lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333 1 2222 11 111 11 3333333 888888888888888 1111 1 222 1 4444444 111 22 1 11 5555555555555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333333333333 1111 333333 1111 2222222222222222 6666666666666666666666666666 1111111
lowQualScore : 000 0 2 1111 22 3 111 33 2 2 4444444 555555555555555 3333 6 3 333 0 3 2222222 777 4 11 6 5 66 0 7 2 1111111111111111111 4 2 5 55 5 0 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 777777777777777777777777 777 5555 888 5 888 5 222222 0 0000 0 0000000000000000 0 4 5555555555555555555555555555 4 4 888888 4 55 5 66 4 4 5 4444444 0
lowQualScore : ... . . .... .. . ... .. . . ....... ............... .... . . ... . . ....... ... . .. . . .. . . . ................... . . . .. . . . ................................................................................. . ........................ ... .... ... . ... . ...... . .... . ................ . . ............................ . . ...... . .. . .. . . . ....... .
lowQualScore : 888 0 5 2222 55 2 000 88 5 2 0000000 777777777777777 7777 7 3 000 7 3 7777777 777 2 55 0 0 66 6 3 5 1111111111111111111 2 2 0 88 0 2 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 000000000000000000000000 888 6666 888 0 888 0 000000 4 0000 1 0000000000000000 9 4 4444444444444444444444444444 4 4 444444 4 55 0 11 4 4 0 1111111 7
consensus : ACATGTAACAATCAAC-ATTGCC----TGTG-GTTCAAA-T-GAAT--CAGTTCAA-GA----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACN--AAGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGTCCCCAGATTGACCA-AGGCCTCAAAATTCTATTGT-A-G--ATGA--C-A----GATAAAGGAAAATC-TTCA-GT-GCT-TANTGA-TTC-A-CT-------TAGA--GAACN-TTTATGTTTAAAAGT------GTT--GG-TTTTTTTCCTCTCTT----GACAAG-T-T---NTNG---ATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCCTCATCTA---T-TTTATT--TTCCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT--G-CCTCCCTCCC-TCA--TC------------------------TG-TT-TTG--G---AG-A--AAATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTAA---TGC-ATGATATTTT
Reference ( gi|2 ) : ACATGTAA--ATCAAC-ATTGCC----TGTG-GTTCAAA-T-GAAT--CAGTTTAACGG----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACT--AGGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGCCCCCAGAT-GACCA-AGGCCTCAAAATTCTATTGT-A-A--ATAA----A----AATAAGGAAAAATC-TTCA-GT-GCT-TAACGA-T-C-A-CT-------TGGA--AAACA-TTTGTGTTGAAAAGT------GTT--GG-TTTTTTTCCTCTCTTT--CGACAAG-T-C---ATTA---ATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCCTCATCTA---T-TTTATT--TTCCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT--GCCCTCCCTCCC-TCA--T-------------------------TG-TT-TTG--G---AG-A--AAATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTAA---TGC-ATGGTATTTT
gi|1 : ACATGTAA--ATCAAC-ATTGCC----TGTG-GTTCAAA-T-GAAT--CAGTTTAACGG----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACT--AGGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGCCCCCAGAT-GACCA-AGGCCTCAAAATTCTATTGT-A-A--ATAA----A----AATAAGGAAAAATC-TTCA-GT-GCT-TAACGA-T-C-A-CT-------TGGA--AAACA-TTTGTGTTG-AAAGTG-----GTT--GGTTTTTTTTCCTCTCTTTTCTGACAAGTT-C---ATTA---ATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCTGCATCTA---T-TTT-TT--TTCCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT--GCCTCTCCTCCC-TCA--T-------------------------TG-TT-TTG--G---AG-A--AAATTGGCCTG-AGAACGGCAGATGAATTTAATTTTATCGTGGCCTAA---TGC-ATGGTATTT
gi|13 : ACATGTAACAATCAAC-ATTGCCAGCCTGTG--TTCAAAAT-GAAT--CAGTTCA
gi|4 : tATGTAA---TCAAT-ATTGCC----TGTT-GT-CAAA-T-GAAT--GA-TTCAA-GA----CAAT---------------ATGCCCATGTTTGTTAGCACCCCAAGTGTCTGGC-----AGCT-TTTCAGTCC--AGATTGACCA-GGCCCTCAAA-TTCTATTTTTA-G--ATGA----ACTCCAATAAAGGAA--TT-GTCA-GTTACT-TT-TGT-C-C-A-CT-------TTAATAGAACAATTTATGTTTAA---------------GG-TTTTTTCCCT---------GACAAT-TTC---TTTG---ATT---------AA---AA-A----TA---CCT-CCCTCATCTA---T-TTTA-T--TGCCAATAAA------AGA---AAT-AAAAT--G-CCTCCCTCCC-TCATCT-------------------------TG-TT-TTG--G---AG-A--AAATTGGCCTGAAGAAC--CAGA-GAA-TTAA
gi|3 : ATGTAACAATCAATTATT-CC----TGTGTGTTCAAA-TTGAATATCGGTTCGAAGATCACCAATCATTATATACCATGTATACA-AC-TTA--TA-CACA--AAGT-TGTG-TCTTGCAG-TTCTCCAGTCC--AGATTGAACACAGGCCTTCAAATT---------------------------ATA-GGAAAAATCATTCATGT-GCTATTTTGA-TTC-AGCT-------TAGA--A-------------GAAA-----------------CTTTTCCCCCCTCCT-----AAAAG-T-T---ACTGTGGATT---------AATATAATA----TA---CCTACCCTCATCTACCTT-CTTATTGGCCCCATTAACAAATTGAAACTTAAA-AAAGTTGGGCCTCCCTCCCTTCAG-C-------------------------TGTTT-TTG--T---AGCA--AAATT
gi|5 : TCCAGGTTTCCGAT-GA-----GGC----AAATTCTAATTT-ACATTATAAGGCGA----AATAAATGAAAATC-TTTA-GT-GCT-TA-TGA-T-CCA-CT-------TAGA--AAGCA-TTTATGTTGAAA-GTTTTTTTGTT--GG-TTTTTTTT-----TTT--TGACAAT-T-CTGGATT-----TT---------AA---AAAA----TA---CCA-CTCTCATCCA---T-TTTATT--G-CCAATAAAA--ATGAAA---AAT-AAAAT--G-CCTCCCTCCC-TCA--TC------------------------TG-AT-TTG--G---AG-A--AAATTGGCCTT-ACAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCAAA---tg
gi|8 : tagcactatccagtcttcctcaga-GACCA--GACCTCAAA-TTCAGTTGT-T-G--ATGACCC-A----GATAAAGGAAAGTC-TACT-GT-GTT-TAA-GA-TTC-AGCTA------TAGA--A-----TTTGTATTTAAA------------------TTTTTTCCCCT-------GACAAG-T-T---CTAA---ATTTAAA-----AA---AAAA----TG---CCT-TCCTCATCCA---T-TCCATT--GT-TAATAAAA-----AAA---AAC-AAGAT--Gatatttgagcaatctgcttaaaagtattc
gi|6 : AAATTCTGTTGT-T-G--ATGACCC-A----GATAATGGAAAGTC-TACT-AT-GTT-TAA-GA-TTC-A-GT-------TACA--GAACT-TTAATCTCTGAAATT------GTT--A-------------TCT-----GGCAAG-T-T---CTGG---ATTTAAAATAAAAA---AAAA----TAGTTCCT-CCCTTATCTA---T-TTCATT------ACTAAAAAG----------------------CCTTCCTCCC-TCA--TCTGGTTTTTTTTTTTAATAATTTGTTG-TTATTGTTG---AG-A--AAATTGGCCTG-AAAAC--CGGA-GAA-TTAATTTTA-
gi|7 : cattAA----A----GATGATGGAAAATC-TTCT-GT-G-T-TATTGA-TTC-A-GC-------TATA--GAACC-TCTATCTTTAAAAGT-------------------TTCTTTTCT-----GACAAG-T-T---GCAG---ATG---------GA---AAAAG---TT---TCT-CCCTCATCTA---CATGTATT--TT---ATTGCCAAATGAAA---ATT-AA--T--GCC-TCCCTCCC-TCA--TC------------------------TG-TT-TTT--G---AG-A--ACATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-TGTGGACAAA-----C-ATCATAATTTt
gi|9 : gc----AATAAAGGAAAATC-TTCA-GT-GCT-T-TTGATT-C-A-CTTTTAAGATAGA--GAACT-TTTATATTTCAA---------GTTGGGG-TTTTTTTC----------CGACAAG-T-T---CTGG---ATT---------AA---AAA
gi|11 : ggggagacat---ATT---------AA---AAAAGAATTG---CCT-TGCTCAACCA---T-TTTATTG-TTC--AT--AAAAATAAAA---AA--AG-------CTTCCATCCT-TCA--TC------------------------TG-TT-TTT--G---AG-G--AAATTAATCT
gi|12 : AAATGAAAGA-AATGAAAAT--GTCTTCGTGACC-TCA--T-------------------------TT-CC-TTG--GTCAGG-ATGAAATTGGCCTG-A
gi|10 : tgctCCTGCCTCCC-TCA--TC------------------------TA-TT-TTG--A---AG-A--AAATTGGCATA-AGAAC--GAGA-G-----AATTTTA-TGTGGCCTAA---Tatgaa
gi|16 : ggataag--AAATTGGCTCG-AGCAC--TAGA-GAA-TTAATTTTA-TGTGGCCTtttaactcctaaaagtttt
gi|14 : AAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTTA---T
gi|15 : AC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-TGTGGCCTAAGATTGCAATGAAATTTTaaccaactgtttttta
Alignments
lowQualScore : 22 1111 11 11 2222222 666666666666666 1 1 1 111 1 2222222 111 11111 11 11 111111111 1 44444444444444444 111 1111111 5555555555555555555555555555555555555 1111 333333333 1111 22222 111 111 111111 333333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 55 8 7777 33 0 8 8 11 8 9999999 222222222222222 0 0 2 0 444 0 9999999 111 77777 11 66 6 777777777 2 5 22222222222222222 2 4 4 4 4 555 4 4444444 66 1 999 1 88 9999999999999999999999999999999999999 3333 55 000000000 777 3333 777 4 777 4 11111 2 444 222 55 000000 3 4 4 4 55 888888888888888888888888 4 4 55 66666 4 4 55 4 4 4 8888888
lowQualScore : .. . .... .. . . . .. . ....... ............... . . . . ... . ....... ... ..... .. .. . ......... . . ................. . . . . . ... . ....... .. . ... . .. ..................................... .... .. ......... ... .... ... . ... . ..... . ... ... .. ...... . . . . .. ........................ . . .. ..... . . .. . . . .......
lowQualScore : 44 0 0000 00 8 0 0 00 0 8888888 000000000000000 0 0 5 0 888 0 8888888 000 22222 44 55 7 777777777 0 7 00000000000000000 8 4 4 4 4 333 4 4444444 11 1 777 9 66 4444444444444444444444444444444444444 2222 44 000000000 000 9999 888 4 888 4 33333 0 444 555 00 777777 6 0 0 0 66 555555555555555555555555 0 0 55 00000 0 4 55 0 0 4 0000000
consensus : ACATGTAACAATCAAC-ATT----GCCTGTG-GTTC-AAAT-GAAT--CAGTTC-AACGG----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACT--AGGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGTC---CCCAGATTGACCA-AGGCCT-C-----A---AAATTCTATTGT-AGAT-----GA----C--A-GATAAAGGAAAATC-TTCA-GT-GCT-TANCGATTCA-CT-------T--AGAGAACA-TTTATGTTTGAAAGT------G-TT--GGTTTTTTT-CCTCTCTT----GACAAGTTC---TG-GATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCCTCATCTA---T-TTTATT--NTCCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT---G-CCTC-CCTC-CC-TCATC-T------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTAA---TGC-ATGATATTTT
Reference ( family-2689 ) : ACATGTAACAATCAAC-ATT----GCCTGTG-GTTC-AAAT-GAAT--CAGTTC-AA-GA----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACN--AAGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGTC---CCCAGATTGACCA-AGGCCT-C-----A---AAATTCTATTGT-AGAT-----GA----C--A-GATAAAGGAAAATC-TTCA-GT-GCT-TANTGATTCA-CT-------T--AGAGAACN-TTTATGTTTAAAAGT------G-TT--GGTTTTTTT-CCTCTCTT----GACAAGTTN---TN-GATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCCTCATCTA---T-TTTATT--TTCCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT---G-CCTC-CCTC-CC-TCATC-T------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTAA---TGC-ATGATATTTT
gi|1 : ACATGTAA--ATCAAC-ATT----GCCTGTG-GTTC-AAAT-GAAT--CAGTTT-AACGG----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACT--AGGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGCC---CCCAGAT-GACCA-AGGCCT-C-----A---AAATTCTATTGT-AAAT-----AA-------A-AATAAGGAAAAATC-TTCA-GT-GCT-TAACGAT-CA-CT-------T--GGAAAACA-TTTGTGTT-GAAAGT------GGTT--GGTTTTTTTTCCTCTCTTTTCTGACAAGTTCA--TT-AATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCTGCATCTA---T-TTT-TT--TTCCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT---G-CCTCTCCTC-CC-TCAT--T------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTG-AGAACGGCAGATGAATTTAATTTTATCGTGGCCTAA---TGC-ATGGTATTT
gi|10 : AT-AA------G-CCTG-CCTC-CC-TCATC-T------------------------A-TT-T--T--G--AAG-AAAATTGGCATA-AGAAC--GAGA-G-----AATTTTA-TGTGGCCTAA---T
gi|11 : ggATT---------AA---AAAAGAATTG---CCT-TGCTCAACCA---T-TTTATT--GTTCA-TAAAAA--TAAAA---AA-----A----G-CTTC-CATC-CT-TCATC-T------------------------G-TT-T--T--T--GAG-GAAATTAATCTtttaactcctaaaagtttt
gi|12 : AAATGAAAGA-AATGAAAAT---G-TCTT-CGTGACC-TCATT-T------------------------C-CT-TGGTCAG--GAT-GAAATTGGCCTG-A
gi|13 : tgctACATGTAACAATCAAC-ATTGCCAGCCTGT--GTTCAAAAT-GAAT--CAGTTC-Aatgaa
gi|14 : tAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTTA---T
gi|15 : AC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-TGTGGCCTAAGATTGCAATGAAATTTTaaccaactgtttttta
gi|16 : AAATTGGCTCG-AGCAC--TAGA-GAA-TTAATTTTA-TGTGGCCT
gi|2 : ACATGTAA--ATCAAC-ATT----GCCTGTG-GTTC-AAAT-GAAT--CAGTTT-AACGG----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACT--AGGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGCC---CCCAGA-TGACCA-AGGCCT-C-----A---AAATTCTATTGT-AAAT-----AA-------A-AATAAGGAAAAATC-TTCA-GT-GCT-TAACGA-TCA-CT-------T--GGAAAACA-TTTGTGTTGAAAAGT------G-TT--GGTTTTTTT-CCTCTCTTTC--GACAAGTCA---TT-AATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCCTCATCTA---T-TTTATT--TTCCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT---GCCCTC-CCTC-CC-TCAT--T------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTAA---TGC-ATGGTATTTT
gi|3 : ATGTAACAATCAATTATT-----CCTGTGTGTTC-AAATTGAATATCGGTTCGAA-GATCACCAATCATTATATACCATGTATACA-AC-TTA--TA-CACA--AAGT-TGTG-TCTTGCAG-TTCTCCAGTC---C--AGATTGAACACAGGCCTTC-----A---AA------TTAT-AG------------------------GAAAAATCATTCATGT-GCTATTTTGATTCAGCT-------T--AGAAGA--------------AA----------------CTTTTCC-CCCCTCCT----AA-AAGTTACTGTG-GATT---------AATATAATA----TA---CCTACCCTCATCTACCTT-CTTATTGGCCCCATTAACAAATTGAAACTTAAA-AAAGTTGGG-CCTC-CCTC-CCTTCAGC-T------------------------GTTT-T--T--G--TAGCAAAATT
gi|4 : ATGTAA---TCAAT-ATT----GCCTGTT-GT-C-AAAT-GAAT--GA-TTC-AA-GA----CAAT---------------ATGCCCATGTTTGTTAGCACCCCAAGTGTCTGGC-----AGCT-TTTCAGTC---C--AGATTGACCA-GGCCCT-C-----A---AA-TTCTATTTTTAGAT-----GAACTCC--A--ATAAAGGAA--TT-GTCA-GTTACT-T-TTG-TCCA-CT-------TTAATAGAACAATTTATGTTTAA----------------GGTTTTTTC-CCT---------GACAATTTC---TTTGATT---------AA---AA-A----TA---CCT-CCCTCATCTA---T-TTTA-T--TGCCAATAAA------AGA---AAT-AAAAT---G-CCTC-CCTC-CC-TCATCTT------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTGAAGAAC--CAGA-GAA-TTAAtg
gi|5 : TCCAGTCTTCCTCAGAT---CCA--GGTTT-CCGATGAGGCAAATTCTAATTT-ACATTATAAGG----CG-A-AATAAATGAAAATC-TTTA-GT-GCT-TA-TGATCCA-CT-------T--AGAAAGCA-TTTATGTT-GAAAGTTTTTTTG-TT--GGTTTTTTT-TTT---TT----GACAA-TTC---TG-GATTTT-------AA---AAAA----TA---CCA-CTCTCATCCA---T-TTTATT--G-CCAATAAAA--ATGAAA---AAT-AAAAT---G-CCTC-CCTC-CC-TCATC-T------------------------G-AT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTT-ACAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCAAA----------ATATTT
gi|6 : tagcacta---AAATTCTGTTGT-TGAT-----GA----CCCA-GATAATGGAAAGTC-TACT-AT-GTT-TAA-GATTCA-GT-------T--ACAGAACT-TTAATCTCTGAAATT------G-TT--A-------------TCT-----GGCAAGTTC---TG-GATTTAAAATAAAAA---AAAA----TAGTTCCT-CCCTTATCTA---T-TTCATT------ACTAAAAA----------------------G-CCTT-CCTC-CC-TCATC-TGGTTTTTTTTTTTAATAATTTGTTG-TTAT--T--GTTGAG-AAAATTGGCCTG-AAAAC--CGGA-GAA-TTAATTTTA-gagcaatctgcttaaaagtattc
gi|7 : catt--A-GATGATGGAAAATC-TTCT-GT-G-T-TATTGATTCA-GC-------T--ATAGAACC-TCTATCTTTAAAAGT--------------TTCTTTT-C------T----GACAAGTTG---CA-GATG---------GA---AAAAG---TT---TCT-CCCTCATCTA---CATGTATT--TT---ATTGCCAAATGAAA---ATT-AA--T---G-CCTC-CCTC-CC-TCATC-T------------------------G-TT-T--T--T--GAG-AACATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-TGTGGACAAA-----C-ATCATAATTTt
gi|8 : gcaaGACCA--GACCT-C-----A---AA-TTCAGTTGT-TGAT-----GA----CCCA-GATAAAGGAAAGTC-TACT-GT-GTT-TAA-GATTCA-GC-------T--ATAGAA---TTTGTATTTAAA------------------TTTTTT-CCCCT-------GACAAGTTC---TA-AATTTAAA-----AA---AAAA----TG---CCT-TCCTCATCCA---T-TCCATT--GT-TAATAAAA-----AAA---AAC-AAGAT---G-
gi|9 : -----GA----C--ATAATAAAGGAAAATC-TTCA-GT-GCT-T-TTGATTCA-CTTTTAAGAT--AGAGAACT-TTTATATTTCAA---------G-TTGGGGTTTTTTT-CC----------GACAAGTTC---TG-GATT---------AA---AAA
Alignments
lowQualScore : 22 1111 11 11 2222 666666666666666 1 1 1 111 1 2222222 111 11111 11 11 111111111 1 44444444444444444 111 1111111 55555555555555555555555555555555555555 111 333333333 1111 222222 111111 111 111 111111 333333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 55 8 7777 33 0 8 8 11 8 1111 222222222222222 0 0 2 0 555 0 9999999 111 77777 11 66 6 777777777 2 5 22222222222222222 2 4 4 4 4 999 1 4 4444444 66 1 99 1 1 99999999999999999999999999999999999999 4 4 222 000000000 777 3333 777 4 000000 999999 4 444 222 55 000000 3 4 4 4 55 888888888888888888888888 4 4 55 66666 4 4 55 4 4 4 8888888
lowQualScore : .. . .... .. . . . .. . .... ............... . . . . ... . ....... ... ..... .. .. . ......... . . ................. . . . . . ... . . ....... .. . .. . . ...................................... . . ... ......... ... .... ... . ...... ...... . ... ... .. ...... . . . . .. ........................ . . .. ..... . . .. . . . .......
lowQualScore : 44 0 0000 00 8 0 0 00 8 2222 000000000000000 0 0 5 0 000 0 8888888 000 22222 44 55 7 777777777 0 7 00000000000000000 8 4 4 4 4 666 9 4 4444444 11 1 22 9 8 44444444444444444444444444444444444444 4 4 444 000000000 000 9999 888 4 666666 666666 7 444 555 00 777777 6 0 0 0 66 555555555555555555555555 0 0 55 00000 0 4 55 0 0 4 0000000
consensus : ACATGTAACAATCAAC-ATT----GCCTGTG-GTTC-AAAT-GAAT--CAGTTCAACGG----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACT--AGGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGTC---CCCAGATTGACCA-AGGCCT-C-----A---AAATTCTATTGT-AGAT-----GA----C--A-GATAAAGGAAAATC-TTCA-GT-GCT-TANCGATTCA-CT-------T--AGAGAACA-TTTATGTTTGAAAGT------GTT--GG-TTTTTTTCCTCTCT----T--GACAAGTT-C-TG--GATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCCTCATCTA------TTTTATTG--TCCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT---G-CCTC-CCTC-CC-TCATC-T------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTAA---TGC-ATGATATTTT
Reference ( family-2689 ) : ACATGTAACAATCAAC-ATT----GCCTGTG-GTTC-AAAT-GAAT--CAGTTCAACGG----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACT--AGGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGTC---CCCAGATTGACCA-AGGCCT-C-----A---AAATTCTATTGT-AGAT-----GA----C--A-GATAAAGGAAAATC-TTCA-GT-GCT-TANCGATTCA-CT-------T--AGAGAACA-TTTATGTTTGAAAGT------GTT--GG-TTTTTTTCCTCTCT----T--GACAAGTT-C-TG--GATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCCTCATCTA------TTTTATTN--TCCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT---G-CCTC-CCTC-CC-TCATC-T------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTAA---TGC-ATGATATTTT
gi|1 : ACATGTAA--ATCAAC-ATT----GCCTGTG-GTTC-AAAT-GAAT--CAGTTTAACGG----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACT--AGGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGCC---CCCAGA-TGACCA-AGGCCT-C-----A---AAATTCTATTGT-AAAT-----AA-------A-AATAAGGAAAAATC-TTCA-GT-GCT-TAACGA-TCA-CT-------T--GGAAAACA-TTTGTG-TTGAAAGTG-----GTT--GGTTTTTTTTCCTCTCTTTTCT--GACAAGTT-CATT--AATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCTGCATCTA------TTTT-TTT--TCCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT---G-CCTCTCCTC-CC-TCAT--T------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTG-AGAACGGCAGATGAATTTAATTTTATCGTGGCCTAA---TGC-ATGGTATTT
gi|10 : AT-AA------G-CCTG-CCTC-CC-TCATC-T------------------------A-TT-T--T--G--AAG-AAAATTGGCATA-AGAAC--GAGA-G-----AATTTTA-TGTGGCCTAA---T
gi|11 : ggATT---------AA---AAAAGAATTG---CCT-TGCTCAACCA------TTTTATTG--TTCA-TAAAAA--TAAAA---AA-----A----G-CTTC-CATC-CT-TCATC-T------------------------G-TT-T--T--T--GAG-GAAATTAATCTtttaactcctaaaagtttt
gi|12 : AAATGAAAGA-AATGAAAAT---G-TCTT-CGTGACC-TCATT-T------------------------C-CT-TGGTCAG--GAT-GAAATTGGCCTG-A
gi|13 : tgctACATGTAACAATCAAC-ATTGCCAGCCTGT--GTTCAAAAT-GAAT--CAGTTCAatgaa
gi|14 : tAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTTA---T
gi|15 : AC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-TGTGGCCTAAGATTGCAATGAAATTTTaaccaactgtttttta
gi|16 : AAATTGGCTCG-AGCAC--TAGA-GAA-TTAATTTTA-TGTGGCCT
gi|2 : ACATGTAA--ATCAAC-ATT----GCCTGTG-GTTC-AAAT-GAAT--CAGTTTAACGG----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACT--AGGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGCC---CCCAGAT-GACCA-AGGCCT-C-----A---AAATTCTATTGT-AAAT-----AA-------A-AATAAGGAAAAATC-TTCA-GT-GCT-TAACGA-TCA-CT-------T--GGAAAACA-TTTGTGTTGAAAAGT------GTT--GG-TTTTTTTCCTCTCT----TTCGACAAGTC-A-TT--AATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCCTCATCTA------TTTTATTT--TCCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT---GCCCTC-CCTC-CC-TCAT--T------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTAA---TGC-ATGGTATTTT
gi|3 : ATGTAACAATCAATTATT-----CCTGTGTGTTC-AAATTGAATATCGGTTCGAAGATCACCAATCATTATATACCATGTATACA-AC-TTA--TA-CACA--AAGT-TGTG-TCTTGCAG-TTCTCCAGTC---C--AGATTGAACACAGGCCTTC-----A---AA------TTAT-AG------------------------GAAAAATCATTCATGT-GCTATTTTGATTCAGCT-------T--AGAA--------------GAAA----------------CTTTTCCCCCCTCC----T--AA-AAGTTAC-TGTGGATT---------AATATAATA----TA---CCTACCCTCATCTACCT---TCTTATTGGCCCCATTAACAAATTGAAACTTAAA-AAAGTTGGG-CCTC-CCTC-CCTTCAGC-T------------------------GTTT-T--T--G--TAGCAAAATT
gi|4 : ATGTAA---TCAAT-ATT----GCCTGTT-GT-C-AAAT-GAAT--GA-TTCAA-GA----CAAT---------------ATGCCCATGTTTGTTAGCACCCCAAGTGTCTGGC-----AGCT-TTTCAGTC---C--AGATTGACCA-GGCCCT-C-----A---AA-TTCTATTTTTAGAT-----GAACTCC--A--ATAAAGGAA--TT-GTCA-GTTACT-T-TTG-TCCA-CT-------TTAATAGAACAATTTATGTTTAA---------------GG-TTTTTTCCCT-----------GACAATTT-C-TTT-GATT---------AA---AA-A----TA---CCT-CCCTCATCTA------TTTTATTG---CCAATAAA------AGA---AAT-AAAAT---G-CCTC-CCTC-CC-TCATCTT------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTGAAGAAC--CAGA-GAA-TTAAtg
gi|5 : TCCAGTCTTCCTCAGAT---CCA--GGTTT-CCGATGAGGCAAATTCTAATTT-ACATTATAAGG----CG-A-AATAAATGAAAATC-TTTA-GT-GCT-TAT-GATCCA-CT-------T--AGAAAGCA-TTTATGTT-GAAAGTTTTTTTGTT--GG-TTTTTTTTTT---T----T--GACAA-TT-C-TG--GATTTT-------AA---AAAA----TA---CCA-CTCTCATCCA------TTTTATTG---CCAATAAAA--ATGAAA---AAT-AAAAT---G-CCTC-CCTC-CC-TCATC-T------------------------G-AT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTT-ACAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCAAA----------ATATTT
gi|6 : tagcacta---AAATTCTGTTGT-TGAT-----GA----CCCA-GATAATGGAAAGTC-TACT-AT-GTT-TAA-GATTCA-GT-------T--ACAGAACT-TTAATCTCTGAAATT------GTT--A-------------TCT-------GGCAAGTT-C-TG--GATTTAAAATAAAAA---AAAA----TAGTTCCT-CCCTTATCTA------TTTCATT------ACTAAAAA----------------------G-CCTT-CCTC-CC-TCATC-TGGTTTTTTTTTTTAATAATTTGTTG-TTAT--T--GTTGAG-AAAATTGGCCTG-AAAAC--CGGA-GAA-TTAATTTTA-gagcaatctgcttaaaagtattc
gi|7 : catt--A-GATGATGGAAAATC-TTCT-GT-G-T-TATTGATTCA-GC-------T--ATAGAACC-TCTATCTTTAAAAGT--------------TTCTTTTC----------T--GACAAGTT-G-CA--GATG---------GA---AAAAG---TT---TCT-CCCTCATCTACATGTATTTTATTG--CC--------AAATGAAA---ATT-AA--T---G-CCTC-CCTC-CC-TCATC-T------------------------G-TT-T--T--T--GAG-AACATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-TGTGGACAAA-----C-ATCATAATTTt
gi|8 : gcaaGACCA--GACCT-C-----A---AA-TTCAGTTGT-TGAT-----GA----CCCA-GATAAAGGAAAGTC-TACT-GT-GTT-TAA-GATTCA-GC-------T--ATAGAA---TTTGTATTTAAA------------------TTTTTTCCCCT---------GACAAGTT-C-TA--AATTTAAA-----AA---AAAA----TG---CCT-TCCTCATCCA------TTCCATTG--T-TAATAAAA-----AAA---AAC-AAGAT---G-
gi|9 : -----GA----C--ATAATAAAGGAAAATC-TTCA-GT-GCT-T-TTGATTCA-CTTTTAAGAT--AGAGAACT-TTTATATTTCAA---------GTTGGGG-TTTTTTTCC------------GACAAGTT-C-TG--GATT---------AA---AAA
Alignments
lowQualScore : 22 1111 11 11 2222 666666666666666 1 1 1 111 1 2222222 111 11111 11 11 111111111 1 44444444444444444 111 1111111 55555555555555555555555555555555555555 111 333333333 1111 222222 111111 111 111 111111 333333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 55 8 7777 33 0 8 8 11 8 1111 222222222222222 0 0 2 0 555 0 9999999 111 77777 11 66 6 777777777 2 5 22222222222222222 2 4 4 4 4 999 1 4 4444444 66 1 99 1 1 99999999999999999999999999999999999999 4 4 222 000000000 777 3333 777 4 000000 555555 4 444 222 55 000000 3 4 4 4 55 888888888888888888888888 4 4 55 66666 4 4 55 4 4 4 8888888
lowQualScore : .. . .... .. . . . .. . .... ............... . . . . ... . ....... ... ..... .. .. . ......... . . ................. . . . . . ... . . ....... .. . .. . . ...................................... . . ... ......... ... .... ... . ...... ...... . ... ... .. ...... . . . . .. ........................ . . .. ..... . . .. . . . .......
lowQualScore : 44 0 0000 00 8 0 0 00 8 2222 000000000000000 0 0 5 0 000 0 8888888 000 22222 44 55 7 777777777 0 7 00000000000000000 8 4 4 4 4 666 9 4 4444444 11 1 22 9 8 44444444444444444444444444444444444444 4 4 444 000000000 000 9999 888 4 666666 333333 7 444 555 00 777777 6 0 0 0 66 555555555555555555555555 0 0 55 00000 0 4 55 0 0 4 0000000
consensus : ACATGTAACAATCAAC-ATT----GCCTGTG-GTTC-AAAT-GAAT--CAGTTCAACGG----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACT--AGGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGTC---CCCAGATTGACCA-AGGCCT-C-----A---AAATTCTATTGT-AGAT-----GA----C--A-GATAAAGGAAAATC-TTCA-GT-GCT-TANCGATTCA-CT-------T--AGAGAACA-TTTATGTTTGAAAGT------GTT--GG-TTTTTTTCCTCTCT----T--GACAAGTT-C-TG--GATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCCTCATCTA------TTTTATTG--TCCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT---G-CCTC-CCTC-CC-TCATC-T------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTAA---TGC-ATGATATTTT
Reference ( family-2689 ) : ACATGTAACAATCAAC-ATT----GCCTGTG-GTTC-AAAT-GAAT--CAGTTCAACGG----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACT--AGGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGTC---CCCAGATTGACCA-AGGCCT-C-----A---AAATTCTATTGT-AGAT-----GA----C--A-GATAAAGGAAAATC-TTCA-GT-GCT-TANCGATTCA-CT-------T--AGAGAACA-TTTATGTTTGAAAGT------GTT--GG-TTTTTTTCCTCTCT----T--GACAAGTT-C-TG--GATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCCTCATCTA------TTTTATTG--TCCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT---G-CCTC-CCTC-CC-TCATC-T------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTAA---TGC-ATGATATTTT
gi|1 : ACATGTAA--ATCAAC-ATT----GCCTGTG-GTTC-AAAT-GAAT--CAGTTTAACGG----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACT--AGGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGCC---CCCAGA-TGACCA-AGGCCT-C-----A---AAATTCTATTGT-AAAT-----AA-------A-AATAAGGAAAAATC-TTCA-GT-GCT-TAACGA-TCA-CT-------T--GGAAAACA-TTTGTG-TTGAAAGTG-----GTT--GGTTTTTTTTCCTCTCTTTTCT--GACAAGTT-CATT--AATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCTGCATCTA------TTTT-TTT--TCCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT---G-CCTCTCCTC-CC-TCAT--T------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTG-AGAACGGCAGATGAATTTAATTTTATCGTGGCCTAA---TGC-ATGGTATTT
gi|10 : AT-AA------G-CCTG-CCTC-CC-TCATC-T------------------------A-TT-T--T--G--AAG-AAAATTGGCATA-AGAAC--GAGA-G-----AATTTTA-TGTGGCCTAA---T
gi|11 : ggATT---------AA---AAAAGAATTG---CCT-TGCTCAACCA------TTTTATTG--TTCA-TAAAAA--TAAAA---AA-----A----G-CTTC-CATC-CT-TCATC-T------------------------G-TT-T--T--T--GAG-GAAATTAATCTtttaactcctaaaagtttt
gi|12 : AAATGAAAGA-AATGAAAAT---G-TCTT-CGTGACC-TCATT-T------------------------C-CT-TGGTCAG--GAT-GAAATTGGCCTG-A
gi|13 : tgctACATGTAACAATCAAC-ATTGCCAGCCTGT--GTTCAAAAT-GAAT--CAGTTCAatgaa
gi|14 : tAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTTA---T
gi|15 : AC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-TGTGGCCTAAGATTGCAATGAAATTTTaaccaactgtttttta
gi|16 : AAATTGGCTCG-AGCAC--TAGA-GAA-TTAATTTTA-TGTGGCCT
gi|2 : ACATGTAA--ATCAAC-ATT----GCCTGTG-GTTC-AAAT-GAAT--CAGTTTAACGG----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACT--AGGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGCC---CCCAGAT-GACCA-AGGCCT-C-----A---AAATTCTATTGT-AAAT-----AA-------A-AATAAGGAAAAATC-TTCA-GT-GCT-TAACGA-TCA-CT-------T--GGAAAACA-TTTGTGTTGAAAAGT------GTT--GG-TTTTTTTCCTCTCT----TTCGACAAGTC-A-TT--AATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCCTCATCTA------TTTTATTT--TCCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT---GCCCTC-CCTC-CC-TCAT--T------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTAA---TGC-ATGGTATTTT
gi|3 : ATGTAACAATCAATTATT-----CCTGTGTGTTC-AAATTGAATATCGGTTCGAAGATCACCAATCATTATATACCATGTATACA-AC-TTA--TA-CACA--AAGT-TGTG-TCTTGCAG-TTCTCCAGTC---C--AGATTGAACACAGGCCTTC-----A---AA------TTAT-AG------------------------GAAAAATCATTCATGT-GCTATTTTGATTCAGCT-------T--AGAA--------------GAAA----------------CTTTTCCCCCCTCC----T--AA-AAGTTAC-TGTGGATT---------AATATAATA----TA---CCTACCCTCATCTACCT---TCTTATTGGCCCCATTAACAAATTGAAACTTAAA-AAAGTTGGG-CCTC-CCTC-CCTTCAGC-T------------------------GTTT-T--T--G--TAGCAAAATT
gi|4 : ATGTAA---TCAAT-ATT----GCCTGTT-GT-C-AAAT-GAAT--GA-TTCAA-GA----CAAT---------------ATGCCCATGTTTGTTAGCACCCCAAGTGTCTGGC-----AGCT-TTTCAGTC---C--AGATTGACCA-GGCCCT-C-----A---AA-TTCTATTTTTAGAT-----GAACTCC--A--ATAAAGGAA--TT-GTCA-GTTACT-T-TTG-TCCA-CT-------TTAATAGAACAATTTATGTTTAA---------------GG-TTTTTTCCCT-----------GACAATTT-C-TTT-GATT---------AA---AA-A----TA---CCT-CCCTCATCTA------TTTTATTG---CCAATAAA------AGA---AAT-AAAAT---G-CCTC-CCTC-CC-TCATCTT------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTGAAGAAC--CAGA-GAA-TTAAtg
gi|5 : TCCAGTCTTCCTCAGAT---CCA--GGTTT-CCGATGAGGCAAATTCTAATTT-ACATTATAAGG----CG-A-AATAAATGAAAATC-TTTA-GT-GCT-TAT-GATCCA-CT-------T--AGAAAGCA-TTTATGTT-GAAAGTTTTTTTGTT--GG-TTTTTTTTTT---T----T--GACAA-TT-C-TG--GATTTT-------AA---AAAA----TA---CCA-CTCTCATCCA------TTTTATTG---CCAATAAAA--ATGAAA---AAT-AAAAT---G-CCTC-CCTC-CC-TCATC-T------------------------G-AT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTT-ACAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCAAA----------ATATTT
gi|6 : tagcacta---AAATTCTGTTGT-TGAT-----GA----CCCA-GATAATGGAAAGTC-TACT-AT-GTT-TAA-GATTCA-GT-------T--ACAGAACT-TTAATCTCTGAAATT------GTT--A-------------TCT-------GGCAAGTT-C-TG--GATTTAAAATAAAAA---AAAA----TAGTTCCT-CCCTTATCTA------TTTCATT------ACTAAAAA----------------------G-CCTT-CCTC-CC-TCATC-TGGTTTTTTTTTTTAATAATTTGTTG-TTAT--T--GTTGAG-AAAATTGGCCTG-AAAAC--CGGA-GAA-TTAATTTTA-gagcaatctgcttaaaagtattc
gi|7 : catt--A-GATGATGGAAAATC-TTCT-GT-G-T-TATTGATTCA-GC-------T--ATAGAACC-TCTATCTTTAAAAGT--------------TTCTTTTC----------T--GACAAGTT-G-CA--GATG---------GA---AAAAG---TT---TCT-CCCTCATCTACATGTATTTTATTG--CC--------AAATGAAA---ATT-AA--T---G-CCTC-CCTC-CC-TCATC-T------------------------G-TT-T--T--T--GAG-AACATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-TGTGGACAAA-----C-ATCATAATTTt
gi|8 : gcaaGACCA--GACCT-C-----A---AA-TTCAGTTGT-TGAT-----GA----CCCA-GATAAAGGAAAGTC-TACT-GT-GTT-TAA-GATTCA-GC-------T--ATAGAA---TTTGTATTTAAA------------------TTTTTTCCCCT---------GACAAGTT-C-TA--AATTTAAA-----AA---AAAA----TG---CCT-TCCTCATCCA------TTCCATTG--T-TAATAAAA-----AAA---AAC-AAGAT---G-
gi|9 : -----GA----C--ATAATAAAGGAAAATC-TTCA-GT-GCT-T-TTGATTCA-CTTTTAAGAT--AGAGAACT-TTTATATTTCAA---------GTTGGGG-TTTTTTTCC------------GACAAGTT-C-TG--GATT---------AA---AAA
blockSeqs : CA T GCCA GT A T AT C TCAC CATTATATACCATGT C G G G CCC G TCTTGC TT TTCCT TT CA T CGATGAGGC A T TATAAGGCGAA G A T T A AAC T G TTTAAGA TA G AA G G AGTTTTTTTGTTGGTTTTTTTTTTTT A . GTG TAAAATAAA TAT GAAT GTT A CATGTA GGCCCC A AAA CTT TG AGTTGG C . A T CT GGTTTTTTTTTTTAATAATTTGTT T A GG CAG C A . . . . GATTGCA
blockSeqs : CA . . G . . . A . T . . G . T . GC CT CC TT A . A A . GAACTCCA A . . . . TTT T . . . G A G T AGTGTTGGTTTTTTTCCTCTCTTTC . . TT TAAA . G . . CCT GTTC T AAA GA T AAT . . . . C . . . . GTT . . . . . . TGC
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . A . T T C T G . A A . GACCCAG A . . . . ATT T . . . T A G T ACTTTTCCCCCCTCCT . . T TT . . . . . TTCC A AAT . T AAT . . . . C . . . . G . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . C T . . A . . GACCCAG T . . . . TT T . . . G T C T GTTGGGGTTTTTTTCC . . G . . . . . . GCC A AAA . A AAT . . . . T . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . GACATA T . . . . AT T . . . C C C T GGTTTTTTCCCT . . G . . . . . . GCC C A . T AAT . . . . C . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . AAAA A . . . . AA T . . . T T A T AGTTTCTTTTCT . . A . . . . . . GCC A A . T GAT . . . . C . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . AA T . . . T . A . TTTTTTCCCCT . . A . . . . . . GTT . A . T A . . . . C . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . . . . G . . . ATTGTTATCT . . G . . . . . . . . . . C T . . . . C . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : CC*** GACCCAA********** AT* AGTTTTTTCCCT************************** GCC*** C* ** C******
originalCons : ACATGTAACAATCAAC-ATT----GCCTGTG-GTTC-AAAT-GAAT--CAGTTCAACGG----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACT--AGGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGTC---CCCAGATTGACCA-AGGCCT-C-----A---AAATTCTATTGT-AGAT-----GA----C--A-GATAAAGGAAAATC-TTCA-GT-GCT-TANCGATTCA-CT-------T--AGAGAACA-TTTATGTTTGAAAGT------GTT--GG-TTTTTTTCCTCTCT----T--GACAAGTT-C-TG--GATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCCTCATCTA------TTTTATTG--TCCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT---G-CCTC-CCTC-CC-TCATC-T------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTAA---TGC-ATGATATTTT
finalCons : ACATGTAACAATCAAC-ATT----GCCTGTG-GTTC-AAAT-GAAT--CAGTTCAACGG----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACT--AGGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGTCCC---CAGATTGACCA-AGGCCT-C-----A---AAATTCTATTGT-AGATGACCCAA----------ATAAAGGAAAATC-TTCA-GT-GCT-TAT-GATTCA-CT-------T--AGAGAACA-TTTATGTTTGAAAGTTTTTTCCCT--------------------------GACAAGTT-C-TG--GATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCCTCATCTA------TTTTATTGCC---AATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT---G-CCTC-CCTC-CC-TCATC-T------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTAAC------ATGATATTTT
Alignments
lowQualScore : 22 1111 11 11 2222 666666666666666 1 1 1 111 1 2222222 111 11111 11 11 111111111 1 33333333 1111 1111111 33333333333333333333333 444444444444444444444444444444444444 333333333 1111 222222 111 111 111111 333333333333333333333333 4444444
lowQualScore : 55 8 7777 33 0 8 8 11 8 1111 222222222222222 0 0 2 0 555 0 9999999 111 77777 11 66 6 777777777 2 5 1 55555555 2 4 4 4 66 3333 1 4 4444444 66 1 0 66 66666 88888888888888888888888 999999999999999999999999999999999999 4 99999 000000000 777 3333 777 4 000000 4 777 999 222 55 000000 3 4 4 4 55 888888888888888888888888 4 4 55 66666 4 4 55 4 4 4 3333333
lowQualScore : .. . .... .. . . . .. . .... ............... . . . . ... . ....... ... ..... .. .. . ......... . . . ........ . . . . .. .... . . ....... .. . . .. ..... ....................... .................................... . ..... ......... ... .... ... . ...... . ... ... ... .. ...... . . . . .. ........................ . . .. ..... . . .. . . . .......
lowQualScore : 44 0 0000 00 8 0 0 00 8 2222 000000000000000 0 0 5 0 000 0 8888888 000 22222 44 55 7 777777777 0 7 7 33333333 8 4 4 4 11 1111 9 4 4444444 11 1 8 66 66666 88888888888888888888888 777777777777777777777777777777777777 4 66666 000000000 000 9999 888 4 666666 4 888 222 555 00 777777 6 0 0 0 66 555555555555555555555555 0 0 55 00000 0 4 55 0 0 4 0000000
consensus : ACATGTAACAATCAAC-ATT----GCCTGTG-GTTC-AAAT-GAAT--CAGTTCAACGG----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACT--AGGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGTC---CCCAGATTGACCA-AGGCCT-C-----A---AAATTCTATTGT-AGATGA-C----CCAAATAAAGGAAAATC-TTCA-GT-GCT--T-AC-GATTCA-CT-------T--AGAGAACA-TTTATGTTTGAA-----A-------G---------TTTTTTC--------------C--------C----T-------GACAAGTT-C-TG--GATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCCTCATCTA------TTTTA-TTG---CCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT---G-CCTC-CCTC-CC-TCATC-T------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTAA-G---C-ATGATATTTT
Reference ( family-2689 ) : ACATGTAACAATCAAC-ATT----GCCTGTG-GTTC-AAAT-GAAT--CAGTTCAACGG----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACT--AGGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGTC---CCCAGATTGACCA-AGGCCT-C-----A---AAATTCTATTGT-AGATGA-C----CCAAATAAAGGAAAATC-TTCA-GT-GCT--T-AT-GATTCA-CT-------T--AGAGAACA-TTTATGTTTGAA-----A-------G---------TTTTTTC--------------C--------C----T-------GACAAGTT-C-TG--GATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCCTCATCTA------TTTTA-TTG---CCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT---G-CCTC-CCTC-CC-TCATC-T------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTAA-----C-ATGATATTTT
gi|1 : ACATGTAA--ATCAAC-ATT----GCCTGTG-GTTC-AAAT-GAAT--CAGTTTAACGG----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACT--AGGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGCC---CCCAGA-TGACCA-AGGCCT-C-----A---AAATTCTATTGT-AAATAA--------AAATAAGGAAAAATC-TTCA-GT-GCT--TAAC-GA-TCA-CT-------T--GGAAAACA-TTTGTG-TTGAA-----A-------GTGGTTGGTTTTTTTTC--------------CTCTCTTTTC----T-------GACAAGTT-CATT--AATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCTGCATCTA------TTTTT-TTT---CCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT---G-CCTCTCCTC-CC-TCAT--T------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTG-AGAACGGCAGATGAATTTAATTTTATCGTGGCCTAATG---C-ATGGTATTT
gi|10 : AT-AA------G-CCTG-CCTC-CC-TCATC-T------------------------A-TT-T--T--G--AAG-AAAATTGGCATA-AGAAC--GAGA-G-----AATTTTA-TGTGGCCTAA-----
gi|11 : ggATT---------AA---AAAAGAATTG---CCT-TGCTCAACCA------TTTTA-TTG---TTCATAAAAA--TAAAA---AA-----A----G-CTTC-CATC-CT-TCATC-T------------------------G-TT-T--T--T--GAG-GAAATTAATCTttttaactcctaaaagtttt
gi|12 : AAATGAAAGA-AATGAAAAT---G-TCTT-CGTGACC-TCATT-T------------------------C-CT-TGGTCAG--GAT-GAAATTGGCCTG-A
gi|13 : tgctACATGTAACAATCAAC-ATTGCCAGCCTGT--GTTCAAAAT-GAAT--CAGTTCAatgaa
gi|14 : tAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCT
gi|15 : AC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-TGTGGCCTAAGATTGCAATGAAATTTTtataaccaactgtttttta
gi|16 : AAATTGGCTCG-AGCAC--TAGA-GAA-TTAATTTTA-TGTGGCCT
gi|2 : ACATGTAA--ATCAAC-ATT----GCCTGTG-GTTC-AAAT-GAAT--CAGTTTAACGG----CAAT--------------TATACA-AT-TTTGTTA-CACT--AGGT-TCTG-T-----AG-T-CTCCAGCC---CCCAGA-TGACCA-AGGCCT-C-----A---AAATTCTATTGT-AAATAA--------AAATAAGGAAAAATC-TTCA-GT-GCT--TAAC-GA-TCA-CT-------T--GGAAAACA-TTTGTG-TTGAA-----AAGTGTTGG---------TTTTTTT--------------C--------C----TCTCTTTCGACAAGTC-A-TT--AATT---------AA---AAAA----TA---CCT-CCCTCATCTA------TTTTATTTT---CCAATAAAAAAATGAAA---AAT-AAAAT---GCCCTC-CCTC-CC-TCAT--T------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCTAATG---C-ATGGTATTTT
gi|3 : ATGTAACAATCAATTATT-----CCTGTGTGTTC-AAATTGAATATCGGTTCGAAGATCACCAATCATTATATACCATGTATACA-AC-TTA--TA-CACA--AAGT-TGTG-TCTTGCAG-TTCTCCAGTC---C--AGATTGAACACAGGCCTTC-----A---AA------TTAT-AG-------------------GAAAAATCATTCATGT-GCTATT-TT-GATTCAGCT-------T--AGAA--------------GAA-----A-------C---------TTTTCCC--------------C--------CCTCCT-------AA-AAGTTAC-TGTGGATT---------AATATAATA----TA---CCTACCCTCATCTACCT---TCTTA-TTGGCCCCATTAACAAATTGAAACTTAAA-AAAGTTGGG-CCTC-CCTC-CCTTCAGC-T------------------------GTTT-T--T--G--TAGCAAAATT
gi|4 : ATGTAA---TCAAT-ATT----GCCTGTT-GT-C-AAAT-GAAT--GA-TTCAA-GA----CAAT---------------ATGCCCATGTTTGTTAGCACCCCAAGTGTCTGGC-----AGCT-TTTCAGTC---C--AGATTGACCA-GGCCCT-C-----A---AA-TTCTATTTTTAGATGAAC----TCCAATAAAGGAA--TT-GTCA-GTTACT--T-TT-G-TCCA-CT-------TTAATAGAACAATTTATGTTT-AA-----G-------G---------TTTTTTC--------------C--------C----T-------GACAATTT-CTTT--GATT----------A---AAAA----TA---CCT-CCCTCATCTA------TTTTA-TTG---CCAATAAA------AGA---AAT-AAAAT---G-CCTC-CCTC-CC-TCATCTT------------------------G-TT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTGAAGAAC--CAGA-GAA-TTAAtg
gi|5 : TCCAGTCTTCCTCAGAT---CCA--GGTTT-CCGATGAGGCAAATTCTAATTT-ACATTA-TAAGGCGAAATAAATGAAAATC-TTTA-GT-GCT--T-AT-GATCCA-CT-------T--AGAAAGCA-TTTATGTT-GAA-----A-------G---------TTTTTTTGTTGGTTTTTTTTTT--------T----T-------GACAA-TT-C-TG--GATTTT-------AA---AAAA----TA---CCA-CTCTCATCCA------TTTTA-TTG---CCAATAAAAA--TGAAA---AAT-AAAAT---G-CCTC-CCTC-CC-TCATC-T------------------------G-AT-T--T--G--GAG-AAAATTGGCCTT-ACAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-CGTGGCCAAA----------ATATTT
gi|6 : tagcacta---AAATTCTGTTGT-TGATGA-C----CCAGATAATGGAAAGTC-TACT-AT-GTT--T-AA-GATTCA-GT-------T--ACAGAACT-TTAATCTCTGAA-----A------------------TTGTTA--------------T--------C----T-------GGCAAGTT-C-TG--GATTTAAAATAAAAA---AAAA----TAGTTCCT-CCCTTATCTA------TTTCA-TTA---C---TAAAAA----------------------G-CCTT-CCTC-CC-TCATC-TGGTTTTTTTTTTTAATAATTTGTTG-TTAT--T--GTTGAG-AAAATTGGCCTG-AAAAC--CGGA-GAA-TTAATTTTA-gagcaatctgcttaaaagtattc
gi|7 : cattAGATGATGGAAAATC-TTCT-GT-G-T--T-ATTGATTCA-GC-------T--ATAGAACC-TCTATCTTTAAA-----A-------G---------TTTCTTT--------------T--------C----T-------GACAAGTT-G-CA--GATG---------GA---AAAAG---TT---TCT-CCCTCATCTACATGTATTTTA-TTG---CCAA-------ATGAAA---ATT-AA--T---G-CCTC-CCTC-CC-TCATC-T------------------------G-TT-T--T--T--GAG-AACATTGGCCTG-AGAAC--CAGA-GAA-TTAATTTTA-TGTGGACAAA-----C-ATCATAATTTt
gi|8 : gcaaGACCA--GACCT-C-----A---AA-TTCAGTTGT-TGATGA-C----CCAGATAAAGGAAAGTC-TACT-GT-GTT--T-AA-GATTCA-GC-------T--ATAGA--A-TTTGTATTT-AA-----A-------T---------TTTTTCC--------------C--------C----T-------GACAAGTT-C-TA--AATTTAAA-----AA---AAAA----TG---CCT-TCCTCATCCA------TTCCA-TTG---TTAATAAAA-----AAA---AAC-AAGAT---G-
gi|9 : AATAAAGGAAAATC-TTCA-GT-GCT--T-TT-GATTCA-CTTTTAAGAT--AGAGAACT-TTTATATTTCAAGTTGGG-------G---------TTTTTTT--------------C--------C------------GACAAGTT-C-TG--GATT---------AA---AAA