lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2222 1 333 1 1 11111 1 1111 333333333 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 11 1 11 2222 111 111 111111111 3333333333333 111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 33333 22 111111 1111111 11 1 111 555555555555555555555555555555555555 11111 1 111 77777777777777777 111 1 22222 11 3 22 3333333 111 2 11111 11111 1111 444444444 4444444444 1111 111 11
lowQualScore : 5555 6 2 6 6 111 6 6 3 9 6 7 0 99 5 88888 5 4 9 7 2 2 33 5555 888888888 5 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 11 0 00 4 6 4 5 1 77 00 3333 333 666 2 9999 5 2 66 2 666666666 0 2 5 0000000000000 999999999 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333 5 5 8 3 0 4 00000 66 0 4 0 5 55 11 6 4 666666 9999999 33 3 777 2 777777777777777777777777777777777777 33333 9 3 5 333 66 44444444444444444 444 0 00000 0 8 11 8 2 66 0 8 5 8 2222222 8 2 444 0 6 6 77777 44444 2222 5 5 000000000 5555555555 6 6 4444 6 1 999 88 6
lowQualScore : .... . . . . ... . . . . . . . .. . ..... . . . . . . .. .... ......... . ................................................................... . .. . .. . . . . . .. .. .... ... ... . .... . . .. . ......... . . . ............. ......... ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... ... . . . . . . ..... .. . . . . .. .. . . ...... ....... .. . ... . .................................... ..... . . . ... .. ................. ... . ..... . . .. . . .. . . . . ....... . . ... . . . ..... ..... .... . . ......... .......... . . .... . . ... .. .
lowQualScore : 0000 0 8 7 7 000 7 7 3 2 3 3 3 22 0 11111 0 4 4 3 8 7 77 6666 000000000 7 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 44 9 11 2 0 0 0 8 55 66 2222 999 444 4 4444 0 5 11 3 222222222 8 6 7 1111111111111 333333333 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 888 0 0 8 2 8 4 33333 11 1 4 7 7 77 55 7 0 888888 2222222 55 3 555 2 222222222222222222222222222222222222 33333 0 3 0 999 99 33333333333333333 000 0 00000 8 0 00 0 0 44 8 0 0 0 2222222 0 2 000 8 7 7 11111 33333 1111 7 0 111111111 0000000000 7 7 2222 7 7 666 00 0
consensus : CCTTTA----TTTACACC-ACTA-CAC-AAGGTAC-ACTTACAATC-TNTATACCTTGGGGGCTTTGATCGTGGGTCTGAGCGTGGTCATTTTGTA--TGAAGGTTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGT-TGTATTTGGTTGGTTTTTCTTGTCTTGCCGCCAGTTTGTGAGAACTGTTAATAT-ATCCAG-GACCT---T-GGNGANNNTAGACGTG----AAT---GTCCA-A--CTAA--TGAC-T-GNC----A------GACT-TTANATTCTT-TATTTCTGGTAAGTGACNTATTTA-TACTAATTTCCTTTGCTA-CTAGTCAATTT--AAAAGTCTATCCTATAGATA-TTTGCAA--TATAAACTTCCCA-TTTGCACATTCACTAAATGANTGAAAGAGTGAG-TAAA--TG---A-CACTTAT------T--GGTTATAGAAATCAG------TAATATTA------CNTA--------GAT-----------T-CTATATT-----T--GNC------A---NAA--AG-T---ATTTG-ATGACT-----TT-GTTCGAA--ATGAACAGC--TTGA------TA--TTT--T----GGTATT----AAATA----TA--T-T----ACA--T-GTA----AATAGT---GA----T----T----T---TA---CA-T---AC-ATGGT-ACT-T--TG------------T---T----AAAT---TATAGAGTAA-NTCC--TAC-ATGT-CATGC-A--G---TA----GA--T-----------------A--T---T---TGTC---CTAGC-TG-TATNTTCCGAGGG-AAGCTTCT--TC--CCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTATTGTTATTT-TANTCTATTA---AT-TACTTTT-A---T-AACTATTTATGGGAG-AATGCTANTTTG--N--T------AATA--A-----TGT------AN-TT-T---AAGAGTTATCT-CC-TT--AAC--TGAT--T----AATTA--GTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA-ATA--TCGT-TTAGTACAAGTATAGGC-TTTCCGT-TTGTT--TAGATT-TATGCTA---TATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--TTATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGG-TC-------TGAATAAATTG-TTCTTAG--ACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--GACT-GGAGGAAAACCCCT
Reference ( gi|1 ) : CCTTTA----TTCACATC-ACTA-CAC-A-GGTAC-ACTTACAATC-TATATACCTTGAGGGCTTTGATCATGGGTCTGAGAGTGGTCATTTTGTA--TGAAGGGTTTTTATTGGTCAG-TTTTTG-TCAAGT-TCTATTTGGTTGGTTTTTCTTGTCTTGCCGCCAGTTTGTGAGAACTGTTAATATAATCCAG-GACCT---T-GAAGAGTTTAGACCTG----CAT---TTTC--A--CTATTTTGAC-T-G------A------GACT-TTGAATTCTT-CATTTCTGGTAAGTTACTTATTTA-TACTAATTTCCTTTGCTA-CTAGTCTATTT--AAAAGTCTATCCTTTAGATA-TTTGCAA--TATAAACGTCCCA-TTTGCACATTTACTAAATGATTGAAAGAGTGAG-T-AA--TG---A-GACTTAT------T--GGTTATAGAAATCAG------T----TTA------CTTA--------GAT-----------T-TTATATT-----T--GTC------A---AAA--AG-T---ATTTG-ATGACT-----TT-GTTCAAA--ATGAGCAAC--TTGA------TA--TTT--T----AGTATT----AAATA----TA--T-T----ACA--T-GTA----GATAGT---GA----T----T----T---TA---CA-T---AC-ATGGT-ACT-T--TG------------T---T----AAAT---TATAGAGTAA-ATCC--TAC-ATGTCCATGC-A--G---TA----GA--T-----------------A--T---T---TGTC---CTAGC-TG-TATATTCTGAGGG-AAGCT--T--TT--CCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTATT-TTATTT-TATTCTATTA---AT-TACTTTT-A---T-AACTATTAATGGGAG-AATGCTATTTTG--C--T------AATA--A-----TGT------AA-TT-T---AAGAGTTGTCT-CC-TT--AAC--TGAT--T----AATTACCGTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA-ATA--TCGT-TT-GTACAAGTATAGGC-TTTCCAT-TTGTT--TAGATT-TATGTTA---TATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTA-CTT--C--TTATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGG-TC-------T-AATAAATTG-TTCTTA---ACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCTT
gi|4 : CCTTTA----TTTACACC-ACTA-CAC-AAGGTAC-ACTTACAATC-TTTATACCTTGGGGGCTTTGATCATGGGTCTGAGCGTGTTCATTTTGTA--TGAAGGTTTTTCATTGGTCAA-TTTTTG-TCCAGT-TGTATTTGGTTGGTTTT-CTTGTTTTACCGCCAATTT-TGAGAACTATTAATATTATCCAGAGACCT---TTGTGGACATGAGACATG-----AT---GTTC--AGACTAGACTGAC-TTGC-----A------GACT-GTAGAT-CTT-TGTTTTTGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCTTTGTTA-CTAGTCAATTT--AAAAGTCTATCCTATAAATA-TCTGCAG--TATAAACTTTCCA-TTTGCACTTTTACTAAATGATAGAAAGAGTGAA-TAAA--TG---A-GACTTAT------T--GATTGTAGAAATTAG------TAATATTATGTATTCCTATAATGGGTGATATATATCAGATT-TTATATT-----T--GTC----------GAA--AG-T---ATTTG-ATGACT-----TT-GTTCGTA--ATGAAAATCTTTTAAATACTGTA--TTC--T----AATAT------AATT----TA--T-T----CCA--T-GTA----AATAGT---GA----T----T----T---TA---CA-T---AC-ATGGT-ACT-T--TG------------T---T----AAAT---TATAGAGTAA-TACC--TAC-ATG----TGC-A--A---GA----GATCT-----------------AGCT---TAG-TGTC---TTAGT-TG-TATATTCCGAGGG-AAGCTTCT--TC--CCGTAGAAGGG-TACG
gi|5 : atcttccaataccaatattataaagttatgtttgtgtaatagtgctatgtttgatattatattgatacatacacatcaattgtttagatcttagatccaccCCTTTAC---TTTACACCCACTA-CAC-AAGGTAC-ACTTACAATT-TCTATACCTTG-GGGCTTTGATCATGGGTCTGAGCGTGTTCATTTTGTA--TGAAGGTTTTTCATT-GTCAATTTTTTG-TCCAGT-TGTATTTGGTTGG-TTTTCTTGTTTTACCGCCAATTTGAGA-AACTATTAATATTATCAGA-GACCT---T-------TGTGGACATGAGGACATGTGTTTCAGA--CTA-ACTGACTT-GC-----A------GACT-GTAGA-TCTT-TGTTT-TGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAAT---CCTTGTTA-CTA-TCAATTT--AAAAGT-TATCCTATAAATA-TCTGCCAGTTATAAACTTGCCATTTTGCACTTTTACTAAATGATAGAAAGAGTGAA-TAAA--TG---A-GACTTAT------T--GATTGTAGAAATTAG------TAATATTA------TT----------GAT-----------TCCTATAATGGCGGT--GAT------A---TAT--AC-TCAGATTTATATG--------TT-GTCGAAA--AT-----AT--TTGA------TGCTTTT--T----CGTAATGAAAAAATC----TT--T-T----AAAACT-GTATTCTAATA-----AA----T----T----T---TATTCCA-TGTAACGATAGTGATT-T--TACATACATTTACTT---T----AAATTAGTATAGAGTAT-A-CC--TACAATGTGCAAG--A--GATCTA----GCT-T-----------------A--T---G---TGTC---TTAGT-TGTTAT-TTCCGAGGG-AAGCTTCT--TC--CCGTAGAAGGGTTACGTT
gi|9 : tgtttatttatatatgtaacatacacatcaattgttagatcttagatccaccCCTTTA----TTTACACC-ACTA-CAC-AAGGTAC-AGTTACAATC-TATATACCTAGGGGACTTTGATCATGGGTCTGAGTGTGGTCATTTTGTA--TGAAGGTATTTTATCGGTCAG-TTTTTGGTCAAGT-TGTATTTGGTTGGTTTT-CTTGT---------------TGAGAACTGTTAATATGATCCAG-AACCT---TTGGGGACATCAGACATG-----AT---TTTCGGA--CTAA---GAC-T-G------ACTTGTAGACT-TTAGATCTTTATATTTCTGATAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCTTTGCTA-AGAGTTAATTT--AAAAGTCTACCCAATAAATA-TCTGCAA--TATACATTTCCCA-ATTGCACTTTTACTAAATGACTGAAAGAGTGAATT-AA--Tgt
gi|6 : gtgtaatagtttaattagtagctatgcttttatattcatacgtacacatgtttaggtcttagatccaccCCTTTAAACATTTAAA-C-ACTA-CACTA-GGTAC-ACTCACAATC-TATATACCATAGGGGTTTTGATCGTGTGTCTGGGTGTGGTCA-TCTGTA--TG-ATGGTTTTTATTGG------TTTTA-TCACGT-TGTCTTTGGTTGG-TTTTCTTGTCTTGCCGCCAG-TTGTAAGAACT---------ATCCAG-GACCTTTGT-GGACAG--TAGACGTG----AAT---GTCCA-A--CTA---AGAC-T-GACTTGCA------GATT-TTACATTCTT-TATTTTTGGTAAGTGACATATTTA-TACTAATTTC-----CTA--TAG-GTATTTGCAAAA---TAACCTTC--CTA-TTT-----------------------GCACATTCACTAAATAAATGAAAGAGTGAG-TAAA--TA---A-CACTTAT------T--GGTTATAGAAATCAG------TA---ATA------TTTA----------------------T-CTATATA-----T--GCCTATACTA---TAA--GGCT---AT----ATAAAT-----CA-GTT---A--GTGTATAGC--TT-A------TA--TTTG-TCAAAATTATT----TGATAACTTTA--T-T----CAA--TCGTG----GAACTT---GA----TA---TA---T---TA---CA-T-------TTG--ATT-C--TG------------C---T----TAAT---TTTAGAATAA-TTCT--TAC-AT----ATGC-A--G---TA----GA--T-----------------
gi|15 : accctccatataaatgtaatagtgctaaggttgattagtggctatgtttttatactcgtacattcacttatttattccttagatccacCTTTA----TTTACACC-ACTA-CAC-AAGGTAC-GCTTACAATT-TCTATAT-TTGGGCGCTTTGACCATGGGTCTGAGTAAGGTAATTATGTA--TGAAGGTTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGT-TATATTTGGTTGATTTTTCTTGTTTTGct
gi|3 : atacacgtttagatcttagatccattC-ACTAACACTA-GGTACCACTCACAATCCTAT-TACCATTAGGGGTTTGATCGTGTGT-TGTGTGT-GTCA-TCTGTATTTGATGG--TTTTATTGG------TTTTA-TCACGTGTC--TTTGGTTGG-TTTTCTTGTCTTG-CGCCAG-TTGTAAGAACT---------ATCCAG-GACCT---T-TGTGGACATA-ACGTG----AAT---GTCCA-A--CTA---AGAC-T-GACTTGCA------GATT-TTACATTCTT-TATTTTTGGTAAGTGACATATTTATTACTAATTTC-----CTA--TAG-GTATTTGCAAAA---TAACCTTC--CTA-TTT-----------------------GCACATTCACTAAATAAATG-AAGAGTGAG-TAAA--TA---ACCACTTAT------T--GGTTATAGAAATCAGTAATATT----TTAT-----CATA--------TATG----------C-CTATACTA----TAAGGC------ATATAAATCAGTT---AGTGT-ATAGCTTATATTT-GTTCAAA--ATT----AT--TTGA------TA--ACT--T------TATT----CAAT-----CG--T-T----GGA--A-CTT----GAT-------A----T----A----T---TA---CA-T-------TG---ATT-C--TG------------C---T----TAAT---T-TAGAATAA-TTCT--TAC-AT----ATGCAA--G---TA----GA--TCTAGAGATCTAGAGATAA--T---TTA-TATC---CTAGC-TG-TATTTTCTGAGGG-AAGCT--TC-TT--CAATAAAAAGG-TACGTTAGA-CAGTACTGGTATTT-CAATCTATCA---AT-TACTTTT-A---T-AACTATTTATGGAGA-AATACTATTTTG--A--TA-----AATA--A-----TATGTCGAAAA-TTCT---A----TT-TCT-CC-TTTCAAC--TGAT--T----A
gi|2 : taccctccatcataaatgttaatagtgctaagttgattagtggctatgtttttatactcgtacttcacttattttattccttagatccaccctttaaaacattttaaTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGT-TATAGTTGGTTGATTTTTCTTGTTTTG
gi|7 : TTTTATTGGT------TTTA-TCACGT-TGTCTTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGC-GCCAGTT-GTAAGAACT---------ATCCAG-GACCT---T-TGTGGACATAAGCGTG----AAT---GTCC--AA-CTAA---GAC-T-G------ACTTGCAGATT-TTACATTCTT-TATTTTTGGTAAGTGACATATTTA-T----------------A-CTA----ATTT------------CCTATAGGTA-TTTGCAA--AATAACCTTCCTA-TTTGCACATTCACTAAATAAATGAAAGAGTGAG-TAAA--TA---ACCACTTAT------T--GGTTATAGAAATCAG------TAATATT--------TTA----------------------T-CTATATA-----T--GCCTATACTA---TAA--GGCT---AT----ATAAAT-----CA-GTT---A--GTGTATAGC--TT-A------TA--TTT--T----GTCA------AAAT-----TA--T-TTGTAACT--T-TTATTC-AATCGTTGGAA----C----T----TGA-TA---TATT---AC-ATTTG-ATT-C--TG------------C---T----TAAT---TTTAGAATAA-TTCT--TAC-AT----ATGC-A--G---TA----GA--TCTAGAGATCTAGAGATAA--T---TTAGTATCG--CTAGC-TG-TATTTTCTGAGGG-AAGCT--C--TT--CAATAAAAGAG-TACGTTAGA-CA-TACTGGTATTT-CAATCTATCA---AT-TACTTTT-A---TAAACTATTTATGGGAGAAATACTATTTTG--A--TA-----AATA--A-----TAT-------G-TC-G---AAAATTTATCT-CC-TTTCAAC--TGAT--T----AAagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtatatattcatgtgatgtaaggtgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagtaataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|24 : AGT-TCTATTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGTCGCCAGGTT-TGAGAACAGTTAATACAATCCAG-GACCT---T-GTAGAGTTTA
gi|17 : TGAC-C-GTC----A------GACTGTTGAATCCTT-CATTTCTGGTAA----CTTATTTA-TACTAATGTCCTTTGCTAGCTAGTC-ATAT--CAAAATATATACATTAGATATTTTGCAA--TATAAGC
gi|27 : cagaaaccttgtggacagtaaaccacgtttctgacaagaacTTCTT-GATTTCTGGCAAGTAACACATTTA-TACTAATTCC
gi|21 : AATTCCCTTTGCTA-CTAGTCAATTT--AAAAGTCTATCCTACAGATA-TTTGCAA--TATAAACTTCCCA-TGTGCACATTTACTAAATGATTGAAAGAGTGAtat
gi|2 : A--TATAAGCTTCCCA-T------ACTGACTTATTGATTCAAGAAATCAG-T-AACATGTATA-CATTCATGTGATGTAAGGTGATGTATATCAG------T----TTA------TGTC--------GAT-----------T-T-ATATC-----T--GTC------A---AAG---G-T---ATTTG-AT-ATT-----TTAGTATAAATTATTA-CAGG--TAAA------TA--TTG--T----GATTTT----ACATA----CAAAG-T----AC---T-TTA----AATNAT----A----TAAGCT----T---CC---CA-T---AC--TG---ACT-TATTGA-----------T---TCGAGAAAT---CA----GTAACATG---TAT-ATATTCATGT-GATG---TAAGGTGA--T-----------------A--T---A---TATCAGATTA-C-NN-NNTAT----AGAGTAA--------TT--CC-TAGA--TG-TGCAGTAGA-TAGTGTC-CTAGCTGTATTTTCTTAGGGAA-GATTTTT-C-------CCAT-------AG-AAGGGTACGTTAGACAGT------AATA--A-----AGT------AT-TT-TTTAAAAAGCTACCT-CCCTT--CGC--TGA---------------GTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----AGGAGATGA-ATA--TCGT-TTAGTAC-TGTATAGGC-TTT--GA-TTG-T--TAGATT-TATGCTA---TATTGTTG--ATATTATATTTCAGGGCTATTATAATTTCCTTA--TT--CAATT-TA-----CTATAACG-GTTCTA-ACACTGG-TC-------CGAGTAAATTG---ATTAG--ACCTGANN-NN-NNNNNNNNNCT----TTGATTGT
gi|14 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAG------T----TTA------CGTA--------GAT-----------T-TTATATT-----T--GTC------A---AAA---G-T---ATTTG-ATGACT-----TT-GTTCGAA--ATGAGCAAC--TTCA------TA--TTT--T----AGTAT------AAT-----TA--T-T----ACA--T-GTA----AATAGT---GAT---T----T----T---TA---CA-T---AC-ATGGT-ACT-T--TA------------T---T----GAAT---TGTAGAGCAA-TTCC--TAC-ATGTGCAAG--A--GATCTA----GA--T-----------------T--A---T---TGTC---CTAGC-TG-TATTTTCTGAGGG-AAGCTTCT--TC--CCATAGAAGGG-TACGTTATA-CA
gi|8 : GA------TA--TTTATT----GGCAC-----AAACA----CAA-T-T----ACA--T-GTG----GATAGT---GA----T----T----T---TA---CA-T---AC-ATGGT-ACT-T--TG------------T---T----AAAT---TATAGAGTAA-ATCCTATAC-ATGTCCAGTC-A--ATC-TA----GA--------------------A--T---C---CG-C---CTAGC-AG-TATGTTCTGAGGG-AAGCTTCT--TC--CCATAGAAGGG-TACGTCAGA-CAGTATTGTTATTT-TATTCTATTA---AT-TACTTTT-ATATT-AACTATTAATGGGAGAAATGCTATTTTG--C--T------AATG--A-----TGT------AA-TT-T---AAGAGTTATCTCCC-TT--AAC--CGAT---------------TAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA-ATA--TCGT-TTAGTAC-AGTAAAGGCTTTTCCGCATTG-T--TAGAGT-TATGCTA---TACTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTTTCC--TTATACTTATCTA----GTGTTCCA-TCACTGG-TCACCGTCTT-GAAAAATTG---CTTA---
gi|12 : T----AGATA----TA--TAT----ATA--T-GTA------TAAT---GAACAAT----TGAGATGAGTA---CA-TTT-AG-AGGAT--CTAT--TG------------TATAC----AAAT---TACTGAGTCC-ATTA--TCC-ACAGCCACAT-A--GA--TA----GA--T-----------------A--TACGC---TGT-------GCATG-TATAT------GG-AAGCC--TCTTT--CCATAGAATGG-TAC-----------ATT-TTATGA-TAATGTATTA-----------TT-A---T-GACTATTCGTGGGAG-AA----AATTTG--T--TCGTATCAGTAC-A-----TGT------AATTT-T---AAGAGTTGTTT-CC-CT-------TGATAGT----AATTtagacc
gi|10 : GG-AAGCC--T--CTTCCCATAGAGTGG-TA-ATTATATCTG-ATT-TAAGTT-T-TTTTGATA---ATGTATTTTTTA---T-GACTATTTCTGGGAG-AA----AATCTG--T--G------AATATCAGAATTTGTC-----AC-TT-T---AAGAGTTATCTCCC-TT--AATTGTGAT--TTTGAGATGA--GTAAATACATTATCTTGATGGAAATTACATTCATAGGATCATATAAGTTATATT-GTA-AATTAT---------TAT-TAATTAATGCATTCTGTGATATCTTATTGTTATTTTCATGTATTTCAGGGCTG------------TA-CTT--A--TTATG------TA----CTACTCCA-TCACT-G-TC-------G-ATTAAATTA-ATC-------CCTGAAC-CCAAACAACAGTTA----TC-GTC-TTTCTTGACT---ACAAAAACCtt
gi|13 : gtacatatgtC-TT--AAC--TGAT-------AATTA-----AACG---TATCTTGATG-AAATCA-----GTAAGATGA-ATA--TCGT-TTAGTACA-GTATAGGC-TTTCCAT-T-GTT---AGATT-TATGTTA---TATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--TCATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGG-TC-------TGAAT-AATTG-TTCATAG--ACCTGAACACC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCCt
gi|11 : C-TT--AAC--TGAT--T----AATTA-----AACG---TATCTTGATG-AAATCA-----GTAAG-TGA-ATA--TCGT-TTAGTACA-GTATAGGC-TTTCCAT-T-GTT---AGATT-TATGTTA---TATTTGTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--TCATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGG-TC-------TGAATAAATTG-TTCATAG--ACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT--GAGGAAAACCCCgttac
gi|25 : caaaaattacatTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTTTCC--TTATA-----CTA----GTGTTCCATTCACTGG-TC-------TGAATAAATgttac
gi|20 : TC--C--TTATA-----CTA----ATGTTCCA-TCACTGGATT-------G-AATAAATTGCTTATAA---ATCTGAAC-GC-TTTAAGTGTTT----TT-CTTATTC----ACT-GGAGGAAAAgcttata
gi|23 : gttTGG-TC-------TGAATAAATTG-G-CTTATAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTATATGCTT-A-TATTTC---ACTGGGAGGAAAACCCCagtctgttgcaa
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTCTTTTAGGTTGAGTATCATTTTTTATGACTATTTCTGGGATTAAGAGTTGTCTCCCTTGATTGTGATTTTGAGATATTACATCCATAGGATCATTTAAGTTATATTGTAAATATTAATGCATTCTGTGATATCATATTGCTATTTTCATGTATTTCAGGGCTTTAC
Unaligned ( gi|18 ): GACGGTTCCCTTTTTCTGGTAAGTAATTCATTAATAATTATCTTTATTGGTAAATGTCAGTTAATAGGTCCAGTCTATATATATTAGATCCCTTTTGCACTTAATATATATTAAATGAGATGAAGGCTAGATATA
Unaligned ( gi|19 ): GAGATAAGATTTTTAGAGAATCTATTGTATGTAAATTACAGAATCTGTGCACATATCCATGTATGTGGAAGCCTCTTCCCATAAAATGATAAATATAAGATTTTATCACATGATTACT
Unaligned ( gi|22 ): TTATCCTTATTGGTAAATGTCAATTAATATGTCCAGTCTAAATATTTGCAAGTTTAATTAGATTCTTTTTTGCACTTCATA
Unaligned ( gi|26 ): TAGGATCAAATAAGTTATATTGTAAATTATTGTTAATAAATGCATTCTGTGATACCTTATT
Alignments
lowQualScore : 333333 1 11 33333333333 11 5555555 1111111 1 11111 333333333333333333333 11111 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222222 111111111111 4444444444444444444444444444444444444 111111 1111 111 22222222 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 111 11111 111 222222 11111111 111 11 33333333333333333 111 11111 22222222 111 11 2222222 11 11111 1111 1111111 11111 1111 111 11
lowQualScore : 444444 5 5 5 5 1 5 1 2 4 77 1 9999 4 0 5 1 5 3 11 33333333333 5 4 6666 333 00 0 66 88 2 77 1111111 5555555 5 1 4 1 3 1 4 2 2 4 77777 777 5 77777 4 666666666666666666666 11111 0 55 1 55 66 5 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 999 0 5 99999999 888 0 5 3 888888888888 1111111111111111111111111111111111111 3 3 99999 666 1 222222 1111 222 55 22222222 3 0 55 3 44 88 666 1 666 1 4 1 4 55 4 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 4 4 4 0 4 2 3 5 22 4444 111 1 3 44444 2 6 777 1 1 777777 88888888 777 888 5 66 5 8 22 66 11111111111111111 111 6 66666 44444444 111 6 99 3 6 9999999 3 5 44 33 66 5 22222 0000 0 5 4444444 77777 1 5 5 2222 5 0 999 33
lowQualScore : ...... . . . . . . . . . .. . .... . . . . . . .. ........... . . .... ... .. . .. .. . .. ....... ....... . . . . . . . . . . ..... ... . ..... . ..................... ..... . .. . .. .. . ............................................................................................. ... . . ........ ... . . . ............ ..................................... . . ..... ... . ...... .... ... .. ........ . . .. . .. .. ... . ... . . . . .. . ............................................................ . . . . . . . . . .. .... ... . . ..... . . ... . . ...... ........ ... ... . .. . . .. .. ................. ... . ..... ........ ... . .. . . ....... . . .. .. .. . ..... .... . . ....... ..... . . . .... . . ... ..
lowQualScore : 333333 7 7 7 7 0 7 4 7 3 99 4 7777 4 8 5 4 6 1 99 99999999999 0 4 7777 000 66 2 11 66 5 88 8888888 2222222 0 0 0 4 0 0 0 0 3 0 77777 333 7 00000 0 888888888888888888888 11111 7 44 7 88 99 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 8 0 11111111 888 8 4 4 555555555555 5555555555555555555555555555555555555 6 6 99999 444 4 444444 2222 777 00 33333333 6 9 00 6 88 55 444 6 444 5 0 0 0 55 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 0 0 9 8 6 0 6 0 11 2222 777 0 2 33333 2 7 777 0 0 999999 99999999 444 888 0 99 0 9 22 11 77777777777777777 777 7 77777 22222222 777 7 00 5 7 0000000 2 7 66 88 99 0 55555 6666 1 0 4444444 22222 4 7 7 1111 7 1 777 33
consensus : CCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-ACTTACAATC-TATATACC-TTGGGGGCTTTGATCGTGGGTCTGAGCGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTGTATTTGGTTGGTTTTTCTTGTCTTGCCGCCAGTTTGTGAGAACTGTTAATA-T-ATCCAG-GACC-TT-GGNGGNCGT--AGAC-GTGAATNTCCG-ACTA--AGAC-TGACTTGC----AGACT-TTANATTCTT-TATTTCTGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTATAGATA-TTTGCAA--TATAAACTTCCCA-TTTGCAC-----ATTTACTAAATGA-NTGAAAGAGTGAGTAAATGA-NACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATA--T-TA-CGTA--------------GAT-----------T-CTATATT-----TGNC------ATAAGG-T---ATTT----------G-A-------TGA--NTTTGT-TCG------A---GTGAANAGC--TTGA------TATTT--TA-----GT----ATTA---AA--TA-----T---A-T-T----AC---ATGTA---A--AT-A--GT---G--ATT----TG--T-ACA-T--A-CATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-ATT-CCTA--C-ATGT-CATGC-AG---T------AGA-------T-----------------A--T---T---TGTC-CTAGC-TG-TATNTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTATT---GTTATTT---TAATCTATTAATTACTTTTAT-A---ACTATTNATGGGAG-AA-TGCTATTTTGNT------AATA--A-----TGT-ANTTT---AAGAGT-TA--TCT-CC-TT--AAC--TGAT--T----AATTA--GTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-CAAGTATAGGC-TTTCCGT-TTGTTTAGATTTATGCTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-TATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAATAAATTGNTCN-TAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCCT
Reference ( family-2529 ) : CCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-ACTTACAATC-TNTATACC-TTGGGGGCTTTGATCGTGGGTCTGAGCGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTGTATTTGGTTGGTTTTTCTTGTCTTGCCGCCAGTTTGTGAGAACTGTTAATA-T-ATCCAG-GACC-TT-GGNGANNNT--AGAC-GTGAATGTCCA-ACTA--A----TGACTGNC----AGACT-TTANATTCTT-TATTTCTGGTAAGTGACNTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTATAGATA-TTTGCAA--TATAAACTTCCCA-TTTGCAC-----ATTCACTAAATGA-NTGAAAGAGTGAGTAAATGA-CACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATA--T-TA-CNTA--------------GAT-----------T-CTATATT-----TGNC------ANAAAG-T---ATTT----------G-A-------TGA--CTTTGT-TCGA-----A---ATGAACAGC--TTGA------TATTT--TG-----GT----ATTA---AA--TA-----T---A-T-T----AC---ATGTA---A--AT-A--GT---G--ATT----T---T-ACA-T--A-CATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-ANT-CCTA--C-ATGT-CATGC-AG---T------AGA-------T-----------------A--T---T---TGTC-CTAGC-TG-TATNTTCCGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTATT---GTTATTT---TANTCTATTAATTACTTTTAT-A---ACTATTTATGGGAG-AA-TGCTANTTTGNT------AATA--A-----TGT-ANTTT---AAGAGT-TA--TCT-CC-TT--AAC--TGAT--T----AATTA--GTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-CAAGTATAGGC-TTTCCGT-TTGTTTAGATTTATGCTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-TATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAATAAATTGTTCT-TAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--GACT-GGAGGAAAACCCCT
gi|1 : CCTTTA------TTCA-CATC-ACTACACA-GGTAC-ACTTACAATC-TATATACC-TTGAGGGCTTTGATCATGGGTCTGAGAGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGGTTTTTATTGGTCAG-TTTTTG-TCAAGTTCTATTTGGTTGGTTTTTCTTGTCTTGCCGCCAGTTTGTGAGAACTGTTAATA-TAATCCAG-GACC-TT-GAAGAGTTT--AGAC-CTGCATTTTC--ACTATTT----TGACTG------AGACT-TTGAATTCTT-CATTTCTGGTAAGTTACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-CTA---GTCTATTTAAAAGTCTATCCTTTAGATA-TTTGCAA--TATAAACGTCCCA-TTTGCAC-----ATTTACTAAATGA-TTGAAAGAGTGAGT-AATGA-GACTTATTGGTTATAGAAATCAGT------T-TA-CTTA--------------GAT-----------T-TTATATT-----TGTC------AAAAAG-T---ATTT----------G-A-------TGA--CTTTGT-TCAA-----A---ATGAGCAAC--TTGA------TATTT--TA-----GT----ATTA---AA--TA-----T---A-T-T----AC---ATGTA---G--AT-A--GT---G--ATT----T---T-ACA-T--A-CATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-AAT-CCTA--C-ATGTCCATGC-AG---T------AGA-------T-----------------A--T---T---TGTC-CTAGC-TG-TATATTCTGAGGGAAGCT--TTTCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTATT----TTATTT---TATTCTATTAATTACTTTTAT-A---ACTATTAATGGGAG-AA-TGCTATTTTGCT------AATA--A-----TGT-AATTT---AAGAGT-TG--TCT-CC-TT--AAC--TGAT--T----AATTACCGTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TT-GTA-CAAGTATAGGC-TTTCCAT-TTGTTTAGATTTATGTTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTA-CTT--C--T-TATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------T-AATAAATTGTTCT-TA-ACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCTT
gi|10 : GGAAGCCTCTTCCCATAGAGTGG-TA-ATTATATCTG-ATTTAAGTTTTTTTGATAATGTATT------TTTTAT-G---ACTATTTCTGGGAG-AA-----AATCTGTG------AATATCAGAATTTGTCACTTT---AAGAGT-TA--TCTCCC-TT--AATTGTGAT--TTTGAGATGA--GTAAATACATTATCTTGATGGAAATTACATTCATAGGATCATATAAGTTATATTGTAAATTATTATTAATTA-ATGC-ATTCTGT--------GA--TAT-CT-TATTGTTATTTTCATGTATTTCAGGGCTG--------TACTTAT--------TATGTA-----CTA-------CTCCA-TCACT-GTC--------GATTAAATTAATC------CCTGAAC-CCAAACAACAGTTA----TC-GTC-TTTCTTGACT---ACAAAAACC
gi|11 : gtacatatgt---AAAAAT-TA--CAT-C--TT--AAC--TGAT--T----AATTA-----AACG---TATCTTGATG-AAATCA-----GTAAG-TGA--------ATATCGT---TTAGTA-CA-GTATAGGC-TTTCCAT-T-GTT-AGATTTATGTTATATTTGTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-CATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAATAAATTGTTCA-TAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT--GAGGAAAACCCCTt
gi|12 : cTA---GA--TA-----T---A-TAT----AT---ATGTAT--A--ATGA--AC---A--ATTGAGATGAGT-ACA-TTTA-GAGGAT-CTATTGTATACAAAT---TACTGAGTCCATTATCCA--C-A-GC-CACAT-AGA--T------AGA-------T-----------------A--TACGC---TGT-----GCATG-TATAT------GGAAGCCTCTTTCCATAGAATGG-TACATT---------------TTATGA---TAATGTATTA-------TTAT-G---ACTATTCGTGGGAG-AA-----AATTTGTTCGTATCAGTAC-A-----TGTAATTTT---AAGAGT-TG--TTT-CC-CT-------TGATAGT----AATTgttac
gi|13 : C-TT--AAC--TGAT-------AATTA-----AACG---TATCTTGATG-AAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-CA-GTATAGGC-TTTCCAT-T-GTT-AGATTTATGTTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-CATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAAT-AATTGTTCA-TAGACCTGAACACC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCCTtt
gi|14 : --T-TA-CGTA--------------GAT-----------T-TTATATT-----TGTC------A-AAAG-T---ATTT----------G-A-------TGA--CTTTGT-TCGA-----A---ATGAGCAAC--TTCA------TATTT--TA-----GT----AT-----AA--T------T---A-T-T----AC---ATGTA---A--AT-A--GT---G--ATT----T---TTACA-T--A-CATGGTACT-TTAT---TGAAT---TGTAGAGCA-ATT-CCTA--C-ATGTGCAAG--AGATCT------AGA-------T-----------------T--A---T---TGTC-CTAGC-TG-TATTTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTTATA-CAgttac
gi|15 : agtCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-GCTTACAATT-TCTATAT--TTGGGCGCTTTGACCATGGGTCTGAGTAAGGTAATTATGTAT--GAAGGTTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTATATTTGGTTGATTTTTCTTGTTTTG
gi|17 : atacacgtttagatcttagatccattACC-TT-GTGGACAGT--AAACCACG--TTTCTG-AC-A--AGAACTGACCGTC----AGACTGTTGAATCCTT-CATTTCTGGTAA----CTTATTTA-TACTAATGTCCT-TTGCTAGCTA---GTC-ATATCAAAATATATACATTAGATATTTTGCAA--TATAAGC
gi|18 : cagaaTTCCC-TTTTTCTGGTAAGTAATTCATT----AATAATTATCT-TTATTG-GTAAATGTCAGTTAATAGGTCCAGTCTATATATA-TT----------AGA--TCCCT-TTTGCACTTAATATATATTAAATGAGATGAAGG
gi|19 : gacgg-TG-TATGT------GGAAGCCTCTTCCCATAAAATGA-TActagatata
gi|2 : gagataagatttttagagaatctattgtatgtaaattacagaatctgtgcacatatccaTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTATAGTTGGTTGATTTTTCTTGTTTTGaatataagattttatcacatgattact
gi|2 : ACTTATTGATTCAAGAAATCAGTAACA--TGTA---TA--------------CAT-----------T-C---ATG-----TGAT------GTAAGG-TG--ATGT----------ATA-------TCA--GTTTATGTCGATTTATATCTGTCAAAGGTATTTGA------TATTT--TA-----GT----AT-A---AA--T------T---A-T-T----AC---AGGTA---A--AT-ATTGT---G--ATT----T---T-ACA-T--A-CAAAGTACT----T---TAAAT---NATAagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtatatattcatgtgatgtaaggtgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagtaataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|2 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgA--TA-----T---A-T-T-----C---ATGTG---AT-GT-AAGGT---G--AT-----------ATA-T--ATCAGATTACN-NNNT------------ATAGAGTA-ATT-CCTA--G-ATGT----GC-AG---T------AGA-------T-----------------A--G---T----GTC-CTAGC-TG-TATTTTCTTAGGGAAGATTTTTCCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTAtaagcttcccatactgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtatatattcatgtgatgtaaggtgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagtaataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|2 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtT------AATA--A-----AGT-ATTTTTTAAAAAGC-TA--CCT-CCCTT--CGC--TGA---------------GTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----AGGAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-C-TGTATAGGC-TTT--GA-TTG-TTAGATTTATGCTATATTGTTG--ATATTATATTTCAGGGCTATTATAATTTCCTTA--TT--CAAT-T-TA-----CTATAACG-GTTCTA-ACACTGGTC-------CGAGTAAATTG--AT-TAGACCTGANN-NN-NNNNNNNNNCT----TTGATTGTataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|20 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtatatattcatgtgatgtaaggtgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagTTTC--C--T-TATA-----CTA----ATGTTCCA-TCACTGGAT-------TGAATAAATTGCTTA-TAAATCTGAAC-GC-TTTAAGTGTTT----TT-CTTATTC----ACT-GGAGGAAAA
gi|21 : gAATTCCCT-TTGCTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTACAGATA-TTTGCAA--TATAAACTTCCCA-TGTGCAC-----ATTTACTAAATGA-TTGAAAGAGTGAagtctgttgcaa
gi|23 : TGGTC-------TGAATAAATTGGCTTATAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTATATGCTT-A-TATTTC---ACTGGGAGGAAAACCCCT
gi|24 : AGTTCTATTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGTCGCCAGGTT-TGAGAACAGTTAATA-CAATCCAG-GACC-TT-GTAGAGTTT--Agtt
gi|25 : TTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTTTCC--T-TATA-----CTA----GTGTTCCATTCACTGGTC-------TGAATAAAT
gi|27 : TTCTT-GATTTCTGGCAAGTAACACATTTA-TACTAATTCCgcttata
gi|3 : CCTTTAAAACATTTTAACACT-A--ACACTAGGTACCACTCACAATCCTAT-TACCATTAGGGG-TTTGATCGTGTGT-TGTGTGTG-TCATCT-GTATTTGATGGTTTT--ATTGGT------TTTA-TCACGT-GTCTTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGC-GCCAGTT-GTAAGAACT----------ATCCAG-GACC-TT-TGTGGACAT--A-AC-GTGAATGTCCA-ACTA--AGAC-TGACTTGC----AGATT-TTACATTCTT-TATTTTTGGTAAGTGACATATTTATTACTAATTTCCTATAGGTA-TTT---G-CAA---AATAACCT-TCC------TA-TTTG-----------------------CAC-----ATTCACTAAATAA-ATG-AAGAGTGAGTAAATAACCACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATATTT-TATCATA--------------TATG----------C-CTATACT---------------ATAAGG-C---AT--------------A-------TAA--ATCAGT-T--------A---GTGTATAGC--TT-A------TATTT---------GT-----TCA---AAATTA-----TTTGA-T-A----ACTTTAT-TC---A--AT-C--GTTGGA--ACT----TGA-T-ATATT--A-CATTG-ATT-CTGC---TTAAT---T-TAGAATA-ATT-CTTA--C-AT----ATGCAAG---T------AGA-------TCTAGAGATCTAGAGATAA--T---TTA-TATC-CTAGC-TG-TATTTTCTGAGGGAAGCTTCTT-CAATAAAAAGG-TACGTTAGA-CAGTACT---GGTATTT---CAATCTATCAATTACTTTTAT-A---ACTATTTATGGAGA-AA-TACTATTTTGATA-----AATA--A-----TAT--GTCG---AAAATTCTATTTCT-CC-TTTCAAC--TGAT--T----Atat
gi|4 : taccctccatcataaatgttaatagtgctaagttgattagtggctatgtttttatactcgtacttcacttattttattccttagatccacCCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-ACTTACAATC-TTTATACC-TTGGGGGCTTTGATCATGGGTCTGAGCGTGTTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTCATTGGTCAA-TTTTTG-TCCAGTTGTATTTGGTTGGTTTT-CTTGTTTTACCGCCAATTT-TGAGAACTATTAATA-TTATCCAGAGACC-TT-TGTGGACATG-AGAC-ATGA-TGTTCAGACTA--GAC--TGACTTGC----AGACT-GTAGAT-CTT-TGTTTTTGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGTTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTATAAATA-TCTGCAG--TATAAACTTTCCA-TTTGCAC-----TTTTACTAAATGA-TAGAAAGAGTGAATAAATGA-GACTTATTGATTGTAGAAATTAGTAATA--T-TA-TGTATTCCTATAATGGGTGATATATATCAGATT-TTATATT-----TGTC-------GAAAG-T---ATTT----------G-A-------TGA--CTTTGT-TCGT-----A---ATGAAAATCTTTTAAATACTGTATTC--TA-----AT----AT-----AA--TT-----T---A-T-T----CC---ATGTA---A--AT-A--GT---G--ATT----T---T-ACA-T--A-CATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-ATA-CCTA--C-ATG----TGC-AA---G------AGATC-----T-----------------AGCT---TAG-TGTC-TTAGT-TG-TATATTCCGAGGGAAGCTTCTTCCCGTAGAAGGG-TACG
gi|5 : atcttccaataccaatattataaagttatgtttgtgtaatagtgctatgtttgatattatattgatacatacacatcaattgtttagatcttagatccaccCCTTTAC-----TTTA-CACCCACTACACAAGGTAC-ACTTACAATT-TCTATACC-TTGGGG-CTTTGATCATGGGTCTGAGCGTGTTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTCATT-GTCAATTTTTTG-TCCAGTTGTATTTGGTTGG-TTTTCTTGTTTTACCGCCAATTTGAGA-AACTATTAATATT-ATCAGA-GACC-TT-TGTGGACATGAGGAC-ATGTGTTTCAG-ACTA--AC---TGACTTGC----AGACT-GTAGA-TCTT-TGTTT-TGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAAT---CC-TTGTTA-CTA----TCAATTTAAAAGT-TATCCTATAAATA-TCTGCCAGTTATAAACTTGCCATTTTGCAC-----TTTTACTAAATGA-TAGAAAGAGTGAATAAATGA-GACTTATTGATTGTAGAAATTAGTAATA--T-TA-TT----------------GAT-----------TCCTATAATGGCGGTGAT------ATATAC-TCAGATTTATATGTTGTCG-AAAATATTTGATGCTTT-T-TCGT-----A---ATGAAAA------AA------TCTTT--TAAAACTGT----ATTCT--AA--TAAATTTT---A-T-T----CC---ATGTA---ACGAT-A--GT---G--ATT----T---T-ACA-T--A-CAT-TTACT----T---TAAATTAGTATAGAGT--ATA-CCTA--CAATG----TGC-AA---G------AGATCTAGCTT-----------------A--T---G---TGTC-TTAGT-TGTTAT-TTCCGAGGGAAGCTTCTTCCCGTAGAAGGGTTACGTT
gi|6 : tgtttatttatatatgtaacatacacatcaattgttagatcttagatccaccCCTTTAAACA--TTTA-AAC--ACTACACTAGGTAC-ACTCACAATC-TATATACC-ATAGGGGTTTTGATCGTGTGTCTGGGTGTGGTCA-TCTGTAT--GATGG-TTTTTATTGG------TTTTA-TCACGTTGTCTTTGGTTGG-TTTTCTTGTCTTGCCGCCAG-TTGTAAGAAC---------T-ATCCAG-GACCTTT-GTGGACAGT--AGAC-GTGAATGTCCA-ACTA--AGAC-TGACTTGC----AGATT-TTACATTCTT-TATTTTTGGTAAGTGACATATTTA-TACTAATTTCCTATAGGTA-TTT---G-CAA---AATAACCT-TCC------TA-TTTG-----------------------CAC-----ATTCACTAAATAA-ATGAAAGAGTGAGTAAATAA-CACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATA--T-T----TA----------------------------T-CTATATA-----TGCCTATACTATAAGGCT---AT--------------A-------TAA--ATCAGT-T--------A---GTGTATAGC--TT-A------TATTT---------GTCAAAATTATTTGA--TA---------A-C-T----TT---AT-TC---A--AT-C--GT---GGAACT----TGA-T-ATATT--A-CATTTGATT-CTGC---TTAAT---TTTAGAATA-ATT-CTTA--C-AT----ATGC-AG---T------AGA-------T-----------------gt
gi|7 : accctccatataaatgtaatagtgctaaggttgattagtggctatgtttttatactcgtacattcacttatttattccttagatccacTTTTATTGGT------TTTA-TCACGTTGTCTTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGC-GCCAGTT-GTAAGAACT----------ATCCAG-GACC-TT-TGTGGACAT--AAGC-GTGAATGTCCA-ACTA--AGAC-TGACTTGC----AGATT-TTACATTCTT-TATTTTTGGTAAGTGACATATTTA-TACTAATTTCCTATAGGTA-TTT---G-CAA---AATAACCT-TCC------TA-TTTG-----------------------CAC-----ATTCACTAAATAA-ATGAAAGAGTGAGTAAATAACCACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATA--T-T---TTA----------------------------T-CTATATA-----TGCCTATACTATAAGGCT---AT--------------A-------TAA--ATCAGT-T--------A---GTGTATAGC--TT-A------TATTT--TG-----TC----A--A---AA--T------T---A-T-TTGTAAC---TTTTATTCA--AT-C--GTTGGA--ACT----TGA-T-ATATT--A-CATTTGATT-CTGC---TTAAT---TTTAGAATA-ATT-CTTA--C-AT----ATGC-AG---T------AGA-------TCTAGAGATCTAGAGATAA--T---TTAGTATCGCTAGC-TG-TATTTTCTGAGGGAAGC-TCTT-CAATAAAAGAG-TACGTTAGA-CA-TACT---GGTATTT---CAATCTATCAATTACTTTTATAA---ACTATTTATGGGAGAAA-TACTATTTTGATA-----AATA--A-----TAT--GTCG---AAAATT-TA--TCT-CC-TTTCAAC--TGAT--T----AAct
gi|8 : GA------TATTTATTG-----GC----AC-A---AA--CA-----C---AAT-T----AC---ATGTG---G--AT-A--GT---G--ATT----T---T-ACA-T--A-CATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-AAT-CCTATAC-ATGT-C---C-AG---TCAATCTAGA-------------------------A--T---C---CG-C-CTAGC-AG-TATGTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTCAGA-CAGTATT---GTTATTT---TATTCTATTAATTACTTTTAT-ATTAACTATTAATGGGAG-AAATGCTATTTTGCT------AATG--A-----TGT-AATTT---AAGAGT-TA--TCT-CCCTT--AAC--CGAT--T----AA---------ACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-C-AGTAAAGGCTTTTCCGCATTG-TTAGAGTTATGCTATACTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTTTCC--T-TATACTTATCTA----GTGTTCCA-TCACTGGTCACCGTCTTGAA-AAATTGCTTA-TAGACC
gi|9 : CCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-AGTTACAATC-TATATACC-TAGGGGACTTTGATCATGGGTCTGAGTGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGTATTTTATCGGTCAG-TTTTTGGTCAAGTTGTATTTGGTTGGTTTT-CTTGT---------------TGAGAACTGTTAATA-TGATCCAG-AACC-TTTGGGGACATC--AGAC-ATGATTTTCGG-ACTA--A-----GACTGACTTGTAGACT-TTAGATCTTTATATTTCTGATAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-AGA---GTTAATTTAAAAGTCTACCCAATAAATA-TCTGCAA--TATACATTTCCCA-ATTGCAC-----TTTTACTAAATGA-CTGAAAGAGTGAATTAAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTCTTTTAGGTTGAGTATCATTTTTTATGACTATTTCTGGGATTAAGAGTTGTCTCCCTTGATTGTGATTTTGAGATATTACATCCATAGGATCATTTAAGTTATATTGTAAATATTAATGCATTCTGTGATATCATATTGCTATTTTCATGTATTTCAGGGCTTTAC
Unaligned ( gi|22 ): TTATCCTTATTGGTAAATGTCAATTAATATGTCCAGTCTAAATATTTGCAAGTTTAATTAGATTCTTTTTTGCACTTCATA
Unaligned ( gi|26 ): TAGGATCAAATAAGTTATATTGTAAATTATTGTTAATAAATGCATTCTGTGATACCTTATT
Alignments
lowQualScore : 333333 1111 2 11 3333333333 22222 1111 1 11111 333333333333333333333 11111 11 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3333333333333333 111111111111 33333333333333333333333333333333333 11111111 11 111 22 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 111 11111 111 222222 11111111 111 11 33333333333333333 111 11111 22222222 111 11 2222222 11 11111 1111 1111111 1111 111 11
lowQualScore : 444444 5 5 5 5 1 5 1 2 4 5 77 2 2222 4 0 1 5 88 9999999999 5 6 1 1 11111 0 66 55 1 33 7777 5 1 4 1 0 1 4 2 2 4 77777 777 5 77777 4 666666666666666666666 11111 55 1 44 0 66 8 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 0 5 9999999999999999 0 1 3 888888888888 22222222222222222222222222222222222 3 3 99999 666 1 77777777 00 999 55 77 0 55 44 88 666 1 666 1 3 55 3 55 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 4 4 4 0 2 3 5 22 4444 111 3 44444 1 6 777 1 777777 88888888 777 888 5 66 5 8 22 66 11111111111111111 111 6 66666 44444444 111 6 99 3 6 9999999 3 5 44 33 66 5 22222 0000 0 5 4444444 55 99 1 5 5 2222 5 0 444 33
lowQualScore : ...... . . . . . . . . . . .. . .... . . . . .. .......... . . . . ..... . .. .. . .. .... . . . . . . . . . . ..... ... . ..... . ..................... ..... .. . .. . .. . ............................................................................................... . . . ................ . . . ............ ................................... . . ..... ... . ........ .. ... .. .. . .. .. .. ... . ... . . .. . .. . ............................................................ . . . . . . . . .. .... ... . ..... . . ... . ...... ........ ... ... . .. . . .. .. ................. ... . ..... ........ ... . .. . . ....... . . .. .. .. . ..... .... . . ....... .. .. . . . .... . . ... ..
lowQualScore : 333333 7 7 7 7 6 7 4 7 3 0 99 4 4444 4 4 4 6 00 6666666666 0 7 0 0 00000 2 11 88 0 66 1111 0 0 0 4 5 4 0 0 3 0 77777 333 7 00000 0 888888888888888888888 11111 44 7 33 8 11 9 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 8 0 1111111111111111 8 0 4 555555555555 00000000000000000000000000000000000 6 6 99999 444 4 88888888 00 111 00 44 9 00 88 55 444 6 444 5 6 00 6 00 6 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 0 0 9 8 0 6 0 11 2222 777 2 33333 0 7 777 0 999999 99999999 444 888 0 99 0 9 22 11 77777777777777777 777 7 77777 22222222 777 7 00 5 7 0000000 2 7 66 88 99 0 55555 6666 1 0 4444444 44 66 4 7 7 1111 7 1 888 33
consensus : CCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-ACTTACAATC-TATATACC-TTGGGGGCTTTGATCGTGGGTCTGAGCGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTGTATTTGGTTGGTTTTTCTTGTCTTGCCGCCAGTTTGTGAGAACTGTTAATA-T-ATCCAG-GACCTTTGTGGAC-GT--AGAC-GTGAATTTCCGACTA---AGACTGACTTGCAGACT-TTANATTCTT-TATTTCTGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTATAGATA-TTTGCAA--TATAAACTTCCCA-TTTGCAC-----ATTTACTAAATGA-NTGAAAGAGTGAGTAAATGA-NACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATA--T-TA-C-TA--------------GAT-----------T-CTATATN-----TGNC------GTA-----AGG-T------------------ATTTG-ATGANTTTGT-TC-G-A---------G-TGAANAGC--TTGA------TATTT--T----A-----GTATTA-AA--TA-----T---A-T-T----AC---ATGTA-----A--ATA--GT---G--ATTTG-TACA-T--ACATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-A--TT-CCTA--C-ATGT-CATGC-AG---T------AGA-------T-----------------A--T---T---TGTC-CTAGC-TG-TATNTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTATT---GTTATTT---TAATCTATTAATTACTTTTAT-A---ACTATTNATGGGAG-AA-TGCTATTTTGNT------AATA--A-----TGT-ANTTT---AAGAGT-TA--TCT-CC-TT--AAC--TGAT--T----AATTA--GTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-CAAGTATAGGC-TTTCCGT-TTGTTTAGATTTATGCTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-TATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAATAAATTGN-TCATAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCCT
Reference ( family-2529 ) : CCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-ACTTACAATC-TATATACC-TTGGGGGCTTTGATCGTGGGTCTGAGCGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTGTATTTGGTTGGTTTTTCTTGTCTTGCCGCCAGTTTGTGAGAACTGTTAATA-T-ATCCAG-GACCTTGGNGGNC-GT--AGAC-GTGAATNTCCGACTA---AGACTGACTTGCAGACT-TTANATTCTT-TATTTCTGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTATAGATA-TTTGCAA--TATAAACTTCCCA-TTTGCAC-----ATTTACTAAATGA-NTGAAAGAGTGAGTAAATGA-NACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATA--T-TA-CGTA--------------GAT-----------T-CTATATT-----TGNC------ATA-----AGG-T------------------ATTTG-ATGANTTTGT-TC-G-A---------G-TGAANAGC--TTGA------TATTT--T----A-----GTATTA-AA--TA-----T---A-T-T----AC---ATGTA-----A--ATA--GT---G--ATTTG-TACA-T--ACATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-A--TT-CCTA--C-ATGT-CATGC-AG---T------AGA-------T-----------------A--T---T---TGTC-CTAGC-TG-TATNTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTATT---GTTATTT---TAATCTATTAATTACTTTTAT-A---ACTATTNATGGGAG-AA-TGCTATTTTGNT------AATA--A-----TGT-ANTTT---AAGAGT-TA--TCT-CC-TT--AAC--TGAT--T----AATTA--GTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-CAAGTATAGGC-TTTCCGT-TTGTTTAGATTTATGCTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-TATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAATAAATTGN-TCNTAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCCT
gi|1 : CCTTTA------TTCA-CATC-ACTACACA-GGTAC-ACTTACAATC-TATATACC-TTGAGGGCTTTGATCATGGGTCTGAGAGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGGTTTTTATTGGTCAG-TTTTTG-TCAAGTTCTATTTGGTTGGTTTTTCTTGTCTTGCCGCCAGTTTGTGAGAACTGTTAATA-TAATCCAG-GACCTTGAAGAGT-TT--AGAC-CTGCATTTTC-ACTATTTTGACTG------AGACT-TTGAATTCTT-CATTTCTGGTAAGTTACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-CTA---GTCTATTTAAAAGTCTATCCTTTAGATA-TTTGCAA--TATAAACGTCCCA-TTTGCAC-----ATTTACTAAATGA-TTGAAAGAGTGAGT-AATGA-GACTTATTGGTTATAGAAATCAGT------T-TA-CTTA--------------GAT-----------T-TTATATT-----TGTC------AAA-----AAG-T------------------ATTTG-ATGACTTTGT-TCAA-A---------A-TGAGCAAC--TTGA------TATTT--T----A-----GTATTA-AA--TA-----T---A-T-T----AC---ATGTA-----G--ATA--GT---G--ATTT--TACA-T--ACATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-A--AT-CCTA--C-ATGTCCATGC-AG---T------AGA-------T-----------------A--T---T---TGTC-CTAGC-TG-TATATTCTGAGGGAAGCT--TTTCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTATT----TTATTT---TATTCTATTAATTACTTTTAT-A---ACTATTAATGGGAG-AA-TGCTATTTTGCT------AATA--A-----TGT-AATTT---AAGAGT-TG--TCT-CC-TT--AAC--TGAT--T----AATTACCGTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TT-GTA-CAAGTATAGGC-TTTCCAT-TTGTTTAGATTTATGTTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTA-CTT--C--T-TATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------T-AATAAATTGT-TCTTA-ACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCTT
gi|10 : GGAAGCCTCTTCCCATAGAGTGG-TA-ATTATATCTG-ATTTAAGTTTTTTTGATAATGTATT------TTTTAT-G---ACTATTTCTGGGAG-AA-----AATCTGTG------AATATCAGAATTTGTCACTTT---AAGAGT-TA--TCTCCC-TT--AATTGTGAT--TTTGAGATGA--GTAAATACATTATCTTGATGGAAATTACATTCATAGGATCATATAAGTTATATTGTAAATTATTATTAATTA-ATGC-ATTCTGT--------GA--TAT-CT-TATTGTTATTTTCATGTATTTCAGGGCTG--------TACTTAT--------TATGTA-----CTA-------CTCCA-TCACT-GTC--------GATTAAATTAA-TC-----CCTGAAC-CCAAACAACAGTTA----TC-GTC-TTTCTTGACT---ACAAAAACC
gi|11 : gtacatatgt---AAAAAT-TA--CAT-C--TT--AAC--TGAT--T----AATTA-----AACG---TATCTTGATG-AAATCA-----GTAAG-TGA--------ATATCGT---TTAGTA-CA-GTATAGGC-TTTCCAT-T-GTT-AGATTTATGTTATATTTGTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-CATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAATAAATTGT-TCATAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT--GAGGAAAACCCCTt
gi|12 : cTA-GA--TA-----T---A-TAT----AT---ATGTATAATGA--ACA--ATTGAG--ATGAG-TACA-TTTAGAGGAT-CTATTGTATACAAAT---TACTGAGTCCA--TTATCCA--C-A-GC-CACAT-AGA--T------AGA-------T-----------------A--TACGC---TGT-----GCATG-TATAT------GGAAGCCTCTTTCCATAGAATGG-TACATT---------------TTATGA---TAATGTATTA-------TTAT-G---ACTATTCGTGGGAG-AA-----AATTTGTTCGTATCAGTAC-A-----TGTAATTTT---AAGAGT-TG--TTT-CC-CT-------TGATAGT----AATTgttac
gi|13 : C-TT--AAC--TGAT-------AATTA-----AACG---TATCTTGATG-AAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-CA-GTATAGGC-TTTCCAT-T-GTT-AGATTTATGTTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-CATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAAT-AATTGT-TCATAGACCTGAACACC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCCTtt
gi|14 : --T-TA-CGTA--------------GAT-----------T-TTATATT-----TGTC------A-A-----AAG-T------------------ATTTG-ATGACTTTGT-TC-G-A---------AATGAGCAAC--TTCA------TATTT--T----A-----GTAT---AA--T------T---A-T-T----AC---ATGTA-----A--ATA--GT---G--ATTTT-TACA-T--ACATGGTACT-TTAT---TGAAT---TGTAGAGCA-A--TT-CCTA--C-ATGTGCAAG--AGATCT------AGA-------T-----------------T--A---T---TGTC-CTAGC-TG-TATTTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTTATA-CAgttac
gi|15 : agtCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-GCTTACAATT-TCTATAT--TTGGGCGCTTTGACCATGGGTCTGAGTAAGGTAATTATGTAT--GAAGGTTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTATATTTGGTTGATTTTTCTTGTTTTG
gi|17 : atacacgtttagatcttagatccattACCTTG-TGGACAGT--AAACCACG--TTTCTGACAA---GAACTGACCGTCAGACTGTTGAATCCTT-CATTTCTGGTAA----CTTATTTA-TACTAATGTCCT-TTGCTAGCTA---GTC-ATATCAAAATATATACATTAGATATTTTGCAA--TATAAGC
gi|18 : cagaaTTCCC-TTTTTCTGGTAAGTAATTCATT----AATAATTATCT-TTATTG-GTAAATGTCAGTTAATAGGTCCAGTCTATATATA-TT----------AGA--TCCCT-TTTGCACTTAATATATATTAAATGAGATGAAGG
gi|19 : gacgg-TG-TATGT------GGAAGCCTCTTCCCATAAAATGA-TActagatata
gi|2 : gagataagatttttagagaatctattgtatgtaaattacagaatctgtgcacatatccaTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTATAGTTGGTTGATTTTTCTTGTTTTGaatataagattttatcacatgattact
gi|2 : ACTTATTGATTCAAGAAATCAGTAACA--TGTA---TA--------------CAT-----------T-C---ATG-----TGAT------GTA-----AGG-TG-----------------ATGTATATCAGTTTATGTC-G-ATTTATATCTG-TCAAAGGTATTTGA------TATTT--T----A-----GTA-TA-AA--T------T---A-T-T----AC---AGGTA-----A--ATATTGT---G--ATTT--TACA-T--ACAAAGTACT----T---TAAAT---NATA---TA-AGCTT-CCCA--T-Aagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtatatattcatgtgatgtaaggtgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagtaataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|2 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgACTTATTGATTCGAGAAATCAGTAACA--TGTA---TA--------------TAT-----------T-C---ATG-----TGAT------GTA-----AGG-T------------------ctgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtatatattcatgtgatgtaaggtgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagtaataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|2 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgA--TA-----T---A-T-T-----C---ATGTG-----AT-GTAAGGT---G--AT--A-TATA-T---CAGATTACN-NNNT------------ATAGAGTA-A--TT-CCTA--G-ATGT----GC-AG---T------AGA-------T-----------------A--G---T----GTC-CTAGC-TG-TATTTTCTTAGGGAAGATTTTTCCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTAgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagtaataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|2 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtT------AATA--A-----AGT-ATTTTTTAAAAAGC-TA--CCT-CCCTT--CGC--TGA---------------GTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----AGGAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-C-TGTATAGGC-TTT--GA-TTG-TTAGATTTATGCTATATTGTTG--ATATTATATTTCAGGGCTATTATAATTTCCTTA--TT--CAAT-T-TA-----CTATAACG-GTTCTA-ACACTGGTC-------CGAGTAAATTGA-T--TAGACCTGANN-NN-NNNNNNNNNCT----TTGATTGTataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|20 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtatatattcatgtgatgtaaggtgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagTTTC--C--T-TATA-----CTA----ATGTTCCA-TCACTGGAT-------TGAATAAATTGC-TTATAAATCTGAAC-GC-TTTAAGTGTTT----TT-CTTATTC----ACT-GGAGGAAAA
gi|21 : gAATTCCCT-TTGCTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTACAGATA-TTTGCAA--TATAAACTTCCCA-TGTGCAC-----ATTTACTAAATGA-TTGAAAGAGTGAagtctgttgcaa
gi|23 : TGGTC-------TGAATAAATTGGCTTATAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTATATGCTT-A-TATTTC---ACTGGGAGGAAAACCCCT
gi|24 : AGTTCTATTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGTCGCCAGGTT-TGAGAACAGTTAATA-CAATCCAG-GACCTTGgtt
gi|25 : TTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTTTCC--T-TATA-----CTA----GTGTTCCATTCACTGGTC-------TGAATAAA-TGC-TTATAtagagttta
gi|27 : TTCTT-GATTTCTGGCAAGTAACACATTTA-TACTAATTCC
gi|3 : CCTTTAAAACATTTTAACACT-A--ACACTAGGTACCACTCACAATCCTAT-TACCATTAGGGG-TTTGATCGTGTGT-TGTGTGTG-TCATCT-GTATTTGATGGTTTT--ATTGGT------TTTA-TCACGT-GTCTTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGC-GCCAGTT-GTAAGAACT----------ATCCAG-GACCTTTGTGGAC-AT--A-AC-GTGAATGTCCAACTA---AGACTGACTTGCAGATT-TTACATTCTT-TATTTTTGGTAAGTGACATATTTATTACTAATTTCCTATAGGTA-TTT---G-CAA---AATAACCT-TCC------TA-TTTG-----------------------CAC-----ATTCACTAAATAA-ATG-AAGAGTGAGTAAATAACCACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATATTT-TATCATA--------------TATG----------C-CTATACT---------------ATA-----AGG-C------------------AT----ATAAATCAGT-T----A---------G-TGTATAGC--TT-A------TATTT-------------GT-TCA-AAATTA-----TTTGA-T-A----ACTTTAT-TC-----A--ATC--GTTGGA--ACTTGATATATT--ACATTG-ATT-CTGC---TTAAT---T-TAGAATA-A--TT-CTTA--C-AT----ATGCAAG---T------AGA-------TCTAGAGATCTAGAGATAA--T---TTA-TATC-CTAGC-TG-TATTTTCTGAGGGAAGCTTCTT-CAATAAAAAGG-TACGTTAGA-CAGTACT---GGTATTT---CAATCTATCAATTACTTTTAT-A---ACTATTTATGGAGA-AA-TACTATTTTGATA-----AATA--A-----TAT--GTCG---AAAATTCTATTTCT-CC-TTTCAAC--TGAT--T----Atat
gi|4 : taccctccatcataaatgttaatagtgctaagttgattagtggctatgtttttatactcgtacttcacttattttattccttagatccacCCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-ACTTACAATC-TTTATACC-TTGGGGGCTTTGATCATGGGTCTGAGCGTGTTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTCATTGGTCAA-TTTTTG-TCCAGTTGTATTTGGTTGGTTTT-CTTGTTTTACCGCCAATTT-TGAGAACTATTAATA-TTATCCAGAGACCTTTGTGGAC-ATG-AGAC-ATGATGTTCAGACTA----GACTGACTTGCAGACT-GTAGAT-CTT-TGTTTTTGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGTTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTATAAATA-TCTGCAG--TATAAACTTTCCA-TTTGCAC-----TTTTACTAAATGA-TAGAAAGAGTGAATAAATGA-GACTTATTGATTGTAGAAATTAGTAATA--T-TA-TGTATTCCTATAATGGGTGATATATATCAGATT-TTATATT-----TGTC------G-A-----AAG-T------------------ATTTG-ATGACTTTGT-TC-GTA---------A-TGAAAATCTTTTAAATACTGTATTC--T----A-----ATAT---AA--TT-----T---A-T-T----CC---ATGTA-----A--ATA--GT---G--ATTT--TACA-T--ACATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-A--TA-CCTA--C-ATG----TGC-AA---G------AGATC-----T-----------------AGCT---TAG-TGTC-TTAGT-TG-TATATTCCGAGGGAAGCTTCTTCCCGTAGAAGGG-TACG
gi|5 : atcttccaataccaatattataaagttatgtttgtgtaatagtgctatgtttgatattatattgatacatacacatcaattgtttagatcttagatccaccCCTTTAC-----TTTA-CACCCACTACACAAGGTAC-ACTTACAATT-TCTATACC-TTGGGG-CTTTGATCATGGGTCTGAGCGTGTTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTCATT-GTCAATTTTTTG-TCCAGTTGTATTTGGTTGG-TTTTCTTGTTTTACCGCCAATTTGAGA-AACTATTAATATT-ATCAGA-GACCTTTGTGGAC-ATGAGGAC-ATGTGTTTCAGACTA-----ACTGACTTGCAGACT-GTAGA-TCTT-TGTTT-TGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAAT---CC-TTGTTA-CTA----TCAATTTAAAAGT-TATCCTATAAATA-TCTGCCAGTTATAAACTTGCCATTTTGCAC-----TTTTACTAAATGA-TAGAAAGAGTGAATAAATGA-GACTTATTGATTGTAGAAATTAGTAATA--T-TA---TT--------------GAT-----------TCCTATAATGGCGGTGAT------ATATACTCAGA-TTTATATGTTGTCGAAAATATTTG-ATG-CTTT-T-TC-GTA---------A-TGAAAA------AA------TCTTT--T----AAAACTGTATTCTAA--TAAATTTT---A-T-T----CC---ATGTA-----ACGATA--GT---G--ATTT--TACA-T--ACAT-TTACT----T---TAAATTAGTATAGAGT--A--TA-CCTA--CAATG----TGC-AA---G------AGATCTAGCTT-----------------A--T---G---TGTC-TTAGT-TGTTAT-TTCCGAGGGAAGCTTCTTCCCGTAGAAGGGTTACGTT
gi|6 : tgtttatttatatatgtaacatacacatcaattgttagatcttagatccaccCCTTTAAACA--TTTA-AAC--ACTACACTAGGTAC-ACTCACAATC-TATATACC-ATAGGGGTTTTGATCGTGTGTCTGGGTGTGGTCATCT-GTAT--GATGGTTTTT-ATTGGT------TTTA-TCACGTTGTCTTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGCCGCCAGTT-GTAAGAACT----------ATCCAG-GACCTTTGTGGACAGT--AGAC-GTGAATGTCCAACTA---AGACTGACTTGCAGATT-TTACATTCTT-TATTTTTGGTAAGTGACATATTTA-TACTAATTTCCTATAGGTA-TTT---G-CAA---AATAACCT-TCC------TA-TTTG-----------------------CAC-----ATTCACTAAATAA-ATGAAAGAGTGAGTAAATAA-CACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATA--T-T----TA----------------------------T-CTATATA-----TGCCTATACTATA-----AGGCT------------------AT----ATAAATCAGT-T----A---------G-TGTATAGC--TT-A------TATTTG-TCAAAA-----TTATTT-GA--TA---------A-C-T----TT---AT-TC-----A--ATC--GT---GGAACTTGATATATT--ACATTTGATT-CTGC---TTAAT---TTTAGAATA-A--TT-CTTA--C-AT----ATGC-AG---T------AGA-------T-----------------gt
gi|7 : accctccatataaatgtaatagtgctaaggttgattagtggctatgtttttatactcgtacattcacttatttattccttagatccacTTTTATTGGT------TTTA-TCACGTTGTCTTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGC-GCCAGTT-GTAAGAACT----------ATCCAG-GACCTTTGTGGAC-AT--AAGC-GTGAATGTCCAACTA---AGACTGACTTGCAGATT-TTACATTCTT-TATTTTTGGTAAGTGACATATTTA-TACTAATTTCCTATAGGTA-TTT---G-CAA---AATAACCT-TCC------TA-TTTG-----------------------CAC-----ATTCACTAAATAA-ATGAAAGAGTGAGTAAATAACCACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATA--T-T---TTA----------------------------T-CTATATA-----TGCCTATACTATA-----AGGCT------------------AT----ATAAATCAGT-T----A---------G-TGTATAGC--TT-A------TATTT--T----G-----TCA--A-AA--T------T---A-T-TTGTAAC---TTTTATTC--A--ATC--GTTGGA--ACTTGATATATT--ACATTTGATT-CTGC---TTAAT---TTTAGAATA-A--TT-CTTA--C-AT----ATGC-AG---T------AGA-------TCTAGAGATCTAGAGATAA--T---TTAGTATCGCTAGC-TG-TATTTTCTGAGGGAAGC-TCTT-CAATAAAAGAG-TACGTTAGA-CA-TACT---GGTATTT---CAATCTATCAATTACTTTTATAA---ACTATTTATGGGAGAAA-TACTATTTTGATA-----AATA--A-----TAT--GTCG---AAAATT-TA--TCT-CC-TTTCAAC--TGAT--T----AAct
gi|8 : GA------TATTTATT----G-----GCAC-A-AA--CA-----C---AAT-T----AC---ATGTG-----G--ATA--GT---G--ATTT--TACA-T--ACATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-A--AT-CCTATAC-ATGT-C---C-AG---TCAATCTAGA-------------------------A--T---C---CG-C-CTAGC-AG-TATGTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTCAGA-CAGTATT---GTTATTT---TATTCTATTAATTACTTTTAT-ATTAACTATTAATGGGAG-AAATGCTATTTTGCT------AATG--A-----TGT-AATTT---AAGAGT-TA--TCT-CCCTT--AAC--CGAT--T----AA---------ACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-C-AGTAAAGGCTTTTCCGCATTG-TTAGAGTTATGCTATACTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTTTCC--T-TATACTTATCTA----GTGTTCCA-TCACTGGTCACCGTCTTGAA-AAATTGC-TTATAGACC
gi|9 : CCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-AGTTACAATC-TATATACC-TAGGGGACTTTGATCATGGGTCTGAGTGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGTATTTTATCGGTCAG-TTTTTGGTCAAGTTGTATTTGGTTGGTTTT-CTTGT---------------TGAGAACTGTTAATA-TGATCCAG-AACCTTTGGGGAC-ATC-AGAC-ATGATTTTCGGACTA---AGACTGACTTGTAGACT-TTAGATCTTTATATTTCTGATAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-AGA---GTTAATTTAAAAGTCTACCCAATAAATA-TCTGCAA--TATACATTTCCCA-ATTGCAC-----TTTTACTAAATGA-CTGAAAGAGTGAATTAAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTCTTTTAGGTTGAGTATCATTTTTTATGACTATTTCTGGGATTAAGAGTTGTCTCCCTTGATTGTGATTTTGAGATATTACATCCATAGGATCATTTAAGTTATATTGTAAATATTAATGCATTCTGTGATATCATATTGCTATTTTCATGTATTTCAGGGCTTTAC
Unaligned ( gi|22 ): TTATCCTTATTGGTAAATGTCAATTAATATGTCCAGTCTAAATATTTGCAAGTTTAATTAGATTCTTTTTTGCACTTCATA
Unaligned ( gi|26 ): TAGGATCAAATAAGTTATATTGTAAATTATTGTTAATAAATGCATTCTGTGATACCTTATT
Alignments
lowQualScore : 333333 1111 2 11 3333333333 22222 1111 1 11111 333333333333333333333 11111 11 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111111 33333333333333333333333333333333333 11111111 11 111 22 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 111 11111 111 222222 22222 111 11 33333333333333333 111 11111 22222222 111 11 2222222 11 11111 1111 1111111 1111 111 11
lowQualScore : 444444 5 5 5 5 1 5 1 2 4 5 77 2 2222 4 0 1 5 88 9999999999 4 11111 0 66 55 33 7777 5 1 4 1 0 1 4 2 2 4 77777 777 5 77777 4 666666666666666666666 11111 55 1 44 0 8 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 1 7777777777777777 22222222222222222222222222222222222 3 3 99999 666 1 77777777 00 999 55 77 0 55 44 88 666 1 666 1 3 55 3 55 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 4 4 4 0 2 3 5 22 4444 111 3 44444 1 6 777 1 777777 00000 77 777 888 5 66 5 8 22 66 11111111111111111 111 6 66666 44444444 111 6 99 3 6 9999999 3 5 44 33 66 5 22222 0000 0 5 4444444 55 44 1 5 5 2222 5 0 444 33
lowQualScore : ...... . . . . . . . . . . .. . .... . . . . .. .......... . ..... . .. .. .. .... . . . . . . . . . . ..... ... . ..... . ..................... ..... .. . .. . . .......................................................................................................................... . . ................ ................................... . . ..... ... . ........ .. ... .. .. . .. .. .. ... . ... . . .. . .. . ............................................................ . . . . . . . . .. .... ... . ..... . . ... . ...... ..... .. ... ... . .. . . .. .. ................. ... . ..... ........ ... . .. . . ....... . . .. .. .. . ..... .... . . ....... .. .. . . . .... . . ... ..
lowQualScore : 333333 7 7 7 7 6 7 4 7 3 0 99 4 4444 4 4 4 6 00 6666666666 4 00000 2 11 88 66 1111 0 0 0 4 5 4 0 0 3 0 77777 333 7 00000 0 888888888888888888888 11111 44 7 33 8 9 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 0 0000000000000000 00000000000000000000000000000000000 6 6 99999 444 4 88888888 00 111 00 44 9 00 88 55 444 6 444 5 6 00 6 00 6 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 0 0 9 8 0 6 0 11 2222 777 2 33333 0 7 777 0 999999 00000 99 444 888 0 99 0 9 22 11 77777777777777777 777 7 77777 22222222 777 7 00 5 7 0000000 2 7 66 88 99 0 55555 6666 1 0 4444444 44 77 4 7 7 1111 7 1 888 33
consensus : CCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-ACTTACAATC-TATATACC-TTGGGGGCTTTGATCGTGGGTCTGAGCGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTGTATTTGGTTGGTTTTTCTTGTCTTGCCGCCAGTTTGTGAGAACTGTTAATA-T-ATCCAG-GACCTTTGTGGAC-GT--AGAC-GTGAATTTCCGACTA---AGACTGACTTGCAGACT-TTANATTCTT-TATTTCTGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTATAGATA-TTTGCAA--TATAAACTTCCCA-TTTGCAC-----ATTTACTAAATGA-NTGAAAGAGTGAGTAAATGA-NACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATAT-TA-------C-TA--------GAT-----------T-CTATATNTGNC------GTAAGG-T-AT---------------TTG-ATGA----NTTTG-------T-TC-G-A---------G-TGAANAG--C--TTGA------TATTT--T----A-----GTATTA-AA--TA-----T---A-T-T----AC---ATGTA-----A--ATA--GT---G--ATTTG-TACA-T--ACATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-A--TT-CCTA--C-ATGT-CATGC-AG---T------AGA-------T-----------------A--T---T---TGTC-CTAGC-TG-TATNTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTATT---GTTATTTT---AATCTATTAATTACTTTTAT-A---ACTATTNATGGGAG-AA-TGCTATTTTGNT------AATA-----AT--GT-ANTTT---AAGAGT-TA--TCT-CC-TT--AAC--TGAT--T----AATTA--GTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-CAAGTATAGGC-TTTCCGT-TTGTTTAGATTTATGCTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-TATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAATAAATTGN-TCATAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCCT
Reference ( family-2529 ) : CCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-ACTTACAATC-TATATACC-TTGGGGGCTTTGATCGTGGGTCTGAGCGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTGTATTTGGTTGGTTTTTCTTGTCTTGCCGCCAGTTTGTGAGAACTGTTAATA-T-ATCCAG-GACCTTTGTGGAC-GT--AGAC-GTGAATTTCCGACTA---AGACTGACTTGCAGACT-TTANATTCTT-TATTTCTGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTATAGATA-TTTGCAA--TATAAACTTCCCA-TTTGCAC-----ATTTACTAAATGA-NTGAAAGAGTGAGTAAATGA-NACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATAT-TA-------C-TA--------GAT-----------T-CTATATNTGNC------GTAAGG-T-AT---------------TTG-ATGA----NTTTG-------T-TC-G-A---------G-TGAANAG--C--TTGA------TATTT--T----A-----GTATTA-AA--TA-----T---A-T-T----AC---ATGTA-----A--ATA--GT---G--ATTTG-TACA-T--ACATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-A--TT-CCTA--C-ATGT-CATGC-AG---T------AGA-------T-----------------A--T---T---TGTC-CTAGC-TG-TATNTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTATT---GTTATTTT---AATCTATTAATTACTTTTAT-A---ACTATTNATGGGAG-AA-TGCTATTTTGNT------AATA-----AT--GT-ANTTT---AAGAGT-TA--TCT-CC-TT--AAC--TGAT--T----AATTA--GTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-CAAGTATAGGC-TTTCCGT-TTGTTTAGATTTATGCTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-TATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAATAAATTGN-TCATAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCCT
gi|1 : CCTTTA------TTCA-CATC-ACTACACA-GGTAC-ACTTACAATC-TATATACC-TTGAGGGCTTTGATCATGGGTCTGAGAGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGGTTTTTATTGGTCAG-TTTTTG-TCAAGTTCTATTTGGTTGGTTTTTCTTGTCTTGCCGCCAGTTTGTGAGAACTGTTAATA-TAATCCAG-GACCTTGAAGAGT-TT--AGAC-CTGCATTTTC-ACTATTTTGACTG------AGACT-TTGAATTCTT-CATTTCTGGTAAGTTACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-CTA---GTCTATTTAAAAGTCTATCCTTTAGATA-TTTGCAA--TATAAACGTCCCA-TTTGCAC-----ATTTACTAAATGA-TTGAAAGAGTGAGT-AATGA-GACTTATTGGTTATAGAAATCAGT----T-TA-------CTTA--------GAT-----------T-TTATATTTGTC------AAAAAG-T-AT---------------TTG-ATGA----CTTTG-------T-TCAA-A---------A-TGAGCAA--C--TTGA------TATTT--T----A-----GTATTA-AA--TA-----T---A-T-T----AC---ATGTA-----G--ATA--GT---G--ATTT--TACA-T--ACATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-A--AT-CCTA--C-ATGTCCATGC-AG---T------AGA-------T-----------------A--T---T---TGTC-CTAGC-TG-TATATTCTGAGGGAAGCT--TTTCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTATT----TTATTTT---ATTCTATTAATTACTTTTAT-A---ACTATTAATGGGAG-AA-TGCTATTTTGCT------AATA-----AT--GT-AATTT---AAGAGT-TG--TCT-CC-TT--AAC--TGAT--T----AATTACCGTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TT-GTA-CAAGTATAGGC-TTTCCAT-TTGTTTAGATTTATGTTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTA-CTT--C--T-TATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------T-AATAAATTGT-TCTTA-ACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCTT
gi|10 : GGAAGCCTCTTCCCATAGAGTGG-TA-ATTATATCTG-ATTTAAGTTTTTTTGATAATGTATT------TTTTAT-G---ACTATTTCTGGGAG-AA-----AATCTGTG------AATATCAGAATTTGTCACTTT---AAGAGT-TA--TCTCCC-TT--AATTGTGAT--TTTGAGATGA--GTAAATACATTATCTTGATGGAAATTACATTCATAGGATCATATAAGTTATATTGTAAATTATTATTAATTA-ATGC-ATTCTGT--------GA--TAT-CT-TATTGTTATTTTCATGTATTTCAGGGCTG--------TACTTAT--------TATGTA-----CTA-------CTCCA-TCACT-GTC--------GATTAAATTAA-TC-----CCTGAAC-CCAAACAACAGTTA----TC-GTC-TTTCTTGACT---ACAAAAACC
gi|11 : gtacatatgt---AAAAAT-TA--CAT-C--TT--AAC--TGAT--T----AATTA-----AACG---TATCTTGATG-AAATCA-----GTAAG-TGA--------ATATCGT---TTAGTA-CA-GTATAGGC-TTTCCAT-T-GTT-AGATTTATGTTATATTTGTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-CATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAATAAATTGT-TCATAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT--GAGGAAAACCCCTt
gi|12 : cTA-GA--TA-----T---A-TAT----AT---ATGTATAATGA--ACA--ATTGAG--ATGAG-TACA-TTTAGAGGAT-CTATTGTATACAAAT---TACTGAGTCCA--TTATCCA--C-A-GC-CACAT-AGA--T------AGA-------T-----------------A--TACGC---TGT-----GCATG-TATAT------GGAAGCCTCTTTCCATAGAATGG-TACATT---------------TTATGAT---AATGTATTA-------TTAT-G---ACTATTCGTGGGAG-AA-----AATTTGTTCGTATCAGTAC----AT--GTAATTTT---AAGAGT-TG--TTT-CC-CT-------TGATAGT----AATTgttac
gi|13 : C-TT--AAC--TGAT-------AATTA-----AACG---TATCTTGATG-AAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-CA-GTATAGGC-TTTCCAT-T-GTT-AGATTTATGTTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-CATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAAT-AATTGT-TCATAGACCTGAACACC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCCTtt
gi|14 : T-TA-------CGTA--------GAT-----------T-TTATATTTGTC------A-AAAG-T-AT---------------TTG-ATGA----CTTTG-------T-TC-G-A---------AATGAGCAA--C--TTCA------TATTT--T----A-----GTAT---AA--T------T---A-T-T----AC---ATGTA-----A--ATA--GT---G--ATTTT-TACA-T--ACATGGTACT-TTAT---TGAAT---TGTAGAGCA-A--TT-CCTA--C-ATGTGCAAG--AGATCT------AGA-------T-----------------T--A---T---TGTC-CTAGC-TG-TATTTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTTATA-CAgttac
gi|15 : agtCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-GCTTACAATT-TCTATAT--TTGGGCGCTTTGACCATGGGTCTGAGTAAGGTAATTATGTAT--GAAGGTTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTATATTTGGTTGATTTTTCTTGTTTTG
gi|17 : atacacgtttagatcttagatccattCAG-AAACCTTGTGGACAGT--AAACCACG--TTTCTGACAA---GAACTGACCGTCAGACTGTTGAATCCTT-CATTTCTGGTAA----CTTATTTA-TACTAATGTCCT-TTGCTAGCTA---GTC-ATATCAAAATATATACATTAGATATTTTGCAA--TATAAGC
gi|18 : TTCCC-TTTTTCTGGTAAGTAATTCATT----AATAATTATCT-TTATTG-GTAAATGTCAGTTAATAGGTCCAGTCTATATATA-TT----------AGA--TCCCT-TTTGCACTTAATATATATTAAATGAGATGAAGG
gi|19 : gacgg-TG-TATGT------GGAAGCCTCTTCCCATAAAATGA-TActagatata
gi|2 : gagataagatttttagagaatctattgtatgtaaattacagaatctgtgcacatatccaTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTATAGTTGGTTGATTTTTCTTGTTTTGaatataagattttatcacatgattact
gi|2 : ACTTATTGATTCAAGAAATCAGTAACATGTA---------TA--------CAT-----------T-C---ATGTGAT------GTAAGG-TGAT---------------GTATATCA----GTTTA-------TGTC-G-ATTTATATCTG-TCAAAGGTAT--TTGA------TATTT--T----A-----GTA-TA-AA--T------T---A-T-T----AC---AGGTA-----A--ATATTGT---G--ATTT--TACA-T--ACAAAGTACT----T---TAAAT---NATA---TA-AGCTT-CCCA--T-Aagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtatatattcatgtgatgtaaggtgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagtaataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|2 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgACTTATTGATTCGAGAAATCAGTAACATGTA---------TA--------TAT-----------T-C---ATGTGAT------GTAAGG-T-ctgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtatatattcatgtgatgtaaggtgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagtaataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|2 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgA--TA-----T---A-T-T-----C---ATGTG-----AT-GTAAGGT---G--AT--A-TATA-T---CAGATTACN-NNNT------------ATAGAGTA-A--TT-CCTA--G-ATGT----GC-AG---T------AGA-------T-----------------A--G---T----GTC-CTAGC-TG-TATTTTCTTAGGGAAGATTTTTCCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTAgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagtaataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|2 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtT------AATA-----AA--GT-ATTTTTTAAAAAGC-TA--CCT-CCCTT--CGC--TGA---------------GTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----AGGAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-C-TGTATAGGC-TTT--GA-TTG-TTAGATTTATGCTATATTGTTG--ATATTATATTTCAGGGCTATTATAATTTCCTTA--TT--CAAT-T-TA-----CTATAACG-GTTCTA-ACACTGGTC-------CGAGTAAATTGA-T--TAGACCTGANN-NN-NNNNNNNNNCT----TTGATTGTataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|20 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtatatattcatgtgatgtaaggtgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagTTTC--C--T-TATA-----CTA----ATGTTCCA-TCACTGGAT-------TGAATAAATTGC-TTATAAATCTGAAC-GC-TTTAAGTGTTT----TT-CTTATTC----ACT-GGAGGAAAA
gi|21 : gAATTCCCT-TTGCTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTACAGATA-TTTGCAA--TATAAACTTCCCA-TGTGCAC-----ATTTACTAAATGA-TTGAAAGAGTGAagtctgttgcaa
gi|23 : TGGTC-------TGAATAAATTGGCTTATAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTATATGCTT-A-TATTTC---ACTGGGAGGAAAACCCCT
gi|24 : AGTTCTATTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGTCGCCAGGTT-TGAGAACAGTTAATA-CAATCCAG-GACC-TTGTAGAgtt
gi|25 : TTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTTTCC--T-TATA-----CTA----GTGTTCCATTCACTGGTC-------TGAATAAA-TGC-TTATAgttta
gi|27 : TTCTT-GATTTCTGGCAAGTAACACATTTA-TACTAATTCC
gi|3 : CCTTTAAAACATTTTAACACT-A--ACACTAGGTACCACTCACAATCCTAT-TACCATTAGGGG-TTTGATCGTGTGT-TGTGTGTG-TCATCT-GTATTTGATGGTTTT--ATTGGT------TTTA-TCACGT-GTCTTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGC-GCCAGTT-GTAAGAACT----------ATCCAG-GACCTTTGTGGAC-AT--A-AC-GTGAATGTCCAACTA---AGACTGACTTGCAGATT-TTACATTCTT-TATTTTTGGTAAGTGACATATTTATTACTAATTTCCTATAGGTA-TTT---G-CAA---AATAACCT-TCC------TA-TTTG-----------------------CAC-----ATTCACTAAATAA-ATG-AAGAGTGAGTAAATAACCACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATAT-T--------T-TA----------------------T-C-ATATATGCCTATACTATAAGG-C-AT-------------------ATAA----ATCAG-------T-T----A---------G-TGTATAG--C--TT-A------TATTT-------------GT-TCA-AAATTA-----TTTGA-T-A----ACTTTAT-TC-----A--ATC--GTTGGA--ACTTGATATATT--ACATTG-ATT-CTGC---TTAAT---T-TAGAATA-A--TT-CTTA--C-AT----ATGCAAG---T------AGA-------TCTAGAGATCTAGAGATAA--T---TTA-TATC-CTAGC-TG-TATTTTCTGAGGGAAGCTTCTT-CAATAAAAAGG-TACGTTAGA-CAGTACT---GGTATTTC---AATCTATCAATTACTTTTAT-A---ACTATTTATGGAGA-AA-TACTATTTTGATA-----AATA-----AT--AT--GTCG---AAAATTCTATTTCT-CC-TTTCAAC--TGAT--T----Atat
gi|4 : taccctccatcataaatgttaatagtgctaagttgattagtggctatgtttttatactcgtacttcacttattttattccttagatccacCCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-ACTTACAATC-TTTATACC-TTGGGGGCTTTGATCATGGGTCTGAGCGTGTTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTCATTGGTCAA-TTTTTG-TCCAGTTGTATTTGGTTGGTTTT-CTTGTTTTACCGCCAATTT-TGAGAACTATTAATA-TTATCCAGAGACCTTTGTGGAC-ATG-AGAC-ATGATGTTCAGACTA----GACTGACTTGCAGACT-GTAGAT-CTT-TGTTTTTGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGTTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTATAAATA-TCTGCAG--TATAAACTTTCCA-TTTGCAC-----TTTTACTAAATGA-TAGAAAGAGTGAATAAATGA-GACTTATTGATTGTAGAAATTAGTAATAT-TATGTATTCC-TATAATGGGTGATATATATCAGATT-TTATATTTGTC------G-AAAG-T-AT---------------TTG-ATGA----CTTTG-------T-TC-GTA---------A-TGAAAAT--CTTTTAAATACTGTATTC--T----A-----ATAT---AA--TT-----T---A-T-T----CC---ATGTA-----A--ATA--GT---G--ATTT--TACA-T--ACATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-A--TA-CCTA--C-ATG----TGC-AA---G------AGATC-----T-----------------AGCT---TAG-TGTC-TTAGT-TG-TATATTCCGAGGGAAGCTTCTTCCCGTAGAAGGG-TACG
gi|5 : atcttccaataccaatattataaagttatgtttgtgtaatagtgctatgtttgatattatattgatacatacacatcaattgtttagatcttagatccaccCCTTTAC-----TTTA-CACCCACTACACAAGGTAC-ACTTACAATT-TCTATACC-TTGGGG-CTTTGATCATGGGTCTGAGCGTGTTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTCATT-GTCAATTTTTTG-TCCAGTTGTATTTGGTTGG-TTTTCTTGTTTTACCGCCAATTTGAGA-AACTATTAATATT-ATCAGA-GACCTTTGTGGAC-ATGAGGAC-ATGTGTTTCAGACTA-----ACTGACTTGCAGACT-GTAGA-TCTT-TGTTT-TGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAAT---CC-TTGTTA-CTA----TCAATTTAAAAGT-TATCCTATAAATA-TCTGCCAGTTATAAACTTGCCATTTTGCAC-----TTTTACTAAATGA-TAGAAAGAGTGAATAAATGA-GACTTATTGATTGTAGAAATTAGTAATAT-TA-------T-T---------GAT-----------TCCTATA-ATGGCG-----GTGATA-T-ATACTCAGATTTATATGTTG-TCGAAAATATTTGATGCTTTT-TC-GTA---------A-TGAAAA--------AA------TCTTT--T----AAAACTGTATTCTAA--TAAATTTT---A-T-T----CC---ATGTA-----ACGATA--GT---G--ATTT--TACA-T--ACAT-TTACT----T---TAAATTAGTATAGAGT--A--TA-CCTA--CAATG----TGC-AA---G------AGATCTAGCTT-----------------A--T---G---TGTC-TTAGT-TGTTAT-TTCCGAGGGAAGCTTCTTCCCGTAGAAGGGTTACGTT
gi|6 : tgtttatttatatatgtaacatacacatcaattgttagatcttagatccaccCCTTTAAACA--TTTA-AAC--ACTACACTAGGTAC-ACTCACAATC-TATATACC-ATAGGGGTTTTGATCGTGTGTCTGGGTGTGGTCATCT-GTAT--GATGGTTTTT-ATTGGT------TTTA-TCACGTTGTCTTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGCCGCCAGTT-GTAAGAACT----------ATCCAG-GACCTTTGTGGACAGT--AGAC-GTGAATGTCCAACTA---AGACTGACTTGCAGATT-TTACATTCTT-TATTTTTGGTAAGTGACATATTTA-TACTAATTTCCTATAGGTA-TTT---G-CAA---AATAACCT-TCC------TA-TTTG-----------------------CAC-----ATTCACTAAATAA-ATGAAAGAGTGAGTAAATAA-CACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATAT-T----------TA----------------------T-CTATATATGCCTATACTATAAGGCT-AT-------------------ATAA----ATCAG-------T-T----A---------G-TGTATAG--C--TT-A------TATTTG-TCAAAA-----TTATTT-GA--TA---------A-C-T----TT---AT-TC-----A--ATC--GT---GGAACTTGATATATT--ACATTTGATT-CTGC---TTAAT---TTTAGAATA-A--TT-CTTA--C-AT----ATGC-AG---T------AGA-------T-----------------gt
gi|7 : accctccatataaatgtaatagtgctaaggttgattagtggctatgtttttatactcgtacattcacttatttattccttagatccacTTTTATTGGT------TTTA-TCACGTTGTCTTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGC-GCCAGTT-GTAAGAACT----------ATCCAG-GACCTTTGTGGAC-AT--AAGC-GTGAATGTCCAACTA---AGACTGACTTGCAGATT-TTACATTCTT-TATTTTTGGTAAGTGACATATTTA-TACTAATTTCCTATAGGTA-TTT---G-CAA---AATAACCT-TCC------TA-TTTG-----------------------CAC-----ATTCACTAAATAA-ATGAAAGAGTGAGTAAATAACCACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATAT-T--------T-TA----------------------T-CTATATATGCCTATACTATAAGGCT-AT-------------------ATAA----ATCAG-------T-T----A---------G-TGTATAG--C--TT-A------TATTT--T----G-----TCA--A-AA--T------T---A-T-TTGTAAC---TTTTATTC--A--ATC--GTTGGA--ACTTGATATATT--ACATTTGATT-CTGC---TTAAT---TTTAGAATA-A--TT-CTTA--C-AT----ATGC-AG---T------AGA-------TCTAGAGATCTAGAGATAA--T---TTAGTATCGCTAGC-TG-TATTTTCTGAGGGAAGC-TCTT-CAATAAAAGAG-TACGTTAGA-CA-TACT---GGTATTTC---AATCTATCAATTACTTTTATAA---ACTATTTATGGGAGAAA-TACTATTTTGATA-----AATA-----AT--AT--GTCG---AAAATT-TA--TCT-CC-TTTCAAC--TGAT--T----AAct
gi|8 : GA------TATTTATT----G-----GCAC-A-AA--CA-----C---AAT-T----AC---ATGTG-----G--ATA--GT---G--ATTT--TACA-T--ACATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-A--AT-CCTATAC-ATGT-C---C-AG---TCAATCTAGA-------------------------A--T---C---CG-C-CTAGC-AG-TATGTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTCAGA-CAGTATT---GTTATTTT---ATTCTATTAATTACTTTTAT-ATTAACTATTAATGGGAG-AAATGCTATTTTGCT------AATG-----AT--GT-AATTT---AAGAGT-TA--TCT-CCCTT--AAC--CGAT--T----AA---------ACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-C-AGTAAAGGCTTTTCCGCATTG-TTAGAGTTATGCTATACTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTTTCC--T-TATACTTATCTA----GTGTTCCA-TCACTGGTCACCGTCTTGAA-AAATTGC-TTATAGACC
gi|9 : CCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-AGTTACAATC-TATATACC-TAGGGGACTTTGATCATGGGTCTGAGTGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGTATTTTATCGGTCAG-TTTTTGGTCAAGTTGTATTTGGTTGGTTTT-CTTGT---------------TGAGAACTGTTAATA-TGATCCAG-AACCTTTGGGGAC-ATC-AGAC-ATGATTTTCGGACTA---AGACTGACTTGTAGACT-TTAGATCTTTATATTTCTGATAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-AGA---GTTAATTTAAAAGTCTACCCAATAAATA-TCTGCAA--TATACATTTCCCA-ATTGCAC-----TTTTACTAAATGA-CTGAAAGAGTGAATTAAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTCTTTTAGGTTGAGTATCATTTTTTATGACTATTTCTGGGATTAAGAGTTGTCTCCCTTGATTGTGATTTTGAGATATTACATCCATAGGATCATTTAAGTTATATTGTAAATATTAATGCATTCTGTGATATCATATTGCTATTTTCATGTATTTCAGGGCTTTAC
Unaligned ( gi|22 ): TTATCCTTATTGGTAAATGTCAATTAATATGTCCAGTCTAAATATTTGCAAGTTTAATTAGATTCTTTTTTGCACTTCATA
Unaligned ( gi|26 ): TAGGATCAAATAAGTTATATTGTAAATTATTGTTAATAAATGCATTCTGTGATACCTTATT
Alignments
lowQualScore : 333333 1111 2 11 3333333333 22222 1111 1 11111 333333333333333333333 11111 11 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111111 33333333333333333333333333333333333 11111111 11 111 22 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 111 11111 111 222222 22222 111 11 33333333333333333 111 11111 22222222 111 11 2222222 11 11111 1111 1111111 1111 111 11
lowQualScore : 444444 5 5 5 5 1 5 1 2 4 5 77 2 2222 4 0 1 5 88 9999999999 4 11111 0 66 55 33 7777 5 1 4 1 0 1 4 2 2 4 77777 777 5 77777 4 666666666666666666666 11111 55 1 44 0 8 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 1 7777777777777777 22222222222222222222222222222222222 3 3 99999 666 1 77777777 00 999 55 77 0 55 44 88 666 1 666 1 3 55 3 55 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 4 4 4 0 2 3 5 22 4444 111 3 44444 1 6 777 1 777777 00000 77 777 888 5 66 5 8 22 66 11111111111111111 111 6 66666 44444444 111 6 99 3 6 9999999 3 5 44 33 66 5 22222 0000 0 5 4444444 55 44 1 5 5 2222 5 0 444 33
lowQualScore : ...... . . . . . . . . . . .. . .... . . . . .. .......... . ..... . .. .. .. .... . . . . . . . . . . ..... ... . ..... . ..................... ..... .. . .. . . .......................................................................................................................... . . ................ ................................... . . ..... ... . ........ .. ... .. .. . .. .. .. ... . ... . . .. . .. . ............................................................ . . . . . . . . .. .... ... . ..... . . ... . ...... ..... .. ... ... . .. . . .. .. ................. ... . ..... ........ ... . .. . . ....... . . .. .. .. . ..... .... . . ....... .. .. . . . .... . . ... ..
lowQualScore : 333333 7 7 7 7 6 7 4 7 3 0 99 4 4444 4 4 4 6 00 6666666666 4 00000 2 11 88 66 1111 0 0 0 4 5 4 0 0 3 0 77777 333 7 00000 0 888888888888888888888 11111 44 7 33 8 9 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 0 0000000000000000 00000000000000000000000000000000000 6 6 99999 444 4 88888888 00 111 00 44 9 00 88 55 444 6 444 5 6 00 6 00 6 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 0 0 9 8 0 6 0 11 2222 777 2 33333 0 7 777 0 999999 00000 99 444 888 0 99 0 9 22 11 77777777777777777 777 7 77777 22222222 777 7 00 5 7 0000000 2 7 66 88 99 0 55555 6666 1 0 4444444 44 77 4 7 7 1111 7 1 888 33
consensus : CCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-ACTTACAATC-TATATACC-TTGGGGGCTTTGATCGTGGGTCTGAGCGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTGTATTTGGTTGGTTTTTCTTGTCTTGCCGCCAGTTTGTGAGAACTGTTAATA-T-ATCCAG-GACCTTTGTGGAC-GT--AGAC-GTGAATTTCCGACTA---AGACTGACTTGCAGACT-TTANATTCTT-TATTTCTGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTATAGATA-TTTGCAA--TATAAACTTCCCA-TTTGCAC-----ATTTACTAAATGA-NTGAAAGAGTGAGTAAATGA-NACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATAT-TA-------C-TA--------GAT-----------T-CTATATNTGNC------GTAAGG-T-AT---------------TTG-ATGA----NTTTG-------T-TC-G-A---------G-TGAANAG--C--TTGA------TATTT--T----A-----GTATTA-AA--TA-----T---A-T-T----AC---ATGTA-----A--ATA--GT---G--ATTTG-TACA-T--ACATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-A--TT-CCTA--C-ATGT-CATGC-AG---T------AGA-------T-----------------A--T---T---TGTC-CTAGC-TG-TATNTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTATT---GTTATTTT---AATCTATTAATTACTTTTAT-A---ACTATTNATGGGAG-AA-TGCTATTTTGNT------AATA-----AT--GT-ANTTT---AAGAGT-TA--TCT-CC-TT--AAC--TGAT--T----AATTA--GTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-CAAGTATAGGC-TTTCCGT-TTGTTTAGATTTATGCTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-TATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAATAAATTGN-TCATAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCCT
Reference ( family-2529 ) : CCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-ACTTACAATC-TATATACC-TTGGGGGCTTTGATCGTGGGTCTGAGCGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTGTATTTGGTTGGTTTTTCTTGTCTTGCCGCCAGTTTGTGAGAACTGTTAATA-T-ATCCAG-GACCTTTGTGGAC-GT--AGAC-GTGAATTTCCGACTA---AGACTGACTTGCAGACT-TTANATTCTT-TATTTCTGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTATAGATA-TTTGCAA--TATAAACTTCCCA-TTTGCAC-----ATTTACTAAATGA-NTGAAAGAGTGAGTAAATGA-NACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATAT-TA-------C-TA--------GAT-----------T-CTATATNTGNC------GTAAGG-T-AT---------------TTG-ATGA----NTTTG-------T-TC-G-A---------G-TGAANAG--C--TTGA------TATTT--T----A-----GTATTA-AA--TA-----T---A-T-T----AC---ATGTA-----A--ATA--GT---G--ATTTG-TACA-T--ACATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-A--TT-CCTA--C-ATGT-CATGC-AG---T------AGA-------T-----------------A--T---T---TGTC-CTAGC-TG-TATNTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTATT---GTTATTTT---AATCTATTAATTACTTTTAT-A---ACTATTNATGGGAG-AA-TGCTATTTTGNT------AATA-----AT--GT-ANTTT---AAGAGT-TA--TCT-CC-TT--AAC--TGAT--T----AATTA--GTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-CAAGTATAGGC-TTTCCGT-TTGTTTAGATTTATGCTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-TATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAATAAATTGN-TCATAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCCT
gi|1 : CCTTTA------TTCA-CATC-ACTACACA-GGTAC-ACTTACAATC-TATATACC-TTGAGGGCTTTGATCATGGGTCTGAGAGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGGTTTTTATTGGTCAG-TTTTTG-TCAAGTTCTATTTGGTTGGTTTTTCTTGTCTTGCCGCCAGTTTGTGAGAACTGTTAATA-TAATCCAG-GACCTTGAAGAGT-TT--AGAC-CTGCATTTTC-ACTATTTTGACTG------AGACT-TTGAATTCTT-CATTTCTGGTAAGTTACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-CTA---GTCTATTTAAAAGTCTATCCTTTAGATA-TTTGCAA--TATAAACGTCCCA-TTTGCAC-----ATTTACTAAATGA-TTGAAAGAGTGAGT-AATGA-GACTTATTGGTTATAGAAATCAGT----T-TA-------CTTA--------GAT-----------T-TTATATTTGTC------AAAAAG-T-AT---------------TTG-ATGA----CTTTG-------T-TCAA-A---------A-TGAGCAA--C--TTGA------TATTT--T----A-----GTATTA-AA--TA-----T---A-T-T----AC---ATGTA-----G--ATA--GT---G--ATTT--TACA-T--ACATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-A--AT-CCTA--C-ATGTCCATGC-AG---T------AGA-------T-----------------A--T---T---TGTC-CTAGC-TG-TATATTCTGAGGGAAGCT--TTTCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTATT----TTATTTT---ATTCTATTAATTACTTTTAT-A---ACTATTAATGGGAG-AA-TGCTATTTTGCT------AATA-----AT--GT-AATTT---AAGAGT-TG--TCT-CC-TT--AAC--TGAT--T----AATTACCGTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TT-GTA-CAAGTATAGGC-TTTCCAT-TTGTTTAGATTTATGTTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTA-CTT--C--T-TATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------T-AATAAATTGT-TCTTA-ACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCTT
gi|10 : GGAAGCCTCTTCCCATAGAGTGG-TA-ATTATATCTG-ATTTAAGTTTTTTTGATAATGTATT------TTTTAT-G---ACTATTTCTGGGAG-AA-----AATCTGTG------AATATCAGAATTTGTCACTTT---AAGAGT-TA--TCTCCC-TT--AATTGTGAT--TTTGAGATGA--GTAAATACATTATCTTGATGGAAATTACATTCATAGGATCATATAAGTTATATTGTAAATTATTATTAATTA-ATGC-ATTCTGT--------GA--TAT-CT-TATTGTTATTTTCATGTATTTCAGGGCTG--------TACTTAT--------TATGTA-----CTA-------CTCCA-TCACT-GTC--------GATTAAATTAA-TC-----CCTGAAC-CCAAACAACAGTTA----TC-GTC-TTTCTTGACT---ACAAAAACC
gi|11 : gtacatatgt---AAAAAT-TA--CAT-C--TT--AAC--TGAT--T----AATTA-----AACG---TATCTTGATG-AAATCA-----GTAAG-TGA--------ATATCGT---TTAGTA-CA-GTATAGGC-TTTCCAT-T-GTT-AGATTTATGTTATATTTGTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-CATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAATAAATTGT-TCATAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT--GAGGAAAACCCCTt
gi|12 : cTA-GA--TA-----T---A-TAT----AT---ATGTATAATGA--ACA--ATTGAG--ATGAG-TACA-TTTAGAGGAT-CTATTGTATACAAAT---TACTGAGTCCA--TTATCCA--C-A-GC-CACAT-AGA--T------AGA-------T-----------------A--TACGC---TGT-----GCATG-TATAT------GGAAGCCTCTTTCCATAGAATGG-TACATT---------------TTATGAT---AATGTATTA-------TTAT-G---ACTATTCGTGGGAG-AA-----AATTTGTTCGTATCAGTAC----AT--GTAATTTT---AAGAGT-TG--TTT-CC-CT-------TGATAGT----AATTgttac
gi|13 : C-TT--AAC--TGAT-------AATTA-----AACG---TATCTTGATG-AAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-CA-GTATAGGC-TTTCCAT-T-GTT-AGATTTATGTTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-CATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAAT-AATTGT-TCATAGACCTGAACACC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCCTtt
gi|14 : T-TA-------CGTA--------GAT-----------T-TTATATTTGTC------A-AAAG-T-AT---------------TTG-ATGA----CTTTG-------T-TC-G-A---------AATGAGCAA--C--TTCA------TATTT--T----A-----GTAT---AA--T------T---A-T-T----AC---ATGTA-----A--ATA--GT---G--ATTTT-TACA-T--ACATGGTACT-TTAT---TGAAT---TGTAGAGCA-A--TT-CCTA--C-ATGTGCAAG--AGATCT------AGA-------T-----------------T--A---T---TGTC-CTAGC-TG-TATTTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTTATA-CAgttac
gi|15 : agtCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-GCTTACAATT-TCTATAT--TTGGGCGCTTTGACCATGGGTCTGAGTAAGGTAATTATGTAT--GAAGGTTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTATATTTGGTTGATTTTTCTTGTTTTG
gi|17 : atacacgtttagatcttagatccattCAG-AAACCTTGTGGACAGT--AAACCACG--TTTCTGACAA---GAACTGACCGTCAGACTGTTGAATCCTT-CATTTCTGGTAA----CTTATTTA-TACTAATGTCCT-TTGCTAGCTA---GTC-ATATCAAAATATATACATTAGATATTTTGCAA--TATAAGC
gi|18 : TTCCC-TTTTTCTGGTAAGTAATTCATT----AATAATTATCT-TTATTG-GTAAATGTCAGTTAATAGGTCCAGTCTATATATA-TT----------AGA--TCCCT-TTTGCACTTAATATATATTAAATGAGATGAAGG
gi|19 : gacgg-TG-TATGT------GGAAGCCTCTTCCCATAAAATGA-TActagatata
gi|2 : gagataagatttttagagaatctattgtatgtaaattacagaatctgtgcacatatccaTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTATAGTTGGTTGATTTTTCTTGTTTTGaatataagattttatcacatgattact
gi|2 : ACTTATTGATTCAAGAAATCAGTAACATGTA---------TA--------CAT-----------T-C---ATGTGAT------GTAAGG-TGAT---------------GTATATCA----GTTTA-------TGTC-G-ATTTATATCTG-TCAAAGGTAT--TTGA------TATTT--T----A-----GTA-TA-AA--T------T---A-T-T----AC---AGGTA-----A--ATATTGT---G--ATTT--TACA-T--ACAAAGTACT----T---TAAAT---NATA---TA-AGCTT-CCCA--T-Aagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtatatattcatgtgatgtaaggtgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagtaataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|2 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgACTTATTGATTCGAGAAATCAGTAACATGTA---------TA--------TAT-----------T-C---ATGTGAT------GTAAGG-T-ctgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtatatattcatgtgatgtaaggtgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagtaataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|2 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgA--TA-----T---A-T-T-----C---ATGTG-----AT-GTAAGGT---G--AT--A-TATA-T---CAGATTACN-NNNT------------ATAGAGTA-A--TT-CCTA--G-ATGT----GC-AG---T------AGA-------T-----------------A--G---T----GTC-CTAGC-TG-TATTTTCTTAGGGAAGATTTTTCCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTAgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagtaataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|2 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtT------AATA-----AA--GT-ATTTTTTAAAAAGC-TA--CCT-CCCTT--CGC--TGA---------------GTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----AGGAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-C-TGTATAGGC-TTT--GA-TTG-TTAGATTTATGCTATATTGTTG--ATATTATATTTCAGGGCTATTATAATTTCCTTA--TT--CAAT-T-TA-----CTATAACG-GTTCTA-ACACTGGTC-------CGAGTAAATTGA-T--TAGACCTGANN-NN-NNNNNNNNNCT----TTGATTGTataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|20 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtatatattcatgtgatgtaaggtgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagTTTC--C--T-TATA-----CTA----ATGTTCCA-TCACTGGAT-------TGAATAAATTGC-TTATAAATCTGAAC-GC-TTTAAGTGTTT----TT-CTTATTC----ACT-GGAGGAAAA
gi|21 : gAATTCCCT-TTGCTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTACAGATA-TTTGCAA--TATAAACTTCCCA-TGTGCAC-----ATTTACTAAATGA-TTGAAAGAGTGAagtctgttgcaa
gi|23 : TGGTC-------TGAATAAATTGGCTTATAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTATATGCTT-A-TATTTC---ACTGGGAGGAAAACCCCT
gi|24 : AGTTCTATTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGTCGCCAGGTT-TGAGAACAGTTAATA-CAATCCAG-GACC-TTGTAGAgtt
gi|25 : TTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTTTCC--T-TATA-----CTA----GTGTTCCATTCACTGGTC-------TGAATAAA-TGC-TTATAgttta
gi|27 : TTCTT-GATTTCTGGCAAGTAACACATTTA-TACTAATTCC
gi|3 : CCTTTAAAACATTTTAACACT-A--ACACTAGGTACCACTCACAATCCTAT-TACCATTAGGGG-TTTGATCGTGTGT-TGTGTGTG-TCATCT-GTATTTGATGGTTTT--ATTGGT------TTTA-TCACGT-GTCTTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGC-GCCAGTT-GTAAGAACT----------ATCCAG-GACCTTTGTGGAC-AT--A-AC-GTGAATGTCCAACTA---AGACTGACTTGCAGATT-TTACATTCTT-TATTTTTGGTAAGTGACATATTTATTACTAATTTCCTATAGGTA-TTT---G-CAA---AATAACCT-TCC------TA-TTTG-----------------------CAC-----ATTCACTAAATAA-ATG-AAGAGTGAGTAAATAACCACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATAT-T--------T-TA----------------------T-C-ATATATGCCTATACTATAAGG-C-AT-------------------ATAA----ATCAG-------T-T----A---------G-TGTATAG--C--TT-A------TATTT-------------GT-TCA-AAATTA-----TTTGA-T-A----ACTTTAT-TC-----A--ATC--GTTGGA--ACTTGATATATT--ACATTG-ATT-CTGC---TTAAT---T-TAGAATA-A--TT-CTTA--C-AT----ATGCAAG---T------AGA-------TCTAGAGATCTAGAGATAA--T---TTA-TATC-CTAGC-TG-TATTTTCTGAGGGAAGCTTCTT-CAATAAAAAGG-TACGTTAGA-CAGTACT---GGTATTTC---AATCTATCAATTACTTTTAT-A---ACTATTTATGGAGA-AA-TACTATTTTGATA-----AATA-----AT--AT--GTCG---AAAATTCTATTTCT-CC-TTTCAAC--TGAT--T----Atat
gi|4 : taccctccatcataaatgttaatagtgctaagttgattagtggctatgtttttatactcgtacttcacttattttattccttagatccacCCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-ACTTACAATC-TTTATACC-TTGGGGGCTTTGATCATGGGTCTGAGCGTGTTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTCATTGGTCAA-TTTTTG-TCCAGTTGTATTTGGTTGGTTTT-CTTGTTTTACCGCCAATTT-TGAGAACTATTAATA-TTATCCAGAGACCTTTGTGGAC-ATG-AGAC-ATGATGTTCAGACTA----GACTGACTTGCAGACT-GTAGAT-CTT-TGTTTTTGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGTTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTATAAATA-TCTGCAG--TATAAACTTTCCA-TTTGCAC-----TTTTACTAAATGA-TAGAAAGAGTGAATAAATGA-GACTTATTGATTGTAGAAATTAGTAATAT-TATGTATTCC-TATAATGGGTGATATATATCAGATT-TTATATTTGTC------G-AAAG-T-AT---------------TTG-ATGA----CTTTG-------T-TC-GTA---------A-TGAAAAT--CTTTTAAATACTGTATTC--T----A-----ATAT---AA--TT-----T---A-T-T----CC---ATGTA-----A--ATA--GT---G--ATTT--TACA-T--ACATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-A--TA-CCTA--C-ATG----TGC-AA---G------AGATC-----T-----------------AGCT---TAG-TGTC-TTAGT-TG-TATATTCCGAGGGAAGCTTCTTCCCGTAGAAGGG-TACG
gi|5 : atcttccaataccaatattataaagttatgtttgtgtaatagtgctatgtttgatattatattgatacatacacatcaattgtttagatcttagatccaccCCTTTAC-----TTTA-CACCCACTACACAAGGTAC-ACTTACAATT-TCTATACC-TTGGGG-CTTTGATCATGGGTCTGAGCGTGTTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTCATT-GTCAATTTTTTG-TCCAGTTGTATTTGGTTGG-TTTTCTTGTTTTACCGCCAATTTGAGA-AACTATTAATATT-ATCAGA-GACCTTTGTGGAC-ATGAGGAC-ATGTGTTTCAGACTA-----ACTGACTTGCAGACT-GTAGA-TCTT-TGTTT-TGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAAT---CC-TTGTTA-CTA----TCAATTTAAAAGT-TATCCTATAAATA-TCTGCCAGTTATAAACTTGCCATTTTGCAC-----TTTTACTAAATGA-TAGAAAGAGTGAATAAATGA-GACTTATTGATTGTAGAAATTAGTAATAT-TA-------T-T---------GAT-----------TCCTATA-ATGGCG-----GTGATA-T-ATACTCAGATTTATATGTTG-TCGAAAATATTTGATGCTTTT-TC-GTA---------A-TGAAAA--------AA------TCTTT--T----AAAACTGTATTCTAA--TAAATTTT---A-T-T----CC---ATGTA-----ACGATA--GT---G--ATTT--TACA-T--ACAT-TTACT----T---TAAATTAGTATAGAGT--A--TA-CCTA--CAATG----TGC-AA---G------AGATCTAGCTT-----------------A--T---G---TGTC-TTAGT-TGTTAT-TTCCGAGGGAAGCTTCTTCCCGTAGAAGGGTTACGTT
gi|6 : tgtttatttatatatgtaacatacacatcaattgttagatcttagatccaccCCTTTAAACA--TTTA-AAC--ACTACACTAGGTAC-ACTCACAATC-TATATACC-ATAGGGGTTTTGATCGTGTGTCTGGGTGTGGTCATCT-GTAT--GATGGTTTTT-ATTGGT------TTTA-TCACGTTGTCTTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGCCGCCAGTT-GTAAGAACT----------ATCCAG-GACCTTTGTGGACAGT--AGAC-GTGAATGTCCAACTA---AGACTGACTTGCAGATT-TTACATTCTT-TATTTTTGGTAAGTGACATATTTA-TACTAATTTCCTATAGGTA-TTT---G-CAA---AATAACCT-TCC------TA-TTTG-----------------------CAC-----ATTCACTAAATAA-ATGAAAGAGTGAGTAAATAA-CACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATAT-T----------TA----------------------T-CTATATATGCCTATACTATAAGGCT-AT-------------------ATAA----ATCAG-------T-T----A---------G-TGTATAG--C--TT-A------TATTTG-TCAAAA-----TTATTT-GA--TA---------A-C-T----TT---AT-TC-----A--ATC--GT---GGAACTTGATATATT--ACATTTGATT-CTGC---TTAAT---TTTAGAATA-A--TT-CTTA--C-AT----ATGC-AG---T------AGA-------T-----------------gt
gi|7 : accctccatataaatgtaatagtgctaaggttgattagtggctatgtttttatactcgtacattcacttatttattccttagatccacTTTTATTGGT------TTTA-TCACGTTGTCTTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGC-GCCAGTT-GTAAGAACT----------ATCCAG-GACCTTTGTGGAC-AT--AAGC-GTGAATGTCCAACTA---AGACTGACTTGCAGATT-TTACATTCTT-TATTTTTGGTAAGTGACATATTTA-TACTAATTTCCTATAGGTA-TTT---G-CAA---AATAACCT-TCC------TA-TTTG-----------------------CAC-----ATTCACTAAATAA-ATGAAAGAGTGAGTAAATAACCACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATAT-T--------T-TA----------------------T-CTATATATGCCTATACTATAAGGCT-AT-------------------ATAA----ATCAG-------T-T----A---------G-TGTATAG--C--TT-A------TATTT--T----G-----TCA--A-AA--T------T---A-T-TTGTAAC---TTTTATTC--A--ATC--GTTGGA--ACTTGATATATT--ACATTTGATT-CTGC---TTAAT---TTTAGAATA-A--TT-CTTA--C-AT----ATGC-AG---T------AGA-------TCTAGAGATCTAGAGATAA--T---TTAGTATCGCTAGC-TG-TATTTTCTGAGGGAAGC-TCTT-CAATAAAAGAG-TACGTTAGA-CA-TACT---GGTATTTC---AATCTATCAATTACTTTTATAA---ACTATTTATGGGAGAAA-TACTATTTTGATA-----AATA-----AT--AT--GTCG---AAAATT-TA--TCT-CC-TTTCAAC--TGAT--T----AAct
gi|8 : GA------TATTTATT----G-----GCAC-A-AA--CA-----C---AAT-T----AC---ATGTG-----G--ATA--GT---G--ATTT--TACA-T--ACATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-A--AT-CCTATAC-ATGT-C---C-AG---TCAATCTAGA-------------------------A--T---C---CG-C-CTAGC-AG-TATGTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTCAGA-CAGTATT---GTTATTTT---ATTCTATTAATTACTTTTAT-ATTAACTATTAATGGGAG-AAATGCTATTTTGCT------AATG-----AT--GT-AATTT---AAGAGT-TA--TCT-CCCTT--AAC--CGAT--T----AA---------ACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-C-AGTAAAGGCTTTTCCGCATTG-TTAGAGTTATGCTATACTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTTTCC--T-TATACTTATCTA----GTGTTCCA-TCACTGGTCACCGTCTTGAA-AAATTGC-TTATAGACC
gi|9 : CCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-AGTTACAATC-TATATACC-TAGGGGACTTTGATCATGGGTCTGAGTGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGTATTTTATCGGTCAG-TTTTTGGTCAAGTTGTATTTGGTTGGTTTT-CTTGT---------------TGAGAACTGTTAATA-TGATCCAG-AACCTTTGGGGAC-ATC-AGAC-ATGATTTTCGGACTA---AGACTGACTTGTAGACT-TTAGATCTTTATATTTCTGATAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-AGA---GTTAATTTAAAAGTCTACCCAATAAATA-TCTGCAA--TATACATTTCCCA-ATTGCAC-----TTTTACTAAATGA-CTGAAAGAGTGAATTAAT
blockSeqs : AAACAT A C C C C A A T G T TT T CAAT G T T C TG GTTAATACA A ATGA CA AA TG G G A A C T T A C G AATGT TAT A ATTAG T CCAGTTATAAACTTGCCATTT TTAAT GA A CC G ATTGATTCCTATAATGGCGGTGATATATACTCAGATTTATATGTTGTCGAAAATATTTGATGCTTTTTCGTAA C TCTTTTAAATACTG TAAAACTGTATTCTAATAAATTTT A A TGTAA TTT G TAATGA TT TGA GA GA T TT GA AT ATA A TAG A C GC A TA A ATGCAAGTAGATCTAGAGATCTAGAGATAATTTA G A T A C T T GT TAAG GAT A ATTA T A ATG T CGTATC TCAGA TT CAC TTA C TT C C TC TG TTTGAGATGAGTA CAT G CATTC TATAAGTT AAA T AA T T ATTGTT T A TC TC AA A CTTAT TAAC T ACCGTCT GC CA G A A ATGC G TTG GG
blockSeqs : AACA . . . . A . G T T T . T CAA . T T C T ATTAATATT . AGT G AT CA A . C . C T . A T . GT TTA A TATAT . CAATATAAACTTCCCATG . T A CC G ATGTATTCCTATAATGGGTGATATATATCAGATTTTATATTTGTCGAAAGTATTTGATGACTTTGTTCGTAA A GTATTTGA GTCAAAATTATTTGATA . . A . G TTCA AG TGG . GA T . GG T . G . G . . . . . ATGCAGTAGATCTAGAGATCTAGAGATAATTTAG . . . T T . . GT G . A AA C . TA T A C . AAT . . . . C TC . TAATTA . G . . . . A T . TTGTT T . TC TC . . . . . . A CA G . . . . A G
blockSeqs : C . . . . T . A C T T . C CAA . T C C G ATTAATATT . ATG A TG AG A . G . C A . A C . GT TTT A TACAG . CAGTATAAACTTTCCATT . A A G . ATACATTCATGTGATGTAAGGTGATGTATATCAGTTTATGTCGATTTATATCTG T ACTTCA GTTCAAAATTATTTG . . A . G ACG . TGG . GA T . AG N . A . A . . . . . GCCACATAGATAGATATACGC . . . G C . . GT G . A G T . TA A A . . AT . . . . . . . AATTA . G . . . . A T . TGTT T . TT . . . . . . . T TA G . . . . A G
blockSeqs : . . . . . C . A C G T . C CAA . . C C T GTTAATATG . AGT A AA AG A . G . T A . . G . GT TTT A TATAA . CAATATACATTTCCCAAT . T A G . ACGTAGATTTTATATTTGTCAAAAGTATTTGATGACTTTGTTCGAAA A GCTTA ATTGGCACAAACAC . . A . G AT . . . G . . AT C . T . A . . . . . GTGCAAGAGATCTAGCTTATG . . . T C . . G G . . G T . . A . . . AA . . . . . . . GTA . . . . . . T A . TGTT G . TC . . . . . . . T TA A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . G T G . . T CAG . . T . G . . ATC G AA CA A . C . T T . . T . GT TTT A TATAA . AGATCCCTTT . T A C . TTATCTATATATGCCTATACTATAAGGCTATATAAATCAGTTAG A GCTTA TAGTATAAATT . . A . G A . . . T . . TG T . A . A . . . . . GTGCAAGAGATCTAGATTAT . . . T C . . T . . . A A . . C . . . G . . . . . . . TAA . . . . . . A . . . . . TC . . . . . . . A TA G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . A T . . . T . . . T . G . . AT G AT CA . . C . T T . . T . G TTT A AATAA . . . A T . TATCTATATATGCCTATACTATAAGGCTATATAAATCAGTTAG T GCTTA TAATATAATTT . . C . G A . . . A . . GG C . A . A . . . . . GTGCAAGAGATCTAGCTTAG . . . A C . . . . . . G . . . . . . . . T . . . . . . . C TA G . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . AT A . GG . . G . T A . . G . T . . . . . . A . TTATCATATATGCCTATACTATAAGGCATATAAATCAGTTAG T AA TAGTATAATT . . C . T A . . . . . . TT C . T . T . . . . . GTCCAGTCAATCTAGAATC . . . T C . . . . . . . . . . . . . . . . . C C .
blockSeqs : . . . . C . . C A . . G . G . . . . . . C . TGTCAAAATT . . T . G A . . . . . . TT T . T . T . . . . . GTGCAGTAGATAGT . . . G C . . . . . C .
blockSeqs : . . . . T . . C . G . . . . . . A . . A . . . . . . GG . . A . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : G* ANT** CG A*** CATATAATTCCCATT****** GCTTA*********** TAGTANAAATT************************ G*** TG* GA* TAATTA*********** A* TGTT*** TC
originalCons : CCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-ACTTACAATC-TATATACC-TTGGGGGCTTTGATCGTGGGTCTGAGCGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTGTATTTGGTTGGTTTTTCTTGTCTTGCCGCCAGTTTGTGAGAACTGTTAATA-T-ATCCAG-GACCTTTGTGGAC-GT--AGAC-GTGAATTTCCGACTA---AGACTGACTTGCAGACT-TTANATTCTT-TATTTCTGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTATAGATA-TTTGCAA--TATAAACTTCCCA-TTTGCAC-----ATTTACTAAATGA-NTGAAAGAGTGAGTAAATGA-NACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATAT-TA-------C-TA--------GAT-----------T-CTATATNTGNC------GTAAGG-T-AT---------------TTG-ATGA----NTTTG-------T-TC-G-A---------G-TGAANAG--C--TTGA------TATTT--T----A-----GTATTA-AA--TA-----T---A-T-T----AC---ATGTA-----A--ATA--GT---G--ATTTG-TACA-T--ACATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-A--TT-CCTA--C-ATGT-CATGC-AG---T------AGA-------T-----------------A--T---T---TGTC-CTAGC-TG-TATNTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTATT---GTTATTTT---AATCTATTAATTACTTTTAT-A---ACTATTNATGGGAG-AA-TGCTATTTTGNT------AATA-----AT--GT-ANTTT---AAGAGT-TA--TCT-CC-TT--AAC--TGAT--T----AATTA--GTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-CAAGTATAGGC-TTTCCGT-TTGTTTAGATTTATGCTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-TATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAATAAATTGN-TCATAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCCT
finalCons : CCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-ACTTACAATC-TATATACC-TTGGGGGCTTTGATCGTGGGTCTGAGCGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTGTATTTGGTTGGTTTTTCTTGTCTTGCCGCCAGTTG-TGAGAACTGTTAATA-T-ATCCAG-GACCTTTGTGGACANT--AGAC-GTGAATTTCCGACTAA---GACTGACTTGCAGACT-TTANATTCTT-TATTTCTGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTATAGATA-TTTGCATATAATTCCCATT------TGCAC-----ATTTACTAAATGA-NTGAAAGAGTGAGTAAATGA-NACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATAT-TA-------C-TA--------GAT-----------T-CTATATNTGNC------GTAAGG-T-AT---------------TTG-ATGA----NTTTG-------T-TC-G-A---------G-TGAANAGCTTA-----------TATTTTAGTANAAATT------------------------A-T-T----AC---ATGTA-----A--ATA--GT---G--ATTTG-TACA-T--ACATGGTACT-TTGT---TAAAT---TATAGAGTA-A--TT-CCTA--C-ATGT-CATGC-AG---T------AGA-------T-----------------A--T---T---TGTC-CTAGC-TG-TATNTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTATTG---TTATTTT---AATCTATTAATTACTTTTAT-A---ACTATTNATGGGAG-AATG-CTATTTTGNT------AATA-----AT--GTGA-TTT---AAGAGT-TA--TCT-CC-TT--AAC--TGATTAATTA-----------AACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTA-CA-GTATAGGC-TTTCCGTTGTT---AGATTTATGCTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-TATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAATAAATTGN-TCATAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCCT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTCTTTTAGGTTGAGTATCATTTTTTATGACTATTTCTGGGATTAAGAGTTGTCTCCCTTGATTGTGATTTTGAGATATTACATCCATAGGATCATTTAAGTTATATTGTAAATATTAATGCATTCTGTGATATCATATTGCTATTTTCATGTATTTCAGGGCTTTAC
Unaligned ( gi|22 ): TTATCCTTATTGGTAAATGTCAATTAATATGTCCAGTCTAAATATTTGCAAGTTTAATTAGATTCTTTTTTGCACTTCATA
Unaligned ( gi|26 ): TAGGATCAAATAAGTTATATTGTAAATTATTGTTAATAAATGCATTCTGTGATACCTTATT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333 1111 1 3333333333 1 1111 1 88888888888888888888888888888888 11111 11 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 1111 11 222222 11111 111 22 1 1111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 111 111 1 11 222222 11111111 222 1111 1 11 1111111 22222 111 11111 22222222 111 11 22 11 11111 1111 1111111 1111 111 11
lowQualScore : 444444 5 5 5 5 1 5 1 2 4 5 77 2 2222 4 0 5 1 5 5 5 5 9999999999 4 3 0 55 66 55 33 1111 5 1 0 4 1 0 1 4 2 2 4 77777 777 5 44444444444444444444444444444444 11111 55 1 44 0 8 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 4 55 1 4 55 9999 4 11 333333 55555 444 55 0 99 2 4 0 7 8888888 1 3 55 3 55 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 4 4 4 0 2 3 5 22 4444 111 3 111 6 1 3 11 1 777777 88888888 444 0000 5 66 0 4 22 66 4444444 44444 111 6 66666 44444444 111 55 3 6 22 6 3 5 44 33 66 5 22222 0000 0 5 4444444 55 44 1 5 5 2222 5 0 444 33
lowQualScore : ...... . . . . . . . . . . .. . .... . . . . . . . . .......... . . . .. .. .. .. .... . . . . . . . . . . . ..... ... . ................................ ..... .. . .. . . ......................................................................................................................................................... .... . .. . . .. .... . .. ...... ..... ... .. . .. . . . . ....... . . .. . .. . ............................................................ . . . . . . . . .. .... ... . ... . . . .. . ...... ........ ... .... . .. . . .. .. ....... ..... ... . ..... ........ ... .. . . .. . . . .. .. .. . ..... .... . . ....... .. .. . . . .... . . ... ..
lowQualScore : 333333 7 7 7 7 6 7 4 7 3 0 99 4 4444 4 8 5 4 6 0 6 0 6666666666 4 6 8 22 11 88 66 0000 0 0 8 0 4 5 4 0 0 3 0 77777 333 7 22222222222222222222222222222222 11111 44 7 33 8 9 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4444 4 00 1 0 55 5555 0 00 111111 55555 000 55 4 55 0 1 7 9 2222222 5 6 00 6 00 6 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 0 0 9 8 0 6 0 11 2222 777 2 777 7 0 3 00 0 999999 99999999 000 6666 0 99 0 4 22 11 7777777 33333 777 7 77777 22222222 777 88 5 7 55 7 2 7 66 88 99 0 55555 6666 1 0 4444444 44 77 4 7 7 1111 7 1 888 33
consensus : CCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-ACTTACAATC-TATATACC-TTGGGGGCTTTGATCGTGGGTCTGAGCGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTGTATTTGGTTGGTTTTTCTTGTCTTGCCGCCAG-TTGTGAG-AACTGTTAATA-T-ATCCAG-GACCTTTGTGGACATTA-GAC-GTGAATTTCCGACTA---AGACTGACTTGCAGACT-TTANATTCTT-TATTTCTGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTATAGATA-TCTG-CAA--TATA-AACTTCCCA-TTTGCAC-----ATTTACTAAATGA-NTGAAAGAGTGAGTAAATGA-NACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATAT-TA-------C-TA--------GAT-----------T-CTATATNTGNC------GTAAGG-T-AT---------------TTG-ATGA----NTTTG-------T-TC-G-A---------G-TGAANAG--C--T---------T--------ATATTT--TAG-TA-NAAAT-T--ATT----A-CA--TGTA---A--ATA-----GT---G--ATTTG-TACA-TACATGGTACTCTGTTAAAT-------TATAGAGTA-A--TT-CCTA--C-ATG--CATGC-AG---T------AGA-------T-----------------A--T---T---TGTC-CTAGC-TG-TATNTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTATT---GTTATTT---TAATCTATTAATTACTTTTA---T-AACTATTNATGGGAG-AATGCTATTTTGNT------AATA--A-----TGTAA-TTT----AAGAGT-TA--TCT-CC-TT--AAC--TGAT--T----AAT-----TAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTAC--AGTATAGGC-TTTCCG--TTG-TTAGATTTATGCTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-TATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAATAAATTGN-TCATAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCCT
Reference ( family-2529 ) : CCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-ACTTACAATC-TATATACC-TTGGGGGCTTTGATCGTGGGTCTGAGCGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTGTATTTGGTTGGTTTTTCTTGTCTTGCCGCCAG-TTGTGAG-AACTGTTAATA-T-ATCCAG-GACCTTTGTGGACANTA-GAC-GTGAATTTCCGACTA---AGACTGACTTGCAGACT-TTANATTCTT-TATTTCTGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTATAGATA-TTTG-C-A--TATA-A--TTCCCA-TTTGCAC-----ATTTACTAAATGA-NTGAAAGAGTGAGTAAATGA-NACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATAT-TA-------C-TA--------GAT-----------T-CTATATNTGNC------GTAAGG-T-AT---------------TTG-ATGA----NTTTG-------T-TC-G-A---------G-TGAANAG--C--T---------T--------ATATTT--TAG-TA-NAAAT-T--ATT----A-CA--TGTA---A--ATA-----GT---G--ATTTG-TACA-TACATGGTACTTTGTTAAAT-------TATAGAGTA-A--TT-CCTA--C-ATGT-CATGC-AG---T------AGA-------T-----------------A--T---T---TGTC-CTAGC-TG-TATNTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTATT---GTTATTT---TAATCTATTAATTACTTTTA---T-AACTATTNATGGGAG-AATGCTATTTTGNT------AATA--A-----TGTGA-TTT----AAGAGT-TA--TCT-CC-TT--AAC--TGAT--T----AAT-----TAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTAC--AGTATAGGC-TTTCCG--TTG-TTAGATTTATGCTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-TATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAATAAATTGN-TCATAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCCT
gi|1 : CCTTTA------TTCA-CATC-ACTACACA-GGTAC-ACTTACAATC-TATATACC-TTGAGGGCTTTGATCATGGGTCTGAGAGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGGTTTTTATTGGTCAG-TTTTTG-TCAAGTTCTATTTGGTTGGTTTTTCTTGTCTTGCCGCCAGTTTGTGAG-AACTGTTAATA-TAATCCAG-GACC-TTGAAGAGTTTA-GAC-CTGCATTTTC-ACTATTTTGACTG------AGACT-TTGAATTCTT-CATTTCTGGTAAGTTACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-CTA---GTCTATTTAAAAGTCTATCCTTTAGATA-TTTG-CAA--TATA-AACGTCCCA-TTTGCAC-----ATTTACTAAATGA-TTGAAAGAGTGAGT-AATGA-GACTTATTGGTTATAGAAATCAGT----T-TA-------CTTA--------GAT-----------T-TTATATTTGTC------AAAAAG-T-AT---------------TTG-ATGA----CTTTG-------T-TCAA-A---------A-TGAGCAA--C--T---------TG-------ATATTT--TAG-TATTAAATAT--ATT----A-CA--TGTA---G--ATA-----GT---G--ATTT--TACA-TACATGGTACTTTGTTAAAT-------TATAGAGTA-A--AT-CCTA--C-ATGTCCATGC-AG---T------AGA-------T-----------------A--T---T---TGTC-CTAGC-TG-TATATTCTGAGGGAAGCT--TTTCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTATT----TTATTT---TATTCTATTAATTACTTTTA---T-AACTATTAATGGGAG-AATGCTATTTTGCT------AATA--A-----TGTAA-TTT----AAGAGT-TG--TCT-CC-TT--AAC--TGAT--T----AATTACCGTAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TT-GTACA-AGTATAGGC-TTTCCAT-TTGTTTAGATTTATGTTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTA-CTT--C--T-TATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------T-AATAAATTGT-TCTTA-ACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCTT
gi|10 : GGAAGCCTCTTCCCATAGAGTGG-TA-ATTATATCTG-ATTTAAGTTTTTTTGATAATGTATT------TTTTA---T-GACTATTTCTGGGAG-AA----AATCTGTG------AATATCAGAATTTGTCACTTT----AAGAGT-TA--TCTCCC-TT--AATTGTGAT--TTTGAGATGAG--TAAATACATTATCTTGATGGAAATTACATTCATAGGATCATATAAGTTATATTGTAAATTATTATTAATTA-ATGC-ATTCTG--T------GA--TAT-CT-TATTGTTATTTTCATGTATTTCAGGGCTG--------TACTTAT--------TATGTA-----CTA-------CTCCA-TCACT-GTC--------GATTAAATTAA-TC-----CCTGAAC-CCAAACAACAGTTA----TC-GTC-TTTCTTGACT---ACAAAAACC
gi|11 : gtacatatgt----AAAAAT-TA--CAT-C--TT--AAC--TGAT--T----AAT-----TAAACG---TATCTTGATG-AAATCA-----GTAAG-TGA--------ATATCGT---TTAGTAC--AGTATAGGC-TTTCCA--TTG-TTAGATTTATGTTATATTTGTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-CATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAATAAATTGT-TCATAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT--GAGGAAAACCCCTt
gi|12 : cAAAT-------TACTGAGTCCA--TTATCCA--C-A-GC-CACAT-AGA--T------AGA-------T-----------------A--TACGC---TGT-----GCATG-TATAT------GGAAGCCTCTTTCCATAGAATGG-TACATT---------------TTATGA---TAATGTATTA-------TTA---T-GACTATTCGTGGGAG-AA----AATTTGTTCGTATCAGTAC-A-----TGTAATTTT----AAGAGT-TG--TTT-CC-CT-------TGATAGT----AAT-----Tgttac
gi|13 : tagatatatatatatgtataatgaacaattgagatgagtacatttagaggatctattgtatacC-TT--AAC--TGAT-------AAT-----TAAACG---TATCTTGATG-AAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTAC--AGTATAGGC-TTTCCA--TTG-TTAGATTTATGTTATATTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTT--C--T-CATA-----CTA----GTGTTCCA-TCACTGGTC-------TGAAT-AATTGT-TCATAGACCTGAACACC-TACAGGAGTTT----TT-ATTATTTC--AACT-GGAGGAAAACCCCTtt
gi|14 : T-TA-------CGTA--------GAT-----------T-TTATATTTGTC------A-AAAG-T-AT---------------TTG-ATGA----CTTTG-------T-TC-G-A---------AATGAGCAA--C--T---------TC-------ATATTT--TAG-TA-TAA-T-T--ATT----A-CA--TGTA---A--ATA-----GT---G--ATTTT-TACA-TACATGGTACTTTATTGAAT-------TGTAGAGCA-A--TT-CCTA--C-ATGTGCAAG--AGATCT------AGA-------T-----------------T--A---T---TGTC-CTAGC-TG-TATTTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTTATA-CAgttac
gi|15 : agtCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-GCTTACAATT-TCTATAT--TTGGGCGCTTTGACCATGGGTCTGAGTAAGGTAATTATGTAT--GAAGGTTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTATATTTGGTTGATTTTTCTTGTTTTG
gi|17 : atacacgtttagatcttagatccattCAG-AAACCTTGTGGACAGTA-AACCACG--TTTCTGACAA---GAACTGACCGTCAGACTGTTGAATCCTT-CATTTCTGGTAA----CTTATTTA-TACTAATGTCCT-TTGCTAGCTA---GTC-ATATCAAAATATATACATTAGATATTTTG-CAA--TATA-A--
gi|18 : TTCCC-TTTTTCTGGTAAGTAATTCAT----TAATAATTATCT-TTATTG-GTAAATGTCAGTTAATAGGTCCAGTCTATATATA-T-----------TA-G--ATCCCT-TTTGCACTTAATATATATTAAATGAGATGAAGGgc
gi|19 : gacgg-TG-TATGT------GGAAGCCTCTTCCCATAAAATGA-TActagatata
gi|2 : gagataagatttttagagaatctattgtatgtaaattacagaatctgtgcacatatccaTTTTTATTGGTCAA-TTTTTG-TCAAGTTATAGTTGGTTGATTTTTCTTGTTTTGaatataagattttatcacatgattact
gi|2 : ACTTATTGATTCAAGAAATCAGTAACATGTA---------TA--------CAT-----------T-C---ATGTGAT------GTAAGG-TGAT---------------GTATATCA----GTTTA-------TGTC-G-ATTTATATCTG-TCAAAGG--TATT---------TG-------ATATTT--TAG-TA-TAAAT-T--ATT----A-CA--GGTA---A--ATATT---GT---G--ATTT--TACA-TACAAAGTACT---TTAAAT-------NATA---TA-AGCTT-CCCA--T-Aagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtatatattcatgtgatgtaaggtgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagtaataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|2 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgACTTATTGATTCGAGAAATCAGTAACATGTA---------TA--------TAT-----------T-C---ATGTGAT------GTAAGG-T-ctgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtatatattcatgtgatgtaaggtgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagtaataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|2 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgA-GAAAT-C--AGT----AACA--TGTA---T--ATATTCATGT---G--A--TG-TA----AGGTGATA-TATATCAGATTACNNNNTATAGAGTA-A--TT-CCTA--G-ATG----TGC-AG---T------AGA-------T-----------------A------G---TGTC-CTAGC-TG-TATTTTCTTAGGGAAGATTTTTCCCATAGAAGGG-TACGTTAGA-CAGTAgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagtaataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|2 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgacttattgattcgT------AATA--A-----AGT-A-TTTTTTAAAAAGC-TA--CCT-CCCTT--CGC--TGAG--T----AA---------ACG---TATCTTGATGGAAATCA-----AGGAGATGA--------ATATCGT---TTAGTAC--TGTATAGGC-TTT--GA-TTG-TTAGATTTATGCTATATTGTTG--ATATTATATTTCAGGGCTATTATAATTTCCTTA--TT--CAAT-T-TA-----CTATAACG-GTTCTA-ACACTGGTC-------CGAGTAAATTGA-T--TAGACCTGANN-NN-NNNNNNNNNCT----TTGATTGTataaagtattttttaaaaagctacctcccttcgctgagtaaacgtatcttgatggaaatcaaggagatgaatatcgtttagtactgtataggctttgattgttagatttatgctatattgttgatattatatttcagggctattataatttccttattcaatttactataacggttctaacactggtccgagtaaattgattagacctgannnnnnnnnnnnnctttgattgt
gi|20 : tttttattggtcaatttttgtcaagttatagttggttgatttttcttgttttgagaactggtaactcctcctaggcacctgatctacctctggagcgtttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataagcttcccatactgacttattgattcaagaaatcagtaacatgtatacattcatgtgatgtaaggtgatgtatatcagtttatgtcgatttatatctgtcaaaggtatttgatattttagtataaattattacaggtaaatattgtgattttacatacaaagtactttaaatnatataagcttcccatactgacttattgattcgagaaatcagtaacatgtatatattcatgtgatgtaaggtgatatatatcagattacnnnntatagagtaattcctagatgtgcagtagatagtgtcctagctgtattttcttagggaagatttttcccatagaagggtacgttagacagTTTC--C--T-TATA-----CTA----ATGTTCCA-TCACTGGAT-------TGAATAAATTGC-TTATAAATCTGAAC-GC-TTTAAGTGTTT----TT-CTTATTC----ACT-GGAGGAAAA
gi|21 : gAATTCCCT-TTGCTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTACAGATA-TTTG-CAA--TATA-AACTTCCCA-TGTGCAC-----ATTTACTAAATGA-TTGAAAGAGTGAagtctgttgcaa
gi|23 : TGGTC-------TGAATAAATTGGCTTATAGACCTGAAC-CC-TACAGGAGTATATGCTT-A-TATTTC---ACTGGGAGGAAAACCCCT
gi|24 : AGTTCTATTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGTCGCCAG-GTTTGAG-AACAGTTAATA-CAATCCAG-GACC-TTGTAGAgtt
gi|25 : TTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTTTCC--T-TATA-----CTA----GTGTTCCATTCACTGGTC-------TGAATAAA-TGC-TTATAgttta
gi|27 : TTCTT-GATTTCTGGCAAGTAACACATTTA-TACTAATTCC
gi|3 : CCTTTAAAACATTTTAACACT-A--ACACTAGGTACCACTCACAATCCTAT-TACCATTAGGGG-TTTGATCGTGTGT-TGTGTGTG-TCATCT-GTATTTGATGGTTTT--ATTGGT------TTTA-TCACGT-GTCTTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGC-GCCAG-TTGTAAG-AACT----------ATCCAG-GACCTTTGTGGACA-TA--AC-GTGAATGTCCAACTA---AGACTGACTTGCAGATT-TTACATTCTT-TATTTTTGGTAAGTGACATATTTATTACTAATTTCCTATAGGTA-TTT---G-CAA---AATAACCT-TCCTAT--------------------------------TTGCAC-----ATTCACTAAATAA-ATG-AAGAGTGAGTAAATAACCACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATAT-T--------T-TA----------------------T-C-ATATATGCCTATACTATAAGG-C-AT-------------------ATAA----ATCAG-------T-T----A---------G-TGTATAG--C--T---------T--------ATATTT----GTTC-AAAAT-T--ATTTG--A-TAACTTTATTCA--ATC-----GTTGGA--ACTTGATATATTACATTG-ATTCTGCTTAAT-------T-TAGAATA-A--TT-CTTA--C-AT----ATGCAAG---T------AGA-------TCTAGAGATCTAGAGATAA--T---TTA-TATC-CTAGC-TG-TATTTTCTGAGGGAAGCTTCTT-CAATAAAAAGG-TACGTTAGA-CAGTACT---GGTATTT---CAATCTATCAATTACTTTTA---T-AACTATTTATGGAGA-AATACTATTTTGATA-----AATA--A-----TATG--TCG----AAAATTCTATTTCT-CC-TTTCAAC--TGAT--T----Atat
gi|4 : taccctccatcataaatgttaatagtgctaagttgattagtggctatgtttttatactcgtacttcacttattttattccttagatccacCCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-ACTTACAATC-TTTATACC-TTGGGGGCTTTGATCATGGGTCTGAGCGTGTTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTCATTGGTCAA-TTTTTG-TCCAGTTGTATTTGGTTGG-TTTTCTTGTTTTACCGCCAA-TTTTGAG-AACTATTAATATT-ATCCAGAGACCTTTGTGGACATGA-GAC-ATGATGTTCAGACT----AGACTGACTTGCAGACT-GTAGA-TCTT-TGTTTTTGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGTTA-CTA---GTCAATTTAAAAGTCTATCCTATAAATA-TCTG-C-AG-TATA-AACTTTCCA-TTTGCAC-----TTTTACTAAATGA-TAGAAAGAGTGAATAAATGA-GACTTATTGATTGTAGAAATTAGTAATAT-TATGTATTCC-TATAATGGGTGATATATATCAGATT-TTATATTTGTC------G-AAAG-T-AT---------------TTG-ATGA----CTTTG-------T-TC-GTA---------A-TGAAAAT--C--TTTTAAATACT--------GTATTC--TAA-TA-TAATT-T--ATT----C-CA--TGTA---A--ATA-----GT---G--ATTT--TACA-TACATGGTACTTTGTTAAAT-------TATAGAGTA-A--TA-CCTA--C-ATG----TGC-AA---G------AGATC-----T-----------------AGCT---TAG-TGTC-TTAGT-TG-TATATTCCGAGGGAAGCTTCTTCCCGTAGAAGGG-TACG
gi|5 : atcttccaataccaatattataaagttatgtttgtgtaatagtgctatgtttgatattatattgatacatacacatcaattgtttagatcttagatccaccCCTTTAC-----TTTA-CACCCACTACACAAGGTAC-ACTTACAATT-TCTATACC-TTGGGG-CTTTGATCATGGGTCTGAGCGTGTTCATTTTGTAT--GAAGGTTTTTCATT-GTCAATTTTTTG-TCCAGTTGTATTTGGTTGG-TTTTCTTGTTTTACCGCCAA-TT-TGAGAAACTATTAATATT-ATCAGA-GACCTTTGTGGACATGAGGAC-ATGTGTTTCAGACTA-----ACTGACTTGCAGACT-GTAGA-TCTT-TGTTT-TGGTAAGTAACTTATTTA-TACTAAT---CC-TTGTTA-CTA----TCAATTTAAAAGT-TATCCTATAAATA-TCTGCC-AGTTATA-AACTTGCCATTTTGCAC-----TTTTACTAAATGA-TAGAAAGAGTGAATAAATGA-GACTTATTGATTGTAGAAATTAGTAATAT-TA-------T-T---------GAT-----------TCCTATA-ATGGCG-----GTGATA-T-ATACTCAGATTTATATGTTG-TCGAAAATATTTGATGCTTTT-TC-GTA---------A-TGAAAAAATC--T---------TTTAAAACTGTATTC--TAA-TA-AATTT-T--ATT----C-CA--TGTA---ACGATA-----GT---G--ATTT--TACA-TACAT-TTACT---TTAAATTAG----TATAGAGT--A--TA-CCTA--CAATG----TGC-AA---G------AGATCTAGCTT-----------------A--T---G---TGTC-TTAGT-TGTTAT-TTCCGAGGGAAGCTTCTTCCCGTAGAAGGGTTACGTT
gi|6 : tgtttatttatatatgtaacatacacatcaattgttagatcttagatccaccCCTTTAAACA--TTTA-AAC--ACTACACTAGGTAC-ACTCACAATC-TATATACC-ATAGGGGTTTTGATCGTGTGTCTGGGTGTGGTCATCT-GTAT--GATGGTTTTT-ATTGGT------TTTA-TCACGTTGTCTTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGCCGCCAG-TTGTAAG-AACT----------ATCCAG-GACCTTTGTGGACAGTA-GAC-GTGAATGTCCAACTA---AGACTGACTTGCAGATT-TTACATTCTT-TATTTTTGGTAAGTGACATATTTA-TACTAATTTCCTATAGGTA-TTT---G-CAA---AATAACCT-TCCTAT--------------------------------TTGCAC-----ATTCACTAAATAA-ATGAAAGAGTGAGTAAATAA-CACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATAT-T----------TA----------------------T-CTATATATGCCTATACTATAAGGCT-AT-------------------ATAA----ATCAG-------T-T----A---------G-TGTATAG--C--T---------T--------ATATTT----G-TC-AAAAT-T--ATTTG--A-TAACTTTATTCA--ATC-----GT---GGAACTTGATATATTACATTTGATTCTGCTTAAT-------TTTAGAATA-A--TT-CTTA--C-AT----ATGC-AG---T------AGA-------T-----------------gt
gi|7 : accctccatataaatgtaatagtgctaaggttgattagtggctatgtttttatactcgtacattcacttatttattccttagatccacTTTTATTGGT------TTTA-TCACGTTGTCTTTGGTTGGTTTT-CTTGTCTTGC-GCCAG-TTGTAAG-AACT----------ATCCAG-GACCTTTGTGGACA-TA-AGC-GTGAATGTCCAACTA---AGACTGACTTGCAGATT-TTACATTCTT-TATTTTTGGTAAGTGACATATTTA-TACTAATTTCCTATAGGTA-TTT---G-CAA---AATAACCT-TCCTAT--------------------------------TTGCAC-----ATTCACTAAATAA-ATGAAAGAGTGAGTAAATAACCACTTATTGGTTATAGAAATCAGTAATAT-T--------T-TA----------------------T-CTATATATGCCTATACTATAAGGCT-AT-------------------ATAA----ATCAG-------T-T----A---------G-TGTATAG--C--T---------T--------ATATTT--T-G-TC-AAAAT-T--ATTTGTAA-CT--TTTATTCA--ATC-----GTTGGA--ACTTGATATATTACATTTGATTCTGCTTAAT-------TTTAGAATA-A--TT-CTTA--C-AT----ATGC-AG---T------AGA-------TCTAGAGATCTAGAGATAA--T---TTAGTATCGCTAGC-TG-TATTTTCTGAGGGAAGC-TCTT-CAATAAAAGAG-TACGTTAGA-CA-TACT---GGTATTT---CAATCTATCAATTACTTTTA---TAAACTATTTATGGGAGAAATACTATTTTGATA-----AATA--A-----TATG--TCG----AAAATT-TA--TCT-CC-TTTCAAC--TGAT--T----AAct
gi|8 : --------ATATTTATTGG-CA-CAAAC-ACAATT----A-CA--TGTG---G--ATA-----GT---G--ATTT--TACA-TACATGGTACTTTGTTAAAT-------TATAGAGTA-A--AT-CCTATAC-ATGT-C---C-AG---TCAATCTAGA-------------------------A--T---C---CG-C-CTAGC-AG-TATGTTCTGAGGGAAGCTTCTTCCCATAGAAGGG-TACGTCAGA-CAGTATT---GTTATTT---TATTCTATTAATTACTTTTATATT-AACTATTAATGGGAGAAATGCTATTTTGCT------AATG--A-----TGTAA-TTT----AAGAGT-TA--TCTCCC-TT--AAC--CG----------AT-----TAAACG---TATCTTGATGGAAATCA-----GTAAGATGA--------ATATCGT---TTAGTAC--AGTAAAGGCTTTTCCGCATTG-TTAGAGTTATGCTATACTGTTGTTTTACTATATTTCAGGGCTATC-TTCTTTCCTTATCTTTCC--T-TATACTTATCTA----GTGTTCCA-TCACTGGTCACCGTCTTGAA-AAATTGC-TTATAGACC
gi|9 : gCCTTTA------TTTA-CACC-ACTACACAAGGTAC-AGTTACAATC-TATATACC-TAGGGGACTTTGATCATGGGTCTGAGTGTGGTCATTTTGTAT--GAAGGTATTTTATCGGTCAG-TTTTTGGTCAAGTTGTATTTGGTTGGTTTT-CTTGT---------------TGAG-AACTGTTAATA-TGATCCAG-AACCTTTGGGGACATCA-GAC-ATGATTTTCGGACTA---AGACTGACTTGTAGACT-TTAGATCTTTATATTTCTGATAAGTAACTTATTTA-TACTAATTTCCT-TTGCTA-AGA---GTTAATTTAAAAGTCTACCCAATAAATA-TCTG-CAA--TATACAT-TTCCCA-ATTGCAC-----TTTTACTAAATGA-CTGAAAGAGTGAATTAAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTCTTTTAGGTTGAGTATCATTTTTTATGACTATTTCTGGGATTAAGAGTTGTCTCCCTTGATTGTGATTTTGAGATATTACATCCATAGGATCATTTAAGTTATATTGTAAATATTAATGCATTCTGTGATATCATATTGCTATTTTCATGTATTTCAGGGCTTTAC
Unaligned ( gi|22 ): TTATCCTTATTGGTAAATGTCAATTAATATGTCCAGTCTAAATATTTGCAAGTTTAATTAGATTCTTTTTTGCACTTCATA
Unaligned ( gi|26 ): TAGGATCAAATAAGTTATATTGTAAATTATTGTTAATAAATGCATTCTGTGATACCTTATT