lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111 11111
lowQualScore : 11 4444444444444444 11111 555555555555555555555555555555555555555 999999999999999999999 333333 333333333333333333333333333 1111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777777777 333333333 111 111 333333333333333333333333333333333333333 1111 000000000000000000000000000000 2 1 1 44444444444444444444444 111 3333 777777777777777777777777 1 555555555555 00000
lowQualScore : 33 55 9999 0000000000000000 777 00000 888888888888888888888888888888888888888 8888 3 999999999999999999999 999 555 2 2 444444 33 2 66666 2 2 2 111111111111111111111111111 2222222222 2 555 0 555 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 6 3 8 0 333333333 1 1 444444444 000 88888 66 5 666 3 666 000000000000000000000000000000000000000 8888 8888 3 333333333333333333333333333333 5 5 6 1 77 0 5 0 11111111111111111111111 555 4444 7 999999999999999999999999 2 6 2 444444444444 00000 6
lowQualScore : .. .. .... ................ ... ..... ....................................... .... . ..................... ... ... . . ...... .. . ..... . . . ........................... .......... . ... . ... . ............................................................................................................................. . . . . . ......... . . ......... ... ..... .. . ... . ... ....................................... .... .... . .............................. . . . . .. . . . ....................... ... .... . ........................ . . . ............ ..... .
lowQualScore : 77 77 4444 4444444444444444 000 00000 777777777777777777777777777777777777777 5555 9 888888888888888888888 999 000 9 9 111111 77 7 77777 7 7 7 222222222222222222222222222 5555555555 8 444 2 444 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 0 2 0 8 222222222 0 0 888888888 555 88888 00 0 777 6 444 888888888888888888888888888888888888888 5555 0000 6 111111111111111111111111111111 0 0 5 2 22 0 0 2 00000000000000000000000 000 8888 3 777777777777777777777777 0 7 5 000000000000 00000 0
consensus : TTGCCATATG-GCGGGTGCCC----TAT---AGT----A----CT---C-----TGTCT--------AT-------------CC-----G--------T----CTGTCAGCACTTTCT-ATAGCATGTAC-CA--CAATAACTTAAG---TTTCC-T-T---G--A--AGAT-TTTC-----ATA-AA-T-TTT------------ATAC-AT--A-----AT----------ACTTGGAT---TAGGC---AGAGANAGA--C--C---C--TTT--GATTTTCA-G-----ATTCG-T-G-C-T--TA--TTTNC--A-AGTTATGGGACT-T-G-AATT-TTT---TG---ATATT-AT---AAG--A-NAATAGCAC-TTT-TATGGNA-CACGATAACTTGAGATT------ACTTGAGAAGATTTTC-NNAGAATTTT-ANAGGTAAT-GCTTGGATTCCT-ATAGTAATCA-CT---CTG--------TC-----CGT----C----------------CGTC----AGCA-CT-TCTCTATGAC-CGCGAAT-AT--------T--AG-TTAG-GT-TTCCTCGGGAAGANT-TTC-ATAAAT---T-TTCAT-ACGTA--A---TACTTGAATT-CGGCAGATTTTCAGATTTGTC-CGGGG-CCCTC----TCT-TGACTTGTCAGTTTTNTAANCCNAAACCGTGTT-TTTGCAG-----GGGTTAA
Reference ( gi|1 ) : TTGCCATATT-GCAGGTGCCC----TA----AGT----A----CT---C-----TGTCT--------AT-------------CT-----G--------T----CTGTTAGCACTTTTC-ACAACATGTAC-CAGGTAATAACTTAAG---TTTCC-T-T---A--A--AGAT-TTTC-----ATA-AA-T-TTT------------ATCC-AC--A-----AT----------ACTTGGAT---TAGGC---AGAGATAGG--C--C---C--TTT--GATTTCCA-G-----ATTTA-TAGGCAT--TA--TTTCC--A-AGTTATGGCACT-T-G-AATTCTTT---TG---ATATTGAT---AAG--A-AAATGGTAT-TTT-TGTGGCA-CACAATAACTTGAGATTAA----AATTAAAAAGATTTTC-TGGGAA--TT-AAAGGTAAT-GCTTGGACTCCT-ATCGCAATCA-CT---CTG--------TC-----TGT----C----------------TGTC----AGCA-CTGTCTCTATGACTTGTGAAT-AT--------T--AG-TTAG-GT-TTCCTCAGCAAGAAT-TTC-ATGAAT---T-TTCGA-ATGTA--A---TACTTGGGTT-TGACAGATTTTCAGATTTATCGTGGGG-CCCTT----TTTCTGACTTGTCAGTTTTGTAACTTA----CATATTATTTGCAGCTCCAGAGTTAA
gi|2 : TTGCAATATG-GCGGGTACAC----CAC---AGT----A----AT---C-----TGTCT--------GT-------------TC-----A--------T----CCATCAGCATTTTCT-ATGGCATGTG--------ATAACTTAAG---TTTCT-T-T---GGGA--GGAT-TCTC-----ATA-A--T-TTT------------ATAC-AT--ATTACCGT----------ACTTGGAT---TCAGC---AGA-AGAGGACC--C---C--TTT--CAATGC----------TTTG-T------------TTTAC--AGAGTTATGGGACT-T-G-GA--------------AT----AC---AAG--CTAAATCAT-C-TTT-TATTGCA-CATCATAACTTGAAATT
gi|7 : tgttaggatGCCATATT-GCCTGTGTCC----TAT---AGTATTCA----TT---C-----TGTCTGTCA----GT-------------CT-----GTCTCTCCTT----CTGTCAACACTTTCT-ATAAC----AC-AAAATAATGA---GAG---TTTCC-T-TGG-G--A--ATAT-TTTC-----ATA-AA-A-TTC------------ATAC-AC--A-----AT----------ACTTCAAT---AAGAC---AAAGGAAGA--C--C---CCTTTT--GATTTTCA-G-----ACTCA-TTAGCTT--TG--TTgcttgagacacatcctatagtacatgtaatttgtccatccctgctcagtactttctgtagcatgcaatgtttcactcatttggaattgggcagaaggttcctttctattttcagttttattctggggaccctctcagtctctgatttgccaattttctaaatcaaaaccatgttttgcaggggttaa
gi|6 : cccaGCCATATTTGCCTGTGTCC----TAT---AGT----A----TT---CATTTCTGTCT--------GTCAGTCCGTCTCTCCT-----T--------T----CTGTCAACACTTTCCTATAACA------CAA--AATAATTGAAGAGTTTTCC-T-T---G--G--GAATATTTC-----ATA-AA---TTC------------ATAC-AC--A-----AT----------ACTTCAAT---AAGACAAAAGAGAC-----C--C---C--TTT--GATTTTCAGG-----ACTCATTAGTC----TA--TTTTC--A-at
gi|12 : CCATATG-GTAAGTACCC----TGTAGTAGTC---A----CT---C-----CGTCT--------AT-----------------------------T----CT------ACTTTCT-ATGGCAC--AC------AATAAC--AAG---TTTCT-C-G---AT-A--AGAT-TTTC-----AAA-AA-T-TTT------------ACAC-AT--G-----ATACATACATGCACTTTGAT---TAGGC---AGA-ATA----C--CT--C--TTT--Ggat
gi|15 : ccaCCACATG-GCAGGTTCCCATAGTA----ATC----A----CT---C-----TGTCA--------AT-------------CC-----A--------T----TGGTC--CATCTGTC-AGATCATTTGA-CATGCTATAGTCTCAG---TATTT-T-A---G--A--AGGT-TTTC-----ATA-GATT-TTT------------ATTC-AT--A-----AT----------Agat
gi|19 : ttttttagagtgccaCCATAAG-GTGAGTGCCC----CAT---AGT----AATCACTTGTC-----TGTCC--------AT-------------CT-----G--------T----CTGTTAGCACTa
gi|4 : ttgttggggctgcaGGTGCCC----TAT---AGT----AATCACT---T-----TGTCTGTTG----AT-------------CT-----G--------T----CTGTCAGCACTTTT------CATGT---CATGCAATGATTTAAG---TTTCC-T-TGG-A--A--AGA--TGTC-----ATA-AA-TATAC------------ATGT-AT--G-----AT----------AATTGAAT---TATGC---AGAGGGAGATTC--C---T--TTT--GATTGTCA-G-----TTTTT-TCACCTTTGTA--TTTGTGGG-AGTTGTGGGACT-T-GCAATgtaa
gi|3 : ttagagttccgccatggttCC----TAT---AGA----A----AT---C-----TGTCT--------AT-------------CTTTCTTG--------TACACCTGTCGGCACTTTCT-ACA----GTAC-------ATTA--TAAG---TTCCT-T-T---G--G--GAAT-ATTT-----ATA-AA-T-T-----------------------A-----AT-------------------------C---AGAGGAAGA--C--C---C--CTTTAGGTTTTCA-G-----ATTTG-Tggcttgagattttcattgaacttttaaaattaattctcaaactcgtatagtaat
gi|17 : cattggaatttttaaatgaatataagtgaaaagcactttctataggatgcagtaacttgagattacttgagaagactttcatggaattttataggtaatgctttgattC----TA----ACC----A----CT---C-----TGTCCGTCCTTCCAT-------------CC-----G--------T----CTCTCAGCA-TTTTC-A----ATGTACACA--CAGTAACT-AGG---TTTTC-T-TCA-G--A--AGAT-TTTT-----ATA-AA-T-TTT------------ATcacagggttctttatgacttgtatgttttgtagtt
gi|11 : ga----A----CT---C-----TGTCT--------GT-------------CT-----G--------T----CTGTTAGCACTTCC----------TAT-CA-----TAGATTAAG---TTTCC-T-C---AGAA--AGAT-TTGCTGTAAATA-TA-T-TTT------------ATAC-AT--A-----AT----------ACTTGAAT---TAAAC---AGAGA-AGG--A--C---C--T-----ATTTTCA-
gi|3 : tatagtcatcAGCACTTTCT-ATAGGATG----CAG----TAACTTGAG---ATTAC-T-T---G--AGAAGAC-TTTC-----ATGGAA-T-TTT------------ATAG-GT--A-----AT----------GCTTTGATTCCTA--T---AGAAATCTG--T--CTATC--TTT----CTTGTA-C-----ACCTG-TCGGCAC------TTTCT--ACAGT----ACATTAT-A-AGTTCCTT---TGGGAATATTTAT---AAttctttgtcatcacagaagttat
gi|10 : cattggaatttttaaatgaatataagtgaaaCACTCTCT-AAGGCATG-----AGATGGTA---TAAG---TTTCTATAT---A--A--AGAT-TTTC-----GTT-AA-T-TTTTTTTTTTTACATATTTGAA--A-----AT----------ACTTAGAT---TAGAC---AAAGAAAGA--CCAC---C--TTT--GATTTTCA-G-----CTTTG-T---C--------TTTAC--AGACTTATGGGACT-TAG-GATTattaatcagaggaagacccctttaggttttcagatttgtcacagggttctttatgacttgtatgttttgtagtt
gi|14 : aTGATAACTTGCG---TTTCC-T-TGGGG--A--AAAT-TTTC-----TTA-AT-T-TTT------------AT---AT--T-----AT----------ACCTGGAT---TAGGT---Atgtatactgtaa
gi|16 : caggaatttctaaggcattAAG---TTTTT-T-TTGGG--A--AGAT-TTTC-----ACA-CA-T-TTT------------ATAC-TT--A-----AT----------ACTTGAAT---GAGGT---GGAGGAAAA--CATC---A--TTA--GA--TCAA-GATTGCATTTA-TTGGCTT--TGTCTTTAC--AGAGTTATagcaaaaacttaacattggttttgtatttacgaagattatggtctactaggaatac
gi|9 : agcactttctatcactatagG---CTTCC-T-T---C------GAC-TTGG-----AAA-GA-T-TTT--------------TC-ACTTA-----AT----------AGTTGTAT---TAGGC---AAGGAGAGAT-C--C---C--TTT----CTT--G-G-----CTTTG-T--------TA--TTGCA--G-AGTTATGGGACT-TAG-AATTC----------------------AAG--A-CAATAGCAT-TTT-TATGGGA-CATGATAACT
gi|5 : agcattttctatgataacggtg--A--AGAT-TTTC-----ATA-AA-T---------------------AC--C-----AT---------------GAT---TAGAT---AGAAAAAAG--T--C---C-------G---TC---------ATTCA-CAG-------------------AGTTATTGGACT-T-G-AGTA--TT---TG---ATATTGTTTTAAAG--A-GAAAAACTT-TCT-TAAGATAACATAATA----GAGATTGC----A-TGAAAAAGATTTTC-AAAGAATTTT-CCAGATAATGGCTTTGATTCCT-ATC-TAACCACCT---CTG---------C-----CAT----T----------------TGTT----AACA----TTCCTATAGCTCACAATT-AC--------T--CG---AG-TT-TTCCTC----GGAATATTT-ATAAAT---C-Taaaagtttctgtggg
gi|13 : CAT--TA--T------A-AGTTA-AGTTTT-T-G-AAGTGTTT----G---ATATCAGT---AAG--A-TGATGGCACATTC-TATGGCA-TACATTAAATTGGGGT--ATGTTACTTGAGAAGATTTTC-TTAGAA--TTCAAAGG--------TGGTCCCCTGATTAGGATCA-CT---C
gi|3 : tttaCATT-G-G-AATT-TTTAAATG---A-AT--AT---AAGTGA-AAA--GCAC-TTTCTATAGGA-TGCAGTAACTTGAGATT------ACTTGAGAAGACTTTC-ATGGAATTTT-ATAGGTAAT-GCTTTGATTCCT-ATAGAAATCT-GT---CTA--------TCTTTCTTGTACACC----------------TGTC----GGCA-CTTTCTACA------GT--AC-AT--------T--A---TAA-GT-TCCTTTGG---GAATATTT-ATAAAT---TAATCAG-A-GGA--A---GACCC--CTT-T---AGGTTTTCAGATTTGTCACAGGG-TTC------TTTATGACTTGTATGTTTTGTA
gi|18 : AGATTTTCATATGAT--TT-AAAGGCATT-GCTCGTATTCCT-ATTATAATTA-CT---GTT--------TC-----TGT----C----------------CATT----AGCA-CAGTTTgtt
gi|4 : AT-GGTTGGTGCCCT-ATAGTAATCA-CT---TTGTCTGTTGATC-----TGT----C----------------TGTC----AGCA-CT-TTTC-ATG--TCATGCA--AT--------G--AT-TTAA-GT-TTCCTTGGAAAG-AT-GTC-ATAAAT---A-TAC---ATGTATGA---TAATTGAATTATG-CAGA--GGGAGATT------------CCTT----T---TGA-TTGTCAGTTTTTTCACCTT----TGTATTaatttagaatat
gi|7 : ttagagttccgccTCCT-ATAGTATTCA-TT---CTG--------TC-----TGT----CAGTCTGTCTCTCCTTCTGTC----AACA-C--TTTCTATAAC--ACAAA--A---------T--AA-TGAGAGT-TTCCTTGGGAATATT-TTC-ATAAA----A-TTCAT-ACACA--A---TACTTtgtgggagttgtgggacttgcaatggcttgagattttcattgaacttttaaaattaattctcaaactcgtatagtaat
gi|19 : cccagccatattgcctgtgCCC-ATAGTAATCA-CTTGTCTG--------TCCATC-TGT----C----------------TGTT----AGCA-CTGTcaataagacaaaggaagaccccttttgattttcagactcattagctttgttat
gi|11 : ttgttggggctgcaccataaggtgagtgcT-ATAGTCATCA-CT---CTG--------TC-----TGT----C----------------TGTCTGTTAGCA-CT-TC-CTATCA--------------------T--AGATTAA-GT-TTCCTCAGAAAGATT-TGCTGTAAATATAT-TTTAT-ACATA--A---TACTTGAATT-AAACAGAaa
gi|2 : GTAATCT-GT---CTG--------TT-----CAT----C----------------CATC----AGCA-TT--TTCTATGGCATGTGA-T-A------------AC-TTAA-GT-TTCTTTGGGAGGATT-CTC-AT-AAT---T-TTATACATATT--ACCGTACTTGGATT-CAGCAGAgaaggacctattttcattctttgtcatcacagaagttat
gi|17 : tgttaggatttgcaatatggcgggtacaccacaAACCA-CT---CTG--------TC-----CGT----C----------------CTTC------CATCCGTCTCTCAGCATTTTCAAT-GTACACACAGT--AA-CTAG-GTTTTCTTCAG-AAGATT-TTT-ATAAAT---T-TTagaggacccctttcaatgctttgttttacagagttatgggacttggaatacaagctaaatcatcttttattgcacatcataacttgaaattgcttgagacacatcctatagtacatgtaatttgtccatccctgctcagtactttctgtagcatgcaatgtttcactcatttggaattgggcagaaggttcctttctattttcagttttattctggggaccctctcagtctctgatttgccaattttctaaatcaaaaccatgttttgcaggggttaa
gi|6 : gact-CT---CT---------CC-----TTT----C----------------TGTC----AACA-CTTTC-CTATAACACA-AAATAAT--------TGAAG---AG-TT-TTCCTTGGGAAT-AT-TTC-ATAAA------TTCAT-ACACA--A---TACTTat
gi|2 : gccatatttgcctgtgtcctatagtattcatttctgtctgtcagtccgtATTTTCAGTTTTATTCTGGGGACCCTCTCAGTCTCTGATTTGCCAATTTTCTAAATCAAAACCATGT--TTTGCAG-----GGGTTAAcaataagacaaaagagacccctttgattttcaggactcattagtctattttcagat
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ATAGCGAGGTTGCCCCTATAGTAAATCTTCACTCTGTCCATCATCGCATTTTCTATAGAGTAACGGTGGCCTCGTCCTTCGACTTTGGAAAGATTTTTCACTTAATAGTTGAGATTAGCAAGGAGAATCCCTTTCTTGGCTGTTGTTATATGCCGAGTTATGGGACTTAGAATTCAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTCTTGGGTTTGTTGTTGCAGAGTTATGGGACTTAGAATT
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555555555 1111 1111111111 555555555555 2222222222 1111111 1111111111 5555555555555555555555555555555555555555555 22 1 33333333333333333333 111 1 1111111 11 111 44444444444444444444444444 1111 11 55555555 11 1 22 1 333 55555555 4444 55555555 22222222 2 1 55555
lowQualScore : 66 55 66 4 8888 99999999999999999999999999999 5555 6666666666 3 44 2 2 0 55 000000000000 888 555 2 2 7777777777 2 66666 2 2 2 777777 6666666 2222222222 3 2 5555555555555555555555555555555555555555555 3 1 4 11 4 3 4 77777777777777777777 1 7 111 6 1 3 0 0 8888888 6 9999 88 1 6 5 5 2 5 000 22222222222222222222222222 4444 1 8 88 00000000 0 99 2 2 1 22 0 000 3 3 44444444 0 0000 6 66666666 1 99999999 6 0 5 00000
lowQualScore : .. .. .. . .... ............................. .... .......... . .. . . . .. ............ ... ... . . .......... . ..... . . . ...... ....... .......... . . ........................................... . . . .. . . . .................... . . ... . . . . . ....... . .... .. . . . . . . ... .......................... .... . . .. ........ . .. . . . .. . ... . . ........ . .... . ........ . ........ . . . .....
lowQualScore : 44 66 99 0 5555 99999999999999999999999999999 5555 5555555555 6 22 9 9 1 77 999999999999 444 000 9 9 7777777777 7 77777 7 7 7 777777 4444444 5555555555 1 1 0000000000000000000000000000000000000000000 6 0 0 55 4 3 4 55555555555555555555 0 8 333 7 0 7 5 7 3333333 7 0000 00 0 7 2 1 2 7 000 55555555555555555555555555 2222 0 0 22 88888888 8 55 8 5 0 00 0 000 0 0 00000000 7 3333 7 77777777 0 55555555 0 0 5 00000
consensus : TTGCCATATG-GCGGG--TGCCC-TATAGT----A----C------TC----------------TGTCT----ATCCG---------TCTG-TCA--GCA-CTTT-CTATAGCATGT---CA--CGATAACTTAAG---TTTCC-T-T---G---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-TTT-TAT------ACATA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGAAAGA--C--C-C--TTTGATTTTC-A--GNTTCGT--G--C-TT---AT-TTAC-AG-AG-TTATGGGACTT-G-AATT-TTT-GAT-ATT-A-T----AAGANAATAGCA-C-TTT-TATGGCACACGATAACTTGAGAT----T--GCTTGAGAA-GATTTTCATA-GAA-TTTTAAAGGTAAT-GCTCGGATTCCTATAGTAATCA-C---TCTGTC---------C----GTCC--------GTC----AGCACT-TCTCTATGNCTCGCGAACATTAGCTAGGTTTCCTCGGGAANATTTTCATAAATT-TTCGGATGNAANACCCGGNTTTGACAGATTTTCAGATTTATCGC--GGGGCCCTCTT-----T-TGACTTGTCAGTTTTGTAAACCNAAACCATGTTATTTGCAGCTCCAGGGTTAA
Reference ( family-2977 ) : TTGCCATATG-GCGGG--TGCCC-TATAGT----A----C------TC----------------TGTCT----ATCCG---------TCTG-TCA--GCA-CTTT-CTATAGCATGTAC-CA--CAATAACTTAAG---TTTCC-T-T---G---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-TTT-TAT------ACATA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGANAGA--C--C-C--TTTGATTTTC-A--GATTCGT--G--C-TT---AT-TTNC-A--AG-TTATGGGACTT-G-AATT-TTTTGAT-ATT-A-T----AAGANAATAGCA-C-TTT-TATGGNACACGATAACTTGAGAT----T--ACTTGAGAA-GATTTTCNNA-GAA-TTTTANAGGTAAT-GCTTGGATTCCTATAGTAATCA-C---TCTGTC---------C----GTCC--------GTC----AGCACT-TCTCTATGAC-CGCGAATATTAGTTAGGTTTCCTCGGGAAGANTTTCATAAATT-TTCATACGTAATACTTGAATTCGGCAGATTTTCAGATTTGTC-C--GGGGCCCTCTC-----T-TGACTTGTCAGTTTTNTAANCCNAAACCGTGTT-TTTGCAG-----GGGTTAA
gi|1 : TTGCCATATT-GCAGG--TGCCC-TA-AGT----A----C------TC----------------TGTCT----ATCTG---------TCTG-TTA--GCA-CTTT-TCACAACATGTAC-CAGGTAATAACTTAAG---TTTCC-T-T---A---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-TTT-TAT------CCACA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGATAGG--C--C-C--TTTGATTTCC-A--GATTTATAGG--CATT---AT-TTCC-A--AG-TTATGGCACTT-G-AATTCTTTTGAT-ATTGA-T----AAGAAAATGGTA-T-TTT-TGTGGCACACAATAACTTGAGAT----TAAAATTAAAAA-GATTTTCTGG-GAA---TTAAAGGTAAT-GCTTGGACTCCTATCGCAATCA-C---TCTGTC---------T----GTCT--------GTC----AGCACTGTCTCTATGACTTGTGAATATTAGTTAGGTTTCCTCAGCAAGAATTTCATGAATT-TTCGAATGTAATACTTGGGTTTGACAGATTTTCAGATTTATCGT--GGGGCCCTTTT-----TCTGACTTGTCAGTTTTGTAA-CTTA---CATATTATTTGCAGCTCCAGAGTTAA
gi|10 : CA-CTCT-CTAAGGCATGAG---A--TGGTA---TAAG---TTTCTATAT---A---A--AGAT-TTTC-----GTTA-A-TTT-TTTTTTTTTACATATTTGAAAAT----------ACTTA-GATTAGACAAAGAAAGA--CCAC-C--TTTGATTTTC-A--GCTTTGT-----C-------T-TTAC-AG-AC-TTATGGGACTTAG-GATT-TGT--AT-ACT-G-T----AA
gi|11 : a-TATAGTCATCA----C------TC----------------TGTCT----GTCTG---------TCTG-TTA--GCA-CTTC-CTAT--------------CA-TAGATTAAG---TTTCC-T-C---AGA-A--AGAT-TTGCTGTAAATAT-A-TTT-TAT------ACATA-------AT----------ACTTG-AATTAAACAGAGAAGGA--C--C-T------ATTTTC-A--
gi|12 : CCATATG-GTAAG--TACCC-TGTAGT----AGTCAC------TC----------------CGTCT----AT------------TCT---------A-CTTT-CTATGGCA------CA--CAATAAC--AAG---TTTC--T-C---G---ATAAGAT-TTTC-----AAAA-A-TTT-TAC------ACATG-------ATACATACATGCACTTT-GATTAGGCAGA---ATA--C--CTC--TTTGttctttgtcatcacagaagttat
gi|13 : cca-TTAT-A--AG-TTA-AGTTTTT-G-AAGT-GTTTGAT-ATC-AGT----AAGATGATGGCA-CATTC-TATGGCATACATTAAATTGGGGTATGTT--ACTTGAGAA-GATTTTCTTA-GAA--TTCAAAGGTGGT-CCCCTGAT-----TAG-GATCA-C---TCgat
gi|14 : tttacaCA--GGA-ATTT-CTAAGGCATTTG--------ATAACTTGCG---TTTCC-T-T---GGGGA--AAAT-TTTC-----TTAA-T-TTT-TAT------A--TT-------AT----------ACCTG-GATTAGGTAAGCAAAAA--C--------TTAACATT-----GGTTT-T--G-----T---AT-TTACGA--AGATTATGG
gi|15 : CCACATG-GCAGG--TTCCC--ATAGT----AATCAC------TC----------------TGTCA----ATCCA---------TTGG-TC----CATCTGT-C-AGATCATTTGA-CATGCTATAGTCTCAG---TATTT-T-A---G---A--AGGT-TTTC-----ATAG-ATTTT-TAT------TCATA-------AT----------Atctactaggaatac
gi|16 : ttttttagagtgccaA--GCA-CTTT-CTAT----------CA--CTATAG---AAG---TTTTT-T-TTGGG---A--AGAT-TTTC-----ACAC-A-TTT-TAT------ACTTA-------AT----------ACTTG-AATGAGGTGGAGGAAAA--CATC-A--TTAGA---TCAA--GATT-GC--A--T-TT---AT-Ta
gi|17 : TAACCA-C---TCTGTC---------C----GTCCTTCCATCCGTCTCTCAGCATT-T-TCAATGTA-CAC--ACAGTAACTAGGTTTTCTTCAGAAGATTTTTATAAATT-TTggctttgtctttacagagttat
gi|17 : gacTCC----ATCCG---------TCTC-TCA--GCA-TTTT-C---A--ATGTACACA--CAGTAACT-AGG---TTTTC-T-TCA-G---A--AGAT-TTTT-----ATAA-A-TTT-TAT------at
gi|18 : gactaaccactctgtccgtcctA-GATTTTCATATGA---TTTAAAGGCATT-GCTCGTATTCCTATTATAATTA-C---TGTTTC---------T----GTCC--------ATT----AGCAC
gi|19 : CCCATAGTAATCA-CTTGTCTGTC---------CATCTGTCT--------GTT----AGCACT-agtttaatttagaatat
gi|2 : ttgttggggctgcaccataaggtgagtgcTTGCAATATG-GCGGG--TACAC-CACAGT----A----A------TC----------------TGTCT----GTTCA---------TCCA-TCA--GCA-TTTT-CTATGGCATGT--------GATAACTTAAG---TTTCT-T-TGG-G---A--GGAT-TCTC-----AT-A-A-TTT-TAT------ACATATTACC--GT----------ACTTG-GATTCAGCAGAAGAGGA--C--C-C-------CTTTC-AATGCTTTGT-------------T-TTAC-AG-AG-TTATGGGACTT-G-GA--------A----T-A-C----AAGCTAA-ATCATC-TTT-TATTGCACATCATAACTTGAAAT----T--GCTTGAGAgtaa
gi|2 : tgttaggatCC-TATAGT----A----CATGTAATT----------------TGTCC----ATCC-----------CTGCTCA--GTA-CTTT-CTGTAGCATGCAcacatcctatagtacatgtaatttgtccatccctgctcagtactttctgtagcatgcaatgtttcactcatttggaattgggcagaaggttcctttctattttcagttttattctggggaccctctcagtctctgatttgccaattttctaaatcaaaaccatgttttgcaggggttaa
gi|2 : tgttaggatttgcaatatggcgggtacaccacagtaatctgtctgttcatccatcagcattttctatggcatgtgataacttaagtttctttgggaggattctcataattttatacatattaccgtacttggattcagcagaagaggacccctttcaatgctttgttttacagagttatgggacttggaatacaagctaaatcatcttttattgcacatcataacttgaaattgcttgagacacatATTTTCAGTTTTATT-CTGGGGACCCTCTCAGTCTC-TGATTTGCCAATTTTCTAAATCAAAACCATGTT-TT-GCAG-----GGGTTAAatgtttcactcatttggaattgggcagaaggttcctttctattttcagttttattctggggaccctctcagtctctgatttgccaattttctaaatcaaaaccatgttttgcaggggttaa
gi|3 : tgttaggatttgcaatatggcgggtacaccacagtaatctgtctgttcatccatcagcattttctatggcatgtgataacttaagtttctttgggaggattctcataattttatacatattaccgtacttggattcagcagaagaggacccctttcaatgctttgttttacagagttatgggacttggaatacaagctaaatcatcttttattgcacatcataacttgaaattgcttgagacacatcctatagtacatgtaatttgtccatccctgctcagtactttctgtagcatgcaatgtttcactcatttggaattgggcagaaggttcctttct-G-AATT-TTTAAATGAAT-A-T----AAGTGAAAAGCA-C-TTTCTATAGGATGCAGTAACTTGAGAT----T--ACTTGAGAA-GACTTTCATG-GAA-TTTTATAGGTAAT-GCTTTGATTCCTATAGAAATCT-G---TCTATCTTTCTTGTAC----ACCT--------GTC----GGCACT-T-TCTACA------GTACATTA--TAAGTTCCTTTGGGAATATTT--ATAAATTAATCAGA-GGAAGACCC--CTT---TAGGTTTTCAGATTTGTCAC--AGGG--TTCTT-----TATGACTTGTATGTTTTGTA
gi|4 : cattgATG-GTTGG--TGCCC-TATAGT----AATCAC------TT----------------TGTCTGTTGATCTG---------TCTG-TCA--GCA-CTTT-TCATGTCATG--------CAATGATTTAAG---TTTCC-T-T---GGA-A--AGAT-GT-C-----ATAA-A-TATACAT------GTATG-------AT----------AATTG-AATTATGCAGAGGGAGATTC--C-T--TTTGATTGTC-A--GTTTTTT--CACC-TTTGTAT-TTGT-GGGAG-TTGTGGGACTT-GCAATG-GCTTGAG-ATT-gtt
gi|4 : ttagagttccgccACTTGCAAT----G--GCTTGAGA----TTTTCATT-GAACTTTTAAAATTAAT-TCTCAAACTCGTATAGTAATttcattgaacttttaaaattaattctcaaactcgtatagtaat
gi|5 : ttagagttccgccatggttggtgccctatagtaatcactttgtctgttgatctgtctgtcagcacttttcatgtcatgcaatgatttaagtttccttggaaagatgtcataaatatacatgtatgataattgaattatgcagagggagattccttttgattgtcagttttttcacctttgtatttgtgggagttgtggg---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T----AC-------CAT--------------------------GATTAGATAGAAAAA-----------------------A--G-TCCGT--------C---AT-TCAC-AG-AG-TTATTGGACTT-G-AGTA-TTT-GAT-ATT-G-TTTTAAAGAGAAAAACT-T-TCT-TAAGATA-AC-ATAA-TAGAGAT----T--GCATGAAAAAGATTTTCAAA-GAA-TTTTCCAGATAATGGCTTTGATTCCTAT-CTAACCACC---TCTG-C---------C----ATTT--------GTT----AACA-T-TC-CTATAGCTCACAATTACTCG--AGTTTTCCTC-GGAATATTT--ATAAATC-T
gi|6 : GCCATATTTGCCTG--TGTCC-TATAGT----A----T------TCATTTC-----------TGTCTGTCAGTCCGTCTCTCCTTTCTG-TCA--ACA-CTTTCCTATAACA------CA--AAATAATTGAAGAGTTTTCC-T-T---G---G--GAATATTTC-----ATAA-A--TT-CAT------ACACA-------AT----------ACTTC-AATAAGACA-AAAGAGAC-C--C-C--TTTGATTTTC-AG-GACTCATTAG--T-CT---AT-TTTC-A--
gi|7 : GCCATATT-GCCTG--TGTCC-TATAGT----A----T------TCATTCTGTCTGTCAGTCTGTCT----CTCCT---------TCTG-TCA--ACA-CTTT-CTATAACA------CA--AAATAATGAGAG---TTTCC-T-T---GGG-A--ATAT-TTTC-----ATAA-A-ATT-CAT------ACACA-------AT----------ACTTC-AATAAGACAAAGGAAGA--C--C-CCTTTTGATTTTC-A--GACTCATTAG--C-TT---gat
gi|8 : cccaATA-GCGAGGTTGCCCCTATAGT----A----AA-----TC----------------T-TCA----CTCTG---------TCCA-TCATCGCA-TTTT-CTATAG-A-GTA---A--CGGTGGCCTCG------TCC-T-T---C-------GAC-TTTG-----GAAAGA-TTT-TTC------ACTTA-------AT----------AGTTGAGATTAG-CAAGGAGAAT--C--C-C--TTT---CTT-----GGCTGTT--G----TT---ATATGCC-G--AG-TTATGGGACTTAG-AATT-tgttat
gi|9 : AGCATTTTC-TA--TGATAACGGTGG---CTTCC-T-T---C-------GAC-TTGG-----AAAG-A-TTT-TTC------ACTTA-------AT----------AGTTG-TATTAGGCAAGGAGAGA--T--C-C--CTT---TCTT-G--GCTTTGT--------T---AT-T-GC-AG-AG-TTATGGGACTTAG-AATT-C------------------AAGACAATAGCA-T-TTT-TATGGGACATGATAACTcaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTCTTGGGTTTGTTGTTGCAGAGTTATGGGACTTAGAATT
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555555555 222222222222222222222222222 555555555555555 111 2222222222 1111111 1111111111 666666666666666666666666666666666666666666666 1 333333333333333333333333 111 1 1111 11111 33333333333333333333333333 1111 22 666666666 11111 1 22 11 1 333333333 22 44444444 222 11 22222
lowQualScore : 66 55 66 4 55555555555555555555555555555 333333333333333333333333333 0 44 33 2 333333333333333 000 555 2 2 7777777777 2 66666 2 2 2 777777 6666666 2222222222 3 333333333333333333333333333333333333333333333 0 3 3 3 6 4 666666666666666666666666 1 7 111 6 1 3 0 0 4444 99 6 77 99 6 5 3 1 4 4 00000 99999999999999999999999999 5 2222 6 00 333333333 0 88888 8 8 3 88 44 2 1 1 0 777777777 44 00 77777777 7 1 111 88 66666
lowQualScore : .. .. .. . ............................. ........................... . .. .. . ............... ... ... . . .......... . ..... . . . ...... ....... .......... . ............................................. . . . . . . ........................ . . ... . . . . . .... .. . .. .. . . . . . . ..... .......................... . .... . .. ......... . ..... . . . .. .. . . . . ......... .. .. ........ . . ... .. .....
lowQualScore : 44 66 99 4 77777777777777777777777777777 555555555555555555555555555 7 22 99 9 777777777777777 111 000 9 9 5555555555 7 77777 7 7 7 777777 4444444 5555555555 1 222222222222222222222222222222222222222222222 2 3 3 6 0 0 222222222222222222222222 0 8 333 7 0 7 5 7 2222 22 7 00 88 7 2 4 0 4 4 00000 66666666666666666666666666 7 1111 7 88 444444444 8 66666 0 2 8 66 00 3 0 0 7 777777777 33 00 00000000 3 0 000 55 00000
consensus : TTGCCATATG-GCGGG--TGCCC-TATAGT----A----C-TC----------------TGTCT----ATCCG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-CTATGGCATG---CACG--ATAACTTAAG---TTTCC-T-T---G---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGAAAGA--C--C-C--TTTGAT-----TTTCA--GCT-TCGT---C-T---TATTTAC-AG-AG-TTATGGGACTTAG-AAT-T--TTTGATAT---T-A-T----AAGANAATAGCA-C-TTT-TATGGCACACGATAACTTGAGAT----TGC--TTG-AGAAGATTTTCATA-GAA-TTTTAAAGGTAAT-GCTCGGATTCCTATAGTA-AT-CA-C---TCTGTC---------C----GTCC--------G-TC----AGCACT-TCTCTATG-CT-ACGNACATTAGCT--AGGTTTC-CTC-GGAANATTTT-ATAAATT-TTCGGACGGAAGACTC--NTTT---AGATTTTCAGATTTATCGCGGGG-CCCTCT-----TT-TGACTTGTCAGTTTTGTAAACCNAAACCATGTTATTTGCAGCTCCAGGGTTAA
Reference ( family-2977 ) : TTGCCATATG-GCGGG--TGCCC-TATAGT----A----C-TC----------------TGTCT----ATCCG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-CTATAGCATGT--CACG--ATAACTTAAG---TTTCC-T-T---G---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGAAAGA--C--C-C--TTTGAT-----TTTCA--GNT-TCGT--GC-T---TATTTAC-AG-AG-TTATGGGACTT-G-AAT-T--TTTGATAT---T-A-T----AAGANAATAGCA-C-TTT-TATGGCACACGATAACTTGAGAT----TGC--TTG-AGAAGATTTTCATA-GAA-TTTTAAAGGTAAT-GCTCGGATTCCTATAGTA-AT-CA-C---TCTGTC---------C----GTCC--------G-TC----AGCACT-TCTCTATGNCTCGCGAACATTAGCT--AGGTTTC-CTCGGGAANATTTTCATAAATT-TTCGGATGNAANACCCGGNTTTGACAGATTTTCAGATTTATCGCGGGG-CCCTCT-----TT-TGACTTGTCAGTTTTGTAAACCNAAACCATGTTATTTGCAGCTCCAGGGTTAA
gi|1 : TTGCCATATT-GCAGG--TGCCC-TA-AGT----A----C-TC----------------TGTCT----ATCTG---------T--------CTGTTA--G--CACTTT-TCACAACATGTACCAGGTAATAACTTAAG---TTTCC-T-T---A---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------CCACA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGATAGG--C--C-C--TTTGAT-----TTCCA--GAT-TTATAGGCAT---TATTTCC-A--AG-TTATGGCACTT-G-AAT-TCTTTTGATAT---TGA-T----AAGAAAATGGTA-T-TTT-TGTGGCACACAATAACTTGAGAT----TAAAATTA-AAAAGATTTTCTGG-GAA-TT--AAAGGTAAT-GCTTGGACTCCTATCGCA-AT-CA-C---TCTGTC---------T----GTCT--------G-TC----AGCACTGTCTCTATGACTTGTGAATATTAGTT--AGGTTTC-CTCAGCAAGAATTTCATGAATT-TTCGAATGTAATACTTGGGTTTGACAGATTTTCAGATTTATCGTGGGG-CCCTTT-----TTCTGACTTGTCAGTTTTGT-AACTTA---CATATTATTTGCAGCTCCAGAGTTAA
gi|10 : --CACTCT-CTAAGGCATGA--GATG--GTA---TAAG---TTTCTATAT---A---A--AGAT-TTTC-----GTTA-A-T-TTTTTTTTTTTACATATTTGAAAAT----------ACTTA-GATTAGACAAAGAAAGA--CCAC-C--TTTGAT-----TTTCA--GCT-TTGT---C-------TTTAC-AG-AC-TTATGGGACTTAG-GAT-T--TGT-ATAC---T-G-T----AA
gi|11 : a-TATAGTCATCA----C-TC----------------TGTCT----GTCTG---------T--------CTGTTA--G--CACTTC-CTAT--CATA------G--AT----TAAG---TTTCC-T-C---AGA-A--AGAT-TTGCTGTAAATAT-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-AATTAAACAGAGAAGGA--C--C-T------AT-----TTTCA----T-TCTT--TG-T---CA-TCAC-AGAAG-TTAT
gi|12 : CCATATG-GTAAG--TACCC-TGTAGT----AGTCAC-TC----------------CGTCT----AT------------T--------CT----------ACTTT-CTATGGCA-----CACA--ATAAC--AAG---TTTC--T-C---G---ATAAGAT-TTTC-----AAAA-A-T-TTTAC------ACATG-------ATACATACATGCACTTT-GATTAGGCAG---AATA--C--CTC--TTTG
gi|13 : ccaTT-G-AAG-TG-TTTGATAT---C-AGT----AAGATGATGGCA-CATTC-TATGGCATACATTAAATTGGGGTATGTTAC--TTG-AGAAGATTTTCTTA-GAA--TTCAAAGGTGGT-CCCCTGAT-----TAG-G-AT-CA-C---TCgat
gi|14 : tttacattataagttaagtttCA--G--GAATTT-CTAAGGCATTT-----G--ATAACTTGCG---TTTCC-T-T---GGGGA--AAAT-TTTC-----TTAA-T-T-TTTAT------A--TT-------AT----------ACCTG-GATTAGGTAAGCAAAAA--C--------TTAAC-----ATT-G--GTT-TTG----------TATTTAC-GA-AGATTATGG
gi|15 : CCACATG-GCAGG--TTCCC--ATAGT----AATCAC-TC----------------TGTCA----ATCCA---------TTGGTCCATCTGTCA--GATCATTT------GACATG-----CT--ATAGTCTCAG---TATTT-T-A---G---A--AGGT-TTTC-----ATAG-ATT-TTTAT------TCATA-------AT----------Atctactaggaatac
gi|16 : ttttttagagtgccaA--G--CACTTT-CTAT---------CACT--ATAG---AAG---TTTTT-T-TTGGG---A--AGAT-TTTC-----ACAC-A-T-TTTAT------ACTTA-------AT----------ACTTG-AATGAGGTGGAGGAAAA--CATC-A--TTAGATCAAGATTGCA--TTTATTG---GC-TTTGTCTTTAC-AG-AG-TTATa
gi|17 : TA-AC-CA-C---TCTGTC---------C----GTCCTTCCATCCG-TCTCTCAGCATT-T-TCAATGT---ACACACAGTAACT--AGGTTTT-CTTCAGAAGATTTTTATAAATT-TT
gi|17 : gacTCC----ATCCG---------T--------CTCTCA--G--CATTTT-CAAT-GTACA---CACA--GTAACT-AGG---TTTTC-T-TCA-G---A--AGAT-TTTT-----ATAA-A-T-TTTAT------at
gi|18 : gactaaccactctgtccgtcctAGATTTTCATATGA---TTTAAAGGCATT-GCTCGTATTCCTATTATA-AT-TA-C---TGTTTC---------T----GTCC--------A-TT----AGCAC
gi|19 : CCCATAGTA-AT-CA-CTTGTCTGTC---------CATCTGTCT--------G-TT----AGCACT-agtttaatttagaatat
gi|2 : ttgttggggctgcaccataaggtgagtgcTTGCAATATG-GCGGG--TACAC-CACAGT----A----A-TC----------------TGTCT----GTTCA---------T--------CCATCA--G--CATTTT-CTATGGCATGT-----G--ATAACTTAAG---TTTCT-T-T---GGG-A--GGAT-TCTC-----ATAA---T-TTTAT------ACATATTACC--GT----------ACTTG-GATTCAGCAGAAGAGGA--C--C-C--CTT----------TCAATGCT-TTGT-----------TTTAC-AG-AG-TTATGGGACTT-G-GA-----------AT-----A-C----AAGCTAA-ATCATC-TTT-TATTGCACATCATAACTTGAAAT----TGC--TTG-AGAgtaa
gi|2 : tgttaggatTCCTATAGTACATGTA-A---TTTGTC---------C----ATCCCT------GCTC----AGTACT-T-TCTGT--------AGCAT--GCA--ATGTTTCACTC------ATTTG---GAATT----GGGCAGAAGGTTCCTTTCT-----ATTTTCAGTTTTATTCTGGGGACCCTCTCAGTCTC-TGATTTGCCAATTTTCTAAATCAAAACCATGT--TTTGCAG-----GGGTTAAcacatcctatagtacatgtaatttgtccatccctgctcagtactttctgtagcatgcaatgtttcactcatttggaattgggcagaaggttcctttctattttcagttttattctggggaccctctcagtctctgatttgccaattttctaaatcaaaaccatgttttgcaggggttaa
gi|20 : tgttaggatttgcaatatggcgggtacaccacagtaatctgtctgttcatccatcagcattttctatggcatgtgataacttaagtttctttgggaggattctcataattttatacatattaccgtacttggattcagcagaagaggacccctttcaatgctttgttttacagagttatgggacttggaatacaagctaaatcatcttttattgcacatcataacttgaaattgcttgagacacaTTGC-AG-AG-TTATGGGACTTAG-AAT-T--
gi|3 : ttcttgggtttgttg-G-AAT-T--TTTAA-ATGAAT-A-T----AAGTGAAAAGCA-C-TTTCTATAGGATGCAGTAACTTGAGAT----TAC--TTG-AGAAGACTTTCATG-GAA-TTTTATAGGTAAT-GCTTTGATTCCTATAGAA-AT-CT-G---TCTATCTTTCTTGTAC----ACCT--------G-TC----GGCACT-T-TCTACA------GTACATTA--T--AAGTTCC-TTTGGGAATATTT--ATAAATTAATCAGA-GGAAGACCC--CTTT---AGGTTTTCAGATTTGTCACAGGG---TTCT-----TTATGACTTGTATGTTTTGTA
gi|4 : cattgATG-GTTGG--TGCCC-TATAGT----AATCAC-TT----------------TGTCTGTTGATCTG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-TCATGTCATG-----CA--ATGATTTAAG---TTTCC-T-T---GGA-A--AGA--TGTC-----ATAA-A-TATACAT------GTATG-------AT----------AATTG-AATTATGCAGAGGGAGATTC--C-T--TTTGAT-----TGTCA--GTT-TTTTCACC-TTTGTATTTGTGGG-AG-TTGTGGGACTT-GCAATGG--CTTGAGAT---T-gtt
gi|4 : ttagagttccgccACTTGCAAT----GGC--TTG-AGA---TTTTCATT-GAACTTTTAAAATTAAT-TCTCAAACTCGTATAGTA-AT-ttcattgaacttttaaaattaattctcaaactcgtatagtaat
gi|5 : ttagagttccgccatggttggtgccctatagtaatcactttgtctgttgatctgtctgtcagcacttttcatgtcatgcaatgatttaagtttccttggaaagatgtcataaatatacatgtatgataattgaattatgcagagggagattccttttgattgtcagttttttcacctttgtatttgtgggagttgtggg---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T----AC-------CAT--------------------------GATTAGATAGAAAAA---------------------------A--G-T-CCGT---------CATTCAC-AG-AG-TTATTGGACTT-G-AGT-A--TTTGATAT---T-G-TTTTAAAGAGAAAAACT-T-TCT-TAAGATA-AC-ATAA-TAGAGAT----TGC--ATGAAAAAGATTTTCAAA-GAA-TTTTCCAGATAATGGCTTTGATTCCTAT-CTA-AC-CACC---TCTG-C---------C----ATTT--------G-TT----AACA-T-TC-CTATAGCTCACA---ATTA-CTCGAGTTTTC-CTC-GGAATATTT--ATAAATC-T
gi|6 : GCCATATTTGCCTG--TGTCC-TATAGT----A----T-TCATTTC-----------TGTCTGTCAGTCCGTCTCTCCTTT--------CTGTCA--A--CACTTTCCTATAACA-----CAAA--ATAATTGAAGAGTTTTCC-T-T---G---G--GAATATTTC-----ATAA-A---TTCAT------ACACA-------AT----------ACTTC-AATAAGACA-AAAGAGAC-C--C-C--TTTGAT-----TTTCAG-GAC-TCATTAGT-C---TATTTTC-AG-A
gi|7 : GCCATATT-GCCTG--TGTCC-TATAGT----A----T-TCATTCTGTCTGTCAGTCTGTCT----CTCCT---------T--------CTGTCA--A--CACTTT-CTATAACA-----CAAA--ATAATGAGAG---TTTCC-T-T---GGG-A--ATAT-TTTC-----ATAA-A-A-TTCAT------ACACA-------AT----------ACTTC-AATAAGACAAAGGAAGA--C--C-CCTTTTGAT-----TTTCA--GAC-TCATTAGC-T---Tt
gi|8 : cccaATA-GCGAGGTTGCCCCTATAGT----A----AATC----------------T-TCA----CTCTG---------T--------CCATCATCG--CATTTT-CTATAG-A-GT--AACG--GTGGCCTCG------TCC-T-T---C-------GAC-TTTG-----GAAAGA-T-TTTTC------ACTTA-------AT----------AGTTGAGATTAG-CAAGGAGAAT--C--C-C--TTT---------CTTG--GCT---GT--TG-T---TATATGC-CG-AG-TTATGGGACTTAG-AAT-T--tgttat
gi|9 : A--G--CATTTT-CTAT------------G--ATAACGGTGG---CTTCC-T-T---C-------GAC-TTGG-----AAAG-A-T-TTTTC------ACTTA-------AT----------AGTTG-TATTAGGCAAGGAGAGA--T--C-C--CTT--------TCTTG--GCT-TTGT---------TATT-GC-AG-AG-TTATGGGACTTAG-AAT-T--C-------------------AAGACAATAGCA-T-TTT-TATGGGACATGATAACTcaaa
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555555555 222222222222222222222222222 33333333333 2222222222 1111111 1111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444444444444444444444444 111 1 1111111 11 111 11 11111 444444444444444444444444444444444 111 5555555555 11111 22222222222 11 1 111 222 22 44444444 222 11 22222
lowQualScore : 66 55 66 4 55555555555555555555555555555 333333333333333333333333333 0 44 33 2 66 77777777777 6666 555 2 2 7777777777 2 66666 2 2 2 777777 6666666 2222222222 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 6666 3 3 7 111111111111111111111111 1 7 111 6 1 3 0 0 8888888 00 222 44 5 5 777 5 6 1 00000 999999999999999999999999999999999 333 5555555555 3 0 88888 8 8 88888888888 3 44 2 999 333 44 00 77777777 7 1 111 88 66666
lowQualScore : .. .. .. . ............................. ........................... . .. .. . .. ........... .... ... . . .......... . ..... . . . ...... ....... .......... . ......................................................... . .... . . . ........................ . . ... . . . . . ....... .. ... .. . . ... . . . ..... ................................. ... .......... . . ..... . . ........... . .. . ... ... .. .. ........ . . ... .. .....
lowQualScore : 44 66 99 4 77777777777777777777777777777 555555555555555555555555555 7 22 99 9 44 11111111111 3333 000 9 9 5555555555 7 77777 7 7 7 777777 4444444 5555555555 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 5555 1 3 9 555555555555555555555555 0 8 333 7 0 7 5 7 3333333 77 000 11 1 7 111 0 4 0 00000 777777777777777777777777777777777 999 8888888888 2 8 66666 0 0 44444444444 8 00 0 333 333 33 00 00000000 3 0 000 55 00000
consensus : TTGCCATATG-GCGGG--TGCCC-TATAGT----A----C-TC----------------TGTCT----ATCCG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-CTATGGCATGCAC-----GATAACTTAAG---TTTCC-T-T---G---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGAAAGA--C--C--C--TTTGAT-----TTTCA-------G---C---T-TCGT---C-----TATTTAC-A----G-AG-TTATGGGACTTGGAAT--T-TTTGATAT---T-A-T----AAGANAATAGCA-C-TTT-TATGGCACACGATAACTTGAGAT----T--GCTTGAGAA-GATTTTCATA-GAA-TTTTAAAGGTAAT-GCTCGGATTCCTATAGTAATCA-C---TCTGTC---------C----G--------TCC--G----TCAGCACT-TCTCTATG---T-CGNACATTAGCT--AGG-TTTC-CTC-GG--AANA-TTTTATAAATT-TTCGGACGGAAGACTC--CTTT---AGATTTTCAGATTTATCGCGGGG-CCCTCT-----TT-TGACTTGTCAGTTTTGTAAACCNAAACCATGTTATTTGCAGCTCCAGGGTTAA
Reference ( family-2977 ) : TTGCCATATG-GCGGG--TGCCC-TATAGT----A----C-TC----------------TGTCT----ATCCG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-CTATGGCATGCAC-----GATAACTTAAG---TTTCC-T-T---G---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGAAAGA--C--C--C--TTTGAT-----TTTCA-------G---C---T-TCGT---C-T---TATTTAC-A----G-AG-TTATGGGACTTAGAAT--T-TTTGATAT---T-A-T----AAGANAATAGCA-C-TTT-TATGGCACACGATAACTTGAGAT----T--GCTTGAGAA-GATTTTCATA-GAA-TTTTAAAGGTAAT-GCTCGGATTCCTATAGTAATCA-C---TCTGTC---------C----G--------TCC--G----TCAGCACT-TCTCTATG--CTACGNACATTAGCT--AGG-TTTC-CTC-GG--AANA-TTTTATAAATT-TTCGGACGGAAGACTC--NTTT---AGATTTTCAGATTTATCGCGGGG-CCCTCT-----TT-TGACTTGTCAGTTTTGTAAACCNAAACCATGTTATTTGCAGCTCCAGGGTTAA
gi|1 : TTGCCATATT-GCAGG--TGCCC-TA-AGT----A----C-TC----------------TGTCT----ATCTG---------T--------CTGTTA--G--CACTTT-TCACAACATGTACCAGGTAATAACTTAAG---TTTCC-T-T---A---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------CCACA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGATAGG--C--C--C--TTTGAT-----TTCCA-------G---A---T-TTATAGGCAT---TATTTCC-A------AG-TTATGGCACTT-GAATTCT-TTTGATAT---TGA-T----AAGAAAATGGTA-T-TTT-TGTGGCACACAATAACTTGAGAT----TAAAATTAAAAA-GATTTTCTGG-GAA---TTAAAGGTAAT-GCTTGGACTCCTATCGCAATCA-C---TCTGTC---------T----G--------TCT--G----TCAGCACTGTCTCTATGACTTGTGAATATTAGTT--AGG-TTTC-CTC-AGCAAGAA-TTTCATGAATT-TTCGAATGTAATACTTGGGTTTGACAGATTTTCAGATTTATCGTGGGG-CCCTTT-----TTCTGACTTGTCAGTTTTGT-AACTTA---CATATTATTTGCAGCTCCAGAGTTAA
gi|10 : --CACTCT-CTAAGGCATG-A------GATGGTATAAG---TTTCTATAT---A---A--AGAT-TTTC-----GTTA-A-T-TTTTTTTTTTTACATATTTGAAAAT----------ACTTA-GATTAGACAAAGAAAGA--C--CACC--TTTGAT-----TTTCA-------G---C---T-TTGT---C-T---T---TAC-A----G-AC-TTATGGGACTTAGGAT--T-TGT-ATAC---T-G-T----AA
gi|11 : a-TATAGTCATCA----C-TC----------------TGTCT----GTCTG---------T--------CTGTTA--G--CACTTC-CTAT--CATA--------GAT----TAAG---TTTCC-T-C---AGA-A--AGAT-TTGCTGTAAATAT-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-AATTAAACAGAGAAGGA--C--C--T------AT-----TTTCAT------T---C---T-TTGT---C------A-TCAC-A----GAAG-TTAT
gi|12 : CCATATG-GTAAG--TACCC-TGTAGT----AGTCAC-TC----------------CGTCT----AT------------T--------CT----------ACTTT-CTATGGCA--CAC-----AATAAC--AAG---TTTC--T-C---G---ATAAGAT-TTTC-----AAAA-A-T-TTTAC------ACATG-------ATACATACATGCACTTT-GATTAGGCAG---AATA--C--CT-C--TTTG
gi|13 : ccaTTTAC-ATTATA-AG-TTA--AGTTTTTGAAG--TGTTTGATAT---C-AGT----AAGATGATGGCA-CATTC-TATGGCATACATTAAATTGGGGTATGTT--ACTTGAGAA-GATTTTCTTA-GAA--TTCAAAGGTGGT-CCCCTGAT-----TAG-GATCA-C---TCgat
gi|14 : CA--G--GAATTT-CTAAGGCATTT-------GATAACTTGCG---TTTCC-T-T---GGGGA--AAAT-TTTC-----TTAA-T-T-TTTAT------A--TT-------AT----------ACCTG-GATTAGGTAAGCAAAAA--C---------TTAAC-----ATT-G-------G---T---T-TTG----------TATTTAC-G----A-AGATTATGG
gi|15 : CCACATG-GCAGG--TTCCC--ATAGT----AATCAC-TC----------------TGTCA----ATCCA---------TTGGTCCATCTGTCA--GATCATTT------GACATGC-------TATAGTCTCAG---TATTT-T-A---G---A--AGGT-TTTC-----ATAG-ATT-TTTAT------TCATA-------AT----------Atctactaggaatac
gi|16 : ttttttagagtgccaA--G--CACTTT-CTAT------CAC-----TATAG---AAG---TTTTT-T-TTGGG---A--AGAT-TTTC-----ACAC-A-T-TTTAT------ACTTA-------AT----------ACTTG-AATGAGGTGGAGGAAAA--CATC--A--TTAGATCAAGATTGCATTTATTGG---C---T-TTGT---C-------TTTAC-A----G-AG-TTATa
gi|17 : TAACCA-C---TCTGTC---------C----GTCCTTCCATCC--GTCTCTCAGCA-T-TTTCAATG---TACACACAGTAACT--AGGTTTTC-TTC-AG--AAGATTTTTATAAATT-TT
gi|17 : gacTCC----ATCCG---------T--------CTCTCA--G--CATTTT-CAATG-TACACAC-----AGTAACT-AGG---TTTTC-T-TCA-G---A--AGAT-TTTT-----ATAA-A-T-TTTAT------at
gi|18 : gactaaccactctgtccgtcctA-GATTTTCATATGA---TTTAAAGGCATT-GCTCGTATTCCTATTATAATTA-C---TGTTTC---------T----G--------TCC--A----TTAGCAC
gi|19 : CCCATAGTAATCA-CTTGTCTGTC---------CATCTG--------TCT--G----TTAGCACT-agtttaatttagaatat
gi|2 : ttgttggggctgcaccataaggtgagtgcTTGCAATATG-GCGGG--TACAC-CACAGT----A----A-TC----------------TGTCT----GTTCA---------T--------CCATCA--G--CATTTT-CTATGGCATGT-------GATAACTTAAG---TTTCT-T-T---GGG-A--GGAT-TCTC-----ATAA---T-TTTAT------ACATATTACC--GT----------ACTTG-GATTCAGCAGAAGAGGA--C--C--C--CTT----------TCAAT-----G---C---T-TTGT-----------TTTAC-A----G-AG-TTATGGGACTTGGAAT-----------------A-C----AAGCTAA-ATCATC-TTT-TATTGCACATCATAACTTGAAAT----T--GCTTGAGA--------CAC----A-TCCTA----TAGT-AC----AT-------GTAA--------TTTGTC---------C----A--------TCCCTGC---TCAGTACT-T-TCTGT--------AGCAT--GCA--ATG-TTTCACTC--------A-TTT--GGAATT----GGGCAGAAGGTTC--CTTT---CTATTTTCAGTTTTATTCTGGGGACCCTCTCAGTCTC-TGATTTGCCAATTTTCTAAATCAAAACCATGT--TTTGCAG-----GGGTTAAgtaa
gi|20 : tgttaggatTTGC-A----G-AG-TTATGGGACTTAGAAT--T-
gi|3 : ttcttgggtttgttgTTGGAAT--T-TTTAA-ATGAAT-A-T----AAGTGAAAAGCA-C-TTTCTATAGGATGCAGTAACTTGAGAT----T--ACTTGAGAA-GACTTTCATG-GAA-TTTTATAGGTAAT-GCTTTGATTCCTATAGAAATCT-G---TCTATCTTTCTTGTAC----A--------CCT--G----TCGGCACT-T-TCTACA------GTACATTA--T--AAG-TTCC-TTTGGG--AATA--TTTATAAATTAATCAGA-GGAAGACCC--CTTT---AGGTTTTCAGATTTGTCACAGGG---TTCT-----TTATGACTTGTATGTTTTGTA
gi|4 : caATG-GTTGG--TGCCC-TATAGT----AATCAC-TT----------------TGTCTGTTGATCTG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-TCATGTCATGCA-------ATGATTTAAG---TTTCC-T-T---GGA-A--AGA--TGTC-----ATAA-A-TATACAT------GTATG-------AT----------AATTG-AATTATGCAGAGGGAGATTC--C--T--TTTGAT-----TGTCA-------GTTTT---T-TCAC---C-TTTGTATTTGTGG----G-AG-TTGTGGGACTTGCAATG-G-CTTGAGAT---T-gtt
gi|4 : ttagagttccgccACTTGCAAT----G--GCTTGAGA----TTTTCATT-GAACTTTTAAAATTAAT-TCTCAAACTCGTATAGTAATttcattgaacttttaaaattaattctcaaactcgtatagtaat
gi|5 : ttagagttccgccatggttggtgccctatagtaatcactttgtctgttgatctgtctgtcagcacttttcatgtcatgcaatgatttaagtttccttggaaagatgtcataaatatacatgtatgataattgaattatgcagagggagattccttttgattgtcagttttttcacctttgtatttgtgggagttgtggg---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T----AC-------CAT--------------------------GATTAGATAGAAAAA----------------------------A-------G-------T-CCGT---C------ATTCAC-A----G-AG-TTATTGGACTT-GAGT--A-TTTGATAT---T-G-TTTTAAAGAGAAAAACT-T-TCT-TAAGATA-AC-ATAA-TAGAGAT----T--GCATGAAAAAGATTTTCAAA-GAA-TTTTCCAGATAATGGCTTTGATTCCTAT-CTAACCACC---TCTG-C---------C----A--------TTT--G----TTAACATT-CCTATA-G--CT-CACA-ATTA-CTCGAGT-TTTC-CTC-GG--AATA--TTTATAAATC-T
gi|6 : GCCATATTTGCCTG--TGTCC-TATAGT----A----T-TCATTTC-----------TGTCTGTCAGTCCGTCTCTCCTTT--------CTGTCA--A--CACTTTCCTATAACA--CAA-----AATAATTGAAGAGTTTTCC-T-T---G---G--GAATATTTC-----ATAA-A---TTCAT------ACACA-------AT----------ACTTC-AATAAGACA-AAAGAGAC-C--C--C--TTTGAT-----TTTCA-------GGA-CTCAT-TAGT---C-----TATTTTC-A----G-A
gi|7 : GCCATATT-GCCTG--TGTCC-TATAGT----A----T-TCATTCTGTCTGTCAGTCTGTCT----CTCCT---------T--------CTGTCA--A--CACTTT-CTATAACA--CAA-----AATAATGAGAG---TTTCC-T-T---GGG-A--ATAT-TTTC-----ATAA-A-A-TTCAT------ACACA-------AT----------ACTTC-AATAAGACAAAGGAAGA--C--C--CCTTTTGAT-----TTTCA-------G---A---C-TCAT---t
gi|8 : cccaATA-GCGAGGTTGCCCCTATAGT----A----AATC----------------T-TCA----CTCTG---------T--------CCATCATCG--CATTTT-CTATAGAGTA-AC-----GGTGGCCTCG------TCC-T-T---C-------GAC-TTTG-----GAAAGA-T-TTTTC------ACTTA-------AT----------AGTTGAGATTAG-CAAGGAGAAT--C--C--C--TTT---------CTTG-------G---C---TGTTGT---------TATATGC-C----G-AG-TTATGGGACTTAGAAT--T-tagctttgttat
gi|9 : A--G--CATTTT-CTATGATA---AC-----GGTGGCTT---------CC-T-T---C-------GAC-TTGG-----AAAG-A-T-TTTTC------ACTTA-------AT----------AGTTG-TATTAGGCAAGGAGAGA--T--C--C--CTT--------TCTTG-------G---C---T-TTGT---------TATT-GC-A----G-AG-TTATGGGACTTAGAAT--T-C-------------------AAGACAATAGCA-T-TTT-TATGGGACATGATAACTcaaa
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555555555 222222222222222222222222222 33333333333 2222222222 1111111 1111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333333333333333 111 1 1111111 11 111 11 111 444444444444444444444444444444444 111 4444444444 11111 22222222222 11 1 11 222 22 44444444 222 11 22222
lowQualScore : 66 55 66 4 55555555555555555555555555555 333333333333333333333333333 0 44 33 2 66 77777777777 6666 555 2 2 7777777777 2 66666 2 2 2 777777 6666666 2222222222 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 3 3 3 66 0 33333333333333333333333 1 7 111 6 1 3 0 0 8888888 00 222 44 5 5 777 5 3 1 333 999999999999999999999999999999999 333 6666666666 3 0 88888 8 8 88888888888 3 44 2 88 333 44 00 77777777 7 1 111 88 66666
lowQualScore : .. .. .. . ............................. ........................... . .. .. . .. ........... .... ... . . .......... . ..... . . . ...... ....... .......... . ............................................................. . . . . .. . ....................... . . ... . . . . . ....... .. ... .. . . ... . . . ... ................................. ... .......... . . ..... . . ........... . .. . .. ... .. .. ........ . . ... .. .....
lowQualScore : 44 66 99 4 77777777777777777777777777777 555555555555555555555555555 7 22 99 9 44 11111111111 3333 000 9 9 7777777777 7 77777 7 7 7 777777 4444444 5555555555 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 3 3 6 11 4 66666666666666666666666 0 8 333 7 0 7 5 7 3333333 77 000 11 1 7 111 0 2 0 888 777777777777777777777777777777777 999 4444444444 2 8 66666 0 0 44444444444 8 00 0 33 333 33 00 00000000 3 0 000 55 00000
consensus : TTGCCATATG-GCGGG--TGCCC-TATAGT----A----C-TC----------------TGTCT----ATCCG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-CTATGGCATGCAC-----GATAACTTAAG---TTTCC-T-T---G---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGAAAGA--C--C--C--TTTGAT-----TTTCA-------G--C---T-TTGT-----C-------TATTTAC-AG-AG-TTATGG--GACTTGGAAT--TTTTGATAT---T-A-T----AAGANAATAGCA-C-TTT-TATGGCACACGATAACTTGAGAT----T--GCTTGAGAA-GATTTTCATA-GAA-TTTTAAAGGTAATG-CTCGGATTCCTATAGTAATCAC---TCTGTC---------C----G--------TCC--G----TCAGCACT-TCTCTATGT-C----GNACATTAGCT--AGG-TTTC-CTC-GG--AANA-TTTTATAAATT-TTCGGACGGAAGACTC--CTTT---AGATTTTCAGATTTATCGCGGGG-CCCTCT-----TT-TGACTTGTCAGTTTTGTAAACCNAAACCATGTTATTTGCAGCTCCAGGGTTAA
Reference ( family-2977 ) : TTGCCATATG-GCGGG--TGCCC-TATAGT----A----C-TC----------------TGTCT----ATCCG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-CTATGGCATGCAC-----GATAACTTAAG---TTTCC-T-T---G---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGAAAGA--C--C--C--TTTGAT-----TTTCA-------G--C---T-TCGT-----C-------TATTTAC-AG-AG-TTATGG--GACTTGGAAT--TTTTGATAT---T-A-T----AAGANAATAGCA-C-TTT-TATGGCACACGATAACTTGAGAT----T--GCTTGAGAA-GATTTTCATA-GAA-TTTTAAAGGTAATG-CTCGGATTCCTATAGTAATCAC---TCTGTC---------C----G--------TCC--G----TCAGCACT-TCTCTATGT-C----GNACATTAGCT--AGG-TTTC-CTC-GG--AANA-TTTTATAAATT-TTCGGACGGAAGACTC--CTTT---AGATTTTCAGATTTATCGCGGGG-CCCTCT-----TT-TGACTTGTCAGTTTTGTAAACCNAAACCATGTTATTTGCAGCTCCAGGGTTAA
gi|1 : TTGCCATATT-GCAGG--TGCCC-TA-AGT----A----C-TC----------------TGTCT----ATCTG---------T--------CTGTTA--G--CACTTT-TCACAACATGTACCAGGTAATAACTTAAG---TTTCC-T-T---A---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------CCACA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGATAGG--C--C--C--TTTGAT-----TTCCA-------G--A---T-TTATAGGCAT-------TATTTCC-A--AG-TTATGG--CACTT-GAATTCTTTTGATAT---TGA-T----AAGAAAATGGTA-T-TTT-TGTGGCACACAATAACTTGAGAT----TAAAATTAAAAA-GATTTTCTGG-GAA---TTAAAGGTAATG-CTTGGACTCCTATCGCAATCAC---TCTGTC---------T----G--------TCT--G----TCAGCACTGTCTCTATGA-CTTGTGAATATTAGTT--AGG-TTTC-CTC-AGCAAGAA-TTTCATGAATT-TTCGAATGTAATACTTGGGTTTGACAGATTTTCAGATTTATCGTGGGG-CCCTTT-----TTCTGACTTGTCAGTTTTGT-AACTTA---CATATTATTTGCAGCTCCAGAGTTAA
gi|10 : --CACTCT-CTAAGGCATG-A------GATGGTATAAG---TTTCTATAT---A---A--AGAT-TTTC-----GTTA-A-T-TTTTTTTTTTTACATATTTGAAAAT----------ACTTA-GATTAGACAAAGAAAGA--C--CACC--TTTGAT-----TTTCA-------G--C---T-TTGT-----C-------T--TTAC-AG-AC-TTATGG--GACTTAGGAT--TTGT-ATAC---T-G-T----AA
gi|11 : a-TATAGTCATCA----C-TC----------------TGTCT----GTCTG---------T--------CTGTTA--G--CACTTC-CTAT--CATA--------GAT----TAAG---TTTCC-T-C---AGA-A--AGAT-TTGCTGTAAATAT-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-AATTAAACAGAGAAGGA--C--C--T------AT-----TTTCAT------T--C---T-TTGT-----C--------A-TCAC-AGAAG-TTAT
gi|12 : CCATATG-GTAAG--TACCC-TGTAGT----AGTCAC-TC----------------CGTCT----AT------------T--------CT----------ACTTT-CTATGGCA--CAC-----AATAAC--AAG---TTTC--T-C---G---ATAAGAT-TTTC-----AAAA-A-T-TTTAC------ACATG-------ATACATACATGCACTTT-GATTAGGCAG---AATA--C--CT-C--TTTG
gi|13 : ccaTTGAAGT--GTTTGATAT---C-AGT----AAGATGATGGCA-CATTC-TATGGCATACATTAAATTGGGGTATGTT--ACTTGAGAA-GATTTTCTTA-GAA--TTCAAAGGTGGTC-CCCTGAT-----TAG-GATCAC---TCgat
gi|14 : tttacattataagttaagtttCA--G--GAATTT-CTAAGGCATTT-------GATAACTTGCG---TTTCC-T-T---GGGGA--AAAT-TTTC-----TTAA-T-T-TTTAT------A--TT-------AT----------ACCTG-GATTAGGTAAGCAAAAA--C---------TTAAC-----ATT-G-------G--T---T-TTG--------------TATTTAC-GA-AGATTATGGTCTACTAGGAAT--
gi|15 : CCACATG-GCAGG--TTCCC--ATAGT----AATCAC-TC----------------TGTCA----ATCCA---------TTGGTCCATCTGTCA--GATCATTT------GACATGC-------TATAGTCTCAG---TATTT-T-A---G---A--AGGT-TTTC-----ATAG-ATT-TTTAT------TCATA-------AT----------Aac
gi|16 : ttttttagagtgccaA--G--CACTTT-CTAT------CAC-----TATAG---AAG---TTTTT-T-TTGGG---A--AGAT-TTTC-----ACAC-A-T-TTTAT------ACTTA-------AT----------ACTTG-AATGAGGTGGAGGAAAA--CATC--A--TTAGATCAAGATTGCATTTATTGG--C---T-TTGT-----C---------TTTAC-AG-AG-TTATa
gi|17 : TAACCAC---TCTGTC---------C----GTCCTTCCATCC--GTCTCTCAGCA-T-TTTCAATGTAC----ACACAGTAACT--AGGTTTTC-TTC-AG--AAGATTTTTATAAATT-TT
gi|17 : gacTCC----ATCCG---------T--------CTCTCA--G--CATTTT-CAATG-TACACAC-----AGTAACT-AGG---TTTTC-T-TCA-G---A--AGAT-TTTT-----ATAA-A-T-TTTAT------at
gi|18 : gactaaccactctgtccgtcctA-GATTTTCATATGA---TTTAAAGGCATTG-CTCGTATTCCTATTATAATTAC---TGTTTC---------T----G--------TCC--A----TTAGCAC
gi|19 : CCCATAGTAATCACTTGTCTGTC---------CATCTG--------TCT--G----TTAGCACT-agtttaatttagaatat
gi|2 : ttgttggggctgcaccataaggtgagtgcTTGCAATATG-GCGGG--TACAC-CACAGT----A----A-TC----------------TGTCT----GTTCA---------T--------CCATCA--G--CATTTT-CTATGGCATG--T-----GATAACTTAAG---TTTCT-T-TGG-G---A--GGAT-TCTC-----AT-A-A-T-TTTAT------ACATATTACC--GT----------ACTTG-GATTCAGCAGAAGAGGA--C--C--C-------C-----TTTCAAT-----G--C---T-TTGT---------------TTTAC-AG-AG-TTATGG--GACTTGGAA---------------T-A-C----AAGCTAA-ATCATC-TTT-TATTGCACATCATAACTTGAAAT----T--GCTTGAGA--------CAC----A-TCCTA----TAGTA-C----AT-------GTAA-------TTTGTC---------C----A--------TCCCTGC---TCAGTACT-T-TCTGT---------AGCAT--GCA--ATG-TTTCACTC--------A-TTT--GGAATT----GGGCAGAAGGTTC--CTTT---CTATTTTCAGTTTTATTCTGGGGACCCTCTCAGTCTC-TGATTTGCCAATTTTCTAAATCAAAACCATGT--TTTGCAG-----GGGTTAAgtaa
gi|20 : tgttaggatTTGC-AG-AG-TTATGG--GACTTAGAAT--T
gi|3 : ttcttgggtttgttgTTGGAAT--TTTTAA-ATGAAT-A-T----AAGTGAAAAGCA-C-TTTCTATAGGATGCAGTAACTTGAGAT----T--ACTTGAGAA-GACTTTCATG-GAA-TTTTATAGGTAATG-CTTTGATTCCTATAGAAATCTG---TCTATCTTTCTTGTAC----A--------CCT--G----TCGGCACT-T-TCTACA-------GTACATTA--T--AAG-TTCC-TTTGGG--AATA--TTTATAAATTAATCAGA-GGAAGACCC--CTTT---AGGTTTTCAGATTTGTCACAGGG---TTCT-----TTATGACTTGTATGTTTTGTA
gi|4 : caATG-GTTGG--TGCCC-TATAGT----AATCAC-TT----------------TGTCTGTTGATCTG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-TCATGTCATGCA-------ATGATTTAAG---TTTCC-T-T---GGA-A--AGA--TGTC-----ATAA-A-TATACAT------GTATG-------AT----------AATTG-AATTATGCAGAGGGAGATTC--C--T--TTTGAT-----TGTCA-------G--T---T-TTTT-----CACCTTTGTATTTGTGGG-AG-TTGTGG--GACTTGCAATG-GCTTGAGAT---T-gtt
gi|4 : ttagagttccgccACTTGCAAT----G--GCTTGAGA----TTTTCATT-GAACTTTTAAAATTAATT-CTCAAACTCGTATAGTAATttcattgaacttttaaaattaattctcaaactcgtatagtaat
gi|5 : ttagagttccgccatggttggtgccctatagtaatcactttgtctgttgatctgtctgtcagcacttttcatgtcatgcaatgatttaagtttccttggaaagatgtcataaatatacatgtatgataattgaattatgcagagggagattccttttgattgtcagttttttcacctttgtatttgtgggagttgtggg---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T----AC-------CAT--------------------------GATTAGATAGAAAAA----------------------------A-------G------T-CCGT-----C--------ATTCAC-AG-AG-TTATTG--GACTTG-AGT--ATTTGATAT---T-G-TTTTAAAGAGAAAAACT-T-TCT-TAAGATA-AC-ATAA-TAGAGAT----T--GCATGAAAAAGATTTTCAAA-GAA-TTTTCCAGATAATGGCTTTGATTCCTATC-TAACCACC--TCTG-C---------C----A--------TTT--G----TTAACATT-CCTATAGCT-C----ACA-ATTA-CTCGAGT-TTTC-CTC-GG--AATA--TTTATAAATC-T
gi|6 : GCCATATTTGCCTG--TGTCC-TATAGT----A----T-TCATTTC-----------TGTCTGTCAGTCCGTCTCTCCTTT--------CTGTCA--A--CACTTTCCTATAACA--CAA-----AATAATTGAAGAGTTTTCC-T-T---G---G--GAATATTTC-----ATAA-A---TTCAT------ACACA-------AT----------ACTTC-AATAAGACA-AAAGAGAC-C--C--C--TTTGAT-----TTTCA-------GGACTCAT-TAGT-----C-------TATTTTC-AG-A
gi|7 : GCCATATT-GCCTG--TGTCC-TATAGT----A----T-TCATTCTGTCTGTCAGTCTGTCT----CTCCT---------T--------CTGTCA--A--CACTTT-CTATAACA--CAA-----AATAATGAGAG---TTTCC-T-T---GGG-A--ATAT-TTTC-----ATAA-A-A-TTCAT------ACACA-------AT----------ACTTC-AATAAGACAAAGGAAGA--C--C--CCTTTTGAT-----TTTCA-------G--A---C-TCAT-----t
gi|8 : cccaATA-GCGAGGTTGCCCCTATAGT----A----AATC----------------T-TCA----CTCTG---------T--------CCATCATCG--CATTTT-CTATAGAGTA-AC-----GGTGGCCTCG------TCC-T-T---C-------GAC-TTTG-----GAAAGA-T-TTTTC------ACTTA-------AT----------AGTTGAGATTAG-CAAGGAGAAT--C--C--C--TTT---------CTTG-------G--C---TGTTGT-------------TATATGC-CG-AG-TTATGG--GACTTAGAAT--Ttagctttgttat
gi|9 : A--G--CATTTT-CTATGATA---AC-----GGTGGCTT---------CC-T-T---C-------GAC-TTGG-----AAAG-A-T-TTTTC------ACTTA-------AT----------AGTTG-TATTAGGCAAGGAGAGA--T--C--C--CTT--------TCTTG-------G--C---T-TTGT-------------TATT-GC-AG-AG-TTATGG--GACTTAGAAT--TC-------------------AAGACAATAGCA-T-TTT-TATGGGACATGATAACTcaaa
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555555555 222222222222222222222222222 33333333333 2222222222 1111111 1111111111 2222222222222222222222222222 333333333333333 33333333333333333333333 111 1 1111111 11 111 11 111 444444444444444444444444444444444 111 4444444444 11111 22222222222 11 1 11 222 22 44444444 222 11 22222
lowQualScore : 66 55 66 4 55555555555555555555555555555 333333333333333333333333333 0 44 33 2 66 77777777777 6666 555 2 2 7777777777 2 66666 2 2 2 777777 6666666 2222222222 3 77 44 3333333333333333333333333333 44 77 3 444444444444444 11 3 3 3 66 0 33333333333333333333333 1 7 111 6 1 3 0 0 8888888 00 222 44 5 5 777 5 3 1 333 999999999999999999999999999999999 333 6666666666 3 0 88888 8 8 88888888888 3 44 2 88 333 44 00 77777777 7 1 111 88 66666
lowQualScore : .. .. .. . ............................. ........................... . .. .. . .. ........... .... ... . . .......... . ..... . . . ...... ....... .......... . .. .. ............................ .. .. . ............... .. . . . .. . ....................... . . ... . . . . . ....... .. ... .. . . ... . . . ... ................................. ... .......... . . ..... . . ........... . .. . .. ... .. .. ........ . . ... .. .....
lowQualScore : 44 66 99 4 77777777777777777777777777777 555555555555555555555555555 7 22 99 9 44 11111111111 3333 000 9 9 7777777777 7 77777 7 7 7 777777 4444444 5555555555 1 33 22 4444444444444444444444444444 22 99 3 888888888888888 88 3 3 6 11 4 66666666666666666666666 0 8 333 7 0 7 5 7 3333333 77 000 11 1 7 111 0 2 0 888 777777777777777777777777777777777 999 4444444444 2 8 66666 0 0 44444444444 8 00 0 33 333 33 00 00000000 3 0 000 55 00000
consensus : TTGCCATATG-GCGGG--TGCCC-TATAGT----A----C-TC----------------TGTCT----ATCCG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-CTATGGCATGCAC-----GATAACTTAAG---TTTCC-T-T---G---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGAAAGA--C--C--C--TTTGAT-----TTTCG-------G--CT--TT-GT-----C-------TATTTAC-AG-AG-TTATGG--GACTTGGAAT--TTTTGATAT---T-A-T----AAGANAATAGCA-C-TTT-TATGGCACACGATAACTTGAGAT----T--GCTTGAGAA-GATTTTCATA-GAA-TTTTAAAGGTAATG-CTCGGATTCCTATAGTAATCAC---TCTGTC---------C----G--------TCC--G----TCAGCACT-TCTCTATGT-C----GNACATTAGCT--AGG-TTTC-CTC-GG--AANA-TTTTATAAATT-TTCGGACGGAAGACTC--CTTT---AGATTTTCAGATTTATCGCGGGG-CCCTCT-----TT-TGACTTGTCAGTTTTGTAAACCNAAACCATGTTATTTGCAGCTCCAGGGTTAA
Reference ( family-2977 ) : TTGCCATATG-GCGGG--TGCCC-TATAGT----A----C-TC----------------TGTCT----ATCCG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-CTATGGCATGCAC-----GATAACTTAAG---TTTCC-T-T---G---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGAAAGA--C--C--C--TTTGAT-----TTTCA-------G--CT--TT-GT-----C-------TATTTAC-AG-AG-TTATGG--GACTTGGAAT--TTTTGATAT---T-A-T----AAGANAATAGCA-C-TTT-TATGGCACACGATAACTTGAGAT----T--GCTTGAGAA-GATTTTCATA-GAA-TTTTAAAGGTAATG-CTCGGATTCCTATAGTAATCAC---TCTGTC---------C----G--------TCC--G----TCAGCACT-TCTCTATGT-C----GNACATTAGCT--AGG-TTTC-CTC-GG--AANA-TTTTATAAATT-TTCGGACGGAAGACTC--CTTT---AGATTTTCAGATTTATCGCGGGG-CCCTCT-----TT-TGACTTGTCAGTTTTGTAAACCNAAACCATGTTATTTGCAGCTCCAGGGTTAA
gi|1 : TTGCCATATT-GCAGG--TGCCC-TA-AGT----A----C-TC----------------TGTCT----ATCTG---------T--------CTGTTA--G--CACTTT-TCACAACATGTACCAGGTAATAACTTAAG---TTTCC-T-T---A---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------CCACA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGATAGG--C--C--C--TTTGAT-----TTCCA-------G--AT--TT-ATAGGCAT-------TATTTCC-A--AG-TTATGG--CACTT-GAATTCTTTTGATAT---TGA-T----AAGAAAATGGTA-T-TTT-TGTGGCACACAATAACTTGAGAT----TAAAATTAAAAA-GATTTTCTGG-GAA---TTAAAGGTAATG-CTTGGACTCCTATCGCAATCAC---TCTGTC---------T----G--------TCT--G----TCAGCACTGTCTCTATGA-CTTGTGAATATTAGTT--AGG-TTTC-CTC-AGCAAGAA-TTTCATGAATT-TTCGAATGTAATACTTGGGTTTGACAGATTTTCAGATTTATCGTGGGG-CCCTTT-----TTCTGACTTGTCAGTTTTGT-AACTTA---CATATTATTTGCAGCTCCAGAGTTAA
gi|10 : --CACTCT-CTAAGGCATG-A------GATGGTATAAG---TTTCTATAT---A---A--AGAT-TTTC-----GTTA-A-T-TTTTTTTTTTTACATATTTGAAAAT----------ACTTA-GATTAGACAAAGAAAGA--C--CACC--TTTGAT-----TTTCA-------G--CT--TT-GT-----C-------T--TTAC-AG-AC-TTATGG--GACTTAGGAT--TTGT-ATAC---T-G-T----AA
gi|11 : a-TATAGTCATCA----C-TC----------------TGTCT----GTCTG---------T--------CTGTTA--G--CACTTC-CTAT--CATA--------GAT----TAAG---TTTCC-T-C---AGA-A--AGAT-TTGCTGTAAATAT-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-AATTAAACAGAGAAGGA--C--C--T------AT-----TTTCAT------T--CT--TT-GT-----C--------A-TCAC-AGAAG-TTAT
gi|12 : CCATATG-GTAAG--TACCC-TGTAGT----AGTCAC-TC----------------CGTCT----AT------------T--------CT----------ACTTT-CTATGGCA--CAC-----AATAAC--AAG---TTTC--T-C---G---ATAAGAT-TTTC-----AAAA-A-T-TTTAC------ACATG-------ATACATACATGCACTTT-GATTAGGCAG---AATA--C--CT-C--TTTG
gi|13 : ccaTTGAAGT--GTTTGATAT---C-AGT----AAGATGATGGCA-CATTC-TATGGCATACATTAAATTGGGGTATGTT--ACTTGAGAA-GATTTTCTTA-GAA--TTCAAAGGTGGTC-CCCTGAT-----TAG-GATCAC---TCgat
gi|14 : tttacattataagttaagtttCA--G--GAATTT-CTAAGGCATTT-------GATAACTTGCG---TTTCC-T-T---GGGGA--AAAT-TTTC-----TTAA-T-T-TTTAT------A--TT-------AT----------ACCTG-GATTAGGTAAGCAAAAA--C---------TTAAC-----ATT-G-------G--TT--TT-G--------------TATTTAC-GA-AGATTATGGTCTACTAGGAAT--
gi|15 : CCACATG-GCAGG--TTCCC--ATAGT----AATCAC-TC----------------TGTCA----ATCCA---------TTGGTCCATCTGTCA--GATCATTT------GACATGC-------TATAGTCTCAG---TATTT-T-A---G---A--AGGT-TTTC-----ATAG-ATT-TTTAT------TCATA-------AT----------Aac
gi|16 : ttttttagagtgccaA--G--CACTTT-CTAT------CAC-----TATAG---AAG---TTTTT-T-TTGGG---A--AGAT-TTTC-----ACAC-A-T-TTTAT------ACTTA-------AT----------ACTTG-AATGAGGTGGAGGAAAA--CATC--A--TTAGATCAAGATTGCATTTATTGG--CT--TT-GT-----C---------TTTAC-AG-AG-TTATa
gi|17 : TAACCAC---TCTGTC---------C----GTCCTTCCATCC--GTCTCTCAGCA-T-TTTCAATGTAC----ACACAGTAACT--AGGTTTTC-TTC-AG--AAGATTTTTATAAATT-TT
gi|17 : gacTCC----ATCCG---------T--------CTCTCA--G--CATTTT-CAATG-TACACAC-----AGTAACT-AGG---TTTTC-T-TCA-G---A--AGAT-TTTT-----ATAA-A-T-TTTAT------at
gi|18 : gactaaccactctgtccgtcctA-GATTTTCATATGA---TTTAAAGGCATTG-CTCGTATTCCTATTATAATTAC---TGTTTC---------T----G--------TCC--A----TTAGCAC
gi|19 : CCCATAGTAATCACTTGTCTGTC---------CATCTG--------TCT--G----TTAGCACT-agtttaatttagaatat
gi|2 : ttgttggggctgcaccataaggtgagtgcTTGCAATATG-GCGGG--TACAC-CACAGT----A----A-TC----------------TGTCT----GTTCA---------T--------CCATCA--G--CATTTT-CTATGGCATG--T-----GATAACTTAAG---TTTCT-T-TGG-G---A--GGAT-TCTC-----AT-A-A-T-TTTAT------ACATATTACC--GT----------ACTTG-GATTCAGCAGAAGAGGA--C--C--C-------C-----TTTCAAT-----G--CT--TT-GT---------------TTTAC-AG-AG-TTATGG--GACTTGGAA---------------T-A-C----AAGCTAA-ATCATC-TTT-TATTGCACATCATAACTTGAAAT----T--GCTTGAGA--------CAC----A-TCCTA----TAGTA-C----AT-------GTAA-------TTTGTC---------C----A--------TCCCTGC---TCAGTACT-T-TCTGT---------AGCAT--GCA--ATG-TTTCACTC--------A-TTT--GGAATT----GGGCAGAAGGTTC--CTTT---CTATTTTCAGTTTTATTCTGGGGACCCTCTCAGTCTC-TGATTTGCCAATTTTCTAAATCAAAACCATGT--TTTGCAG-----GGGTTAAgtaa
gi|20 : tgttaggatT-----TCTTG-------G--GT--TT-GT-------------TGTT-GC-AG-AG-TTATGG--GACTTAGAAT--T
gi|3 : TTGGAAT--TTTTAA-ATGAAT-A-T----AAGTGAAAAGCA-C-TTTCTATAGGATGCAGTAACTTGAGAT----T--ACTTGAGAA-GACTTTCATG-GAA-TTTTATAGGTAATG-CTTTGATTCCTATAGAAATCTG---TCTATCTTTCTTGTAC----A--------CCT--G----TCGGCACT-T-TCTACA-------GTACATTA--T--AAG-TTCC-TTTGGG--AATA--TTTATAAATTAATCAGA-GGAAGACCC--CTTT---AGGTTTTCAGATTTGTCACAGGG---TTCT-----TTATGACTTGTATGTTTTGTA
gi|4 : caATG-GTTGG--TGCCC-TATAGT----AATCAC-TT----------------TGTCTGTTGATCTG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-TCATGTCATGCA-------ATGATTTAAG---TTTCC-T-T---GGA-A--AGA--TGTC-----ATAA-A-TATACAT------GTATG-------AT----------AATTG-AATTATGCAGAGGGAGATTC--C--T--TTTGAT-----TGTCA-------G--TT--TT-TT-----CACCTTTGTATTTGTGGG-AG-TTGTGG--GACTTGCAATG-GCTTGAGAT---T-gtt
gi|4 : ttagagttccgccACTTGCAAT----G--GCTTGAGA----TTTTCATT-GAACTTTTAAAATTAATT-CTCAAACTCGTATAGTAATttcattgaacttttaaaattaattctcaaactcgtatagtaat
gi|5 : ttagagttccgccatggttggtgccctatagtaatcactttgtctgttgatctgtctgtcagcacttttcatgtcatgcaatgatttaagtttccttggaaagatgtcataaatatacatgtatgataattgaattatgcagagggagattccttttgattgtcagttttttcacctttgtatttgtgggagttgtggg---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T----AC-------CAT--------------------------GATTAGATAGAAAAAAG--T--C--C-----------------------------------GT-----C--------ATTCAC-AG-AG-TTATTG--GACTTG-AGT--ATTTGATAT---T-G-TTTTAAAGAGAAAAACT-T-TCT-TAAGATA-AC-ATAA-TAGAGAT----T--GCATGAAAAAGATTTTCAAA-GAA-TTTTCCAGATAATGGCTTTGATTCCTATC-TAACCACC--TCTG-C---------C----A--------TTT--G----TTAACATT-CCTATAGCT-C----ACA-ATTA-CTCGAGT-TTTC-CTC-GG--AATA--TTTATAAATC-T
gi|6 : GCCATATTTGCCTG--TGTCC-TATAGT----A----T-TCATTTC-----------TGTCTGTCAGTCCGTCTCTCCTTT--------CTGTCA--A--CACTTTCCTATAACA--CAA-----AATAATTGAAGAGTTTTCC-T-T---G---G--GAATATTTC-----ATAA-A---TTCAT------ACACA-------AT----------ACTTC-AATAAGACA-AAAGAGAC-C--C--C--TTTGAT-----TTTCA-------GGACTCATTAGT-----C-------TATTTTC-AG-A
gi|7 : GCCATATT-GCCTG--TGTCC-TATAGT----A----T-TCATTCTGTCTGTCAGTCTGTCT----CTCCT---------T--------CTGTCA--A--CACTTT-CTATAACA--CAA-----AATAATGAGAG---TTTCC-T-T---GGG-A--ATAT-TTTC-----ATAA-A-A-TTCAT------ACACA-------AT----------ACTTC-AATAAGACAAAGGAAGA--C--C--CCTTTTGAT-----TTTCA-------G--t
gi|8 : cccaATA-GCGAGGTTGCCCCTATAGT----A----AATC----------------T-TCA----CTCTG---------T--------CCATCATCG--CATTTT-CTATAGAGTA-AC-----GGTGGCCTCG------TCC-T-T---C-------GAC-TTTG-----GAAAGA-T-TTTTC------ACTTA-------AT----------AGTTGAGATTAG-CAAGGAGAAT--C--C--C--TTT---------CTTG-------G--CTG-TT-GT-------------TATATGC-CG-AG-TTATGG--GACTTAGAAT--Tactcattagctttgttat
gi|9 : A--G--CATTTT-CTATGATA---AC-----GGTGGCTT---------CC-T-T---C-------GAC-TTGG-----AAAG-A-T-TTTTC------ACTTA-------AT----------AGTTG-TATTAGGCAAGGAGAGA--T--C--C--CTT--------TCTTG-------G--CT--TT-GT-------------TATT-GC-AG-AG-TTATGG--GACTTAGAAT--TC-------------------AAGACAATAGCA-T-TTT-TATGGGACATGATAACTcaaa
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555555555 222222222222222222222222222 33333333333 2222222222 1111111 1111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33333333333333333333333 111 1 1111111 11 111 11 111 444444444444444444444444444444444 111 4444444444 11111 22222222222 11 1 11 222 22 44444444 222 11 22222
lowQualScore : 66 55 66 4 55555555555555555555555555555 333333333333333333333333333 0 44 33 2 66 77777777777 6666 555 2 2 7777777777 2 66666 2 2 2 777777 6666666 2222222222 3 77 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 3 3 3 66 0 33333333333333333333333 1 7 111 6 1 3 0 0 8888888 00 222 44 5 5 777 5 3 1 333 999999999999999999999999999999999 333 6666666666 3 0 88888 8 8 88888888888 3 44 2 88 333 44 00 77777777 7 1 111 88 66666
lowQualScore : .. .. .. . ............................. ........................... . .. .. . .. ........... .... ... . . .......... . ..... . . . ...... ....... .......... . .. .. ......................................................... .. . . . .. . ....................... . . ... . . . . . ....... .. ... .. . . ... . . . ... ................................. ... .......... . . ..... . . ........... . .. . .. ... .. .. ........ . . ... .. .....
lowQualScore : 44 66 99 4 77777777777777777777777777777 555555555555555555555555555 7 22 99 9 44 11111111111 3333 000 9 9 7777777777 7 77777 7 7 7 777777 4444444 5555555555 1 33 22 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88 3 3 6 11 4 66666666666666666666666 0 8 333 7 0 7 5 7 3333333 77 000 11 1 7 111 0 2 0 888 777777777777777777777777777777777 999 4444444444 2 8 66666 0 0 44444444444 8 00 0 33 333 33 00 00000000 3 0 000 55 00000
consensus : TTGCCATATG-GCGGG--TGCCC-TATAGT----A----C-TC----------------TGTCT----ATCCG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-CTATGGCATGCAC-----GATAACTTAAG---TTTCC-T-T---G---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGAAAGA--C--C--C--T----------TTG-ATTT-TC--G--GCT--TT-GT-----C-------TATTTAC-AG-AG-TTATGG--GACTTGGAAT--TTTTGATAT---T-A-T----AAGANAATAGCA-C-TTT-TATGGCACACGATAACTTGAGAT----T--GCTTGAGAA-GATTTTCATA-GAA-TTTTAAAGGTAATG-CTCGGATTCCTATAGTAATCAC---TCTGTC---------C----G--------TCC--G----TCAGCACT-TCTCTATGT-C----GNACATTAGCT--AGG-TTTC-CTC-GG--AANA-TTTTATAAATT-TTCGGACGGAAGACTC--CTTT---AGATTTTCAGATTTATCGCGGGG-CCCTCT-----TT-TGACTTGTCAGTTTTGTAAACCNAAACCATGTTATTTGCAGCTCCAGGGTTAA
Reference ( family-2977 ) : TTGCCATATG-GCGGG--TGCCC-TATAGT----A----C-TC----------------TGTCT----ATCCG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-CTATGGCATGCAC-----GATAACTTAAG---TTTCC-T-T---G---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGAAAGA--C--C--C--T----------TTG-ATTT-TC--G--GCT--TT-GT-----C-------TATTTAC-AG-AG-TTATGG--GACTTGGAAT--TTTTGATAT---T-A-T----AAGANAATAGCA-C-TTT-TATGGCACACGATAACTTGAGAT----T--GCTTGAGAA-GATTTTCATA-GAA-TTTTAAAGGTAATG-CTCGGATTCCTATAGTAATCAC---TCTGTC---------C----G--------TCC--G----TCAGCACT-TCTCTATGT-C----GNACATTAGCT--AGG-TTTC-CTC-GG--AANA-TTTTATAAATT-TTCGGACGGAAGACTC--CTTT---AGATTTTCAGATTTATCGCGGGG-CCCTCT-----TT-TGACTTGTCAGTTTTGTAAACCNAAACCATGTTATTTGCAGCTCCAGGGTTAA
gi|1 : TTGCCATATT-GCAGG--TGCCC-TA-AGT----A----C-TC----------------TGTCT----ATCTG---------T--------CTGTTA--G--CACTTT-TCACAACATGTACCAGGTAATAACTTAAG---TTTCC-T-T---A---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------CCACA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGATAGG--C--C--C--T----------TTG-ATTT-CC--A--GAT--TT-ATAGGCAT-------TATTTCC-A--AG-TTATGG--CACTT-GAATTCTTTTGATAT---TGA-T----AAGAAAATGGTA-T-TTT-TGTGGCACACAATAACTTGAGAT----TAAAATTAAAAA-GATTTTCTGG-GAA---TTAAAGGTAATG-CTTGGACTCCTATCGCAATCAC---TCTGTC---------T----G--------TCT--G----TCAGCACTGTCTCTATGA-CTTGTGAATATTAGTT--AGG-TTTC-CTC-AGCAAGAA-TTTCATGAATT-TTCGAATGTAATACTTGGGTTTGACAGATTTTCAGATTTATCGTGGGG-CCCTTT-----TTCTGACTTGTCAGTTTTGT-AACTTA---CATATTATTTGCAGCTCCAGAGTTAA
gi|10 : --CACTCT-CTAAGGCATG-A------GATGGTATAAG---TTTCTATAT---A---A--AGAT-TTTC-----GTTA-A-T-TTTTTTTTTTTACATATTTGAAAAT----------ACTTA-GATTAGACAAAGAAAGA--C--CACC--T----------TTG-ATTT-TC--A--GCT--TT-GT-----C-------T--TTAC-AG-AC-TTATGG--GACTTAGGAT--TTGT-ATAC---T-G-T----AA
gi|11 : a-TATAGTCATCA----C-TC----------------TGTCT----GTCTG---------T--------CTGTTA--G--CACTTC-CTAT--CATA--------GAT----TAAG---TTTCC-T-C---AGA-A--AGAT-TTGCTGTAAATAT-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-AATTAAACAGAGAAGGA--C--C--T-----------------ATTT-TC--AT-TCT--TT-GT-----C--------A-TCAC-AGAAG-TTAT
gi|12 : CCATATG-GTAAG--TACCC-TGTAGT----AGTCAC-TC----------------CGTCT----AT------------T--------CT----------ACTTT-CTATGGCA--CAC-----AATAAC--AAG---TTTC--T-C---G---ATAAGAT-TTTC-----AAAA-A-T-TTTAC------ACATG-------ATACATACATGCACTTT-GATTAGGCAG---AATA--C--CT-C--T----------TTG-
gi|13 : ccaTTGAAGT--GTTTGATAT---C-AGT----AAGATGATGGCA-CATTC-TATGGCATACATTAAATTGGGGTATGTT--ACTTGAGAA-GATTTTCTTA-GAA--TTCAAAGGTGGTC-CCCTGAT-----TAG-GATCAC---TCgat
gi|14 : tttacattataagttaagtttCA--G--GAATTT-CTAAGGCATTT-------GATAACTTGCG---TTTCC-T-T---GGGGA--AAAT-TTTC-----TTAA-T-T-TTTAT------A--TT-------AT----------ACCTG-GATTAGGTAAGCAAAAA--C-------------------TTA-ACAT-T---G--GTT--TT-G--------------TATTTAC-GA-AGATTATGGTCTACTAGGAAT--
gi|15 : CCACATG-GCAGG--TTCCC--ATAGT----AATCAC-TC----------------TGTCA----ATCCA---------TTGGTCCATCTGTCA--GATCATTT------GACATGC-------TATAGTCTCAG---TATTT-T-A---G---A--AGGT-TTTC-----ATAG-ATT-TTTAT------TCATA-------AT----------Aac
gi|16 : ttttttagagtgccaA--G--CACTTT-CTAT------CAC-----TATAG---AAG---TTTTT-T-TTGGG---A--AGAT-TTTC-----ACAC-A-T-TTTAT------ACTTA-------AT----------ACTTG-AATGAGGTGGAGGAAAA--CATC--A--TTAGATCAAGATTGCATTTATT--G--GCT--TT-GT-----C---------TTTAC-AG-AG-TTATa
gi|17 : TAACCAC---TCTGTC---------C----GTCCTTCCATCC--GTCTCTCAGCA-T-TTTCAATGTAC----ACACAGTAACT--AGGTTTTC-TTC-AG--AAGATTTTTATAAATT-TT
gi|17 : gacTCC----ATCCG---------T--------CTCTCA--G--CATTTT-CAATG-TACACAC-----AGTAACT-AGG---TTTTC-T-TCA-G---A--AGAT-TTTT-----ATAA-A-T-TTTAT------at
gi|18 : gactaaccactctgtccgtcctA-GATTTTCATATGA---TTTAAAGGCATTG-CTCGTATTCCTATTATAATTAC---TGTTTC---------T----G--------TCC--A----TTAGCAC
gi|19 : CCCATAGTAATCACTTGTCTGTC---------CATCTG--------TCT--G----TTAGCACT-agtttaatttagaatat
gi|2 : ttgttggggctgcaccataaggtgagtgcTTGCAATATG-GCGGG--TACAC-CACAGT----A----A-TC----------------TGTCT----GTTCA---------T--------CCATCA--G--CATTTT-CTATGGCATG--T-----GATAACTTAAG---TTTCT-T-TGG-G---A--GGAT-TCTC-----AT-A-A-T-TTTAT------ACATATTACC--GT----------ACTTG-GATTCAGCAGAAGAGGA--C--C--C------------------CTT-TC--AATGCT--TT-GT---------------TTTAC-AG-AG-TTATGG--GACTTGGAA---------------T-A-C----AAGCTAA-ATCATC-TTT-TATTGCACATCATAACTTGAAAT----T--GCTTGAGA--------CAC----A-TCCTA----TAGTA-C----AT-------GTAA-------TTTGTC---------C----A--------TCCCTGC---TCAGTACT-T-TCTGT---------AGCAT--GCA--ATG-TTTCACTC--------A-TTT--GGAATT----GGGCAGAAGGTTC--CTTT---CTATTTTCAGTTTTATTCTGGGGACCCTCTCAGTCTC-TGATTTGCCAATTTTCTAAATCAAAACCATGT--TTTGCAG-----GGGTTAAgtaa
gi|20 : tgttaggatTTC-TT--G--GGT--TT-GT-------------TGTT-GC-AG-AG-TTATGG--GACTTAGAAT--T
gi|3 : TTGGAAT--TTTTAA-ATGAAT-A-T----AAGTGAAAAGCA-C-TTTCTATAGGATGCAGTAACTTGAGAT----T--ACTTGAGAA-GACTTTCATG-GAA-TTTTATAGGTAATG-CTTTGATTCCTATAGAAATCTG---TCTATCTTTCTTGTAC----A--------CCT--G----TCGGCACT-T-TCTACA-------GTACATTA--T--AAG-TTCC-TTTGGG--AATA--TTTATAAATTAATCAGA-GGAAGACCC--CTTT---AGGTTTTCAGATTTGTCACAGGG---TTCT-----TTATGACTTGTATGTTTTGTA
gi|4 : caATG-GTTGG--TGCCC-TATAGT----AATCAC-TT----------------TGTCTGTTGATCTG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-TCATGTCATGCA-------ATGATTTAAG---TTTCC-T-T---GGA-A--AGA--TGTC-----ATAA-A-TATACAT------GTATG-------AT----------AATTG-AATTATGCAGAGGGAGATTC--C--T--T----------TTG-ATTG-TC--A--GTT--TT-TT-----CACCTTTGTATTTGTGGG-AG-TTGTGG--GACTTGCAATG-GCTTGAGAT---T-gtt
gi|4 : ttagagttccgccACTTGCAAT----G--GCTTGAGA----TTTTCATT-GAACTTTTAAAATTAATT-CTCAAACTCGTATAGTAATttcattgaacttttaaaattaattctcaaactcgtatagtaat
gi|5 : ttagagttccgccatggttggtgccctatagtaatcactttgtctgttgatctgtctgtcagcacttttcatgtcatgcaatgatttaagtttccttggaaagatgtcataaatatacatgtatgataattgaattatgcagagggagattccttttgattgtcagttttttcacctttgtatttgtgggagttgtggg---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T----AC-------CAT--------------------------GATTAGATAGAAAAAAG--T--C--C-------------------------------------GT-----C--------ATTCAC-AG-AG-TTATTG--GACTTG-AGT--ATTTGATAT---T-G-TTTTAAAGAGAAAAACT-T-TCT-TAAGATA-AC-ATAA-TAGAGAT----T--GCATGAAAAAGATTTTCAAA-GAA-TTTTCCAGATAATGGCTTTGATTCCTATC-TAACCACC--TCTG-C---------C----A--------TTT--G----TTAACATT-CCTATAGCT-C----ACA-ATTA-CTCGAGT-TTTC-CTC-GG--AATA--TTTATAAATC-T
gi|6 : GCCATATTTGCCTG--TGTCC-TATAGT----A----T-TCATTTC-----------TGTCTGTCAGTCCGTCTCTCCTTT--------CTGTCA--A--CACTTTCCTATAACA--CAA-----AATAATTGAAGAGTTTTCC-T-T---G---G--GAATATTTC-----ATAA-A---TTCAT------ACACA-------AT----------ACTTC-AATAAGACA-AAAGAGAC-C--C--C--T----------TTG-ATTT-TCAGG--ACTCATTAGT-----C-------TATTTTC-AG-A
gi|7 : GCCATATT-GCCTG--TGTCC-TATAGT----A----T-TCATTCTGTCTGTCAGTCTGTCT----CTCCT---------T--------CTGTCA--A--CACTTT-CTATAACA--CAA-----AATAATGAGAG---TTTCC-T-T---GGG-A--ATAT-TTTC-----ATAA-A-A-TTCAT------ACACA-------AT----------ACTTC-AATAAGACAAAGGAAGA--C--C--CCTT----------TTG-ATTT-TC--A--Gt
gi|8 : cccaATA-GCGAGGTTGCCCCTATAGT----A----AATC----------------T-TCA----CTCTG---------T--------CCATCATCG--CATTTT-CTATAGAGTA-AC-----GGTGGCCTCG------TCC-T-T---C-------GAC-TTTG-----GAAAGA-T-TTTTC------ACTTA-------AT----------AGTTGAGATTAG-CAAGGAGAAT--C--C--C--T----------TT-----C-TT--G--GCTG-TT-GT-------------TATATGC-CG-AG-TTATGG--GACTTAGAAT--Tactcattagctttgttat
gi|9 : A--G--CATTTT-CTATGATA---AC-----GGTGGCTT---------CC-T-T---C-------GAC-TTGG-----AAAG-A-T-TTTTC------ACTTA-------AT----------AGTTG-TATTAGGCAAGGAGAGA--T--C--C--C----------TT----TC-TT--G--GCT--TT-GT-------------TATT-GC-AG-AG-TTATGG--GACTTAGAAT--TC-------------------AAGACAATAGCA-T-TTT-TATGGGACATGATAACTcaaa
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555555555 222222222222222222222222222 33333333333 2222222222 1111111 1111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33333333333333333333333 111 1 1111111 11 111 11 111 444444444444444444444444444444444 111 4444444444 11111 22222222222 11 1 11 222 22 44444444 222 11 22222
lowQualScore : 66 55 66 4 55555555555555555555555555555 333333333333333333333333333 0 44 33 2 66 77777777777 6666 555 2 2 7777777777 2 66666 2 2 2 777777 6666666 2222222222 3 77 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 3 3 3 66 0 33333333333333333333333 1 7 111 6 1 3 0 0 8888888 00 222 44 5 5 777 5 3 1 333 999999999999999999999999999999999 333 6666666666 3 0 88888 8 8 88888888888 3 44 2 88 333 44 00 77777777 7 1 111 88 66666
lowQualScore : .. .. .. . ............................. ........................... . .. .. . .. ........... .... ... . . .......... . ..... . . . ...... ....... .......... . .. .. ......................................................... .. . . . .. . ....................... . . ... . . . . . ....... .. ... .. . . ... . . . ... ................................. ... .......... . . ..... . . ........... . .. . .. ... .. .. ........ . . ... .. .....
lowQualScore : 44 66 99 4 77777777777777777777777777777 555555555555555555555555555 7 22 99 9 44 11111111111 3333 000 9 9 7777777777 7 77777 7 7 7 777777 4444444 5555555555 1 33 22 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88 3 3 6 11 4 66666666666666666666666 0 8 333 7 0 7 5 7 3333333 77 000 11 1 7 111 0 2 0 888 777777777777777777777777777777777 999 4444444444 2 8 66666 0 0 44444444444 8 00 0 33 333 33 00 00000000 3 0 000 55 00000
consensus : TTGCCATATG-GCGGG--TGCCC-TATAGT----A----C-TC----------------TGTCT----ATCCG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-CTATGGCATGCAC-----GATAACTTAAG---TTTCC-T-T---G---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGAAAGA--C--C--C--T----------TTG-ATTT-TC--G--GCT--TT-GT-----C-------TATTTAC-AG-AG-TTATGG--GACTTGGAAT--TTTTGATAT---T-A-T----AAGANAATAGCA-C-TTT-TATGGCACACGATAACTTGAGAT----T--GCTTGAGAA-GATTTTCATA-GAA-TTTTAAAGGTAATG-CTCGGATTCCTATAGTAATCAC---TCTGTC---------C----G--------TCC--G----TCAGCACT-TCTCTATGT-C----GNACATTAGCT--AGG-TTTC-CTC-GG--AANA-TTTTATAAATT-TTCGGACGGAAGACTC--CTTT---AGATTTTCAGATTTATCGCGGGG-CCCTCT-----TT-TGACTTGTCAGTTTTGTAAACCNAAACCATGTTATTTGCAGCTCCAGGGTTAA
Reference ( family-2977 ) : TTGCCATATG-GCGGG--TGCCC-TATAGT----A----C-TC----------------TGTCT----ATCCG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-CTATGGCATGCAC-----GATAACTTAAG---TTTCC-T-T---G---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGAAAGA--C--C--C--T----------TTG-ATTT-TC--G--GCT--TT-GT-----C-------TATTTAC-AG-AG-TTATGG--GACTTGGAAT--TTTTGATAT---T-A-T----AAGANAATAGCA-C-TTT-TATGGCACACGATAACTTGAGAT----T--GCTTGAGAA-GATTTTCATA-GAA-TTTTAAAGGTAATG-CTCGGATTCCTATAGTAATCAC---TCTGTC---------C----G--------TCC--G----TCAGCACT-TCTCTATGT-C----GNACATTAGCT--AGG-TTTC-CTC-GG--AANA-TTTTATAAATT-TTCGGACGGAAGACTC--CTTT---AGATTTTCAGATTTATCGCGGGG-CCCTCT-----TT-TGACTTGTCAGTTTTGTAAACCNAAACCATGTTATTTGCAGCTCCAGGGTTAA
gi|1 : TTGCCATATT-GCAGG--TGCCC-TA-AGT----A----C-TC----------------TGTCT----ATCTG---------T--------CTGTTA--G--CACTTT-TCACAACATGTACCAGGTAATAACTTAAG---TTTCC-T-T---A---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------CCACA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGATAGG--C--C--C--T----------TTG-ATTT-CC--A--GAT--TT-ATAGGCAT-------TATTTCC-A--AG-TTATGG--CACTT-GAATTCTTTTGATAT---TGA-T----AAGAAAATGGTA-T-TTT-TGTGGCACACAATAACTTGAGAT----TAAAATTAAAAA-GATTTTCTGG-GAA---TTAAAGGTAATG-CTTGGACTCCTATCGCAATCAC---TCTGTC---------T----G--------TCT--G----TCAGCACTGTCTCTATGA-CTTGTGAATATTAGTT--AGG-TTTC-CTC-AGCAAGAA-TTTCATGAATT-TTCGAATGTAATACTTGGGTTTGACAGATTTTCAGATTTATCGTGGGG-CCCTTT-----TTCTGACTTGTCAGTTTTGT-AACTTA---CATATTATTTGCAGCTCCAGAGTTAA
gi|10 : --CACTCT-CTAAGGCATG-A------GATGGTATAAG---TTTCTATAT---A---A--AGAT-TTTC-----GTTA-A-T-TTTTTTTTTTTACATATTTGAAAAT----------ACTTA-GATTAGACAAAGAAAGA--C--CACC--T----------TTG-ATTT-TC--A--GCT--TT-GT-----C-------T--TTAC-AG-AC-TTATGG--GACTTAGGAT--TTGT-ATAC---T-G-T----AA
gi|11 : a-TATAGTCATCA----C-TC----------------TGTCT----GTCTG---------T--------CTGTTA--G--CACTTC-CTAT--CATA--------GAT----TAAG---TTTCC-T-C---AGA-A--AGAT-TTGCTGTAAATAT-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-AATTAAACAGAGAAGGA--C--C--T-----------------ATTT-TC--AT-TCT--TT-GT-----C--------A-TCAC-AGAAG-TTAT
gi|12 : CCATATG-GTAAG--TACCC-TGTAGT----AGTCAC-TC----------------CGTCT----AT------------T--------CT----------ACTTT-CTATGGCA--CAC-----AATAAC--AAG---TTTC--T-C---G---ATAAGAT-TTTC-----AAAA-A-T-TTTAC------ACATG-------ATACATACATGCACTTT-GATTAGGCAG---AATA--C--CT-C--T----------TTG-
gi|13 : ccaTTGAAGT--GTTTGATAT---C-AGT----AAGATGATGGCA-CATTC-TATGGCATACATTAAATTGGGGTATGTT--ACTTGAGAA-GATTTTCTTA-GAA--TTCAAAGGTGGTC-CCCTGAT-----TAG-GATCAC---TCgat
gi|14 : tttacattataagttaagtttCA--G--GAATTT-CTAAGGCATTT-------GATAACTTGCG---TTTCC-T-T---GGGGA--AAAT-TTTC-----TTAA-T-T-TTTAT------A--TT-------AT----------ACCTG-GATTAGGTAAGCAAAAA--C-------------------TTA-ACAT-T---G--GTT--TT-G--------------TATTTAC-GA-AGATTATGGTCTACTAGGAAT--
gi|15 : CCACATG-GCAGG--TTCCC--ATAGT----AATCAC-TC----------------TGTCA----ATCCA---------TTGGTCCATCTGTCA--GATCATTT------GACATGC-------TATAGTCTCAG---TATTT-T-A---G---A--AGGT-TTTC-----ATAG-ATT-TTTAT------TCATA-------AT----------Aac
gi|16 : ttttttagagtgccaA--G--CACTTT-CTAT------CAC-----TATAG---AAG---TTTTT-T-TTGGG---A--AGAT-TTTC-----ACAC-A-T-TTTAT------ACTTA-------AT----------ACTTG-AATGAGGTGGAGGAAAA--CATC--A--TTAGATCAAGATTGCATTTATT--G--GCT--TT-GT-----C---------TTTAC-AG-AG-TTATa
gi|17 : TAACCAC---TCTGTC---------C----GTCCTTCCATCC--GTCTCTCAGCA-T-TTTCAATGTAC----ACACAGTAACT--AGGTTTTC-TTC-AG--AAGATTTTTATAAATT-TT
gi|17 : gacTCC----ATCCG---------T--------CTCTCA--G--CATTTT-CAATG-TACACAC-----AGTAACT-AGG---TTTTC-T-TCA-G---A--AGAT-TTTT-----ATAA-A-T-TTTAT------at
gi|18 : gactaaccactctgtccgtcctA-GATTTTCATATGA---TTTAAAGGCATTG-CTCGTATTCCTATTATAATTAC---TGTTTC---------T----G--------TCC--A----TTAGCAC
gi|19 : CCCATAGTAATCACTTGTCTGTC---------CATCTG--------TCT--G----TTAGCACT-agtttaatttagaatat
gi|2 : ttgttggggctgcaccataaggtgagtgcTTGCAATATG-GCGGG--TACAC-CACAGT----A----A-TC----------------TGTCT----GTTCA---------T--------CCATCA--G--CATTTT-CTATGGCATG--T-----GATAACTTAAG---TTTCT-T-TGG-G---A--GGAT-TCTC-----AT-A-A-T-TTTAT------ACATATTACC--GT----------ACTTG-GATTCAGCAGAAGAGGA--C--C--C------------------CTT-TC--AATGCT--TT-GT---------------TTTAC-AG-AG-TTATGG--GACTTGGAA---------------T-A-C----AAGCTAA-ATCATC-TTT-TATTGCACATCATAACTTGAAAT----T--GCTTGAGA--------CAC----A-TCCTA----TAGTA-C----AT-------GTAA-------TTTGTC---------C----A--------TCCCTGC---TCAGTACT-T-TCTGT---------AGCAT--GCA--ATG-TTTCACTC--------A-TTT--GGAATT----GGGCAGAAGGTTC--CTTT---CTATTTTCAGTTTTATTCTGGGGACCCTCTCAGTCTC-TGATTTGCCAATTTTCTAAATCAAAACCATGT--TTTGCAG-----GGGTTAAgtaa
gi|20 : tgttaggatTTC-TT--G--GGT--TT-GT-------------TGTT-GC-AG-AG-TTATGG--GACTTAGAAT--T
gi|3 : TTGGAAT--TTTTAA-ATGAAT-A-T----AAGTGAAAAGCA-C-TTTCTATAGGATGCAGTAACTTGAGAT----T--ACTTGAGAA-GACTTTCATG-GAA-TTTTATAGGTAATG-CTTTGATTCCTATAGAAATCTG---TCTATCTTTCTTGTAC----A--------CCT--G----TCGGCACT-T-TCTACA-------GTACATTA--T--AAG-TTCC-TTTGGG--AATA--TTTATAAATTAATCAGA-GGAAGACCC--CTTT---AGGTTTTCAGATTTGTCACAGGG---TTCT-----TTATGACTTGTATGTTTTGTA
gi|4 : caATG-GTTGG--TGCCC-TATAGT----AATCAC-TT----------------TGTCTGTTGATCTG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-TCATGTCATGCA-------ATGATTTAAG---TTTCC-T-T---GGA-A--AGA--TGTC-----ATAA-A-TATACAT------GTATG-------AT----------AATTG-AATTATGCAGAGGGAGATTC--C--T--T----------TTG-ATTG-TC--A--GTT--TT-TT-----CACCTTTGTATTTGTGGG-AG-TTGTGG--GACTTGCAATG-GCTTGAGAT---T-gtt
gi|4 : ttagagttccgccACTTGCAAT----G--GCTTGAGA----TTTTCATT-GAACTTTTAAAATTAATT-CTCAAACTCGTATAGTAATttcattgaacttttaaaattaattctcaaactcgtatagtaat
gi|5 : ttagagttccgccatggttggtgccctatagtaatcactttgtctgttgatctgtctgtcagcacttttcatgtcatgcaatgatttaagtttccttggaaagatgtcataaatatacatgtatgataattgaattatgcagagggagattccttttgattgtcagttttttcacctttgtatttgtgggagttgtggg---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T----AC-------CAT--------------------------GATTAGATAGAAAAAAG--T--C--C-------------------------------------GT-----C--------ATTCAC-AG-AG-TTATTG--GACTTG-AGT--ATTTGATAT---T-G-TTTTAAAGAGAAAAACT-T-TCT-TAAGATA-AC-ATAA-TAGAGAT----T--GCATGAAAAAGATTTTCAAA-GAA-TTTTCCAGATAATGGCTTTGATTCCTATC-TAACCACC--TCTG-C---------C----A--------TTT--G----TTAACATT-CCTATAGCT-C----ACA-ATTA-CTCGAGT-TTTC-CTC-GG--AATA--TTTATAAATC-T
gi|6 : GCCATATTTGCCTG--TGTCC-TATAGT----A----T-TCATTTC-----------TGTCTGTCAGTCCGTCTCTCCTTT--------CTGTCA--A--CACTTTCCTATAACA--CAA-----AATAATTGAAGAGTTTTCC-T-T---G---G--GAATATTTC-----ATAA-A---TTCAT------ACACA-------AT----------ACTTC-AATAAGACA-AAAGAGAC-C--C--C--T----------TTG-ATTT-TCAGG--ACTCATTAGT-----C-------TATTTTC-AG-A
gi|7 : GCCATATT-GCCTG--TGTCC-TATAGT----A----T-TCATTCTGTCTGTCAGTCTGTCT----CTCCT---------T--------CTGTCA--A--CACTTT-CTATAACA--CAA-----AATAATGAGAG---TTTCC-T-T---GGG-A--ATAT-TTTC-----ATAA-A-A-TTCAT------ACACA-------AT----------ACTTC-AATAAGACAAAGGAAGA--C--C--CCTT----------TTG-ATTT-TC--A--Gt
gi|8 : cccaATA-GCGAGGTTGCCCCTATAGT----A----AATC----------------T-TCA----CTCTG---------T--------CCATCATCG--CATTTT-CTATAGAGTA-AC-----GGTGGCCTCG------TCC-T-T---C-------GAC-TTTG-----GAAAGA-T-TTTTC------ACTTA-------AT----------AGTTGAGATTAG-CAAGGAGAAT--C--C--C--T----------TT-----C-TT--G--GCTG-TT-GT-------------TATATGC-CG-AG-TTATGG--GACTTAGAAT--Tactcattagctttgttat
gi|9 : A--G--CATTTT-CTATGATA---AC-----GGTGGCTT---------CC-T-T---C-------GAC-TTGG-----AAAG-A-T-TTTTC------ACTTA-------AT----------AGTTG-TATTAGGCAAGGAGAGA--T--C--C--C----------TT----TC-TT--G--GCT--TT-GT-------------TATT-GC-AG-AG-TTATGG--GACTTAGAAT--TC-------------------AAGACAATAGCA-T-TTT-TATGGGACATGATAACTcaaa
blockSeqs : TT AA GT C ATTCATTCTGTCTGTCAGTC GTCAGTCCGTCTCTCCTTT TC AT C GG CACACA TATA AGT A A GGGGA A TGTAA G T A TTTTTT TTTGAAA ACATACATGC A TT AT ATTAGATCAAGATTGCATTTATTGGCTTTGTC TA G A A TC ATTTGATATTGTTTTA T T CA C C T A ATGTT AA TAT CT A G CCT T A T TTG CGTCCTTCCATCCGTCTC TT GTACAC C CTCG T A AGAAGATT T AA C . . CT AC CAGTCTC A A AAC . .
blockSeqs : G AG . . ATTCATTTC ATCCATTGGTCCAT . . . GG TAACG CTTG . . . TGGGA . . . . . . TTACC . . C . TTTTGATTGTCAGTTTTTTCACCTTTGTA CA . . . . TTTTAAATGAATAT T A TC . C C C T A TA T A . TCG T T T C TTTCTTGTACACCTG CC CTCAC C ACT . . GGGAATA T T . . . AC . TTA A
blockSeqs : G GG . . CATCACTC GTTGATCTGT . . . GG TGAG TCTC . . . AGAA . . . . . . . . . . . CTTTGATTTTCAGGACTCATTAGTCTA TA . . . . GTTTGATATCAGT G A C . G T A T A TG T T . TTT T A T . CATCTGTCTG T AGT C GCA . . GGAATA T T
blockSeqs : G TG . . AGTCACTC GTCTGT . . . GA CACA CTTA . . . GATA . . . . . . . . . . . ACCTTTGATTTTCAGCTTTGTCT TA . . . . TTGTATACTGT G T T . T C G G A TT T A . TCA T A T . CATCCCTGC T A . T . . AT . .
blockSeqs : G CT . . AATCACTC ATCCGT . . . GG TTTG TTTA . . . CAGA . . . . . . . . . . . TATTTTCATTCTTTGTCA TA . . . . TAC C . T . G . . T . AA . C . TTT . A A . TGTCCA
blockSeqs : T CT . . AATCACTT GTTCAT . . . GT TGCT TTGA . . . GGGA . . . . . . . . . . . CTTTCTTGGCTGTTGTTA TG . . . . TC . C . . . . . C T . CATTTG
blockSeqs : A GA . . AAATC CTCCTT . . . AA CACT TGAG . . . GGAA . . . . . . . . . . . CCTTTCTTGGCTTTGTTA CA . . . . . T .
blockSeqs : . AATC CTCTGT . . . AA TGTG CCTC . . . GGGA . . . . . . . . . . . TTAACATTGGTTTTGTA TT . . . . .
blockSeqs : ATT . . . AG TGCA CTA . . . AA . . . . . . . . . . . CCTTTCAATGCTTTGT TG . . .
blockSeqs : . . . GA CAAA CTT . . . GA . . . . . . . . . . . CGTCA G . . .
blockSeqs : . . . G CAAA TA . . . GG . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . TAG CA . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . ACG A . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : AATCACTC********************* CGCG******* GGGA****** TTTGATACTGT************ T****** T* CT* NT******** GGAATA*****
originalCons : TTGCCATATG-GCGGG--TGCCC-TATAGT----A----C-TC----------------TGTCT----ATCCG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-CTATGGCATGCAC-----GATAACTTAAG---TTTCC-T-T---G---A--AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGAAAGA--C--C--C--T----------TTG-ATTT-TC--G--GCT--TT-GT-----C-------TATTTAC-AG-AG-TTATGG--GACTTGGAAT--TTTTGATAT---T-A-T----AAGANAATAGCA-C-TTT-TATGGCACACGATAACTTGAGAT----T--GCTTGAGAA-GATTTTCATA-GAA-TTTTAAAGGTAATG-CTCGGATTCCTATAGTAATCAC---TCTGTC---------C----G--------TCC--G----TCAGCACT-TCTCTATGT-C----GNACATTAGCT--AGG-TTTC-CTC-GG--AANA-TTTTATAAATT-TTCGGACGGAAGACTC--CTTT---AGATTTTCAGATTTATCGCGGGG-CCCTCT-----TT-TGACTTGTCAGTTTTGTAAACCNAAACCATGTTATTTGCAGCTCCAGGGTTAA
finalCons : TTGCCATATG-GCGGG--TGCCC-TATAGTAATCACTC---------------------TGTCT----ATCCG---------T--------CTGTCA--G--CACTTT-CTATGGCACGCG-------ATAACTTAAG---TTTCC-T-TGGGA------AGAT-TTTC-----ATAA-A-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGAAAGA--C--C--C--T----------TTG-ATTT-TC--G--GCT--TT-GT-----C-------TATTTAC-AG-AG-TTATGG--GACTTGGAATTTTGATACTGT------------AAGANAATAGCA-C-TTT-TATGGCACACGATAACTTGAGATT------GCTTGAGAA-GATTTTCATA-GAAT-TTTAAAGGTAATG-CTCGGATTCCTATAGTAATCAC---TCTGTC---------C----G--------TCC--G----TCAGCACTCT-TCTATNT--------ACATTAGCT--AGG-TTTC-CTCGGAATA-----TTTATAAATT-TTCGGACGGAAGACTC--CTTT---AGATTTTCAGATTTATCGCGGGG-CCCTCT-----TT-TGACTTGTCAGTTTTGTAAACCNAAACCATGTTATTTGCAGCTCCAGGGTTAA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111 1111111 1111111 1111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333333333333333333333 111 1 1111 11 111 333333333 1111 222 7777777777777777777777 1 33333 11 1 11 222 22 44444444 222 11 22222
lowQualScore : 44 44 66 4 99999 666 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 2 555 888888888888 6666 0 444 33 888 5 666666 2 2 1 0000000 6666666 2222222222 3 0 44 44 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 3 3 3 66 55 9999999999999999999999 1 7 111 6 1 3 0 0 4444 99 00 222 77 0 5 5 777 5 0 888 0 6 0 222222222 2222 666 1111111111111111111111 0 0 77777 3 3 99 2 88 333 44 00 77777777 7 1 111 88 66666
lowQualScore : .. .. .. . ..... ... . ................................................... .. . ... ............ .... . ... .. ... . ...... . . . ....... ....... .......... . . .. .. ......................................................... .. . . . .. .. ...................... . . ... . . . . . .... .. .. ... .. . . . ... . . ... . . . ......... .... ... ...................... . . ..... . . .. . .. ... .. .. ........ . . ... .. .....
lowQualScore : 66 66 11 0 33333 444 6 222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 7 000 000000000000 7777 1 777 77 333 3 999999 7 7 1 3333333 4444444 5555555555 1 2 22 22 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 88 3 3 6 11 00 6666666666666666666666 0 8 333 7 0 7 5 7 2222 22 77 000 11 1 1 7 111 0 7 333 1 7 8 000000000 2222 000 2222222222222222222222 2 0 88888 2 2 88 0 33 333 33 00 00000000 3 0 000 55 00000
consensus : TTGCCATATG-GCGGG--TGCCC-TATAGTAA----TCAC---T-CTGTCC--------G--------TC----CGTCT---------GT------------CAG--CACTTTC-TATG-GCACG-CG-------ATAACT-TAAG---T--TTC---CTT-GGGAAGATTTTC-----ATAAA-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGAAAGA--C--C--C--T----------TTG-ATTT-TC--G--GCT--TT-GT-----C-------TATTTAC-AG-AG-TTATGG--GACTTGGA--AT--TTT--GAT-A-CTG-T----AAGANAATAGCA-C-TTT-TATGGCACACGATAACTTGAGAT----TGC--TTGAGAA-GATTTTCATA-GAA-TTTTAAAGGTAATG-CTCGGATTCCTATNGTAATCAC-TCTGTC---------CGTCC--G-TCAGCACT-T-TCTACG-NTC----ACA-TTAGCT--AGGTTTC-CTCG---GGAATATTTATGAATT-TTCGGACGGAAGACTC--CTTT---AGATTTTCAGATTTATCGCGGGG-CCCTCT-----TT-TGACTTGTCAGTTTTGTAAACCNAAACCATGTTATTTGCAGCTCCAGGGTTAA
Reference ( family-2977 ) : TTGCCATATG-GCGGG--TGCCC-TATAGTAA----TCAC---T-CTGTCT--------A--------TC----CGTCT---------GT------------CAG--CACTTTC-TATG-GCACG-CG-------ATAACT-TAAG---T--TTC---CTT-GGGAAGATTTTC-----ATAAA-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGAAAGA--C--C--C--T----------TTG-ATTT-TC--G--GCT--TT-GT-----C-------TATTTAC-AG-AG-TTATGG--GACTTGGA--AT--TTT--GAT-A-CTG-T----AAGANAATAGCA-C-TTT-TATGGCACACGATAACTTGAGAT----TGC--TTGAGAA-GATTTTCATA-GAA-TTTTAAAGGTAATG-CTCGGATTCCTATAGTAATCAC-TCTGTC---------CGTCC--G-TCAGCACTCT-TCTAT--NT-----ACA-TTAGCT--AGGTTTC-CTC----GGAATATTTATAAATT-TTCGGACGGAAGACTC--CTTT---AGATTTTCAGATTTATCGCGGGG-CCCTCT-----TT-TGACTTGTCAGTTTTGTAAACCNAAACCATGTTATTTGCAGCTCCAGGGTTAA
gi|1 : TTGCCATATT-GCAGG--TGCCC-TA-AGTA--------C---T-CTGTCT--------A--------TC----TGTCT---------GT------------TAG--CACTTTT-CACA-ACATG-TACCAGGTAATAACT-TAAG---T--TTC---CTT-A--AAGATTTTC-----ATAAA-T-TTTAT------CCACA-------AT----------ACTTG-GATTAGGCAGAGATAGG--C--C--C--T----------TTG-ATTT-CC--A--GAT--TT-ATAGGCAT-------TATTTCC-A--AG-TTATGG--CACTTGAATTCT--TTT--GAT-A-TTGAT----AAGAAAATGGTA-T-TTT-TGTGGCACACAATAACTTGAGAT----TAAAATTAAAAA-GATTTTCTGG-GAA-TT--AAAGGTAATG-CTTGGACTCCTATCGCAATCAC-TCTGTC---------TGTCT--G-TCAGCACTGTCTCTATGACTTGTGAATA-TTAGTT--AGGTTTC-CTCAGCAAGAAT-TTCATGAATT-TTCGAATGTAATACTTGGGTTTGACAGATTTTCAGATTTATCGTGGGG-CCCTTT-----TTCTGACTTGTCAGTTTTGT-AACTTA---CATATTATTTGCAGCTCCAGAGTTAA
gi|10 : --CACTCTC-TAAG-GCATG-AG-------ATGGTA-TAAG---T--TTC---TAT-ATAAAGATTTTC-----GTTAA-T-TTTTTTTTTTTACATATTTGAAAAT----------ACTTA-GATTAGACAAAGAAAGA--C--CACC--T----------TTG-ATTT-TC--A--GCT--TT-GT-----C-------T--TTAC-AG-AC-TTATGG--GACTTAGG--AT--TTG--TAT-A-CTG-T----AA
gi|11 : a-TATAGTCA----TCAC---T-CTGTCT--------G--------TC----TGTCT---------GT------------TAG--CACTTCC-TAT---C-------------ATAGAT-TAAG---T--TTC---CTC-AGAAAGATTTGCTGTAAATATA-T-TTTAT------ACATA-------AT----------ACTTG-AATTAAACAGAGAAGGA--C--C--T-----------------ATTT-TC--AT-TCT--TT-GT-----C--------A-TCAC-AGAAG-TTAT
gi|12 : CCATATG-GTAAG--TACCC-TGTAGTAG----TCAC---T-CCGTCT--------A--------T-------TCT-----------------------------ACTTTC-TATG-GCACA-CA-------ATAAC---AAG---T--TT----CTC-GATAAGATTTTC-----AAAAA-T-TTTAC------ACATG-------ATACATACATGCACTTT-GATTAGGCAG---AATA--C--CT-C--T----------TTG-
gi|13 : ccaTTGAA--GTG-TTT--GAT-ATCAG-T----AAGATGATGGCA-CATTC-TATGGCATACATTAAATTGGGGTATGTTAC--TTGAGAA-GATTTTCTTA-GAA--TTCAAAGGTGGTC-CCCTGAT-----TAG-GATCAC-TCgat
gi|14 : tttacattataagttaagttt------------CAG--GAATTTC-TAAG-GCATT-TG-------ATAACT-TGCG---T--TTC---CTTGGGGAAAATTTTC-----TTAAT-T-TTTAT--------ATT-------AT----------ACCTG-GATTAGGTAAGCAAAAA--C-------------------TTA-ACAT-T---G--GTT--TT-G--------------TATTTAC-GA-AGATTATGGTCTACTAGGA--AT--
gi|15 : CCACATG-GCAGG--TTCCC--ATAGTAA----TCAC---T-CTGTCA--------ATCCATTGGTC----CATCT---------GT------------CAGATCATT------TG-ACATG-CT-------ATAGTC-TCAG---T--AT-----TT-TAGAAGGTTTTC-----ATAGATT-TTTAT------TCATA-------AT----------Aac
gi|16 : ttttttagagtgccaAG--CACTTTC-TAT-----CA-CT-------ATAG----AAG---T--TTT---TTTTGGGAAGATTTTC-----ACACA-T-TTTAT------ACTTA-------AT----------ACTTG-AATGAGGTGGAGGAAAA--CATC--A--TTAGATCAAGATTGCATTTATT--G--GCT--TT-GT-----C---------TTTAC-AG-AG-TTATa
gi|17 : TAA----CCAC---T-CTGTCCGTCCTTCCA--------TC----CGTCT---------CT------------CAG--CATTTTC-AATGTACACA-CA-------GTAACT--AGG---T--TTT---CTT-CAGAAGATTTTT-----ATAAA-T-TTTAT------
gi|18 : gacA-GATTTTCATATGA---TTTAAAGGCATTG-CTCGTATTCCTATTATAATTAC-TGTTTC---------TGTCC--A-TTAGCAC
gi|19 : CCATAAG-GTGAG--TGCCC-CATAGTAA----TCACTTGT-CTGTCC--------A--------TC----TGTCT---------GT------------TAG--CACTagtttaatttagaatat
gi|2 : ttgttggggctgcaTTGCAATATG-GCGGG--TACAC-CACAGTAA----TC--------TGTCT--------G--------TT----CATCC---------AT------------CAG--CATTTTC-TATG-GCATG-TG-------ATAACT-TAAG---T--TTC---TTT-GGGAGGATTCTC-----ATAA--T-TTTAT------ACATATTACC--GT----------ACTTG-GATTCAGCAGAAGAGGA--C--C--C--C----------TT-------TC--AATGCT--TT-GT---------------TTTAC-AG-AG-TTATGG--GACTTGGA--AT-----------A-C--------AAGCTAA-ATCATC-TTT-TATTGCACATCATAACTTGAAAT----TGC--TTGAGA--------CAC----A-TCCTA----TAGTA-C----AT-------GTAA-----TTTGTC---------CATCCCTGCTCAGTACT-T-TCTGT--A------GCA-T--GCA--ATGTTTCACTC---------ATTTG-GAATT----GGGCAGAAGGTTC--CTTT---CTATTTTCAGTTTTATTCTGGGGACCCTCTCAGTCTC-TGATTTGCCAATTTTCTAAATCAAAACCATGT--TTTGCAG-----GGGTTAAgtaa
gi|20 : tgttaggatTTC-TT--G--GGT--TT-GT-------------TGTT-GC-AG-AG-TTATGG--GACTTAGA--AT--T
gi|3 : TTGGA--AT--TTTTAAATGA-ATA-T----AAGTGAAAAGCA-C-TTTCTATAGGATGCAGTAACTTGAGAT----TAC--TTGAGAA-GACTTTCATG-GAA-TTTTATAGGTAATG-CTTTGATTCCTATAGAAATCTG-TCTATCTTTCTTGTACACCT--G-TCGGCACT-T-TCTACA-GT-----ACA-TTA--T--AAGTTCC-TTTG---GGAATATTTATAAATTAATCAGA-GGAAGACCC--CTTT---AGGTTTTCAGATTTGTCACAGGG---TTCT-----TTATGACTTGTATGTTTTGTA
gi|4 : caATG-GTTGG--TGCCC-TATAGTAA----TCAC---T-TTGTCTGTTG----A--------TC----TGTCT---------GT------------CAG--CACTTTT-CATG-TCATG-CA-------ATGATT-TAAG---T--TTC---CTT-GGAAAGA-TGTC-----ATAAA-TATACAT------GTATG-------AT----------AATTG-AATTATGCAGAGGGAGATTC--C--T--T----------TTG-ATTG-TC--A--GTT--TT-TT-----CACCTTTGTATTTGTGGG-AG-TTGTGG--GACTTGCA--ATGGCTT--GAgtt
gi|4 : ttagagttccgccACTTGCAAT----GGC--TTGAGA----TTTTCATT-GAACTTTTAAAATTAATT-CTCAAACTCGTATAGTAATgattttcattgaacttttaaaattaattctcaaactcgtatagtaat
gi|5 : ttagagttccgccatggttggtgccctatagtaatcactttgtctgttgatctgtctgtcagcacttttcatgtcatgcaatgatttaagtttccttggaaagatgtcataaatatacatgtatgataattgaattatgcagagggagattccttttgattgtcagttttttcacctttgtatttgtgggagttgtgggAAGATTTTC-----ATAAA-T----AC-------CAT--------------------------GATTAGATAGAAAAAAG--T--C--C-------------------------------------GT-----C--------ATTCAC-AG-AG-TTATTG--GACTTG-A--GTA-TTT--GAT-A-TTG-TTTTAAAGAGAAAAACT-T-TCT-TAAGATA-AC-ATAA-TAGAGAT----TGC--ATGAAAAAGATTTTCAAA-GAA-TTTTCCAGATAATGGCTTTGATTCCTATC-TAACCACCTCTG-C---------CATTT--G-TTAACATTCC-TATAG--CTC----ACAATTA-CTCGAGTTTTC-CTC----GGAATATTTATAAATC-T
gi|6 : GCCATATTTGCCTG--TGTCC-TATAGTAT----TCAT---TTCTGTCT--------G--------TCAGTCCGTCTCTCCTTTCTGT------------CAA--CACTTTCCTATA-ACACA-AA-------ATAATT-GAAGAGTT--TTC---CTT-GGGAATATTT-C-----ATAAA-T-TC-AT------ACACA-------AT----------ACTTC-AATAAGACAAA-AGAGA--C--C--CC-T----------TTG-ATTT-TCAGG--ACTCATTAGT-----C-------TATTTTC-AG-A
gi|7 : GCCATATT-GCCTG--TGTCC-TATAGTAT----TCAT---T-CTGTCT--------G--------TC----AGTCT---------GTCTCTCCTTCTGTCAA--CACTTTC-TATA-ACACA-AA-------ATAATG-AGAG---T--TTC---CTT-GGGAATATTTTC-----ATAAA-A-TTCAT------ACACA-------AT----------ACTTC-AATAAGACAAAGGAAGA--C--C--CCTT----------TTG-ATTT-TC--A--Gt
gi|8 : cccaATA-GCGAGGTTGCCCCTATAGTAAATCTTCAC---T-CTGTCC--------A--------TC------------------AT------------C-G--CATTTTC-TATA-GAGTAACG-------GTGGCC-TC-G---TCCTTCGACTTT-GGAAAGATTTTT-----------------C------ACTTA-------AT----------AGTTGAGATTAG-CAAGGAGAAT--C--C--C--T----------TT-----C-TT--G--GCTG-TT-GT-------------TATATGC-CG-AG-TTATGG--GACTTAGA--AT--Tactcattagctttgttat
gi|9 : AG--CATTTTC-TATG-ATA-A-CG-------GTGGCT-TC-----C--TTCGA-CTT-GGAAAGATTTTT-----------------C------ACTTA-------AT----------AGTTG-TATTAGGCAAGGAGAGA--T--C--C--C----------TT----TC-TT--G--GCT--TT-GT-------------TATT-GC-AG-AG-TTATGG--GACTTAGA--AT--TC------------------AAGACAATAGCA-T-TTT-TATGGGACATGATAACTcaaa
gi|9 : AG--CATTTT--TATG-GGACA-TG-------ATAACTAAAAG---T--TTC---TGT-GGGaaaagtttctgtggg