lowQualScore : 66666666666666 1111111111111111111 2222 1111111111 11111 111 77777777777777777777777777 111 1 11 22222 55555555555555555555555555555555555555 111 1111111111 111 111111 111111111111111 111 222222222222 111111 1111 111111 7777777777777777777777777777777
lowQualScore : 3 3 3 77 3 44 44 11111111111111 3 99999 7777 7777 99999 6666666666666666666 4 66 7777 5 9999999999 6 22222 999 888 4 55555555555555555555555555 4 777 8888 222 2 33 2 99 4 888 5 22222 55 00000000000000000000000000000000000000 000 0 9999999999 222 999999 444444444444444 33 000 777777777777 66 444444 0000 5 444444 66 2 6 22 99 8 3 6666666666666666666666666666666
lowQualScore : . . . .. . .. .. .............. . ..... .... .... ..... ................... . .. .... . .......... . ..... ... ... . .......................... . ... .... ... . .. . .. . ... . ..... .. ...................................... ... . .......... ... ...... ............... .. ... ............ .. ...... .... . ...... .. . . .. .. . . ...............................
lowQualScore : 3 1 1 33 1 22 22 44444444444444 6 11111 7777 7777 11111 0000000000000000000 4 99 5555 6 6666666666 0 55555 999 444 4 22222222222222222222222222 0 000 5555 555 0 55 6 55 4 888 7 44444 66 66666666666666666666666666666666666666 000 8 8888888888 555 777777 666666666666666 00 000 555555555555 99 444444 6666 0 444444 99 5 7 00 88 0 2 5555555555555555555555555555555
consensus : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTG--C--GGCGGATGTTA--GGG--------TCAAGC-GAG-----GTC----AGGGGT----AA-----AGCG------TC-----------AA-TG--G----TAAANA--CG------ACTTTTGCGTTGCGTA-----CG--NGTGTAA-CCAT-CATCGACCTTTA-----TATTGGG------------CAGC-AT---GTAATAT----TTT---CACTTT-CCC--GAGAA--TCCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTATT-TA--TA-TGTAACTTGTGTNAG---ANCTACAAGTGCAT--GCGGNCCT-TTNTCAAG-T-TGTTGAAC-ATTTGACG-T-AAAC-AA--TCTCGTCAAATTCAA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGA------GACAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAACC-CC-CGATGTTTATTCAGCAATTTCCNCNCGCGTGTACTTNATATTTTT---ACACA
Reference ( gi|2 ) : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTG--C--GGCGGATGTT---GTC--------TCAAGC-GAG-----GTC----AGGGGT----AA-----AGCG------TC-----------AA-TG--G----TAAACA--CG------ACTTTTGAGTTGCGTA-----CG--TGTGTAT-TCAT-CATCGACCTTTAGTCCTTATTGCG------------CAGC-AT---GTAATAT----TTT---CACTTT-CCC--GAAAA--TCCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTATT-TA--CA-TGTAACTTGT-TTAG---ATCTACAAGTGCAT--GCAACCCT-TTTTCAAG-T-TGTTGAAC-ATTTGATG-T-AAAC-AA--TCTCGTCAAATTCAA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGA------GACAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAACT-CC-CGATGTTTATTCAACAA--TCCTCCTAGGGGGACTTCATAATTTTAAGACACA
gi|3 : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AATT-GCA-TTG--C--GGCGGATGTT---GGG--------TCAAGC-GAG-----GTC----AGGGGT----AA-----AGCG------TC-----------AA-TG--G----TAAACA--CG------ACTTTTGAGTTGCGT------CG--TGTGTAT-TCAT-CATCGACCTTTAGTCCTTAT-GCG------------CAGC-AT---GTAATAT----TTT---CACTTT-CCC--GAAAAATTCCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTATT-TA--CA-TGTAACTTGT-TTAG---ATCTACAAGTGCAT--GCGGGCCT-TTTTCAAG-T-TGTTGAAC-ATTTGATG-T-AAAC-AA--TCTCGTCAAATTCAA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGA------GACAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAACT-CC-CGATGTTTATTCAAC
gi|6 : TTCTCGATT-TGTACA-TTACCAT------------G--C--GGCAGATGTTA--GGG--------ACAAGC-GAG-----GTC----AAGGGT----AA-----AGCG------TC-----------
gi|7 : taTTCTCGACTGTGTACA-TTACCAC-AAT--GCAATTG--C--GGCG-ATGTTAGGGTCAACGAAGGTCAGGA-GGGTAAAAGTCGATTAGAAGTTAAAGA-----AGCGGAAAGATA-----------AAATGAAG----TAAAAAA-CA------ACTTTTGCGTGTTGTA-----CA--GGTGTAAACCAT-CATCAATCTT--------ATTG-GAC----------CAGC-AT---GAAATAT----TTC---C---TT-TCA--GAGAG--GCCAGGCCAGTATTGAAGACGTTATGTATT-TA--gttaggacttagagaaacggaaaaaataaaatgggtaaaaacaacttttgcgttgtttacggatgtgacccatcatcgaccttattgggcagaatgtaatatttccactttcccccgagaatccaggccaatattgagacgagtatttatattgtaagtgtgaggctaactatgatgtattggtactaagtatgtaaacaatctcgtcaaactcaaagcataaagagtgagaaataggggaaagaggagacacaataaagtcaaacacgttata
gi|21 : TTCTCGATT-TGTACA-TTACCAC-AAT--GCA-TTG--C--GGCGGA
gi|20 : TCTCGACT-TGTACA-TTACCTC-AAT--GCA-TTG--C--GGCGGATGTT---
gi|8 : CTAGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTG--C--GCCGGATGTTA--GAG--------TCAAGC-GAG-----GTC----AGGGGT----AACTTAGAGCA------GCGGAAAAAATAAAA-TG--GCA--TAAACA----------ACTTTTGCATTGTGTA-----CA--GCTGTAA-CCAT-CATCGGCCTT--------ATTGGG------------CAGT-AT---GTAATAT----TTT---CACTTTCCCC--GATAA--TCCAGGTCGATATCG-AGAT----TGTATagggtcaa
gi|5 : CTCGACT-TGTACA-CTACCAT-AAT--GAA-TTG--C--GGCGGATGTTA--GGG--------TCAAGC-GAG-----GTC----AGGGGT----AA-----AGCG------T------------AA-Tgattattgtggtgtatgag
gi|9 : CTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTG--C--GGCGGATGTTA--GGG--------TCAAGC-GAG-----GTC----AGGGGT----AA-----AGCG------TC-----------AT-TA--GAACTTAAAGAAGCGAAAAGAA----TGAAATAGGTAAAAACCG--TGCGTA----A--AAACGACTTTTA-----TGTTGCGTACGGGTGTATTCATC-ATAGGGTAGTATGTACTTTTTTCACTTTCCCC--GAAAA--TCCTGGCCAATATTG-Atagaatttaagagaagcagaaagaataaaatggtaaaaacgacttttgcgttgcacacgggtgtaaccatcatcggccttatattgggcagtatgtaattttttcactttccccgagaatccaggccaatatcgagacgtgtatttaactgtgtatgtgtgagccttatgatgtagcctagacaggcctattactatgtaaacaatctcgaatctgacgtcaaagcatattaaaccacttaatgaactgggtgagaccggacacataaagtcaaaaca
gi|13 : TCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCT-TTG--C--GACGGATATTA--GGG--------TCAAGC-GAG-----GTC----AAGGGC----AA-----AGCG------TC-----------
gi|14 : gTCGACC-TGTACA-TTATTGTGAAT--GCA-TTGCCC--GGCGGATGTTA--GGG--------TCAAGC-GAG-----G-C----AGCGGT----AA-----AGCG------TC-----------gctagaacatagagaagtggaaaggata
gi|15 : TCGACC-TG-ACA-TTAT-GT-AAT--GCA-TTG--CCCGGCGGATGTTA--GGG--------TCAAGCCGAG-----G-C----AGGGGT----AA-----AGCG------TC-----------ttaga
gi|4 : tGACT-TGTACAATTAC-AT-AATATGCA-TTG--C--GGCGGATGTT---GGG--------TCAAGC-GAG-----GTC----AGGGGT----AA-----AGCG------TC-----------AA-TG--G----TAAACA--CG------ACTTTTGAGTTGCGTA-----CG--TGTGTAT-TCAT-CATCGACCTTTAGT-CTTA-TGCG------------CAGCAAT---GTAATA-----TTT---CACTTT-CCC--GAAAAT-TCCAGGCCAATATTG--GACG---TGTATT-TA--CA-TGTAACTTGT-TTAA---GACTACAAGTGCAT--GCGGGCC--TTTTCAAG-T-TGTTGAAC-ATTTGATGCT-AAACAAA--TCTCGT-AAATTCAA----AATGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGA------GACAC--AATAAAGTCAAACACCTTATT-TGAACTGCCGCGATGTTTATTCAAttaga
gi|1 : CA-TTACCAT-AAT--GCA-TTC--C--GGCGGACGTTA--GGG--------TCAAGC-GAC-----GTC----AGGGGT----AA-----AGCG------
gi|1 : -----------AA-TG--GG---TAAAAA--CG------ACGTTTGCGTTGCGTA-----TG--GGTGTAA-CCAT-CATCGACCTT--------ATTGAA------------CAGC-AT---GTATTTT----TGT---CACTTT-CCCC-GAGAA--TCCAGGCCAATATTA-AGACG---TGTATT----------TAACTTG----AA---A-CT--AAGTG--T--G-AGCCATATTATGATG-T-CGTCAA-------GGCA-T-AAAC-CA---CTC----AAT-----------GCA---TGTA---CTGG-----G--TGA------GA----GATAGGGGGAAAATGGGACAC--AATAAAGTCATACACCTTATA-TGATCC-CC-CGATGTGTATTCGGCAATTTCCACGTGCGTGTATTTCATActgttagaacttagagaagcgggaaaaaataaaatgggtaaaaacgacgtttgcgttgcgtatgggtgtaaccatcatcgaccttattgaacagcatgtatttttgtcactttccccgagaatccaggccaatattaagacgtgtatttaacttgaaactaagtgtgagccatattatgatgtcgtcaaggcataaaccactcaatgcatgtactgggtgagagatagggggaaaatgggacacaataaagtcatacaccttatatgatcccccgatgtgtattcggcaatttccacgtgcgtgtatttcatatgggtttctctcttgtcaaagcaaagtctgcataagtctatgtcaatttaatttgcttctgaatgtaaaggcaaagataacgaata
gi|6 : cattaccataatgcattccggcggacgttagggtcaagcgacgtcaggggtaaagcgctgttagaacttagagaagcgggaaaaaataa-----------AA-TG--GG---TAAAAA--CA------ACTTTTGCGTTGTTTA-----CGGATGTG-AC-CCAT-CATCGACCTT--------ATTGGG------------CAGA-AT---GTAATAT----TTC---CACTTT-CCCCCGAGAA--TCCAGGCCAATATTG-AGACG---AGTATT-TA--TATTGTAA---GTGTGAGGCTAACTATGA-TGTATTGGTA---CT------AAG-TATG-TAAACAATCT--CG-TCAAAC----------TCAAA-GCAT----AAAGAG---TGAG---A--A-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGA------GACAC--AATAAAGTCAAACACGTTATA-tgggtttctctcttgtcaaagcaaagtctgcataagtctatgtcaatttaatttgcttctgaatgtaaaggcaaagataacgaata
gi|5 : tattctcgatttgtacattaccatgcggcagatgttagggacaagcgaggtcaagggtaaagcgtcgttaggacttagagaaacggaaaaaataa-----------AA-TG--G----TAAAAA--CG------ACTTTTGCGTTGCACA-----CG--GGTGTAA-CCAT-CATCGGCC-TTA-----TATTGGG------------CAGT-AT---GTAATTT----TTT---CACTTTCCCC--GAGAA--TCCAGGCCAATATCG-AGACG---TGTATT-TAACTG-TGTA---TGTGTGAG---CCTTA----TG-AT--GTAGCC---TAGACAGGCC-TATT-----ACT--ATG-T-AAAC-AA--TCTCG---AATCTGACGTCAAAGCATATTAAA---C--C-----ACTTAATGAACTGG----GT-GAGACCG------GACAC---ATAAAGTCAAA
gi|16 : ctcgacttgtacactaccataatgaattgcggcggatgttagggtcaagcgaggtcaggggtaaagcgtaattagaatttaagagaagcagaaagaataa-TCATTCATCAA-----AGACATTATTGGG------------CAGC-AT---GTAATTT----TTTTT-CACTTT-CCT--GAGAA--TCCAGGCCAAaca
gi|10 : ata-AT---GTAATAT----TTC---CACTTT-CCCC-GAGAA--TCCAGGCCAATATTG-AGACG---AGTATTATA--T--TGTAA
gi|10 : ATG---AAAC-AGACTCTCGTCAA-CTCAA----A--GCA---TAAAGAGT--GGAGAAA--TAG------GG----GA-AAGAAGA------GACAC--AATAAAGTCAAACACGTTATATTGTACC-CC-CGAT-TTTATTCgtgtgaggctaactatgagtattggtactaagtatgaaacagactctcgtcaactcaaagcataaagagtggagaaataggggaaagaagagacacaataaagtcaaacacgttatattgtacccccgattttattc
gi|11 : atgtaatatttccactttccccgagaatccaggccaatattgagacgagtattatattgtaagtgtgaggctaactatgagtattggtactaagt----AAAGCA---TAAA------G-----A--TAG------GGTGTGGA-CAAATAA------GACACCGATTGAAGTCAAAC----------------CC-CGATATTTATTCAGCAA--T--TCCCACGTG--CTTGATATTTTT---ACACA
gi|12 : ac--G-----A--GAG------GG----GA-AAGAGGG------GACAC--AATAAAgatcgtgtgttctctcttgtgaaagcat
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGTAGAGTTGGCAAATCTAAACCCTGCAATTTCATTTATTCGTAAATGTAAAGGCAAAGATAACGAAC
Unaligned ( gi|18 ): ATTTTCCACGTGCGTGTATTTTACACCTGCTTCTCTATTGTCAAAGATAT
Unaligned ( gi|19 ): ACTTCCACGTGCGTGTATTTTACACCTGTTTCTCTCTTACTAAAGCATGG
Alignments
lowQualScore : 44444444444444444444444444444444444444444444444 11111 22222222222 2222222222 444444444444444444444444 1111 11 111111 11111 44444444 11111111111111 1111111 11 11111 11 1 11111 1 222222222222222222222222 1111 3333333333 111111 1111 333333 333
lowQualScore : 3 2 2 66 2 77 22222222222222222222222222222222222222222222222 6666 77 44 44444 7777 00000000000 3333333333 88888 222222222222222222222222 66 8888 1 00 000000 1 11111 1 4 55 77777777 99999999999999 3 666 1111111 55 99 3 88 4 777 66 4 88888 44 0 2 88888 5 0 0 88 1 0 888888888888888888888888 666 5 55 0 0000 0 66 888 7777777777 66 444444 0000 1 66 0 5 99 1 7 1 888888 1 555
lowQualScore : . . . .. . .. ............................................... .... .. .. ..... .... ........... .......... ..... ........................ .. .... . .. ...... . ..... . . .. ........ .............. . ... ....... .. .. . .. . ... .. . ..... .. . . ..... . . . .. . . ........................ ... . .. . .... . .. ... .......... .. ...... .... . .. . . .. . . . ...... . ...
lowQualScore : 1 9 9 88 9 99 00000000000000000000000000000000000000000000000 5555 99 66 22222 1111 44444444444 8888888888 33333 333333333333333333333333 11 3333 0 66 000000 1 11111 0 4 33 66666666 33333333333333 6 444 8888888 00 55 6 66 0 888 11 4 99999 99 8 8 55555 3 7 1 33 0 7 111111111111111111111111 666 7 77 1 6666 4 99 888 1111111111 99 444444 6666 4 99 7 7 22 0 3 0 777777 0 000
consensus : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTA-----------------G-----------------G----------GTC----AAG--C--G-----AG----G-----------TCAGGGG-----T----AA-----AGCG--------TC-----------AAATG--G----TAAAAA--CGACTTT------TGCGTTGCGTA-----CGGGTGT-AA-CCATCATCGACCTTTA-----TATTG-----GG-------CAGC-AT---GTAATA-------TTTT--CACTTTC-CCC-GAGAA--TCCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--T-TA--CA-TGTAACTTGTGTGAG---ANCTACGAGTGCATGCGGCCCT-TT-TCAAG-T-TGTTGAACATTTGACG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCAA----AAA--GCA---TAAA---CG-----A--TAG------GG----GAAAGAGGAGACAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--CCCCGATGTTTATTCAGCAATTTCCAC-TG-G-GTACTTCATATTTTTAAGACACA
Reference ( family-2647 ) : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTA-----------------G-----------------G----------GTC----AAG--C--G-----AG----G-----------TCAGGGG-----T----AA-----AGCG--------TC-----------AA-TG--G----TAAANA--CGACTTT------TGCGTTGCGTA-----CGNGTGT-AA-CCATCATCGACCTTTA-----TATTG-----GG-------CAGC-AT---GTAATA-------TTTT--CACTTT--CCC-GAGAA--TCCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--T-TA--TA-TGTAACTTGTGTNAG---ANCTACAAGTGCATGCGGNCCT-TTNTCAAG-T-TGTTGAACATTTGACG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCAA----AAA--GCA---TAAA---CG-----A--TAG------GG----GAAAGAGGAGACAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--CCCCGATGTTTATTCAGCAATTTCCNCNCGCGTGTACTTNATATTTTT---ACACA
gi|1 : CA-TTACCAT-AAT--GCA-TTCC--GGCGGACGTTA-----------------GGGTCAAGCGACGTCAGGG----------GTA----AAG--C--G-----CT----G-----------TTAGAAC-----TTAGAGA-----AGCGGGAAAAAATA-----------AAATG--GG---TAAAAA--CGACGTT------TGCGTTGCGTA-----TGGGTGT-AA-CCATCATCGACCT--------TATTG-----AA-------CAGC-AT---GTATTT-------TTGT--CACTTTC-CCC-GAGAA--TCCAGGCCAATATTA-AGACG---TGTAT--T----------TAACTTG-----A---AACT--AAGTG--TG-AGCCATATTATGATG-T-CGTCAA------GGCA-TAAAC-CA-CTC----AATGCAT----GTACTGGG---TGAG---AG-----A--TAG------GG----GGAAAATGGGACAC--AATAAAGTCATACACCTTATA-TGATC--CCCCGATGTGTATTCGGCAATTTCCACGTGCGTGTATTTCATAT
gi|10 : -AT---GTAATA-------TTTC--CACTTT--CCCCGAGAA--TCCAGGCCAATATTG-AGACG---AGTAT--TATA--T--TGTAA---GTGTGAGGCTAACTATGAGT--AT-TGGTACT------AAG-TATG--AAACA---GAC----------TCTCGTCAA-CTCAA----A----GCA---TAAAGAGTGGAGAAA--TAG------GG----GAAAGAAGAGACAC--AATAAAGTCAAACACGTTATATTGTAC--CCCCGAT-TTTATTCgggtttctctcttgtcaaagcaaagtctgcataagtctatgtcaatttaatttgcttctgaatgtaaaggcaaagataacgaata
gi|11 : ----AAA--GCA---TAAA----G-----A--TAG------GGTGTGGACAAATAAGACACCGATTGAAGTCAAAC-----------------CCCGATATTTATTCAGCAATTCCCAC------GTGCTTGATATTTTT---ACACA
gi|13 : acTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCT-TTGC--GACGGATATTA-----------------G-----------------G----------GTC----AAG--C--G-----AG----G-----------TCAAGGG-----C----AA-----AGCG--------TC-----------gatcgtgtgttctctcttgtgaaagcat
gi|14 : gTCGACC-TGTACA-TTATTGTGAAT--GCA-TTGCCCGGCGGATGTTA-----------------G-----------------G----------GTC----AAG--C--G-----AG----G------------CAGCGG-----T----AA-----AGCG--------TC-----------gctagaacatagagaagtggaaaggata
gi|15 : TCGACC-TG-ACA-TTAT-GT-AAT--GCA-TTGCCCGGCGGATGTTA-----------------G-----------------G----------GTC----AAGC-C--G-----AG----G------------CAGGGG-----T----AA-----AGCG--------TC-----------ttaga
gi|16 : tCATCAAAGACATT--------ATTG-----GG-------CAGC-AT---GTAATT-------TTTTTTCACTTT--CCT-GAGAA--TCCAGGCCAAttaga
gi|2 : atatcattTTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTT------------------G-----------------T----------CTC----AAG--C--G-----AG----G-----------TCAGGGG-----T----AA-----AGCG--------TC-----------AA-TG--G----TAAACA--CGACTTT------TGAGTTGCGTA-----CGTGTGT-AT-TCATCATCGACCTTTAGTCCTTATTG-----CG-------CAGC-AT---GTAATA-------TTTT--CACTTT--CCC-GAAAA--TCCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--T-TA--CA-TGTAACTTGT-TTAG---ATCTACAAGTGCATGCAACCCT-TTTTCAAG-T-TGTTGAACATTTGATG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCAA----AAA--GCA---TAAA---CG-----A--TAG------GG----GAAAGAGGAGACAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--TCCCGATGTTTATTCAACAA--TCCTCCTAGGGGGACTTCATAATTTTAAGACACA
gi|20 : TCTCGACT-TGTACA-TTACCTC-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTA-----------------G-----------------G----------GTC----AA
gi|21 : TTCTCGATT-TGTACA-TTACCAC-AAT--GCA-TTGC--GGCGGA
gi|3 : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AATT-GCA-TTGC--GGCGGATGTT------------------G-----------------G----------GTC----AAG--C--G-----AG----G-----------TCAGGGG-----T----AA-----AGCG--------TC-----------AA-TG--G----TAAACA--CGACTTT------TGAGTTGCGT------CGTGTGT-AT-TCATCATCGACCTTTAGTCCTTAT-G-----CG-------CAGC-AT---GTAATA-------TTTT--CACTTT--CCC-GAAAAATTCCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--T-TA--CA-TGTAACTTGT-TTAG---ATCTACAAGTGCATGCGGGCCT-TTTTCAAG-T-TGTTGAACATTTGATG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCAA----AAA--GCA---TAAA---CG-----A--TAG------GG----GAAAGAGGAGACAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--TCCCGATGTTTATTCAAC
gi|4 : GACT-TGTACAATTAC-AT-AATATGCA-TTGC--GGCGGATGTT------------------G-----------------G----------GTC----AAG--C--G-----AG----G-----------TCAGGGG-----T----AA-----AGCG--------TC-----------AA-TG--G----TAAACA--CGACTTT------TGAGTTGCGTA-----CGTGTGT-AT-TCATCATCGACCTTTAGTCT-TA-TG-----CG-------CAGCAAT---GTAATA--------TTT--CACTTT--CCC-GAAAAT-TCCAGGCCAATATTG--GACG---TGTAT--T-TA--CA-TGTAACTTGTTTAAG---A-CTACAAGTGCATGCGGGCCT-TT-TCAAG-T-TGTTGAACATTTGATGCTAAACAAATCTCGT-AAATTCAA----AAT--GCA---TAAA---CG-----A--TAG------GG----GAAAGAGGAGACAC--AATAAAGTCAAACACCTTATT-TGAACTGCCGCGATGTTTATTCA
gi|5 : CTCGACT-TGTACA-CTACCAT-AAT--GAA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAAGCGAGGTCAGG-----------------G----------GTA----AAG--C--GTAATTAG----AAT---------TTAAGAGAAGCAG----AA-----AGAA--------TA-----------AAATG--G----TAAAAA--CGACTTT------TGCGTTGCACA-----CGGGTGT-AA-CCATCATCGGCC-TTA-----TATTG-----GG-------CAGT-AT---GTAATT-------TTTT--CACTTTC-CCC-GAGAA--TCCAGGCCAATATCG-AGACG---TGTAT--T-TAACTG-TGTA---TGTGTGAG---CCTTA----TG-ATGTAGCC---TAGACAGGCC-TATT----ACT--ATG-TAAAC-AATCTCG---AATCTGACGTCAAA--GCATATTAAA---CC-----ACTTAATGAACTGG----GTGAGACCGGACAC---ATAAAGTCAAAa
gi|6 : TTCTCGATT-TGTACA-TTACCAT------------GC--GGCAGATGTTA-----------------G-----------------GGACAAGCGAGGTC----AAG--G--GTAA--AGCGTCG-----------TTAGGAC-----TTAGAGA-----AACGGAAAAAA-TA-----------AAATG--GG---TAAAAA--CAACTTT------TGCGTTGTTTA-----CGGATGT-GACCCATCATCGACCT--------TATTG-----GG-------CAGA-AT---GTAATA-------TTTC--CACTTTCCCCC-GAGAA--TCCAGGCCAATATTG-AGACG---AGTAT--T-TA--TATTGTAA---GTGTGAGGCTAACTATGA-TGTAT-TGGTACT------AAG-T--------------ATG-TAAAC-AATCTCGTCAAACTC------AAA--GCA---TAAAGAGTGAGAA-A--TAG------GG----GAAAGAGGAGACAC--AATAAAGTCAAACACGTTATA-aca
gi|7 : taTTCTCGACTGTGTACA-TTACCAC-AAT--GCAATTGC--GGCG-ATGTTA-----------------G-----------------G----------GTCAACGAAGGTCAGG-----AG----GGTAAAAGTCGATTAGAAG-----TTAAAGA-----AGCGGAAAGA--TA-----------AAATGAAG----TAAAAAA-CAACTTT------TGCGTGTTGTA-----CAGGTGTAAA-CCATCATCAATCT--------TATTG-----GAC------CAGC-AT---GAAATA-------TTT-----CCTT--TCA-GAGAG--GCCAGGCCAGTATTGAAGACGTTATGTAT--T-TA--
gi|8 : CTAGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GCCGGATGTTA-----------------G-----------------A----------GTC----AAG--C--G-----AG----G-----------TCAGGGG-----T----AACTTAGAGCA--------GCGGAAAAAATAAAA-TG--G----CATAAA--CAACTTT------TGCATTGTGTA-----CAGCTGT-AA-CCATCATCGGCCT--------TATTG-----GG-------CAGT-AT---GTAATA-------TTTT--CACTTTC-CCC-GATAA--TCCAGGTCGATATCG-AGAT----TGTATGAT-TA--T--TGTGG--TGTATGAG---
gi|9 : CTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTA-----------------G-----------------G----------GTC----AAG--C--G-----AG----G-----------TCAGGGG-----T----AA-----AGCG--------TC-----------AT-TA--GAACTTAAAGAAGCGA----AAAGAATGAAATAGGTAAAAACCGTGCGT-AA---A--AACGACTTTTA-----TGTTGCGTACGGGTGTATTCATC-ATAGGGTAGTATGTACTTTTTT--CACTTTC-CCC-GAAAA--TCCTGGCCAATATTG-A
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CTTAGTGTAAACAATCTCGAATCTCGTCATTTGATGCATAATATTAAACCACTTAATGAACTGGGTGCACGTGAGAGGGGAAAGAGGGGACACAATAAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTAGAGTTGGCAAATCTAAACCCTGCAATTTCATTTATTCGTAAATGTAAAGGCAAAGATAACGAAC
Unaligned ( gi|18 ): ATTTTCCACGTGCGTGTATTTTACACCTGCTTCTCTATTGTCAAAGATAT
Unaligned ( gi|19 ): ACTTCCACGTGCGTGTATTTTACACCTGTTTCTCTCTTACTAAAGCATGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 555555555 11111 11 1 11111 111 1111 22222222222222222 111 222222 444444444444 111111 1111 111111 55555555 222
lowQualScore : 3 2 2 66 2 77 2 3333333333 3 0000000 555 3 7777 44 7777 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 3 66 8 4 0 4 2 4 555555555 0 4 3 55 0 3 66 88 4 777 66 99999 44 0 1 88888 44 0 77 444 5 5 9999 88888888888888888 666 5 000 0 222222 888 000000000000 66 444444 0000 5 444444 66 0 5 99 1 1 7 99999999 111
lowQualScore : . . . .. . .. . .......... . ....... ... . .... .. .... ....................................................... . . .. . . . . . . ......... . . . .. . . .. .. . ... .. ..... .. . . ..... .. . .. ... . . .... ................. ... . ... . ...... ... ............ .. ...... .... . ...... .. . . .. . . . ........ ...
lowQualScore : 1 9 9 88 9 99 3 5555555555 3 8888888 888 3 1111 66 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 2 11 9 4 1 4 6 0 555555555 8 0 6 00 5 6 55 66 0 888 11 22222 99 8 4 55555 44 7 33 000 3 7 6666 99999999999999999 666 7 666 1 555555 888 999999999999 99 444444 6666 0 444444 99 7 7 22 0 0 3 00000000 000
consensus : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGG----------TCAAG-C-------G---A-G----GTCAGG--GGT----A---------------------A---------------------AGCGG-AA-A--TCAAATG--G-TAAAAA-CGACTTTTGCGTTGCGTACGGGTGT-ANCC-ATCATCGACCTT-A-----TATTGGG-CAGC-ATGTAA--TATTTTCACTTTCCCC-GAGAA--TCCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGTGTGAG---ANCTACGAGTGCATGC-GGCCC-TTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGACG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCGA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--CCCCGATGTTTATTCAGCAATTCCCAC---C--G-GTACTTCATATTTTTAAGACACA
Reference ( family-2647 ) : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGG----------TCAAG-C-------G---A-G----GTCAGG--GGT----A---------------------A---------------------AGCG--------TCAAATG--G-TAAAAA-CGACTTTTGCGTTGCGTACGGGTGT-AACC-ATCATCGACCTTTA-----TATTGGG-CAGC-ATGTAA--TATTTTCACTTTCCCC-GAGAA--TCCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGTGTGAG---ANCTACGAGTGCATGC-GGCCC-TTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGACG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCAA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--CCCCGATGTTTATTCAGCAATTTCCAC---T--GGGTACTTCATATTTTTAAGACACA
gi|1 : CA-TTACCAT-AAT--GCA-TTCC--GGCGGACGTTAGGG----------TCAAG-C-------G---A-C----GTCAGG--GGT----AAAGCGCTGTTAGAACTTAGAGA---------------------AGCGGGAAAAAATAAAATG--GGTAAAAA-CGACGTTTGCGTTGCGTATGGGTGT-AACC-ATCATCGACCTT--------ATTGAA-CAGC-ATGTAT--TTTTGTCACTTTCCCC-GAGAA--TCCAGGCCAATATTA-AGACG---TGTAT--T---------TAACTTG-----A---AACTA--AGTG--TG--AGCCA-TATT-ATG-A-TGTCGTCAA-----GGCA-TAAAC-CA-CTC----AAT-----------GCA---TGTA---CTGG-----G--TGA------GA----GATAGGGGGAAAATGGGACAC--AATAAAGTCATACACCTTATA-TGATC--CCCCGATGTGTATTCGGCAATTTCCACGTGC--GTGTATTTCATAT
gi|10 : -ATGTAA--TATTTCCACTTTCCCC-GAGAA--TCCAGGCCAATATTG-AGACG---AGTA---TTA--TATTGTAA---GTGTGAGGCTAACTATGAGT--AT-T-GGTAC-T----AAG-TATG--A--AACA---GAC----------TCTCGTC-AACTC------AAAGCA---TAAAGAGT--GGAGAAA--TAG------GG----GA-AAGAAGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACGTTATATTGTAC--CCCCGAT-TTTATTCgggtttctctcttgtcaaagcaaagtctgcataagtctatgtcaatttaatttgcttctgaatgtaaaggcaaagataacgaata
gi|11 : ----AAAGCA---TAAA------G-----A--TAG------GGTGTGGA-CAAATAAGA------CACCGATTGAAGTCAAAC-----------------CCCGATATTTATTCAGCAATTCCCAC--------GTGCTTGATATTTTT---ACACA
gi|13 : acTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCT-TTGC--GACGGATATTAGGG----------TCAAG-C-------G---A-G----GTCAAG--GGC----A---------------------A---------------------AGCG--------TCgatcgtgtgttctctcttgtgaaagcat
gi|14 : gTCGACC-TGTACA-TTATTGTGAAT--GCA-TTGCCCGGCGGATGTTAGGG----------TCAAG-C-------G---A-G----G-CAGC--GGT----A---------------------A---------------------AGCG--------TCgctagaacatagagaagtggaaaggata
gi|15 : TCGACC-TG-ACA-TTAT-GT-AAT--GCA-TTGCCCGGCGGATGTTAGGG----------TCAAGCC-------G---A-G----G-CAGG--GGT----A---------------------A---------------------AGCG--------TCttaga
gi|16 : tC-ATCAAAGACATT--------ATTGGG-CAGC-ATGTAATTTTTTTTCACTTT-CCT-GAGAA--TCCAGGCCAAttaga
gi|2 : atatcattTTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTT-GTC----------TCAAG-C-------G---A-G----GTCAGG--GGT----A---------------------A---------------------AGCG--------TCAA-TG--G-TAAACA-CGACTTTTGAGTTGCGTACGTGTGT-ATTC-ATCATCGACCTTTAGTCCTTATTGCG-CAGC-ATGTAA--TATTTTCACTTTCCC--GAAAA--TCCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGT-TTAG---ATCTACAAGTGCATGC-AACCCTTTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGATG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCAA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--TCCCGATGTTTATTCAACAATCCTC-C---TAGGGGGACTTCATAATTTTAAGACACA
gi|20 : TCTCGACT-TGTACA-TTACCTC-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGG----------TCAA
gi|21 : TTCTCGATT-TGTACA-TTACCAC-AAT--GCA-TTGC--GGCGGA
gi|3 : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AATT-GCA-TTGC--GGCGGATGTT-GGG----------TCAAG-C-------G---A-G----GTCAGG--GGT----A---------------------A---------------------AGCG--------TCAA-TG--G-TAAACA-CGACTTTTGAGTTGCGT-CGTGTGT-ATTC-ATCATCGACCTTTAGTCCTTAT-GCG-CAGC-ATGTAA--TATTTTCACTTTCCC--GAAAAATTCCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGT-TTAG---ATCTACAAGTGCATGCGGGCCT-TTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGATG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCAA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--TCCCGATGTTTATTCAAC
gi|4 : GACT-TGTACAATTAC-AT-AATATGCA-TTGC--GGCGGATGTT-GGG----------TCAAG-C-------G---A-G----GTCAGG--GGT----A---------------------A---------------------AGCG--------TC-AATG--G-TAAACA-CGACTTTTGAGTTGCGTACGTGTGT-ATTC-ATCATCGACCTTTAGTCT-TA-TGCG-CAGCAATGTAA--TA-TTTCACTTT-CCC-GAAAAT-TCCAGGCCAATATTG--GACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGTTTAAG---A-CTACAAGTGCATGC-GGGCC-TTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGATGCTAAACAAATCTCGT-AAATTCAA----AATGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATT-TGAACTGCCGCGATGTTTATTCA
gi|5 : CTCGACT-TGTACA-CTACCAT-AAT--GAA-TTGC--GGCGGATGTTAGGG----------TCAAG-CGAGGTCAG---G-G----GTAAAG--CGT----A---------------------ATTAGAATTTAAGAGA------AGCAGAAAGAA-TAAAATG--G-TAAAAA-CGACTTTTGCGTTGCACACGGGTGT-AACC-ATCATCGGCCTT-A-----TATTGGG-CAGT-ATGTAA--TTTTTTCACTTTCCCC-GAGAA--TCCAGGCCAATATCG-AGACG---TGTAT--TTAACTG-TGTA---TGTGTGAG---CCTTATG-----ATGT-AG-CC-TAGACAGGCC-TATT------ACT--ATG-TAAAC-AATCTCG---AATCTGACGTCAAAGCATATTAAA---C--C-----ACTTAATGAACTGG----GT-GAGACCGGA------CAC---ATAAAGTCAAAa
gi|6 : TTCTCGATT-TGTACA-TTACCAT------------GC--GGCAGATGTTAGGGACAAGCGAGGTCAAG-G-------GTAAA-GCGTCGTTAGG--ACTTAGAG---------------------A---------------------AACGGAAAAAA-TAAAATG--GGTAAAAA-CAACTTTTGCGTTGTTTACGGATGT-GACCCATCATCGACCTT--------ATTGGG-CAGA-ATGTAA--TATTTCCACTTTCCCCCGAGAA--TCCAGGCCAATATTG-AGACG---AGTAT--TTA--TATTGTAA---GTGTGAGGCTAACTATGA-TGTAT-T-GGTAC-T----AAG-T----------------ATG-TAAAC-AATCTCGTCAAACTC------AAAGCA---TAAAGAGT--GAGAA-A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACGTTATA-aca
gi|7 : taTTCTCGACTGTGTACA-TTACCAC-AAT--GCAATTGC--GGCG-ATGTTAGGG----------TCAA--C-------G---AAG----GTCAGGAGGGT----A---------------------AAAGTCGATTAGAAGTTAAAGAAGCGGAAAGA--TAAAATGAAG-TAAAAAACAACTTTTGCGTGTTGTACAGGTGTAAACC-ATCATCAATCT--------TATTGGACCAGC-ATGAAA--TATTTC--CTTT--CA-GAGAG--GCCAGGCCAGTATTGAAGACGTTATGTAT--TTA--
gi|8 : CTAGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GCCGGATGTTAGAG----------TCAAG-C-------G---A-G----GTCAGG--GGT----A---------------------ACTTAGAGC-------------AGCGGAAAAAA-TAAAATG--G-CATAAA-CAACTTTTGCATTGTGTACAGCTGT-AACC-ATCATCGGCCT--------TATTGGG-CAGT-ATGTAA--TATTTTCACTTTCCCC-GATAA--TCCAGGTCGATATCG-AGAT----TGTATGATTA--T--TGTGG--TGTATGAG---
gi|9 : CTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGG----------TCAAG-C-------G---A-G----GTCAGG--GGT----A---------------------A---------------------AGCG--------TCA
gi|9 : --G-TAAAAA-CGACTTTTATGTTGCGTACGGGTGT-ATTC-ATCAT---------------A--GGG-TAGT-ATGTAC--TTTTTTCACTTTCCCC-GAAAA--TCCTGGCCAATATTG-Attagaacttaaagaagcgaaaagaatgaaataggtaaaaaccgtgcgtaaaaacgacttttatgttgcgtacgggtgtattcatcatagggtagtatgtacttttttcactttccccgaaaatcctggccaatattga
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CTTAGTGTAAACAATCTCGAATCTCGTCATTTGATGCATAATATTAAACCACTTAATGAACTGGGTGCACGTGAGAGGGGAAAGAGGGGACACAATAAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTAGAGTTGGCAAATCTAAACCCTGCAATTTCATTTATTCGTAAATGTAAAGGCAAAGATAACGAAC
Unaligned ( gi|18 ): ATTTTCCACGTGCGTGTATTTTACACCTGCTTCTCTATTGTCAAAGATAT
Unaligned ( gi|19 ): ACTTCCACGTGCGTGTATTTTACACCTGTTTCTCTCTTACTAAAGCATGG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222 444444444444444 11 11111 11 1 11111 111 1111 22222222222222222 111 222222 444444444444 111111 1111 111111 11 555555 222
lowQualScore : 3 2 2 66 2 77 2 3 3 44 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 7 4 66 8 4444444444444 4 0 8 1 444444444444444 4 3 55 0 11 55 3 4 777 66 99999 44 0 1 88888 44 0 77 444 5 5 9999 88888888888888888 666 5 000 0 666666 888 000000000000 66 444444 0000 5 444444 66 0 5 99 1 88 000000 111
lowQualScore : . . . .. . .. . . . .. .......................................................................................... . . . .. . ............. . . . . ............... . . .. . .. .. . . ... .. ..... .. . . ..... .. . .. ... . . .... ................. ... . ... . ...... ... ............ .. ...... .... . ...... .. . . .. . .. ...... ...
lowQualScore : 1 9 9 88 9 99 3 3 3 66 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 3 4 11 9 4444444444444 4 1 0 0 777777777777777 0 6 00 5 00 00 6 0 888 11 22222 99 8 4 55555 44 7 33 000 3 7 6666 99999999999999999 666 7 666 1 666666 888 999999999999 99 444444 6666 0 444444 99 7 7 22 0 33 000000 000
consensus : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G------G----A------------------AA---TAAAAT-G--G-TAAA-------------AA-CGACTTTTGCGTTGCGTACGGGTGT-ANCCATCATCGACCTT--A-----TATT--GGG-CAGCA-TGTAA--TATTTTCACTTTCCCC-GAGAA--T-CCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGTGTGAG---ANCTACGAGTGCATGC-GGCCC-TTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGACG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCGA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--CCCCGATGTTTATTCAGCAAT--TCCCAC----G-GTACTTCATATTTTTAAGACACA
Reference ( family-2647 ) : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G------G----A------------------AA---TCAAAT-G--G-TAAA-------------AA-CGACTTTTGCGTTGCGTACGGGTGT-ANCCATCATCGACCTT--A-----TATT--GGG-CAGCA-TGTAA--TATTTTCACTTTCCCC-GAGAA--T-CCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGTGTGAG---ANCTACGAGTGCATGC-GGCCC-TTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGACG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCGA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--CCCCGATGTTTATTCAGCAAT--TCCCAC---CG-GTACTTCATATTTTTAAGACACA
gi|1 : CA-TTACCAT-AAT--GCA-TTCC--GGCGGACGTTAGGGTCAAG-CGA-CGTCAGG--GGTAA--------AGCGCTGTTAGAACTTAGAGAA-GC---------------------G------GGAAAA------------------AA---TAAAAT-G--GGTAAA-------------AA-CGACGTTTGCGTTGCGTATGGGTGT-AACCATCATCGACCTT--A-----T--T--GAA-CAGCA-TGTAT--TTTTGTCACTTTCCCC-GAGAA--T-CCAGGCCAATATTA-AGACG---TGTAT--T---------TAACTTG-----A---AACTA--AGTG--TG--AGCCA-TATT-ATG-A-TGTCGTCAA-----GGCA-TAAAC-CA-CTC----AAT-----------GCA---TGTA---CTGG-----G--TGA------GA----GATAGGGGGAAAATGGGACAC--AATAAAGTCATACACCTTATA-TGATC--CCCCGATGTGTATTCGGCAAT--TTCCACGTGCGTGTATTTCATAT
gi|10 : A-TGTAA--TATTTCCACTTTCCCC-GAGAA--T-CCAGGCCAATATTG-AGACG---AGTA---TTA--TATTGTAA---GTGTGAGGCTAACTATGAGT--AT-T-GGTAC-T----AAG-TATG--A--AACA---GAC----------TCTCGTC-AACTC------AAAGCA---TAAAGAGT--GGAGAAA--TAG------GG----GA-AAGAAGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACGTTATATTGTAC--CCCCGAT-TTTATTCgggtttctctcttgtcaaagcaaagtctgcataagtctatgtcaatttaatttgcttctgaatgtaaaggcaaagataacgaata
gi|11 : ----AAAGCA---TAAA------G-----A--TAG------GGTGTGGA-CAAATAAGA------CACCGATTGAAGTCAAAC-----------------CCCGATATTTATTCAGCAAT--TCCCAC------GTGCTTGATATTTTT---ACACA
gi|13 : acTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCT-TTGC--GACGGATATTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAAG--GGCAA--------A----------------------GC---------------------G------gatcgtgtgttctctcttgtgaaagcat
gi|14 : gTCGACC-TGTACA-TTATTGTGAAT--GCA-TTGCCCGGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GG-CAGC--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G------tcgctagaacatagagaagtggaaaggata
gi|15 : TCGACC-TG-ACA-TTAT-GT-AAT--GCA-TTGCCCGGCGGATGTTAGGGTCAAGCCGA-GG-CAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G------tcttaga
gi|16 : t-ATTCATCAAAGACATT--A-----T--T--GGG-CAGCA-TGTAATTTTTTTTCACTTT-CCT-GAGAA--T-CCAGGCCAAtcttaga
gi|2 : atatcTTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTT-GTCTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G-----------------------------------TCAA-T-G--G-TAAA-------------CA-CGACTTTTGAGTTGCGTACGTGTGT-ATTCATCATCGACCTTT-AGTCCTTATT--GCG-CAGCA-TGTAA--TATTTTCACTTTCCC--GAAAA--T-CCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGT-TTAG---ATCTACAAGTGCATGC-AACCCTTTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGATG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCAA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--TCCCGATGTTTATTCAACAATCCTCCTAG---GG-GGACTTCATAATTTTAAGACACA
gi|20 : TCTCGACT-TGTACA-TTACCTC-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAA
gi|21 : TTCTCGATT-TGTACA-TTACCAC-AAT--GCA-TTGC--GGCGGA
gi|3 : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AATT-GCA-TTGC--GGCGGATGTT-GGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G-----------------------------------TCAA-T-G--G-TAAA-------------CA-CGACTTTTGAGTTGCGT-CGTGTGT-ATTCATCATCGACCTTT-AGTCCTTAT---GCG-CAGCA-TGTAA--TATTTTCACTTTCCC--GAAAAATT-CCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGT-TTAG---ATCTACAAGTGCATGCGGGCCT-TTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGATG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCAA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--TCCCGATGTTTATTCAAC
gi|4 : GACT-TGTACAATTAC-AT-AATATGCA-TTGC--GGCGGATGTT-GGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G-----------------------------------TCAA-T-G--G-TAAA-------------CA-CGACTTTTGAGTTGCGTACGTGTGT-ATTCATCATCGACCTTTAG-----TCTTATGCG-CAGCAATGTAA--TATTT-CACTTTCCC--GAAAA--TTCCAGGCCAATATTG--GACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGTTTAAG---A-CTACAAGTGCATGC-GGGCC-TTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGATGCTAAACAAATCTCGT-AAATTCAA----AATGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATT-TGAACTGCCGCGATGTTTATTCA
gi|5 : CTCGACT-TGTACA-CTACCAT-AAT--GAA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------AGCGTAATTAGAATTTAAGAGAAGC---------------------A------G----A------------------AAGAATAAAAT-G--G-TAAA-------------AA-CGACTTTTGCGTTGCACACGGGTGT-AACCATCATCGGCCTT--A-----TATT--GGG-CAGTA-TGTAA--TTTTTTCACTTTCCCC-GAGAA--T-CCAGGCCAATATCG-AGACG---TGTAT--TTAACTG-TGTA---TGTGTGAG---CCTTATG-----ATGT-AG-CC-TAGACAGGCC-TATT------ACT--ATG-TAAAC-AATCTCG---AATCTGACGTCAAAGCATATTAAA---C--C-----ACTTAATGAACTGG----GT-GAGACCGGA------CAC---ATAAAGTCAAAa
gi|6 : TTCTCGATT-TGTACA-TTACCAT------------GC--GGCAGATGTTAGGGACAAG-CGA-GGTCAAG--GGTAA--------A----------------------GCGTCGTTAGGACTTAGAGAAACG------G----A------------------AAAAATAAAAT-G--GGTAAA-------------AA-CAACTTTTGCGTTGTTTACGGATGTGACCCATCATCGACCTT--A-----T--T--GGG-CAGAA-TGTAA--TATTTCCACTTTCCCCCGAGAA--T-CCAGGCCAATATTG-AGACG---AGTAT--TTA--TATTGTAA---GTGTGAGGCTAACTATGA-TGTAT-T-GGTAC-T----AAG-T----------------ATG-TAAAC-AATCTCGTCAAACTC------AAAGCA---TAAAGAGT--GAGAA-A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACGTTATA-aca
gi|7 : taTTCTCGACTGTGTACA-TTACCAC-AAT--GCAATTGC--GGCG-ATGTTAGGGTCAA--CGAAGGTCAGGAGGGTAA--------AAGTCGATTAGAAGTTAAAGAA-GC---------------------G------G----A------------------AAGA-TAAAAT-GAAG-TAAA-------------AAACAACTTTTGCGTGTTGTACAGGTGTAAACCATCATCAATCT---------TATT--GGACCAGCA-TGAAA--TATTTC--CTTT--CA-GAGAG--G-CCAGGCCAGTATTGAAGACGTTATGTAT--TTA--
gi|8 : CTAGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GCCGGATGTTAGAGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAACTTAGAGCA----------------------GC---------------------G------GAAA-A------------------AA---TAAAAT-G--G-CATA-------------AA-CAACTTTTGCATTGTGTACAGCTGT-AACCATCATCGGCCT---------TATT--GGG-CAGTA-TGTAA--TATTTTCACTTTCCCC-GATAA--T-CCAGGTCGATATCG-AGAT----TGTATGATTA--T--TGTGG--TGTATGAG---
gi|9 : CTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------GTCATTAG----AACTTAAAGAAGCGAAAAGAA---TGAAATAG--G-TAAAAACCGTGCGTAAAAA-CGACTTTTATGTTGCGTACGGGTGT-ATTCATCAT--A------------------GGG-TAGTA-TGTAC--TTTTTTCACTTTCCCC-GAAAA--T-CCTGGCCAATATTG-A
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CTTAGTGTAAACAATCTCGAATCTCGTCATTTGATGCATAATATTAAACCACTTAATGAACTGGGTGCACGTGAGAGGGGAAAGAGGGGACACAATAAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTAGAGTTGGCAAATCTAAACCCTGCAATTTCATTTATTCGTAAATGTAAAGGCAAAGATAACGAAC
Unaligned ( gi|18 ): ATTTTCCACGTGCGTGTATTTTACACCTGCTTCTCTATTGTCAAAGATAT
Unaligned ( gi|19 ): ACTTCCACGTGCGTGTATTTTACACCTGTTTCTCTCTTACTAAAGCATGG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222 444444444444444 11 11111 11 1 11111 111 1111 22222222222222222 111 222222 444444444444 111111 1111 111111 11 55555555 222
lowQualScore : 3 2 2 66 2 77 2 3 3 44 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 7 4 66 8 4444444444444 4 0 8 1 444444444444444 4 3 55 0 11 55 3 4 777 66 99999 44 0 1 88888 44 0 77 444 5 5 9999 88888888888888888 666 5 000 0 666666 888 000000000000 66 444444 0000 5 444444 66 0 5 99 1 88 11111111 111
lowQualScore : . . . .. . .. . . . .. .......................................................................................... . . . .. . ............. . . . . ............... . . .. . .. .. . . ... .. ..... .. . . ..... .. . .. ... . . .... ................. ... . ... . ...... ... ............ .. ...... .... . ...... .. . . .. . .. ........ ...
lowQualScore : 1 9 9 88 9 99 3 3 3 66 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 3 4 11 9 4444444444444 4 1 0 0 777777777777777 0 6 00 5 00 00 6 0 888 11 22222 99 8 4 55555 44 7 33 000 3 7 6666 99999999999999999 666 7 666 1 666666 888 999999999999 99 444444 6666 0 444444 99 7 7 22 0 33 77777777 000
consensus : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G------G----A------------------AA---TAAAAT-G--G-TAA-------------AAA-CGACTTTTGCGTTGCGTACGGGTGT-ANCCATCATCGACCTT--A-----TATT--GGG-CAGCA-TGTAA--TATTTTCACTTTCCCC-GAGAA--T-CCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGTGTGAG---ANCTACGAGTGCATGC-GGCCC-TTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGACG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCGA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--CCCCGATGTTTATTCAGCAAT--TCCCA-CG-----GTACTTCATATTTTTAAGACACA
Reference ( family-2647 ) : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G------G----A------------------AA---TAAAAT-G--G-TAA-------------AAA-CGACTTTTGCGTTGCGTACGGGTGT-ANCCATCATCGACCTT--A-----TATT--GGG-CAGCA-TGTAA--TATTTTCACTTTCCCC-GAGAA--T-CCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGTGTGAG---ANCTACGAGTGCATGC-GGCCC-TTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGACG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCGA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--CCCCGATGTTTATTCAGCAAT--TCCCA-CG-----GTACTTCATATTTTTAAGACACA
gi|1 : CA-TTACCAT-AAT--GCA-TTCC--GGCGGACGTTAGGGTCAAG-CGA-CGTCAGG--GGTAA--------AGCGCTGTTAGAACTTAGAGAA-GC---------------------G------GGAAAA------------------AA---TAAAAT-G--GGTAA-------------AAA-CGACGTTTGCGTTGCGTATGGGTGT-AACCATCATCGACCTT--A-----T--T--GAA-CAGCA-TGTAT--TTTTGTCACTTTCCCC-GAGAA--T-CCAGGCCAATATTA-AGACG---TGTAT--T---------TAACTTG-----A---AACTA--AGTG--TG--AGCCA-TATT-ATG-A-TGTCGTCAA-----GGCA-TAAAC-CA-CTC----AAT-----------GCA---TGTA---CTGG-----G--TGA------GA----GATAGGGGGAAAATGGGACAC--AATAAAGTCATACACCTTATA-TGATC--CCCCGATGTGTATTCGGCAAT--TTCCA-CGTGCGTGTATTTCATAT
gi|10 : A-TGTAA--TATTTCCACTTTCCCC-GAGAA--T-CCAGGCCAATATTG-AGACG---AGTA---TTA--TATTGTAA---GTGTGAGGCTAACTATGAGT--AT-T-GGTAC-T----AAG-TATG--A--AACA---GAC----------TCTCGTC-AACTC------AAAGCA---TAAAGAGT--GGAGAAA--TAG------GG----GA-AAGAAGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACGTTATATTGTAC--CCCCGAT-TTTATTCgggtttctctcttgtcaaagcaaagtctgcataagtctatgtcaatttaatttgcttctgaatgtaaaggcaaagataacgaata
gi|11 : ----AAAGCA---TAAA------G-----A--TAG------GGTGTGGA-CAAATAAGA------CACCGATTGAAGTCAAAC-----------------CCCGATATTTATTCAGCAAT--TCCCA-C------GTGCTTGATATTTTT---ACACA
gi|13 : acTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCT-TTGC--GACGGATATTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAAG--GGCAA--------A----------------------GC---------------------G------gatcgtgtgttctctcttgtgaaagcat
gi|14 : gTCGACC-TGTACA-TTATTGTGAAT--GCA-TTGCCCGGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GG-CAGC--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G------tcgctagaacatagagaagtggaaaggata
gi|15 : TCGACC-TG-ACA-TTAT-GT-AAT--GCA-TTGCCCGGCGGATGTTAGGGTCAAGCCGA-GG-CAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G------tcttaga
gi|16 : t-ATTCATCAAAGACATT--A-----T--T--GGG-CAGCA-TGTAATTTTTTTTCACTTT-CCT-GAGAA--T-CCAGGCCAAtcttaga
gi|2 : atatcTTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTT-GTCTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G-----------------------------------TCAA-T-G--G-TAA-------------ACA-CGACTTTTGAGTTGCGTACGTGTGT-ATTCATCATCGACCTTT-AGTCCTTATT--GCG-CAGCA-TGTAA--TATTTTCACTTTCCC--GAAAA--T-CCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGT-TTAG---ATCTACAAGTGCATGC-AACCCTTTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGATG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCAA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--TCCCGATGTTTATTCAACAATCCTCCTAGGG-----GGACTTCATAATTTTAAGACACA
gi|20 : TCTCGACT-TGTACA-TTACCTC-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAA
gi|21 : TTCTCGATT-TGTACA-TTACCAC-AAT--GCA-TTGC--GGCGGA
gi|3 : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AATT-GCA-TTGC--GGCGGATGTT-GGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G-----------------------------------TCAA-T-G--G-TAA-------------ACA-CGACTTTTGAGTTGCGT-CGTGTGT-ATTCATCATCGACCTTT-AGTCCTTAT---GCG-CAGCA-TGTAA--TATTTTCACTTTCCC--GAAAAATT-CCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGT-TTAG---ATCTACAAGTGCATGCGGGCCT-TTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGATG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCAA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--TCCCGATGTTTATTCAAC
gi|4 : GACT-TGTACAATTAC-AT-AATATGCA-TTGC--GGCGGATGTT-GGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G-----------------------------------TCAA-T-G--G-TAA-------------ACA-CGACTTTTGAGTTGCGTACGTGTGT-ATTCATCATCGACCTTTAG-----TCTTATGCG-CAGCAATGTAA--TATTT-CACTTTCCC--GAAAA--TTCCAGGCCAATATTG--GACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGTTTAAG---A-CTACAAGTGCATGC-GGGCC-TTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGATGCTAAACAAATCTCGT-AAATTCAA----AATGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATT-TGAACTGCCGCGATGTTTATTCA
gi|5 : CTCGACT-TGTACA-CTACCAT-AAT--GAA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------AGCGTAATTAGAATTTAAGAGAAGC---------------------A------G----A------------------AAGAATAAAAT-G--G-TAA-------------AAA-CGACTTTTGCGTTGCACACGGGTGT-AACCATCATCGGCCTT--A-----TATT--GGG-CAGTA-TGTAA--TTTTTTCACTTTCCCC-GAGAA--T-CCAGGCCAATATCG-AGACG---TGTAT--TTAACTG-TGTA---TGTGTGAG---CCTTATG-----ATGT-AG-CC-TAGACAGGCC-TATT------ACT--ATG-TAAAC-AATCTCG---AATCTGACGTCAAAGCATATTAAA---C--C-----ACTTAATGAACTGG----GT-GAGACCGGA------CAC---ATAAAGTCAAAa
gi|6 : TTCTCGATT-TGTACA-TTACCAT------------GC--GGCAGATGTTAGGGACAAG-CGA-GGTCAAG--GGTAA--------A----------------------GCGTCGTTAGGACTTAGAGAAACG------G----A------------------AAAAATAAAAT-G--GGTAA-------------AAA-CAACTTTTGCGTTGTTTACGGATGTGACCCATCATCGACCTT--A-----T--T--GGG-CAGAA-TGTAA--TATTTCCACTTTCCCCCGAGAA--T-CCAGGCCAATATTG-AGACG---AGTAT--TTA--TATTGTAA---GTGTGAGGCTAACTATGA-TGTAT-T-GGTAC-T----AAG-T----------------ATG-TAAAC-AATCTCGTCAAACTC------AAAGCA---TAAAGAGT--GAGAA-A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACGTTATA-aca
gi|7 : taTTCTCGACTGTGTACA-TTACCAC-AAT--GCAATTGC--GGCG-ATGTTAGGGTCAA--CGAAGGTCAGGAGGGTAA--------AAGTCGATTAGAAGTTAAAGAA-GC---------------------G------G----A------------------AAGA-TAAAAT-GAAG-TAA-------------AAAACAACTTTTGCGTGTTGTACAGGTGTAAACCATCATCAATCT---------TATT--GGACCAGCA-TGAAA--TATTTC--CTTT--CA-GAGAG--G-CCAGGCCAGTATTGAAGACGTTATGTAT--TTA--
gi|8 : CTAGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GCCGGATGTTAGAGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAACTTAGAGCA----------------------GC---------------------G------GAAA-A------------------AA---TAAAAT-G--G-CAT-------------AAA-CAACTTTTGCATTGTGTACAGCTGT-AACCATCATCGGCCT---------TATT--GGG-CAGTA-TGTAA--TATTTTCACTTTCCCC-GATAA--T-CCAGGTCGATATCG-AGAT----TGTATGATTA--T--TGTGG--TGTATGAG---
gi|9 : CTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------GTCATTAG----AACTTAAAGAAGCGAAAAGAA---TGAAATAG--G-TAAAAACCGTGCGTAAAAA-CGACTTTTATGTTGCGTACGGGTGT-ATTCATCAT--A------------------GGG-TAGTA-TGTAC--TTTTTTCACTTTCCCC-GAAAA--T-CCTGGCCAATATTG-A
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CTTAGTGTAAACAATCTCGAATCTCGTCATTTGATGCATAATATTAAACCACTTAATGAACTGGGTGCACGTGAGAGGGGAAAGAGGGGACACAATAAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTAGAGTTGGCAAATCTAAACCCTGCAATTTCATTTATTCGTAAATGTAAAGGCAAAGATAACGAAC
Unaligned ( gi|18 ): ATTTTCCACGTGCGTGTATTTTACACCTGCTTCTCTATTGTCAAAGATAT
Unaligned ( gi|19 ): ACTTCCACGTGCGTGTATTTTACACCTGTTTCTCTCTTACTAAAGCATGG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222 444444444444444 11 11111 11 1 11111 111 1111 22222222222222222 111 222222 444444444444 111111 1111 111111 11 55555555 222
lowQualScore : 3 2 2 66 2 77 2 3 3 44 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 7 4 66 8 4444444444444 4 0 8 1 444444444444444 4 3 55 0 11 55 3 4 777 66 99999 44 0 1 88888 44 0 77 444 5 5 9999 88888888888888888 666 5 000 0 666666 888 000000000000 66 444444 0000 5 444444 66 0 5 99 1 88 11111111 111
lowQualScore : . . . .. . .. . . . .. .......................................................................................... . . . .. . ............. . . . . ............... . . .. . .. .. . . ... .. ..... .. . . ..... .. . .. ... . . .... ................. ... . ... . ...... ... ............ .. ...... .... . ...... .. . . .. . .. ........ ...
lowQualScore : 1 9 9 88 9 99 3 3 3 66 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 3 4 11 9 4444444444444 4 1 0 0 777777777777777 0 6 00 5 00 00 6 0 888 11 22222 99 8 4 55555 44 7 33 000 3 7 6666 99999999999999999 666 7 666 1 666666 888 999999999999 99 444444 6666 0 444444 99 7 7 22 0 33 77777777 000
consensus : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G------G----A------------------AA---TAAAAT-G--G-TAA-------------AAA-CGACTTTTGCGTTGCGTACGGGTGT-ANCCATCATCGACCTT--A-----TATT--GGG-CAGCA-TGTAA--TATTTTCACTTTCCCC-GAGAA--T-CCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGTGTGAG---ANCTACGAGTGCATGC-GGCCC-TTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGACG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCGA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--CCCCGATGTTTATTCAGCAAT--TCCCA-CG-----GTACTTCATATTTTTAAGACACA
Reference ( family-2647 ) : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G------G----A------------------AA---TAAAAT-G--G-TAA-------------AAA-CGACTTTTGCGTTGCGTACGGGTGT-ANCCATCATCGACCTT--A-----TATT--GGG-CAGCA-TGTAA--TATTTTCACTTTCCCC-GAGAA--T-CCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGTGTGAG---ANCTACGAGTGCATGC-GGCCC-TTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGACG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCGA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--CCCCGATGTTTATTCAGCAAT--TCCCA-CG-----GTACTTCATATTTTTAAGACACA
gi|1 : CA-TTACCAT-AAT--GCA-TTCC--GGCGGACGTTAGGGTCAAG-CGA-CGTCAGG--GGTAA--------AGCGCTGTTAGAACTTAGAGAA-GC---------------------G------GGAAAA------------------AA---TAAAAT-G--GGTAA-------------AAA-CGACGTTTGCGTTGCGTATGGGTGT-AACCATCATCGACCTT--A-----T--T--GAA-CAGCA-TGTAT--TTTTGTCACTTTCCCC-GAGAA--T-CCAGGCCAATATTA-AGACG---TGTAT--T---------TAACTTG-----A---AACTA--AGTG--TG--AGCCA-TATT-ATG-A-TGTCGTCAA-----GGCA-TAAAC-CA-CTC----AAT-----------GCA---TGTA---CTGG-----G--TGA------GA----GATAGGGGGAAAATGGGACAC--AATAAAGTCATACACCTTATA-TGATC--CCCCGATGTGTATTCGGCAAT--TTCCA-CGTGCGTGTATTTCATAT
gi|10 : A-TGTAA--TATTTCCACTTTCCCC-GAGAA--T-CCAGGCCAATATTG-AGACG---AGTA---TTA--TATTGTAA---GTGTGAGGCTAACTATGAGT--AT-T-GGTAC-T----AAG-TATG--A--AACA---GAC----------TCTCGTC-AACTC------AAAGCA---TAAAGAGT--GGAGAAA--TAG------GG----GA-AAGAAGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACGTTATATTGTAC--CCCCGAT-TTTATTCgggtttctctcttgtcaaagcaaagtctgcataagtctatgtcaatttaatttgcttctgaatgtaaaggcaaagataacgaata
gi|11 : ----AAAGCA---TAAA------G-----A--TAG------GGTGTGGA-CAAATAAGA------CACCGATTGAAGTCAAAC-----------------CCCGATATTTATTCAGCAAT--TCCCA-C------GTGCTTGATATTTTT---ACACA
gi|13 : acTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCT-TTGC--GACGGATATTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAAG--GGCAA--------A----------------------GC---------------------G------gatcgtgtgttctctcttgtgaaagcat
gi|14 : gTCGACC-TGTACA-TTATTGTGAAT--GCA-TTGCCCGGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GG-CAGC--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G------tcgctagaacatagagaagtggaaaggata
gi|15 : TCGACC-TG-ACA-TTAT-GT-AAT--GCA-TTGCCCGGCGGATGTTAGGGTCAAGCCGA-GG-CAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G------tcttaga
gi|16 : t-ATTCATCAAAGACATT--A-----T--T--GGG-CAGCA-TGTAATTTTTTTTCACTTT-CCT-GAGAA--T-CCAGGCCAAtcttaga
gi|2 : atatcTTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTT-GTCTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G-----------------------------------TCAA-T-G--G-TAA-------------ACA-CGACTTTTGAGTTGCGTACGTGTGT-ATTCATCATCGACCTTT-AGTCCTTATT--GCG-CAGCA-TGTAA--TATTTTCACTTTCCC--GAAAA--T-CCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGT-TTAG---ATCTACAAGTGCATGC-AACCCTTTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGATG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCAA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--TCCCGATGTTTATTCAACAATCCTCCTAGGG-----GGACTTCATAATTTTAAGACACA
gi|20 : TCTCGACT-TGTACA-TTACCTC-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAA
gi|21 : TTCTCGATT-TGTACA-TTACCAC-AAT--GCA-TTGC--GGCGGA
gi|3 : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AATT-GCA-TTGC--GGCGGATGTT-GGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G-----------------------------------TCAA-T-G--G-TAA-------------ACA-CGACTTTTGAGTTGCGT-CGTGTGT-ATTCATCATCGACCTTT-AGTCCTTAT---GCG-CAGCA-TGTAA--TATTTTCACTTTCCC--GAAAAATT-CCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGT-TTAG---ATCTACAAGTGCATGCGGGCCT-TTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGATG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCAA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--TCCCGATGTTTATTCAAC
gi|4 : GACT-TGTACAATTAC-AT-AATATGCA-TTGC--GGCGGATGTT-GGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G-----------------------------------TCAA-T-G--G-TAA-------------ACA-CGACTTTTGAGTTGCGTACGTGTGT-ATTCATCATCGACCTTTAG-----TCTTATGCG-CAGCAATGTAA--TATTT-CACTTTCCC--GAAAA--TTCCAGGCCAATATTG--GACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGTTTAAG---A-CTACAAGTGCATGC-GGGCC-TTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGATGCTAAACAAATCTCGT-AAATTCAA----AATGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATT-TGAACTGCCGCGATGTTTATTCA
gi|5 : CTCGACT-TGTACA-CTACCAT-AAT--GAA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------AGCGTAATTAGAATTTAAGAGAAGC---------------------A------G----A------------------AAGAATAAAAT-G--G-TAA-------------AAA-CGACTTTTGCGTTGCACACGGGTGT-AACCATCATCGGCCTT--A-----TATT--GGG-CAGTA-TGTAA--TTTTTTCACTTTCCCC-GAGAA--T-CCAGGCCAATATCG-AGACG---TGTAT--TTAACTG-TGTA---TGTGTGAG---CCTTATG-----ATGT-AG-CC-TAGACAGGCC-TATT------ACT--ATG-TAAAC-AATCTCG---AATCTGACGTCAAAGCATATTAAA---C--C-----ACTTAATGAACTGG----GT-GAGACCGGA------CAC---ATAAAGTCAAAa
gi|6 : TTCTCGATT-TGTACA-TTACCAT------------GC--GGCAGATGTTAGGGACAAG-CGA-GGTCAAG--GGTAA--------A----------------------GCGTCGTTAGGACTTAGAGAAACG------G----A------------------AAAAATAAAAT-G--GGTAA-------------AAA-CAACTTTTGCGTTGTTTACGGATGTGACCCATCATCGACCTT--A-----T--T--GGG-CAGAA-TGTAA--TATTTCCACTTTCCCCCGAGAA--T-CCAGGCCAATATTG-AGACG---AGTAT--TTA--TATTGTAA---GTGTGAGGCTAACTATGA-TGTAT-T-GGTAC-T----AAG-T----------------ATG-TAAAC-AATCTCGTCAAACTC------AAAGCA---TAAAGAGT--GAGAA-A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACGTTATA-aca
gi|7 : taTTCTCGACTGTGTACA-TTACCAC-AAT--GCAATTGC--GGCG-ATGTTAGGGTCAA--CGAAGGTCAGGAGGGTAA--------AAGTCGATTAGAAGTTAAAGAA-GC---------------------G------G----A------------------AAGA-TAAAAT-GAAG-TAA-------------AAAACAACTTTTGCGTGTTGTACAGGTGTAAACCATCATCAATCT---------TATT--GGACCAGCA-TGAAA--TATTTC--CTTT--CA-GAGAG--G-CCAGGCCAGTATTGAAGACGTTATGTAT--TTA--
gi|8 : CTAGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GCCGGATGTTAGAGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAACTTAGAGCA----------------------GC---------------------G------GAAA-A------------------AA---TAAAAT-G--G-CAT-------------AAA-CAACTTTTGCATTGTGTACAGCTGT-AACCATCATCGGCCT---------TATT--GGG-CAGTA-TGTAA--TATTTTCACTTTCCCC-GATAA--T-CCAGGTCGATATCG-AGAT----TGTATGATTA--T--TGTGG--TGTATGAG---
gi|9 : CTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------GTCATTAG----AACTTAAAGAAGCGAAAAGAA---TGAAATAG--G-TAAAAACCGTGCGTAAAAA-CGACTTTTATGTTGCGTACGGGTGT-ATTCATCAT--A------------------GGG-TAGTA-TGTAC--TTTTTTCACTTTCCCC-GAAAA--T-CCTGGCCAATATTG-A
blockSeqs : G A G AT A CC A C A AG AGCGTAATTAGAATTTAAGAGAAGCAGAAAGAA A A AA G AAACCGTGCGTAA A G T TTAGTCCTTATT C A TT CC AT T A TTA GA ACTG CT G G GCTAA TG GC GCG T T TTTC TTGTTGAACATTT TGC A TCA GACGTC TAT GAGTGGAGAA CT TGAACT TGTG . . CG T TG A CC GGG AAG
blockSeqs : . . . T . CC A . . . AGCGTCGTTAGGACTTAGAGAAACGGAAAAAA A . . . . . A T TTAGTCCTTAT . . . C . . . . . TAT CT T T GCTAA CA GC GC C . TTTC TTGTTGAACATTT TG . TCA AA . GAGTGAGAA . . . . . . . . G . C
blockSeqs : . . . . . . A . . . AGCGTCATTAGAACTTAAAGAAGCGAAAAGAA A . . . . . . T TTAGTCTTAT . . . T . . . . . TAT CT G T AT CA GC GC C . TTTC TTGTTGAACATTT TG . TCA AA . CG . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . A . . . AAGTCGATTAGAAGTTAAAGAAGCGGAAAGA A . . . . . . T TATATT . . . C . . . . . CA . G A AT CA GT GT G . AGAC TATGAAACA TG . TC AA . CG . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . A . . . CTTAGAGCAGCGGAAAAAA A . . . . . . A TATT . . . A . . . . . CA . A G CC TG . T T . . CCTATTACT TG . TA . . CG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . AGCG . . . . . . . C TATT . . . C . . . . . CA . . G A TG . T . . . T C . . . . CC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . AGCG . . . . . . . A TATT . . . C . . . . . T . . G . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . AGCG . . . . . . . A TATT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : TA*** ** CG GC GC* TTTC TTGTTGAACATTT**** TCA AA**** CG********** ******
originalCons : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G------G----A------------------AA---TAAAAT-G--G-TAA-------------AAA-CGACTTTTGCGTTGCGTACGGGTGT-ANCCATCATCGACCTT--A-----TATT--GGG-CAGCA-TGTAA--TATTTTCACTTTCCCC-GAGAA--T-CCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGTGTGAG---ANCTACGAGTGCATGC-GGCCC-TTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGACG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCGA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--CCCCGATGTTTATTCAGCAAT--TCCCA-CG-----GTACTTCATATTTTTAAGACACA
finalCons : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G------G----A------------------AA---TAAAAT-G--G-TAA-------------AAA-CGACTTTTGCGTTGCGTACGGGTGT-ANCCATCATCGACCTT--A-----TATT--GGG-CAGCA-TGTAA--TATTTTCACTTTCCCC-GAGAA--T-CCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTATA---TGTAA--TGTGTGAG---ANCTACGAGTGCATGC-GGCCC-TTTTCAAGTTGTTGAACATTT----GACG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCAA----AAAGCA---TAAACG----------A--TAG------GG----GA-AAGAGGAGA------CAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--CCCCGATGTTTATTCAGCAAT--TCCCA-CG-----GTACTTCATATTTTTAAGACACA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CTTAGTGTAAACAATCTCGAATCTCGTCATTTGATGCATAATATTAAACCACTTAATGAACTGGGTGCACGTGAGAGGGGAAAGAGGGGACACAATAAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTAGAGTTGGCAAATCTAAACCCTGCAATTTCATTTATTCGTAAATGTAAAGGCAAAGATAACGAAC
Unaligned ( gi|18 ): ATTTTCCACGTGCGTGTATTTTACACCTGCTTCTCTATTGTCAAAGATAT
Unaligned ( gi|19 ): ACTTCCACGTGCGTGTATTTTACACCTGTTTCTCTCTTACTAAAGCATGG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222 4444444444444444 22222 1111 1 11111 11 3333333333333333333333333 111 222222 444444444444 111111 1111 111111 11 55555555 222
lowQualScore : 3 2 2 66 2 77 2 3 3 44 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 1 4 66 8 4444444444444 4 0 8 1 8888888888888888 4 3 55 0 3 66 88 4 777 66 00000 6666 0 88888 44 0 77 88 11 2222222222222222222222222 666 5 000 0 222222 888 000000000000 66 444444 0000 5 444444 66 0 5 99 1 88 11111111 111
lowQualScore : . . . .. . .. . . . .. .......................................................................................... . . . .. . ............. . . . . ................ . . .. . . .. .. . ... .. ..... .... . ..... .. . .. .. .. ......................... ... . ... . ...... ... ............ .. ...... .... . ...... .. . . .. . .. ........ ...
lowQualScore : 1 9 9 88 9 99 3 3 3 66 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 9 4 11 9 4444444444444 4 1 0 0 9999999999999999 0 6 00 5 6 55 66 0 888 11 99999 4444 0 55555 44 7 33 33 00 0000000000000000000000000 666 7 666 1 555555 888 999999999999 99 444444 6666 0 444444 99 7 7 22 0 33 77777777 000
consensus : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G------G----A------------------AA---TAAAAT-G--G-TAA-------------AAA-CGACTTTTGCGTTGCGTACGGGTGT-ANCCATCATCGACCTT-A-----TA-T----TGGG-CAGC-ATGTAA--TATTTTCACTTTCCCC-GAGAA--TCCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAA--CGTGTG-AG---ANCTACGAGTGCATGCGG-CCCTTTT-CAAG-T-TGTTG--AACATTTGACG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCGA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGA------GACAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--CCCCGATGTTTATTCAGCAAT--TCCCA-CG-----GTACTTCATATTTTTAAGACACA
Reference ( family-2647 ) : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G------G----A------------------AA---TAAAAT-G--G-TAA-------------AAA-CGACTTTTGCGTTGCGTACGGGTGT-ANCCATCATCGACCTT-A-----TA-T----TGGG-CAGC-ATGTAA--TATTTTCACTTTCCCC-GAGAA--TCCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--TA-TGTAA--TGTGTG-AG---ANCTACGAGTGCATGCGG-CCCTTTT-CAAG-T-TGTTG--AACATTTGACG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCAA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGA------GACAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--CCCCGATGTTTATTCAGCAAT--TCCCA-CG-----GTACTTCATATTTTTAAGACACA
gi|1 : CA-TTACCAT-AAT--GCA-TTCC--GGCGGACGTTAGGGTCAAG-CGA-CGTCAGG--GGTAA--------AGCGCTGTTAGAACTTAGAGAA-GC---------------------G------GGAAAA------------------AA---TAAAAT-G--GGTAA-------------AAA-CGACGTTTGCGTTGCGTATGGGTGT-AACCATCATCGACCTT-A-----T-------TGAA-CAGC-ATGTAT--TTTTGTCACTTTCCCC-GAGAA--TCCAGGCCAATATTA-AGACG---TGTAT--TTA--------AC--T---TG-A----AACTA--AGTG--TG-AG-CCATATT--ATG-A-TGTCGTCAA-----GGCA-TAAAC-CA-CTC----AAT-----------GCA---TGTA---CTGG-----G--TGA------GA----GATAGGGGGAAAATGGGACAC--AATAAAGTCATACACCTTATA-TGATC--CCCCGATGTGTATTCGGCAAT--TTCCA-CGTGCGTGTATTTCATAT
gi|10 : -ATGTAA--TATTTCCACTTTCCCC-GAGAA--TCCAGGCCAATATTG-AGACG---AGTA---TTA--TATTGTAA---GTGTG-AGGCTAACTATGAGT--AT-TGG-TACT-----AAG-TATG--A--AACA---GAC----------TCTCGTC-AACTC------AAAGCA---TAAAGAGT--GGAGAAA--TAG------GG----GA-AAGAAGA------GACAC--AATAAAGTCAAACACGTTATATTGTAC--CCCCGAT-TTTATTCgggtttctctcttgtcaaagcaaagtctgcataagtctatgtcaatttaatttgcttctgaatgtaaaggcaaagataacgaata
gi|11 : ----AAAGCA---TAAA------G-----A--TAG------GGTGTGGA-CAAATAA------GACACCGATTGAAGTCAAAC-----------------CCCGATATTTATTCAGCAAT--TCCCA-C------GTGCTTGATATTTTT---ACACA
gi|13 : acTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCT-TTGC--GACGGATATTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAAG--GGCAA--------A----------------------GC---------------------G------gatcgtgtgttctctcttgtgaaagcat
gi|14 : gTCGACC-TGTACA-TTATTGTGAAT--GCA-TTGCCCGGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GG-CAGC--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G------tcgctagaacatagagaagtggaaaggata
gi|15 : TCGACC-TG-ACA-TTAT-GT-AAT--GCA-TTGCCCGGCGGATGTTAGGGTCAAGCCGA-GG-CAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G------tcttaga
gi|16 : t-ATTCATCAAAGACATT-A-----T-------TGGG-CAGC-ATGTAATTTTTTTTCACTTT-CCT-GAGAA--TCCAGGCCAAtcttaga
gi|2 : atatcTTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTT-GTCTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G-----------------------------------TCAA-T-G--G-TAA-------------ACA-CGACTTTTGAGTTGCGTACGTGTGT-ATTCATCATCGACCTTTAGTCCTTA-T----TGCG-CAGC-ATGTAA--TATTTTCACTTTCCC--GAAAA--TCCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAA--CTTGTTTAG---ATCTACAAGTGCATGCAA-CCCTTTTTCAAG-T-TGTTG--AACATTTGATG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCAA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGA------GACAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--TCCCGATGTTTATTCAACAATCCTCCTAGGG-----GGACTTCATAATTTTAAGACACA
gi|20 : TCTCGACT-TGTACA-TTACCTC-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAA
gi|21 : TTCTCGATT-TGTACA-TTACCAC-AAT--GCA-TTGC--GGCGGA
gi|3 : TTCTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AATT-GCA-TTGC--GGCGGATGTT-GGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G-----------------------------------TCAA-T-G--G-TAA-------------ACA-CGACTTTTGAGTTGCGT-CGTGTGT-ATTCATCATCGACCTTTAGTCCTTA-T-----GCG-CAGC-ATGTAA--TATTTTCACTTTCCC--GAAAAATTCCAGGCCAATATTG-AGACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAA--CTTGTTTAG---ATCTACAAGTGCATGCGGGCCTTTTT-CAAG-T-TGTTG--AACATTTGATG-TAAAC-AATCTCGTCAAATTCAA----AAAGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGA------GACAC--AATAAAGTCAAACACCTTATA-TGAAC--TCCCGATGTTTATTCAAC
gi|4 : GACT-TGTACAATTAC-AT-AATATGCA-TTGC--GGCGGATGTT-GGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------G-----------------------------------T-CAAT-G--G-TAA-------------ACA-CGACTTTTGAGTTGCGTACGTGTGT-ATTCATCATCGACCTT-------TAGTCTTATGCG-CAGCAATGTAA--TA-TTTCACTTT-CCC-GAAAAT-TCCAGGCCAATATTG--GACG---TGTAT--TTA--CA-TGTAACTTGTTTA-AG---A-CTACAAGTGCATGCGG-GCCTTTT-CAAG-T-TGTTG--AACATTTGATGCTAAACAAATCTCGT-AAATTCAA----AATGCA---TAAA---C--G-----A--TAG------GG----GA-AAGAGGA------GACAC--AATAAAGTCAAACACCTTATT-TGAACTGCCGCGATGTTTATTCA
gi|5 : CTCGACT-TGTACA-CTACCAT-AAT--GAA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------AGCGTAATTAGAATTTAAGAGAAGC---------------------A------G----A------------------AAGAATAAAAT-G--G-TAA-------------AAA-CGACTTTTGCGTTGCACACGGGTGT-AACCATCATCGGCCTT-A-----TA-T----TGGG-CAGT-ATGTAA--TTTTTTCACTTTCCCC-GAGAA--TCCAGGCCAATATCG-AGACG---TGTAT--TTAACTG-TGT-A--TGTGTG-AG---CCTTATG-----ATGTAG--CCTAGA-CAGGCC-TATT------ACT--ATG-TAAAC-AATCTCG---AATCTGACGTCAAAGCATATTAAA---C--C-----ACTTAATGAACTGG----GT-GAGACCG------GACAC---ATAAAGTCAAAa
gi|6 : TTCTCGATT-TGTACA-TTACCAT------------GC--GGCAGATGTTAGGGACAAG-CGA-GGTCAAG--GGTAA--------A----------------------GCGTCGTTAGGACTTAGAGAAACG------G----A------------------AAAAATAAAAT-G--GGTAA-------------AAA-CAACTTTTGCGTTGTTTACGGATGTGACCCATCATCGACCTT-A-----T-------TGGG-CAGA-ATGTAA--TATTTCCACTTTCCCCCGAGAA--TCCAGGCCAATATTG-AGACG---AGTAT--TTA--TATTGTAA---GTGTG-AGGCTAACTATGA-TGTAT-TGG-TACT-----AAG-T----------------ATG-TAAAC-AATCTCGTCAAACTC------AAAGCA---TAAAGAGT--GAGAA-A--TAG------GG----GA-AAGAGGA------GACAC--AATAAAGTCAAACACGTTATA-aca
gi|7 : taTTCTCGACTGTGTACA-TTACCAC-AAT--GCAATTGC--GGCG-ATGTTAGGGTCAA--CGAAGGTCAGGAGGGTAA--------AAGTCGATTAGAAGTTAAAGAA-GC---------------------G------G----A------------------AAGA-TAAAAT-GAAG-TAA-------------AAAACAACTTTTGCGTGTTGTACAGGTGTAAACCATCATCAATCT--------TA-T----TGGACCAGC-ATGAAA--TATTTC--CTTT--CA-GAGAG--GCCAGGCCAGTATTGAAGACGTTATGTAT--TTA--
gi|8 : CTAGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GCCGGATGTTAGAGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAACTTAGAGCA----------------------GC---------------------G------GAAA-A------------------AA---TAAAAT-G--G-CAT-------------AAA-CAACTTTTGCATTGTGTACAGCTGT-AACCATCATCGGCCT--------TA-T----TGGG-CAGT-ATGTAA--TATTTTCACTTTCCCC-GATAA--TCCAGGTCGATATCG-AGAT----TGTATGATTA--T--TGTGG--TGTATG-AG---
gi|9 : CTCGACT-TGTACA-TTACCAT-AAT--GCA-TTGC--GGCGGATGTTAGGGTCAAG-CGA-GGTCAGG--GGTAA--------A----------------------GC---------------------GTCATTAG----AACTTAAAGAAGCGAAAAGAA---TGAAATAG--G-TAAAAACCGTGCGTAAAAA-CGACTTTTATGTTGCGTACGGGTGT-ATTCATCAT--A--------------------GGG-TAGT-ATGTAC--TTTTTTCACTTTCCCC-GAAAA--TCCTGGCCAATATTG-A
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CTTAGTGTAAACAATCTCGAATCTCGTCATTTGATGCATAATATTAAACCACTTAATGAACTGGGTGCACGTGAGAGGGGAAAGAGGGGACACAATAAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTAGAGTTGGCAAATCTAAACCCTGCAATTTCATTTATTCGTAAATGTAAAGGCAAAGATAACGAAC
Unaligned ( gi|18 ): ATTTTCCACGTGCGTGTATTTTACACCTGCTTCTCTATTGTCAAAGATAT
Unaligned ( gi|19 ): ACTTCCACGTGCGTGTATTTTACACCTGTTTCTCTCTTACTAAAGCATGG