGTCATCTATACGTCGGGT--------------GGTGAACT-----A-ATT-TGAAATTAT-C-TCTCA----------AAA---TGATGAA--CTT------------------G---------------A-----AA-----------T--------------AA------G--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------A-------T--TA---CAAA--CACTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAA-GTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CAACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAAAGTTGA-A--A-ATG--ATT----TTT-CAACGTCGCCA
gi|4 : TT--------GTGGCATCAATATTTCATACCT-AACATCAAAAAGA-TTAA--A--ATTTAATTAATTGCAAATTCT--A-ACCTATTATTCTAT-TCAATTA-TGATGTTTAC-TGTTGCAAAGCTGA------------ATGTA--CTCTC--AGA---AATCGTCGCGTCTC--TTGTT--TACAAC---GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTTTTACGTC-ATGAGCCCGGATTAGAGTTACCCGCCCTTATA-ATATTAGCAAT-----A-----------ATTT----A---TA-A-GTACAT--ATTAACAGTTGTAAAGTTCTTTTCTATTTTTAACACCCTTCTCTGATTTTTTAA--CAAATAGAATTTCTA-----------CTGTT-GTAAAAATTATTCTGATTTTAAACGTGTGGGCTCACTTAGACGTCG----------------------------GAT------------------AAATCCT-C-TTTCA----------AAA---TGGTGAAACTTT------------------T---------------A-----AT-----------TACTACGTATAC---AA------G--------TCA-------AAG-TTTGCCTTAACAATGAAT-TAAGAAAAAAT---A-------T--AA---TAAATATACTTCCGCCAC-TGA-T-------------CGA---------AACG-TTGA---T-TCAACGGTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----------TT-----CAACGTCG-----AATTGAG-ACGTTGTATC-ACGTTGA-A--A-A
gi|5 : CACCTTTGTT--TACAATTATGTCTTCCAAAAA-GC----GCTTTTT-A-GTC-ATGAGCCGGAATTAGAGTTACCGGCCCTT-TA-ATATTAGCAATTTAA-GCATGAATTA-TATTTGTAAAC-TTT-A-----AT--ATTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGATTTTTAT---CTAAAAGAATTTCTATTAAAATTTGCCAGTTTGTAAAA-TTGTT---ATATGACACGT-------CACCTAGACGTCATCTAGACGTCGGGC--------------AATGAACT-----A-GTT-TGAAATTCT-C-TCTCA----------AAA---TGATGAA--TTT------------------A---------------T-----ATTTTAC------T--------------AC------GTAT-----ATA-------AAG-T-----------AT-GAT-T-------------A-------gtgtat
gi|5 : A---TGATTAA--CAT------------------G---------------A-----AT-----------T--------------AA------A--------ACG-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------AATAACTAT--TA---TAAA--CACTTGCCAAACTTGTTT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-Tacatgaattaaaacgaaatataattaataactattataaacacttgccaaacttgtttcaaaacgttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaacgttgcgtgcctgctggga
gi|6 : cacctttgtttacaattatgtcttccaaaaagcgctttttagtcatgagccggaattagagttaccggccctttaatattagcaatttaagcatgaattatatttgtaaactttaatattaacagtttaatgttcttttctctttttacatctttctctgatttttatctaaaagaatttctattaaaatttgccagtttgtaaaattgttatatgacacgtcacctagacgtcatctagacgtcgggcaatgaactagtttgaaattctctctcaaaatgatgaatttatattttactacgtatataaagtAATATGTTTGATCCATCCATTATTTCTTAC-----TA---AATAAA-GTTGACATGCAAGTTACATTTTAACGAGTATATTAC--TG-T-TGTATGATG--CAT-ATATT-GCATACTCTACG-ATCAGCATGACGATA---------------------GATCTAGTACATGCATACTTTGTCAA----TA---C-TGTG-TTGCA-------ACCAC------ATG-GCTA-CA----------CAATG--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TC--ATACATTTT--------GTG-AATCAATATCTCGCACTTTCATATCAAAAA-ATTAAA--TCTACTTAACTATTTGCAA---TCGAA-CCCTAATATTCTATATCAATTAGTGATGATTACCTGTTGCAA-GCCAATG------C---ATGTACCC-CGC--ATA--ACCTCGTCGCATCACCTTTGTT--TGCAA----GTCTTCCAAAAA-GCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaacgttgcgtgcctgctggga
gi|7 : ctATATGTTTGATCCATCCAT-ATTTCTT-C-----TACATAATAAAAGTTGACATGCAAGTACCATTTTAACGA--GTA-TAT--TACTTTGTATGATG--CAT-ATATT-GCAACT-CTACG-ATCAGCATGACGATA---------------------GATCTAGTACATGCATACTTTGT-CA----TA---ACTGTG-TTGCA-------ACCAC-------TG-GCTA-CA----------CAATG--TAAAT----AT-AC-TT-----CTA-----TATCATACATTTT--------GTG-AATCA-TATCTCGCAC-TTCA-ATCAAAAA-A-TTAAAATCTACTTAACTATTTGCAT---CG--AACCCTAATATTCTATATCAATTAGTGATGATTACCTGTTGCAA-GCCAATG----------ATGTAC-C-CGC--ATA--ACCTCGTCGCATCACCTTTGTT--TGCAA----GTCTTCCAAAAA-GCCC
gi|8 : t-ATGAGCCGGTATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATTAGCAATTTGAAACATGAATTA-CATTTGTAAAC-TTT-A-----AT--ATTAACAGTT-TAATGTTCGTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGATTTT----TTCTAATAGAATTTCTATTGAAATTTGCCAGTTTGTAAAA-TTATTT--ATATGAGACGT-------CACTTAGACGTCGTATAGACGTCAGAT--------------AATCAACA-----A-ATT-AGAAATTCT-C-TCTCA----------AAA---TGATGAT--TTT------------------A---------------A-----AT-----------TTTACTACGTATATAAA------GTCTGATTAACATGAATTAAAA-C-----------AA-AATATA------------A-------T--TATTTTAAA--AACTTATTAAACTTGTTT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAGC-ATC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----Ctc
gi|9 : C-----TA---AGTAAA-CTTAACATGCAAGTTACATT---------GAATTAT--TC-TGTATATAATA--CAT-ACACT-GC---------G-ATCAGCATGACAATATAGTACACGCATACAT-----AAT-------------ACTTTGT-AA----AC---CCTGTG-TTGCA-------ACCAC------GTGCAC-A-TGATCATGGCTACAATG--TAAATTTATATTACCTTGGCTTCTA-----TA--ACACATTTT--------GTG-CATCAATATATCGCACCTTCACATAGAAAA-T-TAAA--TCTACTTAATTATATGCAA---TCTAA-CACTATTATTCTATATCAAATAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACG------A---ATGTA--C-CAC--TCC--TCCACGTCGCGTCTCCTTTGTT--TACAA----G
blockSeqs : TGAT C . CAT A TTAACGAGT C TC AC A . . A CATACTCTAC . AATAGACAATAGTACACGCTTACATGAC C C AACGGC T . GTGCATA CA ATGATCATGGCTA . TTAT GGCTT . TC . G T A AA A AA ATTCTAAC A C C CC T A TCAGTT T AA TTAT AA TTAC T TA C TTGAA A A GTAA T AAGTAC . G A TTTTTT C T T A A TG A G G GTGGGCT ATT ATTGTCTCTCAAATG T CTCAA T A A G T T CTACGTATAT GTC AC ACATTTTACTACGTATACGAAGTTGATTAACACGAAGACA A TTGCCTTAACA G A AAGAAAAAATATAAT TA A GAAAACATTCATT CGTCAGTGC C AAT C G A GATGAGAACGT TAT CGTGAAATGAGAAGTTGTATC TA ATGGTTGTT CCACCAG G AAAAAAT CTCA A
blockSeqs : TGAT T . . . TTAACGA C . A A . . . CAACTCTAC . AATATAGTACACGCATACATAAT C . TC . . A G CATG . . . . . . . T C GA T A TGTAACA . C C C . A ATAT G . C T TA . A . TTAA A A GTAA . TAGTGC . . . TTAA G T T T . . T T G . GTC G C . . . . . C A T GTC . AAATTTTACTACGTATATAAAGTCTGATTAACATGAATTA . . . . AATAACTATTAT . A . . . . . . . . . . . TTTGGTGG AA G AACAAC . .
blockSeqs : TGAT T . . . . C . C A . . . TACTGT . GATAGATCTAGTACATGCAT C . TC . . A C AACA . . . . . . . C A AT T . TCGAACC . T C . . T ATAA G . . A CA . T . . A A . . AGTAA . . . TTT T T T C . . A G G . ATT A G . . . . . A C . . . ATATTTACTACGTATCAATTAAGACA . . . . AATTATTTT . A . . . . . . . . . . . TGGTTGTT AA C TAAATG . .
blockSeqs : . T . . . . T . A T . . . G . GATAGATCTAGTACATGCAT C . TA . . A G TACA . . . . . . . C C A T . TCTAACA . T A . . G ATAA T . . A TA . T . . A . . . AGTAC . . . TTT T T T A . . A G G . ATT G C . . . . . C C . . . TAATTACTACGTATACAAGTCA . . . . ATATCAT . T . . . . . . . . . . . TTT AG G TACAAC . .
blockSeqs : . . . . . T . G G . . . C . AATAGT . . TA . . G G TACA . . . . . . . T C A A . CGAACC . C . . . G TCCT A . . A . . T . . A . . . A . . . TAT T A T C . . T T A . ATC G G . . . . . C C . . . ATATTTTACTACGTATATA . . . . ATATCAT . T . . . . . . . . . . . TTT CC G TAAATG . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . C . AT . . AC . . . G CG . . . . C C A T . TCGAA . . . . . A AGA A . . A . . . . . . . . A . . . TT T A T T . . A T A . ATC A G . . . . . T C . . . GAATTTAAAACA . . . . ATTAG . C . . . . . . . . . . . TTT GA G AATAGC . .
blockSeqs : . . . . A T A . . . A . . . TT T A T T . . T C A . GTA A C . . . . . C C . . . GAATTAAAACA . . . . ATTAG . A . . . . . . . . . . . TTG AA G AGAACG . .
blockSeqs : . . . . . . T . . T T . T . . T T A . G . . . . . . . C . . . . CAATTAAAACG . . . . ATTAG . A . . . . . . . . . . . TTT AA . AAATG .
blockSeqs : T T . A . . A G C . . . . CAATTAAAACG . . . . AACAG . C . . . . . . . . . . . TTT A .
blockSeqs : . . . A . . A G G . . . GAAATAAGACA . . . . ATTAG . A . . . . . . . . . . . TT .
blockSeqs : . . GAATTAAAACG . . . . ATTAC . A . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : TGAT ***** ** ACTC****** AATAGATAGTACACGCAT*********************** TC******* ******* G* TACG*********** ** ***** ******** C********* ATAN**** AGTAC** ** TTT*** ATC ATTAG*************************
originalCons : AATATGTTTGATCCATCCATTATTTCTTAC-----TA---AATAAA-GTTGACATGCAAGTTACATT---------GTACTAT--TN-TATATATAATG--CAT-ACACT-GCA----CTACG-ATCAGCATGACGATA---------------------GAT-------------ACTTTGT-AA----TC---CCTGTG-TTGCA-------ACCAC------ATG-GC-A-CG----------CAATG--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TA--ACACATTTT--------GTG-CATCAATATCTCGCACCTTCACATNAAAAA-A-TNAA--TCTACTTAATTATTTGCAA---CC--A-CACTATTATTCTATATCAATTAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACG------C---ATGTA--C-CGC--ANA--TCCTCGTCGCGTCGCCTTTGTT--TACAA----GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTTT-A-GTC-ATGAGCCGGAATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATTAGCAAT-----ACATGAATTAATATTT----AC-TTT-A-GTACAT--ATTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGATTTTTTTTTTCTAATAGAATTTCTATTAAAATTTGCCNGTTTGTAAAA-TTATTT--ATNTNAGACGT-------CACTTAGACGTCGTCTAGACGTCGGGT--------------GATCAACT-----A-ATT-TGAAATTCT-C-TCTCA----------AAA---TGATGAA--CTT------------------G---------------A-----AT-----------T--------------AA------G--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-T-------------A-------T--TA---NAAA--CACTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAC-GTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CGACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAACGTTGA-A--A-ACG--GTT----GTT-CGACGTCGCCA
finalCons : AATATGTTTGATCCATCCATTATTTCTTAC-----TA---AATAAA-GTTGACATGCAAGTTACATT---------GTACTAT--TN-TATATATAATG--CAT-ACACT-GACTC------G-ATCAGCATGACAATAGATAGTACACGCAT-----------------------ACTTTGT-AATC-------CCTGTG-TTGCA-------ACCAC------ATGG-CTACG-----------CAATG--TAAAT----ATTACCTT-----CTA-----TA--ACACATTTT--------GTG-CATCAATATCTCGCACCTTCACATNAAAAA-A-TNAA--TCTACTTAATTATTTGCAA---CC--A-CACTATTATTCTATATCAATTAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACGC---------ATGTA--C-CGCATAN----CCTCGTCGCGTCGCCTTTGTT--TACAA----GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTTT-A-GTC-ATGAGCCGGAATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATTAGCAAT-----ACATGAATTAATATTT----AC-TTTAGTAC--AT--ATTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGATTTTTTT---CTAATAGAATTTCTATTAAAATTTGCCNGTTTGTAAAA-TTATTT--ATNTNAGACGT-------CACTTAGACGTCATCTAGACGTCGGGT--------------GATCAACT-----A-ATT-TGAAATTCT-C-TCTCA----------AAA---TGATGAA--CTT------------------G---------------A-----AT-----------T--------------AA------G--------ACA-------AAA-T-----------AT-AAT-TATTAG-------------------------AAA--CACTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAC-GTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CGACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAACGTTGA-A--A-ACG--GTT----GTT-CGACGTCGCCA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TCACCGACGTCGTGACCAAATATCGACCATTTCTGAACGTTGTATAGACGTCGTGTGCCCGCTGG
Unaligned ( gi|23 ): GAACGTTGTATAGACGTCGTGTGCCCGCTG
Alignments
lowQualScore : 11111 111 444444444 77777777777 66666666666666666666666666666666666666 222222222 4444444444444 1 22222222222 11111 11111 11111111 11 44444444444 3333333333 11 11111111 1111 111111 22222 2222 1 11111 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555 11111 2222222222 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111 111111111111111111 333333333333333333333333333333333333 1111111111111 111111111 11111111111 222222222222222222222 111111111111111111 1111111 22222222222
lowQualScore : 7777 1 44444 000 5 111111111 5 77 66 6 44444444444 66666666666666666666666666666666666666 5 555555555 5 7777777777777 7 1 5 11111111111 66666 66666 99 88888888 5 0 0 3 77 888 2 00 55555555555 0 5 1 0000000000 33 5 2 33333333 5 66 3333 55 777777 0 5 5 66666 0 1 8 4444 1 5 22222 77 5 5 0000 4 1 2 2 1 3 55 1 1 0 0 3 66666666666666666666666666666666666666666666666 11111 8 4 88888 2 3333333333 8888 0 44 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 44444444444 3 777777777777777777 4 000000000000000000000000000000000000 1 8888888888888 222222222 3 555 3 3 3 55555555555 555 666666666666666666666 44 666666666666666666 0 0000000 0 1 44444444444 9999 5
lowQualScore : .... . ..... ... . ......... . .. .. . ........... ...................................... . ......... . ............. . . . ........... ..... ..... .. ........ . . . . .. ... . .. ........... . . . .......... .. . . ........ . .. .... .. ...... . . . ..... . . . .... . . ..... .. . . .... . . . . . . .. . . . . . ............................................... ..... . . ..... . .......... .... . .. . ....................................................................... . ........... . .................. . .................................... . ............. ......... . ... . . . ........... ... ..................... .. .................. . ....... . . ........... .... .
lowQualScore : 0000 7 33333 000 0 444444444 3 99 77 0 00000000000 11111111111111111111111111111111111111 7 333333333 7 1111111111111 6 1 7 77777777777 77777 77777 22 11111111 0 2 1 7 00 333 6 66 88888888888 2 0 7 7777777777 66 7 7 99999999 4 11 9999 44 888888 1 7 7 44444 7 4 4 3333 4 7 99999 99 7 7 6666 0 2 5 1 0 6 00 0 0 4 5 0 11111111111111111111111111111111111111111111111 11111 9 4 66666 9 9999999999 8888 2 66 8 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 66666666666 1 444444444444444444 6 333333333333333333333333333333333333 3 3333333333333 333333333 1 444 1 3 3 88888888888 444 222222222222222222222 22 000000000000000000 5 2222222 2 1 44444444444 4444 0
consensus : AATATGTTTGATCCATCCATTATTTCTTAC-----TA---AATAAA-GTTGACATGCAAGTTACATT---------GTACTAT--TN-TATATATAATGCATACACTG---ACT-C---GATCAGCATGACGATAG---AT--AGTACACGC-------ATAC-------TTTGT-AA----TC---CCTGTG-TTGCAACCAC------------ATGGCNACGCA-ATGTAAAT----A------TTACCTT-----CTA-----TA--ACACATTTT--------GTG-CATCAATATCTCGCACCTTCACAT-NAAAAA-A-TNAA--TCTACTTAATTATTTGCAA---CC--A-CACTATTATTCTATATCAATTAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACG------C---ATGTA--C-CGC--ANA--NCCTCGTCGCGTCGCCTTTGTT--TACAA----GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTTT-A-G-TCATGAGCCGGAATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATTAGCAAT-----ACATGAATTAATATTT----AC-TTT-A-GTACATA--TTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGA----TTTTTTT-CTAATAGAATTTCTATTAAAATTTGCCNGTTTGTAAAA-TTATTT--ATNTNAGACGTCACTTAGACGTCATTTAGACGTCGGGT--------------GATCAACT-------A-ATT-------------TGAA-----ATTCT-C-T-C---TCA----------AAA----TGATGAA--CTT------------------G---------------A-----AT-----T-----------AA------G---ACAAAA-T-----------AT-AATT-------A-------T--TAGAAA--------------CA--------------------CTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAC-GTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CGACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAACGTTGA-A--A-ACG--GTT----GTT-CGACGTCGCCA
Reference ( family-316 ) : AATATGTTTGATCCATCCATTATTTCTTAC-----TA---AATAAA-GTTGACATGCAAGTTACATT---------GTACTAT--TN-TATATATAATGCATACACTG---ACT-C---GATCAGCATGACAATAG---AT--AGTACACGC-------ATAC-------TTTGT-AA----TC---CCTGTG-TTGCAACCAC------------ATGGCTACGCA-ATGTAAAT----A------TTACCTT-----CTA-----TA--ACACATTTT--------GTG-CATCAATATCTCGCACCTTCACAT-NAAAAA-A-TNAA--TCTACTTAATTATTTGCAA---CC--A-CACTATTATTCTATATCAATTAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACG------C---ATGTA--C-CGC--ATA--NCCTCGTCGCGTCGCCTTTGTT--TACAA----GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTTT-A-G-TCATGAGCCGGAATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATTAGCAAT-----ACATGAATTAATATTT----AC-TTT-A-GTACATA--TTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGA----TTTTTTT-CTAATAGAATTTCTATTAAAATTTGCCNGTTTGTAAAA-TTATTT--ATNTNAGACGTCACTTAGACGTCATCTAGACGTCGGGT--------------GATCAACT-------A-ATT-------------TGAA-----ATTCT-C-T-C---TCA----------AAA----TGATGAA--CTT------------------G---------------A-----AT-----T-----------AA------G---ACAAAA-T-----------AT-AATT-------A-------T--TAGAAA--------------CA--------------------CTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAC-GTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CGACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAACGTTGA-A--A-ACG--GTT----GTT-CGACGTCGCCA
gi|1 : ATAAA-CTTAACATGCAAGTTACATT---------GTAGTAC--TC-TGTATATAATG------------------------AGCATGACA--------T--AGTACACGT-------ATACATGATACTTTGT-AAAC--TCGGCCCTGTG-TTGCACCC----------------GGCAAC-CACATGCACAT----GGCTAGCCTACCTT-----CTAGAATCTA--ACACATTTTCAGATTTTGTG-CATCGATATATCGCAAAGTCGCAT-AGAAAA-T-TAAA--TCTACTTAATTATATGCAA---CCTAA-GACTATTATTCTATATCAATTAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACGAATATGCGAAATGTA--C-CACTCGGA--TCCACGTCGCGTCACCTTTGTT--TACAA----GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTAA-A-G-TCATGAGCCAGAATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATAAAAAAT-----ACATGG-CCAATATTT----AC-TTT-AAGCGCGTAAATTAACATTT-TAATGTTCTTTTTTATTTTTA-CATCTTTCTCTGG----TTGTTTT-TTAATAAAATTGCGCTGAAAATTTGCCTGTTTGTAAAA-TCAT----ATTTT-----TCA-----ACGTCACTTAGACGTTGGGT--------------GATCAGCTAATTTGAA-ATTCTCTTTAAAATGATGAACTTATATTTTAC-TACGTATAA----------AAAAGTTTGATAAA--CAT------------------C---------------A-----AT-----T-----------AA------G---ACAAAA-T-----------AT-CATT-------A-------T--TACAGA--------------CA--------------------CTTCCCACACTTGATT-------------CAA---------NNNN-NNNN---N-NNNNN-NNN-NN-----------NN---NN---------------------NNNNNNN--NN-----N-----NN-----NNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N--N-AAGT-GGT----GTT-CGACGTCGCCA
gi|1 : ---------AACG-TTGT---A-TCAAC-GTT-GT-----------TT---CA---------------------ACGTTGA--TA-----T-----TTGGTGGCGACGTCG-----AAccaaatatcaacgttgaaacaacgttgatacaacgttgcgtgcctgctgggt
gi|10 : ataaacttaacatgcaagttacattgtagtactctgtatataatgagcatgacatagtacacgtatacatgatactttgtaaactcggccctgtgttgcacccggcaaccacatgcacatggctagcctaccttctagaatctaacacattttcagattttgtgcatcgatatatcgcaaagtcgcatagaaaattaaatctacttaattatatgcaacctaagactattattctatatcaattagtgatgtttacctgttgcaagccaacgaatatgcgaaatgtaccactcggatccacgtcgcgtcacctttgtttacaagtcttccaaaaagcccgcgctttaaagtcatgagccagaattagagttacccgccctttaatataaaaaatacatggccaatatttactttaagcgcgtaaattaacattttaatgttcttttttatttttacatctttctctggttgttttttaataaaattgcgctgaaaatttgcctgtttgtaaaatcatatttttcaacgtcacttagacgttgggtgatcagctaatttgaaattctctttaaaatgatgaacttatattttactacgtataaaaaagtttgataaacatcaattaagacaaaatatcattattacagacacttcccacacttgattcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtggtgTCTCTGA----TTTTTT--CTAATAGAATTTCCATTAAAATTTGCCAGTTTGTAAAA-TTACTT--ATATGAGACGTCACTTAGACGTCATTTACAAGTCGGGT---------------ATTGTCTCTCAA--A-ATGA------------TGAA-----TTTAT-A-T-T---TTACTACGTATATAAAGTC-TGATTAA--AAT------------------G---------------A-----AT-----T-----------AA------A---ACAAAA-T-----------AT-AATT-------A-------TATCATAAA--------------CA--------------------CTTCCCAAACT--GTT-------------CAA---------AACG-C-GA---TCTCAAC--TC-AA-----------TG---CACGTGAAATGAGAAGTTGTATCACGTTGA--AAATGGTTG----TT-----CGTCGTCGCCACCAGATATCAACGTTG-ATCAACGTTGA-AACA-AC---GTT----Ggcgtgcctgctgggt
gi|11 : AATTTCGAATAAAATTTGCCTGTTTGTAAAA-TTATTT--TTTTTCGACGTCACTTAGACGTCGTCTAGACGTCGGAT--------------GATCAACT-------G-AAT-------------TGAA-----ATTCT-C-T-C---T-A----------AAA----TGATGAA--CTT------------------ATATTTACTACGTATCA-----AT-----T-----------AA------G---ACAAAA-T-----------AT-AATT-------A-------T--TAGAAA--------------CA--------------------CTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAC-GTC-AG-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CAACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAACGTTGATA--A-ATG--GTT----GTT-CGACGTCGcgtgcctgctgg
gi|11 : a---CA---------------------ACGTTCT--CA-----T-----TT-----CGACGTCG-----A----ACAACCATTTATCAACGTTGATAC-A-AC---GTTCTCATTT-CGACGTTGaaatgagaacgttgatac
gi|12 : aaatttcgaataaaatttgcctgtttgtaaaattattttttttcgacgtcacttagacgtcgtctagacgtcggatgatcaactgaattgaaattctctctaaaatgatgaacttatatttactacgtatcaattaagacaaaatataattattagaaacacttcccaaacttgattcaaaacgttgattcaacgtcagtgcaacgttgaaatttTTTTT-CTAATAGAATTCC-ATTAAAATT-GCCCAGTTGTAAAA-TTACTT--ATATGAGACGTCACTTAGACGTCATTTACAAGTCGGGTATTGTCTCTCAAATGATGAATT-------ATATT-------------TGA---------CTACGT-A---TAAT---------AAAGTC-TGATTAA--AT-------------------G---------------A-----AT-----TT----------AA------A---ACAAAAAT-----------AT-AATT-------A-------TATCATAAA--------------CA--------------------CTTCCCAAACTTGTTT-------------CAA---------AACGCTTGA---T-TCAAC-GTCAAA-----------TG---CA---------------------ACGTCGA--AA-----T----------------------------TGAGAACGTTGTATCAACGTTGA-A--A-AAAATGTT----GTT-CGTCGTCGCCatac
gi|13 : tga----TGAAAAA--CAT------------------C---------------A-----AT-----T-----------AA------A---ACGAAA-T-----------AT-GATT-------A-------T--TAGAAA--------------CA--------------------CTCTCCATACTTGATT-------------GAA---------AACA-TTCA---T-TCAAC-GTC-AG-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CAACGTCG-----AGATGAGAACGTTGTATCAACATTGATA--A-ATG--GTT----GTT-CGACGTCACCA
gi|13 : aaagtt----TGAAAAA--CAT------------------C---------------A-----AT-----T-----------AA------A---ACGAAA-T-----------AT-GATT-------A-------T--TAGAAA--------------CA--------------------CTCTCCATACTTGATTGAAAACATTCATTCAACGTCAGTGCAACG-TTGAAATT-TCAAC-GTC-GAGATGAGAACGTTGTATCA---------------------ACATTGATAAA-----TGGTTGTT-----CGACGTCA-----CCACGAAA------TATCAACGTTGA-A--ATAGC--GTT----GCTACAACGTTGCcgaaatatcaacgttgaaatagcgttgctacaacgttgcgtgtctgctggg
gi|14 : aaagttATCCATTATTTCTTACATGCACG---AATAAA-GTTGACATGCAAGTTACACT---------GTACTATTCTA-TATATATAATGCATACACTG---G-------GATTAGCATGACAATAGACAAT--AGTACACGCTTACATGACAC-------TTTGT-AAAACGGC---CCTGTGTTTGCAACCACGTGCAT------ATGGC--CGCA-TTGTAAAT----A------TTAgtgtctgctggg
gi|15 : atactatattAAA-C-----------AC-AACT-------A-------A--CAGTAA--------------CA--------------------CTCCCCACACTTGATT-------------AAA---------AATG-TTGA---T-TTAAC-GTC-TG-----------TA---CA---------------------ACGTTAA--AA-----T-----TG-----CAATGTCG-----GAATGGTAAC-TTGTATCATCGTTGA-AG-A-ACG--GTT----GTT-TGGCGTCACCA
gi|16 : CGTCGCGTCTCCTTTGTAAATACAA----GTCTTCCAAAAAAGCCAGCGCTTTT-----------------AAGTAGAGTTACCCACCCCA-TG-ATGTTAGCGAT-----ACATGAATTAATATTT----ACTTTT-A-GTAAGTA--TTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCccacatatcaacgttgaaacaataatgtctgcctgctggg
gi|17 : CATTTT--------GTG-CATCAATATTTCACACCTTCATAT-AAAAAA-A-TAAA--TCTACTAAATTAATTCCAATG-TA--A-CACTATTATTCTATATTAGTTAGTGATGTTTACTTGTTGCAA-GCCA
gi|18 : TTA-CATCTTTCTCTGA----TTTTTTT-CTAAAAGAATTTCTATTAAAACTTGCCAGTTTGTGAAA-TTATTG--ATATGAGACGTCACTTAGACGT
gi|19 : TTTT-TAAATAGAATTTTTATAAAGATT-GCGCGTTTGTAAAA-TTATTT--ATTCTAAACATCACATAAAC-------AGACGT
gi|2 : AATAT-TTT-----ATCCATCATTTCTTAC-----TA---AATAAG-ATTGACATGCAAGTTGCATT---------GTACTAT--TC-TATATA--ATGCATGCACTG-------C---GACCAGCATGACA--------------------------------------TGTAT-AA----TC---CCTGCG-TTGCAACCAG------------ATGCCCATGCA-ATGTAAAT----A------TTACCTT-----CTA-----TA--ACACATTAT--------ATG-CATCAATAGCTCACACC--------------------------ACTTAATTATCT-CAA------------TATTATTCTACATCAATTAGTGATGTTTACTTGATATAA-GCCAACA------C---ATGTA--C-CAC--TCAGTTCCTCGTCGCGTCGCCTTTGTT--TACAA----ATTTTCCAAAA---CCCGTGTTATTT-A-G-TCATGGGCTGGAATTAGAGATACCAGCCA---TACATATTATTAAT-----ACATGAATTAATATTT----AC-TTTAA-GTACATA--TTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTTTCTGA----CATTTTT-CTAATTGAATTTCTATAAAAATTTGCCTGTTTGTAAAA-CTATTT--ATATTAAACCTCACTAAGACATCATTTAGACGTTGAAT--------------AGTCAACT-------A-TTT-------------TGAA-----ATTCT-C-T-C---TCC----------AAA----TGATGAA--CTTACATTTTACTACGTATACG---------------AAGTTGAT-----T-----------AACACGAAG---ACAAAA-T-----------AT-AATT-------A-------T--TAGAAA--------------TA--------------------CTTCCCAAATTAGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAA-GTC-AA-----------TG---TA---------------------ACGTTGA--Aa
gi|21 : tatCGCACCTTCATAT-CAAAAA-A-TTAAA-TCTACATAACTATTTGCAA---TC--G-AACT-TTAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttctccaaatatcaacgttgagtgcctgctggg
gi|22 : TATGTTTGATCCACCCATTATTTCTTAC-----TA---AATAAA-GTTGACATG
gi|3 : tctaatAATATGTT------ATCTATTATTTCTTAA-----TA---AATAAA-GTTGGCATTCAAGTTACATT---------GTACTAT--TA-TATATATAACGCATACACTAGT-ACTGT---AATCAGCATGACAATAG----T--A----------------------------TGT-AA----TC---CCTGTT-TTGCAACCAC------------ATGGCAACACA-ATATAAAT----A------TTACCTT-----CTA-----TA--ATACATTGT--------GTG-CATCAATATCGCGAACCTTTACATAAAAAAA-A-TTAA--TCTACTTAATTATTTG------------CACTACTATTCTATATCAGTTAGTGATGTTTACCGGTTGCAA-GCCATCG------C---ATGCA--C-CAC--ATA--TCTTCGTTGCGTCGCCTTTGTT--TAGAA----GTTTTCTAAAAT-GCCCGCGCTTTTC-A-ATTTAGGAGCCGGAATGAGAGTTACCCAACCTT-TA-ATATCAGCAAT-----GAATTAATTAATATTT----ACTTTT-A-GTGCATA--TTAACGGTT-TAATGTTCTCTTCCCTTTTTA-CATCTTTCTGT-ATTTTTTTTTTT-CTAATATAACTTCTATAACAATTTGCCTGTTTGTGAAA-TTGTTT--ATTTCAAACGTCACTTAGACGTCATCTATACGTCGGGT--------------GGTGAACT-------A-ATT-------------TGAA-----ATTAT-C-T-C---TCA----------AAA----TGATGAA--CTT------------------G---------------A-----AA-----T-----------AA------G---ACAAAA-T-----------AT-AATT-------A-------T--TACAAA--------------CA--------------------CTTCCCAAACTTGATT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAAA-GTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----CAACGTCG-----AAATGAGAACGTTGTATCAAAGTTGA-A--A-ATG--ATT----TTT-CAACGTCGCCA
gi|4 : TT--------GTGGCATCAATATTTCATACCT-AACAT-CAAAAAGA-TTAA--A--ATTTAATTAATTGCAAATTCT--A-ACCTATTATTCTAT-TCAATTA-TGATGTTTAC-TGTTGCAAAGCTGA------------ATGTA--CTCTC--AGA--AA-TCGTCGCGTCTC--TTGTT--TACAAC---GTCTTCCAAAAA-GCCCGCGCTTTTTTACG-TCATGAGCCCGGATTAGAGTTACCCGCCCTTATA-ATATTAGCAAT-----A-----------ATTT----A---TA-A-GTACATA--TTAACAGTTGTAAAGTTCTTTTCTATTTTTAACACCCTTCTCTGA----TTTTTTAACAAATAGAATTTCTA-----------CTGTT-GTAAAAATTATTCTGATTTTAAACGTG---TGGGC-TCACTTAGACGTCGGAT-------------------------------------------------AA-----ATCCT-C-T-T---TCA----------AAA----TGGTGAAACTTT------------------T---------------A-----AT-----TACTACGTATACAA------G---TCAAAG-TTTGCCTTAACAATGAATT-------A-----------AGAAAAAATATAATAAATATA--------------------CTTCCGCCAC-TGA-T-------------CGA---------AACG-TTGA---T-TCAACGGTC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----------TT-----CAACGTCG-----AATTGAG-ACGTTGTATC-ACGTTGA-A--A-A
gi|5 : CACCTTTGTT--TACAATTATGTCTTCCAAAAA-GC----GCTTTTT-A-G-TCATGAGCCGGAATTAGAGTTACCGGCCCTT-TA-ATATTAGCAATTTAA-GCATGAATTA-TATTTGTAAAC-TTT-A-----ATA--TTAACAGTT-TAATGTTCTTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGA----TTTTTAT-CTAAAAGAATTTCTATTAAAATTTGCCAGTTTGTAAAA-TTG-TT--ATATGACACGTCACCTAGACGTCATCTAGACGTCGGGC--------------AATGAACT-------A-GTT-------------TGAA-----ATTCT-C-T-C---TCA----------AAA----TGATGAA--TTT------------------A---------------T-----ATTTTACT-----------AC------GTATATAAAG-T-----------AT-GATT-------A-------gtgtat
gi|5 : A----TGATTAA--CAT------------------G---------------A-----AT-----T-----------AA------A---ACGAAA-T-----------AT-AATT-------AATAACTAT--TATAAA--------------CA--------------------CTTGCCAAACTTGTTT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-Tacatgaattaaaacgaaatataattaataactattataaacacttgccaaacttgtttcaaaacgttgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaacgttgcgtgcctgctggga
gi|6 : cacctttgtttacaattatgtcttccaaaaagcgctttttagtcatgagccggaattagagttaccggccctttaatattagcaatttaagcatgaattatatttgtaaactttaatattaacagtttaatgttcttttctctttttacatctttctctgatttttatctaaaagaatttctattaaaatttgccagtttgtaaaattgttatatgacacgtcacctagacgtcatctagacgtcgggcaatgaactagtttgaaattctctctcaaaatgatgaatttatattttactacgtatataaagtAATATGTTTGATCCATCCATTATTTCTTAC-----TA---AATAAA-GTTGACATGCAAGTTACATTTTAACGAGTATATTAC--TG-T-TGTATGATGCATATATTGCATACT-CTACGATCAGCATGACGATAG---ATCTAGTACATGC-------ATAC-------TTTGTCAA----TA---C-TGTG-TTGCAACCAC------------ATGGCTACACA-ATGTAAAT----A------TTACCTT-----CTA-----TC--ATACATTTT--------GTG-AATCAATATCTCGCACTTTCATAT-CAAAAA-ATTAAA--TCTACTTAACTATTTGCAA---TCGAA-CCCTAATATTCTATATCAATTAGTGATGATTACCTGTTGCAA-GCCAATG------C---ATGTACCC-CGC--ATA--ACCTCGTCGCATCACCTTTGTT--TGCAA----GTCTTCCAAAAA-GCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaacgttgcgtgcctgctggga
gi|7 : ctATATGTTTGATCCATCCAT-ATTTCTT-C-----TACATAATAAAAGTTGACATGCAAGTACCATTTTAACGA--GTA-TAT--TACTTTGTATGATGCATATATTGCA-ACT-CTACGATCAGCATGACGATAG---ATCTAGTACATGC-------ATAC-------TTTGT-CA----TA---ACTGTG-TTGCAACCAC-------------TGGCTACACA-ATGTAAAT----A------T-AC-TT-----CTA-----TATCATACATTTT--------GTG-AATCA-TATCTCGCAC-TTCA-AT-CAAAAA-A-TTAAAATCTACTTAACTATTTGCAT---CG--AACCCTAATATTCTATATCAATTAGTGATGATTACCTGTTGCAA-GCCAATG----------ATGTAC-C-CGC--ATA--ACCTCGTCGCATCACCTTTGTT--TGCAA----GTCTTCCAAAAA-GCCC
gi|8 : tATGAGCCGGTATTAGAGTTACCCGCCCTT-TA-ATATTAGCAATTTGAAACATGAATTA-CATTTGTAAAC-TTT-A-----ATA--TTAACAGTT-TAATGTTCGTTTCTCTTTTTA-CATCTTTCTCTGA----TTTT-TT-CTAATAGAATTTCTATTGAAATTTGCCAGTTTGTAAAA-TTATTT--ATATGAGACGTCACTTAGACGTCGTATAGACGTCAGAT--------------AATCAACA-------A-ATT-------------AGAA-----ATTCT-C-T-C---TCA----------AAA----TGATGAT--TTT------------------A---------------A-----ATTTTACT-----------AC------GTATATAAAG-T-----------CT-GATTAACATGAA-------T--TA-AAA--------------CAAAATATAATTATTTTAAAAACTTATTAAACTTGTTT-------------CAA---------AACG-TTGA---T-TCAGC-ATC-AA-----------TG---CA---------------------ACGTTGA--AA-----T-----TT-----Ctc
gi|9 : C-----TA---AGTAAA-CTTAACATGCAAGTTACATT---------GAATTAT--TC-TGTATATAATACATACACTG-------C---GATCAGCATGACAATA-----T--AGTACACGC-------ATACATAATACTTTGT-AA----AC---CCTGTG-TTGCAACCACGTGCACATGATCATGGCTAC--A-ATGTAAATTTATA------TTACCTTGGCTTCTA-----TA--ACACATTTT--------GTG-CATCAATATATCGCACCTTCACAT-AGAAAA-T-TAAA--TCTACTTAATTATATGCAA---TCTAA-CACTATTATTCTATATCAAATAGTGATGTTTACCTGTTGCAA-GCCAACG------A---ATGTA--C-CAC--TCC--TCCACGTCGCGTCTCCTTTGTT--TACAA----G
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TCACCGACGTCGTGACCAAATATCGACCATTTCTGAACGTTGTATAGACGTCGTGTGCCCGCTGG
Unaligned ( gi|23 ): GAACGTTGTATAGACGTCGTGTGCCCGCTG