lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 1 55 2 333333 33 111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333 11 33333333333 2222 11 1 3333 1 44444 111 11 11 7777777777777 33 77777777 22 222 66666 1 33 9999999999999 2 2 7777777 1 1 44444444 222222 444444444 1 55555 4 33333
lowQualScore : 3 5 55 3 4 000000 33 000 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 888 5 66 88888888888 0000 3 1 99 0 4444 3 0 11111 111 55 33 33 8888888888888 00 00000000 00 6 4 555 55555 4 5 55 3 4444444444444 0 8 2222222 4 5 5 55555555 888888 999999999 5 88888 6 0 2 22222
lowQualScore : . . .. . . ...... .. ... ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... ... . .. ........... .... . . .. . .... . . ..... ... .. .. .. ............. .. ........ .. . . ... ..... . . .. . ............. . . ....... . . . ........ ...... ......... . ..... . . . .....
lowQualScore : 0 0 00 0 0 333333 00 222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000 6 66 22222222222 5555 2 2 22 0 0000 2 0 22222 000 88 22 22 7777777777777 55 77777777 77 7 0 555 00000 0 5 55 0 5555555555555 0 5 0000000 0 5 0 00000000 555555 000000000 0 00000 0 0 5 55555
consensus : TTCCGCTATCCAT--CTGGCTCNTGATAA-ACTTATATA-AATTA-CCTTT--------AAGTGTTTGGAG-ATCTAA---TT-TCTTCAAGATGTT-TAATCTT-GTTNTTCGCNTCTATA-A-C--TTTCAAC-----GA-CTCT-TC-ATTAAAA-TTTTC--TTACCAA--AGC-TTT---TTATTC--ATTTCTCTA-AGTTACTTTGTGT-T--CC-TT--TGCA-TT------T--TTC--TT---ATAGG-ACA---A----TAGG--GATATTG-TTTTT--TCCTC-TAATTATTCAT--C-ATTAGT-GTGTC--TAGGAATAAG--TGAGTCAGGGACCCCCGAAATTGTA-TTATCCTGCTGCTNGTTTAGNTATTATTTTNTATNTTTGCTAATATTGATAAGACAAGGGCTGCGTA-TTTGCATT--TTGT-TTNT-TTAATTCGT--GATTT------ACTGAAT-TTA-CATA-TTCCNTAT----CTTTTAAA-AGGGA-ATTGTTAAA-CTTCCAGAAGCC-------TTTTCC-ATGTTTA-AATTCTGTTTAATNTCNCCAATAAGGT-CA-AGA-----TAC-GGGGTGTGATCA-GAT-C--TAT-A--CTA--TTTTCA-T--G-TCAACCACTCGTA--TN--AAGAA---TAAA-TAAAGGATTCTG-ATTATNGAGNGATAAAT-ATATCCNGCACTGGATTGTTTACATGAGTGATT-TCTTCCCGGTCGTCAAGTACTATTT-CGTATTTATCAGGAGATTCATTAAGANNGCGAAAATGTGTCACAT-AAGTTTCCATTNCCGCATA-AGT-TGGAATNGGTCTCATACGGGCTTTTTNGGTTATTTTA--AATTTTTTTGGTAAGTTCAAATTTCTCTCTAATTATTTCAAGTTTCCTACANNACTAA-GTTGANAATATCCT-CCATGATGATGTT--TTCATTT-GA-TAAT-GTCTCTAGTTTTTT-CAAG---TAA-GTT-ACAATAAAATT-------------CGGGGCCGATCTTCATTCGGGCCAT--A-ATATTT-ACTAATGT-AA-TAG-C-TT--TTTTTTCAATTA-GATTTCTGC-ATG-TAAA--TTTCCTT-TTA--CTATC-ACTATATACTTTA-TTTGAAACTCAANATT-ATTTATT--GAA---TTA-AATTG-----CAAC--GCC--TC-GCGAGTTTC--GATTGGNTATGAGNTTGGAATATT-CCTTTGT-ACTCCCCA-CTGG-----GGAAAGT-ATAAAT---TTTC--TCTTCAT--CTTT--G-TGA---------------------AAATGTGTGTG-TCTTTGC---AGGAAATA-A-AT-------------A-TTA-AGTATT-T----TTTTAT--GAAG-ATACGTGT--ATTCA----A---A-CA-------TCCTC-NTCGT--T-----TT----TAT-------GT----CACC----GAGNNCC-----T-G--ACAA-TT-----T-A--CGG-----TTA-AANA----TCT-TT---AGATATTC--AT--GA-TAA---ATTG-TTTGAA--GTGTTTTTA---TCC---T-----AATCAGT------A-AT-GTA-AA-ACTTTG-T-AAA-CA-TTCATCA-T-AA----GAA---A--GNA-----AGGGA-GGA-CAG--AG-G---A---GA---AAGAAAAGGA----------GACA-ATAGT-TGGAACACC-TAAGTC--A-GTGAT--TGNTT-A----TCA--AATAATTCCAGC--AAGT--ATA-----ATATT-A-AT-----AGGN-GTATG--GCCG-CTTGGG-TTTT-A---AA--------------AAAATN--TATATAAGTTTGTACAATAAAACA-TCTTTTTTTNTCTGATATAAAGGT-TG-T-TTTATT-AATTTCTTT--AGAG-T-AGCAGGGCTG-TGT-ATTTTC-ATGGGTTTTTCAAAGCTAAAAGAAAA----T--AGAT-TATCTNTAATAAANNATA-AAT-AATGATNAATCCTGTCCANGAANACAGCATA--CTTGTGCAGAACAGTAGG--TAGG-TAGNAAATTCAATAGCGAGATAAATGTGAAGTTTCTGAGGNCCAAGAAGAACGCNACANGTTCTGCCATCTCAGNTCTAGACAC-ATGAANTGTATTGTTANTTATAA
Reference ( gi|1 ) : TTCTTCTATCAATGGCTGACTCTTGATAAAACTTATATA-GATTA-CCTTT--------CAGTGTT--GAG-ATCTAAAAATTATCTTCAAAATGTT-TAATTTTAGTCTTTTACATCTATA-A-CAATTTCAA------GG-TTCT-TC-ATTAAAA-TTTTC--GTATCAATTAGCGTTTAAATTATTC--ATTTCTCTA-AGTTACTTTGTGT-T--CCATTCATGCAATT------T--TTC--TT---ATATG-ATA--TA----TAAG--GATATTGGTTTTT--TCTTC-TAATTATTCAT--C-ATTAGT-GTGTCCCTAGGA-TAAACTTATATCAGGGACTTCGGAAATTCTAATTCTCCTGC-A-TTGTTTAAATA--AATTTATA-ATTT-CTAATATTG-TA-GACAAGGGCTGTATACTTTGCATTATTTGTGTTATATTAATTTGT--GATTTTACAATACTGGATACTA-CATAATTCTATGT----CTTTTAAATAGGGA-ATTGTTAAATCTTCCAGAAGCCCCCCTTTTTCTCCGATGTTTACAATTCTGTTTAATTTTGGCA----GGT-CA-ATAATACCTAC-GGGGTGTGGTCA-GAT-C--TAT-C--CTA--TTTTCA-TCAGGTCA-CCACTTGTA--TG--AAGAA---TAAA-TAAAGGATGTTGGATCATG-AGAGGTAAATCA-ATCCAGT-CTGGATTGTTTA-ATGAGGGATTATATTTCC--TC--CAAGGA-TATTTTCATGTTTATCCAG-GATT---TAAGAAT-CGAAAA-ATGTCACATTAAGTTTTCATTCTCCCATACAGTCTGGAATTAGTCTCATACGGGCTTTTGTGGTTATTTTGGCA--TTTTT--GTA-GTTCA--TTTGTATTTAATTATTTTAAATGTC--ACATGACTAAAGTTGAAGCTCTCCT-CCATGATGATGTTCTTTCATTT-GA-TAAT-GTCTCTAGTTTTTTTCAA----TAA-GTT-ACAATAAAATTGGACCATCAAAATTGGGGTCGATCTTCATTTGG-CCAT--A-ATATTT-ATTCATGG-AAATAGGCTTTCTTTTTTTCAATTA-GATTT-TGCAATGACAAAGTTTTCCTTCTTAGTCTATCAACTGTATTCTTTA-TTTGAAACTCAAAATTCATTTTTTTGGAAAC-TTA-AATTGGGGCACAACAAACC--TCCGGGAGTTTC--GATTGGTAATGATATTTGAATATTACCCTTGTCACTCCTCA-CTGG-----GGAAAGTCATGAAT---TTTC--TCTTCAT--CTTT--G-TAA---------------------AAATGTGTATGATATTCGC---TGGAAATA-A-AT-------------AATTA-AGCATTGT----TTTTAT--GAAG-ATACA-----ATTCA----G---A-CA-------TCATC-ATCGT--T-----TT----TA--------GT----CACC----GAGCACC-----T-G--ACAAATT-----TAA--CGG-----TTG-AACA----TCA-TT---AGATATCT--AT--GACTAACTCATTGATTCGAAACGTGTCTTTA---TCC---T-----AATCAGT------ACAT-GTA-AA-ACTTTG-T-AAA-CA-TTCATCA-T-AA----GAA---A--GCA-----AAGGA-GGA-CAG--AG-G---A---GA---AAGAAAAGGA----------GACA-ATAGT-GGGAAC-CC-TAAGTC--A-GTAAT-CTGTTTGA----TCA--AATAATTAAAGC--AAGT--ATA-----ATATT-A-AT-----AGGT-GTATG--GCCG-CTTGGG-TT---A---AA--------------AAAAT---TATATAAGTTTGTACAATAAAACACTCTTTTTTTTTCTGATATACGGGT-TG-T-CTTATT-AATTTCAT---AGAG-T-AGCAGGGCTG-TGT-ATTTTCCATGGGTTTT-CAAAGCTCAAAGAAA-----C--AGAT-TATCTTTAATAA-CAATAGAATCAATGATAAATCCT-TCCATGA-TATGGCATACCCTTGTGC-GAACTGTAGGATCAGGATAGAAAATTCAATAGCGCGATAAATG-GA--TTTCTAAGCGTCAAGAAAA---CAAT-TGTTCTGCCATCT-ATTTCTAGACGCTATAAAGTGTATTATTCATT-TAA
gi|11 : TTCCTCTATCCAT--CTGGCTCATGAT----CTTATATA--ATTA-CCTTT--------AAATGTTT-AAG-ATCCAA---TT-TTTTCAAG--GTT-TTATTTT--TCCT------CGAGA-A-C--TTTCAA------GGACTCT-TC-ATTTAAA-TTTTC--TT-CCAA-AAGC-TTT--AT--TTC--ATTT
gi|8 : tctagattctaggttacagaagtatttgcttggtttttcaccTCTGCTATCCAT--CTG-CTTTT---AAAATTTAGATA-AGT---CCTTTATTGTTCACATTGTTTGGAA-GTCTAA----TATCTTCAAGA------AAGCTTTGTTTTCCACTTC-ATC-A-GAACTTCAAT-----GA-CTCT-TC-ATTAAAAATTTTC--TT-CCAAA-AGC-------TTATTCGCATTT-TCTA-AGT-A--TTGTGT-TATCCTTT--TGCATTT------T--TTC--TTTGAATATGCACA--TTCTCTTAAA--GAGATTTGTATTT--TCCTC-TAATTATTCAT--CTATTAAT-tnagagt
gi|3 : atttgcttgtatttttttcaccttccTAACACTTATCTATAATTA-CCTTT--------AAGT-TT--GAGTATC----AATT-TCTTACAAATGTT---ATCTC-GTTGTTTGCCTCTATA-ATC--TTTCAACG----GA-TTCT-TC-ATTAAAA-TTT-C--TTAACAA---AC-TTTA---T-TTC--ATTTCTCGATAGTTACTTTGTGT-T--CC--TCTTGCA-TT------TGATTCCTTT---ATAGG-ACA---A----TA----GATAATG--TTTT--TCCTCATATCTATTCA-----ATTAGTTGTGTC---AGGAATAAG--TAAGTCAGG-AC--CCGAAATTGTA----TTCTGC-ACTTGTT-AATTATTATTTTATA-TTTTGCTAA-AT-A-TA-GACAAGG-CTGCGTA-TATGCA--AGTTTTGTTTCTTTAATTCGTTTGATTT------ACTGAA-GTTAGCATATTCCCTTAT----CTTTTAAA-AGGGA-ATTGTCAAA-CTTCCAGAAGCC--------TTTCC-AT-TTTA-AATTCTGTTTAATTTCA--A----GGT-CACAGA----CTACTGGGGTGTGATCA-GATGC--TAT-AAACTA--TT--CA-T--GATCAACCACTTGTA--TAGAAAGAA----AAC-TAA--GATTCTG-AT-ATT-A-AG--AAAT-A-ATTCCGC-CTGGATTGT--ACATGA-----T-TCTTCCC--TC--CAAGTACTATTT-CAT-TTTATC-AG-GATT---TAAGACCGCGAAAA-G---CACAT-AAGTTTCCATTGCTCCATA-AGT-TGGA-TTAGT-TCATACG---TTTT-TGGTTATT-----AATTTTTT--GTA-GTTCA--TTTCT--CTAATT--TTCA----TC---CAAGACTAA-GTTGAA--TATCCTGCCAGGATGATGTT--TTCATTTCGA-TAATTGTCTCTAGTTTTT--CAAA---TAAAGTT-ACAATAAAATT-------------CGGG--CGATCTCC-TTTGGACCATTTACATATTT-ACTAATGTTAAATAG------CTTTTTTCAATTA-TCTTC-TGCAATG-TAAA--TTTCCTTATTA--CTATC-ACTATA-TCTTTATTTTGAAA-TCAAAATT-ATTTATT--GATTCTTTACAATTG-----CAAC--ACC--TC--AGAG-TTC--GATT-GT-ATGAGCTTGGAATATT-CCTTTGT-A-TCCCCA-CTG---------AAGT-AT-AAC---TTTT--TCTTTAT--CTTG--G-T-A---------------------AAATGTGTGT----CTTGC----AGAAATACA-AT-------------TATTA-A-----AT----TTTTAT---AAG-ATACATGT--AATCA----A---A-CA-------CCCTC---CGT--T-----TT----TAT-------GT----CACC----AAGACCC-----TAG--ACGAATC-----T-G--CGT-----TAA-AACT----T---TT---A-ATATTC--AT--GA--AA---AT---TTTGAA--GTGT-TTTA---TCA---T-----AAT-----------CAT-GTA-A---------T-GAA-CA-TT-ATCA-TAAA----GAA---A--GGA-----AGATG-GGA-CAG--AA-GAACA---GA---AAG-AAAGGA-----------ACC-ATAGTCTAAAACACC-TAAGCA--A-GTGA---TGGTTAA----CTACCAACAATCCAGGCCAAAGTC-AT------ATATTCA-AT-----GAG----A-G--ACC----TGGT-TT---A---AA--------------AAAATA--TCTATTA--TTGTACAAC--AACA-GCTTTTTTCT--TGATATTAATGT-TG-T--TTATTCAATTTC-T---AGAG-TAAGCA-GGCTG--GT--TTTTC
gi|2 : cttTTATATA--ATTAACCTTT--------AAGTGTTTGGAGGATCTTAA---T-TTTTCAAGATGTTATA----TAGTTGTTCCTAACTATATA-C--TTTCAAATAAAGGA-TTCTCTCTAATAGAT-TTTTCTTATATCAA--AGC---T---TTATTT--ATATTTCTA-AGTTACTT-GTGTGT--CTATC--TGCAATTAACTGTT--TCC--TT---ATAGG-TTAACGA----TAGGATGATATTGTTTTTTATCCTTC-TAATT--TCATTTC-AATAGT-GT-----TAG-A-TAAG---GAATCAGGGACCCCTGAAATTGT--TTATCTTGCTG-TAGTTTAGG-A--ATTTTTTATATTT-CTAAT--TGATAAGACAAGGGCTGCGTA-TTGGCATT--TTGT-TCGT-TTAATTTGT--GCTTTTAC-----TGAAT--TT-CATA-TTCCCTGTAATTTTTTTAA---GGGATATTGTTTAACTGTCCAGA-GCC-----TTTTC----ATGTTTA-AATTCTGTT-AATGTTTCCAATAAGGTTCA-AGA-----TAT-GGGGTGTGATCAAGAT-TATTAT-A--CTAGATGTTCAATTA--TCAACCACTTGTA--TT--AGGAAATATAAACTTAAGAATTCTG-ATTATGGAGTGATAAA--ATATCCAGCACTGGATTGTTTA-ATG-GTGATT-T-TTTCCGGTCGTCAAGTA-TATT--CG-ATTTATCAGGAGATTCATTAAGAAA-CGAAAATATGTCA-AT--AGTTT-CATTCTCGCA-A-AGT-TG--ATAGGTCTCA-ACGGGCTTTTTGGGTTATTTTA--A--TTTTTTGGTAAGTTCAAATTT-TCTCTAATTAT---AAGTTTTCTACATCACTA--GTTGATAATA-CCT-GCATGATGA-GTT--TTC--TT-GAATAAT-GTCTCTAGTTTATT-CAAGAAATAA-GTTTACAATAA----------T---AATTGGGGCCGGTCTTCATT-GG-ACAT--A-CTATTTTACT-ATGT-AA-TAG-CGTT--TTTTTTCAATTA-GATTTCTGC-ATGTTAAA--TTTCCT--TTA--TTATCTACTATATATTT---TTTGAAACTCAAGATTAATTAAGT--GAA----TA-CATTG-------ACAAGCCGGTCAGTGAGTATCGGGATTGGATATG--ATTGGAATATT-CCTTTGT-ATGCCT------G-----GGAAAGTTATATAT---TTTT--TCTTCATCACTTTA-G-TGT---------------------AAATGTGC-TGGTCTTGGCAGTCGTAAATA-ATAT-------------A--TA-AGAAT--T----TTGTAT--GAAG-ATACATGTACATTCA----A---A-CA-------CTTTC-A--GT--T-----TTTTTATA--------GTATGACAAA----AGACTCC-----T-G--ACAATTT-----TTG--CGG-----TTA-AATA-----CATTT---AG--ATTT--ATCGGA--AA---AT---TTTGAATAGTGTTTTTA---ACA---T-----ATTCAAG------ATATCGTA-A-----------AGA-CAGTTAATCG-A-AA----GAA---AAGGTA-----AGGGAGGGA-CAGTAAGAA---A---AA---AAGAAAAGGAAGACGTATAGAACA-AAAGG-GAGA-------AAGTC--A-GTGA---TGTTTCAGCGTTCA--CAAAATTCCAGC--AGATGAATAATTGTATATT-ATATCAGGAAGGT-GT-TGAAATCG--TTGGG-AT---AGTCAATCTACATACTCATGAAAATC--TATAT-AGTTTGTACAACA----ACTC---TTTTATCTGGTATAATGGTGTG-T--TTA-T-AATTTGTT---AGAG-T-AGC-GGGTTATTGC-ATTagctataaa
gi|14 : ACAAGTACTGCGCA--TTGCATT-TTTGC-TTCT-TTAATTTGT--AATTT-----TACTGAAT-TTA-CATAG-TCTATAT----CCTTTAAA-AGGGA-AATGTTAAA-CTTCCAGAAGCC-------TTTTCC-ATGTTa
gi|9 : T-TA-ATAA-ACATCT-GGAGAGTGATCA-GAT-C--GATAA--ATA--TTTTCA-T--ATTCA-ACACACATATTTG--AAG-A---T-AA-TAAAG
gi|10 : ttgtaaactggacaagcatatattgagcttttactttattcaatttttctttgattaattcaacatattctttatcagtataagcaaagagttattaaatttccaaaatccagaacct-CCATGATGATGTT--TTCATTT-GA-TAAT-ATTTCTAGTTATTTCAAA----TAT-ATT-ACAATAGAATTGG-------------GGGTCGATCTTCATTCGGGCCAT--AGATATTT-ATTAATGT-AACTAGGTTTT---TTTTTCAATTATGATTTCTGC---GATAAAATTT--CTTTATA-TCTATCA-CTCTATACTTTA-TTTGAAACTCAATGTT-ATTTTT---GAA---TAA-AATTG-----CAAC--ACC--T-CGCGAGTTT---GATTGGattctgttactaggaaaaagcctaattgtttaattcacaccgttgtggatcattatacatga
gi|6 : ATATT-CCTTTGTATCTCC--A-CTGG-----G-AAAGT-AT-AAT---TTTC--TCTTCGT--CTTT--GGTAAAATGTGCGTCTTGCAGGAATTAAATGT-TATGATCTTTAA---TGAAGATA-A-GTCNCGTCTTGCAGGAAATA-AATGTTATGATCTTTAAT--GAAG-ATA-------AGTCA----G---AACA-------TC-TC-CTCGTGTT-----TTA---TA--------GT----CACC----ATGAACT-----T-G--ACAACTT-------A--CGG-----TTTTAAGA----TCT-TT---AGATATTC--AT--GA-TA--TC-TTGAATTG--------CTTTA---TCCA--T-----AATCAGT------A-AT-GTA-AA-ATGTTG-T-AA--CA-TTCATCA-C-AA----AAA---A---TG-----AGGGG-GGA-AAG--AG-G---AACAGA---AAGAAAAGGA----------GACATGT-GT-AGGCAC-CT-Ta
gi|4 : CCTTTGT-A-TCCCCAGCTGG-----G--AAGT-AT-AATGTTTTTCGATCTTCA---ATTG--G-TTA---------------------AAAT-TGTGTG-TCTT-GC---AGGAATTA-A-AT-------------A-TTA---TATT-T----TATTAA--AAAG-ATA-G-----ATTCA----GCAGA-CAGGTCTTCTCTTCGATCTT--T-----AT----TAT-------GG----CACC----GAAGACCCTGGAT-G--ATAAATTAATTTTAAAACGGGGGTTTCG-AATAAATTCCG-TTCTAAGATAT-T--AT--GA--AA---AATG-TT--AAA-GTGTTTTTAA--TCT---TGGCATAATCTATGATAAAAAAA-GTATAA-ACTTTG-TTAAA-TA-TT--TCA-T-AACCATGAA------GCACAAGAAAGGA-GGAACAG--AG-G-------GACAGAAGAAAAGAA----------GACA--TAGG-TGTAAC-C--TAAGTC--AAGTGATGCTGACT------CTA--AATAG-----------------------ATATT-C-ATG----AGGA-GTATG--G--GTCTTGGG-TTTTTA---AA--------------AAGAT---C-TATAAGTTTGTACAATAAA-CGATCTTTTT----CTGTTATAGAGGT-TG-TGTTTATT-AATTTCTTT--AGAG-T-AGCAGGGCTA-TGT-ATTT-------G-----CAAAGCTAAAAAAAAAAAACT--AAAT-TATCTtgacagagatgctggactccagta
gi|13 : tCA-CTGGATGAGGGAGAGT-ATAA-----TTTC--T-TTCAT--CTTTG-G-TGA---------------------AAATGTG-ATG-TCTT-GC---AGGAAATACA-AT--------------GTTAGAGTGTTGTA---TTTGATTGGAAG-Acca
gi|7 : ctttgtatcgacagcgaTCCAT--CTTCTGG-TAA---------------------AAACCTGTGT----CTTGC---AGGAAATA-A--T-------------ATTTA-TAAATCTT----TATTAT--GAAGAATAC------ATTCATGTCA---A-CA-------TCCTA-TTCGT--TCTATCTT----TATGAGAGGTGC----CACCCATGGACTCCC-----T-GGAACAA--------TGA--AGG-----CTATAAAA----CTT-TC---AGATACTTGAAG--GA-TAA------GGTTTTGAAGGT---TTTACAGTCC---TAGATAAATCAGT------A-AT-GTA-AGTATCTTGTT-CAA-CT-ATCATCATT-AA----GAATATA--G-A-----AAGGA-GGT-GAA--AA-G---A---Gaagaagtaaatt
gi|5 : tCC-----T-G--ACAA-TT-----TA---CAG-----TTA-AACAGA--TCT-TT---AGATATTC--AT--G--TAATT--TTG----GAA----GTTTTTA---TTCCCAT-----AATCAGT------A-AT-GTA-AA-ACTTTG-T-AAAATA-TTCATCA-T-AA----GAA---A--AGG-----AAAGA-GGA-TAG--AG-G---AACAGA---AAGAAA-GGA----------GACA--TAGT-TGAAACACCATAAGTCCCA-GTGAT-GTGAAT------TCC--AATACATCCAGC--AAGT--ATA------TATC-A--T-----AGGCCGTATG--GC----TTGGG-TTTTAA---AA--------------AAAATC--TATATA-GTTTGTACAATAACACA-----TTTTTCTC-GATATAAGGTT-TGCT-TTTATT-AATTTCTTTTAAGAGGT-AGCAGGGCTG-TGTTATTTTC-ATGGGTTTTTCAAAGC--AAAGAAAAT---T--AGACATATCCTTAATAAACAATA--AT-AATGATAA-TCCT--CCATGAACATA-CATA---TTGTGC-GAACAGTAGG--TAGG-TAGTAAATTCAATAGCGAGATAAATGTAA--TTTC-AAGATCCAAGAAAA---CCACATGTTCTG-CATC--A-TTCTAGACAC-ATAAAGTGTATTGTT-ATTATAAcgaacccactcagcagcaaaaaagaaaacg
gi|15 : TC--A-GTGAT---GTT-GAC---TCC--AATAATTCCAGC--GAGT--ATA------TATT-A-AT-----AGGA-GTATG--G--A-CTTGGGTTT---A---AA--------------AAAATATCTATAT-AGTTTGTACAAT-AAACA-TCTTTc
gi|12 : AAGAAA-----CTGGGAT--AT-TATAATAA-ACATA-AAT-AATGATTAATCCTGTCCAGGA-AACAGTA----CTTGTGCAGAAC-GTAGG--TAGG-TAGAAA-TTCAATAGCGAGATAA--G-GAAGTTTCTGAAGATCAAGAAGAACGCAAC-AGTTCTGCCATCTCAGATCTAGATAC-ATGAATTATATTATTACTT-TAA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTAGGTTGTAAAAGTATTTGCTTGGTTTTTCACCTCTTCTACACTCTGACTCATTGATCTTATGTATTAC
Alignments
lowQualScore : 11 1 222222 111 22222222 11 111 33333333 1 11 11 33333333333 1111 11 3333333333 11 1 1 33333333333 44444444 11 11 111 222222 4444444 222 1 2222 1 22222 1 222222 111 222222 222222 2222 33 22 2 3333333333 11 111111 11 11111 1111 333333 11 222 1 33333333 1 88888888888888888888888888 1 1 1111 22 2222 44444444 111111 22222 1 11 111 1 444444444444444444 3333333 111 1 11111111 4444444 2 333333 22 222 222 333 1 1 1 22 222222 222 11 444444 333333333333 22 11 1 11 1 1 1 222222 1 1 66666666666666 1 11 2 1 11 22222222222222 1 33333333 11 333333 111 11 1 333333333333333333 33333 1111 11 222 11 22 2 2222222 1 222 111 11 1111111111 33333333 3333333333 11111 1111 11111111111 33333333333333 1111111 222222222222 222222 1111 11111111111111 111 111 444444444444 11 1 222222222222222 1111111 111111111111 1111 22222 3333333 22222222 111 1111 5555555555555555 33333333333 22222 3333333 33333333 22222222 11 222 11111 111 222 11 222222 11 11 11111 1 2 111111 222 2 1 11 1 1 3333333 333 22 22222 1 111
lowQualScore : 77 88 2 1 666666 111 6 99999999 0 3 8 11 444 8 3 8 999 66666666 1 1 1 11 0 8 8 11 0 66666666666 8 0 3333 11 2222222222 11 6 0 3 2 0 11111111111 99999999 33 33 777 000000 2222222 000 3 0 0000 0 3 33333 0 999999 333 666666 999 3 333333 2222 1 7 999 00 1 11 3 7777777777 33 8 999 222222 11 11111 1 8 2 4444 999999 8 66 8 1 222 8 6 8 8 0 11111111 8 55 0 2 3 33333333333333333333333333 0 0 7777 33 0000 00000000 55 2 999999 3 44444 0 22 666 0 444444444444444444 33 0000000 000 5 77777777 3 8888888 3 111111 22 999 555 111 6 3 7 6 11 6 7 3 3 22 11 6 7 6 1 777777 999 44 000000 7 444444444444 22 00 33 7 0 3 33 3 0 0 0 3 000000 0 0 77777777777777 66 3 0 6 33 0 0 3 33 44444444444444 0 3 2 33333333 33 555555 111 0 9 33 2 1 0 333333333333333333 55555 8888 33 666 3 2 33 88 00 8 8 3 6 1111111 3 444 000 66 66 5 2 4 4444444444 8 66 5 5 5 55 5 888 33333333 5 5 6 66 5 4444444444 44444 4444 5 7 77777777777 6 66666666666666 6666666 22 5 333333333333 5 5 111111 2222 77777777777777 000 111 77 777777777777 3 55 3 55 1 666666666666666 1 77 5 8888888 5 666666666666 5 5 7 888 2222 44444 77 1 1 5 77 1111111 6 6 44444444 000 1 8888 99 6 8888888888888888 7 3 2 99 33333333333 888 33333 77 3 6666666 11111111 6 44444444 6 7 44 7 3 888 0 99 0 2 0 444 0 8 88888 8 8 0 88 88 000 000 44 3 666666 11 2 1 7 55 66666 4 3 1 7 555555 555 3 6 88 3 4 7777777 88 555 0 777 1 11 6 66666 3 0 1 0 888 7
lowQualScore : .. .. . . ...... ... . ........ . . . .. ... . . . ... ........ . . . .. . . . .. . ........... . . .... .. .......... .. . . . . . ........... ........ .. .. ... ...... ....... ... . . .... . . ..... . ...... ... ...... ... . ...... .... . . ... .. . .. . .......... .. . ... ...... .. ..... . . . .... ...... . .. . . ... . . . . . ........ . .. . . . .......................... . . .... .. .... ........ .. . ...... . ..... . .. ... . .................. .. ....... ... . ........ . ....... . ...... .. ... ... ... . . . . .. . . . . .. .. . . . . ...... ... .. ...... . ............ .. .. .. . . . .. . . . . . ...... . . .............. .. . . . .. . . . .. .............. . . . ........ .. ...... ... . . .. . . . .................. ..... .... .. ... . . .. .. .. . . . . ....... . ... ... .. .. . . . .......... . .. . . . .. . ... ........ . . . .. . .......... ..... .... . . ........... . .............. ....... .. . ............ . . ...... .... .............. ... ... .. ............ . .. . .. . ............... . .. . ....... . ............ . . . ... .... ..... .. . . . .. ....... . . ........ ... . .... .. . ................ . . . .. ........... ... ..... .. . ....... ........ . ........ . . .. . . ... . .. . . . ... . . ..... . . . .. .. ... ... .. . ...... .. . . . .. ..... . . . . ...... ... . . .. . . ....... .. ... . ... . .. . ..... . . . . ... .
lowQualScore : 33 33 0 0 555555 000 0 00000000 8 2 0 88 000 0 2 0 666 44444444 0 4 0 00 6 0 0 00 8 22222222222 0 8 0000 00 0000000000 00 5 0 2 5 0 22222222222 88888888 88 88 555 000000 5555555 222 2 0 8888 0 2 22222 0 777777 000 777777 333 7 777777 7777 0 3 000 77 0 33 3 0000000000 22 0 888 888888 00 22222 0 0 8 8888 000000 0 88 0 0 000 0 0 0 0 8 66666666 0 88 0 5 2 55555555555555555555555555 0 0 8888 88 0000 22222222 88 0 555555 2 00000 0 00 555 8 555555555555555555 55 5555555 222 0 66666666 7 0000000 3 000000 00 333 333 777 7 3 3 7 77 7 3 3 3 00 77 7 3 7 0 000000 333 77 000000 3 777777777777 00 77 00 3 0 2 88 2 0 0 0 2 555555 0 0 88888888888888 88 2 5 5 88 0 0 2 88 88888888888888 0 2 5 00000000 88 555555 000 8 8 22 5 0 0 000000000000000000 00000 2222 88 888 2 5 88 22 77 0 0 2 7 7777777 3 888 222 99 99 0 2 5 2222222222 1 99 0 0 0 44 0 888 22222222 0 0 6 99 0 9999999999 33333 2222 2 5 00000000000 7 77777777777777 7777777 00 7 999999999999 7 7 000000 1111 33333333333333 000 999 99 777777777777 6 77 6 99 4 333333333333333 7 99 7 6666666 7 999999999999 7 7 9 333 1111 33333 99 0 7 7 99 0000000 7 7 88888888 000 4 6666 22 7 5555555555555555 2 5 5 22 00000000000 333 33333 77 2 5555555 55555555 7 22222222 7 5 22 3 2 222 8 44 8 2 8 888 8 0 44444 0 0 8 88 88 222 333 33 2 000000 22 5 0 3 00 00000 0 3 0 3 000000 000 7 0 33 3 0 7777777 00 333 7 000 0 33 7 00000 3 7 0 7 333 3
consensus : TTCTTCTATCCAT--CTGGCTCTTGATAA-A-CTTATATA-AATTACCTTTA--------AGTGTTTGGAG-ATCT-AA---TT-TCTT-CAAGATGTTTAATCTT-GTTTTTCGCNTC--TATA-A-C--TTTCAAN-----G-A--CTCTTCATT-AAAATTTTCTTAC--CAA--AGC-TTT---NTATT--CATTTCTCTA-AGTTACTT-TGTGTT---CC-T-T--TGCAA-----T-TT--TTC--TT---ATA-GG---ACAT------ATAGG--GATATTG-TTTTTT---CCTC-TAATTATTCAT--C-ATTAGT-GTGTC--TAGGAATAAG--TAAATCAGGGACCCCCGAAATTGTATTATCCTGCTGC-TTGTTTAANTA--ATTTTATATATTT-CTAA-TATTG-TAAGACAAGGGCTGCGTA-T-TTG--CA--TT--TT-G-T-TTNT-TTAATTTGT--GATTTT-----ACTGAAT-TTA-CATA-TTCTNT---ATCTTT-TAAA-AGGGAATTGTTAAA-CT-TCCAGAAGCC-------TTTTCC-ATGTTTA-AATTCTGTTTAATNTT--CA--AAGGT-CA-ANA-----TAC-GGGGTGTGATCA-GAT-C--TATA-ACTA--TTTTCA--T---G-TCAACCACTCGTA--T--GAAGAA---TAAA-TAAAGGATTCTG-ATTATTGAGAGA-----TAAATAT---ATCCAGCAC-----TGGATCGTT-TACATGAG-GATT-TNTTCCC--TC--CAAGTA-TATTT-CGTGTTTATCAGG-GATT--TTAAGAAN-CGAAAA-ATGTCACAT-AAGTTTCCATTCTCCCATA-AGT-TGG-ATTAGTCTCATACGGGCTTTTTTGGTTATTTTGA-ATTTTTT--GTAAGTTCA--TTT-TCTCTAATTATTTCAAGT-TC--ACATGACTAA-GTTGA-AATATCCT-CCATGATGATGTT--TTCATTT-GA-TAA-TGTCTCTAGTTTTTTCAAA---T-AAGTT-ACAATAA-AATT-------------CGGGGTCGATCTTCATTCGGGCCA--TA-ATATTT-ACTAATGT--AA-TA-G-C-TTT---TTTTTCAATTA-GATTTCTGCGA-TG-T-AAA--TTTCCTT-TTA--CTATC-A-CTATATACTTTA-TTTGAAACTCAAAATT-ATTTA-TT--GA---A--TTA-AATTGG----CAACA--CC--TC-GCGAGTTTCG--ATTGG-TATGA--TTGGAATATT-CCTTTGT-A-TCCCCA-CTGG-----GGAAAGT-ATAA---TTTTC--TCTTCATC--TTT--G-TGAAAATGTG-T-GTG-TCTTTGCAG--G-AA-ATA-A-ATA-TT---A-AGCGTT-T-TT-TTAT--GAAGA-TACGTGTA--T-TCA-A---ACA----TCCTCNTCG---T-T-----T-TTAT-G-------T----CACC----GA-GNCCCT-G--A---------C-AA-TTT----A-CGG----TT--A-A-ANA--T--CTTT---AGATATTC--AT--GA-TAA---ATT--TTTGAA--GTGTTTT-TA-TCC---T-----A-----ATCAG--TA-AT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAA-CA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--GNAAGGGGGG-ACAG--AGG-ACA---GAAA-GAAAAGGA-GAC------AATAGT-TGGAACACC-TAAGTC--A-GTGAT--TGTT---T-A----TCAAATAATTCCAGC--AAGT--ATA-----ATATT-A-AT-----AGGN-GTATG--GC-G-CTTGGGT------TTT-AAA--------AAAA-TCTATATA-AGTTTGTACAATAAAACA-TCTTTTTTTTTCTGATATAAGGGTTG-TGTTTATT-AATTTCTTT--AGAG-T-AGCAGGGCTG-TGT-ATTTT-CATGGG-TTTTCAAAGCT-AAAGAAAA----T-AGAT-TATCTTTAATAAACAATA-AAT-AATGAT-AATCCT-TCCATGAACATAGCATA--CTTGTGC-GAAC-GTAGG--TAGG-TAG-AAATTCAATAGCGAGATAAATG-GAAGTTTCTAAGNNTCAAGAAAA---CAACATGTTCTGCCATCT-ANTTCTAGACGC-ATAAAGTGTATTATT-ACTTATAA
Reference ( family-2925 ) : TTCCGCTATCCAT--CTGGCTCNTGATAA-A-CTTATATA-AATTACCTTTA--------AGTGTTTGGAG-ATCT-AA---TT-TCTT-CAAGATGTTTAATCTT-GTTNTTCGCNTC--TATA-A-C--TTTCAAC-----G-A--CTCTTCATT-AAAATTTTCTTAC--CAA--AGC-TTT---TTATT--CATTTCTCTA-AGTTACTT-TGTGTT---CC-T-T--TGCA------T-TT--TTC--TT---ATA-GG---ACA-------ATAGG--GATATTG-TTTTTT---CCTC-TAATTATTCAT--C-ATTAGT-GTGTC--TAGGAATAAG--TGAGTCAGGGACCCCCGAAATTGTATTATCCTGCTGC-TNGTTTAGNTATTATTTTNTATNTTTGCTAA-TATTGATAAGACAAGGGCTGCGTA-T-TTG--CA--TT--TT-G-T-TTNT-TTAATTCGT--GATTT------ACTGAAT-TTA-CATA-TTCCNT---ATCTTT-TAAA-AGGGAATTGTTAAA-CT-TCCAGAAGCC-------TTTTCC-ATGTTTA-AATTCTGTTTAATNTCNCCAATAAGGT-CA-AGA-----TAC-GGGGTGTGATCA-GAT-C--TAT--ACTA--TTTTCA--T---G-TCAACCACTCGTA--T--NAAGAA---TAAA-TAAAGGATTCTG-ATTATNGAGNGA-----TAAATAT---ATCCNGCAC-----TGGATTGTT-TACATGAGTGATT-TCTTCCCGGTCGTCAAGTACTATTT-CGTATTTATCAGGAGATTCATTAAGANNGCGAAAATGTGTCACAT-AAGTTTCCATTNCCGCATA-AGT-TGGAATNGGTCTCATACGGGCTTTTTNGGTTATTTTAA-ATTTTTTTGGTAAGTTCAAATTTCTCTCTAATTATTTCAAGTTTCCTACANNACTAA-GTTGANAATATCCT-CCATGATGATGTT--TTCATTT-GA-TAA-TGTCTCTAGTTTTTTCAAG---T-AAGTT-ACAATAA-AATT-------------CGGGGCCGATCTTCATTCGGGCCA--TA-ATATTT-ACTAATGT--AA-TA-G-C-TTT---TTTTTCAATTA-GATTTCTGC-A-TG-T-AAA--TTTCCTT-TTA--CTATC-A-CTATATACTTTA-TTTGAAACTCAANATT-ATTTA-TT--GA---A--TTA-AATTG-----CAACG--CC--TC-GCGAGTTTCG--ATTGGNTATGAGNTTGGAATATT-CCTTTGT-ACTCCCCA-CTGG-----GGAAAGT-ATAAA--TTTTC--TCTTCATC--TTT--G-TGAAAATGTG-T-GTG-TCTTTGCAG--G-AA-ATA-A-ATA-TT---A-AGTATT-T-TT-TTAT--GAAGA-TACGTGTA--T-TCA-A---ACA----TCCTCNTCG---T-T-----T-TTAT-G-------T----CACC----GA-GNNCCT-G--A---------C-AA-TTT----A-CGG----TT--A-A-ANA--T--CTTT---AGATATTC--AT--GA-TAA---ATTG-TTTGAA--GTGTTTT-TA-TCC---T-----A-----ATCAG--TA-AT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAA-CA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--GNAAGGGAGG-ACAG--AGG---A---GAAA-GAAAAGGA-GAC------AATAGT-TGGAACACC-TAAGTC--A-GTGAT--TGNT---T-A----TCAAATAATTCCAGC--AAGT--ATA-----ATATT-A-AT-----AGGN-GTATG--GCCG-CTTGGGT------TTT-AAA--------AAAA-TNTATATA-AGTTTGTACAATAAAACA-TCTTTTTTTNTCTGATATAAAGGTTG-T-TTTATT-AATTTCTTT--AGAG-T-AGCAGGGCTG-TGT-ATTTT-CATGGGTTTTTCAAAGCTAAAAGAAAA----T-AGAT-TATCTNTAATAAANNATA-AAT-AATGATNAATCCTGTCCANGAANACAGCATA--CTTGTGCAGAACAGTAGG--TAGG-TAGNAAATTCAATAGCGAGATAAATGTGAAGTTTCTGAGGNCCAAGAAGAACGCNACANGTTCTGCCATCTCAGNTCTAGACAC-ATGAANTGTATTGTT-ANTTATAA
gi|1 : TTCTTCTATCAATGGCTGACTCTTGATAA-AACTTATATA-GATTACCTTTC--------AGTGTT--GAG-ATCT-AAAAATTATCTT-CAAAATGTTTAATTTTAGTCTTTTACATC--TATA-A-CAATTTCAA------G-G--TTCTTCATT-AAAATTTTCGTAT--CAATTAGCGTTTAAATTATT--CATTTCTCTA-AGTTACTT-TGTGTT---CCAT-TCATGCAA-----T-TT--TTC--TT---ATA-TG---ATAT------ATAAG--GATATTGGTTTTTT---CTTC-TAATTATTCAT--C-ATTAGT-GTGTCCCTAGGA-TAAACTTATATCAGGGACTTCGGAAATTCTA--ATTCTCCTGCATTGTTTAAATA--AATTTATA-ATTT-CTAA-TATTG-TA-GACAAGGGCTGTATACT-TTG--CA--TTATTT-G-TGTTATATTAATTTGT--GATTTTACAATACTGGATACTA-CATAATTCTAT---GTCTTT-TAAATAGGGAATTGTTAAATCT-TCCAGAAGCCCCCCTTTTTCTCCGATGTTTACAATTCTGTTTAATTTTGGCA----GGT-CA-ATAATACCTAC-GGGGTGTGGTCA-GAT-C--TAT--CCTA--TTTTCA--TCAGG-TCA-CCACTTGTA--T--GAAGAA---TAAA-TAAAGGATGTTGGATCAT-GAGAGG-----TAAATCA---ATCCAGT-C-----TGGATTGTT-TA-ATGAGGGATTATATTTCC--TC--CAAGGA-TATTTTCATGTTTATCCAG-GATT---TAAGAAT-CGAAAA-ATGTCACATTAAGTTTTCATTCTCCCATACAGTCTGGAATTAGTCTCATACGGGCTTTTGTGGTTATTTTGGCATTTTT---GTA-GTTCA--TTTGTATTTAATTATTTTAAATGTC--ACATGACTAAAGTTGAAGCTCTCCT-CCATGATGATGTTCTTTCATTT-GA-TAA-TGTCTCTAGTTTTTTTCAA---T-AAGTT-ACAATAA-AATTGGACCATCAAAATTGGGGTCGATCTTCATTTGG-CCA--TA-ATATTT-ATTCATGG--AAATA-GGC-TTTCTTTTTTTCAATTA-GATTT-TGC-AATGAC-AAAGTTTTCCTTCTTAGTCTATC-AACTGTATTCTTTA-TTTGAAACTCAAAATTCATTTT-TTTGGA---AACTTA-AATTGGGGCACAACAAACC--TCCGGGAGTTTCG--ATTGGTAATGATATTTGAATATTACCCTTGTCACTCCTCA-CTGG-----GGAAAGTCATGAA--TTTTC--TCTTCATC--TTT--G-TAAAAATGTG-T-ATGATATTCGCTG--G-AA-ATA-A-ATAATT---A-AGCATTGT-TT-TTAT--GAAGA-TACA---A--T-TCA-G---ACA----TCATCATCG---T-T-----T-TTA--G-------T----CACC----GA-GCACCT-G--A---------C-AAATTT----AACGG----TT--G-A-ACA--T--CATT---AGATATCT--AT--GACTAACTCATTGATTCGAAACGTGTCTT-TA-TCC---T-----A-----ATCAG--TACAT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAA-CA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--GCAAAGGAGG-ACAG--AGG---A---GAAA-GAAAAGGA-GAC------AATAGT-GGGAAC-CC-TAAGTC--A-GTAATC-TGTT---TGA----TCAAATAATTAAAGC--AAGT--ATA-----ATATT-A-AT-----AGGT-GTATG--GCCG-CTTGGG--------TT-AAA--------AAAA-T-TATATA-AGTTTGTACAATAAAACACTCTTTTTTTTTCTGATATACGGGTTG-T-CTTATT-AATTTC-AT--AGAG-T-AGCAGGGCTG-TGT-ATTTTCCATGGG-TTTTCAAAGCTCAAAG-AAA----C-AGAT-TATCTTTAAT-AACAATAGAATCAATGATAAATCCT-TCCATG-ATATGGCATACCCTTGTGC-GAACTGTAGGATCAGGATAGAAAATTCAATAGCGCGATAAATG-GA--TTTCTAAGCGTCAAGAAAA---CAAT-TGTTCTGCCATCT-ATTTCTAGACGCTATAAAGTGTATTATTCATTTA
gi|10 : -CCATGATGATGTT--TTCATTT-GA-TAA-TATTTCTAGTTATTTCAAA---T-ATATT-ACAATAG-AATT-------------GGGGGTCGATCTTCATTCGGGCCA--TAGATATTT-ATTAATGT--AACTAGG-T-TTT---TTTTTCAATTATGATTTCTGCGA-TA---AAA--TTTCTTT-ATAT-CTATC-A-CTCTATACTTTA-TTTGAAACTCAATGTT-ATTT--TT--GA---A--TAA-AATTG-----CAACA--CC--TC-GCGAGTTT-G--ATTGGa
gi|11 : TTCCTCTATCCAT--CTGGCTCATGAT-----CTTATATA-A-TTACCTTTA--------AATGTTTA-AG-ATCC-AA---TT-TTTT-CAAG--GTTT-----T-ATTTTTC--CTC--GAGA-A-C--TTTCAAG-----G-A--CTCTTCATT-TAAATTTTCTTCC--AAA--AGC-TTT---AT-TT--CATTTa
gi|12 : tctagattctaggttacagaagtatttgcttggtttttcaccAAGAAAC----T-GGGA-TAT-TATAATAAAC-ATA-AAT-AATGATTAATCCTGTCCAGGAA-ACAG--TA--CTTGTGCAGAAC-GTAGG--TAGG-TAG-AAATTCAATAGCGAGATAAG---GAAGTTTCTGAAGATCAAGAAGAACGCAACA-GTTCTGCCATCTCAGATCTAGATAC-ATGAATTATATTATT-ACTT-TAAtnagagt
gi|13 : CA-CTGGATGAGGGAGAGT-ATAA----TTTC--T-TTCATC--TTTG-G-TGAAAATGTG---ATG-TC-TTGCAG--G-AA-ATACA-ATG-TT---AGAGTGTTGTATT-TGATTGGAAGA-atc
gi|14 : ctttgtatcgacagcgaACAAGTACTGCGCA-T-T-G--CA--TT--TTTG-C-TTCT-TTAATTTGT--AATTTT-----ACTGAAT-TTA-CATA-GTCTAT---ATCCTT-TAAA-AGGGAAATGTTAAA-CT-TCCAGAAGCC-------TTTTCC-ATGTTaagaagtaaatt
gi|15 : TC--A-GTGAT---GTT---G-AC---TCCAATAATTCCAGC--GAGT--ATA------TATT-A-AT-----AGGA-GTATG--G--A-CTTGGG-------TTT-AAA--------AAAA-TATCTATATAGTTTGTACAAT-AAACA-TCTTT
gi|2 : TTATATA-ATTAACCTTTA--------AGTGTTTGGAGGATCTTAA---TT-T-TT-CAAGATGTT--ATATA-GTTGTTCCTAAC--TATATA-C--TTTCAAATAAAGG-ATTCTCTCTAAT-AGATTTTTCTTATATCAA--AGC-TTT-----ATT--TATATTTCTA-AGTTACTTGTGTGTC---TA-T-C--TGCAATTAACTGTT--TCC--TT---ATA-GGTTAACG-------ATAGGATGATATTG-TTTTTTATCCTTC-TAATT--TCATTTC-AATAGT-GT-----TAG--ATAAG---GAATCAGGGACCCCTGAAATTGT-TTATCTTGCTG--TAGTTTAGG-A--ATTTTTTATATTT-CTAA-T--TGATAAGACAAGGGCTGCGTA-T-TGG--CA--TT--TT-G-T-TCGT-TTAATTTGT--GCTTTT-----ACTGAAT-TT--CATA-TTCCCTGTAATTTTT-TTAA-GGGATATTGTTTAA-CTGTCCAGA-GCC-------TTTTC--ATGTTTA-AATTCTGTT-AATGTTTCCAATAAGGTTCA-AGA-----TAT-GGGGTGTGATCAAGAT-TATTAT--ACTAGATGTTCAATT---A-TCAACCACTTGTA--T--TAGGAAATATAAACTTAAGAATTCTG-ATTATGGAGTGA-----TAAA-AT---ATCCAGCAC-----TGGATTGTT-TA-ATG-GTGATT-TTTTCC-GGTCGTCAAGTA-TATT--CG-ATTTATCAGGAGATTCATTAAGAAA-CGAAAATATGTCA-AT-A-GTTTC-ATTCTCGCA-A-AGT-TG--ATAGGTCTCA-ACGGGCTTTTTGGGTTATTTTAA---TTTTTTGGTAAGTTCAAATTT-TCTCTAATTAT---AAGTTTTCTACATCACTA--GTTGATAATA-CCT-GCATGATGA-GTT--TTC--TT-GAATAA-TGTCTCTAGTTTATTCAAGAAAT-AAGTTTACAATAATAATT--------------GGGGCCGGTCTTCATT--GGACA--TA-CTATTTTACTA-TGT--AA-TA-G-CGTTT---TTTTTCAATTA-GATTTCTGC-A-TG-TTAAA--TTTCCTT-T-A--TTATCTA-CTATATATTTT---TTGAAACTCAAGATT-AATTAAGT--GA---A--T-A-CATTGA----CAA-G--CCGGTCAGTGAGTATCGGGATTGGATATGA--TTGGAATATT-CCTTTGT-ATGCCT------G-----GGAAAGTTATATA--TTTTT--TCTTCATCACTTTA-G-TGTAAATGTGCT-G-G-TCTTGGCAGTCGTAA-ATA-ATATA-T----A-AGAATT-T-TG-T-AT--GAAGA-TACATGTACAT-TCA-A---ACA----CTTTCAGTT---T-T-----T-TTATAG-------TATGACAAA----AG-ACTCCT-G--A---------C-AA-TTTTT--G-CGG----TT--A-A-ATA--C--ATTT---AGAT--TT--ATCGGA--AA---ATT---TTGAATAGTGTTTT-TA-ACA---T-----A-----TTCAAGATA-TC-------GTA-AA-G----------A-CAGTTAATCG-A-AA----GAA-----AAGGTAAGGGAGGGACAGTAAGA---A---AAAAAGAAAAGGAAGACGTATAGAACAAA-AGGGAGA----AAGTC--A-GTGA---TGTT---TCAGCGTTCACAAAATTCCAGC--AGATGAATAATTGTATATT-ATATCAGGAAGGT-GT-TGAAATCG-TTGGGATAGTCAATCT-ACATACTCATGAAAA-TCTATAT--AGTTTGTACAACAA-------CTCTTTTATCTGGTATAATGG-TG-TGTTTA-T-AATTT-GTT--AGAG-T-AGC-GGGTTATTGC-ATT
gi|3 : TAACA-CTTATCTATAATTACCTTTA--------AGT--TTGAGT-ATC--AA---TT-TCTTACAA-ATGTT--ATCTC-GTTGTTTGCCTC--TATA-ATC--TTTCAAC-----GGA--TTCTTCATT-AAAATTT-CTTAA--CAA--A-C-TTT---AT-TT--CATTTCTCGATAGTTACTT-TGTGTT---CC-TCT--TGCA------T-TTGATTCCTTT---ATA-GG---ACA-------ATAG----ATAATG-TTTTT----CCTCATATCTATTCA-----ATTAGTTGTGTC---AGGAATAAG--TAAGTCAGGA---CCCGAAATTGTATT---CTGC-AC-TTGTT-AATTATTATTTTATAT-TTTGCTAAATAT-----AGACAAGG-CTGCGTA-T-ATG--CAAGTT--TT-G-T-TTCT-TTAATTCGTTTGATTT------ACTGAAG-TTAGCATA-TTCCCTT--ATCTTT-TAAA-AGGGAATTGTCAAA-CT-TCCAGAAGCC--------TTTCC-AT-TTTA-AATTCTGTTTAATTTC------AAGGT-CACAGAC----TACTGGGGTGTGATCA-GATGC--TATAAACTA----TTCA--T---GATCAACCACTTGTA--TAGAAAGAA----AAC-TAA--GATTCTG-A-TATTAAG---------AAATA----ATTCCGC-C-----TGGATTG---TACATGA-----T-TCTTCCC--TC--CAAGTACTATTT-CAT-TTTATCAG--GAT---TTAAGACCGCGAAAA-G---CACAT-AAGTTTCCATTGCTCCATA-AGT-TGG-ATTAGT-TCATACG----TTTTTGGTTATT---A-ATTTTTT--GT-AGTTCA----TTTCTCTAAT--TTTCA----TC---CAAGACTAA-GTTG--AATATCCTGCCAGGATGATGTT--TTCATTTCGA-TAATTGTCTCTAG-TTTTTCAAA---TAAAGTT-ACAATAA-AATT-------------CGGG--CGATCTCC-TTTGGACCATTTACATATTT-ACTAATGTTAAA-TA-G-C---T---TTTTTCAATTA-T-CTTCTGCAA-TG-T-AAA--TTTCCTTATTA--CTATC-A-CTATAT-CTTTATTTTGAAA-TCAAAATT-ATTTA-TT--GATTCT--TTACAATTG-----CAACA--CC--TC-A-GAG-TTCG--ATTG--TATGAGCTTGGAATATT-CCTTTGT-A-TCCCCA-CTG---------AAGT-ATAAC--TTTT---TCTTTATC--TTG--G-TAAAA---TG-T-GTG-TC-TTGCAG--A-AATACA-A-TTA-TT---A-AA-----T-TT-TTAT---AAGA-TACATGTA--A-TCA-A---ACA----CCCTC--CG---T-T-----T-TTAT-G-------T----CACC----AA-GACCCTAG--A---------CGAA-TCT----G-C-G----TT--A-A-AA------CTTT---TAATATTC--AT--GA--AA---AT---TTTGAA--GTG-TTT-TA-TCA---T-----A-----ATC-------AT-------GTA-A---------T-GAA-CA-TT-ATCA-TAAA----GAA-----A--GGAAGATGGG-ACAG--AAGAACA---GAAA-G-AAAGGA--AC------CATAGTCTAAAACACC-TAAGCA--A-GTGAT--GGTTAACT-A----CC-AACAATCCAGGCCAAAGTC-AT------ATATTCA-AT-----GAGA-G---------A-CCTGG--------TTT-AAA--------AAAA-TATCTATT-A--TTGTACAAC--AACA-GCTTTTTTCT--TGATATTAATGTTG---TTTATTCAATTTC--T--AGAG-TAAGCA-GGCTG--GT--TTTT-CAa
gi|4 : cttT-CCTTTGT-A-TCCCCAGCTGG-----G--AAGT-ATAATGTTTTTCGATCTTCA-A--TTG--G-TTAAAAT-TG-T-GTG-TCTT-GCAG--G-AA-TTA-A-ATA-TT---A---TATT-T-TA-TTAA--AAAGA-TA---G-A--T-TCA-GCAGACAGGTCTTCTCTTCGATCT-T-----TATTAT-G-------G----CACC----GAAGACCCT-G--GATGATAAATT-AA-TTTTAAAA-CGGGGGTTTCGA-ATAAA--TTCCGTTCTAAGATATT---AT--GA-AAA---AT-G-TT-AAA--GTGTTTT-TAATCT---TGGCATA-----ATCTA--TG-ATAAAAAAAGTATAA-ACTTTG-TTAAA-TA-TT--TCA-T-AACCATGAAGCACAA--GAAAGGAGGA-ACAG--AGGGACA---GAA--GAAAAGAA-GAC------A-TAGG-TGTAAC--C-TAAGTC--AAGTGATGCTGAC---T-C----T-AAATAG-----------------------ATATT-C-ATG----AGGA-GTATG--G--GTCTTGGGT------TTTTAAA--------AAGA-TCTATA---AGTTTGTACAATAAACGA-TCTTTTT----CTGTTATAGAGGTTG-TGTTTATT-AATTTCTTT--AGAG-T-AGCAGGGCTA-TGT-ATT-----TG-------CAAAGCTAAAAAAAAAAAACT-AAAT-TATCTCCAgctataaa
gi|5 : CCT-G--A---------C-AA-TTT----A-CAG----TT--A-A-ACAGAT--CTTT---AGATATTC--AT--G--TAA----TT--TTGGAA--GT--TTT-TA-TTCCCAT-----A-----ATCAG--TA-AT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAAATA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--AGGAAAGAGG-ATAG--AGG---AACAGAAA-GAAA-GGA-GAC------A-TAGT-TGAAACACCATAAGTCCCA-GTGATG-TGAA---T------TCCAATACATCCAGC--AAGT--ATA------TATC-A--T-----AGGCCGTATG--GC----TTGGGT------TTT-AAA--------AAAAATCTATATA--GTTTGTACAATAACACA-T----TTTTCTC-GATATAAGGTTTGCT-TTTATT-AATTTCTTTTAAGAGGT-AGCAGGGCTG-TGTTATTTT-CATGGGTTTTTCAAAGC--AAAGAAAA----TTAGACATATCCTTAATAAACAATA-A-T-AATGAT-AATCCT--CCATGAACATA-CATA---TTGTGC-GAACAGTAGG--TAGG-TAGTAAATTCAATAGCGAGATAAATGT--AATTTC-AAGATCCAAGAAAA---CCACATGTTCTG-CATC---ATTCTAGACAC-ATAAAGTGTATTGTT-A-TTATAA
gi|6 : ATATT-CCTTTGT-A-TCTCCA-CTGG-----G-AAAGT-ATAA---TTTTC--TCTTCGTC--TTT--G-GTAAAATGTG-C-GT----CTTGCAG--G-AA-TTA-A-ATG-TT---A---TGAT-C-TT-TAAT--GAAGA-TAAGTc
gi|6 : ATC--TTT--AATGAAGATAAG-TCNCG-TCTT-GCAG--G-AA-ATA-A-ATG-TT---A---TGAT-C-TT-TAAT--GAAGA-TAAGT--------CAGA---ACA----TC-TCCTCG---TGT-----T-TTATAG-------T----CACC----AT-GAACTT-G--A---------C-AA-CTT----A-CGG----TT--TTA-AGA--T--CTTT---AGATATTC--AT--GA-TA------T--CTTGAA--TTGCTTT--A-TCCA--T-----A-----ATCAG--TA-AT-------GTA-AA-ATGTTG-T--AA-CA-TTCATCA-C-AA-----AA-----A--ATGAGGGGGG-AAAG--AGGAACA---GAAA-GAAAAGGA-GAC------Acncgtcttgcaggaaataaatgttatgatctttaatgaagataagtcagaacatctcctcgtgttttatagtcaccatgaacttgacaacttacggttttaagatctttagatattcatgatatcttgaattgctttatccataatcagtaatgtaaaatgttgtaacattcatcacaaaaaatgaggggggaaagaggaacagaaagaaaaggagacatgtgtaggcacctttgacagagatgctggactccagta
gi|7 : atattcctttgtatctccactgggaaagtataattttctcttcgtctttggtaaaatgtgcgtcttgcaggaattaaatgttatgTCCATC--TTCTGG-TAAAAACCTG-T-GT----CTTGCAG--G-AA-ATA-A--TA-TTTATA-A--ATC-T-TTATTAT--GAAGAATACATTCA--TGTCA-A----CA----TCCTATTCG---T-TCTATCT-TTAT-GAGAGGTGC----CACCCATGGA-CTCCCT-GGAA---------C-AA-TG-----A-AGG----CT--ATA-AAA--C--TTTC---AGATACTTGAAG--GA-TAA---GGT--TTTGAA--G-GTTTTACAGTCC---T-----AGATAAATCAG--TA-AT-------GTA-AGTATCTTGTT-CAA-CT-ATCATCATT-AA----GAATAT--A--GAAA-GGAGG-TGAA--AAG---A---Gtgtgtaggcacctttgacagagatgctggactccagta
gi|8 : tTCTGCTATCCAT--CTG-CTTTTAA--A-A-TTTAGATA-AGT--CCTTTATTGTTCACATTGTTTGGAA-GTCT-AA---TA-TCTT-CAAGA-----AAGCTTTGTTTTCCACTTCATCAGA-A-C--TT-CAAT-----G-A--CTCTTCATTAAAAATTTTCTTCC--AAA--AGC-------TTATTCGCATTT-TCTA-AG-TA--T-TGTGTTATCCT-T-T--TGCAT-----T-TT--TTC--TTTGAATATGC---ACATTCTCTTAAAGA--GAT-TTG-TATTTT---CCTC-TAATTATTCAT--CTATTAAT-cgaacccactcagcagcaaaaaagaaaacg
gi|9 : atttgcttgtatttttttcaccttccGACAAG-----CATA-TATTGAGC---TT--TT-ACT-TTAT-TCAATTTTT--C-TTT------GATTAAT-TCAACATA-TTCTTT---ATCAGTATAAGCAAAGAGTTATTAAA-TT-TCCAAAA-------------TCC-A-----G-AACC---TTTAATA---------------A-ACA-----TCT-GGAGAGTGATCA-GAT-C--GATA-AATA--TTTTCA--T---ATTCAA-CACACATATTT--GAAG-A---T-AA-TAAA-GATTCTG--TTACTAGGAAAAAGCCTAATTGTTTAATTCA-CACCGTTGTGGATCATTATACATGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTAGGTTGTAAAAGTATTTGCTTGGTTTTTCACCTCTTCTACACTCTGACTCATTGATCTTATGTATTAC
Alignments
lowQualScore : 11 1 222222 111 22222222 11 111 33333333 1 11 11 33333333333 1111 11 333333 11 1 1 33333333333 333333333 11 111 222222 4444444 222 1 2222 1 22222 1 222222 111 222 222222 2222 11 33333333333333 11 111111 11 11111 1111 22222 11 222 1 33333333 1 66666666666666666666666666 1 1 1111 222 2222 44444444 111111 22222 1 11 111 555555555555555 3333333 111 1 2222222 222 1 333333 2222222 1 111 1 1 1 1 222 1111 222 1 44444444444444 22 22222 1 11 1 1 1 111 1 1 1 66666666666666 1 11 2 1 11 22222222222222 1 1 222 11 333333 111 11 1 3333333333333333333333333333 11 11 222 11 1 1 22222 11111111 2222222 1 1111 11 1111111111 4444444444444 3333333333 11111 1111 11111111111 33333333333333 1111 222222222222 222222 1111 11111111111111 111 111 2222222222222 11 1 222222222222222 1111111 111111111111 1111 22222 1 2 22222222 111 1111 6666666666666666666 3333333333 111 22222 33333 22222222 1 22222222 2 11 11111 111 111 33333 11 22 1 2 22 1 11 222 1 2 11 1 2 22 222 11 22 1 111
lowQualScore : 88 2 666666 111 6 99999999 0 3 8 11 444 8 3 8 999 66666666 0 1 1 11 0 8 8 11 0 00000000000 8 0 3333 11 8 0 222222 11 6 0 3 2 0 11111111111 9 333333333 33 777 000000 4444444 000 3 0 0000 0 3 33333 0 999999 333 555 999 3 333333 2222 7 88 88 7 66666666666666 33 8 999 222222 11 11111 1 8 4444 0 00000 8 66 8 1 222 8 6 8 8 0 11111111 8 55 0 2 3 88888888888888888888888888 0 0 7777 222 0000 00000000 55 2 888888 3 44444 0 22 666 9 000000000000000 2 0000000 2 000 5 9999999 1 333 3 000000 4444444 7 3 1 666 6 3 7 6 7 3 3 6 3 6 7 6 111 9999 555 3 7 11111111111111 00 11111 7 0 3 33 3 0 0 0 3 777 0 0 0 77777777777777 33 3 0 6 33 0 0 3 33 44444444444444 0 3 2 0 777 33 555555 111 0 9 33 2 1 0 3333333333333333333333333333 2 33 33 666 3 2 33 2 0 3 77777 8 6 6 22222222 6 1111111 3 6 6 3333 99 66 66 5 2 4 4444444444 8 66 5 5 5 55 5 0000000000000 5 0 6 66 5 4444444444 44444 4444 5 7 77777777777 6 66666666666666 4444 6 1 5 5 333333333333 5 5 111111 2222 77777777777777 000 111 4444444444444 3 55 3 55 1 666666666666666 1 77 5 8888888 5 666666666666 5 5 7 888 2222 44444 77 1 5 3 0 7 6 33333333 000 1 8888 99 6 1111111111111111111 1 1 99 2222222222 666 33333 77 3 44444 33333333 3 44444444 6 2 3 7 3 33 0 99 0 1 11 5 0 8 88888 8 8 0 88 8 0 000 888 7 55555 11 2 7 7 00 3 6 00 7 2 33 555 3 6 88 3 6 7 22 7 22 333 44 6 00 1 0 3 666 7
lowQualScore : .. . ...... ... . ........ . . . .. ... . . . ... ........ . . . .. . . . .. . ........... . . .... .. . . ...... .. . . . . . ........... . ......... .. ... ...... ....... ... . . .... . . ..... . ...... ... ... ... . ...... .... . .. .. . .............. .. . ... ...... .. ..... . . .... . ..... . .. . . ... . . . . . ........ . .. . . . .......................... . . .... ... .... ........ .. . ...... . ..... . .. ... . ............... . ....... . ... . ....... . ... . ...... ....... . . . ... . . . . . . . . . . . . ... .... ... . . .............. .. ..... . . . .. . . . . . ... . . . .............. .. . . . .. . . . .. .............. . . . . ... .. ...... ... . . .. . . . ............................ . .. .. ... . . .. . . . ..... . . . ........ . ....... . . . .... .. .. .. . . . .......... . .. . . . .. . ............. . . . .. . .......... ..... .... . . ........... . .............. .... . . . . ............ . . ...... .... .............. ... ... ............. . .. . .. . ............... . .. . ....... . ............ . . . ... .... ..... .. . . . . . . ........ ... . .... .. . ................... . . .. .......... ... ..... .. . ..... ........ . ........ . . . . . .. . .. . . .. . . . ..... . . . .. . . ... ... . ..... .. . . . .. . . .. . . .. ... . . .. . . . .. . .. ... .. . .. . . . ... .
lowQualScore : 33 0 555555 000 0 00000000 8 2 0 88 000 0 2 0 666 44444444 6 4 0 00 6 0 0 00 8 88888888888 0 8 0000 00 0 8 000000 00 5 0 2 5 0 22222222222 8 555555555 88 555 000000 2222222 222 2 0 8888 0 2 22222 0 777777 000 777 333 7 777777 7777 3 33 33 3 77777777777777 22 0 888 888888 00 22222 0 0 8888 8 00000 0 88 0 0 000 0 0 0 0 8 66666666 0 88 0 5 2 88888888888888888888888888 0 0 8888 555 0000 22222222 88 0 888888 2 00000 0 00 555 2 888888888888888 5 5555555 0 222 0 0000000 0 333 3 777777 3333333 3 3 0 777 7 3 3 7 3 3 3 7 3 7 3 7 333 0000 777 3 3 33333333333333 77 00000 3 0 2 88 2 0 0 0 2 555 0 0 0 88888888888888 22 2 5 5 88 0 0 2 88 88888888888888 0 2 5 5 000 88 555555 000 8 8 22 5 2 0 2222222222222222222222222222 5 88 88 888 2 5 88 5 0 3 77777 0 7 7 88888888 7 7777777 3 7 7 3333 22 99 99 0 2 5 2222222222 1 99 0 0 0 44 0 8888888888888 0 5 6 99 0 9999999999 33333 2222 2 5 00000000000 7 77777777777777 2222 7 0 7 7 999999999999 7 7 000000 1111 33333333333333 000 999 4444444444444 6 77 6 99 4 333333333333333 7 99 7 6666666 7 999999999999 7 7 9 333 1111 33333 99 0 7 3 0 3 7 11111111 000 4 6666 22 7 7777777777777777777 8 0 22 5555555555 555 33333 77 2 33333 33333333 3 22222222 7 5 8 3 2 88 8 66 8 4 66 0 8 0 44444 0 0 8 88 0 8 222 333 3 00000 22 5 3 3 77 3 7 77 3 0 33 000 3 7 33 3 7 3 33 3 00 333 77 7 77 0 7 3 333 3
consensus : TTCTTCTATCCAT--CTGGCTCTTGATAA-A-CTTATATA-AATTACCTTTA--------AGTGTTTGGAG-ATCT-AA---TT-TCTT-CAAGATGTTTAATCTT-GTTTTTCGCNTC--TATA-A-C--TTTCAAN-----G-A--CTCTTCATT-AAAATTTTCTTAC--CAA--AGC-TTTA---TATT--CATTTCTCTA-AGTTACTT-TGTGTT---CC-T-T--TGCAATT------T--TTC--TT---ATA-GG---ACA------TATAGG--GATATTG-TTTTTT---CCTC-TAATTATTCAT--C-ATTAGT-GTGTC--TAGGAATAAG--TAAATCAGGGACCCCCGAAATTGTATTATCCTGCTGC-TTGTTTAANTA--ATTTTATATATTTCTAA-TATTG-TAA----GACAAGGGCTGCGTA-T-TTG--CA--TT--TT-G-T-TTNT-TTAATTTGT--GATTTTAC-----TGAAT-TTA-CATA-TTCTNT---ATCTTT-TAAA-AGGGAATTGTTAAA-CT-TCCAGAAGCC-------TTTTCC-ATGTTTA-AATTCTGTTTAATNTT--CGA--AGGT-CA-ANA-----TAC-GGGGTGTGATCA-GAT-C--TAT-AACTA--TTTTCA--T---G-TCAACCACTCGTA--T--GAAGAA---TAAA-TAAAGGATTCTG-ATTATTGAGAGA-----TAAATNT---ATCCAGCAC-----TGGATCGTT-TACATGA-G-ATT-TNTTCC---CTCCAAGTA-TATTT-CGTGTTTATCAGG-GATT--TTAAGA-ANCGAAAA-ATGTCACAT-AAGTTTCCATTCTCCCATA-AGT-TGGA-TTAGTCTCATACGGGCTTTTTTGGTTATTTT-AATTTTTTG-TAAGTTCA--TTT-TCTCTAATTATTTCAAGT-TC---ACATGACTAA-GTTGA-AA-TATCCT-CCATGATGATGTT--TTCATTT-GA-TAA-TGTCTCTAGTTTTTTCAA---AT-AAGTT-ACAATAA-AATT-------------CGGGGTCGATCTTCATTCGGGCCA--TA-ATATTT-ACTAATGT--AA-TA-G-C-TTT---TTTTTCAATTA-GATTTCTGCGATG-T-AAA--TTTCCTT-TTA--CTATC-A-CTATATACTTTA-TTTGAAACTCAAAATT-ATTTA-TT--GA---A--TTA-AATTGG----CAACA--CC--TC-GCGAGTTTCG--ATTGG-TA-TGA--T--TGGAATATT-CCTTTGT-A-TC--C--C--CA-CTGG-----GGAAAGT-AT-A-AT---TTTC--TCTTCATC--TTT--G-TGAAAATGTG-T-GTG-TCTTTGCAG--G-AA-ATA-A-ATA-TT----A-AGCGTT-T-TTTTAT--GAAGA-TACGTGTA--T-TCA-A---ACA----TCCTCNTCG---T-T-----T-TTAT-G-------T----CACC----GA-GAC-CCT-G--A---------C-AA-TTT----A-CGG----TT--A-A-ANA--T--CTTT---AGATATTC--ATGA-TAA---ATT--TTTGAA--GTGTTTT-TA-TCC---T-----A-----ATCAG--TA-AT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAA-CA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--GNAAGGG-GGGACAG-AGGAACAGAAAGAAAAGGA-GAC------AATAGT-TGGAACACC-TAAGT--CA-GTGAT-TGTT---T-A----TC-AATAATTCCAGC--AAGT--ATA-----ATATT-A-AT-----AGG-NGTATGG----GCTTGGGT------TTT-AAA--------AAA-ATCTATAT-AGTTTGTACAATAAAACA-TCTTTTTTTTTCTGATATAAGGGTTGTGTTTATT-AATTTCTTT--AGA-GT-AGCAGGGCTG-TG-TATTTT-CATGGG-TTTTCAAAGCTAAAGAAAA-----TAGAT-TATCTTTAATAAACAATA-AAT-AATGAT-AATCCT-TCCATGAACATAGCATA--CTTGTGC-GAAC-GTAGG--TAGG-TAG-AAATTCAATAGCGAGATAAATGGAA-TTTCTAAGNNTCAAGAAAA---CAACATGTTCTGCCATCT-ANTTCTAGACGC-ATAAAGTGTATTATT-ACTTATAA
Reference ( family-2925 ) : TTCTTCTATCCAT--CTGGCTCTTGATAA-A-CTTATATA-AATTACCTTTA--------AGTGTTTGGAG-ATCT-AA---TT-TCTT-CAAGATGTTTAATCTT-GTTTTTCGCNTC--TATA-A-C--TTTCAAN-----G-A--CTCTTCATT-AAAATTTTCTTAC--CAA--AGC-TTTN---TATT--CATTTCTCTA-AGTTACTT-TGTGTT---CC-T-T--TGCAATT------T--TTC--TT---ATA-GG---ACA------TATAGG--GATATTG-TTTTTT---CCTC-TAATTATTCAT--C-ATTAGT-GTGTC--TAGGAATAAG--TAAATCAGGGACCCCCGAAATTGTATTATCCTGCTGC-TTGTTTAANTA--ATTTTATATATTTCTAA-TATTG-TAA----GACAAGGGCTGCGTA-T-TTG--CA--TT--TT-G-T-TTNT-TTAATTTGT--GATTTTAC-----TGAAT-TTA-CATA-TTCTNT---ATCTTT-TAAA-AGGGAATTGTTAAA-CT-TCCAGAAGCC-------TTTTCC-ATGTTTA-AATTCTGTTTAATNTT--CAA--AGGT-CA-ANA-----TAC-GGGGTGTGATCA-GAT-C--TAT-AACTA--TTTTCA--T---G-TCAACCACTCGTA--T--GAAGAA---TAAA-TAAAGGATTCTG-ATTATTGAGAGA-----TAAATAT---ATCCAGCAC-----TGGATCGTT-TACATGAGG-ATT-TNTTCC---CTCCAAGTA-TATTT-CGTGTTTATCAGG-GATT--TTAAGA-ANCGAAAA-ATGTCACAT-AAGTTTCCATTCTCCCATA-AGT-TGGA-TTAGTCTCATACGGGCTTTTTTGGTTATTTTGAATTTTTTG-TAAGTTCA--TTT-TCTCTAATTATTTCAAGT-TC---ACATGACTAA-GTTGA-AA-TATCCT-CCATGATGATGTT--TTCATTT-GA-TAA-TGTCTCTAGTTTTTTCAA---AT-AAGTT-ACAATAA-AATT-------------CGGGGTCGATCTTCATTCGGGCCA--TA-ATATTT-ACTAATGT--AA-TA-G-C-TTT---TTTTTCAATTA-GATTTCTGCGATG-T-AAA--TTTCCTT-TTA--CTATC-A-CTATATACTTTA-TTTGAAACTCAAAATT-ATTTA-TT--GA---A--TTA-AATTGG----CAACA--CC--TC-GCGAGTTTCG--ATTGG-TA-TGA--T--TGGAATATT-CCTTTGT-A-TC--C--C--CA-CTGG-----GGAAAGT-AT-A-AT---TTTC--TCTTCATC--TTT--G-TGAAAATGTG-T-GTG-TCTTTGCAG--G-AA-ATA-A-ATA-TT----A-AGCGTT-T-TTTTAT--GAAGA-TACGTGTA--T-TCA-A---ACA----TCCTCNTCG---T-T-----T-TTAT-G-------T----CACC----GA-GNC-CCT-G--A---------C-AA-TTT----A-CGG----TT--A-A-ANA--T--CTTT---AGATATTC--ATGA-TAA---ATT--TTTGAA--GTGTTTT-TA-TCC---T-----A-----ATCAG--TA-AT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAA-CA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--GNAAGGG-GGGACAG-AGG-ACAGAAAGAAAAGGA-GAC------AATAGT-TGGAACACC-TAAGT--CA-GTGAT-TGTT---T-A----TCAAATAATTCCAGC--AAGT--ATA-----ATATT-A-AT-----AGG-NGTATGG---CGCTTGGGT------TTT-AAA--------AAA-ATCTATATAAGTTTGTACAATAAAACA-TCTTTTTTTTTCTGATATAAGGGTTGTGTTTATT-AATTTCTTT--AGA-GT-AGCAGGGCTG-TG-TATTTT-CATGGG-TTTTCAAAGCTAAAGAAAA-----TAGAT-TATCTTTAATAAACAATA-AAT-AATGAT-AATCCT-TCCATGAACATAGCATA--CTTGTGC-GAAC-GTAGG--TAGG-TAG-AAATTCAATAGCGAGATAAATGGAAGTTTCTAAGNNTCAAGAAAA---CAACATGTTCTGCCATCT-ANTTCTAGACGC-ATAAAGTGTATTATT-ACTTATAA
gi|1 : TTCTTCTATCAATGGCTGACTCTTGATAA-AACTTATATA-GATTACCTTTC--------AGTGTT--GAG-ATCT-AAAAATTATCTT-CAAAATGTTTAATTTTAGTCTTTTACATC--TATA-A-CAATTTCAAG-----G----TTCTTCATT-AAAATTTTCGTAT--CAATTAGCGTTTAAATTATT--CATTTCTCTA-AGTTACTT-TGTGTT---CCAT-TCATGCAATT------T--TTC--TT---ATA-TG---ATA------TATAAG--GATATTGGTTTTTT---CTTC-TAATTATTCAT--C-ATTAGT-GTGTCCCTAGGA-TAAACTTATATCAGGGACTTCGGAAATTCTA--ATTCTCCTGCATTGTTTAAATA--AATTTATA-ATTTCTAA-TATTG-TA-----GACAAGGGCTGTATACT-TTG--CA--TTATTT-G-TGTTATATTAATTTGT--GATTTTACAATACTGGATACTA-CATAATTCTAT---GTCTTT-TAAATAGGGAATTGTTAAATCT-TCCAGAAGCCCCCCTTTTTCTCCGATGTTTACAATTCTGTTTAATTTT--GGC--AGGT-CA-ATAATACCTAC-GGGGTGTGGTCA-GAT-C--TAT-C-CTA--TTTTCA--TCAGG-TCA-CCACTTGTA--T--GAAGAA---TAAA-TAAAGGATGTTGGATCAT-GAGAGG-----TAAATCA---ATCCAGT-C-----TGGATTGTT-TA-ATGAGGGATTATATTTC---CTCCAAGGA-TATTTTCATGTTTATCCAG-GATT--T-AAGA-ATCGAAAA-ATGTCACATTAAGTTTTCATTCTCCCATACAGTCTGGAATTAGTCTCATACGGGCTTTTGTGGTTATTTTGGCATTTTTG-TA-GTTCA--TTTGTATTTAATTATTTTAAATGTC---ACATGACTAAAGTTGA-AGCTCTCCT-CCATGATGATGTTCTTTCATTT-GA-TAA-TGTCTCTAGTTTTTTTCA---AT-AAGTT-ACAATAA-AATTGGACCATCAAAATTGGGGTCGATCTTCATTTGG-CCA--TA-ATATTT-ATTCATGG--AAATA-GGC-TTTCTTTTTTTCAATTA-GATTT-TGCAATGAC-AAAGTTTTCCTTCTTAGTCTATC-AACTGTATTCTTTA-TTTGAAACTCAAAATTCATTTT-TTTGGA---AACTTA-AATTGGGGCACAACAAACC--TCCGGGAGTTTCG--ATTGG-TAATGA--TATTTGAATATTACCCTTGTCACTC--C--T--CA-CTGG-----GGAAAGTCATGA-AT---TTTC--TCTTCATC--TTT--G-TAAAAATGTG-T-ATGATATTCGCTG--G-AA-ATA-A-ATAATT----A-AGCATTGT-TTTTAT--GAAGA-TACA---A--T-TCA-G---ACA----TCATCATCG---T-T-----T-TTA--G-------T----CACC----GA-GCA-CCT-G--A---------C-AAATTT----AACGG----TT--G-A-ACA--T--CATT---AGATATCT--ATGACTAACTCATTGATTCGAAACGTGTCTT-TA-TCC---T-----A-----ATCAG--TACAT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAA-CA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--GCAAAGG-AGGACAG-AGG---AGAAAGAAAAGGA-GAC------AATAGT-GGGAAC-CC-TAAGT--CA-GTAATCTGTT---TGA----TCAAATAATTAAAGC--AAGT--ATA-----ATATT-A-AT-----AGG-TGTATGGC--CGCTTGGG--------TT-AAA--------AAA-AT-TATATAAGTTTGTACAATAAAACACTCTTTTTTTTTCTGATATACGGGTTGT-CTTATT-AATTTC-AT--AGA-GT-AGCAGGGCTG-TG-TATTTTCCATGGG-TTTTCAAAGCTCAAAGAAA-----CAGAT-TATCTTTAAT-AACAATAGAATCAATGATAAATCCT-TCCATG-ATATGGCATACCCTTGTGC-GAACTGTAGGATCAGGATAGAAAATTCAATAGCGCGATAAATGGA--TTTCTAAGCGTCAAGAAAA---CAAT-TGTTCTGCCATCT-ATTTCTAGACGCTATAAAGTGTATTATTCATTTA
gi|10 : -CCATGATGATGTT--TTCATTT-GA-TAA-TATTTCTAGTTATTTCAA---AT-ATATT-ACAATAG-AATT-------------GGGGGTCGATCTTCATTCGGGCCA--TAGATATTT-ATTAATGT--AACTAGG-T-TTT---TTTTTCAATTATGATTTCTGCGATA---AAA--TTTCTTT-ATAT-CTATC-A-CTCTATACTTTA-TTTGAAACTCAATGTT-ATTT--TT--GA---A--TAA-AATT-G----CAACA--CC--TC-GCGAGTTT-G--ATTGG-a
gi|11 : TTCCTCTATCCAT--CTGGCTCATGAT-----CTTATATA-A-TTACCTTTA--------AATGTTTA-AG-ATCC-AA---TT-TTTT-CAAG--GTTT-----T-ATTTTTC--CTC--GAGA-A-C--TTTCAAG-----G-A--CTCTTCATT-TAAATTTTCTTCC--AAA--AGC-TTTA---T-TT--CATTTa
gi|12 : tctagattctaggttacagaagtatttgcttggtttttcaccAAGAAAC-----TGGGA-TAT-TATAATAAACA-TA-AAT-AATGATTAATCCTGTCCAGGAA-ACAG--TA--CTTGTGCAGAAC-GTAGG--TAGG-TAG-AAATTCAATAGCGAGATAA--GGAAGTTTCTGAAGATCAAGAAGAACGCAACA-GTTCTGCCATCTCAGATCTAGATAC-ATGAATTATATTATT-ACTT-TAAtnagagt
gi|13 : CTTTGT-A-TCGACAGCGACA-CTGGATGAGGGAGAGT-AT-A-A----TTTC--T-TTCATC--TTTG-G-TGAAAATGTG---ATG-TC-TTGCAG--G-AA-ATACA-ATG-TT----AGAGTGTTGTATTTGATTGGAAGA-atc
gi|14 : ACAAGTACTGCGCA-T-T-G--CA--TT--TTTG-C-TTCT-TTAATTTGT--AATTTTAC-----TGAAT-TTA-CATA-GTCTAT---ATCCTT-TAAA-AGGGAAATGTTAAA-CT-TCCAGAAGCC-------TTTTCC-ATGTTaagaagtaaatt
gi|15 : T--CA-GTGAT--GTT---G-AC---TCCAATAATTCCAGC--GAGT--ATA------TATT-A-AT-----AGG-AGTATGG----ACTTGGGT------TTA-AAA--------AAATATCTATAT-AGTTTGTACAAT-AAACA-TCTTT
gi|2 : TTATATA-ATTAACCTTTA--------AGTGTTTGGAGGATCTTAA---TT-T-TT-CAAGATGTT--ATATA-GTTGTTCCTAAC--TATATA-C--TTTCAAATAAAGG-ATTCTCTCTAAT-AGATTTTTCTTATATCAA--AGC-TTT-----ATT--TATATTTCTA-AGTTACTTGTGTGTC---TA-T-C--TGCAATTAACTGTT--TCC--TT---ATA-GGTTAACG-------ATAGGATGATATTG-TTTTTTATCCTTC-TAATT--TCATTTC-AATAGT-GT-----TAG--ATAAG---GAATCAGGGACCCCTGAAATTGT-TTATCTTGCTG--TAGTTTAGG-A--ATTTTTTATATTTCTAA-T--TGATAA----GACAAGGGCTGCGTA-T-TGG--CA--TT--TT-G-T-TCGT-TTAATTTGT--GCTTTTAC-----TGAAT-TT--CATA-TTCCCTGTAATTTTT-TTAA-GGGATATTGTTTAA-CTGTCCAGA-GCC-------TTTTC--ATGTTTA-AATTCTGTT-AATGTTTCCAATAAGGTTCA-AGA-----TAT-GGGGTGTGATCAAGAT-TATTAT-A-CTAGATGTTCAATT---A-TCAACCACTTGTA--T--TAGGAAATATAAACTTAAGAATTCTG-ATTATGGAGTGA-----TAAA-AT---ATCCAGCAC-----TGGATTGTT-TA-ATGGTG-ATT-TTTTCCGGTCGTCAAGTA-TATT--CG-ATTTATCAGGAGATTCATTAAGA-AACGAAAATATGTCA-AT-A-GTTTC-ATTCTCGCA-A-AGT-TG-A-TAGGTCTCA-ACGGGCTTTTTGGGTTATTTT-AATTTTTTGGTAAGTTCAAATTT-TCTCTAATTAT---AAGT-TTTCTACATCACTA--GTTGATAA-TA-CCT-GCATGATGA-GTT--TTC--TT-GAATAA-TGTCTCTAGTTTATTCAAGAAAT-AAGTTTACAATAATAATT--------------GGGGCCGGTCTTCATT--GGACA--TA-CTATTTTACTA-TGT--AA-TA-G-CGTTT---TTTTTCAATTA-GATTTCTGC-ATG-TTAAA--TTTCCTT-T-A--TTATCTA-CTATATATTTT---TTGAAACTCAAGATT-AATTAAGT--GA---A--T-A-CATTGA----CAA-G--CCGGTCAGTGAGTATCGGGATTGGATA-TGA--T--TGGAATATT-CCTTTGT-A-TG--C--C--T-----G-----GGAAAGTTAT-ATAT---TTTT--TCTTCATCACTTTA-G-TGTAAATGTGCT-G-G-TCTTGGCAGTCGTAA-ATA-ATATA-T-----A-AGAATT-T-TGT-AT--GAAGA-TACATGTACAT-TCA-A---ACA----CTTTCAGTT---T-T-----T-TTATAG-------TATGACAA-----AA-GACTCCT-G--A---------C-AA-TTTTT--G-CGG----TT--A-A-ATA--C--ATTT---AGAT--TT--ATCG-GAA---AAT--TTTGAATAGTGTTTT-TA-ACA---T-----A-----TTCAAGATA-TC-------GTA-AA-G----------A-CAGTTAATCG-A-AA----GAA-----AAGGTAAGGGAGGGACAGTAAG-AAAAAAAGAAAAGGAAGACGTATAGAACAAA-AGGGAGA----AAGT--CA-GTGA--TGTT---TCAGCGTTCACAAAATTCCAGC--AGATGAATAATTGTATATT-ATATCAGGAAGG-TGT-TGAAATCGTTGGGATAGTCAATCT-ACATACTCATGAAA-ATCTATAT-AGTTTGTACAACAA-------CTCTTTTATCTGGTATAATGG-TGTGTTTA-T-AATTT-GTT--AGA-GT-AGC-GGGTTATTG-CATT
gi|3 : TAACA-CTTATCTATAATTACCTTTA--------AGT--TTGAGT-ATC--AA---TT-TCTTACAA-ATGTT--ATCTC-GTTGTTTGCCTC--TATA-ATC--TTTCAAC-----GGA--TTCTTCATT-AAAATTT-CTTAA--CAA--A-C-TTTA---T-TT--CATTTCTCGATAGTTACTT-TGTGTT---CC-TCT--TGCA-TT------TGATTCCTTT---ATA-GG---ACA-------ATAG----ATAATG-TTTTT----CCTCATATCTATTCA-----ATTAGTTGTGTC---AGGAATAAG--TAAGTCAGGA---CCCGAAATTGTATT---CTGC-AC-TTGTT-AATTATTATTTTATATTTTGCTAAATAT-----A----GACAAGG-CTGCGTA-T-ATG--CAAGTT--TT-G-T-TTCT-TTAATTCGTTTGATTT-AC-----TGAAG-TTAGCATA-TTCCCTT--ATCTTT-TAAA-AGGGAATTGTCAAA-CT-TCCAGAAGCC--------TTTCC-AT-TTTA-AATTCTGTTTAAT-TT--C-A--AGGT-CACAGAC----TACTGGGGTGTGATCA-GATGC--TATAAACTA----TTCA--T---GATCAACCACTTGTA--TAGAAAGAA----AAC-TAA--GATTCTG-A-TATTAAGAAA-----TA--------ATTCCGC-C-----TGGATTG---TACATGA-----T-TCTTCC---CTCCAAGTACTATTT-CAT-TTTATCAGG-A--T--TTAAGACCGCGAAAA-G---CACAT-AAGTTTCCATTGCTCCATA-AGT-TGGA-TTAGT-TCATACG----TTTTTGGTTATT---AATTTTTTG-T-AGTTCA---TT-TCTCTAAT--TTTCA----TC----CAAGACTAA-GTTG--AA-TATCCTGCCAGGATGATGTT--TTCATTTCGA-TAATTGTCTCTAG-TTTTTCAA---ATAAAGTT-ACAATAA-AATT-------------CGGG--CGATCTCC-TTTGGACCATTTACATATTT-ACTAATGTTAAA-TA-G-C---T---TTTTTCAATTA-T-CTTCTGCAATG-T-AAA--TTTCCTTATTA--CTATC-A-CTATAT-CTTTATTTTGAAA-TCAAAATT-ATTTA-TT--GATTCT--TTACAATT-G----CAACA--CC--TC-A-GAG-TTCG--ATT-G-TA-TGAGCT--TGGAATATT-CCTTTGT-A-TC--C--C--CA-CTG---------AAGT-AT-A-AC---TTTT--TCTTTATC--TTG--G-TAAAA---TG-T-GTG-TC-TTGCAG--A-AATACA-A-TTA-TT----A-AA-----T-TTTTAT---AAGA-TACATGTA--A-TCA-A---ACA----CCCTC--CG---T-T-----T-TTAT-G-------T----CACC----AA-GAC-CCTAG--A---------CGAA-TCT----G-C-G----TT--A-A-AA------CTTT---TAATATTC--ATGA--AA---A-T--TTTGAA--GTG-TTT-TA-TCA---T-----A-----ATC-------AT-------GTA-A---------T-GAA-CA-TT-ATCA-TAAA----GAA-----A--GGAAGAT-GGGACAGAAGA-ACAGAAAG-AAAGGA--AC------CATAGTCTAAAACACC-TAAGC--AA-GTGAT-GGTTAACT-A----CC-AACAATCCAGGCCAAAGTC-AT------ATATTCA-AT-----GAG-AG---------ACCTGG--------TTT-AAA--------AAA-ATATCTATTA--TTGTACAAC--AACA-GCTTTTTTCT--TGATATTAATGT--TGTTTATTCAATTTC--T--AGA-GTAAGCA-GGCTG--G-T-TTTT-CAa
gi|4 : cttT-CCTTTGT-A-TC--C--C--CAGCTGG-----G--AAGT-AT-A-ATGTTTTTCGATCTTCA-A--TTG--G-TTAAAAT-TG-T-GTG-TCTT-GCAG--G-AA-TTA-A-ATA-TT----A---TATT-T-TATTAA--AAAGA-TA---G-A--T-TCA-GCAGACAGGTCTTCTCTTCGATCT-T-----TATTAT-G-------G----CACC----GAAGAC-CCT-G--GATGATAAATT-AA-TTTTAAAA-CGGGGGTTTCGA-ATAAA--TTCCGTTCTAAGATATT---ATGA-AAA---ATG--TT-AAA--GTGTTTT-TAATCT---TGGCATA-----ATCTA--TG-ATAAAAAAAGTATAA-ACTTTG-TTAAA-TA-TT--TCA-T-AACCATGAAGCACAA--GAAAGGA-GGAACAG-AGGGACAGAA-GAAAAGAA-GAC------A-TAGG-TGTAAC--C-TAAGT--CAAGTGAT--GCT----------------GACTCTA-----AAT--A-G-----ATATT-C-ATG----AGG-AGTATGG---GTCTTGGGT------TTTTAAA--------AAG-ATCTATA--AGTTTGTACAATAAACGA-TCTTTTT----CTGTTATAGAGGTTGTGTTTATT-AATTTCTTT--AGA-GT-AGCAGGGCTA-TG-TATT-----TG-------CAAAGCTAAAAAAAAAAAACTAAAT-TATCTgctataaa
gi|5 : -CCT-G--A---------C-AA-TTT----A-CAG----TT--A-A-ACAGAT--CTTT---AGATATTC--ATG--TAA----TT--TTGGAA--GT--TTT-TA-TTCCCAT-----A-----ATCAG--TA-AT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAAATA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--AGGAAAG-AGGATAG-AGGAACAGAAAG-AAAGGA-GAC-------ATAGT-TGAAACACCATAAGTCCCA-GTGA--TGTG---A-AT---TCCAATACATCCAGC--AAGT--AT------ATATC---AT-----AGGCCGTATG-----GCTTGGGT------TTTAAAA--------AAA-ATCTATAT-AGTTTGTACAATAACACA-----TTTTTCTC-GATATAAGGTTTGCTTTTATT-AATTTCTTTTAAGAGGT-AGCAGGGCTG-TGTTATTTT-CATGGGTTTTTCAAAGC-AAAGAAAAT----TAGACATATCCTTAATAAACAAT--AAT-AATGAT-AATCC--TCCATGAACATA-CATA---TTGTGC-GAACAGTAGG--TAGG-TAGTAAATTCAATAGCGAGATAAATGTAA-TTTC-AAGATCCAAGAAAA---CCACATGTTCTG-CATC---ATTCTAGACAC-ATAAAGTGTATTGTT-A-TTATAAcca
gi|6 : ATATT-CCTTTGT-A-TC--T--C--CA-CTGG-----G-AAAGT-AT-A-AT---TTTC--TCTTCGTC--TTT--G-GTAAAATGTG-C-GT----CTTGCAG--G-AA-TTA-A-ATG-TT----A---TGAT-C-TTTAAT--GAAGA-TAAGTc
gi|6 : ATC--TTT--AATGAAGATAAG-TCNCG-TCTT-GCAG--G-AA-ATA-A-ATG-TT----A---TGAT-C-TTTAAT--GAAGA-TAAGT--------CAGA---ACA----TC-TCCTCG---TGT-----T-TTATAG-------T----CACC----AT-GAA-CTT-G--A---------C-AA-CTT----A-CGG----TT--TTA-AGA--T--CTTT---AGATATTC--ATGA-TA------T--CTTGAA--TTGCTTT--A-TCCA--T-----A-----ATCAG--TA-AT-------GTA-AA-ATGTTG-T--AA-CA-TTCATCA-C-AA-----AA-----A--ATGAGGG-GGGAAAG-AGGAACAGAAAGAAAAGGA-GAC------Acncgtcttgcaggaaataaatgttatgatctttaatgaagataagtcagaacatctcctcgtgttttatagtcaccatgaacttgacaacttacggttttaagatctttagatattcatgatatcttgaattgctttatccataatcagtaatgtaaaatgttgtaacattcatcacaaaaaatgaggggggaaagaggaacagaaagaaaaggagacatgtgtaggcacctttgacagagatgctggactccagta
gi|7 : atattcctttgtatctccactgggaaagtataattttctcttcgtctttggtaaaatgtgcgtcttgcaggaattaaatgttatgTCCATC--TTCTGG-TAAAAACCTG-T-GT----CTTGCAG--G-AA-ATA-A--TA-TTTATAA-ATC--T-T-TATTAT--GAAGAATACATTCA--TGTCA-A----CA----TCCTATTCG---T-TCTATCT-TTAT-GAGAGGTGC----CACCCATGGA-CTC-CCT-GGAA---------C-AA-TG-----A-AGG----CT--ATA-AAA--C--TTTC---AGATACTTGAAGGA-TAA---GGT--TTTGAA--G-GTTTTACAGTCC---T-----AGATAAATCAG--TA-AT-------GTA-AGTATCTTGTT-CAA-CT-ATCATCATT-AA----GAATAT--A--GAAAGGA-GGtgtgtaggcacctttgacagagatgctggactccagta
gi|8 : tTCTGCTATCCAT--CTG-CTTTTAA--A-A-TTTAGATA-AGT--CCTTTATTGTTCACATTGTTTGGAA-GTCT-AA---TA-TCTT-CAAGA-----AAGCTTTGTTTTCCACTTCATCAGA-A-C--TT-CAAT-----G-A--CTCTTCATTAAAAATTTTCTTCC--AAA--AGC-T------TATTCGCATTT-TCTA-AG-TA--T-TGTGTTATCCT-T-T--TGCATTT------T--TTC--TTTGAATATGC---ACATTCTCTTAAAGA--GAT-TTG-TATTTT---CCTC-TAATTATTCAT--CTATTAAT-tgaaaagagcgaacccactcagcagcaaaaaagaaaacg
gi|9 : atttgcttgtatttttttcaccttccTTG-TAAACTGGACAAG-----CATA-TATTGAGC---TT--TT-ACT-TTAT-TCAATTTTT----CTTTGA-----TTAAT-TCAACATA-TTCTTT---ATCAGTATAAGCAAAGAGTTATTAAA-TT-TCCAAAA-------------TCC-A-----G-AACC---TTTAATA---------------A-ACA-----TCT-GGAGAGTGATCA-GAT-C--GAT-AAATA--TTTTCA--T---ATTCAA-CACACATATTT--GAAG-A---T-AA-TAAA-GATTCTG--TTACTAGGAAAAAGCCTAATTGTTTAATTCA-CACCGTTGTGGATCATTATACATGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTAGGTTGTAAAAGTATTTGCTTGGTTTTTCACCTCTTCTACACTCTGACTCATTGATCTTATGTATTAC
Alignments
lowQualScore : 11 1 222222 111 22222222 11 111 33333333 1 11 11 33333333333 1111 11 22222 11 1 1 33333333333 333333333 11 111 222222 4444444 222 1 2222 1 22222 1 222222 111 222 222222 2222 11 33333333333333 11 111111 11 11111 1111 22222 11 222 1 33333333 1 66666666666666666666666666 1 1 1111 222 2222 44444444 111111 22222 1 11 111 444444444444444 3333333 111 1 33333333 222 1 333333 2222222 1 111 1 1 1 1 1 1111 222 1 44444444444444 22 22222 1 11 1 1 1 111 1 1 1 66666666666666 1 11 2 1 11 22222222222222 1 1 222 11 333333 111 11 1 3333333333333333333333333333 11 11 222 11 1 1 22222 11111111 2222222 1 1111 11 1111111111 4444444444444 3333333333 11111 1111 11111111111 33333333333333 11 11 222222222222 222222 1111 11111111111111 111 111 2222222222222 11 1 222222222222222 1111111 11111 1111 22222 22222222 111 1111 66666666666666666666666 4444444444 111 22222 2222222222222222 1111111 3333333333333 11 11 11111 111 111 33333 11 22 1 111 22 1 11 222 1 2 11 1 2 1 222 11 22 1 111
lowQualScore : 88 2 666666 111 6 99999999 0 3 8 11 444 8 3 8 999 66666666 0 1 1 11 0 8 8 11 0 00000000000 8 0 3333 11 8 0 55555 11 6 0 3 2 0 11111111111 9 333333333 33 777 000000 4444444 000 3 0 0000 0 3 33333 0 999999 333 555 999 3 333333 2222 7 88 88 7 66666666666666 33 8 999 222222 11 11111 1 8 4444 0 00000 8 66 8 1 222 8 6 8 8 0 11111111 8 55 0 2 3 88888888888888888888888888 0 0 7777 222 0000 00000000 55 2 888888 3 44444 0 22 666 9 888888888888888 2 0000000 2 000 5 77777777 1 333 3 000000 4444444 7 3 1 666 6 3 7 6 7 3 3 6 3 6 7 6 7 3 9999 555 3 7 11111111111111 00 11111 7 0 3 33 3 0 0 0 3 777 0 0 0 77777777777777 33 3 0 6 33 0 0 3 33 44444444444444 0 3 2 0 777 33 555555 111 0 9 33 2 1 0 3333333333333333333333333333 2 33 33 666 3 2 33 2 0 3 77777 8 6 6 22222222 6 1111111 3 6 6 3333 99 66 66 5 2 4 4444444444 8 66 5 5 5 55 5 0000000000000 5 0 6 66 5 4444444444 44444 4444 5 7 77777777777 6 66666666666666 2 55 33 5 333333333333 5 5 111111 2222 77777777777777 000 111 4444444444444 3 55 3 55 1 666666666666666 1 77 5 8888888 5 11111 555 5 5 7 888 2222 44444 8888 8888 5 5 0 0 7 6 33333333 000 1 8888 99 6 66666666666666666666666 1 1 99 0000000000 666 33333 1111111111111111 3333333 6666666666666 55 6 7 3 33 0 99 0 1 11 5 0 8 88888 8 8 0 88 8 0 000 888 7 55555 11 2 7 7 00 3 777 00 7 2 33 555 3 6 88 3 6 7 7 3 7 22 333 44 6 00 1 0 3 666 7
lowQualScore : .. . ...... ... . ........ . . . .. ... . . . ... ........ . . . .. . . . .. . ........... . . .... .. . . ..... .. . . . . . ........... . ......... .. ... ...... ....... ... . . .... . . ..... . ...... ... ... ... . ...... .... . .. .. . .............. .. . ... ...... .. ..... . . .... . ..... . .. . . ... . . . . . ........ . .. . . . .......................... . . .... ... .... ........ .. . ...... . ..... . .. ... . ............... . ....... . ... . ........ . ... . ...... ....... . . . ... . . . . . . . . . . . . . . .... ... . . .............. .. ..... . . . .. . . . . . ... . . . .............. .. . . . .. . . . .. .............. . . . . ... .. ...... ... . . .. . . . ............................ . .. .. ... . . .. . . . ..... . . . ........ . ....... . . . .... .. .. .. . . . .......... . .. . . . .. . ............. . . . .. . .......... ..... .... . . ........... . .............. . .. .. . ............ . . ...... .... .............. ... ... ............. . .. . .. . ............... . .. . ....... . ..... ... . . . ... .... ..... .... .... . . . . . . ........ ... . .... .. . ....................... . . .. .......... ... ..... ................ ....... ............. .. . . . .. . .. . . .. . . . ..... . . . .. . . ... ... . ..... .. . . . .. . ... .. . . .. ... . . .. . . . . . . .. ... .. . .. . . . ... .
lowQualScore : 33 0 555555 000 0 00000000 8 2 0 88 000 0 2 0 666 44444444 6 4 0 00 6 0 0 00 8 88888888888 0 8 0000 00 0 8 44444 00 5 0 2 5 0 22222222222 8 555555555 88 555 000000 2222222 222 2 0 8888 0 2 22222 0 777777 000 777 333 7 777777 7777 3 33 33 3 77777777777777 22 0 888 888888 00 22222 0 0 8888 8 00000 0 88 0 0 000 0 0 0 0 8 66666666 0 88 0 5 2 55555555555555555555555555 0 0 8888 555 0000 22222222 88 0 888888 2 00000 0 00 555 2 555555555555555 5 5555555 0 222 0 33333333 0 333 3 777777 3333333 3 3 0 777 7 3 3 7 3 3 3 7 3 7 3 7 3 3 0000 777 3 3 33333333333333 77 00000 3 0 2 88 2 0 0 0 2 555 0 0 0 88888888888888 22 2 5 5 88 0 0 2 88 88888888888888 0 2 5 5 000 88 555555 000 8 8 22 5 2 0 2222222222222222222222222222 5 88 88 888 2 5 88 5 0 3 77777 0 7 7 88888888 7 7777777 3 7 7 3333 22 99 99 0 2 5 2222222222 1 99 0 0 0 44 0 8888888888888 0 5 6 99 0 9999999999 33333 2222 2 5 00000000000 7 77777777777777 2 88 66 7 999999999999 7 7 000000 1111 33333333333333 000 999 4444444444444 6 77 6 99 4 333333333333333 7 99 7 6666666 7 11111 999 7 7 9 333 1111 33333 3333 1111 7 7 1 7 3 7 11111111 000 4 6666 22 7 33333333333333333333333 8 0 22 7777777777 555 33333 3333333333333333 8888888 7777777777777 88 7 3 2 88 8 66 8 4 66 0 8 0 44444 0 0 8 88 0 8 222 333 3 00000 22 5 3 3 77 3 777 77 3 0 33 000 3 7 33 3 7 3 3 3 3 00 333 77 7 77 0 7 3 333 3
consensus : TTCTTCTATCCAT--CTGGCTCTTGATAA-A-CTTATATA-AATTACCTTTA--------AGTGTTTGGAG-ATCT-AA---TT-TCTT-CAAGATGTTTAATCTT-GTTTTTCGCNTC--TATA-A-C--TTTCAAN-----G-A--CTCTTCATT-AAAATTTTCTTAC--CAA--AGC-TTTA---TATT--CATTTCTCTA-AGTTACTT-TGTGTT---CC-T-T--TGCAATT------T--TTC--TT---ATA-GG---ACA------TATAGG--GATATTG-TTTTTT---CCTC-TAATTATTCAT--C-ATTAGT-GTGTC--TAGGAATAAG--TAAATCAGGGACCCCCGAAATTGTATTATCCTGCTGC-TTGTTTAANTA--ATTTTATATATTTCTAA-TATTG-TAA----GACAAGGGCTGCGTA-T-TTG--CA--TT--TT-G-T-TTNT-TTAATTTGT--GATTTTAC-----TGAAT-TTA-CATA-TTCTNT---ATCTTT-TAAA-AGGGAATTGTTAAA-CT-TCCAGAAGCC-------TTTTCC-ATGTTTA-AATTCTGTTTAATNTT--CGA--AGGT-CA-ANA-----TAC-GGGGTGTGATCA-GAT-C--TAT-AACTA--TTTTCA--T---G-TCAACCACTCGTA--T--GAAGAA---TAAA-TAAAGGATTCTG-ATTATTGAGAGA-----TAAATNT---ATCCAGCAC-----TGGATCGTT-TACATGA-G--ATT-TNTTCC---CTCCAAGTA-TATTT-CGTGTTTATCAGG-GATT--TTAAGA-ANCGAAAA-ATGTCACAT-AAGTTTCCATTCTCCCATA-AGT-TGGA-TTAGTCTCATACGGGCTTTTTTGGTTATTTTAAT-TTTTTG-TAAGTTCA--TTT-TCTCTAATTATTTCAAGT-TC---ACATGACTAA-GTTGA-AA-TATCCT-CCATGATGATGTT--TTCATTT-GA-TAA-TGTCTCTAGTTTTTTCAA---AT-AAGTT-ACAATAA-AATT-------------CGGGGTCGATCTTCATTCGGGCCA--TA-ATATTT-ACTAATGT--AA-TA-G-C-TTT---TTTTTCAATTA-GATTTCTGCGATG-T-AAA--TTTCCTT-TTA--CTATC-A-CTATATACTTTA-TTTGAAACTCAAAATT-ATTTA-TT--GA---A--TTA-AATTGG----CAACA--CC--TC-GCGAGTTTCG--ATTGG-TA-TGA--T--TGGAATATT-CCTTTGT-A-TC--C--C--CA-CTGG-----GGAAAGT-AT-A-AT---TTTC--TCTTCATC--TTT--G-TGAAAATGTG-T-GTG-TCTTTGCAG--G-AA-ATA-A-ATA-TT----A-AGCGTT-T-TTTTAT--GAAGA-TACGTGTA--T-TCA-A---ACA----TCCTCNTCG---T-T-----T-TTAT-G-------T----CACCGA--GAC--CCT-G--A---------C-AA-TTT----A-CGG----TT--A-A-ANA--T--CTTT---AGATATTC--ATGA-TAA---ATT--TTTGAA--GTGTTTT-TA-TCC---T-----A-----ATCAG--TA-AT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAA-CA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--GNAAGGG-G--GGACAG-AG-GAACAGAAAGAAAAGGA-GAC------AATAGT-TGGAACACC-TAAGT--CA-GTGAT-TGTT---T-A----T--C-A-ATAATTCCAGC--AAGT--ATA-----ATATT-A-AT-----AGG-NGT----ATGG--G-CTTGGGTT--TT-AA-------------AAAA--ATCTATAT-AGTTTGTACAATAAAACA-TCTTTTTTTTTCTGATATAAGGGTTGTGTTTATT-AATTTCTTT--AGA-GT-AGCAGGGCTG-TG-TATTTT-CATGGG-TTTTCAAAGCTAAAGAAAA-----TAGAT-TATCTTTAATAAACAATA-AAT-AATGA-T-AATCCT-TCCATGAACATAGCATA--CTTGTGC-GAAC-GTAGG--TAGG-TAG-AAATTCAATAGCGAGATAAATGGAA-TTTCTAAGNNTCAAGAAAA---CAACATGTTCTGCCATCT-ANTTCTAGACGC-ATAAAGTGTATTATT-ACTTATAA
Reference ( family-2925 ) : TTCTTCTATCCAT--CTGGCTCTTGATAA-A-CTTATATA-AATTACCTTTA--------AGTGTTTGGAG-ATCT-AA---TT-TCTT-CAAGATGTTTAATCTT-GTTTTTCGCNTC--TATA-A-C--TTTCAAN-----G-A--CTCTTCATT-AAAATTTTCTTAC--CAA--AGC-TTTA---TATT--CATTTCTCTA-AGTTACTT-TGTGTT---CC-T-T--TGCAATT------T--TTC--TT---ATA-GG---ACA------TATAGG--GATATTG-TTTTTT---CCTC-TAATTATTCAT--C-ATTAGT-GTGTC--TAGGAATAAG--TAAATCAGGGACCCCCGAAATTGTATTATCCTGCTGC-TTGTTTAANTA--ATTTTATATATTTCTAA-TATTG-TAA----GACAAGGGCTGCGTA-T-TTG--CA--TT--TT-G-T-TTNT-TTAATTTGT--GATTTTAC-----TGAAT-TTA-CATA-TTCTNT---ATCTTT-TAAA-AGGGAATTGTTAAA-CT-TCCAGAAGCC-------TTTTCC-ATGTTTA-AATTCTGTTTAATNTT--CGA--AGGT-CA-ANA-----TAC-GGGGTGTGATCA-GAT-C--TAT-AACTA--TTTTCA--T---G-TCAACCACTCGTA--T--GAAGAA---TAAA-TAAAGGATTCTG-ATTATTGAGAGA-----TAAATNT---ATCCAGCAC-----TGGATCGTT-TACATGA-G--ATT-TNTTCC---CTCCAAGTA-TATTT-CGTGTTTATCAGG-GATT--TTAAGA-ANCGAAAA-ATGTCACAT-AAGTTTCCATTCTCCCATA-AGT-TGGA-TTAGTCTCATACGGGCTTTTTTGGTTATTTTAAT-TTTTTG-TAAGTTCA--TTT-TCTCTAATTATTTCAAGT-TC---ACATGACTAA-GTTGA-AA-TATCCT-CCATGATGATGTT--TTCATTT-GA-TAA-TGTCTCTAGTTTTTTCAA---AT-AAGTT-ACAATAA-AATT-------------CGGGGTCGATCTTCATTCGGGCCA--TA-ATATTT-ACTAATGT--AA-TA-G-C-TTT---TTTTTCAATTA-GATTTCTGCGATG-T-AAA--TTTCCTT-TTA--CTATC-A-CTATATACTTTA-TTTGAAACTCAAAATT-ATTTA-TT--GA---A--TTA-AATTGG----CAACA--CC--TC-GCGAGTTTCG--ATTGG-TA-TGA--T--TGGAATATT-CCTTTGT-A-TC--C--C--CA-CTGG-----GGAAAGT-AT-A-AT---TTTC--TCTTCATC--TTT--G-TGAAAATGTG-T-GTG-TCTTTGCAG--G-AA-ATA-A-ATA-TT----A-AGCGTT-T-TTTTAT--GAAGA-TACGTGTA--T-TCA-A---ACA----TCCTCNTCG---T-T-----T-TTAT-G-------T----CACCGA--GAC--CCT-G--A---------C-AA-TTT----A-CGG----TT--A-A-ANA--T--CTTT---AGATATTC--ATGA-TAA---ATT--TTTGAA--GTGTTTT-TA-TCC---T-----A-----ATCAG--TA-AT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAA-CA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--GNAAGGG-G--GGACAG-AG-GAACAGAAAGAAAAGGA-GAC------AATAGT-TGGAACACC-TAAGT--CA-GTGAT-TGTT---T-A----T--C-A-ATAATTCCAGC--AAGT--ATA-----ATATT-A-AT-----AGG-NGT----ATGG--G-CTTGGGTT--TT-AA-------------AAAA--ATCTATAT-AGTTTGTACAATAAAACA-TCTTTTTTTTTCTGATATAAGGGTTGTGTTTATT-AATTTCTTT--AGA-GT-AGCAGGGCTG-TG-TATTTT-CATGGG-TTTTCAAAGCTAAAGAAAA-----TAGAT-TATCTTTAATAAACAATA-AAT-AATGA-T-AATCCT-TCCATGAACATAGCATA--CTTGTGC-GAAC-GTAGG--TAGG-TAG-AAATTCAATAGCGAGATAAATGGAA-TTTCTAAGNNTCAAGAAAA---CAACATGTTCTGCCATCT-ANTTCTAGACGC-ATAAAGTGTATTATT-ACTTATAA
gi|1 : TTCTTCTATCAATGGCTGACTCTTGATAA-AACTTATATA-GATTACCTTTC--------AGTGTT--GAG-ATCT-AAAAATTATCTT-CAAAATGTTTAATTTTAGTCTTTTACATC--TATA-A-CAATTTCAAG-----G----TTCTTCATT-AAAATTTTCGTAT--CAATTAGCGTTTAAATTATT--CATTTCTCTA-AGTTACTT-TGTGTT---CCAT-TCATGCAATT------T--TTC--TT---ATA-TG---ATA------TATAAG--GATATTGGTTTTTT---CTTC-TAATTATTCAT--C-ATTAGT-GTGTCCCTAGGA-TAAACTTATATCAGGGACTTCGGAAATTCTA--ATTCTCCTGCATTGTTTAAATA--AATTTATA-ATTTCTAA-TATTG-TA-----GACAAGGGCTGTATACT-TTG--CA--TTATTT-G-TGTTATATTAATTTGT--GATTTTACAATACTGGATACTA-CATAATTCTAT---GTCTTT-TAAATAGGGAATTGTTAAATCT-TCCAGAAGCCCCCCTTTTTCTCCGATGTTTACAATTCTGTTTAATTTT--GGC--AGGT-CA-ATAATACCTAC-GGGGTGTGGTCA-GAT-C--TAT-C-CTA--TTTTCA--TCAGG-TCA-CCACTTGTA--T--GAAGAA---TAAA-TAAAGGATGTTGGATCAT-GAGAGG-----TAAATCA---ATCCAGT-C-----TGGATTGTT-TA-ATGA-GGGATTATATTTC---CTCCAAGGA-TATTTTCATGTTTATCCAG-GATT--T-AAGA-ATCGAAAA-ATGTCACATTAAGTTTTCATTCTCCCATACAGTCTGGAATTAGTCTCATACGGGCTTTTGTGGTTATTTTGGCATTTTTG-TA-GTTCA--TTTGTATTTAATTATTTTAAATGTC---ACATGACTAAAGTTGA-AGCTCTCCT-CCATGATGATGTTCTTTCATTT-GA-TAA-TGTCTCTAGTTTTTTTCA---AT-AAGTT-ACAATAA-AATTGGACCATCAAAATTGGGGTCGATCTTCATTTGG-CCA--TA-ATATTT-ATTCATGG--AAATA-GGC-TTTCTTTTTTTCAATTA-GATTT-TGCAATGAC-AAAGTTTTCCTTCTTAGTCTATC-AACTGTATTCTTTA-TTTGAAACTCAAAATTCATTTT-TTTGGA---AACTTA-AATTGGGGCACAACAAACC--TCCGGGAGTTTCG--ATTGG-TAATGA--TATTTGAATATTACCCTTGTCACTC--C--T--CA-CTGG-----GGAAAGTCATGA-AT---TTTC--TCTTCATC--TTT--G-TAAAAATGTG-T-ATGATATTCGCTG--G-AA-ATA-A-ATAATT----A-AGCATTGT-TTTTAT--GAAGA-TACA---A--T-TCA-G---ACA----TCATCATCG---T-T-----T-TTA--G-------T----CACCGA--GCA--CCT-G--A---------C-AAATTT----AACGG----TT--G-A-ACA--T--CATT---AGATATCT--ATGACTAACTCATTGATTCGAAACGTGTCTT-TA-TCC---T-----A-----ATCAG--TACAT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAA-CA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--GCAAAGG-A--GGACAG-AG-G---AGAAAGAAAAGGA-GAC------AATAGT-GGGAAC-CC-TAAGT--CA-GTAATCTGTT---TGA----T--CAA-ATAATTAAAGC--AAGT--ATA-----ATATT-A-AT-----AGG-TGT----ATGGCCG-CTTGGG----TT-AA-------------AAAA--AT-TATATAAGTTTGTACAATAAAACACTCTTTTTTTTTCTGATATACGGGTTGT-CTTATT-AATTTC-AT--AGA-GT-AGCAGGGCTG-TG-TATTTTCCATGGG-TTTTCAAAGCTCAAAGAAA-----CAGAT-TATCTTTAAT-AACAATAGAATCAATGA-TAAATCCT-TCCATG-ATATGGCATACCCTTGTGC-GAACTGTAGGATCAGGATAGAAAATTCAATAGCGCGATAAATGG-A-TTTCTAAGCGTCAAGAAAA---CAAT-TGTTCTGCCATCT-ATTTCTAGACGCTATAAAGTGTATTATTCATTTA
gi|10 : -CCATGATGATGTT--TTCATTT-GA-TAA-TATTTCTAGTTATTTCAA---AT-ATATT-ACAATAG-AATT-------------GGGGGTCGATCTTCATTCGGGCCA--TAGATATTT-ATTAATGT--AACTAGG-T-TTT---TTTTTCAATTATGATTTCTGCGATA---AAA--TTTCTTT-ATAT-CTATC-A-CTCTATACTTTA-TTTGAAACTCAATGTT-ATTT--TT--GA---A--TAA-AATT-G----CAACA--CC--TC-GCGAGTTT-G--ATTGG-a
gi|11 : TTCCTCTATCCAT--CTGGCTCATGAT-----CTTATATA-A-TTACCTTTA--------AATGTTTA-AG-ATCC-AA---TT-TTTT-CAAG--GTTT-----T-ATTTTTC--CTC--GAGA-A-C--TTTCAAG-----G-A--CTCTTCATT-TAAATTTTCTTCC--AAA--AGC-TTTA---T-TT--CATTTa
gi|12 : tctagattctaggttacagaagtatttgcttggtttttcaccAAGAAAC-----TGGGA-TAT-TATAATAAACA-TA-AAT-AATGATT-AATCCTGTCCAGGAA-ACAG--TA--CTTGTGCAGAAC-GTAGG--TAGG-TAG-AAATTCAATAGCGAGATAA--GGAAGTTTCTGAAGATCAAGAAGAACGCAACA-GTTCTGCCATCTCAGATCTAGATAC-ATGAATTATATTATT-ACTT-TAAtnagagt
gi|13 : CTTTGT-A-TCGACAGCGACA-CTGGATGAGGGAGAGT-AT-A-A----TTTC--T-TTCATC--TTTG-G-TGAAAATGTG---ATG-TC-TTGCAG--G-AA-ATACA-ATG-TT----AGAGTGTTGTATTTGATTGGAAGA-atc
gi|14 : ACAAGTACTGCGCA-T-T-G--CA--TT--TTTG-C-TTCT-TTAATTTGT--AATTTTAC-----TGAAT-TTA-CATA-GTCTAT---ATCCTT-TAAA-AGGGAAATGTTAAA-CT-TCCAGAAGCC-------TTTTCC-ATGTTaagaagtaaatt
gi|15 : T--CA-GTGAT--GTT---G-A----CTCC-A-ATAATTCCAGC--GAGT--AT------ATATT-A-AT-----AGG-AGT----ATGG--A-CTTGGGTT--TA-AA-------------AAAAT-ATCTATAT-AGTTTGTACAAT-AAACA-TCTTT
gi|2 : TTATATA-ATTAACCTTTA--------AGTGTTTGGAGGATCTTAA---TT-T-TT-CAAGATGTT--ATATA-GTTGTTCCTAAC--TATATA-C--TTTCAAATAAAGG-ATTCTCTCTAAT-AGATTTTTCTTATATCAA--AGC-TTTA---T--T--TATATTTCTA-AGTTACTTGTGTGTC---TA-T-C--TGCAATTAACTGTT--TCC--TT---ATA-GGTTAACG-------ATAGGATGATATTG-TTTTTTATCCTTC-TAATT--TCATTTC-AATAGT-GT-----TAG--ATAAG---GAATCAGGGACCCCTGAAATTGT-TTATCTTGCTG--TAGTTTAGG-A--ATTTTTTATATTTCTAA-T--TGATAA----GACAAGGGCTGCGTA-T-TGG--CA--TT--TT-G-T-TCGT-TTAATTTGT--GCTTTTAC-----TGAAT-TT--CATA-TTCCCTGTAATTTTT-TTAA-GGGATATTGTTTAA-CTGTCCAGA-GCC-------TTTTC--ATGTTTA-AATTCTGTT-AATGTTTCCAATAAGGTTCA-AGA-----TAT-GGGGTGTGATCAAGAT-TATTAT-A-CTAGATGTTCAATT---A-TCAACCACTTGTA--T--TAGGAAATATAAACTTAAGAATTCTG-ATTATGGAGTGA-----TAAA-AT---ATCCAGCAC-----TGGATTGTT-TA-ATGGTG--ATT-TTTTCCGGTCGTCAAGTA-TATT--CG-ATTTATCAGGAGATTCATTAAGA-AACGAAAATATGTCA-AT-A-GTTTC-ATTCTCGCA-A-AGT-TG-A-TAGGTCTCA-ACGGGCTTTTTGGGTTATTTTAAT-TTTTTGGTAAGTTCAAATTT-TCTCTAATTAT---AAGT-TTTCTACATCACTA--GTTGATAA-TA-CCT-GCATGATGA-GTT--TTC--TT-GAATAA-TGTCTCTAGTTTATTCAAGAAAT-AAGTTTACAATAATAATT--------------GGGGCCGGTCTTCATT--GGACA--TA-CTATTTTACTA-TGT--AA-TA-G-CGTTT---TTTTTCAATTA-GATTTCTGC-ATG-TTAAA--TTTCCTT-T-A--TTATCTA-CTATATATTTT---TTGAAACTCAAGATT-AATTAAGT--GA---A--T-A-CATTGA----CAA-G--CCGGTCAGTGAGTATCGGGATTGGATA-TGA--T--TGGAATATT-CCTTTGT-A-TG--C--C--T-----G-----GGAAAGTTAT-ATAT---TTTT--TCTTCATCACTTTA-G-TGTAAATGTGCT-G-G-TCTTGGCAGTCGTAA-ATA-ATATA-T-----A-AGAATT-T-TGT-AT--GAAGA-TACATGTACAT-TCA-A---ACA----CTTTCAGTT---T-T-----T-TTATAG-------TATGACAA-AA--GACT-CCT-G--A---------C-AA-TTTTT--G-CGG----TT--A-A-ATA--C--ATTT---AGAT--TT--ATCG-GAA---AAT--TTTGAATAGTGTTTT-TA-ACA---T-----A-----TTCAAGATA-TC-------GTA-AA-G----------A-CAGTTAATCG-A-AA----GAA-----AAGGTAAGGGAG--GGACAGTAA-GAA-AAAAAGAAAAGGAAGACGTATAGAACAAA-AGGGAGA----AAGT--CA-GTGA--TGTT---TCAGCGTT--C-ACAAAATTCCAGC--AGATGAATAATTGTATATT-ATATCAGGAAGG-TGTTGAAATCG-----TTGGGATAGTC-AATCTACATACTCATGAAA--ATCTATAT-AGTTTGTACAACAA-------CTCTTTTATCTGGTATAATGG-TGTGTTTA-T-AATTT-GTT--AGA-GT-AGC-GGGTTATTG-CATT
gi|3 : TAACA-CTTATCTATAATTACCTTTA--------AGT--TTGAGT-ATC--AA---TT-TCTTACAA-ATGTT--ATCTC-GTTGTTTGCCTC--TATA-ATC--TTTCAAC-----GGA--TTCTTCATT-AAAATTT-CTTAA--CAA--A-C-TTTA---T-TT--CATTTCTCGATAGTTACTT-TGTGTT---CC-TCT--TGCA-TT------TGATTCCTTT---ATA-GG---ACA-------ATAG----ATAATG-TTTTT----CCTCATATCTATTCA-----ATTAGTTGTGTC---AGGAATAAG--TAAGTCAGGA---CCCGAAATTGTATT---CTGC-AC-TTGTT-AATTATTATTTTATATTTTGCTAAATAT-----A----GACAAGG-CTGCGTA-T-ATG--CAAGTT--TT-G-T-TTCT-TTAATTCGTTTGATTT-AC-----TGAAG-TTAGCATA-TTCCCTT--ATCTTT-TAAA-AGGGAATTGTCAAA-CT-TCCAGAAGCC--------TTTCC-AT-TTTA-AATTCTGTTTAAT-TT--C-A--AGGT-CACAGAC----TACTGGGGTGTGATCA-GATGC--TATAAACTA----TTCA--T---GATCAACCACTTGTA--TAGAAAGAA----AAC-TAA--GATTCTG-A-TATTAAGAAA-----TA--------ATTCCGC-C-----TGGATTG---TACATGA------T-TCTTCC---CTCCAAGTACTATTT-CAT-TTTATCAGG-A--T--TTAAGACCGCGAAAA-G---CACAT-AAGTTTCCATTGCTCCATA-AGT-TGGA-TTAGT-TCATACG----TTTTTGGTTA--TTAAT-TTTTTG-T-AGTTCA---TT-TCTCTAAT--TTTCA----TC----CAAGACTAA-GTTG--AA-TATCCTGCCAGGATGATGTT--TTCATTTCGA-TAATTGTCTCTAG-TTTTTCAA---ATAAAGTT-ACAATAA-AATT-------------CGGG--CGATCTCC-TTTGGACCATTTACATATTT-ACTAATGTTAAA-TA-G-C---T---TTTTTCAATTA-T-CTTCTGCAATG-T-AAA--TTTCCTTATTA--CTATC-A-CTATAT-CTTTATTTTGAAA-TCAAAATT-ATTTA-TT--GATTCT--TTACAATT-G----CAACA--CC--TC-A-GAG-TTCG--ATT-G-TA-TGAGCT--TGGAATATT-CCTTTGT-A-TC--C--C--CA-CTG---------AAGT-AT-A-AC---TTTT--TCTTTATC--TTG--G-TAAAA---TG-T-GTG-TC-TTGCAG--A-AATACA-A-TTA-TT----A-AA-----T-TTTTAT---AAGA-TACATGTA--A-TCA-A---ACA----CCCTC--CG---T-T-----T-TTAT-G-------T----CACCAA--GAC--CCTAG--A---------CGAA-TCT----G-C-G----TT--A-A-AA------CTTT---TAATATTC--ATGA--AA---A-T--TTTGAA--GTG-TTT-TA-TCA---T-----A-----ATC-------AT-------GTA-A---------T-GAA-CA-TT-ATCA-TAAA----GAA-----A--GGAAGAT-G--GGACAG-AA-GAACAGAAAG-AAAGGA--AC------CATAGTCTAAAACACC-TAAGC--AA-GTGAT-GGTTAACT-A----C--C-A-ACAATCCAGGCCAAAGTC-AT------ATATTCA-AT-----GAG-A---------G--A-CCTGG--T--TT-AA-------------AAAAATATCTAT-T-A--TTGTACAAC--AACA-GCTTTTTTCT--TGATATTAATGT--TGTTTATTCAATTTC--T--AGA-GTAAGCA-GGCTG--G-T-TTTT-CAa
gi|4 : cttT-CCTTTGT-A-TC--C--C--CAGCTGG-----G--AAGT-AT-A-ATGTTTTTCGATCTTCA-A--TTG--G-TTAAAAT-TG-T-GTG-TCTT-GCAG--G-AA-TTA-A-ATA-TT----A---TATT-T-TATTAA--AAAGA-TA---G-A--T-TCA-GCAGACAGGTCTTCTCTTCGATCT-T-----TATTAT-G-------G----CACCGAA-GAC--CCT-G--GATGATAAATT-AA-TTTTAAAA-CGGGGGTTTCGA-ATAAA--TTCCGTTCTAAGATATT---ATGA-AAA---ATG--TT-AAA--GTGTTTT-TAATCT---TGGCATA-----ATCTA--TG-ATAAAAAAAGTATAA-ACTTTG-TTAAA-TA-TT--TCA-T-AACCATGAAGCACAA--GAAAGGA-G--GAACAG-AG-GGACAGAA-GAAAAGAA-GAC------A-TAGG-TGTAAC--C-TAAGT--CAAGTGAT--GCT-------------------GACTCTA-----AAT--A-G-----ATATT-C-ATG----AGG-AGT----ATGG--GTCTTGGGTT--TTTAA-------------AAAG--ATCTATA--AGTTTGTACAATAAACGA-TCTTTTT----CTGTTATAGAGGTTGTGTTTATT-AATTTCTTT--AGA-GT-AGCAGGGCTA-TG-TATT-----TG-------CAAAGCTAAAAAAAAAAAACTAAAT-TATCTgctataaa
gi|5 : --CCT-G--A---------C-AA-TTT----A-CAG----TT--A-A-ACAGAT--CTTT---AGATATTC--ATG--TAA----TT--TTGGAA--GT--TTT-TA-TTCCCAT-----A-----ATCAG--TA-AT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAAATA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--AGGAAAG-A--GGATAG-AG-GAACAGAAAG-AAAGGA-GAC-------ATAGT-TGAAACACCATAAGTCCCA-GTGA--TGTG---A-A----TTCC-A-ATACATCCAGC--AAGT--AT------ATATC---AT-----AGGCCGT----AT-G--G-CTTGGGTT--TTAAA-------------AAAA--ATCTATAT-AGTTTGTACAATAACACA-----TTTTTCTC-GATATAAGGTTTGCTTTTATT-AATTTCTTTTAAGAGGT-AGCAGGGCTG-TGTTATTTT-CATGGGTTTTTCAAAGC-AAAGAAAAT----TAGACATATCCTTAATAAACAAT--AAT-AATGA-T-AATCC--TCCATGAACATA-CATA---TTGTGC-GAACAGTAGG--TAGG-TAGTAAATTCAATAGCGAGATAAATGTAA-TTTC-AAGATCCAAGAAAA---CCACATGTTCTG-CATC---ATTCTAGACAC-ATAAAGTGTATTGTT-A-TTATAAcca
gi|6 : ATATT-CCTTTGT-A-TC--T--C--CA-CTGG-----G-AAAGT-AT-A-AT---TTTC--TCTTCGTC--TTT--G-GTAAAATGTG-C-GT----CTTGCAG--G-AA-TTA-A-ATG-TT----A---TGAT-C-TTTAAT--GAAGA-TAAGTc
gi|6 : ATC--TTT--AATGAAGATAAG-TCNCG-TCTT-GCAG--G-AA-ATA-A-ATG-TT----A---TGAT-C-TTTAAT--GAAGA-TAAGT--------CAGA---ACA----TC-TCCTCG---TGT-----T-TTATAG-------T----CACCAT--GAA--CTT-G--A---------C-AA-CTT----A-CGG----TT--TTA-AGA--T--CTTT---AGATATTC--ATGA-TA------T--CTTGAA--TTGCTTT--A-TCCA--T-----A-----ATCAG--TA-AT-------GTA-AA-ATGTTG-T-AA--CA-TTCATCA-C-AA----AAA-----A---TGAGGG-G--GGAAAG-AG-GAACAGAAAGAAAAGGA-GAC------Acncgtcttgcaggaaataaatgttatgatctttaatgaagataagtcagaacatctcctcgtgttttatagtcaccatgaacttgacaacttacggttttaagatctttagatattcatgatatcttgaattgctttatccataatcagtaatgtaaaatgttgtaacattcatcacaaaaaatgaggggggaaagaggaacagaaagaaaaggagacatgtgtaggcacctttgacagagatgctggactccagta
gi|7 : atattcctttgtatctccactgggaaagtataattttctcttcgtctttggtaaaatgtgcgtcttgcaggaattaaatgttatgTCCATC--TTCTGG-TAAAAACCTG-T-GT----CTTGCAG--G-AA-ATA-A--TA-TTTATAA-ATC--T-T-TATTAT--GAAGAATACATTCA--TGTCA-A----CA----TCCTATTCG---T-TCTATCT-TTAT-GAGAGGTGC----CACCCATGGACTCCCT-GGAA---------C-AA-TG-----A-AGG----CT--ATA-AAA--C--TTTC---AGATACTTGAAGGA-TAA---GGT--TTTGAA--G-GTTTTACAGTCC---T-----AGATAAATCAG--TA-AT-------GTA-AGTATCTTGTT-CAA-CT-ATCATCATT-AA----GAATAT--A--GAAAGGA-GGTGAAAAG-AGCGAACtgtgtaggcacctttgacagagatgctggactccagta
gi|8 : tTCTGCTATCCAT--CTG-CTTTTAA--A-A-TTTAGATA-AGT--CCTTTATTGTTCACATTGTTTGGAA-GTCT-AA---TA-TCTT-CAAGA-----AAGCTTTGTTTTCCACTTCATCAGA-A-C--TT-CAAT-----G-A--CTCTTCATTAAAAATTTTCTTCC--AAA--AGC-T------TATTCGCATTT-TCTA-AG-TA--T-TGTGTTATCCT-T-T--TGCATTT------T--TTC--TTTGAATATGC---ACATTCTCTTAAAGA--GAT-TTG-TATTTT---CCTC-TAATTATTCAT--CTATTAAT-ccactcagcagcaaaaaagaaaacg
gi|9 : atttgcttgtatttttttcaccttccTTG-TAAACTGGACAAG-----CATA-TATTGAGC---TT--TT-ACT-TTAT-TCAATTTTT----CTTTGA-----TTAAT-TCAACATA-TTCTTT---ATCAGTATAAGCAAAGAGTTATTAAA-TT-TCCAAAA-------------TCC-A-----G-AACC---TTTAATA---------------A-ACA-----TCT-GGAGAGTGATCA-GAT-C--GAT-AAATA--TTTTCA--T---ATTCAA-CACACATATTT--GAAG-A---T-AA-TAAA-GATTCTG--TTACTAGGAAAAAGCCTAATTGTTTAATTCA-CACCGTTGTGGATCATTATACATGA-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTAGGTTGTAAAAGTATTTGCTTGGTTTTTCACCTCTTCTACACTCTGACTCATTGATCTTATGTATTAC
Alignments
lowQualScore : 11 1 222222 111 22222222 11 111 33333333 1 11 11 33333333333 1111 11 22222 11 1 1 33333333333 333333333 11 111 222222 4444444 222 1 2222 1 22222 1 222222 111 222 222222 2222 11 33333333333333 11 111111 11 11111 1111 22222 11 222 1 33333333 1 66666666666666666666666666 1 1 1111 222 2222 44444444 111111 22222 1 11 111 444444444444444 3333333 111 1 33333333 222 1 333333 2222222 1 111 1 1 1 1 1 1111 222 1 44444444444444 22 22222 1 11 1 1 1 111 1 1 1 66666666666666 1 11 2 1 11 22222222222222 1 1 222 11 333333 111 11 1 3333333333333333333333333333 11 11 222 11 1 1 22222 11111111 2222222 1 1111 11 1111111111 4444444444444 3333333333 11111 1111 11111111111 33333333333333 11 11 222222222222 222222 1111 11111111111111 111 111 2222222222222 11 1 222222222222222 1111111 11111 1111 22222 22222222 111 1111 66666666666666666666666 4444444444 111 22222 2222222222222222 1111111 3333333333333 11 11 11111 111 111 33333 11 22 1 111 22 1 11 222 1 2 11 1 2 1 222 11 22 1 111
lowQualScore : 88 2 666666 111 6 99999999 0 3 8 11 444 8 3 8 999 66666666 0 1 1 11 0 8 8 11 0 00000000000 8 0 3333 11 8 0 55555 11 6 0 3 2 0 11111111111 9 333333333 33 777 000000 4444444 000 3 0 0000 0 3 33333 0 999999 333 555 999 3 333333 2222 7 88 88 7 66666666666666 33 8 999 222222 11 11111 1 8 4444 0 00000 8 66 8 1 222 8 6 8 8 0 11111111 8 55 0 2 3 88888888888888888888888888 0 0 7777 222 0000 00000000 55 2 888888 3 44444 0 22 666 9 888888888888888 2 0000000 2 000 5 77777777 1 333 3 000000 4444444 7 3 1 666 6 3 7 6 7 3 3 6 3 6 7 6 7 3 9999 555 3 7 11111111111111 00 11111 7 0 3 33 3 0 0 0 3 777 0 0 0 77777777777777 33 3 0 6 33 0 0 3 33 44444444444444 0 3 2 0 777 33 555555 111 0 9 33 2 1 0 3333333333333333333333333333 2 33 33 666 3 2 33 2 0 3 77777 8 6 6 22222222 6 1111111 3 6 6 3333 99 66 66 5 2 4 4444444444 8 66 5 5 5 55 5 0000000000000 5 0 6 66 5 4444444444 44444 4444 5 7 77777777777 6 66666666666666 2 55 33 5 333333333333 5 5 111111 2222 77777777777777 000 111 4444444444444 3 55 3 55 1 666666666666666 1 77 5 8888888 5 11111 555 5 5 7 888 2222 44444 8888 8888 5 5 0 0 7 6 33333333 000 1 8888 99 6 66666666666666666666666 1 1 99 0000000000 666 33333 1111111111111111 3333333 6666666666666 55 6 7 3 33 0 99 0 1 11 5 0 8 88888 8 8 0 88 8 0 000 888 7 55555 11 2 7 7 00 3 777 00 7 2 33 555 3 6 88 3 6 7 7 3 7 22 333 44 6 00 1 0 3 666 7
lowQualScore : .. . ...... ... . ........ . . . .. ... . . . ... ........ . . . .. . . . .. . ........... . . .... .. . . ..... .. . . . . . ........... . ......... .. ... ...... ....... ... . . .... . . ..... . ...... ... ... ... . ...... .... . .. .. . .............. .. . ... ...... .. ..... . . .... . ..... . .. . . ... . . . . . ........ . .. . . . .......................... . . .... ... .... ........ .. . ...... . ..... . .. ... . ............... . ....... . ... . ........ . ... . ...... ....... . . . ... . . . . . . . . . . . . . . .... ... . . .............. .. ..... . . . .. . . . . . ... . . . .............. .. . . . .. . . . .. .............. . . . . ... .. ...... ... . . .. . . . ............................ . .. .. ... . . .. . . . ..... . . . ........ . ....... . . . .... .. .. .. . . . .......... . .. . . . .. . ............. . . . .. . .......... ..... .... . . ........... . .............. . .. .. . ............ . . ...... .... .............. ... ... ............. . .. . .. . ............... . .. . ....... . ..... ... . . . ... .... ..... .... .... . . . . . . ........ ... . .... .. . ....................... . . .. .......... ... ..... ................ ....... ............. .. . . . .. . .. . . .. . . . ..... . . . .. . . ... ... . ..... .. . . . .. . ... .. . . .. ... . . .. . . . . . . .. ... .. . .. . . . ... .
lowQualScore : 33 0 555555 000 0 00000000 8 2 0 88 000 0 2 0 666 44444444 6 4 0 00 6 0 0 00 8 88888888888 0 8 0000 00 0 8 44444 00 5 0 2 5 0 22222222222 8 555555555 88 555 000000 2222222 222 2 0 8888 0 2 22222 0 777777 000 777 333 7 777777 7777 3 33 33 3 77777777777777 22 0 888 888888 00 22222 0 0 8888 8 00000 0 88 0 0 000 0 0 0 0 8 66666666 0 88 0 5 2 55555555555555555555555555 0 0 8888 555 0000 22222222 88 0 888888 2 00000 0 00 555 2 555555555555555 5 5555555 0 222 0 33333333 0 333 3 777777 3333333 3 3 0 777 7 3 3 7 3 3 3 7 3 7 3 7 3 3 0000 777 3 3 33333333333333 77 00000 3 0 2 88 2 0 0 0 2 555 0 0 0 88888888888888 22 2 5 5 88 0 0 2 88 88888888888888 0 2 5 5 000 88 555555 000 8 8 22 5 2 0 2222222222222222222222222222 5 88 88 888 2 5 88 5 0 3 77777 0 7 7 88888888 7 7777777 3 7 7 3333 22 99 99 0 2 5 2222222222 1 99 0 0 0 44 0 8888888888888 0 5 6 99 0 9999999999 33333 2222 2 5 00000000000 7 77777777777777 2 88 66 7 999999999999 7 7 000000 1111 33333333333333 000 999 4444444444444 6 77 6 99 4 333333333333333 7 99 7 6666666 7 11111 999 7 7 9 333 1111 33333 3333 1111 7 7 1 7 3 7 11111111 000 4 6666 22 7 33333333333333333333333 8 0 22 7777777777 555 33333 3333333333333333 8888888 7777777777777 88 7 3 2 88 8 66 8 4 66 0 8 0 44444 0 0 8 88 0 8 222 333 3 00000 22 5 3 3 77 3 777 77 3 0 33 000 3 7 33 3 7 3 3 3 3 00 333 77 7 77 0 7 3 333 3
consensus : TTCTTCTATCCAT--CTGGCTCTTGATAA-A-CTTATATA-AATTACCTTTA--------AGTGTTTGGAG-ATCT-AA---TT-TCTT-CAAGATGTTTAATCTT-GTTTTTCGCNTC--TATA-A-C--TTTCAAN-----G-A--CTCTTCATT-AAAATTTTCTTAC--CAA--AGC-TTTA---TATT--CATTTCTCTA-AGTTACTT-TGTGTT---CC-T-T--TGCAATT------T--TTC--TT---ATA-GG---ACA------TATAGG--GATATTG-TTTTTT---CCTC-TAATTATTCAT--C-ATTAGT-GTGTC--TAGGAATAAG--TAAATCAGGGACCCCCGAAATTGTATTATCCTGCTGC-TTGTTTAANTA--ATTTTATATATTTCTAA-TATTG-TAA----GACAAGGGCTGCGTA-T-TTG--CA--TT--TT-G-T-TTNT-TTAATTTGT--GATTTTAC-----TGAAT-TTA-CATA-TTCTNT---ATCTTT-TAAA-AGGGAATTGTTAAA-CT-TCCAGAAGCC-------TTTTCC-ATGTTTA-AATTCTGTTTAATNTT--CGA--AGGT-CA-ANA-----TAC-GGGGTGTGATCA-GAT-C--TAT-AACTA--TTTTCA--T---G-TCAACCACTCGTA--T--GAAGAA---TAAA-TAAAGGATTCTG-ATTATTGAGAGA-----TAAATNT---ATCCAGCAC-----TGGATCGTT-TACATGA-G--ATT-TNTTCC---CTCCAAGTA-TATTT-CGTGTTTATCAGG-GATT--TTAAGA-ANCGAAAA-ATGTCACAT-AAGTTTCCATTCTCCCATA-AGT-TGGA-TTAGTCTCATACGGGCTTTTTTGGTTATTTTAAT-TTTTTG-TAAGTTCA--TTT-TCTCTAATTATTTCAAGT-TC---ACATGACTAA-GTTGA-AA-TATCCT-CCATGATGATGTT--TTCATTT-GA-TAA-TGTCTCTAGTTTTTTCAA---AT-AAGTT-ACAATAA-AATT-------------CGGGGTCGATCTTCATTCGGGCCA--TA-ATATTT-ACTAATGT--AA-TA-G-C-TTT---TTTTTCAATTA-GATTTCTGCGATG-T-AAA--TTTCCTT-TTA--CTATC-A-CTATATACTTTA-TTTGAAACTCAAAATT-ATTTA-TT--GA---A--TTA-AATTGG----CAACA--CC--TC-GCGAGTTTCG--ATTGG-TA-TGA--T--TGGAATATT-CCTTTGT-A-TC--C--C--CA-CTGG-----GGAAAGT-AT-A-AT---TTTC--TCTTCATC--TTT--G-TGAAAATGTG-T-GTG-TCTTTGCAG--G-AA-ATA-A-ATA-TT----A-AGCGTT-T-TTTTAT--GAAGA-TACGTGTA--T-TCA-A---ACA----TCCTCNTCG---T-T-----T-TTAT-G-------T----CACCGA--GAC--CCT-G--A---------C-AA-TTT----A-CGG----TT--A-A-ANA--T--CTTT---AGATATTC--ATGA-TAA---ATT--TTTGAA--GTGTTTT-TA-TCC---T-----A-----ATCAG--TA-AT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAA-CA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--GNAAGGG-G--GGACAG-AG-GAACAGAAAGAAAAGGA-GAC------AATAGT-TGGAACACC-TAAGT--CA-GTGAT-TGTT---T-A----T--C-A-ATAATTCCAGC--AAGT--ATA-----ATATT-A-AT-----AGG-NGT----ATGG--G-CTTGGGTT--TT-AA-------------AAAA--ATCTATAT-AGTTTGTACAATAAAACA-TCTTTTTTTTTCTGATATAAGGGTTGTGTTTATT-AATTTCTTT--AGA-GT-AGCAGGGCTG-TG-TATTTT-CATGGG-TTTTCAAAGCTAAAGAAAA-----TAGAT-TATCTTTAATAAACAATA-AAT-AATGA-T-AATCCT-TCCATGAACATAGCATA--CTTGTGC-GAAC-GTAGG--TAGG-TAG-AAATTCAATAGCGAGATAAATGGAA-TTTCTAAGNNTCAAGAAAA---CAACATGTTCTGCCATCT-ANTTCTAGACGC-ATAAAGTGTATTATT-ACTTATAA
Reference ( family-2925 ) : TTCTTCTATCCAT--CTGGCTCTTGATAA-A-CTTATATA-AATTACCTTTA--------AGTGTTTGGAG-ATCT-AA---TT-TCTT-CAAGATGTTTAATCTT-GTTTTTCGCNTC--TATA-A-C--TTTCAAN-----G-A--CTCTTCATT-AAAATTTTCTTAC--CAA--AGC-TTTA---TATT--CATTTCTCTA-AGTTACTT-TGTGTT---CC-T-T--TGCAATT------T--TTC--TT---ATA-GG---ACA------TATAGG--GATATTG-TTTTTT---CCTC-TAATTATTCAT--C-ATTAGT-GTGTC--TAGGAATAAG--TAAATCAGGGACCCCCGAAATTGTATTATCCTGCTGC-TTGTTTAANTA--ATTTTATATATTTCTAA-TATTG-TAA----GACAAGGGCTGCGTA-T-TTG--CA--TT--TT-G-T-TTNT-TTAATTTGT--GATTTTAC-----TGAAT-TTA-CATA-TTCTNT---ATCTTT-TAAA-AGGGAATTGTTAAA-CT-TCCAGAAGCC-------TTTTCC-ATGTTTA-AATTCTGTTTAATNTT--CGA--AGGT-CA-ANA-----TAC-GGGGTGTGATCA-GAT-C--TAT-AACTA--TTTTCA--T---G-TCAACCACTCGTA--T--GAAGAA---TAAA-TAAAGGATTCTG-ATTATTGAGAGA-----TAAATNT---ATCCAGCAC-----TGGATCGTT-TACATGA-G--ATT-TNTTCC---CTCCAAGTA-TATTT-CGTGTTTATCAGG-GATT--TTAAGA-ANCGAAAA-ATGTCACAT-AAGTTTCCATTCTCCCATA-AGT-TGGA-TTAGTCTCATACGGGCTTTTTTGGTTATTTTAAT-TTTTTG-TAAGTTCA--TTT-TCTCTAATTATTTCAAGT-TC---ACATGACTAA-GTTGA-AA-TATCCT-CCATGATGATGTT--TTCATTT-GA-TAA-TGTCTCTAGTTTTTTCAA---AT-AAGTT-ACAATAA-AATT-------------CGGGGTCGATCTTCATTCGGGCCA--TA-ATATTT-ACTAATGT--AA-TA-G-C-TTT---TTTTTCAATTA-GATTTCTGCGATG-T-AAA--TTTCCTT-TTA--CTATC-A-CTATATACTTTA-TTTGAAACTCAAAATT-ATTTA-TT--GA---A--TTA-AATTGG----CAACA--CC--TC-GCGAGTTTCG--ATTGG-TA-TGA--T--TGGAATATT-CCTTTGT-A-TC--C--C--CA-CTGG-----GGAAAGT-AT-A-AT---TTTC--TCTTCATC--TTT--G-TGAAAATGTG-T-GTG-TCTTTGCAG--G-AA-ATA-A-ATA-TT----A-AGCGTT-T-TTTTAT--GAAGA-TACGTGTA--T-TCA-A---ACA----TCCTCNTCG---T-T-----T-TTAT-G-------T----CACCGA--GAC--CCT-G--A---------C-AA-TTT----A-CGG----TT--A-A-ANA--T--CTTT---AGATATTC--ATGA-TAA---ATT--TTTGAA--GTGTTTT-TA-TCC---T-----A-----ATCAG--TA-AT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAA-CA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--GNAAGGG-G--GGACAG-AG-GAACAGAAAGAAAAGGA-GAC------AATAGT-TGGAACACC-TAAGT--CA-GTGAT-TGTT---T-A----T--C-A-ATAATTCCAGC--AAGT--ATA-----ATATT-A-AT-----AGG-NGT----ATGG--G-CTTGGGTT--TT-AA-------------AAAA--ATCTATAT-AGTTTGTACAATAAAACA-TCTTTTTTTTTCTGATATAAGGGTTGTGTTTATT-AATTTCTTT--AGA-GT-AGCAGGGCTG-TG-TATTTT-CATGGG-TTTTCAAAGCTAAAGAAAA-----TAGAT-TATCTTTAATAAACAATA-AAT-AATGA-T-AATCCT-TCCATGAACATAGCATA--CTTGTGC-GAAC-GTAGG--TAGG-TAG-AAATTCAATAGCGAGATAAATGGAA-TTTCTAAGNNTCAAGAAAA---CAACATGTTCTGCCATCT-ANTTCTAGACGC-ATAAAGTGTATTATT-ACTTATAA
gi|1 : TTCTTCTATCAATGGCTGACTCTTGATAA-AACTTATATA-GATTACCTTTC--------AGTGTT--GAG-ATCT-AAAAATTATCTT-CAAAATGTTTAATTTTAGTCTTTTACATC--TATA-A-CAATTTCAAG-----G----TTCTTCATT-AAAATTTTCGTAT--CAATTAGCGTTTAAATTATT--CATTTCTCTA-AGTTACTT-TGTGTT---CCAT-TCATGCAATT------T--TTC--TT---ATA-TG---ATA------TATAAG--GATATTGGTTTTTT---CTTC-TAATTATTCAT--C-ATTAGT-GTGTCCCTAGGA-TAAACTTATATCAGGGACTTCGGAAATTCTA--ATTCTCCTGCATTGTTTAAATA--AATTTATA-ATTTCTAA-TATTG-TA-----GACAAGGGCTGTATACT-TTG--CA--TTATTT-G-TGTTATATTAATTTGT--GATTTTACAATACTGGATACTA-CATAATTCTAT---GTCTTT-TAAATAGGGAATTGTTAAATCT-TCCAGAAGCCCCCCTTTTTCTCCGATGTTTACAATTCTGTTTAATTTT--GGC--AGGT-CA-ATAATACCTAC-GGGGTGTGGTCA-GAT-C--TAT-C-CTA--TTTTCA--TCAGG-TCA-CCACTTGTA--T--GAAGAA---TAAA-TAAAGGATGTTGGATCAT-GAGAGG-----TAAATCA---ATCCAGT-C-----TGGATTGTT-TA-ATGA-GGGATTATATTTC---CTCCAAGGA-TATTTTCATGTTTATCCAG-GATT--T-AAGA-ATCGAAAA-ATGTCACATTAAGTTTTCATTCTCCCATACAGTCTGGAATTAGTCTCATACGGGCTTTTGTGGTTATTTTGGCATTTTTG-TA-GTTCA--TTTGTATTTAATTATTTTAAATGTC---ACATGACTAAAGTTGA-AGCTCTCCT-CCATGATGATGTTCTTTCATTT-GA-TAA-TGTCTCTAGTTTTTTTCA---AT-AAGTT-ACAATAA-AATTGGACCATCAAAATTGGGGTCGATCTTCATTTGG-CCA--TA-ATATTT-ATTCATGG--AAATA-GGC-TTTCTTTTTTTCAATTA-GATTT-TGCAATGAC-AAAGTTTTCCTTCTTAGTCTATC-AACTGTATTCTTTA-TTTGAAACTCAAAATTCATTTT-TTTGGA---AACTTA-AATTGGGGCACAACAAACC--TCCGGGAGTTTCG--ATTGG-TAATGA--TATTTGAATATTACCCTTGTCACTC--C--T--CA-CTGG-----GGAAAGTCATGA-AT---TTTC--TCTTCATC--TTT--G-TAAAAATGTG-T-ATGATATTCGCTG--G-AA-ATA-A-ATAATT----A-AGCATTGT-TTTTAT--GAAGA-TACA---A--T-TCA-G---ACA----TCATCATCG---T-T-----T-TTA--G-------T----CACCGA--GCA--CCT-G--A---------C-AAATTT----AACGG----TT--G-A-ACA--T--CATT---AGATATCT--ATGACTAACTCATTGATTCGAAACGTGTCTT-TA-TCC---T-----A-----ATCAG--TACAT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAA-CA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--GCAAAGG-A--GGACAG-AG-G---AGAAAGAAAAGGA-GAC------AATAGT-GGGAAC-CC-TAAGT--CA-GTAATCTGTT---TGA----T--CAA-ATAATTAAAGC--AAGT--ATA-----ATATT-A-AT-----AGG-TGT----ATGGCCG-CTTGGG----TT-AA-------------AAAA--AT-TATATAAGTTTGTACAATAAAACACTCTTTTTTTTTCTGATATACGGGTTGT-CTTATT-AATTTC-AT--AGA-GT-AGCAGGGCTG-TG-TATTTTCCATGGG-TTTTCAAAGCTCAAAGAAA-----CAGAT-TATCTTTAAT-AACAATAGAATCAATGA-TAAATCCT-TCCATG-ATATGGCATACCCTTGTGC-GAACTGTAGGATCAGGATAGAAAATTCAATAGCGCGATAAATGG-A-TTTCTAAGCGTCAAGAAAA---CAAT-TGTTCTGCCATCT-ATTTCTAGACGCTATAAAGTGTATTATTCATTTA
gi|10 : -CCATGATGATGTT--TTCATTT-GA-TAA-TATTTCTAGTTATTTCAA---AT-ATATT-ACAATAG-AATT-------------GGGGGTCGATCTTCATTCGGGCCA--TAGATATTT-ATTAATGT--AACTAGG-T-TTT---TTTTTCAATTATGATTTCTGCGATA---AAA--TTTCTTT-ATAT-CTATC-A-CTCTATACTTTA-TTTGAAACTCAATGTT-ATTT--TT--GA---A--TAA-AATT-G----CAACA--CC--TC-GCGAGTTT-G--ATTGG-a
gi|11 : TTCCTCTATCCAT--CTGGCTCATGAT-----CTTATATA-A-TTACCTTTA--------AATGTTTA-AG-ATCC-AA---TT-TTTT-CAAG--GTTT-----T-ATTTTTC--CTC--GAGA-A-C--TTTCAAG-----G-A--CTCTTCATT-TAAATTTTCTTCC--AAA--AGC-TTTA---T-TT--CATTTa
gi|12 : tctagattctaggttacagaagtatttgcttggtttttcaccAAGAAAC-----TGGGA-TAT-TATAATAAACA-TA-AAT-AATGATT-AATCCTGTCCAGGAA-ACAG--TA--CTTGTGCAGAAC-GTAGG--TAGG-TAG-AAATTCAATAGCGAGATAA--GGAAGTTTCTGAAGATCAAGAAGAACGCAACA-GTTCTGCCATCTCAGATCTAGATAC-ATGAATTATATTATT-ACTT-TAAtnagagt
gi|13 : CTTTGT-A-TCGACAGCGACA-CTGGATGAGGGAGAGT-AT-A-A----TTTC--T-TTCATC--TTTG-G-TGAAAATGTG---ATG-TC-TTGCAG--G-AA-ATACA-ATG-TT----AGAGTGTTGTATTTGATTGGAAGA-atc
gi|14 : ACAAGTACTGCGCA-T-T-G--CA--TT--TTTG-C-TTCT-TTAATTTGT--AATTTTAC-----TGAAT-TTA-CATA-GTCTAT---ATCCTT-TAAA-AGGGAAATGTTAAA-CT-TCCAGAAGCC-------TTTTCC-ATGTTaagaagtaaatt
gi|15 : T--CA-GTGAT--GTT---G-A----CTCC-A-ATAATTCCAGC--GAGT--AT------ATATT-A-AT-----AGG-AGT----ATGG--A-CTTGGGTT--TA-AA-------------AAAAT-ATCTATAT-AGTTTGTACAAT-AAACA-TCTTT
gi|2 : TTATATA-ATTAACCTTTA--------AGTGTTTGGAGGATCTTAA---TT-T-TT-CAAGATGTT--ATATA-GTTGTTCCTAAC--TATATA-C--TTTCAAATAAAGG-ATTCTCTCTAAT-AGATTTTTCTTATATCAA--AGC-TTTA---T--T--TATATTTCTA-AGTTACTTGTGTGTC---TA-T-C--TGCAATTAACTGTT--TCC--TT---ATA-GGTTAACG-------ATAGGATGATATTG-TTTTTTATCCTTC-TAATT--TCATTTC-AATAGT-GT-----TAG--ATAAG---GAATCAGGGACCCCTGAAATTGT-TTATCTTGCTG--TAGTTTAGG-A--ATTTTTTATATTTCTAA-T--TGATAA----GACAAGGGCTGCGTA-T-TGG--CA--TT--TT-G-T-TCGT-TTAATTTGT--GCTTTTAC-----TGAAT-TT--CATA-TTCCCTGTAATTTTT-TTAA-GGGATATTGTTTAA-CTGTCCAGA-GCC-------TTTTC--ATGTTTA-AATTCTGTT-AATGTTTCCAATAAGGTTCA-AGA-----TAT-GGGGTGTGATCAAGAT-TATTAT-A-CTAGATGTTCAATT---A-TCAACCACTTGTA--T--TAGGAAATATAAACTTAAGAATTCTG-ATTATGGAGTGA-----TAAA-AT---ATCCAGCAC-----TGGATTGTT-TA-ATGGTG--ATT-TTTTCCGGTCGTCAAGTA-TATT--CG-ATTTATCAGGAGATTCATTAAGA-AACGAAAATATGTCA-AT-A-GTTTC-ATTCTCGCA-A-AGT-TG-A-TAGGTCTCA-ACGGGCTTTTTGGGTTATTTTAAT-TTTTTGGTAAGTTCAAATTT-TCTCTAATTAT---AAGT-TTTCTACATCACTA--GTTGATAA-TA-CCT-GCATGATGA-GTT--TTC--TT-GAATAA-TGTCTCTAGTTTATTCAAGAAAT-AAGTTTACAATAATAATT--------------GGGGCCGGTCTTCATT--GGACA--TA-CTATTTTACTA-TGT--AA-TA-G-CGTTT---TTTTTCAATTA-GATTTCTGC-ATG-TTAAA--TTTCCTT-T-A--TTATCTA-CTATATATTTT---TTGAAACTCAAGATT-AATTAAGT--GA---A--T-A-CATTGA----CAA-G--CCGGTCAGTGAGTATCGGGATTGGATA-TGA--T--TGGAATATT-CCTTTGT-A-TG--C--C--T-----G-----GGAAAGTTAT-ATAT---TTTT--TCTTCATCACTTTA-G-TGTAAATGTGCT-G-G-TCTTGGCAGTCGTAA-ATA-ATATA-T-----A-AGAATT-T-TGT-AT--GAAGA-TACATGTACAT-TCA-A---ACA----CTTTCAGTT---T-T-----T-TTATAG-------TATGACAA-AA--GACT-CCT-G--A---------C-AA-TTTTT--G-CGG----TT--A-A-ATA--C--ATTT---AGAT--TT--ATCG-GAA---AAT--TTTGAATAGTGTTTT-TA-ACA---T-----A-----TTCAAGATA-TC-------GTA-AA-G----------A-CAGTTAATCG-A-AA----GAA-----AAGGTAAGGGAG--GGACAGTAA-GAA-AAAAAGAAAAGGAAGACGTATAGAACAAA-AGGGAGA----AAGT--CA-GTGA--TGTT---TCAGCGTT--C-ACAAAATTCCAGC--AGATGAATAATTGTATATT-ATATCAGGAAGG-TGTTGAAATCG-----TTGGGATAGTC-AATCTACATACTCATGAAA--ATCTATAT-AGTTTGTACAACAA-------CTCTTTTATCTGGTATAATGG-TGTGTTTA-T-AATTT-GTT--AGA-GT-AGC-GGGTTATTG-CATT
gi|3 : TAACA-CTTATCTATAATTACCTTTA--------AGT--TTGAGT-ATC--AA---TT-TCTTACAA-ATGTT--ATCTC-GTTGTTTGCCTC--TATA-ATC--TTTCAAC-----GGA--TTCTTCATT-AAAATTT-CTTAA--CAA--A-C-TTTA---T-TT--CATTTCTCGATAGTTACTT-TGTGTT---CC-TCT--TGCA-TT------TGATTCCTTT---ATA-GG---ACA-------ATAG----ATAATG-TTTTT----CCTCATATCTATTCA-----ATTAGTTGTGTC---AGGAATAAG--TAAGTCAGGA---CCCGAAATTGTATT---CTGC-AC-TTGTT-AATTATTATTTTATATTTTGCTAAATAT-----A----GACAAGG-CTGCGTA-T-ATG--CAAGTT--TT-G-T-TTCT-TTAATTCGTTTGATTT-AC-----TGAAG-TTAGCATA-TTCCCTT--ATCTTT-TAAA-AGGGAATTGTCAAA-CT-TCCAGAAGCC--------TTTCC-AT-TTTA-AATTCTGTTTAAT-TT--C-A--AGGT-CACAGAC----TACTGGGGTGTGATCA-GATGC--TATAAACTA----TTCA--T---GATCAACCACTTGTA--TAGAAAGAA----AAC-TAA--GATTCTG-A-TATTAAGAAA-----TA--------ATTCCGC-C-----TGGATTG---TACATGA------T-TCTTCC---CTCCAAGTACTATTT-CAT-TTTATCAGG-A--T--TTAAGACCGCGAAAA-G---CACAT-AAGTTTCCATTGCTCCATA-AGT-TGGA-TTAGT-TCATACG----TTTTTGGTTA--TTAAT-TTTTTG-T-AGTTCA---TT-TCTCTAAT--TTTCA----TC----CAAGACTAA-GTTG--AA-TATCCTGCCAGGATGATGTT--TTCATTTCGA-TAATTGTCTCTAG-TTTTTCAA---ATAAAGTT-ACAATAA-AATT-------------CGGG--CGATCTCC-TTTGGACCATTTACATATTT-ACTAATGTTAAA-TA-G-C---T---TTTTTCAATTA-T-CTTCTGCAATG-T-AAA--TTTCCTTATTA--CTATC-A-CTATAT-CTTTATTTTGAAA-TCAAAATT-ATTTA-TT--GATTCT--TTACAATT-G----CAACA--CC--TC-A-GAG-TTCG--ATT-G-TA-TGAGCT--TGGAATATT-CCTTTGT-A-TC--C--C--CA-CTG---------AAGT-AT-A-AC---TTTT--TCTTTATC--TTG--G-TAAAA---TG-T-GTG-TC-TTGCAG--A-AATACA-A-TTA-TT----A-AA-----T-TTTTAT---AAGA-TACATGTA--A-TCA-A---ACA----CCCTC--CG---T-T-----T-TTAT-G-------T----CACCAA--GAC--CCTAG--A---------CGAA-TCT----G-C-G----TT--A-A-AA------CTTT---TAATATTC--ATGA--AA---A-T--TTTGAA--GTG-TTT-TA-TCA---T-----A-----ATC-------AT-------GTA-A---------T-GAA-CA-TT-ATCA-TAAA----GAA-----A--GGAAGAT-G--GGACAG-AA-GAACAGAAAG-AAAGGA--AC------CATAGTCTAAAACACC-TAAGC--AA-GTGAT-GGTTAACT-A----C--C-A-ACAATCCAGGCCAAAGTC-AT------ATATTCA-AT-----GAG-A---------G--A-CCTGG--T--TT-AA-------------AAAAATATCTAT-T-A--TTGTACAAC--AACA-GCTTTTTTCT--TGATATTAATGT--TGTTTATTCAATTTC--T--AGA-GTAAGCA-GGCTG--G-T-TTTT-CAa
gi|4 : cttT-CCTTTGT-A-TC--C--C--CAGCTGG-----G--AAGT-AT-A-ATGTTTTTCGATCTTCA-A--TTG--G-TTAAAAT-TG-T-GTG-TCTT-GCAG--G-AA-TTA-A-ATA-TT----A---TATT-T-TATTAA--AAAGA-TA---G-A--T-TCA-GCAGACAGGTCTTCTCTTCGATCT-T-----TATTAT-G-------G----CACCGAA-GAC--CCT-G--GATGATAAATT-AA-TTTTAAAA-CGGGGGTTTCGA-ATAAA--TTCCGTTCTAAGATATT---ATGA-AAA---ATG--TT-AAA--GTGTTTT-TAATCT---TGGCATA-----ATCTA--TG-ATAAAAAAAGTATAA-ACTTTG-TTAAA-TA-TT--TCA-T-AACCATGAAGCACAA--GAAAGGA-G--GAACAG-AG-GGACAGAA-GAAAAGAA-GAC------A-TAGG-TGTAAC--C-TAAGT--CAAGTGAT--GCT-------------------GACTCTA-----AAT--A-G-----ATATT-C-ATG----AGG-AGT----ATGG--GTCTTGGGTT--TTTAA-------------AAAG--ATCTATA--AGTTTGTACAATAAACGA-TCTTTTT----CTGTTATAGAGGTTGTGTTTATT-AATTTCTTT--AGA-GT-AGCAGGGCTA-TG-TATT-----TG-------CAAAGCTAAAAAAAAAAAACTAAAT-TATCTgctataaa
gi|5 : --CCT-G--A---------C-AA-TTT----A-CAG----TT--A-A-ACAGAT--CTTT---AGATATTC--ATG--TAA----TT--TTGGAA--GT--TTT-TA-TTCCCAT-----A-----ATCAG--TA-AT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAAATA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--AGGAAAG-A--GGATAG-AG-GAACAGAAAG-AAAGGA-GAC-------ATAGT-TGAAACACCATAAGTCCCA-GTGA--TGTG---A-A----TTCC-A-ATACATCCAGC--AAGT--AT------ATATC---AT-----AGGCCGT----AT-G--G-CTTGGGTT--TTAAA-------------AAAA--ATCTATAT-AGTTTGTACAATAACACA-----TTTTTCTC-GATATAAGGTTTGCTTTTATT-AATTTCTTTTAAGAGGT-AGCAGGGCTG-TGTTATTTT-CATGGGTTTTTCAAAGC-AAAGAAAAT----TAGACATATCCTTAATAAACAAT--AAT-AATGA-T-AATCC--TCCATGAACATA-CATA---TTGTGC-GAACAGTAGG--TAGG-TAGTAAATTCAATAGCGAGATAAATGTAA-TTTC-AAGATCCAAGAAAA---CCACATGTTCTG-CATC---ATTCTAGACAC-ATAAAGTGTATTGTT-A-TTATAAcca
gi|6 : ATATT-CCTTTGT-A-TC--T--C--CA-CTGG-----G-AAAGT-AT-A-AT---TTTC--TCTTCGTC--TTT--G-GTAAAATGTG-C-GT----CTTGCAG--G-AA-TTA-A-ATG-TT----A---TGAT-C-TTTAAT--GAAGA-TAAGTc
gi|6 : ATC--TTT--AATGAAGATAAG-TCNCG-TCTT-GCAG--G-AA-ATA-A-ATG-TT----A---TGAT-C-TTTAAT--GAAGA-TAAGT--------CAGA---ACA----TC-TCCTCG---TGT-----T-TTATAG-------T----CACCAT--GAA--CTT-G--A---------C-AA-CTT----A-CGG----TT--TTA-AGA--T--CTTT---AGATATTC--ATGA-TA------T--CTTGAA--TTGCTTT--A-TCCA--T-----A-----ATCAG--TA-AT-------GTA-AA-ATGTTG-T-AA--CA-TTCATCA-C-AA----AAA-----A---TGAGGG-G--GGAAAG-AG-GAACAGAAAGAAAAGGA-GAC------Acncgtcttgcaggaaataaatgttatgatctttaatgaagataagtcagaacatctcctcgtgttttatagtcaccatgaacttgacaacttacggttttaagatctttagatattcatgatatcttgaattgctttatccataatcagtaatgtaaaatgttgtaacattcatcacaaaaaatgaggggggaaagaggaacagaaagaaaaggagacatgtgtaggcacctttgacagagatgctggactccagta
gi|7 : atattcctttgtatctccactgggaaagtataattttctcttcgtctttggtaaaatgtgcgtcttgcaggaattaaatgttatgTCCATC--TTCTGG-TAAAAACCTG-T-GT----CTTGCAG--G-AA-ATA-A--TA-TTTATAA-ATC--T-T-TATTAT--GAAGAATACATTCA--TGTCA-A----CA----TCCTATTCG---T-TCTATCT-TTAT-GAGAGGTGC----CACCCATGGACTCCCT-GGAA---------C-AA-TG-----A-AGG----CT--ATA-AAA--C--TTTC---AGATACTTGAAGGA-TAA---GGT--TTTGAA--G-GTTTTACAGTCC---T-----AGATAAATCAG--TA-AT-------GTA-AGTATCTTGTT-CAA-CT-ATCATCATT-AA----GAATAT--A--GAAAGGA-GGTGAAAAG-AGCGAACtgtgtaggcacctttgacagagatgctggactccagta
gi|8 : tTCTGCTATCCAT--CTG-CTTTTAA--A-A-TTTAGATA-AGT--CCTTTATTGTTCACATTGTTTGGAA-GTCT-AA---TA-TCTT-CAAGA-----AAGCTTTGTTTTCCACTTCATCAGA-A-C--TT-CAAT-----G-A--CTCTTCATTAAAAATTTTCTTCC--AAA--AGC-T------TATTCGCATTT-TCTA-AG-TA--T-TGTGTTATCCT-T-T--TGCATTT------T--TTC--TTTGAATATGC---ACATTCTCTTAAAGA--GAT-TTG-TATTTT---CCTC-TAATTATTCAT--CTATTAAT-ccactcagcagcaaaaaagaaaacg
gi|9 : atttgcttgtatttttttcaccttccTTG-TAAACTGGACAAG-----CATA-TATTGAGC---TT--TT-ACT-TTAT-TCAATTTTT----CTTTGA-----TTAAT-TCAACATA-TTCTTT---ATCAGTATAAGCAAAGAGTTATTAAA-TT-TCCAAAA-------------TCC-A-----G-AACC---TTTAATA---------------A-ACA-----TCT-GGAGAGTGATCA-GAT-C--GAT-AAATA--TTTTCA--T---ATTCAA-CACACATATTT--GAAG-A---T-AA-TAAA-GATTCTG--TTACTAGGAAAAAGCCTAATTGTTTAATTCA-CACCGTTGTGGATCATTATACATGA-
blockSeqs : . G TAACA TAA T TTGTTCAC G G TT . . T A GAT AAGCTTT C C AT T T . ATAAAGGATT A ATAT . . TA CG T T T C G ATCCTTT A AACTGTT CT TGA GGTTA TTCTCTT GAT A . TATC A A TTTC T GTC GAA T ACC T TTATC TG T TT TT T TTGATAA TA . ATT CAAG . TGC C . TTGA . . AG . A GTA A C . G T . TG . C T GTTTCCAATAAGGTTCAAGA T A TAT AAA GATG ATTA AC T TAGA A ATATA C AG AT G AAGCCTAATTGTTTA G ACCGTTG T TTA C TGATT T GGT C TCAT AGATTCA T C A TAT C . A C T . . G . C T G T . GTAA AAT . T AAGTTTTCTA A ATAA T G T . A C A T T GAA A T T G GT A C G TT G T A TA CTAGGTTTT T A C G TT . ATAT TA A AT C T . ATTGATTCTTTACAATTG C . GG AGT T C GG G A . GCT . . . GACAGCGA G ATGAGGG T . T TGTT GA AC TG A G G TCNCGTCT T TC T T C TA . AGAGTGTTG A G TG A CATGTACAT GCAG GGTC T A TTCTATC A GAGAGGTGC A TG TC A GATGATAAAT G . TAAAA GGGT CGAATAAATTC CTA TGA GGAAAAT T TA T AC A TGGCATA A GA . AAAAAAA T GTATC TT A G A TA CCAT GCACA AGGT GGT T C A A GTATAGAA TCT G ACCA CC A TGTTTCAGCGTTCAC T C CA GAATAATTGT AT CAGGA TGTTGAAATCG ATAGTC TCTACATACTCAT AT . A A T AT T TT G C TTTTA G A TT T TT GGT T AAAAC CA C A A A . TT TG A C G C A A . . T A A G T GA ACG AT C TC G . AC A
blockSeqs : . . AA AT A . A . C . . C . AT ATATA G A . . . . CGGA . CC . . T . C . T C . CCTCT T TGA . . TGC . A A . T . A TCT . T A . . C ATT AC . G . T ATATA GG . TG AGC . ACT G . AA . . AA . C T . . . . T . TG . C T TTCAAGGTCACAGAC . . GC AA TT TGA AC T TTTG A A . A A T TAAAAT G AC T TT C T C . . CGA AT T . G G . . . . . . . . . . . . . . TA . . . TTCATC . AA . . T . A . . . T . . . . C GC A T G . C . A . TAGCGTTT . A C A T . ATTA A A A C G . AAGTGAATACATTGA C . . GC T C . G . . T . . . CC . GG . . . T . . G . G G CTGGTCT G . . . . A . TATAAATCT . T . . CATTCATG GA . C T ATCTT . AGTATGA A A T . GAA . . TTG . AAACAGAT . T AAAAATG T . T T G TAGATAA T . . . . AACT TT . . C TT . TAT GG AG . . A . CA AA A ACC . . TGGTTAACTACCA A C . CAT CA G AGTATGGGT TTTTT . T . A A G CT A TT G . GTT . . T . TT . . T A C A . . . T . A . C . . . . . . . A . . AT . A . . A . A .
blockSeqs : T AG T . G . T . . C . GA ATCTC A C . . . . GGA . AA . . T . . . . . . TATC . T . . GG . . . . . . . . . G . AT CA . GT C . GC . . A . C . . . . . . . T . . . AAACA . . C A . TAT A C TT . T . . T T TA . C C . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . TAGCT . . C . . . TA A . . . A . TTGAATAAAATTG . . . A . . . . . . . . CC . G . . . C . . A . A G TGTGTCT T . . . . T . AAGAATT . T . . CATGTAA A . C C TGT . AGT G . . . A . . G . TTAAGAT . C ATAAGGT G . C T . CCATA A . . . . AACT T . . C A . . GA G . . A . A GT T A . . TGTTGACTCCA C A . AT A . AGTATGGA TTTTA . . . A A T T A T G . TTT . . T . . . T .
blockSeqs : A . . . . . . . . . G TT . T . . . . TGA . CC . . T . . . T CA . GT A . . . . . . T . . . . . . . . . . . CC . G . . . T . . . . T A TGTGTC T . . . . A . ATATT . A . . GAT A . C T TT . GT A . . . A . . A . ATAAAAC . C AAAAT T . T T . ATA A . . . . AATG T . . C T . . AG G . . . . A TT A C . . TGTGAATTCCA T T . AG C . CCGTATGG TTTA . . . . C . . G T T . T . . . .
blockSeqs : . . TC . . . . . . . . . . T C ATGTC T . . . . A . ATGAT . A . . AGT A . . . TT . GG C . . . A . . A . AAATAC . C TAATT T . . T . TA A . . . . AG T . . . T . . GA A . . . . . . TGCT . C . AT . . AGA TTT . . . . . .
blockSeqs : . . . G . CGTC . . . . . A . ATGAT . T . . . . A . . A . AAAA . . ATAT . . . . . TA . . . . . . . . . . C . . T G . .
blockSeqs : . . . A . TGTC . . . . . . . AAA . . . .
blockSeqCons : *** GA* ACTT**** ** GGA******** ** T**** ** ***** G* ******** GG***** TGTGTCC*** ATGAT******** NATCACG*** A***** ATAAGAC******* AAAAT******** ** A******* AC** TGTTAANTCCA************ AT******** NGTATGGA******** TTTTN** T* TT***
originalCons : TTCTTCTATCCAT--CTGGCTCTTGATAA-A-CTTATATA-AATTACCTTTA--------AGTGTTTGGAG-ATCT-AA---TT-TCTT-CAAGATGTTTAATCTT-GTTTTTCGCNTC--TATA-A-C--TTTCAAN-----G-A--CTCTTCATT-AAAATTTTCTTAC--CAA--AGC-TTTA---TATT--CATTTCTCTA-AGTTACTT-TGTGTT---CC-T-T--TGCAATT------T--TTC--TT---ATA-GG---ACA------TATAGG--GATATTG-TTTTTT---CCTC-TAATTATTCAT--C-ATTAGT-GTGTC--TAGGAATAAG--TAAATCAGGGACCCCCGAAATTGTATTATCCTGCTGC-TTGTTTAANTA--ATTTTATATATTTCTAA-TATTG-TAA----GACAAGGGCTGCGTA-T-TTG--CA--TT--TT-G-T-TTNT-TTAATTTGT--GATTTTAC-----TGAAT-TTA-CATA-TTCTNT---ATCTTT-TAAA-AGGGAATTGTTAAA-CT-TCCAGAAGCC-------TTTTCC-ATGTTTA-AATTCTGTTTAATNTT--CGA--AGGT-CA-ANA-----TAC-GGGGTGTGATCA-GAT-C--TAT-AACTA--TTTTCA--T---G-TCAACCACTCGTA--T--GAAGAA---TAAA-TAAAGGATTCTG-ATTATTGAGAGA-----TAAATNT---ATCCAGCAC-----TGGATCGTT-TACATGA-G--ATT-TNTTCC---CTCCAAGTA-TATTT-CGTGTTTATCAGG-GATT--TTAAGA-ANCGAAAA-ATGTCACAT-AAGTTTCCATTCTCCCATA-AGT-TGGA-TTAGTCTCATACGGGCTTTTTTGGTTATTTTAAT-TTTTTG-TAAGTTCA--TTT-TCTCTAATTATTTCAAGT-TC---ACATGACTAA-GTTGA-AA-TATCCT-CCATGATGATGTT--TTCATTT-GA-TAA-TGTCTCTAGTTTTTTCAA---AT-AAGTT-ACAATAA-AATT-------------CGGGGTCGATCTTCATTCGGGCCA--TA-ATATTT-ACTAATGT--AA-TA-G-C-TTT---TTTTTCAATTA-GATTTCTGCGATG-T-AAA--TTTCCTT-TTA--CTATC-A-CTATATACTTTA-TTTGAAACTCAAAATT-ATTTA-TT--GA---A--TTA-AATTGG----CAACA--CC--TC-GCGAGTTTCG--ATTGG-TA-TGA--T--TGGAATATT-CCTTTGT-A-TC--C--C--CA-CTGG-----GGAAAGT-AT-A-AT---TTTC--TCTTCATC--TTT--G-TGAAAATGTG-T-GTG-TCTTTGCAG--G-AA-ATA-A-ATA-TT----A-AGCGTT-T-TTTTAT--GAAGA-TACGTGTA--T-TCA-A---ACA----TCCTCNTCG---T-T-----T-TTAT-G-------T----CACCGA--GAC--CCT-G--A---------C-AA-TTT----A-CGG----TT--A-A-ANA--T--CTTT---AGATATTC--ATGA-TAA---ATT--TTTGAA--GTGTTTT-TA-TCC---T-----A-----ATCAG--TA-AT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAA-CA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--GNAAGGG-G--GGACAG-AG-GAACAGAAAGAAAAGGA-GAC------AATAGT-TGGAACACC-TAAGT--CA-GTGAT-TGTT---T-A----T--C-A-ATAATTCCAGC--AAGT--ATA-----ATATT-A-AT-----AGG-NGT----ATGG--G-CTTGGGTT--TT-AA-------------AAAA--ATCTATAT-AGTTTGTACAATAAAACA-TCTTTTTTTTTCTGATATAAGGGTTGTGTTTATT-AATTTCTTT--AGA-GT-AGCAGGGCTG-TG-TATTTT-CATGGG-TTTTCAAAGCTAAAGAAAA-----TAGAT-TATCTTTAATAAACAATA-AAT-AATGA-T-AATCCT-TCCATGAACATAGCATA--CTTGTGC-GAAC-GTAGG--TAGG-TAG-AAATTCAATAGCGAGATAAATGGAA-TTTCTAAGNNTCAAGAAAA---CAACATGTTCTGCCATCT-ANTTCTAGACGC-ATAAAGTGTATTATT-ACTTATAA
finalCons : TTCTTCTATCCAT--CTGGCTCTTGATAA-A-CTTATATA-AATTACCTTTA--------AGTGTTTGGAG-ATCT-AA---TT-TCTT-CAAGA-GTTACTT----GTTTTTCGCNTC--TATA-A-C--TTTCAAGGA--------CTCTTCATT-AAAATTTTCTTAC--CAA--AGC-TTTAT----TT--CATTTCTCTA-AGTTACTT-TGTGTT---CC-T-T--TGCAATT------T--TTC--TT---ATA-GG---ACA------TATAGG--GATATTG-TTTTTT---CCTC-TAATTATTCAT--C-ATTAGT-GTGTC--TAGGAATAAG--TAAATCAGGGACCCCCGAAATTGTATTATCCTGCTGC-TTGTTTAANTA--ATTTTATATATTTCTAA-TATTG-TAA----GACAAGGGCTGCGTA-T-TTG--CA--TT--TT-G-T-TTNT-TTAATTTGT--GATTTTAC-----TGAAT-TTG-CATA-TTCTNT---ATCTTT-TAAA-AGGGAATTGTTAAA-CT-TCCAGAAGCC--------TTTCC-ATGTTTA-AATTCTGTTTAATNTT--CGA--AGGT-CA-ANA-----TAC-GGGGTGTGATCA-GAT-C--TAT-AACTA--TTTTCA--T---G-TCAACCACTCGTA--T--GAAGAA---TAAA-TAAAGGATTCTG-ATTATTGAGAGA-----TAAATNT---ATCCAGCAC-----TGGATCGTT-TACATGA-G--ATT-TNTTCC---CTCCAAGTA-TATTT-CGTGTTTATCAGG-GATT--TTAAGA-ANCGAAAA-ATGTCACAT-AAGTTTCCATTCTCCCATA-AGT-TGGA-TTAGTCTCATACGGGCTTTTTTGGTTATTTTAAT-TTTTTG-TAAGTTCA--TTT-TCTCTAATTATTTCAAGT-TC---ACATGACTAA-GTTGA-AA-TATCCT-CCATGATGATGTT--TTCATTT-GA-TAA-TGTCTCTAGTTTTTTCAA---AT-AAGTT-ACAATAA-AATT-------------CGGGGTCGATCTTCATTCGGGCCA--TA-ATATTT-ACTAATGT--AA-TA-G-C-TTT---TTTTTCAATTA-GATTTCTGCGATG-T-AAA--TTTCCTT-TTA--CTATC-A-CTATATACTTTA-TTTGAAACTCAAAATT-ATTTA-TT--GA---A--TTA-AATTGG----CAACA--CC--TC-GCGAGTTTCG--ATTGG-TA-TGA--T--TGGAATATT-CCTTTGT-A-TC--C--C--CA-CTGGGG-----AAAGT-AT-A-AT---TTTC--TCTTCATC--TTT--G-TGAAAATGTGTGTGTCC---TTGCAG--G-AA-ATA-A-ATA-TTATGAT--------T-TTTTAT--GAAGA-TANATCACG---TCA-A---ACA----TCCTCNTCG---T-T-----T-TTAT-G-------T----CACCGA--GAC--CCT-G--A---------C-AA-TTTA-----CGG----TTATAAGAC-------CTTT---AGATATTC--ATGAAAAT--------TTTGAA--GTGTTTT-TA-TCC---T-----A-----ATCAG--TA-AT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAA-CA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--GNAAGGG-G--GGACAG-AG-GAACAGAAAGAAAAGGA-GACA-------TAGT-TGGAACAC--TAAGT--CA-GTGATGTTAANTCCA------------ATAATTCCAGC--AAGTAT--------ATATT-A-AT-----AGGNGTATGGA--------CTTGGGTTTTN--AA-------------AAAA--ATCTATAT-AGTTTGTACAATAAAACAT-CTTTTTTTTTCTGATATAAGGGTTGTGTTTATT-AATTTCTT---AGA-GT-AGCAGGGCTG-TG-TATTTT-CATGGG-TTTTCAAAGCTAAAGAAAA-----TAGAT-TATCTTTAATAAACAATA-AAT-AATGA-T-AATCCT-TCCATGAACATAGCATA--CTTGTGC-GAAC-GTAGG--TAGG-TAG-AAATTCAATAGCGAGATAAATGGAA-TTTCTAAGNNTCAAGAAAA---CAACATGTTCTGCCATCT-ANTTCTAGACGC-ATAAAGTGTATTATT-ACTTATAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTAGGTTGTAAAAGTATTTGCTTGGTTTTTCACCTCTTCTACACTCTGACTCATTGATCTTATGTATTAC
Alignments
lowQualScore : 11 1 222222 111 22222222 11 111 555555555555555 1 11 11 22222 111 1111 11 111 1 1 33333333333 333333333 11 111 222222 4444444 222 1 2222 1 22222 1 222222 111 222 222222 2222 11 33333333333333 11 111111 11 11111 1111 22222 222 222 1 33333333 1 66666666666666666666666666 1 1 22 2222222 44444444 111111 2222 1 11 111 444444444444444 3333333 111 1 33333333 222 1 22222 2222222 1 111 22 1 1 1 1 1 1 11 11 1 44444444444444 1 22222 1 11 1 1 1 111 1 1 1 66666666666666 1 11 2 1 11 22222222222222 1 1 22 11 2 22 111 111 2 11 3333333 1 333333 11 11 222 111 1 1 22222 11111111 2222222 1111 11 3333333333 1 1111111 33333333 1111 11 33333333333333333333333333333333 11 1111 222222222222 11111111111 22222222222 111 222222222222222 111 1 333333333 1111111 111111111111 1111 22222 1111 444444444444 22222 2222222 111111 22222 22222 3333333333333333333 11 111111 111 111 33333 11 22 1 111 22 1 11 222 1 2 11 1 2 1 222 11 22 1 111
lowQualScore : 88 2 666666 111 6 99999999 0 3 8 11 444 8 3 8 333333333333333 0 1 1 11 0 8 8 11 0 88888 111 8 0 3333 11 88 444 8 8 6 0 3 2 0 11111111111 9 333333333 33 777 000000 4444444 000 3 0 0000 0 3 33333 0 999999 333 555 999 3 333333 2222 7 88 88 7 66666666666666 33 8 999 222222 11 11111 1 8 4444 0 00000 8 555 8 1 222 8 6 8 8 0 77777777 8 55 0 2 3 88888888888888888888888888 0 0 33 3333333 66 00000000 55 2 888888 0000 66 0 22 666 9 888888888888888 2 0000000 2 000 5 77777777 1 333 3 7 33333 4444444 7 3 1 666 6 00 2 7 3 3 6 3 6 7 6 7 3 3 44 88 7 3 7 11111111111111 7 3 11111 7 0 3 33 3 0 0 0 3 777 0 0 0 77777777777777 33 3 0 6 33 0 0 9 33 44444444444444 0 3 2 0 77 33 3 0 33 111 0 9 000 2 1 0 9 33 2222222 0 000000 2 33 33 666 3 666 2 0 3 77777 8 6 6 22222222 6 1111111 6 6 6 6 3333 99 66 66 5 6 1 2222222222 66 5 5 5 5 0 7777777 77 5 5 1 22222222 1 4444 5 00 66666666666666666666666666666666 1 2 55 3333 5 333333333333 5 44444444444 22222222222 5 8 77 000 8 77 555555555555555 000 77 77 8 5 1 555555555 999 5 8888888 5 888888888888 5 5 7 888 2222 44444 77 1 8888 5 5 0 0 6 6 0000 333333333333 77 5 77 5 22222 1 5 5 7 2 0000000 6 555555 888 33333 77 3 99999 6 3333333333333333333 6 6 7 3 33 0 99 0 1 11 5 0 8 999999 8 8 0 88 8 0 000 888 7 55555 11 2 7 7 00 3 777 00 7 2 33 555 3 6 88 3 6 7 7 3 7 22 333 44 6 00 1 0 3 666 7
lowQualScore : .. . ...... ... . ........ . . . .. ... . . . ............... . . . .. . . . .. . ..... ... . . .... .. .. ... . . . . . . . ........... . ......... .. ... ...... ....... ... . . .... . . ..... . ...... ... ... ... . ...... .... . .. .. . .............. .. . ... ...... .. ..... . . .... . ..... . ... . . ... . . . . . ........ . .. . . . .......................... . . .. ....... .. ........ .. . ...... .... .. . .. ... . ............... . ....... . ... . ........ . ... . . ..... ....... . . . ... . .. . . . . . . . . . . . . .. .. . . . .............. . . ..... . . . .. . . . . . ... . . . .............. .. . . . .. . . . .. .............. . . . . .. .. . . .. ... . . ... . . . . .. ....... . ...... . .. .. ... . ... . . . ..... . . . ........ . ....... . . . . .... .. .. .. . . . .......... .. . . . . . ....... .. . . . ........ . .... . .. ................................ . . .. .... . ............ . ........... ........... . . .. ... . .. ............... ... .. .. . . . ......... ... . ....... . ............ . . . ... .... ..... .. . .... . . . . . . .... ............ .. . .. . ..... . . . . . ....... . ...... ... ..... .. . ..... . ................... . . . . .. . .. . . .. . . . ...... . . . .. . . ... ... . ..... .. . . . .. . ... .. . . .. ... . . .. . . . . . . .. ... .. . .. . . . ... .
lowQualScore : 33 0 555555 000 0 00000000 8 2 0 88 000 0 2 0 222222222222222 6 4 0 00 6 0 0 00 8 00000 888 0 8 0000 00 88 000 0 0 5 0 2 5 0 22222222222 8 555555555 88 555 000000 2222222 222 2 0 8888 0 2 22222 0 777777 000 777 333 7 777777 7777 3 33 33 3 77777777777777 22 0 888 888888 00 22222 0 0 8888 8 00000 0 666 0 0 000 0 0 0 0 8 00000000 0 88 0 5 2 55555555555555555555555555 0 0 88 5555555 22 22222222 88 0 888888 8888 55 0 00 555 2 555555555555555 5 5555555 0 222 0 33333333 0 333 3 3 33333 3333333 3 3 0 777 7 77 0 3 3 3 7 3 7 3 7 3 3 3 77 33 3 3 3 33333333333333 3 3 00000 3 0 2 88 2 0 0 0 2 555 0 0 0 88888888888888 22 2 5 5 88 0 0 2 88 88888888888888 0 2 5 5 00 88 2 0 88 000 8 8 222 5 2 0 8 88 0000000 0 222222 5 88 88 888 2 222 5 0 3 77777 0 7 7 88888888 7 7777777 7 7 7 7 3333 22 99 99 0 5 4 4444444444 99 0 0 0 0 0 1111111 99 7 7 0 99999999 7 2222 2 77 88888888888888888888888888888888 8 2 88 2222 7 999999999999 7 44444444444 33333333333 7 9 99 000 9 99 777777777777777 000 99 99 4 7 4 333333333 666 7 6666666 7 111111111111 7 7 9 333 1111 33333 99 0 1111 7 7 1 7 7 7 7777 000000000000 99 7 99 7 66666 0 7 7 1 5 8888888 7 888888 333 33333 77 2 22222 7 7777777777777777777 7 7 3 2 88 8 66 8 4 66 0 8 0 000000 0 0 8 88 0 8 222 333 3 00000 22 5 3 3 77 3 777 77 3 0 33 000 3 7 33 3 7 3 3 3 3 00 333 77 7 77 0 7 3 333 3
consensus : TTCTTCTATCCAT--CTGGCTCTTGATAA-A-CTTATATA-AATTACCTTTA--------AGTGTTTGGAG-ATCT-AA---TT-TCTT-CAAGAT-GTT--A-TTT--GTTTTTCGCNTC--TATA-A-C--TTTCAA-----GGA--CTCTTCATT-AAAATTTTCTTAC--CAA--AGC-TTTA---T-TT-CATTTCTCTA-AGTTACTT-TGTGTT---CC-T-T--TGCAATT------T--TTC--TT---ATA-GG---ACA------TATAGG--GATATTG-TTTTTT---CCTC-TAATTATTCAT--C-ATTAGT-GTGTC--TAGGAATAAG--TAAATCAGGGACCCCCGAAATTGTATTATCCTGCTGC-TTGTTTAANTA--ATTTTATATATTTCTAA-TATTG-TAA----GACAAGGGCTGCGTA-T-TTG--CA--TT--TT-G-T-TTNT-TTAATTTGT--GATTTTAC-----TGAAT-TT-A-CATA-TTCTNT---ATCTTT-TAAA-AGGGAATTGTTAAA-CT-TCCAGAAGCC--------TTTCC-ATGTTTA-AATTCTGTTTAATNTT--CG--AAGG-TCA-ANA-----TAC-GGGGTGTGATC-AGAT--CTAT-AACT--ATTTTCA--T---G-TCAACCACTCGTA--T--GAAGA---ATAAA-TAAAGGATTCTG-ATTATTGAGAGA-----TAAATNT---ATCCAGCAC-----TGGATCGTT-TACATGA-G--ATT-TNTTCC---CTCCAAGTA-TATTT-CGTGTTTATCAGG-GATT--TTAAGA-ANCGAAAA-ATGTCACAT-AAGTTTCCATTCTCCCATA-AGT-TGGA-TTAGTCTCATACGGGCTTTTTTGGTTATTTTAAT-TTTTT-GTAAGTTC--ATTT-TCTCTAATTATTTCAAGT-T---CACATGACTAA-GTTGA-AA-TATCCT-CCATGATGATGTT--TTCATTT-G-ATAA-TGTCTCTAGTTTTTTC---AAAT-AAG-TTACAATAA-AATT-------------CGGGGTCGATCTTCATTCGGGCCA--TA-ATA-TTTACTAATGT--AA-TA-G-C-TTT---TTTTTCAATTA-GATTTCTGCGATG-TAAA--TTTCCTT-TTA--CTATC-A-CTATATACTTTA-TTTGAAACTCAAAATT-ATTTATT--GA---A--TTA-AATTGG----CAACA--CC--TC-GCGAGTTTC--GATTGG-TA-TGA--T--TGGAATATT-CCTTTGT-A-TC--C--C--CA-CTGG-----GGAAAG-T-AT-A-AT---TTTC--TCTTCAT--CTTT--G-TGAAAATGTG-T-GTG-TCCTTGCAG--G-AA-ATA-A-ATA-TTATG-A---TT--TT-TTATGAAG-ATACG-T-CACG-TCAAACA----TCCTCNTCG---T-T-----T-T-------TA-------T-GNCACCGA--GA--C-CCT-G--A---------C-AA--TTT----A-CGG----TT---ATA-ANA--CCTTT---AGATATTCAT--GA--A----A---A--TT---TTGA--A--GTGTTTT-TA-TCC---T-----AATCA--GTA-AT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAA-CA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--GNAAGGG-G--GGACAG-AG-GAACAGAAAGAAAAGG-AGAC-ATA-GT-TGGAAC-------A-C--TAAGTC--A-GTGA--T-GTT--G--ACT-C-CAATAATTCCAGC--A----AGT-A----T-ATATT-A-AT-----AGGN-GTATGG--A--C-TTGGG--------TTT------TAAAAAAA-ATCTATAT-AGTTTGTACAATAAAACA-TCTTTTTTTTTCTGATATAAGGGTTGTGTTTATT-AATTTC-TT---AGA-GT-AGCAGGGCTG-TG-TATTTT-CATGGG-TTTTCAAAGCTAAAGAAAA-----TAGAT-TATCTTTAATAAACAATA-AAT-AATGA-T-AATCCT-TCCATGAACATAGCATA--CTTGTGC-GAAC-GTAGG--TAGG-TAG-AAATTCAATAGCGAGATAAATGGAA-TTTCTAAGNNTCAAGAAAA---CAACATGTTCTGCCATCT-ANTTCTAGACGC-ATAAAGTGTATTATT-ACTTATAA
Reference ( family-2925 ) : TTCTTCTATCCAT--CTGGCTCTTGATAA-A-CTTATATA-AATTACCTTTA--------AGTGTTTGGAG-ATCT-AA---TT-TCTT-CAAGA--GTT--A-CTT--GTTTTTCGCNTC--TATA-A-C--TTTCAA-----GGA--CTCTTCATT-AAAATTTTCTTAC--CAA--AGC-TTTA---T-TT-CATTTCTCTA-AGTTACTT-TGTGTT---CC-T-T--TGCAATT------T--TTC--TT---ATA-GG---ACA------TATAGG--GATATTG-TTTTTT---CCTC-TAATTATTCAT--C-ATTAGT-GTGTC--TAGGAATAAG--TAAATCAGGGACCCCCGAAATTGTATTATCCTGCTGC-TTGTTTAANTA--ATTTTATATATTTCTAA-TATTG-TAA----GACAAGGGCTGCGTA-T-TTG--CA--TT--TT-G-T-TTNT-TTAATTTGT--GATTTTAC-----TGAAT-TT-G-CATA-TTCTNT---ATCTTT-TAAA-AGGGAATTGTTAAA-CT-TCCAGAAGCC--------TTTCC-ATGTTTA-AATTCTGTTTAATNTT--CG--AAGG-TCA-ANA-----TAC-GGGGTGTGATC-AGAT--CTAT-AACT--ATTTTCA--T---G-TCAACCACTCGTA--T--GAAGA---ATAAA-TAAAGGATTCTG-ATTATTGAGAGA-----TAAATNT---ATCCAGCAC-----TGGATCGTT-TACATGA-G--ATT-TNTTCC---CTCCAAGTA-TATTT-CGTGTTTATCAGG-GATT--TTAAGA-ANCGAAAA-ATGTCACAT-AAGTTTCCATTCTCCCATA-AGT-TGGA-TTAGTCTCATACGGGCTTTTTTGGTTATTTTAAT-TTTTT-GTAAGTTC--ATTT-TCTCTAATTATTTCAAGT-T---CACATGACTAA-GTTGA-AA-TATCCT-CCATGATGATGTT--TTCATTT-G-ATAA-TGTCTCTAGTTTTTTC---AAAT-AAG-TTACAATAA-AATT-------------CGGGGTCGATCTTCATTCGGGCCA--TA-ATA-TTTACTAATGT--AA-TA-G-C-TTT---TTTTTCAATTA-GATTTCTGCGATG-TAAA--TTTCCTT-TTA--CTATC-A-CTATATACTTTA-TTTGAAACTCAAAATT-ATTTATT--GA---A--TTA-AATTGG----CAACA--CC--TC-GCGAGTTTC--GATTGG-TA-TGA--T--TGGAATATT-CCTTTGT-A-TC--C--C--CA-CTGG-----GGAAAG-T-AT-A-AT---TTTC--TCTTCAT--CTTT--G-TGAAAATGTG-T-GTG-TCCTTGCAG--G-AA-ATA-A-ATA-TTATG-A---TT--TT-TTATGAAG-ATANA-T-CACG-TCAAACA----TCCTCNTCG---T-T-----T-T-------TA-------T-GTCACCGA--GA--C-CCT-G--A---------C-AA--TTT----A-CGG----TT---ATA-AGA--CCTTT---AGATATTCAT--GA--A----A---A--TT---TTGA--A--GTGTTTT-TA-TCC---T-----AATCA--GTA-AT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAA-CA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--GNAAGGG-G--GGACAG-AG-GAACAGAAAGAAAAGG-AGAC-ATA-GT-TGGAAC-------A-C--TAAGTC--A-GTGA--T-GTT--A--ANT-C-CAATAATTCCAGC--A----AGT-A----T-ATATT-A-AT-----AGGN-GTATGG--A--C-TTGGG--------TTT------TNAAAAAA-ATCTATAT-AGTTTGTACAATAAAACA-TCTTTTTTTTTCTGATATAAGGGTTGTGTTTATT-AATTTC-TT---AGA-GT-AGCAGGGCTG-TG-TATTTT-CATGGG-TTTTCAAAGCTAAAGAAAA-----TAGAT-TATCTTTAATAAACAATA-AAT-AATGA-T-AATCCT-TCCATGAACATAGCATA--CTTGTGC-GAAC-GTAGG--TAGG-TAG-AAATTCAATAGCGAGATAAATGGAA-TTTCTAAGNNTCAAGAAAA---CAACATGTTCTGCCATCT-ANTTCTAGACGC-ATAAAGTGTATTATT-ACTTATAA
gi|1 : TTCTTCTATCAATGGCTGACTCTTGATAA-AACTTATATA-GATTACCTTTC--------AGTGTT--GAG-ATCT-AAAAATTATCTT-CAAAAT-GTTTAA-TTTTAGTCTTTTACATC--TATA-A-CAATTTCAA-----GG---TTCTTCATT-AAAATTTTCGTAT--CAATTAGCGTTTAAATTATT-CATTTCTCTA-AGTTACTT-TGTGTT---CCAT-TCATGCAATT------T--TTC--TT---ATA-TG---ATA------TATAAG--GATATTGGTTTTTT---CTTC-TAATTATTCAT--C-ATTAGT-GTGTCCCTAGGA-TAAACTTATATCAGGGACTTCGGAAATTCTA--ATTCTCCTGCATTGTTTAAATA--AATTTATA-ATTTCTAA-TATTG-TA-----GACAAGGGCTGTATACT-TTG--CA--TTATTT-G-TGTTATATTAATTTGT--GATTTTACAATACTGGATACT-A-CATAATTCTAT---GTCTTT-TAAATAGGGAATTGTTAAATCT-TCCAGAAGCCCCCCTTTTTCTCCGATGTTTACAATTCTGTTTAATTTT--GG--CAGG-TCA-ATAATACCTAC-GGGGTGTGGTC-AGAT--CTAT-C-CT--ATTTTCA--TCAGG-TCA-CCACTTGTA--T--GAAGA---ATAAA-TAAAGGATGTTGGATCAT-GAGAGG-----TAAATCA---ATCCAGT-C-----TGGATTGTT-TA-ATGA-GGGATTATATTTC---CTCCAAGGA-TATTTTCATGTTTATCCAG-GATT--T-AAGA-ATCGAAAA-ATGTCACATTAAGTTTTCATTCTCCCATACAGTCTGGAATTAGTCTCATACGGGCTTTTGTGGTTATTTTGGCATTTTT-GTA-GTTC--ATTTGTATTTAATTATTTTAAATGT---CACATGACTAAAGTTGA-AGCTCTCCT-CCATGATGATGTTCTTTCATTT-G-ATAA-TGTCTCTAGTTTTTTT---CAAT-AAG-TTACAATAA-AATTGGACCATCAAAATTGGGGTCGATCTTCATTTGG-CCA--TA-ATA-TTTATTCATGG--AAATA-GGC-TTTCTTTTTTTCAATTA-GATTT-TGCAATGACAAAGTTTTCCTTCTTAGTCTATC-AACTGTATTCTTTA-TTTGAAACTCAAAATTCATTTTTTTGGA---AACTTA-AATTGGGGCACAACAAACC--TCCGGGAGTTTC--GATTGG-TAATGA--TATTTGAATATTACCCTTGTCACTC--C--T--CA-CTGG-----GGAAAG-TCATGA-AT---TTTC--TCTTCAT--CTTT--G-TAAAAATGTG-T-ATGATATTCGCTG--G-AA-ATA-A-ATAATTAAGCA---TTGTTT-TTATGAAG-ATACA----AT--TCAGACA----TCATCATCG---T-T-----T-T-------TA---------GTCACCGA--GC--A-CCT-G--A---------C-AAA-TTT----AACGG----TT---G-A-ACA--TCATT---AGATATCTAT--GACTA----ACTCA--TTGATTCGA--AACGTGTCTT-TA-TCC---T-----AATCA--GTACAT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAA-CA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--GCAAAGG-A--GGACAG-AG-G---AGAAAGAAAAGG-AGACAATA-GT-GGGAAC-------C-C--TAAGTC--A-GTAATCT-GTT--T--GAT-C-AAATAATTAAAGC--A----AGT-A----TAATATT-A-AT-----AGGT-GTATGGCCG--C-TTGGG--------TT---------AAAAAA-AT-TATATAAGTTTGTACAATAAAACACTCTTTTTTTTTCTGATATACGGGTTGT-CTTATT-AATTTC-AT---AGA-GT-AGCAGGGCTG-TG-TATTTTCCATGGG-TTTTCAAAGCTCAAAGAAA-----CAGAT-TATCTTTAAT-AACAATAGAATCAATGA-TAAATCCT-TCCATG-ATATGGCATACCCTTGTGC-GAACTGTAGGATCAGGATAGAAAATTCAATAGCGCGATAAATGG-A-TTTCTAAGCGTCAAGAAAA---CAAT-TGTTCTGCCATCT-ATTTCTAGACGCTATAAAGTGTATTATTCATTTA
gi|10 : -CCATGATGATGTT--TTCATTT-G-ATAA-TATTTCTAGTTATTTC---AAAT-ATA-TTACAATAG-AATT-------------GGGGGTCGATCTTCATTCGGGCCA--TAGATA-TTTATTAATGT--AACTAGG-T-TTT---TTTTTCAATTATGATTTCTGCGATA--AAA--TTTCTTT-ATAT-CTATC-A-CTCTATACTTTA-TTTGAAACTCAATGTT-ATTT-TT--GA---A--TAA-AATT-G----CAACA--CC--TC-GCGAGTTT---GATTGG-a
gi|11 : TTCCTCTATCCAT--CTGGCTCATGAT-----CTTATATA-A-TTACCTTTA--------AATGTTTA-AG-ATCC-AA---TT-TTTT-CAAG---GTT-----TT--ATTTTTC--CTC--GAGA-A-C--TTTCAA-----GGA--CTCTTCATT-TAAATTTTCTTCC--AAA--AGC-TTTA---T-TT-CATTTa
gi|12 : tctagattctaggttacagaagtatttgcttggtttttcaccAAGAAAC-----TGGGA-TAT-TATAATAAACA-TA-AAT-AATGATT-AATCCTGTCCAGGAA-ACAG--TA--CTTGTGCAGAAC-GTAGG--TAGG-TAG-AAATTCAATAGCGAGATAA--GGAAGTTTCTGAAGATCAAGAAGAACGCAACA-GTTCTGCCATCTCAGATCTAGATAC-ATGAATTATATTATT-ACTT-TAAtnagagt
gi|13 : CTTTGT-A-TCGACAGCGACA-CTGGATGAGGGAGAG-T-AT-A-A----TTTC--T-TTCAT--CTTTG-G-TGAAAATGTG---ATG-T-CTTGCAG--G-AA-ATACA-ATG-TTAatc
gi|14 : ACAAGTACTGCGCA-T-T-G--CA--TT--TTTG-C-TTCT-TTAATTTGT--AATTTTAC-----TGAAT-TT-A-CATA-GTCTAT---ATCCTT-TAAA-AGGGAAATGTTAAA-CT-TCCAGAAGCCT-------TTTCC-ATGTTgagtgttgtatttgattggaagaaagaagtaaatt
gi|15 : TC--A-GTGA--T-GTT--G--ACT-C-CAATAATTCCAGC--G----AGT-A----T-ATATT-A-AT-----AGGA-GTATGG--A--C-TTGGG--------TTT------AAAAAAAT-ATCTATAT-AGTTTGTACAAT-AAACA-TCTTT
gi|2 : TTATATA-ATTAACCTTTA--------AGTGTTTGGAGGATCTTAA---TT-T-TT-CAAGAT-GTT--A-TATA-GTTGTTCCTAAC--TATATA-C--TTTCAAATAAAGGATTCTCTCTAAT-AGATTTTTCTTATATCAA--AGC-TTTA---T-TT--ATATTTCTA-AGTTACTTGTGTGTC---TA-T-C--TGCAATTAACTGTT--TCC--TT---ATA-GGTTAACG-------ATAGGATGATATTG-TTTTTTATCCTTC-TAATT--TCATTTC-AATAGT-GT-----TAG--ATAAG---GAATCAGGGACCCCTGAAATTGT-TTATCTTGCTG--TAGTTTAGG-A--ATTTTTTATATTTCTAA-T--TGATAA----GACAAGGGCTGCGTA-T-TGG--CA--TT--TT-G-T-TCGT-TTAATTTGT--GCTTTTAC-----TGAAT-TT---CATA-TTCCCTGTAATTTTT-TTAA-GGGATATTGTTTAA-CTGTCCAG-AGCC--------TTTTC-ATGTTTA-AATTCTG-TTAATGTTTCCAATAAGGTTCA-AGA-----TAT-GGGGTGTGATCAAGATTATTAT--ACTAGATGTTCAATT---A-TCAACCACTTGTA--T--TAGGAAATATAAACTTAAGAATTCTG-ATTATGGAGTGA-----TAAA-AT---ATCCAGCAC-----TGGATTGTT-TA-ATGGTG--ATT-TTTTCCGGTCGTCAAGTA-TA-TT-CG-ATTTATCAGGAGATTCATTAAGA-AACGAAAATATGTCA-AT--AGTTT-CATTCTCGCA-A-AGT-T-GA-TAGGTCTCA-ACGGGCTTTTTGGGTTATTTTAAT-TTTTTGGTAAGTTCAAATTT-TCTCTAATTAT---AAGT-TTTCTACATCACT-A-GTTGATAA-TA-CCT-GCATGATGA-GTT--TTC--TT-GAATAA-TGTCTCTAGTTTATTCAAGAAAT-AAGTTTACAATAATAATT--------------GGGGCCGGTCTTCATT--GGACA--TA-CTATTTTACT-ATGT--AA-TA-G-CGTTT---TTTTTCAATTA-GATTTCTGC-ATGTTAAA--TTTCC-T-TTA--TTATCTA-CTATATATTT---TTTGAAACTCAAGATTAATTAAGT--GA---A---TA-CATTGA----CAA-G--CCGGTCAGTGAGTATCGGGATTGGATA-TGA--T--TGGAATATT-CCTTTGT-A-TG--C--C--T-----G-----GGAAAGTT-AT-ATAT---TTTT--TCTTCATCACTTTA-G-TGTAAATGTGCT-G-G-TCTTGGCAGTCGTAA-ATA-ATATA-TAAGA-A---TT--TT-GTATGAAG-ATACA-TGTACATTCAAACA----CTTTCA--G---T-T-----T-TTTTATAGTA-------T-GACA-AAA--GA--CTCCT-G--A---------C-AATTTTT----G-CGG----TT---A-A-ATA--CATTT---AG--ATTTATCGGA--A----A---A--TT---TTGAATA--GTGTTTT-TA-ACA---T-----ATTCAAGATA-TC-------GTA-A-----------AGA-CAGTTAATCG-A-AA----GAA-----AAGGTAAGGGAG--GGACAGTAA-GAA-AAAAAGAAAAGGAAGAC-GTA----TAGAACAAAAGGGA-G--AAAGTC--A-GTGA--T-GTTTCAGCGTT-CACAA-AATTCCAGC--AGATGAAT-AATTGT-ATATT-ATATCAGGAAGGT-GT-TGA--AATCGTTGGGATAGTCAATCTACATACTCATGAAA-ATCTATAT-AGTTTGTACAACAA-------CTCTTTTATCTGGTATAATGG-TGTGTTTA-T-AATTTG-TT---AGA-GT-AGC-GGGTTATTG-CATT
gi|3 : TAACA-CTTATCTATAATTACCTTTA--------AGT--TTGAGT-ATC--AA---TT-TCTTACAAAT--GTT--ATCTC--GTTGTTTGCCTC--TATA-ATC--TTTCAAC----GGA--TTCTTCATT-AAAATTT-CTTAA--CAA--A-C-TTTA---T-TT-CATTTCTCGATAGTTACTT-TGTGTT---CC-TCT--TGCA-TT------TGATTCCTTT---ATA-GG---ACA-------ATAG----ATAATG-TTTTT----CCTCATATCTATTCA-----ATTAGTTGTGTC---AGGAATAAG--TAAGTCAGGA---CCCGAAATTGTATT---CTGC-AC-TTGTT-AATTATTATTTTATATTTTGCTAAATAT-----A----GACAAGG-CTGCGTA-T-ATG--CAAGTT--TT-G-T-TTCT-TTAATTCGTTTGATTT-AC-----TGAAG-TTAG-CATA-TTCCCTT--ATCTTT-TAAA-AGGGAATTGTCAAA-CT-TCCAGAAGCC--------TTTCC-AT-TTTA-AATTCTGTTTAAT-TT--C---AAGG-TCACAGAC----TACTGGGGTGTGATC-AGATG-CTATAAACT--A--TTCA--T---GATCAACCACTTGTA--TAGAAAGA---A-AAC-TAA--GATTCTG-A-TATTAAGAAA-----TA--------ATTCCGC-C-----TGGATTG---TACATGA------T-TCTTCC---CTCCAAGTACTATTT-CAT-TTTATCAGG-A--T--TTAAGACCGCGAAAA-G---CACAT-AAGTTTCCATTGCTCCATA-AGT-TGGA-TTAGT-TCATACG----TTTTTGGTTA--TTAAT-TTTTT-GT-AGTTC--A-TT-TCTCTAAT--TTTCA----T---C-CAAGACTAA-GTTG--AA-TATCCTGCCAGGATGATGTT--TTCATTTCG-ATAATTGTCTCTAG-TTTTTC---AAATAAAG-TTACAATAA-AATT-------------CGGG--CGATCTCC-TTTGGACCATTTACATA-TTTACTAATGTTAAA-TA-G-C---T---TTTTTCAATTA-T-CTTCTGCAATG-TAAA--TTTCCTTATTA--CTATC-A-CTATAT-CTTTATTTTGAAA-TCAAAATT-ATTTATT--GATTCT--TTACAATT-G----CAACA--CC--TC-A-GAG-TTC--GATT-G-TA-TGAGCT--TGGAATATT-CCTTTGT-A-TC--C--C--CA-CTG---------AAG-T-AT-A-AC---TTTT--TCTTTAT--CTTG--G-T-AAAATGTG-T-GT----CTTGCAG--A-AATACA-A-TTA-TTA---A---AT--TT-TTAT-AAG-ATACA-T-GTAA-TCAAACA----CCCTC--CG---T-T-----T-T-------TA-------T-GTCACCAA--GA--C-CCTAG--A---------CGAA--TCT----G-C-G----T-----TA-AAA--CTTTT---A-ATATTCAT--GA--A----A---A--TT---TTGA--A--GTG-TTT-TA-TCA---T-----AATC-------AT-------GTA-A---------T-GAA-CA-TT-ATCA-TAAA----GAA-----A--GGAAGAT-G--GGACAG-AA-GAACAGAAAG-AAAGG-AACC-ATA-GTCTAAAAC-------ACC--TAAGCA--A-GTGA--TGGTT--A--ACTAC-CAACAATCCAGGCCAA----AGTCA----T-ATATTCA-AT-----GAGA------G--A--C-CTGG----------TT------TAAAAAAATATCTAT-T-A--TTGTACAAC--AACA-GCTTTTTTCT--TGATATTAATGT--TGTTTATTCAATTTC--T---AGA-GTAAGCA-GGCTG--G-T-TTTT-CAa
gi|4 : cttT-CCTTTGT-A-TC--C--C--CAGCTGG-----G--AAG-T-AT-A-ATGTTTTTCGATCTTCA---ATTG--G-TTAAAAT-TG-T-GTG-TC-TTGCAG--G-AA-TTA-A-ATA-TTAT--A---TT--TTATTAAAAAG-ATAGA-T-T-CA-GCAGACAGGTCTTCTCTTCGATCT-T-----TAT-------TA-------T-GGCACCGAA-GA--C-CCT-G--GATGATAAATT-AA--TTTTAAAA-CGGGGGTTTCGAATA-A-ATTCCGTTCTAAGATATT-AT--GA--A----A---AA-TG---TTAA--A--GTGTTTT-TAATCT---TGGCATAATCT--ATG-ATAAAAAAAGTATAA-ACTTTG-TTAAA-TA-TT--TCA-T-AACCATGAAGCACAA--GAAAGGA-G--GAACAG-AG-GGACAGAA-GAAAAGA-AGAC-ATA-GG-TGTAAC---------C--TAAGTC--AAGTGA--T-GCT--G--ACT-C-TAA------------------AT-A----G-ATATT-C-ATG----AGGA-GTATGG--GT-C-TTGGG--------TTT------TTAAAAAG-ATCTATA--AGTTTGTACAATAAACGA-TCTTTTT----CTGTTATAGAGGTTGTGTTTATT-AATTTCTTT---AGA-GT-AGCAGGGCTA-TG-TATT-----TG-------CAAAGCTAAAAAAAAAAAACTAAAT-TATCTgctataaa
gi|5 : -CCT-G--A---------C-AA--TTT----A-CAG----TT---AAACAGA--TCTTT---AGATATTCAT--GT--A----A---T--TT---TGGA--A--GT--TTT-TA-TTCCCAT-----AATCA--GTA-AT-------GTA-AA-ACTTTG-T-AAAATA-TTCATCA-T-AA----GAA-----A--AGGAAAG-A--GGATAG-AG-GAACAGAAAGAAA-GG-AGAC-ATA-GT-TGAAAC-------A-CCATAAGTCCCA-GTGA--T-GTG--A--ATT-C-CAATACATCCAGC--A----AGT-A----T-ATATC-A--T-----AGGCCGTATGG-----C-TTGGG--------TTT------TAAAAAAA-ATCTATAT-AGTTTGTACAATAACACA-----TTTTTCTC-GATATAAGGTTTGCTTTTATT-AATTTC-TTTTAAGAGGT-AGCAGGGCTG-TGTTATTTT-CATGGGTTTTTCAAAGC-AAAGAAAAT----TAGACATATCCTTAATAAACAAT--AAT-AATGA-T-AATCC--TCCATGAACATA-CATA---TTGTGC-GAACAGTAGG--TAGG-TAGTAAATTCAATAGCGAGATAAATGTAA-TTTC-AAGATCCAAGAAAA---CCACATGTTCTG-CATC---ATTCTAGACAC-ATAAAGTGTATTGTT-A-TTATAAcca
gi|6 : ATATT-CCTTTGT-A-TC--T--C--CA-CTGG-----G-AAAG-T-AT-A-AT---TTTC--TCTTCGT--CTTT--G-GTAAAATGTG-C-GT----CTTGCAG--G-AA-TTA-A-ATG-TTATG-A---TC--TT-TAATGAAG-ATAAG-T-CNCG-TCc
gi|6 : AT--CTTT--AATGAAGATAAG-TCNCG-TC-TTGCAG--G-AA-ATA-A-ATG-TTATG-A---TC--TT-TAATGAAG-ATAAG-T-CA-----GAACA----TC-TCCTCG---TGT-----T-T-------TA-------TAGTCACCAT--GA--A-CTT-G--A---------C-AA--CTT----A-CGG----TT---TTA-AGA--TCTTT---AGATATTCAT--G---A----T---A--TC---TTGA--A--TTG-CTT-TA-TCCA--T-----AATCA--GTA-AT-------GTA-AA-ATGTTG-T--AA-CA-TTCATCA-C-AA-----AA-----A--ATGAGGG-G--GGAAAG-AG-GAACAGAAAGAAAAGG-AGAC-ATGTGT-AGGCAC---------C--TTTGAC--A-GAGA--T-GCTG-G--ACT-C-CAGTAttgcaggaaataaatgttatgatctttaatgaagataagtcagaacatctcctcgtgttttatagtcaccatgaacttgacaacttacggttttaagatctttagatattcatgatatcttgaattgctttatccataatcagtaatgtaaaatgttgtaacattcatcacaaaaaatgaggggggaaagaggaacagaaagaaaaggagacatgtgtaggcacctttgacagagatgctggactccagta
gi|7 : atattcctttgtatctccactgggaaagtataattttctcttcgtctttggtaaaatgtgcgtcttgcaggaattaaatgttatgTCCAT--CTTCTGG-TAAAAACCTG-T-GT----CTTGCAG--G-AA-AT--A-ATATTTATA-AATCTT--TA-TTATGAAGAATACATT-CATG-TC-AACA----TCCTATTCG---T-TCTATCT-T-------TATGAGAGGT-GCCACCCATGGACTC-CCT-GGAA---------C-AA---TG----A-AGG----CT---ATA-AAA--CTTTC---AGATACT--T--GA--AGGATA---AGGTT---TTGA--A--G-GTTTTACAGTCC---TAGATAAATCA--GTA-AT-------GTA-AGTATCTTGTT-CAA-CT-ATCATCATT-AA----GAATAT--A--GAAAGGA-GGTGAAAAG-AGCGAAC
gi|8 : tTCTGCTATCCAT--CTG-CTTTTAA--A-A-TTTAGATA-AGT--CCTTTATTGTTCACATTGTTTGGAA-GTCT-AA---TA-TCTT-CAAGAAAGCT-----TT--GTTTTCCACTTCATCAGA-A-C--TT-CAA-----TGA--CTCTTCATTAAAAATTTTCTTCC--AAA--AGC--TTA---T-TCGCATTT-TCTA-AG-TA--T-TGTGTTATCCT-T-T--TGCATTT------T--TTC--TTTGAATATGC---ACATTCTCTTAAAGA--GAT-TTG-TATTTT---CCTC-TAATTATTCAT--CTATTAAT-ccactcagcagcaaaaaagaaaacg
gi|9 : atttgcttgtatttttttcaccttccTTG-TAAACTGGACAAG-----CATA-TATTGAGC---TT--TT-ACT-TTAT-TCAATTTTT----CTTTGA-----TTAAT-TC-AACATA-TTCTTT---ATCAGTATAAGCAAAGAGTTATTAAA-TT-TCCAAAA-------------TCC-A-----G-AACC---TTTAATA---------------A-ACA-----TCT-GGAGAGTGATC-AGAT--CGAT-AAAT--ATTTTCA--T---ATTCAA-CACACATATTT--GAAG----AT-AA-TAAA-GATTCTG--TTACTAGGAAAAAGCCTAATTGTTTAATTCA-CACCGTTGTGGATCATTATACATGA-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTAGGTTGTAAAAGTATTTGCTTGGTTTTTCACCTCTTCTACACTCTGACTCATTGATCTTATGTATTAC