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lowQualScore : 99 00 00 6 6 6 3 7777 3 3 3 888 8888888 3 66 3 3 444 66 1111 2 33333 66 111111111111 66 3 666666 888 1111 88888 66 66 8888888 7 88888 9999999999 3 444444444444 3 777777777777777777 888 3 7 66 888 33 3 888 1 1 9999 2 3 22 1 8 22 1 1 8888888888888888 5555 3 3 444 3 3 66 3 3 3 66666666 8 888 44444444 3 66 3 3 7 22 5555 1 1 1 555 33 22 2 8 2 5555 33 22 1 0 555 33 555 1 555 1 33333 1 1 0000000 4 1 444 444 555 9 000 000 9 7 1111 99 7 7777777777777 33 000 7 7 7777 333333333 6 9 11111 9 99 000 88 9 99 9 000 888 1111 0 000 222 0
consensus : TCTT--CGCGAAAA--A--AT-AA-AATC-AT-CA----CAGGACA-TT-TGG-AC---A-------GA-C--AGTT-CT-C---T--ATA----CTTCACCGGACC-----GAAT--GAAT------------TTT--CA-C------CAG---TCC----G--A--AA--C--TTTTATCA-------TTTA-TAAT--G--ATCA-------T--AAT-G---------AT-GCCTCTTGGA-CATCCCTTT--------T----C----GC---ACGC-T-TGTAA--T---TAATTTTN-TC-C---CTTC-T-TAC----TGNCTG-ATTC--T-GATCA--TGGTAG-CG-GT--------A-------AAA----AATG-A-C---A-G-AA--A-TA-GAGTTC-AC-A------ACAATCGTTA---TC--------AG-A--AA-AA-CG-TTT--G----TA-AGA-CT-G---TATC--T--CGGTATT-A----GAT--A--AAG-CGTCTAA---ACG--ATG---G-AAT---ATGGA-AAA--T--A-AATG-TAA-------AACCCAACC-A---AC---GCAAC---CTT-C---GG---AC-AT-CCGG----ACCG--ATC-T-------------TAC--TG---ACA-AGT-A----C---------ATCGG-T-----CC-A--A---ATTGATTT--T-CACC--TG-TT---AAG---ACC----GACG-GA---CC--GGTGCTT-TTGGGATAGAC
Reference ( family-2665 ) : TCTT--CGCGAAAA--A--AT-AA-AATC-AT-CA----CAGGACA-TT-TGG-AC---A-------GA-C--AGTT-CT-C---T--ATA----CTTCACCGGACC-----GAAT--GAAT------------TTT--CA-C------CAG---TCC----G--A--AA--C--TTTTATCA-------TTTA-TAAT--G--ATCA-------T--AAT-G---------AT-GCCTCTTGGA-CATCCCTTT--------T----C----GC---ACGC-T-TGTAA--T---TAATTTTN-TC-C---CTTC-T-TAC----TGNCTG-ATTC--T-GATCA--TGGTAG-CG-GT--------A-------AAA----AATG-A-C---A-G-AA--A-TA-GAGTTC-AC-A------ACAATCGTTA---TC--------AG-A--AA-AA-CG-TTT--G----TA-AGA-CT-G---TATC--T--CGGTATT-A----GAT--A--AAG-CGTCTAA---ACG--ATG---G-AAT---ATGGA-AAA--T--A-AATG-TAA-------AACCCAACC-A---AC---GCAAC---CTT-C---GG---AC-AT-CCGG----ACCG--ATC-T-------------TAC--TG---ACA-AGT-A----C---------ATCGG-T-----CC-A--A---ATTGATTT--T-CACC--TG-TT---AAG---ACC----GACG-GA---CC--GGTGCTT-TTGGGATAGAC
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gi|6 : TT--TGTGAAAA--A--AT-AA-AATC-AT-CA----AAGGACAGTT-TGGGAC---A-------GA-C--A-TT-CT-C---T--ATA----CTTCACCGGAC------GAAT--GAAT------------TTT--CA-C------AAG---TCC----G--A--AAACT--TTTTAAAA-------TCCA--AAT--T--TTTA-------T--GATAG---------A---CCTCTTAGA-CATCTCCTT--------T----T----GA---ACAT-T-TGTAA--T---TAATTTTTGTC-T---CTTC-T-TAC----TG-----ATTC--TCGATCA--TG-TAGTCG-GT--------A-------CAA----AATG-A-C---A-G-AA--ACTA-GAGTTT-ACTA------ATAATCGTTA---TT--------AG-A--AA-AA-CG-TTT--G----CA-AGATCT-G---TATC--T--CGGTATTTA----AAT--A--AAG--GTCTAA---ACG--ATG---A-GAT---AT--------------AATG-TAA-------A-CGCAACCTA---AC---GCA-----CTT-C---TG---AC-AT-CCGG------CG--AT--T-------------TAC--TGGC-ACA-AGT-A----C---------ATC-G-T-----CC-A--A---ATTGATTT--TGCACC--TG-TT---AAG---CCC----GACG-GA---CG--AGTGCTT-TTGGAATAGAC
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gi|9 : AAAA--A--AT-AA-AATC-AT-CA----CAGGACG-AT-TGG-AC---A-------GA-C--AGTT-CTCC---T--GTA----CTTCA-CGACCC-----GAAT--GAAT------------TTT---A-C------CAG---T-C----G--AGTAA--C--TTTTAT-A-------TTTA-T-AT--G--AT--------------T-G------------GCCTCTTAG--CACTCCCTT--------C----C----GA---ACAA-TGTGTAA--T---TAATTTTC-TC-T---TTTA-T-T------TATCT-------------------GTAG-TG-GT----------------AAA----AATG---C---ACG-AA--A-TA-GAGTTC--T-T------ATAGTCGTTATACTT--------AT-G--AT-TG-CA-TTT--ATTTTTC-AGA-CT-G---TCTCAGT--C-GTATT-A----GATG-A--AAG-CGT-TAA---ACG--ATG---G--AT---ATATA-A-------A-AGTG-TAA-----------CGA-T-G---AC---GCAACAAACTT-C---TG---ACTAT-TGCA----ACCGTTAT--T-------------TAC--TGGA-GCA-AGT-A----C---------ATC-G-T-----CC-A--ATGGATT--TTT--T-CACC--TGTTT---TAG---A-C----GGCG-GA---CT----TGCTTGTTGGGAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AAGTTAAATCGTTTGCCACTCAATGCAATCTTTCACTTATTAC