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lowQualScore                  :                 44  2   2  66  33 11   55 777 4 2 2  8 2 88888  000000 2     2 5555    666   77  2 2 2  7   33 33  00000000000 2  777  2  1 33   66666  2  2   33  2  33      
lowQualScore                  :                 ..  .   .  ..  .. ..   .. ... . . .  . . .....  ...... .     . ....    ...   ..  . . .  .   .. ..  ........... .  ...  .  . ..   .....  .  .   ..  .  ..      
lowQualScore                  :                 99  7   7  33  44 88   66 444 7 4 4  4 4 22222  555555 4     4 0000    555   99  4 4 4  1   22 22  44444444444 4  444  4  8 22   22222  7  7   11  7  77      
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Reference ( gi|7 )            : TTATCTCTTGAAATCGG-AA-TTT-AA--TA--A--TTG--A---T-G-G-TTTA-A-----TT-A----A-TTCAT-T----TTAA---GTG--CA-T-A-TC-TTC--A--TTA-A-----CCAC-CC---CC-CCTCCGCCT-----CG-TT-GTG-TTT-CA--AAATAT
gi|16                         : TTATCTCTTGAAAT--G-AA-TT---A--TA--AA-TTG--A---T-G-G-TTTA-A-----TT-A----A-T--A--T----TTAA---GTAATCA-T---TC-TTC---------A-----CCAC-CC---AC-CC----CCT-----CG-TT--TG--TT-CA--AA
gi|6                          :  TATCTCTTGAAATCGG-AAATTT-AA--TA--AA-TTG--A---TTG-G-TTTA-AA----TT-A----A-TTCAT-T----TTAA---GTG--CA-T-ATTC-TTC-----TT--A-----CC-C-CC---CC-CCTCC-CCT-----CG-TTAGTG-TTT-CA--ACATAttgg
gi|4                          :  TATCTCTTGAAATCG--AA-TTT-AA--TATAA--TTG--A---T-G-GTTTTA-A-----TTAA----A-TTCAT-T----TTAAT--GTGA-CA-T-A-TCGTTC--A--GT-----------C-CC---CC-ACCCCCTCT-----CG-TT-GCG-TTT-CAGTAAATAg
gi|8                          :   ATCTCTTGAAATCGA-AT-TTT-GA--TA--AAATTG--GGTTT-G-G-TTTA-A-----TT-A----A-TTCAT-T----TTAA---GTG--CA---A-T--TTC--A--TC--------CCCC-CC---CC-CCTC--CCT-----CG-TT-GTG--TT-CA--AAATAgtt
gi|3                          :    TCTTTTGAAATCG--AA-TTT-AAA-TA--AA-TTG--A---T-G-G-TT-A-A-----TT-A----A-TTCAT-G----TTAA---GTG--CATT-A-TC-TTCATA--TTA-A-----CCCC-CC---CCTCCCCTCCCT-----CG-TT-GTG-TTT-CA--AAATAgtta
gi|11                         :  tcTCTCTTGAAATCG--AA-TTC-AA--TA--AATTTGG-A---T-G-A-TT-A-A-----TT-A----AATTCAT-T----T-AA---GTG--CA-TTA-TC-TTC--A--TTA-----------------CC-CCTCC-CCT-----CG-TT-GTG--TT-CA--AAATAgtt
gi|12                         :    tCTCTTGAAATCG---A-TTT-AA--TA--AA-TTG--A---T-G---TTTA-A-----TT-A----A-TTCAT-T----TTA----GTG--CA-T-A-TC-TTC--A--TTA-C-----CCCC-CCCCTCC-CCTCC-CCT-----CG--T-GTG--TT-CA--AAATAgtta
gi|9                          :     CTCTTGAAAGCG-------T-AA--TA--AA-TTG--A---T-G-G-CTTA-A-----TT-C----A-TTAAT-T----TCTA---GTG--CA-T-A-TC-TTT--A--TTA-C-----CCAC-CCAG-CC-CCTCCCCCT-----CG-TT-GTG--TT-CA--AAATAgt
gi|1                          :    cCTCTTGAAATTGGTAA-TTT-AA--TA------TA--AAG-T-G-G-GCTATG-----TT-ATATCA-TTCATTT----TTAA---G-G--CA-T-A-TCTTTC--A--TTA-AACCC-CCCC-CC---CC-CCCCCCCCTCTTTCCC-TT-GTG--TT-CA--ATGTATgtta
gi|15                         :  atggaCTTGAAGTCGA-A---TT-AA--TA--A--ATG--A---T-G-G-TTTA-A-----TT-A----A-T-CAT-T----TTAA---GTG--CA-T-A-TC-TTC--A--T------------C-CC---CC-CCCC--CCT-----CG-TT-GTG-TTC-AA--AAATA
gi|13                         :    ctcCTTGAAATCG--AA-TTT-AA--TA--AA-GTG--A---TTG-G-TTTA-A-----TT-A----A-TTC-T-T----TTA----GTG--CA-T---TC-TTC--A--TTT-A-----CC-C-CC---CC-CCTCACCCT-----CG-TT-GTG--TT-CA--AAATAgt
gi|2                          :        TTGAAATCG---A-TTT-AA--TA--AA-TTGGCA---T-G---TTTA-A-----TT-A----A-TTCAT-T----TT-A---GTGC-CA-T-A-TC-TTC--A--TTA-C-----CCGC-CC---CC-CCCCCCCTT-----Cgttt
gi|10                         :           AAATCGA-AA-TTTTAA--TA--AA-CTG--A---T-GTG-TTGA-AATTCATT-C----A-TTCAT-T----TTAA---GTG--CA-T-A-TCTTTC--A--TT--A-----CC-C-CC---CC-CCCCCCCCT-----T--TT-GTG--TT-CA--AAATAcccctcccctcgtgtgattcaagaaatagtta
gi|5                          :            AATCA--AA-TTT-AAAATA--AAATTG--A---T-G-G-TT-A-A-----TT-G------TTCAT-TAGTTTTAAAGTGTG--GA-T-A-TC-TTC--ATTTTA-C-----CCCC-CC---CC-CCCCCCCCT-----CGTTT-GTGATTTGCA--AAATAg
gi|14                         :                    A-TTT-AA--TA--AAACTG--A---T-G-G-TTAA-A-----TTCATC--A-TTCAT-T----TTAA---GTG--C--T-A-TC-TTC--A--TTA-AAAAAGCAACGCC---CC-CCCCCCCCT-----CT-TT-GTG--TT-CA--AAATAgtt
gi|18                         :                               A--A--TTG--A---T-G-G-TT-A-A-----TT-C----A-TTCAT-T----TTAA---ATG--CA-T-A-TC-TTC--A--TTACA-----CCCC-CC---CC-CCTC
gi|17                         :                                ata--TTG--A---T-G-G-TT-A-A-----TT-C----A-TTCAT-T----TTAA---GTG--CA-T-A-TC-TTC--A--TTA-A------CAC-CC---CC-CCCC--CCT-----CT-TT-GT--TTT-AA--AAAgtgttca
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Unaligned ( gi|19 ): AATAGAATTTAATAAATTGATGGTTAATTCA






Alignments
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lowQualScore                  :                   2 77  33   2  55  55  6  33 7777 333 4 222  4  77777  8888       4444  2  666   77  2 2 2  4  2  33 999999999999999999   33      888888888  33     2  2   999  2  66      
lowQualScore                  :                   . ..  ..   .  ..  ..  .  .. .... ... . ...  .  .....  ....       ....  .  ...   ..  . . .  .  .  .. ..................   ..      .........  ..     .  .   ...  .  ..      
lowQualScore                  :                   7 33  44   5  66  66  7  11 8888 999 4 333  7  88888  2222       7777  2  111   55  2 2 2  4  2  11 333333333333333333   11      999999999  11     4  5   111  5  99      
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Reference ( family-307 )      :    TTATCTCTTGAAATC-G--AA--TTT-AA--TA--AA-TT--G----A---T-G-G-TTTAA-----TT-A--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--TA---A-----C--C-CCC--CCCCCC---------CC--CCTCG-TT-GTG-T-TT-CA--AAATAT
gi|1                          :        CTCTTGAAATT-GGTAA--TTT-AA--TATAAA-GT--GGGCTA---T-G-T-TATA-------T-C--ATTCATT----TTTAA---G-G--CA-T-A-TC-TTTCA--T--TA---A-----A--C-CCC--CCCC-C---------CC--CCCC
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gi|11                         :       TCTCTTGAAATC-G--AA--TTC-AA--TA--AA-TTTGG----A---T-G-A--TTAA-----TTAA--ATTCA-T----TT-AA---GTG--CATT-A-TC-TT-CA--T--TA--------------------CCCCT---------CC--CCTCG-TT-GTG---TT-CA--AAATAg
gi|12                         :       tCTCTTGAAATC-G--A---TTT-AA--TA--AA-TT--G----A---T-G---TTTAA-----TT-A--ATTCATT----TT-A----GTG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--TA---C-----C--C-CCC--CCCTCC---------CC--TCCCC-TC-GTG-TGTT-CA--AAATAgtta
gi|13                         :          CTTGAAATC-G--AA--TTT-AA--TA--AA-GT--G----A---TTG-G-TTTAA-----TT-A--ATTC-TT----TT-A----GTG--CA-T---TC-TT-CA--T--TT---A-----C--C-CCC--CCCCTC---------AC--CCTCG-TT-GTG---TT-CA--AAATAgt
gi|14                         :                        A--TTT-AA--TA--AAACT--G----A---T-G-G-TTAAA-----TTCATCATTCATT----TT-AA---GTG--C--T-A-TC-TT-CA--T--TA---AAAAAGCAAC-GCC--CCCCCC---------CC--CCTCT-TT-GTG---TT-CA--AAATAgttt
gi|15                         :          CTTGAAGTC-G--AA--TT--AA--TA--AA-T---G----A---T-G-G-TTTAA-----TT-A--AT-CATT----TT-AA---GTG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--------------------C--CCCCCC---------CC--CCTCG-TT-GTG-T-TC-AA--AAATA
gi|16                         : ctcTTATCTCTTGAAAT--G--AA--TT---A--TA--AA-TT--G----A---T-G-G-TTTAA-----TT-A--AT--A-T----TT-AA---GTAATCA-T---TC-TT-CA----------------------CC--ACCCAC---------CC--CCTCG-TT--TG---TT-CA--AAgt
gi|17                         :                                         -TT--G----A---T-G-G-TT-AA-----TT-C--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--TA---A-----C--A-CCC--CCCCCC---------CC--TCTT------TG-T-TT-TA--AAAttgg
gi|18                         :                                A--TA--AA-TT--G----A---T-G-G-TT-AA-----TT-C--ATTCATT----TT-AA---ATG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--TA---------------CA--CCCCCC---------CC--CCTCG-Taaaaag
gi|2                          :           TTGAAATC-G--A---TTT-AA--TA--AA-TT--GGC--A---T-G---TTTAA-----TT-A--ATTCATT----TT--A---GTGC-CA-T-A-TC-TT-CA--T--TACCCG-----C--C-CCC--CCCCCCCTTCCCCCTCC--CCTCG--T-GTG-A-TT-CAAGAAATAgttca
gi|3                          :       TCTTTTGAAATC-G--AA--TTT-AAA-TA--AA-TT--G----A---T-G-G-TT-AA-----TT-A--ATTCATG----TT-AA---GTG--CA-TTA-TC-TT-CA--TATTA---A-----C--C-CCC--CCCTCC---------CCTCCCTCG-TT-GTG-T-TT-CA--AAATAgtta
gi|4                          :   tcTATCTCTTGAAATC-G--AA--TTT-AA--TAT-AA-TT--G----A---T-G-GTTTTAA-----TTAA--ATTCATT----TT-AAT--GTGA-CA-T-A-TCGTT-CA--G--T---------------CCC--CCACCC---------CC--TCTCG-TT-GCG-T-TT-CAGTAAATAgtt
gi|5                          :               AATC-A--AA--TTT-AAAATA--AAATT--G----A---T-G-G-TT-AA-----TT-G---TTCATTAGTTTT-AAAGTGTG--GA-T-A-TC-TT-CATTT--TAC--C-----C--C-CCC--CCCCCC---------CC--CCTCGTTT-GTGAT-TTGCA--AAATAgtt
gi|6                          :     TATCTCTTGAAATC-GGAAA--TTT-AA--TA--AA-TT--G----A---TTG-G-TTTAAA----TT-A--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA-T-ATTC-TT-C---T--TA------------C-CCC--CCCCCT---------CC--CCTCG-TTAGTG-T-TT-CA--ACATAgtt
gi|7                          :    TTATCTCTTGAAATCGG--AA--TTT-AA--T---AA-TT--G----A---T-G-G-TTTAA-----TT-A--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--TA---A-----C--CACCC--CCCCTC---------CG--CCTCG-TT-GTG-T-TT-CA--AAATATg
gi|8                          :      ATCTCTTGAAATC-G--AA--TTTTGA--TA--AAATT--G----GGTTT-G-G-TTTAA-----TT-A--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA---A-T--TT-CA--T-------------C--C-CCC--CCCCCC---------TC--CCTCG-TT-GTG---TT-CA--AAATA
gi|9                          :        CTCTTGAAAGC-G--------T-AA--TA--AA-TT--G----A---T-G-G-CTTAA-----TT-C--ATTAATT----TC-TA---GTG--CA-T-A-TC-TT-TA--T--TA---C-----C--CACCCAGCCCCTC---------CC--CCTCG-TT-GTG---TT-CA--AAATAgtta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AATAGAATTTAATAAATTGATGGTTAATTCA






Alignments
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lowQualScore                  :                   2 77  33   2  55  55  6  33 7777 333 4 222  4  77777  8888       4444  2  666   77  2 2 2  4  2  33 999999999999999999   33      888888888  33     2  2   999  2  66      
lowQualScore                  :                   . ..  ..   .  ..  ..  .  .. .... ... . ...  .  .....  ....       ....  .  ...   ..  . . .  .  .  .. ..................   ..      .........  ..     .  .   ...  .  ..      
lowQualScore                  :                   7 33  44   5  66  66  7  11 8888 999 4 333  7  88888  2222       7777  2  111   55  2 2 2  4  2  11 333333333333333333   11      999999999  11     4  5   111  5  99      
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Reference ( family-307 )      :    TTATCTCTTGAAATC-G--AA--TTT-AA--TA--AA-TT--G----A---T-G-G-TTTAA-----TT-A--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--TA---A-----C--C-CCC--CCCCCC---------CC--CCTCG-TT-GTG-T-TT-CA--AAATAT
gi|1                          :        CTCTTGAAATT-GGTAA--TTT-AA--TATAAA-GT--GGGCTA---T-G-T-TATA-------T-C--ATTCATT----TTTAA---G-G--CA-T-A-TC-TTTCA--T--TA---A-----A--C-CCC--CCCC-C---------CC--CCCC
gi|10                         :         atggaAAATC-G--AAATTTT-AA--TA--AA-CT--G----A---T-GTG-TTGAAATTCATT-C--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA-T-A-TCTTT-CA--T--T----A-----C--C-CCC--CCCCCC---------CC--CCTT--TT-GTG---TT-CA--AAATAcccctctttcccttgtgttcaatgtat
gi|11                         :       TCTCTTGAAATC-G--AA--TTC-AA--TA--AA-TTTGG----A---T-G-A--TTAA-----TTAA--ATTCA-T----TT-AA---GTG--CATT-A-TC-TT-CA--T--TA--------------------CCCCT---------CC--CCTCG-TT-GTG---TT-CA--AAATAg
gi|12                         :       tCTCTTGAAATC-G--A---TTT-AA--TA--AA-TT--G----A---T-G---TTTAA-----TT-A--ATTCATT----TT-A----GTG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--TA---C-----C--C-CCC--CCCTCC---------CC--TCCCC-TC-GTG-TGTT-CA--AAATAgtta
gi|13                         :          CTTGAAATC-G--AA--TTT-AA--TA--AA-GT--G----A---TTG-G-TTTAA-----TT-A--ATTC-TT----TT-A----GTG--CA-T---TC-TT-CA--T--TT---A-----C--C-CCC--CCCCTC---------AC--CCTCG-TT-GTG---TT-CA--AAATAgt
gi|14                         :                        A--TTT-AA--TA--AAACT--G----A---T-G-G-TTAAA-----TTCATCATTCATT----TT-AA---GTG--C--T-A-TC-TT-CA--T--TA---AAAAAGCAAC-GCC--CCCCCC---------CC--CCTCT-TT-GTG---TT-CA--AAATAgttt
gi|15                         :          CTTGAAGTC-G--AA--TT--AA--TA--AA-T---G----A---T-G-G-TTTAA-----TT-A--AT-CATT----TT-AA---GTG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--------------------C--CCCCCC---------CC--CCTCG-TT-GTG-T-TC-AA--AAATA
gi|16                         : ctcTTATCTCTTGAAAT--G--AA--TT---A--TA--AA-TT--G----A---T-G-G-TTTAA-----TT-A--AT--A-T----TT-AA---GTAATCA-T---TC-TT-CA----------------------CC--ACCCAC---------CC--CCTCG-TT--TG---TT-CA--AAgt
gi|17                         :                                         -TT--G----A---T-G-G-TT-AA-----TT-C--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--TA---A-----C--A-CCC--CCCCCC---------CC--TCTT------TG-T-TT-TA--AAAttgg
gi|18                         :                                A--TA--AA-TT--G----A---T-G-G-TT-AA-----TT-C--ATTCATT----TT-AA---ATG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--TA---------------CA--CCCCCC---------CC--CCTCG-Taaaaag
gi|2                          :           TTGAAATC-G--A---TTT-AA--TA--AA-TT--GGC--A---T-G---TTTAA-----TT-A--ATTCATT----TT--A---GTGC-CA-T-A-TC-TT-CA--T--TACCCG-----C--C-CCC--CCCCCCCTTCCCCCTCC--CCTCG--T-GTG-A-TT-CAAGAAATAgttca
gi|3                          :       TCTTTTGAAATC-G--AA--TTT-AAA-TA--AA-TT--G----A---T-G-G-TT-AA-----TT-A--ATTCATG----TT-AA---GTG--CA-TTA-TC-TT-CA--TATTA---A-----C--C-CCC--CCCTCC---------CCTCCCTCG-TT-GTG-T-TT-CA--AAATAgtta
gi|4                          :   tcTATCTCTTGAAATC-G--AA--TTT-AA--TAT-AA-TT--G----A---T-G-GTTTTAA-----TTAA--ATTCATT----TT-AAT--GTGA-CA-T-A-TCGTT-CA--G--T---------------CCC--CCACCC---------CC--TCTCG-TT-GCG-T-TT-CAGTAAATAgtt
gi|5                          :               AATC-A--AA--TTT-AAAATA--AAATT--G----A---T-G-G-TT-AA-----TT-G---TTCATTAGTTTT-AAAGTGTG--GA-T-A-TC-TT-CATTT--TAC--C-----C--C-CCC--CCCCCC---------CC--CCTCGTTT-GTGAT-TTGCA--AAATAgtt
gi|6                          :     TATCTCTTGAAATC-GGAAA--TTT-AA--TA--AA-TT--G----A---TTG-G-TTTAAA----TT-A--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA-T-ATTC-TT-C---T--TA------------C-CCC--CCCCCT---------CC--CCTCG-TTAGTG-T-TT-CA--ACATAgtt
gi|7                          :    TTATCTCTTGAAATCGG--AA--TTT-AA--T---AA-TT--G----A---T-G-G-TTTAA-----TT-A--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--TA---A-----C--CACCC--CCCCTC---------CG--CCTCG-TT-GTG-T-TT-CA--AAATATg
gi|8                          :      ATCTCTTGAAATC-G--AA--TTTTGA--TA--AAATT--G----GGTTT-G-G-TTTAA-----TT-A--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA---A-T--TT-CA--T-------------C--C-CCC--CCCCCC---------TC--CCTCG-TT-GTG---TT-CA--AAATA
gi|9                          :        CTCTTGAAAGC-G--------T-AA--TA--AA-TT--G----A---T-G-G-CTTAA-----TT-C--ATTAATT----TC-TA---GTG--CA-T-A-TC-TT-TA--T--TA---C-----C--CACCCAGCCCCTC---------CC--CCTCG-TT-GTG---TT-CA--AAATAgtta


blockSeqs                     :                   G GA  AT   T  AA  T   A  TG GC   GTT T TG   G  ATTCA  CATC       AGTT  .  AGT   AT  T T T  T  .  TT TAAAAAAGCAAC         AG      CTTCCCCCT  TC     T  A   TG   G  AG
blockSeqs                     :                   . .   .    .  A   .   A  .  .    .   T GT   T  A      AA         .     .  T     C   . . .  G  .  .  TACCCGCC             .       .          .      .  .   AT   .  GT
blockSeqs                     :                   . .   .    .  .   .   A  .  .    .   . A    T  .      AA         .     .  .     A   . . .  .  .  .  ATTAACC              .       .          .      .  .   T    .  . 
blockSeqs                     :                   . .   .    .  .   .   .  .  .    .   . G    T  .      C          .     .  .     .   . . .  .  .  .  TACCCC               .       .          .      .  .   T    .  . 
blockSeqs                     :                   . .   .    .  .   .   .  .  .    .   . G    A  .      A          .     .  .     .   . . .  .  .  .  TAACCA               .       .          .      .  .   A    .  . 
blockSeqs                     :                   . .   .    .  .   .   .  .  .    .   . G    T  .      A          .     .  .     .   . . .  .  .  .  TACCCA               .       .          .      .  .   T    .  . 
blockSeqs                     :                   . .   .    .  .   .   .  .  .    .   . G    T  .      A          .     .  .     .   . . .  .  .  .  TACCC                .       .          .      .  .   T    .  . 
blockSeqs                     :                   . .   .    .  .   .   .  .  .    .   . G    T  .      A          .     .  .     .   . . .  .  .  .  TTACC                .       .          .      .  .   T    .  . 
blockSeqs                     :                   . .   .    .  .   .   .  .  .    .   . G    T  .      C          .     .  .     .   . . .  .  .  .  TAACA                .       .          .      .  .   T    .  . 
blockSeqs                     :                   . .   .    .  .   .   .  .  .    .   . G    T  .      C          .     .  .     .   . . .  .  .  .  TACC                 .       .          .      .  .   .    .  . 
blockSeqs                     :                   . .   .    .  .   .   .  .  .    .   . G    T  .      A          .     .  .     .   . . .  .  .  .  TAC                  .       .          .      .  .   .    .  . 
blockSeqs                     :                   . .   .    .  .   .   .  .  .    .   . G    T  .      A          .     .  .     .   . . .  .  .  .  TA                   .       .          .      .  .   .    .  . 
blockSeqs                     :                   . .   .    .  .   .   .  .  .    .   . G    T  .      G          .     .  .     .   . . .  .  .  .  TA                   .       .          .      .  .   .    .  . 
blockSeqs                     :                   . .   .    .  .   .   .  .  .    .   . G    .  .      A          .     .  .     .   . . .  .  .  .  CC                   .       .          .      .  .   .    .  . 
blockSeqs                     :                         .    .  .   .   .  .  .    .   . G    .  .      A          .     .  .     .   . . .  .  .  .  T                    .       .          .      .  .   .    .  . 
blockSeqs                     :                                 .   .   .  .  .    .   . .    .  .      A          .     .  .     .   . . .  .  .  .  .                    .       .          .      .                
blockSeqs                     :                                         .  .  .    .   . .    .  .      C          .     .  .     .   . . .  .  .  .  .                    .       .          .                       


blockSeqCons                  :                     **              **        ****                                                                                                                          T**
originalCons                  :    TTATCTCTTGAAATC-G--AA--TTT-AA--TA--AA-TT--G----A---T-G-G-TTTAA-----TT-A--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--TA---A-----C--C-CCC--CCCCCC---------CC--CCTCG-TT-GTG-T-TT-CA--AAATAT
finalCons                     :    TTATCTCTTGAAATC-G--AA--TTT-AA--TA--AA-TT--G----A---T-G-G-TTTAA-----TT-A--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--TA---A-----C--C-CCC--CCCCCC---------CC--CCTCG-TT-GTGT--TT-CA--AAATAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AATAGAATTTAATAAATTGATGGTTAATTCA






Alignments
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lowQualScore                  :                   2 77  33   2  55  55  6  33 7777 333 4 222  4  77777  8888       4444  2  666   77  2 2 2  4  2  33 999999999999999999   33      888888888  33     2  2   999  2  66      
lowQualScore                  :                   . ..  ..   .  ..  ..  .  .. .... ... . ...  .  .....  ....       ....  .  ...   ..  . . .  .  .  .. ..................   ..      .........  ..     .  .   ...  .  ..      
lowQualScore                  :                   7 33  44   5  66  66  7  11 8888 999 4 333  7  88888  2222       7777  2  111   55  2 2 2  4  2  11 333333333333333333   11      999999999  11     4  5   111  5  99      
consensus                     :    TTATCTCTTGAAATC-G--AA--TTT-AA--TA--AA-TT--G----A---T-G-G-TTTAA-----TT-A--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--TA---A-----C--C-CCC--CCCCCC---------CC--CCTCG-TT-GTG-T-TT-CA--AAATAT
Reference ( family-307 )      :    TTATCTCTTGAAATC-G--AA--TTT-AA--TA--AA-TT--G----A---T-G-G-TTTAA-----TT-A--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--TA---A-----C--C-CCC--CCCCCC---------CC--CCTCG-TT-GTG-T-TT-CA--AAATAT
gi|1                          :        CTCTTGAAATT-GGTAA--TTT-AA--TATAAA-GT--GGGCTA---T-G-T-TATA-------T-C--ATTCATT----TTTAA---G-G--CA-T-A-TC-TTTCA--T--TA---A-----A--C-CCC--CCCC-C---------CC--CCCC
gi|10                         :         atggaAAATC-G--AAATTTT-AA--TA--AA-CT--G----A---T-GTG-TTGAAATTCATT-C--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA-T-A-TCTTT-CA--T--T----A-----C--C-CCC--CCCCCC---------CC--CCTT--TT-GTG---TT-CA--AAATAcccctctttcccttgtgttcaatgtat
gi|11                         :       TCTCTTGAAATC-G--AA--TTC-AA--TA--AA-TTTGG----A---T-G-A--TTAA-----TTAA--ATTCA-T----TT-AA---GTG--CATT-A-TC-TT-CA--T--TA--------------------CCCCT---------CC--CCTCG-TT-GTG---TT-CA--AAATAg
gi|12                         :       tCTCTTGAAATC-G--A---TTT-AA--TA--AA-TT--G----A---T-G---TTTAA-----TT-A--ATTCATT----TT-A----GTG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--TA---C-----C--C-CCC--CCCTCC---------CC--TCCCC-TC-GTG-TGTT-CA--AAATAgtta
gi|13                         :          CTTGAAATC-G--AA--TTT-AA--TA--AA-GT--G----A---TTG-G-TTTAA-----TT-A--ATTC-TT----TT-A----GTG--CA-T---TC-TT-CA--T--TT---A-----C--C-CCC--CCCCTC---------AC--CCTCG-TT-GTG---TT-CA--AAATAgt
gi|14                         :                        A--TTT-AA--TA--AAACT--G----A---T-G-G-TTAAA-----TTCATCATTCATT----TT-AA---GTG--C--T-A-TC-TT-CA--T--TA---AAAAAGCAAC-GCC--CCCCCC---------CC--CCTCT-TT-GTG---TT-CA--AAATAgttt
gi|15                         :          CTTGAAGTC-G--AA--TT--AA--TA--AA-T---G----A---T-G-G-TTTAA-----TT-A--AT-CATT----TT-AA---GTG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--------------------C--CCCCCC---------CC--CCTCG-TT-GTG-T-TC-AA--AAATA
gi|16                         : ctcTTATCTCTTGAAAT--G--AA--TT---A--TA--AA-TT--G----A---T-G-G-TTTAA-----TT-A--AT--A-T----TT-AA---GTAATCA-T---TC-TT-CA----------------------CC--ACCCAC---------CC--CCTCG-TT--TG---TT-CA--AAgt
gi|17                         :                                         -TT--G----A---T-G-G-TT-AA-----TT-C--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--TA---A-----C--A-CCC--CCCCCC---------CC--TCTT------TG-T-TT-TA--AAAttgg
gi|18                         :                                A--TA--AA-TT--G----A---T-G-G-TT-AA-----TT-C--ATTCATT----TT-AA---ATG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--TA---------------CA--CCCCCC---------CC--CCTCG-Taaaaag
gi|2                          :           TTGAAATC-G--A---TTT-AA--TA--AA-TT--GGC--A---T-G---TTTAA-----TT-A--ATTCATT----TT--A---GTGC-CA-T-A-TC-TT-CA--T--TACCCG-----C--C-CCC--CCCCCCCTTCCCCCTCC--CCTCG--T-GTG-A-TT-CAAGAAATAgttca
gi|3                          :       TCTTTTGAAATC-G--AA--TTT-AAA-TA--AA-TT--G----A---T-G-G-TT-AA-----TT-A--ATTCATG----TT-AA---GTG--CA-TTA-TC-TT-CA--TATTA---A-----C--C-CCC--CCCTCC---------CCTCCCTCG-TT-GTG-T-TT-CA--AAATAgtta
gi|4                          :   tcTATCTCTTGAAATC-G--AA--TTT-AA--TAT-AA-TT--G----A---T-G-GTTTTAA-----TTAA--ATTCATT----TT-AAT--GTGA-CA-T-A-TCGTT-CA--G--T---------------CCC--CCACCC---------CC--TCTCG-TT-GCG-T-TT-CAGTAAATAgtt
gi|5                          :               AATC-A--AA--TTT-AAAATA--AAATT--G----A---T-G-G-TT-AA-----TT-G---TTCATTAGTTTT-AAAGTGTG--GA-T-A-TC-TT-CATTT--TAC--C-----C--C-CCC--CCCCCC---------CC--CCTCGTTT-GTGAT-TTGCA--AAATAgtt
gi|6                          :     TATCTCTTGAAATC-GGAAA--TTT-AA--TA--AA-TT--G----A---TTG-G-TTTAAA----TT-A--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA-T-ATTC-TT-C---T--TA------------C-CCC--CCCCCT---------CC--CCTCG-TTAGTG-T-TT-CA--ACATAgtt
gi|7                          :    TTATCTCTTGAAATCGG--AA--TTT-AA--T---AA-TT--G----A---T-G-G-TTTAA-----TT-A--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA-T-A-TC-TT-CA--T--TA---A-----C--CACCC--CCCCTC---------CG--CCTCG-TT-GTG-T-TT-CA--AAATATg
gi|8                          :      ATCTCTTGAAATC-G--AA--TTTTGA--TA--AAATT--G----GGTTT-G-G-TTTAA-----TT-A--ATTCATT----TT-AA---GTG--CA---A-T--TT-CA--T-------------C--C-CCC--CCCCCC---------TC--CCTCG-TT-GTG---TT-CA--AAATA
gi|9                          :        CTCTTGAAAGC-G--------T-AA--TA--AA-TT--G----A---T-G-G-CTTAA-----TT-C--ATTAATT----TC-TA---GTG--CA-T-A-TC-TT-TA--T--TA---C-----C--CACCCAGCCCCTC---------CC--CCTCG-TT-GTG---TT-CA--AAATAgtta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AATAGAATTTAATAAATTGATGGTTAATTCA