lowQualScore                  :                        11111111        3333333333333333333333333333                     
lowQualScore                  :                3  3    11111111    2   2222222222222222222222222222              4      
lowQualScore                  :                .  .    ........    .   ............................              .      
lowQualScore                  :                3  1    22222222    9   3333333333333333333333333333              9      
consensus                     :      CCTCATATGA-TG-TTGC--------GCCC-CCCCC-C--CC----T--------------AACTCGAATTTCTGGATCCGCC
Reference ( gi|8 )            :      CCTCATATGA-TG-TTGC--------GCCC-CCCTC-C--CC----T--------------GACTCGAATTTCTGGGTCCGCC
gi|5                          :      CCTCATATGA-TG-TAGC--------GCCC-CCCCC--------------------------ACTCGAATTTCTGGATCCGC
gi|2                          : ccctgCCTCATATGA-TG-TTGCCCCACCTGACCCACCCAC-C--CC----T--------------AATTCGAATTTCTGGATCCGCCtcct
gi|1                          :  cctgCCTCATATGA-TG-TT-T--------GCCC-CCCCC-C--CC----TCCCCCCGCCCCCTAGACTCGAATTTCTGGATCCGCcct
gi|7                          :   ctgCCTCATATGA-TG-TTGC--------ACCA-C---C-C--CC----C--------------AACTCGAATTTCTTGATCCACCacct
gi|12                         :     gCCTCATATGA-TG-TTGC--------GCCC-CCACC-C------------------------ACTCGAATTTcc
gi|3                          : cccttgCTCATAT-A-TG-TTGC--------GCCC-CCCCC-C--CCCCCTT--------------AACTCGAATTTCTGGATCCGC
gi|4                          :     cgCTCATATGA-TG-TTGC--------ACCC-CCCCC-CCTCC----C--------------AACTCAAATTTCTGGATCacct
gi|10                         :       CTCATATGA-TG-TTGC--------GCCC-CC-----------------------------ACTCGAATTTCTGGATCCttcccct
gi|6                          :  ttctgCTCATATGAGTGGTTGC--------GCCC-CCCGC-C--CC----T--------------AACTCGAACTGCTGGATACGC
gi|11                         :      gCTCATATG--TG-TTGC--------AGCC-CCCT-----------T--------------AACTCGAATGTCAGGATCac
gi|9                          :       cgCATATGA-TG-TTGC--------GCCC-CCCCCAC--CC----C--------------AACTCGAATTTCTGAATCCGCC
gi|15                         :         CATATGA-TG-TTGT--------GCCC-CCCCC-C--CC----T--------------AACTCGAATTc
gi|13                         :                  G-TTGC--------GCCC-CTCT--------------------------AACTCGAATTTCTGAATCAGCC
gi|14                         :                                 CCC-CCCCC-C--CC----T--------------AATTCGAATTTTTGGATCCGCCcctag
gi|17                         :                                         C-C--CC----T--------------AACTCGAATTTCTGGGTCCGCCcct
gi|16                         :                                          -C--CC----T--------------AACTCGAATTTCTGGATCCACCcctat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CCCCCTACCACATAGGATGTTGCGCACCCCCC






Alignments
lowQualScore                  :                        11111111            2222222222222222222                        
lowQualScore                  :               3  2  2  33333333       33 2 0000000000000000000  2                     
lowQualScore                  :               .  .  .  ........       .. . ...................  .                     
lowQualScore                  :               1  9  9  22222222       66 4 0000000000000000000  4                     
consensus                     :     CCTCATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCCCC-C-C-----------C--C----TA-ACTCGAATTTCTGGATCCGCC
Reference ( family-261 )      :     CCTCATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCCCC-C-C-----------C--C----TA-ACTCGAATTTCTGGATCCGCC
gi|1                          :     CCTCATATGA-TG-TTTGC--------CCCCCCCC-C-CTCCCCCCGCCCC--C----TAGACTCGAATTTCTGGATCCGC
gi|10                         :   ctgCTCATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCC----------------------------ACTCGAATTTCTGGATCCacct
gi|11                         : ttctgCTCATATG--TG-TT-GCA-------GCCCCCT------------------------TA-ACTCGAATGTCAGGATC
gi|12                         :   cgCCTCATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCCAC-C-C----------------------ACTCGAATTT
gi|13                         :           cccttgG-TT-GC--------GCCCCTC------------------------TA-ACTCGAATTTCTGAATCAGCC
gi|14                         :                                 CCCCCCC-C-C-----------C--C----TA-ATTCGAATTTTTGGATCCGCCcctag
gi|15                         :        CATATGA-TG-TT-GT--------GCCCCCCC-C-C-----------C--C----TA-ACTCGAATTcct
gi|16                         :                                          -C-----------C--C----TA-ACTCGAATTTCTGGATCCACC
gi|17                         :                                        -C-C-----------C--C----TA-ACTCGAATTTCTGGGTCCGCCcctgaga
gi|2                          :     CCTCATATGA-TG-TT-GCCCCACCTGACCCACCCAC-C-----------C--C----TA-ATTCGAATTTCTGGATCCGCCcctat
gi|3                          :  cctgCTCATAT-A-TG-TT-GC--------GCCCCCCC-C-C-----------C--CCCCTTA-ACTCGAATTTCTGGATCCGCcct
gi|4                          :    cgCTCATATGA-TG-TT-GC--------ACCCCCCC-C-C-----------CTCC----CA-ACTCAAATTTCTGGATCacct
gi|5                          :     CCTCATATGA-TG-TA-GC--------GCCCCCCC-C------------------------ACTCGAATTTCTGGATCCGCttcccct
gi|6                          : ccctgCTCATATGAGTGGTT-GC--------GCCCCCCG-C-C-----------C--C----TA-ACTCGAACTGCTGGATACGCtcct
gi|7                          :    gCCTCATATGA-TG-TT-GC--------ACCACCCC-C-C--------------------A-ACTCGAATTTCTTGATCCACCac
gi|8                          :    gCCTCATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCCCT-C-C-----------C--C----TG-ACTCGAATTTCTGGGTCCGCCcc
gi|9                          :        CATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCCCC-CAC-----------C--C----CA-ACTCGAATTTCTGAATCCGCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CCCCCTACCACATAGGATGTTGCGCACCCCCC






Alignments
lowQualScore                  :                        11111111            2222222222222222222                        
lowQualScore                  :               3  2  2  33333333       33 2 0000000000000000000  2                     
lowQualScore                  :               .  .  .  ........       .. . ...................  .                     
lowQualScore                  :               1  9  9  22222222       66 4 0000000000000000000  4                     
consensus                     :     CCTCATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCCCC-C-C-----------C--C----TA-ACTCGAATTTCTGGATCCGCC
Reference ( family-261 )      :     CCTCATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCCCC-C-C-----------C--C----TA-ACTCGAATTTCTGGATCCGCC
gi|1                          :     CCTCATATGA-TG-TTTGC--------CCCCCCCC-C-CTCCCCCCGCCCC--C----TAGACTCGAATTTCTGGATCCGC
gi|10                         :   ctgCTCATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCC----------------------------ACTCGAATTTCTGGATCCacct
gi|11                         : ttctgCTCATATG--TG-TT-GCA-------GCCCCCT------------------------TA-ACTCGAATGTCAGGATC
gi|12                         :   cgCCTCATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCCAC-C-C----------------------ACTCGAATTT
gi|13                         :           cccttgG-TT-GC--------GCCCCTC------------------------TA-ACTCGAATTTCTGAATCAGCC
gi|14                         :                                 CCCCCCC-C-C-----------C--C----TA-ATTCGAATTTTTGGATCCGCCcctag
gi|15                         :        CATATGA-TG-TT-GT--------GCCCCCCC-C-C-----------C--C----TA-ACTCGAATTcct
gi|16                         :                                          -C-----------C--C----TA-ACTCGAATTTCTGGATCCACC
gi|17                         :                                        -C-C-----------C--C----TA-ACTCGAATTTCTGGGTCCGCCcctgaga
gi|2                          :     CCTCATATGA-TG-TT-GCCCCACCTGACCCACCCAC-C-----------C--C----TA-ATTCGAATTTCTGGATCCGCCcctat
gi|3                          :  cctgCTCATAT-A-TG-TT-GC--------GCCCCCCC-C-C-----------C--CCCCTTA-ACTCGAATTTCTGGATCCGCcct
gi|4                          :    cgCTCATATGA-TG-TT-GC--------ACCCCCCC-C-C-----------CTCC----CA-ACTCAAATTTCTGGATCacct
gi|5                          :     CCTCATATGA-TG-TA-GC--------GCCCCCCC-C------------------------ACTCGAATTTCTGGATCCGCttcccct
gi|6                          : ccctgCTCATATGAGTGGTT-GC--------GCCCCCCG-C-C-----------C--C----TA-ACTCGAACTGCTGGATACGCtcct
gi|7                          :    gCCTCATATGA-TG-TT-GC--------ACCACCCC-C-C--------------------A-ACTCGAATTTCTTGATCCACCac
gi|8                          :    gCCTCATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCCCT-C-C-----------C--C----TG-ACTCGAATTTCTGGGTCCGCCcc
gi|9                          :        CATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCCCC-CAC-----------C--C----CA-ACTCGAATTTCTGAATCCGCC


blockSeqs                     :               G  G  .  CCCACCTG       CA A CCCCCT               .
blockSeqs                     :               .  .  .  A              C  . CTCC                 .
blockSeqs                     :               .  .  .  .              C  . CC                   .
blockSeqs                     :               .  .  .  .              C  . CC                   .
blockSeqs                     :               .  .  .  .              C  . CC                   .
blockSeqs                     :               .  .  .  .              C  . CC                   .
blockSeqs                     :               .  .  .  .              C  . CC                   .
blockSeqs                     :               .  .  .  .              G  . CC                   .
blockSeqs                     :               .  .  .  .              C  . CC                   .
blockSeqs                     :               .  .  .  .              T  . CC                   .
blockSeqs                     :               .  .  .  .              C  . .                    .
blockSeqs                     :               .  .  .  .              .  . .                    .
blockSeqs                     :                  .  .  .              .  . .                    .
blockSeqs                     :                                       .  . .                    .
blockSeqs                     :                                          . .                    .
blockSeqs                     :                                          . .                    .


blockSeqCons                  :                                            CC*****************
originalCons                  :     CCTCATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCCCC-C-C-----------C--C----TA-ACTCGAATTTCTGGATCCGCC
finalCons                     :     CCTCATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCCCC-C-CCC-----------------TA-ACTCGAATTTCTGGATCCGCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CCCCCTACCACATAGGATGTTGCGCACCCCCC






Alignments
lowQualScore                  :                        11111111            2222222222222222222                        
lowQualScore                  :               3  2  2  33333333       33 2 0000000000000000000  2                     
lowQualScore                  :               .  .  .  ........       .. . ...................  .                     
lowQualScore                  :               1  9  9  22222222       66 4 0000000000000000000  4                     
consensus                     :     CCTCATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCCCC-C-C-----------C--C----TA-ACTCGAATTTCTGGATCCGCC
Reference ( family-261 )      :     CCTCATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCCCC-C-C-----------C--C----TA-ACTCGAATTTCTGGATCCGCC
gi|1                          :     CCTCATATGA-TG-TTTGC--------CCCCCCCC-C-CTCCCCCCGCCCC--C----TAGACTCGAATTTCTGGATCCGC
gi|10                         :   ctgCTCATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCC----------------------------ACTCGAATTTCTGGATCCacct
gi|11                         : ttctgCTCATATG--TG-TT-GCA-------GCCCCCT------------------------TA-ACTCGAATGTCAGGATC
gi|12                         :   cgCCTCATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCCAC-C-C----------------------ACTCGAATTT
gi|13                         :           cccttgG-TT-GC--------GCCCCTC------------------------TA-ACTCGAATTTCTGAATCAGCC
gi|14                         :                                 CCCCCCC-C-C-----------C--C----TA-ATTCGAATTTTTGGATCCGCCcctag
gi|15                         :        CATATGA-TG-TT-GT--------GCCCCCCC-C-C-----------C--C----TA-ACTCGAATTcct
gi|16                         :                                          -C-----------C--C----TA-ACTCGAATTTCTGGATCCACC
gi|17                         :                                        -C-C-----------C--C----TA-ACTCGAATTTCTGGGTCCGCCcctgaga
gi|2                          :     CCTCATATGA-TG-TT-GCCCCACCTGACCCACCCAC-C-----------C--C----TA-ATTCGAATTTCTGGATCCGCCcctat
gi|3                          :  cctgCTCATAT-A-TG-TT-GC--------GCCCCCCC-C-C-----------C--CCCCTTA-ACTCGAATTTCTGGATCCGCcct
gi|4                          :    cgCTCATATGA-TG-TT-GC--------ACCCCCCC-C-C-----------CTCC----CA-ACTCAAATTTCTGGATCacct
gi|5                          :     CCTCATATGA-TG-TA-GC--------GCCCCCCC-C------------------------ACTCGAATTTCTGGATCCGCttcccct
gi|6                          : ccctgCTCATATGAGTGGTT-GC--------GCCCCCCG-C-C-----------C--C----TA-ACTCGAACTGCTGGATACGCtcct
gi|7                          :    gCCTCATATGA-TG-TT-GC--------ACCACCCC-C-C--------------------A-ACTCGAATTTCTTGATCCACCac
gi|8                          :    gCCTCATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCCCT-C-C-----------C--C----TG-ACTCGAATTTCTGGGTCCGCCcc
gi|9                          :        CATATGA-TG-TT-GC--------GCCCCCCC-CAC-----------C--C----CA-ACTCGAATTTCTGAATCCGCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CCCCCTACCACATAGGATGTTGCGCACCCCCC