lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 111111 11 2222222222222222222222222222 22222222222222222 2222 11 11111 111111 11111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 11111 1111 111 55555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 3 4 3 333 3 1 888888 555 5555 88 1 44 3 7777777777777777777777777777 6 3 33 7777 3 3 3 3 44 55555555555555555 44 4 5 5 3 5 888 77 5 4444 33 3 22222 444444 66 66 4 5 66 77777 0 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 99 66666 3 44444 6 3 5555 3 333 3 88888888888888888888888888888888888 0 3
lowQualScore : . . . ... . . ...... ... .... .. . .. . ............................ . . .. .... . . . . .. ................. .. . . . . . ... .. . .... .. . ..... ...... .. .. . . .. ..... . . .............................................................................. . .. ..... . ..... . . .... . ... . ................................... . .
lowQualScore : 4 0 3 555 3 2 333333 444 5555 22 2 66 3 7777777777777777777777777777 7 3 88 1111 3 3 3 3 66 99999999999999999 66 4 4 0 5 0 888 99 7 3333 66 4 55555 444444 99 99 1 0 99 00000 7 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 22 77777 2 55555 7 2 0000 5 222 2 88888888888888888888888888888888888 2 2
consensus : AGATACAGATANTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCCT-AAGGGC-ATAGTATC-AGACAT---GTA---TATAAGCAT--TGCAA-T------TAAG-T-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG-CAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACATA--TAG--------------T--CATAAATA--TACAAATA-TTATTAGTAATATTATT-TTCATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTCAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------GAT--TT--GTTCCGCCTC-GTA--CCAAG--AGTTGACGTT-CAAGAATATTCATA--------CTTT-GT-AATCACAC-------------------AAGAA-------GAAA-AA---AAA--ATTACA--AAG-GATT--GA-----AAACCTTC-AC-ATGT-ATATAAAA-G-AATTNTATTA-GTCACAGTAC----AA------G-TTTAT----------AAAT--TTGGAAACAGATGA
Reference ( gi|5 ) : AGATACAGATATTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCCG-AAGGGC-ATAGTATC-AGACAT---GTA---TATAAGTAT--TGCAA-T------TGAG-T-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG-CAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACATA--TAG--------------T--CATAAATA--TACAAATA-TTATTAGTAACATTATT-TTTATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTCAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------GAT--TT--GTTCCACCTC-GTA--CCAAG--AGTTGACGTT-CAAGAATATTCATA--------CTTT-GT-AATCACAC-------------------AAGGA-------GAAA-AA---AAA--ATTGCA--AAG-GATT--GA-----AAACCTTC-AC-ATGT-ATATAAAA-G-AATTATATTA-GTCACAATAC----AA------G-TTTAT----------AAAT--TTGGAAACAGATGA
gi|8 : AGATACAGATATTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCCT-AAGGGC-ATAGTATC-AGACAT---GTA---TATAAGTAT--TGCAA-T------TAAG-T-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG-CAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACGTATCTAG--------------T--CATAAATA--TACAAATA-TGATTAGTAATATTTTT-TTCATG-TATA---CATAGACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTCACTGTAAAAAGGTAT-----ATT------GAT--TT--GTTCCGCCTC-GTA--CCAAG--AGTTG
gi|3 : tacAGATACAGATATTT-TATTGCCAAATAATGGG-TCCCT-AAGGGC-GTAGTATT-AGACAT---GAA---TAC--GCAT--TGCGA-T------TAAG-T-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG--AACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACACA--TAG--------------C--TATAAAAA--TACAAATA-TTAGTAGTAATATTATT-TTCATG-TA---------CACCTTTCA--T-TCAT----GAACAATTCAT--TAAAGAGGTAT-----ATATGTATCGGTAGTT--GTTC-GCCTC-GTA--CCAAA--AGTTGACGTT-CAACATTATTCATA--------CTTTTGTGAATCACAC-------------------AAG----------AAA-AA---AAA--ATTACA--AAG-CATT--G-------------------TGT-ATATAAAATG-CATTTCATCA-CCCACAGCAC----AA------A-GTTAC----------AA-----TGTGAACATAT
gi|1 : AGATACAGATAATT-TTTTGCCAAATAATGGG-CCCCT-AAGGGCAATAATATCAAGACATGGGGGA----ATAAGTATTGTGCAA-TAAAAAAAGAGATGA--------------C-ATACATAATTGATCAGCCACCCAAAGAGGGATACCA-GGGAACGCATGCAGAG-GAGAACGTA--TAG--------------TC-CACTAATA--TACAAATACTTATAAGTAATATTATT-TTCATG--ATA---CATACACCTTTTA--TATCATCCAATCGCAATTCACT-TAAAAA--TATCATGAATA------GAT--TTCGGTTCCGCCTCAGTAACCCCAGCAAGTTGA-GTT-CAAGAATATTCATAGACACTGCCTTT-GT-AAACACACTTACTCTGCAGGTGCATAAAATGAACGCAAGGAGA-AA---AAAACATACCAGTAAG-GATTTCGAAATACAAACCTTCAACAATGTAAAATAAA----AATACTATTACGTTCCAGTGCTCATAAAGGTTTG-TTTATTATTTGATGGAAATCATTGGAAACAGATGtctaagattgcaggtatattttttatctaccagtttcaatgattaatttatgcatga
gi|9 : tacAGGTATAGATAATT-TATTGCCAG-TAATGGG-CCTCT-AGGGGT-GTA-TAT----ATAT---GTATTGTATGAACAT--TGCAA-T------TAAG-C-A--------------CAA-ACTTAGTTGTTCAC-CAACTAAA----GGTACCC-GGTGACA-ATGCATTGTA-GGACATA--CGG--------------T--CATAAATA--tagaggatttctcggatgttttcattattcatcaaccatataatttgtccgcaatctaggtagttattcgttga
gi|6 : cAGATTCAGATAGTT-TATTGCCAAATATTGGGGTCCCT-AATGGC-ATA---------CA------------------------AA-T------T---------------------C-A-ACATAATTAATCAG-CAACTAAT----GATACTA-AAGAAGG-GTGCAAAG-G-GAACATA--CAGNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN---NNNACACCTTTCA--T-TCATGAAATAGTAATTCAT-----AGAG--AT-----ATA------GAT--TT--GTTCCGCCGC-ATA--ACAA--------ACGC-----GAATA-------------------AT-AATAAAAA-------------------AAAAA-------CAAACAA---AAA--A--ACA--AA--CCCT--GA-----AAACCTT--AT-ATGT-ATACAAAA-gtatcactatatctaaagaagtacatatatgttccgccacgtatcgaaagttggggtttaagactgatcataccgtgtaa
gi|15 : tacAGATACAGATAGTT-TATTGGCAGATTGTGGG-CCCCT-AGGGGC-ATA-TA-C-ACA-AT---GTA---CAagtaa
gi|2 : tatatatTACAGATATTT-TATT-CCAAATAATGG---CCCT-AAGGCC-ATAGTATC-A-ACAT---TAA---TATAAGTAT--TGCAA-T------TAAG-T-A--------------CCA-ACATAATTGATCAG-CAAC-AAA----GATACCATAGGACCG-A-GCATAT-G-GAACATA--TAG--------------TAATATAAATAATTACAAATA-TTATTAATAATATTATTATTCATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAAT-CAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------AGT--TT--GTTCCGCCTC-GTA--CCAAG--AGTTGACGTTTCAAGAATATTGATA--------CTTTTGT-AATCACAC-------------------AAGGA-------GAAA-AATTT------TTACA--AAGCGAAT--GA-----AAACCTTC-AC-A-GT-ATATCAAA-GAAATTATATTA-GTCACAATAC----AA------G-TTTAT----------AAAT--TTGAAAACAGATGAatgattaactgtgatat
gi|12 : gatTACAGCTAGTTGTTTTGTCAAATAATAGA-CCCT------------------AGACAT---TT----TATA-------TCCAA-T-------AAT-T-A--------------C-A-ACATAACTCATCAG-CAACCAAA----GACACCA-AGGAACG-ATGCATGG-G-GAACATA--AAG-----------------CATTTTTA--TTCAAATA-ggagggattctcgggtttcagttattcattaaccatataaattgtccaatctagtagtcgctg
gi|7 : ACAGATATTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCCCTAAGGGC-ATAGTACC-AGACAT---GTA---TACAAGTAT--TGCAA-T------TAAG-T-A--------------C-A-ACATAATTTATCAG-AAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAT-G-GAACATA--TAG--------------T--CATAAATA--TACAAATA-TTATTAGTAATATTATT-TTCATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTTAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------GAT--TT--GTTCCGCCTC--------------GTTGACGTT-CAAGAATATTCAT
gi|4 : ACAGATATTT--ATTGCCAA-TA-TGGG-CCCT--AAGGCC-ATAGTATT-AGACAT---GTA---TA--AGCAT---GCGA-T------TAAA--------------------A-ACATAATTGATCA--CAACTAA-----GAAACCA-AGGGACG-ATGC-TAG-G-GAA-ATA--TAG--------------T--CATAAATA--TACAAATA-TTATTAGTAATATTA-T-TTTAGGTTATACGTCATTCATCTTTCATTT-TCAT----TCGCAATTCAT--TAAAGAGATAT-----ATG------GA---TT--GTTCCGC--C-GTA--CCA----AGTTGACGTT-CAAGAATATTCATA--------CT---------------------------------AGGAA-------GAAA-A-----------TAC---AAG-GATT--GA-----A---CCTC-AC-ATGT-ATAT-AAA-G-AATTATACTA-G-CAC-ATAC----CA------GTTTTAT-----------AAT--TTGGAA--AGATGAcc
gi|10 : cagATAATGGT-CCT---AGGGGC-A----A---AGACTT---GTA---CA--ACCAT--TGCAAAT------CAAG-T-A--------------C-T-ACATCATTGATGAG-CAACTAAA----GGTACCA-TTGGATG-ATGTATAG-G-GAATCTA--TAG--------------T--AATAAATA--Tggatctgggtttttccattgtcattcattacattaaatatatacatgaa
gi|11 : TAATGGT-CCT---AGGGGC-A----A---AGACTT---GTA---CA--ACCAT--TGCAA-A------C-AG-T-A--------------C-T-ACATCATTGATGAG-CAACTAAA----GGTACCA-TTGGATG-ATT--TAG-G-GAATCTA--TAG--------------T--AATAAATA--Tgacttgatcctcttagtctattatatacaattgtacat
gi|13 : TC-AGACAT---GTA---TA--AGTAT--TGCGA-T------TAAG-T-ATGTAGTACTACTTAC-A-ACATAATTGATCA--------------------------------GCATAG-G-GAACATA--TAG--------------C--TATAAATA--TACAAACA-GTATTAGTAATATTATT-TTCATG-TATA---CATgatttctgtatcctcttagtctatatatatgtacaattgtca
gi|14 : AAAAAGATAT-----AAA------GAT--TT--GTTCCACCTC-GTA--CCTTA--AGTTGGGGTT-CAAGAATATTCATA--------CATC-GT-AATCA-AC-------------------CAAAA-------GAAT-AA-------------A--AAG-GATT--GA-----AAACCTCA-AT-GTGT-ATATAA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTACATTCACTTACCGAATCAGACCTTTGTATACTTAAAGTGTTTAATTTTATAATTAAGTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111 11 1111111111111111111111111 22222222222222222 2222 11 11111 111111 1111 2222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555 11111 11 222222222222 3333333333 11
lowQualScore : 4 3 55 3 3 22222222 666666 55 1 44 3 3 9999999999999999999999999 6 3 3 6666 3 3 3 3 44 33333333333333333 44 3 3 3 4 4 777 66 5 1111 00 0 00000 111111 55 55 4 55 1111 1 4 2222222222222 5 4 77777777777777777777777777777777777777777777777 5 77 5 77 44444 1 00 5 5 1 999 1 8 3 6 666666666666 0 5555555555 8 0 11 0
lowQualScore : . . .. . . ........ ...... .. . .. . . ......................... . . . .... . . . . .. ................. .. . . . . . ... .. . .... .. . ..... ...... .. .. . .. .... . . ............. . . ............................................... . .. . .. ..... . .. . . . ... . . . . ............ . .......... . . .. .
lowQualScore : 5 6 88 1 1 22222222 666666 44 2 22 1 1 9999999999999999999999999 2 1 1 5555 1 1 1 1 22 22222222222222222 22 3 6 6 0 0 000 99 0 2222 66 7 00000 555555 55 55 0 55 2222 1 4 4444444444444 0 3 66666666666666666666666666666666666666666666666 7 99 7 99 33333 4 00 7 7 4 777 0 0 8 4 888888888888 8 0000000000 0 8 00 8
consensus : AGATACAGATANTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCC-TAAGGGC-ATAGTATC-AGACATGTA---T--ATAAGCAT--TGCAA-TTA-A-------GT-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG-CAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACATA--TAG--------------T--CATAAATA--T-AC-AAATA-TTATTAGTAATATTATT-TTCATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTCAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------GAT--TT--GTTCCGCCTC-GTA--CCAAG--AGTTGACGTT-CAAGAATATTCATA--------CTTT-GT-AATCACAC-----------------AA---GAA------GAAA-AAAAAA---T-TA-CA--AAG-GATT--GA-----AAACCTTC-AC-ATGT-ATATAAAA-G-AATTATATTA-GTCACAGTAC----AA------GTTTAT----------A-AAT--TTGGAAACAGATGA
Reference ( family-3097 ) : AGATACAGATANTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCC-TAAGGGC-ATAGTATC-AGACATGTA---T--ATAAGCAT--TGCAA-TTA-A-------GT-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG-CAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACATA--TAG--------------T--CATAAATA--T-AC-AAATA-TTATTAGTAATATTATT-TTCATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTCAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------GAT--TT--GTTCCGCCTC-GTA--CCAAG--AGTTGACGTT-CAAGAATATTCATA--------CTTT-GT-AATCACAC-----------------AA---GAA------GAAA-AAAAAA---T-TA-CA--AAG-GATT--GA-----AAACCTTC-AC-ATGT-ATATAAAA-G-AATTNTATTA-GTCACAGTAC----AA------GTTTAT----------A-AAT--TTGGAAACAGATGA
gi|1 : AGATACAGATAATT-TTTTGCCAAATAATGGG-CCCC-TAAGGGCAATAATATCAAGACATGGG---GGAATAAGTATTGTGCAA-TAA-AAAAAGAGATGA--------------C-ATACATAATTGATCAGCCACCCAAAGAGGGATACCA-GGGAACGCATGCAGAG-GAGAACGTA--TAG--------------TC-CACTAATA--T-AC-AAATACTTATAAGTAATATTATT-TTCATG--ATA---CATACACCTTTTA--TATCATCCAATCGCAATTCACT-TAAAAA--TATCATGAATA------GAT--TTCGGTTCCGCCTCAGTAACCCCAGCAAGTTGA-GTT-CAAGAATATTCATAGACACTGCCTTT-GT-AAACACACTTACTCTGCAGGTGCATAAAATGAACGCAAGGAGA-AAAAAA---CATACCAGTAAG-GATTTCGAAATACAAACCTTCAACAATGTAAAATAAA----AATACTATTACGTTCCAGTGCTCATAAAGGTTTGTTTATTATTTGATGGA-AATCATTGGAAACAGATG
gi|10 : tacATAATGG---TCC-TAGGGGC-A----A---AGACTTGTA---C--A--ACCAT--TGCAAATCA-A-------GT-A--------------C-T-ACATCATTGATGAG-CAACTAAA----GGTACCA-TTGGATG-ATGTATAG-G-GAATCTA--TAG--------------T--AATAAATA--TGACTTGATC-CTCTTAGT-CTATTATA-TACAAT-TGTA---CATtagaggatttctcggatgttttcattattcatcaaccatataatttgtccgcaatctaggtagttattcgttga
gi|11 : TAATGG---TCC-TAGGGGC-A----A---AGACTTGTA---C--A--ACCAT--TGCAA---ACA-------GT-A--------------C-T-ACATCATTGATGAG-CAACTAAA----GGTACCA-TTGGATG-ATT--TAG-G-GAATCTA--TAG--------------T--AATAAATA--T-
gi|12 : TACAGCTAGTTGTTTTGTCAAATAATAGA-CCCT------------------AGACATTT----T--ATA-------TCCAA-T-A-A-------TT-A--------------C-A-ACATAACTCATCAG-CAACCAAA----GACACCA-AGGAACG-ATGCATGG-G-GAACATA--AAG-----------------CATTTTTA--T-TC-AAATA-gatttctgtatcctcttagtctatatatatgtacaattgtca
gi|13 : TC-AGACATGTA---T--A--AGTAT--TGCGA-TTA-A-------GT-ATGTAGTACTACTTAC-A-ACATAATTGATCAG-CA-------------------------------TAG-G-GAACATA--TAG--------------C--TATAAATA--T-AC-AAACA-GTATTAGTAATATTATT-TTCATG-TATA---CAT
gi|14 : AAAAAGATAT-----AAA------GAT--TT--GTTCCACCTC-GTA--CCTTA--AGTTGGGGTT-CAAGAATATTCATA--------CATC-GT-AATCA-AC-----------------CA---AAA------GAA-------------TA-AA--AAG-GATT--GA-----AAACCTCA-AT-GTGT-ATATAA
gi|15 : cataaAGATACAGATAGTT-TATTGGCAGATTGTGGG-CCCC-TAGGGGC-ATA-TA-C-ACA-ATGTA---C--Ata
gi|2 : tatatatTACAGATATTT-TATT-CCAAATAATGG---CCC-TAAGGCC-ATAGTATC-A-ACATTAA---T--ATAAGTAT--TGCAA-TTA-A-------GT-A--------------CCA-ACATAATTGATCAG-CAAC-AAA----GATACCATAGGACCG-A-GCATAT-G-GAACATA--TAG--------------TAATATAAATAATT-AC-AAATA-TTATTAATAATATTATTATTCATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAAT-CAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------AGT--TT--GTTCCGCCTC-GTA--CCAAG--AGTTGACGTTTCAAGAATATTGATA--------CTTTTGT-AATCACAC-----------------AA---GGA------G-----AAAAATTTT-TA-CA--AAGCGAAT--GA-----AAACCTTC-AC-A-GT-ATATCAAA-GAAATTATATTA-GTCACAATAC----AA------GTTTAT----------A-AAT--TTGAAAACAGATGAatgattaactgtgatat
gi|3 : gatAGATACAGATATTT-TATTGCCAAATAATGGG-TCCC-TAAGGGC-GTAGTATT-AGACATGAA---T--AC--GCAT--TGCGA-TTA-A-------GT-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG--AACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACACA--TAG--------------C--TATAAAAA--T-AC-AAATA-TTAGTAGTAATATTATT-TTCATG-TA---------CACCTTTCA--T-TCAT----GAACAATTCAT--TAAAGAGGTAT-----ATATGTATCGGTAGTT--GTTC-GCCTC-GTA--CCAAA--AGTTGACGTT-CAACATTATTCATA--------CTTTTGTGAATCACAC-----------------AA---GAA---------A-AAAAAA---T-TA-CA--AAG-CATT--G-------------------TGT-ATATAAAATG-CATTTCATCA-CCCACAGCAC----AA------AGTTAC----------A-A-----TGTGAACATATggagggattctcgggtttcagttattcattaaccatataaattgtccaatctagtagtcgctg
gi|4 : ACAGATA-TT-TATTGCCAA-TA-TGGG-CCC--TAAGGCC-ATAGTATT-AGACATGTA---T--A--AGCAT---GCGA-TTA-A-------A-------------------A-ACATAATTGATCA--CAACTAA-----GAAACCA-AGGGACG-ATGC-TAG-G-GAA-ATA--TAG--------------T--CATAAATA--T-AC-AAATA-TTATTAGTAATATTATT-TT-AGGTTATACGTCATTCATCTTTCATTT-TCAT----TCGCAATTCAT--TAAAGAGATAT-----ATG------GA---TT--GTTCCGC--C-GTA--CCA----AGTTGACGTT-CAAGAATATTCATA--------CT-------------------------------AG---GAA------GAAA-A----------TA-C---AAG-GATT--GA-----A---CCTC-AC-ATGT-ATAT-AAA-G-AATTATACTA-G-CACA-TAC----CA------GTTT-T----------ATAAT--TTGGAA--AGATGAtctaagattgcaggtatattttttatctaccagtttcaatgattaatttatgcatga
gi|5 : cagAGATACAGATATTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCC-GAAGGGC-ATAGTATC-AGACATGTA---T--ATAAGTAT--TGCAA-TTG-A-------GT-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG-CAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACATA--TAG--------------T--CATAAATA--T-AC-AAATA-TTATTAGTAACATTATT-TTTATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTCAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------GAT--TT--GTTCCACCTC-GTA--CCAAG--AGTTGACGTT-CAAGAATATTCATA--------CTTT-GT-AATCACAC-----------------AA---GGA------GAAA-AAAAAA---T-TG-CA--AAG-GATT--GA-----AAACCTTC-AC-ATGT-ATATAAAA-G-AATTATATTA-GTCACAATAC----AA------GTTTAT----------A-AAT--TTGGAAACAGATGAggatctgggtttttccattgtcattcattacattaaatatatacatgaa
gi|6 : AGATTCAGATAGTT-TATTGCCAAATATTGGGGTCCC-TAATGGC-AT---------ACA-----------------------AA-TT----------------------------C-A-ACATAATTAATCAG-CAACTAAT----GATACTA-AAGAAGG-GTGCAAAG-G-GAACATA--CAGNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN--N-NN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN---NNNACACCTTTCA--T-TCATGAAATAGTAATTCAT-----AGAG--AT-----ATA------GAT--TT--GTTCCGCCGC-ATA--ACAA--------ACGC-----GAATA-------------------AT-AATAAAAA-----------------AA---AAA------CAAACAAAAAA------A-CA--AA--CCCT--GA-----AAACCTT--AT-ATGT-ATACAAAA-
gi|7 : tacACAGATATTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCCCTAAGGGC-ATAGTACC-AGACATGTA---T--ACAAGTAT--TGCAA-TTA-A-------GT-A--------------C-A-ACATAATTTATCAG-AAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAT-G-GAACATA--TAG--------------T--CATAAATA--T-AC-AAATA-TTATTAGTAATATTATT-TTCATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTTAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------GAT--TT--GTTCCGCCTC--------------GTTGACGTT-CAAGAATATTCATagtaa
gi|8 : AGATACAGATATTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCC-TAAGGGC-ATAGTATC-AGACATGTA---T--ATAAGTAT--TGCAA-TTA-A-------GT-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG-CAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACGTATCTAG--------------T--CATAAATA--T-AC-AAATA-TGATTAGTAATATTTTT-TTCATG-TATA---CATAGACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTCACTGTAAAAAGGTAT-----ATT------GAT--TT--GTTCCGCCTC-GTA--CCAAG--AGTTGcc
gi|9 : tacAGGTATAGATAATT-TATTGCCAG-TAATGGG-CCTC-TAGGGGT-GTA-TAT----ATATGTATTGT--ATGAACAT--TGCAA-TTA-A-------GC-A--------------CAA-ACTTAGTTGTTCAC-CAACTAAA----GGTACCC-GGTGACA-ATGCATTGTA-GGACATA--CGG--------------T--CATAAATA--
gi|9 : cC--TAAAGAAGTAC-----ATA------TAT------GTTCCGCCAC-GTA--TCGAA--AGTTGGGGTT-TAAGACTGATCATA--------CCGT-GT-AAgtatcactatatctaaagaagtacatatatgttccgccacgtatcgaaagttggggtttaagactgatcataccgtgtaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTACATTCACTTACCGAATCAGACCTTTGTATACTTAAAGTGTTTAATTTTATAATTAAGTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111 11 1111111111111111111111111 22222222222222222 2222 11 11111 111111 1111 2222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555 11111 11 222222222222 3333333333 11
lowQualScore : 4 3 55 3 3 22222222 666666 55 1 44 3 3 9999999999999999999999999 6 3 3 6666 3 3 3 3 44 33333333333333333 44 3 3 3 4 4 777 66 5 1111 00 0 00000 111111 55 55 4 55 1111 1 4 2222222222222 5 4 77777777777777777777777777777777777777777777777 5 77 5 77 44444 1 00 5 5 1 999 1 8 3 6 666666666666 0 5555555555 8 0 11 0
lowQualScore : . . .. . . ........ ...... .. . .. . . ......................... . . . .... . . . . .. ................. .. . . . . . ... .. . .... .. . ..... ...... .. .. . .. .... . . ............. . . ............................................... . .. . .. ..... . .. . . . ... . . . . ............ . .......... . . .. .
lowQualScore : 5 6 88 1 1 22222222 666666 44 2 22 1 1 9999999999999999999999999 2 1 1 5555 1 1 1 1 22 22222222222222222 22 3 6 6 0 0 000 99 0 2222 66 7 00000 555555 55 55 0 55 2222 1 4 4444444444444 0 3 66666666666666666666666666666666666666666666666 7 99 7 99 33333 4 00 7 7 4 777 0 0 8 4 888888888888 8 0000000000 0 8 00 8
consensus : AGATACAGATANTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCC-TAAGGGC-ATAGTATC-AGACATGTA---T--ATAAGCAT--TGCAA-TTA-A-------GT-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG-CAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACATA--TAG--------------T--CATAAATA--T-AC-AAATA-TTATTAGTAATATTATT-TTCATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTCAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------GAT--TT--GTTCCGCCTC-GTA--CCAAG--AGTTGACGTT-CAAGAATATTCATA--------CTTT-GT-AATCACAC-----------------AA---GAA------GAAA-AAAAAA---T-TA-CA--AAG-GATT--GA-----AAACCTTC-AC-ATGT-ATATAAAA-G-AATTATATTA-GTCACAGTAC----AA------GTTTAT----------A-AAT--TTGGAAACAGATGA
Reference ( family-3097 ) : AGATACAGATANTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCC-TAAGGGC-ATAGTATC-AGACATGTA---T--ATAAGCAT--TGCAA-TTA-A-------GT-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG-CAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACATA--TAG--------------T--CATAAATA--T-AC-AAATA-TTATTAGTAATATTATT-TTCATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTCAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------GAT--TT--GTTCCGCCTC-GTA--CCAAG--AGTTGACGTT-CAAGAATATTCATA--------CTTT-GT-AATCACAC-----------------AA---GAA------GAAA-AAAAAA---T-TA-CA--AAG-GATT--GA-----AAACCTTC-AC-ATGT-ATATAAAA-G-AATTATATTA-GTCACAGTAC----AA------GTTTAT----------A-AAT--TTGGAAACAGATGA
gi|1 : AGATACAGATAATT-TTTTGCCAAATAATGGG-CCCC-TAAGGGCAATAATATCAAGACATGGG---GGAATAAGTATTGTGCAA-TAA-AAAAAGAGATGA--------------C-ATACATAATTGATCAGCCACCCAAAGAGGGATACCA-GGGAACGCATGCAGAG-GAGAACGTA--TAG--------------TC-CACTAATA--T-AC-AAATACTTATAAGTAATATTATT-TTCATG--ATA---CATACACCTTTTA--TATCATCCAATCGCAATTCACT-TAAAAA--TATCATGAATA------GAT--TTCGGTTCCGCCTCAGTAACCCCAGCAAGTTGA-GTT-CAAGAATATTCATAGACACTGCCTTT-GT-AAACACACTTACTCTGCAGGTGCATAAAATGAACGCAAGGAGA-AAAAAA---CATACCAGTAAG-GATTTCGAAATACAAACCTTCAACAATGTAAAATAAA----AATACTATTACGTTCCAGTGCTCATAAAGGTTTGTTTATTATTTGATGGA-AATCATTGGAAACAGATG
gi|10 : tacATAATGG---TCC-TAGGGGC-A----A---AGACTTGTA---C--A--ACCAT--TGCAAATCA-A-------GT-A--------------C-T-ACATCATTGATGAG-CAACTAAA----GGTACCA-TTGGATG-ATGTATAG-G-GAATCTA--TAG--------------T--AATAAATA--TGACTTGATC-CTCTTAGT-CTATTATA-TACAAT-TGTA---CATtagaggatttctcggatgttttcattattcatcaaccatataatttgtccgcaatctaggtagttattcgttga
gi|11 : TAATGG---TCC-TAGGGGC-A----A---AGACTTGTA---C--A--ACCAT--TGCAA---ACA-------GT-A--------------C-T-ACATCATTGATGAG-CAACTAAA----GGTACCA-TTGGATG-ATT--TAG-G-GAATCTA--TAG--------------T--AATAAATA--T-
gi|12 : TACAGCTAGTTGTTTTGTCAAATAATAGA-CCCT------------------AGACATTT----T--ATA-------TCCAA-T-A-A-------TT-A--------------C-A-ACATAACTCATCAG-CAACCAAA----GACACCA-AGGAACG-ATGCATGG-G-GAACATA--AAG-----------------CATTTTTA--T-TC-AAATA-gatttctgtatcctcttagtctatatatatgtacaattgtca
gi|13 : TC-AGACATGTA---T--A--AGTAT--TGCGA-TTA-A-------GT-ATGTAGTACTACTTAC-A-ACATAATTGATCAG-CA-------------------------------TAG-G-GAACATA--TAG--------------C--TATAAATA--T-AC-AAACA-GTATTAGTAATATTATT-TTCATG-TATA---CAT
gi|14 : AAAAAGATAT-----AAA------GAT--TT--GTTCCACCTC-GTA--CCTTA--AGTTGGGGTT-CAAGAATATTCATA--------CATC-GT-AATCA-AC-----------------CA---AAA------GAA-------------TA-AA--AAG-GATT--GA-----AAACCTCA-AT-GTGT-ATATAA
gi|15 : cataaAGATACAGATAGTT-TATTGGCAGATTGTGGG-CCCC-TAGGGGC-ATA-TA-C-ACA-ATGTA---C--Ata
gi|2 : tatatatTACAGATATTT-TATT-CCAAATAATGG---CCC-TAAGGCC-ATAGTATC-A-ACATTAA---T--ATAAGTAT--TGCAA-TTA-A-------GT-A--------------CCA-ACATAATTGATCAG-CAAC-AAA----GATACCATAGGACCG-A-GCATAT-G-GAACATA--TAG--------------TAATATAAATAATT-AC-AAATA-TTATTAATAATATTATTATTCATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAAT-CAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------AGT--TT--GTTCCGCCTC-GTA--CCAAG--AGTTGACGTTTCAAGAATATTGATA--------CTTTTGT-AATCACAC-----------------AA---GGA------G-----AAAAATTTT-TA-CA--AAGCGAAT--GA-----AAACCTTC-AC-A-GT-ATATCAAA-GAAATTATATTA-GTCACAATAC----AA------GTTTAT----------A-AAT--TTGAAAACAGATGAatgattaactgtgatat
gi|3 : gatAGATACAGATATTT-TATTGCCAAATAATGGG-TCCC-TAAGGGC-GTAGTATT-AGACATGAA---T--AC--GCAT--TGCGA-TTA-A-------GT-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG--AACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACACA--TAG--------------C--TATAAAAA--T-AC-AAATA-TTAGTAGTAATATTATT-TTCATG-TA---------CACCTTTCA--T-TCAT----GAACAATTCAT--TAAAGAGGTAT-----ATATGTATCGGTAGTT--GTTC-GCCTC-GTA--CCAAA--AGTTGACGTT-CAACATTATTCATA--------CTTTTGTGAATCACAC-----------------AA---GAA---------A-AAAAAA---T-TA-CA--AAG-CATT--G-------------------TGT-ATATAAAATG-CATTTCATCA-CCCACAGCAC----AA------AGTTAC----------A-A-----TGTGAACATATggagggattctcgggtttcagttattcattaaccatataaattgtccaatctagtagtcgctg
gi|4 : ACAGATA-TT-TATTGCCAA-TA-TGGG-CCC--TAAGGCC-ATAGTATT-AGACATGTA---T--A--AGCAT---GCGA-TTA-A-------A-------------------A-ACATAATTGATCA--CAACTAA-----GAAACCA-AGGGACG-ATGC-TAG-G-GAA-ATA--TAG--------------T--CATAAATA--T-AC-AAATA-TTATTAGTAATATTATT-TT-AGGTTATACGTCATTCATCTTTCATTT-TCAT----TCGCAATTCAT--TAAAGAGATAT-----ATG------GA---TT--GTTCCGC--C-GTA--CCA----AGTTGACGTT-CAAGAATATTCATA--------CT-------------------------------AG---GAA------GAAA-A----------TA-C---AAG-GATT--GA-----A---CCTC-AC-ATGT-ATAT-AAA-G-AATTATACTA-G-CACA-TAC----CA------GTTT-T----------ATAAT--TTGGAA--AGATGAtctaagattgcaggtatattttttatctaccagtttcaatgattaatttatgcatga
gi|5 : cagAGATACAGATATTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCC-GAAGGGC-ATAGTATC-AGACATGTA---T--ATAAGTAT--TGCAA-TTG-A-------GT-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG-CAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACATA--TAG--------------T--CATAAATA--T-AC-AAATA-TTATTAGTAACATTATT-TTTATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTCAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------GAT--TT--GTTCCACCTC-GTA--CCAAG--AGTTGACGTT-CAAGAATATTCATA--------CTTT-GT-AATCACAC-----------------AA---GGA------GAAA-AAAAAA---T-TG-CA--AAG-GATT--GA-----AAACCTTC-AC-ATGT-ATATAAAA-G-AATTATATTA-GTCACAATAC----AA------GTTTAT----------A-AAT--TTGGAAACAGATGAggatctgggtttttccattgtcattcattacattaaatatatacatgaa
gi|6 : AGATTCAGATAGTT-TATTGCCAAATATTGGGGTCCC-TAATGGC-AT---------ACA-----------------------AA-TT----------------------------C-A-ACATAATTAATCAG-CAACTAAT----GATACTA-AAGAAGG-GTGCAAAG-G-GAACATA--CAGNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN--N-NN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN---NNNACACCTTTCA--T-TCATGAAATAGTAATTCAT-----AGAG--AT-----ATA------GAT--TT--GTTCCGCCGC-ATA--ACAA--------ACGC-----GAATA-------------------AT-AATAAAAA-----------------AA---AAA------CAAACAAAAAA------A-CA--AA--CCCT--GA-----AAACCTT--AT-ATGT-ATACAAAA-
gi|7 : tacACAGATATTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCCCTAAGGGC-ATAGTACC-AGACATGTA---T--ACAAGTAT--TGCAA-TTA-A-------GT-A--------------C-A-ACATAATTTATCAG-AAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAT-G-GAACATA--TAG--------------T--CATAAATA--T-AC-AAATA-TTATTAGTAATATTATT-TTCATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTTAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------GAT--TT--GTTCCGCCTC--------------GTTGACGTT-CAAGAATATTCATagtaa
gi|8 : AGATACAGATATTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCC-TAAGGGC-ATAGTATC-AGACATGTA---T--ATAAGTAT--TGCAA-TTA-A-------GT-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG-CAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACGTATCTAG--------------T--CATAAATA--T-AC-AAATA-TGATTAGTAATATTTTT-TTCATG-TATA---CATAGACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTCACTGTAAAAAGGTAT-----ATT------GAT--TT--GTTCCGCCTC-GTA--CCAAG--AGTTGcc
gi|9 : tacAGGTATAGATAATT-TATTGCCAG-TAATGGG-CCTC-TAGGGGT-GTA-TAT----ATATGTATTGT--ATGAACAT--TGCAA-TTA-A-------GC-A--------------CAA-ACTTAGTTGTTCAC-CAACTAAA----GGTACCC-GGTGACA-ATGCATTGTA-GGACATA--CGG--------------T--CATAAATA--
gi|9 : cC--TAAAGAAGTAC-----ATA------TAT------GTTCCGCCAC-GTA--TCGAA--AGTTGGGGTT-TAAGACTGATCATA--------CCGT-GT-AAgtatcactatatctaaagaagtacatatatgttccgccacgtatcgaaagttggggtttaagactgatcataccgtgtaa
blockSeqs : G G GG C . TAGTATC TTGT TA C . A C GTATGTAGTACTACTTA C . . . T . T . TC NNNNNNNNNNNNNNN AT G T . A T CGT TT . GAAA TG . TGTATC AG . . . TA G T CTTTT G C AAGGAGAAAAAAAAAT . . C . . A A . . A GA A . T A AA . T .
blockSeqs : G . A . . TAGTATT C TA C . . . GTA A . . . . . . . . TAA . . . . . . . . . . . . . . . . . AG C . CTTTT . C AAAAACAAACAAAAAA . . . . . A C . . C TG T . C G AA . . .
blockSeqs : T . G . . TAGTATT C TA T . . . GTA . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . AA C . CATC . C AAGGAGAAAAATTTT . . . . . A C . . A G A . T A CA . . .
blockSeqs : T . G . . TAGTATC T CA T . . . TTA . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . AG C . CTTT . A AAGAAAAAAAAAT . . . . . A C . . A G A . . . AA . . .
blockSeqs : T . G . . TAGTACC T TA C . . . GTA . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . AG C . CCGT . . AGGAAGAAAA . . . . . . . . . A
blockSeqs : G . G . . TAGTATC C TG C . . . GTA . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . AA C . CT . . CAAAAGAA . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . G . . TATAC T C T . . . GTA . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A C . . .
blockSeqs : T . G . . TATAT T . T . . . GTA . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : A . G . . A T . T . . . GTA . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A T . C . . . GCA . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . T T . . . . . A . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TAGTATC* T***** ** GTA********************** **** T**************** **** ** ***** ** ** AG** CTT********** AAGAAGAAAAAAT********************************** ** ** ***** C* G** AA********** ********** **
originalCons : AGATACAGATANTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCC-TAAGGGC-ATAGTATC-AGACATGTA---T--ATAAGCAT--TGCAA-TTA-A-------GT-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG-CAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACATA--TAG--------------T--CATAAATA--T-AC-AAATA-TTATTAGTAATATTATT-TTCATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTCAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------GAT--TT--GTTCCGCCTC-GTA--CCAAG--AGTTGACGTT-CAAGAATATTCATA--------CTTT-GT-AATCACAC-----------------AA---GAA------GAAA-AAAAAA---T-TA-CA--AAG-GATT--GA-----AAACCTTC-AC-ATGT-ATATAAAA-G-AATTATATTA-GTCACAGTAC----AA------GTTTAT----------A-AAT--TTGGAAACAGATGA
finalCons : AGATACAGATANTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCC-TAAGGGC-ATAGTATC-AGACATGTAT-----ATAAGCAT--TGCAA-TTA-AGTA----------------------C-A-ACATAATTGATCAG-CAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACATA--TAGT----------------CATAAATA--T-AC-AAATA-TTATTAGTAATATTATT-TTCATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTCAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------GAT--TT--GTTCCGCCTC-GTA--CCAAG--AGTTGACGTT-CAAGAATATTCATACTT----------GT-AATCACACAAGAAGAAAAAAT----------------------------------TA-CA--AAG-GATT--GA-----AAACCTTC-AC-ATGT-ATATAAAAG--AATTATATTA-GTCACAGTACAA----------GTTTAT----------A-AAT--TTGGAAACAGATGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTACATTCACTTACCGAATCAGACCTTTGTATACTTAAAGTGTTTAATTTTATAATTAAGTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111 11 1111111111111111111111111 22222222222222222 2222 11 11111 111111 1111 33333333333333333 111 22222 1 1 1
lowQualScore : 4 3 55 3 3 22222222 666666 55 1 44 3 3 9999999999999999999999999 6 3 3 6666 3 3 3 3 44 33333333333333333 44 3 3 3 4 4 777 66 5 1111 00 0 00000 111111 55 55 4 55 1111 1 4 99999999999999999 5 1 4 1 111 22222 6 3 6 3 8 0 7 0 3 0 3 0 3
lowQualScore : . . .. . . ........ ...... .. . .. . . ......................... . . . .... . . . . .. ................. .. . . . . . ... .. . .... .. . ..... ...... .. .. . .. .... . . ................. . . . . ... ..... . . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 5 6 88 1 1 22222222 666666 44 2 22 1 1 9999999999999999999999999 2 1 1 5555 1 1 1 1 22 22222222222222222 22 3 6 6 0 0 000 99 0 2222 66 7 00000 555555 55 55 0 55 2222 1 4 00000000000000000 0 9 3 7 777 88888 7 2 7 2 0 0 0 5 2 0 2 2 2
consensus : AGATACAGATANTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCC-TAAGGGC-ATAGTATC-AGACATGTA---T--ATAAGCAT--TGCAA-TTA-A-------GT-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG-CAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACATA--TAG--------------T--CATAAATA--T-AC-AAATA-TTATTAGTAATATTATT-TTCATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTCAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------GAT--TT--GTTCCGCCTC-GTA--CCAAG--AGTTGACG-TTCAAGAATATTCATA---------C--T-T--GT-AATCACACAAGAAG---AAAAA--ATTACAAAG-GATTGAAAACCTTCACATGTATATAAAA-G-AATTATATTAGTCACAATACAAGTTTATA-AATTTGGAAACAGATGA
Reference ( family-3097 ) : AGATACAGATANTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCC-TAAGGGC-ATAGTATC-AGACATGTA---T--ATAAGCAT--TGCAA-TTA-A-------GT-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG-CAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACATA--TAG--------------T--CATAAATA--T-AC-AAATA-TTATTAGTAATATTATT-TTCATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTCAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------GAT--TT--GTTCCGCCTC-GTA--CCAAG--AGTTGACG-TTCAAGAATATTCATA---------C--T-T--GT-AATCACACAAGAAG---AAAAA--ATTACAAAG-GATTGAAAACCTTCACATGTATATAAAA-G-AATTATATTAGTCACAGTACAAGTTTATA-AATTTGGAAACAGATGA
gi|1 : AGATACAGATAATT-TTTTGCCAAATAATGGG-CCCC-TAAGGGCAATAATATCAAGACATGGG---GGAATAAGTATTGTGCAA-TAA-AAAAAGAGATGA--------------C-ATACATAATTGATCAGCCACCCAAAGAGGGATACCA-GGGAACGCATGCAGAG-GAGAACGTA--TAG--------------TC-CACTAATA--T-AC-AAATACTTATAAGTAATATTATT-TTCATG--ATA---CATACACCTTTTA--TATCATCCAATCGCAATTCACT-TAAAAA--TATCATGAATA------GAT--TTCGGTTCCGCCTCAGTAACCCCAGCAAGTTGA-G-TTCAAGAATATTCATAGACACTGCCT--T-T--GT-AAACACAC
gi|10 : tacATAATGG---TCC-TAGGGGC-A----A---AGACTTGTA---C--A--ACCAT--TGCAAATCA-A-------GT-A--------------C-T-ACATCATTGATGAG-CAACTAAA----GGTACCA-TTGGATG-ATGTATAG-G-GAATCTA--TAG--------------T--AATAAATA--TGACTTGATC-CTCTTAGT-CTATTATA-TACAAT-TGTA---CATttactctgcaggtgcataaaatgaacgcaaggagaaaaaaacataccagtaaggatttcgaaatacaaaccttcaacaatgtaaaataaaaatactattacgttccagtgctcataaaggtttgtttattatttgatggaaatcattggaaacagatgtagaggatttctcggatgttttcattattcatcaaccatataatttgtccgcaatctaggtagttattcgttga
gi|11 : TAATGG---TCC-TAGGGGC-A----A---AGACTTGTA---C--A--ACCAT--TGCAA---ACA-------GT-A--------------C-T-ACATCATTGATGAG-CAACTAAA----GGTACCA-TTGGATG-ATT--TAG-G-GAATCTA--TAG--------------T--AATAAATA--T-
gi|12 : TACAGCTAGTTGTTTTGTCAAATAATAGA-CCCT------------------AGACATTT----T--ATA-------TCCAA-T-A-A-------TT-A--------------C-A-ACATAACTCATCAG-CAACCAAA----GACACCA-AGGAACG-ATGCATGG-G-GAACATA--AAG-----------------CATTTTTA--T-TC-AAATA-gatttctgtatcctcttagtctatatatatgtacaattgtca
gi|13 : TC-AGACATGTA---T--A--AGTAT--TGCGA-TTA-A-------GT-ATGTAGTACTACTTAC-A-ACATAATTGATCAG-CA-------------------------------TAG-G-GAACATA--TAG--------------C--TATAAATA--T-AC-AAACA-GTATTAGTAATATTATT-TTCATG-TATA---CAT
gi|14 : AAAAAGATAT-----AAA------GAT--TT--GTTCCACCTC-GTA--CCTTA--AGTTGGGG-TTCAAGAATATTCATA---------CA-T-C--GT-AATCA-ACCAAAAG---AA-------TAAAAAG-GATTGAAAACCTCAATGTGTATATAA
gi|15 : cataaAGATACAGATAGTT-TATTGGCAGATTGTGGG-CCCC-TAGGGGC-ATA-TA-C-ACA-ATGTA---C--Ata
gi|2 : tatatatTACAGATATTT-TATT-CCAAATAATGG---CCC-TAAGGCC-ATAGTATC-A-ACATTAA---T--ATAAGTAT--TGCAA-TTA-A-------GT-A--------------CCA-ACATAATTGATCAG-CAAC-AAA----GATACCATAGGACCG-A-GCATAT-G-GAACATA--TAG--------------TAATATAAATAATT-AC-AAATA-TTATTAATAATATTATTATTCATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAAT-CAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------AGT--TT--GTTCCGCCTC-GTA--CCAAG--AGTTGACGTTTCAAGAATATTGATA---------CTTT-T--GT-AATCACACAAGGAG---AAAAATTTTTACAAAGCGAATGAAAACCTTCACA-GTATATCAAA-GAAATTATATTAGTCACAATACAAGTTTATA-AATTTGAAAACAGATGAatgattaactgtgatat
gi|3 : gatAGATACAGATATTT-TATTGCCAAATAATGGG-TCCC-TAAGGGC-GTAGTATT-AGACATGAA---T--AC--GCAT--TGCGA-TTA-A-------GT-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG--AACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACACA--TAG--------------C--TATAAAAA--T-AC-AAATA-TTAGTAGTAATATTATT-TTCATG-TA---------CACCTTTCA--T-TCAT----GAACAATTCAT--TAAAGAGGTAT-----ATATGTATCGGTAGTT--GTTC-GCCTC-GTA--CCAAA--AGTTGACG-TTCAACATTATTCATA---------C--T-TTTGTGAATCACACAAGAAA---AAAAA--ATTACAAAG-CATTG------------TGTATATAAAATG-CATTTCATCACCCACAGCACAAAGTTACA-A---TGTGAACATATggagggattctcgggtttcagttattcattaaccatataaattgtccaatctagtagtcgctg
gi|4 : ACAGATA-TT-TATTGCCAA-TA-TGGG-CCC--TAAGGCC-ATAGTATT-AGACATGTA---T--A--AGCAT---GCGA-TTA-A-------A-------------------A-ACATAATTGATCA--CAACTAA-----GAAACCA-AGGGACG-ATGC-TAG-G-GAA-ATA--TAG--------------T--CATAAATA--T-AC-AAATA-TTATTAGTAATATTATT-TT-AGGTTATACGTCATTCATCTTTCATTT-TCAT----TCGCAATTCAT--TAAAGAGATAT-----ATG------GA---TT--GTTCCGC--C-GTA--CCA----AGTTGACG-TTCAAGAATATTCATA---------C--T---------------AGGAAG---AAAA-----TAC-AAG-GATTGAA---CCTCACATGTATAT-AAA-G-AATTATACTAG-CACA-TACCAGTTT-TATAATTTGGAA--AGATGAtctaagattgcaggtatattttttatctaccagtttcaatgattaatttatgcatga
gi|5 : cagAGATACAGATATTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCC-GAAGGGC-ATAGTATC-AGACATGTA---T--ATAAGTAT--TGCAA-TTG-A-------GT-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG-CAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACATA--TAG--------------T--CATAAATA--T-AC-AAATA-TTATTAGTAACATTATT-TTTATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTCAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------GAT--TT--GTTCCACCTC-GTA--CCAAG--AGTTGACG-TTCAAGAATATTCATA---------CT-T-T--GT-AATCACACAAGGAGAAAAAAAA--ATTGCAAAG-GATTGAAAACCTTCACATGTATATAAAA-G-AATTATATTAGTCACAATACAAGTTTATA-AATTTGGAAACAGATGAggatctgggtttttccattgtcattcattacattaaatatatacatgaa
gi|6 : AGATTCAGATAGTT-TATTGCCAAATATTGGGGTCCC-TAATGGC-AT---------ACA-----------------------AA-TT----------------------------C-A-ACATAATTAATCAG-CAACTAAT----GATACTA-AAGAAGG-GTGCAAAG-G-GAACATA--CAGNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN--N-NN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN---NNNACACCTTTCA--T-TCATGAAATAGTAATTCAT-----AGAG--AT-----ATA------GAT--TT--GTTCCGCCGC-ATA--ACAA--------ACG-C----GAATA---ATA---------A--T-A--AA-AAAAAAACA--AAC---AAAAA--A--ACAAA--CCCTGAAAACCTT-ATATGTATACAAAA-
gi|7 : tacACAGATATTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCCCTAAGGGC-ATAGTACC-AGACATGTA---T--ACAAGTAT--TGCAA-TTA-A-------GT-A--------------C-A-ACATAATTTATCAG-AAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAT-G-GAACATA--TAG--------------T--CATAAATA--T-AC-AAATA-TTATTAGTAATATTATT-TTCATG-TATA---CATACACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTTAC--TAAAAAGGTAT-----ATA------GAT--TT--GTTCCGCCTC--------------GTTGACG-TTCAAGAATATTCATagtaa
gi|8 : AGATACAGATATTT-TATTGCCAAATAATGGG-CCCC-TAAGGGC-ATAGTATC-AGACATGTA---T--ATAAGTAT--TGCAA-TTA-A-------GT-A--------------C-A-ACATAATTGATCAG-CAACTAAA----GATACCA-AGGGACG-ATGCATAG-G-GAACGTATCTAG--------------T--CATAAATA--T-AC-AAATA-TGATTAGTAATATTTTT-TTCATG-TATA---CATAGACCTTTCA--T-TCAT----TCGCAATTCACTGTAAAAAGGTAT-----ATT------GAT--TT--GTTCCGCCTC-GTA--CCAAG--AGTTGcc
gi|9 : tacAGGTATAGATAATT-TATTGCCAG-TAATGGG-CCTC-TAGGGGT-GTA-TAT----ATATGTATTGT--ATGAACAT--TGCAA-TTA-A-------GC-A--------------CAA-ACTTAGTTGTTCAC-CAACTAAA----GGTACCC-GGTGACA-ATGCATTGTA-GGACATA--CGG--------------T--CATAAATA--
gi|9 : cC--TAAAGAAGTAC-----ATA------TAT------GTTCCGCCAC-GTA--TCGAA--AGTTGGGG-TTTAAGACTGATCATA---------C--CGT--GT-AAgtatcactatatctaaagaagtacatatatgttccgccacgtatcgaaagttggggtttaagactgatcataccgtgtaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTACATTCACTTACCGAATCAGACCTTTGTATACTTAAAGTGTTTAATTTTATAATTAAGTAA