lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 3333333333333333333333333333 2222222222222 1 1 33333 1 111 1 7777777777777777777777777777777777 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 1 1 11
lowQualScore : 6 6 5 1 666 6 6 99 5 88 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 4 5555555555555555555555555555 3 0 4444444444444 4 4 5 55 6 99999 3 6 00000 3 6 55 9 000 3 6 5555555555555555555555555555555555 66 6 8 5 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 0000 555 5 1 55 2 55 9 6 99
lowQualScore : . . . . ... . . .. . .. ................................................................................................................................... .. . ............................ . . ............. . . . .. . ..... . . ..... . . .. . ... . . .................................. .. . . . . ......................................................................................................................................................................................................... . .... ... . . .. . .. . . ..
lowQualScore : 0 0 0 0 888 7 7 22 0 55 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 0 6666666666666666666666666666 6 6 5555555555555 5 5 1 00 0 11111 6 8 55555 6 6 55 3 000 3 7 3333333333333333333333333333333333 33 3 5 0 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 6666 111 0 9 44 8 11 7 7 55
consensus : ATAGCAGTGTTCGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGGACNA---GT----AGATTCNNNGNNNNNCTAGNCCNGCNNNGCCAGNNNNGTNNNNNNNCACGNNGNCGGACGCGNNCGGCNNANNGACGNGNGGGGGAGGGCGNGGNGCGGGNNGNNGNNGTNNNNC-ATATG-GTGGNGGGGGTCTGGAGGGN----C-T--A--CCGCGGAAA-ATTT---TT-A------AAGTCTAGAAGNA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGCAAAATGACCTCCTA-ATAAACTCAT--TTTAGCCT---CTGA-T-TTA-TCGATT--T---T-T--ATC-----AA--C--AACGACGTTTTGG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTTA--TG-AGNAATA------TTTTTC-----T----------------ACG-G-NTAGCGTTCAAGATTAGAC--AT--TTTATCCA-N-----T-CCA--TTAGGTTTTTAAT-TTT------TCAGTAG-T--CCA-------------TANCGG------ACT--------AT----T-----C-TG----ATAGTCCGGGGCAAAA-TTTACT-AGCCTCGGGCTACCGGACTAGCGTT-AGTGT-CGAACCCTG
Reference ( gi|1 ) : ATAACGGTGGTTGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGGAACCCAAATAAGGA---GC----AGATTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ATATA-GTGGAGGGGGTCTGGAGGGG----T-T--A--CTGTAGAAA-ATTT---TT-G------AAGTCAAGATGCA--AAGTCCT-----GCATTT-CTGTTGCAAAGTGGTCTTCTA-ATAATCTCAT--TTTTGCCT---CTGA-T-TTA-TCAATT-TT--CT-T--ATC-----AA--C--AACGACGTTTTAG-GTGTAGATTGTA--------TGCAGTTTA--TG-AGAAATA------TTTTTC-----T----------------ACG-G-GTAGCATTTAAGATTAAAC--AT--TTTGCCAA-A-----T-CCA--TTAGGTTTTTGAT-TTT------TCA-----T--CC--------------TAACAG------AC---------AC----T-----C-TG----ATAGTCCAAGGCAAAA-TTGACT-AGCCTCTGGCTACGGGACTAGTGTT-AGTGT-TGAACCCTG
gi|3 : ATAGCAGTGTTCAATAT-T-A-ACCTTTTCA-CCATTAAGTAGCCCAAA---GGACTGGT----AGATTCTGTAATTAACTAGTCCTGCAGAGTCAGTAGTGTCCAGCTGCACAGGGGCAGACAGGCCCAGCTTACAAAAGCGAAAGGAAAGGGGGGGGGGGGGCAGTTGGGATAGGGTTATATATGTGGAGGGG---TGGAAGGC----TAT--A--CTGCAGAAA-ATCT---TT-A------TAGCCTAGAAGGAATAAATCCT-----GCATTTGATATACCACAATGA---CCTAGATAAGCT-AT--TTCAGCCCTTGCTGA-T-TAA-TTGATT-AT--CT-GAAACC-----AA--T--AAC
gi|2 : atgaatacatgtacctatatCAGTGTTTGCCAC-T-A-ACTTTTTCA-TCAT--AGTATTCCAAACAA
gi|6 : CAGTGTTCAACAC-TTA-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGTACTA---GT----AGAT--ACGGTAATTTTAAACTAGTTCTGCTAGGTCAGTAGCTAGTCAGGCTGCTGGAGGCAGAAGGCAAAGTGACAAGTGGAGGAGAGCACGGTGCAGGGTGGGACTGTCCCCC-ATATG-GTGGCAGGG-TCCGG---GG----T-C--AGCCTG-AGAAA-ATTT---TC-T------AAA-------GCA--AAATCAT-----GCAATT-CTGTTGTAAAATGACCTTCTA-ATCAACTCAT--Tctagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtctggtggcctttcaccaaatataatcaaagtttagaagcaaaatccnnnnnngtacttctgatgcaaaatgaccttctaatcaactcatattggcatctgatttcacccatgacattttgagtgtagattgtacattttgaactgcagttgcattcaagattagacattataatagtccatttcatttttaattttccagtagtccaccggactactttataatagttactgatattctgatagtctggggcaaaatttactagcctcaggttaacagactggcgttagtgtcgaactctg
gi|14 : attccacatctgTGTTTGACAC-T-A-A-TTTTTCA-CAAT--AGTAGTCCAAAGGACCA---GT----AGATTCa
gi|8 : TTGA-AC-T-ATACTTTTTCAACCAT--AGTAGTCCA---AAGGA---CCTATTAGATTCtgtaattaattagtcctaggtcagtaatgaatctgcctccagcagttgcaaagtgttaaaggggtttggagcggagcaggatggggcttctcccaaatggtg
gi|22 : taaacacaggagaataattatcatatgtcagtttttACACGC-A-ACTTTTTCA-CCAC--AGTAGCCCAAAGGACTA---GT----AGATtgcaatataactagttctgctaggtaagtagctagtctgactgttgagacagtctgccagttgcaaccagcaaacaaggggtgaggcaattgtatgtgacaggattaaaatttcccatattggtggcaaggggttg
gi|17 : aaattcgcatcagagtgca-ATATG-ATGGGGGGGG-------GGC----C-T--A--CAATGGAAATATTT---T---------AAGTCTAGAAGGA--AAATCAT-----GCATTT-CTGTTGTAAAATGA---CCTA-ATTAACTCAT--TTaaaaccttagac
gi|2 : tgcaaagcgacaagggggtgggagtagtatgggatagggatgtcccccGGGTCTGGTGGCC----T-TTCA--CC-----AA-ATATAA-TC-A------AAGTTTAGAAGCA--AAATCCNNNNNNGTACTT-CTGATGCAAAATGACCTTCTA-ATCAACTCAT--ATTGGCAT---CTGA-T-TT---------------------C-----AC--C--CATGACATTTTGA-GTGTAGATTGTA----------CATTTT-------GAA--------------C-----T----------------GCA-G-TT-GCATTCAAGATTAGAC--AT--TATAATAG-------T-CCA--TTTCATTTTTAAT-TTT------CCAGTAG-T--CCACCGGACTACTTTATAATAGTTACTGAT---------AT----T-----C-TG----ATAGTCTGGGGCAAAA-TTTACT-AGCCTCAGGTTAACAGACTGGCGTT-AGTGT-CGAACTCTG
gi|7 : cagtgtttgccactaactttttcatcatagtattccaaacaactagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAGAGGGGAGACC-T--A--CTGCGGGAA-ATAT---TT-A------AAGTCTAGAAGAA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGCAAAAACGAC--CTG-ATAAACTCAT--TTTTGCCT---C
gi|12 : agtacctaaaaggactagtagattctgttaattatgaaccagtcctgctaggtcaatttctagtccagctggcggaaacagttggctcggctgcaaagctacaaaggggggtgggggcagtgttggataaggctttcttcctataaatggTAGAAGGGAC--C-T--A--CTG-AGGGA-ATTTGTTTT-A------AAGTCTAGAAGGA--AAATCCT-----ACATTT-CTGTTTCAAAATGA---CCCA-ATAAACTCAT--TTTggtggt
gi|10 : tagtccatctgacagaggcagtcgacccagttgtaaatggacatggggttgggggcagtgtgggataacccccacttccatggAGGGC----T-T--A--CCATAGAAA-ATCT---TT-GTACTTGAAGTCAAGAAGGA--AAAACAT-----GTATTT-CTGTTGCAAAATGA---CCTA-ATAAACTCa
gi|4 : taaagtagttcagctaattcagtagctaatccagctgatggaggctactcggccaagttgcaaagtgacaagtgagtggaagcagtgtgagatggggctttccccacaaatggtggaaGGG----C-T--AA-CCATGCAAA-ATGT---TC-A------AAGTCTAGATATA--AAATTCT-----GCATTT-CTGTTGCAGAATGACCTTCTA-ATAAACTCAT--TTTAGTCT---CTGA-T-TTA-TAAA-------------A-------AA--A--AAATACATTTTGG-TTGTAGG-TG----------------TTA--CG-AGCTATT------TTTTTT-----TTCAAAAGGCAGAATTGATGTG-GTTGCGTTCAACATTAAAC--A---TTAGTCCA-T-----T-CCA--TTATGTTTTTAAT-TTT------TCAGTAG-T--CC---------------ATTGG------TCT--------AT----T-----C-TG----ATAGTACTGGGCAAAA-TTTAC--A------GGCTACTGGACTAGATTT-GGTGT-TGAACCCT
gi|18 : tacgccggatggaactttcccccttctagtggctt-T--A--CCGCGGAAA-ATTA---AC-A------AAGTCTAGAAGAA--AAACCCT-----GCATT--CTGTTGCAAAATTACTTGATA-ATAAATTAAA--TTTAGCCT---CTGATT-TTC-TCGAT-------T-T--ATC-----AA--TTAAATCAC------G-ATGTAGATT
gi|5 : ggccGAAC-AATT---TT-A------AAGTCTAGAAGCA--AAATTCT-----GTATTT-CTGTTACAAACTGAACTTCTA-ATCAGTTTATACATGTACCT---CTGACT-TTACTCAATTACTGATT-T--ATTCATAAAA--C--TACGGCGTTTTTG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTGAACTG-A-AAATAACAACCTTTATTATTGAT----------------GCG-G-ATA-CGCTCAAGATAAGAC--A---TTAGTCCA-T-----T-CCA--TTAGGTTCTTAAT-TTT------TCAG----TAGTC--------------TACCGG------ACT--------AC----T-----CATGATTTATATTCTGGGGCGATA-TGTACT-GGCCTAGGGCTACCAGACTAGAGTTAAGTGT-CGAACCCTG
gi|20 : GAAC-ATTT---TTCG------AAGTCTAGAAGCA--AAATCCT-----G------------CAAAATGACCTTTTG-ATAAACTTAA--CTTAGTCT---CTGA-TATTA-ACAATT-CA--TT-C--ATC-----
gi|13 : CAAAT-TT--ATAT--ATC-----AAACC--AA-AACATTTTGG-GTGTAGATTGCA--------TGC---TT-------GAA-----------TTGCAG---T----------------ACG-G-TT-GCATT----------C--AG--TTT----A-A-----T-CCA--TTAGTTTTTTAAAATTT------TCAGTAC-T--CC---------------ATCTG------ACT--------AT----T-----C-TG----ATAGTCCAAGGAAAAA-TTTACT-AGCCTCAGGCTAC
gi|15 : tttcaACGACGTTTTGA-GTGTAGCTTGTA--------TGC----T---TG-A-----A------TTTTTC-----T----------------AAG-----AGCA----AAATTGAAGTGAT--TGT----A-A-----T-CAAGATTAGAC-----AT-TAG------TC--------------------------------------C---------AT----T-----C-TG----ATAGTCGGAGTTAAAAATTGACT-AGACTCAGGCTACCGGAc
gi|11 : tccgattgtacagatttattcTTTGG-GTGTAGATTGTAGATTGAATTGCAGTGT---TG-AGC--TA------TTT--A-----A----------------ACA-AAGTTGCGTTGAAGATTGTAC--AT--T-----AA-AATTATT-CCA--TTAGATTTTTAAT-TTTAATACATTG-----T--CC---------------AGCAG------ACTGCTTGCTTAC----TGATAAT-CG----ATAGCCCAA-GCAAAA-TTTACA-TGCCTCTGGCTCCCAGATTAACTTT-AGTGTAAAAACTCTG
gi|9 : TTTGGCGTGTTAATTATA--------TGC--TTGAATTGCAGTGATG------ATTTTC-----T----------------AAG-G-TCAGTATT---GATGCGGC--AGAGTTTACTTATA-----TTCCA--TTATGTTTT-AAT-TTT------TCAGTTGGT--CCA-------------TATTAG------ACT--------ACATCGTAA---C-TG----ATAGTCTGGGGCAAAA-TTTACTAAGCCTCGAGCTACCAAATGAGCGTT-ATTGT-CGAAGCC
gi|16 : gaatttgaatttattatattataTTCAAGATCAGAC--CT--CTGATCCA-T-----T-TCA--ATAGGTTTT-GAT-TTT-------CAGTAG-T--CCAC------------GAACTG------AT---------AT----T-----C-TG----ATAGTCTGGGGTAAAA-TTTACT-AGCCTTGAGCTACAACACTAGCGTT-AGTAT-TGAACCCTG
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTTTCACCACAGTAGTCCAAAGGACCAGTAAATTATGTAATTAGCTAGTCCTGCAACATCAGTAGCTAGTCCGACTCCAACAGTCGCCCCAGTCACAAAG
Unaligned ( gi|21 ): TTGAAGCAAGTTGAGTTTAAGATCAGACCTCTAATCCCTTTCAATAGTAGTTCACCAACTGATAATCTGATAGTCTGGGGTAAAATT
Unaligned ( gi|23 ): GTGTTTGACTCTAAGATTTTTACTATAGTAGTCCTGATGATCATTAAATTATATAATGAACTAGTCCTG
Unaligned ( gi|24 ): AAATTCTCTGCTAAAAATTATTCAATATTATTTTAAAATGTCTCTTATTGTGTCGCCTGCCTGCGTTA
Unaligned ( gi|25 ): AAATAAACATCTTTTATTGTGTCGCCTGCCTGCGTTAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 33333333 11111111 44444444 111111111 1 5555555555555555555555555555555555555 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4444444444444 66666666666666666666666666666666666666666666 111111
lowQualScore : 5 5 5 4 66 4 1 99999999999 1 2 333 4444 7777777 5 22 1 00000000 22 888 22 99 33 7 6 1 88 1 1 4 22 22 444 88888888 99 6 1 44444444 1 8 4 1 3 44 444444444 1 44 88888 2 3 6666 666 777 0 5 5 3333333333333333333333333333333333333 3 4 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 3 666 8888 1111111111111 2 4 2 4 8888 11111111111111111111111111111111111111111111 4 8888 111111 3 55 4 2 5 66
lowQualScore : . . . . .. . . ........... . . ... .... ....... . .. . ........ .. ... .. .. .. . . . .. . . . .. .. ... ........ .. . . ........ . . . . . .. ......... . .. ..... . . .... ... ... . . . ..................................... . . . ....................................................................... . . ... .... ............. . . . . .... ............................................ . .... ...... . .. . . . ..
lowQualScore : 0 0 0 4 11 0 0 11111111111 0 8 000 0000 0000000 2 00 0 00000000 00 777 00 22 55 5 7 3 77 0 0 0 00 00 888 55555555 22 7 0 22222222 0 0 0 4 3 66 666666666 0 66 33333 6 3 9999 444 888 0 0 0 3333333333333333333333333333333333333 4 0 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 2 999 5555 0000000000000 2 0 2 0 5555 55555555555555555555555555555555555555555555 0 5555 555555 0 55 4 7 7 11
consensus : ATAGCAGTGTTCGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGGA-CTAGTAGATTC-TGTAANTAACTAGTCCTGCNNNGTCAGNNNNGTNNCTAGTCANGCTGGCGGANAC-----GCNCGGCAA-AGNG--ACAAGNGGG-GGAGGGGGCGGTGCGGGATGGGGCTNT-CCCC-C-ATA--TG-GTGGAGGGGGTCTGGAGGGCC-TA-CCGCGGAAA-ATT--TTT-A------AAGTCTAGAAGNA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGCAAAATGACCTTCTAATAAACTCAT---TTTAGCCT---CTGA-T-T-TA-TCGATT-----TT--T---ATC-----AA--C--AACGACGTTTTGG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTTA--TG-AGNAATA------TTTTTC-----T----------------ACG-GTTAGCGTTCAAGATT--AGACA----TT----TTA-TCCANTCCATTAGGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT-ANCGGACTA--------------------C----T------C-TG----ATAGT------CCGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCGGGCTACCGGACTAGCGTT-AGTGT-CGAACCCTG
Reference ( family-3030 ) : ATAGCAGTGTTCGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGGA-CNAGTAGATTC-NNNGNNNNNCTAGNCCNGCNNNGCCAGNNNNGTNNNNNNNCACGNNGNCGGACGC-----GNNCGGCNN-ANNG--ACGNGNGGG-GGAGGGCGNGGNGCGGGNNGNNGNNGT-NNNN-C-ATA--TG-GTGGNGGGGGTCTGGAGGGNC-TA-CCGCGGAAA-ATT--TTT-A------AAGTCTAGAAGNA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGCAAAATGACCTCCTAATAAACTCAT---TTTAGCCT---CTGA-T-T-TA-TCGATT-----TT--T---ATC-----AA--C--AACGACGTTTTGG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTTA--TG-AGNAATA------TTTTTC-----T----------------ACG-GNTAGCGTTCAAGATT--AGACA----TT----TTA-TCCANTCCATTAGGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT-ANCGGACTA--------------------T----T------C-TG----ATAGT------CCGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCGGGCTACCGGACTAGCGTT-AGTGT-CGAACCCTG
gi|1 : ATAACGGTGGTTGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGGAACCCAAATAA-GGAGCAGATTC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNN-NNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN-N-ATA--TA-GTGGAGGGGGTCTGGAGGGGT-TA-CTGTAGAAA-ATT--TTT-G------AAGTCAAGATGCA--AAGTCCT-----GCATTT-CTGTTGCAAAGTGGTCTTCTAATAATCTCAT---TTTTGCCT---CTGA-T-T-TA-TCAATT-----TTCTT---ATC-----AA--C--AACGACGTTTTAG-GTGTAGATTGTA--------TGCAGTTTA--TG-AGAAATA------TTTTTC-----T----------------ACG-GGTAGCATTTAAGATT--AAACA----TT----TTG-CCAAATCCATTAGGTTTTTGAT-TTTTCA---------TCC-T-AACAGAC-A--------------------C----T------C-TG----ATAGT------CCAAGGC--AAAATTGACT-AGCCTCTGGCTACGGGACTAGTGTT-AGTGT-TGAACCCTG
gi|10 : GCAA-AGTG--ACAAGTGAGTGGAAG---CAGTGTGAGATGGGGCTTT-CCCCAC-AAA--TG-GTGGAA---------AGGGCT-TA-CCATAGAAA-ATC--TTT-GTACTTGAAGTCAAGAAGGA--AAAACAT-----GTATTT-CTGTTGCAAAATGA---CCTAATAAACTC
gi|11 : taaagtagttcagctaattcagtagctaatccagctgatggaggctactcggccaagttTTTGG-GTGTAGATTGTAGATTGAATTGCAGTGT---TG-AGC--TA------TTTAAA-----C----------------AAA-GTT-GCGTTGAAGATT--GTACA----TTAAAATTA-T----TCCATTAGATTTTTAAT-TTT--AAT-ACATTGTCC---AGCAGACTG--------------------C----TTGCTTAC-TG----ATAATCGATAGCCCAAGC--AAAATTTACA-TGCCTCTGGCTCCCAGATTAACTTT-AGTGTAAAAACTCTG
gi|12 : GAAGGGACCTA-CTGAGGGAA-TTTGTTTT-A------AAGTCTAGAAGGA--AAATCCT-----ACATTT-CTGTTTCAAAATGA---CCCAATAAACTCAT---TTTA
gi|13 : tagtccatctgacagaggcagtcgacccagttgtaaatggacatggggttgggggcagtgtgggataacccccacttccatggta--T---ATC-----AAACC--AA-AACATTTTGG-GTGTAGATTGCA--------TGC--TT-----G-A-----A------TTGCAG-----T----------------ACG-GTT-GCATTCAG----------------T----TTA-----ATCCATTAGTTTTTTAAAATTTTCAGT-A----CTCCAT---CTGACTA--------------------T----T------C-TG----ATAGT------CCAAGGA--AAAATTTACT-AGCCTCAGGCTACC
gi|14 : tttcacaaatttataTGTTTGACAC-T-A-A-TTTTTCA-CAAT--AGTAGTCCAAAGGA-CCAGTAGATTC-TGTAATTAATTAGTC---CTAGGTCAGTAATG
gi|15 : T---CCGA-T-TGTA-CAGATT-----TA--T----TC-----A--------CGACGTTTTGA-GTGTAGCTTGTA--------TGC--TT-----G-A-----A------TTTTTC-----T----------------AAG----AGC----AAAATTGAAGTGA----TT----GTAATCAAG---ATTAGA-------------CATT-A----GTCCAT-----------------------------------T------C-TG----ATAGT------C-GGAGTTAAAAATTGACT-AGACTCAGGCTACCGGAaatctgcctccagcagttgcaaagtgttaaaggggtttggagcggagcaggatggggcttctcccaaatggtg
gi|16 : GTTCAAGATC--AGACC----TC----TGA-TCCATTTCAATAGGTTTTGA---TTTTCAGT-A----GTCCACGAACTGA-TA--------------------T----T------C-TG----ATAGT------CTGGGGT--AAAATTTACT-AGCCTTGAGCTACAACACTAGCGTT-AGTAT-TGAACCCTG
gi|17 : attgaagcagttgaGCAA-AGCG--ACAAG--GG-GGTGGGAGTAGTATGGGATAGGGATGT-CCCC-C-ATA--TG-ATGGGGGGGG-------GGCC-TA-CAATGGAAATATT--TT---------AAGTCTAGAAGGA--AAATCAT-----GCATTT-CTGTTGTAAAATGA---CCTAATTAACTCAT---TT
gi|18 : tGGCC-TA-CCGCGGAAA-ATT--AAC-A------AAGTCTAGAAGAA--AAACCCT-----GCA-TT-CTGTTGCAAAATTACTTGATAATAAATTAAA---TTTAGCCT---CTGATT-T-TC-TCGA-------TT--T---ATC-----AA--TTAAATCAC------G-ATGTAGATT
gi|19 : TTTTCA-CCAC--AGTAGTCCAAAGGA-CCAGTAAATTA-TGTAATTAGCTAGTCCTGCAACATCAG
gi|2 : CAGTGTTTGCCAC-T-A-ACTTTTTCA-TCAT--AGTATTCCAAACAA-CTAGtagctagtccgactccaacagtcgccccagtcacaaag
gi|2 : GGGTCTGG-TGGCC-TT-TCACCAAAT-ATA--ATC-A------AAGTTTAGAAGCA--AAATCCNNNNNNGTACTT-CTGATGCAAAATGACCTTCTAATCAACTCAT---ATTGGCAT---CTGA-T-T-T-----------------------C-----AC--C--CATGACATTTTGA-GTGTAGATTGTA--------CAT--TTT-------GAA--------------C-----T----------------GCA-GTT-GCATTCAAGATT--AGACA----TT----ATA--ATAGTCCATTTCATTTTTAAT-TTTCCAGT-A----GTCC---ACCGGACTACTTTATAATAGTTACTGATAT----T------C-TG----ATAGT------CTGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCAGGTTAACAGACTGGCGTT-AGTGT-CGAACTCTGatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtctggtggcctttcaccaaatataatcaaagtttagaagcaaaatccnnnnnngtacttctgatgcaaaatgaccttctaatcaactcatattggcatctgatttcacccatgacattttgagtgtagattgtacattttgaactgcagttgcattcaagattagacattataatagtccatttcatttttaattttccagtagtccaccggactactttataatagttactgatattctgatagtctggggcaaaatttactagcctcaggttaacagactggcgttagtgtcgaactctg
gi|20 : cagtgtttgccactaactttttcatcatagtattccaaacaactagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAAC-ATT--TTTCG------AAGTCTAGAAGCA--AAATCCT-----GCA------------AAATGACCTTTTGATAAACTTAA---CTTAGTCT---CTGA-TAT-TA-ACAATTCA---TT--C---ATC-----
gi|21 : GTTTAAGATC--AGACC----TC----TAA-TCC-----------CTTTCAAT------AGT-A----GTTCACCAACTGA-TA--------------------A----T------C-TG----ATAGT------CTGGGGT--AAAATT
gi|22 : ttgaagcaagttgaCAGAGTGCAACACGC-A-ACTTTTTCA-CCAC--AGTAGCCCAAAGGA-CTAGTAGAT
gi|23 : aaattcgcatGTGTTTGACTC-T-A-AGATTTTTA-CTAT--AGTAGTCCTGATGA-TCATTAAATTA-TATAATGAACTAGTCCTGaaaaccttagac
gi|3 : ATAGCAGTGTTCAATAT-T-A-ACCTTTTCA-CCATTAAGTAGCCCAAAGGA-CTGGTAGATTC-TGTAATTAACTAGTCCTGCAGAGTCAGTAGTGTCCAGCTGCACAGGGGCAGACAG-----GCCCAGCTT-ACAA--AAGCGAAAG-GAAAGGGGGGGGGGGGGCAGTTGGGATAGGGT-T-ATA--TATGTGGAGGGG---TGGAAGGCTATA-CTGCAGAAA-ATC--TTT-A------TAGCCTAGAAGGAATAAATCCT-----GCATTTGATATACCACAATGACCTA--GATAAGCT-AT---TTCAGCCCTTGCTGA-T-T-AA-TTGATTA----TC--TGAAACC-----AA--T--AAC
gi|4 : atgaatacatgtacctatatGGGC-TAACCATGCAAA-ATG--TTC-A------AAGTCTAGATATA--AAATTCT-----GCATTT-CTGTTGCAGAATGACCTTCTAATAAACTCAT---TTTAGTCT---CTGA-T-T-TA-TAAA---------------A-------AA--A--AAATACATTTTGG-TTGTAGGT-------------G----TTA--CG-AGCTATT------TTTTTT-----TTCAAAAGGCAGAATTGATGTGGTTGCGTTCAACATT--AAACA----TT------AGTCCATTCCATTATGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT---TGGTCTA--------------------T----T------C-TG----ATAGT------ACTGGGC--AAAATTTA--------CAGGCTACTGGACTAGATTT-GGTGT-TGAACCCT
gi|5 : tacgccggatggaactttcccccttctagtggcttGAAC-AAT--TTT-A------AAGTCTAGAAGCA--AAATTCT-----GTATTT-CTGTTACAAACTGAACTTCTAATCAGTTTATACATGTA-CCT---CTGACT-T-TACTCAATTACTGATT--T---ATTCATAAAA--C--TACGGCGTTTTTG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTGAACTG-A-AAATAACAACCTTTATTATTGAT----------------GCG-GATA-CGCTCAAGATA--AGACA----TT------AGTCCATTCCATTAGGTTCTTAAT-TTTTCAGT-A----GTC--T-ACCGGACTA--------------------C----T------CATGATTTATATT------CTGGGGC--GATATGTACT-GGCCTAGGGCTACCAGACTAGAGTTAAGTGT-CGAACCCTG
gi|6 : GCAGTGTTCAACAC-TTA-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGTA-CTAGTAGAT---ACGGTAATTTTAAACTAGTTCTGCTAGGTCAGTAGCTAGTCAGGCTGCTGGAGGC-----AGAAGGCAA-AGTG--ACAAGTGGA-GGAGAGCACGGTGCAGGGTGGGACTGT-CCCC-C-ATA--TG-GTGGCAGGG-TCCGG--GGTC-AG-CCTGAGAAA-ATT--TT-------------CTA-AAGCA--AAATCAT-----GCAATT-CTGTTGTAAAATGACCTTCTAATCAACTCAT---T
gi|7 : attccacatctAAAGGA-CTAGTAGATTC-TGTTAATTA-TGAACCAGTCCTGCTAGGTCAATTTCTAGTCCAGCTGGCGGAAACAGTTGGCTCGGCTGCAAAGCTACAAAGGGG-GGTGGGGGCAGTGTTGGATAAGGCTTT-CTTC-CTATAAATG-GTAGAGGGGA-------GACC-TA-CTGCGGGAA-ATA--TTT-A------AAGTCTAGAAGAA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGCAAAA--ACGACCTGATAAACTCAT---TTTTGCCT---Ca
gi|8 : agtacctaTTTGA-AC-T-ATACTTTTTCAACCAT--AGTAGTCCAAAGGACCTATTAGATTCTGCAATATAACTAGTTCTGCTAGGggtggt
gi|9 : taaacacaggagaataattatcatatgtcagttttTTTGGCGTGTTAATTATA--------TGC--TTGAATTGCAGTGATG------ATTTTC-----T----------------AAG-GTCAGTATT---GATG--CGGCAGAGTTTAC--TTA-T--ATTCCATTATGTTTT-AAT-TTTTCAGTTG----GTCCAT-ATTAGACTA--------------------CATCGTAA----C-TG----ATAGT------CTGGGGC--AAAATTTACTAAGCCTCGAGCTACCAAATGAGCGTT-ATTGT-CGAAGCCtaagtagctagtctgactgttgagacagtctgccagttgcaaccagcaaacaaggggtgaggcaattgtatgtgacaggattaaaatttcccatattggtggcaaggggttg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AAATTCTCTGCTAAAAATTATTCAATATTATTTTAAAATGTCTCTTATTGTGTCGCCTGCCTGCGTTA
Unaligned ( gi|25 ): AAATAAACATCTTTTATTGTGTCGCCTGCCTGCGTTAG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 1 1111 1111111 55555555 111111111 111 1 5555555555555555555555555555555555555 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33333333333333333333 5555555555555555555555555555555555555555 111111
lowQualScore : 5 5 5 4 66 4 5 999999 777 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 55 9999 11 0 1 2 0 3333 4 4 1111111 9999 22222222 4 1 3 44 222222222 1 44 88888 2 3 3 666 3 666 777 0 5 5 3333333333333333333333333333333333333 3 4 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 666 66666666666666666666 2 4 2 4 8888 9999999999999999999999999999999999999999 4 8888 111111 55 4 2 5 66
lowQualScore : . . . . .. . . ...... ... ... ........................................................ .. .. .... .. . . . . .... . . ....... .... ........ . . . .. ......... . .. ..... . . . ... . ... ... . . . ..................................... . . . ........................................................................ . . ... .................... . . . . .... ........................................ . .... ...... .. . . . ..
lowQualScore : 0 0 0 4 11 0 0 000000 888 444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 44 4444 00 8 1 9 7 3333 0 0 4444444 0000 11111111 0 4 3 66 555555555 0 66 33333 6 3 3 222 3 444 888 0 0 0 3333333333333333333333333333333333333 4 0 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 7 999 99999999999999999999 2 0 2 0 5555 3333333333333333333333333333333333333333 0 5555 555555 55 4 7 7 11
consensus : ATAGCAGTGTTCGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGGA-CTAGTAGATTCTGT-AA-TT---A---ACTAGTCCTGCTAGGTCAG----GT--AGCTAGTCCGGCTGGCG-GANG---C-----GCTCG--GC--------AA--AG-CGA----CAAGNGGGGGNGGGGGCGGTGCGGGATGGGGCT---NTCCCC-C-AT----A--TGGTGG-AGGGGGTCTGG-GGGCC-TACCGCGGAAA-ATT--TTT-A------AAGTCTAGAAGNA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGC-AAAATGACCTTCTA-ATAAACTCAT---TTTAGCCT---CTGA-T-T-TA-TCGATT-----TT--T---ATC-----AA--C--AACGACGTTTTGG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTTA--TG-AGNAATA------TTTTTC-----TAC------------------GGTTAGCGTTCAAGATT--AGACA----TT----TT-A-TCCANTCCATTAGGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT-ANCGGACTAC--------------------T------C-TG----ATAGTC------CGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCGGGCTACCGGACTAGCGTT-AGTGT-CGAACCCTG
Reference ( family-3030 ) : ATAGCAGTGTTCGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGGA-CTAGTAGATTCTGT-AA-NT---A---ACTAGTCCTGCNNNGTCAGNNNNGT--NNCTAGTCANGCTGGCG-GANA---C-----GCNCG--GC--------AA--AG-NGA----CAAGNGGGGGAGGGGGCGGTGCGGGATGGGGCT---NTCCCC-C-AT----A--TGGTGG-AGGGGGTCTGGAGGGCC-TACCGCGGAAA-ATT--TTT-A------AAGTCTAGAAGNA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGC-AAAATGACCTTCTA-ATAAACTCAT---TTTAGCCT---CTGA-T-T-TA-TCGATT-----TT--T---ATC-----AA--C--AACGACGTTTTGG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTTA--TG-AGNAATA------TTTTTC-----TAC------------------GGTTAGCGTTCAAGATT--AGACA----TT----TT-A-TCCANTCCATTAGGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT-ANCGGACTAC--------------------T------C-TG----ATAGTC------CGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCGGGCTACCGGACTAGCGTT-AGTGT-CGAACCCTG
gi|1 : ATAACGGTGGTTGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGGAACCCAAATAA-GGAGCAGATTCNNN-NN-NN---N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN---N-----NNNNN--NN--------NN--NN-NNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNN-N-AT----A--TAGTGG-AGGGGGTCTGGAGGGGT-TACTGTAGAAA-ATT--TTT-G------AAGTCAAGATGCA--AAGTCCT-----GCATTT-CTGTTGC-AAAGTGGTCTTCTA-ATAATCTCAT---TTTTGCCT---CTGA-T-T-TA-TCAATT-----TTCTT---ATC-----AA--C--AACGACGTTTTAG-GTGTAGATTGTA--------TGCAGTTTA--TG-AGAAATA------TTTTTC-----TAC------------------GGGTAGCATTTAAGATT--AAACA----TT----TT-G-CCAAATCCATTAGGTTTTTGAT-TTTTCA---------TCC-T-AACAGAC-AC--------------------T------C-TG----ATAGTC------CAAGGC--AAAATTGACT-AGCCTCTGGCTACGGGACTAGTGTT-AGTGT-TGAACCCTG
gi|10 : ---A---AGTAGTTCAGCTAATTCAG-----T--AGCTAATCCAGCTGATG-GAGG---CT----ACTCG--GCCAAGTTGCAA--AG-TGA----CAAGTGAGTG--GAAGCAGTGTGAGATGGGGCT---TTCCCCAC-AA----A--TGGTGG-AA---------AGGGCT-TACCATAGAAA-ATC--TTT-GTACTTGAAGTCAAGAAGGA--AAAACAT-----GTATTT-CTGTTGC-AAAATGAC---CTA-ATAAACTC
gi|11 : taTTTGG-GTGTAGATTGTAGATTGAATTGCAGTGT---TG-AGC--TA------TTTAAA-----CAA------------------AGTT-GCGTTGAAGATT--GTACA----TTAAAATT-A-T----TCCATTAGATTTTTAAT-TTT--AAT-ACATTGTCCA---GCAGACTGC--------------------TTGCTTAC-TG----ATAATCGATAGCCCAAGC--AAAATTTACA-TGCCTCTGGCTCCCAGATTAACTTT-AGTGTAAAAACTCTG
gi|12 : TAGTCCATCTGACA-GAGG---C-----AGTCG--ACCCAGTTGTAA--AT-GGA----CA--TGGGGTTGGGGGCAGTGTGGGATAA---------CCCC-C-ACTTCCA--TGGTAG-AAGGGA---------CC-TACTGAGGGAA-TTTGTTTT-A------AAGTCTAGAAGGA--AAATCCT-----ACATTT-CTGTTTC-AAAATGAC---CCA-ATAAACTCAT---TTTA
gi|13 : --T---ATC-----AAACC--AA-AACATTTTGG-GTGTAGATTGCA--------TGC--TT-----G-A-----A------TTGCAG-----TAC------------------GGTT-GCATTCAG----------------T----TT-A-----ATCCATTAGTTTTTTAAAATTTTCAGT-A----CTCCAT---CTGACTAT--------------------T------C-TG----ATAGTC------CAAGGA--AAAATTTACT-AGCCTCAGGCTACC
gi|14 : tttcacaaatttataTGTTTGACAC-T-A-A-TTTTTCA-CAAT--AGTAGTCCAAAGGA-CCAGTAGATTCTGT-AA-TT---A---ATTAGTCCT---AGGTCAGTAATGA--ATCT-GCC--TCCAGCA-GTT-----------------GC--------AA--AG-TGT----TAA-AGGGGTTTGGAGCGGAGCAGGATGGGGCT----TCTCC-C-AA----A--TGGTG
gi|15 : T---CCGA-T-TGTA-CAGATT-----TA--T----TC-----A--------CGACGTTTTGA-GTGTAGCTTGTA--------TGC--T-----TG-A-----A------TTTTTC-----TAA------------------G---AG----CAAAATTGAAGTGA----TT----GTAA-TCAAG---ATTAGA-------------CATT-A----GTCCAT-------------------------------T------C-TG----ATAGT-------CGGAGTTAAAAATTGACT-AGACTCAGGCTACCGGA
gi|16 : C------------------AGTT-GAGTTCAAGATC--AGACC----TC----TG-A-TCCATTTCAATAGGTTTTGA---TTTTCAGT-A----GTCCACGAACTGA-TAT--------------------T------C-TG----ATAGTC------TGGGGT--AAAATTTACT-AGCCTTGAGCTACAACACTAGCGTT-AGTAT-TGAACCCTG
gi|17 : attgaag--GC--------AA--AG-CGA----CAAG--GGGGTGGGAGTAGTATGGGATAGGGAT---GTCCCC-C-AT----A--TGATGG-GGGGGG-------GGCC-TACAATGGAAATATT--TT---------AAGTCTAGAAGGA--AAATCAT-----GCATTT-CTGTTGT-AAAATGAC---CTA-ATTAACTCAT---TT
gi|18 : tGGCC-TACCGCGGAAA-ATT--AAC-A------AAGTCTAGAAGAA--AAACCCT-----GCA-TT-CTGTTGC-AAAATTACTTGATA-ATAAATTAAA---TTTAGCCT---CTGATT-T-TC-TCGA-------TT--T---ATC-----AA--TTAAATCAC------G-ATGTAGATT
gi|19 : TTTTCA-CCAC--AGTAGTCCAAAGGA-CCAGTAAATTATGT-AA-TT---A---GCTAGTCCTGCAACATCA-----GT--AGCTAGTC
gi|2 : CAGTGTTTGCCAC-T-A-ACTTTTTCA-TCAT--AGTATTCCAAACAA-CTAGcgactccaacagtcgccccagtcacaaag
gi|2 : GGGTCTGG-TGGCC-TTTCACCAAAT-ATA--ATC-A------AAGTTTAGAAGCA--AAATCCNNNNNNGTACTT-CTGATGC-AAAATGACCTTCTA-ATCAACTCAT---ATTGGCAT---CTGA-T-T-T-----------------------C-----AC--C--CATGACATTTTGA-GTGTAGATTGTA--------CAT--TTT-------GAA--------------C-----TGC------------------AGTT-GCATTCAAGATT--AGACA----TT----AT-A--ATAGTCCATTTCATTTTTAAT-TTTCCAGT-A----GTCC---ACCGGACTACTTTATAATAGTTACTGATATT------C-TG----ATAGTC------TGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCAGGTTAACAGACTGGCGTT-AGTGT-CGAACTCTGatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtctggtggcctttcaccaaatataatcaaagtttagaagcaaaatccnnnnnngtacttctgatgcaaaatgaccttctaatcaactcatattggcatctgatttcacccatgacattttgagtgtagattgtacattttgaactgcagttgcattcaagattagacattataatagtccatttcatttttaattttccagtagtccaccggactactttataatagttactgatattctgatagtctggggcaaaatttactagcctcaggttaacagactggcgttagtgtcgaactctg
gi|20 : cagtgtttgccactaactttttcatcatagtattccaaacaactagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAAC-ATT--TTTCG------AAGTCTAGAAGCA--AAATCCT-----GCA-------------AAATGACCTTTTG-ATAAACTTAA---CTTAGTCT---CTGA-TAT-TA-ACAATTCA---TT--C---ATC-----
gi|21 : GTTTAAGATC--AGACC----TC----TA-A-TCC-----------CTTTCAAT------AGT-A----GTTCACCAACTGA-TAA--------------------T------C-TG----ATAGTC------TGGGGT--AAAATT
gi|22 : ttgaagcaagttgaCAGAGTGCAACACGC-A-ACTTTTTCA-CCAC--AGTAGCCCAAAGGA-CTAGTAGAT
gi|23 : aaattcgcatGTGTTTGACTC-T-A-AGATTTTTA-CTAT--AGTAGTCCTGATGA-TCATTAAATTATAT-AA-TG---A---ACTAGTCCTGaaaaccttagac
gi|3 : ATAGCAGTGTTCAATAT-T-A-ACCTTTTCA-CCATTAAGTAGCCCAAAGGA-CTGGTAGATTCTGT-AA-TT---A---ACTAGTCCTGCAGAGTCAGTAGTGTCCAGCTGCACAGG--GGCA-GACA---G-----GCCCA--GCTTACA---AA--AG-CGAAAGGAAAGGGGGGGGGGGGGCAGT-TGGGATAGGGTT---AT-------AT----A--T-GTGG-AGGGG---TGGAAGGCTATACTGCAGAAA-ATC--TTT-A------TAGCCTAGAAGGAATAAATCCT-----GCATTTGATATACC-ACAATGAC---CTAGATAAGCT-AT---TTCAGCCCTTGCTGA-T-T-AA-TTGATTA----TC--TGAAACC-----AA--T--AAC
gi|4 : atgaatacatgtacctatatGCCGGATGGAACT---TTCCCC-C-TT----C--TAGTGG--------CTTG--GGCT-AACCATGCAAA-ATG--TTC-A------AAGTCTAGATATA--AAATTCT-----GCATTT-CTGTTGC-AGAATGACCTTCTA-ATAAACTCAT---TTTAGTCT---CTGA-T-T-TA-TAAA---------------A-------AA--A--AAATACATTTTGG-TTGTAGG-TG----------------TTA--CG-AGCTATT------TTTTTT-----TTCAAAAGGCAGAATTGATGTGGTT-GCGTTCAACATT--AAACA----------TT-AGTCCATTCCATTATGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT---TGGTCTAT--------------------T------C-TG----ATAGTA------CTGGGC--AAAATTTA--------CAGGCTACTGGACTAGATTT-GGTGT-TGAACCCT
gi|5 : tacGAAC-AAT--TTT-A------AAGTCTAGAAGCA--AAATTCT-----GTATTT-CTGTTAC-AAACTGAACTTCTA-ATCAGTTTATACATGTA-CCT---CTGACT-T-TACTCAATTACTGATT--T---ATTCATAAAA--C--TACGGCGTTTTTG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTGAACTG-A-AAATAACAACCTTTATTATTGATGC------------------GGATA-CGCTCAAGATA--AGACA----------TT-AGTCCATTCCATTAGGTTCTTAAT-TTTTCAGT-A----GTC--T-ACCGGACTAC--------------------T------CATGATTTATATTC------TGGGGC--GATATGTACT-GGCCTAGGGCTACCAGACTAGAGTTAAGTGT-CGAACCCTG
gi|6 : GCAGTGTTCAACAC-TTA-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGTA-CTAGTAGATACGGT-AA-TTTTAA---ACTAGTTCTGCTAGGTCAG-----T--AGCTAGTCAGGCTGCTG-GAGG---C-----AGAAG--GC--------AA--AG-TGA----CAAGTGGAGGAGAGCACGGTGCAGGGTGGGACT---GTCCCC-C-AT----A--TGGTGG--CAGGGTCCG--GGGTC-AGCCTGAGAAA-ATT--T-------------TCTA-AAGCA--AAATCAT-----GCAATT-CTGTTGT-AAAATGACCTTCTA-ATCAACTCAT---T
gi|7 : attccacatctAAAGGA-CTAGTAGATTCTGTTAA-TT---ATGAACCAGTCCTGCTAGGTCAA-----T--TTCTAGTCCAGCTGGCG-GAAA---CAGTTGGCTCG--GCTGC-----AA--AG-CTA----CAAAGGGGGGTGGGGGCAGTGTTGGATAAGGCT---TTCTTC-CTAT----AAATGGTAG-AGGGGA-------GACC-TACTGCGGGAA-ATA--TTT-A------AAGTCTAGAAGAA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGCAAAAACGAC---CTG-ATAAACTCAT---TTTTGCCT---Ca
gi|8 : agtacctaTTTGA-AC-T-ATACTTTTTCAACCAT--AGTAGTCCAAAGGACCTATTAGATTCTGC-AATAT---A---ACTAGTTCTGCT-----AGGTAAGT--AGCTAGTCTGACTGTTGAGACAGTCT-----GCCAGTTGC--------AACCAGCAAA----CAAG-GGGTGAGGCAATTGTATGTGACAGGATTAAAATTTCC-C-AT----AT-TGGTGGCAAGGGGTggtggt
gi|9 : taaacacaggagaataattatcatatgtcagttttTTTGGCGTGTTAATTATA--------TGC--TTGAATTGCAGTGATG------ATTTTC-----TAA------------------GGTCAGTATT---GATG--CGGCAGAGTTTAC--TT-A-T--ATTCCATTATGTTTT-AAT-TTTTCAGTTG----GTCCAT-ATTAGACTACATCG----------------TAA----C-TG----ATAGTC------TGGGGC--AAAATTTACTAAGCCTCGAGCTACCAAATGAGCGTT-ATTGT-CGAAGCCtg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AAATTCTCTGCTAAAAATTATTCAATATTATTTTAAAATGTCTCTTATTGTGTCGCCTGCCTGCGTTA
Unaligned ( gi|25 ): AAATAAACATCTTTTATTGTGTCGCCTGCCTGCGTTAG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 777777777777777777777777777777777777777777 11 1111 1111111111111 4444444444444 111111111 111 1 5555555555555555555555555555555555555 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33333333333333333333 5555555555555555555555555555555555555555 111111
lowQualScore : 5 5 5 4 66 4 5 88888 777 11 0 0 555555555555555555555555555555555555555555 66 4 9999 11 1 1 2 0 3333 4 5555555555555 888 6666666666666 4 4 111 3 44 222222222 1 44 88888 2 3 3 666 3 666 777 0 5 5 4444444444444444444444444444444444444 3 4 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 666 99999999999999999999 2 4 2 4 8888 9999999999999999999999999999999999999999 4 8888 111111 55 4 2 5 66
lowQualScore : . . . . .. . . ..... ... .. . . .......................................... .. . .... .. . . . . .... . ............. ... ............. . . ... . .. ......... . .. ..... . . . ... . ... ... . . . ..................................... . . . ........................................................................ . . ... .................... . . . . .... ........................................ . .... ...... .. . . . ..
lowQualScore : 0 0 0 4 11 0 0 00000 888 11 2 3 444444444444444444444444444444444444444444 11 4 4444 00 0 1 9 7 3333 0 2222222222222 999 5555555555555 0 0 777 3 66 555555555 0 66 33333 6 3 3 222 3 444 888 0 0 0 1111111111111111111111111111111111111 4 0 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 7 999 44444444444444444444 2 0 2 0 5555 3333333333333333333333333333333333333333 0 5555 555555 55 4 7 7 11
consensus : ATAGCAGTGTTCGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGGA-CTAGTAGATTCTGT-AAT-T---A---ACTAGTCCTGCTAGGTCAGGTAGCTAGTCCGGCT-------GGCG-GAGG---C-----GCTCG--GC--------AA--AGC-GA----CAAGNGGGGGTGGGGGCGGTGCGGGATGGGGCT---NTCCCC-C----AT----A--TGGTGG-AGGGGGTCTGG-GG---GCC-TA-CCGCGGAAA-ATT--TTT-A------AAGTCTAGAAGNA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGC-AAAATGACCTTCTA-ATAAACTCAT---TTTAGCCT---CTGA-T-T-TA-TCGATT-----T--TT---ATC-----AA--C--AACGACGTTTTGG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTTA--TG-AGNAATA------TTTTTC-----TAC------------------GGTTAGCGTTCAAGATT--AGACA----TT----TT-A-TCCANTCCATTAGGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT-ANCGGACTAC--------------------T------C-TG----ATAGTC------CGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCGGGCTACCGGACTAGCGTT-AGTGT-CGAACCCTG
Reference ( family-3030 ) : ATAGCAGTGTTCGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGGA-CTAGTAGATTCTGT-AAT-T---A---ACTAGTCCTGCTAGGTCAGGTAGCTAGTCCGGCT-------GGCG-GANG---C-----GCTCG--GC--------AA--AGC-GA----CAAGNGGGGGNGGGGGCGGTGCGGGATGGGGCT---NTCCCC-C----AT----A--TGGTGG-AGGGGGTCTGG-GG---GCC-TA-CCGCGGAAA-ATT--TTT-A------AAGTCTAGAAGNA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGC-AAAATGACCTTCTA-ATAAACTCAT---TTTAGCCT---CTGA-T-T-TA-TCGATT-----T--TT---ATC-----AA--C--AACGACGTTTTGG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTTA--TG-AGNAATA------TTTTTC-----TAC------------------GGTTAGCGTTCAAGATT--AGACA----TT----TT-A-TCCANTCCATTAGGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT-ANCGGACTAC--------------------T------C-TG----ATAGTC------CGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCGGGCTACCGGACTAGCGTT-AGTGT-CGAACCCTG
gi|1 : ATAACGGTGGTTGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGGAACCCAAATAA-GGAGCAGATTCNNN-NNN-N---N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNN-NNNN---N-----NNNNN--NN--------NN--NNN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNN-NNNNNAT----A--TAGTGG-AGGGGGTCTGGAGG---GGT-TA-CTGTAGAAA-ATT--TTT-G------AAGTCAAGATGCA--AAGTCCT-----GCATTT-CTGTTGC-AAAGTGGTCTTCTA-ATAATCTCAT---TTTTGCCT---CTGA-T-T-TA-TCAATT-----TTCTT---ATC-----AA--C--AACGACGTTTTAG-GTGTAGATTGTA--------TGCAGTTTA--TG-AGAAATA------TTTTTC-----TAC------------------GGGTAGCATTTAAGATT--AAACA----TT----TT-G-CCAAATCCATTAGGTTTTTGAT-TTTTCA---------TCC-T-AACAGAC-AC--------------------T------C-TG----ATAGTC------CAAGGC--AAAATTGACT-AGCCTCTGGCTACGGGACTAGTGTT-AGTGT-TGAACCCTG
gi|10 : ---A---AGTAGTTCAGCTAATTCAG-TAGCTAATCCAGCT-------GATG-GAGG---CT----ACTCG--GCCAAGTTGCAA--AGT-GA----CAAGTGAG--TGGAAGCAGTGTGAGATGGGGCT---TTCCCCAC----AA----A--TGGTGG-AAAGGG------------CT-TA-CCATAGAAA-ATC--TTT-GTACTTGAAGTCAAGAAGGA--AAAACAT-----GTATTT-CTGTTGC-AAAATGAC---CTA-ATAAACTC
gi|11 : taTTTGG-GTGTAGATTGTAGATTGAATTGCAGTGT---TG-AGC--TA------TTTAAA-----CAA------------------AGTT-GCGTTGAAGATT--GTACA----TTAAAATT-A-T----TCCATTAGATTTTTAAT-TTT--AAT-ACATTGTCCA---GCAGACTGC--------------------TTGCTTAC-TG----ATAATCGATAGCCCAAGC--AAAATTTACA-TGCCTCTGGCTCCCAGATTAACTTT-AGTGTAAAAACTCTG
gi|12 : TAGTCCATCT-------GACA-GAGG---C-----AGTCG--ACCCAGTTGTAA--ATG-GA----CA--TGGGGTTGGGGGCAGTGTGGGATAA---------CCCC-C----ACTTCCA--TGGTAG-AAGGGA------------CC-TA-CTGAGGGAA-TTTGTTTT-A------AAGTCTAGAAGGA--AAATCCT-----ACATTT-CTGTTTC-AAAATGAC---CCA-ATAAACTCAT---TTTA
gi|13 : T---ATC-----AAACC--AA-AACATTTTGG-GTGTAGATTGCA--------TGC--TT-----G-A-----A------TTGCAG-----TAC------------------GGTT-GCATTCAG----------------T----TT-A-----ATCCATTAGTTTTTTAAAATTTTCAGT-A----CTCCAT---CTGACTAT--------------------T------C-TG----ATAGTC------CAAGGA--AAAATTTACT-AGCCTCAGGCTACC
gi|14 : tttcacaaatttataTGTTTGACAC-T-A-A-TTTTTCA-CAAT--AGTAGTCCAAAGGA-CCAGTAGATTCTGT-AAT-T---A---ATTAGTC---CTAGGTCA-GTAATGAATCTGCCTCC-----AGCA--------------GTT----GC--------AA--AGT-GT----TAA-AGGGGTTTGGAGCGGAGCAGGATGGGGCT----TCTCC-C----AA----A--TGGTG
gi|15 : T---CCGA-T-TGTA-CAGATT-----T--AT----TC-----A--------CGACGTTTTGA-GTGTAGCTTGTA--------TGC--T-----TG-A-----A------TTTTTC-----TAA------------------G---AG----CAAAATTGAAGTGA----TT----GTAA-TCAAG---ATTAGA-------------CATT-A----GTCCAT-------------------------------T------C-TG----ATAGT-------CGGAGTTAAAAATTGACT-AGACTCAGGCTACCGGA
gi|16 : C------------------AGTT-GAGTTCAAGATC--AGACC----TC----TG-A-TCCATTTCAATAGGTTTTGA---TTTTCAGT-A----GTCCACGAACTGA-TAT--------------------T------C-TG----ATAGTC------TGGGGT--AAAATTTACT-AGCCTTGAGCTACAACACTAGCGTT-AGTAT-TGAACCCTG
gi|17 : attgaag--GC--------AA--AGC-GA----CAAG--GGGGTGGGAGTAGTATGGGATAGGGAT---GTCCCC-C----AT----A--TGATGG-GGGGGG-------G---GCC-TA-CAATGGAAATATT--TT---------AAGTCTAGAAGGA--AAATCAT-----GCATTT-CTGTTGT-AAAATGAC---CTA-ATTAACTCAT---TT
gi|18 : tG---GCC-TA-CCGCGGAAA-ATT--AAC-A------AAGTCTAGAAGAA--AAACCCT-----GCA-TT-CTGTTGC-AAAATTACTTGATA-ATAAATTAAA---TTTAGCCT---CTGATT-T-TC-TCGA-------T--TT---ATC-----AA--TTAAATCAC------G-ATGTAGATT
gi|19 : TTTTCA-CCAC--AGTAGTCCAAAGGA-CCAGTAAATTATGT-AAT-T---A---GCTAGTCCTGCAACATCA-GTAGCTAGTCCGACT-------
gi|2 : CAGTGTTTGCCAC-T-A-ACTTTTTCA-TCAT--AGTATTCCAAACAA-CTAGccaacagtcgccccagtcacaaag
gi|2 : GGGTCTGG-TG---GCC-TT-TCACCAAAT-ATA--ATC-A------AAGTTTAGAAGCA--AAATCCNNNNNNGTACTT-CTGATGC-AAAATGACCTTCTA-ATCAACTCAT---ATTGGCAT---CTGA-T-T-T-----------------------C-----AC--C--CATGACATTTTGA-GTGTAGATTGTA--------CAT--TTT-------GAA--------------C-----TGC------------------AGTT-GCATTCAAGATT--AGACA----TT----AT-AAT--AGTCCATTTCATTTTTAAT-TTTCCAGT-A----GTCC---ACCGGACTACTTTATAATAGTTACTGATATT------C-TG----ATAGTC------TGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCAGGTTAACAGACTGGCGTT-AGTGT-CGAACTCTGatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtctggtggcctttcaccaaatataatcaaagtttagaagcaaaatccnnnnnngtacttctgatgcaaaatgaccttctaatcaactcatattggcatctgatttcacccatgacattttgagtgtagattgtacattttgaactgcagttgcattcaagattagacattataatagtccatttcatttttaattttccagtagtccaccggactactttataatagttactgatattctgatagtctggggcaaaatttactagcctcaggttaacagactggcgttagtgtcgaactctg
gi|20 : cagtgtttgccactaactttttcatcatagtattccaaacaactagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAAC-ATT--TTTCG------AAGTCTAGAAGCA--AAATCCT-----GCA-------------AAATGACCTTTTG-ATAAACTTAA---CTTAGTCT---CTGA-TAT-TA-ACAATTCA---T--TC---ATC-----
gi|21 : GTTTAAGATC--AGACC----TC----TA-A-TCC-----------CTTTCAAT------AGT-A----GTTCACCAACTGA-TAA--------------------T------C-TG----ATAGTC------TGGGGT--AAAATT
gi|22 : ttgaagcaagttgaCAGAGTGCAACACGC-A-ACTTTTTCA-CCAC--AGTAGCCCAAAGGA-CTAGTAGAT
gi|23 : aaattcgcatGTGTTTGACTC-T-A-AGATTTTTA-CTAT--AGTAGTCCTGATGA-TCATTAAATTATAT-AAT-G---A---ACTAGTCCTGaaaaccttagac
gi|3 : ATAGCAGTGTTCAATAT-T-A-ACCTTTTCA-CCATTAAGTAGCCCAAAGGA-CTGGTAGATTCTGT-AAT-T---A---ACTAGTCCTGCAGAGTCA-GTAGT--GTCCAGCTGCACAGGGGCA-GACA---G-----GCCCA--GCTTACA---AA--AGC-GAAAGGAAAGGGGGGGGGGGGGCAGT-TGGGATAGGGTT---AT----------AT----A--T-GTGG-AGGGG---TGGAAG---GCTATA-CTGCAGAAA-ATC--TTT-A------TAGCCTAGAAGGAATAAATCCT-----GCATTTGATATACC-ACAATGAC---CTAGATAAGCT-AT---TTCAGCCCTTGCTGA-T-T-AA-TTGATTA----T--CTGAAACC-----AA--T--AAC
gi|4 : atgaatacatgtacctatatGCCGGATGGAACT---TTCCCC-C----TT----C--TAGTGG--------CTTG-GG-----C-TAACCATGCAAA-ATG--TTC-A------AAGTCTAGATATA--AAATTCT-----GCATTT-CTGTTGC-AGAATGACCTTCTA-ATAAACTCAT---TTTAGTCT---CTGA-T-T-TA-TAAA---------------A-------AA--A--AAATACATTTTGG-TTGTAGG-TG----------------TTA--CG-AGCTATT------TTTTTT-----TTCAAAAGGCAGAATTGATGTGGTT-GCGTTCAACATT--AAACA----------TT-AGTCCATTCCATTATGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT---TGGTCTAT--------------------T------C-TG----ATAGTA------CTGGGC--AAAATTTA--------CAGGCTACTGGACTAGATTT-GGTGT-TGAACCCT
gi|5 : tacGAAC-AAT--TTT-A------AAGTCTAGAAGCA--AAATTCT-----GTATTT-CTGTTAC-AAACTGAACTTCTA-ATCAGTTTATACATGTA-CCT---CTGACT-T-TACTCAATTACTGAT--TT---ATTCATAAAA--C--TACGGCGTTTTTG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTGAACTG-A-AAATAACAACCTTTATTATTGATGC------------------GGATA-CGCTCAAGATA--AGACA----TT-------AGTCCATTCCATTAGGTTCTTAAT-TTTTCAGT-A----GTC--T-ACCGGACTAC--------------------T------CATGATTTATATTC------TGGGGC--GATATGTACT-GGCCTAGGGCTACCAGACTAGAGTTAAGTGT-CGAACCCTG
gi|6 : GCAGTGTTCAACAC-TTA-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGTA-CTAGTAGATACGGT-AAT-TTTAA---ACTAGTTCTGCTAGGTCAG-TAGCTAGTCAGGCT-------GCTG-GAGG---C-----AGAAG--GC--------AA--AGT-GA----CAAGTGGAGGAGAGCACGGTGCAGGGTGGGACT---GTCCCC-C----AT----A--TGGTGG--CAGGGTCCGG-GGTCAGCC-TG-----AGAAA-ATT--T-------------TCTA-AAGCA--AAATCAT-----GCAATT-CTGTTGT-AAAATGACCTTCTA-ATCAACTCAT---T
gi|7 : attccacatctAAAGGA-CTAGTAGATTCTGTTAAT-T---ATGAACCAGTCCTGCTAGGTCAATT-TCTAGTCCAGCT-------GGCG-GAAA---CAGTTGGCTCG--GCTGC-----AA--AGC-TA----CAAAGGGGGGTGGGGGCAGTGTTGGATAAGGCT---TTCTTC-CT---AT----AAATGGTAG-AGGGGA-------G---ACC-TA-CTGCGGGAA-ATA--TTT-A------AAGTCTAGAAGAA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGCAAAAACGAC---CTG-ATAAACTCAT---TTTTGCCT---Ca
gi|8 : agtacctaTTTGA-AC-T-ATACTTTTTCAACCAT--AGTAGTCCAAAGGACCTATTAGATTCTGC-AATAT---A---ACTAGTTCTGCTAGGT-AAGTAGCTAGTCTGACT-------GTTGAGACAGTCT-----GCCAGTTGC--------AACCAGCAAA----CAAG-GGGTGAGGCAATTGTATGTGACAGGATTAAAATTTCC-C----AT----AT-TGGTGGCAAGGGGTggtggt
gi|9 : taaacacaggagaataattatcatatgtcagttttTTTGGCGTGTTAATTATA--------TGC--TTGAATTGCAGTGATG------ATTTTC-----TAA------------------GGTCAGTATT---GATG--CGGCAGAGTTTAC--TT-A-T--ATTCCATTATGTTTT-AAT-TTTTCAGTTG----GTCCAT-ATTAGACTACATCG----------------TAA----C-TG----ATAGTC------TGGGGC--AAAATTTACTAAGCCTCGAGCTACCAAATGAGCGTT-ATTGT-CGAAGCCtg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AAATTCTCTGCTAAAAATTATTCAATATTATTTTAAAATGTCTCTTATTGTGTCGCCTGCCTGCGTTA
Unaligned ( gi|25 ): AAATAAACATCTTTTATTGTGTCGCCTGCCTGCGTTAG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 11111 666666666666666666666 1111111 1111 1111111111111 4444444444444 111111111 111 1 5555555555555555555555555555555555555 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33333333333333333333 5555555555555555555555555555555555555555 111111
lowQualScore : 5 5 5 4 66 4 5 88888 777 11 0 0 11111 0 777777777777777777777 66 9999 7777777 9999 0 3333 4 5555555555555 888 6666666666666 4 4 111 3 44 222222222 1 44 88888 2 3 3 666 3 666 777 0 5 5 4444444444444444444444444444444444444 3 4 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 666 99999999999999999999 2 4 2 4 8888 9999999999999999999999999999999999999999 4 8888 111111 55 4 2 5 66
lowQualScore : . . . . .. . . ..... ... .. . . ..... . ..................... .. .... ....... .... . .... . ............. ... ............. . . ... . .. ......... . .. ..... . . . ... . ... ... . . . ..................................... . . . ........................................................................ . . ... .................... . . . . .... ........................................ . .... ...... .. . . . ..
lowQualScore : 0 0 0 4 11 0 0 00000 888 11 2 3 22222 5 111111111111111111111 11 4444 8888888 7777 7 3333 0 2222222222222 999 5555555555555 0 0 777 3 66 555555555 0 66 33333 6 3 3 222 3 444 888 0 0 0 1111111111111111111111111111111111111 4 0 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 7 999 44444444444444444444 2 0 2 0 5555 3333333333333333333333333333333333333333 0 5555 555555 55 4 7 7 11
consensus : ATAGCAGTGTTCGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGGA-CTAGTAGATTCTGT-AAT-T---A---ACTAGTCCTGCTAGGTCAGGTAGCTAGTCCGGCT--G-GCGGAGGC------GNTCGGC--------AAA--GCGA----CAAG-----NGGGGGTGGGGGCA---GTGCGGGATGGGGCT---NTCCCC-C----AT----A--TGGTGG-AGGGGGTCTGG-GG---GCC-TA-CCGCGGAAA-ATT--TTT-A------AAGTCTAGAAGNA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGC-AAAATGACCTTCTA-ATAAACTCAT---TTTAGCCT---CTGA-T-T-TA-TCGATT-----T--TT---ATC-----AA--C--AACGACGTTTTGG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTTA--TG-AGNAATA------TTTTTC-----TAC------------------GGTTAGCGTTCAAGATT--AGACA----TT----TT-A-TCCANTCCATTAGGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT-ANCGGACTAC--------------------T------C-TG----ATAGTC------CGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCGGGCTACCGGACTAGCGTT-AGTGT-CGAACCCTG
Reference ( family-3030 ) : ATAGCAGTGTTCGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGGA-CTAGTAGATTCTGT-AAT-T---A---ACTAGTCCTGCTAGGTCAGGTAGCTAGTCCGGCT--G-GCGGAGGC------GCTCGGC--------AAA--GCGA----CAAG-----NGGGGGTGGGGGCG---GTGCGGGATGGGGCT---NTCCCC-C----AT----A--TGGTGG-AGGGGGTCTGG-GG---GCC-TA-CCGCGGAAA-ATT--TTT-A------AAGTCTAGAAGNA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGC-AAAATGACCTTCTA-ATAAACTCAT---TTTAGCCT---CTGA-T-T-TA-TCGATT-----T--TT---ATC-----AA--C--AACGACGTTTTGG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTTA--TG-AGNAATA------TTTTTC-----TAC------------------GGTTAGCGTTCAAGATT--AGACA----TT----TT-A-TCCANTCCATTAGGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT-ANCGGACTAC--------------------T------C-TG----ATAGTC------CGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCGGGCTACCGGACTAGCGTT-AGTGT-CGAACCCTG
gi|1 : ATAACGGTGGTTGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGGAACCCAAATAA-GGAGCAGATTCNNN-NNN-N---N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNN------NNNNNNN--------NNN--NNNN----NNNN-----NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNN-NNNNNAT----A--TAGTGG-AGGGGGTCTGGAGG---GGT-TA-CTGTAGAAA-ATT--TTT-G------AAGTCAAGATGCA--AAGTCCT-----GCATTT-CTGTTGC-AAAGTGGTCTTCTA-ATAATCTCAT---TTTTGCCT---CTGA-T-T-TA-TCAATT-----TTCTT---ATC-----AA--C--AACGACGTTTTAG-GTGTAGATTGTA--------TGCAGTTTA--TG-AGAAATA------TTTTTC-----TAC------------------GGGTAGCATTTAAGATT--AAACA----TT----TT-G-CCAAATCCATTAGGTTTTTGAT-TTTTCA---------TCC-T-AACAGAC-AC--------------------T------C-TG----ATAGTC------CAAGGC--AAAATTGACT-AGCCTCTGGCTACGGGACTAGTGTT-AGTGT-TGAACCCTG
gi|10 : ---A---AGTAGTTCAGCTAATTCAG-TAGCTAATCCAGCT--G-ATGGAGGCT-----ACTCGGCCAAGTTGCAAA--GTGA----CAAG-----TGAG--TGGAAGCA---GTGTGAGATGGGGCT---TTCCCCAC----AA----A--TGGTGG-AAAGGG------------CT-TA-CCATAGAAA-ATC--TTT-GTACTTGAAGTCAAGAAGGA--AAAACAT-----GTATTT-CTGTTGC-AAAATGAC---CTA-ATAAACTC
gi|11 : taTTTGG-GTGTAGATTGTAGATTGAATTGCAGTGT---TG-AGC--TA------TTTAAA-----CAA------------------AGTT-GCGTTGAAGATT--GTACA----TTAAAATT-A-T----TCCATTAGATTTTTAAT-TTT--AAT-ACATTGTCCA---GCAGACTGC--------------------TTGCTTAC-TG----ATAATCGATAGCCCAAGC--AAAATTTACA-TGCCTCTGGCTCCCAGATTAACTTT-AGTGTAAAAACTCTG
gi|12 : TAGTCCATCT--G-ACAGAGGC------AGTCGACCCAGTTGTAAA--TGGA----CA-------TGGGGTTGGGGGCA---GTGTGGGATAA---------CCCC-C----ACTTCCA--TGGTAG-AAGGGA------------CC-TA-CTGAGGGAA-TTTGTTTT-A------AAGTCTAGAAGGA--AAATCCT-----ACATTT-CTGTTTC-AAAATGAC---CCA-ATAAACTCAT---TTTA
gi|13 : T---ATC-----AAACC--AA-AACATTTTGG-GTGTAGATTGCA--------TGC--TT-----G-A-----A------TTGCAG-----TAC------------------GGTT-GCATTCAG----------------T----TT-A-----ATCCATTAGTTTTTTAAAATTTTCAGT-A----CTCCAT---CTGACTAT--------------------T------C-TG----ATAGTC------CAAGGA--AAAATTTACT-AGCCTCAGGCTACC
gi|14 : tttcacaaatttataTGTTTGACAC-T-A-A-TTTTTCA-CAAT--AGTAGTCCAAAGGA-CCAGTAGATTCTGT-AAT-T---A---ATTAGTC---CTAGGTCA-GTAATGAATCTGCCTCCA-GCA-----------GTT--GC--------AAA--GTGT----TAA------AGGGGTTTGGAGCG---GAGCAGGATGGGGCT----TCTCC-C----AA----A--TGGTG
gi|15 : T---CCGA-T-TGTA-CAGATT-----T--AT----TC-----A--------CGACGTTTTGA-GTGTAGCTTGTA--------TGC--T-----TG-A-----A------TTTTTC-----TAA------------------G---AG----CAAAATTGAAGTGA----TT----GTAA-TCAAG---ATTAGA-------------CATT-A----GTCCAT-------------------------------T------C-TG----ATAGT-------CGGAGTTAAAAATTGACT-AGACTCAGGCTACCGGA
gi|16 : C------------------AGTT-GAGTTCAAGATC--AGACC----TC----TG-A-TCCATTTCAATAGGTTTTGA---TTTTCAGT-A----GTCCACGAACTGA-TAT--------------------T------C-TG----ATAGTC------TGGGGT--AAAATTTACT-AGCCTTGAGCTACAACACTAGCGTT-AGTAT-TGAACCCTG
gi|17 : attgaagGC--------AAA--GCGA----CAAG-------GGGGTGGGAGTA---GTATGGGATAGGGAT---GTCCCC-C----AT----A--TGATGG-GGGGGG-------G---GCC-TA-CAATGGAAATATT--TT---------AAGTCTAGAAGGA--AAATCAT-----GCATTT-CTGTTGT-AAAATGAC---CTA-ATTAACTCAT---TT
gi|18 : tG---GCC-TA-CCGCGGAAA-ATT--AAC-A------AAGTCTAGAAGAA--AAACCCT-----GCA-TT-CTGTTGC-AAAATTACTTGATA-ATAAATTAAA---TTTAGCCT---CTGATT-T-TC-TCGA-------T--TT---ATC-----AA--TTAAATCAC------G-ATGTAGATT
gi|19 : TTTTCA-CCAC--AGTAGTCCAAAGGA-CCAGTAAATTATGT-AAT-T---A---GCTAGTCCTGCAACATCA-GTAGCTAGTCCGACT--
gi|2 : CAGTGTTTGCCAC-T-A-ACTTTTTCA-TCAT--AGTATTCCAAACAA-CTAGccaacagtcgccccagtcacaaag
gi|2 : GGGTCTGG-TG---GCC-TT-TCACCAAAT-ATA--ATC-A------AAGTTTAGAAGCA--AAATCCNNNNNNGTACTT-CTGATGC-AAAATGACCTTCTA-ATCAACTCAT---ATTGGCAT---CTGA-T-T-T-----------------------C-----AC--C--CATGACATTTTGA-GTGTAGATTGTA--------CAT--TTT-------GAA--------------C-----TGC------------------AGTT-GCATTCAAGATT--AGACA----TT----AT-AAT--AGTCCATTTCATTTTTAAT-TTTCCAGT-A----GTCC---ACCGGACTACTTTATAATAGTTACTGATATT------C-TG----ATAGTC------TGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCAGGTTAACAGACTGGCGTT-AGTGT-CGAACTCTGatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtctggtggcctttcaccaaatataatcaaagtttagaagcaaaatccnnnnnngtacttctgatgcaaaatgaccttctaatcaactcatattggcatctgatttcacccatgacattttgagtgtagattgtacattttgaactgcagttgcattcaagattagacattataatagtccatttcatttttaattttccagtagtccaccggactactttataatagttactgatattctgatagtctggggcaaaatttactagcctcaggttaacagactggcgttagtgtcgaactctg
gi|20 : cagtgtttgccactaactttttcatcatagtattccaaacaactagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAAC-ATT--TTTCG------AAGTCTAGAAGCA--AAATCCT-----GCA-------------AAATGACCTTTTG-ATAAACTTAA---CTTAGTCT---CTGA-TAT-TA-ACAATTCA---T--TC---ATC-----
gi|21 : GTTTAAGATC--AGACC----TC----TA-A-TCC-----------CTTTCAAT------AGT-A----GTTCACCAACTGA-TAA--------------------T------C-TG----ATAGTC------TGGGGT--AAAATT
gi|22 : ttgaagcaagttgaCAGAGTGCAACACGC-A-ACTTTTTCA-CCAC--AGTAGCCCAAAGGA-CTAGTAGAT
gi|23 : aaattcgcatGTGTTTGACTC-T-A-AGATTTTTA-CTAT--AGTAGTCCTGATGA-TCATTAAATTATAT-AAT-G---A---ACTAGTCCTGaaaaccttagac
gi|3 : ATAGCAGTGTTCAATAT-T-A-ACCTTTTCA-CCATTAAGTAGCCCAAAGGA-CTGGTAGATTCTGT-AAT-T---A---ACTAGTCCTGCAGAGTCA-GTAGT--GTCCAGCT--GCACAGGGGCAGACAGGCCCAGCTTACA---AAA--GCGAAAGGAAAG-----GGGGGGGGGGGGCA---GT-TGGGATAGGGTT---AT----------AT----A--T-GTGG-AGGGG---TGGAAG---GCTATA-CTGCAGAAA-ATC--TTT-A------TAGCCTAGAAGGAATAAATCCT-----GCATTTGATATACC-ACAATGAC---CTAGATAAGCT-AT---TTCAGCCCTTGCTGA-T-T-AA-TTGATTA----T--CTGAAACC-----AA--T--AAC
gi|4 : atgaatacatgtacctatatGCCGGATGGAACT---TTCCCC-C----TT----C--TAGTGG--------CTTG-GG-----C-TAACCATGCAAA-ATG--TTC-A------AAGTCTAGATATA--AAATTCT-----GCATTT-CTGTTGC-AGAATGACCTTCTA-ATAAACTCAT---TTTAGTCT---CTGA-T-T-TA-TAAA---------------A-------AA--A--AAATACATTTTGG-TTGTAGG-TG----------------TTA--CG-AGCTATT------TTTTTT-----TTCAAAAGGCAGAATTGATGTGGTT-GCGTTCAACATT--AAACA----------TT-AGTCCATTCCATTATGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT---TGGTCTAT--------------------T------C-TG----ATAGTA------CTGGGC--AAAATTTA--------CAGGCTACTGGACTAGATTT-GGTGT-TGAACCCT
gi|5 : tacGAAC-AAT--TTT-A------AAGTCTAGAAGCA--AAATTCT-----GTATTT-CTGTTAC-AAACTGAACTTCTA-ATCAGTTTATACATGTA-CCT---CTGACT-T-TACTCAATTACTGAT--TT---ATTCATAAAA--C--TACGGCGTTTTTG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTGAACTG-A-AAATAACAACCTTTATTATTGATGC------------------GGATA-CGCTCAAGATA--AGACA----TT-------AGTCCATTCCATTAGGTTCTTAAT-TTTTCAGT-A----GTC--T-ACCGGACTAC--------------------T------CATGATTTATATTC------TGGGGC--GATATGTACT-GGCCTAGGGCTACCAGACTAGAGTTAAGTGT-CGAACCCTG
gi|6 : GCAGTGTTCAACAC-TTA-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGTA-CTAGTAGATACGGT-AAT-TTTAA---ACTAGTTCTGCTAGGTCAG-TAGCTAGTCAGGCT--G-CTGGAGGC------AGAAGGC--------AAA--GTGA----CAAG-----TGGAGGAGAGCACG---GTGCAGGGTGGGACT---GTCCCC-C----AT----A--TGGTGG--CAGGGTCCGG-GGTCAGCC-TG-----AGAAA-ATT--T-------------TCTA-AAGCA--AAATCAT-----GCAATT-CTGTTGT-AAAATGACCTTCTA-ATCAACTCAT---T
gi|7 : attccacatctAAAGGA-CTAGTAGATTCTGTTAAT-T---ATGAACCAGTCCTGCTAGGTCAATT-TCTAGTCCAGCT--G-GCGGAAACAGTTG-GCTCGGCTGC-----AAA--GCTA----CAAA-----GGGGGGTGGGGGCA---GTGTTGGATAAGGCT---TTCTTC-CT---AT----AAATGGTAG-AGGGGA-------G---ACC-TA-CTGCGGGAA-ATA--TTT-A------AAGTCTAGAAGAA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGCAAAAACGAC---CTG-ATAAACTCAT---TTTTGCCT---Ca
gi|8 : agtacctaTTTGA-AC-T-ATACTTTTTCAACCAT--AGTAGTCCAAAGGACCTATTAGATTCTGC-AATAT---A---ACTAGTTCTGCTAGGT-AAGTAGCTAGTCTGACT----GTTGAGAC------AGTCTGC--------CAGTTGCAA----CCAGCAAACAAGGGGT-GAGGCAATTGTATGTGACAGGATTAAAATTTCC-C----AT----AT-TGGTGGCAAGGGGTggtggt
gi|9 : taaacacaggagaataattatcatatgtcagttttTTTGGCGTGTTAATTATA--------TGC--TTGAATTGCAGTGATG------ATTTTC-----TAA------------------GGTCAGTATT---GATG--CGGCAGAGTTTAC--TT-A-T--ATTCCATTATGTTTT-AAT-TTTTCAGTTG----GTCCAT-ATTAGACTACATCG----------------TAA----C-TG----ATAGTC------TGGGGC--AAAATTTACTAAGCCTCGAGCTACCAAATGAGCGTT-ATTGT-CGAAGCCtg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AAATTCTCTGCTAAAAATTATTCAATATTATTTTAAAATGTCTCTTATTGTGTCGCCTGCCTGCGTTA
Unaligned ( gi|25 ): AAATAAACATCTTTTATTGTGTCGCCTGCCTGCGTTAG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 11111 666666666666666666666 1111111 1111 1111111111111 4444444444444 111111111 111 1 5555555555555555555555555555555555555 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33333333333333333333 5555555555555555555555555555555555555555 111111
lowQualScore : 5 5 5 4 66 4 5 88888 777 11 0 0 11111 0 555555555555555555555 66 9999 7777777 777 0 3333 4 5555555555555 888 6666666666666 4 4 111 3 44 222222222 1 44 88888 2 3 3 666 3 666 777 0 5 5 4444444444444444444444444444444444444 3 4 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 666 99999999999999999999 2 4 2 4 8888 9999999999999999999999999999999999999999 4 8888 111111 55 4 2 5 66
lowQualScore : . . . . .. . . ..... ... .. . . ..... . ..................... .. .... ....... ... . .... . ............. ... ............. . . ... . .. ......... . .. ..... . . . ... . ... ... . . . ..................................... . . . ........................................................................ . . ... .................... . . . . .... ........................................ . .... ...... .. . . . ..
lowQualScore : 0 0 0 4 11 0 0 00000 888 11 2 3 22222 5 333333333333333333333 11 4444 8888888 888 7 3333 0 2222222222222 999 5555555555555 0 0 777 3 66 555555555 0 66 33333 6 3 3 222 3 444 888 0 0 0 1111111111111111111111111111111111111 4 0 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 7 999 44444444444444444444 2 0 2 0 5555 3333333333333333333333333333333333333333 0 5555 555555 55 4 7 7 11
consensus : ATAGCAGTGTTCGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGGA-CTAGTAGATTCTGT-AAT-T---A---ACTAGTCCTGCTAGGTCAGGTAGCTAGTCCGGCT--G-GCGGAGGC------GNTCGGC--------AAA--GCGA----CAAG-----NGGGGGTGGGGGCA---GTGCGGGATGGGGCT---NTCCCC-C----AT----A--TGGTGG-AGGGGGTCTGG-GG---GCC-TA-CCGCGGAAA-ATT--TTT-A------AAGTCTAGAAGNA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGC-AAAATGACCTTCTA-ATAAACTCAT---TTTAGCCT---CTGA-T-T-TA-TCGATT-----T--TT---ATC-----AA--C--AACGACGTTTTGG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTTA--TG-AGNAATA------TTTTTC-----TAC------------------GGTTAGCGTTCAAGATT--AGACA----TT----TT-A-TCCANTCCATTAGGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT-ANCGGACTAC--------------------T------C-TG----ATAGTC------CGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCGGGCTACCGGACTAGCGTT-AGTGT-CGAACCCTG
Reference ( family-3030 ) : ATAGCAGTGTTCGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGGA-CTAGTAGATTCTGT-AAT-T---A---ACTAGTCCTGCTAGGTCAGGTAGCTAGTCCGGCT--G-GCGGAGGC------GNTCGGC--------AAA--GCGA----CAAG-----NGGGGGTGGGGGCA---GTGCGGGATGGGGCT---NTCCCC-C----AT----A--TGGTGG-AGGGGGTCTGG-GG---GCC-TA-CCGCGGAAA-ATT--TTT-A------AAGTCTAGAAGNA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGC-AAAATGACCTTCTA-ATAAACTCAT---TTTAGCCT---CTGA-T-T-TA-TCGATT-----T--TT---ATC-----AA--C--AACGACGTTTTGG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTTA--TG-AGNAATA------TTTTTC-----TAC------------------GGTTAGCGTTCAAGATT--AGACA----TT----TT-A-TCCANTCCATTAGGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT-ANCGGACTAC--------------------T------C-TG----ATAGTC------CGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCGGGCTACCGGACTAGCGTT-AGTGT-CGAACCCTG
gi|1 : ATAACGGTGGTTGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGGAACCCAAATAA-GGAGCAGATTCNNN-NNN-N---N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNN------NNNNNNN--------NNN--NNNN----NNNN-----NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNN-NNNNNAT----A--TAGTGG-AGGGGGTCTGGAGG---GGT-TA-CTGTAGAAA-ATT--TTT-G------AAGTCAAGATGCA--AAGTCCT-----GCATTT-CTGTTGC-AAAGTGGTCTTCTA-ATAATCTCAT---TTTTGCCT---CTGA-T-T-TA-TCAATT-----TTCTT---ATC-----AA--C--AACGACGTTTTAG-GTGTAGATTGTA--------TGCAGTTTA--TG-AGAAATA------TTTTTC-----TAC------------------GGGTAGCATTTAAGATT--AAACA----TT----TT-G-CCAAATCCATTAGGTTTTTGAT-TTTTCA---------TCC-T-AACAGAC-AC--------------------T------C-TG----ATAGTC------CAAGGC--AAAATTGACT-AGCCTCTGGCTACGGGACTAGTGTT-AGTGT-TGAACCCTG
gi|10 : ---A---AGTAGTTCAGCTAATTCAG-TAGCTAATCCAGCT--G-ATGGAGGCT-----ACTCGGCCAAGTTGCAAA--GTGA----CAAG-----TGAG--TGGAAGCA---GTGTGAGATGGGGCT---TTCCCCAC----AA----A--TGGTGG-AAAGGG------------CT-TA-CCATAGAAA-ATC--TTT-GTACTTGAAGTCAAGAAGGA--AAAACAT-----GTATTT-CTGTTGC-AAAATGAC---CTA-ATAAACTC
gi|11 : taTTTGG-GTGTAGATTGTAGATTGAATTGCAGTGT---TG-AGC--TA------TTTAAA-----CAA------------------AGTT-GCGTTGAAGATT--GTACA----TTAAAATT-A-T----TCCATTAGATTTTTAAT-TTT--AAT-ACATTGTCCA---GCAGACTGC--------------------TTGCTTAC-TG----ATAATCGATAGCCCAAGC--AAAATTTACA-TGCCTCTGGCTCCCAGATTAACTTT-AGTGTAAAAACTCTG
gi|12 : TAGTCCATCT--G-ACAGAGGC------AGTCGACCCAGTTGTAAA--TGGA----CA-------TGGGGTTGGGGGCA---GTGTGGGATAA---------CCCC-C----ACTTCCA--TGGTAG-AAGGGA------------CC-TA-CTGAGGGAA-TTTGTTTT-A------AAGTCTAGAAGGA--AAATCCT-----ACATTT-CTGTTTC-AAAATGAC---CCA-ATAAACTCAT---TTTA
gi|13 : T---ATC-----AAACC--AA-AACATTTTGG-GTGTAGATTGCA--------TGC--TT-----G-A-----A------TTGCAG-----TAC------------------GGTT-GCATTCAG----------------T----TT-A-----ATCCATTAGTTTTTTAAAATTTTCAGT-A----CTCCAT---CTGACTAT--------------------T------C-TG----ATAGTC------CAAGGA--AAAATTTACT-AGCCTCAGGCTACC
gi|14 : tttcacaaatttataTGTTTGACAC-T-A-A-TTTTTCA-CAAT--AGTAGTCCAAAGGA-CCAGTAGATTCTGT-AAT-T---A---ATTAGTC---CTAGGTCA-GTAATGAATCTGCCTCCA-GCA-----------GTT--GC--------AAA--GTGT----TAA------AGGGGTTTGGAGCG---GAGCAGGATGGGGCT----TCTCC-C----AA----A--TGGTG
gi|15 : T---CCGA-T-TGTA-CAGATT-----T--AT----TC-----A--------CGACGTTTTGA-GTGTAGCTTGTA--------TGC--T-----TG-A-----A------TTTTTC-----TAA------------------G---AG----CAAAATTGAAGTGA----TT----GTAA-TCAAG---ATTAGA-------------CATT-A----GTCCAT-------------------------------T------C-TG----ATAGT-------CGGAGTTAAAAATTGACT-AGACTCAGGCTACCGGA
gi|16 : C------------------AGTT-GAGTTCAAGATC--AGACC----TC----TG-A-TCCATTTCAATAGGTTTTGA---TTTTCAGT-A----GTCCACGAACTGA-TAT--------------------T------C-TG----ATAGTC------TGGGGT--AAAATTTACT-AGCCTTGAGCTACAACACTAGCGTT-AGTAT-TGAACCCTG
gi|17 : attgaagGC--------AAA--GCGA----CAAG-------GGGGTGGGAGTA---GTATGGGATAGGGAT---GTCCCC-C----AT----A--TGATGG-GGGGGG-------G---GCC-TA-CAATGGAAATATT--TT---------AAGTCTAGAAGGA--AAATCAT-----GCATTT-CTGTTGT-AAAATGAC---CTA-ATTAACTCAT---TT
gi|18 : tG---GCC-TA-CCGCGGAAA-ATT--AAC-A------AAGTCTAGAAGAA--AAACCCT-----GCA-TT-CTGTTGC-AAAATTACTTGATA-ATAAATTAAA---TTTAGCCT---CTGATT-T-TC-TCGA-------T--TT---ATC-----AA--TTAAATCAC------G-ATGTAGATT
gi|19 : TTTTCA-CCAC--AGTAGTCCAAAGGA-CCAGTAAATTATGT-AAT-T---A---GCTAGTCCTGCAACATCA-GTAGCTAGTCCGACT--
gi|2 : CAGTGTTTGCCAC-T-A-ACTTTTTCA-TCAT--AGTATTCCAAACAA-CTAGccaacagtcgccccagtcacaaag
gi|2 : GGGTCTGG-TG---GCC-TT-TCACCAAAT-ATA--ATC-A------AAGTTTAGAAGCA--AAATCCNNNNNNGTACTT-CTGATGC-AAAATGACCTTCTA-ATCAACTCAT---ATTGGCAT---CTGA-T-T-T-----------------------C-----AC--C--CATGACATTTTGA-GTGTAGATTGTA--------CAT--TTT-------GAA--------------C-----TGC------------------AGTT-GCATTCAAGATT--AGACA----TT----AT-AAT--AGTCCATTTCATTTTTAAT-TTTCCAGT-A----GTCC---ACCGGACTACTTTATAATAGTTACTGATATT------C-TG----ATAGTC------TGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCAGGTTAACAGACTGGCGTT-AGTGT-CGAACTCTGatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtctggtggcctttcaccaaatataatcaaagtttagaagcaaaatccnnnnnngtacttctgatgcaaaatgaccttctaatcaactcatattggcatctgatttcacccatgacattttgagtgtagattgtacattttgaactgcagttgcattcaagattagacattataatagtccatttcatttttaattttccagtagtccaccggactactttataatagttactgatattctgatagtctggggcaaaatttactagcctcaggttaacagactggcgttagtgtcgaactctg
gi|20 : cagtgtttgccactaactttttcatcatagtattccaaacaactagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAAC-ATT--TTTCG------AAGTCTAGAAGCA--AAATCCT-----GCA-------------AAATGACCTTTTG-ATAAACTTAA---CTTAGTCT---CTGA-TAT-TA-ACAATTCA---T--TC---ATC-----
gi|21 : GTTTAAGATC--AGACC----TC----TA-A-TCC-----------CTTTCAAT------AGT-A----GTTCACCAACTGA-TAA--------------------T------C-TG----ATAGTC------TGGGGT--AAAATT
gi|22 : ttgaagcaagttgaCAGAGTGCAACACGC-A-ACTTTTTCA-CCAC--AGTAGCCCAAAGGA-CTAGTAGAT
gi|23 : aaattcgcatGTGTTTGACTC-T-A-AGATTTTTA-CTAT--AGTAGTCCTGATGA-TCATTAAATTATAT-AAT-G---A---ACTAGTCCTGaaaaccttagac
gi|3 : ATAGCAGTGTTCAATAT-T-A-ACCTTTTCA-CCATTAAGTAGCCCAAAGGA-CTGGTAGATTCTGT-AAT-T---A---ACTAGTCCTGCAGAGTCA-GTAGT--GTCCAGCT--GCACAGGGGCAGACAGGCCCAGCTTACA---AAA--GCGAAAGGAAAG-----GGGGGGGGGGGGCA---GT-TGGGATAGGGTT---AT----------AT----A--T-GTGG-AGGGG---TGGAAG---GCTATA-CTGCAGAAA-ATC--TTT-A------TAGCCTAGAAGGAATAAATCCT-----GCATTTGATATACC-ACAATGAC---CTAGATAAGCT-AT---TTCAGCCCTTGCTGA-T-T-AA-TTGATTA----T--CTGAAACC-----AA--T--AAC
gi|4 : atgaatacatgtacctatatGCCGGATGGAACT---TTCCCC-C----TT----C--TAGTGG--------CTTG-GG-----C-TAACCATGCAAA-ATG--TTC-A------AAGTCTAGATATA--AAATTCT-----GCATTT-CTGTTGC-AGAATGACCTTCTA-ATAAACTCAT---TTTAGTCT---CTGA-T-T-TA-TAAA---------------A-------AA--A--AAATACATTTTGG-TTGTAGG-TG----------------TTA--CG-AGCTATT------TTTTTT-----TTCAAAAGGCAGAATTGATGTGGTT-GCGTTCAACATT--AAACA----------TT-AGTCCATTCCATTATGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT---TGGTCTAT--------------------T------C-TG----ATAGTA------CTGGGC--AAAATTTA--------CAGGCTACTGGACTAGATTT-GGTGT-TGAACCCT
gi|5 : tacGAAC-AAT--TTT-A------AAGTCTAGAAGCA--AAATTCT-----GTATTT-CTGTTAC-AAACTGAACTTCTA-ATCAGTTTATACATGTA-CCT---CTGACT-T-TACTCAATTACTGAT--TT---ATTCATAAAA--C--TACGGCGTTTTTG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTGAACTG-A-AAATAACAACCTTTATTATTGATGC------------------GGATA-CGCTCAAGATA--AGACA----TT-------AGTCCATTCCATTAGGTTCTTAAT-TTTTCAGT-A----GTC--T-ACCGGACTAC--------------------T------CATGATTTATATTC------TGGGGC--GATATGTACT-GGCCTAGGGCTACCAGACTAGAGTTAAGTGT-CGAACCCTG
gi|6 : GCAGTGTTCAACAC-TTA-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGTA-CTAGTAGATACGGT-AAT-TTTAA---ACTAGTTCTGCTAGGTCAG-TAGCTAGTCAGGCT--G-CTGGAGGC------AGAAGGC--------AAA--GTGA----CAAG-----TGGAGGAGAGCACG---GTGCAGGGTGGGACT---GTCCCC-C----AT----A--TGGTGG--CAGGGTCCGG-GGTCAGCC-TG-----AGAAA-ATT--T-------------TCTA-AAGCA--AAATCAT-----GCAATT-CTGTTGT-AAAATGACCTTCTA-ATCAACTCAT---T
gi|7 : attccacatctAAAGGA-CTAGTAGATTCTGTTAAT-T---ATGAACCAGTCCTGCTAGGTCAATT-TCTAGTCCAGCT--G-GCGGAAACAGTTG-GCTCGGCTGC-----AAA--GCTA----CAAA-----GGGGGGTGGGGGCA---GTGTTGGATAAGGCT---TTCTTC-CT---AT----AAATGGTAG-AGGGGA-------G---ACC-TA-CTGCGGGAA-ATA--TTT-A------AAGTCTAGAAGAA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGCAAAAACGAC---CTG-ATAAACTCAT---TTTTGCCT---Ca
gi|8 : agtacctaTTTGA-AC-T-ATACTTTTTCAACCAT--AGTAGTCCAAAGGACCTATTAGATTCTGC-AATAT---A---ACTAGTTCTGCTAGGT-AAGTAGCTAGTCTGACT----GTTGAGAC------AGTCTGC--------CAGTTGCAA----CCAGCAAACAAGGGGT-GAGGCAATTGTATGTGACAGGATTAAAATTTCC-C----AT----AT-TGGTGGCAAGGGGTggtggt
gi|9 : taaacacaggagaataattatcatatgtcagttttTTTGGCGTGTTAATTATA--------TGC--TTGAATTGCAGTGATG------ATTTTC-----TAA------------------GGTCAGTATT---GATG--CGGCAGAGTTTAC--TT-A-T--ATTCCATTATGTTTT-AAT-TTTTCAGTTG----GTCCAT-ATTAGACTACATCG----------------TAA----C-TG----ATAGTC------TGGGGC--AAAATTTACTAAGCCTCGAGCTACCAAATGAGCGTT-ATTGT-CGAAGCCtg
blockSeqs : G T T A TA C T TTTA TGA AT CCAG AGACAGGCCCAGCTTACA TT AAGG GCAAACA ATT AAAA A ACTTCCA CAA GTCCGGGGTCAG A A CAT T GT TGTACTTG G AT NNNNN T G A TTG G ACA TTG T A G ACTCAATTACTGATTTATTCATAAAACT C A C TTACGAGCTATTTTTTTTTTCAAAAGGCAGAATTGATGTGGTT TGA GAGTTTACTTATAT T A T T CATT ACCGGACTACTTTATAATAGTTACTGATATT A ATTT GATAGC TA A T A AA
blockSeqs : . . . . . . . AT . AG GCA TACTCGGCCAAGTTGC . . GT . T . TATAAA AA GTCTGGTGG . . TGA . . TCG G . . T . . CTT . . . C . . ATTGATTATCTGAAACCAATA T G . TGCTTGAACTGAAAATAACAACCTTTATTATTGATGCGGATA T TTGTAATCAAG T . T . . ATATTAGACTACATCGTAA . . . . . A . T
blockSeqs : . . . . . . . T . G GA AGTCGACCCAGTTGT . . GG . G . ATAT AA TGGAAGG . . AAT . . TA G . . T . . CTT . . . . . . CTCGATTTATCAATTAA T A . GATTGAATTGCAGTGTTGAGCTATTTAAACAAAGTT C TTAAAATTAT G . C . . AGCAGACTGCTTGCTTA . . . . . A . C
blockSeqs : . . . . . . . T . G GA AGTTGGCTCGGCTGC . . GT . A . AAA GG CTTGGG . . CGC . . CA A . . C . . CTT . . . . . . ACAGATTTATTCA C A . TGCTTGAATTGCAGTGATGATTTTCTAAGGTCA T TCTGATCCAT T . T . . ACGAACTGATATT . . . . . G . T
blockSeqs : . . . . . . . G . G GC AGAAGGC . . AG . T . AAA AG GGG . . CAC . . CA C . . T . . CTT . . . . . . ATAAAAAAAA A G . TGCTTGAATTGCAGTACGGTT C TTATAATAG C . T . . ACCAACTGATAAT . . . . . A . C
blockSeqs : . . . . . . . T . G GG AGTCTGC . . T . G . ATA AG AGA . . TGC . . TA C . . T . . CTT . . . . . . CACCC C . . TGCTTGAATTTTTCTAAGA T TTAGTCCAT T . T . . TACCGGACTACT . . . . . A . C
blockSeqs : . . . . . . . T . G G GTTGC . . A . T . ATA C G . . CAT . . CA G . . T . . . . . . . . . . . CATTTTGAACTGCAGTT A TTAGTCCAT T . . . . ATCTGACTATT . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . G . . . TTC . A . . TGC . . TA T . . A . . . . . . . G TCTAATCC . . . . . ATTGGTCTATT . . . . . G
blockSeqs : . . . ATA . . . . . TA C . . T . . . . . . TTTAA . . . . . ATT . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . .
blockSeqCons : G* AGTCGGCCAGTTGC******* ATA********** GGG********** ATNGATTTATCAAAA********************** TTAATCCAT***********
originalCons : ATAGCAGTGTTCGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGGA-CTAGTAGATTCTGT-AAT-T---A---ACTAGTCCTGCTAGGTCAGGTAGCTAGTCCGGCT--G-GCGGAGGC------GNTCGGC--------AAA--GCGA----CAAG-----NGGGGGTGGGGGCA---GTGCGGGATGGGGCT---NTCCCC-C----AT----A--TGGTGG-AGGGGGTCTGG-GG---GCC-TA-CCGCGGAAA-ATT--TTT-A------AAGTCTAGAAGNA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGC-AAAATGACCTTCTA-ATAAACTCAT---TTTAGCCT---CTGA-T-T-TA-TCGATT-----T--TT---ATC-----AA--C--AACGACGTTTTGG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTTA--TG-AGNAATA------TTTTTC-----TAC------------------GGTTAGCGTTCAAGATT--AGACA----TT----TT-A-TCCANTCCATTAGGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT-ANCGGACTAC--------------------T------C-TG----ATAGTC------CGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCGGGCTACCGGACTAGCGTT-AGTGT-CGAACCCTG
finalCons : ATAGCAGTGTTCGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGGA-CTAGTAGATTCTGT-AAT-T---A---ACTAGTCCTGCTAGGTCAG-TAGCTAGTCCGGCT--G-GCGGAGGCAGTCGGCCAGTTGC-------AAA--GCGA----CAAG-----NGGGGGTGGGGGCA---GTGCGGGATGGGGCT---NTCCCC-CATA----------TGGTGG-AGGGGGGG----------CC-TA-CCGCGGAAA-ATT--TTT-A------AAGTCTAGAAGNA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGC-AAAATGACCTTCTA-ATAAACTCAT---TTTAGCCT---CTGA-T-T-TATNGATTTATCAAAA----------------------ACGACGTTTTGG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTTA--TG-AGNAATA------TTTTTC-----TAC------------------GGTTAGCGTTCAAGATT--AGACATTAATCCAT-----------TCCATTAGGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT-ANCGGACTAC--------------------T------C-TG----ATAGTC------CGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCGGGCTACCGGACTAGCGTT-AGTGT-CGAACCCTG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AAATTCTCTGCTAAAAATTATTCAATATTATTTTAAAATGTCTCTTATTGTGTCGCCTGCCTGCGTTA
Unaligned ( gi|25 ): AAATAAACATCTTTTATTGTGTCGCCTGCCTGCGTTAG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 111111111 11 1111 1111111 11 2222222222222 111111111 111 44444444444444444444444444444444444444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 5555555555555555555555555555555555555555 111111
lowQualScore : 5 5 5 4 66 4 5 88888 777 0 0 99999 11 4 888888888 4 4 4 4 55 4 9999 33 777 0 3333 4 4 1111111 00 777 4444444444444 4 4 1 3 44 222222222 1 44 88888 2 3 3 666 3 666 777 4 4 4 88888888888888888888888888888888888888 3 4 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 3 55 8888 88888 666666 777 3 3 0 2 4 2 4 8888 9999999999999999999999999999999999999999 4 8888 111111 55 4 2 5 66
lowQualScore : . . . . .. . . ..... ... . . ..... .. . ......... . . . . .. . .... .. ... . .... . . ....... .. ... ............. . . . . .. ......... . .. ..... . . . ... . ... ... . . . ...................................... . . . ........................................................................ . . .. .... ..... ...... ... . . . . . . . .... ........................................ . .... ...... .. . . . ..
lowQualScore : 0 0 0 4 11 0 0 00000 888 2 3 77777 77 4 999999999 4 4 4 0 55 4 4444 88 888 7 3333 0 0 4444444 66 000 6666666666666 0 0 4 3 66 555555555 0 66 33333 6 3 3 222 3 444 888 4 4 4 00000000000000000000000000000000000000 4 0 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 2 55 5555 00000 666666 111 2 3 7 2 0 2 0 5555 3333333333333333333333333333333333333333 0 5555 555555 55 4 7 7 11
consensus : ATAGCAGTGTTCGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGGAC-TAGTAGATTCTGT-AAT-T---A---ACTAGTCCTGCTAGGTCAGTAGCTAGTCCGGCTG-ACGGAGGC-AGTCG-G--C-C-A-G-TTGC-AA--AGC-GA----CAAGNGGGGGTGGGGGCA---GTGCGGGATGGGGCT---NTCCCC-C-AT----A--TGGTGG--AGGG---G----G-------GGCC-TA-CCGCGGAAA-ATT--TTT-A------AAGTCTAGAAGNA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGC-AAAATGACCTTCTA-ATAAACTCAT---TTTAGCCT---CTGA-T-T-T---------ATCGAT----TTAT-C---AA--A--A--ACGACGTTTTGG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTTA--TG-AGNAATA------TTTTTC-----TAC------------------GGTTAGCGTTCAAGATT--AGACA----T-----T--AA--TC-C-ATTCCATTAGGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT-ANCGGACTAC--------------------T------C-TG----ATAGTC------CGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCGGGCTACCGGACTAGCGTT-AGTGT-CGAACCCTG
Reference ( family-3030 ) : ATAGCAGTGTTCGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGGAC-TAGTAGATTCTGT-AAT-T---A---ACTAGTCCTGCTAGGTCAGTAGCTAGTCCGGCTG-GCGGAGGC-AGTCG-G--C-C-A-G-TTGC-AA--AGC-GA----CAAGNGGGGGTGGGGGCA---GTGCGGGATGGGGCT---NTCCCC-C-AT----A--TGGTGG--AGGG---G----G-------GGCC-TA-CCGCGGAAA-ATT--TTT-A------AAGTCTAGAAGNA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGC-AAAATGACCTTCTA-ATAAACTCAT---TTTAGCCT---CTGA-T-T-T---------ATNGAT----TTAT-C---AA--A--A--ACGACGTTTTGG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTTA--TG-AGNAATA------TTTTTC-----TAC------------------GGTTAGCGTTCAAGATT--AGACA----T-----T--AA--TC-C-ATTCCATTAGGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT-ANCGGACTAC--------------------T------C-TG----ATAGTC------CGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCGGGCTACCGGACTAGCGTT-AGTGT-CGAACCCTG
gi|1 : ATAACGGTGGTTGACAC-T-A-ACTTTTTCA-CCAT--AGGAACCCAAATAAG-GAGCAGATTCNNN-NNN-N---N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNN-N--N-N-N-N-NNNN-NN--NNN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNN----AT----A--TAGTGG--AGGG---G----GTCTGGAGGGGT-TA-CTGTAGAAA-ATT--TTT-G------AAGTCAAGATGCA--AAGTCCT-----GCATTT-CTGTTGC-AAAGTGGTCTTCTA-ATAATCTCAT---TTTTGCCT---CTGA-T-T-T---------ATCAATTTTCTTAT-C---AA--C--A--ACGACGTTTTAG-GTGTAGATTGTA--------TGCAGTTTA--TG-AGAAATA------TTTTTC-----TAC------------------GGGTAGCATTTAAGATT--AAACA----T-----T--TT--GC-CAAATCCATTAGGTTTTTGAT-TTTTCA---------TCC-T-AACAGAC-AC--------------------T------C-TG----ATAGTC------CAAGGC--AAAATTGACT-AGCCTCTGGCTACGGGACTAGTGTT-AGTGT-TGAACCCTG
gi|10 : ---A---AGTAGTTCAGCTAATTCAGTAGCTAATCCAGCTG-ATGGAGGCTACTCG-G--C-C-AAG-TTGC-AA--AGT-GA----CAAGTGAG--TGGAAGCA---GTGTGAGATGGGGCT---TTCCCCAC-AA----A--TGGTGG--AAAG---G----G---------CT-TA-CCATAGAAA-ATC--TTT-GTACTTGAAGTCAAGAAGGA--AAAACAT-----GTATTT-CTGTTGC-AAAATGAC---CTA-ATAAACTC
gi|11 : taTTTGG-GTGTAGATTGTAGATTGAATTGCAGTGT---TG-AGC--TA------TTTAAA-----CAA------------------AGTT-GCGTTGAAGATT--GTACA----T-----T--AAAATT---ATTCCATTAGATTTTTAAT-TTT--AAT-ACATTGTCCA---GCAGACTGC--------------------TTGCTTAC-TG----ATAATCGATAGCCCAAGC--AAAATTTACA-TGCCTCTGGCTCCCAGATTAACTTT-AGTGTAAAAACTCTG
gi|12 : TAGTCCATCTG-ACAGAGGC-AGTCG-A--C-CCA-G-TTGT-AA--ATG-GA----CA--TGGGGTTGGGGGCA---GTGTGGGATAA---------CCCC-C-ACTTCCA--TGGTAG--AAGG---G----A---------CC-TA-CTGAGGGAA-TTTGTTTT-A------AAGTCTAGAAGGA--AAATCCT-----ACATTT-CTGTTTC-AAAATGAC---CCA-ATAAACTCAT---TTTA
gi|13 : A-T-T-T---------ATA--------TAT-C---AA--ACCA--A-AACATTTTGG-GTGTAGATTGCA--------TGC--TT-----G-A-----A------TTGCAG-----TAC------------------GGTT-GCATTCAG---T-----------T-----T--AA--TC-C-ATT-----AGTTTTTTAAAATTTTCAGT-A----CTCCAT---CTGACTAT--------------------T------C-TG----ATAGTC------CAAGGA--AAAATTTACT-AGCCTCAGGCTACC
gi|14 : tttcacaaTGTTTGACAC-T-A-A-TTTTTCA-CAAT--AGTAGTCCAAAGGAC-CAGTAGATTCTGT-AAT-T---A---ATTAGTC---CTAGGTCAGTAATGAATCTGCCT---C-----C-AG---------C-A-G-TTGC-AA--AGT-GT----TAA-AGGGGTTTGGAGCG---GAGCAGGATGGGGCT----TCTCC-C-AA----A--TGGTG
gi|15 : T---CCGA-T-TGT---------ACAGAT----TTATTC---A----------CGACGTTTTGA-GTGTAGCTTGTA--------TGC--TT-----G-A-----A------TTTTTC-----TAA------------------G---AGC----AAAATTGAAGTGA----T-----TGTAA--TC-A-AG---ATTAGA-------------CATT-A----GTCCAT-------------------------------T------C-TG----ATAGT-------CGGAGTTAAAAATTGACT-AGACTCAGGCTACCGGA
gi|16 : C------------------AGTT-GAGTTCAAGATC--AGACC----TC----T--GA--TC-C-ATTTCAATAGGTTTTGA---TTTTCAGT-A----GTCCACGAACTGA-TAT--------------------T------C-TG----ATAGTC------TGGGGT--AAAATTTACT-AGCCTTGAGCTACAACACTAGCGTT-AGTAT-TGAACCCTG
gi|17 : attgaagTGC-AA--AGC-GA----CAAG--GGGGTGGGAGTA---GTATGGGATAGGGAT---GTCCCC-C-AT----A--TGATGG--GGGG---G----G-------GGCC-TA-CAATGGAAATATT--TT---------AAGTCTAGAAGGA--AAATCAT-----GCATTT-CTGTTGT-AAAATGAC---CTA-ATTAACTCAT---TT
gi|18 : -------GGCC-TA-CCGCGGAAA-ATT--AAC-A------AAGTCTAGAAGAA--AAACCCT-----GCA-TT-CTGTTGC-AAAATTACTTGATA-ATAAATTAAA---TTTAGCCT---CTGATT-T-T---------CTCGAT----TTAT-C---AATTA--A--ATCAC------G-ATGTAGATT
gi|19 : TTTTCA-CCAC--AGTAGTCCAAAGGAC-CAGTAAATTATGT-AAT-T---A---GCTAGTCCTGCAACATCAGTAGCTAGTCCGACT---CCAA--C-AGTCGCC--C-C-A-G-TCAC-AA--AG
gi|2 : CAGTGTTTGCCAC-T-A-ACTTTTTCA-TCAT--AGTATTCCAAACAAC-TAG
gi|2 : G---G----T-------GGCC-TT-TCACCAAAT-ATA--ATC-A------AAGTTTAGAAGCA--AAATCCNNNNNNGTACTT-CTGATGC-AAAATGACCTTCTA-ATCAACTCAT---ATTGGCAT---CTGA-T-T-T------------------------C---AC--C--C--ATGACATTTTGA-GTGTAGATTGTA--------CAT--TTT-------GAA--------------C-----TGC------------------AGTT-GCATTCAAGATT--AGACA----TTATAAT--AG--TC-C-ATTTCA-----TTTTTAAT-TTTCCAGT-A----GTCC---ACCGGACTACTTTATAATAGTTACTGATATT------C-TG----ATAGTC------TGGGGC--AAAATTTACT-AGCCTCAGGTTAACAGACTGGCGTT-AGTGT-CGAACTCTGatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtctggtggcctttcaccaaatataatcaaagtttagaagcaaaatccnnnnnngtacttctgatgcaaaatgaccttctaatcaactcatattggcatctgatttcacccatgacattttgagtgtagattgtacattttgaactgcagttgcattcaagattagacattataatagtccatttcatttttaattttccagtagtccaccggactactttataatagttactgatattctgatagtctggggcaaaatttactagcctcaggttaacagactggcgttagtgtcgaactctg
gi|20 : cagtgtttgccactaactttttcatcatagtattccaaacaactagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtctGAAC-ATT--TTTCG------AAGTCTAGAAGCA--AAATCCT-----GCA-------------AAATGACCTTTTG-ATAAACTTAA---CTTAGTCT---CTGA-TAT-T---------AACAAT----TCAT-
gi|21 : GTTTAAGATC--AGACC----TC----T--AA--TC-C------------CTTTCAAT------AGT-A----GTTCACCAACTGA-TAA--------------------T------C-TG----ATAGTC------TGGGGT--AAAATTtcatc
gi|22 : ttgaagcaagttgaCAGAGTGCAACACGC-A-ACTTTTTCA-CCAC--AGTAGCCCAAAGGAC-TAGTAGAT
gi|23 : aaattcgcatGTGTTTGACTC-T-A-AGATTTTTA-CTAT--AGTAGTCCTGATGAT-CATTAAATTATAT-AAT-G---A---ACTAGTCCTGaaaaccttagac
gi|3 : ATAGCAGTGTTCAATAT-T-A-ACCTTTTCA-CCATTAAGTAGCCCAAAGGAC-TGGTAGATTCTGT-AAT-T---A---ACTAGTCCTGCAGAGTCAGTAGT--GTCCAGCTGCACAGGGGC-AGACA-GGCC-C-A-GCTTACAAA--AGC-GAAAGGAAAGGGGGGGGGGGGGCA---GT-TGGGATAGGGTT---AT-------AT----A--T-GTGG--AGGG---GTGGAA-------GGCTATA-CTGCAGAAA-ATC--TTT-A------TAGCCTAGAAGGAATAAATCCT-----GCATTTGATATACC-ACAATGAC---CTAGATAAGCT-AT---TTCAGCCCTTGCTGA-T-T-A---------ATTGA-----TTAT-C---TG--A--A--AC
gi|4 : atgaatacatgtacctatatGCCGGATGGAACT---TTCCCC-C-TT----C--TAGTGG--CTTG---G----G----------C-TAACCATGCAAA-ATG--TTC-A------AAGTCTAGATATA--AAATTCT-----GCATTT-CTGTTGC-AGAATGACCTTCTA-ATAAACTCAT---TTTAGTCT---CTGA-T-T-T---------ATAAA-------A------AA--A--A--AATACATTTTGG-TTGTAGGT-------------G----TTA--CG-AGCTATT------TTTTTT-----TTCAAAAGGCAGAATTGATGTGGTT-GCGTTCAACATT--AAACA----T-----T--AG--TC-C-ATTCCATTATGTTTTTAAT-TTTTCAGT-A----GTCCAT---TGGTCTAT--------------------T------C-TG----ATAGTA------CTGGGC--AAAATTTA--------CAGGCTACTGGACTAGATTT-GGTGT-TGAACCCTcaataac
gi|5 : tacGAAC-AAT--TTT-A------AAGTCTAGAAGCA--AAATTCT-----GTATTT-CTGTTAC-AAACTGAACTTCTA-ATCAGTTTATACATGTA-CCT---CTGA-C-T-TTACTCAATTACTGAT----TTAT-TCATAA--A--ACTACGGCGTTTTTG-GTGTAGATTGTA--------TGC--TTGAACTG-A-AAATAACAACCTTTATTATTGATGC------------------GGATA-CGCTCAAGATA--AGACA----T-----T--AG--TC-C-ATTCCATTAGGTTCTTAAT-TTTTCAGT-A----GTC--T-ACCGGACTAC--------------------T------CATGATTTATATTC------TGGGGC--GATATGTACT-GGCCTAGGGCTACCAGACTAGAGTTAAGTGT-CGAACCCTG
gi|6 : GCAGTGTTCAACAC-TTA-ACTTTTTCA-CCAT--AGTAGTCCAAAGTAC-TAGTAGATACGGT-AAT-TTTAA---ACTAGTTCTGCTAGGTCAGTAGCTAGTCAGGCTG-CTGGAGGC-AG---------A-A-G---GC-AA--AGT-GA----CAAGTGGAGGAGAGCACG---GTGCAGGGTGGGACT---GTCCCC-C-AT----A--TGGTGGC-AGGGTCCG----G-------GGTC-AG-CCTGAGAAA-ATT--T-------------TCTA-AAGCA--AAATCAT-----GCAATT-CTGTTGT-AAAATGACCTTCTA-ATCAACTCAT---T
gi|7 : attccacatctAAAGGAC-TAGTAGATTCTGTTAAT-T---ATGAACCAGTCCTGCTAGGTCAATTTCTAGTCCAGCTG-GCGGAAAC-AGTTG-G--CTC-G-G-CTGC-AA--AGC-TA----CAAAGGGGGGTGGGGGCA---GTGTTGGATAAGGCT---TTCTTC-CTAT----AAATGGTAG--AGGG---G----A-------GACC-TA-CTGCGGGAA-ATA--TTT-A------AAGTCTAGAAGAA--AAATCCT-----GCATTT-CTGTTGCAAAAACGAC---CTG-ATAAACTCAT---TTTTGCCT---Ca
gi|8 : agtacctaTTTGA-AC-T-ATACTTTTTCAACCAT--AGTAGTCCAAAGGACCTATTAGATTCTGC-AATAT---A---ACTAGTTCTGCTAGGTAAGTAGCTAGTCTGACT--GTTGAGAC-AGTCT-G--C-C-A-G-TTGC-AACCAGCAAA----CAA---GGGGT-GAGGCAATTGTATGTGACAGGATTAAAATTTCC-C-AT----AT-TGGTGGCAAGGG---G----ggtggt
gi|9 : taaacacaggagaataattatcatatgtcagttttTTTGGCGTGTTAATTATA--------TGC--TTGAATTGCAGTGATG------ATTTTC-----TAA------------------GGTCAGTATT---GATG--CGGCAGAGTT-----T--AC--TTAT-ATTCCATTATGTTTT-AAT-TTTTCAGTTG----GTCCAT-ATTAGACTACATCG----------------TAA----C-TG----ATAGTC------TGGGGC--AAAATTTACTAAGCCTCGAGCTACCAAATGAGCGTT-ATTGT-CGAAGCCttg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AAATTCTCTGCTAAAAATTATTCAATATTATTTTAAAATGTCTCTTATTGTGTCGCCTGCCTGCGTTA
Unaligned ( gi|25 ): AAATAAACATCTTTTATTGTGTCGCCTGCCTGCGTTAG