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lowQualScore : . . ...... ... . . . .. ..... . ........ . ........ . . . .. .. ... . . . .... . . . .. .. ....................... . ..... . . . .... .. .. ........ .. ............................................. . ...... . ................ .. . . .. ....................................... ...... . ................................. .. . . . . .. . . .
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Reference ( gi|9 ) : TGTAGAC-CAAGCA-TTGTATATACTT---G-ATA-TT-TTAA--G--T--ACC-TCTTGTTTGATA----T---TA-T-----A-CCT-AG-CAT-TA--AT-CG---GT-A-CA-GTC-CCAGT-CCCAAGAAAAAA--GAACAACCC-------TTATCAAATATTG-----TTT-CAA-AT-GCCAAG----G--TCAAAGTA-TT-A------AA--A------TA-TC--GAAAAAAA---------AATT--G-T-T----T-GT------T-T-C--------------AG--AAGC-G-T--TT-----AAG---AGT---GAGT-G-----AA---ATTAGAAAACAGTGATTGCC--C-TTCAGGAGTATA--------A--TGA--CC-----GGT----A-ATT--GATCCTCAAG-GACA-CA-AAA-TCAAAAGTCAGGCTGT
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gi|22 : attggtaAGAA--GA-CAACCC-------TTATCAA-TAATG-----TTT-CAA-TA-GCCAAG----G--TCAAAGTA-CT-A------AT--A------TA-TCGAGAGAAAAA---------AA-------------------------T-C--------------AG--AAAC-G-T--TT-----GAG---AGT---GAGT-G------A---ATTAG-AAACAGT
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gi|31 : A---ATTAGAGA-CAGTGATTGCC--T-TTCAAGAGTATA--------tatttttttttttactaacaaacacttttccgcctaccagtctctcagtactat
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-2481 ) : TGTAGAC-CAAGCA-TTGTCTAT-CTTG--ATA-TTCTAA--G--T--ACC-TCTTGTTTGAT----AGT-A-T-----A-T-C-TAG-CAT-T---A--AT--TGG-TA-CA-GTC-CCAGT-CCCAA--GAAAGAAGAACGACCC-------TT----ATCAA-T-ACTG-----T--TT-CAA-A-TGCCAAG----G--TCAAAGTACT-A------AA--A------TA-TC--GAAAAAAANATC-G-T-T--T-G---------T------T-T-C--------------AG--AAGCG---T--TT-----GA--G---AGT-G---AGT-G-----AAA---TTAG-AAACAGTGATTGCC--CTT-CAAGAGTAT-A-TG---------A--CC------GGT-----ATTG-A--TCCTC-AGGACACA-AAATCAAAAGTC-GGGCTGT
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-2481 ) : TGTAGAC-CAAGCA-TTGTCTA--CTT---GATA-TTCTAA--G--T--ACC-TCTTGTTTGAT----AG-TA-T-----A-T-C-TAG-CAT-T---A--AT--TGG-TA-CA-GT-NCCAGT-CCCAA--GAAAGAAGA-CGACCC-------TT----ATCAA-T-ACTG-----T--TT-CAA-A-TGCCAAG----G--TCAAAGTACT-A------AA--A------TA-TC----GAAAAAAATATC-G-T-T--T-G---------T------T-T-C--------------AG--AAGCG---T--TT-----GA--G---AGT-G---AGT-G-----AAA---TTAG-AAACAGTGATTGCC--CTT-CAAGAGTAT-A-TG---------A--CC------GGT-----ATTG-A--TCCTC-AGGACACA-AAATCAAAAGTC-GGGCTGT
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