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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                    TAC-GTTTGATT-A-GACAAC---------AC--GTG-TC------A--CTCGTGT----TACGAGTA-TT---GTTA-----ACC-AAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACA--A-T-A---GTGCT--GA-A-C-TC-A--GTCA-------ACACGAGTATACTCC-CCAAACT-G-GCAGGA-GC--AC-A------AGGAAAAAAAAATGGTAGCG--ATGCTGTAA-ACAAC---------ACTC-CACG---TTTT-------AT-TTG-CT-A-G---TGT-------T-GTA---T-----TC-A-T-CT-A-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-GTCTTC-TTAA-TC-AAACGTtccacaaaaagataacaccattgtggccccaagctgaaagatttatgaaaacaatcgggaaggggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaacaccacatgttttatttgctagtgttgtattcatctattgcacatgcgcgtatctagtatcaccagagccgtcttaatcaaacgtgcc
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                    TAC-GTTTGATT-A-GACAAC---------AC--GTG-TT------A--CTCGTTT----AACGAGTA-TT---GTTT-----ACC-AAA--------C-ACCGTT-TT---CC-C-ACA--C-T-A---TTGAT--GA-A-C-TCGA--GTCA-------ACACAAGTATACTCC-TCAAATT-G-GCAGG--GC--AC-A------AAG--AAAAAATTGGTAGCC--ATGCTGTAA-ACAAC---------ACTC-CACG----TTT-------AT-TTG-CT-A-G---TGT-------TCGTA---T-----TC-A-T-CT-A-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAG-CAC-T---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                    TAC-GTTAGATT-A-GACAAC---------AC--GTG-TC------A--CTCATGT----TACGAGTA-TT---GTTA-----ACC-AAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACA--C-T-A---GTGTT--GA-A-C-TCGA--GTAA-------ACACGAGTATACTCC-CCAAATT-G-CCAGCA-GC--AC-A------GGG-TAAAAAA-TGTTAGCA--TTATTGTAA-ACAAC---------CCCC-CCCT---TTTT-------AT-TTG-CT-A-G---TTT-------T-GTA---T-----TC-A-T-AT-A-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                    TAC-GTTTGATT-A-GACAAC---------AC--GCG-TT------A--CTCGT-------------A-TT---GTTA-----ATC-AAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACA--C-T-A---GTGTT--GA-A-C-T-----------------------------CC-CCAAATT-G-GCAGGA-GC--AC-A------AGG-AAAAAAAT-GGTAGCC--ATGTTGTAA-ACAAC---------ACTC-CACG---TTTT-------AT-TTG-CT-A-G---TGT-------T-ATA---T-----TC-A-T-CT-A-TTGCACATG-----CG-C-TT-ATCAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                     AC-GTTTGATTAA-GACGAC---------TCTAGTG-AT------A--CTAGTGTTTGATACGTGCA-T
gi|11                         :          gtacatttgattagacaacacgtgttactcgtattacgagtattgttaaccaaacatcgttatcccacactattgttgaactcgagtcaacacgagtatttggcaggagcacaagaaaacaattggtagccatgttgttaacaatactccacgttttatttgctagtgttgtattcatctattgcacAC-GTTTGATT-A-GACAAC---------AC--GTG-TC------A--CTCGTGT-----A-GAGTA-TT---GTTA-----ACC-AAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACA--A-T-A---GTGCT--GA-A-C-TC-A--GTCA-------ACACGAGTATACTCC-CCAAACT-G-GCAGGA-GC--AC-A------AGGAAAAAAAAATGGTAGCG--ATGCTGTAA-ACAAC---------ACTC-CACG---TTTT-------AT-TTG-CT-A-G---TGT-------T-GTA---T-----TC-A-T-CT-A-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-GTCTTC-TTAA-TC-AAACGTg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                     AC-GTTTGATTAA-GACGAC---------TCTAGTG-CT------A--CTAGTGTTTGATACGCGCA-T
gi|9                          :  tacgtttgattagacaacacgtgttactcgtttaacgagtattgtttaccaaacaccgttttcccacactattgatgaactcgagtcaacacaagtatactcctcaaattggcagggcacaaagaaaaaattggtagccatgctgtaaacaacactccacgtttatttgctagtgttcgtattcatctattgcacAC-GTTTGATTAA-GACGAC---------TCTAGTG-AT------A--CTAGTGTTTGATACGCGCA-Tg
gi|12                         : tacgttagattagacaacacgtgtcactcatgttacgagtattgttaaccaaacaccgttatcccacactagtgttgaactcgagtaaacacgagtatactccccaaattgccagcagcacagggtaaaaaatgttagcattattgtaaacaacccccccctttttatttgctagttttgtattcatatattgcacAC-ATTTGATT-A-GATAAC---------AC--GAG-TT------A--CTAGTGT----TACGAGTA-TA---GTTA-----ATC-TAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACA--C-T-A---TTGTT--GA-A-C-TCGA--ATCA-------ACACGAGTATACTCC-CCACATT-G-GCAGGA-TA--CC-A------AGG-AAAAAAAT-GGTAGCC--ATGTTGTAA-ACAAC---------ACTT-CACG---TTTT-------AT-TTG-CT-A-A---TGT-------T-GTA---T-----TC-A-T-CT-A-TTGTACATG-----TG-C-GT-ATCAAA-CACTTG--TAT-CAC-T---AG-A-GTCGCC-TCAA-TC-AAACG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                     AC-GTTTGATTAA-GACGGC---------TCTGGTG-AT------A--CTAGTGTTTGATACGCGCA-T
gi|16                         :                                                             tcccacacttagtgttgaactcgagtcaacacgagtatactccccaaattgacaggagcacaaggaaaaaattggtagccatgttgtaaacaacactccacgttttatttgctagtgttgtattcatctattgcacAT-GTTTGATT-A-GACAAC---------AC--GTG-TT------A--C-------------GAATA-TT---GTTA-----ACC-AAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACATTC-T-C---GTGTTTGGACA-C-TCGA--GTCA--------CACGAGTATACTCCACCAAATT-G-GCAGAA-GC--ACAA------AGG-GAAAATATTGGTAGCC--ATGTTGTAA-ACAA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                   gaAC-GTTTGATTAA-GACGAC---------TCTAGTG-AT------A--CTAGTGTCTTGTACGCGCA-Ttctgattgcacatgcacgtatcaaacactagtatcactagaggtcgtcttaatcaaaacgt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                 catgttgtaaacaacactccac-GTTTGGTT-A--ACAA-------------------T------A--CTCGTAA----CACGAGTA-T-------------ATC-AAA--------C-ACTAGT-AT---------CA--C-T-A---G
gi|19                         :                                                                                                                                                                                  gcacgtttgattaagacgatt-GTTTGATT-A--ACAAT---------AC--GAG-TA------A--CGCGTGT----Taccgtatcccgacactattgttggactcgagtcaacacgagtatactctccaaattgggcaggagcaaacaagggaaaaatggtagccatgttgtaacacacactccacgttttatttgctaggttttgtattcctctattgcacatgcgctataatcaaacactagtatcactagaaatcgtcttaagtcaaacgt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                          tacgtttgattagacTTTGATT-A---CAAC---------AC--GTG-TT------A--CTCGTGT----TA-GATAATTT---GTTG-----ACCAAAA--------C-AGCGTA-AT---CCAC-AC---C-T-A---GTGTTTAGA-ACC-TCGAGTGTCA-------ACACGAGT-TACTCT-CCAAATT-GTGCAGGAGGC--GA-A------GAG-GAAAAAA-TGGTAGCTCAATG-TGTAA-ACAA----------ACTG-CACGCTCCTTT-------AT-TTGCCT-A-G---TGT-------T-GAA---T-----TCAA-TACT-A-TTGCACATC-----AG-C-GT-ATCAAA-CTATAG--TAT-CAC-T---A--A-GTCGTC-TAAT-TC-AAACGaccgttatcccacactagtgttgaactccccaaattggcaggagcacaaggaaaaaaatggtagccatgttgtaaacaacactccacgttttatttgctagtgttatattcatctattgcacatgcgcttatcaa
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                            aatT-A-GACAAT---------ACC-GTGGTT------AACCTCGT------TA--AATA-TTTGTGTTATTTATACC-AAAATTGCTCTC-ACCGTT-ATATCTC-C-ACA--CAT-ATTTGT-TT--GA-A-CTTCGA--AT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                T---CC-C-ACA--C-TTA---GTGTT--GA-A-C-TCGA--GTCA-------ACACGAGTATACTCC-CCAAATT-G-ACAGGA-GC--AC-A------AGG-AAAA-AATTGGTAGCC--ATGTTGTAA-ACAAC---------ACTC-CACG---TTTT-------AT-TTG-CT-A-G---TGT-------T-GTA---T-----TC-A-T-CT-A-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-C---AG-A-GCCGTC-TTAA-TC-AAACGTggaccccgtaaagattcaactatgagttatacccccatgaatctttttatttgcgcaattagcagcagaggaacagacgaaatggactgtagccatggtataaacaacacacaaactactctcacgtcttctcagaaatttgctaagtgtatttctctatagcctccctctacttgcacatggtctccgtcattcaaaccactagtctatcacctggagagacgtctttaattca
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -T-A---GTGTT--GA-A-C-TCGA--GTCA-------ACACGAGTAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          T--GA-A-C-TCGA--GTCA-------ACACGAGTATACTCC-CCAACTT-G-GCAGGA-GC--AC-A------AGG-AAAA-AATTGGTAGTC--ATGTTGTAA-ACAAC---------ACTC-CACG---TTTT-------AT-TTG-CT-A-G---TGT-------T-GTA---T-----TC-A-T-CT-A-TTACACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-GTCGTC-TTAA-Tt
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AGGA-AC--AG-A------CG--AAATGGACTG-TAGCC--ATGGTATAA-ACAACACACAAACTACTCTCACG---TCTTCTCAGAAAT-TTG-CTAA-G---TGTATTTCTCT-ATAGCCT-----CC-C-T-CT-ACTTGCACATGGTCTCCGTC-AT--TCAAACCACTAGTCTAT-CAC-CTGGAG-A-GACGTCTTTAA-T
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                tagacaataccgtggttaacctcgttaaatatttgtgttatttataccaaaattgctctcaccgttatatctccacacatatttgtttgaacttcgaatggaccccgtaaagattcaactatgagttatacccccatgaatctttttatttgcgcaattagcagcagC--ATGTTGTAA-ACAAC---------ACTC-CACA---Ttca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -ACAAC---------ACCA-CATG---TTTT-------AT-TTG-CT-A-G---TGT-------T-GTA---T-----TC-A-T-CT-A-TTGCACATG-----CG-C-GT-AT-------CTAG--TAT-CAC-C---AG-A-GCCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCCgcgcgtacaagacactagtatcactagagtcgtcttaatcaaacgt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                              gtactttgattagacaacacgtgttactcgtgtnatccacaaaaagataacaccattgtggccccaagctgaaagatttatgaaaacaatcgggaaggggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAC---------ACTC-CACG---TTTT-------AT-TTG-CT-A-G---TGT-------T-GTT---T-----TC-A-T-CT-A-TTGCGCATG-----CG-C-TT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-C---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAATGTGC
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ggtatgtttgattagacaacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TTG-GT-A-GCCATGT-------T-GTA---A-----AC-AAT-CTGA-TTGCACATG-----CA-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-AGGTCGTC-TTAA-TCAAAACGT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gaatgtttgattagacaacacgtgttacgaatattgttaaccaaacaccgttatcccacattctcgtgtttggacactcgagtcacacgagtatactccaccaaattggcagaagcacaaagggaaaata---TGT-------T-GTA---A-----AC-A-A-C--A-CTCCACATG-----CG-C-GT-ACAAGA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       caT-A-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTA-----------------------GTC-TTAA-TC-AAAAGTAC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CACG-----AG-T-AT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-ATCGTC-TTAA-TC-AAACGTGC
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-ATCGCC-TTAA-TC-AAACGTGttacgagtattgttaaccaaacaccgtatcccgacactattgttggactcgagtcaacacgagtatactctccaaattgggcaggagcaaacaagggaaaaatggtagccatgttgtaacacacactccacgttttatttgctaggttttgtattcctctattgcacatgcgctataatcaaacactagtatcactagaaatcgtcttaagtcaaacgt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AA-CACGAG--TAT-CAT------G-T-GTTGTC--TAA-TT-AAACGTACC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AA-CACGAG--TAA-CAC------G-T-GTTGTC-T-AA-TC-AAACGTACCacgagtattgttaatcaaacaccgttatcccacactagtgttgaactcgagtcaacacgagtatactccccaaattggaaggaacacgaggaaaaaatggtagccatgttgtaaacaacactccacgttttctttgctagtgttgtattcatccattgcacatgcgcgtatcgcacactaatatcattagagtcgtcttaatcaaatgtg
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AA-TACTAG--TAA-CAC------G-T-GTTGTC-T-AA-TC-AAACGTACCacgagtattgttaatcaaacaccgttatcccacactattgttaaactcgagtcaacacgagtattaggagcacaaggaaaaaattggtagctatgttgtaaacaacactccaccttttatttgttagtgttgtattcaagtcatctattgcacatacgcgtatcaaacactagtatcactagagtcgtcttaatca
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    g-CAC-C---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCgttaaccaaacaccgtt
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AC-C---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCCtctatga
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AC-C---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCCcctg

Unaligned ( gi|22 ): ATAATTACATATACGTACTTATATTATAATGAATGAACTACTTATTTATGGTAAAACACACGTTA
Unaligned ( gi|27 ): GACAATAGTAGCTAAGTTAGTTTACCTAAATTCCC

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Reference ( family-239 )      :                                                                                                                                                                        GGTAC-GTTTGATTA-GACAAC---------AC--GTG-TT------A--CTCGTGTTACGAGTA--TT---GTTA-----ACCAAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACA--C-T-A---GTGTT--GA-AC-T-CGAGT----------------CAAC-ACGAG--------T-ATACTCC-CCA-------------------AATT-G-GCAGGAG-C--AC-A-AG-----G-AAAA----AAATTG---GTAGCC--ATGTTGTAAACA-AC---------ACTC-CACGTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTGT-------T-GTA---T-----TCA-T-CTA-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCC
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 T---CC-C-ACA--C-TTA---GTGTT--GA-AC-T-CGAGT----------------CAAC-ACGAG--------T-ATACTCC-CCA-------------------AATT-G-ACAGGAG-C--AC-A-AG-----G-AAAA-----AATTG---GTAGCC--ATGTTGTAAACA-AC---------ACTC-CACGTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTGT-------T-GTA---T-----TCA-T-CTA-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-C---AG-A-GCCGTC-TTAA-TC-AAACGT
gi|19                         :                                                                                                                                                                          TAC-GTTTGATTA-GACAAC---------AC--GCG-TT------A--CTCGT---------A--TT---GTTA-----ATCAAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACA--C-T-A---GTGTT--GA-AC-T-C----------------------------------------------C-CCA-------------------AATT-G-GCAGGAG-C--AC-A-AG-----G-AAAA----AAAT-G---GTAGCC--ATGTTGTAAACA-AC---------ACTC-CACGTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTGT-------T-ATA---T-----TCA-T-CTA-TTGCACATG-----CG-C-TT-ATCAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                         GCAC-GTTTGATTAAGACGATTCTAGTGATACTAGTG-TTTGATATA--CTCGTGTTACGAGTA--TT---GTTA-----ACCAAA--------C-ACCG-T-AT---CC-CGACA--C-T-A---TTGTT--GG-AC-T-CGAGT----------------CAAC-ACGAG--------T-ATACTCT-CCA-------------------AATTGG-GCAGGAG-CAAAC-A-AG-----G-GAAA----AA--TG---GTAGCC--ATGTTGT-AACACAC---------ACTC-CACGTT---TT-------AT-TTGC-T-AGGTTT-------T-GTA---T-----TCC-T-CTA-TTGCACATG-----CG-CTATAATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AGAA-ATCGTC-TTAAGTC-AAACGT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T--GA-AC-T-CGAGT----------------CAAC-ACGAG--------T-ATACTCC-CCA-------------------ACTT-G-GCAGGAG-C--AC-A-AG-----G-AAAA-----AATTG---GTAGTC--ATGTTGTAAACA-AC---------ACTC-CACGTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTGT-------T-GTA---T-----TCA-T-CTA-TTACACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-GTCGTC-TTAA-T
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TGT-------T-GTA---A-----ACA-A-C-A-CTCCACATG-----CG-C-GT-ACAAGA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGT
gi|23                         :                                                                                                                                                                      caGGTAC-GTTTGATTA-GACAAC---------AC--GTG-TT------A--CT---------AGTA--TT---GTTA-----ACCAAA--------C-ACCGTT-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gTA-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTA-----------------------GTC-TTAA-TC-AAAAGTAC
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-ATCGCC-TTAA-TC-AAACGTG
gi|26                         :                                                                                                                                                                        GGTAC-GTTTGATTA-GACAAT---------A--------------------CGTGTTACGAGTA--TT---GT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AC-C---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCCa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -CAC-C---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCctttaaa
gi|3                          :                                                                                                                                                                         GTAC--TTTGATTA-GACAAC---------AC--GTG-TT------A--CTCGTGTNAtctatga
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACA-AC---------ACCA-CATGTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTGT-------T-GTA---T-----TCA-T-CTA-TTGCACATG-----CG-C-GT-AT-------CTAG--TAT-CAC-C---AG-A-GCCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCCtccacaaaaagataacaccattgtggccccaagctgaaagatttatgaaaacaatcgggaaggggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaacaccacatgttttatttgctagtgttgtattcatctattgcacatgcgcgtatctagtatcaccagagccgtcttaatcaaacgtgcc
gi|30                         : gtactttgattagacaacacgtgttactcgtgtnatccacaaaaagataacaccattgtggccccaagctgaaagatttatgaaaacaatcgggaaggggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGTAC-GTTTGATTA-GACAAC---------AC--GT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       atctatgAC-C---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCC
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                -T-A---GTGTT--GA-AC-T-CGAGT----------------CAAC-ACGAG--------T-ATcctg
gi|4                          :                                                                                                                                                                               TTTGATTA---CAAC---------AC--GTG-TT------A--CTCGTGTTA-GA-TAATTT---GTTG-----ACCAAAA-------C-AGCGTA-AT---CCAC-AC---C-T-A---GTGTTTAGA-ACCT-CGAGTGT--------------CAAC-ACGAG--------T--TACTCT-CCA-------------------AATT-GTGCAGGAGGC--GA-AGAG-----G-AAAA----AA--TG---GTAGCTCAATGT-GTAAACA-A----------ACTG-CACGCTCCTTT-------AT-TTGCCT-A-GTGT-------T-GAA---T-----TCAATACTA-TTGCACATC-----AG-C-GT-ATCAAA-CTATAG--TAT-CAC-T---A--A-GTCGTC-TAAT-TC-AAACGt
gi|5                          :                                                                                                                                                                     aatGGTAC-GTTTGATTA-GACAAC---------AC--GTG-TT------A--CTCGTGTTACGAGCA--TT---GTTA-----ACCAAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACA--C-T-A---GTGTT--GA-AC-T-CGAGT----------------CAGC-ACGCG--------T-ATACTCC-CCA-------------------ACTT-G-ACAGGAG-C--AC-A-CG-----G-AAAA----AAATTG---GTAGCC--ATGTTGTAAACA-AC---------ACTC-CACGTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTGT-------T-GTA---T-----TCA-T-CTA-TTGCGCATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-C---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCC
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gi|14                         :                                                                                                                                                                        GGTAC-GTTTGATTA-GACAAC---------AC--GTG-TT------A--CTCGTGTTACGAGTA--TT---GTTA-----ATCAAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACA--C-T-A---TTGTT--AA-AC-T-CGAGT----------------CAAC-ACGAG--------T-AT------------------------------------TAGGAG-C--AC-A-AG-----G-AAAA-----AATTG---GTAGCT--ATGTTGTAAACA-AC---------ACTC-CACCTT---TT-------AT-TTGT-T-A-GTGT-------T-GTA---TTCAAGTCA-T-CTA-TTGCACATA-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-
gi|15                         :                                                                                                                                                                        GGTAT-GTTTGATTA-GACAAC---------A
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CA-AC---------ACTC-CACGTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTGT-------T-GTT---T-----TCA-T-CTA-TTGCGCATG-----CG-C-TT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-C---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAATGTGCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaacactccacgttttatttgctagtgttgttttcatctattgcgcatgcgcttatcaaacactagtatcaccagagtcgtcttaatcaaatgtgc
gi|16                         :                                           ggtatgtttgattagacaacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAT-GTTTGATTA-GACAAC---------AC--GTG-TT------A--C---------GAATA--TT---GTTA-----ACCAAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACATTC-T-C---GTGTTTGGACAC-T-CGAGT----------------C-AC-ACGAG--------T-ATACTCCACCA-------------------AATT-G-GCAGAAG-C--ACAA-AG-----G-GAAA----ATATTG---GTAGCC--ATGTTGTAAACA-----------------------------------AT-CTG--------AT-------T-GCA----------CA--------TGCAC-------------GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-AGGTCGTC-TTAA-TCAAAACGT
gi|17                         :                                                                                                                                                                       gaGTAC-GTTTGATTA-GACAAC---------AC--GTG-TT------A--C---------GAGTA--TT---GTTA-----ACCAAA--------C-ACCGTT-AT---C------------------------------T-CGAGT----------------CAAC-ACGAG--------T-ATAATCC-CCA-------------------AATT-G-GCAGGAA-C--AC-A-AG-----G-AA------------------GCC--ATGTTGTAAACA-AC---------ACTC-C--GTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTGT-------T-GTA---T-----TCA-T-CTA-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-GTCGTC-TTAT-TC-AAACGTG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 T---CC-C-ACA--C-TTA---GTGTT--GA-AC-T-CGAGT----------------CAAC-ACGAG--------T-ATACTCC-CCA-------------------AATT-G-ACAGGAG-C--AC-A-AG-----G-AAAA-----AATTG---GTAGCC--ATGTTGTAAACA-AC---------ACTC-CACGTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTGT-------T-GTA---T-----TCA-T-CTA-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-C---AG-A-GCCGTC-TTAA-TC-AAACGT
gi|19                         :                                                                                                                                                                          TAC-GTTTGATTA-GACAAC---------AC--GCG-TT------A--CTCGT---------A--TT---GTTA-----ATCAAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACA--C-T-A---GTGTT--GA-AC-T-C----------------------------------------------C-CCA-------------------AATT-G-GCAGGAG-C--AC-A-AG-----G-AAAA----AAAT-G---GTAGCC--ATGTTGTAAACA-AC---------ACTC-CACGTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTGT-------T-ATA---T-----TCA-T-CTA-TTGCACATG-----CG-C-TT-ATCAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                         GCAC-GTTTGATTAAGACGATTCTAGTGATACTAGTG-TTTGATATA--CTCGTGTTACGAGTA--TT---GTTA-----ACCAAA--------C-ACCG-T-AT---CC-CGACA--C-T-A---TTGTT--GG-AC-T-CGAGT----------------CAAC-ACGAG--------T-ATACTCT-CCA-------------------AATTGG-GCAGGAG-CAAAC-A-AG-----G-GAAA----AA--TG---GTAGCC--ATGTTGT-AACACAC---------ACTC-CACGTT---TT-------AT-TTGC-T-AGGTTT-------T-GTA---T-----TCC-T-CTA-TTGCACATG-----CG-CTATAATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AGAA-ATCGTC-TTAAGTC-AAACGT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T--GA-AC-T-CGAGT----------------CAAC-ACGAG--------T-ATACTCC-CCA-------------------ACTT-G-GCAGGAG-C--AC-A-AG-----G-AAAA-----AATTG---GTAGTC--ATGTTGTAAACA-AC---------ACTC-CACGTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTGT-------T-GTA---T-----TCA-T-CTA-TTACACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-GTCGTC-TTAA-T
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TGT-------T-GTA---A-----ACA-A-C-A-CTCCACATG-----CG-C-GT-ACAAGA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGT
gi|23                         :                                                                                                                                                                      caGGTAC-GTTTGATTA-GACAAC---------AC--GTG-TT------A--CT---------AGTA--TT---GTTA-----ACCAAA--------C-ACCGTT-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gTA-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTA-----------------------GTC-TTAA-TC-AAAAGTAC
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-ATCGCC-TTAA-TC-AAACGTG
gi|26                         :                                                                                                                                                                        GGTAC-GTTTGATTA-GACAAT---------A--------------------CGTGTTACGAGTA--TT---GT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AC-C---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCCa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -CAC-C---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCctttaaa
gi|3                          :                                                                                                                                                                         GTAC--TTTGATTA-GACAAC---------AC--GTG-TT------A--CTCGTGTNAtctatga
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACA-AC---------ACCA-CATGTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTGT-------T-GTA---T-----TCA-T-CTA-TTGCACATG-----CG-C-GT-AT-------CTAG--TAT-CAC-C---AG-A-GCCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCCtccacaaaaagataacaccattgtggccccaagctgaaagatttatgaaaacaatcgggaaggggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaacaccacatgttttatttgctagtgttgtattcatctattgcacatgcgcgtatctagtatcaccagagccgtcttaatcaaacgtgcc
gi|30                         : gtactttgattagacaacacgtgttactcgtgtnatccacaaaaagataacaccattgtggccccaagctgaaagatttatgaaaacaatcgggaaggggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGTAC-GTTTGATTA-GACAAC---------AC--GT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       atctatgAC-C---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCC
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                -T-A---GTGTT--GA-AC-T-CGAGT----------------CAAC-ACGAG--------T-ATcctg
gi|4                          :                                                                                                                                                                               TTTGATTA---CAAC---------AC--GTG-TT------A--CTCGTGTTA-GA-TAATTT---GTTG-----ACCAAAA-------C-AGCGTA-AT---CCAC-AC---C-T-A---GTGTTTAGA-ACCT-CGAGTGT--------------CAAC-ACGAG--------T--TACTCT-CCA-------------------AATT-GTGCAGGAGGC--GA-AGAG-----G-AAAA----AA--TG---GTAGCTCAATGT-GTAAACA-A----------ACTG-CACGCTCCTTT-------AT-TTGCCT-A-GTGT-------T-GAA---T-----TCAATACTA-TTGCACATC-----AG-C-GT-ATCAAA-CTATAG--TAT-CAC-T---A--A-GTCGTC-TAAT-TC-AAACGt
gi|5                          :                                                                                                                                                                     aatGGTAC-GTTTGATTA-GACAAC---------AC--GTG-TT------A--CTCGTGTTACGAGCA--TT---GTTA-----ACCAAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACA--C-T-A---GTGTT--GA-AC-T-CGAGT----------------CAGC-ACGCG--------T-ATACTCC-CCA-------------------ACTT-G-ACAGGAG-C--AC-A-CG-----G-AAAA----AAATTG---GTAGCC--ATGTTGTAAACA-AC---------ACTC-CACGTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTGT-------T-GTA---T-----TCA-T-CTA-TTGCGCATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-C---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCC
gi|6                          :                                                                                                                                                                        GGTACCGTTTGAT-A-GACA-C---------AC--TCG-TT------G--CTCGTGTTGCGAGTA--TT-----TA-----ACCAAA--------CCACCGTTTAT---CC---ACA----T-A---G-GTT--TA-AC---CGACT----------------CAA--ACGAGGGGAGGGGT-ATACTCC-CCA-------------------AATT-G-GCAGAAG-C--AC-A-AGCGGCCG-GAAA----AAACT----GTAGCC--A-GTTGAATACA-AC---------ACTC-CACGTT---TT-------TTATTGC---G-GTGT-------T-A-A---G-----TCA---CTA-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAACCACT-G--TATCCACTT---AG-A-GTT-TC-CTAA-TC-AAACG
gi|7                          :                                                                                                                                                                        GGTAC-GTTTAATTA-GACAAC---------AC--ATG-AT------A--CTCGTGTTACGAGTA--TT---GTTA-----ATCAAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACA--C-T-A---GTGTT--GA-AC-T-CGAGT----------------CAAC-ACGAG--------T-ATACTCC-CCA-------------------AATT-G-GAAGGAA-C--AC-G-AG-----G-AAAA----AA--TG---GTAGCC--ATGTTGTAAACA-AC---------ACTC-CACGTT---TT-------CT-TTGC-T-A-GTGT-------T-GTA---T-----TCA-T-CCA-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCGCA-CACTAA--TAT-CAT-T---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAATGTG
gi|8                          :                                                                                                                                                                          TAC-GTTTGATTA-GACAAC---------AC--GTG-TC------A--CTCGTGTTACGAGTA--TT---GTTA-----ACCAAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACA--A-T-A---GTGCT--GA-AC-T-C-AGT----------------CAAC-ACGAG--------T-ATACTCC-CCA-------------------AACT-G-GCAGGAG-C--AC-A-AG-----GAAAAA----AAAATG---GTAGCG--ATGCTGTAAACA-AC---------ACTC-CACGTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTGT-------T-GTA---T-----TCA-T-CTA-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-GTCTTC-TTAA-TC-AAACGT
gi|9                          :                                                                                                                                                                          TAC-GTTAGATTA-GACAAC---------AC--GTG-TC------A--CTCATGTTACGAGTA--TT---GTTA-----ACCAAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACA--C-T-A---GTGTT--GA-AC-T-CGAGT----------------AAAC-ACGAG--------T-ATACTCC-CCA-------------------AATT-G-CCAGCAG-C--AC-A-GG-----G-TAAA----AAA-TG---TTAGCA--TTATTGTAAACA-AC---------CCCC-CCCTTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTTT-------T-GTA---T-----TCA-T-ATA-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGT


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Reference ( family-239 )      :                                                                                                                                                                        GGTAC-GTTTGATTA-GACAAC---------AC--GTG-TT------A--CTCGTGTTACGAGTA--TT---GTTA-----ACCAAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACA--C-T-A---GTGTT--GA-AC-T-CGAGT----------------CAAC-ACGAG--------T-ATACTCC-CCA-------------------AATT-G-GCAGGAG-C--AC-A-AG-----G-AAAA----AAATTG---GTAGCC--ATGTTGTAAACA-AC---------ACTC-CACGTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTGT-------T-GTA---T-----TCA-T-CTA-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCC
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gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TGT-------T-GTA---A-----ACA-A-C-A-CTCCACATG-----CG-C-GT-ACAAGA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGT
gi|23                         :                                                                                                                                                                      caGGTAC-GTTTGATTA-GACAAC---------AC--GTG-TT------A--CT---------AGTA--TT---GTTA-----ACCAAA--------C-ACCGTT-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gTA-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTA-----------------------GTC-TTAA-TC-AAAAGTAC
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-ATCGCC-TTAA-TC-AAACGTG
gi|26                         :                                                                                                                                                                        GGTAC-GTTTGATTA-GACAAT---------A--------------------CGTGTTACGAGTA--TT---GT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AC-C---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCCa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -CAC-C---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCctttaaa
gi|3                          :                                                                                                                                                                         GTAC--TTTGATTA-GACAAC---------AC--GTG-TT------A--CTCGTGTNAtctatga
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACA-AC---------ACCA-CATGTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTGT-------T-GTA---T-----TCA-T-CTA-TTGCACATG-----CG-C-GT-AT-------CTAG--TAT-CAC-C---AG-A-GCCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCCtccacaaaaagataacaccattgtggccccaagctgaaagatttatgaaaacaatcgggaaggggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaacaccacatgttttatttgctagtgttgtattcatctattgcacatgcgcgtatctagtatcaccagagccgtcttaatcaaacgtgcc
gi|30                         : gtactttgattagacaacacgtgttactcgtgtnatccacaaaaagataacaccattgtggccccaagctgaaagatttatgaaaacaatcgggaaggggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGTAC-GTTTGATTA-GACAAC---------AC--GT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       atctatgAC-C---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCC
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                -T-A---GTGTT--GA-AC-T-CGAGT----------------CAAC-ACGAG--------T-ATcctg
gi|4                          :                                                                                                                                                                               TTTGATTA---CAAC---------AC--GTG-TT------A--CTCGTGTTA-GA-TAATTT---GTTG-----ACCAAAA-------C-AGCGTA-AT---CCAC-AC---C-T-A---GTGTTTAGA-ACCT-CGAGTGT--------------CAAC-ACGAG--------T--TACTCT-CCA-------------------AATT-GTGCAGGAGGC--GA-AGAG-----G-AAAA----AA--TG---GTAGCTCAATGT-GTAAACA-A----------ACTG-CACGCTCCTTT-------AT-TTGCCT-A-GTGT-------T-GAA---T-----TCAATACTA-TTGCACATC-----AG-C-GT-ATCAAA-CTATAG--TAT-CAC-T---A--A-GTCGTC-TAAT-TC-AAACGt
gi|5                          :                                                                                                                                                                     aatGGTAC-GTTTGATTA-GACAAC---------AC--GTG-TT------A--CTCGTGTTACGAGCA--TT---GTTA-----ACCAAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACA--C-T-A---GTGTT--GA-AC-T-CGAGT----------------CAGC-ACGCG--------T-ATACTCC-CCA-------------------ACTT-G-ACAGGAG-C--AC-A-CG-----G-AAAA----AAATTG---GTAGCC--ATGTTGTAAACA-AC---------ACTC-CACGTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTGT-------T-GTA---T-----TCA-T-CTA-TTGCGCATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-C---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGTGCC
gi|6                          :                                                                                                                                                                        GGTACCGTTTGAT-A-GACA-C---------AC--TCG-TT------G--CTCGTGTTGCGAGTA--TT-----TA-----ACCAAA--------CCACCGTTTAT---CC---ACA----T-A---G-GTT--TA-AC---CGACT----------------CAA--ACGAGGGGAGGGGT-ATACTCC-CCA-------------------AATT-G-GCAGAAG-C--AC-A-AGCGGCCG-GAAA----AAACT----GTAGCC--A-GTTGAATACA-AC---------ACTC-CACGTT---TT-------TTATTGC---G-GTGT-------T-A-A---G-----TCA---CTA-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAACCACT-G--TATCCACTT---AG-A-GTT-TC-CTAA-TC-AAACG
gi|7                          :                                                                                                                                                                        GGTAC-GTTTAATTA-GACAAC---------AC--ATG-AT------A--CTCGTGTTACGAGTA--TT---GTTA-----ATCAAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACA--C-T-A---GTGTT--GA-AC-T-CGAGT----------------CAAC-ACGAG--------T-ATACTCC-CCA-------------------AATT-G-GAAGGAA-C--AC-G-AG-----G-AAAA----AA--TG---GTAGCC--ATGTTGTAAACA-AC---------ACTC-CACGTT---TT-------CT-TTGC-T-A-GTGT-------T-GTA---T-----TCA-T-CCA-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCGCA-CACTAA--TAT-CAT-T---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAATGTG
gi|8                          :                                                                                                                                                                          TAC-GTTTGATTA-GACAAC---------AC--GTG-TC------A--CTCGTGTTACGAGTA--TT---GTTA-----ACCAAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACA--A-T-A---GTGCT--GA-AC-T-C-AGT----------------CAAC-ACGAG--------T-ATACTCC-CCA-------------------AACT-G-GCAGGAG-C--AC-A-AG-----GAAAAA----AAAATG---GTAGCG--ATGCTGTAAACA-AC---------ACTC-CACGTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTGT-------T-GTA---T-----TCA-T-CTA-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-GTCTTC-TTAA-TC-AAACGT
gi|9                          :                                                                                                                                                                          TAC-GTTAGATTA-GACAAC---------AC--GTG-TC------A--CTCATGTTACGAGTA--TT---GTTA-----ACCAAA--------C-ACCGTT-AT---CC-C-ACA--C-T-A---GTGTT--GA-AC-T-CGAGT----------------AAAC-ACGAG--------T-ATACTCC-CCA-------------------AATT-G-CCAGCAG-C--AC-A-GG-----G-TAAA----AAA-TG---TTAGCA--TTATTGTAAACA-AC---------CCCC-CCCTTT---TT-------AT-TTGC-T-A-GTTT-------T-GTA---T-----TCA-T-ATA-TTGCACATG-----CG-C-GT-ATCAAA-CACTAG--TAT-CAC-T---AG-A-GTCGTC-TTAA-TC-AAACGT