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lowQualScore                  :                  .     ...   . . ..  .. .      .. . ... ... . .. . .... . .. . . ......  ..  . .. . . .. . . . .    
lowQualScore                  :                  6     444   8 6 88  00 8      99 8 444 222 8 99 8 4444 8 11 8 8 333333  00  9 11 7 9 22 9 9 9 9    
consensus                     :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
Reference ( gi|9 )            :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|12                         :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|10                         :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--G-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|14                         :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---A-G--G-T----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|11                         :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAA--T-T---T---T-G--T-C----A-A--A-A-C------TA--TT-C--T-A-T--T-T-A-A-TATC
gi|31                         :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-G--TA--C-GTATAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TAT-TT-T--T-A-T--T-T-A-A-
gi|22                         :         ACGAGGGTC-GTTCA---AAA---A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--A-C----A-T--A-C-C------TA--TT-T--C-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|44                         :         ACGAGGGTC-GTT-A---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-
gi|47                         :        tACGAGGGCT-GTT-A---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------T
gi|38                         :         ACGAGGGCC-ATTC----AAA-A-A--TA--C--TAGAC----T---T---T-G--T------A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A----T-T-A-A-CGTC
gi|28                         :         ACCAGGGCT-GTTAA---AAA-A-AA-TA--C-GTAGAGAAT-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TTAT--T-A-T--T-T-a
gi|53                         :         ACGAGGGCC-GTTCT---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---
gi|6                          :       ctACCAGG--C-ATTCA---AAA-A-A---A--C-GTAGACT-T-T---T---T-G--T-C----ATT--A-A-C------TC--TT-T--TCA-T--T-T-A-ATCGT
gi|52                         :         ACGAGGGCC-GTTAA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAaa
gi|54                         : ttgtctatACGAGGGCC-GTTC----AAA-A-A--TA--C-GTAGA
gi|1                          :    gatatACGAGGGCCGGTTCG---AAA-A-AATTA--C-GT-GA---T-A---T---T-G--T-TTCGAA-TAGA-A-C------TA--TT-TGCT-AGT--T-T-A-A-TGTC
gi|27                         :         tCGAGGGCC-GTTTA---AAA-A-A--TA--C-GTACAC--G-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTa
gi|17                         :          CGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-G--TA--C-GTAGCC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-C-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGCC
gi|15                         :          CGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--AAAAC-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-T------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|5                          :          CGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-GTTT-C----ATT--A-A-C------TA--TA-T--T-A-T--T-T-ACA-CGT
gi|42                         :          CGAGGGCC-GTTCA---AAA-ACA--TA--C-GTAGAC--T-T---T---TTG--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--
gi|39                         :          CGAGGGC--ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAA--T-T---T---T-G--T-C----A-T----A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CG
gi|34                         :          CGAGGGCC-ATTCA---AAA---A--TA--C-GTAGAC--C-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-
gi|13                         :          CGAGGGCC-GTCC----AAA-A-A--TA--CGGTAGAC--TCT---T---T-G--T-C----A-T--A-ACC------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTacg
gi|16                         :          CGAGGGCC-ATTCA---AAT-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---A---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-TA-T-A----T-G-A-A-CGTC
gi|2                          :          CGAGGGCC-GTTCATGGGAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--TGC----A-T--A-C-A------T---TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|46                         :         tCGAGAGCC-GTTCA---AAA-A------------------------T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCat
gi|51                         :          CGAGGGC--GTT-----AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-C--A-A-C------T
gi|20                         :           GAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCt
gi|21                         :           GAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|30                         :          tGAGGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|23                         :           GAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--G-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-CGTC
gi|8                          :           GAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-CAT--A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-C-T--T-T-A-A-CGTC
gi|29                         :           GAGAGGC-GTTAA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-C--T-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|25                         :           GAGGGCC-GTTCA---ACA-A-A--TA--C-ATAGAC--T-T---T---T-G--C-C----ATT--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-AGT
gi|24                         :           GAGGGCC-GTTCA---ACA-A-A--TA--C-ATAGAC--T-T---T---T-G--C-C----ATT--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-AGT
gi|48                         :           GAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGCC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------T
gi|33                         :           GAGGGCC-GTTCA---ACA-A-A--TA--C-ATAGAC--T-T---T---T-G--C-C----ATT--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-
gi|7                          :           GAGGGTC-ATTCA---AAAAA-A--TA--C-GTAGAC--G-T---T---T-G--T------A-T--A-A-C------TC--TT-T--T-A-T--T-T-A-ag
gi|18                         :           GAGGGC--GTTCA---AAA---A--TA--C-GTAGAC--C-T---TATCT-G--T-C----A-T--A-A-C-----------T-T--T-A-G--T-T---A-CGTCcgaatgtc
gi|19                         :          aaAGGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--C-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-CGTCca
gi|26                         :            AGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-CA---A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-a
gi|35                         :          gaAGGGCC-GTTCA---AAA-ATA--T---C-GTAGAC----T---T---T-G--T-CT---A-T--A-A-C------TA--CT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCt
gi|4                          :            AGGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-TTTGT---T-G--T-C----ATT--A-A-C------TC--TT-T--TCA-T--T-T-A-ATCGT
gi|45                         :           cAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C---------------------G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-G--T-T-A-A-CGTC
gi|3                          :            AGGGCC-GTTCA---AAA-A-----A--C-ATAGAC--T-T---TA--T-GC-T-C----A-T--A-A-C------TATGTT-T--T-A-T--TAT-A-A--GTCa
gi|37                         :          cgaGGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCa
gi|36                         :             GGGTC-AT-CA---AAA-A-A--TA--C-ATAGAC--T-T---T---T-G--C-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-G-CGT
gi|40                         :            gcGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C--TAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-G-C------TA--TT-T--T-A-T--T-----A-CGCCa
gi|32                         :             gaGCCAGCTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--AC-T--T-A-TAAT-TAA-A-CGT
gi|43                         :                       A---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----T-T--T-A-C------TA--TT-T--T-C-T--T-A-A-A-CGT
gi|41                         :                      ca---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-CTAATAATA--TG-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCaata
gi|49                         :                                  --TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--ACA-C------TA---T-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCat
gi|50                         :                                     A--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-T-A-CGTCga





Alignments
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lowQualScore                  :                  .     ...   . . ..  .. .      .. . ... ... . .. . .... . .. . . ......  ..  . .. . . .. . . . .    
lowQualScore                  :                  6     333   8 8 88  88 7      88 8 333 222 8 99 8 3333 7 11 8 8 333333  00  8 22 7 9 00 9 9 9 8    
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Reference ( family-3146 )     :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|1                          :         ACGAGGGCCGGTTCG---AAA-A-AATTA--C-GT-GA---T-A---T---T-G--T-TTCGAA-TAGA-A-C------TA--TT-TGCT-AGT--T-T-A-A-TGTC
gi|10                         :        tACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--G-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCa
gi|11                         :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAA--T-T---T---T-G--T-C----A-A--A-A-C------TA--TT-C--T-A-T--T-T-A-A-TATC
gi|12                         :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|13                         :          CGAGGGCC-GTCC----AAA-A-A--TA--CGGTAGAC--TCT---T---T-G--T-C----A-T--A-ACC------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|14                         :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---A-G--G-T----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|15                         :          CGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--AAAAC-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-T------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|16                         :          CGAGGGCC-ATTCA---AAT-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---A---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA---T-T--T-A-TA-T-G-A-A-CGTC
gi|17                         :          CGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-G--TA--C-GTAGCC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-C-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGCC
gi|18                         :           GAGGGC--GTTCA---AAA---A--TA--C-GTAGAC--C-T---TATCT-G--T-C----A-T--A-A-C-----------T-T--T-A-G--T-T---A-CGTC
gi|19                         :          aaAGGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--C-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-CGTCca
gi|2                          :          CGAGGGCC-GTTCATGGGAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--TGC----A-T--A-C-A------T---TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCa
gi|20                         :          tGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCat
gi|21                         :           GAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|22                         :        tACGAGGGTC-GTTCA---AAA---A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--A-C----A-T--A-C-C------TA--TT-T--C-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|23                         :           GAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--G-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-CGTC
gi|24                         :           GAGGGCC-GTTCA---ACA-A-A--TA--C-ATAGAC--T-T---T---T-G--C-C----ATT--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-AGT
gi|25                         :           GAGGGCC-GTTCA---ACA-A-A--TA--C-ATAGAC--T-T---T---T-G--C-C----ATT--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-AGT
gi|26                         :            AGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-CA---A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-
gi|27                         :        gaCGAGGGCC-GTTTA---AAA-A-A--TA--C-GTACAC--G-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTt
gi|28                         :         ACCAGGGCT-GTTAA---AAA-A-AA-TA--C-GTAGAGAAT-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TTAT--T-A-T--T-T-
gi|29                         :           GAGAGGC-GTTAA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-C--T-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|3                          :            AGGGCC-GTTCA---AAA-A-----A--C-ATAGAC--T-T---TA--T-GC-T-C----A-T--A-A-C------TATGTT-T--T-A-T--TAT-A-A--GTC
gi|30                         :        cgaGAGGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTa
gi|31                         :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-G--TA--C-GTATAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TAT-TT-T--T-A-T--T-T-A-A-
gi|32                         :               GCCAGCTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--AC-T--T-A-TAAT-TAA-A-CGT
gi|33                         :           GAGGGCC-GTTCA---ACA-A-A--TA--C-ATAGAC--T-T---T---T-G--C-C----ATT--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-
gi|34                         :          CGAGGGCC-ATTCA---AAA---A--TA--C-GTAGAC--C-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-ag
gi|35                         :            AGGGCC-GTTC----AAA-A-A--TAT-C-GTAGAC----T---T---T-G--T-CT---A-T--A-A-C------TA--CT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCacg
gi|36                         :             GGGTC-AT-CA---AAA-A-A--TA--C-ATAGAC--T-T---T---T-G--C-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-G-CGT
gi|37                         :           gcGGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCa
gi|38                         :         ACGAGGGCC-ATTC----AAA-A-A--TA--C--TAGAC----T---T---T-G--T------A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A----T-T-A-A-CGTC
gi|39                         :          CGAGGGC--ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAA--T-T---T---T-G--T-C----A-T----A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGa
gi|4                          :            AGGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-TTTGT---T-G--T-C----ATT--A-A-C------TC--TT-T--TCA-T--T-T-A-ATCGT
gi|40                         :             cGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C--TAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-G-C------TA--TT-T--T-A-T--T-----A-CGCC
gi|41                         :                      ga---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-CTAATAATA--TG-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|42                         :          CGAGGGCC-GTTCA---AAA-ACA--TA--C-GTAGAC--T-T---T---TTG--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--at
gi|43                         :                       A---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----T-T--T-A-C------TA--TT-T--T-C-T--T-A-A-A-CGT
gi|44                         :       caACGAGGGTC-GTT-A---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-aata
gi|45                         :           tAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C---------------------G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-G--T-T-A-A-CGTC
gi|46                         :          CGAGAGCC-GTTCA---AAA-A------------------------T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCa
gi|47                         :         ACGAGGGCT-GTT-A---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------T
gi|48                         :           GAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGCC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------T
gi|49                         :                                  --TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--ACA-C------TA---T-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|5                          :          CGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-GTTT-C----ATT--A-A-C------TA--TA-T--T-A-T--T-T-ACA-CGTga
gi|50                         :                                     A--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-T-A-CGTC
gi|51                         :          CGAGGGC--GTT-----AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-C--A-A-C------Tat
gi|52                         :         ACGAGGGCC-GTTAA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAt
gi|53                         : ttgtctatACGAGGGCC-GTTCT---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---
gi|54                         :       ctACGAGGGCC-GTTC----AAA-A-A--TA--C-GTAGA
gi|6                          :    gatatACCAGG--C-ATTCA---AAA-A-A---A--C-GTAGACT-T-T---T---T-G--T-C----ATT--A-A-C------TC--TT-T--TCA-T--T-T-A-ATCGT
gi|7                          :           GAGGGTC-ATTCA---AAAAA-A--TA--C-GTAGAC--G-T---T---T-G--T------A-T--A-A-C------TC--TT-T--T-A-T--T-T-A-aa
gi|8                          :           GAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-CAT--A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-C-T--T-T-A-A-CGTCcgaatgtc
gi|9                          :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC





Alignments
lowQualScore                  :                  1     111   0 0 11  11 0      11 0 111 222 0 11 0 4444 4 11 0 0 222222  22  0 11 1 0 22 0 0 0 1    
lowQualScore                  :                  .     ...   . . ..  .. .      .. . ... ... . .. . .... . .. . . ......  ..  . .. . . .. . . . .    
lowQualScore                  :                  6     333   8 8 88  88 7      88 8 333 222 8 99 8 3333 7 11 8 8 333333  00  8 22 7 9 00 9 9 9 8    
consensus                     :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
Reference ( family-3146 )     :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|1                          :         ACGAGGGCCGGTTCG---AAA-A-AATTA--C-GT-GA---T-A---T---T-G--T-TTCGAA-TAGA-A-C------TA--TT-TGCT-AGT--T-T-A-A-TGTC
gi|10                         :        tACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--G-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCa
gi|11                         :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAA--T-T---T---T-G--T-C----A-A--A-A-C------TA--TT-C--T-A-T--T-T-A-A-TATC
gi|12                         :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|13                         :          CGAGGGCC-GTCC----AAA-A-A--TA--CGGTAGAC--TCT---T---T-G--T-C----A-T--A-ACC------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|14                         :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---A-G--G-T----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|15                         :          CGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--AAAAC-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-T------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|16                         :          CGAGGGCC-ATTCA---AAT-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---A---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA---T-T--T-A-TA-T-G-A-A-CGTC
gi|17                         :          CGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-G--TA--C-GTAGCC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-C-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGCC
gi|18                         :           GAGGGC--GTTCA---AAA---A--TA--C-GTAGAC--C-T---TATCT-G--T-C----A-T--A-A-C-----------T-T--T-A-G--T-T---A-CGTC
gi|19                         :          aaAGGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--C-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-CGTCca
gi|2                          :          CGAGGGCC-GTTCATGGGAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--TGC----A-T--A-C-A------T---TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCa
gi|20                         :          tGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCat
gi|21                         :           GAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|22                         :        tACGAGGGTC-GTTCA---AAA---A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--A-C----A-T--A-C-C------TA--TT-T--C-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|23                         :           GAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--G-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-CGTC
gi|24                         :           GAGGGCC-GTTCA---ACA-A-A--TA--C-ATAGAC--T-T---T---T-G--C-C----ATT--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-AGT
gi|25                         :           GAGGGCC-GTTCA---ACA-A-A--TA--C-ATAGAC--T-T---T---T-G--C-C----ATT--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-AGT
gi|26                         :            AGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-CA---A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-
gi|27                         :        gaCGAGGGCC-GTTTA---AAA-A-A--TA--C-GTACAC--G-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTt
gi|28                         :         ACCAGGGCT-GTTAA---AAA-A-AA-TA--C-GTAGAGAAT-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TTAT--T-A-T--T-T-
gi|29                         :           GAGAGGC-GTTAA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-C--T-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|3                          :            AGGGCC-GTTCA---AAA-A-----A--C-ATAGAC--T-T---TA--T-GC-T-C----A-T--A-A-C------TATGTT-T--T-A-T--TAT-A-A--GTC
gi|30                         :        cgaGAGGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTa
gi|31                         :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-G--TA--C-GTATAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TAT-TT-T--T-A-T--T-T-A-A-
gi|32                         :               GCCAGCTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--AC-T--T-A-TAAT-TAA-A-CGT
gi|33                         :           GAGGGCC-GTTCA---ACA-A-A--TA--C-ATAGAC--T-T---T---T-G--C-C----ATT--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-
gi|34                         :          CGAGGGCC-ATTCA---AAA---A--TA--C-GTAGAC--C-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-ag
gi|35                         :            AGGGCC-GTTC----AAA-A-A--TAT-C-GTAGAC----T---T---T-G--T-CT---A-T--A-A-C------TA--CT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCacg
gi|36                         :             GGGTC-AT-CA---AAA-A-A--TA--C-ATAGAC--T-T---T---T-G--C-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-G-CGT
gi|37                         :           gcGGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCa
gi|38                         :         ACGAGGGCC-ATTC----AAA-A-A--TA--C--TAGAC----T---T---T-G--T------A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A----T-T-A-A-CGTC
gi|39                         :          CGAGGGC--ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAA--T-T---T---T-G--T-C----A-T----A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGa
gi|4                          :            AGGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-TTTGT---T-G--T-C----ATT--A-A-C------TC--TT-T--TCA-T--T-T-A-ATCGT
gi|40                         :             cGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C--TAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-G-C------TA--TT-T--T-A-T--T-----A-CGCC
gi|41                         :                      ga---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-CTAATAATA--TG-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|42                         :          CGAGGGCC-GTTCA---AAA-ACA--TA--C-GTAGAC--T-T---T---TTG--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--at
gi|43                         :                       A---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----T-T--T-A-C------TA--TT-T--T-C-T--T-A-A-A-CGT
gi|44                         :       caACGAGGGTC-GTT-A---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-aata
gi|45                         :           tAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C---------------------G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-G--T-T-A-A-CGTC
gi|46                         :          CGAGAGCC-GTTCA---AAA-A------------------------T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCa
gi|47                         :         ACGAGGGCT-GTT-A---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------T
gi|48                         :           GAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGCC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------T
gi|49                         :                                  --TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--ACA-C------TA---T-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|5                          :          CGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-GTTT-C----ATT--A-A-C------TA--TA-T--T-A-T--T-T-ACA-CGTga
gi|50                         :                                     A--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-T-A-CGTC
gi|51                         :          CGAGGGC--GTT-----AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-C--A-A-C------Tat
gi|52                         :         ACGAGGGCC-GTTAA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAt
gi|53                         : ttgtctatACGAGGGCC-GTTCT---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---
gi|54                         :       ctACGAGGGCC-GTTC----AAA-A-A--TA--C-GTAGA
gi|6                          :    gatatACCAGG--C-ATTCA---AAA-A-A---A--C-GTAGACT-T-T---T---T-G--T-C----ATT--A-A-C------TC--TT-T--TCA-T--T-T-A-ATCGT
gi|7                          :           GAGGGTC-ATTCA---AAAAA-A--TA--C-GTAGAC--G-T---T---T-G--T------A-T--A-A-C------TC--TT-T--T-A-T--T-T-A-aa
gi|8                          :           GAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-CAT--A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-C-T--T-T-A-A-CGTCcgaatgtc
gi|9                          :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC


blockSeqs                     :                  A     TGG       A   AA        AA   TTG ATC   TT   AT   T .      TAATAA  TG    .  C   AA       T
blockSeqs                     :                  .     .         .   T         T    .   A     C    A    T .      .       T     .  C   A        T
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    T    T .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    T .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    T .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    T .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .        .
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .         
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .         
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .     .  .   .         
blockSeqs                     :                  .     .         .   .         .    .   .     .    .    . .      .       .                      
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originalCons                  :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
finalCons                     :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC





Alignments
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lowQualScore                  :                  .     ...   . . ..  .. .      .. . ... ... . .. . .... . .. . . ......  ..  . .. . . .. . . . .    
lowQualScore                  :                  6     333   8 8 88  88 7      88 8 333 222 8 99 8 3333 7 11 8 8 333333  00  8 22 7 9 00 9 9 9 8    
consensus                     :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
Reference ( family-3146 )     :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|1                          :         ACGAGGGCCGGTTCG---AAA-A-AATTA--C-GT-GA---T-A---T---T-G--T-TTCGAA-TAGA-A-C------TA--TT-TGCT-AGT--T-T-A-A-TGTC
gi|10                         :        tACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--G-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCa
gi|11                         :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAA--T-T---T---T-G--T-C----A-A--A-A-C------TA--TT-C--T-A-T--T-T-A-A-TATC
gi|12                         :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|13                         :          CGAGGGCC-GTCC----AAA-A-A--TA--CGGTAGAC--TCT---T---T-G--T-C----A-T--A-ACC------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|14                         :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---A-G--G-T----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|15                         :          CGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--AAAAC-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-T------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|16                         :          CGAGGGCC-ATTCA---AAT-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---A---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA---T-T--T-A-TA-T-G-A-A-CGTC
gi|17                         :          CGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-G--TA--C-GTAGCC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-C-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGCC
gi|18                         :           GAGGGC--GTTCA---AAA---A--TA--C-GTAGAC--C-T---TATCT-G--T-C----A-T--A-A-C-----------T-T--T-A-G--T-T---A-CGTC
gi|19                         :          aaAGGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--C-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-CGTCca
gi|2                          :          CGAGGGCC-GTTCATGGGAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--TGC----A-T--A-C-A------T---TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCa
gi|20                         :          tGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCat
gi|21                         :           GAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|22                         :        tACGAGGGTC-GTTCA---AAA---A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--A-C----A-T--A-C-C------TA--TT-T--C-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|23                         :           GAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--G-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-CGTC
gi|24                         :           GAGGGCC-GTTCA---ACA-A-A--TA--C-ATAGAC--T-T---T---T-G--C-C----ATT--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-AGT
gi|25                         :           GAGGGCC-GTTCA---ACA-A-A--TA--C-ATAGAC--T-T---T---T-G--C-C----ATT--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-AGT
gi|26                         :            AGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-CA---A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-
gi|27                         :        gaCGAGGGCC-GTTTA---AAA-A-A--TA--C-GTACAC--G-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTt
gi|28                         :         ACCAGGGCT-GTTAA---AAA-A-AA-TA--C-GTAGAGAAT-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TTAT--T-A-T--T-T-
gi|29                         :           GAGAGGC-GTTAA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-C--T-A-T--T-T-A-A-CGT
gi|3                          :            AGGGCC-GTTCA---AAA-A-----A--C-ATAGAC--T-T---TA--T-GC-T-C----A-T--A-A-C------TATGTT-T--T-A-T--TAT-A-A--GTC
gi|30                         :        cgaGAGGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTa
gi|31                         :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-G--TA--C-GTATAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TAT-TT-T--T-A-T--T-T-A-A-
gi|32                         :               GCCAGCTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--AC-T--T-A-TAAT-TAA-A-CGT
gi|33                         :           GAGGGCC-GTTCA---ACA-A-A--TA--C-ATAGAC--T-T---T---T-G--C-C----ATT--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-
gi|34                         :          CGAGGGCC-ATTCA---AAA---A--TA--C-GTAGAC--C-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-A-A-ag
gi|35                         :            AGGGCC-GTTC----AAA-A-A--TAT-C-GTAGAC----T---T---T-G--T-CT---A-T--A-A-C------TA--CT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCacg
gi|36                         :             GGGTC-AT-CA---AAA-A-A--TA--C-ATAGAC--T-T---T---T-G--C-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-G-CGT
gi|37                         :           gcGGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCa
gi|38                         :         ACGAGGGCC-ATTC----AAA-A-A--TA--C--TAGAC----T---T---T-G--T------A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A----T-T-A-A-CGTC
gi|39                         :          CGAGGGC--ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAA--T-T---T---T-G--T-C----A-T----A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGa
gi|4                          :            AGGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-TTTGT---T-G--T-C----ATT--A-A-C------TC--TT-T--TCA-T--T-T-A-ATCGT
gi|40                         :             cGGCC-ATTCA---AAA-A-A--TA--C--TAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-G-C------TA--TT-T--T-A-T--T-----A-CGCC
gi|41                         :                      ga---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-CTAATAATA--TG-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|42                         :          CGAGGGCC-GTTCA---AAA-ACA--TA--C-GTAGAC--T-T---T---TTG--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--at
gi|43                         :                       A---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----T-T--T-A-C------TA--TT-T--T-C-T--T-A-A-A-CGT
gi|44                         :       caACGAGGGTC-GTT-A---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-aata
gi|45                         :           tAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C---------------------G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-G--T-T-A-A-CGTC
gi|46                         :          CGAGAGCC-GTTCA---AAA-A------------------------T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTCa
gi|47                         :         ACGAGGGCT-GTT-A---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------T
gi|48                         :           GAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGCC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------T
gi|49                         :                                  --TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--ACA-C------TA---T-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC
gi|5                          :          CGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-GTTT-C----ATT--A-A-C------TA--TA-T--T-A-T--T-T-ACA-CGTga
gi|50                         :                                     A--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-G-T-A-CGTC
gi|51                         :          CGAGGGC--GTT-----AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-C--A-A-C------Tat
gi|52                         :         ACGAGGGCC-GTTAA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAt
gi|53                         : ttgtctatACGAGGGCC-GTTCT---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---
gi|54                         :       ctACGAGGGCC-GTTC----AAA-A-A--TA--C-GTAGA
gi|6                          :    gatatACCAGG--C-ATTCA---AAA-A-A---A--C-GTAGACT-T-T---T---T-G--T-C----ATT--A-A-C------TC--TT-T--TCA-T--T-T-A-ATCGT
gi|7                          :           GAGGGTC-ATTCA---AAAAA-A--TA--C-GTAGAC--G-T---T---T-G--T------A-T--A-A-C------TC--TT-T--T-A-T--T-T-A-aa
gi|8                          :           GAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-CAT--A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-C-T--T-T-A-A-CGTCcgaatgtc
gi|9                          :         ACGAGGGCC-GTTCA---AAA-A-A--TA--C-GTAGAC--T-T---T---T-G--T-C----A-T--A-A-C------TA--TT-T--T-A-T--T-T-A-A-CGTC