lowQualScore : 111 111111 1 1 55555555555555555555555555555555555555555 111 333333333333333333 111 111111 1111111111 1
lowQualScore : 777 999999 1 1 5 44444444444444444444444444444444444444444 444 3 777 444 6 3 3 888888888888888888 888 000 3 000000 6666666666 3 5 4 4 5
lowQualScore : ... ...... . . . ......................................... ... . ... ... . . . .................. ... ... . ...... .......... . . . . .
lowQualScore : 555 888888 4 4 7 88888888888888888888888888888888888888888 777 6 555 888 7 6 6 000000000000000000 555 444 6 555555 5555555555 6 5 4 4 0
consensus : NCCGATA---TTT-T-A--TTCAA-GGT-C-AGA-A----------TCACAC-AGCATT---T---AT--TA--AACATCA-G-TCA-ATA--AATTGGTG-GTG-CC-------GG--TA-----GG---AC---A-TGTA------TTGCT--T-TA--T-GCAATACTC-T-CAGAA-TGC
Reference ( gi|12 ) : CCCGATA---TTT-T-A--TTCAA-GGT-C-AGA-G----------TCAC-C-GGCATT---T---AT--TA--AACATCA-G-TCA-ATA--AATTGGTG-GTG-CC-------G---TA-----GG---AC---A-TGTA------TTGCT--T-TA--T-GCAATAATC-T-CAGAA-TGC
gi|7 : CCGATA---TTT-TTA--TTCAA-GGTTC-AGATA----------CCAA-C-AGCATT---T---AT---A--AACATCA-G-CCA-AT---AATTGGTA-GTT-CC-------GGC-TAG----GG---AC---A-TGTA------TTGCT--T-AT--T-GTAAC--TCTT-CAGAA-TGC
gi|15 : aCCGATG---TTT-G-A--ATCAA-GGT-CCAGT-A----------TCACAC-AGCTTT---T---A--------ACATCA-G-TCA--TA--A--TGG---GTG-CG-------G---TA-----G----AC---A-TGTA------TTGCG--T-TA--T-GTCATACTA-T-CAG-A-TGCttgtt
gi|13 : CCGCTA---ATT-T-AATTTCAATGGT-C-AGA------------TCACAC-AGCATT---T---GT------AACATCA-G-TCATATA--A--TGGTG-GTG-CCG------G---TA-----GG---Attgt
gi|11 : aCTGATAGTGTTTAC-A--TTCAATGGTTC-AGA-A----------TCACAC-AGC--T---T---AT--TATCAACATCA-GGTCA-ATT--AACTGGTG-GTGTCC-------GGT-TA-----GG---GC---aagaatgcttgtttatatattgtaaatttca
gi|8 : ta-T-G--TTCAA-GGT-C-AAA-GAACATAAAAATCCC-T-ATCATT----------------ACATCC-G-CCA-ATT--AACGAG-G-GCA-TC-------GG--TA-----GAGGAAC---A-TGTA------TTG-T--T-TA--T-GCAATACTT-T-CAGgaccaatggcataagcaatgc
gi|3 : aatgttttaggttacTCAA-GGT-C-AGA------------TCAC----ACATT---CCAAATGATA--AACATCA---T---GTA--AATGAGTG-GTG-CA-------C---TATGAGGGG---AC---A-TGTA------TTGC---T-TA--TGGCAATA--C-T-CAGAA-
gi|2 : tactcgcatgtattgaaA-GGT-C-AGA-C----------ACAT-CAGGCATTACTT---AT--T---AACATCAGG-TCA-ATA--GGT---TG-GTG-CCCGGATTAG---GA-----GG---ACACGA-TGTA------TTGCTTAT-TA----GCAATACTC-T-TCGAA-TGtgcatgtt
gi|17 : attgtttaatctaag-C-AGCATT---T---AT--CA----CATCA-G-TCA-ATA--A--TGGTG-ACC-TC-------G-----------------------GTA------TT-------TA--T-GCAATGCTC-T-CAGAA-TGCtttgttttgctatttgatat
gi|6 : ---T---AT--TT--AACACCA-A-CCA-TCA--ATTTTGAGTGTG-CC-------GGTATG-----GG---AC---G-TGTACAAGTATTG-T--T-TAAAT-GCAATATTC-T-CAGAT-TGttgtttatctttattttc
gi|1 : atgaatgatgtacattctctcaACATCC-A-TCG-ATT--AATGGG-G-GTA-CCA------G---TA-----GG---ACCC-A-TGTA------TTTCT--A--A--T-GCAACATTC-T-CAGAA-TGgtttttggttcca
gi|14 : aatatttagatcacagttccagttgaaacaatatacaagtataataaattaatgtacattctctcgaattATCA-G--CG-ATATGAAT-GGTG--TG-CC-------GG--TA-----GGG--AC---AATGTA------TTGCT--TATT--T-GC-ATACTC-TGCAGAAGTGCgattgtttgtttt
gi|4 : atttttgtagct-----GG---AC---A-TGTA------TTGTG--T-T---T-GCAATAATttgtttccaatgccttatgttgatat
gi|19 : ataaaaccatacttaaaggtcaaacagcaatgaatttacattctcttgaagattatacccgttcattaatggagaagtcggtaag-----GG---AC---A-TGTA------TTAC---T-TA--T-ACAATAgcttattat
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TATTTAGGCCATAGTTTCAAGGTCGAACAACATCAAATGTATATTCTTTCTATATACATCCGTCGATTAATGGGATAATCTGTAAGGGACATTCATTACTTGTACTTAATTACTTAT
Unaligned ( gi|9 ): TGTGTCAACTGCATCAACAACGAAAGATCACATTAATTTGATATTTGTAAACATAGTGACTTCTACCACTGTTTTAGGCTACAGTTCAAAGTCATACATTCTCCAAGGGC
Unaligned ( gi|10 ): TCGATATTGGTAAACATAATGACTTGGTAACGATGTTTTAAGCCACAGTTCAAGGTCAAACAACATTAAATATACAGTATATGTATATTCTCTTGTATATCACACTTGT
Unaligned ( gi|16 ): TGTGTCAACATAATGGACATCGACCTAATTCGACTGGTAAACATGGCGACTCAGTACCAACGGTTAGGTCACAGTTCAAGGTCAAACACCAACG
Unaligned ( gi|18 ): AGTTAACAACAAGTAAATGTACATTCTAGAGAATATTACATACGTCAATGAATGAAGGCACTGGTAGGGCCCAT
Unaligned ( gi|20 ): TCACTTATAAGGCAATACTCTCAGACTGTTTGT
Unaligned ( gi|21 ): CAATACTCTCAGAATGCTTGTTTTCTTTACT
Alignments
lowQualScore : 111 111111 1 1 1111 11111 1111111 111 11 1111111111111111
lowQualScore : 444 333333 0 0 5 66 8888 1 222 11111 777 7777777 3 3 3 44 444 6 3 3 6666 00 1111111111111111 999999 44 999999 3 3 3 4
lowQualScore : ... ...... . . . .. .... . ... ..... ... ....... . . . .. ... . . . .... .. ................ ...... .. ...... . . . .
lowQualScore : 000 555555 0 0 0 99 9999 4 222 11111 000 3333333 3 1 1 22 000 3 1 1 5555 44 9999999999999999 666666 99 222222 3 6 6 0
consensus : NCCGATA---TTT-T-A--TTCAA-GGT-C-A--GA---ATCACACAGCAT-----TT---AT--TA--AACATCA-G-TCA-ATA--AATTGGTG-GTG-C----CGG--TA--GG---A-----C--ATGTA------TTGCTT--TA--T-GCAATACTC-T-CAGAA-TGC
Reference ( family-2434 ) : NCCGATA---TTT-T-A--TTCAA-GGT-C-A--GA---ATCACACAGCAT-----TT---AT--TA--AACATCA-G-TCA-ATA--AATTGGTG-GTG-C----CGG--TA--GG---A-----C--ATGTA------TTGCTT--TA--T-GCAATACTC-T-CAGAA-TGC
gi|1 : ACATCC-A-TCG-ATT--AATGGG-G-GTA-C----CAG--TA--GG---A-----CCCATGTA------TTTCTA---A--T-GCAACATTC-T-CAGAA-TG
gi|11 : aatatttagatcacagttccagttgaaacaatatacaagtataataaattaatgtacattctctcgaattCTGATAGTGTTTAC-A--TTCAATGGTTC-A--GA---ATCACACAGC-------TT---AT--TATCAACATCAGG-TCA-ATT--AACTGGTG-GTGTC----CGGT-TA--GG---G-----C--gattgtttgtttt
gi|12 : taCCGATA---TTT-T-A--TTCAA-GGT-C-A--GA---GTCAC-CGGCAT-----TT---AT--TA--AACATCA-G-TCA-ATA--AATTGGTG-GTG-C----C-G--TA--GG---A-----C--ATGTA------TTGCTT--TA--T-GCAATAATC-T-CAGAA-TGCgaccaatggcataagcaatgc
gi|13 : cCCGCTA---ATT-T-AATTTCAATGGT-C-A--GA----TCACACAGCAT-----TT---GT------AACATCA-G-TCATATA--A--TGGTG-GTG-C----CGG--TA--GG---A-----
gi|14 : aATCA-G--CG-ATATGAAT-GGTG--TG-C----CGG--TAG-GG---A-----CA-ATGTA------TTGCTTA-TT--T-GC-ATACTC-TGCAGAAGTGCaagaatgcttgtttatatattgtaaatttca
gi|15 : atttttgtagctCCGATG---TTT-G-A--ATCAA-GGT-CCA--GT---ATCACACAGCTT-----TT---A--------ACATCA-G-TCA--TA--A--TGG---GTG-C-----GG--TA--G----A-----C--ATGTA------TTGCGT--TA--T-GTCATACTA-T-CAG-A-TGCttgtttccaatgccttatgttgatat
gi|17 : CAGCAT-----TT---AT--CA----CATCA-G-TCA-ATA--A--TGGTG-ACC-T----CGG--TA-------------------------------TT--TA--T-GCAATGCTC-T-CAGAA-TGCttgt
gi|19 : --GG---A-----C--ATGTA------TTAC-T--TA--T-ACAATACttgtttatctttattttc
gi|2 : catttagtgaatgggggactattaggA-GGT-C-A--GACACATCAGGCATTAC-----TT---AT--TA--A-CATCA-GGTCA-ATA--GGTTGGTG-C---C----CGGATTA--GG---AGGACACG-ATGTA------TTGCTTATTA----GCAATACTC-T-TCGAA-TG
gi|21 : attgtttaatctaagCAATACTC-T-CAGAA-TGCtttgttttgctatttgatat
gi|3 : TCAA-GGT-C-A--GA----TCACACA---T-----TCCAAATGATA--AACATCA---T---GTA--AATGAGTG-GTG-CACTATGA--GG--GG---A-----C--ATGTA------TTGC-T--TA--TGGCAATA--C-T-CAGAA-ttgttttctttact
gi|4 : tactcgcatgtattgaa-TCA-TTA--A--TGGAG-AAG-T----CGG--TAAGGG---A-----C--ATGTA------TTGTGT--T---T-GCAATAtgcatgtt
gi|6 : ataaaaccatacttaaaggtcaaacagcaatgaatttacattctcttgaagattatacccgtT---AT--TT--AACACCA-A-CCA-TCA--ATTTTGAGTGTG-C----CGG--TATGGG---A-----C--GTGTACAAGTATTG-TT--TAAAT-GCAATATTC-T-CAGAT-TGatgcttattat
gi|7 : atgaatgatgtacattctctcaCCGATA---TTT-TTA--TTCAA-GGTTC-A--GAT--ACCA-ACAGCAT-----TT---AT---A--AACATCA-G-CCA-ATA--A-TTGGTA-GTT-C----CGGC-TA--GGG--A-----C--ATGTA------TTGCTT--AT--T-GTA--ACTCTT-CAGAA-TGCgtttttggttcca
gi|8 : a-T-G--TTCAA-GGT-C-AAAGA---A-CATAAAA-ATCCCTATC---AT--TA----CATCC-G-CCA-ATT--AACGAG-G-GCA-T----CGG--TA--GAGGAA-----C--ATGTA------TTG-TT--TA--T-GCAATACTT-T-CAGttgtt
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TATTTAGGCCATAGTTTCAAGGTCGAACAACATCAAATGTATATTCTTTCTATATACATCCGTCGATTAATGGGATAATCTGTAAGGGACATTCATTACTTGTACTTAATTACTTAT
Unaligned ( gi|9 ): TGTGTCAACTGCATCAACAACGAAAGATCACATTAATTTGATATTTGTAAACATAGTGACTTCTACCACTGTTTTAGGCTACAGTTCAAAGTCATACATTCTCCAAGGGC
Unaligned ( gi|10 ): TCGATATTGGTAAACATAATGACTTGGTAACGATGTTTTAAGCCACAGTTCAAGGTCAAACAACATTAAATATACAGTATATGTATATTCTCTTGTATATCACACTTGT
Unaligned ( gi|16 ): TGTGTCAACATAATGGACATCGACCTAATTCGACTGGTAAACATGGCGACTCAGTACCAACGGTTAGGTCACAGTTCAAGGTCAAACACCAACG
Unaligned ( gi|18 ): AGTTAACAACAAGTAAATGTACATTCTAGAGAATATTACATACGTCAATGAATGAAGGCACTGGTAGGGCCCAT
Unaligned ( gi|20 ): TCACTTATAAGGCAATACTCTCAGACTGTTTGT
Alignments
lowQualScore : 111 111111 1 1 1111 11111 1111111 111 11 1111111111111111
lowQualScore : 444 333333 0 0 5 66 8888 1 222 11111 777 7777777 3 3 3 44 444 6 3 3 6666 00 1111111111111111 999999 44 999999 3 3 3 4
lowQualScore : ... ...... . . . .. .... . ... ..... ... ....... . . . .. ... . . . .... .. ................ ...... .. ...... . . . .
lowQualScore : 000 555555 0 0 0 99 9999 4 222 11111 000 3333333 3 1 1 22 000 3 1 1 5555 44 9999999999999999 666666 99 222222 3 6 6 0
consensus : NCCGATA---TTT-T-A--TTCAA-GGT-C-A--GA---ATCACACAGCAT-----TT---AT--TA--AACATCA-G-TCA-ATA--AATTGGTG-GTG-C----CGG--TA--GG---A-----C--ATGTA------TTGCTT--TA--T-GCAATACTC-T-CAGAA-TGC
Reference ( family-2434 ) : NCCGATA---TTT-T-A--TTCAA-GGT-C-A--GA---ATCACACAGCAT-----TT---AT--TA--AACATCA-G-TCA-ATA--AATTGGTG-GTG-C----CGG--TA--GG---A-----C--ATGTA------TTGCTT--TA--T-GCAATACTC-T-CAGAA-TGC
gi|1 : ACATCC-A-TCG-ATT--AATGGG-G-GTA-C----CAG--TA--GG---A-----CCCATGTA------TTTCTA---A--T-GCAACATTC-T-CAGAA-TG
gi|11 : aatatttagatcacagttccagttgaaacaatatacaagtataataaattaatgtacattctctcgaattCTGATAGTGTTTAC-A--TTCAATGGTTC-A--GA---ATCACACAGC-------TT---AT--TATCAACATCAGG-TCA-ATT--AACTGGTG-GTGTC----CGGT-TA--GG---G-----C--gattgtttgtttt
gi|12 : taCCGATA---TTT-T-A--TTCAA-GGT-C-A--GA---GTCAC-CGGCAT-----TT---AT--TA--AACATCA-G-TCA-ATA--AATTGGTG-GTG-C----C-G--TA--GG---A-----C--ATGTA------TTGCTT--TA--T-GCAATAATC-T-CAGAA-TGCgaccaatggcataagcaatgc
gi|13 : cCCGCTA---ATT-T-AATTTCAATGGT-C-A--GA----TCACACAGCAT-----TT---GT------AACATCA-G-TCATATA--A--TGGTG-GTG-C----CGG--TA--GG---A-----
gi|14 : aATCA-G--CG-ATATGAAT-GGTG--TG-C----CGG--TAG-GG---A-----CA-ATGTA------TTGCTTA-TT--T-GC-ATACTC-TGCAGAAGTGCaagaatgcttgtttatatattgtaaatttca
gi|15 : atttttgtagctCCGATG---TTT-G-A--ATCAA-GGT-CCA--GT---ATCACACAGCTT-----TT---A--------ACATCA-G-TCA--TA--A--TGG---GTG-C-----GG--TA--G----A-----C--ATGTA------TTGCGT--TA--T-GTCATACTA-T-CAG-A-TGCttgtttccaatgccttatgttgatat
gi|17 : CAGCAT-----TT---AT--CA----CATCA-G-TCA-ATA--A--TGGTG-ACC-T----CGG--TA-------------------------------TT--TA--T-GCAATGCTC-T-CAGAA-TGCttgt
gi|19 : --GG---A-----C--ATGTA------TTAC-T--TA--T-ACAATACttgtttatctttattttc
gi|2 : catttagtgaatgggggactattaggA-GGT-C-A--GACACATCAGGCATTAC-----TT---AT--TA--A-CATCA-GGTCA-ATA--GGTTGGTG-C---C----CGGATTA--GG---AGGACACG-ATGTA------TTGCTTATTA----GCAATACTC-T-TCGAA-TG
gi|21 : attgtttaatctaagCAATACTC-T-CAGAA-TGCtttgttttgctatttgatat
gi|3 : TCAA-GGT-C-A--GA----TCACACA---T-----TCCAAATGATA--AACATCA---T---GTA--AATGAGTG-GTG-CACTATGA--GG--GG---A-----C--ATGTA------TTGC-T--TA--TGGCAATA--C-T-CAGAA-ttgttttctttact
gi|4 : tactcgcatgtattgaa-TCA-TTA--A--TGGAG-AAG-T----CGG--TAAGGG---A-----C--ATGTA------TTGTGT--T---T-GCAATAtgcatgtt
gi|6 : ataaaaccatacttaaaggtcaaacagcaatgaatttacattctcttgaagattatacccgtT---AT--TT--AACACCA-A-CCA-TCA--ATTTTGAGTGTG-C----CGG--TATGGG---A-----C--GTGTACAAGTATTG-TT--TAAAT-GCAATATTC-T-CAGAT-TGatgcttattat
gi|7 : atgaatgatgtacattctctcaCCGATA---TTT-TTA--TTCAA-GGTTC-A--GAT--ACCA-ACAGCAT-----TT---AT---A--AACATCA-G-CCA-ATA--A-TTGGTA-GTT-C----CGGC-TA--GGG--A-----C--ATGTA------TTGCTT--AT--T-GTA--ACTCTT-CAGAA-TGCgtttttggttcca
gi|8 : a-T-G--TTCAA-GGT-C-AAAGA---A-CATAAAA-ATCCCTATC---AT--TA----CATCC-G-CCA-ATT--AACGAG-G-GCA-T----CGG--TA--GAGGAA-----C--ATGTA------TTG-TT--TA--T-GCAATACTT-T-CAGttgtt
blockSeqs : . TAAT T T C AA CACA C GCA CCCTA CAA GATAA G G T TG ACT T T T ACTA AT GGAGGACACG CAAGTA CT ATTA G T G G
blockSeqs : . TTA . . . . TA C GCA . . TAA . . . . ATT T . . . T GAGGAAC . CT TAAA . . . .
blockSeqs : . TA . . . . G C GCT . . TAA . . . . GTT T . . . C GGGACA . CG ATT . . . .
blockSeqs : . GA . . . . A G GCA . . TTA . . . . ATG T . . . . AGGGAC . CT TA . . . .
blockSeqs : TG . . . . A C TTA . . CA . . . . TTT T . . . . TGGGAC . TG TA . . . .
blockSeqs : . . . . . T GCA . . AA . . . . ACG T . . . . GGGAC . CT TA . . . .
blockSeqs : . . . . . . AA . . TA . . . . AT T . . . . GGGC . T TA . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . TT A . . . . GGAC . C TA . . . .
blockSeqs : . . . . . . T A . . . . GGAC . C AT . . . .
blockSeqs : . . . . T T . . . . GGAC . T TA . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . GAC . T T .
blockSeqs : . . . T . . . . . .
blockSeqCons : *** TA**** GCA TA***** GGGAC*********** TA****
originalCons : NCCGATA---TTT-T-A--TTCAA-GGT-C-A--GA---ATCACACAGCAT-----TT---AT--TA--AACATCA-G-TCA-ATA--AATTGGTG-GTG-C----CGG--TA--GG---A-----C--ATGTA------TTGCTT--TA--T-GCAATACTC-T-CAGAA-TGC
finalCons : NCCGATA---TTTTA----TTCAA-GGT-C-A--GA---ATCACACAGCAT-----TT---ATTA-----ACATCA-G-TCA-ATA--AATTGGTG-GTG-C----CGG--TAGGGAC-----------ATGTA------TTGCTTTA----T-GCAATACTC-T-CAGAA-TGC
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TATTTAGGCCATAGTTTCAAGGTCGAACAACATCAAATGTATATTCTTTCTATATACATCCGTCGATTAATGGGATAATCTGTAAGGGACATTCATTACTTGTACTTAATTACTTAT
Unaligned ( gi|9 ): TGTGTCAACTGCATCAACAACGAAAGATCACATTAATTTGATATTTGTAAACATAGTGACTTCTACCACTGTTTTAGGCTACAGTTCAAAGTCATACATTCTCCAAGGGC
Unaligned ( gi|10 ): TCGATATTGGTAAACATAATGACTTGGTAACGATGTTTTAAGCCACAGTTCAAGGTCAAACAACATTAAATATACAGTATATGTATATTCTCTTGTATATCACACTTGT
Unaligned ( gi|16 ): TGTGTCAACATAATGGACATCGACCTAATTCGACTGGTAAACATGGCGACTCAGTACCAACGGTTAGGTCACAGTTCAAGGTCAAACACCAACG
Unaligned ( gi|18 ): AGTTAACAACAAGTAAATGTACATTCTAGAGAATATTACATACGTCAATGAATGAAGGCACTGGTAGGGCCCAT
Unaligned ( gi|20 ): TCACTTATAAGGCAATACTCTCAGACTGTTTGT
Alignments
lowQualScore : 111 111111 1 1 1111 111 11 11111111111111111 11
lowQualScore : 444 333333 0 0 5 66 8888 1 999999 66 77 55 6 3 555 000 6 33 3 3 00 22222222222222222 888888 00 3 44 77 3 3 4
lowQualScore : ... ...... . . . .. .... . ...... .. .. .. . . ... ... . .. . . .. ................. ...... .. . .. .. . . .
lowQualScore : 000 555555 0 0 0 99 9999 4 888888 11 99 00 7 1 000 222 3 22 1 1 44 99999999999999999 888888 77 1 22 33 6 6 0
consensus : NCCGATA---TTT-T-A--TTCAA-GGT-C-A--GA---ATCACACAGC---AT-T--TATT-A--ACATCA-GTCA-ATA--AATTGGTG-GTG-C-CGG--TA--G--G---G--AC---ATGTA------TTGCTT-TA--T--GCAATACTC-T-CAGAA-TGC
Reference ( family-2434 ) : NCCGATA---TTT-T-A--TTCAA-GGT-C-A--GA---ATCACACAGC---AT-T--TATT-A--ACATCA-GTCA-ATA--AATTGGTG-GTG-C-CGG--TA--G--G---G--AC---ATGTA------TTGCTT-TA--T--GCAATACTC-T-CAGAA-TGC
gi|1 : ATT-A---CATCC-ATCG-ATT--AATGGG-G-GTA-C-CAG--TA--G--G---A--CCC--ATGTA------TTTCTA--A--T--GCAACATTC-T-CAGAA-TG
gi|11 : aatatttagatcacagttccagttgaaacaatatacaagtataataaattaatgtacattctctcgaCTGATAGTGTTTAC-A--TTCAATGGTTC-A--GA---ATCACACAGC---TTAT--TATC-A--ACATCAGGTCA-ATT--AACTGGTG-GTGTC-CGGT-TA--G--G---G--gattgtttgtttt
gi|12 : taCCGATA---TTT-T-A--TTCAA-GGT-C-A--GA---GTCAC-CGGC---AT-T--TATTAA--ACATCA-GTCA-ATA--AATTGGTG-GTG-C-C-G--TA-----G---G--AC---ATGTA------TTGCTT-TA--T--GCAATAATC-T-CAGAA-TGCcgaccaatggcataagcaatgc
gi|13 : cCCGCTA---ATT-T-AATTTCAATGGT-C-A--GA----TCACACAGC---AT-T--TGT--A--ACATCA-GTCATATA--A--TGGTG-GTG-C-CGG--TA--G--GAAAG--A----ATGC-------TTG-TT-TA--T--
gi|14 : aATCA-G-CG-ATATGAAT-GGTG--TG-C-CGG--TA--G--G---G--ACA--ATGTA------TTGCTTATT--T--GC-ATACTC-TGCAGAAGTGCatattgtaaatttca
gi|15 : atttttgtagctCCGATG---TTT-G-A--ATCAA-GGT-CCA--GT---ATCACACAGC------T--T-TT-A--ACATCA-GTCA--TA--A--TGG---GTG-C--GG--TA--G---------AC---ATGTA------TTGCGT-TA--T--GTCATACTA-T-CAG-A-TGCttgtttccaatgccttatgttgatat
gi|17 : CAGC---AT-T--TATC-A---CATCA-GTCA-ATA--A--TGGTG-ACC-T-CGG--TA--------------------------------TT-TA--T--GCAATGCTC-T-CAGAA-TGCttgt
gi|19 : --G--G---G--AC---ATGTA------TTAC-T-TA--T--ACAATACttgtttatctttattttc
gi|2 : catttagtgaatgggggactattagA-GGT-C-A--GACACATCAGGCATT---AC-T--TATT-A--ACATCAGGTCA-ATA--GGTTGGTG---C-C-CGGATTA--GGAG---G--ACACGATGTA------TTGC-T-TA--TTAGCAATACTC-T-TCGAA-TG
gi|21 : attgtttaatctaagCAATACTC-T-CAGAA-TGCtttgttttgctatttgatat
gi|3 : TCAA-GGT-C-A--GA----TCACACATTCCAAA-T--GATA-A--ACATCA--T---GTA--AATGAGTG-GTG-CACTA--TGAGG--G---G--AC---ATGTA------TTGC-T-TA--TG-GCAATA--C-T-CAGAA-ttgttttctttact
gi|4 : tactcgcatgtattgaaTCA-TTA--A--TGGAG-AAG-T-CGG--TAA-G--G---G--AC---ATGTA------TTGTGT-T---T--GCAATAtgcatgtt
gi|6 : ataaaaccatacttaaaggtcaaacagcaatgaatttacattctcttgaagattatacccgtTT-A--ACACCA-ACCA-TCA--ATTTTGAGTGTG-C-CGG--TAT-G--G---G--AC---GTGTACAAGTATTG-TT-TAAAT--GCAATATTC-T-CAGAT-TGatgcttattat
gi|7 : atgaatgatgtacattctctcatatCCGATA---TTT-TTA--TTCAA-GGTTC-A--GAT--ACCA-ACAGC---AT-T--TATA-A--ACATCA-GCCA-AT---AATTGGTA-GTT-C-CGGC-TA--G--G---G--AC---ATGTA------TTGCTT-AT--T--GTA--ACTCTT-CAGAA-TGCgtttttggttcca
gi|8 : a-T-G--TTCAA-GGT-C-AAAGA---A-CATAAAA----AT-CCCTATC-ATTACATCC-GCCA-ATT--AACGAG-G-GCA-T-CGG--TA--G--A---GGAAC---ATGTA------TTG-TT-TA--T--GCAATACTT-T-CAGttgtt
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TATTTAGGCCATAGTTTCAAGGTCGAACAACATCAAATGTATATTCTTTCTATATACATCCGTCGATTAATGGGATAATCTGTAAGGGACATTCATTACTTGTACTTAATTACTTAT
Unaligned ( gi|9 ): TGTGTCAACTGCATCAACAACGAAAGATCACATTAATTTGATATTTGTAAACATAGTGACTTCTACCACTGTTTTAGGCTACAGTTCAAAGTCATACATTCTCCAAGGGC
Unaligned ( gi|10 ): TCGATATTGGTAAACATAATGACTTGGTAACGATGTTTTAAGCCACAGTTCAAGGTCAAACAACATTAAATATACAGTATATGTATATTCTCTTGTATATCACACTTGT
Unaligned ( gi|16 ): TGTGTCAACATAATGGACATCGACCTAATTCGACTGGTAAACATGGCGACTCAGTACCAACGGTTAGGTCACAGTTCAAGGTCAAACACCAACG
Unaligned ( gi|18 ): AGTTAACAACAAGTAAATGTACATTCTAGAGAATATTACATACGTCAATGAATGAAGGCACTGGTAGGGCCCAT
Unaligned ( gi|20 ): TCACTTATAAGGCAATACTCTCAGACTGTTTGT