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gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTATTTCCTAGGTTACCAAAATCTTGACATTTCATTGGCTACAA
gi|11                         : tactattatctatatgggtataatcagggatgtacaggatattacgccggtttgtaaatcagtacaatctgcagtctcgatgtgtattgatttacagaccagtataaaatcctgtacaaccctgattagacccatataatgaatttatttcctagtatttactttttgaagatattgtaattgtaataatataaccctaaccaccttcttgttggtggtcaatctaaataaaaaataacaaatgtcagcttcaataatcttaaatcaacattttttgataaagtgattgtaaaatatacaactaacaaaatttatgaacaggtacaaagaataatgttagattctgaatgatttcagtctgaaatgtataataaaacatcaacattattttacacctgggtatagccaggagtaaatacatgtatatcatcatgtgaaagacgttttttacaccccggccTTATTTCCTATGTAACCAAAATCTCAGCATTTGATTGGCT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTTCCTATGCAACCAAAATGTAAGCATTTGATTGGCTaacgggctgtgtgtaaaaaactccttatacataataatttatttatacctagctatacccgggtgtaaataatgttgatat
gi|7                          :                                                                                       tgggtctaatcaggggtgtacgggattttacaccggtttgtaaatcattaattaaaccctgaggcctcaggctgtattgatttacagattggtttaaaaatccgtacacggctgattagattatttcctatgtaacttttaaagatattgtaattgtcataccctaacctccttatgccaggggtatataaacattacaaatatatattgttaaaatgaatggaaaaattacaagtattaaacagaatttaacgcacaattacaaattagtattaagtctgcttatgcgaaatgaaatatcaacattatttacacccgggtataaccgagctgaaataaatcatctcgtgaaatgcgttttttacacccagccctgtTTTCCTATGTAACCAAAATTTCGGCATTTGATTGGTTACAGAGAGGGGTGTAAAATAT----------------------GTCTTTCACGAGATGAT---T---TATTTACACCC-AGCTA-----TACCCGGATGTAAA-TGATGTTGATATTTCATTAAGCATA-------AGCA---GACTGAAATCAATCA-GACTTTGA--TAT----TGCT----TATTAT-TAA-----CAACG-TC-A-TGAGTTC---------AAT-T----AATC-TA---ATA---Tg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        cttttaataaaatgaatgtacaaagtatacaactaacagaattcgatgaacagttacaagttaTGTATCCTAAATCTCGGCATTTGATTGGCT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                    agttatatgggtctaatcaggggtattccgtgatttagaacacgtgaataattgtattcaatcacccatgaggtcgttagacccatatagcgaattcattttcttgtgtaacttgtaaagtaatttgaaattcggtcatatctattaatagccctaactaccctttctgcctgggatatacaaaaaagtacaaacattttttattagaatgagaacaaatttgtaaactacatatgagatagggaaaataaaacagattttctatacagttatcaaacaaatttattttctgatttaactcgtttcaacaacgtttattcgtaatgaaagatcaacattatttacacccgaccctgtAAAAAACGTCTTTCACATGATGATATACATGTATTTACTCCT-GGCTA-----TACCCAGGTGTAAAATAATGTTGATGTTTTATTATACAT--------TTCA---GACTGAAATCATTCA-GAATCTAA--CAT----TATT------CTTTGTAC-----C--TGTTC-A-TAAATTT---------TGT-T----AGTTGTAT--AT----TTTACAATCACT-TTAT--CAAAAAATGTTGATTTAA---GATTATTGAAGCTG-A---CATTT--G----TTATTTTTT-----ATTTAGATTGACCACCAACAAGA-AGGTGGTTAGGGTTA-T-AT---TATTAC--AATTACAA--TATC-TTCAAAAAGTAAATACTAGGAAAT---A-----------A--------ATTCATTATATGGG------TC-----TAA--TCA-GGGTTG------TA-C-A-GGATTTTATA--CTGG--------T-C-------TGTAAA--------TC----A---A-T---AC-----A-C---ATCGAGACT-----GC-AGA--TTGTACT---------GA-TT---TACA-A----A--CC-GGCGTA--ATATCC-TGTA-CA-TCC---C-TG-AT--T--ATACCCATATtag
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tactattatctAAAAAACGCATTTCACGAGATGAT---T---TATTT-CAGCTCGGTTA-----TACCCGGGTGTAAA-TAATGTTGATATTTCATTTCGCAT-------------------------AAGCA-GACTT-----AAT-----ACT----AATTTG-TAA-----T--TGTGC-GTTAAATTC---------TGT-TTAATACTTGTA---ATT---TTTCCATTCATT-TTA------ACAATAT-------A---TATT-TGTAATGT------------------TTA-----T-----ATA--------CCCCTGGCATAA-GGA-GGTTAGGGT-----------ATGAC--AATTACAA--TATCTTTA--AAAGT-------------T-------------------------------ACATAGGAAATAATCT---A--A--TCA-GCCGTG------TA-C-G-GATTTTTAAA--CCAA--------T-C-------TGTAAA--------TC----A---A-T---AC-----AGC---CT-GAGGCC-----TC-AGG--GTTTAAT---------TAATGATTTACA-A----A--CC-GGTGTA--AAATCC-CGTA-CA-CCC---C-TG-AT--T--AGACCCAacaccccggccttgtagccaatgaaatgtcaagattttggtaacctaggaaataa
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttatttcctatgtaaccaaaatctcagcatttgattggctaacgggctgtgtgtCGGGTGTAAA-TAATGTTGATCTTTCATTACGAATAAACGTTGTTGAAACGAGTTAAATCAG--A-AAAT--AA--ATT----TGTTTGATAACTGTATAGAAAATC--TGTTTTATT---TTCCCTATCTCATATGT----AGTT-TACAAATT---TGTTC--TCATT-CTAA--TAAAAAATGT-------------TTGT---ACTT----------T--T----TTG-----T-----ATA--------TCCCAGGCAGAAAGGGTAGTTAGGGCTATTAATAGATATGACCGAATTTCAAATTA-CTTTA--CAAGT-------------TA--CACAAGAAAATGA--------ATTCGCTATATGGG------TCTA--ACGACCTCA-TGGGTGATTGAATA-C----AATTATTCA--CGTG--------T-T-------C-TAAA--------TCACGGA---A-T---AC-----C-C---CT-G
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agttatatgggtctaatTCATGAGTTCAATTAATCTAATATT----AACTTG-TAA-----C--TGTTC-ATCGAATTC---------TGT-T----AGTTGT----ATACTTTGTACATTCATT-TTA---TTAAAAaccctgtagccaatcaaatgccgagatttaggatacatag
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cCTTG-TAA-----C--TGTTC-ATTAAATTA---------TGT-T----AGTTGTA---ATT---GGTACATTCATT-TTATAAAAAAAAATGT-------T---GATTGTTCAATGTACATT-TA--T--AATTTTTA-----T-----ATT--------CCACTGGCAGAA-GGGTGGTTAGGGTTA-T-----ATATGAC--AATTACAA--TATCTGTA--AAAGT-------------TACCT-----------AGGAAATACATTCGTTATATGGG------TC-----TAA--TCAGGGGGTG------TA-T-G-GGATTTTACA--CTGG--------T-A-------TGTAAA--------TT----A---A-----GC-------C---CT-GCAGTC-----TC-AGG--GTGTAAT---------GA-TT---TACG-G----A--CC-GGTGTA--AAATCC-CGTA-CA-CCC---C-TG-AT--T--AGATCCATATcgttgttaataataagcaatatcaaagtctgattgatttcagtctgcttatgcttaatgaaatatcaacatcatttacatccgggtatagctgggtgtaaataaatcatctcgtgaaagacatattttacacccctctctgtaaccaatcaaatgccgaaattttggttacataggaaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTG-TAA-----C--TGTTT-GATAAATTC---------CGT-T----ATTTGTA---AT----TGTACATTCATTCTTAT--T---AAATAT-------ATTGGATTGTTTAACGTACGTTTTG--T--AATTTTTA-----T-----TTT--------CCCTTAGCAGAA--GATGGTTAGGGTTA-AAATACATATG-T--AATTACAA--TATCTTTTTAAAAGTACATCAGGAAAA-T---T-----------A--------ATGCGTTATATGTG------TCT---ATAAT-TCATGGAGTG------TA-C-G-GGATTTTATA---CGA--------TCG-------TGTAAA--------TT----A---ATT---ACCTTCGA-C---TT-GCGGTC-----TC-AG-----CTATT---------GA-TC---TACA-G----A--CC-GGCATA--AAATCT-CGTA-CA--CC---T-GG-AT--T--AG-CCTATATTaactaatagcatgtattt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TACATTCATT-T-AT--T-AAAATTGT-------T---GATTGTTTAATGTACA---TT--TTTA----TTG-----TTTTTTATT--------CCTCCGGCAGAA--GGTGGTTAGGGTAA-TAattaaa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aAC--AATTACAA--TATCTTTA--AAAGT-------------T---CCATAGGAAATAA--------ATTCGTTATATGGG------TCT---A--A--GCA-GGGGTG------TA-C-G-GGATTTTGCA--CTGG--------------------------------TC----T---A-T---AA-----A-T---CT-ACAG-------------------ATC---------GA-TG---TA-------------------A--AGGTC--CGTA-CA-CCC---C-TG-GT--T--AGACCAATAT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tTACAA--TATCTTTA--AAAGT-------------TA--C-----------A--------------TATATGGG------TTT---A--A--TTA-AGGGTG------TA-T-G-GGGTTTTACA--ACGG--------T-C-------TGTAAA--------TC----A---A-C---AC-----G-C---C
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   --------ATTAGTTATATGGA------TCT---A--A--TCA-GGGGTG------TA-C-G-GGATTTTACA--CCGG--------T-C-------CGTAAA--------TC----A---T-T---AC-----ACC---CT-GAGACT-----GC-AGG--GCTTA------------A-TT---TACA-T----A--CC-AGTGTA--AAATCC-CATA-CACCCC---C-TG-AT--T--AGACCCATATctgat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cttgtaactgttcattaaattatgttagttgtaattggtacattcattttataaaaaaaaatgttgattgttcaatgtacatttataatttttatattccactggcagaagggtggttagggttatatatgacaattacaatatctgtaaaagttacctaggaaatacattcgttTTAGTTATATGGG------TCT---A--A--TT---GGGTG------TAAT-G-GA---TTGCA--GTGG--------T-T-------TGTAA---------TC----A---G-T---AC-----A-C---CT-TCGGCC-----agcatgtattt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tgtaacctaaatctcTTAGTTATATGGG------TCT---A--A--TT---GGGTG------TAAT-G-GA---TTGCA--GTGG--------T-T-------TGTAA---------TC----A---G-T---AC-----A-C---CT-TCGGCC-----atataccccttccgtacacatttgtgttagcaatt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgtaacctaaatctcCATCATCTAGA------TCT---A--A--TCA-GGGATG------TA-T-GAGGATTT---A--CT-----------------------AAAGTTATATTTC----A---A-T---AC-----ACC---CC-TCAGCC-----TC-AGGCAGTACACT---------GA-AA---TAT--G----A--CTGGGGGTG--AATTCC-TATA-CA-CCT---C-TG-AT--T--GGACatataccccttccgtacacatttgtgttagcaatt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTTATGTGGG------TCT---A--A--TCA-AGGTTG------TA-C-A-GGATTTCATA--CCGG--------T-C-------TGTAAA--------TC----A---A-T---AC-------C---CT-Gccatttatttcc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTTATATGGG------TC-----TAA--TCA-GGGGTA------T
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aTATATGGG------T-----ATAA--TCA-GGGATG------TA-C-A-GGATATTACG--CCGG--------T-T-------TGTAAA--------TC----A---G-T---AC-----AAT---CT-GCAGTC-----TC-GAT--GTGTATT---------GA-TT---TACA-G----A--CC-AGTATA--AAATCC-TGTA-CA-ACC---C-TG-AT--T--AGACCCATATtccgtgatttagaacacgtgaataattgtattcaatcacccatgaggtcgttagacccatatagcgaattcattttcttgtgtaacttgtaaagtaatttgaaattcggtcatatctattaatagccctaactaccctttctgcctgggatatacaaaaaagtacaaacattttttattagaatgagaacaaatttgtaaactacatatgagatagggaaaataaaacagattttctatacagttatcaaacaaatttattttctgatttaactcgtttcaacaacgtttattcgtaatgaaagatcaacattatttacacccgaccctgtagccaatcaaatgccgagatttaggatacatag
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tactattatcTATATTGG------TCT---A--A--CCA-GGGGTG------TA-C-G-GACCTTTACA--TCGA--------T----------------------------------------------------CT-GTAG-------------------ATT---------TA-TA--------G----A--CC-AGTGCA--AAATCC-CGTA-CA-CCC---C-TG-CT--T--AGACCCATATaatgaatttatttcctagtatttactttttgaagatattgtaattgtaataatataaccctaaccaccttcttgttggtggtcaatctaaataaaaaataacaaatgtcagcttcaataatcttaaatcaacattttttgataaagtgattgtaaaatatacaactaacaaaatttatgaacaggtacaaagaataatgttagattctgaatgatttcagtctgaaatgtataataaaacatcaacattattttacacctgggtatagccaggagtaaatacatgtatatcatcatgtgaaagacgttttttacaccccggccttgtagccaatgaaatgtcaagattttggtaacctaggaaataa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATATAGG------C------TAA--TCC-AGG-TG------TA-C-G-AGATTTTATG--CCGG--------T-C-------TGTAGA--------TC----A---A-T----------A-G---CT-GAGACCGCAAGTCGAAG--GTA-ATT---------AA-TT---TACACG----A--TC--GTATA--AAATCC-CGTA-CA-CTC---CATGAATTAT--AGACACATATaacgaatttatttcctatggaacttttaaagatattgtaattgt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ttgtaactgtttgataaattccgttatttgtaattgtacattcattcttattaaatatattggattgtttaacgtacgttttgtaatttttattttcccttagcagaagatggttagggttaaaatacatatgtaattacaatatctttttaaaagtacatcaggaaaattaatgcgttATATGGG------TCTTGAATCA--GCA-GGGGTG------TA-C-G-GGATTTTATA--CTGGGCTAGCGCT-GTACATATCGTAAA--------TC----A---A-T---GC-----A-C---TA-GAGGCC-----tattaaa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gcTGGG------TCT---A--A--TCA-GGGGTG------TA-C-G-GGATTTTACA--CCGG--------T-T-------TGTAAA--------TC----ATTAA-TTAAAC-------C---CT-GAGGCC-----TC-AGG--CTGTATT---------GA-TT---TACA-G----A--TT-GGTTTA--AAAATC-CGTA-CA-CGG---C-TG-AT--T--AGAT---TATTcagtggcga
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GG------TCC---A--A--TCA-GAGGTG------TA-TAG-GAATTCACCC--CCAG--------T---------CATATT--------TC----A---G-T---GT-----A-CTGCCT-GAGGCT-----GA-GGG--GTGTATT---------GA-AA---TATA------A--C----TTTAGTAAATCCTCATA-CA-TCC---C-TG-AT--T--AGATCTAGATtcctatgtaacttttaaagatattgtaattgtcataccctaacctccttatgccaggggtatataaacattacaaatatatattgttaaaatgaatggaaaaattacaagtattaaacagaatttaacgcacaattacaaattagtattaagtctgcttatgcgaaatgaaatatcaacattatttacacccgggtataaccgagctgaaataaatcatctcgtgaaatgcgttttttacacccagccctgtagccaatcaaatgcttacattttggttgcataggaaag
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -GGGGTG------TA-T-T-GA--TTTACAGTCCGG--------T-G-------TAAAAT--------TC----C---A-T---AC-----A-gatgccatttatttcc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttacagtccggtgtaaaaccccggcctcTG------TA-T-G-GAATTTTACA--CCGG--------A-C-------TGTAAA--------TC----A---A-T---AC-----ACC---CC-GAGGC-------C-GGG--GT---TT---------TA-CA---C-CG-G----A--C----TGTA--A
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTACAGTCCGG--------T-G-------T--AAA-------------------------------A-C---CC--CGGCC-----TC-GGG--GTGTATT---------GA-TT---TACA-G----T--CC-GGTGTA--AAATTC-CATA-CA-
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CGGCC-----G--AAG--GTGTACT---------GA-T----TACA-A----A--CC-ACTGCA--A--TCC-ATTA-CA-CCC------A-AT--T--AGACCCATATcagtggcga
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgtaacctaaatctCGGCC-----G--AAG--GTGTACT---------GA-T----TACA-A----A--CC-ACTGCA--A--TCC-ATTA-CA-CCC------A-AT--T--AGACCCATATaactaaatataccccttccgtacacatttgtgttagcaatt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tgtaacctaaatct-----TC-AGG--GCGTGTT---------GA-TT---TACA-G----A--CC-GTTGTA--AAACCC-CATA-CA-CCC---T-TA-AT--T--AAACCCATATaactaaatataccccttccgtacacatttgtgttagcaatt
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   --AAATCA-CGGAATA-CCC---C-TG-AT--T--AGACCCATATaac
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGTAGATAGTCATCTAGTTAGTCATCTAGGTCCAATCAAGGGTGCAGAGGAATTTATCCTAGGTTGTGTTTCATAAATCTTGAGGCTGCAGGCC
Unaligned ( gi|20 ): ATGTAGAAACGTTATACTTTAGTTATCTAGGTCGGATAAAGGGTGAAAGGGAATTTATAC






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Reference ( family-2553 )     :                                                                                                                      TTATTTCCTATGTAACCAAAATCTCGGCATTTGATTGGCTA-CAGAGA-GGGGTGTAAAATATAAAAA---------------ACGTCTTTCACGTGATGAT-----T-TATTTACACCT-GGCTA-----TAC--CCGGGTGTAAA-TAATGTTGATATTTCATTACGCATA-------TTCAGACTGAAATCAATCAGAATTCAA-------NATTATTAAC----TTG-TAACTGTTC-AT-TAA------ATT---------CTGTT--------------AGTT--------------GTA-A-TTTGTACATT------CATT-TTATT-AAAAA---TG-TNGATT---GTTTA---------ACGTAC--------AT-T----A----TT---A--------T----ATT--CCCCCGGCAGAA-GGGTGGTTAGGGTTAT-AATA-ATATGAC--AATTACAA--TATC--TTT-AAAAGT---TAC---------A-----------ATT----CGTTATATGGGTCT----AT-A--TCA-GGGG-TG------TACG-GGATTT--TACA--CCGGTC-TGTAAATC----AA-TAC-----A-CCT-G-CGGCCTC-AGG--GTGTA--T--TGATNTAC---------------AGACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGACCCATATT
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgtaacctaaatctc-G-CGGCCTCTAG----TGCA--T--TGATTTACGATATGTACAGCGCTAGCCC-AGTATAAAATCCCGTACACCCCTGCTGATTCAAGACCCATATccgtacacatttgtgttagcaatt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TACATT------CATT-T-ATT-AAAAT---TG-TTGATT---GTTTA---------ATGTAC--------AT-T----T----TT---ATTGTTTTTT----ATT--CCTCCGGCAGAA--GGTGGTTAGGGTAAT-Acagtggcga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aTACAA--TATC--TTT-AAAAGT---TAC---------A---------------------TATATGGGTTT----A--A--TTA-AGGG-TG------TATG-GGGTTT--TACA--ACGGTC-TGTAAATC----AA-CAC-----G-CC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      T--TACAGTCCGGT---GTAAA-----------------A-CCC---CGGCCTC-GGG--GTGTA--T--TGATTTAC---------------AGTCC-GGTGTAAAATTCCATACActgat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTTATGTGGGTCT----A--A--TCA-AGGT-TG------TACA-GGATTT--CATA--CCGGTC-TGTAAATC----AA-TAC-------CCT-G-
gi|2                          :                                                                                                                      TTATTTCATTTGTAACCAAAATCTCGGCATTAGATTGGCTG-TAAAAA-AAAATAAAAAAAATAAAAAAAACAACAACAAAAAACGCCTTTCACGTGATGAT-----C-TATTTACACCT-GACTA-----TAC--CCGTGTGTGAA-TAATGTTAATATTTCAGTACGCAT--------TTCAGAGTAAAATCAATCAGAATTCAA-------AATTATTAAC----TTT-TAACTGTTT-AT-TAA------ATT---------CTATT--------------AGTT--------------GTA-A-TATGTACATT------CATT-TTATTTAAAAA---TG-TAAATT---GTTTA---------ACGTGC--------ACAT----A----TC---A--------T----ATT--CCCCCGGCAGAA-GGGTGGTTAGGGTTAT-AATC-ATATGAC--AATTACAA--TATC--TTT-CAAAGT---T-C---------A-----------ATT----CGTTATATGGGTCT----ATAA--TCA-GGGG-TG------TACG-GAATTT--TACA--CCGGTG-CGGAAATC----AA-TAC-----A-CCT-G-CGGCCTC-AGG--GTGTA--T--TTATGTAC---------------GGACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGATCCATATT
gi|3                          :                                                                                                                         TTTCCTATGCAACCAAAATGTAAGCATTTGATTGGCTA-CAGGGC-TGGGTGTAAAA-------A---------------ACGCATTTCACGAGATGAT-----T-TATTT-CAGCTCGGTTA-----TAC--CCGGGTGTAAA-TAATGTTGATATTTCATTTCGCATA-------AGCAGACTTAA--------------------------TACTAAT----TTG-TAATTGTGC-GT-TAA------ATT---------CTGTTTAAT----------ACTT--------------GTA-A-TTTTTCCATT------CATT-TTA----ACAA---TA-TATATT----TGTA---------ATGT-----------------------TT---A--------T----ATA--CCCCTGGCATAA-GGA-GGTTAGGGT-----------ATGAC--AATTACAA--TATC--TTT-AAAAGT---TAC---------A------------TA----GGAAATA---ATCT----A--A--TCA-GCCG-TG------TACG-GATTTT--TAAA--CCAATC-TGTAAATC----AA-TAC-----AGCCT-G-AGGCCTC-AGG--GTTTAATTAATGATTTAC---------------AAACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGACCCAg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTTATATGGGTCT----A--A--TCA-GGGG-TAT-----TCCG-TGATTT--g
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                            aT-GGCTA-----CAGGGTCGGGTGTAAA-TAATGTTGATCTTTCATTACGAATAAACGTTGTTGAAAC-GAGTTAAATCAGAA---AA-------TAA-ATTTGT----TTGATAACTGT---ATAGAA------AAT---------CTGTTTT------------ATTTTCCCTATCTCATATGTA-G-TTTACAAATTTGTTCTCATT-CTAAT-AAAAA---------AT----GTTT------------GTAC--------TT-T----T----TT---G--------T----ATA--TCCCAGGCAGAAAGGGTAGTTAGGGCTATTAATAGATATGACCGAATTTCAAATTA-C--TTT-ACAAGT---TAC---------ACAAGAAAATGAATT----CGCTATATGGGTCTAACGAC-C--TCA-TGGG-TGATTGAATAC---AATTA--TTCA--CGTGT--TCTAAATCACGGAA-TAC-----C-CCT-G-agaacacgtgaataattgtattcaatcacccatgaggtcgttagacccatatagcgaattcattttcttgtgtaacttgtaaagtaatttgaaattcggtcatatctattaatagccctaactaccctttctgcctgggatatacaaaaaagtacaaacattttttattagaatgagaacaaatttgtaaactacatatgagatagggaaaataaaacagattttctatacagttatcaaacaaatttattttctgatttaactcgtttcaacaacgtttattcgtaatgaaagatcaacattatttacacccgaccctgtagccaatcaaatgccgagatttaggatacatag
gi|4                          :                                                                                                            agttatatgggtctaatCTATGTATCCTAAATCTCGGCATTTGATTGGCTA-CAGGGT-CGGGTGTAAAatcaaatgccgagatttaggatacatag
gi|5                          : agttatatgggtctaatcaggggtattccgtgatttagaacacgtgaataattgtattcaatcacccatgaggtcgttagacccatatagcgaattcattttcttgtgtaacttgtaaagtaatttgaaattcggtcatatctattaatagccctaactaccctttctgcctgggatatacaaaaaagtacaaacattttttattagaatgagaacaaatttgtaaactacatatgagatagggaaaataaaacagattttctatacagttatcaaacaaatttattttctgatttaactcgtttcaacaacgtttattcgtaatgaaagatcaacattaC----TTG-TAACTGTTC-AT-TAA------ATT---------ATGTT--------------AGTT--------------GTA-A-TTGGTACATT------CATT-TTATA-AAAAAAAATG-TTGATT---GTTCA---------ATGTAC--------AT-TTATAA----TTTTTA--------T----ATT--CCACTGGCAGAA-GGGTGGTTAGGGTTAT-A-----TATGAC--AATTACAA--TATC--TGT-AAAAGT---TACCTAGGAAATAC----------ATT----CGTTATATGGGTCT----A--A--TCA-GGGGGTG------TATG-GGATTT--TACA--CTGGTA-TGTAAATT----AA--GC-------CCT-G-CAGTCTC-AGG--GTGTA--A--TGATTTAC---------------GGACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGATCCATAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ----TTG-TAACTGTTT-GA-TAA------ATT---------CCGTT--------------ATTT--------------GTA-A--TTGTACATT------CATTCTTATT-AAATA---TATTGGATT---GTTTA---------ACGTACGTTTTGTAAT-T----T----TT---A--------T----TTT--CCCTTAGCAGAA--GATGGTTAGGGTTAA-AATACATATG-T--AATTACAA--TATCTTTTT-AAAAG----TACATCAGGAA-A-----------ATTAATGCGTTATATGTGTCT----AT-AATTCATGGAG-TG------TACG-GGATTT--TATA---CGATCGTGTAAATT----AATTACCTTCGA-CTT-G-CGGTCTC-AG-----CTA--T--TGATCTAC---------------AGACC-GGCATAAAATCTCGTACA-CC---TGGATT--AG-CCTATATTaactaatagcatgtattt
gi|7                          :                                                                                                                         TTTCCTATGTAACCAAAATTTCGGCATTTGATTGGTTA-CAGAGA-GGGGTGTAAAATAT----------------------GTCTTTCACGAGATGAT-----T-TATTTACACCC-AGCTA-----TAC--CCGGATGTAAA-TGATGTTGATATTTCATTAAGCATA-------AGCAGACTGAAATCAATCAGACTTTGATATTGCTTATTATTAACAACGTCA-TGA--GTTCAAT-TAATCTAATATTAACTTGTAACTGTTCATCGAATTCTGTTAGTT--------------GTATACTTTGTACATT------CATT-TTATT-AAAAattaaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                    cAAAAA---------------ACGTCGTTTACGTCATGAT-----T-TATTTACACCT-GGCTACCGTATAC--CCGGGTGTAAG-TAATGTTGATATTTCAGTACGCAT--------TTCAGACTGAAATCAATCAAAATTCAA-------CATTATTAAT----TTG-TAACTGTTC-AT-TAA------ATT---------C---------------------T--------------GTA-A-TTTGTACATT------CA-T-TTATT-AAAAA---TG-TTGATT---GTTTG---------ACGTAC--------AT-T----
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AC--AATTACAA--TATC--TTT-AAAAGT---TCC---------ATAGGAAATAA-ATT----CGTTATATGGGTCT----A--A--GCA-GGGG-TG------TACG-GGATTT--TGCA--CTGGTC-TATAAATC-------TAC-----A-----G------------------A--T--CGATGTAA---------------A-----GGT--------CCGTACACCC---CTGGTT--AGACCAATATt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGTAGATAGTCATCTAGTTAGTCATCTAGGTCCAATCAAGGGTGCAGAGGAATTTATCCTAGGTTGTGTTTCATAAATCTTGAGGCTGCAGGCC
Unaligned ( gi|20 ): ATGTAGAAACGTTATACTTTAGTTATCTAGGTCGGATAAAGGGTGAAAGGGAATTTATAC






Alignments
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Reference ( family-2553 )     :                                                                                                                       TTATTTCCTATGTAACCAAAATCTCGGCATTTGATTGGCTACAGGGC-GGGGTGTAAAATATAAAAA---------------ACGCCTTTCACGTGATGAT-----T-TATTTACACCT-GGCTA-----TAC--CCGGGTGTAAA-TAATGTTGATATTTCATTACGCATA-------TTCAGACTGAAATCAATCAGAATTCAA-------CATTATTAAC----TTG-TAACTGTTC-AT-TAA------ATT---------CTGTT--------------AGTT--------------GTA-A-TTTGTACATT------CATT-TTATT-AAAAA---TGTT-GATT---GTTTA---ACGT--AC--------A-T-TN-------TTA--------TATT--------CCCCCGGCAGAA-GGGTGGTTAGGGTTAT-AAT--A--TATGAC--AATTACAA--TATC--TTT-AAAAGT---TAC---------A-----------ATT----CGTTATATGGGTCTA--A-----TCA-GGGG-TG------TACG-GGATTT--TACA--CCGGTC-TGTAAATC----AA-TAC-----A-CCT-GCGGCCTC-AGG--GTGTA--T--TGATTTAC---------------AGACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGACCCATATT
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgtaacctaaatctc-GCGGCCTCTAG----TGCA--T--TGATTTACGATATGTACAGCGCTAGCCC-AGTATAAAATCCCGTACACCCCTGCTGATTCAAGACCCATATccgtacacatttgtgttagcaatt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TACATT------CATT-T-ATT-AAAAT---TGTT-GATT---GTTTA---ATGT--AC--------A-T-TT-------TTATTGTTTTTTATT--------CCTCCGGCAGAA--GGTGGTTAGGGTAAT-Acagtggcga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aTACAA--TATC--TTT-AAAAGT---TAC---------A---------------------TATATGGGTTTA--A-----TTA-AGGG-TG------TATG-GGGTTT--TACA--ACGGTC-TGTAAATC----AA-CAC-----G-CC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  T--TACAGTCCGGT---GTAAA-----------------A-CCC--CGGCCTC-GGG--GTGTA--T--TGATTTAC---------------AGTCC-GGTGTAAAATTCCATACActgat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTTATGTGGGTCTA--A-----TCA-AGGT-TG------TACA-GGATTT--CATA--CCGGTC-TGTAAATC----AA-TAC-------CCT-G
gi|2                          :                                                                                                                       TTATTTCATTTGTAACCAAAATCTCGGCATTAGATTGGCTGTAAAAA-AAAATAAAAAAAATAAAAAAAACAACAACAAAAAACGCCTTTCACGTGATGAT-----C-TATTTACACCT-GACTA-----TAC--CCGTGTGTGAA-TAATGTTAATATTTCAGTACGCAT--------TTCAGAGTAAAATCAATCAGAATTCAA-------AATTATTAAC----TTT-TAACTGTTT-AT-TAA------ATT---------CTATT--------------AGTT--------------GTA-A-TATGTACATT------CATT-TTATTTAAAAA---TGTA-AATT---GTTTA---ACGT--GC--------A-CATA-------TCA--------TATT--------CCCCCGGCAGAA-GGGTGGTTAGGGTTAT-AATC-A--TATGAC--AATTACAA--TATC--TTT-CAAAGT---T-C---------A-----------ATT----CGTTATATGGGTCTATAA-----TCA-GGGG-TG------TACG-GAATTT--TACA--CCGGTG-CGGAAATC----AA-TAC-----A-CCT-GCGGCCTC-AGG--GTGTA--T--TTATGTAC---------------GGACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGATCCATATT
gi|3                          :                                                                                                                          TTTCCTATGCAACCAAAATGTAAGCATTTGATTGGCTACAGGGC-TGGGTGTAAAA-------A---------------ACGCATTTCACGAGATGAT-----T-TATTT-CAGCTCGGTTA-----TAC--CCGGGTGTAAA-TAATGTTGATATTTCATTTCGCATA-------AGCAGACTTAA--------------------------TACTAAT----TTG-TAATTGTGC-GT-TAA------ATT---------CTGTTTAAT----------ACTT--------------GTA-A-TTTTTCCATT------CATT-TTA----ACAA---TATA-TATT----TGTA---ATGT-------------------------TTA--------TATA--------CCCCTGGCATAA-GGA-GGTTAGGGT-------------ATGAC--AATTACAA--TATC--TTT-AAAAGT---TAC---------A------------TA----GGAAATA---ATCTA--A-----TCA-GCCG-TG------TACG-GATTTT--TAAA--CCAATC-TGTAAATC----AA-TAC-----AGCCT-GAGGCCTC-AGG--GTTTAATTAATGATTTAC---------------AAACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGACCCAg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTTATATGGGTCTA--A-----TCA-GGGG-TAT-----TCCG-TGATTT--g
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                            aT-GGCTA-----CAGGGTCGGGTGTAAA-TAATGTTGATCTTTCATTACGAATAAACGTTGTTGAAAC-GAGTTAAATCAGAA---AA-------TAA-ATTTGT----TTGATAACTGT---ATAGAA------AAT---------CTGTTTT------------ATTTTCCCTATCTCATATGTA-G-TTTACAAATTTGTTCTCATT-CTAAT-AAAAA---------AT----GTTT------GT--AC--------T-T-TT-------TTG--------TATA--------TCCCAGGCAGAAAGGGTAGTTAGGGCTATTAAT--AGATATGACCGAATTTCAAATTA-C--TTT-ACAAGT---TAC---------ACAAGAAAATGAATT----CGCTATATGGGTCTA--ACGACCTCA-TGGG-TGATTGAATAC---AATTA--TTCA--CGTGT--TCTAAATCACGGAA-TAC-----C-CCT-Gagaacacgtgaataattgtattcaatcacccatgaggtcgttagacccatatagcgaattcattttcttgtgtaacttgtaaagtaatttgaaattcggtcatatctattaatagccctaactaccctttctgcctgggatatacaaaaaagtacaaacattttttattagaatgagaacaaatttgtaaactacatatgagatagggaaaataaaacagattttctatacagttatcaaacaaatttattttctgatttaactcgtttcaacaacgtttattcgtaatgaaagatcaacattatttacacccgaccctgtagccaatcaaatgccgagatttaggatacatag
gi|4                          :                                                                                                             agttatatgggtctaatCTATGTATCCTAAATCTCGGCATTTGATTGGCTACAGGGT-CGGGTGTAAAatcaaatgccgagatttaggatacatag
gi|5                          : agttatatgggtctaatcaggggtattccgtgatttagaacacgtgaataattgtattcaatcacccatgaggtcgttagacccatatagcgaattcattttcttgtgtaacttgtaaagtaatttgaaattcggtcatatctattaatagccctaactaccctttctgcctgggatatacaaaaaagtacaaacattttttattagaatgagaacaaatttgtaaactacatatgagatagggaaaataaaacagattttctatacagttatcaaacaaatttattttctgatttaactcgtttcaacaacgtttattcgtaatgaaagatcaacattaC----TTG-TAACTGTTC-AT-TAA------ATT---------ATGTT--------------AGTT--------------GTA-A-TTGGTACATT------CATT-TTATA-AAAAAAAATGTT-GATT---GTTCA---ATGT--AC--------A-T-TTATAATTTTTA--------TATT--------CCACTGGCAGAA-GGGTGGTTAGGGTTAT-A-------TATGAC--AATTACAA--TATC--TGT-AAAAGT---TACCTAGGAAATAC----------ATT----CGTTATATGGGTCTA--A-----TCA-GGGGGTG------TATG-GGATTT--TACA--CTGGTA-TGTAAATT----AA--GC-------CCT-GCAGTCTC-AGG--GTGTA--A--TGATTTAC---------------GGACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGATCCATAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ----TTG-TAACTGTTT-GA-TAA------ATT---------CCGTT--------------ATTT--------------GTA-A--TTGTACATT------CATTCTTATT-AAATA---TATTGGATT---GTTTA---ACGT--ACGTTTTGTAA-T-TT-------TTA--------TTTT--------CCCTTAGCAGAA--GATGGTTAGGGTTAA-AATACA--TATG-T--AATTACAA--TATCTTTTT-AAAAG----TACATCAGGAA-A-----------ATTAATGCGTTATATGTGTCTAT-AAT---TCATGGAG-TG------TACG-GGATTT--TATA---CGATCGTGTAAATT----AATTACCTTCGA-CTT-GCGGTCTC-AG-----CTA--T--TGATCTAC---------------AGACC-GGCATAAAATCTCGTACA-CC---TGGATT--AG-CCTATATTaactaatagcatgtattt
gi|7                          :                                                                                                                          TTTCCTATGTAACCAAAATTTCGGCATTTGATTGGTTACAGAGA-GGGGTGTAAAATAT----------------------GTCTTTCACGAGATGAT-----T-TATTTACACCC-AGCTA-----TAC--CCGGATGTAAA-TGATGTTGATATTTCATTAAGCATA-------AGCAGACTGAAATCAATCAGACTTTGATATTGCTTATTATTAACAACGTCA-TGA--GTTCAAT-TAATCTAATATTAACTTGTAACTGTTCATCGAATTCTGTTAGTT--------------GTATACTTTGTACATT------CATT-TTATT-AAAAattaaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                    cAAAAA---------------ACGTCGTTTACGTCATGAT-----T-TATTTACACCT-GGCTACCGTATAC--CCGGGTGTAAG-TAATGTTGATATTTCAGTACGCAT--------TTCAGACTGAAATCAATCAAAATTCAA-------CATTATTAAT----TTG-TAACTGTTC-AT-TAA------ATT---------C---------------------T--------------GTA-A-TTTGTACATT------CA-T-TTATT-AAAAA---TGTT-GATT---GTTTG---ACGT--AC--------A-T-T
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AC--AATTACAA--TATC--TTT-AAAAGT---TCC---------ATAGGAAATAA-ATT----CGTTATATGGGTCTA--A-----GCA-GGGG-TG------TACG-GGATTT--TGCA--CTGGTC-TATAAATC-------TAC-----A-----G-----------------A--T--CGATGTAA---------------A-----GGT--------CCGTACACCC---CTGGTT--AGACCAATATt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGTAGATAGTCATCTAGTTAGTCATCTAGGTCCAATCAAGGGTGCAGAGGAATTTATCCTAGGTTGTGTTTCATAAATCTTGAGGCTGCAGGCC
Unaligned ( gi|20 ): ATGTAGAAACGTTATACTTTAGTTATCTAGGTCGGATAAAGGGTGAAAGGGAATTTATAC






Alignments
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Reference ( family-2553 )     :                                                                                                                       TTATTTCCTATGTAACCAAAATCTCGGCATTTGATTGGCTACAGGGC-GGGGTGTAAAATATAAAAA---------------ACGCCTTTCACGTGATGAT-----T-TATTTACACCT-GGCTA-----TAC--CCGGGTGTAAA-TAATGTTGATATTTCATTACGCATA-------TTCAGACTGAAATCAATCAGAATTCAA-------CATTATTAAC----TTG-TAACTGTTC-AT-TAA------ATT---------CTGTT--------------AGTT--------------GTA-A-TTTGTACATT------CATT-TTATT-AAAAA---TGTT-GATT---GTTTA---ACGT--AC--------ATTT-------TTA--------TATT--------CCCCCGGCAGAA-GGGTGGTTAGGGTTAT-AAT--A--TATGAC--AATTACAA--TATC--TTT-AAAAGT---TAC---------A-----------ATT----CGTTATATGGGTCTA--A-----TCA-GGGG-TG------TACG-GGATTT--TACA--CCGGTC-TGTAAATC----AA-TAC-----A-CCT-GCGGCCTC-AGG--GTGTA--T--TGATTTAC---------------AGACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGACCCATATT
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tgtaacctaaatctc-GCGGCCTCTAG----TGCA--T--TGATTTACGATATGTACAGCGCTAGCCC-AGTATAAAATCCCGTACACCCCTGCTGATTCAAGACCCATATccgtacacatttgtgttagcaatt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TACATT------CATT-T-ATT-AAAAT---TGTT-GATT---GTTTA---ATGT--AC--------ATTT-------TTATTGTTTTTTATT--------CCTCCGGCAGAA--GGTGGTTAGGGTAAT-Acagtggcga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aTACAA--TATC--TTT-AAAAGT---TAC---------A---------------------TATATGGGTTTA--A-----TTA-AGGG-TG------TATG-GGGTTT--TACA--ACGGTC-TGTAAATC----AA-CAC-----G-CC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                T--TACAGTCCGGT---GTAAA-----------------A-CCC--CGGCCTC-GGG--GTGTA--T--TGATTTAC---------------AGTCC-GGTGTAAAATTCCATACActgat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTTATGTGGGTCTA--A-----TCA-AGGT-TG------TACA-GGATTT--CATA--CCGGTC-TGTAAATC----AA-TAC-------CCT-G
gi|2                          :                                                                                                                       TTATTTCATTTGTAACCAAAATCTCGGCATTAGATTGGCTGTAAAAA-AAAATAAAAAAAATAAAAAAAACAACAACAAAAAACGCCTTTCACGTGATGAT-----C-TATTTACACCT-GACTA-----TAC--CCGTGTGTGAA-TAATGTTAATATTTCAGTACGCAT--------TTCAGAGTAAAATCAATCAGAATTCAA-------AATTATTAAC----TTT-TAACTGTTT-AT-TAA------ATT---------CTATT--------------AGTT--------------GTA-A-TATGTACATT------CATT-TTATTTAAAAA---TGTA-AATT---GTTTA---ACGT--GC--------ACATA------TCA--------TATT--------CCCCCGGCAGAA-GGGTGGTTAGGGTTAT-AATC-A--TATGAC--AATTACAA--TATC--TTT-CAAAGT---T-C---------A-----------ATT----CGTTATATGGGTCTATAA-----TCA-GGGG-TG------TACG-GAATTT--TACA--CCGGTG-CGGAAATC----AA-TAC-----A-CCT-GCGGCCTC-AGG--GTGTA--T--TTATGTAC---------------GGACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGATCCATATT
gi|3                          :                                                                                                                          TTTCCTATGCAACCAAAATGTAAGCATTTGATTGGCTACAGGGC-TGGGTGTAAAA-------A---------------ACGCATTTCACGAGATGAT-----T-TATTT-CAGCTCGGTTA-----TAC--CCGGGTGTAAA-TAATGTTGATATTTCATTTCGCATA-------AGCAGACTTAA--------------------------TACTAAT----TTG-TAATTGTGC-GT-TAA------ATT---------CTGTTTAAT----------ACTT--------------GTA-A-TTTTTCCATT------CATT-TTA----ACAA---TAT---AT----ATTT------GT--A---------ATGT-------TTA--------TATA--------CCCCTGGCATAA-GGA-GGTTAGGGT-------------ATGAC--AATTACAA--TATC--TTT-AAAAGT---TAC---------A------------TA----GGAAATA---ATCTA--A-----TCA-GCCG-TG------TACG-GATTTT--TAAA--CCAATC-TGTAAATC----AA-TAC-----AGCCT-GAGGCCTC-AGG--GTTTAATTAATGATTTAC---------------AAACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGACCCAg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTTATATGGGTCTA--A-----TCA-GGGG-TAT-----TCCG-TGATTT--g
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                            aT-GGCTA-----CAGGGTCGGGTGTAAA-TAATGTTGATCTTTCATTACGAATAAACGTTGTTGAAAC-GAGTTAAATCAGAA---AA-------TAA-ATTTGT----TTGATAACTGT---ATAGAA------AAT---------CTGTTTT------------ATTTTCCCTATCTCATATGTA-G-TTTACAAATTTGTTCTCATT-CTAAT-AAAAA---------AT----GTTT------GT--AC--------TTTT-------TTG--------TATA--------TCCCAGGCAGAAAGGGTAGTTAGGGCTATTAAT--AGATATGACCGAATTTCAAATTA-C--TTT-ACAAGT---TAC---------ACAAGAAAATGAATT----CGCTATATGGGTCTA--ACGACCTCA-TGGG-TGATTGAATAC---AATTA--TTCA--CGTGT--TCTAAATCACGGAA-TAC-----C-CCT-Gagaacacgtgaataattgtattcaatcacccatgaggtcgttagacccatatagcgaattcattttcttgtgtaacttgtaaagtaatttgaaattcggtcatatctattaatagccctaactaccctttctgcctgggatatacaaaaaagtacaaacattttttattagaatgagaacaaatttgtaaactacatatgagatagggaaaataaaacagattttctatacagttatcaaacaaatttattttctgatttaactcgtttcaacaacgtttattcgtaatgaaagatcaacattatttacacccgaccctgtagccaatcaaatgccgagatttaggatacatag
gi|4                          :                                                                                                             agttatatgggtctaatCTATGTATCCTAAATCTCGGCATTTGATTGGCTACAGGGT-CGGGTGTAAAatcaaatgccgagatttaggatacatag
gi|5                          : agttatatgggtctaatcaggggtattccgtgatttagaacacgtgaataattgtattcaatcacccatgaggtcgttagacccatatagcgaattcattttcttgtgtaacttgtaaagtaatttgaaattcggtcatatctattaatagccctaactaccctttctgcctgggatatacaaaaaagtacaaacattttttattagaatgagaacaaatttgtaaactacatatgagatagggaaaataaaacagattttctatacagttatcaaacaaatttattttctgatttaactcgtttcaacaacgtttattcgtaatgaaagatcaacattaC----TTG-TAACTGTTC-AT-TAA------ATT---------ATGTT--------------AGTT--------------GTA-A-TTGGTACATT------CATT-TTATA-AAAAAAAATGTT-GATT---GTTCA---ATGT--AC--------ATTTATAATTTTTA--------TATT--------CCACTGGCAGAA-GGGTGGTTAGGGTTAT-A-------TATGAC--AATTACAA--TATC--TGT-AAAAGT---TACCTAGGAAATAC----------ATT----CGTTATATGGGTCTA--A-----TCA-GGGGGTG------TATG-GGATTT--TACA--CTGGTA-TGTAAATT----AA--GC-------CCT-GCAGTCTC-AGG--GTGTA--A--TGATTTAC---------------GGACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGATCCATAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ----TTG-TAACTGTTT-GA-TAA------ATT---------CCGTT--------------ATTT--------------GTA-A--TTGTACATT------CATTCTTATT-AAATA---TATTGGATT---GTTTA---ACGT--ACGTTTTGTAATTT-------TTA--------TTTT--------CCCTTAGCAGAA--GATGGTTAGGGTTAA-AATACA--TATG-T--AATTACAA--TATCTTTTT-AAAAG----TACATCAGGAA-A-----------ATTAATGCGTTATATGTGTCTAT-AAT---TCATGGAG-TG------TACG-GGATTT--TATA---CGATCGTGTAAATT----AATTACCTTCGA-CTT-GCGGTCTC-AG-----CTA--T--TGATCTAC---------------AGACC-GGCATAAAATCTCGTACA-CC---TGGATT--AG-CCTATATTaactaatagcatgtattt
gi|7                          :                                                                                                                          TTTCCTATGTAACCAAAATTTCGGCATTTGATTGGTTACAGAGA-GGGGTGTAAAATAT----------------------GTCTTTCACGAGATGAT-----T-TATTTACACCC-AGCTA-----TAC--CCGGATGTAAA-TGATGTTGATATTTCATTAAGCATA-------AGCAGACTGAAATCAATCAGACTTTGATATTGCTTATTATTAACAACGTCA-TGA--GTTCAAT-TAATCTAATATTAACTTGTAACTGTTCATCGAATTCTGTTAGTT--------------GTATACTTTGTACATT------CATT-TTATT-AAAAattaaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                    cAAAAA---------------ACGTCGTTTACGTCATGAT-----T-TATTTACACCT-GGCTACCGTATAC--CCGGGTGTAAG-TAATGTTGATATTTCAGTACGCAT--------TTCAGACTGAAATCAATCAAAATTCAA-------CATTATTAAT----TTG-TAACTGTTC-AT-TAA------ATT---------C---------------------T--------------GTA-A-TTTGTACATT------CA-T-TTATT-AAAAA---TGTT-GATT---GTTTG---ACGT--AC--------ATTT-------
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AC--AATTACAA--TATC--TTT-AAAAGT---TCC---------ATAGGAAATAA-ATT----CGTTATATGGGTCTA--A-----GCA-GGGG-TG------TACG-GGATTT--TGCA--CTGGTC-TATAAATC-------TAC-----A-----G-----------------A--T--CGATGTAA---------------A-----GGT--------CCGTACACCC---CTGGTT--AGACCAATAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGTAGATAGTCATCTAGTTAGTCATCTAGGTCCAATCAAGGGTGCAGAGGAATTTATCCTAGGTTGTGTTTCATAAATCTTGAGGCTGCAGGCC
Unaligned ( gi|20 ): ATGTAGAAACGTTATACTTTAGTTATCTAGGTCGGATAAAGGGTGAAAGGGAATTTATAC






Alignments
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Reference ( family-2553 )     :                                                                                                                       TTATTTCCTATGTAACCAAAATCTCGGCATTTGATTGGCTACAGGGC-GGGGTGTAAAATATAAAAA---------------ACGCCTTTCACGTGATGAT-----T-TATTTACACCT-GGCTA-----TAC--CCGGGTGTAAA-TAATGTTGATATTTCATTACGCATA-------TTCAGACTGAAATCAATCAGAATTCAA-------CATTATTAAC----TTG-TAACTGTTC-AT-TAA------ATT---------CTGTT--------------AGTT--------------GTA-A-TTTGTACATT------CATT-TTATT-AAAAA---TGTT-GATT---GTTTA---ACGT--AC--------ATTT-------TTA--------TATT--------CCCCCGGCAGAA-GGGTGGTTAGGGTTAT-AAT--A--TATGAC--AATTACAA--TATC--TTT-AAAAGT---TAC---------A-----------ATT----CGTTATATGGGTCTA--A-----TCA-GGGG-TG------TACG-GGATTT--TACA--CCGGTC-TGTAAATC----AA-TAC-----A-CCT-GCGGCCTC-AGG--GTGTA--T--TGATTTAC---------------AGACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGACCCATATT
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tgtaacctaaatctc-GCGGCCTCTAG----TGCA--T--TGATTTACGATATGTACAGCGCTAGCCC-AGTATAAAATCCCGTACACCCCTGCTGATTCAAGACCCATATccgtacacatttgtgttagcaatt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TACATT------CATT-T-ATT-AAAAT---TGTT-GATT---GTTTA---ATGT--AC--------ATTT-------TTATTGTTTTTTATT--------CCTCCGGCAGAA--GGTGGTTAGGGTAAT-Acagtggcga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aTACAA--TATC--TTT-AAAAGT---TAC---------A---------------------TATATGGGTTTA--A-----TTA-AGGG-TG------TATG-GGGTTT--TACA--ACGGTC-TGTAAATC----AA-CAC-----G-CC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                T--TACAGTCCGGT---GTAAA-----------------A-CCC--CGGCCTC-GGG--GTGTA--T--TGATTTAC---------------AGTCC-GGTGTAAAATTCCATACActgat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTTATGTGGGTCTA--A-----TCA-AGGT-TG------TACA-GGATTT--CATA--CCGGTC-TGTAAATC----AA-TAC-------CCT-G
gi|2                          :                                                                                                                       TTATTTCATTTGTAACCAAAATCTCGGCATTAGATTGGCTGTAAAAA-AAAATAAAAAAAATAAAAAAAACAACAACAAAAAACGCCTTTCACGTGATGAT-----C-TATTTACACCT-GACTA-----TAC--CCGTGTGTGAA-TAATGTTAATATTTCAGTACGCAT--------TTCAGAGTAAAATCAATCAGAATTCAA-------AATTATTAAC----TTT-TAACTGTTT-AT-TAA------ATT---------CTATT--------------AGTT--------------GTA-A-TATGTACATT------CATT-TTATTTAAAAA---TGTA-AATT---GTTTA---ACGT--GC--------ACATA------TCA--------TATT--------CCCCCGGCAGAA-GGGTGGTTAGGGTTAT-AATC-A--TATGAC--AATTACAA--TATC--TTT-CAAAGT---T-C---------A-----------ATT----CGTTATATGGGTCTATAA-----TCA-GGGG-TG------TACG-GAATTT--TACA--CCGGTG-CGGAAATC----AA-TAC-----A-CCT-GCGGCCTC-AGG--GTGTA--T--TTATGTAC---------------GGACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGATCCATATT
gi|3                          :                                                                                                                          TTTCCTATGCAACCAAAATGTAAGCATTTGATTGGCTACAGGGC-TGGGTGTAAAA-------A---------------ACGCATTTCACGAGATGAT-----T-TATTT-CAGCTCGGTTA-----TAC--CCGGGTGTAAA-TAATGTTGATATTTCATTTCGCATA-------AGCAGACTTAA--------------------------TACTAAT----TTG-TAATTGTGC-GT-TAA------ATT---------CTGTTTAAT----------ACTT--------------GTA-A-TTTTTCCATT------CATT-TTA----ACAA---TAT---AT----ATTT------GT--A---------ATGT-------TTA--------TATA--------CCCCTGGCATAA-GGA-GGTTAGGGT-------------ATGAC--AATTACAA--TATC--TTT-AAAAGT---TAC---------A------------TA----GGAAATA---ATCTA--A-----TCA-GCCG-TG------TACG-GATTTT--TAAA--CCAATC-TGTAAATC----AA-TAC-----AGCCT-GAGGCCTC-AGG--GTTTAATTAATGATTTAC---------------AAACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGACCCAg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTTATATGGGTCTA--A-----TCA-GGGG-TAT-----TCCG-TGATTT--g
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                            aT-GGCTA-----CAGGGTCGGGTGTAAA-TAATGTTGATCTTTCATTACGAATAAACGTTGTTGAAAC-GAGTTAAATCAGAA---AA-------TAA-ATTTGT----TTGATAACTGT---ATAGAA------AAT---------CTGTTTT------------ATTTTCCCTATCTCATATGTA-G-TTTACAAATTTGTTCTCATT-CTAAT-AAAAA---------AT----GTTT------GT--AC--------TTTT-------TTG--------TATA--------TCCCAGGCAGAAAGGGTAGTTAGGGCTATTAAT--AGATATGACCGAATTTCAAATTA-C--TTT-ACAAGT---TAC---------ACAAGAAAATGAATT----CGCTATATGGGTCTA--ACGACCTCA-TGGG-TGATTGAATAC---AATTA--TTCA--CGTGT--TCTAAATCACGGAA-TAC-----C-CCT-Gagaacacgtgaataattgtattcaatcacccatgaggtcgttagacccatatagcgaattcattttcttgtgtaacttgtaaagtaatttgaaattcggtcatatctattaatagccctaactaccctttctgcctgggatatacaaaaaagtacaaacattttttattagaatgagaacaaatttgtaaactacatatgagatagggaaaataaaacagattttctatacagttatcaaacaaatttattttctgatttaactcgtttcaacaacgtttattcgtaatgaaagatcaacattatttacacccgaccctgtagccaatcaaatgccgagatttaggatacatag
gi|4                          :                                                                                                             agttatatgggtctaatCTATGTATCCTAAATCTCGGCATTTGATTGGCTACAGGGT-CGGGTGTAAAatcaaatgccgagatttaggatacatag
gi|5                          : agttatatgggtctaatcaggggtattccgtgatttagaacacgtgaataattgtattcaatcacccatgaggtcgttagacccatatagcgaattcattttcttgtgtaacttgtaaagtaatttgaaattcggtcatatctattaatagccctaactaccctttctgcctgggatatacaaaaaagtacaaacattttttattagaatgagaacaaatttgtaaactacatatgagatagggaaaataaaacagattttctatacagttatcaaacaaatttattttctgatttaactcgtttcaacaacgtttattcgtaatgaaagatcaacattaC----TTG-TAACTGTTC-AT-TAA------ATT---------ATGTT--------------AGTT--------------GTA-A-TTGGTACATT------CATT-TTATA-AAAAAAAATGTT-GATT---GTTCA---ATGT--AC--------ATTTATAATTTTTA--------TATT--------CCACTGGCAGAA-GGGTGGTTAGGGTTAT-A-------TATGAC--AATTACAA--TATC--TGT-AAAAGT---TACCTAGGAAATAC----------ATT----CGTTATATGGGTCTA--A-----TCA-GGGGGTG------TATG-GGATTT--TACA--CTGGTA-TGTAAATT----AA--GC-------CCT-GCAGTCTC-AGG--GTGTA--A--TGATTTAC---------------GGACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGATCCATAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ----TTG-TAACTGTTT-GA-TAA------ATT---------CCGTT--------------ATTT--------------GTA-A--TTGTACATT------CATTCTTATT-AAATA---TATTGGATT---GTTTA---ACGT--ACGTTTTGTAATTT-------TTA--------TTTT--------CCCTTAGCAGAA--GATGGTTAGGGTTAA-AATACA--TATG-T--AATTACAA--TATCTTTTT-AAAAG----TACATCAGGAA-A-----------ATTAATGCGTTATATGTGTCTAT-AAT---TCATGGAG-TG------TACG-GGATTT--TATA---CGATCGTGTAAATT----AATTACCTTCGA-CTT-GCGGTCTC-AG-----CTA--T--TGATCTAC---------------AGACC-GGCATAAAATCTCGTACA-CC---TGGATT--AG-CCTATATTaactaatagcatgtattt
gi|7                          :                                                                                                                          TTTCCTATGTAACCAAAATTTCGGCATTTGATTGGTTACAGAGA-GGGGTGTAAAATAT----------------------GTCTTTCACGAGATGAT-----T-TATTTACACCC-AGCTA-----TAC--CCGGATGTAAA-TGATGTTGATATTTCATTAAGCATA-------AGCAGACTGAAATCAATCAGACTTTGATATTGCTTATTATTAACAACGTCA-TGA--GTTCAAT-TAATCTAATATTAACTTGTAACTGTTCATCGAATTCTGTTAGTT--------------GTATACTTTGTACATT------CATT-TTATT-AAAAattaaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                    cAAAAA---------------ACGTCGTTTACGTCATGAT-----T-TATTTACACCT-GGCTACCGTATAC--CCGGGTGTAAG-TAATGTTGATATTTCAGTACGCAT--------TTCAGACTGAAATCAATCAAAATTCAA-------CATTATTAAT----TTG-TAACTGTTC-AT-TAA------ATT---------C---------------------T--------------GTA-A-TTTGTACATT------CA-T-TTATT-AAAAA---TGTT-GATT---GTTTG---ACGT--AC--------ATTT-------
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AC--AATTACAA--TATC--TTT-AAAAGT---TCC---------ATAGGAAATAA-ATT----CGTTATATGGGTCTA--A-----GCA-GGGG-TG------TACG-GGATTT--TGCA--CTGGTC-TATAAATC-------TAC-----A-----G-----------------A--T--CGATGTAA---------------A-----GGT--------CCGTACACCC---CTGGTT--AGACCAATAT


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                T    CG           AATAAAAAAAACAACAACAAAAA                   T                 C     CCGTA   GG           .                        AAACGTTG           A          TTTGATATTGCTT      A  AACG   A         A TA   TCTAAT   AACTTGTAA     TTATTTTCCCTATCTCATAT               T C   G      TGTTCT    C     T     AAA   TG   T       AAT     .   GTTTTGTA    TTATTGTTTTT           .                   AG            A  TAATAGA        CG        AT    TT   .     G      ACAAGAAAATGAA           AATG               TA CGACC   T    G  ATTGAA   GA      AC    GTC    CG        ACGG  T   CTTCGA    .        T  GCAG    ATTAA        GATATGTACAGCGCT     G                     CTG      CA
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                C    AA           TGTAAAAA                                  C                 .     .       .            .                        A                  T          TTCAAA             A  .      .         . T    .        .             CATCGAATTCTGTTAGTT                 . .   T      .         .     .     .     T    T       AAC     .   .           ATAATTTTTA            .                   G             T  AATACA         .         .     .    .     G      CTAGGAAATACA            .                  T  AT      .    .  T        T       .     G      T         .     .   AC        .        .  GG      C            .                   .                     .        . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                C    CT           TAT                                       T                 .     .       .            .                        A                  A          TTCAAC             T  .      .         . T    .        .             TAATACTT                           . .   A      .         .     .     .     A    T       AAT     .   .           ATCA                  .                   G             T  AATCA          .         .     .    .     T      ATAGGAAATAAA            .                  .  .       .    .  .        T       .     G      T         .     .   AG        .        .  GG      T            .                   .                     .        . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                C    TC           A                                         T                 .     .       .            .                        .                  A          AAT                A  .      .         . T    .        .             AGTT                               . .   G      .         .     .     .     T    T       AAC     .   .           TTA                   .                   G             T  A              .         .     .    .     T      ATCAGGAAAA              .                  .  .       .    .  .        G       .     A      C         .     .   A         .        .  GG      T            .                   .                     .        . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                .    AG                                                     T                 .     .       .            .                        .                  .          .                  A  .      .         . A    .        .             AGTT                               . .   G      .         .     .     .     T    T       GAC     .   .           TTG                   .                   .             T  .              .         .     .    .     T      AT                      .                  .  .       .    .  .        A       .     C      C         .     .   A         .        .  GG      T            .                   .                     .        . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                              .     .       .            .                                                                            .      .         . T    .        .             ATTT                               . .   G      .         .     .     .     .    .       .       .   .           TTA                   .                   .             .                 .         .     .    .     T      AT                      .                  .  .       .    .  .        G       .     C      G         .     .   G         .        .  .       A            .                   .                     .        . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .      .         . T    .        .             T                                  . .   G      .         .     .     .     .    .       .       .   .                                                                                               .     .    .     T      AA                      .                  .  .       .    .  .        G       .     C      C         .     .   A         .        .  .       T            .                   .                     .        . 
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-2553 )     :                                                                                                                       TTATTTCCTATGTAACCAAAATCTCGGCATTTGATTGGCTACAGGGC-GGGGTGTAAAATATAAAAA---------------ACGCCTTTCACGTGATGAT-----T-TATTTACACCT-GGCTA-----TAC--CCGGGTGTAAA-TAATGTTGATATTTCATTACGCATA-------TTCAGACTGAAATCAATCAGAATTCAA-------CATTATTAAC----TT-G-TAACTGTTC-AT-TAA------ATT---------CTGT----T--------------AGTT--------------GTA-A-TTTGTACATT------CATT-TTATT-AAAAA---TGTTG-ATT---GTTTA---ACGT--ACA--TTT----AT------T---A-----T-----------ATT--CCCCCGGCAGAA-GGGTGGTTAGGGTTAT-AAT-A--TATGAC--AATTACAA--TATCTTT--AAAAGTTACAT--A----GAAA---AT----T----CGTTATATGGGTCTA--A-----T-CA-GGGG-TG------TACG-GGATTT--TACA--CCGGTC-TGTAAATC----AAT-AC-----A-CCT-GCGGCCTC-AGG--GTGT-AT---TGATTTAC---------------AGACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGACCCATATT
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgtaacctaaatctc-GCGGCCTCTAG----TGC-AT---TGATTTACGATATGTACAGCGCTAGCCC-AGTATAAAATCCCGTACACCCCTGCTGATTCAAGACCCATATatataccccttccgtacacatttgtgttagcaatt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TACATT------CATT-T-ATT-AAAAT---TGTTG-ATT---GTTTA---ATGT--ACATTTTT----AT------T---GTTTTTT-----------ATT--CCTCCGGCAGAA--GGTGGTTAGGGTAAT-Acagtggcga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aTACAA--TATCTTT--AAAAGTTACA-----------------------------TATATGGGTTTA--A-----T-TA-AGGG-TG------TATG-GGGTTT--TACA--ACGGTC-TGTAAATC----AAC-AC-----G-CC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   T--TACAGTCCGGT---GTAAA-----------------A-CCC--CGGCCTC-GGG--GTGT-AT---TGATTTAC---------------AGTCC-GGTGTAAAATTCCATACActgat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTTATGTGGGTCTA--A-----T-CA-AGGT-TG------TACA-GGATTT--CATA--CCGGTC-TGTAAATC----AAT-AC-------CCT-G
gi|2                          :                                                                                                                       TTATTTCATTTGTAACCAAAATCTCGGCATTAGATTGGCTGTAAAAA-AAAATAAAAAAAATAAAAAAAACAACAACAAAAAACGCCTTTCACGTGATGAT-----C-TATTTACACCT-GACTA-----TAC--CCGTGTGTGAA-TAATGTTAATATTTCAGTACGCAT--------TTCAGAGTAAAATCAATCAGAATTCAA-------AATTATTAAC----TT-T-TAACTGTTT-AT-TAA------ATT---------CTAT----T--------------AGTT--------------GTA-A-TATGTACATT------CATT-TTATTTAAAAA---TGTAA-ATT---GTTTA---ACGT--GCA--CAT----AT------C---A-----T-----------ATT--CCCCCGGCAGAA-GGGTGGTTAGGGTTAT-AATCA--TATGAC--AATTACAA--TATCTTT--CAAAGTT-CA---------------AT----T----CGTTATATGGGTCTATAA-----T-CA-GGGG-TG------TACG-GAATTT--TACA--CCGGTG-CGGAAATC----AAT-AC-----A-CCT-GCGGCCTC-AGG--GTGT-AT---TTATGTAC---------------GGACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGATCCATATT
gi|3                          :                                                                                                                          TTTCCTATGCAACCAAAATGTAAGCATTTGATTGGCTACAGGGC-TGGGTGTAAAA-------A---------------ACGCATTTCACGAGATGAT-----T-TATTT-CAGCTCGGTTA-----TAC--CCGGGTGTAAA-TAATGTTGATATTTCATTTCGCATA-------AGCAGACTTAA--------------------------TACTAAT----TT-G-TAATTGTGC-GT-TAA------ATT---------CTGTTTAAT--------------ACTT--------------GTA-A-TTTTTCCATT------CATT----TT-AACAA---TATAT-ATT----TGTA---ATGT---------------T------T---A-----T-----------ATA--CCCCTGGCATAA-GGA-GGTTAGGG------------TATGAC--AATTACAA--TATCTTT--AAAAGTTACAT--A----GGAA---AT------------------AATCTA--A-----T-CA-GCCG-TG------TACG-GATTTT--TAAA--CCAATC-TGTAAATC----AAT-AC-----AGCCT-GAGGCCTC-AGG--GTTTAATTAATGATTTAC---------------AAACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGACCCAg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTTATATGGGTCTA--A-----T-CA-GGGG-TAT-----TCCG-TGATTT--g
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                            aT-GGCTA-----CAGGGTCGGGTGTAAA-TAATGTTGATCTTTCATTACGAATAAACGTTGTTGAAAC-GAGTTAAATCAGAA---AA-------TAA-ATTTGT----TT-GATAACTGT---ATAGAA------AAT---------CTGT----TTT------------ATTTTCCCTATCTCATATGTA-G-TTTACAAATTTGTTCTCATT-CTAAT-AAAAA---------AT----GTTT------GT--ACT--TTT-----T------T---G-----T-----------ATA--TCCCAGGCAGAAAGGGTAGTTAGGGCTATTAAT-AGATATGACCGAATTTCAAATTA-CTTT--ACAAGTTACAC--AA---GAAA---ATGAATT----CGCTATATGGGTCTA--ACGACCT-CA-TGGG-TGATTGAATAC---AATTA--TTCA--CGTGT--TCTAAATCACGGAAT-AC-----C-CCT-Gagaacacgtgaataattgtattcaatcacccatgaggtcgttagacccatatagcgaattcattttcttgtgtaacttgtaaagtaatttgaaattcggtcatatctattaatagccctaactaccctttctgcctgggatatacaaaaaagtacaaacattttttattagaatgagaacaaatttgtaaactacatatgagatagggaaaataaaacagattttctatacagttatcaaacaaatttattttctgatttaactcgtttcaacaacgtttattcgtaatgaaagatcaacattatttacacccgaccctgtagccaatcaaatgccgagatttaggatacatag
gi|4                          :                                                                                                             agttatatgggtctaatCTATGTATCCTAAATCTCGGCATTTGATTGGCTACAGGGT-CGGGTGTAAAatcaaatgccgagatttaggatacatag
gi|5                          : agttatatgggtctaatcaggggtattccgtgatttagaacacgtgaataattgtattcaatcacccatgaggtcgttagacccatatagcgaattcattttcttgtgtaacttgtaaagtaatttgaaattcggtcatatctattaatagccctaactaccctttctgcctgggatatacaaaaaagtacaaacattttttattagaatgagaacaaatttgtaaactacatatgagatagggaaaataaaacagattttctatacagttatcaaacaaatttattttctgatttaactcgtttcaacaacgtttattcgtaatgaaagatcaacattaC----TT-G-TAACTGTTC-AT-TAA------ATT---------ATGT----T--------------AGTT--------------GTA-A-TTGGTACATT------CATT-TTATA-AAAAAAAATGTTG-ATT---GTTCA---ATGT--ACA--TTT----ATAATTTTT---A-----T-----------ATT--CCACTGGCAGAA-GGGTGGTTAGGGTTAT-A------TATGAC--AATTACAA--TATCTGT--AAAAGTTACCT--A----GGAA---ATACATT----CGTTATATGGGTCTA--A-----T-CA-GGGGGTG------TATG-GGATTT--TACA--CTGGTA-TGTAAATT----AA--GC-------CCT-GCAGTCTC-AGG--GTGT-AA---TGATTTAC---------------GGACC-GGTGTAAAATCCCGTACACCC---CTGATT--AGATCCATAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ----TT-G-TAACTGTTT-GA-TAA------ATT---------CCGT----T--------------ATTT--------------GTA-A-TT-GTACATT------CATTCTTATT-AAATA---TATTGGATT---GTTTA---ACGT--ACG--TTTTGTAAT------TTTTA-----T-----------TTT--CCCTTAGCAGAA-GA-TGGTTAGGGTTAA-AAT-ACATATG-T--AATTACAA--TATCTTTTTAAAAGT-ACATCAG----GAAA---AT----TAATGCGTTATATGTGTCTATAA-----TTCATGGAG-TG------TACG-GGATTT--TATA--C-GATCGTGTAAATT----AATTACCTTCGA-CTT-GCGGTCTC-AGC-----T-AT---TGATCTAC---------------AGACC-GGCATAAAATCTCGTACA-CC---TGGATT--AG-CCTATATTaactaatagcatgtattt
gi|7                          :                                                                                                                          TTTCCTATGTAACCAAAATTTCGGCATTTGATTGGTTACAGAGA-GGGGTGTAAAATAT----------------------GTCTTTCACGAGATGAT-----T-TATTTACACCC-AGCTA-----TAC--CCGGATGTAAA-TGATGTTGATATTTCATTAAGCATA-------AGCAGACTGAAATCAATCAGACTTTGATATTGCTTATTATTAACAACGTC-A-TGA--GTTCAAT-TAATCTAATATTAACTTGTAACTGT----TCATCGAATTCTGTTAGTT--------------GTATACTTTGTACATT------CATT-TTATT-AAAAattaaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                    cAAAAA---------------ACGTCGTTTACGTCATGAT-----T-TATTTACACCT-GGCTACCGTATAC--CCGGGTGTAAG-TAATGTTGATATTTCAGTACGCAT--------TTCAGACTGAAATCAATCAAAATTCAA-------CATTATTAAT----TT-G-TAACTGTTC-AT-TAA------ATT---------C-------------------------T--------------GTA-A-TTTGTACATT------CA-T-TTATT-AAAAA---TGTTG-ATT---GTTTG---ACGT--ACA--TTT----
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AC--AATTACAA--TATCTTT--AAAAGTTCCAT--A----GGAA---ATAAATT----CGTTATATGGGTCTA--A-----G-CA-GGGG-TG------TACG-GGATTT--TGCA--CTGGTC-TATAAATC------T-AC-----A-----G------------------AT---CGATGTAA---------------A-----GGT--------CCGTACACCC---CTGGTT--AGACCAATAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGTAGATAGTCATCTAGTTAGTCATCTAGGTCCAATCAAGGGTGCAGAGGAATTTATCCTAGGTTGTGTTTCATAAATCTTGAGGCTGCAGGCC
Unaligned ( gi|20 ): ATGTAGAAACGTTATACTTTAGTTATCTAGGTCGGATAAAGGGTGAAAGGGAATTTATAC