lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4444444444444444444444444444 11111111 222222222222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 77777777777777777777777777777777777777777777777 22222222 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 4444 1 1 33 11 1 1 33 1 1 11 1 444 1111 33333 333333333333 22222 111 33333333 111 111 33333333333 3333333333 222222 111 3333333333 3333333333333333333333 11111111 111111 222222 44444444444444444444444444 222222222222 4444444444444
lowQualScore : 66 2 444 5 66 2 22 2 4 7777 55 5555555555555555555555555555 2 2 00000000 5555 222222222222222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999 555 555 555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 1 44444444444444444444444444444444444444444444444 11111111 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 4444 5 5 2 11 88 3 9 6 6 1 0 11 0 6 0 88 2 0 3 777 4444 99999 1 6 444444444444 8 00000 222 5 5 5 44444444 000 1 555 33333333333 2 1111111111 4 4 111111 0 4 7 333 4 9999999999 8888 1 777 2222222222222222222222 44444444 000000 1 7777 555 000000 444 7777 2 444 2 55555555555555555555555555 888 33 88888 2 444444444444 2 33 33 666 2 9999999999999 2 2 666 33 33 2 2 2 3 2 2 6 2 2 33 444 2
lowQualScore : .. . ... . .. . .. . . .... .. ............................ . . ........ .... ..................... ............................................... ... ... ... ........................................................................................................................................................................ . . ............................................... ........ . ........................................................ .. .... . . . .. .. . . . . . . .. . . . .. . . . ... .... ..... . . ............ . ..... ... . . . ........ ... . ... ........... . .......... . . ...... . . . ... . .......... .... . ... ...................... ........ ...... . .... ... ...... ... .... . ... . .......................... ... .. ..... . ............ . .. .. ... . ............. . . ... .. .. . . . . . . . . . .. ... .
lowQualScore : 77 7 444 0 99 5 99 1 2 3333 33 7777777777777777777777777777 4 4 99999999 0000 444444444444444444444 22222222222222222222222222222222222222222222222 444 444 444 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 7 11111111111111111111111111111111111111111111111 88888888 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00 0000 0 0 5 55 33 3 7 7 7 2 0 00 0 0 0 55 5 0 0 555 2222 77777 0 0 444444444444 0 00000 888 0 7 7 11111111 000 4 777 77777777777 1 5555555555 4 4 888888 8 0 9 000 0 6666666666 3333 6 777 5555555555555555555555 44444444 999999 2 1111 888 666666 222 2222 9 222 9 44444444444444444444444444 999 77 44444 9 444444444444 4 22 22 555 4 5555555555555 2 2 111 22 22 2 2 4 5 1 1 5 4 5 44 444 7
consensus : GGTACAT-AGAATTACC-GAAA---TACCCT-TG--ATT-TACC--GA-AA-TACCC---CCG--GAAA-----AC---------------------AC-C-GA--------AA----T---------------------ACCC----G--A--------------------TT--T--------------TTT---CA---TTTC---ATAT----------T--ATT--GT-TA--TT--------T---A-AATATTTGTGTA-------AG-------------AA----G----------T------T---------AA--A--------TT--TGAT--TTTAT----A-----T------TTTTCTGTA-TT--TAT-TTCACACCG----------------G--------------AA--------------GAACCGTAACTCTC--G-----TATCATAAAGA-TGGTCCTGNACTTTTTCAGAANTAGAATTGTTTCATATTAAGTAAATTGACTCCAACTCCTCATTGACCNCCCNCTTTAACCTTTAATNGTGCGAATAAAAT--TAGTTTG-ATCCAATTAGATGATATTC-CTTTCTTCA-TCTTAATGAGGAGAA-AATATTTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTNGCGGGTGACGAGCACAATAAT----TTT--TGTGTGCCATTCCCAATA--------T---CAAAT-GCCTTAAT-----AAGCTTTACT-TA-TA-GAT---AT---TTTATCGA---CCA----TT----AATGGTNGTTAACGAG---AGTTACGGTT-CTT-T---CCATAAGCCG-TNTCCGGTGT-GAA-NTAATAA--AAA---AAGAAAAATTC-C-AT---AA---A---TT------A-TCA---A--A-TGCTTG-G--T-TTTATAA----AAAAA---AAA----TCTTATA-CAAG---TA-T-T-T-AAATNACAAT-------AATAT--------GAAATG---AAAA--AA-T--CG-GGT----------A-TTTCGGTAG-G--T--T---A-GGG-----G-----G-GT-ATT-TCG---GTG--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTCGGTA-AATCA-AGGG--TA---TTTC-GGTAATTCTATGTAC
Reference ( gi|1 ) : GGTACAC-AGAATTACC-GAAA---TACCCT-TG--ATT-TACC--GA-AA-TACCC---TCA--GAAA-----AC---------------------AC-C-GA--------AA----T---------------------ACCC----A--A--------------------TT--T--------------TTT---CA---TTTC---ATAT----------T--ATT--GT-TA--TG--------T---A-AATATTTGTGTA-------AG-------------AA----G----------T------T---------AA--A--------TT--TG----TTTAT----A-----T------TTTCCTGTA-----TAT-TTCACACTG----------------G--------------AA--------------GAACTGTAACTCTC--A-----TATCATAAAGA-TGAT---GTA-TTTTT----ATTAGAATT-CTT---------------A--TTT------TCATTGACCTCCCAGTTTAATATTTCATGGTGCAATTAAAAT--TAGTTTG-ATTCAATGACATGATATTC-CTTTTATCA-TCCTAATGAGGAGAA-AATATTTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTTGTTTGTGACGAGCACAATAAT----TTT--AGAGTGTCATTCCCAGTA--------T---CAAAT-GCCTTAAT-----AACCTTTACT-TA-T---AT---AT---TTTATCGA---CCA----TT----AATGGTTGTTAACAAG---ATTGACTGTT-CTT-T---CTATAAGCCG-TATCTGATGT-GAA-CTAATAA--AAA---AAGAAAAATTC-C-AT---TG---A---TT------A-TCA---A--A-TGCTTG-G--T-TTTATAA----AAAAA---AAA----TCTTATA-CAAG---TA-T-T-T-AAATAACAAT-------GATAA--------GAAATG---AAAA--AA-T--TG-GGT----------G-TTTCGGTAG-G--T--T---A-GGG-----G--C--GCGT-ATT-TCG---GTG--T--T-T-TC-TGGGAGT-A-TTTCGATA-AATCA-AGGG--TA---TTTC-GGTAATTCTATGTAC
gi|4 : GGTACAT-AGAATTACC-GAAA---TACCCC-TG--ATT-TACC--GA-AA-TACCC---CCA--GAAA-----AC---------------------AC-C-GA--------AA----TACCCCCCTAACCTACCGAAATACCC----G--A--------------------TT--T--------------TTT---CA---TTTC---ATAT----------T--ATT--GT-AA--TT--------T---A-AATATTTGTACA-------AGTTTCTTTTTTATAAA----A----------C------C---------AAACA--------TT--CGATAATTTATTGA-A-----T------TTTTCTTTCTTT--TAT-TTCACACTG----------------G--------------A
gi|21 : gcagaataatttttgtgccattcccaatattaacaaatgccttaattaaataagcttacttatatcatattttatcgaccattttataatggttgttaacaagatccactgttcttttcataagccgtaGGTACAT-AGAATTACC-GAAA---TACCC---G--ATT-TACC--GA-AA-TACCC---CTA--GAAA-----AC---------------------AC-A-GA--------AA----T---------------------ACCC----
gi|25 : tatttcggtaggttaggggccgGGTA-GT-AGAATTACCTGAAA---TACCCT-TG--A-T-TACC--GA-AA-TA
gi|13 : GGTA-ACTACAATTAC--GAAA---TAACCT-TG--ATTATACC-----AG-TAGTCG--TGG--GAGA-----AA---------------------AC-C-GA--------AA----T---------------------g
gi|19 : taaaacaaacttcttacaaataatttattaataattgaattttaaaaatcgcagtaattcggtaggagttagggaaggggagcgtgGTACAT-AGAATCACC-GAAA---TACCCT-TG--ATT-TACC--AA-AA-TACCC---TCA--GAAA-----ACACCAAAATACCCCCCTAACCTAC-C-GA--------AA----T---------------------ACCC----A--AT-------------------TT--T--------------TTT---CA---TTTC---ATc
gi|23 : GTACAT-AGAATTACC-GAAA---TACCAT-TG--ACT-TACC--GA-AT-TACCC---TCA--GAAA-----AC---------------------AC-C-AA--------AA----T---------------------ACCC----
gi|24 : tttcggtaggttaggGTACAT-AGAATTACC-GAAA---GACCCT-TG--ATT-TACC--GA-AA-TACCC---TCA--GAA
gi|7 : TACAT-AGAATTACC-GAAA---TACCCT-TG--ATT-TACC--GA-AA-TACCC---CCA--GAAA-----AT---------------------AC-C-GA--------AA----T---------------------ACCCCCT-A--ATCTCACGAAATAACCCATTTTT--T--------------TTC---CA---TTTC---ATATGATGG-----T--ATT---T-TA--TA--------T---A-A----TTGTATG-------AA-------------AT----G----------TTTATTAT---------AA--AGCACGTACTTAATGC---TTTATGAGCA-----T------TT---TGTG-----TATGTTCACACCGAAAACGGCTTGAGAACA--------------AA--------------GAACCATAACTCTC--A-----T
gi|20 : tttattatatacatcggtttccggattttaataatagttaTACAT-AGAATTACC-GAAA---TACCCC-TG--ATT-TACC--GA-AA-TACCC---CCA--GAAA-----AC---------------------AC-C-GA--------AA----T---------------------ACCC----A--A--------------------T-----------------------------TTTC---ATATG---------T--ATC--GC-TT--CG--------T---A-
gi|9 : ACAT-AGAATTACC-GAA----TACC-T-TG--ATT-TACC--GA-AAATACCC---CCAC-GAAA-----ACCGAAATACTCCCCCTAACCT-AC-C-GA--------AA----T---------------------ACC-----G--A--------------------TT--T--------------TTT---CA---TTTC---ATAT----------C--A-T--GT-AA--TT--------T---A-AATATTTGT-TA-------CA-------------AA----A----------T------T----------------------TT--TG----TTTAg
gi|15 : gttttttcataagctgctatacggtgttgaaataaaaaagaaaaatccatagattaatcactgcttgtgtttAC-A-AATTACT-GAAA------CCTGTG--ATT-TACC--GG-AATTACTC---TCG--GAAAAG---AC---------------------ACTC-GA--------AATATGT---------------------ACCCCTATA--A--------------------CT--TACCGAAATACTCAATTC---TAAAGTTTC---ATAT----------TA-ATT--GG-TA--TT--------T---A-AACAT
gi|22 : ctttttaaaatataagctAGTTACC-GAAAAATTACCAG-TG--ATT--ACC--GA-A--TACCC---TCG--GAAA-----AC---------------------AC-T-GA--------AA----T---------------------A
gi|2 : gtgatttcgtaggttaggggttATTACC-GAAA---TACCCT-TAGAAAA-CATC--GA-AA-TGCCC----CG--TAAC-----CT---------------------AC-C-GA--------AA----T---------------------ACCC----G--A--------------------TT--T--------------TTT---CA---TTTC---ACATTATTCAATAAT--ATT--GT-AA--TT--------T---A-AATACTTGCATA-------AGATTTTTTATACA-AA----A----------C------C---------AAGCA--------TT--TGATGTTCTAT----GGATTTT------TTTTCTTTAATTTTTAT-TTCACACCG----------------GAAACGGCTTGTGAAAA--------------GAACCGTAACTCTC--GTTAACTATTATAAAGG-Tatagttac
gi|6 : aaacggctcgagacaagaaatgtaactcttgtgtcataaagacgattctgaatttttcagaagtaaattgtttaactcctcattgaccaccccctttaatctttaatggtatgaataaaattagtctgatccaattagatgatgttcttttcttcatcttaatgaggagaaaatttcctgctctgcttaatttttttgcgggtaacgagcacaataatttttgtgtgccattcccaatatcaaatgccttaataagcttacttatatgatatttttagATTACC-GAAA---TACCTTCCA--ATA-AACCTGGA-AA-TACCC---CTATCG-------------------------------AC-C-GA--------AA----TA--------------------ACCC----A--T--------------------TT--T--------------TTTTCCCA---TTTC---ATATGATGG-----T--ATTTAGTATAATTG--------TTTGA-AATGTTTAT-TA-------TA-------------AA----GGCCCACGTACT------T---------AA--G------------TGC---TTTATGAGCA-----T------TTTGTTGTA-----TGT-TTCACACCG----------------A--------------AA--------------
gi|11 : ccaatatattgtaatacatttatccgacctttattataatacatcggtttccggatctttaataatagttaatgagcaggttatggtcttattctcagccgtCC-GAAA---TACCCT-CAGAAAA-CACC--GACAA-TACCCAATCCA--CTAA-----ACGCT------------------AC-CAGAGCCCGTAGAA----T---------------------AACCTG--A--T--------------------TT--T--------------TTT---CA---TTTC---ACCTC---------T--AT----T-TA--TGACAGCATTT---ATAATATTTGTGTGTGTCATCAG-------------AA----G----------T-----------------------------TC--TG----TTTAT----aaaaggcgtattctgggggtatttcgggtaaatcaagggtatt
gi|8 : caactctgtgcttctgta---TACCCC-TG--ATT-TACC--GA-AA-TACCC---CCA--GAAA-----AC---------------------AC-C-GA--------AA----T---------------------ACCC----------------------------CC--T--------------TAG---CC---TACCGAAATAC----------CCGATT--TT-TAT-TG--------T---A--------GT-TA-------AA-------------AA----A----------C------C---------AAACA--------TT--CGATAATTTATTGA-A-----T------TTTTCTTTCTTT--TAT-TTCACACCG----------------G--------------Aaag
gi|14 : aataatttttgtgtgccattcccaataacatttaattaaatgccttaataagcttacttatatgatattttattgaccatttaataatggttgttaacattttcataagccgtgACC--GA-AA-TACGC---TCC--TAAC-----CT---------------------AC-C-GA--------AA----T---------------------ACCC----GGCA--------------------TCTGT--------------TTT---CA---TCTC---ATAT----------T--ATT--AC-AA--T---------T------ATAATTG-GTA-------AG-------------AA----G----------------------------------------TT--TG----TTTAT----A-----
gi|11 : caaattcctatagtatattgttaatgtgttttCC--GA-AA-TACCC---TCA--GAAA-----AC---------------------AC-C-GAC-------AA----T---------------------ACCC----A--A--------------------Tgttctttctgcgggtattt
gi|10 : caactctgtgcttctgtaataaacagaacttctgatgacacacacaaatattataaatgctgtcataaatagaggtgaaatgaaaaaaatcaggttattctacgggctctggtagcgtttagtgg--GA-AA-CACAC---CCG--AAAATCCCTACT--------------------AC-C-GA--------AA--------------------------ACTC----G--A--------------------TT--T--------------TTT---CA---TTCC----TAT----------T--ATT--GT-TA--AT--------T---A-AA-GTGTGGGTA-------CA-------------AA----G----------T------T---------aag
gi|12 : cgtatccagtgaagttagaaaaggagaagaaaatttccattaaaagttttcgcgcactcctcggtattcatagaaaaaggaaT--T--------------CTT---CA---TATC---ATGT----------T---TT--CC-TA--TT--------TT--A-AATACTTGCATA-------GG-------------AA----A----------T------TTTCATAACCAAGTA--------TT--TAATATTTTAT----GGAAT-T------TTTCTTGTA-----TAT-TTGACACTG----------------G--------------AAACAGATCAAGAAAAGAACTGTAACTCCCGTA-----TATCATAAAGcctgg
gi|18 : TT--GT-AA--TT--------T---A-AATACTTGTGCA-------AG-------------AAATGTG----------T------TTTTAA----AA--A--------TA--TA----ATTAT----A-----TAGAATTTTTCTTGTA-----TAT-CTCACACCT----------------G--------------AA--------------TAACTGTAACTCTC--A-----TATCATAAAGA-TGtataaa
gi|2 : --------------AA--------------GAAATGTAACTCTT--G-----TGTCATAAAGA-CGATTCTGAA-TTTTTCAGAAGTA-AATTGTTT---------------AACTCC------TCATTGACCACCCCCTTTAATCTTTAATGGTATGAATAAAAT--TAGTCTG-ATCCAATTAGATGATGTTC-TTTTCTTCA-TCTTAATGAGGAGAA-AAT--TTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTTGCGGGTAACGAGCACAATAAT----TTT--TGTGTGCCATTCCCAATA--------T---CAAAT-GCCTTAAT-----AAGC-TTACT-TA-TATGAT---AT---TTT-TAGA---CC-----TT----TATAATAGTTAACGAG---AGTTACGGTT-CTT-T---TCACAAGCCG-TTTCCGGTGT-GAA-ATAAAAATTAAA---GAAAAAAAATC-C-AT---AG---A---AC------A-TCA---A--A-TGCTTG-G--T-TTTGT------ATAAA---AAA----TCTTATG-CAAG---TA-T-T-T-AAATTACAATATTATTGAATAATGT-----GAAATG---AAAA--AA-T--CG-GGT----------A-TTTCGGTAG-G--T--T---ACGGG-----G--C-------ATT-TCG---ATG--T--T-T-TC-TAAGGGT-A-TTTCGGTA-A
gi|3 : aaacggctcgagac--------------AA--------------GAACTGTA-CTCTC--A-----TATAATAAAGACTGGTC--GTACTTTTT----ATTAGAATT-TTTCATATTAAGTAAATTG--TTTAACTCCTCATTGAC-TCCCG---TAACCTTTAATTGTGCA--TAAAATATTAGTTTTCATACAATGACATGATTTTCGCTTTCTTCAATGTTAATGAGGAGAA-AATATTTTCCGCTCTGCTTAATTACTTTTGTGGGTGACAAGCACAATAATTTAATTT--TGTGTGTCATTCCTAATA--------A---CAATTAGCCTTACC-----AAGC-TTACT-TA-TATGAT---AT---TTTATCGA---CCAC---TT----AATGGTTGTt
gi|16 : tttcttgtatacatgtatttcaacggaaagtggcttgagcTAAAAT--TAGTTTG-ATCCAATTAGATGATATTC-CTTT---CA-TCTTAATGAGGAGGACAAAATTTCCTGCTCA----AATG-TTGCGG---GTGACGAGCACAATAAT----TTTTGTGTGTGTCATTCCCAATA--------
gi|5 : aATGATATTC-CTTTCTTCA-TCTTAACGAGGAGAA-AAT--TTTCTGCTCTGCTTAATT-TTTTGGCA-GTAATGAGCACAATAAT----TTT--TATGTGCCATTCCAAATA--------T---CAAAT-TCCTTGAT-----AAGC-TTACT-TA-TAAGAT---AT---TTCATCGAC--CCAT---TT----AATAGTTATTAACAAG---AGTTACAGTTGGTT-T---CCTT--------------TGT-GAA-T-----A--AAA---AAGAAACATTT-C-ATAGATA---A---TTGAATGCA-TCA---GCCA-TGCTTG-G--T-TTTATAA----AAAAA---AAAAT--TCTTGTA-CAAG---TA-A-T-T-ATATA--------------------------AAATG---AAAA--AA-T--CG-GGT----------A-TTTCAGTAA-A--T--C---A------------C--AGGT-ATT-TCG---ATA--T--T-T-
gi|4 : GCAGAATAAT----TTT--TG--TGCCATTCCCAATA--------TTAACAAAT-GCCTTAATTAAATAAGCTT-ACT-TA-T---ATCATAT---TTTATCGA---CCA----TTTTATAATGGTTGTTAACAAG---ATCCACTGTT-CTT-T---TCATAAGCCG-TATCCAGTGT-GAA-ATAA--A--AGA---AAGAAAAATTC-A-AT---AA---A---TT------A-TCG---A--A-TGTTTG-G--T-TTTATAA----AAAAG---AAA-----CTTGTA-CAAA---TA-T-T-T-AAATTACAAT-------AATAT--------GAAATG---AAAA--AA-T--CG-GGT----------A-TTTCGGTAG-G--T--T---A-GGG-----G-----G-GT-ATT-TCG---GTG--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTCGGTA-AATCA-GGGG--TA---TTTC-GGTAATTCTATGTACc
gi|8 : AATAAT----TTT--TGTGTGCCATTCCCAATAACATTTAAT---TAAAT-GCCTTAAT-----AAGCTT-ACT-TA-T---ATGATAT---TTTATTGA---CCA----TTTAATAATGGTTGTTAACA-----------------TT-T---TCATAAGCCG-TGTCCGGTGT-GAA-ATAA--A--AGA---AAGAAAAATTC-A-AT---AA---A---TT------A-TCG---A--A-TGTTTG-G--T-TTTTTAACTACAATAA---AAA----T-------CGGG---TA-T-T-T-CGGTAG-----------GCTAA--------GG--------------------G-GGT----------A-TTTCGGT---G--T--TTTCT-GGG-----G-------GT-ATT-TCG---GTc
gi|6 : ACCTTTATTATAAT---AC---ATCGGTTTCCGGA---TCT----TT----AATAATAGTTAATGAGCAGGTTA--TGGT-CTT-A---TTCTCAGCCG-TTTTCGGTGT-GAAAC--ATAC--AAC---AA----AATGCTC-AT---AA---A---GC------ACTTA---A--G-TACGTG-GGCC-TTTATAA----TAAAC---A------TTTCAAA-CAAT---TA-TAC-T-AAATACCA-T-------CATAT--------GAAATGGGAAAAA--AA-A--TG-GGTT---------A-TTTCGGTCG-A--T------A-GGG-----G--------T-ATT-TCC---AGG--T--T-T-AT-TGGAAG----------------------G--TA---TTTC-GGTAATaaatcaggggta
gi|7 : ccaatatattgtaatacatttatccgTTTA-T-TA-T---AT---AC------ATCGGTTTCCGGATTTT----AATAATAGTTAATGAG---AGTTATGGTT-CTT-TGTTCT-CAAGCCG-TTTTCGGTGT-GAA-C--ATAC--ACA---AA-----ATGCTC-AT---AA---A---GC------A-TTA---A--G-TACGTG----C-TTTATAA----TAAAC---A------TTTCATA-CAAT---TA-T-A-T-AAAATACCAT-------CATAT--------GAAATGGA-AAAA--AA-A--TG-GGTT---------A-TTTCGTGAG-A--T--T---A-GGG-----G-------GT-ATT-TCG---GTA--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTCGGTA-AATCA-AGGG--TA---TTTC-GGTAATTCTATGTAaaaaggcgtattctgggggtatttcgggtaaatcaagggtatt
gi|12 : ACGGG---AGTTACAGTT-CTT-T---TCTTGATCTG-TTTCCAGTGT-CAA-ATA-TAC--AA------GAAAAATTC-C-AT---AA---A---AT------A-TTA---A--A-TACTTG-G-----TTAT-------GAAA---ATT----TCCTATG-CAAG---TA-T-T-TAAAATAGGAA--------AACAT--------GATATG---AAGA--A
gi|17 : AG---AGTTACAGTT-CTTAT---CT-CAAGCCA-TTTCTGGTGT-GAA-TTAAATA--TAG---AAGAAATATTC-A-AT---AC---A---TT------A-TTA---A--AATACTTG-GG-T-TTTTTAA----AAA-----AAAAACTTCTTACA-CAAA---TA-T-C-T-AAAatatcataaagtataaa
gi|9 : GTT-TTT-T---C-ATAAGCTGCTATACGGTGTTGAA----ATAA--AAA---A-GAAAAAT-C-C-AT---AG---A---TT------AATCA---C----TGCTTGTG--T-TTTA-------AACAA---AAA----TTTTGTAACAAA---TA-T-T-T-AAATTACA-T-------GATAT--------GAAATG---AAAA--AA-T--CG-G-T----------A-TTTCGGTAG-G--T--T---A-GGG-----G-----GAGT-ATT-TCG-----G--T--T-T-TCGTGGGGGT-ATTTTCGGTA-AATCA-A-GG--TA----TTC-GGTAATTCTATGT
gi|10 : CG-TATCCA--GT-GAA-GTTAGAA--AAGGAGAAGAAAATTTC-C-AT---TA---AAAGTT------T-TCGCGCA--C-TCCTCG-G--TATTCATAG----AAAAAGGAAAA----CTTTGTA-CCCA---CACT-T-T-AATTAACAAT-------AAT-A--------GGAATG---AAAA--AA-T--CG-AGT------------TTTCGGTAG-------T---A-GGG-----A--T--------TT-TCGGGTGTG--T--T-TCCC-TGG
gi|14 : AAATTC-CTAT---AGTATA---TT------G-TTA---A----TG--TG-T--T-TTTATAA----ACAAA---CT-----TCTTAC--CAAT---TA-T------AATTGTAAT-------AATAT--------GAGATG---AAAACAGA-TGCCG-GGT----------A-TTTCGGTAG-G--T--T---A-GGA-----------GCGT-ATT-TCG---GTG--TTCT-T-TC-TGCGGGT-A-TTT
gi|13 : cTAA----AACAA---ACT----TCTTA---CAAA---TA-A-T-T-TATTAATAAT---------T----------GAATTT---TAAA--AA-T--CGCAGT----------A-ATTCGGTAG-GAGT--T---A-GGGAAGGGG--A--GCGTGATT-TCG---GTT--T--TCT-CC-CACGACT-A-CT--GGTATAATCA-AGGT--TA---TTTC--GTAATTGTA
gi|15 : ATA-TAAGCTATG-T-T-T-AAATACCAATT------AATAT--------GAAACT---TTAG--AA-T--TG-AGT----------A-TTTCGGTAA-G--TTAT---A-GGG-----G--T--ACAT-ATT-TCGA--GTGTCT--T-T-TC-CGAGAGTAA-TTCCGGTA-AATCACAGG--------TTTC-AGTAATTgttaccc
gi|11 : ctttttaaaACA-CAAA---TA-T-TAT-AAATG-CTGT-------CATAAATAGAGGTGAAATG---AAAA--AAAT--CA-GGTTATTCTACGGG-CTCTGGTAGCG--T--TT--A-GTG-----GATT--GGGT-ATTGTCG---GTG--T--T-T-TC-TGAGGGT-A-TTTCGtgt
gi|19 : caactctgtgcttctgtaataaacagaacttctgatgacac--------GAAATG---AAAA--AAAT--TG-GGT----------A-TTTCGGTAG-G--T--T---A-GGG-----G-----G-GT-ATT-TTG---GTG--T--T-T-TC-TGAGGGT-A-TTTTGGTA-AATCA-AGGG--TA---TTTC-GGTGATTCTATGTACgaag
gi|8 : AAA--AA-T--CG-GGT----------A-TTTCGGTAG-G--C--T---A-AGG-----G-----G-GT-ATT-TCG---GTG--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTCGGTA-AATCA-GGGG--TA---at
gi|22 : aataatttttgtgtgccattcccaataacatttaattaaatgccttaataagcttacttatatgatattttattgaccatttaataatggttgttaacattttcataagccgtgtccggtgtgaaataaaagaaagaaaaattcaataaattatcgaatgtttggttttttaactacaatGT----------GATTTCG-TAG-G--T--T---A-GGG-----G--T--T--T-ATT-TCA---GTG--T--T-T-TC-CGAGGGT-A--TTCGGT--AATCA-CTGG--TAATTTTTC-GGTAA--CTAT
gi|21 : T----------A-TTTCGGTAG-G--T--T---A-GGG-----G--CCGGGGT-ATT-TCT---GTG--T--T-T-TC-TAGGGGT-A-TTTCGGTA-AATC---GGG--TA---TTTC-GGTAATTCTATGTACagttac
gi|23 : -TTTCGGTAG-G--T--T---A-GGG-----G-------GT-ATT-TTG---GTG--T--T-T-TC-TGAGGGT-A-ATTCGGTA-AGTCA-ATGG--TA---TTTC-GGTAATTCTATGTACc
gi|20 : GT-ATT-TCG---GTG--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTCGGTA-AATCA-GGGG--TA---TTTC-GGTAATTCTATGTA
gi|24 : -T-TC-TGAGGGT-A-TTTCGGTA-AATCA-AGGG--TC---TTTC-GGTAATTCTATGTACccaattttcatatgtatcgcttcgtag
gi|5 : GGGT-A-TTTCAGTA-AATCA-CAGG--TA---TTTC-GATATTTC
gi|8 : atgatattcctttcttcatcttaacgaggagaaaattttctgctctgcttaattttttggcagtaatgagcacaataatttttatgtgccattccaaatatcaaattccttgataagcttacttataagatatttcatcgacccatttaatagttattaacaagagttacagttggtttcctttgtgaataaaaaagaaacatttcatagataattgaatgcatcagccatgcttggttttataaaaaaaaaaattcttgtacaagtaattatataaaatgaaaaaatcGGGT-A-TTTCGGTA-GGCTA-AGGGGGTA---TTTC-GGT
gi|25 : aataatttttgtgtgccattcccaataacatttaattaaatgccttaataagcttacttatatgatattttattgaccatttaataatggttgttaacattttcataagccgtgtccggtgtgaaataaaagaaagaaaaattcaataaattatcgaatgtttggttttttaactacaataaaaatcT-A-TTTCGGTA-A-TCA-AGGG--TA---TTTCAGGTAATTCTAgttttctgggggtatttcggtaaatcaggggta
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111
lowQualScore : 1 666666666666 11 333 2 55 1 333 1 44444 1 8888888888888888888888 11 1 11 1 1111 11111111 111111111 22222 1 333 111 111111111111 11111 222222 11111111 1111 222222222222222222 1111 1111111111111111 111111111111111111 1111111111
lowQualScore : 6 3 7 6 6 4 3 444444444444 4 88 4 555 0 55 2 6 3 2 0 0 444 1 2 33333 1 6 5 0000000000000000000000 77 66 0 1 2 33 0 0 3 2 8 0 8 8 222 0 8 0 3 2222 77 88888888 222222222 5 22222 9 5 111 000 1 5 555555555555 1 66 3 0 4 11111 3 1 3 22 222222 6666 0 6 3 555 9999999 00000000 3 8888888 3 3 5555 0 6666 555 5555 222 6666 5 444 222222222222222222 33 5555 0000 33 5 33 2 2 88888888 2 5555555555555555 2 33 4 7777 777777777777777777 2 2 666 0000000000 33 33 2 2 2 2 2 2 2 3 555
lowQualScore : . . . . . . . ............ . .. . ... . .. . . . . . . ... . . ..... . . . ...................... .. .. . . . .. . . . . . . . . ... . . . . .... .. ........ ......... . ..... . . ... ... . . ............ . .. . . . ..... . . . .. ...... .... . . . ... ....... ........ . ....... . . .... . .... ... .... ... .... . ... .................. .. .... .... .. . .. . . ........ . ................ . .. . .... .................. . . ... .......... .. .. . . . . . . . . ...
lowQualScore : 7 3 3 0 0 0 0 555555555555 0 55 0 000 0 00 5 0 2 0 0 7 000 0 0 00000 0 7 0 3333333333333333333333 77 00 7 0 0 88 0 2 0 5 0 8 0 0 666 8 0 8 8 1111 99 11111111 666666666 7 11111 0 7 666 000 4 7 000000000000 0 11 7 7 0 99999 6 0 6 33 444444 7777 5 7 3 888 7777777 77777777 3 3333333 3 3 5555 4 5555 444 3333 777 1111 3 999 111111111111111111 00 7777 3333 77 7 99 9 5 55555555 4 6666666666666666 4 22 7 4444 888888888888888888 4 4 555 3333333333 22 22 2 2 4 5 5 7 9 1 444
consensus : GGTACGTAGAATTACC-GAAATACCCTTGATTTACCGAAATACCCCCAGAAAACACCGAAATACCCAATTTTTTCATTTCATATTATTGTNATNTAAATACTTGTGCAAGAAATGTGTTTTTAAAAATNTGATTNTATAGAATTTTCCTTGTAT--ATCTCACACCGGAAGAACTGTAACTCTCGTATCATAAAGA-TGATC--GTACTTTTT----ATTAGAATT-TTT------------ATT------AACTCCTCATTGACCTCCCG-TTTAATCTTTAATGGTGCGAATAAAAT--TAGTTTG-ATCCAATNANATGATATTC-CTTTCTTCA-TCTTAATGAGGAGAA-AATATTTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTTGCGGGTGACGAGCACAATAAT----TTT--TGTGTGCCATTCCCAAT--------AT---CA----AAT-GCCTTAAT-----AAGCTTTACTTAT-ATG-ATAT---TTTATCGA-CCA-T----T----AATGGTTGTTAACGAG--AGTTACGGTTCT-TT--TCATAAGCCG-TNTCCGGTGT-GAAATAA-AA--AAA---AAGAAAAATTC-C-AT---A---A---ATT------A-TC-A---A--ATGCTT-G-G--T-TTTATAA----AAAAA---AAA--TCTTATA-CAAG---TA-T-T-TAAATT-----AC----------AAT-AATA----TGAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G---G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTAC
Reference ( family-2961 ) : GGTACATAGAATTACC-GAAATACCCTTGATTTACCGAAATACCCCCGGAAAACACCGAAATACCCGATTTTTTCATTTCATATTATTGTTATTTAAATATTTGTGTAAGAA----GTT-----AAATTTGATTTTATA---TTTTTCT-GTATTTATTTCACACCGGAAGAACCGTAACTCTCGTATCATAAAGA-TGGTCCTGNACTTTTTCAGAANTAGAATTGTTTCATATTAAGTAAATTGACTCCAACTCCTCATTGACCNCCCNCTTTAACCTTTAATNGTGCGAATAAAAT--TAGTTTG-ATCCAATTAGATGATATTC-CTTTCTTCA-TCTTAATGAGGAGAA-AATATTTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTNGCGGGTGACGAGCACAATAAT----TTT--TGTGTGCCATTCCCAAT--------AT---CA----AAT-GCCTTAAT-----AAGCTTTACTTAT-A-G-ATAT---TTTATCGA-CCA-T----T----AATGGTNGTTAACGAG--AGTTACGGTTCT-TT--CCATAAGCCG-TNTCCGGTGT-GAANTAATAA--AAA---AAGAAAAATTC-C-AT---A---A---ATT------A-TC-A---A--ATGCTT-G-G--T-TTTATAA----AAAAA---AAA--TCTTATA-CAAG---TA-T-T-TAAATN-----AC----------AAT-AATA----TGAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G---G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTAC
gi|1 : GGTACACAGAATTACC-GAAATACCCTTGATTTACCGAAATACCCTCAGAAAACACCGAAATACCCAATTTTTTCATTTCATATTATTGTTATGTAAATATTTGTGTAAGAA----GTT-----AAATTTG--TTTATA---TTTTCCT-GTAT--ATTTCACACTGGAAGAACTGTAACTCTCATATCATAAAGA-TGAT---GTATTTTT-----ATTAGAATTCTT-------------ATT-----------TTCATTGACCTCCCAGTTTAATATTTCATGGTGCAATTAAAAT--TAGTTTG-ATTCAATGACATGATATTC-CTTTTATCA-TCCTAATGAGGAGAA-AATATTTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTTGTTTGTGACGAGCACAATAAT----TTT--AGAGTGTCATTCCCAGT--------AT---CA----AAT-GCCTTAAT-----AACCTTTACTTAT-A----TAT---TTTATCGA-CCA-T----T----AATGGTTGTTAACAAG--ATTGACTGTTCT-TT--CTATAAGCCG-TATCTGATGT-GAACTAATAA--AAA---AAGAAAAATTC-C-AT---T---G---ATT------A-TC-A---A--ATGCTT-G-G--T-TTTATAA----AAAAA---AAA--TCTTATA-CAAG---TA-T-T-TAAATA-----AC----------AAT-GATA----AGAAATG----AAAA--AA-T--TG-GGT-GTT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----GC---GC--G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGAGT-A-TTTC-GATA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTAC
gi|10 : CG-TATCCAGTG---AAGTTAGAA--AAGGAGAAGAAAATTTC-C-ATTAAA---A---GTT------T-TC-GCGCA--CTCCTC-G-G--TATTCATAG----AAAAAGGAAAA--CTTTGTA-CCCA---CACT-T-TAATTA-----AC----------AAT-AATA-----GGAATG----AAAA--AA-T--CG-AGT--TT--------TC-GGT----------------AG-----T-A-----G----G----G---A----T--TT-TCGGGTGT----------G--T--T-TCCC-TGG
gi|11 : ACA-CAAA---TA-T-TATAAATGCTGTCAT----------AA---ATAGAGGTGAAATG----AAAA--AAAT--CA-GGTTATTCTACGGGCTCTGGT----------------AGCG--TTTA--GTGGATT-G----G---G----T-ATTGTCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGAGGGT-A-TTTC-GG
gi|12 : caactctgtgcttctgtaataaacagaacttctgatgacacACGGG--AGTTACAGTTCT-TT--TCTTGATCTG-TTTCCAGTGT-CAAATA-TAC--AA------GAAAAATTC-C-AT---A---A---AAT------A-TT-A---A--ATACTT-G-G-----TTAT-------GAAA---ATT--TCCTATG-CAAG---TA-T-T-TAAAAT-----AG----------GAA-AACA----TGATATG----AAGA--Aaag
gi|13 : TAA----AACAA---ACT--TCTTA---CAAA---TAAT-T-TA--TT-----A------------AT-AAT-----TGAATTT----TAAA--AA-T--CGCAGT-AAT--------TC-GGT----------------AG-GAGTT-A--G-GGAAGGG----GAGCG----TGATT-TCG---GT----------T--T--TCT-CC-CACGACT-A-CT---GGTATAATCA-AGGTTA---TTTC-GTAATTGTAatatcataaagtataaa
gi|14 : AAATTC-CTAT---A---GTATATT------G-TT-A---A---TG--T-G-T--T-TTTATAA----ACAAA---CT---TCTTAC--CAAT---TA-T-----AATT-----GT----------AAT-AATA----TGAGATG----AAAACAGA-TGCCG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GA----G----C---G----T-ATT-TCG---GT----------G--TTCT-T-TC-TGCGGGT-A-TTTgttaccc
gi|15 : cATA-TAAGCTATG-T-T-TAAATA-----CC----------AATTAATA----TGAAACT----TTAG--AA-T--TG-AGT-ATT--------TC-GGT----------------AA-G--TT-A--T-AG----G----G---GTACAT-ATT-TCGA--GT----------GTCT--T-T-TC-CGAGAGTAA-TTCC-GGTA-AATCACAGG------TTTCAGTAATT
gi|16 : ctttttaaaATAAAAT--TAGTTTG-ATCCAATTAGATGATATTC-CT---TTCA-TCTTAATGAGGAGGACAAAATTTCCTGCTC----AAATG-TT---GCGGGTGACGAGCACAATAAT----TTTTGTGTGTGTCATTCCCAAT--------Atgt
gi|17 : AG--AGTTACAGTTCT-TA--TCTCAAGCCA-TTTCTGGTGT-GAATTAAATA--TAG---AAGAAATATTC-A-AT---A---C---ATT------A-TTAA---A--ATACTTGG-G--T-TTTTTAA----AAAAA---AAACTTCTTACA-CAAA---TA-T-C-TAAA
gi|18 : TTGTAATTTAAATACTTGTGCAAGAAATGTGTTTTTAAAAATATAATTATATAGAATTTTTCTTGTAT--ATCTCACACCTGAATAACTGTAACTCTCATATCATAAAGA-TG
gi|19 : A----TGAAATG----AAAA--AAAT--TG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G---G----T-ATT-TTG---GT----------G--T--T-T-TC-TGAGGGT-A-TTTT-GGTA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTGATTCTATGTAC
gi|2 : AAGAAATGTAACTCTTGTGTCATAAAGA-CGATTCTGAA-TTTTTCAGAAGTA-AATTGTTT---------------------AACTCCTCATTGACCACCCCCTTTAATCTTTAATGGTATGAATAAAAT--TAGTCTG-ATCCAATTAGATGATGTTC-TTTTCTTCA-TCTTAATGAGGAGAA-A--ATTTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTTGCGGGTAACGAGCACAATAAT----TTT--TGTGTGCCATTCCCAAT--------AT---CA----AAT-GCCTTAAT-----AAGC-TTACTTAT-ATG-ATAT---TTT-TAGA-CC--T----T----TATAATAGTTAACGAG--AGTTACGGTTCT-TT--TCACAAGCCG-TTTCCGGTGT-GAAATAAAAATTAAA---GAAAAAAAATC-C-AT---A---G---AAC------A-TC-A---A--ATGCTT-G-G--T-TTTGT------ATAAA---AAA--TCTTATG-CAAG---TA-T-T-TAAATT-----ACAATATTATTGAAT-AATG----TGAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A----CG----G----G---G----C-ATT-TCG---AT----------G--T--T-T-TC-TAAGGGT-A-TTTC-GGTA-A
gi|20 : aaacggctcgagacTACATAGAATTACC-GAAATACCCCTGATTTACCGAAATACCCCCAGAAAACACCGAAATACCCAATTTTt
gi|21 : T-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----GCCGGG---G----T-ATT-TCT---GT----------G--T--T-T-TC-TAGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATC---GGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTACcatatgtatcgcttcgtag
gi|22 : -ATT--------TC-G-T----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----T---T----T-ATT-TCA---GT----------G--T--T-T-TC-CGAGGGT-A--TTC-GGT--AATCA-CTGGTAATTTTTCGGTAA--CTATc
gi|23 : gtgTT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G--------T-ATT-TTG---GT----------G--T--T-T-TC-TGAGGGT-A-ATTC-GGTA-AGTCA-ATGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTACagttac
gi|24 : -T-TC-TGAGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-AGGGTC---TTTCGGTAATTCTATGTAC
gi|25 : GGTA-GTAGAATTACCTGAAATACCCTTGA-TTACCGAAATA
gi|3 : AAGAACTGTA-CTCTCATATAATAAAGACTGGTC--GTACTTTTT----ATTAGAATT-TTTCATATTAAGTAAATTG--TTTAACTCCTCATTGAC-TCCCG---TAACCTTTAATTGTGC--ATAAAATATTAGTTTTCATACAATGACATGATTTTCGCTTTCTTCAATGTTAATGAGGAGAA-AATATTTTCCGCTCTGCTTAATTACTTTTGTGGGTGACAAGCACAATAATTTAATTT--TGTGTGTCATTCCTAAT--------AA---CA----ATTAGCCTTACC-----AAGC-TTACTTAT-ATG-ATAT---TTTATCGA-CCACT----T----AATGGTTGTg
gi|4 : tttcttgtatacatgtatttcaacggaaagtggcttgagcGCAGAATAAT----TTT--TGTG--CCATTCCCAAT--------ATTAACA----AAT-GCCTTAATTAAATAAGCTT-ACTTAT-A-TCATAT---TTTATCGA-CCA-T----TTTATAATGGTTGTTAACAAG--ATCCACTGTTCT-TT--TCATAAGCCG-TATCCAGTGT-GAAATAA--A--AGA---AAGAAAAATTC-A-AT---A---A---ATT------A-TC-G---A--ATGTTT-G-G--T-TTTATAA----AAAAG---AAA---CTTGTA-CAAA---TA-T-T-TAAATT-----AC----------AAT-AATA----TGAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G---G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-GGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTAC
gi|5 : ATGATATTC-CTTTCTTCA-TCTTAACGAGGAGAA-AAT--TTTCTGCTCTGCTTAATT-TTTTGGCAG-TAATGAGCACAATAAT----TTT--TATGTGCCATTCCAAAT--------AT---CA----AAT-TCCTTGAT-----AAGC-TTACTTATAA-G-ATAT---TTCATCGACCCATT----T----AATAGTTATTAACAAG--AGTTACAGTT-------------G--G-TTTCCTTTGT-GAAT-----A--AAA---AAGAAACATTT-C-AT---AGATA---ATTGAATGCA-TC-A---GCCATGCTT-G-G--T-TTTATAA----AAAAA---AAAATTCTTGTA-CAAG---T-----------------------------AAT-TATA----TAAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-AGT----------------AA-A--TC-A-----C----A----G---G----T-ATT-TCG---AT----------A--T--T-T-c
gi|6 : CCAAT--------AT----ATTGTAAT-ACATTTATCC---GACCTTTA-TTAT-A-ATACATCGGTTTCCGGA-TCT-T----T----AATAATAGTTAATGAGCAGGTTATGGTCTTATT--C--TCAGCCG-TTTTCGGTGT-GAAACA-TAC--AAC---AA----AATGCTC-AT---A---A---AGC------ACTT-A---A--GTACGT-G-GGCC-TTTATAA----TAAAC---A----TTTCAAA-CAAT---TA-TAC-TAAAT------AC----------CAT-CATA----TGAAATGGGAAAAAA--AA-T--GG-GTT-ATT--------TC-GGTCGATAGGGGTATTTCCAG-G--TTTATTG-GA----A----G---G----T-ATT-TCG---GTAATAAAAGGCG--T--A-T-TC-TGGGGGT-A-TTTCGGGTA-AATCA-AGGGTA---TTc
gi|7 : -T----T----AATAATAGTTAATGAG--AGTTATGGTTCT-TTGTTCTCAAGCCG-TTTTCGGTGT-GAAC--ATAC--ACA---AA-----ATGCTC-AT---A---A---AGC------A-TT-A---A--GTACGT-G----C-TTTATAA----TAAAC---A----TTTCATA-CAAT---TA-T-A-TAAAAT-----AC----------CAT-CATA----TGAAATGGAA-AAAA--AA-T--GG-GTT-ATT--------TC-GTG----------------AG-A--TT-A--G-GG----G----G--------T-ATT-TCG---GT----------A--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTA
gi|8 : tttattatatacatcggtttccggattAATAAT----TTT--TGTGTGCCATTCCCAATAACATTTAAT---TA----AAT-GCCTTAAT-----AAGC-TTACTTAT-ATG-ATAT---TTTATTGA-CCA-TTTAAT----AATGGTTGTTAACA---------------T-TT--TCATAAGCCG-TGTCCGGTGT-GAAATA--AA--AGA---AAGAAAAATTC-A-AT---A---A---ATT------A-TC-G---A--ATGTTT-G-G--T-TTTTTAACTACAATAA---AAA--T-------CGGG---TA-T-T-T-----------C----------GGT-AGGC----T--AAGG-----------------G-GGT-ATT--------TC-GGT-------------------G--TT----------------------------------------------------------T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-GGGGTA---
gi|9 : TTT-TT--TCATAAGCTGCTATACGGTGTTGAAATAA------AA---AAGAAAAAT-C-C-AT---A---G---ATT------AATC-A---C---TGCTT-GTG--T-TTTA-------AACAA---AAA--TTTTGTAACAAA---TA-T-T-TAAATT-----AC----------A-T-GATA----TGAAATG----AAAA--AA-T--C--GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----GA--G----T-ATT-TCG---------------G--T--T-T-TCGTGGGGGT-ATTTTC-GGTA-AATCA-A-GGTA----TTCGGTAATTCTATGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111
lowQualScore : 1 2222 22222 11 222 1 1 2222222 11 00000000000000000000 22 1 1 11 1 11 1111 222222222222222222 22222 1 111 11 2222 11111111 11111111 11111111111111111 1111 1111111111111111 111111111111111111 1111111111
lowQualScore : 77 3 7 1 1 4444 77777 1 88 1 111 5 2 3 2 0 2222222 88 4 11111111111111111111 00 3 7 2 33 0 0 1 1 8 0 8 8 11 0 0 8 2222 77 555555555555555555 5 22222 5 2 22 000 1 5 11 1111 0 66 3 0 55 6 3 1 3 3 777777777 88888 4 3 3 555 9999999 00000000 3 8888888 1 3 3 5555 2 99999999 222 6666 2 444 55555555555555555 2 2 5555 0000 33 5 33 2 2 88888888 2 5555555555555555 2 33 4 6666 333333333333333333 2 2 666 0000000000 33 33 2 2 2 2 2 2 2 3 555
lowQualScore : .. . . . . .... ..... . .. . ... . . . . . ....... .. . .................... .. . . . .. . . . . . . . . .. . . . .... .. .................. . ..... . . .. ... . . .. .... . .. . . .. . . . . . ......... ..... . . . ... ....... ........ . ....... . . . .... . ........ ... .... . ... ................. . . .... .... .. . .. . . ........ . ................ . .. . .... .................. . . ... .......... .. .. . . . . . . . . ...
lowQualScore : 33 3 3 0 0 0000 55555 0 55 0 000 5 5 2 0 0 7777777 33 0 33333333333333333333 00 3 3 0 88 0 2 0 0 0 8 0 0 22 8 8 0 1111 99 444444444444444444 7 11111 0 0 66 000 4 7 77 2222 8 11 7 7 55 1 6 0 6 6 999999999 99999 5 3 3 888 7777777 77777777 3 3333333 6 3 3 5555 2 11111111 777 1111 7 999 99999999999999999 9 9 7777 3333 77 7 99 9 5 55555555 4 6666666666666666 4 22 7 8888 444444444444444444 4 4 555 3333333333 22 22 2 2 4 5 5 7 9 1 444
consensus : GGTACGTAGAATTACC-GAAATACCCTTGATTTACCGAAATACCCCCAGAAAACACCGAAATACCCAATTTTTTCATTTCATATTATTGTNATNTAAATACTTGTGCAAGAAATGTGTTTTTAAAAATNTGATTNTATAGAATTTTCCTTGTATATCTCACACCGGAAGAACTGTAACTCTCGTATCATAAAGA-TGATCGT--ACTTTTTATTAG--AATTNTT------------ATT----AACTCCTCATTGACC-TCCC-GTTTAATCTTTAATGGTGCGAATAAAAT--TAGTTTG-ATCCAATNANATGATATTC-CTTTCTTCA-TCTTAATGAGGAGAA-AATATTTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTTGCGGGTGACGAGCACAATAATTT----T--TGTGTGCCATTCCCAATA--------T---CA----AAT-GCCTTAAT-----AAGCTTTACTTATATGATAT---TTTATCGA-CCA-TT----AATGGTTGTTAACGAG--AGTTACGGTTCTTT--TCATAAGCCG-TNTCCGGTGT-GAA-ATAA-A-A---AAA----AAGAAAAATTC-C-AT---A---A---ATT------A-TC-A---A--ATGCTT-G-G--T-TTTATAAAAAAA---AAA--TCTTATA-CAAG---TA-T-T-TAAAT--TA-C----------AAT-AA-TA----TGAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G---G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTAC
Reference ( family-2961 ) : GGTACGTAGAATTACC-GAAATACCCTTGATTTACCGAAATACCCCCAGAAAACACCGAAATACCCAATTTTTTCATTTCATATTATTGTNATNTAAATACTTGTGCAAGAAATGTGTTTTTAAAAATNTGATTNTATAGAATTTTCCTTGTATATCTCACACCGGAAGAACTGTAACTCTCGTATCATAAAGA-TGATCGT--ACTTTTTATTAG--AATTTTT------------ATT----AACTCCTCATTGACC-TCCC-GTTTAATCTTTAATGGTGCGAATAAAAT--TAGTTTG-ATCCAATNANATGATATTC-CTTTCTTCA-TCTTAATGAGGAGAA-AATATTTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTTGCGGGTGACGAGCACAATAATTT----T--TGTGTGCCATTCCCAATA--------T---CA----AAT-GCCTTAAT-----AAGCTTTACTTATATGATAT---TTTATCGA-CCA-TT----AATGGTTGTTAACGAG--AGTTACGGTTCTTT--TCATAAGCCG-TNTCCGGTGT-GAA-ATAA-A-A---AAA----AAGAAAAATTC-C-AT---A---A---ATT------A-TC-A---A--ATGCTT-G-G--T-TTTATAAAAAAA---AAA--TCTTATA-CAAG---TA-T-T-TAAAT--TA-C----------AAT-AA-TA----TGAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G---G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTAC
gi|1 : GGTACACAGAATTACC-GAAATACCCTTGATTTACCGAAATACCCTCAGAAAACACCGAAATACCCAATTTTTTCATTTCATATTATTGTTATGTAAATATTTGTGTAAGAA----GTT-----AAATTTG--TTTATA---TTTTCCT-GTATATTTCACACTGGAAGAACTGTAACTCTCATATCATAAAGA-TGAT-GT--A-TTTTTATTAG--AATTCTT------------ATT---------TTCATTGACC-TCCCAGTTTAATATTTCATGGTGCAATTAAAAT--TAGTTTG-ATTCAATGACATGATATTC-CTTTTATCA-TCCTAATGAGGAGAA-AATATTTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTTGTTTGTGACGAGCACAATAATTT----T--AGAGTGTCATTCCCAGTA--------T---CA----AAT-GCCTTAAT-----AACCTTTACTTAT---ATAT---TTTATCGA-CCA-TT----AATGGTTGTTAACAAG--ATTGACTGTTCTTT--CTATAAGCCG-TATCTGATGT-GAA-CTAATA-A---AAA----AAGAAAAATTC-C-AT---T---G---ATT------A-TC-A---A--ATGCTT-G-G--T-TTTATAAAAAAA---AAA--TCTTATA-CAAG---TA-T-T-TAAAT--AA-C----------AAT-GA-TA----AGAAATG----AAAA--AA-T--TG-GGT-GTT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----GC---GC--G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGAGT-A-TTTC-GATA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTAC
gi|10 : CG-TATCCAGTG---AA-GTTA-G-A---AAAGGAGAAGAAAATTTC-C-ATTAAA---A---GTT------T-TC-GCGCA--CTCCTC-G-G--TATTCATAGAAAAAGGAAAA--CTTTGTA-CCCA---CA-C-T-TTAAT--TAAC----------AAT-AA-TA-----GGAATG----AAAA--AA-T--CG-AGT--TT--------TC-GGT----------------AG-----T-A-----G----G----G---A----T--TT-TCGGGTGT----------G--T--T-TCCC-TGG
gi|11 : ACA-CAAA---TA-T-TATAAATGCTG-T----------CAT-AAATAGAGGTGAAATG----AAAA--AAAT--CA-GGTTATTCTACGGGCTCTGGT----------------AGCG--TTTA--GTGGATT-G----G---G----T-ATTGTCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGAGGGT-A-TTTC-GG
gi|12 : caactctgtgcttctgtaataaacagaacttctgatgacacACGGG--AGTTACAGTTCTTT--TCTTGATCTG-TTTCCAGTGT-CAA-AT-----A---TAC----AAGAAAAATTC-C-AT---A---A---AAT------A-TT-A---A--ATACTT-G-G-----TTAT---GAAA---ATT--TCCTATG-CAAG---TA-T-T-TAAAA--TA-G----------GAA-AA-CA----TGATATG----AAGA--Aaag
gi|13 : TAAAACAA---ACT--TCTTA---CAAA---TAAT-T-TA--T--TA-------------AT-AA-T-----TGAATTT----TAAA--AA-T--CGCAGT-AAT--------TC-GGT----------------AG-GAGTT-A--G-GGAAGGG----GAGCG----TGATT-TCG---GT----------T--T--TCT-CC-CACGACT-A-CT---GGTATAATCA-AGGTTA---TTTC-GTAATTGTAatatcataaagtataaa
gi|14 : AAATTC-CTAT---A---GTATATT------G-TT-A---A---TG--T-G-T--T-TTTATAAACAAA---CT---TCTTAC--CAAT---TA-T-----AAT--TG-T----------AAT-AA-TA----TGAGATG----AAAACAGA-TGCCG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GA----G----C---G----T-ATT-TCG---GT----------G--TTCT-T-TC-TGCGGGT-A-TTTgttaccc
gi|15 : cATA-TAAGCTATG-T-T-TAAAT--AC-C----------AATTAA-TA----TGAAACT----TTAG--AA-T--TG-AGT-ATT--------TC-GGT----------------AA-G--TT-A--T-AG----G----G---GTACAT-ATT-TCGA--GT----------GTCT--T-T-TC-CGAGAGTAA-TTCC-GGTA-AATCACAGG------TTTCAGTAATT
gi|16 : ctttttaaaATAAAAT--TAGTTTG-ATCCAATTAGATGATATTC-CT---TTCA-TCTTAATGAGGAGGACAAAATTTCCTGCTC-----AA---ATGTTGCGGGTGACGAGCACAATAATTT----TTGTGTGTGTCATTCCCAATA--------tgt
gi|17 : AG--AGTTACAGTTCTTA--TCTCAAGCCA-TTTCTGGTGT-GAA-TTAA-ATA---TAG----AAGAAATATTC-A-AT---A---C---ATT------A-TTAA---A--ATACTTGG-G--T-TTTTTAAAAAAA---AAACTTCTTACA-CAAA---TA-T-C-TAAA
gi|18 : TTGTAATTTAAATACTTGTGCAAGAAATGTGTTTTTAAAAATATAATTATATAGAATTTTTCTTGTATATCTCACACCTGAATAACTGTAACTCTCATATCATAAAGA-TG
gi|19 : A----TGAAATG----AAAA--AAAT--TG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G---G----T-ATT-TTG---GT----------G--T--T-T-TC-TGAGGGT-A-TTTT-GGTA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTGATTCTATGTAC
gi|2 : AAGAAATGTAACTCTTGTGTCATAAAGA-CGATTCTGAATTTTTCAGAAGTAAATTGTT--------------T----AACTCCTCATTGACCACCCC-CTTTAATCTTTAATGGTATGAATAAAAT--TAGTCTG-ATCCAATTAGATGATGTTC-TTTTCTTCA-TCTTAATGAGGAGAA-AAT--TTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTTGCGGGTAACGAGCACAATAATTT----T--TGTGTGCCATTCCCAATA--------T---CA----AAT-GCCTTAAT-----AAGC-TTACTTATATGATAT---TTT-TAGA-CC--TT----TATAATAGTTAACGAG--AGTTACGGTTCTTT--TCACAAGCCG-TTTCCGGTGT-GAA-ATAA-A-AATTAAA----GAAAAAAAATC-C-AT---A---G---AAC------A-TC-A---A--ATGCTT-G-G--T-TTTGT--ATAAA---AAA--TCTTATG-CAAG---TA-T-T-TAAAT--TA-CAATATTATTGAAT-AA-TG----TGAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A----CG----G----G---G----C-ATT-TCG---AT----------G--T--T-T-TC-TAAGGGT-A-TTTC-GGTA-A
gi|20 : aaacggctcgagacTACATAGAATTACC-GAAATACCCCTGATTTACCGAAATACCCCCAGAAAACACCGAAATACCCAATTTTt
gi|21 : T-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----GCCGGG---G----T-ATT-TCT---GT----------G--T--T-T-TC-TAGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATC---GGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTACcatatgtatcgcttcgtag
gi|22 : -ATT--------TC-G-T----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----T---T----T-ATT-TCA---GT----------G--T--T-T-TC-CGAGGGT-A--TTC-GGT--AATCA-CTGGTAATTTTTCGGTAA--CTATc
gi|23 : gtgTT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G--------T-ATT-TTG---GT----------G--T--T-T-TC-TGAGGGT-A-ATTC-GGTA-AGTCA-ATGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTACagttac
gi|24 : -T-TC-TGAGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-AGGGTC---TTTCGGTAATTCTATGTAC
gi|25 : GGTA-GTAGAATTACCTGAAATACCCTTGA-TTACCGAAATA
gi|3 : AAGAACTGTA-CTCTCATATAATAAAGACTGGTCGT--ACTTTTTATTAG--AATTTTTCATATTAAGTAAATTGTTTAACTCCTCATTGAC--TCCC-GT--AACCTTTAATTGTGC--ATAAAATATTAGTTTTCATACAATGACATGATTTTCGCTTTCTTCAATGTTAATGAGGAGAA-AATATTTTCCGCTCTGCTTAATTACTTTTGTGGGTGACAAGCACAATAATTTAATTT--TGTGTGTCATTCCTAATA--------A---CA----ATTAGCCTTACC-----AAGCTT-ACTTATATGATAT---TTTATCGA-CCACTT----AATGGTTGTg
gi|4 : tttcttgtatacatgtatttcaacggaaagtggcttgagcGCAGAATAATTT----T--TGTG--CCATTCCCAATA--------TTAACA----AAT-GCCTTAATTAAATAAGCTT-ACTTATATCATAT---TTTATCGA-CCA-TTTTATAATGGTTGTTAACAAG--ATCCACTGTTCTTT--TCATAAGCCG-TATCCAGTGT-GAA-ATAA-A-A---GAA----A-GAAAAATTC-A-AT---A---A---ATT------A-TC-G---A--ATGTTT-G-G--T-TTTATAAAAAAG---AAA---CTTGTA-CAAA---TA-T-T-TAAAT--TA-C----------AAT-AA-TA----TGAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G---G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-GGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTAC
gi|5 : ATGATATTC-CTTTCTTCA-TCTTAACGAGGAGAA-AAT--TTTCTGCTCTGCTTAATT-TTTTGGCAG-TAATGAGCACAATAATTT----T--TATGTGCCATTCCAAATA--------T---CA----AAT-TCCTTGAT-----AAGC-TTACTTATAAGATAT---TTCATCGACCCATTT----AATAGTTATTAACAAG--AGTTACAGTT------------G--G-TTTCCTTTGT-G-A-AT-----A---AAA----AAGAAACATTT-C-AT---AGATA---ATTGAATGCA-TC-A---GCCATGCTT-G-G--T-TTTATAAAAAAA---AAAATTCTTGTA-CAAG---T--------AAT--T------------------A-TA----TAAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-AGT----------------AA-A--TC-A-----C----A----G---G----T-ATT-TCG---AT----------A--T--T-T-c
gi|6 : CCAATA--------T----ATTGTAAT-ACATTTATCC---GACCTTTA-TTATAATACATCGGTTTCCGGA-TCT-TT----AATAATAGTTAATGAGCAGGTTATGGTCTTAT--TC-TCAGCCG-TTTTCGGTGT-GAA-ACAT-A-C---AAC----AA----AATGCTC-AT---A---A---AGC------ACTT-A---A--GTACGT-G-GGCC-TTTATAATAAAC---A----TTTCAAA-CAAT---TA-TAC-TAAAT---A-C----------CAT-CA-TA----TGAAATGGGAAAAAA--AA-T--GG-GTT-ATT--------TC-GGTCGATAGGGGTATTTCCAG-G--TTTATTG-GA----A----G---G----T-ATT-TCG---GTAATAAAAGGCG--T--A-T-TC-TGGGGGT-A-TTTCGGGTA-AATCA-AGGGTA---TTc
gi|7 : -TT----AATAATAGTTAATGAG--AGTTATGGTTCTTTGTTCTCAAGCCG-TTTTCGGTGT-GAACATAC-A-C---AAA----ATG------CT-C-AT---A---A---AGC------A-TT-A---A--GTACGT-G----C-TTTATAATAAAC---A----TTTCATA-CAAT---TA-T-A-TAAAA--TA-C----------CAT-CA-TA----TGAAATGGAA-AAAA--AA-T--GG-GTT-ATT--------TC-GTG----------------AG-A--TT-A--G-GG----G----G--------T-ATT-TCG---GT----------A--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTA
gi|8 : tttattatatacatcggtttccggattAATAATTT----T--TGTGTGCCATTCCCAATAACATTTAAT---TA----AAT-GCCTTAAT-----AAGCTT-ACTTATATGATAT---TTTATTGA-CCA-TTTAATAATGGTTGTTAACA---------------TTT--TCATAAGCCG-TGTCCGGTGT-GAA-ATAA-A-A---GAA----A-GAAAAATTC-A-AT---A---A---ATT------A-TC-G---A--AT-------G--T-TT----------------------------GG---TT-T-T-TTAAC--TA-C----------AAT-AA---------------------A--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--CT-A--A-GG----G----G---G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-GGGGTA---
gi|9 : TTTTT--TCATAAGCTGCTATACGGTGTTGAA-ATAA-A-A---AA-------GAAAAAT-C-C-AT---A---G---ATT------AATC-A---C---TGCTT-GTG--T-TTTA---AACAA---AAA--TTTTGTAACAAA---TA-T-T-TAAAT--TA-C----------A-T-GA-TA----TGAAATG----AAAA--AA-T--C--GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----GA--G----T-ATT-TCG---------------G--T--T-T-TCGTGGGGGT-ATTTTC-GGTA-AATCA-A-GGTA----TTCGGTAATTCTATGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111
lowQualScore : 1 2222 22222 11 222 1 1 2222222 11 00000000000000000000 22 1 1 11 1 11 1111 222222222222222222 22222 1 111 11 2222 11111111 11111111 11111111111111111 1111 1111111111111111 111111111111111111 1111111111
lowQualScore : 77 3 7 1 1 4444 77777 1 88 1 111 5 2 3 2 0 2222222 88 1 11111111111111111111 00 3 7 2 33 0 0 1 1 8 0 8 8 11 0 0 8 2222 77 555555555555555555 5 22222 5 2 22 000 1 5 11 1111 0 66 3 0 55 6 3 1 3 3 777777777 88888 4 3 3 555 9999999 00000000 3 8888888 1 3 3 5555 2 99999999 222 6666 2 444 55555555555555555 2 2 5555 0000 33 5 33 2 2 88888888 2 5555555555555555 2 33 4 6666 333333333333333333 2 2 666 0000000000 33 33 2 2 2 2 2 2 2 3 555
lowQualScore : .. . . . . .... ..... . .. . ... . . . . . ....... .. . .................... .. . . . .. . . . . . . . . .. . . . .... .. .................. . ..... . . .. ... . . .. .... . .. . . .. . . . . . ......... ..... . . . ... ....... ........ . ....... . . . .... . ........ ... .... . ... ................. . . .... .... .. . .. . . ........ . ................ . .. . .... .................. . . ... .......... .. .. . . . . . . . . ...
lowQualScore : 33 3 3 0 0 0000 55555 0 55 0 000 5 5 2 0 0 7777777 33 0 33333333333333333333 00 3 3 0 88 0 2 0 0 0 8 0 0 22 8 8 0 1111 99 444444444444444444 7 11111 0 0 66 000 4 7 77 2222 8 11 7 7 55 1 6 0 6 6 999999999 99999 5 3 3 888 7777777 77777777 3 3333333 6 3 3 5555 2 11111111 777 1111 7 999 99999999999999999 9 9 7777 3333 77 7 99 9 5 55555555 4 6666666666666666 4 22 7 8888 444444444444444444 4 4 555 3333333333 22 22 2 2 4 5 5 7 9 1 444
consensus : GGTACGTAGAATTACC-GAAATACCCTTGATTTACCGAAATACCCCCAGAAAACACCGAAATACCCAATTTTTTCATTTCATATTATTGTNATNTAAATACTTGTGCAAGAAATGTGTTTTTAAAAATNTGATTNTATAGAATTTTCCTTGTATATCTCACACCGGAAGAACTGTAACTCTCGTATCATAAAGA-TGATCGT--ACTTTTTATTAG--AATTNTT------------ATT----AACTCCTCATTGACC-TCCC-GTTTAATCTTTAATGGTGCGAATAAAAT--TAGTTTG-ATCCAATNANATGATATTC-CTTTCTTCA-TCTTAATGAGGAGAA-AATATTTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTTGCGGGTGACGAGCACAATAATTT----T--TGTGTGCCATTCCCAATA--------T---CA----AAT-GCCTTAAT-----AAGCTTTACTTATATGATAT---TTTATCGA-CCA-TT----AATGGTTGTTAACGAG--AGTTACGGTTCTTT--TCATAAGCCG-TNTCCGGTGT-GAA-ATAA-A-A---AAA----AAGAAAAATTC-C-AT---A---A---ATT------A-TC-A---A--ATGCTT-G-G--T-TTTATAAAAAAA---AAA--TCTTATA-CAAG---TA-T-T-TAAAT--TA-C----------AAT-AA-TA----TGAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G---G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTAC
Reference ( family-2961 ) : GGTACGTAGAATTACC-GAAATACCCTTGATTTACCGAAATACCCCCAGAAAACACCGAAATACCCAATTTTTTCATTTCATATTATTGTNATNTAAATACTTGTGCAAGAAATGTGTTTTTAAAAATNTGATTNTATAGAATTTTCCTTGTATATCTCACACCGGAAGAACTGTAACTCTCGTATCATAAAGA-TGATCGT--ACTTTTTATTAG--AATTNTT------------ATT----AACTCCTCATTGACC-TCCC-GTTTAATCTTTAATGGTGCGAATAAAAT--TAGTTTG-ATCCAATNANATGATATTC-CTTTCTTCA-TCTTAATGAGGAGAA-AATATTTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTTGCGGGTGACGAGCACAATAATTT----T--TGTGTGCCATTCCCAATA--------T---CA----AAT-GCCTTAAT-----AAGCTTTACTTATATGATAT---TTTATCGA-CCA-TT----AATGGTTGTTAACGAG--AGTTACGGTTCTTT--TCATAAGCCG-TNTCCGGTGT-GAA-ATAA-A-A---AAA----AAGAAAAATTC-C-AT---A---A---ATT------A-TC-A---A--ATGCTT-G-G--T-TTTATAAAAAAA---AAA--TCTTATA-CAAG---TA-T-T-TAAAT--TA-C----------AAT-AA-TA----TGAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G---G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTAC
gi|1 : GGTACACAGAATTACC-GAAATACCCTTGATTTACCGAAATACCCTCAGAAAACACCGAAATACCCAATTTTTTCATTTCATATTATTGTTATGTAAATATTTGTGTAAGAA----GTT-----AAATTTG--TTTATA---TTTTCCT-GTATATTTCACACTGGAAGAACTGTAACTCTCATATCATAAAGA-TGAT-GT--A-TTTTTATTAG--AATTCTT------------ATT---------TTCATTGACC-TCCCAGTTTAATATTTCATGGTGCAATTAAAAT--TAGTTTG-ATTCAATGACATGATATTC-CTTTTATCA-TCCTAATGAGGAGAA-AATATTTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTTGTTTGTGACGAGCACAATAATTT----T--AGAGTGTCATTCCCAGTA--------T---CA----AAT-GCCTTAAT-----AACCTTTACTTAT---ATAT---TTTATCGA-CCA-TT----AATGGTTGTTAACAAG--ATTGACTGTTCTTT--CTATAAGCCG-TATCTGATGT-GAA-CTAATA-A---AAA----AAGAAAAATTC-C-AT---T---G---ATT------A-TC-A---A--ATGCTT-G-G--T-TTTATAAAAAAA---AAA--TCTTATA-CAAG---TA-T-T-TAAAT--AA-C----------AAT-GA-TA----AGAAATG----AAAA--AA-T--TG-GGT-GTT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----GC---GC--G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGAGT-A-TTTC-GATA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTAC
gi|10 : CG-TATCCAGTG---AA-GTTA-G-A---AAAGGAGAAGAAAATTTC-C-ATTAAA---A---GTT------T-TC-GCGCA--CTCCTC-G-G--TATTCATAGAAAAAGGAAAA--CTTTGTA-CCCA---CA-C-T-TTAAT--TAAC----------AAT-AA-TA-----GGAATG----AAAA--AA-T--CG-AGT--TT--------TC-GGT----------------AG-----T-A-----G----G----G---A----T--TT-TCGGGTGT----------G--T--T-TCCC-TGG
gi|11 : ACA-CAAA---TA-T-TATAAATGCTG-T----------CAT-AAATAGAGGTGAAATG----AAAA--AAAT--CA-GGTTATTCTACGGGCTCTGGT----------------AGCG--TTTA--GTGGATT-G----G---G----T-ATTGTCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGAGGGT-A-TTTC-GG
gi|12 : caactctgtgcttctgtaataaacagaacttctgatgacacACGGG--AGTTACAGTTCTTT--TCTTGATCTG-TTTCCAGTGT-CAA-AT-----A---TAC----AAGAAAAATTC-C-AT---A---A---AAT------A-TT-A---A--ATACTT-G-G-----TTAT---GAAA---ATT--TCCTATG-CAAG---TA-T-T-TAAAA--TA-G----------GAA-AA-CA----TGATATG----AAGA--Aaag
gi|13 : TAAAACAA---ACT--TCTTA---CAAA---TAAT-T-TA--T--TA-------------AT-AA-T-----TGAATTT----TAAA--AA-T--CGCAGT-AAT--------TC-GGT----------------AG-GAGTT-A--G-GGAAGGG----GAGCG----TGATT-TCG---GT----------T--T--TCT-CC-CACGACT-A-CT---GGTATAATCA-AGGTTA---TTTC-GTAATTGTAatatcataaagtataaa
gi|14 : AAATTC-CTAT---A---GTATATT------G-TT-A---A---TG--T-G-T--T-TTTATAAACAAA---CT---TCTTAC--CAAT---TA-T-----AAT--TG-T----------AAT-AA-TA----TGAGATG----AAAACAGA-TGCCG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GA----G----C---G----T-ATT-TCG---GT----------G--TTCT-T-TC-TGCGGGT-A-TTTgttaccc
gi|15 : cATA-TAAGCTATG-T-T-TAAAT--AC-C----------AATTAA-TA----TGAAACT----TTAG--AA-T--TG-AGT-ATT--------TC-GGT----------------AA-G--TT-A--T-AG----G----G---GTACAT-ATT-TCGA--GT----------GTCT--T-T-TC-CGAGAGTAA-TTCC-GGTA-AATCACAGG------TTTCAGTAATT
gi|16 : ctttttaaaATAAAAT--TAGTTTG-ATCCAATTAGATGATATTC-CT---TTCA-TCTTAATGAGGAGGACAAAATTTCCTGCTC-----AA---ATGTTGCGGGTGACGAGCACAATAATTT----TTGTGTGTGTCATTCCCAATA--------tgt
gi|17 : AG--AGTTACAGTTCTTA--TCTCAAGCCA-TTTCTGGTGT-GAA-TTAA-ATA---TAG----AAGAAATATTC-A-AT---A---C---ATT------A-TTAA---A--ATACTTGG-G--T-TTTTTAAAAAAA---AAACTTCTTACA-CAAA---TA-T-C-TAAA
gi|18 : TTGTAATTTAAATACTTGTGCAAGAAATGTGTTTTTAAAAATATAATTATATAGAATTTTTCTTGTATATCTCACACCTGAATAACTGTAACTCTCATATCATAAAGA-TG
gi|19 : A----TGAAATG----AAAA--AAAT--TG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G---G----T-ATT-TTG---GT----------G--T--T-T-TC-TGAGGGT-A-TTTT-GGTA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTGATTCTATGTAC
gi|2 : AAGAAATGTAACTCTTGTGTCATAAAGA-CGATTCTGAATTTTTCAGAAGTAAATTGTT--------------T----AACTCCTCATTGACCACCCC-CTTTAATCTTTAATGGTATGAATAAAAT--TAGTCTG-ATCCAATTAGATGATGTTC-TTTTCTTCA-TCTTAATGAGGAGAA-AAT--TTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTTGCGGGTAACGAGCACAATAATTT----T--TGTGTGCCATTCCCAATA--------T---CA----AAT-GCCTTAAT-----AAGC-TTACTTATATGATAT---TTT-TAGA-CC--TT----TATAATAGTTAACGAG--AGTTACGGTTCTTT--TCACAAGCCG-TTTCCGGTGT-GAA-ATAA-A-AATTAAA----GAAAAAAAATC-C-AT---A---G---AAC------A-TC-A---A--ATGCTT-G-G--T-TTTGT--ATAAA---AAA--TCTTATG-CAAG---TA-T-T-TAAAT--TA-CAATATTATTGAAT-AA-TG----TGAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A----CG----G----G---G----C-ATT-TCG---AT----------G--T--T-T-TC-TAAGGGT-A-TTTC-GGTA-A
gi|20 : aaacggctcgagacTACATAGAATTACC-GAAATACCCCTGATTTACCGAAATACCCCCAGAAAACACCGAAATACCCAATTTTt
gi|21 : T-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----GCCGGG---G----T-ATT-TCT---GT----------G--T--T-T-TC-TAGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATC---GGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTACcatatgtatcgcttcgtag
gi|22 : -ATT--------TC-G-T----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----T---T----T-ATT-TCA---GT----------G--T--T-T-TC-CGAGGGT-A--TTC-GGT--AATCA-CTGGTAATTTTTCGGTAA--CTATc
gi|23 : gtgTT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G--------T-ATT-TTG---GT----------G--T--T-T-TC-TGAGGGT-A-ATTC-GGTA-AGTCA-ATGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTACagttac
gi|24 : -T-TC-TGAGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-AGGGTC---TTTCGGTAATTCTATGTAC
gi|25 : GGTA-GTAGAATTACCTGAAATACCCTTGA-TTACCGAAATA
gi|3 : AAGAACTGTA-CTCTCATATAATAAAGACTGGTCGT--ACTTTTTATTAG--AATTTTTCATATTAAGTAAATTGTTTAACTCCTCATTGAC--TCCC-GT--AACCTTTAATTGTGC--ATAAAATATTAGTTTTCATACAATGACATGATTTTCGCTTTCTTCAATGTTAATGAGGAGAA-AATATTTTCCGCTCTGCTTAATTACTTTTGTGGGTGACAAGCACAATAATTTAATTT--TGTGTGTCATTCCTAATA--------A---CA----ATTAGCCTTACC-----AAGCTT-ACTTATATGATAT---TTTATCGA-CCACTT----AATGGTTGTg
gi|4 : tttcttgtatacatgtatttcaacggaaagtggcttgagcGCAGAATAATTT----T--TGTG--CCATTCCCAATA--------TTAACA----AAT-GCCTTAATTAAATAAGCTT-ACTTATATCATAT---TTTATCGA-CCA-TTTTATAATGGTTGTTAACAAG--ATCCACTGTTCTTT--TCATAAGCCG-TATCCAGTGT-GAA-ATAA-A-A---GAA----A-GAAAAATTC-A-AT---A---A---ATT------A-TC-G---A--ATGTTT-G-G--T-TTTATAAAAAAG---AAA---CTTGTA-CAAA---TA-T-T-TAAAT--TA-C----------AAT-AA-TA----TGAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G---G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-GGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTAC
gi|5 : ATGATATTC-CTTTCTTCA-TCTTAACGAGGAGAA-AAT--TTTCTGCTCTGCTTAATT-TTTTGGCAG-TAATGAGCACAATAATTT----T--TATGTGCCATTCCAAATA--------T---CA----AAT-TCCTTGAT-----AAGC-TTACTTATAAGATAT---TTCATCGACCCATTT----AATAGTTATTAACAAG--AGTTACAGTT------------G--G-TTTCCTTTGT-G-A-AT-----A---AAA----AAGAAACATTT-C-AT---AGATA---ATTGAATGCA-TC-A---GCCATGCTT-G-G--T-TTTATAAAAAAA---AAAATTCTTGTA-CAAG---T--------AAT--T------------------A-TA----TAAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-AGT----------------AA-A--TC-A-----C----A----G---G----T-ATT-TCG---AT----------A--T--T-T-c
gi|6 : CCAATA--------T----ATTGTAAT-ACATTTATCC---GACCTTTA-TTATAATACATCGGTTTCCGGA-TCT-TT----AATAATAGTTAATGAGCAGGTTATGGTCTTAT--TC-TCAGCCG-TTTTCGGTGT-GAA-ACAT-A-C---AAC----AA----AATGCTC-AT---A---A---AGC------ACTT-A---A--GTACGT-G-GGCC-TTTATAATAAAC---A----TTTCAAA-CAAT---TA-TAC-TAAAT---A-C----------CAT-CA-TA----TGAAATGGGAAAAAA--AA-T--GG-GTT-ATT--------TC-GGTCGATAGGGGTATTTCCAG-G--TTTATTG-GA----A----G---G----T-ATT-TCG---GTAATAAAAGGCG--T--A-T-TC-TGGGGGT-A-TTTCGGGTA-AATCA-AGGGTA---TTc
gi|7 : -TT----AATAATAGTTAATGAG--AGTTATGGTTCTTTGTTCTCAAGCCG-TTTTCGGTGT-GAACATAC-A-C---AAA----ATG------CT-C-AT---A---A---AGC------A-TT-A---A--GTACGT-G----C-TTTATAATAAAC---A----TTTCATA-CAAT---TA-T-A-TAAAA--TA-C----------CAT-CA-TA----TGAAATGGAA-AAAA--AA-T--GG-GTT-ATT--------TC-GTG----------------AG-A--TT-A--G-GG----G----G--------T-ATT-TCG---GT----------A--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTA
gi|8 : tttattatatacatcggtttccggattAATAATTT----T--TGTGTGCCATTCCCAATAACATTTAAT---TA----AAT-GCCTTAAT-----AAGCTT-ACTTATATGATAT---TTTATTGA-CCA-TTTAATAATGGTTGTTAACA---------------TTT--TCATAAGCCG-TGTCCGGTGT-GAA-ATAA-A-A---GAA----A-GAAAAATTC-A-AT---A---A---ATT------A-TC-G---A--AT-------G--T-TT----------------------------GG---TT-T-T-TTAAC--TA-C----------AAT-AA---------------------A--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--CT-A--A-GG----G----G---G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-GGGGTA---
gi|9 : TTTTT--TCATAAGCTGCTATACGGTGTTGAA-ATAA-A-A---AA-------GAAAAAT-C-C-AT---A---G---ATT------AATC-A---C---TGCTT-GTG--T-TTTA---AACAA---AAA--TTTTGTAACAAA---TA-T-T-TAAAT--TA-C----------A-T-GA-TA----TGAAATG----AAAA--AA-T--C--GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----GA--G----T-ATT-TCG---------------G--T--T-T-TCGTGGGGGT-ATTTTC-GGTA-AATCA-A-GGTA----TTCGGTAATTCTATGT
blockSeqs : CA T T A T ATGT TTTAA A AT A GAA T T A A C TCTGAAT TA G CATATTAAGTAAATTGTTTA CA . T G AT C T G G A C AT A AATT TG ACATTTAATTA A TAAAT T T TG CGG A C AC TTAT CA A GT T C A T C AAAAATT AGGAG A T T TAA GTAT GAATGCA A CGCAC C G T GCC A GGAAAA TAA GCTA A TA TACAATATTATTGA T A GAGG GGAA CA A GC C T CTACGGGC T CGATAGGGGTATTTCC C AG T TTG AAGGGGAGCG G G GGT AATAAAAGGC TC TC C C G A T G T C ATT
blockSeqs : G . . A G . CGTAC . T TA . . . . . . T G . . . AT . . . TTAACA . CC T T TG . A . AT TAAT . A . T . T . . AAATA C A . . . GATA AC . GCCA A . . TA A AAACT TA A . AC GCTGTC . . . GAA . A . . . . . . . . T GT GGGTACA . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . G C . . . . . . . TATTGT . . T T TC . A . A . . G . A . T . . TAGA G A . . . A AA . AA G . . T A AAAAT CA A . T TAACA . . . . . . . . . . . . . . . G GCCGGGG . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TCA . . T . AG . C . T . . T . A . T . . AAAA A A . . . A T . AA A . . T A ATT TG G . T TAGG . . . . . . . . . . . . . . . G ATTGGG . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . ACA . . . . AT . A . A . . A . T . A . . ATAC A A . . . C A . AA G . . T A ACT TA A . T TGTA . . . . . . . . . . . . . . . T GGAG . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TCA . . . . TG . . . . . . G . A . T . . ACAC A A . . . G G . AA G . . T A AAA CA T . T ACCA . . . . . . . . . . . . . . . G GGA . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . A . T . . AAAA C T . . . A A . AG G . . T A AAA TG A . C TACA . . . . . . . . . . . . . . . G GCG . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . AAAA A . . . . A A . AG A . . C A AAA TA G . T TACC . . . . . . . . . . . . . . . G GGG . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . A A . . . . A A . AA A . . T . CT TA A . T TACA . . . . . . . . . . . . . . . G GGG . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . A . . . . . A A . A G . . T . A AA G . A TACA . . . . . . . . . . . . . . . G GTT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G A . C . . . . . A TA T . T ACC . . . . . . . . . . . . . . . G GGG . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C T . T TA . . . . . . . . . . . . . . . A AGG . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . T . . . . . . . . . . . . . . . G AGG . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . GGG . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . GG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . GG . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** TG AAAA***** GGG***************
originalCons : GGTACGTAGAATTACC-GAAATACCCTTGATTTACCGAAATACCCCCAGAAAACACCGAAATACCCAATTTTTTCATTTCATATTATTGTNATNTAAATACTTGTGCAAGAAATGTGTTTTTAAAAATNTGATTNTATAGAATTTTCCTTGTATATCTCACACCGGAAGAACTGTAACTCTCGTATCATAAAGA-TGATCGT--ACTTTTTATTAG--AATTNTT------------ATT----AACTCCTCATTGACC-TCCC-GTTTAATCTTTAATGGTGCGAATAAAAT--TAGTTTG-ATCCAATNANATGATATTC-CTTTCTTCA-TCTTAATGAGGAGAA-AATATTTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTTGCGGGTGACGAGCACAATAATTT----T--TGTGTGCCATTCCCAATA--------T---CA----AAT-GCCTTAAT-----AAGCTTTACTTATATGATAT---TTTATCGA-CCA-TT----AATGGTTGTTAACGAG--AGTTACGGTTCTTT--TCATAAGCCG-TNTCCGGTGT-GAA-ATAA-A-A---AAA----AAGAAAAATTC-C-AT---A---A---ATT------A-TC-A---A--ATGCTT-G-G--T-TTTATAAAAAAA---AAA--TCTTATA-CAAG---TA-T-T-TAAAT--TA-C----------AAT-AA-TA----TGAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G---G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTAC
finalCons : GGTACGTAGAATTACC-GAAATACCCTTGATTTACCGAAATACCCCCAGAAAACACCGAAATACCCAATTTTTTCATTTCATATTATTGTNATNTAAATACTTGTGCAAGAAATGTGTTTTTAAAAATNTGATTNTATAGAATTTTCCTTGTATATCTCACACCGGAAGAACTGTAACTCTCGTATCATAAAGA-TGATCGT--ACTTTTTATTAG--AATTNTT------------ATT----AACTCCTCATTGACC-TCCC-GTTTAATCTTTAATGGTGCGAATAAAAT--TAGTTTG-ATCCAATNANATGATATTC-CTTTCTTCA-TCTTAATGAGGAGAA-AAT--TTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTTGCGGGTGACGAGCACAATAATTT----T--TGTGTGCCATTCCCAATA--------T---CA----AAT-GCCTTAAT-----AAGCTTTACTTATATGATAT---TTTATCGA-CCA-TT----AATGGTTGTTAACGAG--AGTTACGGTTCTTT--TCATAAGCCG-TNTCCGGTGT-GAA-ATAAAA-----AAA----AAGAAAAATTC-C-AT---A---A---ATT------A-TC-A---A--ATGCTT-G-G--T-TTTATAAAAAAA---AAA--TCTTATA-CAAG---TA-T-T-TAAAT--TA-C----------AAT-AA-TA----TGAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GGGGG---------------T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111
lowQualScore : 1 2222 22222 11 222 1 1 2222222 11 00000000000000000000 22 1 1 11 1 111 22 1111 222222222222222222 22222 1 111 11 2222 11111111 11111111 11111111111111111 1111 1111111111111111 111111111111111111 1111111111
lowQualScore : 77 3 7 1 1 4444 77777 1 88 1 111 5 2 3 2 0 2222222 88 1 11111111111111111111 00 3 7 2 33 0 0 1 1 8 0 8 444 22 0 0 8 5 2222 77 555555555555555555 5 22222 5 2 4 000 1 5 11 1111 0 66 3 0 55 6 3 1 3 3 777777777 88888 4 3 3 555 9999999 00000000 3 8888888 1 3 3 5555 2 99999999 222 6666 2 444 55555555555555555 2 2 5555 0000 33 5 33 2 2 88888888 2 5555555555555555 2 33 4 6666 333333333333333333 2 2 666 0000000000 33 33 2 2 2 2 2 2 2 3 555
lowQualScore : .. . . . . .... ..... . .. . ... . . . . . ....... .. . .................... .. . . . .. . . . . . . . ... .. . . . . .... .. .................. . ..... . . . ... . . .. .... . .. . . .. . . . . . ......... ..... . . . ... ....... ........ . ....... . . . .... . ........ ... .... . ... ................. . . .... .... .. . .. . . ........ . ................ . .. . .... .................. . . ... .......... .. .. . . . . . . . . ...
lowQualScore : 33 3 3 0 0 0000 55555 0 55 0 000 5 5 2 0 0 7777777 33 0 33333333333333333333 00 3 3 0 88 0 2 0 0 0 8 0 000 00 8 8 0 0 1111 99 444444444444444444 7 11111 0 0 3 000 4 7 77 2222 8 11 7 7 55 1 6 0 6 6 999999999 99999 5 3 3 888 7777777 77777777 3 3333333 6 3 3 5555 2 11111111 777 1111 7 999 99999999999999999 9 9 7777 3333 77 7 99 9 5 55555555 4 6666666666666666 4 22 7 8888 444444444444444444 4 4 555 3333333333 22 22 2 2 4 5 5 7 9 1 444
consensus : GGTACGTAGAATTACC-GAAATACCCTTGATTTACCGAAATACCCCCAGAAAACACCGAAATACCCAATTTTTTCATTTCATATTATTGTNATNTAAATACTTGTGCAAGAAATGTGTTTTTAAAAATNTGATTNTATAGAATTTTCCTTGTATATCTCACACCGGAAGAACTGTAACTCTCGTATCATAAAGA-TGATCGT--ACTTTTTATTAG--AATTNTT------------ATT----AACTCCTCATTGACC-TCCC-GTTTAATCTTTAATGGTGCGAATAAAAT--TAGTTTG-ATCCAATNANATGATATTC-CTTTCTTCA-TCTTAATGAGGAG---AAAATATTTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTTGCGGGTGACGAGCACAATAATTT----T--TGTGTGCCATTCCCAATA--------T---CA----AAT-GCCTTAAT-----AAGCTTTACTTATATGATAT---TTTATCGA-CCA-TT----AATGGTTGTTAACGAG--AGTTACGGTTCTTT--TCATAAGCCG-TNTCCGGTGT-GAA-ATAA-A-A---AAA----AAGAAAAATTC-C-AT---A---A---ATT------A-TC-A---A--ATGCTT-G-G--T-TTTATAAAAAAA---AAA--TCTTATA-CAAG---TA-T-T-TAAAT--TA-C----------AAT-AA-TA----TGAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G---G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTAC
Reference ( family-2961 ) : GGTACGTAGAATTACC-GAAATACCCTTGATTTACCGAAATACCCCCAGAAAACACCGAAATACCCAATTTTTTCATTTCATATTATTGTNATNTAAATACTTGTGCAAGAAATGTGTTTTTAAAAATNTGATTNTATAGAATTTTCCTTGTATATCTCACACCGGAAGAACTGTAACTCTCGTATCATAAAGA-TGATCGT--ACTTTTTATTAG--AATTNTT------------ATT----AACTCCTCATTGACC-TCCC-GTTTAATCTTTAATGGTGCGAATAAAAT--TAGTTTG-ATCCAATNANATGATATTC-CTTTCTTCA-TCTTAATGAGGAG---AAAAT--TTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTTGCGGGTGACGAGCACAATAATTT----T--TGTGTGCCATTCCCAATA--------T---CA----AAT-GCCTTAAT-----AAGCTTTACTTATATGATAT---TTTATCGA-CCA-TT----AATGGTTGTTAACGAG--AGTTACGGTTCTTT--TCATAAGCCG-TNTCCGGTGT-GAA-ATAA-A-A---AAA----AAGAAAAATTC-C-AT---A---A---ATT------A-TC-A---A--ATGCTT-G-G--T-TTTATAAAAAAA---AAA--TCTTATA-CAAG---TA-T-T-TAAAT--TA-C----------AAT-AA-TA----TGAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G---G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTAC
gi|1 : GGTACACAGAATTACC-GAAATACCCTTGATTTACCGAAATACCCTCAGAAAACACCGAAATACCCAATTTTTTCATTTCATATTATTGTTATGTAAATATTTGTGTAAGAA----GTT-----AAATTTG--TTTATA---TTTTCCT-GTATATTTCACACTGGAAGAACTGTAACTCTCATATCATAAAGA-TGAT-GT--A-TTTTTATTAG--AATTCTT------------ATT---------TTCATTGACC-TCCCAGTTTAATATTTCATGGTGCAATTAAAAT--TAGTTTG-ATTCAATGACATGATATTC-CTTTTATCA-TCCTAATGAGGAG---AAAATATTTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTTGTTTGTGACGAGCACAATAATTT----T--AGAGTGTCATTCCCAGTA--------T---CA----AAT-GCCTTAAT-----AACCTTTACTTATAT---AT---TTTATCGA-CCA-TT----AATGGTTGTTAACAAG--ATTGACTGTTCTTT--CTATAAGCCG-TATCTGATGT-GAA-CTAATA-A---AAA----AAGAAAAATTC-C-AT---T---G---ATT------A-TC-A---A--ATGCTT-G-G--T-TTTATAAAAAAA---AAA--TCTTATA-CAAG---TA-T-T-TAAAT--AA-C----------AAT-GA-TA----AGAAATG----AAAA--AA-T--TG-GGT-GTT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----GC---GC--G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGAGT-A-TTTC-GATA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTAC
gi|10 : CG-TATCCAGTG---AA-GTTA-G-A---AAAGGAGAAGAAAATTTC-C-ATTAAA---A---GTT------T-TC-GCGCA--CTCCTC-G-G--TATTCATAGAAAAAGGAAAA--CTTTGTA-CCCA---CA-C-T-TTAAT--TAAC----------AAT-AA-TA-----GGAATG----AAAA--AA-T--CG-AGT--TT--------TC-GGT----------------AG-----T-A-----G----G----G---A----T--TT-TCGGGTGT----------G--T--T-TCCC-TGG
gi|11 : ACA-CAAA---TA-T-TATAAATGCTG-T----------CAT-AAATAGAGGTGAAATG----AAAA--AAAT--CA-GGTTATTCTACGGGCTCTGGT----------------AGCG--TTTA--GTGGATT-G----G---G----T-ATTGTCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGAGGGT-A-TTTC-GG
gi|12 : caactctgtgcttctgtaataaacagaacttctgatgacacACGGG--AGTTACAGTTCTTT--TCTTGATCTG-TTTCCAGTGT-CAA-AT-----A---TAC----AAGAAAAATTC-C-AT---A---A---AAT------A-TT-A---A--ATACTT-G-G-----TTAT---GAAA---ATT--TCCTATG-CAAG---TA-T-T-TAAAA--TA-G----------GAA-AA-CA----TGATATG----AAGA--Aaag
gi|13 : TAAAACAA---ACT--TCTTA---CAAA---TAAT-T-TA--T--TA-------------AT-AA-T-----TGAATTT----TAAA--AA-T--CGCAGT-AAT--------TC-GGT----------------AG-GAGTT-A--G-GGAAGGG----GAGCG----TGATT-TCG---GT----------T--T--TCT-CC-CACGACT-A-CT---GGTATAATCA-AGGTTA---TTTC-GTAATTGTAatatcataaagtataaa
gi|14 : AAATTC-CTAT---A---GTATATT------G-TT-A---A---TG--T-G-T--T-TTTATAAACAAA---CT---TCTTAC--CAAT---TA-T-----AAT--TG-T----------AAT-AA-TA----TGAGATG----AAAACAGA-TGCCG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GA----G----C---G----T-ATT-TCG---GT----------G--TTCT-T-TC-TGCGGGT-A-TTTgttaccc
gi|15 : cATA-TAAGCTATG-T-T-TAAAT--AC-C----------AATTAA-TA----TGAAACT----TTAG--AA-T--TG-AGT-ATT--------TC-GGT----------------AA-G--TT-A--T-AG----G----G---GTACAT-ATT-TCGA--GT----------GTCT--T-T-TC-CGAGAGTAA-TTCC-GGTA-AATCACAGG------TTTCAGTAATT
gi|16 : ctttttaaaATAAAAT--TAGTTTG-ATCCAATTAGATGATATTC-CT---TTCA-TCTTAATGAGGAGGACAAAAT--TTCCTGCTC-----AA---ATGTTGCGGGTGACGAGCACAATAATTT----TTGTGTGTGTCATTCCCAATA--------tgt
gi|17 : AG--AGTTACAGTTCTTA--TCTCAAGCCA-TTTCTGGTGT-GAA-TTAA-ATA---TAG----AAGAAATATTC-A-AT---A---C---ATT------A-TTAA---A--ATACTTGG-G--T-TTTTTAAAAAAA---AAACTTCTTACA-CAAA---TA-T-C-TAAA
gi|18 : TTGTAATTTAAATACTTGTGCAAGAAATGTGTTTTTAAAAATATAATTATATAGAATTTTTCTTGTATATCTCACACCTGAATAACTGTAACTCTCATATCATAAAGA-TG
gi|19 : A----TGAAATG----AAAA--AAAT--TG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G---G----T-ATT-TTG---GT----------G--T--T-T-TC-TGAGGGT-A-TTTT-GGTA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTGATTCTATGTAC
gi|2 : AAGAAATGTAACTCTTGTGTCATAAAGA-CGATTCTGAATTTTTCAGAAGTAAATTGTT--------------T----AACTCCTCATTGACCACCCC-CTTTAATCTTTAATGGTATGAATAAAAT--TAGTCTG-ATCCAATTAGATGATGTTC-TTTTCTTCA-TCTTAATGAGGAG---AAAAT--TTCCTGCTCTGCTTAATT-TTTTTGCGGGTAACGAGCACAATAATTT----T--TGTGTGCCATTCCCAATA--------T---CA----AAT-GCCTTAAT-----AAGC-TTACTTATATGATAT---TTT-TAGA-CC--TT----TATAATAGTTAACGAG--AGTTACGGTTCTTT--TCACAAGCCG-TTTCCGGTGT-GAA-ATAA-A-AATTAAA----GAAAAAAAATC-C-AT---A---G---AAC------A-TC-A---A--ATGCTT-G-G--T-TTTGT--ATAAA---AAA--TCTTATG-CAAG---TA-T-T-TAAAT--TA-CAATATTATTGAAT-AA-TG----TGAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A----CG----G----G---G----C-ATT-TCG---AT----------G--T--T-T-TC-TAAGGGT-A-TTTC-GGTA-A
gi|20 : aaacggctcgagacTACATAGAATTACC-GAAATACCCCTGATTTACCGAAATACCCCCAGAAAACACCGAAATACCCAATTTTt
gi|21 : T-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----GCCGGG---G----T-ATT-TCT---GT----------G--T--T-T-TC-TAGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATC---GGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTACcatatgtatcgcttcgtag
gi|22 : -ATT--------TC-G-T----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----T---T----T-ATT-TCA---GT----------G--T--T-T-TC-CGAGGGT-A--TTC-GGT--AATCA-CTGGTAATTTTTCGGTAA--CTATc
gi|23 : gtgTT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G--------T-ATT-TTG---GT----------G--T--T-T-TC-TGAGGGT-A-ATTC-GGTA-AGTCA-ATGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTACagttac
gi|24 : -T-TC-TGAGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-AGGGTC---TTTCGGTAATTCTATGTAC
gi|25 : GGTA-GTAGAATTACCTGAAATACCCTTGA-TTACCGAAATA
gi|3 : AAGAACTGTA-CTCTCATATAATAAAGACTGGTCGT--ACTTTTTATTAG--AATTTTTCATATTAAGTAAATTGTTTAACTCCTCATTGAC--TCCC-GT--AACCTTTAATTGTGC--ATAAAATATTAGTTTTCATACAATGACATGATTTTCGCTTTCTTCAATGTTAATGAGGAG---AAAATATTTTCCGCTCTGCTTAATTACTTTTGTGGGTGACAAGCACAATAATTTAATTT--TGTGTGTCATTCCTAATA--------A---CA----ATTAGCCTTACC-----AAGCTT-ACTTATATGATAT---TTTATCGA-CCACTT----AATGGTTGTg
gi|4 : tttcttgtatacatgtatttcaacggaaagtggcttgagcGCAGAATAATTT----T--TGTG--CCATTCCCAATA--------TTAACA----AAT-GCCTTAATTAAATAAGCTT-ACTTATATCATAT---TTTATCGA-CCA-TTTTATAATGGTTGTTAACAAG--ATCCACTGTTCTTT--TCATAAGCCG-TATCCAGTGT-GAA-ATAA-A-A---GAA----A-GAAAAATTC-A-AT---A---A---ATT------A-TC-G---A--ATGTTT-G-G--T-TTTATAAAAAAG---AAA---CTTGTA-CAAA---TA-T-T-TAAAT--TA-C----------AAT-AA-TA----TGAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----G---G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-GGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTAC
gi|5 : ATGATATTC-CTTTCTTCA-TCTTAACGAGGAG---AAAAT--TTTCTGCTCTGCTTAATT-TTTTGGC-AGTAATGAGCACAATAATTT----T--TATGTGCCATTCCAAATA--------T---CA----AAT-TCCTTGAT-----AAGC-TTACTTATAAGATAT---TTCATCGACCCATTT----AATAGTTATTAACAAG--AGTTACAGTT------------G--G-TTTCCTTTGT-G-A-AT-----A---AAA----AAGAAACATTT-C-AT---AGATA---ATTGAATGCA-TC-A---GCCATGCTT-G-G--T-TTTATAAAAAAA---AAAATTCTTGTA-CAAG---T--------AAT--T------------------A-TA----TAAAATG----AAAA--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-AGT----------------AA-A--TC-A-----C----A----G---G----T-ATT-TCG---AT----------A--T--T-T-c
gi|6 : CCAATA--------T----ATTGTAAT-ACATTTATCC---GACCTTTA-TTATAATACATCGGTTTCCGGA-TCT-TT----AATAATAGTTAATGAGCAGGTTATGGTCTTAT--TC-TCAGCCG-TTTTCGGTGT-GAA-ACAT-A-C---AAC----AA----AATGCTC-AT---A---A---AGC------ACTT-A---A--GTACGT-G-GGCC-TTTATAATAAAC---A----TTTCAAA-CAAT---TA-TAC-TAAAT---A-C----------CAT-CA-TA----TGAAATGGGAAAAAA--AA-T--GG-GTT-ATT--------TC-GGTCGATAGGGGTATTTCCAG-G--TTTATTG-GA----A----G---G----T-ATT-TCG---GTAATAAAAGGCG--T--A-T-TC-TGGGGGT-A-TTTCGGGTA-AATCA-AGGGTA---TTc
gi|7 : -TT----AATAATAGTTAATGAG--AGTTATGGTTCTTTGTTCTCAAGCCG-TTTTCGGTGT-GAACATAC-A-C---AAA----ATG------CT-C-AT---A---A---AGC------A-TT-A---A--GTACGT-G----C-TTTATAATAAAC---A----TTTCATA-CAAT---TA-T-A-TAAAA--TA-C----------CAT-CA-TA----TGAAATGGAA-AAAA--AA-T--GG-GTT-ATT--------TC-GTG----------------AG-A--TT-A--G-GG----G----G--------T-ATT-TCG---GT----------A--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-AGGGTA---TTTCGGTAATTCTATGTA
gi|8 : tttattatatacatcggtttccggattAATAATTT----T--TGTGTGCCATTCCCAATAACATTTAAT---TA----AAT-GCCTTAAT-----AAGCTT-ACTTATATGATAT---TTTATTGA-CCA-TTTAATAATGGTTGTTAACA---------------TTT--TCATAAGCCG-TGTCCGGTGT-GAA-ATAA-A-A---GAA----A-GAAAAATTC-A-AT---A---A---ATT------A-TC-G---A--AT-------G--T-TT----------------------------GG---TT-T-T-TTAAC--TA-C----------AAT-AA---------------------A--AA-T--CG-GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--CT-A--A-GG----G----G---G----T-ATT-TCG---GT----------G--T--T-T-TC-TGGGGGT-A-TTTC-GGTA-AATCA-GGGGTA---
gi|9 : TTTTT--TCATAAGCTGCTATACGGTGTTGAA-ATAA-A-A---AA-------GAAAAAT-C-C-AT---A---G---ATT------AATC-A---C---TGCTT-GTG--T-TTTA---AACAA---AAA--TTTTGTAACAAA---TA-T-T-TAAAT--TA-C----------A-T-GA-TA----TGAAATG----AAAA--AA-T--C--GGT-ATT--------TC-GGT----------------AG-G--TT-A--G-GG----G----GA--G----T-ATT-TCG---------------G--T--T-T-TCGTGGGGGT-ATTTTC-GGTA-AATCA-A-GGTA----TTCGGTAATTCTATGT