lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 66666666666666666666 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22 1111 11 11 111 22222 1 11111 1 111 222222 22222 88888888888888888888888888888888888 11111111 1 1
lowQualScore : 99999999999999999999 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 6 3 6 11 6 9999 00 55 777 00000 7 0 2 88 3 66666 4 9 111 555555 1 4 8888 55 3 55555 8888 88888888888888888888888888888888888 7 44 22222222 7777 33 5 7 0 8 3 2 6 4 6 5 4
lowQualScore : .................... ....................................................................... . . . . .. . .... .. .. ... ..... . . . .. . ..... . . ... ...... . . .... .. . ..... .... ................................... . .. ........ .... .. . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 00000000000000000000 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 0 0 0 00 0 3333 22 88 888 22222 8 5 5 00 5 77777 8 2 777 000000 0 7 5555 55 0 55555 5555 99999999999999999999999999999999999 4 66 11111111 1111 22 0 5 3 7 2 1 0 0 8 0 2
consensus : GAAATAGTNGAGGTNAAT--GGTCGCAGGGAAGGTCAAGCACNGATNNCNNNACAGCACGTATCAGTGCGCGAGTTTTCATGAAAATATTGTCAAT-GTTGCTTTAAGANTGAGCTGAACNCCAAATANGGAAAAGTGAGGTCGAGGTCGAAGGAAAT-GNCAAGGTC-AAAAATATTGATGTAGTTGGNATAG----ATGTCACCAATATNTATCANCACGTAAAGCNTGA-----TAAAAATATCTTG---AAA---AGTTTCTTTGAAACT----GAGCT--AAACGCAAA---GTGTGAC----GGAN----GGAC-------GGA------G-A--GAG--AAGGACGGAA--G--------ACGGA----CATGACAAACACTACTATATGCCCCGGCCATATTCA-TGGCGGGGCATAAAAA
Reference ( gi|1 ) : GAAATAG-GGAGATCAATTGGGTCAACGGGAAGGTCA-----TGGTAAAAAAATAATATGTATCAGTGTAAGCATTTTCATACAAATATTGTCATTGGTTGCTTTGAAAGTGAGCTAAACACCGAATTTGGGAAAGTGAGGTCAAGGTCAAAGGAAAT-GCTAAGGTC-AAAACTATTGATGCAGTTGGGATAG----ATGTTACCAATATCTATCAGCACGTGGAGTTTGA-----TAAAGATATATTG---AAA---GGTTTCTTTGAAACT----GAGCT--AAACACAGC---GTGTGAC----GGAT----AGAC-------GGA-----GGAA--GAG--AAGGATGGAA--G--------ACAGA----CATAGCAAACACTACTATATACTCCGGCCATACTCA-TGGCGAGGAATGAAAA
gi|2 : GAAATAG-TAAGGTAAA---GGTCGCAGGGAAAGTCA-----AGATCACCAC-CAATATATATCAGTGTA---------------ATA---------GTTGCTTTAAGACTGAACTGAACACTAAATAAGGAAAAGTGAGGTCGAGGTCAAAGGAAATAGC--AGGAT-AAAAATAATGATATAATT-GAATAA----ATATCATAAATATGTAACAGCATAGAAAGCTTCAAGCTGTAAAGATAT-CTA---AAA---G-------TG----T----GAGAT--GAACACAGA---GTGCAAT----GGA
gi|4 : ATAGTGGAG-TTAAT---GTCATAGGAAAGGTCAAGCACTGATGCCACAATAGCACG-A-CAGTGCGCGAGTTTTCATGAAAATATTGTCAAT------------AGTGAGCTGAACCCCAAATATGGAAAAGTGAGATCAATGTCGAAGGAAAT-GTCAAGGTCAAAAAATGTTGATGCAGTT-CTACAG----ATGTCATCGATATTTTTCCGCATATAAGGCGTGA-----TGAAAATATCTTG---Aagggaatatccatgg
gi|3 : TGAGGTCAAGGACAAAGTCAAT-GATAAGGTG-AAAAACATTGATGCAATTGATATAG----ATGTCACCAATATGTATCATCACGTAGAGTTTGA-----TCAACATATCTTT---AAATATATTTTCTTGGAAACT----GAGCT--AAACACAAA---GTATGACGGAAGGAT----AGACCCGTGATGGA-----CGAAAGGAGACAAAGATGGAA--G--------ACAGA----CATAGCAAA
gi|5 : gaatagtGGTC-AAG--TATTGATGTAGTTGGAATA-----------CCAATATTTATCATCACGTAAAGTATGA-----TAAAAATATCTTGTATAAT---CGTTTCTTTGAATCT----GAGCT--AAACGCAAA---GTGTGAC----GGATGGTCAGGC-------GGA-----AGGA--GAT--AAGGGTGGAA--G--------ACAGA----CATAGCAAAC---ACTATACGCTCCAACCATATTCA-TGGCGGGGCATGAAAAacatggcgggacatgaaaat
gi|16 : AAAATATTGTTGTAGTTGAGATAGATAGATGTCACCAt
gi|6 : TGA-----TAAAAATATCTTA---AAT---AGTTTCTTTAA----------GCT--AA-CGCAATTTAGTATGAT----GGAA----AGAC----------------------AA--AAGGATGGAA--G--------ACAGA----CATGACAAA-A--GCTATATGCCTCAGCCATATTCA-TGGTGGGGCATAAAAAtgataattaata
gi|7 : GA-----TAAAAATATCTTG---AAA---AGTATCTTTCAAACT----GAACT--AAATGCCAA---GTATGGC----AGAA----GGAC----------------------AG--AAGGA---AG--G--------ACGGA----CATGACAAACA
gi|10 : tgTCTTTGAAACT----GGGCT--AAATGCAAA---GTGTGAC----AGAC----AGAT-------GGA-----AG-----------GGACGAAA--G--------ATGGA----CATGACAAACACTA----ATGTCCCACCCATATTCATTGGCGAGGCATAAAAtcaatccaggctaaattcaaggtgggacatataaa
gi|11 : ataTCTTTGAAACTAGCTGAGCTTAAAATGCAAA---GTGTGAC--------------------------------------AG--AAGGA-GGAA--G--------ACGGA----CATCACAAACACTA---TATGCCCCAGCCATATTCA-TGGCAAGCCATAAAAAt
gi|8 : aaaaTTTGAA-TT----GAGCT--CAAAGTAAA---GTGTGGC----GGAA----GGAC-------AGATAGAAGGAA--G-G--AAGTACGGAC--C--------ACGGA----CATGACAAACACTA-TGTGTCCT--GGTCATATTCA-TGACG-GACATAAAA
gi|9 : AATT----GAGCT--CAAAGTAAA---GTGTGGC----GGAA----GGAC-------AGA-----C------AG--AAGGATGGAA--GTACAGAACACAGA----CATGACAAACACTA-TGTGTCCT--GGTCATATTCA-TGACG-GACATAAAAt
gi|12 : cT----GAGCT--AAACGTAAA---AAGTGAC----GGAC-----GAC-------GG-----------------------GGAA--G--------ACAAA----C--AG----------TATATGCCCCAAATGCATTCA-CGTCGAGGCATAAAAAt
gi|14 : aaatattAA--GTG--ATGGGCAGAA--G--------GTAGA----CATATC---CAATACTGTACGCCTCAGCTATTTGCA-TGGCGGGGCATAt
gi|13 : aaG--AAGGACGGAATTG--------ACAGAATGACGGAACAGGTAACACTATATGCCCCGGCCAT-TTTA-TGGCGGGGggacg
gi|15 : gatgacg--AAGGACGAAA--G--------ATGGA----CATGACAAACACTA--ATG---TCCCACCATATTCA-TGGCGAGGCATAAAAAgcata
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATATGCCGAGGCCATATTCAAAGTGGGGCATAAAAATTCA
Unaligned ( gi|18 ): TAATACTATTTGTCCCAGACATTTCATGGCGTGGGCATAA
Alignments
lowQualScore : 111 1 222 444444 11111111 333333333333333 2222222222 1 11 2222222 11111 11111111111 6666666666666666666666666666 11111111 222
lowQualScore : 555 2 1 555 6 44 000000 11111111 11 0 7 7 111111111111111 7777777777 666 1 1 1 0 2 2 1 33 1111111 1 1 1 1 44444 55555555555 3 7777 55 666 2 7777 0000000000000000000000000000 777777 11111111 1 222 5 1 2 444
lowQualScore : ... . . ... . .. ...... ........ .. . . . ............... .......... ... . . . . . . . .. ....... . . . . ..... ........... . .... .. ... . .... ............................ ...... ........ . ... . . . ...
lowQualScore : 000 0 0 777 7 33 000000 33333333 33 7 3 3 333333333333333 7777777777 777 0 0 0 0 0 0 0 00 3333333 0 0 0 0 33333 11111111111 3 7777 00 444 2 1111 6666666666666666666666666666 555555 22222222 2 666 4 6 9 000
consensus : GAAATAGTGGAGGTNAAT--GGTCGNAGGGAAGGTCAAG---TGATNACAAAATAATACGTATCAGTGTG-G-GTTTTCATG-AAATATTGTCA-TG-TTGCTTTGAGAGTGAGCTGAACACCGAATATGGAAAAGT-GAGGTCAAGGTCAAAGGAAATGNCAAGGTC-AAAAATATTGATGCAGTTG----GNATAGATGTCACCAATATNTATCAGCACGTAAAGTTTGA-----TAAAAATATCTTGAA-A---A--GTTTCTTTGAAACT----GAGCT--AAACGCAA---AGTGTGACGGAAG----GACGGA-----------------G--AGA--GAAGG----ACGGAAG--------ACGGACATGACAAACA-TACTATATGCCCCGGCCATATTCA-TGGC-G-GGGCATAAAAA
Reference ( family-2517 ) : GAAATAGTNGAGGTNAAT--GGTCGCAGGGAAGGTCAAGCACNGATNNCNNNACAGCACGTATCAGTGCGCGAGTTTTCATGAAAATATTGTCAATG-TTGCTTTAAGANTGAGCTGAACNCCAAATANGGAAAAGT-GAGGTCGAGGTCGAAGGAAATGNCAAGGTC-AAAAATATTGATGTAGTTG----GNATAGATGTCACCAATATNTATCANCACGTAAAGCNTGA-----TAAAAATATCTTGAA-A---A--GTTTCTTTGAAACT----GAGCT--AAACGCAA---AGTGTGACGGANG----GACGGA-----------------G--AGA--GAAGG----ACGGAAG--------ACGGACATGACAAACACTACTATATGCCCCGGCCATATTCA-TGGC-G-GGGCATAAAAA
gi|1 : GAAATAG-GGAGATCAATTGGGTCAACGGGAAGGTCA-----TGGTAAAAAAATAATATGTATCAGTGTAAGCATTTTCATACAAATATTGTCATTGGTTGCTTTGAAAGTGAGCTAAACACCGAATTTGGGAAAGT-GAGGTCAAGGTCAAAGGAAATGCTAAGGTC-AAAACTATTGATGCAGTTG----GGATAGATGTTACCAATATCTATCAGCACGTGGAGTTTGA-----TAAAGATATATTGAA-A---G--GTTTCTTTGAAACT----GAGCT--AAACACAG---CGTGTGACGGATA----GACGGA-----------------GGAAGA--GAAGG----ATGGAAG--------ACAGACATAGCAAACACTACTATATACTCCGGCCATACTCA-TGGC-G-AGGAATGAAAA
gi|10 : TCTTTGAAACT----GGGCT--AAATGCAA---AGTGTGACAGACA----GATGGA--------------------------AGGG----ACGAAAG--------ATGGACATGACAAACACTA----ATGTCCCACCCATATTCATTGGC-G-AGGCATAAAA
gi|11 : ataAA-A---A-----TCTTTGAAACTAGCTGAGCTTAAAATGCAA---AGTGTGAC-------------------------------------A--GAAGG----A-GGAAG--------ACGGACATCACAAAC---ACTATATGCCCCAGCCATATTCA-TGGC-A-AGCCATAAAAAt
gi|12 : T----GAGCT--AAACGTAA---AAAGTGACGGACG-----ACGG-------------------------------------GGAAG--------AC---------AAACAGTA---TATGCCCCAAATGCATTCA-CGTC-G-AGGCATAAAAA
gi|13 : aaatattTGACGGAAG----GACGGAATT--------------G--ACA--GAATG----ACGGAAC--------A-GG---TAAC-------ACTATATGCCCCGGCCAT-TTTA-TGGCGG-GGGCATAt
gi|14 : gaA-----------------A--AGT--GATGG----GCAGAAG--------GTAGACATATC---CAATACTGTACGCCTCAGCTATTTGCA-TGGC-G-GGGCATAA
gi|15 : aAAGG----ACGAAAG--------ATGGACATGACAAACACTA----ATGTCCC-ACCATATTCA-TGGC-G-AGGCATAAAAAggacg
gi|16 : AAAATATTGTTGTAGTTGAGATAGATAGATGTCACCA
gi|17 : TATATGCCGAGGCCATATTCA-AAGT-G-GGGCATAAAAAtgataattaata
gi|18 : TACTATTTGTCCCAGACAT-TTCA-TGGC-GTGGGCATAAttca
gi|2 : taaGAAATAGTA-AGGTAAA---GGTCGCAGGGAAAGTCAAG-----ATCACCAC-CAATATATATCAGTGT---------------AATA--------G-TTGCTTTAAGACTGAACTGAACACTAAATAAGGAAAAGT-GAGGTCGAGGTCAAAGGAAATAGCAGGAT--AAAAATAATGATATAATT-----GAATAAATATCATAAATATGTAACAGCATAGAAAGCTTCAAGCTGTAAAGATATCT--AA-A---A--G------TG----T----GAGAT--GAACACAG---AGTGCAATGGAAG----G
gi|3 : GAATAGTTGAGGTCAAGGACAAAGTCAATGATAAGGTG-AAAAACATTGATGCAATTG----ATATAGATGTCACCAATATGTATCATCACGTAGAGTTTGA-----TCAACATATCTTTAA-ATATA--TTTTCTTGGAAACT----GAGCT--AAACACAA---AGTATGACGGAAG----GATAGACCCGTGATGGACGAAAGG--AGA--CAAAG----ATGGAAG--------ACAGACATAGCAAAgaatatccatgg
gi|4 : ATAGTGGAG-TTAAT--G-TCATAGGAAAGGTCAAGCACTGATGCCACAATAGCACG-A-CAGTGCGCGAGTTTTCATGAAAATATTGTCAAT------------AGTGAGCTGAACCCCAAATATGGAAAAGT-GAGATCAATGTCGAAGGAAATGTCAAGGTCAAAAAATGTTGATGCAGTT-----CTACAGATGTCATCGATATTTTTCCGCATATAAGGCGTGA-----TGAAAATATCTTGAacatggcgggacatgaaaat
gi|5 : GGTC-AAG--TATTGATGTAGTTG----GAATA-------CCAATATTTATCATCACGTAAAGTATGA-----TAAAAATATCTTGTATA---ATCGTTTCTTTGAATCT----GAGCT--AAACGCAA---AGTGTGACGGATGGTCAGGCGGAAG---------------G--AGA--TAAGG----GTGGAAG--------ACAGACATAGCAAAC---ACTATACGCTCCAACCATATTCA-TGGC-G-GGGCATGAAAA
gi|6 : TGA-----TAAAAATATCTTAAA-T---A--GTTTCTTTAA----------GCT--AA-CGCAATTTAGTATGATGGAAA----GAC-------------------------A--AAAGG----ATGGAAG--------ACAGACATGACAAA-A--GCTATATGCCTCAGCCATATTCA-TGGT-G-GGGCATAAAAAt
gi|7 : GA-----TAAAAATATCTTGAA-A---A--GTATCTTTCAAACT----GAACT--AAATGCCA---AGTATGGCAGAAG----GAC-------------------------A--GAAGG----A---AGG--------ACGGACATGACAAACATCA--AT----CCAGGCTAAATTCA-AGGT-G-GGACATATAAA
gi|8 : tgTTTGAA-TT----GAGCT--CAAAGTAA---AGTGTGGCGGAAG----GACAGA-----------------T--AGAAGGAAGGAAGTACGGACC--------ACGGACATGACAAAC---ACTATGTGTCCTGGTCATATTCA-TGAC---GGACATAAAA
gi|9 : AATT----GAGCT--CAAAGTAA---AGTGTGGCGGAAG----GAC--A-----------------G--ACA--GAAGG----ATGGAAGTACAGAACACAGACATGACAAAC---ACTATGTGTCCTGGTCATATTCA-TGAC---GGACATAAAAt
Alignments
lowQualScore : 1 222 333333 7777777777777777777777777777777 1 11 2222222 11111 11111111111 55555555555555555 11111111 222
lowQualScore : 999 2 1 555 6 11 666666 1 7 0 7 7 6666666666666666666666666666666 3 3 0 0 1 33 1111111 1 1 1 44444 55555555555 3 7777 55 666 88888 22222222222222222 6666 2 555 11111111 1 888 2 2 333
lowQualScore : ... . . ... . .. ...... . . . . . ............................... . . . . . .. ....... . . . ..... ........... . .... .. ... ..... ................. .... . ... ........ . ... . . ...
lowQualScore : 333 0 0 777 7 77 333333 0 3 7 3 3 3333333333333333333333333333333 7 7 7 0 0 00 3333333 0 0 0 33333 11111111111 3 7777 00 444 33333 66666666666666666 5555 6 444 22222222 2 222 5 7 111
consensus : GAAATAGTGGAGGTNAAT--GGTCGNAGGGAAGGTCAAG---TGATNACAAAATAATACGTATCAGTGTG--AG--TTTTCATG-AAA-TATTGTCA---GTTGCTTTGANAGTGAGCTGAACACCGAATATGGAAAAGT-GAGGTCAAGGTCAAAGGAAATGNCAAGGTC-AAAAATATTGATGCAGTTG----GNATAGATGTCACCAATATNTATCAGCACGTAAAGTTTGA-----TAAAAATATCTTGAA-A---A--GTTTCTTTGAAACT----GAGCT--AAACGCAA---AGTGTGACGGA-----AGGACGGA---G--A---GA--GAAGG----ACG---GAAG--------ACGGACATGACAAACA--ACTATATGCCCCGGCCATATTCA-TGGC-G-GGGCATAAAAA
Reference ( family-2517 ) : GAAATAGTGGAGGTNAAT--GGTCGNAGGGAAGGTCAAG---TGATNACAAAATAATACGTATCAGTGTG--GG--TTTTCATG-AAA-TATTGTCAT--GTTGCTTTGAGAGTGAGCTGAACACCGAATATGGAAAAGT-GAGGTCAAGGTCAAAGGAAATGNCAAGGTC-AAAAATATTGATGCAGTTG----GNATAGATGTCACCAATATNTATCAGCACGTAAAGTTTGA-----TAAAAATATCTTGAA-A---A--GTTTCTTTGAAACT----GAGCT--AAACGCAA---AGTGTGACGGA-----AGGACGGA---G--A---GA--GAAGG----ACG---GAAG--------ACGGACATGACAAACA-TACTATATGCCCCGGCCATATTCA-TGGC-G-GGGCATAAAAA
gi|1 : GAAATAG-GGAGATCAATTGGGTCAACGGGAAGGTCA-----TGGTAAAAAAATAATATGTATCAGTGTA--AGCATTTTCATACAAA-TATTGTCATTGGTTGCTTTGAAAGTGAGCTAAACACCGAATTTGGGAAAGT-GAGGTCAAGGTCAAAGGAAATGCTAAGGTC-AAAACTATTGATGCAGTTG----GGATAGATGTTACCAATATCTATCAGCACGTGGAGTTTGA-----TAAAGATATATTGAA-A---G--GTTTCTTTGAAACT----GAGCT--AAACACAG---CGTGTGACGGA-----TAGACGGA---GGAA---GA--GAAGG----ATG---GAAG--------ACAGACATAGCAAACACTACTATATACTCCGGCCATACTCA-TGGC-G-AGGAATGAAAA
gi|10 : TCTTTGAAACT----GGGCT--AAATGCAA---AGTGTGACAGA-----CAGATGGA---------------AGGG----ACG---AAAG--------ATGGACATGACAAAC---ACTA-ATGTCCCACCCATATTCATTGGC-G-AGGCATAAAA
gi|11 : ataAA-A---A-----TCTTTGAAACTAGCTGAGCTTAAAATGCAA---AGTGTGACAGA-----AGGA-----------------------------G---GAAG--------ACGGACATCACAAAC---ACTATATGCCCCAGCCATATTCA-TGGC-A-AGCCATAAAAAt
gi|12 : T----GAGCT--AAACGTAA---AAAGTGACGGA-----CG-ACGG--------------------------G---GAAG--------AC---------AAACA-G--TATATGCCCCAAATGCATTCA-CGTC-G-AGGCATAAAAA
gi|13 : aaatattTGACGGA-----AGGACGGAATTG--A---CA--GAATG----ACG---GAAC--------A-GG---TAAC-------ACTATATGCCCCGGCCAT-TTTA-TGGCGG-GGGCATAt
gi|14 : gaA---A--A---GT--GATGG----GCA---GAAG--------GTAGACATATCCAA---TACTGTACGCCTCAGCTATTTGCA-TGGC-G-GGGCATAA
gi|15 : aAAGG----ACG---AAAG--------ATGGACATGACAAAC---ACTA-ATGTCCC-ACCATATTCA-TGGC-G-AGGCATAAAAAggacg
gi|16 : AAAATATTGTTGTAGTTGAGATAGATAGATGTCACCA
gi|17 : TATATGCCGAGGCCATATTCA-AAGT-G-GGGCATAAAAAtgataattaata
gi|18 : A-TACTATTTGTCCCAGACAT-TTCA-TGGC-GTGGGCATAAttca
gi|2 : taGAAATAGTA-AGGTAAA---GGTCGCAGGGAAAGTCAAG-----ATCACCAC-CAATATATATCAGTGT-----------------AA-TA---------GTTGCTTTAAGACTGAACTGAACACTAAATAAGGAAAAGT-GAGGTCGAGGTCAAAGGAAATAGCAGGAT--AAAAATAATGATATAATT-----GAATAAATATCATAAATATGTAACAGCATAGAAAGCTTCAAGCTGTAAAGATATCT--AA-A---A--G------TG----T----GAGAT--GAACACAG---AGTGCAATGGA-----AGG
gi|3 : GAATAGTTGAGGTCAAGGACAAAGTCAATGATAAGGTG-AAAAACATTGATGCAATTG----ATATAGATGTCACCAATATGTATCATCACGTAGAGTTTGA-----TCAACATATCTTTAA-ATATA--TTTTCTTGGAAACT----GAGCT--AAACACAA---AGTATGACGGA-----AGGAT--A---G--ACCCGT--GATGG----ACGAAAGGAG--------ACAAAGATGGAAGACA-GAC-ATA-------GCAAAA--CA-TGGC-G-GGACATGAAAAgaatatccatgg
gi|4 : ATAGTGGAG-TTAAT--G-TCATAGGAAAGGTCAAGCACTGATGCCACAATAGCACG-A-CAGTGCGCGAG--TTTTCATG-AAAATATTGTCA------------ATAGTGAGCTGAACCCCAAATATGGAAAAGT-GAGATCAATGTCGAAGGAAATGTCAAGGTCAAAAAATGTTGATGCAGTT-----CTACAGATGTCATCGATATTTTTCCGCATATAAGGCGTGA-----TGAAAATATCTTGAt
gi|5 : GGTC-AAG--TATTGATGTAGTTG----GAATA-------CCAATATTTATCATCACGTAAAGTATGA-----TAAAAATATCTTGTATA---ATCGTTTCTTTGAATCT----GAGCT--AAACGCAA---AGTGTGACGGATGGTCAGG-CGGAAG-G--A---GA--TAAGG----GTG---GAAG--------ACAGACATAGCAAAC---ACTATACGCTCCAACCATATTCA-TGGC-G-GGGCATGAAAA
gi|6 : TGA-----TAAAAATATCTTAAA-T---A--GTTTCTTTAA----------GCT--AA-CGCAATTTAGTATGATGGA-----AAGAC--------------A--AAAGG----ATG---GAAG--------ACAGACATGACAAA-A--GCTATATGCCTCAGCCATATTCA-TGGT-G-GGGCATAAAAAt
gi|7 : GA-----TAAAAATATCTTGAA-A---A--GTATCTTTCAAACT----GAACT--AAATGCCA---AGTATGGCAGA-----AGGAC--------------A--GAAGG----A------AGG--------ACGGACATGACAAACA-T-CAAT----CCAGGCTAAATTCA-AGGT-G-GGACATATAAA
gi|8 : tgTTTGAA-TT----GAGCT--CAAAGTAA---AGTGTGGCGGA-----AGGACAGA---T--A---GAAGGAAGGAAGTACG---GACC--------ACGGACATGACAAAC---ACTATGTGTCCTGGTCATATTCA-TGAC---GGACATAAAA
gi|9 : AATT----GAGCT--CAAAGTAA---AGTGTGGCGGA-----AGGAC--A---G--A---CA--GAAGG----ATG---GAAGTACAGAACACAGACATGACAAAC---ACTATGTGTCCTGGTCATATTCA-TGAC---GGACATAAAAt
Alignments
lowQualScore : 1 222 333333 66666666666666666666666666666666 1 11 2222222 11111 11111111111 55555555555555555 11111111 111
lowQualScore : 999 2 1 555 6 11 666666 1 7 0 7 7 22222222222222222222222222222222 3 1 0 0 1 33 1111111 1 1 1 44444 55555555555 3 7777 55 666 88888 22222222222222222 6666 2 555 11111111 1 999 2 2 333
lowQualScore : ... . . ... . .. ...... . . . . . ................................ . . . . . .. ....... . . . ..... ........... . .... .. ... ..... ................. .... . ... ........ . ... . . ...
lowQualScore : 333 0 0 777 7 77 333333 0 3 7 3 3 77777777777777777777777777777777 7 0 7 0 0 00 3333333 0 0 0 33333 11111111111 3 7777 00 444 33333 66666666666666666 5555 6 444 22222222 2 444 5 7 111
consensus : GAAATAGTGGAGGTNAAT--GGTCGNAGGGAAGGTCAAG---TGATNACAAAATAATACGTATCAGTGTG--AG--TTTTCATG-AAA-TATTGTCA---GTTGCTTTGANAGTGAGCTGAACACCGAATATGGAAAAGT-GAGGTCAAGGTCAAAGGAAATGNCAAGGTC-AAAAATATTGATGCAGTTG----GNATAGATGTCACCAATATNTATCAGCACGTAAAGTTTGA-----TAAAAATATCTTGAA-A---A--GTTTCTTTGAAACT----GAGCT--AAACGCAA---AGTGTGACGGA-----AGGACGGA---G--A---GA--GAAGG----ACG---GAAG--------ACGGACATGACAAACA--ACTATATGCCCCGGCCATATTCA-TGGC-G-GGGCATAAAAA
Reference ( family-2517 ) : GAAATAGTGGAGGTNAAT--GGTCGNAGGGAAGGTCAAG---TGATNACAAAATAATACGTATCAGTGTG--AG--TTTTCATG-AAA-TATTGTCA---GTTGCTTTGANAGTGAGCTGAACACCGAATATGGAAAAGT-GAGGTCAAGGTCAAAGGAAATGNCAAGGTC-AAAAATATTGATGCAGTTG----GNATAGATGTCACCAATATNTATCAGCACGTAAAGTTTGA-----TAAAAATATCTTGAA-A---A--GTTTCTTTGAAACT----GAGCT--AAACGCAA---AGTGTGACGGA-----AGGACGGA---G--A---GA--GAAGG----ACG---GAAG--------ACGGACATGACAAACA--ACTATATGCCCCGGCCATATTCA-TGGC-G-GGGCATAAAAA
gi|1 : GAAATAG-GGAGATCAATTGGGTCAACGGGAAGGTCA-----TGGTAAAAAAATAATATGTATCAGTGTA--AGCATTTTCATACAAA-TATTGTCATTGGTTGCTTTGAAAGTGAGCTAAACACCGAATTTGGGAAAGT-GAGGTCAAGGTCAAAGGAAATGCTAAGGTC-AAAACTATTGATGCAGTTG----GGATAGATGTTACCAATATCTATCAGCACGTGGAGTTTGA-----TAAAGATATATTGAA-A---G--GTTTCTTTGAAACT----GAGCT--AAACACAG---CGTGTGACGGA-----TAGACGGA---GGAA---GA--GAAGG----ATG---GAAG--------ACAGACATAGCAAACACTACTATATACTCCGGCCATACTCA-TGGC-G-AGGAATGAAAA
gi|10 : TCTTTGAAACT----GGGCT--AAATGCAA---AGTGTGACAGA-----CAGATGGA---------------AGGG----ACG---AAAG--------ATGGACATGACAAAC---ACTA-ATGTCCCACCCATATTCATTGGC-G-AGGCATAAAA
gi|11 : ataAA-A---A-----TCTTTGAAACTAGCTGAGCTTAAAATGCAA---AGTGTGACAGA-----AGGA-----------------------------G---GAAG--------ACGGACATCACAAAC---ACTATATGCCCCAGCCATATTCA-TGGC-A-AGCCATAAAAAt
gi|12 : T----GAGCT--AAACGTAA---AAAGTGACGGA-----CG-ACGG--------------------------G---GAAG--------AC---------AAACA--G-TATATGCCCCAAATGCATTCA-CGTC-G-AGGCATAAAAA
gi|13 : aaatattTGACGGA-----AGGACGGAATTG--A---CA--GAATG----ACG---GAAC--------A-GG---TAAC-------ACTATATGCCCCGGCCAT-TTTA-TGGCGG-GGGCATAt
gi|14 : gaA---A--A---GT--GATGG----GCA---GAAG--------GTAGACATATCCAATA---CTGTACGCCTCAGCTATTTGCA-TGGC-G-GGGCATAA
gi|15 : aAAGG----ACG---AAAG--------ATGGACATGACAAAC---ACTA-ATGTCCC-ACCATATTCA-TGGC-G-AGGCATAAAAAggacg
gi|16 : AAAATATTGTTGTAGTTGAGATAGATAGATGTCACCA
gi|17 : TATATGCCGAGGCCATATTCA-AAGT-G-GGGCATAAAAAtgataattaata
gi|18 : --ACTATTTGTCCCAGACAT-TTCA-TGGC-GTGGGCATAAttca
gi|2 : taatGAAATAGTA-AGGTAAA---GGTCGCAGGGAAAGTCAAG-----ATCACCAC-CAATATATATCAGTGT-----------------AA-TA---------GTTGCTTTAAGACTGAACTGAACACTAAATAAGGAAAAGT-GAGGTCGAGGTCAAAGGAAATAGCAGGAT--AAAAATAATGATATAATT-----GAATAAATATCATAAATATGTAACAGCATAGAAAGCTTCAAGCTGTAAAGATATCT--AA-A---A--G------TG----T----GAGAT--GAACACAG---AGTGCAATGGA-----AGG
gi|3 : GAATAGTTGAGGTCAAGGACAAAGTCAATGATAAGGTG-AAAAACATTGATGCAATTG----ATATAGATGTCACCAATATGTATCATCACGTAGAGTTTGA-----TCAACATATCTTTAA-ATATA--TTTTCTTGGAAACT----GAGCT--AAACACAA---AGTATGACGGA-----AGGAT--A---G--ACCCGT--GATGG----ACGAAAGGAG--------ACAAAGATGGAAGACA--GACATA-------GCAAAA--CA-TGGC-G-GGACATGAAAAgaatatccatgg
gi|4 : ATAGTGGAG-TTAAT--G-TCATAGGAAAGGTCAAGCACTGATGCCACAATAGCACG-A-CAGTGCGCGAG--TTTTCATG-AAAATATTGTCA------------ATAGTGAGCTGAACCCCAAATATGGAAAAGT-GAGATCAATGTCGAAGGAAATGTCAAGGTCAAAAAATGTTGATGCAGTT-----CTACAGATGTCATCGATATTTTTCCGCATATAAGGCGTGA-----TGAAAATATCTTGAt
gi|5 : GGTC-AAG--TATTGATGTAGTTG----GAATA-------CCAATATTTATCATCACGTAAAGTATGA-----TAAAAATATCTTGTATA---ATCGTTTCTTTGAATCT----GAGCT--AAACGCAA---AGTGTGACGGATGGTCAGG-CGGAAG-G--A---GA--TAAGG----GTG---GAAG--------ACAGACATAGCAAAC---ACTATACGCTCCAACCATATTCA-TGGC-G-GGGCATGAAAA
gi|6 : TGA-----TAAAAATATCTTAAA-T---A--GTTTCTTTAA----------GCT--AA-CGCAATTTAGTATGATGGA-----AAGAC--------------A--AAAGG----ATG---GAAG--------ACAGACATGACAAA-A--GCTATATGCCTCAGCCATATTCA-TGGT-G-GGGCATAAAAAt
gi|7 : GA-----TAAAAATATCTTGAA-A---A--GTATCTTTCAAACT----GAACT--AAATGCCA---AGTATGGCAGA-----AGGAC--------------A--GAAGG----A------AGG--------ACGGACATGACAAACA--TCAAT----CCAGGCTAAATTCA-AGGT-G-GGACATATAAA
gi|8 : tgTTTGAA-TT----GAGCT--CAAAGTAA---AGTGTGGCGGA-----AGGACAGA---T--A---GAAGGAAGGAAGTACG---GACC--------ACGGACATGACAAAC---ACTATGTGTCCTGGTCATATTCA-TGAC---GGACATAAAA
gi|9 : AATT----GAGCT--CAAAGTAA---AGTGTGGCGGA-----AGGAC--A---G--A---CA--GAAGG----ATG---GAAGTACAGAACACAGACATGACAAAC---ACTATGTGTCCTGGTCATATTCA-TGAC---GGACATAAAAt
blockSeqs : TGG G A T G GC AGCACT C A T T GCGAGTTTTCATGAAAATATTGTCA A G T G CA GAGATAG G G T AGCTG ATATATTT A AGCT TA TTT TGGTC GGAATTGACA AAGT C AAA TACAGAAC G A A T GG
blockSeqs : TA . T . . AT AG G . . . AATAG . T . A G GAT A G T . TAATCGTT A . . . . GGAAGGAGA . C . . G A A . GT
blockSeqs : . T C GGA G T G . TAGTT A . . . . AGATAGAAG . C . . G A A . G
blockSeqs : . GA G T A . AAGTA T . . . . AGACCCGT . C . . A A G . A
blockSeqs : CT . . AAG A . . . . AGACA . C . . G A A . G
blockSeqs : . AA A . . . . GGA . T . . A . G . G
blockSeqs : . . . . . GG . T . . A . A . G
blockSeqs : . . . . . A . C . . A . A . G
blockSeqs : . . . . . A . T . . G . A . G
blockSeqs : . . . . . . . . . G . G . G
blockSeqs : . . . . . A . G . G
blockSeqs : . . . . . . G . G
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : AAGTT****** GGAA************* ***
originalCons : GAAATAGTGGAGGTNAAT--GGTCGNAGGGAAGGTCAAG---TGATNACAAAATAATACGTATCAGTGTG--AG--TTTTCATG-AAA-TATTGTCA---GTTGCTTTGANAGTGAGCTGAACACCGAATATGGAAAAGT-GAGGTCAAGGTCAAAGGAAATGNCAAGGTC-AAAAATATTGATGCAGTTG----GNATAGATGTCACCAATATNTATCAGCACGTAAAGTTTGA-----TAAAAATATCTTGAA-A---A--GTTTCTTTGAAACT----GAGCT--AAACGCAA---AGTGTGACGGA-----AGGACGGA---G--A---GA--GAAGG----ACG---GAAG--------ACGGACATGACAAACA--ACTATATGCCCCGGCCATATTCA-TGGC-G-GGGCATAAAAA
finalCons : GAAATAGTGGAGGTNAAT--GGTCGNAGGGAAGGTCAAG---TGATNACAAAATAATACGTATCAGTGTG--AG--TTTTCATG-AAA-TATTGTCA---GTTGCTTTGANAGTGAGCTGAACACCGAATATGGAAAAGT-GAGGTCAAGGTCAAAGGAAATGNCAAGGTC-AAAAATATTGATGCAGTTG----GNATAGATGTCACCAATATNTATCAGCACGTAAAGTTTGA-----TAAAAATATCTTGAAAAGTT------TCTTTGAAACT----GAGCT--AAACGCAA---AGTGTGACGGA-----AGGACGGAA-------------GAAGG----ACG---GAAG--------ACGGACATGACAAAC---ACTATATGCCCCGGCCATATTCA-TGGC-G-GGGCATAAAAA
Alignments
lowQualScore : 1 222 333333 66666666666666666666666666666666 1 11 2222222 11111 11111111111 333333333333333333333 22222222
lowQualScore : 999 2 1 555 6 11 666666 1 7 0 7 7 22222222222222222222222222222222 3 1 0 0 1 33 1111111 1 1 1 44444 55555555555 3 7777 55 666 88888 555555555555555555555 4 555 3 22222222 1 555 555 1 1 2 333
lowQualScore : ... . . ... . .. ...... . . . . . ................................ . . . . . .. ....... . . . ..... ........... . .... .. ... ..... ..................... . ... . ........ . ... ... . . . ...
lowQualScore : 333 0 0 777 7 77 333333 0 3 7 3 3 77777777777777777777777777777777 7 0 7 0 0 00 3333333 0 0 0 33333 11111111111 3 7777 00 444 33333 444444444444444444444 5 444 1 33333333 2 000 000 8 9 7 111
consensus : GAAATAGTGGAGGTNAAT--GGTCGNAGGGAAGGTCAAG---TGATNACAAAATAATACGTATCAGTGTG--AG--TTTTCATG-AAA-TATTGTCA---GTTGCTTTGANAGTGAGCTGAACACCGAATATGGAAAAGT-GAGGTCAAGGTCAAAGGAAATGNCAAGGTC-AAAAATATTGATGCAGTTG----GNATAGATGTCACCAATATNTATCAGCACGTAAAGTTTGA-----TAAAAATATCTTGAA-A---A--GTTTCTTTGAAACT----GAGCT--AAACGCAA---AGTGTGACGGA-----AGGACGGA-----A----G-----AAGGACG---GAA-G--------ACGGACATGACA---AAC---ACTATATGCCCCGGCCATATTCA-TGGC-G-GGGCATAAAAA
Reference ( family-2517 ) : GAAATAGTGGAGGTNAAT--GGTCGNAGGGAAGGTCAAG---TGATNACAAAATAATACGTATCAGTGTG--AG--TTTTCATG-AAA-TATTGTCA---GTTGCTTTGANAGTGAGCTGAACACCGAATATGGAAAAGT-GAGGTCAAGGTCAAAGGAAATGNCAAGGTC-AAAAATATTGATGCAGTTG----GNATAGATGTCACCAATATNTATCAGCACGTAAAGTTTGA-----TAAAAATATCTTGAA-A---A--GTTTCTTTGAAACT----GAGCT--AAACGCAA---AGTGTGACGGA-----AGGACGGA-----A----G-----AAGGACG---GAA-G--------ACGGACATGACA---AAC---ACTATATGCCCCGGCCATATTCA-TGGC-G-GGGCATAAAAA
gi|1 : GAAATAG-GGAGATCAATTGGGTCAACGGGAAGGTCA-----TGGTAAAAAAATAATATGTATCAGTGTA--AGCATTTTCATACAAA-TATTGTCATTGGTTGCTTTGAAAGTGAGCTAAACACCGAATTTGGGAAAGT-GAGGTCAAGGTCAAAGGAAATGCTAAGGTC-AAAACTATTGATGCAGTTG----GGATAGATGTTACCAATATCTATCAGCACGTGGAGTTTGA-----TAAAGATATATTGAA-A---G--GTTTCTTTGAAACT----GAGCT--AAACACAG---CGTGTGACGGA-----TAGACGGAGGAAGA----G-----AAGGATG---GAA-G--------ACAGACATAGCA---AACACTACTATATACTCCGGCCATACTCA-TGGC-G-AGGAATGAAAA
gi|10 : TCTTTGAAACT----GGGCT--AAATGCAA---AGTGTGACAGA-----CAGATGGA-----A----G-------GGACG---AAA-G--------ATGGACATGACA---AAC---ACTA-ATGTCCCACCCATATTCATTGGC-G-AGGCATAAAA
gi|11 : ataAA-A---A-----TCTTTGAAACTAGCTGAGCTTAAAATGCAA---AGTGTGACAGA-----AGGA--------------------------G---GAA-G--------ACGGACATCACA---AAC---ACTATATGCCCCAGCCATATTCA-TGGC-A-AGCCATAAAAAt
gi|12 : T----GAGCT--AAACGTAA---AAAGTGACGGA-----CG-ACGG-----------------------G---GAA-G--------AC---------A---AAC---AGTATATGCCCCAAATGCATTCA-CGTC-G-AGGCATAAAAA
gi|13 : aaatattTGACGGA-----AGGACGGA-----A----T-------TGACA---GAATG--------ACGGA----ACAGGTAAC---ACTATATGCCCCGGCCAT-TTTA-TGGCGG-GGGCATAt
gi|14 : ga----G-----ATGGGCA---GAA-G--------GTAGACATATCC---AAT---ACTGTACGCCTCAGCTATTTGCA-TGGC-G-GGGCATAA
gi|15 : aaaagt-----AAGGACG---AAA-G--------ATGGACATGACA---AAC---ACTA-ATGTCCC-ACCATATTCA-TGGC-G-AGGCATAAAAAggacg
gi|16 : AAAATATTGTTGTAGTTGAGATAGATAGATGTCACCA
gi|17 : TATATGCCGAGGCCATATTCA-AAGT-G-GGGCATAAAAAtgataattaata
gi|18 : ---AAT---ACTATTTGTCCCAGACAT-TTCA-TGGC-GTGGGCATAAttca
gi|2 : tGAAATAGTA-AGGTAAA---GGTCGCAGGGAAAGTCAAG-----ATCACCAC-CAATATATATCAGTGT-----------------AA-TA---------GTTGCTTTAAGACTGAACTGAACACTAAATAAGGAAAAGT-GAGGTCGAGGTCAAAGGAAATAGCAGGAT--AAAAATAATGATATAATT-----GAATAAATATCATAAATATGTAACAGCATAGAAAGCTTCAAGCTGTAAAGATATCT--AA-A---A--G------TG----T----GAGAT--GAACACAG---AGTGCAATGGA-----AGG
gi|3 : GAATAGTTGAGGTCAAGGACAAAGTCAATGATAAGGTG-AAAAACATTGATGCAATTG----ATATAGATGTCACCAATATGTATCATCACGTAGAGTTTGA-----TCAACATATCTTTAA-ATATA--TTTTCTTGGAAACT----GAGCT--AAACACAA---AGTATGACGGA-----AGGATAGA-----CCCGTG-----ATGGACGAAAGGA-G--------ACAAAGATGGAA---GAC---A-GACAT-----AGCAAAA--CA-TGGC-G-GGACATGAAAAgaatatccatgg
gi|4 : ATAGTGGAG-TTAAT--G-TCATAGGAAAGGTCAAGCACTGATGCCACAATAGCACG-A-CAGTGCGCGAG--TTTTCATG-AAAATATTGTCA------------ATAGTGAGCTGAACCCCAAATATGGAAAAGT-GAGATCAATGTCGAAGGAAATGTCAAGGTCAAAAAATGTTGATGCAGTT-----CTACAGATGTCATCGATATTTTTCCGCATATAAGGCGTGA-----TGAAAATATCTTGAt
gi|5 : GGTC-AAG--TATTGATGTAGTTG----GAATA-------CCAATATTTATCATCACGTAAAGTATGA-----TAAAAATATCTTGTATA---ATCGTTTCTTTGAATCT----GAGCT--AAACGCAA---AGTGTGACGGATGGTCAGG-CGGA-----A----GGAGATAAGGGTG---GAA-G--------ACAGACATAGCA---AAC---ACTATACGCTCCAACCATATTCA-TGGC-G-GGGCATGAAAA
gi|6 : TGA-----TAAAAATATCTTAAA-T---A--GTTTCTTTAA----------GCT--AA-CGCAATTTAGTATGATGGA-----AAGAC--------A----A-----AAGGATG---GAA-G--------ACAGACATGACA---AAA---GCTATATGCCTCAGCCATATTCA-TGGT-G-GGGCATAAAAAt
gi|7 : GA-----TAAAAATATCTTGAA-A---A--GTATCTTTCAAACT----GAACT--AAATGCCA---AGTATGGCAGA-----AGGAC--------A----G-----AAGGA------AG-G--------ACGGACATGACA---AAC---ATCA-AT--CCAGGCTAAATTCA-AGGT-G-GGACATATAAA
gi|8 : tgTTTGAA-TT----GAGCT--CAAAGTAA---AGTGTGGCGGA-----AGGACAGAT----A----G-----AAGGAAG---GAA-GTACGGACCACGGACATGACA---AAC---ACTATGTGTCCTGGTCATATTCA-TGAC---GGACATAAAA
gi|9 : AATT----GAGCT--CAAAGTAA---AGTGTGGCGGA-----AGGACAGAC----A----G-----AAGGATG---GAA-GTACAGAACACAGACATGACA---AAC---ACTATGTGTCCTGGTCATATTCA-TGAC---GGACATAAAAt