lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 1 1 1111 1 4444444444 11111111111 111 11111 111111 11 11 1 22 11 11111 111 11 11 11111 11 5555555555555555 22222222222222222222222 33333333 11111111 111111 111 1111 333333 222 1 33333333333333333333333333333333333333333 66666666666666666666666666666666 7777777777777777777 1 111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 1111 2222 444444 33 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 3333333333333333333333 111 111 111 333333 11 444444444444444444444444444444444444444444444 11111111 111 11111 11 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555555555 1 55555555 777
lowQualScore : 2 11 4 4 1 3 3333 5 888 4 3 4444444444 5 5 1 99999999999 8888 5 4 3 555 4 2 3 22222 55 888888 11 0 55 66 0 55 3 99 3 11 7 2 66 3 33 11 6 0 444 3 44 33 555 99 3 6 3 11111 3 4 3 99 5 000 8 666 3 7777 0 22 11 3 3 3 00000 888 3 7 3 22 3 5 0000000000000000 55 2 4 1 6 11111111111111111111111 0 1 9 1 666 3 77777777 99999999 3 888888 44 3 44 000 44 0000 55 666666 7 3 3 666 555 3 3 3 0 33333333333333333333333333333333333333333 2 5 3 88888888888888888888888888888888 44 3 0 8 3333333333333333333 88888 3 7 0 3 3 5 3 1 3 3 000000 2 2 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 33 6 1111 8888 3 2 2 88 3 3 55 3 111111 999999999 3 55 44 2 55 3 55 888888 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 3 0 3 111 3 5555555555555555555555 4 77 444 55 333 3 666 888 000000 88 3 3 666 4 1 7 999999999999999999999999999999999999999999999 44444444 2 111 1 3 44444 6 00 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3333333333 0 3 99999999 6 6 000
lowQualScore : . .. . . . . .... . ... . . .......... . . . ........... .... . . . ... . . . ..... .. ...... .. . .. .. . .. . .. . .. . . .. . .. .. . . ... . .. .. ... .. . . . ..... . . . .. . ... . ... . .... . .. .. . . . ..... ... . . . .. . . ................ .. . . . . ....................... . . . . ... . ........ ........ . ...... .. . .. ... .. .... .. ...... . . . ... ... . . . . ......................................... . . . ................................ .. . . . ................... ..... . . . . . . . . . . ...... . . . .................................................................... . .. . .... .... . . . .. . . .. . ...... ......... . .. .. . .. . .. ...... ................................................................................................................. . . . . ... . ...................... . .. ... .. ... . ... ... ...... .. . . ... . . . ............................................. ........ . ... . . ..... . .. . ............................................................ .......... . . ........ . . ...
lowQualScore : 5 00 4 4 2 3 7777 0 333 4 4 9999999999 0 6 7 11111111111 1111 0 3 0 000 3 6 9 55555 55 555555 66 4 00 44 9 00 6 55 6 55 3 3 22 6 22 77 2 1 888 3 66 66 888 77 3 7 8 66666 3 4 3 22 9 999 2 444 6 7777 3 33 66 6 6 6 00000 777 6 4 6 66 3 4 5555555555555555 55 7 0 0 0 99999999999999999999999 9 2 1 5 444 6 11111111 11111111 3 000000 66 3 66 999 66 4444 00 000000 3 6 6 444 888 6 6 6 5 55555555555555555555555555555555555555555 8 9 6 77777777777777777777777777777777 22 6 3 2 9999999999999999999 33333 3 1 4 1 1 9 1 9 1 1 999999 8 2 5 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 77 4 5555 7777 6 3 9 66 6 6 00 6 888888 555555555 6 00 55 1 00 6 66 999999 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 6 2 6 666 6 2222222222222222222222 5 77 111 00 555 6 222 222 666666 66 6 6 444 3 9 3 444444444444444444444444444444444444444444444 99999999 1 777 0 5 88888 7 33 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5555555555 5 0 00000000 0 0 000
consensus : NNNNNNNAGNCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGTCAACACGTCTTATN-GTTTTAT-CTTTACCACTAACCCA-CAGGCTT-CATCCGCTCCCACACAGGCAA---CA------TGGAA-TAGAGGNTNA-ANTCCAGTNGGAATGNTT--G--CAA--TCGAT------TTGGCTTNNTCTAACAG--CTTTTGTAA-AGA--TAAA-TN-GGAGAC-TTCCT-CTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTT---TCAGTGATGGC-AGT-TTGACATCA---A-T-ATCAGTA-GGC-ATGTTTCTGNATTC-C-TCGAGT---T-TGGAT----TCGTAGTTGGTGACNTC-AGACACGTT-GTTNGAC-TTC--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACTGTTTGGGTCA-TGTCTGGAAT----TC--GNTTNTTNAT--TTCGGACTGGTGNGATTTCAGAGCAGC-CA---GG-TGATTC-----TCTTTCATGGACTT---CGTC-A---AGGNNCCAAGNTT-A--TCGA-AGATGGTC-G--TCTAC-TT--CTTC-GT--GCCAGN--ATTTTC--TG--GC-TTT-TC-TTT-TTCTTT---TTCCATTTC-AT-C-ANATT-------TG-GT------CC------TCG-TA-AT--NG--ANATTTTNC-TTT--------CT--A---T-TCTT--CA----T-TTTT-CTTC-TTGTACTGTGGAAT----AATG----GTG-CATTCAAT-----TT-CTTCGGTCTC-CT-TTTCGANT-CTCTT-TTTC-TTGT-CGT--TGANAATNTC---------GG--------GC-ATA-TC--C-----TGTA-A--T-TG-----TGTG-CCAT--TAT-GGGGACCGANGACGCATTTCA-N--GC-A--A-CCGGGA--CA-TCACA-TTG--TT-GAC-A--GTG--G-G---C-CTCG--CAT--CTCTGGTNGGAG--T-GA-AAT-T---CAC-NC-GT----GGAAAAGCCA-----C-N---T---CTG--CT--GTG---CTT--TG---AAGGG--AA---CG-A-TGTCATG-TTC--NGGC-TGGNGCTGNAGCTTGTCCACGTG-TT-TGC-TGACGCA-GTC----CGCACAC-AAACCGAC--TTGGCAG-CTGTT--ACAG--AATTGCTG--G-G-C-AGGCTTG-NCACA-G----AGGTCACAG-GT-GA-TG---ANCTCCTGTG-CCCGGGN-GTAG-ACT-TAGCCAT--------C-G-T------CNG----AAATTG--G-ANCCGT---ACATA-A--NAA-AN-CAATGATA--ATTATTTNT-----NTCGA--TGAAAA-TAA--N--ATAGT---AAATNTA-------AATGAAAAAAAG-CACTAGCAGANTACTNCACAAAAAGGTATAAGGAGTGGGTGGTGATAT---GTTCA
Reference ( gi|2 ) : TTAGGGAAGGCTTGGCATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-TCCGTGTATGTCAACCCGTCTTATG-ATTTTAT-CTTCACCACCTACCCACCAGGCTT-CATCCACTCCCACACAGGCAA---TA------TGAAA-TAGAGGATGA-ATTCCAGTAGGAATGCTT--G--TAA--TTGAT------TTGGCTTGGTCTAACAG--CTTTGGTAA-AGA--TAAA-TA-GGAGAC-TTCCA-CTGTCA-GACTGGACAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTTTCCCAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTT---TAGGTGATGGC-AGT-TTGACATCA---A-T-ATCAGTA-GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGAT----TTGTAGTTAATGACTGC-AGACACATT-GTTTAAC-TTT--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACTATTTGGGTCA-TGTCTGGAAT----AC--AGTTATTAAT--TTTGGATTGGTGAGATTTTAGGGCAGC-GA---GG-TGATTC-----TCTTTCATAGATTT---CATC-A---AATTCCCAAGTGT-A--TCGA-AAATTGT--G--TCTAC-TT--CTTG-GT--GCCAGA--ATTTTC--TA-AGC-TTT-TC-TTT-TTCTTT---TTCAATTTC-AT-C-ACATT-------TG-GT------CC------TTG-TA-AT--AG--ATATTTTGC-TTT--------CT--A---T-TCTT--CA---GTGTTTT-CTTC-TTGTACTGTGGAATTG--AATG----GTGATATTCAAT-----TT-CTGTGGTTTC-CT-TTTCAAGT-CTCTT-TTTC-TTGT-CAT--TAAAAATGTC---A----AGG--------AC-ATA-TC--T-----TGTA-A--T-TG-----TGTG-ACAT--TG--GGGGACCAATCACGCATTTCA-G--GC-A--A-CTGGAA--CA-TCACA-TTG--TT-G---A--GTA--G-G---C-CTCG--CATC-CTCTGGTTGGAG--T-GA-AAC-T---CAC-CCAGTAT--GGAAAGATCA-----C-A---T---CT---CT--GT----CTT--TA---AAAGG--AA---CG-A-TATTGTG------GGGC-TGGTGCTGTAGCTTCTCTACGTG-TT-TAC-TAAAACA-GTC----CAGACAT-AACCCAAT--TTGACAA-CTGTC--ACAG--AATTGCTT--G-G-C-AGGCTTA-ACACA-A----AGATCACAC-GT-GA-TG---ACCTTCTGTG-CCTGGGACGTAG-ACT-CGGCCAT--------C-G-T------CAG----AAACTG--A-AACTAT---ACATA-A--GAA-AT-CAATGATA--ATTATTTCT-----TTTGA--TGAAGA-TAA--G--ATAGTTG-AAATATA------AAATGAAAAAAAAACAT----AGACTATTTCAT----AG--ATAAGGGGTGGGTGGTGGTATAACGTTCACTTAATATGAACCT
gi|5 : AGCCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTATCCTGT-ACAG-A-CCCGTGTATGTCAACACGTCTTATG-GTTTTAT-CTTTACCACTAACCCA---GGCTT-CATTCACTCCCACACAGGCAA---CA------TCGTA-TAGAGGTTGA-ACTTCAGTATGAATGCTT--G--TGA--TTGAT------TTGGCTTCTTCTAGCGG--ATTTTGTAC-ATG--TGAA-TA-AGAGTC-TTCCT-CTGTCA-GACTGGACAGTGTTGTCTG-TATCAGGTTAGCCTTAAATTCTCCAAATTCA--AGGCT-TAGT--TCTCTCCCTTGGACTGTGTCA-GTTT---TCAGTGAAGGT-ATT-TTGACATCA---T-T-GTCAGTA-GGC-ATGTTCCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGAT----TGGTAGTTGGTTACTTC-AGACAAGCT-TCTTGAA-TTC--ACAAGTTTT-TTGTTTTGTTG-AACTGTTTTATCCA-TGTCTGAAAT----TC--GATTTTTTAT--TTCACATTGGTGAGATTTTATAGCAGA-AA---TG-CGATTA-----TCTCTCGTGGACGT---CATC-A---AAGAACCCAGCTT-A--TAGA-AGATGGT--A--TCTAC-TT--CTTT-GT--GCCAGA--ATTTTC--TA-CTC-TTC-TC-CCT-TTCTTT---TTCCAGATC-AT-C-AAGTT-------TG-CC------CA------TTG-TA-CT--TA--ATACTTTCC-ATT--------CTG-A---T-TCTT--CA----T-TTTT-CTTC-CTGTATTGAGGAA-TGATAATG----G----ACTCAAT-----TT-CC-TGGTTTT-CTCTTTCAA-T-ATATTGTTTC-TTGT-C-----GAAAATATC---A------G--------AC-AGA-TC--TA----TATA------TG-----TGTGTCCAT--TAT-GTAGACCAAGGATGCATTTCA-A--ACAA--A-CTGGGA--CA-TCACA-TTC--TTCGC--A--GTG--G-G---C-CTCA--CAT--CTCTGATTTGAG--T-GA-TAT-T---CAC-AC--TCG--GGAAACGCCAGCCG-C-ATT-T---TT---CT--AT----CTT--TG---AAGTT--AA---CG-A-TGTCGTG------TGGT-TGGTACTTGAGTTTGCCCACGTG-TT-TAC-TAACACA-GTG----CTCACAC-AAACTTAC--TTGACAA-CTGTT--ACAG--AATTGGCG--G-G-T-AGGCTTG-CTACA-A----AGGTCACAG-CT-TA-TG---ACCTCCTGTG-CCTGG---GTGG-ACG-TAGCCAT--------T-G-TGTATTGTAG----AAGTTG--G-ATCTGT---AAATA-ATTAAACAT-CTATGATA--A-TATTTAT------------TGAAAACTAATTG--ACAGT----AATTT--------AATGAAAGAAAGTCATTAGCAGAATACTGTATAAAAAG--ATAA
gi|13 : GTTTTACATGTGGTG-GTGATA-GTATCCCGT-ACAG-A-CCCATGTATGTCAACACGTCTTATG-GTTTTTT-CTTGACCACCAACCCA---GACTT-CATCCCCTCCCACACAGGCAA---CA------TGGCC-TAGAGGATTA-ACTCCAGTAGGAATGGTT--G--CAA--TTGAT------TTGGCTTCCTCTAACAG--CTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-TGAGAC-TTCCT-CTGTCA-GACTAGACAGTGTTGTTTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCTCCCAATTCC--AAGCT-GAGT--TCTCTCCCTTTGACTGTGTTA-GTTT---TCAGTGATGGC-AGT-TTGACATCA---A-T-ATCAGTA-GGC-ATGTTCTTGAATTC-C-TCTAGT---T-TGGAT----TTGTAGTTAGTGATTGC-AGACATATT-GTTTGAC-CTT--AGAATATCT-TTGTTTTGTTG-AACTGTCTGGGTCA-TGTCTcgaactgtgatcaatatcataagat
gi|4 : CATATGGTG-GTGACA-GTGTCTCGT-ACAG-A-CCCGTGTGTGTCAACACGTCTTATC-GTTTTAT-TTTTACTACTAACCCA---GGCTT-CATCCACTCCCACACAGGCAA---CA------TGGCG-TAAAGGTTTA-AGTCCAGTAGGAATGGTT--T--TGA--TTGAT------TTGGCTTGGTCTAACAG--CTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-GGATAC-TTCCT-CTGTCA-GACCGGACGGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCTCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTTTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTT---TCAGTGATGGC-AGT-TTGATATCA---A-T-ATCAGAA-GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGTT----TTGTAGTTAGTGATTAC-AGACACATT-GTTTGAC-TTC--AAAAGTTATCTTGTTTTGTTGAAACTGTTT-GGTCA-TGTC-GGAATA---AC--AGTTA-TAGTTATTTGGATT-GT--GCTCTTAGAGCAGC-CA---GG-TGATTC-----TCTTTCAT-GATTT---CATCTG---AA--CCCAGATGTCATTTCGA-AAAATGT--GTATCTAC-TC--GTTG-GT--G-CAGAGTATTTTC--TGTAGCTTTT-TC-TTT-TTCTTTGTATTCCAGTTC-AT-CTACATTTA-----TG-AT------CA------CTGTTA-AT--GG--ATGATTTGC-TTT--------CT--AAGTT-TCTT--CA----T-TTTT-CTCC-TTGTAC-GTGGAATT---AAT-----GTGA-ATTCAATTTTGCTT-CTGTGGTTTC-CT-TTTCAAGT-TCTTT-TTTC-TTAT-CAT--GAAAAATGTC---C----AGG---------C-ATA-TC--T-----T-TA-A--T-TT-----TGTGTCCAT--TAT-GGGAACCAAGCATGCATTTCA-G--GCAA--A-CTGGAA--TA-TCGCA-TTG--CT-GGC-A--GTG--A-A---C-CTCG--CAT--CTCTGGTTTGAG--T-GA-AAC-T---CGCACTCGT-----GATAAGCCA-----C-C---C---TT---CT--GT----CTT--TG---AAATG--AA---CG-A-TGTCATG------TGGT-TGATATTTGAGCTTTTGCACATG-CT-TAC-TTACACA-GTC----CACACAC-AACCTGAG--TTGACAG-TTGTT--ACAG--TATTGCCT--G-G-C-AGACTTG-ACACA-A----AGGTCACAG-GT-GA-TG---ACCTCCTGTG-CCTGGGACGTAG-ACT-CAGCCAT--------C-G-T------CAG----AAGCTG--A-AATTGT---ACATA-A--GAA-AT-CAATGATA--A-CA--TCT-----GTTGA--TAAAGA-TAA--AATATAGTTC-ATGTCTA------CAATGATAAAA----AC----AGATTATTTCAC----AAGTATAAGGAGTGGGTGGTGATAT---GTTCA
gi|7 : aCATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGTCAGCACGTCTTAAA-GTTTTAT-CTATACCACTAACCCA---GGCTT-CATCCACTCCCACACAGGCAA---CA------TGCAA-TAGAGGATTA-AGTCCAGTAGGAATGGTT--G--TAA--TGGAT------TTGGCTTGGTCTAACAG--CTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-TGAAAC-TTCCT-CTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCC------------AATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGGTA-GTTT---TCAGTGATGGC-AGT-TTGACATCA---A-C-ATCAGTA-GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGAT----TGGTAGTTAGTGACTGC-TGACACATT-GTTTGAT-TTG--ATAATTTCT-TTGTTTTATTG-AACTGTTTGGGTCA-TGTCTGGAAT----TC--GATTGTTTAT--TTTGGATTGGTGAGATCTGAGAGCAGC-CA---GG-AGATTC-----TCTTTTATGGACTT---CATC-AAGGAA--CCGAAATG--A--CTGA-AAATGGC--G--TCAAT-TT--CTTG-GT--GCCAGG--ATTTTC--TG-AGC-GTT-TC-TTT-TCCTTT---TTCCATTTC-AT-C-AATTT-------TG-GC------CA------TCA-TA-AT--GG--ATATTTTGC-TCT--------CT--GT--T-TCTT--CA----T-TTTT-CTTC-TTGTACTGTGGAAT----AATG----GT-AGATTCAAT-----TT-CGTTGGTTTC-CT-TTTCAAGT-TTCTT-TTTC-TTGT-GGT--TGAAAATTTC---------TG--------GC-ATA-TC--C-----T-TG-A--C-TT-----TGTGCCCATTATG--AGGCACCAACTACACA-TTAA-GAAGC-AAGA-C-GGAA--CA-TCACA-TTG--CT-G------GCAATG-G---C-CTCGGCCAT--CTCT-GTTCGTG--TCGA-AAT-T---CAC-AC--T-C--GGGAAAAGC------C-C---T---TT---CT--GT----CTT--GA---AATGA--AA---CGAA-TGTCATG------TTGT-TGGTACTTGATCTTGTCCACGTGCTT-TAC-TGACACA-GTC----CACA-AC-AAACTGAG--TTGACAGTTTGT---ACAG--AACTGCTG--G-G-TAAGGCTTG-ACACA-A----AGGTCACACTGA-GA-TG---ACCTCCTGTG-CC-GGGAGGTGG-GC--GGGCCAT--------T-A-T------CTGTGCAAAACTG--G-ATCTAT---AAATAGA--TAA-AA-GAAAAAAA--ATCAATTCTGAGTATTTG---TAATAC-TAG--T--ATAGTAGAAAAGATAAATGGTAAATTAAAAAAAAAtgcagtgtat
gi|1 : ttaCATGTGGTGTGTGACAAGTGTCC-GT-AAGG-AACCCGTGTATGTCAACA-GTCTTATG-GTTT-ATGCTTCA--ACC-ACTAACCAGGCTTTCATCCACTCC-ACACAGGCAA---CA------TGAAA-TAGAGGATAA----CCA-TAGGAATGCGTAAG--TAA--ATAAT------T-AGCTTGGTCTAAC-G--CTTTTGTAA-AGA--TAAAATG-TGAGAC-TTCC---TGTCAAGACTGGACAGTGTTGTCTGCTGTTCAGCTAGCCTTGTATTCTCCTAA--CC--AGGCT-GAGT--TCTCTCC-TTGCAT-GTGTTTTGTTT---TCAGTGATGGC-AGT-TTGAC-TCA---A-T-AT-AGTA-GGCGATGTTTCATTATTC-C-TCGAGT-------GATGCGATGGTAGTTAGTGACTACGAGA-ACATTTGTTTGA--TTT--GGAATTTCT-TTTTTTTGTTG-A-CTGTT--GGTCA-TGTCTGGAAT----TT--TCCTTTTTAT--TTCGGACTGGTGAGATTTAAGAGCACCAGA---GG-AG-TTT-----GATTTTATGGTTTT---CA-C-A---AGAACCGAAAT-T-A--TCGATAAATGGT--G--TCGAC-TT--CTTG-GT--GCCAGG--ATTTTCTGTG-GG----T-TC-TTT-TTCTTT---TTCCATTTCTAT-C-A-ATT-------TG---------CC------ACA-TA-AT---G--ATATTTTGC-TAT--------CT--C---C-TTCT--CA----T-TTTT-CTTCTTTATATTGTGGAAT----A--G----GTA--GCTCAAT-----TT-CTTCGG--TC-TT-TTGCACATACTC---TTTC-TTGT-CGC--TAAAAAATTC---------TG--------GC-ATA-TC--T-----TGAC-T--T-TG-----TGT--CCAT--TAT-GGAGACCAAATATGCATCTCAGG--GC-A--A-CTGGAAATTAGTCGCA-TTG--TC-T---G--GCA--T-GAAAT-CTCG--CAT--TTCTGGTTGGTG--T-G---ACTT---CAT-CAACCATCAGAAGAAATCAAGTTGT-ATTCT---TT---CT--GT----CTT--TG---AATTA--AT---GG-A-TTTCATG------TGGT-TGGTACTTCCGCTTGATCACGTG-TTATAT-T-AAACAGGTC----CACACACAAACGCAATGAGTGAC-A-TTGTTGGACAGGAAACTGCTT--G-G---AGGCTTG-ACACATA----AGGTCACAG-GT-GA-TG---AACTTCTGTGACCTGTGAttggttacagtattaaagaatggagtagtttttgttatggcaatgtg
gi|10 : atcaggactaagcatactgaccaagagattgctccctgacttagtacagcatatagttgtttggactgcccagccctgtgtgtggttatcagcgtcttctgtttctcacctgtctgacaatgttcactcattctacttttaacatacactgttatacagctctccctgtctgtcactgtgaatgttcattaggctgtctataCATGTACTG-GTGACA-GTGTCA-GTGACAG-T-GCCATGAATGTCAACAAGCCGTATC-ATTTTGT-CTTTTCCACAAATCCA---AGCTC-TATCTGATCCAACACAGGC-----TACTCTCCTTAAC-T---GTGCGACATTT--GTTGGAATGTTT--G--CAA--TCACT------TTGGCTTCTTTTAATAA--TTCTG-CAATAGA--AAAA-TT-GGAGAC-TTCAT-CTGTCA-GACTGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTCCCCTAACTCT--ATGCA-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTATGTTG-GTTT---TAAGTGATGGC-AAT-GTTAAATCA---GGT-ACTTGAA-GG--ATGTTTTTGAATTC-AGTC-AGT---T-TGGAT----TCAAAGCTGTTGACATC-AGACACGTT-GTTGGAA-TTC--AGGATTTTT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGGATCA-GAACTGGACT----TCTGACTT-CTGAG--TTGGGACTGGCATGATTTCAGAGCTGT-GATTTGG-TGAT--------CTCTAAGGGACTG---GGTC-A---GGGTATCAAGATT-G--TCAA-AGAT-GTC-G--TCTAC-TTTACT---GT---CCATT--GTTTTC--T------TTTATC-TTTACTTTTC---TTCA-TTAA-AT-C-AGAGTAA-----TG-GG------CCG-----TTA-CA-TTC-GG--AAATTTT-C-TTT--------TT--C---G-ACAT--CT---GAATCTTGTTTC-CTGTTCTTTAGAAAT---AATG----TCGCC-TTCAAT-----TT-CCTCTGTCTC-TC-TTTTGATT-CTTTC-TTTC-TTGG-TGG--TAATGATGTT---------GG--------CC-ATC-TC--C------ACA-A--T-AA-----CATG-ACAT--TGATGGGAACTCATGACGCATTTCA-T--GC-AG-A-CCGGGA--CA-TCACA-CTG--TT-G---ACAGTG--G-C---C-CTCA--CATC--TCTGGTGGGAA--T-GA-GAT-G---TAC-ACTG-AG--GGAA----CA-----C-AA--G---CTGGACT--GTGCG-CTT--TGTG-AAGGG--AA---CG-A-TGTCATGCTTCCTGGAC-T-----TG-AGGTTGTTGACATG-TT-TGT-TGATGCA-GTC----TGCACAC-AGACCGAC--TTGGCAG-CTGTT--ACAG--AATTGCTG--G-A-C-GGGCTTG-TCACA-GTTT-AGATCACAG-GT-GA-TG---AGCTCCTGTG-CCCAAGTGGTAGCAGT--AGCCATATCTAATCT-GTT------CAA----AAAT----A-AACCAA---ACA-A-A--CAA-AA-CAATGAatggcatgcataactgtcatcactgtaataacaacatcaatatattagacaacagaaatcatatcgtgttaatatct
gi|8 : aCACGTACTA-GTGACA-ATGTCA-GTGACAG-T-GCCGTGTAAGTCAACACATTGTATC-ATTTTGT-CTCTTCCATTAAT---CCAAGCTC-TATCTGATCCAACACAGatggatattttacaccatcaaagttaaaattctactgataaattaattcaagagtattt
gi|3 : ataCATGTACTG-GTAACA-GTG-ACAGTGACAGTG-TCCATGCAAGACAACACATCGTATTCATTTTGT-CTCTTCCAC-TA---ATCAAGCTC-TATCTGATCCAACA-AGGCTACGTTA------CGAAACT---GTTTGACATTT--GTTGAAATGTTTT-G--CAA--ACACT------CTGGTTCAGT-TAATAA--TTCTGTGAC-AGA--TAAA-AATGGAGAC-TTTCATCTGTCA-GA-TGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTCCCCTAACTCG--TGGCT-GAGTTATCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-TTTTAAGTAGATGGTGGT-AGTGTTAAAATCA---T-G-GTAAATGTGGCGATGTTTCTGAATTCAG-TC-AGT---TATAGAT----TTATAATT-GTGACATC-AGA-AAGTT-GTTAGACTTTT--AGATTGCTT-TTGTTTT-CTG-AAC-A--TGGATCACTAT-TGGAAT----TCTGACTTCTGAGT--TGGGGACTGTTGTGA-TTCAGAGCTGT-AATTTGGCTAATTC-----TCT---AAGGACTG---GGTC-A---GGGTATCAAGATT-G--TCAA-AGA-TGTCGA--TCTACTTT--CTTACATTAGCC--C--ATTGTT--TG-TTC-TTT-TA-TCT-TTACTT---TTC---TTC-AT-T-ACATCAGAAGAATG-GT------CC------GTG-CA-TT--CGGAAAATCTTTC-TTTTCGACCAACTGAA---T-TCT---------TGTTTT-CTTT-T----CT-TGGAAT----AATA----TTG-CCTTCGAT-----TTCCTCTTGTCTC-TC-TTT--AAT-CTTTC-TGTC-TTTTGCGG--TGATGATGTC----------T--------GC-ATC-TC--CACCAATA-A-A--T-CG-----TGT-----TTATG--ATGAACTCATGA-GCATTTCA-T--GC-AT-ACCCGGGA--CA-TTACACTTGTCTT-GAC-A--GTG--GCG---C-CTCA--CAT--CTCTGGTGGGAA--T-GC-AGA-TGTACAC-TGAG-----GGAA----CAC----C-A---G---CTGGACT--GTGCCGTTT--TGTGCACAGG--AAGACTG-A-TATCACGCTTCATGGACTTGAGGCTGTTG-------ACGTG-TT-TGCTTAATGCA-GTCTTTGCACACAG-AG--CGAC--TTGGCAG-CTGTT--ACAG--AATTGCTG--G-GAC-AGGCTTGTCCACA-T----AGATCACAG-GT-GATTG---AGCTCCTGTG-CCCAGGTCTTAG-tctactctccttaactctttaacatttgttggaatgtttgcaatcgctttggcttgttttaataattctgtaacagataaattgtagacttcctctgtcagactgggcagtgtgctctgtgtcagtttagctttgtatttccctaactgtagactgagttttctcccttgaattgtgttggtcttaagcgatggtagtgttgaatcaggtacatgtggaatggctctgaattcattcagtttagatttgtaattgttgacatcagacacgttgttggacttcaggatttttttgttttcttgaacagtttgcatcatactggaattctgacttctgagtttggactgttgtgatttcagagctgtaatttggaaatctctcagggactgggtctgggtatcaagattgtcaaagatgtcgtctacttctacgtgccattgttttcttttatctttactttccttcattaaatttgagtaatgggccgtacattcagaaattttcttttcaacaactgaatcttgtttcttattcttggaaataatatcgccttcaatttcctctgtctctctcttgatcctttctttctttgtgctgatgatatttgccatctccactataacatggcctctatgacgggaactcttgacacattttatgcagaccgggacatcacactgttgacagtgggcctcacatctctggtgggaatgagatgtacactgaggaaacacaagctgtactgtgagttttgtgaagggaacgacgtcatgtttcatggacttgaggctgttgacatgcttgttgatgcagtctgcacagagaccgacttggcagctgttacagaattgctgggcgggtttgtcacagtttaaatcacaggtgatgagcacctgtgcccgtgttatagctgtagccatatctgaatggtgatcatatctatgaaagacaatgaaagaatattttcattacatctaagttaaaattacatcatgtccaaatatctaagaataattgatcaaaggaa
gi|17 : taCATGTGGTG-GTGACA-GTGCCCCGC-ATAG-A-CCCGTGTATGTTAACACGTCTTATG-GTTTTAT-CTGCACCACcagttagctagcccgatatctaatggtggtcatatctgcctaaaacagaaagcaatgaaggatactctttattgcatcaaagttgaaataacaagctatgaactgaaacatcttatataattaataaatagaaatag
gi|8 : agagtttaGTTGGAATGTTT--G--CAA--TCGCT------TTGGCTTGTTTTAATAA--TTCTG-TAACAGA--TAAA-TT-GTAGAC-TTCCT-CTGTCA-GACTGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTTCCCTAACTGT--AGACT-GAGT--TTTCTCCCTTGAATTGTGTTG-GTCT---TAAGCGATGGT-AGTGTTGA-ATCAGGTA-C-AT--GT--GGA-ATGGCTCTGAATTC-A-TTCAGT---T-TAGAT----TTGTAATTGTTGACATC-AGACACGTT-GTTGGAC-TTC--AGGATTTTT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGCATCA-TA-CTGGAAT----TCTGACTT-CTGAG--TTTGGACTGTTGTGATTTCAGAGC---------TG-TAATTTGGAAATCTCTCAGGGACTG---GGTC-T---GGGTATCAAGATT-G--TCAA-AGA-TGTC-G--TCTAC-TT--CTAC-GT--GCCATT--GTTTT--------C-TTT-TA-TCT-TTACTT---TCC---TTC-AT-T-AAATT-------TGAGTAATGGGCC--------G-TACATTCAG--AAATTTTCT-TTT--------CA--A---C-AACT--GA---ATCTTGT--TTC-TTATTCT-TGGAAAT---AATA----TCG-CCTTCAAT-----TT-CCTCTGTCTC-TC-TCTTGATC-CTTTC-TTTCTTTGT--GC--TGATGATATT---------TG--------CC-ATC-TCCAC-----TATA-A--CATGGCCTCTATG-AC--------GGGAACTCTTGACACATTTTA-T--GC-AG-A-CCGGGA--CA-TCACA-CTG--TT-GAC-A--GTG--G-G---C-CTCA--CAT--CTCTGGTGGGAA--T-GA-GAT-G---TAC-AC--TGA--GGAAA---CA-----CAA---G---CTGTACT--GTGAG-TTTTGTG---AAGGG--AA---CG-A-CGTCATGTTTCATGGACTTGAGGCTGTTG-------ACATG-CT-TGT-TGATGCA-GTC----TGCACAG-AGACCGAC--TTGGCAG-CTGTT--ACAG--AATTGCTG--G-G-C-GGGTTTG-TCACA-GTTT-AAATCACAG-GT-GA-TG---AGCACCTGTG-CCCGTGTTATAG--CTGTAGCCAT----------A-T------CTG----AA--TG--GTGATCAT---ATCTA-T--GAA-AGACAATGAAAG-AATATTTt
gi|9 : atacacgtactagtgacaatgtcagtgacagtgccgtgtaagtcaacacattgtatcattttgtctcttccattaatccaagctctatctgatccaacacagtctactctccttaactctttaacatttGTTGGAATGTTT-----------TGATACACTATTGGCTTCTTTTAATAA--TTCTG-TAACAGAATTAAA-TT-GGAGAC-TTCAATCTGT-A-GACTGG-CAG-GTC-TCTG-TGTCAG-TTAGCTTTG-ATTC-CCTAACTCCTAAAGCT--AGT--TCTCTCCCTGCG--TGGGTTG-GCTT---TAAGT-ATGGTTAGT-GTTAAA-CA---G-TTACTTGTG-GG--ATGTTTTCA-ATTC------AGTCATT-TTGAT----TCATAATTGTTGACATC-AGACACGTT-GTTGGA--TTC--AGA--TTTT-TTGTTTC-TT--AAC-AGTTGGGCCA-TA-CTGGAAT----tcattacatctaagttaaaattacatcatgtccaaatatctaagaataattgatcaaaggaa
gi|6 : acatgtactgttgacaagttgtgacggccatgcaagttctacacatcgtatcatttgtcctgttccactaatccaagctctatctgattcaacactgttactctacgtaaatgctttgacatttATGCTT--GGATAAGTTTCATCAC---TTTGCTCT-TTTAACAATTCTTT--CAA-GGA--TAAA-TT-GAACAG-T-----CTGTCAAGACTGGGCA-TGTC-TCTG-TTTTCGG-TAGCTTTGTATCC-CCTAAT-CT--AGGCTTGAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTAT---TAATTGATGGT-AGT-TTTAAATCAG--G-T-ACTTGTG-GGA-A-GTTTCTGAATTC-A-TTCAGT---T-TGGAT----TTGTAAATATTGACATC-AGACACGTT-GTTGGAC-TTA--AGGATTTCT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGGATCA-TA-CTGGAATTTTGAC----CT-CTGAG--TTGGGACTGGAGTGATTTCAGAGC---------TG-TAATTTGGAAATCTCTAAGGGACTG---GGTC-A---GGGTATCAAGATT-G--TCAA-AGA-TGTC-G--TCTAC-TT--CTAC-AT--GCCATT--GCTTTC--T----C-TTC-TCATTA-CTTTTC---TTC-ATTCC-AT-C-AGAGTAA-----TG-GT------CCGCACTTTCG-AA-AA--AA--AAAATTTCCACTT--------CTG-A---A-TCTT-------GT-------TTC-TTGTTTTTTGAAAT----AAT-----ATGGCCCTCAAT-----TT-CTTCCGTCTC-TC-TCTTAATT-CTTTC-TTTC-TTTG-CGG--TAATGATATC---------TGCCATTTCCACAATA-TC--G-----TGT-----T-TA-----TG-----AT------GGGAACTCATGACGCATTTCA-T--GC-AG-A-CCGGGA--CA-TCACA-CTG--TT-GAC-A--GTG--G-G---C-CTCA--CAT--CTCTGGTGGGAA--T-GA-GAT-G---TAC-AC--TGA--GGGAACACCA-----G-C---TGGACT---GTGCGT----TTTG-TG---AAGGG--AA---CA-A-TGTCATGCTTCATGGACTTGAGGCTGTTG-------ACATG-TT-TGT-TGATGCA-GTC----TGCACAC-AGACCGAC--TTGGCAG-CTGTT--ACAG--AATTGCTG--G-A-C-AGGCTTT-TCACA-GTTT-AGATCACAA-GT-GA-TG---AGCACCTGTGCCCTGGtttgactctgagtggactgtttattcagctgtaatttgaaatcttaagggacgggtcagggtacaagattgtcaaagatgtcgtcactttacatgccattgttttcttttatctttactttcttcatttaattcagaagtaatccctgcatttggaaaattcttctttcgacatctgaacttgtatcttgttcttttaaataatatcgcgtgtcgatttcctcttctctctttttgattcttctttcttgtggtggtgatgatatctccattccaacccatatcatgtttatgaagggactcatgagcatttcatgcataccgggatcatcacactgttgaacagtagcctctcacatctctgtgggaagagtatgataccactgggtaaaaaccaggctgactgcgttttataaggaaaacaattgtcatgtttcatgacttgagctgtgacatggtttgttgatggtcttcaacaaccgacttgcagctgttacagatatgctggacgcgcttgtcacagtttcagatcacagtggatgagcaccttccagtctggaagtaccatatctaaatgtgtcaatctgtaaaacaaaaacaatcaatgatatttttatttgcatcaaattgaaaataacagcataaccaaaacactaatcaataattcttcgaaataatatggtatagttggaaataacctgaaatcatgcaaaatcaaaat
gi|11 : atgtactgtgacgtgtcagttgcggttttctcattgtgtgaacgtcaacttacatttgctcattttgtcgttcctataatccattctatctagaccaacacaggctacttcattaactttgtgacCTGGCAA--CGTTTGCAA-ATA--TAAA-TA-AGAAACCTTACT-CTGCCT-GAATGGACAGTGTTGTGTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCTCTAATTCG--AGACT-GAGT--TTTCTTCCCTGAGCTGTGTTT-GTTT---TCAGTGATGGC-ATT-TTGACATCA---A-T-ATCAAGA-GGC-ACGTTCCTGTATTC-C-CCGAGT---T-TAGAT----CTATAATTGGTGACTTC-AGACAC-TT--TTTGCC-CCCCAAGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACCTTTTGAATCA-TTTCGGAAAT----TC--TATTTTTTAT--TTCAGATTGGTGAGTTGTTAGAGCAGC-CA---TT-TGATTA-----TATTTCATGGATTTGACCATA-G---AA---CCAA-TATCA--TCGA-AAATGGT--G--TCTAC-TG--CTTG-GT--GCCAGA--ATTGTC--TG-TGA-TTT-TC-TCT-TTCTTT---TTCCAGTTC-AC-C-AAAGT-------TG-GT------CA------TTG-TA-AT--AA--ATAATGTGG-ATT--------GT--GT--T-TCTT--CA-----ATTTT-CTTC-TTGTACTGTGGAAT----AATG----GTGA-ATTCAAT-----TT-CTTTGGTTTC-TT-TTTCAATT-TCCAT-CTTT-TTGT-CAT--T-AAAATGTT---C----CGG---------C-ATT-TC--C-----T-TA-ACTT-TG-----TGT--CCAT--TAT-GGGGCCCAAGTATGCATTTCA-G--GCAA--A-CTGGTA--CA-TCACA-TTG--TT-GGC-A--ATG--G-A---C-CTCG--CAT--CTCTGGTTGGAG--T-GAGAAG-TA--CAC-TCG------GGAAAAGCCA-----T-C---T---TT---CT--AT----ATT--TG---AAAGG--GA---TA-G-TATCATG------TAATATGGAGCCG-AGTTTGTCCACGTG-CT-TTC-T----CA-G--------------------AT--T----------TT--ACAG--AATTGCCG--GTG-T-A-GTTTG-GTACG-G----TAGTCACAG-AT-GA-TA---ATACCCTGTA-CCTGG---GTA--------GCCGT--------CTG-T------CTG----AAATTA--A-AAtcttggctgtagccatatctaaatggtggtcatatctgcaaaaatcaagaaaagaatatttttacagcatcaaaaatgaaattacatcatgtgcgaatatcgaagaataactaatcaaaggaatatgtataatgacgaataaccaggaaattatgacaatatctaaaa
gi|15 : GCCTTGTACTCTTCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCCCCCTTGGGTTGTGTTT-GTCT---TCAGTTTTGGC-AGT-TTGACATCA---A-T-ATCAGCA-GGC-ATGCTCCTGTAatgttcaaatttattggaaagttttgtacatgaacttgttataattattcatatggtataagaaaaactgaattatgattattggtacaatggtatattggggtggtggtagtcgttgttgtacag
gi|12 : tCA-TGTTTAGAAT----AC--AACAATTTAT--TTTGGACAGGTGGGAATTTAGAGCAGC-CA---GA-CGAATC-----TCTTTTATGGAATT---CATC-A---AAGACCCAAGTGT-A--TCAA-AAATGGT--G--TCTAC-TT--CTTG-GT--GCCAGG--ATTTTC--TA-TGC-CTT-TC-TTT-TTCTGT---TTCCAGTTC-GT-C-ACATT-------TG-AT------CG------TTG-TA-AG--AG--ATATTTTGC-TTT--------CT--GT--T-TCTTTACA-------TTT-CCTC-CTGTACTTTGGAAT----AATA----GTGG-ATTCAAT-----TT-CTTTGGTTTC-TT-TTTCTAGT-TTCCT-TTTC-TTGT-CAT--TAAGATTTTC---C----GGC--------A--AT--TC--C-----TTTAGA--T-GG-----TGT--CCCT--TAT-GCGGACCGAGGATGCATTTCA-G--GCAA--A-CTGGGA--CA-TCACA-TTG--CT-GAC-A--GTG--A-G---T-CTCG--CAT--TTCTGGTTAAAG--T-GA-AAT-T---CAC-ACA-CCT--GGAGAGGCGA-----C-----T---TT---CT--AT----CTT--TG---AAAGA--AA---CG-A-TGTCATG------AGG---AGAGTCG-AGTTTCTCCACATG-TT-TAC-TGACACA-GCT----TACACAC-AAACTAAC--CTGGCAG-TTGTT--ACAG--AATT--TTAAA-G-C-AGACTTG-GTACA-A----AGGTCACAG-GT-GA-TG---ATCTTTAAAG-CTTGGGTGGTGG-GTG-TGGTCAT--------G-G-T------
gi|16 : TTGGTGAGACTTTAAAGCAGC-CA---GT-TGACCA-----TATTTCATGGATGT---CATC-AC--AAAACCCAACT-T-A--TTAA-AAATGGC--A--TTTAT-TT--CTAC-AT--GCCAGA--ATCTgtgtctgttaaaggataaattaatgtctgtttgaaatccaagtaaatatttgtaaatga
gi|9 : CAAGATT-G--TCAA-AGAT-GTC-G--TC-AC-TT---TAC-AT--GCCATT--GTTTTC--T------TTTATC-TTT-ACTTTC---TTCA-TTTA-ATTC-AGAAG-------TA-AT------CC------CTG-CA-TT--TGGAAAATTCTTC-TTT--------CG--A---CATCTG--AACTTGTATCTT-GTTC-TTTTA------AAT----AATATCGCGTG----TCGAT-----TT-CC-TCTTCTCTCT-TTTTGATT-CT-TC-TTTC-TTGT-GGTGGTGATGATATCTCCATTCCAAC--------CC-ATA-TC--A-----TGT-----T-TA-----TG----------A--AGGGACTCATGA-GCATTTCA-T--GC-AT-A-CCGGGAT-CA-TCACA-CTG--TT-GAACA--GTA--G-C---CTCTCA--CATCTCTGTGGGAAGAGTAT-GA-TAC-----CAC-TGGGT------AAAAACCA-------G---G---CTGA-CT--GCG---TTT--TA---TAAGGAAAA---CA-ATTGTCATGTTTCA-TGAC-TTGAGCTGTGAC------ATG-G-TT-TGT-T--GATG-GTCTT--CA---AC-AA-CCGAC--TTG-CAG-CTGTT--ACAG--ATATGCTG--G-A-C-GCGCTTG-TCACA-GTTTCAGATCACA--GTGGA-TGAGCACCTTCCA-G-TCTGGAA-GTA---------CCAT----------A-T------CTA----AATGTGTCA-ATCTGTAAAACAAA-A--ACA-AT-CAATGATATTTTTATTTGC-----ATCAAATTGAAAA-TAA--
gi|18 : acatgtactgttgacaagttgtgacggccatgcaagttctacacatcgtatcatttgtcctgttccactaatccaagctctatctgattcaacactgttactctacgtaaatgctttgacatttgttggaatgttttgatacactattggcttcttttaataattctgtaacagaattaaattggagacttcaatctgtagactggcaggtctctgtgtcagttagctttgattccctaactcctaaagctagttctctccctgcgtgggttggctttaagtatggttagtgttaaacagttacttgtgggatgttttcaattcagtcattttgattcataattgttgacatcagacacgttgttggattcagattttttgtttcttaacagttgggccatactggaattttgactctgagtggactgtttattcagctgtaatttgaaatcttaagggacgggtcagggtaAT-----TT-CTTCGGTTTC-CT-TTTCAAGT-TTCTT-TATC-TTGT-CGT--TGAAAATTTC---cagcataaccaaaacactaatcaataattcttcgaaataatatggtatagttggaaataacctgaaatcatgcaaaatcaaaat
gi|19 : -CT-TCTCAAGT-TTCTT-TTTC-TGGT-CAT--TGAAATTTTC---------TG--------GC-ATATTC--T-----TG
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TCATCAGTTGTACACATACTGACGGATGTCTGATTGGTACAGCACAAGTCATCTGATCCACCGCTGCGTGGGTGATAGTTTTTCTGTTTCCCGTGTATGACATGTTTCCAGTATTATTGGAGATATGATAAAATAGTTCTCCCTCTGTTCTCACTGTTTACTGCAATAGGGGCAATA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAACATCTGAATCTTGTTTCTTGTTTTTGGAAATAA
Alignments
lowQualScore : 1 444 4444444444444444444444444444444444 11111111 1 1 1 11111 222222 11111 3333333 11 22222222222222 111111 333333333333333333 111 2222222222222222222222222 222 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 6666666666 222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 333333333333333333 1111 333333333333 66666666 44444 333
lowQualScore : 1 3 3 8 0 888 3 44 44 0 3 55 333 3 3 22 5 88888 0 3333333333333333333333333333333333 1 3 3 1 3 1 33333333 3 44 1 88 22 0 3 44 3 44 3 6 6 2 4 3 11 44 3 44 66 1 3 3 3 2 666 3 77 77777 77 1 999 6 555 3 3 7777 2 22 3 3 3 1 44 666 3 5 3 5 3 4 3 3 3 1 1 44 1 3 7 4 3 2 22222 3 444444 3 1 0 33 33 22 1 6666 3 3 55555 3 3 777 44 3 1 9999999 3 6 555 3 1 3 3 3 4 1 88 33 11111111111111 3 222222 1 0 1 555555555555555555 3 3 444 3 1 6 3 6 44 4444 999 3 44 888 2 4 1 2 1 2 2 444444 0 1 33 2 555 2 7777 44 5555555555555555555555555 3 4444 3 8 11 5 3 44 111 6 77 3 3 44 3 44 3 3 3 44 3 44 1 44 3 1 99999 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444 333 999 0 999 3 3 0000000000 66 77 5 22 3 3 0 3 1 55 3 7777 0 1 555 2 44 44 3 444 44 888888 3 3 1 666 3 1 3 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 1 4 55 777 4 5555555 4 1 999999999999999999 5555 5 777 444444444444 88 99999999 1 0 1 0 88888 555
lowQualScore : . . . . . ... . .. .. . . .. ... . . .. . ..... . .................................. . . . . . . ........ . .. . .. .. . . .. . .. . . . . . . .. .. . .. .. . . . . . ... . .. ..... .. . ... . ... . . .... . .. . . . . .. ... . . . . . . . . . . . .. . . . . . . ..... . ...... . . . .. .. .. . .... . . ..... . . ... .. . . ....... . . ... . . . . . . . .. .. .............. . ...... . . . .................. . . ... . . . . . .. .... ... . .. ... . . . . . . . ...... . . .. . ... . .... .. ......................... . .... . . .. . . .. ... . .. . . .. . .. . . . .. . .. . .. . . ..... . ................................................... ... ... . ... . . .......... .. .. . .. . . . . . .. . .... . . ... . .. .. . ... .. ...... . . . ... . . . ............................................................................................ . . . .. ... . ....... . . .................. .... . ... ............ .. ........ . . . . ..... ...
lowQualScore : 0 6 6 8 9 888 3 66 33 3 3 00 000 6 6 44 9 22222 8 1111111111111111111111111111111111 0 6 6 0 6 0 22222222 6 00 9 66 00 1 3 66 3 33 3 7 7 2 6 3 22 22 1 22 44 5 1 1 1 1 888 1 33 77777 77 0 222 7 888 3 5 1111 2 33 3 3 7 0 33 999 3 9 3 0 1 3 3 3 3 0 0 66 0 3 8 0 2 5 00000 1 555555 1 4 4 77 77 00 0 5555 1 1 88888 1 1 222 22 1 0 4444444 3 7 888 3 0 3 3 3 2 3 33 66 66666666666666 3 000000 0 9 0 888888888888888888 3 8 333 3 7 7 3 7 66 0000 444 3 22 555 9 5 0 9 1 9 9 444444 4 0 99 9 666 1 9999 22 3333333333333333333333333 3 8888 3 4 44 0 3 33 000 7 99 3 3 66 3 77 3 3 3 66 3 66 0 66 3 4 55555 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444 888 222 8 222 3 3 2222222222 88 99 4 66 3 3 1 3 6 11 3 6666 4 1 888 9 66 66 3 888 33 000000 3 3 0 444 6 0 6 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 0 00 000 0 4444444 0 0 444444444444444444 9999 0 999 666666666666 88 00000000 0 7 0 7 00000 000
consensus : NNNNNNNAGNCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTATC-GTTTTAT-CTTTA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCGCTCCNACACAGGCA----ACAT---GGAATAGAGGNTTAACT---C-----CA---GTNG-GA-ATGCTT-GCG--------A-T-CGAT--TTGGCTTNNTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TN-GGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGNATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTCG----TAGTTGGTGACTTC-AGA-CACGTTGTTTGAC-TTC--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACNGTTTGGGTCA-TGTCTGGAA-T-TC-GACTTT--TNA-TTTCGGACTGGTGNGATTTTAGAGCAGCCA---GG-TGATTC-----TC-TTTCATGGACTTCGTCA-GGGNACCAAGAT----TGTCG-A-AGATG-GTCG-TCTAC-TTCTT-CGT--GC-CAGNATTTTCT-G--GC-TTT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-AGATT--TG-GTC-C------T----CGTA-AT--NG--ATATTTTNCTTT--------CT--A---T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGG-AA-T--AATGGT-G-CAT-TCAATTT--CCTC---GGTCTC-CTTTTCGAGT-CTCTT-TTTC-TTGT-CGT--TGAAAAT-NT-C--NGGCAT---NTC--C-----TATA--ATCGTGTG-CC---ATT-ATG--G-GG-ACCGANGACGCATT-TCA-NGC-A-A-CCGGGA--CA-TCACA-TTG--T-TGG-CAGTG-G-GC-CTCG--CAT-CTCTG--GTNGGAGT--G-AGAT--N--CACNC---G--N--GGAAA-----AGCCAN-C-TCTG--------CTGT--GC---TT---TG---AAGGGAA---CG-AT-GTCATG-TT----GGCTGGAGCTGGAGCTTGTCCACGTG-TT-TGC-TGACGCA-GTC--CGCACACAAACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCCGG-G-C-AGGCTTG-NCACA-G----AGGTCACA-GGTGA-TGANCTCCTGT---G-CCCG-GG-CGTAG---GCT-TAGCCAT--------C-G-T------CNG----A-----AAT--TG--G----ANCCG--T---ACAT-----------A-AGAA-A-TCA---ATG-ATA--AN--TA-TTTNT----NTCG-A--T----GAAAA-T--A-A--AATAGTT-AAA-TNT-A-AA-TGAAAAAAAG--AC--GCAGANTATTTCATAA----GTATAAGGGGTGGGTGGTGGTATAACGTTCA
Reference ( family-2540 ) : NNNNNNNAGNCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTATN-GTTTTAT-CTTTA-CCACTAACCCAC-AGGCTT-C-ATCCGCTCCCACACAGGCA----ACAT---GGAATAGAGGNTNAANT---C-----CA---GTNG-GA-ATGNTT-GCA--------A-T-CGAT--TTGGCTTNNTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TN-GGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGNATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTCG----TAGTTGGTGACNTC-AGA-CACGTTGTTNGAC-TTC--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACTGTTTGGGTCA-TGTCTGGAA-T-TC-GNTTNT--TNA-TTTCGGACTGGTGNGATTTCAGAGCAGCCA---GG-TGATTC-----TC-TTTCATGGACTTCGTCA-AGGNNCCAAGNT----TATCG-A-AGATG-GTCG-TCTAC-TTCTT-CGT--GC-CAGNATTTTCT-G--GC-TTT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-ANATT--TG-GTC-C------T----CGTA-AT--NG--ANATTTTNCTTT--------CT--A---T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGG-AA-T--AATGGT-G-CAT-TCAATTT--CTTC---GGTCTC-CTTTTCGANT-CTCTT-TTTC-TTGT-CGT--TGANAAT-NT-C--GGGCAT---ATC--C-----TGTA--ATTGTGTG-CC---ATT-ATG--G-GG-ACCGANGACGCATT-TCA-NGC-A-A-CCGGGA--CA-TCACA-TTG--T-TGA-CAGTG-G-GC-CTCG--CAT-CTCTG--GTNGGAGT--G-AAAT--T--CACNC---G--T--GGAAA-----AGCCAC-N-TCTG--------CTGT--GC---TT---TG---AAGGGAA---CG-AT-GTCATG-TTCN--GGCTGGNGCTGNAGCTTGTCCACGTG-TT-TGC-TGACGCA-GTC--CGCACACAAACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-G-C-AGGCTTG-NCACA-G----AGGTCACA-GGTGA-TGANCTCCTGT---G-CCCG-GG-NGTAG---ACT-TAGCCAT--------C-G-T------CNG----A-----AAT--TG--G----ANCCG--T---ACAT-----------A-ANAA-A-NCA---ATG-ATA--AT--TA-TTTNT----NTCG-A--T----GAAAA-T--A-A--NATAGT--AAA-TNT-A-AA-TGAAAAAAAG-CACTAGCAGANTACTNCACAAAAAGGTATAAGGAGTGGGTGGTGATAT---GTTCA
gi|1 : GTCTATACATGTGGTGTGTGACAAGTGTCC-GT-AAGG-AACCCGTGTATGT-CAAC--A-GTCTTATG-GTTT-ATGCTTCAACCACTAACC----AGGCTTTC-ATCCACTCC-ACACAGGCA----ACAT---GAAATAGAGGATAA------C-----CA----TAG-GA-ATGC---GTA--------AGT-AAATAATTAGCTTGGTCTAAC-GCTTTTGTAA-AGA--TAAAATG-TGAGAC-TTCC-T--GTCAAGACTGGACAGTGTTGTCTGCTGTTCAGCTAGCCTTGTATTCTCCTAA--CC--AGGCT-GAGT--TCTCTCC-TTGCAT-GTGTTTTGTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGAC-TCA-A-T-AT-A--GTA-----GGCGATGTTTCATTATTC-C-TCGAGT-------GATGCGATGGTAGTTAGTGACTACGAGAACAT-TTGTTTGAT-TT---GGAATTTCT-TTTTTTTGTTG-A-CTGTT--GGTCA-TGTCTGGAA-T-TT-TCCTTT--TTA-TTTCGGACTGGTGAGATTTAAGAGCA-CCA---GA-GGAGTT-----TGATTTTATGGTTTTCA-CA-AG-AACCGAAAT----TATCG-ATAAATG-GT-G-TCGAC-TTCTT-GGT--GC-CAGGATTTTCT-G--TG-GGT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTCTAT-C-A-ATT--TG---C-C------A----CATA-AT---G--ATATTTTGCTAT--------CT--C---C-T-TCTCA-T-TTTTCTTCTTTATATTGTGG-AA-T--A--GGTAG-C---TCAATTT--CTTC---GGTCT---TTTGCACATACTC---TTTC-TTGT-CGC--TAAAAAA-TT-C--TGGCAT---ATC--T-----TGAC--TTTGTGT--CC---ATT-ATG--G-AG-ACCAAATATGCATC-TCAGGGC-A-A-CTGGAAATTAGTCGCA-TTG--TCTGG-CA-TGAA-AT-CTCG--CAT-TTCTG--GTTGGTGT--G-ACTTCAT--CAACC---A--TCAGAAGA-----AATCAA-G-T-TGTATTCTTTCTGT---C---TT---TG---AATTAAT---GG-AT-TTCATG-T-----GGTTGGTACTTCCGCTTGATCACGTG-TTATAT-TAA-ACAGGTC--CACACACAAACGCAATGAGTGACA-TTGTTGGACAGGAAACTGCTTG-G---AGGCTTG-ACACATA----AGGTCACA-GGTGA-TGAACTTCTGT---GACCTG-TG-AATGGCATGCA-TAACTGT--------C-A-T------C---------------------------ACTG--T---A-AT-----------A-ACAACA-TCA---AT--AT---AT--TA-
gi|10 : atcaggactaagcatactgaccaagagattgctccctgacttagtacagcatatagttgtttggactgcccagccctgtgtgtggttatcagcgtcttctgtttctcacctgtctgacaatgttcactcattctacttttaacatacactgttatacagctctccctgtctgtcactgtgaatgttcattaggctACATGTACTG-GTGACA-GTGTCA-GTGACAG-T-GCCATGAATGT-CAAC--AAGCCGTATC-ATTTTGT-CTTTT-CCACAAATCCA---AGCTC-T-ATCTGATCCAACACAGGCT----ACTC-------TC----CTTAACTGTGCGA---CATTTGTTG-GA-ATGTTT-GCA--------A-T-CACT--TTGGCTTCTTTTAATAA-TTCTGCAATAGA--AAAA-TT-GGAGAC-TTCA-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTCCCCTAACTCT--ATGCA-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTATGTTG-GTTTTAAGT-GATGGC-AAT-GTTAAATCA-GGT-ACTT--GAA-----GG--ATGTTTTTGAATTC-AGTC-AGT---T-TGGATTCA----AAGCTGTTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGAA-TTC--AGGATTTTT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGGATCA-GAACTGGAC-T-TCTGACTTC--TGA-GTTGGGACTGGCATGATTTCAGAGCTGTGATTTGG-TGAT--------C-TCTAAGGGACTGGGTCA-GGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGATG--TCG-TCTAC-TTTAC-TGT---C-CATTGTTTTCT-------TTTATCTTTAC-TTTT---C-TTCATTAA-AT-C-AGAGTAATG-GGC-CG-----T----TACA-TT--CG--GAAATTTTCTTT--------TTCGA---CAT-CTGAA-T-CTTGTTTC-CTGTTCTTTAG-AAAT--AATGTC-G-CCT-TCAATTT--CCTC---TGTCTC-TCTTTTGATT-CTTTC-TTTC-TTGG-TGG--TAATGAT-GT-T--GGCCAT---CTC--C------ACA--ATAACATG-AC---ATTGATG--G-GA-ACTCATGACGCATT-TCA-TGC-AGA-CCGGGA--CA-TCACA-CTG--T-TGA-CAGTG-G-CC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAAT--G-AGAT--G--TACACT--G--A--GGGAA--------CAC-AAGCTGGA------CTGT--GCGCTTTG--TG---AAGGGAA---CG-AT-GTCATGCTTC-----CTGGA-CTTGAGGTTGTTGACATG-TT-TGT-TGATGCA-GTC--TGCACACAGACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-A-C-GGGCTTG-TCACA-GTTT-AGATCACA-GGTGA-TGAGCTCCTGT---G-CCCA-AGTGGTAG---CAG-TAGCCATATCTAATCT-GTT------CAA----A-----AAT------A----AACCA--A---ACA------------A-ACAA-A-ACA---ATGAATG--GA--TA-TTTTA----CACC-A--T----CAAAGTT--A-A--AATgacaacagaaatcatatcgtgttaatatct
gi|11 : CTGGCAACGTTTGCAA-ATA--TAAA-TA-AGAAACCTTAC-TCTGCCT-GAATGGACAGTGTTGTGTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCTCTAATTCG--AGACT-GAGT--TTTCTTCCCTGAGCTGTGTTT-GTTTTCAGT-GATGGC-ATT-TTGACATCA-A-T-ATCA--AGA-----GGC-ACGTTCCTGTATTC-C-CCGAGT---T-TAGATCTA----TAATTGGTGACTTC-AGA-CAC-TT-TTTGCC-CCCCAAGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACCTTTTGAATCA-TTTCGGAAA-T-TC-TATTTT--TTA-TTTCAGATTGGTGAGTTGTTAGAGCAGCCA---TT-TGATTA-----TA-TTTCATGGATTTGACCA-TAGAACCAATAT----CATCG-A-AAATG-GT-G-TCTAC-TGCTT-GGT--GC-CAGAATTGTCT-GT-GA-TTT-TCTCTTT-CTTT---T-TCCAGTTC-AC-C-AAAGT--TG-GTC-A------T----TGTA-AT--AA--ATAATGTGGATT--------GT--GT--T-T-CTTCA-A-TTTTCTTC-TTGTACTGTGG-AA-T--AATGGT-G-AAT-TCAATTT--CTTT---GGTTTC-TTTTTCAATT-TCCAT-CTTT-TTGT-CAT--T-AAAATGTT-C--CGGCAT---TTC--C-----T-TA--ACTTTGTGTCC---ATT-ATG--G-GG-CCCAAGTATGCATT-TCA-GGCAA-A-CTGGTA--CA-TCACA-TTG--T-TGG-CAATG-G-AC-CTCG--CAT-CTCTG--GTTGGAGTGAG-AAGT--A--CACTC---G-----GGAAA-----AGCCAT-C-TTT---------CTAT--A----TT---TG---AAAGGGA---TA-GT-ATCATG-T--A--ATATGGAGCCG-AGTTTGTCCACGTG-CT-TTC-T----CA------------------GATT---T---------T--ACAG--AATTGCCGGTG-T-A-GTTTG-GTACG-G----TAGTCACA-GATGA-TAATACCCTGT---A-CCTG-GG-------------TAGCCGT--------CTG-T------CTG----A-----AAT--Ttctactgataaattaattcaagagtattt
gi|12 : CA-TGTTTAGAA-T-AC-AACAAT--TTA-TTTTGGACAGGTGGGAATTTAGAGCAGCCA---GA-CGAATC-----TC-TTTTATGGAATTCATCA-AAGACCCAAGTG----TATCA-A-AAATG-GT-G-TCTAC-TTCTT-GGT--GC-CAGGATTTTCT-AT-GC-CTT-TCTTTTT-CTGT---T-TCCAGTTC-GT-C-ACATT--TG-ATC-G------T----TGTA-AG--AG--ATATTTTGCTTT--------CT--G---T-TTCTTTA-C-ATTTCCTC-CTGTACTTTGG-AA-T--AATAGT-G-GAT-TCAATTT--CTTT---GGTTTC-TTTTTCTAGT-TTCCT-TTTC-TTGT-CAT--TAAGATT-TT-C--CGGCAA---TTC--C-----TTTAG-ATGGTGT--CC---CTT-ATG--C-GG-ACCGAGGATGCATT-TCA-GGCAA-A-CTGGGA--CA-TCACA-TTG--C-TGA-CAGTG-A-GT-CTCG--CAT-TTCTG--GTTAAAGT--G-AAAT--T--CACAC---ACCT--GGAGA-----GGCGAC-T-TT----------CTAT---C---TT---TG---AAAGAAA---CG-AT-GTCATG----A--GG--AGAGTCG-AGTTTCTCCACATG-TT-TAC-TGACACA-GCT--TACACACAAACTAACC---TGGCAGTTGTT--ACAG--AATTTTAAA-G-C-AGACTTG-GTACA-A----AGGTCACA-GGTGA-TGATCTaaaaatgttcaaatttattggaaagttttgtacatgaacttgttataattattcatatggtataagaaaaactgaattatgattattggtacaatggtatattggggtggtggtagtcgttgttgtacag
gi|13 : TTTACATGTGGTG-GTGATA-GTATCCCGT-ACAG-A-CCCATGTATGT-CAAC--ACGTCTTATG-GTTTTTT-CTTGA-CCACCAACCCA---GACTT-C-ATCCCCTCCCACACAGGCA----ACAT---GGCCTAGAGGATTAACT---C-----CA---GTAG-GA-ATGGTT-GCA--------A-T-TGAT--TTGGCTTCCTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-TGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTAGACAGTGTTGTTTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCTCCCAATTCC--AAGCT-GAGT--TCTCTCCCTTTGACTGTGTTA-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTCTTGAATTC-C-TCTAGT---T-TGGATTTG----TAGTTAGTGATTGC-AGA-CATATTGTTTGAC-CTT--AGAATATCT-TTGTTTTGTTG-AACTGTCTGGGTCA-TGTCTttaaagcttgggtggtgggtgtggtcatggtgtgtctgttaaaggataaattaatgtctgtttgaaatccaagtaaatatttgtaaatga
gi|15 : gtGCCTTGTACTCTTCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCCCCCTTGGGTTGTGTTT-GTCTTCAGT-TTTGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GCA-----GGC-ATGCTCCTGTA
gi|16 : tTGGTGAGACTTTAAAGCAGCCA---GT-TGACCA-----TA-TTTCATGGATGTCATCACAAAACCCAA-CT----TATTA-A-AAATG-G-CA-TTTAT-TTCTA-CAT--GC-CAGAATCT
gi|17 : tAGAGTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGCCCCGC-ATAG-A-CCCGTGTATGT-TAAC--ACGTCTTATG-GTTTTAT-CTGCA-CCACT
gi|18 : ATTT--CTTC---GGTTTC-CTTTTCAAGT-TTCTT-TATC-TTGT-CGT--TGAAAAT-TT-C--
gi|19 : -CTTCTCAAGT-TTCTT-TTTC-TGGT-CAT--TGAAATT-TT-C--TGGCAT---ATT--C-----T
gi|2 : AGGCTTGGCATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-TCCGTGTATGT-CAAC--CCGTCTTATG-ATTTTAT-CTTCA-CCACCTACCCACCAGGCTT-C-ATCCACTCCCACACAGGCA----ATAT---GAAATAGAGGATGAATT---C-----CA---GTAG-GA-ATGCTT-GTA--------A-T-TGAT--TTGGCTTGGTCTAACAGCTTTGGTAA-AGA--TAAA-TA-GGAGAC-TTCC-ACTGTCA-GACTGGACAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTTTCCCAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTAGGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTTG----TAGTTAATGACTGC-AGA-CACATTGTTTAAC-TTT--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACTATTTGGGTCA-TGTCTGGAA-T-AC-AGTTAT--TAA-TTTTGGATTGGTGAGATTTTAGGGCAGCGA---GG-TGATTC-----TC-TTTCATAGATTTCATCA-AATTCCCAAGTG----TATCG-A-AAATT-GT-G-TCTAC-TTCTT-GGT--GC-CAGAATTTTCTAA--GC-TTT-TCTTTTT-CTTT---T-TCAATTTC-AT-C-ACATT--TG-GTC-C------T----TGTA-AT--AG--ATATTTTGCTTT--------CT--A---T-T-CTTCAGTGTTTTCTTC-TTGTACTGTGG-AA-TTGAATGGT-GATAT-TCAATTT--CTGT---GGTTTC-CTTTTCAAGT-CTCTT-TTTC-TTGT-CAT--TAAAAAT-GT-CAAGGACAT---ATC--T-----TGTA--ATTGTGTG-AC---ATT-G-G--G-GG-ACCAATCACGCATT-TCA-GGC-A-A-CTGGAA--CA-TCACA-TTG--T-TG---AGTA-G-GC-CTCG--CATCCTCTG--GTTGGAGT--G-AAAC--T--CACCCAGTA--T--GGAAA-----GATCAC-A-TCT---------CTGT---C---TT---TA---AAAGGAA---CG-AT-ATTGTG----G--GGCTGGTGCTGTAGCTTCTCTACGTG-TT-TAC-TAAAACA-GTC--CAGACATAACCCAATT---TGACAACTGTC--ACAG--AATTGCTTG-G-C-AGGCTTA-ACACA-A----AGATCACA-CGTGA-TGACCTTCTGT---G-CCTG-GGACGTAG---ACT-CGGCCAT--------C-G-T------CAG----A-----AAC--TG--A----AACTA--T---ACAT-----------A-AGAA-A-TCA---ATG-ATA--AT--TA-TTTCT----TTTG-A--T----GAAGA-T--A-A--GATAGTTGAAA-TATAA-AA-TGAAAAAAAA--AC--ATAGACTATTTCATAG------ATAAGGGGTGGGTGGTGGTATAACGTTCAtga
gi|3 : ttagggaTACATGTACTG-GTAACA-GTG-ACAGTGACAGTG-TCCATGCAAGA-CAAC--ACATCGTATTCATTTTGT-CTCTT-CCACTAATC----AAGCTC-T-ATCTGATCCAACA-AGGCT----ACGTTACGAAAC---TGTTTGACA---T-----TT---GTTG-AA-ATGTTTTGCA--------A-A-CACT--CTGGTTCAGT-TAATAA-TTCTGTGACAGA--TAAA-AATGGAGAC-TTTCATCTGTCA-GA-TGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTCCCCTAACTCG--TGGCT-GAGTTATCTCTCCCTTGGATTGTGTT--GTTTTAAGTAGATGGT-GG---TAGTGTTA-A-A-ATCATGGTAAATGTGGCGATGTTTCTGAATTCAG-TC-AGT---TATAGATTTA----TAATT-GTGACATC-AGA--AAGTTGTTAGACTTTT--AGATTGCTT-TTGTTTT-CTG-AAC---ATGGATCACTAT-TGGAA-T-TCTGACTTC--TGAGTTGGGGACTGTTGTGA-TTCAGAGCTGTAATTTGGCTAATTC-----TC-T---AAGGACTGGGTCA-GGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGAT--GTCGATCTACTTTCTTACATTAGC-C--CATTGTTT-GT-TC-TTT-TATCTTTACTTT---TCTTCATTAC-AT-C-AGAAGAATG-GTC-C------G----TGCA-TT--CGGAAAATCTTTCTTTTCGACCAACTGAA---T-T-CTT---G-TTTTCTTT-T----CT-TGG-AA-T--AATATT-G-CCT-TCGATTT--CCTCT--TGTCTC-TCTTT--AAT-CTTTC-TGTC-TTTTGCGG--TGATGAT-GT-C---TGCAT---CTC--CACCAATA-A--ATCGTGT--------TT-ATG--ATGA-ACTCATGA-GCATT-TCA-TGC-ATACCCGGGA--CA-TTACACTTGTCT-TGA-CAGTG-GCGC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAAT--GCAGAT--G--TACACT--G--A--GGGAA-----CACCAG-C-TGGA--------CTGT--GCCGTTT---TGTGCACAGGAAGACTG-AT-ATCACGCTTCA-----TGGACTTGAGGC-TGTTGACGTG-TT-TGCTTAATGCA-GTCTTTGCACACAGAGCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-GAC-AGGCTTGTCCACA-T----AGATCACA-GGTGATTGAGCTCCTGT---G-CCCA-GGTCTTAGC--AGT-TAGCTA-----------G-C------CCG----ATATCTAATGGTG--GTCATATCTGCCT---AAAA-----------C-AGAA-A-GCA---ATG-AAG--GA--TACTCTTT----ATTGCA--T----CAAAGTT--G-A--AATAAC--AAGCTAT-G-AACTGAAActtaatatgaacct
gi|4 : ACATATGGTG-GTGACA-GTGTCTCGT-ACAG-A-CCCGTGTGTGT-CAAC--ACGTCTTATC-GTTTTAT-TTTTA-CTACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCACTCCCACACAGGCA----ACAT---GGCGTAAAGGTTTAAGT---C-----CA---GTAG-GA-ATGGTT-TTG--------A-T-TGAT--TTGGCTTGGTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-GGATAC-TTCC-TCTGTCA-GACCGGACGGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCTCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTTTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGATATCA-A-T-ATCA--GAA-----GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGTTTTG----TAGTTAGTGATTAC-AGA-CACATTGTTTGAC-TTC--AAAAGTTATCTTGTTTTGTTGAAACTGTTT-GGTCA-TGTC-GGAA-TAAC-AGTTATAGTTA-TTT-GGATT-GTGC--TCTTAGAGCAGCCA---GG-TGATTC-----TC-TTTCAT-GATTTCATC---TGAACCCAGATGTCATTTCGAA-AAATGTGT-A-TCTAC-TCGTT-GGT--GCAGAGTATTTTCT-GTAGCTTTT-TCTTTTT-CTTTGTAT-TCCAGTTC-AT-CTACATTTATG-ATCAC------T----GTTA-AT--GG--ATGATTTGCTTT--------CT--AAGTT-T-CTTCA-T-TTTTCTCC-TTGTAC-GTGG-AATT--AAT-GT-G-AAT-TCAATTTTGCTTCTGTGGTTTC-CTTTTCAAGT-TCTTT-TTTC-TTAT-CAT--GAAAAAT-GTCC--AGGCAT---ATC--T-----T-TA--ATTTTGTGTCC---ATT-ATG--G-GA-ACCAAGCATGCATT-TCA-GGCAA-A-CTGGAA--TA-TCGCA-TTG--C-TGG-CAGTG-A-AC-CTCG--CAT-CTCTG--GTTTGAGT--G-AAAC--TCGCACTC---G--T---GATA-----AGCCAC-C--CTT--------CTGT---C---TT---TG---AAATGAA---CG-AT-GTCATG-T-----GGTTGATATTTGAGCTTTTGCACATG-CT-TAC-TTACACA-GTC--CACACACAACCTGAGT---TGACAGTTGTT--ACAG--TATTGCCTG-G-C-AGACTTG-ACACA-A----AGGTCACA-GGTGA-TGACCTCCTGT---G-CCTG-GGACGTAG---ACT-CAGCCAT--------C-G-T------CAG----A-----AGC--TG--A----AATTG--T---ACAT-----------A-AGAA-A-TCA---ATG-ATA--A---CA---TCT----GTTG-A--T----AAAGA-TAAA-A--TATAGTTCATG-TCT-ACAA-TGATAAAAA--------CAGATTATTTCACAA----GTATAAGGAGTGGGTGGTGATAT---GTTCAcatcttatataattaataaatagaaatag
gi|5 : AGCCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTATCCTGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTATG-GTTTTAT-CTTTA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATTCACTCCCACACAGGCA----ACAT---CGTATAGAGGTTGAACT---T-----CA---GTAT-GA-ATGCTT-GTG--------A-T-TGAT--TTGGCTTCTTCTAGCGGATTTTGTAC-ATG--TGAA-TA-AGAGTC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGACAGTGTTGTCTG-TATCAGGTTAGCCTTAAATTCTCCAAATTCA--AGGCT-TAGT--TCTCTCCCTTGGACTGTGTCA-GTTTTCAGT-GAAGGT-ATT-TTGACATCA-T-T-GTCA--GTA-----GGC-ATGTTCCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTGG----TAGTTGGTTACTTC-AGA-CAAGCTTCTTGAA-TTC--ACAAGTTTT-TTGTTTTGTTG-AACTGTTTTATCCA-TGTCTGAAA-T-TC-GATTTT--TTA-TTTCACATTGGTGAGATTTTATAGCAGAAA---TG-CGATTA-----TC-TCTCGTGGACGTCATCA-AAGAACCCAGCT----TATAG-A-AGATG-GT-A-TCTAC-TTCTT-TGT--GC-CAGAATTTTCT-AC-TC-TTC-TCCCTTT-CTTT---T-TCCAGATC-AT-C-AAGTT--TG-CCC-A------T----TGTA-CT--TA--ATACTTTCCATT--------CTG-A---T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-CTGTATTGAGG-AA-T--GATAAT-G-GAC-TCAATTT--CCT----GGTTTT-CTCTTTCAAT-ATATTGTTTC-TTGT-C-----GAAAAT-AT-C--AGACAG---AT---C-----TATA--TATGTGTGTCC---ATT-ATG--T-AG-ACCAAGGATGCATT-TCA-AACAA-A-CTGGGA--CA-TCACA-TTC--T-TCG-CAGTG-G-GC-CTCA--CAT-CTCTG--ATTTGAGT--G-ATAT--T--CACAC---T--C--GGGAAACGCCAGCCGCAT-TTTT--------CTAT---C---TT---TG---AAGTTAA---CG-AT-GTCGTG-T-----GGTTGGTACTTGAGTTTGCCCACGTG-TT-TAC-TAACACA-GTG--CTCACACAAACTTACT---TGACAACTGTT--ACAG--AATTGGCGG-G-T-AGGCTTG-CTACA-A----AGGTCACA-GCTTA-TGACCTCCTGT---G-CCTG-GG-TG--G---ACG-TAGCCAT--------T-G-TGTATTGTAG----A-----AGT--TG--G----ATCTG--T---AAAT-----------A-ATTA-A-ACATCTATG-ATA--A---TA-TTTAT------------T----GAAAACT--A-ATTGACAGT---AA-TTT---AA-TGAAAGAAAGTCATTAGCAGAATACTGTATAAAAAGATAtgcagtgtat
gi|6 : GTGAACGT-CAACTTACATTTGCTC-ATTTTGT-CGTTC-CTA-TAATCCA------TT-CTATCTAGACCAACACAGGCT----ACTT---C---------ATTAACT---------------TTGTGACATGCTT-GGATAAGTTTCA-T-CACT--TTG--CTCTTTTAACAATTCTTTCAA-GGA--TAAA-TT-GAACAG-T-----CTGTCAAGACTGGGCA-TGTC-TCTG-TTTTCGG-TAGCTTTGTAT-CCCCTAAT-CT--AGGCTTGAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTATTAATT-GATGGT-AGT-TTTAAATCAGG-T-ACTT--GTG-----GGA-A-GTTTCTGAATTC-A-TTCAGT---T-TGGATTTG----TAAATATTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGAC-TTA--AGGATTTCT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGGATCA-TA-CTGGAATT-TT-GACCTC--TGA-GTTGGGACTGGAGTGATTTCAGAGC--------TG-TAATTTGGAAATC-TCTAAGGGACTGGGTCA-GGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGAT--GTCG-TCTAC-TTCTA-CAT--GC-CATTGCTTTCT-----C-TTC-TCATTAC-TTTT---C-TTCATTCC-AT-C-AGAGTAATG-GTC-CGCACTTT----CGAA-AA--AA--AAAATTTCC---------------AC--T-T-CTGAA-T-CTTGTTTC-TTGTTTTTTGA-AA-T--AATATG-G-CCC-TCAATTT--CTTC---CGTCTC-TCTCTTAATT-CTTTC-TTTC-TTTG-CGG--TAATGAT-AT-C--TGCCAT---TTC--C------ACAATATCGTGT--TT---ATG-ATG--G-GA-ACTCATGACGCATT-TCA-TGC-AGA-CCGGGA--CA-TCACA-CTG--T-TGA-CAGTG-G-GC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAAT--G-AGAT--G--TACACT--G--A--GGGAA-----CACCAG-C-TGGA--------CTGT--GCG--TTTTGTG---AAGGGAA---CA-AT-GTCATGCTTCA-----TGGACTTGAGGC-TGTTGACATG-TT-TGT-TGATGCA-GTC--TGCACACAGACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-A-C-AGGCTTT-TCACA-GTTT-AGATCACA-AGTGA-TGAGCACCTGT---G-CCCT-GG-TCTTG---GCTGTAGCCAT----------A-T------CT-----A-----AAT--GG--T----GGTCA--T---ATCT-----------GCAAAA-A-TCA---A-G-AAA--AGAATA-TTTTT----ACAGCA--TC---AAAAA-T--G-A--AATacgaactgtgatcaatatcataagat
gi|7 : atgtactgtgacgtgtcagttgcggttttctcattgtTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAGC--ACGTCTTAAA-GTTTTAT-CTATA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCACTCCCACACAGGCA----ACAT---GCAATAGAGGATTAAGT---C-----CA---GTAG-GA-ATGGTT-GTA--------A-T-GGAT--TTGGCTTGGTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-TGAAAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCC------------AATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGGTA-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-C-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTGG----TAGTTAGTGACTGC-TGA-CACATTGTTTGAT-TTG--ATAATTTCT-TTGTTTTATTG-AACTGTTTGGGTCA-TGTCTGGAA-T-TC-GATTGT--TTA-TTTTGGATTGGTGAGATCTGAGAGCAGCCA---GG-AGATTC-----TC-TTTTATGGACTTCATCA-AGGAACCGAAAT----GACTG-A-AAATG-G-CG-TCAAT-TTCTT-GGT--GC-CAGGATTTTCT-GA-GC-GTT-TCTTTTC-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-AATTT--TG-GCC-A------T----CATA-AT--GG--ATATTTTGCTCT--------CT--GT--T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGG-AA-T--AATGGT-A-GAT-TCAATTT--CGTT---GGTTTC-CTTTTCAAGT-TTCTT-TTTC-TTGT-GGT--TGAAAAT-TT-C--TGGCAT---ATC--C-----T-TG--ACTTTGTGCCC---ATT-ATG--A-GGCACCAACTACACATTAAGA-AGC-A-AGACGGAA--CA-TCACA-TTG--C-TGG-CAAT--G-GC-CTCGGCCAT-CTCTG--TTCGTGTC--G-AAAT--TCACACTC---G-----GGAAA-----AGCCCT-T-TCTG--------T------C---TT---GA---AATGAAA---CGAAT-GTCATG-TT-----GTTGGTACTTGATCTTGTCCACGTGCTT-TAC-TGACACA-GTC--CACA-ACAAACTGAGT---TGACAGTTTGT--ACAG--AACTGCTGG-G-TAAGGCTTG-ACACA-A----AGGTCACACTGAGA-TGACCTCCTGT---G-CCGG-GA-GGTGG---GC--GGGCCAT--------T-A-T------CTGTGCAA-----AAC--TG--G----ATCTA--T---AAATAGATAAAAGAAA-AAAA-A-TCA---ATT-CTG--AG--TA-TTTGTAATACTAGTA--TAGTAGAAAA-G--ATA--AATGGT--AAA-T-T-A-AA---AAAAAAtacatcatgtgcgaatatcgaagaataactaatcaaaggaatatgtataatgacgaataaccaggaaattatgacaatatctaaaa
gi|8 : TACACGTACTA-GTGACA-ATGTCA-GTGACAG-T-GCCGTGTAAGT-CAAC--ACATTGTATC-ATTTTGT-CTCTT-CCATTAATCCA---AGCTC-T-ATCTGATCCAACACAGTCT----ACTC-------TC----CTTAACT---CTTTAACATTTGTTG-GA-ATGTTT-GCA--------A-T-CGCT--TTGGCTTGTTTTAATAA-TTCTGTAACAGA--TAAA-TT-GTAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTTCCCTAACTGT--AGACT-GAGT--TTTCTCCCTTGAATTGTGTTG-GTCTTAAGC-GATGGT-AGTGTTGA-ATCAGG-T-A-CAT-GT------GGA-ATGGCTCTGAATTC-A-TTCAGT---T-TAGATTTG----TAATTGTTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGAC-TTC--AGGATTTTT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGCATCA-TA-CTGGAA-T-TCTGACTTC--TGA-GTTTGGACTGTTGTGATTTCAGAGC--------TG-TAATTTGGAAATC-TCTCAGGGACTGGGTCT-GGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGAT--GTCG-TCTAC-TTCTA-CGT--GC-CATTGTTTT-------C-TTT-TATCTTT-ACTT---T-CC---TTC-AT-T-AAATT--TGAGTA-A------TGGGCCGTACATTCAG--AAATTTTCTTTT--------CA--A---CAA-CTGAA-T-CTTGTTTC-TTATTCT-TGGAAA-T--AATATC-G-CCT-TCAATTT--CCTC---TGTCTC-TCTCTTGATC-CTTTC-TTTCTTTGT--GC--TGATGAT-AT-T--TGCCAT---CTCCAC-----TATA--A-CATG-G-CCTCTATG-ACG--G-GA-ACTCTTGACACATT-TTA-TGC-AGA-CCGGGA--CA-TCACA-CTG--T-TGA-CAGTG-G-GC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAAT--G-AGAT--G--TACACT--G--A--GGAAA-----CACAAG-C-TGTA--------CTGTGAGT---TTTG-TG---AAGGGAA---CG-AC-GTCATG-TTTC--A--TGGACTTGAGGC-TGTTGACATG-CT-TGT-TGATGCA-GTC--TGCACAGAGACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-G-C-GGGTTTG-TCACA-GTTT-AAATCACA-GGTGA-TGAGCACCTGT---G-CCCGTGT-TATAG----CTGTAGCCAT----------A-T------CTG----A-----A----TG--GT---GATCA--T---ATCT-----------A-TGAA-AGACA---ATG-AAAG-AA--TA-TTTTC----ATttggttacagtattaaagaatggagtagtttttgttatggcaatgtg
gi|9 : aACATGTACTG-TTGACA-A-GTTGTG--ACGG----CCATGCAAGTTCTAC--ACATCGTATC-ATTTGTC-CTGTT-CCACTAATCCA---AGCTC-T-ATCTGATTCAACACTGTTACTCTACGT---A-AAT---GCTTTGACA---T-----TT---GTTG-GA-ATGTTT--TG--------A-TACACTA-TTGGCTTCTTTTAATAA-TTCTGTAACAGAATTAAA-TT-GGAGAC-TTCAATCTGT-A-GACTGG-CAG-GTC-TCTG-TGTCAG-TTAGCTTTG-ATTCCC-TAACTCCTAAAGCT--AGT--TCTCTCCCTGCG--TGGGTTG-GCTTTAAGT--ATGGTTAGT-GTTAAA-CA-G-TTACTT--GTG-----GG--ATGTTT-TCAATTC------AGTCATT-TTGATTCA----TAATTGTTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGA--TTC--AGA--TTTT-TTGTTTC-TT--AACAGTT-GGGCCA-TA-CTGGAA-T-TTTGACTCT--GAG-T---GGACTGTTT--ATT------CAGCT-----G-TAATTTGAAA-TC-TT-AAGGGACGG-GTCA-GGGTAC-AAGAT----TGTCA-A-AGATG--TCG-TC-AC-TT-TA-CAT--GC-CATTGTTTTCT--------TT-TATCTTTACTTT---C-TTCATTTA-ATTC-AGAAG--TA-ATC-C------C----TGCA-TT--TGGAAAATTCTTCTTT--------CG--A---CAT-CTGAA-C-TTGTAT-C-TTGTTCTTTTA-AA-T--AATATC-G-CGTGTCGATTT--CCTC---T-TCTCTCTTTTTGATT-CT-TC-TTTC-TTGT-GGTGGTGATGAT-AT-C--TC-CATTCCAAC--C-----CATA---TCATGT--------TT-ATGAAG-GG-ACTCATGA-GCATT-TCA-TGC-ATA-CCGGGAT-CA-TCACA-CTG--T-TGAACAGTA-G-CCTCTCA--CAT-CTCTGTGGGAAGAGT--A-TGATA-C--CACTG---G-----GTAAA-----AACCAG-G--CTGA-------CTGC--GT---TT---TAT--AAGGAAAA--CA-ATTGTCATG-TTTCATGACTTGAGCTGTGACATG-------G-TT-TGT-TGATG---GTC--TTCA-ACAA-CCGACT---TG-CAGCTGTT--ACAG--ATATGCTGG-A-C-GCGCTTG-TCACA-GTTTCAGATCACA-GTGGA-TGAGCACCT-TCCAG-TCTG-GA-AGTA-----------CCAT----------A-T------CT-----A-----AATG-TGTCA----ATCTG--TAAAACAA-----------A-AACA-A-TCA---ATG-ATATTTT--TA-TTTGC----ATCA-AATT----GAAAA-T--A-A--CAtacatctaagttaaaattacatcatgtccaaatatctaagaataattgatcaaaggaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TCATCAGTTGTACACATACTGACGGATGTCTGATTGGTACAGCACAAGTCATCTGATCCACCGCTGCGTGGGTGATAGTTTTTCTGTTTCCCGTGTATGACATGTTTCCAGTATTATTGGAGATATGATAAAATAGTTCTCCCTCTGTTCTCACTGTTTACTGCAATAGGGGCAATA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAACATCTGAATCTTGTTTCTTGTTTTTGGAAATAA
Alignments
lowQualScore : 1 33333333333 222222222222222 1111111111111 1 1 1 11111 222222 1111 44444444 11 22222222222222 111111 333333333333333333 1 2222222222222222222222222 11111 3333333 44444444444444444444444444444444444 111 333333333 111111 222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 3333333 1 11111 2222222222222 111 44444444 1 1 2222 222
lowQualScore : 1 3 3 8 0 888 3 44 55 0 3 55 6666 3 3 22 4 88888 0 77777777777 1 777777777777777 1 3 3 2 9999999999999 44 1 88 22 0 3 44 3 44 3 6 6 2 4 3 11 44 3 44 66 1 3 3 3 2 666 3 77 77777 77 1 999 6 555 3 3 7777 2 33 3 3 3 1 44 666 3 5 3 1 3 4 3 3 44 1 4444 5 4 1 2 22222 3 444444 3 1 0 33 1 1 6666 0 3 3 6666 3 3 777 44 3 1 33333333 3 6 555 3 1 3 3 3 5 1 88 33 11111111111111 3 222222 1 0 1 222222222222222222 6 3 444 3 1 6 0 44 4444 999 3 44 0 888 2 4 2 2 1 2 2 444444 0 1 33 2 444 2 1 555 6666666666666666666666666 3 4444 3 8 11 5 3 44 88888 77 3 3 44 3 55 3 3 3 44 3 44 1 3 1 44 1 88888 1 4444444 3 3 44 66666666666666666666666666666666666 999 333 0 999 3 3 333333333 777777 4 0 3 3 0 3 1 55 3 7777 0 1 555 2 44 44 2 3 444 44 888888 3 3 1 44 3 1 88888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 3 3 0 5555 4 1 0000000 66 66 3 11111 6666666666666 6 111 00000000 1 0 6 3 3 8888 111
lowQualScore : . . . . . ... . .. .. . . .. .... . . .. . ..... . ........... . ............... . . . . ............. .. . .. .. . . .. . .. . . . . . . .. .. . .. .. . . . . . ... . .. ..... .. . ... . ... . . .... . .. . . . . .. ... . . . . . . . . .. . .... . . . . ..... . ...... . . . .. . . .... . . . .... . . ... .. . . ........ . . ... . . . . . . . .. .. .............. . ...... . . . .................. . . ... . . . . .. .... ... . .. . ... . . . . . . . ...... . . .. . ... . . ... ......................... . .... . . .. . . .. ..... .. . . .. . .. . . . .. . .. . . . .. . ..... . ....... . . .. ................................... ... ... . ... . . ......... ...... . . . . . . . .. . .... . . ... . .. .. . . ... .. ...... . . . .. . . ..... ................................................................................................... . . . . .... . . ....... .. .. . ..... ............. . ... ........ . . . . . .... ...
lowQualScore : 0 6 6 8 9 888 3 66 88 3 3 00 7777 6 6 44 5 22222 8 44444444444 0 666666666666666 0 6 6 6 3333333333333 00 9 66 00 1 3 66 3 33 3 7 7 2 6 3 22 22 1 22 44 5 1 1 1 1 888 1 33 77777 77 0 222 7 888 3 5 1111 2 22 3 3 7 2 33 999 3 9 3 0 1 3 3 3 66 0 9999 0 0 3 5 00000 1 555555 1 4 4 77 9 0 5555 5 1 1 2222 1 1 222 22 1 0 88888888 3 7 888 3 0 3 3 3 8 3 33 66 66666666666666 3 000000 8 9 0 555555555555555555 7 8 333 3 7 7 0 66 0000 444 3 22 5 555 9 5 4 9 1 9 9 444444 4 4 99 9 999 1 0 444 6666666666666666666666666 3 8888 3 4 44 0 3 33 77777 99 3 3 66 3 55 3 3 3 66 3 66 0 3 6 66 0 33333 0 4444444 3 3 88 11111111111111111111111111111111111 222 888 8 222 3 3 000000000 888888 4 8 3 3 1 3 6 11 3 6666 4 1 888 9 66 66 8 3 888 33 000000 3 3 0 66 3 4 33333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 6 6 5 1111 0 0 1111111 11 33 3 00000 2222222222222 7 777 88888888 0 0 7 3 7 3333 000
consensus : NNNNNNNAGNCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-CGTTTTAT-CTTTA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCGCTCCNACACAGGCA----ACAT---GGAATAGAGGNTTAACT---C-----CA---GTNG-GA-ATGCTT-G---------CGAT-CGAT--TTGGCTTNNTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TN-GGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGNATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTCG----TAGTTGGTGACTTC-AGA-CACGTTGTTTGAC-TTC--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACNGTTTGGGTCA-TGTCTGGAA-TTC-GAC--TTTTNA-T--TTCGGACTGGTGNGATTTTAGAGCAGCCA---GG-TGATTC-----TC-TTTCATGGACTTCGTCAGGGNACCAAGAT----TGTCG-A-AGATG-GTCG-TCTAC-TTCTT-CGT--GC-CAGNATTTTCT-G--GC-TTT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-AGATT--TG-GTC-C------T----CGTA-ATN--G--ATATTTTNCTTT--------CT--A---T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--AATGGT-G-CAT-TCAATTT--CCTC---GGTCTC-CTTTTCGAGT-CTCTT-TTTCTT-GT-CGT--TGAAAAT-NT-C--TGGCATNTC---C-----TATA--ATCGTGTG-CC---ATT-ATG--G-GG-ACCGANGACGCATT-TCA-NGC-A-A-CCGGGA--CA-TCACA-TTG--T-TGG-CAGTG-G-GC-CTCG--CAT-CTCTG--GTNGGAGTG-AGA--TNCA-----CACT--NN--G-G-AAAA-ACCA--------GC-----T---CT--CTGTG---C---TT---TG---AAGGGAA---CG-AT-GTCATGCT----GGNTGGAGCTT-GAGNTTGTCCACGTG-TT-TGC-TGACGCA-GTC--CGCACACAAACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCCGG-G-C-AGGCTTG-NCACA-G----AGGTCACA-GGTGA-TGANCTCCTGT--G-CCCG-----GG-C-GTA-GGC--T-TAGCCAT--------C-G-T------CNG----A-----AAT--TG--G----ANCCG--TA---CAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--ANTA-TTTNT-AT-CG-A--T-GAAAA-TAA--A--ATAGTT-AA-AT-NT-A-AA-TGA---AAAAAAAAC----GCAGATTATT-TCATAGGTATAA-GGNGT----GGGTGGTGGTATAACGTTCA
Reference ( family-2540 ) : NNNNNNNAGNCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-CGTTTTAT-CTTTA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCGCTCCNACACAGGCA----ACAT---GGAATAGAGGNTTAACT---C-----CA---GTNG-GA-ATGCTT-G---------CGAT-CGAT--TTGGCTTNNTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TN-GGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGNATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTCG----TAGTTGGTGACTTC-AGA-CACGTTGTTTGAC-TTC--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACNGTTTGGGTCA-TGTCTGGAA-TTC-GAC--TTTTNA-T--TTCGGACTGGTGNGATTTTAGAGCAGCCA---GG-TGATTC-----TC-TTTCATGGACTTCGTCAGGGNACCAAGAT----TGTCG-A-AGATG-GTCG-TCTAC-TTCTT-CGT--GC-CAGNATTTTCT-G--GC-TTT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-AGATT--TG-GTC-C------T----CGTA-ATN--G--ATATTTTNCTTT--------CT--A---T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--AATGGT-G-CAT-TCAATTT--CCTC---GGTCTC-CTTTTCGAGT-CTCTT-TTTCTT-GT-CGT--TGAAAAT-NT-C--NGGCATNTC---C-----TATA--ATCGTGTG-CC---ATT-ATG--G-GG-ACCGANGACGCATT-TCA-NGC-A-A-CCGGGA--CA-TCACA-TTG--T-TGG-CAGTG-G-GC-CTCG--CAT-CTCTG--GTNGGAGTG-AGA--TNCA-----CNC---GN--G-G-AAAA-GCCA--------NC-----T---CTG-CTGTG---C---TT---TG---AAGGGAA---CG-AT-GTCATGTT----GGCTGGAGCTG-GAGCTTGTCCACGTG-TT-TGC-TGACGCA-GTC--CGCACACAAACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCCGG-G-C-AGGCTTG-NCACA-G----AGGTCACA-GGTGA-TGANCTCCTGT--G-CCCG-----GG-C-GTA-GGC--T-TAGCCAT--------C-G-T------CNG----A-----AAT--TG--G----ANCCG--TA---CAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--ANTA-TTTNT-NT-CG-A--T-GAAAA-TAA--A--ATAGTT-AA-AT-NT-A-AA-TGA---AAAAAAGAC----GCAGANTATT-TCATAAGTATAA-GGGGT----GGGTGGTGGTATAACGTTCA
gi|1 : GTCTATACATGTGGTGTGTGACAAGTGTCC-GT-AAGG-AACCCGTGTATGT-CAAC--A-GTCTTAT-GGTTT-ATGCTTCAACCACTAACC-A---GGCTTTC-ATCCACTCC-ACACAGGCA----ACAT---GAAATAGAGGAT-AAC----------CA----TAG-GA-ATGCGT-A---------AG-T-AAATAATTAGCTTGGTCTAAC-GCTTTTGTAA-AGA--TAAAATG-TGAGAC-TTCC-T--GTCAAGACTGGACAGTGTTGTCTGCTGTTCAGCTAGCCTTGTATTCTCCTAA--CC--AGGCT-GAGT--TCTCTCC-TTGCAT-GTGTTTTGTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGAC-TCA-A-T-AT-A--GTA-----GGCGATGTTTCATTATTC-C-TCGAGT-------GATGCGATGGTAGTTAGTGACTACGAGAACAT-TTGTTTGAT-TT---GGAATTTCT-TTTTTTTGTTG-A-CTGTT--GGTCA-TGTCTGGAA-TTT-TCC--TTTTTA-T--TTCGGACTGGTGAGATTTAAGAGCA-CCA---GA-GGAGTT-----TGATTTTATGGTTTTCA-CAAG-AACCGAAAT----TATCG-ATAAATG-GT-G-TCGAC-TTCTT-GGT--GC-CAGGATTTTCT-G--TG-GGT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTCTAT-C-A-ATT--TG---C-C------A----CATA-AT---G--ATATTTTGCTAT--------CT--C---C-T-TCTCA-T-TTTTCTTCTTTATATTGTGGAA-T--A--GGTAG-C---TCAATTT--CTTC---GGTCT---TTTGCACATACTC---TTTCTT-GT-CGC--TAAAAAA-TT-C--TGGCATATC---T-----TGAC--TTTGTGT--CC---ATT-ATG--G-AG-ACCAAATATGCATC-TCAGGGC-A-A-CTGGAAATTAGTCGCA-TTG--TCTGG-CA-TGAA-AT-CTCG--CAT-TTCTG--GTTGGTGTG-A-C--TTCATCAACCAT---CA--G-A-AGAA-ATCAAGTTGTATTC-----T---TT--CTGT----C---TT---TG---AATTAAT---GG-AT-TTCATG-T----GGTTGGTACTT-CCGCTTGATCACGTG-TTATAT-TAA-ACAGGTC--CACACACAAACGCAATGAGTGACA-TTGTTGGACAGGAAACTGCTTG-G---AGGCTTG-ACACATA----AGGTCACA-GGTGA-TGAACTTCTGT--GACCTGTGAATGG-C-AT---GC--A-TAACTGT--------C-A-T------C---------------------------ACTG--TA----AT-----------A-A--CAACAT-CAAT--ATA--
gi|10 : atcaggactaagcatactgaccaagagattgctccctgacttagtacagcatatagttgtttggactgcccagccctgtgtgtggttatcagcgtcttctgtttctcacctgtctgacaatgttcactcattctacttttaacatacactgttatacagctctccctgtctgtcactgtgaatgttcattaggctACATGTACTG-GTGACA-GTGTCA-GTGACAG-T-GCCATGAATGT-CAAC--AAGCCGTAT-CATTTTGT-CTTTT-CCACAAATCCA---AGCTC-T-ATCTGATCCAACACAGGCT----ACTC-------TC----CTTAACTGTGCGA---CATTTGTTG-GA-ATGTTT-G---------CAAT-CACT--TTGGCTTCTTTTAATAA-TTCTGCAATAGA--AAAA-TT-GGAGAC-TTCA-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTCCCCTAACTCT--ATGCA-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTATGTTG-GTTTTAAGT-GATGGC-AAT-GTTAAATCA-GGT-ACTT--GAA-----GG--ATGTTTTTGAATTC-AGTC-AGT---T-TGGATTCA----AAGCTGTTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGAA-TTC--AGGATTTTT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGGATCA-GAACTGGAC-TTCTGAC--TTCTGA-G--TTGGGACTGGCATGATTTCAGAGCTGTGATTTGG-TGAT--------C-TCTAAGGGACTGGGTCAGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGATG--TCG-TCTAC-TTTAC-TGT---C-CATTGTTTTCT-------TTTATCTTTAC-TTTT---C-TTCATTAA-AT-C-AGAGTAATG-GGC-CG-----T----TACA-TTC--G--GAAATTTTCTTT--------TTCGA---CAT-CTGAA-T-CTTGTTTC-CTGTTCTTTAGAAAT--AATGTC-G-CCT-TCAATTT--CCTC---TGTCTC-TCTTTTGATT-CTTTC-TTTCTT-GG-TGG--TAATGAT-GT-T--GGCCATCTC---C------ACA--ATAACATG-AC---ATTGATG--G-GA-ACTCATGACGCATT-TCA-TGC-AGA-CCGGGA--CA-TCACA-CTG--T-TGA-CAGTG-G-CC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATG-AGA--TGTA-----CACT--GA--G-G-GAAC-ACAA--------GC-----TGGACTG--TGCG---C---TT---TGTG-AAGGGAA---CG-AT-GTCATGCT----TCCTGGA-CTT-GAGGTTGTTGACATG-TT-TGT-TGATGCA-GTC--TGCACACAGACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-A-C-GGGCTTG-TCACA-GTTT-AGATCACA-GGTGA-TGAGCTCCTGT--G-CCCA-----AG-TGGTA-GCA--G-TAGCCATATCTAATCT-GTT------CAA----A-----AAT------A----AACCA--AA---CA------------A-A--CAA-AA-CAATGAATG--GATA-TTTTA-CA-CC-A--T-CAAAGTTAA--A--ATttagacaacagaaatcatatcgtgttaatatct
gi|11 : CTGGCAACGTTTGCAA-ATA--TAAA-TA-AGAAACCTTAC-TCTGCCT-GAATGGACAGTGTTGTGTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCTCTAATTCG--AGACT-GAGT--TTTCTTCCCTGAGCTGTGTTT-GTTTTCAGT-GATGGC-ATT-TTGACATCA-A-T-ATCA--AGA-----GGC-ACGTTCCTGTATTC-C-CCGAGT---T-TAGATCTA----TAATTGGTGACTTC-AGA-CAC-TT-TTTGCC-CCCCAAGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACCTTTTGAATCA-TTTCGGAAA-TTC-TAT--TTTTTA-T--TTCAGATTGGTGAGTTGTTAGAGCAGCCA---TT-TGATTA-----TA-TTTCATGGATTTGACCATAGAACCAATAT----CATCG-A-AAATG-GT-G-TCTAC-TGCTT-GGT--GC-CAGAATTGTCT-GT-GA-TTT-TCTCTTT-CTTT---T-TCCAGTTC-AC-C-AAAGT--TG-GTC-A------T----TGTA-ATA--A--ATAATGTGGATT--------GT--GT--T-T-CTTCA-A-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--AATGGT-G-AAT-TCAATTT--CTTT---GGTTTC-TTTTTCAATT-TCCAT-CTTTTT-GT-CAT--T-AAAATGTT-C--CGGCATTTC---C-----T-TA--ACTTTGTGTCC---ATT-ATG--G-GG-CCCAAGTATGCATT-TCA-GGCAA-A-CTGGTA--CA-TCACA-TTG--T-TGG-CAATG-G-AC-CTCG--CAT-CTCTG--GTTGGAGTG-AGAAGTACA-----CTC---G---G-G-AAAA-GCCA--------TC-----T---TT--CTATA-------TT---TG---AAAGGGA---TA-GT-ATCATGTA----ATATGGAGCC--GAGTTTGTCCACGTG-CT-TTC-T----CA------------------GATT---T---------T--ACAG--AATTGCCGGTG-T-A-GTTTG-GTACG-G----TAGTCACA-GATGA-TAATACCCTGT--A-CCTG-----GG--------------TAGCCGT--------CTG-T------CTG----A-----AAT--TA--A----AAATG--TT---CA------------------AA-TT-TATTG-GAA--AGT--TTTGT-AC----A--T-GAACT-TGT--T--ATAATT----AT-TC-A-TA-TGGTATAAGAAAAAC-----TGAATTATGATTATTGGTACAATGGTATATTGGGGTGGTGGTAtctactgataaattaattcaagagtattt
gi|12 : CA-TGTTTAGAA-TAC-AAC--AATTTA-T--TTTGGACAGGTGGGAATTTAGAGCAGCCA---GA-CGAATC-----TC-TTTTATGGAATTCATCAAAGACCCAAGTG----TATCA-A-AAATG-GT-G-TCTAC-TTCTT-GGT--GC-CAGGATTTTCT-AT-GC-CTT-TCTTTTT-CTGT---T-TCCAGTTC-GT-C-ACATT--TG-ATC-G------T----TGTA-AGA--G--ATATTTTGCTTT--------CT--G---T-TTCTTTA-C-ATTTCCTC-CTGTACTTTGGAA-T--AATAGT-G-GAT-TCAATTT--CTTT---GGTTTC-TTTTTCTAGT-TTCCT-TTTCTT-GT-CAT--TAAGATT-TT-C--CGGCAATTC---C-----TTTAG-ATGGTGTC-CC----TT-ATG--C-GG-ACCGAGGATGCATT-TCA-GGC-A-AACTGGGA--CA-TCACA-TTG--C-TGA-CAGTG-A-GT-CTCG--CAT-TTCTG--GTTAAAGTG-AAA--TTCA-----CAC---ACCTG-G-AGAG-GCGA---------C-----T---TT--CTAT----C---TT---TG---AAAGAAA---CG-AT-GTCATG-A----GG--AGAG-TC-GAGTTTCTCCACATG-TT-TAC-TGACACA-GCT--TACACACAAACTAACC---TGGCAGTTGTT--ACAG--AATTTTAAA-G-C-AGACTTG-GTACA-A----AGGTCACA-GGTGA-TGATCTTTAAA--G-CTTG-----GG-TGGTG-GGT--G-TGGTCAT--------G-G-T------gtcgttgttgtacag
gi|13 : TTTACATGTGGTG-GTGATA-GTATCCCGT-ACAG-A-CCCATGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-GGTTTTTT-CTTGA-CCACCAACCCA---GACTT-C-ATCCCCTCCCACACAGGCA----ACAT---GGCCTAGAGGATTAACT---C-----CA---GTAG-GA-ATGGTT-G---------CAAT-TGAT--TTGGCTTCCTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-TGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTAGACAGTGTTGTTTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCTCCCAATTCC--AAGCT-GAGT--TCTCTCCCTTTGACTGTGTTA-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTCTTGAATTC-C-TCTAGT---T-TGGATTTG----TAGTTAGTGATTGC-AGA-CATATTGTTTGAC-CTT--AGAATATCT-TTGTTTTGTTG-AACTGTCTGGGTCA-TGTCTgtgtctgttaaaggataaattaatgtctgtttgaaatccaagtaaatatttgtaaatga
gi|15 : gtGCCTTGTACTCTTCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCCCCCTTGGGTTGTGTTT-GTCTTCAGT-TTTGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GCA-----GGC-ATGCTCCTGTA
gi|16 : tTGGTGAGACTTTAAAGCAGCCA---GT-TGACCA-----TA-TTTCATGGATGTCATCACAAAACCCAACT----TATTA-A-AAATG-G-CA-TTTAT-TTCTA-CAT--GC-CAGAATCT
gi|17 : tAGAGTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGCCCCGC-ATAG-A-CCCGTGTATGT-TAAC--ACGTCTTAT-GGTTTTAT-CTGCA-CCACT
gi|18 : ATTT--CTTC---GGTTTC-CTTTTCAAGT-TTCTT-TATCTT-GT-CGT--TGAAAAT-TT-C--
gi|19 : -CTTCTCAAGT-TTCTT-TTTCTG-GT-CAT--TGAAATT-TT-C--TGGCATATT---C-----T
gi|2 : AGGCTTGGCATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-TCCGTGTATGT-CAAC--CCGTCTTAT-GATTTTAT-CTTCA-CCACCTACCCACCAGGCTT-C-ATCCACTCCCACACAGGCA----ATAT---GAAATAGAGGATGAATT---C-----CA---GTAG-GA-ATGCTT-G---------TAAT-TGAT--TTGGCTTGGTCTAACAGCTTTGGTAA-AGA--TAAA-TA-GGAGAC-TTCC-ACTGTCA-GACTGGACAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTTTCCCAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTAGGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTTG----TAGTTAATGACTGC-AGA-CACATTGTTTAAC-TTT--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACTATTTGGGTCA-TGTCTGGAA-TAC-AGT--TATTAA-T--TTTGGATTGGTGAGATTTTAGGGCAGCGA---GG-TGATTC-----TC-TTTCATAGATTTCATCAAATTCCCAAGTG----TATCG-A-AAATT-GT-G-TCTAC-TTCTT-GGT--GC-CAGAATTTTCTAA--GC-TTT-TCTTTTT-CTTT---T-TCAATTTC-AT-C-ACATT--TG-GTC-C------T----TGTA-ATA--G--ATATTTTGCTTT--------CT--A---T-T-CTTCAGTGTTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-TTGAATGGT-GATAT-TCAATTT--CTGT---GGTTTC-CTTTTCAAGT-CTCTT-TTTCTT-GT-CAT--TAAAAAT-GT-CAAGGACATATC---T-----TGTA--ATTGTGTG-AC---ATT-G-G--G-GG-ACCAATCACGCATT-TCA-GGC-A-A-CTGGAA--CA-TCACA-TTG--T-TG---AGTA-G-GC-CTCG--CATCCTCTG--GTTGGAGTG-AAA--CTCA-----CCCAGTAT--G-G-AAAG-ATCA--------CA-----T---CT--CTGT----C---TT---TA---AAAGGAA---CG-AT-ATTGTG-G----GGCTGGTGCTG-TAGCTTCTCTACGTG-TT-TAC-TAAAACA-GTC--CAGACATAACCCAATT---TGACAACTGTC--ACAG--AATTGCTTG-G-C-AGGCTTA-ACACA-A----AGATCACA-CGTGA-TGACCTTCTGT--G-CCTG-----GGAC-GTA-GAC--T-CGGCCAT--------C-G-T------CAG----A-----AAC--TG--A----AACTA--TA---CAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--ATTA-TTTCT-TT-TG-A--T-GAAGA-TAA--G--ATAGTTGAA-AT-ATAA-AA-TGA---AAAAAAAAC----ATAGACTATT-TCATAG--ATAA-GGGGT----GGGTGGTGGTATAACGTTCAtga
gi|3 : ttagggaTACATGTACTG-GTAACA-GTG-ACAGTGACAGTG-TCCATGCAAGA-CAAC--ACATCGTATTCATTTTGT-CTCTT-CCACTAATC-A---AGCTC-T-ATCTGATCCAACA-AGGCT----ACGTTACGAAAC---TGTTTGACA---T-----TT---GTTG-AA-ATGTTTTG---------CAAA-CACT--CTGGTTCAGT-TAATAA-TTCTGTGACAGA--TAAA-AATGGAGAC-TTTCATCTGTCA-GA-TGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTCCCCTAACTCG--TGGCT-GAGTTATCTCTCCCTTGGATTGTGTT--GTTTTAAGTAGATGGT-GG---TAGTGTTA-A-A-ATCATGGTAAATGTGGCGATGTTTCTGAATTCAG-TC-AGT---TATAGATTTA----TAATT-GTGACATC-AGA--AAGTTGTTAGACTTTT--AGATTGCTT-TTGTTTT-CTG-AACA---TGGATCACTAT-TGGAA-TTCTGAC--TTCTGAGT--TGGGGACTGTTGTGA-TTCAGAGCTGTAATTTGGCTAATTC-----TC-T---AAGGACTGGGTCAGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGAT--GTCGATCTACTTTCTTACATTAGC-C--CATTGTTT-GT-TC-TTT-TATCTTTACTTT---TCTTCATTAC-AT-C-AGAAGAATG-GTC-C------G----TGCA-TTC--GGAAAATCTTTCTTTTCGACCAACTGAA---T-T-CTT---G-TTTTCTTT-T----CT-TGGAA-T--AATATT-G-CCT-TCGATTT--CCTCT--TGTCTC-TCTTT--AAT-CTTTC-TGTCTT-TTGCGG--TGATGAT-GT-C--T-GCATCTC---CACCAATA-A--ATCGTGT--------TT-ATG--ATGA-ACTCATGA-GCATT-TCA-TGC-ATACCCGGGA--CA-TTACACTTGTCT-TGA-CAGTG-GCGC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATGCAGA--TGTA-----CACT--GA--G-G-GAAC-ACCA--------GC-----T---GGA-CTGTG---CCGTTT---TGTGCACAGGAAGACTG-AT-ATCACGCT----TCATGGA-CTT-GAGGCTGTTGACGTG-TT-TGCTTAATGCA-GTCTTTGCACACAGAGCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-GAC-AGGCTTGTCCACA-T----AGATCACA-GGTGATTGAGCTCCTGT--G-CCCA-----GG-T-CTT-AGCAGT-TAGCTA-----------G-C------CCG----ATATCTAATGGTG--GTCATATCTGCCTA---AAA-----------C-A--GAA-AG-CAATG-AAG--GATACTCTTT-AT-TGCA--T-CAAAGTTGA--A--ATAACA-AG-CT-AT-G-AACTGA---AActtaatatgaacct
gi|4 : ACATATGGTG-GTGACA-GTGTCTCGT-ACAG-A-CCCGTGTGTGT-CAAC--ACGTCTTAT-CGTTTTAT-TTTTA-CTACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCACTCCCACACAGGCA----ACAT---GGCGTAAAGGTTTAAGT---C-----CA---GTAG-GA-ATGGTT-T---------TGAT-TGAT--TTGGCTTGGTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-GGATAC-TTCC-TCTGTCA-GACCGGACGGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCTCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTTTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGATATCA-A-T-ATCA--GAA-----GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGTTTTG----TAGTTAGTGATTAC-AGA-CACATTGTTTGAC-TTC--AAAAGTTATCTTGTTTTGTTGAAACTGTTT-GGTCA-TGTC-GGAA-T---AACAGTTATAG-TTATTTGGATT-GTGC--TCTTAGAGCAGCCA---GG-TGATTC-----TC-TTTCAT-GATTTCATC--TGAACCCAGATGTCATTTCGAA-AAATGTGT-A-TCTAC-TCGTT-GGT--GCAGAGTATTTTCT-GTAGCTTTT-TCTTTTT-CTTTGTAT-TCCAGTTC-AT-CTACATTTATG-ATCAC------T----GTTA-ATG--G--ATGATTTGCTTT--------CT--AAGTT-T-CTTCA-T-TTTTCTCC-TTGTAC-GTGGAATT--AAT-GT-G-AAT-TCAATTTTGCTTCTGTGGTTTC-CTTTTCAAGT-TCTTT-TTTCTT-AT-CAT--GAAAAAT-GTCC--AGGCATATC---T-----T-TA--ATTTTGTGTCC---ATT-ATG--G-GA-ACCAAGCATGCATT-TCA-GGCAA-A-CTGGAA--TA-TCGCA-TTG--C-TGG-CAGTG-A-AC-CTCG--CAT-CTCTG--GTTTGAGTG-AAA--CTCG-----CAC---TC--GTG-ATAA-GCCA--------CC---------CTT-CTGT----C---TT---TG---AAATGAA---CG-AT-GTCATG-T----GGTTGATATTT-GAGCTTTTGCACATG-CT-TAC-TTACACA-GTC--CACACACAACCTGAGT---TGACAGTTGTT--ACAG--TATTGCCTG-G-C-AGACTTG-ACACA-A----AGGTCACA-GGTGA-TGACCTCCTGT--G-CCTG-----GGAC-GTA-GAC--T-CAGCCAT--------C-G-T------CAG----A-----AGC--TG--A----AATTG--TA---CAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--AC-A---TCT-GT-TG-A--T-AAAGA-TAA--AATATAGTT-CATGT-CT-ACAA-TGA---TAAAAA--------CAGATTATT-TCACAAGTATAA-GGAGT----GGGTGGTGATAT---GTTCAcatcttatataattaataaatagaaatag
gi|5 : AGCCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTATCCTGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-GGTTTTAT-CTTTA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATTCACTCCCACACAGGCA----ACAT---CGTATAGAGGTTGAACT---T-----CA---GTAT-GA-ATGCTT-G---------TGAT-TGAT--TTGGCTTCTTCTAGCGGATTTTGTAC-ATG--TGAA-TA-AGAGTC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGACAGTGTTGTCTG-TATCAGGTTAGCCTTAAATTCTCCAAATTCA--AGGCT-TAGT--TCTCTCCCTTGGACTGTGTCA-GTTTTCAGT-GAAGGT-ATT-TTGACATCA-T-T-GTCA--GTA-----GGC-ATGTTCCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTGG----TAGTTGGTTACTTC-AGA-CAAGCTTCTTGAA-TTC--ACAAGTTTT-TTGTTTTGTTG-AACTGTTTTATCCA-TGTCTGAAA-TTC-GAT--TTTTTA-T--TTCACATTGGTGAGATTTTATAGCAGAAA---TG-CGATTA-----TC-TCTCGTGGACGTCATCAAAGAACCCAGCT----TATAG-A-AGATG-GT-A-TCTAC-TTCTT-TGT--GC-CAGAATTTTCT-AC-TC-TTC-TCCCTTT-CTTT---T-TCCAGATC-AT-C-AAGTT--TG-CCC-A------T----TGTA-CTT--A--ATACTTTCCATT--------CTG-A---T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-CTGTATTGAGGAA-T--GATAAT-G-GAC-TCAATTT--CCT----GGTTTT-CTCTTTCAAT-ATATTGTTTCTT-GT-C-----GAAAAT-AT-C--AGACAGAT----C-----TATAT-AT-GTGTGTCC---ATT-ATG--T-AG-ACCAAGGATGCATT-TCA-AACAA-A-CTGGGA--CA-TCACA-TTC--T-TCG-CAGTG-G-GC-CTCA--CAT-CTCTG--ATTTGAGTG-ATA--TTCA-----CAC---TC--G-G-GAAACGCCA--------GCCGCATT---TTT-CTAT----C---TT---TG---AAGTTAA---CG-AT-GTCGTG-T----GGTTGGTACTT-GAGTTTGCCCACGTG-TT-TAC-TAACACA-GTG--CTCACACAAACTTACT---TGACAACTGTT--ACAG--AATTGGCGG-G-T-AGGCTTG-CTACA-A----AGGTCACA-GCTTA-TGACCTCCTGT--G-CCTG-----GG-T-G---GAC--G-TAGCCAT--------T-G-TGTATTGTAG----A-----AGT--TG--G----ATCTG--TA---AAT-----------A-ATTAAACAT-CTATG-ATA--A-TA-TTTAT----------T-GAAAACTAATTG--ACAGT---A-AT-TT---AA-TGA---AAGAAAGTCATTAGCAGAATACT-GTATAAtgcagtgtat
gi|6 : GTGAACGT-CAACTTACATTTGCT-CATTTTGT-CGTTC-CTA-TAATCCA------TT-CTATCTAGACCAACACAGGCT----ACTT---C---------ATTAACT---------------TTGTGACATGCTT-GGATAAGTTTC-AT-CACT--TTG--CTCTTTTAACAATTCTTTCAA-GGA--TAAA-TT-GAACAG-T-----CTGTCAAGACTGGGCA-TGTC-TCTG-TTTTCGG-TAGCTTTGTAT-CCCCTAAT-CT--AGGCTTGAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTATTAATT-GATGGT-AGT-TTTAAATCAGG-T-ACTT--GTG-----GGA-A-GTTTCTGAATTC-A-TTCAGT---T-TGGATTTG----TAAATATTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGAC-TTA--AGGATTTCT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGGATCA-TA-CTGGAATTTT-GAC--CTCTGA-G--TTGGGACTGGAGTGATTTCAGAGC--------TG-TAATTTGGAAATC-TCTAAGGGACTGGGTCAGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGAT--GTCG-TCTAC-TTCTA-CAT--GC-CATTGCTTTCT-----C-TTC-TCATTAC-TTTT---C-TTCATTCC-AT-C-AGAGTAATG-GTC-CGCACTTT----CGAA-AAA--A--AAAATTTCC---------------AC--T-T-CTGAA-T-CTTGTTTC-TTGTTTTTTGAAA-T--AATATG-G-CCC-TCAATTT--CTTC---CGTCTC-TCTCTTAATT-CTTTC-TTTCTT-TG-CGG--TAATGAT-AT-C--TGCCATTTC---C------ACAATATCGTGT--TT---ATG-ATG--G-GA-ACTCATGACGCATT-TCA-TGC-AGA-CCGGGA--CA-TCACA-CTG--T-TGA-CAGTG-G-GC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATG-AGA--TGTA-----CACT--GA--G-G-GAAC-ACCA--------GC-----T---GGA-CTGTG---CG--TTTTGTG---AAGGGAA---CA-AT-GTCATGCT----TCATGGA-CTT-GAGGCTGTTGACATG-TT-TGT-TGATGCA-GTC--TGCACACAGACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-A-C-AGGCTTT-TCACA-GTTT-AGATCACA-AGTGA-TGAGCACCTGT--G-CCCT-----GG-T-CTT-GGC--TGTAGCCAT----------A-T------CT-----A-----AAT--GG--T----GGTCA--TA---TCT-----------GCA--AAA-AT-CAA-G-AAAAGAATA-TTTTT-AC-AGCA--TCAAAAA-TGA--A--ATaaagataacgaactgtgatcaatatcataagat
gi|7 : atgtactgtgacgtgtcagttgcggttttctcattgtTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAGC--ACGTCTTAA-AGTTTTAT-CTATA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCACTCCCACACAGGCA----ACAT---GCAATAGAGGATTAAGT---C-----CA---GTAG-GA-ATGGTT-G---------TAAT-GGAT--TTGGCTTGGTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-TGAAAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCC------------AATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGGTA-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-C-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTGG----TAGTTAGTGACTGC-TGA-CACATTGTTTGAT-TTG--ATAATTTCT-TTGTTTTATTG-AACTGTTTGGGTCA-TGTCTGGAA-TTC-GAT--TGTTTA-T--TTTGGATTGGTGAGATCTGAGAGCAGCCA---GG-AGATTC-----TC-TTTTATGGACTTCATCAAGGAACCGAAAT----GACTG-A-AAATG-G-CG-TCAAT-TTCTT-GGT--GC-CAGGATTTTCT-GA-GC-GTT-TCTTTTC-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-AATTT--TG-GCC-A------T----CATA-ATG--G--ATATTTTGCTCT--------CT--GT--T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--AATGGT-A-GAT-TCAATTT--CGTT---GGTTTC-CTTTTCAAGT-TTCTT-TTTCTT-GT-GGT--TGAAAAT-TT-C--TGGCATATC---C-----T-TG--ACTTTGTGCCC---ATT-ATG--A-GGCACCAACTACACATTAAGA-AGC-A-AGACGGAA--CA-TCACA-TTG--C-TGG-CAAT--G-GC-CTCGGCCAT-CTCTG--TTCGTGTCG-AAA--TTCA-----CACT--CG--G-G-AAAA-GCC----------C-----T---TT--CTGT----C---TT---GA---AATGAAA---CGAAT-GTCATGTT-----GTTGGTACTT-GATCTTGTCCACGTGCTT-TAC-TGACACA-GTC--CACA-ACAAACTGAGT---TGACAGTTTGT--ACAG--AACTGCTGG-G-TAAGGCTTG-ACACA-A----AGGTCACACTGAGA-TGACCTCCTGT--G-CCGG-----GA-G-GTG-GGC----GGGCCAT--------T-A-T------CTGTGCAA-----AAC--TG--G----ATCTA--TA---AATAGATAAAAGAAA-A--AAA-AT-CAATT-CTG--AGTA-TTTGTAATACT-A--G-TATAG-TAG--A--AAAGAT-AA-ATGGT-A-AA-TTA---AAAAAAAAtacatcatgtgcgaatatcgaagaataactaatcaaaggaatatgtataatgacgaataaccaggaaattatgacaatatctaaaa
gi|8 : TACACGTACTA-GTGACA-ATGTCA-GTGACAG-T-GCCGTGTAAGT-CAAC--ACATTGTAT-CATTTTGT-CTCTT-CCATTAATCCA---AGCTC-T-ATCTGATCCAACACAGTCT----ACTC-------TC----CTTAACT---CTTTAACATTTGTTG-GA-ATGTTT-G---------CAAT-CGCT--TTGGCTTGTTTTAATAA-TTCTGTAACAGA--TAAA-TT-GTAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTTCCCTAACTGT--AGACT-GAGT--TTTCTCCCTTGAATTGTGTTG-GTCTTAAGC-GATGGT-AGTGTTGA-ATCA-GGT-A-CAT-GT------GGA-ATGGCTCTGAATTC-A-TTCAGT---T-TAGATTTG----TAATTGTTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGAC-TTC--AGGATTTTT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGCATCA-TA-CTGGAA-TTCTGAC--TTCTGA-G--TTTGGACTGTTGTGATTTCAGAGC--------TG-TAATTTGGAAATC-TCTCAGGGACTGGGTCTGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGATG--TCG-TCTAC-TTCTA-CGT--GC-CATTGTTTTCT--------TT-TATCTTT-ACTT---T-CC---TTC-AT-T-AAATT--TGAGTA-A------TGGGCCGTACATTCAG--AAATTTTCTTTT--------CA--A---C-AACTGAA-T-CTTGTTTC-TTATTCT-TGGAAAT--AATATC-G-CCT-TCAATTT--CCTC---TGTCTC-TCTCTTGATC-CTTTC-TTTCTTTGT--GC--TGATGAT-AT-T--TGCCATCTC---CAC---TATA--A-CATG-G-CCTCTATG-ACG--G-GA-ACTCTTGACACATT-TTA-TGC-AGA-CCGGGA--CA-TCACA-CTG--T-TGA-CAGTG-G-GC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATG-AGA--TGTA-----CACT--GA--G-G-AAAC-ACAA--------GC-----T---GTA-CTGTGAGTT---TTG--TG---AAGGGAA---CG-AC-GTCATGTT----TCATGGA-CTT-GAGGCTGTTGACATG-CT-TGT-TGATGCA-GTC--TGCACAGAGACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-G-C-GGGTTTG-TCACA-GTTT-AAATCACA-GGTGA-TGAGCACCTGT--G-CCCG-----TG-T--TATAGC--TGTAGCCAT----------A-T------CTG----A-----A----TG--GT---GATCA--TA---TCT-----------A-T--GAA-AGACAATG-AAAG-AATA-TTTTC-AT-ttggttacagtattaaagaatggagtagtttttgttatggcaatgtg
gi|9 : aACATGTACTG-TTGACA-A-GTTGTG--ACGG----CCATGCAAGTTCTAC--ACATCGTAT-CATTTGTC-CTGTT-CCACTAATCCA---AGCTC-T-ATCTGATTCAACACTGTTACTCTACGT---A-AAT---GCTTTGACA---T-----TT---GTTG-GA-ATGTTT-----------TGATACACTA-TTGGCTTCTTTTAATAA-TTCTGTAACAGAATTAAA-TT-GGAGAC-TTCAATCTGT-A-GACTGG-CAG-GTC-TCTG-TGTCAG-TTAGCTTTG-ATTCCC-TAACTCCTAAAGCT--AGT--TCTCTCCCTGCG--TGGGTTG-GCTTTAAGT--ATGGTTAGT-GTTAAA-CA-G-TTACTT--GTG-----GG--ATGTTT-TCAATTC------AGTCATT-TTGATTCA----TAATTGTTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGA--TTC--AGA--TTTT-TTGTTTC-TT--AACAGTT-GGGCCA-TA-CTGGAA-TTTTGAC--TCTGAG-T-----GGACTGTTT--ATT------CAGCT-----G-TAATTTGAAA-TC-TT-AAGGGACGG-GTCAGGGTAC-AAGAT----TGTCA-A-AGATG--TCG-TC-AC-TT-TA-CAT--GC-CATTGTTTTCT--------TT-TATCTTTACTTT---C-TTCATTTA-ATTC-AGAAG--TA-ATC-C------C----TGCA-TTT--GGAAAATTCTTCTTT--------CG--A---CAT-CTGAA-C-TTGTAT-C-TTGTTCTTTTAAA-T--AATATC-G-CGTGTCGATTT--CCTC---T-TCTCTCTTTTTGATT-CT-TC-TTTCTT-GT-GGTGGTGATGAT-AT-C--TC-CATTCCAACC-----CATA---TCATGT--------TT-ATGAAG-GG-ACTCATGA-GCATT-TCA-TGC-ATA-CCGGGAT-CA-TCACA-CTG--T-TGAACAGTA-G-CCTCTCA--CAT-CTCTGTGGGAAGAGTA-TGA--TAC------CAC---TG--G-GTAAAA-ACCA--------GG---------CTGACTGCG---T---TT---TAT--AAGGAAAA--CA-ATTGTCATGTTTCATGACTTGAGCTGTGA-------CATG-G-TT-TGT-TGATG---GTC--TTCA-ACAA-CCGACT---TG-CAGCTGTT--ACAG--ATATGCTGG-A-C-GCGCTTG-TCACA-GTTTCAGATCACA-GTGGA-TGAGCACCTTCCAG-TCTG-----GA-A-GTA-----------CCAT----------A-T------CT-----A-----AATG-TGTCA----ATCTG--TAAAACAA-----------A-A--ACA-AT-CAATG-ATATTTTTA-TTTGC-AT-CA-AATT-GAAAA-TAA--tacatctaagttaaaattacatcatgtccaaatatctaagaataattgatcaaaggaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TCATCAGTTGTACACATACTGACGGATGTCTGATTGGTACAGCACAAGTCATCTGATCCACCGCTGCGTGGGTGATAGTTTTTCTGTTTCCCGTGTATGACATGTTTCCAGTATTATTGGAGATATGATAAAATAGTTCTCCCTCTGTTCTCACTGTTTACTGCAATAGGGGCAATA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAACATCTGAATCTTGTTTCTTGTTTTTGGAAATAA
Alignments
lowQualScore : 1 33333333333 222222222222222 1111111111111 1 1 1 11111 222222 1111 44444444 11 22222222222222 111111 333333333333333333 1 2222222222222222222222222 11111 33333333333333333333333333333333333 111 22222 22 222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 2222222 1 11111 2222222222222 111 33333333 1 1 2222 222
lowQualScore : 1 3 3 8 0 888 3 44 55 0 3 55 6666 3 3 22 4 88888 0 77777777777 1 777777777777777 1 3 3 2 9999999999999 44 1 88 22 0 3 44 3 44 3 6 6 2 4 3 11 44 3 44 66 1 3 3 3 2 666 3 77 77777 77 1 999 6 555 3 3 7777 2 33 3 3 3 1 44 666 3 5 3 1 3 4 3 3 44 1 4444 5 4 1 2 22222 3 444444 3 1 0 33 1 1 6666 0 3 3 6666 3 3 777 44 3 1 33333333 3 6 555 3 1 3 3 3 5 1 88 33 11111111111111 3 222222 1 0 1 222222222222222222 6 3 444 3 1 6 0 44 4444 999 3 44 0 888 2 4 2 2 1 2 2 444444 0 1 33 5555 0 3 1 555 6666666666666666666666666 3 4444 3 8 11 5 3 44 88888 77 3 3 44 3 55 3 3 3 44 3 44 1 3 555 1 77 22 3 11111111111111111111111111111111111 77 333 0 999 3 3 22222 00 1 3 22 6 3 0 3 1 55 3 7777 0 1 555 2 44 44 2 3 444 44 888888 3 3 1 44 3 1 88888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 3 3 0 5555 4 4 8888888 66 66 3 11111 6666666666666 6 111 55555555 1 0 6 3 1 8888 111
lowQualScore : . . . . . ... . .. .. . . .. .... . . .. . ..... . ........... . ............... . . . . ............. .. . .. .. . . .. . .. . . . . . . .. .. . .. .. . . . . . ... . .. ..... .. . ... . ... . . .... . .. . . . . .. ... . . . . . . . . .. . .... . . . . ..... . ...... . . . .. . . .... . . . .... . . ... .. . . ........ . . ... . . . . . . . .. .. .............. . ...... . . . .................. . . ... . . . . .. .... ... . .. . ... . . . . . . . ...... . . .. .... . . . ... ......................... . .... . . .. . . .. ..... .. . . .. . .. . . . .. . .. . . ... . .. .. . ................................... .. ... . ... . . ..... .. . . .. . . . . . .. . .... . . ... . .. .. . . ... .. ...... . . . .. . . ..... ................................................................................................... . . . . .... . . ....... .. .. . ..... ............. . ... ........ . . . . . .... ...
lowQualScore : 0 6 6 8 9 888 3 66 88 3 3 00 7777 6 6 44 5 22222 8 44444444444 0 666666666666666 0 6 6 6 3333333333333 00 9 66 00 1 3 66 3 33 3 7 7 2 6 3 22 22 1 22 44 5 1 1 1 1 888 1 33 77777 77 0 222 7 888 3 5 1111 2 22 3 3 7 2 33 999 3 9 3 0 1 3 3 3 66 0 9999 0 0 3 5 00000 1 555555 1 4 4 77 9 0 5555 5 1 1 2222 1 1 222 22 1 0 88888888 3 7 888 3 0 3 3 3 8 3 33 66 66666666666666 3 000000 8 9 0 555555555555555555 7 8 333 3 7 7 0 66 0000 444 3 22 5 555 9 5 4 9 1 9 9 444444 4 4 99 3333 2 1 0 444 6666666666666666666666666 3 8888 3 4 44 0 3 33 77777 99 3 3 66 3 55 3 3 3 66 3 66 0 3 888 0 99 00 5 00000000000000000000000000000000000 99 888 8 222 3 3 88888 00 0 3 66 7 3 1 3 6 11 3 6666 4 1 888 9 66 66 8 3 888 33 000000 3 3 0 66 3 4 33333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 6 6 5 1111 0 9 1111111 11 33 3 00000 2222222222222 7 777 11111111 2 0 7 3 0 3333 000
consensus : NNNNNNNAGNCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-CGTTTTAT-CTTTA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCGCTCCNACACAGGCA----ACAT---GGAATAGAGGNTTAACT---C-----CA---GTNG-GA-ATGCTT-G---------CGAT-CGAT--TTGGCTTNNTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TN-GGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGNATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTCG----TAGTTGGTGACTTC-AGA-CACGTTGTTTGAC-TTC--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACNGTTTGGGTCA-TGTCTGGAA-TTC-GAC--TTTTNA-T--TTCGGACTGGTGNGATTTTAGAGCAGCCA---GG-TGATTC-----TC-TTTCATGGACTTCGTCAGGGNACCAAGAT----TGTCG-A-AGATG-GTCG-TCTAC-TTCTT-CGT--GC-CAGNATTTTCT-G--GC-TTT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-AGATT--TG-GTC-C------T----CGTA-ATN--G--ATATTTTNCTTT--------CT--A---T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--AATGGT-G-CAT-TCAATTT--CCTC---GGTCTC-CTTTTCGAGT-CTCTT-TTTCTT-GT-CGT--TGAAAAT-NTC--T-GGC-ATNTC---C-----TATA--ATCGTGTG-CC---ATT-ATG--G-GG-ACCGANGACGCATT-TCA-NGC-A-A-CCGGGA--CA-TCACA-TTG--T-TGG-CAGTG-G-GC-CTCG--CAT-CTCTG--GTNGGAGTG-A---GATNCACAC--TCGGGAAACGCCAG--------C------T---TT-CTGTG---C---TT--TG---AAGGGAA---CG-AT-GTCATGCTNNNTGGNGCTTGAGCT-TGTCCACGTG-TT-TGC-TGACGCA-GTC--CGCACACAAACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCCGG-G-C-AGGCTTG-NCACA-G----AGGTCACA-GGTGA-TGANCTCCTGT--G-CCCG-----GG-C-GTA-GGC--T-TAGCCAT--------C-G-T------CNG----A-----AAT--TG--G----ANCCG--TA---CAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--ANTA-TTTNT-AT-CG-A--T-GAAAA-TAA--A--ATAGTT-AA-AT-NT-A-AA-TGA---AAAAAAAAC----GCAGATTATT-TCATAGGTATAA-GGNGT----GGGTGGTGGTATAACGTTCA
Reference ( family-2540 ) : NNNNNNNAGNCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-CGTTTTAT-CTTTA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCGCTCCNACACAGGCA----ACAT---GGAATAGAGGNTTAACT---C-----CA---GTNG-GA-ATGCTT-G---------CGAT-CGAT--TTGGCTTNNTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TN-GGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGNATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTCG----TAGTTGGTGACTTC-AGA-CACGTTGTTTGAC-TTC--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACNGTTTGGGTCA-TGTCTGGAA-TTC-GAC--TTTTNA-T--TTCGGACTGGTGNGATTTTAGAGCAGCCA---GG-TGATTC-----TC-TTTCATGGACTTCGTCAGGGNACCAAGAT----TGTCG-A-AGATG-GTCG-TCTAC-TTCTT-CGT--GC-CAGNATTTTCT-G--GC-TTT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-AGATT--TG-GTC-C------T----CGTA-ATN--G--ATATTTTNCTTT--------CT--A---T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--AATGGT-G-CAT-TCAATTT--CCTC---GGTCTC-CTTTTCGAGT-CTCTT-TTTCTT-GT-CGT--TGAAAAT-NTC--T-GGC-ATNTC---C-----TATA--ATCGTGTG-CC---ATT-ATG--G-GG-ACCGANGACGCATT-TCA-NGC-A-A-CCGGGA--CA-TCACA-TTG--T-TGG-CAGTG-G-GC-CTCG--CAT-CTCTG--GTNGGAGTG-A---GATNCACAC--TNNGGAAAAACCAG--------C------T---CT-CTGTG---C---TT--TG---AAGGGAA---CG-AT-GTCATGCTGGNTGGAGCTTGAGNT-TGTCCACGTG-TT-TGC-TGACGCA-GTC--CGCACACAAACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCCGG-G-C-AGGCTTG-NCACA-G----AGGTCACA-GGTGA-TGANCTCCTGT--G-CCCG-----GG-C-GTA-GGC--T-TAGCCAT--------C-G-T------CNG----A-----AAT--TG--G----ANCCG--TA---CAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--ANTA-TTTNT-AT-CG-A--T-GAAAA-TAA--A--ATAGTT-AA-AT-NT-A-AA-TGA---AAAAAAAAC----GCAGATTATT-TCATAGGTATAA-GGNGT----GGGTGGTGGTATAACGTTCA
gi|1 : GTCTATACATGTGGTGTGTGACAAGTGTCC-GT-AAGG-AACCCGTGTATGT-CAAC--A-GTCTTAT-GGTTT-ATGCTTCAACCACTAACC-A---GGCTTTC-ATCCACTCC-ACACAGGCA----ACAT---GAAATAGAGGAT-AAC----------CA----TAG-GA-ATGCGT-A---------AG-T-AAATAATTAGCTTGGTCTAAC-GCTTTTGTAA-AGA--TAAAATG-TGAGAC-TTCC-T--GTCAAGACTGGACAGTGTTGTCTGCTGTTCAGCTAGCCTTGTATTCTCCTAA--CC--AGGCT-GAGT--TCTCTCC-TTGCAT-GTGTTTTGTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGAC-TCA-A-T-AT-A--GTA-----GGCGATGTTTCATTATTC-C-TCGAGT-------GATGCGATGGTAGTTAGTGACTACGAGAACAT-TTGTTTGAT-TT---GGAATTTCT-TTTTTTTGTTG-A-CTGTT--GGTCA-TGTCTGGAA-TTT-TCC--TTTTTA-T--TTCGGACTGGTGAGATTTAAGAGCA-CCA---GA-GGAGTT-----TGATTTTATGGTTTTCA-CAAG-AACCGAAAT----TATCG-ATAAATG-GT-G-TCGAC-TTCTT-GGT--GC-CAGGATTTTCT-G--TG-GGT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTCTAT-C-A-ATT--TG---C-C------A----CATA-AT---G--ATATTTTGCTAT--------CT--C---C-T-TCTCA-T-TTTTCTTCTTTATATTGTGGAA-T--A--GGTAG-C---TCAATTT--CTTC---GGTCT---TTTGCACATACTC---TTTCTT-GT-CGC--TAAAAAA-TTC--T-GGC-ATATC---T-----TGAC--TTTGTGT--CC---ATT-ATG--G-AG-ACCAAATATGCATC-TCAGGGC-A-A-CTGGAAATTAGTCGCA-TTG--TCTGG-CA-TGAA-AT-CTCG--CAT-TTCTG--GTTGGTGTG-ACTTCATCAACCA--TCAGAAGAAATCAAGTTGTATTC------T---TT-CTGT----C---TT--TG---AATTAAT---GG-AT-TTCATG-TGGTTGGTACTTCCGCT-TGATCACGTG-TTATAT-TAA-ACAGGTC--CACACACAAACGCAATGAGTGACA-TTGTTGGACAGGAAACTGCTTG-G---AGGCTTG-ACACATA----AGGTCACA-GGTGA-TGAACTTCTGT--GACCTGTGAATGG-C-AT---GC--A-TAACTGT--------C-A-T------C---------------------------ACTG--TA----AT-----------A-A--CAACAT-CAAT--ATA--
gi|10 : atcaggactaagcatactgaccaagagattgctccctgacttagtacagcatatagttgtttggactgcccagccctgtgtgtggttatcagcgtcttctgtttctcacctgtctgacaatgttcactcattctacttttaacatacactgttatacagctctccctgtctgtcactgtgaatgttcattaggctACATGTACTG-GTGACA-GTGTCA-GTGACAG-T-GCCATGAATGT-CAAC--AAGCCGTAT-CATTTTGT-CTTTT-CCACAAATCCA---AGCTC-T-ATCTGATCCAACACAGGCT----ACTC-------TC----CTTAACTGTGCGA---CATTTGTTG-GA-ATGTTT-G---------CAAT-CACT--TTGGCTTCTTTTAATAA-TTCTGCAATAGA--AAAA-TT-GGAGAC-TTCA-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTCCCCTAACTCT--ATGCA-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTATGTTG-GTTTTAAGT-GATGGC-AAT-GTTAAATCA-GGT-ACTT--GAA-----GG--ATGTTTTTGAATTC-AGTC-AGT---T-TGGATTCA----AAGCTGTTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGAA-TTC--AGGATTTTT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGGATCA-GAACTGGAC-TTCTGAC--TTCTGA-G--TTGGGACTGGCATGATTTCAGAGCTGTGATTTGG-TGAT--------C-TCTAAGGGACTGGGTCAGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGATG--TCG-TCTAC-TTTAC-TGT---C-CATTGTTTTCT-------TTTATCTTTAC-TTTT---C-TTCATTAA-AT-C-AGAGTAATG-GGC-CG-----T----TACA-TTC--G--GAAATTTTCTTT--------TTCGA---CAT-CTGAA-T-CTTGTTTC-CTGTTCTTTAGAAAT--AATGTC-G-CCT-TCAATTT--CCTC---TGTCTC-TCTTTTGATT-CTTTC-TTTCTT-GG-TGG--TAATGAT-GT---T-GGCCATCTC---C------ACA--ATAACATG-AC---ATTGATG--G-GA-ACTCATGACGCATT-TCA-TGC-AGA-CCGGGA--CA-TCACA-CTG--T-TGA-CAGTG-G-CC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATG-A---GATGTACAC--TGAGGGAACACAAG--------C------TGGACT-GTGCG---C---TT--TGTG-AAGGGAA---CG-AT-GTCATGCTTCCTGGA-CTTGAGGT-TGTTGACATG-TT-TGT-TGATGCA-GTC--TGCACACAGACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-A-C-GGGCTTG-TCACA-GTTT-AGATCACA-GGTGA-TGAGCTCCTGT--G-CCCA-----AG-TGGTA-GCA--G-TAGCCATATCTAATCT-GTT------CAA----A-----AAT------A----AACCA--AA---CA------------A-A--CAA-AA-CAATGAATG--GATA-TTT-T-ACACC-A--T-CAAAGTTAA--A--ATttagacaacagaaatcatatcgtgttaatatct
gi|11 : CTGGCAACGTTTGCAA-ATA--TAAA-TA-AGAAACCTTAC-TCTGCCT-GAATGGACAGTGTTGTGTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCTCTAATTCG--AGACT-GAGT--TTTCTTCCCTGAGCTGTGTTT-GTTTTCAGT-GATGGC-ATT-TTGACATCA-A-T-ATCA--AGA-----GGC-ACGTTCCTGTATTC-C-CCGAGT---T-TAGATCTA----TAATTGGTGACTTC-AGA-CAC-TT-TTTGCC-CCCCAAGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACCTTTTGAATCA-TTTCGGAAA-TTC-TAT--TTTTTA-T--TTCAGATTGGTGAGTTGTTAGAGCAGCCA---TT-TGATTA-----TA-TTTCATGGATTTGACCATAGAACCAATAT----CATCG-A-AAATG-GT-G-TCTAC-TGCTT-GGT--GC-CAGAATTGTCT-GT-GA-TTT-TCTCTTT-CTTT---T-TCCAGTTC-AC-C-AAAGT--TG-GTC-A------T----TGTA-ATA--A--ATAATGTGGATT--------GT--GT--T-T-CTTCA-A-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--AATGGT-G-AAT-TCAATTT--CTTT---GGTTTC-TTTTTCAATT-TCCAT-CTTTTT-GT-CAT--T-AAAATGTTC--C-GGC-ATTTC---C-----T-TA--ACTTTGTGTCC---ATT-ATG--G-GG-CCCAAGTATGCATT-TCA-GGCAA-A-CTGGTA--CA-TCACA-TTG--T-TGG-CAATG-G-AC-CTCG--CAT-CTCTG--GTTGGAGTG-A---GAAGTACAC--TCGGGAAAAGCCAT--------C------T---TT-CTATA-------TT--TG---AAAGGGA---TA-GT-ATCATGTAATATGGAGC-CGAGTT-TGTCCACGTG-CT-TTC-T----CA------------------GATT---T---------T--ACAG--AATTGCCGGTG-T-A-GTTTG-GTACG-G----TAGTCACA-GATGA-TAATACCCTGT--A-CCTG-----GG--------------TAGCCGT--------CTG-T------CTG----A-----AAT--TA--A----AAATG--TT---CA------------------AA-TT-TATTG-GAA--AGT--TTTGT-AC----A--T-GAACT-TGT--T--ATAATT----AT-TC-A-TA-TGGTATAAGAAAAAC-----TGAATTATGATTATTGGTACAATGGTATATTGGGGTGGTGGTAtctactgataaattaattcaagagtattt
gi|12 : CA-TGTTTAGAA-TAC-AAC--AATTTA-T--TTTGGACAGGTGGGAATTTAGAGCAGCCA---GA-CGAATC-----TC-TTTTATGGAATTCATCAAAGACCCAAGTG----TATCA-A-AAATG-GT-G-TCTAC-TTCTT-GGT--GC-CAGGATTTTCT-AT-GC-CTT-TCTTTTT-CTGT---T-TCCAGTTC-GT-C-ACATT--TG-ATC-G------T----TGTA-AGA--G--ATATTTTGCTTT--------CT--G---T-TTCTTTA-C-ATTTCCTC-CTGTACTTTGGAA-T--AATAGT-G-GAT-TCAATTT--CTTT---GGTTTC-TTTTTCTAGT-TTCCT-TTTCTT-GT-CAT--TAAGATT-TTC--C-GGC-AATTC---C-----TTTAG-ATGGTGTC-CC----TT-ATG--C-GG-ACCGAGGATGCATT-TCA-GGC-A-AACTGGGA--CA-TCACA-TTG--C-TGA-CAGTG-A-GT-CTCG--CAT-TTCTG--GTTAAAGTG-A---AATTCACACA-CCTGGAGAGGCGA---------C------T---TT-CTAT----C---TT--TG---AAAGAAA---CG-AT-GTCATGA-GGA--GAG-TCGAGTT-TCTCCACATG-TT-TAC-TGACACA-GCT--TACACACAAACTAACC---TGGCAGTTGTT--ACAG--AATTTTAAA-G-C-AGACTTG-GTACA-A----AGGTCACA-GGTGA-TGATCTTTAAA--G-CTTG-----GG-TGGTG-GGT--G-TGGTCAT--------G-G-T------gtcgttgttgtacag
gi|13 : TTTACATGTGGTG-GTGATA-GTATCCCGT-ACAG-A-CCCATGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-GGTTTTTT-CTTGA-CCACCAACCCA---GACTT-C-ATCCCCTCCCACACAGGCA----ACAT---GGCCTAGAGGATTAACT---C-----CA---GTAG-GA-ATGGTT-G---------CAAT-TGAT--TTGGCTTCCTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-TGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTAGACAGTGTTGTTTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCTCCCAATTCC--AAGCT-GAGT--TCTCTCCCTTTGACTGTGTTA-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTCTTGAATTC-C-TCTAGT---T-TGGATTTG----TAGTTAGTGATTGC-AGA-CATATTGTTTGAC-CTT--AGAATATCT-TTGTTTTGTTG-AACTGTCTGGGTCA-TGTCTgtgtctgttaaaggataaattaatgtctgtttgaaatccaagtaaatatttgtaaatga
gi|15 : gtGCCTTGTACTCTTCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCCCCCTTGGGTTGTGTTT-GTCTTCAGT-TTTGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GCA-----GGC-ATGCTCCTGTA
gi|16 : tTGGTGAGACTTTAAAGCAGCCA---GT-TGACCA-----TA-TTTCATGGATGTCATCACAAAACCCAACT----TATTA-A-AAATG-G-CA-TTTAT-TTCTA-CAT--GC-CAGAATCT
gi|17 : tAGAGTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGCCCCGC-ATAG-A-CCCGTGTATGT-TAAC--ACGTCTTAT-GGTTTTAT-CTGCA-CCACT
gi|18 : ATTT--CTTC---GGTTTC-CTTTTCAAGT-TTCTT-TATCTT-GT-CGT--TGAAAAT-TTC--
gi|19 : -CTTCTCAAGT-TTCTT-TTTCTG-GT-CAT--TGAAATT-TTC--T-GGC-ATATT---C-----T
gi|2 : AGGCTTGGCATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-TCCGTGTATGT-CAAC--CCGTCTTAT-GATTTTAT-CTTCA-CCACCTACCCACCAGGCTT-C-ATCCACTCCCACACAGGCA----ATAT---GAAATAGAGGATGAATT---C-----CA---GTAG-GA-ATGCTT-G---------TAAT-TGAT--TTGGCTTGGTCTAACAGCTTTGGTAA-AGA--TAAA-TA-GGAGAC-TTCC-ACTGTCA-GACTGGACAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTTTCCCAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTAGGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTTG----TAGTTAATGACTGC-AGA-CACATTGTTTAAC-TTT--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACTATTTGGGTCA-TGTCTGGAA-TAC-AGT--TATTAA-T--TTTGGATTGGTGAGATTTTAGGGCAGCGA---GG-TGATTC-----TC-TTTCATAGATTTCATCAAATTCCCAAGTG----TATCG-A-AAATT-GT-G-TCTAC-TTCTT-GGT--GC-CAGAATTTTCTAA--GC-TTT-TCTTTTT-CTTT---T-TCAATTTC-AT-C-ACATT--TG-GTC-C------T----TGTA-ATA--G--ATATTTTGCTTT--------CT--A---T-T-CTTCAGTGTTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-TTGAATGGT-GATAT-TCAATTT--CTGT---GGTTTC-CTTTTCAAGT-CTCTT-TTTCTT-GT-CAT--TAAAAAT-GTCAAG-GAC-ATATC---T-----TGTA--ATTGTGTG-AC---ATT-G-G--G-GG-ACCAATCACGCATT-TCA-GGC-A-A-CTGGAA--CA-TCACA-TTG--T-TG---AGTA-G-GC-CTCG--CATCCTCTG--GTTGGAGTG-A---AACTCACCCAGTATGGAAAGATCAC--------A------T---CT-CTGT----C---TT--TA---AAAGGAA---CG-AT-ATTGTG-GGGCTGGTGCTGTAGCT-TCTCTACGTG-TT-TAC-TAAAACA-GTC--CAGACATAACCCAATT---TGACAACTGTC--ACAG--AATTGCTTG-G-C-AGGCTTA-ACACA-A----AGATCACA-CGTGA-TGACCTTCTGT--G-CCTG-----GGAC-GTA-GAC--T-CGGCCAT--------C-G-T------CAG----A-----AAC--TG--A----AACTA--TA---CAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--ATTA-TTTCT-TT-TG-A--T-GAAGA-TAA--G--ATAGTTGAA-AT-ATAA-AA-TGA---AAAAAAAAC----ATAGACTATT-TCATAG--ATAA-GGGGT----GGGTGGTGGTATAACGTTCAtga
gi|3 : ttagggaTACATGTACTG-GTAACA-GTG-ACAGTGACAGTG-TCCATGCAAGA-CAAC--ACATCGTATTCATTTTGT-CTCTT-CCACTAATC-A---AGCTC-T-ATCTGATCCAACA-AGGCT----ACGTTACGAAAC---TGTTTGACA---T-----TT---GTTG-AA-ATGTTTTG---------CAAA-CACT--CTGGTTCAGT-TAATAA-TTCTGTGACAGA--TAAA-AATGGAGAC-TTTCATCTGTCA-GA-TGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTCCCCTAACTCG--TGGCT-GAGTTATCTCTCCCTTGGATTGTGTT--GTTTTAAGTAGATGGT-GG---TAGTGTTA-A-A-ATCATGGTAAATGTGGCGATGTTTCTGAATTCAG-TC-AGT---TATAGATTTA----TAATT-GTGACATC-AGA--AAGTTGTTAGACTTTT--AGATTGCTT-TTGTTTT-CTG-AACA---TGGATCACTAT-TGGAA-TTCTGAC--TTCTGAGT--TGGGGACTGTTGTGA-TTCAGAGCTGTAATTTGGCTAATTC-----TC-T---AAGGACTGGGTCAGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGAT--GTCGATCTACTTTCTTACATTAGC-C--CATTGTTT-GT-TC-TTT-TATCTTTACTTT---TCTTCATTAC-AT-C-AGAAGAATG-GTC-C------G----TGCA-TTC--GGAAAATCTTTCTTTTCGACCAACTGAA---T-T-CTT---G-TTTTCTTT-T----CT-TGGAA-T--AATATT-G-CCT-TCGATTT--CCTCT--TGTCTC-TCTTT--AAT-CTTTC-TGTCTT-TTGCGG--TGATGAT-GTC--T--GC-ATCTC---CACCAATA-A--ATCGTGT--------TT-ATG--ATGA-ACTCATGA-GCATT-TCA-TGC-ATACCCGGGA--CA-TTACACTTGTCT-TGA-CAGTG-GCGC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATGCA---GATGTACAC--TGAGGGAACACCAG--------C------T---GGACTGTG---CCGTTT--TGTGCACAGGAAGACTG-AT-ATCACGCTTCATGGA-CTTGAGGC-TGTTGACGTG-TT-TGCTTAATGCA-GTCTTTGCACACAGAGCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-GAC-AGGCTTGTCCACA-T----AGATCACA-GGTGATTGAGCTCCTGT--G-CCCA-----GG-T-CTT-AGCAGT-TAGCTA-----------G-C------CCG----ATATCTAATGGTG--GTCATATCTGCCTA---AAA-----------C-A--GAA-AG-CAATG-AAG--GATACTCTTT-AT-TGCA--T-CAAAGTTGA--A--ATAACA-AG-CT-AT-G-AACTGA---AActtaatatgaacct
gi|4 : ACATATGGTG-GTGACA-GTGTCTCGT-ACAG-A-CCCGTGTGTGT-CAAC--ACGTCTTAT-CGTTTTAT-TTTTA-CTACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCACTCCCACACAGGCA----ACAT---GGCGTAAAGGTTTAAGT---C-----CA---GTAG-GA-ATGGTT-T---------TGAT-TGAT--TTGGCTTGGTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-GGATAC-TTCC-TCTGTCA-GACCGGACGGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCTCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTTTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGATATCA-A-T-ATCA--GAA-----GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGTTTTG----TAGTTAGTGATTAC-AGA-CACATTGTTTGAC-TTC--AAAAGTTATCTTGTTTTGTTGAAACTGTTT-GGTCA-TGTC-GGAA-T---AACAGTTATAG-TTATTTGGATT-GTGC--TCTTAGAGCAGCCA---GG-TGATTC-----TC-TTTCAT-GATTTCATC--TGAACCCAGATGTCATTTCGAA-AAATGTGT-A-TCTAC-TCGTT-GGT--GCAGAGTATTTTCT-GTAGCTTTT-TCTTTTT-CTTTGTAT-TCCAGTTC-AT-CTACATTTATG-ATCAC------T----GTTA-ATG--G--ATGATTTGCTTT--------CT--AAGTT-T-CTTCA-T-TTTTCTCC-TTGTAC-GTGGAATT--AAT-GT-G-AAT-TCAATTTTGCTTCTGTGGTTTC-CTTTTCAAGT-TCTTT-TTTCTT-AT-CAT--GAAAAAT-GTC--CAGGC-ATATC---T-----T-TA--ATTTTGTGTCC---ATT-ATG--G-GA-ACCAAGCATGCATT-TCA-GGCAA-A-CTGGAA--TA-TCGCA-TTG--C-TGG-CAGTG-A-AC-CTCG--CAT-CTCTG--GTTTGAGTG-A---AACTCGCAC--TCGTGATAAGCCAC--------C------C---TT-CTGT----C---TT--TG---AAATGAA---CG-AT-GTCATG-TGGTTGATATTTGAGCT-TTTGCACATG-CT-TAC-TTACACA-GTC--CACACACAACCTGAGT---TGACAGTTGTT--ACAG--TATTGCCTG-G-C-AGACTTG-ACACA-A----AGGTCACA-GGTGA-TGACCTCCTGT--G-CCTG-----GGAC-GTA-GAC--T-CAGCCAT--------C-G-T------CAG----A-----AGC--TG--A----AATTG--TA---CAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--AC-A---TCT-GT-TG-A--T-AAAGA-TAA--AATATAGTT-CATGT-CT-ACAA-TGA---TAAAAA--------CAGATTATT-TCACAAGTATAA-GGAGT----GGGTGGTGATAT---GTTCAcatcttatataattaataaatagaaatag
gi|5 : AGCCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTATCCTGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-GGTTTTAT-CTTTA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATTCACTCCCACACAGGCA----ACAT---CGTATAGAGGTTGAACT---T-----CA---GTAT-GA-ATGCTT-G---------TGAT-TGAT--TTGGCTTCTTCTAGCGGATTTTGTAC-ATG--TGAA-TA-AGAGTC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGACAGTGTTGTCTG-TATCAGGTTAGCCTTAAATTCTCCAAATTCA--AGGCT-TAGT--TCTCTCCCTTGGACTGTGTCA-GTTTTCAGT-GAAGGT-ATT-TTGACATCA-T-T-GTCA--GTA-----GGC-ATGTTCCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTGG----TAGTTGGTTACTTC-AGA-CAAGCTTCTTGAA-TTC--ACAAGTTTT-TTGTTTTGTTG-AACTGTTTTATCCA-TGTCTGAAA-TTC-GAT--TTTTTA-T--TTCACATTGGTGAGATTTTATAGCAGAAA---TG-CGATTA-----TC-TCTCGTGGACGTCATCAAAGAACCCAGCT----TATAG-A-AGATG-GT-A-TCTAC-TTCTT-TGT--GC-CAGAATTTTCT-AC-TC-TTC-TCCCTTT-CTTT---T-TCCAGATC-AT-C-AAGTT--TG-CCC-A------T----TGTA-CTT--A--ATACTTTCCATT--------CTG-A---T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-CTGTATTGAGGAA-T--GATAAT-G-GAC-TCAATTT--CCT----GGTTTT-CTCTTTCAAT-ATATTGTTTCTT-GT-C-----GAAAAT-ATC--A-GAC-AGAT----C-----TATAT-AT-GTGTGTCC---ATT-ATG--T-AG-ACCAAGGATGCATT-TCA-AACAA-A-CTGGGA--CA-TCACA-TTC--T-TCG-CAGTG-G-GC-CTCA--CAT-CTCTG--ATTTGAGTG-A---TATTCACAC--TCGGGAAACGCCAG--------CCGCATTT---TT-CTAT----C---TT--TG---AAGTTAA---CG-AT-GTCGTG-TGGTTGGTACTTGAGTT-TGCCCACGTG-TT-TAC-TAACACA-GTG--CTCACACAAACTTACT---TGACAACTGTT--ACAG--AATTGGCGG-G-T-AGGCTTG-CTACA-A----AGGTCACA-GCTTA-TGACCTCCTGT--G-CCTG-----GG-T-G---GAC--G-TAGCCAT--------T-G-TGTATTGTAG----A-----AGT--TG--G----ATCTG--TA---AAT-----------A-ATTAAACAT-CTATG-ATA--A-TA-TTTAT----------T-GAAAACTAATTG--ACAGT---A-AT-TT---AA-TGA---AAGAAAGTCATTAGCAGAATACT-GTATAtgcagtgtat
gi|6 : GTGAACGT-CAACTTACATTTGCT-CATTTTGT-CGTTC-CTA-TAATCCA------TT-CTATCTAGACCAACACAGGCT----ACTT---C---------ATTAACT---------------TTGTGACATGCTT-GGATAAGTTTC-AT-CACT--TTG--CTCTTTTAACAATTCTTTCAA-GGA--TAAA-TT-GAACAG-T-----CTGTCAAGACTGGGCA-TGTC-TCTG-TTTTCGG-TAGCTTTGTAT-CCCCTAAT-CT--AGGCTTGAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTATTAATT-GATGGT-AGT-TTTAAATCAGG-T-ACTT--GTG-----GGA-A-GTTTCTGAATTC-A-TTCAGT---T-TGGATTTG----TAAATATTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGAC-TTA--AGGATTTCT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGGATCA-TA-CTGGAATTTT-GAC--CTCTGA-G--TTGGGACTGGAGTGATTTCAGAGC--------TG-TAATTTGGAAATC-TCTAAGGGACTGGGTCAGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGAT--GTCG-TCTAC-TTCTA-CAT--GC-CATTGCTTTCT-----C-TTC-TCATTAC-TTTT---C-TTCATTCC-AT-C-AGAGTAATG-GTC-CGCACTTT----CGAA-AAA--A--AAAATTTCC---------------AC--T-T-CTGAA-T-CTTGTTTC-TTGTTTTTTGAAA-T--AATATG-G-CCC-TCAATTT--CTTC---CGTCTC-TCTCTTAATT-CTTTC-TTTCTT-TG-CGG--TAATGAT-ATC--T-GCC-ATTTC---C------ACAATATCGTGT--TT---ATG-ATG--G-GA-ACTCATGACGCATT-TCA-TGC-AGA-CCGGGA--CA-TCACA-CTG--T-TGA-CAGTG-G-GC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATG-A---GATGTACAC--TGAGGGAACACCAG--------C------TGGACT-GTGCG---T---TTTGTG---AAGGGAA---CA-AT-GTCATGCTTCATGGA-CTTGAGGC-TGTTGACATG-TT-TGT-TGATGCA-GTC--TGCACACAGACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-A-C-AGGCTTT-TCACA-GTTT-AGATCACA-AGTGA-TGAGCACCTGT--G-CCCT-----GG-T-CTT-GGC--TGTAGCCAT----------A-T------CT-----A-----AAT--GG--T----GGTCA--TA---TCT-----------GCA--AAA-AT-CAA-G-AAAAGAATA-TTTTT-AC-AGCA--TCAAAAA-TGA--A--ATaaaagataacgaactgtgatcaatatcataagat
gi|7 : atgtactgtgacgtgtcagttgcggttttctcattgtTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAGC--ACGTCTTAA-AGTTTTAT-CTATA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCACTCCCACACAGGCA----ACAT---GCAATAGAGGATTAAGT---C-----CA---GTAG-GA-ATGGTT-G---------TAAT-GGAT--TTGGCTTGGTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-TGAAAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCC------------AATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGGTA-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-C-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTGG----TAGTTAGTGACTGC-TGA-CACATTGTTTGAT-TTG--ATAATTTCT-TTGTTTTATTG-AACTGTTTGGGTCA-TGTCTGGAA-TTC-GAT--TGTTTA-T--TTTGGATTGGTGAGATCTGAGAGCAGCCA---GG-AGATTC-----TC-TTTTATGGACTTCATCAAGGAACCGAAAT----GACTG-A-AAATG-G-CG-TCAAT-TTCTT-GGT--GC-CAGGATTTTCT-GA-GC-GTT-TCTTTTC-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-AATTT--TG-GCC-A------T----CATA-ATG--G--ATATTTTGCTCT--------CT--GT--T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--AATGGT-A-GAT-TCAATTT--CGTT---GGTTTC-CTTTTCAAGT-TTCTT-TTTCTT-GT-GGT--TGAAAAT-TTC--T-GGC-ATATC---C-----T-TG--ACTTTGTGCCC---ATT-ATG--A-GGCACCAACTACACATTAAGA-AGC-A-AGACGGAA--CA-TCACA-TTG--C-TGG-CAAT--G-GC-CTCGGCCAT-CTCTG--TTCGTGTCG-A---AATTCACAC--TCGGGAAAAGCC----------C------T---TT-CTGT----C---TT--GA---AATGAAA---CGAAT-GTCATGTT-GTTGGTACTTGATCT-TGTCCACGTGCTT-TAC-TGACACA-GTC--CACA-ACAAACTGAGT---TGACAGTTTGT--ACAG--AACTGCTGG-G-TAAGGCTTG-ACACA-A----AGGTCACACTGAGA-TGACCTCCTGT--G-CCGG-----GA-G-GTG-GGC----GGGCCAT--------T-A-T------CTGTGCAA-----AAC--TG--G----ATCTA--TA---AATAGATAAAAGAAA-A--AAA-AT-CAATT-CTG--AGTA-TTTGTAATACT-A--G-TATAG-TAG--A--AAAGAT-AA-ATGGT-A-AA-TTA---AAAAAAAAtacatcatgtgcgaatatcgaagaataactaatcaaaggaatatgtataatgacgaataaccaggaaattatgacaatatctaaaa
gi|8 : TACACGTACTA-GTGACA-ATGTCA-GTGACAG-T-GCCGTGTAAGT-CAAC--ACATTGTAT-CATTTTGT-CTCTT-CCATTAATCCA---AGCTC-T-ATCTGATCCAACACAGTCT----ACTC-------TC----CTTAACT---CTTTAACATTTGTTG-GA-ATGTTT-G---------CAAT-CGCT--TTGGCTTGTTTTAATAA-TTCTGTAACAGA--TAAA-TT-GTAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTTCCCTAACTGT--AGACT-GAGT--TTTCTCCCTTGAATTGTGTTG-GTCTTAAGC-GATGGT-AGTGTTGA-ATCA-GGT-A-CAT-GT------GGA-ATGGCTCTGAATTC-A-TTCAGT---T-TAGATTTG----TAATTGTTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGAC-TTC--AGGATTTTT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGCATCA-TA-CTGGAA-TTCTGAC--TTCTGA-G--TTTGGACTGTTGTGATTTCAGAGC--------TG-TAATTTGGAAATC-TCTCAGGGACTGGGTCTGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGATG--TCG-TCTAC-TTCTA-CGT--GC-CATTGTTTTCT--------TT-TATCTTT-ACTT---T-CC---TTC-AT-T-AAATT--TGAGTA-A------TGGGCCGTACATTCAG--AAATTTTCTTTT--------CA--A---C-AACTGAA-T-CTTGTTTC-TTATTCT-TGGAAAT--AATATC-G-CCT-TCAATTT--CCTC---TGTCTC-TCTCTTGATC-CTTTC-TTTCTTTGT--GC--TGATGAT-ATT--T-GCC-ATCTC---CAC---TATA--A-CATG-G-CCTCTATG-ACG--G-GA-ACTCTTGACACATT-TTA-TGC-AGA-CCGGGA--CA-TCACA-CTG--T-TGA-CAGTG-G-GC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATG-A---GATGTACAC--TGAGGAAACACAAG--------C------T---GTACTGTGAGTT---TTG-TG---AAGGGAA---CG-AC-GTCATGTTTCATGGA-CTTGAGGC-TGTTGACATG-CT-TGT-TGATGCA-GTC--TGCACAGAGACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-G-C-GGGTTTG-TCACA-GTTT-AAATCACA-GGTGA-TGAGCACCTGT--G-CCCG-----TG-T--TATAGC--TGTAGCCAT----------A-T------CTG----A-----A----TG--GT---GATCA--TA---TCT-----------A-T--GAA-AGACAATG-AAAG-AATA-TTTTC-AT-ttggttacagtattaaagaatggagtagtttttgttatggcaatgtg
gi|9 : aACATGTACTG-TTGACA-A-GTTGTG--ACGG----CCATGCAAGTTCTAC--ACATCGTAT-CATTTGTC-CTGTT-CCACTAATCCA---AGCTC-T-ATCTGATTCAACACTGTTACTCTACGT---A-AAT---GCTTTGACA---T-----TT---GTTG-GA-ATGTTT-----------TGATACACTA-TTGGCTTCTTTTAATAA-TTCTGTAACAGAATTAAA-TT-GGAGAC-TTCAATCTGT-A-GACTGG-CAG-GTC-TCTG-TGTCAG-TTAGCTTTG-ATTCCC-TAACTCCTAAAGCT--AGT--TCTCTCCCTGCG--TGGGTTG-GCTTTAAGT--ATGGTTAGT-GTTAAA-CA-G-TTACTT--GTG-----GG--ATGTTT-TCAATTC------AGTCATT-TTGATTCA----TAATTGTTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGA--TTC--AGA--TTTT-TTGTTTC-TT--AACAGTT-GGGCCA-TA-CTGGAA-TTTTGAC--TCTGAG-T-----GGACTGTTT--ATT------CAGCT-----G-TAATTTGAAA-TC-TT-AAGGGACGG-GTCAGGGTAC-AAGAT----TGTCA-A-AGATG--TCG-TC-AC-TT-TA-CAT--GC-CATTGTTTTCT--------TT-TATCTTTACTTT---C-TTCATTTA-ATTC-AGAAG--TA-ATC-C------C----TGCA-TTT--GGAAAATTCTTCTTT--------CG--A---CAT-CTGAA-C-TTGTAT-C-TTGTTCTTTTAAA-T--AATATC-G-CGTGTCGATTT--CCTC---T-TCTCTCTTTTTGATT-CT-TC-TTTCTT-GT-GGTGGTGATGAT-ATC--T-C-C-ATTCCAACC-----CATA---TCATGT--------TT-ATGAAG-GG-ACTCATGA-GCATT-TCA-TGC-ATA-CCGGGAT-CA-TCACA-CTG--T-TGAACAGTA-G-CCTCTCA--CAT-CTCTGTGGGAAGAGTA-T---GATAC-CAC--TGGGTAAAAACCAGG-------C------T---GA-CTGCG---T---TT--TAT--AAGGAAAA--CA-ATTGTCATGTTTCATGA--CTTGAGCTGTG---ACATGGTT-TGT-TGATG---GTC--TTCA-ACAA-CCGACT---TG-CAGCTGTT--ACAG--ATATGCTGG-A-C-GCGCTTG-TCACA-GTTTCAGATCACA-GTGGA-TGAGCACCTTCCAG-TCTG-----GA-A-GTA-----------CCAT----------A-T------CT-----A-----AATG-TGTCA----ATCTG--TAAAACAA-----------A-A--ACA-AT-CAATG-ATATTTTTA-TTTGC-AT-CA-AATT-GAAAA-TAA--tacatctaagttaaaattacatcatgtccaaatatctaagaataattgatcaaaggaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TCATCAGTTGTACACATACTGACGGATGTCTGATTGGTACAGCACAAGTCATCTGATCCACCGCTGCGTGGGTGATAGTTTTTCTGTTTCCCGTGTATGACATGTTTCCAGTATTATTGGAGATATGATAAAATAGTTCTCCCTCTGTTCTCACTGTTTACTGCAATAGGGGCAATA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAACATCTGAATCTTGTTTCTTGTTTTTGGAAATAA
Alignments
lowQualScore : 1 33333333333 222222222222222 1111111111111 1 1 1 11111 222222 1111 44444444 11 22222222222222 111111 333333333333333333 1 2222222222222222222222222 11111 2222222222222222222222 22222222 111 22222 11 222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 2222222 1 11111 2222222222222 111 33333333 1 1 2222 222
lowQualScore : 1 3 3 8 0 888 3 44 55 0 3 55 6666 3 3 22 4 88888 0 77777777777 1 777777777777777 1 3 3 2 9999999999999 44 1 88 22 0 3 44 3 44 3 6 6 2 4 3 11 44 3 44 66 1 3 3 3 2 666 3 77 77777 77 1 999 6 555 3 3 7777 2 33 3 3 3 1 44 666 3 5 3 1 3 4 3 3 44 1 4444 5 4 1 2 22222 3 444444 3 1 0 33 1 1 6666 0 3 3 6666 3 3 777 44 3 1 33333333 3 6 555 3 1 3 3 3 5 1 88 33 11111111111111 3 222222 1 0 1 222222222222222222 6 3 444 3 1 6 0 44 4444 999 3 44 0 888 2 4 2 2 1 2 2 444444 0 1 33 5555 0 3 1 555 6666666666666666666666666 3 4444 3 8 11 5 3 44 88888 77 3 3 44 3 55 3 3 3 44 3 44 1 3 555 1 77 33 44 66 5555555555555555555555 88888888 999 333 0 999 3 3 00000 88 2 3 22 6 3 0 3 1 55 3 7777 0 1 555 2 44 44 2 3 444 44 888888 3 3 1 44 3 1 88888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 3 3 0 5555 4 4 8888888 66 66 3 11111 6666666666666 6 111 55555555 1 0 6 3 1 8888 111
lowQualScore : . . . . . ... . .. .. . . .. .... . . .. . ..... . ........... . ............... . . . . ............. .. . .. .. . . .. . .. . . . . . . .. .. . .. .. . . . . . ... . .. ..... .. . ... . ... . . .... . .. . . . . .. ... . . . . . . . . .. . .... . . . . ..... . ...... . . . .. . . .... . . . .... . . ... .. . . ........ . . ... . . . . . . . .. .. .............. . ...... . . . .................. . . ... . . . . .. .... ... . .. . ... . . . . . . . ...... . . .. .... . . . ... ......................... . .... . . .. . . .. ..... .. . . .. . .. . . . .. . .. . . ... . .. .. .. .. ...................... ........ ... ... . ... . . ..... .. . . .. . . . . . .. . .... . . ... . .. .. . . ... .. ...... . . . .. . . ..... ................................................................................................... . . . . .... . . ....... .. .. . ..... ............. . ... ........ . . . . . .... ...
lowQualScore : 0 6 6 8 9 888 3 66 88 3 3 00 7777 6 6 44 5 22222 8 44444444444 0 666666666666666 0 6 6 6 3333333333333 00 9 66 00 1 3 66 3 33 3 7 7 2 6 3 22 22 1 22 44 5 1 1 1 1 888 1 33 77777 77 0 222 7 888 3 5 1111 2 22 3 3 7 2 33 999 3 9 3 0 1 3 3 3 66 0 9999 0 0 3 5 00000 1 555555 1 4 4 77 9 0 5555 5 1 1 2222 1 1 222 22 1 0 88888888 3 7 888 3 0 3 3 3 8 3 33 66 66666666666666 3 000000 8 9 0 555555555555555555 7 8 333 3 7 7 0 66 0000 444 3 22 5 555 9 5 4 9 1 9 9 444444 4 4 99 3333 2 1 0 444 6666666666666666666666666 3 8888 3 4 44 0 3 33 77777 99 3 3 66 3 55 3 3 3 66 3 66 0 3 888 0 99 33 66 00 1111111111111111111111 22222222 222 888 8 222 3 3 33333 33 3 3 66 7 3 1 3 6 11 3 6666 4 1 888 9 66 66 8 3 888 33 000000 3 3 0 66 3 4 33333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 6 6 5 1111 0 9 1111111 11 33 3 00000 2222222222222 7 777 11111111 2 0 7 3 0 3333 000
consensus : NNNNNNNAGNCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-CGTTTTAT-CTTTA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCGCTCCNACACAGGCA----ACAT---GGAATAGAGGNTTAACT---C-----CA---GTNG-GA-ATGCTT-G---------CGAT-CGAT--TTGGCTTNNTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TN-GGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGNATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTCG----TAGTTGGTGACTTC-AGA-CACGTTGTTTGAC-TTC--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACNGTTTGGGTCA-TGTCTGGAA-TTC-GAC--TTTTNA-T--TTCGGACTGGTGNGATTTTAGAGCAGCCA---GG-TGATTC-----TC-TTTCATGGACTTCGTCAGGGNACCAAGAT----TGTCG-A-AGATG-GTCG-TCTAC-TTCTT-CGT--GC-CAGNATTTTCT-G--GC-TTT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-AGATT--TG-GTC-C------T----CGTA-ATN--G--ATATTTTNCTTT--------CT--A---T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--AATGGT-G-CAT-TCAATTT--CCTC---GGTCTC-CTTTTCGAGT-CTCTT-TTTCTT-GT-CGT--TGAAAAT-NTC--T-GGC-ATNTC---C-----TATA--ATCGTGTG-CC---ATT-ATG--G-GG-ACCGANGACGCATT-TCA-NGC-A-A-CCGGGA--CA-TCACA-TTG--T-TGG-CAGTG-G-GC-CTCG--CAT-CTCTG--GTNGGAGTG-A---GATNCACAC--TCGG--GAAACGCCAG-------C------T---TT-CTGTG---C---TT---TG---AAGGGAA---CG-AT-GTCATGCTNNNTGGNGCTTGAGCT-TGTCCACGTG-TT-TGC-TGACGCA-GTC--CGCACACAAACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCCGG-G-C-AGGCTTG-NCACA-G----AGGTCACA-GGTGA-TGANCTCCTGT--G-CCCG-----GG-C-GTA-GGC--T-TAGCCAT--------C-G-T------CNG----A-----AAT--TG--G----ANCCG--TA---CAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--ANTA-TTTNT-AT-CG-A--T-GAAAA-TAA--A--ATAGTT-AA-AT-NT-A-AA-TGA---AAAAAAAAC----GCAGATTATT-TCATAGGTATAA-GGNGT----GGGTGGTGGTATAACGTTCA
Reference ( family-2540 ) : NNNNNNNAGNCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-CGTTTTAT-CTTTA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCGCTCCNACACAGGCA----ACAT---GGAATAGAGGNTTAACT---C-----CA---GTNG-GA-ATGCTT-G---------CGAT-CGAT--TTGGCTTNNTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TN-GGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGNATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTCG----TAGTTGGTGACTTC-AGA-CACGTTGTTTGAC-TTC--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACNGTTTGGGTCA-TGTCTGGAA-TTC-GAC--TTTTNA-T--TTCGGACTGGTGNGATTTTAGAGCAGCCA---GG-TGATTC-----TC-TTTCATGGACTTCGTCAGGGNACCAAGAT----TGTCG-A-AGATG-GTCG-TCTAC-TTCTT-CGT--GC-CAGNATTTTCT-G--GC-TTT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-AGATT--TG-GTC-C------T----CGTA-ATN--G--ATATTTTNCTTT--------CT--A---T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--AATGGT-G-CAT-TCAATTT--CCTC---GGTCTC-CTTTTCGAGT-CTCTT-TTTCTT-GT-CGT--TGAAAAT-NTC--T-GGC-ATNTC---C-----TATA--ATCGTGTG-CC---ATT-ATG--G-GG-ACCGANGACGCATT-TCA-NGC-A-A-CCGGGA--CA-TCACA-TTG--T-TGG-CAGTG-G-GC-CTCG--CAT-CTCTG--GTNGGAGTG-A---GATNCACAC--TCGG--GAAACGCCAG-------C------T---TT-CTGTG---C---TT---TG---AAGGGAA---CG-AT-GTCATGCTNNNTGGNGCTTGAGCT-TGTCCACGTG-TT-TGC-TGACGCA-GTC--CGCACACAAACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCCGG-G-C-AGGCTTG-NCACA-G----AGGTCACA-GGTGA-TGANCTCCTGT--G-CCCG-----GG-C-GTA-GGC--T-TAGCCAT--------C-G-T------CNG----A-----AAT--TG--G----ANCCG--TA---CAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--ANTA-TTTNT-AT-CG-A--T-GAAAA-TAA--A--ATAGTT-AA-AT-NT-A-AA-TGA---AAAAAAAAC----GCAGATTATT-TCATAGGTATAA-GGNGT----GGGTGGTGGTATAACGTTCA
gi|1 : GTCTATACATGTGGTGTGTGACAAGTGTCC-GT-AAGG-AACCCGTGTATGT-CAAC--A-GTCTTAT-GGTTT-ATGCTTCAACCACTAACC-A---GGCTTTC-ATCCACTCC-ACACAGGCA----ACAT---GAAATAGAGGAT-AAC----------CA----TAG-GA-ATGCGT-A---------AG-T-AAATAATTAGCTTGGTCTAAC-GCTTTTGTAA-AGA--TAAAATG-TGAGAC-TTCC-T--GTCAAGACTGGACAGTGTTGTCTGCTGTTCAGCTAGCCTTGTATTCTCCTAA--CC--AGGCT-GAGT--TCTCTCC-TTGCAT-GTGTTTTGTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGAC-TCA-A-T-AT-A--GTA-----GGCGATGTTTCATTATTC-C-TCGAGT-------GATGCGATGGTAGTTAGTGACTACGAGAACAT-TTGTTTGAT-TT---GGAATTTCT-TTTTTTTGTTG-A-CTGTT--GGTCA-TGTCTGGAA-TTT-TCC--TTTTTA-T--TTCGGACTGGTGAGATTTAAGAGCA-CCA---GA-GGAGTT-----TGATTTTATGGTTTTCA-CAAG-AACCGAAAT----TATCG-ATAAATG-GT-G-TCGAC-TTCTT-GGT--GC-CAGGATTTTCT-G--TG-GGT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTCTAT-C-A-ATT--TG---C-C------A----CATA-AT---G--ATATTTTGCTAT--------CT--C---C-T-TCTCA-T-TTTTCTTCTTTATATTGTGGAA-T--A--GGTAG-C---TCAATTT--CTTC---GGTCT---TTTGCACATACTC---TTTCTT-GT-CGC--TAAAAAA-TTC--T-GGC-ATATC---T-----TGAC--TTTGTGT--CC---ATT-ATG--G-AG-ACCAAATATGCATC-TCAGGGC-A-A-CTGGAAATTAGTCGCA-TTG--TCTGG-CA-TGAA-AT-CTCG--CAT-TTCTG--GTTGGTGTG-ACTTCATCAACCA--TCAGAAGAAAT-CAAGTTGTATTC------T---TT-CTGT----C---TT---TG---AATTAAT---GG-AT-TTCATG-TGGTTGGTACTTCCGCT-TGATCACGTG-TTATAT-TAA-ACAGGTC--CACACACAAACGCAATGAGTGACA-TTGTTGGACAGGAAACTGCTTG-G---AGGCTTG-ACACATA----AGGTCACA-GGTGA-TGAACTTCTGT--GACCTGTGAATGG-C-AT---GC--A-TAACTGT--------C-A-T------C---------------------------ACTG--TA----AT-----------A-A--CAACAT-CAAT--ATA--
gi|10 : atcaggactaagcatactgaccaagagattgctccctgacttagtacagcatatagttgtttggactgcccagccctgtgtgtggttatcagcgtcttctgtttctcacctgtctgacaatgttcactcattctacttttaacatacactgttatacagctctccctgtctgtcactgtgaatgttcattaggctACATGTACTG-GTGACA-GTGTCA-GTGACAG-T-GCCATGAATGT-CAAC--AAGCCGTAT-CATTTTGT-CTTTT-CCACAAATCCA---AGCTC-T-ATCTGATCCAACACAGGCT----ACTC-------TC----CTTAACTGTGCGA---CATTTGTTG-GA-ATGTTT-G---------CAAT-CACT--TTGGCTTCTTTTAATAA-TTCTGCAATAGA--AAAA-TT-GGAGAC-TTCA-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTCCCCTAACTCT--ATGCA-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTATGTTG-GTTTTAAGT-GATGGC-AAT-GTTAAATCA-GGT-ACTT--GAA-----GG--ATGTTTTTGAATTC-AGTC-AGT---T-TGGATTCA----AAGCTGTTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGAA-TTC--AGGATTTTT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGGATCA-GAACTGGAC-TTCTGAC--TTCTGA-G--TTGGGACTGGCATGATTTCAGAGCTGTGATTTGG-TGAT--------C-TCTAAGGGACTGGGTCAGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGATG--TCG-TCTAC-TTTAC-TGT---C-CATTGTTTTCT-------TTTATCTTTAC-TTTT---C-TTCATTAA-AT-C-AGAGTAATG-GGC-CG-----T----TACA-TTC--G--GAAATTTTCTTT--------TTCGA---CAT-CTGAA-T-CTTGTTTC-CTGTTCTTTAGAAAT--AATGTC-G-CCT-TCAATTT--CCTC---TGTCTC-TCTTTTGATT-CTTTC-TTTCTT-GG-TGG--TAATGAT-GT---T-GGCCATCTC---C------ACA--ATAACATG-AC---ATTGATG--G-GA-ACTCATGACGCATT-TCA-TGC-AGA-CCGGGA--CA-TCACA-CTG--T-TGA-CAGTG-G-CC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATG-A---GATGTACAC--TGAG--GGAACACAAG-------C------TGGACT-GTGCG---C---TT---TGTG-AAGGGAA---CG-AT-GTCATGCTTCCTGGA-CTTGAGGT-TGTTGACATG-TT-TGT-TGATGCA-GTC--TGCACACAGACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-A-C-GGGCTTG-TCACA-GTTT-AGATCACA-GGTGA-TGAGCTCCTGT--G-CCCA-----AG-TGGTA-GCA--G-TAGCCATATCTAATCT-GTT------CAA----A-----AAT------A----AACCA--AA---CA------------A-A--CAA-AA-CAATGAATG--GATA-TTT-T-ACACC-A--T-CAAAGTTAA--A--ATttagacaacagaaatcatatcgtgttaatatct
gi|11 : CTGGCAACGTTTGCAA-ATA--TAAA-TA-AGAAACCTTAC-TCTGCCT-GAATGGACAGTGTTGTGTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCTCTAATTCG--AGACT-GAGT--TTTCTTCCCTGAGCTGTGTTT-GTTTTCAGT-GATGGC-ATT-TTGACATCA-A-T-ATCA--AGA-----GGC-ACGTTCCTGTATTC-C-CCGAGT---T-TAGATCTA----TAATTGGTGACTTC-AGA-CAC-TT-TTTGCC-CCCCAAGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACCTTTTGAATCA-TTTCGGAAA-TTC-TAT--TTTTTA-T--TTCAGATTGGTGAGTTGTTAGAGCAGCCA---TT-TGATTA-----TA-TTTCATGGATTTGACCATAGAACCAATAT----CATCG-A-AAATG-GT-G-TCTAC-TGCTT-GGT--GC-CAGAATTGTCT-GT-GA-TTT-TCTCTTT-CTTT---T-TCCAGTTC-AC-C-AAAGT--TG-GTC-A------T----TGTA-ATA--A--ATAATGTGGATT--------GT--GT--T-T-CTTCA-A-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--AATGGT-G-AAT-TCAATTT--CTTT---GGTTTC-TTTTTCAATT-TCCAT-CTTTTT-GT-CAT--T-AAAATGTTC--C-GGC-ATTTC---C-----T-TA--ACTTTGTGTCC---ATT-ATG--G-GG-CCCAAGTATGCATT-TCA-GGCAA-A-CTGGTA--CA-TCACA-TTG--T-TGG-CAATG-G-AC-CTCG--CAT-CTCTG--GTTGGAGTG-A---GAAGTACAC--TCGG--GAAAAGCCAT-------C------T---TT-CTATA-------TT---TG---AAAGGGA---TA-GT-ATCATGTAATATGGAGC-CGAGTT-TGTCCACGTG-CT-TTC-T----CA------------------GATT---T---------T--ACAG--AATTGCCGGTG-T-A-GTTTG-GTACG-G----TAGTCACA-GATGA-TAATACCCTGT--A-CCTG-----GG--------------TAGCCGT--------CTG-T------CTG----A-----AAT--TA--A----AAATG--TT---CA------------------AA-TT-TATTG-GAA--AGT--TTTGT-AC----A--T-GAACT-TGT--T--ATAATT----AT-TC-A-TA-TGGTATAAGAAAAAC-----TGAATTATGATTATTGGTACAATGGTATATTGGGGTGGTGGTAtctactgataaattaattcaagagtattt
gi|12 : CA-TGTTTAGAA-TAC-AAC--AATTTA-T--TTTGGACAGGTGGGAATTTAGAGCAGCCA---GA-CGAATC-----TC-TTTTATGGAATTCATCAAAGACCCAAGTG----TATCA-A-AAATG-GT-G-TCTAC-TTCTT-GGT--GC-CAGGATTTTCT-AT-GC-CTT-TCTTTTT-CTGT---T-TCCAGTTC-GT-C-ACATT--TG-ATC-G------T----TGTA-AGA--G--ATATTTTGCTTT--------CT--G---T-TTCTTTA-C-ATTTCCTC-CTGTACTTTGGAA-T--AATAGT-G-GAT-TCAATTT--CTTT---GGTTTC-TTTTTCTAGT-TTCCT-TTTCTT-GT-CAT--TAAGATT-TTC--C-GGC-AATTC---C-----TTTAG-ATGGTGTC-CC----TT-ATG--C-GG-ACCGAGGATGCATT-TCA-GGC-A-AACTGGGA--CA-TCACA-TTG--C-TGA-CAGTG-A-GT-CTCG--CAT-TTCTG--GTTAAAGTG-A---AATTCACACA-CCTG--GAGAGGCGA--------C------T---TT-CTAT----C---TT---TG---AAAGAAA---CG-AT-GTCATG---AGGAGAG-TCGAGTT-TCTCCACATG-TT-TAC-TGACACA-GCT--TACACACAAACTAACC---TGGCAGTTGTT--ACAG--AATTTTAAA-G-C-AGACTTG-GTACA-A----AGGTCACA-GGTGA-TGATCTTTAAA--G-CTTG-----GG-TGGTG-GGT--G-TGGTCAT--------G-G-T------gtcgttgttgtacag
gi|13 : TTTACATGTGGTG-GTGATA-GTATCCCGT-ACAG-A-CCCATGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-GGTTTTTT-CTTGA-CCACCAACCCA---GACTT-C-ATCCCCTCCCACACAGGCA----ACAT---GGCCTAGAGGATTAACT---C-----CA---GTAG-GA-ATGGTT-G---------CAAT-TGAT--TTGGCTTCCTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-TGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTAGACAGTGTTGTTTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCTCCCAATTCC--AAGCT-GAGT--TCTCTCCCTTTGACTGTGTTA-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTCTTGAATTC-C-TCTAGT---T-TGGATTTG----TAGTTAGTGATTGC-AGA-CATATTGTTTGAC-CTT--AGAATATCT-TTGTTTTGTTG-AACTGTCTGGGTCA-TGTCTgtgtctgttaaaggataaattaatgtctgtttgaaatccaagtaaatatttgtaaatga
gi|15 : gtGCCTTGTACTCTTCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCCCCCTTGGGTTGTGTTT-GTCTTCAGT-TTTGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GCA-----GGC-ATGCTCCTGTA
gi|16 : tTGGTGAGACTTTAAAGCAGCCA---GT-TGACCA-----TA-TTTCATGGATGTCATCACAAAACCCAACT----TATTA-A-AAATG-G-CA-TTTAT-TTCTA-CAT--GC-CAGAATCT
gi|17 : tAGAGTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGCCCCGC-ATAG-A-CCCGTGTATGT-TAAC--ACGTCTTAT-GGTTTTAT-CTGCA-CCACT
gi|18 : ATTT--CTTC---GGTTTC-CTTTTCAAGT-TTCTT-TATCTT-GT-CGT--TGAAAAT-TTC--
gi|19 : -CTTCTCAAGT-TTCTT-TTTCTG-GT-CAT--TGAAATT-TTC--T-GGC-ATATT---C-----T
gi|2 : AGGCTTGGCATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-TCCGTGTATGT-CAAC--CCGTCTTAT-GATTTTAT-CTTCA-CCACCTACCCACCAGGCTT-C-ATCCACTCCCACACAGGCA----ATAT---GAAATAGAGGATGAATT---C-----CA---GTAG-GA-ATGCTT-G---------TAAT-TGAT--TTGGCTTGGTCTAACAGCTTTGGTAA-AGA--TAAA-TA-GGAGAC-TTCC-ACTGTCA-GACTGGACAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTTTCCCAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTAGGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTTG----TAGTTAATGACTGC-AGA-CACATTGTTTAAC-TTT--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACTATTTGGGTCA-TGTCTGGAA-TAC-AGT--TATTAA-T--TTTGGATTGGTGAGATTTTAGGGCAGCGA---GG-TGATTC-----TC-TTTCATAGATTTCATCAAATTCCCAAGTG----TATCG-A-AAATT-GT-G-TCTAC-TTCTT-GGT--GC-CAGAATTTTCTAA--GC-TTT-TCTTTTT-CTTT---T-TCAATTTC-AT-C-ACATT--TG-GTC-C------T----TGTA-ATA--G--ATATTTTGCTTT--------CT--A---T-T-CTTCAGTGTTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-TTGAATGGT-GATAT-TCAATTT--CTGT---GGTTTC-CTTTTCAAGT-CTCTT-TTTCTT-GT-CAT--TAAAAAT-GTCAAG-GAC-ATATC---T-----TGTA--ATTGTGTG-AC---ATT-G-G--G-GG-ACCAATCACGCATT-TCA-GGC-A-A-CTGGAA--CA-TCACA-TTG--T-TG---AGTA-G-GC-CTCG--CATCCTCTG--GTTGGAGTG-A---AACTCACCCAGTATG--GAAAGATCAC-------A------T---CT-CTGT----C---TT---TA---AAAGGAA---CG-AT-ATTGTG-GGGCTGGTGCTGTAGCT-TCTCTACGTG-TT-TAC-TAAAACA-GTC--CAGACATAACCCAATT---TGACAACTGTC--ACAG--AATTGCTTG-G-C-AGGCTTA-ACACA-A----AGATCACA-CGTGA-TGACCTTCTGT--G-CCTG-----GGAC-GTA-GAC--T-CGGCCAT--------C-G-T------CAG----A-----AAC--TG--A----AACTA--TA---CAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--ATTA-TTTCT-TT-TG-A--T-GAAGA-TAA--G--ATAGTTGAA-AT-ATAA-AA-TGA---AAAAAAAAC----ATAGACTATT-TCATAG--ATAA-GGGGT----GGGTGGTGGTATAACGTTCAtga
gi|3 : ttagggaTACATGTACTG-GTAACA-GTG-ACAGTGACAGTG-TCCATGCAAGA-CAAC--ACATCGTATTCATTTTGT-CTCTT-CCACTAATC-A---AGCTC-T-ATCTGATCCAACA-AGGCT----ACGTTACGAAAC---TGTTTGACA---T-----TT---GTTG-AA-ATGTTTTG---------CAAA-CACT--CTGGTTCAGT-TAATAA-TTCTGTGACAGA--TAAA-AATGGAGAC-TTTCATCTGTCA-GA-TGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTCCCCTAACTCG--TGGCT-GAGTTATCTCTCCCTTGGATTGTGTT--GTTTTAAGTAGATGGT-GG---TAGTGTTA-A-A-ATCATGGTAAATGTGGCGATGTTTCTGAATTCAG-TC-AGT---TATAGATTTA----TAATT-GTGACATC-AGA--AAGTTGTTAGACTTTT--AGATTGCTT-TTGTTTT-CTG-AACA---TGGATCACTAT-TGGAA-TTCTGAC--TTCTGAGT--TGGGGACTGTTGTGA-TTCAGAGCTGTAATTTGGCTAATTC-----TC-T---AAGGACTGGGTCAGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGAT--GTCGATCTACTTTCTTACATTAGC-C--CATTGTTT-GT-TC-TTT-TATCTTTACTTT---TCTTCATTAC-AT-C-AGAAGAATG-GTC-C------G----TGCA-TTC--GGAAAATCTTTCTTTTCGACCAACTGAA---T-T-CTT---G-TTTTCTTT-T----CT-TGGAA-T--AATATT-G-CCT-TCGATTT--CCTCT--TGTCTC-TCTTT--AAT-CTTTC-TGTCTT-TTGCGG--TGATGAT-GTC--T--GC-ATCTC---CACCAATA-A--ATCGTGT--------TT-ATG--ATGA-ACTCATGA-GCATT-TCA-TGC-ATACCCGGGA--CA-TTACACTTGTCT-TGA-CAGTG-GCGC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATGCA---GATGTACAC--TGAG--GGAACACCAG-------C------T---GGACTGTG---CCGTTT---TGTGCACAGGAAGACTG-AT-ATCACGCTTCATGGA-CTTGAGGC-TGTTGACGTG-TT-TGCTTAATGCA-GTCTTTGCACACAGAGCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-GAC-AGGCTTGTCCACA-T----AGATCACA-GGTGATTGAGCTCCTGT--G-CCCA-----GG-T-CTT-AGCAGT-TAGCTA-----------G-C------CCG----ATATCTAATGGTG--GTCATATCTGCCTA---AAA-----------C-A--GAA-AG-CAATG-AAG--GATACTCTTT-AT-TGCA--T-CAAAGTTGA--A--ATAACA-AG-CT-AT-G-AACTGA---AActtaatatgaacct
gi|4 : ACATATGGTG-GTGACA-GTGTCTCGT-ACAG-A-CCCGTGTGTGT-CAAC--ACGTCTTAT-CGTTTTAT-TTTTA-CTACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCACTCCCACACAGGCA----ACAT---GGCGTAAAGGTTTAAGT---C-----CA---GTAG-GA-ATGGTT-T---------TGAT-TGAT--TTGGCTTGGTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-GGATAC-TTCC-TCTGTCA-GACCGGACGGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCTCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTTTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGATATCA-A-T-ATCA--GAA-----GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGTTTTG----TAGTTAGTGATTAC-AGA-CACATTGTTTGAC-TTC--AAAAGTTATCTTGTTTTGTTGAAACTGTTT-GGTCA-TGTC-GGAA-T---AACAGTTATAG-TTATTTGGATT-GTGC--TCTTAGAGCAGCCA---GG-TGATTC-----TC-TTTCAT-GATTTCATC--TGAACCCAGATGTCATTTCGAA-AAATGTGT-A-TCTAC-TCGTT-GGT--GCAGAGTATTTTCT-GTAGCTTTT-TCTTTTT-CTTTGTAT-TCCAGTTC-AT-CTACATTTATG-ATCAC------T----GTTA-ATG--G--ATGATTTGCTTT--------CT--AAGTT-T-CTTCA-T-TTTTCTCC-TTGTAC-GTGGAATT--AAT-GT-G-AAT-TCAATTTTGCTTCTGTGGTTTC-CTTTTCAAGT-TCTTT-TTTCTT-AT-CAT--GAAAAAT-GTC--CAGGC-ATATC---T-----T-TA--ATTTTGTGTCC---ATT-ATG--G-GA-ACCAAGCATGCATT-TCA-GGCAA-A-CTGGAA--TA-TCGCA-TTG--C-TGG-CAGTG-A-AC-CTCG--CAT-CTCTG--GTTTGAGTG-A---AACTCGCAC--TCGT--GATAAGCCAC-------C------C---TT-CTGT----C---TT---TG---AAATGAA---CG-AT-GTCATG-TGGTTGATATTTGAGCT-TTTGCACATG-CT-TAC-TTACACA-GTC--CACACACAACCTGAGT---TGACAGTTGTT--ACAG--TATTGCCTG-G-C-AGACTTG-ACACA-A----AGGTCACA-GGTGA-TGACCTCCTGT--G-CCTG-----GGAC-GTA-GAC--T-CAGCCAT--------C-G-T------CAG----A-----AGC--TG--A----AATTG--TA---CAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--AC-A---TCT-GT-TG-A--T-AAAGA-TAA--AATATAGTT-CATGT-CT-ACAA-TGA---TAAAAA--------CAGATTATT-TCACAAGTATAA-GGAGT----GGGTGGTGATAT---GTTCAcatcttatataattaataaatagaaatag
gi|5 : AGCCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTATCCTGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-GGTTTTAT-CTTTA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATTCACTCCCACACAGGCA----ACAT---CGTATAGAGGTTGAACT---T-----CA---GTAT-GA-ATGCTT-G---------TGAT-TGAT--TTGGCTTCTTCTAGCGGATTTTGTAC-ATG--TGAA-TA-AGAGTC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGACAGTGTTGTCTG-TATCAGGTTAGCCTTAAATTCTCCAAATTCA--AGGCT-TAGT--TCTCTCCCTTGGACTGTGTCA-GTTTTCAGT-GAAGGT-ATT-TTGACATCA-T-T-GTCA--GTA-----GGC-ATGTTCCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTGG----TAGTTGGTTACTTC-AGA-CAAGCTTCTTGAA-TTC--ACAAGTTTT-TTGTTTTGTTG-AACTGTTTTATCCA-TGTCTGAAA-TTC-GAT--TTTTTA-T--TTCACATTGGTGAGATTTTATAGCAGAAA---TG-CGATTA-----TC-TCTCGTGGACGTCATCAAAGAACCCAGCT----TATAG-A-AGATG-GT-A-TCTAC-TTCTT-TGT--GC-CAGAATTTTCT-AC-TC-TTC-TCCCTTT-CTTT---T-TCCAGATC-AT-C-AAGTT--TG-CCC-A------T----TGTA-CTT--A--ATACTTTCCATT--------CTG-A---T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-CTGTATTGAGGAA-T--GATAAT-G-GAC-TCAATTT--CCT----GGTTTT-CTCTTTCAAT-ATATTGTTTCTT-GT-C-----GAAAAT-ATC--A-GAC-AGAT----C-----TATAT-AT-GTGTGTCC---ATT-ATG--T-AG-ACCAAGGATGCATT-TCA-AACAA-A-CTGGGA--CA-TCACA-TTC--T-TCG-CAGTG-G-GC-CTCA--CAT-CTCTG--ATTTGAGTG-A---TATTCACAC--TCGG--GAAACGCCAG-------CCGCATTT---TT-CTAT----C---TT---TG---AAGTTAA---CG-AT-GTCGTG-TGGTTGGTACTTGAGTT-TGCCCACGTG-TT-TAC-TAACACA-GTG--CTCACACAAACTTACT---TGACAACTGTT--ACAG--AATTGGCGG-G-T-AGGCTTG-CTACA-A----AGGTCACA-GCTTA-TGACCTCCTGT--G-CCTG-----GG-T-G---GAC--G-TAGCCAT--------T-G-TGTATTGTAG----A-----AGT--TG--G----ATCTG--TA---AAT-----------A-ATTAAACAT-CTATG-ATA--A-TA-TTTAT----------T-GAAAACTAATTG--ACAGT---A-AT-TT---AA-TGA---AAGAAAGTCATTAGCAGAATACT-GTATAtgcagtgtat
gi|6 : GTGAACGT-CAACTTACATTTGCT-CATTTTGT-CGTTC-CTA-TAATCCA------TT-CTATCTAGACCAACACAGGCT----ACTT---C---------ATTAACT---------------TTGTGACATGCTT-GGATAAGTTTC-AT-CACT--TTG--CTCTTTTAACAATTCTTTCAA-GGA--TAAA-TT-GAACAG-T-----CTGTCAAGACTGGGCA-TGTC-TCTG-TTTTCGG-TAGCTTTGTAT-CCCCTAAT-CT--AGGCTTGAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTATTAATT-GATGGT-AGT-TTTAAATCAGG-T-ACTT--GTG-----GGA-A-GTTTCTGAATTC-A-TTCAGT---T-TGGATTTG----TAAATATTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGAC-TTA--AGGATTTCT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGGATCA-TA-CTGGAATTTT-GAC--CTCTGA-G--TTGGGACTGGAGTGATTTCAGAGC--------TG-TAATTTGGAAATC-TCTAAGGGACTGGGTCAGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGAT--GTCG-TCTAC-TTCTA-CAT--GC-CATTGCTTTCT-----C-TTC-TCATTAC-TTTT---C-TTCATTCC-AT-C-AGAGTAATG-GTC-CGCACTTT----CGAA-AAA--A--AAAATTTCC---------------AC--T-T-CTGAA-T-CTTGTTTC-TTGTTTTTTGAAA-T--AATATG-G-CCC-TCAATTT--CTTC---CGTCTC-TCTCTTAATT-CTTTC-TTTCTT-TG-CGG--TAATGAT-ATC--T-GCC-ATTTC---C------ACAATATCGTGT--TT---ATG-ATG--G-GA-ACTCATGACGCATT-TCA-TGC-AGA-CCGGGA--CA-TCACA-CTG--T-TGA-CAGTG-G-GC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATG-A---GATGTACAC--TGAG--GGAACACCAG-------C------T---GGACTGTG---CG--TTTTGTG---AAGGGAA---CA-AT-GTCATGCTTCATGGA-CTTGAGGC-TGTTGACATG-TT-TGT-TGATGCA-GTC--TGCACACAGACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-A-C-AGGCTTT-TCACA-GTTT-AGATCACA-AGTGA-TGAGCACCTGT--G-CCCT-----GG-T-CTT-GGC--TGTAGCCAT----------A-T------CT-----A-----AAT--GG--T----GGTCA--TA---TCT-----------GCA--AAA-AT-CAA-G-AAAAGAATA-TTTTT-AC-AGCA--TCAAAAA-TGA--A--ATaaaagataacgaactgtgatcaatatcataagat
gi|7 : atgtactgtgacgtgtcagttgcggttttctcattgtTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAGC--ACGTCTTAA-AGTTTTAT-CTATA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCACTCCCACACAGGCA----ACAT---GCAATAGAGGATTAAGT---C-----CA---GTAG-GA-ATGGTT-G---------TAAT-GGAT--TTGGCTTGGTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-TGAAAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCC------------AATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGGTA-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-C-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTGG----TAGTTAGTGACTGC-TGA-CACATTGTTTGAT-TTG--ATAATTTCT-TTGTTTTATTG-AACTGTTTGGGTCA-TGTCTGGAA-TTC-GAT--TGTTTA-T--TTTGGATTGGTGAGATCTGAGAGCAGCCA---GG-AGATTC-----TC-TTTTATGGACTTCATCAAGGAACCGAAAT----GACTG-A-AAATG-G-CG-TCAAT-TTCTT-GGT--GC-CAGGATTTTCT-GA-GC-GTT-TCTTTTC-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-AATTT--TG-GCC-A------T----CATA-ATG--G--ATATTTTGCTCT--------CT--GT--T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--AATGGT-A-GAT-TCAATTT--CGTT---GGTTTC-CTTTTCAAGT-TTCTT-TTTCTT-GT-GGT--TGAAAAT-TTC--T-GGC-ATATC---C-----T-TG--ACTTTGTGCCC---ATT-ATG--A-GGCACCAACTACACATTAAGA-AGC-A-AGACGGAA--CA-TCACA-TTG--C-TGG-CAAT--G-GC-CTCGGCCAT-CTCTG--TTCGTGTCG-A---AATTCACAC--TCGG--GAAAAGCC---------C------T---TT-CTGT----C---TT---GA---AATGAAA---CGAAT-GTCATG-TTGTTGGTACTTGATCT-TGTCCACGTGCTT-TAC-TGACACA-GTC--CACA-ACAAACTGAGT---TGACAGTTTGT--ACAG--AACTGCTGG-G-TAAGGCTTG-ACACA-A----AGGTCACACTGAGA-TGACCTCCTGT--G-CCGG-----GA-G-GTG-GGC----GGGCCAT--------T-A-T------CTGTGCAA-----AAC--TG--G----ATCTA--TA---AATAGATAAAAGAAA-A--AAA-AT-CAATT-CTG--AGTA-TTTGTAATACT-A--G-TATAG-TAG--A--AAAGAT-AA-ATGGT-A-AA-TTA---AAAAAAAAtacatcatgtgcgaatatcgaagaataactaatcaaaggaatatgtataatgacgaataaccaggaaattatgacaatatctaaaa
gi|8 : TACACGTACTA-GTGACA-ATGTCA-GTGACAG-T-GCCGTGTAAGT-CAAC--ACATTGTAT-CATTTTGT-CTCTT-CCATTAATCCA---AGCTC-T-ATCTGATCCAACACAGTCT----ACTC-------TC----CTTAACT---CTTTAACATTTGTTG-GA-ATGTTT-G---------CAAT-CGCT--TTGGCTTGTTTTAATAA-TTCTGTAACAGA--TAAA-TT-GTAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTTCCCTAACTGT--AGACT-GAGT--TTTCTCCCTTGAATTGTGTTG-GTCTTAAGC-GATGGT-AGTGTTGA-ATCA-GGT-A-CAT-GT------GGA-ATGGCTCTGAATTC-A-TTCAGT---T-TAGATTTG----TAATTGTTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGAC-TTC--AGGATTTTT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGCATCA-TA-CTGGAA-TTCTGAC--TTCTGA-G--TTTGGACTGTTGTGATTTCAGAGC--------TG-TAATTTGGAAATC-TCTCAGGGACTGGGTCTGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGATG--TCG-TCTAC-TTCTA-CGT--GC-CATTGTTTTCT--------TT-TATCTTT-ACTT---T-CC---TTC-AT-T-AAATT--TGAGTA-A------TGGGCCGTACATTCAG--AAATTTTCTTTT--------CA--A---C-AACTGAA-T-CTTGTTTC-TTATTCT-TGGAAAT--AATATC-G-CCT-TCAATTT--CCTC---TGTCTC-TCTCTTGATC-CTTTC-TTTCTTTGT--GC--TGATGAT-ATT--T-GCC-ATCTC---CAC---TATA--A-CATG-G-CCTCTATG-ACG--G-GA-ACTCTTGACACATT-TTA-TGC-AGA-CCGGGA--CA-TCACA-CTG--T-TGA-CAGTG-G-GC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATG-A---GATGTACAC--TGAG--GAAACACAAG-------C------T---GTACTGTGAGTT---TTG--TG---AAGGGAA---CG-AC-GTCATGTTTCATGGA-CTTGAGGC-TGTTGACATG-CT-TGT-TGATGCA-GTC--TGCACAGAGACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-G-C-GGGTTTG-TCACA-GTTT-AAATCACA-GGTGA-TGAGCACCTGT--G-CCCG-----TG-T--TATAGC--TGTAGCCAT----------A-T------CTG----A-----A----TG--GT---GATCA--TA---TCT-----------A-T--GAA-AGACAATG-AAAG-AATA-TTTTC-AT-ttggttacagtattaaagaatggagtagtttttgttatggcaatgtg
gi|9 : aACATGTACTG-TTGACA-A-GTTGTG--ACGG----CCATGCAAGTTCTAC--ACATCGTAT-CATTTGTC-CTGTT-CCACTAATCCA---AGCTC-T-ATCTGATTCAACACTGTTACTCTACGT---A-AAT---GCTTTGACA---T-----TT---GTTG-GA-ATGTTT-----------TGATACACTA-TTGGCTTCTTTTAATAA-TTCTGTAACAGAATTAAA-TT-GGAGAC-TTCAATCTGT-A-GACTGG-CAG-GTC-TCTG-TGTCAG-TTAGCTTTG-ATTCCC-TAACTCCTAAAGCT--AGT--TCTCTCCCTGCG--TGGGTTG-GCTTTAAGT--ATGGTTAGT-GTTAAA-CA-G-TTACTT--GTG-----GG--ATGTTT-TCAATTC------AGTCATT-TTGATTCA----TAATTGTTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGA--TTC--AGA--TTTT-TTGTTTC-TT--AACAGTT-GGGCCA-TA-CTGGAA-TTTTGAC--TCTGAG-T-----GGACTGTTT--ATT------CAGCT-----G-TAATTTGAAA-TC-TT-AAGGGACGG-GTCAGGGTAC-AAGAT----TGTCA-A-AGATG--TCG-TC-AC-TT-TA-CAT--GC-CATTGTTTTCT--------TT-TATCTTTACTTT---C-TTCATTTA-ATTC-AGAAG--TA-ATC-C------C----TGCA-TTT--GGAAAATTCTTCTTT--------CG--A---CAT-CTGAA-C-TTGTAT-C-TTGTTCTTTTAAA-T--AATATC-G-CGTGTCGATTT--CCTC---T-TCTCTCTTTTTGATT-CT-TC-TTTCTT-GT-GGTGGTGATGAT-ATC--T-C-C-ATTCCAACC-----CATA---TCATGT--------TT-ATGAAG-GG-ACTCATGA-GCATT-TCA-TGC-ATA-CCGGGAT-CA-TCACA-CTG--T-TGAACAGTA-G-CCTCTCA--CAT-CTCTGTGGGAAGAGTA-T---GATAC-CAC--TGGG--TAAAAACCAGG------C------T---GA-CTGCG---T---TT---TAT--AAGGAAAA--CA-ATTGTCATGTTTCATGA--CTTGAGCTGTG---ACATGGTT-TGT-TGATG---GTC--TTCA-ACAA-CCGACT---TG-CAGCTGTT--ACAG--ATATGCTGG-A-C-GCGCTTG-TCACA-GTTTCAGATCACA-GTGGA-TGAGCACCTTCCAG-TCTG-----GA-A-GTA-----------CCAT----------A-T------CT-----A-----AATG-TGTCA----ATCTG--TAAAACAA-----------A-A--ACA-AT-CAATG-ATATTTTTA-TTTGC-AT-CA-AATT-GAAAA-TAA--tacatctaagttaaaattacatcatgtccaaatatctaagaataattgatcaaaggaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TCATCAGTTGTACACATACTGACGGATGTCTGATTGGTACAGCACAAGTCATCTGATCCACCGCTGCGTGGGTGATAGTTTTTCTGTTTCCCGTGTATGACATGTTTCCAGTATTATTGGAGATATGATAAAATAGTTCTCCCTCTGTTCTCACTGTTTACTGCAATAGGGGCAATA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAACATCTGAATCTTGTTTCTTGTTTTTGGAAATAA
Alignments
lowQualScore : 1 33333333333 222222222222222 1111111111111 1 1 1 11111 222222 1111 44444444 11 22222222222222 111111 333333333333333333 1 2222222222222222222222222 11111 2222222222222222222222 22222222 111 22222 11 222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 2222222 1 11111 2222222222222 111 33333333 1 1 2222 222
lowQualScore : 1 3 3 8 0 888 3 44 55 0 3 55 6666 3 3 22 4 88888 0 77777777777 1 777777777777777 1 3 3 2 9999999999999 44 1 88 22 0 3 44 3 44 3 6 6 2 4 3 11 44 3 44 66 1 3 3 3 2 666 3 77 77777 77 1 999 6 555 3 3 7777 2 33 3 3 3 1 44 666 3 5 3 1 3 4 3 3 44 1 4444 5 4 1 2 22222 3 444444 3 1 0 33 1 1 6666 0 3 3 6666 3 3 777 44 3 1 33333333 3 6 555 3 1 3 3 3 5 1 88 33 11111111111111 3 222222 1 0 1 222222222222222222 6 3 444 3 1 6 0 44 4444 999 3 44 0 888 2 4 2 2 1 2 2 444444 0 1 33 5555 0 3 1 555 6666666666666666666666666 3 4444 3 8 11 5 3 44 88888 77 3 3 44 3 55 3 3 3 44 3 44 1 3 555 1 77 33 44 66 5555555555555555555555 88888888 999 333 0 999 3 3 00000 88 2 3 22 6 3 0 3 1 55 3 7777 0 1 555 2 44 44 2 3 444 44 888888 3 3 1 44 3 1 88888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 3 3 0 5555 4 4 8888888 66 66 3 11111 6666666666666 6 111 55555555 1 0 6 3 1 8888 111
lowQualScore : . . . . . ... . .. .. . . .. .... . . .. . ..... . ........... . ............... . . . . ............. .. . .. .. . . .. . .. . . . . . . .. .. . .. .. . . . . . ... . .. ..... .. . ... . ... . . .... . .. . . . . .. ... . . . . . . . . .. . .... . . . . ..... . ...... . . . .. . . .... . . . .... . . ... .. . . ........ . . ... . . . . . . . .. .. .............. . ...... . . . .................. . . ... . . . . .. .... ... . .. . ... . . . . . . . ...... . . .. .... . . . ... ......................... . .... . . .. . . .. ..... .. . . .. . .. . . . .. . .. . . ... . .. .. .. .. ...................... ........ ... ... . ... . . ..... .. . . .. . . . . . .. . .... . . ... . .. .. . . ... .. ...... . . . .. . . ..... ................................................................................................... . . . . .... . . ....... .. .. . ..... ............. . ... ........ . . . . . .... ...
lowQualScore : 0 6 6 8 9 888 3 66 88 3 3 00 7777 6 6 44 5 22222 8 44444444444 0 666666666666666 0 6 6 6 3333333333333 00 9 66 00 1 3 66 3 33 3 7 7 2 6 3 22 22 1 22 44 5 1 1 1 1 888 1 33 77777 77 0 222 7 888 3 5 1111 2 22 3 3 7 2 33 999 3 9 3 0 1 3 3 3 66 0 9999 0 0 3 5 00000 1 555555 1 4 4 77 9 0 5555 5 1 1 2222 1 1 222 22 1 0 88888888 3 7 888 3 0 3 3 3 8 3 33 66 66666666666666 3 000000 8 9 0 555555555555555555 7 8 333 3 7 7 0 66 0000 444 3 22 5 555 9 5 4 9 1 9 9 444444 4 4 99 3333 2 1 0 444 6666666666666666666666666 3 8888 3 4 44 0 3 33 77777 99 3 3 66 3 55 3 3 3 66 3 66 0 3 888 0 99 33 66 00 1111111111111111111111 22222222 222 888 8 222 3 3 33333 33 3 3 66 7 3 1 3 6 11 3 6666 4 1 888 9 66 66 8 3 888 33 000000 3 3 0 66 3 4 33333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 6 6 5 1111 0 9 1111111 11 33 3 00000 2222222222222 7 777 11111111 2 0 7 3 0 3333 000
consensus : NNNNNNNAGNCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-CGTTTTAT-CTTTA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCGCTCCNACACAGGCA----ACAT---GGAATAGAGGNTTAACT---C-----CA---GTNG-GA-ATGCTT-G---------CGAT-CGAT--TTGGCTTNNTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TN-GGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGNATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTCG----TAGTTGGTGACTTC-AGA-CACGTTGTTTGAC-TTC--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACNGTTTGGGTCA-TGTCTGGAA-TTC-GAC--TTTTNA-T--TTCGGACTGGTGNGATTTTAGAGCAGCCA---GG-TGATTC-----TC-TTTCATGGACTTCGTCAGGGNACCAAGAT----TGTCG-A-AGATG-GTCG-TCTAC-TTCTT-CGT--GC-CAGNATTTTCT-G--GC-TTT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-AGATT--TG-GTC-C------T----CGTA-ATN--G--ATATTTTNCTTT--------CT--A---T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--AATGGT-G-CAT-TCAATTT--CCTC---GGTCTC-CTTTTCGAGT-CTCTT-TTTCTT-GT-CGT--TGAAAAT-NTC--T-GGC-ATNTC---C-----TATA--ATCGTGTG-CC---ATT-ATG--G-GG-ACCGANGACGCATT-TCA-NGC-A-A-CCGGGA--CA-TCACA-TTG--T-TGG-CAGTG-G-GC-CTCG--CAT-CTCTG--GTNGGAGTG-A---GATNCACAC--TCGG--GAAACGCCAG-------C------T---TT-CTGTG---C---TT---TG---AAGGGAA---CG-AT-GTCATGCTNNNTGGNGCTTGAGCT-TGTCCACGTG-TT-TGC-TGACGCA-GTC--CGCACACAAACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCCGG-G-C-AGGCTTG-NCACA-G----AGGTCACA-GGTGA-TGANCTCCTGT--G-CCCG-----GG-C-GTA-GGC--T-TAGCCAT--------C-G-T------CNG----A-----AAT--TG--G----ANCCG--TA---CAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--ANTA-TTTNT-AT-CG-A--T-GAAAA-TAA--A--ATAGTT-AA-AT-NT-A-AA-TGA---AAAAAAAAC----GCAGATTATT-TCATAGGTATAA-GGNGT----GGGTGGTGGTATAACGTTCA
Reference ( family-2540 ) : NNNNNNNAGNCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-CGTTTTAT-CTTTA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCGCTCCNACACAGGCA----ACAT---GGAATAGAGGNTTAACT---C-----CA---GTNG-GA-ATGCTT-G---------CGAT-CGAT--TTGGCTTNNTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TN-GGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGNATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTCG----TAGTTGGTGACTTC-AGA-CACGTTGTTTGAC-TTC--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACNGTTTGGGTCA-TGTCTGGAA-TTC-GAC--TTTTNA-T--TTCGGACTGGTGNGATTTTAGAGCAGCCA---GG-TGATTC-----TC-TTTCATGGACTTCGTCAGGGNACCAAGAT----TGTCG-A-AGATG-GTCG-TCTAC-TTCTT-CGT--GC-CAGNATTTTCT-G--GC-TTT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-AGATT--TG-GTC-C------T----CGTA-ATN--G--ATATTTTNCTTT--------CT--A---T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--AATGGT-G-CAT-TCAATTT--CCTC---GGTCTC-CTTTTCGAGT-CTCTT-TTTCTT-GT-CGT--TGAAAAT-NTC--T-GGC-ATNTC---C-----TATA--ATCGTGTG-CC---ATT-ATG--G-GG-ACCGANGACGCATT-TCA-NGC-A-A-CCGGGA--CA-TCACA-TTG--T-TGG-CAGTG-G-GC-CTCG--CAT-CTCTG--GTNGGAGTG-A---GATNCACAC--TCGG--GAAACGCCAG-------C------T---TT-CTGTG---C---TT---TG---AAGGGAA---CG-AT-GTCATGCTNNNTGGNGCTTGAGCT-TGTCCACGTG-TT-TGC-TGACGCA-GTC--CGCACACAAACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCCGG-G-C-AGGCTTG-NCACA-G----AGGTCACA-GGTGA-TGANCTCCTGT--G-CCCG-----GG-C-GTA-GGC--T-TAGCCAT--------C-G-T------CNG----A-----AAT--TG--G----ANCCG--TA---CAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--ANTA-TTTNT-AT-CG-A--T-GAAAA-TAA--A--ATAGTT-AA-AT-NT-A-AA-TGA---AAAAAAAAC----GCAGATTATT-TCATAGGTATAA-GGNGT----GGGTGGTGGTATAACGTTCA
gi|1 : GTCTATACATGTGGTGTGTGACAAGTGTCC-GT-AAGG-AACCCGTGTATGT-CAAC--A-GTCTTAT-GGTTT-ATGCTTCAACCACTAACC-A---GGCTTTC-ATCCACTCC-ACACAGGCA----ACAT---GAAATAGAGGAT-AAC----------CA----TAG-GA-ATGCGT-A---------AG-T-AAATAATTAGCTTGGTCTAAC-GCTTTTGTAA-AGA--TAAAATG-TGAGAC-TTCC-T--GTCAAGACTGGACAGTGTTGTCTGCTGTTCAGCTAGCCTTGTATTCTCCTAA--CC--AGGCT-GAGT--TCTCTCC-TTGCAT-GTGTTTTGTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGAC-TCA-A-T-AT-A--GTA-----GGCGATGTTTCATTATTC-C-TCGAGT-------GATGCGATGGTAGTTAGTGACTACGAGAACAT-TTGTTTGAT-TT---GGAATTTCT-TTTTTTTGTTG-A-CTGTT--GGTCA-TGTCTGGAA-TTT-TCC--TTTTTA-T--TTCGGACTGGTGAGATTTAAGAGCA-CCA---GA-GGAGTT-----TGATTTTATGGTTTTCA-CAAG-AACCGAAAT----TATCG-ATAAATG-GT-G-TCGAC-TTCTT-GGT--GC-CAGGATTTTCT-G--TG-GGT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTCTAT-C-A-ATT--TG---C-C------A----CATA-AT---G--ATATTTTGCTAT--------CT--C---C-T-TCTCA-T-TTTTCTTCTTTATATTGTGGAA-T--A--GGTAG-C---TCAATTT--CTTC---GGTCT---TTTGCACATACTC---TTTCTT-GT-CGC--TAAAAAA-TTC--T-GGC-ATATC---T-----TGAC--TTTGTGT--CC---ATT-ATG--G-AG-ACCAAATATGCATC-TCAGGGC-A-A-CTGGAAATTAGTCGCA-TTG--TCTGG-CA-TGAA-AT-CTCG--CAT-TTCTG--GTTGGTGTG-ACTTCATCAACCA--TCAGAAGAAAT-CAAGTTGTATTC------T---TT-CTGT----C---TT---TG---AATTAAT---GG-AT-TTCATG-TGGTTGGTACTTCCGCT-TGATCACGTG-TTATAT-TAA-ACAGGTC--CACACACAAACGCAATGAGTGACA-TTGTTGGACAGGAAACTGCTTG-G---AGGCTTG-ACACATA----AGGTCACA-GGTGA-TGAACTTCTGT--GACCTGTGAATGG-C-AT---GC--A-TAACTGT--------C-A-T------C---------------------------ACTG--TA----AT-----------A-A--CAACAT-CAAT--ATA--
gi|10 : atcaggactaagcatactgaccaagagattgctccctgacttagtacagcatatagttgtttggactgcccagccctgtgtgtggttatcagcgtcttctgtttctcacctgtctgacaatgttcactcattctacttttaacatacactgttatacagctctccctgtctgtcactgtgaatgttcattaggctACATGTACTG-GTGACA-GTGTCA-GTGACAG-T-GCCATGAATGT-CAAC--AAGCCGTAT-CATTTTGT-CTTTT-CCACAAATCCA---AGCTC-T-ATCTGATCCAACACAGGCT----ACTC-------TC----CTTAACTGTGCGA---CATTTGTTG-GA-ATGTTT-G---------CAAT-CACT--TTGGCTTCTTTTAATAA-TTCTGCAATAGA--AAAA-TT-GGAGAC-TTCA-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTCCCCTAACTCT--ATGCA-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTATGTTG-GTTTTAAGT-GATGGC-AAT-GTTAAATCA-GGT-ACTT--GAA-----GG--ATGTTTTTGAATTC-AGTC-AGT---T-TGGATTCA----AAGCTGTTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGAA-TTC--AGGATTTTT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGGATCA-GAACTGGAC-TTCTGAC--TTCTGA-G--TTGGGACTGGCATGATTTCAGAGCTGTGATTTGG-TGAT--------C-TCTAAGGGACTGGGTCAGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGATG--TCG-TCTAC-TTTAC-TGT---C-CATTGTTTTCT-------TTTATCTTTAC-TTTT---C-TTCATTAA-AT-C-AGAGTAATG-GGC-CG-----T----TACA-TTC--G--GAAATTTTCTTT--------TTCGA---CAT-CTGAA-T-CTTGTTTC-CTGTTCTTTAGAAAT--AATGTC-G-CCT-TCAATTT--CCTC---TGTCTC-TCTTTTGATT-CTTTC-TTTCTT-GG-TGG--TAATGAT-GT---T-GGCCATCTC---C------ACA--ATAACATG-AC---ATTGATG--G-GA-ACTCATGACGCATT-TCA-TGC-AGA-CCGGGA--CA-TCACA-CTG--T-TGA-CAGTG-G-CC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATG-A---GATGTACAC--TGAG--GGAACACAAG-------C------TGGACT-GTGCG---C---TT---TGTG-AAGGGAA---CG-AT-GTCATGCTTCCTGGA-CTTGAGGT-TGTTGACATG-TT-TGT-TGATGCA-GTC--TGCACACAGACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-A-C-GGGCTTG-TCACA-GTTT-AGATCACA-GGTGA-TGAGCTCCTGT--G-CCCA-----AG-TGGTA-GCA--G-TAGCCATATCTAATCT-GTT------CAA----A-----AAT------A----AACCA--AA---CA------------A-A--CAA-AA-CAATGAATG--GATA-TTT-T-ACACC-A--T-CAAAGTTAA--A--ATttagacaacagaaatcatatcgtgttaatatct
gi|11 : CTGGCAACGTTTGCAA-ATA--TAAA-TA-AGAAACCTTAC-TCTGCCT-GAATGGACAGTGTTGTGTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCTCTAATTCG--AGACT-GAGT--TTTCTTCCCTGAGCTGTGTTT-GTTTTCAGT-GATGGC-ATT-TTGACATCA-A-T-ATCA--AGA-----GGC-ACGTTCCTGTATTC-C-CCGAGT---T-TAGATCTA----TAATTGGTGACTTC-AGA-CAC-TT-TTTGCC-CCCCAAGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACCTTTTGAATCA-TTTCGGAAA-TTC-TAT--TTTTTA-T--TTCAGATTGGTGAGTTGTTAGAGCAGCCA---TT-TGATTA-----TA-TTTCATGGATTTGACCATAGAACCAATAT----CATCG-A-AAATG-GT-G-TCTAC-TGCTT-GGT--GC-CAGAATTGTCT-GT-GA-TTT-TCTCTTT-CTTT---T-TCCAGTTC-AC-C-AAAGT--TG-GTC-A------T----TGTA-ATA--A--ATAATGTGGATT--------GT--GT--T-T-CTTCA-A-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--AATGGT-G-AAT-TCAATTT--CTTT---GGTTTC-TTTTTCAATT-TCCAT-CTTTTT-GT-CAT--T-AAAATGTTC--C-GGC-ATTTC---C-----T-TA--ACTTTGTGTCC---ATT-ATG--G-GG-CCCAAGTATGCATT-TCA-GGCAA-A-CTGGTA--CA-TCACA-TTG--T-TGG-CAATG-G-AC-CTCG--CAT-CTCTG--GTTGGAGTG-A---GAAGTACAC--TCGG--GAAAAGCCAT-------C------T---TT-CTATA-------TT---TG---AAAGGGA---TA-GT-ATCATGTAATATGGAGC-CGAGTT-TGTCCACGTG-CT-TTC-T----CA------------------GATT---T---------T--ACAG--AATTGCCGGTG-T-A-GTTTG-GTACG-G----TAGTCACA-GATGA-TAATACCCTGT--A-CCTG-----GG--------------TAGCCGT--------CTG-T------CTG----A-----AAT--TA--A----AAATG--TT---CA------------------AA-TT-TATTG-GAA--AGT--TTTGT-AC----A--T-GAACT-TGT--T--ATAATT----AT-TC-A-TA-TGGTATAAGAAAAAC-----TGAATTATGATTATTGGTACAATGGTATATTGGGGTGGTGGTAtctactgataaattaattcaagagtattt
gi|12 : CA-TGTTTAGAA-TAC-AAC--AATTTA-T--TTTGGACAGGTGGGAATTTAGAGCAGCCA---GA-CGAATC-----TC-TTTTATGGAATTCATCAAAGACCCAAGTG----TATCA-A-AAATG-GT-G-TCTAC-TTCTT-GGT--GC-CAGGATTTTCT-AT-GC-CTT-TCTTTTT-CTGT---T-TCCAGTTC-GT-C-ACATT--TG-ATC-G------T----TGTA-AGA--G--ATATTTTGCTTT--------CT--G---T-TTCTTTA-C-ATTTCCTC-CTGTACTTTGGAA-T--AATAGT-G-GAT-TCAATTT--CTTT---GGTTTC-TTTTTCTAGT-TTCCT-TTTCTT-GT-CAT--TAAGATT-TTC--C-GGC-AATTC---C-----TTTAG-ATGGTGTC-CC----TT-ATG--C-GG-ACCGAGGATGCATT-TCA-GGC-A-AACTGGGA--CA-TCACA-TTG--C-TGA-CAGTG-A-GT-CTCG--CAT-TTCTG--GTTAAAGTG-A---AATTCACACA-CCTG--GAGAGGCGA--------C------T---TT-CTAT----C---TT---TG---AAAGAAA---CG-AT-GTCATG---AGGAGAG-TCGAGTT-TCTCCACATG-TT-TAC-TGACACA-GCT--TACACACAAACTAACC---TGGCAGTTGTT--ACAG--AATTTTAAA-G-C-AGACTTG-GTACA-A----AGGTCACA-GGTGA-TGATCTTTAAA--G-CTTG-----GG-TGGTG-GGT--G-TGGTCAT--------G-G-T------gtcgttgttgtacag
gi|13 : TTTACATGTGGTG-GTGATA-GTATCCCGT-ACAG-A-CCCATGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-GGTTTTTT-CTTGA-CCACCAACCCA---GACTT-C-ATCCCCTCCCACACAGGCA----ACAT---GGCCTAGAGGATTAACT---C-----CA---GTAG-GA-ATGGTT-G---------CAAT-TGAT--TTGGCTTCCTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-TGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTAGACAGTGTTGTTTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCTCCCAATTCC--AAGCT-GAGT--TCTCTCCCTTTGACTGTGTTA-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTCTTGAATTC-C-TCTAGT---T-TGGATTTG----TAGTTAGTGATTGC-AGA-CATATTGTTTGAC-CTT--AGAATATCT-TTGTTTTGTTG-AACTGTCTGGGTCA-TGTCTgtgtctgttaaaggataaattaatgtctgtttgaaatccaagtaaatatttgtaaatga
gi|15 : gtGCCTTGTACTCTTCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCCCCCTTGGGTTGTGTTT-GTCTTCAGT-TTTGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GCA-----GGC-ATGCTCCTGTA
gi|16 : tTGGTGAGACTTTAAAGCAGCCA---GT-TGACCA-----TA-TTTCATGGATGTCATCACAAAACCCAACT----TATTA-A-AAATG-G-CA-TTTAT-TTCTA-CAT--GC-CAGAATCT
gi|17 : tAGAGTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGCCCCGC-ATAG-A-CCCGTGTATGT-TAAC--ACGTCTTAT-GGTTTTAT-CTGCA-CCACT
gi|18 : ATTT--CTTC---GGTTTC-CTTTTCAAGT-TTCTT-TATCTT-GT-CGT--TGAAAAT-TTC--
gi|19 : -CTTCTCAAGT-TTCTT-TTTCTG-GT-CAT--TGAAATT-TTC--T-GGC-ATATT---C-----T
gi|2 : AGGCTTGGCATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-TCCGTGTATGT-CAAC--CCGTCTTAT-GATTTTAT-CTTCA-CCACCTACCCACCAGGCTT-C-ATCCACTCCCACACAGGCA----ATAT---GAAATAGAGGATGAATT---C-----CA---GTAG-GA-ATGCTT-G---------TAAT-TGAT--TTGGCTTGGTCTAACAGCTTTGGTAA-AGA--TAAA-TA-GGAGAC-TTCC-ACTGTCA-GACTGGACAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTTTCCCAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTAGGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTTG----TAGTTAATGACTGC-AGA-CACATTGTTTAAC-TTT--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACTATTTGGGTCA-TGTCTGGAA-TAC-AGT--TATTAA-T--TTTGGATTGGTGAGATTTTAGGGCAGCGA---GG-TGATTC-----TC-TTTCATAGATTTCATCAAATTCCCAAGTG----TATCG-A-AAATT-GT-G-TCTAC-TTCTT-GGT--GC-CAGAATTTTCTAA--GC-TTT-TCTTTTT-CTTT---T-TCAATTTC-AT-C-ACATT--TG-GTC-C------T----TGTA-ATA--G--ATATTTTGCTTT--------CT--A---T-T-CTTCAGTGTTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-TTGAATGGT-GATAT-TCAATTT--CTGT---GGTTTC-CTTTTCAAGT-CTCTT-TTTCTT-GT-CAT--TAAAAAT-GTCAAG-GAC-ATATC---T-----TGTA--ATTGTGTG-AC---ATT-G-G--G-GG-ACCAATCACGCATT-TCA-GGC-A-A-CTGGAA--CA-TCACA-TTG--T-TG---AGTA-G-GC-CTCG--CATCCTCTG--GTTGGAGTG-A---AACTCACCCAGTATG--GAAAGATCAC-------A------T---CT-CTGT----C---TT---TA---AAAGGAA---CG-AT-ATTGTG-GGGCTGGTGCTGTAGCT-TCTCTACGTG-TT-TAC-TAAAACA-GTC--CAGACATAACCCAATT---TGACAACTGTC--ACAG--AATTGCTTG-G-C-AGGCTTA-ACACA-A----AGATCACA-CGTGA-TGACCTTCTGT--G-CCTG-----GGAC-GTA-GAC--T-CGGCCAT--------C-G-T------CAG----A-----AAC--TG--A----AACTA--TA---CAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--ATTA-TTTCT-TT-TG-A--T-GAAGA-TAA--G--ATAGTTGAA-AT-ATAA-AA-TGA---AAAAAAAAC----ATAGACTATT-TCATAG--ATAA-GGGGT----GGGTGGTGGTATAACGTTCAtga
gi|3 : ttagggaTACATGTACTG-GTAACA-GTG-ACAGTGACAGTG-TCCATGCAAGA-CAAC--ACATCGTATTCATTTTGT-CTCTT-CCACTAATC-A---AGCTC-T-ATCTGATCCAACA-AGGCT----ACGTTACGAAAC---TGTTTGACA---T-----TT---GTTG-AA-ATGTTTTG---------CAAA-CACT--CTGGTTCAGT-TAATAA-TTCTGTGACAGA--TAAA-AATGGAGAC-TTTCATCTGTCA-GA-TGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTCCCCTAACTCG--TGGCT-GAGTTATCTCTCCCTTGGATTGTGTT--GTTTTAAGTAGATGGT-GG---TAGTGTTA-A-A-ATCATGGTAAATGTGGCGATGTTTCTGAATTCAG-TC-AGT---TATAGATTTA----TAATT-GTGACATC-AGA--AAGTTGTTAGACTTTT--AGATTGCTT-TTGTTTT-CTG-AACA---TGGATCACTAT-TGGAA-TTCTGAC--TTCTGAGT--TGGGGACTGTTGTGA-TTCAGAGCTGTAATTTGGCTAATTC-----TC-T---AAGGACTGGGTCAGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGAT--GTCGATCTACTTTCTTACATTAGC-C--CATTGTTT-GT-TC-TTT-TATCTTTACTTT---TCTTCATTAC-AT-C-AGAAGAATG-GTC-C------G----TGCA-TTC--GGAAAATCTTTCTTTTCGACCAACTGAA---T-T-CTT---G-TTTTCTTT-T----CT-TGGAA-T--AATATT-G-CCT-TCGATTT--CCTCT--TGTCTC-TCTTT--AAT-CTTTC-TGTCTT-TTGCGG--TGATGAT-GTC--T--GC-ATCTC---CACCAATA-A--ATCGTGT--------TT-ATG--ATGA-ACTCATGA-GCATT-TCA-TGC-ATACCCGGGA--CA-TTACACTTGTCT-TGA-CAGTG-GCGC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATGCA---GATGTACAC--TGAG--GGAACACCAG-------C------T---GGACTGTG---CCGTTT---TGTGCACAGGAAGACTG-AT-ATCACGCTTCATGGA-CTTGAGGC-TGTTGACGTG-TT-TGCTTAATGCA-GTCTTTGCACACAGAGCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-GAC-AGGCTTGTCCACA-T----AGATCACA-GGTGATTGAGCTCCTGT--G-CCCA-----GG-T-CTT-AGCAGT-TAGCTA-----------G-C------CCG----ATATCTAATGGTG--GTCATATCTGCCTA---AAA-----------C-A--GAA-AG-CAATG-AAG--GATACTCTTT-AT-TGCA--T-CAAAGTTGA--A--ATAACA-AG-CT-AT-G-AACTGA---AActtaatatgaacct
gi|4 : ACATATGGTG-GTGACA-GTGTCTCGT-ACAG-A-CCCGTGTGTGT-CAAC--ACGTCTTAT-CGTTTTAT-TTTTA-CTACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCACTCCCACACAGGCA----ACAT---GGCGTAAAGGTTTAAGT---C-----CA---GTAG-GA-ATGGTT-T---------TGAT-TGAT--TTGGCTTGGTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-GGATAC-TTCC-TCTGTCA-GACCGGACGGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCTCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTTTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGATATCA-A-T-ATCA--GAA-----GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGTTTTG----TAGTTAGTGATTAC-AGA-CACATTGTTTGAC-TTC--AAAAGTTATCTTGTTTTGTTGAAACTGTTT-GGTCA-TGTC-GGAA-T---AACAGTTATAG-TTATTTGGATT-GTGC--TCTTAGAGCAGCCA---GG-TGATTC-----TC-TTTCAT-GATTTCATC--TGAACCCAGATGTCATTTCGAA-AAATGTGT-A-TCTAC-TCGTT-GGT--GCAGAGTATTTTCT-GTAGCTTTT-TCTTTTT-CTTTGTAT-TCCAGTTC-AT-CTACATTTATG-ATCAC------T----GTTA-ATG--G--ATGATTTGCTTT--------CT--AAGTT-T-CTTCA-T-TTTTCTCC-TTGTAC-GTGGAATT--AAT-GT-G-AAT-TCAATTTTGCTTCTGTGGTTTC-CTTTTCAAGT-TCTTT-TTTCTT-AT-CAT--GAAAAAT-GTC--CAGGC-ATATC---T-----T-TA--ATTTTGTGTCC---ATT-ATG--G-GA-ACCAAGCATGCATT-TCA-GGCAA-A-CTGGAA--TA-TCGCA-TTG--C-TGG-CAGTG-A-AC-CTCG--CAT-CTCTG--GTTTGAGTG-A---AACTCGCAC--TCGT--GATAAGCCAC-------C------C---TT-CTGT----C---TT---TG---AAATGAA---CG-AT-GTCATG-TGGTTGATATTTGAGCT-TTTGCACATG-CT-TAC-TTACACA-GTC--CACACACAACCTGAGT---TGACAGTTGTT--ACAG--TATTGCCTG-G-C-AGACTTG-ACACA-A----AGGTCACA-GGTGA-TGACCTCCTGT--G-CCTG-----GGAC-GTA-GAC--T-CAGCCAT--------C-G-T------CAG----A-----AGC--TG--A----AATTG--TA---CAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--AC-A---TCT-GT-TG-A--T-AAAGA-TAA--AATATAGTT-CATGT-CT-ACAA-TGA---TAAAAA--------CAGATTATT-TCACAAGTATAA-GGAGT----GGGTGGTGATAT---GTTCAcatcttatataattaataaatagaaatag
gi|5 : AGCCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTATCCTGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-GGTTTTAT-CTTTA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATTCACTCCCACACAGGCA----ACAT---CGTATAGAGGTTGAACT---T-----CA---GTAT-GA-ATGCTT-G---------TGAT-TGAT--TTGGCTTCTTCTAGCGGATTTTGTAC-ATG--TGAA-TA-AGAGTC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGACAGTGTTGTCTG-TATCAGGTTAGCCTTAAATTCTCCAAATTCA--AGGCT-TAGT--TCTCTCCCTTGGACTGTGTCA-GTTTTCAGT-GAAGGT-ATT-TTGACATCA-T-T-GTCA--GTA-----GGC-ATGTTCCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTGG----TAGTTGGTTACTTC-AGA-CAAGCTTCTTGAA-TTC--ACAAGTTTT-TTGTTTTGTTG-AACTGTTTTATCCA-TGTCTGAAA-TTC-GAT--TTTTTA-T--TTCACATTGGTGAGATTTTATAGCAGAAA---TG-CGATTA-----TC-TCTCGTGGACGTCATCAAAGAACCCAGCT----TATAG-A-AGATG-GT-A-TCTAC-TTCTT-TGT--GC-CAGAATTTTCT-AC-TC-TTC-TCCCTTT-CTTT---T-TCCAGATC-AT-C-AAGTT--TG-CCC-A------T----TGTA-CTT--A--ATACTTTCCATT--------CTG-A---T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-CTGTATTGAGGAA-T--GATAAT-G-GAC-TCAATTT--CCT----GGTTTT-CTCTTTCAAT-ATATTGTTTCTT-GT-C-----GAAAAT-ATC--A-GAC-AGAT----C-----TATAT-AT-GTGTGTCC---ATT-ATG--T-AG-ACCAAGGATGCATT-TCA-AACAA-A-CTGGGA--CA-TCACA-TTC--T-TCG-CAGTG-G-GC-CTCA--CAT-CTCTG--ATTTGAGTG-A---TATTCACAC--TCGG--GAAACGCCAG-------CCGCATTT---TT-CTAT----C---TT---TG---AAGTTAA---CG-AT-GTCGTG-TGGTTGGTACTTGAGTT-TGCCCACGTG-TT-TAC-TAACACA-GTG--CTCACACAAACTTACT---TGACAACTGTT--ACAG--AATTGGCGG-G-T-AGGCTTG-CTACA-A----AGGTCACA-GCTTA-TGACCTCCTGT--G-CCTG-----GG-T-G---GAC--G-TAGCCAT--------T-G-TGTATTGTAG----A-----AGT--TG--G----ATCTG--TA---AAT-----------A-ATTAAACAT-CTATG-ATA--A-TA-TTTAT----------T-GAAAACTAATTG--ACAGT---A-AT-TT---AA-TGA---AAGAAAGTCATTAGCAGAATACT-GTATAtgcagtgtat
gi|6 : GTGAACGT-CAACTTACATTTGCT-CATTTTGT-CGTTC-CTA-TAATCCA------TT-CTATCTAGACCAACACAGGCT----ACTT---C---------ATTAACT---------------TTGTGACATGCTT-GGATAAGTTTC-AT-CACT--TTG--CTCTTTTAACAATTCTTTCAA-GGA--TAAA-TT-GAACAG-T-----CTGTCAAGACTGGGCA-TGTC-TCTG-TTTTCGG-TAGCTTTGTAT-CCCCTAAT-CT--AGGCTTGAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTATTAATT-GATGGT-AGT-TTTAAATCAGG-T-ACTT--GTG-----GGA-A-GTTTCTGAATTC-A-TTCAGT---T-TGGATTTG----TAAATATTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGAC-TTA--AGGATTTCT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGGATCA-TA-CTGGAATTTT-GAC--CTCTGA-G--TTGGGACTGGAGTGATTTCAGAGC--------TG-TAATTTGGAAATC-TCTAAGGGACTGGGTCAGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGAT--GTCG-TCTAC-TTCTA-CAT--GC-CATTGCTTTCT-----C-TTC-TCATTAC-TTTT---C-TTCATTCC-AT-C-AGAGTAATG-GTC-CGCACTTT----CGAA-AAA--A--AAAATTTCC---------------AC--T-T-CTGAA-T-CTTGTTTC-TTGTTTTTTGAAA-T--AATATG-G-CCC-TCAATTT--CTTC---CGTCTC-TCTCTTAATT-CTTTC-TTTCTT-TG-CGG--TAATGAT-ATC--T-GCC-ATTTC---C------ACAATATCGTGT--TT---ATG-ATG--G-GA-ACTCATGACGCATT-TCA-TGC-AGA-CCGGGA--CA-TCACA-CTG--T-TGA-CAGTG-G-GC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATG-A---GATGTACAC--TGAG--GGAACACCAG-------C------T---GGACTGTG---CG--TTTTGTG---AAGGGAA---CA-AT-GTCATGCTTCATGGA-CTTGAGGC-TGTTGACATG-TT-TGT-TGATGCA-GTC--TGCACACAGACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-A-C-AGGCTTT-TCACA-GTTT-AGATCACA-AGTGA-TGAGCACCTGT--G-CCCT-----GG-T-CTT-GGC--TGTAGCCAT----------A-T------CT-----A-----AAT--GG--T----GGTCA--TA---TCT-----------GCA--AAA-AT-CAA-G-AAAAGAATA-TTTTT-AC-AGCA--TCAAAAA-TGA--A--ATaaaagataacgaactgtgatcaatatcataagat
gi|7 : atgtactgtgacgtgtcagttgcggttttctcattgtTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAGC--ACGTCTTAA-AGTTTTAT-CTATA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCACTCCCACACAGGCA----ACAT---GCAATAGAGGATTAAGT---C-----CA---GTAG-GA-ATGGTT-G---------TAAT-GGAT--TTGGCTTGGTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-TGAAAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCC------------AATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGGTA-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-C-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTGG----TAGTTAGTGACTGC-TGA-CACATTGTTTGAT-TTG--ATAATTTCT-TTGTTTTATTG-AACTGTTTGGGTCA-TGTCTGGAA-TTC-GAT--TGTTTA-T--TTTGGATTGGTGAGATCTGAGAGCAGCCA---GG-AGATTC-----TC-TTTTATGGACTTCATCAAGGAACCGAAAT----GACTG-A-AAATG-G-CG-TCAAT-TTCTT-GGT--GC-CAGGATTTTCT-GA-GC-GTT-TCTTTTC-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-AATTT--TG-GCC-A------T----CATA-ATG--G--ATATTTTGCTCT--------CT--GT--T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--AATGGT-A-GAT-TCAATTT--CGTT---GGTTTC-CTTTTCAAGT-TTCTT-TTTCTT-GT-GGT--TGAAAAT-TTC--T-GGC-ATATC---C-----T-TG--ACTTTGTGCCC---ATT-ATG--A-GGCACCAACTACACATTAAGA-AGC-A-AGACGGAA--CA-TCACA-TTG--C-TGG-CAAT--G-GC-CTCGGCCAT-CTCTG--TTCGTGTCG-A---AATTCACAC--TCGG--GAAAAGCC---------C------T---TT-CTGT----C---TT---GA---AATGAAA---CGAAT-GTCATG-TTGTTGGTACTTGATCT-TGTCCACGTGCTT-TAC-TGACACA-GTC--CACA-ACAAACTGAGT---TGACAGTTTGT--ACAG--AACTGCTGG-G-TAAGGCTTG-ACACA-A----AGGTCACACTGAGA-TGACCTCCTGT--G-CCGG-----GA-G-GTG-GGC----GGGCCAT--------T-A-T------CTGTGCAA-----AAC--TG--G----ATCTA--TA---AATAGATAAAAGAAA-A--AAA-AT-CAATT-CTG--AGTA-TTTGTAATACT-A--G-TATAG-TAG--A--AAAGAT-AA-ATGGT-A-AA-TTA---AAAAAAAAtacatcatgtgcgaatatcgaagaataactaatcaaaggaatatgtataatgacgaataaccaggaaattatgacaatatctaaaa
gi|8 : TACACGTACTA-GTGACA-ATGTCA-GTGACAG-T-GCCGTGTAAGT-CAAC--ACATTGTAT-CATTTTGT-CTCTT-CCATTAATCCA---AGCTC-T-ATCTGATCCAACACAGTCT----ACTC-------TC----CTTAACT---CTTTAACATTTGTTG-GA-ATGTTT-G---------CAAT-CGCT--TTGGCTTGTTTTAATAA-TTCTGTAACAGA--TAAA-TT-GTAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTTCCCTAACTGT--AGACT-GAGT--TTTCTCCCTTGAATTGTGTTG-GTCTTAAGC-GATGGT-AGTGTTGA-ATCA-GGT-A-CAT-GT------GGA-ATGGCTCTGAATTC-A-TTCAGT---T-TAGATTTG----TAATTGTTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGAC-TTC--AGGATTTTT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGCATCA-TA-CTGGAA-TTCTGAC--TTCTGA-G--TTTGGACTGTTGTGATTTCAGAGC--------TG-TAATTTGGAAATC-TCTCAGGGACTGGGTCTGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGATG--TCG-TCTAC-TTCTA-CGT--GC-CATTGTTTTCT--------TT-TATCTTT-ACTT---T-CC---TTC-AT-T-AAATT--TGAGTA-A------TGGGCCGTACATTCAG--AAATTTTCTTTT--------CA--A---C-AACTGAA-T-CTTGTTTC-TTATTCT-TGGAAAT--AATATC-G-CCT-TCAATTT--CCTC---TGTCTC-TCTCTTGATC-CTTTC-TTTCTTTGT--GC--TGATGAT-ATT--T-GCC-ATCTC---CAC---TATA--A-CATG-G-CCTCTATG-ACG--G-GA-ACTCTTGACACATT-TTA-TGC-AGA-CCGGGA--CA-TCACA-CTG--T-TGA-CAGTG-G-GC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATG-A---GATGTACAC--TGAG--GAAACACAAG-------C------T---GTACTGTGAGTT---TTG--TG---AAGGGAA---CG-AC-GTCATGTTTCATGGA-CTTGAGGC-TGTTGACATG-CT-TGT-TGATGCA-GTC--TGCACAGAGACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-G-C-GGGTTTG-TCACA-GTTT-AAATCACA-GGTGA-TGAGCACCTGT--G-CCCG-----TG-T--TATAGC--TGTAGCCAT----------A-T------CTG----A-----A----TG--GT---GATCA--TA---TCT-----------A-T--GAA-AGACAATG-AAAG-AATA-TTTTC-AT-ttggttacagtattaaagaatggagtagtttttgttatggcaatgtg
gi|9 : aACATGTACTG-TTGACA-A-GTTGTG--ACGG----CCATGCAAGTTCTAC--ACATCGTAT-CATTTGTC-CTGTT-CCACTAATCCA---AGCTC-T-ATCTGATTCAACACTGTTACTCTACGT---A-AAT---GCTTTGACA---T-----TT---GTTG-GA-ATGTTT-----------TGATACACTA-TTGGCTTCTTTTAATAA-TTCTGTAACAGAATTAAA-TT-GGAGAC-TTCAATCTGT-A-GACTGG-CAG-GTC-TCTG-TGTCAG-TTAGCTTTG-ATTCCC-TAACTCCTAAAGCT--AGT--TCTCTCCCTGCG--TGGGTTG-GCTTTAAGT--ATGGTTAGT-GTTAAA-CA-G-TTACTT--GTG-----GG--ATGTTT-TCAATTC------AGTCATT-TTGATTCA----TAATTGTTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGA--TTC--AGA--TTTT-TTGTTTC-TT--AACAGTT-GGGCCA-TA-CTGGAA-TTTTGAC--TCTGAG-T-----GGACTGTTT--ATT------CAGCT-----G-TAATTTGAAA-TC-TT-AAGGGACGG-GTCAGGGTAC-AAGAT----TGTCA-A-AGATG--TCG-TC-AC-TT-TA-CAT--GC-CATTGTTTTCT--------TT-TATCTTTACTTT---C-TTCATTTA-ATTC-AGAAG--TA-ATC-C------C----TGCA-TTT--GGAAAATTCTTCTTT--------CG--A---CAT-CTGAA-C-TTGTAT-C-TTGTTCTTTTAAA-T--AATATC-G-CGTGTCGATTT--CCTC---T-TCTCTCTTTTTGATT-CT-TC-TTTCTT-GT-GGTGGTGATGAT-ATC--T-C-C-ATTCCAACC-----CATA---TCATGT--------TT-ATGAAG-GG-ACTCATGA-GCATT-TCA-TGC-ATA-CCGGGAT-CA-TCACA-CTG--T-TGAACAGTA-G-CCTCTCA--CAT-CTCTGTGGGAAGAGTA-T---GATAC-CAC--TGGG--TAAAAACCAGG------C------T---GA-CTGCG---T---TT---TAT--AAGGAAAA--CA-ATTGTCATGTTTCATGA--CTTGAGCTGTG---ACATGGTT-TGT-TGATG---GTC--TTCA-ACAA-CCGACT---TG-CAGCTGTT--ACAG--ATATGCTGG-A-C-GCGCTTG-TCACA-GTTTCAGATCACA-GTGGA-TGAGCACCTTCCAG-TCTG-----GA-A-GTA-----------CCAT----------A-T------CT-----A-----AATG-TGTCA----ATCTG--TAAAACAA-----------A-A--ACA-AT-CAATG-ATATTTTTA-TTTGC-AT-CA-AATT-GAAAA-TAA--tacatctaagttaaaattacatcatgtccaaatatctaagaataattgatcaaaggaa
blockSeqs : A . . C G TG T TT TC . T CCAG . T GA A ACTCT GGCCTAGA C TGTGCGACATTT T T C T GGATAAGTTTC AC C A CT C T AT . AT C A A G C . TT TA T TA G A A T G A GG T TG AATGT CG A AG G CAT A C . G AT . . G G CT CCA C C A A C A T T AG G TTA G T C T GATTT C TGGAAA . A GG G T GTCA A . GTC A T TAC TA A T GTAGCTT A A GTA C T . T T G G AA AG CGCACTTTC C CGGA A T TCGACCAACTGAAT T A GTG . T T A TG GTC ATA G TG TGT T G T . T G T GGTGG T GT AAG C C AAC ACTATAACATGGCCTCT G AAG C C TG C A T ATAC T . C TC . AA . C T GC C TG G C . G AG GA . CA GCCGCATTTTT GCCGT TTG TGC GAC A T CTTCC AG G G TG C . T G TG . TTTG A . G . . T T AC TC GTTTC C T G CA . C . GGTGGGCGGGCCATTATCTGTGCAAAACTGGATCTATAAATAGATAAAAGAAAAA C A A AGAA C G AATACT AT CA T AAT TGAAATATAA C . GTCATTAG C . G . G . .
blockSeqs : G . . C G T . . C . A A . . CC C T GAAATAGA A TCTTTAACATTT A . . G TGCA C A . CC C C . . T . A . A G . GC . . . T C . . . C GG . T . C T AG T . . T . G TT . . A T A C . G . C . T . T . T GT C A T A AATTT . TGGAAA . C TG T A . . . TGT . . CT . . A GTGAT . A . . G . . . A G AA G ATGGGCC . TCAG T G TTCGACA A C T . A G T . GGT CC . . T . A T . C . . GCGG A G CA . T . TTTAGATGGTGTCCC . AT . A GT T . G AGA . . . . . A . . . . . . T . . G A CG . AG GCTGGACT GAGTT G TG A . . TAATA AG T . CC G . . G CA . TG A . G . . C . TA T GTTT . . T . . T . TCTTAGCAGTTAGCTAGCCCGATATCTAATGGTGGTCATATCTGCCTAAAACAG . . . TTTT . C ATTGC . G C TTG TCATGTCTAC . . AACA T . . . A .
blockSeqs : C . . C G A . . G . A G . . AC C A TACGAAAC A TCCA A . . C GCA T A . GG C C . . A . . . A G . GC . . . A C . . . C GG . . . C A C G . . T . A TG . . A T C T . G . T . T . T . T G T G T A CA . TGAAA . T TC A A . . . GTC . . TG . . G ATGCC . . . . G . . . C T TA G CGTT . TGGA T G CTAAGTT . T A . A T A . AGT AA . . . . T G . C . . TGG G T T . T . ACCAATAAATCGTGT . G . G GG T . G AAA . . . . . G . . . . . . T . . T . CT . GG GCTGGA GCG . T . . . CTTCA TG T . CC . . . A AA . TA C . A . . A . C G GTTT . . T . . T . TGGTAGCAGTAGCCATATCTAATCTGTTCAAAAATAAACCAAACAAAC . . . GAA . T ACAGC . G . T TAAATGGTA . . . A .
blockSeqs : . . A . A . . G . A A . . GA A A GGCGTAAA T TCCA T . . T GCA T C . AG C C . . G . . . A G . GC . . . T C . . . C A . . . C T C G . . T . A TG . . G T C T . G . T . T . T . A T T A T A CA . A . C TC C A . . . TC . . TG . . A AAGCT . . . . T . . . C T AA A ACTG . CG T G GTGTT . C C . A G . . GGT GA . . . . A G . C . . CAT A T C . A . TATATATGTGTGTCC . G . A TC C . G AAA . . . . . A . . . . . . T . . T . AT . GA GCTGGA GC . . . . . CTTCA TA C . CT . . . A TG . CA A . G . . T . T G GTTT . . C . . T . TGGACGTAGCCATTGTGTATTGTAGAAGTTGGATCTGTAAATAATTA . . . AG . C TTTG . C . G AAGCTATG . .
blockSeqs : . . C . A . . G . T G . . AC C T CGTATAGA T ATTT A . . G GTA C A . GG A . . . A . . . G C . TT . . . G A . . . C A . . . C T C G . . T . A AT . . A A C T . G . A . T . . . G T G A T A CA . C . C TC A T . . . GT . . AC . . A GTTCT . . . . T . . . G A . G ATT . AA A T CTGAT . C G . A G . . ATT CC . . . . A G . C . . CAT A T C . A . TTAACTTTGTGTCC . C . C TG T . T AAA . . . . . A . . . . . . G . . G . GA . CA GCTGTA GT . . . . . TTTCA TA G . TG . . . T CA . CA C . A . . T . C A G . . G . . C . ACGTAGACTCGGCCATCGTCAGAAACTGAAACTATACATAAG . . . AT . A GTTG . A . A AATTT . .
blockSeqs : . . T . A . . C . A G . . AC C A GCAATAGA T TCCA A . . C TTG T A . CT T . . . G . . . A G . GC . . . G A . . . T A . . . C A C C . . T . G TA . . G T C C . G . T . T . . . A T T T C T GA . A . C GG G T . . . GT . . TG . . C ACTCT . . . . G . . . C T . G GTT . AG T G CTGTT . C T . A G . . AAT AA . . . . A G . C . . CGT A G T . C . TGTAATTGTGTGAC . G . A GC T . G AAA . . . . . G . . . . . . T . . T . CG . AG GGCTGA A . . . . . TTTCA TA C . GC . . . A CA . CT A . A . . C . C A A . . C . . T . ACGTAGACTCAGCCATCGTCAGAAGCTGAAATTGTACATAAG . . . GA . T ATCA . G . A
blockSeqs : . . C . A . . G . A G . . AG A A AAAT A TTCA T . . C GTG T C . CT C . . . A . . . A G . GT . . . A C . . . T A . . . C T C G . . G . A TT . . G T A C . C . T . T . . . T T C C T A CA . C . C TC A A . . . GC . . TG . . T GAGCG . . . . G . . . A T . A CTT . AG T C CGACA . A T . T T . . ATG GA . . . . A A . T . . CAT T G T . A . TTAATTTTGTGTCC . G . A GG C . A AGA . . . . . G . . . . . . T . . T . CG . CG TCTTT C . . . . . GGGC A T . CC . . . G TG . TG A . G . . C . C C A . . C . . T . TCTTGGCTGTAGCCATATCTAAATGGTGGTCATATCTGCAA . . . AC . G AC . T . A
blockSeqs : . . T . A . . C . C A . . AC C T TC A TCCA A . . G GTA C A . GG . . . . T . . . G G . GC . . . G C . . . C A . . . A T A C . . T . A AT . . A G C A . A . A . T . . . G G G A T A AA . C . A TC G A . . . GT . . TT . . A CT . . . . T . . . G G . C CGT . GG A C CTGT . C T . A G . . GGT CC . . . . C G . T . . CAT A G A . A . ACAATATCGTGTTT . T . C TG C . T AAG . . . . . A . . . . . . G . . G . GA . CA CATCT C . . . . . TGGT A G . TG . . . G CA . CA A . A . . T . T T T . . G . . C . TTATAGCTGTAGCCATATCTGAATGGTGATCATATCTATG . . . AG . T . . G .
blockSeqs : . . . . T . . A . A A . . GA A A TC C ATTT T . . T GCA G C . GT . . . . G . . . G C . TT . . . A A . . . A A . . . C A C . . . G . G TG . . G T T G . C . T . T . . . T T T T C A CA . C . T GG A T . . . GT . . AC . . T T . . . . T . . . A T . G ATT . TA T G CTAT . A T . T T . . ATC GA . . . . A A . A . . CAT A A T . T . TTGACTTTGTGCCC . G . A CT C . A AGA . . . . . G . . . . . . C . . T . CG . AG CCCTT C . . . . . TGGT A C . CC . . . G TG . TG A . G . . T . C A A . . C . . G . AGTACCATATCTAAATGTGTCAATCTGTAAAACAAAAA . . . A . G
blockSeqs : . . . . . . . C . T . . . GA A T C T T T . . T TG C C . CT . . . . T . . . G . . G . . . G C . . . C T . . . A T A . . . T . G AT . . G G C C . . . A . . . . . G G T A G A T . A . C TC G A . . . GC . . TG . . G . . . . . T . . . A T . G ATC . AA A C CAAC . A T . T . . . ATC CC . . . . A T . T . . CGG T A T . A . ACAATAACATGAC . A . C TG . . T ATA . . . . . A . . . . . . G . . G . GA . CA CTTT C . . . . . TTGT A G . TG . . . G TG . TT . . . . . T . C T A . . G . . C . TAGCCGTCTGTCTGAAATTAAAAATGTTCA . . .
blockSeqs : . . C . T . . . . T . . . . . . T . . . G A . . . A A . . . . A . . . . C . . AT . . . G . C . . . A . . . . . A T . T C . . . C . A GG G T . . . TC . . AC . . T . . . . . . . . . G A . A CCT . GG A T ACT . . C . . . . . GT CG . . . . G G . C . . GGT A T T . C . CATATCATGT . G . C TG . . T AA . . . . . . . . . . . . A . . A . GG . AA CTTT C . . . . . AG . C . . . . . . . . . . . . . . T . C T A . . G . . T .
blockSeqs : . . . . A . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . G . T . . . TC . . AC . . T . . . G T . T . . GC T A T . T .
blockSeqs : . . T . . . . C T A
blockSeqCons : A** N* TCCA*********** ** G* C* **** C** GNGCT*** G* AG**** CTGAT************* ANT* NN* TTAATATCGTGTCC*********** N* AAA** ** *** ** CG GCTNTA**************** CTTCA CG *** ** ** C** A***** ***** ATCGC** TAAGTNTN***** ***
originalCons : NNNNNNNAGNCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-CGTTTTAT-CTTTA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCGCTCCNACACAGGCA----ACAT---GGAATAGAGGNTTAACT---C-----CA---GTNG-GA-ATGCTT-G---------CGAT-CGAT--TTGGCTTNNTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TN-GGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGNATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTCG----TAGTTGGTGACTTC-AGA-CACGTTGTTTGAC-TTC--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACNGTTTGGGTCA-TGTCTGGAA-TTC-GAC--TTTTNA-T--TTCGGACTGGTGNGATTTTAGAGCAGCCA---GG-TGATTC-----TC-TTTCATGGACTTCGTCAGGGNACCAAGAT----TGTCG-A-AGATG-GTCG-TCTAC-TTCTT-CGT--GC-CAGNATTTTCT-G--GC-TTT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-AGATT--TG-GTC-C------T----CGTA-ATN--G--ATATTTTNCTTT--------CT--A---T-T-CTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--AATGGT-G-CAT-TCAATTT--CCTC---GGTCTC-CTTTTCGAGT-CTCTT-TTTCTT-GT-CGT--TGAAAAT-NTC--T-GGC-ATNTC---C-----TATA--ATCGTGTG-CC---ATT-ATG--G-GG-ACCGANGACGCATT-TCA-NGC-A-A-CCGGGA--CA-TCACA-TTG--T-TGG-CAGTG-G-GC-CTCG--CAT-CTCTG--GTNGGAGTG-A---GATNCACAC--TCGG--GAAACGCCAG-------C------T---TT-CTGTG---C---TT---TG---AAGGGAA---CG-AT-GTCATGCTNNNTGGNGCTTGAGCT-TGTCCACGTG-TT-TGC-TGACGCA-GTC--CGCACACAAACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCCGG-G-C-AGGCTTG-NCACA-G----AGGTCACA-GGTGA-TGANCTCCTGT--G-CCCG-----GG-C-GTA-GGC--T-TAGCCAT--------C-G-T------CNG----A-----AAT--TG--G----ANCCG--TA---CAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--ANTA-TTTNT-AT-CG-A--T-GAAAA-TAA--A--ATAGTT-AA-AT-NT-A-AA-TGA---AAAAAAAAC----GCAGATTATT-TCATAGGTATAA-GGNGT----GGGTGGTGGTATAACGTTCA
finalCons : NNNNNNNAGNCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAGA--CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-CGTTTTAT-CTTTN-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCGCTCCNACACAGGCA----ACAT---GGAATAGAGGNTTAACTCCA-----------GTNG-GA-ATGCTT-G---------CGAT-CGAT--TTGGCTTNNTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TN-GGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCA-A-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGNATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTCG----TAGTTGGTGACTTC-AGA-CACGTTGTTTGAC-TTC--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACNGTTTGGGTCA-TGTCTGGAA-TTC-GAC--TTTTNA-T--TTCGGACTGGTGNGATTTTAGAGCAGCCA---GG-TGATTC-----TC-TTTCATGGACTTCGTCAGGGNACCAAGAT----TGTCG-A-AGATG-GTCG-TCTAC-TTCTT-CGT--GC-CAGNATTTTCTGNGCT---TT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-AGATT--TGG-TC-C------T----CGTA-ATAG----ATATTTTNCTTTCTGAT-------------T-CTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--AATANT-GNN-T-TCAATTT--CCTC---GGTCTC-CTTTTCGAGT-CTCTT-TTTCTT-GT-CGT--TGAAAAT-NTC--T-GGC-ATNTC---CTTAATATCGTGTCC-----------ATT-ATG--G-GG-ACCGANGACGCATT-TCAN-GCAAA--CCGGGA--CA-TCACA-TTG--T-TGG-CAGTG-G-GC-CTCG--CAT-CTCTG--GTNGGAGTG-A---GATNCACAC--TCGG--GAAACGCCAGCTNTA----------------CTGTG---C---TT---TG---AAGGGAA---CG-AT-GTCATGCTTCATGGNGCTTGAGCT-TGTCCACGTG-TT-TGC-TGACGCA-GTC--CGCACACAAACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCCGG-GC--AGGCTTG-NCACAA-----AGGTCACA-GGTGA-TGANCTCCTGT--G-CCCG-----GG-C-GTA-GGC--T-TAGCCAT--------C-G-T------CNG----A-----AAT--TG--G----ANCCG--TA---CAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--ANTA-TTTNTATCGC--A--T-GAAAA-TAA--A--ATAGTTAAGTNTN-----AA-TGA---AAAAAAAAC----GCAGATTATT-TCATAGGTATAA-GGNGT----GGGTGGTGGTATAACGTTCA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TCATCAGTTGTACACATACTGACGGATGTCTGATTGGTACAGCACAAGTCATCTGATCCACCGCTGCGTGGGTGATAGTTTTTCTGTTTCCCGTGTATGACATGTTTCCAGTATTATTGGAGATATGATAAAATAGTTCTCCCTCTGTTCTCACTGTTTACTGCAATAGGGGCAATA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAACATCTGAATCTTGTTTCTTGTTTTTGGAAATAA
Alignments
lowQualScore : 1 33333333333 222222222222222 1111111111111 1 1 1 11111 222222 2222 2222222 11 22222222222222 1111111111 22222222222222222222222 1111 222222222222222 3333333 111 3333333 11 222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 2222222222222 11 33333333333333 111 33333333 1 1 2222 222
lowQualScore : 1 3 3 8 0 888 3 44 55 0 3 44 6666 3 3 22 4 88888 0 77777777777 1 777777777777777 1 3 3 2 9999999999999 44 1 88 22 0 3 44 3 44 3 6 6 2 4 3 11 44 3 44 66 1 3 3 3 2 9 3 77 77777 77 1 999 6 555 3 3 7777 2 33 3 3 3 1 44 666 3 5 3 1 3 4 6 44 1 4444 5 4 1 2 22222 3 3 444444 1 0 33 4 1 6666 0 3 3 0000 3 3 777 44 3 1 8888888 3 6 555 3 1 3 3 3 5 1 88 33 33333333333333 3 8888888888 1 1 3 22222222222222222222222 3 444 3 1 4 6 44 3 44 666 3 44 0 888 2 4 2 2 1 2 2 444444 0 1 33 5555 33 4 6666 3 44 55 77 3 4444 3 8 11 5 3 1 3 77 3 3 44 3 55 3 3 3 44 3 44 1 3 555 1 77 33 44 66 55 555555555555555 1111111 555 999 0 999 3 3 5555555 99 2 3 22 6 3 0 3 1 55 3 7777 0 1 555 2 44 44 2 3 444 44 777777 3 3 1 555 3 1 88888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 3 3 0 5555 4 4 8888888888888 22 88888 99999999999999 6 6 111 55555555 1 0 6 3 1 8888 111
lowQualScore : . . . . . ... . .. .. . . .. .... . . .. . ..... . ........... . ............... . . . . ............. .. . .. .. . . .. . .. . . . . . . .. .. . .. .. . . . . . . . .. ..... .. . ... . ... . . .... . .. . . . . .. ... . . . . . . . .. . .... . . . . ..... . . ...... . . .. . . .... . . . .... . . ... .. . . ....... . . ... . . . . . . . .. .. .............. . .......... . . . ....................... . ... . . . . .. . .. ... . .. . ... . . . . . . . ...... . . .. .... .. . .... . .. .. .. . .... . . .. . . . . .. . . .. . .. . . . .. . .. . . ... . .. .. .. .. .. ............... ....... ... ... . ... . . ....... .. . . .. . . . . . .. . .... . . ... . .. .. . . ... .. ...... . . . ... . . ..... ................................................................................................... . . . . .... . . ............. .. ..... .............. . . ... ........ . . . . . .... ...
lowQualScore : 0 6 6 8 9 888 3 66 88 3 3 33 7777 6 6 44 5 22222 8 44444444444 0 666666666666666 0 6 6 6 3333333333333 00 9 66 00 1 3 66 3 33 3 7 7 2 6 3 22 22 1 22 44 5 1 1 1 1 2 1 33 77777 77 0 222 7 888 3 5 1111 2 22 3 3 7 2 33 999 3 9 3 0 1 3 7 66 0 9999 0 0 3 5 00000 1 1 555555 4 4 77 5 0 5555 5 1 1 1111 1 1 222 22 1 0 2222222 3 7 888 3 0 3 3 3 8 3 33 66 11111111111111 3 8888888888 8 0 3 88888888888888888888888 8 333 3 5 6 7 66 3 33 555 3 22 5 555 9 5 4 9 1 9 9 444444 4 4 99 3333 22 0 8888 1 66 55 22 3 8888 3 4 44 0 3 0 3 99 3 3 66 3 55 3 3 3 66 3 66 0 3 888 0 99 33 66 00 88 888888888888888 5555555 000 222 8 222 3 3 7777777 77 3 3 66 7 3 1 3 6 11 3 6666 4 1 888 9 66 66 8 3 888 33 333333 3 3 0 888 3 4 33333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 6 6 5 1111 0 9 1111111111111 77 88888 22222222222222 7 7 777 11111111 2 0 7 3 0 3333 000
consensus : NNNNNNNAGNCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-CGTTTTAT-CTTTA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCGCTCCNACACAGGCA----ACAT---GGAATAGAGGNTTAACT---C-----CA---GTNG-GA-ATGCTT-G---------CGAT-CGAT--TTGGCTTNNTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TN-GGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCAA-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGNATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTCG----TAGTTGGTGACTTC-AGA-CACGTTGTTTGAC-TTC--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACNGTTTGGGTCA-TGTCTGGAATTCTGAC--TTTTNA-T--TTCGGACTGGTGNGATTTTAGAGCAGCCA---GG-TGA-TTC-----TCTTTCATGGACTTCGTCAGGGNACCAAGAT----TGTCG-A-AGATG-GTCG-TCTAC-TTCTT-CGT--GC-CAGNATTTTCTG--GC-TTT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-AGATT--TG-GTC-C------T----CGTA-AT--A----G--ATATTTTNC-TTT--------C------TG-A--T-TCTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--A-ATANCG-NAT-TCAATTT--CCTC---GGTCTC-CTTTTCGAGT-CTCTT-TTTCTT-GT-CGT--TGAAAAT-NTC--T-GG-CATNTCC--T-TA-AT--AT-CGTGT-CCATT-ATG--G-GG-ACCGANGACGCATT-TCANGCA-AACCGGGA--CA-TCACA-TTG--T-TGG-CAGTG-G-GC-CTCG--CAT-CTCTG--GTNGGAGTG-A---GATNCACAC--TCGG--GAAACGCCAG-C-----TNTA------CTGT--GC---TT---TG---AAGGGAA---CG-AT-GTCATGT--TTCATGGNACTTGAGCT-TGTCCACGTG-TT-TGC-TGACGCA-GTC--CGCACACAAACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCCGG-G-C-AGGCTTG-NCACA-G----AGGTCACA-GGTGA-TGANCTCCTGT---G-CCCG-----GG-C-GTA-GGC--T-TAGCCAT--------C-G-T------CNG----A-----AAT--TG--G----ANCCG--T---ACAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--ANTA-TTTNTA----TNGCA-T-GAAAA-TAA--A--ATAGTT-AA-G-T-NT-NA-A-TGA---AAAAAAAAC----GCAGATTATT-TCATAGGTATAA-GGNGT----GGGTGGTGGTATAACGTTCA
Reference ( family-2540 ) : NNNNNNNAGNCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-CGTTTTAT-CTTTN-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCGCTCCNACACAGGCA----ACAT---GGAATAGAGGNTTAACT---C-----CA---GTNG-GA-ATGCTT-G---------CGAT-CGAT--TTGGCTTNNTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TN-GGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCAA-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGNATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTCG----TAGTTGGTGACTTC-AGA-CACGTTGTTTGAC-TTC--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACNGTTTGGGTCA-TGTCTGGAATTC-GAC--TTTTNA-T--TTCGGACTGGTGNGATTTTAGAGCAGCCA---GG-TGA-TTC-----TCTTTCATGGACTTCGTCAGGGNACCAAGAT----TGTCG-A-AGATG-GTCG-TCTAC-TTCTT-CGT--GC-CAGNATTTTCTG-NGC-TTT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-AGATT--TG-GTC-C------T----CGTA-AT--A----G--ATATTTTNC-TTT--------C------TG-A--T-TCTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--A-ATANTG-NNT-TCAATTT--CCTC---GGTCTC-CTTTTCGAGT-CTCTT-TTTCTT-GT-CGT--TGAAAAT-NTC--T-GG-CATNTCC--T-TA-AT--AT-CGTGT-CCATT-ATG--G-GG-ACCGANGACGCATT-TCANGCA-AACCGGGA--CA-TCACA-TTG--T-TGG-CAGTG-G-GC-CTCG--CAT-CTCTG--GTNGGAGTG-A---GATNCACAC--TCGG--GAAACGCCAG-C-----TNTA------CTGT--GC---TT---TG---AAGGGAA---CG-AT-GTCATGC--TTCATGGNGCTTGAGCT-TGTCCACGTG-TT-TGC-TGACGCA-GTC--CGCACACAAACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCCGG-G-C-AGGCTTG-NCACA-A----AGGTCACA-GGTGA-TGANCTCCTGT---G-CCCG-----GG-C-GTA-GGC--T-TAGCCAT--------C-G-T------CNG----A-----AAT--TG--G----ANCCG--T---ACAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--ANTA-TTTNTA----TCGCA-T-GAAAA-TAA--A--ATAGTT-AA-G-T-NT-NA-A-TGA---AAAAAAAAC----GCAGATTATT-TCATAGGTATAA-GGNGT----GGGTGGTGGTATAACGTTCA
gi|1 : GTCTATACATGTGGTGTGTGACAAGTGTCC-GT-AAGG-AACCCGTGTATGT-CAAC--A-GTCTTAT-GGTTT-ATGCTTCAACCACTAACC-A---GGCTTTC-ATCCACTCC-ACACAGGCA----ACAT---GAAATAGAGGAT-AAC----------CA----TAG-GA-ATGCGT-A---------AG-T-AAATAATTAGCTTGGTCTAAC-GCTTTTGTAA-AGA--TAAAATG-TGAGAC-TTCC-T--GTCAAGACTGGACAGTGTTGTCTGCTGTTCAGCTAGCCTTGTATTCTCCTAA--CC--AGGCT-GAGT--TCTCTCC-TTGCAT-GTGTTTTGTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGAC-TCAA-T-AT-A--GTA-----GGCGATGTTTCATTATTC-C-TCGAGT-------GATGCGATGGTAGTTAGTGACTACGAGAACAT-TTGTTTGAT-TT---GGAATTTCT-TTTTTTTGTTG-A-CTGTT--GGTCA-TGTCTGGAATTT-TCC--TTTTTA-T--TTCGGACTGGTGAGATTTAAGAGCA-CCA---GA-GGAGTTT-----GATTTTATGGTTTTCA-CA-AGAACCGAAAT----TATCG-ATAAATG-GT-G-TCGAC-TTCTT-GGT--GC-CAGGATTTTCTG-TG--GGT-TCTTTTT-CTTT---T-TCCATTTCTAT-C-A-ATT--TG---C-C------A----CATA-AT-------G--ATATTTTGC-TAT--------C------TC-C--T-TC-TCA-T-TTTTCTTCTTTATATTGTGGAA-T--AGGTA-----GC-TCAATTT--CTTC---GGTCT---TTTGCACATACTC---TTTCTT-GT-CGC--TAAAAAA-TTC--T-GG-CATAT-C--T-TG-AC--TT-TGTGT-CCATT-ATG--G-AG-ACCAAATATGCATC-TCAGGGC-AACTGGAAATTAGTCGCA-TTG--TCTGG-CA-TGAA-AT-CTCG--CAT-TTCTG--GTTGGTGTG-ACTTCATCAACCA--TCAGAAGAAAT-CAAG-T-----TGTATTCTTTCTGT---C---TT---TG---AATTAAT---GG-AT-TTCATGTGGT---TGGTACTTCCGCT-TGATCACGTG-TTATAT-TAA-ACAGGTC--CACACACAAACGCAATGAGTGACA-TTGTTGGACAGGAAACTGCTTG-G---AGGCTTG-ACACATA----AGGTCACA-GGTGA-TGAACTTCTGT---GACCTGTGAATGG-C-AT---GC--A-TAACTGT--------C-A-T------C---------------------------ACTG--T---A-AT-----------A-A--CAACAT-CAAT--ATA--
gi|10 : atcaggactaagcatactgaccaagagattgctccctgacttagtacagcatatagttgtttggactgcccagccctgtgtgtggttatcagcgtcttctgtttctcacctgtctgacaatgttcactcattctacttttaacatacactgttatacagctctccctgtctgtcactgtgaatgttcattaggctACATGTACTG-GTGACA-GTGTCA-GTGACAG-T-GCCATGAATGT-CAAC--AAGCCGTAT-CATTTTGT-CTTTT-CCACAAATCCA---AGCTC-T-ATCTGATCCAACACAGGCT----ACTC-------TC----CTTAACTGTGCGA---CATTTGTTG-GA-ATGTTT-G---------CAAT-CACT--TTGGCTTCTTTTAATAA-TTCTGCAATAGA--AAAA-TT-GGAGAC-TTCA-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTCCCCTAACTCT--ATGCA-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTATGTTG-GTTTTAAGT-GATGGC-AAT-GTTAAATCAGGT-ACTT--GAA-----GG--ATGTTTTTGAATTC-AGTC-AGT---T-TGGATTCA----AAGCTGTTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGAA-TTC--AGGATTTTT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGGATCA-GAACTGGACTTCTGAC--TTCTGA-G--TTGGGACTGGCATGATTTCAGAGCTGTGATTTGG-TGA-T--------CTCTAAGGGACTGGGTCAGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGATG--TCG-TCTAC-TTTAC-TGT---C-CATTGTTTTCT------TTTATCTTTAC-TTTT---C-TTCATTAA-AT-C-AGAGTAATG-GGC-C------------GTT-AC--ATTCGG--AAATTTTCT-TTT--------T------CG-A--CATCTGAA-T-CTTGTTTC-CTGTTCTTTAGAAAT--A-ATGTCG-CCT-TCAATTT--CCTC---TGTCTC-TCTTTTGATT-CTTTC-TTTCTT-GG-TGG--TAATGAT-GT---T-GGCCATCTCC--A-CA-AT--AA-CATG--ACATTGATG--G-GA-ACTCATGACGCATT-TCATGCA-GACCGGGA--CA-TCACA-CTG--T-TGA-CAGTG-G-CC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATG-A---GATGTACAC--TGAG--GGAACACAAG-C-----TGGA------CTGTGCGC---TTTG-TG---AAGGGAA---CG-AT-GTCATGC--TTCCTGGA-CTTGAGGT-TGTTGACATG-TT-TGT-TGATGCA-GTC--TGCACACAGACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-A-C-GGGCTTG-TCACA-GTTT-AGATCACA-GGTGA-TGAGCTCCTGT---G-CCCA-----AG-TGGTA-GCA--G-TAGCCATATCTAATCT-GTT------CAA----A-----AAT------A----AACCA--A---ACA------------A-A--CAA-AA-CAATGAATG--GATA-TTT-TA----CACCA-T-CAAAGTTAA--A--ATttagacaacagaaatcatatcgtgttaatatct
gi|11 : CTGGCAACGTTTGCAA-ATA--TAAA-TA-AGAAACCTTAC-TCTGCCT-GAATGGACAGTGTTGTGTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCCTCTAATTCG--AGACT-GAGT--TTTCTTCCCTGAGCTGTGTTT-GTTTTCAGT-GATGGC-ATT-TTGACATCAA-T-ATCA--AGA-----GGC-ACGTTCCTGTATTC-C-CCGAGT---T-TAGATCTA----TAATTGGTGACTTC-AGA-CAC-TT-TTTGCC-CCCCAAGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACCTTTTGAATCA-TTTCGGAAATTC-TAT--TTTTTA-T--TTCAGATTGGTGAGTTGTTAGAGCAGCCA---TT-TGA-TTA-----TATTTCATGGATTTGACCATAGAACCAATAT----CATCG-A-AAATG-GT-G-TCTAC-TGCTT-GGT--GC-CAGAATTGTCTG-TGA-TTT-TCTCTTT-CTTT---T-TCCAGTTC-AC-C-AAAGT--TG-GTC-A------T----TGTA-AT--A----A--ATAATGTGG-ATT--------G------TG-T--T-TCTTCA-A-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--A-ATGGTG-AAT-TCAATTT--CTTT---GGTTTC-TTTTTCAATT-TCCAT-CTTTTT-GT-CAT--T-AAAATGTTC--C-GG-CATTTCC--T-TA-AC--TT-TGTGT-CCATT-ATG--G-GG-CCCAAGTATGCATT-TCAGGCA-AACTGGTA--CA-TCACA-TTG--T-TGG-CAATG-G-AC-CTCG--CAT-CTCTG--GTTGGAGTG-A---GAAGTACAC--TCGG--GAAAAGCCAT-C-----TTT-------CTAT--A----TT---TG---AAAGGGA---TA-GT-ATCATGT--AATATGGAGC-CGAGTT-TGTCCACGTG-CT-TTC-T----CA------------------GATT---T---------T--ACAG--AATTGCCGGTG-T-A-GTTTG-GTACG-G----TAGTCACA-GATGA-TAATACCCTGT---A-CCTG-----GG--------------TAGCCGT--------CTG-T------CTG----A-----AAT--TA--A----AAATG--T---TCA------------------AA-TT-TATTG-GAA--AGT--TTTGTA-------CA-T-GAACT-TGT--T--ATAATT-A------TT-CATA-TGGTATAAGAAAAAC-----TGAATTATGATTATTGGTACAATGGTATATTGGGGTGGTGGTAtctactgataaattaattcaagagtattt
gi|12 : CA-TGTTTAGAATAC-AAC--AATTTA-T--TTTGGACAGGTGGGAATTTAGAGCAGCCA---GA-CGA-ATC-----TCTTTTATGGAATTCATCAAAGACCCAAGTG----TATCA-A-AAATG-GT-G-TCTAC-TTCTT-GGT--GC-CAGGATTTTCTA-TGC-CTT-TCTTTTT-CTGT---T-TCCAGTTC-GT-C-ACATT--TG-ATC-G------T----TGTA-AG--A----G--ATATTTTGC-TTT--------C------TG-T--T-TCTTTA-C-ATTTCCTC-CTGTACTTTGGAA-T--A-ATAGTG-GAT-TCAATTT--CTTT---GGTTTC-TTTTTCTAGT-TTCCT-TTTCTT-GT-CAT--TAAGATT-TTC--C-GG-CAATTCC--T-TT-AG--AT-GGTGT-CCCTT-ATG--C-GG-ACCGAGGATGCATT-TCAGGCA-AACTGGGA--CA-TCACA-TTG--C-TGA-CAGTG-A-GT-CTCG--CAT-TTCTG--GTTAAAGTG-A---AATTCACACA-CCTG--GAGAGGCGA--C-----TTT-------CTAT---C---TT---TG---AAAGAAA---CG-AT-GTCATG------AGGAGAGTCGAGTT-TCTCCACATG-TT-TAC-TGACACA-GCT--TACACACAAACTAACC---TGGCAGTTGTT--ACAG--AATTTTAAA-G-C-AGACTTG-GTACA-A----AGGTCACA-GGTGA-TGATCTTTAAA---G-CTTG-----GG-TGGTG-GGT--G-TGGTCAT--------G-G-T------gtcgttgttgtacag
gi|13 : TTTACATGTGGTG-GTGATA-GTATCCCGT-ACAG-A-CCCATGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-GGTTTTTT-CTTGA-CCACCAACCCA---GACTT-C-ATCCCCTCCCACACAGGCA----ACAT---GGCCTAGAGGATTAACT---C-----CA---GTAG-GA-ATGGTT-G---------CAAT-TGAT--TTGGCTTCCTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-TGAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTAGACAGTGTTGTTTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCTCCCAATTCC--AAGCT-GAGT--TCTCTCCCTTTGACTGTGTTA-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCAA-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTCTTGAATTC-C-TCTAGT---T-TGGATTTG----TAGTTAGTGATTGC-AGA-CATATTGTTTGAC-CTT--AGAATATCT-TTGTTTTGTTG-AACTGTCTGGGTCA-TGTCTgtgtctgttaaaggataaattaatgtctgtttgaaatccaagtaaatatttgtaaatga
gi|15 : gtGCCTTGTACTCTTCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCCCCCTTGGGTTGTGTTT-GTCTTCAGT-TTTGGC-AGT-TTGACATCAA-T-ATCA--GCA-----GGC-ATGCTCCTGTA
gi|16 : tTGGTGAGACTTTAAAGCAGCCA---GT-TGA-CCA-----TATTTCATGGATGTCATCACAAAACCCAACT----TATTA-A-AAATG-G-CA-TTTAT-TTCTA-CAT--GC-CAGAATCT
gi|17 : tAGAGTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGCCCCGC-ATAG-A-CCCGTGTATGT-TAAC--ACGTCTTAT-GGTTTTAT-CTGCA-CCACT
gi|18 : ATTT--CTTC---GGTTTC-CTTTTCAAGT-TTCTT-TATCTT-GT-CGT--TGAAAAT-TTC--
gi|19 : -CTTCTCAAGT-TTCTT-TTTCTG-GT-CAT--TGAAATT-TTC--T-GG-CATATTC--T-TG-A
gi|2 : AGGCTTGGCATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-TCCGTGTATGT-CAAC--CCGTCTTAT-GATTTTAT-CTTCA-CCACCTACCCACCAGGCTT-C-ATCCACTCCCACACAGGCA----ATAT---GAAATAGAGGATGAATT---C-----CA---GTAG-GA-ATGCTT-G---------TAAT-TGAT--TTGGCTTGGTCTAACAGCTTTGGTAA-AGA--TAAA-TA-GGAGAC-TTCC-ACTGTCA-GACTGGACAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTTTCCCAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTAGGT-GATGGC-AGT-TTGACATCAA-T-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTTG----TAGTTAATGACTGC-AGA-CACATTGTTTAAC-TTT--AGAATTTCT-TTGTTTTGTTG-AACTATTTGGGTCA-TGTCTGGAATAC-AGT--TATTAA-T--TTTGGATTGGTGAGATTTTAGGGCAGCGA---GG-TGA-TTC-----TCTTTCATAGATTTCATCAAATTCCCAAGTG----TATCG-A-AAATT-GT-G-TCTAC-TTCTT-GGT--GC-CAGAATTTTCTA-AGC-TTT-TCTTTTT-CTTT---T-TCAATTTC-AT-C-ACATT--TG-GTC-C------T----TGTA-AT--A----G--ATATTTTGC-TTT--------C------T--A--T-TCTTCAGTGTTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-TTGA-ATGGTGATAT-TCAATTT--CTGT---GGTTTC-CTTTTCAAGT-CTCTT-TTTCTT-GT-CAT--TAAAAAT-GTCAAG-GA-CATATCT--TGTA-----AT-TGTGTGACATT-G-G--G-GG-ACCAATCACGCATT-TCAGGC--AACTGGAA--CA-TCACA-TTG--T-TG---AGTA-G-GC-CTCG--CATCCTCTG--GTTGGAGTG-A---AACTCACCCAGTATG--GAAAGATCAC-A-----TCT-------CTGT---C---TT---TA---AAAGGAA---CG-AT-ATTGTGG--GGC-TGGTGCTGTAGCT-TCTCTACGTG-TT-TAC-TAAAACA-GTC--CAGACATAACCCAATT---TGACAACTGTC--ACAG--AATTGCTTG-G-C-AGGCTTA-ACACA-A----AGATCACA-CGTGA-TGACCTTCTGT---G-CCTG-----GGAC-GTA-GAC--T-CGGCCAT--------C-G-T------CAG----A-----AAC--TG--A----AACTA--T---ACAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--ATTA-TTTCTT----TTG-A-T-GAAGA-TAA--G--ATAGTTGAA-A-T-ATAAA-A-TGA---AAAAAAAAC----ATAGACTATT-TCATAG--ATAA-GGGGT----GGGTGGTGGTATAACGTTCA
gi|3 : ttagggaTACATGTACTG-GTAACA-GTG-ACAGTGACAGTG-TCCATGCAAGA-CAAC--ACATCGTATTCATTTTGT-CTCTT-CCACTAATC-A---AGCTC-T-ATCTGATCCAACA-AGGCT----ACGTTACGAAAC---TGTTTGACA---T-----TT---GTTG-AA-ATGTTTTG---------CAAA-CACT--CTGGTTCAGT-TAATAA-TTCTGTGACAGA--TAAA-AATGGAGAC-TTTCATCTGTCA-GA-TGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTCCCCTAACTCG--TGGCT-GAGTTATCTCTCCCTTGGATTGTGTT--GTTTTAAGTAGATGGT-GG---TAGTGTTAA-A-ATCATGGTAAATGTGGCGATGTTTCTGAATTCAG-TC-AGT---TATAGATTTA----TAATT-GTGACATC-AGA--AAGTTGTTAGACTTTT--AGATTGCTT-TTGTTTT-CTG-AACA---TGGATCACTAT-TGGAATTCTGAC--TTCTGAGT--TGGGGACTGTTGTGA-TTCAGAGCTGTAATTTGGCTAA-TTC-----TCT---AAGGACTGGGTCAGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGAT--GTCGATCTACTTTCTTACATTAGC-C--CATTGTTTG-TTC-TTT-TATCTTTACTTT---TCTTCATTAC-AT-C-AGAAGAATG-GTC-C------G----TGCA-TT--C----GGAAAATCTTTC-TTTTCGACCAAC------TGAA--T-TCTT---G-TTTTCTTT-T----CT-TGGAA-T--A-ATATTG-CCT-TCGATTT--CCTCT--TGTCTC-TCTTT--AAT-CTTTC-TGTCTT-TTGCGG--TGATGAT-GTC--T--G-CATCTCCA-C-CA-ATAAAT-CGTGT----TT-ATG--ATGA-ACTCATGA-GCATT-TCATGCATACCCGGGA--CA-TTACACTTGTCT-TGA-CAGTG-GCGC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATGCA---GATGTACAC--TGAG--GGAACACCAG-C-----TGGA------CTGT--GCCGTTT---TGTGCACAGGAAGACTG-AT-ATCACGC--TTCATGGA-CTTGAGGC-TGTTGACGTG-TT-TGCTTAATGCA-GTCTTTGCACACAGAGCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-GAC-AGGCTTGTCCACA-T----AGATCACA-GGTGATTGAGCTCCTGT---G-CCCA-----GG-T-CTT-AGCAGT-TAGCTA-----------G-C------CCG----ATATCTAATGGTG--GTCATATCTGCCT---AAAA-----------C-A--GAA-AG-CAATG-AAG--GATACTCTTTA----TTGCA-T-CAAAGTTGA--A--ATAA-C-AA-GCT-AT-GA-ACTGA---AActtaatatgaacct
gi|4 : ACATATGGTG-GTGACA-GTGTCTCGT-ACAG-A-CCCGTGTGTGT-CAAC--ACGTCTTAT-CGTTTTAT-TTTTA-CTACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCACTCCCACACAGGCA----ACAT---GGCGTAAAGGTTTAAGT---C-----CA---GTAG-GA-ATGGTT-T---------TGAT-TGAT--TTGGCTTGGTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-GGATAC-TTCC-TCTGTCA-GACCGGACGGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCCTTGTATTCTCCTAATTCC--AGGCT-GAGT--TCTTTCCCTTGGATTGTGTTG-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGATATCAA-T-ATCA--GAA-----GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGTTTTG----TAGTTAGTGATTAC-AGA-CACATTGTTTGAC-TTC--AAAAGTTATCTTGTTTTGTTGAAACTGTTT-GGTCA-TGTC-GGAAT---AACAGTTATAG-TTATTTGGATT-GTGC--TCTTAGAGCAGCCA---GG-TGA-TTC-----TCTTTCAT-GATTTCATC--TGAACCCAGATGTCATTTCGAA-AAATGTGT-A-TCTAC-TCGTT-GGT--GCAGAGTATTTTCTGTAGCTTTT-TCTTTTT-CTTTGTAT-TCCAGTTC-AT-CTACATTTATG-ATCAC------T----GTTA-AT--G----G--ATGATTTGC-TTT--------C------TA-AGTT-TCTTCA-T-TTTTCTCC-TTGTAC-GTGGAATT--A-AT-GTG-AAT-TCAATTTTGCTTCTGTGGTTTC-CTTTTCAAGT-TCTTT-TTTCTT-AT-CAT--GAAAAAT-GTC--CAGG-CATATCT--T-TA-AT--TT-TGTGT-CCATT-ATG--G-GA-ACCAAGCATGCATT-TCAGGCA-AACTGGAA--TA-TCGCA-TTG--C-TGG-CAGTG-A-AC-CTCG--CAT-CTCTG--GTTTGAGTG-A---AACTCGCAC--TCGT--GATAAGCCAC-C-----CTT-------CTGT---C---TT---TG---AAATGAA---CG-AT-GTCATGTGGT---TGATATTTGAGCT-TTTGCACATG-CT-TAC-TTACACA-GTC--CACACACAACCTGAGT---TGACAGTTGTT--ACAG--TATTGCCTG-G-C-AGACTTG-ACACA-A----AGGTCACA-GGTGA-TGACCTCCTGT---G-CCTG-----GGAC-GTA-GAC--T-CAGCCAT--------C-G-T------CAG----A-----AGC--TG--A----AATTG--T---ACAT-----------A-A--GAA-AT-CAATG-ATA--AC-A---TCTG----TTG-A-T-AAAGA-TAA--AATATAGTT-CATG-T-CTACA-A-TGA---TAAAAA--------CAGATTATT-TCACAAGTATAA-GGAGT----GGGTGGTGATAT---GTTCAcatcttatataattaataaatagaaatag
gi|5 : AGCCTTTACATGTGGTG-GTGACA-GTATCCTGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAAC--ACGTCTTAT-GGTTTTAT-CTTTA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATTCACTCCCACACAGGCA----ACAT---CGTATAGAGGTTGAACT---T-----CA---GTAT-GA-ATGCTT-G---------TGAT-TGAT--TTGGCTTCTTCTAGCGGATTTTGTAC-ATG--TGAA-TA-AGAGTC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGACAGTGTTGTCTG-TATCAGGTTAGCCTTAAATTCTCCAAATTCA--AGGCT-TAGT--TCTCTCCCTTGGACTGTGTCA-GTTTTCAGT-GAAGGT-ATT-TTGACATCAT-T-GTCA--GTA-----GGC-ATGTTCCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTGG----TAGTTGGTTACTTC-AGA-CAAGCTTCTTGAA-TTC--ACAAGTTTT-TTGTTTTGTTG-AACTGTTTTATCCA-TGTCTGAAATTC-GAT--TTTTTA-T--TTCACATTGGTGAGATTTTATAGCAGAAA---TG-CGA-TTA-----TCTCTCGTGGACGTCATCAAAGAACCCAGCT----TATAG-A-AGATG-GT-A-TCTAC-TTCTT-TGT--GC-CAGAATTTTCTA-CTC-TTC-TCCCTTT-CTTT---T-TCCAGATC-AT-C-AAGTT--TG-CCC-A------T----TGTA-CT--T----A--ATACTTTCC-ATT--------C------TG-A--T-TCTTCA-T-TTTTCTTC-CTGTATTGAGGAA-T--G-ATAATG-GAC-TCAATTT--CCT----GGTTTT-CTCTTTCAAT-ATATTGTTTCTT-GT-C-----GAAAAT-ATC--A-GA-CAGATC-----TATAT--ATGTGTGT-CCATT-ATG--T-AG-ACCAAGGATGCATT-TCAAACA-AACTGGGA--CA-TCACA-TTC--T-TCG-CAGTG-G-GC-CTCA--CAT-CTCTG--ATTTGAGTG-A---TATTCACAC--TCGG--GAAACGCCAG-CCGCATTTTT------CTAT---C---TT---TG---AAGTTAA---CG-AT-GTCGTGTGGT---TGGTACTTGAGTT-TGCCCACGTG-TT-TAC-TAACACA-GTG--CTCACACAAACTTACT---TGACAACTGTT--ACAG--AATTGGCGG-G-T-AGGCTTG-CTACA-A----AGGTCACA-GCTTA-TGACCTCCTGT---G-CCTG-----GG-T-G---GAC--G-TAGCCAT--------T-G-TGTATTGTAG----A-----AGT--TG--G----ATCTG--T---AAAT-----------A-ATTAAACAT-CTATG-ATA--A-TA-TTTAT-----------T-GAAAACTAATTG--ACAG-T-AA-----TT-TA-A-TGA---AAGAAAGTCATTAGCAGAATACT-GTATAtgcagtgtat
gi|6 : GTGAACGT-CAACTTACATTTGCT-CATTTTGT-CGTTC-CTA-TAATCCA------TT-CTATCTAGACCAACACAGGCT----ACTT---C---------ATTAACT---------------TTGTGACATGCTT-GGATAAGTTTC-AT-CACT--TTG--CTCTTTTAACAATTCTTTCAA-GGA--TAAA-TT-GAACAG-T-----CTGTCAAGACTGGGCA-TGTC-TCTG-TTTTCGG-TAGCTTTGTAT-CCCCTAAT-CT--AGGCTTGAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGTTG-GTATTAATT-GATGGT-AGT-TTTAAATCAGGT-ACTT--GTG-----GGA-A-GTTTCTGAATTC-A-TTCAGT---T-TGGATTTG----TAAATATTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGAC-TTA--AGGATTTCT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGGATCA-TA-CTGGAATTTTGAC--CTCTGA-G--TTGGGACTGGAGTGATTTCAGAGC--------TG-TAA-TTTGGAAATCTCTAAGGGACTGGGTCAGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGATG--TCG-TCTAC-TTCTA-CAT--GC-CATTGCTTTCT----C-TTC-TCATTAC-TTTT---C-TTCATTCC-AT-C-AGAGTAATG-GTC-CGCACTTT----CGAA-AA--A----A--AAAATTTCCACTT--------C------TG-A---------A-T-CTTGTTTC-TTGTTTTTTGAAA-T--A-ATATGG-CCC-TCAATTT--CTTC---CGTCTC-TCTCTTAATT-CTTTC-TTTCTT-TG-CGG--TAATGAT-ATC--T-GC-CATTTCC--A-CA-AT--AT-CGTGT-TTATG-ATG--G-GA-ACTCATGACGCATT-TCATGCA-GACCGGGA--CA-TCACA-CTG--T-TGA-CAGTG-G-GC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATG-A---GATGTACAC--TGAG--GGAACACCAG-C-----TGGA------CTGT--GCG--TTTTGTG---AAGGGAA---CA-AT-GTCATGC--TTCATGGA-CTTGAGGC-TGTTGACATG-TT-TGT-TGATGCA-GTC--TGCACACAGACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-A-C-AGGCTTT-TCACA-GTTT-AGATCACA-AGTGA-TGAGCACCTGT---G-CCCT-----GG-T-CTT-GGC--TGTAGCCAT----------A-T------CT-----A-----AAT--GG--T----GGTCA--T---ATCT-----------GCA--AAA-AT-CAA-G-AAAAGAATA-TTTTTA----CAGCA-TCAAAAA-TGA--A--ATaaaagataacgaactgtgatcaatatcataagat
gi|7 : atgtactgtgacgtgtcagttgcggttttctcattgtTTACATGTGGTG-GTGACA-GTGTCCCGT-ACAG-A-CCCGTGTATGT-CAGC--ACGTCTTAA-AGTTTTAT-CTATA-CCACTAACCCA---GGCTT-C-ATCCACTCCCACACAGGCA----ACAT---GCAATAGAGGATTAAGT---C-----CA---GTAG-GA-ATGGTT-G---------TAAT-GGAT--TTGGCTTGGTCTAACAGCTTTTGTAA-AGA--TAAA-TG-TGAAAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTTGTCTG-TGTCAGGCTAGCC------------AATTCC--AGGCT-GAGT--TCTCTCCCTTGGATTGTGGTA-GTTTTCAGT-GATGGC-AGT-TTGACATCAA-C-ATCA--GTA-----GGC-ATGTTTCTGTATTC-C-TCGAGT---T-TGGATTGG----TAGTTAGTGACTGC-TGA-CACATTGTTTGAT-TTG--ATAATTTCT-TTGTTTTATTG-AACTGTTTGGGTCA-TGTCTGGAATTC-GAT--TGTTTA-T--TTTGGATTGGTGAGATCTGAGAGCAGCCA---GG-AGA-TTC-----TCTTTTATGGACTTCATCAAGGAACCGAAAT----GACTG-A-AAATG-G-CG-TCAAT-TTCTT-GGT--GC-CAGGATTTTCTG-AGC-GTT-TCTTTTC-CTTT---T-TCCATTTC-AT-C-AATTT--TG-GCC-A------T----CATA-AT--G----G--ATATTTTGC-TCT--------C------TG-T--T-TCTTCA-T-TTTTCTTC-TTGTACTGTGGAA-T--A-ATGGTA-GAT-TCAATTT--CGTT---GGTTTC-CTTTTCAAGT-TTCTT-TTTCTT-GT-GGT--TGAAAAT-TTC--T-GG-CATATCC--T-TG-AC--TT-TGTGC-CCATT-ATG--A-GGCACCAACTACACATTAAGAAGCA-AGACGGAA--CA-TCACA-TTG--C-TGG-CAAT--G-GC-CTCGGCCAT-CTCTG--TTCGTGTCG-A---AATTCACAC--TCGG--GAAAAGCC---C-----TTT-------CTGT---C---TT---GA---AATGAAA---CGAAT-GTCATG---TTGTTGGTACTTGATCT-TGTCCACGTGCTT-TAC-TGACACA-GTC--CACA-ACAAACTGAGT---TGACAGTTTGT--ACAG--AACTGCTGG-G-TAAGGCTTG-ACACA-A----AGGTCACACTGAGA-TGACCTCCTGT---G-CCGG-----GA-G-GTG-GGC----GGGCCAT--------T-A-T------CTGTGCAA-----AAC--TG--G----ATCTA--T---AAATAGATAAAAGAAA-A--AAA-AT-CAATT-CTG--AGTA-TTTGTAATACTAGTA-T----AG-TAG--A--AAAGAT-AA-A-TGGT-AA-A-TTA---AAAAAAAAtacatcatgtgcgaatatcgaagaataactaatcaaaggaatatgtataatgacgaataaccaggaaattatgacaatatctaaaa
gi|8 : TACACGTACTA-GTGACA-ATGTCA-GTGACAG-T-GCCGTGTAAGT-CAAC--ACATTGTAT-CATTTTGT-CTCTT-CCATTAATCCA---AGCTC-T-ATCTGATCCAACACAGTCT----ACTC-------TC----CTTAACT---CTTTAACATTTGTTG-GA-ATGTTT-G---------CAAT-CGCT--TTGGCTTGTTTTAATAA-TTCTGTAACAGA--TAAA-TT-GTAGAC-TTCC-TCTGTCA-GACTGGGCAGTGTGCTCTG-TGTCAGTTTAGCTTTGTATTTCCCTAACTGT--AGACT-GAGT--TTTCTCCCTTGAATTGTGTTG-GTCTTAAGC-GATGGT-AGTGTTGA-ATCAGGT-A-CAT-GT------GGA-ATGGCTCTGAATTC-A-TTCAGT---T-TAGATTTG----TAATTGTTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGAC-TTC--AGGATTTTT-TTGTTTTCTTG-AACAGTTTGCATCA-TA-CTGGAATTCTGAC--TTCTGA-G--TTTGGACTGTTGTGATTTCAGAGC--------TG-TAA-TTTGGAAATCTCTCAGGGACTGGGTCTGGGTATCAAGAT----TGTCA-A-AGATG--TCG-TCTAC-TTCTA-CGT--GC-CATTGTTTTCT-------TT-TATCTTT-ACTT---T-CC---TTC-AT-T-AAATT--TGAGTA-A------TGGGCCGTACATTCA----G--AAATTTTCT-TTT--------CAACAACTG-A--A-TCTTGT-T-TCTTATTC-TTG------GAAA-T--A-ATATCG-CCT-TCAATTT--CCTC---TGTCTC-TCTCTTGATC-CTTTC-TTTCTTTGT--GC--TGATGAT-ATT--T-GC-CATCTCCACTATA-AC--AT-GGCCT-CTATG-ACG--G-GA-ACTCTTGACACATT-TTATGCA-GACCGGGA--CA-TCACA-CTG--T-TGA-CAGTG-G-GC-CTCA--CAT-CTCTG--GTGGGAATG-A---GATGTACAC--TGAG--GAAACACAAG-C-----TGTA------CTGTGAGT---TTTG-TG---AAGGGAA---CG-AC-GTCATGT--TTCATGGA-CTTGAGGC-TGTTGACATG-CT-TGT-TGATGCA-GTC--TGCACAGAGACCGACT---TGGCAGCTGTT--ACAG--AATTGCTGG-G-C-GGGTTTG-TCACA-GTTT-AAATCACA-GGTGA-TGAGCACCTGT---G-CCCG-----TG-T--TATAGC--TGTAGCCAT----------A-T------CTG----A-----A----TG--GT---GATCA--T---ATCT-----------A-T--GAA-AGACAATG-AAAG-AATA-TTTTCA----TTACA-TCTAAGT-TAA--A--ATttggttacagtattaaagaatggagtagtttttgttatggcaatgtg
gi|9 : aACATGTACTG-TTGACA-A-GTTGTG--ACGG----CCATGCAAGTTCTAC--ACATCGTAT-CATTTGTC-CTGTT-CCACTAATCCA---AGCTC-T-ATCTGATTCAACACTGTTACTCTACGT---A-AAT---GCTTTGACA---T-----TT---GTTG-GA-ATGTTT-----------TGATACACTA-TTGGCTTCTTTTAATAA-TTCTGTAACAGAATTAAA-TT-GGAGAC-TTCAATCTGT-A-GACTGG-CAG-GTC-TCTG-TGTCAG-TTAGCTTTG-ATTCCC-TAACTCCTAAAGCT--AGT--TCTCTCCCTGCG--TGGGTTG-GCTTTAAGT--ATGGTTAGT-GTTAAA-CAG-TTACTT--GTG-----GG--ATGTTT-TCAATTC------AGTCATT-TTGATTCA----TAATTGTTGACATC-AGA-CACGTTGTTGGA--TTC--AGA--TTTT-TTGTTTC-TT--AACAGTT-GGGCCA-TA-CTGGAATTTTGAC--TCTGAG-T-----GGACTGTTT--ATT------CAGCT-----G-TAA-TTTGAAA-TCTT-AAGGGACGG-GTCAGGGTAC-AAGAT----TGTCA-A-AGATG--TCG-TC-AC-TT-TA-CAT--GC-CATTGTTTTCT-------TT-TATCTTTACTTT---C-TTCATTTA-ATTC-AGAAG--TA-ATC-C------C----TGCA-TT--T----GGAAAATTCTTC-TTT--------C-------G-A--CATCTGAA-C-TTGTAT-C-TTGTTCTTTTAAA-T--A-ATATCG-CGTGTCGATTT--CCTC---T-TCTCTCTTTTTGATT-CT-TC-TTTCTT-GT-GGTGGTGATGAT-ATC--T-C--CAT-TCCAAC-CC-AT--AT-CATGT----TT-ATGAAG-GG-ACTCATGA-GCATT-TCATGCA-TACCGGGAT-CA-TCACA-CTG--T-TGAACAGTA-G-CCTCTCA--CAT-CTCTGTGGGAAGAGTA-T---GATAC-CAC--TGGG--TAAAAACCAGGC-----TG-A------CTGC--GT---TT---TAT--AAGGAAAA--CA-ATTGTCATGT--TTCATGA--CTTGAGCTGTG---ACATGGTT-TGT-TGATG---GTC--TTCA-ACAA-CCGACT---TG-CAGCTGTT--ACAG--ATATGCTGG-A-C-GCGCTTG-TCACA-GTTTCAGATCACA-GTGGA-TGAGCACCT-TCCAG-TCTG-----GA-A-GTA-----------CCAT----------A-T------CT-----A-----AATG-TGTCA----ATCTG--TAAAACAA-----------A-A--ACA-AT-CAATG-ATATTTTTA-TTTGCA----TCAAATT-GAAAA-TAA--tacatcatgtccaaatatctaagaataattgatcaaaggaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TCATCAGTTGTACACATACTGACGGATGTCTGATTGGTACAGCACAAGTCATCTGATCCACCGCTGCGTGGGTGATAGTTTTTCTGTTTCCCGTGTATGACATGTTTCCAGTATTATTGGAGATATGATAAAATAGTTCTCCCTCTGTTCTCACTGTTTACTGCAATAGGGGCAATA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAACATCTGAATCTTGTTTCTTGTTTTTGGAAATAA