lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 1 1 1111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 111
lowQualScore : 4 8 4 8 4 3 3 7 55 3 3 1111111 7 3 3 3 3 55 3 3 99999 9 3 3 7 3 3 3 3 3 3 77 3 3 44 0000 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 4 66 8 4 11 66 4 4 222 4 4 66
lowQualScore : . . . . . . . . .. . . ....... . . . . . .. . . ..... . . . . . . . . . . .. . . .. .... ........................................................................................................ . . .. . . .. .. . . ... . . ..
lowQualScore : 0 0 0 0 0 6 6 3 00 6 6 8888888 3 6 6 6 6 00 6 6 11111 1 6 6 3 6 6 6 3 3 3 99 3 2 66 4444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 4 11 9 4 44 11 4 4 222 4 4 11
consensus : AATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAATTG---TTGT-GT-T--T-AAATAT-G-TT--AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTTTAAA
Reference ( gi|3 ) : AATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGAT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGAACG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTG---TTGT-GT-T--T-AAATAT-G-CT--AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTTTAAA
gi|4 : AATTG-ATGGG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTTAT-A-A-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TT--CT-C-----TTGTT-AATG-ACTTCA-GGT-A-T-GAA-GCC-AATGTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--ATTA----GN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGT-GT-T--T-AAATAT-G-TT--AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTT
gi|11 : AATTG-ATGAG-A-TTG-AATGGA--GAA-GTAATTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-T-GT-A-GTA--T-C-CT-C-----GTGTT-AATGTACTTCAT-GT-ATT-GAA-GCC-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--ATTAGACCG--TATA----Gaaat
gi|7 : cAATTG-ATGAG-A---G-AATGGA-A--A-GTA-TTCACAA--TTGAT-AAT-------G-GCA-AATA-TCGTCA-GTA--TTC-CT-C-----T-GTT-AATGTA-TTCATG-T-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAAGA-T-TATCTGA-A-TAG-ACG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT-----TTGT-GT-T--TAAAATAT-G-TT--AG---T-ATTCAATATTC-CTG-TC---ATCT
gi|9 : AATTG-ATGAGGA-T-G-AATG-A-AGAA-GTA-TTCAAAAAATTGAT-A-TTGGCTATGAGCATA-TAATTGT-A-GTA--TCC-CT--------TGTT-AATGTA-TTCATGGT-A-T-GAA-GCC--AGTTTCAAGGTT-TATCTG--A-TAGATCG--TATA----Gaaat
gi|1 : AATTG-ATGAGCA-TAG-AATGGA--GAA-GTA-TTTAAAA--TTGATCA-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-AAGTA--TTTTCT-C-----TTGTTTACTGTACTTCATGGTCA-TTGAA-GCCCAAGTTTCA-GG-TATATCTG--A-TAGACCGCCTATAANNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NTTT-GTGT--T-AAATAT-GTTT--AGAACT-ATTCT--TTTC-CTG-TCAAAATCTGTTAA
gi|5 : ATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGAGAAGA-GTA-TTC-AAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCA-GGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAA-G-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TTTT-GT-T--T-AAATAT-G-TT--AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTT
gi|6 : ATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAATG-T-TATCTG--A-GAGACCG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT-----TTGTGGT-T--T-AAATAT-G-TT--AGTA-T-AT-----ATT--CTG-TC--A---TCTTAAAaaat
gi|12 : ATTG-ATGGG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTCAT-A-T-------GAGCA-A-TA-ATGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTTAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----Gtg
gi|10 : ATTGCATGAG-A-T-GGAATGGA-AGAA-GTACTTCAAAA--TTGAT-A-T-------AAGCA-A-TA-TTGT-A-GTACATCC-CTAC-----ATGTT-TATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-ACC-AAGATTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----
gi|2 : ATTG-ATGGG-AAT-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTTTAAA---TGAT---T-------GAGCA-T-AA-TTG--A-GTA--TTC-CT-CTTTTATTGTT-AATGTA-TTCATGGT-A-T-GAAGGCG-AAGTTT--AAG-T-TATTAGATA-TAGACCG--TATA----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAATTG---TTTT-GT-TAGT-ATATATCG-TT--AGTA-TAATTC---ACTCTCTG-TC--AATCTT
gi|8 : ATGGA-AGAAAGTA-TCAAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCAGA-TA-TTGT-A-GTA--TTC-C--C-----TTG-T-TTTGTACTTC-TGGTAA-T-GAA-GCA-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATAC---GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT-TTGT-GT-T--TCACATAT-G-GTTAAGTA-T-ATTC---ATTC-CTGTTC--AATCCTTTAAAaa
gi|16 : -AAGTTTCAAGG-C-TATCTG--A-TAGACCA--TATG----G
gi|14 : aTGT-GT-T--T-AAATAT-G-TT--AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTT
gi|15 : g-GT-T--T-AAATAT-G-TT--AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTaaatg
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGTGTTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111
lowQualScore : 3 7 3 7 3 3 3 6 44 3 3 0000000 6 3 3 3 3 44 3 3 88888 3 2 6 3 3 3 3 3 3 77 3 44 9999 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 4 55 8 8 4 4 4 4 111 4 4 55
lowQualScore : . . . . . . . . .. . . ....... . . . . . .. . . ..... . . . . . . . . . .. . .. .... ........................................................................................................ . . .. . . . . . . ... . . ..
lowQualScore : 6 3 6 3 6 3 3 7 66 3 3 8888888 7 3 3 3 3 66 3 3 33333 3 5 7 3 3 3 1 1 1 33 1 22 6666 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 55 0 0 0 0 0 0 000 0 0 55
consensus : AATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAATTG---TTGT-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTTTAAA
Reference ( family-3038 ) : AATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAATTG---TTGT-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTTTAAA
gi|1 : AATTG-ATGAGCA-TAG-AATGGA--GAA-GTA-TTTAAAA--TTGATCA-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-AAGTA--TTTTCT-C-----TTGTTTACTGTACTTCATGGTCA-TTGAA-GCCCAAGTTTCA-GG-TATATCTG--A-TAGACCGCCTATAANNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NTTT-GTGT--T-AAATAT-GTTT-AGAACT-ATTCT--TTTC-CTG-TCAAAATCTGTTAA
gi|10 : ATTGCATGAG-A-T-GGAATGGA-AGAA-GTACTTCAAAA--TTGAT-A-T-------AAGCA-A-TA-TTGT-A-GTACATCC-CTAC-----ATGTT-TATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-ACC-AAGATTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----
gi|11 : AATTG-ATGAG-A-TTG-AATGGA--GAA-GTAATTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-T-GT-A-GTA--T-C-CT-C-----GTGTT-AATGTACTTCAT-GT-ATT-GAA-GCC-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--ATTAGACCG--TATA----G
gi|12 : cATTG-ATGGG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTCAT-A-T-------GAGCA-A-TA-ATGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTTAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----G
gi|14 : TGT-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTT
gi|15 : g-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTaaatg
gi|16 : -AAGTTTCAAGG-C-TATCTG--A-TAGACCA--TATG----Gaaat
gi|2 : aATTG-ATGGG-AAT-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTTTAAA---TGAT---T-------GAGCA-T-AA-TTG--A-GTA--TTC-CT-CTTTTATTGTT-AATGTA-TTCATGGT-A-T-GAAGGCG-AAGTTT--AAG-T-TATTAGATA-TAGACCG--TATA----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAATTG---TTTT-GT-TAGT-ATATATCG-TT-AGTA-TAATTC---ACTCTCTG-TC--AATCTT
gi|3 : AATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGAT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGAACG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTG---TTGT-GT-T--T-AAATAT-G-CT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTTTAAAaa
gi|4 : AATTG-ATGGG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTTAT-A-A-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TT--CT-C-----TTGTT-AATG-ACTTCA-GGT-A-T-GAA-GCC-AATGTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--ATTA----GN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGT-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTT
gi|5 : ATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGAGAAGA-GTA-TTC-AAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCA-GGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAA-G-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TTTT-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTaaat
gi|6 : ATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAATG-T-TATCTG--A-GAGACCG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT-----TTGTGGT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-AT-----ATT--CTG-TC--A---TCTTAAAaaat
gi|7 : AATTG-ATGAG-A---G-AATGGA-A--A-GTA-TTCACAA--TTGAT-AAT-------G-GCA-AATA-TCGTCA-GTA--TTC-CT-C-----T-GTT-AATGTA-TTCATG-T-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAAGA-T-TATCTGA-A-TAGA-CG--TATA----GA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT----TTGT-GT-T--TAAAATAT-G-TT-AG---T-ATTCAATATTC-CTG-TC---ATCTtg
gi|8 : ATGGA-AGAAAGTA-TCAAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCAGA-TA-TTGT-A-GTA--TTC-C--C-----TTGTT--TTGTACTTC-TGGTAA-T-GAA-GCA-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATAC---GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT-TTGT-GT-T--TCACATATGG-TTAAGTA-T-ATTC---ATTC-CTGTTC--AATCCTTTAAAaaat
gi|9 : AATTG-ATGAGGA-T-G-AATG-A-AGAA-GTA-TTCAAAAAATTGAT-A-TTGGCTATGAGCATA-TAATTGT-A-GTA--TCC-CT--------TGTT-AATGTA-TTCATGGT-A-T-GAA-GCC--AGTTTCAAGGTT-TATCTG--A-TAGATCG--TATA----G
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGTGTTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111
lowQualScore : 3 7 3 7 3 3 3 6 44 3 3 0000000 6 3 3 3 3 44 3 3 88888 3 2 6 3 3 3 3 3 3 77 3 44 9999 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 4 55 8 8 4 4 4 4 111 4 4 55
lowQualScore : . . . . . . . . .. . . ....... . . . . . .. . . ..... . . . . . . . . . .. . .. .... ........................................................................................................ . . .. . . . . . . ... . . ..
lowQualScore : 6 3 6 3 6 3 3 7 66 3 3 8888888 7 3 3 3 3 66 3 3 33333 3 5 7 3 3 3 1 1 1 33 1 22 6666 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 55 0 0 0 0 0 0 000 0 0 55
consensus : AATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAATTG---TTGT-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTTTAAA
Reference ( family-3038 ) : AATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAATTG---TTGT-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTTTAAA
gi|1 : AATTG-ATGAGCA-TAG-AATGGA--GAA-GTA-TTTAAAA--TTGATCA-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-AAGTA--TTTTCT-C-----TTGTTTACTGTACTTCATGGTCA-TTGAA-GCCCAAGTTTCA-GG-TATATCTG--A-TAGACCGCCTATAANNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NTTT-GTGT--T-AAATAT-GTTT-AGAACT-ATTCT--TTTC-CTG-TCAAAATCTGTTAA
gi|10 : ATTGCATGAG-A-T-GGAATGGA-AGAA-GTACTTCAAAA--TTGAT-A-T-------AAGCA-A-TA-TTGT-A-GTACATCC-CTAC-----ATGTT-TATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-ACC-AAGATTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----
gi|11 : AATTG-ATGAG-A-TTG-AATGGA--GAA-GTAATTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-T-GT-A-GTA--T-C-CT-C-----GTGTT-AATGTACTTCAT-GT-ATT-GAA-GCC-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--ATTAGACCG--TATA----G
gi|12 : cATTG-ATGGG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTCAT-A-T-------GAGCA-A-TA-ATGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTTAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----G
gi|14 : TGT-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTT
gi|15 : g-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTaaatg
gi|16 : -AAGTTTCAAGG-C-TATCTG--A-TAGACCA--TATG----Gaaat
gi|2 : aATTG-ATGGG-AAT-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTTTAAA---TGAT---T-------GAGCA-T-AA-TTG--A-GTA--TTC-CT-CTTTTATTGTT-AATGTA-TTCATGGT-A-T-GAAGGCG-AAGTTT--AAG-T-TATTAGATA-TAGACCG--TATA----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAATTG---TTTT-GT-TAGT-ATATATCG-TT-AGTA-TAATTC---ACTCTCTG-TC--AATCTT
gi|3 : AATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGAT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGAACG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTG---TTGT-GT-T--T-AAATAT-G-CT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTTTAAAaa
gi|4 : AATTG-ATGGG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTTAT-A-A-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TT--CT-C-----TTGTT-AATG-ACTTCA-GGT-A-T-GAA-GCC-AATGTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--ATTA----GN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGT-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTT
gi|5 : ATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGAGAAGA-GTA-TTC-AAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCA-GGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAA-G-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TTTT-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTaaat
gi|6 : ATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAATG-T-TATCTG--A-GAGACCG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT-----TTGTGGT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-AT-----ATT--CTG-TC--A---TCTTAAAaaat
gi|7 : AATTG-ATGAG-A---G-AATGGA-A--A-GTA-TTCACAA--TTGAT-AAT-------G-GCA-AATA-TCGTCA-GTA--TTC-CT-C-----T-GTT-AATGTA-TTCATG-T-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAAGA-T-TATCTGA-A-TAGA-CG--TATA----GA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT----TTGT-GT-T--TAAAATAT-G-TT-AG---T-ATTCAATATTC-CTG-TC---ATCTtg
gi|8 : ATGGA-AGAAAGTA-TCAAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCAGA-TA-TTGT-A-GTA--TTC-C--C-----TTGTT--TTGTACTTC-TGGTAA-T-GAA-GCA-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATAC---GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT-TTGT-GT-T--TCACATATGG-TTAAGTA-T-ATTC---ATTC-CTGTTC--AATCCTTTAAAaaat
gi|9 : AATTG-ATGAGGA-T-G-AATG-A-AGAA-GTA-TTCAAAAAATTGAT-A-TTGGCTATGAGCATA-TAATTGT-A-GTA--TCC-CT--------TGTT-AATGTA-TTCATGGT-A-T-GAA-GCC--AGTTTCAAGGTT-TATCTG--A-TAGATCG--TATA----G
blockSeqs : C G A T G G A C AA . A TGGCTAT G A A C . CA . A TTTTA . C A T . G . T . AT T . C NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAATTG G . AG A C . A . A AAT T T .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . . . C . . . . . . . A . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT . . . C G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTG . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : ** **** *** **
originalCons : AATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAATTG---TTGT-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTTTAAA
finalCons : AATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAATTG---TTGT-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTTTAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGTGTTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111
lowQualScore : 3 7 3 7 3 3 3 6 44 3 3 0000000 6 3 3 3 3 44 3 3 88888 3 2 6 3 3 3 3 3 3 77 3 44 9999 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 4 55 8 8 4 4 4 4 111 4 4 55
lowQualScore : . . . . . . . . .. . . ....... . . . . . .. . . ..... . . . . . . . . . .. . .. .... ........................................................................................................ . . .. . . . . . . ... . . ..
lowQualScore : 6 3 6 3 6 3 3 7 66 3 3 8888888 7 3 3 3 3 66 3 3 33333 3 5 7 3 3 3 1 1 1 33 1 22 6666 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 55 0 0 0 0 0 0 000 0 0 55
consensus : AATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAATTG---TTGT-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTTTAAA
Reference ( family-3038 ) : AATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAATTG---TTGT-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTTTAAA
gi|1 : AATTG-ATGAGCA-TAG-AATGGA--GAA-GTA-TTTAAAA--TTGATCA-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-AAGTA--TTTTCT-C-----TTGTTTACTGTACTTCATGGTCA-TTGAA-GCCCAAGTTTCA-GG-TATATCTG--A-TAGACCGCCTATAANNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NTTT-GTGT--T-AAATAT-GTTT-AGAACT-ATTCT--TTTC-CTG-TCAAAATCTGTTAA
gi|10 : ATTGCATGAG-A-T-GGAATGGA-AGAA-GTACTTCAAAA--TTGAT-A-T-------AAGCA-A-TA-TTGT-A-GTACATCC-CTAC-----ATGTT-TATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-ACC-AAGATTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----
gi|11 : AATTG-ATGAG-A-TTG-AATGGA--GAA-GTAATTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-T-GT-A-GTA--T-C-CT-C-----GTGTT-AATGTACTTCAT-GT-ATT-GAA-GCC-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--ATTAGACCG--TATA----G
gi|12 : cATTG-ATGGG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTCAT-A-T-------GAGCA-A-TA-ATGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTTAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----G
gi|14 : TGT-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTT
gi|15 : g-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTaaatg
gi|16 : -AAGTTTCAAGG-C-TATCTG--A-TAGACCA--TATG----Gaaat
gi|2 : aATTG-ATGGG-AAT-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTTTAAA---TGAT---T-------GAGCA-T-AA-TTG--A-GTA--TTC-CT-CTTTTATTGTT-AATGTA-TTCATGGT-A-T-GAAGGCG-AAGTTT--AAG-T-TATTAGATA-TAGACCG--TATA----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAATTG---TTTT-GT-TAGT-ATATATCG-TT-AGTA-TAATTC---ACTCTCTG-TC--AATCTT
gi|3 : AATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGAT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGAACG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTG---TTGT-GT-T--T-AAATAT-G-CT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTTTAAAaa
gi|4 : AATTG-ATGGG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTTAT-A-A-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TT--CT-C-----TTGTT-AATG-ACTTCA-GGT-A-T-GAA-GCC-AATGTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--ATTA----GN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGT-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTT
gi|5 : ATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGAGAAGA-GTA-TTC-AAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCA-GGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAA-G-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TTTT-GT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-ATTC---ATTC-CTG-TC--AATCTTaaat
gi|6 : ATTG-ATGAG-A-T-G-AATGGA-AGAA-GTA-TTCAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCA-A-TA-TTGT-A-GTA--TTC-CT-C-----TTGTT-AATGTACTTCATGGT-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAATG-T-TATCTG--A-GAGACCG--TATA----GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT-----TTGTGGT-T--T-AAATAT-G-TT-AGTA-T-AT-----ATT--CTG-TC--A---TCTTAAAaaat
gi|7 : AATTG-ATGAG-A---G-AATGGA-A--A-GTA-TTCACAA--TTGAT-AAT-------G-GCA-AATA-TCGTCA-GTA--TTC-CT-C-----T-GTT-AATGTA-TTCATG-T-A-T-GAA-GCC-AAGTTTCAAGA-T-TATCTGA-A-TAGA-CG--TATA----GA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT----TTGT-GT-T--TAAAATAT-G-TT-AG---T-ATTCAATATTC-CTG-TC---ATCTtg
gi|8 : ATGGA-AGAAAGTA-TCAAAAA--TTGAT-A-T-------GAGCAGA-TA-TTGT-A-GTA--TTC-C--C-----TTGTT--TTGTACTTC-TGGTAA-T-GAA-GCA-AAGTTTCAAGG-T-TATCTG--A-TAGACCG--TATAC---GA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT-TTGT-GT-T--TCACATATGG-TTAAGTA-T-ATTC---ATTC-CTGTTC--AATCCTTTAAAaaat
gi|9 : AATTG-ATGAGGA-T-G-AATG-A-AGAA-GTA-TTCAAAAAATTGAT-A-TTGGCTATGAGCATA-TAATTGT-A-GTA--TCC-CT--------TGTT-AATGTA-TTCATGGT-A-T-GAA-GCC--AGTTTCAAGGTT-TATCTG--A-TAGATCG--TATA----G
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGTGTTTA