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Reference ( gi|18 )           :  TAATATGCT-T----A---C-TGC--TC-----A-G--T---G-C--T--CA-ATT----T---A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTT-A-AC-T-T----------TT---TGC--------TT--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-A--T-ATTT-ATC-T-T--AA--CA-C------A--TTG--A---G-A----A--T-T---T--A-AT--G-CCAA-A--AC-TATA
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gi|8                          :  TAATATGCT-A----AA--C-TGC--TC-----A-G--T---G-C--G--CA-ATT----T---A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTT-A-AC-T-T----------TT---TGC--------TT--A--A----A--TT-AA-T-TT--T-A--T-ATTC-ATC-T-T--AA--CA-C------A--ATG------G-ACC--AGTT-T---T--A-AT--G-TCAATA--AA-TATAcgattgat
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gi|22                         :   AATATGCT-C----A---C-TGT--TC-----A-G--T---G-C--A--TA-ATT----T---A-TTTT-A--C--ATTTT-C--TTTA-A---C---CTT-A-AC-T-T----------TG---CGC--------GT--G--G----A--AT-AA-T-TA--T-A--T-ATTT--TC-T-T--AA--AT-CT-----A--TTG--A---C-A----A--T-tcg
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gi|19                         :    ATATGCT-T----A---C-TGT--TC-----A-G------G-C--T--CA-AAC----T---A-TTTT-C--A--ATTTT-C---TTT-A---A---GTT-ATAC-TAT----------TT---TGC--------TTG-A--A----A--AT-AA-T-TC--T-A--T-A-TT-ATT-T-TA-AA--CA-CA-----A--TTG-------------A--T-T---C--A-AT--t
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ATAATATTAACTGTTCTAGTGCCATAATTATTTTAGCATTTCTTTAACCCTTAACTTTGCCGCGAGGAATTATTACTTATTT






Alignments
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Reference ( family-2948 )     :    TAATATGCT-T----A---C-TGT--TC-----A-G--T---G-C--T--CA-ATT----T---A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTT-A-AC-T-T----------TT---T-GC--------TT--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-A--T-ATTT-ATC-T-T-AAC-----A-CAA-TT--GA----CA----A---TT--T--A-AT--G-TCAA--TA-AC-TATA
gi|1                          :     AGTATGCT-T----A---C-TGCAGTCG----A-G--T---G-C--TGGCAGATTA---T---A-TTTT-T--CCAATTTT-C--TTTTTA---A---TCT-A-AC-T-TCGTAACTATTTT---T-GC--------TT--A--A----A--ATGAA-T-TC--T-AG-TGATTT-ATC-T-T-AAT-----AGCAATTT--GA----CATGCTA---TT--T--A-ATG-G-TCAA--TA-ACGTATA
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gi|11                         :      gTATGCT-T----A---C-TGT--TTCAAAGA-A--T---GAT--T--CA-ATT----T---A-TTTT-C-----ATTTA-CAGTTTT-A---A---TTT-A-AC-T-T----------TT---T-TC--------TC--A--A----A--AT-AA-TATT--T-A--T-G----ATC-T-A-AAC-----A-CAA-TT--GA----TA----A---TT--T--A-AT--G-TCAA--TA-AC-TATAtc
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gi|13                         :   gTAGTATGCT-T----A---C-TGT--TC-----A-G--T---G-C--T--CA-TTT----T---A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTT-A-AC-T-T----------TT---T-TC--------TC--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-A--T-ATTTAATT-C-T-AAC-----A-CAA-TT--GA----TA----AAT-CT--T--A-ATCAG-TCAAT-TA-AC-
gi|14                         :    gAGTATGCT-T----A---C-TGT--TT-----A-G--T---G-C--T--CA-ATTAATTT---A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTT--A---A---CTT-G-AC-T-T----------TT---T-GC--------TT--A--A----A--AT-AA-T-TC--C-A--T-ATTT-AT--------C-----A-CAA-TT--GA----TA----A---TT--T--A-AT--G-TCAA--TA-AC-TATA
gi|15                         :     AATATA---T----A---C-AGT--TC-----A-G--TT--G-C--TG-CA-ATT----T---A-TTT-----C--ATTTT-C--TTTT-A---C---TTT-A-AC-T-T----------TT---TTGC--------TT--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-AACT-ATCT-ATC-T---AAC-----A-CAA-TT--GA----CA----A---TT--T--A-AT--G-ACAA---A-AC-TATAtc
gi|16                         :      ATATGCT-T----A---C-TGG---A-----A-G--TT--G-C--T--TA--TT----T---A-TTTT-CTCC--ATTTT-C--TTTT-AT--A---TTT-A-AC-T-T----------TT---T-GC--------TT--A--A----A--A--AA-T-TC--TAA--T-ATTC--TC-T-T---T-----A-TCA-TT--GA----TC----A---TT--t
gi|17                         :    gAGTATGCT-T----A---C-TGT--TC-----A-G--T---G-C--T--CA-ATT----T---A-TTTT-C--CC-ATTTT-C--TTTTTA---A---TTT-A-AC-T-T----------TT---T-GC--------TT--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-A--T-ATTT-ATC-T-A-AAC-----A-CAA-TT--GA----TA----A---TT--T--A-AT--G-TCAA--TA-Aatgcacatacttatcggt
gi|18                         :   cTAATATGCT-T----A---C-TGC--TC-----A-G--T---G-C--T--CA-ATT----T---A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTT-A-AC-T-T----------TT---T-GC--------TT--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-A--T-ATTT-ATC-T-T-AAC-----A-C-A-TT--GA----GA----A---TT--T--A-AT--G-CCAA---A-AC-TATAt
gi|19                         :      ATATGCT-T----A---C-TGT--TC-----A-G------G-C--T--CA-AAC----T---A-TTTT-C--A--ATTTT-C--TTT--A---A---GTT-ATAC-TAT----------TT---T-GC--------TTG-A--A----A--AT-AA-T-TC--T-A--T-A-TT-ATT-T-TAAAC-----A-CAA-TT--GA----T------------------------TCAA--TA-AC-GATA
gi|2                          :     AATATGCT-T----A---C-TGC--TC-----A-G--T---G-C--TTCCACATT----T---A-TTTT-C--C--ATTTT-T--TTTT-ATCTAACTTCT-A-AC-T-T----------TT---T-CT--------TT--A--A----AATAT-AA-T-TC--T-A--T-ATTT-ATCTT-T-AAT-----A-CAA-TT--GACATGCA----A---TT--T--A-AT--GTTCAA--AATAC-TATAtcgat
gi|20                         :    TAATATGCTAT----A---C-TGT---------A-G--T---A-C--T--CT-AAT----T---A-TTTTTC--C--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTCAA-AC-T-T----------TT---T-G---------TT--A--A----------AA-T-TC----A--TAATTT-ATC-TAT-AAC-----A-CAAGTT--GA-----A----A---TT--T--A-tcg
gi|21                         :     gATATGCT-T----A---C-TGT--TC-----A-G--T---G-C--T--CA-ATT----T---A-TTTT-C--A--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTT-A-AT-T-T----------TT---T-GC--------TT--G--A----A--AT-GA-T-TC--T-A--T-ATTT-ATC-T-T-AAC-----A-CAA-TT--GA----CA----A---AT--T--A-AT--G-Tcttatc
gi|22                         :     AATATGCT-C----A---C-TGT--TC-----A-G--T---G-C--A--TA-ATT----T---A-TTTT-A--C--ATTTT-C--TTTA-A---C---CTT-A-AC-T-T----------TG---C-GC--------GT--G--G----A--AT-AA-T-TA--T-A--T-ATTT--TC-T-T-AAA-----T-CTA-TT--GA----CA----A---T
gi|23                         :         TGCT-T----A------GT--TC-----A-G--T---G-C--T--CA-ATT----T---A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTT-A-A--G-T----------TT---T-GC--------TC--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-G--T-ATTT-ATC-T-T-AAC-----A-CAA-TT--GA----CA----A---CT--ca
gi|24                         :      gtATGCT-T----A---C-TGC--TC-----A-A--T---G-C--T--TA-ATT----TT--A-TTTT-C--CT-ATTTT-A--TTTT-A---A---TTT-A-AC-T-T----------TC---T-GCGCCCGAAATT--ACGA----A--AT-AA---TC--T-A--a
gi|26                         :                                                                                               gtgaa---TTT-A--C-A-T----------TT---T-GC--------TT--C--A----A--A--AA-T-T--------T-ATTT-ATC-T-T-AAC-----A-CAA--T--GA----CA----A---TT--T--A-AT--G--CAA--TA-AC-TAT
gi|27                         :                                                                                                                                                                  -T-TA--T-A--T-ATTT--TC-T-T-AAA-----T-CAA-TT--GA----CA----A---TT--T--A-TT--G-TCAA--CA-AC-TATAgttga
gi|28                         :                                                                                                                                                           --AT-AA-T-TC--T-A--T-ATTT-ATC----------------AA-TT--GA----CA----A---TT--T--A-AT--G-TCAA--TA-GC-TATAtagata
gi|3                          :     AATATGCT-C----A---C-TGT--TC-----A-G--T---G-CAAT---A-ATT----T---A-TTTC-C--C--A-TTT-C--TTTA-A---A---CTT-A-AC-T-T----------TG---C-GC--------TTGGA--ATATTA--AT-AA-T-TA--T-A--T-ATTT--TC-G-T-AAA-----T-CAA-TT--GA----CA----AC--TT--T--T-AT--G-TCAA--CA-AC-TACAtgtaata
gi|4                          :    aAATATGCT-C----A---C-TGT--TC-----A-G--T---G-C--A--TA-ATT----T---A-TTTC-C--C--A-TTT-C--TTTA-A---A---CTT-A-AC-TGT----------TG---C-GC--------TTGGA--ATATTA--AT-AA-T-TA--T-A--T-ATT---TC-G-T-AAA-----T-CAA-TT--GA----CA----AC--TT--T--T-AT--G-TCAA--CA-AC-TACAtgtatat
gi|5                          :      ATATGCT-TTAATA---C-TGC--TC-----A-G--T---G-T--T--CA-ATT----TTTAA-TCTT-C--T--ATTTT-C--TAAT-A---A---TTT-A-GC-T-C----------TT---A-GC--------CT--G--A----A--AT-G----TA--T-A--C-ATTT--TC-T-T-CAA-----A-CAA-TT--GA----C-----A---TT--TCAA-AT--G-TCAA--TA-tgtatat
gi|6                          : gttTAATATGCT-T----A---C-TGC--TC-----ATG--CAAAG-C--T--CA-AAT----T---A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTT-A-AC-C-T----------TT---T-GT--------GT--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-A--T-ATTT-ATC-T-T-AAC-----A-CAC-TT--GA----CA----A---TT--T--A-AT--G-CCAA--TA-AC-ctgacatcca
gi|7                          :    TAATATGCT-A----AAACT-TGCC-TC-----A-G--T---G-C--TTTCA-ATT--------A-TT---C--C--ATCTT-A-------A---A---TTT-A-ACAT-T----------TT---T-GA--------TT--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-A--T-TATT-ATA-T-C-AAC-----ATCAA-TTTAGA----CA----T---TTTGT--A-AT--G-TCGA--TA-AA-CATAcgattgat
gi|8                          :   gTAATATGCT-A----AA--C-TGC--TC-----A-G--T---G-C--G--CA-ATT----T---A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTT-A-AC-T-T----------TT---T-GC--------TT--A--A----A--TT-AA-T-TT--T-A--T-ATTC-ATC-T-T-AAC-----A-CAA-TG--GA----CC----AGT-TT--T--A-AT--G-TCAA--TA-AA-TATAt
gi|9                          :         TGCT-T----G---CCTGC--TC-----A-G--T---G-C--T--CA-ATT----T---ATTTTT-T--C--ATTTTCC--TTTT-A---A---TTT-A-AG-T-T----------TTTTGT-GC--------TT-----A----A--AT-AATT-TC--T-A--T--TTT-ATG-C-C-AA------A--GA-TT--GA----CA----GAATTT--T--A-AG--T-TCAA--tcg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ATAATATTAACTGTTCTAGTGCCATAATTATTTTAGCATTTCTTTAACCCTTAACTTTGCCGCGAGGAATTATTACTTATTT






Alignments
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lowQualScore                  :             . .... ... .   ..  ..... . .. ... . .. ..  .   ........ .    . .. ..     . ..    . ... ...   . .  . . ..........  ... .  ........  .. .. .... ..  .  . .  .. . .. .    ..  . ...   ..... .   .  ..  ....  .... ...  .. .. .  .. .    ..  .  .    
lowQualScore                  :             7 5555 222 7   00  88888 7 33 222 7 33 55  3   99999999 7    7 33 66     3 33    3 666 888   6 6  6 2 0000000000  888 6  88888888  00 22 8888 11  5  5 5  00 5 00 1    44  5 000   88888 1   1  11  3333  3333 111  22 44 7  33 8    55  0  2    
consensus                     :    TAATATGCT-T----A---C-TGC--TC-----A-G--T---G-C--T--CA-ATT----T---A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTT-A-AC-T-T----------TT---T-GC--------TT--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-A--T-ATTT-ATC-T-T-AAC-----A-CAA-TT--GA----CA----A---TT--T--A-AT--G-TCAA--TA-AC-TATA
Reference ( family-2948 )     :    TAATATGCT-T----A---C-TGC--TC-----A-G--T---G-C--T--CA-ATT----T---A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTT-A-AC-T-T----------TT---T-GC--------TT--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-A--T-ATTT-ATC-T-T-AAC-----A-CAA-TT--GA----CA----A---TT--T--A-AT--G-TCAA--TA-AC-TATA
gi|1                          :     AGTATGCT-T----A---C-TGCAGTCG----A-G--T---G-C--TGGCAGATTA---T---A-TTTT-T--CCAATTTT-C--TTTTTA---A---TCT-A-AC-T-TCGTAACTATTTT---T-GC--------TT--A--A----A--ATGAA-T-TC--T-AG-TGATTT-ATC-T-T-AAT-----AGCAATTT--GA----CATGCTA---TT--T--A-ATG-G-TCAA--TA-ACGTATA
gi|10                         :    TAATATGCT-A----AA--C-TGC--TC-----A-G--T---G-C--T--CA-ATT--------A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTTT-A---A----TT-A-AC---A----------TT---T-GA--------TT--A--A----A--AT-AA-T-TCTAT-A--T-ATTT-ATC-T-T-AAC-----A-CAA-TT--GA----CA----ATT-TT--T--A-AT--G-TCGA--TA-AC-TATAtc
gi|11                         :      gTATGCT-T----A---C-TGT--TTCAAAGA-A--T---GAT--T--CA-ATT----T---A-TTTT-C-----ATTTA-CAGTTTT-A---A---TTT-A-AC-T-T----------TT---T-TC--------TC--A--A----A--AT-AA-TATT--T-A--T-G----ATC-T-A-AAC-----A-CAA-TT--GA----TA----A---TT--T--A-AT--G-TCAA--TA-AC-TATAtc
gi|12                         : agtTAATATGCT-T----A-----TGT--TC-----A-GGCT---G-C--T--CA-ATT--------A-TTT--C--C--ATTTTCC--TTTT-A---A----TT-A-AC---T----------TT---T-GA--------TT--A--A----G--AT-AA-A-TT--T-AT-T-ATTTAATC-T-A-AACATACAA-CAA-TT--GT----AA----A---TT--T--ATAA--G-TCAAATTA-AC-
gi|13                         :   gTAGTATGCT-T----A---C-TGT--TC-----A-G--T---G-C--T--CA-TTT----T---A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTT-A-AC-T-T----------TT---T-TC--------TC--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-A--T-ATTTAATT-C-T-AAC-----A-CAA-TT--GA----TA----AAT-CT--T--A-ATCAG-TCAAT-TA-AC-
gi|14                         :    gAGTATGCT-T----A---C-TGT--TT-----A-G--T---G-C--T--CA-ATTAATTT---A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTT--A---A---CTT-G-AC-T-T----------TT---T-GC--------TT--A--A----A--AT-AA-T-TC--C-A--T-ATTT-AT--------C-----A-CAA-TT--GA----TA----A---TT--T--A-AT--G-TCAA--TA-AC-TATA
gi|15                         :     AATATA---T----A---C-AGT--TC-----A-G--TT--G-C--TG-CA-ATT----T---A-TTT-----C--ATTTT-C--TTTT-A---C---TTT-A-AC-T-T----------TT---TTGC--------TT--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-AACT-ATCT-ATC-T---AAC-----A-CAA-TT--GA----CA----A---TT--T--A-AT--G-ACAA---A-AC-TATAtc
gi|16                         :      ATATGCT-T----A---C-TGG---A-----A-G--TT--G-C--T--TA--TT----T---A-TTTT-CTCC--ATTTT-C--TTTT-AT--A---TTT-A-AC-T-T----------TT---T-GC--------TT--A--A----A--A--AA-T-TC--TAA--T-ATTC--TC-T-T---T-----A-TCA-TT--GA----TC----A---TT--t
gi|17                         :    gAGTATGCT-T----A---C-TGT--TC-----A-G--T---G-C--T--CA-ATT----T---A-TTTT-C--CC-ATTTT-C--TTTTTA---A---TTT-A-AC-T-T----------TT---T-GC--------TT--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-A--T-ATTT-ATC-T-A-AAC-----A-CAA-TT--GA----TA----A---TT--T--A-AT--G-TCAA--TA-Aatgcacatacttatcggt
gi|18                         :   cTAATATGCT-T----A---C-TGC--TC-----A-G--T---G-C--T--CA-ATT----T---A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTT-A-AC-T-T----------TT---T-GC--------TT--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-A--T-ATTT-ATC-T-T-AAC-----A-C-A-TT--GA----GA----A---TT--T--A-AT--G-CCAA---A-AC-TATAt
gi|19                         :      ATATGCT-T----A---C-TGT--TC-----A-G------G-C--T--CA-AAC----T---A-TTTT-C--A--ATTTT-C--TTT--A---A---GTT-ATAC-TAT----------TT---T-GC--------TTG-A--A----A--AT-AA-T-TC--T-A--T-A-TT-ATT-T-TAAAC-----A-CAA-TT--GA----T------------------------TCAA--TA-AC-GATA
gi|2                          :     AATATGCT-T----A---C-TGC--TC-----A-G--T---G-C--TTCCACATT----T---A-TTTT-C--C--ATTTT-T--TTTT-ATCTAACTTCT-A-AC-T-T----------TT---T-CT--------TT--A--A----AATAT-AA-T-TC--T-A--T-ATTT-ATCTT-T-AAT-----A-CAA-TT--GACATGCA----A---TT--T--A-AT--GTTCAA--AATAC-TATAtcgat
gi|20                         :    TAATATGCTAT----A---C-TGT---------A-G--T---A-C--T--CT-AAT----T---A-TTTTTC--C--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTCAA-AC-T-T----------TT---T-G---------TT--A--A----------AA-T-TC----A--TAATTT-ATC-TAT-AAC-----A-CAAGTT--GA-----A----A---TT--T--A-tcg
gi|21                         :     gATATGCT-T----A---C-TGT--TC-----A-G--T---G-C--T--CA-ATT----T---A-TTTT-C--A--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTT-A-AT-T-T----------TT---T-GC--------TT--G--A----A--AT-GA-T-TC--T-A--T-ATTT-ATC-T-T-AAC-----A-CAA-TT--GA----CA----A---AT--T--A-AT--G-Tcttatc
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gi|23                         :         TGCT-T----A------GT--TC-----A-G--T---G-C--T--CA-ATT----T---A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTT-A-AG-T-T----------TT-----GC--------TC--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-G--T-ATTT-ATC-T-T-AAC-----A-CAA-TT--GA----CA----A---CT--ca
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gi|26                         :                                                                                               gtgaa---TTT-A--C-A-T----------TT---T-GC--------TT--C--A----A--A--AA-T-T--------T-ATTT-ATC-T-T-AAC-----A-CAA--T--GA----CA----A---TT--T--A-AT--G--CAA--TA-AC-TAT
gi|27                         :                                                                                                                                                                  -T-TA--T-A--T-ATTT--TC-T-T-AAA-----T-CAA-TT--GA----CA----A---TT--T--A-TT--G-TCAA--CA-AC-TATAgttga
gi|28                         :                                                                                                                                                           --AT-AA-T-TC--T-A--T-ATTT-ATC----------------AA-TT--GA----CA----A---TT--T--A-AT--G-TCAA--TA-GC-TATAtagata
gi|3                          :     AATATGCT-C----A---C-TGT--TC-----A-G--T---G-CAAT---A-ATT----T---A-TTTC-C--C--A-TTT-C--TTTA-A---A---CTT-A-AC-T-T----------TG---C-GC--------TTGGA--ATATTA--AT-AA-T-TA--T-A--T-ATTT--TC-G-T-AAA-----T-CAA-TT--GA----CA----AC--TT--T--T-AT--G-TCAA--CA-AC-TACAtgtaata
gi|4                          :    aAATATGCT-C----A---C-TGT--TC-----A-G--T---G-C--A--TA-ATT----T---A-TTTC-C--C--A-TTT-C--TTTA-A---A---CTT-A-AC-TGT----------TG---C-GC--------TTGGA--ATATTA--AT-AA-T-TA--T-A--T-ATT---TC-G-T-AAA-----T-CAA-TT--GA----CA----AC--TT--T--T-AT--G-TCAA--CA-AC-TACAtgtatat
gi|5                          :      ATATGCT-TTAATA---C-TGC--TC-----A-G--T---G-T--T--CA-ATT----TTTAA-TCTT-C--T--ATTTT-C--TAAT-A---A---TTT-A-GC-T-C----------TT---A-GC--------CT--G--A----A--AT-G----TA--T-A--C-ATTT--TC-T-T-CAA-----A-CAA-TT--GA----C-----A---TT--TCAA-AT--G-TCAA--TA-tgtatat
gi|6                          : gttTAATATGCT-T----A---C-TGC--TC-----ATG--CAAAG-C--T--CA-AAT----T---A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTT-A-AC-C-T----------TT---T-GT--------GT--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-A--T-ATTT-ATC-T-T-AAC-----A-CAC-TT--GA----CA----A---TT--T--A-AT--G-CCAA--TA-AC-ctgacatcca
gi|7                          :    TAATATGCT-A----AAACT-TGCC-TC-----A-G--T---G-C--TTTCA-ATT--------A-TT---C--C--ATCTT-A-------A---A---TTT-A-ACAT-T----------TT---T-GA--------TT--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-A--T-TATT-ATA-T-C-AAC-----ATCAA-TTTAGA----CA----T---TTTGT--A-AT--G-TCGA--TA-AA-CATAcgattgat
gi|8                          :   gTAATATGCT-A----AA--C-TGC--TC-----A-G--T---G-C--G--CA-ATT----T---A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTT-A-AC-T-T----------TT---T-GC--------TT--A--A----A--TT-AA-T-TT--T-A--T-ATTC-ATC-T-T-AAC-----A-CAA-TG--GA----CC----AGT-TT--T--A-AT--G-TCAA--TA-AA-TATAt
gi|9                          :         TGCT-T----G---CCTGC--TC-----A-G--T---G-C--T--CA-ATT----T---ATTTTT-T--C--ATTTTCC--TTTT-A---A---TTT-A-AG-T-T----------TTTTGT-GC--------TT-----A----A--AT-AATT-TC--T-A--T--TTT-ATG-C-C-AA------A--GA-TT--GA----CA----GAATTT--T--A-AG--T-TCAA--tcg


blockSeqs                     :             A TAAT AAC C   C   CAAAG T GC AAA A AA TC  C   AATTT    T    T TC C      C AG    T TCT ACT   A T  A A .           TTG T  GCCCGAAA  GG CG TATT AT  .  T A  TA A AC A    AA  T TA    ATACA T   G  TA  CATG  .    AAT  TG CA T  CA T    AT  T  .
blockSeqs                     :             . .    A   .   .   .     . .  T   . .  TT  .   TTTA     .    . .  T      C .     . T   .     . .  . G .           .   .  .         GG .  TATT .   .  . .  .  . T  .    AA  . AT    .     .   .  .   .     .    TT   .  .  .  .  .    T   .  .
blockSeqs                     :             . .    A   .   .   .     . .  T   . .  G   .   TT       .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         G  .  .    .   .  . .  .  . .  .    A   . T     .     .   .  .   .     .    AT   .  .  .  .  .    .   .  .
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   T        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    A   . A     .     .   .  .   .     .    GT   .  .  .  .  .    .   .  .
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   T        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    A   . A     .     .   .  .   .     .    C    .  .  .  .  .    .   .  .
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   T        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    A   . T     .     .   .  .   .     .    C    .  .  .  .  .    .   .  .
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   T        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    A   . T     .     .   .  .   .     .    .    .  .  .  .  .    .   .  .
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   T        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    A   . A     .     .   .  .   .     .    .    .  .  .  .  .    .   .  .
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   T        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    A   . T     .     .   .  .   .     .    .    .  .  .  .  .    .   .  .
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   T        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    A   . T     .     .   .  .   .     .    .    .  .  .  .  .    .   .  .
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   T        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    A   . T     .     .   .  .   .     .    .    .  .  .  .  .    .   .  .
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   T        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    A   . T     .     .   .  .   .     .    .    .  .  .  .  .    .   .  .
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   T        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    A   . T     .     .   .  .   .     .    .    .  .  .  .  .    .   .  .
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   T        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    A   . T     .     .   .  .   .     .    .    .  .  .  .  .    .   .  .
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   T        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    A   . T     .     .   .  .   .     .    .    .  .  .  .  .    .   .  .
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   T        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    A   . T     .     .   .  .   .     .    .    .  .  .  .  .    .   .  .
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   T        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    A   . T     .     .   .  .   .     .    .    .  .  .  .  .    .   .  .
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   T        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    A   . T     .     .   .  .   .     .    .    .  .  .  .  .    .   .   
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   T        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    A   . T     .     .   .  .   .     .    .    .  .  .  .  .    .   .   
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   T        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    .   . C     .     .   .  .   .     .    .    .  .  .  .  .    .       
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   .        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    .   . T     .     .   .  .   .     .    .    .  .  .  .  .            
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   .        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    .   . C     .     .   .  .   .     .    .    .  .  .                  
blockSeqs                     :             . .    .   .   .   .     . .  .   . .  .   .   .        .    . .  .      . .     . .   .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    .   . .     .     .   .  .   .     .    .    .                        
blockSeqs                     :                                                                                                    .     . .  . . .           .   .  .         .  .  .    .   .  . .  .  . .  .    .   . .     .     .   .  .   .     .    .    .                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                           .   .  . .  .  . .  .    .   . .     .     .   .  .   .     .    .                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                  . .  .  . .                                                                             


blockSeqCons                  :                            **  *****               **      T*******           **                                  **********                                               **                                         ****               **
originalCons                  :    TAATATGCT-T----A---C-TGC--TC-----A-G--T---G-C--T--CA-ATT----T---A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTT-A-AC-T-T----------TT---T-GC--------TT--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-A--T-ATTT-ATC-T-T-AAC-----A-CAA-TT--GA----CA----A---TT--T--A-AT--G-TCAA--TA-AC-TATA
finalCons                     :    TAATATGCT-T----A---C-TGC--TC-----A-G--T---G-C--T--CA-ATTT-------A-TTTT-C--C--ATTTT-C--TTTT-A---A---TTT-A-AC-T-T----------TT---T-GC--------TT--A--A----A--AT-AA-T-TC--T-A--T-ATTT-ATC-T-T-AAC-----A-CAA-TT--GA----CA----A---TT--T--A-AT--G-TCAA--TA-AC-TATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ATAATATTAACTGTTCTAGTGCCATAATTATTTTAGCATTTCTTTAACCCTTAACTTTGCCGCGAGGAATTATTACTTATTT






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