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lowQualScore                  :         .. ..   .. .   .   . .     . .. .. .  .    ........    .  ..  . . .... ...  ..   .. ......     .     . . .      . .  ... .   ... .  . .   . ...... .  . ...  .      
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Reference ( gi|7 )            : CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--C--A-TG-AAGA--------CTCA-TGA-AT-C-A---TAT--CA--TCC--T-----TCTTCA-ATTAG-C-T-TTAACC-CATG---GCGGTT--C-GG-G-TCA-G------A-AT-A---GA-TACCCA
gi|9                          : CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--C--A-TG-AAGA--------CTCA-TGA-AT-C-A---TAT--CA--T-C--T-----TCTTCA-ATTAG-C-T-TTAACC-CATG---GCGGTT--C-GG-G-TCA-G------A-AT-A---GA-TACCCA
gi|8                          : CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GTTTT-G--C--A-TG-AA-A--------CTCA-TGC-AT-C-A---GAT--CA--TCC--T-----CCTTCA-ATTAG-T-T-TTAACC-CGTG---G-GGTC--C-GG-G-TCA-G------A-AT-A---AA-TACCCA
gi|6                          : CGTGTGTC--A--GTT--T-TAGGCTT-T-GCTTT-G--C--A-TG-AAGA--------CTAA-TGG-AT-C-A---GAC--CA--TCC--T-----CCTTC--ACTAG-CTT-TTAACC-CGTG---G-GGGT--C-GG-G-TCA-G------A-AT-A---GA-TACCCAgc
gi|12                         : CGTGTGTC--G--GTT--T-TAG-TTT-T-GTTTT-G--C--A-TG-AAGA--------CTCA-TGG-AT-T-A---GAC--CG--TCC--T-----CCTTCA-ATTAG-C-T-TTAACC-TGTG---GGGGTC--C-GA-G-TCA-G------A-AT-A---GA-g
gi|15                         : CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GTTTT-G--C--A-TG-AAG------------------AT-C-A---GAC--CA--TCC--T-----CCTTCA-ATTAG-C-T-TTAA-C-CGTG---GGGGTC--C--G-G-TCA-G------A-AA-A---GA-TACC
gi|24                         : CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--C--A-TG-AAGA--------CTCA-TGG-GT-C-A---GAC--CA--TCC--T-----CCTTCA-ATCAG-C-aa
gi|26                         : CGTGTGTC--A--GTT--T-TAT-CTT-T-GCTTT-G--C--A-TG-AAGA--------CTCA-TGA-AC-C-A---GAC--CA--TCT--T-----CCTTCA-ACTA
gi|21                         : CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CAAAT-GCTTT-G--C--A-TG-AAGA--------CTCA-TGG-AT-C-AGACTAT---A--TCC--T-----CCTTCA-ACTAA-C-T-TTA
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gi|29                         : CGTGTGTC--A--TTT--T-TAG-CTT-T-GTTTT-G--C--A-CG-AAGA----------CA--------------------A--TCC--T-----CCTTCA-ATTAG-C-T-TT
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gi|3                          :      GTC--A--GTT--T-CAG-CTT-T-GCTTT-G--C--A-TGAAAGA--------CTCA-TTG-AT-C-AG--GAC--CA--TCC--TCGGGATCTTCA-ATTAG-C-T-TTAA-C-CGTA---GAGGTC--C-AG-G-TCA-GTATCTAG-AT-A---GA-TACCCA
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): CTTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTT






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lowQualScore                  :          .. ..   .. .   .   . .     . .. ..  .. .      .  .  .   . . . ..  ..   .. ..... ..  .....   ..       . ....... .      ..   .....  .   .. . .  . .   . ......   .   .      
lowQualScore                  :          77 11   77 2   2   2 2     2 66 88  66 2      2  2  2   6 2 2 00  44   00 11111 11  22222   99       4 3333333 6      55   22222  0   88 0 0  0 0   0 111111   2   2      
consensus                     :  CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--C--AT--G-AAGACT-CA-TG-GAT-C-A-G--AC--CAT--C-----C--TC-----CTT--CAATTAG-C-------T-TTAACC--CGT-G---GG-GGT--C-C-GG-G-TCA-G------AAT-AGA-TACCCA
Reference ( family-286 )      :  CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--C--AT--G-AAGACT-CA-TG-GAT-C-A-G--AC--CAT--C-----C--TC-----CTT--CAATTAG-C-------T-TTAACC--CGT-G---GG-GGT--C-C-GG-G-TCA-G------AAT-AGA-TACCCA
gi|1                          :     GTCTC--AC-GTT--T-TAG--TC-T-AATTT-G--T--TT--A-TTGATT-GA-TG-GA----A-GG-AC--CAT--CTTTGGC--TA-----CTT--CAACTCG-CATTTCTGT-TTAGGCTTCGTAG---GG-GGT--C-C-GG-G-TCA-G------AAT-AGATTACCCA
gi|10                         :  CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-G-GTT-G--C--AT--G-AAGACT-CG-TG-GAT-CAA-G--AC--CAT--C-----C--TC-----ACA--TAA-TA-------------TAACC--C-T-G---GG-GGT--CAT-GA-G---A-T------AGT-CGA-TACCgccgaa
gi|11                         :   GTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--C--AT--G-AAGACT-CA-TG-AAT-C-A-T--AT--CAT--------C--TT-----CTT--CAATTAG-C-------T-TTAACC--CAT-G---GC-GGT--T-C-GG-G-TCA-G------AAT-AGA-TACCCAaacagcc
gi|12                         :  CGTGTGTC--G--GTT--T-TAG-TTT-T-GTTTT-G--C--AT--G-AAGACT-CA-TG-GAT-T-A-G--AC--CGT--C-----C--TC-----CTT--CAATTAG-C-------T-TTAACC--TGT-G---GG-GGT--C-C-GA-G-TCA-G------AAT-AGA-
gi|13                         :     GTGTC--A--GTT--T-TAA-------GCTTT-T--C---T--G-AAGACT-CA-TAAGAT-C-A-G--AC--CATTTC-----T--TC-----CTT--CAATTA----------C-TTAACC--CGT-----AG-GGT--C-C----T-TCA--------AAT-A-A-TAACCA
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gi|15                         :  CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GTTTT-G--C--AT--G-AAGA-----------T-C-A-G--AC--CAT--C-----C--TC-----CTT--CAATTAG-C-------T-TTAA-C--CGT-G---GG-GGT--C-C--G-G-TCA-G------AAA-AGA-TACC
gi|16                         :    TGTGTC--A--TTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--CC-ATTGA-AAAACTTCA-TG-GAT-C-A-G--AC--CAT--C-----C--TC-----CTT--CAA-----------------AACTG-CGT-G---GG-GGT--CAC-GG-GTTCA-G------Aaa
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gi|19                         :                                                    GACT-CAATG-GATTC-A-G--AC--CAT--C-----CA-TC-----CTT--CAATTAG-C-------T-TTAACC--CGT-GGGAGG-GGT--C-CTTG-T-TCACG------AAT-AG--TACC
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gi|29                         :  CGTGTGTC--A--TTT--T-TAG-CTT-T-GTTTT-G--C--AC--G-AAGA---CA--------------------AT--C-----C--TC-----CTT--CAATTAG-C-------T-TT
gi|3                          :       GTC--A--GTT--T-CAG-CTT-T-GCTTT-G--C--AT--GAAAGACT-CA-TT-GAT-C-AGG--AC--CAT--C-----C--TCGGGATCTT--CAATTAG-C-------T-TTAA-C--CGT-A---GA-GGT--C-C-AG-G-TCA-GTATCTAGAT-AGA-TACCCA
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gi|8                          :  CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GTTTT-G--C--AT--G-AA-ACT-CA-TG-CAT-C-A-G--AT--CAT--C-----C--TC-----CTT--CAATTAG-T-------T-TTAACC--CGT-----GG-GGT--C-C-GG-G-TCA-G------AAT-AAA-TACCCA
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): CTTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTT






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lowQualScore                  :          77 11   77 2   2   2 2     2 66 88  66 2      2  2  2   6 2 2 00  44   00 11111 11  22222   99       4 3333333 6      55   22222  0   88 0 0  0 0   0 111111   2   2      
consensus                     :  CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--C--AT--G-AAGACT-CA-TG-GAT-C-A-G--AC--CAT--C-----C--TC-----CTT--CAATTAG-C-------T-TTAACC--CGT-G---GG-GGT--C-C-GG-G-TCA-G------AAT-AGA-TACCCA
Reference ( family-286 )      :  CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--C--AT--G-AAGACT-CA-TG-GAT-C-A-G--AC--CAT--C-----C--TC-----CTT--CAATTAG-C-------T-TTAACC--CGT-G---GG-GGT--C-C-GG-G-TCA-G------AAT-AGA-TACCCA
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gi|21                         :  CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CAAAT-GCTTT-G--C--AT--G-AAGACT-CA-TG-GAT-C-A-G--ACTATAT--C-----C--TC-----CTT--CAACTAA-C-------T-TTA
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gi|29                         :  CGTGTGTC--A--TTT--T-TAG-CTT-T-GTTTT-G--C--AC--G-AAGA---CA--------------------AT--C-----C--TC-----CTT--CAATTAG-C-------T-TT
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gi|35                         :   tTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--C--TT--G-AAGACT-CA-T
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gi|5                          :   gTGTGTC--A--GTT--T-TAA-GCT-T-GTTTT-G--C--AT--G-AAGACT-C--TG-GATCC-A-G--ACCGCAT--C-----C--T------CTT--CAGTTAG-C-------T-TTAACC--CGT-G---GA-AGT--C-CGGG-G-TCA-G------AATAAGA-TACCgca
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gi|7                          :  CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--C--AT--G-AAGACT-CA-TG-AAT-C-A-T--AT--CAT--C-----C--TT-----CTT--CAATTAG-C-------T-TTAACC--CAT-G---GC-GGT--T-C-GG-G-TCA-G------AAT-AGA-TACCCAg
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gi|9                          :  CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--C--AT--G-AAGACT-CA-TG-AAT-C-A-T--AT--CAT--------C--TT-----CTT--CAATTAG-C-------T-TTAACC--CAT-G---GC-GGT--T-C-GG-G-TCA-G------AAT-AGA-TACCCAgc


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blockSeqs                     :          .  A    .  .   .   . .     . .  C   .  .      .  .  .   T . . .   CG   T  .     A   .       .        . .       .      .    G      .   .  A G  . .   . .        .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  .   .   . .     . .  .   .  .      .  .  .   C . . .   .    .  .     .   .       .        . .       .      .    G      .   .  . .  . .   . .        .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  .   .   . .     . .  .   .  .      .  .  .   . . . .   .    .  .     .   .       .        . .       .      .    G      .   .  . .  . .   . .        .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  .   .   . .     . .  .   .  .      .  .  .   . . . .   .    .  .     .   .       .        . .       .      .    G      .   .  . .  . .   . .        .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  .   .   . .     . .  .   .  .      .  .  .   . . . .   .    .  .     .   .       .        . .       .      .    G      .   .  . .  . .   . .        .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  .   .   . .     . .  .   .  .      .  .  .   . . . .   .    .  .     .   .       .        . .       .      .    G      .   .  . .  . .   . .        .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  .   .   . .     . .  .   .  .      .  .  .   . . . .   .    .  .     .   .       .        . .       .      .    G      .   .  . .  . .   . .        .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  .   .   . .     . .  .   .  .      .  .  .   . . . .   .    .  .     .   .       .        . .       .      .    G      .   .  . .  . .   . .        .   .
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blockSeqs                     :          .  .    .  .   .   . .     . .  .   .  .      .  .  .   . . . .   .    .  .     .   .       .        . .       .      .    G      .   .  . .  . .   . .        .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  .   .   . .     . .  .   .  .      .  .  .   . . . .   .    .  .     .   .       .        . .       .      .    .      .   .  . .  . .   . .        .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  .   .   . .     . .  .   .  .      .  .  .   . . . .   .    .  .     .   .       .        . .       .      .    .      .   .  . .  . .   . .        .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  .   .   . .     . .  .   .  .      .  .  .   . . . .   .    .  .     .   .       .        . .       .      .    .      .   .  . .  . .   . .             
blockSeqs                     :          .  .    .  .   .   . .     . .  .   .  .      .  .  .   . . . .   .    .  .     .   .       .        . .       .      .    .      .   .  . .  . .   .               
blockSeqs                     :          .  .    .  .   .   . .     . .  .   .  .      .  .  .   . . . .   .    .  .     .   .       .        . .       .      .                                             
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blockSeqs                     :          .  .    .  .   .   . .     . .  .   .  .      .  .  .   . . . .   .    .  .     .   .       .        . .                                                            
blockSeqs                     :          .  .    .  .   .   . .     . .  .   .  .      .  .  .   . . . .   .    .  .     .   .       .        .                                                              
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blockSeqs                     :                             . .     . .  .   .  .      .  .                                                                                                                  


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originalCons                  :  CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--C--AT--G-AAGACT-CA-TG-GAT-C-A-G--AC--CAT--C-----C--TC-----CTT--CAATTAG-C-------T-TTAACC--CGT-G---GG-GGT--C-C-GG-G-TCA-G------AAT-AGA-TACCCA
finalCons                     :  CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--C--AT--G-AAGACT-CA-TG-GAT-C-A-G--AC--CAT--C-----C--TC-----CTT--CAATTAG-C-------T-TTAACC--CGTG----GG-GGT--C-C-GG-G-TCA-G------AAT-AGA-TACCCA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): CTTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTT






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lowQualScore                  :          77 11   77 2   2   2 2     2 66 88  66 2      2  2  2   6 2 2 00  44   00 11111 11  22222   99       4 3333333 6      55   22222  0   88 0 0  0 0   0 111111   2   2      
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Reference ( family-286 )      :  CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--C--AT--G-AAGACT-CA-TG-GAT-C-A-G--AC--CAT--C-----C--TC-----CTT--CAATTAG-C-------T-TTAACC--CGT-G---GG-GGT--C-C-GG-G-TCA-G------AAT-AGA-TACCCA
gi|1                          :     GTCTC--AC-GTT--T-TAG--TC-T-AATTT-G--T--TT--A-TTGATT-GA-TG-GA----A-GG-AC--CAT--CTTTGGC--TA-----CTT--CAACTCG-CATTTCTGT-TTAGGCTTCGTAG---GG-GGT--C-C-GG-G-TCA-G------AAT-AGATTACCCA
gi|10                         :  CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-G-GTT-G--C--AT--G-AAGACT-CG-TG-GAT-CAA-G--AC--CAT--C-----C--TC-----ACA--TAA-TA-------------TAACC--C-T-G---GG-GGT--CAT-GA-G---A-T------AGT-CGA-TACCgccgaa
gi|11                         :   GTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--C--AT--G-AAGACT-CA-TG-AAT-C-A-T--AT--CAT--------C--TT-----CTT--CAATTAG-C-------T-TTAACC--CAT-G---GC-GGT--T-C-GG-G-TCA-G------AAT-AGA-TACCCAaacagcc
gi|12                         :  CGTGTGTC--G--GTT--T-TAG-TTT-T-GTTTT-G--C--AT--G-AAGACT-CA-TG-GAT-T-A-G--AC--CGT--C-----C--TC-----CTT--CAATTAG-C-------T-TTAACC--TGT-G---GG-GGT--C-C-GA-G-TCA-G------AAT-AGA-
gi|13                         :     GTGTC--A--GTT--T-TAA-------GCTTT-T--C---T--G-AAGACT-CA-TAAGAT-C-A-G--AC--CATTTC-----T--TC-----CTT--CAATTA----------C-TTAACC--CGT-----AG-GGT--C-C----T-TCA--------AAT-A-A-TAACCA
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gi|15                         :  CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GTTTT-G--C--AT--G-AAGA-----------T-C-A-G--AC--CAT--C-----C--TC-----CTT--CAATTAG-C-------T-TTAA-C--CGT-G---GG-GGT--C-C--G-G-TCA-G------AAA-AGA-TACC
gi|16                         :    TGTGTC--A--TTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--CC-ATTGA-AAAACTTCA-TG-GAT-C-A-G--AC--CAT--C-----C--TC-----CTT--CAA-----------------AACTG-CGT-G---GG-GGT--CAC-GG-GTTCA-G------Aaa
gi|17                         :   aTGTGTC--A--GTT--T-AAG-CTT-T-GCTTT-G--C--AT--G-AAGACT-CA-TG-GAT-C-A-A--AC--CAT--C-----C--TC-----CTT--CAATTTG-C-------T-TTAACC--CGT-G---GG-GGT--C-C-GG-G-TCA-ta
gi|18                         :                           TT-T-GCTTT-G--C--AT--G-AAGACT-CA-TG-AAT-C-A-T--AT--CAT--C-----C--TT-----CTT--CAATTAG-C-------T-TTAACC--CAT-G---GC-GGT--T-C-GG-G-TCA-G------AAT-AGA-TACCCA
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gi|2                          :  aacGTGTC--ATAGTT--T-TAG-ATT-T--CTTT-G--CTAAT--G-AAGAAC-TA-TG-CTTTC-A-GGAAT--TATT-C-----C--TC-----CTCTGCAACTAG-C-------T-TTAACC---GT-G---GGTGGTTGC-C-GG-G-TCA-G------AAT-AGA-TACCCAagc
gi|20                         :  tcTGTGTC--A--GTT--T-TAG--TT-T-GCTTT-G--C--AT--G-AAGAT-----------------------CAT--C-----C--TC-----CTT--CAATTAGAC----------TAA-T--TGT-----GG-GGT--C-C-GGCG-TCA-G------AAT-AGA-gca
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gi|23                         :     GTGTT--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GCTTTTG--C--AT--G-AAGACT-CG-TG-AAT-C-A-G--AC--CAT--C-----C--TC-----TTT--CAATTAG-C-------T-TT
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gi|3                          :       GTC--A--GTT--T-CAG-CTT-T-GCTTT-G--C--AT--GAAAGACT-CA-TT-GAT-C-AGG--AC--CAT--C-----C--TCGGGATCTT--CAATTAG-C-------T-TTAA-C--CGT-A---GA-GGT--C-C-AG-G-TCA-GTATCTAGAT-AGA-TACCCA
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gi|4                          :     GTGTC--AA-GTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--C--AT--G-AAGACT-CA-TG-GAT-C-A-G--AC--CAT--C-----C--TC-----CTT--CAACTAG-C-------TCTTAACC--CAT-G---GG-GGT--C-C-GG-G-TCA-G------AG--ATA-TACCCA
gi|5                          :   gTGTGTC--A--GTT--T-TAA-GCT-T-GTTTT-G--C--AT--G-AAGACT-C--TG-GATCC-A-G--ACCGCAT--C-----C--T------CTT--CAGTTAG-C-------T-TTAACC--CGT-G---GA-AGT--C-CGGG-G-TCA-G------AATAAGA-TACCgca
gi|6                          :  CGTGTGTC--A--GTT--T-TAGGCTT-T-GCTTT-G--C--AT--G-AAGACT-AA-TG-GAT-C-A-G--AC--CAT--C-----C--TC-----CTT--C-ACTAG-CT------T-TTAACC--CGT-G---GG-GGT----C-GG-G-TCA-G------AAT-AGA-TACCCAgca
gi|7                          :  CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--C--AT--G-AAGACT-CA-TG-AAT-C-A-T--AT--CAT--C-----C--TT-----CTT--CAATTAG-C-------T-TTAACC--CAT-G---GC-GGT--T-C-GG-G-TCA-G------AAT-AGA-TACCCAg
gi|8                          :  CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GTTTT-G--C--AT--G-AA-ACT-CA-TG-CAT-C-A-G--AT--CAT--C-----C--TC-----CTT--CAATTAG-T-------T-TTAACC--CGT-----GG-GGT--C-C-GG-G-TCA-G------AAT-AAA-TACCCA
gi|9                          :  CGTGTGTC--A--GTT--T-TAG-CTT-T-GCTTT-G--C--AT--G-AAGACT-CA-TG-AAT-C-A-T--AT--CAT--------C--TT-----CTT--CAATTAG-C-------T-TTAACC--CAT-G---GC-GGT--T-C-GG-G-TCA-G------AAT-AGA-TACCCAgc
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