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Reference ( gi|1 )            :                                                         TCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--G-----------------A---C----------A------------G---------------AA--------------GT-G-------------C-----AG--CC----GACT-GTGGG-TTT--CCGAC----GACGAGGTGAAA-GA-A-GTGCAA---CTGACT-ATAGG-TTTCCGACCAT
gi|19                         :                                                         TCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--GGTTGA------------A---A----------A------------G---------------AA--------------GT-G-------------C-----AA--CC----AACC-ATGGA-TTT--CTGAC----GA
gi|19                         :                                                        aTCGTCAGAAATCC--A----------------TGGT-T--G-----------------G---T----------T------------G---------------CA--------------CT-T-------------CTTTTCAA--CC----GACC-GTGGG-TTT--CCGAC----GA
gi|22                         :                                                        aTCGTCGGAAACCA--A----------------CGGT-T-----------------------------------------------------------------A--------------GTTG-------------C-----A---CTTCTTGACC-GTGGG-TTT--CCGAC----G
gi|3                          :                                                         TCGTCGGAAATCC--A----------------TGG-----------------------A---C----------A------------G---------------AC--------------TTTG-------------C-----A-----------CT-AT----TTTTGCCTAT----AATGA----AAG-GA-A-GTGCAA---CCGACA-GTAGG-TTTCCGACGATt
gi|3                          :                                                        aTCGTCGGAAACCT--A----------------CTGT-C--G-----------------G---T--------------------------------------------------------T-G-------------C-----ACTTCC---------------TTT--C--AT----TAT-AGGCAAAA-AT-A-GTGCAAAGTCTGTCC-ATGGA-TTTCCGACGAT
gi|15                         :                                                         TCATCAGAAGCCC--A----------------CAGT-C--G-----------------ATTGC----------ATTTGGGGTAAATG---------------AA--------------GT-G-------------C-----AA--CC----AACC-GTGGG-TTC--CCGAC----GAt
gi|15                         :                                                        aTCATCAGAAGCCC--A----------------CAGT-C--G-----------------A---T--------------------------------------------------------T-G-------------C-----A--------------------TTT--------------GGGGTAAAT-GA-A-GTGCAA---CCAACC-GTGGG-TTCCCGAC
gi|15                         :                                                        aTCGTCGGGAACCC--A----------------CGGT-T--G-----------------G---T----------T------------GCACTTCATTTACCCCAA--------------AT-G-------------C-----AA--TC----GACT-GTGGG-CTT--CTGAT----GAga
gi|6                          :                                                        aTCGTCGGAAACCT--A----------------CAGT-C--G-----------------
gi|2                          : cacgatcaagttgcctcttcgctttacccttaattggagtttaaaagaagtgtaacTCGTCGGAAACCC--G----------------CAGT-C--G-----------------t
gi|21                         :                                                        aTCGTCGGTAACCTGAA----------------AGGT-A--A-----------------A--------------A------------T---------------AA--------------AT-G-------------C-----AA--CC----GACC-GTGGG-TTT--CCGAC----Ggttgcatttctttacctgaaaggtaaaacaaataaataaatgtaaccgaccgagggtttctgac
gi|17                         :                                                       caTCGTCGGAAATCC--A----------------CGGT-C--G-----------------G---T--------------------------------------------------------T-G-------------C----------------ACT-------TTT--TTAA--------AAGGTAAAACGA-A-GTCCAA---CCGACG-AT
gi|10                         :                                                        cTCGTCAGAAACCC--A----------------CAAT-C--GGTTGCATTTCTTTT---A---CCTGAGGTTAAA------------A---------------AA--------------AT-G-------------C-----AA--CC----GACT-GTGGA-TTT--t
gi|11                         :                                                     tggcTCGTCAGAAACCC--A----------------AGTT-C--GTTGCAATTCATTT----A---C----------ATAAAA-------G---------------AG--------------GT-G-------------C-----AA--CC----GACTGGGGGG-TTT--CCGAC----GA
gi|4                          :                                                        aTCGTTGAAAACCC--A----------------TGGT-C-----------------------------------------------------------------A--------------GTTG-------------C-----A---CT------CT-TT----TTT--ACCATTTTTGAAGAGTTAAAA-GA-A-GTGCGA---CTG-------GG-TTTCCAAC
gi|9                          :                                                        tTCATCGGAAACCC--A----------------CGGTACTGG-----------------G---T----------A------------GCTT------------AATTCCACTTCTTTTGGT-G-------------C-----AA--CC----GACA-GTGGG-TTT--CCGAT----GAt
gi|9                          :                                                         TCATCGGAAACCC--A----------------CTGT-C--GGTTGC------------A---CCAAA------A------------G---------------AA--------------GT-GGAATTAAGCTACCC-----AG--T------ACC-GTGGG-TTT--CCGAT----GAt
gi|14                         :                                                         TCATCGGAAACCC--GGTGCACTTATTTTTACCGGT-A--G-----------------A--------------G------------G---------------AA--------------GT-G-------------C-----AC--CC----GACC-GTGGG-GTT--CCGAt
gi|22                         :                                                        caCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--A-----------------A---------------------------G---------------AA--------------GT-G-------------C-----AA--CT----AACC-GTTGG-TTT--CCGAC----GAag
gi|21                         :                                                          CGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--G-----------------t
gi|13                         :                        catcgtcggtaacctgaaaggtaaaataaatgcaacTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--GGTTGAACTTCTTTTGGTA---C----------A------------A---------------AAATAA----------GT-G-------------C-----AG--CC----GACC-AT-GG-TTT--CTGAT----G
gi|20                         :                                                             CGGAAACCC--A----------------CGGT-C--GGT---------------A---C----------A------------A---------------AAAATAA---------GT-G-------------C-----AG--CC----GACC-ATGGG-TTT--CTGAT----GAt
gi|4                          :                                                                      --A----------------TGGT-A--A-----------------A---A----------A------------A---------------GA--------------GT-G-------------C-----AA--CT----GACC-ATGGG-TTT--TCAAC----GA
gi|7                          :                                                           tgttggaaacccagtcgcacttcttttaactcttcaaaa-----------------A---C----------A------------G---------------AA--------------GT-G-------------C-----AA--CC----GACT-GTGGG-GTT--CCGAC----AAt
gi|8                          :                                                        atacaccgtcgggtttgcacttcttttaccctttactaggta-----------------A---C----------A------------G---------------AA--------------GT-G-------------C-----AA--CC----GACT-GTGGG-GTT--CCTAC----t
gi|6                          :                                                                             catacatcgtcggatttgcacttcttttaccctttactaggta----------A------------G---------------AA--------------GT-G-------------T-----AA--CC----GACT-GTAGG-TTT--CCGAC----GAa
gi|2                          :                                                                           cacgatcaagttgcctcttcgctttacccttaattggagtttaaa----------A------------G---------------AA--------------AT-G-------------C-----AA--CC----GACT-GCGGG-TTT--CCGAC----GAt
gi|17                         :                                                                                                                       a----------A------------A---------------AA--------------GT-G-------------C-----AA--CC----GACC-GTGGA-TTT--CCGAC----GAttacctgaaaggtaaaacaaataaataaatgtaaccgaccgagggtttctgac
gi|10                         :                                                                                        catcgtcggttggacttcgttttaccttttaa----------A------------G---------------AA--------------AT-G-------------C-----AA--CC----GATT-GTGGG-TTT--CTGAC----GAt
gi|23                         :                                                                             tggcaaatccacagtcggttgcatttttttaacctcaggtaaa----------A------------G---------------AA--------------GT-G-------------C-----AA--AC----GATT-GTGGGTTTT--CCGAC----GATGA
gi|13                         :                                                                                                                   taaaa----------A------------G---------------AA--------------GT-T-------------C-----AA--CC----GACC-GTGGG-TTT--CCGA
gi|18                         :                                                                                                       catcagaaaccatggtcggctgcacttatttttgtaccaaa---------------AA--------------GT-G-------------C-----AA--CC----AACT-GTGGC-TTT--CCGGC----GAt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                        gtccacggtcggttgcacttttttacccaaaagaACTAGGTAACA-GA-A-GTGCAA---CCGACT-GTGGG-GTTCCGACAATt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                        atacaccgtcgggtttgcacttcttttaccctttACTAGGTAACA-GA-A-GTGCAA---CCGACT-GTGGG-GTTCCTAC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                          catacatcgtcggatttgcacttcttttaccctttAGGT-AAA-GA-A-ATGCAA---CCGACT-GCGGG-TTTCCGACGATa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                             AGGTAAAA-TA-A-ATGCAA---CCGACC-GTGGG-TTTCCGACgaaaggtaaaacaaataaataaatgtaaccgaccgagggtttctgac
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                            catcgtcggtaacctgaaGGTAAAA-AAGA-GTGCAA---CTGACC-ATGGG-TTTTCAACGATg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                     tgttggaaacccagtcgcacttcttttaactcttcaaaaatGGTAGAG-GA-A-GTGCAC---CCGACC-GTGGG-GTTCCGA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                              catcatcggaaacccggtgcacttatttttaccGTAAAA-GA-A-GCGCAA---AAGTTC-ATGGA-TTTCCGACAATag
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                      attggattcccaaaattggttgaatttcttttacctcttggaTAAAA-GA-A-GTGTAA---CCGACT-GTAGG-TTTCCGACGATg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                       cacgatcaagttgcctcttcgctttacccttaattggagttTAAAA-GA-G-GTGCAA---CCGACTGGGGGG-TTTCCGAC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                             atcgtcagaaacccaagttcgttgcaattcatttacaAAA-GA-A-GTGCAA---CCAACC-ATGGA-TTTCTGACga
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                        atcgtcggaaacccacggtcggttgaAAA-TA-A-GTGCAG---CCGACC-ATGGG-TTTCTGAga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                           cggaaacccacggtcggtacaaaAAA-AA-A-GTGCAA---CCGACC-GTGGA-TTTCCGACGATtga
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                    catcgtcggttggacttcgttttaccttttAAA-GA-A-GTGCAA---ACGATT-GTGGGTTTTCCGACGAT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                               taaAAA-GA-A-GTTCAA---CCGACC-GTGGG-TTTCCGAga
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                           catcagaaaccatggtcggctgcacttatttttgtaccaAAA-TA-A-GTGCAG---CCGACC-AT-GG-TTTCTGAt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                caAAA-GA-AAGTGCAA---CCAACT-GTGGC-TTTCCGGCGATttgtaccaaaagaagttcaaccgaccgtgggtttccgat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                     gtccacggtcggttgcacttttttacccaAAA-GA-A-GCGCGA---TTGACC-GTAGG-TTTCCGGC
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                             cagaaacccattgttgtcggtcgcatttcttttgagaaAA-GA-A-GTGCAA---CTAACC-GTTGG-TTTCCGACGATaa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                        cgtcggaaacccacggtc-GTGCAA---CCGACA-GTGGG-TTTCCGA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GTAACATACATCGTCGGATTTGCACTTCTTTTCACCTTTACTAGTAACAGAAGTTGCAACGACTG






Alignments
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lowQualScore                  :                                                          1111111111111111         0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000    2222222222222                                                           
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lowQualScore                  :                                                       .. ................    . .. ...............................................................................    .............     ...   .  . .  ........    ..     ....     .           
lowQualScore                  :                                                       22 6666666666666666    4 22 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    2222222222222     777   5  5 5  66666666    11     7777     7           
consensus                     :                                          TCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--G-------------AC--------------A-----G---AA--------------GT-GCAACCG-----ACC-GTGGGTTTCCG--AC--GAC-GAGGTA---AAA-GA-A-GT--------GCAA--CCGAC--C-GTGGG-TTTCCGACGAT
Reference ( family-3017 )     :                                          TCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--G-------------AC--------------A-----G---AA--------------GT-GCAACCG-----ACC-GTGGGTTTCCG--AC--GAC-GAGGTA---AAA-GA-A-GT--------GCAA--CCGAC--C-GTGGG-TTTCCGACGAT
gi|1                          :                                          TCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--G-------------AC--------------A-----G---AA--------------GT-GCAGCCG-----ACT-GTGGGTTTCCG--AC--GAC-GAGGTG---AAA-GA-A-GT--------GCAA--CTGAC--T-ATAGG-TTTCCGACCAT
gi|10                         :                                          TCGTCAGAAACCC--A----------------CAAT-C--G-------------GT-----------------------------------------T-GCA------------------TTTCTTTTAC----CTGAGGTT---AAA-AA-A-AT--------GCAA--CCGAC--T-GTGGA-TTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                               tggcAGGTA---AAA-GA-A-AT--------GCAA--CCGAT--T-GTGGG-TTTCTGACGA
gi|11                         :      tggcaaatccacagtcggttgcatttttttaacctcTCGTCAGAAACCC--A----------------AGTT-C--GTTGCAATTCATTTAC--------------ATAAAAG---AG--------------GT-GCAACCG-----ACTGGGGGGTTTCCG--AC--GA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                     aTA---AAA-GA-G-GT--------GCAA--CCGAC--TGGGGGG-TTTCCGACGA
gi|12                         :                                                                                                                                                  atcgtcagaaacccaagttcgttgcaattcatttacaA---AAA-GA-A-AT--------GCGA--CCGACAACAATGGG-TTTCTG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                       A---AAA-GA-A-GC--------GCGA--TTGAC--C-GTAGG-TTTCCGGCAAgagaaaaagaagcgcgattgaccgtaggtttccggcaa
gi|13                         :        cagaaacccattgttgtcggtcgcatttcttttgagaTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--G-------------GT--------------T-----G---AA--------------CT-TC-------------------TTTT--------------GGTACAAAAA-TA-A-GT--------GCAG--CCGAC--C-AT-GG-TTTCTGATG
gi|13                         :                                                                                                                                                                                       A---AAA-GA-A-GT--------TCAA--CCGAC--C-GTGGG-TTTCCGAt
gi|14                         :    catcagaaaccatggtcggctgcacttatttttgtaccTCATCGGAAACCC--GGTGCACTTATTTTTACCGGT-A--G-------------A---------------G-----G---AA--------------GT-GCACCCG-----ACC-GTGGGGTTCCG--At
gi|14                         :                                                                                                                                                                                  caGGTA---GAG-GA-A-GT--------GCAC--CCGAC--C-GTGGG-GTTCCGAag
gi|15                         :         catcatcggaaacccggtgcacttatttttaccTCATCAGAAGCCC--A----------------CAGT-C--G-------------AT-----------------------------------------T-GCA------------------TTT-------------GGGGTA---AAT-GA-A-GT--------GCAA--CCAAC--C-GTGGG-TTCCCGACGAag
gi|17                         :                                         aTCGTCGGAAATCC--A----------------CGGT-C--G-------------GT-----------------------------------------T-GC-ACT---------------TTTTTA--A-------AAGGTA---AAACGA-A-GT--------CCAA--CCGAC--
gi|17                         :                                                                                                                                                                                    catc---AAA-AA-A-GT--------GCAA--CCGAC--C-GTGGA-TTTCCGACGATt
gi|18                         :                                                                                                                                                      catcgtcggttggacttcgttttaccttttGGTA---AAA--A-A-GT--------GCAA--CCGAC--C-GTGG
gi|18                         :                                        gtTCGCCGGAAAGCC--A----------------CAGT-T--GGTTGC--------ACTTTCTTTTGGGTAAA-----A---AA--------------GT-GCAACCG-----ACC-GTGGcaaaagaaagtgcaaccaactgtggctttccggcgat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                     gtA---AAA-GA-AAGT--------GCAA--CCAAC--T-GTGGC-TTTCCGGCGATt
gi|19                         :              gtccacggtcggttgcacttttttacccTCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--GGTTGA--------AA--------------A-----G---AA--------------GT-GCAACCA-----ACC-ATGGATTTCTG--AC--GA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                  aAGGTA---AA--GA-A-AT--------GCAA--CCGAC--T-GCGGG-TTTCCGACGAT
gi|2                          :                                          TCGTCGGAAACCC--G----------------CAGT-C--G-------------GT-----------------------------------------T-GCA------------------TTTCTTT-ACCTGA--AAGGTA---AAA-CA-A-ATAAATAAATGTAA--CCGAC--C-GAGGG-TTTCTGACgaaaggtaaaacaaataaataaatgtaaccgaccgagggtttctgac
gi|20                         :                                             aCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--GGT-----------AC--------------A-----A---AAAATAA---------GT-GCAGCCG-----ACC-ATGGGTTTCTG--AT--GA
gi|21                         :                                          TCGTCGGTAACCTGAA----------------AGGT-A--A-------------A---------------A-----T---AA--------------AT-GCAACCG-----ACC-GTGGGTTTCCG--AC--G
gi|21                         :                                                                                                                                                                                 caAGGTA---AAA-TA-A-AT--------GCAA--CCGAC--C-GTGGG-TTTCCGACG
gi|22                         :                         catcgtcggtaacctgaaCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--A-------------A---------------------G---AA--------------GT-GCAACTA-----ACC-GTTGGTTTCCG--AC--GA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                       A---AAA-GA-A-GT--------GCAA--ACGAT--T-GTGGGTTTTCCGACGATt
gi|3                          :                                        taTCGTCGGAAATCC--A----------------TGG-------------------AC--------------A-----G---AC--------------TTTGCA--CT-----A--------TTTTTG--CC--TAT-AATG-A---AAG-GA-A-GT--------GCAA--CCGAC--A-GTAGG-TTTCCGACGATga
gi|4                          :                                         aTCGTTGAAAACCC--A----------------TGGT-C-------------------------------------------A--------------GTTGCACTCTTTTTTACC-AT---TTTT--------GAA-GAGTTA---AAA-GA-A-GT--------GCGA--C---------TGGG-TTTCCAAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                   tGGTA---AAA-AAGA-GT--------GCAA--CTGAC--C-ATGGG-TTTTCAACGATt
gi|5                          :                                                                                                                                            tgttggaaacccagtcgcacttcttttaactcttcaaaaatGTA---AAA-GA-A-GC--------GCAA--AAGTT--C-ATGGA-TTTCCGACAAT
gi|6                          :                                                                                                                                            attggattcccaaaattggttgaatttcttttacctcttggaTA---AAA-GA-A-GT--------GTAA--CCGAC--T-GTAGG-TTTCCGACGATg
gi|7                          : cacgatcaagttgcctcttcgctttacccttaattggagttTTGTCGGAACCCC--A----------------CAGT-C--G-------------GT-----------------------------------------T-GCA-----------C-TTCTGTTACCT--AG--TAA-AGGGTA---AAA-GA-A-GT--------GCAAACCCGAC--G-GTG
gi|7                          :                                                                                                                                                                            ataAC-TAGGTA---ACA-GA-A-GT--------GCAA--CCGAC--T-GTGGG-GTTCCGACAATt
gi|8                          :                                                                                                                                             atacaccgtcgggtttgcacttcttttaccctttAC-TAGGTA---ACA-GA-A-GT--------GCAA--CCGAC--T-GTGGG-GTTCCTAC
gi|9                          :       catacatcgtcggatttgcacttcttttaccctttTCATCGGAAACCC--A----------------CGGTACTGG-------------GT--------------A-----GCTTAATTCCACTTCTTTTGGT-GCAACCG-----ACA-GTGGGTTTCCG--AT--GAa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GTAACATACATCGTCGGATTTGCACTTCTTTTCACCTTTACTAGTAACAGAAGTTGCAACGACTG






Alignments
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lowQualScore                  :                                                          1111111111111111         0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000    2222222222222                                                           
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lowQualScore                  :                                                       .. ................    . .. ...............................................................................    .............     ...   .  . .  ........    ..     ....     .           
lowQualScore                  :                                                       22 6666666666666666    4 22 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    2222222222222     777   5  5 5  66666666    11     7777     7           
consensus                     :                                          TCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--G-------------AC--------------A-----G---AA--------------GT-GCAACCG-----ACC-GTGGGTTTCCG--AC--GAC-GAGGTA---AAA-GA-A-GT--------GCAA--CCGAC--C-GTGGG-TTTCCGACGAT
Reference ( family-3017 )     :                                          TCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--G-------------AC--------------A-----G---AA--------------GT-GCAACCG-----ACC-GTGGGTTTCCG--AC--GAC-GAGGTA---AAA-GA-A-GT--------GCAA--CCGAC--C-GTGGG-TTTCCGACGAT
gi|1                          :                                          TCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--G-------------AC--------------A-----G---AA--------------GT-GCAGCCG-----ACT-GTGGGTTTCCG--AC--GAC-GAGGTG---AAA-GA-A-GT--------GCAA--CTGAC--T-ATAGG-TTTCCGACCAT
gi|10                         :                                          TCGTCAGAAACCC--A----------------CAAT-C--G-------------GT-----------------------------------------T-GCA------------------TTTCTTTTAC----CTGAGGTT---AAA-AA-A-AT--------GCAA--CCGAC--T-GTGGA-TTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                               tggcAGGTA---AAA-GA-A-AT--------GCAA--CCGAT--T-GTGGG-TTTCTGACGA
gi|11                         :      tggcaaatccacagtcggttgcatttttttaacctcTCGTCAGAAACCC--A----------------AGTT-C--GTTGCAATTCATTTAC--------------ATAAAAG---AG--------------GT-GCAACCG-----ACTGGGGGGTTTCCG--AC--GA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                     aTA---AAA-GA-G-GT--------GCAA--CCGAC--TGGGGGG-TTTCCGACGA
gi|12                         :                                                                                                                                                  atcgtcagaaacccaagttcgttgcaattcatttacaA---AAA-GA-A-AT--------GCGA--CCGACAACAATGGG-TTTCTG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                       A---AAA-GA-A-GC--------GCGA--TTGAC--C-GTAGG-TTTCCGGCAAgagaaaaagaagcgcgattgaccgtaggtttccggcaa
gi|13                         :        cagaaacccattgttgtcggtcgcatttcttttgagaTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--G-------------GT--------------T-----G---AA--------------CT-TC-------------------TTTT--------------GGTACAAAAA-TA-A-GT--------GCAG--CCGAC--C-AT-GG-TTTCTGATG
gi|13                         :                                                                                                                                                                                       A---AAA-GA-A-GT--------TCAA--CCGAC--C-GTGGG-TTTCCGAt
gi|14                         :    catcagaaaccatggtcggctgcacttatttttgtaccTCATCGGAAACCC--GGTGCACTTATTTTTACCGGT-A--G-------------A---------------G-----G---AA--------------GT-GCACCCG-----ACC-GTGGGGTTCCG--At
gi|14                         :                                                                                                                                                                                  caGGTA---GAG-GA-A-GT--------GCAC--CCGAC--C-GTGGG-GTTCCGAag
gi|15                         :         catcatcggaaacccggtgcacttatttttaccTCATCAGAAGCCC--A----------------CAGT-C--G-------------AT-----------------------------------------T-GCA------------------TTT-------------GGGGTA---AAT-GA-A-GT--------GCAA--CCAAC--C-GTGGG-TTCCCGACGAag
gi|17                         :                                         aTCGTCGGAAATCC--A----------------CGGT-C--G-------------GT-----------------------------------------T-GC-ACT---------------TTTTTA--A-------AAGGTA---AAACGA-A-GT--------CCAA--CCGAC--
gi|17                         :                                                                                                                                                                                    catc---AAA-AA-A-GT--------GCAA--CCGAC--C-GTGGA-TTTCCGACGATt
gi|18                         :                                                                                                                                                      catcgtcggttggacttcgttttaccttttGGTA---AAA--A-A-GT--------GCAA--CCGAC--C-GTGG
gi|18                         :                                        gtTCGCCGGAAAGCC--A----------------CAGT-T--GGTTGC--------ACTTTCTTTTGGGTAAA-----A---AA--------------GT-GCAACCG-----ACC-GTGGcaaaagaaagtgcaaccaactgtggctttccggcgat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                     gtA---AAA-GA-AAGT--------GCAA--CCAAC--T-GTGGC-TTTCCGGCGATt
gi|19                         :              gtccacggtcggttgcacttttttacccTCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--GGTTGA--------AA--------------A-----G---AA--------------GT-GCAACCA-----ACC-ATGGATTTCTG--AC--GA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                  aAGGTA---AA--GA-A-AT--------GCAA--CCGAC--T-GCGGG-TTTCCGACGAT
gi|2                          :                                          TCGTCGGAAACCC--G----------------CAGT-C--G-------------GT-----------------------------------------T-GCA------------------TTTCTTT-ACCTGA--AAGGTA---AAA-CA-A-ATAAATAAATGTAA--CCGAC--C-GAGGG-TTTCTGACgaaaggtaaaacaaataaataaatgtaaccgaccgagggtttctgac
gi|20                         :                                             aCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--GGT-----------AC--------------A-----A---AAAATAA---------GT-GCAGCCG-----ACC-ATGGGTTTCTG--AT--GA
gi|21                         :                                          TCGTCGGTAACCTGAA----------------AGGT-A--A-------------A---------------A-----T---AA--------------AT-GCAACCG-----ACC-GTGGGTTTCCG--AC--G
gi|21                         :                                                                                                                                                                                 caAGGTA---AAA-TA-A-AT--------GCAA--CCGAC--C-GTGGG-TTTCCGACG
gi|22                         :                         catcgtcggtaacctgaaCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--A-------------A---------------------G---AA--------------GT-GCAACTA-----ACC-GTTGGTTTCCG--AC--GA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                       A---AAA-GA-A-GT--------GCAA--ACGAT--T-GTGGGTTTTCCGACGATt
gi|3                          :                                        taTCGTCGGAAATCC--A----------------TGG-------------------AC--------------A-----G---AC--------------TTTGCA--CT-----A--------TTTTTG--CC--TAT-AATG-A---AAG-GA-A-GT--------GCAA--CCGAC--A-GTAGG-TTTCCGACGATga
gi|4                          :                                         aTCGTTGAAAACCC--A----------------TGGT-C-------------------------------------------A--------------GTTGCACTCTTTTTTACC-AT---TTTT--------GAA-GAGTTA---AAA-GA-A-GT--------GCGA--C---------TGGG-TTTCCAAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                   tGGTA---AAA-AAGA-GT--------GCAA--CTGAC--C-ATGGG-TTTTCAACGATt
gi|5                          :                                                                                                                                            tgttggaaacccagtcgcacttcttttaactcttcaaaaatGTA---AAA-GA-A-GC--------GCAA--AAGTT--C-ATGGA-TTTCCGACAAT
gi|6                          :                                                                                                                                            attggattcccaaaattggttgaatttcttttacctcttggaTA---AAA-GA-A-GT--------GTAA--CCGAC--T-GTAGG-TTTCCGACGATg
gi|7                          : cacgatcaagttgcctcttcgctttacccttaattggagttTTGTCGGAACCCC--A----------------CAGT-C--G-------------GT-----------------------------------------T-GCA-----------C-TTCTGTTACCT--AG--TAA-AGGGTA---AAA-GA-A-GT--------GCAAACCCGAC--G-GTG
gi|7                          :                                                                                                                                                                            ataAC-TAGGTA---ACA-GA-A-GT--------GCAA--CCGAC--T-GTGGG-GTTCCGACAATt
gi|8                          :                                                                                                                                             atacaccgtcgggtttgcacttcttttaccctttAC-TAGGTA---ACA-GA-A-GT--------GCAA--CCGAC--T-GTGGG-GTTCCTAC
gi|9                          :       catacatcgtcggatttgcacttcttttaccctttTCATCGGAAACCC--A----------------CGGTACTGG-------------GT--------------A-----GCTTAATTCCACTTCTTTTGGT-GCAACCG-----ACA-GTGGGTTTCCG--AT--GAa


blockSeqs                     :                                                       GA GTGCACTTATTTTTAC    A TG TTGCAATTCATTTACATAAAAGAGGTGCAACCGACTGGGGGG                                         TTTACCTGAA        CAA   C  G A  AAATAAAT    AC     AACA     T
blockSeqs                     :                                                       .  .                   . .  GTAGCTTAATTCCACTTCTTTTGGTGCAACCGACAGTGGG                                           TTTTACCTG         .     .  . .  .           .      TG       .
blockSeqs                     :                                                       .  .                   . .  GTACAAAAAATAAGTGCAGCCGACCATGGG                                                     TGCCTATA          .     .  . .  .           .      T        .
blockSeqs                     :                                                       .  .                   . .  GTTGAAAAGAAGTGCAACCAACCATGGA                                                       CTAGTAAA          .     .  . .  .           .      T        .
blockSeqs                     :                                                       .  .                   . .  AGGAAGTGCACCCGACCGTGGG                                                             TAAA              .     .  . .  .           .      C        .
blockSeqs                     :                                                       .  .                   . .  AATAAATGCAACCGACCGTGGG                                                             GAAG              .     .  . .  .           .      C        .
blockSeqs                     :                                                       .  .                   . .  AGAAGTGCAACTAACCGTTGG                                                              G                 .     .  . .  .           .      C        .
blockSeqs                     :                                                       .  .                   . .  AGTTGCACTCTTTTTTACCAT                                                              .                 .     .  . .  .           .      C        .
blockSeqs                     :                                                       .  .                   . .  ACAGACTTTGCACTA                                                                                      .     .  . .  .           .      C        .
blockSeqs                     :                                                       .  .                   . .  GTTGCACTTCTG                                                                                         .     .  . .  .           .      C        .
blockSeqs                     :                                                       .  .                   . .  GTTGAACTTC                                                                                           .     .  . .  .           .      C        .
blockSeqs                     :                                                       .  .                   . .  GTTGCACT                                                                                             .     .  . .  .           .      T        .
blockSeqs                     :                                                       .  .                   . .  GTTGCA                                                                                               .     .  . .  .           .      T        .
blockSeqs                     :                                                       .  .                   . .  ATTGCA                                                                                               .     .  . .  .           .      C        .
blockSeqs                     :                                                       .  .                   . .  GTTGCA                                                                                               .     .  . .  .           .      C        .
blockSeqs                     :                                                       .  .                   . .                                                                                                       .     .  . .  .           .      T        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                        .     .  . .  .           .      A        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                        .     .  . .  .           .      C        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                        .     .  . .  .           .      C        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                        .     .  . .  .           .      T        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                        .     .  . .  .           .      G        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                        .     .  . .  .           .      T        .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                        .     .  . .  .           .      .         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                        .     .  . .  .           .                


blockSeqCons                  :                                          
originalCons                  :                                          TCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--G-------------AC--------------A-----G---AA--------------GT-GCAACCG-----ACC-GTGGGTTTCCG--AC--GAC-GAGGTA---AAA-GA-A-GT--------GCAA--CCGAC--C-GTGGG-TTTCCGACGAT
finalCons                     :                                          TCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--G-------------AC--------------A-----G---AA--------------GT-GCAACCG-----ACC-GTGGGTTTCCG--AC--GAC-GAGGTA---AAA-GA-A-GT--------GCAA--CCGAC--C-GTGGG-TTTCCGACGAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GTAACATACATCGTCGGATTTGCACTTCTTTTCACCTTTACTAGTAACAGAAGTTGCAACGACTG






Alignments
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lowQualScore                  :                                                       22 6666666666666666    4 22 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    2222222222222     777   5  5 5  66666666    11     7777     7           
consensus                     :                                          TCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--G-------------AC--------------A-----G---AA--------------GT-GCAACCG-----ACC-GTGGGTTTCCG--AC--GAC-GAGGTA---AAA-GA-A-GT--------GCAA--CCGAC--C-GTGGG-TTTCCGACGAT
Reference ( family-3017 )     :                                          TCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--G-------------AC--------------A-----G---AA--------------GT-GCAACCG-----ACC-GTGGGTTTCCG--AC--GAC-GAGGTA---AAA-GA-A-GT--------GCAA--CCGAC--C-GTGGG-TTTCCGACGAT
gi|1                          :                                          TCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--G-------------AC--------------A-----G---AA--------------GT-GCAGCCG-----ACT-GTGGGTTTCCG--AC--GAC-GAGGTG---AAA-GA-A-GT--------GCAA--CTGAC--T-ATAGG-TTTCCGACCAT
gi|10                         :                                          TCGTCAGAAACCC--A----------------CAAT-C--G-------------GT-----------------------------------------T-GCA------------------TTTCTTTTAC----CTGAGGTT---AAA-AA-A-AT--------GCAA--CCGAC--T-GTGGA-TTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                               tggcAGGTA---AAA-GA-A-AT--------GCAA--CCGAT--T-GTGGG-TTTCTGACGA
gi|11                         :      tggcaaatccacagtcggttgcatttttttaacctcTCGTCAGAAACCC--A----------------AGTT-C--GTTGCAATTCATTTAC--------------ATAAAAG---AG--------------GT-GCAACCG-----ACTGGGGGGTTTCCG--AC--GA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                     aTA---AAA-GA-G-GT--------GCAA--CCGAC--TGGGGGG-TTTCCGACGA
gi|12                         :                                                                                                                                                  atcgtcagaaacccaagttcgttgcaattcatttacaA---AAA-GA-A-AT--------GCGA--CCGACAACAATGGG-TTTCTG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                       A---AAA-GA-A-GC--------GCGA--TTGAC--C-GTAGG-TTTCCGGCAAgagaaaaagaagcgcgattgaccgtaggtttccggcaa
gi|13                         :        cagaaacccattgttgtcggtcgcatttcttttgagaTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--G-------------GT--------------T-----G---AA--------------CT-TC-------------------TTTT--------------GGTACAAAAA-TA-A-GT--------GCAG--CCGAC--C-AT-GG-TTTCTGATG
gi|13                         :                                                                                                                                                                                       A---AAA-GA-A-GT--------TCAA--CCGAC--C-GTGGG-TTTCCGAt
gi|14                         :    catcagaaaccatggtcggctgcacttatttttgtaccTCATCGGAAACCC--GGTGCACTTATTTTTACCGGT-A--G-------------A---------------G-----G---AA--------------GT-GCACCCG-----ACC-GTGGGGTTCCG--At
gi|14                         :                                                                                                                                                                                  caGGTA---GAG-GA-A-GT--------GCAC--CCGAC--C-GTGGG-GTTCCGAag
gi|15                         :         catcatcggaaacccggtgcacttatttttaccTCATCAGAAGCCC--A----------------CAGT-C--G-------------AT-----------------------------------------T-GCA------------------TTT-------------GGGGTA---AAT-GA-A-GT--------GCAA--CCAAC--C-GTGGG-TTCCCGACGAag
gi|17                         :                                         aTCGTCGGAAATCC--A----------------CGGT-C--G-------------GT-----------------------------------------T-GC-ACT---------------TTTTTA--A-------AAGGTA---AAACGA-A-GT--------CCAA--CCGAC--
gi|17                         :                                                                                                                                                                                    catc---AAA-AA-A-GT--------GCAA--CCGAC--C-GTGGA-TTTCCGACGATt
gi|18                         :                                                                                                                                                      catcgtcggttggacttcgttttaccttttGGTA---AAA--A-A-GT--------GCAA--CCGAC--C-GTGG
gi|18                         :                                        gtTCGCCGGAAAGCC--A----------------CAGT-T--GGTTGC--------ACTTTCTTTTGGGTAAA-----A---AA--------------GT-GCAACCG-----ACC-GTGGcaaaagaaagtgcaaccaactgtggctttccggcgat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                     gtA---AAA-GA-AAGT--------GCAA--CCAAC--T-GTGGC-TTTCCGGCGATt
gi|19                         :              gtccacggtcggttgcacttttttacccTCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--GGTTGA--------AA--------------A-----G---AA--------------GT-GCAACCA-----ACC-ATGGATTTCTG--AC--GA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                  aAGGTA---AA--GA-A-AT--------GCAA--CCGAC--T-GCGGG-TTTCCGACGAT
gi|2                          :                                          TCGTCGGAAACCC--G----------------CAGT-C--G-------------GT-----------------------------------------T-GCA------------------TTTCTTT-ACCTGA--AAGGTA---AAA-CA-A-ATAAATAAATGTAA--CCGAC--C-GAGGG-TTTCTGACgaaaggtaaaacaaataaataaatgtaaccgaccgagggtttctgac
gi|20                         :                                             aCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--GGT-----------AC--------------A-----A---AAAATAA---------GT-GCAGCCG-----ACC-ATGGGTTTCTG--AT--GA
gi|21                         :                                          TCGTCGGTAACCTGAA----------------AGGT-A--A-------------A---------------A-----T---AA--------------AT-GCAACCG-----ACC-GTGGGTTTCCG--AC--G
gi|21                         :                                                                                                                                                                                 caAGGTA---AAA-TA-A-AT--------GCAA--CCGAC--C-GTGGG-TTTCCGACG
gi|22                         :                         catcgtcggtaacctgaaCGTCGGAAACCC--A----------------CGGT-C--A-------------A---------------------G---AA--------------GT-GCAACTA-----ACC-GTTGGTTTCCG--AC--GA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                       A---AAA-GA-A-GT--------GCAA--ACGAT--T-GTGGGTTTTCCGACGATt
gi|3                          :                                        taTCGTCGGAAATCC--A----------------TGG-------------------AC--------------A-----G---AC--------------TTTGCA--CT-----A--------TTTTTG--CC--TAT-AATG-A---AAG-GA-A-GT--------GCAA--CCGAC--A-GTAGG-TTTCCGACGATga
gi|4                          :                                         aTCGTTGAAAACCC--A----------------TGGT-C-------------------------------------------A--------------GTTGCACTCTTTTTTACC-AT---TTTT--------GAA-GAGTTA---AAA-GA-A-GT--------GCGA--C---------TGGG-TTTCCAAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                   tGGTA---AAA-AAGA-GT--------GCAA--CTGAC--C-ATGGG-TTTTCAACGATt
gi|5                          :                                                                                                                                            tgttggaaacccagtcgcacttcttttaactcttcaaaaatGTA---AAA-GA-A-GC--------GCAA--AAGTT--C-ATGGA-TTTCCGACAAT
gi|6                          :                                                                                                                                            attggattcccaaaattggttgaatttcttttacctcttggaTA---AAA-GA-A-GT--------GTAA--CCGAC--T-GTAGG-TTTCCGACGATg
gi|7                          : cacgatcaagttgcctcttcgctttacccttaattggagttTTGTCGGAACCCC--A----------------CAGT-C--G-------------GT-----------------------------------------T-GCA-----------C-TTCTGTTACCT--AG--TAA-AGGGTA---AAA-GA-A-GT--------GCAAACCCGAC--G-GTG
gi|7                          :                                                                                                                                                                            ataAC-TAGGTA---ACA-GA-A-GT--------GCAA--CCGAC--T-GTGGG-GTTCCGACAATt
gi|8                          :                                                                                                                                             atacaccgtcgggtttgcacttcttttaccctttAC-TAGGTA---ACA-GA-A-GT--------GCAA--CCGAC--T-GTGGG-GTTCCTAC
gi|9                          :       catacatcgtcggatttgcacttcttttaccctttTCATCGGAAACCC--A----------------CGGTACTGG-------------GT--------------A-----GCTTAATTCCACTTCTTTTGGT-GCAACCG-----ACA-GTGGGTTTCCG--AT--GAa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GTAACATACATCGTCGGATTTGCACTTCTTTTCACCTTTACTAGTAACAGAAGTTGCAACGACTG