lowQualScore : 2222 1111111 2222222 111 111 11 11
lowQualScore : 4 55 1 999999 5555 0000000 444 8888 5 44 33 333 2 4444444 2 2 33 55 2 444 55 2 111 2 2 2 2 2 44 777 0 8 99 11 6
lowQualScore : . .. . ...... .... ....... ... .... . .. .. ... . ....... . . .. .. . ... .. . ... . . . . . .. ... . . .. .. .
lowQualScore : 0 55 5 444444 0000 6666666 444 8888 0 00 77 666 5 0000000 5 5 44 99 5 444 99 5 444 9 9 9 9 9 22 555 4 0 44 00 0
consensus : TGGTGT-AAA--GCTAA-----ACAA--CACAC-------TA---T----TT-CTTTA-TAA--GTCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTTT--AA-CA-TCC-A-A-CGG--TTT--GACAT-AA--AA-TAATTCATATA
Reference ( gi|4 ) : TGGTGT-AAA--GTTAA-----ACAC--TACAC-------TA---T----TT-CTTTA-TAA--GTCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTTC--AA-CA-TCC-A-A-CAG--TTG--GACAT-AA--AA-CAATTCATACA
gi|12 : TGGTGT-AAA--GCTAA-----ACAA--CACAC-------TA---TAT--TT-CTTTA-TAA--TTCA-A-CCCGAG-G------GGAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GATT--GTG-TCTATTAC--AA-CA-TCC-A-A-CA
gi|3 : tTGGTGT-AAAAAGTTAT-----ACACAACACAC-------TA---T----TTTCTCTA-AAA--GTCA---TCCGAG-T-------AAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTT---AA-CA-TCCAA-A-CAG--TTT--G-CAT-A
gi|10 : tTGATGT-AAA--GCTAA-----ACAA--CACAC-------TA---T----TT-CTTTA-TAA--GT--------GA----------AAAAATAG-A-AT--T--AA-TCA---GTTT---TG-CCCCTCTT--AA-CA-TCC-A-A-CGG--TTT--GACATAAA--AA-TAATTCATAtatatattcagatata
gi|1 : tTGGTGT-AAA--GCTAA-----ACA----ACACAATATAATA---T----GT-CTTTA-AAA--ATTA-A-CCCGGG-T------GAAAAATAG-ATAT--A--TT-TCAATTGTTTTGGTG-TGCA-CTC--AA-TA-TCC-A-A-AGG--TTT--GACt
gi|20 : aTGGTGTTAAA--GCTAA-----ACAA--CACAC-------TA---T----TT-Ccaaatattgtgtacaaaaatatatcatttaaaggctaaaatta
gi|16 : atcccgcGGTGT-AAA--GCTAT-----ACAA--CACAC-------TA---T----TT-CTTTA-CAA--GTCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCC
gi|18 : GGTGT-AAA--GCTAACTTGAACAA--CACAC-------TA---T----TT-CACTA-TAA--ATCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATA
gi|9 : cgtaGTGT-AAA--GTTAC-----ACAA--TACAC-------TA---TGTATTT-CTTTA-TAA--GTCA-A-TCCGAG-T----------------------A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTTT--AA-CA-TCC-A-A-CAA--TTT--GACATAAA--AA-TAATTTA
gi|14 : GTGC-AAC--GCTAA-----ACAA--CACAC-------TG---T----TT-CCTTA-TAA--GTTA-A-TCCAAG-T------GAA-------------A--AA-TCA---GTTT--ATG-T-CATTCT--AA-CA-TCT-A-G-CGG--TTaatat
gi|6 : -AAA--GTTAT-----ACAC--AACACC------TA---T----TTTCTCTAAGAA--GTCA---TCCGAG-T-------AAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GT--TCCATTT---AA-CATTCC-A-A-CAG--TTT--GCCAT-AA--TA-TAATTCAtg
gi|13 : gtgataA-----ACAC----CAC-------TAATTT----TC-CTTTA-TAA--GTCAGA-TCGGAG-T------TAAAGA-AG-A-AT--ATAAA-TCA---GTTT--GTGATCCATTT
gi|8 : gttgccACAA-------TA---T----TC-CTTTA-TAA--GTCA-A-TTCGAG-TT-----AAAAAATAG-A-AT--A--AAATCA---GTTT--GTG-TCCATTTT--AA-CA-TCC-A-A-CAG--TTT--GAGAT-AAC-AA-TAATTCATATgtctacacatc
gi|7 : ttgccaacACAC-------TA---T----TT-CTTTA-CAA--GTCA-A-TTCGAG-TTTAAA-AAAAAATAA-A-AT--T--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTTT--AA-CA-TCC-A-A-CAG--TTT--GAGAT-AAC-AA-TAATTCATATt
gi|2 : ccagcACAC-------TA---T----TT-CTTTA-TAA--GTCA-ATTTTGAG-TTTAAAAAAAAAATAGAA-AT--A--AA-TCA---GTTTG-GTG-CTCATTTT--AA-CA-TCC-ATACCAGCTTTGAAGA-AT-AAACAA-TAATTCATt
gi|19 : gccaacACAC-------TA---T----TT-CTTTT-TAAAAGTCA-A-TTCGAG-T------TAAAAATAG-A-AT--A--AA-tataaa
gi|15 : attcgttgccaac-------TG---T----TT-ATTTA--AA--ATTA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCT---GTTT--GTG-TCCATTCT--AA-CA-TCC-A-A-CGC--TTT--GACAT-AA--
gi|11 : TCA-A-ACCGAGGT------AAAAAATAG-A-ATTTAT-AA-TCA---GTT---GTG-TCCATTTT--AAACA-TCC-A-A-CGG--TTT--GACAT-AA--AAGTACTTCATATg
gi|17 : acattcatttcATAG-A-AT--A--AA-TCA---GCTT--GTG-TCCATTTTAAAA-CA-TCC-A-A-AAA--TTT--GAGAT-AAC-AA-TAATTCATA
gi|5 : ---GTTG--GTG-TCCACT-C--AA-CA-TTC-A-A-AAG--TTT--GAC
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111 2222222 11
lowQualScore : 3 55 9999999 2 444 3333 2 4 33 33 222 2 2222222 2 2 33 55 2 444 55 2 0 444 33 2 2 2 2 2 33 44 7 55 4 4 4
lowQualScore : . .. ....... . ... .... . . .. .. ... . ....... . . .. .. . ... .. . . ... .. . . . . . .. .. . .. . . .
lowQualScore : 6 00 2222222 5 111 2222 4 7 22 44 999 4 0000000 4 4 22 66 4 444 99 5 8 777 77 7 7 7 9 9 99 66 3 99 0 0 0
consensus : TGGTGT-AAA--GCTA-A-----ACAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-TAA--GTCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--GGTTTGA--CAT-AA--AA-TA-ATTCA-TATA
Reference ( family-2556 ) : TGGTGT-AAA--GCTA-A-----ACAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-TAA--GTCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--GGTTTGA--CAT-AA--AA-TA-ATTCA-TATA
gi|1 : TGGTGT-AAA--GCTA-A-----ACAACAC-AATA---TAATATGT-CTTTA-AAA--ATTA-A-CCCGGG-T------GAAAAATAG-ATAT--A--TT-TCAATTGTTTTGGTG-TGCA-CT---C--A-A-TA-TCC-A-AA--GGTTTGA--C
gi|10 : aTGATGT-AAA--GCTA-A-----ACAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-TAA--GT--------GA----------AAAAATAG-A-AT--T--AA-TCA---GTTT---TG-CCCCTCT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--GGTTTGA--CATAAA--AA-TA-ATTCA-TATcaaatattgtgtacaaaaatatatcatttaaaggctaaaatta
gi|11 : tTCA-A-ACCGAGGT------AAAAAATAG-A-ATTTAT-AA-TCA---GTT---GTG-TCCATTT---T--A-AACA-TCC-A-AC--GGTTTGA--CAT-AA--AAGTA-CTTCA-TATA
gi|12 : acattcatttcTGGTGT-AAA--GCTA-A-----ACAACAC-ACTA---TAT--T-T-CTTTA-TAA--TTCA-A-CCCGAG-G------GGAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GATT--GTG-TCTATTA---C--A-A-CA-TCC-A-AC--
gi|13 : tCAACACCACTAATTT----T-C-CTTTA-TAA--GTCAGA-TCGGAG-T------TAAAGA-AG-A-AT--ATAAA-TCA---GTTT--GTGATCCATTTGTCT--ACA-CA-TCa
gi|14 : gttgcGTGC-AAC--GCTA-A-----ACAACAC-ACTG---T----T-T-CCTTA-TAA--GTTA-A-TCCAAG-T------GAA-------------A--AA-TCA---GTTT--ATG-T-CATTC---T--A-A-CA-TCT-A-GC--GGTTTG
gi|15 : TG---T----T-T-ATTTA--AA--ATTA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCT---GTTT--GTG-TCCATTC---T--A-A-CA-TCC-A-AC--GCTTTGA--CAT-AA--
gi|16 : GGTGT-AAA--GCTA-T-----ACAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-CAA--GTCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCg
gi|17 : ATAG-A-AT--A--AA-TCA---GCTT--GTG-TCCATTT---TAAA-A-CA-TCC-A-AA--AATTTGA--GAT-AAC-AA-TA-ATTCA-TA
gi|18 : GGTGT-AAA--GCTA-ACTTGAACAACAC-ACTA---T----T-T-CACTA-TAA--ATCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATA
gi|19 : cgtaCAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTT-TAAAAGTCA-A-TTCGAG-T------TAAAAATAG-A-AT--A--AA-
gi|2 : attcgttgcCAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-TAA--GTCA-ATTTTGAG-TTTAAAAAAAAAATAGAA-AT--A--AA-TCA---GTTTG-GTG-CTCATTT---T--A-A-CA-TCC-ATACCAGCTTTGAAGAAT-AAACAA-TA-ATTCATTATA
gi|20 : gcTGGTGTTAAA--GCTA-A-----ACAACAC-ACTA---T----T-T-Caa
gi|3 : atcccgcTGGTGT-AAAAAGTTATAC----ACAACAC-ACTA---T----T-TTCTCTA-AAA--GTCA---TCCGAG-T-------AAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCA-TT---T--A-A-CA-TCCAA-AC--AGTTTG---CAT--A--TA-TATATTCA-GATA
gi|4 : tTGGTGT-AAA--GTTA-A-----ACACTAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-TAA--GTCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTT---C--A-A-CA-TCC-A-AC--AGTTGGA--CAT-AA--AA-CA-ATTCA-TACAta
gi|6 : -AAA--GTTATAC----ACAACAC--CTA---T----T-TTCTCTAAGAA--GTCA---TCCGAG-T-------AAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GT--TCCA-TT---T--A-A-CATTCC-A-AC--AGTTTGC--CAT-AA--TA-TA-ATTCA-
gi|7 : gtgataCAGCAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-CAA--GTCA-A-TTCGAG-TTTAAA-AAAAAATAA-A-AT--T--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--AGTTTGA--GAT-AAC-AA-TA-ATTCA-TATA
gi|8 : cCAACAC-AATA---T----T-C-CTTTA-TAA--GTCA-A-TTCGAG-TT-----AAAAAATAG-A-AT--A--AAATCA---GTTT--GTG-TCCATTT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--AGTTTGA--GAT-AAC-AA-TA-ATTCA-TATAt
gi|9 : ttgcGTGT-AAA--GTTA-C-----ACAATAC-ACTA---TGTATT-T-CTTTA-TAA--GTCA-A-TCCGAG-T----------------------A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--AATTTGA--CATAAA--AA-TA-ATTTA-AATAt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TGTAAAGCTAATCAATACAATATGTCTTATTAATTTTGTTGGTGTCCACTCAACATTCAAAAGTTTGACCAAAGATTGTGTGTAAAAAATAGTTCATTTAAATACTAATATTAT
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111 2222222 11
lowQualScore : 3 55 9999999 2 444 3333 2 4 33 33 222 2 2222222 2 2 33 55 2 444 55 2 0 444 33 2 2 2 2 2 33 44 7 55 4 4 4
lowQualScore : . .. ....... . ... .... . . .. .. ... . ....... . . .. .. . ... .. . . ... .. . . . . . .. .. . .. . . .
lowQualScore : 6 00 2222222 5 111 2222 4 7 22 44 999 4 0000000 4 4 22 66 4 444 99 5 8 777 77 7 7 7 9 9 99 66 3 99 0 0 0
consensus : TGGTGT-AAA--GCTA-A-----ACAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-TAA--GTCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--GGTTTGA--CAT-AA--AA-TA-ATTCA-TATA
Reference ( family-2556 ) : TGGTGT-AAA--GCTA-A-----ACAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-TAA--GTCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--GGTTTGA--CAT-AA--AA-TA-ATTCA-TATA
gi|1 : TGGTGT-AAA--GCTA-A-----ACAACAC-AATA---TAATATGT-CTTTA-AAA--ATTA-A-CCCGGG-T------GAAAAATAG-ATAT--A--TT-TCAATTGTTTTGGTG-TGCA-CT---C--A-A-TA-TCC-A-AA--GGTTTGA--C
gi|10 : aTGATGT-AAA--GCTA-A-----ACAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-TAA--GT--------GA----------AAAAATAG-A-AT--T--AA-TCA---GTTT---TG-CCCCTCT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--GGTTTGA--CATAAA--AA-TA-ATTCA-TATcaaatattgtgtacaaaaatatatcatttaaaggctaaaatta
gi|11 : tTCA-A-ACCGAGGT------AAAAAATAG-A-ATTTAT-AA-TCA---GTT---GTG-TCCATTT---T--A-AACA-TCC-A-AC--GGTTTGA--CAT-AA--AAGTA-CTTCA-TATA
gi|12 : acattcatttcTGGTGT-AAA--GCTA-A-----ACAACAC-ACTA---TAT--T-T-CTTTA-TAA--TTCA-A-CCCGAG-G------GGAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GATT--GTG-TCTATTA---C--A-A-CA-TCC-A-AC--
gi|13 : tCAACACCACTAATTT----T-C-CTTTA-TAA--GTCAGA-TCGGAG-T------TAAAGA-AG-A-AT--ATAAA-TCA---GTTT--GTGATCCATTTGTCT--ACA-CA-TCa
gi|14 : gttgcGTGC-AAC--GCTA-A-----ACAACAC-ACTG---T----T-T-CCTTA-TAA--GTTA-A-TCCAAG-T------GAA-------------A--AA-TCA---GTTT--ATG-T-CATTC---T--A-A-CA-TCT-A-GC--GGTTTG
gi|15 : TG---T----T-T-ATTTA--AA--ATTA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCT---GTTT--GTG-TCCATTC---T--A-A-CA-TCC-A-AC--GCTTTGA--CAT-AA--
gi|16 : GGTGT-AAA--GCTA-T-----ACAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-CAA--GTCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCg
gi|17 : ATAG-A-AT--A--AA-TCA---GCTT--GTG-TCCATTT---TAAA-A-CA-TCC-A-AA--AATTTGA--GAT-AAC-AA-TA-ATTCA-TA
gi|18 : GGTGT-AAA--GCTA-ACTTGAACAACAC-ACTA---T----T-T-CACTA-TAA--ATCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATA
gi|19 : cgtaCAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTT-TAAAAGTCA-A-TTCGAG-T------TAAAAATAG-A-AT--A--AA-
gi|2 : attcgttgcCAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-TAA--GTCA-ATTTTGAG-TTTAAAAAAAAAATAGAA-AT--A--AA-TCA---GTTTG-GTG-CTCATTT---T--A-A-CA-TCC-ATACCAGCTTTGAAGAAT-AAACAA-TA-ATTCATTATA
gi|20 : gcTGGTGTTAAA--GCTA-A-----ACAACAC-ACTA---T----T-T-Caa
gi|3 : atcccgcTGGTGT-AAAAAGTTATAC----ACAACAC-ACTA---T----T-TTCTCTA-AAA--GTCA---TCCGAG-T-------AAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCA-TT---T--A-A-CA-TCCAA-AC--AGTTTG---CAT--A--TA-TATATTCA-GATA
gi|4 : tTGGTGT-AAA--GTTA-A-----ACACTAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-TAA--GTCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTT---C--A-A-CA-TCC-A-AC--AGTTGGA--CAT-AA--AA-CA-ATTCA-TACAta
gi|6 : -AAA--GTTATAC----ACAACAC--CTA---T----T-TTCTCTAAGAA--GTCA---TCCGAG-T-------AAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GT--TCCA-TT---T--A-A-CATTCC-A-AC--AGTTTGC--CAT-AA--TA-TA-ATTCA-
gi|7 : gtgataCAGCAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-CAA--GTCA-A-TTCGAG-TTTAAA-AAAAAATAA-A-AT--T--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--AGTTTGA--GAT-AAC-AA-TA-ATTCA-TATA
gi|8 : cCAACAC-AATA---T----T-C-CTTTA-TAA--GTCA-A-TTCGAG-TT-----AAAAAATAG-A-AT--A--AAATCA---GTTT--GTG-TCCATTT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--AGTTTGA--GAT-AAC-AA-TA-ATTCA-TATAt
gi|9 : ttgcGTGT-AAA--GTTA-C-----ACAATAC-ACTA---TGTATT-T-CTTTA-TAA--GTCA-A-TCCGAG-T----------------------A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--AATTTGA--CATAAA--AA-TA-ATTTA-AATAt
blockSeqs : T AA ACTTGA C ATT GTAT . T AG AA GA G TTAAAAA A . TT TA A . G A GTC AA C A T A T CA AG A AC G T T
blockSeqs : . . TAC . . AT . T T . AT . TTAAAA . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . TAC . . . . . T . A . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . A . . . . . T . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . A . . . . . T . A . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . C . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . T . A . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . T . A . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . T . A . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . A . A . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . A . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** *** **
originalCons : TGGTGT-AAA--GCTA-A-----ACAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-TAA--GTCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--GGTTTGA--CAT-AA--AA-TA-ATTCA-TATA
finalCons : TGGTGT-AAA--GCTA-A-----ACAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-TAA--GTCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--GGTTTGA--CAT-AA--AA-TA-ATTCA-TATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TGTAAAGCTAATCAATACAATATGTCTTATTAATTTTGTTGGTGTCCACTCAACATTCAAAAGTTTGACCAAAGATTGTGTGTAAAAAATAGTTCATTTAAATACTAATATTAT
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111 2222222 11
lowQualScore : 3 55 9999999 2 444 3333 2 4 33 33 222 2 2222222 2 2 33 55 2 444 55 2 0 444 33 2 2 2 2 2 33 44 7 55 4 4 4
lowQualScore : . .. ....... . ... .... . . .. .. ... . ....... . . .. .. . ... .. . . ... .. . . . . . .. .. . .. . . .
lowQualScore : 6 00 2222222 5 111 2222 4 7 22 44 999 4 0000000 4 4 22 66 4 444 99 5 8 777 77 7 7 7 9 9 99 66 3 99 0 0 0
consensus : TGGTGT-AAA--GCTA-A-----ACAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-TAA--GTCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--GGTTTGA--CAT-AA--AA-TA-ATTCA-TATA
Reference ( family-2556 ) : TGGTGT-AAA--GCTA-A-----ACAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-TAA--GTCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--GGTTTGA--CAT-AA--AA-TA-ATTCA-TATA
gi|1 : TGGTGT-AAA--GCTA-A-----ACAACAC-AATA---TAATATGT-CTTTA-AAA--ATTA-A-CCCGGG-T------GAAAAATAG-ATAT--A--TT-TCAATTGTTTTGGTG-TGCA-CT---C--A-A-TA-TCC-A-AA--GGTTTGA--C
gi|10 : aTGATGT-AAA--GCTA-A-----ACAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-TAA--GT--------GA----------AAAAATAG-A-AT--T--AA-TCA---GTTT---TG-CCCCTCT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--GGTTTGA--CATAAA--AA-TA-ATTCA-TATcaaatattgtgtacaaaaatatatcatttaaaggctaaaatta
gi|11 : tTCA-A-ACCGAGGT------AAAAAATAG-A-ATTTAT-AA-TCA---GTT---GTG-TCCATTT---T--A-AACA-TCC-A-AC--GGTTTGA--CAT-AA--AAGTA-CTTCA-TATA
gi|12 : acattcatttcTGGTGT-AAA--GCTA-A-----ACAACAC-ACTA---TAT--T-T-CTTTA-TAA--TTCA-A-CCCGAG-G------GGAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GATT--GTG-TCTATTA---C--A-A-CA-TCC-A-AC--
gi|13 : tCAACACCACTAATTT----T-C-CTTTA-TAA--GTCAGA-TCGGAG-T------TAAAGA-AG-A-AT--ATAAA-TCA---GTTT--GTGATCCATTTGTCT--ACA-CA-TCa
gi|14 : gttgcGTGC-AAC--GCTA-A-----ACAACAC-ACTG---T----T-T-CCTTA-TAA--GTTA-A-TCCAAG-T------GAA-------------A--AA-TCA---GTTT--ATG-T-CATTC---T--A-A-CA-TCT-A-GC--GGTTTG
gi|15 : TG---T----T-T-ATTTA--AA--ATTA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCT---GTTT--GTG-TCCATTC---T--A-A-CA-TCC-A-AC--GCTTTGA--CAT-AA--
gi|16 : GGTGT-AAA--GCTA-T-----ACAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-CAA--GTCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCg
gi|17 : ATAG-A-AT--A--AA-TCA---GCTT--GTG-TCCATTT---TAAA-A-CA-TCC-A-AA--AATTTGA--GAT-AAC-AA-TA-ATTCA-TA
gi|18 : GGTGT-AAA--GCTA-ACTTGAACAACAC-ACTA---T----T-T-CACTA-TAA--ATCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATA
gi|19 : cgtaCAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTT-TAAAAGTCA-A-TTCGAG-T------TAAAAATAG-A-AT--A--AA-
gi|2 : attcgttgcCAACAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-TAA--GTCA-ATTTTGAG-TTTAAAAAAAAAATAGAA-AT--A--AA-TCA---GTTTG-GTG-CTCATTT---T--A-A-CA-TCC-ATACCAGCTTTGAAGAAT-AAACAA-TA-ATTCATTATA
gi|20 : gcTGGTGTTAAA--GCTA-A-----ACAACAC-ACTA---T----T-T-Caa
gi|3 : atcccgcTGGTGT-AAAAAGTTATAC----ACAACAC-ACTA---T----T-TTCTCTA-AAA--GTCA---TCCGAG-T-------AAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCA-TT---T--A-A-CA-TCCAA-AC--AGTTTG---CAT--A--TA-TATATTCA-GATA
gi|4 : tTGGTGT-AAA--GTTA-A-----ACACTAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-TAA--GTCA-A-TCCGAG-T------GAAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTT---C--A-A-CA-TCC-A-AC--AGTTGGA--CAT-AA--AA-CA-ATTCA-TACAta
gi|6 : -AAA--GTTATAC----ACAACAC--CTA---T----T-TTCTCTAAGAA--GTCA---TCCGAG-T-------AAAAATAG-A-AT--A--AA-TCA---GTTT--GT--TCCA-TT---T--A-A-CATTCC-A-AC--AGTTTGC--CAT-AA--TA-TA-ATTCA-
gi|7 : gtgataCAGCAC-ACTA---T----T-T-CTTTA-CAA--GTCA-A-TTCGAG-TTTAAA-AAAAAATAA-A-AT--T--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--AGTTTGA--GAT-AAC-AA-TA-ATTCA-TATA
gi|8 : cCAACAC-AATA---T----T-C-CTTTA-TAA--GTCA-A-TTCGAG-TT-----AAAAAATAG-A-AT--A--AAATCA---GTTT--GTG-TCCATTT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--AGTTTGA--GAT-AAC-AA-TA-ATTCA-TATAt
gi|9 : ttgcGTGT-AAA--GTTA-C-----ACAATAC-ACTA---TGTATT-T-CTTTA-TAA--GTCA-A-TCCGAG-T----------------------A--AA-TCA---GTTT--GTG-TCCATTT---T--A-A-CA-TCC-A-AC--AATTTGA--CATAAA--AA-TA-ATTTA-AATAt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TGTAAAGCTAATCAATACAATATGTCTTATTAATTTTGTTGGTGTCCACTCAACATTCAAAAGTTTGACCAAAGATTGTGTGTAAAAAATAGTTCATTTAAATACTAATATTAT