lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 22222222222222222222 222222222222222222222 111111 3333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111 1111 111 22222 11 22222 22222 1111 11 222222 1111 1 111 7777777777777777 1111 11 11 444444444444 11111 1111 1111 444444444444444444444444444444444 111 2222222222222 111 222 3333333333 222 2222 33333333333333333333333 1111 11 222222222 33333 111 44444444444444444444444444444444444444444444 1 111 1 1 1111 1111 444444444444444444444444444 11111 111111 2 00000000000000000000000000000000000000000 1 11 11 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 11 22222222 11 1 4444444444 1 6666666666666666666666666666 1 2 1 22222222222222222222222222222222222222222222 222 444444 2222222 111 111 111 222222222222 6666666666666666 11 1111 444444444444444 1 2222222 11111111 1 66666666666666666666666 111 1 222222222222222222222 4444444444444444444444444444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 111111 11111111 1 111111 222222222 1111 2222222 33333333333 11111 111 11111 22222222 1 22222 4444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 6 7777 7 3 3 000 88888888888888888888 111111111111111111111 5 5 77 444444 5 66 0000000 5 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5555 7777 8 7777 999 99 11111 88 88 11 8 8 999 8 55555 8 00000 8 0 7777 8 8 8 11 8 88 333333 3333 6 555 7777777777777777 7777 8 11 11 888888888888 99 66666 6 2 7777 6666 6 222222222222222222222222222222222 6 888 6 6 6 3 111 9999999999999 6 6 111 6 99 9999 6 222 1 0000000000 8 5 8 8 222 4444 8 99999999999999999999999 2222 11 8 000000000 0 88 888 5 33 77777 444 00000000000000000000000000000000000000000000 0 777 0 0 88 7777 3333 3 666666666666666666666666666 8 66666 44 999999 2 1 4 8 0 3 00000000000000000000000000000000000000000 3 8 11 00 6 4444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 0 1 11 8 6 3 55 99 7 6 2 777 6 6 99 6 3 99999999 8 88 0 2 2222222222 0 8 3333333333333333333333333333 0 0 0 88888888888888888888888888888888888888888888 111 444444 8 6666666 6 6 6 6 888 6 88888 333 5 000 6 777777777777 0000000000000000 6 1 6 55 6 6 0000 111111111111111 3 6 2222222 6 6 6 77777777 3 11111111111111111111111 6 222 77 0 666666666666666666666 6666666666666666666666666666666 5 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444 77 5 5 55555 55 444444 44444444 5 77 1 4 5 222222 5 77 222222222 2222 77 5 77 4444444 66666666666 5 5 5 22222 000 5 5 22222 9999 66 11111111 4 1 66 66 66 4 00000 4 8 6666666666666666666666666666666666666 4 4 5
lowQualScore : . .... . . . ... .................... ..................... . . .. ...... . .. ....... . ...................................................................................................................... .... .... . .... ... .. ..... .. .. .. . . ... . ..... . ..... . . .... . . . .. . .. ...... .... . ... ................ .... . .. .. ............ .. ..... . . .... .... . ................................. . ... . . . . ... ............. . . ... . .. .... . ... . .......... . . . . ... .... . ....................... .... .. . ......... . .. ... . .. ..... ... ............................................ . ... . . .. .... .... . ........................... . ..... .. ...... . . . . . . ......................................... . . .. .. . .... ............................................................................. . . . .. . . . .. .. . . . ... . . .. . . ........ . .. . . .......... . . ............................ . . . ............................................ ... ...... . ....... . . . . ... . ..... ... . ... . ............ ................ . . . .. . . .... ............... . . ....... . . . ........ . ....................... . ... .. . ..................... ............................... . . .................................................. .. . . ..... .. ...... ........ . .. . . . ...... . .. ......... .... .. . .. ....... ........... . . . ..... ... . . ..... .... .. ........ . . .. .. .. . ..... . . ..................................... . . .
lowQualScore : 5 7777 3 6 6 666 77777777777777777777 999999999999999999999 0 0 22 555555 0 99 9999999 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444 0000 0 0000 000 22 22222 88 88 00 0 0 222 0 00000 0 00000 0 8 0000 0 0 0 00 0 88 000000 6666 0 444 8888888888888888 0000 0 00 00 222222222222 88 77777 7 5 8888 8888 7 777777777777777777777777777777777 7 777 7 7 7 5 777 7777777777777 7 7 777 7 22 3333 7 888 0 0000000000 0 0 0 0 000 0000 0 88888888888888888888888 2222 00 0 000000000 8 88 666 6 88 22222 000 88888888888888888888888888888888888888888888 5 555 0 0 88 0000 0000 2 000000000000000000000000000 0 77777 77 222222 5 4 0 0 4 2 66666666666666666666666666666666666666666 2 0 00 22 7 2222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 8 4 00 0 7 7 88 22 8 7 5 555 7 7 22 7 2 00000000 0 22 0 2 5555555555 0 8 0000000000000000000000000000 0 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000 000 222222 0 0000000 7 7 0 7 333 7 00000 777 7 222 7 000000000000 3333333333333333 7 7 7 88 7 7 0000 777777777777777 3 7 5555555 7 7 7 33333333 3 00000000000000000000000 7 888 99 1 000000000000000000000 6666666666666666666666666666666 7 7 33333333333333333333333333333333333333333333333333 99 7 0 99999 11 444444 33333333 7 99 4 3 7 444444 7 99 999999999 1111 99 7 99 9999999 22222222222 0 0 0 55555 555 0 0 55555 0000 99 44444444 4 2 11 11 11 4 66666 0 0 0000000000000000000000000000000000000 0 0 7
consensus : GGCCAGCATTTTTTT----ATT-TTT-AGG-TTTAC-G-AAC-C-----C--CA---G----AGTT--AT--AA-A-GTCCCG----T-AG-GA-GGAGG----AA-ATAA--AAA-T--TNA-AAAAA------AT------T-TT----TTTTTG--AT-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------T--A--TT---CTGC---CATG----T-AC----AGTAATATTCATTTTCATAT--GCTCT-TTT-G--ATGC-TCT-C-G-AAACAGACTC-CTT--G--CC-AAT-----GGCCA-CACA----AC-A-G-T--TA-CAAA-TA------GG-GT-GCACAAG-ACAN-TTGGACA--TA-------A----AATTG----TT-AAT-CTCA--TCAN---T-GT-C-TGCC-AGTTCT-----TC-ATCCTTTCCACA--ATGGAA--G-CA------------CA-T-C-TGG-ACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATGAA---CAATT--T----T--GA-TAG-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CAT--ATAAATTGTGT-A--ATT--CTC-ACCA-T-ATTGGT--TTATAG-AA-TTG-CA------GAA-A--TT--TCA---GAA-G--TT--T-TC--A--T-G-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TTCCAGAGTAGTATA-GTTGTC--TCCGN---G---G-GGCTTTGACAATT----CATCC-T--CTT-TAA-AATGAAAG---TATC-TTTGAAAGCA-TG-ACC----AGGAAA-A--ANGGGGTT-T-C--T-AT--AG-TATG------TTAGTATA-TTG-----CATCTATT------GCAAACTCTTAGANTG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCAAGAAC-TTACT--TTGGT-G-GGG----CA----------GCNA-------------G-------------TCA---CA---------------T-CA----A-G--GA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CT--GAATGG-GTTGTGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTA-------TGTACT-ACTAAATA-TCGCC---------GAA-TGCAGCGACAGA-ATCC---ATG-GGC--ATATCAG-TCTGG-TATCTGCAAT-TGCGTG-----TGT-CGC----T--------TT----------------GCGGAA-TTTGTGTCTGAC-ATCG-------GGGT-C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AAT--NAACG-TGT-C-AT-TCC-------AC--CAAC-A---------T----GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TTGT-TAGT---C---CT-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC-GAA----A------------------C-GGT--TCT--CCCATCG----A-----TAAA-------TTTTACAAC----TAAACAAA--GC-C----------AT-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-TTGT---CA-TA---A--A----C--CG-GAAG-T--A--CGAGT-TC------GTAA---ANTC-A-AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--GNAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTT-----TCT-A--AAA--ATT------C-A-AAAACTCG--A--G--C-GG-----CGGG-TT-TGT---A-----------------A---------------ACCTAAA-A-ATAAAAAAATGCTGGCCTTA
Reference ( gi|4 ) : GGCCAGCATTTTATT----ATT-TTT-AGG-TTTAC-G-AAC-C-----C--CA---G----AATT--AT--AA-A-GTTCCG----T-AG-GA-GGAGG----AA-ATAA--AAA-T--TTA-AAAAA------AT------T-TT----TTTTTG--AT-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------T--A--TT---CTGC---CATG----T-AC----AGTA-TATTCATTTTCAC-T--GCTCT-TTT-G--ATGC-TCT-C-G-AAACAGACTC-CTT--A--CC-AAT-----GGCCA-CACA----AC-A-G-T--TA-CAAA-TA------GG-AT-GCACAAG-ACAA-TTGGACA--TA-------AGT--AATTG----TT-AAT-TTCA--TCAG---T-GT-C-TGCC-AGTTCT-----TC-ATCCTTTCCACA--AAGGTA--G-CA------------CA-T-C-TGG-ACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATAAA---CAATT--T----T--CA-TAA-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CAA--ATAAATTGTG--A--A-T--CTC-ACCA-T-ATTGG---TTATAG-AT-TTG-CA------GAA-A--TT--TT----GAA-G--TT--T-TC--A--T-G-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TACCAGAATAGTATAAGTTGTC--TCCGT---G---G-GGCTTTAACAATT----TATTCCT-ACTT-TAA-AATGATAG---TATC-TTTGAAAGCA-TG-ACC----AGGAAA-A--AGGGGGTT-T-C--T-AT--AG-TATG------TTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCTTAGAATG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCACGAAC-TTACT--TTGGT-G-GGG----CA----------GCAA-------------G-------------TCA---CA---------------T-CA----A-G--GA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CT--GAATGG-GTTATGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTA-------TGTACT-ACTAACTA-TCACC---------GAA-TGCAGCGACAGA-ATCC---ATG-GGC--ATATCA--TTTGG-TATCTGC-AT-TGCGT------TGT-CAC----T--------TT----------------GCGG-A-TTTGTA----AC-ATCG-------GGGT-C-AGTCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AAT--TAACG-TAT-C-AT-TCC-------AC--TAAC-A---------T----GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TTGT-TAGT---C---CT-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGTTTC-GAA----A------------------C-GGT--TCT--CCGATCG----A-----TAAA-------TTTTACAAC----TAAACAAA--GC-C----------AT-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-TTGT---C--TA---A--A----C--CG-GAAG-T--A--CGAGT-TT------GTAA---AATC-A-AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAGA--GGAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTT-----TCT-A--AAA--ATT------C-A-AAACCTCG--A--G--C-GG-----CGGG-TT-TGT---A-----------------A---------------ACCTAAA-A-ATAAAAAAATGCTGGCCTTAAT
gi|5 : GGCCAGCATTTT-TT----ATA-TTT-AGG-TTTAC-A-AAC-CAGTCGC--TC---G----TGTT--TT--TG-A-ATTTT-----T-AG-GA--AAAT----AA-ATAG--AA-----TTG-AGAAA------AT------T-
gi|3 : cccataattatagtcccgtaggaagaggaaataaaaaatgattaaaaaagaaatcagttttttgatacattaacacatttattctgttatatacagtacattcattttcattgctcttttgatactctcgaaacagactccttgccaatggccacacaacagttacaaatacatgtaggatgcacaagacagttggaagttaaattgttaatttcaccattcttcatcctttccacaatggaagcatctgggcagttcctattacaaataatgaacaattttgataacatgtttgtcataaatcaaaagaccatataacatatgataatttcaccataatcttcatattattgcaaactattttagaagttttcatgaaaatcatatattaaaatgagcaccagagtagtatgttctgtccgtagggctctgacaatttatccatcctttaaaatgatggcatatttgaaagcacgaccaggaaaaagggggttacctcatgagtatattgcaactattaatattgccaactcttaaattgacatacttttttttaacggggatcattatttattaaaaacttactttggtgggggcagccagtcatacgttctgctcacatcacggatcatcaaatgcattacgctgaatgggttcagggactgccttcagtgcctttgtgtactaaatatcgccaacgaccgacagaaatgtggtatctgcattgcgttgtcgctttgcagatttgtgtcatcggggtcaaactcgcaaccctcaactttgtataaacgtgtaatcttaccaacatgtcattgtacaacaaagttgtcaggaagttgtcctccgaacgggcaaaaacgcttcgaaacggtactatcatctatacattttacacagatctaccacggtaaccaccatcactatcataaactggaaatacgagtttgtaaattcaaaatctcgatcccaatacaactttgacatgggaaagagaaaaaaccacttcccGGCCAGCATTTTTTT----ATT-TTA-AGG-TTTAC-A-AAA-CG----C--CA---GCTCGAGTT--TTTTGA-A-TTT-------T-AG-AA-AAA------AA-ATAA--AAT-T--TGA-GAAAAACTGGGAT------T-TT----TTCTT----T-------------------C-C---G--A--------------TGTC-AAAT----------------T------TGCA--TT---Ctta
gi|7 : cagcatttttttatttttaggtttacgaacgcccagaattataaagtcccgtagaggaggaaataaataaaaaaaaaattattaaactttttgatataaaatgacgaagtaaaaagtatcaactgataacattatcaactttattctaacatgtacagtacatttattttcactctctttgatgctctcggaaacagactccttgccaaatggccaccacaacagtttacaaatagggtgcacaagaacactttggtcaattacaattgttaatcctcatcattgtcttgccagttcttcatcttccccaatgggagccacatctggacacgtttcctatttacaatataatgaacaattttaatatagcatgcttctcataatcaaaagagcatatacattgtgaattctcaaccatattggtttatagaattgccagaaatttgtcgaagtttgtcaatttaaaagctcaattaaaatgagtttccagagtagttattgtctccgagggcttttgaaattgaaagtatctttgaaagcatgaaccaggaaatatatgagtttacaatatagtatgttagtatattgtatctattgcaaactcttaaaatgaacatttttctataacggggattgtttattggttatcaagaattactttgggctgccttcagctagtcatacttctgctcacatcaacggaacattaaatgcattatggcttgaatggtttgtaggatgtgccttggtgtatttgtactactaaatatcgccgaatgcagcgacagatccatgggcatatcaatcttggtatctgcaatgcgtgattgctttacgccattgcggaatttgtatctgacatcggggtcaatctcgcaaccatgttcagtttttgaaataaacgatgtatgccacaaaaacagtctgattgtcattgtacaataaagtcgccaaaagttgttagtcctccgaaacgggcaaaaagcttcgaaacggtactccccaatcgataattttacattacaaatcacatacaaatttgtcatgaccggaagtacgagttcgtaaattcaaaatctcgatcccGGCCAACATTTT-TT----ATT-TTT-AGG-TTTAC-A-AAC-T-----CGCCGCTCG----AGTT--TT--TG-A-ATTTT-----T-AG-AA-AAA------AA-ATAG--AA--T--TGA-GAAAATTGGG-AT------T-TT----TTTTttt
gi|15 : tcatcggggttcaatctcgcaaccatcagttttgaattaacgtatcattccactaacatgtcactgtgcaataaagtcgccaggaagttgttagtcctccgaacgggcaaaaacgttttgaaacggttctcccatcgataaattttacactaaacaaagccatacagatctaccatggtaaccaccatcgttgtaataaaccggaagtacgagttcgtaaattcaaaatctcgatcccgatgcaaatttgacatcggaaagGGCCAGCATTTTTTT----ATT-TTT-AGG-ATTAC-A-AAC-C-----C--ttat
gi|10 : aaaactcgagcggcGGCCAGCATTTTTTT----ATT-TTT-AGG-TTttgtgt
gi|8 : gtaaaacgcaggtaagttacgagtatcgtctcattacaaatgacatcgatcccgatgcaaatatgtagtttttgaacatcggaaaatgtaaaaagagagagtatccgccctatattttgggtgatcagatttaattttttttctaaaaaatctatatacgtcgatagctcggaggccgggttttgtaaaccagcactaaaaaatGGCCAGCATTTTTTT----ATT-TTT-AGG-TGTAtt
gi|1 : catcccacagactctcacacccacggtagacctaaccatccgttgtcagtaattagcgtccgagaagatcaacgaggttcaatccgcaacactacaatctcgatccgatatggtcataattttcgagaatcggaaacgatataaaccattataactcgcacaaaaattatttgcttagcagttcaaaatcatttactcttgtttatgtatctactataaactactccgcaaaaaatcgagcggcgggtttgtaaacctatattaaaGCCAGCATCTTATT----ATTCTTT-AGGTTTTAC-A-AAC-C-----C--Cttatttggccttatgtca
gi|2 : gcccagcatttaagttttttattctttttcaggtttactaaccagactttaataaaagtcccgtatgacggaggaaataaaaatatataaaaagtgtctaatttttttaggaataacattatcaactttacttcactgcggatatgacggtacagtaatatttttcatatgctttgtttggaatgctctcaaaacagactccttgacccagtggccacacaacaagtcatacaaagtaggggacacaagcacactggacattaaattgttaatctaatcagatttgtctgccgtttcatccttttcaaattgaggaaaggcacatctgagagctatattcctgattaagaattaatgagtatcaaattgagattagcatagcttagtcttataatattccaatagagcgattataatttgtgtaattctgacaatcattggtttttatagaactgcatgagagaaaatgttatgcgaagttgcttccaatgaaaaaaaatgaattaaaatgagttccgagagtgtaagttgtcgatcggccaagcacaagctttgacaattattacatccctcacttataacaatgaaaaagctatctttgaaagccttcacctgggagtaaaaatgggagttatatgaagcatttaatatacttgtgagttattgttgcgtatagacggggatcatttaatttttcaagaacttactagtgggagggtcagccagtcacatgttcttgcctcacatcacggacattaaatgacattaacgactgaaggttgtgggagatgccttgggatgtattatgtactcactatatttgcctcaggttatggatggagcgacagatattcgcagtgtggccaatatcatctggttgtttgcaatatgcgtatgtacaatttattgtccgcacgtctagcggaatttggatattgaaaatgcgggtcaatctcgcagaccagtacacttttgaaaataaaagtgtcaagcccacaacaccatggtgcattggacgaaataaagtcttccagaaagttgttagtaacctccgaatggacaaaaacgtaacagaaaaacagaaaaagaccacaccagcaccgatagaataagttttacattacaaagccataaaagatttactcagatcgagttgtacatcaaaccggaagtagttaagttcgtaatttaataaattctcgatccgaatagcgaatttttgacacatcggagaaaatccaaattttctctatgattattttttttctgaaaaattcaaaactcgagcgCCAGCATTTTTTT----ATT-TTT-AGT-TTTACAG-AAC-C-----C--TA--------AATT--AT--AAGA-GTCCCG----TTAGAGA-GGAGGGTAAAA-AAAA--AAA------A-AAAAA------AT------A-TTCAACTTTTTG--ATTATAGAAATTGGGAAAGTAA-C---AAAG--------------TATCCAACT----------------TGAATTCT--A--GT---CTAC---GATG----TTACCTAAAGTA-T-TTATTTTTCAC-TATGCTCT-TT--G--GTGG-TCTGC-G-AAACAGACTCACTTGCA--CC-AATCTGATGGCCA-CACA----AT-ATG-T--TA-CAA--TA------GGTCT-GCACAAG-ACAC-TTGTACA--TA-------TTA--AATTGGATATT-AAT-CTCAGCTCAT---T-A-----GCCGAGTTCT-----TCTAGCCTTTCCACA--ATGGAA--G-CA------------CA-T-CCTAT-GCA-GG----TTCC-T-A-TTACATA-A-TAATGAA---CATTTATT----T--GA-TAGGCAT-GCTT-TCT-C--ATAA-A--C-AAAAGAGGCAT--ATAAATTGTGTGA--A-TACTTC-ACCACT-ATTGG---TTATAGTAA-TTG-CA------GAA-AATTT--TC----GAA-AGTTT--T-TC--A--T-C-TAA-GCAATCAATTGAAATGAG-TTCCAGAGTAGTA-----TGTT--CCCGA---G---GTAGCTTT--------------------------G-AATGGAAG---TATCTTTTGAAAGCA-TG--CT----AGGAAA-GTTATGAGTTG-A-C--TAAT--AGTTATG-----------ATA-TT-----------ATA------GCAA---TTTAGAGT--ACAT--TTTCT-------------A-------------CTAGGCAATCT---TCATCATAGACTTTATT--CTAAT-ATGGT----CATGACTACTTTGCGC-------------G-------------TCA---CATACGTTCTTGCTCATT-CA----A-GGCGA-AT-TAAAA--TG-CATT-ATG--CTGAGAATGGTTTTGTAGGA-G-TGTC-TT-GG--TGCTATTATGTCAAGTGTACT-ACTAAATA-TCACC---------GAACTGCAGCGACAGA-A-CC---ATG-GCC----ATCAG-TCTGG-TATCTGCAAT-TGCGTGGTTGCTAT-TACGCCAT--------TC----------------GCGG-AGTTTGTATCTGACTATCG-------GGGT-CGAATCTCGCA-ACCA---T--AGTTTT--G--AAT--AAACG-TGT-C-ATGTCC-------ACA-CAACTATTTGTTGATT----GT-CATTCGT-TG-CAATAAATGTC-G--TCAGA---------------AAGATTGT-TAGT---CTCACT-CCG-AACGGGGCAAA-----GA-GCTTT-GAA----AG-----------------C-GGT--ACCAACCCATCGTATTA-----CCAG-------TTTTAC-AT----TAAACAAA--AT-C----------CT-ACA----TAACA-GATGT-----T-TT-C--ACTCTC--G-TTCTG--C--TATAGA--A----CAGCG-GAAG-T--A--CGAG---T------GTAA---ATTCAA-AAAT--CATCGAT-CCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CAATTCAGATA--ACGAAAAAA-----------TCACCA-G-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTT-----TCT-A--AAAGCATT------CAA-AAACCTCG--AAGG--C-GGAGTATCGGG-TTATGTCTAA-----------------A---------------ACCTAAA-ATAT-AAAAAATG-TGGTCt
gi|3 : tggcCAGCATTTTTTT----ATT-TTT-AGG-TTTAC-G-AACGC-----C--CA---G----AATT--AT--AA-A-GTCCCG----T-A--GA-GGAGG----AA-ATAAATAAA------A-AAAAA------AT------TATTAAACTTTTTG--AT-------------------A-TAAAA--TGACGAAGTAAAAAGTATC-AACTGATAACATTATCAACTT------T--A--TT---CTAA---CATG----T-AC----AGTA-CATTTATTTTCAC-T---CTC--TTT-G--ATGC-TCT-CGG-AAACAGACTC-CTT--G--CCAAAT-----GGCCACCACA----AC-A-GTT--TA-CAAA-TA------GG-GT-GCACAAGAACACTTTGGTCAATTA---------C--AATTG----TT-AATCCTCA--TCAT---T-GT-CTTGCC-AGTTCT-----TC-ATC--TTCCCCA--ATGGGA--GCCA------------CA-T-C-TGG-ACACGT----TTCC-T-ATTTACA-ATA-TAATGAA---CAATT--T----TAATA-TAG-CAT-GCTT-C-T-C--AT-A-A--TCAAAAGAG-CAT--ATACATTGTG--A--ATT--CTCAACCA-T-ATTGGT--TTATAG-AA-TTGCCA------GAA-A--TTTGTC----GAA-G--TT--TGTC--AATT-T-AAAAGC--TCAATTAAAATGAGTTTCCAGAGTAGT-TA--TTGTC--TCCG----A---G-GGCTT----------------------TT-GAA-ATTGAAAG---TATC-TTTGAAAGCA-TGAACC----AGGAAATA--TATGAGTT-TACAAT-AT--AG-TATG------TTAGTATA-TTG-----TATCTATT------GCAAACTCTTAAAATGAACAT-TTTTCT-------------ATAACGGGGATTGTTTA-------TTGGTTATCAAGAA--TTACT--TTGG--G-CTGCCTTCA----------GCTA-------------GTCATACTTCTGC-TCA---CA---------------T-CA----ACG--GA-ACATTAAA--TG-CATT-ATGGCTT--GAATGG-TTTGTAGGATG-TGCC-TT-GG--TG-TATT--------TGTACT-ACTAAATA-TCGCC---------GAA-TGCAGCGACAG--ATCC---ATG-GGC--ATATCAATCTTGG-TATCTGC-AA-TGCGT------GAT-TGC----TTTACGCCATT----------------GCGGAA-TTTGTATCTGAC-ATCG-------GGGT-C-AATCTCGCA-ACCATGTT-CAGTTTTTGA--AAT--AAACG--ATGT-AT-GCC-------ACAAAAAC-AGTCTGAT--T----GT-CATT-G--TA-CAATAAA-GTC-G--CCA-A---------------AAG-TTGT-TAGT---C---CT-CCGAAAC-GGGCAAA-----AA-GCTTC-GAA----A------------------C-GGTACTCC--CCAATCG----A-----T-AA-------TTTTAC-AT----T--ACAAA--TCAC----------AT-ACAAATTTGTCATG---------------------------------------------A----C--CG-GAAG-T--A--CGAGT-TC------GTAA---ATTC-A-AAAT--C-TCGATCCCGAAT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--G--AAAAAA-----------TC-CCA-GTTTTTC-----TCAA-ATT-TTATTT-TTTT-----TCT----AAA--ATT------CAA-AAAACTCG--A--G--CTGG-----C-GT-TT-TGT---A-----------------A---------------ACCTTAA-A-ATAAAAAAATGCTGGCCTTc
gi|6 : CATTTTTTTTTAAATTATTT-AAG-TTTCC-GGAACAT-----C--CA---A----AATTT-AT--AA-AAGTCCCGCAGGT-AG-GA-GGAGG----AATATAA--AAA-T--TGA-AAAAA------GT------T-TT----TTTTTGGGAT-------------------AGC---A--T--------------ATTC-AACT----------------T------T--AAATT---ATGC---CATG----T-AC----AGTAATTTTCATTTTCATAT--AATCT-TTTTG--ATGCCTCT-C-GGAAACAGACTC-CTT--G--CC-AAT-----GGCCA-C-CACTACAC-A-G-T--TAACAAA-TA------GG-ATTGCACAAG-ACAG-TTGGACA--TATTCTCTTAA---AATTG----TTTAAT-CTCA--TCAG---TTGTGC-TGCC-ATTTTTCTTTTTC-ATCCTTTCCA-A--ATGGAA--G-CA------------CAATAC-TGGGACATA-----TTAC-T-A-ATTCA-A-A-TCATAAA---CAATT--T----T--CAATAA-CAT-GCTT-G-TGT--ATAA-A--CCAAA-GAG-CAT--ATAAATTGTG--A--A-T--CTG-AC-A-T-ATTGG---TAATAG-ATCTTG-CA------GAA----TT--TC----GAAAG--TG--T-TC--A--TTG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TACCCGAATAt
gi|1 : catagaTTTTATT----CTT-TTTCAGG-TTTAC-T-AAC-C---------A---G----ACTTTAAT--AA-AAGTCCCG----T-AT-GACGGAGG----AA-ATAA--AAA-T--ATATAAAAA------GTGTCTAAT-TT----TTTTAGGAAT-------------------AAC---A--T--------------TATC-AACT----------------T------T--A--CTTCACTGCGGATATGACGGT-AC----AGTAATATT---TTTCATAT--GCTTTGTTT-GGAATGC-TCT-C-A-AAACAGACTC-CTT--GACCC-AGT-----GGCCA-CACA----ACAA-G-TCATA-CAAAGTA------GG-GG-ACACAAGCAC-A-CTGGACA--TT-------A----AATTG----TT-AAT-CTAA--TCAGATTT-GT-C-TGCC--GT--T-----TC-ATCCTTTTCAAATTGAGGAAAGG-CA------------CA-T-C-T-G-AGA-GCTATATTCC-TGA-TTAAG-A-ATTAATGAGTATCAAAT--TGAGAT-----TAG-CATAGCTTAG-T-CTTATAATATTCCAATAGAG-CGATTATAATTTGTGT-A--ATT--CTG-ACAA-TCATTGGTTTTTATAG-AA-CTG-CATGAGAGAAA-A--TG--TTATGCGAA-G--TTGCT-TCCAA--T-GAAAAAAAA-TGAATTAAAATGAG-TTCC-GAG-AGTGTAAGTTGTCGATCGGCCAAGCACA-AGCTTTGACAATTATTACATCCCTCACTTATAACAATGAAAAAGCTATC-TTTGAAAGCCTTC-ACCTGGGAGTAAA-A--ATGGGAGT-T-A--T-ATGAAG-CAT-------TTAATATACTTGTGAGTTAT-TGTT------GCGTA----TAGACGG-GGAT-CATT-T-------------A---------------A-------T---TTTTCAAGAAC-TTACTAGTGGGA-G-GGT----CA----------GCCA-------------G-------------TCA---CATGTTCTTGCC-----T-CACATCA-C--GG-ACATTAAA--TGACATTAACGA-CT--GAA--G-GTTGTGGGA-GATGCC-TT-GGGATG-TATTA-------TGTACTCACTA--TATTTGCCTCAGGTTATGGA-TGGAGCGACAGATATTCGCAGTGTGGCCAATATCA--TCTGGTTGTTTGCAATATGCGTA-----TGTACAA----T--------TTATTGTCCGCACGTCTAGCGGAA-TTTG-G----AT-ATTGAAAATGCGGGT-C-AATCTCGCAGACCAG--TACACTTTT--GAAAAT--AAAAG-TGT-CAAG-CCC-------AC---AAC-A---------CCATGGTGCATT-GGACG-AAATAAA-GTCTT--CCAGA---------------AAG-TTGT-TAGTAA-C---CT-CCG-AAT-GGACAAA-----AACGTAACAGAA----AAACAGAAAAAGACCACACC-AG----CA--CCGATAGA---A-----TAAG-------TTTTAC-AT----T--ACAAA--GC-C----------ATAAAAGATTTACT-CA--G-----------------ATCGAG-TTGTACAT--CA---A--A----C--CG-GAAG-T--AGTTAAGT-TC------GTAATTTAAT--A-AATT--C-TCGATCCGA-ATAG----CG-AATTT---------TT----GACA-CA--TCGGAG--------AAAA-----------TC-CAA-A-TTTTC-----TC-T-ATGATTATTT-TTTT-----TCTGA--AAA--ATT------C-A-AAA-CTCG--A--G--C-GG------GGG-TT-TGTA--A-----------------A---------------ACCTAAAGA-ATAATAAGATGCTGGC
gi|5 : gcccagcatttaagtt-C-----C--CA---T----AATT--AT--A----GTCCCG----T-AG-GA-AGAGG----AA-ATAA--AAAATGATTA-AAAAAGAA---AT------CAGT----TTTTTG--AT-------------------A-C---A--T--------------TAAC-ACAT----------------T------T--A--TT---CTGT---TATA----T-AC----AGTA-CATTCATTTTCAT-T--GCTCT-TTT-G--ATAC-TCT-C-G-AAACAGACTC-CTT--G--CC-AAT-----GGCCA-CACA----AC-A-G-T--TA-CAAA-TACATGTAGG-AT-GCACAAG-ACAG-TTGGA-------------AGTTAAATTG----TT-AAT-TTCA--CCA------------------TTCT-----TC-ATCCTTTCCACA--ATGGAA--G-CA---------------T-C-TGG-GCA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATGAA---CAATT--T----T--GA-TAA-CAT-GTTT-G-T-C--ATAA-A--TCAAAAGAC-CAT--ATAACATATG--ATAA-T--TTC-ACCA-T-AATCT---TCATAT-TA-TTG-CA------AACTA--TT--TTA---GAA-G--TT--T-TC--A--T-G-AAAATCA-TATATTAAAATGAG-CACCAGAGTAGTAT--GTTCTG--TCCGT---A---G-GGCTCTGACAATT----TATCCAT-CCTT-TAA-AATGATGG---CATA-TTTGAAAGCA-CG-ACC----AGGAAA-A--AGGGGGTTAC-C--T--------CATG--------AGTATA-TTG-----CAACTATTAATATTGCCAACTCTTAAATTG-ACATACTTTTTTTTAACGGGGATCA-------------TTA-------T---TTATTAAAAAC-TTACT--TTGGTGG-GGG----CA----------GCCA-------------GTCATACGTTCTGCTCA---CA---------------T-CA----C-G--GA-TCATCAAA--TG-CATT-ACG--CT--GAATGG-GTTCAGGGA-C-TGCC-TTCAG--TG-CCTT--------TGTG-T-ACTAAATA-TCGCC----------AA-CG-ACCGACAGA-A------ATG----------------TGG-TATCTGC-AT-TGCGT------TGT-CGC----T--------TT----------------GCAG-A-TTTGTG----TC-ATCG-------GGGT-C-AAACTCGCA-ACCC---T-CAACTTT--G--TAT--AAACG-TGT-A-AT-CTT-------AC--CAAC-A---------T----GT-CATT-G--TA-CAACAAA-GTT-G--TCAGG---------------AAG-TT-----GT---C---CT-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC-GAA----A------------------C-GGT--ACT--ATCATCT----A-----TACA-------TTTTAC----------------------------------ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--A-CTAT---CA-TA---A--A----C--TG-GAAA-T--A--CGAGT-TT------GTAA---ATTC-A-AAAT--C-TCGATCCCA-AT-A----CA-AC--T---------TT----G--A-CA--TGGGAAA--GAGAAAAAACCACT------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-CTATTTATTTT-----CCT-A--AAA--ATT------C-A-AAAACACG--A--G--C-GA-----CTGG-TT-TGT---A-----------------A---------------ACCTAAA-T-AT-AAAAAATGCTGGCCTTAt
gi|11 : CC-AGGTCT-----TC-ATCCTTTC-ACA--GTGGAA--G-CATACTGATTCAAACA-T-C-TGG-AGA-G-----TTCCAT-T-TTACA-A-A-TAATGAA---AAATT--T----T--GA-TAA-CAT-ACTT-G-T-C--ATAA-G--TCAAAAGAG-C
gi|14 : G-ACC----AGGAAA-A--AGGGGGTT-T-C--T-AT--GG-TATACATGTATTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCT
gi|12 : -----CATCCATT------GCAAACTCTTATAATG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---CTATCAAGAAC-TTACT--TTGGT-G-GGG----CA----------ACAAGTCATACGTTCTGG-------------TCA---CA---------------T-CA----A-G--GA-A
gi|13 : GGT-G-AGG----CAACA-------GCAA-------------G-------------TCAATACG---------------TTCT----T-G--GATACATCAAAAATG-CATT-A-G--CT--GAAAGG-GTTATGGGA-G-TGCCATT-GG--TT-T-TTA-------T
gi|16 : -ACG--CT--GAAAGG-GTTATGGGA-G-TGCC-TT-GG--TT-TATTA-------TGTACT-AC
gi|7 : C-ATCG-------GGGTTC-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AAT--TAACG-TAT-C-AT-TCC-------AC--TAAC-A---------T----GT-CACT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TTGT-TAGT---C---CT-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGTTTT-GAA----A------------------C-GGT--TCT--CCCATCG----A-----TAAA-------TTTTACA-C----TAAACAAA--GC-C----------AT-ACAGATCTACCATG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-TTGT---AA-TA---A--A----C--CG-GAAG-T--A--CGAGT-TC------GTAA---ATTC-A-AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--GAAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-CTATTT-TTTT-----TCT-A--AAA--ATT------C-A-AAAACTCG--A--G--C-GG-----CGAG-TT-TGT---A-----------------A---------------ACCTAAA-A-AT-AAAAAATGTTGGCCTTA
gi|18 : t-C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AAC--TAACG-Tt
gi|9 : TTTT--G--GATACTAACGATAT-C-AT-TCTCTTTGTTAC--TAACCA---------T----GT-CA-T-G--TGTCAAT-AA-GTC-GGCCCAGGGGAGTGATAAAAAATAAGTTTGTATAGTACGC---GTGCCG-AAC-GGGCAAATTTTCGTTGTTTTAGAAAAGGA------------------CGGGT--TCT--CCCTTTC----AGTATTTAAAATTTAGTTTTTA-AACTTATTAATCAAATGGC-CAGTAGAGAAAAT-ATGGACCTACCACG--GTTGGTAA-GCAC--ACCATC--GTTTGT---CATTA---A--C----C--TG-TGAG-T------GAGT-TT------G
gi|17 : CT--CCCATCA----A-----TAAA-------TTTTACA-C----TAAACAAA--GC-C----------AT-ACAGA
gi|8 : CCACG--GT-----AGAC-CTAACCATCC-G-TTGT---CAGTA---ATTAGCGTC--CGAGAAGATCAA--CGAGG-TTCAATCCGCAA---CACT-A-CAAT--C-TCGAT-CCG-AT-ATGGTCATAA--T---------TTTCGAG--A--A--TCGGAAA--CGATATAAA-----------CC-
gi|10 : catcccacagactctcacacAAG-TT-A--CGAGTATC------GTCT---CATT-ACAAATGACATCGATCCCG-AT-G----CA-AA--TATGTAGTTTTT----G--AACA--TCGGAAAATGTAAAAAGAGAGAGTATCCGCC-CTATA-TTTTGGGTGATC-AGATT-TAATTT-TTTT-----TCT-A--AAA--AAT------CTATATACGTCGATA--GCTC-GGAGGC-CGGGTTT-TGT---AAACCAGCACTAAAAAATA---------------ACCTAAA-A-ATAAAAAAATGCTGGCCTTattataactcgcacaaaaattatttgcttagcagttcaaaatcatttactcttgtttatgtatctactataaactactccgcaaaaaatcgagcggcgggtttgtaaacctatattaaatacacctaaaaataaaaaaatgctggccttatttggccttatgtca
gi|8 : gtaaaacgcaggtAAAA-----------TC-----A-TTTAC-----TC-T-TGT-TTATGT-ATCT-----ACT-A--TAA--ACTACTCCGC-A-AAAAATCG--A--G--C-GG-----CGGG-TT-TGT---A-----------------AACCTATATTAAATACACCTAAA-A-ATAAAAAAATGCTGGCCTTA
gi|3 : catcccacagactctcacacccacggtagacctaaccatccgttgtcagtaattagcgtccgagaagatcaacgaggttcaatccgcaacactacaatctcgatccgatatggtcataattttcgagaatcggaaacgatataaaccattataactcgcacaaaaattatttgcttagcagttcA-A-TTTTT-----T-----TT-TTATTT-ATTTCCTCCTCT-ACGGGA--CTT------T-A-TAATTCTG--G--G--C-G-----------TT-CGT---A-----------------A---------------ACCTAAA-A-ATAAAAAAATGCTGtttggccttatgtca
gi|15 : -AAAACTCG--A--G--C-GG-----CGGG-TT-TGT---A-----------------A---------------TCCTAAA-A-ATAAAAAAATGCTGGCCTTattaaactttttgatataaaatgacgaagtaaaaagtatcaactgataacattatcaactttattctaacatgtacagtacatttattttcactctctttgatgctctcggaaacagactccttgccaaatggccaccacaacagtttacaaatagggtgcacaagaacactttggtcaattacaattgttaatcctcatcattgtcttgccagttcttcatcttccccaatgggagccacatctggacacgtttcctatttacaatataatgaacaattttaatatagcatgcttctcataatcaaaagagcatatacattgtgaattctcaaccatattggtttatagaattgccagaaatttgtcgaagtttgtcaatttaaaagctcaattaaaatgagtttccagagtagttattgtctccgagggcttttgaaattgaaagtatctttgaaagcatgaaccaggaaatatatgagtttacaatatagtatgttagtatattgtatctattgcaaactcttaaaatgaacatttttctataacggggattgtttattggttatcaagaattactttgggctgccttcagctagtcatacttctgctcacatcaacggaacattaaatgcattatggcttgaatggtttgtaggatgtgccttggtgtatttgtactactaaatatcgccgaatgcagcgacagatccatgggcatatcaatcttggtatctgcaatgcgtgattgctttacgccattgcggaatttgtatctgacatcggggtcaatctcgcaaccatgttcagtttttgaaataaacgatgtatgccacaaaaacagtctgattgtcattgtacaataaagtcgccaaaagttgttagtcctccgaaacgggcaaaaagcttcgaaacggtactccccaatcgataattttacattacaaatcacatacaaatttgtcatgaccggaagtacgagttcgtaaattcaaaatctcgatcccgaatgcaaatttgacatcggaaagaaaaaatcccagtttttctcaaattttattttttttctaaaattcaaaaaactcgagctggcgttttgtaaaccttaaaataaaaaaatgctggccttt
gi|2 : GGG-TTCTGT---A-----------------A---------------AACTAAA-A-ATAAAAAAATGCTGGgtgt
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 1111 1111 111 11 1 111 1111 111 33333333 22222 1 2222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 111 1111 111 111 1 1 11111 1111 1 111111 11 1 333333333333333 2222 3333333333333333333333 111 33333333333333 2222222 111 11111111 222 111 222 111111 2222 11111 1 33333 11 111 11111 9999999999999999999999999 111 1111 111111111111 22222222 11111 111111 1 77777777777777777777777777777777777777777 1111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 22222222 333333333 111111 2222222222222222 1 9999999999999999999999999999999999 1 22222 111 1 1111111 222 44444444444 11 333333333333333 1111111111 11111 111 1111 22222222 22222222222 1111111 333333333 2222222222 22222222222222 1111 11111111111 11111 111111 1111 1 1111 222222222 1111 11111 33333333333 11111 1 2222222222222222 11111 111 555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 00000 7777 8 7777 111 55 1 4 99 555 4444 6 99 6 111 6 6 33333333 1 55555 3 8888 99 6 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 111 111 4444 6 666 3 6 999 6 3 99 6 6 3 6 99 99 6 66666 6 4444 3 6 99 6 6 999999 55 3 77 777777777777777 0000 6 99 4444444444444444444444 5 4 000 77 5 22222222222222 5 5 5 0 9999999 5 666 5 5 5 000 77 22222222 5 5 888 5 77 5 77 5 99 888 3 111 6 6 333 888 6 999999 6 99 99 4444 99 6 6 66666 3 6 4 6 00000 11 444 1 55555 55 6666666666666666666666666 1 444 8 8 6 4444 99 1 6 555555555555 6 77777777 6 44444 0 666666 0 1 6 5 1 66666666666666666666666666666666666666666 6 1 99 77 5 2222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 99 6 5 1 33 77 5 5 0 5 5 5 5 77 5 1 33333333 6 0 222222222 8 5 88 777777 2222222222222222 8 0 88 7777777777777777777777777777777777 8 0 22222 6 6 5 5 5 555 5 66 66 777 0 66 5 8888888 111 33333333333 5 5 5 33 5 5 5 77 555555555555555 5 5 5 1111111111 5 5 5 44444 6 555 7777 66666666 5 66 66 66 66666666666 0 6666666 111111111 66 5 1111111111 5 3 11 66 66666666666666 2222 66 5 5 11111111111 66 5 5 4 33333 222222 4 888 1 5 0000 66 0 2 5 5 0000 5 66 000000000 0000 66 5 66 33333 66666666666 5 5 5 22222 777 5 5 0 66 5555555555555555 5 4 66 4 11111 4 4 222 222222222222222222222222222222222 4 66
lowQualScore : ..... .... . .... ... .. . . .. ... .... . .. . ... . . ........ . ..... . .... .. . ........................................................................... .. ... ... .... . ... . . ... . . .. . . . . .. .. . ..... . .... . . .. . . ...... .. . .. ............... .... . .. ...................... . . ... .. . .............. . . . . ....... . ... . . . ... .. ........ . . ... . .. . .. . .. ... . ... . . ... ... . ...... . .. .. .... .. . . ..... . . . . ..... .. ... . ..... .. ......................... . ... . . . .... .. . . ............ . ........ . ..... . ...... . . . . . ......................................... . . .. .. . .... ................................................................ . .. . . . .. .. . . . . . . . .. . . ........ . . ......... . . .. ...... ................ . . .. .................................. . . ..... . . . . . ... . .. .. ... . .. . ....... ... ........... . . . .. . . . .. ............... . . . .......... . . . ..... . ... .... ........ . .. .. .. ........... . ....... ......... .. . .......... . . .. .. .............. .... .. . . ........... .. . . . ..... ...... . ... . . .... .. . . . . .... . .. ......... .... .. . .. ..... ........... . . . ..... ... . . . .. ................ . . .. . ..... . . ... ................................. . ..
lowQualScore : 00000 0000 0 0000 000 88 0 7 22 000 2222 7 22 7 777 7 7 22222222 0 88888 3 3333 22 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 777 777 2222 7 555 7 7 777 7 3 22 7 7 3 7 22 22 7 77777 7 2222 3 7 22 7 7 222222 55 3 77 333333333333333 8888 7 22 2222222222222222222222 7 3 000 99 7 11111111111111 7 7 7 7 4444444 7 111 7 7 7 000 99 77777777 7 7 666 7 99 7 99 7 22 888 5 777 7 7 333 777 7 222222 7 22 22 0000 22 7 7 00000 3 7 0 7 00000 00 000 0 22222 88 8888888888888888888888888 4 000 0 0 7 2222 22 0 7 555555555555 7 55555555 7 33333 7 444444 7 0 7 5 0 33333333333333333333333333333333333333333 7 0 22 44 7 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 22 7 7 7 66 99 4 7 4 7 7 7 7 99 7 4 66666666 7 8 000000000 0 0 88 888888 8888888888888888 0 6 88 4444444444444444444444444444444444 0 6 22222 7 7 7 7 7 777 7 99 99 999 0 44 7 6666666 999 99999999999 7 7 7 66 7 7 7 99 777777777777777 7 7 7 4444444444 7 7 7 33333 6 777 9999 44444444 9 99 99 99 66666666666 1 2222222 888888888 99 0 9999999999 0 0 55 99 44444444444444 0000 99 0 0 88888888888 99 0 0 4 11111 888888 4 888 0 0 6666 99 0 5 0 0 6666 0 99 000000000 6666 99 0 99 44444 22222222222 0 0 0 55555 555 0 0 0 99 4444444444444444 0 4 11 4 11111 4 4 222 888888888888888888888888888888888 4 33
consensus : GGCCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AAC--CCCAGAATT--ATAA-A-GTCCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AA----T---TAAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTAA--TATTCATTTT-CA-TATGCTC-T-TTTG--ATG-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TA------GGA-TGCACAAG-ACA-NTTGGACA--------TA--A--AATTG----TTAAT-CTCA--TCA-T---TGT-C-TGCC-A-----GTTCTTC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------C-AT-C-T-GGACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-AT-AATGAA---CAATT--TT-G--A---TAG-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--TATAAATTGTG-T-AATTCT-C-ACCA-T-ATTGGTT---ATAG-A-ATTG-CA------GAA-A--TT--TCG---GAAGTT--T-T-C--A--TGAAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TNCC-AGAGTAGTATA-GTTGTC--TC---CGAG---G-GGCTTTGACAATT----TAT-CC--C---CTT-TAA-AATGAAAG---TATC-TTTGAAAGCA-TG-ACC----AGGAAAA--ANG-GGGTT-T-C--T-AT--AG-TATG------TTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCTTAGANTG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCA-AGAACTTACT--TTGGT-G-GGG----CA----------GCNAG-------------TCA---CA---------------T-CA----A-G--GA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CT--GAATGG-GTTGTGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTA-------TGTACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAGA-ATCC---ATG-GGC--ATATCA-TC-TGG-TATCTGCAAT-TGCGTG--TGT---A---------CGC----------T-TT-GCGGAATTTGTAT-CTGAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATA--AACG-TGTC-AT-TCC-------ACA-CAAC-A---------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TNCT--CC--C--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACAACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-CA-T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ANTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--GNAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTA
Reference ( family-3080 ) : GGCCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AAC--CCCAGAGTT--ATAA-A-GTCCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AA----T---TNAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTAA--TATTCATTTT-CA-TATGCTC-T-TTTG--ATG-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TA------GGG-TGCACAAG-ACA-NTTGGACA--------TA--A--AATTG----TTAAT-CTCA--TCA-N---TGT-C-TGCC-A-----GTTCTTC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------C-AT-C-T-GGACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-AT-AATGAA---CAATT--TT-G--A---TAG-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--TATAAATTGTG-T-AATTCT-C-ACCA-T-ATTGGTTT--ATAG-A-ATTG-CA------GAA-A--TT--TCA---GAAGTT--T-T-C--A--TGAAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TTCC-AGAGTAGTATA-GTTGTC--TC---CGNG---G-GGCTTTGACAATT----CAT-CC--T---CTT-TAA-AATGAAAG---TATC-TTTGAAAGCA-TG-ACC----AGGAAAA--ANG-GGGTT-T-C--T-AT--AG-TATG------TTAGTATA-TTG-----CATCTATT------GCAAACTCTTAGANTG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCA-AGAACTTACT--TTGGT-G-GGG----CA----------GCNAG-------------TCA---CA---------------T-CA----A-G--GA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CT--GAATGG-GTTGTGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTA-------TGTACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAGA-ATCC---ATG-GGC--ATATCAGTC-TGG-TATCTGCAAT-TGCGTG--TGT-------------CGC----------T-TT-GCGGAATTTGTGT-CTGAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATN--AACG-TGTC-AT-TCC-------AC--CAAC-A---------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TTCT--CC--C--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACAACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-CA-T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ANTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--GNAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTA
gi|1 : CCAGCATTTAAGTTTTTT----ATT-CTTTTTCAGGTTTAC-T-AAC--C--AGACTTTAATAA-AAGTCCCG----T-AT-GACGGAGG---AA-ATAAA-AA----TATATAAAAAGTGTCTAATT-TT----TTTAGG--AAT-------------------AAC---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--CTTCACTGCGGATATGACGGT-ACAGTAA--TATT---TTT-CA-TATGCTT-TGTTTGGAATG-CTCT-C-AAAACAGACTC-CTTGACC--C-AGT-----GGCCA-CACA----ACAAG-TCAT-ACAAAGTA------GGG-GACACAAGCACA-CT-GGACA--------TT--A--AATTG----TTAAT-CTAA--TCA-GATTTGT-C-TGCC-------GTT--TC-ATCCTTTTCA-AATTGAGGAAAGG-CA------------C-AT-C-T-G-AGA-GCTATATTCC-TGA-TTAAG-A-ATTAATGAGTATCAAAT--T--G--AGATTAG-CATAGCTTAG-T-CTTATAATATTCCAATAGAG-CGATTATAATTTGTG-T-AATTCT-G-ACAA-TCATTGGTTTTTATAG-A-ACTG-CATGAGAGAAA-A--TG--TTATGCGAAGTTGCT-T-CCAA--TGAAAAAAAATGAATTAAAATGAG-TTCCGAGAGT-GTA-A-GTTGTCGATCGGCCAAGCACA-AGCTTTGACAATTATTACAT-CC--CTCACTTATAACAATGAAAAAGCTATC-TTTGAAAGCCTTC-ACCTGGGAGTAAAA--ATG-GGAGT-T-A--T-ATGAAG-CAT-------TTAATATACTTGTGAGTTAT-TGTT------GCGTA----TAGACGG-GGAT-CATT-T-------------A---------------A-------T---TTTTCA-AGAACTTACTAGTGGGA-G-GGT----CA----------GCCAG-------------TCA---CATGTTCTTGCC-----T-CACATCA-C--GG-ACATTAAA--TGACATTAACGA-CT--GAA--G-GTTGTGGGA-GATGCC-TT-GGGATG-TATTA-------TGTACTCACTATAT-TTGCCTCAGGTTATGGA-TGGAGCGACAGATATTCGCAGTGTGGCCAATATCA-TC-TGGTTGTTTGCAATATGCGTA--TGTACAATTTATTGTCCGCACG-------T-CTAGCGGAATTTGGATATTGAA-AATGCGGGT-C-AATCTCGCAGACCAG--TACACTTTT--GAAAATA--AAAG-TGTCAAG-CCC-------ACAACACC-A---------TGGTGCATT-GGACG-AAATAAA-GTCTT--CCAGA---------------AAG-TT-GT-TAGTAAC---C---T-CCG-AAT-GGACAAA-----AACGTAACAGAAAAA----CAGAAAAAGACCACA--CCAGC--ACCGATAGAA-----TAAG-------TTTTAC-ATT------ACAAA--GC-CA----------TAAAAGATTTACT-CA--G-----------------ATCGAG-T--TGTACA-TCA-A--A----C--C-G-GAAG-T--AGTTAAG------T-TCGTAATTTAAT--A----AATT--C-TCGATCCGA-ATAG----CG-AATTT---------TT----GACA-CA--TCGG--------AGAAAA-----------TC-CAA-A-TTTTC-----TC-T-ATGATTATTT-TTTTTCTGAAAA--AT---------T------C--AAAA-CTCGA--GC-GG------GGG-TT-TGTA--AA---------------A-----------------CCTAAAGAATA-ATAAGATGCTGGC
gi|10 : gcAAG-TT-A--CGAG------TATCGT------CTC-ATTACAAATGACATCGATCCCG-AT-G----CA-AA--TATGTAGTTTTT----G--AACA--TCGGAAAATGTAAAAAGAGAGAGTATCCGCC-CTATA-TTTTGGGTGATC-AGATT-TAATTT-TTTTTCTAAAAA--ATCTATATACGT------C-GATAG-CTCGG--AG-GC-----CGGGTTT-TGT---AA---------------ACCAGCACTAAAAAATAACCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTt
gi|11 : gtaaaacgcaggtCC-A-----GGTCTTC-ATCCTTTC-ACAGT---GGAA--G-CATACTGATTCAAAC-AT-C-T-GGAGA-G-----TTCCAT-T-TTACA-A-AT-AATGAA---AAATT--TT-G--A---TAA-CAT-ACTT-G-T-C--ATAA-G--TCAAAAGAG-C
gi|12 : -----CATCCATT------GCAAACTCTTATAATG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---CTATCA-AGAACTTACT--TTGGT-G-GGG----CA----------ACAAG-------------TCA---TACGT------------T-CT----G-G--TC-ACATCAA
gi|13 : GGT-G-AGG----CAACA-------GCAAG-------------TCAATACG---------------TTCT----T-G--GATACATCAAAAATG-CATT-A-G--CT--GAAAGG-GTTATGGGA-G-TGCCATT-GG--TT-T-TTA-------Tggaa
gi|14 : G-ACC----AGGAAAA--AGG-GGGTT-T-C--T-AT--GG-TATACATGTATTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCT
gi|15 : AAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------T-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTT
gi|16 : -ACG--CT--GAAAGG-GTTATGGGA-G-TGCC-TT-GG--TT-TATTA-------TGTACT-ACgtgt
gi|17 : CT--CC--C--ATCA-----A-----TAAA-------TTTTACA-CT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGA
gi|18 : -C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AACT--AACG-T
gi|2 : CCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGTTTTACAG-AAC--CCTAAA-TT--ATAAGA-GTCCCG----TTAGAGA-GGAGGGTAAA-AAAAA-AA---------AAAAAA-----AATA-TTCAACTTTTTG--A-TTATAGAAATTGGGAAAGTAA-C---AAAG--------------TATCCAACT----------------TGAATTCTA--GT---CTAC---GATG----TTACC-TAAAGTATTTATTTTTCACTATGCTC-T-TT-G--GTG-GTCTGC-GAAACAGACTCACTTG--CACC-AATCTGATGGCCA-CACA----ATATG-T--T-ACAA--TA------GGTCTGCACAAG-ACA-CTTGTACA--------TATTA--AATTGGATATTAAT-CTCAGCTCA-T---TA-----GCCGA-----GTTCTTCTAGCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------C-AT-CCT-ATGCA-GG----TTCC-T-A-TTACATA-AT-AATGAA---CATTTATTT-G--A---TAGGCAT-GCTT-TCT-C--ATAA-A--C-AAAAGAGGCA--TATAAATTGTG-TGAATACTTC-ACCACT-ATTGGTT---ATAGTA-ATTG-CA------GAA-AATTT--TCG---AAAGTT--T-TTC--A--TCTAA-GCAATCAATTGAAATGAG-TTCC-AGAGTAGTA-----TGTT--CC---CGAG---GTAGCTTTG------------------------------AATGGAAG---TATCTTTTGAAAGCA-TG--CT----AGGAAAGTTATG-AGTTG-A-C--TAAT--AGTTATG-----------ATA-T-----------TATA------GCAA---TTTAGAGT--ACAT--TTTCT-------------A-------------CTAGGCAATCT---TCATCATAGACTTTATT--CTAAT-ATGGT----CATGACTACTTTGCGCG-------------TCA---CATACGTTCTTGCTCATT-CA----A-GGCGA-AT-TAAAA--TG-CATT-ATG--CTGAGAATGGTTTTGTAGGA-G-TGTC-TT-GG--TGCTATTATGTCAAGTGTACT-ACTAAATATCACC---------GAACTGCAGCGACAGA-A-CC---ATG-GCC----ATCAGTC-TGG-TATCTGCAAT-TGCGTG---GT-------------TGCTATTACGCCAT-TC-GCGGAGTTTGTAT-CTGACTATCG-GGGT-CGAATCTCGCA-ACCA---T--AGTTTT--G--AATA--AACG-TGTC-ATGTCC-------ACA-CAACTATTTGTTGATT-GT-CATTCGT-TG-CAATAAATGTC-G--TCAGA---------------AAGATT-GT-TAGT--CTCAC---T-CCG-AACGGGGCAAA-----GA-GCTTT---GAAAG---CGG--------TACCAACC--C--ATCGTATT-A-----CCAG-------TTTTAC-ATT----AAACAAA--AT-CC----------T-ACA----TAACA-GATGT-----T-TT-C--ACTCTC--G-TTCTGC-TA-T-AGA--A----CAGC-G-GAAG-T--A--CGAG------T---GTAA---ATTCAA----AAAT--CATCGAT-CCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CAATTCAGATA--ACGAAAAAA-----------TCACCA-G-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAAGCAT---------T------C-AAAAACCTCGAAGGC-GGAGTATCGGG-TTATGTCTAAA---------------A-----------------CCT-AA-AATATAAAAAATG-TGGTC
gi|3 : tggcCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AACG-CCCAGAATT--ATAA-A-GTCCCG----T-A--GA-GGAGG---AA-ATAAATAA---------AAAAAA-----AATTATTAAACTTTTTG--A-T-------------------A-TAAAA--TGACGAAGTAAAAAGTATC-AACTGATAACATTATCAACTT------TA--TT---CTAA---CATG----T-ACAGT-A--CATTTATTTT-CA-----CTC-TCTTTG--ATG-CTCT-CGGAAACAGACTC-CTTG--C--CAAAT-----GGCCACCACA----ACA-GTT--T-ACAAA-TA------GGG-TGCACAAGAACACTTTGGTCAAT------TA--C--AATTG----TTAATCCTCA--TCA-T---TGT-CTTGCC-A-----GTTCTTC-ATC--TTCCCCAAT---GGGA--GCCA------------C-AT-C-T-GGACACGT----TTCC-T-ATTTACA-ATAT-AATGAA---CAATT--TT-AATA---TAG-CAT-GCTT-C-T-C--AT-A-A--TCAAAAGAG-CA--TATACATTGTG---AATTCT-CAACCA-T-ATTGGTTT--ATAG-A-ATTGCCA------GAA-A--TTTGTC----GAAGTT--TGT-C--AATTTAAAAGC--TCAATTAAAATGAGTTTCC-AGAGTAGT-TA--TTGTC--TC---CGAG---G-GCTTTTGA-AAT---------------------------TGAAAG---TATC-TTTGAAAGCA-TGAACC----AGGAAAT--ATATGAGTT-TACAAT-AT--AG-TATG------TTAGTATA-TTG-----TATCTATT------GCAAACTCTTAAAATGAACAT-TTTTCT-------------ATAACGGGGATTGTTTA-------TTGGTTATCA-AGAA-TTACT--TTGG--G-CTGCCTTCA----------GCTAGTCATACTTCTGC-TCA---CA---------------T-CA----ACG--GA-ACATTAAA--TG-CATT-ATGGCTT--GAATGG-TTTGTAGGATG-TGCC-TT-GG--TG-TATT--------TGTACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAG--ATCC---ATG-GGC--ATATCAATCTTGG-TATCTGCAA--TGCGTGATTGCTTTA---------CGC----------CATT-GCGGAATTTGTAT-CTGAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCATGTT-CAGTTTTTGA--AATA--AACGATGT--AT-GCC-------ACAAAAAC-AGTCTGAT--T-GT-CATT-G--TA-CAATAAA-GTC-G--CCA-A---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCGAAAC-GGGCAAA-----AA-GCTTC---GAAA----CGG--------TACT--CC--CCAATCG-----A-----T-AA-------TTTTAC-ATT------ACAAA--TCACA----------T-ACAAAT-----------------------------------T--TGT-CA-T---G--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ATTC-A----AAAT--C-TCGATCCCGAAT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--G--AAAAAA-----------TC-CCA-GTTTTTC-----TCAA-ATT-TTATTT-TTTTTCT--AAA--AT---------T------CAAAAAA-CTCGA--GCTGG-----C-GT-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTTAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTc
gi|4 : GGCCAGCATTT-----TATT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AAC--CCCAGAATT--ATAA-A-GTTCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AA----T---TTAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTA---TATTCATTTT-CA-C-TGCTC-T-TTTG--ATG-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTA--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TA------GGA-TGCACAAG-ACA-ATTGGACA--------TA--AGTAATTG----TTAAT-TTCA--TCA-G---TGT-C-TGCC-A-----GTTCTTC-ATCCTTTCCACAAA---GGTA--G-CA------------C-AT-C-T-GGACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-AT-AATAAA---CAATT--TT-C--A---TAA-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--AATAAATTGTG---AAT-CT-C-ACCA-T-ATTGGTT---ATAG-A-TTTG-CA------GAA-A--TT--TT----GAAGTT--T-T-C--A--TGAAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TACC-AGAATAGTATAAGTTGTC--TC---CGTG---G-GGCTTTAACAATT----TATTCC--TA--CTT-TAA-AATGATAG---TATC-TTTGAAAGCA-TG-ACC----AGGAAAA--AGG-GGGTT-T-C--T-AT--AG-TATG------TTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCTTAGAATG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCA-CGAACTTACT--TTGGT-G-GGG----CA----------GCAAG-------------TCA---CA---------------T-CA----A-G--GA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CT--GAATGG-GTTATGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTA-------TGTACT-ACTAACTATCACC---------GAA-TGCAGCGACAGA-ATCC---ATG-GGC--ATATCA-TT-TGG-TATCTGC-AT-TGCGT---TGT-------------CAC----------T-TT-GCGG-ATTTG-----TAAC-ATCG-GGGT-C-AGTCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATT--AACG-TATC-AT-TCC-------AC--TAAC-A---------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGTTTC---GAAA----CGG--------TTCT--CC--G--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACAACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-C--T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TTGTAA---AATC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAGA--GGAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAC-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTAt
gi|5 : --CCCATAATT--ATA----GTCCCG----T-AG-GA-AGAGG---AA-ATAAA-AAATGAT---TAAAAAAGA---AATCAGT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TAAC-ACAT----------------T------TA--TT---CTGT---TATA----T-ACAGTA---CATTCATTTT-CA-T-TGCTC-T-TTTG--ATA-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TACATGTAGGA-TGCACAAG-ACA-GTTGGAAG--------TT--A--AATTG----TTAAT-TTCA--CCA-----------------------TTCTTC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA---------------T-C-T-GGGCA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-AT-AATGAA---CAATT--TT-G--A---TAA-CAT-GTTT-G-T-C--ATAA-A--TCAAAAGAC-CA--TATAACATATGAT-AATT-T-C-ACCA-T-AATC-TTC--ATAT-T-ATTG-CA------AACTA--TT--TTA---GAAGTT--T-T-C--A--TGAAAATCA-TATATTAAAATGAG-CACC-AGAGTAGTAT--GTTCTG--TC---CGTA---G-GGCTCTGACAATT----TAT-CCATC---CTT-TAA-AATGATGG---CATA-TTTGAAAGCA-CG-ACC----AGGAAAA--AGG-GGGTTAC-C--T--------CATG--------AGTATA-TTG-----CAACTATTAATATTGCCAACTCTTAAATTG-ACATACTTTTTTTTAACGGGGATCA-------------TTA-------T---TTATTA-AAAACTTACT--TTGGTGG-GGG----CA----------GCCAGTCATACGTTCTGCTCA---CA---------------T-CA----C-G--GA-TCATCAAA--TG-CATT-ACG--CT--GAATGG-GTTCAGGGA-C-TGCC-TTCAG--TG-CCTT--------TGTG-T-ACTAAATATCGCC----------AA-CG-ACCGACAGA-A------ATG----------------TGG-TATCTGC-AT-TGCGT---TGT-------------CGC----------T-TT-GCAG-ATTTGTGT-----C-ATCG-GGGT-C-AAACTCGCA-ACCC---T-CAACTTT--G--TATA--AACG-TGTA-AT-CTT-------AC--CAAC-A---------T-GT-CATT-G--TA-CAACAAA-GTT-G--TCAGG---------------AAG-TT------GT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TACT--AT--C--ATCT-----A-----TACA-------TTTTAC----------------------------------ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--A-C--TAT-CA-T-A-A--A----C--T-G-GAAA-T--A--CGAG------T-TTGTAA---ATTC-A----AAAT--C-TCGATCCCA-AT-A----CA-AC--T---------TT----G--A-CA--TGGGAAA--GAGAAAAAACCACT------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-CTATTTATTTTCCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CACGA--GC-GA-----CTGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-TAT--AAAAAATGCTGGCCTTAat
gi|6 : CATTT-----TTTTTTAAATTATTT----AAGTTTCC-GGAACATCCAAAATTT--ATAA-AAGTCCCGCAGGT-AG-GA-GGAGG---AATATAAA-AA----T---TGAAAAA-----AGTT-TT----TTTTTGGGA-T-------------------AGC---A--T--------------ATTC-AACT----------------T------TAAATT---ATGC---CATG----T-ACAGTAA--TTTTCATTTT-CA-TATAATCTT-TTTG--ATGCCTCT-CGGAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-C-CACTACACA-G-T--TAACAAA-TA------GGATTGCACAAG-ACA-GTTGGACATATTCTCTTA--A--AATTGT---TTAAT-CTCA--TCAGT---TGTGC-TGCC-ATTTTTCTTTTTC-ATCCTTTCCA-AAT---GGAA--G-CA------------CAATAC-TGGGACATA-----TTAC-T-A-ATTCA-A-AT-CATAAA---CAATT--TTCA--A---TAA-CAT-GCTT-G-TGT--ATAA-A--CC-AAAGAG-CA--TATAAATTGTG---AA-TCT-G-A-CA-T-ATTGG-TA--ATAG-ATCTTG-CA------G-A-A--TT--TCG---AAAGTG--T-T-C--AT-TGAAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TACC-CGAATA
gi|7 : catagaC-ATCG-GGGTTC-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATT--AACG-TATC-AT-TCC-------AC--TAAC-A---------T-GT-CACT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGTTTT---GAAA----CGG--------TTCT--CC--C--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACA-CT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCATG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-AA-T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ATTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--GAAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-CTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGAG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AAT--AAAAAATGTTGGCCTTA
gi|8 : tCCACG--GT-----AGAC-CTAACCATCC-G-T--TGT-CAGT-A-ATTAGCGTC--C-GAGAAGATCAA--CGAGGTTCAAT-CCGCAA---CACT-A----CAAT--C-TCGAT-CCG-AT-ATGGTCATAA--T---------TTTCGAG--A--A--TCGGAAA--t
gi|8 : catcccacagactctcacacAAAA-----------TC-----A-TTTAC-----TC-T-TGT-TTATGT-ATCTACT-ATAA--AC---------TACTCCGC-AAAAA-ATCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AAACCTATATTAAATACA-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTAcgatataaaccattataactcgcacaaaaattatttgcttagcagttcaaaatcatttactcttgtttatgtatctactataaactactccgcaaaaaatcgagcggcgggtttgtaaacctatattaaatacacctaaaaataaaaaaatgctggccttatttggccttatgtca
gi|9 : catcccacagactctcacacccacggtagacctaaccatccgttgtcagtaattagcgtccgagaagatcaacgaggttcaatccgcaacactacaatctcgatccgatatggtcataattttcgagaatcggaaacgatataaaccattataactcgcacaaaaattatttgcttagcagttcTTTT--G--GATACTAACGATATC-AT-TCTCTTTGTTAC--TAACCA---------T-GT-CAT--G--TGTCAATAA--GTC-GGCCCAGGGGAGTGATAAAAAATAAG-TTTGTATAGT--A---CGCGTGCCG-AAC-GGGCAAATTTTCGTTGTTTTA--GAAAAGGACGGG-------TTCT--CC--C--TTTC-----AGTATTTAAAATTTAGTTTTTA-AACTTATTAATCAAATGGC-CAGTAGAGAAAAT-ATGGACCTACCACG--GTTGGTAA-GCAC--ACCATC--GTT--TGT-CA-T-T-A--A----C--CTG-TGAG-T------GAG------T-TTGtttggccttatgtca
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 1111 1111 111 1 11 111 1111 111 33333333 22222 1 2222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 111 1111 111 111 1 1 11111 1111 1 111111 111 1 333333333333333 2222 222222222222222222222 111 33333333333333 2222222 111 11111111 222 111 111 11111 222 111 11111 33333 111111 11111 888888888888888888888888 111 1111 111111111111 22222222 11111 111111 1 77777777777777777777777777777777777777777 1111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 22222222 333333333 111111 22222222222222222 1 888888888888888888888888888888888888 1 1111 111 1 1111111 44444444444444444 11 333333333333333 1111111111 11111 111 1111 22222222 22222222222 1111111 333333333 2222222222 22222222222222 1111 11111111111 11111 111111 1111 1 1111 222222222 1111 11111 33333333333 11111 1 2222222222222222 11111 111 555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 00000 7777 8 7777 111 3 5 55 555 4444 6 99 6 111 6 6 33333333 55555 3 8888 99 6 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 111 111 4444 6 666 3 6 999 6 3 99 6 6 3 6 99 99 6 66666 6 4444 3 6 99 6 6 999999 333 3 77 777777777777777 0000 6 99 111111111111111111111 1 5 4 000 77 5 22222222222222 5 5 5 9999999 5 666 5 5 5 000 77 22222222 5 5 888 5 77 5 77 5 99 888 3 111 6 6 888 888 6 66666 6 000 6 999 99 6 6 66666 6 6 6 1 6 00000 999999 1 55555 55 555555555555555555555555 1 444 8 8 6 4444 99 1 6 555555555555 6 77777777 6 44444 11 666666 0 1 6 5 1 66666666666666666666666666666666666666666 6 1 99 77 5 2222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 99 6 5 1 33 77 5 5 0 5 5 5 5 77 5 1 33333333 6 0 222222222 8 5 88 777777 00000000000000000 8 0 88 111111111111111111111111111111111111 0 7777 6 6 5 5 5 555 5 66 66 777 0 66 5 8888888 55555555555555555 5 5 5 33 5 5 5 77 555555555555555 5 5 5 1111111111 5 5 5 44444 6 555 7777 66666666 1 66 66 66 66666666666 0 6666666 111111111 66 5 1111111111 5 3 11 66 66666666666666 2222 66 5 5 11111111111 66 5 5 4 33333 222222 4 888 1 5 0000 66 0 2 5 5 0000 5 66 000000000 0000 66 5 66 33333 66666666666 5 5 5 22222 777 5 5 0 66 5555555555555555 5 4 66 4 11111 4 4 222 222222222222222222222222222222222 4 66
lowQualScore : ..... .... . .... ... . . .. ... .... . .. . ... . . ........ ..... . .... .. . ........................................................................... .. ... ... .... . ... . . ... . . .. . . . . .. .. . ..... . .... . . .. . . ...... ... . .. ............... .... . .. ..................... . . . ... .. . .............. . . . ....... . ... . . . ... .. ........ . . ... . .. . .. . .. ... . ... . . ... ... . ..... . ... . ... .. . . ..... . . . . . ..... ...... . ..... .. ........................ . ... . . . .... .. . . ............ . ........ . ..... .. ...... . . . . . ......................................... . . .. .. . .... ................................................................ . .. . . . .. .. . . . . . . . .. . . ........ . . ......... . . .. ...... ................. . . .. .................................... . .... . . . . . ... . .. .. ... . .. . ....... ................. . . . .. . . . .. ............... . . . .......... . . . ..... . ... .... ........ . .. .. .. ........... . ....... ......... .. . .......... . . .. .. .............. .... .. . . ........... .. . . . ..... ...... . ... . . .... .. . . . . .... . .. ......... .... .. . .. ..... ........... . . . ..... ... . . . .. ................ . . .. . ..... . . ... ................................. . ..
lowQualScore : 00000 0000 0 0000 000 3 2 88 000 2222 7 22 7 777 7 7 22222222 88888 3 3333 22 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 777 777 2222 7 555 7 7 777 7 3 22 7 7 3 7 22 22 7 77777 7 2222 3 7 22 7 7 222222 333 3 77 333333333333333 8888 7 22 999999999999999999999 4 7 3 000 99 7 11111111111111 7 7 7 4444444 7 111 7 7 7 000 99 77777777 7 7 666 7 99 7 99 7 22 888 5 777 7 7 333 777 7 77777 7 888 3 555 22 7 7 00000 7 7 7 0 7 00000 000000 4 22222 88 666666666666666666666666 4 000 0 0 7 2222 22 0 7 555555555555 7 55555555 7 33333 11 444444 7 0 7 5 0 33333333333333333333333333333333333333333 7 0 22 44 7 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 22 7 7 7 66 99 4 7 4 7 7 7 7 99 7 4 66666666 7 8 000000000 0 0 88 888888 66666666666666666 0 6 88 222222222222222222222222222222222222 6 6666 7 7 7 7 7 777 7 99 99 666 0 44 7 6666666 99999999999999999 7 7 7 66 7 7 7 99 777777777777777 7 7 7 4444444444 7 7 7 33333 6 777 9999 44444444 0 99 99 99 66666666666 1 2222222 888888888 99 0 9999999999 0 0 55 99 44444444444444 0000 99 0 0 88888888888 99 0 0 4 11111 888888 4 888 0 0 6666 99 0 5 0 0 6666 0 99 000000000 6666 99 0 99 44444 22222222222 0 0 0 55555 555 0 0 0 99 4444444444444444 0 4 11 4 11111 4 4 222 888888888888888888888888888888888 4 33
consensus : GGCCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AAC-CCCAGAATT--ATAA-A-GTCCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AA----T---TAAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTAA--TATTCATTTT-CA-TATGCTC-T-TTTG--ATG-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TA------GG-A-TGCACAAG-ACA-NTTGGACA--------TA--A--AATTG----TTAAT-CTCA--TCA---TTGT-C-TGCC-A-----GTTCTTC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------C-AT-C-T-GGACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATGAA---CAATT--TT-G--A---TAG-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--TATAAATTGTG-T-AATTCT-C-ACCA-T-ATTGG---TTATAG-A-ATTG-C-----AGAA-A---TTTCG--GAAGTT--T-T-C--A--TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TNCC-AGAGTAGTATA-GTTGTC--T---CCGAG---G-GGCTTTGACAATT----TATCC--CT--CTT-TAA-AATGAAAG---TATC-TTTGAAAGCA-TG-ACC----AGGAAAA--ANG-GGGTT-T-C--T-AT--AG-TATG------TTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCTTAGANTG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCA-AGAACTTACT--TTGGT-G-GGG----CA----------GCNAG-------------TCA---CA---------------T-CA----A-G--GA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CT--GAATGG-GTTGTGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTA-------TGTACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAGA-ATCC---ATG-GGC--ATATC-A-TC-TGG-TATCTGCAAT-TGCGTG-TTGCT--TACGC--T-TT----------------GCGGAATTTGTAT-CTGAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATA--AACG-TGTC-AT-TCC-------AC-ACAAC-A---------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TNCT--CC--C--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACAACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-CA-T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ANTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--GNAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTA
Reference ( family-3080 ) : GGCCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AAC-CCCAGAATT--ATAA-A-GTCCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AA----T---TAAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTAA--TATTCATTTT-CA-TATGCTC-T-TTTG--ATG-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TA------GG-A-TGCACAAG-ACA-NTTGGACA--------TA--A--AATTG----TTAAT-CTCA--TCA---TTGT-C-TGCC-A-----GTTCTTC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------C-AT-C-T-GGACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATGAA---CAATT--TT-G--A---TAG-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--TATAAATTGTG-T-AATTCT-C-ACCA-T-ATTGG---TTATAG-A-ATTG-C-----AGAA-A---TTTCG--GAAGTT--T-T-C--A--TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TNCC-AGAGTAGTATA-GTTGTC--T---CCGAG---G-GGCTTTGACAATT----TATCC--C---CTT-TAA-AATGAAAG---TATC-TTTGAAAGCA-TG-ACC----AGGAAAA--ANG-GGGTT-T-C--T-AT--AG-TATG------TTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCTTAGANTG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCA-AGAACTTACT--TTGGT-G-GGG----CA----------GCNAG-------------TCA---CA---------------T-CA----A-G--GA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CT--GAATGG-GTTGTGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTA-------TGTACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAGA-ATCC---ATG-GGC--ATATC-A-TC-TGG-TATCTGCAAT-TGCGTG--TG----TACGC--T-TT----------------GCGGAATTTGTAT-CTGAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATA--AACG-TGTC-AT-TCC-------AC-ACAAC-A---------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TNCT--CC--C--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACAACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-CA-T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ANTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--GNAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTA
gi|1 : CCAGCATTTAAGTTTTTT----ATT-CTTTTTCAGGTTTAC-T-AAC-C--AGACTTTAATAA-AAGTCCCG----T-AT-GACGGAGG---AA-ATAAA-AA----TATATAAAAAGTGTCTAATT-TT----TTTAGG--AAT-------------------AAC---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--CTTCACTGCGGATATGACGGT-ACAGTAA--TATT---TTT-CA-TATGCTT-TGTTTGGAATG-CTCT-C-AAAACAGACTC-CTTGACC--C-AGT-----GGCCA-CACA----ACAAG-TCAT-ACAAAGTA------GG-G-GACACAAGCACA-CT-GGACA--------TT--A--AATTG----TTAAT-CTAA--TCAGATTTGT-C-TGCC-------GT--TTC-ATCCTTTTCA-AATTGAGGAAAGG-CA------------C-AT-C-T--GAGA-GCTATATTCC-TGA-TTAAG-A-ATTAATGAGTATCAA-A--TT-G--AGATTAG-CATAGCTTAG-T-CTTATAATATTCCAATAGAG-CGATTATAATTTGTG-T-AATTCT-G-ACAA-TCATTGGTTTTTATAG-A-ACTG-CATGAGAGAA-AATGTTATGC-GAAGTTGCT-T-CCAA--TGAAAAAAAA-TGAATTAAAATGAG-TTCCGAGAGT-GTA-A-GTTGTCGATCGGCCAAGCACA-AGCTTTGACAATTATTACATCC--CTCACTTATAACAATGAAAAAGCTATC-TTTGAAAGCCTTC-ACCTGGGAGTAAAA--ATG-GGAGT-T-A--T-ATGAAG-CAT-------TTAATATACTTGTGAGTTAT-TGTT------GCGTA----TAGACGG-GGAT-CATT-T-------------A---------------A-------T---TTTTCA-AGAACTTACTAGTGGGA-G-GGT----CA----------GCCAG-------------TCA---CATGTTCTTGCC-----T-CACATCA-C--GG-ACATTAAA--TGACATTAACGA-CT--GAA--G-GTTGTGGGA-GATGCC-TT-GGGATG-TATTA-------TGTACTCACTATAT-TTGCCTCAGGTTATGGA-TGGAGCGACAGATATTCGCAGTGTGGCCAATATC-A-TC-TGGTTGTTTGCAATATGCGTA--TG----TACAA--T-TTATTGTCCGCACGTCTAGCGGAATTTGGATATTGAA-AATGCGGGT-C-AATCTCGCAGACCAG--TACACTTTT--GAAAATA--AAAG-TGTCAAG-CCC-------ACAACACC-A---------TGGTGCATT-GGACG-AAATAAA-GTCTT--CCAGA---------------AAG-TT-GT-TAGTAAC---C---T-CCG-AAT-GGACAAA-----AACGTAACAGAAAAA----CAGAAAAAGACCACA--CCAGC--ACCGATAGAA-----TAAG-------TTTTAC-ATT------ACAAA--GC-CA----------TAAAAGATTTACT-CA--G-----------------ATCGAG-T--TGTACA-TCA-A--A----C--C-G-GAAG-T--AGTTAAG------T-TCGTAATTTAAT--A----AATT--C-TCGATCCGA-ATAG----CG-AATTT---------TT----GACA-CA--TCGG--------AGAAAA-----------TC-CAA-A-TTTTC-----TC-T-ATGATTATTT-TTTTTCTGAAAA--AT---------T------C--AAAA-CTCGA--GC-GG------GGG-TT-TGTA--AA---------------A-----------------CCTAAAGAATA-ATAAGATGCTGGC
gi|10 : gcAAG-TT-A--CGAG------TATCGT------CTC-ATTACAAATGACATCGATCCCG-AT-G----CA-AA--TATGTAGTTTTT----G--AACA--TCGGAAAATGTAAAAAGAGAGAGTATCCGCC-CTATA-TTTTGGGTGATC-AGATT-TAATTT-TTTTTCTAAAAA--ATCTATATACGT------C-GATAG-CTCGG--AG-GC-----CGGGTTT-TGT---AA---------------ACCAGCACTAAAAAATAACCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTt
gi|11 : gtaaaacgcaggtCC-A-----GGTCTTC-ATCCTTTC-ACAGT---GGAA--G-CATACTGATTCAAAC-AT-C-T-GGAGA-G-----TTCCAT-T-TTACA-A-A-TAATGAA---AAATT--TT-G--A---TAA-CAT-ACTT-G-T-C--ATAA-G--TCAAAAGAG-C
gi|12 : -----CATCCATT------GCAAACTCTTATAATG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---CTATCA-AGAACTTACT--TTGGT-G-GGG----CA----------ACAAG-------------TCA---TACGT------------T-CT----G-G--TC-ACATCAA
gi|13 : GGT-G-AGG----CAACA-------GCAAG-------------TCAATACG---------------TTCT----T-G--GATACATCAAAAATG-CATT-A-G--CT--GAAAGG-GTTATGGGA-G-TGCCATT-GG--TT-T-TTA-------Tggaa
gi|14 : G-ACC----AGGAAAA--AGG-GGGTT-T-C--T-AT--GG-TATACATGTATTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCT
gi|15 : AAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------T-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTT
gi|16 : -ACG--CT--GAAAGG-GTTATGGGA-G-TGCC-TT-GG--TT-TATTA-------TGTACT-ACgtgt
gi|17 : CT--CC--C--ATCA-----A-----TAAA-------TTTTACA-CT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGA
gi|18 : -C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AACT--AACG-T
gi|2 : CCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGTTTTACAG-AAC-CCTA-AATT--ATAAGA-GTCCCG----TTAGAGA-GGAGGGTAAA-AAAAA-AA---------AAAAAA-----AATA-TTCAACTTTTTG--A-TTATAGAAATTGGGAAAGTAA-C---AAAG--------------TATCCAACT----------------TGAATTCTA--GT---CTAC---GATG----TTACC-TAAAGTATTTATTTTTCACTATGCTC-T-TT-G--GTG-GTCTGC-GAAACAGACTCACTTG--CACC-AATCTGATGGCCA-CACA----ATATG-T--T-ACAA--TA------GGTC-TGCACAAG-ACA-CTTGTACA--------TATTA--AATTGGATATTAAT-CTCAGCTCA---TTA-----GCCGA-----GTTCTTCTAGCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------C-AT-CCT-ATGCA-GG----TTCC-T-A-TTACATA-A-TAATGAA---CATTTATTT-G--A---TAGGCAT-GCTT-TCT-C--ATAA-A--C-AAAAGAGGCA--TATAAATTGTG-TGAATACTTC-ACCACT-ATTGG---TTATAGTA-ATTG-C-----AGAA-AAT-TTTCG--AAAGTT--T-TTC--A--TC-TAA-GCAATCAATTGAAATGAG-TTCC-AGAGTAGTA-----TGTT--C---CCGAG---GTAGCTTTG-----------------------------AATGGAAG---TATCTTTTGAAAGCA-TG--CT----AGGAAAGTTATG-AGTTG-A-C--TAAT--AGTTATG-----------ATA-TT-----------ATA------GCAA---TTTAGAGT--ACAT--TTTCT-------------A-------------CTAGGCAATCT---TCATCATAGACTTTATT--CTAAT-ATGGT----CATGACTACTTTGCGCG-------------TCA---CATACGTTCTTGCTCATT-CA----A-GGCGA-AT-TAAAA--TG-CATT-ATG--CTGAGAATGGTTTTGTAGGA-G-TGTC-TT-GG--TGCTATTATGTCAAGTGTACT-ACTAAATATCACC---------GAACTGCAGCGACAGA-A-CC---ATG-GCC----ATC-AGTC-TGG-TATCTGCAAT-TGCGTGGTTGCTATTACGCCAT-TC----------------GCGGAGTTTGTAT-CTGACTATCG-GGGT-CGAATCTCGCA-ACCA---T--AGTTTT--G--AATA--AACG-TGTC-ATGTCC-------AC-ACAACTATTTGTTGATT-GT-CATTCGT-TG-CAATAAATGTC-G--TCAGA---------------AAGATT-GT-TAGT--CTCAC---T-CCG-AACGGGGCAAA-----GA-GCTTT---GAAAG---CGG--------TACCAACC--C--ATCGTATT-A-----CCAG-------TTTTAC-ATT----AAACAAA--AT-CC----------T-ACA----TAACA-GATGT-----T-TT-C--ACTCTC--G-TTCTGC-TA-T-AGA--A----CAGC-G-GAAG-T--A--CGAG------T---GTAA---ATTCAA----AAAT--CATCGAT-CCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CAATTCAGATA--ACGAAAAAA-----------TCACCA-G-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAAGCAT---------T------C-AAAAACCTCGAAGGC-GGAGTATCGGG-TTATGTCTAAA---------------A-----------------CCT-AA-AATATAAAAAATG-TGGTC
gi|3 : tggcCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AACGCCCAGAATT--ATAA-A-GTCCCG----T-A--GA-GGAGG---AA-ATAAATAA---------AAAAAA-----AATTATTAAACTTTTTG--A-T-------------------A-TAAAA--TGACGAAGTAAAAAGTATC-AACTGATAACATTATCAACTT------TA--TT---CTAA---CATG----T-ACAGT-A--CATTTATTTT-CA-----CTC-TCTTTG--ATG-CTCT-CGGAAACAGACTC-CTTG--C--CAAAT-----GGCCACCACA----ACA-GTT--T-ACAAA-TA------GG-G-TGCACAAGAACACTTTGGTCAAT------TA--C--AATTG----TTAATCCTCA--TCA---TTGT-CTTGCC-A-----GTTCTTC-ATC--TTCCCCAAT---GGGA--GCCA------------C-AT-C-T-GGACACGT----TTCC-T-ATTTACA-ATA-TAATGAA---CAATT--TT-AATA---TAG-CAT-GCTT-C-T-C--AT-A-A--TCAAAAGAG-CA--TATACATTGTG---AATTCT-CAACCA-T-ATTGGT--TTATAG-A-ATTGCC-----AGAA-A---TTT-GTCGAAGTT--TGT-C--AATTT-AAAAGC--TCAATTAAAATGAGTTTCC-AGAGTAGT-TA--TTGTC--T---CCGAG---G-GCTTTTGA-AAT--------------------------TGAAAG---TATC-TTTGAAAGCA-TGAACC----AGGAAAT--ATATGAGTT-TACAAT-AT--AG-TATG------TTAGTATA-TTG-----TATCTATT------GCAAACTCTTAAAATGAACAT-TTTTCT-------------ATAACGGGGATTGTTTA-------TTGGTTATCA-AGAA-TTACT--TTGG--G-CTGCCTTCA----------GCTAGTCATACTTCTGC-TCA---CA---------------T-CA----ACG--GA-ACATTAAA--TG-CATT-ATGGCTT--GAATGG-TTTGTAGGATG-TGCC-TT-GG--TG-TATT--------TGTACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAG--ATCC---ATG-GGC--ATATCAA-TCTTGG-TATCTGCAA--TGCGTGATTGCTT-TACGC--CATT----------------GCGGAATTTGTAT-CTGAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCATGTT-CAGTTTTTGA--AATA--AACGATGT--AT-GCC-------ACAAAAAC-AGTCTGAT--T-GT-CATT-G--TA-CAATAAA-GTC-G--CCA-A---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCGAAAC-GGGCAAA-----AA-GCTTC---GAAA----CGG--------TACT--CC--CCAATCG-----A-----T-AA-------TTTTAC-ATT------ACAAA--TCACA----------T-ACAAAT-----------------------------------T--TGT-CA-T---G--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ATTC-A----AAAT--C-TCGATCCCGAAT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--G--AAAAAA-----------TC-CCA-GTTTTTC-----TCAA-ATT-TTATTT-TTTTTCT--AAA--AT---------T------CAAAAAA-CTCGA--GCTGG-----C-GT-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTTAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTc
gi|4 : GGCCAGCATTT-----TATT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AAC-CCCAGAATT--ATAA-A-GTTCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AA----T---TTAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTA---TATTCATTTT-CA-C-TGCTC-T-TTTG--ATG-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTA--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TA------GG-A-TGCACAAG-ACA-ATTGGACA--------TA--AGTAATTG----TTAAT-TTCA--TCA---GTGT-C-TGCC-A-----GTTCTTC-ATCCTTTCCACAAA---GGTA--G-CA------------C-AT-C-T-GGACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATAAA---CAATT--TT-C--A---TAA-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--AATAAATTGTG---AAT-CT-C-ACCA-T-ATTGG---TTATAG-A-TTTG-C-----AGAA-A---TTTTG---AAGTT--T-T-C--A--TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TACC-AGAATAGTATAAGTTGTC--T---CCGTG---G-GGCTTTAACAATT----TATTC--CTA-CTT-TAA-AATGATAG---TATC-TTTGAAAGCA-TG-ACC----AGGAAAA--AGG-GGGTT-T-C--T-AT--AG-TATG------TTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCTTAGAATG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCA-CGAACTTACT--TTGGT-G-GGG----CA----------GCAAG-------------TCA---CA---------------T-CA----A-G--GA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CT--GAATGG-GTTATGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTA-------TGTACT-ACTAACTATCACC---------GAA-TGCAGCGACAGA-ATCC---ATG-GGC--ATATC-A-TT-TGG-TATCTGC-AT-TGCGT---TG----T-CAC--T-TT----------------GCGG-ATTTGTA-----AC-ATCG-GGGT-C-AGTCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATT--AACG-TATC-AT-TCC-------AC--TAAC-A---------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGTTTC---GAAA----CGG--------TTCT--CC--G--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACAACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-C--T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TTGTAA---AATC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAGA--GGAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAC-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTAt
gi|5 : -CCCATAATT--ATA----GTCCCG----T-AG-GA-AGAGG---AA-ATAAA-AAATGAT---TAAAAAAGA---AATCAGT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TAAC-ACAT----------------T------TA--TT---CTGT---TATA----T-ACAGTA---CATTCATTTT-CA-T-TGCTC-T-TTTG--ATA-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TACATGTAGG-A-TGCACAAG-ACA-GTTGGAAG--------TT--A--AATTG----TTAAT-TTCA--CCA---TT-------------------CTTC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA---------------T-C-T-GGGCA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATGAA---CAATT--TT-G--A---TAA-CAT-GTTT-G-T-C--ATAA-A--TCAAAAGAC-CA--TATAACATATGAT-AATT-T-C-ACCA-T-AATCT---TCATAT-T-ATTG-C-----AAACTA---TTTTA--GAAGTT--T-T-C--A--TG-AAAATCA-TATATTAAAATGAG-CACC-AGAGTAGTAT--GTTCTG--T---CCGTA---G-GGCTCTGACAATT----TATCCATC---CTT-TAA-AATGATGG---CATA-TTTGAAAGCA-CG-ACC----AGGAAAA--AGG-GGGTTAC-C--T--------CATG--------AGTATA-TTG-----CAACTATTAATATTGCCAACTCTTAAATTG-ACATACTTTTTTTTAACGGGGATCA-------------TTA-------T---TTATTA-AAAACTTACT--TTGGTGG-GGG----CA----------GCCAGTCATACGTTCTGCTCA---CA---------------T-CA----C-G--GA-TCATCAAA--TG-CATT-ACG--CT--GAATGG-GTTCAGGGA-C-TGCC-TTCAG--TG-CCTT--------TGTG-T-ACTAAATATCGCC----------AA-CG-ACCGACAGA-A------ATG-----------------TGG-TATCTGC-AT-TGCGT---TG----T-CGC--T-TT----------------GCAG-ATTTGTGT-----C-ATCG-GGGT-C-AAACTCGCA-ACCC---T-CAACTTT--G--TATA--AACG-TGTA-AT-CTT-------AC--CAAC-A---------T-GT-CATT-G--TA-CAACAAA-GTT-G--TCAGG---------------AAG-TT------GT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TACT--AT--C--ATCT-----A-----TACA-------TTTTAC----------------------------------ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--A-C--TAT-CA-T-A-A--A----C--T-G-GAAA-T--A--CGAG------T-TTGTAA---ATTC-A----AAAT--C-TCGATCCCA-AT-A----CA-AC--T---------TT----G--A-CA--TGGGAAA--GAGAAAAAACCACT------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-CTATTTATTTTCCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CACGA--GC-GA-----CTGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-TAT--AAAAAATGCTGGCCTTAat
gi|6 : CATTT-----TTTTTTAAATTATTT----AAGTTTCC-GGAACATCCAAAATTT-ATAA-AAGTCCCGCAGGT-AG-GA-GGAGG---AATATAAA-AA----T---TGAAAAA-----AGTT-TT----TTTTTGGGA-T-------------------AGC---A--T--------------ATTC-AACT----------------T------TAAATT---ATGC---CATG----T-ACAGTAA--TTTTCATTTT-CA-TATAATCTT-TTTG--ATGCCTCT-CGGAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-C-CACTACACA-G-T--TAACAAA-TA------GG-ATTGCACAAG-ACA-GTTGGACATATTCTCTTA--A--AATTGT---TTAAT-CTCA--TCAG--TTGTGC-TGCC-ATTTTTCTTTTTC-ATCCTTTCCA-AAT---GGAA--G-CA------------CAATAC-TGGGACATA-----TTAC-T-A-ATTCA-A-A-TCATAAA---CAATT--TTCA--A---TAA-CAT-GCTT-G-TGT--ATAA-A--CC-AAAGAG-CA--TATAAATTGTG---AA-TCT-G-A-CA-T-ATTGG---TAATAG-ATCTTG-C-----AG-A-A---TTTCG--AAAGTG--T-T-C--AT-TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TACC-CGAATA
gi|7 : catagaC-ATCG-GGGTTC-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATT--AACG-TATC-AT-TCC-------AC--TAAC-A---------T-GT-CACT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGTTTT---GAAA----CGG--------TTCT--CC--C--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACA-CT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCATG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-AA-T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ATTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--GAAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-CTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGAG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AAT--AAAAAATGTTGGCCTTA
gi|8 : tCCACG--GT-----AGAC-CTAACCATCC-G-T--TGT-CAGT-A-ATTAGCGTC--C-GAGAAGATCAA--CGAGGTTCAAT-CCGCAA---CACT-A----CAAT--C-TCGAT-CCG-AT-ATGGTCATAA--T---------TTTCGAG--A--A--TCGGAAA--t
gi|8 : catcccacagactctcacacAAAA-----------TC-----A-TTTAC-----TC-T-TGT-TTATGT-ATCTACT-ATAA--AC---------TACTCCGC-AAAAA-ATCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AAACCTATATTAAATACA-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTAcgatataaaccattataactcgcacaaaaattatttgcttagcagttcaaaatcatttactcttgtttatgtatctactataaactactccgcaaaaaatcgagcggcgggtttgtaaacctatattaaatacacctaaaaataaaaaaatgctggccttatttggccttatgtca
gi|9 : catcccacagactctcacacccacggtagacctaaccatccgttgtcagtaattagcgtccgagaagatcaacgaggttcaatccgcaacactacaatctcgatccgatatggtcataattttcgagaatcggaaacgatataaaccattataactcgcacaaaaattatttgcttagcagttcTTTT--G--GATACTAACGATATC-AT-TCTCTTTGTTAC-TAACC-A---------T-GT-CAT--G--TGTCAATAA--GTC-GGCCCAGGGGAGTGATAAAAAATAAG-TTTGTATAGT--A---CGCGTGCCG-AAC-GGGCAAATTTTCGTTGTTTTA--GAAAAGGACGGG-------TTCT--CC--C--TTTC-----AGTATTTAAAATTTAGTTTTTA-AACTTATTAATCAAATGGC-CAGTAGAGAAAAT-ATGGACCTACCACG--GTTGGTAA-GCAC--ACCATC--GTT--TGT-CA-T-T-A--A----C--CTG-TGAG-T------GAG------T-TTGtttggccttatgtca
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 1111 1111 111 1 11 111 1111 111 33333333 22222 1 2222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 111 1111 111 111 1 1 11111 1111 1 111111 111 1 333333333333333 2222 222222222222222222222 111 33333333333333 2222222 111 11111111 222 111 111 11111 222 111 11111 33333 111111 11111 88888888888888888888888 111 1111 111111111111 22222222 11111 111111 1 77777777777777777777777777777777777777777 1111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 22222222 333333333 111111 22222222222222222 1 11111 6666666666666666666 1 1111 111 1 1111111 44444444444444444 11 333333333333333 1111111111 11111 111 1111 22222222 22222222222 1111111 333333333 2222222222 22222222222222 1111 11111111111 11111 111111 1111 1 1111 222222222 1111 11111 33333333333 11111 1 2222222222222222 11111 111 555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 00000 7777 8 7777 111 3 5 55 555 4444 6 99 6 111 6 6 33333333 55555 3 8888 99 6 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 111 111 4444 6 666 3 6 999 6 3 99 6 6 3 6 99 99 6 66666 6 4444 3 6 99 6 6 999999 333 3 77 777777777777777 0000 6 99 111111111111111111111 1 5 4 000 77 5 22222222222222 5 5 5 9999999 5 666 5 5 5 000 77 22222222 5 5 888 5 77 5 77 5 99 888 3 111 6 6 888 888 6 66666 6 000 6 999 99 6 6 66666 6 6 6 1 6 00000 999999 1 55555 55 22222222222222222222222 1 444 8 8 6 4444 99 1 6 555555555555 6 77777777 6 44444 11 666666 0 1 6 5 1 66666666666666666666666666666666666666666 6 1 99 77 5 2222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 99 6 5 1 33 77 5 5 0 5 5 5 5 77 5 1 33333333 6 0 222222222 8 5 88 777777 00000000000000000 8 0 88 99999 8 5555555555555555555 8 0 7777 6 6 5 5 5 555 5 66 66 777 0 66 5 8888888 55555555555555555 5 5 5 33 5 5 5 77 555555555555555 5 5 5 1111111111 5 5 5 44444 6 555 7777 66666666 1 66 66 66 66666666666 0 6666666 111111111 66 5 1111111111 5 3 11 66 66666666666666 2222 66 5 5 11111111111 66 5 5 4 33333 222222 4 888 1 5 0000 66 0 2 5 5 0000 5 66 000000000 0000 66 5 66 33333 66666666666 5 5 5 22222 777 5 5 0 66 5555555555555555 5 4 66 4 11111 4 4 222 222222222222222222222222222222222 4 66
lowQualScore : ..... .... . .... ... . . .. ... .... . .. . ... . . ........ ..... . .... .. . ........................................................................... .. ... ... .... . ... . . ... . . .. . . . . .. .. . ..... . .... . . .. . . ...... ... . .. ............... .... . .. ..................... . . . ... .. . .............. . . . ....... . ... . . . ... .. ........ . . ... . .. . .. . .. ... . ... . . ... ... . ..... . ... . ... .. . . ..... . . . . . ..... ...... . ..... .. ....................... . ... . . . .... .. . . ............ . ........ . ..... .. ...... . . . . . ......................................... . . .. .. . .... ................................................................ . .. . . . .. .. . . . . . . . .. . . ........ . . ......... . . .. ...... ................. . . .. ..... . ................... . . .... . . . . . ... . .. .. ... . .. . ....... ................. . . . .. . . . .. ............... . . . .......... . . . ..... . ... .... ........ . .. .. .. ........... . ....... ......... .. . .......... . . .. .. .............. .... .. . . ........... .. . . . ..... ...... . ... . . .... .. . . . . .... . .. ......... .... .. . .. ..... ........... . . . ..... ... . . . .. ................ . . .. . ..... . . ... ................................. . ..
lowQualScore : 00000 0000 0 0000 000 3 2 88 000 2222 7 22 7 777 7 7 22222222 88888 3 3333 22 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 777 777 2222 7 555 7 7 777 7 3 22 7 7 3 7 22 22 7 77777 7 2222 3 7 22 7 7 222222 333 3 77 333333333333333 8888 7 22 999999999999999999999 4 7 3 000 99 7 11111111111111 7 7 7 4444444 7 111 7 7 7 000 99 77777777 7 7 666 7 99 7 99 7 22 888 5 777 7 7 333 777 7 77777 7 888 3 555 22 7 7 00000 7 7 7 0 7 00000 000000 4 22222 88 22222222222222222222222 4 000 0 0 7 2222 22 0 7 555555555555 7 55555555 7 33333 11 444444 7 0 7 5 0 33333333333333333333333333333333333333333 7 0 22 44 7 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 22 7 7 7 66 99 4 7 4 7 7 7 7 99 7 4 66666666 7 8 000000000 0 0 88 888888 66666666666666666 0 6 88 88888 0 0000000000000000000 0 6 6666 7 7 7 7 7 777 7 99 99 666 0 44 7 6666666 99999999999999999 7 7 7 66 7 7 7 99 777777777777777 7 7 7 4444444444 7 7 7 33333 6 777 9999 44444444 0 99 99 99 66666666666 1 2222222 888888888 99 0 9999999999 0 0 55 99 44444444444444 0000 99 0 0 88888888888 99 0 0 4 11111 888888 4 888 0 0 6666 99 0 5 0 0 6666 0 99 000000000 6666 99 0 99 44444 22222222222 0 0 0 55555 555 0 0 0 99 4444444444444444 0 4 11 4 11111 4 4 222 888888888888888888888888888888888 4 33
consensus : GGCCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AAC-CCCAGAATT--ATAA-A-GTCCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AA----T---TAAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTAA--TATTCATTTT-CA-TATGCTC-T-TTTG--ATG-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TA------GG-A-TGCACAAG-ACA-NTTGGACA--------TA--A--AATTG----TTAAT-CTCA--TCA---TTGT-C-TGCC-A-----GTTCTTC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------C-AT-C-T-GGACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATGAA---CAATT--TT-G--A---TAG-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--TATAAATTGTG-T-AATTCT-C-ACCA-T-ATTGG---TTATAG-A-ATTG-C-----AGAA-A---TTTCG--GAAGTT--T-T-C--A--TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TNCC-AGAGTAGTATA-GTTGTC--T---CCGAG---G-GGCTTTGACAATT----TATCCCT--C-TT-TAA-AATGAAAG---TATC-TTTGAAAGCA-TG-ACC----AGGAAAA--ANG-GGGTT-T-C--T-AT--AG-TATG------TTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCTTAGANTG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCA-AGAACTTACT--TTGGT-G-GGG----CA----------GCNAG-------------TCA---CA---------------T-CA----A-G--GA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CT--GAATGG-GTTGTGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTA-------TGTACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAGA-ATCC---ATG-GGC--ATATC-A-TC-TGG-TATCTGCAAT-TGCGT-G-T-TGCTA-TTA-----CGC---T-TT-GCGGAATTTGTAT-CTGAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATA--AACG-TGTC-AT-TCC-------AC-ACAAC-A---------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TNCT--CC--C--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACAACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-CA-T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ANTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--GNAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTA
Reference ( family-3080 ) : GGCCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AAC-CCCAGAATT--ATAA-A-GTCCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AA----T---TAAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTAA--TATTCATTTT-CA-TATGCTC-T-TTTG--ATG-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TA------GG-A-TGCACAAG-ACA-NTTGGACA--------TA--A--AATTG----TTAAT-CTCA--TCA---TTGT-C-TGCC-A-----GTTCTTC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------C-AT-C-T-GGACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATGAA---CAATT--TT-G--A---TAG-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--TATAAATTGTG-T-AATTCT-C-ACCA-T-ATTGG---TTATAG-A-ATTG-C-----AGAA-A---TTTCG--GAAGTT--T-T-C--A--TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TNCC-AGAGTAGTATA-GTTGTC--T---CCGAG---G-GGCTTTGACAATT----TATCCCT--C-TT-TAA-AATGAAAG---TATC-TTTGAAAGCA-TG-ACC----AGGAAAA--ANG-GGGTT-T-C--T-AT--AG-TATG------TTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCTTAGANTG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCA-AGAACTTACT--TTGGT-G-GGG----CA----------GCNAG-------------TCA---CA---------------T-CA----A-G--GA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CT--GAATGG-GTTGTGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTA-------TGTACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAGA-ATCC---ATG-GGC--ATATC-A-TC-TGG-TATCTGCAAT-TGCGT-G-T-TGC---TTA-----CGC---T-TT-GCGGAATTTGTAT-CTGAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATA--AACG-TGTC-AT-TCC-------AC-ACAAC-A---------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TNCT--CC--C--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACAACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-CA-T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ANTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--GNAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTA
gi|1 : CCAGCATTTAAGTTTTTT----ATT-CTTTTTCAGGTTTAC-T-AAC-C--AGACTTTAATAA-AAGTCCCG----T-AT-GACGGAGG---AA-ATAAA-AA----TATATAAAAAGTGTCTAATT-TT----TTTAGG--AAT-------------------AAC---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--CTTCACTGCGGATATGACGGT-ACAGTAA--TATT---TTT-CA-TATGCTT-TGTTTGGAATG-CTCT-C-AAAACAGACTC-CTTGACC--C-AGT-----GGCCA-CACA----ACAAG-TCAT-ACAAAGTA------GG-G-GACACAAGCACA-CT-GGACA--------TT--A--AATTG----TTAAT-CTAA--TCAGATTTGT-C-TGCC-------GT--TTC-ATCCTTTTCA-AATTGAGGAAAGG-CA------------C-AT-C-T--GAGA-GCTATATTCC-TGA-TTAAG-A-ATTAATGAGTATCAA-A--TT-G--AGATTAG-CATAGCTTAG-T-CTTATAATATTCCAATAGAG-CGATTATAATTTGTG-T-AATTCT-G-ACAA-TCATTGGTTTTTATAG-A-ACTG-CATGAGAGAA-AATGTTATGC-GAAGTTGCT-T-CCAA--TGAAAAAAAA-TGAATTAAAATGAG-TTCCGAGAGT-GTA-A-GTTGTCGATCGGCCAAGCACA-AGCTTTGACAATTATTACATCCCTCAC-TTATAACAATGAAAAAGCTATC-TTTGAAAGCCTTC-ACCTGGGAGTAAAA--ATG-GGAGT-T-A--T-ATGAAG-CAT-------TTAATATACTTGTGAGTTAT-TGTT------GCGTA----TAGACGG-GGAT-CATT-T-------------A---------------A-------T---TTTTCA-AGAACTTACTAGTGGGA-G-GGT----CA----------GCCAG-------------TCA---CATGTTCTTGCC-----T-CACATCA-C--GG-ACATTAAA--TGACATTAACGA-CT--GAA--G-GTTGTGGGA-GATGCC-TT-GGGATG-TATTA-------TGTACTCACTATAT-TTGCCTCAGGTTATGGA-TGGAGCGACAGATATTCGCAGTGTGGCCAATATC-A-TC-TGGTTGTTTGCAATATGCGT-A-TGTACAATTTATTGTCCGCACGT-CTAGCGGAATTTGGATATTGAA-AATGCGGGT-C-AATCTCGCAGACCAG--TACACTTTT--GAAAATA--AAAG-TGTCAAG-CCC-------ACAACACC-A---------TGGTGCATT-GGACG-AAATAAA-GTCTT--CCAGA---------------AAG-TT-GT-TAGTAAC---C---T-CCG-AAT-GGACAAA-----AACGTAACAGAAAAA----CAGAAAAAGACCACA--CCAGC--ACCGATAGAA-----TAAG-------TTTTAC-ATT------ACAAA--GC-CA----------TAAAAGATTTACT-CA--G-----------------ATCGAG-T--TGTACA-TCA-A--A----C--C-G-GAAG-T--AGTTAAG------T-TCGTAATTTAAT--A----AATT--C-TCGATCCGA-ATAG----CG-AATTT---------TT----GACA-CA--TCGG--------AGAAAA-----------TC-CAA-A-TTTTC-----TC-T-ATGATTATTT-TTTTTCTGAAAA--AT---------T------C--AAAA-CTCGA--GC-GG------GGG-TT-TGTA--AA---------------A-----------------CCTAAAGAATA-ATAAGATGCTGGC
gi|10 : gcAAG-TT-A--CGAG------TATCGT------CTC-ATTACAAATGACATCGATCCCG-AT-G----CA-AA--TATGTAGTTTTT----G--AACA--TCGGAAAATGTAAAAAGAGAGAGTATCCGCC-CTATA-TTTTGGGTGATC-AGATT-TAATTT-TTTTTCTAAAAA--ATCTATATACGT------C-GATAG-CTCGG--AG-GC-----CGGGTTT-TGT---AA---------------ACCAGCACTAAAAAATAACCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTt
gi|11 : gtaaaacgcaggtCC-A-----GGTCTTC-ATCCTTTC-ACAGT---GGAA--G-CATACTGATTCAAAC-AT-C-T-GGAGA-G-----TTCCAT-T-TTACA-A-A-TAATGAA---AAATT--TT-G--A---TAA-CAT-ACTT-G-T-C--ATAA-G--TCAAAAGAG-C
gi|12 : -----CATCCATT------GCAAACTCTTATAATG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---CTATCA-AGAACTTACT--TTGGT-G-GGG----CA----------ACAAG-------------TCA---TACGT------------T-CT----G-G--TC-ACATCAA
gi|13 : GGT-G-AGG----CAACA-------GCAAG-------------TCAATACG---------------TTCT----T-G--GATACATCAAAAATG-CATT-A-G--CT--GAAAGG-GTTATGGGA-G-TGCCATT-GG--TT-T-TTA-------Tggaa
gi|14 : G-ACC----AGGAAAA--AGG-GGGTT-T-C--T-AT--GG-TATACATGTATTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCT
gi|15 : AAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------T-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTT
gi|16 : -ACG--CT--GAAAGG-GTTATGGGA-G-TGCC-TT-GG--TT-TATTA-------TGTACT-ACgtgt
gi|17 : CT--CC--C--ATCA-----A-----TAAA-------TTTTACA-CT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGA
gi|18 : -C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AACT--AACG-T
gi|2 : CCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGTTTTACAG-AAC-CCTA-AATT--ATAAGA-GTCCCG----TTAGAGA-GGAGGGTAAA-AAAAA-AA---------AAAAAA-----AATA-TTCAACTTTTTG--A-TTATAGAAATTGGGAAAGTAA-C---AAAG--------------TATCCAACT----------------TGAATTCTA--GT---CTAC---GATG----TTACC-TAAAGTATTTATTTTTCACTATGCTC-T-TT-G--GTG-GTCTGC-GAAACAGACTCACTTG--CACC-AATCTGATGGCCA-CACA----ATATG-T--T-ACAA--TA------GGTC-TGCACAAG-ACA-CTTGTACA--------TATTA--AATTGGATATTAAT-CTCAGCTCA---TTA-----GCCGA-----GTTCTTCTAGCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------C-AT-CCT-ATGCA-GG----TTCC-T-A-TTACATA-A-TAATGAA---CATTTATTT-G--A---TAGGCAT-GCTT-TCT-C--ATAA-A--C-AAAAGAGGCA--TATAAATTGTG-TGAATACTTC-ACCACT-ATTGG---TTATAGTA-ATTG-C-----AGAA-AAT-TTTCG--AAAGTT--T-TTC--A--TC-TAA-GCAATCAATTGAAATGAG-TTCC-AGAGTAGTA-----TGTT--C---CCGAG---GTAGCTTTG----------------------------AATGGAAG---TATCTTTTGAAAGCA-TG--CT----AGGAAAGTTATG-AGTTG-A-C--TAAT--AGTTATG-----------ATA-TT-----------ATA------GCAA---TTTAGAGT--ACAT--TTTCT-------------A-------------CTAGGCAATCT---TCATCATAGACTTTATT--CTAAT-ATGGT----CATGACTACTTTGCGCG-------------TCA---CATACGTTCTTGCTCATT-CA----A-GGCGA-AT-TAAAA--TG-CATT-ATG--CTGAGAATGGTTTTGTAGGA-G-TGTC-TT-GG--TGCTATTATGTCAAGTGTACT-ACTAAATATCACC---------GAACTGCAGCGACAGA-A-CC---ATG-GCC----ATC-AGTC-TGG-TATCTGCAAT-TGCGTGG-T-TGCTA-TTA-----CGCCA-T-TC-GCGGAGTTTGTAT-CTGACTATCG-GGGT-CGAATCTCGCA-ACCA---T--AGTTTT--G--AATA--AACG-TGTC-ATGTCC-------AC-ACAACTATTTGTTGATT-GT-CATTCGT-TG-CAATAAATGTC-G--TCAGA---------------AAGATT-GT-TAGT--CTCAC---T-CCG-AACGGGGCAAA-----GA-GCTTT---GAAAG---CGG--------TACCAACC--C--ATCGTATT-A-----CCAG-------TTTTAC-ATT----AAACAAA--AT-CC----------T-ACA----TAACA-GATGT-----T-TT-C--ACTCTC--G-TTCTGC-TA-T-AGA--A----CAGC-G-GAAG-T--A--CGAG------T---GTAA---ATTCAA----AAAT--CATCGAT-CCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CAATTCAGATA--ACGAAAAAA-----------TCACCA-G-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAAGCAT---------T------C-AAAAACCTCGAAGGC-GGAGTATCGGG-TTATGTCTAAA---------------A-----------------CCT-AA-AATATAAAAAATG-TGGTC
gi|3 : tggcCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AACGCCCAGAATT--ATAA-A-GTCCCG----T-A--GA-GGAGG---AA-ATAAATAA---------AAAAAA-----AATTATTAAACTTTTTG--A-T-------------------A-TAAAA--TGACGAAGTAAAAAGTATC-AACTGATAACATTATCAACTT------TA--TT---CTAA---CATG----T-ACAGT-A--CATTTATTTT-CA-----CTC-TCTTTG--ATG-CTCT-CGGAAACAGACTC-CTTG--C--CAAAT-----GGCCACCACA----ACA-GTT--T-ACAAA-TA------GG-G-TGCACAAGAACACTTTGGTCAAT------TA--C--AATTG----TTAATCCTCA--TCA---TTGT-CTTGCC-A-----GTTCTTC-ATC--TTCCCCAAT---GGGA--GCCA------------C-AT-C-T-GGACACGT----TTCC-T-ATTTACA-ATA-TAATGAA---CAATT--TT-AATA---TAG-CAT-GCTT-C-T-C--AT-A-A--TCAAAAGAG-CA--TATACATTGTG---AATTCT-CAACCA-T-ATTGGT--TTATAG-A-ATTGCC-----AGAA-A---TTT-GTCGAAGTT--TGT-C--AATTT-AAAAGC--TCAATTAAAATGAGTTTCC-AGAGTAGT-TA--TTGTC--T---CCGAG---G-GCTTTTGA-AAT-------------------------TGAAAG---TATC-TTTGAAAGCA-TGAACC----AGGAAAT--ATATGAGTT-TACAAT-AT--AG-TATG------TTAGTATA-TTG-----TATCTATT------GCAAACTCTTAAAATGAACAT-TTTTCT-------------ATAACGGGGATTGTTTA-------TTGGTTATCA-AGAA-TTACT--TTGG--G-CTGCCTTCA----------GCTAGTCATACTTCTGC-TCA---CA---------------T-CA----ACG--GA-ACATTAAA--TG-CATT-ATGGCTT--GAATGG-TTTGTAGGATG-TGCC-TT-GG--TG-TATT--------TGTACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAG--ATCC---ATG-GGC--ATATCAA-TCTTGG-TATCTGCAA--TGCGT-GAT-TGCT--TTA-----CGC---CATT-GCGGAATTTGTAT-CTGAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCATGTT-CAGTTTTTGA--AATA--AACGATGT--AT-GCC-------ACAAAAAC-AGTCTGAT--T-GT-CATT-G--TA-CAATAAA-GTC-G--CCA-A---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCGAAAC-GGGCAAA-----AA-GCTTC---GAAA----CGG--------TACT--CC--CCAATCG-----A-----T-AA-------TTTTAC-ATT------ACAAA--TCACA----------T-ACAAAT-----------------------------------T--TGT-CA-T---G--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ATTC-A----AAAT--C-TCGATCCCGAAT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--G--AAAAAA-----------TC-CCA-GTTTTTC-----TCAA-ATT-TTATTT-TTTTTCT--AAA--AT---------T------CAAAAAA-CTCGA--GCTGG-----C-GT-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTTAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTc
gi|4 : GGCCAGCATTT-----TATT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AAC-CCCAGAATT--ATAA-A-GTTCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AA----T---TTAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTA---TATTCATTTT-CA-C-TGCTC-T-TTTG--ATG-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTA--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TA------GG-A-TGCACAAG-ACA-ATTGGACA--------TA--AGTAATTG----TTAAT-TTCA--TCA---GTGT-C-TGCC-A-----GTTCTTC-ATCCTTTCCACAAA---GGTA--G-CA------------C-AT-C-T-GGACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATAAA---CAATT--TT-C--A---TAA-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--AATAAATTGTG---AAT-CT-C-ACCA-T-ATTGG---TTATAG-A-TTTG-C-----AGAA-A---TTTTG---AAGTT--T-T-C--A--TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TACC-AGAATAGTATAAGTTGTC--T---CCGTG---G-GGCTTTAACAATT----TATTCCTA-C-TT-TAA-AATGATAG---TATC-TTTGAAAGCA-TG-ACC----AGGAAAA--AGG-GGGTT-T-C--T-AT--AG-TATG------TTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCTTAGAATG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCA-CGAACTTACT--TTGGT-G-GGG----CA----------GCAAG-------------TCA---CA---------------T-CA----A-G--GA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CT--GAATGG-GTTATGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTA-------TGTACT-ACTAACTATCACC---------GAA-TGCAGCGACAGA-ATCC---ATG-GGC--ATATC-A-TT-TGG-TATCTGC-AT-TGC---G-T-TGT-----------CAC---T-TT-GCGG-ATTTGTA-----AC-ATCG-GGGT-C-AGTCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATT--AACG-TATC-AT-TCC-------AC--TAAC-A---------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGTTTC---GAAA----CGG--------TTCT--CC--G--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACAACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-C--T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TTGTAA---AATC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAGA--GGAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAC-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTAt
gi|5 : -CCCATAATT--ATA----GTCCCG----T-AG-GA-AGAGG---AA-ATAAA-AAATGAT---TAAAAAAGA---AATCAGT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TAAC-ACAT----------------T------TA--TT---CTGT---TATA----T-ACAGTA---CATTCATTTT-CA-T-TGCTC-T-TTTG--ATA-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TACATGTAGG-A-TGCACAAG-ACA-GTTGGAAG--------TT--A--AATTG----TTAAT-TTCA--CCA---TT-------------------CTTC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA---------------T-C-T-GGGCA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATGAA---CAATT--TT-G--A---TAA-CAT-GTTT-G-T-C--ATAA-A--TCAAAAGAC-CA--TATAACATATGAT-AATT-T-C-ACCA-T-AATCT---TCATAT-T-ATTG-C-----AAACTA---TTTTA--GAAGTT--T-T-C--A--TG-AAAATCA-TATATTAAAATGAG-CACC-AGAGTAGTAT--GTTCTG--T---CCGTA---G-GGCTCTGACAATT----TATCCAT--CCTT-TAA-AATGATGG---CATA-TTTGAAAGCA-CG-ACC----AGGAAAA--AGG-GGGTTAC-C--T--------CATG--------AGTATA-TTG-----CAACTATTAATATTGCCAACTCTTAAATTG-ACATACTTTTTTTTAACGGGGATCA-------------TTA-------T---TTATTA-AAAACTTACT--TTGGTGG-GGG----CA----------GCCAGTCATACGTTCTGCTCA---CA---------------T-CA----C-G--GA-TCATCAAA--TG-CATT-ACG--CT--GAATGG-GTTCAGGGA-C-TGCC-TTCAG--TG-CCTT--------TGTG-T-ACTAAATATCGCC----------AA-CG-ACCGACAGA-A------ATG-----------------TGG-TATCTGC-AT-TGC---G-T-TGT-----------CGC---T-TT-GCAG-ATTTGTGT-----C-ATCG-GGGT-C-AAACTCGCA-ACCC---T-CAACTTT--G--TATA--AACG-TGTA-AT-CTT-------AC--CAAC-A---------T-GT-CATT-G--TA-CAACAAA-GTT-G--TCAGG---------------AAG-TT------GT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TACT--AT--C--ATCT-----A-----TACA-------TTTTAC----------------------------------ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--A-C--TAT-CA-T-A-A--A----C--T-G-GAAA-T--A--CGAG------T-TTGTAA---ATTC-A----AAAT--C-TCGATCCCA-AT-A----CA-AC--T---------TT----G--A-CA--TGGGAAA--GAGAAAAAACCACT------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-CTATTTATTTTCCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CACGA--GC-GA-----CTGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-TAT--AAAAAATGCTGGCCTTAat
gi|6 : CATTT-----TTTTTTAAATTATTT----AAGTTTCC-GGAACATCCAAAATTT-ATAA-AAGTCCCGCAGGT-AG-GA-GGAGG---AATATAAA-AA----T---TGAAAAA-----AGTT-TT----TTTTTGGGA-T-------------------AGC---A--T--------------ATTC-AACT----------------T------TAAATT---ATGC---CATG----T-ACAGTAA--TTTTCATTTT-CA-TATAATCTT-TTTG--ATGCCTCT-CGGAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-C-CACTACACA-G-T--TAACAAA-TA------GG-ATTGCACAAG-ACA-GTTGGACATATTCTCTTA--A--AATTGT---TTAAT-CTCA--TCAG--TTGTGC-TGCC-ATTTTTCTTTTTC-ATCCTTTCCA-AAT---GGAA--G-CA------------CAATAC-TGGGACATA-----TTAC-T-A-ATTCA-A-A-TCATAAA---CAATT--TTCA--A---TAA-CAT-GCTT-G-TGT--ATAA-A--CC-AAAGAG-CA--TATAAATTGTG---AA-TCT-G-A-CA-T-ATTGG---TAATAG-ATCTTG-C-----AG-A-A---TTTCG--AAAGTG--T-T-C--AT-TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TACC-CGAATA
gi|7 : catagaC-ATCG-GGGTTC-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATT--AACG-TATC-AT-TCC-------AC--TAAC-A---------T-GT-CACT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGTTTT---GAAA----CGG--------TTCT--CC--C--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACA-CT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCATG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-AA-T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ATTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--GAAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-CTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGAG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AAT--AAAAAATGTTGGCCTTA
gi|8 : tCCACG--GT-----AGAC-CTAACCATCC-G-T--TGT-CAGT-A-ATTAGCGTC--C-GAGAAGATCAA--CGAGGTTCAAT-CCGCAA---CACT-A----CAAT--C-TCGAT-CCG-AT-ATGGTCATAA--T---------TTTCGAG--A--A--TCGGAAA--t
gi|8 : catcccacagactctcacacAAAA-----------TC-----A-TTTAC-----TC-T-TGT-TTATGT-ATCTACT-ATAA--AC---------TACTCCGC-AAAAA-ATCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AAACCTATATTAAATACA-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTAcgatataaaccattataactcgcacaaaaattatttgcttagcagttcaaaatcatttactcttgtttatgtatctactataaactactccgcaaaaaatcgagcggcgggtttgtaaacctatattaaatacacctaaaaataaaaaaatgctggccttatttggccttatgtca
gi|9 : catcccacagactctcacacccacggtagacctaaccatccgttgtcagtaattagcgtccgagaagatcaacgaggttcaatccgcaacactacaatctcgatccgatatggtcataattttcgagaatcggaaacgatataaaccattataactcgcacaaaaattatttgcttagcagttcTTTT--G--GATACTAACGATATC-AT-TCTCTTTGTTAC-TAACC-A---------T-GT-CAT--G--TGTCAATAA--GTC-GGCCCAGGGGAGTGATAAAAAATAAG-TTTGTATAGT--A---CGCGTGCCG-AAC-GGGCAAATTTTCGTTGTTTTA--GAAAAGGACGGG-------TTCT--CC--C--TTTC-----AGTATTTAAAATTTAGTTTTTA-AACTTATTAATCAAATGGC-CAGTAGAGAAAAT-ATGGACCTACCACG--GTTGGTAA-GCAC--ACCATC--GTT--TGT-CA-T-T-A--A----C--CTG-TGAG-T------GAG------T-TTGtttggccttatgtca
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 1111 1111 111 1 11 111 1111 111 33333333 22222 1 2222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 111 1111 111 111 1 1 11111 1111 1 111111 111 1 333333333333333 2222 222222222222222222222 111 33333333333333 2222222 111 11111111 222 111 111 11111 222 111 11111 22222 111111 11111 1 888888888888888888888888 111 1111 111111111111 22222222 11111 111111 1 77777777777777777777777777777777777777777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 11 2222222 333333333 111111 22222222222222222 1 11111 666666666666666 1111 1 1111 111 1 1111111 44444444444444444 11 333333333333333 1111111111 11111 111 1111 22222222 22222222222 1111111 333333333 2222222222 22222222222222 1111 11111111111 11111 111111 1111 1 1111 222222222 1111 11111 33333333333 11111 1 2222222222222222 11111 111 555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 00000 7777 8 7777 111 3 5 55 555 4444 6 99 6 111 6 6 33333333 55555 3 8888 99 6 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 111 111 4444 6 666 3 6 999 6 3 99 6 6 3 6 99 99 6 66666 6 4444 3 6 99 6 6 999999 333 3 77 777777777777777 0000 6 99 111111111111111111111 1 5 4 000 77 5 22222222222222 5 5 5 9999999 5 666 5 5 5 000 77 22222222 5 5 888 5 77 5 77 5 99 888 3 111 6 6 888 888 6 66666 6 000 6 999 99 6 6 66666 6 6 6 1 6 55555 999999 1 55555 0 222222222222222222222222 1 444 8 8 6 4444 99 1 6 555555555555 6 77777777 6 44444 11 666666 0 1 6 5 1 66666666666666666666666666666666666666666 6 1 99 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 55 6 5 1 33 77 5 66 5 5 5 5 77 5 1 5 1111111 6 0 222222222 8 5 88 777777 00000000000000000 8 0 88 99999 8 222222222222222 6666 0 7777 6 6 5 5 5 555 5 66 66 777 0 66 5 8888888 55555555555555555 5 5 5 33 5 5 5 77 555555555555555 5 5 5 1111111111 5 5 5 44444 6 555 7777 66666666 1 66 66 66 66666666666 0 6666666 111111111 66 5 1111111111 5 3 11 66 66666666666666 2222 66 5 5 11111111111 66 5 5 4 33333 222222 4 888 1 5 0000 66 0 2 5 5 0000 5 66 000000000 0000 66 5 66 33333 66666666666 5 5 5 22222 777 5 5 0 66 5555555555555555 5 4 66 4 11111 4 4 222 222222222222222222222222222222222 4 66
lowQualScore : ..... .... . .... ... . . .. ... .... . .. . ... . . ........ ..... . .... .. . ........................................................................... .. ... ... .... . ... . . ... . . .. . . . . .. .. . ..... . .... . . .. . . ...... ... . .. ............... .... . .. ..................... . . . ... .. . .............. . . . ....... . ... . . . ... .. ........ . . ... . .. . .. . .. ... . ... . . ... ... . ..... . ... . ... .. . . ..... . . . . . ..... ...... . ..... . ........................ . ... . . . .... .. . . ............ . ........ . ..... .. ...... . . . . . ......................................... . . .. . ..................................................................................... . .. . . . .. .. . .. . . . . .. . . . ....... . . ......... . . .. ...... ................. . . .. ..... . ............... .... . .... . . . . . ... . .. .. ... . .. . ....... ................. . . . .. . . . .. ............... . . . .......... . . . ..... . ... .... ........ . .. .. .. ........... . ....... ......... .. . .......... . . .. .. .............. .... .. . . ........... .. . . . ..... ...... . ... . . .... .. . . . . .... . .. ......... .... .. . .. ..... ........... . . . ..... ... . . . .. ................ . . .. . ..... . . ... ................................. . ..
lowQualScore : 00000 0000 0 0000 000 3 2 88 000 2222 7 22 7 777 7 7 22222222 88888 3 3333 22 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 777 777 2222 7 555 7 7 777 7 3 22 7 7 3 7 22 22 7 77777 7 2222 3 7 22 7 7 222222 333 3 77 333333333333333 8888 7 22 999999999999999999999 4 7 3 000 99 7 11111111111111 7 7 7 4444444 7 111 7 7 7 000 99 77777777 7 7 666 7 99 7 99 7 22 888 5 777 7 7 333 777 7 77777 7 888 3 555 22 7 7 00000 7 7 7 0 7 22222 000000 4 22222 0 888888888888888888888888 4 000 0 0 7 2222 22 0 7 555555555555 7 55555555 7 33333 11 444444 7 0 7 5 0 33333333333333333333333333333333333333333 7 0 22 7 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 88 7 7 7 66 99 4 11 7 7 7 7 99 7 4 0 7777777 7 8 000000000 0 0 88 888888 66666666666666666 0 6 88 88888 0 888888888888888 0000 6 6666 7 7 7 7 7 777 7 99 99 666 0 44 7 6666666 99999999999999999 7 7 7 66 7 7 7 99 777777777777777 7 7 7 4444444444 7 7 7 33333 6 777 9999 44444444 0 99 99 99 66666666666 1 2222222 888888888 99 0 9999999999 0 0 55 99 44444444444444 0000 99 0 0 88888888888 99 0 0 4 11111 888888 4 888 0 0 6666 99 0 5 0 0 6666 0 99 000000000 6666 99 0 99 44444 22222222222 0 0 0 55555 555 0 0 0 99 4444444444444444 0 4 11 4 11111 4 4 222 888888888888888888888888888888888 4 33
consensus : GGCCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AAC-CCCAGAATT--ATAA-A-GTCCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AA----T---TAAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTAA--TATTCATTTT-CA-TATGCTC-T-TTTG--ATG-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TA------GG-A-TGCACAAG-ACA-NTTGGACA--------TA--A--AATTG----TTAAT-CTCA--TCA---TTGT-C-TGCC-A-----GTTCTTC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------C-AT-C-T-GGACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATGAA---CAATT--TT-G--A---TAG-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--TATAAATTGTG-T-AATTCT-C-ACCA-T-ATTGG---TTATAG-A-ATTG-C-----AGAA-A---TTTCG--GAAGTT--T-T-C--A--TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TNCC-AGAGTAGTATA-GTTGTC--T---CCGAG---G-GGCTTTGACAATT----TATCCCT--C-TT-TAA-AATGAAAG---TATCTTT-GAAAGCA-TG-ACC----AGGAAAA--ANG-GGGTT-T-C--TA-T--AGT-ATG------TTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCTTAGANTG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCA-AGAACTTACT--TTGGTGGGG----CA----------GCNAG------------TCA-------------CA----------T---------------CA----A-GGA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CTGA--ATGGGTT-GTGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTATGT-------ACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAGA-ATCC---ATG-GGC--ATATC-A-TC-TGG-TATCTGCAAT-TGCGT-G-T-TGC----TATT------ACGC--T-TTGCGGAATTTGTAT-CTGAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATA--AACG-TGTC-AT-TCC-------AC-ACAAC-A---------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TNCT--CC--C--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACAACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-CA-T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ANTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--GNAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTA
Reference ( family-3080 ) : GGCCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AAC-CCCAGAATT--ATAA-A-GTCCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AA----T---TAAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTAA--TATTCATTTT-CA-TATGCTC-T-TTTG--ATG-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TA------GG-A-TGCACAAG-ACA-NTTGGACA--------TA--A--AATTG----TTAAT-CTCA--TCA---TTGT-C-TGCC-A-----GTTCTTC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------C-AT-C-T-GGACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATGAA---CAATT--TT-G--A---TAG-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--TATAAATTGTG-T-AATTCT-C-ACCA-T-ATTGG---TTATAG-A-ATTG-C-----AGAA-A---TTTCG--GAAGTT--T-T-C--A--TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TNCC-AGAGTAGTATA-GTTGTC--T---CCGAG---G-GGCTTTGACAATT----TATCCCT--C-TT-TAA-AATGAAAG---TATCTTT-GAAAGCA-TG-ACC----AGGAAAA--ANG-GGGTT-T-C--TA-T--AGT-ATG------TTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCTTAGANTG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCA-AGAACTTACT--TTGGTGGGG----CA----------GCNAG------------TCA-------------CA----------T---------------CA----A-GGA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CTGA--ATGGGTT-GTGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTATGT-------ACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAGA-ATCC---ATG-GGC--ATATC-A-TC-TGG-TATCTGCAAT-TGCGT-G-T-TGC----TATT------ACGC--T-TTGCGGAATTTGTAT-CTGAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATA--AACG-TGTC-AT-TCC-------AC-ACAAC-A---------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TNCT--CC--C--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACAACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-CA-T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ANTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--GNAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTA
gi|1 : CCAGCATTTAAGTTTTTT----ATT-CTTTTTCAGGTTTAC-T-AAC-C--AGACTTTAATAA-AAGTCCCG----T-AT-GACGGAGG---AA-ATAAA-AA----TATATAAAAAGTGTCTAATT-TT----TTTAGG--AAT-------------------AAC---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--CTTCACTGCGGATATGACGGT-ACAGTAA--TATT---TTT-CA-TATGCTT-TGTTTGGAATG-CTCT-C-AAAACAGACTC-CTTGACC--C-AGT-----GGCCA-CACA----ACAAG-TCAT-ACAAAGTA------GG-G-GACACAAGCACA-CT-GGACA--------TT--A--AATTG----TTAAT-CTAA--TCAGATTTGT-C-TGCC-------GT--TTC-ATCCTTTTCA-AATTGAGGAAAGG-CA------------C-AT-C-T--GAGA-GCTATATTCC-TGA-TTAAG-A-ATTAATGAGTATCAA-A--TT-G--AGATTAG-CATAGCTTAG-T-CTTATAATATTCCAATAGAG-CGATTATAATTTGTG-T-AATTCT-G-ACAA-TCATTGGTTTTTATAG-A-ACTG-CATGAGAGAA-AATGTTATGC-GAAGTTGCT-T-CCAA--TGAAAAAAAA-TGAATTAAAATGAG-TTCCGAGAGT-GTA-A-GTTGTCGATCGGCCAAGCACA-AGCTTTGACAATTATTACATCCCTCAC-TTATAACAATGAAAAAGCTATCTTT-GAAAGCCTTC-ACCTGGGAGTAAAA--ATG-GGAGT-T-A--TA-TGAAGC-AT-------TTAATATACTTGTGAGTTAT-TGTT------GCGTA----TAGACGG-GGAT-CATT-T-------------A---------------A-------T---TTTTCA-AGAACTTACTAGTGGGAGGGT----CA----------GCCAG------------TCA-------------CATGTTCTTGCCT---------------CACATCA-CGG-ACATTAAA--TGACATTAACGA-CTGA--A--GGTT-GTGGGA-GATGCC-TT-GGGATG-TATTATGT-------ACTCACTATAT-TTGCCTCAGGTTATGGA-TGGAGCGACAGATATTCGCAGTGTGGCCAATATC-A-TC-TGGTTGTTTGCAATATGCGT-A-TGTACAATTTATTGTCCGCACGT--C-TAGCGGAATTTGGATATTGAA-AATGCGGGT-C-AATCTCGCAGACCAG--TACACTTTT--GAAAATA--AAAG-TGTCAAG-CCC-------ACAACACC-A---------TGGTGCATT-GGACG-AAATAAA-GTCTT--CCAGA---------------AAG-TT-GT-TAGTAAC---C---T-CCG-AAT-GGACAAA-----AACGTAACAGAAAAA----CAGAAAAAGACCACA--CCAGC--ACCGATAGAA-----TAAG-------TTTTAC-ATT------ACAAA--GC-CA----------TAAAAGATTTACT-CA--G-----------------ATCGAG-T--TGTACA-TCA-A--A----C--C-G-GAAG-T--AGTTAAG------T-TCGTAATTTAAT--A----AATT--C-TCGATCCGA-ATAG----CG-AATTT---------TT----GACA-CA--TCGG--------AGAAAA-----------TC-CAA-A-TTTTC-----TC-T-ATGATTATTT-TTTTTCTGAAAA--AT---------T------C--AAAA-CTCGA--GC-GG------GGG-TT-TGTA--AA---------------A-----------------CCTAAAGAATA-ATAAGATGCTGGC
gi|10 : gcAAG-TT-A--CGAG------TATCGT------CTC-ATTACAAATGACATCGATCCCG-AT-G----CA-AA--TATGTAGTTTTT----G--AACA--TCGGAAAATGTAAAAAGAGAGAGTATCCGCC-CTATA-TTTTGGGTGATC-AGATT-TAATTT-TTTTTCTAAAAA--ATCTATATACGT------C-GATAG-CTCGG--AG-GC-----CGGGTTT-TGT---AA---------------ACCAGCACTAAAAAATAACCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTt
gi|11 : gtaaaacgcaggtCC-A-----GGTCTTC-ATCCTTTC-ACAGT---GGAA--G-CATACTGATTCAAAC-AT-C-T-GGAGA-G-----TTCCAT-T-TTACA-A-A-TAATGAA---AAATT--TT-G--A---TAA-CAT-ACTT-G-T-C--ATAA-G--TCAAAAGAG-C
gi|12 : -----CATCCATT------GCAAACTCTTATAATG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---CTATCA-AGAACTTACT--TTGGTGGGG----CA----------ACAAG------------TCA-------------TACGT-------T---------------CT----G-GTC-ACATCAA
gi|13 : GGTGAGG----CAACA-------GCAAG------------TCAATA----------CG----------TT--------------CT----T-GGATACATCAAAAATG-CATT-A-G--CTGA--AAGGGTT-ATGGGA-G-TGCCATT-GG--TT-T-TTATggaa
gi|14 : G-ACC----AGGAAAA--AGG-GGGTT-T-C--TA-T--GGT-ATACATGTATTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCT
gi|15 : AAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------T-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTT
gi|16 : -ACG--CTGA--AAGGGTT-ATGGGA-G-TGCC-TT-GG--TT-TATTATGT-------ACT-ACgtgt
gi|17 : CT--CC--C--ATCA-----A-----TAAA-------TTTTACA-CT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGA
gi|18 : -C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AACT--AACG-T
gi|2 : CCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGTTTTACAG-AAC-CCTA-AATT--ATAAGA-GTCCCG----TTAGAGA-GGAGGGTAAA-AAAAA-AA---------AAAAAA-----AATA-TTCAACTTTTTG--A-TTATAGAAATTGGGAAAGTAA-C---AAAG--------------TATCCAACT----------------TGAATTCTA--GT---CTAC---GATG----TTACC-TAAAGTATTTATTTTTCACTATGCTC-T-TT-G--GTG-GTCTGC-GAAACAGACTCACTTG--CACC-AATCTGATGGCCA-CACA----ATATG-T--T-ACAA--TA------GGTC-TGCACAAG-ACA-CTTGTACA--------TATTA--AATTGGATATTAAT-CTCAGCTCA---TTA-----GCCGA-----GTTCTTCTAGCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------C-AT-CCT-ATGCA-GG----TTCC-T-A-TTACATA-A-TAATGAA---CATTTATTT-G--A---TAGGCAT-GCTT-TCT-C--ATAA-A--C-AAAAGAGGCA--TATAAATTGTG-TGAATACTTC-ACCACT-ATTGG---TTATAGTA-ATTG-C-----AGAA-AAT-TTTCG--AAAGTT--T-TTC--A--TC-TAA-GCAATCAATTGAAATGAG-TTCC-AGAGTAGTAT-----GTT--C---CCGAG---GTAGCTTTGA----------------------------ATGGAAG---TATCTTTTGAAAGCA-TG--CT----AGGAAAGTTATG-AGTTG-A-C--TAAT--AGTTATG-----------ATA-TT-----------ATA------GCAA---TTTAGAGT--ACAT--TTTCT-------------A-------------CTAGGCAATCT---TCATCATAGACTTTATT--CTAATATGGT---CATGACTACTTTGCGCG------------TCA-------------CA----------TACGTTCTTGCTCATTCA----A-GGC-GAATTAAAA-TG-CATT-ATG--CTGAGAATGGTTTTGTAGGA-G-TGTC-TT-GG--TGCTATTATGTCAAGTGTACT-ACTAAATATCACC---------GAACTGCAGCGACAGA-A-CC---ATG-GCC--AT--C-AGTC-TGG-TATCTGCAAT-TGCGTGG-T-TGC----TATT------ACGCCAT-TCGCGGAGTTTGTAT-CTGACTATCG-GGGT-CGAATCTCGCA-ACCA---T--AGTTTT--G--AATA--AACG-TGTC-ATGTCC-------AC-ACAACTATTTGTTGATT-GT-CATTCGT-TG-CAATAAATGTC-G--TCAGA---------------AAGATT-GT-TAGT--CTCAC---T-CCG-AACGGGGCAAA-----GA-GCTTT---GAAAG---CGG--------TACCAACC--C--ATCGTATT-A-----CCAG-------TTTTAC-ATT----AAACAAA--AT-CC----------T-ACA----TAACA-GATGT-----T-TT-C--ACTCTC--G-TTCTGC-TA-T-AGA--A----CAGC-G-GAAG-T--A--CGAG------T---GTAA---ATTCAA----AAAT--CATCGAT-CCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CAATTCAGATA--ACGAAAAAA-----------TCACCA-G-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAAGCAT---------T------C-AAAAACCTCGAAGGC-GGAGTATCGGG-TTATGTCTAAA---------------A-----------------CCT-AA-AATATAAAAAATG-TGGTC
gi|3 : tggcCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AACGCCCAGAATT--ATAA-A-GTCCCG----T-A--GA-GGAGG---AA-ATAAATAA---------AAAAAA-----AATTATTAAACTTTTTG--A-T-------------------A-TAAAA--TGACGAAGTAAAAAGTATC-AACTGATAACATTATCAACTT------TA--TT---CTAA---CATG----T-ACAGT-A--CATTTATTTT-CA-----CTC-TCTTTG--ATG-CTCT-CGGAAACAGACTC-CTTG--C--CAAAT-----GGCCACCACA----ACA-GTT--T-ACAAA-TA------GG-G-TGCACAAGAACACTTTGGTCAAT------TA--C--AATTG----TTAATCCTCA--TCA---TTGT-CTTGCC-A-----GTTCTTC-ATC--TTCCCCAAT---GGGA--GCCA------------C-AT-C-T-GGACACGT----TTCC-T-ATTTACA-ATA-TAATGAA---CAATT--TT-AATA---TAG-CAT-GCTT-C-T-C--AT-A-A--TCAAAAGAG-CA--TATACATTGTG---AATTCT-CAACCA-T-ATTGGT--TTATAG-A-ATTGCC-----AGAA-A---TTT-GTCGAAGTT--TGT-C--AATTT-AAAAGC--TCAATTAAAATGAGTTTCC-AGAGTAGT-TA--TTGTC--T---CCGAG---G-GCTTTTGA-AAT-------------------------TGAAAG---TATCTTT-GAAAGCA-TGAACC----AGGAAAT--ATATGAGTT-TACAATA-T--AGT-ATG------TTAGTATA-TTG-----TATCTATT------GCAAACTCTTAAAATGAACAT-TTTTCT-------------ATAACGGGGATTGTTTA-------TTGGTTATCA-AGAA-TTACT--TTGG-GCTGCCTTCA----------GCTAGTCATACTTCTGCTCA-------------CA----------T---------------CA----ACGGA-ACATTAAA--TG-CATT-ATGGCTTGA--ATGGTTT-GTAGGATG-TGCC-TT-GG--TG-TATT-TGT-------ACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAG--ATCC---ATG-GGC--ATATCAA-TCTTGG-TATCTGCAA--TGCGT-GAT-TGC----T-TT------ACGC--CATTGCGGAATTTGTAT-CTGAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCATGTT-CAGTTTTTGA--AATA--AACGATGT--AT-GCC-------ACAAAAAC-AGTCTGAT--T-GT-CATT-G--TA-CAATAAA-GTC-G--CCA-A---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCGAAAC-GGGCAAA-----AA-GCTTC---GAAA----CGG--------TACT--CC--CCAATCG-----A-----T-AA-------TTTTAC-ATT------ACAAA--TCACA----------T-ACAAAT-----------------------------------T--TGT-CA-T---G--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ATTC-A----AAAT--C-TCGATCCCGAAT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--G--AAAAAA-----------TC-CCA-GTTTTTC-----TCAA-ATT-TTATTT-TTTTTCT--AAA--AT---------T------CAAAAAA-CTCGA--GCTGG-----C-GT-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTTAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTc
gi|4 : GGCCAGCATTT-----TATT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AAC-CCCAGAATT--ATAA-A-GTTCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AA----T---TTAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTA---TATTCATTTT-CA-C-TGCTC-T-TTTG--ATG-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTA--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TA------GG-A-TGCACAAG-ACA-ATTGGACA--------TA--AGTAATTG----TTAAT-TTCA--TCA---GTGT-C-TGCC-A-----GTTCTTC-ATCCTTTCCACAAA---GGTA--G-CA------------C-AT-C-T-GGACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATAAA---CAATT--TT-C--A---TAA-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--AATAAATTGTG---AAT-CT-C-ACCA-T-ATTGG---TTATAG-A-TTTG-C-----AGAA-A---TTTTG---AAGTT--T-T-C--A--TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TACC-AGAATAGTATAAGTTGTC--T---CCGTG---G-GGCTTTAACAATT----TATTCCTA-C-TT-TAA-AATGATAG---TATCTTT-GAAAGCA-TG-ACC----AGGAAAA--AGG-GGGTT-T-C--TA-T--AGT-ATG------TTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCTTAGAATG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCA-CGAACTTACT--TTGGTGGGG----CA----------GCAAG------------TCA-------------CA----------T---------------CA----A-GGA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CTGA--ATGGGTT-ATGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTATGT-------ACT-ACTAACTATCACC---------GAA-TGCAGCGACAGA-ATCC---ATG-GGC--ATATC-A-TT-TGG-TATCTGC-AT-TGC---G-T-TGT---------------CAC--T-TTGCGG-ATTTGTA-----AC-ATCG-GGGT-C-AGTCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATT--AACG-TATC-AT-TCC-------AC--TAAC-A---------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGTTTC---GAAA----CGG--------TTCT--CC--G--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACAACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-C--T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TTGTAA---AATC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAGA--GGAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAC-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTAt
gi|5 : -CCCATAATT--ATA----GTCCCG----T-AG-GA-AGAGG---AA-ATAAA-AAATGAT---TAAAAAAGA---AATCAGT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TAAC-ACAT----------------T------TA--TT---CTGT---TATA----T-ACAGTA---CATTCATTTT-CA-T-TGCTC-T-TTTG--ATA-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TACATGTAGG-A-TGCACAAG-ACA-GTTGGAAG--------TT--A--AATTG----TTAAT-TTCA--CCA---TT-------------------CTTC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA---------------T-C-T-GGGCA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATGAA---CAATT--TT-G--A---TAA-CAT-GTTT-G-T-C--ATAA-A--TCAAAAGAC-CA--TATAACATATGAT-AATT-T-C-ACCA-T-AATCT---TCATAT-T-ATTG-C-----AAACTA---TTTTA--GAAGTT--T-T-C--A--TG-AAAATCA-TATATTAAAATGAG-CACC-AGAGTAGTAT--GTTCTG--T---CCGTA---G-GGCTCTGACAATT----TATCCAT--CCTT-TAA-AATGATGG---CATATTT-GAAAGCA-CG-ACC----AGGAAAA--AGG-GGGTTAC-C--T-------C-ATG--------AGTATA-TTG-----CAACTATTAATATTGCCAACTCTTAAATTG-ACATACTTTTTTTTAACGGGGATCA-------------TTA-------T---TTATTA-AAAACTTACT--TTGGTGGGGG---CA----------GCCAG------------TCATACGTTCTGCTCACA----------T---------------CA----C-GGA-TCATCAAA--TG-CATT-ACG--CTGA--ATGGGTT-CAGGGA-C-TGCC-TTCAG--TG-CCTT-TGT-------G-T-ACTAAATATCGCC----------AA-CG-ACCGACAGA-A------ATG-----------------TGG-TATCTGC-AT-TGC---G-T-TGT---------------CGC--T-TTGCAG-ATTTGTGT-----C-ATCG-GGGT-C-AAACTCGCA-ACCC---T-CAACTTT--G--TATA--AACG-TGTA-AT-CTT-------AC--CAAC-A---------T-GT-CATT-G--TA-CAACAAA-GTT-G--TCAGG---------------AAG-TT------GT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TACT--AT--C--ATCT-----A-----TACA-------TTTTAC----------------------------------ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--A-C--TAT-CA-T-A-A--A----C--T-G-GAAA-T--A--CGAG------T-TTGTAA---ATTC-A----AAAT--C-TCGATCCCA-AT-A----CA-AC--T---------TT----G--A-CA--TGGGAAA--GAGAAAAAACCACT------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-CTATTTATTTTCCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CACGA--GC-GA-----CTGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-TAT--AAAAAATGCTGGCCTTAat
gi|6 : CATTT-----TTTTTTAAATTATTT----AAGTTTCC-GGAACATCCAAAATTT-ATAA-AAGTCCCGCAGGT-AG-GA-GGAGG---AATATAAA-AA----T---TGAAAAA-----AGTT-TT----TTTTTGGGA-T-------------------AGC---A--T--------------ATTC-AACT----------------T------TAAATT---ATGC---CATG----T-ACAGTAA--TTTTCATTTT-CA-TATAATCTT-TTTG--ATGCCTCT-CGGAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-C-CACTACACA-G-T--TAACAAA-TA------GG-ATTGCACAAG-ACA-GTTGGACATATTCTCTTA--A--AATTGT---TTAAT-CTCA--TCAG--TTGTGC-TGCC-ATTTTTCTTTTTC-ATCCTTTCCA-AAT---GGAA--G-CA------------CAATAC-TGGGACATA-----TTAC-T-A-ATTCA-A-A-TCATAAA---CAATT--TTCA--A---TAA-CAT-GCTT-G-TGT--ATAA-A--CC-AAAGAG-CA--TATAAATTGTG---AA-TCT-G-A-CA-T-ATTGG---TAATAG-ATCTTG-C-----AG-A-A---TTTCG--AAAGTG--T-T-C--AT-TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TACC-CGAATA
gi|7 : catagaC-ATCG-GGGTTC-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATT--AACG-TATC-AT-TCC-------AC--TAAC-A---------T-GT-CACT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGTTTT---GAAA----CGG--------TTCT--CC--C--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACA-CT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCATG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-AA-T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ATTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--GAAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-CTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGAG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AAT--AAAAAATGTTGGCCTTA
gi|8 : tCCACG--GT-----AGAC-CTAACCATCC-G-T--TGT-CAGT-A-ATTAGCGTC--C-GAGAAGATCAA--CGAGGTTCAAT-CCGCAA---CACT-A----CAAT--C-TCGAT-CCG-AT-ATGGTCATAA--T---------TTTCGAG--A--A--TCGGAAA--t
gi|8 : catcccacagactctcacacAAAA-----------TC-----A-TTTAC-----TC-T-TGT-TTATGT-ATCTACT-ATAA--AC---------TACTCCGC-AAAAA-ATCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AAACCTATATTAAATACA-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTAcgatataaaccattataactcgcacaaaaattatttgcttagcagttcaaaatcatttactcttgtttatgtatctactataaactactccgcaaaaaatcgagcggcgggtttgtaaacctatattaaatacacctaaaaataaaaaaatgctggccttatttggccttatgtca
gi|9 : catcccacagactctcacacccacggtagacctaaccatccgttgtcagtaattagcgtccgagaagatcaacgaggttcaatccgcaacactacaatctcgatccgatatggtcataattttcgagaatcggaaacgatataaaccattataactcgcacaaaaattatttgcttagcagttcTTTT--G--GATACTAACGATATC-AT-TCTCTTTGTTAC-TAACC-A---------T-GT-CAT--G--TGTCAATAA--GTC-GGCCCAGGGGAGTGATAAAAAATAAG-TTTGTATAGT--A---CGCGTGCCG-AAC-GGGCAAATTTTCGTTGTTTTA--GAAAAGGACGGG-------TTCT--CC--C--TTTC-----AGTATTTAAAATTTAGTTTTTA-AACTTATTAATCAAATGGC-CAGTAGAGAAAAT-ATGGACCTACCACG--GTTGGTAA-GCAC--ACCATC--GTT--TGT-CA-T-T-A--A----C--CTG-TGAG-T------GAG------T-TTGtttggccttatgtca
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 1111 1111 111 1 11 111 1111 111 33333333 22222 1 2222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 111 1111 111 111 1 1 11111 1111 1 111111 111 1 333333333333333 2222 222222222222222222222 111 33333333333333 2222222 111 11111111 222 111 111 11111 222 111 11111 22222 111111 11111 1 888888888888888888888888 111 1111 111111111111 22222222 11111 111111 1 77777777777777777777777777777777777777777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 11 2222222 333333333 111111 22222222222222222 1 11111 666666666666666 1111 1 1111 111 1 1111111 44444444444444444 11 333333333333333 1111111111 11111 111 1111 22222222 22222222222 1111111 333333333 2222222222 22222222222222 1111 11111111111 11111 111111 1111 1 1111 222222222 1111 11111 33333333333 11111 1 2222222222222222 11111 111 555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 00000 7777 8 7777 111 3 5 55 555 4444 6 99 6 111 6 6 33333333 55555 3 8888 99 6 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 111 111 4444 6 666 3 6 999 6 3 99 6 6 3 6 99 99 6 66666 6 4444 3 6 99 6 6 999999 333 3 77 777777777777777 0000 6 99 111111111111111111111 1 5 4 000 77 5 22222222222222 5 5 5 9999999 5 666 5 5 5 000 77 22222222 5 5 888 5 77 5 77 5 99 888 3 111 6 6 888 888 6 66666 6 000 6 999 99 6 6 66666 6 6 6 1 6 55555 999999 1 55555 0 222222222222222222222222 1 444 8 8 6 4444 99 1 6 555555555555 6 77777777 6 44444 11 666666 0 1 6 5 1 66666666666666666666666666666666666666666 6 1 99 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 55 6 5 1 33 77 5 66 5 5 5 5 77 5 1 5 1111111 6 0 222222222 8 5 88 777777 00000000000000000 8 0 88 99999 8 222222222222222 6666 0 7777 6 6 5 5 5 555 5 66 66 777 0 66 5 8888888 55555555555555555 5 5 5 33 5 5 5 77 555555555555555 5 5 5 1111111111 5 5 5 44444 6 555 7777 66666666 1 66 66 66 66666666666 0 6666666 111111111 66 5 1111111111 5 3 11 66 66666666666666 2222 66 5 5 11111111111 66 5 5 4 33333 222222 4 888 1 5 0000 66 0 2 5 5 0000 5 66 000000000 0000 66 5 66 33333 66666666666 5 5 5 22222 777 5 5 0 66 5555555555555555 5 4 66 4 11111 4 4 222 222222222222222222222222222222222 4 66
lowQualScore : ..... .... . .... ... . . .. ... .... . .. . ... . . ........ ..... . .... .. . ........................................................................... .. ... ... .... . ... . . ... . . .. . . . . .. .. . ..... . .... . . .. . . ...... ... . .. ............... .... . .. ..................... . . . ... .. . .............. . . . ....... . ... . . . ... .. ........ . . ... . .. . .. . .. ... . ... . . ... ... . ..... . ... . ... .. . . ..... . . . . . ..... ...... . ..... . ........................ . ... . . . .... .. . . ............ . ........ . ..... .. ...... . . . . . ......................................... . . .. . ..................................................................................... . .. . . . .. .. . .. . . . . .. . . . ....... . . ......... . . .. ...... ................. . . .. ..... . ............... .... . .... . . . . . ... . .. .. ... . .. . ....... ................. . . . .. . . . .. ............... . . . .......... . . . ..... . ... .... ........ . .. .. .. ........... . ....... ......... .. . .......... . . .. .. .............. .... .. . . ........... .. . . . ..... ...... . ... . . .... .. . . . . .... . .. ......... .... .. . .. ..... ........... . . . ..... ... . . . .. ................ . . .. . ..... . . ... ................................. . ..
lowQualScore : 00000 0000 0 0000 000 3 2 88 000 2222 7 22 7 777 7 7 22222222 88888 3 3333 22 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 777 777 2222 7 555 7 7 777 7 3 22 7 7 3 7 22 22 7 77777 7 2222 3 7 22 7 7 222222 333 3 77 333333333333333 8888 7 22 999999999999999999999 4 7 3 000 99 7 11111111111111 7 7 7 4444444 7 111 7 7 7 000 99 77777777 7 7 666 7 99 7 99 7 22 888 5 777 7 7 333 777 7 77777 7 888 3 555 22 7 7 00000 7 7 7 0 7 22222 000000 4 22222 0 888888888888888888888888 4 000 0 0 7 2222 22 0 7 555555555555 7 55555555 7 33333 11 444444 7 0 7 5 0 33333333333333333333333333333333333333333 7 0 22 7 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 88 7 7 7 66 99 4 11 7 7 7 7 99 7 4 0 7777777 7 8 000000000 0 0 88 888888 66666666666666666 0 6 88 88888 0 888888888888888 0000 6 6666 7 7 7 7 7 777 7 99 99 666 0 44 7 6666666 99999999999999999 7 7 7 66 7 7 7 99 777777777777777 7 7 7 4444444444 7 7 7 33333 6 777 9999 44444444 0 99 99 99 66666666666 1 2222222 888888888 99 0 9999999999 0 0 55 99 44444444444444 0000 99 0 0 88888888888 99 0 0 4 11111 888888 4 888 0 0 6666 99 0 5 0 0 6666 0 99 000000000 6666 99 0 99 44444 22222222222 0 0 0 55555 555 0 0 0 99 4444444444444444 0 4 11 4 11111 4 4 222 888888888888888888888888888888888 4 33
consensus : GGCCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AAC-CCCAGAATT--ATAA-A-GTCCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AA----T---TAAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTAA--TATTCATTTT-CA-TATGCTC-T-TTTG--ATG-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TA------GG-A-TGCACAAG-ACA-NTTGGACA--------TA--A--AATTG----TTAAT-CTCA--TCA---TTGT-C-TGCC-A-----GTTCTTC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------C-AT-C-T-GGACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATGAA---CAATT--TT-G--A---TAG-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--TATAAATTGTG-T-AATTCT-C-ACCA-T-ATTGG---TTATAG-A-ATTG-C-----AGAA-A---TTTCG--GAAGTT--T-T-C--A--TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TNCC-AGAGTAGTATA-GTTGTC--T---CCGAG---G-GGCTTTGACAATT----TATCCCT--C-TT-TAA-AATGAAAG---TATCTTT-GAAAGCA-TG-ACC----AGGAAAA--ANG-GGGTT-T-C--TA-T--AGT-ATG------TTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCTTAGANTG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCA-AGAACTTACT--TTGGTGGGG----CA----------GCNAG------------TCA-------------CA----------T---------------CA----A-GGA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CTGA--ATGGGTT-GTGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTATGT-------ACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAGA-ATCC---ATG-GGC--ATATC-A-TC-TGG-TATCTGCAAT-TGCGT-G-T-TGC----TATT------ACGC--T-TTGCGGAATTTGTAT-CTGAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATA--AACG-TGTC-AT-TCC-------AC-ACAAC-A---------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TNCT--CC--C--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACAACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-CA-T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ANTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--GNAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTA
Reference ( family-3080 ) : GGCCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AAC-CCCAGAATT--ATAA-A-GTCCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AA----T---TAAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTAA--TATTCATTTT-CA-TATGCTC-T-TTTG--ATG-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TA------GG-A-TGCACAAG-ACA-NTTGGACA--------TA--A--AATTG----TTAAT-CTCA--TCA---TTGT-C-TGCC-A-----GTTCTTC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------C-AT-C-T-GGACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATGAA---CAATT--TT-G--A---TAG-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--TATAAATTGTG-T-AATTCT-C-ACCA-T-ATTGG---TTATAG-A-ATTG-C-----AGAA-A---TTTCG--GAAGTT--T-T-C--A--TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TNCC-AGAGTAGTATA-GTTGTC--T---CCGAG---G-GGCTTTGACAATT----TATCCCT--C-TT-TAA-AATGAAAG---TATCTTT-GAAAGCA-TG-ACC----AGGAAAA--ANG-GGGTT-T-C--TA-T--AGT-ATG------TTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCTTAGANTG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCA-AGAACTTACT--TTGGTGGGG----CA----------GCNAG------------TCA-------------CA----------T---------------CA----A-GGA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CTGA--ATGGGTT-GTGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTATGT-------ACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAGA-ATCC---ATG-GGC--ATATC-A-TC-TGG-TATCTGCAAT-TGCGT-G-T-TGC----TATT------ACGC--T-TTGCGGAATTTGTAT-CTGAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATA--AACG-TGTC-AT-TCC-------AC-ACAAC-A---------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TNCT--CC--C--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACAACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-CA-T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ANTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--GNAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTA
gi|1 : CCAGCATTTAAGTTTTTT----ATT-CTTTTTCAGGTTTAC-T-AAC-C--AGACTTTAATAA-AAGTCCCG----T-AT-GACGGAGG---AA-ATAAA-AA----TATATAAAAAGTGTCTAATT-TT----TTTAGG--AAT-------------------AAC---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--CTTCACTGCGGATATGACGGT-ACAGTAA--TATT---TTT-CA-TATGCTT-TGTTTGGAATG-CTCT-C-AAAACAGACTC-CTTGACC--C-AGT-----GGCCA-CACA----ACAAG-TCAT-ACAAAGTA------GG-G-GACACAAGCACA-CT-GGACA--------TT--A--AATTG----TTAAT-CTAA--TCAGATTTGT-C-TGCC-------GT--TTC-ATCCTTTTCA-AATTGAGGAAAGG-CA------------C-AT-C-T--GAGA-GCTATATTCC-TGA-TTAAG-A-ATTAATGAGTATCAA-A--TT-G--AGATTAG-CATAGCTTAG-T-CTTATAATATTCCAATAGAG-CGATTATAATTTGTG-T-AATTCT-G-ACAA-TCATTGGTTTTTATAG-A-ACTG-CATGAGAGAA-AATGTTATGC-GAAGTTGCT-T-CCAA--TGAAAAAAAA-TGAATTAAAATGAG-TTCCGAGAGT-GTA-A-GTTGTCGATCGGCCAAGCACA-AGCTTTGACAATTATTACATCCCTCAC-TTATAACAATGAAAAAGCTATCTTT-GAAAGCCTTC-ACCTGGGAGTAAAA--ATG-GGAGT-T-A--TA-TGAAGC-AT-------TTAATATACTTGTGAGTTAT-TGTT------GCGTA----TAGACGG-GGAT-CATT-T-------------A---------------A-------T---TTTTCA-AGAACTTACTAGTGGGAGGGT----CA----------GCCAG------------TCA-------------CATGTTCTTGCCT---------------CACATCA-CGG-ACATTAAA--TGACATTAACGA-CTGA--A--GGTT-GTGGGA-GATGCC-TT-GGGATG-TATTATGT-------ACTCACTATAT-TTGCCTCAGGTTATGGA-TGGAGCGACAGATATTCGCAGTGTGGCCAATATC-A-TC-TGGTTGTTTGCAATATGCGT-A-TGTACAATTTATTGTCCGCACGT--C-TAGCGGAATTTGGATATTGAA-AATGCGGGT-C-AATCTCGCAGACCAG--TACACTTTT--GAAAATA--AAAG-TGTCAAG-CCC-------ACAACACC-A---------TGGTGCATT-GGACG-AAATAAA-GTCTT--CCAGA---------------AAG-TT-GT-TAGTAAC---C---T-CCG-AAT-GGACAAA-----AACGTAACAGAAAAA----CAGAAAAAGACCACA--CCAGC--ACCGATAGAA-----TAAG-------TTTTAC-ATT------ACAAA--GC-CA----------TAAAAGATTTACT-CA--G-----------------ATCGAG-T--TGTACA-TCA-A--A----C--C-G-GAAG-T--AGTTAAG------T-TCGTAATTTAAT--A----AATT--C-TCGATCCGA-ATAG----CG-AATTT---------TT----GACA-CA--TCGG--------AGAAAA-----------TC-CAA-A-TTTTC-----TC-T-ATGATTATTT-TTTTTCTGAAAA--AT---------T------C--AAAA-CTCGA--GC-GG------GGG-TT-TGTA--AA---------------A-----------------CCTAAAGAATA-ATAAGATGCTGGC
gi|10 : gcAAG-TT-A--CGAG------TATCGT------CTC-ATTACAAATGACATCGATCCCG-AT-G----CA-AA--TATGTAGTTTTT----G--AACA--TCGGAAAATGTAAAAAGAGAGAGTATCCGCC-CTATA-TTTTGGGTGATC-AGATT-TAATTT-TTTTTCTAAAAA--ATCTATATACGT------C-GATAG-CTCGG--AG-GC-----CGGGTTT-TGT---AA---------------ACCAGCACTAAAAAATAACCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTt
gi|11 : gtaaaacgcaggtCC-A-----GGTCTTC-ATCCTTTC-ACAGT---GGAA--G-CATACTGATTCAAAC-AT-C-T-GGAGA-G-----TTCCAT-T-TTACA-A-A-TAATGAA---AAATT--TT-G--A---TAA-CAT-ACTT-G-T-C--ATAA-G--TCAAAAGAG-C
gi|12 : -----CATCCATT------GCAAACTCTTATAATG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---CTATCA-AGAACTTACT--TTGGTGGGG----CA----------ACAAG------------TCA-------------TACGT-------T---------------CT----G-GTC-ACATCAA
gi|13 : GGTGAGG----CAACA-------GCAAG------------TCAATA----------CG----------TT--------------CT----T-GGATACATCAAAAATG-CATT-A-G--CTGA--AAGGGTT-ATGGGA-G-TGCCATT-GG--TT-T-TTATggaa
gi|14 : G-ACC----AGGAAAA--AGG-GGGTT-T-C--TA-T--GGT-ATACATGTATTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCT
gi|15 : AAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------T-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTT
gi|16 : -ACG--CTGA--AAGGGTT-ATGGGA-G-TGCC-TT-GG--TT-TATTATGT-------ACT-ACgtgt
gi|17 : CT--CC--C--ATCA-----A-----TAAA-------TTTTACA-CT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGA
gi|18 : -C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AACT--AACG-T
gi|2 : CCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGTTTTACAG-AAC-CCTA-AATT--ATAAGA-GTCCCG----TTAGAGA-GGAGGGTAAA-AAAAA-AA---------AAAAAA-----AATA-TTCAACTTTTTG--A-TTATAGAAATTGGGAAAGTAA-C---AAAG--------------TATCCAACT----------------TGAATTCTA--GT---CTAC---GATG----TTACC-TAAAGTATTTATTTTTCACTATGCTC-T-TT-G--GTG-GTCTGC-GAAACAGACTCACTTG--CACC-AATCTGATGGCCA-CACA----ATATG-T--T-ACAA--TA------GGTC-TGCACAAG-ACA-CTTGTACA--------TATTA--AATTGGATATTAAT-CTCAGCTCA---TTA-----GCCGA-----GTTCTTCTAGCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------C-AT-CCT-ATGCA-GG----TTCC-T-A-TTACATA-A-TAATGAA---CATTTATTT-G--A---TAGGCAT-GCTT-TCT-C--ATAA-A--C-AAAAGAGGCA--TATAAATTGTG-TGAATACTTC-ACCACT-ATTGG---TTATAGTA-ATTG-C-----AGAA-AAT-TTTCG--AAAGTT--T-TTC--A--TC-TAA-GCAATCAATTGAAATGAG-TTCC-AGAGTAGTAT-----GTT--C---CCGAG---GTAGCTTTGA----------------------------ATGGAAG---TATCTTTTGAAAGCA-TG--CT----AGGAAAGTTATG-AGTTG-A-C--TAAT--AGTTATG-----------ATA-TT-----------ATA------GCAA---TTTAGAGT--ACAT--TTTCT-------------A-------------CTAGGCAATCT---TCATCATAGACTTTATT--CTAATATGGT---CATGACTACTTTGCGCG------------TCA-------------CA----------TACGTTCTTGCTCATTCA----A-GGC-GAATTAAAA-TG-CATT-ATG--CTGAGAATGGTTTTGTAGGA-G-TGTC-TT-GG--TGCTATTATGTCAAGTGTACT-ACTAAATATCACC---------GAACTGCAGCGACAGA-A-CC---ATG-GCC--AT--C-AGTC-TGG-TATCTGCAAT-TGCGTGG-T-TGC----TATT------ACGCCAT-TCGCGGAGTTTGTAT-CTGACTATCG-GGGT-CGAATCTCGCA-ACCA---T--AGTTTT--G--AATA--AACG-TGTC-ATGTCC-------AC-ACAACTATTTGTTGATT-GT-CATTCGT-TG-CAATAAATGTC-G--TCAGA---------------AAGATT-GT-TAGT--CTCAC---T-CCG-AACGGGGCAAA-----GA-GCTTT---GAAAG---CGG--------TACCAACC--C--ATCGTATT-A-----CCAG-------TTTTAC-ATT----AAACAAA--AT-CC----------T-ACA----TAACA-GATGT-----T-TT-C--ACTCTC--G-TTCTGC-TA-T-AGA--A----CAGC-G-GAAG-T--A--CGAG------T---GTAA---ATTCAA----AAAT--CATCGAT-CCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CAATTCAGATA--ACGAAAAAA-----------TCACCA-G-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAAGCAT---------T------C-AAAAACCTCGAAGGC-GGAGTATCGGG-TTATGTCTAAA---------------A-----------------CCT-AA-AATATAAAAAATG-TGGTC
gi|3 : tggcCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AACGCCCAGAATT--ATAA-A-GTCCCG----T-A--GA-GGAGG---AA-ATAAATAA---------AAAAAA-----AATTATTAAACTTTTTG--A-T-------------------A-TAAAA--TGACGAAGTAAAAAGTATC-AACTGATAACATTATCAACTT------TA--TT---CTAA---CATG----T-ACAGT-A--CATTTATTTT-CA-----CTC-TCTTTG--ATG-CTCT-CGGAAACAGACTC-CTTG--C--CAAAT-----GGCCACCACA----ACA-GTT--T-ACAAA-TA------GG-G-TGCACAAGAACACTTTGGTCAAT------TA--C--AATTG----TTAATCCTCA--TCA---TTGT-CTTGCC-A-----GTTCTTC-ATC--TTCCCCAAT---GGGA--GCCA------------C-AT-C-T-GGACACGT----TTCC-T-ATTTACA-ATA-TAATGAA---CAATT--TT-AATA---TAG-CAT-GCTT-C-T-C--AT-A-A--TCAAAAGAG-CA--TATACATTGTG---AATTCT-CAACCA-T-ATTGGT--TTATAG-A-ATTGCC-----AGAA-A---TTT-GTCGAAGTT--TGT-C--AATTT-AAAAGC--TCAATTAAAATGAGTTTCC-AGAGTAGT-TA--TTGTC--T---CCGAG---G-GCTTTTGA-AAT-------------------------TGAAAG---TATCTTT-GAAAGCA-TGAACC----AGGAAAT--ATATGAGTT-TACAATA-T--AGT-ATG------TTAGTATA-TTG-----TATCTATT------GCAAACTCTTAAAATGAACAT-TTTTCT-------------ATAACGGGGATTGTTTA-------TTGGTTATCA-AGAA-TTACT--TTGG-GCTGCCTTCA----------GCTAGTCATACTTCTGCTCA-------------CA----------T---------------CA----ACGGA-ACATTAAA--TG-CATT-ATGGCTTGA--ATGGTTT-GTAGGATG-TGCC-TT-GG--TG-TATT-TGT-------ACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAG--ATCC---ATG-GGC--ATATCAA-TCTTGG-TATCTGCAA--TGCGT-GAT-TGC----T-TT------ACGC--CATTGCGGAATTTGTAT-CTGAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCATGTT-CAGTTTTTGA--AATA--AACGATGT--AT-GCC-------ACAAAAAC-AGTCTGAT--T-GT-CATT-G--TA-CAATAAA-GTC-G--CCA-A---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCGAAAC-GGGCAAA-----AA-GCTTC---GAAA----CGG--------TACT--CC--CCAATCG-----A-----T-AA-------TTTTAC-ATT------ACAAA--TCACA----------T-ACAAAT-----------------------------------T--TGT-CA-T---G--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ATTC-A----AAAT--C-TCGATCCCGAAT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--G--AAAAAA-----------TC-CCA-GTTTTTC-----TCAA-ATT-TTATTT-TTTTTCT--AAA--AT---------T------CAAAAAA-CTCGA--GCTGG-----C-GT-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTTAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTc
gi|4 : GGCCAGCATTT-----TATT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AAC-CCCAGAATT--ATAA-A-GTTCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AA----T---TTAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTA---TATTCATTTT-CA-C-TGCTC-T-TTTG--ATG-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTA--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TA------GG-A-TGCACAAG-ACA-ATTGGACA--------TA--AGTAATTG----TTAAT-TTCA--TCA---GTGT-C-TGCC-A-----GTTCTTC-ATCCTTTCCACAAA---GGTA--G-CA------------C-AT-C-T-GGACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATAAA---CAATT--TT-C--A---TAA-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--AATAAATTGTG---AAT-CT-C-ACCA-T-ATTGG---TTATAG-A-TTTG-C-----AGAA-A---TTTTG---AAGTT--T-T-C--A--TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TACC-AGAATAGTATAAGTTGTC--T---CCGTG---G-GGCTTTAACAATT----TATTCCTA-C-TT-TAA-AATGATAG---TATCTTT-GAAAGCA-TG-ACC----AGGAAAA--AGG-GGGTT-T-C--TA-T--AGT-ATG------TTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCTTAGAATG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCA-CGAACTTACT--TTGGTGGGG----CA----------GCAAG------------TCA-------------CA----------T---------------CA----A-GGA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CTGA--ATGGGTT-ATGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTATGT-------ACT-ACTAACTATCACC---------GAA-TGCAGCGACAGA-ATCC---ATG-GGC--ATATC-A-TT-TGG-TATCTGC-AT-TGC---G-T-TGT---------------CAC--T-TTGCGG-ATTTGTA-----AC-ATCG-GGGT-C-AGTCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATT--AACG-TATC-AT-TCC-------AC--TAAC-A---------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGTTTC---GAAA----CGG--------TTCT--CC--G--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACAACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-C--T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TTGTAA---AATC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAGA--GGAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAC-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTAt
gi|5 : -CCCATAATT--ATA----GTCCCG----T-AG-GA-AGAGG---AA-ATAAA-AAATGAT---TAAAAAAGA---AATCAGT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TAAC-ACAT----------------T------TA--TT---CTGT---TATA----T-ACAGTA---CATTCATTTT-CA-T-TGCTC-T-TTTG--ATA-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TACATGTAGG-A-TGCACAAG-ACA-GTTGGAAG--------TT--A--AATTG----TTAAT-TTCA--CCA---TT-------------------CTTC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA---------------T-C-T-GGGCA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATGAA---CAATT--TT-G--A---TAA-CAT-GTTT-G-T-C--ATAA-A--TCAAAAGAC-CA--TATAACATATGAT-AATT-T-C-ACCA-T-AATCT---TCATAT-T-ATTG-C-----AAACTA---TTTTA--GAAGTT--T-T-C--A--TG-AAAATCA-TATATTAAAATGAG-CACC-AGAGTAGTAT--GTTCTG--T---CCGTA---G-GGCTCTGACAATT----TATCCAT--CCTT-TAA-AATGATGG---CATATTT-GAAAGCA-CG-ACC----AGGAAAA--AGG-GGGTTAC-C--T-------C-ATG--------AGTATA-TTG-----CAACTATTAATATTGCCAACTCTTAAATTG-ACATACTTTTTTTTAACGGGGATCA-------------TTA-------T---TTATTA-AAAACTTACT--TTGGTGGGGG---CA----------GCCAG------------TCATACGTTCTGCTCACA----------T---------------CA----C-GGA-TCATCAAA--TG-CATT-ACG--CTGA--ATGGGTT-CAGGGA-C-TGCC-TTCAG--TG-CCTT-TGT-------G-T-ACTAAATATCGCC----------AA-CG-ACCGACAGA-A------ATG-----------------TGG-TATCTGC-AT-TGC---G-T-TGT---------------CGC--T-TTGCAG-ATTTGTGT-----C-ATCG-GGGT-C-AAACTCGCA-ACCC---T-CAACTTT--G--TATA--AACG-TGTA-AT-CTT-------AC--CAAC-A---------T-GT-CATT-G--TA-CAACAAA-GTT-G--TCAGG---------------AAG-TT------GT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TACT--AT--C--ATCT-----A-----TACA-------TTTTAC----------------------------------ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--A-C--TAT-CA-T-A-A--A----C--T-G-GAAA-T--A--CGAG------T-TTGTAA---ATTC-A----AAAT--C-TCGATCCCA-AT-A----CA-AC--T---------TT----G--A-CA--TGGGAAA--GAGAAAAAACCACT------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-CTATTTATTTTCCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CACGA--GC-GA-----CTGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-TAT--AAAAAATGCTGGCCTTAat
gi|6 : CATTT-----TTTTTTAAATTATTT----AAGTTTCC-GGAACATCCAAAATTT-ATAA-AAGTCCCGCAGGT-AG-GA-GGAGG---AATATAAA-AA----T---TGAAAAA-----AGTT-TT----TTTTTGGGA-T-------------------AGC---A--T--------------ATTC-AACT----------------T------TAAATT---ATGC---CATG----T-ACAGTAA--TTTTCATTTT-CA-TATAATCTT-TTTG--ATGCCTCT-CGGAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-C-CACTACACA-G-T--TAACAAA-TA------GG-ATTGCACAAG-ACA-GTTGGACATATTCTCTTA--A--AATTGT---TTAAT-CTCA--TCAG--TTGTGC-TGCC-ATTTTTCTTTTTC-ATCCTTTCCA-AAT---GGAA--G-CA------------CAATAC-TGGGACATA-----TTAC-T-A-ATTCA-A-A-TCATAAA---CAATT--TTCA--A---TAA-CAT-GCTT-G-TGT--ATAA-A--CC-AAAGAG-CA--TATAAATTGTG---AA-TCT-G-A-CA-T-ATTGG---TAATAG-ATCTTG-C-----AG-A-A---TTTCG--AAAGTG--T-T-C--AT-TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TACC-CGAATA
gi|7 : catagaC-ATCG-GGGTTC-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATT--AACG-TATC-AT-TCC-------AC--TAAC-A---------T-GT-CACT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGTTTT---GAAA----CGG--------TTCT--CC--C--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACA-CT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCATG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-AA-T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ATTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--GAAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-CTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGAG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AAT--AAAAAATGTTGGCCTTA
gi|8 : tCCACG--GT-----AGAC-CTAACCATCC-G-T--TGT-CAGT-A-ATTAGCGTC--C-GAGAAGATCAA--CGAGGTTCAAT-CCGCAA---CACT-A----CAAT--C-TCGAT-CCG-AT-ATGGTCATAA--T---------TTTCGAG--A--A--TCGGAAA--t
gi|8 : catcccacagactctcacacAAAA-----------TC-----A-TTTAC-----TC-T-TGT-TTATGT-ATCTACT-ATAA--AC---------TACTCCGC-AAAAA-ATCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AAACCTATATTAAATACA-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTAcgatataaaccattataactcgcacaaaaattatttgcttagcagttcaaaatcatttactcttgtttatgtatctactataaactactccgcaaaaaatcgagcggcgggtttgtaaacctatattaaatacacctaaaaataaaaaaatgctggccttatttggccttatgtca
gi|9 : catcccacagactctcacacccacggtagacctaaccatccgttgtcagtaattagcgtccgagaagatcaacgaggttcaatccgcaacactacaatctcgatccgatatggtcataattttcgagaatcggaaacgatataaaccattataactcgcacaaaaattatttgcttagcagttcTTTT--G--GATACTAACGATATC-AT-TCTCTTTGTTAC-TAACC-A---------T-GT-CAT--G--TGTCAATAA--GTC-GGCCCAGGGGAGTGATAAAAAATAAG-TTTGTATAGT--A---CGCGTGCCG-AAC-GGGCAAATTTTCGTTGTTTTA--GAAAAGGACGGG-------TTCT--CC--C--TTTC-----AGTATTTAAAATTTAGTTTTTA-AACTTATTAATCAAATGGC-CAGTAGAGAAAAT-ATGGACCTACCACG--GTTGGTAA-GCAC--ACCATC--GTT--TGT-CA-T-T-A--A----C--CTG-TGAG-T------GAG------T-TTGtttggccttatgtca
blockSeqs : . TTAA A . AG G G T GA CAGG T GA . GTA T T ATGAT GA A CAAC GG . ATAAAATGACGAAGTAAAAAGTATCAACTGATAACATTATCAACTT AA . . . T AAG T T CTA T C . C G G A . AC A CTGAT C CTAC T T . A . CATGTA TC A CT TATTCTCTTAA GATA C GC GTTGTGCTGCCATTTTT T T C . . C TACTGATTCAAAC A C G CGT A AT T T . . AT AATA G . TC G . . . G . TG A TC C . T TA C . T AT C TCG . G T AAT . A T T . ATAAG C A GT C TTATTCCTACTTTAAA A . T . A . TT G T TACAATAT T ACATGTAT . . CC AATATT A A A C ATAACGGGGATTGTTTATTGG T C . T TCATGACTACTTTGCGCGTCACATACGTTCTTGCTCATTCAA T AA . . C GC GA A TG T . A C . C A A CAAGTGT . . C C A TCC GGCATATCAATCT . A T GTGG . TATTA CAT A TCT T . T G . TGT . TG . ACT A C G CTTTGTT ACAACTATTTGTTGAT . . C T T T . GC GGAGTGATAAAAAAT A T A CTCAC G A G TTTTC C A AGGA G A AA . CA AGTATT ATTTAGT AACTTATTA TG A GTAGAGAAAA . C AC AT TTGGTAAGCAC CG TC . G AATTAGCGT AG T A A CAA GTTCAA A . C A TTAC GA A C A . TGGT T . ATGTAGTTT TCGA . A AT ATGTA GAGAGTATCCG A T T GGTGA AG . A A GC CTATATACGT A C AG T AGTAT T A CTA ACCAGCACTAAAAAATAA . AT
blockSeqs : . . . . GG A G . AA . . G . . . . T . A AAAC . . TATAGAAATTGGGAAAGTAACAAAGTATCCAACTTGAATTC . . . . . A T . TA . . . . . G . . . . . . . . . . . . . AT . C TATTA T . . TTGTCTTGCCA T . C . . . CA . . . GG . T . . . . . CAA . . G . . . . . . AT T CA . . . AT . . . . T A . . . AT . . . T . ATG T A G C TTATCCATCCTTTAAA A . . . . . . T . ACTAAT . GT . . CC . G . A C TTTAACGGGGATCATTAT . T . T CCTTCAGCTAGTCATACTTCTGCTCACATCAAC . A . . T . . A A . . . . . . A A . . . . C A TCC GGCATATCATT . A T GTGA . TTTA CA A TCT . . . . . . . . . T A C . . AAAAACAGTCTGAT . . . . . . . . . . . . ACGCG . . . . C . G . A . . . TATTA . AACTA . . . . C AC . TAGACCTA GT . . . AGAA . . . . TA . . . T . . . A C . . . . . . . . . . ACG CCACT . . . . AA . . . . TACTCCG . . . . . . . . ACCTATATTAAATACA . A
blockSeqs : . . . . G . T . A . . G . . . . T . . . . . AGCATATTCAACTT . . . . . A C . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A ATTAC . . . GTGTCTGCCA T . C . . . C . . . TA . A . . . . . GA . . C . . . . . . . T C . . . A . . . . T G . . . A . . . A . AT T T G . . T . . . . . . T . TCTAT . GT . . CT . A . A C ACTAGGCAATCT . C . T GCAGCCAGTCATACGTTCTGCTCACATCAC . . . . T . . T A . . . . . . A A . . . . C A CC GCCATCAGTC . . T G . . T . T . . . . . . . . . A . A . . TAACCA . . . . . . . . . . . . CC . . . . C . . . T . . . A . ACTA . . . . C AT . TTTTC G . . . AAA . . . . A . . . T . . . . C . . . . . . . . . . GGA . . . . . A . . . . T . . . . . . . . T . A
blockSeqs : . . . . G . A . A . . G . . . . . . . . . . ACATTATCAACTT . . . . . . C . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . G TAAGT . . . TTAGCCGA T . C . . . C . . . G . A . . . . . GA . . G . . . . . . . T C . . . A . . . . C A . . . A . . . A . TA T T G . . T . . . . . . G . TCTAT . G . . CC . A . . C ATTAT . C . T CAACAGCAAGTCAATACGTTCTT . . . . C . . T G . . . . . . A A . . . . . . . . . . . G . . T . . . . . . . . . . . A . C . . TAACA . . . . . . . . . . . . CC . . . . T . . . A . . . A . ATTA . . . . C AC . TAACC G . . . AAA . . . . A . . . A . . . . C . . . . . . . . . . GAG . . . . . A . . . . T . . . . . . . . A . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . ACATTAACACATT . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . G TTA . . . TT T . C . . . C . . . G . A . . . . . CA . . G . . . . . . . . G . . . T . . . . . . . . . A . . . A . . . . G . ACCT . G . . CT . T . . T ATTAT . . . T CAACAAGTCATACGTTCTG . . . . C . . T A . . . . . . C . . . . . . . . . . . . T . C . . CAACA . . . . . . . . . . . . CC . . . . . . . . T . . . A . ACTA . . . . . AC . TAACC A . . . AAA . . . . A . . . T . . . . C . . . . . . . . . . GAA . . . . . A . . . . T . . . . . . . . A . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . A . . . . . GA . . G . . . . . . . . . CAGCAAGTCACATCAA . . . . . T C . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . TAACA . . . . . . . . . . . . CC . . . . . . . . T . . . A . ATT . . . . . A . TAACC G . . . TAA . . . . A . . . T . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . A . . . . T . . . . . . . . A . A
blockSeqs : . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . GA . . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqCons : ***** **** GG* ** T******* ***** *** *** **** A** C** ** ** ** TATNN********** TTGTCGCCA************ *** ** G****** A** *** GA****** G** ** ** ** *** *** ***** *** A** ** A**** ATG** T***** G**** ************************ *** **** NCTAT******* ***** CC ATTAT************************************ ** ** ** ********* A* CC**** GCATCAGCC******** T* G**** *************** T*** *** ** C* CAACA************ ** CC******** *** ******** ** A********** ACTA***** AC TAACC********* G*** AAA******** A**** *** ** ** GAG** ***
originalCons : GGCCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTAC-G-AAC-CCCAGAATT--ATAA-A-GTCCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AA----T---TAAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTAA--TATTCATTTT-CA-TATGCTC-T-TTTG--ATG-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TA------GG-A-TGCACAAG-ACA-NTTGGACA--------TA--A--AATTG----TTAAT-CTCA--TCA---TTGT-C-TGCC-A-----GTTCTTC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------C-AT-C-T-GGACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATGAA---CAATT--TT-G--A---TAG-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--TATAAATTGTG-T-AATTCT-C-ACCA-T-ATTGG---TTATAG-A-ATTG-C-----AGAA-A---TTTCG--GAAGTT--T-T-C--A--TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TNCC-AGAGTAGTATA-GTTGTC--T---CCGAG---G-GGCTTTGACAATT----TATCCCT--C-TT-TAA-AATGAAAG---TATCTTT-GAAAGCA-TG-ACC----AGGAAAA--ANG-GGGTT-T-C--TA-T--AGT-ATG------TTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCTTAGANTG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCA-AGAACTTACT--TTGGTGGGG----CA----------GCNAG------------TCA-------------CA----------T---------------CA----A-GGA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CTGA--ATGGGTT-GTGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTATGT-------ACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAGA-ATCC---ATG-GGC--ATATC-A-TC-TGG-TATCTGCAAT-TGCGT-G-T-TGC----TATT------ACGC--T-TTGCGGAATTTGTAT-CTGAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATA--AACG-TGTC-AT-TCC-------AC-ACAAC-A---------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TNCT--CC--C--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACAACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-CA-T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ANTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA--GNAAAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTA
finalCons : GGCCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTACGG-AAC-CCCAGAATT--ATAA-A-GTCCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AAT-------TAAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTAA--TATTCATTTT-CAC--TGCTC-T-TTTG--ATG-CTCT-C-GAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-CACA----ACA-G-T--T-ACAAA-TA------GG-A-TGCACAAG-ACA-NTTGGACATATNN----------AATTG----TTAAT-CTCA--TCATTGTCGCCA------------GTTCTTC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------C-AT-C-T-GGACAG------TTCC-TA--TTACA-A-A-TAATGAA---CAATT--TTGA------TAG-CAT-GCTTG--T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--TATAAATTGTG---AATTCT-C-ACCA-T-ATTGG---TTATAG-A-ATTG-C-----AGAA-A---TTTCGA--AAGTT--T-T-CA----TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TNCC-AGAGTAGTATG--TTGTCT-----CCGAGG----GGCTTTGACAAT------------------------ATGAAAG---TATCTTT-GAAAGCA-TG-ACC----AGGAAAA--ANG-GGGTTNCTAT-------AGT-ATG------TTAGTATA-TTG-----CATCCATT------GCAAACTCTTAGANTG-ACATACTTTCTATTAT------------------------------------TTATCA-AGAACTTACT--TTGGTGGGG----CA----------GCNAG------------TCA-------------CA----------T---------------CA----A-GGA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CTGA--ATGGGTT-GTGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTATGT-------ACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAGA-ACC----ATGGCATCAGCC--------TGG-TATCTGCAAT-TGCG----T-TGC---------------CGC--T-TTGCGGAATTTGTAT---GAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATA--AACG-TGTC-AT-TCC-------ACCAACA------------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGTCC--------T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TNCT--CC--C--ATCGA----------TAAA-------TTTTACACTA-----AACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GTAACC---------ACCATCG---T--TGT-CA-TAAA--------C--C-G-GAAG-TA----CGAG------T-TCGTAA---ANTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAAGAG--AAAAAA-----------TC-CCA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 1111 1111 11 1 11 111 1111 111 33333333 22222 1 2222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 111 1111 111 11111 11111 1111 222222 1 22222222222 1111 444444444444 11111 111 222222222222 2222222 111 11111111 22 111 111 22222222222222222222222 11111 11 111111111 11111 1 888888888888888888888888 111 1111 1111 11111 22222222 2222222222222222 1 77777777777777777777777777777777777777777 1111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 22222222 333333333 7777777777777777777777777777777 1 1111111 777777777777777777777777777 1 11 3333 111 1 1111111 222 44444444444 11 333333333333333 1111111111 11111 111 1111 22222222 22222222222 1111111 11111 2222222222 22222222222222 1111 11111111111 11111 111111 1111 1 1111 222222222 1111 2222222222 11111 111111 11111 1 2222222222222222 11111 111 555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 00000 7777 8 7777 11 0 3 5 55 555 4444 6 99 6 111 6 6 33333333 55555 3 8888 99 6 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 111 111 4444 6 666 3 6 44444 6 6 99 6 6 6 6 6 99 99 6 66666 6 4444 6 6 6 99 6 555555 8888 3 77 11111111111 4444 6 6 99 999999999999 77 44444 5 4 000 77 5 999999999999 5 5 5 5 9999999 5 666 5 5 5 000 77 22222222 5 5 888 5 77 5 77 5 99 55 3 111 6 6 888 888 6 00000000000000000000000 9 99 6 6 66666 6 6 6 1 6 0 11 999999999 1 55555 0 000000000000000000000000 1 444 8 8 6 4444 6666 1 6 1 9999 11111 77777777 6 2222222222222222 0 1 6 5 1 66666666666666666666666666666666666666666 6 1 99 77 5 2222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 99 6 5 1 33 77 5 5 0 5 5 5 5 77 5 1 33333333 6 0 222222222 8 5 7777777777777777777777777777777 8 0 88 8888888 8 777777777777777777777777777 8 0 11 5555 6 6 5 5 5 555 5 66 66 777 0 66 5 8888888 111 33333333333 5 5 5 33 5 5 5 77 555555555555555 5 5 5 1111111111 5 5 5 44444 6 555 7777 66666666 1 66 66 66 66666666666 0 6666666 5 66666 66 5 1111111111 5 3 11 66 66666666666666 2222 66 5 5 11111111111 66 5 5 4 33333 222222 4 888 1 5 0000 66 0 2 5 5 0000 5 66 000000000 0000 66 5 66 0000000000 22222 111111 5 5 22222 777 5 5 0 66 5555555555555555 5 4 66 4 11111 4 4 222 222222222222222222222222222222222 4 66
lowQualScore : ..... .... . .... .. . . . .. ... .... . .. . ... . . ........ ..... . .... .. . ........................................................................... .. ... ... .... . ... . . ..... . . .. . . . . . .. .. . ..... . .... . . . .. . ...... .... . .. ........... .... . . .. ............ .. ..... . . ... .. . ............ . . . . ....... . ... . . . ... .. ........ . . ... . .. . .. . .. .. . ... . . ... ... . ....................... . .. . . ..... . . . . . . .. ......... . ..... . ........................ . ... . . . .... .... . . . .... ..... ........ . ................ . . . . . ......................................... . . .. .. . .... ................................................................ . .. . . . .. .. . . . . . . . .. . . ........ . . ......... . . ............................... . . .. ....... . ........................... . . .. .... . . . . . ... . .. .. ... . .. . ....... ... ........... . . . .. . . . .. ............... . . . .......... . . . ..... . ... .... ........ . .. .. .. ........... . ....... . ..... .. . .......... . . .. .. .............. .... .. . . ........... .. . . . ..... ...... . ... . . .... .. . . . . .... . .. ......... .... .. . .. .......... ..... ...... . . ..... ... . . . .. ................ . . .. . ..... . . ... ................................. . ..
lowQualScore : 00000 0000 0 0000 44 8 3 2 88 000 2222 7 22 7 777 7 7 22222222 88888 3 3333 22 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 777 777 2222 7 555 7 7 55555 7 7 22 7 7 7 7 7 22 22 7 77777 7 2222 7 7 7 22 7 888888 3333 3 77 88888888888 2222 7 7 22 222222222222 11 33333 7 3 000 99 7 333333333333 7 7 7 7 4444444 7 111 7 7 7 000 99 77777777 7 7 666 7 99 7 99 7 22 00 5 777 7 7 333 777 7 22222222222222222222222 8 22 7 7 00000 7 7 7 0 7 8 00 888888888 4 22222 0 888888888888888888888888 4 000 0 0 7 2222 0000 0 7 0 3333 77777 55555555 7 6666666666666666 7 0 7 5 0 33333333333333333333333333333333333333333 7 0 22 44 7 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 22 7 7 7 66 99 4 7 4 7 7 7 7 99 7 4 66666666 7 8 000000000 0 0 4444444444444444444444444444444 0 6 88 0000000 0 666666666666666666666666666 0 6 00 8888 7 7 7 7 7 777 7 99 99 666 0 44 7 6666666 999 99999999999 7 7 7 66 7 7 7 99 777777777777777 7 7 7 4444444444 7 7 7 33333 6 777 9999 44444444 0 99 99 99 66666666666 1 2222222 0 99999 99 0 9999999999 0 0 55 99 44444444444444 0000 99 0 0 88888888888 99 0 0 4 11111 888888 4 888 0 0 6666 99 0 5 0 0 6666 0 99 000000000 6666 99 0 99 1111111111 55555 999999 0 0 55555 555 0 0 0 99 4444444444444444 0 4 11 4 11111 4 4 222 888888888888888888888888888888888 4 33
consensus : GGCCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTACGGAAC-CCCAGAATT--ATAA-A-GTCCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AA----T---TAAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTAA--TATTCATTTT-CAC-T--GCTCT-TTT-G--ATGC-TCT-C-G-AAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-C----ACAAC-A-G-T--TA-CAAA------TAGG-AT-GCACAAG-ACA-NTTGGACATATTN------AATTG----TT-AAT-CTCA--TCA---TTGT--CT-GCC-AGTTCT-----TC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------CA-T-C-TGG-ACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATGAA---CAATT--TT-G--A---TAG-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--TATAAATTGTG--AATTCT-C-ACCA-T-ATTGG---TTATAG-A-ATTG-CA------GAA--A--T-T--T---CGAAAGTT--T-T-C--A--TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TNCC-AGAGTAGTAT--GTTGTC--T---CCGAG---G-GGCTTTGACAATTTAT-CATCCTTTAAA-------ATGAAAG---TATC-TTTGAAAGCA-TG-ACC----AGGAAA-A--ANGGG-GTTAC--T-AT--AG-TATG------TTAGTATA-TTG-----CATC------CATTGCAAACTCTTAGANTG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCA-AGAACTTACT--TTGGT-G-GGG----CA----------GCNAG-------------TCA---CA---------------T-CA----A-G--GA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CT--GAATGG-GTTGTGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTA-------TGTACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAGA-------A-CCATGGGCAC----ATCA--TCTGG-TATCTGCAAT-TGC---G---T-TG-------------CT-T--CGC---T-TT-GCGGAATTTG--TATCTGAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATA--AACG-TGTC-AT-TCC-------ACA-CAAC-A---------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TNCT--CC--C--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTAC-ACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-CA-T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ANTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA---------GAGAAAAAA-----TC-C----CA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTA
Reference ( family-3080 ) : GGCCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTACGGAAC-CCCAGAATT--ATAA-A-GTCCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AA----T---TAAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTAA--TATTCATTTT-CAC-T--GCTCT-TTT-G--ATGC-TCT-C-G-AAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-C----ACAAC-A-G-T--TA-CAAA------TAGG-AT-GCACAAG-ACA-NTTGGACATATNN------AATTG----TT-AAT-CTCA--TCA---TTGT--C--GCC-AGTTCT-----TC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------CA-T-C-TGG-ACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATGAA---CAATT--TT-G--A---TAG-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--TATAAATTGTG--AATTCT-C-ACCA-T-ATTGG---TTATAG-A-ATTG-CA------GAA--A--T-T--T---CGAAAGTT--T-T-C--A--TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TNCC-AGAGTAGTAT--GTTGTC--T---CCGAG---G-GGCTTTGACAAT-----------------------ATGAAAG---TATC-TTTGAAAGCA-TG-ACC----AGGAAA-A--ANGGG-GTTNC--T-AT--AG-TATG------TTAGTATA-TTG-----CATC------CATTGCAAACTCTTAGANTG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCA-AGAACTTACT--TTGGT-G-GGG----CA----------GCNAG-------------TCA---CA---------------T-CA----A-G--GA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CT--GAATGG-GTTGTGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTA-------TGTACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAGA-------A-CCATGG---C----ATCAG-CCTGG-TATCTGCAAT-TGC---G---T-TG-------------C-----CGC---T-TT-GCGGAATTTG--TA--TGAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATA--AACG-TGTC-AT-TCC-------AC--CAAC-A---------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TNCT--CC--C--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTAC-ACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-CA-T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ANTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA---------GAGAAAAAA-----TC-C----CA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTA
gi|1 : CCAGCATTTAAGTTTTTT----ATT-CTTTTTCAGGTTTACTAA----CCAGACTTTAATAA-AAGTCCCG----T-AT-GACGGAGG---AA-ATAAA-AA----TATATAAAAAGTGTCTAATT-TT----TTTAGG--AAT-------------------AAC---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--CTTCACTGCGGATATGACGGT-ACAGTAA--TATT---TTT-CATAT--GCTTTGTTT-GGAATGC-TCT-C-A-AAACAGACTC-CTTGACC--C-AGT-----GGCCA-C----ACAACAA-G-TCATA-CAAAG-----TAGG-GG-ACACAAGCACA-C-TGGAC--ATTA------AATTG----TT-AAT-CTAA--TCAGATTTGT--CT-GCC--GT--T-----TC-ATCCTTTTCA-AATTGAGGAAAGG-CA------------CA-T-C-T-G-AGA-GCTATATTCC-TGA-TTAAG-A-ATTAATGAGTATCAA-A--TT-G--AGATTAG-CATAGCTTAG-T-CTTATAATATTCCAATAGAG-CGATTATAATTTGTGT-AATTCT-G-ACAA-TCATTGGTTTTTATAG-A-ACTG-CATGAGAGAAA--A--TGT--TATGCG-AAGTTGCT-T-CCAA--TGAAAAAAAA-TGAATTAAAATGAG-TTCCGAGAGT-GTAA--GTTGTCGATCGGCCAAGCACA-AGCTTTGACAATTATTACATCCCTCACTTATAACAATGAAAAAGCTATC-TTTGAAAGCCTTC-ACCTGGGAGTAAA-A--ATGGGAGTTA---T-ATGAAG-CAT-------TTAATATACTTGTGAGTTAT-------TGTTGCGTA----TAGACGG-GGAT-CATT-T-------------A---------------A-------T---TTTTCA-AGAACTTACTAGTGGGA-G-GGT----CA----------GCCAG-------------TCA---CATGTTCTTGCC-----T-CACATCA-C--GG-ACATTAAA--TGACATTAACGA-CT--GAA--G-GTTGTGGGA-GATGCC-TT-GGGATG-TATTA-------TGTACTCACTATAT-TTGCCTCAGGTTATGGA-TGGAGCGACAGATATTCGCA-GTGTGG---CCAATATCA--TCTGGTTGTTTGCAATATGC---G---TATGTACAATTTATTGTC-----CGCACGT-CTAGCGGAATTTGGATAT-TGAA-AATGCGGGT-C-AATCTCGCAGACCAG--TACACTTTT--GAAAATA--AAAG-TGTCAAG-CCC-------ACAACACC-A---------TGGTGCATT-GGACG-AAATAAA-GTCTT--CCAGA---------------AAG-TT-GT-TAGTAAC---C---T-CCG-AAT-GGACAAA-----AACGTAACAGAAAAA----CAGAAAAAGACCACA--CCAGC--ACCGATAGAA-----TAAG-------TTTTAC-ATT------ACAAA--GC-CA----------TAAAAGATTTACT-CA--G-----------------ATCGAG-T--TGTACA-TCA-A--A----C--C-G-GAAG-T--AGTTAAG------T-TCGTAATTTAAT--A----AATT--C-TCGATCCGA-ATAG----CG-AATTT---------TT----GACA-CA--TCG---------------GAGAAAA-----TC-C----AA-A-TTTTC-----TC-T-ATGATTATTT-TTTTTCTGAAAA--AT---------T------C--AAAA-CTCGA--GC-GG------GGG-TT-TGTA--AA---------------A-----------------CCTAAAGAATA-ATAAGATGCTGGC
gi|10 : gcAAG-TT-A--CGAG------TATCGT------CTC-ATTACAAATGACATCGATCCCG-AT-G----CA-AA--TATGTAGTTTTT----G--AACA--TCGGAAAATGTAAAAAGAGAGAGTA-----TC-CGCCCTATA-TTTTGGGTGATC-AGATT-TAATTT-TTTTTCTAAAAA--ATCTATATACGT------C-GATAG-CTCGG--AG-GC-----CGGGTTT-TGT---AA---------------ACCAGCACTAAAAAATAACCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTt
gi|11 : gtaaaacgcaggtCC-AGGTCT-----TC-ATCCTTTC-ACAGT---GGAA--G-CATACTGATTCAAACA-T-C-TGG-AGA-G-----TTCCAT-T-TTACA-A-A-TAATGAA---AAATT--TT-G--A---TAA-CAT-ACTT-G-T-C--ATAA-G--TCAAAAGAG-C
gi|12 : -----CATC------CATTGCAAACTCTTATAATG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---CTATCA-AGAACTTACT--TTGGT-G-GGG----CA----------ACAAG-------------TCA---TACGT------------T-CT----G-G--TC-ACATCAA
gi|13 : GGT-G-AGG----CAACA-------GCAAG-------------TCAATACG---------------TTCT----T-G--GATACATCAAAAATG-CATT-A-G--CT--GAAAGG-GTTATGGGA-G-TGCCATT-GG--TT-T-TTA-------Tggaa
gi|14 : G-ACC----AGGAAA-A--AGGGG-GTTTC--T-AT--GG-TATACATGTATTAGTATA-TTG-----CATC------CATTGCAAACTCT
gi|15 : AAAA-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------T-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTT
gi|16 : -ACG--CT--GAAAGG-GTTATGGGA-G-TGCC-TT-GG--TT-TATTA-------TGTACT-ACgtgt
gi|17 : CT--CC--C--ATCA-----A-----TAAA-------TTTTAC-ACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGA
gi|18 : -C-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AACT--AACG-T
gi|2 : CCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGTTTTACAGAAC-CCTA-AATT--ATAAGA-GTCCCG----TTAGAGA-GGAGGGTAAA-AAAAA-AA---------AAAAAA-----AATA-TTCAACTTTTTG--A-TTATAGAAATTGGGAAAGTAA-C---AAAG--------------TATCCAACT----------------TGAATTCTA--GT---CTAC---GATG----TTACC-TAAAGTATTTATTTTTCAC-TATGCTCT-TT--G--GTGG-TCTGC-G-AAACAGACTCACTTG--CACC-AATCTGATGGCCA-C----ACAAT-ATG-T--TA-CAA-------TAGGTCT-GCACAAG-ACA-CTTGTACATATTA------AATTGGATATT-AAT-CTCAGCTCA---TTA------GCCGAGTTCT-----TCTAGCCTTTCCACAAT---GGAA--G-CA------------CA-T-CCTAT-GCA-GG----TTCC-T-A-TTACATA-A-TAATGAA---CATTTATTT-G--A---TAGGCAT-GCTT-TCT-C--ATAA-A--C-AAAAGAGGCA--TATAAATTGTGTGAATACTTC-ACCACT-ATTGG---TTATAGTA-ATTG-CA------GAA--AATT-T--T---CGAAAGTT--T-TTC--A--TC-TAA-GCAATCAATTGAAATGAG-TTCC-AGAGTAGTAT--GTT-----C---CCGAG---GTAGCTTTGA---------------------------ATGGAAG---TATCTTTTGAAAGCA-TG--CT----AGGAAA-GTTATGAG-TTGAC--TAAT--AGTTATG-----------ATA-TT-----------------ATAGCAA---TTTAGAGT--ACAT--TTTCT-------------A-------------CTAGGCAATCT---TCATCATAGACTTTATT--CTAAT-ATGGT----CATGACTACTTTGCGCG-------------TCA---CATACGTTCTTGCTCATT-CA----A-GGCGA-AT-TAAAA--TG-CATT-ATG--CTGAGAATGGTTTTGTAGGA-G-TGTC-TT-GG--TGCTATTATGTCAAGTGTACT-ACTAAATATCACC---------GAACTGCAGCGACAGA-------A-CCATGGC--C----ATCAG-TCTGG-TATCTGCAAT-TGCGTGG---T-TG-------------CTATTACGCCA-T-TC-GCGGAGTTTG--TATCTGACTATCG-GGGT-CGAATCTCGCA-ACCA---T--AGTTTT--G--AATA--AACG-TGTC-ATGTCC-------ACA-CAACTATTTGTTGATT-GT-CATTCGT-TG-CAATAAATGTC-G--TCAGA---------------AAGATT-GT-TAGT--CTCAC---T-CCG-AACGGGGCAAA-----GA-GCTTT---GAAAG---CGG--------TACCAACC--C--ATCGTATT-A-----CCAG-------TTTTAC-ATT----AAACAAA--AT-CC----------T-ACA----TAACA-GATGT-----T-TT-C--ACTCTC--G-TTCTGC-TA-T-AGA--A----CAGC-G-GAAG-T--A--CGAG------T---GTAA---ATTCAA----AAAT--CATCGAT-CCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CAATTCAGATA---------ACGAAAAAA-----TCAC----CA-G-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAAGCAT---------T------C-AAAAACCTCGAAGGC-GGAGTATCGGG-TTATGTCTAAA---------------A-----------------CCT-AA-AATATAAAAAATG-TGGTC
gi|3 : tggcCAGCATTT-----TTTT----ATT-TTT----AGGTTTAC-GAACGCCCAGAATT--ATAA-A-GTCCCG----T-A--GA-GGAGG---AA-ATAAATAA---------AAAAAA-----AATTATTAAACTTTTTG--A-T-------------------A-TAAAA--TGACGAAGTAAAAAGTATC-AACTGATAACATTATCAACTT------TA--TT---CTAA---CATG----T-ACAGT-A--CATTTATTTT-CAC-T---CTC--TTT-G--ATGC-TCT-CGG-AAACAGACTC-CTTG--C--CAAAT-----GGCCACC----ACAAC-A-GTT--TA-CAAA------TAGG-GT-GCACAAGAACACTTTGGTCAATTAC------AATTG----TT-AATCCTCA--TCA---TTGT--CTTGCC-AGTTCT-----TC-ATC--TTCCCCAAT---GGGA--GCCA------------CA-T-C-TGG-ACACGT----TTCC-T-ATTTACA-ATA-TAATGAA---CAATT--TT-AATA---TAG-CAT-GCTT-C-T-C--AT-A-A--TCAAAAGAG-CA--TATACATTGTG--AATTCT-CAACCA-T-ATTGGT--TTATAG-A-ATTGCCA------GAA--A--T-TTGT---CG-AAGTT--TGT-C--AATTT-AAAAGC--TCAATTAAAATGAGTTTCC-AGAGTAGT-T--ATTGTC--T---CCGAG---G-GCTTTTGA-AAT------------------------TGAAAG---TATC-TTTGAAAGCA-TGAACC----AGGAAATAT-ATGAG-TTTACAAT-AT--AG-TATG------TTAGTATA-TTG-----TATC------TATTGCAAACTCTTAAAATGAACAT-TTTTCT-------------ATAACGGGGATTGTTTA-------TTGGTTATCA-AGAA-TTACT--TTGG--G-CTGCCTTCA----------GCTAGTCATACTTCTGC-TCA---CA---------------T-CA----ACG--GA-ACATTAAA--TG-CATT-ATGGCTT--GAATGG-TTTGTAGGATG-TGCC-TT-GG--TG-TATT--------TGTACT-ACTAAATATCGCC---------GAA-TGCAGCGACAGA-------T-CCATGGGCAT----ATCAATCTTGG-TATCTGCAA--TGC---GTGAT-TG-------------CTTTA-CGC---CATT-GCGGAATTTG--TATCTGAC-ATCG-GGGT-C-AATCTCGCA-ACCATGTT-CAGTTTTTGA--AATA--AACGATGT--AT-GCC-------ACAAAAAC-AGTCTGAT--T-GT-CATT-G--TA-CAATAAA-GTC-G--CCA-A---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCGAAAC-GGGCAAA-----AA-GCTTC---GAAA----CGG--------TACT--CC--CCAATCG-----A-----T-AA-------TTTTAC-ATT------ACAAA--TCACA----------T-ACAAAT-----------------------------------T--TGT-CA-T---G--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ATTC-A----AAAT--C-TCGATCCCGAAT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAA-----------AGAAAAAA-----TC-C----CA-GTTTTTC-----TCAA-ATT-TTATTT-TTTTTCT--AAA--AT---------T------CAAAAAA-CTCGA--GCTGG-----C-GT-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTTAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTc
gi|4 : GGCCAGCATTT-----TATT----ATT-TTT----AGGTTTACG-AAC-CCCAGAATT--ATAA-A-GTTCCG----T-AG-GA-GGAGG---AA-ATAAA-AA----T---TTAAAAA-----AATT-TT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TATC-AACT----------------T------TA--TT---CTGC---CATG----T-ACAGTA---TATTCATTTT-CAC-T--GCTCT-TTT-G--ATGC-TCT-C-G-AAACAGACTC-CTTA--C--C-AAT-----GGCCA-C----ACAAC-A-G-T--TA-CAAA------TAGG-AT-GCACAAG-ACA-ATTGGACATAAGT------AATTG----TT-AAT-TTCA--TCA---GTGT--CT-GCC-AGTTCT-----TC-ATCCTTTCCACAAA---GGTA--G-CA------------CA-T-C-TGG-ACA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATAAA---CAATT--TT-C--A---TAA-CAT-GCTT-G-T-C--ATAA-A--CCAAAAGAG-CA--AATAAATTGTG--AAT-CT-C-ACCA-T-ATTGG---TTATAG-A-TTTG-CA------GAA--A--T-T--T---TGAA-GTT--T-T-C--A--TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TACC-AGAATAGTATAAGTTGTC--T---CCGTG---G-GGCTTTAACAATTTATTCCTACTTTAAA-------ATGATAG---TATC-TTTGAAAGCA-TG-ACC----AGGAAA-A--AGGGG-GTTTC--T-AT--AG-TATG------TTAGTATA-TTG-----CATC------CATTGCAAACTCTTAGAATG-ACATACTTTCT-------------A-------------TTA-------T---TTATCA-CGAACTTACT--TTGGT-G-GGG----CA----------GCAAG-------------TCA---CA---------------T-CA----A-G--GA-ACATCAAA--TG-CATT-ACG--CT--GAATGG-GTTATGGGA-G-TGCC-TT-GG--TG-TATTA-------TGTACT-ACTAACTATCACC---------GAA-TGCAGCGACAGA-------ATCCATGGGCAT----ATCA--TTTGG-TATCTGC-AT-TGC---G---T-TG-------------T-----CAC---T-TT-GCGG-ATTTG--TA----AC-ATCG-GGGT-C-AGTCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATT--AACG-TATC-AT-TCC-------AC--TAAC-A---------T-GT-CATT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGTTTC---GAAA----CGG--------TTCT--CC--G--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTACAACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-C--T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TTGTAA---AATC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAGA---------GGAAAAAAA-----TC-C----CA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-TTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAC-CTCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTAt
gi|5 : -CCCATAATT--ATA----GTCCCG----T-AG-GA-AGAGG---AA-ATAAA-AAATGAT---TAAAAAAGA---AATCAGT----TTTTTG--A-T-------------------A-C---A--T--------------TAAC-ACAT----------------T------TA--TT---CTGT---TATA----T-ACAGTA---CATTCATTTT-CAT-T--GCTCT-TTT-G--ATAC-TCT-C-G-AAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-C----ACAAC-A-G-T--TA-CAAATACATGTAGG-AT-GCACAAG-ACA-GTTGGA-A-GTTA------AATTG----TT-AAT-TTCA--CCA------------------TTCT-----TC-ATCCTTTCCACAAT---GGAA--G---------------CA-T-C-TGG-GCA-G-----TTCC-T-A-TTACA-A-A-TAATGAA---CAATT--TT-G--A---TAA-CAT-GTTT-G-T-C--ATAA-A--TCAAAAGAC-CA--TATAACATATGATAATT-T-C-ACCA-T-AATCT---TCATAT-T-ATTG-CA-------AACTA--T-T--T---TAGAAGTT--T-T-C--A--TG-AAAATCA-TATATTAAAATGAG-CACC-AGAGTAGTAT--GTTCTG--T---CCGTA---G-GGCTCTGACAATTTATCCATCCTTTAAA-------ATGATGG---CATA-TTTGAAAGCA-CG-ACC----AGGAAA-A--AGGGG-GTTAC--C--T-----CATG--------AGTATA-TTG-----CAACTATTAATATTGCCAACTCTTAAATTG-ACATACTTTTTTTTAACGGGGATCA-------------TTA-------T---TTATTA-AAAACTTACT--TTGGTGG-GGG----CA----------GCCAGTCATACGTTCTGCTCA---CA---------------T-CA----C-G--GA-TCATCAAA--TG-CATT-ACG--CT--GAATGG-GTTCAGGGA-C-TGCC-TTCAG--TG-CCTT--------TGTG-T-ACTAAATATCGCC----------AA-CG-ACCGACAGA-------A---ATG-----------------TGG-TATCTGC-AT-TGC---G---T-TG-------------T-----CGC---T-TT-GCAG-ATTTG--TG--T--C-ATCG-GGGT-C-AAACTCGCA-ACCC---T-CAACTTT--G--TATA--AACG-TGTA-AT-CTT-------AC--CAAC-A---------T-GT-CATT-G--TA-CAACAAA-GTT-G--TCAGG---------------AAG-TT------GT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGCTTC---GAAA----CGG--------TACT--AT--C--ATCT-----A-----TACA-------TTTTAC----------------------------------ACAGATCTACCACG--GT-----A-AC-C--ACCATC--A-C--TAT-CA-T-A-A--A----C--T-G-GAAA-T--A--CGAG------T-TTGTAA---ATTC-A----AAAT--C-TCGATCCCA-AT-A----CA-AC--T---------TT----G--A-CA--TGGGAAA---------GAGAAAAAACCACTTC-C----CA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-CTATTTATTTTCCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CACGA--GC-GA-----CTGG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-TAT--AAAAAATGCTGGCCTTAat
gi|6 : CATTT-----TTTTTTAAATTATTT----AAGTTTCCGGAACATCCAAAATTT-ATAA-AAGTCCCGCAGGT-AG-GA-GGAGG---AATATAAA-AA----T---TGAAAAA-----AGTT-TT----TTTTTGGGA-T-------------------AGC---A--T--------------ATTC-AACT----------------T------TAAATT---ATGC---CATG----T-ACAGTAA--TTTTCATTTT-CATAT--AATCT-TTTTG--ATGCCTCT-C-GGAAACAGACTC-CTTG--C--C-AAT-----GGCCA-CCACTACA-C-A-G-T--TAACAAA------TAGG-ATTGCACAAG-ACA-GTTGGACATATTCTCTTAAAATTG----TTTAAT-CTCA--TCAG--TTGTGCT--GCC-ATTTTTCTTTTTC-ATCCTTTCCA-AAT---GGAA--G-CA------------CAATAC-TGGGACATA-----TTAC-T-A-ATTCA-A-A-TCATAAA---CAATT--TTCA--A---TAA-CAT-GCTT-G-TGT--ATAA-A--CCAAA-GAG-CA--TATAAATTGTG--AA-TCT-G-A-CA-T-ATTGG---TAATAG-ATCTTG-CA------G-A--A--T-T--T---CGAAAGTG--T-T-C--AT-TG-AAAAGCA-TCAATTAAAATGAG-TACC-CGAATA
gi|7 : catagaC-ATCG-GGGTTC-AATCTCGCA-ACCA---T-CAGTTTT--G--AATT--AACG-TATC-AT-TCC-------AC--TAAC-A---------T-GT-CACT-G--TG-CAATAAA-GTC-G--CCAGG---------------AAG-TT-GT-TAGT--C---C---T-CCG-AAC-GGGCAAA-----AACGTTTT---GAAA----CGG--------TTCT--CC--C--ATCG-----A-----TAAA-------TTTTAC-ACT----AAACAAA--GC-CA----------T-ACAGATCTACCATG--GT-----A-AC-C--ACCATC--G-T--TGT-AA-T-A-A--A----C--C-G-GAAG-T--A--CGAG------T-TCGTAA---ATTC-A----AAAT--C-TCGATCCCG-AT-G----CA-AA--T---------TT----G--A-CA--TCGGAAA---------GAAAAAAAA-----TC-C----CA-A-TTTTC-----TC-A-ATT-CTATTT-TTTTTCT-AAAA--AT---------T------C-AAAAA-CTCGA--GC-GG-----CGAG-TT-TGT---AA---------------A-----------------CCTAAA-AAT--AAAAAATGTTGGCCTTA
gi|8 : tCCACG--GT-----AGAC-CTAACCATCC-G-T--TGT-CAGT-A-ATTAGCGTC--C-GAGAAGATCAA--CGAGGTTCAAT-CCGCAA---CACT-A----CAAT--C-TCGAT-CCG-AT-ATGGTCATAA--T---------TTTCGAG--A--A--TCGGAAA---------t
gi|8 : catcccacagactctcacacAAAA-----TC---------A-TTTAC-----TC-T-TGT-TTATGT-ATCTACT-ATAA--AC---------TACTCCGC-AAAAA-ATCGA--GC-GG-----CGGG-TT-TGT---AAACCTATATTAAATACA-----------------CCTAAA-AATA-AAAAAATGCTGGCCTTAcgatataaaccattataactcgcacaaaaattatttgcttagcagttcaaaatcatttactcttgtttatgtatctactataaactactccgcaaaaaatcgagcggcgggtttgtaaacctatattaaatacacctaaaaataaaaaaatgctggccttatttggccttatgtca
gi|9 : catcccacagactctcacacccacggtagacctaaccatccgttgtcagtaattagcgtccgagaagatcaacgaggttcaatccgcaacactacaatctcgatccgatatggtcataattttcgagaatcggaaacgatataaaccattataactcgcacaaaaattatttgcttagcagttcTTTT--G--GATACTAACGATATC-AT-TCTCTTTGTTAC--TAACCA---------T-GT-CAT--G--TGTCAATAA--GTC-GGCCCAGGGGAGTGATAAAAAATAAG-TTTGTATAGT--A---CGCGTGCCG-AAC-GGGCAAATTTTCGTTGTTTTA--GAAAAGGACGGG-------TTCT--CC--C--TTTC-----AGTATTTAAAATTTAGTTTTTAA-ACTTATTAATCAAATGGC-CAGTAGAGAAAAT-ATGGACCTACCACG--GTTGGTAA-GCAC--ACCATC--GTT--TGT-CA-T-T-A--A----C--CTG-TGAG-T------GAG------T-TTGtttggccttatgtca