lowQualScore : 111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11 1 666666666666666666 1 1111 11 111 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222222222 11 2222 333333333333333333333333333 11111 1111 11 2222222222 11 222222222222222222222222222 11111111111 11111 1 111 555555555555555555 2222 2222222 11 111 444444444444 111 222222222 1111111 111 1 1111 333333 3333333333333333333333 111 111 5555555555555555555555555555555555555555555555 444444444444444444 111 11111 111 11 11 11 111111 111 3333333333333333333333333333333333333333333 11111 22 1111 22 1111 111 1111 1 222222222222222222222222222
lowQualScore : 999 88 3 0 7 222222222222222222 1 1 7777 888 5 33 222 6 6 6 6 888 0 7 6 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 8 8 8888888888 00 1 5 1 5 0000 66 999999999999999999999999999 4 44444 4 2222 55 00 5555555555 4 4 00 0 4 111111111111111111111111111 1 99 3 99999999999 44444 7 3 88888 3 0 3 777 4 333333333333333333 4 1111 4 8888 88888 4 4 55 4444444 33 4 111 6 3 44 3 333333333333 555 000000000 44 0000000 44 3 3 9 6666 111 7 3333 44 44 44 888888 777 3333333333333333333333 7777 000 3 3 44 3 111 6 6666 2 3 44 2222222222222222222222222222222222222222222222 5 2 777777777777777777 77777 6666 888888888 9999999 222 2 555 22222 99999999 5 222 2 66 55 00 2 2 2 2 777777 55 888 777 2 6666 444 2 2 2 2 2 88 33 66 222222 2 5 444 111 2 555 8 2222222222222222222222222222222222222222222 2 2 66 00000 2 2 777777 2 33 2 2 33 88 1 33 55 0000 2 2 33 2 11 2 5 555 555 2 1111 2 2 2 3 3 666 0 44 666 5555 3 3 6666 4 8 5 8 99 555555555555555555555555555 5 7 4 5
lowQualScore : ... .. . . . .................. . . .... ... . .. ... . . . . ... . . . ................................................................................ . . . .......... .. . . . . .... .. ........................... . ..... . .... .. .. .......... . . .. . . ........................... . .. . ........... ..... . . ..... . . . ... . .................. . .... . .... ..... . . .. ....... .. . ... . . .. . ............ ... ......... .. ....... .. . . . .... ... . .... .. .. .. ...... ... ...................... .... ... . . .. . ... . .... . . .. .............................................. . . .................. ..... .... ......... ....... ... . ... ..... ........ . ... . .. .. .. . . . . ...... .. ... ... . .... ... . . . . . .. .. .. ...... . . ... ... . ... . ........................................... . . .. ..... . . ...... . .. . . .. .. . .. .. .... . . .. . .. . . ... ... . .... . . . . . ... . .. ... .... . . .... . . . . .. ........................... . . . .
lowQualScore : 000 33 7 7 3 333333333333333333 4 7 9999 000 7 66 555 7 7 7 7 333 7 5 7 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8 0 0 5555555555 99 6 0 4 0 7777 11 777777777777777777777777777 0 00000 0 6666 55 66 2222222222 0 0 66 1 4 000000000000000000000000000 4 55 2 66666666666 00000 3 6 22222 6 9 6 333 0 222222222222222222 0 4444 0 5555 66666 0 0 55 2222222 55 0 000 2 1 22 1 333333333333 888 000000000 22 0000000 22 1 1 2 5555 555 7 9999 66 66 66 888888 222 1111111111111111111111 1111 444 3 3 66 3 555 2 2222 4 1 22 3333333333333333333333333333333333333333333333 7 9 444444444444444444 11111 1111 888888888 3333333 222 9 111 88888 44444444 7 444 9 44 44 66 9 9 9 9 111111 00 888 999 9 1111 777 7 7 7 7 7 44 77 33 333333 7 3 777 000 7 000 0 8888888888888888888888888888888888888888888 5 5 33 33333 7 7 777777 7 77 7 7 77 66 7 99 99 0000 9 9 99 9 11 9 7 000 000 9 8888 9 9 6 3 3 000 5 66 444 6666 6 6 0000 0 0 2 0 55 000000000000000000000000000 0 1 5 7
consensus : NNNNNNTGGCCTTTT--AGT--GTNAAAGAAAAC---C---NNA--ANGCGCGCAGTTTGCTTA----TA--TA-AAT--TAGA--A-CG-TC-AAA-A---TATTGTGC-AG---TG-------------T-T-TA----TTATT----TA-TT-AAT---CAATT--------------TTTT-------TGTATT-TT-GGTTTCTTA-AG-TAA-ATAT-TGCA-TTTA--TAAACA--CTTTT--------AAANAATATA----TTT-TGC-AC-----AT-T---CTAGT--T-AATTAG----T--A--AAAATGAC-GTC-ATTGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-T--G-TT-ATTGTTA--TAAATTAG-----TTTT--ACAA-----AGGGCAAT-AA-CTCTTG-T---C-AA-T-T---ATGCACNT-----T--TA-TAG----C-AAA-A--C-A----TG-A---TT-TTCA-A--CT-TC--G-ATTTA--T-T---CCTT-AA-AT--CAA-A---TA--NAC-ACATTTT-T-ATTTTT-TA-T--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATTAC-A--ACTGACAGC--T--TC--AC-----TGGGAA-T-AGC----TG-C---A-T-A---C-TT----TTT---AATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGG-T--AAAATCAAAT-N--TG-A--C-C--ATGCC----A-TT---AAAA--A--TGA-ANAAATGA-AA-TAGGACT-C-AGA------------TTT-----T----T---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TATGTTTA-TA--TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-TC---G--G-NAN--TA---AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-C-AT-CA--AAC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-AC---AT-AAG--T--GA--A------T-T-T-TTATC--T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TGGC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TCA-AA-A-T---AACC---ACA-CCCAT----ACA-TTC-AAGT-A-T-N-ATATA--GTAATA---TTCT--CTGA-AAA-TT---TC-ATG-AAGA-TTGGT--GACATGACCTGTGTCCCA--GA---CCGATTTTGAT-GCTTACAGAGAA-TGGCT
Reference ( gi|3 ) : AGTATCTGGCCTTTC--AGT--GTGAGAGGAAAC---C---AAA--AGGCGTGCAGGTTGCTTA----TA--TA-AAT--TAGG--A-CG-TC-AAA-A---TACTATGC-AG---T--------------T-T-TA----TTATT----CA-TT-AAT---TATTT--------------TTTT-------TGTATT-TT-GGTTCCTTA-AATTAA-ATAT-TGCA-TTTA--TAAACA--CTTTTT-------AAAAAATGT-----TTT-TGC-AC-----AT-T---CTAGT--T-AATTAG----T--G--AAAATGAC-GTC-ATTGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-T--G-TT-ATTGTTA--TAAATTAG-----CTGT--ACAA-----AGGGCAAT-AA-CTCTTG-T---C-AA-T-T---ATGCACTT-----T--T----G----C-AAA-A--C-A----TG-A---TT-TTCA-A--CT-TC--A-ATTTA--T-T---CCTT-AA-AT--CAA-A---GA--AAC-ACATTTT-T-ATTTTT-TA-T--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATTAC-G--ACTGACAGC--T--TC--A------TGGGAA-T-AGA----TG-C---A-C-A---C-TT----TTT---AATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGG-T--AAAATCAAAT-T--TG-A--C-C--ACGCC----A-CT---AAAA--A--TGAGAAAAATGA-AA-TAGGACT-CCAGA------------TTT-----T----T---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TGTGTTTA-TA--TTT--CCATT-A-C-A-CAAAT-TC---A--G-AAT--TA---AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-C-AT-TA--AAC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-AC---A--AAG--T--GA--A------T-T-T-TTATC--T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCATTGAC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC--AA-A-T---AACC---ACA-CCCAT----ACA-TTC-AAGT-A-T-C-ATATA--GTAATA---TTTT--CTGA-AAA-TT---CC-ATG-AATA-TTGGT--GACTTGATCTGTGTCCCAGCGATTCCCGATTTTGAT-GCCTACAGAGAA-TGGCT
gi|1 : TGGCCTTTTCGAGTTAGTAAAATAAAAT---CTCTAAA--ATGCACAAAGTTTATGTAA---TA--TGGAAT--TCGG--AACA-TC-AAA-AAAGTACTGTGCCAG---T--------------TGT-TC----TTATT----TA-TTTAATATTTATTA--------------TTTT-------GGTATTCTT-GGGTTCT---AGTAAA-ATAT-TGCAATTTC--TAA-CAACCTTTTTGTTTTAAAAAAAATATAAATTTTT-TGCCAC-----ATAT---CTAGT--TCAATTAAGTTTT--A--AAAATGACCGTC-ATTGAA-TCAAACTG-GATT-GAATTT--CCAT-TTGG-TT-TATGTTAA-TGAAT-AG-----TT----ACAA-----GGGGCA-T-AA-CTTTTG-TTTCC-AA-T-TTTTATGCACTTATTCTT--TA---G----C-AAA----C-A----TG-A---TT----ACA--CT-TCCCG-ATTTA--T-TTTCCCTT-AACAT--CAA-T-------AAC-ACATTTT-T-ATTTTTGTA-C--A-TTT--A-------AAAATG-AATAATGTT-TTATGTT---ATCTTTAAATTTAC-A--ACTGACAGCTTT--TC--AAGCTGGCGGGAA-TAAGAGGCTTGCC---A-TAA---C-TTTTTCTTT---AATTTG-CATG-TTGAAAAA-TATCCAAT--TTT-T---AAATGG-GCAAAAATCAAA-----TGAA--C-CCAACTCCTATTA-CA---ACAA--A--TGAAAATAATGA-AA-TA-GACT-CCAGAAAAAAATTTTTTTTT-----T----T---C-----C-------AGAAAATT-GG--AAACCCCATGAAGTTTTATT-AA-TGGTTTTA-TATTTTT--CAATCAA-CAA-CAAAT-TC---AAGA-AAT--TA---AA-TAGAAAAATATCCC-TCT-A-GCC-ATAAA--AAC--TGA------TAAACAAAAG---TGCAAAA-AAACTATCCCTA-TTTTTTTTTCCCC---ATAC---T--AAGGTT--GG--A------T-T-C-TTATC--TTC---AAA-A-GAAT------GGCTT--CTGG-TTTAACCATGAACAAAACG-AGGTTTT-TA-TATCCGG-TCAAAA-A-TAAGAACCCCAACACCCCATC---CCA-TTT-AAAT-T-T-TGAAACA--GT-ATA---TTTTTCCTGA-AAA-TT---TC--TGAAAAA-TTGGTGGGACATGCACTTTGTCC
gi|21 : tagttctaCTTTTC--AGT--TTTAGGGAAAAC---T---TTATTAG---TGCAATTTGTGTA----AAAATA-AAT--TAGA--A-CG-TCAAAA-A---TATTGTGC-Aacatttttggaatgcttttaac
gi|5 : agatgtttctaacagaatttgagaattcactgtctagatggtagtttTT--AGT--GTGAAAG-AAACATGC---ATA--GAGCA---AAGTTGCTTA----TA--CA-A-T--TAGA--A-CG-TT-AAA-AA--TACTGTGC-AG---T--------------T-T-TA----GCATT----TA-TT-AAT---CAATT--------------TTTT-------TGTATC-TT-GGTTTCATA-AGT--A-TTTT-TG-A-TTTA--TAAACA--C---TT-------AAATTATAT-----TT----C-ACT----AT-T------AT--T--ATTAG----T------AAATGA--GTC-ATTGA--TCAAATTGTA--T-G---TG--TCAT-T--GTTT-AATGTTA--ATAATTAG-----CT-T--ACCA-----A-GGCAAT-AA-ACTTTG-T---C-AATT-T---ATGCAATT-----T--TCGTAG----C-AAA-AC-C-A----TG-A---TT-TT-A-A--CT-TC--G-GTTTAT-T-T---CCTT-AA-AT--TAATA---TA------ACATTTT-C-GATTTT-GA-T--ATTTT--A-------AA--TG-AA-AATGCC-TT----T---ATC-TGTAAATCAC-A--ACTGACAGC--T--TC--A------CTGGAC-A-AGC----TG-C---A-T-A---CTTT----TTT---TATTTG-CTTG-T--GAA----AGTCAT---TTT-T---AAATGG-T--AAAA-AAAAT-C--TG-A----C--A-GCC----ATTT---AAAA--A--TTA-ATAAATG--AA-TA-GACT-C--GA------------TTT-----T----T---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGA--------T-AA--ATGTTTA-TAATTTT--CTCTC-A---A-CAA---TC---A--G-AAT--TA------TAT----ATA-----CCT-ATG-C-AT-CA--AAC--TGA------T-AACAAAAG---TGC-----AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-A----ATTAAG--T--GA--A--------T-T-TTATC--T-----AAA-A-GAAT------GGT-T--CT-G--T--ACCA-TGA---AACG--G----T-G--TATT--G-TCA-AA-A-T---AA-C---ACA-C---T----ACA-TTC-AGAT-A-TGT-ATATA--GTAATA---CTGT--CTCA-A---------T-ATG-AAGA-TTGGTG-GACATGAT-TGT---CCA--GA---CCGTATTTGAT-GCTTACA-AGAA-TG
gi|27 : ttgagAAC---C---TAA--AT-CGTGCAATTTGCTTA----TA--TA-AAT--ct
gi|2 : atgtttctaacagaatttgtgtagatagtagttttctttcagttatcggtatTGCAATTGGCTTA----TA--TA-AAT--TAGA--A-CGTTC-AAA-A---TATTGTGC-AGAGCTTCCATTGGCAGCTAT-T-TA----TTATT----TATTT-AGT---TAATT--------------TTTT-------TGTA-T-TT-GGTT--TTACAAGTAATAT-T-TGCA-TTT---TAAACA--CTTT----------AAAAATATA----TTT-TGC-AC-----AT-T---CTG----T-AACTAG----TTAA--AAAATGAC-GTC-A-TGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-G--T-TT-A-TGTTATTTCAATTAT-----TTTT--ACAAC----AGGGCAAT-AATCTCTTGTT---C-AATT-T---ATGCACTT-----T--TCTTAG----CAAAA-A--C-A----T--ATTTTT-TTCA-A--CTCTC--G-ATTTAT-T-T---TCTT-AA-AT--CAA-A---T---AAC-ACATTTT-T-ATTTTTGTA-T--A-TTT--A-------AA--TGAAA-AATGTCTTT----T---ATCTTTTAAATTAC-A--ACTGACAGC--T--TC--AACT---TGGGAATT-AGC----TG-CTTTA-C-ATACT-TT----TTT---AAATTG-CATGTT--GAAAA-TAGTCAAT--TTT-T---AAATGGAT--AAAATCAAAT-T--TG-A--CGC--A-GCCA---A-TT---AAAAAGA--TGAAGAAATTGA-AA-TAGGATTGCTAGAT-----------TTT-----T----T---T-----C-------AGAAA--T-GAACCAA----ATGAG-------TAAA-TATGTTTA-GAT-TTT--CCATC-A-C-ACCAAAT-TC---A--G-AAT--TA---AT-GAG----AT----C-CCTAA-G-C-AT-CA--AACT-TGA------T-AAC-AAAGGAATGCA--A-AAACT---CCTT-TTTT--------C---A-AC---AT-AAG--TTGGA--A------TCT-T-TTATCT-T-----AAA-G-GAAT------GGC-T--CT-GTTT--ACCAT--GC--AACG-AGTT--T-GA--ATT--G-TCA-AA-A-T---AACC---ACA-CCCAT----ACATTTC-AAGT-A-T-C-ATATA--GTAATA---TTTT--CTGA-AAA-TTTTCCT-ATGTAAGATTTGGT--GACATGACTTG-GTCCAACCGAT-----GTTTTGATGGCTTACAGAGAAGTGGCT
gi|4 : agatgtttctaacagatttggggaatcactgtatgagcatagtagtttccatttcagttatcggggaaaacatatcgtGCAG-TTG-TTG----TA---A-AATA-TAGACAA-CG-TC-GAA-A---TATTGTGC-AG---TG-------------T-TGTA----TTATT----AA-TT-AA-----ATTG--------------TT----------GTATT-TTTGGTCTCTTT-AAGGAA-CTATCTGCA-TT-A--TAAACA--CTTTT--------AAAGAATAT-----TT----C-AC-----AT-T---CTAGT--T-AATTTA----T--A--TTAATGAC-GTCCATTGA--TCAAACTG-A--TTGA--TG--TCAT-C--G-TTTATTGTTA---AAAT--G-----CTTA--ACAA-----AGGGCAAT-AA-CTCTTG-T---C-TA-T-T---ATGCATTTAC---T--TA---G----C-AAATA--C-A----TG-T---TT-TTC----------------TTA--T-T---CTTT-AA-ATTACAA-A---ttt
gi|6 : cacccacatactcagtaattatttctgacaggaatttaaaataattccttctttcacaggtatcttacagttgttgagataattcgaactgaAGGTTGCTTGGATGTA--TA-AATGTTACA--A-CG-TC-AGATA---TATTCGGT-AG---TG-------------T-T-TACTATTTACTTCAACA-GT-AAT---CAATTGCACCAATGAACGCTTTCAGATACATGTATT-CT-AGTTTATCA-A--TAG-AANC-T--A-TTTACTTCAACA--GTAATC-------AA--------------T-TGC-ACCAGATAT-T---CTAGT--T-TATCAA----T--A--GAGATGAC-GTC-ATTTA--TCGGAATG-A--C-AA-------------------------A--TAAAATAGAGGAATTTT--ACAA-----AGGGCAATTGA-CTCTTG-C---C-AA-T-TT--ATGCACAT-----T--A----G----C-AAA-A--CCA----TGCA---TT-TTCA-A--CT-TT--T-ATTTA--T-T---TTTTTAA-AT--CAA-A---TA--TGC--CGTTTC-TGATTTTT-TA-T--A-TTC--A-------AA--TG-AA-AATGCG-TT----T---ACCTTT-GAATTAC-A--ATTA----C--T--TC--AC-----TAGAAA-T-AG------------------------------T---AATC-A-AATG-T--GAAAA-TATTCAA---ATT-T---TATTGG-T--AAAATCAAAC-A--TT-A--T-C---TGTC----A-TT---AAAA--A--T-AGATAAATGA-GA-CAGGACT-A-AGA------------TCC-----C----C---C-----C-------GGAT---T-GA--TAA-----TGAG-------C-AA-TATGTTTG-TA--TTTT-CCATC-A-C-A-CAAAT-TC---G--G-TAA--TA---AT-TAA----ATA---C-TCT-A-G-C-AT-CA--AAC--CGATACATGT-AAC-AAAG---TGC---A-GAACT---CCTA-TTTTA-------C---A-ACA--A--AAG--T--TATTATTTTTTT-T-T-TTATC--T-----AAA-T-GAGT------GGC-C--CT-G-TT--ACCA-TGGC--AACA-TG----T-GA-TATT--G-TCA-AA-A-T---AACC---AAA-CCCAT----AC--------------------TA--GTAATA---T----------------------ATG-AAGA-TCGGT--GAA--GACCAGT---CCAG----TCT--ATTTTGAT-GCTTACAGGGAA-ctgacagctcaccatggaataagctgcattacgtttttaatttgccatgtgaaagagccaaaatcaggtataacccagtcaattaaaaaaatgaatagatgaaaccaggactaagatatttttttttcagaaatgacaatgagttaaatgttgatatttcaatcacttaagtgtccctagaacggtaattattagatatacctagctcattgataacaaagtgcaaaaaactcctttttttcacataagtgaatttatctaaaagaaaagaatgtatctgttaccaggaacgagtagatgtccaataactacatccatacattcaagtaatgattagtaatattctctgaaaatttcaatgaagattggtgacatgaccttgtccaacgatttgatgcttacagagaatggct
gi|9 : TTCTTA-A--TAA--TAT-GCCA-TT-A--TAAAC-----TTTT-------AAACAATATA----CTT-TGC-AC-----AT-TT--CTAAG--T-AAACAG----T--ACAAAAATGAC-GTC-ATTGA--TCAC-CTG-A--GAGA--TAGCTCATAT--G-TT-ATTGTAA--TCAATTAT-----CTGTGTACAA-----AGGGCAAT-GA-ACCTTG-T---C-AAAT-T---ATGCACTT-----TCTT----A----G-AAA-A--C-ACCCATG-A---AT-T-CA-A--CT-----AGATTTACTT-T---CCTT-AA-AT--CAC-A---AAT-AAC-ACATTCT---ATTTT---G-T--A-TT-----------AA--TG-AA-A-TGTCATT----T---AT--TTTA---TAC-A----TGACAGC--T--TCTAAC-----TGGGAA---AAC----TG-C---A-T-T---C-TT----TTT---AATTTG-CAT--T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGT-T--AAAAT---AT-TATTG-AGAC-C--A-GCC----A-TT---AAAA--AA-TGA-AGAAATGACAA-TAAGGAT-TCAGAA-----------TTT-----T----T---T-----C-------AGAAA--T-GA--AAA----ATAA--------T-AA-TATA------A--TGT--CCATC-A-C-A-CAAAT--C---A--G-AAT--TA---AC-TAG----ATA---C-CTT-A-G-A-AT-CA--AAC--TGA------T-AAC-AAGG----GA---A-AAAC----ACTA-TTTT--------TCAAA-AC---AT-AAG-----GA--A------T-T-T-TAATC--T-----AAA-G-GAAT------TGC-T--CT-G--T--A-CA-TGAC--AACGCAG----T-G---ATT--G-TA--AA-A-T---AACC---ACA-CCCATC---ACA-TTC-AA-C-A-T-C-ATA------AATA---TTT----TGA-AAATTT---TC-AT--AAGA-TT-GT--GACATGA-CTA-GTCCCAA------CCGA-TTTGAT-GCT--CAGA
gi|16 : cTAA-ACAC-TACA-AT-G--TCAAAA--CTTT----------AAAAATATA----TTT-TGG-TC-----AT-T---CTAGT--TTGATTGG----T-----AAAATGAC-ATC-ATTGA--TTAGAGTG-A--T-TA--TT--TCAT-T--G-TTTATTGTTA--TAAATTAA-----TTTT--ACAA-----AGGGCAAT-AA-CTCTTG-C---C-GA-TAT---ATGCAaggctctt
gi|8 : ttagcaattgttgtacagttttagaggaaattctgactgagcaaattggctaAT-TGCA-CCAA--TGAACG--CTTTCA-------GATACATGT--------------------AT-T----TAGT--T-TATCAA----A--G--AAATGGAC-GTC-ATT-A--T--ATCCG-A-----A--TG--ACAA-A--A-TT-AA----A--TAGAGGAA-----TTTT--ACCA-----AAGGCAATTGA-CTCTTG-----C-AA-T-TT--ATGCACAT-----C--TA---G----C-AAA-AACC-A----TGCA---TTATTCA-AAACT-T-----ATTTA--T-T---TTTTTAA-AT--CAA-AATAGA--TGC--CGTTTC-TGATTTTT-TA-T--AATTT--A-------AA--TG-AA-A---TCGTT----T---ACTCTTTGAATTAC-A--ATTA----C--T--TC--AC-----TAGAAA-T-AG-----TA-----A-T-A---C-C-----------AA------ATG-T--GAAAAGTATTCAAATATTT-T---AT-TGG-T--AAAATAAAAT-----A-A--T-C---TGTC----A-TT---AAAA-----T-AGATAAATGAGAA-CAGGACT-A-AGA------------TTTAATTTT----T---T-----CCCCTCCCAGGAT--TTGA--TAA-----TGAG-------C-AAATATGTTTA--A--TTTTCCCATT-A-C-A-CAAAT-TC---G--GTAATA-TA---AT-TAA----ATA---C-TCT-A-G-CAAT-CAAGAACCATTACAT---T-AAC-AAAG---TGC---AGAAACT---CCTA-TTTTA-------C---A-ACA--A--AAG--T--TA--ATTATTTT-T-T-TTATC--T-----AAATATGAGT------GGC-C--CT-G-TT--ACCA-TGGC--AACA-TG----T-GATTATT--GTTC--AA-ATT---AACC---AAA-CCCAT----AC---------T-A-T-A-ATATA--
gi|30 : tatttactttcaacagtaatca--TAAACA--GTTTT---------AATAATAT-----ATTATGC-AC-----AT-T---CTAGA--T-AATTAG----T--A--AAAATGGC-GTC-ctgaagattggtgaaaccagtcagtctatttttgatgctttacaggaatgaatgactcta
gi|7 : T-----TAT-TGC-TC-----AT-TAATTTAGCAAT-AATT------T--C--AAAGTA----TC-GTTGACTTTACAGTA-A--T-AT--TG--CTTT-T--C-TT--TTGTCA--TA--TTAG-----TTTT--ACAACTTTTAGGGCAAT-AC-CTCTTG-T---CGAA-T-T---ATGCACAT-----T--T----GTTAGC-AAACA--C-A----TG-A---TT-TTCA-A--CT-TG--G-ATTTA--T-TT--CCTT-AA-AC--CAA-A---TA----CGACATTTC-TGATTTTTGTA-T--A-TTT--A-------AA--TT-AA-AACGTA-T---------ATCTTG-AAATTGC-A--ACTGACAGC--T--TC--AC-----TGGGAA-T-GGC----AG-C---A-T-A---C-TT----TTTTTAAATTTG-CATG-T--GAAAA-TAATCAT---TTT-T---AA-TGG-T--AAAATCAAAT-A--C--A--C-C---TGTC----A-TTTAAAAAA--A--TGA-ATAAATGC-AA-AAGGACT-CC-GA------------TTT-----T----TGTTT-----C-------AGAAT--T-GA--CAA-----TAAG-------T-AA-TTTGCTTA-TA--TTTT-CCATC-A-T-A-CAAAT-TC---G--G-TAA--TA---AT-TAA----ATA---C-CCT-A-G-C-AT-CA--AAC--TGA------T-AAC-ACAT---TGC---A-AAACT---CCCA-TTTT--------C---A-AC---A-------T------------------------------------A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TGGC--AACG-AG----T-GT-TATT--G-TC--AACA-T---AACT---ACA-CTCAT----ACA-TTC-AAAT-A-T----------GTAATA---TTCT--CTGA-AAT-TT---TC-ATG-AAGA-CTGGT--GACATGACTTGT---CCAG------CCTATTTTGAT-GCATATACAGAA-TGG
gi|10 : gcaattcgaaacaatttgtattaaaaagcatagctagttaactatggtattttgtaatttc--T-AA--TG--TCAT-T--G-TTTATTATCA--TAAATTAG-----CTTT--ACAA-----AGGGCAAT-GG-CTCTTG-T---C-GA-T-TT--ACGCACAT-----T--TATTAG----C-AAATA--C-A----TG-A---TT-TTCA-A--CT-TC--C-G---A--T-T---CCTT-AG-AT--CAA-A---TAT-GAC-AT-TTTT-T-ATTTTT---------------------------G-TA-AATGTC-TT----T---ATCTTT-AAATTAC-A--ACTGACAAC--T--TA--AC-----TGGGGA-T-ATC----TG-C---A-T-A---CGTT----TTT---AATTTG-CATG-T--GAAGA-TAGTCAA---TTTCT---TAATGG-T--AAAATCAAAT-A--TA-A--C-C--A-ACC----A---------A--A--TGA-ATAAATGA-AA-TAGGACT-TT-GA------------TTT-----TTTTTT---T-----C-------AGAAT--T-CA--C-A----ATTAG-------T-AT-TATGTTTATTT--TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-TC---G--G-TAA--TA---AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-C-AT-CA--AAC--TGA------T-CAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTATTTTT--------C---A-AC---AT-AAG--T--GG--A------T-T-T-TTATC--T-----AAA-A-TAAT------GAC-T--CT-G-TT--ACCA-TGGC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC--AA-ATT---AACC---ACA-CCCAT----ACA-TTC-AAGT-A-T-G-TTAAA--GTAATA---ATCT--CTGA-AAA-TT---atcttaaattgtctttta
gi|20 : acAT-AA-CTCTTG-T---C-AA-T-T---ATGCACAT-----T--TATTAG----C-AAA-AG-C-A----TG-A---TT-TTCA-A--TT-TC--G-ATGTA--TAT---CCTT-AA-AT--CAA-A---TA--TG--GCATTTTCT-ATTTTGGTA-C--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTt
gi|4 : CTT-AA-----CAA-A---GGGCAAT-A-ACTCT-T-GTCTAT-TA-TGCA-TTT--ACTTAGCAAA--T---A-CATGTT-TT----TCTTATTCTTTAAATTACAA--ACTGACAGC--TCACC--A------T-GGAA-TAAGC----TG-C---ATT-A---CGTT----TTT---AATTTGCCATG-T--GAAAG--AGCC-----------------------AAAATCAGGT-A--TA-A--C-C--CAGTC----A-ATTAAAAAA--A--TGA-ATAGATGA-AACCAGGACT--AAGATATTT-------TTT-----T----T---T-----C-------AGAAA--T-GA--C-A----ATGAG-------T-TA-AATGTTGA-TA--TTT--CAATC-A-C-T-TAAGTGTCCCTA--G-AACGGTAATTAT-TAG----ATA---TACCT-A-G-C--T-C----AT--TGA------T-AAC-AAAG---TGCAA-A-AAACT---CCTT-TTTT--------T---C-AC---AT-AAG--T--GA--A----------T-TTATC--TAAAAGAAA-A-GAAT------GTA-T--CT-G-TT--ACCA--GG---AACG-AG----TAGA----T--G-TC--CA-A-T---AACT---ACA-TCCAT----ACA-TTC-AAGTAA-T-G-AT-TA--GTAATA---TTCT--CTGA-AAA-TT---TCAATG-AAGA-TTGGT--GACATGACCT-TGT-CCAACGA--------TTTGAT-GCTTACAGAGAA-TGGCT
gi|26 : cacccacatactcagtaattatttctgacaggaatttaaaataattccttctttcacaggtatcttacagttgttgagataattcgaactgagcagttgttgtaaaatatagacaacgtcgaaatattgtgcagtgttgtattattaattaaattgttgtatttttggtctctttaaggaactatctgcattataaacacttttaaagaatatttcacattctagttaatttatattaatgacgtccattgatcaaactgattgatgtcatcgtttattgttaaaatgTT-AA-AT--CAA-A---TAT-GAC-ATATCTG---ATGTTT-GAAT--T-TTT--A-------AC--TG-AA-AATGTT-TT----TT--ATCTTT-AAATTAC-A--ACTGACAGC--T--TC--GC-----TGCGAA-T-AGC----TG-
gi|23 : tTT-AA-AT--CAA-A---TAT-GAC-ATAATCT-G-ATGTTT-GA----A-TTTTCA-------AC--TG-AA-AATGTT-TT----TT--ATCTTT-AAATTAC-ACAACTGACAGC--T--TC--G------CGCGAA-T-AGC----TG-C---
gi|11 : tT--A-------AA--TG-AA-AAAGTC-TT----T---ATCTTT--AATTAC-A--ACT-ACAGC--T--TC--AC-----TGGGAA-T-AGC----TG-C---A-T-A---C-TT----TTTTT-AATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-TTGTAAATGG-T--AAAATCAA-T-T--TG-A--C-C--A-GCC----A-TT---AAAA-----TGGAAGAAATGA-A--TAGGATT-C-AGA------------TTT-----T----T---T-----C-------AGAAAA-T-GA--CAA----ATGAG-------TTAA-TATGTTTA-TT--TTT--CCATCCA-C-A-CAAAT-TC---A--G-AAT--TA----T-TAG----AT----C-CCT-A-G-C-AT-CA--AAC--TGA------T-AAC-AAAG---TGA---A-AAAC----CCTA-TTTT--------TT--A-AC---AT-AAG--T--GA--A------T-T-----ATC--T-----ACT-A-CAATAGCAGAGGC-CTGCT-G-TT--ACCAT-GAC--AACG-GA----T-GA-TATT--G-TC--AA-A-T---AACC---ACA-CCCAT-----CA-TTCAAAGT-ACT-C-ATATAACATAAAAAATTTTT--CTGA-AAA-TT---TC-ATG-AAGATTTGGT--GACATGACCT-TGT-CCACCGAT
gi|17 : -TT----TTT---AATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTAAA---TTT-T---TAATGG-T--AAAATCAAAT-A--TA-A--C-C--AT-----------------------------AAATGA-AA-TGGGA-T-TAAGAT-----------TTT-----T----T---T-----C-------AGAAA--T-GA---AA----ATAAG-------T-AA-AATATTTA-CAT-TTT--CCATC-AGT-A-ATAAC-TA---A--A-TAC--TAC--ATGTAG-----TA---C-CCT-A-G-C-AT-CA--AAG--TGA------T-AAC---AG---TGC---A-AAACT---CCTGTTTTT--------C---A-AC---gttttatgcattaccacgacgatcgctct
gi|15 : t-TT----TTT---AATTTG-CATG-A--GAAAA-TAGTAGG---TTTGT---TAATGG-T--AAAATTAAAT-A--TT-A--C-C---TGCC----A-TT---AAAA-----TGAATAAATTTA----CAGGACT-CC-GA------------TTT-----T----T---------C-------GGAA----------------------------T-AA----GTTTA-TA--TTTT-CCATC-A-T-A-CAGAC-TC---T--G-TAA--TA---AT-CAA----ACA---T-TCT-A-G-C-AT-TA--AAA--TGA------T-AAC-AAAA---TGT---A-AAACT---TCTA-GTTTA-------C---A-AC---A-------T--GA--G------T-TAT-TTAtta
gi|13 : tttt---TTT-T---AAATAG-T--AAAATCAAATAT--TA-A--C-T----GCC----A-TT---AAAA--AAATTA-ATAAATAA-AA-TAGGACT-C-ATA------------TTT-----T----T---TTTCTCC-------AGAAT--T-GA--CAA-----TGAG-------T-AA-TTTGTTTA-TA--TTTT-CCATC-A-C-A-CAAAT-TC---G--G-TAA--TA---AT-TAA----ATA---C-CCT-A-G-C-AT-CA--AAC--TGA------T-AAC-A--G---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTTT-------C---A-AC---AT-AAG--T--GA--G------T-T-T-TTATC--T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCATa
gi|24 : aactgcctattagatgttttcttgaatgctggatcaatgagcact---AAAA--A--TGA-AGAAATGA-AA-TAGGACT-C-AGAGTTGTTTT----TTT-----T----T---T-----C-------AGAGA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-CAAGTATA-TAT-TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-TC---A--G-AAT--Tggcgccaaattctaataatgaaaaata
gi|31 : --TA---AC-TAG----ACA---C-CCT-A-G-C-AT-CA--AAT--TGA------T-AAC-AAAG---TGT---A-AAA
gi|14 : aaA---C-CCT-A-A-C-AT-CG--AAC--TGA------T-AAC-AAAC---TGC---A-AAAGT---CATATTTTT--------C---A-AC---AT-TAG--T--GA--T------T-T-TGTTATCTTT-----AAA-A-AATT------G------CT-G-TT--ACCA-TGGC--AACG-TT----T-GA-TATT--G-TCA-AA-A-A---AACC---ACT-CTTAT----ACA-TTC-AAGT-A-T-G-ATATA--GTAATA---TTGT--CTAACAAA-TT----C-ATG-AAGA-TCAGT--GCCATGA-CT-TGTCCAA-------CCGATTTTGAT-GTTTACGAAAAA-TGGCT
gi|18 : TA-TTTT--------T---A-GCGTCA--AAC--T--G----------T-T-T-TTATC--T-----AAA-G-GAAT------TAC-T--CT-G-TT--ACCA-TGGC--AACG-TA----T-GA-TATT--G-TCA-AA-A-T---AACC---ATA-CCCAT----ACA-TTC-ATAT-A-T-G-ATATA--GCAATG---ATCT--CTGA-AAA-TT---TC-ATG-AAGA-TTGAT--GACATG-----------------------TTTTGAT-GCTTACATAGAA-TGGCTttt
gi|29 : A--A------T-T-T-TAATC--T-----TAA-A-GAAT------GGC-T--CA-G-TT--ACGA-TGGC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TCA-AA-A-T---ACCC---ACA-CTCAT----ACA-TTC-Act
gi|28 : --A------T-T-T-TAACT--T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CA-G-TT--ACGAT-GGC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC--AA-A-A---AA-----ATA-CCCACCACAACA-TTC-AAG
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTACACTACGCACACTTAAGAATTTCATCGGGATTCTACACATACACATGTATTATCTATTACAAATTAAAGTTCACGTTATGGTTAGTTGGACTAACTTTCAAAAAACCATGAATCACAACTAAAATTTATATCCAGAGATTTCATTACTAATTTTCAAACATGTGAACCTATACCAAATCCTGTTCTTCCGTATAATGCTGTCTGGAGATTTTCAATTTATTACTTTTTTTTGCGTTTTCGCATTCTCAGTACTTATTTCTAACAGAGTTTAAGATATGTTTCCCCATTTACAATATGTCTTACAATTGCAGAGGGAATTCGAACTGT
Unaligned ( gi|19 ): ATACACACTCATTCTCAGTAATTATTTCTGACAGATGATTTCCTTCTTTCACAAGTATCTTAACAGTTGTTGTGAAAATTCGAAAATAGCAAGTTGCTGTTAAGATATTACAACGTCGAAAATATTGTGCAGTG
Unaligned ( gi|22 ): TTCTCAGGTATCTTACAGTTGTTGAGGGAATTCAAATATTGCAAGTTGCTGTTAAAATATATTACAACGTCGAAAATAGTGTGCAGTGTTTGTTATTTAGTTAATTAAA
Unaligned ( gi|25 ): CACACATTCTCAGTAATTATTTCTGACAGGATTTAAGAATGATAGTATCTTACAGTTGTTGAAACATTTCGAAAAGAGCAAGTTGCTGTTAAAATAT
Unaligned ( gi|32 ): GTGTCTTACAGTTGTTGAGGAAATTCGAACTGTGCAAGTT
Alignments
lowQualScore : 11 11 2222222222222 11111 1 111 3333333333333333 1 22222222 55555555555555555555555555555 11 11 222222222 111111111111 11111111 111 11111 11111111 2222222 3333333 1111 11111 111 111111 1111 111 1111 1111111111 111 1 11111 111 1111 2222 11111 333333333333 11111 111 11111 11 11 111111 111 22222222 111111111111111 11111 444444444444444
lowQualScore : 11 99 1 5555555555555 888 55 33333 55 4 99 4 66 4 3 4 222 4 3333333333333333 7 5 1 66666666 7 33333333333333333333333333333 6 6 6 88 11 88 4 4 0 4 11 55 4 4 444444444 1 4 7777 55 3 666666666666 3 7 7 3 9999999 55 666 3 3 55 3 99 4 33333333 55 7777 999 77 5 999999 555 11111 00000000 3 55555 3 6 3 7777777 2 7777 2222222 3 7777 888888 6 555 77 3 5555 00000 77 3 222 5 2 222222 33 2 8888 77 333 6666 44 3 0000000000 33 2 2 8 6666 000 9 44 3 44 44 88 555 3 444 6666 3 00000 3 3 9 6666 999 3 3 3 44 3 000 5 5555 1 2 33 1 0000 2 5555 5 11111 33 77777 2 1 2 2 5 2 2 99 888888888888 66666 444 22222 8888888 000 2 444 44444 8888888 5 44 88 44 5 2 2 2 2 99999999 33 1 1 66 2 5555 444 2 2 2 2 2 2 33 55 111111 2 5 444 000 2 444 7 11111111 444 2 33 33 33 33 444444444444444 2 2 33333 2 2 777777 2 33 2 2 33 2 2 33 44 9999 2 2 33 2 33 444 33 444 2 2 5 2 2 44 3 3 88 44 777777777 3 55555 6 6 77 3 999999999999999 9999 555 3 6 1 4
lowQualScore : .. .. . ............. ... .. ..... .. . .. . .. . . . ... . ................ . . . ........ . ............................. . . . .. .. .. . . . . .. .. . . ......... . . .... .. . ............ . . . . ....... .. ... . . .. . .. . ........ .. .... ... .. . ...... ... ..... ........ . ..... . . . ....... . .... ....... . .... ...... . ... .. . .... ..... .. . ... . . ...... .. . .... .. ... .... .. . .......... .. . . . .... ... . .. . .. .. .. ... . ... .... . ..... . . . .... ... . . . .. . ... . .... . . .. . .... . .... . ..... .. ..... . . . . . . . .. ............ ..... ... ..... ....... ... . ... ..... ....... . .. .. .. . . . . . ........ .. . . .. . .... ... . . . . . . .. .. ...... . . ... ... . ... . ........ ... . .. .. .. .. ............... . . ..... . . ...... . .. . . .. . . .. .. .... . . .. . .. ... .. ... . . . . . .. . . .. .. ......... . ..... . . .. . ............... .... ... . . . .
lowQualScore : 00 00 0 1111111111111 777 55 66666 55 0 55 4 11 4 3 4 222 4 1111111111111111 6 7 4 44444444 6 77777777777777777777777777777 7 7 7 00 66 44 4 4 1 4 00 55 7 0 111111111 0 0 7777 00 6 999999999999 6 3 3 6 5555555 00 444 6 6 00 6 55 0 00000000 00 7777 333 99 2 333333 888 77777 66666666 1 55555 1 2 1 7777777 2 1111 8888888 3 1111 888888 7 888 99 3 0000 11111 99 3 555 7 9 111111 99 9 6666 33 222 8888 22 1 5555555555 99 9 9 6 1111 777 4 22 1 22 22 55 444 1 777 5555 1 88888 6 6 2 5555 666 1 1 1 22 1 777 7 1111 6 9 99 0 3333 9 6666 7 11111 77 66666 7 9 7 7 3 7 7 00 000000000000 77777 777 33333 7777777 888 7 111 66666 7777777 3 77 00 33 3 7 7 7 7 77777777 77 0 0 33 7 7777 444 5 5 5 5 5 5 44 99 666666 5 0 444 333 5 777 5 66666666 444 5 44 77 77 44 111111111111111 5 5 11111 5 5 222222 5 44 5 5 44 5 5 44 99 3333 7 7 77 7 55 777 77 777 7 7 3 7 7 66 1 1 22 22 222222222 1 66666 7 7 99 8 111111111111111 3333 888 3 7 6 4
consensus : NNNNNNTGGCCTTTC--AGTT-GTNAGAGAAAACCNN---ANNGCGCGCAGTT--TGCT--TA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACG-TC-AAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTT-TATTATTTA-TT--------AATTAATT--------------T----TTT-------TG-TATT-TT-GGTTTCTT-AAG-TAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACAC-TTTT--------AAANA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AG----T--A--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-T--GTT-ATTGTTA--TAAATTAG-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---C-AA-T-TT------ATGCACNT----TT-A--T--AGC-AAA-A--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TC--GATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-TAT-GCAC--ATTTT-T-ATTTTT-T--AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGG-T--AAAATCAAATAT---GAC-CA--TGCC-ATT---A-A--AA--A--TGA-ATA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TATGTTTATA--TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGNANTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-NATATA--GTAATA---TTCT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGGT--GACATGACCTGTGTCCCA--GA---CCGA--T-TTT---GAT-GC-TTACAGAGAA-TGGCT
Reference ( family-3047 ) : NNNNNNTGGCCTTTT--AGT--GTNAAAGAAAACCNN---AANGCGCGCAGTT--TGCT--TA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACG-TC-AAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTT-TATTATTTA-TT--------AATCAATT--------------T----TTT-------TG-TATT-TT-GGTTTCTT-AAG-TAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACAC-TTTT--------AAANA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AG----T--A--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-T--GTT-ATTGTTA--TAAATTAG-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---C-AA-T-T-------ATGCACNT----TT-A--T--AGC-AAA-A--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TC--GATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-TAN-ACAC--ATTTT-T-ATTTTT-T--AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGG-T--AAAATCAAATNT---GAC-CA--TGCC-ATT---A-A--AA--A--TGA-ANA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TATGTTTATA--TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGNANTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-NATATA--GTAATA---TTCT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGGT--GACATGACCTGTGTCCCA--GA---CCGA--T-TTT---GAT-GC-TTACAGAGAA-TGGCT
gi|1 : TGGCCTTTTCGAGTTAGTAAAATAAAATCTCTAAAATGCACAAAGTT--TATG--TAA---TA--TGGAAT--TCGGA--ACA-TC-AAA-AAAGTACTGTGCCAG----------------TTGT-TCTTATTTA-TTT-------AAT--ATT--------------TATTATTT-------TGGTATTCTT-GGGTTCT---AG-TAAAATA-T-TGCAATTTCTAACAAC-C-TTTTTGTTTTAAAAAAA-ATATAAATTTT--TTGCCA------C-----ATAT-CTAGTTCAATT-AAGTTTT--A--AAAAT---G-ACCGT--C-ATTGAA-TCAAACTG-GATT-GAATTT--CCAT-TTGGTT-TATGTTAA-TGAAT-AG-----TT-----ACAA-----GGGGCA-T-A------A-CTTTTG-TTTCC-AA-T-TTTT----ATGCACTTATTCTT----T--AGC-AAA----C-A----TG-A---TT------ACA--CT-TCCCGATTTA--T-TTTCCCTT-AACAT------CA--A--TA--ACAC--ATTTT-T-ATTTTTGT--AC--A-TTT--A-------AAAATG-AATAATGTT-TTATGTT---ATCTTTAAATTT--AC-AACTGACAGCTTTTC--AAGCTGGCG-GGAA-T-AAGAGGCTTGC----CA-TAAC-TTTTTCTTT---A-ATTTG-CATG-TTGAAAAA-TATCCAAT--TTT-T---AAATGG-GCAAAAATCAAATGA---ACC-CAACTCCT-ATT---ACAACAA--A--TGA-AAATAA-TGA-AA-TA--GACTC-CAGAAAAAAATTTTTTTTT-----TT---C-----C-------AGAAAATT-GG--AAACCCCATGAAGTTTTATT-AA-TGGTTTTATATTTTT--CAATCAA-CAA-CAAAT-T--------CAAGAAATTA--AA-TAGAAAAATATCCC-TCT-A-GCCA-TAAAA--AC--TGA------TAAACAAAAG---TGCAAAA-AAACTATCCCTA-TTTTTTTTTCCCC---ATAC-T--AAGGTT--GG--A------T-T------C-TTATC-TTC---AAA-A-GAAT------GGCTT--CTGG-TTTAACCA-TGAACAAAACG-AGGTTTT-TA-TATCCGG-TCAAAAATAAGA--ACCCCAACACCC-CATCCCA-TTT-AAATT-T-T-GAAACA--GT-ATA---TTTTTCCTGAAAA-TTT---C--TGAAAAA-TTGGTGGGACATGCACTTTGTCC-----A---C--A--T-TTTTGGAAT-GC-TT
gi|10 : tagttcta--T-AA--TG--TCAT-T--GTTTATTATCA--TAAATTAG-----CTT---TACAA-----AGGGCAAT-G------G-CTCTTG-T---C-GA-T-TT------ACGCACAT----TT-A--TT-AGC-AAATA--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TCC-GATT----------CCTT-AG-AT------CA--AA-TAT-G-AC--ATTTT-TTATTTTT----------------------------G-TA-AATGTC-TT----T---ATCTTT-AAATT--AC-AACTGACAAC--TTA--A--CT---G-GGGA-T-A----TC-TG-----CA-T-ACGTT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAGA-TAGTCAA---TTTCT---TAATGG-T--AAAATCAAATAT---AAC-CA---ACC-A-----------A--A--TGA-ATA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--TTGA------------TTT-----TT---TTTTT-C-------AGAAT--T-CA--CAA-----TTAG-------T-AT-TATGTTTATT--TTTT-CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-CAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTTT-------C---A-ACAT--AAG--T--GG--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-TAAT------GAC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAATT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-GTTAAA--GTAATA---ATCT--CTGAAAA-TTT---ttaac
gi|11 : acT--A-------AA--TG-AA-AAAGTC-TT----T---ATCTTT--AATT--AC-AACT-ACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTTTT-A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-TTGTAAATGG-T--AAAATCAA-TTT---GAC-CA---GCC-ATT---A-A--AA--T--GGA-AGA-AA-TGA-A--TA-GGATT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAAA-T-GA--CAA----ATGAG-------TTAA-TATGTTTATT--TTT--CCATCCA-C-A-CAAAT-T--------C--AGAATTA---T-TAG----AT----C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGA---A-AAAC----CCTATTTTT--------T---A-ACAT--AAG--T--GA--A-----------------TTATC-T-----ACT-A-CAATAGCAGAGGC-CTGCT-G-TT--ACCA-TG-AC--AACG-GA----T-GA-TATT--G-TC--AAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT--CA-TTCAAAG-T-ACT-CATATAACATAAAAAATTTTT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGATTTGGT--GACATGACCT-TGTCC-----A---CCGA--TGTTT---TAT-GCATTAC
gi|13 : ---TTT-T---AAATAG-T--AAAATCAAATAT---TAA-C---TGCC-ATT---A-A--AA--AAATTA-ATA-AA-TAA-AA-TA-GGACT--CATA------------TTT-----TT---TTTCTCC-------AGAAT--T-GA--CAA-----TGAG-------T-AA-TTTGTTTATA--TTTT-CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAA----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC---AG---TGC---A-AAACT---CCTATTTTT--------C---A-ACAT--AAG--T--GA--G------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--cacgacgatcgctct
gi|14 : aactgcctattagatgttttcttgaatgctggatcaatgagcactA---C-CCT-A-A-CA-T-CGA--AC--TGA------T-AAC-AAAC---TGC---A-AAAGT---CATA-TTTTT-------C---A-ACAT--TAG--T--GA--T------T-T------TGTTATC-TTT---AAA-A-AATT------G------CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-TT----T-GA-TATT--G-TC-AAAAA---A--ACC---ACT-CT-TAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-GATATA--GTAATA---TTGT--CTAACAA-ATT---C-ATG-AAGA-TCAGT--GCCATGACTTGT---CCA---A---CCGA--T-TTT---GAT-GT-TTACGAAAAA-TGGCTgccaaattctaataatgaaaaata
gi|15 : -TT----TTT---A-ATTTG-CATG-A--GAAAA-TAGTAGG---TTTGT---TAATGG-T--AAAATTAAATAT---TAC-C---TGCC-ATT-----A--AA--A--TGA-ATA-AA-TT--TA-CA-GGACT--CCGA-------------TT-----TT---T-----C-------GGAA----------------------------T-AA----GTTTATAT-TTT--CCATC-A-T-A-CAGAC-T--------C--TGTAATA--AT-CAA----ACA---T-TCT-A-G-CA-T-TAA--AA--TGA------T-AAC-AAAA---TGT---A-AAACT---TCTA-GTTTA-------C---A-ACAT--GAG--T--ttt
gi|16 : tttt-TAAA-CA-C-TACA-AT-GTCA--AAAC-TTT----------AAAA-ATATA----TT--TTGG-T------C-----AT-T-CTAGTTTGATT-GG----T--A--AAA-T---G-AC-AT--C-ATTGA--TTAGAGTG-A--T-TA--TT--TCAT-T--GTTTATTGTTA--TAAATTAA-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-C---C-GA-TAT-------ATGCAtatttaa
gi|17 : ttagcaattgttgtacagttttagaggaaattctgactgagcaaattggcta-TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTAAA---TTT-T---TAATGG-T--AAAATCAAATAT---AAC-CA--T----------------------------A-AA-TGA-AA-TG-GGATT--AAGAT-----------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA---AA----ATAAG-------T-AA-AATATTTACAT-TTT--CCATC-AGT-A-ATAAC-T--------A--AATACTAC-ATGTAG-----TA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AG--TGA------T-AAC---AG---TGC---A-AAACT---CCTGTTTTT--------C---A-ACTT--A
gi|18 : tTA-TTTT--------T---A-GCGTCAAAC--T--G----------T-T------T-TTATC-T-----AAA-G-GAAT------TAC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-TA----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ATA-CC-CAT-ACA-TTC-ATA-T-A-T-GATATA--GCAATG---ATCT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGAT--GACATG-------------------------T-TTT---GAT-GC-TTACATAGAA-TGGCT
gi|19 : GAAAATTCG---AAAATA-GCAAGT--TGCTGTTA-----A--GA-TAT--T-ACA--ACG-TCGAAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGct
gi|2 : atacacactcattctcagtaattatttctgacagatgatttccttctttcacaagtatcttaacagttgttgtTTTC--AGTT-ATCGGGGAAAAC-AT---ATCGT-TGCAATT--GGCT--TA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACGTTC-AAA-A---TATTGTGC-AGAGCTTCCATTGGCAGCTATT-TATTATTTATTT--------AGTTAATT--------------T----TTT-------TG-TA-T-TT-GGTTTTAC-AAG-T-AA-TATT-TGCA-TTT-TAA--ACAC-TTT----------AAAA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTG--T-AACT-AG----TTAA--AAAAT---G-AC-GT--C-A-TGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-G--TTT-A-TGTTATTTCAATTAT-----TTT---TACAAC----AGGGCAAT-A------ATCTCTTGTT---C-AATT-T-------ATGCACTT----TT-CT-T--AGCAAAA-A--C-A----T--ATTTTT--T-TCA-A--CTCTC--GATTTAT-T-T---TCTT-AA-AT------CA--AA-TA--ACAC--ATTTT-T-ATTTTTGT--AT--A-TTT--A-------AA--TGAAA-AATGTCTTT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--AACTT---G-GGAATT-A----GC-TGCTTTACA-T-ACTTT----TTT---A-AATTG-CATGTT--GAAAA-TAGTCAAT--TTT-T---AAATGGAT--AAAATCAAATTT---GACGCA---GCCAATT---A-A--AAAGA--TGA-AGA-AATTGA-AA-TA-GGATTGCTAGAT-----------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GAACCAA----ATGAG-------TAAA-TATGTTTAGAT-TTT--CCATC-A-C-ACCAAAT-T--------C--AGAATTA--AT-GAG----AT----C-CCTAA-G-CA-T-CAA--ACT-TGA------T-AAC-AAAGGAATGCA--A-AAACT---CCTT-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--TTGGA--A------TCT------T-TTATCTT-----AAA-G-GAAT------GGC-T--CT-GTTT--ACCA-T--GC--AACG-AGTT--T-GA--ATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACATTTC-AAG-T-A-T-CATATA--GTAATA---TTTT--CTGAAAA-TTTTCCT-ATGTAAGATTTGGT--GACATGACTTG-GTCC----AA---CCGATGT-TTT---GATGGC-TTACAGAGAAGTGGCT
gi|20 : agatgtttctaacagatttggggaatcactgtatgagcatagtagtttccaAT-A------A-CTCTTG-T---C-AA-T-T-------ATGCACAT----TT-A--TT-AGC-AAA-AG-C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--TT-TC--GATGTA--TAT---CCTT-AA-AT------CA--AA-TAT-G-GC--ATTTTCT-ATTTTGGT--AC--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTttt
gi|21 : CTTTTC--AGT--TTTAGGGAAAACTTT---ATTA-GTGCAATT--TGTG--TA----AAAATA-AAT--T-AGA--ACG-TCAAAA-A---TATTGTGC-A
gi|22 : agatgtttctaacagaatttgagaattcactgtctagatggtagtttAGTTGCTGTT--AA----AA--TA-TAT--T-ACA--ACG-TCGAAA-A---TAGTGTGC-AG----------------TGTT-TGTTATTTAGTT--------AATTAA
gi|23 : ttctcaggtatcttacagttgttgagggaattcaaatattgcaTT-AA-AT------CA--AA-TATGACAT--AATCT-G-ATGTTT-G--A---A-TTTTCA-------AC--TG-AA-AATGTT-TT----TT--ATCTTT-AAATTACAC-AACTGACAGC--TTC--G--C----G-CGAA-T-A----GC-TG-----Ca
gi|24 : t---A-A--AA--A--TGA-AGA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGAGTTGTTTT----TTT-----TT---T-----C-------AGAGA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-CAAGTATATAT-TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--AGAATT
gi|26 : TT-AA-AT------CA--AA-TAT-G-AC--ATATC-T-GATGTT-TGAAT--T-TTT--A-------AC--TG-AA-AATGTT-TT----TT--ATCTTT-AAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--G--CT---G-CGAA-T-A----GC-TG-----
gi|27 : tAACCTA---AAT-CGTGCAATT--TGCT--TA----TA--TA-AAT--
gi|28 : atgtttctaacagaatttgtgtagatagtagttttctttcagttatcggtat--A------T-T------T-TAACT-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CA-G-TT--ACGA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAA---AATACC----CA-CCACA--ACA-TTC-AAG-
gi|29 : A--A------T-T------T-TAATC-T-----TAA-A-GAAT------GGC-T--CA-G-TT--ACGA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--CCC---ACA-CT-CAT-ACA-TTC-A
gi|3 : TGGCCTTTC--AGT--GTGAGAGGAAACCAA---AAGGCGTGCAGGT--TGCT--TA----TA--TA-AAT--T-AGG--ACG-TC-AAA-A---TACTATGC-AG----------------T-TT-TATTATTCA-TT--------AATTATTT--------------T----TTT-------TG-TATT-TT-GGTTCCTT-AAATTAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACACTTTTT--------AAAAA-ATGT-----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AG----T--G--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-T--GTT-ATTGTTA--TAAATTAG-----CTG---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---C-AA-T-T-------ATGCACTT----TT--------GC-AAA-A--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TC--AATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-GAA-ACAC--ATTTT-T-ATTTTT-T--AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-GACTGACAGC--TTC--A---T---G-GGAA-T-A----GA-TG-----CA-C-AC-TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGG-T--AAAATCAAATTT---GAC-CA--CGCC-ACT---A-A--AA--A--TGAGAAA-AA-TGA-AA-TA-GGACTC-CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TGTGTTTATA--TTT--CCATT-A-C-A-CAAAT-T--------C--AGAATTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-TAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACA---AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCATTG-AC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC--AAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-CATATA--GTAATA---TTTT--CTGAAAA-TTC---C-ATG-AATA-TTGGT--GACTTGATCTGTGTCCCAGCGATTCCCGA--T-TTT---GAT-GC-CTACAGAGAA-TGGCT
gi|30 : agtatcTAA--ACAG-TTTT--------AA-TA-ATATA----TT--ATGC-A------C-----AT-T-CTAGAT-AATT-AG----T--A--AAAAT---G-GC-GT--C-
gi|31 : AATA--AC-TAG----ACA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AT--TGA------T-AAC-AAAG---TGT---A-AAA
gi|4 : GCAGTT---G-T--TG----TA---A-AATA-T-AGACAACG-TC-GAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTTGTATTATTAA-TT--------AA---ATT--------------G----TT---------G-TATT-TTTGGTCTCTTTAAG-GAAC-TA-TCTGCA-TT-ATAA--ACAC-TTTT--------AAAGA-ATAT---------TT-C-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-TA----T--A--TTAAT---G-AC-GT--CCATTGA--TCAAACTG-A--TTGA--TG--TCAT-C--GTTTATTGTTA---AAAT--G-----CTT---AACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---C-TA-T-T-------ATGCA--T----TT-ACTT--AGC-AAATA--C-A----TG-T---TT--T-TC---------------TTA--T-T---CTTT-AA-ATTA----CA--AA-CTG-ACA
gi|4 : cacccacatactcagtaattatttctgacaggaatttaaaataattccttctttcacaggtatcttacagttgttgagataattcgaactgaTTA--TAAAC-AC-----TTT---TA--A-----AG---AAT-ATTTCACA-TTCTAG-T---T-AA-T-TTATATTAATG-ACGT----CC-A--TTGATC-AAA----C------TG-A---TTGATGTCA-------TC--G-TTTA--T-T---GTTA-AA-ATGCTTAACA--AA--GG-GCAATAACTCT-T-GTCTAT-T--ATGCA-TTT--ACTTAGCAAA--T---A-CATGTT-TT----TCTTATTCTTTAAATT--ACAAACTGACAGC---TC--A--CC---ATGGAA-TAA----GC-TG-----CATT-ACGTT----TTT---A-ATTTGCCATG-T--GAAAG--AGCC-----------------------AAAATCAGGTAT---AAC-CC--AGTCAATTAA-A-A--AA--A--TGA-ATA-GA-TGA-AACCA-GGACT--AAGATATTT-------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--C-A----ATGAG-------T-TA-AATGTTGATA--TTT--CAATC-A-C-T-TAAGTGTCCCTAGAAC--GGTAATT--AT-TAG----ATA---TACCT-A-G-C--T-C----AT--TGA------T-AAC-AAAG---TGCAA-A-AAACT---CCTT-TTTT--------T---C-ACAT--AAG--T--GA--A---------------T-TTATC-TAAAAGAAA-A-GAAT------GTA-T--CT-G-TT--ACCA--G-G---AACG-AG----TAGA----T--G-TC--CAAT---A--ACT---ACA-TC-CAT-ACA-TTC-AAG-TAA-T-GAT-TA--GTAATA---TTCT--CTGAAAA-TTT---CAATG-AAGA-TTGGT--GACATGACCT-TGTCC-----A---ACGA----TTT---GAT-GC-TTACAGAGAA-TGGCTgctcaccatggaataagctgcattacgtttttaatttgccatgtgaaagagccaaaatcaggtataacccagtcaattaaaaaaatgaatagatgaaaccaggactaagatatttttttttcagaaatgacaatgagttaaatgttgatatttcaatcacttaagtgtccctagaacggtaattattagatatacctagctcattgataacaaagtgcaaaaaactcctttttttcacataagtgaatttatctaaaagaaaagaatgtatctgttaccaggaacgagtagatgtccaataactacatccatacattcaagtaatgattagtaatattctctgaaaatttcaatgaagattggtgacatgaccttgtccaacgatttgatgcttacagagaatggct
gi|5 : cacccacatactcagtaattatttctgacaggaatttaaaataattccttctttcacaggtatcttacagttgttgagataattcgaactgagcagttgttgtaaaatatagacaacgtcgaaatattgtgcagtgttgtattattaattaaattgttgtatttttggtctctttaaggaactatctgcaTT--AGT--GTGAAAGAAACATGC---ATAGAGCAAAGTT---GCT--TA----TA--CA-A-T--T-AGA--ACG-TT-AAA-AA--TACTGTGC-AG----------------T-TT-TAGCATTTA-TT--------AATCAATT--------------T----TTT-------TG-TATC-TT-GGTTTCAT-AAG-TATT-T--T-TG-A-TTTATAA--ACAC-TT----------AAAT---TATA----TT--T--C-A------CT----AT-T----ATT-A-TT-AG----T--A--AA--T---G-A--GT--C-ATTGA--TCAAATTGTA--T-G---TG--TCAT-T--GTTTAATGTTA--ATAATTAG-----CTT----ACCA-----AGG-CAAT-A------A-ACTTTG-T---C-AA-T-TT------ATGCAATT----TTCG--T--AGC-AAA-A--CCA----TG-A---TT--T-T-A-A--CT-TC--GGTTTA--T-TT--CCTT-AA-AT------TA--A--TAT-A-AC--ATTTT-C-GATTTT-G--AT--A-TTTT-A-------AA--TG-AA-AATGCC-TT----T---ATCTGT-AAATC--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GACA---A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTT---TTATTTG-CTTG-T--GAAA----GTCAT---TTT-T---AAATGG-T--AAAA-AAAATCT---GAC--A---GCC-ATTT--A-A--AA--A--TTA-ATA-AA-TGA-A--TA-G-ACT--C-GA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGA--------T-AA--ATGTTTATAATTTT--CTCTC-A---A-CAA---T--------C--AGAATTA-----TAT----ATA---C-C-T-ATG-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AACAAAAG---TGC-----AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-AATT--AAG--T--GA--A--------T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGT-T--CT-G--T--ACCA-TG-A---AACG--G----T-G--TATT--G-TC-AAAAT---A--A-C---ACA-C----T-ACA-TTC-AGA-T-A-TGTATATA--GTAATA---CTGT--CTCAA---------T-ATG-AAGA-TTGGTG-GACATGA-TTGT---CCA--GA---CCGT--A-TTT---GAT-GC-TTACA-AGAA-TG
gi|6 : ttgagAGGT--TGCT--TGGATGTA--TA-AATGTT-ACA--ACG-TC-AGATA---TATTCGGT-AG----------------TGTT-TACTATTTA-CTTCAACAGTAATCAATTGCACCAATGAACGCT----TTCAGATACATG-TATT-CT-AGTTTATC-AA--TAGA-AN-C-T--A-TTTA--------C-TTC----------AACA-GTA-A----TCAATTGC-A------CCAGATAT-T-CTAGTT-TATC-AA----T--A--GAGAT---G-AC-GT--C-ATTTA--TCGGAATG-A--C-AA------------------------A--TAAAATAGAGGAATTT---TACAA-----AGGGCAATTG------A-CTCTTG-C---C-AA-T-TT------ATGCACAT----T--------AGC-AAA-A--CCA----TGCA---TT--T-TCA-A--CT-TT--TATTTA--T-T---TTTTTAA-AT------CA--AA-TAT-GC-C--GTTTC-TGATTTTT-T--AT--A-TTC--A-------AA--TG-AA-AATGCG-TT----T---ACCTTT-GAATT--AC-AATTA----C--TTC--A--CT---A-GAAA-T-A----G-------------------------T---A-ATC-A-AATG-T--GAAAA-TATTCAA---ATT-T---TATTGG-T--AAAATCAAACAT---TAT-C---TGTC-ATT---A-A--AA--A--TAG-ATA-AA-TGA-GA-CA-GGACT--AAGA------------TCC-----CC---C-----C-------GGAT---T-GA--TAA-----TGAG-------C-AA-TATGTTTGTA--TTTT-CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAA----ATA---C-TCT-A-G-CA-T-CAA--AC--CGATACATGT-AAC-AAAG---TGC---A-GAACT---CCTA-TTTTA-------C---A-ACAA--AAG--T--TATTATTTTTTT-T------T-TTATC-T-----AAA-T-GAGT------GGC-C--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACA-TG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---AAA-CC-CAT-AC--------------------TA--GTAATA---T---------------------ATG-AAGA-TCGGT--GA-A-GACCAGT---CCA--G----TCTA--T-TTT---GAT-GC-TTACAGGGAA-ct
gi|7 : TA----TT--TTGT-AATTTCTT-----AT-TGCTCATT-AATTTAG----C--A--ATAATTTCA-AA-GTATC-GTTGACTTTACAGTA-A--T-AT--TG--CTTT-T--CTT--TTGTCA--TA--TTAG-----TTT---TACAACTTTTAGGGCAAT-A------C-CTCTTG-T---CGAA-T-T-------ATGCACAT----TT-G--TT-AGC-AAACA--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TG--GATTTA--T-TT--CCTT-AA-AC------CA--AA-TAC-G-AC--ATTTC-TGATTTTTGT--AT--A-TTT--A-------AA--TT-AA-AACGTA-T---------ATCTTG-AAATT--GC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-G----GC-AG-----CA-T-AC-TT----TTTTTAA-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAATCAT---TTT-T---AA-TGG-T--AAAATCAAATAC----AC-C---TGTC-ATTTAAA-A--AA--A--TGA-ATA-AA-TGC-AA-AA-GGACT--CCGA------------TTT-----TTGTTT-----C-------AGAAT--T-GA--CAA-----TAAG-------T-AA-TTTGCTTATA--TTTT-CCATC-A-T-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAA----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-ACAT---TGC---A-AAACT---CCCA-TTTT--------C---A-ACAT------------------------------------------------A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GT-TATT--G-TC-AACAT---A--ACT---ACA-CT-CAT-ACA-TTC-AAA-T-A-T---------GTAATA---TTCT--CTGAAAT-TTT---C-ATG-AAGA-CTGGT--GACATGACTTGT---CCA--G----CCTA--T-TTT---GAT-GC-ATATACAGAA-TGG
gi|8 : gcaattcgaaacaatttgtattaaaaagcatagctagttaactatggA-T-TGCA-CCAATGA--ACGC-TTTC--------AGATACATGTA----TT--T------------------------AGTT-TATC-AA-------A--GAAAT---GGAC-GT--C-ATT-A--T--ATCCG-A-----A--TG--ACAA-A--ATT-AA----A--TAGAGGAA-----TTT---TACCA-----AAGGCAATTG------A-CTCTTG-----C-AA-T-TT------ATGCACAT----CT-A------GC-AAA-AACC-A----TGCA---TTA-T-TCA-AAACT-T----ATTTA--T-T---TTTTTAA-AT------CA--AAATAG-ATGCC-GTTTC-TGATTTTT-T--AT--AATTT--A-------AA--TG-AA-A---TCGTT----T---ACTCTTTGAATT--AC-AATTA----C--TTC--A--CT---A-GAAA-T-A----G--TA------A-T-AC-C-----------A-A------ATG-T--GAAAAGTATTCAAATATTT-T---AT-TGG-T--AAAATAAAATA-----AT-C---TGTC-ATT---A-A--AA-----TAG-ATA-AA-TGAGAA-CA-GGACT--AAGA------------TTTAATTTTT---T-----CCCCTCCCAGGAT--TTGA--TAA-----TGAG-------C-AAATATGTTTA-A--TTTTCCCATT-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATATAAT-TAA----ATA---C-TCT-A-G-CAAT-CAAGAACCATTACAT---T-AAC-AAAG---TGC---AGAAACT---CCTA-TTTTA-------C---A-ACAA--AAG--T--TA--A------T-TATTTTTT-TTATC-T-----AAATATGAGT------GGC-C--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACA-TG----T-GATTATT--GTTC-AAATT---A--ACC---AAA-CC-CAT-AC----------T-A-T-AATATA-------------C--------------------TG-AAGA-TTGGT--GA---AACCAGT----CA--GT---CTAT--T-TTT---GAT-GCTTTACAG-GAA-TGatcttaaattgtctttta
gi|9 : tatttactttcaacagtaatcaTTCTT-AA--TAA--TA-T-GCCA-TT-ATAA--AC---TTTT--------AAACA-ATATA----CT--TTGC-A------C-----AT-TTCTAAGT-AAAC-AG----T--ACAAAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAC-CTG-A--GAGA--TAGCTCATAT--GTT-ATTGTAA--TCAATTA------TCTGTGTACAA-----AGGGCAAT-G------A-ACCTTG-T---C-AAAT-T-------ATGCACTT----TC-T--T--AG--AAA-A--C-ACCCATG-A---AT--T--CA-A--CT--A--GATTTACTT-T---CCTT-AA-AT------CACAAA-TA--ACAC--ATTCT---ATTTT-----GT--A-TT-----------AA--TG-AA-A-TGTCATT----T---AT--TTTA---T--AC-A--TGACAGC--TTCTAA--CT---G-GGAA---A----AC-TG-----CA-T-TC-TT----TTT---A-ATTTG-CAT--T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGT-T--AAAAT--ATTATTGAGAC-CA---GCC-ATT---A-A--AA--AA-TGA-AGA-AA-TGACAA-TAAGGATT--CAGAA-----------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--AAA----ATAA--------T-AA-TATA-----A--TGT--CCATC-A-C-A-CAAAT----------C--AGAATTA--AC-TAG----ATA---C-CTT-A-G-AA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAGG----GA---A-AAAC----ACTA-TTTT--------TCAAA-ACAT--AAG-----GA--A------T-T------T-TAATC-T-----AAA-G-GAAT------TGC-T--CT-G--T--A-CA-TG-AC--AACGCAG----T-G---ATT--G-T--AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CATCACA-TTC-AA--C-A-T-CATA------AATA---T--T--TTGAAAATTTT---C-AT--AAGA-TT-GT--GACATGA-CTA-GTCCCA---A---CCGA----TTT---GAT-GC-T--CAGAaatgactcta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTACACTACGCACACTTAAGAATTTCATCGGGATTCTACACATACACATGTATTATCTATTACAAATTAAAGTTCACGTTATGGTTAGTTGGACTAACTTTCAAAAAACCATGAATCACAACTAAAATTTATATCCAGAGATTTCATTACTAATTTTCAAACATGTGAACCTATACCAAATCCTGTTCTTCCGTATAATGCTGTCTGGAGATTTTCAATTTATTACTTTTTTTTGCGTTTTCGCATTCTCAGTACTTATTTCTAACAGAGTTTAAGATATGTTTCCCCATTTACAATATGTCTTACAATTGCAGAGGGAATTCGAACTGT
Unaligned ( gi|25 ): CACACATTCTCAGTAATTATTTCTGACAGGATTTAAGAATGATAGTATCTTACAGTTGTTGAAACATTTCGAAAAGAGCAAGTTGCTGTTAAAATAT
Unaligned ( gi|32 ): GTGTCTTACAGTTGTTGAGGAAATTCGAACTGTGCAAGTT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222 11111 1 111 3333333333333333 1 22222222 4444444444444444444444444 11 11 222222222 111111111111 11111111 111 11111 11111111 3333333 1111 11111 111 111111 22222 111 1111 1111111111 111 1 11111 11 111 111 3333 11111 333333333333 11111 11111 1111111 11 11 111111 111 22222222 111111111111111 11111 444444444444444
lowQualScore : 66 4 77 4 2222222222222 1 888 55 33333 55 4 99 4 66 4 3 4 222 4 3333333333333333 7 5 1 88888888 5 6666666666666666666666666 6 6 88 11 88 4 4 0 4 11 55 4 4 444444444 1 4 7777 55 3 666666666666 3 7 7 3 9999999 55 666 3 3 55 3 99 4 33333333 55 7777 999 77 5 999999 555 11111 00000000 3 55555 2 44 77777 2 7777 2222222 3 7777 888888 6 555 77 3 5555 00000 77 3 222 5 2 222222 33 2 22222 44 44 333 6666 44 3 0000000000 33 2 2 8 6666 000 9 44 3 44 44 88 555 3 444 6666 3 00000 3 3 33 6666 555 3 3 3 44 3 000 000 0 1 2 33 9999 33 2 0000 5 11111 33 77777 2 0 2 2 5 2 2 99 888888888888 66666 444 22222 8888888 2 888 2 444 44444 1111111 2 44 88 44 2 2 2 2 2 2 99999999 33 1 1 66 2 5555 444 2 2 2 2 2 2 33 55 111111 2 5 444 000 2 444 7 11111111 444 2 33 33 33 33 444444444444444 2 2 33333 2 2 777777 2 33 2 2 33 2 2 33 44 9999 2 2 33 2 33 444 33 444 2 2 5 2 2 44 3 3 88 44 777777777 3 55555 6 6 77 3 999999999999999 9999 555 3 6 1 4
lowQualScore : .. . .. . ............. . ... .. ..... .. . .. . .. . . . ... . ................ . . . ........ . ......................... . . .. .. .. . . . . .. .. . . ......... . . .... .. . ............ . . . . ....... .. ... . . .. . .. . ........ .. .... ... .. . ...... ... ..... ........ . ..... . .. ..... . .... ....... . .... ...... . ... .. . .... ..... .. . ... . . ...... .. . ..... .. .. ... .... .. . .......... .. . . . .... ... . .. . .. .. .. ... . ... .... . ..... . . .. .... ... . . . .. . ... ... . . . .. .... .. . .... . ..... .. ..... . . . . . . . .. ............ ..... ... ..... ....... . ... . ... ..... ....... . .. .. .. . . . . . . ........ .. . . .. . .... ... . . . . . . .. .. ...... . . ... ... . ... . ........ ... . .. .. .. .. ............... . . ..... . . ...... . .. . . .. . . .. .. .... . . .. . .. ... .. ... . . . . . .. . . .. .. ......... . ..... . . .. . ............... .... ... . . . .
lowQualScore : 99 4 99 3 9999999999999 1 777 55 66666 55 0 55 4 11 4 3 4 222 4 1111111111111111 6 7 4 66666666 7 2222222222222222222222222 7 7 00 66 44 4 4 1 4 00 55 7 0 111111111 0 0 7777 00 6 999999999999 6 3 3 6 5555555 00 444 6 6 00 6 55 0 00000000 00 7777 333 99 2 333333 888 77777 66666666 1 55555 5 22 77777 2 1111 8888888 3 1111 888888 7 888 99 3 0000 11111 99 3 555 7 9 111111 99 9 77777 22 22 222 8888 22 1 5555555555 99 9 9 6 1111 777 4 22 1 22 22 55 444 1 777 5555 1 88888 6 6 55 5555 444 1 1 1 22 1 777 777 1 6 9 99 1111 99 9 8888 7 11111 77 66666 7 9 7 7 3 7 7 00 000000000000 77777 777 33333 7777777 7 111 7 111 66666 3333333 7 77 00 33 7 7 7 7 7 7 77777777 77 0 0 33 7 7777 444 5 5 5 5 5 5 44 99 666666 5 0 444 333 5 777 5 66666666 444 5 44 77 77 44 111111111111111 5 5 11111 5 5 222222 5 44 5 5 44 5 5 44 99 3333 7 7 77 7 55 777 77 777 7 7 3 7 7 66 1 1 22 22 222222222 1 66666 7 7 99 8 111111111111111 3333 888 3 7 6 4
consensus : NNNNNNTGGCCTTTC--AGTT-GTCGGGGAAAACCNN---ANNGCGCGCAGTT--TGCT--TA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACG-TC-AAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTT-TATTATTTA-TT--------A-ATTAATT--------------TTTT-------TGTATT-TT-GGTTTCTT-AAG-TAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACAC-TTTT--------AAANA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AG----T--A--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-T--GTT-ATTGTTA--TAAATTAG-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CAATTT--ATGC-----ACNT----TT-A--T--AGC-AAA-A--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TC--GATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-TA--TGCAC--AT--TTT-T-ATTTTT-T--AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-AC--TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT---TAAATGG-T--AAAATCAAATAT---GA--C-CA--TGCC-ATT---A-A--AA--A--TGA-ATA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AG-AAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TATGTTTATA--TTT--CCAT-C-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGNANTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-NATATA--GTAATA---TTCT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGGT--GACATGACCTGTGTCCCA--GA---CCGA--T-TTT---GAT-GC-TTACAGAGAA-TGGCT
Reference ( family-3047 ) : NNNNNNTGGCCTTTC--AGTT-GTNAGAGAAAACCNN---ANNGCGCGCAGTT--TGCT--TA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACG-TC-AAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTT-TATTATTTA-TT--------A-ATTAATT--------------TTTT-------TGTATT-TT-GGTTTCTT-AAG-TAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACAC-TTTT--------AAANA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AG----T--A--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-T--GTT-ATTGTTA--TAAATTAG-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CAATTT--ATGC-----ACNT----TT-A--T--AGC-AAA-A--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TC--GATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-TA--TGCAC--AT--TTT-T-ATTTTT-T--AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-AC--TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT---TAAATGG-T--AAAATCAAATAT---GA--C-CA--TGCC-ATT---A-A--AA--A--TGA-ATA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AG-AAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TATGTTTATA--TTT--CCAT-C-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGNANTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-NATATA--GTAATA---TTCT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGGT--GACATGACCTGTGTCCCA--GA---CCGA--T-TTT---GAT-GC-TTACAGAGAA-TGGCT
gi|1 : TGGCCTTTTCGAGTTAGTAAAATAAAATCTCTAAAATGCACAAAGTT--TATG--TAA---TA--TGGAAT--TCGGA--ACA-TC-AAA-AAAGTACTGTGCCAG----------------TTGT-TCTTATTTA-TTTA------ATATTTATTA-------------TTTT-------GGTATTCTT-GGGTTCT---AG-TAAAATA-T-TGCAATTTCTAACAAC-C-TTTTTGTTTTAAAAAAA-ATATAAATTTT--TTGCCA------C-----ATAT-CTAGTTCAATT-AAGTTTT--A--AAAAT---G-ACCGT--C-ATTGAA-TCAAACTG-GATT-GAATTT--CCAT-TTGGTT-TATGTTAA-TGAAT-AG-----TT-----ACAA-----GGGGCA-T-A------A-CTTTTG-TTTCCAATTTTTATGC-----ACTTATTCTT----T--AGC-AAA----C-A----TG-A---TT------ACA--CT-TCCCGATTTA--T-TTTCCCTT-AACAT------CA--A--TA---ACAC--AT--TTT-T-ATTTTTGT--AC--A-TTT--A-------AAAATG-AATAATGTT-TTATGTT---ATCTTTAAATTT--AC-AACTGACAGCTTTTC--AAGCTGGCG-GGAA-T-AAGAGGCTTGC----CA-TAAC--TTTTTCTTT---A-ATTTG-CATG-TTGAAAAA-TATCCAAT--TTT---TAAATGG-GCAAAAATCAA--AT---GAACC-CAACTCCT-ATT---ACAACAA--A--TGA-AAATAA-TGA-AA-TA--GACTC-CAGAAAAAAATTTTTTTTT-----TT---C-----C-------AG-AAAATT-GG--AAACCCCATGAAGTTTTATT-AA-TGGTTTTATATTTTT--CAAT-CAA-CAA-CAAAT-T--------CAAGAAATTA--AA-TAGAAAAATATCCC-TCT-A-GCCA-TAAAA--AC--TGA------TAAACAAAAG---TGCAAAA-AAACTATCCCTA-TTTTTTTTTCCCC---ATAC-T--AAGGTT--GG--A------T-T------C-TTATC-TTC---AAA-A-GAAT------GGCTT--CTGG-TTTAACCA-TGAACAAAACG-AGGTTTT-TA-TATCCGG-TCAAAAATAAGA--ACCCCAACACCC-CATCCCA-TTT-AAATT-T-T-GAAACA--GT-ATA---TTTTTCCTGAAAA-TTT---C--TGAAAAA-TTGGTGGGACATGCACTTTGTCC-----A---C--A--T-TTTTGGAAT-GC-TT
gi|10 : tagttcta--T-AA--TG--TCAT-T--GTTTATTATCA--TAAATTAG-----CTT---TACAA-----AGGGCAAT-G------G-CTCTTG-T---CGATTT--ACGC-----ACAT----TT-A--TT-AGC-AAATA--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TCC-GATT----------CCTT-AG-AT------CA--AA-TA--TG-AC--AT--TTT-TTATTTTT----------------------------G-TA-AATGTC-TT----T---ATCTTT-AAATT--AC-AACTGACAAC--TTA--A--CT---G-GGGA-T-A----TC-TG-----CA-T-ACG-TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAGA-TAGTCAA---TTTC--TTAATGG-T--AAAATCAAATAT---AA--C-CA---ACC-A-----------A--A--TGA-ATA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--TTGA------------TTT-----TT---TTTTT-C-------AG-AAT--T-CA--CAA-----TTAG-------T-AT-TATGTTTATT--TTTT-CCAT-C-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-CAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTTT-------C---A-ACAT--AAG--T--GG--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-TAAT------GAC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAATT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-GTTAAA--GTAATA---ATCT--CTGAAAA-TTT---ttaac
gi|11 : acT--A-------AA--TG-AA-AAAGTC-TT----T---ATCTTT--AATT--AC-AACT-ACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-ACTTTT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTTTTGTAAATGG-T--AAAATC-AATTT---GA--C-CA---GCC-ATT---A-A--AA--T--GGA-AGA-AA-TG--AA-TA-GGATT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAAA--T-GA--CAA----ATGAGT------T-AA-TATGTTTATT--TTT--CCATCC-A-C-A-CAAAT-T--------C--AGAATT---AT-TAG----AT----C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGA---A-AAAC----CCTATTTTT--------T---A-ACAT--AAG--T--GA--A-----------------TTATC-T-----ACT-A-CAATAGCAGAGGC-CTGCT-G-TT--ACCA-TG-AC--AACG-GA----T-GA-TATT--G-TC--AAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT--CA-TTCAAAG-T-ACT-CATATAACATAAAAAATTTTT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGATTTGGT--GACATGACCT-TGTCC-----A---CCGA--TGTTT---TAT-GCATTAC
gi|13 : ---TTT---TAAATAG-T--AAAATCAAATAT---TA--A-C---TGCC-ATT---A-A--AA--AAATTA-ATA-AA-TAA-AA-TA-GGACT--CATA------------TTT-----TT---TTTCTCC-------AG-AAT--T-GA--CAA-----TGAG-------T-AA-TTTGTTTATA--TTTT-CCAT-C-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAA----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC---AG---TGC---A-AAACT---CCTATTTTT--------C---A-ACAT--AAG--T--GA--G------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--cacgacgatcgctct
gi|14 : aactgcctattagatgttttcttgaatgctggatcaatgagcactA---C-CCT-A-A-CA-T-CGA--AC--TGA------T-AAC-AAAC---TGC---A-AAAGT---CATA-TTTTT-------C---A-ACAT--TAG--T--GA--T------T-T------TGTTATC-TTT---AAA-A-AATT------G------CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-TT----T-GA-TATT--G-TC-AAAAA---A--ACC---ACT-CT-TAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-GATATA--GTAATA---TTGT--CTAACAA-ATT---C-ATG-AAGA-TCAGT--GCCATGACTTGT---CCA---A---CCGA--T-TTT---GAT-GT-TTACGAAAAA-TGGCTgccaaattctaataatgaaaaata
gi|15 : --TT----TTT---A-ATTTG-CATG-A--GAAAA-TAGTAGG---TTTG--TTAATGG-T--AAAATTAAATAT---TA--C-C---TGCC-ATT-----A--AA--A--TGA-ATA-AA-TT--TA-CA-GGACT--CCGA-------------TT-----TT---T-----C-------GG-AA----------------------------T-AA----GTTTATAT-TTT--CCAT-C-A-T-A-CAGAC-T--------C--TGTAATA--AT-CAA----ACA---T-TCT-A-G-CA-T-TAA--AA--TGA------T-AAC-AAAA---TGT---A-AAACT---TCTA-GTTTA-------C---A-ACAT--GAG--T--ttt
gi|16 : tttt-TAAA-CA-C-TACA-AT-GTCA--AAAC-TTT----------AAAA-ATATA----TT--TTGG-T------C-----AT-T-CTAGTTTGATT-GG----T--A--AAA-T---G-AC-AT--C-ATTGA--TTAGAGTG-A--T-TA--TT--TCAT-T--GTTTATTGTTA--TAAATTAA-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-C---CGATAT--ATGC-----Atatttaa
gi|17 : ttagcaattgttgtacagttttagaggaaattctgactgagcaaattggcta--TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTAAA---TTT---TTAATGG-T--AAAATCAAATAT---AA--C-C------------------------------ATA-AA-TGA-AA-TG-GGATT--AAGAT-----------TTT-----TT---T-----C-------AG-AAA--T-GA---AA----ATAAG-------T-AA-AATATTTACAT-TTT--CCAT-C-AGT-A-ATAAC-T--------A--AATACTAC-ATGTAG-----TA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AG--TGA------T-AAC---AG---TGC---A-AAACT---CCTGTTTTT--------C---A-ACTT--A
gi|18 : tTA-TTTT--------T---A-GCGTCAAAC--T--G----------T-T------T-TTATC-T-----AAA-G-GAAT------TAC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-TA----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ATA-CC-CAT-ACA-TTC-ATA-T-A-T-GATATA--GCAATG---ATCT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGAT--GACATG-------------------------T-TTT---GAT-GC-TTACATAGAA-TGGCT
gi|19 : C--AGTT-GTT-GTGAAAATTCG---AAAATA-GCAAGT--TGCTGTTA-----A--GA-TAT--T-ACA--ACG-TCGAAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGct
gi|2 : atacacactcattctcagtaattatttctgacagatgatttccttctttcacaagtatcttaaTTTC--AGTT-ATCGGGGAAAAC-AT---ATCGT-TGCAATT--GGCT--TA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACGTTC-AAA-A---TATTGTGC-AGAGCTTCCATTGGCAGCTATT-TATTATTTATTT--------A-GTTAATT--------------TTTT-------TGTA-T-TT-GGTTTTAC-AAG-T-AA-TATT-TGCA-TTT-TAA--ACAC-TTT----------AAAA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTG--T-AACT-AG----TTAA--AAAAT---G-AC-GT--C-A-TGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-G--TTT-A-TGTTATTTCAATTAT-----TTT---TACAAC----AGGGCAAT-A------ATCTCTTGTT---CAATTT--ATGC-----ACTT----TT-CT-T--AGCAAAA-A--C-A----T--ATTTTT--T-TCA-A--CTCTC--GATTTAT-T-T---TCTT-AA-AT------CA--AA-TA---ACAC--AT--TTT-T-ATTTTTGT--AT--A-TTT--A-------AA--TGAAA-AATGTCTTT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--AACTT---G-GGAATT-A----GC-TGCTTTACA-T-ACT-TT----TTT---A-AATTG-CATGTT--GAAAA-TAGTCAAT--TTT---TAAATGGAT--AAAATCAAATTT---GA--CGCA---GCCAATT---A-A--AAAGA--TGA-AGA-AATTGA-AA-TA-GGATTGCTAGAT-----------TTT-----TT---T-----C-------AG-AAA--T-GAACCAA----ATGAG-------TAAA-TATGTTTAGAT-TTT--CCAT-C-A-C-ACCAAAT-T--------C--AGAATTA--AT-GAG----AT----C-CCTAA-G-CA-T-CAA--ACT-TGA------T-AAC-AAAGGAATGCA--A-AAACT---CCTT-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--TTGGA--A------TCT------T-TTATCTT-----AAA-G-GAAT------GGC-T--CT-GTTT--ACCA-T--GC--AACG-AGTT--T-GA--ATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACATTTC-AAG-T-A-T-CATATA--GTAATA---TTTT--CTGAAAA-TTTTCCT-ATGTAAGATTTGGT--GACATGACTTG-GTCC----AA---CCGATGT-TTT---GATGGC-TTACAGAGAAGTGGCT
gi|20 : agatgtttctaacagatttggggaatcactgtatgagcatagtagtttccaAT-A------A-CTCTTG-T---CAATT---ATGC-----ACAT----TT-A--TT-AGC-AAA-AG-C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--TT-TC--GATGTA--TAT---CCTT-AA-AT------CA--AA-TA--TG-GC--AT--TTTCT-ATTTTGGT--AC--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTttt
gi|21 : CTTTTC--AGTT--TTAGGGAAAACTTT---ATTA-GTGCAATT--TGTG--TA----AAAATA-AAT--T-AGA--ACG-TCAAAA-A---TATTGTGC-A
gi|22 : agatgtttctaacagaatttgagaattcactgtctagatggtagtttCTTAC--AGTT-GTTGAGGGAATTCAA---ATATTGCA-AGTTGCTGTT--AA----AA--TA-TAT--T-ACA--ACG-TCGAAA-A---TAGTGTGC-AG----------------TGTT-TGTTATTTAGTT--------A-ATTAA
gi|23 : ttctcaggtatTT-AA-AT------CA--AA-TA--TG-AC--ATAATCT-G-ATGTTT-G--A---A-TTTTCA-------AC--TG-AA-AATGTT-TT----TT--ATCTTT-AAATTACAC-AACTGACAGC--TTC--G--C----G-CGAA-T-A----GC-TG-----Ca
gi|24 : t---A-A--AA--A--TGA-AGA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGAGTTGTTTT----TTT-----TT---T-----C-------AG-AGA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-CAAGTATATAT-TTT--CCAT-C-A-C-A-CAAAT-T--------C--AGAATT
gi|26 : TT-AA-AT------CA--AA-TA--TG-AC--AT--ATC-T-GATGTT-TGAAT--T-TTT--A-------AC--TG-AA-AATGTT-TT----TT--ATCTTT-AAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--G--CT---G-CGAA-T-A----GC-TG-----
gi|27 : tCTTTC--AGTT-ATCGG-TATAACCTA---AAT-CGTGCAATT--TGCT--TA----TA--TA-AAT--
gi|28 : atgtttctaacagaatttgtgtagatagtagtttt--A------T-T------T-TAACT-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CA-G-TT--ACGA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAA---AATACC----CA-CCACA--ACA-TTC-AAG-
gi|29 : A--A------T-T------T-TAATC-T-----TAA-A-GAAT------GGC-T--CA-G-TT--ACGA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--CCC---ACA-CT-CAT-ACA-TTC-A
gi|3 : TGGCCTTTC--AGT--GTGAGAGGAAACCAA---AAGGCGTGCAGGT--TGCT--TA----TA--TA-AAT--T-AGG--ACG-TC-AAA-A---TACTATGC-AG----------------T-TT-TATTATTCA-TT--------A-ATTATTT--------------TTTT-------TGTATT-TT-GGTTCCTT-AAATTAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACACTTTTT--------AAAAA-ATGT-----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AG----T--G--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-T--GTT-ATTGTTA--TAAATTAG-----CTG---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CAA-TT--ATGC-----ACTT----TT--------GC-AAA-A--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TC--AATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-GA--AACAC--AT--TTT-T-ATTTTT-T--AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-GACTGACAGC--TTC--A---T---G-GGAA-T-A----GA-TG-----CA-C-AC--TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT---TAAATGG-T--AAAATCAAATTT---GA--C-CA--CGCC-ACT---A-A--AA--A--TGAGAAA-AA-TGA-AA-TA-GGACTC-CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AG-AAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TGTGTTTATA--TTT--CCAT-T-A-C-A-CAAAT-T--------C--AGAATTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-TAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACA---AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCATTG-AC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC--AAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-CATATA--GTAATA---TTTT--CTGAAAA-TTC---C-ATG-AATA-TTGGT--GACTTGATCTGTGTCCCAGCGATTCCCGA--T-TTT---GAT-GC-CTACAGAGAA-TGGCT
gi|30 : agtatcTAA--ACAG-TTTT--------AA-TA-ATATA----TT--ATGC-A------C-----AT-T-CTAGAT-AATT-AG----T--A--AAAAT---G-GC-GT--C-
gi|31 : AATA--AC-TAG----ACA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AT--TGA------T-AAC-AAAG---TGT---A-AAA
gi|4 : CTTAC--AGTT-GTT-GAGATAATTCG---AAC-TGAGCAGTT---G-T--TG----TA---A-AATA-T-AGACAACG-TC-GAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTTGTATTATTAA-TT--------A-A---ATT--------------GTT---------GTATT-TTTGGTCTCTTTAAG-GAAC-TA-TCTGCA-TT-ATAA--ACAC-TTTT--------AAAGA-ATAT---------TT-C-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-TA----T--A--TTAAT---G-AC-GT--CCATTGA--TCAAACTG-A--TTGA--TG--TCAT-C--GTTTATTGTTA---AAAT--G-----CTT---AACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CTA-TT--ATGC-----A--T----TT-ACTT--AGC-AAATA--C-A----TG-T---TT--T-TC---------------TTA--T-T---CTTT-AA-ATTA----CA--AA-
gi|4 : cacccacatactcagtaattatttctgacaggaatttaaaataattccttctttcacaggtatTTA--TAAAC-AC-----TTT---TA--A-----AG---AAT-ATTTCACA-TTCTAG-T---TAATTT--ATATTAATGACGT----CC-A--TTGATC-AAA----C------TG-A---TTGATGTCA-------TC--G-TTTA--T-T---GTTA-AA-ATGCTTAACA--AA-GG---GCAATAAC--TCT-T-GTCTAT-T--ATGCA-TTT--ACTTAGCAAA--T---A-CATGTT-TT----TCTTATTCTTTAAATT--ACAAACTGACAGC---TC--A--CC---ATGGAA-TAA----GC-TG-----CATT-ACG-TT----TTT---A-ATTTGCCATG-T--GAAAG--AGCC----------------------AAAATCAGGTAT---AA--C-CC--AGTCAATTAA-A-A--AA--A--TGA-ATA-GA-TGA-AACCA-GGACT--AAGATATTT-------TTT-----TT---T-----C-------AG-AAA--T-GA--C-A----ATGAG-------T-TA-AATGTTGATA--TTT--CAAT-C-A-C-T-TAAGTGTCCCTAGAAC--GGTAATT--AT-TAG----ATA---TACCT-A-G-C--T-C----AT--TGA------T-AAC-AAAG---TGCAA-A-AAACT---CCTT-TTTT--------T---C-ACAT--AAG--T--GA--A---------------T-TTATC-TAAAAGAAA-A-GAAT------GTA-T--CT-G-TT--ACCA--G-G---AACG-AG----TAGA----T--G-TC--CAAT---A--ACT---ACA-TC-CAT-ACA-TTC-AAG-TAA-T-GAT-TA--GTAATA---TTCT--CTGAAAA-TTT---CAATG-AAGA-TTGGT--GACATGACCT-TGTCC-----A---ACGA----TTT---GAT-GC-TTACAGAGAA-TGGCTctgacagctcaccatggaataagctgcattacgtttttaatttgccatgtgaaagagccaaaatcaggtataacccagtcaattaaaaaaatgaatagatgaaaccaggactaagatatttttttttcagaaatgacaatgagttaaatgttgatatttcaatcacttaagtgtccctagaacggtaattattagatatacctagctcattgataacaaagtgcaaaaaactcctttttttcacataagtgaatttatctaaaagaaaagaatgtatctgttaccaggaacgagtagatgtccaataactacatccatacattcaagtaatgattagtaatattctctgaaaatttcaatgaagattggtgacatgaccttgtccaacgatttgatgcttacagagaatggct
gi|5 : cacccacatactcagtaattatttctgacaggaatttaaaataattccttctttcacaggtatcttacagttgttgagataattcgaactgagcagttgttgtaaaatatagacaacgtcgaaatattgtgcagtgttgtattattaattaaattgttgtatttttggtctctttaaggaactatctgcaT-GTGAAAGAAACATGC---ATAGAGCAAAGTT---GCT--TA----TA--CA-A-T--T-AGA--ACG-TT-AAA-AA--TACTGTGC-AG----------------T-TT-TAGCATTTA-TT--------A-ATCAATT--------------TTTT-------TGTATC-TT-GGTTTCAT-AAG-TATT-T--T-TG-A-TTTATAA--ACAC-TT----------AAAT---TATA----TT--T--C-A------CT----AT-T----ATT-A-TT-AG----T--A--AA--T---G-A--GT--C-ATTGA--TCAAATTGTA--T-G---TG--TCAT-T--GTTTAATGTTA--ATAATTAG-----CTT----ACCA-----AGG-CAAT-A------A-ACTTTG-T---CAATTT--ATGC-----AATT----TTCG--T--AGC-AAA-A--CCA----TG-A---TT--T-T-A-A--CT-TC--GGTTTA--T-TT--CCTT-AA-AT------TA--A--TA--TA-AC--AT--TTT-C-GATTTT-G--AT--A-TTTT-A-------AA--TG-AA-AATGCC-TT----T---ATCTGT-AAATC--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GACA---A----GC-TG-----CA-T-AC--TT----TTT---TTATTTG-CTTG-T--GAAA----GTCAT---TTT---TAAATGG-T--AAAA-AAAATCT---GA--C--A---GCC-ATTT--A-A--AA--A--TTA-ATA-AA-TGA-A--TA-G-ACT--C-GA------------TTT-----TT---T-----C-------AG-AAA--T-GA--CAA----ATGA--------T-AA--ATGTTTATAATTTT--CTCT-C-A---A-CAA---T--------C--AGAATTA-----TAT----ATA---C-C-T-ATG-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AACAAAAG---TGC-----AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-AATT--AAG--T--GA--A--------T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGT-T--CT-G--T--ACCA-TG-A---AACG--G----T-G--TATT--G-TC-AAAAT---A--A-C---ACA-C----T-ACA-TTC-AGA-T-A-TGTATATA--GTAATA---CTGT--CTCAA---------T-ATG-AAGA-TTGGTG-GACATGA-TTGT---CCA--GA---CCGT--A-TTT---GAT-GC-TTACA-AGAA-TG
gi|6 : ttgagttagAGGT--TGCT--TGGATGTA--TA-AATGTT-ACA--ACG-TC-AGATA---TATTCGGT-AG----------------TGTT-TACTATTTA-CTTCAACAGTA-ATCAATTGCACCAATGAACGCTTTCAGATACATGTATT-CT-AGTTTATC-AA--TAGA-AN-C-T--A-TTTA--------C-TTC----------AACA-GTA-A----TCAATTGC-A------CCAGATAT-T-CTAGTT-TATC-AA----T--A--GAGAT---G-AC-GT--C-ATTTA--TCGGAATG-A--C-AA------------------------A--TAAAATAGAGGAATTT---TACAA-----AGGGCAATTG------A-CTCTTG-C---CAATTT--ATGC-----ACAT----T--------AGC-AAA-A--CCA----TGCA---TT--T-TCA-A--CT-TT--TATTTA--T-T---TTTTTAA-AT------CA--AA-TA--TGC-C--GT--TTC-TGATTTTT-T--AT--A-TTC--A-------AA--TG-AA-AATGCG-TT----T---ACCTTT-GAATT--AC-AATTA----C--TTC--A--CT---A-GAAA-T-A----G--------------------------T---A-ATC-A-AATG-T--GAAAA-TATTCAA---ATT---TTATTGG-T--AAAATCAAACAT---TA--T-C---TGTC-ATT---A-A--AA--A--TAG-ATA-AA-TGA-GA-CA-GGACT--AAGA------------TCC-----CC---C-----C-------GG-AT---T-GA--TAA-----TGAG-------C-AA-TATGTTTGTA--TTTT-CCAT-C-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAA----ATA---C-TCT-A-G-CA-T-CAA--AC--CGATACATGT-AAC-AAAG---TGC---A-GAACT---CCTA-TTTTA-------C---A-ACAA--AAG--T--TATTATTTTTTT-T------T-TTATC-T-----AAA-T-GAGT------GGC-C--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACA-TG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---AAA-CC-CAT-AC--------------------TA--GTAATA---T---------------------ATG-AAGA-TCGGT--GA-A-GACCAGT---CCA--G----TCTA--T-TTT---GAT-GC-TTACAGGGAA-ct
gi|7 : TA----TT--TTGT-AATTTCTT-----AT-TGCTCATT-AATTTAG----C--A--ATAATTTCA-AA-GTATC-GTTGACTTTACAGTA-A--T-AT--TG--CTTT-T--CTT--TTGTCA--TA--TTAG-----TTT---TACAACTTTTAGGGCAAT-A------C-CTCTTG-T---CGAATT--ATGC-----ACAT----TT-G--TT-AGC-AAACA--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TG--GATTTA--T-TT--CCTT-AA-AC------CA--AA-TA--CG-AC--AT--TTC-TGATTTTTGT--AT--A-TTT--A-------AA--TT-AA-AACGTA-T---------ATCTTG-AAATT--GC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-G----GC-AG-----CA-T-AC--TT----TTTTTAA-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAATCAT---TTT---TAA-TGG-T--AAAATCAAATAC----A--C-C---TGTC-ATTTAAA-A--AA--A--TGA-ATA-AA-TGC-AA-AA-GGACT--CCGA------------TTT-----TTGTTT-----C-------AG-AAT--T-GA--CAA-----TAAG-------T-AA-TTTGCTTATA--TTTT-CCAT-C-A-T-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAA----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-ACAT---TGC---A-AAACT---CCCA-TTTT--------C---A-ACAT------------------------------------------------A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GT-TATT--G-TC-AACAT---A--ACT---ACA-CT-CAT-ACA-TTC-AAA-T-A-T---------GTAATA---TTCT--CTGAAAT-TTT---C-ATG-AAGA-CTGGT--GACATGACTTGT---CCA--G----CCTA--T-TTT---GAT-GC-ATATACAGAA-TGG
gi|8 : gcaattcgaaacaatttgtattaaaaagcatagctagttaactatggA-T-TGCA-CCAATGA--ACGC-TTTC--------AGATACATGTA----TT--T------------------------AGTT-TATC-AA-------A--GAAAT---GGAC-GT--C-ATT-A--T--ATCCG-A-----A--TG--ACAA-A--ATT-AA----A--TAGAGGAA-----TTT---TACCA-----AAGGCAATTG------A-CTCTTG-----CAATTT--ATGC-----ACAT----CT-A------GC-AAA-AACC-A----TGCA---TTA-T-TCA-AAACT-T----ATTTA--T-T---TTTTTAA-AT------CA--AAATAGATGC-C--GT--TTC-TGATTTTT-T--AT--AATTT--A-------AA--TG-AA-A---TCGTT----T---ACTCTTTGAATT--AC-AATTA----C--TTC--A--CT---A-GAAA-T-A----G--TA------A-T-AC--C-----------A-A------ATG-T--GAAAAGTATTCAAATATTT---TAT-TGG-T--AAAATAAAATA-----A--T-C---TGTC-ATT---A-A--AA-----TAG-ATA-AA-TGAGAA-CA-GGACT--AAGA------------TTTAATTTTT---T-----CCCCTCCCAG-GAT--TTGA--TAA-----TGAG-------C-AAATATGTTTA-A--TTTTCCCAT-T-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATATAAT-TAA----ATA---C-TCT-A-G-CAAT-CAAGAACCATTACAT---T-AAC-AAAG---TGC---AGAAACT---CCTA-TTTTA-------C---A-ACAA--AAG--T--TA--A------T-TATTTTTT-TTATC-T-----AAATATGAGT------GGC-C--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACA-TG----T-GATTATT--GTTC-AAATT---A--ACC---AAA-CC-CAT-AC----------T-A-T-AATATA-------------C--------------------TG-AAGA-TTGGT--GA---AACCAGT----CA--GT---CTAT--T-TTT---GAT-GCTTTACAG-GAA-TGatcttaaattgtctttta
gi|9 : tatttactttcaacagtaatcaTTCTT-AA--TAA--TA-T-GCCA-TT-ATAA--AC---TTTT--------AAACA-ATATA----CT--TTGC-A------C-----AT-TTCTAAGT-AAAC-AG----T--ACAAAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAC-CTG-A--GAGA--TAGCTCATAT--GTT-ATTGTAA--TCAATTA------TCTGTGTACAA-----AGGGCAAT-G------A-ACCTTG-T---CAAATT--ATGC-----ACTT----TC-T--T--AG--AAA-A--C-ACCCATG-A---AT--T--CA-A--CT--A--GATTTACTT-T---CCTT-AA-AT------CACAAA-TA---ACAC--AT--TCT---ATTTT-----GT--A-TT-----------AA--TG-AA-A-TGTCATT----T---AT--TTTA---T--AC-A--TGACAGC--TTCTAA--CT---G-GGAA---A----AC-TG-----CA-T-TC--TT----TTT---A-ATTTG-CAT--T--GAAAA-TAGTCAA---TTT---TAAATGT-T--AAAAT--ATTATTGAGA--C-CA---GCC-ATT---A-A--AA--AA-TGA-AGA-AA-TGACAA-TAAGGATT--CAGAA-----------TTT-----TT---T-----C-------AG-AAA--T-GA--AAA----ATAA--------T-AA-TATA-----A--TGT--CCAT-C-A-C-A-CAAAT----------C--AGAATTA--AC-TAG----ATA---C-CTT-A-G-AA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAGG----GA---A-AAAC----ACTA-TTTT--------TCAAA-ACAT--AAG-----GA--A------T-T------T-TAATC-T-----AAA-G-GAAT------TGC-T--CT-G--T--A-CA-TG-AC--AACGCAG----T-G---ATT--G-T--AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CATCACA-TTC-AA--C-A-T-CATA------AATA---T--T--TTGAAAATTTT---C-AT--AAGA-TT-GT--GACATGA-CTA-GTCCCA---A---CCGA----TTT---GAT-GC-T--CAGAaatgactcta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTACACTACGCACACTTAAGAATTTCATCGGGATTCTACACATACACATGTATTATCTATTACAAATTAAAGTTCACGTTATGGTTAGTTGGACTAACTTTCAAAAAACCATGAATCACAACTAAAATTTATATCCAGAGATTTCATTACTAATTTTCAAACATGTGAACCTATACCAAATCCTGTTCTTCCGTATAATGCTGTCTGGAGATTTTCAATTTATTACTTTTTTTTGCGTTTTCGCATTCTCAGTACTTATTTCTAACAGAGTTTAAGATATGTTTCCCCATTTACAATATGTCTTACAATTGCAGAGGGAATTCGAACTGT
Unaligned ( gi|25 ): CACACATTCTCAGTAATTATTTCTGACAGGATTTAAGAATGATAGTATCTTACAGTTGTTGAAACATTTCGAAAAGAGCAAGTTGCTGTTAAAATAT
Unaligned ( gi|32 ): GTGTCTTACAGTTGTTGAGGAAATTCGAACTGTGCAAGTT
Alignments
lowQualScore : 22222222222222 11 1111 111 3333333333333333 1 22222222 4444444444444444444444444 11 11 222222222 111111111111 11111111 111 11111 11111111 3333333 1111 11111 111 111111 22222 111 1111 1111111111 111 1 11111 111 3333 11111 333333333333 11111 111 11111 11 11 111111 111 22222222 111111111111111 11111 444444444444444
lowQualScore : 66 55 4 3 0 22222222222222 11 1 2222 55 4 99 4 66 4 8 4 666 4 3333333333333333 7 5 1 88888888 5 6666666666666666666666666 6 6 88 11 88 4 4 0 4 11 55 4 4 444444444 1 4 7777 55 3 666666666666 3 7 7 3 9999999 55 666 3 3 55 3 99 4 33333333 55 7777 999 77 5 999999 555 11111 00000000 3 55555 2 44 77777 2 7777 2222222 3 7777 888888 6 555 77 3 5555 00000 77 3 222 5 2 222222 33 2 22222 44 44 333 6666 44 3 0000000000 33 2 2 8 6666 000 9 44 3 44 44 88 555 3 444 6666 3 00000 3 3 9 6666 999 3 3 3 44 3 000 5 5555 1 2 33 9999 33 2 0000 5 11111 33 77777 2 0 2 2 5 2 2 99 888888888888 66666 444 22222 8888888 000 2 444 44444 8888888 5 44 88 44 5 2 2 2 2 99999999 33 1 1 66 2 5555 444 2 2 2 2 2 2 33 55 111111 2 5 444 000 2 444 7 11111111 444 2 33 33 33 33 444444444444444 2 2 33333 2 2 777777 2 33 2 2 33 2 2 33 44 9999 2 2 33 2 33 444 33 444 2 2 5 2 2 44 3 3 88 44 777777777 3 55555 6 6 77 3 999999999999999 9999 555 3 6 1 4
lowQualScore : .. .. . . . .............. .. . .... .. . .. . .. . . . ... . ................ . . . ........ . ......................... . . .. .. .. . . . . .. .. . . ......... . . .... .. . ............ . . . . ....... .. ... . . .. . .. . ........ .. .... ... .. . ...... ... ..... ........ . ..... . .. ..... . .... ....... . .... ...... . ... .. . .... ..... .. . ... . . ...... .. . ..... .. .. ... .... .. . .......... .. . . . .... ... . .. . .. .. .. ... . ... .... . ..... . . . .... ... . . . .. . ... . .... . . .. .... .. . .... . ..... .. ..... . . . . . . . .. ............ ..... ... ..... ....... ... . ... ..... ....... . .. .. .. . . . . . ........ .. . . .. . .... ... . . . . . . .. .. ...... . . ... ... . ... . ........ ... . .. .. .. .. ............... . . ..... . . ...... . .. . . .. . . .. .. .... . . .. . .. ... .. ... . . . . . .. . . .. .. ......... . ..... . . .. . ............... .... ... . . . .
lowQualScore : 99 22 2 4 8 00000000000000 00 4 5555 55 0 55 4 11 4 9 4 777 4 1111111111111111 6 7 4 66666666 7 2222222222222222222222222 7 7 00 66 44 4 4 1 4 00 55 7 0 111111111 0 0 7777 00 6 999999999999 6 3 3 6 5555555 00 444 6 6 00 6 55 0 00000000 00 7777 333 99 2 333333 888 77777 66666666 1 55555 5 22 77777 2 1111 8888888 3 1111 888888 7 888 99 3 0000 11111 99 3 555 7 9 111111 99 9 77777 22 22 222 8888 22 1 5555555555 99 9 9 6 1111 777 4 22 1 22 22 55 444 1 777 5555 1 88888 6 6 2 5555 666 1 1 1 22 1 777 7 1111 6 9 99 1111 99 9 8888 7 11111 77 66666 7 9 7 7 3 7 7 00 000000000000 77777 777 33333 7777777 888 7 111 66666 7777777 3 77 00 33 3 7 7 7 7 77777777 77 0 0 33 7 7777 444 5 5 5 5 5 5 44 99 666666 5 0 444 333 5 777 5 66666666 444 5 44 77 77 44 111111111111111 5 5 11111 5 5 222222 5 44 5 5 44 5 5 44 99 3333 7 7 77 7 55 777 77 777 7 7 3 7 7 66 1 1 22 22 222222222 1 66666 7 7 99 8 111111111111111 3333 888 3 7 6 4
consensus : NNNNNNTGGCCTTTC--AGTT-GTCGGGGAAAACCNA---ANNGCGCGCAGTT--TGCTTA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACG-TC-AAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTT-TATTATTTA-TT--------A-ATTAATT--------------TTTT-------TGTATT-TT-GGTTTCTT-AAG-TAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACAC-TTTT--------AAANA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AG----T--A--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-T--GTT-ATTGTTA--TAAATTAG-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CAATTT--ATGC-----ACNT----TT-A--T--AGC-AAA-A--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TC--GATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-TA--TGCAC--AT--TTT-T-ATTTTT-T--AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGG-T--AAAATCAAATAT---GA--C-CA--TGCC-ATT---A-A--AA--A--TGA-ATA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TATGTTTATA--TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGNANTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-NATATA--GTAATA---TTCT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGGT--GACATGACCTGTGTCCCA--GA---CCGA--T-TTT---GAT-GC-TTACAGAGAA-TGGCT
Reference ( family-3047 ) : NNNNNNTGGCCTTTC--AGTT-GTCGGGGAAAACCNN---ANNGCGCGCAGTT--TGCTTA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACG-TC-AAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTT-TATTATTTA-TT--------A-ATTAATT--------------TTTT-------TGTATT-TT-GGTTTCTT-AAG-TAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACAC-TTTT--------AAANA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AG----T--A--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-T--GTT-ATTGTTA--TAAATTAG-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CAATTT--ATGC-----ACNT----TT-A--T--AGC-AAA-A--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TC--GATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-TA--TGCAC--AT--TTT-T-ATTTTT-T--AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGG-T--AAAATCAAATAT---GA--C-CA--TGCC-ATT---A-A--AA--A--TGA-ATA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TATGTTTATA--TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGNANTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-NATATA--GTAATA---TTCT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGGT--GACATGACCTGTGTCCCA--GA---CCGA--T-TTT---GAT-GC-TTACAGAGAA-TGGCT
gi|1 : TGGCCTTTTCGAGTTAGTAAAATAAAATCTCTAAAATGCACAAAGTT--TATGTAA---TA--TGGAAT--TCGGA--ACA-TC-AAA-AAAGTACTGTGCCAG----------------TTGT-TCTTATTTA-TTTA------ATATTTATTA-------------TTTT-------GGTATTCTT-GGGTTCT---AG-TAAAATA-T-TGCAATTTCTAACAAC-C-TTTTTGTTTTAAAAAAA-ATATAAATTTT--TTGCCA------C-----ATAT-CTAGTTCAATT-AAGTTTT--A--AAAAT---G-ACCGT--C-ATTGAA-TCAAACTG-GATT-GAATTT--CCAT-TTGGTT-TATGTTAA-TGAAT-AG-----TT-----ACAA-----GGGGCA-T-A------A-CTTTTG-TTTCCAATTTTTATGC-----ACTTATTCTT----T--AGC-AAA----C-A----TG-A---TT------ACA--CT-TCCCGATTTA--T-TTTCCCTT-AACAT------CA--A--TA---ACAC--AT--TTT-T-ATTTTTGT--AC--A-TTT--A-------AAAATG-AATAATGTT-TTATGTT---ATCTTTAAATTT--AC-AACTGACAGCTTTTC--AAGCTGGCG-GGAA-T-AAGAGGCTTGC----CA-TAAC-TTTTTCTTT---A-ATTTG-CATG-TTGAAAAA-TATCCAAT--TTT-T---AAATGG-GCAAAAATCAA--AT---GAACC-CAACTCCT-ATT---ACAACAA--A--TGA-AAATAA-TGA-AA-TA--GACTC-CAGAAAAAAATTTTTTTTT-----TT---C-----C-------AGAAAATT-GG--AAACCCCATGAAGTTTTATT-AA-TGGTTTTATATTTTT--CAATCAA-CAA-CAAAT-T--------CAAGAAATTA--AA-TAGAAAAATATCCC-TCT-A-GCCA-TAAAA--AC--TGA------TAAACAAAAG---TGCAAAA-AAACTATCCCTA-TTTTTTTTTCCCC---ATAC-T--AAGGTT--GG--A------T-T------C-TTATC-TTC---AAA-A-GAAT------GGCTT--CTGG-TTTAACCA-TGAACAAAACG-AGGTTTT-TA-TATCCGG-TCAAAAATAAGA--ACCCCAACACCC-CATCCCA-TTT-AAATT-T-T-GAAACA--GT-ATA---TTTTTCCTGAAAA-TTT---C--TGAAAAA-TTGGTGGGACATGCACTTTGTCC-----A---C--A--T-TTTTGGAAT-GC-TT
gi|10 : tagttcta--T-AA--TG--TCAT-T--GTTTATTATCA--TAAATTAG-----CTT---TACAA-----AGGGCAAT-G------G-CTCTTG-T---CGATTT--ACGC-----ACAT----TT-A--TT-AGC-AAATA--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TCC-GATT----------CCTT-AG-AT------CA--AA-TA--TG-AC--AT--TTT-TTATTTTT----------------------------G-TA-AATGTC-TT----T---ATCTTT-AAATT--AC-AACTGACAAC--TTA--A--CT---G-GGGA-T-A----TC-TG-----CA-T-ACGTT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAGA-TAGTCAA---TTTCT---TAATGG-T--AAAATCAAATAT---AA--C-CA---ACC-A-----------A--A--TGA-ATA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--TTGA------------TTT-----TT---TTTTT-C-------AGAAT--T-CA--CAA-----TTAG-------T-AT-TATGTTTATT--TTTT-CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-CAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTTT-------C---A-ACAT--AAG--T--GG--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-TAAT------GAC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAATT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-GTTAAA--GTAATA---ATCT--CTGAAAA-TTT---ttaac
gi|11 : acT--A-------AA--TG-AA-AAAGTC-TT----T---ATCTTT--AATT--AC-AACT-ACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTTTT-A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-TTGTAAATGG-T--AAAATCAATT-T---GA--C-CA---GCC-ATT---A-A--AA--T--GGA-AGA-AA-TGA-A--TA-GGATT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAAA-T-GA--CAA----ATGAG-------TTAA-TATGTTTATT--TTT--CCATCCA-C-A-CAAAT-T--------C--AGAATTA---T-TAG----AT----C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGA---A-AAAC----CCTATTTTT--------T---A-ACAT--AAG--T--GA--A-----------------TTATC-T-----ACT-A-CAATAGCAGAGGC-CTGCT-G-TT--ACCA-TG-AC--AACG-GA----T-GA-TATT--G-TC--AAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT--CA-TTCAAAG-T-ACT-CATATAACATAAAAAATTTTT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGATTTGGT--GACATGACCT-TGTCC-----A---CCGA--TGTTT---TAT-GCATTAC
gi|13 : ---TTT-T---AAATAG-T--AAAATCAAATAT---TA--A-C---TGCC-ATT---A-A--AA--AAATTA-ATA-AA-TAA-AA-TA-GGACT--CATA------------TTT-----TT---TTTCTCC-------AGAAT--T-GA--CAA-----TGAG-------T-AA-TTTGTTTATA--TTTT-CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAA----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC---AG---TGC---A-AAACT---CCTATTTTT--------C---A-ACAT--AAG--T--GA--G------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--cacgacgatcgctct
gi|14 : aactgcctattagatgttttcttgaatgctggatcaatgagcactA---C-CCT-A-A-CA-T-CGA--AC--TGA------T-AAC-AAAC---TGC---A-AAAGT---CATA-TTTTT-------C---A-ACAT--TAG--T--GA--T------T-T------TGTTATC-TTT---AAA-A-AATT------G------CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-TT----T-GA-TATT--G-TC-AAAAA---A--ACC---ACT-CT-TAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-GATATA--GTAATA---TTGT--CTAACAA-ATT---C-ATG-AAGA-TCAGT--GCCATGACTTGT---CCA---A---CCGA--T-TTT---GAT-GT-TTACGAAAAA-TGGCTgccaaattctaataatgaaaaata
gi|15 : -TT----TTT---A-ATTTG-CATG-A--GAAAA-TAGTAGG---TTTGT---TAATGG-T--AAAATTAAATAT---TA--C-C---TGCC-ATT-----A--AA--A--TGA-ATA-AA-TT--TA-CA-GGACT--CCGA-------------TT-----TT---T-----C-------GGAA----------------------------T-AA----GTTTATAT-TTT--CCATC-A-T-A-CAGAC-T--------C--TGTAATA--AT-CAA----ACA---T-TCT-A-G-CA-T-TAA--AA--TGA------T-AAC-AAAA---TGT---A-AAACT---TCTA-GTTTA-------C---A-ACAT--GAG--T--ttt
gi|16 : tttt-TAAA-CA-C-TACA-AT-GTCA--AAAC-TTT----------AAAA-ATATA----TT--TTGG-T------C-----AT-T-CTAGTTTGATT-GG----T--A--AAA-T---G-AC-AT--C-ATTGA--TTAGAGTG-A--T-TA--TT--TCAT-T--GTTTATTGTTA--TAAATTAA-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-C---CGATAT--ATGC-----Atatttaa
gi|17 : ttagcaattgttgtacagttttagaggaaattctgactgagcaaattggcta-TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTAAA---TTT-T---TAATGG-T--AAAATCAAATAT---AA--C-C------------------------------ATA-AA-TGA-AA-TG-GGATT--AAGAT-----------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA---AA----ATAAG-------T-AA-AATATTTACAT-TTT--CCATC-AGT-A-ATAAC-T--------A--AATACTAC-ATGTAG-----TA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AG--TGA------T-AAC---AG---TGC---A-AAACT---CCTGTTTTT--------C---A-ACTT--A
gi|18 : tTA-TTTT--------T---A-GCGTCAAAC--T--G----------T-T------T-TTATC-T-----AAA-G-GAAT------TAC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-TA----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ATA-CC-CAT-ACA-TTC-ATA-T-A-T-GATATA--GCAATG---ATCT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGAT--GACATG-------------------------T-TTT---GAT-GC-TTACATAGAA-TGGCT
gi|19 : C--AGTT-GTTGTGAAAATTCGA---AAATAGCA-AGTTGCTGTTAA----GA--TA---T--T-ACA--ACG-TCGAAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGct
gi|2 : atacacactcattctcagtaattatttctgacagatgatttccttctttcacaagtatcttaaTTTC--AGTT-ATCGGGGAAAAC-AT---ATCGT-TGCAATT--GGCTTA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACGTTC-AAA-A---TATTGTGC-AGAGCTTCCATTGGCAGCTATT-TATTATTTATTT--------A-GTTAATT--------------TTTT-------TGTA-T-TT-GGTTTTAC-AAG-T-AA-TATT-TGCA-TTT-TAA--ACAC-TTT----------AAAA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTG--T-AACT-AG----TTAA--AAAAT---G-AC-GT--C-A-TGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-G--TTT-A-TGTTATTTCAATTAT-----TTT---TACAAC----AGGGCAAT-A------ATCTCTTGTT---CAATTT--ATGC-----ACTT----TT-CT-T--AGCAAAA-A--C-A----T--ATTTTT--T-TCA-A--CTCTC--GATTTAT-T-T---TCTT-AA-AT------CA--AA-TA---ACAC--AT--TTT-T-ATTTTTGT--AT--A-TTT--A-------AA--TGAAA-AATGTCTTT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--AACTT---G-GGAATT-A----GC-TGCTTTACA-T-ACTTT----TTT---A-AATTG-CATGTT--GAAAA-TAGTCAAT--TTT-T---AAATGGAT--AAAATCAAATTT---GA--CGCA---GCCAATT---A-A--AAAGA--TGA-AGA-AATTGA-AA-TA-GGATTGCTAGAT-----------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GAACCAA----ATGAG-------TAAA-TATGTTTAGAT-TTT--CCATC-A-C-ACCAAAT-T--------C--AGAATTA--AT-GAG----AT----C-CCTAA-G-CA-T-CAA--ACT-TGA------T-AAC-AAAGGAATGCA--A-AAACT---CCTT-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--TTGGA--A------TCT------T-TTATCTT-----AAA-G-GAAT------GGC-T--CT-GTTT--ACCA-T--GC--AACG-AGTT--T-GA--ATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACATTTC-AAG-T-A-T-CATATA--GTAATA---TTTT--CTGAAAA-TTTTCCT-ATGTAAGATTTGGT--GACATGACTTG-GTCC----AA---CCGATGT-TTT---GATGGC-TTACAGAGAAGTGGCT
gi|20 : agatgtttctaacagatttggggaatcactgtatgagcatagtagtttccaAT-A------A-CTCTTG-T---CAATT---ATGC-----ACAT----TT-A--TT-AGC-AAA-AG-C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--TT-TC--GATGTA--TAT---CCTT-AA-AT------CA--AA-TA--TG-GC--AT--TTTCT-ATTTTGGT--AC--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTttt
gi|21 : CTTTTC--AGTT--TTAGGGAAAACTTT---ATTA-GTGCAATT--TGTGTA----AAAATA-AAT--T-AGA--ACG-TC-AAA-AA--TATTGTGC-A
gi|22 : agatgtttctaacagaatttgagaattcactgtctagatggtagtttCTTAC--AGTT-GTTGAGGGAATTCAA---ATATTGCA-AGTTGCTGTTAA----AA--TA-TAT--T-ACA--ACG-TCGAAA-A---TAGTGTGC-AG----------------TGTT-TGTTATTTAGTT--------A-ATTAA
gi|23 : ttctcaggtatTT-AA-AT------CA--AA-TA--TG-AC--ATAATCT-G-ATGTTT-G--A---A-TTTTCA-------AC--TG-AA-AATGTT-TT----TT--ATCTTT-AAATTACAC-AACTGACAGC--TTC--G--C----G-CGAA-T-A----GC-TG-----Ca
gi|24 : t---A-A--AA--A--TGA-AGA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGAGTTGTTTT----TTT-----TT---T-----C-------AGAGA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-CAAGTATATAT-TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--AGAATT
gi|26 : TT-AA-AT------CA--AA-TA--TG-AC--AT--ATC-T-GATGTT-TGAAT--T-TTT--A-------AC--TG-AA-AATGTT-TT----TT--ATCTTT-AAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--G--CT---G-CGAA-T-A----GC-TG-----
gi|27 : tCTTTC--AGTT-ATCGGT-ATAACCTA---AAT-CGTGCAATT--TGCTTA----TA--TA-AAT--
gi|28 : atgtttctaacagaatttgtgtagatagtagtttt--A------T-T------T-TAACT-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CA-G-TT--ACGA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAA---AATACC----CA-CCACA--ACA-TTC-AAG-
gi|29 : A--A------T-T------T-TAATC-T-----TAA-A-GAAT------GGC-T--CA-G-TT--ACGA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--CCC---ACA-CT-CAT-ACA-TTC-A
gi|3 : TGGCCTTTC--AGT--GTGAGAGGAAACCAA---AAGGCGTGCAGGT--TGCTTA----TA--TA-AAT--T-AGG--ACG-TC-AAA-A---TACTATGC-AG----------------T-TT-TATTATTCA-TT--------A-ATTATTT--------------TTTT-------TGTATT-TT-GGTTCCTT-AAATTAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACACTTTTT--------AAAAA-ATGT-----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AG----T--G--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-T--GTT-ATTGTTA--TAAATTAG-----CTG---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CAA-TT--ATGC-----ACTT----TT--------GC-AAA-A--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TC--AATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-GA--AACAC--AT--TTT-T-ATTTTT-T--AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-GACTGACAGC--TTC--A---T---G-GGAA-T-A----GA-TG-----CA-C-AC-TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGG-T--AAAATCAAATTT---GA--C-CA--CGCC-ACT---A-A--AA--A--TGAGAAA-AA-TGA-AA-TA-GGACTC-CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TGTGTTTATA--TTT--CCATT-A-C-A-CAAAT-T--------C--AGAATTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-TAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACA---AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCATTG-AC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC--AAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-CATATA--GTAATA---TTTT--CTGAAAA-TTC---C-ATG-AATA-TTGGT--GACTTGATCTGTGTCCCAGCGATTCCCGA--T-TTT---GAT-GC-CTACAGAGAA-TGGCT
gi|30 : agtatcTAA--ACAG-TTTT--------AA-TA-ATATA----TT--ATGC-A------C-----AT-T-CTAGAT-AATT-AG----T--A--AAAAT---G-GC-GT--C-
gi|31 : AATA--AC-TAG----ACA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AT--TGA------T-AAC-AAAG---TGT---A-AAA
gi|4 : CTTAC--AGTT-GTTGAGATAATTCGA---ACTGAGC--AGTT---G-TTG----TA---A-AATA-T-AGACAACG-TC-GAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTTGTATTATTAA-TT--------A-A---ATT--------------GTT---------GTATT-TTTGGTCTCTTTAAG-GAAC-TA-TCTGCA-TT-ATAA--ACAC-TTTT--------AAAGA-ATAT---------TT-C-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-TA----T--A--TTAAT---G-AC-GT--CCATTGA--TCAAACTG-A--TTGA--TG--TCAT-C--GTTTATTGTTA---AAAT--G-----CTT---AACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CTA-TT--ATGC-----A--T----TT-ACTT--AGC-AAATA--C-A----TG-T---TT--T-TC---------------TTA--T-T---CTTT-AA-ATTA----CA--AA-
gi|4 : cacccacatactcagtaattatttctgacaggaatttaaaataattccttctttcacaggtatTTA--TAAAC-AC-----TTT---TA--A-----AG---AAT-ATTTCACA-TTCTAG-T---TAATTT--ATATTAATGACGT----CC-A--TTGATC-AAA----C------TG-A---TTGATGTCA-------TC--G-TTTA--T-T---GTTA-AA-ATGCTTAACA--AA-GG---GCAATAAC--TCT-T-GTCTAT-T--ATGCA-TTT--ACTTAGCAAA--T---A-CATGTT-TT----TCTTATTCTTTAAATT--ACAAACTGACAGC---TC--A--CC---ATGGAA-TAA----GC-TG-----CATT-ACGTT----TTT---A-ATTTGCCATG-T--GAAAG--AGCC-----------------------AAAATCAGGTAT---AA--C-CC--AGTCAATTAA-A-A--AA--A--TGA-ATA-GA-TGA-AACCA-GGACT--AAGATATTT-------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--C-A----ATGAG-------T-TA-AATGTTGATA--TTT--CAATC-A-C-T-TAAGTGTCCCTAGAAC--GGTAATT--AT-TAG----ATA---TACCT-A-G-C--T-C----AT--TGA------T-AAC-AAAG---TGCAA-A-AAACT---CCTT-TTTT--------T---C-ACAT--AAG--T--GA--A---------------T-TTATC-TAAAAGAAA-A-GAAT------GTA-T--CT-G-TT--ACCA--G-G---AACG-AG----TAGA----T--G-TC--CAAT---A--ACT---ACA-TC-CAT-ACA-TTC-AAG-TAA-T-GAT-TA--GTAATA---TTCT--CTGAAAA-TTT---CAATG-AAGA-TTGGT--GACATGACCT-TGTCC-----A---ACGA----TTT---GAT-GC-TTACAGAGAA-TGGCTctgacagctcaccatggaataagctgcattacgtttttaatttgccatgtgaaagagccaaaatcaggtataacccagtcaattaaaaaaatgaatagatgaaaccaggactaagatatttttttttcagaaatgacaatgagttaaatgttgatatttcaatcacttaagtgtccctagaacggtaattattagatatacctagctcattgataacaaagtgcaaaaaactcctttttttcacataagtgaatttatctaaaagaaaagaatgtatctgttaccaggaacgagtagatgtccaataactacatccatacattcaagtaatgattagtaatattctctgaaaatttcaatgaagattggtgacatgaccttgtccaacgatttgatgcttacagagaatggct
gi|5 : cacccacatactcagtaattatttctgacaggaatttaaaataattccttctttcacaggtatcttacagttgttgagataattcgaactgagcagttgttgtaaaatatagacaacgtcgaaatattgtgcagtgttgtattattaattaaattgttgtatttttggtctctttaaggaactatctgcaT--TGCTTA----TA--CA-A-T--T-AGA--ACG-TT-AAA-AA--TACTGTGC-AG----------------T-TT-TAGCATTTA-TT--------A-ATCAATT--------------TTTT-------TGTATC-TT-GGTTTCAT-AAG-TATT-T--T-TG-A-TTTATAA--ACAC-TT----------AAAT---TATA----TT--T--C-A------CT----AT-T----ATT-A-TT-AG----T--A--AA--T---G-A--GT--C-ATTGA--TCAAATTGTA--T-G---TG--TCAT-T--GTTTAATGTTA--ATAATTAG-----CTT----ACCA-----AGG-CAAT-A------A-ACTTTG-T---CAATTT--ATGC-----AATT----TTCG--T--AGC-AAA-A--CCA----TG-A---TT--T-T-A-A--CT-TC--GGTTTA--T-TT--CCTT-AA-AT------TA--A--TA--TA-AC--AT--TTT-C-GATTTT-G--AT--A-TTTT-A-------AA--TG-AA-AATGCC-TT----T---ATCTGT-AAATC--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GACA---A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTT---TTATTTG-CTTG-T--GAAA----GTCAT---TTT-T---AAATGG-T--AAAA-AAAATCT---GA--C--A---GCC-ATTT--A-A--AA--A--TTA-ATA-AA-TGA-A--TA-G-ACT--C-GA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGA--------T-AA--ATGTTTATAATTTT--CTCTC-A---A-CAA---T--------C--AGAATTA-----TAT----ATA---C-C-T-ATG-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AACAAAAG---TGC-----AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-AATT--AAG--T--GA--A--------T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGT-T--CT-G--T--ACCA-TG-A---AACG--G----T-G--TATT--G-TC-AAAAT---A--A-C---ACA-C----T-ACA-TTC-AGA-T-A-TGTATATA--GTAATA---CTGT--CTCAA---------T-ATG-AAGA-TTGGTG-GACATGA-TTGT---CCA--GA---CCGT--A-TTT---GAT-GC-TTACA-AGAA-TG
gi|6 : ttgagttagtgtgaaagaaacatgcatagagcaaagAGGT--TGCTTGGATGTA--TA-AATGTT-ACA--ACG-TC-AGATA---TATTCGGT-AG----------------TGTT-TACTATTTA-CTTCAACAGTA-ATCAATTGCACCAATGAACGCTTTCAGATACATGTATT-CT-AGTTTATC-AA--TAGA-AN-C-T--A-TTTA--------C-TTC----------AACA-GTA-A----TCAATTGC-A------CCAGATAT-T-CTAGTT-TATC-AA----T--A--GAGAT---G-AC-GT--C-ATTTA--TCGGAATG-A--C-AA------------------------A--TAAAATAGAGGAATTT---TACAA-----AGGGCAATTG------A-CTCTTG-C---CAATTT--ATGC-----ACAT----T--------AGC-AAA-A--CCA----TGCA---TT--T-TCA-A--CT-TT--TATTTA--T-T---TTTTTAA-AT------CA--AA-TA--TGC-C--GT--TTC-TGATTTTT-T--AT--A-TTC--A-------AA--TG-AA-AATGCG-TT----T---ACCTTT-GAATT--AC-AATTA----C--TTC--A--CT---A-GAAA-T-A----G-------------------------T---A-ATC-A-AATG-T--GAAAA-TATTCAA---ATT-T---TATTGG-T--AAAATCAAACAT---TA--T-C---TGTC-ATT---A-A--AA--A--TAG-ATA-AA-TGA-GA-CA-GGACT--AAGA------------TCC-----CC---C-----C-------GGAT---T-GA--TAA-----TGAG-------C-AA-TATGTTTGTA--TTTT-CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAA----ATA---C-TCT-A-G-CA-T-CAA--AC--CGATACATGT-AAC-AAAG---TGC---A-GAACT---CCTA-TTTTA-------C---A-ACAA--AAG--T--TATTATTTTTTT-T------T-TTATC-T-----AAA-T-GAGT------GGC-C--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACA-TG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---AAA-CC-CAT-AC--------------------TA--GTAATA---T---------------------ATG-AAGA-TCGGT--GA-A-GACCAGT---CCA--G----TCTA--T-TTT---GAT-GC-TTACAGGGAA-ct
gi|7 : TA----TT--TTGT-AATTTCTT-----AT-TGCTCATT-AATTTAG----C--A--ATAATTTCA-AA-GTATC-GTTGACTTTACAGTA-A--T-AT--TG--CTTT-T--CTT--TTGTCA--TA--TTAG-----TTT---TACAACTTTTAGGGCAAT-A------C-CTCTTG-T---CGAATT--ATGC-----ACAT----TT-G--TT-AGC-AAACA--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TG--GATTTA--T-TT--CCTT-AA-AC------CA--AA-TA--CG-AC--AT--TTC-TGATTTTTGT--AT--A-TTT--A-------AA--TT-AA-AACGTA-T---------ATCTTG-AAATT--GC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-G----GC-AG-----CA-T-AC-TT----TTTTTAA-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAATCAT---TTT-T---AA-TGG-T--AAAATCAAATAC----A--C-C---TGTC-ATTTAAA-A--AA--A--TGA-ATA-AA-TGC-AA-AA-GGACT--CCGA------------TTT-----TTGTTT-----C-------AGAAT--T-GA--CAA-----TAAG-------T-AA-TTTGCTTATA--TTTT-CCATC-A-T-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAA----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-ACAT---TGC---A-AAACT---CCCA-TTTT--------C---A-ACAT------------------------------------------------A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GT-TATT--G-TC-AACAT---A--ACT---ACA-CT-CAT-ACA-TTC-AAA-T-A-T---------GTAATA---TTCT--CTGAAAT-TTT---C-ATG-AAGA-CTGGT--GACATGACTTGT---CCA--G----CCTA--T-TTT---GAT-GC-ATATACAGAA-TGG
gi|8 : gcaattcgaaacaatttgtattaaaaagcatagctagttaactatggA-T-TGCA-CCAATGA--ACGC-TTTC--------AGATACATGTA----TT--T------------------------AGTT-TATC-AA-------A--GAAAT---GGAC-GT--C-ATT-A--T--ATCCG-A-----A--TG--ACAA-A--ATT-AA----A--TAGAGGAA-----TTT---TACCA-----AAGGCAATTG------A-CTCTTG-----CAATTT--ATGC-----ACAT----CT-A------GC-AAA-AACC-A----TGCA---TTA-T-TCA-AAACT-T----ATTTA--T-T---TTTTTAA-AT------CA--AAATAGATGC-C--GT--TTC-TGATTTTT-T--AT--AATTT--A-------AA--TG-AA-A---TCGTT----T---ACTCTTTGAATT--AC-AATTA----C--TTC--A--CT---A-GAAA-T-A----G--TA------A-T-AC-C-----------A-A------ATG-T--GAAAAGTATTCAAATATTT-T---AT-TGG-T--AAAATAAAATA-----A--T-C---TGTC-ATT---A-A--AA-----TAG-ATA-AA-TGAGAA-CA-GGACT--AAGA------------TTTAATTTTT---T-----CCCCTCCCAGGAT--TTGA--TAA-----TGAG-------C-AAATATGTTTA-A--TTTTCCCATT-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATATAAT-TAA----ATA---C-TCT-A-G-CAAT-CAAGAACCATTACAT---T-AAC-AAAG---TGC---AGAAACT---CCTA-TTTTA-------C---A-ACAA--AAG--T--TA--A------T-TATTTTTT-TTATC-T-----AAATATGAGT------GGC-C--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACA-TG----T-GATTATT--GTTC-AAATT---A--ACC---AAA-CC-CAT-AC----------T-A-T-AATATA-------------C--------------------TG-AAGA-TTGGT--GA---AACCAGT----CA--GT---CTAT--T-TTT---GAT-GCTTTACAG-GAA-TGatcttaaattgtctttta
gi|9 : tatttactttcaacagtaatcaTTCTT-AA--TAA--TA-T-GCCA-TT-ATAA--AC---TTTT--------AAACA-ATATA----CT--TTGC-A------C-----AT-TTCTAAGT-AAAC-AG----T--ACAAAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAC-CTG-A--GAGA--TAGCTCATAT--GTT-ATTGTAA--TCAATTA------TCTGTGTACAA-----AGGGCAAT-G------A-ACCTTG-T---CAAATT--ATGC-----ACTT----TC-T--T--AG--AAA-A--C-ACCCATG-A---AT--T--CA-A--CT--A--GATTTACTT-T---CCTT-AA-AT------CACAAA-TA---ACAC--AT--TCT---ATTTT-----GT--A-TT-----------AA--TG-AA-A-TGTCATT----T---AT--TTTA---T--AC-A--TGACAGC--TTCTAA--CT---G-GGAA---A----AC-TG-----CA-T-TC-TT----TTT---A-ATTTG-CAT--T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGT-T--AAAAT--ATTATTGAGA--C-CA---GCC-ATT---A-A--AA--AA-TGA-AGA-AA-TGACAA-TAAGGATT--CAGAA-----------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--AAA----ATAA--------T-AA-TATA-----A--TGT--CCATC-A-C-A-CAAAT----------C--AGAATTA--AC-TAG----ATA---C-CTT-A-G-AA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAGG----GA---A-AAAC----ACTA-TTTT--------TCAAA-ACAT--AAG-----GA--A------T-T------T-TAATC-T-----AAA-G-GAAT------TGC-T--CT-G--T--A-CA-TG-AC--AACGCAG----T-G---ATT--G-T--AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CATCACA-TTC-AA--C-A-T-CATA------AATA---T--T--TTGAAAATTTT---C-AT--AAGA-TT-GT--GACATGA-CTA-GTCCCA---A---CCGA----TTT---GAT-GC-T--CAGAaatgactcta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTACACTACGCACACTTAAGAATTTCATCGGGATTCTACACATACACATGTATTATCTATTACAAATTAAAGTTCACGTTATGGTTAGTTGGACTAACTTTCAAAAAACCATGAATCACAACTAAAATTTATATCCAGAGATTTCATTACTAATTTTCAAACATGTGAACCTATACCAAATCCTGTTCTTCCGTATAATGCTGTCTGGAGATTTTCAATTTATTACTTTTTTTTGCGTTTTCGCATTCTCAGTACTTATTTCTAACAGAGTTTAAGATATGTTTCCCCATTTACAATATGTCTTACAATTGCAGAGGGAATTCGAACTGT
Unaligned ( gi|25 ): CACACATTCTCAGTAATTATTTCTGACAGGATTTAAGAATGATAGTATCTTACAGTTGTTGAAACATTTCGAAAAGAGCAAGTTGCTGTTAAAATAT
Unaligned ( gi|32 ): GTGTCTTACAGTTGTTGAGGAAATTCGAACTGTGCAAGTT
Alignments
lowQualScore : 1111 222222222 11 1111 111 3333333333333333 1 22222222 4444444444444444444444444 11 11 222222222 111111111111 11111111 111 11111 11111111 3333333 1111 11111 111 111111 22222 111 1111 1111111111 111 1 11111 111 3333 11111 333333333333 11111 111 11111 11 11 111111 111 22222222 111111111111111 11111 444444444444444
lowQualScore : 66 55 4 3 0 1111 000000000 11 1 2222 55 4 99 4 66 4 8 4 666 4 3333333333333333 7 5 1 88888888 5 6666666666666666666666666 6 6 88 11 88 4 4 0 4 11 55 4 4 444444444 1 4 7777 55 3 666666666666 3 7 7 3 9999999 55 666 3 3 55 3 99 4 33333333 55 7777 999 77 5 999999 555 11111 00000000 3 55555 2 44 77777 2 7777 2222222 3 7777 888888 6 555 77 3 5555 00000 77 3 222 5 2 222222 33 2 22222 44 44 333 6666 44 3 0000000000 33 2 2 8 6666 000 9 44 3 44 44 88 555 3 444 6666 3 00000 3 3 9 6666 999 3 3 3 44 3 000 5 5555 1 2 33 9999 33 2 0000 5 11111 33 77777 2 0 2 2 5 2 2 99 888888888888 66666 444 22222 8888888 000 2 444 44444 8888888 5 44 88 44 5 2 2 2 2 99999999 33 1 1 66 2 5555 444 2 2 2 2 2 2 33 55 111111 2 5 444 000 2 444 5 44444444 444 2 33 33 33 33 444444444444444 2 2 33333 2 2 777777 2 33 2 2 33 2 2 33 44 9999 2 2 33 2 33 444 33 444 2 2 5 2 2 44 3 3 88 44 777777777 3 55555 6 6 77 3 999999999999999 9999 555 3 6 1 4
lowQualScore : .. .. . . . .... ......... .. . .... .. . .. . .. . . . ... . ................ . . . ........ . ......................... . . .. .. .. . . . . .. .. . . ......... . . .... .. . ............ . . . . ....... .. ... . . .. . .. . ........ .. .... ... .. . ...... ... ..... ........ . ..... . .. ..... . .... ....... . .... ...... . ... .. . .... ..... .. . ... . . ...... .. . ..... .. .. ... .... .. . .......... .. . . . .... ... . .. . .. .. .. ... . ... .... . ..... . . . .... ... . . . .. . ... . .... . . .. .... .. . .... . ..... .. ..... . . . . . . . .. ............ ..... ... ..... ....... ... . ... ..... ....... . .. .. .. . . . . . ........ .. . . .. . .... ... . . . . . . .. .. ...... . . ... ... . ... . ........ ... . .. .. .. .. ............... . . ..... . . ...... . .. . . .. . . .. .. .... . . .. . .. ... .. ... . . . . . .. . . .. .. ......... . ..... . . .. . ............... .... ... . . . .
lowQualScore : 99 22 2 4 8 5555 111111111 00 4 5555 55 0 55 4 11 4 9 4 777 4 1111111111111111 6 7 4 66666666 7 2222222222222222222222222 7 7 00 66 44 4 4 1 4 00 55 7 0 111111111 0 0 7777 00 6 999999999999 6 3 3 6 5555555 00 444 6 6 00 6 55 0 00000000 00 7777 333 99 2 333333 888 77777 66666666 1 55555 5 22 77777 2 1111 8888888 3 1111 888888 7 888 99 3 0000 11111 99 3 555 7 9 111111 99 9 77777 22 22 222 8888 22 1 5555555555 99 9 9 6 1111 777 4 22 1 22 22 55 444 1 777 5555 1 88888 6 6 2 5555 666 1 1 1 22 1 777 7 1111 6 9 99 1111 99 9 8888 7 11111 77 66666 7 9 7 7 3 7 7 00 000000000000 77777 777 33333 7777777 888 7 111 66666 7777777 3 77 00 33 3 7 7 7 7 77777777 77 0 0 33 7 7777 444 5 5 5 5 5 5 44 99 666666 5 0 444 333 5 777 0 11111111 444 5 44 77 77 44 111111111111111 5 5 11111 5 5 222222 5 44 5 5 44 5 5 44 99 3333 7 7 77 7 55 777 77 777 7 7 3 7 7 66 1 1 22 22 222222222 1 66666 7 7 99 8 111111111111111 3333 888 3 7 6 4
consensus : NNNNNNTGGCCTTTC--AGTT-GTCGGGGAAAACCN---AANNNCGC-GCAGTT--TGCTTA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACG-TC-AAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTT-TATTATTTA-TT--------A-ATTAATT--------------TTTT-------TGTATT-TT-GGTTTCTT-AAG-TAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACAC-TTTT--------AAANA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AG----T--A--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-T--GTT-ATTGTTA--TAAATTAG-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CAATTT--ATGC-----ACNT----TT-A--T--AGC-AAA-A--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TC--GATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-TA--TGCAC--AT--TTT-T-ATTTTT-T--AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGG-T--AAAATCAAATAT---GA--C-CA--TGCC-ATT---A-A--AA--A--TGA-ATA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TATGTTTATA--TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGNANTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-NATATA--GTAATA---TTCT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGGT--GACATGACCTGTGTCCCA--GA---CCGA--T-TTT---GAT-GC-TTACAGAGAA-TGGCT
Reference ( family-3047 ) : NNNNNNTGGCCTTTC--AGTT-GTCGGGGAAAACCN---AANNGCGC-GCAGTT--TGCTTA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACG-TC-AAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTT-TATTATTTA-TT--------A-ATTAATT--------------TTTT-------TGTATT-TT-GGTTTCTT-AAG-TAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACAC-TTTT--------AAANA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AG----T--A--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-T--GTT-ATTGTTA--TAAATTAG-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CAATTT--ATGC-----ACNT----TT-A--T--AGC-AAA-A--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TC--GATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-TA--TGCAC--AT--TTT-T-ATTTTT-T--AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGG-T--AAAATCAAATAT---GA--C-CA--TGCC-ATT---A-A--AA--A--TGA-ATA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TATGTTTATA--TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGNANTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-NATATA--GTAATA---TTCT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGGT--GACATGACCTGTGTCCCA--GA---CCGA--T-TTT---GAT-GC-TTACAGAGAA-TGGCT
gi|1 : TGGCCTTTTCGAGTTAGTAAAATAAAATCTCTAAAATGCAC-AAAGTT--TATGTAA---TA--TGGAAT--TCGGA--ACA-TC-AAA-AAAGTACTGTGCCAG----------------TTGT-TCTTATTTA-TTTA------ATATTTATTA-------------TTTT-------GGTATTCTT-GGGTTCT---AG-TAAAATA-T-TGCAATTTCTAACAAC-C-TTTTTGTTTTAAAAAAA-ATATAAATTTT--TTGCCA------C-----ATAT-CTAGTTCAATT-AAGTTTT--A--AAAAT---G-ACCGT--C-ATTGAA-TCAAACTG-GATT-GAATTT--CCAT-TTGGTT-TATGTTAA-TGAAT-AG-----TT-----ACAA-----GGGGCA-T-A------A-CTTTTG-TTTCCAATTTTTATGC-----ACTTATTCTT----T--AGC-AAA----C-A----TG-A---TT------ACA--CT-TCCCGATTTA--T-TTTCCCTT-AACAT------CA--A--TA---ACAC--AT--TTT-T-ATTTTTGT--AC--A-TTT--A-------AAAATG-AATAATGTT-TTATGTT---ATCTTTAAATTT--AC-AACTGACAGCTTTTC--AAGCTGGCG-GGAA-T-AAGAGGCTTGC----CA-TAAC-TTTTTCTTT---A-ATTTG-CATG-TTGAAAAA-TATCCAAT--TTT-T---AAATGG-GCAAAAATCAA--AT---GAACC-CAACTCCT-ATT---ACAACAA--A--TGA-AAATAA-TGA-AA-TA--GACTC-CAGAAAAAAATTTTTTTTT-----TT---C-----C-------AGAAAATT-GG--AAACCCCATGAAGTTTTATT-AA-TGGTTTTATATTTTT--CAATCAA-CAA-CAAAT-T--------CAAGAAATTA--AA-TAGAAAAATATCCC-TCT-A-GCCA-TAAAA--AC--TGA------TAAACAAAAG---TGCAAAA-AAACTATCCCTA-TTTTTTTTTCCCC---ATAC-T--AAGGTT--GG--A------T-T------C-TTATC-TTC---AAA-A-GAAT------GGCTT--CTGG-TTTAACCA-TGAACAAAACG-AGGTTTT-TA-TATCCGG-TCAAAAATAAGA--ACCCCAACACCC-CATCCCA-TTT-AAATT-T-T-GAAACA--GT-ATA---TTTTTCCTGAAAA-TTT---C--TGAAAAA-TTGGTGGGACATGCACTTTGTCC-----A---C--A--T-TTTTGGAAT-GC-TT
gi|10 : tagttcta--T-AA--TG--TCAT-T--GTTTATTATCA--TAAATTAG-----CTT---TACAA-----AGGGCAAT-G------G-CTCTTG-T---CGATTT--ACGC-----ACAT----TT-A--TT-AGC-AAATA--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TCC-GATT----------CCTT-AG-AT------CA--AA-TA--TG-AC--AT--TTT-TTATTTTT----------------------------G-TA-AATGTC-TT----T---ATCTTT-AAATT--AC-AACTGACAAC--TTA--A--CT---G-GGGA-T-A----TC-TG-----CA-T-ACGTT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAGA-TAGTCAA---TTTCT---TAATGG-T--AAAATCAAATAT---AA--C-CA---ACC-A-----------A--A--TGA-ATA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--TTGA------------TTT-----TT---TTTTT-C-------AGAAT--T-CA--CAA-----TTAG-------T-AT-TATGTTTATT--TTTT-CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-CAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTTT-------C---A-ACAT--AAG--T--GG--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-TAAT------GAC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAATT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-GTTAAA--GTAATA---ATCT--CTGAAAA-TTT---ttaac
gi|11 : acT--A-------AA--TG-AA-AAAGTC-TT----T---ATCTTT--AATT--AC-AACT-ACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTTTT-A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-TTGTAAATGG-T--AAAATCAATT-T---GA--C-CA---GCC-ATT---A-A--AA--T--GGA-AGA-AA-TGA-A--TA-GGATT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAAA-T-GA--CAA----ATGAG-------TTAA-TATGTTTATT--TTT--CCATCCA-C-A-CAAAT-T--------C--AGAATTA---T-TAG----AT----C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGA---A-AAAC----CCTATTTTT--------T---A-ACAT--AAG--T--GA--A-----------------TTATC-T-----ACT-A-CAATAGCAGAGGC-CTGCT-G-TT--ACCA-TG-AC--AACG-GA----T-GA-TATT--G-TC--AAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT--CA-TTCAAAG-T-ACT-CATATAACATAAAAAATTTTT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGATTTGGT--GACATGACCT-TGTCC-----A---CCGA--TGTTT---TAT-GCATTAC
gi|13 : ---TTT-T---AAATAG-T--AAAATCAAATAT---TA--A-C---TGCC-ATT---A-A--AA--AAATTA-ATA-AA-TAA-AA-TA-GGACT--CATA------------TTT-----TT---TTTCTCC-------AGAAT--T-GA--CAA-----TGAG-------T-AA-TTTGTTTATA--TTTT-CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAA----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-A--G---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTTT-------C---A-ACAT--AAG--T--GA--G------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--cacgacgatcgctct
gi|14 : aactgcctattagatgttttcttgaatgctggatcaatgagcactA---C-CCT-A-A-CA-T-CGA--AC--TGA------T-AAC-AAAC---TGC---A-AAAGT---CATA-TTTTT-------C---A-ACAT--TAG--T--GA--T------T-T------TGTTATC-TTT---AAA-A-AATT------G------CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-TT----T-GA-TATT--G-TC-AAAAA---A--ACC---ACT-CT-TAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-GATATA--GTAATA---TTGT--CTAACAA-ATT---C-ATG-AAGA-TCAGT--GCCATGACTTGT---CCA---A---CCGA--T-TTT---GAT-GT-TTACGAAAAA-TGGCTgccaaattctaataatgaaaaata
gi|15 : -TT----TTT---A-ATTTG-CATG-A--GAAAA-TAGTAGG---TTTGT---TAATGG-T--AAAATTAAATAT---TA--C-C---TGCC-ATT-----A--AA--A--TGA-ATA-AA-TT--TA-CA-GGACT--CCGA-------------TT-----TT---T-----C-------GGAA----------------------------T-AA----GTTTATAT-TTT--CCATC-A-T-A-CAGAC-T--------C--TGTAATA--AT-CAA----ACA---T-TCT-A-G-CA-T-TAA--AA--TGA------T-AAC-AAAA---TGT---A-AAACT---TCTA-GTTTA-------C---A-ACAT--GAG--T--ttt
gi|16 : tttt-TAAA-CA-C-TACA-AT-GTCA--AAAC-TTT----------AAAA-ATATA----TT--TTGG-T------C-----AT-T-CTAGTTTGATT-GG----T--A--AAA-T---G-AC-AT--C-ATTGA--TTAGAGTG-A--T-TA--TT--TCAT-T--GTTTATTGTTA--TAAATTAA-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-C---CGATAT--ATGC-----Atatttaa
gi|17 : ttagcaattgttgtacagttttagaggaaattctgactgagcaaattggcta-TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTAAA---TTT-T---TAATGG-T--AAAATCAAATAT---AA--C-C------------------------------ATA-AA-TGA-AA-TG-GGATT--AAGAT-----------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA---AA----ATAAG-------T-AA-AATATTTACAT-TTT--CCATC-AGT-A-ATAAC-T--------A--AATACTAC-ATGTAG-----TA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AG--TGA------T-AAC---AG---TGC---A-AAACT---CCTGTTTTT--------C---A-ACTT--A
gi|18 : tTA-TTTT--------T---A-GCGTCAAAC--T--G----------T-T------T-TTATC-T-----AAA-G-GAAT------TAC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-TA----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ATA-CC-CAT-ACA-TTC-ATA-T-A-T-GATATA--GCAATG---ATCT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGAT--GACATG-------------------------T-TTT---GAT-GC-TTACATAGAA-TGGCT
gi|19 : C--AGTT-GTTGTGAAAATTCG---AAAATAGC-A-AGTTGCTGTTAA----GA--TA---T--T-ACA--ACG-TCGAAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGct
gi|2 : atacacactcattctcagtaattatttctgacagatgatttccttctttcacaagtatcttaaTTTC--AGTT-ATCGGGGAAAAC------ATATCGTTGCAATT--GGCTTA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACGTTC-AAA-A---TATTGTGC-AGAGCTTCCATTGGCAGCTATT-TATTATTTATTT--------A-GTTAATT--------------TTTT-------TGTA-T-TT-GGTTTTAC-AAG-T-AA-TATT-TGCA-TTT-TAA--ACAC-TTT----------AAAA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTG--T-AACT-AG----TTAA--AAAAT---G-AC-GT--C-A-TGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-G--TTT-A-TGTTATTTCAATTAT-----TTT---TACAAC----AGGGCAAT-A------ATCTCTTGTT---CAATTT--ATGC-----ACTT----TT-CT-T--AGCAAAA-A--C-A----T--ATTTTT--T-TCA-A--CTCTC--GATTTAT-T-T---TCTT-AA-AT------CA--AA-TA---ACAC--AT--TTT-T-ATTTTTGT--AT--A-TTT--A-------AA--TGAAA-AATGTCTTT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--AACTT---G-GGAATT-A----GC-TGCTTTACA-T-ACTTT----TTT---A-AATTG-CATGTT--GAAAA-TAGTCAAT--TTT-T---AAATGGAT--AAAATCAAATTT---GA--CGCA---GCCAATT---A-A--AAAGA--TGA-AGA-AATTGA-AA-TA-GGATTGCTAGAT-----------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GAACCAA----ATGAG-------TAAA-TATGTTTAGAT-TTT--CCATC-A-C-ACCAAAT-T--------C--AGAATTA--AT-GAG----AT----C-CCTAA-G-CA-T-CAA--ACT-TGA------T-AAC-AAAGGAATGCA--A-AAACT---CCTT-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--TTGGA--A------TCT------T-TTATCTT-----AAA-G-GAAT------GGC-T--CT-GTTT--ACCA-T--GC--AACG-AGTT--T-GA--ATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACATTTC-AAG-T-A-T-CATATA--GTAATA---TTTT--CTGAAAA-TTTTCCT-ATGTAAGATTTGGT--GACATGACTTG-GTCC----AA---CCGATGT-TTT---GATGGC-TTACAGAGAAGTGGCT
gi|20 : agatgtttctaacagatttggggaatcactgtatgagcatagtagtttccaAT-A------A-CTCTTG-T---CAATT---ATGC-----ACAT----TT-A--TT-AGC-AAA-AG-C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--TT-TC--GATGTA--TAT---CCTT-AA-AT------CA--AA-TA--TG-GC--AT--TTTCT-ATTTTGGT--AC--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTttt
gi|21 : CTTTTC--AGTT--TTAGGGAAAACTT---TATTA-GT-GCAATT--TGTGTA----AAAATA-AAT--T-AGA--ACG-TC-AAA-AA--TATTGTGC-A
gi|22 : agatgtttctaacagaatttgagaattcactgtctagatggtagtttCTTAC--AGTT-GTTGAGGGAATTCA---AATATTGC-A-AGTTGCTGTTAA----AA--TA-TAT--T-ACA--ACG-TCGAAA-A---TAGTGTGC-AG----------------TGTT-TGTTATTTAGTT--------A-ATTAA
gi|23 : ttctcaggtatTT-AA-AT------CA--AA-TA--TG-AC--ATAATCT-G-ATGTTT-G--A---A-TTTTCA-------AC--TG-AA-AATGTT-TT----TT--ATCTTT-AAATTACAC-AACTGACAGC--TTC--G--C----G-CGAA-T-A----GC-TG-----Ca
gi|24 : t---A-A--AA--A--TGA-AGA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGAGTTGTTTT----TTT-----TT---T-----C-------AGAGA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-CAAGTATATAT-TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--AGAATT
gi|26 : TT-AA-AT------CA--AA-TA--TG-AC--AT--ATC-T-GATGTT-TGAAT--T-TTT--A-------AC--TG-AA-AATGTT-TT----TT--ATCTTT-AAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--G--CT---G-CGAA-T-A----GC-TG-----
gi|27 : tCTTTC--AGTT-ATCGGT-ATAACCT---AAAT-CGT-GCAATT--TGCTTA----TA--TA-AAT--
gi|28 : atgtttctaacagaatttgtgtagatagtagtttt--A------T-T------T-TAACT-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CA-G-TT--ACGA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAA---AATACC----CA-CCACA--ACA-TTC-AAG-
gi|29 : A--A------T-T------T-TAATC-T-----TAA-A-GAAT------GGC-T--CA-G-TT--ACGA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--CCC---ACA-CT-CAT-ACA-TTC-A
gi|3 : TGGCCTTTC--AGT--GTGAGAGGAAACCA---AAAGGCGT-GCAGGT--TGCTTA----TA--TA-AAT--T-AGG--ACG-TC-AAA-A---TACTATGC-AG----------------T-TT-TATTATTCA-TT--------A-ATTATTT--------------TTTT-------TGTATT-TT-GGTTCCTT-AAATTAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACACTTTTT--------AAAAA-ATGT-----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AG----T--G--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-T--GTT-ATTGTTA--TAAATTAG-----CTG---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CAA-TT--ATGC-----ACTT----TT--------GC-AAA-A--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TC--AATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-GA--AACAC--AT--TTT-T-ATTTTT-T--AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-GACTGACAGC--TTC--A---T---G-GGAA-T-A----GA-TG-----CA-C-AC-TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGG-T--AAAATCAAATTT---GA--C-CA--CGCC-ACT---A-A--AA--A--TGAGAAA-AA-TGA-AA-TA-GGACTC-CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TGTGTTTATA--TTT--CCATT-A-C-A-CAAAT-T--------C--AGAATTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-TAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACA---AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCATTG-AC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC--AAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-CATATA--GTAATA---TTTT--CTGAAAA-TTC---C-ATG-AATA-TTGGT--GACTTGATCTGTGTCCCAGCGATTCCCGA--T-TTT---GAT-GC-CTACAGAGAA-TGGCT
gi|30 : agtatcTAA--ACAG-TTTT--------AA-TA-ATATA----TT--ATGC-A------C-----AT-T-CTAGAT-AATT-AG----T--A--AAAAT---G-GC-GT--C-
gi|31 : AATA--AC-TAG----ACA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AT--TGA------T-AAC-AAAG---TGT---A-AAA
gi|4 : CTTAC--AGTT-GTTGAGATAATTCG---AACTGAGC---AGTT---G-TTG----TA---A-AATA-T-AGACAACG-TC-GAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTTGTATTATTAA-TT--------A-A---ATT--------------GTT---------GTATT-TTTGGTCTCTTTAAG-GAAC-TA-TCTGCA-TT-ATAA--ACAC-TTTT--------AAAGA-ATAT---------TT-C-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-TA----T--A--TTAAT---G-AC-GT--CCATTGA--TCAAACTG-A--TTGA--TG--TCAT-C--GTTTATTGTTA---AAAT--G-----CTT---AACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CTA-TT--ATGC-----A--T----TT-ACTT--AGC-AAATA--C-A----TG-T---TT--T-TC---------------TTA--T-T---CTTT-AA-ATTA----CA--AA-
gi|4 : cacccacatactcagtaattatttctgacaggaatttaaaataattccttctttcacaggtatTTA--TAAAC-AC-----TTT---TA--A-----AG---AAT-ATTTCACA-TTCTAG-T---TAATTT--ATATTAATGACGT----CC-A--TTGATC-AAA----C------TG-A---TTGATGTCA-------TC--G-TTTA--T-T---GTTA-AA-ATGCTTAACA--AA-GG---GCAATAAC--TCT-T-GTCTAT-T--ATGCA-TTT--ACTTAGCAAA--T---A-CATGTT-TT----TCTTATTCTTTAAATT--ACAAACTGACAGC---TC--A--CC---ATGGAA-TAA----GC-TG-----CATT-ACGTT----TTT---A-ATTTGCCATG-T--GAAAG--AGCC-----------------------AAAATCAGGTAT---AA--C-CC--AGTCAATTAA-A-A--AA--A--TGA-ATA-GA-TGA-AACCA-GGACT--AAGATATTT-------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--C-A----ATGAG-------T-TA-AATGTTGATA--TTT--CAATC-A-C-T-TAAGTGTCCCTAGAAC--GGTAATT--AT-TAG----ATA---TACCT-A-G-C--T-C----AT--TGA------T-AAC-AAAG---TGCAA-A-AAACT---CCTT-TTTT--------T---C-ACAT--AAG--T--GA--A---------------T-TTATC-TAAAAGAAA-A-GAAT------GTA-T--CT-G-TT--ACCA--G-G---AACG-AG----TAGA----T--G-TC--CAAT---A--ACT---ACA-TC-CAT-ACA-TTC-AAG-TAA-T-GAT-TA--GTAATA---TTCT--CTGAAAA-TTT---CAATG-AAGA-TTGGT--GACATGACCT-TGTCC-----A---ACGA----TTT---GAT-GC-TTACAGAGAA-TGGCTctgacagctcaccatggaataagctgcattacgtttttaatttgccatgtgaaagagccaaaatcaggtataacccagtcaattaaaaaaatgaatagatgaaaccaggactaagatatttttttttcagaaatgacaatgagttaaatgttgatatttcaatcacttaagtgtccctagaacggtaattattagatatacctagctcattgataacaaagtgcaaaaaactcctttttttcacataagtgaatttatctaaaagaaaagaatgtatctgttaccaggaacgagtagatgtccaataactacatccatacattcaagtaatgattagtaatattctctgaaaatttcaatgaagattggtgacatgaccttgtccaacgatttgatgcttacagagaatggct
gi|5 : cacccacatactcagtaattatttctgacaggaatttaaaataattccttctttcacaggtatcttacagttgttgagataattcgaactgagcagttgttgtaaaatatagacaacgtcgaaatattgtgcagtgttgtattattaattaaattgttgtatttttggtctctttaaggaactatctgcaT--TGCTTA----TA--CA-A-T--T-AGA--ACG-TT-AAA-AA--TACTGTGC-AG----------------T-TT-TAGCATTTA-TT--------A-ATCAATT--------------TTTT-------TGTATC-TT-GGTTTCAT-AAG-TATT-T--T-TG-A-TTTATAA--ACAC-TT----------AAAT---TATA----TT--T--C-A------CT----AT-T----ATT-A-TT-AG----T--A--AA--T---G-A--GT--C-ATTGA--TCAAATTGTA--T-G---TG--TCAT-T--GTTTAATGTTA--ATAATTAG-----CTT----ACCA-----AGG-CAAT-A------A-ACTTTG-T---CAATTT--ATGC-----AATT----TTCG--T--AGC-AAA-A--CCA----TG-A---TT--T-T-A-A--CT-TC--GGTTTA--T-TT--CCTT-AA-AT------TA--A--TA--TA-AC--AT--TTT-C-GATTTT-G--AT--A-TTTT-A-------AA--TG-AA-AATGCC-TT----T---ATCTGT-AAATC--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GACA---A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTT---TTATTTG-CTTG-T--GAAA----GTCAT---TTT-T---AAATGG-T--AAAA-AAAATCT---GA--C--A---GCC-ATTT--A-A--AA--A--TTA-ATA-AA-TGA-A--TA-G-ACT--C-GA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGA--------T-AA--ATGTTTATAATTTT--CTCTC-A---A-CAA---T--------C--AGAATTA-----TAT----ATA---C-C-T-ATG-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AACAAAAG---TGC-----AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-AATT--AAG--T--GA--A--------T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGT-T--CT-G--T--ACCA-TG-A---AACG--G----T-G--TATT--G-TC-AAAAT---A--A-C---ACA-C----T-ACA-TTC-AGA-T-A-TGTATATA--GTAATA---CTGT--CTCAA---------T-ATG-AAGA-TTGGTG-GACATGA-TTGT---CCA--GA---CCGT--A-TTT---GAT-GC-TTACA-AGAA-TG
gi|6 : ttgagttagtgtgaaagaaacatgcatagagcaaagAGGT--TGCTTGGATGTA--TA-AATGTT-ACA--ACG-TC-AGATA---TATTCGGT-AG----------------TGTT-TACTATTTA-CTTCAACAGTA-ATCAATTGCACCAATGAACGCTTTCAGATACATGTATT-CT-AGTTTATC-AA--TAGA-AN-C-T--A-TTTA--------C-TTC----------AACA-GTA-A----TCAATTGC-A------CCAGATAT-T-CTAGTT-TATC-AA----T--A--GAGAT---G-AC-GT--C-ATTTA--TCGGAATG-A--C-AA------------------------A--TAAAATAGAGGAATTT---TACAA-----AGGGCAATTG------A-CTCTTG-C---CAATTT--ATGC-----ACAT----T--------AGC-AAA-A--CCA----TGCA---TT--T-TCA-A--CT-TT--TATTTA--T-T---TTTTTAA-AT------CA--AA-TA--TGC-C--GT--TTC-TGATTTTT-T--AT--A-TTC--A-------AA--TG-AA-AATGCG-TT----T---ACCTTT-GAATT--AC-AATTA----C--TTC--A--CT---A-GAAA-T-A----G-------------------------T---A-ATC-A-AATG-T--GAAAA-TATTCAA---ATT-T---TATTGG-T--AAAATCAAACAT---TA--T-C---TGTC-ATT---A-A--AA--A--TAG-ATA-AA-TGA-GA-CA-GGACT--AAGA------------TCC-----CC---C-----C-------GGAT---T-GA--TAA-----TGAG-------C-AA-TATGTTTGTA--TTTT-CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAA----ATA---C-TCT-A-G-CA-T-CAA--AC--CGATACATGT-AAC-AAAG---TGC---A-GAACT---CCTA-TTTTA-------C---A-ACAA--AAG--T--TATTATTTTTTT-T------T-TTATC-T-----AAA-T-GAGT------GGC-C--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACA-TG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---AAA-CC-CAT-AC--------------------TA--GTAATA---T---------------------ATG-AAGA-TCGGT--GA-A-GACCAGT---CCA--G----TCTA--T-TTT---GAT-GC-TTACAGGGAA-ct
gi|7 : TA----TT--TTGT-AATTTCTT-----AT-TGCTCATT-AATTTAG----C--A--ATAATTTCA-AA-GTATC-GTTGACTTTACAGTA-A--T-AT--TG--CTTT-T--CTT--TTGTCA--TA--TTAG-----TTT---TACAACTTTTAGGGCAAT-A------C-CTCTTG-T---CGAATT--ATGC-----ACAT----TT-G--TT-AGC-AAACA--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TG--GATTTA--T-TT--CCTT-AA-AC------CA--AA-TA--CG-AC--AT--TTC-TGATTTTTGT--AT--A-TTT--A-------AA--TT-AA-AACGTA-T---------ATCTTG-AAATT--GC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-G----GC-AG-----CA-T-AC-TT----TTTTTAA-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAATCAT---TTT-T---AA-TGG-T--AAAATCAAATAC----A--C-C---TGTC-ATTTAAA-A--AA--A--TGA-ATA-AA-TGC-AA-AA-GGACT--CCGA------------TTT-----TTGTTT-----C-------AGAAT--T-GA--CAA-----TAAG-------T-AA-TTTGCTTATA--TTTT-CCATC-A-T-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAA----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-ACAT---TGC---A-AAACT---CCCA-TTTT--------C---A-ACAT------------------------------------------------A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GT-TATT--G-TC-AACAT---A--ACT---ACA-CT-CAT-ACA-TTC-AAA-T-A-T---------GTAATA---TTCT--CTGAAAT-TTT---C-ATG-AAGA-CTGGT--GACATGACTTGT---CCA--G----CCTA--T-TTT---GAT-GC-ATATACAGAA-TGG
gi|8 : gcaattcgaaacaatttgtattaaaaagcatagctagttaactatggA-T-TGCA-CCAATGA--ACGC-TTTC--------AGATACATGTA----TT--T------------------------AGTT-TATC-AA-------A--GAAAT---GGAC-GT--C-ATT-A--T--ATCCG-A-----A--TG--ACAA-A--ATT-AA----A--TAGAGGAA-----TTT---TACCA-----AAGGCAATTG------A-CTCTTG-----CAATTT--ATGC-----ACAT----CT-A------GC-AAA-AACC-A----TGCA---TTA-T-TCA-AAACT-T----ATTTA--T-T---TTTTTAA-AT------CA--AAATAGATGC-C--GT--TTC-TGATTTTT-T--AT--AATTT--A-------AA--TG-AA-A---TCGTT----T---ACTCTTTGAATT--AC-AATTA----C--TTC--A--CT---A-GAAA-T-A----G--TA------A-T-AC-C-----------A-A------ATG-T--GAAAAGTATTCAAATATTT-T---AT-TGG-T--AAAATAAAATA-----A--T-C---TGTC-ATT---A-A--AA-----TAG-ATA-AA-TGAGAA-CA-GGACT--AAGA------------TTTAATTTTT---T-----CCCCTCCCAGGAT--TTGA--TAA-----TGAG-------C-AAATATGTTTA-A--TTTTCCCATT-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATATAAT-TAA----ATA---C-TCT-A-G-CAAT-CAAGAACCATTACAT---T-AAC-AAAG---TGC---AGAAACT---CCTA-TTTTA-------C---A-ACAA--AAG--T--TA--A------T-TATTTTTT-TTATC-T-----AAATATGAGT------GGC-C--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACA-TG----T-GATTATT--GTTC-AAATT---A--ACC---AAA-CC-CAT-AC----------T-A-T-AATATA-------------C--------------------TG-AAGA-TTGGT--GA---AACCAGT----CA--GT---CTAT--T-TTT---GAT-GCTTTACAG-GAA-TGatcttaaattgtctttta
gi|9 : tatttactttcaacagtaatcaTTCTT-AA--TAA--TA-T-GCCA-TT-ATAA--AC---TTTT--------AAACA-ATATA----CT--TTGC-A------C-----AT-TTCTAAGT-AAAC-AG----T--ACAAAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAC-CTG-A--GAGA--TAGCTCATAT--GTT-ATTGTAA--TCAATTA------TCTGTGTACAA-----AGGGCAAT-G------A-ACCTTG-T---CAAATT--ATGC-----ACTT----TC-T--T--AG--AAA-A--C-ACCCATG-A---AT--T--CA-A--CT--A--GATTTACTT-T---CCTT-AA-AT------CACAAA-TA---ACAC--AT--TCT---ATTTT-----GT--A-TT-----------AA--TG-AA-A-TGTCATT----T---AT--TTTA---T--AC-A--TGACAGC--TTCTAA--CT---G-GGAA---A----AC-TG-----CA-T-TC-TT----TTT---A-ATTTG-CAT--T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGT-T--AAAAT--ATTATTGAGA--C-CA---GCC-ATT---A-A--AA--AA-TGA-AGA-AA-TGACAA-TAAGGATT--CAGAA-----------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--AAA----ATAA--------T-AA-TATA-----A--TGT--CCATC-A-C-A-CAAAT----------C--AGAATTA--AC-TAG----ATA---C-CTT-A-G-AA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAGG----GA---A-AAAC----ACTA-TTTT--------TCAAA-ACAT--AAG-----GA--A------T-T------T-TAATC-T-----AAA-G-GAAT------TGC-T--CT-G--T--A-CA-TG-AC--AACGCAG----T-G---ATT--G-T--AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CATCACA-TTC-AA--C-A-T-CATA------AATA---T--T--TTGAAAATTTT---C-AT--AAGA-TT-GT--GACATGA-CTA-GTCCCA---A---CCGA----TTT---GAT-GC-T--CAGAaatgactcta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTACACTACGCACACTTAAGAATTTCATCGGGATTCTACACATACACATGTATTATCTATTACAAATTAAAGTTCACGTTATGGTTAGTTGGACTAACTTTCAAAAAACCATGAATCACAACTAAAATTTATATCCAGAGATTTCATTACTAATTTTCAAACATGTGAACCTATACCAAATCCTGTTCTTCCGTATAATGCTGTCTGGAGATTTTCAATTTATTACTTTTTTTTGCGTTTTCGCATTCTCAGTACTTATTTCTAACAGAGTTTAAGATATGTTTCCCCATTTACAATATGTCTTACAATTGCAGAGGGAATTCGAACTGT
Unaligned ( gi|25 ): CACACATTCTCAGTAATTATTTCTGACAGGATTTAAGAATGATAGTATCTTACAGTTGTTGAAACATTTCGAAAAGAGCAAGTTGCTGTTAAAATAT
Unaligned ( gi|32 ): GTGTCTTACAGTTGTTGAGGAAATTCGAACTGTGCAAGTT
Alignments
lowQualScore : 1111 1111 11 1111 111 3333333333333333 1 22222222 4444444444444444444444444 11 11 222222222 111111111111 11111111 111 11111 11111111 3333333 1111 11111 111 111111 22222 111 1111 1111111111 111 1 11111 111 3333 11111 333333333333 11111 111 11111 11 11 111111 111 22222222 111111111111111 11111 444444444444444
lowQualScore : 66 55 4 3 0 1111 7777 7777 11 1 2222 55 4 99 4 66 4 8 4 666 4 3333333333333333 7 5 1 88888888 5 6666666666666666666666666 6 6 88 11 88 4 4 0 4 11 55 4 4 444444444 1 4 7777 55 3 666666666666 3 7 7 3 9999999 55 666 3 3 55 3 99 4 33333333 55 7777 999 77 5 999999 555 11111 00000000 3 55555 2 44 77777 2 7777 2222222 3 7777 888888 6 555 77 3 5555 00000 77 3 222 5 2 222222 33 2 22222 44 44 333 6666 44 3 0000000000 33 2 2 8 6666 000 9 44 3 44 44 88 555 3 444 6666 3 00000 3 3 9 6666 999 3 3 3 44 3 000 5 5555 1 2 33 9999 33 2 0000 5 11111 33 77777 2 0 2 2 5 2 2 99 888888888888 66666 444 22222 8888888 000 2 444 44444 8888888 5 44 88 44 5 2 2 2 2 99999999 33 1 1 66 2 5555 444 2 2 2 2 2 2 33 55 111111 2 5 444 000 2 444 7 11111111 444 2 33 33 33 33 444444444444444 2 2 33333 2 2 777777 2 33 2 2 33 2 2 33 44 9999 2 2 33 2 33 444 33 444 2 2 5 2 2 44 3 3 88 44 777777777 3 55555 6 6 77 3 999999999999999 9999 555 3 6 1 4
lowQualScore : .. .. . . . .... .... .... .. . .... .. . .. . .. . . . ... . ................ . . . ........ . ......................... . . .. .. .. . . . . .. .. . . ......... . . .... .. . ............ . . . . ....... .. ... . . .. . .. . ........ .. .... ... .. . ...... ... ..... ........ . ..... . .. ..... . .... ....... . .... ...... . ... .. . .... ..... .. . ... . . ...... .. . ..... .. .. ... .... .. . .......... .. . . . .... ... . .. . .. .. .. ... . ... .... . ..... . . . .... ... . . . .. . ... . .... . . .. .... .. . .... . ..... .. ..... . . . . . . . .. ............ ..... ... ..... ....... ... . ... ..... ....... . .. .. .. . . . . . ........ .. . . .. . .... ... . . . . . . .. .. ...... . . ... ... . ... . ........ ... . .. .. .. .. ............... . . ..... . . ...... . .. . . .. . . .. .. .... . . .. . .. ... .. ... . . . . . .. . . .. .. ......... . ..... . . .. . ............... .... ... . . . .
lowQualScore : 99 22 2 4 8 5555 2222 8888 00 4 5555 55 0 55 4 11 4 9 4 777 4 1111111111111111 6 7 4 66666666 7 2222222222222222222222222 7 7 00 66 44 4 4 1 4 00 55 7 0 111111111 0 0 7777 00 6 999999999999 6 3 3 6 5555555 00 444 6 6 00 6 55 0 00000000 00 7777 333 99 2 333333 888 77777 66666666 1 55555 5 22 77777 2 1111 8888888 3 1111 888888 7 888 99 3 0000 11111 99 3 555 7 9 111111 99 9 77777 22 22 222 8888 22 1 5555555555 99 9 9 6 1111 777 4 22 1 22 22 55 444 1 777 5555 1 88888 6 6 2 5555 666 1 1 1 22 1 777 7 1111 6 9 99 1111 99 9 8888 7 11111 77 66666 7 9 7 7 3 7 7 00 000000000000 77777 777 33333 7777777 888 7 111 66666 7777777 3 77 00 33 3 7 7 7 7 77777777 77 0 0 33 7 7777 444 5 5 5 5 5 5 44 99 666666 5 0 444 333 5 777 5 66666666 444 5 44 77 77 44 111111111111111 5 5 11111 5 5 222222 5 44 5 5 44 5 5 44 99 3333 7 7 77 7 55 777 77 777 7 7 3 7 7 66 1 1 22 22 222222222 1 66666 7 7 99 8 111111111111111 3333 888 3 7 6 4
consensus : NNNNNNTGGCCTTTC--AGTT-GTCGGGGAAAACCN---AANNNCGC-GCAGTT--TGCTTA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACG-TC-AAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTT-TATTATTTA-TT--------A-ATTAATT--------------TTTT-------TGTATT-TT-GGTTTCTT-AAG-TAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACAC-TTTT--------AAANA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AG----T--A--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-T--GTT-ATTGTTA--TAAATTAG-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CAATTT--ATGC-----ACNT----TT-A--T--AGC-AAA-A--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TC--GATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-TA--TGCAC--AT--TTT-T-ATTTTT-T--AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGG-T--AAAATCAAATAT---GA--C-CA--TGCC-ATT---A-A--AA--A--TGA-ATA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TATGTTTATA--TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGNANTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-NATATA--GTAATA---TTCT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGGT--GACATGACCTGTGTCCCA--GA---CCGA--T-TTT---GAT-GC-TTACAGAGAA-TGGCT
Reference ( family-3047 ) : NNNNNNTGGCCTTTC--AGTT-GTCGGGGAAAACCN---AANNNCGC-GCAGTT--TGCTTA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACG-TC-AAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTT-TATTATTTA-TT--------A-ATTAATT--------------TTTT-------TGTATT-TT-GGTTTCTT-AAG-TAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACAC-TTTT--------AAANA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AG----T--A--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-T--GTT-ATTGTTA--TAAATTAG-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CAATTT--ATGC-----ACNT----TT-A--T--AGC-AAA-A--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TC--GATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-TA--TGCAC--AT--TTT-T-ATTTTT-T--AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGG-T--AAAATCAAATAT---GA--C-CA--TGCC-ATT---A-A--AA--A--TGA-ATA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TATGTTTATA--TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGNANTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-NATATA--GTAATA---TTCT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGGT--GACATGACCTGTGTCCCA--GA---CCGA--T-TTT---GAT-GC-TTACAGAGAA-TGGCT
gi|1 : TGGCCTTTTCGAGTTAGTAAAATAAAATCTCTAAAATGCAC-AAAGTT--TATGTAA---TA--TGGAAT--TCGGA--ACA-TC-AAA-AAAGTACTGTGCCAG----------------TTGT-TCTTATTTA-TTTA------ATATTTATTA-------------TTTT-------GGTATTCTT-GGGTTCT---AG-TAAAATA-T-TGCAATTTCTAACAAC-C-TTTTTGTTTTAAAAAAA-ATATAAATTTT--TTGCCA------C-----ATAT-CTAGTTCAATT-AAGTTTT--A--AAAAT---G-ACCGT--C-ATTGAA-TCAAACTG-GATT-GAATTT--CCAT-TTGGTT-TATGTTAA-TGAAT-AG-----TT-----ACAA-----GGGGCA-T-A------A-CTTTTG-TTTCCAATTTTTATGC-----ACTTATTCTT----T--AGC-AAA----C-A----TG-A---TT------ACA--CT-TCCCGATTTA--T-TTTCCCTT-AACAT------CA--A--TA---ACAC--AT--TTT-T-ATTTTTGT--AC--A-TTT--A-------AAAATG-AATAATGTT-TTATGTT---ATCTTTAAATTT--AC-AACTGACAGCTTTTC--AAGCTGGCG-GGAA-T-AAGAGGCTTGC----CA-TAAC-TTTTTCTTT---A-ATTTG-CATG-TTGAAAAA-TATCCAAT--TTT-T---AAATGG-GCAAAAATCAA--AT---GAACC-CAACTCCT-ATT---ACAACAA--A--TGA-AAATAA-TGA-AA-TA--GACTC-CAGAAAAAAATTTTTTTTT-----TT---C-----C-------AGAAAATT-GG--AAACCCCATGAAGTTTTATT-AA-TGGTTTTATATTTTT--CAATCAA-CAA-CAAAT-T--------CAAGAAATTA--AA-TAGAAAAATATCCC-TCT-A-GCCA-TAAAA--AC--TGA------TAAACAAAAG---TGCAAAA-AAACTATCCCTA-TTTTTTTTTCCCC---ATAC-T--AAGGTT--GG--A------T-T------C-TTATC-TTC---AAA-A-GAAT------GGCTT--CTGG-TTTAACCA-TGAACAAAACG-AGGTTTT-TA-TATCCGG-TCAAAAATAAGA--ACCCCAACACCC-CATCCCA-TTT-AAATT-T-T-GAAACA--GT-ATA---TTTTTCCTGAAAA-TTT---C--TGAAAAA-TTGGTGGGACATGCACTTTGTCC-----A---C--A--T-TTTTGGAAT-GC-TT
gi|10 : tagttcta--T-AA--TG--TCAT-T--GTTTATTATCA--TAAATTAG-----CTT---TACAA-----AGGGCAAT-G------G-CTCTTG-T---CGATTT--ACGC-----ACAT----TT-A--TT-AGC-AAATA--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TCC-GATT----------CCTT-AG-AT------CA--AA-TA--TG-AC--AT--TTT-TTATTTTT----------------------------G-TA-AATGTC-TT----T---ATCTTT-AAATT--AC-AACTGACAAC--TTA--A--CT---G-GGGA-T-A----TC-TG-----CA-T-ACGTT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAGA-TAGTCAA---TTTCT---TAATGG-T--AAAATCAAATAT---AA--C-CA---ACC-A-----------A--A--TGA-ATA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--TTGA------------TTT-----TT---TTTTT-C-------AGAAT--T-CA--CAA-----TTAG-------T-AT-TATGTTTATT--TTTT-CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-CAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTTT-------C---A-ACAT--AAG--T--GG--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-TAAT------GAC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAATT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-GTTAAA--GTAATA---ATCT--CTGAAAA-TTT---ttaac
gi|11 : acT--A-------AA--TG-AA-AAAGTC-TT----T---ATCTTT--AATT--AC-AACT-ACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTTTT-A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-TTGTAAATGG-T--AAAATCAATT-T---GA--C-CA---GCC-ATT---A-A--AA--T--GGA-AGA-AA-TGA-A--TA-GGATT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAAA-T-GA--CAA----ATGAG-------TTAA-TATGTTTATT--TTT--CCATCCA-C-A-CAAAT-T--------C--AGAATTA---T-TAG----AT----C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGA---A-AAAC----CCTATTTTT--------T---A-ACAT--AAG--T--GA--A-----------------TTATC-T-----ACT-A-CAATAGCAGAGGC-CTGCT-G-TT--ACCA-TG-AC--AACG-GA----T-GA-TATT--G-TC--AAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT--CA-TTCAAAG-T-ACT-CATATAACATAAAAAATTTTT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGATTTGGT--GACATGACCT-TGTCC-----A---CCGA--TGTTT---TAT-GCATTAC
gi|13 : ---TTT-T---AAATAG-T--AAAATCAAATAT---TA--A-C---TGCC-ATT---A-A--AA--AAATTA-ATA-AA-TAA-AA-TA-GGACT--CATA------------TTT-----TT---TTTCTCC-------AGAAT--T-GA--CAA-----TGAG-------T-AA-TTTGTTTATA--TTTT-CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAA----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC---AG---TGC---A-AAACT---CCTATTTTT--------C---A-ACAT--AAG--T--GA--G------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--cacgacgatcgctct
gi|14 : aactgcctattagatgttttcttgaatgctggatcaatgagcactA---C-CCT-A-A-CA-T-CGA--AC--TGA------T-AAC-AAAC---TGC---A-AAAGT---CATA-TTTTT-------C---A-ACAT--TAG--T--GA--T------T-T------TGTTATC-TTT---AAA-A-AATT------G------CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-TT----T-GA-TATT--G-TC-AAAAA---A--ACC---ACT-CT-TAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-GATATA--GTAATA---TTGT--CTAACAA-ATT---C-ATG-AAGA-TCAGT--GCCATGACTTGT---CCA---A---CCGA--T-TTT---GAT-GT-TTACGAAAAA-TGGCTgccaaattctaataatgaaaaata
gi|15 : -TT----TTT---A-ATTTG-CATG-A--GAAAA-TAGTAGG---TTTGT---TAATGG-T--AAAATTAAATAT---TA--C-C---TGCC-ATT-----A--AA--A--TGA-ATA-AA-TT--TA-CA-GGACT--CCGA-------------TT-----TT---T-----C-------GGAA----------------------------T-AA----GTTTATAT-TTT--CCATC-A-T-A-CAGAC-T--------C--TGTAATA--AT-CAA----ACA---T-TCT-A-G-CA-T-TAA--AA--TGA------T-AAC-AAAA---TGT---A-AAACT---TCTA-GTTTA-------C---A-ACAT--GAG--T--ttt
gi|16 : tttt-TAAA-CA-C-TACA-AT-GTCA--AAAC-TTT----------AAAA-ATATA----TT--TTGG-T------C-----AT-T-CTAGTTTGATT-GG----T--A--AAA-T---G-AC-AT--C-ATTGA--TTAGAGTG-A--T-TA--TT--TCAT-T--GTTTATTGTTA--TAAATTAA-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-C---CGATAT--ATGC-----Atatttaa
gi|17 : ttagcaattgttgtacagttttagaggaaattctgactgagcaaattggcta-TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTAAA---TTT-T---TAATGG-T--AAAATCAAATAT---AA--C-C------------------------------ATA-AA-TGA-AA-TG-GGATT--AAGAT-----------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA---AA----ATAAG-------T-AA-AATATTTACAT-TTT--CCATC-AGT-A-ATAAC-T--------A--AATACTAC-ATGTAG-----TA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AG--TGA------T-AAC---AG---TGC---A-AAACT---CCTGTTTTT--------C---A-ACTT--A
gi|18 : tTA-TTTT--------T---A-GCGTCAAAC--T--G----------T-T------T-TTATC-T-----AAA-G-GAAT------TAC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-TA----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ATA-CC-CAT-ACA-TTC-ATA-T-A-T-GATATA--GCAATG---ATCT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGAT--GACATG-------------------------T-TTT---GAT-GC-TTACATAGAA-TGGCT
gi|19 : C--AGTT-GTTGTGAAAATTCG---AAAATAGC-A-AGTTGCTGTTAA----GA--TA---T--T-ACA--ACG-TCGAAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGct
gi|2 : atacacactcattctcagtaattatttctgacagatgatttccttctttcacaagtatcttaaTTTC--AGTT-ATCGGGGAAAAC------ATATCGTTGCAATT--GGCTTA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACGTTC-AAA-A---TATTGTGC-AGAGCTTCCATTGGCAGCTATT-TATTATTTATTT--------A-GTTAATT--------------TTTT-------TGTA-T-TT-GGTTTTAC-AAG-T-AA-TATT-TGCA-TTT-TAA--ACAC-TTT----------AAAA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTG--T-AACT-AG----TTAA--AAAAT---G-AC-GT--C-A-TGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-G--TTT-A-TGTTATTTCAATTAT-----TTT---TACAAC----AGGGCAAT-A------ATCTCTTGTT---CAATTT--ATGC-----ACTT----TT-CT-T--AGCAAAA-A--C-A----T--ATTTTT--T-TCA-A--CTCTC--GATTTAT-T-T---TCTT-AA-AT------CA--AA-TA---ACAC--AT--TTT-T-ATTTTTGT--AT--A-TTT--A-------AA--TGAAA-AATGTCTTT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--AACTT---G-GGAATT-A----GC-TGCTTTACA-T-ACTTT----TTT---A-AATTG-CATGTT--GAAAA-TAGTCAAT--TTT-T---AAATGGAT--AAAATCAAATTT---GA--CGCA---GCCAATT---A-A--AAAGA--TGA-AGA-AATTGA-AA-TA-GGATTGCTAGAT-----------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GAACCAA----ATGAG-------TAAA-TATGTTTAGAT-TTT--CCATC-A-C-ACCAAAT-T--------C--AGAATTA--AT-GAG----AT----C-CCTAA-G-CA-T-CAA--ACT-TGA------T-AAC-AAAGGAATGCA--A-AAACT---CCTT-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--TTGGA--A------TCT------T-TTATCTT-----AAA-G-GAAT------GGC-T--CT-GTTT--ACCA-T--GC--AACG-AGTT--T-GA--ATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACATTTC-AAG-T-A-T-CATATA--GTAATA---TTTT--CTGAAAA-TTTTCCT-ATGTAAGATTTGGT--GACATGACTTG-GTCC----AA---CCGATGT-TTT---GATGGC-TTACAGAGAAGTGGCT
gi|20 : agatgtttctaacagatttggggaatcactgtatgagcatagtagtttccaAT-A------A-CTCTTG-T---CAATT---ATGC-----ACAT----TT-A--TT-AGC-AAA-AG-C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--TT-TC--GATGTA--TAT---CCTT-AA-AT------CA--AA-TA--TG-GC--AT--TTTCT-ATTTTGGT--AC--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTttt
gi|21 : CTTTTC--AGTT--TTAGGGAAAACTT---TATTA-GT-GCAATT--TGTGTA----AAAATA-AAT--T-AGA--ACG-TC-AAA-AA--TATTGTGC-A
gi|22 : agatgtttctaacagaatttgagaattcactgtctagatggtagtttCTTAC--AGTT-GTTGAGGGAATTCA---AATATTGC-A-AGTTGCTGTTAA----AA--TA-TAT--T-ACA--ACG-TCGAAA-A---TAGTGTGC-AG----------------TGTT-TGTTATTTAGTT--------A-ATTAA
gi|23 : ttctcaggtatTT-AA-AT------CA--AA-TA--TG-AC--ATAATCT-G-ATGTTT-G--A---A-TTTTCA-------AC--TG-AA-AATGTT-TT----TT--ATCTTT-AAATTACAC-AACTGACAGC--TTC--G--C----G-CGAA-T-A----GC-TG-----Ca
gi|24 : t---A-A--AA--A--TGA-AGA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGAGTTGTTTT----TTT-----TT---T-----C-------AGAGA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-CAAGTATATAT-TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--AGAATT
gi|26 : TT-AA-AT------CA--AA-TA--TG-AC--AT--ATC-T-GATGTT-TGAAT--T-TTT--A-------AC--TG-AA-AATGTT-TT----TT--ATCTTT-AAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--G--CT---G-CGAA-T-A----GC-TG-----
gi|27 : tCTTTC--AGTT-ATCGGT-ATAACCT---AAAT-CGT-GCAATT--TGCTTA----TA--TA-AAT--
gi|28 : atgtttctaacagaatttgtgtagatagtagtttt--A------T-T------T-TAACT-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CA-G-TT--ACGA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAA---AATACC----CA-CCACA--ACA-TTC-AAG-
gi|29 : A--A------T-T------T-TAATC-T-----TAA-A-GAAT------GGC-T--CA-G-TT--ACGA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--CCC---ACA-CT-CAT-ACA-TTC-A
gi|3 : TGGCCTTTC--AGT--GTGAGAGGAAACCA---AAAGGCGT-GCAGGT--TGCTTA----TA--TA-AAT--T-AGG--ACG-TC-AAA-A---TACTATGC-AG----------------T-TT-TATTATTCA-TT--------A-ATTATTT--------------TTTT-------TGTATT-TT-GGTTCCTT-AAATTAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACACTTTTT--------AAAAA-ATGT-----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AG----T--G--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-T--GTT-ATTGTTA--TAAATTAG-----CTG---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CAA-TT--ATGC-----ACTT----TT--------GC-AAA-A--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TC--AATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-GA--AACAC--AT--TTT-T-ATTTTT-T--AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-GACTGACAGC--TTC--A---T---G-GGAA-T-A----GA-TG-----CA-C-AC-TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGG-T--AAAATCAAATTT---GA--C-CA--CGCC-ACT---A-A--AA--A--TGAGAAA-AA-TGA-AA-TA-GGACTC-CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TGTGTTTATA--TTT--CCATT-A-C-A-CAAAT-T--------C--AGAATTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-TAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACA---AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCATTG-AC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC--AAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-CATATA--GTAATA---TTTT--CTGAAAA-TTC---C-ATG-AATA-TTGGT--GACTTGATCTGTGTCCCAGCGATTCCCGA--T-TTT---GAT-GC-CTACAGAGAA-TGGCT
gi|30 : agtatcTAA--ACAG-TTTT--------AA-TA-ATATA----TT--ATGC-A------C-----AT-T-CTAGAT-AATT-AG----T--A--AAAAT---G-GC-GT--C-
gi|31 : AATA--AC-TAG----ACA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AT--TGA------T-AAC-AAAG---TGT---A-AAA
gi|4 : CTTAC--AGTT-GTTGAGATAATTCG---AACT--GA-GCAGTT---G-TTG----TA---A-AATA-T-AGACAACG-TC-GAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTTGTATTATTAA-TT--------A-A---ATT--------------GTT---------GTATT-TTTGGTCTCTTTAAG-GAAC-TA-TCTGCA-TT-ATAA--ACAC-TTTT--------AAAGA-ATAT---------TT-C-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-TA----T--A--TTAAT---G-AC-GT--CCATTGA--TCAAACTG-A--TTGA--TG--TCAT-C--GTTTATTGTTA---AAAT--G-----CTT---AACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CTA-TT--ATGC-----A--T----TT-ACTT--AGC-AAATA--C-A----TG-T---TT--T-TC---------------TTA--T-T---CTTT-AA-ATTA----CA--AA-
gi|4 : cacccacatactcagtaattatttctgacaggaatttaaaataattccttctttcacaggtatTTA--TAAAC-AC-----TTT---TA--A-----AG---AAT-ATTTCACA-TTCTAG-T---TAATTT--ATATTAATGACGT----CC-A--TTGATC-AAA----C------TG-A---TTGATGTCA-------TC--G-TTTA--T-T---GTTA-AA-ATGCTTAACA--AA-GG---GCAATAAC--TCT-T-GTCTAT-T--ATGCA-TTT--ACTTAGCAAA--T---A-CATGTT-TT----TCTTATTCTTTAAATT--ACAAACTGACAGC---TC--A--CC---ATGGAA-TAA----GC-TG-----CATT-ACGTT----TTT---A-ATTTGCCATG-T--GAAAG--AGCC-----------------------AAAATCAGGTAT---AA--C-CC--AGTCAATTAA-A-A--AA--A--TGA-ATA-GA-TGA-AACCA-GGACT--AAGATATTT-------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--C-A----ATGAG-------T-TA-AATGTTGATA--TTT--CAATC-A-C-T-TAAGTGTCCCTAGAAC--GGTAATT--AT-TAG----ATA---TACCT-A-G-C--T-C----AT--TGA------T-AAC-AAAG---TGCAA-A-AAACT---CCTT-TTTT--------T---C-ACAT--AAG--T--GA--A---------------T-TTATC-TAAAAGAAA-A-GAAT------GTA-T--CT-G-TT--ACCA--G-G---AACG-AG----TAGA----T--G-TC--CAAT---A--ACT---ACA-TC-CAT-ACA-TTC-AAG-TAA-T-GAT-TA--GTAATA---TTCT--CTGAAAA-TTT---CAATG-AAGA-TTGGT--GACATGACCT-TGTCC-----A---ACGA----TTT---GAT-GC-TTACAGAGAA-TGGCTctgacagctcaccatggaataagctgcattacgtttttaatttgccatgtgaaagagccaaaatcaggtataacccagtcaattaaaaaaatgaatagatgaaaccaggactaagatatttttttttcagaaatgacaatgagttaaatgttgatatttcaatcacttaagtgtccctagaacggtaattattagatatacctagctcattgataacaaagtgcaaaaaactcctttttttcacataagtgaatttatctaaaagaaaagaatgtatctgttaccaggaacgagtagatgtccaataactacatccatacattcaagtaatgattagtaatattctctgaaaatttcaatgaagattggtgacatgaccttgtccaacgatttgatgcttacagagaatggct
gi|5 : cacccacatactcagtaattatttctgacaggaatttaaaataattccttctttcacaggtatcttacagttgttgagataattcgaactgagcagttgttgtaaaatatagacaacgtcgaaatattgtgcagtgttgtattattaattaaattgttgtatttttggtctctttaaggaactatctgcaT--TGCTTA----TA--CA-A-T--T-AGA--ACG-TT-AAA-AA--TACTGTGC-AG----------------T-TT-TAGCATTTA-TT--------A-ATCAATT--------------TTTT-------TGTATC-TT-GGTTTCAT-AAG-TATT-T--T-TG-A-TTTATAA--ACAC-TT----------AAAT---TATA----TT--T--C-A------CT----AT-T----ATT-A-TT-AG----T--A--AA--T---G-A--GT--C-ATTGA--TCAAATTGTA--T-G---TG--TCAT-T--GTTTAATGTTA--ATAATTAG-----CTT----ACCA-----AGG-CAAT-A------A-ACTTTG-T---CAATTT--ATGC-----AATT----TTCG--T--AGC-AAA-A--CCA----TG-A---TT--T-T-A-A--CT-TC--GGTTTA--T-TT--CCTT-AA-AT------TA--A--TA--TA-AC--AT--TTT-C-GATTTT-G--AT--A-TTTT-A-------AA--TG-AA-AATGCC-TT----T---ATCTGT-AAATC--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GACA---A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTT---TTATTTG-CTTG-T--GAAA----GTCAT---TTT-T---AAATGG-T--AAAA-AAAATCT---GA--C--A---GCC-ATTT--A-A--AA--A--TTA-ATA-AA-TGA-A--TA-G-ACT--C-GA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGA--------T-AA--ATGTTTATAATTTT--CTCTC-A---A-CAA---T--------C--AGAATTA-----TAT----ATA---C-C-T-ATG-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AACAAAAG---TGC-----AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-AATT--AAG--T--GA--A--------T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGT-T--CT-G--T--ACCA-TG-A---AACG--G----T-G--TATT--G-TC-AAAAT---A--A-C---ACA-C----T-ACA-TTC-AGA-T-A-TGTATATA--GTAATA---CTGT--CTCAA---------T-ATG-AAGA-TTGGTG-GACATGA-TTGT---CCA--GA---CCGT--A-TTT---GAT-GC-TTACA-AGAA-TG
gi|6 : ttgagttagtgtgaaagaaacatgcatagagcaaagAGGT--TGCTTGGATGTA--TA-AATGTT-ACA--ACG-TC-AGATA---TATTCGGT-AG----------------TGTT-TACTATTTA-CTTCAACAGTA-ATCAATTGCACCAATGAACGCTTTCAGATACATGTATT-CT-AGTTTATC-AA--TAGA-AN-C-T--A-TTTA--------C-TTC----------AACA-GTA-A----TCAATTGC-A------CCAGATAT-T-CTAGTT-TATC-AA----T--A--GAGAT---G-AC-GT--C-ATTTA--TCGGAATG-A--C-AA------------------------A--TAAAATAGAGGAATTT---TACAA-----AGGGCAATTG------A-CTCTTG-C---CAATTT--ATGC-----ACAT----T--------AGC-AAA-A--CCA----TGCA---TT--T-TCA-A--CT-TT--TATTTA--T-T---TTTTTAA-AT------CA--AA-TA--TGC-C--GT--TTC-TGATTTTT-T--AT--A-TTC--A-------AA--TG-AA-AATGCG-TT----T---ACCTTT-GAATT--AC-AATTA----C--TTC--A--CT---A-GAAA-T-A----G-------------------------T---A-ATC-A-AATG-T--GAAAA-TATTCAA---ATT-T---TATTGG-T--AAAATCAAACAT---TA--T-C---TGTC-ATT---A-A--AA--A--TAG-ATA-AA-TGA-GA-CA-GGACT--AAGA------------TCC-----CC---C-----C-------GGAT---T-GA--TAA-----TGAG-------C-AA-TATGTTTGTA--TTTT-CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAA----ATA---C-TCT-A-G-CA-T-CAA--AC--CGATACATGT-AAC-AAAG---TGC---A-GAACT---CCTA-TTTTA-------C---A-ACAA--AAG--T--TATTATTTTTTT-T------T-TTATC-T-----AAA-T-GAGT------GGC-C--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACA-TG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---AAA-CC-CAT-AC--------------------TA--GTAATA---T---------------------ATG-AAGA-TCGGT--GA-A-GACCAGT---CCA--G----TCTA--T-TTT---GAT-GC-TTACAGGGAA-ct
gi|7 : TA----TT--TTGT-AATTTCTT-----AT-TGCTCATT-AATTTAG----C--A--ATAATTTCA-AA-GTATC-GTTGACTTTACAGTA-A--T-AT--TG--CTTT-T--CTT--TTGTCA--TA--TTAG-----TTT---TACAACTTTTAGGGCAAT-A------C-CTCTTG-T---CGAATT--ATGC-----ACAT----TT-G--TT-AGC-AAACA--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TG--GATTTA--T-TT--CCTT-AA-AC------CA--AA-TA--CG-AC--AT--TTC-TGATTTTTGT--AT--A-TTT--A-------AA--TT-AA-AACGTA-T---------ATCTTG-AAATT--GC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-G----GC-AG-----CA-T-AC-TT----TTTTTAA-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAATCAT---TTT-T---AA-TGG-T--AAAATCAAATAC----A--C-C---TGTC-ATTTAAA-A--AA--A--TGA-ATA-AA-TGC-AA-AA-GGACT--CCGA------------TTT-----TTGTTT-----C-------AGAAT--T-GA--CAA-----TAAG-------T-AA-TTTGCTTATA--TTTT-CCATC-A-T-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAA----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-ACAT---TGC---A-AAACT---CCCA-TTTT--------C---A-ACAT------------------------------------------------A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GT-TATT--G-TC-AACAT---A--ACT---ACA-CT-CAT-ACA-TTC-AAA-T-A-T---------GTAATA---TTCT--CTGAAAT-TTT---C-ATG-AAGA-CTGGT--GACATGACTTGT---CCA--G----CCTA--T-TTT---GAT-GC-ATATACAGAA-TGG
gi|8 : gcaattcgaaacaatttgtattaaaaagcatagctagttaactatggA-T-TGCA-CCAATGA--ACGC-TTTC--------AGATACATGTA----TT--T------------------------AGTT-TATC-AA-------A--GAAAT---GGAC-GT--C-ATT-A--T--ATCCG-A-----A--TG--ACAA-A--ATT-AA----A--TAGAGGAA-----TTT---TACCA-----AAGGCAATTG------A-CTCTTG-----CAATTT--ATGC-----ACAT----CT-A------GC-AAA-AACC-A----TGCA---TTA-T-TCA-AAACT-T----ATTTA--T-T---TTTTTAA-AT------CA--AAATAGATGC-C--GT--TTC-TGATTTTT-T--AT--AATTT--A-------AA--TG-AA-A---TCGTT----T---ACTCTTTGAATT--AC-AATTA----C--TTC--A--CT---A-GAAA-T-A----G--TA------A-T-AC-C-----------A-A------ATG-T--GAAAAGTATTCAAATATTT-T---AT-TGG-T--AAAATAAAATA-----A--T-C---TGTC-ATT---A-A--AA-----TAG-ATA-AA-TGAGAA-CA-GGACT--AAGA------------TTTAATTTTT---T-----CCCCTCCCAGGAT--TTGA--TAA-----TGAG-------C-AAATATGTTTA-A--TTTTCCCATT-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATATAAT-TAA----ATA---C-TCT-A-G-CAAT-CAAGAACCATTACAT---T-AAC-AAAG---TGC---AGAAACT---CCTA-TTTTA-------C---A-ACAA--AAG--T--TA--A------T-TATTTTTT-TTATC-T-----AAATATGAGT------GGC-C--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACA-TG----T-GATTATT--GTTC-AAATT---A--ACC---AAA-CC-CAT-AC----------T-A-T-AATATA-------------C--------------------TG-AAGA-TTGGT--GA---AACCAGT----CA--GT---CTAT--T-TTT---GAT-GCTTTACAG-GAA-TGatcttaaattgtctttta
gi|9 : tatttactttcaacagtaatcaTTCTT-AA--TAA--TA-T-GCCA-TT-ATAA--AC---TTTT--------AAACA-ATATA----CT--TTGC-A------C-----AT-TTCTAAGT-AAAC-AG----T--ACAAAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAC-CTG-A--GAGA--TAGCTCATAT--GTT-ATTGTAA--TCAATTA------TCTGTGTACAA-----AGGGCAAT-G------A-ACCTTG-T---CAAATT--ATGC-----ACTT----TC-T--T--AG--AAA-A--C-ACCCATG-A---AT--T--CA-A--CT--A--GATTTACTT-T---CCTT-AA-AT------CACAAA-TA---ACAC--AT--TCT---ATTTT-----GT--A-TT-----------AA--TG-AA-A-TGTCATT----T---AT--TTTA---T--AC-A--TGACAGC--TTCTAA--CT---G-GGAA---A----AC-TG-----CA-T-TC-TT----TTT---A-ATTTG-CAT--T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGT-T--AAAAT--ATTATTGAGA--C-CA---GCC-ATT---A-A--AA--AA-TGA-AGA-AA-TGACAA-TAAGGATT--CAGAA-----------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--AAA----ATAA--------T-AA-TATA-----A--TGT--CCATC-A-C-A-CAAAT----------C--AGAATTA--AC-TAG----ATA---C-CTT-A-G-AA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAGG----GA---A-AAAC----ACTA-TTTT--------TCAAA-ACAT--AAG-----GA--A------T-T------T-TAATC-T-----AAA-G-GAAT------TGC-T--CT-G--T--A-CA-TG-AC--AACGCAG----T-G---ATT--G-T--AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CATCACA-TTC-AA--C-A-T-CATA------AATA---T--T--TTGAAAATTTT---C-AT--AAGA-TT-GT--GACATGA-CTA-GTCCCA---A---CCGA----TTT---GAT-GC-T--CAGAaatgactcta
blockSeqs : . G T A G AATA TTGC GC T GATG AA . GT . CA T G T A . AGCTTCCATTGGCAGC G G T TCAACAGT . GCACCAATGAACGCTTTCAGATACA . T TT AT A T C . TA . A T T A C . AA . ATTTCTT . G T T TTA CA TTC G . AT C CT T TTGA GC AT TAT TT T GAGGAA GTG CTTTT ATTTCAC T TT T . TAATG A . ACTT A AAC ACCCA C TTT GA G AAA TCC CT A T T . GCTTAA CA A GATGC TA AA TT TGA GC A ACTTAGCA . A . T . CTT T AC A . TA AC . T TT . . CTTTA T . G . TTA T C T . G ATA C TGTA A A . TGAG . G AC A TAAA . AAA G . T G C A GC GTTGTTTT AATTT GTT TTCTC CCCTCCC AA T ACC A . T AT AT TC C G . C G CCCTAGAA . T A TA G . . A A T . A . GA CA TACATG . A GAA AA G . T T CAA . CA . TG TT TTTTTTTT G T AAAAG T T AGCAGA . TG . T . T . . CA TT A T . T A . AT . . A C T A G A C GT AC AATTTTT T TCCT T T G C GTGTCCCAGCGATTC TGT . G A T G
blockSeqs : . A C G T TATC TGC GC C . . . A . . . G . A . . A . G . . TTTT . . C G A . . . TA . A . T A . . . . CCAGAT . T . . T . . . . . . . . GAGA . T TAT . T G . C TG . T T . . T . ATTG . TA CA C . A . A CTC T . T T . TA . . AAC . . CT GT . . TCA . . . G . T T . . . . . . . TA . . . . . T . TT . . . . . T G T A . . A . . CA A AAA . AGA . . . C . . C TATTT . . TTTT . T . C A . A T T T . . . . . . . A T C . . . . . . . . . . T CAT . . . A . . T T . . . . . . TTATTTTT . . TT . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . G . . G . ATCT . CA . T . C AGTCCCAA TG . . T G .
blockSeqs : . G T G A TATT TGC . T . . . . . . . . . . . . G . . . . TTTT . . T G A . . . TA . A . T A . . . . CT . . . . T . . . . . . . . TAA . T TAT . T A . . TG . C T . . A . ATT . AG CA . . . . A TC . . . . . . . . TGC . . TG GT . . TA . . . A . T T . . . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . A A . . G . . A . TA . AA . . . . . . . T . . . . T . C A . . T T T . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . TCT . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . A . . . . . . . . G . . C . TTGT . C . . . C GGTCCAA T . . . G .
blockSeqs : . A T G T AGGC TGC . T . . . . . . . . . . . . G . . . . TTTT . . T G C . . . AA . A . C T . . . . C . . . . T . . . . . . . . TTA . G TAA . T T . . G . T T . . T . CTT . TA A . . . . A TC . . . . . . . . TG . . TG GT . . A . . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . T A . . T . . A . A . A . . . . . . . T . . . . A . C A . . T T T . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . A . . G . ATCT . C . . . T GTCCAGA T . . . G .
blockSeqs : . G C G A TTA AGC . C . . . . . . . . . . . . G . . . . GTT . . C . T . . . G . A . T G . . . . C . . . . T . . . . . . . . TGA . T AT . T G . . A . T T . . G . ATT . CA A . . . . A TC . . . . . . . . AC . . TG G . . A . . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . T A . . T . . T . A . T . . . . . . . A . . . . A . C A . . A T T . . . . . . . T C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . G . . G . TTTT . C . . . C TGTCCA T . . . G .
blockSeqs : . G G A G ATC CA . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . T . A . . T . . . . C . . . . T . . . . . . . . TGA . C AA . T G . . A . T T . . T . CGT . A A . . . . A TC . . . . . . . . TG . . T T . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . A A . . A . . T . A . A . . . . . . . . . . . . A . C A . . T . . . . . . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . G . . C . TTTT . C . . . C GTCCAA A . . . C .
blockSeqs : . . T . . CT CA . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A . G . . C . . . . C . . . . T . . . . . . . . CAA . T AT . T C . . A . T T . . A . GTT . A A . . . . A TT . . . . . . . . TG . . G T . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . A A . . G . . A . A . A . . . . . . . . . . . . A . C A . . C . . . . . . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . G . . C . TTCT . T . . . C TGTCCA T . . . G .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . . . C . . . . C . . . . . . . . TAT . T A . G G . . A . T A . . A . TT . A A . . . . A TG . . . . . . . . TG . . T G . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . A A . . G . . A . A . A . . . . . . . . . . . . A . C A . . T . . . . . . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . G . . G . CTGT . C . . . C GTCCAG T . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . C . . . . T . . . . . . . . TG . A T . T G . . A . C T . . A . A . A A . . . . A T . . . . . . . . GC . . T T . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . T T . . A . . T . A . A . . . . . . . . . . . . A . T . . . A . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . A . . A . TTCT . C . . . . GTCCAG T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . A . T A . . T . . . A A . . . . . A . . . . . . . . TA . . T T . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . A A . . G . . T . A . A . . . . . . . . . . . . T . C . . . T . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . A . . C . TT . . . . . . GTCAGT . . . .
blockSeqs : . . . . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CG . . C . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . T . . T . A . A . . . . . . . . . . . . T . T . . . T . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . A . A . . . T . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** G* N*** **** *** ******** TTTT********************* T* A* ** T******** **** T****** ** TAA***** T*** AT* ** T**** ** **** ATT**** A*** A*** TC*** *** T*** ** **** ** ** *** **** ***** **** ** *** ** ** N*** A**** ** ** ************ A** A**** ******* ** ** **** *** *** *** ******** ** ***** ** ** **** ** A* *** *** G* TTCT***** ** GTCCAA********* ***
originalCons : NNNNNNTGGCCTTTC--AGTT-GTCGGGGAAAACCN---AANNNCGC-GCAGTT--TGCTTA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACG-TC-AAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTT-TATTATTTA-TT--------A-ATTAATT--------------TTTT-------TGTATT-TT-GGTTTCTT-AAG-TAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACAC-TTTT--------AAANA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AG----T--A--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAAACTG-A--T-GA--TG--TCAT-T--GTT-ATTGTTA--TAAATTAG-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CAATTT--ATGC-----ACNT----TT-A--T--AGC-AAA-A--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TC--GATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-TA--TGCAC--AT--TTT-T-ATTTTT-T--AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGG-T--AAAATCAAATAT---GA--C-CA--TGCC-ATT---A-A--AA--A--TGA-ATA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TATGTTTATA--TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGNANTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-NATATA--GTAATA---TTCT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGGT--GACATGACCTGTGTCCCA--GA---CCGA--T-TTT---GAT-GC-TTACAGAGAA-TGGCT
finalCons : NNNNNNTGGCCTTTC--AGTTG-TCGGGGAAAACCN---AANNNCGC-GCAGTT--TGCTTA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACG-TC-AAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTT-TATTATTTA-TT--------A-ATTAATTTTTT---------------------TGTATT-TT-GGTTTCTT-AAG-TAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACAC-TTTT--------AAANA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AGT------A--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTGA--TCAAACTG-ATAA-----TG--TCATT---GTTAT-TGTTA--TAAATTAG-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTGT----CAATTT--ATGC-----ACNT----TTATT----AGC-AAAA---C-A----TG-A---TT--T-TCAA---CTTC---GATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-TA--TGCAC--AT--TTT-T-ATTTTTT---AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTT---A-ATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGG-T--AAAATCAAATAT---GA--C-CN---GCC-ATTA----A--AA--A--TGA-ATA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAAA----TGAG-------T-AA-TATGTTTATA--TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGNANTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TCA-AAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-NATATA--GTAATATTCT-----CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGGT--GACATGACCTGTCCAA---------CCGA--T-TTT---GAT-GC-TTACAGAGAA-TGGCT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTACACTACGCACACTTAAGAATTTCATCGGGATTCTACACATACACATGTATTATCTATTACAAATTAAAGTTCACGTTATGGTTAGTTGGACTAACTTTCAAAAAACCATGAATCACAACTAAAATTTATATCCAGAGATTTCATTACTAATTTTCAAACATGTGAACCTATACCAAATCCTGTTCTTCCGTATAATGCTGTCTGGAGATTTTCAATTTATTACTTTTTTTTGCGTTTTCGCATTCTCAGTACTTATTTCTAACAGAGTTTAAGATATGTTTCCCCATTTACAATATGTCTTACAATTGCAGAGGGAATTCGAACTGT
Unaligned ( gi|25 ): CACACATTCTCAGTAATTATTTCTGACAGGATTTAAGAATGATAGTATCTTACAGTTGTTGAAACATTTCGAAAAGAGCAAGTTGCTGTTAAAATAT
Unaligned ( gi|32 ): GTGTCTTACAGTTGTTGAGGAAATTCGAACTGTGCAAGTT
Alignments
lowQualScore : 1111 1111 11 1111 111 3333333333333333 1 22222222 4444444444444444444444444 11 11 222222222 111111111111 111111111 222 11111 11111111 1111 11111 11 111111 22222 111 1111 111 1 11111 1 111 111111 333333333333 11111 11111 22 11 111111 111 22222222 111111111111111 11111 11111 1111111111111111
lowQualScore : 66 55 4 3 0 1111 7777 7777 11 1 2222 55 4 99 4 66 4 8 4 666 4 3333333333333333 7 5 1 88888888 5 6666666666666666666666666 6 6 88 11 88 4 4 0 4 11 55 4 4 444444444 1 4 7777 55 3 666666666666 3 7 7 3 9999999 55 666 3 3 55 3 4 99 0 1 8 111111111 3 7777 111 77 5 999999 555 11111 00000000 3 55555 2 44 77777 8 44 77 3 6666 3 7777 6 555 77 3 5555 00000 11 3 999 5 2 222222 33 2 22222 44 44 333 6666 44 6 33 9999999 33 2 2 8 6666 000 5 44 3 44 44 88 555 3 444 6666 3 00000 3 3 2 6666 999 3 3 44 3 000 5 5555 1 2 33 000000 333 6666666 5 2 88888 33 77777 2 0 2 2 5 2 2 99 888888888888 66666 444 22222 8888888 999 2 444 11111 8888888 5 44 00 11 5 2 2 2 2 99999999 33 1 1 66 2 5555 444 2 2 2 2 2 2 33 55 111111 2 5 444 000 2 444 5 44444444 444 2 33 33 33 33 444444444444444 2 2 33333 2 2 777777 2 33 2 2 33 2 2 33 44 9999 2 2 33 2 33 444 33 444 2 2 5 2 2 44 3 3 88 44 777777777 3 55555 6 6 77 3 22222 999 7777777777777777 44 3 6 1 4
lowQualScore : .. .. . . . .... .... .... .. . .... .. . .. . .. . . . ... . ................ . . . ........ . ......................... . . .. .. .. . . . . .. .. . . ......... . . .... .. . ............ . . . . ....... .. ... . . .. . . .. . . . ......... . .... ... .. . ...... ... ..... ........ . ..... . .. ..... . .. .. . .... . .... . ... .. . .... ..... .. . ... . . ...... .. . ..... .. .. ... .... .. . .. ....... .. . . . .... ... . .. . .. .. .. ... . ... .... . ..... . . . .... ... . . .. . ... . .... . . .. ...... ... ....... . . ..... .. ..... . . . . . . . .. ............ ..... ... ..... ....... ... . ... ..... ....... . .. .. .. . . . . . ........ .. . . .. . .... ... . . . . . . .. .. ...... . . ... ... . ... . ........ ... . .. .. .. .. ............... . . ..... . . ...... . .. . . .. . . .. .. .... . . .. . .. ... .. ... . . . . . .. . . .. .. ......... . ..... . . .. . ..... ... ................ .. . . . .
lowQualScore : 99 22 2 4 8 5555 2222 8888 00 4 5555 55 0 55 4 11 4 9 4 777 4 1111111111111111 6 7 4 66666666 7 2222222222222222222222222 7 7 00 66 44 4 4 1 4 00 55 7 0 111111111 0 0 7777 00 6 999999999999 6 3 3 6 5555555 00 444 6 6 00 6 0 55 3 6 0 555555555 6 5555 444 99 2 333333 888 77777 66666666 1 55555 5 22 77777 7 66 88 3 3333 3 1111 7 888 99 3 0000 11111 22 3 222 7 9 111111 99 9 77777 22 22 222 8888 22 2 99 3333333 99 9 9 6 1111 777 6 22 1 22 22 55 444 1 777 5555 1 88888 6 6 3 5555 666 1 1 22 1 777 7 1111 6 9 99 444444 444 8888888 7 9 55555 77 66666 7 9 7 7 3 7 7 00 000000000000 77777 777 33333 7777777 333 7 111 33333 7777777 3 77 77 77 3 7 7 7 7 77777777 77 0 0 33 7 7777 444 5 5 5 5 5 5 44 99 666666 5 0 444 333 5 777 0 11111111 444 5 44 77 77 44 111111111111111 5 5 11111 5 5 222222 5 44 5 5 44 5 5 44 99 3333 7 7 77 7 55 777 77 777 7 7 3 7 7 66 1 1 22 22 222222222 1 66666 7 7 99 3 99999 222 7777777777777777 66 3 7 6 4
consensus : NNNNNNTGGCCTTTC--AGTT-GTCGGGGAAAACCN---AANNNCGC-GCAGTT--TGCTTA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACG-TC-AAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTT-TATTATTTA-TT--------A-ATTAATT--------------TTTT-------TGTATT-TT-GGTTTCTT-AAG-TAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACAC-TTTT--------AAANA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AG----T--A--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTG-A--TCAAACTG-AT--A-ATG--TC-AT-T--GTT-ATTGTTA--TAAATTAG-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CAATTT--ATGC-----ACNT--TTA-TTAGC-AAA-A--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TC--GATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-TA--TGCAC--AT--TTT-T-ATTTTT-T--AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTT---AATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGG-T--AAAATCAAATAT---GA-C-C-NG----CC-A-TT---A-A--AA--A--TGA-ATA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TATGTTTATAT-TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGNANTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-NATATA--GTAATA---TTCT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGGT--GACATG-AC-C-T-GT---CCA-A------CCGA--T-TTTG--AT-GC-TTACAGAGAA-TGGCT
Reference ( family-3047 ) : NNNNNNTGGCCTTTC--AGTT-GTCGGGGAAAACCN---AANNNCGC-GCAGTT--TGCTTA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACG-TC-AAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTT-TATTATTTA-TT--------A-ATTAATT--------------TTTT-------TGTATT-TT-GGTTTCTT-AAG-TAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACAC-TTTT--------AAANA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AG----T--A--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTG-A--TCAAACTG-AT--A-ATG--TC-AT-T--GTT-ATTGTTA--TAAATTAG-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CAATTT--ATGC-----ACNT--TTA-TTAGC-AAA-A--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TC--GATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-TA--TGCAC--AT--TTT-T-ATTTTT-T--AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTT---AATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGG-T--AAAATCAAATAT---GA-C-C-NG----CC-A-TT---A-A--AA--A--TGA-ATA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TATGTTTATA--TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGNANTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-NATATA--GTAATA---TTCT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGGT--GACATG-AC-C-T-GT---CCA-A------CCGA--T-TTTG--AT-GC-TTACAGAGAA-TGGCT
gi|1 : TGGCCTTTTCGAGTTAGTAAAATAAAATCTCTAAAATGCAC-AAAGTT--TATGTAA---TA--TGGAAT--TCGGA--ACA-TC-AAA-AAAGTACTGTGCCAG----------------TTGT-TCTTATTTA-TTTA------ATATTTATTA-------------TTTT-------GGTATTCTT-GGGTTCT---AG-TAAAATA-T-TGCAATTTCTAACAAC-C-TTTTTGTTTTAAAAAAA-ATATAAATTTT--TTGCCA------C-----ATAT-CTAGTTCAATT-AAGTTTT--A--AAAAT---G-ACCGT--C-ATTG-AA-TCAAACTGGATTGA-ATT--TCCAT-TTGGTT-TATGTTAA-TGAAT-AG-----TT-----ACAA-----GGGGCA-T-A------A-CTTTTG-TTTCCAATTTTTATGC-----ACTTATTCT-TTAGC-AAA----C-A----TG-A---TT------ACA--CT-TCCCGATTTA--T-TTTCCCTT-AACAT------CA--A--TA---ACAC--AT--TTT-T-ATTTTTGT--AC--A-TTT--A-------AAAATG-AATAATGTT-TTATGTT---ATCTTTAAATTT--AC-AACTGACAGCTTTTC--AAGCTGGCG-GGAA-T-AAGAGGCTTGC----CA-TAAC-TTTTTCTTT---AATTTG-CATG-TTGAAAAA-TATCCAAT--TTT-T---AAATGG-GCAAAAATCAAATG----AA-C-C-CAACTCCT-A-TT---ACAACAA--A--TGA-AAATAA-TGA-AA-TA--GACTC-CAGAAAAAAATTTTTTTTT-----TT---C-----C-------AGAAAATT-GG--AAACCCCATGAAGTTTTATT-AA-TGGTTTTATATTTTT--CAATCAA-CAA-CAAAT-T--------CAAGAAATTA--AA-TAGAAAAATATCCC-TCT-A-GCCA-TAAAA--AC--TGA------TAAACAAAAG---TGCAAAA-AAACTATCCCTA-TTTTTTTTTCCCC---ATAC-T--AAGGTT--GG--A------T-T------C-TTATC-TTC---AAA-A-GAAT------GGCTT--CTGG-TTTAACCA-TGAACAAAACG-AGGTTTT-TA-TATCCGG-TCAAAAATAAGA--ACCCCAACACCC-CATCCCA-TTT-AAATT-T-T-GAAACA--GT-ATA---TTTTTCCTGAAAA-TTT---C--TGAAAAA-TTGGTGGGACATGCACTT-T-GT---CCA---------CAT--T-TTTGGAAT-GC-TT
gi|10 : tagttctaT--A-ATG--TC-AT-T--GTTTATTATCA--TAAATTAG-----CTT---TACAA-----AGGGCAAT-G------G-CTCTTG-T---CGATTT--ACGC-----ACAT--TTA-TTAGC-AAATA--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TCC-GATT----------CCTT-AG-AT------CA--AA-TA--TG-AC--AT--TTT-TTATTTTT----------------------------G-TA-AATGTC-TT----T---ATCTTT-AAATT--AC-AACTGACAAC--TTA--A--CT---G-GGGA-T-A----TC-TG-----CA-T-ACGTT----TTT---AATTTG-CATG-T--GAAGA-TAGTCAA---TTTCT---TAATGG-T--AAAATCAAATAT---AA-C-C-AA----CC-A------------A--A--TGA-ATA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--TTGA------------TTT-----TT---TTTTT-C-------AGAAT--T-CA--CAA-----TTAG-------T-AT-TATGTTTATT--TTTT-CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-CAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTTT-------C---A-ACAT--AAG--T--GG--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-TAAT------GAC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAATT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-GTTAAA--GTAATA---ATCT--CTGAAAA-TTT---ttaac
gi|11 : acT--A-------AA--TG-AA-AAAGTC-TT----T---ATCTTT--AATT--AC-AACT-ACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-A----GC-TG-----CA-T-AC-TT----TTTTT-AATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-TTGTAAATGG-T--AAAATCAATT-T---GA-C-C-AG----CC-A-TT---A-A--AA--T--GGA-AGA-AA-TGA-A--TA-GGATT--CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAAA-T-GA--CAA----ATGAG-------TTAA-TATGTTTATT--TTT--CCATCCA-C-A-CAAAT-T--------C--AGAATTA---T-TAG----AT----C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGA---A-AAAC----CCTATTTTT--------T---A-ACAT--AAG--T--GA--A-----------------TTATC-T-----ACT-A-CAATAGCAGAGGC-CTGCT-G-TT--ACCA-TG-AC--AACG-GA----T-GA-TATT--G-TC--AAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT--CA-TTCAAAG-T-ACT-CATATAACATAAAAAATTTTT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGATTTGGT--GACATG-AC-CTT-GT---CC--A------CCGA--TGTTTT--AT-GCATTAC
gi|13 : ---TTT-T---AAATAG-T--AAAATCAAATAT---TA-A-C-TG----CC-A-TT---A-A--AA--AAATTA-ATA-AA-TAA-AA-TA-GGACT--CATA------------TTT-----TT---TTTCTCC-------AGAAT--T-GA--CAA-----TGAG-------T-AA-TTTGTTTATA--TTTT-CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAA----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-A--G---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTTT-------C---A-ACAT--AAG--T--GA--G------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--cacgacgatcgctct
gi|14 : aactgcctattagatgttttcttgaatgctggatcaatgagcactA---C-CCT-A-A-CA-T-CGA--AC--TGA------T-AAC-AAAC---TGC---A-AAAGT---CATA-TTTTT-------C---A-ACAT--TAG--T--GA--T------T-T------TGTTATC-TTT---AAA-A-AATT------G------CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-TT----T-GA-TATT--G-TC-AAAAA---A--ACC---ACT-CT-TAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-GATATA--GTAATA---TTGT--CTAACAA-ATT---C-ATG-AAGA-TCAGT--GCCATG-AC-T-T-GT---CCA-A------CCGA--T-TTTG--AT-GT-TTACGAAAAA-TGGCTgccaaattctaataatgaaaaata
gi|15 : -TT----TTT---AATTTG-CATG-A--GAAAA-TAGTAGG---TTTGT---TAATGG-T--AAAATTAAATAT---TA-C-C-TG----CC-A-TT-----A--AA--A--TGA-ATA-AA-TT--TA-CA-GGACT--CCGA-------------TT-----TT---T-----C-------GGAA----------------------------T-AA----GTTTATAT-TTT--CCATC-A-T-A-CAGAC-T--------C--TGTAATA--AT-CAA----ACA---T-TCT-A-G-CA-T-TAA--AA--TGA------T-AAC-AAAA---TGT---A-AAACT---TCTA-GTTTA-------C---A-ACAT--GAG--T--ttt
gi|16 : tttt-TAAA-CA-C-TACA-AT-GTCA--AAAC-TTT----------AAAA-ATATA----TT--TTGG-T------C-----AT-T-CTAGTTTGATT-GG----T--A--AAA-T---G-AC-AT--C-ATTG-A--TTAGAGTG-AT--T-ATT--TC-AT-T--GTTTATTGTTA--TAAATTAA-----TTT---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-C---CGATAT--ATGC-----Atatttaa
gi|17 : ttagcaattgttgtacagttttagaggaaattctgactgagcaaattggcta-TT----TTT---AATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTAAA---TTT-T---TAATGG-T--AAAATCAAATAT---AA-C-C---------------------------------ATA-AA-TGA-AA-TG-GGATT--AAGAT-----------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA---AA----ATAAG-------T-AA-AATATTTACAT-TTT--CCATC-AGT-A-ATAAC-T--------A--AATACTAC-ATGTAG-----TA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AG--TGA------T-AAC---AG---TGC---A-AAACT---CCTGTTTTT--------C---A-ACTT--A
gi|18 : tTA-TTTT--------T---A-GCGTCAAAC--T--G----------T-T------T-TTATC-T-----AAA-G-GAAT------TAC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-TA----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ATA-CC-CAT-ACA-TTC-ATA-T-A-T-GATATA--GCAATG---ATCT--CTGAAAA-TTT---C-ATG-AAGA-TTGAT--GACATG------------------------------T-TTTG--AT-GC-TTACATAGAA-TGGCT
gi|19 : C--AGTT-GTTGTGAAAATTCG---AAAATAGC-A-AGTTGCTGTTAA----GA--TA---T--T-ACA--ACG-TCGAAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGct
gi|2 : atacacactcattctcagtaattatttctgacagatgatttccttctttcacaagtatcttaaTTTC--AGTT-ATCGGGGAAAAC------ATATCGTTGCAATT--GGCTTA----TA--TA-AAT--T-AGA--ACGTTC-AAA-A---TATTGTGC-AGAGCTTCCATTGGCAGCTATT-TATTATTTATTT--------A-GTTAATT--------------TTTT-------TGTA-T-TT-GGTTTTAC-AAG-T-AA-TATT-TGCA-TTT-TAA--ACAC-TTT----------AAAA-ATATA----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTG--T-AACT-AG----TTAA--AAAAT---G-AC-GT--C-A-TG-A--TCAAACTG-AT--G-ATG--TC-AT-G--TTT-A-TGTTATTTCAATTAT-----TTT---TACAAC----AGGGCAAT-A------ATCTCTTGTT---CAATTT--ATGC-----ACTT--TTC-TTAGCAAAA-A--C-A----T--ATTTTT--T-TCA-A--CTCTC--GATTTAT-T-T---TCTT-AA-AT------CA--AA-TA---ACAC--AT--TTT-T-ATTTTTGT--AT--A-TTT--A-------AA--TGAAA-AATGTCTTT----T---ATCTTTTAAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--AACTT---G-GGAATT-A----GC-TGCTTTACA-T-ACTTT----TTT---AAATTG-CATGTT--GAAAA-TAGTCAAT--TTT-T---AAATGGAT--AAAATCAAATTT---GA-CGC-AG----CCAA-TT---A-A--AAAGA--TGA-AGA-AATTGA-AA-TA-GGATTGCTAGAT-----------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GAACCAA----ATGAG-------TAAA-TATGTTTAGAT-TTT--CCATC-A-C-ACCAAAT-T--------C--AGAATTA--AT-GAG----AT----C-CCTAA-G-CA-T-CAA--ACT-TGA------T-AAC-AAAGGAATGCA--A-AAACT---CCTT-TTTT--------C---A-ACAT--AAG--TTGGA--A------TCT------T-TTATCTT-----AAA-G-GAAT------GGC-T--CT-GTTT--ACCA-T--GC--AACG-AGTT--T-GA--ATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACATTTC-AAG-T-A-T-CATATA--GTAATA---TTTT--CTGAAAA-TTTTCCT-ATGTAAGATTTGGT--GACATG-AC-T-TGGT---CCA-A------CCGATGT-TTTG--ATGGC-TTACAGAGAAGTGGCT
gi|20 : agatgtttctaacagatttggggaatcactgtatgagcatagtagtttccaAT-A------A-CTCTTG-T---CAATT---ATGC-----ACAT--TTA-TTAGC-AAA-AG-C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--TT-TC--GATGTA--TAT---CCTT-AA-AT------CA--AA-TA--TG-GC--AT--TTTCT-ATTTTGGT--AC--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTttt
gi|21 : CTTTTC--AGTT--TTAGGGAAAACTT---TATTA-GT-GCAATT--TGTGTA----AAAATA-AAT--T-AGA--ACG-TC-AAA-AA--TATTGTGC-A
gi|22 : agatgtttctaacagaatttgagaattcactgtctagatggtagtttCTTAC--AGTT-GTTGAGGGAATTCA---AATATTGC-A-AGTTGCTGTTAA----AA--TA-TAT--T-ACA--ACG-TCGAAA-A---TAGTGTGC-AG----------------TGTT-TGTTATTTAGTT--------A-ATTAA
gi|23 : ttctcaggtatTT-AA-AT------CA--AA-TA--TG-AC--ATAATCT-G-ATGTTT-G--A---A-TTTTCA-------AC--TG-AA-AATGTT-TT----TT--ATCTTT-AAATTACAC-AACTGACAGC--TTC--G--C----G-CGAA-T-A----GC-TG-----Ca
gi|24 : t---A-A--AA--A--TGA-AGA-AA-TGA-AA-TA-GGACT--CAGAGTTGTTTT----TTT-----TT---T-----C-------AGAGA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-CAAGTATATAT-TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--AGAATT
gi|26 : TT-AA-AT------CA--AA-TA--TG-AC--AT--ATC-T-GATGTT-TGAAT--T-TTT--A-------AC--TG-AA-AATGTT-TT----TT--ATCTTT-AAATT--AC-AACTGACAGC--TTC--G--CT---G-CGAA-T-A----GC-TG-----
gi|27 : tCTTTC--AGTT-ATCGGT-ATAACCT---AAAT-CGT-GCAATT--TGCTTA----TA--TA-AAT--
gi|28 : atgtttctaacagaatttgtgtagatagtagtttt--A------T-T------T-TAACT-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CA-G-TT--ACGA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAA---AATACC----CA-CCACA--ACA-TTC-AAG-
gi|29 : A--A------T-T------T-TAATC-T-----TAA-A-GAAT------GGC-T--CA-G-TT--ACGA-TG-GC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--CCC---ACA-CT-CAT-ACA-TTC-A
gi|3 : TGGCCTTTC--AGT--GTGAGAGGAAACCA---AAAGGCGT-GCAGGT--TGCTTA----TA--TA-AAT--T-AGG--ACG-TC-AAA-A---TACTATGC-AG----------------T-TT-TATTATTCA-TT--------A-ATTATTT--------------TTTT-------TGTATT-TT-GGTTCCTT-AAATTAAA-TA-T-TGCA-TTTATAA--ACACTTTTT--------AAAAA-ATGT-----TT--TTGC-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-AG----T--G--AAAAT---G-AC-GT--C-ATTG-A--TCAAACTG-AT--G-ATG--TC-AT-T--GTT-ATTGTTA--TAAATTAG-----CTG---TACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CAA-TT--ATGC-----ACTT--TT-----GC-AAA-A--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TC--AATTTA--T-T---CCTT-AA-AT------CA--AA-GA--AACAC--AT--TTT-T-ATTTTT-T--AT--A-TTT--A-------AA--TG-AA-AATGTC-TT----T---ATCTTTTAAATT--AC-GACTGACAGC--TTC--A---T---G-GGAA-T-A----GA-TG-----CA-C-AC-TT----TTT---AATTTG-CATG-T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGG-T--AAAATCAAATTT---GA-C-CACG----CC-A-CT---A-A--AA--A--TGAGAAA-AA-TGA-AA-TA-GGACTC-CAGA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGAG-------T-AA-TGTGTTTATA--TTT--CCATT-A-C-A-CAAAT-T--------C--AGAATTA--AT-TAG----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-TAA--AC--TGA------T-AAC-AAAG---TGC---A-AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-ACA---AAG--T--GA--A------T-T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCATTG-AC--AACG-AG----T-GA-TATT--G-TC--AAAT---A--ACC---ACA-CC-CAT-ACA-TTC-AAG-T-A-T-CATATA--GTAATA---TTTT--CTGAAAA-TTC---C-ATG-AATA-TTGGT--GACTTG-AT-C-T-GTGTCCCA-GCGATTCCCGA--T-TTTG--AT-GC-CTACAGAGAA-TGGCT
gi|30 : agtatcTAA--ACAG-TTTT--------AA-TA-ATATA----TT--ATGC-A------C-----AT-T-CTAGAT-AATT-AG----T--A--AAAAT---G-GC-GT--C-
gi|31 : AATA--AC-TAG----ACA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AT--TGA------T-AAC-AAAG---TGT---A-AAA
gi|4 : CTTAC--AGTT-GTTGAGATAATTCG---AACT--GA-GCAGTT---G-TTG----TA---A-AATA-T-AGACAACG-TC-GAA-A---TATTGTGC-AG----------------TGTTGTATTATTAA-TT--------A-A---ATT--------------GTT---------GTATT-TTTGGTCTCTTTAAG-GAAC-TA-TCTGCA-TT-ATAA--ACAC-TTTT--------AAAGA-ATAT---------TT-C-A------C-----AT-T-CTAGTT-AATT-TA----T--A--TTAAT---G-AC-GT--CCATTG-A--TCAAACTG-ATT-G-ATG--TC-AT-C--GTTTATTGTTA---AAAT--G-----CTT---AACAA-----AGGGCAAT-A------A-CTCTTG-T---CTA-TT--ATGC-----A--T--TTACTTAGC-AAATA--C-A----TG-T---TT--T-TC---------------TTA--T-T---CTTT-AA-ATTA----CA--AA-
gi|4 : cacccacatactcagtaattatttctgacaggaatttaaaataattccttctttcacaggtatTTA--TAAAC-AC-----TTT---TA--A-----AG---AAT-ATTTCACA-TTCTAG-T---TAATTT--ATATTAATGACGT--CCA-TTGAT-CAA-A--C------TG-A---TTGATGTCA-------TC--G-TTTA--T-T---GTTA-AA-ATGCTTAACA--AA-GG---GCAATAAC--TCT-T-GTCTAT-T--ATGCA-TTT--ACTTAGCAAA--T---A-CATGTT-TT----TCTTATTCTTTAAATT--ACAAACTGACAGC---TC--A--CC---ATGGAA-TAA----GC-TG-----CATT-ACGTT----TTT---AATTTGCCATG-T--GAAAG--AGCC-----------------------AAAATCAGGTAT---AACC-C-AG----TCAA-TTAA-A-A--AA--A--TGA-ATA-GA-TGA-AACCA-GGACT--AAGATATTT-------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--C-A----ATGAG-------T-TA-AATGTTGATA--TTT--CAATC-A-C-T-TAAGTGTCCCTAGAAC--GGTAATT--AT-TAG----ATA---TACCT-A-G-C--T-C----AT--TGA------T-AAC-AAAG---TGCAA-A-AAACT---CCTT-TTTT--------T---C-ACAT--AAG--T--GA--A---------------T-TTATC-TAAAAGAAA-A-GAAT------GTA-T--CT-G-TT--ACCA--G-G---AACG-AG----TAGA----T--G-TC--CAAT---A--ACT---ACA-TC-CAT-ACA-TTC-AAG-TAA-T-GAT-TA--GTAATA---TTCT--CTGAAAA-TTT---CAATG-AAGA-TTGGT--GACATG-AC-CTT-GT---CCA-A-------CGA----TTTG--AT-GC-TTACAGAGAA-TGGCTctgacagctcaccatggaataagctgcattacgtttttaatttgccatgtgaaagagccaaaatcaggtataacccagtcaattaaaaaaatgaatagatgaaaccaggactaagatatttttttttcagaaatgacaatgagttaaatgttgatatttcaatcacttaagtgtccctagaacggtaattattagatatacctagctcattgataacaaagtgcaaaaaactcctttttttcacataagtgaatttatctaaaagaaaagaatgtatctgttaccaggaacgagtagatgtccaataactacatccatacattcaagtaatgattagtaatattctctgaaaatttcaatgaagattggtgacatgaccttgtccaacgatttgatgcttacagagaatggct
gi|5 : cacccacatactcagtaattatttctgacaggaatttaaaataattccttctttcacaggtatcttacagttgttgagataattcgaactgagcagttgttgtaaaatatagacaacgtcgaaatattgtgcagtgttgtattattaattaaattgttgtatttttggtctctttaaggaactatctgcaT--TGCTTA----TA--CA-A-T--T-AGA--ACG-TT-AAA-AA--TACTGTGC-AG----------------T-TT-TAGCATTTA-TT--------A-ATCAATT--------------TTTT-------TGTATC-TT-GGTTTCAT-AAG-TATT-T--T-TG-A-TTTATAA--ACAC-TT----------AAAT---TATA----TT--T--C-A------CT----AT-T----ATT-A-TT-AG----T--A--AA--T---G-A--GT--C-ATTG-A--TCAAATTGTAT--G--TG--TC-AT-T--GTTTAATGTTA--ATAATTAG-----CTT----ACCA-----AGG-CAAT-A------A-ACTTTG-T---CAATTT--ATGC-----AATT--TTC-GTAGC-AAA-AC-C-A----TG-A---TT--T-T-A-A--CT-TC--GGTTTAT-T-T---CCTT-AA-AT------T---AA-TA--TA-AC--AT--TTT-C-GATTTT-G--AT--ATTTT--A-------AA--TG-AA-AATGCC-TT----T---ATC-TGTAAATC--AC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GACA---A----GC-TG-----CA-T-ACTTT----TTT---TATTTG-CTTG-T--GAA----AGTCAT---TTT-T---AAATGG-T--AAAA-AAAATCT---GA---C-AG----CC-ATTT---A-A--AA--A--TTA-ATA-AA-TG--AA-TA--GACT--C-GA------------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--CAA----ATGA--------T-AA--ATGTTTATAATTTT--CTCTC-A---A-CAA---T--------C--AGAATTA-----TAT----ATA-----CCT-ATG-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AACAAAAG---TGC-----AAACT---CCTA-TTTT--------C---A-AATT--AAG--T--GA--A--------T------T-TTATC-T-----AAA-A-GAAT------GGT-T--CT-G--T--ACCA-TG-A---AACG--G----T-G--TATT--G-TC-AAAAT---A--A-C---ACA-C----T-ACA-TTC-AGA-T-A-TGTATATA--GTAATA---CTGT--CTCAA---------T-ATG-AAGA-TTGGTG-GACATG-A--T-T-GT---CCAGA------CCGT--A-TTTG--AT-GC-TTACA-AGAA-TG
gi|6 : ttgagttagtgtgaaagaaacatgcatagagcaaagAGGT--TGCTTGGATGTA--TA-AATGTT-ACA--ACG-TC-AGATA---TATTCGGT-AG----------------TGTT-TACTATTTA-CTTCAACAGTA-ATCAATTGCACCAATGAACGCTTTCAGATACATGTATT-CT-AGTTTATC-AA--TAGA-AN-C-T--A-TTTA--------C-TTC----------AACA-GTA-A----TCAATTGC-A------CCAGATAT-T-CTAGTT-TATC-AA----T--A--GAGAT---G-AC-GT--C-ATTT-A--TCGGAATG-AC--A-A-----------------------A--TAAAATAGAGGAATTT---TACAA-----AGGGCAATTG------A-CTCTTG-C---CAATTT--ATGC-----AC------A-TTAGC-AAA-A--CCA----TGCA---TT--T-TCA-A--CT-TT--TATTTA--T-T---TTTTTAA-AT------CA--AA-TA--TGC-C--GT--TTC-TGATTTTT-T--AT--A-TTC--A-------AA--TG-AA-AATGCG-TT----T---ACCTTT-GAATT--AC-AATTA----C--TTC--A--CT---A-GAAA-T-A----G-------------------------T---AATC-A-AATG-T--GAAAA-TATTCAA---ATT-T---TATTGG-T--AAAATCAAACAT---TA-T-C-TG----TC-A-TT---A-A--AA--A--TAG-ATA-AA-TGA-GA-CA-GGACT--AAGA------------TCC-----CC---C-----C--------GGAT--T-GA--T-A----ATGAG-------C-AA-TATGTTTGTAT-TTT--CCATC-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAA----ATA---C-TCT-A-G-CA-T-CAA--AC--CGATACATGT-AAC-AAAG---TGC---A-GAACT---CCTA-TTTTA-------C---A-ACAA--AAG--T--TATTATTTTTTT-T------T-TTATC-T-----AAA-T-GAGT------GGC-C--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACA-TG----T-GA-TATT--G-TC-AAAAT---A--ACC---AAA-CC-CAT-AC--------------------TA--GTAATA---T---------------------ATG-AAGA-TCGGT--GA-A-G-AC-C-A-GT---CCA-G------TCTA--T-TTTG--AT-GC-TTACAGGGAA-ct
gi|7 : TA----TT--TTGT-AATTTCTT-----AT-TGCTCATT-AATTTAG----C--A--ATAATTTCA-AA-GTATC-GTTG-ACTTTACAGTA-AT--A-TTG--CT-TT-T--CTT--TTGTCA--TA--TTAG-----TTT---TACAACTTTTAGGGCAAT-A------C-CTCTTG-T---CGAATT--ATGC-----ACAT--TTG-TTAGC-AAACA--C-A----TG-A---TT--T-TCA-A--CT-TG--GATTTA--T-TT--CCTT-AA-AC------CA--AA-TA--CG-AC--AT--TTC-TGATTTTTGT--AT--A-TTT--A-------AA--TT-AA-AACGTA-T---------ATCTTG-AAATT--GC-AACTGACAGC--TTC--A--CT---G-GGAA-T-G----GC-AG-----CA-T-AC-TT----TTTTTAAATTTG-CATG-T--GAAAA-TAATCAT---TTT-T---AA-TGG-T--AAAATCAAATAC----A-C-C-TG----TC-A-TTTAAA-A--AA--A--TGA-ATA-AA-TGC-AA-AA-GGACT--CCGA------------TTT-----TTGTTT-----C-------AGAAT--T-GA--CAA-----TAAG-------T-AA-TTTGCTTATA--TTTT-CCATC-A-T-A-CAAAT-T--------C--GGTAATA--AT-TAA----ATA---C-CCT-A-G-CA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-ACAT---TGC---A-AAACT---CCCA-TTTT--------C---A-ACAT------------------------------------------------A-GAAT------GGC-T--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACG-AG----T-GT-TATT--G-TC-AACAT---A--ACT---ACA-CT-CAT-ACA-TTC-AAA-T-A-T---------GTAATA---TTCT--CTGAAAT-TTT---C-ATG-AAGA-CTGGT--GACATG-AC-T-T-GT---CCA-G------CCTA--T-TTTG--AT-GC-ATATACAGAA-TGG
gi|8 : gcaattcgaaacaatttgtattaaaaagcatagctagttaactatggA-T-TGCA-CCAATGA--ACGC-TTTC--------AGATACATGTA----TT--T------------------------AGTT-TATC-AA-------A--GAAAT---GGAC-GT--C-ATTATA--TCCGAATG-AC--A-AAA--TT-A---------A-----A--TAGAGGAA-----TTT---TACCA-----AAGGCAATTG------A-CTCTTG-----CAATTT--ATGC-----ACAT--CTA----GC-AAA-AACC-A----TGCA---TTA-T-TCA-AAACT-T----ATTTA--T-T---TTTTTAA-AT------CA--AAATAGATGC-C--GT--TTC-TGATTTTT-T--AT--AATTT--A-------AA--TG-AA-A---TCGTT----T---ACTCTTTGAATT--AC-AATTA----C--TTC--A--CT---A-GAAA-T-A----G--TA------A-T-AC-C-----------AA------ATG-T--GAAAAGTATTCAAATATTT-T---AT-TGG-T--AAAATAAAATA-----A-T-C-TG----TC-A-TT---A-A--AA-----TAG-ATA-AA-TGAGAA-CA-GGACT--AAGA------------TTTAATTTTT---T-----CCCCTCCCAGGAT--TTGA--TAA-----TGAG-------C-AAATATGTTTA-A--TTTTCCCATT-A-C-A-CAAAT-T--------C--GGTAATATAAT-TAA----ATA---C-TCT-A-G-CAAT-CAAGAACCATTACAT---T-AAC-AAAG---TGC---AGAAACT---CCTA-TTTTA-------C---A-ACAA--AAG--T--TA--A------T-TATTTTTT-TTATC-T-----AAATATGAGT------GGC-C--CT-G-TT--ACCA-TG-GC--AACA-TG----T-GATTATT--GTTC-AAATT---A--ACC---AAA-CC-CAT-AC----------T-A-T-AATATA-------------C--------------------TG-AAGA-TTGGT--GA---A-AC-C-A-GT----CA-G------TCTAT-T-TTTG--AT-GCTTTACAG-GAA-TGatcttaaattgtctttta
gi|9 : tatttactttcaacagtaatcaTTCTT-AA--TAA--TA-T-GCCA-TT-ATAA--AC---TTTT--------AAACA-ATATA----CT--TTGC-A------C-----AT-TTCTAAGT-AAAC-AG----T--ACAAAAAT---G-AC-GT--C-ATTG-A--TCAC-CTG-AG--AGATAGCTC-ATAT--GTT-ATTGTAA--TCAATTA------TCTGTGTACAA-----AGGGCAAT-G------A-ACCTTG-T---CAAATT--ATGC-----AC-T--TTC-TTAG--AAA-A--C-ACCCATG-A---AT--T--CA-A--CT--A--GATTTACTT-T---CCTT-AA-AT------CACAAA-TA---ACAC--AT--TCT---ATTTT-----GT--A-TT-----------AA--TG-AA-A-TGTCATT----T---AT--TTTA---T--AC-A--TGACAGC--TTCTAA--CT---G-GGAA---A----AC-TG-----CA-T-TC-TT----TTT---AATTTG-CAT--T--GAAAA-TAGTCAA---TTT-T---AAATGT-T--AAAAT--ATTATTGAGA-C-C-AG----CC-A-TT---A-A--AA--AA-TGA-AGA-AA-TGACAA-TAAGGATT--CAGAA-----------TTT-----TT---T-----C-------AGAAA--T-GA--AAA----ATAA--------T-AA-TATA-----A--TGT--CCATC-A-C-A-CAAAT----------C--AGAATTA--AC-TAG----ATA---C-CTT-A-G-AA-T-CAA--AC--TGA------T-AAC-AAGG----GA---A-AAAC----ACTA-TTTT--------TCAAA-ACAT--AAG-----GA--A------T-T------T-TAATC-T-----AAA-G-GAAT------TGC-T--CT-G--T--A-CA-TG-AC--AACGCAG----T-G---ATT--G-T--AAAAT---A--ACC---ACA-CC-CATCACA-TTC-AA--C-A-T-CATA------AATA---T--T--TTGAAAATTTT---C-AT--AAGA-TT-GT--GACATG-AC-T-A-GTC--CCA-A------CCGA----TTTG--AT-GC-T--CAGAaatgactcta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTACACTACGCACACTTAAGAATTTCATCGGGATTCTACACATACACATGTATTATCTATTACAAATTAAAGTTCACGTTATGGTTAGTTGGACTAACTTTCAAAAAACCATGAATCACAACTAAAATTTATATCCAGAGATTTCATTACTAATTTTCAAACATGTGAACCTATACCAAATCCTGTTCTTCCGTATAATGCTGTCTGGAGATTTTCAATTTATTACTTTTTTTTGCGTTTTCGCATTCTCAGTACTTATTTCTAACAGAGTTTAAGATATGTTTCCCCATTTACAATATGTCTTACAATTGCAGAGGGAATTCGAACTGT
Unaligned ( gi|25 ): CACACATTCTCAGTAATTATTTCTGACAGGATTTAAGAATGATAGTATCTTACAGTTGTTGAAACATTTCGAAAAGAGCAAGTTGCTGTTAAAATAT
Unaligned ( gi|32 ): GTGTCTTACAGTTGTTGAGGAAATTCGAACTGTGCAAGTT