lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 22 66666 77777777 4444 333 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5555 77777777 33333 22 0 1
lowQualScore : .. ..... ........ .... ... ............................................................ .... ........ ..... .. . .
lowQualScore : 99 33333 44444444 5555 777 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7777 33333333 00000 55 2 9
consensus : ATCCTCACA--AGTCAAGG--G--TTT-------GTGA----T---TACG-TGAAC-TC-CA---CAC-AAAC--TTTGTG---TG-GA-GTTCA---CGT-A----A----TCAC-------AAA--C--CCTTGACT--TGTG-AGGATG
Reference ( gi|3 ) : ATCCTCACA--AGTCAAGG--G--TTT-------GTGA----T---TATG-TGAAC-TC-CA---CAC-AAAC--TTTGTG---TG-GA-GTTCA---CGT-A----A----TCAC-------AAA--C--CCTTGACT--TGTG-AGGATG
gi|1 : ATCCTCATA--AGTCCAGG--T--TTT-------GTGAAATCT---TACG-T--ACGTC-AA---CAC-A-----CCTGTG---TG-GA-GGT-A---CGT-A----A----TCAC-------AAA--A--CCTTGACT--TGTG-GGGATG
gi|1 : ATCCCCACA--AGTCAAGG--T--TTT-------GTGA----T---TACG-T-ACC-TC-CA---CAC-AGG-----TGTG---TT-GACGT--A---CGT-A----AGATTTCAC-------AAA--A--CCTGGACT--TATG-AGGATaaa
gi|8 : ATCCTCACA--AGTCAAGG--G--TTT-------GTGA----T---TACA-TGAAC-TC-CA-------------------------------CA---CGC-A----A----TCAC-------AAA--C--CC-TGACT--gaaa
gi|13 : ATCCTCACA--AGTCAAGG--T--TTT-------GCGA----T---TACA-TGAAC-TC-CA---CAC-AAAC--
gi|9 : ATCCTCACA--AGTCAAAG--T--TTT-------GCGA----T---TATG-TGAAC-TC-CA---CACGAAAC--CTTGga
gi|4 : cATCCTCACA--AGTCAAGG--T--TTT-------GTGA----T---TGT----AAC--A-CA---TAC-ATAC------------G-AA-GT--A---CGT-A----A----TCACAATTATTAAA--A--CCTTGACTAATGTG-AGGTTGacttgt
gi|14 : ATCCTTACA--AGTCAAGG--G--TTT-------GTGA----T---TAac
gi|2 : caagATCTCCCCA--AGTCAAGG--G--TTT-------CTGA----T---C-CG-CCCGC-TC-CA---CAT-AAATCATTTATG---TG-GA-G--CAAGGCG--G----A----TTAG-------AAT--C--CATTCACT--TGGA-AAGATgtg
gi|15 : cATCCTCACA--AGTCAAGA--C--TTT-------GTGA----T---TACG-T
gi|16 : ATCCTCACA--AGTCAAGG--G--TTT-------GTGA----T---g
gi|10 : ATCCTCACA--AGTCAGGGCCGGTTTT-------GTTA----T---CACG-T-ACC-TC-CA---CAC-GGAC---TTGTG---ggtg
gi|6 : ATCTTCCCA--AGTCAAGG--G--TTT-------CTGA----T---C------CAC-TC-CATTCCAC-AG-----TGGAG---TG-GA-G--CA-------G----A----TTAG-------AGA--C--CATTGACT--TGGGAAAGATGgag
gi|5 : ATCTTCACA--AGTCAATG--T--TTT--------TAA----T---T-CG-TTATC-TG--G---TAC-TAAC--TT-GTG---CGCGA-ATCCA----GT-A----AA---TCAG-------TCA--C--CCTTGAAT--TGTA-AGGATg
gi|5 : cATCCTTACA--ATTCAAGG--G--TGA-------CTGA----T---T-TACTGGAT-TCGCG---CAC-AAG---TTAGTA---CC--A-GATAA---CG--A----A----TTAA-------AAA--C--A-TTGACT--TGTG-AAGATG
gi|4 : CCTCACATTAGTCAAGG--T--TTTAATAATTGTGA----T---TACG-T--AC-TT-CG---TA--------TGTATG---TG------TTA---C---A----A----TCAC-------AAA--A--CCTTGACT--TGTG-AGGAT
gi|7 : CTTCCCA--AGTCAATG--G--TTT-------CTG------------------C-TC-CATTCCAC-G-----TTTATG---TG-GA-GCATA---CG--G----A----TCAG-------AAA--C--TCTTGACT--TCAG-AAAATGttgac
gi|6 : TCCCA--AGTCAATG--G--TCT-------CTAA----T---C----TG--C-TC-CA---CTC-CA-----CTGTGGAATG-GA-GT-------G--G----A----TCAG-------AAA--C--CCTTGACT--TGGG-AAGATG
gi|7 : catcttA--AGTCAAGA--G--TTT-------CTGA----TCCGTATG-----C-TC-CA---CAT-AAAC--GTGGAA---TG-GA-G----------------------CAG-------AAA--C--CATTGACT--TGGG-AAG
gi|8 : cattttctg--AGTCA-GG--G--TTT-------GTGA----T---TGCG-TG-------------------------------TG-GA-GTTCA---TGT-A----A----TCAC-------AAA--C--CCTTGACT--TGTG-AGGAT
gi|2 : C-TC-CA---CAT-AAATGATTTATG---TG-GA-GCGGG---CG--G----A----TCAG-------AAA--C--CCTTGACT--TGGG-GAGATG
gi|11 : -TC-CA---TAT-AA------TGTG---TG-GA-GCGGA----GTGG----A----TCAG-------AAA--C--CCTTCGCT--TGGG-AAGATcaaggcggattagaatccattcacttggaaagat
gi|10 : ---CAC-AAG---TCCGTG---TG-GA-GGT-A---CGT-G----A----TAAC-------AAAACCGGCCCTGACT--TGTG-AGGATG
gi|13 : --TTTGTG---TG-GA-GTTCA---TGT-A----A----TCGC-------AAA--A--CCTTGACT--TGTG-AGGATGag
gi|9 : g--TTCGTG---TG-GA-GTTCA---CAT-A----A----TCGC-------AAA--A--CTTTGACT--TGTG-AGGATGa
gi|12 : TA---TG-AA-ATTTA---CGG-AGCGGA----TCAG-------GAA--C--CCTTGATT--TGGG-AAGATGaccttgacttgt
gi|14 : gcCA---AGT-A----A----TCAC-------AAA--C--CCTTGACT--TGTA-AGGATGg
gi|15 : A---CGT-A----A----TCAC-------AAA--G--TCTTGACT--TGTG-AGGATGtg
gi|16 : ----A----TCAC-------AAA--C--CCTTGACT--TGTG-AGGATG
Alignments
lowQualScore : 22222222222 2222222222222222222222222 11111111
lowQualScore : 99999 2 7777 22222222222 3 4444444444444444444444444 1 888888 3 11111111 44
lowQualScore : ..... . .... ........... . ......................... . ...... . ........ ..
lowQualScore : 66666 5 1111 33333333333 3 4444444444444444444444444 4 666666 3 22222222 66
consensus : ATCCTCACAAGTCAAGG--G--TTTGTGA----TT-ACG---TGAAC-TCCACAC-AAAC---TTGTG---TG-GAGT-CACGTA----A-TCAC-------AAACCCTTGACT--TGTGAGGATG
Reference ( family-2414 ) : ATCCTCACAAGTCAAGG--G--TTTGTGA----TT-ACG---TGAAC-TCCACAC-AAAC--TTTGTG---TG-GAGTTCACGTA----A-TCAC-------AAACCCTTGACT--TGTGAGGATG
gi|1 : ATCCTCATAAGTCCAGG--T--TTTGTGAAATCTT-ACG---T--ACGTCAACAC-A-----CCTGTG---TG-GAGGT-ACGTA----A-TCAC-------AAAACCTTGACT--TGTGGGGATG
gi|10 : ATCCTCACAAGTCAGGGCCGGTTTTGTTA----TC-ACG---T-ACC-TCCACAC-GGAC---TTGTG---aaa
gi|11 : ATCTTCCCAAGCGAAGG--G--TTTCTGA----TCCAC----TCCGC-TCCACAC-A------TTATA---TG-GAgag
gi|12 : TA---TG-AAATTTACGGAGCGGA-TCAG-------GAACCCTTGATT--TGGGAAGATG
gi|13 : gcATCCTCACAAGTCAAGG--T--TTTGCGA----TT-ACA---TGAAC-TCCACAC-AAAC--g
gi|14 : CAAGTA----A-TCAC-------AAACCCTTGACT--TGTAAGGATGga
gi|15 : ACGTA----A-TCAC-------AAAGTCTTGACT--TGTGAGGATGtg
gi|16 : ----A-TCAC-------AAACCCTTGACT--TGTGAGGATG
gi|2 : ATCTTTCCAAGTGAATG--G--ATTCTAA----TC--CGCCTTG--C-TCCACAT-AAATGATTTATG---TG-GAGCGGGCG-G----A-TCAG-------AAACCCTTGACT--TGGGGAGATGgtg
gi|3 : ATCCTCACAAGTCAAGG--G--TTTGTGA----TT-ATG---TGAAC-TCCACAC-AAAC--TTTGTG---TG-GAGTTCACGTA----A-TCAC-------AAACCCTTGACT--TGTGAGGATG
gi|4 : ATCCTCACAAGTCAAGG--T--TTTGTGA----TT---G---T-AAC--ACATAC-ATAC------------G-AAGT--ACGTA----A-TCACAATTATTAAAACCTTGACTAATGTGAGGTTG
gi|5 : ATCTTCACAAGTCAATG--T--TTT-TAA----TT--CG---TTATC-TG-GTAC-TAAC--TT-GTG---CGCGAATCCA-GTA----AATCAG-------TCACCCTTGAAT--TGTAAGGATac
gi|6 : cTCCCAAGTCAATG--G--TCTCTAA----TC-------TG--C-TCCACTC-CA-----CTGTGGAATG-GAGT----G-G----A-TCAG-------AAACCCTTGACT--TGGGAAGATG
gi|7 : catcttAAGTCAAGA--G--TTTCTGA----TC--CG---TATGC-TCCACAT-AAAC--GTGGAA---TG-GAG---------------CAG-------AAACCATTGACT--TGGGAAG
gi|8 : cattttctgATCCTCACAAGTCAAGG--G--TTTGTGA----TT-ACA---TGAAC-TCCA---------------------------CACGCA----A-TCAC-------AAACCC-TGACT--
gi|9 : ATCCTCACAAGTCAAAG--T--TTTGCGA----TT-ATG---TGAAC-TCCACACGAAAC--CTTG
Alignments
lowQualScore : 11111 1 111 2222222222222222222222222222222 11111111
lowQualScore : 11111 1 7777 3 222 3 2222222222222222222222222222222 5 3 3 11111111 44 1
lowQualScore : ..... . .... . ... . ............................... . . . ........ .. .
lowQualScore : 44444 4 7777 3 333 3 4444444444444444444444444444444 7 1 1 55555555 22 0
consensus : ATCCTCACAAGTCAAGG--G--TTTGTGA----TTACGTGAAC-TCCACACAA---A--C-TTGTG---TG-GAG-TCA---CGTA-A-TCAC-------AAACCCTTGACT--TGTGAGGATG
Reference ( family-2414 ) : ATCCTCACAAGTCAAGG--G--TTTGTGA----TTACGTGAAC-TCCACACAA---A--C-TTGTG---TG-GAG-TCA---CGTA-A-TCAC-------AAACCCTTGACT--TGTGAGGATG
gi|1 : ATCCTCATAAGTCCAGG--T--TTTGTGAAATCTTACGT--ACGTCAACACA-------C-CTGTG---TG-GAG-GTA---CGTA-A-TCAC-------AAAACCTTGACT--TGTGGGGATG
gi|10 : ATCCTCACAAGTCAGGGCCGGTTTTGTTA----TCACGT-ACC-TCCACACGG---A--C-TTGTG---aaa
gi|11 : -TCCATATAA---------TGTG---TG-GAG-CGG---AGTGGA-TCAG-------AAACCCTTCGCT--TGGGAAGATgag
gi|12 : -A-TCAG-------GAACCCTTGATT--TGGGAAGATG
gi|13 : gctatgaaatttacggagcggATCCTCACAAGTCAAGG--T--TTTGCGA----TTACATGAAC-TCCACACAA---A--C-g
gi|14 : CA---AGTA-A-TCAC-------AAACCCTTGACT--TGTAAGGATGga
gi|15 : A---CGTA-A-TCAC-------AAAGTCTTGACT--TGTGAGGATGtg
gi|16 : -A-TCAC-------AAACCCTTGACT--TGTGAGGATG
gi|2 : ATCTCCCCAAGTCAAGG--G--TTTCTGA----TC-CGCCCGC-TCCACATAAATCA--T-TTATG---TG-GAG--CAAGGCG-G-A-TTAG-------AATCCATTCACT--TGGAAAGATgtg
gi|3 : cATCCTCACAAGTCAAGG--G--TTTGTGA----TTATGTGAAC-TCCACACAA---A--CTTTGTG---TG-GAGTTCA---CGTA-A-TCAC-------AAACCCTTGACT--TGTGAGGATG
gi|4 : ATCCTCACAAGTCAAGG--T--TTTGTGA----TT--GT-AAC--ACATACAT---A--C----------G-AAG-T-A---CGTA-A-TCACAATTATTAAAACCTTGACTAATGTGAGGTTG
gi|5 : ATCTTCACAAGTCAATG--T--TTT-TAA----TT-CGTTATC-TG-GTACTA---A--C-TTGTG---CGCGAA-TCC---AGTA-AATCAG-------TCACCCTTGAAT--TGTAAGGATac
gi|6 : cTCCCAAGTCAATG--G--TCTCTAA----TC---TG--C-TCCACTCCA--------CTGTGGAATG-GAG-T------G-G-A-TCAG-------AAACCCTTGACT--TGGGAAGATG
gi|7 : catcttAAGTCAAGA--G--TTTCTGA----TC-CGTATGC-TCCACATAA---A--C-----G---TG-GA----A---TG-G-A-GCAG-------AAACCATTGACT--TGGGAAG
gi|8 : cattttctgATCCTCACAAGTCAAGG--G--TTTGTGA----TTACATGAAC-TCCA-----------------------------CA---CGCA-A-TCAC-------AAACCC-TGACT--
gi|9 : ATCCTCACAAGTCAAAG--T--TTTGCGA----TTATGTGAAC-TCCACACGA---AACC-TTG
Alignments
lowQualScore : 11111 1 111 2222222222222222222222222222222 11111111
lowQualScore : 11111 1 7777 3 222 3 2222222222222222222222222222222 5 3 3 11111111 44 1
lowQualScore : ..... . .... . ... . ............................... . . . ........ .. .
lowQualScore : 44444 4 7777 3 333 3 4444444444444444444444444444444 7 1 1 55555555 22 0
consensus : ATCCTCACAAGTCAAGG--G--TTTGTGA----TTACGTGAAC-TCCACACAA---A--C-TTGTG---TG-GAG-TCA---CGTA-A-TCAC-------AAACCCTTGACT--TGTGAGGATG
Reference ( family-2414 ) : ATCCTCACAAGTCAAGG--G--TTTGTGA----TTACGTGAAC-TCCACACAA---A--C-TTGTG---TG-GAG-TCA---CGTA-A-TCAC-------AAACCCTTGACT--TGTGAGGATG
gi|1 : ATCCTCATAAGTCCAGG--T--TTTGTGAAATCTTACGT--ACGTCAACACA-------C-CTGTG---TG-GAG-GTA---CGTA-A-TCAC-------AAAACCTTGACT--TGTGGGGATG
gi|10 : ATCCTCACAAGTCAGGGCCGGTTTTGTTA----TCACGT-ACC-TCCACACGG---A--C-TTGTG---aaa
gi|11 : -TCCATATAA---------TGTG---TG-GAG-CGG---AGTGGA-TCAG-------AAACCCTTCGCT--TGGGAAGATgag
gi|12 : -A-TCAG-------GAACCCTTGATT--TGGGAAGATG
gi|13 : gctatgaaatttacggagcggATCCTCACAAGTCAAGG--T--TTTGCGA----TTACATGAAC-TCCACACAA---A--C-g
gi|14 : CA---AGTA-A-TCAC-------AAACCCTTGACT--TGTAAGGATGga
gi|15 : A---CGTA-A-TCAC-------AAAGTCTTGACT--TGTGAGGATGtg
gi|16 : -A-TCAC-------AAACCCTTGACT--TGTGAGGATG
gi|2 : ATCTCCCCAAGTCAAGG--G--TTTCTGA----TC-CGCCCGC-TCCACATAAATCA--T-TTATG---TG-GAG--CAAGGCG-G-A-TTAG-------AATCCATTCACT--TGGAAAGATgtg
gi|3 : cATCCTCACAAGTCAAGG--G--TTTGTGA----TTATGTGAAC-TCCACACAA---A--CTTTGTG---TG-GAGTTCA---CGTA-A-TCAC-------AAACCCTTGACT--TGTGAGGATG
gi|4 : ATCCTCACAAGTCAAGG--T--TTTGTGA----TT--GT-AAC--ACATACAT---A--C----------G-AAG-T-A---CGTA-A-TCACAATTATTAAAACCTTGACTAATGTGAGGTTG
gi|5 : ATCTTCACAAGTCAATG--T--TTT-TAA----TT-CGTTATC-TG-GTACTA---A--C-TTGTG---CGCGAA-TCC---AGTA-AATCAG-------TCACCCTTGAAT--TGTAAGGATac
gi|6 : cTCCCAAGTCAATG--G--TCTCTAA----TC---TG--C-TCCACTCCA--------CTGTGGAATG-GAG-T------G-G-A-TCAG-------AAACCCTTGACT--TGGGAAGATG
gi|7 : catcttAAGTCAAGA--G--TTTCTGA----TC-CGTATGC-TCCACATAA---A--C-----G---TG-GA----A---TG-G-A-GCAG-------AAACCATTGACT--TGGGAAG
gi|8 : cattttctgATCCTCACAAGTCAAGG--G--TTTGTGA----TTACATGAAC-TCCA-----------------------------CA---CGCA-A-TCAC-------AAACCC-TGACT--
gi|9 : ATCCTCACAAGTCAAAG--T--TTTGCGA----TTATGTGAAC-TCCACACGA---AACC-TTG
blockSeqs : CCGGT G . A GAA . AATCATTTATGTGGAGCAAGGC T G A CAATTATT AA G
blockSeqs : T G . A CCG . AACTTTGTGTGGAGTTCAC T . . G . G
blockSeqs : G C . A GAA . AACTTGTGCGCGAATCCA T . . G . T
blockSeqs : G G . A TAT . ACTGTGGAATGGAGT T . . C . T
blockSeqs : T G . A ATG . ATGTGTGGAGCGGA T . . C . T
blockSeqs : T C . . GAA . TACGAAGTAC T . . C . G
blockSeqs : G C . . GAA . AACGTGGAAT C . . G . T
blockSeqs : G G . . AC . CAC . . . C . T
blockSeqs : G G . . AA . . . . G . T
blockSeqs : T . . . G . . . . G . G
blockSeqs : . . . G . G
blockSeqs : . . C .
blockSeqCons : **** GAA AACTGTGTGGAGTCAC***************
originalCons : ATCCTCACAAGTCAAGG--G--TTTGTGA----TTACGTGAAC-TCCACACAA---A--C-TTGTG---TG-GAG-TCA---CGTA-A-TCAC-------AAACCCTTGACT--TGTGAGGATG
finalCons : ATCCTCACAAGTCAAGG--G--TTTGTGA----TTACGTGAAC-TCCACACAAACTGTGTGGAGTCAC---------------GTA-A-TCAC-------AAACCCTTGACT--TGTGAGGATG
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333333333333333333333333 11111111
lowQualScore : 8888 4444444 3 3 2222222222222222222222222222 888 00000000 33 33 33 0
lowQualScore : .... ....... . . ............................ ... ........ .. .. .. .
lowQualScore : 5555 9999999 6 6 1111111111111111111111111111 777 00000000 99 99 99 2
consensus : ATCCTCACAAGTCAAGGGTTTGTGA----TT-ACGTGAAC-TC-CACACAAA----C--T-GTG---TGGAG-TCA---CGTA-ATCAC-------AAA--C--CCTTGACT--TGTGAGGATG
Reference ( family-2414 ) : ATCCTCACAAGTCAAGGGTTTGTGA----TT-ACGTGAAC-TC-CACACAAA----C--T-GTG---TGGAG-TCA---CGTA-ATCAC-------AAA--C--CCTTGACT--TGTGAGGATG
gi|1 : ATCCTCATAAGTCCAGGTTTTGTGAAATCTT-ACGT--ACGTC-AACACAC-----C--T-GTG---TGGAG-GTA---CGTA-ATCAC-------AAA--A--CCTTGACT--TGTGGGGATG
gi|10 : CACAAGT---C--C-GTG---TGGAG-GTA---CGTG-ATAAC-------AAAACCGGCCCTGACT--TGTGAGGATGaaa
gi|11 : -TC-CATATAA--------T-GTG---TGGAG-CGG---AGTGGATCAG-------AAA--C--CCTTCGCT--TGGGAAGATag
gi|12 : -ATCAG-------GAA--C--CCTTGATT--TGGGAAGATG
gi|13 : gctatgaaatttacggagcggATCCTCACAAGTCAAGGTTTTGCGA----TT-ACATGAAC-TC-CACACAAA----C--g
gi|14 : CA---AGTA-ATCAC-------AAA--C--CCTTGACT--TGTAAGGATGga
gi|15 : A---CGTA-ATCAC-------AAA--G--TCTTGACT--TGTGAGGATGtg
gi|16 : -ATCAC-------AAA--C--CCTTGACT--TGTGAGGATG
gi|2 : ATCTCCCCAAGTCAAGGGTTTCTGA----TC--CGCCCGC-TC-CACATAAATCATT--T-ATG---TGGAG--CAAGGCG-G-ATTAG-------AAT--C--CATTCACT--TGGAAAGATgtg
gi|3 : cATCCTCACAAGTCAAGGGTTTGTGA----TT-ATGTGAAC-TC-CACACAAA----CTTT-GTG---TGGAGTTCA---CGTA-ATCAC-------AAA--C--CCTTGACT--TGTGAGGATG
gi|4 : ATCCTCACAAGTCAAGGTTTTGTGA----TT---GT-AAC--A-CATACATA----C-----------GAAG-T-A---CGTA-ATCACAATTATTAAA--A--CCTTGACTAATGTGAGGTTG
gi|5 : ATCCTTACAATTCAAGGGTGACTGA----TTTAC-TGGAT-TCGCGCACAAG----T--TAGTA---CCAGA-TAA---CG-A-ATTAA-------AAA--C--A-TTGACT--TGTGAAGATGac
gi|6 : TCCCAAGTCAATGGTCTCTAA----TC----TG--C-TC-CACTCCA-----C--T-GTGGAATGGAG-T------G-G-ATCAG-------AAA--C--CCTTGACT--TGGGAAGATG
gi|7 : catcttAAGTCAAGAGTTTCTGA----TC--CGTATGC-TC-CACATAAA----C------G---TGGA----A---TG-G-AGCAG-------AAA--C--CATTGACT--TGGGAAG
gi|8 : cattttctgATCCTCACAAGTCAAGGGTTTGTGA----TT-ACATGAAC-TC-CA----------------------------CA---CGCA-ATCAC-------AAA--C--CC-TGACT--
gi|9 : ATCCTCACAAGTCAAAGTTTTGCGA----TT-ATGTGAAC-TC-CACACGAA----