lowQualScore : 11111 111 33333333333333333333 1111111 11111111
lowQualScore : 1 1 1 1 22222 444 11 2 0 0 000 11 0 3333 3333333 333333 22222 0 22222222222222222222 222 22222 1111 6666666 33333 77777777 22222 333 1 1 4444444 11 1 1 333 88888888 1 1
lowQualScore : . . . . ..... ... .. . . . ... .. . .... ....... ...... ..... . .................... ... ..... .... ....... ..... ........ ..... ... . . ....... .. . . ... ........ . .
lowQualScore : 1 1 0 0 00000 555 33 7 9 9 222 22 9 0000 7777777 777777 22222 9 33333333333333333333 888 22222 9999 9999999 44444 22222222 33333 000 0 0 2222222 44 1 1 666 22222222 5 0
consensus : CTGTA-AAA-TC-A-T--N--AA---TTTT--CG-TTG-G-G-GATTT--AA-TT----T-------CG------TTATT-----T-T-----C-------G---N--G---G-----GT----A-------A-----A-------TA-----AAA---A-CA-A-CG----AA--AAT-AAATC-CAC-G-ACG-AA--TTTTTGCA-CTTAAAATGAA
Reference ( gi|7 ) : CTGTA-AAA-TC-A-T--G--AA---TTTT--CG-TTG-G-G-AGTTT--AA-TT----T-------CG------TTATT-----T-T-----T-------T---A--G---G-----GT----A-------A-----A-------CA-----AAA---A-CA-A-AG----AA--AAT-AAATC-CAC-A-ACG-CA--TATTTGCA-CTTAAAATAAA
gi|14 : CTGTA-AAA-TC-A-T--A--AA---TTTT--GG-TTG-G-G-GGTTT--AA-TT----T-------CG------TTATT-----C-T-----C-------G---T--G---G-----GT----ATTAAAATA-----A-------TA-----AAA---A-CA-A-TG----AA--AAT-AAATC-CAT-G-TCA-AA--TATTTGCA-
gi|12 : CTATA-AAA-TC-A-T--T--AA---TATT--TG-TTG-G-G-GATTT--AA-TT----T-------CG------TTATT-----T-G-----C-------A---T--G---G-----GT----A-------A-----A-------TA-----AAA---A-CA-A-CG----AA--AAT-GAATC-CAT-T-ACA-TAC-TATTT-CA-CTTATAA
gi|16 : taCTGTA-AAA-TC-A-T--T--AA---TTTT--CA-GTG-A-G-GATTT--AA-TT----T-------CG------CTATT-----T-T-----G-------T------G---G-----GT------------A-----A-------TA-----AAA---A-TA-A-CG----AA--AAT-AAATC-CCC-G-AAA-AA--TTTTCACA-CTTA
gi|26 : aCTGTA-AAA-TC-G-T--G--TA---TTTT--CA-TTT-G-G-GATTT--GA-TT----T-------TGGT----TTTTT-----T-T-----T-------T---C--GTA-G-----GT----A-------A-----A-------CA-----AAA---A-TA-A-CG----AA--AAT-AAGTC-CAT-G-ACG-AA--Tt
gi|51 : taCTGTA-AAA-TC-A-T--C--AA---TTTT--CA-TTG-G-G-GATTT--AA-TT----T-------CG------TTATT-----T-T-----C-------A---T--G---G-----AT----A-------A-----A-------TA-----AAA---A-TA-A-
gi|36 : aCTGTA-AAA-TC-A-T--T--AT---TTTT--CA-TTG-G-G-GATTT--GA-TG----T-------TG------ATATT-----T-T-----C-------C---T--G---G-----AT------------A-----A-------CT-----AAA---A-CA-A-CG----AA--AAT-AAATC-CAT-G-ACc
gi|50 : taCTGTA-AGA-TC-C-T--A--AA---TTTT--CA-TTG-G-G-AATTT--AA-TT----T-------CA------TTATT-----T-T-----TA------T---A------G-----GT------------A-----A-------TA-----AAA---A-CA-A-TG----Aaa
gi|37 : CTGTA-AAA-TC-A-T--A--AA---TTTTTTCG-TTG-G-G-GATTT--AA-TT----T-------TG------T--------------------------------G---G-----GT----A-------A-----T-------TA-----AAA---A-GA-A-TG----AA--AAT-AAAGC-CGT-G-A---CA--TATTT
gi|53 : aCTGTA-AAA-TC-A-T--G--AA---TTTT--CG-TTG-G-G-GATTT--AA-TT----T-------CG------TTTTT-----T-G-----G-------T---G--G---G-----AT----A-------A-----A-------TA-----t
gi|4 : aCCGTA-AAA-TC-A-T--TT-AA---TTTT--TG-TTG-G-G-GATGA--TG-TT----T-------CG------TT--T-----T-T-----T-------C---AT-G---G-----GT----ATA-----A-----G-------TA-----AAA---A-CA-T-TG----AA--AAT-AAATC-TGC-C-ATG-AAC-TATT-GCA-CTTAAAATG
gi|39 : taCTGTA-ATA-TT-A-G--G--AA---TTTT--TG-TTG-G-G-GATTT--AA-TT----T-------CA------TTATT-----T-T-----C-------A---T--G---G-----GT----A-----------------------------------------------AA--AAT-AAATC-CAT-G-ACA-AA--ATTTTGCA-C
gi|30 : CTGTA-AAA-TC-A----G--AAT--TTTT--CG-TTT-T-G-GATTT--AA-TC----T-------CC------TTAAT-----T-T-----T-------G---T--G---G-----GT----A-------A-----A-------TA-----ATT---A-CA-A-TG----AA--AAT-TAACC-CAC-G-AC
gi|9 : ataCTGTA-AAA-TC-AAT--A--AT---TTTT--TG-TTG-C-G-TATTT--CA-TT----T-------TG------T-GTT-----T-C-----C-------A---AT-G---G-----GT----ATAG----A-----A-------TA-----AAA---GGCA-A-CG----AA--A-T-AAATC-CAC-A-GCA-AA--TTTTTGCAGCTTAAaaa
gi|43 : CTGTA-AAA-TT-A-T--G---A---TTTT--CT-TTG-G-G-A-TTT--CA-TT----T-------CA------T--------------------------------G---G-----GT----A-------A-----A-------T------------------------------AT-AAATC-CAT-G-ATG-AA--TTTTTGCA-CCTAAAA
gi|13 : CTGTA-AAAATCGA-T--A--AA---TTTT--CAATTG-C-G-AGAAT--GG-TT----C-------CAATGCATTTATT-----T-T-----T-------T---A--G---G-----GT----A-------AGATTTA-------GA-----AAC---A-CA-A-AC----AA--AAT-AAACC-CAT-AGACG-CA--
gi|54 : taCTGTC-AAA-TC-A-T--G--AA---TATT--TG-TTG-G-G-GATTT--AA-TT----T-------TG------TTAAT-----T-T-----C-------A---T--G---G-----GT----A-------A-----A-------C
gi|59 : CTGTA-TAA-TC-G-T--G--AA---TTTT--TG-TTG-G-G-GATTT--AA-TT----T-------TG------TTATT-----T-T-----
gi|44 : aCTGTA-AAA-TC-A-T-----AA---TTTT--TG-TTG-G-C-GATTT--AA-TT----T-------TG------TTATT-----T-T-----T-------G---T--T---G-----AT----A-------G-----A-------TA-----AAATCCA-CA-A-CA----AA--Acgg
gi|5 : CTGTACAAA-TC-A-T--A--AAA--TTTT--CA-TTG-G-A-GATTT--AATTT----T-------CG------TTATT-----T-T-----T-------A---T--G---G-----GT----AAT-----A-----A-------TA-----TTA---A-CA-G-TG----AATTGA--AAATT-TAT-G-ACA-AA--TTTTCACA-CTGAAAAtttg
gi|48 : CTGTA-AAA-TC-A-T--T--TA---TTTT--TG-T-----G-GGTTTAAAA-TT----T-------CG------T
gi|25 : taatcttaatcaaattgagtcaaatccTGTA-AAA-TC-A-G--T--CA---TTTT--CA-TTG-A-G-GATGG--AA-TT----T-------CG------TTATT-----T-T-----C-------A---T--G---G-----GT----A-------A-----A-------TA-----AAA---A-C-----G----AC--AA--AAATC-CAC-A-ACG-AA--TATGAGCA-CTTAta
gi|6 : TGTG-AAA-TC-A-T--C--AA---TTTT--CA-TTG-G-G-GATTT--AA-NN----NNNNNNNNCG------TTATT-----T-T-----C-------A---T--G---G-----GC----A-------A-----A-------TG-----AAA---A-CA-ACAAATTTAA--AAT-AAATC-CAT-G-ACGAAA--TGTTTGCA-C
gi|3 : TGTA-AAA-TC-A-T--GTAAA---CTTT--CG-TTG-G-A-AGTGT--CA-TT----T-------CG------TTATT-----T-TCATGGT-------T---ACCG---G-----TT------------------A-------TA-----AAA---A-CATA-TA----AA--AAT-AAATT-CACGA-AAA-AA--CTTTTGCA-CTGAAAA
gi|2 : atTGTA-AAA-TC-A-T------A---CTTT--TG-TTG-G-GGATTTT--AA-TTAT--T-------C-------TTATT-----T-G-----T-------TGTCA--G---A-----GTTCATA-------A-----GTC-----CA-----TAA---A-CA-A-TG----AA--AAT-AAACCACAC-A-A----A--TTTTTGCA-TTTAAAATGAAg
gi|20 : TGTA-AA--TC-A-TTCA--AAGGTTTTT--CG-TTG-GAG-TGTTT--AA-TT----TG------CG------TTATTGTTGTT-T-----T-------C---A--T---G-----GT----A-------A-------------CAGTAATAAA---C-CA-A-CG----AA--AAT-AAATC-CAT-A-t
gi|47 : TGTG-AAA-TC-A-T--T--AA---TTTT--CC-TTG-G-G-GATTT--AA-TT----T-------TG------T-----------------------------------------------------------------------A-----AAA---A-CA-A-CG-----A--AAT-AAATC-CAT-G-A----A--TTTTTGCA-
gi|22 : GTA-AAA-TC-A-T-----------TTT--CA-TTG-G-G-GATTT--AA-TT----T-------CG------TTATT-----T-T-----C-------G---T--G---G-----AT----A-------A-----A-------TA-----AAA---A-CA-A-CG----CA--AAC-AAATC-TAC-A-ACA-AA--TGTTTGCA-CTGAAA
gi|19 : GTA-AAA-TA-A-T--A--AA---TTTT--AG-TTG-G-A-GATTT--AA-TA----T-------CA------TCATT-----T-T-----C-------A---T--G---G-----GT----A-------A-----T-------TA-----AAT---A-CA-A-CA----AA--AAT-AAGTC-CAT-G-ACA-AA--TTTTTGCA-CTCA
gi|17 : GTA-AAA-TC-A-A--G--AA---TTT---CG-TTG-T-G-A-TTT--AA-TT----T-------CG------TTATT-----T-T-----CG------T---A------G-----AT----C-------A-----A-------TA-----AAA---A-CC-A-TG----AA--TAT-AGATC-CAC-G-ATA-AG--TTTGTGCA-CTTATAA
gi|28 : GTA-TAA-TC-G-T--G--AA---TTTT--TG-TTG-G-G-GATTT--AA-TT----T-------TG------TTATT-----T-T-----C-------G---G--G---G-----AT----A-------A-----A-------CA-----A
gi|56 : GTA-TAA-TC-G-T--G--AA---TTTT--TG-TTG-G-G-GATTT--AA-TT----T-------TG------TTATT-----T-T-----C-------G---G--G---G-----AT----A-------A-----A-------CA-----ggattctgtgactgctcaacaaaaattcaacatt
gi|15 : TG-AAA-TC-A-T--T--AA---TTTT--CA-TTG-A-G-GATTT--AA-TA----T-------CG------TTATT-----TAT-----C-------G---G--G---G-----GT----A-------A-----A-------TA-----AAA---A-CA-A-CGA---AA--AAT-AAAT--CAT-G-ACG-AA--TTTTTGCA-CT
gi|1 : cattTA-AAA-TC-A-T--AC-AA---TTTT--TG-TTGAG-G-ATTTT--AA-TTCGGAT-------TG------TTATT-----T-A-----G-------T---A--GCCGG-----GT----A-------A-----AAATATAACA-----AAACT-A-TA-A-CG----AA--AATAAAATC-CAA-G-ACG-AA--TTTTT
gi|24 : acgatA-AAA-TC-A-T--T--AA---TTTT--GG-TTG-G-G-GGTTT--AA-TT----T-------CG------TTGTT-----T-T-----TG------T---G--G---GTAACAGT----A-------A-----A-------TA-----AAA---A-CA-A-TG----AA--AAT-Atcgaattga
gi|23 : A-AAA-TA-A-A--A--AA---TTTT--CG-TCG-G-G-GATCT--AA-TT----T---------------TTTTT-----T-T-----T-------T---CGTG---G-----AT----A-------A-----A-------TA-----AAA---A-CA-A-CG----AA--AAC-AAATC-CAC-G-ACA-AT--TTTTTGCA-CTcttttgcacttatattgaa
gi|10 : A-AAA-TC-A-T--T--AAT--TTTT--TG-TGG-G-G-ATTTT--AG-TT----T--------A------TTATT-----T-T-----CGTAAGTAT---A--T---G-----GT----A-------T-----A-------T------ACC---A-CA-A-GG----AA--ATT-AAATC-CAC-A-TTA--A--TTTTTGTA-CTTAAAAga
gi|41 : ta-AAA-TC-A-T--T--AA---TTTT--CA-TTG-G-G-AATTT--AA-TT----T-------CA------TTATT-----T-T-----T-------G---T--G---G-----GT----A-------A-----A-------TA-----AA------CA-G-A----------AT-AA------C-A-AT------TTTCTGCA-CTTAAA
gi|58 : -TC-A-T--T--CA---TTTT--CG-TTG-G-G-GATTT--AA-TT----T-------CA------TTACT-----T-T-----C-------G---T--G---G-----AT----A-------A-----A-------TA-----CAA---
gi|33 : -A-T--A--AA---TTTT--CG-TAG-G-G-GATTT--AA-TA----T-------CG------TTATT-----T-T-----C-------A---T--G---G-----GT----A-------ATT---A-------TT-----ACA---A-CA---------AA--AAT-AAGTA-CAT-G-ACA-AA--TTTTTGCA-CT
gi|27 : naa--AA---TTTC--CAATTG-G-G-AATTG--AA-TT----T-------CG------TTATT-----T-T-----TG------T---A------G-----GT----A-------A-----A-------TA-----AAA---A-CA-A-TA----AA--AAT-AAAGC-CAC-A-ATG-AA--TTTTTGCT-CTTAAAA
gi|31 : gat--AA---TTTT--TGGTCA-G-G-A-TAT--AG-CT----T-------CA------GTATT-----T-T-----CG------T---A--G---G-----TA----A-------A-----A-------CA-----AAA---A-CA-A-TG----AA--A-T-AAATC-CAT-G-ATG-AA--TATTTGCA-CTTAAAAT
gi|52 : --AA---TTTT--TG-TCA-G-G-GATAT--AG-CT----T-------CA------GTATT-----T-T-----CG------T---A--G---G------T----A-------A-----A-------CA-----AAA---A-CA-A-TG----AA--AAT-AAATC-CA
gi|42 : TT--CG-TTG-G-G-A-TTT--AA-TT----T-------AG------TTATT-----T-T-----T-------G---T--G---A-----GT----A-------A-----A-------TA-----AAA---A-CA-A-GG----AA--AAT-A
gi|45 : -TTA-G-G-AATTT--AA-TC----T-------CG------CTATA-----T-T-----T-------G---T--G---G-----GT----A-------A-----A-------TG-----AAA---A-CA-A-TG----AA--AAT-AAATC-CAC-G-ACG-AAT-TGTTTGttttgcacttctgtaatcaaatgga
gi|40 : aaaTG-G-A-AATTT--AA-TT----T-------CG------TTATT-----T-T-----T-------G---G--G---G-----GC----A-------A-----A-------TA-----AAA---A-CA-A-CG----AA--ATC-CAAAC-TAC-A-ACG-AATTTGTGTGCA-CTTAAAA
gi|49 : T--AA-TT----T-------CA------TTATT-----T-T-----T-------G---T--G---G-----GT----A-------A-----A-------TA-----AAA---G-CA-A-A----------------TG-TAC-A-ACA-AA--TTTTTGCT-TTGGAAATAAA
gi|55 : -----T-T-----T-------C---AT-G---G-----GT----A-------A-----A-------TT-----AAA---A-C-----G----AA--AAT-AAATT-TAC-G-ACA-AA--TTTTTGTG-CTGAAAAt
18 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAGACCACAAAAGTAAATGATTTGACAGT
Unaligned ( gi|11 ): ATATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAACCCATGAAAATGAATGATTTTACAGTA
Unaligned ( gi|18 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATTTTAAACCCATGGTTTACAGTAT
Unaligned ( gi|21 ): ATATAAATTAATTATACACTAACAAAATTAATCTGAACGACTAGAGTCAAAACCACAACATTTTAAACTCCCGAAAATAAAGGATTTTACAGTA
Unaligned ( gi|29 ): CTCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATGATTTTACAGT
Unaligned ( gi|32 ): ATGTAATTAAATGATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACAGTAAAAAAAAAAGTTTTTACAG
Unaligned ( gi|34 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAACCGATGAAAATAATGATACATGTATTACAG
Unaligned ( gi|35 ): ATATAATGCAAATTATTAAATGAATTATAAATCAATGAAAAATTGAAAATCAAAATTAACAATTCAAAACCATGAAATTTTAAATCC
Unaligned ( gi|38 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAAATGATTTTCCAGT
Unaligned ( gi|46 ): AATATACATTTATAAATGAATTATAAATCAACAAATTCATTAGTATAGAGTCAAAACCACGAAATTTTAAACCC
Unaligned ( gi|57 ): TAAGAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGACCTGCATCATAATTACAA
Unaligned ( gi|60 ): TGACCAGACCTCAAATTCAGTTGTTGATGACCCAGATAAAGGAAAGTCT
Unaligned ( gi|61 ): TTAGAGTCAAAACCATGAAATTCTAAACCCACAAAAATAGTTTTGCAG
Unaligned ( gi|62 ): AACGGAACTAAATCCACATAAAATTTTTGCACTTAAATTGAATA
Unaligned ( gi|63 ): AAAATGAATCCACGACGAATTTTTGCACAAGTATA
Unaligned ( gi|64 ): TGAATGAATCATAAATCAACGAAAATTAATATCA
Unaligned ( gi|65 ): AATACCTGTATACATATATGAATTATAAATTAA
Unaligned ( gi|66 ): TAAACCCGCGAAAATAAATGATTTTACAGTAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 888 222 11 0 1 0 0 22222 1 3333333 3333 0 1111 222222 22 444 0 77777777777777 4444 444444 444444 1 222 222 33333 11 1 222 11 1 1 1 1
lowQualScore : . . . ... ... .. . . . . ..... . ....... .... . .... ...... .. ... . .............. .... ...... ...... . ... ... ..... .. . ... .. . . . .
lowQualScore : 1 1 0 555 666 33 9 8 9 9 22222 7 7777777 0000 9 8888 444444 99 555 9 11111111111111 2222 999999 444444 0 666 666 33333 33 0 111 44 2 2 2 3
consensus : CTGTA-AAA-TC-ATN--AA---TTTT--C-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCGT--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--AATAAA-TCCAC-G-ACG-AATT-T-T-TGCA-CTTAAAATGAA
Reference ( family-2525 ) : CTGTA-AAA-TC-ATN--AA---TTTT--C-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCGN--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--AATAAA-TCCAC-G-ACG-AATT-T-T-TGCA-CTTAAAATGAA
gi|1 : TA-AAA-TC-ATAC-AA---TTTT--T-G-TTG-AGG-A-----TTTTAA-------TTCGGAT-TG----TTATT------TAGTAGCC-GGG-TA-------A------AAATATAACA----AA------A-CTATA---ACG-----AA--AATAAAATCCAA-G-ACG-AATT-T-T-T
gi|10 : acgatA-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--T-T-GTG-GGG-A-----TTT-TA-------GT----T-TA----TTATT------T--TCGT--AAG-TA-------T------A----TGG------TATATACCA-C---A---AGG-----AA--ATTAAA-TCCAC---ATT-AATT-T-T-TGTA-CTTAAAAtcgaattga
gi|12 : taCTATA-AAA-TC-ATT--AA---TATT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--GCAT--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--AATGAA-TCCAT-T-ACA-TACT-A-T-TTCA-CTTATAA
gi|13 : taCTGTA-AAAATCGATA--AA---TTTT--C-AATTGCGAG-AATGGTTCC-AA-------TG----C-AT----TTATT------T--TTTA--GGG-TA-------A------GATT-TAG------AA------A-C---ACAAAC------AA--AATAAA-CCCATAG-ACG-
gi|14 : taCTGTA-AAA-TC-ATA--AA---TTTT--G-G-TTG-GGG-G-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------C--TCGT--GGG-TATTAAAATA------A----TAA------AA------A-C---A---ATG-----AA--AATAAA-TCCAT-G-TCA-AATA-T-T-TGCA-ca
gi|15 : TG-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--C-A-TTG-AGG-A-----TTT-AA-------TA----T-CG----TTATT------TA-TCGG--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACGA----AA--AATAAA-T-CAT-G-ACG-AATT-T-T-TGCA-CT
gi|16 : cattCTGTA-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--C-A-GTG-AGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----CTATT------T--T-GT--GGG-T--------A------A----TAA------AA------A-T---A---ACG-----AA--AATAAA-TCCCC-G-AAA-AATT-T-T-CACA-CTTA
gi|17 : aGTA-AAA-TC-AAG--AA---TTT---C-G-TTG-TG--A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCGT--AGA-TC-------A------A----TAA------AA------A-C---C---ATG-----AA--TATAGA-TCCAC-G-ATA-AGTT-T-G-TGCA-CTTATAAt
gi|19 : GTA-AAA-TA-ATA--AA---TTTT--A-G-TTG-GAG-A-----TTT-AA-------TA----T-CA----TCATT------T--TCAT--GGG-TA-------A------T----TAA------AT------A-C---A---ACA-----AA--AATAAG-TCCAT-G-ACA-AATT-T-T-TGCA-CTCA
gi|2 : TGTA-AAA-TC-AT----A---CTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTTTAA-------TTAT--T-C-----TTATT------TG-TTGTCAGAG-TT-------C------A----TAAGTCCATAA------A-C---A---ATG-----AA--AATAAA--CCAC---ACA-AATT-T-T-TGCA-TTTAAAATGAA
gi|20 : TGTA-AA--TC-ATTCAAAGGTTTTT--C-G-TTG-GAGTG-----TTT-AA-------TT----TGCG----TTATTGTTGTTT--TCAT--GG--TA-------ACA----G----TAAT-----AA------A-CC--A---ACG-----AA--AATAAA-TCCAt
gi|22 : GTA-AAA-TC-AT---------TTT--C-A-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCGT--GGA-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----CA--AACAAA-TCTAC-A-ACA-AATG-T-T-TGCA-CTGAAAta
gi|23 : A-AAA-TA-AAA--AA---TTTT--C-G-TCG-GGG-A-----TCT-AA-------TT----T-TT----TTTTT------T--TCGT--GGA-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--AACAAA-TCCAC-G-ACA-ATTT-T-T-TGCA-CT
gi|24 : A-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--G-G-TTG-GGG-G-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTGTT------T--TTGT--GGG-TA-------ACAGTAAA----TAA------AA------A-C---A---ATG-----AA--AATA-----------------CT-T-T-TGCA-CTTATATTGAAga
gi|25 : TGTA-AAA-TC-AGT--CA---TTTT--C-A-TTG-AGG-A-----TGG-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCAT--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---G---ACA-----A------AAA-TCCAC-A-ACG-AATA-T-G-AGCA-CTTA
gi|26 : CTGTA-AAA-TC-GTG--TA---TTTT--C-A-TTT-GGG-A-----TTT-GA-------TT----T-TGGTTTTTTTT------T--TCGT--AGG-TA-------A------A----CAA------AA------A-T---A---ACG-----AA--AATAAG-TCCAT-G-ACG-AAT
gi|27 : ta--AA---TTTC--C-AATTG-GGA-A-----TTG-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TTGT--AGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ATA-----AA--AATAAA-GCCAC-A-ATG-AATT-T-T-TGCT-CTTAAAA
gi|28 : gatGTA-TAA-TC-GTG--AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTATT------T--TCGG--GGA-TA-------A------A----CAA------
gi|3 : TGTA-AAA-TC-ATGTAAA---CTTT--C-G-TTG-GAA-G-----TGT-CA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCAT--GGT-TA-------CCGGTT-A----TAA------AA------A-C---AT--ATA-----AA--AATAAA-TTCAC-GAAAA-AACT-T-T-TGCA-CTGAAAAggattctgtgactgctcaacaaaaattcaacatt
gi|30 : atCTGTA-AAA-TC-AGA--AT---TTTT--C-G-TTT-TGG-A-----TTT-AA-------TC----T-CC----TTAAT------T--TTGT--GGG-TA-------A------A----TAA------TT------A-C---A---ATG-----AA--AATTAA-CCCAC-G-ACA-AAg
gi|31 : ata--AA---TTTT--T-G-GTC-AGG-A-----TAT-AG-------CT----T-CA----GTATT------T--TCGT--AGG-TA-------A------AA---CAA------AA------A-C---A---ATG-----AA--A-TAAA-TCCAT-G-ATG-AATA-T-T-TGCA-CTTAAAAT
gi|33 : -ATA--AA---TTTT--C-G-TAG-GGG-A-----TTT-AA-------TA----T-CG----TTATT------T--TCAT--GGG-T--------A------A----TTA------TT------A-C---A---ACA-----AA--AATAAG-TACAT-G-ACA-AATT-T-T-TGCA-CT
gi|36 : naaCTGTA-AAA-TC-ATT--AT---TTTT--C-A-TTG-GGG-A-----TTT-GA-------TG----T-TG----ATATT------T--TCCT--GGA-TA-------A------C----T-A------AA------A-C---A---ACG-----AA--AATAAA-TCCAT-G-ACA-A
gi|37 : taCTGTA-AAA-TC-ATA--AA---TTTTTTC-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----T-------------------GGG-TA-------A------T----TAA------AA------A-G---A---ATG-----AA--AATAAA-GCCGT-G-ACA-TATT-T-T-
gi|39 : aCTGTA-ATA-TT-AGG--AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CA----TTATT------T--TCAT--GGG-TA------------------------------------------------------AA--AATAAA-TCCAT-G-ACA-AAAT-T-T-TGCA-
gi|4 : CCGTA-AAA-TC-ATTT-AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TGA-TG-------TT----T-CG----TT-TT------T--TCAT--GGG-TATA-----A------G----TAA------AA------A-C---A---TTG-----AA--AATAAA-TCTGC-C-ATG-AACT-A-T-TGCA-CTTAAAATGA
gi|40 : taTG-GAA-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TTGG--GGG-CA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--ATCCAA-ACTAC-A-ACG-AATT-TGTGTGCA-CTTAAAA
gi|41 : -AAA-TC-ATT--AA---TTTT--C-A-TTG-GGA-A-----TTT-AA-------TT----T-CA----TTATT------T--TTGT--GGG-TA-------A------A----TAA------A------------------C------AG--AATAA-----------CA-ATTT-T-C-TGCA-CTTAAA
gi|42 : TT--C-G-TTG-GG--A-----TTT-AA-------TT----T-AG----TTATT------T--TTGT--GAG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---AGG-----AA--AATA------------------T-T-T-TGCA-CTT
gi|43 : CTGTA-AAA-TT-ATG--A----TTTT--C-T-TTG-GG-------------A-------TT----T-CA----TT------------TCAT--GGG-TA-------A------A----TA---------------------------------------TAAA-TCCAT-G-ATG-AATT-T-T-TGCA-CCTAAAActgtaatcaaatgga
gi|44 : CTGTA-AAA-TC-AT---AA---TTTT--T-G-TTG-GCG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTATT------T--TTGT--TGA-TA-------G------A----TAA------AATCC---A-C---A---ACA-----AA--A
gi|45 : -TTA-GGA-A-----TTT-AA-------TC----T-CG----CTATA------T--TTGT--GGG-TA-------A------A----TGA------AA------A-C---A---ATG-----AA--AATAAA-TCCAC-G-ACG-AATTGT-T-TGtttg
gi|47 : aaaTGTG-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--C-C-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG-------------------------------------------------TAA------AA------A-C---A---ACG------A--AATAAA-TCC-----ATG-AATT-T-T-TGCA-
gi|49 : T-AA-------TT----T-CA----TTATT------T--TTGT--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------G-C----------------------AAA-TGTAC-A-ACA-AATT-T-T-TGCT-TTGGAAATAAA
gi|5 : CTGTACAAA-TC-ATA--AAA--TTTT--C-A-TTG-GAG-A-----TTT-AAT------TT----T-CG----TTATT------T--TTAT--GGG-TAAT-----A------A----TAT------TA------A-C---A---GTG-----AATTGA-AAA-TTTAT-G-ACA-AATT-T-T-CACA-CTGAAAAt
gi|50 : CTGTA-AGA-TC-CTA--AA---TTTT--C-A-TTG-GGA-A-----TTT-AA-------TT----T-CA----TTATT------T--TTAT--AGG-T--------A------A----TAA------AA------A-C---A---ATG-----A
gi|51 : CTGTA-AAA-TC-ATC--AA---TTTT--C-A-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCAT--GGA-TA-------A------A----TAA------AA------A-T---A---AC
gi|52 : a--AA---TTTT--T-G-TCA-GGG-A-----TAT-AG-------CT----T-CA----GTATT------T--TCGT--AGG-TA-------A------A----CAA------AA------A-C---A---ATG-----AA--AATAAA-TCCA
gi|53 : CTGTA-AAA-TC-ATG--AA---TTTT--C-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TT-TT------T--TGGT--GGGATA-------A------A----TA
gi|54 : aCTGTC-AAA-TC-ATG--AA---TATT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTAAT------T--TCAT--GGG-TA-------A------A----
gi|55 : T------T--TCAT--GGG-TA-------A------A----TTA------AA------A-C---------G-----AA--AATAAA-TTTAC-G-ACA-AATT-T-T-TGTG-CTGAAAAc
gi|56 : cGTA-TAA-TC-GTG--AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTATT------T--TCGG--GGA-TA-------A------A----CA
gi|58 : -TC-ATT--CA---TTTT--C-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CA----TTACT------T--TCGT--GGA-TA-------A------A----TAC------AA------
gi|59 : CTGTA-TAA-TC-GTG--AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTATT------T--TCG
gi|6 : aTGTG-AAA-TC-ATC--AA---TTTT--C-A-TTG-GGG-A-----TTT-AANNNNNNNNN----N-CG----TTATT------T--TCAT--GGG-CA-------A------A----TGA------AA------A-C---A---ACAAATTTAA--AATAAA-TCCAT-G-ACGAAATG-T-T-TGCA-g
gi|62 : ---A---ACG-----GA--ACTAAA-TCCAC-A-TAA-AATT-T-T-TGCA-CTTAAATTGAA
gi|63 : -----AA--AATGAA-TCCAC-G-ACG-AATT-T-T-TGCA-ta
gi|7 : CTGTA-AAA-TC-ATG--AA---TTTT--C-G-TTG-GGA-G-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TTTA--GGG-TA-------A------A----CAA------AA------A-C---A---AAG-----AA--AATAAA-TCCAC-A-ACG-CATA-T-T-TGCA-CTTAAAATAAAaagtata
gi|9 : CTGTA-AAA-TC-AAT--AA---TTTT--TTG-TTG-CGT-A-----TTT-CA-------TT----T-TG----T-GTT------T--CCAAT-GGG-TATAG----A------A----TAA------AA------GGC---A---ACG-----AA--A-TAAA-TCCAC-A-GCA-AATT-T-T-TGCAGCTTAA
17 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAGACCACAAAAGTAAATGATTTGACAGT
Unaligned ( gi|11 ): ATATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAACCCATGAAAATGAATGATTTTACAGTA
Unaligned ( gi|18 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATTTTAAACCCATGGTTTACAGTAT
Unaligned ( gi|21 ): ATATAAATTAATTATACACTAACAAAATTAATCTGAACGACTAGAGTCAAAACCACAACATTTTAAACTCCCGAAAATAAAGGATTTTACAGTA
Unaligned ( gi|29 ): CTCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATGATTTTACAGT
Unaligned ( gi|32 ): ATGTAATTAAATGATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACAGTAAAAAAAAAAGTTTTTACAG
Unaligned ( gi|34 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAACCGATGAAAATAATGATACATGTATTACAG
Unaligned ( gi|35 ): ATATAATGCAAATTATTAAATGAATTATAAATCAATGAAAAATTGAAAATCAAAATTAACAATTCAAAACCATGAAATTTTAAATCC
Unaligned ( gi|38 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAAATGATTTTCCAGT
Unaligned ( gi|46 ): AATATACATTTATAAATGAATTATAAATCAACAAATTCATTAGTATAGAGTCAAAACCACGAAATTTTAAACCC
Unaligned ( gi|48 ): TAATCTTAATCAAATTGAGTCAAATCCACGAAATTTTAAACCCACAAAAATAAATGATTTTACAGTA
Unaligned ( gi|57 ): TAAGAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGACCTGCATCATAATTACAA
Unaligned ( gi|60 ): TGACCAGACCTCAAATTCAGTTGTTGATGACCCAGATAAAGGAAAGTCT
Unaligned ( gi|61 ): TTAGAGTCAAAACCATGAAATTCTAAACCCACAAAAATAGTTTTGCAG
Unaligned ( gi|64 ): TGAATGAATCATAAATCAACGAAAATTAATATCA
Unaligned ( gi|65 ): AATACCTGTATACATATATGAATTATAAATTAA
Unaligned ( gi|66 ): TAAACCCGCGAAAATAAATGATTTTACAGTAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 888 222 11 0 1 0 0 22222 1 3333333 3333 0 1111 222222 22 0 22 0 77777777777777 4444 444444 444444 1 222 222 33333 11 1 222 11 1 1 1 1
lowQualScore : . . . ... ... .. . . . . ..... . ....... .... . .... ...... .. . .. . .............. .... ...... ...... . ... ... ..... .. . ... .. . . . .
lowQualScore : 1 1 0 555 666 33 9 8 9 9 22222 7 7777777 0000 9 8888 444444 99 9 11 9 11111111111111 2222 999999 444444 0 666 666 33333 33 0 111 44 2 2 2 3
consensus : CTGTA-AAA-TC-ATN--AA---TTTT--C-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCG-T--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--AATAAA-TCCAC-G-ACG-AATT-T-T-TGCA-CTTAAAATGAA
Reference ( family-2525 ) : CTGTA-AAA-TC-ATN--AA---TTTT--C-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCG-T--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--AATAAA-TCCAC-G-ACG-AATT-T-T-TGCA-CTTAAAATGAA
gi|1 : TA-AAA-TC-ATAC-AA---TTTT--T-G-TTG-AGG-A-----TTTTAA-------TTCGGAT-TG----TTATT------TAGTAG-CC-GGG-TA-------A------AAATATAACA----AA------A-CTATA---ACG-----AA--AATAAAATCCAA-G-ACG-AATT-T-T-T
gi|10 : acgatA-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--T-T-GTG-GGG-A-----TTT-TA-------GT----T-TA----TTATT------T--TCG-T--AAG-TA-------T------A----TGG------TATATACCA-C---A---AGG-----AA--ATTAAA-TCCAC---ATT-AATT-T-T-TGTA-CTTAAAAtcgaattga
gi|12 : taCTATA-AAA-TC-ATT--AA---TATT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--GCA-T--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--AATGAA-TCCAT-T-ACA-TACT-A-T-TTCA-CTTATAA
gi|13 : taCTGTA-AAAATCGATA--AA---TTTT--C-AATTGCGAG-AATGGTTCC-AA-------TG----C-AT----TTATT------T--TTT-A--GGG-TA-------A------GATT-TAG------AA------A-C---ACAAAC------AA--AATAAA-CCCATAG-ACG-
gi|14 : taCTGTA-AAA-TC-ATA--AA---TTTT--G-G-TTG-GGG-G-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------C--TCG-T--GGG-TATTAAAATA------A----TAA------AA------A-C---A---ATG-----AA--AATAAA-TCCAT-G-TCA-AATA-T-T-TGCA-ca
gi|15 : TG-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--C-A-TTG-AGG-A-----TTT-AA-------TA----T-CG----TTATT------TA-TCG-G--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACGA----AA--AATAAA-T-CAT-G-ACG-AATT-T-T-TGCA-CT
gi|16 : cattCTGTA-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--C-A-GTG-AGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----CTATT------T--T-G-T--GGG-T--------A------A----TAA------AA------A-T---A---ACG-----AA--AATAAA-TCCCC-G-AAA-AATT-T-T-CACA-CTTA
gi|17 : aGTA-AAA-TC-AAG--AA---TTT---C-G-TTG-TG--A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCG-T--AGA-TC-------A------A----TAA------AA------A-C---C---ATG-----AA--TATAGA-TCCAC-G-ATA-AGTT-T-G-TGCA-CTTATAAt
gi|19 : GTA-AAA-TA-ATA--AA---TTTT--A-G-TTG-GAG-A-----TTT-AA-------TA----T-CA----TCATT------T--TCA-T--GGG-TA-------A------T----TAA------AT------A-C---A---ACA-----AA--AATAAG-TCCAT-G-ACA-AATT-T-T-TGCA-CTCA
gi|2 : TGTA-AAA-TC-AT----A---CTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTTTAA-------TTAT--T-C-----TTATT------TG-TTG-TCAGAG-TT-------C------A----TAAGTCCATAA------A-C---A---ATG-----AA--AATAAA--CCAC---ACA-AATT-T-T-TGCA-TTTAAAATGAA
gi|20 : TGTA-AA--TC-ATTCAAAGGTTTTT--C-G-TTG-GAGTG-----TTT-AA-------TT----TGCG----TTATTGTTGTTT--TCA-T--GG--TA-------ACA----G----TAAT-----AA------A-CC--A---ACG-----AA--AATAAA-TCCAt
gi|22 : GTA-AAA-TC-AT---------TTT--C-A-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCG-T--GGA-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----CA--AACAAA-TCTAC-A-ACA-AATG-T-T-TGCA-CTGAAAta
gi|23 : A-AAA-TA-AAA--AA---TTTT--C-G-TCG-GGG-A-----TCT-AA-------TT----T-TT----TTTTT------T--TCG-T--GGA-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--AACAAA-TCCAC-G-ACA-ATTT-T-T-TGCA-CT
gi|24 : A-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--G-G-TTG-GGG-G-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTGTT------T--TTG-T--GGG-TA-------ACAGTAAA----TAA------AA------A-C---A---ATG-----AA--AATA-----------------CT-T-T-TGCA-CTTATATTGAAga
gi|25 : TGTA-AAA-TC-AGT--CA---TTTT--C-A-TTG-AGG-A-----TGG-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCA-T--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---G---ACA-----A------AAA-TCCAC-A-ACG-AATA-T-G-AGCA-CTTA
gi|26 : CTGTA-AAA-TC-GTG--TA---TTTT--C-A-TTT-GGG-A-----TTT-GA-------TT----T-TGGTTTTTTTT------T--TCG-T--AGG-TA-------A------A----CAA------AA------A-T---A---ACG-----AA--AATAAG-TCCAT-G-ACG-AAT
gi|27 : ta--AA---TTTC--C-AATTG-GGA-A-----TTG-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TTG-T--AGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ATA-----AA--AATAAA-GCCAC-A-ATG-AATT-T-T-TGCT-CTTAAAA
gi|28 : gatGTA-TAA-TC-GTG--AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTATT------T--TCG-G--GGA-TA-------A------A----CAA------
gi|3 : TGTA-AAA-TC-ATGTAAA---CTTT--C-G-TTG-GAA-G-----TGT-CA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCA-T--GGT-TA-------CCGGTT-A----TAA------AA------A-C---AT--ATA-----AA--AATAAA-TTCAC-GAAAA-AACT-T-T-TGCA-CTGAAAAggattctgtgactgctcaacaaaaattcaacatt
gi|30 : atCTGTA-AAA-TC-AGA--AT---TTTT--C-G-TTT-TGG-A-----TTT-AA-------TC----T-CC----TTAAT------T--TTG-T--GGG-TA-------A------A----TAA------TT------A-C---A---ATG-----AA--AATTAA-CCCAC-G-ACA-AAg
gi|31 : ata--AA---TTTT--T-G-GTC-AGG-A-----TAT-AG-------CT----T-CA----GTATT------T--TCG-T--AGG-TA-------A------AA---CAA------AA------A-C---A---ATG-----AA--A-TAAA-TCCAT-G-ATG-AATA-T-T-TGCA-CTTAAAAT
gi|33 : -ATA--AA---TTTT--C-G-TAG-GGG-A-----TTT-AA-------TA----T-CG----TTATT------T--TCA-T--GGG-T--------A------A----TTA------TT------A-C---A---ACA-----AA--AATAAG-TACAT-G-ACA-AATT-T-T-TGCA-CT
gi|36 : naaCTGTA-AAA-TC-ATT--AT---TTTT--C-A-TTG-GGG-A-----TTT-GA-------TG----T-TG----ATATT------T--TCC-T--GGA-TA-------A------C----T-A------AA------A-C---A---ACG-----AA--AATAAA-TCCAT-G-ACA-A
gi|37 : taCTGTA-AAA-TC-ATA--AA---TTTTTTC-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----T--------------------GGG-TA-------A------T----TAA------AA------A-G---A---ATG-----AA--AATAAA-GCCGT-G-ACA-TATT-T-T-
gi|39 : aCTGTA-ATA-TT-AGG--AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CA----TTATT------T--TCA-T--GGG-TA------------------------------------------------------AA--AATAAA-TCCAT-G-ACA-AAAT-T-T-TGCA-
gi|4 : CCGTA-AAA-TC-ATTT-AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TGA-TG-------TT----T-CG----TT-TT------T--TCA-T--GGG-TATA-----A------G----TAA------AA------A-C---A---TTG-----AA--AATAAA-TCTGC-C-ATG-AACT-A-T-TGCA-CTTAAAATGA
gi|40 : taTG-GAA-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TTG-G--GGG-CA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--ATCCAA-ACTAC-A-ACG-AATT-TGTGTGCA-CTTAAAA
gi|41 : -AAA-TC-ATT--AA---TTTT--C-A-TTG-GGA-A-----TTT-AA-------TT----T-CA----TTATT------T--TTG-T--GGG-TA-------A------A----TAA------A------------------C------AG--AATAA-----------CA-ATTT-T-C-TGCA-CTTAAA
gi|42 : TT--C-G-TTG-GG--A-----TTT-AA-------TT----T-AG----TTATT------T--TTG-T--GAG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---AGG-----AA--AATA------------------T-T-T-TGCA-CTT
gi|43 : CTGTA-AAA-TT-ATG--A----TTTT--C-T-TTG-GG-------------A-------TT----T-CA----TT------------TCA-T--GGG-TA-------A------A----TA---------------------------------------TAAA-TCCAT-G-ATG-AATT-T-T-TGCA-CCTAAAActgtaatcaaatgga
gi|44 : CTGTA-AAA-TC-AT---AA---TTTT--T-G-TTG-GCG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTATT------T--TTG-T--TGA-TA-------G------A----TAA------AATCC---A-C---A---ACA-----AA--A
gi|45 : -TTA-GGA-A-----TTT-AA-------TC----T-CG----CTATA------T--TTG-T--GGG-TA-------A------A----TGA------AA------A-C---A---ATG-----AA--AATAAA-TCCAC-G-ACG-AATTGT-T-TGtttg
gi|47 : aaaTGTG-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--C-C-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG--------------------------------------------------TAA------AA------A-C---A---ACG------A--AATAAA-TCC-----ATG-AATT-T-T-TGCA-
gi|49 : T-AA-------TT----T-CA----TTATT------T--TTG-T--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------G-C----------------------AAA-TGTAC-A-ACA-AATT-T-T-TGCT-TTGGAAATAAA
gi|5 : CTGTACAAA-TC-ATA--AAA--TTTT--C-A-TTG-GAG-A-----TTT-AAT------TT----T-CG----TTATT------T--TTA-T--GGG-TAAT-----A------A----TAT------TA------A-C---A---GTG-----AATTGA-AAA-TTTAT-G-ACA-AATT-T-T-CACA-CTGAAAAt
gi|50 : CTGTA-AGA-TC-CTA--AA---TTTT--C-A-TTG-GGA-A-----TTT-AA-------TT----T-CA----TTATT------T--TTA-T--AGG-T--------A------A----TAA------AA------A-C---A---ATG-----A
gi|51 : CTGTA-AAA-TC-ATC--AA---TTTT--C-A-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCA-T--GGA-TA-------A------A----TAA------AA------A-T---A---AC
gi|52 : a--AA---TTTT--T-G-TCA-GGG-A-----TAT-AG-------CT----T-CA----GTATT------T--TCG-T--AGG-TA-------A------A----CAA------AA------A-C---A---ATG-----AA--AATAAA-TCCA
gi|53 : CTGTA-AAA-TC-ATG--AA---TTTT--C-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TT-TT------T--TGG-T--GGGATA-------A------A----TA
gi|54 : aCTGTC-AAA-TC-ATG--AA---TATT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTAAT------T--TCA-T--GGG-TA-------A------A----
gi|55 : T------T--TCA-T--GGG-TA-------A------A----TTA------AA------A-C---------G-----AA--AATAAA-TTTAC-G-ACA-AATT-T-T-TGTG-CTGAAAAc
gi|56 : cGTA-TAA-TC-GTG--AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTATT------T--TCG-G--GGA-TA-------A------A----CA
gi|58 : -TC-ATT--CA---TTTT--C-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CA----TTACT------T--TCG-T--GGA-TA-------A------A----TAC------AA------
gi|59 : CTGTA-TAA-TC-GTG--AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTATT------T--TCG-
gi|6 : aTGTG-AAA-TC-ATC--AA---TTTT--C-A-TTG-GGG-A-----TTT-AANNNNNNNNN----N-CG----TTATT------T--TCA-T--GGG-CA-------A------A----TGA------AA------A-C---A---ACAAATTTAA--AATAAA-TCCAT-G-ACGAAATG-T-T-TGCA-g
gi|62 : ---A---ACG-----GA--ACTAAA-TCCAC-A-TAA-AATT-T-T-TGCA-CTTAAATTGAA
gi|63 : -----AA--AATGAA-TCCAC-G-ACG-AATT-T-T-TGCA-ta
gi|7 : CTGTA-AAA-TC-ATG--AA---TTTT--C-G-TTG-GGA-G-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TTT-A--GGG-TA-------A------A----CAA------AA------A-C---A---AAG-----AA--AATAAA-TCCAC-A-ACG-CATA-T-T-TGCA-CTTAAAATAAAaagtata
gi|9 : CTGTA-AAA-TC-AAT--AA---TTTT--TTG-TTG-CGT-A-----TTT-CA-------TT----T-TG----T-GTT------T--CCAAT--GGG-TATAG----A------A----TAA------AA------GGC---A---ACG-----AA--A-TAAA-TCCAC-A-GCA-AATT-T-T-TGCAGCTTAA
17 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAGACCACAAAAGTAAATGATTTGACAGT
Unaligned ( gi|11 ): ATATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAACCCATGAAAATGAATGATTTTACAGTA
Unaligned ( gi|18 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATTTTAAACCCATGGTTTACAGTAT
Unaligned ( gi|21 ): ATATAAATTAATTATACACTAACAAAATTAATCTGAACGACTAGAGTCAAAACCACAACATTTTAAACTCCCGAAAATAAAGGATTTTACAGTA
Unaligned ( gi|29 ): CTCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATGATTTTACAGT
Unaligned ( gi|32 ): ATGTAATTAAATGATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACAGTAAAAAAAAAAGTTTTTACAG
Unaligned ( gi|34 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAACCGATGAAAATAATGATACATGTATTACAG
Unaligned ( gi|35 ): ATATAATGCAAATTATTAAATGAATTATAAATCAATGAAAAATTGAAAATCAAAATTAACAATTCAAAACCATGAAATTTTAAATCC
Unaligned ( gi|38 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAAATGATTTTCCAGT
Unaligned ( gi|46 ): AATATACATTTATAAATGAATTATAAATCAACAAATTCATTAGTATAGAGTCAAAACCACGAAATTTTAAACCC
Unaligned ( gi|48 ): TAATCTTAATCAAATTGAGTCAAATCCACGAAATTTTAAACCCACAAAAATAAATGATTTTACAGTA
Unaligned ( gi|57 ): TAAGAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGACCTGCATCATAATTACAA
Unaligned ( gi|60 ): TGACCAGACCTCAAATTCAGTTGTTGATGACCCAGATAAAGGAAAGTCT
Unaligned ( gi|61 ): TTAGAGTCAAAACCATGAAATTCTAAACCCACAAAAATAGTTTTGCAG
Unaligned ( gi|64 ): TGAATGAATCATAAATCAACGAAAATTAATATCA
Unaligned ( gi|65 ): AATACCTGTATACATATATGAATTATAAATTAA
Unaligned ( gi|66 ): TAAACCCGCGAAAATAAATGATTTTACAGTAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 888 222 11 0 1 0 0 22222 1 3333333 3333 0 1111 222222 22 0 22 0 77777777777777 4444 444444 444444 1 222 222 33333 11 1 222 11 1 1 1 1
lowQualScore : . . . ... ... .. . . . . ..... . ....... .... . .... ...... .. . .. . .............. .... ...... ...... . ... ... ..... .. . ... .. . . . .
lowQualScore : 1 1 0 555 666 33 9 8 9 9 22222 7 7777777 0000 9 8888 444444 99 9 11 9 11111111111111 2222 999999 444444 0 666 666 33333 33 0 111 44 2 2 2 3
consensus : CTGTA-AAA-TC-ATN--AA---TTTT--C-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCG-T--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--AATAAA-TCCAC-G-ACG-AATT-T-T-TGCA-CTTAAAATGAA
Reference ( family-2525 ) : CTGTA-AAA-TC-ATN--AA---TTTT--C-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCG-T--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--AATAAA-TCCAC-G-ACG-AATT-T-T-TGCA-CTTAAAATGAA
gi|1 : TA-AAA-TC-ATAC-AA---TTTT--T-G-TTG-AGG-A-----TTTTAA-------TTCGGAT-TG----TTATT------TAGTAG-CC-GGG-TA-------A------AAATATAACA----AA------A-CTATA---ACG-----AA--AATAAAATCCAA-G-ACG-AATT-T-T-T
gi|10 : acgatA-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--T-T-GTG-GGG-A-----TTT-TA-------GT----T-TA----TTATT------T--TCG-T--AAG-TA-------T------A----TGG------TATATACCA-C---A---AGG-----AA--ATTAAA-TCCAC---ATT-AATT-T-T-TGTA-CTTAAAAtcgaattga
gi|12 : taCTATA-AAA-TC-ATT--AA---TATT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--GCA-T--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--AATGAA-TCCAT-T-ACA-TACT-A-T-TTCA-CTTATAA
gi|13 : taCTGTA-AAAATCGATA--AA---TTTT--C-AATTGCGAG-AATGGTTCC-AA-------TG----C-AT----TTATT------T--TTT-A--GGG-TA-------A------GATT-TAG------AA------A-C---ACAAAC------AA--AATAAA-CCCATAG-ACG-
gi|14 : taCTGTA-AAA-TC-ATA--AA---TTTT--G-G-TTG-GGG-G-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------C--TCG-T--GGG-TATTAAAATA------A----TAA------AA------A-C---A---ATG-----AA--AATAAA-TCCAT-G-TCA-AATA-T-T-TGCA-ca
gi|15 : TG-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--C-A-TTG-AGG-A-----TTT-AA-------TA----T-CG----TTATT------TA-TCG-G--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACGA----AA--AATAAA-T-CAT-G-ACG-AATT-T-T-TGCA-CT
gi|16 : cattCTGTA-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--C-A-GTG-AGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----CTATT------T--T-G-T--GGG-T--------A------A----TAA------AA------A-T---A---ACG-----AA--AATAAA-TCCCC-G-AAA-AATT-T-T-CACA-CTTA
gi|17 : aGTA-AAA-TC-AAG--AA---TTT---C-G-TTG-TG--A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCG-T--AGA-TC-------A------A----TAA------AA------A-C---C---ATG-----AA--TATAGA-TCCAC-G-ATA-AGTT-T-G-TGCA-CTTATAAt
gi|19 : GTA-AAA-TA-ATA--AA---TTTT--A-G-TTG-GAG-A-----TTT-AA-------TA----T-CA----TCATT------T--TCA-T--GGG-TA-------A------T----TAA------AT------A-C---A---ACA-----AA--AATAAG-TCCAT-G-ACA-AATT-T-T-TGCA-CTCA
gi|2 : TGTA-AAA-TC-AT----A---CTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTTTAA-------TTAT--T-C-----TTATT------TG-TTG-TCAGAG-TT-------C------A----TAAGTCCATAA------A-C---A---ATG-----AA--AATAAA--CCAC---ACA-AATT-T-T-TGCA-TTTAAAATGAA
gi|20 : TGTA-AA--TC-ATTCAAAGGTTTTT--C-G-TTG-GAGTG-----TTT-AA-------TT----TGCG----TTATTGTTGTTT--TCA-T--GG--TA-------ACA----G----TAAT-----AA------A-CC--A---ACG-----AA--AATAAA-TCCAt
gi|22 : GTA-AAA-TC-AT---------TTT--C-A-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCG-T--GGA-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----CA--AACAAA-TCTAC-A-ACA-AATG-T-T-TGCA-CTGAAAta
gi|23 : A-AAA-TA-AAA--AA---TTTT--C-G-TCG-GGG-A-----TCT-AA-------TT----T-TT----TTTTT------T--TCG-T--GGA-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--AACAAA-TCCAC-G-ACA-ATTT-T-T-TGCA-CT
gi|24 : A-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--G-G-TTG-GGG-G-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTGTT------T--TTG-T--GGG-TA-------ACAGTAAA----TAA------AA------A-C---A---ATG-----AA--AATA-----------------CT-T-T-TGCA-CTTATATTGAAga
gi|25 : TGTA-AAA-TC-AGT--CA---TTTT--C-A-TTG-AGG-A-----TGG-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCA-T--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---G---ACA-----A------AAA-TCCAC-A-ACG-AATA-T-G-AGCA-CTTA
gi|26 : CTGTA-AAA-TC-GTG--TA---TTTT--C-A-TTT-GGG-A-----TTT-GA-------TT----T-TGGTTTTTTTT------T--TCG-T--AGG-TA-------A------A----CAA------AA------A-T---A---ACG-----AA--AATAAG-TCCAT-G-ACG-AAT
gi|27 : ta--AA---TTTC--C-AATTG-GGA-A-----TTG-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TTG-T--AGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ATA-----AA--AATAAA-GCCAC-A-ATG-AATT-T-T-TGCT-CTTAAAA
gi|28 : gatGTA-TAA-TC-GTG--AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTATT------T--TCG-G--GGA-TA-------A------A----CAA------
gi|3 : TGTA-AAA-TC-ATGTAAA---CTTT--C-G-TTG-GAA-G-----TGT-CA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCA-T--GGT-TA-------CCGGTT-A----TAA------AA------A-C---AT--ATA-----AA--AATAAA-TTCAC-GAAAA-AACT-T-T-TGCA-CTGAAAAggattctgtgactgctcaacaaaaattcaacatt
gi|30 : atCTGTA-AAA-TC-AGA--AT---TTTT--C-G-TTT-TGG-A-----TTT-AA-------TC----T-CC----TTAAT------T--TTG-T--GGG-TA-------A------A----TAA------TT------A-C---A---ATG-----AA--AATTAA-CCCAC-G-ACA-AAg
gi|31 : ata--AA---TTTT--T-G-GTC-AGG-A-----TAT-AG-------CT----T-CA----GTATT------T--TCG-T--AGG-TA-------A------AA---CAA------AA------A-C---A---ATG-----AA--A-TAAA-TCCAT-G-ATG-AATA-T-T-TGCA-CTTAAAAT
gi|33 : -ATA--AA---TTTT--C-G-TAG-GGG-A-----TTT-AA-------TA----T-CG----TTATT------T--TCA-T--GGG-T--------A------A----TTA------TT------A-C---A---ACA-----AA--AATAAG-TACAT-G-ACA-AATT-T-T-TGCA-CT
gi|36 : naaCTGTA-AAA-TC-ATT--AT---TTTT--C-A-TTG-GGG-A-----TTT-GA-------TG----T-TG----ATATT------T--TCC-T--GGA-TA-------A------C----T-A------AA------A-C---A---ACG-----AA--AATAAA-TCCAT-G-ACA-A
gi|37 : taCTGTA-AAA-TC-ATA--AA---TTTTTTC-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----T--------------------GGG-TA-------A------T----TAA------AA------A-G---A---ATG-----AA--AATAAA-GCCGT-G-ACA-TATT-T-T-
gi|39 : aCTGTA-ATA-TT-AGG--AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CA----TTATT------T--TCA-T--GGG-TA------------------------------------------------------AA--AATAAA-TCCAT-G-ACA-AAAT-T-T-TGCA-
gi|4 : CCGTA-AAA-TC-ATTT-AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TGA-TG-------TT----T-CG----TT-TT------T--TCA-T--GGG-TATA-----A------G----TAA------AA------A-C---A---TTG-----AA--AATAAA-TCTGC-C-ATG-AACT-A-T-TGCA-CTTAAAATGA
gi|40 : taTG-GAA-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TTG-G--GGG-CA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--ATCCAA-ACTAC-A-ACG-AATT-TGTGTGCA-CTTAAAA
gi|41 : -AAA-TC-ATT--AA---TTTT--C-A-TTG-GGA-A-----TTT-AA-------TT----T-CA----TTATT------T--TTG-T--GGG-TA-------A------A----TAA------A------------------C------AG--AATAA-----------CA-ATTT-T-C-TGCA-CTTAAA
gi|42 : TT--C-G-TTG-GG--A-----TTT-AA-------TT----T-AG----TTATT------T--TTG-T--GAG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---AGG-----AA--AATA------------------T-T-T-TGCA-CTT
gi|43 : CTGTA-AAA-TT-ATG--A----TTTT--C-T-TTG-GG-------------A-------TT----T-CA----TT------------TCA-T--GGG-TA-------A------A----TA---------------------------------------TAAA-TCCAT-G-ATG-AATT-T-T-TGCA-CCTAAAActgtaatcaaatgga
gi|44 : CTGTA-AAA-TC-AT---AA---TTTT--T-G-TTG-GCG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTATT------T--TTG-T--TGA-TA-------G------A----TAA------AATCC---A-C---A---ACA-----AA--A
gi|45 : -TTA-GGA-A-----TTT-AA-------TC----T-CG----CTATA------T--TTG-T--GGG-TA-------A------A----TGA------AA------A-C---A---ATG-----AA--AATAAA-TCCAC-G-ACG-AATTGT-T-TGtttg
gi|47 : aaaTGTG-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--C-C-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG--------------------------------------------------TAA------AA------A-C---A---ACG------A--AATAAA-TCC-----ATG-AATT-T-T-TGCA-
gi|49 : T-AA-------TT----T-CA----TTATT------T--TTG-T--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------G-C----------------------AAA-TGTAC-A-ACA-AATT-T-T-TGCT-TTGGAAATAAA
gi|5 : CTGTACAAA-TC-ATA--AAA--TTTT--C-A-TTG-GAG-A-----TTT-AAT------TT----T-CG----TTATT------T--TTA-T--GGG-TAAT-----A------A----TAT------TA------A-C---A---GTG-----AATTGA-AAA-TTTAT-G-ACA-AATT-T-T-CACA-CTGAAAAt
gi|50 : CTGTA-AGA-TC-CTA--AA---TTTT--C-A-TTG-GGA-A-----TTT-AA-------TT----T-CA----TTATT------T--TTA-T--AGG-T--------A------A----TAA------AA------A-C---A---ATG-----A
gi|51 : CTGTA-AAA-TC-ATC--AA---TTTT--C-A-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCA-T--GGA-TA-------A------A----TAA------AA------A-T---A---AC
gi|52 : a--AA---TTTT--T-G-TCA-GGG-A-----TAT-AG-------CT----T-CA----GTATT------T--TCG-T--AGG-TA-------A------A----CAA------AA------A-C---A---ATG-----AA--AATAAA-TCCA
gi|53 : CTGTA-AAA-TC-ATG--AA---TTTT--C-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TT-TT------T--TGG-T--GGGATA-------A------A----TA
gi|54 : aCTGTC-AAA-TC-ATG--AA---TATT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTAAT------T--TCA-T--GGG-TA-------A------A----
gi|55 : T------T--TCA-T--GGG-TA-------A------A----TTA------AA------A-C---------G-----AA--AATAAA-TTTAC-G-ACA-AATT-T-T-TGTG-CTGAAAAc
gi|56 : cGTA-TAA-TC-GTG--AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTATT------T--TCG-G--GGA-TA-------A------A----CA
gi|58 : -TC-ATT--CA---TTTT--C-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CA----TTACT------T--TCG-T--GGA-TA-------A------A----TAC------AA------
gi|59 : CTGTA-TAA-TC-GTG--AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTATT------T--TCG-
gi|6 : aTGTG-AAA-TC-ATC--AA---TTTT--C-A-TTG-GGG-A-----TTT-AANNNNNNNNN----N-CG----TTATT------T--TCA-T--GGG-CA-------A------A----TGA------AA------A-C---A---ACAAATTTAA--AATAAA-TCCAT-G-ACGAAATG-T-T-TGCA-g
gi|62 : ---A---ACG-----GA--ACTAAA-TCCAC-A-TAA-AATT-T-T-TGCA-CTTAAATTGAA
gi|63 : -----AA--AATGAA-TCCAC-G-ACG-AATT-T-T-TGCA-ta
gi|7 : CTGTA-AAA-TC-ATG--AA---TTTT--C-G-TTG-GGA-G-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TTT-A--GGG-TA-------A------A----CAA------AA------A-C---A---AAG-----AA--AATAAA-TCCAC-A-ACG-CATA-T-T-TGCA-CTTAAAATAAAaagtata
gi|9 : CTGTA-AAA-TC-AAT--AA---TTTT--TTG-TTG-CGT-A-----TTT-CA-------TT----T-TG----T-GTT------T--CCAAT--GGG-TATAG----A------A----TAA------AA------GGC---A---ACG-----AA--A-TAAA-TCCAC-A-GCA-AATT-T-T-TGCAGCTTAA
blockSeqs : C A G TCA GGT TT A ATGGT T NNNNNNN AT GTTT GTTGTT A CA TTAAAATA ATT GTCCAT TATACC C CAA AATTT TT . AG GA G G G G
blockSeqs : . . . GTA A . A . . T . . . G . ACAGTAA A T TCC . T A . . GA T . . . .
blockSeqs : . . . TT . . . . . . . . . . . CCGGTT . . . . . . . . T A . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . TAGA . . . . . . . . G G . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . ACA . . . . . . . . G A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . TAA . . . . . . . . G G . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . ATA . . . . . . . . G A . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G A . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A A . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G A . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A G . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G G . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . G G . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G G . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . C A . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A A . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G A . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G G . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A G . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G G . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G G . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A G . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G A . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A A . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . A A . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : N** **** ** ** **** ****** ***
originalCons : CTGTA-AAA-TC-ATN--AA---TTTT--C-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCG-T--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--AATAAA-TCCAC-G-ACG-AATT-T-T-TGCA-CTTAAAATGAA
finalCons : CTGTA-AAA-TC-ATN--AA---TTTT--C-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCG-T--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--AATAAA-TCCAC-G-ACG-AATT-T-T-TGCA-CTTAAAATGAA
17 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAGACCACAAAAGTAAATGATTTGACAGT
Unaligned ( gi|11 ): ATATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAACCCATGAAAATGAATGATTTTACAGTA
Unaligned ( gi|18 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATTTTAAACCCATGGTTTACAGTAT
Unaligned ( gi|21 ): ATATAAATTAATTATACACTAACAAAATTAATCTGAACGACTAGAGTCAAAACCACAACATTTTAAACTCCCGAAAATAAAGGATTTTACAGTA
Unaligned ( gi|29 ): CTCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATGATTTTACAGT
Unaligned ( gi|32 ): ATGTAATTAAATGATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACAGTAAAAAAAAAAGTTTTTACAG
Unaligned ( gi|34 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAACCGATGAAAATAATGATACATGTATTACAG
Unaligned ( gi|35 ): ATATAATGCAAATTATTAAATGAATTATAAATCAATGAAAAATTGAAAATCAAAATTAACAATTCAAAACCATGAAATTTTAAATCC
Unaligned ( gi|38 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAAATGATTTTCCAGT
Unaligned ( gi|46 ): AATATACATTTATAAATGAATTATAAATCAACAAATTCATTAGTATAGAGTCAAAACCACGAAATTTTAAACCC
Unaligned ( gi|48 ): TAATCTTAATCAAATTGAGTCAAATCCACGAAATTTTAAACCCACAAAAATAAATGATTTTACAGTA
Unaligned ( gi|57 ): TAAGAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGACCTGCATCATAATTACAA
Unaligned ( gi|60 ): TGACCAGACCTCAAATTCAGTTGTTGATGACCCAGATAAAGGAAAGTCT
Unaligned ( gi|61 ): TTAGAGTCAAAACCATGAAATTCTAAACCCACAAAAATAGTTTTGCAG
Unaligned ( gi|64 ): TGAATGAATCATAAATCAACGAAAATTAATATCA
Unaligned ( gi|65 ): AATACCTGTATACATATATGAATTATAAATTAA
Unaligned ( gi|66 ): TAAACCCGCGAAAATAAATGATTTTACAGTAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 888 222 11 0 1 0 0 22222 1 3333333 3333 0 1111 222222 22 0 22 0 77777777777777 4444 444444 444444 1 222 222 33333 11 1 222 11 1 1 1 1
lowQualScore : . . . ... ... .. . . . . ..... . ....... .... . .... ...... .. . .. . .............. .... ...... ...... . ... ... ..... .. . ... .. . . . .
lowQualScore : 1 1 0 555 666 33 9 8 9 9 22222 7 7777777 0000 9 8888 444444 99 9 11 9 11111111111111 2222 999999 444444 0 666 666 33333 33 0 111 44 2 2 2 3
consensus : CTGTA-AAA-TC-ATN--AA---TTTT--C-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCG-T--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--AATAAA-TCCAC-G-ACG-AATT-T-T-TGCA-CTTAAAATGAA
Reference ( family-2525 ) : CTGTA-AAA-TC-ATN--AA---TTTT--C-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCG-T--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--AATAAA-TCCAC-G-ACG-AATT-T-T-TGCA-CTTAAAATGAA
gi|1 : TA-AAA-TC-ATAC-AA---TTTT--T-G-TTG-AGG-A-----TTTTAA-------TTCGGAT-TG----TTATT------TAGTAG-CC-GGG-TA-------A------AAATATAACA----AA------A-CTATA---ACG-----AA--AATAAAATCCAA-G-ACG-AATT-T-T-T
gi|10 : acgatA-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--T-T-GTG-GGG-A-----TTT-TA-------GT----T-TA----TTATT------T--TCG-T--AAG-TA-------T------A----TGG------TATATACCA-C---A---AGG-----AA--ATTAAA-TCCAC---ATT-AATT-T-T-TGTA-CTTAAAAtcgaattga
gi|12 : taCTATA-AAA-TC-ATT--AA---TATT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--GCA-T--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--AATGAA-TCCAT-T-ACA-TACT-A-T-TTCA-CTTATAA
gi|13 : taCTGTA-AAAATCGATA--AA---TTTT--C-AATTGCGAG-AATGGTTCC-AA-------TG----C-AT----TTATT------T--TTT-A--GGG-TA-------A------GATT-TAG------AA------A-C---ACAAAC------AA--AATAAA-CCCATAG-ACG-
gi|14 : taCTGTA-AAA-TC-ATA--AA---TTTT--G-G-TTG-GGG-G-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------C--TCG-T--GGG-TATTAAAATA------A----TAA------AA------A-C---A---ATG-----AA--AATAAA-TCCAT-G-TCA-AATA-T-T-TGCA-ca
gi|15 : TG-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--C-A-TTG-AGG-A-----TTT-AA-------TA----T-CG----TTATT------TA-TCG-G--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACGA----AA--AATAAA-T-CAT-G-ACG-AATT-T-T-TGCA-CT
gi|16 : cattCTGTA-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--C-A-GTG-AGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----CTATT------T--T-G-T--GGG-T--------A------A----TAA------AA------A-T---A---ACG-----AA--AATAAA-TCCCC-G-AAA-AATT-T-T-CACA-CTTA
gi|17 : aGTA-AAA-TC-AAG--AA---TTT---C-G-TTG-TG--A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCG-T--AGA-TC-------A------A----TAA------AA------A-C---C---ATG-----AA--TATAGA-TCCAC-G-ATA-AGTT-T-G-TGCA-CTTATAAt
gi|19 : GTA-AAA-TA-ATA--AA---TTTT--A-G-TTG-GAG-A-----TTT-AA-------TA----T-CA----TCATT------T--TCA-T--GGG-TA-------A------T----TAA------AT------A-C---A---ACA-----AA--AATAAG-TCCAT-G-ACA-AATT-T-T-TGCA-CTCA
gi|2 : TGTA-AAA-TC-AT----A---CTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTTTAA-------TTAT--T-C-----TTATT------TG-TTG-TCAGAG-TT-------C------A----TAAGTCCATAA------A-C---A---ATG-----AA--AATAAA--CCAC---ACA-AATT-T-T-TGCA-TTTAAAATGAA
gi|20 : TGTA-AA--TC-ATTCAAAGGTTTTT--C-G-TTG-GAGTG-----TTT-AA-------TT----TGCG----TTATTGTTGTTT--TCA-T--GG--TA-------ACA----G----TAAT-----AA------A-CC--A---ACG-----AA--AATAAA-TCCAt
gi|22 : GTA-AAA-TC-AT---------TTT--C-A-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCG-T--GGA-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----CA--AACAAA-TCTAC-A-ACA-AATG-T-T-TGCA-CTGAAAta
gi|23 : A-AAA-TA-AAA--AA---TTTT--C-G-TCG-GGG-A-----TCT-AA-------TT----T-TT----TTTTT------T--TCG-T--GGA-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--AACAAA-TCCAC-G-ACA-ATTT-T-T-TGCA-CT
gi|24 : A-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--G-G-TTG-GGG-G-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTGTT------T--TTG-T--GGG-TA-------ACAGTAAA----TAA------AA------A-C---A---ATG-----AA--AATA-----------------CT-T-T-TGCA-CTTATATTGAAga
gi|25 : TGTA-AAA-TC-AGT--CA---TTTT--C-A-TTG-AGG-A-----TGG-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCA-T--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---G---ACA-----A------AAA-TCCAC-A-ACG-AATA-T-G-AGCA-CTTA
gi|26 : CTGTA-AAA-TC-GTG--TA---TTTT--C-A-TTT-GGG-A-----TTT-GA-------TT----T-TGGTTTTTTTT------T--TCG-T--AGG-TA-------A------A----CAA------AA------A-T---A---ACG-----AA--AATAAG-TCCAT-G-ACG-AAT
gi|27 : ta--AA---TTTC--C-AATTG-GGA-A-----TTG-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TTG-T--AGG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ATA-----AA--AATAAA-GCCAC-A-ATG-AATT-T-T-TGCT-CTTAAAA
gi|28 : gatGTA-TAA-TC-GTG--AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTATT------T--TCG-G--GGA-TA-------A------A----CAA------
gi|3 : TGTA-AAA-TC-ATGTAAA---CTTT--C-G-TTG-GAA-G-----TGT-CA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCA-T--GGT-TA-------CCGGTT-A----TAA------AA------A-C---AT--ATA-----AA--AATAAA-TTCAC-GAAAA-AACT-T-T-TGCA-CTGAAAAggattctgtgactgctcaacaaaaattcaacatt
gi|30 : atCTGTA-AAA-TC-AGA--AT---TTTT--C-G-TTT-TGG-A-----TTT-AA-------TC----T-CC----TTAAT------T--TTG-T--GGG-TA-------A------A----TAA------TT------A-C---A---ATG-----AA--AATTAA-CCCAC-G-ACA-AAg
gi|31 : ata--AA---TTTT--T-G-GTC-AGG-A-----TAT-AG-------CT----T-CA----GTATT------T--TCG-T--AGG-TA-------A------AA---CAA------AA------A-C---A---ATG-----AA--A-TAAA-TCCAT-G-ATG-AATA-T-T-TGCA-CTTAAAAT
gi|33 : -ATA--AA---TTTT--C-G-TAG-GGG-A-----TTT-AA-------TA----T-CG----TTATT------T--TCA-T--GGG-T--------A------A----TTA------TT------A-C---A---ACA-----AA--AATAAG-TACAT-G-ACA-AATT-T-T-TGCA-CT
gi|36 : naaCTGTA-AAA-TC-ATT--AT---TTTT--C-A-TTG-GGG-A-----TTT-GA-------TG----T-TG----ATATT------T--TCC-T--GGA-TA-------A------C----T-A------AA------A-C---A---ACG-----AA--AATAAA-TCCAT-G-ACA-A
gi|37 : taCTGTA-AAA-TC-ATA--AA---TTTTTTC-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----T--------------------GGG-TA-------A------T----TAA------AA------A-G---A---ATG-----AA--AATAAA-GCCGT-G-ACA-TATT-T-T-
gi|39 : aCTGTA-ATA-TT-AGG--AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CA----TTATT------T--TCA-T--GGG-TA------------------------------------------------------AA--AATAAA-TCCAT-G-ACA-AAAT-T-T-TGCA-
gi|4 : CCGTA-AAA-TC-ATTT-AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TGA-TG-------TT----T-CG----TT-TT------T--TCA-T--GGG-TATA-----A------G----TAA------AA------A-C---A---TTG-----AA--AATAAA-TCTGC-C-ATG-AACT-A-T-TGCA-CTTAAAATGA
gi|40 : taTG-GAA-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TTG-G--GGG-CA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---ACG-----AA--ATCCAA-ACTAC-A-ACG-AATT-TGTGTGCA-CTTAAAA
gi|41 : -AAA-TC-ATT--AA---TTTT--C-A-TTG-GGA-A-----TTT-AA-------TT----T-CA----TTATT------T--TTG-T--GGG-TA-------A------A----TAA------A------------------C------AG--AATAA-----------CA-ATTT-T-C-TGCA-CTTAAA
gi|42 : TT--C-G-TTG-GG--A-----TTT-AA-------TT----T-AG----TTATT------T--TTG-T--GAG-TA-------A------A----TAA------AA------A-C---A---AGG-----AA--AATA------------------T-T-T-TGCA-CTT
gi|43 : CTGTA-AAA-TT-ATG--A----TTTT--C-T-TTG-GG-------------A-------TT----T-CA----TT------------TCA-T--GGG-TA-------A------A----TA---------------------------------------TAAA-TCCAT-G-ATG-AATT-T-T-TGCA-CCTAAAActgtaatcaaatgga
gi|44 : CTGTA-AAA-TC-AT---AA---TTTT--T-G-TTG-GCG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTATT------T--TTG-T--TGA-TA-------G------A----TAA------AATCC---A-C---A---ACA-----AA--A
gi|45 : -TTA-GGA-A-----TTT-AA-------TC----T-CG----CTATA------T--TTG-T--GGG-TA-------A------A----TGA------AA------A-C---A---ATG-----AA--AATAAA-TCCAC-G-ACG-AATTGT-T-TGtttg
gi|47 : aaaTGTG-AAA-TC-ATT--AA---TTTT--C-C-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG--------------------------------------------------TAA------AA------A-C---A---ACG------A--AATAAA-TCC-----ATG-AATT-T-T-TGCA-
gi|49 : T-AA-------TT----T-CA----TTATT------T--TTG-T--GGG-TA-------A------A----TAA------AA------G-C----------------------AAA-TGTAC-A-ACA-AATT-T-T-TGCT-TTGGAAATAAA
gi|5 : CTGTACAAA-TC-ATA--AAA--TTTT--C-A-TTG-GAG-A-----TTT-AAT------TT----T-CG----TTATT------T--TTA-T--GGG-TAAT-----A------A----TAT------TA------A-C---A---GTG-----AATTGA-AAA-TTTAT-G-ACA-AATT-T-T-CACA-CTGAAAAt
gi|50 : CTGTA-AGA-TC-CTA--AA---TTTT--C-A-TTG-GGA-A-----TTT-AA-------TT----T-CA----TTATT------T--TTA-T--AGG-T--------A------A----TAA------AA------A-C---A---ATG-----A
gi|51 : CTGTA-AAA-TC-ATC--AA---TTTT--C-A-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TCA-T--GGA-TA-------A------A----TAA------AA------A-T---A---AC
gi|52 : a--AA---TTTT--T-G-TCA-GGG-A-----TAT-AG-------CT----T-CA----GTATT------T--TCG-T--AGG-TA-------A------A----CAA------AA------A-C---A---ATG-----AA--AATAAA-TCCA
gi|53 : CTGTA-AAA-TC-ATG--AA---TTTT--C-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CG----TT-TT------T--TGG-T--GGGATA-------A------A----TA
gi|54 : aCTGTC-AAA-TC-ATG--AA---TATT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTAAT------T--TCA-T--GGG-TA-------A------A----
gi|55 : T------T--TCA-T--GGG-TA-------A------A----TTA------AA------A-C---------G-----AA--AATAAA-TTTAC-G-ACA-AATT-T-T-TGTG-CTGAAAAc
gi|56 : cGTA-TAA-TC-GTG--AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTATT------T--TCG-G--GGA-TA-------A------A----CA
gi|58 : -TC-ATT--CA---TTTT--C-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-CA----TTACT------T--TCG-T--GGA-TA-------A------A----TAC------AA------
gi|59 : CTGTA-TAA-TC-GTG--AA---TTTT--T-G-TTG-GGG-A-----TTT-AA-------TT----T-TG----TTATT------T--TCG-
gi|6 : aTGTG-AAA-TC-ATC--AA---TTTT--C-A-TTG-GGG-A-----TTT-AANNNNNNNNN----N-CG----TTATT------T--TCA-T--GGG-CA-------A------A----TGA------AA------A-C---A---ACAAATTTAA--AATAAA-TCCAT-G-ACGAAATG-T-T-TGCA-g
gi|62 : ---A---ACG-----GA--ACTAAA-TCCAC-A-TAA-AATT-T-T-TGCA-CTTAAATTGAA
gi|63 : -----AA--AATGAA-TCCAC-G-ACG-AATT-T-T-TGCA-ta
gi|7 : CTGTA-AAA-TC-ATG--AA---TTTT--C-G-TTG-GGA-G-----TTT-AA-------TT----T-CG----TTATT------T--TTT-A--GGG-TA-------A------A----CAA------AA------A-C---A---AAG-----AA--AATAAA-TCCAC-A-ACG-CATA-T-T-TGCA-CTTAAAATAAAaagtata
gi|9 : CTGTA-AAA-TC-AAT--AA---TTTT--TTG-TTG-CGT-A-----TTT-CA-------TT----T-TG----T-GTT------T--CCAAT--GGG-TATAG----A------A----TAA------AA------GGC---A---ACG-----AA--A-TAAA-TCCAC-A-GCA-AATT-T-T-TGCAGCTTAA
17 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAGACCACAAAAGTAAATGATTTGACAGT
Unaligned ( gi|11 ): ATATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAACCCATGAAAATGAATGATTTTACAGTA
Unaligned ( gi|18 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATTTTAAACCCATGGTTTACAGTAT
Unaligned ( gi|21 ): ATATAAATTAATTATACACTAACAAAATTAATCTGAACGACTAGAGTCAAAACCACAACATTTTAAACTCCCGAAAATAAAGGATTTTACAGTA
Unaligned ( gi|29 ): CTCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATGATTTTACAGT
Unaligned ( gi|32 ): ATGTAATTAAATGATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACAGTAAAAAAAAAAGTTTTTACAG
Unaligned ( gi|34 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAACCGATGAAAATAATGATACATGTATTACAG
Unaligned ( gi|35 ): ATATAATGCAAATTATTAAATGAATTATAAATCAATGAAAAATTGAAAATCAAAATTAACAATTCAAAACCATGAAATTTTAAATCC
Unaligned ( gi|38 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAAATGATTTTCCAGT
Unaligned ( gi|46 ): AATATACATTTATAAATGAATTATAAATCAACAAATTCATTAGTATAGAGTCAAAACCACGAAATTTTAAACCC
Unaligned ( gi|48 ): TAATCTTAATCAAATTGAGTCAAATCCACGAAATTTTAAACCCACAAAAATAAATGATTTTACAGTA
Unaligned ( gi|57 ): TAAGAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGACCTGCATCATAATTACAA
Unaligned ( gi|60 ): TGACCAGACCTCAAATTCAGTTGTTGATGACCCAGATAAAGGAAAGTCT
Unaligned ( gi|61 ): TTAGAGTCAAAACCATGAAATTCTAAACCCACAAAAATAGTTTTGCAG
Unaligned ( gi|64 ): TGAATGAATCATAAATCAACGAAAATTAATATCA
Unaligned ( gi|65 ): AATACCTGTATACATATATGAATTATAAATTAA
Unaligned ( gi|66 ): TAAACCCGCGAAAATAAATGATTTTACAGTAT