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lowQualScore                  :      1   1 1  22   1  1 1 1  1 1    1 2   2    1  1 1   333333 222222 6666666666666 2 1 11  88   1 1 1 1  9999    11 3333  33333 22    1 777  1 00 33333 3  111 1  4444 66666 22222 222222 1 3333 222222 1 4444 1  2   1 444    2222 777 888 222  1  22  1     11 1 1 1     1 11111  55555     
lowQualScore                  :      .   . .  ..   .  . . .  . .    . .   .    .  . .   ...... ...... ............. . . ..  ..   . . . .  ....    .. ....  ..... ..    . ...  . .. ..... .  ... .  .... ..... ..... ...... . .... ...... . .... .  .   . ...    .... ... ... ...  .  ..  .     .. . . .     . .....  .....     
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Reference ( gi|9 )            :  GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------T------A-------------T-A-T--AC-GTTT-T-G-A-ACA-A-TTTT--A----ATA--A-T--AAAC-C-A-TA-TG-G-----T-AT---G-TA----A-----T-----A------T-A----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA----TT-AA--AT---TT-AG--TC-AAAGC--G-T-TAATTTT-TG----AT-A---ATTTT
gi|7                          :  GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-T-G-TT-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------T------A-------------C-A-T--AC-CTGT-T-G-A-GCA-T-TTTT--A----ATG--G-T--AACC-C-T-TA-TT-G-----T-AT---G-TA----A-----T-----A------T-A----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA----TC-AA--TT---TT-AG--TC-AAAGT--G-T-TAAATTT-TA----AT-A---ATTTT
gi|15                         :  GGTT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-CGCC-GC-A-TGT------T------A-------------T-A-T--AG-CTTT-T-G-A-ACA-T-TTTC--A----ATG--G-T--AAAC-A-T-TA-TT-G-----T-AT---G-TA----A-----T-----A------T-A----T------C-T----A-CA-AAT-T---TTCA----TC-AA--TT---TT-AG--TC-AAAGC--G-T-TGATTTT-t
gi|11                         :  GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-A-CC-A-TTCA-A-GAC-GGCC-AC-C-TGT------T------A-------------T-A-T--AC-CTTT-T-G-A-AAT-T-TTTT--A----ATG--G-T--AACC-T-T-TA-TT-G-----T-AT---G-TA----A-----T-----A------T-A----T------C-T----A-CA-AAG-T---CTCA----TT-AA--TT---TT-AG--TC-GAAGC--G-T-TATTTTT-T------T-A---AT
gi|4                          :  GGCTGTCC-A-AT--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GATTAGCCTGT-T-TTT------T------A-------------T-A-T--AC-CTTT-T---A-ACA-T-TTTT--A----ATG--G-T--AAAC-C-T-TA-TT-G-----T-AT---G-TA----A-----T-----G------T-A----T------C-T----A-CA-AAG-T---TCCA----TC-AA--TG---TT-AG--TC-AAAGC--A-T-TGATTTT-TG----AT-ATATATTTTaa
gi|13                         :  GGCT-TCA-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTTA-A-GAT-GGCA-TC-C-TGT------T------A-------------C-A-T--AC-TTTT-T-G-G-AT--A-TTTT--A----ATG--G-T--AAAT-C-T-AA-TT-G-----C-AG---G-TA----A-----T-----ATACATGT-A----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTTA----TC-AA--AT---TT-AG--TC-AATGC--G-T-TGATTTT-
gi|42                         :  GGCT-TCC-C-AG--ATG-GC-C-G-CC-ACTTCA-A-GATTGGCC-GC-C-TGT------T------A-------------T-A-T--ACTTTTT-T-G-A-AC--A-TTTT--A----TTA--C-T--A
gi|1                          :  GGCT-TCCTATAG--ATG-GC-T-G-CC-A-TTCA-AGGAT-GGCC-G--C-TGTTATATGT------A-------------T-A-T--AC-TTTT-T-G---ACATC-CTTT--ACATTATAC-A-TTAAAAC-C-GTTA-TG-GT----T-AT---G-TT----A-----TATTAAA------T-A----T------C------A-CA-AAG-----GTCA----TC-AA--ACTTATT-AG--TC-AAAGC--G-C-ACATTTTCTA----AT-A---ATTCT
gi|19                         : cGGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G----A-TT--------------GT-T-TTT------TAAAAAAA-------------A-A-T--AC-TTTT-T-G-G-ACA-T-TTAA--A----ATG--G-T--AAAT-T-A--A-TT-G-----T-A----G-TA----A-----T-----A------T-A----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTTA----TC--A--AT---TT-G-------------G-T-TGATTTT-T------T-A---AT
gi|43                         :  GGCT-TCC-A-AGTTATG-GC-C-GACC-A-T---------------G-----GT------T------A-------------TTA-T--AC--CTT-T-G-A-ACA-T-TTTC--A----ATG--GTT--AAAC-C-T-TA-Tat
gi|10                         : tcGCT-TCC-A-AG--ATG-GT-T-G-CC-A-TTAA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------T------A-------------T-A-T--AT------------------TTTT--G----ATG--G-T--AAAC-CTA-AA-TG-TATCACT-AT---G-TA----A-----T-----A------C-A----TGTATGTC-T----A-CA-AAG-T---TTCA----TC-AA--AT---TT-AG--TC-AAGGC--G-T-TGATTTT-TA----AT-----ATTTTt
gi|14                         :   GCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TGCA-A--AT-GGCC-GC-C---T------T------AT------------T-A-T--AC--TTT-T---A-AC--A-TTTT-------ATA--C-T--AAAC-C-T-TA-TG-G-----T-A----G-TA----A-----T-----A------T-A----T------C-T----A-CATTAG-G---TTCA----TC-AA--TT---TTGAG--TCAAAAGCTGG-T-TAATTTT-TA----AT-A---AT
gi|6                          :   GCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-C-CC-A-TTAA-A-GAT-G----GC-C-TGT------T------A-------------T-A-T--CC-CTTT-T-G-A-ACA-T-TCAT--A----ATG--G-T--AAAT-C-T-AA-TT-G-----T-ATATAA-TA----A-----T-----A------T-A----T------A-T----A-CA-AAG-T---TTCA----TC-AA--TT---TT-AG--TC-AAAGC--G-C-TGGTTTT-TATTTCAT-A---ATT
gi|16                         :   GTT-TCC-A-AC--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GACC-----------------------------------------------TTT-T-G-G-ACA---TCTT--A----ATG--G-T--AAAC-C-T-AA-TT-G-----T-AT---G-TA----AATTAAT-----A------T-A----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA----TC-AA--TT---TT-AG--TC-AAAGC--G-T-TGA-TTT-TA----AT-A---at
gi|8                          :   GCT-TCC-A-AG--ATG-GT-T-G-CC-A-TTAA-AAGAT-GGCC-GCTC-TGTC-----T------A-------------T-A-T--TA-TTTT-T-G-ATGGA-A-ACCT--A----A----A-T--GTAT-C-ACTA-TG-A-----T-AC---A-TG----------T-----A------T-G----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA----TC-AA--AT---TT-AG--TC-AAGGC--G-T-TGATTTT-TA----AT-----ATTTTag
gi|12                         :   GCT-TCC-A-GG--ATGAGC-C-G-CC-A-T-CA-T-GAT-TGTC-GC-C-TGT------T------A-------------T-G-T--AT-ACTT-TGG-A-ACATT-TTTT--A----ATA--A-T--AAAC-C---TA------------AT---G-TAGTGCA-----T-----A------T-AC---T------C-T----G-AA-AAG-TC--TTCA-----T-AA--TT---TT-AG--T---AAGC--G-T-TAAATTT-TA----AT-A---ATT
gi|5                          :    CT-TCT-T-AG--ATG-GCGC-G-CCCA-TTCA-A--AT-GACC-GC-C-TGT------T------A-------------T-A-T--AC-TTTT-T-GAA-ACA-T-TTTT--A----ATA--A-T---AAC-C-T-TA-TG-A-----T-AT---G-TAT---A-----T-----A------C-A----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA----TC-AA--TT---CT-AGT-TC-AGAGC--G-T-TAATTTT-TA----ATAA---ATTTT
gi|21                         :   aCT-TCC-A-AG--ATG-GC-T-A-CA-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------T------C-------------T-A-T--AC-TTTT-T-G-G-AC--A-TT----------------------C-T-A-TG-TGTT-----T-GT---A-TA----A-----T-----A------T-G----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA----TC--A--AT---AT-AG--TC-ATGGC--G-T-TGATTTT-TA----AT-
gi|27                         :    CT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTAA-A-GAT-GGCC-GT-C-TGT------T------T-------------T-A-C--AT-CTTT-T-T-A-AC--A-TTTT--A----ATG--G-T--AAAC-C-T-AA-TT-G-----T-AT---G-TA----A-----T-----A------T-A----T------T-TC---ATCA-ATG-T---TTCA----TC-AA--TT---TT-
gi|41                         :    CT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-GC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------T------A-------------T-A-T--AT-CTTT-T-T-A-ACA-T-TTTT--A----ATG--G-T--AAAC-C-T-TA-TT-G-----T-AT---tg
gi|30                         :     T-TCC-A-AG--ATG-GC-T-G-CC-A-TACA-A-GAT-GGCC-GC-A-TGT------T------A-------------T-A-T--AC-TTTT-T-G-G-AC--A-T-----------------------C-T-A-TA-T--G-----T-AT---C-TA----A-----T-----A------T-G----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA----TC-AA--AT---TT-AG--TC-AA
gi|17                         :   gaT-TCC-A-AG--A-G-GC-A-G-CC-A-TTCA---GAT-GGCC-GG-CATGT------T------A-------------T-ACT--AC-CTTT-T-A-A-ACT-T-TTTC--A----ATG--G-T--AAAC-C-T-TA-TT-G-----T-AT---G-AA----A-----T-----A------T-A----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA----TC--A--CT---TT-TG--TC-AAAGC--G-A-TGATTTttaaggc
gi|2                          :     T-TCC-A-AG--ATG----C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GCCC-GC-A-TGT------T------A-------------TGA-T--AC--TTT-T-G-G-ACATACTTTC--A----ATGGCG-T--AACCTC-C-TA-TT-G-----T-A------TA----ACT---C-----A------T-A----T------CATA---A-CA-AAG-TTCGTTCA----TTCAA--AT---TT--G--TC-AAAGC--G---TAAATTT-TA----AT-A---ATT
gi|20                         : ggctt-TCC-A-AA--ATG-GC-CCG-CC-A-T-CACA-GAT-GGCC-GC-A-T-T------T------A-------------T---T--AC--TTT-T-G-A-ACA-T-TTTC--A----ATG--A-T--AAAC-C-T-TA-T--G-----T-AT---G-T-----A-----T-----A------T-A----T------C-T----A--A-AAT-T---ATCA----T-------T---TT-AG--TT-AAAGC----T-TGATTTT-TA----AT-
gi|18                         :         C-A-AG--ATG-AT-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-A-TGC------T------A-------------T-A-T--AC-CTTT-T-G-A-ACA-T-TTTC--A----ATG--G-T--AAAC-C-T-TA-TT-G-----T-AT---G-TA----A-----T-----A------T-A----T------C-T----G-CA-AAG-T---TTCG----TC-AT--TT---TT-AG--TC-AAAGC--G-T-TGCTTT
gi|40                         :         C-A-AG--ATG-AC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGAA-AC-C-TGT------T------A-------------T-A-T--AC-TTTT-T-T-A-AC--A-TTTT--A----ATA--A-T--AAAC-C-T-TA-TG-G-----T-TT---G-TA----A-----T-----A------
gi|26                         :         C-A-AG--ATG-GC-T-T-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------T------C-------------T-A-T--AC-TTTT-T-G-G-AC--A-TTCT--AT---GTG--C-T--GAG----A--A-T-----------T---A-TA----A-----T------------T-G----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA----TC--A--AT---AT-AG--TC-ATGGC--G-T-T
gi|3                          :          -A-AG--A-G-GC-T-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------T------ACATGTACAGTGTAT-A-T--AC-TTTT-T-G-A-ACA-T-TTTT--A----ATA--A-T--AAAC-C-T-TA-TG-G-----T-AT---G-TA----A-----T-----A------T-A----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA----TC-AA--TT---TT-AG--TC-AAAGC--G-T-TAATTTT-TA----ATAA---ATTTTtgaat
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gi|33                         :                                -TCCA-A-GAT-GGCC-TC-C-TGC------T------C-------------T-A-T--AC-TTTT-T-G-G-ACA-----TT--------------------C-T-A-TG-TG-T-----TTGT---A-TA----A-----T-----A------T-G----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA----TC-AA--AT---AT-AG--TC-ATGGC--G-T-TGATTTT-TA----Att
gi|24                         :                              ct-TTCA-A-GGT-GGT--GT-C-TGT------T------A-------------T-A----AC-TTTTGT-G-G-AAA-T-TTTT--A----ATG--A-TTTAAAC------A-TG-G-----T-AT---G-TA----A-----A-----A------T-G----A------T-T----A-CAGGAG-TTA-TTCA----TT--A--TT---TT-AG--TC-AAAGC--T-TGTAATTTT-
gi|25                         :                                   CA-A-GTT-GGCC-GC-C-T-T------T------A-------------T-A-T--AC-TTTA-T-G-A-ACA-T-TTTT--A----ATA--A-T--AAAC-C-T-TA-TG-G-----T-AT---G-TA----A-----T------------T-A----T------C-TACAAA-CA-AAG-T---TTCA----TC--A--AT---TT-AG--TC-AAAGC--G-T-TAATTTT-TA----AT-A---attga
gi|32                         :                                   CA-A-GAT-GGCC-GC-T-TAT------T------A-------------T-A-T--GC-CTTT-T-G-G-ACA---TTTT--A----ATG--G-T--AAAT-C-T-AA-TT-G-----T-AT---G-TA----A-----T-----A------T-A----T------C-T----G-CA-AAG-T---TCCA----TC-AA--TT---TT-AG--TT-AAAGC--G-T-TGATTTT-Tt
gi|34                         :                                    A-A-AAT-GACC-GC-C-TTT------T------A-------------A-A-T--AC-TTGT-T-G-A-GCA-T-TTTT--A----ATT--G-T--AAAC-C-T-AA-TT-G-----T-AG---G-TT----A-----T-----A------T-A----T------C-T----A-CA-AAA-A---TTGA----TC-AA--TT---TT-AG--TC-AAAGC--G-T-T
gi|28                         :                                     -A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------T------A-------------T-A-T--AC---TT-T-G-A-AC--A-TTTT--A----ATA--A-T---GAC-C-T-TATTG-G-----TGGT---G-TA----A-----T-----A------T-A----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCATATTTT-AA--------T-AG--TC--AAGC--G-T-TAA-TTT-TA----AT-A---
gi|36                         :                                     tc-GAT-GGCC-TC-C-TGC------T------C-------------T-A-T--AC-TTTT-T-G-G-ACA-----TT--------------------C-T-A-TG-TG-T-----TTGT---A-TA----A-----T-----A------T-G----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA----TC-AA--AT---AT-AG--TC-ATGGC--G-T-TGATTTT-TA----A
gi|23                         :                                             GTC-AC-C-TGT------T------A-------------T-A-T--AT-GTTT-T-G-G-ACA-T-TTTC--A----ATG--G-T--AAAC-C---TA-AT-G-----T-AT---G-TA----A-----C-----A------T-G----T------C-T----A-CA-AAG-T---GCCA----TC-AA--AT---TT-AG--TC-CAGGC--G-
gi|31                         :                   ttctcagatgaatgggattatcaaacGCC-GC-A-TGG------T------A-------------T-A-T--AC-CTTT-T-G-A-ACA-T-TTTC--A----ATG--GTT--AAAC-C-T-TA-T--G-----T-AT---GATA----A-----T-----A------T-A----T------C------A-CA-TAGTT---TTCA----C---A--AT---TT-AAGTTC-AAAGC--G-C-TGATTAT-TG----A
gi|38                         :                                               gaat-C-TGT------T------A-------------T-A-T--AC-TTTT-T-G-G-ACA-T-TTTT--A----ATT--G-T--AAAC-C---TA------------AT-----TA----A-----T-----A------T-G----T------C-T----G-C--AAT-T---TTCA----TA-AA--TT---TT-AG--TC-AAAGC--C-C-TGATTTT-T
gi|37                         :                                                   gg-TGT------T------A-------------T-A-T--AC-CTTT-T-G-A-ACA-A-----------------------AAC-C-T-TA-TT-G-----T-AT---G-TA----A-----T-----A------T-AATTAT------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA----TC-AA--TT---TT-AG--TC-AAAGC--G-T-TGAATTT-TA----AT-
gi|39                         :                                                    a-TGT------T------A-------------T-A-T--AC-TTTT-T-G-G-ATA-T-TTTT--A----ATG--G-T--AAAT-C---TA-AG-T-----T-AT---G-TAGTT-A-----T-----A------T-A----T------C-T----A-CA-ACG-T---TTCA----TC-AA--TT---CT-AG--TA-TAAGC--A-T-
gi|35                         :                                                       GT------T------A-------------T-A-T--AC-CTTT-T-G-A-GCA-T-TTTC--A----ATG--T-T--AAAC-C-T-TA-T----------AT---G-TA----AATTA-T-----A------T-A----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-----T-AA--ATG--TT-AG--TC-AAAGC--G-T-TGATTTT-T
gi|44                         :                                                                                                                                              A-TT-G-----T-AG---G-TA----A-----T-----T------T-A----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA----TC-AA--TT---TT-AA--TA-AAAGC--G-T-TGATTTT-a
gi|45                         :                                                                                                                                                                tcta----A-----T-----A------T-A----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA----TA-AA--TT---TT-AG--TA-AAAGC--G-T-T

Unaligned ( gi|29 ): CGGCTTCCAGTGGCGCAGTCAAGTGGCGAGTATATGATTTTTAATTTTCAATGAGTAATATTTGTATGTCTTTTCATACCGTTTCATCATTTTAGTCAAAGCGCTTGAT

lowQualScore                  :       1   1 1  11   1  1 1 1  1 1    1 2   2    1  1 1   333333  6666666666666 5555555555 0 11  33   0  0     22   6666 1   4444 222222 1    0 444444 0 222 1 1 444444444 1  444 33333 44444 333333  3333 222222 1 4444 1  2   1 444    1    555 111 111 1  2  1     11 2   11 22    1  3333  44444     
lowQualScore                  :       .   . .  ..   .  . . .  . .    . .   .    .  . .   ......  ............. .......... . ..  ..   .  .     ..   .... .   .... ...... .    . ...... . ... . . ......... .  ... ..... ..... ......  .... ...... . .... .  .   . ...    .    ... ... ... .  .  .     .. .   .. ..    .  ....  .....     
lowQualScore                  :       6   4 4  99   4  4 4 4  4 2    1 2   2    0  0 0   666666  0000000000000 9999999999 9 33  66   9  9     22   9999 0   6666 777777 0    9 777777 9 666 9 0 999999999 0  333 77777 00000 777777  0000 888888 0 0000 0  0   0 000    0    222 777 777 0  0  0     44 1   66 88    3  5555  99999     
consensus                     :   GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AACAT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT---T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--A--TTTT-TA----AT-A---ATTTT
Reference ( family-247 )      :   GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AACAT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--NT---T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--A--TTTT-TA----AT-A---ATTTT
gi|1                          :   GGCT-TCCTATAG--ATG-GC-T-G-CC-A-TTCA-AGGAT-GGCC-G--C-TGTTATATGTA-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG--ACATC-CTT--T-ACATT-A--TACATTAA-AACCGT-----TA-T-G-GTT-A-T-------G-TT---A-----TATTAAA------TA----T------C------A-CA-AAG-----GTCA-TCAA--ACTTAT---T-AG-TC-AAAGC--G-CAC--A--TTTTCTA----AT-A---ATTCT
gi|10                         :   cGCT-TCC-A-AG--ATG-GT-T-G-CC-A-TTAA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--A--------------T--TTT--T-G-ATG-G--T------A-AACC-TAAATGTA-T-C-ACT-A-T-------G-TA---A-----T-----A------CA----TGTATGTC-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--AT---T---T-AG-TC-AAGGC--G-TTG--A--TTTT-TA----AT-----ATTTT
gi|11                         :   GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-A-CC-A-TTCA-A-GAC-GGCC-AC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AAATT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-ACCT-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---CTCA-TTAA--TT---T---T-AG-TC-GAAGC--G-TT---ATTTTTT-TA----AT-A---
gi|12                         :    GCT-TCC-A-GG--ATGAGC-C-G-CC-A-T-CA-T-GAT-TGTC-GC-C-TGT------TA-------------T----------G-T--ATACTTT-GG-AACAT--TTT--TTA-ATA-A--T------A-AACC-T-----AA-T---G-T-AGT-------G-CA---------T-----A------TAC---T------C-T----G-AA-AAG-TC--TTCA-T-AA--TT---T---T-AG-T---AAGC--G-TTA--A--ATTT-TA----AT-A---ATT
gi|13                         :   GGCT-TCA-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTTA-A-GAT-GGCA-TC-C-TGT------TA-------------C----------A-T--AC-TTTT-TG-GATA---TTT--T-A-ATG-G--T------A-AATC-T-----AA-T-T-G-C-A-G-------G-TA---A-----T-----ATACATGTA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTTA-TCAA--AT---T---T-AG-TC-AATGC--G-TTG--A--TTTT-
gi|14                         :    GCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TGCA-A--AT-GGCC-GC-C---T------TAT------------T----------A-T--AC-TTTT----AACAT--TTT------ATA-C--T------A-AACC-T-----TA-T-G-G-T-A---------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CATTAG-G---TTCA-TCAA--TT---T---TGAG-TCAAAAGCTGG-TTA--A--TTTT-TA----AT-A---AT
gi|15                         :   GGTT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-CGCC-GC-A-TGT------TA-------------T----------A-T--AG-CTTT-TG-AACAT--TTT--C-A-ATG-G--T------A-AACA-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAT-T---TTCA-TCAA--TT---T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--A--TTTT-
gi|16                         :    GTT-TCC-A-AC--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-G-------------------------------------------------AC-CTTT-TG-GACAT--CTT----A-ATG-G--T------A-AACC-T-----AA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---AATTAAT-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT---T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--A---TTT-TA----AT-A---
gi|17                         :      T-TCC-A-AG--A-G-GC-A-G-CC-A-TTCA---GAT-GGCC-GG-CATGT------TA-------------T----------ACT--AC-CTTT-TA-AACTT--TTT--C-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-AA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAC--TT---T---T--G-TC-AAAGC--G-ATG--A--TTTag
gi|18                         :          C-A-AG--ATG-AT-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-A-TGC------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AACAT--TTT--C-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----G-CA-AAG-T---TTCG-TCAT--TT---T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--C--TTT
gi|19                         :   GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-
gi|19                         :                                 -TCCA-A-GAT-GGCC-GA-T-TGT------TT-------------TTTAAAAAAAAA-T--AC-TTTT-TG-GACAT--TTA--A-A-ATG-G--T------A-AA---T-----TAAT-T-G-T-A---------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTTA-TCAA--TT---T------G-----------G-TTG--AT-TTTT-TA----AT-A---attgttttttaaaaaaaaatactttttggacatttaaaatggtaaattaattgtagtaatatatctacaaagttttatcaatttggttgattttttaatat
gi|2                          :  ggctT-TCC-A-AG--ATG----C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GCCC-GC-A-TGT------TA-------------TG---------A-T--A--CTTT-TG-GACATACTTT--C-A-ATG-G--C------GTAACC-TCC---TA-T-T-G-T-A-----------TA---ACT---C-----A------TA----T------CATA---A-CA-AAG-TTCGTTCATTCAA--AT---T---T--G-TC-AAAGC--G--TA--A--ATTT-TA----AT-A---ATTt
gi|20                         :  ggctt-TCC-A-AA--ATG-GC-CCG-CC-A-T-CACA-GAT-GGCC-GC-A-T-T------TA-------------T------------T--AC--TTT-TG-AACAT--TTT--C-A-ATG-A--T------A-AACC-T-----TA---T-G-T-A-T-------G-T----A-----T-----A------TA----T------C-T----A--A-AA-------TTA-TC-A--TT---T---T-AG-TT-AAAGC----TTG--A--TTTT-TA----AT-
gi|21                         :     CT-TCC-A-AG--ATG-GC-T-A-CA-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TC-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GACAT--TCT------ATGTG--T----------------------T-T-G-T-A-----------TA---A-----T-----A------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA---T---A---T-AG-TC-ATGGC--G-TTG--A--TTTT-TA----AT-
gi|22                         :                                 -TCCA-A-GAT-GGCC-GC-A-TGT-------A-------------T----------A-TTAAC-CTTT-TG-AACAT--TTT--CAA-ATG-G--T------A-AACC-------TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----AT-----TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCCATTTT---T---T-AG-TC-AAAGC--GTTTG--A--TTTT-T
gi|23                         :                                              GTC-AC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AT-GTTT-TG-GACAT--TTT--C-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----AA-T---G-T-A-T-------G-TA---A-----C-----A------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---GCCA-TCAA--AT---T---T-AG-TC-CAGGC--G-tt
gi|24                         :       ttctcagatgaatgggattatcaaac-TTCA-A-GGT-GGT--GT-C-TGT------TA-------------T----------A----AC-TTTTGTG-GAAAT--TTT--T-A-ATG-ATTT------A-AAC---------A-T-G-G-T-A-T-------G-TA---A-----A-----A------TG----A------T-T----A-CAGGAG-TTA-TTCA-TT-A--TT---T---T-AG-TC-AAAGC----TTGTAA--TTTT-
gi|25                         :                                    CA-A-GTT-GGCC-GC-C-T-T------TA-------------T----------A-T--AC-TTTA-TG-AACAT--TTT--T-A-ATA-A--T------A-AACC-T-----TA-T-G-G-T-A-T-------G-TA---A-----T------------TA----T------C-TACAAA-CA-AAG-T---TTCA-TCAA---T---T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTA--A--TTTT-TA----AT-A---attga
gi|26                         :          C-A-AG--ATG-GC-T-T-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TC-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GACAT--TCT--A-T-GTG-C--T------G-AGAA-T-----TA---------------------TA---A-----T------------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA---T---A---T-AG-TC-ATGGC--G-TTt
gi|27                         :     CT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTAA-A-GAT-GGCC-GT-C-TGT------TT-------------T----------A-C--AT-CTTT-TT-AACA---TTT--T-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----AA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------T-TC---ATCA-ATG-T---TTCA-TCAA--TT---T---T-tgaat
gi|28                         :                                      -A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC---TT-TG-AACAT--TTTAAT-A-ATG--------------ACC-T-----TA-T-TGG-TGG-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-T--A--TT---TTAAT-AG-TC--AAGC--G-TTA--A---TTT-TA----AT-A---tg
gi|29                         : tcGGCT-TCC-A-G----TG-GC---G-C--A-GTCA-A-G-T-GGCG-A-----GT-------A-------------T----------A-T--GA-TTTT-TA-A---T--TTT--C-A-ATGAG--T------A-A----------TA-T-TTG-T-A-T-------G-TC---T-----TTTC--A------TA----C------C-------------G-T---TTCA-TCA---TT---T---T-AG-TC-AAAGC--GCTTG--A--T
gi|3                          :          c-A-AG--A-G-GC-T-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TACATGTACAGTGTAT----------A-T--AC-TTTT-TG-AACAT--TTT--T-A-ATA-A--T------A-AACC-T-----TA-T-G-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT---T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTA--A--TTTT-TA----ATAA---ATTTT
gi|30                         :      T-TCC-A-AG--ATG-GC-T-G-CC-A-TACA-A-GAT-GGCC-GC-A-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GACAT--CTA--T-A---------------------------------T-G-T-A-T-------C-TA---A-----T-----A------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--AT---T---T-AG-TC-AA
gi|31                         :                                            gaGCC-GC-A-TGG------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AACAT--TTT--C-A-ATG-GT-T------A-AACC-T-----TA---T-G-T-A-T-------GATA---A-----T-----A------TA----T------C------A-CA-TAGTT---TTCA--CAA--TT---T---A-AGTTC-AAAGC--G-CTG--A--TTAT-TG----Attaaggc
gi|32                         :                                gaatCA-A-GAT-GGCC-GC-T-TAT------TA-------------T----------A-T--GC-CTTT-TG-GACAT--TTT----A-ATG-G--T------A-AATC-T-----AA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----G-CA-AAG-T---TCCA-TCAA--TT---T---T-AG-TT-AAAGC--G-TTG--A--TTTT-T
gi|33                         :                                 -TCCA-A-GAT-GGCC-TC-C-TGC------TC-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GACAT--TCT------ATGTG--T----------------------T-T-G-T-A-T----------A---A-----T-----A------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--AT---A---T-AG-TC-ATGGC--G-TTG--A--TTTT-TA----A
gi|34                         :                                   ctA-A-AAT-GACC-GC-C-TTT------TA-------------A----------A-T--AC-TTGT-TG-AGCAT--TTT--T-A-ATT-G--T------A-AACC-T-----AA-T-T-G-T-A-G-------G-TT---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAA-A---TTGA-TCAA--TT---T---T-AG-TC-AAAGC--G-TT
gi|35                         :                                                        GT------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AGCAT--TTT--C-A-ATG-T--T------A-AACC-T-----TA-TAT-G-T-A-A-------A-TT---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TAAA--TG---T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--A--TTTT-TA----
gi|36                         :                                        -GAT-GGCC-TC-C-TGC------TC-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GACAT--TCT------ATGTG--T----------------------T-T-G-T-A-T----------A---A-----T-----A------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--AT---A---T-AG-TC-ATGGC--G-TTG--A--TTTT-TA----A
gi|37                         :                                                      -TGT------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AACA--------------------------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TAATTAT------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT---T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--A--ATTT-TA----AT-
gi|38                         :                                                   a-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GACAT--TTT--T-A-ATT-G--T------A-AACC-T-----AA-T-------------------TA---A-----T-----A------TG----T------C-T----G-C--AAT-T---TTCA-TAAA--TT---T---T-AG-TC-AAAGC--C-CTG--A--TTTT-T
gi|39                         :                                                    gg-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GATAT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-AATC-T-----AA-G-T---T-A-T-------G-TAGTTA-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-ACG-T---TTCA-TCAA--TT---C---T-AG-TA-TAAGC--A-T
gi|4                          :   GGCTGTCC-A-AT--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GATTAGCCTGT-T-TTT------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-T--AACAT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----G------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TCCA-TCAA--TG---T---T-AG-TC-AAAGC--A-TTG--A--TTTT-TG----AT-ATATATTTT
gi|40                         :          C-A-AG--ATG-AC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGAA-AC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-TTTT-TT-AACA---TTT--T-A-ATA-A--T------A-AACC-T-----TA-T-G-G-T-T-T-------G-TA---A-----T-----A------
gi|41                         :     CT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-GC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AT-CTTT-TT-AACAT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------
gi|42                         :   GGCT-TCC-C-AG--ATG-GC-C-G-CC-ACTTCA-A-GATTGGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--ACTTTTT-TG-AACAT--TTT--
gi|43                         :   GGCT-TCC-A-AGTTATG-GC-C-GACC-A-T---------------G-----GT------TA-------------TT---------A-T--AC-CTTT--G-AACAT--TTT--C-A-ATG-GT-T------A-AACC-T-----TA-T-T-attacta
gi|44                         :                                                                                                                                           tcC-T-----AA-T-T-G-T-A-G-------G-TA---A-----T-----T------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT---T---T-AA-TA-AAAGC--G-TTG--A--TTTT-
gi|45                         :                                                                                                                                                                             t---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TAAA--TT---T---T-AG-TA-AAAGC--G-TT
gi|5                          :     CT-TCT-T-AG--ATG-GCGC-G-CCCA-TTCA-A--AT-GACC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-TTTT-TGAAACAT--TTT--T-A-ATA-A--T--------AACC-T-----TA-T-G-A-T-A-T-------G-TAT--A-----T-----A------CA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT---C---T-AGTTC-AGAGC--G-TTA--A--TTTT-TA----ATAA---ATTTT
gi|6                          :   aGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-C-CC-A-TTAA-A-GAT-GGCC------TGT------TA-------------T----------A-T--CC-CTTT-TG-AACAT--TCA--T-A-ATG-G--T------A-AATC-T-----AA-T-T-G-T-A-TATA----A-TA---A-----T-----A------TA----T------A-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT---T---T-AG-TC-AAAGC--G-CTG--G--TTTT-TATTTCAT-A---ATT
gi|7                          :   GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-T-G-TT-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------C----------A-T--AC-CTGT-TG-AGCAT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-ACCC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT---T---T-AG-TC-AAAGT--G-TTA--A--ATTT-TA----AT-A---ATTTTat
gi|8                          :    GCT-TCC-A-AG--ATG-GT-T-G-CC-A-TTAA-AAGAT-GGCC-GCTC-TGTC-----TA-------------T----------A-T---------------TAT--TTT--T-G-ATG-G---------A-AACC-T-----AA-A-T-G-T-A-TCACTATGA-TACATG-----T-----A------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--AT---T---T-AG-TC-AAGGC--G-TTG--A--TTTT-TA----AT-----ATTTTt
gi|9                          :   GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-GTTT-TG-AACAA--TTT--T-A-ATA-A--T------A-AACC-A-----TA-T-G-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TTAA--AT---T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTA--A--TTTT-TG----AT-A---ATTTT

lowQualScore                  :       1   1 1  11   1  1 1 1  1 1    1 2   2    1  1 1   333333  6666666666666 5555555555 0 11  33   0  0     22   6666 1   4444 222222 1    0 444444 0 0 1 1 1 333333333 1  444 33333 44444 555555  3333 222222 1 4444 1  2   1 444    1    333 1 111 1  2  1     11 2   11 22    1  3333  44444     
lowQualScore                  :       .   . .  ..   .  . . .  . .    . .   .    .  . .   ......  ............. .......... . ..  ..   .  .     ..   .... .   .... ...... .    . ...... . . . . . ......... .  ... ..... ..... ......  .... ...... . .... .  .   . ...    .    ... . ... .  .  .     .. .   .. ..    .  ....  .....     
lowQualScore                  :       6   4 4  99   4  4 4 4  4 2    1 2   2    0  0 0   666666  0000000000000 9999999999 9 33  66   9  9     22   9999 0   6666 777777 0    9 000000 9 9 9 9 0 222222222 0  333 77777 00000 444444  0000 888888 0 0000 0  0   0 000    0    000 0 777 0  0  0     44 1   66 88    3  5555  99999     
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Reference ( family-247 )      :   GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AACAT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--A--TTTT-TA----AT-A---ATTTT
gi|1                          :   GGCT-TCCTATAG--ATG-GC-T-G-CC-A-TTCA-AGGAT-GGCC-G--C-TGTTATATGTA-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG--ACATC-CTT--T-ACATT-A--TACATTAA-AACCGT-----TA-T-G-GTT-A-T-------G-TT---A-----TATTAAA------TA----T------C------A-CA-AAG-----GTCA-TCAAACTTAT---T-AG-TC-AAAGC--G-CAC--A--TTTTCTA----AT-A---ATTCT
gi|10                         :   cGCT-TCC-A-AG--ATG-GT-T-G-CC-A-TTAA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--A--------------T--TTT--T-G-ATG-G--T------A-AACC-TAAATGTA-T-C-ACT-A-T-------G-TA---A-----T-----A------CA----TGTATGTC-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--AT-T---T-AG-TC-AAGGC--G-TTG--A--TTTT-TA----AT-----ATTTT
gi|11                         :   GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-A-CC-A-TTCA-A-GAC-GGCC-AC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AAATT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-ACCT-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---CTCA-TTAA--TT-T---T-AG-TC-GAAGC--G-TT---ATTTTTT-TA----AT-A---
gi|12                         :    GCT-TCC-A-GG--ATGAGC-C-G-CC-A-T-CA-T-GAT-TGTC-GC-C-TGT------TA-------------T----------G-T--ATACTTT-GG-AACAT--TTT--TTA-ATA-A--T------A-AACC-T-----AA-T---G-T-AGT-------G-CA---------T-----A------TAC---T------C-T----G-AA-AAG-TC--TTCA-T-AA--TT-T---T-AG-T---AAGC--G-TTA--A--ATTT-TA----AT-A---ATT
gi|13                         :   GGCT-TCA-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTTA-A-GAT-GGCA-TC-C-TGT------TA-------------C----------A-T--AC-TTTT-TG-GATA---TTT--T-A-ATG-G--T------A-AATC-T-----AA-T-T-G-C-A-G-------G-TA---A-----T-----ATACATGTA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTTA-TCAA--AT-T---T-AG-TC-AATGC--G-TTG--A--TTTT-
gi|14                         :    GCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TGCA-A--AT-GGCC-GC-C---T------TAT------------T----------A-T--AC-TTTT----AACAT--TTT------ATA-C--T------A-AACC-T-----TA-T-G-G-T-A---------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CATTAG-G---TTCA-TCAA--TT-T---TGAG-TCAAAAGCTGG-TTA--A--TTTT-TA----AT-A---AT
gi|15                         :   GGTT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-CGCC-GC-A-TGT------TA-------------T----------A-T--AG-CTTT-TG-AACAT--TTT--C-A-ATG-G--T------A-AACA-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAT-T---TTCA-TCAA--TT-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--A--TTTT-
gi|16                         :    GTT-TCC-A-AC--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-G-------------------------------------------------AC-CTTT-TG-GACAT--CTT----A-ATG-G--T------A-AACC-T-----AA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---AATTAAT-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--A---TTT-TA----AT-A---
gi|17                         :      T-TCC-A-AG--A-G-GC-A-G-CC-A-TTCA---GAT-GGCC-GG-CATGT------TA-------------T----------ACT--AC-CTTT-TA-AACTT--TTT--C-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-AA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAC--TT-T---T--G-TC-AAAGC--G-ATG--A--TTTag
gi|18                         :          C-A-AG--ATG-AT-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-A-TGC------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AACAT--TTT--C-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----G-CA-AAG-T---TTCG-TCAT--TT-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--C--TTT
gi|19                         :   GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-
gi|19                         :                                 -TCCA-A-GAT-GGCC-GA-T-TGT------TT-------------TTTAAAAAAAAA-T--AC-TTTT-TG-GACAT--TTA--A-A-ATG-G--T------A-AA---T-----TAAT-T-G-T-A---------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTTA-TCAA--TT-T------G-----------G-TTG--AT-TTTT-TA----AT-A---attgttttttaaaaaaaaatactttttggacatttaaaatggtaaattaattgtagtaatatatctacaaagttttatcaatttggttgattttttaatat
gi|2                          :  ggctT-TCC-A-AG--ATG----C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GCCC-GC-A-TGT------TA-------------TG---------A-T--A--CTTT-TG-GACATACTTT--C-A-ATG-G--C------GTAACC-TCC---TA-T-T-G-T-A-----------TA---ACT---C-----A------TA----T------CATA---A-CA-AAG-TTCGTTCATTCAA--AT-T---T--G-TC-AAAGC--G--TA--A--ATTT-TA----AT-A---ATTt
gi|20                         :  ggctt-TCC-A-AA--ATG-GC-CCG-CC-A-T-CACA-GAT-GGCC-GC-A-T-T------TA-------------T------------T--AC--TTT-TG-AACAT--TTT--C-A-ATG-A--T------A-AACC-T-----TA---T-G-T-A-T-------G-T----A-----T-----A------TA----T------C-T----A--A-AA-------TTA-TC-A--TT-T---T-AG-TT-AAAGC----TTG--A--TTTT-TA----AT-
gi|21                         :     CT-TCC-A-AG--ATG-GC-T-A-CA-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TC-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GACAT--TCT------ATGTG--T----------------------T-T-G-T-A-----------TA---A-----T-----A------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA---T-A---T-AG-TC-ATGGC--G-TTG--A--TTTT-TA----AT-
gi|22                         :                                 -TCCA-A-GAT-GGCC-GC-A-TGT-------A-------------T----------A-TTAAC-CTTT-TG-AACAT--TTT--CAA-ATG-G--T------A-AACC-------TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----AT-----TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCCATTTT-T---T-AG-TC-AAAGC--GTTTG--A--TTTT-T
gi|23                         :                                              GTC-AC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AT-GTTT-TG-GACAT--TTT--C-A-ATG-G--T------A-AACC-------TA-A-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----C-----A------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---GCCA-TCAA--AT-T---T-AG-TC-CAGGC--G-tt
gi|24                         :       ttctcagatgaatgggattatcaaac-TTCA-A-GGT-GGT--GT-C-TGT------TA-------------T----------A----AC-TTTTGTG-GAAAT--TTT--T-A-ATG-ATTT------A-AAC---------A-T-G-G-T-A-T-------G-TA---A-----A-----A------TG----A------T-T----A-CAGGAG-TTA-TTCA-TT-A--TT-T---T-AG-TC-AAAGC----TTGTAA--TTTT-
gi|25                         :                                    CA-A-GTT-GGCC-GC-C-T-T------TA-------------T----------A-T--AC-TTTA-TG-AACAT--TTT--T-A-ATA-A--T------A-AACC-T-----TA-T-G-G-T-A-T-------G-TA---A-----T------------TA----T------C-TACAAA-CA-AAG-T---TTCA-TCAA---T-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTA--A--TTTT-TA----AT-A---attga
gi|26                         :          C-A-AG--ATG-GC-T-T-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TC-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GACAT--TCT--A-T-GTG-C--T------G-AGAA-T-----TA---------------------TA---A-----T------------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA---T-A---T-AG-TC-ATGGC--G-TTt
gi|27                         :     CT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTAA-A-GAT-GGCC-GT-C-TGT------TT-------------T----------A-C--AT-CTTT-TT-AACA---TTT--T-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----AA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------T-TC---ATCA-ATG-T---TTCA-TCAA--TT-T---T-tgaat
gi|28                         :                                      -A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC---TT-TG-AACAT--TTTAAT-A-ATG--------------ACC-T-----TA-T-TGG-TGG-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-T--A--TT-TTAAT-AG-TC--AAGC--G-TTA--A---TTT-TA----AT-A---tg
gi|29                         : tcGGCT-TCC-A-G----TG-GC---G-C--A-GTCA-A-G-T-GGCG-A-----GT-------A-------------T----------A-T--GA-TTTT-TA-A---T--TTT--C-A-ATGAG--T------A-A----------TA-T-TTG-T-A-T-------G-TC---T-----TTTC--A------TA----C------C-------------G-T---TTCA-TCA---TT-T---T-AG-TC-AAAGC--GCTTG--A--T
gi|3                          :          c-A-AG--A-G-GC-T-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TACATGTACAGTGTAT----------A-T--AC-TTTT-TG-AACAT--TTT--T-A-ATA-A--T------A-AACC-T-----TA-T-G-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTA--A--TTTT-TA----ATAA---ATTTT
gi|30                         :      T-TCC-A-AG--ATG-GC-T-G-CC-A-TACA-A-GAT-GGCC-GC-A-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GACAT--CTA--T-A---------------------------------T-G-T-A-T-------C-TA---A-----T-----A------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--AT-T---T-AG-TC-AA
gi|31                         :                                            gaGCC-GC-A-TGG------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AACAT--TTT--C-A-ATG-GT-T------A-AACC-T-----TA---T-G-T-A-T-------GATA---A-----T-----A------TA----T------C------A-CA-TAGTT---TTCA--CAA--TT-T---A-AGTTC-AAAGC--G-CTG--A--TTAT-TG----Attaaggc
gi|32                         :                                gaatCA-A-GAT-GGCC-GC-T-TAT------TA-------------T----------A-T--GC-CTTT-TG-GACAT--TTT----A-ATG-G--T------A-AATC-T-----AA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----G-CA-AAG-T---TCCA-TCAA--TT-T---T-AG-TT-AAAGC--G-TTG--A--TTTT-T
gi|33                         :                                 -TCCA-A-GAT-GGCC-TC-C-TGC------TC-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GACAT--TCT------ATGTG--T----------------------T-T-G-T-A-T----------A---A-----T-----A------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--AT-A---T-AG-TC-ATGGC--G-TTG--A--TTTT-TA----A
gi|34                         :                                   ctA-A-AAT-GACC-GC-C-TTT------TA-------------A----------A-T--AC-TTGT-TG-AGCAT--TTT--T-A-ATT-G--T------A-AACC-T-----AA-T-T-G-T-A-G-------G-TT---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAA-A---TTGA-TCAA--TT-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TT
gi|35                         :                                                        GT------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AGCAT--TTT--C-A-ATG-T--T------A-AACC-T-----TA-TAT-G-T-A-A-------A-TT---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TAAA--TG-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--A--TTTT-TA----
gi|36                         :                                        -GAT-GGCC-TC-C-TGC------TC-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GACAT--TCT------ATGTG--T----------------------T-T-G-T-A-T----------A---A-----T-----A------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--AT-A---T-AG-TC-ATGGC--G-TTG--A--TTTT-TA----A
gi|37                         :                                                      -TGT------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AACA--------------------------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TAATTAT------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--A--ATTT-TA----AT-
gi|38                         :                                                   a-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GACAT--TTT--T-A-ATT-G--T------A-AACC-T-----AA-T-------------------TA---A-----T-----A------TG----T------C-T----G-C--AAT-T---TTCA-TAAA--TT-T---T-AG-TC-AAAGC--C-CTG--A--TTTT-T
gi|39                         :                                                    gg-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GATAT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-AATC-T-----AA-G-T---T-A-T-------G-TAGTTA-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-ACG-T---TTCA-TCAA--TT-C---T-AG-TA-TAAGC--A-T
gi|4                          :   GGCTGTCC-A-AT--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GATTAGCCTGT-T-TTT------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-T--AACAT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----G------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TCCA-TCAA--TG-T---T-AG-TC-AAAGC--A-TTG--A--TTTT-TG----AT-ATATATTTT
gi|40                         :          C-A-AG--ATG-AC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGAA-AC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-TTTT-TT-AACA---TTT--T-A-ATA-A--T------A-AACC-T-----TA-T-G-G-T-T-T-------G-TA---A-----T-----A------
gi|41                         :     CT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-GC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AT-CTTT-TT-AACAT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------
gi|42                         :   GGCT-TCC-C-AG--ATG-GC-C-G-CC-ACTTCA-A-GATTGGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--ACTTTTT-TG-AACAT--TTT--
gi|43                         :   GGCT-TCC-A-AGTTATG-GC-C-GACC-A-T---------------G-----GT------TA-------------TT---------A-T--AC-CTTT--G-AACAT--TTT--C-A-ATG-GT-T------A-AACC-T-----TA-T-T-attacta
gi|44                         :                                                                                                                                           tcC-T-----AA-T-T-G-T-A-G-------G-TA---A-----T-----T------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT-T---T-AA-TA-AAAGC--G-TTG--A--TTTT-
gi|45                         :                                                                                                                                                                             t---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TAAA--TT-T---T-AG-TA-AAAGC--G-TT
gi|5                          :     CT-TCT-T-AG--ATG-GCGC-G-CCCA-TTCA-A--AT-GACC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-TTTT-TGAAACAT--TTT--T-A-ATA-A--T--------AACC-T-----TA-T-G-A-T-A-T-------G-TAT--A-----T-----A------CA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT-C---T-AGTTC-AGAGC--G-TTA--A--TTTT-TA----ATAA---ATTTT
gi|6                          :   aGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-C-CC-A-TTAA-A-GAT-GGCC------TGT------TA-------------T----------A-T--CC-CTTT-TG-AACAT--TCA--T-A-ATG-G--T------A-AATC-T-----AA-T-T-G-T-A-T-------A-TA---A-----T-----AATA---TA----T------A-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT-T---T-AG-TC-AAAGC--G-CTG--G--TTTT-TATTTCAT-A---ATT
gi|7                          :   GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-T-G-TT-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------C----------A-T--AC-CTGT-TG-AGCAT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-ACCC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT-T---T-AG-TC-AAAGT--G-TTA--A--ATTT-TA----AT-A---ATTTTat
gi|8                          :    GCT-TCC-A-AG--ATG-GT-T-G-CC-A-TTAA-AAGAT-GGCC-GCTC-TGTC-----TA-------------T----------A-T---------------TAT--TTT--T-G-ATG-G---------A-AACC-T-----AA-A-T-G-T-A-TCACTATGA-TACATG-----T-----A------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--AT-T---T-AG-TC-AAGGC--G-TTG--A--TTTT-TA----AT-----ATTTTt
gi|9                          :   GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-GTTT-TG-AACAA--TTT--T-A-ATA-A--T------A-AACC-A-----TA-T-G-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TTAA--AT-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTA--A--TTTT-TG----AT-A---ATTTT

lowQualScore                  :       1   1 1  11   1  1 1 1  1 1    1 2   2    1  1 1   333333  6666666666666 5555555555 0 11  33   0  0     22   6666 1   4444 222222 1    0 444444 0 0 1 1 1 333333333 1  444 33333 44444 555555  3333 222222 1 4444 1  2   1 444    1    333 1 111 1  2  1     11 2   11 22    1  3333  44444     
lowQualScore                  :       .   . .  ..   .  . . .  . .    . .   .    .  . .   ......  ............. .......... . ..  ..   .  .     ..   .... .   .... ...... .    . ...... . . . . . ......... .  ... ..... ..... ......  .... ...... . .... .  .   . ...    .    ... . ... .  .  .     .. .   .. ..    .  ....  .....     
lowQualScore                  :       6   4 4  99   4  4 4 4  4 2    1 2   2    0  0 0   666666  0000000000000 9999999999 9 33  66   9  9     22   9999 0   6666 777777 0    9 000000 9 9 9 9 0 222222222 0  333 77777 00000 444444  0000 888888 0 0000 0  0   0 000    0    000 0 777 0  0  0     44 1   66 88    3  5555  99999     
consensus                     :   GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AACAT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--A--TTTT-TA----AT-A---ATTTT
Reference ( family-247 )      :   GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AACAT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--A--TTTT-TA----AT-A---ATTTT
gi|1                          :   GGCT-TCCTATAG--ATG-GC-T-G-CC-A-TTCA-AGGAT-GGCC-G--C-TGTTATATGTA-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG--ACATC-CTT--T-ACATT-A--TACATTAA-AACCGT-----TA-T-G-GTT-A-T-------G-TT---A-----TATTAAA------TA----T------C------A-CA-AAG-----GTCA-TCAAACTTAT---T-AG-TC-AAAGC--G-CAC--A--TTTTCTA----AT-A---ATTCT
gi|10                         :   cGCT-TCC-A-AG--ATG-GT-T-G-CC-A-TTAA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--A--------------T--TTT--T-G-ATG-G--T------A-AACC-TAAATGTA-T-C-ACT-A-T-------G-TA---A-----T-----A------CA----TGTATGTC-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--AT-T---T-AG-TC-AAGGC--G-TTG--A--TTTT-TA----AT-----ATTTT
gi|11                         :   GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-A-CC-A-TTCA-A-GAC-GGCC-AC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AAATT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-ACCT-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---CTCA-TTAA--TT-T---T-AG-TC-GAAGC--G-TT---ATTTTTT-TA----AT-A---
gi|12                         :    GCT-TCC-A-GG--ATGAGC-C-G-CC-A-T-CA-T-GAT-TGTC-GC-C-TGT------TA-------------T----------G-T--ATACTTT-GG-AACAT--TTT--TTA-ATA-A--T------A-AACC-T-----AA-T---G-T-AGT-------G-CA---------T-----A------TAC---T------C-T----G-AA-AAG-TC--TTCA-T-AA--TT-T---T-AG-T---AAGC--G-TTA--A--ATTT-TA----AT-A---ATT
gi|13                         :   GGCT-TCA-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTTA-A-GAT-GGCA-TC-C-TGT------TA-------------C----------A-T--AC-TTTT-TG-GATA---TTT--T-A-ATG-G--T------A-AATC-T-----AA-T-T-G-C-A-G-------G-TA---A-----T-----ATACATGTA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTTA-TCAA--AT-T---T-AG-TC-AATGC--G-TTG--A--TTTT-
gi|14                         :    GCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TGCA-A--AT-GGCC-GC-C---T------TAT------------T----------A-T--AC-TTTT----AACAT--TTT------ATA-C--T------A-AACC-T-----TA-T-G-G-T-A---------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CATTAG-G---TTCA-TCAA--TT-T---TGAG-TCAAAAGCTGG-TTA--A--TTTT-TA----AT-A---AT
gi|15                         :   GGTT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-CGCC-GC-A-TGT------TA-------------T----------A-T--AG-CTTT-TG-AACAT--TTT--C-A-ATG-G--T------A-AACA-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAT-T---TTCA-TCAA--TT-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--A--TTTT-
gi|16                         :    GTT-TCC-A-AC--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-G-------------------------------------------------AC-CTTT-TG-GACAT--CTT----A-ATG-G--T------A-AACC-T-----AA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---AATTAAT-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--A---TTT-TA----AT-A---
gi|17                         :      T-TCC-A-AG--A-G-GC-A-G-CC-A-TTCA---GAT-GGCC-GG-CATGT------TA-------------T----------ACT--AC-CTTT-TA-AACTT--TTT--C-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-AA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAC--TT-T---T--G-TC-AAAGC--G-ATG--A--TTTag
gi|18                         :          C-A-AG--ATG-AT-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-A-TGC------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AACAT--TTT--C-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----G-CA-AAG-T---TTCG-TCAT--TT-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--C--TTT
gi|19                         :   GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-
gi|19                         :                                 -TCCA-A-GAT-GGCC-GA-T-TGT------TT-------------TTTAAAAAAAAA-T--AC-TTTT-TG-GACAT--TTA--A-A-ATG-G--T------A-AA---T-----TAAT-T-G-T-A---------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTTA-TCAA--TT-T------G-----------G-TTG--AT-TTTT-TA----AT-A---attgttttttaaaaaaaaatactttttggacatttaaaatggtaaattaattgtagtaatatatctacaaagttttatcaatttggttgattttttaatat
gi|2                          :  ggctT-TCC-A-AG--ATG----C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GCCC-GC-A-TGT------TA-------------TG---------A-T--A--CTTT-TG-GACATACTTT--C-A-ATG-G--C------GTAACC-TCC---TA-T-T-G-T-A-----------TA---ACT---C-----A------TA----T------CATA---A-CA-AAG-TTCGTTCATTCAA--AT-T---T--G-TC-AAAGC--G--TA--A--ATTT-TA----AT-A---ATTt
gi|20                         :  ggctt-TCC-A-AA--ATG-GC-CCG-CC-A-T-CACA-GAT-GGCC-GC-A-T-T------TA-------------T------------T--AC--TTT-TG-AACAT--TTT--C-A-ATG-A--T------A-AACC-T-----TA---T-G-T-A-T-------G-T----A-----T-----A------TA----T------C-T----A--A-AA-------TTA-TC-A--TT-T---T-AG-TT-AAAGC----TTG--A--TTTT-TA----AT-
gi|21                         :     CT-TCC-A-AG--ATG-GC-T-A-CA-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TC-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GACAT--TCT------ATGTG--T----------------------T-T-G-T-A-----------TA---A-----T-----A------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA---T-A---T-AG-TC-ATGGC--G-TTG--A--TTTT-TA----AT-
gi|22                         :                                 -TCCA-A-GAT-GGCC-GC-A-TGT-------A-------------T----------A-TTAAC-CTTT-TG-AACAT--TTT--CAA-ATG-G--T------A-AACC-------TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----AT-----TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCCATTTT-T---T-AG-TC-AAAGC--GTTTG--A--TTTT-T
gi|23                         :                                              GTC-AC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AT-GTTT-TG-GACAT--TTT--C-A-ATG-G--T------A-AACC-------TA-A-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----C-----A------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---GCCA-TCAA--AT-T---T-AG-TC-CAGGC--G-tt
gi|24                         :       ttctcagatgaatgggattatcaaac-TTCA-A-GGT-GGT--GT-C-TGT------TA-------------T----------A----AC-TTTTGTG-GAAAT--TTT--T-A-ATG-ATTT------A-AAC---------A-T-G-G-T-A-T-------G-TA---A-----A-----A------TG----A------T-T----A-CAGGAG-TTA-TTCA-TT-A--TT-T---T-AG-TC-AAAGC----TTGTAA--TTTT-
gi|25                         :                                    CA-A-GTT-GGCC-GC-C-T-T------TA-------------T----------A-T--AC-TTTA-TG-AACAT--TTT--T-A-ATA-A--T------A-AACC-T-----TA-T-G-G-T-A-T-------G-TA---A-----T------------TA----T------C-TACAAA-CA-AAG-T---TTCA-TCAA---T-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTA--A--TTTT-TA----AT-A---attga
gi|26                         :          C-A-AG--ATG-GC-T-T-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TC-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GACAT--TCT--A-T-GTG-C--T------G-AGAA-T-----TA---------------------TA---A-----T------------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA---T-A---T-AG-TC-ATGGC--G-TTt
gi|27                         :     CT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTAA-A-GAT-GGCC-GT-C-TGT------TT-------------T----------A-C--AT-CTTT-TT-AACA---TTT--T-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----AA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------T-TC---ATCA-ATG-T---TTCA-TCAA--TT-T---T-tgaat
gi|28                         :                                      -A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC---TT-TG-AACAT--TTTAAT-A-ATG--------------ACC-T-----TA-T-TGG-TGG-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-T--A--TT-TTAAT-AG-TC--AAGC--G-TTA--A---TTT-TA----AT-A---tg
gi|29                         : tcGGCT-TCC-A-G----TG-GC---G-C--A-GTCA-A-G-T-GGCG-A-----GT-------A-------------T----------A-T--GA-TTTT-TA-A---T--TTT--C-A-ATGAG--T------A-A----------TA-T-TTG-T-A-T-------G-TC---T-----TTTC--A------TA----C------C-------------G-T---TTCA-TCA---TT-T---T-AG-TC-AAAGC--GCTTG--A--T
gi|3                          :          c-A-AG--A-G-GC-T-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TACATGTACAGTGTAT----------A-T--AC-TTTT-TG-AACAT--TTT--T-A-ATA-A--T------A-AACC-T-----TA-T-G-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTA--A--TTTT-TA----ATAA---ATTTT
gi|30                         :      T-TCC-A-AG--ATG-GC-T-G-CC-A-TACA-A-GAT-GGCC-GC-A-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GACAT--CTA--T-A---------------------------------T-G-T-A-T-------C-TA---A-----T-----A------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--AT-T---T-AG-TC-AA
gi|31                         :                                            gaGCC-GC-A-TGG------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AACAT--TTT--C-A-ATG-GT-T------A-AACC-T-----TA---T-G-T-A-T-------GATA---A-----T-----A------TA----T------C------A-CA-TAGTT---TTCA--CAA--TT-T---A-AGTTC-AAAGC--G-CTG--A--TTAT-TG----Attaaggc
gi|32                         :                                gaatCA-A-GAT-GGCC-GC-T-TAT------TA-------------T----------A-T--GC-CTTT-TG-GACAT--TTT----A-ATG-G--T------A-AATC-T-----AA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----G-CA-AAG-T---TCCA-TCAA--TT-T---T-AG-TT-AAAGC--G-TTG--A--TTTT-T
gi|33                         :                                 -TCCA-A-GAT-GGCC-TC-C-TGC------TC-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GACAT--TCT------ATGTG--T----------------------T-T-G-T-A-T----------A---A-----T-----A------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--AT-A---T-AG-TC-ATGGC--G-TTG--A--TTTT-TA----A
gi|34                         :                                   ctA-A-AAT-GACC-GC-C-TTT------TA-------------A----------A-T--AC-TTGT-TG-AGCAT--TTT--T-A-ATT-G--T------A-AACC-T-----AA-T-T-G-T-A-G-------G-TT---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAA-A---TTGA-TCAA--TT-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TT
gi|35                         :                                                        GT------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AGCAT--TTT--C-A-ATG-T--T------A-AACC-T-----TA-TAT-G-T-A-A-------A-TT---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TAAA--TG-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--A--TTTT-TA----
gi|36                         :                                        -GAT-GGCC-TC-C-TGC------TC-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GACAT--TCT------ATGTG--T----------------------T-T-G-T-A-T----------A---A-----T-----A------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--AT-A---T-AG-TC-ATGGC--G-TTG--A--TTTT-TA----A
gi|37                         :                                                      -TGT------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-TG-AACA--------------------------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TAATTAT------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTG--A--ATTT-TA----AT-
gi|38                         :                                                   a-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GACAT--TTT--T-A-ATT-G--T------A-AACC-T-----AA-T-------------------TA---A-----T-----A------TG----T------C-T----G-C--AAT-T---TTCA-TAAA--TT-T---T-AG-TC-AAAGC--C-CTG--A--TTTT-T
gi|39                         :                                                    gg-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-TTTT-TG-GATAT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-AATC-T-----AA-G-T---T-A-T-------G-TAGTTA-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-ACG-T---TTCA-TCAA--TT-C---T-AG-TA-TAAGC--A-T
gi|4                          :   GGCTGTCC-A-AT--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GATTAGCCTGT-T-TTT------TA-------------T----------A-T--AC-CTTT-T--AACAT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----G------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TCCA-TCAA--TG-T---T-AG-TC-AAAGC--A-TTG--A--TTTT-TG----AT-ATATATTTT
gi|40                         :          C-A-AG--ATG-AC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGAA-AC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-TTTT-TT-AACA---TTT--T-A-ATA-A--T------A-AACC-T-----TA-T-G-G-T-T-T-------G-TA---A-----T-----A------
gi|41                         :     CT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-GC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AT-CTTT-TT-AACAT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-AACC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------
gi|42                         :   GGCT-TCC-C-AG--ATG-GC-C-G-CC-ACTTCA-A-GATTGGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--ACTTTTT-TG-AACAT--TTT--
gi|43                         :   GGCT-TCC-A-AGTTATG-GC-C-GACC-A-T---------------G-----GT------TA-------------TT---------A-T--AC-CTTT--G-AACAT--TTT--C-A-ATG-GT-T------A-AACC-T-----TA-T-T-attacta
gi|44                         :                                                                                                                                           tcC-T-----AA-T-T-G-T-A-G-------G-TA---A-----T-----T------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT-T---T-AA-TA-AAAGC--G-TTG--A--TTTT-
gi|45                         :                                                                                                                                                                             t---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TAAA--TT-T---T-AG-TA-AAAGC--G-TT
gi|5                          :     CT-TCT-T-AG--ATG-GCGC-G-CCCA-TTCA-A--AT-GACC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-TTTT-TGAAACAT--TTT--T-A-ATA-A--T--------AACC-T-----TA-T-G-A-T-A-T-------G-TAT--A-----T-----A------CA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT-C---T-AGTTC-AGAGC--G-TTA--A--TTTT-TA----ATAA---ATTTT
gi|6                          :   aGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-C-CC-A-TTAA-A-GAT-GGCC------TGT------TA-------------T----------A-T--CC-CTTT-TG-AACAT--TCA--T-A-ATG-G--T------A-AATC-T-----AA-T-T-G-T-A-T-------A-TA---A-----T-----AATA---TA----T------A-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT-T---T-AG-TC-AAAGC--G-CTG--G--TTTT-TATTTCAT-A---ATT
gi|7                          :   GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-T-G-TT-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------C----------A-T--AC-CTGT-TG-AGCAT--TTT--T-A-ATG-G--T------A-ACCC-T-----TA-T-T-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--TT-T---T-AG-TC-AAAGT--G-TTA--A--ATTT-TA----AT-A---ATTTTat
gi|8                          :    GCT-TCC-A-AG--ATG-GT-T-G-CC-A-TTAA-AAGAT-GGCC-GCTC-TGTC-----TA-------------T----------A-T---------------TAT--TTT--T-G-ATG-G---------A-AACC-T-----AA-A-T-G-T-A-TCACTATGA-TACATG-----T-----A------TG----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TCAA--AT-T---T-AG-TC-AAGGC--G-TTG--A--TTTT-TA----AT-----ATTTTt
gi|9                          :   GGCT-TCC-A-AG--ATG-GC-C-G-CC-A-TTCA-A-GAT-GGCC-GC-C-TGT------TA-------------T----------A-T--AC-GTTT-TG-AACAA--TTT--T-A-ATA-A--T------A-AACC-A-----TA-T-G-G-T-A-T-------G-TA---A-----T-----A------TA----T------C-T----A-CA-AAG-T---TTCA-TTAA--AT-T---T-AG-TC-AAAGC--G-TTA--A--TTTT-TG----AT-A---ATTTT


blockSeqs                     :       G   . .  TT   A  G C A  C C    C A   T    T  T     C       CATGTACAGTGTA TTAAAAAAAA   TA  AC            AC   AAT      ATT  .             AAATGT     G C   TCACTATG     GTT ATTAA TTC   TACATG  ATTA GTATGT   ACAA    T     TCG         TTT   TAA    T  A     TG T   TA TT    .  TTTC  ATAT 
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   T    .  .     .       T             G            .   TT            .    TT       TG   .             CCT        T .   GT           CAT CT    .     ATA     C    .        A       G     TA          A     .      T  .     .  C   .  T     .  .     AA   
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             T            .   C             .    CA       AG   .             T          . .   T            T   .     .     T       .    .        C       .     C           T     .      .  .     .  .   .  .     .  .     AA   
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   T             .    T        GT   .             A          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .  .     A    
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   T             .    T        TG   .             A          . .   G            .   .     .     .       .    .        .       .     .           A     .      .  .     .  .   .  .     .  .     A    
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   C             .    T        TG   .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .  .     A    
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   C             .    C        GT   .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .  .     A    
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   C             .    C        G    .             A          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .  .     A    
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   C             .    C        G    .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .  .     A    
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   T             .    A        A    .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .  .     A    
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   C             .    C        G    .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .  .     A    
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   T             .    C        C    .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           A     .      .  .     .  .   .  .     .  .     A    
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   C             .    C        G    .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .  .     A    
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   G             .    T        G    .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           A     .      .  .     .  .   .  .     .  .     A    
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   T             .    T        G    .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .  .     .    
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   T             .    A        G    .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .  .     .    
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   T             .    T        G    .             A          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .  .          
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   C             .    C        G    .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .  .          
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   T             .    T        A    .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .  .          
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   T             .    T        G    .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           A     .      .  .     .  .   .  .     .  .          
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   T             .    C        G    .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .  .          
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   C             .    T        A    .             A          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .  .          
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   C             .    C        C    .             A          . .   G            .   .     .     .       .    .        .       .     .           A     .      .  .     .  .   .  .     .  .          
blockSeqs                     :       .   . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   T             .    T        G    .             T          . .   A            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .             
blockSeqs                     :           . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   T             .    T        A    .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .             
blockSeqs                     :           . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   C             .    T        G    .             A          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           A     .      .  .     .  .   .  .     .             
blockSeqs                     :           . .  .    .  . . .  . .    . .   .    .  .     .       .             .            .   T             .    T        G    .             A          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .             
blockSeqs                     :           . .  .    .  . . .    .    . .   .    .  .     .       .             .            .   C             .    T        T    .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .             
blockSeqs                     :                                 .    . .   .    .  .     .       .             .            .   T             .    C        G    .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .             
blockSeqs                     :                                 .    . .   .    .  .     .       .             .            .   T             .    T        G    .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .     .             
blockSeqs                     :                                 .    . .   .    .  .     .       .             .            .   C             .    T        G    .             T          . .   G            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .                   
blockSeqs                     :                                      . .   .    .  .     .       .             .            .   T             .    T        A    .             A          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .                   
blockSeqs                     :                                      . .   .    .  .     .       .             .            .   C             .    T        G    .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .   .  .                   
blockSeqs                     :                                      . .   .    .  .     .       .             .            .   C             .    T        A    .             A          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .                          
blockSeqs                     :                                      . .   .    .  .     .       .             .            .   T             .    .        G    .             T          . .   T            .   .     .     .       .    .        .       .     .           T     .      .  .     .  .                          
blockSeqs                     :                                        .   .    .  .     .       .             .            .   C             .    .        G    .             A          . .   .            .   .     .     .       .    .        .       .     .           A     .      .  .     .  .                          
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blockSeqs                     :                                                 .  .     .       .             .            .   G             .    .        A    .             .          . .   .            .   .     .     .       .    .        .       .     .           .     .      .  .     .  .                          
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