lowQualScore : 11111111111111111111 11111
lowQualScore : 1111111111111 2222222222222222222222 1 11111 111111111 1111111 00000000000000000000 1 1111111 333333333 33 111 22222 444444444444444444444444 22222222222 1 22222222 00000 5555555
lowQualScore : 5555 2 0000000000000 555555 22 1 6666 3333333333333333333333 66666666 888888888 1 1 222 7 1 77777 444 777777777 888 1 666 1 222 22 333 88888 33 5 555 3 3 555 3 77777 3 555 222222222 555 3333333 22222222222222222222 1 2 666 5555 2 5 2 0 444 5555 8 2 555 44 6 3 0000000 3 999999999 3 44 999999 3 00 999999 44 3 111 3 3 55555 8888 777 777777777777777777777777 55 11111111111 4 55 4 4 4 4 0 1 66 44444444 99 3 6 6 2 8 00000 6 9999999
lowQualScore : .... . ............. ...... .. . .... ...................... ........ ......... . . ... . . ..... ... ......... ... . ... . ... .. ... ..... .. . ... . . ... . ..... . ... ......... ... ....... .................... . . ... .... . . . . ... .... . . ... .. . . ....... . ......... . .. ...... . .. ...... .. . ... . . ..... .... ... ........................ .. ........... . .. . . . . . . .. ........ .. . . . . . ..... . .......
lowQualScore : 0000 4 8888888888888 222222 55 7 0000 9999999999999999999999 00000000 999999999 7 6 888 6 7 00000 666 000000000 333 8 555 8 999 55 777 11111 22 1 444 1 3 888 1 77777 1 444 333333333 444 1111111 33333333333333333333 4 5 666 3333 5 0 5 1 444 7777 2 9 000 22 2 5 0000000 1 888888888 1 22 555555 1 66 666666 66 3 777 3 3 88888 5555 000 666666666666666666666666 55 11111111111 0 55 0 0 0 3 5 4 44 22222222 22 3 7 7 8 0 00000 0 6666666
consensus : AACGACGAAAA----GTGA-CCC------C------C------A--TAGA-ATAN---TGACC--------------GGG-G---G--------TC------AGNT-TTCTAC-GT---AGGAA-A---C-T---GA---------C---C-C-AGGGTC-A-A-TATTC--TAT-GACAAAGGGGGTCT---CTT--TTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCA-----T-T---CCA---------GA---CCTGTA-------GATCTACG-C-CC--C------CTCGCGT-TGAAAA--CT----G-ACCCCC-AT-AGAAATTTGAC---CC----CTACTT-A---AAA--AT-TACANA-------AAAA-CATAT---AA--G-TAGA--GG-----CAATA-CG-CGTA------GTAT--CA-CA---GGTT-TGG-GGGA--G-GGGCAGTGA----AAGC---GAA-------GT------TA-CA-GTAGTATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCCCGTTTTTACGCTACACTTGAGTTAC-ATGTAA--------AACATC--AGTTTGAA-TAAAACGATT-TCGGTGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCCTTG-ATGG-TCCCTTTAGCTT
Reference ( gi|3 ) : AACGACGAAAA----GTGA-CCC------C------C------A--TAGA-ATAA---TGACC--------------GGG-GA--G--------TC------AAGT-TTCTAC-GT---A-AAA-A---C-T---GA---------C---C-C-AGGGTC-A-A-TATTC--TAT-GACAAAGAGGGTCT---CTT--TTTTTAC---C-GTA-G---AAA-ACCA-----T-T---CCA---------GA---CCTGTA-------GA-------------C------CTCGCGT-TGAAAA--TT----G-ACCCCC-AT-AGAAATTTTAC---CC----CTAATT-A---AAA--AT-TACAGA-------AAAA-CAT-T---AA--G-TAGA--GG-----TAATA-CGCCGTA------GTAT--CA-CA---GGTT-TGG-GGG---G-GGGCAGTGA----AAGC---GAA-------GT------TA-CATGTGGTATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCACGTTCTTACGCTACACTTGAGTTAC-ATGTAA--------AACATC--AGTTCGAA-TAAAACGATT-TCGGCGTTAATCTTGAAATA-CTAAATAAATCAGCTTGCCTTGTGTGATTCCCTTTAGCTT
gi|9 : AACGACGAAAA----GTGA-CCC------C------C------A--TAGA-ATAA---TGACC--------------GGG-GA--G--------TC------AAGT-TTCTAC-GT---AGAAA-A---C-T---GA---------C---C-C-AGGGTC-A-A-TATTC--TAT-GACAAAGAAGGTCT----TT--TTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCA-----T-T---CCA---------GA---CCTGTA-------GA-------------C------CTCGCGT-TGAAGA--TT----G-ACCCCC-AT-AGAAATGTGAC---CC----CTAATT-A---AAA--AT-TACAGA-------AACA-CAT-TA--AA--G-TAGA--GG-----TAATA-CG-CGTA------GTAT--CA-CA---GGTT-TGG-GGGA--G-GGGCAGTGA----AAGC---GAA-------GT------TA----GTAGTATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCATT-TCATGTTCTTACACTACACTTAAGTTAC-ATGTA
gi|4 : AACGACGAAAA----GTGA-TCC------C------G------A--TAGA-TTGA---TGACT--------------GGG-GGAGG--------TC---------T-TTCTAC-GA---AGAAA-A---C-T---GA---------C---C-A-AGGGTC-A-A-TATTC--TAT-GGCAAAGAAGGTCT----TT--TTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCG-----T-T---C------------A---TCTAC--------GA-------------CTTCC--CTCGCGT-TGAAAA--AT----G-ACCCCC-AT-AGAAAGTTAAC---CC----GGACTG-A---AAA--AT-TACATA-------CAAA-TAGAT---AA--G-TAGA--GG-----CAATA-CGC-GTA------GTAT--CA-CA---GGTT-TGG-GGGA--G-GGGCAGTGA----AAGC---GAA-------GT------TA-------GTAAGTT--CCCATCCT-----------TCAAAGATA-GGC--A-GAATTATGTAG-GTGTT-TCCCATTTTTACGTAACACTTGAGTTAG-ACGTAC--------AACATC--AGTTTGAA-TAAAACGATT-GCGGTGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTGGCCTAG-ATGG-TCTCTTTAGCTT
gi|5 : gtAATGACGACAA----GTGA-CCC------C-------------A--TAAA-ATAA---TGACC--------------GGG-T---T--------TC------AAGT-TTCTAC-GT---AGAAA-A---G-T---GA---------C---C-C-AGGGTC-A-A-TATTC--TAT-GACAAAGAGGGTC----CTT--T--------------------------------------CCA---------GA---CCTGTA-------GATCTATGACTTC--C------CTACCGT-TGAAAA--TT----G-ACCCC--AC-AGAAATTTGAC---CC-----TAATT-A---AAA--AT-TACAGA-------AAAAACAT-A---AAA-G-TAGA--AG-----TAATA----------------------------GGTT-TGG-AGG---AAGGGCAGTGA----AAGC---GAA-------GT------TA-CATGTAGTATGTC--CCCATCCT-----------TAAAGGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCATT-TCACGT-------------TTGAGTTAC-ATGTAA--------AGCATC--AGTTCGAA-TAAAACGATT-TCGGCGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCTTTG-ATGA-TCCCTTTAGCTt
gi|10 : gtAACGACGAAAA----GTGA-CCC------C------C------A--TATA-ATAA---TGACC--------------GGG-GA--G--------TC------AAGT-TTCTAC-GT---AGAAA-A---C-T---GA---------C---C-C-AGGGTC-A-A-TATTC--TAT-GACAAAAGGGGTCT---C-T--TTTCTAC---C-GTA-G---AAT-ACCA-----T-T---CCA---------GA---CCTGTA-------GA-------------C------CTCGCGT-TGAAAA--TT----G-ACCCCC-AT-AGAAATTTGAC---CC----CTAATT-A---AAA--AT-TACAGA-------AAAA-CAT-TA--AA--G-TAGA--GG-----TAATA-CG-CGTA------GTAT--CA-CACTGGGTT-TGG-GGGA--G-GGGCAGTGA----AAGC---GAA-------GT------TA-CATGTAGTATGTC--CCCAACCct
gi|2 : gtAACGACGAAAA----GTGA-CAC------C------C------A--TAGA-ATAA---TGACA--------------GGA-GA--G--------TC------AAAT-TTCTAA-GT---AGAAA-A---C-T---GA---------C---C-C-AGGGTC-A-A-TATTC--TAT-GGTAAGAGGGGGCT----TT--TTTCTAC---C-GTA-A---AAA---CA-----T-T---CCA---------GA---CATGTA-------AATCTACGACTCC--C------CTCATGT-TGAAAA--AT----T-ACCTC--AT-AGAAATTTGAC---CC----CCG-CT-A---AAA--ATGTGCATG-------AAAA-TATAT---AC--G-TAGA--GGCAATATAATA-CGC-GTA------GTAT--CA-CA---GGTT-GGG-GGA---G-GGTCAGTAA----AAGC---GAA-------GT------TA-------GTAAGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-AGC--G-GAATCATGGAT-GTGTT-TCCCGTTTTTACGCTACACTTGAGTTAA-ATGAAA--------AA---C--AGTTTGAA-TAAAACGATT-TAGGTGTTAATCTGGCAATG-CT-----AGTCAGCTTGCCTTA-ATGG-TCCCTT
gi|6 : tgtAACGACGAAAA----TTGA-CCT------C------C------A--TAGA-AATA---TGACC--------------GGG-AG--G--------TC------AAAT-TTCTAC-GT---AGAAA-A---C-T---AA---------C---C-C-AGGGTC-A-A-TATTT--TAT-GGCAAAGGGGATCT----TT--TATCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCA-----T-T---CCA---------AA---CCTGTA-------GATCTACGACTCC--C------CTCACGT-TGAAAG--AT----G-ACCCCC-AT-AGAAATTTC-T---CC----CTGACTGA---AAA--AT-TACATG-------AAAA-TATAT---AAAAG-TACA--GG-----CAATA-CGT-GTA------GTAT--CA-TA---GGTT-TGG-GGGA--G-GGGCAGTGA----AAGT---AAA-------G-------------GTAGTATGTCTTCCTATCC----------------------GGA--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCACGTTTTTATGCTACACTTGAGTTAA-ATGTAA--------AACATC--AGTTTGAA-TAAAACGATT-TCGaaaaataacttttt
gi|7 : tgtAACGACTAAAA----GTGA-CCC------C------C------A--AGGA-ATAA---TAACGAGAGGAGAGGGGGGGGG-AA--A--------GC------AAAT-TTCTAC-GT---AGAAA-A---C-T---CA---------T---C-C-AGGGTC-A-A-TATTC--TAT-GACAAAAAGGGTCT-----T--TTTCTAC---C-TTT-A---AAA-ACCA-----T-T---CCA---------GA---CCTGTA-------GATCTACGACTCC--C------CTCGCGT-TGAAAA--CT----G-ACCCCC-AT-AGAAATTTGAC---CC----AT--CT-A---AAA--AT-TACATA-------AAAA-CATGT---AAAAG-TAGA--GG-----CAATA-CGT-GTA------GTGA--CA-CA---GGTT-TGG-GGG---ACGGGCAGTGA----AAGC---AAA-------GT------TA-------GTGTGTC--CCCATCAT-----------TAAAAGGTG-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCCCGTTTGTTCGCTACACTTGGGGTAC-CTGa
gi|8 : aAACGACGAAAA----GTGA-CCC------C------C------A--TAGA-ATAA---TGACC--------------GGG-GA--G--------TC------AAGT-TTCTAC-GT---AGAAA-A---C-T---GA---------C---C-C-AGGGTC-A-A--ATT---TATCAACAAAGA-GGTAT---TTT--TTTCTAC---CAGTATG---AAA-ACCA-----TAT---ACA---------GA---CCTGTA-------GA-------------CCGT---CTCGAGTATGAAAT--TG----G-ACCACA-ATCAGAAAGTTGAC---CC----TTAAGT-A---AAA--AT-TACAGA-------AAAA-CAT-T---AA--ACTAGA--GG-----TAATA-CG-CGTAGTACATGTAT--CA-CA---GATTCTGG-GGA---G-GGGCAGTGA----AAGC---GAA-------GTTACATGTA-CATGTAGTACGTC--CCCATCCTTAATAGGGCTATAAAAGATA-GAC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TC
gi|16 : gtAACAACGAAAA----GTAA-CCC--------------------A--TAGA-ATAA---TGACC--------------GGG-GG--GGGGGGTGTTC------TAGT-TTCTAC-GT---A-GAATA---C-T---GA---------C---C-C-AGGGTC-A-A-TATTC--TAT-GACAAA
gi|12 : gtAACGACGAATT----ATGA-CCC------C------C------G--GAGA-AAGA---GGACCG-------------GGG-GG--G--------TC------GTCT-TTCGTC-GT---AGAAA-A---A-T---GA---------C---C-TGGGGGTCTT-A-T-TTC--GAT-GAAAGACACGGTC----ATT--TTTCAAC---C-GTA-G---AAA-ATCA-----T-TCACCCA---------CAATGCCAATAATTTTACGACTCC---------C------CTCATGT-GAAAAA--AT----G-ACCCCCTGT-AGAAATATGAC---CT----C
gi|19 : AACAATGAAAATTAAGTGA-CCC------C------C------A--TAGA-ATAT---TTACC--------------GGG-G---G--------TC------AAGT-TTCTAC-GT---AGAAA-A---C-T---GA---------C---ggggtaaacttttgacgtacattgaagtctg
gi|23 : gtAACGACGAAAA----GTGA-CCC------C------C------A--TAGA-AT
gi|4 : gtGAAAA----AAGA-CCTTCTTTGC------C------A--TAGA-ATAT---TGACC--------------CTT-G---G--------TC------AGTT-TTCTTC-GT---A-GAA-AGACC-T---CC---------C---C-C-A--GTC-A-T-CAATC--TAT-
gi|5 : gtaacgacgaaaagtgatcccgGGAAA----G-GA-CCC------T------CTTTGTCA--TAGA-ATAT---TGACC--------------CTG-G---G--------TC------ACTT-TTCTAC-GT---A-GAA-A---C-TTGAAA---------C---C-C---GGTC-A-T-TATTT--TAT-G-------GGGTCA---CTT--taccgtagaaaaccgttcatctacgacttccctcgcgttgaaaaatgacccccatagaaagttaacccggactgaaaaattacatacaaatagataagtagaggcaatacgcgtagtatcacaggtttgggggaggggcagtgaaagcgaagttagtaagttcccatccttcaaagataggcagaattatgtaggtgtttcccatttttacgtaacacttgagttagacgtacaacatcagtttgaataaaacgattgcggtgttaatcttgaaatactagtcagctggcctagatggtctctttagcttt
gi|10 : gtaatgacgacGAAAA----GAGA-CCC------CTTTTGTC------A--TAGA-ATAT---TGACC--------------CTG-G---G--------TC------AGTT-TTCTAC-GT---A-GAA-A---CTT---GA---------CT--C-C-CCGGTC-A-T-TATTA--TAT-------GGGGGTCA---CTT--TTagacctgtagatctatgacttccctaccgttgaaaattgaccccacagaaatttgaccctaattaaaaattacagaaaaaacataaaagtagaagtaataggtttggaggaagggcagtgaaagcgaagttacatgtagtatgtccccatccttaaaggataggcagaattatggatgcatttcacgtttgagttacatgtaaagcatcagttcgaataaaacgatttcggcgttaatcttgaaatactagtcagcttgctttgatgatccctttagctct
gi|7 : gtaacgacgGAAAA----A-GA-CCC------TTTTTGTC------A--TAGA-ATAT---TGACCCT------------GGATGA--G--------T----------T-TTCTAC-GT---A-GAA-A---T-T---taccgtagaataccattccagacctgtagacctcgcgttgaaaattgacccccatagaaatttgacccctaattaaaaattacagaaaaacattaaagtagaggtaatacgcgtagtatcacactgggtttgggggaggggcagtgaaagcgaagttacatgtagtatgtccccaacc
gi|1 : aaacgactaaaagtgacccccaaggaataataacgagaggagagggggggggaaagca----GTGAACCC------C------C------ACTTAGATACAA---CA--C--------------GGG-G------------TCCACCGCAATT-TTCTACCGCTAAA-AAA-A---C-T---GA---------C---C-A-GGGGTC-A-A-TATTCGCTAT-GACAAGCAGGGTCC---TTT--TTATTCG---C-ATA-G---AAACACCT-----C-T---CCAAGTCTAATTGA---TCT-TAC------GA-------------CTTGCTCCTC-CGC-TGAAAAAACT----GTACCCCCCAT-TAGAATCTTGCAGTCC----CTACTT-A---AG------CACAGCTCTCGCTAAAA-C---TGAAAA--G-TAGACGGG-----CAATAGTGACTTA------GTGCTCCA-CACCGAGTT-TGG-AGGCGAG-GGCCAGTTA----AAACAGTGAACCACAGCAT------TAGCACG-AATATGGT--CTCATCCC-----------TAAAAGAGACGGCCAACAAACTAAGGATTACGTTCTCCCGTT--TACG-TACACTTAATTTACCATGAAAGTCTACCCAACATCTCAGTTTGAAATAAAACGACTCTCGGTGTTAATCTTGGAACAGCT-----AGTCAGCTTGCCTT-CATGGCTCCTTTTtacctttaaaaaccattccagacctgtagatctacgactcccctcgcgttgaaaactgacccccatagaaatttgacccatctaaaaattacataaaaacatgtaaaagtagaggcaatacgtgtagtgacacaggtttgggggacgggcagtgaaagcaaagttagtgtgtccccatcattaaaaggtgggcagaattatggatgcgtttcccgtttgttcgctacacttggggtacctg
gi|2 : ------C------C------A--TAGA-ATAT---TGACC--------------CTG-G---G--------TC------AGTT-TTCTAC-TT---A-GAA-AT--T-T---GA---------CTCTC-C---TGTC-A-T-TATTC--TAT-Gc
gi|6 : tgtaacgacgaaaagtgacacc------C------C------A--TAAA-ATAT---TGACC--------------CTG-G---G--------TT------AGTT-TTCTAC-GT---A-GAA-AT--T-T---GA---------C---CTC-CCGGTC-ATA-T-TTC--TAT-Gtaagagggggcttttttctaccgtaaaaacattccagacatgtaaatctacgactcccctcatgttgaaaaattacctcatagaaatttgacccccgctaaaaatgtgcatgaaaatatatacgtagaggcaatataatacgcgtagtatcacaggttgggggagggtcagtaaaagcgaagttagtaagtccccatccttaaaagataagcggaatcatggatgtgtttcccgtttttacgctacacttgagttaaatgaaaaacagtttgaataaaacgatttaggtgttaatctggcaatgctagtcagcttgccttaatggtcccttaaaaataacttttt
gi|9 : tgtaacgacgaaaattgacctc------C------A--TAGA-ATAT---TGACC--------------CTG-G---G--------TC------AGTT-TTCTAC-GT---A-GAA-A---CTT---GA---------CT--C-C-CCGGTC-A-T-TATTC--TAT-------GGGGGTCA---CTT--TTcaaaggggatcttttatctaccgtagaaaaccattccaaacctgtagatctacgactcccctcacgttgaaagatgacccccatagaaatttctccctgactgaaaaattacatgaaaatatataaaagtacaggcaatacgtgtagtatcataggtttgggggaggggcagtgaaagtaaaggtagtatgtcttcctatccggaagaattatggatgcgtttcacgtttttatgctacacttgagttaaatgtaaaacatcagtttgaataaaacgatttcga
gi|16 : aacgacg------C------A--TAGA-ATAT---TGACC--------------CTG-G---G--------TC------A-GTATTCTAC-GT---A-GAA-A---C-TA--GAACACCCCCCC---C-C-CCGGTC-A-T-TATTC--TAT-Gacaaagaaggtcttttttctaccgtagaaaaccattccagacctgtagacctcgcgttgaagattgacccccatagaaatgtgacccctaattaaaaattacagaaacacattaaagtagaggtaatacgcgtagtatcacaggtttgggggaggggcagtgaaagcgaagttagtagtatgtccccatccttaaaagataggcagaattatggatgcatttcatgttcttacactacacttaagttacatgta
gi|21 : gtaacaacgaaaagtaacc------C------A--TAGT-ATAT---TGACC--------------CTG-G---G--------TC------AGTT-TTCTAC-GT---A-acaaa
gi|8 : -ATAAATTTGACC--------------CTG-G---G--------TC------AGTT-TTCTAC-GT---A-GAA-A---CTT---GA---------CT--C-C-CCGGTC-A-T-TATTC--TAT-------GGGGGTCA---CTT--TTacaaagagggtcttt
gi|13 : gtaacgacgA--G--------AC------AAAT-TTCTAC-GT-------------C-T----A---------T---C-C-AGGATC-A-AATATAA--TGT-GACATAGAGTGCCCGAACTA-------ACATGC-GTA-GGAAAAA-ACCA-----T-T---CAA---------GA---CCTGTA-------GATTTACGGGACTCCC------CTCACG--TGCAAA--CT----G-AACCCC-TT-AG--------C---CCTCTGTTGCTT-A---CAA--AC-T---GA-------TGAA-CGC-----------TAGA--GA-----ACATA-CG-CGTA------GTAA--CACCA---TGGT-TGG-AGGAA-G-GGGCcaacaaagaggtatttttttctaccagtatgaaaaccatatacagacctgtagaccgtctcgagtatgaaattggaccacaatcagaaagttgacccttaagtaaaaattacagaaaaacattaaactagaggtaatacgcgtagtacatgtatcacagattctggggaggggcagtgaaagcgaagttacatgtacatgtagtacgtccccatccttaatagggctataaaagatagacagaattatggatgcgtttc
gi|19 : caggcgca--G--------TC------AGTT-TTCTAC-GT---A-GAA-A---CTT---GA---------C---C-C-CCGGTA-A-A-TATTC--TAT-------GGGGGTCA---CTTAATTTTCAT---T-GTcg
gi|21 : gtaTAC-GT---AGAAA-A---C-T---GA---------C---C-C-AGGGTC-A-A-TATAC--TAT-GACAAAGAGGGTCT---TT
gi|14 : GGTCT---TTT--TTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCATTGACT-T---CCA---------GA---CCTGTA-------GATCTGTCTCC----C------CTCACGT-T-AAAA--CT----T-ACCCCC-AT-AGAAATTTGAC---CC----CTACGT-ACATAAACTATATATATA-------AAAA-C----------------------------GTA-CG-CGTA------GTAT--CA-CA---GGTT-TTG-AGG---A-GG
gi|11 : A-ATCA-----T-A---CCA---------GA---TCTGTA-------GATCTACAACTCC--C------CTCGCGT-TGAAAA--TT----G-ACCCCC-AT-AGAAATTTGAC---CC----CTACTT-A---AAA--AT-TACATA-------AGAA-GATATAA-AA--G-TAGA--TG-----CAATA-CG-CGTA------GTAT--CA-CA---GGTT-AGGAGGA---A-GGGCATTGACTTCAAGC---AAA-------GT-------------TGATATGTT--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAA-GCGTT-TCCCG--ATTGCGCTACACTTGAGTTAtgataggttgaaa
gi|15 : -------------C------CTCGCAT-TGAAA---CT----G-AGCCCC-AT-ACAAATTTGAA---CT----CCACTT-A---GAA--AT-TAAATA-------AAAA-CATATAA-AA--G-GAGA--GG-----CAATA-C
gi|20 : gaccggtagaattaacgactcc-------------C------CTTATGT-TGAGA---CT----G-ACCCCC-AT-AGAAATTTTAC---GG----CTACTT-A---
gi|19 : ctgtagatctccgactcc-TGAAAA--TTAAGTG-ACCCCC-AT-AGAATATTTAC---Cttga
gi|22 : gtaacaaATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCACGTTgggggtcaagtttctacgtagaaaactgac
gi|18 : GTAA--------AACATC--AGTTTGAA-TAAAACGATT-TTGGTGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCCTTG-ATGG-TCTCTTTAgagttaca
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AACGGCGAATTATGACCCCTGGAGAAAGAGGACGGGGGGGGGTCATATAAAAGTGGACACCCGTACCTTCCACTTCCGATTAGAGACAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111 22222222222 11111 22222222222 11111 4444444444444444444 1111 111 444444444444444 111111 11111111111 22222222 11111
lowQualScore : 5555 2 2 33 2 2 6 777777777777 2 66666666666 777777 55 33 5555 2 33 8 2 2 5 2 33 2 1 99999 11111111111 2 2 555 2 2 11111 444 2 2 8888888888888888888 2 0 2 666 2 666666 4 4 33 0 6666 2 1 2 2 6666 33 2 33 77777 3 555 888888 44 3 333 44 3 44 7777 666 333333333333333 000000 55 99999999999 3 55 3 3 3 2 4 0 5 00000000 77 5 5 6 66666 6 6
lowQualScore : .... . . .. . . . ............ . ........... ...... .. .. .... . .. . . . . . .. . . ..... ........... . . ... . . ..... ... . . ................... . . . ... . ...... . . .. . .... . . . . .... .. . .. ..... . ... ...... .. . ... .. . .. .... ... ............... ...... .. ........... . .. . . . . . . . ........ .. . . . ..... . .
lowQualScore : 7777 7 7 77 7 7 6 555555555555 9 44444444444 222222 66 44 0000 4 22 7 7 7 3 7 77 7 4 11111 44444444444 9 9 000 7 7 33333 444 4 4 1111111111111111111 4 1 4 222 4 888888 7 7 22 2 1111 9 0 9 9 4444 99 9 99 11111 1 444 888888 22 1 888 22 1 66 1111 444 777777777777777 555555 00 00000000000 6 00 6 6 6 5 6 1 0 77777777 99 7 7 7 77777 7 7
consensus : AACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAG-AA-TAATGACC------------GGG-G-G---------TC------AAGT--TTC----TAC-GT--AGAAAACTGACCCAG-GG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAGGGTCT---CTTTTTCTAC-----------C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----CCAGA---C-CTG-TAGATCT-A-CGAC--T---C--CCCT-CGCGT-TGAAAA--NTG-ACC------CCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTACTTAAAAA----T-TACATAAAA-A-CATAT--AA--G-TAGA--GGCAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTACA-------G---TAG------TATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCNCGTTTTTACGCTACACTTGAGTTAC-ATGTAA--------AACATC--AGTTCGAA-TAAAACGATT-TCGGCGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCCTTG-ATGG-TCCCTTTAGCTT
Reference ( family-291 ) : AACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAG-AA-TANTGACC------------GGG-G-G---------TC------AGNT--TTC----TAC-GT--AGGAAACTGACCCAG-GG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGGGGGTCT---CTTTTTCTAC-----------C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----CCAGA---C-CTG-TAGATCT-A-CG----C---C--CCCT-CGCGT-TGAAAA--CTG-ACC------CCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTACTTAAAAA----T-TACANAAAA-A-CATAT--AA--G-TAGA--GGCAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTACA-------G---TAG------TATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCCCGTTTTTACGCTACACTTGAGTTAC-ATGTAA--------AACATC--AGTTTGAA-TAAAACGATT-TCGGTGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCCTTG-ATGG-TCCCTTTAGCTT
gi|1 : ----GTGAACCCCC-ACTTAG-A--TAC-AACA------------CGG-G-G---------TCCACCGCAATT--TTC----TACCGCTAAAAAAACTGACCAGG-GG-TCA-A-TATTCGCTAT-GACAAGCAGGGTC----CTTTTTATTCG----------C-ATA-G---AAACACCTC-T-----CCAAG---T-CTAATTGATCTTA-CGA---CTTGC--TCCT-C-CGC-TGAAAAAACTGTACC------CCCCATTAGAATCTTGCAGTCCCTACTTAAGCACAGCT-CTCGCTAAA-A-CTGAA--AA--G-TAGACGGGCAATA------G-TGACTTA------GTGCTCCA-CACCGAGTTTGGAGGCGAGG-GCCAG--TTA----AAACAGTGAA-CCACA-------GCATTAGCACGAATATGGT--CTCATCCC-----------TAAAAGAGACGGCCAACAAACTAAGGATTACGTTCTCCCGTTT--ACG-TACACTTAATTTACCATGAAAGTCTACCCAACATCTCAGTTTGAAATAAAACGACTCTCGGTGTTAATCTTGGAACAGCT-----AGTCAGCTTGCCTTC-ATGG-CTCCTTT
gi|10 : AACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAT-AA-TAATGACC------------GGG-GAG---------TC------AAGT--TTC----TAC-GT--AGAAAACTGACCCAG-GG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAAGGGGTCT---CTTTT-CTAC-----------C-GTA-G---AAT-ACCAT-T-----CCAGA---C-CTG-TAGA--------------------CCT-CGCGT-TGAAAA--TTG-ACC------CCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTAATTAAAAA----T-TACAGAAAA-A-CATTA--AA--G-TAGA--GGTAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CACTGGGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTACAT------G---TAG------TATGTC--CCCAACCtc
gi|11 : gtA-ATCAT-A-----CCAGA---T-CTG-TAGATCT-A-CAAC--T---C--CCCT-CGCGT-TGAAAA--TTG-ACC------CCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTACTTAAAAA----T-TACATAAGA-A-GATATAAAA--G-TAGA--TGCAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTAGGAGG--AAG-GGCAT--TGACTTCAAGC---AAAGT---------------TGA------TATGTT--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAA-GCGTT-TCCCG--ATTGCGCTACACTTGAGTTA
gi|12 : AACGACGAATT----ATGA-CCCCC-G--GAG-AA-AGAGGACC------------GGG-G-GGG-------TC------GTCT--TTC----GTC-GT--AGAAAAATGACCTGG-GGGTCTTA-T-TTC--GAT-GAAAGACACGGTC----ATTTTTCAAC-----------C-GTA-G---AAA-ATCAT-TCAC--CCACAATGC-CAA-TAATTTT-A-CGAC--T---C--CCCT-CATGT-GAAAAA--ATG-ACC------CCCTGT-AGAAATATG--ACCTC
gi|12 : C------AGAC--TTCAATGTAC-GT--CAAAAGTTTACCCCGAGG-TCATA-T-TTC--TAC------AGGGGGTCA---TTTTTTC-ACATGAGGGGAGTC-GT------AAA-ATTAT-T--------GG---CATTG-TGGGTGA-A-TGA---T---T--TTCTACG-GT-TGAAAA--ATG-ACCGTGTCTTTC-AT-CGAAATAAG--ACCCCCAggggtaaacttttgacgtacattgaagtctg
gi|12 : aacgacgaattatgacccccggagaaagaggaccgggggggtcgtctttcgtcgtagaaaaatgaccAAAA----ATGA-CCCCCTG--TAGAAA-TA-TGACCT-----------CGG-G-G---------TA------AACT--TTT----GAC-GT--A
gi|13 : aacgacgaattatgacccccggagaaagaggaccgggggggtcgtctttcgtcgtagaaaaatgacctgggggtcttatttcgatgaaagacacggtcatttttcaaccgtagaaaatcattcacccacaatgccaataattttacgactcccctcatgtgaC------AAAT--TTC----TAC-GT--------CT-ATCCAG-GA-TCA-AATATAA--TGT-GACATAGAGTGCCCGAACTA-----ACATG--------C-GTA-GGAAAAA-ACCAT-T-----CAAGA---C-CTG-TAGATTT-A-CGGGACT---C--CCCT-CACG--TGCAAA--CTG-AAC------CCC-TT-AGCCCTCTG------TTGCTTACAAA----C-TG-ATGAAC-G-C------------TAGA--GAACATA-----CG-CG---TA------GTAA--CACCAT--GGTTGGAGGA--AGG-GGCcattgaagtctg
gi|14 : caggcgcaagaGGTCT---TTTTTTCTAC-----------C-GTA-G---AAA-ACCAT-TGACTTCCAGA---C-CTG-TAGATCT-G-TC----T---C--CCCT-CACGT-T-AAAA--CTT-ACC------CCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTAC-----------G-TACATAAACTA-TATAT--A-----TAAA--AAC-GTA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTTGAGG--AGGTGATAGGTTGA----AAcg
gi|15 : GA---C-CGG-TAGAATT-AACGAC--T---C--CCCT-CGCAT-TGAAA---CTG-AGC------CCC-AT-ACAAATTTG--AACTCCACTTAGAAA----T-TAAATAAAA-A-CATATAAAA--G-GAGA--GGCAATA-----C
gi|16 : AACAACGAAAA----GTAA-CCC---A--TAG-AA-TAATGACC------------GGG-G-GGGGGGGTGTTC------TAGT--TTC----TAC-GT--AGAATACTGACCCAG-GG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAA
gi|18 : gtGTAA--------AACATC--AGTTTGAA-TAAAACGATT-TTGGTGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCCTTG-ATGG-TCTCTTTA
gi|19 : aAACAATGAAAATTAAGTGA-CCCCC-A--TAG-AA-TATTTACC------------GGG-G-G---------TC------AAGT--TTC----TAC-GT--AGAAAACTGAC
gi|2 : gtAACGACGAAAA----GTGA-CACCC-A--TAG-AA-TAATGACA------------GGA-GAG---------TC------AAAT--TTC----TAA-GT--AGAAAACTGACCCAG-GG-TCA-A-TATTC--TAT-GGTAAGAGGGGGCT----TTTTTCTAC-----------C-GTA-A---AAA---CAT-T-----CCAGA---C-ATG-TAAATCT-A-CGAC--T---C--CCCT-CATGT-TGAAAA--ATT-ACC------TC--AT-AGAAATTTG--ACCCCCGCT-AAAAA----TGTGCATGAAA-A-TATAT--AC--G-TAGA--GGCAATATAATACG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTT-GGGGG--AGG-GTCAG--TAA----AAGC---GAAGTTA---------------G------TAAGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-AGC--G-GAATCATGGAT-GTGTT-TCCCGTTTTTACGCTACACTTGAGTTAA-ATGAAA--------AA---C--AGTTTGAA-TAAAACGATT-TAGGTGTTAATCTGGCAATG-CT-----AGTCAGCTTGCCTTA-ATGG-TCCCTT
gi|20 : tgt-CTG-TAGATCT-C-CGAC--T---C--CCCT-TATGT-TGAGA---CTG-ACC------CCC-AT-AGAAATTTT--ACGGCTACTTAaaaaataacttttt
gi|21 : ----TAC-GT--AGAAAACTGACCCAG-GG-TCA-A-TATAC--TAT-GACAAAGAGGGTCT---TTttga
gi|22 : ATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCACGTT
gi|23 : AACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAG-AA-Tgagttaca
gi|3 : gtAACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAG-AA-TAATGACC------------GGG-GAG---------TC------AAGT--TTC----TAC-GT--AA-AAACTGACCCAG-GG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAGGGTCT---CTTTTTTTAC-----------C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----CCAGA---C-CTG-TAGA--------------------CCT-CGCGT-TGAAAA--TTG-ACC------CCC-AT-AGAAATTTT--ACCCCTAATTAAAAA----T-TACAGAAAA-A-CAT-T--AA--G-TAGA--GGTAATA-----CGCCG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG---GG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTACAT------G---TGG------TATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCACGTTCTTACGCTACACTTGAGTTAC-ATGTAA--------AACATC--AGTTCGAA-TAAAACGATT-TCGGCGTTAATCTTGAAATA-CTAAATAAATCAGCTTGCCTTGTGTGATTCCCTTTAGCTT
gi|4 : AACGACGAAAA----GTGA-TCCCG-A--TAG-AT-TGATGACT------------GGG-G-G-----------------AGGTCTTTC----TAC-GA--AGAAAACTGACCAAG-GG-TCA-A-TATTC--TAT-GGCAAAGAAGGTCT----TTTTTCTAC-----------C-GTA-G---AAA-ACCGT-T-----C----------------ATCT-A-CG----A---CTTCCCT-CGCGT-TGAAAA--ATG-ACC------CCC-AT-AGAAAGTTA--ACCCGGACTGAAAAA----T-TACATACAA-A-TAGAT--AA--G-TAGA--GGCAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTA---------------G------TAAGTT--CCCATCCT-----------TCAAAGATA-GGC--A-GAATTATGTAG-GTGTT-TCCCATTTTTACGTAACACTTGAGTTAG-ACGTAC--------AACATC--AGTTTGAA-TAAAACGATT-GCGGTGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTGGCCTAG-ATGG-TCTCTTTAGCTT
gi|5 : gtAATGACGACAA----GTGA-CCCC--A--TAA-AA-TAATGACC------------GGG-T-T---------TC------AAGT--TTC----TAC-GT--AGAAAAGTGACCCAG-GG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAGGGTC----------CT-------------------------------T-T-----CCAGA---C-CTG-TAGATCT-A-TG----A---CTTCCCT-ACCGT-TGAAAA--TTG-ACC------CC--AC-AGAAATTTG--ACCC-TAATTAAAAA----T-TACAGAAAA-AACATAA--AA--G-TAGA--AGTAATA-----------------------------------GGTTTGGAGG--AAG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTACAT------G---TAG------TATGTC--CCCATCCT-----------TAAAGGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCATT-TCACGTTT-------------GAGTTAC-ATGTAA--------AGCATC--AGTTCGAA-TAAAACGATT-TCGGCGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCTTTG-ATGA-TCCCTTTAGCTt
gi|6 : gtAACGACGAAAA----TTGA-CCTCC-A--TAG-AAATA-TGACC------------GGGAG-G---------TC------AAAT--TTC----TAC-GT--AGAAAACTAACCCAG-GG-TCA-A-TATTT--TAT-GGCAAAGGGGATCT----TTTATCTAC-----------C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----CCAAA---C-CTG-TAGATCT-A-CGAC--T---C--CCCT-CACGT-TGAAAG--ATG-ACC------CCC-AT-AGAAATTTC--TCCCTGACTGAAAAA----T-TACATGAAA-A-TATAT--AAAAG-TACA--GGCAATA-----CG-TG---TA------GTAT--CA-TA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGT---AAAG------------G---TAG------TATGTCTTCCTATCC----------------------GGA--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCACGTTTTTATGCTACACTTGAGTTAA-ATGTAA--------AACATC--AGTTTGAA-TAAAACGATT-TCGct
gi|7 : tgtAACGACTAAAA----GTGA-CCCCC-A--AGG-AA-TAATAACGAGAGGAGAGGGGGGG-G-GAAA------GC------AAAT--TTC----TAC-GT--AGAAAACTCATCCAG-GG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAAAGGG--T---CTTTTTCTAC-----------C-TTT-A---AAA-ACCAT-T-----CCAGA---C-CTG-TAGATCT-A-CGAC--T---C--CCCT-CGCGT-TGAAAA--CTG-ACC------CCC-AT-AGAAATTTG--ACCC--ATCTAAAAA----T-TACATAAAA-A-CATGTAAAA--G-TAGA--GGCAATA-----CG-TG---TA------GTGA--CA-CA---GGTTTGGGGG--ACG-GGCAG--TGA----AAGC---AAAGT---------------TAG------TGTGTC--CCCATCAT-----------TAAAAGGTG-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCCCGTTTGTTCGCTACACTTGGGGTAC-CTGa
gi|8 : aAACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAG-AA-TAATGACC------------GGG-GAG---------TC------AAGT--TTC----TAC-GT--AGAAAACTGACCCAG-GG-TCA-A--ATT---TATCAACAAAGAGG-TAT---TTTTTTCTAC-----------CAGTATG---AAA-ACCATAT-----ACAGA---C-CTG-TAGA------------C---C--GTCT-CGAGTATGAAAT--TGG-ACC------ACA-ATCAGAAAGTTG--ACCCTTAAGTAAAAA----T-TACAGAAAA-A-CAT-T--AA--ACTAGA--GGTAATA-----CG-CG---TAGTACATGTAT--CA-CA---GATTCTGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTACATGTACATG---TAG------TACGTC--CCCATCCTTAATAGGGCTATAAAAGATA-GAC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TC
gi|9 : gtAACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAG-AA-TAATGACC------------GGG-GAG---------TC------AAGT--TTC----TAC-GT--AGAAAACTGACCCAG-GG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAAGGTCT----TTTTTCTAC-----------C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----CCAGA---C-CTG-TAGA--------------------CCT-CGCGT-TGAAGA--TTG-ACC------CCC-AT-AGAAATGTG--ACCCCTAATTAAAAA----T-TACAGAAAC-A-CATTA--AA--G-TAGA--GGTAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTT--A-------G---TAG------TATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCATT-TCATGTTCTTACACTACACTTAAGTTAC-ATGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AACGGCGAATTATGACCCCTGGAGAAAGAGGACGGGGGGGGGTCATATAAAAGTGGACACCCGTACCTTCCACTTCCGATTAGAGACAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111 22222222222 22222 2222 111 444444444444444 111111 11111111111 22222222 11111
lowQualScore : 5555 2 2 33 2 777777777777 2 66666666666 777777 33 2 33 2 2 2 33 2 22222 888 3 3 555 2 2 77777 555 444 2 2 888888 0 33 0 2 66666 2 5 33 0 6666 2 0 2 2 0000 2 33 77777 3 555 888888 44 3 333 44 3 44 7777 666 333333333333333 000000 55 99999999999 3 55 3 3 3 1 4 0 5 00000000 77 1 5 5 0 6 66666 6 6
lowQualScore : .... . . .. . ............ . ........... ...... .. . .. . . . .. . ..... ... . . ... . . ..... ... ... . . ...... . .. . . ..... . . .. . .... . . . . .... . .. ..... . ... ...... .. . ... .. . .. .... ... ............... ...... .. ........... . .. . . . . . . . ........ .. . . . . . ..... . .
lowQualScore : 7777 7 7 77 7 555555555555 9 44444444444 777777 77 5 44 9 9 9 99 9 44444 555 1 1 444 9 9 11111 000 777 5 8 888888 2 44 7 5 33333 5 0 44 8 1111 9 6 9 9 4444 9 99 11111 1 444 888888 22 1 888 22 1 66 1111 444 777777777777777 555555 00 00000000000 6 00 6 6 6 0 6 1 0 77777777 99 4 7 7 7 7 77777 7 7
consensus : AACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-G-G---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAGGGTCT---CTTTTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGATCT-A-C--GACT--CCCCTCGCGT-TGAAAAN----TGACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTACTTAAAAA----T-TACATAAAA-A-CATAT--AAG-TAGA--GGCAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTACA-------G---TAG------TATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCNCGTTTTTACGCTACACTTGAGTTAC-ATGTAA--------AACATC--AGTTCGAA-TAAAACGATT-TCGGCGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCCTTG-ATGG-TCCCTTTAGCTT
Reference ( family-291 ) : AACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-G-G---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAGGGTCT---CTTTTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGATCT-A-C--GACT--CCCCTCGCGT-TGAAAAN----TGACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTACTTAAAAA----T-TACATAAAA-A-CATAT--AAG-TAGA--GGCAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTACA-------G---TAG------TATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCNCGTTTTTACGCTACACTTGAGTTAC-ATGTAA--------AACATC--AGTTCGAA-TAAAACGATT-TCGGCGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCCTTG-ATGG-TCCCTTTAGCTT
gi|1 : ----GTGAACCCCC-ACTTAGATACAAC-AC--------------GG-G-G---------TCCACCGCAATT--TTCTACCGCTAAAAAAACTGACCAGGGG-TCA-A-TATTCGCTAT-GACAAGCAGGGTC----CTTTTTATTCG--C-ATA-G---AAACACCTC-T-----C---CAAG---TCTAATTGATCTTA-C--GACTTGCTCCTC-CGC-TGAAAAAACTGTACCCCCC-ATTAGAATCTTGCAGTCCCTACTTAAGCACAGCT-CTCGCTAAA-A-CTGAA--AAG-TAGACGGGCAATA------G-TGACTTA------GTGCTCCA-CACCGAGTTTGGAGGCGAGG-GCCAG--TTA----AAACAGTGAA-CCACA-------GCATTAGCACGAATATGGT--CTCATCCC-----------TAAAAGAGACGGCCAACAAACTAAGGATTACGTTCTCCCGTTT--ACG-TACACTTAATTTACCATGAAAGTCTACCCAACATCTCAGTTTGAAATAAAACGACTCTCGGTGTTAATCTTGGAACAGCT-----AGTCAGCTTGCCTTC-ATGG-CTCCTTT
gi|10 : AACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TATA-ATAATGACC------------GGG-GAG---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAAGGGGTCT---CTTTT-CTAC---C-GTA-G---AAT-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGA-----------------CCTCGCGT-TGAAAAT----TGACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTAATTAAAAA----T-TACAGAAAA-A-CATTA--AAG-TAGA--GGTAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CACTGGGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTACAT------G---TAG------TATGTC--CCCAACCtc
gi|11 : gtA-ATCAT-A-----C---CAGA---TCTG-TAGATCT-A-C--AACT--CCCCTCGCGT-TGAAAAT----TGACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTACTTAAAAA----T-TACATAAGA-A-GATATAAAAG-TAGA--TGCAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTAGGAGG--AAG-GGCAT--TGACTTCAAGC---AAAGT---------------TGA------TATGTT--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAA-GCGTT-TCCCG--ATTGCGCTACACTTGAGTTA
gi|12 : AACGACGAATT----ATGA-CCCCC-G--GAGA-AAGAGGACC------------GGG-G-GGG-------TC------GTCT--TTCGTC-GT--AGAAAAATGACCTGGGGGTCTTA-T-TTC--GAT-GAAAGACACGGTC----ATTTTTCAAC---C-GTA-G---AAA-ATCAT-T-----CACCCACAATGCCAA-TAATTTT-A-C--GACT--CCCCTCATGT-GAAAAAA----TGACCCCCTGT-AGAAATATG--ACCTC
gi|12 : AAAA----ATGA-CCCCCTG--TAGA-AATATGACCT-----------CGG-G-G---------TA------AACT--TTTGAC-GT--Aggggtaaacttttgacgtacattgaagtctg
gi|13 : aacgacgaattatgacccccggagaaagaggaccgggggggtcgtctttcgtcgtagaaaaatgacctgggggtcttatttcgatgaaagacacggtcatttttcaaccgtagaaaatcattcacccacaatgccaataattttacgactcccctcatgtgaC------AAAT--TTCTAC-GT--------CT-ATCCAGGA-TCA-AATATAA--TGT-GACATAGAGTGCCCGAACTA-----ACATGC-GTA-GGAAAAA-ACCAT-T-----C---AAGA---CCTG-TAGATTT-A-CGGGACT--CCCCTCACG--TGCAAAC----TGAACCCC-TT-AGCCCTCTG------TTGCTTACAAA----C-TG-ATGAAC-G-C----------TAGA--GAACATA-----CG-CG---TA------GTAA--CACCAT--GGTTGGAGGA--AGG-GGCcattgaagtctg
gi|14 : caggcgcaagaGGTCT---TTTTTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-TGACTTC---CAGA---CCTG-TAGATCT------GTCT--CCCCTCACGT-T-AAAAC----TTACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTACGTA------------CATAAACTA-TATAT--A---TAAA--AACG-TA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTTGAGG--AGGTGATAGGTTGA----AAcg
gi|15 : GA---CCGG-TAGAATT-AAC--GACT--CCCCTCGCAT-TGAAA-C----TGAGCCCC-AT-ACAAATTTG--AACTCCACTTAGAAA----T-TAAATAAAA-A-CATATAAAAG-GAGA--GGCAATA-----C
gi|16 : AACAACGAAAA----GTAA-CCC---A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-G-GGGGGGGTGTTC------TAGT--TTCTAC-GT--AGAATACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAA
gi|18 : gtGTAA--------AACATC--AGTTTGAA-TAAAACGATT-TTGGTGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCCTTG-ATGG-TCTCTTTA
gi|19 : aAACAATGAAAATTAAGTGA-CCCCC-A--TAGA-ATATTTACC------------GGG-G-G---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGAC
gi|2 : gtAACGACGAAAA----GTGA-CACCC-A--TAGA-ATAATGACA------------GGA-GAG---------TC------AAAT--TTCTAA-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GGTAAGAGGGGGCT----TTTTTCTAC---C-GTA-A---AAA---CAT-T-----C---CAGA---CATG-TAAATCT-A-C--GACT--CCCCTCATGT-TGAAAAA----TTACCTC--AT-AGAAATTTG--ACCCCCGCT-AAAAA----TGTGCATGAAA-A-TATAT--ACG-TAGA--GGCAATATAATACG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTT-GGGGG--AGG-GTCAG--TAA----AAGC---GAAGTTA---------------G------TAAGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-AGC--G-GAATCATGGAT-GTGTT-TCCCGTTTTTACGCTACACTTGAGTTAA-ATGAAA--------AA---C--AGTTTGAA-TAAAACGATT-TAGGTGTTAATCTGGCAATG-CT-----AGTCAGCTTGCCTTA-ATGG-TCCCTT
gi|20 : tgtCTG-TAGATCT-C-C--GACT--CCCCTTATGT-TG-AGAC----TGACCCCC-AT-AGAAATTTT--ACGGCTACTTAaaaaataacttttt
gi|21 : TAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATAC--TAT-GACAAAGAGGGTCT---TTttga
gi|22 : ATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCACGTT
gi|23 : AACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATgagttaca
gi|3 : gtAACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-GAG---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--A-AAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAGGGTCT---CTTTTTTTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGA-----------------CCTCGCGT-TGAAAAT----TGACCCCC-AT-AGAAATTTT--ACCCCTAATTAAAAA----T-TACAGAAAA-A-CAT-T--AAG-TAGA--GGTAATA-----CGCCG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG---GG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTACAT------G---TGG------TATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCACGTTCTTACGCTACACTTGAGTTAC-ATGTAA--------AACATC--AGTTCGAA-TAAAACGATT-TCGGCGTTAATCTTGAAATA-CTAAATAAATCAGCTTGCCTTGTGTGATTCCCTTTAGCTT
gi|4 : AACGACGAAAA----GTGA-TCCCG-A--TAGA-TTGATGACT------------GGG-G-G-----------------AGGTCTTTCTAC-GA--AGAAAACTGACCAAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GGCAAAGAAGGTCT----TTTTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCGT-T-----C------------------ATCT-A-C--GACT--TCCCTCGCGT-TGAAAAA----TGACCCCC-AT-AGAAAGTTA--ACCCGGACTGAAAAA----T-TACATACAA-A-TAGAT--AAG-TAGA--GGCAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTA---------------G------TAAGTT--CCCATCCT-----------TCAAAGATA-GGC--A-GAATTATGTAG-GTGTT-TCCCATTTTTACGTAACACTTGAGTTAG-ACGTAC--------AACATC--AGTTTGAA-TAAAACGATT-GCGGTGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTGGCCTAG-ATGG-TCTCTTTAGCTT
gi|5 : gtAATGACGACAA----GTGA-CCCC--A--TAAA-ATAATGACC------------GGG-T-T---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAAGTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAGGGTC----------CT-----------------------T-T-----C---CAGA---CCTG-TAGATCT-A-T--GACT--TCCCTACCGT-TGAAAAT----TGACCCC--AC-AGAAATTTG--ACCC-TAATTAAAAA----T-TACAGAAAA-AACATAA--AAG-TAGA--AGTAATA-----------------------------------GGTTTGGAGG--AAG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTACAT------G---TAG------TATGTC--CCCATCCT-----------TAAAGGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCATT-TCACGTTT-------------GAGTTAC-ATGTAA--------AGCATC--AGTTCGAA-TAAAACGATT-TCGGCGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCTTTG-ATGA-TCCCTTTAGCTt
gi|6 : gtAACGACGAAAA----TTGA-CCTCC-A--TAGA-AATATGACC------------GGGAG-G---------TC------AAAT--TTCTAC-GT--AGAAAACTAACCCAGGG-TCA-A-TATTT--TAT-GGCAAAGGGGATCT----TTTATCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----C---CAAA---CCTG-TAGATCT-A-C--GACT--CCCCTCACGT-TGAAAGA----TGACCCCC-AT-AGAAATTTC--TCCCTGACTGAAAAA----T-TACATGAAA-A-TATATAAAAG-TACA--GGCAATA-----CG-TG---TA------GTAT--CA-TA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGT---AAAG------------G---TAG------TATGTCTTCCTATCC----------------------GGA--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCACGTTTTTATGCTACACTTGAGTTAA-ATGTAA--------AACATC--AGTTTGAA-TAAAACGATT-TCGct
gi|7 : tgtAACGACTAAAA----GTGA-CCCCC-A--AGGA-ATAATAACGAGAGGAGAGGGGGGG-G-GAAA------GC------AAAT--TTCTAC-GT--AGAAAACTCATCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAAAGGGTCT-----TTTTCTAC---C-TTT-A---AAA-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGATCT-A-C--GACT--CCCCTCGCGT-TGAAAAC----TGACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCC--ATCTAAAAA----T-TACATAAAA-A-CATGTAAAAG-TAGA--GGCAATA-----CG-TG---TA------GTGA--CA-CA---GGTTTGGGGG--ACG-GGCAG--TGA----AAGC---AAAGT---------------TAG------TGTGTC--CCCATCAT-----------TAAAAGGTG-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCCCGTTTGTTCGCTACACTTGGGGTAC-CTGa
gi|8 : aAACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-GAG---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A--ATT---TATCAACAAAGAGG-TAT---TTTTTTCTAC---CAGTATG---AAA-ACCATAT-----A---CAGA---CCTG-TAGACC-------G-------TCTCGAGTATGAAATT----GGACCACA-ATCAGAAAGTTG--ACCCTTAAGTAAAAA----T-TACAGAAAA-A-CAT-T--AAACTAGA--GGTAATA-----CG-CG---TAGTACATGTAT--CA-CA---GATTCTGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTACATGTACATG---TAG------TACGTC--CCCATCCTTAATAGGGCTATAAAAGATA-GAC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TC
gi|9 : gtAACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-GAG---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAAGGTCT----TTTTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGA-----------------CCTCGCGT-TGAAGAT----TGACCCCC-AT-AGAAATGTG--ACCCCTAATTAAAAA----T-TACAGAAAC-A-CATTA--AAG-TAGA--GGTAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTT--A-------G---TAG------TATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCATT-TCATGTTCTTACACTACACTTAAGTTAC-ATGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AACGGCGAATTATGACCCCTGGAGAAAGAGGACGGGGGGGGGTCATATAAAAGTGGACACCCGTACCTTCCACTTCCGATTAGAGACAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111 22222222222 22222 2222 111 444444444444444 111111 11111111111 22222222 11111
lowQualScore : 5555 2 2 33 2 777777777777 2 66666666666 777777 33 2 33 2 2 2 33 2 22222 888 3 3 555 2 2 77777 555 444 2 2 888888 0 33 0 2 66666 2 5 33 0 6666 2 0 2 2 0000 2 33 77777 3 555 888888 44 3 333 44 3 44 7777 666 333333333333333 000000 55 99999999999 3 55 3 3 3 1 4 0 5 00000000 77 1 5 5 0 6 66666 6 6
lowQualScore : .... . . .. . ............ . ........... ...... .. . .. . . . .. . ..... ... . . ... . . ..... ... ... . . ...... . .. . . ..... . . .. . .... . . . . .... . .. ..... . ... ...... .. . ... .. . .. .... ... ............... ...... .. ........... . .. . . . . . . . ........ .. . . . . . ..... . .
lowQualScore : 7777 7 7 77 7 555555555555 9 44444444444 777777 77 5 44 9 9 9 99 9 44444 555 1 1 444 9 9 11111 000 777 5 8 888888 2 44 7 5 33333 5 0 44 8 1111 9 6 9 9 4444 9 99 11111 1 444 888888 22 1 888 22 1 66 1111 444 777777777777777 555555 00 00000000000 6 00 6 6 6 0 6 1 0 77777777 99 4 7 7 7 7 77777 7 7
consensus : AACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-G-G---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAGGGTCT---CTTTTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGATCT-A-C--GACT--CCCCTCGCGT-TGAAAAN----TGACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTACTTAAAAA----T-TACATAAAA-A-CATAT--AAG-TAGA--GGCAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTACA-------G---TAG------TATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCNCGTTTTTACGCTACACTTGAGTTAC-ATGTAA--------AACATC--AGTTCGAA-TAAAACGATT-TCGGCGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCCTTG-ATGG-TCCCTTTAGCTT
Reference ( family-291 ) : AACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-G-G---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAGGGTCT---CTTTTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGATCT-A-C--GACT--CCCCTCGCGT-TGAAAAN----TGACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTACTTAAAAA----T-TACATAAAA-A-CATAT--AAG-TAGA--GGCAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTACA-------G---TAG------TATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCNCGTTTTTACGCTACACTTGAGTTAC-ATGTAA--------AACATC--AGTTCGAA-TAAAACGATT-TCGGCGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCCTTG-ATGG-TCCCTTTAGCTT
gi|1 : ----GTGAACCCCC-ACTTAGATACAAC-AC--------------GG-G-G---------TCCACCGCAATT--TTCTACCGCTAAAAAAACTGACCAGGGG-TCA-A-TATTCGCTAT-GACAAGCAGGGTC----CTTTTTATTCG--C-ATA-G---AAACACCTC-T-----C---CAAG---TCTAATTGATCTTA-C--GACTTGCTCCTC-CGC-TGAAAAAACTGTACCCCCC-ATTAGAATCTTGCAGTCCCTACTTAAGCACAGCT-CTCGCTAAA-A-CTGAA--AAG-TAGACGGGCAATA------G-TGACTTA------GTGCTCCA-CACCGAGTTTGGAGGCGAGG-GCCAG--TTA----AAACAGTGAA-CCACA-------GCATTAGCACGAATATGGT--CTCATCCC-----------TAAAAGAGACGGCCAACAAACTAAGGATTACGTTCTCCCGTTT--ACG-TACACTTAATTTACCATGAAAGTCTACCCAACATCTCAGTTTGAAATAAAACGACTCTCGGTGTTAATCTTGGAACAGCT-----AGTCAGCTTGCCTTC-ATGG-CTCCTTT
gi|10 : AACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TATA-ATAATGACC------------GGG-GAG---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAAGGGGTCT---CTTTT-CTAC---C-GTA-G---AAT-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGA-----------------CCTCGCGT-TGAAAAT----TGACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTAATTAAAAA----T-TACAGAAAA-A-CATTA--AAG-TAGA--GGTAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CACTGGGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTACAT------G---TAG------TATGTC--CCCAACCtc
gi|11 : gtA-ATCAT-A-----C---CAGA---TCTG-TAGATCT-A-C--AACT--CCCCTCGCGT-TGAAAAT----TGACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTACTTAAAAA----T-TACATAAGA-A-GATATAAAAG-TAGA--TGCAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTAGGAGG--AAG-GGCAT--TGACTTCAAGC---AAAGT---------------TGA------TATGTT--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAA-GCGTT-TCCCG--ATTGCGCTACACTTGAGTTA
gi|12 : AACGACGAATT----ATGA-CCCCC-G--GAGA-AAGAGGACC------------GGG-G-GGG-------TC------GTCT--TTCGTC-GT--AGAAAAATGACCTGGGGGTCTTA-T-TTC--GAT-GAAAGACACGGTC----ATTTTTCAAC---C-GTA-G---AAA-ATCAT-T-----CACCCACAATGCCAA-TAATTTT-A-C--GACT--CCCCTCATGT-GAAAAAA----TGACCCCCTGT-AGAAATATG--ACCTC
gi|12 : AAAA----ATGA-CCCCCTG--TAGA-AATATGACCT-----------CGG-G-G---------TA------AACT--TTTGAC-GT--Aggggtaaacttttgacgtacattgaagtctg
gi|13 : aacgacgaattatgacccccggagaaagaggaccgggggggtcgtctttcgtcgtagaaaaatgacctgggggtcttatttcgatgaaagacacggtcatttttcaaccgtagaaaatcattcacccacaatgccaataattttacgactcccctcatgtgaC------AAAT--TTCTAC-GT--------CT-ATCCAGGA-TCA-AATATAA--TGT-GACATAGAGTGCCCGAACTA-----ACATGC-GTA-GGAAAAA-ACCAT-T-----C---AAGA---CCTG-TAGATTT-A-CGGGACT--CCCCTCACG--TGCAAAC----TGAACCCC-TT-AGCCCTCTG------TTGCTTACAAA----C-TG-ATGAAC-G-C----------TAGA--GAACATA-----CG-CG---TA------GTAA--CACCAT--GGTTGGAGGA--AGG-GGCcattgaagtctg
gi|14 : caggcgcaagaGGTCT---TTTTTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-TGACTTC---CAGA---CCTG-TAGATCT------GTCT--CCCCTCACGT-T-AAAAC----TTACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTACGTA------------CATAAACTA-TATAT--A---TAAA--AACG-TA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTTGAGG--AGGTGATAGGTTGA----AAcg
gi|15 : GA---CCGG-TAGAATT-AAC--GACT--CCCCTCGCAT-TGAAA-C----TGAGCCCC-AT-ACAAATTTG--AACTCCACTTAGAAA----T-TAAATAAAA-A-CATATAAAAG-GAGA--GGCAATA-----C
gi|16 : AACAACGAAAA----GTAA-CCC---A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-G-GGGGGGGTGTTC------TAGT--TTCTAC-GT--AGAATACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAA
gi|18 : gtGTAA--------AACATC--AGTTTGAA-TAAAACGATT-TTGGTGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCCTTG-ATGG-TCTCTTTA
gi|19 : aAACAATGAAAATTAAGTGA-CCCCC-A--TAGA-ATATTTACC------------GGG-G-G---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGAC
gi|2 : gtAACGACGAAAA----GTGA-CACCC-A--TAGA-ATAATGACA------------GGA-GAG---------TC------AAAT--TTCTAA-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GGTAAGAGGGGGCT----TTTTTCTAC---C-GTA-A---AAA---CAT-T-----C---CAGA---CATG-TAAATCT-A-C--GACT--CCCCTCATGT-TGAAAAA----TTACCTC--AT-AGAAATTTG--ACCCCCGCT-AAAAA----TGTGCATGAAA-A-TATAT--ACG-TAGA--GGCAATATAATACG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTT-GGGGG--AGG-GTCAG--TAA----AAGC---GAAGTTA---------------G------TAAGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-AGC--G-GAATCATGGAT-GTGTT-TCCCGTTTTTACGCTACACTTGAGTTAA-ATGAAA--------AA---C--AGTTTGAA-TAAAACGATT-TAGGTGTTAATCTGGCAATG-CT-----AGTCAGCTTGCCTTA-ATGG-TCCCTT
gi|20 : tgtCTG-TAGATCT-C-C--GACT--CCCCTTATGT-TG-AGAC----TGACCCCC-AT-AGAAATTTT--ACGGCTACTTAaaaaataacttttt
gi|21 : TAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATAC--TAT-GACAAAGAGGGTCT---TTttga
gi|22 : ATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCACGTT
gi|23 : AACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATgagttaca
gi|3 : gtAACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-GAG---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--A-AAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAGGGTCT---CTTTTTTTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGA-----------------CCTCGCGT-TGAAAAT----TGACCCCC-AT-AGAAATTTT--ACCCCTAATTAAAAA----T-TACAGAAAA-A-CAT-T--AAG-TAGA--GGTAATA-----CGCCG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG---GG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTACAT------G---TGG------TATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCACGTTCTTACGCTACACTTGAGTTAC-ATGTAA--------AACATC--AGTTCGAA-TAAAACGATT-TCGGCGTTAATCTTGAAATA-CTAAATAAATCAGCTTGCCTTGTGTGATTCCCTTTAGCTT
gi|4 : AACGACGAAAA----GTGA-TCCCG-A--TAGA-TTGATGACT------------GGG-G-G-----------------AGGTCTTTCTAC-GA--AGAAAACTGACCAAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GGCAAAGAAGGTCT----TTTTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCGT-T-----C------------------ATCT-A-C--GACT--TCCCTCGCGT-TGAAAAA----TGACCCCC-AT-AGAAAGTTA--ACCCGGACTGAAAAA----T-TACATACAA-A-TAGAT--AAG-TAGA--GGCAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTA---------------G------TAAGTT--CCCATCCT-----------TCAAAGATA-GGC--A-GAATTATGTAG-GTGTT-TCCCATTTTTACGTAACACTTGAGTTAG-ACGTAC--------AACATC--AGTTTGAA-TAAAACGATT-GCGGTGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTGGCCTAG-ATGG-TCTCTTTAGCTT
gi|5 : gtAATGACGACAA----GTGA-CCCC--A--TAAA-ATAATGACC------------GGG-T-T---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAAGTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAGGGTC----------CT-----------------------T-T-----C---CAGA---CCTG-TAGATCT-A-T--GACT--TCCCTACCGT-TGAAAAT----TGACCCC--AC-AGAAATTTG--ACCC-TAATTAAAAA----T-TACAGAAAA-AACATAA--AAG-TAGA--AGTAATA-----------------------------------GGTTTGGAGG--AAG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTACAT------G---TAG------TATGTC--CCCATCCT-----------TAAAGGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCATT-TCACGTTT-------------GAGTTAC-ATGTAA--------AGCATC--AGTTCGAA-TAAAACGATT-TCGGCGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCTTTG-ATGA-TCCCTTTAGCTt
gi|6 : gtAACGACGAAAA----TTGA-CCTCC-A--TAGA-AATATGACC------------GGGAG-G---------TC------AAAT--TTCTAC-GT--AGAAAACTAACCCAGGG-TCA-A-TATTT--TAT-GGCAAAGGGGATCT----TTTATCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----C---CAAA---CCTG-TAGATCT-A-C--GACT--CCCCTCACGT-TGAAAGA----TGACCCCC-AT-AGAAATTTC--TCCCTGACTGAAAAA----T-TACATGAAA-A-TATATAAAAG-TACA--GGCAATA-----CG-TG---TA------GTAT--CA-TA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGT---AAAG------------G---TAG------TATGTCTTCCTATCC----------------------GGA--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCACGTTTTTATGCTACACTTGAGTTAA-ATGTAA--------AACATC--AGTTTGAA-TAAAACGATT-TCGct
gi|7 : tgtAACGACTAAAA----GTGA-CCCCC-A--AGGA-ATAATAACGAGAGGAGAGGGGGGG-G-GAAA------GC------AAAT--TTCTAC-GT--AGAAAACTCATCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAAAGGGTCT-----TTTTCTAC---C-TTT-A---AAA-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGATCT-A-C--GACT--CCCCTCGCGT-TGAAAAC----TGACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCC--ATCTAAAAA----T-TACATAAAA-A-CATGTAAAAG-TAGA--GGCAATA-----CG-TG---TA------GTGA--CA-CA---GGTTTGGGGG--ACG-GGCAG--TGA----AAGC---AAAGT---------------TAG------TGTGTC--CCCATCAT-----------TAAAAGGTG-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCCCGTTTGTTCGCTACACTTGGGGTAC-CTGa
gi|8 : aAACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-GAG---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A--ATT---TATCAACAAAGAGG-TAT---TTTTTTCTAC---CAGTATG---AAA-ACCATAT-----A---CAGA---CCTG-TAGACC-------G-------TCTCGAGTATGAAATT----GGACCACA-ATCAGAAAGTTG--ACCCTTAAGTAAAAA----T-TACAGAAAA-A-CAT-T--AAACTAGA--GGTAATA-----CG-CG---TAGTACATGTAT--CA-CA---GATTCTGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTACATGTACATG---TAG------TACGTC--CCCATCCTTAATAGGGCTATAAAAGATA-GAC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TC
gi|9 : gtAACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-GAG---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAAGGTCT----TTTTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGA-----------------CCTCGCGT-TGAAGAT----TGACCCCC-AT-AGAAATGTG--ACCCCTAATTAAAAA----T-TACAGAAAC-A-CATTA--AAG-TAGA--GGTAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTT--A-------G---TAG------TATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCATT-TCATGTTCTTACACTACACTTAAGTTAC-ATGTA
blockSeqs : TTAA . T . . AGAGGAGAGGGG A GGGGGGGTGT . CT . . G T A . C CGAAC ATG A T GAA . A GACTT ACC ATG . T ACGG . A T T C . . G T A ATAA C . TAATA C . GTACAT . C CTG . T GT CTTC . TACATGTACATG . TT TAATAGGGCTA . . . . . C T . . . T . . . AAATA T T
blockSeqs : . . . . . T . GAAA . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . . T AAC . . T . . . . . . . ATAA . . . . . . . . T . . . . . TACATG . . . . . . . . C T . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . GGG . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . T AC . . A . . . . . . . ATAA . . . . . . . . . . . . . . TACATG . . . . . . . . A T . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AG . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . T AC . . C . . . . . . . GTAA . . . . . . . . . . . . . . TACATG . . . . . . . . A T . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AG . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . . A AC . . C . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . TAG . . . . . . . . C T . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AG . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . T CC . . C . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . A G . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . AG . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . T AC . . A . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . A T .
blockSeqs : . . . . . . . AG . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . T AT . . C . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . T AC . . T . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . T AC . . A . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . .
blockSeqCons : ** ****** ** ** *** AC**** ** N**** ** **** ** *** ** *** ** *** TAG************ ****** ** ******** **
originalCons : AACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-G-G---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAGGGTCT---CTTTTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGATCT-A-C--GACT--CCCCTCGCGT-TGAAAAN----TGACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTACTTAAAAA----T-TACATAAAA-A-CATAT--AAG-TAGA--GGCAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTACA-------G---TAG------TATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCNCGTTTTTACGCTACACTTGAGTTAC-ATGTAA--------AACATC--AGTTCGAA-TAAAACGATT-TCGGCGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCCTTG-ATGG-TCCCTTTAGCTT
finalCons : AACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-G-G---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAGGGTCT---CTTTTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGATCTAC----GACT--CCCCTCGCGT-TGAAAAN----TGACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTACTTAAAAA----T-TACATAAAA-A-CATAT--AAG-TAGA--GGCAATA-----CG-CG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAAGTTAG------------TAG------TATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCNCGTTTTTACGCTACACTTGAGTTAC-ATGTAA--------AACATC--AGTTCGAA-TAAAACGATT-TCGGCGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCCTTG-ATGG-TCCCTTTAGCTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AACGGCGAATTATGACCCCTGGAGAAAGAGGACGGGGGGGGGTCATATAAAAGTGGACACCCGTACCTTCCACTTCCGATTAGAGACAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111 22222222222 22222 2222 111 1111111 333333333 11111111111 22222222 11111
lowQualScore : 5555 2 2 33 2 777777777777 2 66666666666 777777 33 2 33 2 2 2 33 2 22222 888 3 3 555 2 2 77777 555 444 2 2 888888 0 33 0 2 66666 2 5 33 0 6666 2 0 2 2 0000 2 33 77777 3 555 888888 44 3 333 44 3 44 7777 666 1111111 2 333333333 666 55 99999999999 3 55 3 3 3 1 4 0 5 00000000 77 1 5 5 0 6 66666 6 6
lowQualScore : .... . . .. . ............ . ........... ...... .. . .. . . . .. . ..... ... . . ... . . ..... ... ... . . ...... . .. . . ..... . . .. . .... . . . . .... . .. ..... . ... ...... .. . ... .. . .. .... ... ....... . ......... ... .. ........... . .. . . . . . . . ........ .. . . . . . ..... . .
lowQualScore : 7777 7 7 77 7 555555555555 9 44444444444 777777 77 5 44 9 9 9 99 9 44444 555 1 1 444 9 9 11111 000 777 5 8 888888 2 44 7 5 33333 5 0 44 8 1111 9 6 9 9 4444 9 99 11111 1 444 888888 22 1 888 22 1 66 1111 444 8888888 1 666666666 444 00 00000000000 6 00 6 6 6 0 6 1 0 77777777 99 4 7 7 7 7 77777 7 7
consensus : AACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-G-G---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAGGGTCT---CTTTTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGATCT-A-C--GACT--CCCCTCGCGT-TGAAAAN----TGACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTACTTAAAAA----T-TACATAAAA-A-CATAT--AAG-TAGA--GGCAATA-----CGC-G---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAA-------GTTAC--------GTA---GTATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCNCGTTTTTACGCTACACTTGAGTTAC-ATGTAA--------AACATC--AGTTCGAA-TAAAACGATT-TCGGCGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCCTTG-ATGG-TCCCTTTAGCTT
Reference ( family-291 ) : AACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-G-G---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAGGGTCT---CTTTTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGATCT-A-C--GACT--CCCCTCGCGT-TGAAAAN----TGACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTACTTAAAAA----T-TACATAAAA-A-CATAT--AAG-TAGA--GGCAATA-----CGC-G---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAA-------GTTA---------GTA---GTATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCNCGTTTTTACGCTACACTTGAGTTAC-ATGTAA--------AACATC--AGTTCGAA-TAAAACGATT-TCGGCGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCCTTG-ATGG-TCCCTTTAGCTT
gi|1 : ----GTGAACCCCC-ACTTAGATACAAC-AC--------------GG-G-G---------TCCACCGCAATT--TTCTACCGCTAAAAAAACTGACCAGGGG-TCA-A-TATTCGCTAT-GACAAGCAGGGTC----CTTTTTATTCG--C-ATA-G---AAACACCTC-T-----C---CAAG---TCTAATTGATCTTA-C--GACTTGCTCCTC-CGC-TGAAAAAACTGTACCCCCC-ATTAGAATCTTGCAGTCCCTACTTAAGCACAGCT-CTCGCTAAA-A-CTGAA--AAG-TAGACGGGCAATA------GT-GACTTA------GTGCTCCA-CACCGAGTTTGGAGGCGAGG-GCCAG--TTA----AAACAGTGAACCACAGCATTA---------GCACGAATATGGT--CTCATCCC-----------TAAAAGAGACGGCCAACAAACTAAGGATTACGTTCTCCCGTTT--ACG-TACACTTAATTTACCATGAAAGTCTACCCAACATCTCAGTTTGAAATAAAACGACTCTCGGTGTTAATCTTGGAACAGCT-----AGTCAGCTTGCCTTC-ATGG-CTCCTTT
gi|10 : AACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TATA-ATAATGACC------------GGG-GAG---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAAGGGGTCT---CTTTT-CTAC---C-GTA-G---AAT-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGA-----------------CCTCGCGT-TGAAAAT----TGACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTAATTAAAAA----T-TACAGAAAA-A-CATTA--AAG-TAGA--GGTAATA-----CGC-G---TA------GTAT--CA-CACTGGGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAA-------GTTACAT------GTA---GTATGTC--CCCAACCtc
gi|11 : gtA-ATCAT-A-----C---CAGA---TCTG-TAGATCT-A-C--AACT--CCCCTCGCGT-TGAAAAT----TGACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTACTTAAAAA----T-TACATAAGA-A-GATATAAAAG-TAGA--TGCAATA-----CGC-G---TA------GTAT--CA-CA---GGTTAGGAGG--AAG-GGCAT--TGACTTCAAGC---AAA-------GT------------TG---ATATGTT--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAA-GCGTT-TCCCG--ATTGCGCTACACTTGAGTTA
gi|12 : AACGACGAATT----ATGA-CCCCC-G--GAGA-AAGAGGACC------------GGG-G-GGG-------TC------GTCT--TTCGTC-GT--AGAAAAATGACCTGGGGGTCTTA-T-TTC--GAT-GAAAGACACGGTC----ATTTTTCAAC---C-GTA-G---AAA-ATCAT-T-----CACCCACAATGCCAA-TAATTTT-A-C--GACT--CCCCTCATGT-GAAAAAA----TGACCCCCTGT-AGAAATATG--ACCTC
gi|12 : AAAA----ATGA-CCCCCTG--TAGA-AATATGACCT-----------CGG-G-G---------TA------AACT--TTTGAC-GT--Aggggtaaacttttgacgtacattgaagtctg
gi|13 : aacgacgaattatgacccccggagaaagaggaccgggggggtcgtctttcgtcgtagaaaaatgacctgggggtcttatttcgatgaaagacacggtcatttttcaaccgtagaaaatcattcacccacaatgccaataattttacgactcccctcatgtgaC------AAAT--TTCTAC-GT--------CT-ATCCAGGA-TCA-AATATAA--TGT-GACATAGAGTGCCCGAACTA-----ACATGC-GTA-GGAAAAA-ACCAT-T-----C---AAGA---CCTG-TAGATTT-A-CGGGACT--CCCCTCACG--TGCAAAC----TGAACCCC-TT-AGCCCTCTG------TTGCTTACAAA----C-TG-ATGAAC-G-C----------TAGA--GAACATA-----CGC-G---TA------GTAA--CACCAT--GGTTGGAGGA--AGG-GGCcattgaagtctg
gi|14 : caggcgcaagaGGTCT---TTTTTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-TGACTTC---CAGA---CCTG-TAGATCT------GTCT--CCCCTCACGT-T-AAAAC----TTACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCCCTACGTA------------CATAAACTA-TATAT--A---TAAA--AACG-TA-----CGC-G---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTTGAGG--AGGTGATAGGTTGA----AAcg
gi|15 : GA---CCGG-TAGAATT-AAC--GACT--CCCCTCGCAT-TGAAA-C----TGAGCCCC-AT-ACAAATTTG--AACTCCACTTAGAAA----T-TAAATAAAA-A-CATATAAAAG-GAGA--GGCAATA-----C
gi|16 : AACAACGAAAA----GTAA-CCC---A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-G-GGGGGGGTGTTC------TAGT--TTCTAC-GT--AGAATACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAA
gi|18 : gtGTAA--------AACATC--AGTTTGAA-TAAAACGATT-TTGGTGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCCTTG-ATGG-TCTCTTTA
gi|19 : aAACAATGAAAATTAAGTGA-CCCCC-A--TAGA-ATATTTACC------------GGG-G-G---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGAC
gi|2 : gtAACGACGAAAA----GTGA-CACCC-A--TAGA-ATAATGACA------------GGA-GAG---------TC------AAAT--TTCTAA-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GGTAAGAGGGGGCT----TTTTTCTAC---C-GTA-A---AAA---CAT-T-----C---CAGA---CATG-TAAATCT-A-C--GACT--CCCCTCATGT-TGAAAAA----TTACCTC--AT-AGAAATTTG--ACCCCCGCT-AAAAA----TGTGCATGAAA-A-TATAT--ACG-TAGA--GGCAATATAATACGC-G---TA------GTAT--CA-CA---GGTT-GGGGG--AGG-GTCAG--TAA----AAGC---GAA-------GTTA---------GTA---A---GTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-AGC--G-GAATCATGGAT-GTGTT-TCCCGTTTTTACGCTACACTTGAGTTAA-ATGAAA--------AA---C--AGTTTGAA-TAAAACGATT-TAGGTGTTAATCTGGCAATG-CT-----AGTCAGCTTGCCTTA-ATGG-TCCCTT
gi|20 : tgtCTG-TAGATCT-C-C--GACT--CCCCTTATGT-TGAGA-C----TGACCCCC-AT-AGAAATTTT--ACGGCTACTTAaaaaataacttttt
gi|21 : TAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATAC--TAT-GACAAAGAGGGTCT---TTttga
gi|22 : ATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCACGTT
gi|23 : AACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATgagttaca
gi|3 : gtAACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-GAG---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--A-AAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAGGGTCT---CTTTTTTTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGA-----------------CCTCGCGT-TGAAAAT----TGACCCCC-AT-AGAAATTTT--ACCCCTAATTAAAAA----T-TACAGAAAA-A-CAT-T--AAG-TAGA--GGTAATA-----CGCCG---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG---GG-GGCAG--TGA----AAGC---GAA-------GTTACAT------GTG---GTATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCACGTTCTTACGCTACACTTGAGTTAC-ATGTAA--------AACATC--AGTTCGAA-TAAAACGATT-TCGGCGTTAATCTTGAAATA-CTAAATAAATCAGCTTGCCTTGTGTGATTCCCTTTAGCTT
gi|4 : AACGACGAAAA----GTGA-TCCCG-A--TAGA-TTGATGACT------------GGG-G-G-----------------AGGTCTTTCTAC-GA--AGAAAACTGACCAAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GGCAAAGAAGGTCT----TTTTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCGT-T-----C------------------ATCT-A-C--GACT--TCCCTCGCGT-TGAAAAA----TGACCCCC-AT-AGAAAGTTA--ACCCGGACTGAAAAA----T-TACATACAA-A-TAGAT--AAG-TAGA--GGCAATA-----CGC-G---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAA-------GTTA---------GTA---A---GTT--CCCATCCT-----------TCAAAGATA-GGC--A-GAATTATGTAG-GTGTT-TCCCATTTTTACGTAACACTTGAGTTAG-ACGTAC--------AACATC--AGTTTGAA-TAAAACGATT-GCGGTGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTGGCCTAG-ATGG-TCTCTTTAGCTT
gi|5 : gtAATGACGACAA----GTGA-CCCC--A--TAAA-ATAATGACC------------GGG-T-T---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAAGTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAGGGTC----------CT-----------------------T-T-----C---CAGA---CCTG-TAGATCT-A-T--GACT--TCCCTACCGT-TGAAAAT----TGACCCC--AC-AGAAATTTG--ACCC-TAATTAAAAA----T-TACAGAAAA-AACATAA--AAG-TAGA--AGTAATA-----------------------------------GGTTTGGAGG--AAG-GGCAG--TGA----AAGC---GAA-------GTTACAT------GTA---GTATGTC--CCCATCCT-----------TAAAGGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCATT-TCACGTTT-------------GAGTTAC-ATGTAA--------AGCATC--AGTTCGAA-TAAAACGATT-TCGGCGTTAATCTTGAAATA-CT-----AGTCAGCTTGCTTTG-ATGA-TCCCTTTAGCTt
gi|6 : gtAACGACGAAAA----TTGA-CCTCC-A--TAGA-AATATGACC------------GGGAG-G---------TC------AAAT--TTCTAC-GT--AGAAAACTAACCCAGGG-TCA-A-TATTT--TAT-GGCAAAGGGGATCT----TTTATCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----C---CAAA---CCTG-TAGATCT-A-C--GACT--CCCCTCACGT-TGAAAGA----TGACCCCC-AT-AGAAATTTC--TCCCTGACTGAAAAA----T-TACATGAAA-A-TATATAAAAG-TACA--GGCAATA-----CGT-G---TA------GTAT--CA-TA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGT---AAA-------G------------GTA---GTATGTCTTCCTATCC----------------------GGA--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCACGTTTTTATGCTACACTTGAGTTAA-ATGTAA--------AACATC--AGTTTGAA-TAAAACGATT-TCGct
gi|7 : tgtAACGACTAAAA----GTGA-CCCCC-A--AGGA-ATAATAACGAGAGGAGAGGGGGGG-G-GAAA------GC------AAAT--TTCTAC-GT--AGAAAACTCATCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAAAGGGTCT-----TTTTCTAC---C-TTT-A---AAA-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGATCT-A-C--GACT--CCCCTCGCGT-TGAAAAC----TGACCCCC-AT-AGAAATTTG--ACCC--ATCTAAAAA----T-TACATAAAA-A-CATGTAAAAG-TAGA--GGCAATA-----CGT-G---TA------GTGA--CA-CA---GGTTTGGGGG--ACG-GGCAG--TGA----AAGC---AAA-------GT------------TA---GTGTGTC--CCCATCAT-----------TAAAAGGTG-GGC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TCCCGTTTGTTCGCTACACTTGGGGTAC-CTGa
gi|8 : aAACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-GAG---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A--ATT---TATCAACAAAGAGG-TAT---TTTTTTCTAC---CAGTATG---AAA-ACCATAT-----A---CAGA---CCTG-TAGACC-------G-------TCTCGAGTATGAAATT----GGACCACA-ATCAGAAAGTTG--ACCCTTAAGTAAAAA----T-TACAGAAAA-A-CAT-T--AAACTAGA--GGTAATA-----CGC-G---TAGTACATGTAT--CA-CA---GATTCTGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAA-------GTTACATGTACATGTA---GTACGTC--CCCATCCTTAATAGGGCTATAAAAGATA-GAC--A-GAATTATGGAT-GCGTT-TC
gi|9 : gtAACGACGAAAA----GTGA-CCCCC-A--TAGA-ATAATGACC------------GGG-GAG---------TC------AAGT--TTCTAC-GT--AGAAAACTGACCCAGGG-TCA-A-TATTC--TAT-GACAAAGAAGGTCT----TTTTTCTAC---C-GTA-G---AAA-ACCAT-T-----C---CAGA---CCTG-TAGA-----------------CCTCGCGT-TGAAGAT----TGACCCCC-AT-AGAAATGTG--ACCCCTAATTAAAAA----T-TACAGAAAC-A-CATTA--AAG-TAGA--GGTAATA-----CGC-G---TA------GTAT--CA-CA---GGTTTGGGGG--AGG-GGCAG--TGA----AAGC---GAA-------GTTA---------GTA---GTATGTC--CCCATCCT-----------TAAAAGATA-GGC--A-GAATTATGGAT-GCATT-TCATGTTCTTACACTACACTTAAGTTAC-ATGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AACGGCGAATTATGACCCCTGGAGAAAGAGGACGGGGGGGGGTCATATAAAAGTGGACACCCGTACCTTCCACTTCCGATTAGAGACAC