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lowQualScore : . . .... . ......... ..... . . .. .... .. .. . . ..... . . ......... . .. .... . . .. .. ...... . .... .. .. . . . ...... . .. . . .... .. ............... . . ........ . . ................. . . . . . .. . .... . . . ...... ......... .. ..... .. ......... .. . . ... ... . ... . . . . . . ....... . . . . .. ............................... .. . ..... . ............................................................................................... ... . . ... .... ........... ........................................................... . ... ... . ................................................................. . . . .. ........... . .. . ... ... .... .. . ........... .. ... .... ... . . . ................ . .. . ...... . .... . . .. . . . . . . ... . .. . ..... .. .. ...................................... . . . ... . . . . ....... . ................. . .. . .. . .... .. .. ..... .. .... ..... .. ... ........ . ..... ..... .. .. .... .. . ..... ......... . .... . .
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Reference ( gi|1 ) : AGGAAT-CT-GAAGT----TAT---------TT-----C-AA-TA--A----TA--GAGCT-CA-A-AT----AAA-AA-AAA---------AA-T--AA----T-ACAC-CC-CC--TACTA-TAAACAA-AAAAC----C--CA--G-G-ATGGCAACGCACTTTTCGGAGCGTCCCAC-CT-GGAACATT----ATTTAT--TGGAG----C-AACT--GCGG-AGA-A--------TT-TCACGA-TAATTCTTGT-A-TT-GGAATGTCTGGGGCTG-TTTA-CCC-A--TGCGGAAATTT-CCTA-CCTATGCG-ACGATT-AC--AA--C-TC---T--TCT--GACCG-----TTTT--TATT---C--ACTT--CG-ATA-GCTCA---TCCCTAA---C-TCCAA-TGGTGTG-ACAAAC-CGAAA-GT--AA--CCTC-TGCAG-TG-ACA-C--AGAATT--TA-A--AATCATT-CGG--T---A-AAT--GAAAGCA-AAA---C-AAAA-CC-TCCA-ATCAAA---A--CTGG--CATA-AATAA-------TATCA-AAA--CAA-AAGTAAA-AAAA-------A-A--T-TG---AA--AG--AT---GTT-T-T---TT-A--TTT-A---T----ATCCA-CT-AT---C--AAA-TT----T-TA-T-T-AAA-C--AA--T----TTTG-A------TTTTGCTTT-CA--TTT---AA-TC---------A--------A--------A----------A----TC--TG--GT---CACT----TGC-AGA-G-CT-TACTT---TAGCGGTATTTCACAACA--TG-GAG---TTAGGGA---TGAGCTA--ATCG--AAG-TG-----A-----A--AA---AA----CGC--G-T-CA-G-ATGAGAG---TGA--G-TA--ATCG-T-ACG--TAGG-TA-GGAAATTTCCGC-ATTGGG-TAAA-CGG-CCCAGACATTCCGA-TTACAGCGAATTA-CTT-GCGA-AA-----TTCTTCCCGGTT-GATCACAAATAAAT--ATTTCTCACA-G-T--G---G-A-CCTCCAAAAGT-GC-GTT---GCC-AT-C-CTG-GT---G---TTT-TTATA----TAG-A-----TAG-G-GG-GTG--T-A----T--T--A-----T--T----T-----T--T---T--------A-T-----TTG----AGCTC--T--A----T--TATT-G-----AA---------ATA----ACTTC-AGATTTC
gi|6 : AGAAGT-CT-GAAGT----TTT---------TT-----C-AA-TA--A----TA--GAGCT--A-A-AT----AAA-AA-AAA------------T--AA----T-ACAC-CA-CC--TACT--TAAA--A-AAAACA---C--TA--G-G-ATGGCAACGCATTTTT-GGAG-GCCCCAC-CT-GGAAAATT----ATTTAT--TGGAT----C-GACC--G-GG-AGA-A--------TT-TCGCGAGTAATTCT-GT-AATC-GGAATGTCTGGG-CTG-TTTA-CCT-A--TGCGGAAATTC-CCTA-CCTATGCG-ACGATT-AC--GA--C-GC---TCGTCT--GACCG-----TTTT--TTTTA--T--ACTT--CG-ATA-GCTCA---TCCCTAA---C-TCCA--TGATGTG-A-AAAC-CGAAA-GT--AA--GCTC-TGCAG-GG-ATA-C--AGATTT--AA-A--AATCATT-CGG--TT--G-AAT--GAAAGCA-AAA---C-AAAG-CC-TCAA-ATCAAA-------TGG---ATA-AATAA--------ATCA-AAA--CAA-AAGTAAA-AAAT-------A----T-TG---AA---G--AT---GTT-C-T---TT-A--GCT-A---T----ATCCA-CG-AT---C--AAA-TT----T-TA-T-TTAAA-C--AG--T----TT-G-A------TTTTGCTTT-CA--TTT---AA-TC---------A--------A--------A----------
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gi|16 : acAGGAGT-CT-GAAGT----TTT---------TT-----C-AA-TA--A----TA--GAGCT--A-A-AT-----AA-AA-AAA---------AA-T--AA----T-ACAC-C-------ACTACTAA--AA-AAAACCA--C--CA--G-G-ATGGCAACGCA-TATTTGGAG-GTCCCAA-CT-GGAAAATT----ATTTAT--TGGAT----C-GAC---G-GG-AGA-A--------TT-TCGCGAGTAATTatg
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gi|23 : AGGAGT-CT-GAAGG----TTT---------TT-----C-AA-CA--A----TA--GACCTAAA-A-AT----AAATTA-TTA---------AA-T--A-------ACAC-CA-CCAAAACTA--ACACAA-CCCAC----G--CA--G-G-ATGGCAACGCA-TTTTTGGAG-GTCCCAC-CT-GGAAg
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gi|46 : ccaaAGAAGT-CT-GAAGT----TTT---------TT-----TTAA-TA--A----TA--GAGCT-
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gi|17 : aggaatctgaagttatttcaataatatagagctcaaataaaaaaaaataatacaccccctacGAAT-CT-GAAGT----TAT---------TT-----C-A--TA--A----TA--GAGTT-CA-A-AT----AAA--A-AAA---------AA-T--AA----TAACA--CC-CC--TACTA-T----AG-AAAACCA--C--CA--G-G-
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gi|30 : GAAT-CT-GAG------TAT----------------C-AA-TA-------TA--GAGCT-CA-A-ATAAAAAAA-AA-AAA---------AA-T--AA----T-ACA--CC-CC--TACTA-TA---AA-AACAC----A--CA--G-aatacccctggtgttttctatagtgggggtgtttatttttttttatttgaaactctattattgaaataacttcaga
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gi|25 : CGGT-TTTTACACCA--TG-GAG---TTAGGGA---TGATCT---ATCG--AAT-CG-----------A--AA---AA----CG---G-C-CA-A-AAAAG-G---T-C--G-TA--ATCG-TCGCG--T----------------TGC-A-TGGG-TAAA-CAG-CCCAGAAATT
gi|24 : TAGGGA---TGAGCTA---TCA--AAG-TG-----A-----A--AA---AAAACCCG---G-T-CA-G-ACGAGGG----GC--G-TA--ACCG-TCACA--TAGG-TA-G-AAATGCCCGC-AT-GGG-TAAA-CAG-CCCAGACATTCCGga
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gi|9 : cgGT--G-T-CA-G-ATTAGGG---TC---G-TA--ATCA-TCGCA--TAGG-TA-AAAGAT----------GGG-TAAAACAGTCCCAGACTTTCTGA-TTGCA-TAAATTA-CTC-GCGA-AA-----TTCTGCGCG-TC-GATC-CAA-TAAATTAATTT-TC-CA-G-T--G---GTA-CTTCCAAAAATTGC-GTT---GCC-AT-C-TTG-AT---T---TTT-TT-TA----AAG-------TAG-GTGA-ATG--C-A----T--T--A-----G--G----T-----T--T---T--------A-A-----TTGTA--ATCTC--G--AC---T--TATT-G-----AA---------AAA----A
gi|7 : cacgagtactgaaagtgtt-T-CATG-ATGTGAGGGATGA--GCTATCATCG-TCGCA--TAGG-TA-GGGAATTTCAGC-AT-GCA-TTAA-TAG-CCCAGACACTC-----------AAATTA-CTC-GCGA-AA-----TT-TTCCCGTTT--------------T--ATTT-TCAAG-A-T--G---G-AACCTCAAAAAAT-GC-GTC---GCC-AT-T-CTG-AT---GG--TTT-TTTTAG---TAG-A-----T------G-GTG--T-A----T--T--A-----T--T----T-----T--T---T--------G-T-----TTATCTAAGCTC--T--A----T--TACT-G-----AA---------ACA----ACTGC-AGACTCcggacattttt
gi|47 : acaAATTTCCGC-AT-AGG-TAAA-CAG-CCCAGACATtatgagaaccgaaagtgagccctctagcgacactgattttaaatcactcgcttaataaaacttcaaatcaacgggataaataaatcaaaacaaaggtaacaaatattaaaggtgttttttattcacacacatgatcaaattttacttaactagttttattttgctttcattgaatcaaa
gi|14 : AATTA-CTC-GCGA-AA-----TT-TTGCCGGTC-GATC-CAT-TAAAT--AATTTTC-CA-GGT--G---GGA-CCTCCAAAAAT-GT-GTT---GCC-AT-C-CTG-GT---C---TTT-TT-TT----TAG-------TAG-G-TG-GTG--T-A----T--T--ATTTT-T--T----T-----T--T---T--------A-T-----TT-----AGCTC--T--A----T--TATT-G-----AA---------AAA----TCTTC-ATACTC
gi|16 : acaAATTA-CTC-GCGA-AA-----TTCTCCC--GTC-GATC-CAA-TAAAT--AATTTTC-CA-G-TTGG---G-A-CCTCCAAATAT-GC-GTT---GCC-AT-C-CTG-GT---G---GTT-TTTTT----TAG-------TAG-T-GG--TG--T-A----T--T--A-----T--T----T-----T--T---TTTT-----A-T-----TT-----AGCTC--T--A----T--TATT-G-----AA---------AAA----ACTTC-AGACTCatg
gi|13 : caCGA-AA-----TTCT---CAGTC-GAT--------------TTTC---CA-G-T--G---G-AACCGACAAAAATTGC-GTT---GCC-ATAC-CTT-GT---T---TTT-TTGTT----TAg
gi|27 : gtatctgaaggtttttttttttttttcaattactagtatgaaataataatacacacgatcaccattcttctaaaaaaaaaaaATAAAA--ATTT-TCCCA-G-C--GTGGG-A---TCCAAAAAA-TC-GTT---GCC-AT-CGCTG-GT---G---TTT-TTTTGTTTTTAG-------TAG-A-TG-GTG--T-A----gcgaaagcagaa
gi|23 : --G---G-A-CCTCCAAAAAT-GC-GTT---GCC-AT-C-CTGCGTG--G---GTT-GTGT-----TAGTT-----TTG-G-TG-GTG---------T--T--A-----T--T----TAATAAT--T---T--------ATT-----TTT----AGGTC--T--A----T--TGTT-G-----AA---------AAA----CCTTC-AGACTCggaagtgagctgca
gi|43 : aca-GC-GTT---GCC-AT-C-CTG-GTAGAG---TTT-TT-T-----TAG-------TAG-G-TG-GTG--T-A----T--A--G-----T--T----T-----T--T---T--------cacctggaa
gi|31 : aC-AT-C-CTG-GT---GGGTTTT-TTTTA----CAG-------TAG-G-GA-A-G--T-A----T--T--A-----T--T----T-----T--T---TTT------A-T-----TTG----AACTCTAT--A----T--CATT-G-----AA---------ATA----ACTT
gi|28 : -AT-C-CTGTGT---G---TGT-TT-TA----TAG-------TAG-G-GG-GTG--T-A----T--T--A-----T--T----T-----T--T---T--------T-TTTTTATTG----AGC-C--T--A-------TATT-G-----AA---------ATA----ACTTC-AGATTC
gi|17 : -C-CTG-GT---G---GTT-TTCTA----TAG-------TAG-G-GG--TG--TTA----T--T--A-----T--T----T-----T--TTTTT--------A-T-----TTG----AACTC--T--A----T--TA-T-G-----AA---------ATA----ACTTC-AGATTtg
gi|18 : g-C-CTG-GT---G---TTT-TC-TA----TAG-------T-G-G-GG-GTGTTT-A----T--T--T-----T--T----T-----T--T---T--------A-T-----TTGA---AACTC--T--A----T--TATT-G-----AA---------ATA----ACTTC-AGAggtatttttttttttatagtagggggtgtattattatttttatttgagctcttttattgaaataacttcagatt
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gi|18 : gaatctgaagttatttcataatagagttcaaataaaaaaaaataataacacccctactatagaaaaccaccaggggtatttt---TTT-TTTTA----TAG-------TAG-G-GG-GTG--T-A----T--T--A-----T--T----A-----T--T---T--------A-T-----TTG----AGCTC--T--T----T--TATT-G-----AA---------ATA----ACTTCAAGATT
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Reference ( family-2846 ) : AGGAGT----CTGAAGT----TNTTT-----C-AA-TA--ATA--GAGCTCAAAT----AAAAA-AAA-----------AAT-----AA----T-ACAC-CNCC--TACTATAAA--AAAAAAC--C----CAG-GATGGCA-ACGCATTTTTTGGAG-GTCCCAC-CT-GGAAAATTATTTATTGGATCGACCGCGGAGAATTTCGCGAGTAATTCT-GT-A-TCGGAATGTCTGGG-CTGTTTACCCATGCGGAAATTTCCTACCTATGCGACGATTACG--ACCC--T--T--CT-GACC-GG----TTTTTTTT--C--ACTTCGATA-GCTCATCCCTAACTCCA-TGATGTGA-AAACC-----GGAAGTGAGCT-----CTGCAGTG-ACAC-AGANTTTGAAATCACTCGG-T---A-AAT-GAAAGCAAAA---T-AAAA--CTTCNAA-TCAAA---ACTGG-ATAAATAA-A-TCAAAAC--AA-AAGT---AAA-AAAA-----AA-----T-TG---AA--AGATGTT-------TTTT-ATT-CA---T--ATCCA---TNATC--AAA-TTTTA-T-TA-AA--C--A-GT--TTTGA------TTTTGCTTTC--A--TTT---AA-TCA--A--------AA----TCT--GTG---T---CACTTGCA-GA-G-CT-CAC-TTC--CG-GT-TT--T-CACATCA--TG-GAGTTA---GGGA-T---GAGCTAATCG--AAGT-G----AAAA---AACG-GTC--AGACGA-GGGT-CGT-AATCGT-CGCAT-AGGT-AGG-AAATTTCCGCA-TTGGGT-AAACAG-CCCAGACATTCCGATTA-CA--AAATTACTC-GC-GA-AAT-----TCTTCCCGGTC-GATC-C-AATAAA-TAATTTTC-CAG-TGG-A-CCTCCAAAAA-T-GCG-TTG---CCA-T-C-CTG-GT---G-T-TTTT-TAT---AG-T-----AGG-GG-GTGT--ATTATT--T-----T---TTA-T-----TTG--AG-CTC--TA----TTATTG--AA---ANAA-----CTTC-AG-ACTCC
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Reference ( family-2846 ) : AGGAGT----CTGAAG-T----TTT-----TT----C-AA-T-AATA--G-AGCTCAAAT----AAAAA-AAA-----------A--AT-----AA----T-ACAC-CAC-C--TACTATAA--A-AAAAAAC-----------C----CAG-G-ATGGCA-ACGCATTTTTTGGAG-GTCCCAC-CT-GGAAAATTATTTATTGGATCGACCG-GGAGAATTTC-GCGAGTAATTCT-GT-A-TCGGAATGTCTGGG-CTGTTTACCCATGCGGAAATTCCCTACCTATGCGACGATTACG--ACCC--T--T--CT-GACC-GG----TTTTTTTT--C--ACTTCGATA-GCTCATCCCTAACTCCA-TGATGTGA-AAACC-----GGAAGTGAGCT-----CTGCAGTG-ACAC-AGATTT-TAAA-TCACTCGG-T---A-AAT-GAAAGCAAAA---T-AAAA--C--CTCA-A-ATCA-A--CTGG-ATAAATAA-A-TCAAAAC--A-------A--AAGTAAAA-AA-----A--A---T-TG--AA--AGATGTT-------TT-TT-ATT-CA---T--ATCCA---TGATC--AAA-TTTTA-T-TA-AA--C--A-GT--TTTGA------TTTTGCTTTC--A--TTT---AA-TCA--A--------AA----TCT--GTG---T---CACTTGCA-GA-G-CT-CAC-TTC--CG-G-T-TT--TCACATCA--TG-GAG---TTAGGGA---TGAGCT-AT-CG--AAG-TG----AAAA---AACG-GTC--AGACGA-GGGT-CGT-AATCGT-CGCAT-AGG-TAGG-AAATTTCCGC-ATTGGG-T-AAACAG-CCCAGACATTCCGATTA-CA--AAATTA-CTC-GCGA-AA-----TTCTTCCCGGTC-GAT-C---AAT-A-A--TAATTTTC-CAG-TGG-A-CCTCCAAAAA-TGC-GTT---GCC-ATC-CTG-GTG----T-TTTT-TA---TAG-----TAGG-GG-GTGT--ATTA-----TT--T----T---TT---A-T-----TTG--AG-CTC--TA----T--TATTGAA---------ATAACTTC-AGATTCC
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Reference ( family-2846 ) : AGGAGT----CTGAAG-----T----TTT-----TT--C-AA-TAA-TAGAGC-T-AAAT--AA-AA--AAA-----A---------AAT--A--A----TACAC-CA-CCTACTA-AA---A--AA-A-----AAAC-------C----CAG-G-ATGGCAACGCATTTTTTGGAG-GTCCCAC-CT-GGAAAATTA-TTTATTGGATCGACCG-GGAGAATTTC-GCGAGTAATTC-T-GTAATCGGAATGTCTGGG-CTGTTT-ACCCATGCGGAAATTCCCTACCTATGCGACGATTACG--ACCC--T--TCT-G--ACC-GG----TTTTTTT--T--CACTTCGATA-GCTCATCCCTAACTCCA-TGATGTGA-AAACC-----GGAAGTGAGCT-----CTGCAGTG-ACAC-AGATTT-TAAA-TCACTCGG-T---A-AAT-GAAAGCAAAA---T-AAAA--C--CTCA-A-ATCA-A--CTGG-ATAAA--TAA-ATCAAA-AC--AA--AAGTAAAAAANA---T----TG--AA--AGATGTT-------TT-TT-ATT-CA---T--ATCCA---TGATC--AAA-TTTTA-T-TA-AA--C--A-GT--TTTGA------TTTTGCTTTC--A--TTT---AA-TCA--A--------AA----TCT--GTG---T---CACTTGCA-GA-G-CT-CAC-TTC--CG-G-T-TT--TCACATCA--TG-GAG---TTAGGGA---TGAGCT-AT-CG--AAG-TG----AAAA---AACG-GTC--AGACGA-GGGT-CGT-AATCGT-CGCAT-AGG-TAGG-AAATTTCCGC-ATTGGG-TAAACAGCCCAGACATTCCGATT--CA--AAATTA-CTC-GCGA-AA-----TTCTTCCCGGTC-GATC---AAT-A-ATAATTTTC-CAG-TGGA-CCTCCAAAAATGC-GTT---GCC-ATC-C----TG-GTG----T-TTTT-TA---TAG-TAG---GGGGT-----G-TATTA-TTTT------T--TTT-----A-T---TTG-AGCTC--TA----T--TATTGAA---------ATAACTTC-AGATTCC
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gi|11 : cCCATGCGAAA--TCCCTACCTATGCGACGATTACGGAAC---------T-G--ACC-GT----TTTTTTT--TTCCATTTCAGTAAGCTCATCCC-AACTCCA-TGATGTGA-AAACC-----AGAAGTGAGCT-----ATGCAGTG-ACAC-AGATTT-TAAA-ACACTCGGTT---A-AAT-GAAAGCAAAA---CAAAAA--C--CTCA-A-GTCA-A--CTGG-ATAAA--TAA-ATCAAA-AC--AA--AAGTAAAAAATA---T--------GA--AGATGTT-------TC-TT--TT-CA---T--ATCCA---T
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Reference ( family-2846 ) : AGGAGT----CTGAAG-----T----TTT-----TT--C-AA-T-AA-TAGAGC-T-AAA-T--AAAA--A-AA-----A---------AAT--A--A----TACAC-CAC-CTACTA-AAA--A---AAA-AA-----C-------C--CA----G-G-ATGGCAACGCA-TTTTT-GGAG-GTCCCAC-CT-GGAAAATTA-TTTATTGGATCGACCG-GGAGAATTTC-GCGAGTAATTC-T-GTAATCGGAATGTCTGGG-CTGTTT-ACCCATGCGGAAATTCCCTACCTATGCGACGATTACGACCC-T-G-TCTG--ACC-GG----TTTTTTT--T--CACTTCGATA-GCTCATCCCTAACTCCA-TGATGTGA-AAACC-----GGAAGTGAGCT-----CTGCAGTG-ACAC-AGATTT-TAAA-TCACTCGG-T---A-AAT-GAAAGCAAAA---T-AAAA--C--C--TCA-A----------ATCA-A--CTGG-ATAAATAA-ATCAAAAC--AA--A--AGTAAAAAATA-T----T---GAAAGATGTT-------TT-TT-ATT-CA---T--ATCCA---TGATC--AAA-TTTTA-T-TA-AA--C--A-GT--TTTGA------TTTTGCTTTC--A--TTT---AA-TCA--A--------AA----TCT--GTG---T---CACTTGCA-GA-G-CT-CAC-TTC--CG-G-T-TT--TCACATCA--TG-GAG---TTAGGGA---TGAGCT-AT-CG--AAG-TG----AAAA---AACG-GTC--AGACGA-GGGT-CGT-AATCGT-CGCAT-AGG-TAGG-AAATTTCCGC-ATTGGG-TAAACAGCCCAGACATTCCGATTA-CA--GAATTA-CTC-GCGA-AA-----TTCTTCCCGGTC-GATC---AAT-A-ATAATTTTC-CAG-TGGA-CCTCCAAAAATGC-GTT---GCC-ATC-C----TG-GTG----T-TTTT-TA---TAG-TAG---GGGGT-----G-TATTA-TTTT------T--TTT-----A-T---TTG-AGCTC--TA----T--TATTGAA---------ATAACTTC-AGATTCC
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Reference ( family-2846 ) : AGGAGT----CTGAAG-----T----TTT-----TT--C-AA-T-AA-TAGAGC-T-AAA-T--AAAA--A-AA-----A---------AAT--A--A----TACAC-CAC-CTACTA-AAA--A---AAA-AA-----C-------C--CA----G-G-ATGGCAACGCA-TTTTT-GGAG-GTCCCAC-CT-GGAAAATTA-TTTATTGGATCGACCG-GGAGAATTTC-GCGAGTAATTC-T-GTAATCGGAATGTCTGGG-CTGTTT-ACCCATGCGGAAATTCCCTACCTATGCGACGATTACGACCC-T-G-TCTG--ACC-GG----TTTTTTT--T--CACTTCGATA-GCTCATCCCTAACTCCA-TGATGTGA-AAACC-----GGAAGTGAGCT-----CTGCAGTG-ACAC-AGATTT-TAAA-TCACTCGG-T---A-AAT-GAAAGCAAAA---T-AAAA--C--C--TCA-A----------ATCA-A--CTGG-ATAAATAA-ATCAAAAC--AA--A--AGTAAAAAATA-T-----T-G--A---A-GA----TGTT-TT---TT-ATT-CA---T-ATCCA---TGATC--AAA-TTTTA-T-TA-AA--C--A-GT--TTTGA------TTTTGCTTTC--A--TTT---AA-TCA--A--------AA----TCT--GTG---T---CACTTGCA-GA-G-CT-CAC-TTC--CG-G-T-TT--TCACATCA--TG-GAG---TTAGGGA---TGAGCT-AT-CG--AAG-TG----AAAA---AACG-GTC--AGACGA-GGGT-CGT-AATCGT-CGCAT-AGG-TAGG-AAATTTCCGC-ATTGGG-TAAACAGCCCAGACATTCCGATTA-CA--GAATTA-CTC-GCGA-AA-----TTCTTCCCGGTC-GATC---AAT-A-ATAATTTTC-CAG-TGGA-CCTCCAAAAATGC-GTT---GCC-ATC-C----TG-GTG----T-TTTT-TA---TAG-TAG---GGGGT-----G-TATTA-TTTT------T--TTT-----A-T---TTG-AGCTC--TA----T--TATTGAA---------ATAACTTC-AGATTCC
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Reference ( family-2846 ) : AGGAGT----CTGAAG-----T----TTT-----TT--C-AA-T-AA-TAGAGC-T-AAA-T--AAAA--A-AA-----A---------AAT--A--A----TACAC-CAC-CTACTA-AAA--A---AAA-AA-----C-------C--CA----G-G-ATGGCAACGCA-TTTTT-GGAG-GTCCCAC-CT-GGAAAATTA-TTTATTGGATCGACCG-GGAGAATTTC-GCGAGTAATTC-T-GTAATCGGAATGTCTGGG-CTGTTT-ACCCATGCGGAAATTCCCTACCTATGCGACGATTACGACCC-T-G-TCTG--ACC-GG----TTTTTTT--T--CACTTCGATA-GCTCATCCCTAACTCCA-TGATGTGA-AAACC-----GGAAGTGAGCT-----CTGCAGTG-ACAC-AGATTT-TAAA-TCACTCGG-T---A-AAT-GAAAGCAAAA---T-AAAA--C--C--TCA-A----------ATCA-A--CTGG-ATAAATAA-ATCAAAAC--AA--A--AGTAAAAAATA-T-----T-G--A---A-GA----TGTT-TT---TT-ATT-CA---T-ATCCA---TGATC--AAA-TTTTA-T-TA-AA--C--A-GT--TTTGA------TTTTGCTTTC--A--TTT---AA-TCA--A--------AA----TCT--GTG---T---CACTTGCA-GA-G-CT-CAC-TTC--CG-G-T-TT--TCACATCA--TG-GAG---TTAGGGA---TGAGCT-AT-CG--AAG-TG----AAAA---AACG-GTC--AGACGA-GGGT-CGT-AATCGT-CGCAT-AGG-TAGG-AAATTTCCGC-ATTGGG-TAAACAGCCCAGACATTCCGATTA-CA--GAATTA-CTC-GCGA-AA-----TTCTTCCCGGTC-GATC---AAT-A-ATAATTTTC-CAG-TGGA-CCTCCAAAAATGC-GTT---GCC-ATC-C----TG-GTG----T-TTTT-TA---TAG-TAG---GGGGT-----G-TATTA-TTTT------T--TTT-----A-T---TTG-AGCTC--TA----T--TATTGAA---------ATAACTTC-AGATTCC
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gi|13 : aaccacaattca-----T----TTT-----TT--C-AA-TTAC-TAGTAT-G-AAA-T--AATA--ATAC-----A---------CAC--G--A----T-CAC-CATTCTTCTA-AAA--A---AAA-AAATAAACAAAAAAAC--AA----G-GTATGGCAACGCAATTTTT-GTCG-GTTCCAC--T-GGAAAAT-------------CGACTG---AGAATTTCGGCGAtt
gi|14 : gtatctgaaggtttttttttAGGAGT----ATGAAG-----A----TTT-----TT--C-AA-T-AA-TAGAGC-T-AAA-T--AAAA--A-AA-----A---------AAT--A--A----TACAC-CAC-CTACTA-AAA--A---AAA-GA-----C-------C---A----G-G-ATGGCAACACA-TTTTT-GGAG-GTCCCAC-CT-GGAAAATTA-TTTAATGGATCGACCG-GCAAAATTTC-GCGAGTAATTA-T-Gaagcagaa
gi|15 : ac------TTTTGCTTCC--A--TTT---TA-TCA--A--------A-----TCT--GTA---T---CACT-GCA-GA-G-CT-TAC-TTC--CG-G-T-TT--T-ACTTCA--TG-GAG---TTAGGGA---TGAACT-AT-CG--AAG-TG----AAAA---AACG-GTC--AGACAA-GGGT-CGT-AATCGT-CGCAT-AGG-TAGG-AAATTTCCGC-ATGGGG-TAAACAGCCC
gi|16 : AGGAGT----CTGAAG-----T----TTT-----TT--C-AA-T-AA-TAGAGC-T-AAA-T--AAAA--A-AA-----A---------A-T--A--A----TACAC-CAC--TACTA-AAA--A---AAA-CC-----A-------C--CA----G-G-ATGGCAACGCA-TATTT-GGAG-GTCCCAA-CT-GGAAAATTA-TTTATTGGATCGA-CG-GGAGAATTTC-GCGAGTAATT
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gi|17 : ----T-TTTT-TA---TAG-TAG---GGGGT-----G-TATTA-TTAT------T--TTT-----A-T---TTG-AGCTC--TT----T--TATTGAA---------ATAACTTC-AGATTggtatttttttttttatagtagggggtgtattattatttttatttgagctcttttattgaaataacttcagatt
gi|18 : gaatctgaagttatttcataatagagttcaaataaaaaaaaataataacacccctactatagaaaaccaccaggggtattttt----T-TTTT-TA---TAG-TAG---GGGGT-----G-TATTA-TTAT------T--T-------A-T---TTG-AGCTC--TT----T--TATTGAA---------ATAACTTCAAGATTC
gi|18 : C-C----TG-GTG----T-TTTC-TA---TAG-T-G---GGGGT-----G-T-TTATTTTT------T--TTT-----A-T---TTGAAACTC--TA----T--TATTGAA---------ATAACTTC-AGAaaaaaatacccctggtgttttctatagtgggggtgtttatttttttttatttgaaactctattattgaaataacttcaga
gi|19 : gaatcttgaagttatttcaataaaagagctcaaataaataataatacaccccctactataaaaaaaaaaaataccAG-TAG---GGGGT-----G-TATTA-TTTT------T--TTTT----A-T---TTG-AGCTC--TA----TATTATTGAA---------ATAACTTC-AGATTCC
gi|19 : a----T-TTTT-TA---TAG-TAG---GGGGT-----G-TATTA-TTTT------T--GTT-----A-T---TTG-AGCTCTGTA----T--TATTGAA---------ATAACTTC-AGATTCtttttatagtagggggtgtattatttttgttatttgagctctgtattattgaaataacttcagattc
gi|2 : aggaatctgaagttatttcaataatatagagctcaaataaaaaaaaataatacaccccctacGCT-----CTGCTGTGGACAC-TGATTTGTAAA-TCACTTGG-TTTTA-AA--GAAAGCAAAAATAT-AAAAGCCTGC--TTA-A----------A-CACA--CTGG-ATAAATAA-ACGTAAAC--AATAA--ATTAAATGATA-TGCAATT-A--A---A-AA----TGTTCTT---TT-ATT-CGAGCTGATCCAATGTAGTC--AAAATTTTA-TCTA-AA--T--A-GT--TTT-A------TTTTGCTTTCCAA--TTTT--AA-TCA--A--------AAGATGTCA--GTGATAT---CAATTGCAAGA-G-TT-CAC-TTC--CG-GTT-TT--TCACACCAGGTG-GAGTTATTAGGGATTTTGAGCT--T-CGTTAAGTTG----ATAATAGAACA-ATTCAAGAAAA-GGAT-CGT-GATCGT--GCCT-AGGTTAGG-AAATGTCAACAATTGGGTTAAACA-CCCAGAC-TTCCAACC--------ATTATTTT-GCAA-GATATATTTTCTCCCTGTT-GAT--------------TTTTC-CAT-TATA-AATCC-AAAATGCAATTGGCGCCAATCAC----TG-GTC----C-TTAT-TATTTTAA-TTGTTTAGGGTTTGTAG-TATTT-TTTT------T--TTT-----A-T---TT--AGGTC--TAGGAGT--CATTGAATGGAGAAAGATA--TTC-AGATTCC
gi|20 : gag---TAG-TAG---GGGGT-----G-TATTA-TTTT------T--TTT-----A-T---TTG-AGCTC--TA----T--TATTGAA---------ATAACTTC-AGATTCCtgtg
gi|20 : ca-C----TA-ATA----T-TTTT-TA---AAG-TAG---GGGG------G-TATTA-TTTT------T--TTT-----A-T---TTG-AGCTC--TA----T--TATTGAA---------ATAACTTC-atattttttaaagtaggggggtattattttttttatttgagctctattattgaaataacttca
gi|21 : caggaatctgaagttatttcaataatagagctcaaataaaaaaaataatacacccccta-TA---TAG-TAG---GGGGT-----G-TATTA-TTTT------T--TTT-----A-T---TTG-AGCTC--TA----T--TATTGAA---------ATAACTTC-AGATTCC
gi|21 : aTA----T-TTTT-TA---AAG-TAG---GGGG------G-TATTA-TTTT------T--TTT-----A-T---TTG-AGCTC--TA----T--TATTGAA---------ATAACTTC-ttttttaaagtaggggggtattattttttttatttgagctctattattgaaataacttca
gi|22 : aggaatctgaagttatttcaataatagagctcaaataaaaaaaataatacaccccctactaTC---AAT-A-ATAAAGCTC-AAA-TAAA------AAAAATA--GT-----AC-ACC-CCCTGTG-GTT----TCTTTT-TA---TAG-TAG---GGGGT-----G-TATTA-TTTT------T--TTT-----A-T---TTG-AGCTT--TA----T--TATTGAA---------ATAACTTC-AGATTCC
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gi|25 : AATTTCTGGG-CTGTTT-ACCCATGCA--------------ACGCGACGATTACGACCT-T-T-TTTG--GCC-G--------TTTT--T--CGATTCGATA-GATCATCCCTAACTCCA-TGGTGTAA-AAACC-----GGA
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gi|27 : ----TACAC-CAT-CTACTA-AAA--ACAAAAA-AA-----CA------C--CA----GCG-ATGGCAACGAT-TTTTT-GGA---TCCCACGCTGGGAAAATT--TTTA-TGGA
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gi|29 : AGGAGT----CTGACG-----T----TTT-----TT--C-AA-T-AA-TATAGC-T-AAA-T--------A-AA-----A---------AAT--A--A----TACAtg
gi|3 : cacG----TTTTATT--T--TGCTTCGATA-TCTCAT--------------ATGTAA-AAACC-----GGAAGTGAGCTTAGCACAGCAGTG-TTACTATATTT--------ATTC-----------T-GAAAGCAAAA---T-AAAA--C--T--T----------------------------TAAATAA-CTCAAAGA--AA--ATGGGAAAAAAATA-T-------GCCAGCCA-GA----TTTT-TT---TTTATTTCA---C-ATCAA---TAATC--AA--TTTTA-T-TG-TATCC--ATGTGATTTGAATTCATTTCTGCTTTC--C--TTT---AACTCG--ATTGGGTTTAA----TCTTAGTA---G---CAGT-GCA-AA-ATCT-CAC-TTC--CGCG-T-TTATTCACATCA--TGAGAG---TTCGGGA---TACACT-AT-CG--AAG-AG----AAAA---AAAAAGTCC-AGAAAAAGGGT-TGTCAATCGTTCGCAT-AGG-TAGGGAAATTTCCGC--CTGGA-TAA-CAGCCCAAACAATCCTATTTTCA--AAATCT-CTCAGCGA-AA-----TTC-----------------AAT-ACATAATTTTG-CAG--GAA------AAAAATGC-GTT---GCC-ATG-C----CG-GTG----GATATT-TG---TAG-T-----GGGAT-----G--ATTA-TCTA------T--TTT-----ATT---TTG-AGCTC--TT----T--TTTTAAG---------------TC-AGATTCCagtaggtggtgtattattttttattttg
gi|30 : aca-GTG----TGTTTT-TA---TAG-TAG---GGG-T-----G-TATTA-TTTTTTTTTTT--TTT-----A-T---TTG-AGCTC--TA-------TATTG-----------ATA--CTC-AGATTC
gi|31 : acaC-ATC-C----TG-GTGGGTTT-TTTT-TA---CAG-TAG---GGAA------G-TATTA-TTTT------T--TTT-----A-T---TTG-AACTCTATA----T--CATTGAA---------ATAACTTag
gi|32 : AGAAGTTTCCCTGAAG-----T----TTTTTTT-TT--C-AA-T--A-TAGAGCTT-AAA-T--AAAA--T-AA-----G---------AATGAA--A----TAAAC-CAC-CTA
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gi|34 : ---TAG-TAG---GGG-T-----G-TATTA-TTTT------T--TTTTTTATA-T---TTG-AGCTCCATA----T--CATTGAA---------ATAACTTC-AGATTTC
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gi|7 : acaGATA-GCTCATCCCTCACATCA-TGATATGA-GAACC-----GAAAGTGAGCC-----CTCTAGCG-ACAC-TGATTT-TAAA-TCACTCGC-T-------T---------AA---T-AAAA--C--T--TCA-A----------ATCA-A--CGGG-ATAAATAA-ATCAAAAC--AA--A--GGTAACAAATA-T-----T-A--A---A-GG----TGTT-TT---TT-ATT-CA---C-ACACA---TGATC--AAA-TTTTACT-TA-AC--T--A-GT--TTT-A------TTTTGCTTTC--A--TTG---AA-TCA--A--------Agaatcaaa
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Reference ( family-2846 ) : AGGAGT----CTGAAG-----T----TTT-----TT--C-AA-T-AA-TAGAGC-T-AAA-T--AAAA--A-AA-----A---------AAT--A--A----TACAC-CAC-CTACTA-AAA--A---AAA-AA-----C-------CCA----G-G-ATGGCAACGCA-TTTTT-GGAG-GTCCCAC-CT-GGAAAATTA-TTTATTGGATCGACCG-GGAGAATTTC-GCGAGTAATTC-T-GTAATCGGAATGTCTGGG-CTGTTT-ACCCATGCGGAAATTCCCTACCTATGCGACGATTACGACCC-T-G-TCTG--ACC-GG----TTTTTTT--T--CACTTCGATA-GCTCATCCCTAACTCCA-TGATGTGA-AAACC-----GGAAGTGAGCT-----CTGCAGTG-ACAC-AGATTT-TAAA-TCACTCGGTT--AATGAAAGCAAAA---T-AAAA--C--C--TCA-A----------ATCA-A--CTGG-ATAAATAA-ATCAAAAC--AA--A--AGTAAAAAATA-T-----T-G--A---A-GA----TGTT-TT---TT-ATT-CA---T-ATCCA---TGATC--AAA-TTT-TATT-TAAAC--A-GT--TTTGA------TTTTGCTTT-CA--TTT---AA-TCAA--------A--A----TCT--GTG---T---C-ACT-GC-AGAG-CTC-AC-TTC--CG-G-T-TT--TCACATCA--TG-GAG---TTAGGGA---TGAGCTA-T-CG--AAG-TG----AAAA---AACG-GTC--AGACGA-GGGTT-GT-AATCGT-CGCAT-AGG-TAGG-AAATTTCCGCA--T-GGG-TAAACAGCCCAGACATTCCGA------C-----GAATTA-CTC-GCGA-AA------TTCT-CCCGGT------GGTT--------AAT-TTTC---CAG-TGGA-----A------AAAATGC-GTT---GCC-ATC-C----TG-GTG----T-TTTT-TA---TAG-TAG---GGGGT-----G-TATTA-TTTT------T--TTT-----A-T---TTG-AGCTC--TA----T--TATTGAA---------ATAACTTC-AGATTCC
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gi|4 : AGCAGT----CTGACG-----T----TTT-----TT--C-AA-T-AA-TAGAGC-T-AAATT--AAAA--A-AA-----AT--------AAT--A--A----TACAC-CAC-CTACTA-AAA--A---AGC-A--------------CCA----G-G-ATGGCAACGCA-GTTTT-GGAG-GTCTCAC-CT-GGAAAATTA-TTTATTGGATCGACCG-GGAGAATTTC-GCGAGTAATTC-T-GTAATCGGAATGTCTGGG-CTGTTT-ACCCATGCGGAAATTTCCTACCTATGCAACGATTACGACCCTT-G-TCTA--ACC-GGGTTTTTTTTTC--T--CACTTCGATA-GCTCATCCCTAACTCCA-TGATGTGA-AAACC-----GGAAGTGAGCT-----CTGCAGTG-ATAC-AGATTT-TAAA-TCACTCGGTTA-AATGAAAACAAAA---T-AAAA--C--C--TCA-A----------ACCA-A--CTGG-ATAAATAA-ATCAAAA------------TAAAAAATA-T-----T-G--A---A-GG----TGTT-TT---TT-ATT-CA---T-ATCCA---TGATC--AAA-TTT-TATA-TAAAC--A-G---TTTGA------TTTTGCTTT-CA--TTTTTAAA-TCAA--------A--A----TCT--GTG---------ACT-GC-AGAG-CTC-AC-TTC--C
gi|40 : acAGGAGT----CTGAAG-----T----TTTTTT--TT--C-AA-T-AA-TAGAGC-T-AGA-C-----A--A-AA-----A---------AAT--A--A----TACAC-TGC-CTAC
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gi|7 : TC--AATGAAAGCAAAA---T-AAAA--C--TAGTTA-AGTAAAATTTGATCA-T--GTGT-GTGAATAA-A---AAAC--AC--C--TTTAA----TA-T-----T-T--G---T-TACCTTTGTT-TTGATTT-ATT------T-ATCCCGT-TGATTTGAAG-TTT-TATT--AAGCG-A-GT-----GA------TTT----------------------AA--------A--A----TCA--GTG---T---C-GCT-AG-AGGG-CTC-AC-TTT--CG-G-T-TC--TCATATCA--T-------------GA---TG----------------TG----A---------G-G-----GATGA-G--CT-AT-CATCGT-CGCAT-AGG-TAGG-GAATTTCAGCA--T-GCA-TTAATAGCCCAGACACTC---------------AAATTA-CTC-GCGA-AA------TTTT-CCCGTT--------TT--------A-T-TTTC---AAGATGGA-----ACCTCAAAAAATGC-GTC---GCC-ATT-C----TG-ATG----G-TTTT-TT---TAG-TAG---ATGGT-----G-TATTA-TTTT------TTGTTT-----A-T---CTA-AGCTC--TA----T--TACTGAA---------ACAACTGC-AGACTCC
gi|7 : acaGATA-GCTCATCCCTCACATCA-TGATATGA-GAACC-----GAAAGTGAGCC-----CTCTAGCG-ACAC-TGATTT-TAAA-TCACTCGCTT--AAT---------------AAAA--C--T--TCA-A----------ATCA-A--CGGG-ATAAATAA-ATCAAAAC--AA--A--GGTAACAAATA-T-----T-A--A---A-GG----TGTT-TT---TT-ATT-CA---C-ACACA---TGATC--AAA-TTT-TACT-TAACT--A-GT--TTT-A------TTTTGCTTT-CA--TTG---AA-TCAA--------A--atcaaa
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gi|9 : GAGTA---CTGAAAGTGTTT----TTT-----TT--C-AA-T-AAGTCGAGA-T-----T--ACAATTA-AA-----A---------CCT--A--A----TGCATTCAC-CTACTT-TAA--A---AAA-AA-----T-------C-A----A-G-ATGGCAACGCAATTTTT-GGAA-GTACCAC--T-GGAAAATTAATTTATTGGATCGACGC-GCAGAATTTC-GCGAGTAATTTAT-GCAATCAGAAAGTCTGGGACTGTTTTACCCAT-C-----TTT--TACCTATGCGATGATTACGACCC-TAA-TCTGACACC-GGACA-TTTTT