lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 66666666666 111 1111 2222222 3333333 111 999999999999999999999999999999999999999999999 111111 44444444444444444 11 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 11
lowQualScore : 11 6 11111111111 777 2 7 8888 6666666 1111111 000 888888888888888888888888888888888888888888888 6666 555555 33 77777777777777777 4 2 2 2 44 2 2 4444 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 5 3 22 777777 00 99
lowQualScore : .. . ........... ... . . .... ....... ....... ... ............................................. .... ...... .. ................. . . . . .. . . .... ....................................................................................................................................................... . . . .. ...... .. ..
lowQualScore : 00 0 00000000000 555 5 8 0000 7777777 9999999 555 555555555555555555555555555555555555555555555 5555 555555 77 55555555555555555 9 8 9 9 55 9 9 1111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 1 4 22 888888 00 77
consensus : AAGTACATGTGAGATTATTTC--ATAA---TGATTGAATAATT-CCGAGCTTTCCGAT-TGGTTGAGAT-T--AACAAAC--TAGAA----A---AA--ANAAAAC---A--TTCACCTNCA--CG------TGCCTTCGAGGTGAA----TATAACATTT-----GA--TTTT-TC-CA--AT--AC--ATCGGACCAAAAATA-A-A-TTGGGA-AT-TT-CN-AAAT--TGATATGAC--GATTGGT--------TA--TTA-T-----TTTTGGTCGTTCAATG---AA-A----AC--TCG------TT-TCTCCGATC---AC-----------T-----CCAG--G--TCTTGCACT-----CG--AGTT----GTAAANAAAGATGGCCGACCAGGTATCGT-TCGGTGAGCTNTAGTAGCCG
Reference ( gi|2 ) : AAGGGCATGTAATACT-TTTCTTATAA---TGACTGAATAATT-TTAAGCTTTCTGAT-AGATCAAGAT-C--AACAAAC--TAGAA----A---AA--AGAAAAC---A-GTTCACCTTTA--TA------TGCCTTCGAGGTGAA----TATAACATTT-----AA--TTTTATC-CA--ATT-AC--ACCAGACCAAAAATA-A-A-CTGGGA-AT-TT-TA-AAATAATGATATGAC-AGACTGAT--------TA--TTA-T----ATTTTGGTCGTTCAATG---AA-A----AC--TTA------TT-CCTCCAATC---AT-----------T-----CCAG--G--TCTTACACT-----AG--AGAT----GTAAACAAAGATGGCCGACCAGGCACCAG-CTGGCAAGCTCCAGTAGCTG
gi|7 : AAGTACATGTGAGATTATTTC--ATAA---T---TGAA-AGCTATCGAGCTTTCCGATTAGCT-GAGAT-CTTAATGAAC--TAAAA----A---AA--AAAAA----------------T---TA------TGCCTTGGGGGTAAA----TGTAAC----------A--TTTTGTA-CA--A---AC--ACTAA--CAAAACTG-A-A--TAGGATAT-TT-AG-CAAT--TAATATAAG-GGGCTG-T--------CA-----------GTTTTAGTC-CACAATG---AA-A----AC--TCA------GT--CTCTAACC---AT-----------TTGA--CCAGCTGATTCTGAT-CT-----CA--AGTT----GTAAAACAAG-T-GCCGACCAGACAC
gi|3 : ATAAATGTGATTGAATAATT-TCGAGTTTCTTGGT--GATTGAGATTC--AGCAAAC--TAGAA----A---AGGTAGATTAC-----GTGCAACTACA--TG------TACCTTCGTGTTGAA----TATAACAACT-----AA--TTTT-TC-CA--C----C--ATTGAACCAAAAACG-A-A-TTGATA-AC-TT-CC-AAAT--TTATATAAT-TGGCT-AT--------CA--TTT-TTTTGATTTTG-CCTTTTAAAA---AG-A----ACAATTG------TT-TCT--GATC---AC-----------TTTCGACTAG--G--TCTAGCACT-----CG--AGTT----GTAAACAAAGATGAAAGACCAG
gi|14 : actttctataacaaA---TGATTGAATACTT-GCAAGCTTTGTCAT-TGATTGAGAT-T--AT--AAC---AGAACGTTA---AA--TTCAAAC---G----CAC--------G------TGCATTCAAGGCGAG----GAAACCATTT-----GA--TTTC-TC-TA--A----C--ATTGGACCAAAATTTTA-A-TTGAAA-AT-TT-CC-GGAT--TGATATGG---------T--------TA--TTA-T------TTTAGTCCTTCAATG---AA-A----AC--Tctatctttgtcttggctttagct
gi|19 : ttcataacA---TGATCGAATAATT-CTGTGTTTTCCAAT-TGGCCGAGAT-A--TAAAAACCTTTGAA----A---AAT-AGAAAGC---------------A--TG------TGCCTTTGAGGTTAC----TGCAACA--T-----AA--ATTTCTC-TA--Acgca
gi|13 : atttgtcagataatATTGAATAATT-CAGAGCTTTTCAAT-TGGCTGACAT-TG-AACAAAC--AAGAA----A---AAT-ATAAA-----------ATCTGCA--AA------TGCTTTCTAGGTGTA----TGCAATGTTT-----GA--TTTTTTC-CA------AC--AATGGACCAGAAACA-ATA-AT--AA-AT-TC-CT-AAAT--TGAT---AC-A-ATTGGT--------CA--TTA-T-----TCTTGGTCGCCCAGTA---AA-T----AC--Tcataggacaacaaga
gi|11 : ATAATT-CCGAGGTTACTGAT-TGGTTGAGAT-------AAAA--TAGAG----T---GT--TG----C---A--TTTACCTCCA--TG------TGCTTTCAAGTTGAA----TATAGCATTTG----GA--TTT--TC-CA--AT------ATCGGATCCAAAATA-A-----GGGA-AT-TT-TT-AAAT--TGA---GAC-A-ATTGGT--------TA--TAA-A----TTTTTGGTCGTCC-TTGCGTAT-ACTCTGC--TTG------TG-TGTCCAATC---ACTCTTGACTAAGT-----CTAA--G--TCTTGCAC------GGTTAGTT----GTTAAAAAAAGTGGCCGgtgtcttttattactttcgactac
gi|5 : T-T--AACAGAC--AAGAA----A---GA--ATAGAAC------TTTATGTTTA--CACGACCTTGTCTTGAAAGTGAG----TATAACATCC-----TA--TTTTACCATA--ATTGAC--CCCAAAC-GAAATTA-G-A----GG-----CT-TACAGAT--TGATA---C-TGGTTGTT--------TA--ATA-T----ATTTTGGTCGTTCAATG---AA-A----
gi|12 : AAAC--TAGAG----ATCAAA--ACAGAACTTTA--TTTACTTCCA--CA------ATCCTTCGAGGTAAA-----ATAATTTTTTTTCAAA--GTTT-TC-CA--G----C--ATCGGACCAAAAATA-A-A-TTGGAA-ATCCC-CG-AAGTAAT-AT-------GATTGGT--------TA--ATA-T-----TTTTGGTCGTTCAAAG---AA-A----Atttcgtcgactaggctttgcgtcataatcaaataattgttgaattatagtaacatcgaacccgatttaaagatggtcgatcaggtatcgttcggtgagctatagtagccg
gi|23 : AGAC----A---AG--AGAAGGTT--ATGTTCCCCTCTA--CG------TGCCTTCGAGGTGAAATTTTGCAACATCT-----GA--Taccattaaagaaatccttttcgtaacaaacccgccaatcagatatcgttttgcaagttctagtagccggt
gi|1 : gaa---A-ATTCACCTGCACATA------TGCCTTTGAGGTCAA----TATAACATTC------A--TTCAATTGAA--ATC-ACAGATCAGACCACATATA-A-A-GAGGGA-AT-TT-CA-AAAT-------CGAC--GATTCATTTTTTTTGTAACTTAGT----ATCTTGACCAGTCAATA---AA-A----AC--TTG------GG-TCTACA--C---AT-----------T-----TCGACTG--CCTTGTACT---------ATTT----GTAAAGAAAG--GGCCGccaaaatgctatagacctttcccaattgataagattggttata
gi|27 : tgatctagtaattttgtgctttctgattgCTTT-----------TGCCTTTGAGGTGAA----TATAGCATTT-----CA--TTCTAGC-AA--CTT-------CAGACCAAAAATA-A-ATTTGAGT-AT-TT-CG-AAgagactgagatcacaactgaggatttacagtgacatattatatagaataccaatctgattggtaagttctatgtgttttagtatttggtttcaa
gi|24 : cattttGCCTTCGAGATGAA----TATAATATTT-----GATTTTTTTTT-CAACATT-GT--ATT------GAAATG-A-A-TTGATA-AT-TTCCA-AAATAAT------AC--GACTGGT--------CT--TCA-T-----TTTTGGTC
gi|25 : atctactaCTTTCGAGGTGAA----TATAGCATTT-----GA--TGTCCCC-CA------AC--ATCGGACCAGTA--A-A-A-TTGGGA-AA-TT-CA-AAAAAA-------AA-AAATT-AT--------TA--TTATT----ATTTTCAT--TTCAAT
gi|16 : TTT-----GA--TTTTGCC-CA--AT------ATCGAACCAAAAACG-A-A-TTAGGA-TT-TC-CA-------TGATACGACTAG--TGCT--------T-------------TTTTGGTCGCCCTATG---AA-A----AC--CCA---------CGTCTGG-----AT-----------T-------AG--G--TTTCTCTCT-----AT--ATTTG---GTAAACGA--ATGG--GACT---TA-TAGTTTGGGGAGCTCTAGTAGCT
gi|28 : -----AA--TTT---C-CA--A---A---ATCAGACCGAAAATA-A-A-TGGGGA-AT-TT-CC-AAAT--TGAT-TGAT-TGATTGAT--------TA--TTagtgaatta
gi|18 : tccaaagtgGAACAAATATG-A-A-CCGGGA-TT-TC-TC-ACAT--TGCTATGAC----------------------------------TGGT-----AATC---AACA----AC--TTACAGGTTTT-TCTTCACTCTCGAT-----------T-------AG--G--TCTTGTACT-----CG--AGTT----GAAAATAAAGACGGCCGACCAGtactgg
gi|26 : tgtC--TTA------TTACTTTCAA-C---AC--------------------G--G--TCTTGCACTCTTGTAG--AAGTAGTAGTAAACAAAGATGGTGGACCAGGTATCAT-TTCGTAGACTTTAGTGGatatagatttgtaag
gi|5 : tctAAAGATGGTCGATCAGGTATCGT-TCGGTGAGCTATAGTAGCCGta
11 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TAAGGTAAAAAATAAATTGGAAATTTCCAAATCTCTATGATTATCATCTTTGGTCACTCCATCAAACTCAACTTTTTTGTTCTATACCTAAAGAAAGGGTGACAATAATCACAGACTGGAATAACACTTGTTGAATCAAAGTAGCACTGAACCCAATCTAAAGATGACCTATCAGGCATTGTAAATGTTTGGTCAATTCTACATGTTCTAGTTGCTAGTTTCAAAGTTTTGTTTGATTTAGTCATATGATAAGCAAAAATTTTGATCTTATCACTTTTGAAAGGGTCTTGCAG
Unaligned ( gi|6 ): AATTAAATAATTCCTTGCTCCTCTGGATGTGGATGAGATGCATCAGAAGCAAGAGAAAAATGGAATGCCTTGATACCGATGTGCCTTCCAGTGAATATAAGCAATAATTTCTCCAACATTGGACCAAGGAATGATTTGTGAATTTCATTATTCACTTTTTAACATGACATGATGTTGGTTAATATTTTTTTGGTCACGTCAATAAATCTTCTGTCTTTTGTTACTTTCGACTGTTTTGGCTCTTAATTGTAAACAGAGTT
Unaligned ( gi|8 ): TGCCTTAAGAGAGAATGTAAAATGCTTTTTTTTAGCATTTGGAACCTATATTAAAACGAAGAGTTTCCATATCTATCTGATTGATCATAATTTTGGTCATTTTTCTCTATTTACTTTTTTGACTAGATTTAGCACAAAGATTTGTCATAACAATGTTCAACTTCTACCACGAACTGGAATAACAATTGTTGAAACAGTAATATCGAACCCGATCTAAAAATGACAGATCAGGTATTTTAAGGTGTAGTAC
Unaligned ( gi|9 ): AACATCGAACCCGATAGGATAATTATCGATTGGCCTTTATGATTAAGTTCTACATGGTCTAGTCGCCCGTTTCGATGATTTAAAGTATTATTATCTAGTCAAACCATAAACAAGAACTTGCGTCTGTAATCACTTTTTACTATGTCTTGTAGCTGTACACGTATAAACAGAACGCCAGCCGGTGTTGTTTCGTGGACGTTTGTAGCTAGTTTCGATGTATTATACAATAAAACTTTCGGTAAATGCGGTG
Unaligned ( gi|10 ): GTAAATCTCAAAATTGAGAATATTTTTTTTATTATCACTGTTTGGTCAGTTAATGAAAACTCGCATCTCTCCTCACTTTTTGGCTATCTTGCACTGTAATGTGTATTTAAAAAAAGGGGGGGGGGTACTTAAATCGTGAACTAAAGTAACAATTAATTGTTGAATTATAGTAACATTCATCTTGTTCTAACGATGACCAATCAGGTATTGTTGGCAAATTCTACATGTTTTAGTAGTTGATTTCA
Unaligned ( gi|15 ): TCAAACCCGTTTTCTCGTAAAATAAAGTCATCGATTTTATATGCATAGAATAGATGATATTATCATAGTAGCCGGTTTCGATGTTTTAAATAATTAAATAAGCAAAAAGTTACGTCTATAATCACTTTCACCTTTAGGTATTACACTGTACGTATTTAGAGAAAACGCCAATCAAATATCGTTT
Unaligned ( gi|17 ): CACGAACTGTAACAATAGTTGAATATACTAACACCGAACACGATCAATAGATGGCTGATCAGGTAACGTTTGGTAAGTTTTCCACGTTTTAGTAGCCGATTTCGGTGTTTTAGTTACTTAGTCATATAATACAATAATT
Unaligned ( gi|20 ): ATGTTTTGCATTAATTTAGTCATATAGTAAACAAAGTCCTGTGTCTCTAATCACTTTCACAAAAAGTATTGCTTTGGATCTTTATACAAATAGGGTCAGTCTGGTACTGTTTCATAGACTCTAGTA
Unaligned ( gi|21 ): TTACATTGAATCTGATCAGGTATATATTTTTTTTCTTAAGTTGTATATATTCTGAGTAGCTAATTTCGGATGTTTTAAATTATTCAGTCATAAGATAAACGAAATATTGCGTCTGGTAA
Unaligned ( gi|22 ): ACATCGAACCCGATCTGTGATAATCGACCAAACGGTCATTAAATCATTTAATTTTCTATGTTTTGAGTTTGTCTAGTCGAATGATAAATAAAAATATGCGACTTTAATCACTTT
Unaligned ( gi|29 ): ACAGTTGTTGGTGAATTATTACGAGAATATAGAACCAAATTAAAAGACGTTCGATCAGGTATTGTTTG
Alignments
lowQualScore : 11 2222 22222222 3333333333333333333333333 333 11111111111111 3333333333333 1111111111111111111111111 1111111111 777777777777777777777777777777777777777777777 33333333333 222222222
lowQualScore : 3 3 7 3 11 5555 5 66 55 66 22222222 999 3 666 7 1 5555555555555555555555555 1 6666 33 2 999999 2 444 5555 222 3 33 0 2 33 2 6666 33 2 0 22222222222222 33 0000000000000 2222222222222222222222222 66666666 9999 2 4 33 9999999999 000000000000000000000000000000000000000000000 0 55 33333333333 4 4 8888 1 2 0 3 0 666666666 1
lowQualScore : . . . . .. .... . .. .. .. ........ ... . ... . . ......................... . .... .. . ...... . ... .... ... . .. . . .. . .... .. . . .............. .. ............. ......................... ........ .... . . .. .......... ............................................. . .. ........... . . .... . . . . . ......... .
lowQualScore : 0 7 3 2 00 8888 0 99 44 11 00000000 222 6 444 3 0 5555555555555555555555555 6 5555 99 7 111111 5 444 3333 999 2 22 1 2 11 1 6666 11 2 9 66666666666666 11 3333333333333 6666666666666666666666666 44444444 8888 7 1 99 7777777777 666666666666666666666666666666666666666666666 7 55 22222222222 0 0 5555 0 3 2 3 7 777777777 0
consensus : AAGNGCATGTNAGATTATTTC--ATAA---TGATTGAATAATT-CCGAGCTTTCC--GAT-TGGCTGAGA--T---T-AACAAAC--TAGA-AA---AA-ATAAA---A--C---A-TTCAC--CTNC--ACG----T--GCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTT-----GA-T---TT--T-TCCAA--ACA--TCGGA-C--CAA-AA----ATA--AA-TTGGGAATTTC-------------CAAAT--TGA---TATGA-C-GATTGGTTAT-T------A--T-T----T------TT--G-----GTCG-C-TC-AATGAAAAC--TC-----G--TNTCTCCGATCAC-----------T------C----T-----A---G---GTCTTGCAC--TC--------G-AGT-T-G----TAAACAAAGATGGCCGACCAGGTATCGTTTGGCGA---------GCTCTAGTAGCCG
Reference ( family-2803 ) : AAGTACATGTGAGATTATTTC--ATAA---TGATTGAATAATT-CCGAGCTTTCC--GAT-TGGTTGAGA--T---T-AACAAAC--TAGA-AA---AA-ANAAA---A--C---A-TTCAC--CTNC--ACG----T--GCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTT-----GA-T---TT--T-TCCAAT-ACA--TCGGA-C--CAA-AA----ATA--AA-TTGGGAATTTC-------------NAAAT--TGA---TATGA-C-GATTGGTTAT-T------A--T-T----T------TT--G-----GTCG-T-TC-AATGAAAAC--TC-----G--TTTCTCCGATCAC-----------T------C----C-----A---G---GTCTTGCAC--TC--------G-AGT-T-G----TAAANAAAGATGGCCGACCAGGTATCGTTCGGTGA---------GCTNTAGTAGCCG
gi|1 : ---A-TTCAC--CTGC--ACA----TATGCCTTTGAGGTCAATATAA-CATTC------A-T---TCAAT-TGAAATCACAGATCAGA-C--CAC-AT----ATA--AA-GAGGGAATTTC-------------AAAAT----------CGA-C-GATTCATTTT-TTTTGTAA--C-T----TAGTATCTT--G-----ACCA-G-TC-AATAAAAAC--TT-----G--GGTCTACA--CAT-----------T------T----C-----G---ACT-GCCTTGTAC--T-----------ATT-T-G----TAAAGAAAG--GGCCG
gi|10 : tgatctagtaattttgtgctttctgattgaAATCTC-------------AAAAT--TGAGAATATT------TTTTTTAT-T------A--T-CACTGT------TT--G-----GTCA-G-TT-AATGAAAAC--TC-----GCATCTCTCC--TCAC-----------TTTTTGGC----T-----A--------TCTTGCAC--TG--------T-AATGT-GTATTTAAAAAAAGgagactgagatcacaactgaggatttacagtgacatattatatagaataccaatctgattggtaagttctatgtgttttagtatttggtttcaa
gi|11 : gtaATAATT-CCGAGGTTACT--GAT-TGGTTGAGA--T--------AAAA--TAGA-G--------TGTT---G--C---A-TTTAC--CTCC--ATG----T--GCTTTCAAGTTGAATATAG-CATTT-----GG-A---TT--T-TCCAAT---A--TCGGA-T--CCA-AA----ATA--A----GGGAATTTT-------------TAAAT--TGA------GA-C-AATTGGTTATAA------A--T-T----T------TT--G-----GTCG-T-CCTTGCGTATAC--TCTGCTTG--TGTGTCCAATCACTCTTGACTAAGT------C----T-----A---A---GTCTTGCACGGTT----------AGT-T-G----TTAAAAAAAGTGGCCGgggggggggtacttaaatcgtgaactaaagtaacaattaattgttgaattatagtaacattcatcttgttctaacgatgaccaatcaggtattgttggcaaattctacatgttttagtagttgatttca
gi|12 : AAAC--TAGA-GATCAAA-ACAGA---A--CTTTA-TTTAC--TTCC--ACA----A--TCCTTCGAGGTAAA-ATAA-TTTTTTTTCAAA-G---TT--T-TCCAG---CA--TCGGA-C--CAA-AA----ATA--AA-TTGGAAATCCC-------------CGAAG--TAA---TAT-----GATTGGTTAA-T------A--T-T----T------TT--G-----GTCG-T-TC-AAAGAAAAA--CC-----A--TT
gi|12 : GCCAATCAGATATCGTTTTGCAA---------GTTCTAGTAGCCGaaagaaatccttttcgtaacaaacccgccaatcagatatcgttttgcaagttctagtagccggt
gi|13 : aaactagagatcaaaacagaactttatttacttccacaatccttcgaggtaaaataattttttttcaaagttttccagcatcggaccaaaaataaattggaaatccccgaagtaatatgattggttaatatttttggtcgttcaaagaaaaaccattaaagaaatccttttcgtaacaaacccATTGAATAATT-CAGAGCTTTTC--AAT-TGGCTGACA--T---TGAACAAAC--AAGA-AA---AATATAAA---------------AT--CTGC--AAA----T--GCTTTCTAGGTGTATGCAA-TGTTT-----GATT---TT--T-TCCAAC-A-A--T-GGA-C--CAG-AA----ACAATAA-T---AAATTCC-------------TAAAT--TGA---T---A-C-AATTGGTCAT-T------A--T-T----C------TT--G-----GTCG-C-CC-AGTAAATAC--T------G--TGTCTTTTATTAC-----------T------gt
gi|14 : TTC--ATAACA-TGATTGAATACTT-GCAAGCTTTGT--CAT-TGATTGAGA--T---T-A--TAAC-----A-GA---AC-GTTAA----------A-TTCAA--ACGC--ACG----T--GCATTCAAGGCGAGGAAAC-CATTT-----GA-T---TT--C-TCTA---ACA--TTGGA-C--CAA-AAT---TTT--AA-TTGAAAATTTC-------------CGGAT--TGA---TA---------TGGTTAT-T------A----T----T------TT--A-----GTCC-T-TC-AATGAAAAC--TC-----G--ttcgactac
gi|16 : TTT-----GA-T---TT--TGCCCAAT-A----TCGAA-C--CAA-AA----ACG--AA-TTAGG-ATTTC-------------CA-----TGA---TACGA-C-TAGTGCT--------------T-T----T------TT--G-----GTCG-C-CC-TATGAAAAC--CC-----A--CGTCT-GGAT--------------------------T-----A---G---GTTTCTCTC--TA--------T-ATT-TGG----TAAACGA--ATGG--GACT---TATAGTTTGGGGA---------GCTCTAGTAGCca
gi|17 : AGATGGCTGATCAGGTAACGTTTGGTAAGTTTTCCACGTTTTAGTAGCCGtagtgaatta
gi|18 : cacgaactgtaacaatagttgaatatactaacaccgaacacgatcaatGA-A--CAA-AT----ATG--AA-CCGGGATTTCT-------------CACAT--TGC---TATGA-C----TGGTAAT-------------------------------------------C-AAC---AAC--TTACAG-G--TTTTTCT--TCAC-----------T------C----TCGATTA---G---GTCTTGTAC--TC--------G-AGT-T-G----AAAATAAAGACGGCCGACCAGATATatttcggtgttttagttacttagtcatataatacaataatt
gi|19 : tgtTGTCAGATAAT--------A---TGATCGAATAATT-CTGTGTTTTCC--AAT-TGGCCGAGA--TA--T-AA-AAACCTTTGA-AA---AATAGAAA---G--C---A-T--------------G----T--GCCTTTGAGGTTACTGCAA-CA-TA-----AA-T---TT--C-TCTA---ACA--TAGGA-CAACAA-GA----agatttgtaag
gi|2 : attAAGGGCATGTAATACT-TTTCTTATAA---TGACTGAATAATT-TTAAGCTTTCT--GAT-AGATCAAGA--T---C-AACAAAC--TAGA-AA---AA-AGAAA---A--C---AGTTCAC--CTTT--ATA----T--GCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTT-----AA-T---TT--TATCCAATTACA--CCAGA-C--CAA-AA----ATA--AA-CTGGGAATTTT-------------AAAATAATGA---TATGA-CAGACTGATTAT-T------A--TAT----T------TT--G-----GTCG-T-TC-AATGAAAAC--TT-----A--TTCCTCCAATCAT-----------T------C----C-----A---G---GTCTTACAC--TA--------G-AGA-T-G----TAAACAAAGATGGCCGACCAGGCACCAGCTGGCAA---------GCTCCAGTAGCTG
gi|23 : AGA-CA---AG-AGAAGGTTA--T---G-TTCCC--CTCT--ACG----T--GCCTTCGAGGTGAA-AT-----TTT-----G--------------CA---ACA--TCTGATC--CAA-AATGCTATA--GA-CC-----TTTC-------------CCAAT--TGA---TA--A---GATTGGTTAT-
gi|24 : gaa--GCCTTCGAGATGAATATAA-TATTT-----GA-TTTTTT--T-TTCA---ACA--TTGTA-T--T-G-AA----ATG--AA-TTGATAATTTC-------------CAAAA--TAA---T---A-C-GACTGGTCTT-C------A--T-T----T------TT--G-----GTCa
gi|25 : atctactaCTTTCGAGGTGAATATAG-CATTT-----GA-T---GT--C-CCCCA--ACA--TCGGA-C--CAG-TA------A--AA-TTGGGAAATTC-------------AAAA-----A----AAAA-A-AATT-ATTAT-T------A--T-TA---T------TT---------TCATT-TC-AAT
gi|26 : TCTCTTATTAC-----------T------TTCAAC-----AC--G---GTCTTGCAC--TCTTGTAGAAGTAGT-A-G----TAAACAAAGATGGTGGACCAGGTATCATTTCGTAG---------ACTTTAGTGG
gi|27 : ----T--GCCTTTGAGGTGAATATAG-CATTT-----CA-T---TC--T-AGCA---ACT--TCAGA-C--CAA-AA----ATA--AATTTGAGTATTTC-------------GAAta
gi|28 : cattttctttT--T-TCCAA--A-A--TCAGA-C--CGA-AA----ATA--AA-TGGGGAATTTC-------------CAAAT--TGA---T-TGATT-GATTGATTAT-T------
gi|3 : tccaaagtgaa--ATAAATGTGATTGAATAATT-TCGAGTTTCTT--GGT--GATTGAGA--T---TCAGCAAAC--TAGA-AA---AG-GTAGATT-A--C---G-TGCAA--CTAC--ATG----T--ACCTTCGTGTTGAATATAA-CAACT-----AA-T---TT--T-TCCAC---CA--TTGAA-C--CAA-AA----ACG--AA-TTGATAACTTC-------------CAAAT--TTA---TATAA-----TTGGCTAT-C------A--T-T----T------TTTTGATTTTGCCT-T-TT-AAAAAGAACAATT-----G--TTTCT--GATCAC-----------TTTCGA-C----T-----A---G---GTCTAGCAC--TC--------G-AGT-T-G----TAAACAAAGATGAAAGACCAGCTATCTTTtactgg
gi|4 : actttctataacaaAA-AA----ATA--AA-TTGGAAATTTC-------------CAAAT--CTC---TATGA---------TTAT-C------A--T-C----T------TT--G-----GTCA-C-TC-CAT-CAAAC--TC-----gtcttggctttagct
gi|5 : taaggta--T---T-AACAGAC--AAGA-AA---GA-ATAGA---A--C-----TTTATGTTTAC--ACGACCTT--GTCTTGAAAGTGAGTATAA-CATCC-----TA-T---TT--T-ACCA-T-A-A--TTGAC-C--CCA-AA----CGA--AA-TTAGAGGCTTA-------------CAGAT--TGA---TAC---T-GGTTGTTTAA-T------A--TAT----T------TT--G-----GTCG-T-TC-AATGAAATT--TC-----G--Taacttttttgttctatacctaaagaaagggtgacaataatcacagactggaataacacttgttgaatcaaagtagcactgaacccaatctaaagatgacctatcaggcattgtaaatgtttggtcaattctacatgttctagttgctagtttcaaagttttgtttgatttagtcatatgataagcaaaaattttgatcttatcacttttgaaagggtcttgcag
gi|5 : AAAGATGGTCGATCAGGTATCGTTCGGTGA---------GCTATAGTAGCCGcgactaggctttgcgtcataatcaaataattgttgaattatagtaacatcgaacccgatttaaagatggtcgatcaggtatcgttcggtgagctatagtagccg
gi|6 : ttaacagacaagaaagaatagaactttatgtttacacgaccttgtcttgaaagtgagtataacatcctattttaccataattgaccccaaacgaaattagaggcttacagattgatactggttgtttaatatattttggtcgttcaatgaaatttcgtcgactaggctttgcgtcataatcaaataattgttgaattatagtaacatcgaacccgatttATTAAATAATT-CCTTGCTCCTCTGGATGTGGATGAGA--TGCAT-CAGAAGC--AAGAGAA---AA-ATGGA---ATGC---C-TTGA----TACCGATG----T--GCCTTCCAG-TGAATATAAGCA-AT-----AA-T---TT--C-TCCA---ACA--TTGGA-C--CAAGGA----ATG--AT-TTGTGAATTTCATTATTCACTTTTTAACA--TGA---CATGA-T-G-TTGGTTAA-T------ATTT-T----T------TT--G-----GTCA-CGTC-AAT-AAATC--TT-----C--TGTCTTTTGTTAC-----------T------T----T-----C---GACTGTTTTG-GC--TCT-------T-AAT-T-G----TAAACAGAG
gi|7 : aAAGTACATGTGAGATTATTTC--ATA------ATTGAA-AGCTATCGAGCTTTCC--GAT-TAGCTGAGATCT---T-AATGAAC--TAAA-AA---AA-AAAA-----------A-TT-------------A----T--GCCTTGGGGGTAAATGTAA-CAT----------T---TT--G-TACAA--ACA--CT--A-A--CAA-AA----CTG--AA-TAGGATATTTA-------------GCAAT--TAA---TATAA-G-G---GGCTGT-C------A--G-T----T------TT--A-----GTC--C-AC-AATGAAAAC--TCA----G----TCTCTAACCAT-----------TTGA---C----C-----AGCTG---ATTCTGATC--TC--------A-AGT-T-G----TAAAACAAG-T-GCCGACCAGtt
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TGCCTTAAGAGAGAATGTAAAATGCTTTTTTTTAGCATTTGGAACCTATATTAAAACGAAGAGTTTCCATATCTATCTGATTGATCATAATTTTGGTCATTTTTCTCTATTTACTTTTTTGACTAGATTTAGCACAAAGATTTGTCATAACAATGTTCAACTTCTACCACGAACTGGAATAACAATTGTTGAAACAGTAATATCGAACCCGATCTAAAAATGACAGATCAGGTATTTTAAGGTGTAGTAC
Unaligned ( gi|9 ): AACATCGAACCCGATAGGATAATTATCGATTGGCCTTTATGATTAAGTTCTACATGGTCTAGTCGCCCGTTTCGATGATTTAAAGTATTATTATCTAGTCAAACCATAAACAAGAACTTGCGTCTGTAATCACTTTTTACTATGTCTTGTAGCTGTACACGTATAAACAGAACGCCAGCCGGTGTTGTTTCGTGGACGTTTGTAGCTAGTTTCGATGTATTATACAATAAAACTTTCGGTAAATGCGGTG
Unaligned ( gi|15 ): TCAAACCCGTTTTCTCGTAAAATAAAGTCATCGATTTTATATGCATAGAATAGATGATATTATCATAGTAGCCGGTTTCGATGTTTTAAATAATTAAATAAGCAAAAAGTTACGTCTATAATCACTTTCACCTTTAGGTATTACACTGTACGTATTTAGAGAAAACGCCAATCAAATATCGTTT
Unaligned ( gi|20 ): ATGTTTTGCATTAATTTAGTCATATAGTAAACAAAGTCCTGTGTCTCTAATCACTTTCACAAAAAGTATTGCTTTGGATCTTTATACAAATAGGGTCAGTCTGGTACTGTTTCATAGACTCTAGTA
Unaligned ( gi|21 ): TTACATTGAATCTGATCAGGTATATATTTTTTTTCTTAAGTTGTATATATTCTGAGTAGCTAATTTCGGATGTTTTAAATTATTCAGTCATAAGATAAACGAAATATTGCGTCTGGTAA
Unaligned ( gi|22 ): ACATCGAACCCGATCTGTGATAATCGACCAAACGGTCATTAAATCATTTAATTTTCTATGTTTTGAGTTTGTCTAGTCGAATGATAAATAAAAATATGCGACTTTAATCACTTT
Unaligned ( gi|29 ): ACAGTTGTTGGTGAATTATTACGAGAATATAGAACCAAATTAAAAGACGTTCGATCAGGTATTGTTTG
Alignments
lowQualScore : 11 222 22222222 3333333333333333333 111111 1 2222222222222 1111111111111111111111111 111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 2222222222222
lowQualScore : 1 1 7 3 11 555 5 66 55 1 55555555 3 4 777 4 1 5555555555555555555 2 44 0 6666 33 2 0 000000 444 33 555555 3 33 2 33 2 6666 33 2 0 66666666666666 55 9999999999999 0000000000000000000000000 33 777777777 4 33 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 55 555 3 555 0 22222222 4 4444444444444
lowQualScore : . . . . .. ... . .. .. . ........ . . ... . . ................... . .. . .... .. . . ...... ... .. ...... . .. . .. . .... .. . . .............. .. ............. ......................... .. ......... . .. ...................................................................................... . .. ... . ... . ........ . .............
lowQualScore : 0 0 3 2 00 000 0 99 44 1 66666666 7 0 000 0 1 2222222222222222222 2 66 8 5555 99 7 2 666666 444 22 111111 9 22 2 11 1 6666 11 2 9 88888888888888 33 1111111111111 1111111111111111111111111 77 111111111 1 99 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 00 444 1 444 4 11111111 0 3333333333333
consensus : AAGNGCATGTNAGATTATTTC--ATAA---TGATTGAATAATT-CCGAGCTTTCC--GAT-TGGCTGAGAT---T-AACAAACTAGA-AA---AA-ATAGA--A--C---A-TTCAC--CTNC--ACG----T--GCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTT-----GAT---TT--T-T----CCAA--ACATCGGA-C--CAA-AA----ATA--AA-TTGGGAATTTC------CA------AAT--TGA---TATGA-C-GATTGGTTAT-T------A--T-T----T------TT--GGTC--G--C---TCAATGAAAAC--TC-----G--TGTCTCCGATCAC-----------T------CT------A---G---GTCTTGC-----AC--TC-----------G-AGTT-GTA--AACA---A-A---GAT--------GGCCGACCAGGTATCG-TTTGGC--GA---------GCTCTAGTAGCCG
Reference ( family-2803 ) : AAGNGCATGTNAGATTATTTC--ATAA---TGATTGAATAATT-CCGAGCTTTCC--GAT-TGGCTGAGAT---T-AACAAACTAGA-AA---AA-ATAAA--A--C---A-TTCAC--CTNC--ACG----T--GCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTT-----GAT---TT--T-T----CCAA--ACATCGGA-C--CAA-AA----ATA--AA-TTGGGAATTTC------CA------AAT--TGA---TATGA-C-GATTGGTTAT-T------A--T-T----T------TT--GGTC--G--C---TCAATGAAAAC--TC-----G--TNTCTCCGATCAC-----------T------CT------A---G---GTCTTGC-----AC--TC-----------G-AGTT-GTA--AACA---A-A---GAT--------GGCCGACCAGGTATCG-TTTGGC--GA---------GCTCTAGTAGCCG
gi|1 : ---A-TTCAC--CTGC--ACA----TATGCCTTTGAGGTCAATATAA-CATTC------AT---TCAAT-TGAAATCAC--AGATCAGA-C--CAC-AT----ATA--AA-GAGGGAATTTC------AA------AAT----------CGA-C-GATTCATTTT-TTTTGTAA--C-T----TAGTATCTT--GACC--A--G---TCAATAAAAAC--TT-----G--GGTCTACA--CAT-----------TTCGA--CT--------------GCCTTGT-----AC--T--------------ATTT-GTA--AAGA---A-A---G----------GGCCG
gi|10 : tgatctagtaattttgtgctttctgattgaAATCTC------AA------AAT--TGAGAATATT------TTTTTTAT-T------A--T-CACTGT------TT--GGTC--A--G---TTAATGAAAAC--TC-----GCATCTCTCC--TCAC-----------TTTTTGGCT------A--------TCTTGC-----AC--Tgagactgagatcacaactgaggatttacagtgacatattatatagaataccaatctgattggtaagttctatgtgttttagtatttggtttcaa
gi|10 : gtaA---A-C---GAT--------GACCAATCAGGTATTG--TTGGC--AA---------ATTCTAgtaatgtgtatttaaaaaaaggggggggggtacttaaatcgtgaactaaagtaacaattaattgttgaattatagtaacattcatcttgttctaacgatgaccaatcaggtattgttggcaaattctacatgttttagtagttgatttca
gi|11 : gtaaatctcaaaattgagaatattttttttattatcactgtttggtcagttaatgaaaactcgcatctctcctcactttttggctatcttgcactgtaatgtgtatttaaaaaaaggggggggggtacttaaatcgtgaactaaagtaacaattaattgttgaattatagtaacattcatcttgttctATAATT-CCGAGGTTACT--GAT-TGGTTGAGAT--------AAAATAGA-G--------TGTT--G--C---A-TTTAC--CTCC--ATG----T--GCTTTCAAGTTGAATATAG-CATTT-----GGA---TT--T-T----CC-A--ATATCGGA-T--CCA-AA----ATA--A----GGGAATTTT------TA------AAT--TGA------GA-C-AATTGGTTATAA------A--T-T----T------TT--GGTC--GTCC---TT-GCGTATAC--TCTGCTTG--TGTGTCCAATCACTCTTGACTAAGT------CT------A---A---GTCTTGC-----ACGGTT-------------AGTT-GTT--AAAA---A-A---AGT--------GGCCGcatgttttagtagttgatttca
gi|12 : AAACTAGA-GATCAAA-ACAGA--A--CTTTA-TTTAC--TTCC--ACA----A--TCCTTCGAGGTAAA-ATAA-TTTTTTTTCAAAG---TT--T-T----CCAG---CATCGGA-C--CAA-AA----ATA--AA-TTGGAAATCCC------CG------AAG--TAA---TAT-----GATTGGTTAA-T------A--T-T----T------TT--GGTC--G--T---TCAAAGAAAA
gi|12 : GCCAATCAGATATCG-TTTTGC--AA---------GTTCTAGTAGCCGaccattaaagaaatccttttcgtaacaaacccgccaatcagatatcgttttgcaagttctagtagccggt
gi|13 : aaactagagatcaaaacagaactttatttacttccacaatccttcgaggtaaaataattttttttcaaagttttccagcatcggaccaaaaataaattggaaatccccgaagtaatatgattggttaatatttttggtcgttcaaagaaaaaccattaaagaaatccttttcgtaacaaacccATTGAATAATT-CAGAGCTTTTC--AAT-TGGCTGACAT---TGAACAAACAAGA-AA---AATATAAA--------------AT--CTGC--AAA----T--GCTTTCTAGGTGTATGCAA-TGTTT-----GAT---TT--T-T----TCCA--ACAATGGA-C--CAG-AA----ACAATAA-T---AAATTCC------TA------AAT--TGA---T---A-C-AATTGGTCAT-T------A--T-T----C------TT--GGTC--G--C---CCAGTAAATAC--T------G--TGTCTTTTATTAC-----------T------TT------gt
gi|14 : TTC--ATAACA-TGATTGAATACTT-GCAAGCTTTGT--CAT-TGATTGAGAT---T-AT--AAC---A-GA---AC-GTTAA--A--------TTCAA--ACGC--ACG----T--GCATTCAAGGCGAGGAAAC-CATTT-----GAT---TT--C-T----CT-A--ACATTGGA-C--CAA-AAT---TTT--AA-TTGAAAATTTC------CG------GAT--TGA---TA---------TGGTTAT-T------A----T----T------TT--AGTC--C--T---TCAATGAAAAC--TC-----G--cgactac
gi|16 : TTT-----GAT---TT--T-G----CCCA--ATATCGAA-C--CAA-AA----ACG--AA-TTAGG-ATTTC------CA-----------TGA---TACGA-C-TAGTGCT--------------T-T----T------TT--GGTC--G--C---CCTATGAAAAC--CC-----A--CGTCT-GGAT----------------------T------A---G---GTTTCTC-----TC--TA-----------T-ATTTGGTA--AACG---A------AT--------GG--GACT---TATAG-TTTGGG--GA---------GCTCTAGTAGCca
gi|17 : CA---ATA---GAT--------GGCTGATCAGGTAACG-TTTGGT--AAGTTTTCCACGTTTTAGTAGCCGtagtgaatta
gi|18 : cacgaactgtaacaatagttgaatatactaacaccgaacacgatGA-A--CAA-AT----ATG--AA-CCGGGATTTCT------CA------CAT--TGC---TATGA-C----TGGTAAT-------------------------------------------CAAC---AAC--TTACAG-G--TTTTTCT--TCAC-----------T------CTCGATT-A---G---GTCTTGT-----AC--TC-----------G-AGTT-GAA--AATA---A-A---GAC--------GGCCGACCAGATATAGATTTGatttcggtgttttagttacttagtcatataatacaataatt
gi|19 : tgtTGTCAGATAAT--------A---TGATCGAATAATT-CTGTGTTTTCC--AAT-TGGCCGAGATA--T-AAAAACCTTTG-AA---AA-ATAGA--A------A----------GC--ATG----T--GCCTTTGAGGTTACTGCAA-CA-TA-----AAT---TT--C-T----CT-A--ACATAGGA-CAACAA-GA----taag
gi|2 : attAAGGGCATGTAATACT-TTTCTTATAA---TGACTGAATAATT-TTAAGCTTTCT--GAT-AGATCAAGAT---C-AACAAACTAGA-AA---AA-AGAAA--A--C---AGTTCAC--CTTT--ATA----T--GCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTT-----AAT---TT--TAT----CCAATTACACCAGA-C--CAA-AA----ATA--AA-CTGGGAATTTT------AA------AATAATGA---TATGA-CAGACTGATTAT-T------A--TAT----T------TT--GGTC--G--T---TCAATGAAAAC--TT-----A--TTCCTCCAATCAT-----------T------CC------A---G---GTCTTAC-----AC--TA-----------G-AGAT-GTA--AACA---A-A---GAT--------GGCCGACCAGGCACCA-GCTGGC--AA---------GCTCCAGTAGCTG
gi|20 : AAAG--TCCT---G--TGTCTCTAATCAC-----------T------TTCACAAAA---A---GTATTGC-----TT--TG-----------G-ATCT-TTA--TACA---A-A---TAG--------GGTCAGTCTGGTACTG-TTTCAT--AG---------ACTCTAGTA
gi|23 : atgttttgcattaatttagtcatatagtaaac-TTCCC--CTCT--ACG----T--GCCTTCGAGGTGAA-----------------AT---TT--T-G----C--A--ACATCTGATC--CAA-AATGCTATA--GA-CC-----TTTC------CC------AAT--TGA---TA--A---GATTGGTTAT-
gi|24 : gaaagacaagagaaggttatg--GCCTTCGAGATGAATATAA-TATTT-----GATTTTTT--T-T----TC-A--ACATTGTA-T--T-G-AA----ATG--AA-TTGATAATTTC------CA------AAA--TAA---T---A-C-GACTGGTCTT-C------A--T-T----T------TT--GGTC--a
gi|25 : atctactaCTTTCGAGGTGAATATAG-CATTT-----GAT---GT--C-C----CCCA--ACATCGGA-C--CAG-TA------A--AA-TTGGGAAATTC------AA------AA---AAA---AAAAA-T-TATT-ATTAT-T------A--T-T----T------T
gi|26 : TCTCTTATTAC-----------T------TTCAAC--AC--G---GTCTTGC-----AC--TCTTGTAGAA---GTAGTA-GTA--AACA---A-A---GAT--------GGTGGACCAGGTATCA-TTTCGT--AG---------ACTTTAGTGGcatttcaat
gi|27 : ----T--GCCTTTGAGGTGAATATAG-CATTT-----CAT---TC--T-A----GC-A--ACTTCAGA-C--CAA-AA----ATA--AATTTGAGTATTTC------GA------Ata
gi|28 : cattttctttT--T-T----CCAA--A-ATCAGA-C--CGA-AA----ATA--AA-TGGGGAATTTC------CA------AAT--TGA---T-TGATT-GATTGATTAT-T------
gi|3 : tccaaagtgaa--ATAAATGTGATTGAATAATT-TCGAGTTTCTT--GGT--GATTGAGAT---TCAGCAAACTAGA-AA---AG-GTAGATTA--C---G-TGCAA--CTAC--ATG----T--ACCTTCGTGTTGAATATAA-CAACT-----AAT---TT--T-T----CCAC---CATTGAA-C--CAA-AA----ACG--AA-TTGATAACTTC------CA------AAT--TTA---TATAA-----TTGGCTAT-C------A--T-T----T------TTTTGATTTTG--CCTTTTAAAAAGAACAATT-----G--TTTCT--GATCAC-----------TTTCGA-CT------A---G---GTCTAGC-----AC--TC-----------G-AGTT-GTA--AACA---A-A---GAT--------GAAAGACCAGCTATC--TTTGTCTTG----------GCTTTAGtactgg
gi|4 : actttctataacaaAA-AA----ATA--AA-TTGGAAATTTC------CA------AAT--CTC---TATGA---------TTAT-C------A--T-C----T------TT--GGTC--A--C---TCCAT-CAAAC--TC-----ct
gi|5 : taaggtaT---T-AACAGACAAGA-AA---GA-ATAGA--A--C-----TTTATGTTTAC--ACGACCTT--GTCTTGAAAGTGAGTATAA-CATCC-----TAT---TT--T-A----CCAT--A-ATTGAC-C--CCA-AA----CGA--AA-TTAGAGGCTTA------CA------GAT--TGA---TAC---T-GGTTGTTTAA-T------A--TAT----T------TT--GGTC--G--T---TCAATGAAATT--TC-----G--T-----CGA----------------------CT------A---G---GCTTTGCGTCATAA--TCAAATAATTGTTG-AATT-ATAGTAACATCGA-ACCCGATTTAAAGATGGTCGATCAGGTATCG-TTCGGT--GA---------GCTATAGTAGCCGaacttttttgttctatacctaaagaaagggtgacaataatcacagactggaataacacttgttgaatcaaagtagcactgaacccaatctaaagatgacctatcaggcattgtaaatgtttggtcaattctacatgttctagttgctagtttcaaagttttgtttgatttagtcatatgataagcaaaaattttgatcttatcacttttgaaagggtcttgcag
gi|6 : ATTAAATAATT-CCTTGCTCCTCTGGATGTGGATGAGATGCAT-CAGAAGCAAGAGAA---AA-ATGGA--ATGC---C-TTGA----TACCGATG----T--GCCTTCCAG-TGAATATAAGCA-AT-----AAT---TT--C-T----CC-A--ACATTGGA-C--CAAGGA----ATG--AT-TTGTGAATTTCATTATTCACTTTTTAACA-TGA---CATGA-T-G-TTGGTTAA-T------ATTT-T----T------TT--GGTC--A--CG--TCAAT-AAATC--TT-----C--TGTCTTTTGTTAC-----------T------TT------C---GACTGTTTTG------GC--TCT----------T-AATT-GTA--AACA---G-A---G
gi|7 : aAAGTACATGTGAGATTATTTC--ATAA---T---TGAA-AGCTATCGAGCTTTCC--GAT-TAGCTGAGATCT-T-AATGAACTAAA-AA---AA-A--AA--A------A-TT-------------A----T--GCCTTGGGGGTAAATGTAA-CAT---------T---TT--G-T----ACAA--ACACT--A-A--CAA-AA----CTG--AA-TAGGATATTTA------GC------AAT--TAA---TATAA-G-G---GGCTGT-C------A--G-T----T------TT--AGTC-----C---ACAATGAAAAC--TC-----A---GTCTCTAACCAT-----------TTGA---CC------AGCTG---ATTCTGA-----TC--TC-----------A-AGTT-GTA--AAAC---A-A---G-T---------GCCGACCAGtt
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TGCCTTAAGAGAGAATGTAAAATGCTTTTTTTTAGCATTTGGAACCTATATTAAAACGAAGAGTTTCCATATCTATCTGATTGATCATAATTTTGGTCATTTTTCTCTATTTACTTTTTTGACTAGATTTAGCACAAAGATTTGTCATAACAATGTTCAACTTCTACCACGAACTGGAATAACAATTGTTGAAACAGTAATATCGAACCCGATCTAAAAATGACAGATCAGGTATTTTAAGGTGTAGTAC
Unaligned ( gi|9 ): AACATCGAACCCGATAGGATAATTATCGATTGGCCTTTATGATTAAGTTCTACATGGTCTAGTCGCCCGTTTCGATGATTTAAAGTATTATTATCTAGTCAAACCATAAACAAGAACTTGCGTCTGTAATCACTTTTTACTATGTCTTGTAGCTGTACACGTATAAACAGAACGCCAGCCGGTGTTGTTTCGTGGACGTTTGTAGCTAGTTTCGATGTATTATACAATAAAACTTTCGGTAAATGCGGTG
Unaligned ( gi|15 ): TCAAACCCGTTTTCTCGTAAAATAAAGTCATCGATTTTATATGCATAGAATAGATGATATTATCATAGTAGCCGGTTTCGATGTTTTAAATAATTAAATAAGCAAAAAGTTACGTCTATAATCACTTTCACCTTTAGGTATTACACTGTACGTATTTAGAGAAAACGCCAATCAAATATCGTTT
Unaligned ( gi|21 ): TTACATTGAATCTGATCAGGTATATATTTTTTTTCTTAAGTTGTATATATTCTGAGTAGCTAATTTCGGATGTTTTAAATTATTCAGTCATAAGATAAACGAAATATTGCGTCTGGTAA
Unaligned ( gi|22 ): ACATCGAACCCGATCTGTGATAATCGACCAAACGGTCATTAAATCATTTAATTTTCTATGTTTTGAGTTTGTCTAGTCGAATGATAAATAAAAATATGCGACTTTAATCACTTT
Unaligned ( gi|29 ): ACAGTTGTTGGTGAATTATTACGAGAATATAGAACCAAATTAAAAGACGTTCGATCAGGTATTGTTTG
Alignments
lowQualScore : 11 222 22222 444444444444444444444 111111 1 2222222222222 1111111111111111111111111 111111111 11111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 2222222222222
lowQualScore : 1 1 7 3 11 555 5 66 55 1 55555 33 1 777 777 1 55 222222222222222222222 2 44 0 6666 33 2 0 000000 444 33 555555 3 33 2 33 2 6666 33 2 0 66666666666666 55 9999999999999 0000000000000000000000000 33 777777777 4 77777 999 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 55 555 3 555 0 22222222 4 4444444444444
lowQualScore : . . . . .. ... . .. .. . ..... .. . ... ... . .. ..................... . .. . .... .. . . ...... ... .. ...... . .. . .. . .... .. . . .............. .. ............. ......................... .. ......... . ..... ... ................................................................. . .. ... . ... . ........ . .............
lowQualScore : 0 0 3 2 00 000 0 99 44 1 33333 77 2 888 000 3 55 444444444444444444444 2 66 8 5555 99 7 2 666666 444 22 111111 9 22 2 11 1 6666 11 2 9 88888888888888 33 1111111111111 1111111111111111111111111 77 111111111 1 11111 666 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 00 444 1 444 4 11111111 0 3333333333333
consensus : AAGNGCATGTNAGATTATTTC--ATAA---TGATTGAATAATT-CCGAGCTTTCC--GAT-TGGCTGAGAT---T-AACAAACTAGA-AA---AAATAGA--A-----C-----A-TTCAC--CTNC--ACG----T--GCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTT-----GAT---TT--T-T----CCAA--ACATCGGA-C--CAA-AA----ATA--AA-TTGGGAATTTC------CA------AAT--TGA---TATGA-C-GATTGGTTAT-T------A--T-T----T------TT--GGTC--G--C---TCAATGAAAACTC-----GTGTCTCTNATCAC-----------T------CT------A---G---GTCTTGC-----AC--TC-----------G-AGTT-GTA--AACA---A-A---GAT--------GGCCGACCAGGTATCG-TTTGGC--GA---------GCTCTAGTAGCCG
Reference ( family-2803 ) : AAGNGCATGTNAGATTATTTC--ATAA---TGATTGAATAATT-CCGAGCTTTCC--GAT-TGGCTGAGAT---T-AACAAACTAGA-AA---AAATAGA--A-----C-----A-TTCAC--CTNC--ACG----T--GCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTT-----GAT---TT--T-T----CCAA--ACATCGGA-C--CAA-AA----ATA--AA-TTGGGAATTTC------CA------AAT--TGA---TATGA-C-GATTGGTTAT-T------A--T-T----T------TT--GGTC--G--C---TCAATGAAAACTC-----GTGTCTCCGATCAC-----------T------CT------A---G---GTCTTGC-----AC--TC-----------G-AGTT-GTA--AACA---A-A---GAT--------GGCCGACCAGGTATCG-TTTGGC--GA---------GCTCTAGTAGCCG
gi|1 : -----A-TTCAC--CTGC--ACA----TATGCCTTTGAGGTCAATATAA-CATTC------AT---TCAAT-TGAAATCAC--AGATCAGA-C--CAC-AT----ATA--AA-GAGGGAATTTC------AA------AAT----------CGA-C-GATTCATTTT-TTTTGTAA--C-T----TAGTATCTT--GACC--A--G---TCAATAAAAACTT-----GGGTCTACA--CAT-----------TTCGA--CT--------------GCCTTGT-----AC--T--------------ATTT-GTA--AAGA---A-A---G----------GGCCG
gi|10 : tgatctagtaattttgtgctttctgattgaAATCTC------AA------AAT--TGAGAATATT------TTTTTTAT-T------A--T-CACTGT------TT--GGTC--A--G---TTAATGAAAACTC-----GCATCTCTCCTCAC-----------TTTTTGGCT------A--------TCTTGC-----AC--Tgagactgagatcacaactgaggatttacagtgacatattatatagaataccaatctgattggtaagttctatgtgttttagtatttggtttcaa
gi|10 : gtaA---A-C---GAT--------GACCAATCAGGTATTG--TTGGC--AA---------ATTCTAgtaatgtgtatttaaaaaaaggggggggggtacttaaatcgtgaactaaagtaacaattaattgttgaattatagtaacattcatcttgttctaacgatgaccaatcaggtattgttggcaaattctacatgttttagtagttgatttca
gi|11 : gtaaatctcaaaattgagaatattttttttattatcactgtttggtcagttaatgaaaactcgcatctctcctcactttttggctatcttgcactgtaatgtgtatttaaaaaaaggggggggggtacttaaatcgtgaactaaagtaacaattaattgttgaattatagtaacattcatcttgttctATAATT-CCGAGGTTACT--GAT-TGGTTGAGAT------------------A---AAATAGA--GTGTTGC-----A-TTTAC--CTCC--ATG----T--GCTTTCAAGTTGAATATAG-CATTT-----GGA---TT--T-T----CC-A--ATATCGGA-T--CCA-AA----ATA--A----GGGAATTTT------TA------AAT--TGA------GA-C-AATTGGTTATAA------A--T-T----T------TT--GGTC--GTCC---TT-GCGTATACTCTGCTTGTGTGTCCAATCACTCTTGACTAAGT------CT------A---A---GTCTTGC-----ACGGTT-------------AGTT-GTT--AAAA---A-A---AGT--------GGCCGcatgttttagtagttgatttca
gi|12 : AAACTAGA-GATCAAAACAGA--A-----CTTT--A-TTTAC--TTCC--ACA----A--TCCTTCGAGGTAAA-ATAA-TTTTTTTTCAAAG---TT--T-T----CCAG---CATCGGA-C--CAA-AA----ATA--AA-TTGGAAATCCC------CG------AAG--TAA---TAT-----GATTGGTTAA-T------A--T-T----T------TT--GGTC--G--T---TCAAAGAAAA
gi|12 : GCCAATCAGATATCG-TTTTGC--AA---------GTTCTAGTAGCCGaccattaaagaaatccttttcgtaacaaacccgccaatcagatatcgttttgcaagttctagtagccggt
gi|13 : aaactagagatcaaaacagaactttatttacttccacaatccttcgaggtaaaataattttttttcaaagttttccagcatcggaccaaaaataaattggaaatccccgaagtaatatgattggttaatatttttggtcgttcaaagaaaaaccattaaagaaatccttttcgtaacaaacccATTGAATAATT-CAGAGCTTTTC--AAT-TGGCTGACAT---TGAACAAACAAG--AA---AAATATA--A-----A-----A-T------CTGC--AAA----T--GCTTTCTAGGTGTATGCAA-TGTTT-----GAT---TT--T-T----TCCA--ACAATGGA-C--CAG-AA----ACAATAA-T---AAATTCC------TA------AAT--TGA---T---A-C-AATTGGTCAT-T------A--T-T----C------TT--GGTC--G--C---CCAGTAAATACT------GTGTCTTTTATTAC-----------T------TT------gt
gi|14 : TTC--ATAACA-TGATTGAATACTT-GCAAGCTTTGT--CAT-TGATTGAGAT---T-A------TA----------ACAGA--A-----CGTTAAA-TTCAA--ACGC--ACG----T--GCATTCAAGGCGAGGAAAC-CATTT-----GAT---TT--C-T----CT-A--ACATTGGA-C--CAA-AAT---TTT--AA-TTGAAAATTTC------CG------GAT--TGA---TA---------TGGTTAT-T------A----T----T------TT--AGTC--C--T---TCAATGAAAACTC-----Gcgactac
gi|16 : TTT-----GAT---TT--T-G----CCCA--ATATCGAA-C--CAA-AA----ACG--AA-TTAGG-ATTTC------CA-----------TGA---TACGA-C-TAGTGCT--------------T-T----T------TT--GGTC--G--C---CCTATGAAAACCC-----ACGTCT-GGAT----------------------T------A---G---GTTTCTC-----TC--TA-----------T-ATTTGGTA--AACG---A------AT--------GG--GACT---TATAG-TTTGGG--GA---------GCTCTAGTAGCca
gi|17 : CA---ATA---GAT--------GGCTGATCAGGTAACG-TTTGGT--AAGTTTTCCACGTTTTAGTAGCCGtagtgaatta
gi|18 : cacgaactgtaacaatagttgaatatactaacaccgaacacgatGA-A--CAA-AT----ATG--AA-CCGGGATTTCT------CA------CAT--TGC---TATGA-C----TGGTAAT-------------------------------------------CAAC---AACTTACAG-GTTTTTCT--TCAC-----------T------CTCGATT-A---G---GTCTTGT-----AC--TC-----------G-AGTT-GAA--AATA---A-A---GAC--------GGCCGACCAGATATAGATTTGatttcggtgttttagttacttagtcatataatacaataatt
gi|19 : tgtTGTCAGATAAT--------A---TGATCGAATAATT-CTGTGTTTTCC--AAT-TGGCCGAGATA--T-AAAAACCTTTG-AA---AAATAGA--A-----------A----------GC--ATG----T--GCCTTTGAGGTTACTGCAA-CA-TA-----AAT---TT--C-T----CT-A--ACATAGGA-CAACAA-GA----taag
gi|2 : attAAGGGCATGTAATACT-TTTCTTATAA---TGACTGAATAATT-TTAAGCTTTCT--GAT-AGATCAAGAT---C-AACAAACTAGA-AA---AAAGAAA--A-----C-----AGTTCAC--CTTT--ATA----T--GCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTT-----AAT---TT--TAT----CCAATTACACCAGA-C--CAA-AA----ATA--AA-CTGGGAATTTT------AA------AATAATGA---TATGA-CAGACTGATTAT-T------A--TAT----T------TT--GGTC--G--T---TCAATGAAAACTT-----ATTCCTCCAATCAT-----------T------CC------A---G---GTCTTAC-----AC--TA-----------G-AGAT-GTA--AACA---A-A---GAT--------GGCCGACCAGGCACCA-GCTGGC--AA---------GCTCCAGTAGCTG
gi|20 : AAAGTCCT---GTGTCTCTAATCAC-----------T------TTCACAAAA---A---GTATTGC-----TT--TG-----------G-ATCT-TTA--TACA---A-A---TAG--------GGTCAGTCTGGTACTG-TTTCAT--AG---------ACTCTAGTA
gi|23 : atgttttgcattaatttagtcatatagtaaac-TTCCC--CTCT--ACG----T--GCCTTCGAGGTGAA-----------------AT---TT--T-G----C--A--ACATCTGATC--CAA-AATGCTATA--GA-CC-----TTTC------CC------AAT--TGA---TA--A---GATTGGTTAT-
gi|24 : gaaagacaagagaaggttatg--GCCTTCGAGATGAATATAA-TATTT-----GATTTTTT--T-T----TC-A--ACATTGTA-T--T-G-AA----ATG--AA-TTGATAATTTC------CA------AAA--TAA---T---A-C-GACTGGTCTT-C------A--T-T----T------TT--GGTC--a
gi|25 : atctactaCTTTCGAGGTGAATATAG-CATTT-----GAT---GT--C-C----CCCA--ACATCGGA-C--CAG-TA------A--AA-TTGGGAAATTC------AA------AA---AAA---AAAAA-T-TATT-ATTAT-T------A--T-T----T------T
gi|26 : TCTCTTATTAC-----------T------TTCAAC--AC--G---GTCTTGC-----AC--TCTTGTAGAA---GTAGTA-GTA--AACA---A-A---GAT--------GGTGGACCAGGTATCA-TTTCGT--AG---------ACTTTAGTGGcatttcaat
gi|27 : ----T--GCCTTTGAGGTGAATATAG-CATTT-----CAT---TC--T-A----GC-A--ACTTCAGA-C--CAA-AA----ATA--AATTTGAGTATTTC------GA------Ata
gi|28 : cattttctttT--T-T----CCAA--A-ATCAGA-C--CGA-AA----ATA--AA-TGGGGAATTTC------CA------AAT--TGA---T-TGATT-GATTGATTAT-T------
gi|3 : tccaaagtgaa--ATAAATGTGATTGAATAATT-TCGAGTTTCTT--GGT--GATTGAGAT---TCAGCAAACTAGA-AA---AGGTAGATTA-----C-----G-TGCAA--CTAC--ATG----T--ACCTTCGTGTTGAATATAA-CAACT-----AAT---TT--T-T----CCAC---CATTGAA-C--CAA-AA----ACG--AA-TTGATAACTTC------CA------AAT--TTA---TATAA-----TTGGCTAT-C------A--T-T----T------TTTTGATTTTG--CCTTTTAAAAAGAACAA-----TTGTTTCTGATCAC-----------TTTCGA-CT------A---G---GTCTAGC-----AC--TC-----------G-AGTT-GTA--AACA---A-A---GAT--------GAAAGACCAGCTATC--TTTGTCTTG----------GCTTTAGtactgg
gi|4 : actttctataacaaAA-AA----ATA--AA-TTGGAAATTTC------CA------AAT--CTC---TATGA---------TTAT-C------A--T-C----T------TT--GGTC--A--C---TCCAT-CAAACTC-----ct
gi|5 : taaggtaT---T-AACAGACAAGA-AA---GAATAGA--A-----C-------TTTATGTTTAC--ACGACCTT--GTCTTGAAAGTGAGTATAA-CATCC-----TAT---TT--T-A----CCAT--A-ATTGAC-C--CCA-AA----CGA--AA-TTAGAGGCTTA------CA------GAT--TGA---TAC---T-GGTTGTTTAA-T------A--TAT----T------TT--GGTC--G--T---TCAATGAAATTTC-----GT-----CGA----------------------CT------A---G---GCTTTGCGTCATAA--TCAAATAATTGTTG-AATT-ATAGTAACATCGA-ACCCGATTTAAAGATGGTCGATCAGGTATCG-TTCGGT--GA---------GCTATAGTAGCCGaacttttttgttctatacctaaagaaagggtgacaataatcacagactggaataacacttgttgaatcaaagtagcactgaacccaatctaaagatgacctatcaggcattgtaaatgtttggtcaattctacatgttctagttgctagtttcaaagttttgtttgatttagtcatatgataagcaaaaattttgatcttatcacttttgaaagggtcttgcag
gi|6 : ATTAAATAATT-CCTTGCTCCTCTGGATGTGGATGAGATGCAT-CAGAAGCAAGAGAA---AAATGGA--ATG---C-----C-TTGA----TACCGATG----T--GCCTTCCAG-TGAATATAAGCA-AT-----AAT---TT--C-T----CC-A--ACATTGGA-C--CAAGGA----ATG--AT-TTGTGAATTTCATTATTCACTTTTTAACA-TGA---CATGA-T-G-TTGGTTAA-T------ATTT-T----T------TT--GGTC--A--CG--TCAAT-AAATCTT-----CTGTCTTTTGTTAC-----------T------TT------C---GACTGTTTTG------GC--TCT----------T-AATT-GTA--AACA---G-A---G
gi|7 : aAAGTACATGTGAGATTATTTC--ATAA---T---TGAA-AGCTATCGAGCTTTCC--GAT-TAGCTGAGATCT-T-AATGAACTAAA-AA---AAA---A--A-----A-----A-TT-------------A----T--GCCTTGGGGGTAAATGTAA-CAT---------T---TT--G-T----ACAA--ACACT--A-A--CAA-AA----CTG--AA-TAGGATATTTA------GC------AAT--TAA---TATAA-G-G---GGCTGT-C------A--G-T----T------TT--AGTC-----C---ACAATGAAAACTC-----A-GTCTCTAACCAT-----------TTGA---CC------AGCTG---ATTCTGA-----TC--TC-----------A-AGTT-GTA--AAAC---A-A---G-T---------GCCGACCAGtt
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TGCCTTAAGAGAGAATGTAAAATGCTTTTTTTTAGCATTTGGAACCTATATTAAAACGAAGAGTTTCCATATCTATCTGATTGATCATAATTTTGGTCATTTTTCTCTATTTACTTTTTTGACTAGATTTAGCACAAAGATTTGTCATAACAATGTTCAACTTCTACCACGAACTGGAATAACAATTGTTGAAACAGTAATATCGAACCCGATCTAAAAATGACAGATCAGGTATTTTAAGGTGTAGTAC
Unaligned ( gi|9 ): AACATCGAACCCGATAGGATAATTATCGATTGGCCTTTATGATTAAGTTCTACATGGTCTAGTCGCCCGTTTCGATGATTTAAAGTATTATTATCTAGTCAAACCATAAACAAGAACTTGCGTCTGTAATCACTTTTTACTATGTCTTGTAGCTGTACACGTATAAACAGAACGCCAGCCGGTGTTGTTTCGTGGACGTTTGTAGCTAGTTTCGATGTATTATACAATAAAACTTTCGGTAAATGCGGTG
Unaligned ( gi|15 ): TCAAACCCGTTTTCTCGTAAAATAAAGTCATCGATTTTATATGCATAGAATAGATGATATTATCATAGTAGCCGGTTTCGATGTTTTAAATAATTAAATAAGCAAAAAGTTACGTCTATAATCACTTTCACCTTTAGGTATTACACTGTACGTATTTAGAGAAAACGCCAATCAAATATCGTTT
Unaligned ( gi|21 ): TTACATTGAATCTGATCAGGTATATATTTTTTTTCTTAAGTTGTATATATTCTGAGTAGCTAATTTCGGATGTTTTAAATTATTCAGTCATAAGATAAACGAAATATTGCGTCTGGTAA
Unaligned ( gi|22 ): ACATCGAACCCGATCTGTGATAATCGACCAAACGGTCATTAAATCATTTAATTTTCTATGTTTTGAGTTTGTCTAGTCGAATGATAAATAAAAATATGCGACTTTAATCACTTT
Unaligned ( gi|29 ): ACAGTTGTTGGTGAATTATTACGAGAATATAGAACCAAATTAAAAGACGTTCGATCAGGTATTGTTTG
Alignments
lowQualScore : 11 222 22222 444444444444444444444 111111 1 2222222222222 1111111111111111111111111 111111111 2222222222222222 6666666666666666666666666666666666666 22222222222 11111111 2222222222222
lowQualScore : 1 1 7 3 11 555 5 66 55 1 55555 33 1 777 777 1 55 222222222222222222222 2 44 0 6666 33 2 0 000000 444 33 555555 3 33 2 33 2 6666 33 2 0 66666666666666 55 9999999999999 0000000000000000000000000 33 777777777 4 3333333333333333 3 44 555 8888888888888888888888888888888888888 33 44 77777777777 3 55 555 3 555 0 22222222 4 4444444444444
lowQualScore : . . . . .. ... . .. .. . ..... .. . ... ... . .. ..................... . .. . .... .. . . ...... ... .. ...... . .. . .. . .... .. . . .............. .. ............. ......................... .. ......... . ................ . .. ... ..................................... .. .. ........... . .. ... . ... . ........ . .............
lowQualScore : 0 0 3 2 00 000 0 99 44 1 33333 77 2 888 000 3 55 444444444444444444444 2 66 8 5555 99 7 2 666666 444 22 111111 9 22 2 11 1 6666 11 2 9 88888888888888 33 1111111111111 1111111111111111111111111 77 111111111 1 7777777777777777 1 11 444 2222222222222222222222222222222222222 88 66 55555555555 6 00 444 1 444 4 11111111 0 3333333333333
consensus : AAGNGCATGTNAGATTATTTC--ATAA---TGATTGAATAATT-CCGAGCTTTCC--GAT-TGGCTGAGAT---T-AACAAACTAGA-AA---AAATAGA--A-----C-----A-TTCAC--CTNC--ACG----T--GCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTT-----GAT---TT--T-T----CCAA--ACATCGGA-C--CAA-AA----ATA--AA-TTGGGAATTTC------CA------AAT--TGA---TATGA-C-GATTGGTTAT-T------A--T-T----T------TT--GGTC--G--C---TCAATGAAAACT--C-----GT------GTCT-CT-NATC---AC-----------T------C---T------A---G---GTCTTGCAC--TC--------G-AGTT-GTA--AACA---A-A---GAT--------GGCCGACCAGGTATCG-TTTGGC--GA---------GCTCTAGTAGCCG
Reference ( family-2803 ) : AAGNGCATGTNAGATTATTTC--ATAA---TGATTGAATAATT-CCGAGCTTTCC--GAT-TGGCTGAGAT---T-AACAAACTAGA-AA---AAATAGA--A-----C-----A-TTCAC--CTNC--ACG----T--GCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTT-----GAT---TT--T-T----CCAA--ACATCGGA-C--CAA-AA----ATA--AA-TTGGGAATTTC------CA------AAT--TGA---TATGA-C-GATTGGTTAT-T------A--T-T----T------TT--GGTC--G--C---TCAATGAAAACT--C-----GT------GTCT-CT-NATC---AC-----------T------C---T------A---G---GTCTTGCAC--TC--------G-AGTT-GTA--AACA---A-A---GAT--------GGCCGACCAGGTATCG-TTTGGC--GA---------GCTCTAGTAGCCG
gi|1 : -----A-TTCAC--CTGC--ACA----TATGCCTTTGAGGTCAATATAA-CATTC------AT---TCAAT-TGAAATCAC--AGATCAGA-C--CAC-AT----ATA--AA-GAGGGAATTTC------AA------AAT----------CGA-C-GATTCATTTT-TTTTGTAA--C-T----TAGTATCTT--GACC--A--G---TCAATAAAAACT--T-----GG------GTCTACA-CATTTCGAC-----------T-------------------------GCCTTGTAC--T-----------ATTT-GTA--AAGA---A-A---G----------GGCCG
gi|10 : tgatctagtaattttgtgctttctgattgaAATCTC------AA------AAT--TGAGAATATT------TTTTTTAT-T------A--T-CACTGT------TT--GGTC--A--G---TTAATGAAAACT--C-----GC------ATCT-CT-CCTC---AC-----------TTTTTGGC---T------A--------TCTTGCAC--Tgagactgagatcacaactgaggatttacagtgacatattatatagaataccaatctgattggtaagttctatgtgttttagtatttggtttcaa
gi|10 : gtaA---A-C---GAT--------GACCAATCAGGTATTG--TTGGC--AA---------ATTCTAgtaatgtgtatttaaaaaaaggggggggggtacttaaatcgtgaactaaagtaacaattaattgttgaattatagtaacattcatcttgttctaacgatgaccaatcaggtattgttggcaaattctacatgttttagtagttgatttca
gi|11 : gtaaatctcaaaattgagaatattttttttattatcactgtttggtcagttaatgaaaactcgcatctctcctcactttttggctatcttgcactgtaatgtgtatttaaaaaaaggggggggggtacttaaatcgtgaactaaagtaacaattaattgttgaattatagtaacattcatcttgttctATAATT-CCGAGGTTACT--GAT-TGGTTGAGAT------------------A---AAATAGA--GTGTTGC-----A-TTTAC--CTCC--ATG----T--GCTTTCAAGTTGAATATAG-CATTT-----GGA---TT--T-T----CC-A--ATATCGGA-T--CCA-AA----ATA--A----GGGAATTTT------TA------AAT--TGA------GA-C-AATTGGTTATAA------A--T-T----T------TT--GGTC--GTCC---TT-GCGTATACT--CTGCTTGT------GTGT-CC-AATC---ACTCTTGACTAAGT------C---T------A---A---GTCTTGCACGGTT----------AGTT-GTT--AAAA---A-A---AGT--------GGCCGcatgttttagtagttgatttca
gi|12 : AAACTAGA-GATCAAAACAGA--A-----CTTT--A-TTTAC--TTCC--ACA----A--TCCTTCGAGGTAAA-ATAA-TTTTTTTTCAAAG---TT--T-T----CCAG---CATCGGA-C--CAA-AA----ATA--AA-TTGGAAATCCC------CG------AAG--TAA---TAT-----GATTGGTTAA-T------A--T-T----T------TT--GGTC--G--T---TCAAAGAAAA
gi|12 : GCCAATCAGATATCG-TTTTGC--AA---------GTTCTAGTAGCCGaccattaaagaaatccttttcgtaacaaacccgccaatcagatatcgttttgcaagttctagtagccggt
gi|13 : aaactagagatcaaaacagaactttatttacttccacaatccttcgaggtaaaataattttttttcaaagttttccagcatcggaccaaaaataaattggaaatccccgaagtaatatgattggttaatatttttggtcgttcaaagaaaaaccattaaagaaatccttttcgtaacaaacccATTGAATAATT-CAGAGCTTTTC--AAT-TGGCTGACAT---TGAACAAACAAG--AA---AAATATA--A-----A-----A-T------CTGC--AAA----T--GCTTTCTAGGTGTATGCAA-TGTTT-----GAT---TT--T-T----TCCA--ACAATGGA-C--CAG-AA----ACAATAA-T---AAATTCC------TA------AAT--TGA---T---A-C-AATTGGTCAT-T------A--T-T----C------TT--GGTC--G--C---CCAGTAAATACT--------GT------GTCT-TT-TATT---AC-----------T------T---T------gt
gi|14 : TTC--ATAACA-TGATTGAATACTT-GCAAGCTTTGT--CAT-TGATTGAGAT---T-A------TA----------ACAGA--A-----CGTTAAA-TTCAA--ACGC--ACG----T--GCATTCAAGGCGAGGAAAC-CATTT-----GAT---TT--C-T----CT-A--ACATTGGA-C--CAA-AAT---TTT--AA-TTGAAAATTTC------CG------GAT--TGA---TA---------TGGTTAT-T------A----T----T------TT--AGTC--C--T---TCAATGAAAACT--C-----Gcgactac
gi|16 : TTT-----GAT---TT--T-G----CCCA--ATATCGAA-C--CAA-AA----ACG--AA-TTAGG-ATTTC------CA-----------TGA---TACGA-C-TAGTGCT--------------T-T----T------TT--GGTC--G--C---CCTATGAAAACC--C-----AC------GTCT--G-GAT----------------------------T------A---G---GTTTCTCTC--TA--------T-ATTTGGTA--AACG---A------AT--------GG--GACT---TATAG-TTTGGG--GA---------GCTCTAGTAGCca
gi|17 : CA---ATA---GAT--------GGCTGATCAGGTAACG-TTTGGT--AAGTTTTCCACGTTTTAGTAGCCGtagtgaatta
gi|18 : cacgaactgtaacaatagttgaatatactaacaccgaacacgatGA-A--CAA-AT----ATG--AA-CCGGGATTTCT------CA------CAT--TGC---TATGA-C----TGGTAAT-------------------------------------------CAAC---AACTTAC-----AG------GTTT-TT-CTTC---AC-----------T------C---TCGATT-A---G---GTCTTGTAC--TC--------G-AGTT-GAA--AATA---A-A---GAC--------GGCCGACCAGATATAGATTTGatttcggtgttttagttacttagtcatataatacaataatt
gi|19 : tgtTGTCAGATAAT--------A---TGATCGAATAATT-CTGTGTTTTCC--AAT-TGGCCGAGATA--T-AAAAACCTTTG-AA---AAATAGA--A-----------A----------GC--ATG----T--GCCTTTGAGGTTACTGCAA-CA-TA-----AAT---TT--C-T----CT-A--ACATAGGA-CAACAA-GA----taag
gi|2 : attAAGGGCATGTAATACT-TTTCTTATAA---TGACTGAATAATT-TTAAGCTTTCT--GAT-AGATCAAGAT---C-AACAAACTAGA-AA---AAAGAAA--A-----C-----AGTTCAC--CTTT--ATA----T--GCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTT-----AAT---TT--TAT----CCAATTACACCAGA-C--CAA-AA----ATA--AA-CTGGGAATTTT------AA------AATAATGA---TATGA-CAGACTGATTAT-T------A--TAT----T------TT--GGTC--G--T---TCAATGAAAACT--T-----AT------TCCT-CC-AATC---AT-----------T------C---C------A---G---GTCTTACAC--TA--------G-AGAT-GTA--AACA---A-A---GAT--------GGCCGACCAGGCACCA-GCTGGC--AA---------GCTCCAGTAGCTG
gi|20 : AAAGT--CCT---GT------GTCT-CT-AATC---AC-----------T------T---TCACAAAA---A---GTATTGCTT--TG--------G-ATCT-TTA--TACA---A-A---TAG--------GGTCAGTCTGGTACTG-TTTCAT--AG---------ACTCTAGTA
gi|23 : atgttttgcattaatttagtcatatagtaaac-TTCCC--CTCT--ACG----T--GCCTTCGAGGTGAA-----------------AT---TT--T-G----C--A--ACATCTGATC--CAA-AATGCTATA--GA-CC-----TTTC------CC------AAT--TGA---TA--A---GATTGGTTAT-
gi|24 : gaaagacaagagaaggttatg--GCCTTCGAGATGAATATAA-TATTT-----GATTTTTT--T-T----TC-A--ACATTGTA-T--T-G-AA----ATG--AA-TTGATAATTTC------CA------AAA--TAA---T---A-C-GACTGGTCTT-C------A--T-T----T------TT--GGTC--a
gi|25 : atctactaCTTTCGAGGTGAATATAG-CATTT-----GAT---GT--C-C----CCCA--ACATCGGA-C--CAG-TA------A--AA-TTGGGAAATTC------AA------AA---AAA---AAAAA-T-TATT-ATTAT-T------A--T-T----T------T
gi|26 : TCT-CT-TATT---AC-----------T------T---TCAAC--AC--G---GTCTTGCAC--TCTTGTAGAAGTAGTA-GTA--AACA---A-A---GAT--------GGTGGACCAGGTATCA-TTTCGT--AG---------ACTTTAGTGGcatttcaat
gi|27 : ----T--GCCTTTGAGGTGAATATAG-CATTT-----CAT---TC--T-A----GC-A--ACTTCAGA-C--CAA-AA----ATA--AATTTGAGTATTTC------GA------Ata
gi|28 : cattttctttT--T-T----CCAA--A-ATCAGA-C--CGA-AA----ATA--AA-TGGGGAATTTC------CA------AAT--TGA---T-TGATT-GATTGATTAT-T------
gi|3 : tccaaagtgaa--ATAAATGTGATTGAATAATT-TCGAGTTTCTT--GGT--GATTGAGAT---TCAGCAAACTAGA-AA---AGGTAGATTA-----C-----G-TGCAA--CTAC--ATG----T--ACCTTCGTGTTGAATATAA-CAACT-----AAT---TT--T-T----CCAC---CATTGAA-C--CAA-AA----ACG--AA-TTGATAACTTC------CA------AAT--TTA---TATAA-----TTGGCTAT-C------A--T-T----T------TTTTGATTTTG--CCTTTTAAAAAGAACA--A-----TT------GTTT-CT-GATC---AC-----------TTTCGA-C---T------A---G---GTCTAGCAC--TC--------G-AGTT-GTA--AACA---A-A---GAT--------GAAAGACCAGCTATC--TTTGTCTTG----------GCTTTAGtactgg
gi|4 : actttctataacaaAA-AA----ATA--AA-TTGGAAATTTC------CA------AAT--CTC---TATGA---------TTAT-C------A--T-C----T------TT--GGTC--A--C---TCCAT-CAAACT--C-----ct
gi|5 : taaggtaT---T-AACAGACAAGA-AA---GAATAGA--A-----C-------TTTATGTTTAC--ACGACCTT--GTCTTGAAAGTGAGTATAA-CATCC-----TAT---TT--T-A----CCAT--A-ATTGAC-C--CCA-AA----CGA--AA-TTAGAGGCTTA------CA------GAT--TGA---TAC---T-GGTTGTTTAA-T------A--TAT----T------TT--GGTC--G--T---TCAATGAAATTT--C-----GTCGACTAGGCT-TTGCGTC---ATAA---------T------CAAAT------A---A------TTG-----TT--------G-AATT-ATAGTAACATCGA-ACCCGATTTAAAGATGGTCGATCAGGTATCG-TTCGGT--GA---------GCTATAGTAGCCGaacttttttgttctatacctaaagaaagggtgacaataatcacagactggaataacacttgttgaatcaaagtagcactgaacccaatctaaagatgacctatcaggcattgtaaatgtttggtcaattctacatgttctagttgctagtttcaaagttttgtttgatttagtcatatgataagcaaaaattttgatcttatcacttttgaaagggtcttgcag
gi|6 : ATTAAATAATT-CCTTGCTCCTCTGGATGTGGATGAGATGCAT-CAGAAGCAAGAGAA---AAATGGA--ATG---C-----C-TTGA----TACCGATG----T--GCCTTCCAG-TGAATATAAGCA-AT-----AAT---TT--C-T----CC-A--ACATTGGA-C--CAAGGA----ATG--AT-TTGTGAATTTCATTATTCACTTTTTAACA-TGA---CATGA-T-G-TTGGTTAA-T------ATTT-T----T------TT--GGTC--A--CG--TCAAT-AAATCT--T-----CT------GTCT-TT-TGTT---AC-----------T------T---T------C---GACTGTTTTG-GC--TCT-------T-AATT-GTA--AACA---G-A---G
gi|7 : aAAGTACATGTGAGATTATTTC--ATAA---T---TGAA-AGCTATCGAGCTTTCC--GAT-TAGCTGAGATCT-T-AATGAACTAAA-AA---AAA---A--A-----A-----A-TT-------------A----T--GCCTTGGGGGTAAATGTAA-CAT---------T---TT--G-T----ACAA--ACACT--A-A--CAA-AA----CTG--AA-TAGGATATTTA------GC------AAT--TAA---TATAA-G-G---GGCTGT-C------A--G-T----T------TT--AGTC-----C---ACAATGAAAACT--C-----A-------GTCT-CT-AACC---AT-----------TTGA---C---C------AGCTG---ATTCTGATC--TC--------A-AGTT-GTA--AAAC---A-A---G-T---------GCCGACCAGtt
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TGCCTTAAGAGAGAATGTAAAATGCTTTTTTTTAGCATTTGGAACCTATATTAAAACGAAGAGTTTCCATATCTATCTGATTGATCATAATTTTGGTCATTTTTCTCTATTTACTTTTTTGACTAGATTTAGCACAAAGATTTGTCATAACAATGTTCAACTTCTACCACGAACTGGAATAACAATTGTTGAAACAGTAATATCGAACCCGATCTAAAAATGACAGATCAGGTATTTTAAGGTGTAGTAC
Unaligned ( gi|9 ): AACATCGAACCCGATAGGATAATTATCGATTGGCCTTTATGATTAAGTTCTACATGGTCTAGTCGCCCGTTTCGATGATTTAAAGTATTATTATCTAGTCAAACCATAAACAAGAACTTGCGTCTGTAATCACTTTTTACTATGTCTTGTAGCTGTACACGTATAAACAGAACGCCAGCCGGTGTTGTTTCGTGGACGTTTGTAGCTAGTTTCGATGTATTATACAATAAAACTTTCGGTAAATGCGGTG
Unaligned ( gi|15 ): TCAAACCCGTTTTCTCGTAAAATAAAGTCATCGATTTTATATGCATAGAATAGATGATATTATCATAGTAGCCGGTTTCGATGTTTTAAATAATTAAATAAGCAAAAAGTTACGTCTATAATCACTTTCACCTTTAGGTATTACACTGTACGTATTTAGAGAAAACGCCAATCAAATATCGTTT
Unaligned ( gi|21 ): TTACATTGAATCTGATCAGGTATATATTTTTTTTCTTAAGTTGTATATATTCTGAGTAGCTAATTTCGGATGTTTTAAATTATTCAGTCATAAGATAAACGAAATATTGCGTCTGGTAA
Unaligned ( gi|22 ): ACATCGAACCCGATCTGTGATAATCGACCAAACGGTCATTAAATCATTTAATTTTCTATGTTTTGAGTTTGTCTAGTCGAATGATAAATAAAAATATGCGACTTTAATCACTTT
Unaligned ( gi|29 ): ACAGTTGTTGGTGAATTATTACGAGAATATAGAACCAAATTAAAAGACGTTCGATCAGGTATTGTTTG
Alignments
lowQualScore : 11 222 22222 444444444444444444444 111111 1 2222222222222 1111111111111111111111111 111111111 2222222222222222 6666666666666666666666666666666666666 22222222222 11111111 2222222222222
lowQualScore : 1 1 7 3 11 555 5 66 55 1 55555 33 1 777 777 1 55 222222222222222222222 2 44 0 6666 33 2 0 000000 444 33 555555 3 33 2 33 2 6666 33 2 0 66666666666666 55 9999999999999 0000000000000000000000000 33 777777777 4 3333333333333333 3 44 555 8888888888888888888888888888888888888 33 44 77777777777 3 55 555 3 555 0 22222222 4 4444444444444
lowQualScore : . . . . .. ... . .. .. . ..... .. . ... ... . .. ..................... . .. . .... .. . . ...... ... .. ...... . .. . .. . .... .. . . .............. .. ............. ......................... .. ......... . ................ . .. ... ..................................... .. .. ........... . .. ... . ... . ........ . .............
lowQualScore : 0 0 3 2 00 000 0 99 44 1 33333 77 2 888 000 3 55 444444444444444444444 2 66 8 5555 99 7 2 666666 444 22 111111 9 22 2 11 1 6666 11 2 9 88888888888888 33 1111111111111 1111111111111111111111111 77 111111111 1 7777777777777777 1 11 444 2222222222222222222222222222222222222 88 66 55555555555 6 00 444 1 444 4 11111111 0 3333333333333
consensus : AAGNGCATGTNAGATTATTTC--ATAA---TGATTGAATAATT-CCGAGCTTTCC--GAT-TGGCTGAGAT---T-AACAAACTAGA-AA---AAATAGA--A-----C-----A-TTCAC--CTNC--ACG----T--GCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTT-----GAT---TT--T-T----CCAA--ACATCGGA-C--CAA-AA----ATA--AA-TTGGGAATTTC------CA------AAT--TGA---TATGA-C-GATTGGTTAT-T------A--T-T----T------TT--GGTC--G--C---TCAATGAAAACT--C-----GT------GTCT-CT-NATC---AC-----------T------C---T------A---G---GTCTTGCAC--TC--------G-AGTT-GTA--AACA---A-A---GAT--------GGCCGACCAGGTATCG-TTTGGC--GA---------GCTCTAGTAGCCG
Reference ( family-2803 ) : AAGNGCATGTNAGATTATTTC--ATAA---TGATTGAATAATT-CCGAGCTTTCC--GAT-TGGCTGAGAT---T-AACAAACTAGA-AA---AAATAGA--A-----C-----A-TTCAC--CTNC--ACG----T--GCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTT-----GAT---TT--T-T----CCAA--ACATCGGA-C--CAA-AA----ATA--AA-TTGGGAATTTC------CA------AAT--TGA---TATGA-C-GATTGGTTAT-T------A--T-T----T------TT--GGTC--G--C---TCAATGAAAACT--C-----GT------GTCT-CT-NATC---AC-----------T------C---T------A---G---GTCTTGCAC--TC--------G-AGTT-GTA--AACA---A-A---GAT--------GGCCGACCAGGTATCG-TTTGGC--GA---------GCTCTAGTAGCCG
gi|1 : -----A-TTCAC--CTGC--ACA----TATGCCTTTGAGGTCAATATAA-CATTC------AT---TCAAT-TGAAATCAC--AGATCAGA-C--CAC-AT----ATA--AA-GAGGGAATTTC------AA------AAT----------CGA-C-GATTCATTTT-TTTTGTAA--C-T----TAGTATCTT--GACC--A--G---TCAATAAAAACT--T-----GG------GTCTACA-CATTTCGAC-----------T-------------------------GCCTTGTAC--T-----------ATTT-GTA--AAGA---A-A---G----------GGCCG
gi|10 : tgatctagtaattttgtgctttctgattgaAATCTC------AA------AAT--TGAGAATATT------TTTTTTAT-T------A--T-CACTGT------TT--GGTC--A--G---TTAATGAAAACT--C-----GC------ATCT-CT-CCTC---AC-----------TTTTTGGC---T------A--------TCTTGCAC--Tgagactgagatcacaactgaggatttacagtgacatattatatagaataccaatctgattggtaagttctatgtgttttagtatttggtttcaa
gi|10 : gtaA---A-C---GAT--------GACCAATCAGGTATTG--TTGGC--AA---------ATTCTAgtaatgtgtatttaaaaaaaggggggggggtacttaaatcgtgaactaaagtaacaattaattgttgaattatagtaacattcatcttgttctaacgatgaccaatcaggtattgttggcaaattctacatgttttagtagttgatttca
gi|11 : gtaaatctcaaaattgagaatattttttttattatcactgtttggtcagttaatgaaaactcgcatctctcctcactttttggctatcttgcactgtaatgtgtatttaaaaaaaggggggggggtacttaaatcgtgaactaaagtaacaattaattgttgaattatagtaacattcatcttgttctATAATT-CCGAGGTTACT--GAT-TGGTTGAGAT------------------A---AAATAGA--GTGTTGC-----A-TTTAC--CTCC--ATG----T--GCTTTCAAGTTGAATATAG-CATTT-----GGA---TT--T-T----CC-A--ATATCGGA-T--CCA-AA----ATA--A----GGGAATTTT------TA------AAT--TGA------GA-C-AATTGGTTATAA------A--T-T----T------TT--GGTC--GTCC---TT-GCGTATACT--CTGCTTGT------GTGT-CC-AATC---ACTCTTGACTAAGT------C---T------A---A---GTCTTGCACGGTT----------AGTT-GTT--AAAA---A-A---AGT--------GGCCGcatgttttagtagttgatttca
gi|12 : AAACTAGA-GATCAAAACAGA--A-----CTTT--A-TTTAC--TTCC--ACA----A--TCCTTCGAGGTAAA-ATAA-TTTTTTTTCAAAG---TT--T-T----CCAG---CATCGGA-C--CAA-AA----ATA--AA-TTGGAAATCCC------CG------AAG--TAA---TAT-----GATTGGTTAA-T------A--T-T----T------TT--GGTC--G--T---TCAAAGAAAA
gi|12 : GCCAATCAGATATCG-TTTTGC--AA---------GTTCTAGTAGCCGaccattaaagaaatccttttcgtaacaaacccgccaatcagatatcgttttgcaagttctagtagccggt
gi|13 : aaactagagatcaaaacagaactttatttacttccacaatccttcgaggtaaaataattttttttcaaagttttccagcatcggaccaaaaataaattggaaatccccgaagtaatatgattggttaatatttttggtcgttcaaagaaaaaccattaaagaaatccttttcgtaacaaacccATTGAATAATT-CAGAGCTTTTC--AAT-TGGCTGACAT---TGAACAAACAAG--AA---AAATATA--A-----A-----A-T------CTGC--AAA----T--GCTTTCTAGGTGTATGCAA-TGTTT-----GAT---TT--T-T----TCCA--ACAATGGA-C--CAG-AA----ACAATAA-T---AAATTCC------TA------AAT--TGA---T---A-C-AATTGGTCAT-T------A--T-T----C------TT--GGTC--G--C---CCAGTAAATACT--------GT------GTCT-TT-TATT---AC-----------T------T---T------gt
gi|14 : TTC--ATAACA-TGATTGAATACTT-GCAAGCTTTGT--CAT-TGATTGAGAT---T-A------TA----------ACAGA--A-----CGTTAAA-TTCAA--ACGC--ACG----T--GCATTCAAGGCGAGGAAAC-CATTT-----GAT---TT--C-T----CT-A--ACATTGGA-C--CAA-AAT---TTT--AA-TTGAAAATTTC------CG------GAT--TGA---TA---------TGGTTAT-T------A----T----T------TT--AGTC--C--T---TCAATGAAAACT--C-----Gcgactac
gi|16 : TTT-----GAT---TT--T-G----CCCA--ATATCGAA-C--CAA-AA----ACG--AA-TTAGG-ATTTC------CA-----------TGA---TACGA-C-TAGTGCT--------------T-T----T------TT--GGTC--G--C---CCTATGAAAACC--C-----AC------GTCT--G-GAT----------------------------T------A---G---GTTTCTCTC--TA--------T-ATTTGGTA--AACG---A------AT--------GG--GACT---TATAG-TTTGGG--GA---------GCTCTAGTAGCca
gi|17 : CA---ATA---GAT--------GGCTGATCAGGTAACG-TTTGGT--AAGTTTTCCACGTTTTAGTAGCCGtagtgaatta
gi|18 : cacgaactgtaacaatagttgaatatactaacaccgaacacgatGA-A--CAA-AT----ATG--AA-CCGGGATTTCT------CA------CAT--TGC---TATGA-C----TGGTAAT-------------------------------------------CAAC---AACTTAC-----AG------GTTT-TT-CTTC---AC-----------T------C---TCGATT-A---G---GTCTTGTAC--TC--------G-AGTT-GAA--AATA---A-A---GAC--------GGCCGACCAGATATAGATTTGatttcggtgttttagttacttagtcatataatacaataatt
gi|19 : tgtTGTCAGATAAT--------A---TGATCGAATAATT-CTGTGTTTTCC--AAT-TGGCCGAGATA--T-AAAAACCTTTG-AA---AAATAGA--A-----------A----------GC--ATG----T--GCCTTTGAGGTTACTGCAA-CA-TA-----AAT---TT--C-T----CT-A--ACATAGGA-CAACAA-GA----taag
gi|2 : attAAGGGCATGTAATACT-TTTCTTATAA---TGACTGAATAATT-TTAAGCTTTCT--GAT-AGATCAAGAT---C-AACAAACTAGA-AA---AAAGAAA--A-----C-----AGTTCAC--CTTT--ATA----T--GCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTT-----AAT---TT--TAT----CCAATTACACCAGA-C--CAA-AA----ATA--AA-CTGGGAATTTT------AA------AATAATGA---TATGA-CAGACTGATTAT-T------A--TAT----T------TT--GGTC--G--T---TCAATGAAAACT--T-----AT------TCCT-CC-AATC---AT-----------T------C---C------A---G---GTCTTACAC--TA--------G-AGAT-GTA--AACA---A-A---GAT--------GGCCGACCAGGCACCA-GCTGGC--AA---------GCTCCAGTAGCTG
gi|20 : AAAGT--CCT---GT------GTCT-CT-AATC---AC-----------T------T---TCACAAAA---A---GTATTGCTT--TG--------G-ATCT-TTA--TACA---A-A---TAG--------GGTCAGTCTGGTACTG-TTTCAT--AG---------ACTCTAGTA
gi|23 : atgttttgcattaatttagtcatatagtaaac-TTCCC--CTCT--ACG----T--GCCTTCGAGGTGAA-----------------AT---TT--T-G----C--A--ACATCTGATC--CAA-AATGCTATA--GA-CC-----TTTC------CC------AAT--TGA---TA--A---GATTGGTTAT-
gi|24 : gaaagacaagagaaggttatg--GCCTTCGAGATGAATATAA-TATTT-----GATTTTTT--T-T----TC-A--ACATTGTA-T--T-G-AA----ATG--AA-TTGATAATTTC------CA------AAA--TAA---T---A-C-GACTGGTCTT-C------A--T-T----T------TT--GGTC--a
gi|25 : atctactaCTTTCGAGGTGAATATAG-CATTT-----GAT---GT--C-C----CCCA--ACATCGGA-C--CAG-TA------A--AA-TTGGGAAATTC------AA------AA---AAA---AAAAA-T-TATT-ATTAT-T------A--T-T----T------T
gi|26 : TCT-CT-TATT---AC-----------T------T---TCAAC--AC--G---GTCTTGCAC--TCTTGTAGAAGTAGTA-GTA--AACA---A-A---GAT--------GGTGGACCAGGTATCA-TTTCGT--AG---------ACTTTAGTGGcatttcaat
gi|27 : ----T--GCCTTTGAGGTGAATATAG-CATTT-----CAT---TC--T-A----GC-A--ACTTCAGA-C--CAA-AA----ATA--AATTTGAGTATTTC------GA------Ata
gi|28 : cattttctttT--T-T----CCAA--A-ATCAGA-C--CGA-AA----ATA--AA-TGGGGAATTTC------CA------AAT--TGA---T-TGATT-GATTGATTAT-T------
gi|3 : tccaaagtgaa--ATAAATGTGATTGAATAATT-TCGAGTTTCTT--GGT--GATTGAGAT---TCAGCAAACTAGA-AA---AGGTAGATTA-----C-----G-TGCAA--CTAC--ATG----T--ACCTTCGTGTTGAATATAA-CAACT-----AAT---TT--T-T----CCAC---CATTGAA-C--CAA-AA----ACG--AA-TTGATAACTTC------CA------AAT--TTA---TATAA-----TTGGCTAT-C------A--T-T----T------TTTTGATTTTG--CCTTTTAAAAAGAACA--A-----TT------GTTT-CT-GATC---AC-----------TTTCGA-C---T------A---G---GTCTAGCAC--TC--------G-AGTT-GTA--AACA---A-A---GAT--------GAAAGACCAGCTATC--TTTGTCTTG----------GCTTTAGtactgg
gi|4 : actttctataacaaAA-AA----ATA--AA-TTGGAAATTTC------CA------AAT--CTC---TATGA---------TTAT-C------A--T-C----T------TT--GGTC--A--C---TCCAT-CAAACT--C-----ct
gi|5 : taaggtaT---T-AACAGACAAGA-AA---GAATAGA--A-----C-------TTTATGTTTAC--ACGACCTT--GTCTTGAAAGTGAGTATAA-CATCC-----TAT---TT--T-A----CCAT--A-ATTGAC-C--CCA-AA----CGA--AA-TTAGAGGCTTA------CA------GAT--TGA---TAC---T-GGTTGTTTAA-T------A--TAT----T------TT--GGTC--G--T---TCAATGAAATTT--C-----GTCGACTAGGCT-TTGCGTC---ATAA---------T------CAAAT------A---A------TTG-----TT--------G-AATT-ATAGTAACATCGA-ACCCGATTTAAAGATGGTCGATCAGGTATCG-TTCGGT--GA---------GCTATAGTAGCCGaacttttttgttctatacctaaagaaagggtgacaataatcacagactggaataacacttgttgaatcaaagtagcactgaacccaatctaaagatgacctatcaggcattgtaaatgtttggtcaattctacatgttctagttgctagtttcaaagttttgtttgatttagtcatatgataagcaaaaattttgatcttatcacttttgaaagggtcttgcag
gi|6 : ATTAAATAATT-CCTTGCTCCTCTGGATGTGGATGAGATGCAT-CAGAAGCAAGAGAA---AAATGGA--ATG---C-----C-TTGA----TACCGATG----T--GCCTTCCAG-TGAATATAAGCA-AT-----AAT---TT--C-T----CC-A--ACATTGGA-C--CAAGGA----ATG--AT-TTGTGAATTTCATTATTCACTTTTTAACA-TGA---CATGA-T-G-TTGGTTAA-T------ATTT-T----T------TT--GGTC--A--CG--TCAAT-AAATCT--T-----CT------GTCT-TT-TGTT---AC-----------T------T---T------C---GACTGTTTTG-GC--TCT-------T-AATT-GTA--AACA---G-A---G
gi|7 : aAAGTACATGTGAGATTATTTC--ATAA---T---TGAA-AGCTATCGAGCTTTCC--GAT-TAGCTGAGATCT-T-AATGAACTAAA-AA---AAA---A--A-----A-----A-TT-------------A----T--GCCTTGGGGGTAAATGTAA-CAT---------T---TT--G-T----ACAA--ACACT--A-A--CAA-AA----CTG--AA-TAGGATATTTA------GC------AAT--TAA---TATAA-G-G---GGCTGT-C------A--G-T----T------TT--AGTC-----C---ACAATGAAAACT--C-----A-------GTCT-CT-AACC---AT-----------TTGA---C---C------AGCTG---ATTCTGATC--TC--------A-AGTT-GTA--AAAC---A-A---G-T---------GCCGACCAGtt
blockSeqs : T A A T TT ATG A TG GT C GCAT AC T GAG TCA C TT CGTTAAATTCAAA C CG ACCT . G TTTCAA TTT . AT A TT T AA G TGCT AT T ATTATTCACTTTTT AA TATGACAGA TATCACTGT TT TTGCCTT G CGTCGACTA . GC . TCTTGACTAAGTCTAA CA GG CTTGTAGAAGT G GT TCG T CCC TTAAAGAT A AAGTTTTCCAC
blockSeqs : G . T . . . . T T CTT AA A GA . T . CTTTATTTACT C . . . . G . . T C . . . . T . . AA A TACGACTA TATTTTT . GTCC G CTGCTTGT . C . TTTCACAAAAA CA . CTT . . . . . . . TTG
blockSeqs : . . . . . T C TG AC T TG . C . CAGTTCACC G . . . . G . . T C . . . . . . . TA . AAAAATTA AAATTT . ACG G TACAG . A . TTGACCAGCTG CT . AT . . . . . . . AA
blockSeqs : . . . . T T AT GC T GA . T . CTTTATGTT G . . . . G . . T A . . . . . . . CG . TTGATTGA TATATT . AG A CCTGT . T . TTTTTGGCTA TA . CG . . . . . . . GA
blockSeqs : . . A T TC AC T GA . G . CGTGCAAC G . . . . G . . T C . . . . . . . TA . GAATATT TATATT . GT G CGC . G . TCTCGATTAG CA . AG . . . . . . . AA
blockSeqs : . . T A T AG T GA . T . TGCCTTGA T . . . . A . . G A . . . . . . . CG . CATGATG TATTT . GC G CAC . C . TTTCAACACG CT . GG . . . . . . . AG
blockSeqs : . . . C C AT A AA . T . AATC C . . . . A . . T A . . . . . . . CA . TATAAGG TATTC . CT G TAT . A . TTTCGACTAG CA . CG . . . . . . . AG
blockSeqs : T . A G . T . AATT A . . . . G . . G A . . . . . . . CA . TATGAC CATTT . GC A ATT . A . AATCAAATAA CA . TG . . . . . . . GA
blockSeqs : T . . . . A A . . . . G . . T A . . . . . . . AA . TACTGG TATTT . GT G TCT . T . TTTCGACT AT . CA . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . C . . C . . . . . . . . CC . GACAA CATTT . AC G GT . G . TCCAG G . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . A . . . . . . . . CA . TATGA CATCT . GT . CA . T . TAG . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . T . . . . . . . . AA . TACAA CAGTT . C . . A . . . .
blockSeqs : . . A . . T . . . . . . . . GA . TAAGA TATT . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . CA . TACGA TTT .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . CA . TATAA .
blockSeqs : . T . . . . . . . . CA . TATGA
blockSeqs : . . . . . . CA . TA
blockSeqs : . . GC
blockSeqCons : *** T**** AC GA* CTTAGTTA************* ** G***** ** T***** TACGA******** TATTT******************** *** TTTCGACTAG*************************** CG*********
originalCons : AAGNGCATGTNAGATTATTTC--ATAA---TGATTGAATAATT-CCGAGCTTTCC--GAT-TGGCTGAGAT---T-AACAAACTAGA-AA---AAATAGA--A-----C-----A-TTCAC--CTNC--ACG----T--GCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTT-----GAT---TT--T-T----CCAA--ACATCGGA-C--CAA-AA----ATA--AA-TTGGGAATTTC------CA------AAT--TGA---TATGA-C-GATTGGTTAT-T------A--T-T----T------TT--GGTC--G--C---TCAATGAAAACT--C-----GT------GTCT-CT-NATC---AC-----------T------C---T------A---G---GTCTTGCAC--TC--------G-AGTT-GTA--AACA---A-A---GAT--------GGCCGACCAGGTATCG-TTTGGC--GA---------GCTCTAGTAGCCG
finalCons : AAGNGCATGTNAGATTATTTC--ATAA---TGATTGAATAATT-CCGAGCTTTCC--GAT-TGGCTGAGATT----AACAAACTAGA-AA---AAATAGA--ACTTAGTTA-------------TNC--ACG----T--GCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTTG-----AT---TT--TT-----CCAA--ACATCGGA-C--CAA-AA----ATA--AA-TTGGGAATTTC------CA------AAT--TGATACGA--------TTGGTTATTATTT--------------------TT--GGTC--G--C---TCAATGAAAACT--C-----GT------GTCT-CT-NATC---ACTTTCGACTAG---------------------------GTCTTGCAC--TCG---------AGTT-GTA--AACA---A-A---GAT--------GGCCGACCAGGTATCG-TTTGGC--GA---------GCTCTAGTAGCCG
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TGCCTTAAGAGAGAATGTAAAATGCTTTTTTTTAGCATTTGGAACCTATATTAAAACGAAGAGTTTCCATATCTATCTGATTGATCATAATTTTGGTCATTTTTCTCTATTTACTTTTTTGACTAGATTTAGCACAAAGATTTGTCATAACAATGTTCAACTTCTACCACGAACTGGAATAACAATTGTTGAAACAGTAATATCGAACCCGATCTAAAAATGACAGATCAGGTATTTTAAGGTGTAGTAC
Unaligned ( gi|9 ): AACATCGAACCCGATAGGATAATTATCGATTGGCCTTTATGATTAAGTTCTACATGGTCTAGTCGCCCGTTTCGATGATTTAAAGTATTATTATCTAGTCAAACCATAAACAAGAACTTGCGTCTGTAATCACTTTTTACTATGTCTTGTAGCTGTACACGTATAAACAGAACGCCAGCCGGTGTTGTTTCGTGGACGTTTGTAGCTAGTTTCGATGTATTATACAATAAAACTTTCGGTAAATGCGGTG
Unaligned ( gi|15 ): TCAAACCCGTTTTCTCGTAAAATAAAGTCATCGATTTTATATGCATAGAATAGATGATATTATCATAGTAGCCGGTTTCGATGTTTTAAATAATTAAATAAGCAAAAAGTTACGTCTATAATCACTTTCACCTTTAGGTATTACACTGTACGTATTTAGAGAAAACGCCAATCAAATATCGTTT
Unaligned ( gi|21 ): TTACATTGAATCTGATCAGGTATATATTTTTTTTCTTAAGTTGTATATATTCTGAGTAGCTAATTTCGGATGTTTTAAATTATTCAGTCATAAGATAAACGAAATATTGCGTCTGGTAA
Unaligned ( gi|22 ): ACATCGAACCCGATCTGTGATAATCGACCAAACGGTCATTAAATCATTTAATTTTCTATGTTTTGAGTTTGTCTAGTCGAATGATAAATAAAAATATGCGACTTTAATCACTTT
Unaligned ( gi|29 ): ACAGTTGTTGGTGAATTATTACGAGAATATAGAACCAAATTAAAAGACGTTCGATCAGGTATTGTTTG
Alignments
lowQualScore : 11 222 11111 888888888888888888888888 111111 1 111111111 2222222222222222 1111111111111111 3333333333333333 22222222222222
lowQualScore : 1 1 7 3 11 555 5 66 55 1 66 99999 33 1 1 4 777 3 0 444444444444444444444444 2 6666 2 0 000000 33 555555 444 1 33 2 33 2 6666 33 2 0 66666666666666 55 88 6666666 33 55 99999999 4444 6666 666666 33 777777777 4 5555 1111111111111111 1 55 5 1 3333333333333333 2 33 5555555555555555 0 3 555 8888888 2 0 3 22222222222222
lowQualScore : . . . . .. ... . .. .. . .. ..... .. . . . ... . . ........................ . .... . . ...... .. ...... ... . .. . .. . .... .. . . .............. .. .. ....... .. .. ........ .... .... ...... .. ......... . .... ................ . .. . . ................ . .. ................ . . ... ....... . . . ..............
lowQualScore : 0 0 3 2 00 000 0 99 44 1 11 22222 77 2 6 0 000 6 4 888888888888888888888888 2 5555 7 2 666666 22 111111 111 1 22 2 11 1 6666 11 2 9 88888888888888 33 22 1111111 11 00 77777777 7777 9999 444444 44 444444444 3 0000 9999999999999999 8 22 0 4 3333333333333333 7 99 0000000000000000 2 1 444 7777777 7 5 3 00000000000000
consensus : AAGNGCATGTNAGATTATTTC--ATAA---TGATTGAATAATT-CCGAGCTTTCC--GAT-TGGCTGAGA--T---T-AACAAACTAGA-AA---AA-ATAGAA---C-TT--A-G-T-T---A--TNCACG----TGCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTT-----GATTT--T-T----C---CAA--ACATCGGA-C--CAA-AA----ATAA--A-TTGGGAATTTC------CA------AAT--TGATAC-GA--T----TG--GTT--AT-T------A--T-T----T------TT--GGTC--G--C---TCAATGAA----AACT--C-----GC------GTCTCT-NATCAC-TTTCGA------C---TA---GGTCTTGCA-C--T-----C--------G-AGTT-GTA---AAC-------AA-AGATGGCCGACCAGGTATCG-TTTGGC--GA---------GCTCTAGTAGCCG
Reference ( family-2803 ) : AAGNGCATGTNAGATTATTTC--ATAA---TGATTGAATAATT-CCGAGCTTTCC--GAT-TGGCTGAGA--T---T-AACAAACTAGA-AA---AA-ATAGAA---C-TT--A-G-T-T---A--TNCACG----TGCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTT-----GATTT--T-T----C---CAA--ACATCGGA-C--CAA-AA----ATAA--A-TTGGGAATTTC------CA------AAT--TGATAC-GA--T----TG--GTT--AT-T------A--T-T----T------TT--GGTC--G--C---TCAATGAA----AACT--C-----GT------GTCTCT-NATCAC-TTTCGA------C---TA---GGTCTTGCA-C--T-----C--------G-AGTT-GTA---AAC-------AA-AGATGGCCGACCAGGTATCG-TTTGGC--GA---------GCTCTAGTAGCCG
gi|1 : -ATTGAA---T-TC--A-C-C-T---G--CACATA----TGCCTTTGAGGTCAATATAA-CATTC------ATTCAAT-TGAAAT---CAC--AGATCAGA-C--CAC-AT----ATAA--A-GAGGGAATTTC------AA------AAT--CG--AC-GA--T----TC--ATT--TT-TTTTGTAA--C-T----TAGTATCTT--GACC--A--G---TCAATAAA----AACT--T-----GG------GTCT----A-CACATTTCGA------C---T-----GCCTTGTA-C--T----------------ATTT-GTA---AAG-------AA-AG--GGCCG
gi|10 : tgatctagtaattttgtgctttctgAATCTC------AA------AAT--TGAGAA-TA--T----TT--TTTTTAT-T------A--T-CACTGT------TT--GGTC--A--G---TTAATGAA----AACT--C-----GC------ATCTCT-CCTCACTTTTTGG------C---TA-----TCTTGCA-C--T-----gagactgagatcacaactgaggatttacagtgacatattatatagaataccaatctgattggtaagttctatgtgttttagtatttggtttcaa
gi|10 : gta-------AA-CGATGACCAATCAGGTATTG--TTGGC--AA---------ATTCTAgtaatgtgtatttaaaaaaaggggggggggtacttaaatcgtgaactaaagtaacaattaattgttgaattatagtaacattcatcttgttctaacgatgaccaatcaggtattgttggcaaattctacatgttttagtagttgatttca
gi|11 : gtaaatctcaaaattgagaatattttttttattatcactgtttggtcagttaatgaaaactcgcatctctcctcactttttggctatcttgcactgtaatgtgtatttaaaaaaaggggggggggtacttaaatcgtgaactaaagtaacaattaattgttgaattatagtaacattcatcttgttctATAATT-CCGAGGTTACT--GAT-TGGTTGAGA--T------------------A---AA-ATAGAG---TGTTGCA-T-T-T---ACCTCCATG----TGCTTTCAAGTTGAATATAG-CATTT-----GGATT--T-T----C---C-A--ATATCGGA-T--CCA-AA----ATAA------GGGAATTTT------TA------AAT--TGAGAC-AA--T----TG--GTT--ATAA------A--T-T----T------TT--GGTC--GTCC---TT-GCGTA----TACT--CTGCTTGT------GTGTCC-AATCAC-TCTTGACTAAGTC---TA---AGTCTTGCA-CGGT-----T----------AGTT-GTT---AAA-------AA-AAGTGGCCGcatgttttagtagttgatttca
gi|12 : AAACTAGA-GATCAAA-ACAGAA---C-TTT-A-T-T-T---ACTTCCACA----ATCCTTCGAGGTAAA-ATAA-TTTTTTTTCAAAGTT--T-T----C---CAG---CATCGGA-C--CAA-AA----ATAA--A-TTGGAAATCCC------CG------AAG--TAATAT-GA--T----TG--GTT--AA-T------A--T-T----T------TT--GGTC--G--T---TCAAAGAA----AA
gi|12 : GCCAATCAGATATCG-TTTTGC--AA---------GTTCTAGTAGCCGaccattaaagaaatccttttcgtaacaaacccgccaatcagatatcgttttgcaagttctagtagccggt
gi|13 : aaactagagatcaaaacagaactttatttacttccacaatccttcgaggtaaaataattttttttcaaagttttccagcatcggaccaaaaataaattggaaatccccgaagtaatatgattggttaatatttttggtcgttcaaagaaaaaccattaaagaaatccttttcgtaacaaacccATTGAATAATT-CAGAGCTTTTC--AAT-TGGCTGACA--T---TGAACAAACAAGA-AA---AATATAAAA---------------T---C--TGCAAA----TGCTTTCTAGGTGTATGCAA-TGTTT-----GATTT--T-T----T---CCA--ACAATGGA-C--CAG-AA----ACAATAA-T---AAATTCC------TA------AAT--TGATAC-AA--T----TG--GTC--AT-T------A--T-T----C------TT--GGTC--G--C---CCAGTAAA----TACT--------GT------GTCTTT-TATTAC-TTTCGA------C---TA---gt
gi|14 : TTC--ATAACA-TGATTGAATACTT-GCAAGCTTTGT--CAT-TGATTGAGA--T---T-A------TA-----------ACAGAA---CGTT--A-AAT-TCAAA--CGCACG----TGCATTCAAGGCGAGGAAAC-CATTT-----GATTT--C-T----C---T-A--ACATTGGA-C--CAA-AAT---TTTA--A-TTGAAAATTTC------CG------GAT--TGATA-----------TG--GTT--AT-T------A----T----T------TT--AGTC--C--T---TCAATGAA----AACT--C-----Gc
gi|15 : AA----AAGT--T-----AC------GTCTAT-AATCAC-TTTC-A------CCTTTA---GGTATTACA-C--TGTA--C--------G-TATT--TA---GAG-------AA-A-AC-GCCAATCAAATATCG-TTTca
gi|16 : tcaaacccgttttctcgtaaaataaagtcatcgattttatatgcatagaatagatgatattatcatagtagccggtttcgatgttttaaataattaaataagcaTTT-----GATTT--T-G----C---CCA--ATATCGAA-C--CAA-AA----ACGA--A-TTAGG-ATTTC------CA-----------TGATAC-GA--C----TA--GTG--CT-----------T-T----T------TT--GGTC--G--C---CCTATGAA----AACC--C-----AC------GTC-------------TGGA------T---TA---GGTTTCTCT-C--T-----A--------T-ATTTGGTA---AAC-------GA---ATGG--GACT---TATAG-TTTGGG--GA---------GCTCTAGTAGC
gi|17 : C-------AATAGATGGCTGATCAGGTAACG-TTTGGT--AAGTTTTCCACGTTTTAGTAGCCGtagtgaatta
gi|18 : cacgaactgtaacaatagttgaatatactaacaccgaacacgatGA-A--CAA-AT----ATGA--A-CCGGGATTTCT------CA------CAT--TGCTAT-GA--C----TG--GTA--AT-------------------------------------------CAAC-------AACTTAC-----AG------GTTTTT-CTTCAC-TCTCGA------T---TA---GGTCTTGTA-C--T-----C--------G-AGTT-GAA---AAT-------AA-AGACGGCCGACCAGATATAGATTTGatttcggtgttttagttacttagtcatataatacaataatt
gi|19 : tgtTGTCAGATAAT--------A---TGATCGAATAATT-CTGTGTTTTCC--AAT-TGGCCGAGA--TA--T-AAAAACCTTTG-AA---AA-ATAGAA---------A-G------------CATG----TGCCTTTGAGGTTACTGCAA-CA-TA-----AATTT--C-T----C---T-A--ACATAGGA-CAACAA-GA----taag
gi|2 : attAAGGGCATGTAATACT-TTTCTTATAA---TGACTGAATAATT-TTAAGCTTTCT--GAT-AGATCAAGA--T---C-AACAAACTAGA-AA---AA-AGAAAA---C-----A-G-T-TC--ACCTTTATA----TGCCTTCGAGGTGAATATAA-CATTT-----AATTT--TAT----C---CAATTACACCAGA-C--CAA-AA----ATAA--A-CTGGGAATTTT------AA------AATAATGATAT-GA--CAGACTG--ATT--AT-T------A--TAT----T------TT--GGTC--G--T---TCAATGAA----AACT--T-----AT------TCCTCC-AATCAT-T-----------C---CA---GGTCTTACA-C--T-----A--------G-AGAT-GTA---AAC-------AA-AGATGGCCGACCAGGCACCA-GCTGGC--AA---------GCTCCAGTAGCTG
gi|20 : A----AAGT--CCT---GT------GTCTCT-AATCAC-TTTC-A------CAA-AA---AGTATTGCT-T--T-----G--------G-ATCT-TTA---TAC-------AA-ATAGGGTCAGTCTGGTACTG-TTTCAT--AG---------ACTCTAGTA
gi|23 : atgttttgcattaatttagtcatatagtaaac--TCTACG----TGCCTTCGAGGTGAA-----------------ATTT--T-G----C-----A--ACATCTGATC--CAA-AATGCTATAG--A-CC-----TTTC------CC------AAT--TGATAA-GA--T----TG--GTT--AT-
gi|24 : gaaagacaagagaaggttatgttccccGCCTTCGAGATGAATATAA-TATTT-----GATTT--T-T----TTTTCAA---CATTGTA-T--TGA-AA-----TGA--A-TTGATAATTTC------CA------AAA--TAATAC-GA--C----TG--GTC--TT-C------A--T-T----T------TT--GGTC--a
gi|25 : atctactaCTTTCGAGGTGAATATAG-CATTT-----GATGT--C-C----C---CCA--ACATCGGA-C--CAG-TA----A--A--A-TTGGGAAATTC------AA------AAA--AAA-AA-AA--T----TATTATT--AT-T------A--T-T----T------T
gi|26 : TCTCT-TATTAC-TTTCAA------C---AC---GGTCTTGCA-C--T-----CTTGTAGAAGTAGTA-GTA---AAC-------AA-AGATGGTGGACCAGGTATCA-TTTCGT--AG---------ACTTTAGTGGcatttcaat
gi|27 : ----TGCCTTTGAGGTGAATATAG-CATTT-----CATTC--T-A----G---C-A--ACTTCAGA-C--CAA-AA----ATAA--ATTTGAGTATTTC------GA------Ata
gi|28 : cattttctttT--T-T----C---CAA--A-ATCAGA-C--CGA-AA----ATAA--A-TGGGGAATTTC------CA------AAT--TGAT-T-GA--T----TG--ATTG-AT-T------A--T-T----T------
gi|3 : tccaaagtgaa--ATAAATGTGATTGAATAATT-TCGAGTTTCTT--GGT--GATTGAGA--T---TCAGCAAACTAGA-AA---AG-GTAGA------TT--ACG-TGC---AACTACATG----TACCTTCGTGTTGAATATAA-CAACT-----AATTT--T-T----C---CAC---CATTGAA-C--CAA-AA----ACGA--A-TTGATAACTTC------CA------AAT--TTATAT-AA--T----TG--GCT--AT-C------A--T-T----T------TTTTGATTTTG--CCTTTTAAAAAG----AACA--A-----TT------GTTTCT-GATCAC-TTTCGA------C---TA---GGTCTAGCA-C--T-----C--------G-AGTT-GTA---AAC-------AA-AGATGAAAGACCAGCTATC--TTTGTCTTG----------GCTTTAGactgg
gi|4 : actttctataacaaAA-AA----ATAA--A-TTGGAAATTTC------CA------AAT--CTCTA-----------TG--ATT--AT-C------A--T-C----T------TT--GGTC--A--C---TCCAT-CA----AACT--C-----ct
gi|4 : taaggtaTCT-TATCAC-TTTTGA------A---AG---GGTCTTGCA-aacttttttgttctatacctaaagaaagggtgacaataatcacagactggaataacacttgttgaatcaaagtagcactgaacccaatctaaagatgacctatcaggcattgtaaatgtttggtcaattctacatgttctagttgctagtttcaaagttttgtttgatttagtcatatgataagcaaaaattttgatcttatcacttttgaaagggtcttgcag
gi|5 : taaggtaaaaaataaattggaaatttccaaatctctatgattatcatctttggtcactccatcaaactcaacttttttgttctatacctaaagaaagggtgacaataatcacagactggaataacacttgttgaatcaaagtagcactgaacccaatctaaagatgacctatcaggcattgtaaatgtttggtcaattctacatgttctagttgctagtttcaaagttttgtttgatttagtcatatgataagcaaaaattttga--T---T-AACAGACAAGA-AA---GA-ATAGAA---CTTT--ATG-T-T------TACACGACCTTGTCTTGAAAGTGAGTATAA-CATCC-----TATTT--T-A----C---CAT--A-ATTGAC-C--CCA-AA----CGAA--A-TTAGAGGCTTA------CA------GAT--TGATACTGG--T----TG--TTT--AA-T------A--TAT----T------TT--GGTC--G--T---TCAATGAA----ATTT--C-----GTCGACTAGGCTTTGCGTCAT-AATCAA------A---TA---ATTGTTGAA-T--T-----A--------T-AGTA-ACATCGAACCCGATTTAA-AGATGGTCGATCAGGTATCG-TTCGGT--GA---------GCTATAGTAGCCGg
gi|6 : ATTAAATAATT-CCTTGCTCCTCTGGATGTGGATGAGA--TGCAT-CAGAAGCAAGAGAA---AA-ATGGAATGCC-TT----G-A-T---A--CCGATG----TGCCTTCCAG-TGAATATAAGCA-AT-----AATTT--C-T----C---C-A--ACATTGGA-C--CAAGGA----ATGA--T-TTGTGAATTTCATTATTCACTTTTTAACA-TGACAT-GATGT----TG--GTT--AA-T------ATTT-T----T------TT--GGTC--A--CG--TCAAT-AA----ATCT--T-----CT------GTCTTT-TGTTAC-TTTCGA------C---T-----GTTTTG-G-C--T-----CT-------T-AATT-GTA---AAC-------AG-AG
gi|7 : aAAGTACATGTGAGATTATTTC--ATAA---T---TGAA-AGCTATCGAGCTTTCC--GAT-TAGCTGAGATCT---T-AATGAACTAAA-AA---AA-A-AAAA-----TT--A----------------------TGCCTTGGGGGTAAATGTAA-CAT---------TTT--G-T----A---CAA--ACACT--A-A--CAA-AA----CTGA--A-TAGGATATTTA------GC------AAT--TAATAT-AA--G----GG--GCT--GT-C------A--G-T----T------TT--AGTC-----C---ACAATGAA----AACT--C-----A-------GTCTCT-AACCA---TTTGA------C---CAGCTGATTCTGAT-C--T-----C--------A-AGTT-GTA---AAA-------CA-AG-T-GCCGACCAGtt
gi|9 : T--AT-T------A--T-TA---T------CT--AGTC--A--A---ACCATAAACAAGAACT--T-----GC------GTCTGT-AATCAC-TTTTTA------C---TA---TGTCTTGTAGC--TGTACAC--------G----T-ATA---AAC----------AGAACGCCAGCC-GGTGTTG-TTTCGT--GG---------ACGTTTGTAGCacac
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TGCCTTAAGAGAGAATGTAAAATGCTTTTTTTTAGCATTTGGAACCTATATTAAAACGAAGAGTTTCCATATCTATCTGATTGATCATAATTTTGGTCATTTTTCTCTATTTACTTTTTTGACTAGATTTAGCACAAAGATTTGTCATAACAATGTTCAACTTCTACCACGAACTGGAATAACAATTGTTGAAACAGTAATATCGAACCCGATCTAAAAATGACAGATCAGGTATTTTAAGGTGTAGTAC
Unaligned ( gi|21 ): TTACATTGAATCTGATCAGGTATATATTTTTTTTCTTAAGTTGTATATATTCTGAGTAGCTAATTTCGGATGTTTTAAATTATTCAGTCATAAGATAAACGAAATATTGCGTCTGGTAA
Unaligned ( gi|22 ): ACATCGAACCCGATCTGTGATAATCGACCAAACGGTCATTAAATCATTTAATTTTCTATGTTTTGAGTTTGTCTAGTCGAATGATAAATAAAAATATGCGACTTTAATCACTTT
Unaligned ( gi|29 ): ACAGTTGTTGGTGAATTATTACGAGAATATAGAACCAAATTAAAAGACGTTCGATCAGGTATTGTTTG