lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 2 1 333 1 111111 2222 1 1 22 1111 11 22222 11 2222222 222222222 111 11111 111111 111 1 11 11 11111 1 22 2 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222 11 22 1 111 11 22 666666666666666666666666666666666666666 1 3 55555555555555555555555 11111 111 111 22222222 33 1 33 88888888888888888888 222 2222 55555555555555555 1 33 1 11 1 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 22222 1 111 1 111 4444 1111 11 1 111 1 33333 222 44444 3333333333333333333333333333 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22 1 1111111 111 333333333333 1111 1 000000000000000000000000000000000000 11 888888888888888888888888888888888888 111111111 5555 1111111111111 4444444444444444444444444444 2222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111
lowQualScore : 4 6 8 6 3 0 0 8 111 3 1 444444 5555 0 6 22 9999 11 99999 44 3333333 99 666666666 111 66666 000000 3 111 6 6 6 5 6 88 0 88 8 7 66666 6 3 3 99 6 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7777777 11 22 6 88 444 0 11 8 22 8 999999999999999999999999999999999999999 2 0 2 8 0 11111111111111111111111 99 66666 111 1 111 44444444 1 00 1 8 11 3 99999999999999999999 111 2222 77777777777777777 5 00 0 33 0 4 2 33 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 8 5 00000 6 444 3 2 7 111 4444 4444 88 6 111 3 6 77777 7 111 3 55555 777 77 666 3 1111111111111111111111111111 4 6 8 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 77 0 5 66 8888888 5 7 444 999999999999 0000 7 77 0 3 88 4 66 111111111111111111111111111111111111 8 55 4 8 777 99 0 888 99 6 5555 777777 33 5 222222222222222222222222222222222222 2 777777 66 000000000 66666 9999 8888888 0 2 7777777777777 33 3 0 2222222222222222222222222222 99999 777 3333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55 999 66
lowQualScore : . . . . . . . . ... . . ...... .... . . .. .... .. ..... .. ....... .. ......... ... ..... ...... . ... . . . . . .. . .. . . ..... . . . .. . . .......................................................................................... ....... .. .. . .. ... . .. . .. . ....................................... . . . . . ....................... .. ..... ... . ... ........ . .. . . .. . .................... ... .... ................. . .. . .. . . . .. ....................................................................... .. . . ..... . ... . . . ... .... .... .. . ... . . ..... . ... . ..... ... .. ... . ............................ . . . ................................................................................................................................................................................................................................................................................. . .. . . .. ....... . . ... ............ .... . .. . . .. . .. .................................... . .. . . ... .. . ... .. . .... ...... .. . .................................... . ...... .. ......... ..... .... ....... . . ............. .. . . ............................ ..... ... .... ........................................................... .. ... ..
lowQualScore : 0 0 0 0 2 4 6 0 000 2 4 666666 8888 6 0 00 7777 77 22222 00 5555555 22 777777777 777 77777 888888 2 777 7 3 7 8 0 66 8 00 0 3 77777 7 7 5 22 7 5 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444444 00 00 0 66 000 8 00 0 00 0 000000000000000000000000000000000000000 2 6 0 0 8 33333333333333333333333 22 77777 777 0 777 22222222 4 00 0 0 77 7 00000000000000000000 666 4444 00000000000000000 0 55 0 88 0 0 5 88 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 00 0 0 00000 0 000 3 5 3 777 7777 2222 33 0 777 3 7 88888 3 555 4 55555 000 22 888 3 0000000000000000000000000000 0 3 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 66 0 0 99 2222222 0 9 888 000000000000 6666 4 55 0 4 33 4 33 888888888888888888888888888888888888 0 55 0 0 000 55 5 777 55 7 7777 777777 77 3 444444444444444444444444444444444444 7 777777 33 777777777 77777 7777 1111111 4 7 3333333333333 99 1 2 3333333333333333333333333333 11111 000 0000 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 111 99
consensus : AACCCTCTGAC-AGCAAGGTTCTTTCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGAAACACATGTATA---GGTATGCGTTA-TTGTATTTCCACCAAATTCAAAA-TT-ATATTNTTGAT---T-CACATGT-GA-TC----GCAGCGCC-NCCT---------ATATTCC---ATCAT-----GGCCACAGCC-AT-G-CTA---TTCA-GAAAGTAAANTATATGC-AATTTTCAAAG-CTC-CATATT-----TTTTA-AATANAACGCAATATA-A-ATAA-ATGTTT--T--TCGAATAAAA--------T-GAT-AGTT-TAT----GAT-GAAT-----TCTTACCAT-----------TTCACT-CA-----A-AAAAAATTNTA-AAAAA--TGGTTCTTA-AAACA---AGGAAAG--ACAACTCTTA-CAATTATTT-GTC-AACC-ATT-------CT--AAA----AATAA---NTATTTTCAATGCCAA-TTTAGAACATAN----TC------CC-NATTCC--CGA-----TCCAAC---GCT---TAAA--------ATTTAAATTTAACATTAGAAA-TG--AAGANT--------ATATA--AATAAGGTTACTT--TGATATA-A-AGGAA-TCT-TCGTACG---CNAAGCATANACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAANTGNAACA--ATTTTCTTCC----------AC--AAAAGAATGAGC--CAGATCAGAGG------TTCATATA----CCCATCTTATTAA-TTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTA-TACAA-ANATTTC---AA-GCCCCCGA----ATAG--TAATATTCAACT---AA-TAATG-CAATGCAGAA-GG--TATATTGA-GCCAAATAA-A---AAAA---TATGTGTGG--TT-CC--GG-TTA-C--------------C-A-A-CCGT-CCCTA---CA-TA----------CC-----CCC-C----AC-C-----CCCC--A--CCCT-AA-ACTTTTT-----------------TTTTCTTT-C-----GGAATT-TTN-CANTT--TT---G-TT--T-GC--ATTNAT----T-G---GACA--------TTG-------------TTGCT----------TG------TT---------------A---------TTTTGA-------------------ATT---C--A--TTGT----TTCTCAGCTATAG-C-TGG--TATCCCCC-AAATTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGCAG--TTTC----CAGCTTCC-TTC-AAGTNAGACAT-CAG-AA-----A-----G--------------T---------TAGAATAGC-AC--TCA-GC-TTGCG---TATTTGTTCAAAGCAGTAG-A-TTGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TAT--CA-C--------A------C--------------T-----TA-C------AC-A---------T-----GTATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TACC-ATCTGA-------N-----AAA---C--------AAAA-----A---TCCC---TACCTA-------TA------------------CC-------------------------G--ACCACACATATTTT--TTTTATTTGGCCTT
Reference ( gi|1 ) : AACCCTC-GGC-AGCAGGGTTCTTTCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TG-A-CACATGTATA---GGTATGCGTTT-TGGTATTT-CACCAA--TCAAAA-TT-ATATTATTGAT---T-CACATGT-GA-TC----GCAGCGCC-CCCT---------ATATTCT---ATCAT-----GGCCACAGCC-AT-G-CTA---TTCA-GAGAGTAAATTATA-GC-AATTTTCAAAG-CTC-CATATT-----TTTTA-AATAAAACGCAATAT--A-ATAAGATGTTT--C--TCACATAAAA--------T-GAT-AGTT-TA-----GAT-GAAT-----TCTTACCAT-----------TT---T-CA-----A-AAAAA--TATC-AAAAA--TG--TC-TA-AAACA---AGGAAAG--ACAACTCTTA-CAAT--TTT-GTC-AA---ATT-------CT--AAA----TATAG---AT-TTTTTAATGCC-A-TTTAG-A-ATAA----TC------CA-AATTCC--TGA-----TCCAAC---GCT---TAAA--------ATTTAAATTT--CATTATAAA-TG--AAGAGT--------AT-TA--AAT--GGTTACTT--TGATATA-A-AGGAA-TCT-TCG---G---CAAAGCATCAACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAAATGCAACA--ATT------C----------AC--ATAA-AATGAGCCTCAGAT-AGAGG------TTCA-ATA----CC--TC-TAT--A-TTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGT-AATTA-TACAA-AGATTTC---AATGCTCCCGA----ATAG--TAAT-TTCAACT---AA-TAATA-CAATGCAGAATGA--TATATT-A-GCCAAATAACA--TAAAA---TATATGTGA--TT-CC--TA-TTA-C--------------C-A-A-CCAT-CCTTA---TA-TA----------CC-----CCC-C----AC-C-----CCCC--A--TCCT-AA-ACCTTTT-------------GAAGTTTTCTCCCC-----AGAATT-TTA-CATTT--TT---G-TT--T-GC--ACTCAT----T-G---GACA--------TTG-------------TTGCT----------TA------TT---------------A---------TTTTGA-------------------ATT---C--A--TTGT----TTCTCAGCTATAG-C-TGG--TATCCCTC-AAATTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGTAGAGTTTC----CAGTTTCC-TTC-AAGTCAGATAT-CAG-AA-----A-----G--------------T---------TAGAATAGC-AC--TCA-GC-TTGTG---TATTTGTTCAAAATAGTAG-A-TTCAATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TAT--CA-C--------A------C--------------T-----TA-C------AT-A---------T-----GTATGTAAAGAAAAGTTGGAATTTTAACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TACC-ATCTAA-------G-----AAA---C--------AAAA-----A---TCCT---TACCTA-------TA------------------CC-------------------------A--ACCACACA-ATTTT--TTTTATTTGGCCTTA
gi|5 : AACCCTCTGAC-AGCAATGTT---TCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TG-AACACATGTATA---GGTATGCGTTA-TTGTATTT-CCACAA--TCAAAA-TT--TATTTTTGAT-----CACATGT-GG-AT----GCAGCGCC-CCCT---------ATATTCT---ATCAT-----GGCCACAGTC-AT-GGCTA---CTCA-GAGAGTAATATATA-GC-AATTTTC-AAG-CTC-CATATT-----TTTT--AATAAAACGCAATAT--A-ATTAAATGTTT--T--GCTCATAAAA--------TAGAT-AGTT-TAT----GAT-GAAT-----TCTTACCAT-----------TT---T-AC-----G-AAAAA--TATC-AAAAA--TG--TC-TA-AAACA---AGG-AAG--ACAACTCTTA-CAAT--TTT-GTC-AAC--ATT-------CT--AAT----AATAG---AT-TTTTAAATGCC-ATTTTAGAA-ATAG----TC------AC-AATTCC--TGA-----TCCAAC---GCT---TAAA--------ATTTAAATTT--CATTAAAAAGTG--AAAGAT--------ATATA--TATAAGGTTACTT--TGATATA-A-AGGAATTCT-TCG---G---CCAAGCAT-AACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAAATGCAACA--ATTTTGC--C----------AT--A-AA-AATGAGC--CAGATCAGA-G------TTCA-
gi|10 : aagtggcagtctaatagaaaaccatgcaaaAACCTCT-GAC-AGCAAGATTCTT-CAAATTGGTTC-TTTTGCCT-TGAA-CA-ATGAATG---G--ATACATTA-TTGTA-TT-CACCAAATTTAAAA----ATATTATTGGTGAAT-CACATAT-GAGTT----GCATCGCC-ACCT---------ATATTTC---ATAAT-----GGCCACAGTC-AT-G-CTA---TTCA-GAAA--AAAGTATA-GC--ATTTTCAAAG--TC-CATA-T-----TTTTA-AATATAACG-AATATA-A-ATAA-ATGTTT--TGGTCGAAT---A--------T-TATAAGTT-TAT----GAT--AAT-----CATT-CCAT-----------TTCACC-CA-----A-AAAAAATTCTA-AAAAA--TGGTTCTTC-AAACA---AGGAAAG--ACAATTCTTA-CAATTATTT-GT--AACC-ATT-------CT--AAA----AATTA---CTATTTTCAA-GCCAA-TTTAG-ACATAT----TC------CC-CATTTC--CTA-----TCCAAC---GGT---TAAA--------TTTTAAAATTAACATTAGAAA-
gi|9 : ggccatctaataaaaaaaaaccatgcAACCTCT-GAC-AGCAAGATTCTT-CAAATTGGTTC-TTTTGCCT-TGAA-CA-ATGAATG---G--ATACATTA-TTGTA-TT-CACCAAATTTAAAA----ATATTATTGGTGAAT-CACATAT-GAGTT----GCATCGCC-ACCT---------ATATTTC---ATAAT-----GGCCACAGTC-AT-G-CTA---TTCA-GAAA--AAAGTATA-GC--ATTTTCAAAG--TC-CATA-T-----TTTTA-AATATAACG-AATATA-A-ATAA-ATGTTT--TGGTCGAAT---A--------T-TATAAGTT-TAT----GAT--AAT-----CATT-CCAT-----------TTCACC-CA-----A-AAAAAATTCTA-AAAAA--TGGTTCTTC-AAACA---AGGAAAG--ACAATTCTTA-CAATTATTT-GT--AACC-ATT-------CT--AAA----AATTA---CTATTTTCAA-GCCAA-TTTAG-ACATAT----TC------CC-CATTTC--CTA-----TCCAAC---GGT---TAAA--------TTTTAAAATTAACATTAGAAA-
gi|13 : ggccatctaataaaaaaaaaccatgcAGCCCTCTGACTAGCAAGGATTCTTCAAATTGGTTATTTTTACCTGTGAA-CACATGTATACTTGGTATGCGTTTGTTGTATTTCCACCAA--TCAAACTTT-ATATTG-TGAT---TGCATATG--GA-TT----GCAGCGTCACCAT---------ATATTCT---ATCAT-----GGCCACAGCC-ATGG-CTA---TTCATGAAGGTAAATCATATGCTATTTTTCAAAG-CTCACATTTTTTCTGTTTTACAATAAACCATTATATA-A-AAAAAATTTTTA-C--TCA-ATAA------------GAT-AGTT-TAT----GAT-GAAT-----TCT
gi|17 : taagtgacagtcccttaatagaaaaccatgcaaattaaAACCCTCTGAC-AGCAAGGTTCTT-CAAATTGGTTCTTTTTACCT-TG-AACATATGTATA---GGTATGCGTTA-TTGTATTTCCACCAA--TCAAAA-TTAATATTA-TGA----T-CGCATGTGGA-TC----GCAGCGCC-CCCT---------ATA---T---ATCAT-----GGCCACAGCC--------A---TTCA-GAGAGTa
gi|2 : aagtggcagtctagtagaaaaccatgcaa-TT-ATTTTCCTGAT---T-TAGGTA--GA-TCAAGAGCAGCGCC-ACCTGATATCCAAACATTCCTTAATCATCGAGTGGCCACAGCCCAC-G-C-AGACTTCA-GA-AGTAAATTATATAC-AATTTTCAAAATCTC-CATATT-----TTAAA-AATAAAACACAATATCTATATAACACTTTTTGC--TCAT-TAAAAGGTACGCAT-AAG-AGTCGTATCTGGGATCGACTCGTAATCTTACCATGTGTTAAACTATT---TGTA-----A-ATAAA--TATCTAAAGAGTTG--TC-TA-AAACACAAAGAAGAGCAACCACTCTTAACAAT--TTTTGTG-AATACATTGTCTAACCC--AAAAAATTATAATTAAT-TATTTAATGCCTA-TTT-G-C-TTAAGCTCTCTTATTACACAATTCCAGTGGGATTTTTCAACTCGGCTATATAAACGAATCTAATTTACATTTA-TATCAAAAG-TGC-AAGAGTTACCACTCAT-TAGCAAT--AAGTGCTTACTGATATATATAGGAAGTTTGTCG---GAGCCCAAGCAT-AACATATGATTTTATCGAGCGTTGCACAAAATGCAACATTATT------TTTTGCTTGCTACTGAAAG-AATGAGCA--AGATCAGAGGAGCGTATTTA-C------CC--TCATAT--A-TTAAATA-GTCACATAGTTTTTCAATTGT-AATTAACGCAA-ACATTTTTCAAATTCCCCTGATGAAGTAG--TAAT-TTCGACTTTAAA-TAATAATAATGCAGAAGCG--TATATT-A-TCCAAAT-ACAAGTAATATTTTATA-ATAG--TTACC--TG-TGG-CGTTTCGGGAGCGCGC-A-ATTTGT-CCCTAG--CA-TA-----------C-----CCC-T----AT-CAATTACCTG--A--GCCTAAA-ACATTTT-----------------TTCTTTCCGCGCTTTGGAACTATAA-CATTTGGTT-----TT--T-GC--ACTCAT----T-GGAAGACACCACTTTTTTGAGGTGTTGTATTTTTGGT----------TAAAAAACTT---------------AT--------TTTTGA-------------------ATCTCAC--A--TTGTGCTATCGTCAGCTATAG-CTTGG--T---CCCC-AAAGTACCATGA
gi|16 : TT-----TTTTA-AATACAACGGAATAT--A-ATAA-ATGGTT--T--GCTAATAAAA--------T-GAT-AGTT-TAT----GCT-AAAT-----TCTTACCAT-----------TA---T-CACAACAACAAAAA--T-TA-AAAAA--TG--TC-TACAAACA---AGGAAAT--ACAACTCTTA-CAAT--TTT-GTCAAA---ATT-------CTAGAAA----TATA-------TTTTTAATGCCAA-TTTAGAA-ATAA----TC------AC-CATTCC--TGA-----TCCAAC---GTT---TAAA--------ATTT
gi|36 : -AATTCC--TGA-----CCAAAG---ACT---TAAA--------ATTTAAATTA--CATTATAAA-AGGTAAGATT--------ATATAT-AATAAGGTTACTT--TGATATA-C-AGG
gi|4 : cGTTACTT---GATATA-A---GAA-T---TCGTACG---CGAAG-ATACACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAATTGAAATA--ATTTTCTTCC----------AC--AAAAGAATGAGC--CAGATCAGA-G------TTCATATA----CCCATCTTATTAA-TTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTA-T-CAATATA-TTC---AA-G-TCCCGA----ATAGTTTAATATTCAACT---AATTAATG-CAATGTAGAAAGGCTTA-ATTGA-GCCAAATAA-----AAAA---TATTAATGG--TT-CC--TG-TTA-C--------------CAA-A-CCATGCCTTA---CG-TA----------CC-----CCC-CA---AC-CA----CCCCGGA--TCT---A-ACCT--------------------TTTTCT-TCC-----AGAA-T-TTA-CATTT--TT---A-TT--T-GC--ACT-AT----C-----GATA---------TG-------------TTGCT----------CGCC----TG---------------A---------TTTTG--------------------ATT---C--A--TTATATGATTTTCAGTAATAGAC-TGG--TATCCC----------CAT-AT---TGCAA------------TTC----CATCTTCC-TTCAAAGCGAGAT-T-CAG--A-----A-----G--------------TTC-------TAGAATAGCAAC--TCA-GCTTTGTG---TATTTGTTCAAAAGA-TAG-AGTTCAATTTCAAAAAATGATGTTCCAGAA----ACATGTT------TAT--CAGC--------A------CT-------------T-----TA-C------AC-A---------T-----GTATGTAAAGAATTTTTGGAATTTTAA-------------------CACT------CTTATTGATG-------------AAT--ATTC-ATCTAA-------G-----AAA---C--------AAAA-----A---TCCTTTCTACCTA-------
gi|3 : aaGTTACTT---GATATA-A---GAA-T---TCGTACG---CGAAG-ATACACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAATTGAAATA--ATTTTCTTCC----------AC--AAAAGAATGAGC--CAGATCAGA-G------TTCATATA----CCCATCTTATTAA-TTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTA-T-CAATATA-TTC---AA-G-TCCCGA----ATAGTTTAATATTCAACT---AATTAATG-CAATGTAGAAAGGCTTA-ATTGA-GCCAAATAA-----AAAA---TATTAATGG--TT-CC--TG-TTA-C--------------CAA-A-CCATGCCTTA---CG-TA----------CC-----CCC-CA---AC-CA----CCCCGGA--TCT---A-ACCT--------------------TTTTCT-TCC-----AGAA-T-TTA-CATTT--TT---A-TT--T-GC--ACT-AT----C-----GATA---------TG-------------TTGCT----------CGCC----TG---------------A---------TTTTG--------------------ATT---C--A--TTATATGATTTTCAGTAATAGAC-TGG--TATCCC----------CAT-AT---TGCAA------------TTC----CATCTTCC-TTCAAAGCGAGAT-T-CAG--A-----A-----G--------------TTC-------TAGAATAGCAAC--TCA-GCTTTGTG---TATTTGTTCAAAAGA-TAG-AGTTCAATTTCAAAAAATGATGTTCCAGAA----ACATGTT------TAT--CAGC--------A------CT-------------T-----TA-C------AC-A---------T-----GTATGTAAAGAATTTTTGGAATTTTAA-------------------CACT------CTTATTGATG-------------AAT--ATTC-ATCTAA-------G-----AAA---C--------AAAA-----A---TCCTTTCTACCTA-------cctagtttggataatgatgcaacgaaaccacattttttttttatttgcct
gi|39 : aa-AGAG-------TTCA--TATTACCC--TC-TAT--AATTAAATAGGTCACATAGTT-----ATTGT-AATAA-TACAA-AGATTTC---AA-GTCCCCGA----ATAG--TAcctagtttggataatgatgcaacgaaaccacattttttttttatttgcct
gi|21 : ----CC--T--TAT--A-ATAAATACGTCACATAGTT-----ATTGT-A-TTA-TACAA-AGATTTC---AA-GC--CCGA----ATAG--TAAT-TTCAACT---AA-TAATA-CAATGCAGAATGT--TAT-TT-AGGCCAAATAACA---AAAA---TATA-GTGG--TT-CC--
gi|20 : ATTA-TCCAA-AGATTTC---AA-GTCCCCGA----ATAG--TGAT-TTCAACT---AA-TAATG-CAATGCATAA-GA--TATATTGG-GCCAAAT---A--TAAAA----ATATGTGAGGTT-CC--AG-TCACC--------------C-A-A-CTGT-CCC-----TA-TA----------CC-----CCC-C----CC-C-----CCC
gi|35 : CT---AA-TAATA-CAATGCAGAA-GG--TTTATT-AGGCCAAATTA-----AAAA---AATGTGTTG--TT-TCAGT--TTC-C--------------C-A-A-ACTT-CCCTA---CA-TC----------CC-----CCC-C----
gi|6 : -GCCTAATAA-A---AAAA---TATGTGTGG--TT-CC--GG-TTA-CA-------------C-G-A-CCTT-CCCTA---GA-TAATAATTAACACA-----CACAC----AC-A-----CCCC--AAACCTT-AA-ACCTTTT------------------TTTTTTTTC-----GGAATT-TTT-CAATT--TT---G-TT--TTGC--ATTAAT----T-G---GACA--------TTG-------------TTGCTAATTGT----TA------TTTTAATTAAAGAAATCA---------TTTTGA-------------------ATT---C--ACATTGT----TTCTCAGCTA--G-C-TGGAATATCCCCT-AATTTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGCAG--TTTT----CAGATTCC-CTC-AAGTTAAACAT-CAG-AA-----A-----G--------------TCTAGGATTTTAGAATAGC-AC--TCA-GC-TTGCG---TATTTGTTCAAAGCGGTAG-A-TTGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TAT--CA-CACATG---A------C--------------T-----TA-CACATGTAC-A---------T-----GTATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCACCACTATCAACTTTATTGATG-------------AAT--TACCAAAATAAAAAAAATA-----AAA---T--------AAAA-----A---TACG---TACCTACCCATCCTATTTTTGATAAGAGCATAACC-------------------------AGAACCACACA---TTT--TTTTATTTGGCCTc
gi|7 : taataag-GCCAAATAAAA---AAAA---TATGTGTGA--TT-CC--GG-TTA-a
gi|8 : ggttctggttacccgaccgtcctaagatactccccccctcccctgactttttttttggggggggggagggggatttttcaattttgttttgcattaattggacattgttgcttgttattttgattttaaaaaatcattttgaattcacattgtttctcagctagctggtatccccccaaattacatcatgcatgtagagcctgcagtttcaggccagcttccttcaagtcagatatcagtaatatctagaattttagaatagaactcagcttgcatatttgttcaaagcaattgattgtatttcataaaattttcagaaacatgtacatgtatatcaaattacatagaatacttatgtatgtaaagaaaagttggaaaacaagattgcatcactgtcaactttattgatgaattaattacggtaaacatctgaccaacacaaaaacgaaataaaaaaaataatgaattaaaaatccctgcctacctaccctatttttaataagagca-GCCAACTAAAA--CAA-----TATGTGTGA--TT-CC--GG-TTAAC--------------C-T-A-CCGA-CCTTA---GA-TA--------------------------ATAC-----CCCC--G--TCCT-TT-ATTTTCC-------------GTATTTTTTTT------------TT-TT----TTT--TT---G-TTGTT-GC--ATTCAT----T-A---GATT--------TTG-------------TTGCT----------TG------TT---------------A-----------TCAG-------------------ATTG--C--A----GT----TT-TCAGCTctt
gi|44 : g-GCCAAATAA-A---AAAA---TATGTGTGG--TT-CC--GG-TTA-C--------------C-tccttcaagtaaaacatacggaaatctaggattttggaatagcactcatcttgtatatttgttcaaaacagtattttgtgtttcatgaatgagttttcaaaaacatgtatatcacagaacatgattttcacatgtaagtaaagaaatgttggaatttaacaaaattgcatcgctgccaactttattaatgaatcaaaatctgatcaaaaaagtagataaataaaaagataaaataaattccccgcctactctatttttgaatagtccgtaaccggcaccacacattattttcgt
gi|11 : tacctaccctatgtttgatcagagATATGTGG--TT-CC--CGGTTA-C--------------C-AGA-CCGT-CCCTAGT-TAATA----------CCTTCTCCCC-CTGATAC-C-----CTAT--A--TCCTCAA-ACTTTCT-------------GGAG----------------GAATTATTA-CATTT--TTTCGG-TT--T-------TAAT----T-T---AAT---------TTG---------------GCT----------TA------TT---------------A---------TTTTGATGAATGCATTTGA------ATT---C--ACATTGT----TTCACAGCTA--G-A-TGG--AGTCCCCC-AAATTA-CATGATGC---TA-AGCTTGCAG--TTGT----CAGCTTCCCTTC-AAATCA-AC-T-CAG-AA-----A-----AATCTATGATA----T---------TGGAATAGG-ACAGCTA-GC-TCTCG---TATTGTTTCAAAGCAGTAGCA-TCTA--TAC-ATATACGAGTTTTCAGAA----ATGTGTA------TAT--CA-C--------G------C--------------
gi|7 : aaggccaatttaaaagtataGG--TT-CT--GG-TTA-C--------------CCG-A-CCGT-CCTAA---GA-TA----------CT-----CCC-C-----C-C-----CTCC------CCT-GA--CTTTTTTTTTGGGGGGGGGGAGG---------------GGGATT-TTT-CAATT--TT---G-TT--TTGC--ATTAAT----T-G---GACA--------TTG-------------TTGCT----------TG------TT---------------A---------TTTTGATTTTAAAAAATCATTTTGAATT---C--ACATTGT----TTCTCAGCTA--G-C-TGG--TATCCCCCCAAATTA-CATCATGCATGTAGAGCCTGCAG--TTTCAGGCCAGCTTCC-TTC-AAGTCAGATAT-CAGTAATATCTA-----GAATT----------T---------TAGAATAGA-AC--TCA-GC-TTGCA---TATTTGTTCAAAGCAATTG-A-TTGTATTTC-ATAAA---ATTTTCAGAA----ACATGTACATGTATAT--CA-A--------A---------------------T-----TA-C------AT-AGAATACTTAT-----GTATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TAaacatga
gi|33 : -A-CCTT-CCCTAGATTA-TA----------CC-----TCC-C----G--------------A--CCCT-AA-ACTTTTT--------------------TCTT-----------ATT-TTT-CAAAT--TT---G-TT--TTGC--ATT-AT----TCA---GACA--------TTG-------------TAGCT----------TG------TC---------------A---------TTTTattacggtaaacatctgaccaacacaaaaacgaaataaaaaaaataatgaattaaaaatccctgcctacctaccctatttttaataagagcataaccggaatcacacatattttttttatttggcctt
gi|19 : C-----CCC-C----CC-C-----CCCC------CCC-AACACTTTTT-----------------TTTTTTCT---------AATT-TTTTCAGTT--TT---G-TT--TTGC---CCCATGAATT-G---GACA--------T-G-------------TTGCT----------TG------TT---------------A---------TTCTGA-------------------atta
gi|37 : acaacttcctacgcataataacccccccg----AC-C-----CCCG--A--CCCT-AA-ACTTT-------------------TTTTCTT-----------ATT-TTT-CAAAT--TT---GTTT--T-GCAAATTGTT----T-A---GACA--------TTC-------------TTGCT----------TG------TT---------------A---------TTTttaaatatcattttgattcaacattgtctc
gi|26 : ttatTT-TCA-AATTT--GT-----TT--T-GC--ATTGTT----T-G---GACA--------TTA-------------TTGCTGGCTATGTTTTA------TT---------------AAAGAAATCATTTTGA-------------------ATTGA-T--A--TTAT----CTCTCAGCTA--G-C-TGG--TATCCTCC-AAATTA-
gi|38 : tt-TT--T-GC--ATTT-T----T-A---GACA--------TTA-------------TTGCT----------TG------TT---------------A---------TTTT
gi|41 : TTTGA-------------------AAT---CGCA--TTGA----TTCTCAGCTA--G-C-TGG--AATCCCCC-AATGTA-CATGATGTATGCAGAGCCTGCAGtttttaattaaataaatcattttaaatagacattgtctctcagcttg
gi|12 : aAGTTTC-----AGCTTC--TTC-AAGTCAGACAT-CAG-AA-----A-----GTCAATTATTTTAGAT---------TAGAATAGC-AT--TCA-GC-TTGCA---TGTTTGCTCAAAGCAGTAG-A-TAGTACTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGCA------TAT--TA-CACAACATGA------C--------------T-----TA-C------AC-A---------TATACAGTATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACAAGATTTTAGATT-GCATTACTGTCAACTTTATTGATGACCAAAAAAAAAAAAT--AAAT-AAATAA-------A-----AAATTTT--------AAAA-----A---TCCC---TACCTACT-----TA------------------CCCTATTTTTGATAAGAGCATAACCGGA--ACCATACA-TATTT--TTTTATTTGGCCT
gi|8 : tgcAGTTTT----CAGCTTCC-TTC-AAGTAAAACATACGG-AA-----ATCTAGGATT-----------T---------TGGAATAGC-AC--TCA-TC-TTGTA---TATTTGTTCAAAACAGTAT-T-TTGTGTTTC-ATGAATGAGTTTTCAAAA----ACATGTA------TAT--CA-CAGAACATGA------T--------------T-----TT-C------AC-A---------T-----GTAAGTAAAGAAATGTTGGAA-TTTAACA-------AAATT-GCATCGCTGCCAACTTTATTAATG-------------AAT--CAAA-ATCTGA-------T-----------C--------AAAA-----A---
gi|15 : ggccaactaaaacaatatgtgtgattccggttaacctaccgaccttagataatacccccgtcctttattttccgtatttttttttttttttttgttgttgcattcattagattttgttgcttgttatcagattgc----CAGCTTC--TTC-ATGTTAGACAT-CAG-AA-----A-----G--------------T---------CA--ATGAT-TT--TTAAGA-TTTTAGAATATTTGCTCAATGCAGTAG---TTGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGCA------TAT--TA-C--------A------CAACATGAC------T-----TA-C------AC-A---------T-----GTGTGGCAAGTAAAGTTGTAA----AACA-------AGATG-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TACC-ATCTGA-------C-----CAA---C--------AAAA-----AAATTCCC---AGCC---------TA------------------CC-------------------------T--ACC---CA-ATTTT--agtagataaataaaaagataaaataaattccccgcctactctatttttgaatagtccgtaaccggcaccacacattattttcgt
gi|14 : AGACAT-CAG-AA-----A-----G--------------TCAATGTTTTTAGAATAGC-AT--TCA-GT-TTGCA---TATTTGCTCAAAGCAGTAG-A-TTGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAG----ACATGCA------TATGGCA-CAACATG--A------C--------------TTACCGTA-C------AC-A---------T-----ATATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTCATTGATG-------------AAT--TACC-ATCTGA-------C-----AAA---A--------AAAA-----A---gataagagcgtaaccggaaccatacatatttttttatttgacc
gi|23 : ---------TAGAATAGT-AC--TCA-GC-TTGCA---TATTTGTTCAGAGCAGTAG-A-TTGTATGTC-ATAAATGAGTTTTAAGAA----ACATGTA------TAC--CA-C--------A------C--------------------AA-C------TTGA---------C-----TTACATAGAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATataataaaaataaataaataaaaaataaatctctacctacctaccctatctttgataagagtgtaaccggaacaatacatatttttttatttgg
gi|27 : ATTTGCTCAATGCAGTAG-A-TTATATTTC-ATAAATGAGTTTTCATAAACATACATGTA------TAT--TA-CACAACATGA------C--------------T-----TA-C------AC-A---------T-----GTAT
gi|30 : cagaaagtcaatgattttagaaaTTTC-A-AAATGAGTT--CAGAA----ACAGATA------TTA--CA-C--------AATATGAC--------------T-----TA-C------AT-A---------T-----GTAT-TAAAGAAAAATGGGAA----AACA-------ACATT-GCATCAATGTCAACTTTATTGATG-------------AA
gi|22 : CAGAA----ACATGCA------TAT--TA-T--------A------CAACATGAC------T-----TA-C------AC-A---------T-----GTATGTCAA---AAGTTTGAA----AACA--------TATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TACC-ATTTGACC-----A-----AAA---CATTTTTTTAAAA-----A---TCC
gi|28 : AA----ACATGCA------TAT--TA-C--------A------CAACATGACTTAAACT-----TG-T------AT-A---------T-----GTATGTCAAGAAAAGTGGG----TAAACA-------ATGTTCGCATCAC-GTCAAC-TTATTGATG-------------AAT--TACC-ATCTGA-------c
gi|31 : A----ACATGTA------TAT--CA-A--------A------C---------------------AGC------ATGA---------T-----TTAC--------ACGT--GAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTCTATAGATA-------------ACT--CACT-CTCTGA-------C-----CTA---C--------AAAA-----
gi|24 : -----TA-C------AC-A---------T-----GTATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------ATATT-GCATCACTGTCAGCTTTAT---TG-------------AAT--TACC-ATCTGA-------C-----CAA---CAAA-----AAAA-----A---TCCC---TATCTA-------ttagaaatgaa
gi|18 : TATGTAAAGAAAAGCTGGAA----AACA-------AGATT-GAATCACTGTCAACTTCATTAATGA------------AATTATACC-ATCTGA-------ccctatttttgataaaaacatgacc
gi|25 : TAAAA-------AGATT-GCATCACTGTAAACTTTATTAATG-------------AAT--TACC-AAAAAA-------GTAAAAAAA---T--------AAAATAAATA---TCCC---TACC---------TA------------------CT-------------------------G--ACC---CT-ATTTT--cacccccaaaattattttttttaaattccctacctaccctatttttagtaagagcgtaacaggaaccataaatattctttatttggcc
gi|7 : atcatattacacaatactaaaaa-------------------------A--ATCACACATATTTT--TTTTATTTGGCCTTga
gi|44 : ggttctggttacccgaccgtcctaagatactccccccctcccctgactttttttttggggggggggagggggatttttcaattttgttttgcattaattggacattgttgcttgttattttgattttaaaaaatcattttgaattcacattgtttctcagctagctggtatccccccaaattacatcatgcatgtagagcctgcagtttcaggccagcttccttcaagtcagatatcagtaatatctagaattttagaatagaactcagcttgcatatttgttcaaagcaattgattgtatttcataaaattttcagaaacatgtacatgtatatcaaattacatagaatacttatgtatgtaaagaaaagttggaaaacaagattgcatcactgtcaactttattgatgaattaattacggtaaacatctgaccaacacaaaaacgaaataaaaaaaataatgaattaaaaatccctgcctacctaccctatttttaataagagcataaccgg-------------------------A--ACCACACA-TATTT--TTTTATTTGGC
gi|48 : tacctaccctatgtttgatcagagggtaaccgg-------------------------A--GCCATGCATATTTT--TTTTATTTGGCCT
gi|47 : gcataaccgg-------------------------A--ACCATACATATTTTTTTTTTATTTGGCCT
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CCCCCCCCCTCTCCGCTTTAACATTTGTTTTGTAATTTTTCATTCTGTGTATTAAATGGACATCATTACTTGTTATTGTGATTGAAGAAATAATTTTGAATTCA
Unaligned ( gi|32 ): AATTTTGAAAATACTTTGTCCACAAAAAAATCTCAACCTACCTACCCTTTTTCTGAAAAGAATGTAATAGGAACCATAAATTACGTTTACTTGGCCTTA
Unaligned ( gi|34 ): AAAAAAAATATTAAAAAAAAAAATTCTCGCCTACCGACCTCATTTTTTTCCAGAGTGACAGAAAACCACATATTCTTTTTTTTGGC
Unaligned ( gi|40 ): ACATTGTTGCTTGTTATTTTTTTATTAAAGAAATCATTTGAATTGAACACTGTCCTCTCAAAGTTTAGCTGTATCCCCCA
Unaligned ( gi|42 ): CTACCTACCCTAGTTTTTGGATAAGTGCGCAACCAGAACCACACATATTTTTTCTATTTGCA
Unaligned ( gi|43 ): CCTACCCTATTTTTGATAAGAGTGTAACCATGCAGAACCACACATATTTTTCTATTTGGCA
Unaligned ( gi|45 ): ATAAAGTGATAGTCTAATAGAAAACCATGCAAATTAAACCC
Unaligned ( gi|46 ): AAGTGGCAGTCTAGTAGAAAACCATGCANGGACATCTGA
Unaligned ( gi|49 ): CTTAAATGGCAGTCTAATAGAAAACCATGCAAAACC
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 2 111 11 1111 22222 11 1111111 222222222 1111 11111 1111 111 2 1 11 11111 111 1 3333333333333333333333333 1 1111 11 11111 222222222222222222 11111 11 11 22 1 22 2222222 11111111111 44444444444 1111 111 111 111 22222222 11 22 333333333333333 111 1111 22222 222 1 1 11 11 222222222 11 1 11 1 2 11111 1 1 1 111 1111 11 2 111 1 2222222 1 111111111111111 1 444444444444444444 11111111111111111111111111111111111111111 555555555555555555555555 1 1111 11111111111111 11111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222222222 11 888888888888888888888888888888888888 666666666666666666666666 111111 1111111111111 111111111111 222222222 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111
lowQualScore : 6 1 5 7 6 7 9 111 7 6 7 88 4444 88 33333 00 7777777 1 5 222222222 0000 44444 1111 1 000 5 44 1 3 6 1 33 6 44444 222 1 0 8 5 5 6666666666666666666666666 1 5 2222 22 44444 7 333333333333333333 11111 88 00 6 6 99 6 22 0 44 1111111 77777777777 6 2 7 3 11111111111 1 5 1 2 2222 000 000 000 00000000 88 3 6 33 1 999999999999999 3 666 5555 88888 111 1 0 6 8 11 8 1 1 11 444444444 8 55 11 5 0 11 8 5 7 3 2 66666 2 0 5 1 77 1 5 666 2222 55 3 000 1 5 4444444 66 0 2 2 4 2 777 2 2 4 000000000000000 22 4444 2 2 2 2 666 0 3 3 2 6 111111111111111111 88 77777 3 77777777777777777777777777777777777777777 7777 111111111111111111111111 6 1 5 44 77777 1 555 33 2222 555 33 66666666666666 2 11111 5555 77 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88888888888888888 55 88 8 4 55 55 33 4 5 4 666 0 66 9999 55 8 1 5 4 44 999999999999999999999999999999999999 7 55 3 7 666 1 6 777 3 6 5555 777777 33 4 444444444444444444444444 111111 666666 888888888 55555 333 9999 7777777 2 6666666666666 33 88888888888 444 777777 6666 777777777777 000000000 555 9999 555 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 6
lowQualScore : . . . . . . . ... . . . .. .... .. ..... .. ....... . . ......... .... ..... .... . ... . .. . . . . .. . ..... ... . . . . . ......................... . . .... .. ..... . .................. ..... .. .. . . .. . .. . .. ....... ........... . . . . ........... . . . . .... ... ... ... ........ .. . . .. . ............... . ... .... ..... ... . . . . .. . . . .. ......... . .. .. . . .. . . . . . ..... . . . . .. . . ... .... .. . ... . . ....... .. . . . . . ... . . . ............... .. .... . . . . ... . . . . . .................. .. ..... . ......................................... .... ........................ . . . .. ..... . ... .. .... ... .. .............. . ..... .... .. .................................................................................... ................. .. .. . . .. .. .. . . . ... . .. .... .. . . . . .. .................................... . .. . . ... . . ... . . .... ...... .. . ........................ ...... ...... ......... ..... ... .... ....... . ............. .. ........... ... ...... .... ............ ......... ... .... ... ............................................................................... ... .
lowQualScore : 7 0 5 3 7 7 3 777 3 7 3 55 3333 11 77777 77 4444444 0 7 999999999 4444 33333 7777 4 000 7 44 0 7 7 7 33 7 33333 444 0 1 7 7 7 9999999999999999999999999 4 7 1111 33 33333 3 555555555555555555 33333 00 88 7 7 22 7 77 8 33 7777777 33333333333 7 2 3 5 77777777777 0 7 0 7 1111 000 000 000 77777777 55 7 7 88 0 555555555555555 2 555 7777 88888 000 0 0 6 0 00 0 0 0 00 888888888 0 88 00 0 8 00 0 4 3 7 5 77777 1 6 0 0 99 4 7 777 1111 77 7 000 4 7 1111111 77 1 5 2 4 1 999 1 1 2 222222222222222 88 2222 0 1 1 1 555 0 3 3 3 7 444444444444444444 55 77777 1 00000000000000000000000000000000000000000 1111 666666666666666666666666 2 0 1 22 44444 4 000 99 0000 000 77 55555555555555 7 33333 7777 33 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444444444444444 00 55 0 0 55 66 88 4 6 9 000 2 11 4444 66 9 0 7 0 88 222222222222222222222222222222222222 3 00 6 3 444 0 7 222 3 2 3333 222222 22 7 000000000000000000000000 999999 444444 999999999 66666 777 1111 6666666 5 2222222222222 77 88888888888 777 777777 0000 555555555555 000000000 888 4444 666 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333 7
consensus : AACCCTCTGAC-AGCAAGGTTCTTTCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGAA-CACATGTATA---GGTATGCG-TTATTGTATTTCCACCAAATTCAAAA-TT-ATATTATTGAT---T-CACATGT-GA-TC----GCAGCGCCACC-T---------ATATTCC---ATCAT-----GGCCACAGCC-AT-GCTA---TTCA-GAGAGTAAANTATA-GC-AATTTTCAAAG-CTC-CATATT-----TTTTA-AATAAAACGCAATATAAATA-A-ATGTTTT--TCG---AATAAAA--------T-GATA-GTT-TAT----GAT-GAAT-----TCTTACCAT---T-TCAC-CCA-----AAAAAAAT-TCTAAAAAATGGTTCTTNAA-ACAAGGAA-AG--ACAACTCTTA-CAATT-TTTGTCAAC-CATT-------CTAAAAA----TAANTA-TT-TTTAATGCCAATTTAG---AA-----CATANTCC-CAATTCCCG----ATC---CAAC---GCT---TAAA--------ATTTAAATTTAACATTANAAA-TG--AAGAGT--------ATATA--AATAAGGTTACTT--TGATATA-A-AGGAA-TCT-TCGTACGCGAAGCATACACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAAATGCAACA--ATTTT---CTT-CCAC-AAAAGAATGAGCC--AGATCAGAGGTTCATA--T-ACCCATCTTAT-AATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTATACAAAGA--T-TTCAA-G--CCCCCG----AATAG--TAAT-TTCAACT---AA-TAAT-GCAATGCAGAA-G-G---TATATTGA-GCCAAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----C-GG-TT-A-C---C-A-A-CCGT-CCCTA------------C-----ATA--CC-----CCC-C----GCC-----CCCCA----CC----CT----AA---ACTTTTT----TTTT-------------C----TTCC-GGAATT-TTNCANTT--TT---G-TTT-G---C--ATTNA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------TGAATT---C--A--TTGT----TTCTC--AGCTATAG-C-TGG--TATCCCCC-AAATTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGCAG--TTTC----CAGCTTCC-TTC-AAGTCAGACAT-CAG-AA-----A-----G--------------T---------TAGAATAGC-AC--TCA-GC-TT---GCGTATTTGTTCAAAGCAG-TAG-A-T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TAT--CA-C--------A------C--------TTAC------AC------A---------T-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--NAAA---C--------AAAA---------A---TC----C---CTACCT-----------A--T---------------------ACC--------G--A-----------------C-CA-------CACATATTTTTTTTATTTGGCCTT
Reference ( family-3143 ) : AACCCTCTGAC-AGCAAGGTTCTTTCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGAAACACATGTATA---GGTATGCG-TTATTGTATTTCCACCAAATTCAAAA-TT-ATATTNTTGAT---T-CACATGT-GA-TC----GCAGCGCCNCC-T---------ATATTCC---ATCAT-----GGCCACAGCC-AT-GCTA---TTCA-GAAAGTAAANTATATGC-AATTTTCAAAG-CTC-CATATT-----TTTTA-AATANAACGCAATATAAATA-A-ATGTTTT--TCG---AATAAAA--------T-GATA-GTT-TAT----GAT-GAAT-----TCTTACCAT---T-TCAC-TCA-----AAAAAAAT-TNTAAAAAATGGTTCTTAAA-ACAAGGAA-AG--ACAACTCTTA-CAATTATTTGTCAAC-CATT-------CTAAAAA----TAANTA-TT-TTCAATGCCAATTTAG---AA-----CATANTCC-CNATTCCCG----ATC---CAAC---GCT---TAAA--------ATTTAAATTTAACATTAGAAA-TG--AAGANT--------ATATA--AATAAGGTTACTT--TGATATA-A-AGGAA-TCT-TCGTACGCNAAGCATANACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAANTGNAACA--ATTTT---CTT-CCAC-AAAAGAATGAGCC--AGATCAGAGGTTCATA--T-ACCCATCTTATTAATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTATACAAANA--T-TTCAA-G--CCCCCG----AATAG--TAATATTCAACT---AA-TAAT-GCAATGCAGAA-G-G---TATATTGA-GCCAAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----C-GG-TT-A-C---C-A-A-CCGT-CCCTA------------C-----ATA--CC-----CCC-C----ACC-----CCCCA----CC----CT----AA---ACTTTTT----TTTT-------------C----TTTC-GGAATT-TTNCANTT--TT---G-TTT-G---C--ATTNA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------TGAATT---C--A--TTGT----TTCTC--AGCTATAG-C-TGG--TATCCCCC-AAATTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGCAG--TTTC----CAGCTTCC-TTC-AAGTNAGACAT-CAG-AA-----A-----G--------------T---------TAGAATAGC-AC--TCA-GC-TT---GCGTATTTGTTCAAAGCAG-TAG-A-T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TAT--CA-C--------A------C--------TTAC------AC------A---------T-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--NAAA---C--------AAAA---------A---TC----C---CTACCT-----------A--T---------------------ACC--------G--A-----------------C-CA-------CACATATTTTTTTTATTTGGCCTT
gi|1 : AACCCTC-GGC-AGCAGGGTTCTTTCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGA--CACATGTATA---GGTATGCG-TTTTGGTATTTC-ACCAA--TCAAAA-TT-ATATTATTGAT---T-CACATGT-GA-TC----GCAGCGCCCCC-T---------ATATTCT---ATCAT-----GGCCACAGCC-AT-GCTA---TTCA-GAGAGTAAATTATA-GC-AATTTTCAAAG-CTC-CATATT-----TTTTA-AATAAAACGCAATATAA-TA-AGATGTTTC--TCA---CATAAAA--------T-GATA-GTT-TA-----GAT-GAAT-----TCTTACCAT---T-T----TCA-----AAAAAA---TATCAAAAATG--TCT-AAA-ACAAGGAA-AG--ACAACTCTTA-CAATT--TTGTCAA---ATT-------CTAAATA----TAGAT--TT-TTTAATGCCA-TTTAG---AA-------TAATCC-AAATTCCTG----ATC---CAAC---GCT---TAAA--------ATTTAAATTT--CATTATAAA-TG--AAGAGT--------AT-TA--AAT--GGTTACTT--TGATATA-A-AGGAA-TCT-TCG---GCAAAGCATCAACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAAATGCAACA--ATT----------CAC-ATAA-AATGAGCCTCAGAT-AGAGGTTCA-A--T-ACC--TCT-AT--ATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAA-TTATACAAAGA--T-TTCAATG--CTCCCG----AATAG--TAAT-TTCAACT---AA-TAAT-ACAATGCAGAATG-A---TATATT-A-GCCAAATA-ACATA---A-A-ATA-T---------A-----TGTG--ATTC----C-TA-TT-A-C---C-A-A-CCAT-CCTTA------------T-----ATA--CC-----CCC-C----ACC-----CCCCA----TC----CT----AA---ACCTTTTGAAGTTTT-------------C----TCCCCAGAATT-TTACATTT--TT---G-TTT-G---C--ACTCA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-T-----T----A--TT--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------TGAATT---C--A--TTGT----TTCTC--AGCTATAG-C-TGG--TATCCCTC-AAATTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGTAGAGTTTC----CAGTTTCC-TTC-AAGTCAGATAT-CAG-AA-----A-----G--------------T---------TAGAATAGC-AC--TCA-GC-TT---GTGTATTTGTTCAAAATAG-TAG-A-T-TCAATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TAT--CA-C--------A------C--------TTAC------AT------A---------T-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAATTTTAACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTAA--GAAA---C--------AAAA---------A---TC----C---TTACCT-----------A--T---------------------ACC--------A--A-----------------C-CA-------CACA-ATTTTTTTTATTTGGCCTT
gi|10 : CCTCTGAC-AGCAAGATTCTT-CAAATTGGTTCTTTT-GCCT-TGAA-CA-ATGAATG---GATA--CA-TTATTGTATT--CACCAAATTTAAAA----ATATTATTGGTGAAT-CACATAT-GAGTT----GCATCGCCACC-T---------ATATTTC---ATAAT-----GGCCACAGTC-AT-GCTA---TTCA-GAAA--AAAGTATA-GC-A-TTTTCAAAG--TC-CATATT-----TTT-A-AATATAACG-AATATAAATA-A-ATGTTTTGGTCG---AATA-----------T-TATAAGTT-TAT----GAT--AAT-----CATT-CCAT---T-TCAC-CCA-----AAAAAAAT-TCTAAAAAATGGTTCTTCAA-ACAAGGAA-AG--ACAATTCTTA-CAATTATTTGT-AAC-CATT-------CTAAAAA----TTACTA-TT-TTCAA-GCCAATTTAG----A-----CATATTCC-CCATTTCCT----ATC---CAAC---GGT---TAAA--------TTTTAAAATTAACATTAGAAA-a
gi|11 : ggccatctaataaaaaaaaaccatgcaa-GCCAATTT-A-A-A---A-GTATAAT---------A-----TGTG--GTTC----CCGG-TT-A-C---C-AGA-CCGT-CCCTA------------GTTA--ATA--CCTTCTCCCC-CTGATACC-----CTATA----TC----CTC---AA---ACTTT-----------------------C----TGGA-GGAATTATTACATTT--TTTCGG-TTT-T---A--ATTTAATTTG---G-CTTAT-------------TATT---T-----T----G--ATGA------------A----------TGCA----------------T-------------------T------------------TGAATT---C--ACATTGT----TTCAC--AGCTA--G-A-TGG--AGTCCCCC-AAATTA-CATGATGC---TA-AGCTTGCAG--TTGT----CAGCTTCCCTTC-AAATCA-AC-T-CAG-AA-----A-----AATCTATGATA----T---------TGGAATAGG-ACAGCTA-GC-TC---TCGTATTGTTTCAAAGCAG-TAGCA-TCTATA---C-ATATACGAGTTTTCAGAA----ATGTGTA------TAT--CA-C--------G------C----------A-------AC------A---------T-----G---
gi|12 : aagTGCAG--TTTC-----AGCTTC--TTC-AAGTCAGACAT-CAG-AA-----A-----GTCAATTATTTTAGAT---------TAGAATAGC-AT--TCA-GC-TT---GCATGTTTGCTCAAAGCAG-TAG-A-T-AGTACTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGCA------TAT--TA-CACAACATGA------C--------TTAC------AC------A---------TATACAG---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACAAGATTTTAGATT-GCATTACTGTCAACTTTATTGATGACCAAAAAAAAAAAAT--AA----A------T---A------AATAA--AAAATTTT--------AAAA---------A---TC----C---CTACCT-----------ACTT---------------------ACCCTATTTTTG--ATAAGAGCATAACCGGAAC-CA-------TACATA-TTTTTTTATTTGGCCTa
gi|13 : AGCCCTCTGACTAGCAAGGATTCTTCAAATTGGTTATTTTTACCTGTG-AACACATGTATACTTGGTATGCGTTTGTTGTATTTCCACCAA--TCAAACTTT-ATATTG-TGAT---TGCATATG--GA-TT----GCAGCGTCACCAT---------ATATTCT---ATCAT-----GGCCACAGCC-ATGGCTA---TTCATGAAGGTAAATCATATGCTATTTTTCAAAG-CTCACATTTTTTCTGTTTTACAATAAACCATTATATAAAAA-A-AATTTTTACTC----AATAA------------GATA-GTT-TAT----GAT-GAAT-----TCT
gi|14 : taagtgacagtcccttaatagaaaaccatgcaaattaaAGACAT-CAG-AA-----A-----G--------------TCAATGTTTTTAGAATAGC-AT--TCA-GT-TT---GCATATTTGCTCAAAGCAG-TAG-A-T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAG----ACATGCA------TATGGCA-C--------AACATGAC--------TTACCGTAC-AC------A---------T-----A---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTCATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--CAAA---A--------AAAA---------A---a
gi|14 : CCAAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TATT--GTTC----C-GG-TT-A-C---ataataaaaataaataaataaaaaataaatctctacctacctaccctatctttgataagagtgtaaccggaacaatacatatttttttatttgg
gi|15 : agacatcagaaagtcaatgtttttagaatagcattcagtttgcatatttgctcaaagcagtagattgtatttcataaatgagttttcagagacatgcatatggcacaacatgacttaccgtacacatatatgtaaagaaaagttggaaaacaagattgcatcactgtcaacttcattgatgaattaccatctgacaaaaaaaaaataataaaaataaataaataaaaaataaatctctacctacctaccctatctttgataagagt----CAGCTTC--TTC-ATGTTAGACAT-CAG-AA-----A-----G--------------T---------CA--ATGAT-TT--TTAAGA-TTTTAGAATATTTGCTCAATGCAG-TAG---T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGCA------TAT--TA-C--------A------CAACATGACTTAC------AC------A---------T-----G---TGTGGCAAGTAAAGTTGTAA----AACA-------AGATG-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--CCAA---C--------AAAA---------AAATTCCCAGC---CTACCT-----------A--CCCAATTTTTGATAAGAGCGTAACC--------GGAA-----------------C-CA-------TACATA-TTTTTTTATTTGACC
gi|16 : TT-----TTTTA-AATACAACGGAATATAA-TA-A-ATGGTTT--GCT---AATAAAA--------T-GATA-GTT-TAT----GCT-AAAT-----TCTTACCAT---TATCACAACA-----ACAAAAAT---TAAAAAATG--TCTACAA-ACAAGGAA-AT--ACAACTCTTA-CAAT--TTTGTCAA--AATT-------CTAGAAA----TA--TA-TT-TTTAATGCCAATTTAG---AA------ATAATCA-CCATTCCTG----ATC---CAAC---GTT---TAAA--------ATTT
gi|17 : AACCCTCTGAC-AGCAAGGTTCTT-CAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGAA-CATATGTATA---GGTATGCG-TTATTGTATTTCCACCAA--TCAAAA-TTAATATTA-TGA----T-CGCATGTGGA-TC----GCAGCGCCCCC-T---------ATAT------ATCAT-----GGCCACAGCC-------A---TTCA-GAGAGT
gi|18 : aagtggcagtctagtagaaaaccatgcaa---TATGTAAAGAAAAGCTGGAA----AACA-------AGATT-GAATCACTGTCAACTTCATTAATGA------------AATTATA----C------C---A------TCTGA--CA
gi|18 : -GCCAAATA-A-A-G---A-A--TA-T---------T-----TATG--GTTC----C-TG-TT-A-C---cccccaaaattattttttttaaattccctacctaccctatttttagtaagagcgtaacaggaaccataaatattctttatttggcc
gi|19 : tatgtaaagaaaagctggaaaacaagattgaatcactgtcaacttcattaatgaaattataccatctgacacccccaaaattattttttttaaattccctacctaccctatttttagtaagagc---C-A-A-C--T-TCCTA------------CGCATAATAACCC-----CCC-C----GCC-----CCCCC----CC----CCCCCCAAC--ACTTTTT----TTTT-------------------TTC-TAATTT-TTTCAGTT--TT---GTTTT-GCCCC--ATGAA--TTG---GAC--A--------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------C------------------TGAc
gi|2 : a-TT-ATTTTCCTGAT---T-TAGGTA--GA-TCAAGAGCAGCGCCACC-TGATATCCAAACATTCCTTAATCATCGAGTGGCCACAGCCCAC-GC-AGACTTCA-GAA-GTAAATTATATAC-AATTTTCAAAATCTC-CATATT-----TTAAA-AATAAAACACAATATCTATATA-ACACTTT--TTGCTCATTAAAAGGTACGCAT-AAGA-GTCGTATCTGGGATCGACTCGTAATCTTACCATGTGT-TAAA-CTATTTGTAAATAAATATCTAAAGAGTTGT-CTAAAACACAAAGAAGAGCAACCACTCTTAACAATT-TTTGTGAATACATTGTCTAACCCAAAAAATTATAATTAATTATTTAATGCCTATTT-GCTTAAGCTCTCTTATTACACAATTCCAGTGGGATTTTTCAACTCGGCTATATAAACGAATCTAATTTACATTTA-TATCAAAAG-TGC-AAGAGTTACCACTCAT-TAGCAATAAG--TGCTTACTGATATATATAGGAAGTTTGTCGGAGCCCAAGCATA-ACATATGATTTTATCGAGCGTTGCACAAAATGCAACATTATTTTTTGCTTGCTACTGAAAGAATGAGCA--AGATCAGAGGAGCGTATTT-ACCC-TCATAT--ATTAAATA-GTCACATAGTTTTTCAATTGTAATTAACGCAAACATTT-TTCAA-ATTCCCCTGATGAAGTAG--TAAT-TTCGACTTTAAA-TAATAATAATGCAGAA-GCG---TATATT-A-TCCAAATA-C-A-A---GTA-ATA-TTTTATAATAGTTACCTGTGGCGTTT----C-GG-GA-G-CGCGC-A-ATTTGT-CCCTAG-----------C-----ATA---C-----CCC-T----ATCAATTACCTGA----GC----CT----AAAACATTTTTT----CTTT-------------CCGCGCTTT-GGAACTATAACATTTGGTT-----TTT-G---C--ACTCA--TTGGAAGAC--ACCACTTTTTTGAGGTGTTGTAT-----TTTTGG--TT--------------AAAAAACTTATT-------------------T-------------------T------------------TGAATCTCAC--A--TTGTGCTATCGTC--AGCTATAG-CTTGG--T---CCCC-AAAGTACCATGAttaaatatcattttgattcaacattgtctc
gi|20 : ATTATCCAAAGA--T-TTCAA-G--TCCCCG----AATAG--TGAT-TTCAACT---AA-TAAT-GCAATGCATAA-G-A---TATATTGG-GCCAAATA-T-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGAG--GTTC----C-AG-TC-ACC---C-A-A-CTGT-CCCT-------------------ATA--CC-----CCC-C----CCC-----CCC
gi|21 : CTTAT-AAT-AAATACGTCACATAGTT-----ATTGTA--TTATACAAAGA--T-TTCAA-G--CCC--G----AATAG--TAAT-TTCAACT---AA-TAAT-ACAATGCAGAA-T-G---T-TATTTAGGCCAAATA-ACA-A---A-A-ATA-T---------A------GTG--GTTC----C-
gi|22 : cCAGAA----ACATGCA------TAT--TA-T--------A------CAACATGACTTAC------AC------A---------T-----G---TATGTCAA---AAGTTTGAA----AACA--------TATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TTTGACCAAAA---CATTTTTTTAAAA---------A---TC----C---C
gi|23 : ---------TAGAATAGT-AC--TCA-GC-TT---GCATATTTGTTCAGAGCAG-TAG-A-T-TGTATGTC-ATAAATGAGTTTTAAGAA----ACATGTA------TAC--CA-C--------A------C----------A-------AC------T---------T-----GACTTACATAGAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGAT
gi|24 : TAC------AC------A---------T-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------ATATT-GCATCACTGTCAGCTTTAT---TG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--CCAA---CAAA-----AAAA---------A---TC----C---CTATCT-----------A--
gi|25 : AT--CA-T--------A---------------TTAC------AC------A--------------------AT---ACTAAAAAT----A----AA-A-------AGATT-GCATCACTGTAAACTTTATTAATG-------------AAT--TA----C------C---AAAAAAGTA-AA--AAAA---T--------AAAATAAAT----A---TC----C---CTACC---------------T---------------------ACT--------G--A-----------------C-C--------C---TATTTTTccctatttttgataaaaacatgacc
gi|26 : TT-TTTCAAAT--TT---G-TTTTG---C--ATTGT--TTG---GAC--AT-------------TATTGC-TGGCTAT----G--TTTTATTAAAGAAATCA----------T-------------------T-------------------T------------------TGAATTGA-T--A--TTAT----CTCTC--AGCTA--G-C-TGG--TATCCTCC-AAATTA-ga
gi|27 : ATTTGCTCAATGCAG-TAG-A-T-TATATTTC-ATAAATGAGTTTTCATAAACATACATGTA------TAT--TA-CACAACATGA------C--------TTAC------AC------A---------T-----G---TAT
gi|28 : cagaaagtcaatgattttagaaaAA----ACATGCA------TAT--TA-C--------A------CAACATGACTTAA------ACTTGTATA---------T-----G---TATGTCAAGAAAAGTGGGTA----AACA-------ATGTTCGCATCAC-GTCAAC-TTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--
gi|29 : --CC-----CCC-C----CCT-----CTCCG----CT----TT----AA----CATTTG----TTTT-----------------------GTAATT-TTTCA-TT--CT---G-T---G---T--ATTAA--ATG---GAC--AT-------------CATTAC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------G------------------TGA
gi|3 : cAAGTTACTT---GATATA-A---GAA-T---TCGTACGCGAAG-ATACACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAATTGAAATA--ATTTT---CTT-CCAC-AAAAGAATGAGCC--AGATCAGA-GTTCATA--T-ACCCATCTTATTAATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTAT-C-AATA--TATTCAA-G---TCCCG----AATAGTTTAATATTCAACT---AATTAAT-GCAATGTAGAA-A-GGCTTA-ATTGA-GCCAAAT--A-A-A---A-A-ATA-T---------T-----AATG--GTTC----C-TG-TT-A-C---CAA-A-CCATGCCTTA------------C-----GTA--CC-----CCC-C----AAC-----CACC-----CCGGATCT----AA---CC----T----TTTT-------------C----TTCC-AGAA-T-TTACATTT--TT---A-TTT-G---C--ACTA----TC---GAT--A--------------TGTTGC-T-----C----GCCTG--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------TG-ATT---C--A--TTATATGATTTTC--AGTAATAGAC-TGG--TATCCCC-------A-TAT------TGCAA------------TTC----CATCTTCC-TTCAAAGCGAGAT-T-CAG--A-----A-----G--------------TTC-------TAGAATAGCAAC--TCA-GCTTT---GTGTATTTGTTCAAA--AGATAG-AGT-TCAATTTCAAAAAATGATGTTCCAGAA----ACATGTT------TAT--CAGC--------A------CT-------TTAC------AC------A---------T-----G---TATGTAAAGAATTTTTGGA------------------ATT-TTAACACT------CTTATTGATG-------------AAT--AT----T------C---A------TCTAA--GAAA---C--------AAAA---------A---TC----CTTTCTACCTACCTAGTTTGGA--T---------------------AAT--------G--A-----------------TGCAACGAAACCACATTTTTTTTTTATTT-GCCTttgaagaaataattttgaattca
gi|30 : TTTC-A-AAATGAGTT--CAGAA----ACAGATA------TTA--CA-C--------AATATGAC--------TTAC------AT------A---------T-----G---TAT-TAAAGAAAAATGGGAA----AACA-------ACATT-GCATCAATGTCAACTTTATTGATG-------------AA
gi|31 : A----ACATGTA------TAT--CA-A--------A------C----------A-------GC------A---------T-----G----ATTTACAC----GT--GAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTCTATAGATA-------------ACT--CA----C------T---C------TCTGA--CCTA---C--------AAAA---------
gi|33 : -A-CCTT-CCCTAGAT---------T-----ATA--CC-----TCC-C----G-----------A----CC----CT----AA---ACTTTTT----TCTT--------------------------ATT-TTTCAAAT--TT---G-TTTTG---C--ATTAT--TCA---GAC--AT-------------TGTAGC-T-----T----G--TC--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------Tttagaaatgaa
gi|35 : CT---AA-TAAT-ACAATGCAGAA-G-G---TTTATTAG-GCCAAATT-A-A-A---A-A-A-A-T---------G-----TGTT--GTTT----C-AGTTT-C-C---C-A-A-ACTT-CCCTA------------C-----ATC--CC-----CCC-C----atta
gi|36 : -CAATTCCTG----ACC---AAAG---ACT---TAAA--------ATTTAAATT--ACATTATAAA-AGGTAAGATT--------ATATAT-AATAAGGTTACTT--TGATATA-C-AGGc
gi|37 : ----ACC-----CCCGA----CC----CT----AA---AC--TTT----TTTT-------------C----TT------ATT-TTTCAAAT--TT---GTTTT-G---CAAATTGT--TTA---GAC--AT-------------TCTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------
gi|38 : ttat-TTT-G---C--ATTT---TTA---GAC--AT-------------TATTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------T
gi|39 : AGAG-TTCATA--TTACCC-TCT-AT-AATTAAATAGGTCACATAGTT-----ATTGTAA-TAATACAAAGA--T-TTCAA-G--TCCCCG----AATAG--TAtttttaattaaataaatcattttaaatagacattgtctctcagcttg
gi|4 : AAGTTACTT---GATATA-A---GAA-T---TCGTACGCGAAG-ATACACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAATTGAAATA--ATTTT---CTT-CCAC-AAAAGAATGAGCC--AGATCAGA-GTTCATA--T-ACCCATCTTATTAATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTAT-C-AATA--TATTCAA-G---TCCCG----AATAGTTTAATATTCAACT---AATTAAT-GCAATGTAGAA-A-GGCTTA-ATTGA-GCCAAAT--A-A-A---A-A-ATA-T---------T-----AATG--GTTC----C-TG-TT-A-C---CAA-A-CCATGCCTTA------------C-----GTA--CC-----CCC-C----AAC-----CACC-----CCGGATCT----AA---CC----T----TTTT-------------C----TTCC-AGAA-T-TTACATTT--TT---A-TTT-G---C--ACTA----TC---GAT--A--------------TGTTGC-T-----C----GCCTG--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------TG-ATT---C--A--TTATATGATTTTC--AGTAATAGAC-TGG--TATCCCC-------A-TAT------TGCAA------------TTC----CATCTTCC-TTCAAAGCGAGAT-T-CAG--A-----A-----G--------------TTC-------TAGAATAGCAAC--TCA-GCTTT---GTGTATTTGTTCAAA--AGATAG-AGT-TCAATTTCAAAAAATGATGTTCCAGAA----ACATGTT------TAT--CAGC--------A------CT-------TTAC------AC------A---------T-----G---TATGTAAAGAATTTTTGGA------------------ATT-TTAACACT------CTTATTGATG-------------AAT--AT----T------C---A------TCTAA--GAAA---C--------AAAA---------A---TC----CTTTCTACCTACCTAGTTTGGA--T---------------------AAT--------G--A-----------------TGCAACGAAACCACATTTTTTTTTTATTT-GCCT
gi|40 : AC--AT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------TTTTTTTATTAAAGAAATCAT-------------------T------------------TGAATTGAAC--A--CTGTC---CTCTCAAAGTT-TAG-C-T-G--TATCCCCC-A
gi|41 : -------------------T-------------------T------------------TGAAAT---CGCA--TTGA----TTCTC--AGCTA--G-C-TGG--AATCCCCC-AATGTA-CATGATGTATGCAGAGCCTGCAG--
gi|42 : aCAAATAGA-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----T-GG-TT-G-C---
gi|43 : ctacctaccctagtttttggataagtgc-GCCAAATA-G-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTCTGCAT-GG-TT-A-C---ca
gi|44 : cctaccctatttttgataagagt-GCCAAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----C-GG-TT-A-C---C-a
gi|47 : tacctaccctatgtttgatcagag-GCCAAATA-A-A-AAAAA-A-ATA-T---------G-----TATG--GTTC----C-GG-TT-A-
gi|48 : -GCCAAATA-A-A-AA--A-A-ATA-T---------G-----CATG--GCTC----C-GG-TT-A-cta
gi|5 : gcaAACCCTCTGAC-AGCAATGTT---TCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGAA-CACATGTATA---GGTATGCG-TTATTGTATTTCCAC--AAT-CAAAA-TT--TATTTTTGAT-----CACATGT-GG-AT----GCAGCGCCCCC-T---------ATATTCT---ATCAT-----GGCCACAGTC-ATGGCTA---CTCA-GAGAGTAATATATA-GC-AATTTTC-AAG-CTC-CATATT-----TTTT--AATAAAACGCAATATAATTA-A-ATGTTTT--GCT---CATAAAA--------TAGATA-GTT-TAT----GAT-GAAT-----TCTTACCAT---T-TTA---CG-----AAAAA----TATCAAAAATG--TC-TAAA-ACAAGG-A-AG--ACAACTCTTA-CAAT--TTTGTCAA--CATT-------CTAATAA----TAGAT--TT-TTAAATGCCATTTTAG---AA------ATAGTCA-CAATTCCTG----ATC---CAAC---GCT---TAAA--------ATTTAAATTT--CATTAAAAAGTG--AAAGAT--------ATATA--TATAAGGTTACTT--TGATATA-A-AGGAATTCT-TCG---GCCAAGCATA-ACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAAATGCAACA--ATTT-----TG-CCAT-AAA--AATGAGCC--AGATCAGA-GTTCAct
gi|6 : aagtggcagtctaatagaaaaccatgcaaa-GCCTAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----C-GG-TT-A-CA--C-G-A-CCTT-CCCTAGATAATAATTAAC-----ACA--CA-----CACAC----ACC-----CCAAA----CC----TT----AA---ACCTTTT----TTTT-------------T----TTTC-GGAATT-TTTCAATT--TT---G-TTTTG---C--ATTAA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-TAAT--T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------TTAATTAAAGAAATCATTTTGAATT---C--ACATTGT----TTCTC--AGCTA--G-C-TGGAATATCCCCT-AATTTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGCAG--TTTT----CAGATTCC-CTC-AAGTTAAACAT-CAG-AA-----A-----G--------------TCTAGGATTTTAGAATAGC-AC--TCA-GC-TT---GCGTATTTGTTCAAAGCGG-TAG-A-T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TAT--CA-CACATG---A------C--------TTACACATGTAC------A---------T-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCACCACTATCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------CAAAA------TAAAA--AAAA---T--------AAAATAAAAATACG---TA----C---CTACCC-----------A--TCCTATTTTTGATAAGAGCATAACCA-------G--AA----------------C-CA-------CACA---TTTTTTTATTTGGCCT
gi|7 : taataagG--GTTC----T-GG-TT-A-C---CCG-A-CCGT-CCTAA------------G-----ATA--CT-----CCC-C------C-----CCTC-----CC----CT----GA----CTTTTT----TTTTGGGGGGGGGGAGG----------GGGATT-TTTCAATT--TT---G-TTTTG---C--ATTAA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------TTTGATTTTAAAAAATCATTT------------------TGAATT---C--ACATTGT----TTCTC--AGCTA--G-C-TGG--TATCCCCCCAAATTA-CATCATGCATGTAGAGCCTGCAG--TTTCAGGCCAGCTTCC-TTC-AAGTCAGATAT-CAGTAATATCTA-----GAATT----------T---------TAGAATAGA-AC--TCA-GC-TT---GCATATTTGTTCAAAGCAA-TTG-A-T-TGTATTTC-ATAAA---ATTTTCAGAA----ACATGTACATGTATAT--CA-A--------A---------------TTAC------AT------AGAATACTTAT-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TAATTACGGTAAAC---A------TCTGA--CCAA---C--------ACAA---------A---a
gi|7 : -GCCAAATA-A-A-AA--A-A-ATA-T---------G-----TGTG--ATTC----C-GG-TT-A-aacgaaataaaaaaaataatgaattaaaaatccctgcctacctaccctatttttaataagagcataaccggaatcacacatattttttttatttggcctt
gi|8 : ggttctggttacccgaccgtcctaagatactccccccctcccctgactttttttttggggggggggagggggatttttcaattttgttttgcattaattggacattgttgcttgttattttgattttaaaaaatcattttgaattcacattgtttctcagctagctggtatccccccaaattacatcatgcatgtagagcctgcagtttcaggccagcttccttcaagtcagatatcagtaatatctagaattttagaatagaactcagcttgcatatttgttcaaagcaattgattgtatttcataaaattttcagaaacatgtacatgtatatcaaattacatagaatacttatgtatgtaaagaaaagttggaaaacaagattgcatcactgtcaactttattgatgaattaattacggtaaacatctgaccaacacaaaaacgaaataaaaaaaataatgaattaaaaatccctgcctacctaccctatttttaataagagca-GCCAACTA-A-A-A---C-A-ATA-T---------G-----TGTG--ATTC----C-GG-TTAA-C---C-T-A-CCGA-CCTTA------------G-----ATAATAC-----CCC-C----GTC-----CTTTATTTTCC----GT----A------TTTTT----TTTT-------------T----TTT------TT-TTG-------TT---G--TT-G---C--ATTCA--TTA---GAT--TT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A--------------------------------------------------T------------------CAGATTG--C--A----GT----TT-TC--AGCTctt
gi|8 : gCAGA--TTGCAG--TTTT----CAGCTTCC-TTC-AAGTAAAACATACGG-AA-----ATCTAGGATT-----------T---------TGGAATAGC-AC--TCA-TC-TT---GTATATTTGTTCAAAACAG-TAT-T-T-TGTGTTTC-ATGAATGAGTTTTCAAAA----ACATGTA------TAT--CA-CAGAACATGA------T--------TTTC------AC------A---------T-----G---TAAGTAAAGAAATGTTGGAATTT-AACA-------AAATT-GCATCGCTGCCAACTTTATTAATG-------------AAT--CA----A------A---A------TCTGA--T------C--------AAAA---------A---tccttcaagtaaaacatacggaaatctaggattttggaatagcactcatcttgtatatttgttcaaaacagtattttgtgtttcatgaatgagttttcaaaaacatgtatatcacagaacatgattttcacatgtaagtaaagaaatgttggaatttaacaaaattgcatcgctgccaactttattaatgaatcaaaatctgatcaaaaaagtagataaataaaaagataaaataaattccccgcctactctatttttgaatagtccgtaaccggcaccacacattattttcgt
gi|8 : ggccaactaaaacaatatgtgtgattccggttaacctaccgaccttagataatacccccgtcctttattttccgtatttttttttttttttttgttgttgcattcattagattttgttgcttgttat-A---A-A-ATAAT---------G-----TGTG--GTGC----C-GG-TT-A-C---agtagataaataaaaagataaaataaattccccgcctactctatttttgaatagtccgtaaccggcaccacacattattttcgt
gi|9 : ggccaactaaaacaatatgtgtgattccggttaacctaccgaccttagataatacccccgtcctttattttccgtatttttttttttttttttgttgttgcattcattagattttgttgcttgttatcagattgcagttttcagcttccttcaagtaaaacatacggaaatctaggattttggaatagcactcatcttgtatatttgttcaaaacagtattttgtgtttcatgaatgagttttcaaaaacatgtatatcacagaacatgattttcacatgtaagtaaagaaatgttggaatttaacaaaattgcatcgctgccaactttattaatgaatcaaaatctgatcaaaaaagtagataaataaaaagataaaataaattccccgcctactctatttttgaatagtccCCTCTGAC-AGCAAGATTCTT-CAAATTGGTTCTTTT-GCCT-TGAA-CA-ATGAATG---GATA--CA-TTATTGTATT--CACCAAATTTAAAA----ATATTATTGGTGAAT-CACATAT-GAGTT----GCATCGCCACC-T---------ATATTTC---ATAAT-----GGCCACAGTC-AT-GCTA---TTCA-GAAA--AAAGTATA-GC-A-TTTTCAAAG--TC-CATATT-----TTT-A-AATATAACG-AATATAAATA-A-ATGTTTTGGTCG---AATA-----------T-TATAAGTT-TAT----GAT--AAT-----CATT-CCAT---T-TCAC-CCA-----AAAAAAAT-TCTAAAAAATGGTTCTTCAA-ACAAGGAA-AG--ACAATTCTTA-CAATTATTTGT-AAC-CATT-------CTAAAAA----TTACTA-TT-TTCAA-GCCAATTTAG----A-----CATATTCC-CCATTTCCT----ATC---CAAC---GGT---TAAA--------TTTTAAAATTAACATTAGAAA-cgt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): AATTTTGAAAATACTTTGTCCACAAAAAAATCTCAACCTACCTACCCTTTTTCTGAAAAGAATGTAATAGGAACCATAAATTACGTTTACTTGGCCTTA
Unaligned ( gi|34 ): AAAAAAAATATTAAAAAAAAAAATTCTCGCCTACCGACCTCATTTTTTTCCAGAGTGACAGAAAACCACATATTCTTTTTTTTGGC
Unaligned ( gi|45 ): ATAAAGTGATAGTCTAATAGAAAACCATGCAAATTAAACCC
Unaligned ( gi|46 ): AAGTGGCAGTCTAGTAGAAAACCATGCANGGACATCTGA
Unaligned ( gi|49 ): CTTAAATGGCAGTCTAATAGAAAACCATGCAAAACC
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 111 33 1111 2222 11 1111111 222222222 1111 11111 1111 111 1 1 11 11111 111 1 3333333333333333333333333 1 1111 11 11111 111 222222222 1 11 111 1 22 2222222 11111111111 44444444444 1111 111 111 111 22222222 11 22 333333333333333 111 1111 22222 222 1 1 11 11 222222222 11 1 11 1 1 11111 1 1 111 1111 11 1 111 1 2222222 1 111111111111111 1 444444444444444444 11111111 222222222 1111 11111 1111 5555555555555555555555555555 1 1111 11111111111111 11111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222222222 11 888888888888888888888888888888888888 666666666666666666666666 111111 1111111111111 111111111111 222222222 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111
lowQualScore : 6 1 5 7 6 9 111 7 6 7 00 4444 77 5555 5 00 7777777 1 5 222222222 0000 44444 1111 1 000 5 4 4 1 3 6 1 33 6 44444 222 1 0 1 1 5 5 6666666666666666666666666 1 5 2222 22 44444 7 111 6 5 000000000 3 88 888 6 6 99 6 999 0 44 1111111 77777777777 6 0 7 3 55555555555 1 5 1 2 2222 000 000 000 00000000 88 1 6 33 0 999999999999999 3 666 5555 88888 111 3 0 5 8 11 8 1 11 444444444 8 55 11 5 0 11 8 5 3 3 7 2 66666 5 0 5 0 77 1 5 666 2222 55 3 000 1 5 4444444 66 0 2 2 4 2 777 2 2 4 000000000000000 22 4444 2 2 2 2 666 0 3 3 2 6 111111111111111111 88 3 22222222 000000000 4444 7777 66666 2222 9999999999999999999999999999 6 77 5 44 77777 33 1 555 33 2222 555 33 66666666666666 2 11111 5555 77 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88888888888888888 55 88 8 4 55 55 33 4 5 4 666 0 66 9999 55 8 1 5 4 44 999999999999999999999999999999999999 7 55 3 7 666 1 6 777 3 6 5555 777777 33 4 444444444444444444444444 111111 666666 888888888 55555 333 9999 7777777 2 6666666666666 33 88888888888 444 777777 6666 777777777777 000000000 555 9999 555 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 6
lowQualScore : . . . . . . ... . . . .. .... .. .... . .. ....... . . ......... .... ..... .... . ... . . . . . . . .. . ..... ... . . . . . . ......................... . . .... .. ..... . ... . . ......... . .. ... . . .. . ... . .. ....... ........... . . . . ........... . . . . .... ... ... ... ........ .. . . .. . ............... . ... .... ..... ... . . . . .. . . .. ......... . .. .. . . .. . . . . . . ..... . . . . .. . . ... .... .. . ... . . ....... .. . . . . . ... . . . ............... .. .... . . . . ... . . . . . .................. .. . ........ ......... .... .... ..... .... ............................ . .. . .. ..... .. . ... .. .... ... .. .............. . ..... .... .. .................................................................................... ................. .. .. . . .. .. .. . . . ... . .. .... .. . . . . .. .................................... . .. . . ... . . ... . . .... ...... .. . ........................ ...... ...... ......... ..... ... .... ....... . ............. .. ........... ... ...... .... ............ ......... ... .... ... ............................................................................... ... .
lowQualScore : 7 0 5 3 7 3 777 3 7 3 77 3333 44 0000 7 77 4444444 3 7 999999999 4444 33333 7777 4 000 7 0 3 0 3 7 7 33 7 33333 444 9 1 4 7 7 7 9999999999999999999999999 4 7 1111 33 33333 3 777 7 2 333333333 3 00 000 7 7 22 7 888 8 33 7777777 33333333333 7 3 3 5 77777777777 0 7 3 7 1111 000 000 000 77777777 55 0 7 88 2 555555555555555 2 555 7777 88888 000 2 0 0 0 00 0 4 00 888888888 0 88 00 0 8 00 0 4 5 3 3 5 77777 1 6 0 7 99 4 7 777 1111 77 3 000 4 7 1111111 77 1 5 2 4 1 999 1 1 2 222222222222222 88 2222 0 1 1 1 555 0 3 3 3 7 444444444444444444 55 1 11111111 444444444 2222 1111 44444 9999 8888888888888888888888888888 2 11 1 22 44444 99 4 000 99 0000 000 77 55555555555555 7 33333 7777 33 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444444444444444 00 55 0 0 55 66 88 4 6 9 000 2 11 4444 66 9 9 7 0 88 222222222222222222222222222222222222 3 00 6 3 444 0 7 222 3 2 3333 222222 22 7 000000000000000000000000 999999 444444 999999999 66666 777 1111 6666666 5 2222222222222 77 88888888888 777 777777 0000 555555555555 000000000 888 4444 666 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333 7
consensus : AACCCTCTGAC-AGCAAGGTTCTTTCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGAACACATGTATA---GGTATGCG-TTATTGTATTTCCACCAA--TCAAAA-TT-ATATTATTGAT---T-CACATGT-GA-TC----GCAGCGCCACC-T---------ATATTCC---ATCAT-----GGCCACAGCC-AT-GCTA---TTCA-GAGAGTAAANTATA-GC-AATTTTCAAAG-CTC-CATATT-----TTTTA-AATAAAACGCAATATAAATA-A-ATGTTTT--TCG---AATAAAA--------T-GATA-GTT-TAT----GAT-GAAT-----TCTTACCAT---T-TCAC-CCA-----AAAAAAAT-TCTAAAAAATGGTTCTTNAA-ACAAGGAA-AG--ACAACTCTTA-CAATT-TTTGTCAAC-CATT-------CTAAAAA----TAANTA-TT-TTTAATGCCAATTTAG---AA-----CATANTCC-CAATTCCCG----ATC---CAAC---GCT---TAAA--------ATTTAAATTTAACATTANAAA-TG--AAGAGT--------ATATA--AATAAGGTTACTT--TGATATA-A-AGGAA-TCT-TCGTACGCGAAGCATACACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAAATGCAACA--ATTTT---CTT-CCAC-AAAAGAATGAGC--CAGATCAGAGGTTCATA--T-ACCCATCTTA-TAATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTATACAAAGA--T-TTCAA-G--CCCCCG----AATAG--TAAT-TTCAACT---AA-TAAT-GCAATGCAGAA-G-G---TATATTGA-GCCAAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----C-GG-TT-A-C---C-A-A-CCGT-CCCTA------------C-----ATA--CCCCC-CGCC-----CCCC---A----CC----CT----AA-ACTTTTT----TTTT-------------CT-TCC-------GGAATT-TTT-CANTT--TT---G-T--TT-G---C--ATTNA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------TGAATT---C--A--TTGT----TTCTC--AGCTATAG-C-TGG--TATCCCCC-AAATTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGC--AGTTTC----CAGCTTCC-TTC-AAGTCAGACAT-CAG-AA-----A-----G--------------T---------TAGAATAGC-AC--TCA-GC-TT---GCGTATTTGTTCAAAGCAG-TAG-A-T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TAT--CA-C--------A------C--------TTAC------AC------A---------T-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--NAAA---C--------AAAA---------A---TC----C---CTACCT-----------A--T---------------------ACC--------G--A-----------------C-CA-------CACATATTTTTTTTATTTGGCCTT
Reference ( family-3143 ) : AACCCTCTGAC-AGCAAGGTTCTTTCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGAACACATGTATA---GGTATGCG-TTATTGTATTTCCACCAAATTCAAAA-TT-ATATTATTGAT---T-CACATGT-GA-TC----GCAGCGCCACC-T---------ATATTCC---ATCAT-----GGCCACAGCC-AT-GCTA---TTCA-GAGAGTAAANTATA-GC-AATTTTCAAAG-CTC-CATATT-----TTTTA-AATAAAACGCAATATAAATA-A-ATGTTTT--TCG---AATAAAA--------T-GATA-GTT-TAT----GAT-GAAT-----TCTTACCAT---T-TCAC-CCA-----AAAAAAAT-TCTAAAAAATGGTTCTTNAA-ACAAGGAA-AG--ACAACTCTTA-CAATT-TTTGTCAAC-CATT-------CTAAAAA----TAANTA-TT-TTTAATGCCAATTTAG---AA-----CATANTCC-CAATTCCCG----ATC---CAAC---GCT---TAAA--------ATTTAAATTTAACATTANAAA-TG--AAGAGT--------ATATA--AATAAGGTTACTT--TGATATA-A-AGGAA-TCT-TCGTACGCGAAGCATACACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAAATGCAACA--ATTTT---CTT-CCAC-AAAAGAATGAGC--CAGATCAGAGGTTCATA--T-ACCCATCTTA-TAATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTATACAAAGA--T-TTCAA-G--CCCCCG----AATAG--TAAT-TTCAACT---AA-TAAT-GCAATGCAGAA-G-G---TATATTGA-GCCAAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----C-GG-TT-A-C---C-A-A-CCGT-CCCTA------------C-----ATA--CCCCC-CGCC-----CCCC---A----CC----CT----AA-ACTTTTT----TTTT-------------CT-TCC-------GGAATT-TTN-CANTT--TT---G-T--TT-G---C--ATTNA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------TGAATT---C--A--TTGT----TTCTC--AGCTATAG-C-TGG--TATCCCCC-AAATTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGC--AGTTTC----CAGCTTCC-TTC-AAGTCAGACAT-CAG-AA-----A-----G--------------T---------TAGAATAGC-AC--TCA-GC-TT---GCGTATTTGTTCAAAGCAG-TAG-A-T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TAT--CA-C--------A------C--------TTAC------AC------A---------T-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--NAAA---C--------AAAA---------A---TC----C---CTACCT-----------A--T---------------------ACC--------G--A-----------------C-CA-------CACATATTTTTTTTATTTGGCCTT
gi|1 : AACCCTC-GGC-AGCAGGGTTCTTTCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGA-CACATGTATA---GGTATGCG-TTTTGGTATTTC-ACCAA--TCAAAA-TT-ATATTATTGAT---T-CACATGT-GA-TC----GCAGCGCCCCC-T---------ATATTCT---ATCAT-----GGCCACAGCC-AT-GCTA---TTCA-GAGAGTAAATTATA-GC-AATTTTCAAAG-CTC-CATATT-----TTTTA-AATAAAACGCAATAT-AATA-AGATGTTTC--TCA---CATAAAA--------T-GATA-GTT-TA-----GAT-GAAT-----TCTTACCAT---T-T----TCA-----AAAAAA---TATCAAAAATG--TC-TAAA-ACAAGGAA-AG--ACAACTCTTA-CAA-T-TTTGTCAA---ATT-------CTAAATA----TAGAT--TT-TTTAATGCC-ATTTAG---A-------ATAATCC-AAATTCCTG----ATC---CAAC---GCT---TAAA--------ATTTAAATTT--CATTATAAA-TG--AAGAGT--------AT-TA--AAT--GGTTACTT--TGATATA-A-AGGAA-TCT-TCG---GCAAAGCATCAACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAAATGCAACA--ATT----------CAC-ATAA-AATGAGCCTCAGAT-AGAGGTTCA-A--T-ACC--TC-TA-T-ATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGT-AATTATACAAAGA--T-TTCAATG--CTCCCG----AATAG--TAAT-TTCAACT---AA-TAAT-ACAATGCAGAATG-A---TATATT-A-GCCAAATA-ACATA---A-A-ATA-T---------A-----TGTG--ATTC----C-TA-TT-A-C---C-A-A-CCAT-CCTTA------------T-----ATA--CCCCC-CACC-----CCCC---A----TC----CT----AA-ACCTTTTGAAGTTTT-------------CTCCCC-------AGAATT-TTA-CATTT--TT---G-T--TT-G---C--ACTCA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-T-----T----A--TT--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------TGAATT---C--A--TTGT----TTCTC--AGCTATAG-C-TGG--TATCCCTC-AAATTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGTAGAGTTTC----CAGTTTCC-TTC-AAGTCAGATAT-CAG-AA-----A-----G--------------T---------TAGAATAGC-AC--TCA-GC-TT---GTGTATTTGTTCAAAATAG-TAG-A-T-TCAATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TAT--CA-C--------A------C--------TTAC------AT------A---------T-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAATTTTAACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTAA--GAAA---C--------AAAA---------A---TC----C---TTACCT-----------A--T---------------------ACC--------A--A-----------------C-CA-------CACA-ATTTTTTTTATTTGGCCTT
gi|10 : CCTCTGAC-AGCAAGATTCTT-CAAATTGGTTCTTTT-GCCT-TGAACA-ATGAATG---GATA--CA-TTATTGTATT--CACCAAATTTAAAA----ATATTATTGGTGAAT-CACATAT-GAGTT----GCATCGCCACC-T---------ATATTTC---ATAAT-----GGCCACAGTC-AT-GCTA---TTCA-GAAA--AAAGTATA-GC-A-TTTTCAAAG--TC-CATATT-----TTT-A-AATATAACG-AATATAAATA-A-ATGTTTTGGTCG---AATA-----------T-TATAAGTT-TAT----GAT--AAT-----CATT-CCAT---T-TCAC-CCA-----AAAAAAAT-TCTAAAAAATGGTTCTTCAA-ACAAGGAA-AG--ACAATTCTTA-CAATTATTTGT-AAC-CATT-------CTAAAAA----TTACTA-TT-TTCAA-GCCAATTTAG----A-----CATATTCC-CCATTTCCT----ATC---CAAC---GGT---TAAA--------TTTTAAAATTAACATTAGAAA-a
gi|11 : ggccatctaataaaaaaaaaccatgcaa-GCCAATTT-A-A-A---A-GTATAAT---------A-----TGTG--GTTC----CCGG-TT-A-C---C-AGA-CCGT-CCCTA------------GTTA--ATA--CCTTC-T-CC-----CCCTGATA----CC----CT----AT-A-TCCTCAAA-CTTT-------------CT-GGA-------GGAATTATTA-CATTT--TTTCGG-T--TT-T---A--ATTTAATTTG---G-CTTAT-------------TATT---T-----T----G--ATGA------------A----------TGCA----------------T-------------------T------------------TGAATT---C--ACATTGT----TTCAC--AGCTA--G-A-TGG--AGTCCCCC-AAATTA-CATGATGC---TA-AGCTTGC--AGTTGT----CAGCTTCCCTTC-AAATCA-AC-T-CAG-AA-----A-----AATCTATGATA----T---------TGGAATAGG-ACAGCTA-GC-TC---TCGTATTGTTTCAAAGCAG-TAGCA-TCTATA---C-ATATACGAGTTTTCAGAA----ATGTGTA------TAT--CA-C--------G------C----------A-------AC------A---------T-----G---
gi|12 : aagTGC--AGTTTC-----AGCTTC--TTC-AAGTCAGACAT-CAG-AA-----A-----GTCAATTATTTTAGAT---------TAGAATAGC-AT--TCA-GC-TT---GCATGTTTGCTCAAAGCAG-TAG-A-T-AGTACTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGCA------TAT--TA-CACAACATGA------C--------TTAC------AC------A---------TATACAG---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACAAGATTTTAGATT-GCATTACTGTCAACTTTATTGATGACCAAAAAAAAAAAAT--AA----A------T---A------AATAA--AAAATTTT--------AAAA---------A---TC----C---CTACCT-----------ACTT---------------------ACCCTATTTTTG--ATAAGAGCATAACCGGAAC-CA-------TACATA-TTTTTTTATTTGGCCTa
gi|13 : AGCCCTCTGACTAGCAAGGATTCTTCAAATTGGTTATTTTTACCTGTGAACACATGTATACTTGGTATGCGTTTGTTGTATTTCCACCAA--TCAAACTTT-ATATTG-TGAT---TGCATATG--GA-TT----GCAGCGTCACCAT---------ATATTCT---ATCAT-----GGCCACAGCC-ATGGCTA---TTCATGAAGGTAAATCATATGCTATTTTTCAAAG-CTCACATTTTTTCTGTTTTACAATAAACCATTATATAAAAA-A-AATTTTTACTC----AATAA------------GATA-GTT-TAT----GAT-GAAT-----TCT
gi|14 : taagtgacagtcccttaatagaaaaccatgcaaattaaAGACAT-CAG-AA-----A-----G--------------TCAATGTTTTTAGAATAGC-AT--TCA-GT-TT---GCATATTTGCTCAAAGCAG-TAG-A-T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAG----ACATGCA------TATGGCA-C--------AACATGAC--------TTACCGTAC-AC------A---------T-----A---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTCATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--CAAA---A--------AAAA---------A---a
gi|14 : CCAAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TATT--GTTC----C-GG-TT-A-C---ataataaaaataaataaataaaaaataaatctctacctacctaccctatctttgataagagtgtaaccggaacaatacatatttttttatttgg
gi|15 : agacatcagaaagtcaatgtttttagaatagcattcagtttgcatatttgctcaaagcagtagattgtatttcataaatgagttttcagagacatgcatatggcacaacatgacttaccgtacacatatatgtaaagaaaagttggaaaacaagattgcatcactgtcaacttcattgatgaattaccatctgacaaaaaaaaaataataaaaataaataaataaaaaataaatctctacctacctaccctatctttgataagagt----CAGCTTC--TTC-ATGTTAGACAT-CAG-AA-----A-----G--------------T---------CA--ATGAT-TT--TTAAGA-TTTTAGAATATTTGCTCAATGCAG-TAG---T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGCA------TAT--TA-C--------A------CAACATGACTTAC------AC------A---------T-----G---TGTGGCAAGTAAAGTTGTAA----AACA-------AGATG-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--CCAA---C--------AAAA---------AAATTCCCAGC---CTACCT-----------A--CCCAATTTTTGATAAGAGCGTAACC--------GGAA-----------------C-CA-------TACATA-TTTTTTTATTTGACC
gi|16 : TT-----TTTTA-AATACAACGGAATATAA-TA-A-ATGGTTT--GCT---AATAAAA--------T-GATA-GTT-TAT----GCT-AAAT-----TCTTACCAT---TATCACAACA-----ACAAAAAT---TAAAAAATG--TCTACAA-ACAAGGAA-AT--ACAACTCTTA-CAA-T-TTTGTCAA--AATT-------CTAGAAA----TA--TA-TT-TTTAATGCCAATTTAG---AA------ATAATCA-CCATTCCTG----ATC---CAAC---GTT---TAAA--------ATTT
gi|17 : AACCCTCTGAC-AGCAAGGTTCTT-CAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGAACATATGTATA---GGTATGCG-TTATTGTATTTCCACCAA--TCAAAA-TTAATATTA-TGA----T-CGCATGTGGA-TC----GCAGCGCCCCC-T---------ATAT------ATCAT-----GGCCACAGCC-------A---TTCA-GAGAGT
gi|18 : aagtggcagtctagtagaaaaccatgcaa---TATGTAAAGAAAAGCTGGAA----AACA-------AGATT-GAATCACTGTCAACTTCATTAATGA------------AATTATA----C------C---A------TCTGA--CA
gi|18 : -GCCAAATA-A-A-G---A-A--TA-T---------T-----TATG--GTTC----C-TG-TT-A-C---cccccaaaattattttttttaaattccctacctaccctatttttagtaagagcgtaacaggaaccataaatattctttatttggcc
gi|19 : tatgtaaagaaaagctggaaaacaagattgaatcactgtcaacttcattaatgaaattataccatctgacacccccaaaattattttttttaaattccctacctaccctatttttagtaagagc---C-A-A-C--T-TCCTA------------CGCATAATAACCCCCC-CGCC-----CCCC---C----CC----CCCCCCAACACTTTTT----TTTT--------------T-TCT---------AATT-TTTTCAGTT--TT---GTT--TT-GCCCC--ATGAA--TTG---GAC--A--------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------C------------------TGAc
gi|2 : a-TT-ATTTTCCTGAT---T-TAGGTA--GA-TCAAGAGCAGCGCCACC-TGATATCCAAACATTCCTTAATCATCGAGTGGCCACAGCCCAC-GC-AGACTTCA-GA-AGTAAATTATATAC-AATTTTCAAAATCTC-CATATT-----TTAAA-AATAAAACACAATATCTATATA-ACACTTT--TTGCTCATTAAAAGGTACGCAT-AAGA-GTCGTATCTGGGATCGACTCGTAATCTTACCATGTGT-TAAA-CTATTTGTAAATAAATATCTAAAGAGTTGT-CTAAAACACAAAGAAGAGCAACCACTCTTAACAATT-TTTGTGAATACATTGTCTAACCCAAAAAATTATAATTAATTATTTAATGCCTATTT-GCTTAAGCTCTCTTATTACACAATTCCAGTGGGATTTTTCAACTCGGCTATATAAACGAATCTAATTTACATTTA-TATCAAAAG-TGC-AAGAGTTACCACTCAT-TAGCAATAAG--TGCTTACTGATATATATAGGAAGTTTGTCGGAGCCCAAGCATA-ACATATGATTTTATCGAGCGTTGCACAAAATGCAACATTATTTTTTGCTTGCTACTGAAAGAATGAGC--AAGATCAGAGGAGCGTATTT-ACCC-TCATA-T-ATTAAATA-GTCACATAGTTTTTCAATTGTAATTAACGCAAACATTT-TTCAA-ATTCCCCTGATGAAGTAG--TAAT-TTCGACTTTAAA-TAATAATAATGCAGAA-GCG---TATATT-A-TCCAAATA-C-A-A---GTA-ATA-TTTTATAATAGTTACCTGTGGCGTTT----C-GG-GA-G-CGCGC-A-ATTTGT-CCCTAG-----------C-----ATA---CCCC-TATCAATTACCTG---A----GC----CT----AA-AACATTT----TTTC-------------TT-TCCGCGCTTTGGAACTATAA-CATTTGGTT-----T--TT-G---C--ACTCA--TTGGAAGAC--ACCACTTTTTTGAGGTGTTGTAT-----TTTTGG--TT--------------AAAAAACTTATT-------------------T-------------------T------------------TGAATCTCAC--A--TTGTGCTATCGTC--AGCTATAG-CTTGG--T---CCCC-AAAGTACCATGAttaaatatcattttgattcaacattgtctc
gi|20 : ATTATCCAAAGA--T-TTCAA-G--TCCCCG----AATAG--TGAT-TTCAACT---AA-TAAT-GCAATGCATAA-G-A---TATATTGG-GCCAAATA-T-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGAG--GTTC----C-AG-TC-ACC---C-A-A-CTGT-CCCT-------------------ATA--CCCCC-CCCC-----CCC
gi|21 : CTTA-TAAT-AAATACGTCACATAGTT-----ATTGTA--TTATACAAAGA--T-TTCAA-G--CCC--G----AATAG--TAAT-TTCAACT---AA-TAAT-ACAATGCAGAA-T-G---T-TATTTAGGCCAAATA-ACA-A---A-A-ATA-T---------A------GTG--GTTC----C-
gi|22 : cCAGAA----ACATGCA------TAT--TA-T--------A------CAACATGACTTAC------AC------A---------T-----G---TATGTCAA---AAGTTTGAA----AACA--------TATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TTTGACCAAAA---CATTTTTTTAAAA---------A---TC----C---C
gi|23 : ---------TAGAATAGT-AC--TCA-GC-TT---GCATATTTGTTCAGAGCAG-TAG-A-T-TGTATGTC-ATAAATGAGTTTTAAGAA----ACATGTA------TAC--CA-C--------A------C----------A-------AC------T---------T-----GACTTACATAGAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGAT
gi|24 : TAC------AC------A---------T-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------ATATT-GCATCACTGTCAGCTTTAT---TG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--CCAA---CAAA-----AAAA---------A---TC----C---CTATCT-----------A--
gi|25 : AT--CA-T--------A---------------TTAC------AC------A--------------------AT---ACTAAAAAT----A----AA-A-------AGATT-GCATCACTGTAAACTTTATTAATG-------------AAT--TA----C------C---AAAAAAGTA-AA--AAAA---T--------AAAATAAAT----A---TC----C---CTACC---------------T---------------------ACT--------G--A-----------------C-C--------C---TATTTTTccctatttttgataaaaacatgacc
gi|26 : TT-TTT-CAAAT--TT---G-T--TTTG---C--ATTGT--TTG---GAC--AT-------------TATTGC-TGGCTAT----G--TTTTATTAAAGAAATCA----------T-------------------T-------------------T------------------TGAATTGA-T--A--TTAT----CTCTC--AGCTA--G-C-TGG--TATCCTCC-AAATTA-ga
gi|27 : ATTTGCTCAATGCAG-TAG-A-T-TATATTTC-ATAAATGAGTTTTCATAAACATACATGTA------TAT--TA-CACAACATGA------C--------TTAC------AC------A---------T-----G---TAT
gi|28 : cagaaagtcaatgattttagaaaAA----ACATGCA------TAT--TA-C--------A------CAACATGACTTAA------ACTTGTATA---------T-----G---TATGTCAAGAAAAGTGGGTA----AACA-------ATGTTCGCATCAC-GTCAAC-TTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--
gi|29 : --CCCCC-CCCT-----CTCC---G----CT----TT----AA--CATTTG----TTTT--------------------------GTAATT-TTT-CA-TT--CT---G-T-----G---T--ATTAA--ATG---GAC--AT-------------CATTAC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------G------------------TGA
gi|3 : cAAGTTACTT---GATATA-A---GAA-T---TCGTACGCGAAG-ATACACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAATTGAAATA--ATTTT---CTT-CCAC-AAAAGAATGAGC--CAGATCAGA-GTTCATA--T-ACCCATCTTATTAATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTAT-C-AATA--TATTCAA-G---TCCCG----AATAGTTTAATATTCAACT---AATTAAT-GCAATGTAGAA-A-GGCTTA-ATTGA-GCCAAAT--A-A-A---A-A-ATA-T---------T-----AATG--GTTC----C-TG-TT-A-C---CAA-A-CCATGCCTTA------------C-----GTA--CCCCC-CAAC-----CACC--------CCGGATCT----AA-CC----T----TTTT-------------CT-TCC-------AGAA-T-TTA-CATTT--TT---A-T--TT-G---C--ACTA----TC---GAT--A--------------TGTTGC-T-----C----GCCTG--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------TG-ATT---C--A--TTATATGATTTTC--AGTAATAGAC-TGG--TATCCCC-------A-TAT------TGCAA------------TTC----CATCTTCC-TTCAAAGCGAGAT-T-CAG--A-----A-----G--------------TTC-------TAGAATAGCAAC--TCA-GCTTT---GTGTATTTGTTCAAA--AGATAG-AGT-TCAATTTCAAAAAATGATGTTCCAGAA----ACATGTT------TAT--CAGC--------A------CT-------TTAC------AC------A---------T-----G---TATGTAAAGAATTTTTGGA------------------ATT-TTAACACT------CTTATTGATG-------------AAT--AT----T------C---A------TCTAA--GAAA---C--------AAAA---------A---TC----CTTTCTACCTACCTAGTTTGGA--T---------------------AAT--------G--A-----------------TGCAACGAAACCACATTTTTTTTTTATTT-GCCTttgaagaaataattttgaattca
gi|30 : TTTC-A-AAATGAGTT--CAGAA----ACAGATA------TTA--CA-C--------AATATGAC--------TTAC------AT------A---------T-----G---TAT-TAAAGAAAAATGGGAA----AACA-------ACATT-GCATCAATGTCAACTTTATTGATG-------------AA
gi|31 : A----ACATGTA------TAT--CA-A--------A------C----------A-------GC------A---------T-----G----ATTTACAC----GT--GAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTCTATAGATA-------------ACT--CA----C------T---C------TCTGA--CCTA---C--------AAAA---------
gi|33 : -A-CCTT-CCCTAGAT---------T-----ATA--CCTCC-CG--------------A----CC----CT----AA-ACTTTTT----TCTT-----------------------------ATT-TTT-CAAAT--TT---G-T--TTTG---C--ATTAT--TCA---GAC--AT-------------TGTAGC-T-----T----G--TC--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------Tttagaaatgaa
gi|35 : CT---AA-TAAT-ACAATGCAGAA-G-G---TTTATTAG-GCCAAATT-A-A-A---A-A-A-A-T---------G-----TGTT--GTTT----C-AGTTT-C-C---C-A-A-ACTT-CCCTA------------C-----ATC--CCCCC-Catta
gi|36 : -CAATTCCTG----ACC---AAAG---ACT---TAAA--------ATTTAAATT--ACATTATAAA-AGGTAAGATT--------ATATAT-AATAAGGTTACTT--TGATATA-C-AGGc
gi|37 : CC-----CCCG---A----CC----CT----AA-AC--TTT----TTTT-------------CT-T------------ATT-TTT-CAAAT--TT---GTT--TT-G---CAAATTGT--TTA---GAC--AT-------------TCTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------
gi|38 : ttata-T--TT-G---C--ATTT---TTA---GAC--AT-------------TATTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------T
gi|39 : AGAG-TTCATA--TTACCC-TCT-A-TAATTAAATAGGTCACATAGTT-----ATTGTAA-TAATACAAAGA--T-TTCAA-G--TCCCCG----AATAG--TAtttttaattaaataaatcattttaaatagacattgtctctcagcttg
gi|4 : AAGTTACTT---GATATA-A---GAA-T---TCGTACGCGAAG-ATACACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAATTGAAATA--ATTTT---CTT-CCAC-AAAAGAATGAGC--CAGATCAGA-GTTCATA--T-ACCCATCTTATTAATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTAT-C-AATA--TATTCAA-G---TCCCG----AATAGTTTAATATTCAACT---AATTAAT-GCAATGTAGAA-A-GGCTTA-ATTGA-GCCAAAT--A-A-A---A-A-ATA-T---------T-----AATG--GTTC----C-TG-TT-A-C---CAA-A-CCATGCCTTA------------C-----GTA--CCCCC-CAAC-----CACC--------CCGGATCT----AA-CC----T----TTTT-------------CT-TCC-------AGAA-T-TTA-CATTT--TT---A-T--TT-G---C--ACTA----TC---GAT--A--------------TGTTGC-T-----C----GCCTG--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------TG-ATT---C--A--TTATATGATTTTC--AGTAATAGAC-TGG--TATCCCC-------A-TAT------TGCAA------------TTC----CATCTTCC-TTCAAAGCGAGAT-T-CAG--A-----A-----G--------------TTC-------TAGAATAGCAAC--TCA-GCTTT---GTGTATTTGTTCAAA--AGATAG-AGT-TCAATTTCAAAAAATGATGTTCCAGAA----ACATGTT------TAT--CAGC--------A------CT-------TTAC------AC------A---------T-----G---TATGTAAAGAATTTTTGGA------------------ATT-TTAACACT------CTTATTGATG-------------AAT--AT----T------C---A------TCTAA--GAAA---C--------AAAA---------A---TC----CTTTCTACCTACCTAGTTTGGA--T---------------------AAT--------G--A-----------------TGCAACGAAACCACATTTTTTTTTTATTT-GCCT
gi|40 : AC--AT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------TTTTTTTATTAAAGAAATCAT-------------------T------------------TGAATTGAAC--A--CTGTC---CTCTCAAAGTT-TAG-C-T-G--TATCCCCC-A
gi|41 : -------------------T-------------------T------------------TGAAAT---CGCA--TTGA----TTCTC--AGCTA--G-C-TGG--AATCCCCC-AATGTA-CATGATGTATGCAGAGCCTGC--AG
gi|42 : aCAAATAGA-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----T-GG-TT-G-C---
gi|43 : ctacctaccctagtttttggataagtgc-GCCAAATA-G-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTCTGCAT-GG-TT-A-C---ca
gi|44 : cctaccctatttttgataagagt-GCCAAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----C-GG-TT-A-C---C-a
gi|47 : tacctaccctatgtttgatcagag-GCCAAATA-A-A-AAAAA-A-ATA-T---------G-----TATG--GTTC----C-GG-TT-A-
gi|48 : -GCCAAATA-A-A-AA--A-A-ATA-T---------G-----CATG--GCTC----C-GG-TT-A-cta
gi|5 : gcaAACCCTCTGAC-AGCAATGTT---TCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGAACACATGTATA---GGTATGCG-TTATTGTATTTCCA-CAA--TCAAAA-TT--TATTTTTGA----T-CACATGT-GG-AT----GCAGCGCCCCC-T---------ATATTCT---ATCAT-----GGCCACAGTC-ATGGCTA---CTCA-GAGAGTAATATATA-GC-AATTTTC-AAG-CTC-CATATT-----TTTT--AATAAAACGCAATATAATTA-A-ATGTTTT--GCT---CATAAAA--------TAGATA-GTT-TAT----GAT-GAAT-----TCTTACCAT---T-TTAC----------GAAAAATATC--AAAAATG--TC-TAAA-ACAAGG-A-AG--ACAACTCTTA-CAA-T-TTTGTCAA--CATT-------CTAATAA----TAGAT--TT-TTAAATGCCATTTTAG---AA------ATAGTCA-CAATTCCTG----ATC---CAAC---GCT---TAAA--------ATTTAAATTT--CATTAAAAAGTG--AAAGAT--------ATATA--TATAAGGTTACTT--TGATATA-A-AGGAATTCT-TCG---GCCAAGCATA-ACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAAATGCAACA--ATTT-----TG-CCAT-AAA--AATGAGC--CAGATCAGA-GTTCAct
gi|6 : aagtggcagtctaatagaaaaccatgcaaa-GCCTAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----C-GG-TT-A-CA--C-G-A-CCTT-CCCTAGATAATAATTAAC-----ACA--CACACACACC-----CCAA---A----CC----TT----AA-ACCTTTT----TTTT-------------TT-TTC-------GGAATT-TTT-CAATT--TT---G-T--TTTG---C--ATTAA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-TAAT--T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------TTAATTAAAGAAATCATTTTGAATT---C--ACATTGT----TTCTC--AGCTA--G-C-TGGAATATCCCCT-AATTTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGC--AGTTTT----CAGATTCC-CTC-AAGTTAAACAT-CAG-AA-----A-----G--------------TCTAGGATTTTAGAATAGC-AC--TCA-GC-TT---GCGTATTTGTTCAAAGCGG-TAG-A-T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TAT--CA-CACATG---A------C--------TTACACATGTAC------A---------T-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCACCACTATCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------CAAAA------TAAAA--AAAA---T--------AAAATAAAAATACG---TA----C---CTACCC-----------A--TCCTATTTTTGATAAGAGCATAACCA-------G--AA----------------C-CA-------CACA---TTTTTTTATTTGGCCT
gi|7 : taataagG--GTTC----T-GG-TT-A-C---CCG-A-CCGT-CCTAA------------G-----ATA--CTCCC-C--C-----CCTC--------CC----CT----GA--CTTTTT----TTTTGGGGGGGGGGAGG-------------GGGATT-TTT-CAATT--TT---G-T--TTTG---C--ATTAA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------TTTGATTTTAAAAAATCATTT------------------TGAATT---C--ACATTGT----TTCTC--AGCTA--G-C-TGG--TATCCCCCCAAATTA-CATCATGCATGTAGAGCCTGC--AGTTTCAGGCCAGCTTCC-TTC-AAGTCAGATAT-CAGTAATATCTA-----GAATT----------T---------TAGAATAGA-AC--TCA-GC-TT---GCATATTTGTTCAAAGCAA-TTG-A-T-TGTATTTC-ATAAA---ATTTTCAGAA----ACATGTACATGTATAT--CA-A--------A---------------TTAC------AT------AGAATACTTAT-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TAATTACGGTAAAC---A------TCTGA--CCAA---C--------ACAA---------A---a
gi|7 : -GCCAAATA-A-A-AA--A-A-ATA-T---------G-----TGTG--ATTC----C-GG-TT-A-aacgaaataaaaaaaataatgaattaaaaatccctgcctacctaccctatttttaataagagcataaccggaatcacacatattttttttatttggcctt
gi|8 : ggttctggttacccgaccgtcctaagatactccccccctcccctgactttttttttggggggggggagggggatttttcaattttgttttgcattaattggacattgttgcttgttattttgattttaaaaaatcattttgaattcacattgtttctcagctagctggtatccccccaaattacatcatgcatgtagagcctgcagtttcaggccagcttccttcaagtcagatatcagtaatatctagaattttagaatagaactcagcttgcatatttgttcaaagcaattgattgtatttcataaaattttcagaaacatgtacatgtatatcaaattacatagaatacttatgtatgtaaagaaaagttggaaaacaagattgcatcactgtcaactttattgatgaattaattacggtaaacatctgaccaacacaaaaacgaaataaaaaaaataatgaattaaaaatccctgcctacctaccctatttttaataagagca-GCCAACTA-A-A-A---C-A-ATA-T---------G-----TGTG--ATTC----C-GG-TTAA-C---C-T-A-CCGA-CCTTA------------G-----ATAATACCCC-CGTC-----CTTT---ATTTTCC----GT----A----TTTTT----TTTT------------------------------TT-TT-----TT--TT---G-TTGTT-G---C--ATTCA--TTA---GAT--TT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A--------------------------------------------------T------------------CAGATTG--C--A----GT----TT-TC--AGCTctt
gi|8 : gCAGA--TTGC--AGTTTT----CAGCTTCC-TTC-AAGTAAAACATACGG-AA-----ATCTAGGATT-----------T---------TGGAATAGC-AC--TCA-TC-TT---GTATATTTGTTCAAAACAG-TAT-T-T-TGTGTTTC-ATGAATGAGTTTTCAAAA----ACATGTA------TAT--CA-CAGAACATGA------T--------TTTC------AC------A---------T-----G---TAAGTAAAGAAATGTTGGAATTT-AACA-------AAATT-GCATCGCTGCCAACTTTATTAATG-------------AAT--CA----A------A---A------TCTGA--T------C--------AAAA---------A---tccttcaagtaaaacatacggaaatctaggattttggaatagcactcatcttgtatatttgttcaaaacagtattttgtgtttcatgaatgagttttcaaaaacatgtatatcacagaacatgattttcacatgtaagtaaagaaatgttggaatttaacaaaattgcatcgctgccaactttattaatgaatcaaaatctgatcaaaaaagtagataaataaaaagataaaataaattccccgcctactctatttttgaatagtccgtaaccggcaccacacattattttcgt
gi|8 : ggccaactaaaacaatatgtgtgattccggttaacctaccgaccttagataatacccccgtcctttattttccgtatttttttttttttttttgttgttgcattcattagattttgttgcttgttat-A---A-A-ATAAT---------G-----TGTG--GTGC----C-GG-TT-A-C---agtagataaataaaaagataaaataaattccccgcctactctatttttgaatagtccgtaaccggcaccacacattattttcgt
gi|9 : ggccaactaaaacaatatgtgtgattccggttaacctaccgaccttagataatacccccgtcctttattttccgtatttttttttttttttttgttgttgcattcattagattttgttgcttgttatcagattgcagttttcagcttccttcaagtaaaacatacggaaatctaggattttggaatagcactcatcttgtatatttgttcaaaacagtattttgtgtttcatgaatgagttttcaaaaacatgtatatcacagaacatgattttcacatgtaagtaaagaaatgttggaatttaacaaaattgcatcgctgccaactttattaatgaatcaaaatctgatcaaaaaagtagataaataaaaagataaaataaattccccgcctactctatttttgaatagtccCCTCTGAC-AGCAAGATTCTT-CAAATTGGTTCTTTT-GCCT-TGAACA-ATGAATG---GATA--CA-TTATTGTATT--CACCAAATTTAAAA----ATATTATTGGTGAAT-CACATAT-GAGTT----GCATCGCCACC-T---------ATATTTC---ATAAT-----GGCCACAGTC-AT-GCTA---TTCA-GAAA--AAAGTATA-GC-A-TTTTCAAAG--TC-CATATT-----TTT-A-AATATAACG-AATATAAATA-A-ATGTTTTGGTCG---AATA-----------T-TATAAGTT-TAT----GAT--AAT-----CATT-CCAT---T-TCAC-CCA-----AAAAAAAT-TCTAAAAAATGGTTCTTCAA-ACAAGGAA-AG--ACAATTCTTA-CAATTATTTGT-AAC-CATT-------CTAAAAA----TTACTA-TT-TTCAA-GCCAATTTAG----A-----CATATTCC-CCATTTCCT----ATC---CAAC---GGT---TAAA--------TTTTAAAATTAACATTAGAAA-cgt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): AATTTTGAAAATACTTTGTCCACAAAAAAATCTCAACCTACCTACCCTTTTTCTGAAAAGAATGTAATAGGAACCATAAATTACGTTTACTTGGCCTTA
Unaligned ( gi|34 ): AAAAAAAATATTAAAAAAAAAAATTCTCGCCTACCGACCTCATTTTTTTCCAGAGTGACAGAAAACCACATATTCTTTTTTTTGGC
Unaligned ( gi|45 ): ATAAAGTGATAGTCTAATAGAAAACCATGCAAATTAAACCC
Unaligned ( gi|46 ): AAGTGGCAGTCTAGTAGAAAACCATGCANGGACATCTGA
Unaligned ( gi|49 ): CTTAAATGGCAGTCTAATAGAAAACCATGCAAAACC
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 111 11 1111 2222 11 1111111 222222222 1111 11111 1111 111 1 1 11 11111 111 1 3333333333333333333333333 1 1111 11 11111 111 222222222 1 11 111 1 22 2222222 11111111111 44444444444 1111 111 111 111 22222222 11 22 333333333333333 111 1111 22222 222 1 1 11 11 222222222 11 1 11 1 1 11111 1 1 111 1111 11 1 111 1 2222222 1 111111111111111 1 444444444444444444 11111111 222222222 1111 11111 1111 5555555555555555555555555555 1 1111 11111111111111 11111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222222222 11 888888888888888888888888888888888888 666666666666666666666666 111111 1111111111111 111111111111 222222222 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111
lowQualScore : 6 1 5 7 6 9 111 7 6 7 88 4444 77 5555 5 00 7777777 1 5 222222222 0000 44444 1111 1 000 5 4 4 1 3 6 1 33 6 44444 222 1 0 1 1 5 5 6666666666666666666666666 1 5 2222 22 44444 7 111 6 5 000000000 3 88 888 6 6 99 6 999 0 44 1111111 77777777777 6 0 7 3 55555555555 1 5 1 2 2222 000 000 000 00000000 88 1 6 33 0 999999999999999 3 666 5555 88888 111 3 0 5 8 11 8 1 11 444444444 8 55 11 5 0 11 8 5 3 3 7 2 66666 5 0 5 0 77 1 5 666 2222 55 3 000 1 5 4444444 66 0 2 2 4 2 777 2 2 4 000000000000000 22 4444 2 2 2 2 666 0 3 3 2 6 111111111111111111 88 3 22222222 000000000 4444 7777 66666 2222 9999999999999999999999999999 3 88 5 44 77777 33 1 555 33 2222 555 33 66666666666666 2 11111 5555 77 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88888888888888888 55 88 8 4 55 55 33 4 5 4 666 0 66 9999 55 8 1 5 4 44 999999999999999999999999999999999999 7 55 3 7 666 1 6 777 3 6 5555 777777 33 4 444444444444444444444444 111111 666666 888888888 55555 333 9999 7777777 2 6666666666666 33 88888888888 444 777777 6666 777777777777 000000000 555 9999 555 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 6
lowQualScore : . . . . . . ... . . . .. .... .. .... . .. ....... . . ......... .... ..... .... . ... . . . . . . . .. . ..... ... . . . . . . ......................... . . .... .. ..... . ... . . ......... . .. ... . . .. . ... . .. ....... ........... . . . . ........... . . . . .... ... ... ... ........ .. . . .. . ............... . ... .... ..... ... . . . . .. . . .. ......... . .. .. . . .. . . . . . . ..... . . . . .. . . ... .... .. . ... . . ....... .. . . . . . ... . . . ............... .. .... . . . . ... . . . . . .................. .. . ........ ......... .... .... ..... .... ............................ . .. . .. ..... .. . ... .. .... ... .. .............. . ..... .... .. .................................................................................... ................. .. .. . . .. .. .. . . . ... . .. .... .. . . . . .. .................................... . .. . . ... . . ... . . .... ...... .. . ........................ ...... ...... ......... ..... ... .... ....... . ............. .. ........... ... ...... .... ............ ......... ... .... ... ............................................................................... ... .
lowQualScore : 7 0 5 3 7 3 777 3 7 3 33 3333 44 0000 7 77 4444444 3 7 999999999 4444 33333 7777 4 000 7 0 3 0 3 7 7 33 7 33333 444 9 1 4 7 7 7 9999999999999999999999999 4 7 1111 33 33333 3 777 7 2 333333333 3 00 000 7 7 22 7 888 8 33 7777777 33333333333 7 3 3 5 77777777777 0 7 3 7 1111 000 000 000 77777777 55 0 7 88 2 555555555555555 2 555 7777 88888 000 2 0 0 0 00 0 4 00 888888888 0 88 00 0 8 00 0 4 5 3 3 5 77777 1 6 0 7 99 4 7 777 1111 77 3 000 4 7 1111111 77 1 5 2 4 1 999 1 1 2 222222222222222 88 2222 0 1 1 1 555 0 3 3 3 7 444444444444444444 55 1 11111111 444444444 2222 1111 44444 9999 8888888888888888888888888888 1 99 1 22 44444 99 4 000 99 0000 000 77 55555555555555 7 33333 7777 33 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444444444444444 00 55 0 0 55 66 88 4 6 9 000 2 11 4444 66 9 9 7 0 88 222222222222222222222222222222222222 3 00 6 3 444 0 7 222 3 2 3333 222222 22 7 000000000000000000000000 999999 444444 999999999 66666 777 1111 6666666 5 2222222222222 77 88888888888 777 777777 0000 555555555555 000000000 888 4444 666 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333 7
consensus : AACCCTCTGAC-AGCAAGGTTCTTTCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGAACACATGTATA---GGTATGCG-TTATTGTATTTCCACCAA--TCAAAA-TT-ATATTATTGAT---T-CACATGT-GA-TC----GCAGCGCCACC-T---------ATATTCC---ATCAT-----GGCCACAGCC-AT-GCTA---TTCA-GAGAGTAAANTATA-GC-AATTTTCAAAG-CTC-CATATT-----TTTTA-AATAAAACGCAATATAAATA-A-ATGTTTT--TCG---AATAAAA--------T-GATA-GTT-TAT----GAT-GAAT-----TCTTACCAT---T-TCAC-CCA-----AAAAAAAT-TCTAAAAAATGGTTCTTNAA-ACAAGGAA-AG--ACAACTCTTA-CAATT-TTTGTCAAC-CATT-------CTAAAAA----TAANTA-TT-TTTAATGCCAATTTAG---AA-----CATANTCC-CAATTCCCG----ATC---CAAC---GCT---TAAA--------ATTTAAATTTAACATTANAAA-TG--AAGAGT--------ATATA--AATAAGGTTACTT--TGATATA-A-AGGAA-TCT-TCGTACGCGAAGCATACACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAAATGCAACA--ATTTT---CTT-CCAC-AAAAGAATGAGC--CAGATCAGAGGTTCATA--T-ACCCATCTTA-TAATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTATACAAAGA--T-TTCAA-G--CCCCCG----AATAG--TAAT-TTCAACT---AA-TAAT-GCAATGCAGAA-G-G---TATATTGA-GCCAAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----C-GG-TT-A-C---C-A-A-CCGT-CCCTA------------C-----ATA--CCCCC-CGCC-----CCCC---A----CC----CT----AA-ACTTTTT----TTTT-------------CT-TCC-------GGAATT-TTT-CANTT--TT---G-T--TT-G---C--ATTNA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------TGAATT---C--A--TTGT----TTCTC--AGCTATAG-C-TGG--TATCCCCC-AAATTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGC--AGTTTC----CAGCTTCC-TTC-AAGTCAGACAT-CAG-AA-----A-----G--------------T---------TAGAATAGC-AC--TCA-GC-TT---GCGTATTTGTTCAAAGCAG-TAG-A-T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TAT--CA-C--------A------C--------TTAC------AC------A---------T-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--NAAA---C--------AAAA---------A---TC----C---CTACCT-----------A--T---------------------ACC--------G--A-----------------C-CA-------CACATATTTTTTTTATTTGGCCTT
Reference ( family-3143 ) : AACCCTCTGAC-AGCAAGGTTCTTTCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGAACACATGTATA---GGTATGCG-TTATTGTATTTCCACCAA--TCAAAA-TT-ATATTATTGAT---T-CACATGT-GA-TC----GCAGCGCCACC-T---------ATATTCC---ATCAT-----GGCCACAGCC-AT-GCTA---TTCA-GAGAGTAAANTATA-GC-AATTTTCAAAG-CTC-CATATT-----TTTTA-AATAAAACGCAATATAAATA-A-ATGTTTT--TCG---AATAAAA--------T-GATA-GTT-TAT----GAT-GAAT-----TCTTACCAT---T-TCAC-CCA-----AAAAAAAT-TCTAAAAAATGGTTCTTNAA-ACAAGGAA-AG--ACAACTCTTA-CAATT-TTTGTCAAC-CATT-------CTAAAAA----TAANTA-TT-TTTAATGCCAATTTAG---AA-----CATANTCC-CAATTCCCG----ATC---CAAC---GCT---TAAA--------ATTTAAATTTAACATTANAAA-TG--AAGAGT--------ATATA--AATAAGGTTACTT--TGATATA-A-AGGAA-TCT-TCGTACGCGAAGCATACACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAAATGCAACA--ATTTT---CTT-CCAC-AAAAGAATGAGC--CAGATCAGAGGTTCATA--T-ACCCATCTTA-TAATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTATACAAAGA--T-TTCAA-G--CCCCCG----AATAG--TAAT-TTCAACT---AA-TAAT-GCAATGCAGAA-G-G---TATATTGA-GCCAAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----C-GG-TT-A-C---C-A-A-CCGT-CCCTA------------C-----ATA--CCCCC-CGCC-----CCCC---A----CC----CT----AA-ACTTTTT----TTTT-------------CT-TCC-------GGAATT-TTT-CANTT--TT---G-T--TT-G---C--ATTNA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------TGAATT---C--A--TTGT----TTCTC--AGCTATAG-C-TGG--TATCCCCC-AAATTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGC--AGTTTC----CAGCTTCC-TTC-AAGTCAGACAT-CAG-AA-----A-----G--------------T---------TAGAATAGC-AC--TCA-GC-TT---GCGTATTTGTTCAAAGCAG-TAG-A-T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TAT--CA-C--------A------C--------TTAC------AC------A---------T-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--NAAA---C--------AAAA---------A---TC----C---CTACCT-----------A--T---------------------ACC--------G--A-----------------C-CA-------CACATATTTTTTTTATTTGGCCTT
gi|1 : AACCCTC-GGC-AGCAGGGTTCTTTCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGA-CACATGTATA---GGTATGCG-TTTTGGTATTTC-ACCAA--TCAAAA-TT-ATATTATTGAT---T-CACATGT-GA-TC----GCAGCGCCCCC-T---------ATATTCT---ATCAT-----GGCCACAGCC-AT-GCTA---TTCA-GAGAGTAAATTATA-GC-AATTTTCAAAG-CTC-CATATT-----TTTTA-AATAAAACGCAATAT-AATA-AGATGTTTC--TCA---CATAAAA--------T-GATA-GTT-TA-----GAT-GAAT-----TCTTACCAT---T-T----TCA-----AAAAAA---TATCAAAAATG--TC-TAAA-ACAAGGAA-AG--ACAACTCTTA-CAA-T-TTTGTCAA---ATT-------CTAAATA----TAGAT--TT-TTTAATGCC-ATTTAG---A-------ATAATCC-AAATTCCTG----ATC---CAAC---GCT---TAAA--------ATTTAAATTT--CATTATAAA-TG--AAGAGT--------AT-TA--AAT--GGTTACTT--TGATATA-A-AGGAA-TCT-TCG---GCAAAGCATCAACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAAATGCAACA--ATT----------CAC-ATAA-AATGAGCCTCAGAT-AGAGGTTCA-A--T-ACC--TC-TA-T-ATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGT-AATTATACAAAGA--T-TTCAATG--CTCCCG----AATAG--TAAT-TTCAACT---AA-TAAT-ACAATGCAGAATG-A---TATATT-A-GCCAAATA-ACATA---A-A-ATA-T---------A-----TGTG--ATTC----C-TA-TT-A-C---C-A-A-CCAT-CCTTA------------T-----ATA--CCCCC-CACC-----CCCC---A----TC----CT----AA-ACCTTTTGAAGTTTT-------------CTCCCC-------AGAATT-TTA-CATTT--TT---G-T--TT-G---C--ACTCA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-T-----T----A--TT--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------TGAATT---C--A--TTGT----TTCTC--AGCTATAG-C-TGG--TATCCCTC-AAATTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGTAGAGTTTC----CAGTTTCC-TTC-AAGTCAGATAT-CAG-AA-----A-----G--------------T---------TAGAATAGC-AC--TCA-GC-TT---GTGTATTTGTTCAAAATAG-TAG-A-T-TCAATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TAT--CA-C--------A------C--------TTAC------AT------A---------T-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAATTTTAACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTAA--GAAA---C--------AAAA---------A---TC----C---TTACCT-----------A--T---------------------ACC--------A--A-----------------C-CA-------CACA-ATTTTTTTTATTTGGCCTT
gi|10 : CCTCTGAC-AGCAAGATTCTT-CAAATTGGTTCTTTT-GCCT-TGAACA-ATGAATG---GATA--CA-TTATTGTATT--CACCAAATTTAAAA----ATATTATTGGTGAAT-CACATAT-GAGTT----GCATCGCCACC-T---------ATATTTC---ATAAT-----GGCCACAGTC-AT-GCTA---TTCA-GAAA--AAAGTATA-GC-A-TTTTCAAAG--TC-CATATT-----TTT-A-AATATAACG-AATATAAATA-A-ATGTTTTGGTCG---AATA-----------T-TATAAGTT-TAT----GAT--AAT-----CATT-CCAT---T-TCAC-CCA-----AAAAAAAT-TCTAAAAAATGGTTCTTCAA-ACAAGGAA-AG--ACAATTCTTA-CAATTATTTGT-AAC-CATT-------CTAAAAA----TTACTA-TT-TTCAA-GCCAATTTAG----A-----CATATTCC-CCATTTCCT----ATC---CAAC---GGT---TAAA--------TTTTAAAATTAACATTAGAAA-a
gi|11 : ggccatctaataaaaaaaaaccatgcaa-GCCAATTT-A-A-A---A-GTATAAT---------A-----TGTG--GTTC----CCGG-TT-A-C---C-AGA-CCGT-CCCTA------------GTTA--ATA--CCTTC-T-CC-----CCCTGATA----CC----CT----AT-A-TCCTCAAA-CTTT-------------CT-GGA-------GGAATT-ATTACATTT--TTTCGG-T--TT-T---A--ATTTAATTTG---G-CTTAT-------------TATT---T-----T----G--ATGA------------A----------TGCA----------------T-------------------T------------------TGAATT---C--ACATTGT----TTCAC--AGCTA--G-A-TGG--AGTCCCCC-AAATTA-CATGATGC---TA-AGCTTGC--AGTTGT----CAGCTTCCCTTC-AAATCA-AC-T-CAG-AA-----A-----AATCTATGATA----T---------TGGAATAGG-ACAGCTA-GC-TC---TCGTATTGTTTCAAAGCAG-TAGCA-TCTATA---C-ATATACGAGTTTTCAGAA----ATGTGTA------TAT--CA-C--------G------C----------A-------AC------A---------T-----G---
gi|12 : aagTGC--AGTTTC-----AGCTTC--TTC-AAGTCAGACAT-CAG-AA-----A-----GTCAATTATTTTAGAT---------TAGAATAGC-AT--TCA-GC-TT---GCATGTTTGCTCAAAGCAG-TAG-A-T-AGTACTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGCA------TAT--TA-CACAACATGA------C--------TTAC------AC------A---------TATACAG---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACAAGATTTTAGATT-GCATTACTGTCAACTTTATTGATGACCAAAAAAAAAAAAT--AA----A------T---A------AATAA--AAAATTTT--------AAAA---------A---TC----C---CTACCT-----------ACTT---------------------ACCCTATTTTTG--ATAAGAGCATAACCGGAAC-CA-------TACATA-TTTTTTTATTTGGCCTa
gi|13 : AGCCCTCTGACTAGCAAGGATTCTTCAAATTGGTTATTTTTACCTGTGAACACATGTATACTTGGTATGCGTTTGTTGTATTTCCACCAA--TCAAACTTT-ATATTG-TGAT---TGCATATG--GA-TT----GCAGCGTCACCAT---------ATATTCT---ATCAT-----GGCCACAGCC-ATGGCTA---TTCATGAAGGTAAATCATATGCTATTTTTCAAAG-CTCACATTTTTTCTGTTTTACAATAAACCATTATATAAAAA-A-AATTTTTACTC----AATAA------------GATA-GTT-TAT----GAT-GAAT-----TCT
gi|14 : taagtgacagtcccttaatagaaaaccatgcaaattaaAGACAT-CAG-AA-----A-----G--------------TCAATGTTTTTAGAATAGC-AT--TCA-GT-TT---GCATATTTGCTCAAAGCAG-TAG-A-T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAG----ACATGCA------TATGGCA-C--------AACATGAC--------TTACCGTAC-AC------A---------T-----A---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTCATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--CAAA---A--------AAAA---------A---a
gi|14 : CCAAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TATT--GTTC----C-GG-TT-A-C---ataataaaaataaataaataaaaaataaatctctacctacctaccctatctttgataagagtgtaaccggaacaatacatatttttttatttgg
gi|15 : agacatcagaaagtcaatgtttttagaatagcattcagtttgcatatttgctcaaagcagtagattgtatttcataaatgagttttcagagacatgcatatggcacaacatgacttaccgtacacatatatgtaaagaaaagttggaaaacaagattgcatcactgtcaacttcattgatgaattaccatctgacaaaaaaaaaataataaaaataaataaataaaaaataaatctctacctacctaccctatctttgataagagt----CAGCTTC--TTC-ATGTTAGACAT-CAG-AA-----A-----G--------------T---------CA--ATGAT-TT--TTAAGA-TTTTAGAATATTTGCTCAATGCAG-TAG---T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGCA------TAT--TA-C--------A------CAACATGACTTAC------AC------A---------T-----G---TGTGGCAAGTAAAGTTGTAA----AACA-------AGATG-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--CCAA---C--------AAAA---------AAATTCCCAGC---CTACCT-----------A--CCCAATTTTTGATAAGAGCGTAACC--------GGAA-----------------C-CA-------TACATA-TTTTTTTATTTGACC
gi|16 : TT-----TTTTA-AATACAACGGAATATAA-TA-A-ATGGTTT--GCT---AATAAAA--------T-GATA-GTT-TAT----GCT-AAAT-----TCTTACCAT---TATCACAACA-----ACAAAAAT---TAAAAAATG--TCTACAA-ACAAGGAA-AT--ACAACTCTTA-CAA-T-TTTGTCAA--AATT-------CTAGAAA----TA--TA-TT-TTTAATGCCAATTTAG---AA------ATAATCA-CCATTCCTG----ATC---CAAC---GTT---TAAA--------ATTT
gi|17 : AACCCTCTGAC-AGCAAGGTTCTT-CAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGAACATATGTATA---GGTATGCG-TTATTGTATTTCCACCAA--TCAAAA-TTAATATTA-TGA----T-CGCATGTGGA-TC----GCAGCGCCCCC-T---------ATAT------ATCAT-----GGCCACAGCC-------A---TTCA-GAGAGT
gi|18 : aagtggcagtctagtagaaaaccatgcaa---TATGTAAAGAAAAGCTGGAA----AACA-------AGATT-GAATCACTGTCAACTTCATTAATGA------------AATTATA----C------C---A------TCTGA--CA
gi|18 : -GCCAAATA-A-A-G---A-A--TA-T---------T-----TATG--GTTC----C-TG-TT-A-C---cccccaaaattattttttttaaattccctacctaccctatttttagtaagagcgtaacaggaaccataaatattctttatttggcc
gi|19 : tatgtaaagaaaagctggaaaacaagattgaatcactgtcaacttcattaatgaaattataccatctgacacccccaaaattattttttttaaattccctacctaccctatttttagtaagagc---C-A-A-C--T-TCCTA------------CGCATAATAACCCCCC-CGCC-----CCCC---C----CC----CCCCCCAACACTTTTT----TTTT--------------T-TCT---------AATT-TTTTCAGTT--TT---GTT--TT-GCCCC--ATGAA--TTG---GAC--A--------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------C------------------TGAc
gi|2 : a-TT-ATTTTCCTGAT---T-TAGGTA--GA-TCAAGAGCAGCGCCACC-TGATATCCAAACATTCCTTAATCATCGAGTGGCCACAGCCCAC-GC-AGACTTCA-GA-AGTAAATTATATAC-AATTTTCAAAATCTC-CATATT-----TTAAA-AATAAAACACAATATCTATATA-ACACTTT--TTGCTCATTAAAAGGTACGCAT-AAGA-GTCGTATCTGGGATCGACTCGTAATCTTACCATGTGT-TAAA-CTATTTGTAAATAAATATCTAAAGAGTTGT-CTAAAACACAAAGAAGAGCAACCACTCTTAACAATT-TTTGTGAATACATTGTCTAACCCAAAAAATTATAATTAATTATTTAATGCCTATTT-GCTTAAGCTCTCTTATTACACAATTCCAGTGGGATTTTTCAACTCGGCTATATAAACGAATCTAATTTACATTTA-TATCAAAAG-TGC-AAGAGTTACCACTCAT-TAGCAATAAG--TGCTTACTGATATATATAGGAAGTTTGTCGGAGCCCAAGCATA-ACATATGATTTTATCGAGCGTTGCACAAAATGCAACATTATTTTTTGCTTGCTACTGAAAGAATGAGC--AAGATCAGAGGAGCGTATTT-ACCC-TCATA-T-ATTAAATA-GTCACATAGTTTTTCAATTGTAATTAACGCAAACATTT-TTCAA-ATTCCCCTGATGAAGTAG--TAAT-TTCGACTTTAAA-TAATAATAATGCAGAA-GCG---TATATT-A-TCCAAATA-C-A-A---GTA-ATA-TTTTATAATAGTTACCTGTGGCGTTT----C-GG-GA-G-CGCGC-A-ATTTGT-CCCTAG-----------C-----ATA---CCCC-TATCAATTACCTG---A----GC----CT----AA-AACATTT----TTTC-------------TT-TCCGCGCTTTGGAACTATAA-CATTTGGTT-----T--TT-G---C--ACTCA--TTGGAAGAC--ACCACTTTTTTGAGGTGTTGTAT-----TTTTGG--TT--------------AAAAAACTTATT-------------------T-------------------T------------------TGAATCTCAC--A--TTGTGCTATCGTC--AGCTATAG-CTTGG--T---CCCC-AAAGTACCATGAttaaatatcattttgattcaacattgtctc
gi|20 : ATTATCCAAAGA--T-TTCAA-G--TCCCCG----AATAG--TGAT-TTCAACT---AA-TAAT-GCAATGCATAA-G-A---TATATTGG-GCCAAATA-T-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGAG--GTTC----C-AG-TC-ACC---C-A-A-CTGT-CCCT-------------------ATA--CCCCC-CCCC-----CCC
gi|21 : CTTA-TAAT-AAATACGTCACATAGTT-----ATTGTA--TTATACAAAGA--T-TTCAA-G--CCC--G----AATAG--TAAT-TTCAACT---AA-TAAT-ACAATGCAGAA-T-G---T-TATTTAGGCCAAATA-ACA-A---A-A-ATA-T---------A------GTG--GTTC----C-
gi|22 : cCAGAA----ACATGCA------TAT--TA-T--------A------CAACATGACTTAC------AC------A---------T-----G---TATGTCAA---AAGTTTGAA----AACA--------TATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TTTGACCAAAA---CATTTTTTTAAAA---------A---TC----C---C
gi|23 : ---------TAGAATAGT-AC--TCA-GC-TT---GCATATTTGTTCAGAGCAG-TAG-A-T-TGTATGTC-ATAAATGAGTTTTAAGAA----ACATGTA------TAC--CA-C--------A------C----------A-------AC------T---------T-----GACTTACATAGAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGAT
gi|24 : TAC------AC------A---------T-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------ATATT-GCATCACTGTCAGCTTTAT---TG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--CCAA---CAAA-----AAAA---------A---TC----C---CTATCT-----------A--
gi|25 : AT--CA-T--------A---------------TTAC------AC------A--------------------AT---ACTAAAAAT----A----AA-A-------AGATT-GCATCACTGTAAACTTTATTAATG-------------AAT--TA----C------C---AAAAAAGTA-AA--AAAA---T--------AAAATAAAT----A---TC----C---CTACC---------------T---------------------ACT--------G--A-----------------C-C--------C---TATTTTTccctatttttgataaaaacatgacc
gi|26 : TT-TTT-CAAAT--TT---G-T--TTTG---C--ATTGT--TTG---GAC--AT-------------TATTGC-TGGCTAT----G--TTTTATTAAAGAAATCA----------T-------------------T-------------------T------------------TGAATTGA-T--A--TTAT----CTCTC--AGCTA--G-C-TGG--TATCCTCC-AAATTA-ga
gi|27 : ATTTGCTCAATGCAG-TAG-A-T-TATATTTC-ATAAATGAGTTTTCATAAACATACATGTA------TAT--TA-CACAACATGA------C--------TTAC------AC------A---------T-----G---TAT
gi|28 : cagaaagtcaatgattttagaaaAA----ACATGCA------TAT--TA-C--------A------CAACATGACTTAA------ACTTGTATA---------T-----G---TATGTCAAGAAAAGTGGGTA----AACA-------ATGTTCGCATCAC-GTCAAC-TTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--
gi|29 : --CCCCC-CCCT-----CTCC---G----CT----TT----AA--CATTTG----TTTT--------------------------GTAATT-TTT-CA-TT--CT---G-T-----G---T--ATTAA--ATG---GAC--AT-------------CATTAC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------G------------------TGA
gi|3 : cAAGTTACTT---GATATA-A---GAA-T---TCGTACGCGAAG-ATACACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAATTGAAATA--ATTTT---CTT-CCAC-AAAAGAATGAGC--CAGATCAGA-GTTCATA--T-ACCCATCTTATTAATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTAT-C-AATA--TATTCAA-G---TCCCG----AATAGTTTAATATTCAACT---AATTAAT-GCAATGTAGAA-A-GGCTTA-ATTGA-GCCAAAT--A-A-A---A-A-ATA-T---------T-----AATG--GTTC----C-TG-TT-A-C---CAA-A-CCATGCCTTA------------C-----GTA--CCCCC-CAAC-----CACC--------CCGGATCT----AA-CC----T----TTTT-------------CT-TCC-------AGAA-T-TTA-CATTT--TT---A-T--TT-G---C--ACTA----TC---GAT--A--------------TGTTGC-T-----C----GCCTG--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------TG-ATT---C--A--TTATATGATTTTC--AGTAATAGAC-TGG--TATCCCC-------A-TAT------TGCAA------------TTC----CATCTTCC-TTCAAAGCGAGAT-T-CAG--A-----A-----G--------------TTC-------TAGAATAGCAAC--TCA-GCTTT---GTGTATTTGTTCAAA--AGATAG-AGT-TCAATTTCAAAAAATGATGTTCCAGAA----ACATGTT------TAT--CAGC--------A------CT-------TTAC------AC------A---------T-----G---TATGTAAAGAATTTTTGGA------------------ATT-TTAACACT------CTTATTGATG-------------AAT--AT----T------C---A------TCTAA--GAAA---C--------AAAA---------A---TC----CTTTCTACCTACCTAGTTTGGA--T---------------------AAT--------G--A-----------------TGCAACGAAACCACATTTTTTTTTTATTT-GCCTttgaagaaataattttgaattca
gi|30 : TTTC-A-AAATGAGTT--CAGAA----ACAGATA------TTA--CA-C--------AATATGAC--------TTAC------AT------A---------T-----G---TAT-TAAAGAAAAATGGGAA----AACA-------ACATT-GCATCAATGTCAACTTTATTGATG-------------AA
gi|31 : A----ACATGTA------TAT--CA-A--------A------C----------A-------GC------A---------T-----G----ATTTACAC----GT--GAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTCTATAGATA-------------ACT--CA----C------T---C------TCTGA--CCTA---C--------AAAA---------
gi|33 : -A-CCTT-CCCTAGAT---------T-----ATA--CCTCC-CG--------------A----CC----CT----AA-ACTTTTT----TCTT-----------------------------ATT-TTT-CAAAT--TT---G-T--TTTG---C--ATTAT--TCA---GAC--AT-------------TGTAGC-T-----T----G--TC--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------Tttagaaatgaa
gi|35 : CT---AA-TAAT-ACAATGCAGAA-G-G---TTTATTAG-GCCAAATT-A-A-A---A-A-A-A-T---------G-----TGTT--GTTT----C-AGTTT-C-C---C-A-A-ACTT-CCCTA------------C-----ATC--CCCCC-Catta
gi|36 : -CAATTCCTG----ACC---AAAG---ACT---TAAA--------ATTTAAATT--ACATTATAAA-AGGTAAGATT--------ATATAT-AATAAGGTTACTT--TGATATA-C-AGGc
gi|37 : CC-----CCCG---A----CC----CT----AA-AC--TTT----TTTT-------------CT-T------------ATT-TTT-CAAAT--TT---GTT--TT-G---CAAATTGT--TTA---GAC--AT-------------TCTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------
gi|38 : ttata-T--TT-G---C--ATTT---TTA---GAC--AT-------------TATTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------T
gi|39 : AGAG-TTCATA--TTACCC-TCT-A-TAATTAAATAGGTCACATAGTT-----ATTGTAA-TAATACAAAGA--T-TTCAA-G--TCCCCG----AATAG--TAtttttaattaaataaatcattttaaatagacattgtctctcagcttg
gi|4 : AAGTTACTT---GATATA-A---GAA-T---TCGTACGCGAAG-ATACACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAATTGAAATA--ATTTT---CTT-CCAC-AAAAGAATGAGC--CAGATCAGA-GTTCATA--T-ACCCATCTTATTAATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTAT-C-AATA--TATTCAA-G---TCCCG----AATAGTTTAATATTCAACT---AATTAAT-GCAATGTAGAA-A-GGCTTA-ATTGA-GCCAAAT--A-A-A---A-A-ATA-T---------T-----AATG--GTTC----C-TG-TT-A-C---CAA-A-CCATGCCTTA------------C-----GTA--CCCCC-CAAC-----CACC--------CCGGATCT----AA-CC----T----TTTT-------------CT-TCC-------AGAA-T-TTA-CATTT--TT---A-T--TT-G---C--ACTA----TC---GAT--A--------------TGTTGC-T-----C----GCCTG--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------TG-ATT---C--A--TTATATGATTTTC--AGTAATAGAC-TGG--TATCCCC-------A-TAT------TGCAA------------TTC----CATCTTCC-TTCAAAGCGAGAT-T-CAG--A-----A-----G--------------TTC-------TAGAATAGCAAC--TCA-GCTTT---GTGTATTTGTTCAAA--AGATAG-AGT-TCAATTTCAAAAAATGATGTTCCAGAA----ACATGTT------TAT--CAGC--------A------CT-------TTAC------AC------A---------T-----G---TATGTAAAGAATTTTTGGA------------------ATT-TTAACACT------CTTATTGATG-------------AAT--AT----T------C---A------TCTAA--GAAA---C--------AAAA---------A---TC----CTTTCTACCTACCTAGTTTGGA--T---------------------AAT--------G--A-----------------TGCAACGAAACCACATTTTTTTTTTATTT-GCCT
gi|40 : AC--AT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------TTTTTTTATTAAAGAAATCAT-------------------T------------------TGAATTGAAC--A--CTGTC---CTCTCAAAGTT-TAG-C-T-G--TATCCCCC-A
gi|41 : -------------------T-------------------T------------------TGAAAT---CGCA--TTGA----TTCTC--AGCTA--G-C-TGG--AATCCCCC-AATGTA-CATGATGTATGCAGAGCCTGC--AG
gi|42 : aCAAATAGA-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----T-GG-TT-G-C---
gi|43 : ctacctaccctagtttttggataagtgc-GCCAAATA-G-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTCTGCAT-GG-TT-A-C---ca
gi|44 : cctaccctatttttgataagagt-GCCAAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----C-GG-TT-A-C---C-a
gi|47 : tacctaccctatgtttgatcagag-GCCAAATA-A-A-AAAAA-A-ATA-T---------G-----TATG--GTTC----C-GG-TT-A-
gi|48 : -GCCAAATA-A-A-AA--A-A-ATA-T---------G-----CATG--GCTC----C-GG-TT-A-cta
gi|5 : gcaAACCCTCTGAC-AGCAATGTT---TCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGAACACATGTATA---GGTATGCG-TTATTGTATTTCCA-CAA--TCAAAA-TT--TATTTTTGA----T-CACATGT-GG-AT----GCAGCGCCCCC-T---------ATATTCT---ATCAT-----GGCCACAGTC-ATGGCTA---CTCA-GAGAGTAATATATA-GC-AATTTTC-AAG-CTC-CATATT-----TTTT--AATAAAACGCAATATAATTA-A-ATGTTTT--GCT---CATAAAA--------TAGATA-GTT-TAT----GAT-GAAT-----TCTTACCAT---T-TTAC----------GAAAAATATC--AAAAATG--TC-TAAA-ACAAGG-A-AG--ACAACTCTTA-CAA-T-TTTGTCAA--CATT-------CTAATAA----TAGAT--TT-TTAAATGCCATTTTAG---AA------ATAGTCA-CAATTCCTG----ATC---CAAC---GCT---TAAA--------ATTTAAATTT--CATTAAAAAGTG--AAAGAT--------ATATA--TATAAGGTTACTT--TGATATA-A-AGGAATTCT-TCG---GCCAAGCATA-ACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAAATGCAACA--ATTT-----TG-CCAT-AAA--AATGAGC--CAGATCAGA-GTTCAct
gi|6 : aagtggcagtctaatagaaaaccatgcaaa-GCCTAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----C-GG-TT-A-CA--C-G-A-CCTT-CCCTAGATAATAATTAAC-----ACA--CACACACACC-----CCAA---A----CC----TT----AA-ACCTTTT----TTTT-------------TT-TTC-------GGAATT-TTT-CAATT--TT---G-T--TTTG---C--ATTAA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-TAAT--T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------TTAATTAAAGAAATCATTTTGAATT---C--ACATTGT----TTCTC--AGCTA--G-C-TGGAATATCCCCT-AATTTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGC--AGTTTT----CAGATTCC-CTC-AAGTTAAACAT-CAG-AA-----A-----G--------------TCTAGGATTTTAGAATAGC-AC--TCA-GC-TT---GCGTATTTGTTCAAAGCGG-TAG-A-T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TAT--CA-CACATG---A------C--------TTACACATGTAC------A---------T-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCACCACTATCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------CAAAA------TAAAA--AAAA---T--------AAAATAAAAATACG---TA----C---CTACCC-----------A--TCCTATTTTTGATAAGAGCATAACCA-------G--AA----------------C-CA-------CACA---TTTTTTTATTTGGCCT
gi|7 : taataagG--GTTC----T-GG-TT-A-C---CCG-A-CCGT-CCTAA------------G-----ATA--CTCCC-C--C-----CCTC--------CC----CT----GA--CTTTTT----TTTTGGGGGGGGGGAGG-------------GGGATT-TTT-CAATT--TT---G-T--TTTG---C--ATTAA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------TTTGATTTTAAAAAATCATTT------------------TGAATT---C--ACATTGT----TTCTC--AGCTA--G-C-TGG--TATCCCCCCAAATTA-CATCATGCATGTAGAGCCTGC--AGTTTCAGGCCAGCTTCC-TTC-AAGTCAGATAT-CAGTAATATCTA-----GAATT----------T---------TAGAATAGA-AC--TCA-GC-TT---GCATATTTGTTCAAAGCAA-TTG-A-T-TGTATTTC-ATAAA---ATTTTCAGAA----ACATGTACATGTATAT--CA-A--------A---------------TTAC------AT------AGAATACTTAT-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TAATTACGGTAAAC---A------TCTGA--CCAA---C--------ACAA---------A---a
gi|7 : -GCCAAATA-A-A-AA--A-A-ATA-T---------G-----TGTG--ATTC----C-GG-TT-A-aacgaaataaaaaaaataatgaattaaaaatccctgcctacctaccctatttttaataagagcataaccggaatcacacatattttttttatttggcctt
gi|8 : ggttctggttacccgaccgtcctaagatactccccccctcccctgactttttttttggggggggggagggggatttttcaattttgttttgcattaattggacattgttgcttgttattttgattttaaaaaatcattttgaattcacattgtttctcagctagctggtatccccccaaattacatcatgcatgtagagcctgcagtttcaggccagcttccttcaagtcagatatcagtaatatctagaattttagaatagaactcagcttgcatatttgttcaaagcaattgattgtatttcataaaattttcagaaacatgtacatgtatatcaaattacatagaatacttatgtatgtaaagaaaagttggaaaacaagattgcatcactgtcaactttattgatgaattaattacggtaaacatctgaccaacacaaaaacgaaataaaaaaaataatgaattaaaaatccctgcctacctaccctatttttaataagagca-GCCAACTA-A-A-A---C-A-ATA-T---------G-----TGTG--ATTC----C-GG-TTAA-C---C-T-A-CCGA-CCTTA------------G-----ATAATACCCC-CGTC-----CTTT---ATTTTCC----GT----A----TTTTT----TTTT------------------------------TT-TT-----TT--TT---G-TTGTT-G---C--ATTCA--TTA---GAT--TT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A--------------------------------------------------T------------------CAGATTG--C--A----GT----TT-TC--AGCTctt
gi|8 : gCAGA--TTGC--AGTTTT----CAGCTTCC-TTC-AAGTAAAACATACGG-AA-----ATCTAGGATT-----------T---------TGGAATAGC-AC--TCA-TC-TT---GTATATTTGTTCAAAACAG-TAT-T-T-TGTGTTTC-ATGAATGAGTTTTCAAAA----ACATGTA------TAT--CA-CAGAACATGA------T--------TTTC------AC------A---------T-----G---TAAGTAAAGAAATGTTGGAATTT-AACA-------AAATT-GCATCGCTGCCAACTTTATTAATG-------------AAT--CA----A------A---A------TCTGA--T------C--------AAAA---------A---tccttcaagtaaaacatacggaaatctaggattttggaatagcactcatcttgtatatttgttcaaaacagtattttgtgtttcatgaatgagttttcaaaaacatgtatatcacagaacatgattttcacatgtaagtaaagaaatgttggaatttaacaaaattgcatcgctgccaactttattaatgaatcaaaatctgatcaaaaaagtagataaataaaaagataaaataaattccccgcctactctatttttgaatagtccgtaaccggcaccacacattattttcgt
gi|8 : ggccaactaaaacaatatgtgtgattccggttaacctaccgaccttagataatacccccgtcctttattttccgtatttttttttttttttttgttgttgcattcattagattttgttgcttgttat-A---A-A-ATAAT---------G-----TGTG--GTGC----C-GG-TT-A-C---agtagataaataaaaagataaaataaattccccgcctactctatttttgaatagtccgtaaccggcaccacacattattttcgt
gi|9 : ggccaactaaaacaatatgtgtgattccggttaacctaccgaccttagataatacccccgtcctttattttccgtatttttttttttttttttgttgttgcattcattagattttgttgcttgttatcagattgcagttttcagcttccttcaagtaaaacatacggaaatctaggattttggaatagcactcatcttgtatatttgttcaaaacagtattttgtgtttcatgaatgagttttcaaaaacatgtatatcacagaacatgattttcacatgtaagtaaagaaatgttggaatttaacaaaattgcatcgctgccaactttattaatgaatcaaaatctgatcaaaaaagtagataaataaaaagataaaataaattccccgcctactctatttttgaatagtccCCTCTGAC-AGCAAGATTCTT-CAAATTGGTTCTTTT-GCCT-TGAACA-ATGAATG---GATA--CA-TTATTGTATT--CACCAAATTTAAAA----ATATTATTGGTGAAT-CACATAT-GAGTT----GCATCGCCACC-T---------ATATTTC---ATAAT-----GGCCACAGTC-AT-GCTA---TTCA-GAAA--AAAGTATA-GC-A-TTTTCAAAG--TC-CATATT-----TTT-A-AATATAACG-AATATAAATA-A-ATGTTTTGGTCG---AATA-----------T-TATAAGTT-TAT----GAT--AAT-----CATT-CCAT---T-TCAC-CCA-----AAAAAAAT-TCTAAAAAATGGTTCTTCAA-ACAAGGAA-AG--ACAATTCTTA-CAATTATTTGT-AAC-CATT-------CTAAAAA----TTACTA-TT-TTCAA-GCCAATTTAG----A-----CATATTCC-CCATTTCCT----ATC---CAAC---GGT---TAAA--------TTTTAAAATTAACATTAGAAA-cgt
blockSeqs : T C T T G C CTT T T T AT TTT AT TGAA G TG TCAAGA A A GATATCCAA CTTA CGAGT ATG T GAC T A G G T T T TC A TTCTG TAC T T A A T . TTGCTCATTAAAAGGTACGCAT A G CTGG CG CGTAA A GTG A C CTATTTGT A GT TTC C G CA A TTA C TA GTCTAAC ATTATAATTAA A T A CTTAAGCTCTC T A C C TGGG TTT TCG ATA CGAATCTA AA G G GT TACCACTCATTAGC A ACT TATA GTTTG GAG C C C T CG C A TT TTTTGCTTG T AG . G TT T A A T A C TTTCA T G A TT A . TTC ATGA TT A TTA T A AGGCT AT G G G C . AAA T T A TTTATAATAGTTACC GC TGCA C T A C GCG A G T G G GATAATAATTAAC AC A ATCAATTA TATTTT GGAT CCCC CACTT AAA GGGGGGGGGGAGGGG A TA T GG TCGG TG T CCC AA TAAT GAA TT CCACTTTTTTGAGG A GGCTA TTTG CC ATTTTTTTATTAAAGAAATCATT TCACATTGTGCTA AA TA A T AA CC AT C G A GAG . AGGC CC A C A A TA AGTCAATTATTTTAGAT A AG A T TTA G A CA C A ACAT CATGTA GG G ACAACATGAC ACATGT TTGTAT GAATACTTA ATACA ACT TTT AGATTTT C ACCAAAAAAAAAA TA ATTACGGTAAA AAA AAAAAG CCAA CATTTTTTT TAAAAATAC AAT CCAG TTT ACTTACCCTATTTTTGATAAGAGCATAACCGGAACCA TAT G
blockSeqs : . T T T . T . T . T AT TTA CC TGAA . T GTT A . . C . CAC T . . A G T T . A C . . TA A G A A . . GCTCATAAAATA A . . G . A . . C AACA A GT TAC . . . . TTA G C . TTACTA . T A AC A . C T . . . . . AA A . C ATATAT A T CA TTCT TAC G C C . . . T . TTCTT . AG . G . . A T T A C . A C A . A . T . TT A . T . AGGCT AT T . . . . A . . A A . . . . . . A A . . G G CGCATA AT . GCC TGATA GGAT . AACA . TTTCCGCGCTTTGG . TT G . GT . T . . AA . . T . AAT . CC ATTTTGATTTTAAAAAATCATTT CATTATATGA . TA A . . C AG . G A GAG . . C A C A . A AAATCTATGATAT A . . T . G A AG . A . . . G ACAACATGAC CGTAC . . . . . . . A . A . . AA TTTT TAAAT . . TTT ACCCAATTTTTGATAAGAGCGTAACCGGAACCA TTT G
blockSeqs : . C . T . C . T . T . TT TT T . T GTT C . . T . ATG T . . G G T . . A C . . AA C C A A . . GCTAATAAAAT . . . A . A . . A CCA . GT TAA . . . . TT C C . TTACTA . T T AA T . A A . . . . . A T . . ATATA A T AA T TAC G . . . . . T . TTCTT . AG . . . . . T . A G . A A A . . . C . . . . . . GCG TT G . . . . A . . . G . . . . . . . C . . G . GTTA . . CCC CC . . ACTT . CTGGAGG . A T . GT . T . . CA . . T . . . . ATTTTAATTAAAGAAATCATTT CATTATATGA . TA . . . C AT . G A GAG . . C . T A . A AGTCAATGTTTT . . . . . G . AG . . . . . . ACAACATGAC . . . . . . . . . . C . . CA CAAA . . . . ATCCTATTTTTGATAAGAGCATAACCAGAACCA TTT G
blockSeqs : . C . . . . . . . . . TT AT T . T TT A . . T . AT T . . G G A . . . . . . A A C C T . . GGTCGAATAT . . . G . . . . T CCA . . TTC . . . . T . . . TAGAT . . A AA G . A T . . . . . A A . . A T . C . . . . . A . TTG . . . . . . . T . A C . A A A . . . T . . . . . . GA T A . . . . . . . . T . . . . . . . . . . A . GATT . . CCT GA . . ACCT . CTTCCAG . T A . G . T . . GT . . T . . . . TTATTAAAGAAATCATTT GAACACTGTC . TA . . . C TG . G . AG . . C . G A . A AGTCTAGGATTT . . . . . G . A . . . . . . ACAACATGAC . . . . . . . . . . C . . CC A . . . . ACCTAGTTTGGATAATGATGCAACGAAAC TA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . TC C . . C . AT . . . A . G . . . . . . T A . A A . . GGTCGAATAT . . . . . . . . C . . . TA . . . . T . . . TATA . . A AC T . A T . . . . . . G . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . TG A G . . . . . . . . G . . . . . . . . . . T . GC . . AAC CG . . ATC . CTTCCAG . T T . G . . . . AA . . T . . . . AAAAAACTTATTTT CACATTGT . . . . . C TT . C . GA . . C . G A . A TATCTAGAATTT . . . . . G . A . . . . . . ACAACATGAC . . . . . . . . . . C . . CA C . . . . ACCTAGTTTGGATAATGATGCAACGAAAC TA .
blockSeqs : . A . . . AT A . . . . . . . . . . . A T . A . . . ACTCAATAA . . . . . . C C . . . . . . . . . . . . . . . . . GG A . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . T . C . . AAC GA . . CAT . TTTTCGG . A A . A . . . . AT . . T . . . . GAATGCATT GATATTAT . . . . . C AT . . . A . . C . T A . A ATCTAGGATTT . . . . . G . A . . . . . . AGAACATGAT . . . . . . . . . . C . . CC T . . . . TACTGACC .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . . A . C . . ACC AA . . CTT . TTCT . T A . G . . . . GT . . T . . . . ATTC CGCATTGA . . . . . T . . . A . . . . C . . A AGTTC . . . . . G . A . . . . . . AACATGAC . . . . . . . . . . C . . AA C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . T . C . . GTC C . . CC . CTT . T T . A . . . . AA . . T . . . . ATTG CACATTGT . . . . . . . . . . . . A . . . AGTTC . . . . . G . A . . . . . . AATATGAC . . . . . . . . . . C . . GA C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . G . . CC A . . AC . GT . A A . G . . . . AA . . T . . . . ATTT CACATTGT . . . . . . . . . AGT . . . . . A . A . . . . . . ACATGAC . . . . . . . . . . C . . CC C . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . G . G . . G C . . CC . . . T A . G . . . . CA . . T . . . . ATTT GCAGT . . . . . . . . T . . . . . . ACT . . . . . . . . . . T . . GA T . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . C C . . TT . . . T . . G . . . . A . . T . . . . ATTT . . . . . . . . . ACT . . . . . . . . . . C . . AA C . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . ATTT . . . . . GC . . . . . . . . . . T . . CC C .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . ATTT . . . . AC . . . . . . . . . . C . . T
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . AT . . . . AC . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : TT** TGAA ATG* C* TA* GCTCGTAAAATAT************ GT TNC TT* TTANTA***** AN********* A* NA** TCT** TAC TTCTT**** AG ** GGGCT** ACTT* **** CTTGG*********************** CACATTGT********* ** ** AGTCATGATTT************************* ACAACATGAC************** **** TNT
originalCons : AACCCTCTGAC-AGCAAGGTTCTTTCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGAACACATGTATA---GGTATGCG-TTATTGTATTTCCACCAA--TCAAAA-TT-ATATTATTGAT---T-CACATGT-GA-TC----GCAGCGCCACC-T---------ATATTCC---ATCAT-----GGCCACAGCC-AT-GCTA---TTCA-GAGAGTAAANTATA-GC-AATTTTCAAAG-CTC-CATATT-----TTTTA-AATAAAACGCAATATAAATA-A-ATGTTTT--TCG---AATAAAA--------T-GATA-GTT-TAT----GAT-GAAT-----TCTTACCAT---T-TCAC-CCA-----AAAAAAAT-TCTAAAAAATGGTTCTTNAA-ACAAGGAA-AG--ACAACTCTTA-CAATT-TTTGTCAAC-CATT-------CTAAAAA----TAANTA-TT-TTTAATGCCAATTTAG---AA-----CATANTCC-CAATTCCCG----ATC---CAAC---GCT---TAAA--------ATTTAAATTTAACATTANAAA-TG--AAGAGT--------ATATA--AATAAGGTTACTT--TGATATA-A-AGGAA-TCT-TCGTACGCGAAGCATACACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAAATGCAACA--ATTTT---CTT-CCAC-AAAAGAATGAGC--CAGATCAGAGGTTCATA--T-ACCCATCTTA-TAATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTATACAAAGA--T-TTCAA-G--CCCCCG----AATAG--TAAT-TTCAACT---AA-TAAT-GCAATGCAGAA-G-G---TATATTGA-GCCAAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----C-GG-TT-A-C---C-A-A-CCGT-CCCTA------------C-----ATA--CCCCC-CGCC-----CCCC---A----CC----CT----AA-ACTTTTT----TTTT-------------CT-TCC-------GGAATT-TTT-CANTT--TT---G-T--TT-G---C--ATTNA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------TGAATT---C--A--TTGT----TTCTC--AGCTATAG-C-TGG--TATCCCCC-AAATTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGC--AGTTTC----CAGCTTCC-TTC-AAGTCAGACAT-CAG-AA-----A-----G--------------T---------TAGAATAGC-AC--TCA-GC-TT---GCGTATTTGTTCAAAGCAG-TAG-A-T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TAT--CA-C--------A------C--------TTAC------AC------A---------T-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--NAAA---C--------AAAA---------A---TC----C---CTACCT-----------A--T---------------------ACC--------G--A-----------------C-CA-------CACATATTTTTTTTATTTGGCCTT
finalCons : AACCCTCTGAC-AGCAAGGTTCTTTCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGAACACATGTATA---GGTATGCG-TTATTGTATTTCCACCAA--TCAAAATT--ATATTATTGATGAAT-CACATGT-GA-TC----GCAGCGCCACC-T---------ATATTCC---ATCAT-----GGCCACAGCCATG-GCTA---TTCA-GAGAGTAAANTATA-GC-AATTTTCAAAGC-TC-CATATT-----TTTTA-AATAAAACGCAATATAAATA-A-ATGTTTTGCTCGTAAAATAT------------GATA-GTT-TAT----GAT-GAAT-----TCTTACCAT---T-TCAC-CCA-----AAAAAAAT-TCTAAAAAATGGTTCTNCAA-ACAAGGAA-AG--ACAACTCTTA-CAATT-TTTGTCAAC-CATT-------CTAAAAATTANTA-----TT-TTTAATGCCAATTTAGAN---------ATANTCC-CAATTCCCG----ATC---CAAC---GCT---TAAA--------ATTTAAATTTA-CATTANAAA-TG--AAGAGT--------ATATA--AATAAGGTTACTT--TGATATANA--GGAATCT--TCGTACGCGAAGCATACACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAAATGCAACA--ATTTTCTT----CCAC-AAAAGAATGAGC--CAGATCAGAGGTTCATA--T-ACCCATCTTA-TAATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTATACAAAGA--T-TTCAA-G--CCCCCG----AATAG--TAAT-TTCAACT---AA-TAAT-GCAATGCAGAAGGGCT--TATATTGA-GCCAAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----C-GG-TT-A-C---C-A-A-CCGT-CCCTA------------C-----ATA--CCCCC-CGCC-----CCCC---A----CC----CT----AAACTT-TTT----TTTTCTTGG-----------------------AATT-TTT-CANTT--TT---G-T--TT-G---C--ATTNA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------T-------------------T-------------------T------------------TGAATTCACATTGT---------TTCTC--AGCTA--G-C-TGG--TATCCCCC-AAATTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGC--AGTTTC----CAGCTTCC-TTC-AAGTCAGACAT-CAG-AAAGTCATGATTT-------------------------TAGAATAGC-AC--TCA-GC-TT---GCGTATTTGTTCAAAGCAG-TAG-A-T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TAT--CA-CACAACATGAC--------------TTAC------AC------A---------T-----G---TATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--NAAA---C--------AAAA---------A---TC----C---CTACCT-----------A--T---------------------ACC--------G--A-----------------C-CA-------CACATNTTTTTTTTATTTGGCCTT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): AATTTTGAAAATACTTTGTCCACAAAAAAATCTCAACCTACCTACCCTTTTTCTGAAAAGAATGTAATAGGAACCATAAATTACGTTTACTTGGCCTTA
Unaligned ( gi|34 ): AAAAAAAATATTAAAAAAAAAAATTCTCGCCTACCGACCTCATTTTTTTCCAGAGTGACAGAAAACCACATATTCTTTTTTTTGGC
Unaligned ( gi|45 ): ATAAAGTGATAGTCTAATAGAAAACCATGCAAATTAAACCC
Unaligned ( gi|46 ): AAGTGGCAGTCTAGTAGAAAACCATGCANGGACATCTGA
Unaligned ( gi|49 ): CTTAAATGGCAGTCTAATAGAAAACCATGCAAAACC
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 111 11 2222 2222222 1 222222222 1111 11111 1 1 1 11 11111 1 1 2222222222222222 1 1111 11 11111 111 222222222 1 11 11 1 1 1 222 111111 1111 11111 11 22222222 1111 111 111 111 22222222 1 22 333333333333333 111 1111 22222 222 1 1 11 11 222222222 11 1 11 1 1 11111 1 1 1 111 1111 11 1 111 1 22222 111111111111111 1 444444444444444444 11111111 222222222 1111 1111 1111 666666666666666666666666666 1 1111 11111111111111 11111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 11 222222222 1111111111111 111111111111 222222222 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111
lowQualScore : 6 1 5 7 6 9 111 7 6 7 88 0000 0000000 6 3 0 1 5 222222222 0000 44444 5 8 5 5 4 4 1 3 6 1 33 6 44444 8 5 1 0 77 8 1 8888888888888888 1 5 2222 22 44444 7 111 6 111111111 3 55 88 11 6 99999 6 3 5 0 222 99 999999 3333 66666 44 3 7 44444444 1 5 1 2 2222 000 000 000 00000000 1 7 1 6 33 0 999999999999999 3 666 7777 88888 111 3 0 5 8 11 8 1 11 444444444 8 55 11 5 0 11 8 5 7 3 2 66666 2 0 5 0 77 1 5 666 2222 55 3 000 1 5 77777 5 8 2 4 2 777 2 2 4 000000000000000 22 4444 2 4 2 666 0 3 3 2 6 111111111111111111 88 3 22222222 000000000 4444 7777 4444 2222 333333333333333333333333333 3 55 5 44 77777 33 1 555 33 2222 555 33 66666666666666 2 11111 5555 77 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 3 66 6 5555 555 33 55 8 4 55 55 33 4 5 4 55 0 66 9999 4 1 8 1 5 3 3 888888888 88888 8888 6 3 0 1 6 777 3 6 5555 777777 5 3 66666 777777 777777 66666 9999 7777777 2 6666666666666 33 88888888888 444 777777 6666 777777777777 000000000 555 9999 555 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 666 6
lowQualScore : . . . . . . ... . . . .. .... ....... . . . . . ......... .... ..... . . . . . . . . . . .. . ..... . . . . .. . . ................ . . .... .. ..... . ... . ......... . .. .. .. . ..... . . . . ... .. ...... .... ..... .. . . ........ . . . . .... ... ... ... ........ . . . . .. . ............... . ... .... ..... ... . . . . .. . . .. ......... . .. .. . . .. . . . . . ..... . . . . .. . . ... .... .. . ... . . ..... . . . . . ... . . . ............... .. .... . . . ... . . . . . .................. .. . ........ ......... .... .... .... .... ........................... . .. . .. ..... .. . ... .. .... ... .. .............. . ..... .... .. ................................................................................................. . . .. . .... ... .. .. . . .. .. .. . . . .. . .. .... . . . . . . . ......... ..... .... . . . . . ... . . .... ...... . . ..... ...... ...... ..... .... ....... . ............. .. ........... ... ...... .... ............ ......... ... .... ... ............................................................................... ... .
lowQualScore : 7 0 5 3 7 3 777 3 7 3 33 3333 5555555 7 3 7 3 7 999999999 4444 33333 7 6 7 7 0 3 0 3 7 7 33 7 33333 7 7 9 1 99 7 4 1111111111111111 4 7 1111 33 33333 3 777 7 888888888 3 77 00 88 7 22222 7 3 5 8 777 22 222222 7777 77777 00 5 5 22222222 0 7 3 7 1111 000 000 000 77777777 4 3 0 7 88 2 555555555555555 2 555 5555 88888 000 2 0 0 0 00 0 4 00 888888888 0 88 00 0 8 00 0 4 3 3 5 77777 1 6 0 7 99 4 7 777 1111 77 3 000 4 7 66666 0 9 2 4 1 999 1 1 2 222222222222222 88 2222 0 2 1 555 0 3 3 3 7 444444444444444444 55 1 11111111 444444444 2222 1111 3333 9999 444444444444444444444444444 1 88 1 22 44444 99 4 000 99 0000 000 77 55555555555555 7 33333 7777 33 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 3 99 7 0000 888 88 55 0 0 55 66 88 4 6 9 88 2 11 4444 4 1 9 9 7 6 6 333333333 33333 8888 7 3 1 0 7 222 3 2 3333 222222 0 3 22222 222222 222222 22222 1111 6666666 5 2222222222222 77 88888888888 777 777777 0000 555555555555 000000000 888 4444 666 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 444 7
consensus : AACCCTCTGAC-AGCAAGGTTCTTTCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGAACACATGTATA---GGTATGCGTT-ATTGTATTTCCACCAA--TCAAAATT-ATATTATTGGTGAAT-CACATGT-GA-TCGCAGCGCCACC-T---------ATATTCC---ATCAT-----GGCCACAGCC-ATG-CTA-TTCA-GAGAGTAAANTATA-GC-AATTTTCAAAG-CTC-CATATT-----TTTTA-AATAAAACGCAATAT--AAATAA-ATGTTTTGCTCGT-AAAA------TATGATA-GTT-TAT----GAT-GAAT-----TCTTACCAT---T-TCACC-CA-----AAAAAAAT-TCTAAAAAATGGTTCTACAA-ACAAGGAA-AG--ACAACTCTTA-CAATT-TTTGTCAAC-CATT--CTAA------AAATTANTATT-----TTTAA-TGCCAATTTAGANA--------TANTCC-CAATTCCCG----ATC---CAAC---GCT---TAAA--------ATTT-AAATTTACATTANAAA-TG--AAGAGT--------ATATA--AATAAGGTTACTT--TGATATAAA--GGAA-TCT-TCGTACGCGAAGCATACACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAAATGCAACA--ATTTT---CTT-CCAC-AAAAGAATGAGCC--AGATCAGAGGTTCATA--T-ACCCATCTTA-TAATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTATACAAAGA--T-TTCAA-G--CCCCCG----AATAG--TAAT-TTCAACT---AA-TAAT-GCAATGCAGAANGGCTTATATTGGGCCAAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----C-GGTT-A-C---C-A-A-CCGT-CCCTA------------C-----ATA--CCCCC-CGCC-----CCCC---A----CC----CT----AA---ACTTTTT----TTTTC------T----G--GA----------ATT-TTT-CANTT--TT---G-T--TT-G---C--ATTNA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A-----------------------T-------------------T-------------------T------------------TGAAT-T-CA-CAT-TGT----TTCTCAG---C--TA--G-C-TGG--TATCCCCC-AAATTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGCAG--TTTC----CAGCTT-CCTTC-AAGTCAGACAT-CAG-AAA-GTC-A-TGATTTTAG-----AATAG--C-ACTCAGC-TT-GCGTATTTGTTCAAAGCAG-TAG-A-T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TATCA-CACAACATGACT-----TAC------AC------AT-----GTATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--NAAA---C--------AAAA---------A---TC----C---CTACCT-----------A--T---------------------ACC--------G--A-----------------C-CA-------CACATATTTTTTTTATTTGGCCTT
Reference ( family-3143 ) : AACCCTCTGAC-AGCAAGGTTCTTTCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGAACACATGTATA---GGTATGCGTT-ATTGTATTTCCACCAA--TCAAAATT-ATATTATTGATGAAT-CACATGT-GA-TCGCAGCGCCACC-T---------ATATTCC---ATCAT-----GGCCACAGCC-ATGGCTA-TTCA-GAGAGTAAANTATA-GC-AATTTTCAAAG-CTC-CATATT-----TTTTA-AATAAAACGCAATAT--AAATAA-ATGTTTTGCTCGT-AAAA------TATGATA-GTT-TAT----GAT-GAAT-----TCTTACCAT---T-TCACC-CA-----AAAAAAAT-TCTAAAAAATGGTTCTNCAA-ACAAGGAA-AG--ACAACTCTTA-CAATT-TTTGTCAAC-CATT--CTAA------AAATTANTATT-----TTTAA-TGCCAATTTAGANA--------TANTCC-CAATTCCCG----ATC---CAAC---GCT---TAAA--------ATTT-AAATTTACATTANAAA-TG--AAGAGT--------ATATA--AATAAGGTTACTT--TGATATANA--GGAA-TCT-TCGTACGCGAAGCATACACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAAATGCAACA--ATTTT---CTT-CCAC-AAAAGAATGAGCC--AGATCAGAGGTTCATA--T-ACCCATCTTA-TAATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTATACAAAGA--T-TTCAA-G--CCCCCG----AATAG--TAAT-TTCAACT---AA-TAAT-GCAATGCAGAAGGGCTTATATTGAGCCAAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----C-GGTT-A-C---C-A-A-CCGT-CCCTA------------C-----ATA--CCCCC-CGCC-----CCCC---A----CC----CT----AA---ACTTTTT----TTTTC------TT---G--GA----------ATT-TTT-CANTT--TT---G-T--TT-G---C--ATTNA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A-----------------------T-------------------T-------------------T------------------TGAAT-T-CA-CAT-TGT----TTCTCAG---C--TA--G-C-TGG--TATCCCCC-AAATTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGCAG--TTTC----CAGCTT-CCTTC-AAGTCAGACAT-CAG-AAA-GTC-A-TGATTTTAG-----AATAG--C-ACTCAGC-TT-GCGTATTTGTTCAAAGCAG-TAG-A-T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TATCA-CACAACATGACT-----TAC------AC------AT-----GTATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--NAAA---C--------AAAA---------A---TC----C---CTACCT-----------A--T---------------------ACC--------G--A-----------------C-CA-------CACATNTTTTTTTTATTTGGCCTT
gi|1 : AACCCTC-GGC-AGCAGGGTTCTTTCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGA-CACATGTATA---GGTATGCGTT-TTGGTATTTC-ACCAA--TCAAAATT-ATATTATTGAT---T-CACATGT-GA-TCGCAGCGCCCCC-T---------ATATTCT---ATCAT-----GGCCACAGCC-ATG-CTA-TTCA-GAGAGTAAATTATA-GC-AATTTTCAAAG-CTC-CATATT-----TTTTA-AATAAAACGCAATAT--AA-TAAGATGTTTCTCACAT-AAAA------T--GATA-GTT-TA-----GAT-GAAT-----TCTTACCAT---T-TT----CA-----AAAAAA---TATCAAAAATG--TCTA-AA-ACAAGGAA-AG--ACAACTCTTA-CAATT-TT-GTCAA---ATT--CTAA------ATATAGAT-TT-----TTTAA-TGCCA-TTTAGA-A--------TAATCC-AAATTCCTG----ATC---CAAC---GCT---TAAA--------ATTT-AAATTT-CATTATAAA-TG--AAGAGT--------AT-TA--AAT--GGTTACTT--TGATATAAA--GGAA-TCT-TCG---GCAAAGCATCAACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAAATGCAACA--ATT----------CAC-ATAA-AATGAGCCTCAGAT-AGAGGTTCA-A--T-ACC--TCT-A-TA-TTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAA-TTATACAAAGA--T-TTCAATG--CTCCCG----AATAG--TAAT-TTCAACT---AA-TAAT-ACAATGCAGAATGA--TATATT-AGCCAAATA-ACATA---A-A-ATA-T---------A-----TGTG--ATTC----C-TATT-A-C---C-A-A-CCAT-CCTTA------------T-----ATA--CCCCC-CACC-----CCCC---A----TC----CT----AA---ACCTTTTGAAGTTTTC------TCCCCA--GA----------ATT-TTA-CATTT--TT---G-T--TT-G---C--ACTCA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-T-----T----A--TT--------------A-----------------------T-------------------T-------------------T------------------TGAAT-T-CA---T-TGT----TTCTCAG---C--TATAG-C-TGG--TATCCCTC-AAATTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGTAGAGTTTC----CAGTTT-CCTTC-AAGTCAGATAT-CAG-AAA-GT----------TAG-----AATAG--C-ACTCAGC-TT-GTGTATTTGTTCAAAATAG-TAG-A-T-TCAATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TATCA-CAC--------T-----TAC------AT------AT-----GTATGTAAAGAAAAGTTGGAATTTTAACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTAA--GAAA---C--------AAAA---------A---TC----C---TTACCT-----------A--T---------------------ACC--------A--A-----------------C-CA-------CACA-ATTTTTTTTATTTGGCCTT
gi|10 : CCTCTGAC-AGCAAGATTCTT-CAAATTGGTTCTTTT-GCCT-TGAACA-ATGAATG---GATA--CATT-ATTGTATT--CACCAAATTTAAAA---ATATTATTGGTGAAT-CACATAT-GAGTTGCATCGCCACC-T---------ATATTTC---ATAAT-----GGCCACAGTC-ATG-CTA-TTCA-GAAA--AAAGTATA-GC-A-TTTTCAAAG--TC-CATATT-----TTT-A-AATATAACG-AATAT--AAATAA-ATGTTTTGGTCG----AA------TATTATAAGTT-TAT----GAT--AAT-----CATT-CCAT---T-TCACC-CA-----AAAAAAAT-TCTAAAAAATGGTTCTTCAA-ACAAGGAA-AG--ACAATTCTTA-CAATTATTTGT-AAC-CATT--CTAA------AAATTACTATT-----TTCAA--GCCAATTTAGACA--------TATTCC-CCATTTCCT----ATC---CAAC---GGT---TAAA--------TTTTAAAATTAACATTAGAAA-a
gi|11 : ggccatctaataaaaaaaaaccatgcaaGCCAATTT-A-A-A---A-GTATAAT---------A-----TGTG--GTTC----CCGGTT-A-C---C-AGA-CCGT-CCCTA------------GTTA--ATA--CCTTC-T-CC-----CCCTGATA----CC----CT----AT---A-TCCTCAAA-CTTTC------TG---GAGGA----------ATT-ATTACATTT--TTTCGG-T--TT-T---A--ATTTAATTTG---G-CTTAT-------------TATT---T-----T----G--ATGA------------A-----------------------TGCA----------------T-------------------T------------------TGAAT-T-CA-CAT-TGT----TTCACAG---C--TA--G-A-TGG--AGTCCCCC-AAATTA-CATGATGC-T---AAGCTTGCAG--TTGT----CAGCTTCCCTTC-AAATCA-AC-T-CAGAAAA-ATCTA-TGATATTGG-----AATAGGAC-AGCTAGC-TC-TCGTATTGTTTCAAAGCAG-TAGCA-TCTATA---C-ATATACGAGTTTTCAGAA----ATGTGTA------TATCA-CGCAACATGA
gi|12 : aagTGCAG--TTTC-----AGCTT-C-TTC-AAGTCAGACAT-CAG-AAA-GTC-AATTATTTTAGATTAGAATAG--C-ATTCAGC-TT-GCATGTTTGCTCAAAGCAG-TAG-A-T-AGTACTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGCA------TATTA-CACAACATGACT-----TAC------AC------ATATACAGTATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACAAGATTTTAGATT-GCATTACTGTCAACTTTATTGATGACCAAAAAAAAAAAAT--AA----A------T---A------AATAA--AAAATTTT--------AAAA---------A---TC----C---CTACCT-----------ACTT---------------------ACCCTATTTTTG--ATAAGAGCATAACCGGAAC-CA-------TACATA-TTTTTTTATTTGGCCT
gi|13 : AGCCCTCTGACTAGCAAGGATTCTTCAAATTGGTTATTTTTACCTGTGAACACATGTATACTTGGTATGCGTTTGTTGTATTTCCACCAA--TCAAACTT--TAT-ATTG-TGATTGCATATG--GA-TTGCAGCGTCACCAT---------ATATTCT---ATCAT-----GGCCACAGCC-ATGGCTA-TTCATGAAGGTAAATCATATGCTATTTTTCAAAG-CTCACATTTTTTCTGTTTTACAATAAACCATTATAT--AAAAAA-AATTTTTACTC-----AA------TAAGATA-GTT-TAT----GAT-GAAT-----TCT
gi|14 : taagtgacagtcccttaatagaaaaccatgcaaattaaAGACAT-CAG-AAA-GTC-AATGTTTTTAG-----AATAG--C-ATTCAGT-TT-GCATATTTGCTCAAAGCAG-TAG-A-T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAG----ACATGCA------TATGG-CACAACATGACTTACCGTAC------AC------AT-----ATATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTCATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--CAAA---A--------AAAA---------A---a
gi|14 : CCAAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TATT--GTTC----C-GGTT-A-C---ataataaaaataaataaataaaaaataaatctctacctacctaccctatctttgataagagtgtaaccggaacaatacatatttttttatttgg
gi|15 : agacatcagaaagtcaatgtttttagaatagcattcagtttgcatatttgctcaaagcagtagattgtatttcataaatgagttttcagagacatgcatatggcacaacatgacttaccgtacacatatatgtaaagaaaagttggaaaacaagattgcatcactgtcaacttcattgatgaattaccatctgacaaaaaaaaaataataaaaataaataaataaaaaataaatctctacctacctaccctatctttgataagagt----CAGCTT-C-TTC-ATGTTAGACAT-CAG-AAA-GTC-AATGATTTT---------TAA--G-ATT-----TTAGAATATTTGCTCAATGCAG-TAG---T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGCA------TATTA-CACAACATGACT-----TAC------AC------AT-----GTGTGGCAAGTAAAGTTGTAA----AACA-------AGATG-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--CCAA---C--------AAAA---------AAATTCCCAGC---CTACCT-----------A--CCCAATTTTTGATAAGAGCGTAACC--------GGAA-----------------C-CA-------TACATA-TTTTTTTATTTGACC
gi|16 : TT-----TTTTA-AATACAACGGAATAT--AA-TAA-ATGGTTTGCTAAT-AAAA------T--GATA-GTT-TAT----GCT-AAAT-----TCTTACCAT---TATCACAACA-----ACAAAAAT-T--AAAAAATG--TCTACAA-ACAAGGAA-AT--ACAACTCTTA-CAATT-TT-GTCAAA--ATT--CTAG------AAAT--ATATT-----TTTAA-TGCCAATTTAGAAA--------TAATCA-CCATTCCTG----ATC---CAAC---GTT---TAAA--------ATTT-
gi|17 : AACCCTCTGAC-AGCAAGGTTCTT-CAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGAACATATGTATA---GGTATGCGTT-ATTGTATTTCCACCAA--TCAAAATTAATATTAT-----GAT-CGCATGTGGA-TCGCAGCGCCCCC-T---------ATAT------ATCAT-----GGCCACAGCC-------A-TTCA-GAGAGT
gi|18 : aagtggcagtctagtagaaaaccatgcaaTATGTAAAGAAAAGCTGGAA----AACA-------AGATT-GAATCACTGTCAACTTCATTAATGA------------AATTATA----C------C---A------TCTGA--CA
gi|18 : GCCAAATA-A-A-G---A-A--TA-T---------T-----TATG--GTTC----C-TGTT-A-C---cccccaaaattattttttttaaattccctacctaccctatttttagtaagagcgtaacaggaaccataaatattctttatttggcc
gi|19 : tatgtaaagaaaagctggaaaacaagattgaatcactgtcaacttcattaatgaaattataccatctgacacccccaaaattattttttttaaattccctacctaccctatttttagtaagagc---C-A-A-C--T-TCCTA------------CGCATAATAACCCCCC-CGCC-----CCCC---C----CC----CCCCCCAAC--ACTTTTT----TTTTT------TC---T--AA----------TTT-TTT-CAGTT--TT---GTT--TT-GCCCC--ATGAA--TTG---GAC--A--------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A-----------------------T-------------------T-------------------C------------------TGAc
gi|2 : aGCAGCGCCACC-TGATATCCAAACATTCCTTAATCATCGAGTGGCCACAGCCCACGCAGACTTCA-GA-AGTAAATTATATAC-AATTTTCAAAATCTC-CATATT-----TTAAA-AATAAAACACAATATCTATATAACACTTTTTGCTCATTAAAAGGTACGCATAAGA-GTCGTATCTGGGATCGACTCGTAATCTTACCATGTGT-TAAAC-TATTTGTAAATAAATATCTAAAGAGTTGT-CTAAAACACAAAGAAGAGCAACCACTCTTAACAATT-TTTGTGAATACATTGTCTAACCCAAAAAATTATAATTAATTATTTAA-TGCCTATTTGCTTAAGCTCTCTTATTACACAATTCCAGTGGGATTTTTCAACTCGGCTATATAAACGAATCTAATTT-ACATTTATATCAAAAG-TGC-AAGAGTTACCACTCAT-TAGCAATAAG--TGCTTACTGATATATATAGGAAGTTTGTCGGAGCCCAAGCATA-ACATATGATTTTATCGAGCGTTGCACAAAATGCAACATTATTTTTTGCTTGCTACTGAAAGAATGAGCA--AGATCAGAGGAGCGTATTT-ACCC-TCATA-T-ATTAAATA-GTCACATAGTTTTTCAATTGTAATTAACGCAAACATTT-TTCAA-ATTCCCCTGATGAAGTAG--TAAT-TTCGACTTTAAA-TAATAATAATGCAGAA--GCGTATATT-ATCCAAATA-C-A-A---GTA-ATA-TTTTATAATAGTTACCTGTGGCGTTT----C-GGGA-G-CGCGC-A-ATTTGT-CCCTAG-----------C-----ATA---CCCC-TATCAATTACCTG---A----GC----CT----AAAACATTTTTT----CTTTCCGCGCTTT---G--GA----------ACTATAA-CATTTGGTT-----T--TT-G---C--ACTCA--TTGGAAGAC--ACCACTTTTTTGAGGTGTTGTAT-----TTTTGG--TT--------------AAAAAACTTAT-------------T-------------------T-------------------T------------------TGAATCT-CA-CAT-TGTGCTATCGTCAG---CTATA--G-CTTGG--T---CCCC-AAAGTACCATGAttaaatatcattttgattcaacattgtctc
gi|20 : ttattttcctgatttaggtagatcaagaATTATCCAAAGA--T-TTCAA-G--TCCCCG----AATAG--TGAT-TTCAACT---AA-TAAT-GCAATGCATAAGA---TATATTGGGCCAAATA-T-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGAG--GTTC----C-AGTC-ACC---C-A-A-CTGT-CCCT-------------------ATA--CCCCC-CCCC-----CCC
gi|21 : CTTA-TAAT-AAATACGTCACATAGTT-----ATTGTA--TTATACAAAGA--T-TTCAA-G--CCC--G----AATAG--TAAT-TTCAACT---AA-TAAT-ACAATGCAGAATG--TTAT-TTAGGCCAAATA-ACA-A---A-A-ATA-T---------A------GTG--GTTC----C-
gi|22 : cCAGAA----ACATGCA------TATTA-TACAACATGACT-----TAC------AC------AT-----GTATGTCAA---AAGTTTGAA----AACA--------TATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TTTGACCAAAA---CATTTTTTTAAAA---------A---TC----C---C
gi|23 : TAG-----AATAG--T-ACTCAGC-TT-GCATATTTGTTCAGAGCAG-TAG-A-T-TGTATGTC-ATAAATGAGTTTTAAGAA----ACATGTA------TACCA-CACAACTTGACT-----TAC------A-------------------TAGAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGAT
gi|24 : -----TAC------AC------AT-----GTATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------ATATT-GCATCACTGTCAGCTTTAT---TG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--CCAA---CAAA-----AAAA---------A---TC----C---CTATCT-----------A--
gi|25 : ----AAAA-------AGATT-GCATCACTGTAAACTTTATTAATG-------------AAT--TA----C------C---AAAAAAGTA-AA--AAAA---T--------AAAATAAAT----A---TC----C---CTACC---------------T---------------------ACT--------G--A-----------------C-C--------C---TATTTTTccctatttttgataaaaacatgacc
gi|26 : atcatattacacaatactaaaaatTT-TTT-CAAAT--TT---G-T--TTTG---C--ATTGT--TTG---GAC--AT-------------TATTGC-TGGCTAT----G--TTTTATTAAAGAAATCA-----------------------T-------------------T-------------------T------------------TGAAT-T-GA-TAT-TAT----CTCTCAG---C--TA--G-C-TGG--TATCCTCC-AAATTA-ga
gi|27 : -CAG-AAA-GTC-AATGATTTTAG-----AA-----------A----------ATTTGCTCAATGCAG-TAG-A-T-TATATTTC-ATAAATGAGTTTTCATAAACATACATGTA------TATTA-CACAACATGACT-----TAC------AC------AT-----GTAT
gi|28 : AA----ACATGCA------TATTA-CACAACATGACT-----TAA------ACTTGTATAT-----GTATGTCAAGAAAAGTGGGTA----AACA-------ATGTTCGCATCAC-GTCAAC-TTATTGATG-------------AAT--TA----C------C---A------TCTGA--
gi|29 : --CCCCC-CCCT-----CTCC---G----CT----TT----AA----CATTTG----TTTT------------G--TA----------ATT-TTT-CA-TT--CT---G-T-----G---T--ATTAA--ATG---GAC--AT-------------CATTAC-T-----T----G--TT--------------A-----------------------T-------------------T-------------------G------------------TGA
gi|3 : cAAGTTACTT---GATATAA----GAA-T---TCGTACGCGAAG-ATACACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAATTGAAATA--ATTTT---CTT-CCAC-AAAAGAATGAGCC--AGATCAGA-GTTCATA--T-ACCCATCTTATTAATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTAT-C-AATA--TATTCAA-G---TCCCG----AATAGTTTAATATTCAACT---AATTAAT-GCAATGTAGAAAGGCTTA-ATTGAGCCAAAT--A-A-A---A-A-ATA-T---------T-----AATG--GTTC----C-TGTT-A-C---CAA-A-CCATGCCTTA------------C-----GTA--CCCCC-CAAC-----CACC--------CCGGATCT----AA---CCTTTTT----CTTCC-----------A--GA----------A-T-TTA-CATTT--TT---A-T--TT-G---C--ACTA----TC---GAT--A--------------TGTTGC-T-----C----GCCTG--------------A-----------------------T-------------------T-------------------T------------------TG-AT-T-CATTATATGA----TTTTCAG---TAATA--GAC-TGG--TATCCCC-------A-TAT------TGCAA------------TTC----CATCTT-CCTTCAAAGCGAGAT-T-CAG-AA----------GTTCTAG-----AATAG--CAACTCAGCTTT-GTGTATTTGTTCAAA--AGATAG-AGT-TCAATTTCAAAAAATGATGTTCCAGAA----ACATGTT------TATCAGCAC-------TT-----TAC------AC------AT-----GTATGTAAAGAATTTTTGGA------------------ATT-TTAACACT------CTTATTGATG-------------AAT--AT----T------C---A------TCTAA--GAAA---C--------AAAA---------A---TC----CTTTCTACCTACCTAGTTTGGA--T---------------------AAT--------G--A-----------------TGCAACGAAACCACATTTTTTTTTTATTT-GCCTttgaagaaataattttgaattca
gi|30 : TTTC-A-AAATGAGTT--CAGAA----ACA-G-A------TATTA-CACAATATGACT-----TAC------AT------AT-----GTAT-TAAAGAAAAATGGGAA----AACA-------ACATT-GCATCAATGTCAACTTTATTGATG-------------AA
gi|31 : A----ACATGTA------TATCA-AACAGCATGATT-----TAC------AC------GT-----G------------------AA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTCTATAGATA-------------ACT--CA----C------T---C------TCTGA--CCTA---C--------AAAA---------
gi|33 : -A-CCTT-CCCTAGAT---------T-----ATA--CCTCC-CG--------------A----CC----CT----AA---ACTTTTT----TCTT---------------------------ATT-TTT-CAAAT--TT---G-T--TTTG---C--ATTAT--TCA---GAC--AT-------------TGTAGC-T-----T----G--TC--------------A-----------------------T-------------------T-------------------T------------------Tttagaaatgaa
gi|35 : CT---AA-TAAT-ACAATGCAGAAGG--TT-TATTAGGCCAAATT-A-A-A---A-A-A-A-T---------G-----TGTT--GTTT----C-AGTTTC-C---C-A-A-ACTT-CCCTA------------C-----ATC--CCCCC-Catta
gi|36 : -CAATTCCTG----ACC---AAAG---ACT---TAAA--------ATTT-AAA-TTACATTATAAA-AGGTAAGATT--------ATATAT-AATAAGGTTACTT--TGATATACA--GGc
gi|37 : CC-----CCCG---A----CC----CT----AA---AC--TTT----TTTTC------TT------------------ATT-TTT-CAAAT--TT---GTT--TT-G---CAAATTGT--TTA---GAC--AT-------------TCTTGC-T-----T----G--TT--------------A-----------------------T-------------------T-------------------T------------------
gi|38 : ttata-T--TT-G---C--ATTT---TTA---GAC--AT-------------TATTGC-T-----T----G--TT--------------ATTTTTTTTTAATTAAATAAATCAT-------------------T-------------------T------------------TAAAT-A-GA-CAT-TGT----CTCTCAG---C--T
gi|39 : AGAG-TTCATA--TTACCC-TCT-A-TAATTAAATAGGTCACATAGTT-----ATTGTAA-TAATACAAAGA--T-TTCAA-G--TCCCCG----AATAG--TAtg
gi|4 : AAGTTACTT---GATATAA----GAA-T---TCGTACGCGAAG-ATACACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAATTGAAATA--ATTTT---CTT-CCAC-AAAAGAATGAGCC--AGATCAGA-GTTCATA--T-ACCCATCTTATTAATTAAATACGTCACATAGTT-----ATTGTAAATTAT-C-AATA--TATTCAA-G---TCCCG----AATAGTTTAATATTCAACT---AATTAAT-GCAATGTAGAAAGGCTTA-ATTGAGCCAAAT--A-A-A---A-A-ATA-T---------T-----AATG--GTTC----C-TGTT-A-C---CAA-A-CCATGCCTTA------------C-----GTA--CCCCC-CAAC-----CACC--------CCGGATCT----AA---CCTTTTT----CTTCC-----------A--GA----------A-T-TTA-CATTT--TT---A-T--TT-G---C--ACTA----TC---GAT--A--------------TGTTGC-T-----C----GCCTG--------------A-----------------------T-------------------T-------------------T------------------TG-AT-T-CATTATATGA----TTTTCAG---TAATA--GAC-TGG--TATCCCC-------A-TAT------TGCAA------------TTC----CATCTT-CCTTCAAAGCGAGAT-T-CAG-AA----------GTTCTAG-----AATAG--CAACTCAGCTTT-GTGTATTTGTTCAAA--AGATAG-AGT-TCAATTTCAAAAAATGATGTTCCAGAA----ACATGTT------TATCAGCAC-------TT-----TAC------AC------AT-----GTATGTAAAGAATTTTTGGA------------------ATT-TTAACACT------CTTATTGATG-------------AAT--AT----T------C---A------TCTAA--GAAA---C--------AAAA---------A---TC----CTTTCTACCTACCTAGTTTGGA--T---------------------AAT--------G--A-----------------TGCAACGAAACCACATTTTTTTTTTATTT-GCCT
gi|40 : AC--AT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A-----------------------TTTTTTTATTAAAGAAATCAT-------------------T------------------TGAAT-TGAA-CAC-TGTC---CTCTCAAAGTT--TA--G-C-T-G--TATCCCCC-A
gi|41 : -------------------T-------------------T------------------TGAAA-T-CG-CAT-TGA----TTCTCAG---C--TA--G-C-TGG--AATCCCCC-AATGTA-CATGATGTATGCAGAGCCTGCAG--
gi|42 : aCAAATAGA-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----T-GGTT-G-C---
gi|43 : ctacctaccctagtttttggataagtgcGCCAAATA-G-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTCTGCAT-GGTT-A-C---ca
gi|44 : cctaccctatttttgataagagtGCCAAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----C-GGTT-A-C---C-a
gi|47 : tacctaccctatgtttgatcagagGCCAAATA-A-A-AAAAA-A-ATA-T---------G-----TATG--GTTC----C-GGTT-A-
gi|48 : GCCAAATA-A-A-AA--A-A-ATA-T---------G-----CATG--GCTC----C-GGTT-A-cta
gi|5 : gcaAACCCTCTGAC-AGCAATGTT---TCAAATTGGTTCTTTTTACCT-TGAACACATGTATA---GGTATGCGTT-ATTGTATTTCCAC-AA--TCAAAATT--TATTTTTGAT-----CACATGT-GG-ATGCAGCGCCCCC-T---------ATATTCT---ATCAT-----GGCCACAGTC-ATGGCTA-CTCA-GAGAGTAATATATA-GC-AATTTTCAA-G-CTC-CATATT-----TTTTA-A-TAAAACGCAATAT--AATTAA-ATGTTTTGCTCAT-AAAA------TA-GATA-GTT-TAT----GAT-GAAT-----TCTTACCAT---T-TTAC----------GAAAAATATC--AAAAATG--TCTA-AA-ACAAGGAA--G--ACAACTCTTA-CAATT-TT-GTCAAC--ATT--CTAA------TAAT-AG-ATT-----TTTAAATGCCATTTTAGAAA--------TAGTCA-CAATTCCTG----ATC---CAAC---GCT---TAAA--------ATTT-AAATTT-CATTAAAAAGTG--AAAGAT--------ATATA--TATAAGGTTACTT--TGATATAAA--GGAATTCT-TCG---GCCAAGCATA-ACA-ATGATTTTAC--AGCTTTTCA-AAAATGCAACA--ATTT-----TG-CCAT-AAA--AATGAGCC--AGATCAGA-GTTCAct
gi|6 : aagtggcagtctaatagaaaaccatgcaaaGCCTAATA-A-A-A---A-A-ATA-T---------G-----TGTG--GTTC----C-GGTT-A-CA--C-G-A-CCTT-CCCTAGATAATAATTAAC-----ACA--CACACACACC-----CCAA---A----CC----TT----AA---ACCTTTT----TTTTT------TTTC-G--GA----------ATT-TTT-CAATT--TT---G-T--TTTG---C--ATTAA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-TAAT--T----G--TT--------------A-----------------------T-------------------T-------------------TTAATTAAAGAAATCATTTTGAAT-T-CA-CAT-TGT----TTCTCAG---C--TA--G-C-TGGAATATCCCCT-AATTTA-CATGATGCATGCAGAGCCTGCAG--TTTT----CAGATT-CCCTC-AAGTTAAACAT-CAG-AAA-GTCTA-GGATTTTAG-----AATAG--C-ACTCAGC-TT-GCGTATTTGTTCAAAGCGG-TAG-A-T-TGTATTTC-ATAAATGAGTTTTCAGAA----ACATGTA------TATCA-C---ACATGACT-----TACACATGTAC------AT-----GTATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCACCACTATCAACTTTATTGATG-------------AAT--TA----C------CAAAA------TAAAA--AAAA---T--------AAAATAAAAATACG---TA----C---CTACCC-----------A--TCCTATTTTTGATAAGAGCATAACCA-------G--AA----------------C-CA-------CACA---TTTTTTTATTTGGCCT
gi|7 : taataagG--GTTC----T-GGTT-A-C---CCG-A-CCGT-CCTAA------------G-----ATA--CTCCC-C--C-----CCTC--------CC----CT----GA----CTTTTT----TTTTG------GG---G--GGGGGGAGGGGGATT-TTT-CAATT--TT---G-T--TTTG---C--ATTAA--TTG---GAC--AT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A-----------------------T-------------------TTTGATTTTAAAAAATCATTT------------------TGAAT-T-CA-CAT-TGT----TTCTCAG---C--TA--G-C-TGG--TATCCCCCCAAATTA-CATCATGCATGTAGAGCCTGCAG--TTTCAGGCCAGCTT-CCTTC-AAGTCAGATAT-CAG-TAATATCTA-GAATTTTAG-----AATAG--A-ACTCAGC-TT-GCATATTTGTTCAAAGCAA-TTG-A-T-TGTATTTC-ATAAA---ATTTTCAGAA----ACATGTACATGTATATCA-AATTACATAGAA-----TAC------TT------AT-----GTATGTAAAGAAAAGTTGGAA----AACA-------AGATT-GCATCACTGTCAACTTTATTGATG-------------AAT--TAATTACGGTAAAC---A------TCTGA--CCAA---C--------ACAA---------A---a
gi|7 : GCCAAATA-A-A-AA--A-A-ATA-T---------G-----TGTG--ATTC----C-GGTT-A-aacgaaataaaaaaaataatgaattaaaaatccctgcctacctaccctatttttaataagagcataaccggaatcacacatattttttttatttggcctt
gi|8 : ggttctggttacccgaccgtcctaagatactccccccctcccctgactttttttttggggggggggagggggatttttcaattttgttttgcattaattggacattgttgcttgttattttgattttaaaaaatcattttgaattcacattgtttctcagctagctggtatccccccaaattacatcatgcatgtagagcctgcagtttcaggccagcttccttcaagtcagatatcagtaatatctagaattttagaatagaactcagcttgcatatttgttcaaagcaattgattgtatttcataaaattttcagaaacatgtacatgtatatcaaattacatagaatacttatgtatgtaaagaaaagttggaaaacaagattgcatcactgtcaactttattgatgaattaattacggtaaacatctgaccaacacaaaaacgaaataaaaaaaataatgaattaaaaatccctgcctacctaccctatttttaataagagcaGCCAACTA-A-A-A---C-A-ATA-T---------G-----TGTG--ATTC----C-GGTTAA-C---C-T-A-CCGA-CCTTA------------G-----ATAATACCCC-CGTC-----CTTT---ATTTTCC----GT----A------TTTTT----TTTT----------------------------TT-TT-----TT--TT---G-TTGTT-G---C--ATTCA--TTA---GAT--TT-------------TGTTGC-T-----T----G--TT--------------A----------------------------------------------------------------------------------------T-CA-GAT-TGCAG--TTTTCAG---C--Tctt
gi|8 : gCAGA--TTGCAG--TTTT----CAGCTT-CCTTC-AAGTAAAACATACGG-AAA-TCT-A-GGATTTTGG-----AATAG--C-ACTCATC-TT-GTATATTTGTTCAAAACAG-TAT-T-T-TGTGTTTC-ATGAATGAGTTTTCAAAA----ACATGTA------TATCA-CAGAACATGATT-----TTC------AC------AT-----GTAAGTAAAGAAATGTTGGAATTT-AACA-------AAATT-GCATCGCTGCCAACTTTATTAATG-------------AAT--CA----A------A---A------TCTGA--T------C--------AAAA---------A---tccttcaagtaaaacatacggaaatctaggattttggaatagcactcatcttgtatatttgttcaaaacagtattttgtgtttcatgaatgagttttcaaaaacatgtatatcacagaacatgattttcacatgtaagtaaagaaatgttggaatttaacaaaattgcatcgctgccaactttattaatgaatcaaaatctgatcaaaaaagtagataaataaaaagataaaataaattccccgcctactctatttttgaatagtccgtaaccggcaccacacattattttcgt
gi|8 : ggccaactaaaacaatatgtgtgattccggttaacctaccgaccttagataatacccccgtcctttattttccgtatttttttttttttttttgttgttgcattcattagattttgttgcttgttat-A---A-A-ATAAT---------G-----TGTG--GTGC----C-GGTT-A-C---agtagataaataaaaagataaaataaattccccgcctactctatttttgaatagtccgtaaccggcaccacacattattttcgt
gi|9 : ggccaactaaaacaatatgtgtgattccggttaacctaccgaccttagataatacccccgtcctttattttccgtatttttttttttttttttgttgttgcattcattagattttgttgcttgttatcagattgcagttttcagcttccttcaagtaaaacatacggaaatctaggattttggaatagcactcatcttgtatatttgttcaaaacagtattttgtgtttcatgaatgagttttcaaaaacatgtatatcacagaacatgattttcacatgtaagtaaagaaatgttggaatttaacaaaattgcatcgctgccaactttattaatgaatcaaaatctgatcaaaaaagtagataaataaaaagataaaataaattccccgcctactctatttttgaatagtccCCTCTGAC-AGCAAGATTCTT-CAAATTGGTTCTTTT-GCCT-TGAACA-ATGAATG---GATA--CATT-ATTGTATT--CACCAAATTTAAAA---ATATTATTGGTGAAT-CACATAT-GAGTTGCATCGCCACC-T---------ATATTTC---ATAAT-----GGCCACAGTC-ATG-CTA-TTCA-GAAA--AAAGTATA-GC-A-TTTTCAAAG--TC-CATATT-----TTT-A-AATATAACG-AATAT--AAATAA-ATGTTTTGGTCG----AA------TATTATAAGTT-TAT----GAT--AAT-----CATT-CCAT---T-TCACC-CA-----AAAAAAAT-TCTAAAAAATGGTTCTTCAA-ACAAGGAA-AG--ACAATTCTTA-CAATTATTTGT-AAC-CATT--CTAA------AAATTACTATT-----TTCAA--GCCAATTTAGACA--------TATTCC-CCATTTCCT----ATC---CAAC---GGT---TAAA--------TTTTAAAATTAACATTAGAAA-cgt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): AATTTTGAAAATACTTTGTCCACAAAAAAATCTCAACCTACCTACCCTTTTTCTGAAAAGAATGTAATAGGAACCATAAATTACGTTTACTTGGCCTTA
Unaligned ( gi|34 ): AAAAAAAATATTAAAAAAAAAAATTCTCGCCTACCGACCTCATTTTTTTCCAGAGTGACAGAAAACCACATATTCTTTTTTTTGGC
Unaligned ( gi|45 ): ATAAAGTGATAGTCTAATAGAAAACCATGCAAATTAAACCC
Unaligned ( gi|46 ): AAGTGGCAGTCTAGTAGAAAACCATGCANGGACATCTGA
Unaligned ( gi|49 ): CTTAAATGGCAGTCTAATAGAAAACCATGCAAAACC