lowQualScore : 22222222 2222 22 111111 22222 222222222222 11111 222222222 1111111111111 44444444 1 44444444444444 1111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 111 77777777777777777777777777777777777777 1111111111 22222222 222222222222222 22222222 11 22222 5555555555555555555555555 11
lowQualScore : 44 11111111 5555 3 6666 4 00 5 1 333333 33 777 333 2 333 5 22222 2 6666 000000000000 1 22 44444 1 44 22 88888 0 333 777777777 2 77 444 777777 33 77 3333333333333 333 11111111 2 22 0 4 33333333333333 2 7 33 2 9999999 33 333 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 2222222 66666 2 6666 2 66666 2 8888888 555 5555 33333333333333333333333333333333333333 0000000000 5555 2 2 11111111 2 777777777777777 3 33333333 00 11111 5 8888888888888888888888888 99
lowQualScore : .. ........ .... . .... . .. . . ...... .. ... ... . ... . ..... . .... ............ . .. ..... . .. .. ..... . ... ......... . .. ... ...... .. .. ............. ... ........ . .. . . .............. . . .. . ....... .. ... . ............................................................................. ... ....... ..... . .... . ..... . ....... ... .... ...................................... .......... .... . . ........ . ............... . ........ .. ..... . ......................... ..
lowQualScore : 77 33333333 4444 2 0000 4 88 2 5 777777 22 444 555 0 555 0 55555 1 9999 111111111111 1 88 88888 9 11 99 88888 6 111 111111111 7 33 444 222222 11 00 5555555555555 555 33333333 0 99 3 7 55555555555555 4 9 11 2 3333333 11 999 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 1111111 77777 7 1111 9 77777 7 7777777 111 7777 66666666666666666666666666666666666666 3333333333 0000 5 5 99999999 7 888888888888888 3 88888888 55 11111 7 7777777777777777777777777 00
consensus : TGAAAAAATTATG------T-GGTT-TGGGATGACCCC-G-G-G--CACTTGC---C-CAT-CAG---AA---T-A---CTCAA---TGCATC-TTGA--C-ATG-N--G-CAG--CAGG--A-----A-TATATAT--GGT-T-NAGGGGTCA-GGACCTCAG---C--TG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTA-TGAAAT------------AG---GGTTTT-GG--TGA-CCC--CAGGG-CAC------TTG---CCC-AACAGAAT--ACT-CA-A-----TGCATCTTGAC--ATA---T-GCAGC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT-----GT------TATA--GTG------------T---AT-A-----T-----GGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGTAC-----GA---C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAC----T-TGC-GTGCGGGTAT------T-----A--CT-GTCTCATA-GACAGCATC-TAGTTATGT-TT-----C-TCATA-----ACA--TT-TTATTTGCTAACTC
Reference ( gi|4 ) : TGAAAAAATTATG------T-GGTTATAAGGTGACCCC-A-G-G--CACCTGC---T-TAT-CAG---AA---T-A---CCCGT---TGCATC-TTGA--C-ATG-G--G-TAG--AAGG--A-----A-TATATAT--GGT-T-AAGGGGTCA-GAACCTTAC---C--TG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTG-TGAAAT------------GG---GGTTCTCGG--TGA-CCC--CTGGG-CAC------ATG---GAC-AACATAAT--ACT-CA-T-----TGCATCTTGAC--ATA---T-GCATC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT-----GT------CACA--GTG------------T---AT-G-----T-----GGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTACAAGTTACAC----AAGCAC-----GA---C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAT----T-TGC-GTGCGGGTAT------T-----T--CT-GTCTCATAGGTGAGCATT-TAGATATAT-TT-----C-TCATA-----ACA--TT-TTATTTGTTAACTCTTCT
gi|9 : TGAAAGAA-------------GGTT-TGGGGTAATCCC-A-G-G--T---------C-TAA-CTG---AA---T-A---CCCAA---TGCATC-TTGA--T-ATA-T--G-CAG--GAGG--A-----A-TTTATAT--GGTAT-AAGG
gi|1 : cgacgattaAAAAAATGATA------T-GGTTA--GGATG-CCGC-G-G-GA-CACTTGC---C-CAT-GAG---AA---C-A---CTTAT---TTCATC-TTGA--T-ATG-T--G-C-------GCCA-----A-TATAT-T----T-T----GGATCA-GGACCGCAA---T--TA-T--TT---AAGA------TATATTGCAACAC--TTA-TAAAATA-----------GG---GGTT---GGA-TTA-CTC--CCGGG-CAC------TTG---CAC-AACAGAAT--ACT-CA-T-----TGCATTTTGAC--AAA---T-ATAGC--A--AGAACATA---C-----------A-----C-GTAAT-----ATTCAATGCATA--CTGTAAGGGATATGCT---AT-A-----T-----AGCA-ATT----AT-TGTG-----ACTT-CAATGGTATTTTTAA-TTCCAC----AAATAT-----G--------AT---GGAAA-----------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAATCAC----T-TAC-GTGCGGGTAT------T---------A-ATTTCATATGAGAGCTTC-TAGTTAT-T-TT-----CACCATAATTTTATA--TT-TTATTCG--AACTtatgttatatggtaatactgtagcttctttcttggttagacaagtacgatggatagacttgctagtacatgtatattcaaaggcaaacccctgcattcgggtataccagatatatatctgtcttatgacagcatctaggaatgttttgtaatatcatgttttattattt
gi|18 : AAAGAATTATGAGATAGT-GTTTGGAA--TGACCCC-GCG-A--CACTTCT---C-CAT-CAG---AA---T-A---CTCAA---TGCATC-TTGA--T-ATA-T--G-CAG--CAAG--AGCTGTG-TATACAT--Gt
gi|12 : gttttagatatatttAACAATTATGAAA---TAGGTTTTGCGATGACCCC-A-G-AA-CACTTGC---CCTAA-CAG---AA---T-A---CTCAG---TGCATC-TTGA--C-ATtacatgttatatagggcatgttttctggaactgt
gi|5 : ttgaaccattaaaatatgataggggttgaaattaatcgtattactcaatgcatcgtgatacatgaatgcagaaggaatataatagtttaaggatcagaaactcatttgtttacatatatgtatttcAAAAATGTTG------G-GGAT-TGAGATGACCCC-G-T-GT-CACTTAT---C-CAT-TAG---AG---T-A---CTCTA---TGCAGC-TTGA--TTAAG-G--G-TGG-------------------------GGT-----GGAG-CG-AAACCTCAAGTAT--TG-T--TT---TCAA------TTCATATCAACAA--TTA-TGAAAT------------GG---GAT---------GA-CCC--C------------------------AACAGAAT--ACT-CA-A-----TGCAGCAAGA---ATA---T-GTATG--A--T------A---T-----------A-----G-GT-A-----------------A--GT-------------T---AT-A-----T-----GGTA-ACT----AC-AATG-----GCTT-C-------TGTGCGAGTTACAC----AGGTTC-----G--------AT---GG--------------AGA----------TGT----TG-A------------------TGT-GTGCGAGTTT------T-----A--CT-GT----TATGACAGCATC-TAGTTAattcatcaagag
gi|20 : ataatctcaaccattaacggtatctctacaatAAATATTATG------T-GATTA--GGATG---------------CCT-C---T-TTT-CAG---GG---T-A---TTCAG---TGCATT-TTGA--T-ACA-A--G-TA-----------------TGCAGAT--TGT-C-AAGGC-TCA-GAATATCAA---C--TGGT--TT---TAGA------TCTATTTCAAAGA--AAA-TGAAAT------------GG---GGTATTGAG--TGA-CC
gi|3 : AAAATT-TG------T-GGTTATAAGGTGACCC--A-G-G--CACCTGCC--T-TAT-CAG---AA---T-A---CCGAT---TGCATCATTGA--CCATG-G--G-TAG--AAGA--A-----A-TATATAT--GGT-T-AAGGGGTCAAGAACCTTAC---C--TG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTGTTGAAAT------------GG---GGTTCTCGG--TGACCCC--CTGGG-CAC------ATG---GAC-AACATAATTAACT-CATT-----TGCTCTTTGAC---TA---T-GCA-C--A--A------A---T-----------A-----G-CT-AT-----GT------CACA--GTG------------T---ATGG-----T-----GGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTTCC-------TTTACAA-TTACA-----AAGCAC-----GA---C-A-A-----G--------------GTA----------TAT----TT-AACAGGCAAACAT----TGTGCGGTGCGGGTAT------T-----T--CTGGTCTC-TAGGTGAGCATTATAGATATATATT-----CTTCATA-----ACA---T-TTATTTGTTAA
gi|10 : gATA------T-CGTT-TAGGATAACCCC-A-G-GG-CACTTCC---A-CAA-CAG---AA---T-A---CTCAA---TACATac
gi|13 : aaatgatagaggtttgggtgaccctgaggcacttgcacatgatcagaatattcagtgcatcttgaaatgtgcaacaggaatttgtttagttttgggtcatcacctcagttgttttagatatttttcaacaattttgaaG------T-GGTT----GATGACACT-T-G-GGACACTTTC---C-AAT-CAAGATAA---T-A---CTCAA---TGCATA-AATA--C-ATG-T--G-CAG--CAGA--A-----A-TATACATTTGGT-T-TTGGGGTCA-TGACCTCGG---C--TG-T--TT---TGAA------TATAatggtatcaagtatattttaaaggtaatcacttgcgtgcgggtatta
gi|2 : ttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtaggggggggggggTAAGATGACCTC-G-G-GG-CACTTAA---T-TAT-CAG---AA---TAA---TCCA----TGCATC-GTGA--T-ATG-T--A-CAG--CAGG--A-----G-TATATAT--GCT-T-TAGGGGTCA-GAACGTCAA---C--TG-T--TT---TAAG------TATATTTCAACAG--TTT-TGGCA------------------------------GA---C--CTGGGACAC------TTG---TCT-AACATGAC--ACC-CA-A-----TGCACCTGGAC--ATA---A-GCAGC--AAGA------A---T-----------ATATATG-GT-AT-----AT------AATAAGATATAT---------T---AT-A-----T-----GGCA-ACT----AC-TGTG-----GGTC-A-------TTTGCTGATTATAA----AAGTGT-----TA---T-ATAT----G--------------GTA----------TAT----TC-AA-AGACAAACAC----T-TGA-GTGCTCGTAT------C-----A--CC-GTCCTA----TGA-CTTC-TAGTTACCT-TT-----C-Tcatgtggttttggggtcatgacctcggccgttt
gi|8 : gtggcagggggggggggggTGAGATGACCCC-A-G-GG-CACTTGC---C-CAT-CAG---GAAACT-A---CTCAA---TGCAT--TTGA-----TG-GT-G-CAGC-AGGG--A-----AGTATACAT--GGTAT-CAGGTTTAA-GGG------------TG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAC--TCA-TGAAAT------------AG---GGT--TTGGTATGA-CCCTGCAGGG-TAT------TTG---CCC-AACAGAAT--ACT-CA-A-----TGTGTCTTGACATATA---T-GCAGC--A--A------tttattgaagttcaagattggaaaactgaaaaagaatgt
gi|10 : atggcagtGGTGACCCTGA-G-G--CACTTGCACAT-GAT-CAG---AA---T-A---TTCAG---TGCATC-TTGA--A-ATG-T--G-CAA--CAGG--A-----A-TTTGTTT--AGT-T-T-TGGGTCA-TCACCTCAG---T--TG-T--TT---TAGA------TATTTTTCAACAA--TTT-TGAAAT------------AT---CGTTTAGGA--TAA-CCC--CAGGG-CAC------TTC---CAC-AACAGAAT--ACT-CA----------AT----AC--ATA---TGGTATC--A--A------G---T-----------A--------T-AT-----TT------TAAA--G-G------------T---Agaatttatatagtatagagcatatttaaaggaaaatgcatgcgaatattactgtcttatggcagca
gi|24 : aaatgatagaggtttgGATGACCCC-A-GTG--CACTTTC---C--ATACAA---AA---T-A---CTCTG---TGCATC-TTTA--C-ATA-A--GCTGC--AAGA--A-----A-TATATatcacttgcgtgcgggtatta
gi|29 : caatgtttttaccatttctggtttaaacaggttttgGATGGCCCT-T-GTA--CACTTGC---T-CAA-CAA---AA---T-G---CTCCA---TGCATT-TTGA--C-ATGCA--G-CAA--GAAT--A-----A-TATACAT--G
gi|6 : gcttggTGACCAA-A-G-GA-CACTTGC---C-AAA-CAT---AA---T-ATTACATGTAAATGCATC-CTGA--C-ATA-T--G-CAG--CAAG--A-----A-TATA-GT--GGTAT-AAGt
gi|16 : tagggatcaagacctccattgttttatatgtgaaatggggtctggaaGACCCC-ATG-G--CACATGC---C-TAA-CAGTGCAA---T-----CAAAT---T--ATT-TTGA--C-ATA-T--G-CAG--CAAG--A-----G-TATATAT--GGT-atatgttacattgtaataactacatgtattattgcttctttgttagttacacttgtaagtacgatggaaagtacatgtatattcaaaggcaaacgattgctgtattatgacattatctagcttatttcatacctgctattctttaattcaaa
gi|15 : taagtgtatttcaacaatcattgaatagggcttgcgaaGACCTA-A-G-GG-CACTTGC---C-CAA-CAG---AA---C-A---CTCAC---TGCAAC-TTGA--C-ATA-T--T-CAT--CAAG--A-----A-TATATAT--GGT-ataggttatgttatatggtaactactgtagcttcttcgatagttacacaag
gi|7 : ttcaagaattgtgaagtaagatttggaac-G-G--CACTTGC---T-TAT-CAG---AA---T-A---CACAA---TGCACC-TTGA--T-AAG-T--G-CAG--CAGG--C-----A-TATA---------------------GA-------------TG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACCG--TTA-TGAAAT------------AG---GGTTTTGGA--TGA-CTC--CAGTG-CAC------TTG---CCC-AGCATAAT--TCT-CA-G-----TGTATCTTGAC--ACA---T-GCAGC--A--A------AAT-T-----------A-----T-AT-AT-----GA------TATAAGGTA------------TGTGAT-G-----T-----GGTA-ACT----AC-AGTG-----TCTT-C-------TTTGCTGGTTACGC----AA--AT-----AA---A-A-AC--------------------TA----------TTT----TT-AA-Aatgcgctataattatatgacaactcttgtggcttcttttcttgttattcaagaacgacgtagaatatat
gi|26 : tgaacactgaaaaaatgatg-CAG---AA---T-A---CTCCA---TGCGTC-TTGA--C-ATA-A--G-CAGCTAA----A-----A-TATaagatgctgtagagtt
gi|12 : a---T-A---CTCAA---TGCATC-GTGATAC-ATG-AATG-CAG--AAGG--A-----A-TATA-AT--AGT-T-TAAGGATCA-GAAACTCAT---T--TG-T--TTACATATA------TGTATTTCAACAA--TTA-TGAAAT------------AG---GTTTTGCGA--TGA-CCC--CAGAA-CAC------TTG---CCCTAACAGAAT--ACT-CA-G-----TGCATCTTGAC--ATA---T-TCATC--A--A------gcgtatattgagtgaagtgtatttaaaggcaagtattcactgtcgtataacagcatc
gi|22 : ttgaaccattaaaatatgataggggttgaaattaatcgtat--G-CAG--CAAG--A-----A-TATGTAT--AGC-T-TAATGGTCA-TCGCCTCAA---T--TG-TGTTT---TCAA------TATATTTCAACAA--TTA-TGAAAT------------AT---TGT--TTGGAATGA-CCC--gag
gi|14 : tgacaatgccacgaatattaatacctatatAGG--A-----A-CATATCT--GAT-TTAGGGGGTCA-GGGCCTCAG---T--TG-TGTTT---TAAA------TATATTTCAAAAA--TTA-TGAAAT------------AA---AATTTAAGA--TGA-CCT--CAAGA-CAC------TTG---
gi|28 : tgaacaatccaaaaatggttgtggttggaatggtccagggatacttaacaattaaaatactac-----A-TACATGT--GGT-T-TTGGGGTCA-TGACCTCGG---C--CG-T--TT---TGAATACATGTATATTTCAACAATTTTG-TGAAAG------------AG---GGTTccaaacaaaa
gi|6 : aatAGGGATCA-AGACCT--C---CATTG-T--TT---TA----------TAT------------G-TGAAAT------------GG---GGT-CT-GGAATGA-CCA--AAGGA-CAC------TTG---CCA-AACATAAT--ATTACA-TGTAAATGCATCCTGAC--ATA---T-GCAGC--AAGA------A---TATAGTGGTATAA-----G-AT-AT-----GT------TACA--TTG------------T---A---------------ATA-ACT----ACATGTATTATTGCTT-C-------TTTGTTAGTTACACTTGTAAGTAC-----G--------AT---GGAAAGTACAT-----GTA----------TAT----TC-AA-AGGCAAACGA----T-TGC-
gi|18 : tG-T--TT---TAGA------TATATTTAAAGAA--TTA-TGAGAT------------AG---TGTTT--GGAATGA-CCC--CGCGA-CAC------TTC---TCC-ATCAGAAT--ACT-CA-A-----TGCATCTTGAT--ATA---T-GCAGC--A--A------G---------------A-----G-CT-GT-----GTA-----TACA---TG------------T---AC-A-----T-----GTTA-tgtattatgacattatctagcttatttcatacctgctattctttaattcaaa
gi|16 : ---TAAG------TGTATTTCAACAA--TCA-TTGAAT------------AG---GGCTTGCGA--AGA-CCC--CATGG-CAC------ATGCCTAAC-AGTGCAAT---CA-AA-T-----T--ATTTTGAC--ATA---T-GCAGC--A--AGAGT--A---T-----------ATAT--G-GT-ATAG---GT------TAT---GT-------------T---AT-A-----T-----GGTA-ACT----AC-TGTA-----GCTT-C-------TTCGATAGTTACAC----AAGtatagggcatgttttctggaactgt
gi|3 : ATTTCAACAA--TTGTTGAAATATATTTAAAACAGGTAAGGTTCT-----TGA-CCC--CT
gi|15 : gaaaatttgtggttataaggtgacccaggcacctgccttatcagaataccgattgcatcattgaccatgggtagaagaaatatatatggttaTTCAAGAA--TTG-TGAAGT------------AA---GATTT--GGAACGA-CCT--AAGGG-CAC------TTG---CCC-AACAGAAC--ACT-CA-C-----TGCAACTTGAC--ATA---T-TCATC--AAGA------A---T-----------ATATATG-GT-ATGC---GC------TATA--AT-------------T---AT-A-----T-----GACA-ACT----CT-TGTG-----GCTT-C-------TTTTCTTGTTATTC----AAGAAC-----GA---C-G-TA---GA--------------ATA----------TAT----ggggttctcggtgaccccctgggcacatggacaacataattaactcatttgctctttgactatgcacaaatagctatgtcacagtgtatggtggtaactactgtggcttcctttacaattacaaagcacgacaaggtatatttaacaggcaaacattgtgcggtgcgggtatttctggtctctaggtgagcattatagatatatattcttcataacatttatttgttaaac
gi|9 : CGACGA--TTA-TGAAAG------------AA---GGTTTGGGG--TAA-TCC--CAGGT-C----------------T-AACTGAAT--ACC-CA-A-----TGCATCTTGAT--ATA---T-GCAGG--AGGA------A---T-----------T-----T-AT-AT-----GG------TATA--AGG------------T---AT-GTTATAT-----GGTA-A-T----AC-TGTA-----GCTT-C-------TTTCTTGGTTAGAC----AAGTAC-----GA---TGG-AT---AGACTTGCTAGTACATGTA----------TAT----TC-AA-AGGCAAACCC----C-TGC-ATTCGGGTATACCAGATATATAT--CT-GTCTTAT--GACAGCATC-TAGGAATGT-TT-----TGTAATA-----TCATGTT-TTATT
gi|13 : ------------GG---GGTGGTTGA--TGA-CAC--TTGGGACACTTTCCAAT------C-AAGATAAT--ACT-CA-A-----TGCATAAATAC--ATG---T-GCAGCAGA--A------A---T-----------A-----attt
gi|24 : ttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtaggggggggg---GGTTTTGGA--TGA-CCC--CAGTG-CACTTTCC-AT-----AC-AA---AAT--ACT-CT-G-----TGCATCTTTAC--ATAAGCT-GCAAG--A--A------A---T-----------A-----tacatttggttttggggtcatgacctcggctgttttgaatatacatgtggttttggggtcatgacctcggccgttt
gi|29 : caatgtttttaccatttctggtttaaacaGA--TGG-CCC--TTGTA-CAC------TTG---CTC-AACAAAAT--GCT-CC-A-----TGCATTTTGAC----A---T-GCAGC--A--A------tat
gi|11 : gcttggC-AACAGAAT--ATT-TA-A-----TGCATCTGGAT--ATA---T-GCAGA--A--A------AAAAT-----------A-----G-AT-ATT----GT-------ATA--GGG------------T---AT-G-----TTATACGGTATACCTATAAC-TGTG-----GCTT-C-------CTTGTTAGTTACAC----AAGTAT-----GC---C-A-GC---CA--------------GTAAATTTAATTTTAT----TT-AA-A-GCAAACAC----A-TGC-GTGCGGGCAT------TAA---TTACT-G--TCGTATGTCAACATA-TAGTTGTGT-TTGATTGT-T--TA-----ACA--TTCTTGTTTgaataatatacatgt
gi|26 : ACAGAAT--ACT-CC-A-----TGCGTCTTGAC--ATA---A-GCAGCTAA--A------A---T-----------AT----GCGT-ATATTGAGT------GA-A--GTG------------T---AT-ctgttttttactt
gi|17 : -----------A-----G-GT-AT-----GT---------------------------T---AT-T-----T-----GATA-ACT----AC-TGTG-----GCAT-C-------TTTGCGGGTTACAT----AAATAC-----GA---C-A-TT---TA--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGGAAACAC----T-TGC-GTGttaaaggcaagtattcactgtcgtataacagcatc
gi|19 : atc-GT-AT-----GT------AACA--TT-------------T---AT-A-----T-----AATA-ACT----GT-TGTG-----GTTT-C-------TTTGCTAGTTATAC----AAGTAC------------A-AT---GGAGA-----------GTG----------TGT----TT-AA-AGGCAAACACTTAAT-TGT-GTATGGGTGT------T-----A--CT-GTCTTATtaatattgatatctagttattttttttaagtctgaatacatgcatagaacacagtaaaggactgc
gi|27 : a------------T---AT-A-----T-----AATA-ACT----GT-TGTG-----GTTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGT--------A---C-A-AT---GGAGA-----------GTG----------TAT----TT-AA-AGGCAAACACTTAAT-TGT-GTATGGGTGT------T-----A--CT-GTCgacaacatctacaaagttgttttgact
gi|21 : ---AT-A-----T-----GGTA-TCT----AT-TGTA-----GCTT-C-------TCTGCTAGTTATAT----AAGTACATGAAGAGTTT-A-ATTAAGA--------------TTA----------TATCTAATT-AA-AGGAAAAC---------GC-TTGCCGATAC------T-----T--CT-GTCT--TAAGACAGCATC-CAGTTA-AT-TT-----
gi|23 : TG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----A----------------------------------------GTA----------TAT----TT-AA-GAGCAAAAAA----T-TGC-ATGCGGATTT------T-----A--CT-GTCTTTT--GACAGCATC-TAG-----T-TT----------TA-----AC------TTGTTT-CTAACTCacttgt
gi|31 : ttA---C-A-AA---GGAGA-----------GTA----------TAC----C--AA-AGCCACACAC----C-CGC-GTGTGTGAAT------T-----A--CC-GTCTCATaaa
gi|8 : gt---GA--------------GCA----------TAT----TT-AA-AGGAAAA---------TGC-ATGCGAATAT------T-----A--CT-GTCTTATGGgacagcatc
gi|10 : atggcagttgagatgaccccagggcacttgcccatcaggaaactactcaatgcatttgatggtgcagcagggaagtatacatggtatcaggtttaagggtgttttaaatatatttcaacactcatgaaatagggtttggtatgaccctgcagggtatttgcccaacagaatactcaatgtgtcttgacatatatgcagcaagaatttatatagtata--------------GTA----------TAT----TTTAA-AGGTAATCAC----T-TGC-GTGCGGGTAT------T-----cagca
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ACTTTGGTGTGTGAGTGTGTGTTGGGGGGGGGGGGGGTCACTAAAAAGCGAAACTTAATAACATCCAACAGATATTATCAATGTTATGCAGGTGCATGTGC
Unaligned ( gi|30 ): TTTCAATAGCTATAAAATAGGGTTTGTGCACGATGACCTTAGGCCATTTGCTCAACAGAATAATAGTCAGTGC
Alignments
lowQualScore : 1 111 1 333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5555555555555555555555555555555555555 111111 22 2222222 11111 11111 1
lowQualScore : 88 0 666 1 3 5555 6 5 44444 888 555 444 11 2 9999999999 2 33 55555 2 77 2 2 2 8888 2 66 333 666666 22 1 4444 4444 1 222222222222 22 22 2 1 2 333 22 2 77777 33 444 0 33 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666 2 2 5555 2 66666 2 8888888 5555 9999999999999999999999999999999999999 9999999999 4444 2 2 222222 2 5555 777777 66666 2 2 77 5 3 55 666 6 4 2222222 3 66666 00000 4
lowQualScore : .. . ... . . .... . . ..... ... ... ... .. . .......... . .. ..... . .. . . . .... . .. ... ...... .. . .... .... . ............ .. .. . . . ... .. . ..... .. ... . .. ............................................................................. ... . . .... . ..... . ....... .... ..................................... .......... .... . . ...... . .... ...... ..... . . .. . . .. ... . . ....... . ..... ..... .
lowQualScore : 66 0 555 7 3 9999 2 4 11111 555 000 777 11 7 0000000000 7 22 11111 7 99 5 4 4 1111 2 11 777 111111 66 9 0000 0000 9 666666666666 88 99 2 4 1 555 99 1 44444 44 444 4 44 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 2 5 7777 7 22222 5 1111111 3333 8888888888888888888888888888888888888 7777777777 7777 4 4 111111 5 3333 222222 22222 7 1 22 7 1 00 444 4 4 6666666 0 77777 00000 5
consensus : TGAAAAAATGAT-GTGGTT-TGGGATGAC-CCC-G-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---AA---TACTCAATGCATC-TTGA--C-ATGN--GCA-GCAGGAA--TATATAT--G--GT-TTAGGGG-TCAGGA-CCTCAG---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA----GGGTT-T-----C-G-G--T--GACCC--CA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAC--ATA---TGCAGC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT--A--G----TG------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGTAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------TA-----CT-GTCTTAT--GAC-AGCATC-TAG--TTA---TGT-TT-----C-TCATA-----ACA--TT-TTATTCGTTAACTC
Reference ( family-3098 ) : TGAAAAAATTAT-GTGGTT-TGGGATGAC-CCC-G-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---AA---TACTCAATGCATC-TTGA--C-ATGN--GCA-GCAGGAA--TATATAT--G--GT-TNAGGGG-TCAGGA-CCTCAG---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA----GGGTT-T-----T-G-G--T--GACCC--CA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAC--ATA---TGCAGC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT--A--G----TG------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGTAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------TA-----CT-GTCTCATA-GAC-AGCATC-TAG--TTA---TGT-TT-----C-TCATA-----ACA--TT-TTATTTGCTAACTC
gi|1 : AAAAAATGAT-ATGGTT--AGGATG-C-CGC-G-G-GACACTTGCCC-AT---GAG---AA---CACTTATTTCATC-TTGA--T-ATGT--GCG-CCA-------ATATAT------T-TT--GGA-TCAGGA-CCGCAA---TTA-T--TT---AAGA------TATATTGCAACAC--TTA-TA----AAATA----GGGGT-T-----G-G-A--T--TACTC--CC-GGGCACTTGCAC-AACAG---AAT--ACT-CA-----TTGCATTTTGAC--AAA---TATAGC--A--AGAACATA---C-----------A-----C-GTAAT--A-T-TCAATGCAT--A--C----TGTAAGGGATATGCT---AT-ATAGCA-ATT----AT-TGTG-----ACTT-CAATGGTATTT-TTAATTCCAC----AAATAT--G-----------AT---GGAAA-----------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAATCAC----T-TAC-GTGCGGGT----AT------TA--------ATTTCATATGAG-AGCTTC-TAG--TTA---T-T-TT-----CACCATAATTTTATA--TT-TTATTCG--AACT
gi|10 : AAATGATAGAGGTT-TGGG-TGAC-CCT-GAG-G-CACTTGCAC-ATGATCAG---AA---TATTCAGTGCATC-TTGA--A-ATGT--GCA-ACAGGAA--TTTGTTT--A--GT-TT-TGGG-TCATCA-CCTCAG---TTG-T--TT---TAGA------TATTTTTCAACAA--TTT-TG----AAATA----TCGTT-T-----A-G-GA-T--AACCC--CA-GGGCACTTCCAC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATACATt
gi|10 : --------------GTA----------TAT----TTTAA-AGGTAATCAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------TA-----atggtatcaagtatattttaaaggtaatcacttgcgtgcgggtatta
gi|11 : aaatgatagaggtttgggtgaccctgaggcacttgcacatgatcagaatattcagtgcatcttgaaatgtgcaacaggaatttgtttagttttgggtcatcacctcagttgttttagatatttttcaacaattttgaaatatcgtttaggataaccccagggcacttccacaacagaatactcaatacatatggtatcaaC-AACAG---AAT--ATT-TA-----ATGCATCTGGAT--ATA---TGCAGA--A--A------AAAAT-----------A-----G-AT-AT--T-G-T------AT--A--GGGTATG------------TT--AT-ACGGTATACCTATAAC-TGTG-----GCTT-C-------CTTGTTAGTTACAC----AAGTAT--GC------C-A-GC---CA--------------GTAAATTTAATTTTAT----TT-AA-A-GCAAACAC----A-TGC-GTGCGGGCATTAAT------TA-----CT-GTCGTAT--GTC-AACATA-TAG--TTG---TGT-TTGATTGT-T--TA-----ACA--TTCTTGTTT
gi|12 : ---TACTCAATGCATC-GTGATAC-ATGAATGCA-GAAGGAA--TATA-AT--A--GT-TTAAGGA-TCAGAA-ACTCAT---TTG-T--TTACATATA------TGTATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA----GGTTT-TG----C-G-A--T--GACCC--CA-GAACACTTGCCCTAACAG---AAT--ACT-CA-----GTGCATCTTGAC--ATA---TTCATC--A--A------ctgttttttactt
gi|13 : ttgaaccattaaaatatgataggggttgaaattaatcgtat-GTGGTT----GATGACACTT-G-G-GACACTTTCCA-AT---CAAGATAA---TACTCAATGCATA-AATA--C-ATGT--GCA-GCAGAAA--TATACATTTG--GT-TTTGGGG-TCATGA-CCTCGG---CTG-T--TT---TGAA------TATAgag
gi|13 : ttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtaggggggggggggGAA--TATACAT--GTGGT-TTTGGGG-TCATGA-CCTCGG---CCG-T--TT---catgtggttttggggtcatgacctcggccgttt
gi|14 : ttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtagggggggggggggtggttgatgacacttgggacactttccaatcaagataatactcaatgcataaatacatgtgcagcagaaatatacatttggttttggggtcatgacctcggctgttttAAAAATGGTTGTGGTT--GGAATGGT-CCA-G-G-GATACTTAACA-AT---TAA---AA---TACT----------------------------ACAGGAA--CATATCT--G--AT-TTAGGGGGTCAGGG-CCTCAG---TTG-TGTTT---TAAA------TATATTTCAAAAA--TTA-TG----AAATA----AAATT-TA----A-G-A--T--GACCT--CA-AGACACTTGCCA-AACAA---AA
gi|15 : tgaacaatccTTCAAGAA--TTG-TG----AAGTA----AGATT-T-------G-GAAC--GACCT--AA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAC--ACT-CA-----CTGCAACTTGAC--ATA---TTCATC--AAGA------A---T-----------ATATATG-GT-ATGCG-C-T------AT--A--A----T-------------T---AT-ATGACA-ACT----CT-TGTG-----GCTT-C-------TTTTCTTGTTATTC----AAGAAC--GA------C-G-TA---GA--------------ATA----------TAT----
gi|16 : ---TAAG------TGTATTTCAACAA--TCA-TT----GAATA----GGGCT-TG----C-G-A--A--GACCC--CA-TGGCACATGCCT-AACAG---TGC--AAT-CA-----AATTATTTTGAC--ATA---TGCAGC--A--AGAGTATA---T-----------AT----G-GT-ATAGG-T-T------AT-----G----T-------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTA-----GCTT-C-------TTCGATAGTTACAC----AAG
gi|17 : -----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT-----------------------------T--TGATA-ACT----AC-TGTG-----GCAT-C-------TTTGCGGGTTACAT----AAATAC--GA------C-A-TT---TA--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGGAAACAC----T-TGC-GT----GT----AA------TA-----TT-G----AT---------ATC-TAG--TTA---TTT-TT-----T-TTA
gi|18 : atcG-T--TT---TAGA------TATATTTAAAGAA--TTA-TG----AGATA----GTGTT-T-------G-GAAT--GACCC--CG-CGACACTTCTCC-ATCAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAT--ATA---TGCAGC--A--A------G---------------A-----G-CT-GT--G---T------AT--AC-A----TG------------T---AC-ATGTTA-agtctgaatacatgcatagaacacagtaaaggactgc
gi|19 : -GT-AT--G-T-A------AC--A--T----T-------------T---AT-ATAATA-ACT----GT-TGTG-----GTTT-C-------TTTGCTAGTTATAC----AAGT-----A------C-A-AT---GGAGA-----------GTG----------TGT----TT-AA-AGGCAAACACTTAAT-TGT-GTATGGGT----GT------TA-----CT-GTCTTAT--GAC-AACATC-TAtatagggcatgttttctggaactgt
gi|2 : aGATGAC-CTC-G-G-GGCACTTAATT-AT---CAG---AA---TAATCCATGCATC-GTGA--T-ATGT--ACA-GCAGGAG--TATATAT--G--CT-TTAGGGG-TCAGAA-CGTCAA---CTG-T--TT---TAAG------TATATTTCAACA------------------------GTT-T-----T-G-G--C--AGACC--TG-GGACACTTGTCT-AACAT---GAC--ACC-CA-----ATGCACCTGGAC--ATA---AGCAGC--A--AGA----A---T-----------A-----T-AT-AT--GGTAT------AT--A--A----TAAGATATAT----T---AT-ATGGCA-ACT----AC-TGTG-----GGTC-A-------TTTGCTGATTATAA----AAGTGT--TA------T-ATAT----G--------------GTA----------TAT----TC-AA-AGACAAACAC----T-TGA-GTGCTCGT----AT------CA-----CC-GTCCTAT--GA----CTTC-TAG--TTA---CCT-TT-----C-Tcaaagttgttttgact
gi|20 : gtggcagggggggggggggtaaAAATATTAT-GTGATT--AGGATG-C-CTC---------TTT------T---CAG---GG---TATTCAGTGCATT-TTGA--T-ACAA--GTATGCAG--------AT-T--G-----TCAAGGC-TCAGAA-TATCAA---CTGGT--TT---TAGA------TCTATTTCAAAGA--AAA-TG----AAATG----GGGTA-T-----T-GAG--T--GACCtttattgaagttcaagattggaaaactgaaaaagaatgt
gi|21 : ---AT-ATGGTA-TCT----AT-TGTA-----GCTT-C-------TCTGCTAGTTATAT----AAGTACATGAAGAGTTT-A-ATTAAGA--------------TTA----------TATCTAATT-AA-AGGAAAACGC----T-TGC----C-GAT----AC------TT-----CT-GTCTTA-A-GAC-AGCATC-CAG--TTA---
gi|22 : G---AA---TATT-AATAC--C-T-------ATAT--GCA-GCAAGAA--TATGTAT--A--GC-TTAATGG-TCATCG-CCTCAA---TTG-TGTTT---TCAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA----TTG-T-T-----T-G-GAAT--GACCC--atttacttgt
gi|23 : tgacaatgccacTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----A----------------------------------------GTA----------TAT----TT-AA-GAGCAAAAAA----T-TGC-ATGCGGAT----TT------TA-----CT-GTCTT-TT-GAC-AGCATC-TAGTTTTAACTTGT-TT-----C-T
gi|24 : ttAA------TGT-TTTTACCAT--TTC-TGGTTTAAACA----GG-TT-T-----T-G-GA-T--GACCC--CA-GTGCACTTTCCA-TACAA---AAT--ACT-CT-----GTGCATCTTTAC--ATAAGCTGCAAG--A--A------A---T-----------A-----aactcaaa
gi|24 : cGGTT-TTGGATGAC-CCC-A-GTG-CACTT-TCC-ATA--CAA---AA---TACTCTGTGCATC-TTTA--C-ATAA--GCT-GCAAGAA---ATATAT--tat
gi|26 : caatgtttttaccatttctggtttaaacaACAG---AAT--ACT-CC-----ATGCGTCTTGAC--ATA---AGCAGCTAA--A------A---T-----------AT----GCGT-AT--A-T-TGA----GTGAA--G----TG------------T---AT-
gi|27 : ------------T---AT-ATAATA-ACT----GT-TGTG-----GTTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGT-----A------C-A-AT---GGAGA-----------GTG----------TAT----TT-AA-AGGCAAACACTTAAT-TGT-GTATGGGT----GT------TA-----CT-GTCttaaaggcaagtattcactgtcgtataacagcatc
gi|28 : A--TACATGT--G--GT-TTTGGGG-TCATGA-CCTCGG---CCG-T--TT---TGAATACATGTATATTTCAACAATTTTG-TG----AAAGA----GGGTT-
gi|29 : aatGCT-TGGGATGGC-CCT-T-GTA-CACTTGCTC-AA---CAA---AA---TGCTCCATGCATT-TTGA--C-AT----GCA-GCAAGAA--TA-ATAT--
gi|3 : AAAATT-T-GTGGTTATAAGGTGAC-CC--A-G-G-CACCTGCCTTAT---CAG---AA---TACCGATTGCATCATTGA--CCATGG--GTA-GAAGAAA--TATATAT--G--GT-TAAGGGG-TCAAGAACCTTAC---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTGTTG----AAATG----GGGTTCT-----C-G-G--T--GACCC--CCTGGGCACATGGAC-AACAT---AATTAACT-CAT----TTGCTCTTTGAC---TA---TGCA-C--A--A------A---T-----------A-----G-CT-AT--G-T-C------AC--A--G----TG------------T---ATGGTGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTTCC-------TTTAC-AATTACA-----AAGCAC--GA------C-A-A-----G--------------GTA----------TAT----TT-AACAGGCAAACAT----TGTGCGGTGCGGGT----AT------TT-----CTGGTCTC-TA-GGTGAGCATTATAG--ATA---TATATT-----CTTCATA-----ACA---T-TTATTTGTTAAacatgt
gi|30 : gTTTCAATAG--CTA-TA----AAATA----GGGTT-TGTGCAC-G-A--T--GACCT--TA-GGCCATTTGCTC-AACAGAATAAT--AGT-CA-----GTGCac
gi|31 : A------C-A-AA---GGAGA-----------GTA----------TAC----C--AA-AGCCACACAC----C-CGC-GTGTGTGA----AT------TA-----CC-GTCTCAT--GAC-AGCATC-
gi|4 : gtTGAAAAAATTAT-GTGGTTATAAGGTGAC-CCC-A-G-G-CACCTGCTT-AT---CAG---AA---TACCCGTTGCATC-TTGA--C-ATGG--GTA-GAAGGAA--TATATAT--G--GT-TAAGGGG-TCAGAA-CCTTAC---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTG-TG----AAATG----GGGTT-C-----TCG-G--T--GACCC--CT-GGGCACATGGAC-AACAT---AAT--ACT-CA-----TTGCATCTTGAC--ATA---TGCATC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-C------AC--A--G----TG------------T---AT-GTGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTACAAGTTACAC----AAGCAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAT----T-TGC-GTGCGGGT----AT------TT-----CT-GTCTCATA-GGTGAGCATT-TAG--ATA---TAT-TT-----C-TCATA-----ACA--TT-TTATTTGTTAACTC
gi|5 : A-TCTCAA---CCA-T--T-----AAC------GGTATCTCTACAA--TAA-------AAATGTTGGGGATT-G-----A-G-A--T--GACCC--CG-TGTCACTTATCC-ATTAG---AGT--ACT-CT-----ATGCAGCTTGAttct
gi|5 : ataAAAAATGTT-GGGGAT-TGAGATGAC-CCC-G-T-GTCACTTATCC-AT---TAG---AG---TACTCTATGCAGC-TTGA--T--TAA--G------GG--------TGG--G--GT----GGAG--CGAAA-CCTCAAGTATTG-T--TT---TCAA------TTCATATCAACAA--TTA-TG----AAATG----GGAT------------------GACCC--CA---------------ACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCAGCAAGA---ATA---TGTATG--A--T------A---T-----------A-----G-GT-A------------------A--G----T-------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-AATG-----GCTT-C-------TGTGCGAGTTACAC----AGGTTC--G-----------AT---GG--------------AGA----------TGT----TG-A------------------TGT-GTGCGAGT----TT------TA-----CT-G--TTAT--GAC-AGCATC-TAG--TTA---ttaagggtggggtggagcgaaacctcaagtattgttttcaattcatatcaacaattatgaaatgggatgaccccaacagaatactcaatgcagcaagaatatgtatgatataggtaagttatatggtaactacaatggcttctgtgcgagttacacaggttcgatggagatgttgatgtgtgcgagttttactgttatgacagcatctagtta
gi|6 : ataatctcaaccattaacggtatctctacaatAGGGA-TCAAGA-CCTCCA---TTG-T--TT---TA----------TAT------------G-TG----AAATG----GGGTC-T-------G-GAAT--GACCA--AA-GGACACTTGCCA-AACAT---AAT--ATTACATGTAAATGCATCCTGAC--ATA---TGCAGC--AAGA------A---TATAGTGGTATAA-----G-AT-AT--G-T-T------AC--A--T----TG------------T---A-----ATA-ACT----ACATGTATTATTGCTT-C-------TTTGTTAGTTACACTTGTAAGTAC--G-----------AT---GGAAAGTACAT-----GTA----------TAT----TC-AA-AGGCAAACG-----------------------AT------TG-----CT-GTATTAT--GAC-ATTATC-TAG--CT----TAT-T--------TCAT------ACC--TG-CTATTCTTTAATTC
gi|7 : t-G-G-G-CACTTGCTT-AT---CAG---AA---TACACAATGCACC-TTGA--T-AAGT--GCA-GCAGGCA--TATA-----------------------GA-----------TG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACCG--TTA-TG----AAATA----GGGTT-T-----T-G-GA-T--GACTC--CA-GTGCACTTGCCC-AGCAT---AAT--TCT-CA-----GTGTATCTTGAC--ACA---TGCAGC--A--A------AAT-T-----------A-----T-AT-AT--G-A-T------AT--AAGG----TA------------TGTGAT-GTGGTA-ACT----AC-AGTG-----TCTT-C-------TTTGCTGGTTACGC----AAATA----A------A-A-AC--------------------TA----------TTT----TT-AA-Aaaa
gi|8 : tgaacactgaaaaaatgatT-TGAGATGAC-CCCAG-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---GAAACTACTCAATGCAT--TTGA--T-G-GT--GCA-GCAGGGAAGTATACAT--G--GTATCAGGTT-TAAGGG-----------TG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAC--TCA-TG----AAATA----GGGTT-T-------G-G--TATGACCCTGCA-GGGTATTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGTGTCTTGACATATA---TGCAGC--AAGA------A---T-----------T-----T-AT-AT--A-G-T------AT--A--G----AG------------C---AT-ATaagatgctgtagagtt
gi|8 : atggcag---GA--------------GCA----------TAT----TT-AA-AGGAAAA---------TGC-ATGCGAAT----AT------TA-----CT-GTCTTAT--GGC-AGCAttaaaggaaaatgcatgcgaatattactgtcttatggcagca
gi|9 : atggcagttgagatgaccccagggcacttgcccatcaggaaactactcaatgcatttgatggtgcagcagggaagtatacatggtatcaggtttaagggtgttttaaatatatttcaacactcatgaaatagggtttggtatgaccctgcagggtatttgcccaacagaatactcaatgtgtcttgacatatatgcagcaagaatttatatagtataCGACGA--TTA-TG----AAAGA----AGGTT-T-----G-G-GG-T--AATCC--CA-GG-------TCT-AACTG---AAT--ACC-CA-----ATGCATCTTGAT--ATA---TGCAGG--AGGA------A---T-----------T-----T-AT-AT--G-G-T------AT--AAGG----TATGT---------T---AT-ATGGTA-A-T----AC-TGTA-----GCTT-C-------TTTCTTGGTTAGAC----AAGTAC--GA------TGG-AT---AGACTTGCTAGTACATGTA----------TAT----TC-AA-AGGCAAACCC----C-TGC-ATTCGGGT----ATACCAGATATATATCT-GTCTTAT--GAC-AGCATC-TAG--GAA---TGT-TT-----TGTAATA-----TCATGTT-TTATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ACTTTGGTGTGTGAGTGTGTGTTGGGGGGGGGGGGGGTCACTAAAAAGCGAAACTTAATAACATCCAACAGATATTATCAATGTTATGCAGGTGCATGTGC
Alignments
lowQualScore : 111 1 1111111111 3333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5555555555555555555555555555555555555 1111111 1 222222 111
lowQualScore : 33 8 444 0 3 777 5 4 44444 777 444 444 0 33 0000000000 2 1 33 2 666666 2 4 2 2 2 8888 2 66 333 666666 22 1 4444 4444 1 3 1111111111 22 22 2 1 2 333 22 2 77777 33 444 0 33 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666 2 2 5555 2 66666 2 8888888 5555 7777777777777777777777777777777777777 9999999999 4444 2 2 3333333 2 5555 666666 2 55555 2 2 33 2 55 666 6 4 5 000000 111 3
lowQualScore : .. . ... . . ... . . ..... ... ... ... . .. .......... . . .. . ...... . . . . . .... . .. ... ...... .. . .... .... . . .......... .. .. . . . ... .. . ..... .. ... . .. ............................................................................. ... . . .... . ..... . ....... .... ..................................... .......... .... . . ....... . .... ...... . ..... . . .. . .. ... . . . ...... ... .
lowQualScore : 00 9 888 8 1 444 7 3 55555 999 777 444 2 99 1111111111 5 9 11 2 111111 5 2 4 4 4 1111 2 11 777 111111 66 9 0000 0000 9 8 0000000000 88 99 2 4 1 555 99 1 44444 44 444 4 44 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 2 5 7777 7 22222 5 1111111 3333 8888888888888888888888888888888888888 2222222222 5555 2 2 0000000 4 0000 888888 4 99999 5 7 77 9 00 444 4 4 0 888888 888 2
consensus : TGAAAAAATGAT-GTGGTT-TGGGATGAC-CCC-G-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---AA---TACTCAATGCATC-TTGA--C-ATGN--GCA-GCAGGAA--TATATAT--G--GT-TTAGGGG-TCAGGA-CCTCAG---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA----GGGT-T-T-----NGG--T--GACCC--CA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAC--ATA---TGCAGC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT--A--G----TG------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGTAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---TGT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTCGTTAACTC
Reference ( family-3098 ) : TGAAAAAATGAT-GTGGTT-TGGGATGAC-CCC-G-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---AA---TACTCAATGCATC-TTGA--C-ATGN--GCA-GCAGGAA--TATATAT--G--GT-TTAGGGG-TCAGGA-CCTCAG---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA----GGGT-T-T-----CGG--T--GACCC--CA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAC--ATA---TGCAGC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT--A--G----TG------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGTAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---TGT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTCGTTAACTC
gi|1 : AAAAAATGAT-ATGGTT--AGGATG-C-CGC-G-G-GACACTTGCCC-AT---GAG---AA---CACTTATTTCATC-TTGA--T-ATGT--GCG-CCA-------ATATAT------T-TT--GGA-TCAGGA-CCGCAA---TTA-T--TT---AAGA------TATATTGCAACAC--TTA-TA----AAATA----GGGG-T-T-----GGA--T--TACTC--CC-GGGCACTTGCAC-AACAG---AAT--ACT-CA-----TTGCATTTTGAC--AAA---TATAGC--A--AGAACATA---C-----------A-----C-GTAAT--A-T-TCAATGCAT--A--C----TGTAAGGGATATGCT---AT-ATAGCA-ATT----AT-TGTG-----ACTT-CAATGGTATTT-TTAATTCCAC----AAATAT--G-----------AT---GGAAA-----------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAATCAC----T-TAC-GTGCGGGT----AT------T-A-----AT-TTCA-TAT--GAGAGCTTC-TAG--TTA---T-T-TTCACCATAATTTTATA--TTTTATTCG--AACT
gi|10 : AAATGATAGAGGTT-TGGG-TGAC-CCT-GAG-G-CACTTGCAC-ATGATCAG---AA---TATTCAGTGCATC-TTGA--A-ATGT--GCA-ACAGGAA--TTTGTTT--A--GT-TT-TGGG-TCATCA-CCTCAG---TTG-T--TT---TAGA------TATTTTTCAACAA--TTT-TG----AAATA----TCGT-T-T-----AGGA-T--AACCC--CA-GGGCACTTCCAC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATACATt
gi|10 : AT-ATCGTT-TAGGATAAC-CCCAG-G-G-CACTTCCAC-AA---CAG---AA---TACTCAATACAT----------ATG---GTA-TCAAG----TATAT--------T-TTAAAGG-Tatggtatcaagtatattttaaaggtaatcacttgcgtgcgggtatta
gi|10 : aaatgatagaggtttgggtgaccctgaggcacttgcacatgatcagaatattcagtgcatcttgaaatgtgcaacaggaatttgtttagttttgggtcatcacctcagttgttttagatatttttcaacaattttgaa--------------GTA----------TAT----TTTAA-AGGTAATCAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----aatcacttgcgtgcgggtatta
gi|11 : aaatgatagaggtttgggtgaccctgaggcacttgcacatgatcagaatattcagtgcatcttgaaatgtgcaacaggaatttgtttagttttgggtcatcacctcagttgttttagatatttttcaacaattttgaaatatcgtttaggataaccccagggcacttccacaacagaatactcaatacatatggtatcaaC-AACAG---AAT--ATT-TA-----ATGCATCTGGAT--ATA---TGCAGA--A--A------AAAAT-----------A-----G-AT-AT--T-G-T------AT--A--GGGTATG------------TT--AT-ACGGTATACCTATAAC-TGTG-----GCTT-C-------CTTGTTAGTTACAC----AAGTAT--GC------C-A-GC---CA--------------GTAAATTTAATTTTAT----TT-AA-A-GCAAACAC----A-TGC-GTGCGGGCATTAAT------T-A-----CT-GTCG-TAT--GTCAACATA-TAG--TTG---TGT-TT
gi|12 : ---TACTCAATGCATC-GTGATAC-ATGAATGCA-GAAGGAA--TATA-AT--A--GT-TTAAGGA-TCAGAA-ACTCAT---TTG-T--TTACATATA------TGTATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA----GGTT-T-TG----CGA--T--GACCC--CA-GAACACTTGCCCTAACAG---AAT--ACT-CA-----GTGCATCTTGAC--ATA---TTCATC--A--A------gattgtttaacattcttgtttctgttttttactt
gi|13 : ttgaaccattaaaatatgataggggttgaaattaatcgtat-GTGGTT----GATGACACTT-G-G-GACACTTTCCA-AT---CAAGATAA---TACTCAATGCATA-AATA--C-ATGT--GCA-GCAGAAA--TATACATTTG--GT-TTTGGGG-TCATGA-CCTCGG---CTG-T--TT---TGAA------TATAgag
gi|13 : ttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtaggggggggggggGAA--TATACAT--GTGGT-TTTGGGG-TCATGA-CCTCGG---CCG-T--TT---catgtggttttggggtcatgacctcggccgttt
gi|14 : ttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtagggggggggggggtggttgatgacacttgggacactttccaatcaagataatactcaatgcataaatacatgtgcagcagaaatatacatttggttttggggtcatgacctcggctgttttAAAAATGGTTGTGGTT--GGAATGGT-CCA-G-G-GATACTTAACA-AT---TAA---AA---TACT----------------------------ACAGGAA--CATATCT--G--AT-TTAGGGGGTCAGGG-CCTCAG---TTG-TGTTT---TAAA------TATATTTCAAAAA--TTA-TG----AAATA----AAAT-T-TA----AGA--T--GACCT--CA-AGACACTTGCCA-AACAA---AA
gi|15 : tgaacaatccTTCAAGAA--TTG-TG----AAGTA----AGAT-T-T------GGAAC--GACCT--AA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAC--ACT-CA-----CTGCAACTTGAC--ATA---TTCATC--AAGA------A---T-----------ATATATG-GT-ATGCG-C-T------AT--A--A----T-------------T---AT-ATGACA-ACT----CT-TGTG-----GCTT-C-------TTTTCTTGTTATTC----AAGAAC--GA------C-G-TA---GA--------------ATA----------TAT----
gi|16 : ---TAAG------TGTATTTCAACAA--TCA-TT----GAATA----GGGC-T-TG----CGA--A--GACCC--CA-TGGCACATGCCT-AACAG---TGC--AAT-CA-----AATTATTTTGAC--ATA---TGCAGC--A--AGAGTATA---T-----------AT----G-GT-ATAGG-T-T------AT-----G----T-------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTA-----GCTT-C-------TTCGATAGTTACAC----AAG
gi|17 : -----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT-----------------------------T--TGATA-ACT----AC-TGTG-----GCAT-C-------TTTGCGGGTTACAT----AAATAC--GA------C-A-TT---TA--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGGAAACAC----T-TGC-GTG----T----AA------T-A-----TT-G-----AT--------ATC-TAG--TTA---TTT-TTT-TTA
gi|18 : atcG-T--TT---TAGA------TATATTTAAAGAA--TTA-TG----AGATA----GTGT-T-T------GGAAT--GACCC--CG-CGACACTTCTCC-ATCAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAT--ATA---TGCAGC--A--A------G---------------A-----G-CT-GT--G---T------AT--AC-A----TG------------T---AC-ATGTTA-agtctgaatacatgcatagaacacagtaaaggactgc
gi|19 : -GT-AT--G-T-A------AC--A--T----T-------------T---AT-ATAATA-ACT----GT-TGTG-----GTTT-C-------TTTGCTAGTTATAC----AAGT-----A------C-A-AT---GGAGA-----------GTG----------TGT----TT-AA-AGGCAAACACTTAAT-TGT-GTATGGGT----GT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAACATC-TAtatagggcatgttttctggaactgt
gi|2 : aGATGAC-CTC-G-G-GGCACTTAATT-AT---CAG---AA---TAATCCATGCATC-GTGA--T-ATGT--ACA-GCAGGAG--TATATAT--G--CT-TTAGGGG-TCAGAA-CGTCAA---CTG-T--TT---TAAG------TATATTTCAACA------------------------GT-T-T-----TGG--C--AGACC--TG-GGACACTTGTCT-AACAT---GAC--ACC-CA-----ATGCACCTGGAC--ATA---AGCAGC--A--AGA----A---T-----------A-----T-AT-AT--GGTAT------AT--A--A----TAAGATATAT----T---AT-ATGGCA-ACT----AC-TGTG-----GGTC-A-------TTTGCTGATTATAA----AAGTGT--TA------T-ATAT----G--------------GTA----------TAT----TC-AA-AGACAAACAC----T-TGA-GTGCTCGT----AT------C-A-----CC-GTCC-TAT--GA---CTTC-TAG--TTA---CCT-TTC-Tcaaagttgttttgact
gi|20 : gtggcagggggggggggggtaaAAATATTAT-GTGATT--AGGATG-C-CTC---------TTT------T---CAG---GG---TATTCAGTGCATT-TTGA--T-ACAA--GTATGCAG--------AT-T--G-----TCAAGGC-TCAGAA-TATCAA---CTGGT--TT---TAGA------TCTATTTCAAAGA--AAA-TG----AAATG----GGGTAT-T-----GAG--T--GACCtttattgaagttcaagattggaaaactgaaaaagaatgt
gi|21 : ---AT-ATGGTA-TCT----AT-TGTA-----GCTT-C-------TCTGCTAGTTATAT----AAGTACATGAAGAGTTT-A-ATTAAGA--------------TTA----------TATCTAATT-AA-AGGAAAACGC----T-TGC----C-GAT----AC------T-T-----CT-GTCT-TAA--GACAGCATC-CAG--TTA---
gi|22 : G---AA---TATT-AATAC--C-T-------ATAT--GCA-GCAAGAA--TATGTAT--A--GC-TTAATGG-TCATCG-CCTCAA---TTG-TGTTT---TCAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA----TTGT-T-T------GGAAT--GACCC--atttacttgt
gi|23 : tgacaatgccacTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----A----------------------------------------GTA----------TAT----TT-AA-GAGCAAAAAA----T-TGC-ATGCGGAT----TT------T-A-----CT-GTCT-TTT--GACAGCATC-TAGTTTTAACTTGT-TTC-T
gi|24 : ttAA------TGT-TTTTACCAT--TTC-TGGTTTAAACA----GGTT-T-T-----GGA--T--GACCC--CA-GTGCACTTTCCA-TACAA---AAT--ACT-CT-----GTGCATCTTTAC--ATAAGCTGCAAG--A--A------A---T-----------A-----aactcaaa
gi|24 : cGGTT-TTGGATGAC-CCC-A-GTG-CACTT-TCC-ATA--CAA---AA---TACTCTGTGCATC-TTTA--C-ATAA--GCT-GCAAGAA---ATATAT--tat
gi|26 : caatgtttttaccatttctggtttaaacaACAG---AAT--ACT-CC-----ATGCGTCTTGAC--ATA---AGCAGCTAA--A------A---T-----------AT----GCGT-AT--A-T-TGA----GTGAA--G----TG------------T---AT-
gi|26 : --------------GTG----------TAT----TT-AA-AGGCAA--------------------GT----AT------TCA-----CT-GTCG-TAT--AACAGCATC-ttaaaggcaagtattcactgtcgtataacagcatc
gi|27 : acagaatactccatgcgtcttgacataagcagctaaaatatgcgtatattgagtgaa------------T---AT-ATAATA-ACT----GT-TGTG-----GTTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGT-----A------C-A-AT---GGAGA-----------GTG----------TAT----TT-AA-AGGCAAACACTTAAT-TGT-GTATGGGT----GT------T-A-----CT-GTC
gi|28 : A--TACATGT--G--GT-TTTGGGG-TCATGA-CCTCGG---CCG-T--TT---TGAATACATGTATATTTCAACAATTTTG-TG----AAAGA----GGGT-T-
gi|29 : aatGCT-TGGGATGGC-CCT-T-GTA-CACTTGCTC-AA---CAA---AA---TGCTCCATGCATT-TTGA--C-AT----GCA-GCAAGAA--TA-ATAT--
gi|3 : AAAATT-T-GTGGTTATAAGGTGAC-CC--A-G-G-CACCTGCCTTAT---CAG---AA---TACCGATTGCATCATTGA--CCATGG--GTA-GAAGAAA--TATATAT--G--GT-TAAGGGG-TCAAGAACCTTAC---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTGTTG----AAATG----GGGT-TCT-----CGG--T--GACCC--CCTGGGCACATGGAC-AACAT---AATTAACT-CAT----TTGCTCTTTGAC---TA---TGCA-C--A--A------A---T-----------A-----G-CT-AT--G-T-C------AC--A--G----TG------------T---ATGGTGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTTCC-------TTTAC-AATTACA-----AAGCAC--GA------C-A-A-----G--------------GTA----------TAT----TT-AACAGGCAAACAT----TGTGCGGTGCGGGT----AT------T-T-----CTGGTCTCTAG--GTGAGCATTATAG--ATA---TATATTCTTCATA-----ACA---TTTATTTGTTAAacatgt
gi|30 : gTTTCAATAG--CTA-TA----AAATA----GGGT-T-TGTGCACGA--T--GACCT--TA-GGCCATTTGCTC-AACAGAATAAT--AGT-CA-----GTGCac
gi|31 : A------C-A-AA---GGAGA-----------GTA----------TAC----C--AA-AGCCACACAC----C-CGC-GTGTGTGA----AT------T-A-----CC-GTCT-CAT--GACAGCATC-
gi|4 : gtTGAAAAAATTAT-GTGGTTATAAGGTGAC-CCC-A-G-G-CACCTGCTT-AT---CAG---AA---TACCCGTTGCATC-TTGA--C-ATGG--GTA-GAAGGAA--TATATAT--G--GT-TAAGGGG-TCAGAA-CCTTAC---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTG-TG----AAATG----GGGT-TCT-----CGG--T--GACCC--CT-GGGCACATGGAC-AACAT---AAT--ACT-CA-----TTGCATCTTGAC--ATA---TGCATC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-C------AC--A--G----TG------------T---AT-GTGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTACAAGTTACAC----AAGCAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAT----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-T-----CT-GTCT-CATAGGTGAGCATT-TAG--ATA---TAT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTTGTTAACTC
gi|5 : A-TCTCAA---CCA-T--T-----AAC------GGTATCTCTACAA--TAA-------AAATGTTGGGGAT-T-G-----AGA--T--GACCC--CG-TGTCACTTATCC-ATTAG---AGT--ACT-CT-----ATGCAGCTTGAttct
gi|5 : ataAAAAATGTT-GGGGAT-TGAGATGAC-CCC-G-T-GTCACTTATCC-AT---TAG---AG---TACTCTATGCAGC-TTGA--T--TAA--G------GG--------TGG--G--GT----GGAG--CGAAA-CCTCAAGTATTG-T--TT---TCAA------TTCATATCAACAA--TTA-TG----AAATG----GGAT-----------------GACCC--CA---------------ACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCAGCAAGA---ATA---TGTATG--A--T------A---T-----------A-----G-GT-A------------------A--G----T-------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-AATG-----GCTT-C-------TGTGCGAGTTACAC----AGGTTC--G-----------AT---GG--------------AGA----------TGT----TG-A------------------TGT-GTGCGAGT----TT------T-A-----CT-G--T-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---ttaagggtggggtggagcgaaacctcaagtattgttttcaattcatatcaacaattatgaaatgggatgaccccaacagaatactcaatgcagcaagaatatgtatgatataggtaagttatatggtaactacaatggcttctgtgcgagttacacaggttcgatggagatgttgatgtgtgcgagttttactgttatgacagcatctagtta
gi|6 : ataatctcaaccattaacggtatctctacaatTAGGGA-TCAAGA-CCTCCA---TTG-T--TT---TA----------TAT------------G-TG----AAATG----GGGT-C-T------GGAAT--GACCA--AA-GGACACTTGCCA-AACAT---AAT--ATTACATGTAAATGCATCCTGAC--ATA---TGCAGC--AAGA------A---TATAGTGGTATAA-----G-AT-AT--G-T-T------AC--A--T----TG------------T---A-----ATA-ACT----ACATGTATTATTGCTT-C-------TTTGTTAGTTACACTTGTAAGTAC--G-----------AT---GGAAAGTACAT-----GTA----------TAT----TC-AA-AGGCAAACG-----------------------AT------T-G-----CT-GTAT-TAT--GACATTATC-TAG--CT----TAT-T---TCAT------ACC--TGCTATTCTTTAATTC
gi|7 : -G-G-G-CACTTGCTT-AT---CAG---AA---TACACAATGCACC-TTGA--T-AAGT--GCA-GCAGGCA--TATA-----------------------GA-----------TG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACCG--TTA-TG----AAATA----GGGT-T-T-----TGGA-T--GACTC--CA-GTGCACTTGCCC-AGCAT---AAT--TCT-CA-----GTGTATCTTGAC--ACA---TGCAGC--A--A------AAT-T-----------A-----T-AT-AT--G-A-T------AT--AAGG----TA------------TGTGAT-GTGGTA-ACT----AC-AGTG-----TCTT-C-------TTTGCTGGTTACGC----AAATA----A------A-A-AC--------------------TA----------TTT----TT-AA-Aaaa
gi|8 : tgaacactgaaaaaatgatT-TGAGATGAC-CCCAG-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---GAAACTACTCAATGCAT--TTGA--T-G-GT--GCA-GCAGGGAAGTATACAT--G--GTATCAGGTT-TAAGGG-----------TG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAC--TCA-TG----AAATA----GGGT-T-T------GG--TATGACCCTGCA-GGGTATTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGTGTCTTGACATATA---TGCAGC--AAGA------A---T-----------T-----T-AT-AT--A-G-T------AT--A--G----AG------------C---AT-ATaagatgctgtagagtt
gi|8 : atggcag---GA--------------GCA----------TAT----TT-AA-AGGAAAA---------TGC-ATGCGAAT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GGCAGCAttaaaggaaaatgcatgcgaatattactgtcttatggcagca
gi|9 : atggcagttgagatgaccccagggcacttgcccatcaggaaactactcaatgcatttgatggtgcagcagggaagtatacatggtatcaggtttaagggtgttttaaatatatttcaacactcatgaaatagggtttggtatgaccctgcagggtatttgcccaacagaatactcaatgtgtcttgacatatatgcagcaagaatttatatagtataCGACGA--TTA-TG----AAAGA----AGGT-T-T-----GGGG-T--AATCC--CA-GG-------TCT-AACTG---AAT--ACC-CA-----ATGCATCTTGAT--ATA---TGCAGG--AGGA------A---T-----------T-----T-AT-AT--G-G-T------AT--AAGG----TATGT---------T---AT-ATGGTA-A-T----AC-TGTA-----GCTT-C-------TTTCTTGGTTAGAC----AAGTAC--GA------TGG-AT---AGACTTGCTAGTACATGTA----------TAT----TC-AA-AGGCAAACCC----C-TGC-ATTCGGGT----ATACCAGAT-ATATATCT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--GAA---TGT-TTTGTAATA-----TCATGTTTTATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ACTTTGGTGTGTGAGTGTGTGTTGGGGGGGGGGGGGGTCACTAAAAAGCGAAACTTAATAACATCCAACAGATATTATCAATGTTATGCAGGTGCATGTGC
Alignments
lowQualScore : 111 1 1111111111 22222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5555555555555555555555555555555555555 1111111 1 222222 111
lowQualScore : 33 8 444 0 3 777 5 4 44444 777 444 444 0 33 0000000000 2 1 33 2 666666 2 4 2 2 2 8888 2 66 333 666666 22 1 4444 4444 1 3 11111111111 22 2 1 2 333 22 2 77777 33 444 0 33 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666 2 2 5555 2 66666 2 8888888 5555 7777777777777777777777777777777777777 9999999999 4444 2 2 3333333 2 5555 666666 2 55555 2 2 33 2 55 666 6 4 5 000000 111 3
lowQualScore : .. . ... . . ... . . ..... ... ... ... . .. .......... . . .. . ...... . . . . . .... . .. ... ...... .. . .... .... . . ........... .. . . . ... .. . ..... .. ... . .. ............................................................................. ... . . .... . ..... . ....... .... ..................................... .......... .... . . ....... . .... ...... . ..... . . .. . .. ... . . . ...... ... .
lowQualScore : 00 9 888 8 1 444 7 3 55555 999 777 444 2 99 1111111111 5 9 11 2 111111 5 2 4 4 4 1111 2 11 777 111111 66 9 0000 0000 9 8 66666666666 99 2 4 1 555 99 1 44444 44 444 4 44 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 2 5 7777 7 22222 5 1111111 3333 8888888888888888888888888888888888888 2222222222 5555 2 2 0000000 4 0000 888888 4 99999 5 7 77 9 00 444 4 4 0 888888 888 2
consensus : TGAAAAAATGAT-GTGGTT-TGGGATGAC-CCC-G-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---AA---TACTCAATGCATC-TTGA--C-ATGN--GCA-GCAGGAA--TATATAT--G--GT-TTAGGGG-TCAGGA-CCTCAG---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA----GGGT-T-T-G-----G-A-TGACCC--CA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAC--ATA---TGCAGC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT--A--G----TG------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGTAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---TGT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTCGTTAACTC
Reference ( family-3098 ) : TGAAAAAATGAT-GTGGTT-TGGGATGAC-CCC-G-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---AA---TACTCAATGCATC-TTGA--C-ATGN--GCA-GCAGGAA--TATATAT--G--GT-TTAGGGG-TCAGGA-CCTCAG---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA----GGGT-T-T-N-----G-G-TGACCC--CA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAC--ATA---TGCAGC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT--A--G----TG------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGTAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---TGT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTCGTTAACTC
gi|1 : AAAAAATGAT-ATGGTT--AGGATG-C-CGC-G-G-GACACTTGCCC-AT---GAG---AA---CACTTATTTCATC-TTGA--T-ATGT--GCG-CCA-------ATATAT------T-TT--GGA-TCAGGA-CCGCAA---TTA-T--TT---AAGA------TATATTGCAACAC--TTA-TA----AAATA----GGGG-T-T-G-----G-A-TTACTC--CC-GGGCACTTGCAC-AACAG---AAT--ACT-CA-----TTGCATTTTGAC--AAA---TATAGC--A--AGAACATA---C-----------A-----C-GTAAT--A-T-TCAATGCAT--A--C----TGTAAGGGATATGCT---AT-ATAGCA-ATT----AT-TGTG-----ACTT-CAATGGTATTT-TTAATTCCAC----AAATAT--G-----------AT---GGAAA-----------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAATCAC----T-TAC-GTGCGGGT----AT------T-A-----AT-TTCA-TAT--GAGAGCTTC-TAG--TTA---T-T-TTCACCATAATTTTATA--TTTTATTCG--AACT
gi|10 : AAATGATAGAGGTT-TGGG-TGAC-CCT-GAG-G-CACTTGCAC-ATGATCAG---AA---TATTCAGTGCATC-TTGA--A-ATGT--GCA-ACAGGAA--TTTGTTT--A--GT-TT-TGGG-TCATCA-CCTCAG---TTG-T--TT---TAGA------TATTTTTCAACAA--TTT-TG----AAATA----TCGT-T-T-A-----G-GATAACCC--CA-GGGCACTTCCAC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATACATt
gi|10 : AT-ATCGTT-TAGGATAAC-CCCAG-G-G-CACTTCCAC-AA---CAG---AA---TACTCAATACAT----------ATG---GTA-TCAAG----TATAT--------T-TTAAAGG-Tatggtatcaagtatattttaaaggtaatcacttgcgtgcgggtatta
gi|10 : aaatgatagaggtttgggtgaccctgaggcacttgcacatgatcagaatattcagtgcatcttgaaatgtgcaacaggaatttgtttagttttgggtcatcacctcagttgttttagatatttttcaacaattttgaa--------------GTA----------TAT----TTTAA-AGGTAATCAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----aatcacttgcgtgcgggtatta
gi|11 : aaatgatagaggtttgggtgaccctgaggcacttgcacatgatcagaatattcagtgcatcttgaaatgtgcaacaggaatttgtttagttttgggtcatcacctcagttgttttagatatttttcaacaattttgaaatatcgtttaggataaccccagggcacttccacaacagaatactcaatacatatggtatcaaC-AACAG---AAT--ATT-TA-----ATGCATCTGGAT--ATA---TGCAGA--A--A------AAAAT-----------A-----G-AT-AT--T-G-T------AT--A--GGGTATG------------TT--AT-ACGGTATACCTATAAC-TGTG-----GCTT-C-------CTTGTTAGTTACAC----AAGTAT--GC------C-A-GC---CA--------------GTAAATTTAATTTTAT----TT-AA-A-GCAAACAC----A-TGC-GTGCGGGCATTAAT------T-A-----CT-GTCG-TAT--GTCAACATA-TAG--TTG---TGT-TT
gi|12 : ---TACTCAATGCATC-GTGATAC-ATGAATGCA-GAAGGAA--TATA-AT--A--GT-TTAAGGA-TCAGAA-ACTCAT---TTG-T--TTACATATA------TGTATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA----GGTT-T-T-GC----G-A-TGACCC--CA-GAACACTTGCCCTAACAG---AAT--ACT-CA-----GTGCATCTTGAC--ATA---TTCATC--A--A------gattgtttaacattcttgtttctgttttttactt
gi|13 : ttgaaccattaaaatatgataggggttgaaattaatcgtat-GTGGTT----GATGACACTT-G-G-GACACTTTCCA-AT---CAAGATAA---TACTCAATGCATA-AATA--C-ATGT--GCA-GCAGAAA--TATACATTTG--GT-TTTGGGG-TCATGA-CCTCGG---CTG-T--TT---TGAA------TATAgag
gi|13 : ttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtaggggggggggggGAA--TATACAT--GTGGT-TTTGGGG-TCATGA-CCTCGG---CCG-T--TT---catgtggttttggggtcatgacctcggccgttt
gi|14 : ttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtagggggggggggggtggttgatgacacttgggacactttccaatcaagataatactcaatgcataaatacatgtgcagcagaaatatacatttggttttggggtcatgacctcggctgttttAAAAATGGTTGTGGTT--GGAATGGT-CCA-G-G-GATACTTAACA-AT---TAA---AA---TACT----------------------------ACAGGAA--CATATCT--G--AT-TTAGGGGGTCAGGG-CCTCAG---TTG-TGTTT---TAAA------TATATTTCAAAAA--TTA-TG----AAATA----AAAT-T-TAA-----G-A-TGACCT--CA-AGACACTTGCCA-AACAA---AA
gi|15 : tgaacaatccTTCAAGAA--TTG-TG----AAGTA----AGAT-T-T-G-----G-AACGACCT--AA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAC--ACT-CA-----CTGCAACTTGAC--ATA---TTCATC--AAGA------A---T-----------ATATATG-GT-ATGCG-C-T------AT--A--A----T-------------T---AT-ATGACA-ACT----CT-TGTG-----GCTT-C-------TTTTCTTGTTATTC----AAGAAC--GA------C-G-TA---GA--------------ATA----------TAT----
gi|16 : ---TAAG------TGTATTTCAACAA--TCA-TT----GAATA----GGGC-T-T-GC----G-A-AGACCC--CA-TGGCACATGCCT-AACAG---TGC--AAT-CA-----AATTATTTTGAC--ATA---TGCAGC--A--AGAGTATA---T-----------AT----G-GT-ATAGG-T-T------AT-----G----T-------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTA-----GCTT-C-------TTCGATAGTTACAC----AAG
gi|17 : -----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT-----------------------------T--TGATA-ACT----AC-TGTG-----GCAT-C-------TTTGCGGGTTACAT----AAATAC--GA------C-A-TT---TA--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGGAAACAC----T-TGC-GTG----T----AA------T-A-----TT-G-----AT--------ATC-TAG--TTA---TTT-TTT-TTA
gi|18 : atcG-T--TT---TAGA------TATATTTAAAGAA--TTA-TG----AGATA----GTGT-T-T-G-----G-AATGACCC--CG-CGACACTTCTCC-ATCAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAT--ATA---TGCAGC--A--A------G---------------A-----G-CT-GT--G---T------AT--AC-A----TG------------T---AC-ATGTTA-agtctgaatacatgcatagaacacagtaaaggactgc
gi|19 : -GT-AT--G-T-A------AC--A--T----T-------------T---AT-ATAATA-ACT----GT-TGTG-----GTTT-C-------TTTGCTAGTTATAC----AAGT-----A------C-A-AT---GGAGA-----------GTG----------TGT----TT-AA-AGGCAAACACTTAAT-TGT-GTATGGGT----GT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAACATC-TAtatagggcatgttttctggaactgt
gi|2 : aGATGAC-CTC-G-G-GGCACTTAATT-AT---CAG---AA---TAATCCATGCATC-GTGA--T-ATGT--ACA-GCAGGAG--TATATAT--G--CT-TTAGGGG-TCAGAA-CGTCAA---CTG-T--TT---TAAG------TATATTTCAACA------------------------GT-T-T-T-----G-G-CAGACC--TG-GGACACTTGTCT-AACAT---GAC--ACC-CA-----ATGCACCTGGAC--ATA---AGCAGC--A--AGA----A---T-----------A-----T-AT-AT--GGTAT------AT--A--A----TAAGATATAT----T---AT-ATGGCA-ACT----AC-TGTG-----GGTC-A-------TTTGCTGATTATAA----AAGTGT--TA------T-ATAT----G--------------GTA----------TAT----TC-AA-AGACAAACAC----T-TGA-GTGCTCGT----AT------C-A-----CC-GTCC-TAT--GA---CTTC-TAG--TTA---CCT-TTC-Tcaaagttgttttgact
gi|20 : gtggcagggggggggggggtaaAAATATTAT-GTGATT--AGGATG-C-CTC---------TTT------T---CAG---GG---TATTCAGTGCATT-TTGA--T-ACAA--GTATGCAG--------AT-T--G-----TCAAGGC-TCAGAA-TATCAA---CTGGT--TT---TAGA------TCTATTTCAAAGA--AAA-TG----AAATG----GGGTAT-T-G-----A-G-TGACCtttattgaagttcaagattggaaaactgaaaaagaatgt
gi|21 : ---AT-ATGGTA-TCT----AT-TGTA-----GCTT-C-------TCTGCTAGTTATAT----AAGTACATGAAGAGTTT-A-ATTAAGA--------------TTA----------TATCTAATT-AA-AGGAAAACGC----T-TGC----C-GAT----AC------T-T-----CT-GTCT-TAA--GACAGCATC-CAG--TTA---
gi|22 : G---AA---TATT-AATAC--C-T-------ATAT--GCA-GCAAGAA--TATGTAT--A--GC-TTAATGG-TCATCG-CCTCAA---TTG-TGTTT---TCAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA----TTGT-T-T-G-----GAA-TGACCC--atttacttgt
gi|23 : tgacaatgccacTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----A----------------------------------------GTA----------TAT----TT-AA-GAGCAAAAAA----T-TGC-ATGCGGAT----TT------T-A-----CT-GTCT-TTT--GACAGCATC-TAGTTTTAACTTGT-TTC-T
gi|24 : ttAA------TGT-TTTTACCAT--TTC-TGGTTTAAACA----GGTT-T-T-G-----G-A-TGACCC--CA-GTGCACTTTCCA-TACAA---AAT--ACT-CT-----GTGCATCTTTAC--ATAAGCTGCAAG--A--A------A---T-----------A-----aactcaaa
gi|24 : cGGTT-TTGGATGAC-CCC-A-GTG-CACTT-TCC-ATA--CAA---AA---TACTCTGTGCATC-TTTA--C-ATAA--GCT-GCAAGAA---ATATAT--tat
gi|26 : caatgtttttaccatttctggtttaaacaACAG---AAT--ACT-CC-----ATGCGTCTTGAC--ATA---AGCAGCTAA--A------A---T-----------AT----GCGT-AT--A-T-TGA----GTGAA--G----TG------------T---AT-
gi|26 : --------------GTG----------TAT----TT-AA-AGGCAA--------------------GT----AT------TCA-----CT-GTCG-TAT--AACAGCATC-ttaaaggcaagtattcactgtcgtataacagcatc
gi|27 : acagaatactccatgcgtcttgacataagcagctaaaatatgcgtatattgagtgaa------------T---AT-ATAATA-ACT----GT-TGTG-----GTTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGT-----A------C-A-AT---GGAGA-----------GTG----------TAT----TT-AA-AGGCAAACACTTAAT-TGT-GTATGGGT----GT------T-A-----CT-GTC
gi|28 : A--TACATGT--G--GT-TTTGGGG-TCATGA-CCTCGG---CCG-T--TT---TGAATACATGTATATTTCAACAATTTTG-TG----AAAGA----GGGT-T-
gi|29 : aatGCT-TGGGATGGC-CCT-T-GTA-CACTTGCTC-AA---CAA---AA---TGCTCCATGCATT-TTGA--C-AT----GCA-GCAAGAA--TA-ATAT--
gi|3 : AAAATT-T-GTGGTTATAAGGTGAC-CC--A-G-G-CACCTGCCTTAT---CAG---AA---TACCGATTGCATCATTGA--CCATGG--GTA-GAAGAAA--TATATAT--G--GT-TAAGGGG-TCAAGAACCTTAC---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTGTTG----AAATG----GGGT-TCT-C-----G-G-TGACCC--CCTGGGCACATGGAC-AACAT---AATTAACT-CAT----TTGCTCTTTGAC---TA---TGCA-C--A--A------A---T-----------A-----G-CT-AT--G-T-C------AC--A--G----TG------------T---ATGGTGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTTCC-------TTTAC-AATTACA-----AAGCAC--GA------C-A-A-----G--------------GTA----------TAT----TT-AACAGGCAAACAT----TGTGCGGTGCGGGT----AT------T-T-----CTGGTCTCTAG--GTGAGCATTATAG--ATA---TATATTCTTCATA-----ACA---TTTATTTGTTAAacatgt
gi|30 : gTTTCAATAG--CTA-TA----AAATA----GGGT-T-T-GTGCACG-A-TGACCT--TA-GGCCATTTGCTC-AACAGAATAAT--AGT-CA-----GTGCac
gi|31 : A------C-A-AA---GGAGA-----------GTA----------TAC----C--AA-AGCCACACAC----C-CGC-GTGTGTGA----AT------T-A-----CC-GTCT-CAT--GACAGCATC-
gi|4 : gtTGAAAAAATTAT-GTGGTTATAAGGTGAC-CCC-A-G-G-CACCTGCTT-AT---CAG---AA---TACCCGTTGCATC-TTGA--C-ATGG--GTA-GAAGGAA--TATATAT--G--GT-TAAGGGG-TCAGAA-CCTTAC---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTG-TG----AAATG----GGGT-TCT-C-----G-G-TGACCC--CT-GGGCACATGGAC-AACAT---AAT--ACT-CA-----TTGCATCTTGAC--ATA---TGCATC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-C------AC--A--G----TG------------T---AT-GTGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTACAAGTTACAC----AAGCAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAT----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-T-----CT-GTCT-CATAGGTGAGCATT-TAG--ATA---TAT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTTGTTAACTC
gi|5 : A-TCTCAA---CCA-T--T-----AAC------GGTATCTCTACAA--TAA-------AAATGTTGGGGAT-T-G-A-----G-A-TGACCC--CG-TGTCACTTATCC-ATTAG---AGT--ACT-CT-----ATGCAGCTTGAttct
gi|5 : ataAAAAATGTT-GGGGAT-TGAGATGAC-CCC-G-T-GTCACTTATCC-AT---TAG---AG---TACTCTATGCAGC-TTGA--T--TAA--G------GG--------TGG--G--GT----GGAG--CGAAA-CCTCAAGTATTG-T--TT---TCAA------TTCATATCAACAA--TTA-TG----AAATG----GGAT----------------GACCC--CA---------------ACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCAGCAAGA---ATA---TGTATG--A--T------A---T-----------A-----G-GT-A------------------A--G----T-------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-AATG-----GCTT-C-------TGTGCGAGTTACAC----AGGTTC--G-----------AT---GG--------------AGA----------TGT----TG-A------------------TGT-GTGCGAGT----TT------T-A-----CT-G--T-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---ttaagggtggggtggagcgaaacctcaagtattgttttcaattcatatcaacaattatgaaatgggatgaccccaacagaatactcaatgcagcaagaatatgtatgatataggtaagttatatggtaactacaatggcttctgtgcgagttacacaggttcgatggagatgttgatgtgtgcgagttttactgttatgacagcatctagtta
gi|6 : ataatctcaaccattaacggtatctctacaatTAGGGA-TCAAGA-CCTCCA---TTG-T--TT---TA----------TAT------------G-TG----AAATG----GGGT-C-T-G-----G-AATGACCA--AA-GGACACTTGCCA-AACAT---AAT--ATTACATGTAAATGCATCCTGAC--ATA---TGCAGC--AAGA------A---TATAGTGGTATAA-----G-AT-AT--G-T-T------AC--A--T----TG------------T---A-----ATA-ACT----ACATGTATTATTGCTT-C-------TTTGTTAGTTACACTTGTAAGTAC--G-----------AT---GGAAAGTACAT-----GTA----------TAT----TC-AA-AGGCAAACG-----------------------AT------T-G-----CT-GTAT-TAT--GACATTATC-TAG--CT----TAT-T---TCAT------ACC--TGCTATTCTTTAATTC
gi|7 : -G-G-G-CACTTGCTT-AT---CAG---AA---TACACAATGCACC-TTGA--T-AAGT--GCA-GCAGGCA--TATA-----------------------GA-----------TG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACCG--TTA-TG----AAATA----GGGT-T-T-T-----G-GATGACTC--CA-GTGCACTTGCCC-AGCAT---AAT--TCT-CA-----GTGTATCTTGAC--ACA---TGCAGC--A--A------AAT-T-----------A-----T-AT-AT--G-A-T------AT--AAGG----TA------------TGTGAT-GTGGTA-ACT----AC-AGTG-----TCTT-C-------TTTGCTGGTTACGC----AAATA----A------A-A-AC--------------------TA----------TTT----TT-AA-Aaaa
gi|8 : tgaacactgaaaaaatgatT-TGAGATGAC-CCCAG-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---GAAACTACTCAATGCAT--TTGA--T-G-GT--GCA-GCAGGGAAGTATACAT--G--GTATCAGGTT-TAAGGG-----------TG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAC--TCA-TG----AAATA----GGGT-T-T-G-----GTA-TGACCCTGCA-GGGTATTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGTGTCTTGACATATA---TGCAGC--AAGA------A---T-----------T-----T-AT-AT--A-G-T------AT--A--G----AG------------C---AT-ATaagatgctgtagagtt
gi|8 : atggcag---GA--------------GCA----------TAT----TT-AA-AGGAAAA---------TGC-ATGCGAAT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GGCAGCAttaaaggaaaatgcatgcgaatattactgtcttatggcagca
gi|9 : atggcagttgagatgaccccagggcacttgcccatcaggaaactactcaatgcatttgatggtgcagcagggaagtatacatggtatcaggtttaagggtgttttaaatatatttcaacactcatgaaatagggtttggtatgaccctgcagggtatttgcccaacagaatactcaatgtgtcttgacatatatgcagcaagaatttatatagtataCGACGA--TTA-TG----AAAGA----AGGT-T-T-G-----G-GGTAATCC--CA-GG-------TCT-AACTG---AAT--ACC-CA-----ATGCATCTTGAT--ATA---TGCAGG--AGGA------A---T-----------T-----T-AT-AT--G-G-T------AT--AAGG----TATGT---------T---AT-ATGGTA-A-T----AC-TGTA-----GCTT-C-------TTTCTTGGTTAGAC----AAGTAC--GA------TGG-AT---AGACTTGCTAGTACATGTA----------TAT----TC-AA-AGGCAAACCC----C-TGC-ATTCGGGT----ATACCAGAT-ATATATCT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--GAA---TGT-TTTGTAATA-----TCATGTTTTATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ACTTTGGTGTGTGAGTGTGTGTTGGGGGGGGGGGGGGTCACTAAAAAGCGAAACTTAATAACATCCAACAGATATTATCAATGTTATGCAGGTGCATGTGC
Alignments
lowQualScore : 11 1 1111111111 1111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5555555555555555555555555555555555555 1111111 1 222222 111
lowQualScore : 33 8 66 1 3 7777 3 5 1 444 555 555 444 44 2222222222 2 3333 2 666666 2 4 2 2 2 8888 2 66 333 666666 22 1 4444 333 1 3 1111111 4 8 22 2 1 2 333 22 2 77777 33 444 0 33 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666 2 2 5555 2 66666 2 8888888 5555 7777777777777777777777777777777777777 9999999999 4444 2 2 3333333 2 5555 666666 2 55555 2 2 33 2 55 666 6 4 5 000000 111 3
lowQualScore : .. . .. . . .... . . . ... ... ... ... .. .......... . .... . ...... . . . . . .... . .. ... ...... .. . .... ... . . ....... . . .. . . . ... .. . ..... .. ... . .. ............................................................................. ... . . .... . ..... . ....... .... ..................................... .......... .... . . ....... . .... ...... . ..... . . .. . .. ... . . . ...... ... .
lowQualScore : 00 9 11 7 3 7777 1 4 4 555 444 000 777 88 2222222222 7 3333 9 333333 5 2 4 4 4 1111 2 11 777 111111 66 9 0000 333 9 8 5555555 0 0 99 2 4 1 555 99 1 44444 44 444 4 44 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 2 5 7777 7 22222 5 1111111 3333 8888888888888888888888888888888888888 2222222222 5555 2 2 0000000 4 0000 888888 4 99999 5 7 77 9 00 444 4 4 0 888888 888 2
consensus : TGAAAAAATGAT-GTGGTT-TGGGATGAC-CCC-G-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---AA---TACTCAATGCATC-TTGA--C-ATGT--GCA-GCAGGAA--TATATAT--G--GT-TTAGGGG-TCAGGA-CCTCAG---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA---GGGT-T-T-G-----G-A-TGACCC--CA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAC--ATA---TGCAGC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT--A--G----TG------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGTAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---TGT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTCGTTAACTC
Reference ( family-3098 ) : TGAAAAAATGAT-GTGGTT-TGGGATGAC-CCC-G-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---AA---TACTCAATGCATC-TTGA--C-ATGN--GCA-GCAGGAA--TATATAT--G--GT-TTAGGGG-TCAGGA-CCTCAG---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA---GGGT-T-T-G-----G-A-TGACCC--CA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAC--ATA---TGCAGC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT--A--G----TG------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGTAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---TGT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTCGTTAACTC
gi|1 : AAAAAATGAT-ATGGTT--AGGATG-C-CGC-G-G-GACACTTGCCC-AT---GAG---AA---CACTTATTTCATC-TTGA--T-ATGT--GCG-CCA-------ATATAT------T-TT--GGA-TCAGGA-CCGCAA---TTA-T--TT---AAGA------TATATTGCAACAC--TTA-TA----AAATA---GGGG-T-T-G-----G-A-TTACTC--CC-GGGCACTTGCAC-AACAG---AAT--ACT-CA-----TTGCATTTTGAC--AAA---TATAGC--A--AGAACATA---C-----------A-----C-GTAAT--A-T-TCAATGCAT--A--C----TGTAAGGGATATGCT---AT-ATAGCA-ATT----AT-TGTG-----ACTT-CAATGGTATTT-TTAATTCCAC----AAATAT--G-----------AT---GGAAA-----------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAATCAC----T-TAC-GTGCGGGT----AT------T-A-----AT-TTCA-TAT--GAGAGCTTC-TAG--TTA---T-T-TTCACCATAATTTTATA--TTTTATTCG--AACT
gi|10 : AAATGATAGAGGTT-TGGG-TGAC-CCT-GAG-G-CACTTGCAC-ATGATCAG---AA---TATTCAGTGCATC-TTGA--A-ATGT--GCA-ACAGGAA--TTTGTTT--A--GT-TT-TGGG-TCATCA-CCTCAG---TTG-T--TT---TAGA------TATTTTTCAACAA--TTT-TG----AAATA---TCGT-T-TAG-----G-A-TAACCC--CA-GGGCACTTCCAC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATACATt
gi|10 : AT-ATCGTT-TAGGATAAC-CCCAG-G-G-CACTTCCAC-AA---CAG---AA---TACTCAATACAT----------ATG---GTA-TCAAG----TATAT--------T-TTAAAGG-Tatggtatcaagtatattttaaaggtaatcacttgcgtgcgggtatta
gi|10 : aaatgatagaggtttgggtgaccctgaggcacttgcacatgatcagaatattcagtgcatcttgaaatgtgcaacaggaatttgtttagttttgggtcatcacctcagttgttttagatatttttcaacaattttgaa--------------GTA----------TAT----TTTAA-AGGTAATCAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----aatcacttgcgtgcgggtatta
gi|11 : aaatgatagaggtttgggtgaccctgaggcacttgcacatgatcagaatattcagtgcatcttgaaatgtgcaacaggaatttgtttagttttgggtcatcacctcagttgttttagatatttttcaacaattttgaaatatcgtttaggataaccccagggcacttccacaacagaatactcaatacatatggtatcaaC-AACAG---AAT--ATT-TA-----ATGCATCTGGAT--ATA---TGCAGA--A--A------AAAAT-----------A-----G-AT-AT--T-G-T------AT--A--GGGTATG------------TT--AT-ACGGTATACCTATAAC-TGTG-----GCTT-C-------CTTGTTAGTTACAC----AAGTAT--GC------C-A-GC---CA--------------GTAAATTTAATTTTAT----TT-AA-A-GCAAACAC----A-TGC-GTGCGGGCATTAAT------T-A-----CT-GTCG-TAT--GTCAACATA-TAG--TTG---TGT-TT
gi|12 : ---TACTCAATGCATC-GTGATAC-ATGAATGCA-GAAGGAA--TATA-AT--A--GT-TTAAGGA-TCAGAA-ACTCAT---TTG-T--TTACATATA------TGTATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA---GGTT-T-T-GC----G-A-TGACCC--CA-GAACACTTGCCCTAACAG---AAT--ACT-CA-----GTGCATCTTGAC--ATA---TTCATC--A--A------gattgtttaacattcttgtttctgttttttactt
gi|13 : ttgaaccattaaaatatgataggggttgaaattaatcgtat-GTGGTT----GATGACACTT-G-G-GACACTTTCCA-AT---CAAGATAA---TACTCAATGCATA-AATA--C-ATGT--GCA-GCAGAAA--TATACATTTG--GT-TTTGGGG-TCATGA-CCTCGG---CTG-T--TT---TGAA------TATAgag
gi|13 : ttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtaggggggggggggGAA--TATACAT--GTGGT-TTTGGGG-TCATGA-CCTCGG---CCG-T--TT---catgtggttttggggtcatgacctcggccgttt
gi|14 : ttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtagggggggggggggtggttgatgacacttgggacactttccaatcaagataatactcaatgcataaatacatgtgcagcagaaatatacatttggttttggggtcatgacctcggctgttttAAAAATGGTTGTGGTT--GGAATGGT-CCA-G-G-GATACTTAACA-AT---TAA---AA---TACT----------------------------ACAGGAA--CATATCT--G--AT-TTAGGGGGTCAGGG-CCTCAG---TTG-TGTTT---TAAA------TATATTTCAAAAA--TTA-TG----AAATA---AAAT-T-TAA-----G-A-TGACCT--CA-AGACACTTGCCA-AACAA---AA
gi|15 : tgaacaatccTTCAAGAA--TTG-TG----AAGTA---AGAT-T-T-G-----G-AACGACCT--AA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAC--ACT-CA-----CTGCAACTTGAC--ATA---TTCATC--AAGA------A---T-----------ATATATG-GT-ATGCG-C-T------AT--A--A----T-------------T---AT-ATGACA-ACT----CT-TGTG-----GCTT-C-------TTTTCTTGTTATTC----AAGAAC--GA------C-G-TA---GA--------------ATA----------TAT----
gi|16 : ---TAAG------TGTATTTCAACAA--TCA-TT----GAATA---GGGC-T-T-GC----G-A-AGACCC--CA-TGGCACATGCCT-AACAG---TGC--AAT-CA-----AATTATTTTGAC--ATA---TGCAGC--A--AGAGTATA---T-----------AT----G-GT-ATAGG-T-T------AT-----G----T-------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTA-----GCTT-C-------TTCGATAGTTACAC----AAG
gi|17 : -----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT-----------------------------T--TGATA-ACT----AC-TGTG-----GCAT-C-------TTTGCGGGTTACAT----AAATAC--GA------C-A-TT---TA--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGGAAACAC----T-TGC-GTG----T----AA------T-A-----TT-G-----AT--------ATC-TAG--TTA---TTT-TTT-TTA
gi|18 : atcG-T--TT---TAGA------TATATTTAAAGAA--TTA-TG----AGATA---GTGT-T-T-G-----G-AATGACCC--CG-CGACACTTCTCC-ATCAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAT--ATA---TGCAGC--A--A------G---------------A-----G-CT-GT--G---T------AT--AC-A----TG------------T---AC-ATGTTA-agtctgaatacatgcatagaacacagtaaaggactgc
gi|19 : -GT-AT--G-T-A------AC--A--T----T-------------T---AT-ATAATA-ACT----GT-TGTG-----GTTT-C-------TTTGCTAGTTATAC----AAGT-----A------C-A-AT---GGAGA-----------GTG----------TGT----TT-AA-AGGCAAACACTTAAT-TGT-GTATGGGT----GT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAACATC-TAtatagggcatgttttctggaactgt
gi|2 : aGATGAC-CTC-G-G-GGCACTTAATT-AT---CAG---AA---TAATCCATGCATC-GTGA--T-ATGT--ACA-GCAGGAG--TATATAT--G--CT-TTAGGGG-TCAGAA-CGTCAA---CTG-T--TT---TAAG------TATATTTCAACAG--TT---------------------T-T-G-----G-C-AGACCT---G-GGACACTTGTCT-AACAT---GAC--ACC-CA-----ATGCACCTGGAC--ATA---AGCAGC--A--AGA----A---T-----------A-----T-AT-AT--GGTAT------AT--A--A----TAAGATATAT----T---AT-ATGGCA-ACT----AC-TGTG-----GGTC-A-------TTTGCTGATTATAA----AAGTGT--TA------T-ATAT----G--------------GTA----------TAT----TC-AA-AGACAAACAC----T-TGA-GTGCTCGT----AT------C-A-----CC-GTCC-TAT--GA---CTTC-TAG--TTA---CCT-TTC-Tcaaagttgttttgact
gi|20 : gtggcagggggggggggggtaaAAATATTAT-GTGATT--AGGATG-C-CTC---------TTT------T---CAG---GG---TATTCAGTGCATT-TTGA--T-ACAA--GTATGCAG--------AT-T--G-----TCAAGGC-TCAGAA-TATCAA---CTGGT--TT---TAGA------TCTATTTCAAAGA--AAA-TG----AAATG---GGGTAT-T-G-----A-G-TGACCtttattgaagttcaagattggaaaactgaaaaagaatgt
gi|21 : ---AT-ATGGTA-TCT----AT-TGTA-----GCTT-C-------TCTGCTAGTTATAT----AAGTACATGAAGAGTTT-A-ATTAAGA--------------TTA----------TATCTAATT-AA-AGGAAAACGC----T-TGC----C-GAT----AC------T-T-----CT-GTCT-TAA--GACAGCATC-CAG--TTA---
gi|22 : G---AA---TATT-AATAC--C-T-------ATAT--GCA-GCAAGAA--TATGTAT--A--GC-TTAATGG-TCATCG-CCTCAA---TTG-TGTTT---TCAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA---TTGT-T-T-G-----GAA-TGACCC--atttacttgt
gi|23 : tgacaatgccacTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----A----------------------------------------GTA----------TAT----TT-AA-GAGCAAAAAA----T-TGC-ATGCGGAT----TT------T-A-----CT-GTCT-TTT--GACAGCATC-TAGTTTTAACTTGT-TTC-T
gi|24 : ttAA------TGT-TTTTACCAT--TTC-TGGTTTAAACA---GGTT-T-T-G-----G-A-TGACCC--CA-GTGCACTTTCCA-TACAA---AAT--ACT-CT-----GTGCATCTTTAC--ATAAGCTGCAAG--A--A------A---T-----------A-----aactcaaa
gi|26 : cACAG---AAT--ACT-CC-----ATGCGTCTTGAC--ATA---AGCAGCTAA--A------A---T-----------AT----GCGT-AT--A-T-TGA----GTGAA--G----TG------------T---AT-tat
gi|26 : --------------GTG----------TAT----TT-AA-AGGCAA--------------------GT----AT------TCA-----CT-GTCG-TAT--AACAGCATC-ttaaaggcaagtattcactgtcgtataacagcatc
gi|27 : acagaatactccatgcgtcttgacataagcagctaaaatatgcgtatattgagtgaa------------T---AT-ATAATA-ACT----GT-TGTG-----GTTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGT-----A------C-A-AT---GGAGA-----------GTG----------TAT----TT-AA-AGGCAAACACTTAAT-TGT-GTATGGGT----GT------T-A-----CT-GTC
gi|28 : A--TACATGT--G--GT-TTTGGGG-TCATGA-CCTCGG---CCG-T--TT---TGAATACATGTATATTTCAACAATTTTG-TG----AAAGA---GGGT-T-
gi|29 : aatGCT-TGGGATGGC-CCT-T-GTA-CACTTGCTC-AA---CAA---AA---TGCTCCATGCATT-TTGA--C-AT----GCA-GCAAGAA--TA-ATAT--
gi|3 : AAAATT-T-GTGGTTATAAGGTGAC-CC--A-G-G-CACCTGCCTTAT---CAG---AA---TACCGATTGCATCATTGA--CCATGG--GTA-GAAGAAA--TATATAT--G--GT-TAAGGGG-TCAAGAACCTTAC---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTGTTG----AAATG---GGGT-TCT-C-----G-G-TGACCC--CCTGGGCACATGGAC-AACAT---AATTAACT-CAT----TTGCTCTTTGAC---TA---TGCA-C--A--A------A---T-----------A-----G-CT-AT--G-T-C------AC--A--G----TG------------T---ATGGTGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTTCC-------TTTAC-AATTACA-----AAGCAC--GA------C-A-A-----G--------------GTA----------TAT----TT-AACAGGCAAACAT----TGTGCGGTGCGGGT----AT------T-T-----CTGGTCTCTAG--GTGAGCATTATAG--ATA---TATATTCTTCATA-----ACA---TTTATTTGTTAAacatgt
gi|30 : gTTTCAATAG--CTA-TA----AAATA---GGGT-T-T-GTGCACG-A-TGACCT--TA-GGCCATTTGCTC-AACAGAATAAT--AGT-CA-----GTGCac
gi|31 : A------C-A-AA---GGAGA-----------GTA----------TAC----C--AA-AGCCACACAC----C-CGC-GTGTGTGA----AT------T-A-----CC-GTCT-CAT--GACAGCATC-
gi|4 : gtTGAAAAAATTAT-GTGGTTATAAGGTGAC-CCC-A-G-G-CACCTGCTT-AT---CAG---AA---TACCCGTTGCATC-TTGA--C-ATGG--GTA-GAAGGAA--TATATAT--G--GT-TAAGGGG-TCAGAA-CCTTAC---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTG-TG----AAATG---GGGT-TCT-C-----G-G-TGACCC--CT-GGGCACATGGAC-AACAT---AAT--ACT-CA-----TTGCATCTTGAC--ATA---TGCATC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-C------AC--A--G----TG------------T---AT-GTGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTACAAGTTACAC----AAGCAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAT----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-T-----CT-GTCT-CATAGGTGAGCATT-TAG--ATA---TAT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTTGTTAACTC
gi|5 : A-TCTCAA---CCA-T--T-----AAC------GGTATCTCTACAA--TAA-------AAATGTTGGGGA-T-T-GA----G-A-TGACCC--CG-TGTCACTTATCC-ATTAG---AGT--ACT-CT-----ATGCAGCTTGAttct
gi|5 : ataAAAAATGTT-GGGGAT-TGAGATGAC-CCC-G-T-GTCACTTATCC-AT---TAG---AG---TACTCTATGCAGC-TTGA--T--TAA--G------GG--------TGG--G--GT----GGAG--CGAAA-CCTCAAGTATTG-T--TT---TCAA------TTCATATCAACAA--TTA-TG----AAATG---GG---------------A-TGACCC--CA---------------ACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCAGCAAGA---ATA---TGTATG--A--T------A---T-----------A-----G-GT-A------------------A--G----T-------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-AATG-----GCTT-C-------TGTGCGAGTTACAC----AGGTTC--G-----------AT---GG--------------AGA----------TGT----TG-A------------------TGT-GTGCGAGT----TT------T-A-----CT-G--T-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---ttaagggtggggtggagcgaaacctcaagtattgttttcaattcatatcaacaattatgaaatgggatgaccccaacagaatactcaatgcagcaagaatatgtatgatataggtaagttatatggtaactacaatggcttctgtgcgagttacacaggttcgatggagatgttgatgtgtgcgagttttactgttatgacagcatctagtta
gi|6 : ataatctcaaccattaacggtatctctacaatTAGGGA-TCAAGA-CCTCCA---TTG-T--TT---TA----------TAT------------G-TG----AAATG---GGGT-C-T-G-----G-AATGACCA--AA-GGACACTTGCCA-AACAT---AAT--ATTACATGTAAATGCATCCTGAC--ATA---TGCAGC--AAGA------A---TATAGTGGTATAA-----G-AT-AT--G-T-T------AC--A--T----TG------------T---A-----ATA-ACT----ACATGTATTATTGCTT-C-------TTTGTTAGTTACACTTGTAAGTAC--G-----------AT---GGAAAGTACAT-----GTA----------TAT----TC-AA-AGGCAAACG-----------------------AT------T-G-----CT-GTAT-TAT--GACATTATC-TAG--CT----TAT-T---TCAT------ACC--TGCTATTCTTTAATTC
gi|7 : -G-G-G-CACTTGCTT-AT---CAG---AA---TACACAATGCACC-TTGA--T-AAGT--GCA-GCAGGCA--TATA-----------------------GA-----------TG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACCG--TTA-TG----AAATA---GGGT-T-TTG-----G-A-TGACTC--CA-GTGCACTTGCCC-AGCAT---AAT--TCT-CA-----GTGTATCTTGAC--ACA---TGCAGC--A--A------AAT-T-----------A-----T-AT-AT--G-A-T------AT--AAGG----TA------------TGTGAT-GTGGTA-ACT----AC-AGTG-----TCTT-C-------TTTGCTGGTTACGC----AAATA----A------A-A-AC--------------------TA----------TTT----TT-AA-Aaaa
gi|8 : tgaacactgaaaaaatgatT-TGAGATGAC-CCCAG-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---GAAACTACTCAATGCAT--TTGA--T-G-GT--GCA-GCAGGGAAGTATACAT--G--GTATCAGGTT-TAAGGG-----------TG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAC--TCA-TG----AAATA---GGGT-T-T-G-----GTA-TGACCCTGCA-GGGTATTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGTGTCTTGACATATA---TGCAGC--AAGA------A---T-----------T-----T-AT-AT--A-G-T------AT--A--G----AG------------C---AT-ATaagatgctgtagagtt
gi|8 : atggcag---GA--------------GCA----------TAT----TT-AA-AGGAAAA---------TGC-ATGCGAAT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GGCAGCAttaaaggaaaatgcatgcgaatattactgtcttatggcagca
gi|9 : atggcagttgagatgaccccagggcacttgcccatcaggaaactactcaatgcatttgatggtgcagcagggaagtatacatggtatcaggtttaagggtgttttaaatatatttcaacactcatgaaatagggtttggtatgaccctgcagggtatttgcccaacagaatactcaatgtgtcttgacatatatgcagcaagaatttatatagtataCGACGA--TTA-TG----AAAGA---AGGT-T-T-G-----G-GGTAATCC--CA-GG-------TCT-AACTG---AAT--ACC-CA-----ATGCATCTTGAT--ATA---TGCAGG--AGGA------A---T-----------T-----T-AT-AT--G-G-T------AT--AAGG----TATGT---------T---AT-ATGGTA-A-T----AC-TGTA-----GCTT-C-------TTTCTTGGTTAGAC----AAGTAC--GA------TGG-AT---AGACTTGCTAGTACATGTA----------TAT----TC-AA-AGGCAAACCC----C-TGC-ATTCGGGT----ATACCAGAT-ATATATCT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--GAA---TGT-TTTGTAATA-----TCATGTTTTATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ACTTTGGTGTGTGAGTGTGTGTTGGGGGGGGGGGGGGTCACTAAAAAGCGAAACTTAATAACATCCAACAGATATTATCAATGTTATGCAGGTGCATGTGC
Alignments
lowQualScore : 11 1 1111111111 1111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5555555555555555555555555555555555555 1111111 1 222222 111
lowQualScore : 33 8 66 1 3 7777 3 5 1 444 555 555 444 44 5555555555 1 33 3 77777 2 44 2 5555 2 2 8888 2 66 333 666666 22 1 4444 333 1 3 1111111 4 8 22 2 1 2 333 22 2 77777 33 444 0 33 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666 2 2 5555 2 66666 2 8888888 5555 7777777777777777777777777777777777777 9999999999 4444 2 2 3333333 2 5555 666666 2 55555 2 2 33 2 55 666 6 4 5 000000 111 3
lowQualScore : .. . .. . . .... . . . ... ... ... ... .. .......... . .. . ..... . .. . .... . . .... . .. ... ...... .. . .... ... . . ....... . . .. . . . ... .. . ..... .. ... . .. ............................................................................. ... . . .... . ..... . ....... .... ..................................... .......... .... . . ....... . .... ...... . ..... . . .. . .. ... . . . ...... ... .
lowQualScore : 00 9 11 7 3 7777 1 4 4 555 444 000 777 88 7777777777 1 22 7 55555 5 88 4 0000 4 4 1111 2 11 777 111111 66 9 0000 333 9 8 5555555 0 0 99 2 4 1 555 99 1 44444 44 444 4 44 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 2 5 7777 7 22222 5 1111111 3333 8888888888888888888888888888888888888 2222222222 5555 2 2 0000000 4 0000 888888 4 99999 5 7 77 9 00 444 4 4 0 888888 888 2
consensus : TGAAAAAATGAT-GTGGTT-TGGGATGAC-CCC-G-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---AA---TACTCAATGCATC-TTGA--C-ATG--TGCAGCAGGAA--TATATAT--G--GT-TTAGGGG-T----CAGGA-CCTCAG---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA---GGGT-T-T-G-----G-A-TGACCC--CA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAC--ATA---TGCAGC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT--A--G----TG------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGTAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---TGT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTCGTTAACTC
Reference ( family-3098 ) : TGAAAAAATGAT-GTGGTT-TGGGATGAC-CCC-G-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---AA---TACTCAATGCATC-TTGA--C-ATG--TGCAGCAGGAA--TATATAT--G--GT-TTAGGGG-T----CAGGA-CCTCAG---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA---GGGT-T-T-G-----G-A-TGACCC--CA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAC--ATA---TGCAGC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT--A--G----TG------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGTAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---TGT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTCGTTAACTC
gi|1 : AAAAAATGAT-ATGGTT--AGGATG-C-CGC-G-G-GACACTTGCCC-AT---GAG---AA---CACTTATTTCATC-TTGA--T-ATG--TGCGCCA-------ATATAT------T-TT--GGA-T----CAGGA-CCGCAA---TTA-T--TT---AAGA------TATATTGCAACAC--TTA-TA----AAATA---GGGG-T-T-G-----G-A-TTACTC--CC-GGGCACTTGCAC-AACAG---AAT--ACT-CA-----TTGCATTTTGAC--AAA---TATAGC--A--AGAACATA---C-----------A-----C-GTAAT--A-T-TCAATGCAT--A--C----TGTAAGGGATATGCT---AT-ATAGCA-ATT----AT-TGTG-----ACTT-CAATGGTATTT-TTAATTCCAC----AAATAT--G-----------AT---GGAAA-----------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAATCAC----T-TAC-GTGCGGGT----AT------T-A-----AT-TTCA-TAT--GAGAGCTTC-TAG--TTA---T-T-TTCACCATAATTTTATA--TTTTATTCG--AACT
gi|10 : AAATGATAGAGGTT-TGGG-TGAC-CCT-GAG-G-CACTTGCAC-ATGATCAG---AA---TATTCAGTGCATC-TTGA--A-ATG--TGCAACAGGAA--TTTGTTT--A--GT-TT-TGGG-T----CATCA-CCTCAG---TTG-T--TT---TAGA------TATTTTTCAACAA--TTT-TG----AAATA---TCGT-T-TAG-----G-A-TAACCC--CA-GGGCACTTCCAC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATACATt
gi|10 : AT-ATCGTT-TAGGATAAC-CCCAG-G-G-CACTTCCAC-AA---CAG---AA---TACTCAATACAT----------ATG---GTATCAAG----TATAT--------T-TTAAAGG-T----atggtatcaagtatattttaaaggtaatcacttgcgtgcgggtatta
gi|10 : aaatgatagaggtttgggtgaccctgaggcacttgcacatgatcagaatattcagtgcatcttgaaatgtgcaacaggaatttgtttagttttgggtcatcacctcagttgttttagatatttttcaacaattttgaa--------------GTA----------TAT----TTTAA-AGGTAATCAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----aatcacttgcgtgcgggtatta
gi|11 : aaatgatagaggtttgggtgaccctgaggcacttgcacatgatcagaatattcagtgcatcttgaaatgtgcaacaggaatttgtttagttttgggtcatcacctcagttgttttagatatttttcaacaattttgaaatatcgtttaggataaccccagggcacttccacaacagaatactcaatacatatggtatcaaC-AACAG---AAT--ATT-TA-----ATGCATCTGGAT--ATA---TGCAGA--A--A------AAAAT-----------A-----G-AT-AT--T-G-T------AT--A--GGGTATG------------TT--AT-ACGGTATACCTATAAC-TGTG-----GCTT-C-------CTTGTTAGTTACAC----AAGTAT--GC------C-A-GC---CA--------------GTAAATTTAATTTTAT----TT-AA-A-GCAAACAC----A-TGC-GTGCGGGCATTAAT------T-A-----CT-GTCG-TAT--GTCAACATA-TAG--TTG---TGT-TT
gi|12 : ---TACTCAATGCATC-GTGATAC-ATGAATGCAGAAGGAA--TATA-AT--A--GT-TTAAGGA-T----CAGAA-ACTCAT---TTG-T--TTACATATA------TGTATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA---GGTT-T-T-GC----G-A-TGACCC--CA-GAACACTTGCCCTAACAG---AAT--ACT-CA-----GTGCATCTTGAC--ATA---TTCATC--A--A------gattgtttaacattcttgtttctgttttttactt
gi|13 : ttgaaccattaaaatatgataggggttgaaattaatcgtat-GTGGTT----GATGACACTT-G-G-GACACTTTCCA-AT---CAAGATAA---TACTCAATGCATA-AATA--C-ATG--TGCAGCAGAAA--TATACATTTG--GT-TTTGGGG-T----CATGA-CCTCGG---CTG-T--TT---TGAA------TATAgag
gi|13 : ttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtaggggggggggggGAA--TATACAT--GTGGT-TTTGGGG-T----CATGA-CCTCGG---CCG-T--TT---catgtggttttggggtcatgacctcggccgttt
gi|14 : ttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtagggggggggggggtggttgatgacacttgggacactttccaatcaagataatactcaatgcataaatacatgtgcagcagaaatatacatttggttttggggtcatgacctcggctgttttAAAAATGGTTGTGGTT--GGAATGGT-CCA-G-G-GATACTTAACA-AT---TAA---AA---TACT---------------------------ACAGGAA--CATATCT--G--AT-TTAGGGGGT----CAGGG-CCTCAG---TTG-TGTTT---TAAA------TATATTTCAAAAA--TTA-TG----AAATA---AAAT-T-TAA-----G-A-TGACCT--CA-AGACACTTGCCA-AACAA---AA
gi|15 : tgaacaatccTTCAAGAA--TTG-TG----AAGTA---AGAT-T-T-G-----G-AACGACCT--AA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAC--ACT-CA-----CTGCAACTTGAC--ATA---TTCATC--AAGA------A---T-----------ATATATG-GT-ATGCG-C-T------AT--A--A----T-------------T---AT-ATGACA-ACT----CT-TGTG-----GCTT-C-------TTTTCTTGTTATTC----AAGAAC--GA------C-G-TA---GA--------------ATA----------TAT----
gi|16 : ---TAAG------TGTATTTCAACAA--TCA-TT----GAATA---GGGC-T-T-GC----G-A-AGACCC--CA-TGGCACATGCCT-AACAG---TGC--AAT-CA-----AATTATTTTGAC--ATA---TGCAGC--A--AGAGTATA---T-----------AT----G-GT-ATAGG-T-T------AT-----G----T-------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTA-----GCTT-C-------TTCGATAGTTACAC----AAG
gi|17 : -----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT-----------------------------T--TGATA-ACT----AC-TGTG-----GCAT-C-------TTTGCGGGTTACAT----AAATAC--GA------C-A-TT---TA--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGGAAACAC----T-TGC-GTG----T----AA------T-A-----TT-G-----AT--------ATC-TAG--TTA---TTT-TTT-TTA
gi|18 : atcG-T--TT---TAGA------TATATTTAAAGAA--TTA-TG----AGATA---GTGT-T-T-G-----G-AATGACCC--CG-CGACACTTCTCC-ATCAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAT--ATA---TGCAGC--A--A------G---------------A-----G-CT-GT--G---T------AT--AC-A----TG------------T---AC-ATGTTA-agtctgaatacatgcatagaacacagtaaaggactgc
gi|19 : -GT-AT--G-T-A------AC--A--T----T-------------T---AT-ATAATA-ACT----GT-TGTG-----GTTT-C-------TTTGCTAGTTATAC----AAGT-----A------C-A-AT---GGAGA-----------GTG----------TGT----TT-AA-AGGCAAACACTTAAT-TGT-GTATGGGT----GT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAACATC-TAtatagggcatgttttctggaactgt
gi|2 : aGATGAC-CTC-G-G-GGCACTTAATT-AT---CAG---AA---TAATCCATGCATC-GTGA--T-ATG--TACAGCAGGAG--TATATAT--G--CT-TTAGGGG-T----CAGAA-CGTCAA---CTG-T--TT---TAAG------TATATTTCAACAG--TT---------------------T-T-G-----G-C-AGACCT---G-GGACACTTGTCT-AACAT---GAC--ACC-CA-----ATGCACCTGGAC--ATA---AGCAGC--A--AGA----A---T-----------A-----T-AT-AT--GGTAT------AT--A--A----TAAGATATAT----T---AT-ATGGCA-ACT----AC-TGTG-----GGTC-A-------TTTGCTGATTATAA----AAGTGT--TA------T-ATAT----G--------------GTA----------TAT----TC-AA-AGACAAACAC----T-TGA-GTGCTCGT----AT------C-A-----CC-GTCC-TAT--GA---CTTC-TAG--TTA---CCT-TTC-Tcaaagttgttttgact
gi|20 : gtggcagggggggggggggtaaAAATATTAT-GTGATT--AGGATG-C-CTC---------TTT------T---CAG---GG---TATTCAGTGCATT-TTGA--T-A---------CAAGTA--TGCAGAT--T--GT-C-AAGGC-T----CAGAA-TATCAA---CTGGT--TT---TAGA------TCTATTTCAAAGA--AAA-TG----AAATG---GGGTAT-T-G-----A-G-TGACCtttattgaagttcaagattggaaaactgaaaaagaatgt
gi|21 : ---AT-ATGGTA-TCT----AT-TGTA-----GCTT-C-------TCTGCTAGTTATAT----AAGTACATGAAGAGTTT-A-ATTAAGA--------------TTA----------TATCTAATT-AA-AGGAAAACGC----T-TGC----C-GAT----AC------T-T-----CT-GTCT-TAA--GACAGCATC-CAG--TTA---
gi|22 : G---AA---TATT-AATAC--C-T-------ATA--TGCAGCAAGAA--TATGTAT--A--GC-TTAATGG-T----CATCG-CCTCAA---TTG-TGTTT---TCAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA---TTGT-T-T-G-----GAA-TGACCC--atttacttgt
gi|23 : tgacaatgccacTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----A----------------------------------------GTA----------TAT----TT-AA-GAGCAAAAAA----T-TGC-ATGCGGAT----TT------T-A-----CT-GTCT-TTT--GACAGCATC-TAGTTTTAACTTGT-TTC-T
gi|24 : ttAA------TGT-TTTTACCAT--TTC-TGGTTTAAACA---GGTT-T-T-G-----G-A-TGACCC--CA-GTGCACTTTCCA-TACAA---AAT--ACT-CT-----GTGCATCTTTAC--ATAAGCTGCAAG--A--A------A---T-----------A-----aactcaaa
gi|26 : cACAG---AAT--ACT-CC-----ATGCGTCTTGAC--ATA---AGCAGCTAA--A------A---T-----------AT----GCGT-AT--A-T-TGA----GTGAA--G----TG------------T---AT-tat
gi|26 : --------------GTG----------TAT----TT-AA-AGGCAA--------------------GT----AT------TCA-----CT-GTCG-TAT--AACAGCATC-ttaaaggcaagtattcactgtcgtataacagcatc
gi|27 : acagaatactccatgcgtcttgacataagcagctaaaatatgcgtatattgagtgaa------------T---AT-ATAATA-ACT----GT-TGTG-----GTTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGT-----A------C-A-AT---GGAGA-----------GTG----------TAT----TT-AA-AGGCAAACACTTAAT-TGT-GTATGGGT----GT------T-A-----CT-GTC
gi|28 : A--TACATGT--G--GT-TTTGGGG-T----CATGA-CCTCGG---CCG-T--TT---TGAATACATGTATATTTCAACAATTTTG-TG----AAAGA---GGGT-T-
gi|29 : aatGCT-TGGGATGGC-CCT-T-GTA-CACTTGCTC-AA---CAA---AA---TGCTCCATGCATT-TTGA--C-A----TGCAGCAAGAA--TA-ATAT--
gi|3 : AAAATT-T-GTGGTTATAAGGTGAC-CC--A-G-G-CACCTGCCTTAT---CAG---AA---TACCGATTGCATCATTGA--CCATG--GGTAGAAGAAA--TATATAT--G--GT-TAAGGGG-T----CAAGAACCTTAC---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTGTTG----AAATG---GGGT-TCT-C-----G-G-TGACCC--CCTGGGCACATGGAC-AACAT---AATTAACT-CAT----TTGCTCTTTGAC---TA---TGCA-C--A--A------A---T-----------A-----G-CT-AT--G-T-C------AC--A--G----TG------------T---ATGGTGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTTCC-------TTTAC-AATTACA-----AAGCAC--GA------C-A-A-----G--------------GTA----------TAT----TT-AACAGGCAAACAT----TGTGCGGTGCGGGT----AT------T-T-----CTGGTCTCTAG--GTGAGCATTATAG--ATA---TATATTCTTCATA-----ACA---TTTATTTGTTAAacatgt
gi|30 : gTTTCAATAG--CTA-TA----AAATA---GGGT-T-T-GTGCACG-A-TGACCT--TA-GGCCATTTGCTC-AACAGAATAAT--AGT-CA-----GTGCac
gi|31 : A------C-A-AA---GGAGA-----------GTA----------TAC----C--AA-AGCCACACAC----C-CGC-GTGTGTGA----AT------T-A-----CC-GTCT-CAT--GACAGCATC-
gi|4 : gtTGAAAAAATTAT-GTGGTTATAAGGTGAC-CCC-A-G-G-CACCTGCTT-AT---CAG---AA---TACCCGTTGCATC-TTGA--C-ATG--GGTAGAAGGAA--TATATAT--G--GT-TAAGGGG-T----CAGAA-CCTTAC---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTG-TG----AAATG---GGGT-TCT-C-----G-G-TGACCC--CT-GGGCACATGGAC-AACAT---AAT--ACT-CA-----TTGCATCTTGAC--ATA---TGCATC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-C------AC--A--G----TG------------T---AT-GTGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTACAAGTTACAC----AAGCAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAT----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-T-----CT-GTCT-CATAGGTGAGCATT-TAG--ATA---TAT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTTGTTAACTC
gi|5 : A-TCTCAA---CCA-T--T-----AAC------GGTATCTCTACAA--TAA-------AAATGTTGGGGA-T-T-GA----G-A-TGACCC--CG-TGTCACTTATCC-ATTAG---AGT--ACT-CT-----ATGCAGCTTGAttct
gi|5 : ataAAAAATGTT-GGGGAT-TGAGATGAC-CCC-G-T-GTCACTTATCC-AT---TAG---AG---TACTCTATGCAGC-TTGA--T---------------------TA-AG--G--GT----GGGG-TGGAGCGAAA-CCTCAAGTATTG-T--TT---TCAA------TTCATATCAACAA--TTA-TG----AAATG---GG---------------A-TGACCC--CA---------------ACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCAGCAAGA---ATA---TGTATG--A--T------A---T-----------A-----G-GT-A------------------A--G----T-------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-AATG-----GCTT-C-------TGTGCGAGTTACAC----AGGTTC--G-----------AT---GG--------------AGA----------TGT----TG-A------------------TGT-GTGCGAGT----TT------T-A-----CT-G--T-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---ttaagggtggggtggagcgaaacctcaagtattgttttcaattcatatcaacaattatgaaatgggatgaccccaacagaatactcaatgcagcaagaatatgtatgatataggtaagttatatggtaactacaatggcttctgtgcgagttacacaggttcgatggagatgttgatgtgtgcgagttttactgttatgacagcatctagtta
gi|6 : ataatctcaaccattaacggtatctctacaatTAGGGA-T----CAAGA-CCTCCA---TTG-T--TT---TA----------TAT------------G-TG----AAATG---GGGT-C-T-G-----G-AATGACCA--AA-GGACACTTGCCA-AACAT---AAT--ATTACATGTAAATGCATCCTGAC--ATA---TGCAGC--AAGA------A---TATAGTGGTATAA-----G-AT-AT--G-T-T------AC--A--T----TG------------T---A-----ATA-ACT----ACATGTATTATTGCTT-C-------TTTGTTAGTTACACTTGTAAGTAC--G-----------AT---GGAAAGTACAT-----GTA----------TAT----TC-AA-AGGCAAACG-----------------------AT------T-G-----CT-GTAT-TAT--GACATTATC-TAG--CT----TAT-T---TCAT------ACC--TGCTATTCTTTAATTC
gi|7 : -G-G-G-CACTTGCTT-AT---CAG---AA---TACACAATGCACC-TTGA--T-AAG--TGCAGCAGGCA--TATA---------------------------GA-----------TG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACCG--TTA-TG----AAATA---GGGT-T-TTG-----G-A-TGACTC--CA-GTGCACTTGCCC-AGCAT---AAT--TCT-CA-----GTGTATCTTGAC--ACA---TGCAGC--A--A------AAT-T-----------A-----T-AT-AT--G-A-T------AT--AAGG----TA------------TGTGAT-GTGGTA-ACT----AC-AGTG-----TCTT-C-------TTTGCTGGTTACGC----AAATA----A------A-A-AC--------------------TA----------TTT----TT-AA-Aaaa
gi|8 : tgaacactgaaaaaatgatT-TGAGATGAC-CCCAG-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---GAAACTACTCAATGCAT--TTGA--T-G-G--TGCAGCAGGGAAGTATACAT--G--GTATCAGGTT-T----AAGGG-----------TG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAC--TCA-TG----AAATA---GGGT-T-T-G-----GTA-TGACCCTGCA-GGGTATTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGTGTCTTGACATATA---TGCAGC--AAGA------A---T-----------T-----T-AT-AT--A-G-T------AT--A--G----AG------------C---AT-ATaagatgctgtagagtt
gi|8 : atggcag---GA--------------GCA----------TAT----TT-AA-AGGAAAA---------TGC-ATGCGAAT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GGCAGCAttaaaggaaaatgcatgcgaatattactgtcttatggcagca
gi|9 : atggcagttgagatgaccccagggcacttgcccatcaggaaactactcaatgcatttgatggtgcagcagggaagtatacatggtatcaggtttaagggtgttttaaatatatttcaacactcatgaaatagggtttggtatgaccctgcagggtatttgcccaacagaatactcaatgtgtcttgacatatatgcagcaagaatttatatagtataCGACGA--TTA-TG----AAAGA---AGGT-T-T-G-----G-GGTAATCC--CA-GG-------TCT-AACTG---AAT--ACC-CA-----ATGCATCTTGAT--ATA---TGCAGG--AGGA------A---T-----------T-----T-AT-AT--G-G-T------AT--AAGG----TATGT---------T---AT-ATGGTA-A-T----AC-TGTA-----GCTT-C-------TTTCTTGGTTAGAC----AAGTAC--GA------TGG-AT---AGACTTGCTAGTACATGTA----------TAT----TC-AA-AGGCAAACCC----C-TGC-ATTCGGGT----ATACCAGAT-ATATATCT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--GAA---TGT-TTTGTAATA-----TCATGTTTTATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ACTTTGGTGTGTGAGTGTGTGTTGGGGGGGGGGGGGGTCACTAAAAAGCGAAACTTAATAACATCCAACAGATATTATCAATGTTATGCAGGTGCATGTGC
Alignments
lowQualScore : 11 1 1111111111 1111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5555555555555555555555555555555555555 1111111 1 222222 111
lowQualScore : 33 8 66 1 3 7777 3 5 1 444 555 555 444 44 5555555555 1 33 3 77777 2 44 2 5555 2 2 8888 2 66 333 666666 22 1 4444 333 1 3 1111111 4 8 22 2 1 2 333 22 2 77777 33 444 0 33 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666 2 2 5555 2 66666 2 8888888 5555 7777777777777777777777777777777777777 9999999999 4444 2 2 3333333 2 5555 666666 2 55555 2 2 33 2 55 666 6 4 5 000000 111 3
lowQualScore : .. . .. . . .... . . . ... ... ... ... .. .......... . .. . ..... . .. . .... . . .... . .. ... ...... .. . .... ... . . ....... . . .. . . . ... .. . ..... .. ... . .. ............................................................................. ... . . .... . ..... . ....... .... ..................................... .......... .... . . ....... . .... ...... . ..... . . .. . .. ... . . . ...... ... .
lowQualScore : 00 9 11 7 3 7777 1 4 4 555 444 000 777 88 7777777777 1 22 7 55555 5 88 4 0000 4 4 1111 2 11 777 111111 66 9 0000 333 9 8 5555555 0 0 99 2 4 1 555 99 1 44444 44 444 4 44 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 2 5 7777 7 22222 5 1111111 3333 8888888888888888888888888888888888888 2222222222 5555 2 2 0000000 4 0000 888888 4 99999 5 7 77 9 00 444 4 4 0 888888 888 2
consensus : TGAAAAAATGAT-GTGGTT-TGGGATGAC-CCC-G-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---AA---TACTCAATGCATC-TTGA--C-ATG--TGCAGCAGGAA--TATATAT--G--GT-TTAGGGG-T----CAGGA-CCTCAG---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA---GGGT-T-T-G-----G-A-TGACCC--CA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAC--ATA---TGCAGC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT--A--G----TG------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGTAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---TGT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTCGTTAACTC
Reference ( family-3098 ) : TGAAAAAATGAT-GTGGTT-TGGGATGAC-CCC-G-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---AA---TACTCAATGCATC-TTGA--C-ATG--TGCAGCAGGAA--TATATAT--G--GT-TTAGGGG-T----CAGGA-CCTCAG---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA---GGGT-T-T-G-----G-A-TGACCC--CA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAC--ATA---TGCAGC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT--A--G----TG------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGTAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---TGT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTCGTTAACTC
gi|1 : AAAAAATGAT-ATGGTT--AGGATG-C-CGC-G-G-GACACTTGCCC-AT---GAG---AA---CACTTATTTCATC-TTGA--T-ATG--TGCGCCA-------ATATAT------T-TT--GGA-T----CAGGA-CCGCAA---TTA-T--TT---AAGA------TATATTGCAACAC--TTA-TA----AAATA---GGGG-T-T-G-----G-A-TTACTC--CC-GGGCACTTGCAC-AACAG---AAT--ACT-CA-----TTGCATTTTGAC--AAA---TATAGC--A--AGAACATA---C-----------A-----C-GTAAT--A-T-TCAATGCAT--A--C----TGTAAGGGATATGCT---AT-ATAGCA-ATT----AT-TGTG-----ACTT-CAATGGTATTT-TTAATTCCAC----AAATAT--G-----------AT---GGAAA-----------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAATCAC----T-TAC-GTGCGGGT----AT------T-A-----AT-TTCA-TAT--GAGAGCTTC-TAG--TTA---T-T-TTCACCATAATTTTATA--TTTTATTCG--AACT
gi|10 : AAATGATAGAGGTT-TGGG-TGAC-CCT-GAG-G-CACTTGCAC-ATGATCAG---AA---TATTCAGTGCATC-TTGA--A-ATG--TGCAACAGGAA--TTTGTTT--A--GT-TT-TGGG-T----CATCA-CCTCAG---TTG-T--TT---TAGA------TATTTTTCAACAA--TTT-TG----AAATA---TCGT-T-TAG-----G-A-TAACCC--CA-GGGCACTTCCAC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATACATt
gi|10 : AT-ATCGTT-TAGGATAAC-CCCAG-G-G-CACTTCCAC-AA---CAG---AA---TACTCAATACAT----------ATG---GTATCAAG----TATAT--------T-TTAAAGG-T----atggtatcaagtatattttaaaggtaatcacttgcgtgcgggtatta
gi|10 : aaatgatagaggtttgggtgaccctgaggcacttgcacatgatcagaatattcagtgcatcttgaaatgtgcaacaggaatttgtttagttttgggtcatcacctcagttgttttagatatttttcaacaattttgaa--------------GTA----------TAT----TTTAA-AGGTAATCAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----aatcacttgcgtgcgggtatta
gi|11 : aaatgatagaggtttgggtgaccctgaggcacttgcacatgatcagaatattcagtgcatcttgaaatgtgcaacaggaatttgtttagttttgggtcatcacctcagttgttttagatatttttcaacaattttgaaatatcgtttaggataaccccagggcacttccacaacagaatactcaatacatatggtatcaaC-AACAG---AAT--ATT-TA-----ATGCATCTGGAT--ATA---TGCAGA--A--A------AAAAT-----------A-----G-AT-AT--T-G-T------AT--A--GGGTATG------------TT--AT-ACGGTATACCTATAAC-TGTG-----GCTT-C-------CTTGTTAGTTACAC----AAGTAT--GC------C-A-GC---CA--------------GTAAATTTAATTTTAT----TT-AA-A-GCAAACAC----A-TGC-GTGCGGGCATTAAT------T-A-----CT-GTCG-TAT--GTCAACATA-TAG--TTG---TGT-TT
gi|12 : ---TACTCAATGCATC-GTGATAC-ATGAATGCAGAAGGAA--TATA-AT--A--GT-TTAAGGA-T----CAGAA-ACTCAT---TTG-T--TTACATATA------TGTATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA---GGTT-T-T-GC----G-A-TGACCC--CA-GAACACTTGCCCTAACAG---AAT--ACT-CA-----GTGCATCTTGAC--ATA---TTCATC--A--A------gattgtttaacattcttgtttctgttttttactt
gi|13 : ttgaaccattaaaatatgataggggttgaaattaatcgtat-GTGGTT----GATGACACTT-G-G-GACACTTTCCA-AT---CAAGATAA---TACTCAATGCATA-AATA--C-ATG--TGCAGCAGAAA--TATACATTTG--GT-TTTGGGG-T----CATGA-CCTCGG---CTG-T--TT---TGAA------TATAgag
gi|13 : ttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtaggggggggggggGAA--TATACAT--GTGGT-TTTGGGG-T----CATGA-CCTCGG---CCG-T--TT---catgtggttttggggtcatgacctcggccgttt
gi|14 : ttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtagggggggggggggtggttgatgacacttgggacactttccaatcaagataatactcaatgcataaatacatgtgcagcagaaatatacatttggttttggggtcatgacctcggctgttttAAAAATGGTTGTGGTT--GGAATGGT-CCA-G-G-GATACTTAACA-AT---TAA---AA---TACT---------------------------ACAGGAA--CATATCT--G--AT-TTAGGGGGT----CAGGG-CCTCAG---TTG-TGTTT---TAAA------TATATTTCAAAAA--TTA-TG----AAATA---AAAT-T-TAA-----G-A-TGACCT--CA-AGACACTTGCCA-AACAA---AA
gi|15 : tgaacaatccTTCAAGAA--TTG-TG----AAGTA---AGAT-T-T-G-----G-AACGACCT--AA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAC--ACT-CA-----CTGCAACTTGAC--ATA---TTCATC--AAGA------A---T-----------ATATATG-GT-ATGCG-C-T------AT--A--A----T-------------T---AT-ATGACA-ACT----CT-TGTG-----GCTT-C-------TTTTCTTGTTATTC----AAGAAC--GA------C-G-TA---GA--------------ATA----------TAT----
gi|16 : ---TAAG------TGTATTTCAACAA--TCA-TT----GAATA---GGGC-T-T-GC----G-A-AGACCC--CA-TGGCACATGCCT-AACAG---TGC--AAT-CA-----AATTATTTTGAC--ATA---TGCAGC--A--AGAGTATA---T-----------AT----G-GT-ATAGG-T-T------AT-----G----T-------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTA-----GCTT-C-------TTCGATAGTTACAC----AAG
gi|17 : -----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT-----------------------------T--TGATA-ACT----AC-TGTG-----GCAT-C-------TTTGCGGGTTACAT----AAATAC--GA------C-A-TT---TA--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGGAAACAC----T-TGC-GTG----T----AA------T-A-----TT-G-----AT--------ATC-TAG--TTA---TTT-TTT-TTA
gi|18 : atcG-T--TT---TAGA------TATATTTAAAGAA--TTA-TG----AGATA---GTGT-T-T-G-----G-AATGACCC--CG-CGACACTTCTCC-ATCAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAT--ATA---TGCAGC--A--A------G---------------A-----G-CT-GT--G---T------AT--AC-A----TG------------T---AC-ATGTTA-agtctgaatacatgcatagaacacagtaaaggactgc
gi|19 : -GT-AT--G-T-A------AC--A--T----T-------------T---AT-ATAATA-ACT----GT-TGTG-----GTTT-C-------TTTGCTAGTTATAC----AAGT-----A------C-A-AT---GGAGA-----------GTG----------TGT----TT-AA-AGGCAAACACTTAAT-TGT-GTATGGGT----GT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAACATC-TAtatagggcatgttttctggaactgt
gi|2 : aGATGAC-CTC-G-G-GGCACTTAATT-AT---CAG---AA---TAATCCATGCATC-GTGA--T-ATG--TACAGCAGGAG--TATATAT--G--CT-TTAGGGG-T----CAGAA-CGTCAA---CTG-T--TT---TAAG------TATATTTCAACAG--TT---------------------T-T-G-----G-C-AGACCT---G-GGACACTTGTCT-AACAT---GAC--ACC-CA-----ATGCACCTGGAC--ATA---AGCAGC--A--AGA----A---T-----------A-----T-AT-AT--GGTAT------AT--A--A----TAAGATATAT----T---AT-ATGGCA-ACT----AC-TGTG-----GGTC-A-------TTTGCTGATTATAA----AAGTGT--TA------T-ATAT----G--------------GTA----------TAT----TC-AA-AGACAAACAC----T-TGA-GTGCTCGT----AT------C-A-----CC-GTCC-TAT--GA---CTTC-TAG--TTA---CCT-TTC-Tcaaagttgttttgact
gi|20 : gtggcagggggggggggggtaaAAATATTAT-GTGATT--AGGATG-C-CTC---------TTT------T---CAG---GG---TATTCAGTGCATT-TTGA--T-A---------CAAGTA--TGCAGAT--T--GT-C-AAGGC-T----CAGAA-TATCAA---CTGGT--TT---TAGA------TCTATTTCAAAGA--AAA-TG----AAATG---GGGTAT-T-G-----A-G-TGACCtttattgaagttcaagattggaaaactgaaaaagaatgt
gi|21 : ---AT-ATGGTA-TCT----AT-TGTA-----GCTT-C-------TCTGCTAGTTATAT----AAGTACATGAAGAGTTT-A-ATTAAGA--------------TTA----------TATCTAATT-AA-AGGAAAACGC----T-TGC----C-GAT----AC------T-T-----CT-GTCT-TAA--GACAGCATC-CAG--TTA---
gi|22 : G---AA---TATT-AATAC--C-T-------ATA--TGCAGCAAGAA--TATGTAT--A--GC-TTAATGG-T----CATCG-CCTCAA---TTG-TGTTT---TCAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA---TTGT-T-T-G-----GAA-TGACCC--atttacttgt
gi|23 : tgacaatgccacTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----A----------------------------------------GTA----------TAT----TT-AA-GAGCAAAAAA----T-TGC-ATGCGGAT----TT------T-A-----CT-GTCT-TTT--GACAGCATC-TAGTTTTAACTTGT-TTC-T
gi|24 : ttAA------TGT-TTTTACCAT--TTC-TGGTTTAAACA---GGTT-T-T-G-----G-A-TGACCC--CA-GTGCACTTTCCA-TACAA---AAT--ACT-CT-----GTGCATCTTTAC--ATAAGCTGCAAG--A--A------A---T-----------A-----aactcaaa
gi|26 : cACAG---AAT--ACT-CC-----ATGCGTCTTGAC--ATA---AGCAGCTAA--A------A---T-----------AT----GCGT-AT--A-T-TGA----GTGAA--G----TG------------T---AT-tat
gi|26 : --------------GTG----------TAT----TT-AA-AGGCAA--------------------GT----AT------TCA-----CT-GTCG-TAT--AACAGCATC-ttaaaggcaagtattcactgtcgtataacagcatc
gi|27 : acagaatactccatgcgtcttgacataagcagctaaaatatgcgtatattgagtgaa------------T---AT-ATAATA-ACT----GT-TGTG-----GTTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGT-----A------C-A-AT---GGAGA-----------GTG----------TAT----TT-AA-AGGCAAACACTTAAT-TGT-GTATGGGT----GT------T-A-----CT-GTC
gi|28 : A--TACATGT--G--GT-TTTGGGG-T----CATGA-CCTCGG---CCG-T--TT---TGAATACATGTATATTTCAACAATTTTG-TG----AAAGA---GGGT-T-
gi|29 : aatGCT-TGGGATGGC-CCT-T-GTA-CACTTGCTC-AA---CAA---AA---TGCTCCATGCATT-TTGA--C-A----TGCAGCAAGAA--TA-ATAT--
gi|3 : AAAATT-T-GTGGTTATAAGGTGAC-CC--A-G-G-CACCTGCCTTAT---CAG---AA---TACCGATTGCATCATTGA--CCATG--GGTAGAAGAAA--TATATAT--G--GT-TAAGGGG-T----CAAGAACCTTAC---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTGTTG----AAATG---GGGT-TCT-C-----G-G-TGACCC--CCTGGGCACATGGAC-AACAT---AATTAACT-CAT----TTGCTCTTTGAC---TA---TGCA-C--A--A------A---T-----------A-----G-CT-AT--G-T-C------AC--A--G----TG------------T---ATGGTGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTTCC-------TTTAC-AATTACA-----AAGCAC--GA------C-A-A-----G--------------GTA----------TAT----TT-AACAGGCAAACAT----TGTGCGGTGCGGGT----AT------T-T-----CTGGTCTCTAG--GTGAGCATTATAG--ATA---TATATTCTTCATA-----ACA---TTTATTTGTTAAacatgt
gi|30 : gTTTCAATAG--CTA-TA----AAATA---GGGT-T-T-GTGCACG-A-TGACCT--TA-GGCCATTTGCTC-AACAGAATAAT--AGT-CA-----GTGCac
gi|31 : A------C-A-AA---GGAGA-----------GTA----------TAC----C--AA-AGCCACACAC----C-CGC-GTGTGTGA----AT------T-A-----CC-GTCT-CAT--GACAGCATC-
gi|4 : gtTGAAAAAATTAT-GTGGTTATAAGGTGAC-CCC-A-G-G-CACCTGCTT-AT---CAG---AA---TACCCGTTGCATC-TTGA--C-ATG--GGTAGAAGGAA--TATATAT--G--GT-TAAGGGG-T----CAGAA-CCTTAC---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTG-TG----AAATG---GGGT-TCT-C-----G-G-TGACCC--CT-GGGCACATGGAC-AACAT---AAT--ACT-CA-----TTGCATCTTGAC--ATA---TGCATC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-C------AC--A--G----TG------------T---AT-GTGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTACAAGTTACAC----AAGCAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAT----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-T-----CT-GTCT-CATAGGTGAGCATT-TAG--ATA---TAT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTTGTTAACTC
gi|5 : A-TCTCAA---CCA-T--T-----AAC------GGTATCTCTACAA--TAA-------AAATGTTGGGGA-T-T-GA----G-A-TGACCC--CG-TGTCACTTATCC-ATTAG---AGT--ACT-CT-----ATGCAGCTTGAttct
gi|5 : ataAAAAATGTT-GGGGAT-TGAGATGAC-CCC-G-T-GTCACTTATCC-AT---TAG---AG---TACTCTATGCAGC-TTGA--T---------------------TA-AG--G--GT----GGGG-TGGAGCGAAA-CCTCAAGTATTG-T--TT---TCAA------TTCATATCAACAA--TTA-TG----AAATG---GG---------------A-TGACCC--CA---------------ACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCAGCAAGA---ATA---TGTATG--A--T------A---T-----------A-----G-GT-A------------------A--G----T-------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-AATG-----GCTT-C-------TGTGCGAGTTACAC----AGGTTC--G-----------AT---GG--------------AGA----------TGT----TG-A------------------TGT-GTGCGAGT----TT------T-A-----CT-G--T-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---ttaagggtggggtggagcgaaacctcaagtattgttttcaattcatatcaacaattatgaaatgggatgaccccaacagaatactcaatgcagcaagaatatgtatgatataggtaagttatatggtaactacaatggcttctgtgcgagttacacaggttcgatggagatgttgatgtgtgcgagttttactgttatgacagcatctagtta
gi|6 : ataatctcaaccattaacggtatctctacaatTAGGGA-T----CAAGA-CCTCCA---TTG-T--TT---TA----------TAT------------G-TG----AAATG---GGGT-C-T-G-----G-AATGACCA--AA-GGACACTTGCCA-AACAT---AAT--ATTACATGTAAATGCATCCTGAC--ATA---TGCAGC--AAGA------A---TATAGTGGTATAA-----G-AT-AT--G-T-T------AC--A--T----TG------------T---A-----ATA-ACT----ACATGTATTATTGCTT-C-------TTTGTTAGTTACACTTGTAAGTAC--G-----------AT---GGAAAGTACAT-----GTA----------TAT----TC-AA-AGGCAAACG-----------------------AT------T-G-----CT-GTAT-TAT--GACATTATC-TAG--CT----TAT-T---TCAT------ACC--TGCTATTCTTTAATTC
gi|7 : -G-G-G-CACTTGCTT-AT---CAG---AA---TACACAATGCACC-TTGA--T-AAG--TGCAGCAGGCA--TATA---------------------------GA-----------TG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACCG--TTA-TG----AAATA---GGGT-T-TTG-----G-A-TGACTC--CA-GTGCACTTGCCC-AGCAT---AAT--TCT-CA-----GTGTATCTTGAC--ACA---TGCAGC--A--A------AAT-T-----------A-----T-AT-AT--G-A-T------AT--AAGG----TA------------TGTGAT-GTGGTA-ACT----AC-AGTG-----TCTT-C-------TTTGCTGGTTACGC----AAATA----A------A-A-AC--------------------TA----------TTT----TT-AA-Aaaa
gi|8 : tgaacactgaaaaaatgatT-TGAGATGAC-CCCAG-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---GAAACTACTCAATGCAT--TTGA--T-G-G--TGCAGCAGGGAAGTATACAT--G--GTATCAGGTT-T----AAGGG-----------TG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAC--TCA-TG----AAATA---GGGT-T-T-G-----GTA-TGACCCTGCA-GGGTATTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGTGTCTTGACATATA---TGCAGC--AAGA------A---T-----------T-----T-AT-AT--A-G-T------AT--A--G----AG------------C---AT-ATaagatgctgtagagtt
gi|8 : atggcag---GA--------------GCA----------TAT----TT-AA-AGGAAAA---------TGC-ATGCGAAT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GGCAGCAttaaaggaaaatgcatgcgaatattactgtcttatggcagca
gi|9 : atggcagttgagatgaccccagggcacttgcccatcaggaaactactcaatgcatttgatggtgcagcagggaagtatacatggtatcaggtttaagggtgttttaaatatatttcaacactcatgaaatagggtttggtatgaccctgcagggtatttgcccaacagaatactcaatgtgtcttgacatatatgcagcaagaatttatatagtataCGACGA--TTA-TG----AAAGA---AGGT-T-T-G-----G-GGTAATCC--CA-GG-------TCT-AACTG---AAT--ACC-CA-----ATGCATCTTGAT--ATA---TGCAGG--AGGA------A---T-----------T-----T-AT-AT--G-G-T------AT--AAGG----TATGT---------T---AT-ATGGTA-A-T----AC-TGTA-----GCTT-C-------TTTCTTGGTTAGAC----AAGTAC--GA------TGG-AT---AGACTTGCTAGTACATGTA----------TAT----TC-AA-AGGCAAACCC----C-TGC-ATTCGGGT----ATACCAGAT-ATATATCT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--GAA---TGT-TTTGTAATA-----TCATGTTTTATT
blockSeqs : GA A AT A A TGA T A G CTT GAT GAT AAC CA TACATGAAT A AG T TTG A TA G GGAG T A AGTA G GT ACA TACATG TT T GTTT TTG A C GTGCAC A A TG T G T AAT TA A TGTAA AT AGC TA AGAATATAGTGGTATAAGATATGTTACATTG GTG G T TATA A TTATT C . TTGT ACGATGGATAGACTTGCTAGTACAT AATTTAATTT CTAA T C CTTAAT G ATTA ACCAGA C TATAT G C AG A TT ACT G A T A TGT T
blockSeqs : GG T AT A . CAG . A C AC . . . C CCATGG A . T GTG . TA . . G . G . GT . . . . . . . C AG T A . . A . . . . T . . . AGAATATATATGGTATATAATAAGATATAT T . . . . . . . . ACATGAAGAGTTTAATTAAGA . . . . CTTAAT . . . . . . . . . . . T . G A T T
blockSeqs : TA . T A . CAG . G T AC . . . C AATGT A . C A . TT . . T . T . . . . . . . . . . GC . A . . A . . . . . . . . AGAATATATATGGTATGCGCTATAAT . . . . . . . . . ACGATGGAAAGTACAT . . . . TTG . . . . . . . . . . . C . . A T T
blockSeqs : TA . T G . TG . T A CA . . . A CATGT A . C A . TT . . T . G . . . . . . . . . . AA . G . . G . . . . . . . . AAAAATAGATATTGTATAGGGTATG . . . . . . . . . ATGCCAGCCA . . . . CT . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : GT . T A . AG . . A CA . . . C TATGT A . T G . TA . . G . G . . . . . . . . . . GC . . . . G . . . . . . . . AGAGTATATATGGTATAGGTTATGT . . . . . . . . . ACGACGTAGA . . . . CA . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : T . T G . CG . . G TT . . . T CATGG A . T G . TA . . G . G . . . . . . . . . . GA . . . . A . . . . . . . . GGAATTTATATGGTATAAGGTATGT . . . . . . . . . ACGACATTTA . . . . CT . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . T A . TT . . G TC . . . C TAAGT T . G T . TA . . G . A . . . . . . . . . . TG . . . . A . . . . . . . . AATATGCGTATATTGAGTGAAGTG . . . . . . . . . ACAATGGAGA . . . . CT . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . A . CA . . G TT . . . T ATAT A . T A . TT . . T . A . . . . . . . . . . G . . . . G . . . . . . . . AAATTATATATGATATAAGGTA . . . . . . . . . GTTATATATG . . . . CT . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . A . CG . . A CC . . . C TGGT A . T G . AA . . T . A . . . . . . . . . . G . . . . G . . . . . . . . AGAATTTATATAGTATAGAG . . . . . . . . . ACAATGGAGA . . . . AT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . C . . G TT . . . C ATG A . T G . AA . . A . G . . . . . . . . . . G . . . . C . . . . . . . . AATAGCTATGTCACAGTG . . . . . . . . . ACGACAATGG . . . . CC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . G CC . . . C CAT A . T G . TA . . G . C . . . . . . . . . . G . . . . G . . . . . . . . AATAGGTATGTCACAGTG . . . . . . . . . ACGACAAG . . . . TT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TA C . T G . CA . . A . C . . . . . . . . . . G . . . . T . . . . . . . . AGAGCTGTGTATACATG . . . . . . . . . TCGATGG . . . . CC . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T G . C G . T . . A . A . . . . . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . TATAGGTAAGT . . . . . . . . . AAAAAC . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . G . A . . . . . . . . . . C . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : T* G**** TA ******* A*****
originalCons : TGAAAAAATGAT-GTGGTT-TGGGATGAC-CCC-G-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---AA---TACTCAATGCATC-TTGA--C-ATG--TGCAGCAGGAA--TATATAT--G--GT-TTAGGGG-T----CAGGA-CCTCAG---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA---GGGT-T-T-G-----G-A-TGACCC--CA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAC--ATA---TGCAGC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT--A--G----TG------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGTAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---TGT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTCGTTAACTC
finalCons : TGAAAAAATGAT-GTGGTTT-GGGATGAC-CCC-G-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---AA---TACTCAATGCATC-TTGA--C-ATG--TGCAGCAGGAA--TATATATG----GT-TTAGGGG-T----CAGGA-CCTCAG---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA---GGGT-T-T-G-----G-A-TGACCC--CA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAC--ATA---TGCAGC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT--A--G----TG------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGTAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---TGT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTCGTTAACTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ACTTTGGTGTGTGAGTGTGTGTTGGGGGGGGGGGGGGTCACTAAAAAGCGAAACTTAATAACATCCAACAGATATTATCAATGTTATGCAGGTGCATGTGC
Alignments
lowQualScore : 11 1 1111111111 1111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5555555555555555555555555555555555555 1111111 1 222222 111
lowQualScore : 33 8 66 1 3 7777 3 5 1 444 555 555 444 44 5555555555 1 33 3 77777 2 44 2 5555 2 2 8888 2 66 333 666666 22 1 4444 333 1 3 1111111 4 8 22 2 1 2 333 22 2 77777 33 444 0 33 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666 2 2 5555 2 66666 2 8888888 5555 7777777777777777777777777777777777777 9999999999 4444 2 2 3333333 2 5555 666666 2 55555 2 2 33 2 55 666 6 4 5 000000 111 3
lowQualScore : .. . .. . . .... . . . ... ... ... ... .. .......... . .. . ..... . .. . .... . . .... . .. ... ...... .. . .... ... . . ....... . . .. . . . ... .. . ..... .. ... . .. ............................................................................. ... . . .... . ..... . ....... .... ..................................... .......... .... . . ....... . .... ...... . ..... . . .. . .. ... . . . ...... ... .
lowQualScore : 00 9 11 7 3 7777 1 4 4 555 444 000 777 88 7777777777 1 22 7 55555 5 88 4 0000 4 4 1111 2 11 777 111111 66 9 0000 333 9 8 5555555 0 0 99 2 4 1 555 99 1 44444 44 444 4 44 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 2 5 7777 7 22222 5 1111111 3333 8888888888888888888888888888888888888 2222222222 5555 2 2 0000000 4 0000 888888 4 99999 5 7 77 9 00 444 4 4 0 888888 888 2
consensus : TGAAAAAATGAT-GTGGTT-TGGGATGAC-CCC-G-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---AA---TACTCAATGCATC-TTGA--C-ATG--TGCAGCAGGAA--TATATAT--G--GT-TTAGGGG-T----CAGGA-CCTCAG---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA---GGGT-T-T-G-----G-A-TGACCC--CA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAC--ATA---TGCAGC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT--A--G----TG------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGTAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---TGT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTCGTTAACTC
Reference ( family-3098 ) : TGAAAAAATGAT-GTGGTT-TGGGATGAC-CCC-G-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---AA---TACTCAATGCATC-TTGA--C-ATG--TGCAGCAGGAA--TATATAT--G--GT-TTAGGGG-T----CAGGA-CCTCAG---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA---GGGT-T-T-G-----G-A-TGACCC--CA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAC--ATA---TGCAGC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT--A--G----TG------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGTAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---TGT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTCGTTAACTC
gi|1 : AAAAAATGAT-ATGGTT--AGGATG-C-CGC-G-G-GACACTTGCCC-AT---GAG---AA---CACTTATTTCATC-TTGA--T-ATG--TGCGCCA-------ATATAT------T-TT--GGA-T----CAGGA-CCGCAA---TTA-T--TT---AAGA------TATATTGCAACAC--TTA-TA----AAATA---GGGG-T-T-G-----G-A-TTACTC--CC-GGGCACTTGCAC-AACAG---AAT--ACT-CA-----TTGCATTTTGAC--AAA---TATAGC--A--AGAACATA---C-----------A-----C-GTAAT--A-T-TCAATGCAT--A--C----TGTAAGGGATATGCT---AT-ATAGCA-ATT----AT-TGTG-----ACTT-CAATGGTATTT-TTAATTCCAC----AAATAT--G-----------AT---GGAAA-----------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAATCAC----T-TAC-GTGCGGGT----AT------T-A-----AT-TTCA-TAT--GAGAGCTTC-TAG--TTA---T-T-TTCACCATAATTTTATA--TTTTATTCG--AACT
gi|10 : AAATGATAGAGGTT-TGGG-TGAC-CCT-GAG-G-CACTTGCAC-ATGATCAG---AA---TATTCAGTGCATC-TTGA--A-ATG--TGCAACAGGAA--TTTGTTT--A--GT-TT-TGGG-T----CATCA-CCTCAG---TTG-T--TT---TAGA------TATTTTTCAACAA--TTT-TG----AAATA---TCGT-T-TAG-----G-A-TAACCC--CA-GGGCACTTCCAC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATACATt
gi|10 : AT-ATCGTT-TAGGATAAC-CCCAG-G-G-CACTTCCAC-AA---CAG---AA---TACTCAATACAT----------ATG---GTATCAAG----TATAT--------T-TTAAAGG-T----atggtatcaagtatattttaaaggtaatcacttgcgtgcgggtatta
gi|10 : aaatgatagaggtttgggtgaccctgaggcacttgcacatgatcagaatattcagtgcatcttgaaatgtgcaacaggaatttgtttagttttgggtcatcacctcagttgttttagatatttttcaacaattttgaa--------------GTA----------TAT----TTTAA-AGGTAATCAC----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-A-----aatcacttgcgtgcgggtatta
gi|11 : aaatgatagaggtttgggtgaccctgaggcacttgcacatgatcagaatattcagtgcatcttgaaatgtgcaacaggaatttgtttagttttgggtcatcacctcagttgttttagatatttttcaacaattttgaaatatcgtttaggataaccccagggcacttccacaacagaatactcaatacatatggtatcaaC-AACAG---AAT--ATT-TA-----ATGCATCTGGAT--ATA---TGCAGA--A--A------AAAAT-----------A-----G-AT-AT--T-G-T------AT--A--GGGTATG------------TT--AT-ACGGTATACCTATAAC-TGTG-----GCTT-C-------CTTGTTAGTTACAC----AAGTAT--GC------C-A-GC---CA--------------GTAAATTTAATTTTAT----TT-AA-A-GCAAACAC----A-TGC-GTGCGGGCATTAAT------T-A-----CT-GTCG-TAT--GTCAACATA-TAG--TTG---TGT-TT
gi|12 : ---TACTCAATGCATC-GTGATAC-ATGAATGCAGAAGGAA--TATA-AT--A--GT-TTAAGGA-T----CAGAA-ACTCAT---TTG-T--TTACATATA------TGTATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA---GGTT-T-T-GC----G-A-TGACCC--CA-GAACACTTGCCCTAACAG---AAT--ACT-CA-----GTGCATCTTGAC--ATA---TTCATC--A--A------gattgtttaacattcttgtttctgttttttactt
gi|13 : ttgaaccattaaaatatgataggggttgaaattaatcgtat-GTGGTT----GATGACACTT-G-G-GACACTTTCCA-AT---CAAGATAA---TACTCAATGCATA-AATA--C-ATG--TGCAGCAGAAA--TATACATTTG--GT-TTTGGGG-T----CATGA-CCTCGG---CTG-T--TT---TGAA------TATAgag
gi|13 : ttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtaggggggggggggGAA--TATACAT--GTGGT-TTTGGGG-T----CATGA-CCTCGG---CCG-T--TT---catgtggttttggggtcatgacctcggccgttt
gi|14 : ttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtagggggggggggggtggttgatgacacttgggacactttccaatcaagataatactcaatgcataaatacatgtgcagcagaaatatacatttggttttggggtcatgacctcggctgttttAAAAATGGTTGTGGTT--GGAATGGT-CCA-G-G-GATACTTAACA-AT---TAA---AA---TACT---------------------------ACAGGAA--CATATCT--G--AT-TTAGGGGGT----CAGGG-CCTCAG---TTG-TGTTT---TAAA------TATATTTCAAAAA--TTA-TG----AAATA---AAAT-T-TAA-----G-A-TGACCT--CA-AGACACTTGCCA-AACAA---AA
gi|15 : tgaacaatccTTCAAGAA--TTG-TG----AAGTA---AGAT-T-T-G-----G-AACGACCT--AA-GGGCACTTGCCC-AACAG---AAC--ACT-CA-----CTGCAACTTGAC--ATA---TTCATC--AAGA------A---T-----------ATATATG-GT-ATGCG-C-T------AT--A--A----T-------------T---AT-ATGACA-ACT----CT-TGTG-----GCTT-C-------TTTTCTTGTTATTC----AAGAAC--GA------C-G-TA---GA--------------ATA----------TAT----
gi|16 : ---TAAG------TGTATTTCAACAA--TCA-TT----GAATA---GGGC-T-T-GC----G-A-AGACCC--CA-TGGCACATGCCT-AACAG---TGC--AAT-CA-----AATTATTTTGAC--ATA---TGCAGC--A--AGAGTATA---T-----------AT----G-GT-ATAGG-T-T------AT-----G----T-------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-TGTA-----GCTT-C-------TTCGATAGTTACAC----AAG
gi|17 : -----------A-----G-GT-AT--G-T-T------AT-----------------------------T--TGATA-ACT----AC-TGTG-----GCAT-C-------TTTGCGGGTTACAT----AAATAC--GA------C-A-TT---TA--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGGAAACAC----T-TGC-GTG----T----AA------T-A-----TT-G-----AT--------ATC-TAG--TTA---TTT-TTT-TTA
gi|18 : atcG-T--TT---TAGA------TATATTTAAAGAA--TTA-TG----AGATA---GTGT-T-T-G-----G-AATGACCC--CG-CGACACTTCTCC-ATCAG---AAT--ACT-CA-----ATGCATCTTGAT--ATA---TGCAGC--A--A------G---------------A-----G-CT-GT--G---T------AT--AC-A----TG------------T---AC-ATGTTA-agtctgaatacatgcatagaacacagtaaaggactgc
gi|19 : -GT-AT--G-T-A------AC--A--T----T-------------T---AT-ATAATA-ACT----GT-TGTG-----GTTT-C-------TTTGCTAGTTATAC----AAGT-----A------C-A-AT---GGAGA-----------GTG----------TGT----TT-AA-AGGCAAACACTTAAT-TGT-GTATGGGT----GT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GACAACATC-TAtatagggcatgttttctggaactgt
gi|2 : aGATGAC-CTC-G-G-GGCACTTAATT-AT---CAG---AA---TAATCCATGCATC-GTGA--T-ATG--TACAGCAGGAG--TATATAT--G--CT-TTAGGGG-T----CAGAA-CGTCAA---CTG-T--TT---TAAG------TATATTTCAACAG--TT---------------------T-T-G-----G-C-AGACCT---G-GGACACTTGTCT-AACAT---GAC--ACC-CA-----ATGCACCTGGAC--ATA---AGCAGC--A--AGA----A---T-----------A-----T-AT-AT--GGTAT------AT--A--A----TAAGATATAT----T---AT-ATGGCA-ACT----AC-TGTG-----GGTC-A-------TTTGCTGATTATAA----AAGTGT--TA------T-ATAT----G--------------GTA----------TAT----TC-AA-AGACAAACAC----T-TGA-GTGCTCGT----AT------C-A-----CC-GTCC-TAT--GA---CTTC-TAG--TTA---CCT-TTC-Tcaaagttgttttgact
gi|20 : gtggcagggggggggggggtaaAAATATTAT-GTGATT--AGGATG-C-CTC---------TTT------T---CAG---GG---TATTCAGTGCATT-TTGA--T-A---------CAAGTA--TGCAGAT--T--GT-C-AAGGC-T----CAGAA-TATCAA---CTGGT--TT---TAGA------TCTATTTCAAAGA--AAA-TG----AAATG---GGGTAT-T-G-----A-G-TGACCtttattgaagttcaagattggaaaactgaaaaagaatgt
gi|21 : ---AT-ATGGTA-TCT----AT-TGTA-----GCTT-C-------TCTGCTAGTTATAT----AAGTACATGAAGAGTTT-A-ATTAAGA--------------TTA----------TATCTAATT-AA-AGGAAAACGC----T-TGC----C-GAT----AC------T-T-----CT-GTCT-TAA--GACAGCATC-CAG--TTA---
gi|22 : G---AA---TATT-AATAC--C-T-------ATA--TGCAGCAAGAA--TATGTAT--A--GC-TTAATGG-T----CATCG-CCTCAA---TTG-TGTTT---TCAA------TATATTTCAACAA--TTA-TG----AAATA---TTGT-T-T-G-----GAA-TGACCC--atttacttgt
gi|23 : tgacaatgccacTG-----GCTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----A----------------------------------------GTA----------TAT----TT-AA-GAGCAAAAAA----T-TGC-ATGCGGAT----TT------T-A-----CT-GTCT-TTT--GACAGCATC-TAGTTTTAACTTGT-TTC-T
gi|24 : ttAA------TGT-TTTTACCAT--TTC-TGGTTTAAACA---GGTT-T-T-G-----G-A-TGACCC--CA-GTGCACTTTCCA-TACAA---AAT--ACT-CT-----GTGCATCTTTAC--ATAAGCTGCAAG--A--A------A---T-----------A-----aactcaaa
gi|26 : cACAG---AAT--ACT-CC-----ATGCGTCTTGAC--ATA---AGCAGCTAA--A------A---T-----------AT----GCGT-AT--A-T-TGA----GTGAA--G----TG------------T---AT-tat
gi|26 : --------------GTG----------TAT----TT-AA-AGGCAA--------------------GT----AT------TCA-----CT-GTCG-TAT--AACAGCATC-ttaaaggcaagtattcactgtcgtataacagcatc
gi|27 : acagaatactccatgcgtcttgacataagcagctaaaatatgcgtatattgagtgaa------------T---AT-ATAATA-ACT----GT-TGTG-----GTTT-C-------TTTGCTAGTTACAC----AAGT-----A------C-A-AT---GGAGA-----------GTG----------TAT----TT-AA-AGGCAAACACTTAAT-TGT-GTATGGGT----GT------T-A-----CT-GTC
gi|28 : A--TACATGT--G--GT-TTTGGGG-T----CATGA-CCTCGG---CCG-T--TT---TGAATACATGTATATTTCAACAATTTTG-TG----AAAGA---GGGT-T-
gi|29 : aatGCT-TGGGATGGC-CCT-T-GTA-CACTTGCTC-AA---CAA---AA---TGCTCCATGCATT-TTGA--C-A----TGCAGCAAGAA--TA-ATAT--
gi|3 : AAAATT-T-GTGGTTATAAGGTGAC-CC--A-G-G-CACCTGCCTTAT---CAG---AA---TACCGATTGCATCATTGA--CCATG--GGTAGAAGAAA--TATATAT--G--GT-TAAGGGG-T----CAAGAACCTTAC---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTGTTG----AAATG---GGGT-TCT-C-----G-G-TGACCC--CCTGGGCACATGGAC-AACAT---AATTAACT-CAT----TTGCTCTTTGAC---TA---TGCA-C--A--A------A---T-----------A-----G-CT-AT--G-T-C------AC--A--G----TG------------T---ATGGTGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTTCC-------TTTAC-AATTACA-----AAGCAC--GA------C-A-A-----G--------------GTA----------TAT----TT-AACAGGCAAACAT----TGTGCGGTGCGGGT----AT------T-T-----CTGGTCTCTAG--GTGAGCATTATAG--ATA---TATATTCTTCATA-----ACA---TTTATTTGTTAAacatgt
gi|30 : gTTTCAATAG--CTA-TA----AAATA---GGGT-T-T-GTGCACG-A-TGACCT--TA-GGCCATTTGCTC-AACAGAATAAT--AGT-CA-----GTGCac
gi|31 : A------C-A-AA---GGAGA-----------GTA----------TAC----C--AA-AGCCACACAC----C-CGC-GTGTGTGA----AT------T-A-----CC-GTCT-CAT--GACAGCATC-
gi|4 : gtTGAAAAAATTAT-GTGGTTATAAGGTGAC-CCC-A-G-G-CACCTGCTT-AT---CAG---AA---TACCCGTTGCATC-TTGA--C-ATG--GGTAGAAGGAA--TATATAT--G--GT-TAAGGGG-T----CAGAA-CCTTAC---CTG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAA--TTG-TG----AAATG---GGGT-TCT-C-----G-G-TGACCC--CT-GGGCACATGGAC-AACAT---AAT--ACT-CA-----TTGCATCTTGAC--ATA---TGCATC--A--A------A---T-----------A-----G-GT-AT--G-T-C------AC--A--G----TG------------T---AT-GTGGTA-ACT----AC-TGTG-----GCTT-C-------TTTACAAGTTACAC----AAGCAC--GA------C-A-AT---GG--------------GTA----------TAT----TT-AA-AGGCAAACAT----T-TGC-GTGCGGGT----AT------T-T-----CT-GTCT-CATAGGTGAGCATT-TAG--ATA---TAT-TTC-TCATA-----ACA--TTTTATTTGTTAACTC
gi|5 : A-TCTCAA---CCA-T--T-----AAC------GGTATCTCTACAA--TAA-------AAATGTTGGGGA-T-T-GA----G-A-TGACCC--CG-TGTCACTTATCC-ATTAG---AGT--ACT-CT-----ATGCAGCTTGAttct
gi|5 : ataAAAAATGTT-GGGGAT-TGAGATGAC-CCC-G-T-GTCACTTATCC-AT---TAG---AG---TACTCTATGCAGC-TTGA--T---------------------TA-AG--G--GT----GGGG-TGGAGCGAAA-CCTCAAGTATTG-T--TT---TCAA------TTCATATCAACAA--TTA-TG----AAATG---GG---------------A-TGACCC--CA---------------ACAG---AAT--ACT-CA-----ATGCAGCAAGA---ATA---TGTATG--A--T------A---T-----------A-----G-GT-A------------------A--G----T-------------T---AT-ATGGTA-ACT----AC-AATG-----GCTT-C-------TGTGCGAGTTACAC----AGGTTC--G-----------AT---GG--------------AGA----------TGT----TG-A------------------TGT-GTGCGAGT----TT------T-A-----CT-G--T-TAT--GACAGCATC-TAG--TTA---ttaagggtggggtggagcgaaacctcaagtattgttttcaattcatatcaacaattatgaaatgggatgaccccaacagaatactcaatgcagcaagaatatgtatgatataggtaagttatatggtaactacaatggcttctgtgcgagttacacaggttcgatggagatgttgatgtgtgcgagttttactgttatgacagcatctagtta
gi|6 : ataatctcaaccattaacggtatctctacaatTAGGGA-T----CAAGA-CCTCCA---TTG-T--TT---TA----------TAT------------G-TG----AAATG---GGGT-C-T-G-----G-AATGACCA--AA-GGACACTTGCCA-AACAT---AAT--ATTACATGTAAATGCATCCTGAC--ATA---TGCAGC--AAGA------A---TATAGTGGTATAA-----G-AT-AT--G-T-T------AC--A--T----TG------------T---A-----ATA-ACT----ACATGTATTATTGCTT-C-------TTTGTTAGTTACACTTGTAAGTAC--G-----------AT---GGAAAGTACAT-----GTA----------TAT----TC-AA-AGGCAAACG-----------------------AT------T-G-----CT-GTAT-TAT--GACATTATC-TAG--CT----TAT-T---TCAT------ACC--TGCTATTCTTTAATTC
gi|7 : -G-G-G-CACTTGCTT-AT---CAG---AA---TACACAATGCACC-TTGA--T-AAG--TGCAGCAGGCA--TATA---------------------------GA-----------TG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACCG--TTA-TG----AAATA---GGGT-T-TTG-----G-A-TGACTC--CA-GTGCACTTGCCC-AGCAT---AAT--TCT-CA-----GTGTATCTTGAC--ACA---TGCAGC--A--A------AAT-T-----------A-----T-AT-AT--G-A-T------AT--AAGG----TA------------TGTGAT-GTGGTA-ACT----AC-AGTG-----TCTT-C-------TTTGCTGGTTACGC----AAATA----A------A-A-AC--------------------TA----------TTT----TT-AA-Aaaa
gi|8 : tgaacactgaaaaaatgatT-TGAGATGAC-CCCAG-G-G-CACTTGCCC-AT---CAG---GAAACTACTCAATGCAT--TTGA--T-G-G--TGCAGCAGGGAAGTATACAT--G--GTATCAGGTT-T----AAGGG-----------TG-T--TT---TAAA------TATATTTCAACAC--TCA-TG----AAATA---GGGT-T-T-G-----GTA-TGACCCTGCA-GGGTATTTGCCC-AACAG---AAT--ACT-CA-----ATGTGTCTTGACATATA---TGCAGC--AAGA------A---T-----------T-----T-AT-AT--A-G-T------AT--A--G----AG------------C---AT-ATaagatgctgtagagtt
gi|8 : atggcag---GA--------------GCA----------TAT----TT-AA-AGGAAAA---------TGC-ATGCGAAT----AT------T-A-----CT-GTCT-TAT--GGCAGCAttaaaggaaaatgcatgcgaatattactgtcttatggcagca
gi|9 : atggcagttgagatgaccccagggcacttgcccatcaggaaactactcaatgcatttgatggtgcagcagggaagtatacatggtatcaggtttaagggtgttttaaatatatttcaacactcatgaaatagggtttggtatgaccctgcagggtatttgcccaacagaatactcaatgtgtcttgacatatatgcagcaagaatttatatagtataCGACGA--TTA-TG----AAAGA---AGGT-T-T-G-----G-GGTAATCC--CA-GG-------TCT-AACTG---AAT--ACC-CA-----ATGCATCTTGAT--ATA---TGCAGG--AGGA------A---T-----------T-----T-AT-AT--G-G-T------AT--AAGG----TATGT---------T---AT-ATGGTA-A-T----AC-TGTA-----GCTT-C-------TTTCTTGGTTAGAC----AAGTAC--GA------TGG-AT---AGACTTGCTAGTACATGTA----------TAT----TC-AA-AGGCAAACCC----C-TGC-ATTCGGGT----ATACCAGAT-ATATATCT-GTCT-TAT--GACAGCATC-TAG--GAA---TGT-TTTGTAATA-----TCATGTTTTATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ACTTTGGTGTGTGAGTGTGTGTTGGGGGGGGGGGGGGTCACTAAAAAGCGAAACTTAATAACATCCAACAGATATTATCAATGTTATGCAGGTGCATGTGC