lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333 111111 1111 22222222222222222222222222222 1111 11 33333333333333333333333333 11111111111 222222 2222222222 11111 111111111 1111111111111
lowQualScore : 22 8 22 1 5 999999999999999999999999999999999999999 1 000000 1 4 3333 555 00000000000000000000000000000 4 3 2 22 55555 99 2 2 2 333 0000 2 22 99999999999999999999999999 2 88 22 33333333333 22 9999 999999 2 8888888888 1 555555 6666666666 0 11111 7777 22 1 1 1 2 111111111 1 8888888888888 33 33 2 2 2 2 4
lowQualScore : .. . .. . . ....................................... . ...... . . .... ... ............................. . . . .. ..... .. . . . ... .... . .. .......................... . .. .. ........... .. .... ...... . .......... . ...... .......... . ..... .... .. . . . . ......... . ............. .. .. . . . . .
lowQualScore : 44 3 22 7 2 777777777777777777777777777777777777777 6 888888 9 0 2222 999 99999999999999999999999999999 9 3 1 99 33333 99 1 1 2 999 0000 2 66 11111111111111111111111111 1 00 99 66666666666 99 7777 777777 0 8888888888 9 888888 2222222222 9 00000 3333 99 8 7 9 2 111111111 0 0000000000000 11 11 2 2 7 5 4
consensus : TAATCATGTTAT--TCGC-AT-C-GC--------GA--------AA--G------AG--------T-TATTTT-CC-TTTA-GTAAG-AGTTA-TTT-T-CTCT------------------TTAAN-TTTGGTTTATTCCGTTGAG-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A----C-T--TT--------NANATGNT-----ACANGTG-AAAGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AA---CCT-C-GTAGG-GTGG----------T-GGTG------GGGGAT----------CAAGC-T---AAATT--AC--GGAA-TAAA-CG-AA-A---------TATT----------TAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-ATG
Reference ( gi|3 ) : TAATCATGTTAT--TAGC-AT-C-GC--------GG--------AA--G------AA--------T-TATTTT-CC-TTTA-GTAAG-AGTCA-CTT-T-CTCT------------------TTGAT-TTTTATTTATTCCATTGAG-TTACTA--TA-----GGAG-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A----C-T--TT--------AAAATGTT-----ACATTTG-AAAGAAGTA-CAAA--T------A-G--AAAC--AA---TCT-T-GTAGG-GTGG----------T-GGTG------GGGGAT----------CAAAC-C---AAATT--AC--GGAA-TAAA-CG-AA-A---------TATT----------TAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-ATG
gi|13 : TAATCATGTTAT--TAGC-AT-C-GC--------GG--------AA--G------AG--------T-TATCTT-CC-TTTA-GTAAG-AGTTA-TTT-T-CCCT------------------TTAAA-TTTGATTTATTCCGTTGAA-TTTCTA--CA-----GGGA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A----C-T--TG--------CAAATATT-----ACATTTG-AAAGAAGTA-CAAA--T------T-G--AAAC--AA---CCT-T-GT-GG-ATGG----------T-GGTG------GGGGAT----------C
gi|15 : TAATTATGTTAA--TCG--AT-CTGC--------GATGAAGTGTAA--G------AG--------T-TATTTTTCC-TTTA-GTAAG-AGTTA-TTT-G-CCCT------------------TTAAC-TTTTG-------------G-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---AAC--C-T--TT------------TTTTTGGA-ACAGGTGCAAAGAATTA-TAAC--T------A-G--AAACAAAA---CCT-A-GTGGG-G-GA----------T-GAT
gi|37 : TAATCATGTTAG--TAGC-AT-C-GC--------GA--------AG--T------AA--------A-TATTT
gi|24 : aaacgTAATCATGTTAT--TCGC-AC-C-ACA-------GG--------AATTG------AA--------T-tgc
gi|33 : ggtgggggatcaagtataaattatggaataaactatagtctatatgtTAATCCTGTAAT--TAGC-AT-C-GC--------GA--------AT--T------AA--------T-TAt
gi|18 : aaacaaaattacggatTAATACTGTTAT--TTGC-AC-C-GC--------G---------AC--G----------------T-TATT---CC--------AAG-AGT----------------------------------AT-TTTT---TAATCCGATGAA-TT-CTA--TT-----GGGA-CT-TGCCAAATTTC-AAA-A---A----C-TG-TT--------TACATG-------ACACGTG-AAAGAAGT---AAA--C------A-GCTAAAC--tgc
gi|2 : gcaAATCAT-TTAT--TAGC-AT-C-GC--------G---------AA--G------AG--------T-TATTT--CC-TTTA-GTAAGAAGTTA--TT-T-CTTTAGTAAGTAATACTTTTCATTGA--TTTTGTTTATT-CGTTGAA-TTACTA--TG-----AGAA-TA--GC-AATTTTC-AAA-A---A----CTT--TT--------AAAATGTT-----AATTTTG-AAAGAAGTA-CAAA--T------T-A--AAAC--AA---CCT-T--T-GG-GTGG----------T--GT-------GGGGAT----------AAAAC-CCCTCAATT--ACGAGAAA-TAAA-TGCGA-A---------T-TT----------CATTT--T--GCG-AT-GCTAAgtatacgcggtgcatttaacgtat
gi|23 : AATCATGTTAT--TAGC-AT-C-GC--------GA--------AC--G------AG--------T-TATTTT-CC-TTTA-GTAAG-AGTTA-CTT-A-CTCT------------------TTGAT-TTTGATTTATTCCGTac
gi|29 : cacAATCATGTTAT--TCGC-TC-C-AC--------GATAAAGTGTAA--G------AG--------T-TATTTTTCC-TTTA-GTAA
gi|5 : ATCATGTT-T--T-GC-ATTC-GC--------GG--------AA--G------AG--------T-T-TTTC-TC-TTTA-GTAAG-AGTTA-CTT-T-CTCTC-----------------TTAAT-TTTGATTTATTCTGTTGAA-TTACTA--TA-----GGAA-TAATGCAA-TTTTC-AAA-A---AA---C-T--TG--------CAAATGTT-----ACATT-G-AAAGAATTA-CAAAATT------A----AAAC--AA---CCT-T-G-AGT-GTGG----------C---TG------GGGGAT----------CAA-C-C---AAATT--AC--GGAAATAAGGCG-AA-A---------TATT----------TCATT--C--GCG-ATTGCTAATAA-CATGATtttttgatcaaa
gi|5 : ATCATGTTAT--TAGCAAT-C-GC--------GA--------AT--G------AA--------A-TATTTC-GC-CTTA-attat
gi|4 : atcatgttttgcattcgcggaagagtttttctctttagtaagagttactttctctcttaattttgatttattctgttgaattactataggaataatgcaattttcaaaaaacttgcaaatgttacattgaaagaattacaaaattaaaacaaccttgagtgtggctgggggatcaaccaaattacggaaaATCATGTTAT--TCGA-CC-C-ACTATAAAATGT--------AA--G------AG--------T-TATTTTTCC-TTAA-GTAAG-AGTTA-TCT-G-CTCT------------------TTAAA-TGTGATTTATTCCGTTAAG-TTACTA--TA-----GGGA-TA-TGCAAATTTTT-AAA-A---AACTTT-T--TT------------TGCT-----ACAAGTG-AAAGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AA----CT-T-ATAGG-GTGG----------T-GGTG------GGGGATGATGGGGGAACAAGC-T---AAA-T--AC--GGAA-TAAA-attat
gi|12 : tATCATGTTAT--TCG--AT-C--C--------GC--------AA--A------AAATTGTAAGT-TATTTTTCC-TTTA-GTAAG-AGTTA-TTT-G-CTCC------------------TTAAA-TGTGGTTTATTCCGTAAAG-TTACTA--TA-----GCAA-TA-TGCAAATTTTCAAAA-A---A----C-T--TT------------TGGA-----ACAAGTT-AAAGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AA---CCT-C-AT-GG-GTGG----------T-GGTA------GGGGgcgggtcgaataacttgataa
gi|22 : gtATCATGTTAT--TAGC-AT-C-GC--------GA--------AT--T------AA--------A-TA-TTT-CG-TTTA-
gi|7 : tcttagtagaatatttggtggggggtcaaaccaaattacggaaATCCTGTTATATTTGC-AA-C-AC--------AG--------AA--A------AA-----------AT------------GTAAG-AGTTATCTT-T-C-CT------------------TTAAA-TATGGTTTATTCCGTTAAA-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---G----C-T--TT--------TATATGAC-----ACAGTTG-AAA-AAGTA-TAAA--T------ACC--AAAT--AC---CCC-T--------------------------------------T----------CAAGA-A---AAATT--AT--GGAA-TAAA-CG-GT-A---------TGTT----------CCATTTCT--GCG-TT-GCAAATAA-CAAGAT
gi|14 : gttcatttggctatATCATGTTAT--TCGT-CC-C-ACTATAAAATGT--------AA--G------AG--------T-TATTTT-TC-TTTAAGTAAC-AGTTA-TCT-G-CTTT------------------TTAAA-TGTGATTTATTCCGTTAAG-TTACTA--TA-----AGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAatagccg
gi|11 : gcattTCATGTTAG--TCG--AT-CCGC--------GATAAAGTGTAA--G------AG--------T-TATTTT-TCACTTA-GTAAG-AGTTA-TTTGT-CCTT------------------TTGG------ATT-ATGCCGTTAAG-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCACATTTTC-AAATA---A----C-T--TTTTTTTTGGAAAAGG------------TG-AAAGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AA---CCT-C-AT-GG-GTGG----------T-GGTG------GGGGAT----------gcaggaacaagctaaatacggaataaagcgggacaaataacatgataatgcc
gi|19 : TTATGTTGT--TCGC-AC-T-GC--------GA--------TA--A------AG--------T----------------GTAAA-AGGTA-TTT-T-TTCT------------------TTAGTATTTGGTTTATTCTGTTAAA-TTATCATTTA-----GGAATTA-TTCAAATTTTA-AAA-T---A----T-T--T
gi|31 : CATGTTAT--TAGC-AT-C-GC--------AA--------AT--T------AA--------A-TATTTgcatatttatggtacaggtg
gi|6 : accaaattacggaataagccTGTTAT--TTG--AT-CCGC--------GATA------AA--GTGTAATAG--------T-TATTTTTCC-TTTA-GTAAG-AATTT-TTT-G-CTCT------------------TTAAA-TTTGGTTTATTCCGTTAAG-TTACTA--CA-----AGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAC-T---T----C-T--TTTTG-----AACAGGTT-----A-----A-AGAGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AA---CCT-C-AT-GG-ATGG----------T-GGTG------GGGGATGGTGGATTAACAAGC-T---AAA-T--AC--GGAA-TAAA-CT-AA-A---------TAGG----------CAATT--C--CCG-GT-
gi|17 : TGTTAT--TTGC-AC-A-GC--------G--------------------AG--------T-TATCTC-C---------AAG-AGTTA-TCT-T-CTTT------------------TTAAA-TTTGGTCTATTTCGTTGAA-TTGCTA--TA-----GGCA-TA-TGCAAATTTTC--AA-A---A----C-TG-TT--------TACATGAC-----ACACGTG-AAAGAAta
gi|16 : cataacgcTGTTAT--TTGC-AC-C-GC----------------------G------AG--------T-TATCTC-C---------AAG-AGT-A----------T------------------TTG-------GTTTAATCCGATGAA-TTACTA--TT-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC--AA-A---A----C-TG-TT--------TACATGAC-----ACACGTG-AAAGAAGTA-agctaaacggtgcagataacggta
gi|8 : tacAT--TTGC-AC-C-GC--------G--------------------AG--------T-TATCTC-C---------AAG-AATTA-TCT-T-CTCT------------------TTAAA-TTTGGTTTATTCCGTTGCA-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC--AA-A---A----C-TG-TT--------TACACGAC-----ACACGTG-AAAGAATTA-TAAA--T------T-A--AAAC--AA---CCT-A-G-AGG-GTGGTTATGGGGGAT-GGTG------GGGGAA----------CAAAC-T---AA-----AC--GGAA-TAAG-CG-aacaagctaaacgtaatacgcggtgcatttaacggtatta
gi|1 : --------AA--G------AG--------C-TGTTTT-CC-TTTA-GTAAG-AGTGA-GTT-G-TCCT------------------TT-ATATTTGGTTTATTCGATT-AG-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-GG-----------------C--------ATAGCGAC-----ACAAGTG-AAAGAAGTATTAAA--T------A-A--AAAA--AAAACTCT-T----GG-GTGG----------T-GGTG------GGGGATTGTGGTGGAACAAGC-T---AAATT--GC--GGAA-TAAA--G-CA-A---------TGCC----------T---------GCG-AA-TCGAATAA-CATGATT-ATGgtgcagataacggtatca
gi|9 : aatcttttattcgatcaacaataaatagtA--G------AG--------TGTATTTT-TC-ACTA-GTAAGGAGTTA-TGT-T-GTCC------------------T--GT-TTGGATATATGCCGTT-AG-TTACTA--TA-----GGA--TA-TGCACA-TTTC-AAA-ATATA----C-TTCTT------------TGTTTTTGGAAAGGTG-AAAGAAGTATTAAA--TA-----A-G--CAAC--CA---ACT-C-ATGGGTGTGG----------T-GGCGAATGATGGGGAA----------CAAAC-T---At
gi|20 : catgttagttcgatccgcgataaagtgtgAGG-AGTTA-TTC-TGCCCT------------------TTAAT-TTG-GTTTATTCCAATAAAATTACTA--TATATTAGGAA-TA-TGCAAATTTGT-AAA-A---A----C-
gi|10 : G-AGTTA-TCT-T-CTCT------------------TTAAA-TTTGGTTTATTCCGTTGAA-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A----C-T--TT--------AAAATGTT-----ACATTTG-AAAGAAGTA-TAAA--T------T-A--AAAC--AA---CCT-A-G-AGG-GTGG----------T-GGTG------GGGTAA----------CAAGT-T---AA-----AC--GGAA-TAAG-CG-acttattttttggcaaaatacggaataaaccaaatattca
gi|25 : aatactgttatttgcaccgcTG-AAAGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AA---CCTAA-GTACG-G-AG----------T------------AGAAA----------CAAGC-T---AAA-T--AC--GGAA-TAAA-gtgcagataacggtattatg
gi|21 : agTG-AAAGAAGTA-TAAA--TTAAAAAA-A--AAAA--AA---CCT-TCGT-GC-TTGG----------T-GGTA------GGGGAT----------gagagacaaata
gi|26 : acagg-AAAGAAGTA-TAAA--T------T-A--AAAC--AA---CCT-A-G-AGG-TTGG----------T-GGTG------GGGGAT----------ggtggagagatgaagcaatatcaggcggatta
gi|27 : AGTA-TAAA--T------T-A--AAAC--AA---TCT-A-G-AGG-GTGG----------T-GGTG------GGAGAT----------ggtgggggaacagataacggtattatg
gi|35 : AAA--T------T-G--AAAC--AA---CCC-T-TT-GG-GTAG----------T-GGT--------GGGAT----------CAAAC-ggtgggggaacaagctaaacggtatta
gi|22 : aaaaatg---TCT-TAGTAGA-ATAT----------TTGGTG------GGGGGT----------CAAAC-C---AAATT--AC--GGAA-TAAA-CG-AA-A---------TATT----------TAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGAT
gi|30 : -GTGGG-G-GA----------T-GGTG------GGGGAA----------CAAGC-T---AA-----AC--GGAA-TAAG-CG-
gi|24 : -GGTG------GGGGAT----------CAAGTAT---AAATT--AT--GGAA-TAAA-CT-AT-AGTCTATATGTATT----------CAATT--CCTGTG-GT-GCGAATAA-CATGATT-ATgtgcagataacggtattatg
gi|28 : ----------CATAC-CT--AAATTT-AC--CGAA-TAAA-CG-AA-A---------TATT----------TAATT--C--GCGAAT-GC-AATAATCATGATTCATG
gi|33 : cAAAC-A---AAATT--AC--GGAT-TAA---------------------T----------TAATT--C--GCG-AT-GCTAATTA-CAGGATT-ATGgc
gi|31 : AC-C---AAATT--AC--GGAA-TAAG-CC-AA-A---------TATT----------TAATT--T--GCG-AT-GCTAATAA-CATGc
gi|34 : C-T---AAAT---AC--GGAA-TAAA-CC-AA-A---------TAGT--------------------GGG-AC-G--AATAA-CATGATG-ATG
gi|10 : AATTCAAC--GGAA-TAAA-CC-AA-A---------T-TTAAAGAGAAGATAACT--C--GCG-GT-GCAAATAA-CAcc
gi|38 : aatac--AC--GGAA-TAAG-CT-AA-A---------TATT----------TAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-actataggaatatgcaaattttcaaaaactttaaaatgttacatttgaaagaagtataaattaaaacaacctagagggtggtggtggggtaacaagttaaacggaataagcggtgcagataacggtattatg
gi|16 : C--GGAT-TAAA-CC-AA-A---------TACTCTTGGAGA--TAACT--C--GCG-GT-GCAAATAA-CA
gi|13 : tac-TAAA-GG-AAGA---------TAAC----------TCTTC--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-atgaattactattggaatatgcaaattttcaaaactgtttacatgacacacgtgaaagaagtaaacaagctaaacgtaatacgcggtgcatttaacggtatta
gi|2 : -TAAA-GG-AA-A---------TAAC----------TC-TT--C--GCG-AT-GCTAATAA--ATGATT-gtaagagttattttccctttaaatttgatttattccgttgaatttctacagggatatgcaaattttcaaaaacttgcaaatattacatttgaaagaagtacaaattgaaacaaccttgtggatggtggtgggggatc
gi|23 : -TAAA-GG-AA-AA--------TAAC----------TCGTT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-GTGgtaagaagttatttctttagtaagtaatacttttcattgattttgtttattcgttgaattactatgagaatagcaattttcaaaaacttttaaaatgttaattttgaaagaagtacaaattaaaacaacctttgggtggtgtggggataaaacccctcaattacgagaaataaatgcgaatttcattttgcgatgctaaac
gi|37 : AAA-CG-AA-A---------TATT----------TACTT--C--GCG-AT-GCTACTAA-CATGATT-ATGgtaagagttacttactctttgattttgatttattccgt
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TCGATCACGCGATAAAGTGTAAGAGTTAATTTTTTCCCTTTAGTAAGAGT
Unaligned ( gi|36 ): CAACTAAACTAAACGGAAATAAGCGGTGCAGAAACGGTATTAT
Unaligned ( gi|39 ): TCATTATAATGTTATTCGTCCCACTATAAAATGTAAGA
Unaligned ( gi|40 ): TAATACTGTTATTTGCACCGCGAGTTATCTCCAAGAG
Unaligned ( gi|41 ): AAACGAAATAAGCGGTGCAGATTAACGGTATTATGC
Unaligned ( gi|42 ): TAAACAGGAATAAGCGGTGCAGATAACGGTAT
Alignments
lowQualScore : 1 444444444444444444444444 111111111111111111111111 111111111 11111 11111111111 22222 2222222222 111111111
lowQualScore : 2 22 1 7777 2 0 2 666666666666666666666666 1 444444444444444444444444 5 22 1 1 55 1 77 1 1 1 77777 2 2 4 2 333 55 2 8 555555555 00000 1 1 22 4 22 44444444444 22 2 33333 2 8888888888 555555 8888888888 6666666666 333 2 444 33 2 2 2 111111111 44444 2 2 2 3 5
lowQualScore : . .. . .... . . . ........................ . ........................ . .. . . .. . .. . . . ..... . . . . ... .. . . ......... ..... . . .. . .. ........... .. . ..... . .......... ...... .......... .......... ... . ... .. . . . ......... ..... . . . . .
lowQualScore : 1 99 2 7777 1 5 1 888888888888888888888888 9 888888888888888888888888 7 99 9 8 66 9 33 9 9 4 88888 0 0 0 1 777 00 1 9 888888888 44444 0 9 88 0 88 00000000000 88 1 33333 0 3333333333 555555 3333333333 2222222222 555 0 222 11 2 1 4 444444444 99999 9 9 3 3 7
consensus : TAATCATGTTA-T--TCG---CAC-C-GC-GA--------AAG------A------GT-TA----TT------------------TT-CC-TTT-AGTAAG-AGTTATTTT-CTCT-TTAAA-TTTGGTT-TATTCC-GTTGAGTTACTA-----TAGGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TTTA----NA-TGNT---ACANGTG-AA--AGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AACC-T-CGTAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------CAAG---C-TAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-ATG
Reference ( family-266 ) : TAATCATGTTA-T--TCG---CAT-C-GC-GA--------AAG------A------GT-TA----TT------------------TT-CC-TTT-AGTAAG-AGTTATTTT-CTCT-TTAAN-TTTGGTT-TATTCC-GTTGAGTTACTA-----TAGGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TTNA----NA-TGNT---ACANGTG-AA--AGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AACC-T-CGTAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------CAAG---C-TAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-ATG
gi|1 : --------AAG------A------GC-TG----TT------------------TT-CC-TTT-AGTAAG-AGTGAGTTG-TCCT-TTATA-TTTGGTT-TATTCG-ATT-AGTTACTA-----TAGGAA-TA-TGCAAATTTTC-GG---------------CA----TAGCGAC---ACAAGTG-AA--AGAAGTATTAAA--TA-----A-A--AAAA--AAAC-T-CTT-GG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGATTGTGGTGGAACAAG---C-TAAATT-GC--GGAA-TAAA--G-CAA---------TGCCT---------GCG-AA-TCGAATAA-CATGATT-ATG
gi|10 : aatcttttattcgatcaacaataaatagtG-AGTTATCTT-CTCT-TTAAA-TTTGGTT-TATTCC-GTTGAATTACTA-----TAGGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TTAA----AA-TGTT---ACATTTG-AA--AGAAGTA-TAAA--T------T-A--AAAC--AACC-T-AG-AGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGTAA----------CAAG---T-TAA----AC--GGAA-TAAG-CG-t
gi|11 : aatactgttatttgcaccgcTCATGTTA-G--TCG----AT-CCGC-GATAAAGTGTAAG------A------GT-TA----TT------------------TT-TCACTT-AGTAAG-AGTTATTTG-TCCT-TT------TGGAT-TATGCC-GTTAAGTTACTA-----TAGGAA-TA-TGCACATTTTC-AAATA---A--CTT-TTTT----TT-TGGA---AAAGGTG-AA--AGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AACC-T-CAT-GG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------gtgcagataacggtattatg
gi|12 : ATCATGTTA-T--TCG----AT-CCGC-AA--------AAA------ATTGTAAGT-TA----TT------------------TTTCC-TTT-AGTAAG-AGTTATTTG-CTCC-TTAAA-TGTGGTT-TATTCC-GTAAAGTTACTA-----TAGCAA-TA-TGCAAATTTTCAAAA-A---A--C-T-TT---------TGGA---ACAAGTT-AA--AGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AACC-T-CAT-GG-GTGG----------TGGTA------G----------GGG
gi|13 : gtTAATCATGTTA-T--TAG---CAT-C-GC-GG--------AAG------A------GT-TA----TC------------------TT-CC-TTT-AGTAAG-AGTTATTTT-CCCT-TTAAA-TTTGATT-TATTCC-GTTGAATTTCTA-----CAGGGA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TGCA----AA-TATT---ACATTTG-AA--AGAAGTA-CAAA--T------T-G--AAAC--AACC-T-TGT-GG-ATGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------C
gi|14 : ATCATGTTA-T--TCG---TCC-C-AC-TATAAAATGTAAG------A------GT-TA----TT------------------TT-TC-TTTAAGTAAC-AGTTATCTG-CTTT-TTAAA-TGTGATT-TATTCC-GTTAAGTTACTA-----TAAGAA-TA-TGCAAATTTTC-AA
gi|15 : gcattTAATTATGTTA-A--TCG----AT-CTGC-GATGAAGTGTAAG------A------GT-TA----TT------------------TTTCC-TTT-AGTAAG-AGTTATTTG-CCCT-TTAAC-TTT--------------TG-GTTACTA-----TAGGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---AACC-T-TTTT----TT-TGGA---ACAGGTGCAA--AGAATTA-TAAC--T------A-G--AAACAAAACC-T-AGTGGG-G-GA----------TGATgcaggaacaagctaaatacggaataaagcgggacaaataacatgataatgcc
gi|16 : TGTTA-T--TTG---CAC-C-GC-GA------------------------GT-TA----TC------------------TC-C---------AAG-AGT----------------A-TTTGGTT-TAATCC-GATGAATTACTA-----TTGGAA-TA-TGCAAATTTTC--AA-A---A--C-TGTTTA----CA-TGAC---ACACGTG-AA--AGAAGTA-
gi|17 : tacTGTTA-T--TTG---CAC-A-GC-GA------------------------GT-TA----TC------------------TC-C---------AAG-AGTTATCTT-CTTT-TTAAA-TTTGGTC-TATTTC-GTTGAATTGCTA-----TAGGCA-TA-TGCAAATTTTC--AA-A---A--C-TGTTTA----CA-TGAC---ACACGTG-AA--AGAAaacaagctaaacgtaatacgcggtgcatttaacggtatta
gi|18 : cataacgcTAATACTGTTA-T--TTG---CAC-C-GC-GA-----------------C------GT-TA------------------------TT-CC--------AAG-AG-TATTT-----T-TTAA-------------TCC-GATGAATT-CTA-----TTGGGA-CT-TGCCAAATTTC-AAA-A---A--C-TGTTTA----CA-TG-----ACACGTG-AA--AGAAG---TAAA--C------A-GCTAAAC--agctaaacggtgcagataacggta
gi|19 : gcaTTATGTTG-T--TCG---CAC-T-GC-GA--------TAA------A------GT--------------------------------------GTAAA-AGGTATTTT-TTCT-TTAGTATTTGGTT-TATTCT-GTTAAATTATCATT---TAGGAATTA-TTCAAATTTTA-AAA-T---A--T-T-TGCATATTTA-TGGT---ACAGGTG-gtatacgcggtgcatttaacgtat
gi|2 : AATCAT-TTA-T--TAG---CAT-C-GC-GA--------A-G------A------GT-TA----TTTCCTTTAGTAAGAAGTTATT-TC-TTT-AGTAAG-TAATACTTT--TCA-TTGAT-TTTG-TT-TATTC--GTTGAATTACTA-----TGAGAA-TA--GCAA-TTTTC-AAA-A---A--C-T-TTTA----AAATGTT---AATTTTG-AA--AGAAGTA-CAAA--T------T-A--AAAC--AACC-T---TTGG-GTGG----------T-GT-------G----------GGGAT----------AAAACCCC-TCAATT-ACGAGAAA-TAAA-TGCGAA---------T-TTCATTT--T--GCG-AT-GCTAA
gi|20 : AGG-AGTTATTCTGCCCT-TTAA--TTTGGTT-TATTCCAATAAAATTACTATATATTAGGAA-TA-TGCAAATTTGT-AAA-A---A--C-ac
gi|21 : ---ACAGGTG-AA--AGAAGTA-TAAA--TTAAAAAA-A--AAAA--AACCTT-CGT-GC-TTGG----------TGGTA------G----------GGGAT----------acttattttttggcaaaatacggaataaaccaaatattca
gi|22 : ----------TGGTG------G----------GGGGT----------CAAA---C-CAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATggtggagagatgaagcaatatcaggcggatta
gi|23 : tcttagtagaatattAATCATGTTA-T--TAG---CAT-C-GC-GA--------ACG------A------GT-TA----TT------------------TT-CC-TTT-AGTAAG-AGTTACTTA-CTCT-TTGAT-TTTGATT-TATTCC-GT
gi|24 : cacGGTG------G----------GGGAT----------CAAG---TATAAATT-AT--GGAA-TAAA-CT-ATAGTCTATATGTATTCAATT--CCTGTG-GT-GCGAATAA-CATGATT-AT
gi|25 : GTG-AA--AGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AACC-TAAGTACG-G-AG----------T---------------------AGAAA----------CAAG---C-TAAA-T-AC--GGAA-TAAA-
gi|26 : a-AA--AGAAGTA-TAAA--T------T-A--AAAC--AACC-T-AG-AGG-TTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------gagagacaaata
gi|27 : AGTA-TAAA--T------T-A--AAAC--AATC-T-AG-AGG-GTGG----------TGGTG------GGAGATGGTGGGGGAA----------CAAG---C-TAAAggtgggggaacagataacggtattatg
gi|28 : ---C-TAAATTTAC--CGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCGAAT-GC-AATAATCATGATTCATGcggtatta
gi|29 : ccatacAATCATGTTA-T--TCG---CTC-C-AC-GATAAAGTGTAAG------A------GT-TAT---TT------------------TT-CC-TTT-AGTAAgc
gi|3 : TAATCATGTTA-T--TAG---CAT-C-GC-GG--------AAG------A------AT-TA----TT------------------TT-CC-TTT-AGTAAG-AGTCACTTT-CTCT-TTGAT-TTTTATT-TATTCC-ATTGAGTTACTA-----TAGGAG-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TTAA----AA-TGTT---ACATTTG-AA--AGAAGTA-CAAA--T------A-G--AAAC--AATC-T-TGTAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------CAAA---C-CAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-ATGtttttgatcaaa
gi|30 : GTGGG-G-GA----------TGGTG------G----------GGGAA----------CAAG---C-TAA----AC--GGAA-TAAG-CG-
gi|31 : ---C-CAAATT-AC--GGAA-TAAG-CC-AAA---------TATTTAATT--T--GCG-AT-GCTAATAA-CATGgtgcagataacggtattatg
gi|32 : a--------AAG------A------GT-TAATTTTT------------------TC-CC-TTT-AGTAAG-AGT
gi|33 : tcgatcacgcgataaagtgtAAA---C-AAAATT-AC--GGAT-TAA--------------------TTAATT--C--GCG-AT-GCTAATTA-CAGGATT-ATG
gi|34 : ---C-TAAAT--AC--GGAA-TAAA-CC-AAA---------TAGT----------GGG-AC-G--AATAA-CATGATG-ATGc
gi|35 : AAA--T------T-G--AAAC--AACC---CTTTGG-GTAG----------TGGT------------------GGGAT----------CAAA---C-cc
gi|37 : aaaaatgAAA-CG-AAA---------TATTTACTT--C--GCG-AT-GCTACTAA-CATGATT-ATG
gi|38 : -AC--GGAA-TAAG-CT-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-c
gi|4 : ATCATGTTA-T--TCGACCCAC-T-AT-AAAATGT---AAG------A------GT-TAT---TT------------------TT-CC-TTA-AGTAAG-AGTTATCTG-CTCT-TTAAA-TGTGATT-TATTCC-GTTAAGTTACTA-----TAGGGA-TA-TGCAAATTTTTAAAA-A---A--C-T-TTT-----TT-TGCT---ACAAGTG-AA--AGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AA-C-T-TATAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGATGATGGGGGAACAAG---C-TAAA-T-AC--GGAA-TAAA-
gi|5 : tATCATGTT-----TTG---CATTC-GC-GG--------AAG------A------GT-T-----TT------------------TC-TC-TTT-AGTAAG-AGTTACTTT-CTCTCTTAAT-TTTGATT-TATTCT-GTTGAATTACTA-----TAGGAA-TAATGCAA-TTTTC-AAA-A---AA-C-T-TGCA----AA-TGTT---ACAT-TG-AA--AGAATTA-CAAAATT------A----AAAC--AACC-T-TG-AGT-GTGG----------C--TG------G----------GGGAT----------CAA----C-CAAATT-AC--GGAAATAAGGCG-AAA---------TATTTCATT--C--GCG-ATTGCTAATAA-CATGATgcgggtcgaataacttgataa
gi|6 : TGTTA-T--TTG----AT-CCGC-GATA------AAGTGTAATA------GT-TA----TT------------------TTTCC-TTT-AGTAAG-AATTTTTTG-CTCT-TTAAA-TTTGGTT-TATTCC-GTTAAGTTACTA-----CAAGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAC-T---T--C-T-TTT--------TGA----ACAGGTT-AAAGAGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AACC-T-CAT-GG-ATGG----------TGGTG------G----------GGGATGGTGGATTAACAAG---C-TAAA-T-AC--GGAA-TAAA-CT-AAA---------TAGGCAATT--C--CCG-GT-attat
gi|7 : ATCCTGTTA-TATTTG---CAA-C-ACAGA--------AAA------A------AT--------------------------------------GTAAG-AGTTATCTT-TCCT-TTAAA-TATGGTT-TATTCC-GTTAAATTACTA-----TAGGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---G--C-T-TTTA----TA-TGAC---ACAGTTG-AA--A-AAGTA-TAAA--T------ACC--AAAT--ACCC-C-T----------------------------------------------T----------CAAG---A-AAAATT-AT--GGAA-TAAA-CG-GTA---------TGTTCCATTTCT--GCG-TT-GCAAATAA-CAAGATta
gi|8 : gttcatttggctatA-T--TTG---CAC-C-GC-GA------------------------GT-TA----TC------------------TC-C---------AAG-AATTATCTT-CTCT-TTAAA-TTTGGTT-TATTCC-GTTGCATTACTA-----TAGGAA-TA-TGCAAATTTTC--AA-A---A--C-TGTTTA----CA-CGAC---ACACGTG-AA--AGAATTA-TAAA--T------T-A--AAAC--AACC-T-AG-AGG-GTGGTTATGGGGGATGGTG------G----------GGGAA----------CAAA---C-TAA----AC--GGAA-TAAG-CG-atagccg
gi|9 : CATGTTAGT--TCG----AT-CCGC-GATAAAGTGTGAG------A------GTGTA----TT------------------TT-TC-ACT-AGTAAGGAGTTATGTT-GTCC-T---G-TTTGGATATATGCC-GTT-AGTTACTA-----TAGGA--TA-TGCACATTT-C-AAA-ATATA--C-T-TCTT----TG-TTTTTGGAAAGGTG-AA--AGAAGTATTAAA--TA-----A-G--CAAC--CAAC-T-CATGGGTGTGG----------TGGCGAATGATG----------GGGAA----------CAAA---C-TAgtgcagataacggtatca
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): CAACTAAACTAAACGGAAATAAGCGGTGCAGAAACGGTATTAT
Unaligned ( gi|39 ): TCATTATAATGTTATTCGTCCCACTATAAAATGTAAGA
Unaligned ( gi|40 ): TAATACTGTTATTTGCACCGCGAGTTATCTCCAAGAG
Unaligned ( gi|41 ): AAACGAAATAAGCGGTGCAGATTAACGGTATTATGC
Unaligned ( gi|42 ): TAAACAGGAATAAGCGGTGCAGATAACGGTAT
Alignments
lowQualScore : 44444444444444444444444444444 111111111111111 111111111111111 11111111111 22222 2222222222 111111111
lowQualScore : 2 22 1 333 2 2 55555555555555555555555555555 1 5555 7 22 1 1 1 777777777777777 1 22 44 1 1 1 77777 2 2 2 2 333 77 8 222222222222222 1 1 22 4 22 44444444444 22 2 33333 2 8888888888 555555 8888888888 6666666666 333 2 444 33 2 2 2 111111111 44444 2 2 2 3 5
lowQualScore : . .. . ... . . ............................. . .... . .. . . . ............... . .. .. . . . ..... . . . . ... .. . ............... . . .. . .. ........... .. . ..... . .......... ...... .......... .......... ... . ... .. . . . ......... ..... . . . . .
lowQualScore : 0 88 4 555 0 0 22222222222222222222222222222 8 7777 3 99 9 8 8 555555555555555 9 66 33 9 9 4 88888 0 0 0 1 777 11 4 333333333333333 0 9 88 0 88 00000000000 88 1 33333 0 3333333333 555555 3333333333 2222222222 555 0 222 11 2 1 4 444444444 99999 9 9 3 3 7
consensus : TAATCATGTTA-T--TCG---CAC-CGC-GA--------AA-----G------A------GT-TA----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTTATTTN--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCC-GTTGAGTTACTA-----TAGGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--CT-TTTA----NA-T-GNT---ACANGTG-AA--AGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AACC-T-CGTAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------CAAG---C-TAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-ATG
Reference ( family-266 ) : TAATCATGTTA-T--TCG---CAC-CGC-GA--------AA-----G------A------GT-TA----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTTATTTT--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCC-GTTGAGTTACTA-----TAGGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--CT-TTTA----NA-T-GNT---ACANGTG-AA--AGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AACC-T-CGTAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------CAAG---C-TAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-ATG
gi|1 : --------AA-----G------A------GC-TG----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTGAGTTG--------------TCCT-TTA--T-ATTTGGTT-TATTCG-ATT-AGTTACTA-----TAGGAA-TA-TGCAAATTTTC-GGC-A-----------TA----G--C-GAC---ACAAGTG-AA--AGAAGTATTAAA--TA-----A-A--AAAA--AAAC-T-CTT-GG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGATTGTGGTGGAACAAG---C-TAAATT-GC--GGAA-TAAA--G-CAA---------TGCCT---------GCG-AA-TCGAATAA-CATGATT-ATG
gi|10 : aatcttttattcgatcaacaataaatagtG-A-GTTATCTT--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCC-GTTGAATTACTA-----TAGGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--CT-TTAA----AA-T-GTT---ACATTTG-AA--AGAAGTA-TAAA--T------T-A--AAAC--AACC-T-AG-AGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGTAA----------CAAG---T-TAA----AC--GGAA-TAAG-CG-t
gi|11 : aatactgttatttgcaccgcTCATGTTA-G--TCG---ATC-CGC-GATAAAGTGTAA-----G------A------GT-TA----TTTT-TCACTTA-GTAAG-A-GTTATTTG--------------TCCT-TT--------TGGAT-TATGCC-GTTAAGTTACTA-----TAGGAA-TA-TGCACATTTTC-AAATA---A--CT-TTTT----TT-TTGGA---AAAGGTG-AA--AGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AACC-T-CAT-GG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------gtgcagataacggtattatg
gi|12 : ATCATGTTA-T--TCG---ATC-CGC-AA--------AA-----A------ATTGTAAGT-TA----TTTTTCC-TTTA-GTAAG-A-GTTATTTG--------------CTCC-TTA--A-ATGTGGTT-TATTCC-GTAAAGTTACTA-----TAGCAA-TA-TGCAAATTTTCAAAA-A---A--CT-TTTG----GA---------ACAAGTT-AA--AGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AACC-T-CAT-GG-GTGG----------TGGTA------G----------GGG
gi|13 : gtTAATCATGTTA-T--TAG---CAT-CGC-GG--------AA-----G------A------GT-TA----TCTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTTATTTT--------------CCCT-TTA--A-ATTTGATT-TATTCC-GTTGAATTTCTA-----CAGGGA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--CT-TGCA----AA-T-ATT---ACATTTG-AA--AGAAGTA-CAAA--T------T-G--AAAC--AACC-T-TGT-GG-ATGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------C
gi|14 : ATCATGTTA-T--TCG---TCC-CAC-TATAAAATGTAA-----G------A------GT-TA----TTTT-TC-TTTAAGTAAC-A-GTTATCTG--------------CTTT-TTA--A-ATGTGATT-TATTCC-GTTAAGTTACTA-----TAAGAA-TA-TGCAAATTTTC-AA
gi|15 : gcattTAATTATGTTA-A--TCG---ATC-TGC-GATGAAGTGTAA-----G------A------GT-TA----TTTTTCC-TTTA-GTAAG-A-GTTATTTG--------------CCCT-TTA--A-CTTT--------------TG-GTTACTA-----TAGGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---AACCT-TTTT----TT-T-GGA---ACAGGTGCAA--AGAATTA-TAAC--T------A-G--AAACAAAACC-T-AGTGGG-G-GA----------TGATgcaggaacaagctaaatacggaataaagcgggacaaataacatgataatgcc
gi|16 : TGTTA-T--TTG---CAC-CGC-GA-----------------------------GT-TA----TCTC-C---------AAG-A-GT--------------------------------ATTTGGTT-TAATCC-GATGAATTACTA-----TTGGAA-TA-TGCAAATTTTC--AA-A---A--CTGTTTA----CA-T-GAC---ACACGTG-AA--AGAAGTA-
gi|17 : tacTGTTA-T--TTG---CAC-AGC-GA-----------------------------GT-TA----TCTC-C---------AAG-A-GTTATCTT--------------CTTT-TTA--A-ATTTGGTC-TATTTC-GTTGAATTGCTA-----TAGGCA-TA-TGCAAATTTTC--AA-A---A--CTGTTTA----CA-T-GAC---ACACGTG-AA--AGAAaacaagctaaacgtaatacgcggtgcatttaacggtatta
gi|18 : cataacgcTAATACTGTTA-T--TTG---CAC-CGC-GA----------------------C------GT-TA------TT-CC--------AAG-A-G-TATTT------------------T-TTA--A-------------TCC-GATGAATT-CTA-----TTGGGA-CT-TGCCAAATTTC-AAA-A---A--CTGTTTA----CA-T-G-----ACACGTG-AA--AGAAG---TAAA--C------A-GCTAAAC--agctaaacggtgcagataacggta
gi|19 : gcaTTATGTTG-T--TCG---CAC-TGC-GA--------TA-----A------A------GT--------------------GTAAA-A-GGTATTTT--------------TTCT-TTA--GTATTTGGTT-TATTCT-GTTAAATTATCATT---TAGGAATTA-TTCAAATTTTA-AAA-T---A--TT-TGCATATTTA-T-GGT---ACAGGTG-gtatacgcggtgcatttaacgtat
gi|2 : AATCAT-TTA-T--TAG---CAT-CGC-GA--------A------G------A------GT-TA----TTT--CC-TTTA-GTAAG-AAGTTATTTCTTTAGTAAGTAATACTTT-TCATTG-ATTTTGTT-TATTC--GTTGAATTACTA-----TGAGAA-TA--GCAA-TTTTC-AAA-A---A--CT-TTTA----AAAT-GTT---AATTTTG-AA--AGAAGTA-CAAA--T------T-A--AAAC--AACC-T---TTGG-GTGG----------T-GT-------G----------GGGAT----------AAAACCCC-TCAATT-ACGAGAAA-TAAA-TGCGAA---------T-TTCATTT--T--GCG-AT-GCTAA
gi|20 : AGG-A-GTTATTCTG-------------CCCT-TTA--A--TTTGGTT-TATTCCAATAAAATTACTATATATTAGGAA-TA-TGCAAATTTGT-AAA-A---A--CA-CTTA----ac
gi|21 : ---ACAGGTG-AA--AGAAGTA-TAAA--TTAAAAAA-A--AAAA--AACCTT-CGT-GC-TTGG----------TGGTA------G----------GGGAT----------ttttttggcaaaatacggaataaaccaaatattca
gi|22 : ----------TGGTG------G----------GGGGT----------CAAA---C-CAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATggtggagagatgaagcaatatcaggcggatta
gi|23 : tcttagtagaatattAATCATGTTA-T--TAG---CAT-CGC-GA--------AC-----G------A------GT-TA----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTTACTTA--------------CTCT-TTG--A-TTTTGATT-TATTCC-GT
gi|24 : cacGGTG------G----------GGGAT----------CAAG---TATAAATT-AT--GGAA-TAAA-CT-ATAGTCTATATGTATTCAATT--CCTGTG-GT-GCGAATAA-CATGATT-AT
gi|25 : GTG-AA--AGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AACC-TAAGTACG-G-AG----------T---------------------AGAAA----------CAAG---C-TAAA-T-AC--GGAA-TAAA-
gi|26 : a-AA--AGAAGTA-TAAA--T------T-A--AAAC--AACC-T-AG-AGG-TTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------gagagacaaata
gi|27 : AGTA-TAAA--T------T-A--AAAC--AATC-T-AG-AGG-GTGG----------TGGTG------GGAGATGGTGGGGGAA----------CAAG---C-TAAAggtgggggaacagataacggtattatg
gi|28 : ---C-TAAATTTAC--CGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCGAAT-GC-AATAATCATGATTCATGcggtatta
gi|29 : ccatacAATCATGTTA-T--TCG---CTC-CAC-GATAAAGTGTAA-----G------A------GT-TAT---TTTT-CC-TTTA-GTAAgc
gi|3 : TAATCATGTTA-T--TAG---CAT-CGC-GG--------AA-----G------A------AT-TA----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTCACTTT--------------CTCT-TTG--A-TTTTTATT-TATTCC-ATTGAGTTACTA-----TAGGAG-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--CT-TTAA----AA-T-GTT---ACATTTG-AA--AGAAGTA-CAAA--T------A-G--AAAC--AATC-T-TGTAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------CAAA---C-CAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-ATGtttttgatcaaa
gi|30 : GTGGG-G-GA----------TGGTG------G----------GGGAA----------CAAG---C-TAA----AC--GGAA-TAAG-CG-
gi|31 : ---C-CAAATT-AC--GGAA-TAAG-CC-AAA---------TATTTAATT--T--GCG-AT-GCTAATAA-CATGgtgcagataacggtattatg
gi|32 : a--------AA-----G------A------GT-TAATTTTTTC-CC-TTTA-GTAAG-A-GT
gi|33 : tcgatcacgcgataaagtgtAAA---C-AAAATT-AC--GGAT-TAA--------------------TTAATT--C--GCG-AT-GCTAATTA-CAGGATT-ATG
gi|34 : ---C-TAAAT--AC--GGAA-TAAA-CC-AAA---------TAGT----------GGG-AC-G--AATAA-CATGATG-ATGc
gi|35 : AAA--T------T-G--AAAC--AACC---CTTTGG-GTAG----------TGGT------------------GGGAT----------CAAA---C-cc
gi|37 : aaaaatgAAA-CG-AAA---------TATTTACTT--C--GCG-AT-GCTACTAA-CATGATT-ATG
gi|38 : -AC--GGAA-TAAG-CT-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-c
gi|4 : ATCATGTTA-T--TCGACCCAC-TAT-AA--------AATGTAAG------A------GT-TA----TTTTTCC-TTAA-GTAAG-A-GTTATCTG--------------CTCT-TTA--A-ATGTGATT-TATTCC-GTTAAGTTACTA-----TAGGGA-TA-TGCAAATTTTT-AAA-A---AA-CT-TTTT----T--T-GCT---ACAAGTG-AA--AGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AA-C-T-TATAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGATGATGGGGGAACAAG---C-TAAA-T-AC--GGAA-TAAA-
gi|40 : tTAATACTGTTA-T--TTG---CAC-CGC------------------G------A------GT-TA----TCTC-Cgcgggtcgaataacttgataa
gi|5 : ATCATGTT-----TTG---CATTCGC-GG--------AA-----G------A------GT-T-----TTTC-TC-TTTA-GTAAG-A-GTTACTTT--------------CTCTCTTA--A-TTTTGATT-TATTCT-GTTGAATTACTA-----TAGGAA-TAATGCAA-TTTTC-AAA-A---AA-CT-TGCA----AA-T-GTT---ACAT-TG-AA--AGAATTA-CAAAATT------A----AAAC--AACC-T-TG-AGT-GTGG----------C--TG------G----------GGGAT----------CAA----C-CAAATT-AC--GGAAATAAGGCG-AAA---------TATTTCATT--C--GCG-ATTGCTAATAA-CATGATaagag
gi|6 : TGTTA-T--TTG---ATC-CGC-GATA------AA-----GTGTAATA------GT-TA----TTTTTCC-TTTA-GTAAG-A-ATTTTTTG--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCC-GTTAAGTTACTA-----CAAGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAC-T---T--CT-TTT--------T-GA----ACAGGTT-AAAGAGAAGTA-TAAA--T------A-G--AAAC--AACC-T-CAT-GG-ATGG----------TGGTG------G----------GGGATGGTGGATTAACAAG---C-TAAA-T-AC--GGAA-TAAA-CT-AAA---------TAGGCAATT--C--CCG-GT-attat
gi|7 : ATCCTGTTA-TATTTG---CAA-CACAGA--------AA-----A------A------AT--------------------GTAAG-A-GTTATCTT--------------TCCT-TTA--A-ATATGGTT-TATTCC-GTTAAATTACTA-----TAGGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---G--CT-TTTA----TA-T-GAC---ACAGTTG-AA--A-AAGTA-TAAA--T------ACC--AAAT--ACCC-C-T----------------------------------------------T----------CAAG---A-AAAATT-AT--GGAA-TAAA-CG-GTA---------TGTTCCATTTCT--GCG-TT-GCAAATAA-CAAGATta
gi|8 : gttcatttggctatA-T--TTG---CAC-CGC-GA-----------------------------GT-TA----TCTC-C---------AAG-A-ATTATCTT--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCC-GTTGCATTACTA-----TAGGAA-TA-TGCAAATTTTC--AA-A---A--CTGTTTA----CA-C-GAC---ACACGTG-AA--AGAATTA-TAAA--T------T-A--AAAC--AACC-T-AG-AGG-GTGGTTATGGGGGATGGTG------G----------GGGAA----------CAAA---C-TAA----AC--GGAA-TAAG-CG-atagccg
gi|9 : CATGTTAGT--TCG---ATC-CGC-GATAAAGTGTGA-----G------A------GTGTA----TTTT-TC-ACTA-GTAAGGA-GTTATGTT--------------GTCC-T------GTTTGGATATATGCC-GTT-AGTTACTA-----TAGG-A-TA-TGCACA-TTTC-AAA-ATATA--CT-TCTT----TG-T-TTTTGGAAAGGTG-AA--AGAAGTATTAAA--TA-----A-G--CAAC--CAAC-T-CATGGGTGTGG----------TGGCGAATGATG----------GGGAA----------CAAA---C-TAgtgcagataacggtatca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): CAACTAAACTAAACGGAAATAAGCGGTGCAGAAACGGTATTAT
Unaligned ( gi|39 ): TCATTATAATGTTATTCGTCCCACTATAAAATGTAAGA
Unaligned ( gi|41 ): AAACGAAATAAGCGGTGCAGATTAACGGTATTATGC
Unaligned ( gi|42 ): TAAACAGGAATAAGCGGTGCAGATAACGGTAT
Alignments
lowQualScore : 44444444444444444444444444444 111111111111111 1111111 11111 11111111111 22222 2222222222 111111111
lowQualScore : 2 22 1 333 2 2 55555555555555555555555555555 1 5555 7 22 1 1 1 1 444444444444444 1 22 44 1 1 2 22 55555 2 2 2 2 333 77 2 8 0000000 11111 1 1 22 2 2 22 22222222222 22 2 2 33333 2 8888888888 555555 8888888888 6666666666 333 2 444 33 2 2 2 111111111 44444 2 2 2 3 5
lowQualScore : . .. . ... . . ............................. . .... . .. . . . . ............... . .. .. . . . .. ..... . . . . ... .. . . ....... ..... . . .. . . .. ........... .. . . ..... . .......... ...... .......... .......... ... . ... .. . . . ......... ..... . . . . .
lowQualScore : 0 88 4 555 0 0 22222222222222222222222222222 8 7777 3 99 9 8 8 9 777777777777777 9 66 33 9 4 0 88 00000 0 0 0 1 777 11 1 4 0000000 11111 0 9 88 0 0 88 00000000000 88 1 1 33333 0 3333333333 555555 3333333333 2222222222 555 0 222 11 2 1 4 444444444 99999 9 9 3 3 7
consensus : TAATCATGTTA-T--TCG---CAC-CGC-GA--------AA-----G------A------GT-TA----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTTATT-TN--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCCGTTGAG-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TTTA----NA-TGNT---ACANGTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-T-CGTAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------CAAG---C-TAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-ATG
Reference ( family-266 ) : TAATCATGTTA-T--TCG---CAC-CGC-GA--------AA-----G------A------GT-TA----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTTATT-TN--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCCGTTGAG-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TTTA----NA-TGNT---ACANGTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-T-CGTAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------CAAG---C-TAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-ATG
gi|1 : --------AA-----G------A------GC-TG----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTGAGT-TG--------------TCCT-TTA--T-ATTTGGTT-TATTCGATT-AG-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-GGC-A------------TA----G--CGAC---ACAAGTG-AA--AGAAGTA-TTAAA--T------A-A--AAAA--AAAAC-T-CTT-GG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGATTGTGGTGGAACAAG---C-TAAATT-GC--GGAA-TAAA--G-CAA---------TGCCT---------GCG-AA-TCGAATAA-CATGATT-ATG
gi|10 : aatcttttattcgatcaacaataaatagtG-A-GTTATC-TT--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCCGTTGAA-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TTAA----AA-TGTT---ACATTTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------T-A--AAAC--AAC-C-T-AG-AGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGTAA----------CAAG---T-TAA----AC--GGAA-TAAG-CG-t
gi|11 : aatactgttatttgcaccgcTCATGTTA-G--TCG---ATC-CGC-GATAAAGTGTAA-----G------A------GT-TA----TTTT-TCACTTA-GTAAG-A-GTTATT-TG--------------TCCT-TT--------TGGAT-TATGCCGTTAAG-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCACATTTTC-AAATA---A--CTT-TTTT----TT-TGGA---AAAGGTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-T-CAT-GG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------gtgcagataacggtattatg
gi|12 : ATCATGTTA-T--TCG---ATC-CGC-AA--------AA-----A------ATTGTAAGT-TA----TTTTTCC-TTTA-GTAAG-A-GTTATT-TG--------------CTCC-TTA--A-ATGTGGTT-TATTCCGTAAAG-TTACTA--TA-----GCAA-TA-TGCAAATTTTCAAAA-A---A--C-T-TTTG----GA--------ACAAGTT-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-T-CAT-GG-GTGG----------TGGTA------G----------GGG
gi|13 : gtTAATCATGTTA-T--TAG---CAT-CGC-GG--------AA-----G------A------GT-TA----TCTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTTATT-TT--------------CCCT-TTA--A-ATTTGATT-TATTCCGTTGAA-TTTCTA--CA-----GGGA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TGCA----AA-TATT---ACATTTG-AA--AGAAGTA-C-AAA--T------T-G--AAAC--AAC-C-T-TGT-GG-ATGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------C
gi|14 : ATCATGTTA-T--TCG---TCC-CAC-TATAAAATGTAA-----G------A------GT-TA----TTTT-TC-TTTAAGTAAC-A-GTTATC-TG--------------CTTT-TTA--A-ATGTGATT-TATTCCGTTAAG-TTACTA--TA-----AGAA-TA-TGCAAATTTTC-AA
gi|15 : gcattTAATTATGTTA-A--TCG---ATC-TGC-GATGAAGTGTAA-----G------A------GT-TA----TTTTTCC-TTTA-GTAAG-A-GTTATT-TG--------------CCCT-TTA--A-CTTT-------------TG-G-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---AACC-T-TTTT----TT-TGGA---ACAGGTGCAA--AGAATTA-T-AAC--T------A-G--AAACAAAAC-C-T-AGTGGG-G-GA----------TGATgcaggaacaagctaaatacggaataaagcgggacaaataacatgataatgcc
gi|16 : TGTTA-T--TTG---CAC-CGC-GA-----------------------------GT-TA----TCTC-C---------AAG-A-GT---------------------------------ATTTGGTT-TAATCCGATGAA-TTACTA--TT-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC--AA-A---A--C-TGTTTA----CA-TGAC---ACACGTG-AA--AGAAGTA-
gi|17 : tacTGTTA-T--TTG---CAC-AGC-GA-----------------------------GT-TA----TCTC-C---------AAG-A-GTTATC-TT--------------CTTT-TTA--A-ATTTGGTC-TATTTCGTTGAA-TTGCTA--TA-----GGCA-TA-TGCAAATTTTC--AA-A---A--C-TGTTTA----CA-TGAC---ACACGTG-AA--AGAAaacaagctaaacgtaatacgcggtgcatttaacggtatta
gi|18 : cataacgcTAATACTGTTA-T--TTG---CAC-CGC-GA----------------------C------GT-TA------TT-CC--------AAG-A-G-TATT-T------------------T-TTA--A-------------TCCGATGAA-TT-CTA--TT-----GGGA-CT-TGCCAAATTTC-AAA-A---A--C-TGTTTA----CA-TG-----ACACGTG-AA--AGAAG---T-AAA--C------A-GCTAAAC--agctaaacggtgcagataacggta
gi|19 : gcaTTATGTTG-T--TCG---CAC-TGC-GA--------TA-----A------A------GT--------------------GTAAA-A-GGTATT-TT--------------TTCT-TTA--GTATTTGGTT-TATTCTGTTAAA-TTATCATTTA-----GGAATTA-TTCAAATTTTA-AAA-T---A--T-T-TGCATATTTA-TGGT---ACAGGTG-gtatacgcggtgcatttaacgtat
gi|2 : AATCAT-TTA-T--TAG---CAT-CGC-GA--------A------G------A------GT-TA----TTT--CC-TTTA-GTAAG-AAGTTATT-TCTTTAGTAAGTAATACTTT-TCATTG-ATTTTGTT-TATTC-GTTGAA-TTACTA--TG-----AGAA-TA--GCAA-TTTTC-AAA-A---A--C-T-TTTA----AAATGTT---AATTTTG-AA--AGAAGTA-C-AAA--T------T-A--AAAC--AAC-C-T---TTGG-GTGG----------T-GT-------G----------GGGAT----------AAAACCCC-TCAATT-ACGAGAAA-TAAA-TGCGAA---------T-TTCATTT--T--GCG-AT-GCTAA
gi|20 : AGG-A-GTTATTCTG--------------CCCT-TTA--A--TTTGGTT-TATTCCAATAAAATTACTA--TATATTAGGAA-TA-TGCAAATTTGT-AAA-A---A--C-A-CTTA----ac
gi|21 : ---ACAGGTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--TTAAAAAA-A--AAAA--AAC-CTT-CGT-GC-TTGG----------TGGTA------G----------GGGAT----------ttttttggcaaaatacggaataaaccaaatattca
gi|22 : ----------TGGTG------G----------GGGGT----------CAAA---C-CAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATggtggagagatgaagcaatatcaggcggatta
gi|23 : tcttagtagaatattAATCATGTTA-T--TAG---CAT-CGC-GA--------AC-----G------A------GT-TA----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTTACT-TA--------------CTCT-TTG--A-TTTTGATT-TATTCCGT
gi|24 : cacGGTG------G----------GGGAT----------CAAG---TATAAATT-AT--GGAA-TAAA-CT-ATAGTCTATATGTATTCAATT--CCTGTG-GT-GCGAATAA-CATGATT-AT
gi|25 : GTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-TAAGTACG-G-AG----------T---------------------AGAAA----------CAAG---C-TAAA-T-AC--GGAA-TAAA-
gi|26 : a-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------T-A--AAAC--AAC-C-T-AG-AGG-TTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------gagagacaaata
gi|27 : AGTA-T-AAA--T------T-A--AAAC--AAT-C-T-AG-AGG-GTGG----------TGGTG------GGAGATGGTGGGGGAA----------CAAG---C-TAAAggtgggggaacagataacggtattatg
gi|28 : ---C-TAAATTTAC--CGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCGAAT-GC-AATAATCATGATTCATGcggtatta
gi|29 : ccatacAATCATGTTA-T--TCG---CTC-CAC-GATAAAGTGTAA-----G------A------GT-TAT---TTTT-CC-TTTA-GTAAgc
gi|3 : TAATCATGTTA-T--TAG---CAT-CGC-GG--------AA-----G------A------AT-TA----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTCACT-TT--------------CTCT-TTG--A-TTTTTATT-TATTCCATTGAG-TTACTA--TA-----GGAG-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TTAA----AA-TGTT---ACATTTG-AA--AGAAGTA-C-AAA--T------A-G--AAAC--AAT-C-T-TGTAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------CAAA---C-CAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-ATGtttttgatcaaa
gi|30 : GTGGG-G-GA----------TGGTG------G----------GGGAA----------CAAG---C-TAA----AC--GGAA-TAAG-CG-
gi|31 : ---C-CAAATT-AC--GGAA-TAAG-CC-AAA---------TATTTAATT--T--GCG-AT-GCTAATAA-CATGgtgcagataacggtattatg
gi|32 : a--------AA-----G------A------GT-TAATTTTTTC-CC-TTTA-GTAAG-A-GT
gi|33 : tcgatcacgcgataaagtgtAAA---C-AAAATT-AC--GGAT-TAA--------------------TTAATT--C--GCG-AT-GCTAATTA-CAGGATT-ATG
gi|34 : ---C-TAAAT--AC--GGAA-TAAA-CC-AAA---------TAGT----------GGG-AC-G--AATAA-CATGATG-ATGc
gi|35 : -AAA--T------T-G--AAAC--AAC-C---CTTTGG-GTAG----------TGGT------------------GGGAT----------CAAA---C-cc
gi|37 : aaaaatgAAA-CG-AAA---------TATTTACTT--C--GCG-AT-GCTACTAA-CATGATT-ATG
gi|38 : -AC--GGAA-TAAG-CT-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-c
gi|4 : ATCATGTTA-T--TCGACCCAC-TAT-AA--------AATGTAAG------A------GT-TA----TTTTTCC-TTAA-GTAAG-A-GTTATC-TG--------------CTCT-TTA--A-ATGTGATT-TATTCCGTTAAG-TTACTA--TA-----GGGA-TA-TGCAAATTTTT-AAA-A---AA-C-T-TTTT----T--TGCT---ACAAGTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AA--C-T-TATAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGATGATGGGGGAACAAG---C-TAAA-T-AC--GGAA-TAAA-
gi|40 : tTAATACTGTTA-T--TTG---CAC-CGC------------------G------A------GT-TA----TCTC-Cgcgggtcgaataacttgataa
gi|5 : ATCATGTT-----TTG---CATTCGC-GG--------AA-----G------A------GT-T-----TTTC-TC-TTTA-GTAAG-A-GTTACT-TT--------------CTCTCTTA--A-TTTTGATT-TATTCTGTTGAA-TTACTA--TA-----GGAA-TAATGCAA-TTTTC-AAA-A---AA-C-T-TGCA----AA-TGTT---ACAT-TG-AA--AGAATTA-C-AAAATT------A----AAAC--AAC-C-T-TG-AGT-GTGG----------C--TG------G----------GGGAT----------CAA----C-CAAATT-AC--GGAAATAAGGCG-AAA---------TATTTCATT--C--GCG-ATTGCTAATAA-CATGATaagag
gi|6 : TGTTA-T--TTG---ATC-CGC-GATA------AA-----GTGTAATA------GT-TA----TTTTTCC-TTTA-GTAAG-A-ATTTTT-TG--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCCGTTAAG-TTACTA--CA-----AGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAC-T---T--C-T-TTT--------TGA----ACAGGTT-AAAGAGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-T-CAT-GG-ATGG----------TGGTG------G----------GGGATGGTGGATTAACAAG---C-TAAA-T-AC--GGAA-TAAA-CT-AAA---------TAGGCAATT--C--CCG-GT-attat
gi|7 : ATCCTGTTA-TATTTG---CAA-CACAGA--------AA-----A------A------AT--------------------GTAAG-A-GTTATC-TT--------------TCCT-TTA--A-ATATGGTT-TATTCCGTTAAA-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---G--C-T-TTTA----TA-TGAC---ACAGTTG-AA--A-AAGTA-T-AAA--T------ACC--AAAT--ACC-C-C-T----------------------------------------------T----------CAAG---A-AAAATT-AT--GGAA-TAAA-CG-GTA---------TGTTCCATTTCT--GCG-TT-GCAAATAA-CAAGATta
gi|8 : gttcatttggctatA-T--TTG---CAC-CGC-GA-----------------------------GT-TA----TCTC-C---------AAG-A-ATTATC-TT--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCCGTTGCA-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC--AA-A---A--C-TGTTTA----CA-CGAC---ACACGTG-AA--AGAATTA-T-AAA--T------T-A--AAAC--AAC-C-T-AG-AGG-GTGGTTATGGGGGATGGTG------G----------GGGAA----------CAAA---C-TAA----AC--GGAA-TAAG-CG-atagccg
gi|9 : CATGTTAGT--TCG---ATC-CGC-GATAAAGTGTGA-----G------A------GTGTA----TTTT-TC-ACTA-GTAAGGA-GTTATG-TT--------------GTCC-T------GTTTGGATATATGCCGTT-AG-TTACTA--TA-----GGA--TA-TGCACATTT-C-AAA-ATATA--C-T-TCTT----TG-TTTTTGGAAAGGTG-AA--AGAAGTATT-AAA--TA-----A-G--CAAC--CAA-C-T-CATGGGTGTGG----------TGGCGAATGATG----------GGGAA----------CAAA---C-TAgtgcagataacggtatca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): CAACTAAACTAAACGGAAATAAGCGGTGCAGAAACGGTATTAT
Unaligned ( gi|39 ): TCATTATAATGTTATTCGTCCCACTATAAAATGTAAGA
Unaligned ( gi|41 ): AAACGAAATAAGCGGTGCAGATTAACGGTATTATGC
Unaligned ( gi|42 ): TAAACAGGAATAAGCGGTGCAGATAACGGTAT
Alignments
lowQualScore : 44444444444444444444444444444 111111111111111 1111111 11111 11111111111 22222 2222222222 111111111
lowQualScore : 2 22 1 333 2 2 55555555555555555555555555555 1 5555 7 22 1 1 1 1 444444444444444 1 22 44 1 1 2 22 55555 2 2 2 2 333 77 2 8 0000000 11111 1 1 22 2 2 22 22222222222 22 2 2 33333 2 8888888888 555555 8888888888 6666666666 333 2 444 33 2 2 2 111111111 44444 2 2 2 3 5
lowQualScore : . .. . ... . . ............................. . .... . .. . . . . ............... . .. .. . . . .. ..... . . . . ... .. . . ....... ..... . . .. . . .. ........... .. . . ..... . .......... ...... .......... .......... ... . ... .. . . . ......... ..... . . . . .
lowQualScore : 0 88 4 555 0 0 22222222222222222222222222222 8 7777 3 99 9 8 8 9 777777777777777 9 66 33 9 4 0 88 00000 0 0 0 1 777 11 1 4 0000000 11111 0 9 88 0 0 88 00000000000 88 1 1 33333 0 3333333333 555555 3333333333 2222222222 555 0 222 11 2 1 4 444444444 99999 9 9 3 3 7
consensus : TAATCATGTTA-T--TCG---CAC-CGC-GA--------AA-----G------A------GT-TA----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTTATT-TN--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCCGTTGAG-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TTTA----NA-TGNT---ACANGTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-T-CGTAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------CAAG---C-TAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-ATG
Reference ( family-266 ) : TAATCATGTTA-T--TCG---CAC-CGC-GA--------AA-----G------A------GT-TA----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTTATT-TN--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCCGTTGAG-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TTTA----NA-TGNT---ACANGTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-T-CGTAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------CAAG---C-TAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-ATG
gi|1 : --------AA-----G------A------GC-TG----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTGAGT-TG--------------TCCT-TTA--T-ATTTGGTT-TATTCGATT-AG-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-GGC-A------------TA----G--CGAC---ACAAGTG-AA--AGAAGTA-TTAAA--T------A-A--AAAA--AAAAC-T-CTT-GG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGATTGTGGTGGAACAAG---C-TAAATT-GC--GGAA-TAAA--G-CAA---------TGCCT---------GCG-AA-TCGAATAA-CATGATT-ATG
gi|10 : aatcttttattcgatcaacaataaatagtG-A-GTTATC-TT--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCCGTTGAA-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TTAA----AA-TGTT---ACATTTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------T-A--AAAC--AAC-C-T-AG-AGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGTAA----------CAAG---T-TAA----AC--GGAA-TAAG-CG-t
gi|11 : aatactgttatttgcaccgcTCATGTTA-G--TCG---ATC-CGC-GATAAAGTGTAA-----G------A------GT-TA----TTTT-TCACTTA-GTAAG-A-GTTATT-TG--------------TCCT-TT--------TGGAT-TATGCCGTTAAG-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCACATTTTC-AAATA---A--CTT-TTTT----TT-TGGA---AAAGGTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-T-CAT-GG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------gtgcagataacggtattatg
gi|12 : ATCATGTTA-T--TCG---ATC-CGC-AA--------AA-----A------ATTGTAAGT-TA----TTTTTCC-TTTA-GTAAG-A-GTTATT-TG--------------CTCC-TTA--A-ATGTGGTT-TATTCCGTAAAG-TTACTA--TA-----GCAA-TA-TGCAAATTTTCAAAA-A---A--C-T-TTTG----GA--------ACAAGTT-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-T-CAT-GG-GTGG----------TGGTA------G----------GGG
gi|13 : gtTAATCATGTTA-T--TAG---CAT-CGC-GG--------AA-----G------A------GT-TA----TCTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTTATT-TT--------------CCCT-TTA--A-ATTTGATT-TATTCCGTTGAA-TTTCTA--CA-----GGGA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TGCA----AA-TATT---ACATTTG-AA--AGAAGTA-C-AAA--T------T-G--AAAC--AAC-C-T-TGT-GG-ATGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------C
gi|14 : ATCATGTTA-T--TCG---TCC-CAC-TATAAAATGTAA-----G------A------GT-TA----TTTT-TC-TTTAAGTAAC-A-GTTATC-TG--------------CTTT-TTA--A-ATGTGATT-TATTCCGTTAAG-TTACTA--TA-----AGAA-TA-TGCAAATTTTC-AA
gi|15 : gcattTAATTATGTTA-A--TCG---ATC-TGC-GATGAAGTGTAA-----G------A------GT-TA----TTTTTCC-TTTA-GTAAG-A-GTTATT-TG--------------CCCT-TTA--A-CTTT-------------TG-G-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---AACC-T-TTTT----TT-TGGA---ACAGGTGCAA--AGAATTA-T-AAC--T------A-G--AAACAAAAC-C-T-AGTGGG-G-GA----------TGATgcaggaacaagctaaatacggaataaagcgggacaaataacatgataatgcc
gi|16 : TGTTA-T--TTG---CAC-CGC-GA-----------------------------GT-TA----TCTC-C---------AAG-A-GT---------------------------------ATTTGGTT-TAATCCGATGAA-TTACTA--TT-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC--AA-A---A--C-TGTTTA----CA-TGAC---ACACGTG-AA--AGAAGTA-
gi|17 : tacTGTTA-T--TTG---CAC-AGC-GA-----------------------------GT-TA----TCTC-C---------AAG-A-GTTATC-TT--------------CTTT-TTA--A-ATTTGGTC-TATTTCGTTGAA-TTGCTA--TA-----GGCA-TA-TGCAAATTTTC--AA-A---A--C-TGTTTA----CA-TGAC---ACACGTG-AA--AGAAaacaagctaaacgtaatacgcggtgcatttaacggtatta
gi|18 : cataacgcTAATACTGTTA-T--TTG---CAC-CGC-GA----------------------C------GT-TA------TT-CC--------AAG-A-G-TATT-T------------------T-TTA--A-------------TCCGATGAA-TT-CTA--TT-----GGGA-CT-TGCCAAATTTC-AAA-A---A--C-TGTTTA----CA-TG-----ACACGTG-AA--AGAAG---T-AAA--C------A-GCTAAAC--agctaaacggtgcagataacggta
gi|19 : gcaTTATGTTG-T--TCG---CAC-TGC-GA--------TA-----A------A------GT--------------------GTAAA-A-GGTATT-TT--------------TTCT-TTA--GTATTTGGTT-TATTCTGTTAAA-TTATCATTTA-----GGAATTA-TTCAAATTTTA-AAA-T---A--T-T-TGCATATTTA-TGGT---ACAGGTG-gtatacgcggtgcatttaacgtat
gi|2 : AATCAT-TTA-T--TAG---CAT-CGC-GA--------A------G------A------GT-TA----TTT--CC-TTTA-GTAAG-AAGTTATT-TCTTTAGTAAGTAATACTTT-TCATTG-ATTTTGTT-TATTC-GTTGAA-TTACTA--TG-----AGAA-TA--GCAA-TTTTC-AAA-A---A--C-T-TTTA----AAATGTT---AATTTTG-AA--AGAAGTA-C-AAA--T------T-A--AAAC--AAC-C-T---TTGG-GTGG----------T-GT-------G----------GGGAT----------AAAACCCC-TCAATT-ACGAGAAA-TAAA-TGCGAA---------T-TTCATTT--T--GCG-AT-GCTAA
gi|20 : AGG-A-GTTATTCTG--------------CCCT-TTA--A--TTTGGTT-TATTCCAATAAAATTACTA--TATATTAGGAA-TA-TGCAAATTTGT-AAA-A---A--C-A-CTTA----ac
gi|21 : ---ACAGGTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--TTAAAAAA-A--AAAA--AAC-CTT-CGT-GC-TTGG----------TGGTA------G----------GGGAT----------ttttttggcaaaatacggaataaaccaaatattca
gi|22 : ----------TGGTG------G----------GGGGT----------CAAA---C-CAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATggtggagagatgaagcaatatcaggcggatta
gi|23 : tcttagtagaatattAATCATGTTA-T--TAG---CAT-CGC-GA--------AC-----G------A------GT-TA----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTTACT-TA--------------CTCT-TTG--A-TTTTGATT-TATTCCGT
gi|24 : cacGGTG------G----------GGGAT----------CAAG---TATAAATT-AT--GGAA-TAAA-CT-ATAGTCTATATGTATTCAATT--CCTGTG-GT-GCGAATAA-CATGATT-AT
gi|25 : GTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-TAAGTACG-G-AG----------T---------------------AGAAA----------CAAG---C-TAAA-T-AC--GGAA-TAAA-
gi|26 : a-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------T-A--AAAC--AAC-C-T-AG-AGG-TTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------gagagacaaata
gi|27 : AGTA-T-AAA--T------T-A--AAAC--AAT-C-T-AG-AGG-GTGG----------TGGTG------GGAGATGGTGGGGGAA----------CAAG---C-TAAAggtgggggaacagataacggtattatg
gi|28 : ---C-TAAATTTAC--CGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCGAAT-GC-AATAATCATGATTCATGcggtatta
gi|29 : ccatacAATCATGTTA-T--TCG---CTC-CAC-GATAAAGTGTAA-----G------A------GT-TAT---TTTT-CC-TTTA-GTAAgc
gi|3 : TAATCATGTTA-T--TAG---CAT-CGC-GG--------AA-----G------A------AT-TA----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTCACT-TT--------------CTCT-TTG--A-TTTTTATT-TATTCCATTGAG-TTACTA--TA-----GGAG-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TTAA----AA-TGTT---ACATTTG-AA--AGAAGTA-C-AAA--T------A-G--AAAC--AAT-C-T-TGTAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------CAAA---C-CAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-ATGtttttgatcaaa
gi|30 : GTGGG-G-GA----------TGGTG------G----------GGGAA----------CAAG---C-TAA----AC--GGAA-TAAG-CG-
gi|31 : ---C-CAAATT-AC--GGAA-TAAG-CC-AAA---------TATTTAATT--T--GCG-AT-GCTAATAA-CATGgtgcagataacggtattatg
gi|32 : a--------AA-----G------A------GT-TAATTTTTTC-CC-TTTA-GTAAG-A-GT
gi|33 : tcgatcacgcgataaagtgtAAA---C-AAAATT-AC--GGAT-TAA--------------------TTAATT--C--GCG-AT-GCTAATTA-CAGGATT-ATG
gi|34 : ---C-TAAAT--AC--GGAA-TAAA-CC-AAA---------TAGT----------GGG-AC-G--AATAA-CATGATG-ATGc
gi|35 : -AAA--T------T-G--AAAC--AAC-C---CTTTGG-GTAG----------TGGT------------------GGGAT----------CAAA---C-cc
gi|37 : aaaaatgAAA-CG-AAA---------TATTTACTT--C--GCG-AT-GCTACTAA-CATGATT-ATG
gi|38 : -AC--GGAA-TAAG-CT-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-c
gi|4 : ATCATGTTA-T--TCGACCCAC-TAT-AA--------AATGTAAG------A------GT-TA----TTTTTCC-TTAA-GTAAG-A-GTTATC-TG--------------CTCT-TTA--A-ATGTGATT-TATTCCGTTAAG-TTACTA--TA-----GGGA-TA-TGCAAATTTTT-AAA-A---AA-C-T-TTTT----T--TGCT---ACAAGTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AA--C-T-TATAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGATGATGGGGGAACAAG---C-TAAA-T-AC--GGAA-TAAA-
gi|40 : tTAATACTGTTA-T--TTG---CAC-CGC------------------G------A------GT-TA----TCTC-Cgcgggtcgaataacttgataa
gi|5 : ATCATGTT-----TTG---CATTCGC-GG--------AA-----G------A------GT-T-----TTTC-TC-TTTA-GTAAG-A-GTTACT-TT--------------CTCTCTTA--A-TTTTGATT-TATTCTGTTGAA-TTACTA--TA-----GGAA-TAATGCAA-TTTTC-AAA-A---AA-C-T-TGCA----AA-TGTT---ACAT-TG-AA--AGAATTA-C-AAAATT------A----AAAC--AAC-C-T-TG-AGT-GTGG----------C--TG------G----------GGGAT----------CAA----C-CAAATT-AC--GGAAATAAGGCG-AAA---------TATTTCATT--C--GCG-ATTGCTAATAA-CATGATaagag
gi|6 : TGTTA-T--TTG---ATC-CGC-GATA------AA-----GTGTAATA------GT-TA----TTTTTCC-TTTA-GTAAG-A-ATTTTT-TG--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCCGTTAAG-TTACTA--CA-----AGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAC-T---T--C-T-TTT--------TGA----ACAGGTT-AAAGAGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-T-CAT-GG-ATGG----------TGGTG------G----------GGGATGGTGGATTAACAAG---C-TAAA-T-AC--GGAA-TAAA-CT-AAA---------TAGGCAATT--C--CCG-GT-attat
gi|7 : ATCCTGTTA-TATTTG---CAA-CACAGA--------AA-----A------A------AT--------------------GTAAG-A-GTTATC-TT--------------TCCT-TTA--A-ATATGGTT-TATTCCGTTAAA-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---G--C-T-TTTA----TA-TGAC---ACAGTTG-AA--A-AAGTA-T-AAA--T------ACC--AAAT--ACC-C-C-T----------------------------------------------T----------CAAG---A-AAAATT-AT--GGAA-TAAA-CG-GTA---------TGTTCCATTTCT--GCG-TT-GCAAATAA-CAAGATta
gi|8 : gttcatttggctatA-T--TTG---CAC-CGC-GA-----------------------------GT-TA----TCTC-C---------AAG-A-ATTATC-TT--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCCGTTGCA-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC--AA-A---A--C-TGTTTA----CA-CGAC---ACACGTG-AA--AGAATTA-T-AAA--T------T-A--AAAC--AAC-C-T-AG-AGG-GTGGTTATGGGGGATGGTG------G----------GGGAA----------CAAA---C-TAA----AC--GGAA-TAAG-CG-atagccg
gi|9 : CATGTTAGT--TCG---ATC-CGC-GATAAAGTGTGA-----G------A------GTGTA----TTTT-TC-ACTA-GTAAGGA-GTTATG-TT--------------GTCC-T------GTTTGGATATATGCCGTT-AG-TTACTA--TA-----GGA--TA-TGCACATTT-C-AAA-ATATA--C-T-TCTT----TG-TTTTTGGAAAGGTG-AA--AGAAGTATT-AAA--TA-----A-G--CAAC--CAA-C-T-CATGGGTGTGG----------TGGCGAATGATG----------GGGAA----------CAAA---C-TAgtgcagataacggtatca
blockSeqs : G AT C ACC T A TAAAGTGTAAGA G ATTT T AC A G A C CTTTAGTAAGTAATA C TT TA A G A TT TATTA T A A T TAT AC T G TATTTA TTTGG T C AG T . AT TAAAAAAA AA . T AAGTA T TTATGGGGGA AATGAT GAGATGGTGG GATGGGGGAA CCC A TTT GA A G C GTCTATATG CCT A T T T C
blockSeqs : . . A . . . TAAAATGTAAGA . T T T . . . . T . . A . A . . . . . . . . A . G AAA TT G . . . . . AGCT . . . AGTG . . . . GGTGGATTAA . . TT . . . . . TCT . . T . .
blockSeqs : . . C . . . TGAAGTGTAAGA . . T T . . . . G . . A . A . . . . . . . . A . G AA GA A . . . . . ACC . . . TGTA . . . . . . . TT . . . . . T . . G . .
blockSeqs : . . C . . . TAAAGTGTAAGA . . T T . . . . G . . A . G . . . . . . . . . . G TT TT T . . . . . AAG . . . CTTT . . . . . . . TT . . . . . C . . T . .
blockSeqs : . . T . . . TAAAGTGTAATA . . . T . . . . T . . A . A . . . . . . . . . . . GA GA G . . . . . TA . . . TATA . . . . . . . TT . . . . . C . . T . .
blockSeqs : . . T . . . TAAAGTGTGAGA . . . T . . . . G . . C . G . . . . . . . . . . . AA AC C . . . . . AG . . . CATG . . . . . . . TT . . . . . C . . T . .
blockSeqs : . . T . . . AAAATTGTAA . . . T . . . . G . . A . G . . . . . . . . . . . TT AC C . . . . . AG . . . AGA . . . . . . . TT . . . . . T . . T .
blockSeqs : . . C . . . AATGTAAGA . . . T . . . . T . . A . G . . . . . . . . . . . CA GT C . . . . . TG . . . CAT . . . . . . . TT . . . . . C . . T .
blockSeqs : . . A . . . AAGA . . . T . . . . T . . A . G . . . . . . . . . . . CA TT G . . . . . AG . . . CAT . . . . . . . TT . . . . . C . . T .
blockSeqs : . . A . . . TAAA . . . T . . . . G . . T . A . . . . . . . . . . . CA TT T . . . . . TA . . . TGT . . . . . . . T . . . . . C . . A .
blockSeqs : . . C . . . ACGA . . . T . . . . A . . T . G . . . . . . . . . . . AA CT G . . . . . AG . . . CGT . . . . . . . T . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . A . . . AAGA . . . T . . . . T . . A . A . . . . . . . . . . . AA TT T . . . . . TA . . . AGA . . . . . . . T . . . . . C . . .
blockSeqs : . . C . . . AAGA . . . T . . . . G . . T . G . . . . . . . . . . . TA AC A . . . . . TA . . . AGA . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . AAGA . . . A . . . . T . . A . A . . . . . . . . . . . CA AC T . . . . . AG . . . TGA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . AAAA . . . . . . . . G . . A . G . . . . . . . . . . . TG A G . . . . . TG . . . CAT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . AGA . . . . . . . . T . . A . A . . . . . . . . . . . T . G . . . . . AG . . . AGA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . GA . . . . . . . . T . . G . A . . . . . . . . . . . . . C . . . . . AG . . . TT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . C . . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . G . . . . . TA . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : NA***** ********** C****
originalCons : TAATCATGTTA-T--TCG---CAC-CGC-GA--------AA-----G------A------GT-TA----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTTATT-TN--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCCGTTGAG-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TTTA----NA-TGNT---ACANGTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-T-CGTAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------CAAG---C-TAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-ATG
finalCons : TAATCATGTTA-T--TCG---CAC-CGC-GA--------AA-----G------A------GT-TA----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTTATT-TN--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCCGTTGAG-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TTTANA-----TGNT---ACANGTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-T-CGTAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------CAAG---C-TAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATTC----GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-ATG
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): CAACTAAACTAAACGGAAATAAGCGGTGCAGAAACGGTATTAT
Unaligned ( gi|39 ): TCATTATAATGTTATTCGTCCCACTATAAAATGTAAGA
Unaligned ( gi|41 ): AAACGAAATAAGCGGTGCAGATTAACGGTATTATGC
Unaligned ( gi|42 ): TAAACAGGAATAAGCGGTGCAGATAACGGTAT
Alignments
lowQualScore : 44444444444444444444444444444 111111111111111 1111111 11111 11111111111 22222 2222222222 111111111
lowQualScore : 2 22 1 333 2 2 55555555555555555555555555555 1 5555 7 22 1 1 1 1 444444444444444 1 22 44 1 1 2 22 55555 2 2 2 2 333 77 2 8 0000000 11111 1 1 22 2 2 22 22222222222 22 2 2 33333 2 8888888888 555555 8888888888 6666666666 333 2 444 33 2 2 2 111111111 44444 2 2 2 3 5
lowQualScore : . .. . ... . . ............................. . .... . .. . . . . ............... . .. .. . . . .. ..... . . . . ... .. . . ....... ..... . . .. . . .. ........... .. . . ..... . .......... ...... .......... .......... ... . ... .. . . . ......... ..... . . . . .
lowQualScore : 0 88 4 555 0 0 22222222222222222222222222222 8 7777 3 99 9 8 8 9 777777777777777 9 66 33 9 4 0 88 00000 0 0 0 1 777 11 1 4 0000000 11111 0 9 88 0 0 88 00000000000 88 1 1 33333 0 3333333333 555555 3333333333 2222222222 555 0 222 11 2 1 4 444444444 99999 9 9 3 3 7
consensus : TAATCATGTTA-T--TCG---CAC-CGC-GA--------AA-----G------A------GT-TA----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTTATT-TN--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCCGTTGAG-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TTTA----NA-TGNT---ACANGTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-T-CGTAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------CAAG---C-TAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-ATG
Reference ( family-266 ) : TAATCATGTTA-T--TCG---CAC-CGC-GA--------AA-----G------A------GT-TA----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTTATT-TN--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCCGTTGAG-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TTTA----NA-TGNT---ACANGTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-T-CGTAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------CAAG---C-TAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-ATG
gi|1 : --------AA-----G------A------GC-TG----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTGAGT-TG--------------TCCT-TTA--T-ATTTGGTT-TATTCGATT-AG-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-GGC-A------------TA----G--CGAC---ACAAGTG-AA--AGAAGTA-TTAAA--T------A-A--AAAA--AAAAC-T-CTT-GG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGATTGTGGTGGAACAAG---C-TAAATT-GC--GGAA-TAAA--G-CAA---------TGCCT---------GCG-AA-TCGAATAA-CATGATT-ATG
gi|10 : aatcttttattcgatcaacaataaatagtG-A-GTTATC-TT--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCCGTTGAA-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TTAA----AA-TGTT---ACATTTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------T-A--AAAC--AAC-C-T-AG-AGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGTAA----------CAAG---T-TAA----AC--GGAA-TAAG-CG-t
gi|11 : aatactgttatttgcaccgcTCATGTTA-G--TCG---ATC-CGC-GATAAAGTGTAA-----G------A------GT-TA----TTTT-TCACTTA-GTAAG-A-GTTATT-TG--------------TCCT-TT--------TGGAT-TATGCCGTTAAG-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCACATTTTC-AAATA---A--CTT-TTTT----TT-TGGA---AAAGGTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-T-CAT-GG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------gtgcagataacggtattatg
gi|12 : ATCATGTTA-T--TCG---ATC-CGC-AA--------AA-----A------ATTGTAAGT-TA----TTTTTCC-TTTA-GTAAG-A-GTTATT-TG--------------CTCC-TTA--A-ATGTGGTT-TATTCCGTAAAG-TTACTA--TA-----GCAA-TA-TGCAAATTTTCAAAA-A---A--C-T-TTTG----GA--------ACAAGTT-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-T-CAT-GG-GTGG----------TGGTA------G----------GGG
gi|13 : gtTAATCATGTTA-T--TAG---CAT-CGC-GG--------AA-----G------A------GT-TA----TCTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTTATT-TT--------------CCCT-TTA--A-ATTTGATT-TATTCCGTTGAA-TTTCTA--CA-----GGGA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TGCA----AA-TATT---ACATTTG-AA--AGAAGTA-C-AAA--T------T-G--AAAC--AAC-C-T-TGT-GG-ATGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------C
gi|14 : ATCATGTTA-T--TCG---TCC-CAC-TATAAAATGTAA-----G------A------GT-TA----TTTT-TC-TTTAAGTAAC-A-GTTATC-TG--------------CTTT-TTA--A-ATGTGATT-TATTCCGTTAAG-TTACTA--TA-----AGAA-TA-TGCAAATTTTC-AA
gi|15 : gcattTAATTATGTTA-A--TCG---ATC-TGC-GATGAAGTGTAA-----G------A------GT-TA----TTTTTCC-TTTA-GTAAG-A-GTTATT-TG--------------CCCT-TTA--A-CTTT-------------TG-G-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---AACC-T-TTTT----TT-TGGA---ACAGGTGCAA--AGAATTA-T-AAC--T------A-G--AAACAAAAC-C-T-AGTGGG-G-GA----------TGATgcaggaacaagctaaatacggaataaagcgggacaaataacatgataatgcc
gi|16 : TGTTA-T--TTG---CAC-CGC-GA-----------------------------GT-TA----TCTC-C---------AAG-A-GT---------------------------------ATTTGGTT-TAATCCGATGAA-TTACTA--TT-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC--AA-A---A--C-TGTTTA----CA-TGAC---ACACGTG-AA--AGAAGTA-
gi|17 : tacTGTTA-T--TTG---CAC-AGC-GA-----------------------------GT-TA----TCTC-C---------AAG-A-GTTATC-TT--------------CTTT-TTA--A-ATTTGGTC-TATTTCGTTGAA-TTGCTA--TA-----GGCA-TA-TGCAAATTTTC--AA-A---A--C-TGTTTA----CA-TGAC---ACACGTG-AA--AGAAaacaagctaaacgtaatacgcggtgcatttaacggtatta
gi|18 : cataacgcTAATACTGTTA-T--TTG---CAC-CGC-GA----------------------C------GT-TA------TT-CC--------AAG-A-G-TATT-T------------------T-TTA--A-------------TCCGATGAA-TT-CTA--TT-----GGGA-CT-TGCCAAATTTC-AAA-A---A--C-TGTTTA----CA-TG-----ACACGTG-AA--AGAAG---T-AAA--C------A-GCTAAAC--agctaaacggtgcagataacggta
gi|19 : gcaTTATGTTG-T--TCG---CAC-TGC-GA--------TA-----A------A------GT--------------------GTAAA-A-GGTATT-TT--------------TTCT-TTA--GTATTTGGTT-TATTCTGTTAAA-TTATCATTTA-----GGAATTA-TTCAAATTTTA-AAA-T---A--T-T-TGCATATTTA-TGGT---ACAGGTG-gtatacgcggtgcatttaacgtat
gi|2 : AATCAT-TTA-T--TAG---CAT-CGC-GA--------A------G------A------GT-TA----TTT--CC-TTTA-GTAAG-AAGTTATT-TCTTTAGTAAGTAATACTTT-TCATTG-ATTTTGTT-TATTC-GTTGAA-TTACTA--TG-----AGAA-TA--GCAA-TTTTC-AAA-A---A--C-T-TTTA----AAATGTT---AATTTTG-AA--AGAAGTA-C-AAA--T------T-A--AAAC--AAC-C-T---TTGG-GTGG----------T-GT-------G----------GGGAT----------AAAACCCC-TCAATT-ACGAGAAA-TAAA-TGCGAA---------T-TTCATTT--T--GCG-AT-GCTAA
gi|20 : AGG-A-GTTATTCTG--------------CCCT-TTA--A--TTTGGTT-TATTCCAATAAAATTACTA--TATATTAGGAA-TA-TGCAAATTTGT-AAA-A---A--C-A-CTTA----ac
gi|21 : ---ACAGGTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--TTAAAAAA-A--AAAA--AAC-CTT-CGT-GC-TTGG----------TGGTA------G----------GGGAT----------ttttttggcaaaatacggaataaaccaaatattca
gi|22 : ----------TGGTG------G----------GGGGT----------CAAA---C-CAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATggtggagagatgaagcaatatcaggcggatta
gi|23 : tcttagtagaatattAATCATGTTA-T--TAG---CAT-CGC-GA--------AC-----G------A------GT-TA----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTTACT-TA--------------CTCT-TTG--A-TTTTGATT-TATTCCGT
gi|24 : cacGGTG------G----------GGGAT----------CAAG---TATAAATT-AT--GGAA-TAAA-CT-ATAGTCTATATGTATTCAATT--CCTGTG-GT-GCGAATAA-CATGATT-AT
gi|25 : GTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-TAAGTACG-G-AG----------T---------------------AGAAA----------CAAG---C-TAAA-T-AC--GGAA-TAAA-
gi|26 : a-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------T-A--AAAC--AAC-C-T-AG-AGG-TTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------gagagacaaata
gi|27 : AGTA-T-AAA--T------T-A--AAAC--AAT-C-T-AG-AGG-GTGG----------TGGTG------GGAGATGGTGGGGGAA----------CAAG---C-TAAAggtgggggaacagataacggtattatg
gi|28 : ---C-TAAATTTAC--CGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCGAAT-GC-AATAATCATGATTCATGcggtatta
gi|29 : ccatacAATCATGTTA-T--TCG---CTC-CAC-GATAAAGTGTAA-----G------A------GT-TAT---TTTT-CC-TTTA-GTAAgc
gi|3 : TAATCATGTTA-T--TAG---CAT-CGC-GG--------AA-----G------A------AT-TA----TTTT-CC-TTTA-GTAAG-A-GTCACT-TT--------------CTCT-TTG--A-TTTTTATT-TATTCCATTGAG-TTACTA--TA-----GGAG-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---A--C-T-TTAA----AA-TGTT---ACATTTG-AA--AGAAGTA-C-AAA--T------A-G--AAAC--AAT-C-T-TGTAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGAT----------CAAA---C-CAAATT-AC--GGAA-TAAA-CG-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-CATGATT-ATGtttttgatcaaa
gi|30 : GTGGG-G-GA----------TGGTG------G----------GGGAA----------CAAG---C-TAA----AC--GGAA-TAAG-CG-
gi|31 : ---C-CAAATT-AC--GGAA-TAAG-CC-AAA---------TATTTAATT--T--GCG-AT-GCTAATAA-CATGgtgcagataacggtattatg
gi|32 : a--------AA-----G------A------GT-TAATTTTTTC-CC-TTTA-GTAAG-A-GT
gi|33 : tcgatcacgcgataaagtgtAAA---C-AAAATT-AC--GGAT-TAA--------------------TTAATT--C--GCG-AT-GCTAATTA-CAGGATT-ATG
gi|34 : ---C-TAAAT--AC--GGAA-TAAA-CC-AAA---------TAGT----------GGG-AC-G--AATAA-CATGATG-ATGc
gi|35 : -AAA--T------T-G--AAAC--AAC-C---CTTTGG-GTAG----------TGGT------------------GGGAT----------CAAA---C-cc
gi|37 : aaaaatgAAA-CG-AAA---------TATTTACTT--C--GCG-AT-GCTACTAA-CATGATT-ATG
gi|38 : -AC--GGAA-TAAG-CT-AAA---------TATTTAATT--C--GCG-AT-GCTAATAA-c
gi|4 : ATCATGTTA-T--TCGACCCAC-TAT-AA--------AATGTAAG------A------GT-TA----TTTTTCC-TTAA-GTAAG-A-GTTATC-TG--------------CTCT-TTA--A-ATGTGATT-TATTCCGTTAAG-TTACTA--TA-----GGGA-TA-TGCAAATTTTT-AAA-A---AA-C-T-TTTT----T--TGCT---ACAAGTG-AA--AGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AA--C-T-TATAGG-GTGG----------TGGTG------G----------GGGATGATGGGGGAACAAG---C-TAAA-T-AC--GGAA-TAAA-
gi|40 : tTAATACTGTTA-T--TTG---CAC-CGC------------------G------A------GT-TA----TCTC-Cgcgggtcgaataacttgataa
gi|5 : ATCATGTT-----TTG---CATTCGC-GG--------AA-----G------A------GT-T-----TTTC-TC-TTTA-GTAAG-A-GTTACT-TT--------------CTCTCTTA--A-TTTTGATT-TATTCTGTTGAA-TTACTA--TA-----GGAA-TAATGCAA-TTTTC-AAA-A---AA-C-T-TGCA----AA-TGTT---ACAT-TG-AA--AGAATTA-C-AAAATT------A----AAAC--AAC-C-T-TG-AGT-GTGG----------C--TG------G----------GGGAT----------CAA----C-CAAATT-AC--GGAAATAAGGCG-AAA---------TATTTCATT--C--GCG-ATTGCTAATAA-CATGATaagag
gi|6 : TGTTA-T--TTG---ATC-CGC-GATA------AA-----GTGTAATA------GT-TA----TTTTTCC-TTTA-GTAAG-A-ATTTTT-TG--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCCGTTAAG-TTACTA--CA-----AGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAC-T---T--C-T-TTT--------TGA----ACAGGTT-AAAGAGAAGTA-T-AAA--T------A-G--AAAC--AAC-C-T-CAT-GG-ATGG----------TGGTG------G----------GGGATGGTGGATTAACAAG---C-TAAA-T-AC--GGAA-TAAA-CT-AAA---------TAGGCAATT--C--CCG-GT-attat
gi|7 : ATCCTGTTA-TATTTG---CAA-CACAGA--------AA-----A------A------AT--------------------GTAAG-A-GTTATC-TT--------------TCCT-TTA--A-ATATGGTT-TATTCCGTTAAA-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC-AAA-A---G--C-T-TTTA----TA-TGAC---ACAGTTG-AA--A-AAGTA-T-AAA--T------ACC--AAAT--ACC-C-C-T----------------------------------------------T----------CAAG---A-AAAATT-AT--GGAA-TAAA-CG-GTA---------TGTTCCATTTCT--GCG-TT-GCAAATAA-CAAGATta
gi|8 : gttcatttggctatA-T--TTG---CAC-CGC-GA-----------------------------GT-TA----TCTC-C---------AAG-A-ATTATC-TT--------------CTCT-TTA--A-ATTTGGTT-TATTCCGTTGCA-TTACTA--TA-----GGAA-TA-TGCAAATTTTC--AA-A---A--C-TGTTTA----CA-CGAC---ACACGTG-AA--AGAATTA-T-AAA--T------T-A--AAAC--AAC-C-T-AG-AGG-GTGGTTATGGGGGATGGTG------G----------GGGAA----------CAAA---C-TAA----AC--GGAA-TAAG-CG-atagccg
gi|9 : CATGTTAGT--TCG---ATC-CGC-GATAAAGTGTGA-----G------A------GTGTA----TTTT-TC-ACTA-GTAAGGA-GTTATG-TT--------------GTCC-T------GTTTGGATATATGCCGTT-AG-TTACTA--TA-----GGA--TA-TGCACATTT-C-AAA-ATATA--C-T-TCTT----TG-TTTTTGGAAAGGTG-AA--AGAAGTATT-AAA--TA-----A-G--CAAC--CAA-C-T-CATGGGTGTGG----------TGGCGAATGATG----------GGGAA----------CAAA---C-TAgtgcagataacggtatca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): CAACTAAACTAAACGGAAATAAGCGGTGCAGAAACGGTATTAT
Unaligned ( gi|39 ): TCATTATAATGTTATTCGTCCCACTATAAAATGTAAGA
Unaligned ( gi|41 ): AAACGAAATAAGCGGTGCAGATTAACGGTATTATGC
Unaligned ( gi|42 ): TAAACAGGAATAAGCGGTGCAGATAACGGTAT