lowQualScore : 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 111 11111111 2222222222 22 8888888888888888888 3333 33333333333333 11111111111 111111111111 11111 1111111 111 1111111 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222 999999999999999999999999999999999999 1 11111 444444444444444444444444444444444444444444 222222222222222 3 1111111 22222 11111 3333 00000000000000000000000000000000 33
lowQualScore : 44 2 66666 1 99999999 99999 000000 3333 2 2 33 44 555 3 88 3 3 000 77 66 4 66666666 4 777 2 5 0 5 1111111111 55 0 666666 11 4 6 99 6 44 7 3333333333333333333 1 1111 1 0 5 66666666666666 5 0 88888888888 5 66 4 666666666666 00000 77 1111111 4 8 000 4444444 1 8 55 4 777 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777 8 4 4 55555 444444444 555555555555555555555555555555555555 55 2 4 5 5 4 0 11111 888888888888888888888888888888888888888888 3 8 999999999999999 3 3 1 7777777 44 55555 44 555 3 666 44444 2222 6 55555555555555555555555555555555 22 6 6
lowQualScore : .. . ..... . ........ ..... ...... .... . . .. .. ... . .. . . ... .. .. . ........ . ... . . . . .......... .. . ...... .. . . .. . .. . ................... . .... . . . .............. . . ........... . .. . ............ ..... .. ....... . . ... ....... . . .. . ... . .................................................. . . . ..... ......... .................................... .. . . . . . . ..... .......................................... . . ............... . . . ....... .. ..... .. ... . ... ..... .... . ................................ .. . .
lowQualScore : 99 5 22222 3 11111111 33333 333333 9999 9 9 77 22 444 6 66 6 6 000 99 11 4 11111111 4 888 2 0 1 1 9999999999 22 1 222222 66 9 7 22 7 88 3 7777777777777777777 4 6666 4 7 7 77777777777777 0 5 55555555555 0 11 4 666666666666 00000 88 5555555 0 9 000 6666666 9 0 55 0 000 8 99999999999999999999999999999999999999999999999999 0 0 1 55555 111111111 000000000000000000000000000000000000 44 6 0 0 3 9 9 11111 333333333333333333333333333333333333333333 3 6 777777777777777 3 3 8 6666666 66 00000 99 888 3 444 77777 0000 0 00000000000000000000000000000000 00 0 0
consensus : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT-----AA------AATG-A--A-A-AGTTAA--TCA--TGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CATA-TTA--T-TTGAA--------C-AGT---TACATGT-AAGTACAT----------G-CATAAGAGT-ACATATTAGTG-GAGT--AAACCA-TGTTTACAACTT-----TA---A-GTG-ATGTATAAGCATTTGG-GCAAACAGTG-TAGAGTT------AGAT-AAAAGAN-TT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACA-NTCATGT-AAANATTC-ACAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGGTTACA-AA--A-TACT---TTACAGT-GA-TT----TT--CNTTC--GATA-TA--T-TCATCA-------NTT--G-A-TTGNAAATGT-GTATAG---AAT---AATACTTTT-TACGCAAGT-CTTC-ATATA----TAGNA-C-GT-CATAT-ATA-AAATGNANTTCATCTTCTA-CAA--T-GGTT--T------------TAC-AAAA----------------G--TG-ACAAA-------AA-C-GANATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTCGAA-TATCTGCCA--N----TTTC--AATTTCTA-AAG-GGTGTGC-AG---A-AATTCTTAGT---TTTGTTAA--TAGAATGTTTAGAGCGGAC---ATATTTATTAATTGGAAATTTCAAGTAGTCTTGTAAT
Reference ( gi|3 ) : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAACCATGT--------TACAT-----AA------AATG-A--A-A-AGTTAA--TCA--TGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CATA-TTA--T-TTGAA--------C-AGT---TACATGT-AAGTACGT----------G-CATAAGAGT-ACATATTAGTG-GAGT--AAACCA-TGTTTACAACTTA----TA---ACATG-GTATATAAGCATTTGG-GCAAACAGTG-TGAAGTT------AGAT-AAAAGAT-TT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACA-TTCATAT-AAATATTC-ACAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGATTACA-AA--A-TACT---TCACAAT-GA-TG----T---CATTC--AATA-TA-AT-TTATCA-------ACT--G-A-TTACAAATGT-GTATAG---AAA---AATACTTTTACACGCAAGT-CTTC-ATATA----TAGGAAC-GTACATAT-ATA-AAATGGATTTCATCTTCTA-CAA--T-GGTT--T---------A--TAC-AAA-----------------G--TG-ACAAA-------AAAC-GAGATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTTGAATTATCTGCCA--T----TTTC--AATTTCTA-AA--GATGTGC-AG---A-AATTCTTAGT---TTTGTAAA--TAAAATATTTAAAAAAGATAAAATAATAATTAA--AAAAATTT--AGTACACTTATAGT
gi|24 : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-TGCATA-----CAACCATGTTACAAATGTACAT-----AA------AATG-A--A-A-AGTTAATCTCA--TGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT
gi|29 : attTATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAACCATTG--------TACAT-----AA------AATG-A--A-A-AGTTAA--TCA--TGT---AC
gi|30 : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAACCATGT--------TACATA----AA------AATG-A--A-A-AGTTAA--Tg
gi|16 : attATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT-----AA------AATG-A--A-A-AGTTAA--TCA--TGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CATA-TTA--T-TTGAA--------C-AGT---TACATGT-AAGTACAT----------G-CATAAGAGT-GCATATTAGTG-AAGTA-AAACCA-TGTTTACAACTTATAGTTA---AAGTGTATATATAAGCATTT-G-GCAAACAGTG-TAGGGTT------AGAT-AAAAGAT-TT-----G-TAT--TATTGCA-CTC
gi|26 : ttcATTTACTAATTCA-CCAGACATGCT-GTTATA-----CAATCATAT--------TACAC-----AATGCAAAAATA-A--ACA-ATTTAA--TCACATGT---ACA
gi|38 : tccattaATTTCTTGATTCC-CCAAACAGGTT-GGCATA-----CAATCATG
gi|21 : aTTTATTGATTCGACCAAACATGTTAGGCATA-----CAACCATCG--------TACAT-----AA------AA-G-A--A-ACAGTTAA--TC---TGT---ACAA-CA--CATGT-TT---CATA-TTA--TCTTGAA--------C-AGT---TACATGT-AA-TACAT----------GACA-AATATT-ACA
gi|28 : ttacTTTATTGATTCG-CCAAACATTTT-GGCATAGCCTACAACAATGT--------TACAT-----AA------AATG-A--A-A-AGTTAA--TCA--TGT---agagaacc
gi|13 : tTTTATTGATTCA-CCAAACATGCT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACACGTGTGAA------AATA-A--A-C-AATCAA---AA--TGC---TCTG-CA--TAT-A-TT---CATA--AA--G-TCAAA--------CTACT---TGTATATCAAGTAAGTATTATTCAGAG-CATAAGGGA-AAACATTCATGCGAA---AGATCA-----CATAACC------TA---GCATG-ATGTACA
gi|17 : TTTATTGATTCA-CCAAACATGTT-GGCATA-----------TGT--------TATAT-----AA------TATA-----------CAA--TC-----T---ACAATCA--TAT-G-TTA--CACA-ATA--T-C---A----------AAT---TACATGT-A-GTATTT----------G-----ACAGTGAAATGTT-----GAGTC-AAACCAATGCGTGTA-CTT-------------TA-GTGTATA----TTTAGTGCA--CA-TA-TCA--TT------A------------TT-----G-TACAATATAACA-GTCTA-G--T----A--CTGCGCA-----ATTCAAAACA-ATCATGT-AAACATAC-ACttgacaggattacaacatactttaaaatatgattttcattttatatacatgtatcatttagattgttaatgggtaatacttttctcttat
gi|39 : TTTATTGATTCA-CCAAACATGTT-GGCATA-----AAA
gi|10 : TTATTGATTC----AAACATTTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT-----AA------AATG-A--A-A-AGTTAA--TCA--TGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CATA-TTA--T-TTG-A--------C-AGT---TACATGT-AAGTACAT----------G-CATAAGAGT-GCATA-TAGTG-AAGTA-AAACCA-TGTTTACAACTTA----TAGTTAAGTGTATATATAAGCATTT-G-GC-AACAGTG-TAGGGTT------AGATAAAAAGAT-TT-----GTTAT--TATTGCATCTCTATT--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACATTTCATAT-AAATATTC-ACAT-AGCCTT----TAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGATTACA-AA--A-TACT---TTACAAT-GA-TT----T---CCTTCGTAATAGTA-A
gi|4 : tcaGATTCA-CCAAACATGTT-GGTATA-----CAATCATGC--------TACAC-----TA------AATA-----------CAA--TCA--TGTTACACAA-TAA-TGA-T-GTGGACTTA-ATA--T-TTGA---------C-AGTGAATATATAT-AATTACAT----------A-TGTA----T-ACAC----GTG-GAGTCAAAATAA-TGAGTGCA-CTT-------------TG-GTGTA---GCTTAT------AACATTA-T---------------T-ATAAG-T-AT-----G-TAT--AATT-------TA-A--T-TA-T--GCACGCA-----ATTCAAAACA-ATAATGC-GAAAATTC-ACAC-AACCTT---CTAGTTCTAGCATGAACTGCATTGATAGGGTTGCA-TA--G-CATT---TTACAGT-GT-TT----T---TATTT--GATG-TA----TCATCA-------TTT--GGA-TTGAAGATGT-TTAAAG---AGT---AATATTTTT--------TT-CTT--ATACA----T-GTATC-TTATATTA-ACA-AAGCACACCTCATCTTCAA-CAG--T-AGTT--T------------TAC-AAAA----------------G--TG-ACAAA-------AC-C-GATATTCTTTTGGAATATA-G-GGTTTCGAA-TATCTACCA--G----TT----AATTTCTA-GA--GG-GTGG-TC---A-AATTTTAAGTTGGTTTGTgatcatatgaa
gi|25 : GATTTA-CCAAAGATGTT-GGCAAG-----CAGTCGTGT--------TACAC-----AA------CATGCAATA-A-AATTAA--tga
gi|32 : c-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------AACAC-----AAC-----AATG-A--actacatactgacagtaaatatacataattatgt
gi|19 : atctcattatattaagaattacCATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------
gi|2 : CATGT--------TACAT-----AA------AATG-A--A-A-CGTACG--TCA--TGC---ACAA-TG--TGT-T-AT---AAGA-CTACTT-TTAAAACACTTTTC-AGT---TA---GT---GTACAT----------G-TATG-------CATATTAGTG-AAGT--CAGCTA-TGTTCAAAAC----------------------ATAATCATTTGG--CAAACAGTA-T-AATTTTAACAGAGAT-GAAAAAA-AT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TTTA--GAACGCA-----ATTCAAAAC---------------TTC-ATAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGAATTACA-AA--A-TACT---TTACAAA-GATTT----T---CCTTC--AACA-TG----TTATCA-------TTTG-G-A-TTACAGTTGT-TCATAG---GAT---AATACTTTTA-ACGTAAAT------ATCTA----TAGGACA-GT-CACAA-ATA-AAAAGGATTTTATCTTCTA-CAA--C-AGTT--G---------AATCACAAAA-----------------G--TT-AC-AA-------AAAC--------------GATATA-T-GGTTTTGAA-TATCTGCCA--TGCTGTTTC--ATTTTCTA-AAG-GGTGTGC-AG---G-AATTCTCAG----GTTGTAggattcaaacaagtgcacttggtgtatagtgtacatattatattatgatataaagtgtataatctactattaggccgcctaagtactgcgcaattcaaaacaatcatgcaaaattctcataacctgtattgttcctag
gi|35 : tATGT--------TACAT-----AA------AATG-A--A-A-AGTTAA--TCA--TGT---AT-A-CAGTTAT-TCTT---CATA-ttttttttttaatttagagcggacagatttattaattacaaatttcaaggagacttgtaatttataattctttctaatttgactgtaaaatgataatttaccacatttggagagttcaatgtttgacattttgtatatatagaaattcttcaaacagctgctaaaattaatgtactgtcattaatatctaattatggaagttagtttctttttag
gi|37 : TTAA--TCA--TGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CGTA-TTA--T-TTGAA--------C-AGT---
gi|31 : AA-CA--TGT-T-TT---CATATTTA--T-TTGAA--------C-AGT---T-TATGT-AAGTACAT----------G-CATAAGAGT-ACATATTAAT
gi|1 : TATATAAGCATTTGG--CAAACAGTG-TAGAGTT------AGAT-AAAAAAAATT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TTTA--GAACGCAGCGCAATTCAAAACA-TTCATAT-AAATATTCCACATTAGCCTTT--CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGATTACA-AA--AATACT---TTACAATTGA-TT----TTC-CTTTC--AATA-TA----TTATCA-------CTT--G-AATTACAAATGTTGTATAG---AAT---AATACTTTT-TACGCAAGTTCTTCTATATACATGTAGGGACAGT-CATATTATA-AAATGGATTTCATCTTCTA-TAAAAT-GGTT--T------------TAC-AAA-----------------AGTTG-ACAAA-------AA-C-GAGATTCTTTTGGGATACATT-GGTTTTGAA-TATCCGCCA--T----TTTC--AATTTCTA-AAG-GATGT-C-AG---A-AATTCTTAGT---TTTGTTAA--Ttaa
gi|7 : agttaaagtgtaATGTGAACACTCG----AAACAGAGATGAA-TT------A-AT-ATAA-AT-TTTTTTTG-CAT--TATTGCA-CGCTA-T--T-TTTA--GAACGCA-----GTTCAAAACA-TTCGTG-----------------GCCTT---CTAG----A--ATGAATTGCATTTGCAttaggcgttacagatttgtgaataggaaatttcaggtagacttgtaattcgtaattcttttaatttgacagtaaaacaataattaccacgtttggagaattcaatgttctgagtgcatattgacatttttttatagaaattattcacaacagcttgctaaatgtactgtcagtttaatatctaatgtggaagtttcagtgtcttttttaagtttatcaatctgaccctgccaattttccttcacaccattgttagtaaaggtttgacatctttcgaggaagcaggcaataagaatttgatttcataattccattttcattattgttggtttttagtctcttgtaatattttaaacatagagatgaaagctt
gi|18 : AT-AAAAAAA-AT-----G-CAT--TATTGCA-CTCTA-TCTT-TT-T--TACCGCA-----ATTCAAAACA-TTCATGT-AGACATTC-AAAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTGCAGGATTGCA-AA--A-TATT---TTACAAT-GA-TT----T---CCTTC--ACCA-TG----TTATCA-------TTTG-G-A-TTACAGATGT-TCATAG---GAT---ACTATTTtgttatcatttggataggataatacctttttacgtaaatctttgtgatatataaaatggatttcctcttctacatcagttttacaaaagtgacgaagtcacaaaaacgagatttttttgggatacatggttttgaatatctgccagtttcaatttctaaagggtgtgcagaaattctcagttttgttaatttagagcggacatatttattaattggaaatttcaagtagtcttgtaattcataatttatgtg
gi|11 : --TATAGCA-GTCTA-C--TATT-ACTGTACGCA-----ATTCAAAACA-ATCATGTAAAATATTcaa
gi|13 : tagtgtacgtattagcggtattacattataatattaaata--T-TC-A--GAGCATA-----AGGGAAAACA-TTCATGC-GAAAGATC-ACAT-AACCT------AG----C--ATGATGTACATTGACAGGATTACA-AC--A-TACT---TTAAAAT--A-TGATTTT---CATTT--TATA-TACAT-GTATCA-------TTTA-G-A-TTGTTAATGG-GT-------------AATACTTTTgcattgatttcatctagggttgcatagcactttatacagtgttttttttttttttttttttttccccgatacatcatcatttagattgaaaatttctgtcttattttattaatttttttcctacaaaagtgacaaaaccgacgttcttttgggatacatggtttcgaatatctactagctgtttcaatttccagagggtgggcagatatt
gi|19 : tttattgattcaccaaacatgctggcatacaatcatgttacacgtgtgaaaataaacaatcaaaatgctctgcatatattcataaagtcaaactacttgtatatcaagtaagtattaCGCA-----ATTCAAAACA-ATCATGC-AAA-ATTC-TCAT-AACCTctcttat
gi|15 : catgttggcatacaatcatgtggattcaaacaagtgcacttggtgtatagtgtacatattatattatgatataaagtgtataatctactattaggccgcctaagtactgTTC-ACATTAACCTTGTTCTAG----C--ATGAACTGCATTGACAGGGTTGCA-TA--A-CACT---TTACAGT-GT-TT----TC--CCTTT--GATA-CAGATATCATCA-------TTTG-G-A-TTGAAATTGT-TTAAAG---GGT---AATATTTCTgtattgttcctag
gi|5 : acTT---CTAG----C--ATGT-CTGCA---ATATGGTTACATAA--G-CACTAAAT-ACAGT--A-TT----TTTCCAT-C--GATA-CATGT-ACATCATC-----ATT--GGA-TTGAAAATAT-GTA-AA---AAT---AATATTTCT------------TTCTATATA----TAGC--C-GT-CATAT-AAA-AAATGTAACTCATCTTCAA-CAA--T--------------------TAC--AA-----------------C--TG-AC------------------ATTCGTCAGGAATACA-T-ACTTTCGAA-TATCTACAA--A----TTTC--AATTTCCAGAG--GATGGGC-TG---A-TATTCTTAGC---TTTGTttcttattacttatataaaaagagcagtcattatgaatgaatatttaatttcctatgtttgaattgagtcttctaagaacttgagcaattttttattgatacatt
gi|6 : TT---CTAG----C--ATGTCTTGCAATTATGG--TTACATAAGCA-TAAA---T-ACAGT--A-TT----TTTCCATCG--AATA-CATGT-ACATCATC-----ATT--G-G-ATGAAAATAT-GT-TAA---AAT---AATATTTCT------------TTCTATATA----TAGC--C-GT-CATAT-A-A-AAATGTAACTCATCTTCAAACAA--T--------------------TAC-AAC--------------------TG-ACAA-----------------TTCGTC-AGGATACA-T-AATTTCGAA-TATCTACAA--A----ATTCAAAATTTCCAGAG--GATGGGCTTG---ATATTTCTTAGC---TTTGTtcatttagagcgtaattactttcacaatgggaaatttcaaatagccttgtaactcatcaactataggcctagtgttttctaattttactgtataaaatagtaatttccttgtttagaaaattcagtgttttgtagccgtaaattgatatttcccatcgttaattctaaacgtgctaagaaatg
gi|12 : T---CTAG----C--ATATACTGCATTGATAGGGTTGAA-TA--G-CACT---TTACAGT-GT-TT----TT--CTTTC--AATA-CA----TCATCATTTGGACATTTGG-A-TTGAAAATGT-TTAAAGGGTATACGTAATAGCTCTGT-CTTAAAT-CTTT-ATAAA----TAG-AACAGT-CATAA-AAA-AAATGTAATTCATCTTC----AA--T-GGTTGTT---------T--TAC-AAAA----------------G--TG-ACAAA-------A--CTGACATTCTTTTGGGATGCA-T-GGTTTTGAG-TATCTACCA--C----TTTC--AATTTCCAGAG--GGTGGGC-AG---A-TATTCTTAGC---TTTGTTAATTTAGAATGTtcatttagaggcgtaattactttaaacaagatggggaaatttcaaatagcctttaactcatcaaatctataaggcctagtgttttctaattttaactgtataaaatagtaattcttgtttaagaaaatcagtgtttt
gi|14 : ATA-TA----TTATCA-------CTT--G-G-ATACAAA-GT-GTATAG---AAT---A-CACTTTT-TACGCAAGT-CTTC-ATATA----TAGGACA-GT-CATAT-ATA-AAATGGATTTCATCTTCTA-CAA--T-GGTT--T---------A--CA--AAA-----------------G--TG-AC-AA-------GAAC-GAGATTCTCTT-GGATAC--T-GG-TTTGAA-TATCTG-CA--T----TTTC--AA-TTCTA-AAG-GATGTGC------A-AATTCTTAGT---TTTTTAAactatttatttaa
gi|7 : ATTT-GGATAG---GAT---AATACCTTTTTACGTAAAT-CTTT-GTG------------------ATAT-ATA-AAATGGATTTCCTCTTCTA-CAT--C-AGTT--T------------TAC-AAAA----------------G--TG-ACGAAGTCACAAAAAC-GAGATTTTTTTGGGATACA-T-GGTTTTGAA-TATCTGCCA--G----TTTC--AATTTCTA-AAG-GGTGTGC-AG---A-AATTCTCAGT---TTTGT-----TA----ATTTAGAGCGGAC---ATATTTATTAATTGGAAATTTCAAGTAGTCTTGTAAtttagagcgtacagatttgtgaataggaaattacagtt
gi|8 : atgtgaacactcgaaacagagatgaattaatataaattttttttgcattattgcacgctatttttagaacgcagttcaaaacattcgtggccttctagaatgaattgcatttgcatgttatcCAAGT-C----ATATA----TAATAAT-G---ATGT-ATC-AAAT-----TC--TTTCTAACAA--TTGGTT--TTTTTCTTGTA--CAC-AAATCAAAAATAGGAGTGGGG--TGGACAAA-------AGTC-AAT-TTCTTCTGGGATACA-TCGGTTTTGAA-TATCTG-CA--T----TTTC--AATTTCTA-AAAGGATGTGC-AGTACA-ATTTCTTAGT---TTTGTTAA--Ttcataatttatgtg
gi|27 : tatggaATAA-ATAGAAATGTAATTCATCTTCAG-AAG--T-AGTT--T------------TAA-AAA-----------------G--TG-AC-AA-------AACC-GACATTCTCTTGGGAttagagcgtacagtttgtgataggaaatttcaggttttcagccttgtaattcgtaattctttctaatttgagttactataaagatcagtaattacccactcgtattggagagagattcaatgttctggagttgcatatgatatattttagaagaattcttacaatgctattactctcagt
gi|20 : tctttCTTTTAACAA--A-AATT--T------------TAC-AAAA----------------G--TG-ACAAA-------AA-C-GAAATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTCTG--TT-----CCA--G----TTTC--AGTTTCTA-AAG-GGTGTGC-AG---A-AATTCTCAGT---TTTGTTAA--TA
gi|11 : ctttttcaacatcaata--TAC-AAAA----------------G--TG-ACAAA-------AC-C-GACGTTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTCGAA-TATCTACTAGCTG---TTTC--AATTTCCAGAG--GGTGGGC-AG---A-TATTtagagcagacaagttcaaaaaga
gi|23 : tagtgtacgtattagcggtattacattataatattaaatatatagcagtctactattactgtacgcaattcaaaacaatcatgtaaaatattgcattgatttcatctagggttgcatagcactttatacagtgttttttttttttttttttttttccccgatacatcatcatttagattgaaaatttctgtcttattttattaatttttttccGATTTGTTTGGGATGAA-T-GGTTTTAAAT-ATCCGCCG--T----TT-----A---CTG-TA--TATGTGC-AG---A-AATTCTTGGT---TTT
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CGTTGATTTAGAGCACTCTACCTTCTAAGTGGCAAATTTCAAATAATCTTTTTCCTAATTTTACTGTAAAATTGTAATTTTCCTTGCTTAGAAAATTAAGAGTTTAGTAGCTGTAAGTTGACATTTCCAATACATATTAATTCTCAAAGGAGCTGTAAAATGTGCTTTCATCAATATTCAATGATTGAAGATTTAGTTTATTTCTTAACTTATTTATTTGTCCCTGCCAAGTCCCCAATATTATAAAGGTTATCATCTTCCAATTTAGCAGCCATTTGCACTGGATCTTTTAAATTCCATTTTAATTATCATTGTGGTTTTTTTAATAGTCTTTTATAATATTTAAAGAGGAAGACTTT
Unaligned ( gi|22 ): GGAGTTGTAAATTGTGCTTTCCTCAATATCCAGTGATTGAAGATATAGTTTATTTCCTAATTTATATATTTCCTGCCAATTTCCCTGTATGCCAGTATTATATTAAAAGATGATCATC
Unaligned ( gi|33 ): TACAATCATGTAACACAACAATGATGTGAAATTCGTATTTGACAGTGAACATAATATGTA
Unaligned ( gi|34 ): TACTTAGCATAGTTAGTACTACTAGTACTGTCAGTATTCAGTATTTCCTCAG
Unaligned ( gi|36 ): ATATTGCAGTGGAGTCAAACCGATGAGTGCACTTTGGTGTAGTGTAT
Unaligned ( gi|40 ): AATGATATTTAAAATTTGAAAATGAAAATGA
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111 111111111 11111 22 6666666666666666666666 222222 111111 1111 1111 1 1111111 111 2222222222222222 33333333333 22222222222 1111111 333333333333333333333333333333333333333 11111 1111111111 11111111111 11111111 11111 1111111111111 999999999 11111 111111111 222222222 1111
lowQualScore : 33 2 55555 88888888 555555 2 2 33 2 2 33 33 555 3 77 3 3 999 22222222 3 55 4 555555555 777 1 4 11111 4 33 4 0 3 5 55 5 11 3333333333333333333333 1 0 222222 0 888 666666 0 5 77 4 55 4 0000 4 3333 99999 55 1 0 3 7 888 2222222 0 55 44 555 44 3 99 1 5555555555555555 3 11111111111 1 33333333333 3 1 4444444 1 3 2 3 3 3 999999999999999999999999999999999999999 3 77 0 3 3 555 1 3 555 3 1 9 00000 555 3 3333333333 44444444444 3 888888 44444444 3 3 6 3 3 22222 44 3 0 0 55 555 3 7777777777777 999999999 99 11111 111111111 555555555 2222 8
lowQualScore : .. . ..... ........ ...... . . .. . . .. .. ... . .. . . ... ........ . .. . ......... ... . . ..... . .. . . . . .. . .. ...................... . . ...... . ... ...... . . .. . .. . .... . .... ..... .. . . . . ... ....... . .. .. ... .. . .. . ................ . ........... . ........... . . ....... . . . . . . ....................................... . .. . . . ... . . ... . . . ..... ... . .......... ........... . ...... ........ . . . . . ..... .. . . . .. ... . ............. ......... .. ..... ......... ......... .... .
lowQualScore : 99 4 99999 55555555 999999 5 5 44 7 7 44 77 000 3 99 3 3 222 11111111 6 55 0 333333333 000 9 4 11111 4 00 4 1 1 7 00 7 66 1111111111111111111111 1 1 999999 7 999 444444 7 0 22 4 55 0 9999 0 7777 11111 99 7 6 3 3 555 8888888 2 22 77 000 66 3 22 0 4444444444444444 3 66666666666 0 33333333333 3 0 2222222 4 3 1 3 3 6 888888888888888888888888888888888888888 3 99 7 3 3 666 0 3 888 1 0 2 77777 888 1 5555555555 66666666666 1 888888 22222222 2 2 2 7 1 99999 22 1 5 2 66 444 1 2222222222222 000000000 00 22222 777777777 222222222 1111 6
consensus : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAGTG-GAGT--AAACC-ATGTTTACAACT-----T-T-----AA-G--TGTGTGTATAAGCATTTGG-GCAAACAGTGTAGAGTT------AGAT-AAAAGAN-TTG-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACA-TTCATGTAAA-ATTC-ACAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGGTTACA-AAA-CACTT---TACA--GT-GNTTTTCCTT----------------CGA-TAT--AT-----TCATCATTT-G---------A-TTGNAAATGT-------GTATA-GAATAATA-C-TTTT-TACGCAAGT-CTT----C-ATATAT----A-----GNACAGT-CATAT--ATA-A-AATG--NANT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAAACGANATTCTTTTGGGATACAT-GGTTTCGAA-TATCTGCCA----NTTTC--AATTTCT-AAAGGGTGTGC-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGTTAA---------TTTAGAGCG-GAC---ATATTTA--TT-----AATN-------GGAAATTTCAAGT----AGNCTTGTAAT
Reference ( family-2554 ) : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAGTG-GAGT--AAACC-ATGTTTACAACT-----T-T-----AA-G--TG-ATGTATAAGCATTTGG-GCAAACAGTGTAGAGTT------AGAT-AAAAGAN-TTG-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACA-NTCATGTAAANATTC-ACAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGGTTACA-AAA-TACTT---TACA--GT-GATTTTCNTT----------------CGA-TAT--AT-----TCATCANTT-G---------A-TTGNAAATGT-------GTATA-GAATAATA-C-TTTT-TACGCAAGT-CTT----C-ATATAT----A-----GNAC-GT-CATAT--ATA-A-AATG--NANT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAAACGANATTCTTTTGGGATACAT-GGTTTCGAA-TATCTGCCA----NTTTC--AATTTCT-AAAGGGTGTGC-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGTTAA--TAGAATGTTTAGAGCG-GAC---ATATTTA--TT-----AATT-------GGAAATTTCAAGT----AGTCTTGTAAT
gi|1 : T-----T-A-----AA-G--TGTATATATAAGCATTTGG--CAAACAGTGTAGAGTT------AGAT-AAAAAAAATTG-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TTTA--GAACGCAGCGCAATTCAAAACA-TTCATATAAATATTCCACATTAGCCTTT--CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGATTACA-AAAATACTT---TACA--ATTGATTTTCCTTT---------------CAA-TAT--AT-----T-ATCACTT-G---------AATTACAAATGTT------GTATA-GAATAATA-C-TTTT-TACGCAAGTTCTT----CTATATAC----ATGTAGGGACAGT-CATATT-ATA-A-AATG--GATT-TCA---TCTT-CTA-TAAAAT-GGTT---T-T----------ACAAA-----------AGTTG------AC--------AAAAACGAGATTCTTTTGGGATACATTGGTTTTGAA-TATCCGCCA----TTTTC--AATTTCT-AAAGGATGT-C-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGTTAA---------TTTAG-GCGTTAC---AGATTTG--TG-----AATA-------GGAAATTTCAGGT----AGACTTGTAAT
gi|10 : agTTATTGATTC----AAACATTTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTG-A--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-GCATA-TAGTG-AAGTA-AAACC-ATGTTTACAACTTATAGT-T-----AA-G--TGTATATATAAGCATTT-G-GC-AACAGTGTAGGGTT------AGATAAAAAGAT-TTGTTAT--TATTGCATCTCTATT--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACATTTCATATAAATATTC-ACAT-AGCCTT----TAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGATTACA-AAA-TACTT---TACA--AT-GA-TTTCCTT----------------CGtcgtaattcttttaatttgacagtaaaacaataattaccacgtttggagaattcaatgttctgagtgcatattgacatttttttatagaaattattcacaacagcttgctaaatgtactgtcagtttaatatctaatgtggaagtttcagtgtcttttttaagtttatcaatctgaccctgccaattttccttcacaccattgttagtaaaggtttgacatctttcgaggaagcaggcaataagaatttgatttcataattccattttcattattgttggtttttagtctcttgtaatattttaaacatagagatgaaagctt
gi|11 : tca--TATAGCA-GTCTA-C--TATT-ACTGTACGCA-----ATTCAAAACA-ATCATGTAAA------ATAT-TGC-----------------ATTGATTTCATCT--AGGGTTGCA-TAG-CACTTTA-TACA--GT-GTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCCCGA-TAC--A------TCATCATTTAG---------A-TTGAAAATtaatagtaagatcatatgaa
gi|11 : tagtgtacgtattagcggtattacattataatattaaata-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAACCGACGTTCTTTTGGGATACAT-GGTTTCGAA-TATCTACTAGCT-GTTTC--AATTTCC-AGAGGGTGGGC-AG---A-TATTttctgtcttattttattaatttttttcctacaaaagtgacaaaaccgacgttcttttgggatacatggtttcgaatatctactagctgtttcaatttccagagggtgggcagatatt
gi|12 : tagtgtacgtattagcggtattacattataatattaaatatatagcagtctactattactgtacgcaattcaaaacaatcatgtaaaatattgcattgatttcatctagggttgcatagcactttatacagtgttttttttttttttttttttttccccgatacatcatcatttagattgaaaatttctgtcttattttattaatttttttccT---CTAG----C--ATATACTGCATTGATAGGGTTGAA-TAG-CACTT---TACA--GT-GTTTTTCTTT----------------CAA-TAC--AT------CATCATTT-GGACATTTGGA-TTGAAAATGTTTAAAGGGTATACG--TAATAGC-TCTG-T-CTTAAAT-CTT----T-ATAAAT----A-----GAACAGT-CATAA--AAA-A-AATG--TAAT-TCA---TCTT-CAA-TGG--T-TGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAACTGACATTCTTTTGGGATGCAT-GGTTTTGAG-TATCTACCA----CTTTC--AATTTCC-AGAGGGTGGGC-AG---A-TATTCTTAG---------C---TTTGTTAA---------TTTAGAATG-TAC----TATTTA--TT-----
gi|13 : TTTATTGATTCA-CCAAACATGCT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACACGTGTG-AA-AATA-A--A-C-AATCAA-----AATGC---TCTG-CA--TAT-A-TT---CATAAAGTCAAA-CTA--C-TTGTA--------TA-T-----CAAGTAAGTATTATTCAGAG-CATAAGGGA-AAACATTCATGCGAA---AGATC-A----CATAACC-----T--------A-GCATG-ATGTACAtaa
gi|13 : --T-TC-A--GAGCATA-----AGGGAAAACA-TTCATGCGAAAGATC-ACAT-AACCT------AG----C--ATGATGTACATTGACAGGATTACA-ACA-TACTT---TAAAATAT-GATTTTCATT----------------TTA-TATACAT-----GTATCATTTAG---------A-TTGTTAATGG-------G--------TAATA-C-TTTT-ttgacaggattacaacatactttaaaatatgattttcattttatatacatgtatcatttagattgttaatgggtaatacttttctcttat
gi|14 : tttattgattcaccaaacatgctggcatacaatcatgttacacgtgtgaaaataaacaatcaaaatgctctgcatatattcataaagtcaaactacttgtatatcaagtaagtattaA-TAT--AT-----T-ATCACTT-G---------G-ATACAAA-GT-------GTATA-GAATA-CA-C-TTTT-TACGCAAGT-CTT----C-ATATAT----A-----GGACAGT-CATAT--ATA-A-AATG--GATT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GG-T---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAGAACGAGATTCTCTT-GGATAC-T-GGTTT-GAA-TATCTG-CA----TTTTC--AA-TTCT-AAAGGATGTGC------A-AATTCTTAG---------T---TTT-TTAA---------TTTAGAGCG-TAC---AGATTTG--TG-----AATA-------GGAAATTACActcttat
gi|15 : TTC-ACATTAACCTTGTTCTAG----C--ATGAACTGCATTGACAGGGTTGCA-TAA-CACTT---TACA--GT-GTTTTCCCTT----------------TGA-TACAGATA----TCATCATTTGG---------A-TTGAAATTGT-------TTAAA-GGGTAATA-T-TTCT-T-------T-CTTATTAC-TTATATAAAAA-----GAGCAGT-CAT-T--AT--G-AATGAATATT-TAA---TTTC-CTA-gtt
gi|16 : acATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-GCATATTAGTG-AAGTA-AAACC-ATGTTTACAACT-----TATAGTTAAA-G--TGTATATATAAGCATTT-G-GCAAACAGTGTAGGGTT------AGAT-AAAAGAT-TTG-TAT--TATTGCA-CTCtgtttgaattgagtcttctaagaacttgagcaattttttattgatacatt
gi|17 : ttcTTTATTGATTCA-CCAAACATGTT-GGCAT-----------ATGT--------TATAT------AA-TATA-----------CAA--T--C---T---ACAATCA--TAT-G-TTA--CAC--------A-ATA--T-C--A----------AAT---TACATGT-AGTA-TTT-----G-----ACAGTGAAATGTT-----GAGTC-AAACCAATGCGTGT-ACT-----T-T-----A--------GTGTAT----ATTTAGTGC--ACA---TATCATT------A------------TTG-TACAATATAACA-GTCTA------GT-A--CTGCGCA-----ATTCAAAACA-ATCATGTAAACATAC-AC
gi|18 : AT-AAAAAAA-ATG-CAT--TATTGCA-CTCTA-TCTT-TT-T--TACCGCA-----ATTCAAAACA-TTCATGTAGACATTC-AAAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTGCAGGATTGCA-AAA-TATTT---TACA--AT-GA-TTTCCTT----------------CAC-CAT--GT-----T-ATCATTTGG---------A-TTACAGATGT-------TCATA-GGATACTA-T-TT
gi|19 : CATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------caa
gi|19 : CGCA-----ATTCAAAACA-ATCATGCAAA-ATTC-TCAT-AACCTggattcaaacaagtgcacttggtgtatagtgtacatattatattatgatataaagtgtataatctactattaggccgcctaagtactgcgcaattcaaaacaatcatgcaaaattctcataacctgtattgttcctag
gi|2 : catgttggcatacaatcatgtggattcaaacaagtgcacttggtgtatagtgtacatattatattatgatataaagtgtataatctactattaggccgcctaagtactgTCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-CGTACG--T--CATGC---ACAA-TG--TGT-T-AT---AAG--------A-CTACTT-TTAAAACACTTTTCAGT---TA---GT--GTA-CAT-----G-TATG-------CATATTAGTG-AAGT--CAGCT-ATGTTCAAAAC---------------------------ATAATCATTTGG--CAAACAGTATA-ATTTTAACAGAGAT-GAAAAAA-ATG-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TTTA--GAACGCA-----ATTCAAAAC--------------TTC-ATAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGAATTACA-AAA-TACTT---TACA--AA-GATTTTCCTT----------------CAA-CAT--GT-----T-ATCATTTGG---------A-TTACAGTTGT-------TCATA-GGATAATA-C-TTTT-AACGTAAAT----------ATCTAT----A-----GGACAGT-CACAA--ATA-A-AAAG--GATT-TTA---TCTT-CTA-CAA--C-AGTTGAAT-C----------ACAAA-----------AGT-T------AC--------AAAAACGATAT-------------AT-GGTTTTGAA-TATCTGCCATGCTGTTTC--ATTTTCT-AAAGGGTGTGC-AG---G-AATTCTCAGGTTGTATTTT---TTTTTTAA---------TTTAGAGCG-GAC---AGATTTA--TT-----AATT-------ACAAATTTCAAGG----AGACTTGTAATgtattgttcctag
gi|20 : CTT-TTAACAA--A-AATT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAAACGAAATTCTTTTGGGATACAT-GGTTCTG-------TTCCA----GTTTC--AGTTTCT-AAAGGGTGTGC-AG---A-AATTCTCAG---------T---TTTGTTAA--TA-------TAGAGCA-GAC---Attataattctttctaatttgactgtaaaatgataatttaccacatttggagagttcaatgtttgacattttgtatatatagaaattcttcaaacagctgctaaaattaatgtactgtcattaatatctaattatggaagttagtttctttttag
gi|21 : ctttttcaacatcaataTTTATTGATTCGACCAAACATGTTAGGCATA-----CAACCATCG--------TACAT------AA-AA-G-A--A-ACAGTTAA--T--C-TGT---ACAA-CA--CATGT-TT---CAT--------A-TTA--TCTTGAA--------CAGT---TACATGTAA-TA-CAT-----GACA-AATATT-ACAagttcaaaaaga
gi|23 : ttacATTTGTTTGGGATGAAT-GGTTTTAAA-TATCCGCCG----TTT----ACTGTAT-A-----TGTGC-AG---A-AATTCTTGGT--------T---TTTGTTGATTTAGAACGTTTGGagagaacc
gi|24 : gTATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-TGCATA-----CAACCATGTTACAAATGTACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAATCT--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------ctttagtaa
gi|25 : attGATTTA-CCAAAGATGTT-GGCAAG-----CAGTCGTGT--------TACAC------AA-CATGCAATA-A-AATTAA--
gi|26 : cATTTACTAATTCA-CCAGACATGCT-GTTATA-----CAATCATAT--------TACACAATGCAAA-AATA-A--ACA-ATTTAA--TCACATGT---ACAactacatactgacagtaaatatacataattatgt
gi|27 : tccattaT-TATAA--ATAGA-AATG--TAAT-TCA---TCTT-CAG-AAG--T-AGTT---T-T----------A-AAA-----------AGT-G------AC--------AAAACCGACATTCTCTTGGGA
gi|28 : tctTTTATTGATTCG-CCAAACATTTT-GGCATAGCCTACAACAATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---
gi|29 : tTATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAACCATTG--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---AC
gi|3 : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAACCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CGT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAGTG-GAGT--AAACC-ATGTTTACAACT-----TAT-----AACA--TG-GTATATAAGCATTTGG-GCAAACAGTGTGAAGTT------AGAT-AAAAGAT-TTG-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACA-TTCATATAAATATTC-ACAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGATTACA-AAA-TACTT---CACA--AT-GA-TGTCATT----------------CAA-TATA-AT-----TTATCAACT-G---------A-TTACAAATGT-------GTATA-GAAAAATA-C-TTTTACACGCAAGT-CTT----C-ATATAT----AG----GAAC-GTACATAT--ATA-A-AATG--GATT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GGTT---TAT----------AC-AA-----------AGT-G------ACA-------AAAAACGAGATTCTTTTGGGATACAT-GGTTTTGAATTATCTGCCA----TTTTC--AATTTCT-AAA-GATGTGC-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGTAAA--TAAAATATTTAAAAAA-GATAAAATAATAA--TT-----AA---------AAAAATTT--AGT----ACACTTATAGTg
gi|30 : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAACCATGT--------TACATA-----AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--
gi|31 : attAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------ATTTA--T-TTGAA--------CAGT---T-TATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAAT
gi|32 : -CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------AACAC------AACAATG-A--taa
gi|35 : atctcattatattaagaattacATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---AT-A-CAGTTAT-TCTT---CAT--------A-
gi|37 : TTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CGT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---
gi|38 : ATTTCTTGATTCC-CCAAACAGGTT-GGCATA-----CAATCATG
gi|39 : aTTTATTGATTCA-CCAAACATGTT-GGCATA-----AAA
gi|4 : GATTCA-CCAAACATGTT-GGTATA-----CAATCATGC--------TACAC------TA-AATA-----------CAA--T--CATGTTACACAA-TAA-TGA-T-GTGGACTT--------A-ATA--T-TTGA---------CAGTGAATATATATAATTA-CAT-----A-TGTA----T-ACAC----GTG-GAGTCAAAATA-ATGAGTGCA-CT-----T-T------------G-GTGTA---GCTTAT------AACATTAT---------------T-ATAAGTA-T-G-TAT--AATT-------TA-A--T-TA-T--GCACGCA-----ATTCAAAACA-ATAATGCGAAAATTC-ACAC-AACCTT---CTAGTTCTAGCATGAACTGCATTGATAGGGTTGCA-TAG-CATTT---TACA--GT-G-TTTTTATT----------------TGA-TGT--AT------CATCATTT-GG--------A-TTGAAGATGT-------TTAAA-GAGTAATA-T-TTTT-T-------T-CTT------ATACAT----------GTAT-CT-TATATTAACA-A-AGCA--CACC-TCA---TCTT-CAA-CAG--T-AGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAACCGATATTCTTTTGGAATATAG-GGTTTCGAA-TATCTACCA----GTT----AATTTCT-AGAGGGTGGTC------A-AATTTTAAG---------TTGGTTTGTTGA--
gi|5 : TT---CTAG----C--ATGT-CTGCA---ATATGGTTACATAAG-CACTAAA-TACA--GT-ATTTTTCCAT----------------CGA-TAC--ATGTACATCATCATTG-G---------A-TTGAAAATAT-------GTA-A-AAATAATA-T-TTCT-T-------T-CT-------ATATAT----A-----GC-C-GT-CATAT--AAA-A-AATG--TAAC-TCA---TCTT-CAA-CAA--T----------T----------ACAAC-------------T-G------AC--------A---------TTCGTCAGGAATACAT-ACTTTCGAA-TATCTACAA----ATTTC--AATTTCC-AGAGGATGGGC-TG---A-TATTCTTAG---------C---TTTGTTCA---------TTTAGAGCG--------TAATTA--CTTTCACAATG-------GGAAATTTCAAAT----AGCCTTGTAA
gi|6 : TT---CTAG----C--ATGTCTTGCAATTAT--GGTTACA-TAA--GCATAAATACA--GT-ATTTTTCCAT----------------CGAATAC--ATGTACATCATCATTG-G---------A-T-GAAAATAT-------GT-TA-AAATAATA-T-TTCT-T-------T-CT-------ATATAT----A-----GC-C-GT-CATAT--A-A-A-AATG--TAAC-TCA---TCTT-CAAACAA--T----------T----------ACAAC-------------T-G------AC--------AA--------TTCGTC-AGGATACAT-AATTTCGAA-TATCTACAA----AATTCAAAATTTCC-AGAGGATGGGCTTG---ATATTTCTTAG---------C---TTTGTTCA---------TTTAGA----GGC---GTAATTACTTT-----AAACAAGATGGGGAAATTTCAAAT----AGCCTT-TAActcatcaactataggcctagtgttttctaattttactgtataaaatagtaatttccttgtttagaaaattcagtgttttgtagccgtaaattgatatttcccatcgttaattctaaacgtgctaagaaatg
gi|7 : -TTG-CAT--TATTGCA-CGCTA-T--T-TTTA--GAACGCA-----GTTCAAAACA-TTCGTG----------------GCCTT---CTAG----A--ATGAATTGCATTTGCActcatcaaatctataaggcctagtgttttctaattttaactgtataaaatagtaattcttgtttaagaaaatcagtgtttt
gi|7 : atgtgaacactcgaaacagagatgaattaatataaattttttATTT-------GGATA-GGATAATA-CCTTTT-TACGTAAAT-CTT----T----------------------GT-GATAT--ATA-A-AATG--GATT-TCC---TCTT-CTA-CAT--C-AGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------ACGAAGTCACAAAAACGAGATTTTTTTGGGATACAT-GGTTTTGAA-TATCTGCCA----GTTTC--AATTTCT-AAAGGGTGTGC-AG---A-AATTCTCAG---------T---TTTGTTAA---------TTTAGAGCG-GAC---ATATTTA--TT-----AATT-------GGAAATTTCAAGT----AGTCTTGTAATtgttatcatttggataggataatacctttttacgtaaatctttgtgatatataaaatggatttcctcttctacatcagttttacaaaagtgacgaagtcacaaaaacgagatttttttgggatacatggttttgaatatctgccagtttcaatttctaaagggtgtgcagaaattctcagttttgttaatttagagcggacatatttattaattggaaatttcaagtagtcttgtaattcataatttatgtg
gi|8 : atgtgaacactcgaaacagagatgaattaatataaattttttttgcattattgcacgctatttttagaacgcagttcaaaacattcgtggccttctagaatgaattgcatttgcatgttatc-GT-CATAT--ATA-ATAATG--ATGTATCAAATTCTTTCTAACAA--TTGGTT---T-TTTTCTTGTACACAAATCAAAAATAGGAGT-GGGGTGGAC--------AAAAGTCAATTTCTTCTGGGATACATCGGTTTTGAA-TATCTGC-A----TTTTC--AATTTCTAAAAGGATGTGC-AGTACA-ATTTCTTAG---------T---TTTGTTAA---------TTTAGAGCG-TAC---A-GTTTG---T-----GATA-------GGAAATTTCAGGTTTTCAGCCTTGTAATtcataatttatgtg
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CGTTGATTTAGAGCACTCTACCTTCTAAGTGGCAAATTTCAAATAATCTTTTTCCTAATTTTACTGTAAAATTGTAATTTTCCTTGCTTAGAAAATTAAGAGTTTAGTAGCTGTAAGTTGACATTTCCAATACATATTAATTCTCAAAGGAGCTGTAAAATGTGCTTTCATCAATATTCAATGATTGAAGATTTAGTTTATTTCTTAACTTATTTATTTGTCCCTGCCAAGTCCCCAATATTATAAAGGTTATCATCTTCCAATTTAGCAGCCATTTGCACTGGATCTTTTAAATTCCATTTTAATTATCATTGTGGTTTTTTTAATAGTCTTTTATAATATTTAAAGAGGAAGACTTT
Unaligned ( gi|22 ): GGAGTTGTAAATTGTGCTTTCCTCAATATCCAGTGATTGAAGATATAGTTTATTTCCTAATTTATATATTTCCTGCCAATTTCCCTGTATGCCAGTATTATATTAAAAGATGATCATC
Unaligned ( gi|33 ): TACAATCATGTAACACAACAATGATGTGAAATTCGTATTTGACAGTGAACATAATATGTA
Unaligned ( gi|34 ): TACTTAGCATAGTTAGTACTACTAGTACTGTCAGTATTCAGTATTTCCTCAG
Unaligned ( gi|36 ): ATATTGCAGTGGAGTCAAACCGATGAGTGCACTTTGGTGTAGTGTAT
Unaligned ( gi|40 ): AATGATATTTAAAATTTGAAAATGAAAATGA
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111 111111111 11111 22 555555555555555555555555 111111 1 111111 111111111111 1 1111111 111 3333333333333333333333333333333333 22222222222 1111111 333333333333333333 2222222222222222 11111 1111111111 11111111111 11111111 11111 1111111111111 11111 1111111111111111 1111
lowQualScore : 33 2 55555 88888888 555555 2 2 33 2 2 33 33 555 3 77 3 3 999 22222222 3 55 4 555555555 777 1 4 11111 4 33 4 0 1 99 6 111111111111111111111111 4 999999 0 0 5 666666 0 5 0 2 77 4 55 1 4 444444444444 99999 66 55 8 3 3 7 888 2222222 0 6 3 555 44 3 44 1111111111111111111111111111111111 00000000000 3 1 44 4444444 1 3 2 3 3 3 333333333333333333 4444444444444444 3 3 7777 3 3 555 1 3 555 3 1 9 00000 555 3 3333333333 44444444444 3 888888 44444444 3 3 3 3 3 3 22222 44 0 3 0 55 555 3 7777777777777 555 6666 99 44444 0 5555555555555555 77 4 0000 1
lowQualScore : .. . ..... ........ ...... . . .. . . .. .. ... . .. . . ... ........ . .. . ......... ... . . ..... . .. . . . .. . ........................ . ...... . . . ...... . . . . .. . .. . . ............ ..... .. .. . . . . ... ....... . . . ... .. . .. .................................. ........... . . .. ....... . . . . . . .................. ................ . . .... . . ... . . ... . . . ..... ... . .......... ........... . ...... ........ . . . . . . ..... .. . . . .. ... . ............. ... .... .. ..... . ................ .. . .... .
lowQualScore : 99 4 99999 55555555 999999 5 5 44 7 7 44 77 000 3 99 3 3 222 11111111 6 55 0 333333333 000 9 4 11111 4 00 4 1 4 22 7 666666666666666666666666 3 333333 7 1 7 444444 7 0 1 2 22 4 55 1 0 777777777777 11111 33 44 2 3 3 3 555 8888888 2 7 3 000 66 3 22 9999999999999999999999999999999999 88888888888 1 0 22 2222222 4 3 1 3 3 6 666666666666666666 1111111111111111 3 3 1111 3 3 666 0 3 888 1 0 2 77777 888 1 5555555555 66666666666 1 888888 22222222 2 2 1 1 7 1 99999 22 5 1 2 66 444 1 2222222222222 444 5555 22 33333 3 6666666666666666 00 4 6666 0
consensus : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAGTGGAGT--AAACC-ATGTTTACAACT-----T-T-----AA-GTGT-GTATATAAGCATTTGG-GCAAACAGTGTAGAGT-T------AGAT-AAAAGAN-TTG-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACA-TTCATGT-AAA-AT-TC-ACAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGGTTACA-AAA-CACTT---TACA--GT-GNTTTTCCTT----------------CGA-TAT--AT-----TCATCATTT-G---------A-TTGNAA--ATGT-------GTATA-GAATAATA-C-TTTT-TACGCAAGT-CTT----C-ATATAT----A-----GGACA-GT-CATAT-AT----A-A-AATG--NANT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAAACGANATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTCGAA-TATCTGCCA----NTTTC--AATTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAGAGCG-GAC---ATATTTA--TT-----A------AT-NGG-AAATTTCAAGT----AGNCTTGTAAT
Reference ( family-2554 ) : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAGTGGAGT--AAACC-ATGTTTACAACT-----T-T-----AA-GTGT-GTGTATAAGCATTTGG-GCAAACAGTGTAGAGT-T------AGAT-AAAAGAN-TTG-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACA-TTCATGT-AAA-AT-TC-ACAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGGTTACA-AAA-CACTT---TACA--GT-GNTTTTCCTT----------------CGA-TAT--AT-----TCATCATTT-G---------A-TTGNAA--ATGT-------GTATA-GAATAATA-C-TTTT-TACGCAAGT-CTT----C-ATATAT----A-----GNACA-GT-CATAT-AT----A-A-AATG--NANT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAAACGANATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTCGAA-TATCTGCCA----NTTTC--AATTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAGAGCG-GAC---ATATTTA--TT-----A------AT-NGG-AAATTTCAAGT----AGNCTTGTAAT
gi|1 : T-----T-A-----AA-GTGT-ATATATAAGCATTTGG--CAAACAGTGTAGAGT-T------AGAT-AAAAAAAATTG-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TTTA--GAACGCAGCGCAATTCAAAACA-TTCATAT-AAATAT-TCCACATTAGCCTTT--CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGATTACA-AAAATACTT---TACA--ATTGATTTTCCTTT---------------CAA-TAT--AT-----T-ATCACTT-G---------AATTACAA--ATGTT------GTATA-GAATAATA-C-TTTT-TACGCAAGTTCTT----CTATATAC----ATGTAGGGACA-GT-CATATTAT----A-A-AATG--GATT-TCA---TCTT-CTA-TAAAAT-GGTT---T-T----------ACAAA-----------AGTTG------AC--------AAAAACGAGATTCTTTTGGGATACATT-GGTTTTGAA-TATCCGCCA----TTTTC--AATTTCTAAAGGA-TGT-C-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAG-GCGTTAC---AGATTTG--TG-----A------AT-AGG-AAATTTCAGGT----AGACTTGTAAT
gi|10 : agTTATTGATTC----AAACATTTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTG-A--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-GCATA-TAGTGAAGTA-AAACC-ATGTTTACAACTTATAGT-T-----AA-GTGT-ATATATAAGCATTT-G-GC-AACAGTGTAGGGT-T------AGATAAAAAGAT-TTGTTAT--TATTGCATCTCTATT--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACATTTCATAT-AAATAT-TC-ACAT-AGCCTT----TAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGATTACA-AAA-TACTT---TACA--AT-GA-TTTCCTT----------------CGtcgtaattcttttaatttgacagtaaaacaataattaccacgtttggagaattcaatgttctgagtgcatattgacatttttttatagaaattattcacaacagcttgctaaatgtactgtcagtttaatatctaatgtggaagtttcagtgtcttttttaagtttatcaatctgaccctgccaattttccttcacaccattgttagtaaaggtttgacatctttcgaggaagcaggcaataagaatttgatttcataattccattttcattattgttggtttttagtctcttgtaatattttaaacatagagatgaaagctt
gi|11 : tca--TATAGCA-GTCTA-C--TATT-ACTGTACGCA-----ATTCAAAACA-ATCATGT-AAA-AT------AT-TGC-----------------ATTGATTTCATCT--AGGGTTGCA-TAG-CACTTTA-TACA--GT-GTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCCCGA-TAC--A------TCATCATTTAG---------A-TTGAAA--ATtaatagtaagatcatatgaa
gi|11 : tagtgtacgtattagcggtattacattataatattaaata-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAACCGACGTTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTCGAA-TATCTACTAGCT-GTTTC--AATTTCCAGAGGG-TGGGC-AG---A-TATTttctgtcttattttattaatttttttcctacaaaagtgacaaaaccgacgttcttttgggatacatggtttcgaatatctactagctgtttcaatttccagagggtgggcagatatt
gi|12 : tagtgtacgtattagcggtattacattataatattaaatatatagcagtctactattactgtacgcaattcaaaacaatcatgtaaaatattgcattgatttcatctagggttgcatagcactttatacagtgttttttttttttttttttttttccccgatacatcatcatttagattgaaaatttctgtcttattttattaatttttttccT---CTAG----C--ATATACTGCATTGATAGGGTTGAA-TAG-CACTT---TACA--GT-GTTTTTCTTT----------------CAA-TAC--AT------CATCATTT-GGACATTTGGA-TTGAAA--ATGTTTAAAGGGTATACG--TAATAGC-TCTG-T-CTTAAAT-CTT----T-ATAAAT----A-----GAACA-GT-CATAA-AA----A-A-AATG--TAAT-TCA---TCTT-CAA-TGG--T-TGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAACTGACATTCTTTTGGGATGCA-T-GGTTTTGAG-TATCTACCA----CTTTC--AATTTCCAGAGGG-TGGGC-AG---A-TATTCTTAG---------C---TTTGT---TA----ATTTAGAATG-TAC----TATTTA--TT-----
gi|13 : TTTATTGATTCA-CCAAACATGCT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACACGTGTG-AA-AATA-A--A-C-AATCAA-----AATGC---TCTG-CA--TAT-A-TT---CATAAAGTCAAA-CTA--C-TTGTA--------TA-T-----CAAGTAAGTATTATTCAGAG-CATAAGGGA-AAACATTtaa
gi|13 : --T-TC-A--GAGCATA-----AGGGAAAACA-TTCATGC-GAA-AGATC-ACAT-AAC------CTAG----C--ATGATGTACATTGACAGGATTACA-ACA-TACTT---TAAAATAT-GATTTTCATT----------------TTA-TATACAT-----GTATCATTTAG---------A-TTGTTA--ATGG-------G--------TAATA-C-TTTT-catgcgaaagatcacataacctagcatgatgtacattgacaggattacaacatactttaaaatatgattttcattttatatacatgtatcatttagattgttaatgggtaatacttttctcttat
gi|14 : tttattgattcaccaaacatgctggcatacaatcatgttacacgtgtgaaaataaacaatcaaaatgctctgcatatattcataaagtcaaactacttgtatatcaagtaagtattaA-TAT--AT-----T-ATCACTT-G---------G-ATACAA--A-GT-------GTATA-GAATA-CA-C-TTTT-TACGCAAGT-CTT----C-ATATAT----A-----GGACA-GT-CATAT-AT----A-A-AATG--GATT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GG-T---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAGAACGAGATTCTCTT-GGATAC--T-GGTTT-GAA-TATCTG-CA----TTTTC--AA-TTCTAAAGGA-TGTGC------A-AATTCTTAG---------T---TTT-T---TA----ATTTAGAGCG-TAC---AGATTTG--TG-----A------AT-AGG-AAATTACActcttat
gi|15 : T-TC-ACATTAACCTTGTTCTAG----C--ATGAACTGCATTGACAGGGTTGCA-TAA-CACTT---TACA--GT-GTTTTCCCTT----------------TGA-TACAGATA----TCATCATTTGG---------A-TTGAAA--TTGT-------TTAAA-GGGTAATA-T-TTCT-T-------T-CTTATTAC-TTATATAAAAA-----GAGCA-GT-CAT-T-AT------G-AATGAATATT-TAA---TTTC-CTA-gtt
gi|16 : acATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-GCATATTAGTGAAGTA-AAACC-ATGTTTACAACT-----TATAGTTAAA-GTGT-ATATATAAGCATTT-G-GCAAACAGTGTAGGGT-T------AGAT-AAAAGAT-TTG-TAT--TATTGCA-CTCtgtttgaattgagtcttctaagaacttgagcaattttttattgatacatt
gi|17 : ttcTTTATTGATTCA-CCAAACATGTT-GGCAT-----------ATGT--------TATAT------AA-TATA-----------CAA--T--C---T---ACAATCA--TAT-G-TTA--CAC--------A-ATA--T-C--A----------AAT---TACATGT-AGTA-TTT-----G-----ACAGTGAAATGTT----GAGTC-AAACCAATGCGTGT-ACT-----T-T-----A-------GTGTAT----ATTTAGTGC--ACA---TATCAT-T------A------------TTG-TACAATATAACA-GTCTA------GT-A--CTGCGCA-----ATTCAAAACA-ATCATGT-AAACAT-AC-AC
gi|18 : AT-AAAAAAA-ATG-CAT--TATTGCA-CTCTA-TCTT-TT-T--TACCGCA-----ATTCAAAACA-TTCATGT-AGACAT-TC-AAAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTGCAGGATTGCA-AAA-TATTT---TACA--AT-GA-TTTCCTT----------------CAC-CAT--GT-----T-ATCATTTGG---------A-TTACAG--ATGT-------TCATA-GGATACTA-T-TT
gi|19 : CATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------caa
gi|19 : CGCA-----ATTCAAAACA-ATCATGC-AAA-AT-TC-TCAT-AACCTggattcaaacaagtgcacttggtgtatagtgtacatattatattatgatataaagtgtataatctactattaggccgcctaagtactgcgcaattcaaaacaatcatgcaaaattctcataacctgtattgttcctag
gi|2 : catgttggcatacaatcatgtggattcaaacaagtgcacttggtgtatagtgtacatattatattatgatataaagtgtataatctactattaggccgcctaagtactgTCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-CGTACG--T--CATGC---ACAA-TG--TGT-T-AT---AAG--------A-CTACTT-TTAAAACACTTTTCAGT---TA---GT--GTA-CAT-----G-TATG-------CATATTAGTGAAGT--CAGCT-ATGTTCAAAAC--------------------------ATAATCATTTGG--CAAACAGTATA-ATT-TTAACAGAGAT-GAAAAAA-ATG-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TTTA--GAACGCA-----ATTCAAAAC---------------T-TC-ATAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGAATTACA-AAA-TACTT---TACA--AA-GATTTTCCTT----------------CAA-CAT--GT-----T-ATCATTTGG---------A-TTACAG--TTGT-------TCATA-GGATAATA-C-TTTT-AACGTAAAT----------ATCTAT----A-----GGACA-GT-CACAA-AT----A-A-AAAG--GATT-TTA---TCTT-CTA-CAA--C-AGTTGAAT-C----------ACAAA-----------AGT-T------AC--------AAAAACGATAT-------------A-T-GGTTTTGAA-TATCTGCCATGCTGTTTC--ATTTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---G-AATTCTCAGGTTGTATTTT---TTTTT---TA----ATTTAGAGCG-GAC---AGATTTA--TT-----A------AT-TAC-AAATTTCAAGG----AGACTTGTAATgtattgttcctag
gi|20 : CTT-TTAACAA--A-AATT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAAACGAAATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTCTG-------TTCCA----GTTTC--AGTTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---A-AATTCTCAG---------T---TTTGT---TA----ATATAGAGCA-GAC---Attataattctttctaatttgactgtaaaatgataatttaccacatttggagagttcaatgtttgacattttgtatatatagaaattcttcaaacagctgctaaaattaatgtactgtcattaatatctaattatggaagttagtttctttttag
gi|21 : ctttttcaacatcaataTTTATTGATTCGACCAAACATGTTAGGCATA-----CAACCATCG--------TACAT------AA-AA-G-A--A-ACAGTTAA--T--C-TGT---ACAA-CA--CATGT-TT---CAT--------A-TTA--TCTTGAA--------CAGT---TACATGTAA-TA-CAT-----GACA-AATATT-ACAagttcaaaaaga
gi|23 : ttacATTTGTTTGGGATGAA-T-GGTTTTAAA-TATCCGCCG----TTT----ACTGTATA------TGTGC-AG---A-AATTCTTGGT--------T---TTTGT---TG----ATTTAGAACG-agagaacc
gi|24 : gTATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-TGCATA-----CAACCATGTTACAAATGTACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAATCT--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------tttggctttagtaa
gi|25 : attGATTTA-CCAAAGATGTT-GGCAAG-----CAGTCGTGT--------TACAC------AA-CATGCAATA-A-AATTAA--
gi|26 : cATTTACTAATTCA-CCAGACATGCT-GTTATA-----CAATCATAT--------TACACAATGCAAA-AATA-A--ACA-ATTTAA--TCACATGT---ACAactacatactgacagtaaatatacataattatgt
gi|27 : tccattaT-TATAA-AT----AGA-AATG--TAAT-TCA---TCTT-CAG-AAG--T-AGTT---T-T----------A-AAA-----------AGT-G------AC--------AAAACCGACATTCTCTTGGGA
gi|28 : tctTTTATTGATTCG-CCAAACATTTT-GGCATAGCCTACAACAATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---
gi|29 : tTATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAACCATTG--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---AC
gi|3 : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAACCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CGT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAGTGGAGT--AAACC-ATGTTTACAACT-----TAT-----AACATG--GTATATAAGCATTTGG-GCAAACAGTGTGAAGT-T------AGAT-AAAAGAT-TTG-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACA-TTCATAT-AAATAT-TC-ACAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGATTACA-AAA-TACTT---CACA--AT-GA-TGTCATT----------------CAA-TATA-AT-----TTATCAACT-G---------A-TTACAA--ATGT-------GTATA-GAAAAATA-C-TTTTACACGCAAGT-CTT----C-ATATAT----A-----GGAAC-GTACATAT-AT----A-A-AATG--GATT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GGTT---TAT----------AC-AA-----------AGT-G------ACA-------AAAAACGAGATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTTGAATTATCTGCCA----TTTTC--AATTTCTAAA-GA-TGTGC-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGTAAATAAAATATTTAAAAAA-GATAAAATAATAA--TT-----A------A---AA-AAATTT--AGT----ACACTTATAGTg
gi|30 : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAACCATGT--------TACATA-----AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--
gi|31 : attAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------ATTTA--T-TTGAA--------CAGT---T-TATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAAT
gi|32 : -CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------AACAC------AACAATG-A--taa
gi|35 : atctcattatattaagaattacATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---AT-A-CAGTTAT-TCTT---CAT--------A-
gi|37 : TTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CGT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---
gi|38 : ATTTCTTGATTCC-CCAAACAGGTT-GGCATA-----CAATCATG
gi|39 : aTTTATTGATTCA-CCAAACATGTT-GGCATA-----AAA
gi|4 : GATTCA-CCAAACATGTT-GGTATA-----CAATCATGC--------TACAC------TA-AATA-----------CAA--T--CATGTTACACAA-TAA-TGA-T-GTGGACTT--------A-ATA--T-TTGA---------CAGTGAATATATATAATTA-CAT-----A-TGTA----T-ACAC----GTGGAGTCAAAATA-ATGAGTGCA-CT-----T-T-----G--GTGTAGCTTATAA-CATT----------ATTATA-AGTAT------GTAT-AA----T-TTA--AT--TAT-GCA-C--------------------GCA-----ATTCAAAACA-ATAATGCGAAA-AT-TC-ACAC-AACCTT---CTAGTTCTAGCATGAACTGCATTGATAGGGTTGCA-TAG-CATTT---TACA--GT-GTTTTTATTT-----------------GA-TGT--AT------CATCATTT-GG--------A-TTGAAG--ATGT-------TTAAA-GAGTAATA-T-TTTT-T-------T-CTT------ATACAT----------GTA----T-CTTAT-ATTAACA-A-AGCA--CACC-TCA---TCTT-CAA-CAG--T-AGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAACCGATATTCTTTTGGAATATA-G-GGTTTCGAA-TATCTACCA----GTT----AATTTCTAGAGGG-TGGTC------A-AATTTTAAG---------TTGGTTTGT---TG----A
gi|5 : TT---CTAG----C--ATGT-CTGCA---ATATGGTTACATAAG-CACTAAA-TACA--GT-ATTTTTCCAT----------------CGA-TAC--ATGTACATCATCATTG-G---------A-TTGAAA--ATAT-------GTA-A-AAATAATA-T-TTCT-T-------T-CT-------ATATAT----A-----G--CC-GT-CATAT-AA----A-A-AATG--TAAC-TCA---TCTT-CAA-CAA--T----------T----------ACAAC-------------T-G------AC--------A---------TTCGTCAGGAATACA-T-ACTTTCGAA-TATCTACAA----ATTTC--AATTTCCAGAGGA-TGGGC-TG---A-TATTCTTAG---------C---TTTGT---TC----ATTTAGAGCG--------TAATTA--CTTTCACA------AT-GGG-AAATTTCAAAT----AGCCTTGTAA
gi|6 : TT---CTAG----C--ATGTCTTGCAATTAT--GGTTACATAAG-CA--TAAATACA--GT-ATTTTTCCAT----------------CGAATAC--ATGTACATCATCATTG-G---------A-T-GAAA--ATAT-------GT-TA-AAATAATA-T-TTCT-T-------T-CT-------ATATAT----A-----G--CC-GT-CATAT-A-----A-A-AATG--TAAC-TCA---TCTT-CAAACAA--T----------T----------ACAAC-------------T-G------AC--------AA--------TTCGTC-AGGATACA-T-AATTTCGAA-TATCTACAA----AATTCAAAATTTCCAGAGGA-TGGGCTTG---ATATTTCTTAG---------C---TTTGT---TC----ATTTAGA----GGC---GTAATTACTTT-----AAACAAGATGGGG-AAATTTCAAAT----AGCCTT-TAActcatcaactataggcctagtgttttctaattttactgtataaaatagtaatttccttgtttagaaaattcagtgttttgtagccgtaaattgatatttcccatcgttaattctaaacgtgctaagaaatg
gi|7 : -TTG-CAT--TATTGCA-CGCTA-T--T-TTTA--GAACGCA-----GTTCAAAACA-TTCGTG------------------GCCTT---CTAG----A--ATGAATTGCATTTGCActcatcaaatctataaggcctagtgttttctaattttaactgtataaaatagtaattcttgtttaagaaaatcagtgtttt
gi|7 : atgtgaacactcgaaacagagatgaattaatataaattttttCATTT-G---------C-ATGTTATCATTT-------GGATA-GGATAATA-CCTTTT-TACGTAAAT-CTT----T-----------------------GT-GATAT-AT----A-A-AATG--GATT-TCC---TCTT-CTA-CAT--C-AGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------ACGAAGTCACAAAAACGAGATTTTTTTGGGATACA-T-GGTTTTGAA-TATCTGCCA----GTTTC--AATTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---A-AATTCTCAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAGAGCG-GAC---ATATTTA--TT-----A------AT-TGG-AAATTTCAAGT----AGTCTTGTAATtgttatcatttggataggataatacctttttacgtaaatctttgtgatatataaaatggatttcctcttctacatcagttttacaaaagtgacgaagtcacaaaaacgagatttttttgggatacatggttttgaatatctgccagtttcaatttctaaagggtgtgcagaaattctcagttttgttaatttagagcggacatatttattaattggaaatttcaagtagtcttgtaattcataatttatgtg
gi|8 : atgtgaacactcgaaacagagatgaattaatataaattttttttgcattattgcacgctatttttagaacgcagttcaaaacattcgtggccttctagaatgaattgTAT----------GGACAAGT-CATAT-AT----A-ATAATG--ATGTATCAAATTCTTTCTAACAA--TTGGTT---T-TTTTCTTGTACACAAATCAAAAATAGGAGT-GGGGTGGAC--------AAAAGTCAATTTCTTCTGGGATACA-TCGGTTTTGAA-TATCTGC-A----TTTTC--AATTTCTAAAAGGATGTGC-AGTACA-ATTTCTTAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAGAGCG-TAC---A-GTTTG---T-----G------AT-AGG-AAATTTCAGGTTTTCAGCCTTGTAATtcataatttatgtg
gi|9 : GT---TG----ATTTAGAGC---ACT--CTACCTT--CT-----A------AG-TGGCAAATTTCAAAT----AATCTTtcgtaattctttctaatttgagttactataaagatcagtaattacccactcgtattggagagagattcaatgttctggagttgcatatgatatattttagaagaattcttacaatgctattactctcagt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GGAGTTGTAAATTGTGCTTTCCTCAATATCCAGTGATTGAAGATATAGTTTATTTCCTAATTTATATATTTCCTGCCAATTTCCCTGTATGCCAGTATTATATTAAAAGATGATCATC
Unaligned ( gi|33 ): TACAATCATGTAACACAACAATGATGTGAAATTCGTATTTGACAGTGAACATAATATGTA
Unaligned ( gi|34 ): TACTTAGCATAGTTAGTACTACTAGTACTGTCAGTATTCAGTATTTCCTCAG
Unaligned ( gi|36 ): ATATTGCAGTGGAGTCAAACCGATGAGTGCACTTTGGTGTAGTGTAT
Unaligned ( gi|40 ): AATGATATTTAAAATTTGAAAATGAAAATGA
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111 111111111 11111 22 444444444444444444 222222 111111 11111 111111111111 1 1111111 111 3333333333333333333333333333333333 22222222222 1111111 333333333333333333 2222222222222222 11111 1111111111 11111111111 11111111 11111 1111111111111 11111 1111111111111111 1111
lowQualScore : 33 2 55555 88888888 555555 2 2 33 2 2 33 33 555 3 77 3 3 999 22222222 3 55 4 555555555 777 1 4 11111 4 33 4 0 1 99 6 777777777777777777 11 888 4 111111 7 5 444444 5 4 9999 11111 4 55 1 4 444444444444 99999 66 55 8 3 3 7 888 2222222 0 6 3 555 44 3 44 1111111111111111111111111111111111 00000000000 3 1 44 4444444 1 3 2 3 3 3 555555555555555555 3333333333333333 3 77 0 3 3 555 1 3 555 3 1 9 00000 555 3 3333333333 44444444444 3 888888 44444444 3 3 3 3 3 3 22222 44 0 3 0 55 555 3 7777777777777 555 7777 88 11111 8888888888888888 77 2222 1
lowQualScore : .. . ..... ........ ...... . . .. . . .. .. ... . .. . . ... ........ . .. . ......... ... . . ..... . .. . . . .. . .................. .. ... . ...... . . ...... . . .... ..... . .. . . ............ ..... .. .. . . . . ... ....... . . . ... .. . .. .................................. ........... . . .. ....... . . . . . . .................. ................ . .. . . . ... . . ... . . . ..... ... . .......... ........... . ...... ........ . . . . . . ..... .. . . . .. ... . ............. ... .... .. ..... ................ .. .... .
lowQualScore : 99 4 99999 55555555 999999 5 5 44 7 7 44 77 000 3 99 3 3 222 11111111 6 55 0 333333333 000 9 4 11111 4 00 4 1 4 22 7 666666666666666666 99 888 5 666666 6 0 444444 6 4 8888 11111 4 55 1 0 777777777777 11111 33 44 2 3 3 3 555 8888888 2 7 3 000 66 3 22 9999999999999999999999999999999999 88888888888 1 0 22 2222222 4 3 1 3 3 6 666666666666666666 5555555555555555 3 99 7 3 3 666 0 3 888 1 0 2 77777 888 1 5555555555 66666666666 1 888888 22222222 2 2 1 1 7 1 99999 22 5 1 2 66 444 1 2222222222222 888 1111 66 22222 9999999999999999 88 1111 0
consensus : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAGTGGAGT--AAACC-ATGTTTACAACT-----T-T-----AA-GTGTGTA---TATAAGCATTTGGGCAAACAGTGTAGAGT-T------AGAT-AAAAGAT-TT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACA-TTCATGT-AAA-AT-TC-ACAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGGTTACA-AAA-CACTT---TACA--GT-GNTTTTCCTT----------------CGA-TAT--AT-----TCATCATTT-G---------A-TTGNAA--ATGT-------GTATA-GAATAATA-C-TTTT-TACGCAAGT-CTT----C-ATATAT----A-----GGACA-GT-CATAT--ATA-A-AATG--NANT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAAACGANATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTCGAA-TATCTGCCA----NTTTC--AATTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAGAGCG-GAC---ATATTTA--TT-----A------AT-NGGAAATTTCAAGT----AGNCTTGTAAT
Reference ( family-2554 ) : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAGTGGAGT--AAACC-ATGTTTACAACT-----T-T-----AA-GTGTGTA---TATAAGCATTTGGGCAAACAGTGTAGAGT-T------AGAT-AAAAGAN-TT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACA-TTCATGT-AAA-AT-TC-ACAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGGTTACA-AAA-CACTT---TACA--GT-GNTTTTCCTT----------------CGA-TAT--AT-----TCATCATTT-G---------A-TTGNAA--ATGT-------GTATA-GAATAATA-C-TTTT-TACGCAAGT-CTT----C-ATATAT----A-----GGACA-GT-CATAT--ATA-A-AATG--NANT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAAACGANATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTCGAA-TATCTGCCA----NTTTC--AATTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAGAGCG-GAC---ATATTTA--TT-----A------AT-NGGAAATTTCAAGT----AGNCTTGTAAT
gi|1 : T-----T-A-----AA-GTGTATA---TATAAGCATTTGG-CAAACAGTGTAGAGT-T------AGAT-AAAAAAAATT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TTTA--GAACGCAGCGCAATTCAAAACA-TTCATAT-AAATAT-TCCACATTAGCCTTT--CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGATTACA-AAAATACTT---TACA--ATTGATTTTCCTTT---------------CAA-TAT--AT-----T-ATCACTT-G---------AATTACAA--ATGTT------GTATA-GAATAATA-C-TTTT-TACGCAAGTTCTT----CTATATAC----ATGTAGGGACA-GT-CATATT-ATA-A-AATG--GATT-TCA---TCTT-CTA-TAAAAT-GGTT---T-T----------ACAAA-----------AGTTG------AC--------AAAAACGAGATTCTTTTGGGATACATT-GGTTTTGAA-TATCCGCCA----TTTTC--AATTTCTAAAGGA-TGT-C-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAG-GCGTTAC---AGATTTG--TG-----A------AT-AGGAAATTTCAGGT----AGACTTGTAAT
gi|10 : agTTATTGATTC----AAACATTTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTG-A--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-GCATA-TAGTGAAGTA-AAACC-ATGTTTACAACTTATAGT-T-----AA-GTGTATA---TATAAGCATTT-GGC-AACAGTGTAGGGT-T------AGATAAAAAGAT-TT-----GTTAT--TATTGCATCTCTATT--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACATTTCATAT-AAATAT-TC-ACAT-AGCCTT----TAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGATTACA-AAA-TACTT---TACA--AT-GA-TTTCCTT----------------CGtcgtaattcttttaatttgacagtaaaacaataattaccacgtttggagaattcaatgttctgagtgcatattgacatttttttatagaaattattcacaacagcttgctaaatgtactgtcagtttaatatctaatgtggaagtttcagtgtcttttttaagtttatcaatctgaccctgccaattttccttcacaccattgttagtaaaggtttgacatctttcgaggaagcaggcaataagaatttgatttcataattccattttcattattgttggtttttagtctcttgtaatattttaaacatagagatgaaagctt
gi|11 : tca--TATAGCA-GTCTA-C--TATT-ACTGTACGCA-----ATTCAAAACA-ATCATGT-AAA-AT------AT-TGC-----------------ATTGATTTCATCT--AGGGTTGCA-TAG-CACTTTA-TACA--GT-GTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCCCGA-TAC--A------TCATCATTTAG---------A-TTGAAA--ATtaatagtaagatcatatgaa
gi|11 : tagtgtacgtattagcggtattacattataatattaaata-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAACCGACGTTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTCGAA-TATCTACTAGCT-GTTTC--AATTTCCAGAGGG-TGGGC-AG---A-TATTttctgtcttattttattaatttttttcctacaaaagtgacaaaaccgacgttcttttgggatacatggtttcgaatatctactagctgtttcaatttccagagggtgggcagatatt
gi|12 : tagtgtacgtattagcggtattacattataatattaaatatatagcagtctactattactgtacgcaattcaaaacaatcatgtaaaatattgcattgatttcatctagggttgcatagcactttatacagtgttttttttttttttttttttttccccgatacatcatcatttagattgaaaatttctgtcttattttattaatttttttccT---CTAG----C--ATATACTGCATTGATAGGGTTGAA-TAG-CACTT---TACA--GT-GTTTTTCTTT----------------CAA-TAC--AT------CATCATTT-GGACATTTGGA-TTGAAA--ATGTTTAAAGGGTATACG--TAATAGC-TCTG-T-CTTAAAT-CTT----T-ATAAAT----A-----GAACA-GT-CATAA--AAA-A-AATG--TAAT-TCA---TCTT-CAA-TGG--T-TGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAACTGACATTCTTTTGGGATGCA-T-GGTTTTGAG-TATCTACCA----CTTTC--AATTTCCAGAGGG-TGGGC-AG---A-TATTCTTAG---------C---TTTGT---TA----ATTTAGAATG-TAC----TATTTA--TT-----
gi|13 : TTTATTGATTCA-CCAAACATGCT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACACGTGTG-AA-AATA-A--A-C-AATCAA-----AATGC---TCTG-CA--TAT-A-TT---CATAAAGTCAAA-CTA--C-TTGTA--------TA-T-----CAAGTAAGTATTATTCAGAG-CATAAGGGA-AAACATTtaa
gi|13 : --T-TC-A--GAGCATA-----AGGGAAAACA-TTCATGC-GAA-AGATC-ACAT-AAC------CTAG----C--ATGATGTACATTGACAGGATTACA-ACA-TACTT---TAAAATAT-GATTTTCATT----------------TTA-TATACAT-----GTATCATTTAG---------A-TTGTTA--ATGG-------G--------TAATA-C-TTTT-catgcgaaagatcacataacctagcatgatgtacattgacaggattacaacatactttaaaatatgattttcattttatatacatgtatcatttagattgttaatgggtaatacttttctcttat
gi|14 : tttattgattcaccaaacatgctggcatacaatcatgttacacgtgtgaaaataaacaatcaaaatgctctgcatatattcataaagtcaaactacttgtatatcaagtaagtattaA-TAT--AT-----T-ATCACTT-G---------G-ATACAA--A-GT-------GTATA-GAATA-CA-C-TTTT-TACGCAAGT-CTT----C-ATATAT----A-----GGACA-GT-CATAT--ATA-A-AATG--GATT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GG-T---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAGAACGAGATTCTCTT-GGATAC--T-GGTTT-GAA-TATCTG-CA----TTTTC--AA-TTCTAAAGGA-TGTGC------A-AATTCTTAG---------T---TTT-T---TA----ATTTAGAGCG-TAC---AGATTTG--TG-----A------AT-AGGAAATTACActcttat
gi|15 : T-TC-ACATTAACCTTGTTCTAG----C--ATGAACTGCATTGACAGGGTTGCA-TAA-CACTT---TACA--GT-GTTTTCCCTT----------------TGA-TACAGATA----TCATCATTTGG---------A-TTGAAA--TTGT-------TTAAA-GGGTAATA-T-TTCT-T-------T-CTTATTAC-TTATATAAAAA-----GAGCA-GT-CAT-T--AT--G-AATGAATATT-TAA---TTTC-CTA-gtt
gi|16 : acATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-GCATATTAGTGAAGTA-AAACC-ATGTTTACAACT-----TATAGTTAAA-GTGTATA---TATAAGCATTT-GGCAAACAGTGTAGGGT-T------AGAT-AAAAGAT-TT-----G-TAT--TATTGCA-CTCtgtttgaattgagtcttctaagaacttgagcaattttttattgatacatt
gi|17 : ttcTTTATTGATTCA-CCAAACATGTT-GGCAT-----------ATGT--------TATAT------AA-TATA-----------CAA--T--C---T---ACAATCA--TAT-G-TTA--CAC--------A-ATA--T-C--A----------AAT---TACATGT-AGTA-TTT-----G-----ACAGTGAAATGTT----GAGTC-AAACCAATGCGTGT-ACT-----T-T-----A----GTGTA---TAT-----TTAGTGC--ACA---TATCAT-T------A------------TT-----G-TACAATATAACA-GTCTA------GT-A--CTGCGCA-----ATTCAAAACA-ATCATGT-AAACAT-AC-AC
gi|18 : AT-AAAAAAA-AT-----G-CAT--TATTGCA-CTCTA-TCTT-TT-T--TACCGCA-----ATTCAAAACA-TTCATGT-AGACAT-TC-AAAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTGCAGGATTGCA-AAA-TATTT---TACA--AT-GA-TTTCCTT----------------CAC-CAT--GT-----T-ATCATTTGG---------A-TTACAG--ATGT-------TCATA-GGATACTA-T-TT
gi|19 : CATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------caa
gi|19 : CGCA-----ATTCAAAACA-ATCATGC-AAA-AT-TC-TCAT-AACCTggattcaaacaagtgcacttggtgtatagtgtacatattatattatgatataaagtgtataatctactattaggccgcctaagtactgcgcaattcaaaacaatcatgcaaaattctcataacctgtattgttcctag
gi|2 : catgttggcatacaatcatgtggattcaaacaagtgcacttggtgtatagtgtacatattatattatgatataaagtgtataatctactattaggccgcctaagtactgTCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-CGTACG--T--CATGC---ACAA-TG--TGT-T-AT---AAG--------A-CTACTT-TTAAAACACTTTTCAGT---TA---GT--GTA-CAT-----G-TATG-------CATATTAGTGAAGT--CAGCT-ATGTTCAAAAC----------------------------ATAATCATTTGG-CAAACAGTATA-ATT-TTAACAGAGAT-GAAAAAA-AT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TTTA--GAACGCA-----ATTCAAAAC---------------T-TC-ATAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGAATTACA-AAA-TACTT---TACA--AA-GATTTTCCTT----------------CAA-CAT--GT-----T-ATCATTTGG---------A-TTACAG--TTGT-------TCATA-GGATAATA-C-TTTT-AACGTAAAT----------ATCTAT----A-----GGACA-GT-CACAA--ATA-A-AAAG--GATT-TTA---TCTT-CTA-CAA--C-AGTTGAAT-C----------ACAAA-----------AGT-T------AC--------AAAAACGATAT-------------A-T-GGTTTTGAA-TATCTGCCATGCTGTTTC--ATTTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---G-AATTCTCAGGTTGTATTTT---TTTTT---TA----ATTTAGAGCG-GAC---AGATTTA--TT-----A------AT-TACAAATTTCAAGG----AGACTTGTAATgtattgttcctag
gi|20 : CTT-TTAACAA--A-AATT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAAACGAAATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTCTG-------TTCCA----GTTTC--AGTTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---A-AATTCTCAG---------T---TTTGT---TA----ATATAGAGCA-GAC---Attataattctttctaatttgactgtaaaatgataatttaccacatttggagagttcaatgtttgacattttgtatatatagaaattcttcaaacagctgctaaaattaatgtactgtcattaatatctaattatggaagttagtttctttttag
gi|21 : ctttttcaacatcaataTTTATTGATTCGACCAAACATGTTAGGCATA-----CAACCATCG--------TACAT------AA-AA-G-A--A-ACAGTTAA--T--C-TGT---ACAA-CA--CATGT-TT---CAT--------A-TTA--TCTTGAA--------CAGT---TACATGTAA-TA-CAT-----GACA-AATATT-ACAagttcaaaaaga
gi|23 : ttacATTTGTTTGGGATGAA-T-GGTTTTAAA-TATCCGCCG----TTT----ACTGTATA------TGTGC-AG---A-AATTCTTGGT--------T---TTTGT---TG----ATTTAGAACG-agagaacc
gi|24 : gTATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-TGCATA-----CAACCATGTTACAAATGTACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAATCT--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------tttggctttagtaa
gi|25 : attGATTTA-CCAAAGATGTT-GGCAAG-----CAGTCGTGT--------TACAC------AA-CATGCAATA-A-AATTAA--
gi|26 : cATTTACTAATTCA-CCAGACATGCT-GTTATA-----CAATCATAT--------TACACAATGCAAA-AATA-A--ACA-ATTTAA--TCACATGT---ACAactacatactgacagtaaatatacataattatgt
gi|27 : tccattaT-TATAA--ATAGA-AATG--TAAT-TCA---TCTT-CAG-AAG--T-AGTT---T-T----------A-AAA-----------AGT-G------AC--------AAAACCGACATTCTCTTGGGA
gi|28 : tctTTTATTGATTCG-CCAAACATTTT-GGCATAGCCTACAACAATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---
gi|29 : tTATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAACCATTG--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---AC
gi|3 : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAACCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CGT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAGTGGAGT--AAACC-ATGTTTACAACT-----TAT-----AACATG-GTA---TATAAGCATTTGGGCAAACAGTGTGAAGT-T------AGAT-AAAAGAT-TT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACA-TTCATAT-AAATAT-TC-ACAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGATTACA-AAA-TACTT---CACA--AT-GA-TGTCATT----------------CAA-TATA-AT-----TTATCAACT-G---------A-TTACAA--ATGT-------GTATA-GAAAAATA-C-TTTTACACGCAAGT-CTT----C-ATATAT----A-----GGAAC-GTACATAT--ATA-A-AATG--GATT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GGTT---TAT----------AC-AA-----------AGT-G------ACA-------AAAAACGAGATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTTGAATTATCTGCCA----TTTTC--AATTTCTAAA-GA-TGTGC-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGTAAATAAAATATTTAAAAAA-GATAAAATAATAA--TT-----A------A---AAAAATTT--AGT----ACACTTATAGTg
gi|30 : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAACCATGT--------TACATA-----AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--
gi|31 : attAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------ATTTA--T-TTGAA--------CAGT---T-TATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAAT
gi|32 : -CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------AACAC------AACAATG-A--taa
gi|35 : atctcattatattaagaattacATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---AT-A-CAGTTAT-TCTT---CAT--------A-
gi|37 : TTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CGT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---
gi|38 : ATTTCTTGATTCC-CCAAACAGGTT-GGCATA-----CAATCATG
gi|39 : aTTTATTGATTCA-CCAAACATGTT-GGCATA-----AAA
gi|4 : GATTCA-CCAAACATGTT-GGTATA-----CAATCATGC--------TACAC------TA-AATA-----------CAA--T--CATGTTACACAA-TAA-TGA-T-GTGGACTT--------A-ATA--T-TTGA---------CAGTGAATATATATAATTA-CAT-----A-TGTA----T-ACAC----GTGGAGTCAAAATA-ATGAGTGCA-CT-----T-T-----G----GTGTAGCTTATAA-CATT---------ATTATA-AGTAT------GTAT-AA----T-TT-----A--AT--TAT-GCA-C--------------------GCA-----ATTCAAAACA-ATAATGCGAAA-AT-TC-ACAC-AACCTT---CTAGTTCTAGCATGAACTGCATTGATAGGGTTGCA-TAG-CATTT---TACA--GT-GTTTTTATTT-----------------GA-TGT--AT------CATCATTT-GG--------A-TTGAAG--ATGT-------TTAAA-GAGTAATA-T-TTTT-T-------T-CTTATA-C-ATGTAT-------------C---T-TATATTAACA-A-AGCA--CACC-TCA---TCTT-CAA-CAG--T-AGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAACCGATATTCTTTTGGAATATA-G-GGTTTCGAA-TATCTACCA----GTT----AATTTCTAGAGGG-TGGTC------A-AATTTTAAG---------TTGGTTTGT---TG----A
gi|5 : TT---CTAG----C--ATGT-CTGCA---ATATGGTTACATAAG-CACTAAA-TACA--GT-ATTTTTCCAT----------------CGA-TAC--ATGTACATCATCATTG-G---------A-TTGAAA--ATAT-------GTA-A-AAATAATA-T-TTCT-T-------T-CT-------ATATAT----A-----G--CC-GT-CATAT--AAA-A-AATG--TAAC-TCA---TCTT-CAA-CAA--T----------T----------ACAAC-------------T-G------AC--------A---------TTCGTCAGGAATACA-T-ACTTTCGAA-TATCTACAA----ATTTC--AATTTCCAGAGGA-TGGGC-TG---A-TATTCTTAG---------C---TTTGT---TC----ATTTAGAGCG--------TAATTA--CTTTCACA------AT-GGGAAATTTCAAAT----AGCCTTGTAA
gi|6 : TT---CTAG----C--ATGTCTTGCAATTAT--GGTTACATAAG-CA--TAAATACA--GT-ATTTTTCCAT----------------CGAATAC--ATGTACATCATCATTG-G---------A-T-GAAA--ATAT-------GT-TA-AAATAATA-T-TTCT-T-------T-CT-------ATATAT----A-----G--CC-GT-CATAT--A-A-A-AATG--TAAC-TCA---TCTT-CAAACAA--T----------T----------ACAAC-------------T-G------AC--------AA--------TTCGTC-AGGATACA-T-AATTTCGAA-TATCTACAA----AATTCAAAATTTCCAGAGGA-TGGGCTTG---ATATTTCTTAG---------C---TTTGT---TC----ATTTAGA----GGC---GTAATTACTTT-----AAACAAGATGGGGAAATTTCAAAT----AGCCTT-TAActcatcaactataggcctagtgttttctaattttactgtataaaatagtaatttccttgtttagaaaattcagtgttttgtagccgtaaattgatatttcccatcgttaattctaaacgtgctaagaaatg
gi|7 : A---TGTGAACACTCG---AAACAGAGATGAAT-T------A-AT-ATAA-AT-TTTTTTTG-CAT--TATTGCA-CGCTA-T--T-TTTA--GAACGCA-----GTTCAAAACA-TTCGTG------------------GCCTT---CTAG----A--ATGAATTGCATTTGCActcatcaaatctataaggcctagtgttttctaattttaactgtataaaatagtaattcttgtttaagaaaatcagtgtttt
gi|7 : CATTT-G---------C-ATGTTATCATTT-------GGATA-GGATAATA-CCTTTT-TACGTAAAT-CTT----T-----------------------GT-GATAT--ATA-A-AATG--GATT-TCC---TCTT-CTA-CAT--C-AGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------ACGAAGTCACAAAAACGAGATTTTTTTGGGATACA-T-GGTTTTGAA-TATCTGCCA----GTTTC--AATTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---A-AATTCTCAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAGAGCG-GAC---ATATTTA--TT-----A------AT-TGGAAATTTCAAGT----AGTCTTGTAATtgttatcatttggataggataatacctttttacgtaaatctttgtgatatataaaatggatttcctcttctacatcagttttacaaaagtgacgaagtcacaaaaacgagatttttttgggatacatggttttgaatatctgccagtttcaatttctaaagggtgtgcagaaattctcagttttgttaatttagagcggacatatttattaattggaaatttcaagtagtcttgtaattcataatttatgtg
gi|8 : atgtgaacactcgaaacagagatgaattaatataaattttttttgcattattgcacgctatttttagaacgcagttcaaaacattcgtggccttctagaatgaattgTAT----------GGACAAGT-CATAT--ATA-ATAATG--ATGTATCAAATTCTTTCTAACAA--TTGGTT---T-TTTTCTTGTACACAAATCAAAAATAGGAGT-GGGGTGGAC--------AAAAGTCAATTTCTTCTGGGATACA-TCGGTTTTGAA-TATCTGC-A----TTTTC--AATTTCTAAAAGGATGTGC-AGTACA-ATTTCTTAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAGAGCG-TAC---A-GTTTG---T-----G------AT-AGGAAATTTCAGGTTTTCAGCCTTGTAATtcataatttatgtg
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CGTTGATTTAGAGCACTCTACCTTCTAAGTGGCAAATTTCAAATAATCTTTTTCCTAATTTTACTGTAAAATTGTAATTTTCCTTGCTTAGAAAATTAAGAGTTTAGTAGCTGTAAGTTGACATTTCCAATACATATTAATTCTCAAAGGAGCTGTAAAATGTGCTTTCATCAATATTCAATGATTGAAGATTTAGTTTATTTCTTAACTTATTTATTTGTCCCTGCCAAGTCCCCAATATTATAAAGGTTATCATCTTCCAATTTAGCAGCCATTTGCACTGGATCTTTTAAATTCCATTTTAATTATCATTGTGGTTTTTTTAATAGTCTTTTATAATATTTAAAGAGGAAGACTTT
Unaligned ( gi|22 ): GGAGTTGTAAATTGTGCTTTCCTCAATATCCAGTGATTGAAGATATAGTTTATTTCCTAATTTATATATTTCCTGCCAATTTCCCTGTATGCCAGTATTATATTAAAAGATGATCATC
Unaligned ( gi|33 ): TACAATCATGTAACACAACAATGATGTGAAATTCGTATTTGACAGTGAACATAATATGTA
Unaligned ( gi|34 ): TACTTAGCATAGTTAGTACTACTAGTACTGTCAGTATTCAGTATTTCCTCAG
Unaligned ( gi|36 ): ATATTGCAGTGGAGTCAAACCGATGAGTGCACTTTGGTGTAGTGTAT
Unaligned ( gi|40 ): AATGATATTTAAAATTTGAAAATGAAAATGA
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111 111111111 11111 22 444444444444444444 222222 111111 11111 111111111111 1 1111111 111 3333333333333333333333333333333333 22222222222 1111111 333333333333333333 2222222222222222 11111 1111111111 11111111111 11111111 11111 1111111111111 11111 1111111111111111 1111
lowQualScore : 33 2 55555 88888888 555555 2 2 33 2 2 33 33 555 3 77 3 3 999 22222222 3 55 4 555555555 777 1 4 11111 4 33 4 0 1 99 6 777777777777777777 11 888 4 111111 7 5 444444 5 4 9999 11111 4 55 1 4 444444444444 99999 66 55 8 3 3 7 888 2222222 0 6 3 555 44 3 44 1111111111111111111111111111111111 00000000000 3 1 44 4444444 1 3 2 3 3 3 555555555555555555 3333333333333333 3 77 0 3 3 555 1 3 555 3 1 9 22222 555 3 3333333333 44444444444 3 888888 44444444 3 3 3 3 3 3 22222 44 0 3 0 55 555 3 7777777777777 555 7777 88 11111 8888888888888888 77 2222 1
lowQualScore : .. . ..... ........ ...... . . .. . . .. .. ... . .. . . ... ........ . .. . ......... ... . . ..... . .. . . . .. . .................. .. ... . ...... . . ...... . . .... ..... . .. . . ............ ..... .. .. . . . . ... ....... . . . ... .. . .. .................................. ........... . . .. ....... . . . . . . .................. ................ . .. . . . ... . . ... . . . ..... ... . .......... ........... . ...... ........ . . . . . . ..... .. . . . .. ... . ............. ... .... .. ..... ................ .. .... .
lowQualScore : 99 4 99999 55555555 999999 5 5 44 7 7 44 77 000 3 99 3 3 222 11111111 6 55 0 333333333 000 9 4 11111 4 00 4 1 4 22 7 666666666666666666 99 888 5 666666 6 0 444444 6 4 6666 11111 4 55 1 0 777777777777 11111 33 44 2 3 3 3 555 8888888 2 7 3 000 66 3 22 9999999999999999999999999999999999 88888888888 1 0 22 2222222 4 3 1 3 3 6 666666666666666666 5555555555555555 3 99 7 3 3 666 0 3 888 1 0 2 77777 888 1 5555555555 66666666666 1 888888 22222222 2 2 1 1 7 1 99999 22 5 1 2 66 444 1 2222222222222 888 1111 66 22222 9999999999999999 88 1111 0
consensus : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAGTGGAGT--AAACC-ATGTTTACAACT-----T-T-----AA-GTGTGTA---TATAAGCATTTGGGCAAACAGTGTAGAGT-T------AGAT-AAAAGAT-TT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACA-TTCATGT-AAA-AT-TC-ACAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGGTTACA-AAA-CACTT---TACA--GT-GNTTTTCCTT----------------CGA-TAT--AT-----TCATCATTT-G---------A-TTGNAA--ATGT-------GTATA-GAATAATA-C-TTTT-TACGCAAGT-CTT----C-ATATAT----A-----GGACA-GT-CATAT--ATA-A-AATG--NANT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAAACGANATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTCGAA-TATCTGCCA----NTTTC--AATTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAGAGCG-GAC---ATATTTA--TT-----A------AT-NGGAAATTTCAAGT----AGNCTTGTAAT
Reference ( family-2554 ) : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAGTGGAGT--AAACC-ATGTTTACAACT-----T-T-----AA-GTGTGTA---TATAAGCATTTGGGCAAACAGTGTAGAGT-T------AGAT-AAAAGAT-TT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACA-TTCATGT-AAA-AT-TC-ACAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGGTTACA-AAA-CACTT---TACA--GT-GNTTTTCCTT----------------CGA-TAT--AT-----TCATCATTT-G---------A-TTGNAA--ATGT-------GTATA-GAATAATA-C-TTTT-TACGCAAGT-CTT----C-ATATAT----A-----GGACA-GT-CATAT--ATA-A-AATG--NANT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAAACGANATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTCGAA-TATCTGCCA----NTTTC--AATTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAGAGCG-GAC---ATATTTA--TT-----A------AT-NGGAAATTTCAAGT----AGNCTTGTAAT
gi|1 : T-----T-A-----AA-GTGTATA---TATAAGCATTTGG-CAAACAGTGTAGAGT-T------AGAT-AAAAAAAATT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TTTA--GAACGCAGCGCAATTCAAAACA-TTCATAT-AAATAT-TCCACATTAGCCTTT--CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGATTACA-AAAATACTT---TACA--ATTGATTTTCCTTT---------------CAA-TAT--AT-----T-ATCACTT-G---------AATTACAA--ATGTT------GTATA-GAATAATA-C-TTTT-TACGCAAGTTCTT----CTATATAC----ATGTAGGGACA-GT-CATATT-ATA-A-AATG--GATT-TCA---TCTT-CTA-TAAAAT-GGTT---T-T----------ACAAA-----------AGTTG------AC--------AAAAACGAGATTCTTTTGGGATACATT-GGTTTTGAA-TATCCGCCA----TTTTC--AATTTCTAAAGGA-TGT-C-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAG-GCGTTAC---AGATTTG--TG-----A------AT-AGGAAATTTCAGGT----AGACTTGTAAT
gi|10 : agTTATTGATTC----AAACATTTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTG-A--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-GCATA-TAGTGAAGTA-AAACC-ATGTTTACAACTTATAGT-T-----AA-GTGTATA---TATAAGCATTT-GGC-AACAGTGTAGGGT-T------AGATAAAAAGAT-TT-----GTTAT--TATTGCATCTCTATT--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACATTTCATAT-AAATAT-TC-ACAT-AGCCTT----TAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGATTACA-AAA-TACTT---TACA--AT-GA-TTTCCTT----------------CGtcgtaattcttttaatttgacagtaaaacaataattaccacgtttggagaattcaatgttctgagtgcatattgacatttttttatagaaattattcacaacagcttgctaaatgtactgtcagtttaatatctaatgtggaagtttcagtgtcttttttaagtttatcaatctgaccctgccaattttccttcacaccattgttagtaaaggtttgacatctttcgaggaagcaggcaataagaatttgatttcataattccattttcattattgttggtttttagtctcttgtaatattttaaacatagagatgaaagctt
gi|11 : tca--TATAGCA-GTCTA-C--TATT-ACTGTACGCA-----ATTCAAAACA-ATCATGT-AAA-AT------AT-TGC-----------------ATTGATTTCATCT--AGGGTTGCA-TAG-CACTTTA-TACA--GT-GTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCCCGA-TAC--A------TCATCATTTAG---------A-TTGAAA--ATtaatagtaagatcatatgaa
gi|11 : tagtgtacgtattagcggtattacattataatattaaata-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAACCGACGTTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTCGAA-TATCTACTAGCT-GTTTC--AATTTCCAGAGGG-TGGGC-AG---A-TATTttctgtcttattttattaatttttttcctacaaaagtgacaaaaccgacgttcttttgggatacatggtttcgaatatctactagctgtttcaatttccagagggtgggcagatatt
gi|12 : tagtgtacgtattagcggtattacattataatattaaatatatagcagtctactattactgtacgcaattcaaaacaatcatgtaaaatattgcattgatttcatctagggttgcatagcactttatacagtgttttttttttttttttttttttccccgatacatcatcatttagattgaaaatttctgtcttattttattaatttttttccT---CTAG----C--ATATACTGCATTGATAGGGTTGAA-TAG-CACTT---TACA--GT-GTTTTTCTTT----------------CAA-TAC--AT------CATCATTT-GGACATTTGGA-TTGAAA--ATGTTTAAAGGGTATACG--TAATAGC-TCTG-T-CTTAAAT-CTT----T-ATAAAT----A-----GAACA-GT-CATAA--AAA-A-AATG--TAAT-TCA---TCTT-CAA-TGG--T-TGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAACTGACATTCTTTTGGGATGCA-T-GGTTTTGAG-TATCTACCA----CTTTC--AATTTCCAGAGGG-TGGGC-AG---A-TATTCTTAG---------C---TTTGT---TA----ATTTAGAATG-TAC----TATTTA--TT-----
gi|13 : TTTATTGATTCA-CCAAACATGCT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACACGTGTG-AA-AATA-A--A-C-AATCAA-----AATGC---TCTG-CA--TAT-A-TT---CATAAAGTCAAA-CTA--C-TTGTA--------TA-T-----CAAGTAAGTATTATTCAGAG-CATAAGGGA-AAACATTtaa
gi|13 : --T-TC-A--GAGCATA-----AGGGAAAACA-TTCATGC-GAA-AGATC-ACAT-AAC------CTAG----C--ATGATGTACATTGACAGGATTACA-ACA-TACTT---TAAAATAT-GATTTTCATT----------------TTA-TATACAT-----GTATCATTTAG---------A-TTGTTA--ATGG-------G--------TAATA-C-TTTT-catgcgaaagatcacataacctagcatgatgtacattgacaggattacaacatactttaaaatatgattttcattttatatacatgtatcatttagattgttaatgggtaatacttttctcttat
gi|14 : tttattgattcaccaaacatgctggcatacaatcatgttacacgtgtgaaaataaacaatcaaaatgctctgcatatattcataaagtcaaactacttgtatatcaagtaagtattaA-TAT--AT-----T-ATCACTT-G---------G-ATACAA--A-GT-------GTATA-GAATA-CA-C-TTTT-TACGCAAGT-CTT----C-ATATAT----A-----GGACA-GT-CATAT--ATA-A-AATG--GATT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GG-T---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAGAACGAGATTCTCTT-GGATAC--T-GGTTT-GAA-TATCTG-CA----TTTTC--AA-TTCTAAAGGA-TGTGC------A-AATTCTTAG---------T---TTT-T---TA----ATTTAGAGCG-TAC---AGATTTG--TG-----A------AT-AGGAAATTACActcttat
gi|15 : T-TC-ACATTAACCTTGTTCTAG----C--ATGAACTGCATTGACAGGGTTGCA-TAA-CACTT---TACA--GT-GTTTTCCCTT----------------TGA-TACAGATA----TCATCATTTGG---------A-TTGAAA--TTGT-------TTAAA-GGGTAATA-T-TTCT-T-------T-CTTATTAC-TTATATAAAAA-----GAGCA-GT-CAT-T--AT--G-AATGAATATT-TAA---TTTC-CTA-gtt
gi|16 : acATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-GCATATTAGTGAAGTA-AAACC-ATGTTTACAACT-----TATAGTTAAA-GTGTATA---TATAAGCATTT-GGCAAACAGTGTAGGGT-T------AGAT-AAAAGAT-TT-----G-TAT--TATTGCA-CTCtgtttgaattgagtcttctaagaacttgagcaattttttattgatacatt
gi|17 : ttcTTTATTGATTCA-CCAAACATGTT-GGCAT-----------ATGT--------TATAT------AA-TATA-----------CAA--T--C---T---ACAATCA--TAT-G-TTA--CAC--------A-ATA--T-C--A----------AAT---TACATGT-AGTA-TTT-----G-----ACAGTGAAATGTT----GAGTC-AAACCAATGCGTGT-ACT-----T-T-----A----GTGTA---TAT-----TTAGTGC--ACA---TATCAT-T------A------------TT-----G-TACAATATAACA-GTCTA------GT-A--CTGCGCA-----ATTCAAAACA-ATCATGT-AAACAT-AC-AC
gi|18 : AT-AAAAAAA-AT-----G-CAT--TATTGCA-CTCTA-TCTT-TT-T--TACCGCA-----ATTCAAAACA-TTCATGT-AGACAT-TC-AAAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTGCAGGATTGCA-AAA-TATTT---TACA--AT-GA-TTTCCTT----------------CAC-CAT--GT-----T-ATCATTTGG---------A-TTACAG--ATGT-------TCATA-GGATACTA-T-TT
gi|19 : CATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------caa
gi|19 : CGCA-----ATTCAAAACA-ATCATGC-AAA-AT-TC-TCAT-AACCTggattcaaacaagtgcacttggtgtatagtgtacatattatattatgatataaagtgtataatctactattaggccgcctaagtactgcgcaattcaaaacaatcatgcaaaattctcataacctgtattgttcctag
gi|2 : catgttggcatacaatcatgtggattcaaacaagtgcacttggtgtatagtgtacatattatattatgatataaagtgtataatctactattaggccgcctaagtactgTCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-CGTACG--T--CATGC---ACAA-TG--TGT-T-AT---AAG--------A-CTACTT-TTAAAACACTTTTCAGT---TA---GT--GTA-CAT-----G-TATG-------CATATTAGTGAAGT--CAGCT-ATGTTCAAAAC----------------------------ATAATCATTTGG-CAAACAGTATA-ATT-TTAACAGAGAT-GAAAAAA-AT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TTTA--GAACGCA-----ATTCAAAAC---------------T-TC-ATAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGAATTACA-AAA-TACTT---TACA--AA-GATTTTCCTT----------------CAA-CAT--GT-----T-ATCATTTGG---------A-TTACAG--TTGT-------TCATA-GGATAATA-C-TTTT-AACGTAAAT----------ATCTAT----A-----GGACA-GT-CACAA--ATA-A-AAAG--GATT-TTA---TCTT-CTA-CAA--C-AGTTGAAT-C----------ACAAA-----------AGT-T------AC--------AAAAACGATAT-------------A-T-GGTTTTGAA-TATCTGCCATGCTGTTTC--ATTTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---G-AATTCTCAGGTTGTATTTT---TTTTT---TA----ATTTAGAGCG-GAC---AGATTTA--TT-----A------AT-TACAAATTTCAAGG----AGACTTGTAATgtattgttcctag
gi|20 : CTT-TTAACAA--A-AATT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAAACGAAATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTCTG-------TTCCA----GTTTC--AGTTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---A-AATTCTCAG---------T---TTTGT---TA----ATATAGAGCA-GAC---Attataattctttctaatttgactgtaaaatgataatttaccacatttggagagttcaatgtttgacattttgtatatatagaaattcttcaaacagctgctaaaattaatgtactgtcattaatatctaattatggaagttagtttctttttag
gi|21 : ctttttcaacatcaataTTTATTGATTCGACCAAACATGTTAGGCATA-----CAACCATCG--------TACAT------AA-AA-G-A--A-ACAGTTAA--T--C-TGT---ACAA-CA--CATGT-TT---CAT--------A-TTA--TCTTGAA--------CAGT---TACATGTAA-TA-CAT-----GACA-AATATT-ACAagttcaaaaaga
gi|23 : ttacATTTGTTTGGGATGAA-T-GGTTTTAAA-TATCCGCCG----TTT----ACTGTATA------TGTGC-AG---A-AATTCTTGGT--------T---TTTGT---TG----ATTTAGAACG-agagaacc
gi|24 : gTATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-TGCATA-----CAACCATGTTACAAATGTACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAATCT--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------tttggctttagtaa
gi|25 : attGATTTA-CCAAAGATGTT-GGCAAG-----CAGTCGTGT--------TACAC------AA-CATGCAATA-A-AATTAA--
gi|26 : cATTTACTAATTCA-CCAGACATGCT-GTTATA-----CAATCATAT--------TACACAATGCAAA-AATA-A--ACA-ATTTAA--TCACATGT---ACAactacatactgacagtaaatatacataattatgt
gi|27 : tccattaT-TATAA--ATAGA-AATG--TAAT-TCA---TCTT-CAG-AAG--T-AGTT---T-T----------A-AAA-----------AGT-G------AC--------AAAACCGACATTCTCTTGGGA
gi|28 : tctTTTATTGATTCG-CCAAACATTTT-GGCATAGCCTACAACAATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---
gi|29 : tTATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAACCATTG--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---AC
gi|3 : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAACCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CGT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAGTGGAGT--AAACC-ATGTTTACAACT-----TAT-----AACATG-GTA---TATAAGCATTTGGGCAAACAGTGTGAAGT-T------AGAT-AAAAGAT-TT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACA-TTCATAT-AAATAT-TC-ACAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGATTACA-AAA-TACTT---CACA--AT-GA-TGTCATT----------------CAA-TATA-AT-----TTATCAACT-G---------A-TTACAA--ATGT-------GTATA-GAAAAATA-C-TTTTACACGCAAGT-CTT----C-ATATAT----A-----GGAAC-GTACATAT--ATA-A-AATG--GATT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GGTT---TAT----------AC-AA-----------AGT-G------ACA-------AAAAACGAGATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTTGAATTATCTGCCA----TTTTC--AATTTCTAAA-GA-TGTGC-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGTAAATAAAATATTTAAAAAA-GATAAAATAATAA--TT-----A------A---AAAAATTT--AGT----ACACTTATAGTg
gi|30 : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAACCATGT--------TACATA-----AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--
gi|31 : attAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------ATTTA--T-TTGAA--------CAGT---T-TATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAAT
gi|32 : -CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------AACAC------AACAATG-A--taa
gi|35 : atctcattatattaagaattacATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---AT-A-CAGTTAT-TCTT---CAT--------A-
gi|37 : TTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CGT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---
gi|38 : ATTTCTTGATTCC-CCAAACAGGTT-GGCATA-----CAATCATG
gi|39 : aTTTATTGATTCA-CCAAACATGTT-GGCATA-----AAA
gi|4 : GATTCA-CCAAACATGTT-GGTATA-----CAATCATGC--------TACAC------TA-AATA-----------CAA--T--CATGTTACACAA-TAA-TGA-T-GTGGACTT--------A-ATA--T-TTGA---------CAGTGAATATATATAATTA-CAT-----A-TGTA----T-ACAC----GTGGAGTCAAAATA-ATGAGTGCA-CT-----T-T-----G----GTGTAGCTTATAA-CATT---------ATTATA-AGTAT------GTAT-AA----T-TT-----A--AT--TAT-GCA-C--------------------GCA-----ATTCAAAACA-ATAATGCGAAA-AT-TC-ACAC-AACCTT---CTAGTTCTAGCATGAACTGCATTGATAGGGTTGCA-TAG-CATTT---TACA--GT-GTTTTTATTT-----------------GA-TGT--AT------CATCATTT-GG--------A-TTGAAG--ATGT-------TTAAA-GAGTAATA-T-TTTT-T-------T-CTTATA-C-ATGTAT-------------C---T-TATATTAACA-A-AGCA--CACC-TCA---TCTT-CAA-CAG--T-AGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAACCGATATTCTTTTGGAATATA-G-GGTTTCGAA-TATCTACCA----GTT----AATTTCTAGAGGG-TGGTC------A-AATTTTAAG---------TTGGTTTGT---TG----A
gi|5 : TT---CTAG----C--ATGT-CTGCA---ATATGGTTACATAAG-CACTAAA-TACA--GT-ATTTTTCCAT----------------CGA-TAC--ATGTACATCATCATTG-G---------A-TTGAAA--ATAT-------GTA-A-AAATAATA-T-TTCT-T-------T-CT-------ATATAT----A-----G--CC-GT-CATAT--AAA-A-AATG--TAAC-TCA---TCTT-CAA-CAA-----------T-T----------AC--A-----------ACT-G------AC-----------------ATTCGTCAGGAATACA-T-ACTTTCGAA-TATCTACAA----ATTTC--AATTTCCAGAGGA-TGGGC-TG---A-TATTCTTAG---------C---TTTGT---TC----ATTTAGAGCG--------TAATTA--CTTTCACA------AT-GGGAAATTTCAAAT----AGCCTTGTAA
gi|6 : TT---CTAG----C--ATGTCTTGCAATTAT--GGTTACATAAG-CA--TAAATACA--GT-ATTTTTCCAT----------------CGAATAC--ATGTACATCATCATTG-G---------A-T-GAAA--ATAT-------GT-TA-AAATAATA-T-TTCT-T-------T-CT-------ATATAT----A-----G--CC-GT-CATAT--A-A-A-AATG--TAAC-TCA---TCTT-CAAACAA--T----------T----------ACAAC-------------T-G------AC--------AA--------TTCGTC-AGGATACA-T-AATTTCGAA-TATCTACAA----AATTCAAAATTTCCAGAGGA-TGGGCTTG---ATATTTCTTAG---------C---TTTGT---TC----ATTTAGA----GGC---GTAATTACTTT-----AAACAAGATGGGGAAATTTCAAAT----AGCCTT-TAActcatcaactataggcctagtgttttctaattttactgtataaaatagtaatttccttgtttagaaaattcagtgttttgtagccgtaaattgatatttcccatcgttaattctaaacgtgctaagaaatg
gi|7 : A---TGTGAACACTCG---AAACAGAGATGAAT-T------A-AT-ATAA-AT-TTTTTTTG-CAT--TATTGCA-CGCTA-T--T-TTTA--GAACGCA-----GTTCAAAACA-TTCGTG------------------GCCTT---CTAG----A--ATGAATTGCATTTGCActcatcaaatctataaggcctagtgttttctaattttaactgtataaaatagtaattcttgtttaagaaaatcagtgtttt
gi|7 : CATTT-G---------C-ATGTTATCATTT-------GGATA-GGATAATA-CCTTTT-TACGTAAAT-CTT----T-----------------------GT-GATAT--ATA-A-AATG--GATT-TCC---TCTT-CTA-CAT--C-AGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------ACGAAGTCACAAAAACGAGATTTTTTTGGGATACA-T-GGTTTTGAA-TATCTGCCA----GTTTC--AATTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---A-AATTCTCAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAGAGCG-GAC---ATATTTA--TT-----A------AT-TGGAAATTTCAAGT----AGTCTTGTAATtgttatcatttggataggataatacctttttacgtaaatctttgtgatatataaaatggatttcctcttctacatcagttttacaaaagtgacgaagtcacaaaaacgagatttttttgggatacatggttttgaatatctgccagtttcaatttctaaagggtgtgcagaaattctcagttttgttaatttagagcggacatatttattaattggaaatttcaagtagtcttgtaattcataatttatgtg
gi|8 : atgtgaacactcgaaacagagatgaattaatataaattttttttgcattattgcacgctatttttagaacgcagttcaaaacattcgtggccttctagaatgaattgTAT----------GGACAAGT-CATAT--ATA-ATAATG--ATGTATCAAATTCTTTCTAACAA--TTGGTT---T-TTTTCTTGTACACAAATCAAAAATAGGAGT-GGGGTGGAC--------AAAAGTCAATTTCTTCTGGGATACA-TCGGTTTTGAA-TATCTGC-A----TTTTC--AATTTCTAAAAGGATGTGC-AGTACA-ATTTCTTAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAGAGCG-TAC---A-GTTTG---T-----G------AT-AGGAAATTTCAGGTTTTCAGCCTTGTAATtcataatttatgtg
blockSeqs : GA A GCCTA TACAAATG AATGCA C C AT C C TC CA TAC T GT G C GGA AAAGTCAA T CT C AACACTTTT GAA A T TCAGA A AG G A CA A TATAGTTAAAGT TA GCT G TGGGCA G A TAACAG G A GAT TTTTT T AA T T CTATTACT . TT CG T A . T GTT TTCTAGC T . AAA AT . TT TTTTTTTTTTTTTCCCCGATACATC GGACATTTGG . A TC TTAAAGG T C A G C A ACGCAAGTCTTC AAAAAGAGCA A TA G T AAT A A AAT T A A TTG GAA A TTTCTTGTAC TCAAAAATAGG . GGGTGG GAAGTCAC C C . C C T TGCTG AA A TT TAC T GTTGTATTTT AAA AAAT T AAAAT CTTTAAACAAG GG TTTC A
blockSeqs : A . . . GTGTG . . . . . . . . . A . . A . . . . A . A . . . AG . A A . TATAGTTAAGT TA . G TGGCA G . . G . GAT . . . A . TCTTTTT . A T C . . . . A T . TA . . TT CGAATACATGTACATC AG . A . . T . G . . . ACGCAAGTCTTC AGAACA . . . . T T . . . T A TT . . . . . . A C C . . T . GCTG . . A . . TTGG . . T AG CTTTCACA A . A
blockSeqs : G . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . AC . A C . TATAACAT TG . T AGTGC T . . G . AAA . . . T . TTTTTA . T T C . . . . C . . AA . . AT CGATACATGTACATC AG . T . . A . G . . . ACGTAAATCTTT AGGACA . . . . G T . . . T A TG . . . . . . . A G . . T . C . . A . . TT . . G AG TGA T . C
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . AT . A . . TTA TG . G TGGCA A . . G . AAA . . . A . TTTTTA . A C T . . . . C . . . . . TT TGATACAGATATC GG . C . . T . G . . . CTTAAATCTTT AGGACA . . . . G T . . . T . CA . . . . . . . A T . . T . T . . A . . C . . G GT TTA G . C
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . AG . . . . TTG G . A TGGC G . . T . GAT . . . T . TTTTTA . T T . . . . . C . . . . . AT TTATATACATGT GG . A . . T . A . . . TCTTATTAC AGGAAC . . . . T A . . . T . AA . . . . . . . A A . . T . G . . A . . T . . G AT TTA T . T
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . AG . . . . . . CGA . . . . . AT . . . T . TTTTA . A T . . . . . A . . . . . TT CAATATAATTT GG . C . . T . A . . . ACGTAAAT GGACAA . . . . G T . . . A . TA . . . . . . . C C . . T . T . . A . . T . . G T TTA A . C
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . GTA . T C . . . . . A . . . . . TT CAATACATC GG . C . . A . A . . . TCTTATAC AGCC . . . . C C . . . T . TG . . . . . . . A G . . C . T . . A . . T . . G T TG .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A T . . . . . A . . . . . TT CACCATGTT G . C . . T . A . . . TCT AGCC . . . . T A . . . A . TA . . . . . . . C T . . C . G . . T . . C . . T A
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . C . . . . . A CAACATGTT G . A . . T . G . . . TCT C . . . . T A . . . A . CA . . . . . . . A G . . C . A . . A . . C . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . A GATGTATC G . A . . . . . . . . . . . . . G T . . . A . T . . . . . . . G A . . T . A . . A . . T . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A G . A . . . . . . . . . . . A G . . . T . . . . . . . . . . . . . T . G . . . . . T . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . G . T . . T . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : G* C* TATATAT*********** GAT* ***** *** CGATACATC************************* GG********* ******* CNTAAATCTTC******* AGGACA********** ** TA*** G*
originalCons : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAGTGGAGT--AAACC-ATGTTTACAACT-----T-T-----AA-GTGTGTA---TATAAGCATTTGGGCAAACAGTGTAGAGT-T------AGAT-AAAAGAT-TT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACA-TTCATGT-AAA-AT-TC-ACAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGGTTACA-AAA-CACTT---TACA--GT-GNTTTTCCTT----------------CGA-TAT--AT-----TCATCATTT-G---------A-TTGNAA--ATGT-------GTATA-GAATAATA-C-TTTT-TACGCAAGT-CTT----C-ATATAT----A-----GGACA-GT-CATAT--ATA-A-AATG--NANT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAAACGANATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTCGAA-TATCTGCCA----NTTTC--AATTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAGAGCG-GAC---ATATTTA--TT-----A------AT-NGGAAATTTCAAGT----AGNCTTGTAAT
finalCons : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAGTGGAGTC-AAACC-ATGTTTACAACTTATATAT-----------GTGTA---TATAAGCATTTGGGCAAACAGTGTAGAGT-T------AGAT-AAAAGAT-TT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACA-TTCATGT-AAA-AT-TC-ACAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGGTTACA-AAA-CACTT---TACA--GT-GNTTTTCCTTCGATACATC-------------------------ATCATTTGG---------A-TTGNAA--ATGT-------GTATA-GAATAATA-C-TTTT-TCNTAAATCTTC-------ATATATAGGACA----------GT-CATAT--ATA-A-AATG--NANT-TCA---TCTT-CTA-CAATA---GTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAAACGANATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTCGAA-TATCTGCCA----NTTTC--AATTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAGAGCGG-AC---ATATTTA--TT-----A------AT-NGGAAATTTCAAGT----AGNCTTGTAAT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CGTTGATTTAGAGCACTCTACCTTCTAAGTGGCAAATTTCAAATAATCTTTTTCCTAATTTTACTGTAAAATTGTAATTTTCCTTGCTTAGAAAATTAAGAGTTTAGTAGCTGTAAGTTGACATTTCCAATACATATTAATTCTCAAAGGAGCTGTAAAATGTGCTTTCATCAATATTCAATGATTGAAGATTTAGTTTATTTCTTAACTTATTTATTTGTCCCTGCCAAGTCCCCAATATTATAAAGGTTATCATCTTCCAATTTAGCAGCCATTTGCACTGGATCTTTTAAATTCCATTTTAATTATCATTGTGGTTTTTTTAATAGTCTTTTATAATATTTAAAGAGGAAGACTTT
Unaligned ( gi|22 ): GGAGTTGTAAATTGTGCTTTCCTCAATATCCAGTGATTGAAGATATAGTTTATTTCCTAATTTATATATTTCCTGCCAATTTCCCTGTATGCCAGTATTATATTAAAAGATGATCATC
Unaligned ( gi|33 ): TACAATCATGTAACACAACAATGATGTGAAATTCGTATTTGACAGTGAACATAATATGTA
Unaligned ( gi|34 ): TACTTAGCATAGTTAGTACTACTAGTACTGTCAGTATTCAGTATTTCCTCAG
Unaligned ( gi|36 ): ATATTGCAGTGGAGTCAAACCGATGAGTGCACTTTGGTGTAGTGTAT
Unaligned ( gi|40 ): AATGATATTTAAAATTTGAAAATGAAAATGA
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111 111111111 11111 66666666666 222222 111111 11111 111111111111 1 1111111 111 2222222222222222 1111111 11111111 1111111 2222222222222222222 2222222222222222 1111111111 11111111111 11111111 11111 1111111111111 11111 1111111111111111 1111
lowQualScore : 33 2 55555 88888888 555555 2 2 33 2 2 33 33 555 3 77 3 3 999 22222222 3 55 4 555555555 777 1 4 11111 4 33 4 0 1 6 6 6 77777777777 11 888 4 111111 7 5 444444 5 4 9999 11111 4 55 1 4 444444444444 99999 66 55 8 3 3 7 888 2222222 0 6 3 555 77 44 5555555555555555 0000000 9999999 44 999 44 11111111 2 1 44 4444444 1 3 2 55 3 8888888888888888888 3333333333333333 3 77 0 3 3 555 1 3 555 3 1 9 99999 555 3 3333333333 44444444444 3 888888 44444444 3 3 3 3 3 3 22222 44 0 3 0 55 555 3 7777777777777 555 6666 99 44444 0 5555555555555555 77 4 0000 1
lowQualScore : .. . ..... ........ ...... . . .. . . .. .. ... . .. . . ... ........ . .. . ......... ... . . ..... . .. . . . . . . ........... .. ... . ...... . . ...... . . .... ..... . .. . . ............ ..... .. .. . . . . ... ....... . . . ... .. .. ................ ....... ....... .. ... .. ........ . . .. ....... . . . .. . ................... ................ . .. . . . ... . . ... . . . ..... ... . .......... ........... . ...... ........ . . . . . . ..... .. . . . .. ... . ............. ... .... .. ..... . ................ .. . .... .
lowQualScore : 99 4 99999 55555555 999999 5 5 44 7 7 44 77 000 3 99 3 3 222 11111111 6 55 0 333333333 000 9 4 11111 4 00 4 1 4 7 7 7 00000000000 99 888 5 666666 6 0 444444 6 4 6666 11111 4 55 1 0 777777777777 11111 33 44 2 3 3 3 555 8888888 2 7 3 000 99 22 4444444444444444 8888888 7777777 66 222 22 22222222 3 0 22 2222222 4 3 1 77 3 3333333333333333333 5555555555555555 3 99 7 3 3 666 0 3 888 1 0 2 99999 888 1 5555555555 66666666666 1 888888 22222222 2 2 1 1 7 1 99999 22 5 1 2 66 444 1 2222222222222 444 5555 22 33333 3 6666666666666666 00 4 6666 0
consensus : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAGTGGAGTCAAACC-A-TGTTTACAACTTAT-A--TA---TGTGTA---TATAAGCATTTGGGCAAACAGTGTAGAGT-T------AGAT-AAAAGAT-TT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACA-TTCATGT-AAA-AT-TC-ACAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGGTTACA-AAA-CACTT---TACAGT--GNTTTTCCTT----------------CGA-------TA--C----A--T---CATCAT--TTGGA--------TTGNAA--ATGT-------GTATA-GAATAATA-CTT-TT--T--CTTAAGT-CTT-C-ATATAT----A-----GGACA-GT-CATAT--ATA-A-AATG--NANT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAAACGANATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTCGAA-TATCTGCCA----NTTTC--AATTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAGAGCG-GAC---ATATTTA--TT-----A------AT-NGG-AAATTTCAAGT----AGNCTTGTAAT
Reference ( family-2554 ) : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAGTGGAGTCAAACC-A-TGTTTACAACTTAT-A--TA---TGTGTA---TATAAGCATTTGGGCAAACAGTGTAGAGT-T------AGAT-AAAAGAT-TT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACA-TTCATGT-AAA-AT-TC-ACAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGGTTACA-AAA-CACTT---TACAGT--GNTTTTCCTT----------------CGA-------TA--C----A--T---CATCAT--TTGGA--------TTGNAA--ATGT-------GTATA-GAATAATA-CTT-TT--T--CNTAAAT-CTT-C-ATATAT----A-----GGACA-GT-CATAT--ATA-A-AATG--NANT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-AGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAAACGANATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTCGAA-TATCTGCCA----NTTTC--AATTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAGAGCG-GAC---ATATTTA--TT-----A------AT-NGG-AAATTTCAAGT----AGNCTTGTAAT
gi|1 : ---TGTATA---TATAAGCATTTGG-CAAACAGTGTAGAGT-T------AGAT-AAAAAAAATT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TTTA--GAACGCAGCGCAATTCAAAACA-TTCATAT-AAATAT-TCCACATTAGCCTTT--CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGATTACA-AAAATACTT---TACAATT-GATTTTCCTTT---------------CAA-------TA--T----A--T---TATCAC--TTGAA--------TTACAA--ATGTT------GTATA-GAATAATA-CTT-TT--TA-CGCAAGTTCTT-CTATATAC----ATGTAGGGACA-GT-CATATT-ATA-A-AATG--GATT-TCA---TCTT-CTA-TAAAAT-GGTT---T-T----------ACAAA-----------AGTTG------AC--------AAAAACGAGATTCTTTTGGGATACATT-GGTTTTGAA-TATCCGCCA----TTTTC--AATTTCTAAAGGA-TGT-C-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAG-GCGTTAC---AGATTTG--TG-----A------AT-AGG-AAATTTCAGGT----AGACTTGTAAT
gi|10 : agttaaagTTATTGATTC----AAACATTTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTG-A--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-GCATA-TAGTGAAGTAAAACC-A-TGTTTACAACTTAT-AGTTAAG-TGTATA---TATAAGCATTT-GGC-AACAGTGTAGGGT-T------AGATAAAAAGAT-TT-----GTTAT--TATTGCATCTCTATT--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACATTTCATAT-AAATAT-TC-ACAT-AGCCTT----TAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGATTACA-AAA-TACTT---TACAAT--GA-TTTCCTT----------------CGtcgtaattcttttaatttgacagtaaaacaataattaccacgtttggagaattcaatgttctgagtgcatattgacatttttttatagaaattattcacaacagcttgctaaatgtactgtcagtttaatatctaatgtggaagtttcagtgtcttttttaagtttatcaatctgaccctgccaattttccttcacaccattgttagtaaaggtttgacatctttcgaggaagcaggcaataagaatttgatttcataattccattttcattattgttggtttttagtctcttgtaatattttaaacatagagatgaaagctt
gi|11 : tca--TATAGCA-GTCTA-C--TATT-ACTGTACGCA-----ATTCAAAACA-ATCATGT-AAA-AT------AT-TGC-----------------ATTGATTTCATCT--AGGGTTGCA-TAG-CACTTTA-TACAGT--GTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCCCGA-------TA--C----A--T---CATCAT--TTAGA--------TTGAAA--ATtaatagtaagatcatatgaa
gi|11 : tagtgtacgtattagcggtattacattataatattaaata-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAACCGACGTTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTCGAA-TATCTACTAGCT-GTTTC--AATTTCCAGAGGG-TGGGC-AG---A-TATTttctgtcttattttattaatttttttcctacaaaagtgacaaaaccgacgttcttttgggatacatggtttcgaatatctactagctgtttcaatttccagagggtgggcagatatt
gi|12 : tagtgtacgtattagcggtattacattataatattaaatatatagcagtctactattactgtacgcaattcaaaacaatcatgtaaaatattgcattgatttcatctagggttgcatagcactttatacagtgttttttttttttttttttttttccccgatacatcatcatttagattgaaaatttctgtcttattttattaatttttttccT---CTAG----C--ATATACTGCATTGATAGGGTTGAA-TAG-CACTT---TACAGT--GTTTTTCTTT----------------CAA-------TA--C----A--T---CATCAT--TTGGACATTTGGATTGAAA--ATGTTTAAAGGGTATACG--TAATAGCTC-TG--T--CTTAAAT-CTT-T-ATAAAT----A-----GAACA-GT-CATAA--AAA-A-AATG--TAAT-TCA---TCTT-CAA-TGG--T-TGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAACTGACATTCTTTTGGGATGCA-T-GGTTTTGAG-TATCTACCA----CTTTC--AATTTCCAGAGGG-TGGGC-AG---A-TATTCTTAG---------C---TTTGT---TA----ATTTAGAATG-TAC----TATTTA--TT-----
gi|13 : TTTATTGATTCA-CCAAACATGCT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACACGTGTG-AA-AATA-A--A-C-AATCAA-----AATGC---TCTG-CA--TAT-A-TT---CATAAAGTCAAA-CTA--C-TTGTA--------TA-T-----CAAGTAAGTATTATTCAGAG-CATAAGGGA-AAACATTtaa
gi|13 : --T-TC-A--GAGCATA-----AGGGAAAACA-TTCATGC-GAA-AGATC-ACAT-AACCT------AG----C--ATGATGTACATTGACAGGATTACA-ACA-TACTT---TAAAATATGATTTTCATT----------------TTA-------TATAC----A--TG--TATCAT--TTAGA--------TTGTTA--ATGG-------G--------TAATA-CTT-TTC-T--CTTAcatgcgaaagatcacataacctagcatgatgtacattgacaggattacaacatactttaaaatatgattttcattttatatacatgtatcatttagattgttaatgggtaatacttttctcttat
gi|14 : tttattgattcaccaaacatgctggcatacaatcatgttacacgtgtgaaaataaacaatcaaaatgctctgcatatattcataaagtcaaactacttgtatatcaagtaagtattaA-------TA--T----A--T---TATCAC--TTGGA--------T-ACAA--A-GT-------GTATA-GAAT-ACA-CTT-TT--TA-CGCAAGT-CTT-C-ATATAT----A-----GGACA-GT-CATAT--ATA-A-AATG--GATT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GG-T---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAGAACGAGATTCTCTT-GGATAC--T-GGTTT-GAA-TATCTG-CA----TTTTC--AA-TTCTAAAGGA-TGTGC------A-AATTCTTAG---------T---TTT-T---TA----ATTTAGAGCG-TAC---AGATTTG--TG-----A------AT-AGG-AAATTACAt
gi|15 : T-TC-ACATTAACCTTGTTCTAG----C--ATGAACTGCATTGACAGGGTTGCA-TAA-CACTT---TACAGT--GTTTTCCCTT----------------TGA-------TA--CAGATA--T---CATCAT--TTGGA--------TTGAAA--TTGT-------TTAAA-GGGTAATA-TTTCTT--T--CTTA-----TTAC-TTATATAAAAA-----GAGCA-GT-CAT-T--AT--G-AATGAATATT-TAA---TTTC-CTA-gtt
gi|16 : acATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-GCATATTAGTGAAGTAAAACC-A-TGTTTACAACTTAT-AGTTAAAGTGTATA---TATAAGCATTT-GGCAAACAGTGTAGGGT-T------AGAT-AAAAGAT-TT-----G-TAT--TATTGCA-CTCtgtttgaattgagtcttctaagaacttgagcaattttttattgatacatt
gi|17 : ttcTTTATTGATTCA-CCAAACATGTT-GGCAT-----------ATGT--------TATAT------AA-TATA-----------CAA--T--C---T---ACAATCA--TAT-G-TTA--CAC--------A-ATA--T-C--A----------AAT---TACATGT-AGTA-TTT-----G-----ACAGTGAAATGTT----GAGTCAAACCAA-TGCGTGTACTTTA-----------GTGTA---TAT-----TTAGTGC--ACA---TATCAT-T------A------------TT-----G-TACAATATAACA-GTCTA------GT-A--CTGCGCA-----ATTCAAAACA-ATCATGT-AAACAT-AC-AC
gi|18 : AT-AAAAAAA-AT-----G-CAT--TATTGCA-CTCTA-TCTT-TT-T--TACCGCA-----ATTCAAAACA-TTCATGT-AGACAT-TC-AAAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTGCAGGATTGCA-AAA-TATTT---TACAAT--GA-TTTCCTT----------------CAC-------CA--T----G--T---TATCAT--TTGGA--------TTACAG--ATGT-------TCATA-GGATACTA-TTT-
gi|19 : CATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------caa
gi|19 : CGCA-----ATTCAAAACA-ATCATGC-AAA-AT-TC-TCAT-AACCTggattcaaacaagtgcacttggtgtatagtgtacatattatattatgatataaagtgtataatctactattaggccgcctaagtactgcgcaattcaaaacaatcatgcaaaattctcataacctgtattgttcctag
gi|2 : catgttggcatacaatcatgtggattcaaacaagtgcacttggtgtatagtgtacatattatattatgatataaagtgtataatctactattaggccgcctaagtactgTCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-CGTACG--T--CATGC---ACAA-TG--TGT-T-AT---AAG--------A-CTACTT-TTAAAACACTTTTCAGT---TA---GT--GTA-CAT-----G-TATG-------CATATTAGTGAAGTCAG-CT-A-TGTTCAAAAC-----------------------ATAATCATTTGG-CAAACAGTATA-ATT-TTAACAGAGAT-GAAAAAA-AT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TTTA--GAACGCA-----ATTCAAAAC---------------T-TC-ATAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGAATTACA-AAA-TACTT---TACAAA--GATTTTCCTT----------------CAA-------CA--T----G--T---TATCAT--TTGGA--------TTACAG--TTGT-------TCATA-GGATAATA-CTT-TTA-A--CGTAAAT-------ATCTAT----A-----GGACA-GT-CACAA--ATA-A-AAAG--GATT-TTA---TCTT-CTA-CAA--C-AGTTGAAT-C----------ACAAA-----------AGT-T------AC--------AAAAACGATAT-------------A-T-GGTTTTGAA-TATCTGCCATGCTGTTTC--ATTTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---G-AATTCTCAGGTTGTATTTT---TTTTT---TA----ATTTAGAGCG-GAC---AGATTTA--TT-----A------AT-TAC-AAATTTCAAGG----AGACTTGTAATgtattgttcctag
gi|20 : CTT-TTAACAA--A-AATT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAAACGAAATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTCTG-------TTCCA----GTTTC--AGTTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---A-AATTCTCAG---------T---TTTGT---TA----ATATAGAGCA-GAC---Attataattctttctaatttgactgtaaaatgataatttaccacatttggagagttcaatgtttgacattttgtatatatagaaattcttcaaacagctgctaaaattaatgtactgtcattaatatctaattatggaagttagtttctttttag
gi|21 : ctttttcaacatcaataTTTATTGATTCGACCAAACATGTTAGGCATA-----CAACCATCG--------TACAT------AA-AA-G-A--A-ACAGTTAA--T--C-TGT---ACAA-CA--CATGT-TT---CAT--------A-TTA--TCTTGAA--------CAGT---TACATGTAA-TA-CAT-----GACA-AATATT-ACAagttcaaaaaga
gi|23 : ttacATTTGTTTGGGATGAA-T-GGTTTTAAA-TATCCGCCG----TTT----ACTGTATA------TGTGC-AG---A-AATTCTTGGT--------T---TTTGT---TG----ATTTAGAACG-agagaacc
gi|24 : gTATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-TGCATA-----CAACCATGTTACAAATGTACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAATCT--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------tttggctttagtaa
gi|25 : attGATTTA-CCAAAGATGTT-GGCAAG-----CAGTCGTGT--------TACAC------AA-CATGCAATA-A-AATTAA--
gi|26 : cATTTACTAATTCA-CCAGACATGCT-GTTATA-----CAATCATAT--------TACACAATGCAAA-AATA-A--ACA-ATTTAA--TCACATGT---ACAactacatactgacagtaaatatacataattatgt
gi|27 : tccattaT-TATAA--ATAGA-AATG--TAAT-TCA---TCTT-CAG-AAG--T-AGTT---T-T----------A-AAA-----------AGT-G------AC--------AAAACCGACATTCTCTTGGGA
gi|28 : tctTTTATTGATTCG-CCAAACATTTT-GGCATAGCCTACAACAATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---
gi|29 : tTATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAACCATTG--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---AC
gi|3 : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAACCATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---TACATGTAAGTA-CGT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAGTGGAGT-AAACC-A-TGTTTACAACTTATAA--CA---TG-GTA---TATAAGCATTTGGGCAAACAGTGTGAAGT-T------AGAT-AAAAGAT-TT-----G-TAT--TATTGCA-CTCTA-T--T-TT-A--GAACGCA-----ATTCAAAACA-TTCATAT-AAATAT-TC-ACAT-AGCCTT---CTAG----A--ATGAACTGCATTTACAGGATTACA-AAA-TACTT---CACAAT--GA-TGTCATT----------------CAA-------TA--T----AATT---TATCAA--CT-GA--------TTACAA--ATGT-------GTATA-GAAAAATA-CTT-TTACA--CGCAAGT-CTT-C-ATATAT----A-----GGAAC-GTACATAT--ATA-A-AATG--GATT-TCA---TCTT-CTA-CAA--T-GGTT---TAT----------AC-AA-----------AGT-G------ACA-------AAAAACGAGATTCTTTTGGGATACA-T-GGTTTTGAATTATCTGCCA----TTTTC--AATTTCTAAA-GA-TGTGC-AG---A-AATTCTTAG---------T---TTTGTAAATAAAATATTTAAAAAA-GATAAAATAATAA--TT-----A------A---AA-AAATTT--AGT----ACACTTATAGTg
gi|30 : TATTTATTGATTCG-CCAAACATGTT-GGCATA-----CAACCATGT--------TACATA-----AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--
gi|31 : attAA-CA--TGT-T-TT---CAT--------ATTTA--T-TTGAA--------CAGT---T-TATGTAAGTA-CAT-----G-CATAAGAGT-ACATATTAAT
gi|32 : -CCAAACATGTT-GGCATA-----CAATCATGT--------AACAC------AACAATG-A--taa
gi|35 : atctcattatattaagaattacATGT--------TACAT------AA-AATG-A--A-A-AGTTAA--T--CATGT---AT-A-CAGTTAT-TCTT---CAT--------A-
gi|37 : TTAA--T--CATGT---ACAA-CA--TGT-T-TT---CGT--------A-TTA--T-TTGAA--------CAGT---
gi|38 : ATTTCTTGATTCC-CCAAACAGGTT-GGCATA-----CAATCATG
gi|39 : aTTTATTGATTCA-CCAAACATGTT-GGCATA-----AAA
gi|4 : GATTCA-CCAAACATGTT-GGTATA-----CAATCATGC--------TACAC------TA-AATA-----------CAA--T--CATGTTACACAA-TAA-TGA-T-GTGGACTT--------A-ATA--T-TTGA---------CAGTGAATATATATAATTA-CAT-----A-TGTA----T-ACAC----GTGGAGTCAAAAT-AATGAGTGCACTTTG-----------GTGTAGCTTATAA-CATT---------ATTATA-AGTAT------GTAT-AA----T-TT-----A--AT--TAT-GCA-C--------------------GCA-----ATTCAAAACA-ATAATGCGAAA-AT-TC-ACAC-AACCTT---CTAGTTCTAGCATGAACTGCATTGATAGGGTTGCA-TAG-CATTT---TACAGT--GTTTTTATTT-----------------GA-------TG--T----A--T---CATCAT--TTGGA--------TTGAAG--ATGT-------TTAAA-GAGTAATA-TTT-TT--TT-CTTATA------C-ATGTAT-------------C---T-TATATTAACA-A-AGCA--CACC-TCA---TCTT-CAA-CAG--T-AGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------AC--------AAAACCGATATTCTTTTGGAATATA-G-GGTTTCGAA-TATCTACCA----GTT----AATTTCTAGAGGG-TGGTC------A-AATTTTAAG---------TTGGTTTGT---TG----A
gi|5 : TT---CTAG----C--ATGT-CTGCA---ATATGGTTACATAAG-CACTAAA-TACAGT--ATTTTTCCAT----------------CGA-------TA--C----A--TGTACATCATCATTGGA--------TTGAAA--ATAT-------GTA-A-AAATAATA-----TT--T--CTT---T-CT----ATATAT----A-----G--CC-GT-CATAT--AAA-A-AATG--TAAC-TCA---TCTT-CAA-CAA--T----------T----------ACAAC-------------T-G------AC--------A---------TTCGTCAGGAATACA-T-ACTTTCGAA-TATCTACAA----ATTTC--AATTTCCAGAGGA-TGGGC-TG---A-TATTCTTAG---------C---TTTGT---TC----ATTTAGAGCG--------TAATTA--CTTTCACA------AT-GGG-AAATTTCAAAT----AGCCTTGTAA
gi|6 : TT---CTAG----C--ATGTCTTGCAATTAT--GGTTACATAAG-CA--TAAATACAGT--ATTTTTCCAT----------------CGAATACATGTA--C----A--T---CATCAT--T-GGA--------T-GAAA--ATAT-------GT-TA-AAATAATA-----TT--T--CTT---T-CT----ATATAT----A-----G--CC-GT-CATAT--A-A-A-AATG--TAAC-TCA---TCTT-CAAACAA--T----------T----------ACAAC-------------T-G------AC--------AA--------TTCGTC-AGGATACA-T-AATTTCGAA-TATCTACAA----AATTCAAAATTTCCAGAGGA-TGGGCTTG---ATATTTCTTAG---------C---TTTGT---TC----ATTTAGA----GGC---GTAATTACTTT-----AAACAAGATGGGG-AAATTTCAAAT----AGCCTT-TAActcatcaactataggcctagtgttttctaattttactgtataaaatagtaatttccttgtttagaaaattcagtgttttgtagccgtaaattgatatttcccatcgttaattctaaacgtgctaagaaatg
gi|7 : A---TGTGAACACTCG---AAACAGAGATGAAT-T------A-AT-ATAA-AT-TTTTTTTG-CAT--TATTGCA-CGCTA-T--T-TTTA--GAACGCA-----GTTCAAAACA-TTCGTG------------------GCCTT---CTAG----A--ATGAATTGCATTTGCActcatcaaatctataaggcctagtgttttctaattttaactgtataaaatagtaattcttgtttaagaaaatcagtgtttt
gi|7 : CAT--TTGCA--------T-GTTATCATTT-------GGATA-GGATAATA-CCT-TT--TTACGTAAAT-CTT-T-----------------------GT-GATAT--ATA-A-AATG--GATT-TCC---TCTT-CTA-CAT--C-AGTT---T-T----------ACAAA-----------AGT-G------ACGAAGTCACAAAAACGAGATTTTTTTGGGATACA-T-GGTTTTGAA-TATCTGCCA----GTTTC--AATTTCTAAAGGG-TGTGC-AG---A-AATTCTCAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAGAGCG-GAC---ATATTTA--TT-----A------AT-TGG-AAATTTCAAGT----AGTCTTGTAATtgttatcatttggataggataatacctttttacgtaaatctttgtgatatataaaatggatttcctcttctacatcagttttacaaaagtgacgaagtcacaaaaacgagatttttttgggatacatggttttgaatatctgccagtttcaatttctaaagggtgtgcagaaattctcagttttgttaatttagagcggacatatttattaattggaaatttcaagtagtcttgtaattcataatttatgtg
gi|8 : atgtgaacactcgaaacagagatgaattaatataaattttttttgcattattgcacgctatttttagaacgcagttcaaaacattcgtggccttctagaatgaattgTAT----------GGACAAGT-CATAT--ATA-ATAATG--ATGTATCAAATTCTTTCTAACAA--TTGGTT---T-TTTTCTTGTACACAAATCAAAAATAGGAGT-GGGGTGGAC--------AAAAGTCAATTTCTTCTGGGATACA-TCGGTTTTGAA-TATCTGC-A----TTTTC--AATTTCTAAAAGGATGTGC-AGTACA-ATTTCTTAG---------T---TTTGT---TA----ATTTAGAGCG-TAC---A-GTTTG---T-----G------AT-AGG-AAATTTCAGGTTTTCAGCCTTGTAATtcataatttatgtg
gi|9 : GT---TG----ATTTAGAGC---ACT--CTACCTT--CT-----A------AG-TGGCAAATTTCAAAT----AATCTTtcgtaattctttctaatttgagttactataaagatcagtaattacccactcgtattggagagagattcaatgttctggagttgcatatgatatattttagaagaattcttacaatgctattactctcagt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GGAGTTGTAAATTGTGCTTTCCTCAATATCCAGTGATTGAAGATATAGTTTATTTCCTAATTTATATATTTCCTGCCAATTTCCCTGTATGCCAGTATTATATTAAAAGATGATCATC
Unaligned ( gi|33 ): TACAATCATGTAACACAACAATGATGTGAAATTCGTATTTGACAGTGAACATAATATGTA
Unaligned ( gi|34 ): TACTTAGCATAGTTAGTACTACTAGTACTGTCAGTATTCAGTATTTCCTCAG
Unaligned ( gi|36 ): ATATTGCAGTGGAGTCAAACCGATGAGTGCACTTTGGTGTAGTGTAT
Unaligned ( gi|40 ): AATGATATTTAAAATTTGAAAATGAAAATGA