lowQualScore : 33 33 1 11 111 1 1111 222222 11111 1 11111111 11111 1 222222222222222222222222 11 11111 111111111 11111 1111111 11111111111111111
lowQualScore : 3 88 33 55 77 2 2 5 7 5 444 4 99 2 2 2 1 2 2 44 3 3 6 555 3 33 3 555 6 0000 444444 3 666 3 3 3 44 44 00000 3 2 55555 2 2 2 4 1 4 7 33 4444 33333333 5 88 2 33 66 2 33 33 00000 3 3 44 2 5 777777777777777777777777 2 33 55 3 2 888888 2 77777 44 2 33 2 2 2 22 2 333 88888 1 66 000000000 22 22 88888 11111 2 33 2 55 33 0000000 33 88888888888888888 33 777777
lowQualScore : . .. .. .. .. . . . . . ... . .. . . . . . . .. . . . ... . .. . ... . .... ...... . ... . . . .. .. ..... . . ..... . . . . . . . .. .... ........ . .. . .. .. . .. .. ..... . . .. . . ........................ . .. .. . . ...... . ..... .. . .. . . . .. . ... ..... . .. ......... .. .. ..... ..... . .. . .. .. ....... .. ................. .. ......
lowQualScore : 1 55 99 44 55 7 7 3 8 3 777 3 66 9 9 9 7 9 9 22 1 1 2 999 1 22 1 444 9 5555 777777 6 444 6 3 3 66 66 22222 3 4 99999 4 4 4 5 3 4 6 33 7777 88888888 3 22 7 77 55 7 77 99 88888 1 1 33 5 0 555555555555555555555555 9 99 77 6 9 222222 9 11111 99 9 44 5 5 4 88 0 555 22222 8 55 444444444 66 66 11111 11111 0 88 0 66 22 0000000 22 55555555555555555 44 444444
consensus : CCAGCAG-GC--A--AAATTGGTTGTTTTT--ACGTT-G-AAAAGACG-TCAG-GTG---TACGTTAGGT-T-GACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--T-TTG-ACGTCGT-TA--CCT-GACGT-CTT-T---TCAACGTCTTATC--CCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATGTA-T-A--A--T---G-TCACAC-TAT-T-----A-C-GTCTTT-ATGATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----GA-CG-----TAAAAAGAACGTATTC-TT-GT--G-AC-G--TC--TACA-----CG-A-CG-TAGACACCGCTTTCGGACA------------------------T-CAA--TAA-GACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTG--CGACGT-TG-AA-AT--G-AC---GTATGA----AAA-AGGACGTC--TTTC--CG---ACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C--AT-AACCAG-AT-TTCAA--C--C--T----A--AAA-----G---A--CGT-CTTTT--T---G--ACGTCTTATGTCTGC
Reference ( gi|3 ) : CCAGCAG-GC--A--A--TTGGTTGTTTTTTAACGTT-G-AAAAGACG-TAAG-GTG---TACATTTAGT-T-GACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--T-TTG-ACGTCGT-TC--CCT-GACGT-CTT-T---TCAACTTCTTATT--CCTGACGTCTTT-TAAGTGC-A---AT-AAATGTA-T-A--A--T---A-TCACAC-TAT-T-----A-C-GTCTTT-ATGAGGTCAACTGACG-TTA-GAAA----GA-TG-----TAAAAAGAATGTATTC-CT-GT--G-GC-G--TC--TACA-----CG-A-CG-TAGACACCGATTTCGGACA------------------------T-CAA--TAA-TATGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTG--CGACGT-TG-AA-AT--G-AC---GTATGA----AAA-AGGACGTC--TTCT--CG---ACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C--AT-AACCAG-AT-TTCAA--C--C--T----A--AAA-----A---A--CGT-ATTTT--T---G--ACGTCTTATGTCTGC
gi|4 : CCAGCAG-GC--A--AAATTGGTTGTTTTT--ACGTT-G-AAAAGACG-TCAG-ATG---TACGTTAGGT-T-GATGT-CTTTTTT--GT-T-GTATTTGCTAATTGT--T-TTG-GCGTCGT-TA--CCT-GACGT-CTT-T---TCAAGGTCTTATC--CCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATG-A-T-A--A--T---G-TCACAC-TAT-T-----A-C-GTATTT-ATGATGTCAATTGACG-TCA-GAAA----GA-CT-----TCAAAAAA--GTATTC-TT-GT--G-AC-G--TC--TACA-----CG-A-CG-TAGACACCGCTTTCCGATA------------------------T-CAA--TAA-GACGT-AGAAA------C-AA-----CGC-A-GTTTTG--CGAGGT-TG-AA-AT--G-AC---GTATGA----TAA-AGGACGTC--TTCC--CG---ACATTCTAAAT----G--TTAGT--TTGACGT--C--AT-AACCAG-AT-TTCAA--T--C--TTA--A--AAA-----G---A--CGT-CTTTT--T---G--ACGTCTTATGTCTGC
gi|2 : CCAGCAG-AC--A--AAATTGGTTGTTTTT--ACGTT-G-AAA-GACG-CCAG-GTG---TACTTTTGGT-T-GATGT-CTTTTCTTAGT-T-GTATTTGCAAATTGT--T-TTG-AAGTCTTATC--CCT-GACGT-CTT-T---TCAACGTCTTATC--CCTGACGTCTTT-GCAGGGC-A---AT-AAATGTA-T-A--A--T---G-TCACAC-TAT-T-----A-C-GTCTTT-ATGATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----GA-CG-----TAAAAAGAACATATTC-TT-AA--ACGC-A--TT--CGCA------A-A-CA-T--ACATCGCTTTCGGACA------------------------T-CAA--TAA-GACGT-AAAAAAAACCCC-AAAAAACCAT-A-GTTTTG--CGACGT-TG-AA-AT--G-AC---GTATGA----AAA-AAGACGTC--T----------------TAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C--AT-AACAAG-AT-TTCAA--C--C--T----G--AAA-----A---AGGCGT-CTATT--T---G--GCGTCTTATGTCTGCtgg
gi|10 : CCAGCAG-GCAAA--A--TTGGTTGTTTTT--ACGTT-G-AAAAGACG-TCAG-GTA---TACGTTAGAT-T-GGTGT-CTTTTCTTGAT-T-GTATTTGCAACTTGT--T-TTG-ACGTCGT-TA--CCT-GGCGT-CTT-T---TCAACGTCTTATC--CCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATGTA-T-A--A--A---G-TCTTAC---G-T-----A-C-GTCTTT-ATTATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----GA-CG-----TAAAAAGAAAGTATTTGTT-GT--G-AC-G--TC--TACA-----CG-A-CG-TAGACACCGCTTTCGGACA------------------------T-AAA-------ACGT-AAAAT------C-AA-----CGC-A-GTTTTG--CGACGT-TG-AA-AT--GAAC---GTATG------AA-AGGACATC--TTTT--TG---AC--TCTAATC--TAG--TTA-T--TTGACGT-------------A-AT-TTCAA--C--C--T----A--AAA-----A---A--t
gi|6 : CTAGCAG-GC--A--AAATTGGTTGTTT----ACGTT-G-TAAAGACG-TCAG-TTG---TACGTTAGGT-T-ACCTT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--T-TTG-ACGTCGT-TA--CCT-GACGT-GTT-T---TCAACGTCTTA-T--CCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---ATAAAATGAA-T-A--A--T---G-TCACA----------------ATCTTTAATGATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----AA-CG-----TAAAAAGAACGTATTC-TT-GT--G-AC-G--TT--T-CA-----CG-A-CG-TATACATCGCTTTCGGACA------------------------TCCAA--TAA-GAACTAAAAAA------C-AA-----CGTCA---TTTG--CGACGG-TG-AA-AT--G-AC---GTATG-----AAA-AGGACGTC--TTTC--CG---ACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TAGACGC--CA-AT-ACACAG-AT-TTCAA--C--CT-T----T--TAA-----G---A--CGT--TTTT--T---G--GCGTCTTATGTCTGC
gi|1 : cCCAACAG-GC--A--AAATTGCTTGTTTTT--ACGTT-G-AAATGATG-CCAG-GTG---TACGTTAGGT-T-GACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--T-TTG-ACGTCGT-TA--CCT-GACGT-ATT-T---TCAAC----------------GTCTTT-GCAGGGC-A---AT-AAATGCA-T-A--A--T---G-TCACAC-TAT-T-----T-C-AACTTT-ATGATGGCAACTTACG-TCA-CAAA----TA-AG-----TAAAAAGAACGTATCA-TT-GG--G-AC-G--TC--TACT-----CG-A-CG-TAGACACCGCTTTCGGACACGGTGTAGACACCGCTTTCGGATAT-CAA--TAA-GACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTG--CGACTT-TG-AA-AT--G-TC---ATATGA----AAA-AGGACGTCA-TTCT---G---AAGCTCTAACT--TGG--TTA-T--TTGACGT--T--AT-AACCAT-AT-CTCAA--C--C--T----A--AAA-----AAGGA--CGT-A--TT--T---G--ACGTCTTAAGTCTGCtg
gi|7 : CCAGCAG-GC--AGAA--TTGGTTGGTTTT--ACGTT-T-AAAAGACG-TCAG-GTT---TACGTT-AGT-TTGGCGT-CTTTTCTAGGT-T-GTATTTGCACATTGT--T-TTG-ACGTTGT-TA--CCT-GACCTTCTT-T---TCAACGTTTTATC--CTTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-ACATATA-T-A--A--T---G-TCACAC-TAT-T-----A-C-GTCTTT-ATGATGTTAACGGACG---------------------------AAGAATGTATTC-TT-A---A-AC-G--TA--TTCG-----TA-A--A-CAGTCACCGCTTTCGAACC------------------------T-CAC--TAA-GACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTG--CGACGT-TG-AA-AT--G-AC---GTATCA----AAA-AGGACGTC--TTTC--AG---ACATTCTAATT--TAG--TTT-T--GTAACGT--C--AT-AACCAG-AT-TTCAA--T--C--T----A--AAA-----A---A-----------------G--ACGTCTTATGTtg
gi|11 : cCTAGCAG-GC--A--AAATTGGTTGTTTTT--ATGTT-G-AAA-GACG-TCAG-GTG---TACGTAAGGT-T-G-CGT-CTTTTCT--GTGT-GTATTTGCAGATTGT--T-TTG-ACGTGGG-TTAGCCT-GACGT-CTTGT---TCAACGTCTTATTC-CCTGACGTCTTTCTCAGGGC-AGGCAT-CAATGTAGT-ACGA--TCTAA-TGACAC-TAT-T-----AGC-GTC-TT-ATGATGTCAACTT-CA-TCACGAAAGGACGG-CG-----T-AGAAGAGCGTATTC-TTGGT--G-AC-G--TC--TACAGTCTTC--A-TGTTA---ACCGCTTTCGTA-A------------------------T-CAA--CAA-GACGC-TAAAA------CAAA-----CG----ATTTTG--CGACGTATG-AAGAT--G-AC---GTATGA----AAA-AGGACGTCAAGTCA--CG---ACGTTCTAAtatgtctgctgg
gi|12 : CCAGCAGCGC--A--A--A-AATTGTTTTTTTACGTT-GGAAAAGACA-TCAG-G-G---T-------GT-T-TACGT-------TAGGT-T-GC----GCG---TGT--TCTTG------GT-T----------GT-TTT-T---GCA------TATTGGTTTGACGTCGTT------------------ATGTA-TTG--A--T---AGTCACATATAT-T-----A-C-ATCTGT-ATGATGTCAACCGAC--TCA-GAAA----GA-CGG----TAAACAGAACGTATTC-TT-GT--G-AT-GGTTT--TACA-----CG-A-CT-TAGACATCGCTATCGGACA------------------------T-CAA--TAG--ACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-AGGGTTTG--CGATGT-TG-AA-AT--T-ATCCGGTAGGA----AAACAGGACGTCCTTTCC--CG---AC-TTCTAATTTGTAG--TTATT--TTGACGT--C--AT-AACCAC-AT-
gi|8 : CCAGCAG-GC--A--AAATTGCTTGTTTTT--ATGTT-G-AAAAGACGCT--G-GTG---TACATTAGGT-T-GACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGTAAATTA---T-TTG-ACGTC---TA--CATGGACTT-TGT-C---TCAGCGTCTTATC--CCTGAC-TCTT
gi|15 : CCAGGAG-GC--A--AATTTGGTTGTTTTTGA--GTT-G-AAAAGACG-T----GTG---TTTGTTAGGT-T-GACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATT----------------G-ATGTTG------CCT-GACGT-CTT-T---TCAACGTCTTATC--TTTGACATCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATGTA-C-T--A--T---G-TCACAC-TATATATATAA-T-GTCTTT-AAAAAGTAAAATGACG-TCA-GAAA----GT-CA-----TAAACAGAACGTATTC-TT-GT--G-AT-G--Tcaatttatgttccaacgacggtcagaaagaccgaaaaaaaactatcttgtttggtgtctacacggacgtagaatcgctttcggacattataagcacgtaaaaataacgagtttgacgaattgaaactggacgtattgaaaaggacgtctttcaacgttctaatttaagtttatttgacgtcttaaccgatttcaacctttaaaaagaactctttttgacgtcttatgtctg
gi|16 : CCAGCAG-GC--A--AAATTGGTTGTTTC---ACGTT-G-AAAAGACG-CCAG-GTG---TACGTTAGAT-T-GACGT-CTTTTCTTGGC-T-GTATTTGCAAATTGT--T-TTG-ATGGCAT-TA--CCT-GACGT-CTT-T---TCA----------------------------GGGC-A---AT-AAA-AT--T-A--ATGT---A-TTACAC-TCT-T-----A-C-GTCTTT-ATGACGTCAA------------------------------AAAAAGAACGTATTC-TT-AT--G-AC-G--TC--TAC
gi|5 : cAGCAG-GC--A--AAATTGGTTGTTTTT--ACATTTG-AAAAGACG-TCAGAGTG---TACGTTTGGT-T-GACGTTCTTTTCTTTGC-T-GTATTGCCAAATTGT--T-TTG-ACGTCTTATC--CCT-GA-GT--TT-T---TCAACGTCTTTAT--CCTGACGTCTTT-CA-GTGCCA---AT-AAATGTA-T-A--A--T---G-TCACAC-TAT-T-----A-C-GTCTTT-ATGA----------CA-TCA-GAAA----GA-CG-----TAAAAAGAACGTATTT-TT-GT--G-AC-G--TC--TACA-----CA-A-TG-TAGACACCGCTTCTAGACA------------------------T-CAA--TAA-GACGT-AAAA-------C-AA-----CGT-A-GTTTTG--CGACGT-TG-AA-AT--G-AC---GTTTGA----AAA-AGGACATC--TTTT--CG---ACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C--AT-AACCAG-AT-TTCAA--C--C--T----A--AAAGAGACG---A--CGT-CTTTT--T---G--ACGTCTTATAT
gi|13 : GCAG-GCCAA--A--TTGTTTGTTTTT--ATGTT-G-AAAAGATGCT--G-GTG---TACATTAGGT-T-GACGT-CTTTACTTGGT-T-GTAatttgct
gi|17 : caacag--A--TTGGTTGTATTTTG-CGCT-G-AAAAGACG-TG-G-GTG---TACGTTCGGTAT-AACGT---TTTGTTAGT-TTGTATTTGCAAATTGTTAT-TTGAACGTCGT-TT--ACT-GACGT-CTC-TATGTCAACGTCTTATC--Cannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttttgcgacattgaaatgacgtatgaaaaggacgtctt
gi|16 : caaacTTTTTTGACGTC-A-TAAAGACG-TAAGAGTGTAATACATT
gi|9 : cccagcaggcaaaattggttgtttcacgttgaaaagacgccaggtgtacgttagattgacgtcttttcttggctgtatttgcaaattgttttgatggcattacctgacgtcttttcagggcaataaaattATATA-T-G--T--T---A-TCACA--TAT-------A-C-ATCTG--ATGAT-TCCAC-GACGATCA-GAAA----GAACGACAACCAGAAAAAACGTATAT-CT-GA--A-AT-G--TA--TACAA----CG-AACC-TCTAAACCGCTATCGGCAA------------------------T-CAA--T-A-TACGT--AAAA------C-AA------GT-A-GGTTTGTACAAT-C-TG-AA-A---A-AC---GTATG-----AAC-CGCACGTC--TTC---AG---ACG---TAATC--TAA--TTA-TTATTAACGTTCC--ATAAACCAC-ATATTCAAT-C--T--T----A--AAA-----G---A--C----CTTT--T---G--ACagaacgtattcttatgacgtctac
gi|2 : cccagcaagggcaaaaatatgagctcatattttacgccttaaaaaaacaaatcaaggtacttagtcactcttcattgtctgaatttttgcataattgatgaacgctacgtT-T-----A-C-GTCTTT-CTGACGTCAGTTGACA-TCA-TAAA----GA-CG-----TAAcgatctaatatggtc
gi|10 : ccagcagacaaaattggttgtttttacgttgaaagacgccaggtgtacttttggttgatgtcttttcttagttgtatttgcaaattgttttgaagtcttatccctgacgtcttttcaacgtcttatccctgacgtctttgcagggcaataaatgtataatgtcacactaT-T-----A-C-GTCTTT-CTGACGTCAGTTGACA-TAA-TAAA----GA-CG-----TAaaagaacatattcttaaacgcattcgcaaacatacatcgctttcggacatcaataagacgtaaaaaaaaccccaaaaaaccatagttttgcgacgttgaaatgacgtatgaaaaaagacgtcttaatttagttatttgacgtcataacaagatttcaacctgaaaaaggcgtctatttggcgtcttatgtctgct
gi|12 : ccagcaggcaaaattggttgtttttacgttgaaaagacgtcaggtatacgttagattggtgtcttttcttgattgtatttgcaacttgttttgacgtcgttacctggcgtcttttcaacgtcttatccctgacgtcttttcagggcaataaatgtataaagtcttacgT-T-----A-CCGTCTTT-CTGAG-TCGGTTGACA-TCA-TACA----GA-TG-----T------AATATA-----T-GT--G-ACTA--TCAATACA-----TA-A-C-----------------GACG------------------------T-CAAACCAA-TATGC-AAAAA------C-AA-----Caaagaaagtatttgttgtgacgtctacacgacgtagacaccgctttcggacataaaacgtaaaatcaacgcagttttgcgacgttgaaatgaacgtatgaaaggacatctttttgactctaatctagttatttgacgtaatttcaacctaaaaaa
gi|14 : ccagcagcgcaaaaattgtttttttacgttggaaaagacatcagggtgtttacgttaggttgcgcgtgttcttgT-T-----A-A-GTCTTT-ATGATGTCAACTGACG-TCA-TAAA----GA-TG-----TAAAATGAACGTATTC-TT-GT--G-AC-G--TC--TACA-----CG-A-Cacagaacgtattcttgtgatggttttacacgacttagacatcgctatcggacatcaatagacgtaaaaacaacgtagggtttgcgatgttgaaattatccggtaggaaaacaggacgtcctttcccgacttctaatttgtagttattttgacgtcataaccacat
gi|14 : ttT-T-----A-C-ATCTTT-ATGACGTCAGTTGACA-TCA-TAAA----GA-CT-----TAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttccgacgttctaatttggttatttgatgtcataaccatatttcaacctaaaacacacatcttaatgaagtctaatgtcttctggga
gi|8 : CAAC-GACGGTCA-GAAA----GA-CC-----GAAAAAAAAC-TAT-C-TT-GTTTG-GT-G--TC--TACA-----CGGA-CG-TAGA-ATCGCTTTCGGACA------------------------T-TA---TAAGCACGT-AAAAA------T-AA-----CG--A-GTTTGA--CGA-AT-TG-AA-ACTGG-AC---GTATTG----AAA-AGGACGTC--TT-T--CA---ACGTTCTAATT--TAAGTTTA-T--TTGACGT--C--TT-AACC-G-AT-TTCAA--C--C--TTTAAA--AAG-----A---A--C-T-CTTTT--T---G--ACGTCTTATGTCTGaatgaacgtattcttgtgacgtctacacgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttccgacgttctaatttggttatttgatgtcataaccatatttcaacctaaaacacacatcttaatgaagtctaatgtcttctggga
gi|19 : ccagcaggcaaaattgcttgtttttatgttgaaaagacgctggtgtacattaggttgacgtcttttcttggttgtatttgtaaattatttgacgtctacatggactttgtctcagcgtcttatccctgactcttcaatttatgttcCACCGCTTTCAGACA------------------------T-CAA--TAA-AATGT-CAAAA------C-AA-----TGC-A-GATTTG--CGACGG-TGAAA-AT--G-AC---ATATG-----ATA-ATTACGTC--TTTC--CC---ACGTTCTAAGT--TAG--TTA-
gi|14 : GACG------------------------T-CAT--AAA-GATGT-AAAAT------G-AA-----CGT-A-TTCTTG--TGACGT-CT-AC-AC--G-AC---
gi|13 : ttttaagtctttatgatgtcaact-A-GTTTTG--CGACAT-TG-AA-AT--G-AC---GTATG-----AAA-AGGACGTC--TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttccgacgttctaatttggttatttgatgtcataaccatatttcaacctaaaacacacatcttaatgaagtctaatgtcttctggga
gi|20 : caacaggcaggccaaattgtttgtttttatgttgaaaagatgctggtgtacattaggttgacgtctttacttggttgtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTG--TGACGT-TG-AA-AT--G-AC---GTATGA----AAA-ATGTCGTC--TTTC--CG---ACGTTCTAATT--TAA--TTA---------------------CCAA-AT-TTCAA--C--C--T----A--AAA-----AG--A--CAT-CTTTT--T---G--ACGTCTTATAT
gi|18 : --CGATGT-TG-AA-AT--G-AC---GTATGG----AAA-AGGATGAC--TTTC--CA---ACGGTTTAATT--TAG--CTA-T--TTGACGT--T--AT-AACCAT-AT-TTCAA--C--CTTT----A--AAA-----AAT-A--TGT-CTTTT--T---A--ACGTCTTATGTCTGC
gi|16 : -AT--G-AC---GTCAAA----AAA-AGAACGTA--TTCTTATG---ACG-TCTAtg
gi|4 : cccagcaggcaaaattggttgtttcacgttgaaaagacgccaggtgtacgttagattgacgtcttttcttggctgtatttgcaaattgttttgatggcattacctgacgtcttttcagggcaataaaattaatgtattacactcttacgtcttt--G-AC---ATAAGACGTCAAA-AAGACGTC--TTTT--TA---AGATTGAAATC--TGG--TTA-----TGACGT--C--A--AACTAACAT-TTc
gi|2 : ccagcaggcaaaattggttgtttttacgttgaaaagacgtcagatgtacgttaggttgatgtcttttttgttgtatttgctaattgttttggcgtcgttacctgacgtcttttcaaggtcttatccctgacgtcttttcagggcaataaatgataatgtcacactattacgtatttatgatgtcaattgacgtcagaaagacttcaaaaaagtattcttgtgacgtctacacgacgtagacaccgctttccgatatcaataagacgtagaaacaacgcagttttgcgaggttgaaatgacgtatgataaaggacgtcttcccgacattct--G-AC---ATAAGACGCCAAA-TAGACGCC--TTTT--TC---AGGTTGAAATC--TTG--TTA-T----GACGT--CAAAT-AACTAA-AT-T---------------------AA-----G---A--CGT-CTTTT--T---------TCATACGTCtgctgg
gi|22 : ccagcagacaaaattggttgtttttacgttgaaagacgccaggtgtacttttggttgatgtcttttcttagttgtatttgcaaattgttttgaagtcttatccctgacgtcttttcaacgtcttatccctgacgtctttgcagggcaataaatgtataatgtcacactattacgtctttatgatgtcaactgacgtcagaaagacgtaaaaagaacatattcttaaacgcattcgcaaacatacatcgctttcggacatcaataagacgtaaaaaaaaccccaaaaaaccatagttttgcgacgttgaaat--G-AC---ATAGGACGTCAAA-AAGACGTA--TTTT--T----ATGTTGTAATC--TGG--TTA-T----GACGT--CAAAT-AACTAA-AT-tgct
gi|5 : ----AAA-AAGACGTC--GTCT--CTTTTAGGTTGAAATC--TGG--TTA-T----GACGT--CAAAT-AACTAA-AT-TAGAA--CGTC--G----A--AAA-----G---A--TGT-CCTTT--TTCAA--ACGTCtgctga
gi|21 : agcaggcaaaattggttgtttttacatttgaaaagacgtcagagtgtacgtttggttgacgttcttttctttgctgtattgccaaattgttttgacgtcttatccctgagtttttcaacgtctttatcctgacgtctttcagtgccaataaatgtataatgtcacactattacgtctttatgacatcagaaagacgtaaaaagaacgtatttttgtgacgtctacacaatgtagacaccgcttctagacatcaataagacgtaaaacaacgtagttttgcgacgttgaaatAA-AGGACGTT--TTTC--CG---ACATTCTAATT--TAG--CTA-T--TTGACAT--C--AT-AA-CAG-AT-TTCAA--C--CT-T----AATAAA-----G---A--CGG-GGTTT--T---ATTACGTCTTATGTCTACgacgtcttatatatttgct
gi|7 : -AAGACGTC--TTTT--TT---AGATTGAAATC--TGG--TTA-----TGACGTTAC--AA-AACTAA-AT-TAGAATGT--C--T----G--AAA-----G---A--CGTCCTTTT--T---GATACGTCcg
gi|14 : cccagcaggcagaattggttggttttacgtttaaaagacgtcaggtttacgttagtttggcgtcttttctaggttgtatttgcacattgttttgacgttgttacctgaccttcttttcaacgttttatccttgacgtcttttcagggcaatacatatataatgtcacactattacgtctttatgatgttaacggacgaagaatgtattcttaaacgtattcgtaaacagtcaccgctttcgaacctcactaagacgtaaaaacaacgtagttttgcgacgttgaaat--TTTC--CG---ACGTTCTAATT--TGG--TTA-T--TTGATGT--C--AT-AACCAT-AT-TTCAA--C--C--T----A--AAA-----C---A--CAC-ATCTTAAT---G--AAGTCTAATGTCTatgttatgtctgctgg
gi|22 : ttttaagtctttatgatgtcaactgacgtcataaagatgtaaaatgaacgtattcttgtgacgtctacacgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C--AT-AACCAG-AT-TACAA--C--A--T----A--AAA-----AT--A--CGT-CTTTT--T---G--ACGTCCTATGTCTGCtctggga
Alignments
lowQualScore : 11 11111111 222222222222222222222222 2222 11111
lowQualScore : 2 2 2 33 2 2 0 2 2 33 2 1 2 2 2 33 2 2 1 00 3 33 3 555 3 3 3 3 666 3 11111111 3 3 3 44 3 6 2 77777 2 2 3 5 2 5555 2 7777777 2 2 444 33 3 3 77777 6 3 2 999999999999999999999999 3 3 3 888888 3 77777 44 2 33 2 2 2 33 2 444 8 2 66 0 33 33 4 33 33 2 2 2 2 5 1111 33 33 44444 2 555
lowQualScore : . . . .. . . . . . .. . . . . . .. . . . .. . .. . ... . . . . ... . ........ . . . .. . . . ..... . . . . . .... . ....... . . ... .. . . ..... . . . ........................ . . . ...... . ..... .. . .. . . . .. . ... . . .. . .. .. . .. .. . . . . . .... .. .. ..... . ...
lowQualScore : 9 7 7 77 7 7 5 7 7 77 7 1 7 7 7 99 9 9 9 77 1 99 1 444 1 1 6 6 444 6 22222222 1 1 1 22 1 2 9 11111 9 7 3 3 7 7777 7 1111111 7 7 555 77 1 1 77777 2 3 5 666666666666666666666666 1 1 1 888888 1 77777 99 9 44 5 5 5 44 5 444 2 4 11 2 22 22 7 44 44 5 5 5 7 3 3333 77 77 00000 7 000
consensus : CCAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAAAGACGTCAG-G-TGT--ACGTTAGGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ACGT-CGTTA--CCT-GACGT-CTT-T---TCAACGTCTT-A-TCCCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATGTA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----GA-C-G-----TAAAAAGAACGTATTC-TT-G--TGACG--TCTACA-C-G-----A-CG-TAGACACCGCTTTCGGAC------------------------AT-CAATAAG-ACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGAAAA-AGGACGTC--TTTCCGACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-CC-T----A--AA--A-----G-AC---GTCTTTTTGACGTCTTATGTCTGC
Reference ( family-3099 ) : CCAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAAAGACGTCAG-G-TGT--ACGTTAGGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ACGT-CGTTA--CCT-GACGT-CTT-T---TCAACGTCTT-A-TCCCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATGTA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----GA-C-G-----TAAAAAGAACGTATTC-TT-G--TGACG--TCTACA-C-G-----A-CG-TAGACACCGCTTTCGGAC------------------------AT-CAATAAG-ACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGAAAA-AGGACGTC--TTTCCGACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-CC-T----A--AA--A-----G-AC---GTCTTTTTGACGTCTTATGTCTGC
gi|1 : CCAACAG-GCAAA-ATTGCTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAATGATGCCAG-G-TGT--ACGTTAGGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ACGT-CGTTA--CCT-GACGT-ATT-T---TCAACGTCTT-------TG----------CAGGGC-A---AT-AAATGCA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----T-CAACTTT-ATGATGGCAACTTACG-TCA-CAAA----TA-A-G-----TAAAAAGAACGTATCA-TT-G--GGACG--TCTACT-C-G-----A-CG-TAGACACCGCTTTCGGACACGGTGTAGACACCGCTTTCGGATAT-CAATAAG-ACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACT--T-TG-AA-AT--G-TC---ATATGAAAA-AGGACGTC--ATTCTGAAGCTCTAACT--TGG--TTA-T--TTGACGT--T-AT-AACCATAT-CTCAA-CC-T----A--AA--AAAG--G-AC---GTA--TTTGACGTCTTAAGTCTGC
gi|10 : CCAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAAAGACGTCAG-G-TAT--ACGTTAGAT-TGGTGT-CTTTTCTTGAT-T-GTATTTGCAACTTGT--TTTG-ACGT-CGTTA--CCT-GGCGT-CTT-T---TCAACGTCTT-A-TCCCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATGTA--------T-A-AA-G--TCT-TAC---G-T-----A-CGTCTTT-ATTATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----GA-C-G-----TAAAAAGAAAGTATTTGTT-G--TGACG--TCTACA-C-G-----A-CG-TAGACACCGCTTTCGGAC-----------------------------ATAAA-ACGT-AAAAT------C-AA-----CGC-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--GAAC---GTATG--AA-AGGACATC--TTTTTGAC--TCTAATC--TAG--TTA-T--TTGACGT------------AAT-TTCAA-CC-T----A--AA--A-----A-Atg
gi|11 : CTAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ATGTT-G--AAAGACGTCAG-G-TGT--ACGTAAGGT-TG-CGT-CTTTTCT--GTGT-GTATTTGCAGATTGT--TTTG-ACGTGGGTTAG-CCT-GACGT-CTTGT---TCAACGTCTT-ATTCCCTGACGTCTTTCTCAGGGC-AGGCAT-CAATGTAGTACGATCT-A-AT-G----A-CAC-TAT-T-----AGCGTC-TT-ATGATGTCAACTT-CA-TCACGAAAGGACGG-C-G-----T-AGAAGAGCGTATTC-TTGG--TGACG--TCTACA---GTCTTCA-TGTTA---ACCGCTTTCGTA-------------------------AT-CAACAAG-ACGC-TAAAA------CAAA-----CG----ATTTTGCGACG--TATG-AAGAT--G-AC---GTATGAAAA-AGGACGTCAAGTCACGACGTTCTAA
gi|12 : CCAGCAGCGCAAA-AATTGTT-T-TTTT--ACGTT-GGAAAAGACATCAG-GGTGTTTACGTTAGGT-TG-CGC-GTGTTCTTGGT-T-GTTTTTGCATATTGG--TTTG-ACGT-CGTTA--
gi|12 : ATGTA--------TTG-ATAG--TCA-CATATAT-T-----A-CATCTGT-ATGATGTCAACCGAC--TCA-GAAA----GA-CGG-----TAAACAGAACGTATTC-TT-G--TGATGGTTTTACA-C-G-----A-CT-TAGACATCGCTATCGGAC------------------------AT-CAAT-AG-ACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-AGGGTTTGCGATG--T-TG-AA-AT--T-ATCCGGTAGGAAAACAGGACGTCCTTTCCCGAC-TTCTAATTTGTAG--TTATT--TTGACGT--C-AT-AACCACAT-tgtattgatagtcacatatattacatctgtatgatgtcaaccgactcagaaagacggtaaacagaacgtattcttgtgatggttttacacgacttagacatcgctatcggacatcaatagacgtaaaaacaacgtagggtttgcgatgttgaaattatccggtaggaaaacaggacgtcctttcccgacttctaatttgtagttattttgacgtcataaccacat
gi|13 : ccagcagcgcaaaaattgtttttttacgttggaaaagacatcagggtgtttacgttaggttgcgcgtgttcttggttgtttttgcatattggtttgacgtcgttGCAG-GCCAA-ATTGTTTGT-TTTT--ATGTT-G-AAAAGATG-CTG-G-TGT--ACATTAGGT-TGACGT-CTTTACTTGGT-T-GTA
gi|13 : caacag-A-GTTTTGCGACA--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATG-AAA-AGGACGTC--TTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttttgcgacattgaaatgacgtatgaaaaggacgtctt
gi|14 : caacaggcaggccaaattgtttgtttttatgttgaaaagatgctggtgtacattaggttgacgtctttacttggttgtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-T-----A-AGTCTTT-ATGATGTCAACTGACG-TCA-TAAA----GA-T-G-----TAAAATGAACGTATTC-TT-G--TGACG--TCTACA-C-G-----A-C
gi|14 : tt--TTTCCGACGTTCTAATT--TGG--TTA-T--TTGATGT--C-AT-AACCATAT-TTCAA-CC-T----A--AAACA-----C-AC---ATCTTAATGAAGTCTAATGTCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttccgacgttctaatttggttatttgatgtcataaccatatttcaacctaaaacacacatcttaatgaagtctaatgtcttctggga
gi|15 : ttttaagtctttatgatgtcaactgacgtcataaagatgtaaaatgaacgtattcttgtgacgtctacacgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgCCAGGAG-GCAAA-TTTGGTTGT-TTTT--GAGTT-G-AAAAGACGT----G-TGT--TTGTTAGGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATT---------------G-ATGT-TG-----CCT-GACGT-CTT-T---TCAACGTCTT-A-TCTTTGACATCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATGTA--------C-T-AT-G--TCA-CAC-TATATATATAA-TGTCTTT-AAAAAGTAAAATGACG-TCA-GAAA----GT-C-A-----TAAACAGAACGTATTC-TT-G--TGATG--Ttctggga
gi|16 : CCAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTC---ACGTT-G-AAAAGACGCCAG-G-TGT--ACGTTAGAT-TGACGT-CTTTTCTTGGC-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ATGG-CATTA-----------------------------------CCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAA-AT---------T-A-AT-GTATTA-CAC-TCT-T-----A-CGTCTTT-ATGACGTCAA-------------------------------AAAAAGAACGTATTC-TT-A--TGACG--TCTAC
gi|17 : cCAAACATTGGTTGTATTTT--GCGCT-G-AAAAGACGT-GG-G-TGT--ACGTTCGGTATAACGT---TTTGTTAGT-TTGTATTTGCAAATTGTTATTTGAACGT-CGTTT--ACT-GACGT-CTC-TATGTCAACGTCTT-A-TCC
gi|18 : CGATG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGGAAA-AGGATGAC--TTTCCAACGGTTTAATT--TAG--CTA-T--TTGACGT--T-AT-AACCATAT-TTCAA-CC-TTTAAA--AA--A-----T-AT---GTCTTTTTAACGTCTTATGTCTGC
gi|19 : CACCGCTTTCAGAC------------------------AT-CAATAAA-ATGT-CAAAA------C-AA-----TGC-A-GATTTGCGACG--G-TGAAA-AT--G-AC---ATATG-ATA-ATTACGTC--TTTCCCACGTTCTAAGT--TAG--TTA-tg
gi|2 : CCAGCAG-ACAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAA-GACGCCAG-G-TGT--ACTTTTGGT-TGATGT-CTTTTCTTAGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-AAGT-C-TTATCCCT-GACGT-CTT-T---TCAACGTCTT-A-TCCCTGACGTCTTT-GCAGGGC-A---AT-AAATGTA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----GA-C-G-----TAAAAAGAACATATTC-TT-A---AACG--CATTCG-C-A-----AACA-TA--CATCGCTTTCGGAC------------------------AT-CAATAAG-ACGT-AAAAAAAACCCC-AAAAAACCAT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGAAAA-AAGACGTC--T-----------TAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACAAGAT-TTCAA-CC-TGA--A--AA--A-----G-GC---GTCTATTTGGCGTCTTATGTCTGC
gi|20 : TGTGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGAAAA-ATGTCGTC--TTTCCGACGTTCTAATT--TAA--TTA--------------------CCAAAT-TTCAA-CC-T----A--AA--AA----G-AC---ATCTTTTTGACGTCTTATATt
gi|21 : AA-AGGACGTT--TTTCCGACATTCTAATT--TAG--CTA-T--TTGACAT--C-AT-AA-CAGAT-TTCAA-CCTT----AATAA--A-----G-ACGGGGTTTTATT-ACGTCTTATGTCTAC
gi|22 : ATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TACAA-CA-T----A--AA--A-----ATAC---GTCTTTTTGACGTCCTATGTCTGCcg
gi|3 : CCAGCAG-GC--A-ATTGGTTGT-TTTTTAACGTT-G-AAAAGACGTAAG-G-TGT--ACATTTAGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ACGT-CGTTC--CCT-GACGT-CTT-T---TCAACTTCTT-A-TTCCTGACGTCTTT-TAAGTGC-A---AT-AAATGTA--------T-A-AT-A--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGAGGTCAACTGACG-TTA-GAAA----GA-T-G-----TAAAAAGAATGTATTC-CT-G--TGGCG--TCTACA-C-G-----A-CG-TAGACACCGATTTCGGAC------------------------AT-CAATAAT-ATGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGAAAA-AGGACGTC--TTCTCGACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-CC-T----A--AA--A-----A-AC---GTATTTTTGACGTCTTATGTCTGCtga
gi|4 : CCAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAAAGACGTCAG-A-TGT--ACGTTAGGT-TGATGT-CTTTTTT--GT-T-GTATTTGCTAATTGT--TTTG-GCGT-CGTTA--CCT-GACGT-CTT-T---TCAAGGTCTT-A-TCCCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATG-A--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTATTT-ATGATGTCAATTGACG-TCA-GAAA----GA-C-T-----TCAAAAAA--GTATTC-TT-G--TGACG--TCTACA-C-G-----A-CG-TAGACACCGCTTTCCGAT------------------------AT-CAATAAG-ACGT-AGAAA------C-AA-----CGC-A-GTTTTGCGAGG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGATAA-AGGACGTC--TTCCCGACATTCTAAAT----G--TTAGT--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-TC-TTA--A--AA--A-----G-AC---GTCTTTTTGACGTCTTATGTCTGC
gi|5 : AGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACATTTG-AAAAGACGTCAGAG-TGT--ACGTTTGGT-TGACGTTCTTTTCTTTGC-T-GTATTGCCAAATTGT--TTTG-ACGT-C-TTATCCCT-GA-GT--TT-T---TCAACGTCTTTA-TCC-TGACGTCTTT--CAGTGCCA---AT-AAATGTA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGA----------CA-TCA-GAAA----GA-C-G-----TAAAAAGAACGTATTT-TT-G--TGACG--TCTACA-C-A-----A-TG-TAGACACCGCTTCTAGAC------------------------AT-CAATAAG-ACGT-AAAA-------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTTTGAAAA-AGGACATC--TTTTCGACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-CC-T----A--AA--AGAGACG-AC---GTCTTTTTGACGTCTTATATtgg
gi|6 : CTAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TT----ACGTT-G-TAAAGACGTCAG-T-TGT--ACGTTAGGT-TACCTT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ACGT-CGTTA--CCT-GACGT-GTT-T---TCAACGTCTT-A-T-CCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---ATAAAATGAA--------T-A-AT-G--TCA-CA---------------ATCTTTAATGATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----AA-C-G-----TAAAAAGAACGTATTC-TT-G--TGACG--TTT-CA-C-G-----A-CG-TATACATCGCTTTCGGAC------------------------ATCCAATAAG-AACTAAAAAA------C-AA-----CGTCA---TTTGCGACG--G-TG-AA-AT--G-AC---GTATG-AAA-AGGACGTC--TTTCCGACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TAGACGC--CAAT-ACACAGAT-TTCAA-CCTT----T--TA--A-----G-AC---GT-TTTTTGGCGTCTTATGTCTGCatttgct
gi|7 : cCCAGCAG-GCAGA-ATTGGTTGG-TTTT--ACGTT-T-AAAAGACGTCAG-G-TTT--ACGTTAGTT-TGGCGT-CTTTTCTAGGT-T-GTATTTGCACATTGT--TTTG-ACGT-TGTTA--CCT-GACCTTCTT-T---TCAACGTTTT-A-TCCTTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-ACATATA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGATGTTAACGGACG----------------------------AAGAATGTATTC-TT-A---AACG--TATTCG-T-A-----A--A-CAGTCACCGCTTTCGAAC------------------------CT-CACTAAG-ACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATCAAAA-AGGACGTC--TTTCAGACATTCTAATT--TAG--TTT-T--GTAACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-TC-TAA--A--AA--A-----G-AC---GTCTT----ATG--TTATGTCTGCtg
gi|8 : cCCAGCAG-GCAAA-ATTGCTTGT-TTTT--ATGTT-G-AAAAGACG-CTG-G-TGT--ACATTAGGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGTAAATTA---TTTG-ACGT-C--TA--CATGGACTT-TGT-C---TCAGCGTCTT-A-TCCCTGAC-TCTTtgg
gi|8 : TTT-ATG-TTCCAAC-GACGGTCA-GAAA----GA-C-C-----GAAAAAAAAC-TA-TC-TT-GTTTGGTG--TCTACA-CGG-----A-CG-TAGA-ATCGCTTTCGGAC------------------------AT-T-ATAAGCACGT-AAAAA------T-AA-----CG--A-GTTTGACGA-A--T-TG-AA-ACTGG-AC---GTATTGAAA-AGGACGTC--TTT-CAACGTTCTAATT--TAAGTTTA-T--TTGACGT--C-TT-AACC-GAT-TTCAA-CC-TTTA-A--AA--A-----G-AA---CTCTTTTTGACGTCTTATGTCTGcaatttatgttccaacgacggtcagaaagaccgaaaaaaaactatcttgtttggtgtctacacggacgtagaatcgctttcggacattataagcacgtaaaaataacgagtttgacgaattgaaactggacgtattgaaaaggacgtctttcaacgttctaatttaagtttatttgacgtcttaaccgatttcaacctttaaaaagaactctttttgacgtcttatgtctg
gi|9 : ccagcaggcaaaattgcttgtttttatgttgaaaagacgctggtgtacattaggttgacgtcttttcttggttgtatttgtaaattatttgacgtctacatggactttgtctcagcgtcttatccctgactcttcaaACGTA--------T-ATAT-G--TTATCACATAT-------A-CATCTG--ATGAT-TCCAC-GACGATCA-GAAA----GAAC-GACAACCAGAAAAAACGTATAT-CT-G--AAATG--TATACAAC-G-----AACC-TCTAAACCGCTATCGGCA------------------------AT-CAAT-AT-ACGT--AAAA------C-AA------GT-A-GGTTTGT-ACAATC-TG-AA-A---A-AC---GTATG-AAC-CGCACGTC---TTCAGACG---TAATC--TAA--TTA-TTATTAACGTTCC-ATAAACCACATATTCAATCT-T----A--AA--A-----G-A------CCTTTTGAC
Alignments
lowQualScore : 11 11111111 222222222222222222222222 2222 11111
lowQualScore : 2 2 2 33 2 2 0 2 2 33 2 1 2 2 2 33 2 2 1 00 3 33 3 555 3 3 3 3 666 3 11111111 3 3 3 44 3 6 2 77777 2 2 3 5 2 5555 2 7777777 2 2 444 33 3 3 77777 6 3 2 999999999999999999999999 3 3 3 888888 3 77777 44 2 33 2 2 2 33 2 444 8 2 66 0 33 33 4 33 33 2 2 2 2 5 1111 33 33 44444 2 555
lowQualScore : . . . .. . . . . . .. . . . . . .. . . . .. . .. . ... . . . . ... . ........ . . . .. . . . ..... . . . . . .... . ....... . . ... .. . . ..... . . . ........................ . . . ...... . ..... .. . .. . . . .. . ... . . .. . .. .. . .. .. . . . . . .... .. .. ..... . ...
lowQualScore : 9 7 7 77 7 7 5 7 7 77 7 1 7 7 7 99 9 9 9 77 1 99 1 444 1 1 6 6 444 6 22222222 1 1 1 22 1 2 9 11111 9 7 3 3 7 7777 7 1111111 7 7 555 77 1 1 77777 2 3 5 666666666666666666666666 1 1 1 888888 1 77777 99 9 44 5 5 5 44 5 444 2 4 11 2 22 22 7 44 44 5 5 5 7 3 3333 77 77 00000 7 000
consensus : CCAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAAAGACGTCAG-G-TGT--ACGTTAGGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ACGT-CGTTA--CCT-GACGT-CTT-T---TCAACGTCTT-A-TCCCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATGTA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----GA-C-G-----TAAAAAGAACGTATTC-TT-G--TGACG--TCTACA-C-G-----A-CG-TAGACACCGCTTTCGGAC------------------------AT-CAATAAG-ACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGAAAA-AGGACGTC--TTTCCGACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-CC-T----A--AA--A-----G-AC---GTCTTTTTGACGTCTTATGTCTGC
Reference ( family-3099 ) : CCAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAAAGACGTCAG-G-TGT--ACGTTAGGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ACGT-CGTTA--CCT-GACGT-CTT-T---TCAACGTCTT-A-TCCCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATGTA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----GA-C-G-----TAAAAAGAACGTATTC-TT-G--TGACG--TCTACA-C-G-----A-CG-TAGACACCGCTTTCGGAC------------------------AT-CAATAAG-ACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGAAAA-AGGACGTC--TTTCCGACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-CC-T----A--AA--A-----G-AC---GTCTTTTTGACGTCTTATGTCTGC
gi|1 : CCAACAG-GCAAA-ATTGCTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAATGATGCCAG-G-TGT--ACGTTAGGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ACGT-CGTTA--CCT-GACGT-ATT-T---TCAACGTCTT-------TG----------CAGGGC-A---AT-AAATGCA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----T-CAACTTT-ATGATGGCAACTTACG-TCA-CAAA----TA-A-G-----TAAAAAGAACGTATCA-TT-G--GGACG--TCTACT-C-G-----A-CG-TAGACACCGCTTTCGGACACGGTGTAGACACCGCTTTCGGATAT-CAATAAG-ACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACT--T-TG-AA-AT--G-TC---ATATGAAAA-AGGACGTC--ATTCTGAAGCTCTAACT--TGG--TTA-T--TTGACGT--T-AT-AACCATAT-CTCAA-CC-T----A--AA--AAAG--G-AC---GTA--TTTGACGTCTTAAGTCTGC
gi|10 : CCAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAAAGACGTCAG-G-TAT--ACGTTAGAT-TGGTGT-CTTTTCTTGAT-T-GTATTTGCAACTTGT--TTTG-ACGT-CGTTA--CCT-GGCGT-CTT-T---TCAACGTCTT-A-TCCCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATGTA--------T-A-AA-G--TCT-TAC---G-T-----A-CGTCTTT-ATTATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----GA-C-G-----TAAAAAGAAAGTATTTGTT-G--TGACG--TCTACA-C-G-----A-CG-TAGACACCGCTTTCGGAC-----------------------------ATAAA-ACGT-AAAAT------C-AA-----CGC-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--GAAC---GTATG--AA-AGGACATC--TTTTTGAC--TCTAATC--TAG--TTA-T--TTGACGT------------AAT-TTCAA-CC-T----A--AA--A-----A-Atg
gi|11 : CTAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ATGTT-G--AAAGACGTCAG-G-TGT--ACGTAAGGT-TG-CGT-CTTTTCT--GTGT-GTATTTGCAGATTGT--TTTG-ACGTGGGTTAG-CCT-GACGT-CTTGT---TCAACGTCTT-ATTCCCTGACGTCTTTCTCAGGGC-AGGCAT-CAATGTAGTACGATCT-A-AT-G----A-CAC-TAT-T-----AGCGTC-TT-ATGATGTCAACTT-CA-TCACGAAAGGACGG-C-G-----T-AGAAGAGCGTATTC-TTGG--TGACG--TCTACA---GTCTTCA-TGTTA---ACCGCTTTCGTA-------------------------AT-CAACAAG-ACGC-TAAAA------CAAA-----CG----ATTTTGCGACG--TATG-AAGAT--G-AC---GTATGAAAA-AGGACGTCAAGTCACGACGTTCTAA
gi|12 : CCAGCAGCGCAAA-AATTGTT-T-TTTT--ACGTT-GGAAAAGACATCAG-GGTGTTTACGTTAGGT-TG-CGC-GTGTTCTTGGT-T-GTTTTTGCATATTGG--TTTG-ACGT-CGTTA--
gi|12 : ATGTA--------TTG-ATAG--TCA-CATATAT-T-----A-CATCTGT-ATGATGTCAACCGAC--TCA-GAAA----GA-CGG-----TAAACAGAACGTATTC-TT-G--TGATGGTTTTACA-C-G-----A-CT-TAGACATCGCTATCGGAC------------------------AT-CAAT-AG-ACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-AGGGTTTGCGATG--T-TG-AA-AT--T-ATCCGGTAGGAAAACAGGACGTCCTTTCCCGAC-TTCTAATTTGTAG--TTATT--TTGACGT--C-AT-AACCACAT-tgtattgatagtcacatatattacatctgtatgatgtcaaccgactcagaaagacggtaaacagaacgtattcttgtgatggttttacacgacttagacatcgctatcggacatcaatagacgtaaaaacaacgtagggtttgcgatgttgaaattatccggtaggaaaacaggacgtcctttcccgacttctaatttgtagttattttgacgtcataaccacat
gi|13 : ccagcagcgcaaaaattgtttttttacgttggaaaagacatcagggtgtttacgttaggttgcgcgtgttcttggttgtttttgcatattggtttgacgtcgttGCAG-GCCAA-ATTGTTTGT-TTTT--ATGTT-G-AAAAGATG-CTG-G-TGT--ACATTAGGT-TGACGT-CTTTACTTGGT-T-GTA
gi|13 : caacag-A-GTTTTGCGACA--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATG-AAA-AGGACGTC--TTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttttgcgacattgaaatgacgtatgaaaaggacgtctt
gi|14 : caacaggcaggccaaattgtttgtttttatgttgaaaagatgctggtgtacattaggttgacgtctttacttggttgtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-T-----A-AGTCTTT-ATGATGTCAACTGACG-TCA-TAAA----GA-T-G-----TAAAATGAACGTATTC-TT-G--TGACG--TCTACA-C-G-----A-C
gi|14 : tt--TTTCCGACGTTCTAATT--TGG--TTA-T--TTGATGT--C-AT-AACCATAT-TTCAA-CC-T----A--AAACA-----C-AC---ATCTTAATGAAGTCTAATGTCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttccgacgttctaatttggttatttgatgtcataaccatatttcaacctaaaacacacatcttaatgaagtctaatgtcttctggga
gi|15 : ttttaagtctttatgatgtcaactgacgtcataaagatgtaaaatgaacgtattcttgtgacgtctacacgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgCCAGGAG-GCAAA-TTTGGTTGT-TTTT--GAGTT-G-AAAAGACGT----G-TGT--TTGTTAGGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATT---------------G-ATGT-TG-----CCT-GACGT-CTT-T---TCAACGTCTT-A-TCTTTGACATCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATGTA--------C-T-AT-G--TCA-CAC-TATATATATAA-TGTCTTT-AAAAAGTAAAATGACG-TCA-GAAA----GT-C-A-----TAAACAGAACGTATTC-TT-G--TGATG--Ttctggga
gi|16 : CCAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTC---ACGTT-G-AAAAGACGCCAG-G-TGT--ACGTTAGAT-TGACGT-CTTTTCTTGGC-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ATGG-CATTA-----------------------------------CCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAA-AT---------T-A-AT-GTATTA-CAC-TCT-T-----A-CGTCTTT-ATGACGTCAA-------------------------------AAAAAGAACGTATTC-TT-A--TGACG--TCTAC
gi|17 : cCAAACATTGGTTGTATTTT--GCGCT-G-AAAAGACGT-GG-G-TGT--ACGTTCGGTATAACGT---TTTGTTAGT-TTGTATTTGCAAATTGTTATTTGAACGT-CGTTT--ACT-GACGT-CTC-TATGTCAACGTCTT-A-TCC
gi|18 : CGATG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGGAAA-AGGATGAC--TTTCCAACGGTTTAATT--TAG--CTA-T--TTGACGT--T-AT-AACCATAT-TTCAA-CC-TTTAAA--AA--A-----T-AT---GTCTTTTTAACGTCTTATGTCTGC
gi|19 : CACCGCTTTCAGAC------------------------AT-CAATAAA-ATGT-CAAAA------C-AA-----TGC-A-GATTTGCGACG--G-TGAAA-AT--G-AC---ATATG-ATA-ATTACGTC--TTTCCCACGTTCTAAGT--TAG--TTA-tg
gi|2 : CCAGCAG-ACAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAA-GACGCCAG-G-TGT--ACTTTTGGT-TGATGT-CTTTTCTTAGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-AAGT-C-TTATCCCT-GACGT-CTT-T---TCAACGTCTT-A-TCCCTGACGTCTTT-GCAGGGC-A---AT-AAATGTA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----GA-C-G-----TAAAAAGAACATATTC-TT-A---AACG--CATTCG-C-A-----AACA-TA--CATCGCTTTCGGAC------------------------AT-CAATAAG-ACGT-AAAAAAAACCCC-AAAAAACCAT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGAAAA-AAGACGTC--T-----------TAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACAAGAT-TTCAA-CC-TGA--A--AA--A-----G-GC---GTCTATTTGGCGTCTTATGTCTGC
gi|20 : TGTGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGAAAA-ATGTCGTC--TTTCCGACGTTCTAATT--TAA--TTA--------------------CCAAAT-TTCAA-CC-T----A--AA--AA----G-AC---ATCTTTTTGACGTCTTATATt
gi|21 : AA-AGGACGTT--TTTCCGACATTCTAATT--TAG--CTA-T--TTGACAT--C-AT-AA-CAGAT-TTCAA-CCTT----AATAA--A-----G-ACGGGGTTTTATT-ACGTCTTATGTCTAC
gi|22 : ATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TACAA-CA-T----A--AA--A-----ATAC---GTCTTTTTGACGTCCTATGTCTGCcg
gi|3 : CCAGCAG-GC--A-ATTGGTTGT-TTTTTAACGTT-G-AAAAGACGTAAG-G-TGT--ACATTTAGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ACGT-CGTTC--CCT-GACGT-CTT-T---TCAACTTCTT-A-TTCCTGACGTCTTT-TAAGTGC-A---AT-AAATGTA--------T-A-AT-A--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGAGGTCAACTGACG-TTA-GAAA----GA-T-G-----TAAAAAGAATGTATTC-CT-G--TGGCG--TCTACA-C-G-----A-CG-TAGACACCGATTTCGGAC------------------------AT-CAATAAT-ATGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGAAAA-AGGACGTC--TTCTCGACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-CC-T----A--AA--A-----A-AC---GTATTTTTGACGTCTTATGTCTGCtga
gi|4 : CCAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAAAGACGTCAG-A-TGT--ACGTTAGGT-TGATGT-CTTTTTT--GT-T-GTATTTGCTAATTGT--TTTG-GCGT-CGTTA--CCT-GACGT-CTT-T---TCAAGGTCTT-A-TCCCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATG-A--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTATTT-ATGATGTCAATTGACG-TCA-GAAA----GA-C-T-----TCAAAAAA--GTATTC-TT-G--TGACG--TCTACA-C-G-----A-CG-TAGACACCGCTTTCCGAT------------------------AT-CAATAAG-ACGT-AGAAA------C-AA-----CGC-A-GTTTTGCGAGG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGATAA-AGGACGTC--TTCCCGACATTCTAAAT----G--TTAGT--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-TC-TTA--A--AA--A-----G-AC---GTCTTTTTGACGTCTTATGTCTGC
gi|5 : AGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACATTTG-AAAAGACGTCAGAG-TGT--ACGTTTGGT-TGACGTTCTTTTCTTTGC-T-GTATTGCCAAATTGT--TTTG-ACGT-C-TTATCCCT-GA-GT--TT-T---TCAACGTCTTTA-TCC-TGACGTCTTT--CAGTGCCA---AT-AAATGTA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGA----------CA-TCA-GAAA----GA-C-G-----TAAAAAGAACGTATTT-TT-G--TGACG--TCTACA-C-A-----A-TG-TAGACACCGCTTCTAGAC------------------------AT-CAATAAG-ACGT-AAAA-------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTTTGAAAA-AGGACATC--TTTTCGACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-CC-T----A--AA--AGAGACG-AC---GTCTTTTTGACGTCTTATATtgg
gi|6 : CTAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TT----ACGTT-G-TAAAGACGTCAG-T-TGT--ACGTTAGGT-TACCTT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ACGT-CGTTA--CCT-GACGT-GTT-T---TCAACGTCTT-A-T-CCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---ATAAAATGAA--------T-A-AT-G--TCA-CA---------------ATCTTTAATGATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----AA-C-G-----TAAAAAGAACGTATTC-TT-G--TGACG--TTT-CA-C-G-----A-CG-TATACATCGCTTTCGGAC------------------------ATCCAATAAG-AACTAAAAAA------C-AA-----CGTCA---TTTGCGACG--G-TG-AA-AT--G-AC---GTATG-AAA-AGGACGTC--TTTCCGACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TAGACGC--CAAT-ACACAGAT-TTCAA-CCTT----T--TA--A-----G-AC---GT-TTTTTGGCGTCTTATGTCTGCatttgct
gi|7 : cCCAGCAG-GCAGA-ATTGGTTGG-TTTT--ACGTT-T-AAAAGACGTCAG-G-TTT--ACGTTAGTT-TGGCGT-CTTTTCTAGGT-T-GTATTTGCACATTGT--TTTG-ACGT-TGTTA--CCT-GACCTTCTT-T---TCAACGTTTT-A-TCCTTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-ACATATA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGATGTTAACGGACG----------------------------AAGAATGTATTC-TT-A---AACG--TATTCG-T-A-----A--A-CAGTCACCGCTTTCGAAC------------------------CT-CACTAAG-ACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATCAAAA-AGGACGTC--TTTCAGACATTCTAATT--TAG--TTT-T--GTAACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-TC-TAA--A--AA--A-----G-AC---GTCTT----ATG--TTATGTCTGCtg
gi|8 : cCCAGCAG-GCAAA-ATTGCTTGT-TTTT--ATGTT-G-AAAAGACG-CTG-G-TGT--ACATTAGGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGTAAATTA---TTTG-ACGT-C--TA--CATGGACTT-TGT-C---TCAGCGTCTT-A-TCCCTGAC-TCTTtgg
gi|8 : TTT-ATG-TTCCAAC-GACGGTCA-GAAA----GA-C-C-----GAAAAAAAAC-TA-TC-TT-GTTTGGTG--TCTACA-CGG-----A-CG-TAGA-ATCGCTTTCGGAC------------------------AT-T-ATAAGCACGT-AAAAA------T-AA-----CG--A-GTTTGACGA-A--T-TG-AA-ACTGG-AC---GTATTGAAA-AGGACGTC--TTT-CAACGTTCTAATT--TAAGTTTA-T--TTGACGT--C-TT-AACC-GAT-TTCAA-CC-TTTA-A--AA--A-----G-AA---CTCTTTTTGACGTCTTATGTCTGcaatttatgttccaacgacggtcagaaagaccgaaaaaaaactatcttgtttggtgtctacacggacgtagaatcgctttcggacattataagcacgtaaaaataacgagtttgacgaattgaaactggacgtattgaaaaggacgtctttcaacgttctaatttaagtttatttgacgtcttaaccgatttcaacctttaaaaagaactctttttgacgtcttatgtctg
gi|9 : ccagcaggcaaaattgcttgtttttatgttgaaaagacgctggtgtacattaggttgacgtcttttcttggttgtatttgtaaattatttgacgtctacatggactttgtctcagcgtcttatccctgactcttcaaACGTA--------T-ATAT-G--TTATCACATAT-------A-CATCTG--ATGAT-TCCAC-GACGATCA-GAAA----GAAC-GACAACCAGAAAAAACGTATAT-CT-G--AAATG--TATACAAC-G-----AACC-TCTAAACCGCTATCGGCA------------------------AT-CAAT-AT-ACGT--AAAA------C-AA------GT-A-GGTTTGT-ACAATC-TG-AA-A---A-AC---GTATG-AAC-CGCACGTC---TTCAGACG---TAATC--TAA--TTA-TTATTAACGTTCC-ATAAACCACATATTCAATCT-T----A--AA--A-----G-A------CCTTTTGAC
blockSeqs : C C A TA T G A G TT A G T G T TA A G G TC G TC G ATG T T C C GGC A GTACGATC T T A TA T A A ATATA G A T G C GGAC A GACAAC G G TTT GT A G TCTTC A T G . C C A AAACCC A AAAAC TC G AT A A G TG A CCG A C AA TG GT T TA TC A A A T T TTAA AT AC GAGAC T GGG
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . G TC . C . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T A . . . GG . . T . . . . A . G . . . . . . . C . . . . . . . . A . CT . . G . . . . . . T TTA . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . G G . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . G . . T . . . . . . G . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . GA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . G . . T . . . . . . G . . . . . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . TA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . G . . T . . . . . . G . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . AA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . T . . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . G . . T . . . . . . G . . . . . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . G . . T . . . . . . G . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . G . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . T . . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . G . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . G . . T . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ************************ *****
originalCons : CCAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAAAGACGTCAG-G-TGT--ACGTTAGGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ACGT-CGTTA--CCT-GACGT-CTT-T---TCAACGTCTT-A-TCCCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATGTA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----GA-C-G-----TAAAAAGAACGTATTC-TT-G--TGACG--TCTACA-C-G-----A-CG-TAGACACCGCTTTCGGAC------------------------AT-CAATAAG-ACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGAAAA-AGGACGTC--TTTCCGACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-CC-T----A--AA--A-----G-AC---GTCTTTTTGACGTCTTATGTCTGC
finalCons : CCAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAAAGACGTCAG-G-TGT--ACGTTAGGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ACGT-CGTTA--CCT-GACGT-CTT-T---TCAACGTCTT-A-TCCCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATGTA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----GA-C-G-----TAAAAAGAACGTATTC-TT-G--TGACG--TCTACA-C-G-----A-CG-TAGACACCGCTTTCGGAC------------------------AT-CAATAAG-ACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGAAAA-AGGACGTC--TTTCCGACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-CC-T----A--AA--A-----G-AC---GTCTTTTTGACGTCTTATGTCTGC
Alignments
lowQualScore : 11 11111111 222222222222222222222222 2222 11111
lowQualScore : 2 2 2 33 2 2 0 2 2 33 2 1 2 2 2 33 2 2 1 00 3 33 3 555 3 3 3 3 666 3 11111111 3 3 3 44 3 6 2 77777 2 2 3 5 2 5555 2 7777777 2 2 444 33 3 3 77777 6 3 2 999999999999999999999999 3 3 3 888888 3 77777 44 2 33 2 2 2 33 2 444 8 2 66 0 33 33 4 33 33 2 2 2 2 5 1111 33 33 44444 2 555
lowQualScore : . . . .. . . . . . .. . . . . . .. . . . .. . .. . ... . . . . ... . ........ . . . .. . . . ..... . . . . . .... . ....... . . ... .. . . ..... . . . ........................ . . . ...... . ..... .. . .. . . . .. . ... . . .. . .. .. . .. .. . . . . . .... .. .. ..... . ...
lowQualScore : 9 7 7 77 7 7 5 7 7 77 7 1 7 7 7 99 9 9 9 77 1 99 1 444 1 1 6 6 444 6 22222222 1 1 1 22 1 2 9 11111 9 7 3 3 7 7777 7 1111111 7 7 555 77 1 1 77777 2 3 5 666666666666666666666666 1 1 1 888888 1 77777 99 9 44 5 5 5 44 5 444 2 4 11 2 22 22 7 44 44 5 5 5 7 3 3333 77 77 00000 7 000
consensus : CCAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAAAGACGTCAG-G-TGT--ACGTTAGGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ACGT-CGTTA--CCT-GACGT-CTT-T---TCAACGTCTT-A-TCCCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATGTA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----GA-C-G-----TAAAAAGAACGTATTC-TT-G--TGACG--TCTACA-C-G-----A-CG-TAGACACCGCTTTCGGAC------------------------AT-CAATAAG-ACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGAAAA-AGGACGTC--TTTCCGACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-CC-T----A--AA--A-----G-AC---GTCTTTTTGACGTCTTATGTCTGC
Reference ( family-3099 ) : CCAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAAAGACGTCAG-G-TGT--ACGTTAGGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ACGT-CGTTA--CCT-GACGT-CTT-T---TCAACGTCTT-A-TCCCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATGTA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----GA-C-G-----TAAAAAGAACGTATTC-TT-G--TGACG--TCTACA-C-G-----A-CG-TAGACACCGCTTTCGGAC------------------------AT-CAATAAG-ACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGAAAA-AGGACGTC--TTTCCGACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-CC-T----A--AA--A-----G-AC---GTCTTTTTGACGTCTTATGTCTGC
gi|1 : CCAACAG-GCAAA-ATTGCTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAATGATGCCAG-G-TGT--ACGTTAGGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ACGT-CGTTA--CCT-GACGT-ATT-T---TCAACGTCTT-------TG----------CAGGGC-A---AT-AAATGCA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----T-CAACTTT-ATGATGGCAACTTACG-TCA-CAAA----TA-A-G-----TAAAAAGAACGTATCA-TT-G--GGACG--TCTACT-C-G-----A-CG-TAGACACCGCTTTCGGACACGGTGTAGACACCGCTTTCGGATAT-CAATAAG-ACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACT--T-TG-AA-AT--G-TC---ATATGAAAA-AGGACGTC--ATTCTGAAGCTCTAACT--TGG--TTA-T--TTGACGT--T-AT-AACCATAT-CTCAA-CC-T----A--AA--AAAG--G-AC---GTA--TTTGACGTCTTAAGTCTGC
gi|10 : CCAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAAAGACGTCAG-G-TAT--ACGTTAGAT-TGGTGT-CTTTTCTTGAT-T-GTATTTGCAACTTGT--TTTG-ACGT-CGTTA--CCT-GGCGT-CTT-T---TCAACGTCTT-A-TCCCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATGTA--------T-A-AA-G--TCT-TAC---G-T-----A-CGTCTTT-ATTATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----GA-C-G-----TAAAAAGAAAGTATTTGTT-G--TGACG--TCTACA-C-G-----A-CG-TAGACACCGCTTTCGGAC-----------------------------ATAAA-ACGT-AAAAT------C-AA-----CGC-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--GAAC---GTATG--AA-AGGACATC--TTTTTGAC--TCTAATC--TAG--TTA-T--TTGACGT------------AAT-TTCAA-CC-T----A--AA--A-----A-Atg
gi|11 : CTAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ATGTT-G--AAAGACGTCAG-G-TGT--ACGTAAGGT-TG-CGT-CTTTTCT--GTGT-GTATTTGCAGATTGT--TTTG-ACGTGGGTTAG-CCT-GACGT-CTTGT---TCAACGTCTT-ATTCCCTGACGTCTTTCTCAGGGC-AGGCAT-CAATGTAGTACGATCT-A-AT-G----A-CAC-TAT-T-----AGCGTC-TT-ATGATGTCAACTT-CA-TCACGAAAGGACGG-C-G-----T-AGAAGAGCGTATTC-TTGG--TGACG--TCTACA---GTCTTCA-TGTTA---ACCGCTTTCGTA-------------------------AT-CAACAAG-ACGC-TAAAA------CAAA-----CG----ATTTTGCGACG--TATG-AAGAT--G-AC---GTATGAAAA-AGGACGTCAAGTCACGACGTTCTAA
gi|12 : CCAGCAGCGCAAA-AATTGTT-T-TTTT--ACGTT-GGAAAAGACATCAG-GGTGTTTACGTTAGGT-TG-CGC-GTGTTCTTGGT-T-GTTTTTGCATATTGG--TTTG-ACGT-CGTTA--
gi|12 : ATGTA--------TTG-ATAG--TCA-CATATAT-T-----A-CATCTGT-ATGATGTCAACCGAC--TCA-GAAA----GA-CGG-----TAAACAGAACGTATTC-TT-G--TGATGGTTTTACA-C-G-----A-CT-TAGACATCGCTATCGGAC------------------------AT-CAAT-AG-ACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-AGGGTTTGCGATG--T-TG-AA-AT--T-ATCCGGTAGGAAAACAGGACGTCCTTTCCCGAC-TTCTAATTTGTAG--TTATT--TTGACGT--C-AT-AACCACAT-tgtattgatagtcacatatattacatctgtatgatgtcaaccgactcagaaagacggtaaacagaacgtattcttgtgatggttttacacgacttagacatcgctatcggacatcaatagacgtaaaaacaacgtagggtttgcgatgttgaaattatccggtaggaaaacaggacgtcctttcccgacttctaatttgtagttattttgacgtcataaccacat
gi|13 : ccagcagcgcaaaaattgtttttttacgttggaaaagacatcagggtgtttacgttaggttgcgcgtgttcttggttgtttttgcatattggtttgacgtcgttGCAG-GCCAA-ATTGTTTGT-TTTT--ATGTT-G-AAAAGATG-CTG-G-TGT--ACATTAGGT-TGACGT-CTTTACTTGGT-T-GTA
gi|13 : caacag-A-GTTTTGCGACA--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATG-AAA-AGGACGTC--TTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttttgcgacattgaaatgacgtatgaaaaggacgtctt
gi|14 : caacaggcaggccaaattgtttgtttttatgttgaaaagatgctggtgtacattaggttgacgtctttacttggttgtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-T-----A-AGTCTTT-ATGATGTCAACTGACG-TCA-TAAA----GA-T-G-----TAAAATGAACGTATTC-TT-G--TGACG--TCTACA-C-G-----A-C
gi|14 : tt--TTTCCGACGTTCTAATT--TGG--TTA-T--TTGATGT--C-AT-AACCATAT-TTCAA-CC-T----A--AAACA-----C-AC---ATCTTAATGAAGTCTAATGTCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttccgacgttctaatttggttatttgatgtcataaccatatttcaacctaaaacacacatcttaatgaagtctaatgtcttctggga
gi|15 : ttttaagtctttatgatgtcaactgacgtcataaagatgtaaaatgaacgtattcttgtgacgtctacacgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgCCAGGAG-GCAAA-TTTGGTTGT-TTTT--GAGTT-G-AAAAGACGT----G-TGT--TTGTTAGGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATT---------------G-ATGT-TG-----CCT-GACGT-CTT-T---TCAACGTCTT-A-TCTTTGACATCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATGTA--------C-T-AT-G--TCA-CAC-TATATATATAA-TGTCTTT-AAAAAGTAAAATGACG-TCA-GAAA----GT-C-A-----TAAACAGAACGTATTC-TT-G--TGATG--Ttctggga
gi|16 : CCAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTC---ACGTT-G-AAAAGACGCCAG-G-TGT--ACGTTAGAT-TGACGT-CTTTTCTTGGC-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ATGG-CATTA-----------------------------------CCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAA-AT---------T-A-AT-GTATTA-CAC-TCT-T-----A-CGTCTTT-ATGACGTCAA-------------------------------AAAAAGAACGTATTC-TT-A--TGACG--TCTAC
gi|17 : cCAAACATTGGTTGTATTTT--GCGCT-G-AAAAGACGT-GG-G-TGT--ACGTTCGGTATAACGT---TTTGTTAGT-TTGTATTTGCAAATTGTTATTTGAACGT-CGTTT--ACT-GACGT-CTC-TATGTCAACGTCTT-A-TCC
gi|18 : CGATG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGGAAA-AGGATGAC--TTTCCAACGGTTTAATT--TAG--CTA-T--TTGACGT--T-AT-AACCATAT-TTCAA-CC-TTTAAA--AA--A-----T-AT---GTCTTTTTAACGTCTTATGTCTGC
gi|19 : CACCGCTTTCAGAC------------------------AT-CAATAAA-ATGT-CAAAA------C-AA-----TGC-A-GATTTGCGACG--G-TGAAA-AT--G-AC---ATATG-ATA-ATTACGTC--TTTCCCACGTTCTAAGT--TAG--TTA-tg
gi|2 : CCAGCAG-ACAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAA-GACGCCAG-G-TGT--ACTTTTGGT-TGATGT-CTTTTCTTAGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-AAGT-C-TTATCCCT-GACGT-CTT-T---TCAACGTCTT-A-TCCCTGACGTCTTT-GCAGGGC-A---AT-AAATGTA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----GA-C-G-----TAAAAAGAACATATTC-TT-A---AACG--CATTCG-C-A-----AACA-TA--CATCGCTTTCGGAC------------------------AT-CAATAAG-ACGT-AAAAAAAACCCC-AAAAAACCAT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGAAAA-AAGACGTC--T-----------TAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACAAGAT-TTCAA-CC-TGA--A--AA--A-----G-GC---GTCTATTTGGCGTCTTATGTCTGC
gi|20 : TGTGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGAAAA-ATGTCGTC--TTTCCGACGTTCTAATT--TAA--TTA--------------------CCAAAT-TTCAA-CC-T----A--AA--AA----G-AC---ATCTTTTTGACGTCTTATATt
gi|21 : AA-AGGACGTT--TTTCCGACATTCTAATT--TAG--CTA-T--TTGACAT--C-AT-AA-CAGAT-TTCAA-CCTT----AATAA--A-----G-ACGGGGTTTTATT-ACGTCTTATGTCTAC
gi|22 : ATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TACAA-CA-T----A--AA--A-----ATAC---GTCTTTTTGACGTCCTATGTCTGCcg
gi|3 : CCAGCAG-GC--A-ATTGGTTGT-TTTTTAACGTT-G-AAAAGACGTAAG-G-TGT--ACATTTAGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ACGT-CGTTC--CCT-GACGT-CTT-T---TCAACTTCTT-A-TTCCTGACGTCTTT-TAAGTGC-A---AT-AAATGTA--------T-A-AT-A--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGAGGTCAACTGACG-TTA-GAAA----GA-T-G-----TAAAAAGAATGTATTC-CT-G--TGGCG--TCTACA-C-G-----A-CG-TAGACACCGATTTCGGAC------------------------AT-CAATAAT-ATGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGAAAA-AGGACGTC--TTCTCGACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-CC-T----A--AA--A-----A-AC---GTATTTTTGACGTCTTATGTCTGCtga
gi|4 : CCAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACGTT-G-AAAAGACGTCAG-A-TGT--ACGTTAGGT-TGATGT-CTTTTTT--GT-T-GTATTTGCTAATTGT--TTTG-GCGT-CGTTA--CCT-GACGT-CTT-T---TCAAGGTCTT-A-TCCCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-AAATG-A--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTATTT-ATGATGTCAATTGACG-TCA-GAAA----GA-C-T-----TCAAAAAA--GTATTC-TT-G--TGACG--TCTACA-C-G-----A-CG-TAGACACCGCTTTCCGAT------------------------AT-CAATAAG-ACGT-AGAAA------C-AA-----CGC-A-GTTTTGCGAGG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATGATAA-AGGACGTC--TTCCCGACATTCTAAAT----G--TTAGT--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-TC-TTA--A--AA--A-----G-AC---GTCTTTTTGACGTCTTATGTCTGC
gi|5 : AGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TTTT--ACATTTG-AAAAGACGTCAGAG-TGT--ACGTTTGGT-TGACGTTCTTTTCTTTGC-T-GTATTGCCAAATTGT--TTTG-ACGT-C-TTATCCCT-GA-GT--TT-T---TCAACGTCTTTA-TCC-TGACGTCTTT--CAGTGCCA---AT-AAATGTA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGA----------CA-TCA-GAAA----GA-C-G-----TAAAAAGAACGTATTT-TT-G--TGACG--TCTACA-C-A-----A-TG-TAGACACCGCTTCTAGAC------------------------AT-CAATAAG-ACGT-AAAA-------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTTTGAAAA-AGGACATC--TTTTCGACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TTGACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-CC-T----A--AA--AGAGACG-AC---GTCTTTTTGACGTCTTATATtgg
gi|6 : CTAGCAG-GCAAA-ATTGGTTGT-TT----ACGTT-G-TAAAGACGTCAG-T-TGT--ACGTTAGGT-TACCTT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGCAAATTGT--TTTG-ACGT-CGTTA--CCT-GACGT-GTT-T---TCAACGTCTT-A-T-CCTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---ATAAAATGAA--------T-A-AT-G--TCA-CA---------------ATCTTTAATGATGTCAACTGACG-TCA-GAAA----AA-C-G-----TAAAAAGAACGTATTC-TT-G--TGACG--TTT-CA-C-G-----A-CG-TATACATCGCTTTCGGAC------------------------ATCCAATAAG-AACTAAAAAA------C-AA-----CGTCA---TTTGCGACG--G-TG-AA-AT--G-AC---GTATG-AAA-AGGACGTC--TTTCCGACGTTCTAATT--TAG--TTA-T--TAGACGC--CAAT-ACACAGAT-TTCAA-CCTT----T--TA--A-----G-AC---GT-TTTTTGGCGTCTTATGTCTGCatttgct
gi|7 : cCCAGCAG-GCAGA-ATTGGTTGG-TTTT--ACGTT-T-AAAAGACGTCAG-G-TTT--ACGTTAGTT-TGGCGT-CTTTTCTAGGT-T-GTATTTGCACATTGT--TTTG-ACGT-TGTTA--CCT-GACCTTCTT-T---TCAACGTTTT-A-TCCTTGACGTCTTT-TCAGGGC-A---AT-ACATATA--------T-A-AT-G--TCA-CAC-TAT-T-----A-CGTCTTT-ATGATGTTAACGGACG----------------------------AAGAATGTATTC-TT-A---AACG--TATTCG-T-A-----A--A-CAGTCACCGCTTTCGAAC------------------------CT-CACTAAG-ACGT-AAAAA------C-AA-----CGT-A-GTTTTGCGACG--T-TG-AA-AT--G-AC---GTATCAAAA-AGGACGTC--TTTCAGACATTCTAATT--TAG--TTT-T--GTAACGT--C-AT-AACCAGAT-TTCAA-TC-TAA--A--AA--A-----G-AC---GTCTT----ATG--TTATGTCTGCtg
gi|8 : cCCAGCAG-GCAAA-ATTGCTTGT-TTTT--ATGTT-G-AAAAGACG-CTG-G-TGT--ACATTAGGT-TGACGT-CTTTTCTTGGT-T-GTATTTGTAAATTA---TTTG-ACGT-C--TA--CATGGACTT-TGT-C---TCAGCGTCTT-A-TCCCTGAC-TCTTtgg
gi|8 : TTT-ATG-TTCCAAC-GACGGTCA-GAAA----GA-C-C-----GAAAAAAAAC-TA-TC-TT-GTTTGGTG--TCTACA-CGG-----A-CG-TAGA-ATCGCTTTCGGAC------------------------AT-T-ATAAGCACGT-AAAAA------T-AA-----CG--A-GTTTGACGA-A--T-TG-AA-ACTGG-AC---GTATTGAAA-AGGACGTC--TTT-CAACGTTCTAATT--TAAGTTTA-T--TTGACGT--C-TT-AACC-GAT-TTCAA-CC-TTTA-A--AA--A-----G-AA---CTCTTTTTGACGTCTTATGTCTGcaatttatgttccaacgacggtcagaaagaccgaaaaaaaactatcttgtttggtgtctacacggacgtagaatcgctttcggacattataagcacgtaaaaataacgagtttgacgaattgaaactggacgtattgaaaaggacgtctttcaacgttctaatttaagtttatttgacgtcttaaccgatttcaacctttaaaaagaactctttttgacgtcttatgtctg
gi|9 : ccagcaggcaaaattgcttgtttttatgttgaaaagacgctggtgtacattaggttgacgtcttttcttggttgtatttgtaaattatttgacgtctacatggactttgtctcagcgtcttatccctgactcttcaaACGTA--------T-ATAT-G--TTATCACATAT-------A-CATCTG--ATGAT-TCCAC-GACGATCA-GAAA----GAAC-GACAACCAGAAAAAACGTATAT-CT-G--AAATG--TATACAAC-G-----AACC-TCTAAACCGCTATCGGCA------------------------AT-CAAT-AT-ACGT--AAAA------C-AA------GT-A-GGTTTGT-ACAATC-TG-AA-A---A-AC---GTATG-AAC-CGCACGTC---TTCAGACG---TAATC--TAA--TTA-TTATTAACGTTCC-ATAAACCACATATTCAATCT-T----A--AA--A-----G-A------CCTTTTGAC