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gi|8 : CGAGACGT-AT--A-C-AAA--C-GTA-------------A--T--AATA-CCT-ACATGAA-C-GT-A-----A-T-GAAACCT-G--ACT-AT-G--CTTGTCCT-AAA-A-C--GTGCAA-T-A-A-CGT-AT-A---AA-------CACCTA-TC-AA-AAC-C-T---------AAC-ACATA-CA-C------A--GA---A----AAACGTATT-TC--A---AA--AAA-GTAACAAAGAAAATCCATCAC
gi|2 : CGAGACGT-AT--A-C-AAA--C-GTA-------------A--T--AATA-CCT-ACACAAA-C-GT-A-----A-T-GAAACCT-G--ACT-AT-G--CTTGTCTT-AAA-A-C--GTGCAA-T-A-A-CGT-AC-A---AA-------CACCTA-TC-AA-AAC-G-T---------AAC-ACATA-CA-TTTTTGTA--CGTACA----AAACGTATT-TT--A---AA--AAACGTAACAAATAAAATTCT
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Reference ( family-2460 ) : CGAGACGT-AT--A-CAAA--C-GT-------------AAT--AATA-CCT-ACACGAA-C-GT-A-----A-T-GAAACCT-G--ACT-AT-G--CTTGTCCT-AAA-A-C--GTGCAA-T-A-ACGT-AC-A---AA-------CACCTA-TC-A-AA-AC--GT---------AAC-ACATA-C------GTA---G---AA---AAACGTA-TT-TT---NAA--AAA-GTAACAAAGAAAATCCCTCAC
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gi|28 : aCGAGACGT-AT--A-CATT--C-GT-------------AAT--AATA-CCT-AC-CAGA-C-GT-A-----A-T-GAAACCT-G--ACT-AT-G--CTTGTCCT-AAA-A-C--GTGCAA-T---ACGT-AC-A---
gi|29 : GAGACGT-ATGTA-CAAA--C-GT-------------AAT--AATA-CCT-ACACAAA-C-GT-A-----A-T-GAAACCT-G--ATT-AT-G--CTTGTCCT-AAA-A-C--GTGCAA-C-A-A
gi|3 : CGGGACGTCAA--G-CAAAA-C-GT-------------AAT--AATA-CCT-ACACAAAGC-GT-A-----A-T-GAAACCT-G--ACT-AT-G--CTTGTCCT-AAA-A-C--GTGCAA-T-A-ACGT-AC-A---AA-------CACCTA-TC-A-AA-AC--GT---------AAC-ACATA-C------ATA---G---AA---AAACGTA-TT--TT----AA--AAA-GTAAC-AAGAAAATCCCTCACg
gi|30 : CGT-AT-A---AT-------CACCTA-TC-A-AA-GC--GT---------AAC-ACATA-A------GTA-------CA---CAACGTA-TT--TTAA-AAA--AAA-ATAACAAATAAATTTACTCACg
gi|31 : -A---GA-------CACCTA-TC-A-AA-AC--GT---------AAC-ACATA-C------ATA---ACGTAACACAAACGTA-TT--TTA--AAA--AAA-GTAACAAAGAAAATCCCTCg
gi|32 : CGT-AC-A---AA-------CACCTA-TC-A-AA-AA--GT---------AAC-ACATC-C------ATA---G---AC---AAACGTATTT--TT---AAA--AAA-GTAA
gi|33 : CGAGACGT-AT--A-CCAA--C-GC-------------AAT--AATA-CCT-ACACAAA-C-GT-A-----A-T-GA
gi|34 : GAA-C-GT-A-----A-T-GAAACCT-G--AAT-AT-G--CTTGTC
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gi|9 : CGAGACGT-AT--A-CAAA--C-GT-------------A-T--AATA-CCT--CACGA--C-GT-A-----A-T-GAAACCT-G--ACT-AT-G--CTTGTCCT-AAA-AAC--GTGCAA-T-ATACGT-GC-----AA-------CACCTA-TC-A-AA-AC--GT---------TAC-ACATACC------ATA---G---AA---AAACGTA-TT--TT----AA--AAA-GTAACAAAGAAAATCCCTCAC
blockSeqs : G GT A A A ATAATACCTGGAT TC A T G T A GTTCA A G T AA T T C . C A AC C T T T A CAC ACACACC T A C T TA AA G C ATTTTTG CGTAC CAC T AA AAA TC C
blockSeqs : C . C . C . C . . . . T . . . . G . . . . . . . A A . . . C . . A . . C G . . A ACGTA . T AA AA . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . C . . A . . . G . . A GA . . . T . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G GA . . . A . C
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originalCons : CGAGACGT-AT--A-CAAA--C-GT-------------AAT--AATA-CCT-ACACGAA-C-GT-A-----A-T-GAAACCT-G--ACT-AT-G--CTTGTCCT-AAA-A-C--GTGCAA-T-A-ACGT-AC-A---AA-------CACCTA-TC-A-AA-AC--GT---------AAC-ACATA-C------GTA---G---AA---AAACGTA-TT--TT---AAA--AAA-GTAACAAAGAAAATCCCTCAC
finalCons : CGAGACGT-AT--A-CAAA--C-GT-------------AAT--AATA-CCT-ACACGAA-C-GT-A-----A-T-GAAACCT-G--ACT-AT-G--CTTGTCCT-AAA-A-C--GTGCAA-T-A-ACGT-AC-A---AA-------CACCTA-TC-A-AA-AC--GT---------AAC-ACATA-C------GTA---G---AA---AAACGTA-TT--TTA---AA--AAA-GTAACAAAGAAAATCCCTCAC
Alignments
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consensus : CGAGACGT-AT--A-CAAA--C-GT-------------AAT--AATA-CCT-ACACGAA-C-GT-A-----A-T-GAAACCT-G--ACT-AT-G--CTTGTCCT-AAA-A-C--GTGCAA-T-A-ACGT-AC-A---AA-------CACCTA-TC-A-AA-AC--GT---------AAC-ACATA-C------GTA---G---AA---AAACGTA-TT--TT---AAA--AAA-GTAACAAAGAAAATCCCTCAC
Reference ( family-2460 ) : CGAGACGT-AT--A-CAAA--C-GT-------------AAT--AATA-CCT-ACACGAA-C-GT-A-----A-T-GAAACCT-G--ACT-AT-G--CTTGTCCT-AAA-A-C--GTGCAA-T-A-ACGT-AC-A---AA-------CACCTA-TC-A-AA-AC--GT---------AAC-ACATA-C------GTA---G---AA---AAACGTA-TT--TT---AAA--AAA-GTAACAAAGAAAATCCCTCAC
gi|1 : CGAGACGT-AT--A-CAAAAAC--T-------------AATTTAATA-CCT-ACACGAA-C-GT-A-----A-T-GAAACCT-G--ACA-AT-GCTCTTGTCCTAAAA-A-CA-GTGCAA-T-A-ACGT--C-A---AA-------CACCTA-TA-A-AA-AA--ATAAAAAATTAAAC-ACATC-C------ATA---A---GA---CAAAGTA-TT--TTTAAAAA--AAA-GTAACCAAAAAAATCCCTCAC
gi|10 : AGACGT-AT--AACAAA--C-GT-------------AAT--AATA-CTTTACACGAA-C-GT-A-----A-T-AAAACCT-GG-ATT-AT-G--CTTGTCCT-AAA-A-C--GTGCAA-TTA-ACAT-AC-A---AA-------CAC-TA-TC-A-AA-ACC-GT---------AAC-ACATA-C------ATA---G---AA---AAATG-A-TT--TT----AA--AAA-GTAACAAAGAAAATCCCTCg
gi|11 : GAGACGT-AT--A-CAAA--C-GT-------------AAT--AATA-CCT-AAACAAA-C-GT-A-----A-T-GAAAC-T-G--ACT-AT-G--CTTGTCCT-AAA-A-C--GTGCAA-T-A-ACGT-AC-A---GA-------CACCTA-TC-A-AA-AC--GT---------AAC-AC-TA-C------ATA---G---AA---AAACGTA-TT--TT---TAA--AAA-GTAACCAAGAAAATCCCTCA
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gi|13 : CGAGACGT-AT--A-CAAA--C-GT-------------AAT--AATA-CCT-ACATGAA-C-GT-A-----A-C-GAAACCT-G--ACT-AT-G--CTTGTCCT-AAA-A-C--GTGCAA-T-T-ACGT-AC-A---AA-------CACCTA-TT-A-AA-AC--AT---------GAC-ACATT-C------GTA---C---AA---AAACGTA-C---------AA--AAC-GTAAGAGATAAAATCCCTTA
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gi|29 : GAGACGT-ATGTA-CAAA--C-GT-------------AAT--AATA-CCT-ACACAAA-C-GT-A-----A-T-GAAACCT-G--ATT-AT-G--CTTGTCCT-AAA-A-C--GTGCAA-C-A-A
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gi|30 : CGT-AT-A---AT-------CACCTA-TC-A-AA-GC--GT---------AAC-ACATA-A------GTA-------CA---CAACGTA-TT--TTAA-AAA--AAA-ATAACAAATAAATTTACTCACg
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gi|33 : CGAGACGT-AT--A-CCAA--C-GC-------------AAT--AATA-CCT-ACACAAA-C-GT-A-----A-T-GA
gi|34 : GAA-C-GT-A-----A-T-GAAACCT-G--AAT-AT-G--CTTGTC
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gi|8 : gCGAGACGT-AT--A-CAAA--C-GT-------------AAT--AATA-CCT-ACATGAA-C-GT-A-----A-T-GAAACCT-G--ACT-AT-G--CTTGTCCT-AAA-A-C--GTGCAA-T-A-ACGT-AT-A---AA-------CACCTA-TC-A-AA-AC--CT---------AAC-ACATA-C------ACA---G---AA---AAACGTA-TT--TC---AAA--AAA-GTAACAAAGAAAATCCATCAC
gi|9 : CGAGACGT-AT--A-CAAA--C-GT-------------A-T--AATA-CCT--CACGA--C-GT-A-----A-T-GAAACCT-G--ACT-AT-G--CTTGTCCT-AAA-AAC--GTGCAA-T-ATACGT-GC-----AA-------CACCTA-TC-A-AA-AC--GT---------TAC-ACATACC------ATA---G---AA---AAACGTA-TT--TT----AA--AAA-GTAACAAAGAAAATCCCTCAC