lowQualScore : 111111111111 222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 222 111 1111 1111 2222 1 22222222 1111 2222222222222222 222222 11 11111111 1111 22222222 3333333333 111111 222222222 22222222 444444444444444444444444 111111 333333333333 11 22222222222 11111 11 11 222 333333333333 2222 111 333333333 33333333333 11111 1 1 3 33333 11 333333333333 2222 1111 222222222222222222222 111111111111 000000000000 3333333333 111 11 22 999999999999999 11 111111 1111 22222222222 11 1 333333333333333333333333 1111111 111111 111 1 33333333333333 111 2222222 333333 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 555555555555555555555555555555 1 333333333333333333333333333 2222 33 1111 1 11 44444444444444444444444444444444444444444 11 777777777777777777777777777777777777777777 11 11111111 111111 111 11111111 4444444444444444444444444444444444444444444444 333 22 2222 222222222222222 1111111111111 7777777777777777777777777777 1111111 11111111 111111111 111111111 111 555555555 11111111
lowQualScore : 99 000 99 000 5 0000 66 66 7777 5 9999 2 66 3 2 4 4 9999 66 4 4 99999999 77 2222 3333333333333333 77 5 1 77 222222 00 5 5 5 888 77777777 5 88888 666 2222 999 99999999 66 5 5 1111111111 666666 6 3 5 222222222 66 5 5 66 5 44444444 5 5 66 444444444444444444444444 444444 444444444444 4 4 00 4 8 777 4 66 55 77777777777 00000 22 4 66 777 4 4 55 66 4 66 4 888 4 5 5 999999999999 77 3333 5 000 5 5 222222222 5 5 5 66 4 4 4 4 4 4 4 4 66 4 9999 22222222222 0 66 11111 4 4 0 0 0 5 5 66 5 5 11111 66 99 8 4 111111111111 2222 8 1111 555 222222222222222222222 66 111111111111 66 000000000000 4 4 4 4 4 66 66 8888888888 4 77 4 2 222 66 33 5 888888888888888 0 44 77777 222222 888 99 66 3333 4 11111111111 44 4 2 9999 222222222222222222222222 5555555 4 111111 77 4 555 5 5 5 66 0 66666666666666 4 666 4 3333333 4 000000 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 5 66 66 888 66 0 5 777 777777777777777777777777777777 66 66 5 0 333333333333333333333333333 5 5 66 5 6 1111 2 5 888 5 66 66 66 66 5555 0 00 5 5 5 88888888888888888888888888888888888888888 66 5 444444444444444444444444444444444444444444 2 5 66 5 5 33 88888888 5 666666 222 66 55555555 4 4 2222222222222222222222222222222222222222222222 4 4 111 11 55 4 4 7777 777777777777777 3 7777777777777 555 6 999999 3 99 44 2222222222222222222222222222 0000000 44 11111111 000000000 6666 555 1 888 3 222222222 77 3 3 44 44 3 3 3 3 3 555 3 77 3 0 77 6 555 33 555 555 555 33 222222222 2 2 99 2 2 33 2 6666 66 2 00000000 888888 44 7777 3
lowQualScore : .. ... .. ... . .... .. .. .... . .... . .. . . . . .... .. . . ........ .. .... ................ .. . . .. ...... .. . . . ... ........ . ..... ... .... ... ........ .. . . .......... ...... . . . ......... .. . . .. . ........ . . .. ........................ ...... ............ . . .. . . ... . .. .. ........... ..... .. . .. ... . . .. .. . .. . ... . . . ............ .. .... . ... . . ......... . . . .. . . . . . . . . .. . .... ........... . .. ..... . . . . . . . .. . . ..... .. .. . . ............ .... . .... ... ..................... .. ............ .. ............ . . . . . .. .. .......... . .. . . ... .. .. . ............... . .. ..... ...... ... .. .. .... . ........... .. . . .... ........................ ....... . ...... .. . ... . . . .. . .............. . ... . ....... . ...... ................................................................................... . . .. .. ... .. . . ... .............................. .. .. . . ........................... . . .. . . .... . . ... . .. .. .. .. .... . .. . . . ......................................... .. . .......................................... . . .. . . .. ........ . ...... ... .. ........ . . .............................................. . . ... .. .. . . .... ............... . ............. ... . ...... . .. .. ............................ ....... .. ........ ......... .... ... . ... . ......... .. . . .. .. . . . . . ... . .. . . .. . ... .. ... ... ... .. ......... . . .. . . .. . .... .. . ........ ...... .. .... .
lowQualScore : 22 888 22 000 0 6666 11 11 0000 0 0000 0 11 2 8 4 4 4444 11 4 4 66666666 99 1111 1111111111111111 99 7 7 99 444444 99 0 0 0 888 99999999 0 99999 999 0000 444 44444444 99 0 0 6666666666 000000 1 2 0 555555555 99 0 0 99 0 99999999 0 0 99 999999999999999999999999 444444 888888888888 4 4 66 4 9 888 4 11 66 22222222222 66666 22 4 11 888 4 4 00 11 4 11 4 222 4 0 0 888888888888 99 6666 7 000 7 7 999999999 7 7 7 99 4 4 4 4 4 4 4 4 11 4 4444 44444444444 8 11 11111 4 4 0 0 0 0 0 99 0 0 99999 11 44 9 4 111111111111 7777 9 4444 333 222222222222222222222 11 000000000000 11 666666666666 4 4 4 4 4 11 11 6666666666 4 33 4 0 222 99 88 0 555555555555555 1 55 11111 888888 000 99 11 2222 4 11111111111 33 4 2 4444 666666666666666666666666 3333333 4 000000 66 4 777 7 7 7 99 0 66666666666666 4 777 4 3333333 4 222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 0 99 99 888 99 0 0 888 666666666666666666666666666666 11 99 0 0 111111111111111111111111111 0 0 99 0 2 9999 5 0 888 0 99 99 99 99 6666 0 22 0 0 0 11111111111111111111111111111111111111111 99 0 777777777777777777777777777777777777777777 5 0 99 0 0 88 66666666 0 666666 222 11 33333333 4 4 0000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 666 44 55 0 0 5555 222222222222222 6 6666666666666 888 7 666666 3 22 66 7777777777777777777777777777 8888888 22 22222222 555555555 5555 444 5 555 1 333333333 33 1 1 22 22 1 1 1 1 1 444 1 33 1 7 33 2 444 99 000 000 000 99 888888888 9 9 66 9 9 99 9 1111 88 9 44444444 222222 22 1111 6
consensus : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--GAG-ACCCCCTC-CCGT-C-CCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CA-TTT---C---AAA--ATT----TCA--------ACAG--C-AAAA--A-AAATT--A--T---GACCGC-C-A-AA---TT--A----CCGT-GTA--C--GAAG-CCAT--T-TGA--GTGTC------AA--T-G-TCAAATTT-TATT----CAGT---C-CAAAG-CA--C------TG--TG-TA-CA--TTG-CAAT-A---G-GACTA-A-T--T-A----T-C---CCAC-T--C--TTCT------GAACAC--CA--GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-A--C---C-C-C--GC--A-CAT--C-TCA---AA-ATCT-GTCAAA-A---------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-AT-C-C-T-TG-ATTTT--ATT-AA----ATA---AAC--A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACT-GA-A--C-C-CTGCATGCTCTG---TACTT--G--TT-AT-TAAAG----G-----GATAGC-TTTAGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--G--NG--CC----GA--CTAA--AGGT-----CT-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTT-GA----G--C-AAAG-CGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTGT--A-TTCGAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAATAN---GT-TTA-----------AAC-GTA-ATAAATGT----TA---------T--TG----------TAN------T-GAAT--A---ATAA-GTTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T-A----------TGT-AT---AGCTGA-TTATACA-----C-ATGGAG--AGAGAAAAAAC----------CA----A--------AC-A----A--CA---G-TA-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CA--GCG--AG---C--A-GCAT-GA---G---G---T----------------------GTG--GTGA--GGG-ACC-GAG--------AC----A-C----AGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTT-AGCAGCGAGTACCACCAT-AGA---TAAAG-TT--GCCTA-T--A--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CGTT------A-TAAATA--TGTG--AN--AT------------AAA-GT-TGGTTA-TTT-A-TTTAC-------------------------AATTTACTTC-TC--AATG-T-GTTAACT--AGAA-----T--TGAC-AA----TGTTTT---C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAACTT-A-----------AAACCCTT-CA-AAAATTACAAA-ACAAAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA-------ATTT--A-AAAA---G---------C---TC-A------AAC-ACA--TG--AT-----TT--T------------------GT-------AA--ATT--------ATTA----A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-GA---------A--TG-CA-TTG--A--AAA-AA-T-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CT--CCAGC--TGA---A-AA-A--CT-TC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTA
Reference ( gi|5 ) : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--GAG-ACTCCCTC-CCG--C-CCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CA-TT----C---AAA--ATT----TCA--------ACAA--T-AAAA--A-AAATT--A--T---GACCGC-C-A-AA---TT--A----CTGT-GTA--C--GAAG-CCAT--T-TGA--GTG-C------AA--T-G-TCAAATTC-TATT----CAGC---C-CAAAG-CA--C------TG--TG-TA-CA--TTG-CAAT-A---G-CACTA-A-T--T-A----T-----C-AC-T--C--GTCT------GAACAC--CA--GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-A--C---C-C-C--GC--A-CAT--C-TCA--TAA-ATCT-GTCAAA-A---------T--CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-AT-C-C-T-TG-ATTTT--ATT-AA----ATA---AAC--A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCA-T-GA-A--C-C-CTGCATGCTCAT---TACTT--G--TT-AT-TAAAG----G-----AATAGC-TTTAGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--G--GG--CC----GA--CTA------------CT-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTT-AA----G--C-AAAG-CGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTGT-TA-TTCGAAAAACTGTACAAGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAATAT---GT-TTA-----------AAA-GTA-ATCAATGT----TA---------T--TG----------TAT------T-GAAT--A---ATAA-ATTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T-A----------TGT-AT---AGCTGA-TTATAGA-----C-ATGGAG--A---AAAAAAC----------CAA---A--------AC-A----A--CA---G-TA-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CA--GCG--AG---C--A-GCAT-GA---G---G---T----------------------GTG--GTGA--GGG-ACT-GAG--------AC----A-C----AGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTT-AGCAGCAAGTACCACCAT-AGA---TAAAG-TT--GCCT--T--A--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CGT-------A-TAAAT---TGTG--AT--AT------------AA--GT-TGGTTA-TTTAA-TTTACAAA----AAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTACTTC-TC--AATG-T-GTTAACT--AGAA-----T--TGAC-AA----T-TTTT---C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAACTT-A-----------AAACCCTT-CA-AAAATTACAAATACAAAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA-------ATTT--A-AAAA---G---------C---TC-A------AAC-ACA--TG--AT-----TT---------------------GT-------AA--ATT--------ATTA----A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-GA---------A--TG-CA-TTG--A--AAA-AA-T-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--GTTT--CA---GACC---AAAA---CT--CCAG---TG----A-AA-A--CT-TC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTA
gi|2 : ATGTGCTT-TCCC--GGC---G--GGAGATTA-AAA----TCTCCCGAT--TTTTTGAGGACTCCCTC-C-GTTC-CCTCCGGCTAAAAG--T-AAAAATC-T-T----CCCGGT-CA-TTTT--C---AAA--ATT----TCA--------ACA---T-CAAA--A-AAATTTAA--TTG-GACCGC-C-A-AAAAATT--A----CCGT-GTA--C--GAAG-CCATGTT-TGA--GTGTC------AA--T-G-TCAAATTCTTATT----CAGT---C-C-AAG-CA--C------TG--TG-TA-CA--TTG-CAAT-A---G-GACTA-A-T--T-A----TCC---C-AC-T--C--GTCT------GAACAC--CAC-GGTT--GG-TAAG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-A--C---C-CTT--GC--A-CATTCT-TCA--AAA-ATCT-GTAAAA-T---------T--CA--CAC---CC-T---TTGAAA-ACC---------CA-C-AATCT-TGGTTTT-CATG-G-AT-C-C-T-TG-ATTTT--ATT-AA----A-A---AACAAA--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACT-GA-A--C-CTTTGCATGCTCTA---TACTTTGG--TT-AT-TAAAG----G------ATAGC-TT--GCCT-GGGTT-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GAAGG--GG--CT----GAACTTACTTAGGTTC---CT-AATAGGAGAAGAATAA-CTC-T--CAC--ACTT-AA----AACC-AAAG-CGAACAGTAGGAAATACCGCAGGT--T-TATTTCGAAAAA-TATAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCATT-GCAAA------TTAC-A-TG-GGACAGTTGAATAT---GT-TTA-----------AAC-GTA-ATCAATGT----TA---------T--TG----------TAT------TGGAAT--A---ATAA-ATTAGGAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T-A--------------A------------TATACA-----C-ATGGAATTA---AAAAAAC------------A---A--------ACAA----A--CAG--G-TA-----GC----ATTCCAACTCCTAG------T------TAATC-CA--GCG--AATGTC--AGGCAT-GA---G---G---T----------------------GTG--GTGAGGGGG-ACT-GAG--------AC----ATC----AGTC--TACA-ATTATTCTTAATA--GTTT-AGCAGCAAGTACCACCAT-AGA---TAAAGTTT--GCCTA-T--A--CG----G-AA-ACTTG-TATCTTCC-CGT-------A-ATAAT---TATG--TTGAAT------------AAATGT-TGGTTATTTTAATTTTACAAA-----------------AAAAAAATGTACTTC-TTCAAATG-TCGTTAACT--AGAAT----T--TGAC-AA----T-TTTT---C--AAC---A----AAAGGC-CCTATAT---------T-----------------GAACTT-A-----------AAACCCTT-CA-AAAA-TACAAATACAAAATAAATGAAT--A-A-AGAATTTTG-A-------ATTTAAA-AAAA---G---------C---TC-A------AACGACA--TG--ATTTA--TT---------------------GT-------AA--ATT--------A-TA----A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-GA---------A--TG-CATTTG--A--AAACAA-TAG-TC-GA---C-AAGAGA-AGT--CTTCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAAGACTT--CCAGC--TGAA--A-AA-A--CA-TCAAA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCACAATGT
gi|6 : ATGTGATTC-CCC--GGC---G--GGA---GATAAA----TCTCC-GAT--TTT--GAG-AC-CCCTCACCG--T-CCTCCCGCTAAAAG--TTAAAA-TC-T-C----CC--AT-CA-TTT---C---AAA----T----TCA--------ACAG--C-AAAA--A-AA-TT--A--T---GACGCC-C-A-AA---TT--A------GT-GTA--C--AAAG-CCAT--T-TGA---TGTC------CA--T-G-TCAATTTT-T-TT----CAGT---TACAA---CA---------TG--TG-TA-CA--TTG-CAAT-A---G-GACTA-A-T--T-A----T-----CCAC-T--C--TTCT------GAACAC---------T--GG-T-AG--A-TTTT-CA----AC-CTG--TCC-TG-----------ACC---T-GA--TCT-A--C---C-C-T--GC--A-CAT--C-TCA---AA-ATCT-GTCAAA-A---------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AA-CT-TG--TTT-CATG-G-AT-C-C-T-TG-ATATT--AT---A----ATA---TCA--A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCA-TTAA-A--C-C-CTGCATGCTCTG---TACTT--G--TT----TAAAA----A-----GATAGC-TT-AGCCT-GGG-T-CATA-TGT-------A---TC----AATCGA--G--AT--GC----GA--CTAATGAGATTA---CT-AATAAG-GAAG-ATAA--TC-T--CAC--ACTT-GACCT-G--C-AAAAACGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTGT--A-TTCAAAA----------------GAATAAAGGTAAAA--TTTCA-T---AAA------TTAC---TG--A--AGTTGAATAA---GT-TTA-----------AAC-GTA-ATAAATGTAACTTA---------C--TG----------TAA------T-GGAT--A---ATAG--TTA-GA-A---TATAC-GT-CTATTG--C-ACT-T-AATCAAGTTAATGT-AT---AGCTGA-TTATATA-----C-ATGGAG--A---AAAAAAC----------TA--------------C-A----GTTCA---G-TA-----GC----AT--CAACTCCT---------------ATATC-CA--GCG--A----C--A-GCAT-GA---G---GGTNN----------------------NNN--NNNN--NNN-NNN-NNN--------NN----N-N----NNN---NNNN-N-NNNNNNNNCTA--GTTT-AGCAGCA------------------TAAAG-TT--GCCTA-T--A--CA----G-AA-C-TTG-TATCTT-C-CTA-------A-TAATA---TGTG--AA--AT------------AA--AT-TGGTT------A-TTTA---------------------------ATTAACTTC-TC--AATG-T-GTTAACT--AGAA-----T--TGAC-AA----TGTTTT---C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T------------------AACTT-------------AAACCCTT-CA-AAA--TACAAA-ACAAAATAAATGAAT--A-A-A----TTTG-A-------ATTTAAA-AAAA---G---------C---TC-A------AAC-ACA--T---ATTA---TT---------------------GT-------AA--ATT--------ATT-----A--ACC----AA---TGGACACATAGAAA-TA---------A--TG-CA-TTG--A--AAA-AA-T-G-TC-GA---C----AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---ACAA---CT--CGAGC--TGA---A-AA-A--CT-TC-AA--AT-C----T--CCA--T--------T------GTGACA--TGA----CCATTCTGTCAC-ATGTA
gi|10 : acATGTGATTCTCCC--GGA---GGGAGA---TA-AAA----TCTCTCGAT--TTT--GAG-ATCCCCTC-CCGT-C-CCTCCCGCTAAAAG--TTAAAA-TC-T-C----CC--GT-CA-TTT---C---AAA--ATT----T-A--------ATCA--T-CAAA--A-AAATT--A--T---GACCGC-C-C-AA---TT--A----TCGT-GTA--C--GAAG-CCTT--T-TGA--GTGTC------AA--T-G-TCAAATTT-TAGT----CAGT---C-CCAAG-CA--C------TG--TG-TA-CA--TTG-CAAT-A---T-TACTA-A-T--T-T----T-----CCAC-T--C--TTCT------GAACAC--TA--GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-A--C---C-C-C--GC--A-CAT--C-TCA---AA-CTTT-GTCAAA-AT--------T--CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-AT-C-C-T-TG-ATTTT--ATT-AA----ATA---AACA-A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACT-GA-A--C-C-CTGCATGCTCTG---TACTT--GT-TT-AT-TAAAG----T------ATTGC--TTAGCCTAGG--T-CA-------------A---TC----G---GA--G--TG--T------A--TTA------------CT-AATAGG-GAAG-ATAA-CTA-T--CAC--ATTT-GA----C--CAAAAG-CGAA-AGTAGAA---AC
gi|25 : acATGTGATTCTCCCAGGGG---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--GAG-ATCCCCTC-CCGT-C-CCTCCCGCTAAATG--T
gi|22 : tacATGCAATACTTTT--GGCAG-G--AGA---TA-AAA----TCTCCCCAT--TTT--GAG-CCCCCTTC-CTG--TACCTTCCGCTAAAAG--TT-AAAATA-T-C----CC--GT-CA-TT----gtatacccatc
gi|11 : acTTCTCCC--GGCCGGG--AGA---TA-AAAAACGTCTCCCGATGCTTT--Gt
gi|28 : ---TA-AAA----TCTCCTGAT--TTT--GAG--CCCCCTC-CCGT-C-CCTCCGGCTAAAAG--TT-AAAATC-T-C----CC--AT-CATTT----C---AAtagtaatactaaccccctcagacccaagccaagccaagtgcgttccgggtgggtgccaccgctaaaaagcttataaatcatgctaaaccgtgcatttcagaaaatttcaacactaaaaaaaaattatatggaccgcgcaaaattacacgctgtggtacccgaagcccattctgatgcgtcagagatagtcaaatttaattcagctcaccaaaccaagcgtgaatgtaatttgcaatacgggagctatatcagattccacatacttctgaatacaataggctgggtagattttccacacctggtccgatggaaccaaatgaagtctaacctctggctagcatctccaaaatcccgtacgtttcttacaattcacaacaccg
gi|4 : A-AAA----TCTCCCGAT--TT---GAG-AC-CCCTC-CCGT-C-CCTCCCGCTAAA-G--TTAAAA-TC-T-C----CC--GT-CA-TTTCAGC---AAA--ATT----TCA--------ACAT--C-AAAA--ATAAATT--AAAT---GACGTG-C-A-AA---TT--------TGT-GTA--C--GAAG-C-AT--T-TGA--GTGTC------AAATC-G-TCAAATT---AT-----CAGT---C-CCAAGTCA--C------TG--TGGTA-CAATTTG-CAAT-A---G-GACAA-C-T--TCA----TACTCCC-AC-TTCC--TTCT------GAACAC------GG-T--GGAT-AGTGACTTTT-CAC---ACACTG--TCT-TG-----------GAC---TAGA--TCT-A--C---C-T-C--TC--A-CAC--T-CCA--AAA-TTCTTGTCAAA-A---------TTTCA--CAA---CC-T---TTGAAA-A-C---------CAAC-AATCT-TG--TTTGCATGTG-AT-C-C-TATG-ATCTC--ATT-TA----ATA---ACC--AACCAATTAATGGCTG-----T-AGT---ATCTAAC-TTCACT-GA-AACC-C-TTGCATGCTCTA---TACTT--G--TTTAT-TAAAG----G-----A-TAGC-CT-AGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----A---AG--A--GG--CC----GA--TAA------------CTGAATAGG---AG-ATAA-CTC-TACTAC--ACTTTAA----C--C-AAAG-CGAA-AGTAGAA---ACCG---GTTGT--A-TT-GAAAAA-TGTACA-GTCGCTGAATAAAG-TAAAT-ATTTCA-T-A-AA--------TAC-A-TG-GA--AGTTGAA-AT---TT-TTG-----------AAACGTA-ATCAATGT----TA---------T--TG----------TAT------T-GAATCAG---ATAA-ATTA--AGACGTT-CAC-GT-TTATTG--CGACT-TAA----------TGT-ATA--AGCTGAGTTATACA-----C-AT-GAT--A---AAAAAAC----------------A--------AC-A----A--CA---GTTA-----GC----AT--CAACATCT-A------TCGCTCAAT-TC-CACGGC---AG---CTTA-GCTT-GAGTGG---G---T----------------------GTG--GTGA--GGG-ACTAGAG--------AC----A-C----AGT---TACA-A-TATTCTATCTG--G-TT-AGCAGCGA-TACCA-CATAAGA---TAAGT-TT--GCTA--TAAA--CAC---G-GA-CCTTG-TATC-T-C-CGTCA-----A-TAAAT---AGTG--AT--AA------------AA--GT-TGGTTA-TTT-A-TTTACATA----AAAA------------------TTCTTCTTC--AATG-T-GTTAACT--AGAA-----T--TGAC--A----T-TTTT---CAAAACA--A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------AAACTTAA-----------AAAACCTT-CA-AAA---ACAAATAC-AAATAAATGAATTAA-A-A----TTTG-A-------ATTTAAA-AAAA---G---------C---TCAA------AAC-ACA--TGAAATTGTA-TT---------------------GT-------AAATATT--------ATT-----A--ACC----AG---T-GACACAT---AA-GA---------A--TG-CA-TTG--A--AAA-AA-A-T-TC-GA---CGA--AAA-AGTC-C-TCCAA--GTTT--CA---GACC---AAAA---CT--CCAAAGCTG-------A-A--CT-TC-AA--TT-C----T--CCAGGT--------T------GTGA-A--TGA----CAGTT-TGTCAC-AT
gi|24 : AT--TTT--GAG-GTACCCTC-CCG--A-CCTCCCGCTAA-----TTAGAA------T----GC--GT-CA-TT----C---AAATTATTGTAATCATCATTGACGCAG--T-AAAA--A-AAt
gi|11 : ctCCGCTAAAAAGCTTATAAATCATGCTAAACC--GTGCA-TT----TCAGAAA--ATT----TCA--------ACAC--TAAAAA--A-AAATT--A--TATGGACCGCGCAA-AA---TT--ACACGCTGTGGTACCC--GAAGCCCAT--TCTGA---TG-CGTCAGAGA--TAG-TCAAATTT-AATT----CAGCTCAC-CAAAC-CAAGCG-----TGAATG-TA-AT--TTG-CAAT-ACGGG-AGCTATA-T--C-AGATTC-----C-ACATA-C--TTCT------GAATACAATA--GG-CTGGG-T-AG--A-TTTTCCAC---AC-CTGGTCCGATGGA---------ACCAAAT-GAAGTCTAA--C---C-T-CTGGCTAG-CAT--C-TCC--AAA-ATC
gi|1 : ttctcccggccgggagataaaaaacgtctcccgatgctttgtagtaatactaaccccctcagacccaagccaagccaagtgcgttccgggtgggtgccaAAAATC-T-C----CC--GT-CA-TTT---C---AAA--ATT----TCA--------ACAGGGC-AAAACAA-AAGTT--AC-T---GAC-AC-C-ACAA---TTTAG----CTGT-GTA--C--GAAG-C-AT--T-TGA--GTGTC------AA--T-GGTCAAATTT-TCTTTTCTCAGT---T-CACAG-CA--CACTTGCTG--T--TA-CA--TTGGCAAT-A---GGCACTA-A-TATT-A----T-----CCAC-T------TCTTGCTACGAGCAC--CACAGG-T--G--T-AG--A-TTTTTCGC---AC-CTG--TCG-TG------------CC---T-GA--TCT-AACC---CGC-C--GC--A-CAT--C-TC---CAA-ATCT-GTCGAA-AAT-------T--CA--CAGACGCTGT---TTGAAA-A-CGGG------CA-C-AATCTGTG--TTT-C-TG-G-ATTC-C-T-TGGATTTT--ATT-AAGGATATACAGAACTTA--CAATTAA-G--TGACGCAT-AGTGTAATCTAACATTCAAT-AACA--C-C-CTGCATGCTCTG---TACTT--GGTTT-AT-TAAAG----AGGATAAATAGC-TT-AGCCT-GG--T-CA-A-TGT--TACAAA---TC----G---GA--G--TG--CC----GA--CTAACGAGTATTAG-CT-AATA-G-GAAG-ATAA-CTCTT--TAC--ACTT-GACGCTG--C-AA-----AA-AGC-----------C--GTTGTATG-TTCAAAGA----------------AATAAAGGTAAAATCTTTCA-T-G-AAA------TTACGA-TG-AA--AGTTGAATAA---GTCTTA-----------AAC-GC--ATAAACGT----TA---------T--TGACAAT-----TATGATACAT-GAAT--ACGCATAAGATTA-GAGG---T-TAC-AT-CTATGGCCC-ACTAG-A----------TGTAATACGAGCTGA-TTATA-A-----CAATGGAG--AGAGAAAAAACATACTGTTAACAG---C--------GT-A----G--CA---G-TACGTAGGC----AT--C-AC------------T------ATATCGCA--GCG--AG---C--ACGCATGGA---G---GGC-T----------------------GTG--GTGA---GG-ACTGGAG--------ACACGTA-C----AGT---TACAGA-TATTCTAACTA--GTTTAAGC--CAAG------CAT-AGA---TAAAG-TT--GCTTGAT--A--CGAAGCG-AACCCTTG-TATCTT-CGCGTTCAGTAGA-TATAT---AGTGGAAC--ATA-----------AA--GTGTGGTTA-CTC-A-TT---------------------------AAGTTTA-TTC-TC---ATGTT-GTTAACT--AGGAACACCT--TGAC-AAGTAGT-TTGT---C--AACAAGA----AAA-GC-CCTATAT---------TATTGCAATCGCCAAGACGAACTTAA-----------AAACCCTTACACAAAAT--CAAAAAAAAAATAAATGAAT--A-A-ATAT-TTTGAA-------TTTA--A-AAAA---G---------C---TC-A------AAC-ACA--TG--AT-----TCTATATACAAAAAAATTATTTGGT-------AA--ATT--------ATT-----A--ACC----AT---CGGAC-CAT---AA-GA---------AACTGCCA-TGG--A--GCA-AA-T-G-TC-GA---A-A--AAC-ATT--C-----G--TTTT--AA---GA-C---AAAA----T--CCAGCTTTG----ACAA-A--GTCTC-AC--AT-G----T--CCA-GC--------T------ccgtacgtttcttacaattcacaacaccg
gi|8 : --A--T---GACC-C-C-A-TA---T---A----CTGT-GTA--TTAGAAG-CCAT--G-TCATTGCG-C------AT--T-T-TTAAGT------------AGT---C-CCAAG-CA--C------TG--TG-TAACA--TTG-CAATCA---G--ACTA-A-T--T-T----TTC---C-AC-T--TCTGTCT------GAA-AC--CA--GG----GG-T-AGT-A-TTTT-CAC---AC-CT-------TG-----------ATC---A-GA--GTT-A--CTGGC-C-CA-GC--A-CAC--C-TCAG-TGA-ATCC-GTCAAATA---------TT-CA--CA----CC-TCTTTTGAAATA-C---------CA-T-GATCT-TG--TTT-CATG-G-AT-C-C-T-TG-ATTTTGCATG-AA----TTA---AACAAA--CAATTATGG--TG-----TAAGT-TAAT-TAAC-TTCACT-GA-A--CGC-CTGCATGCTTATGAATACTT--GT-TT-ATATAAAA----G-----GATAGC--TTGG----GG--TCCA-ATTGTA-T----AAATTT----G---GA--GAAGGTACT----G----TA------------CT-ATTAGG-GAAG-A-AA-C-C-T--CAC--ACTT-GG----T--C-AAAG-CGAA-AGTAGAAC--ACCGCG-GTTGT-AG-TTCGAAAA--TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-TTTTCA---G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AATTTAATAA---GT-TTA-----------AAT-TTAGATAAGTGT----TAT--------T--TG----------TAT------A-AGAT--A---ATAA-GTTA-CAGagctgcagctgatccgtcaatctcgattgccagaacattctgtctcacatgtatggc
gi|16 : caaaatttgttattcaaca-C-A-AA---TT--A----CCGT-GAA--A--GAAG---AT---------GT--C------AG--T-G-TTAAATTT-T-TT----C--------CAA-G-CA--C------TG--TG-TA-CG--TTG-CGATCA---G--ACTA-ATT--T-C----C-----C-AC-T--C--TTCT------GAACAC--C--------------AG--A-TTTT-CAC---AT-C--------TG-----------ATC---TAGG--CCC-A--C---C-C-T--GC--A-CAT--C-TCA---AA-ATCT-GTCAAA-A---------T--gc
gi|3 : ttcaaaattttttacgtggtagatctatatcgttatcaacgatgaG-T-AA--T-TTTT-CGCGCAAC-CTG--TCG-TGCCGCGAGCCCAACC---T-GAGTTCT-A--C---C-C-CA-GC--AACAT--TGTCACGTAAGAACT-GTCAAA-AAGAGGAGATT--CAGCCA----CC-T---TTGAAA-G-CGAGCGCGAGCA-CGAATC--TG--T----ATG-GAAT-CGCGT-TG-ATAGT--ATTGGA----ATT---GAT--A--CAATT-GCG--TG-----T-AAC-TAAt
gi|12 : tG--TTT-CATG-G-AT-C-C-T-TG-ATTTT--ATT-AA----CTA---AAC--AA-CAATTAATG--TT-----T-AGT-TAAT-TAACATGTA-T-GA-A--C-C-CTGCATGTTCTA---TACTT--GT-TT-AT-TAAAG----G------ATAGC--TTAGCCTGGG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--G--GG--CC----GA--CTA------------CT-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTT-AA----G--C-AAAG-CGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTG--TA-TTCGAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGT-AAA-ATTTCA-T-G-A-------------------A--AGTTGAATAT---GT-TAA-----------AAC-GTG-ATAAATGT----TA---------T--TG----------TAT------T-GAAT--A---ATAA-ATTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-TAA----------TGT-AT---AGCTGA-TTATATA-----C-ATgcgagtaaatgggagtgagtgtaatatataacgtgtcgagtacgagataagcgcgcgctgcaatggctctgtttacttgtatgagagaagaggatagcctttagcctggcaatgtattaacaatgggtgcccggggactaaacgagtattacctaatagggaagataaactcttgccaactttggaccttgaaaccgccgttgtattcaaagagaatgagtgagagagaatttcattgaaaggtgagcgacagtgtgaaattggagataaggtgtagggaagacgcgagagtaaggatgttagggtgacaataatgtaatgaattaataagttagagacttaccatgctactgccactaagtgtatgagctgattatacagcatggagagagaaaaaaccgtgacacttaacataggtagcgtagatcaatatatccagcgggagcagaatgtgagtgtggttgagactgaggaccgcccacggttacagttacaatattctaatagtgtttaaccgagcgcgatagagattaaagttgggcctatactcagaaactcgttatcttccgttaatagaggtgatatgtgaaataaaagaagttgggtatttaatatattacttttcacaatgtggaataaaagagtgtgtgagggttaactagaatgaacgaatgtttgtgcgagaggagaaagcgcctatatatgatctcacgaacttagaacccttccaaaatacaaaaaacaaataatgaataaaattgaaatttaaaaaaagactcaaaacacatgatttataataaaaaaattatatgtgaattatattaaccagtggacccataagaattgcatgaaaaaaaatgatcggacaaaagggtcttccagtattttcaggggaccaaaaaaacttcccaagctggaaaaactcaaaatctacccagttgtagacgtgacatgacagttctgtcacatgtat
gi|7 : -CATG-G-AT-C-C-T-TG-ATTTT--ATT-AA----ATATACAACTTA--CAATTAATG--AG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCAAT-AA-A--C-C-CTGCATGCTCTG---TACTT--G--TTTAT-TAAAG----G-----A-TAGC-TT-AGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TCAATCG---GA--G--TG--CC----GA--CTAAACGAGTATTA-CT-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--TAC--ACTT-GACCT-G--C-AAA-------------A---ACCGC--GTTGT--A-TTCAAAA----------------GAATAAAGGTAAAA--TTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AGTTGAATAA---GT-TTA-----------AAC-GCA-ATAAATGT----TA---------T--TGACAATTAATGTAA------T-GAAT--A---ATAA-GTTA-GAGA---T-TAC-AT-CTACTG--C-ACT-A-A----------TGT-AT---AGCTGA-TTATACA-----C-ATGGAG--AGAGAAAAAAC----------TACTGTA--------AC-AGT--A--CA---G-TACGTA-GC----AT--CAACT------------------ATATC-CA--GCG--AG---C--A-GCAT-GA---G---GG--T----------------------GTG--GTGA--GGGGACT-GAG--------AC----A-CGTACAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTT-A---------ACCACCAT-AGA---TAAAG-TT--GCCTA-T--A--CA----GGAA-CCTTG-TATCTT-C-CGTT------A-TAGATATATGTG--AA--AT------------AAA-GT-TGGTT------A-TTTA---------------------------ATTTACTTC-TC--AATG-T-GTTAACT--AGAA-----T--TGAC-AA----TGTTTT---C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GA
gi|3 : ttttgaaatgacgggagattttcacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT---TACTT--G--T--AT-GAGAGAAGAG-----GATAGCCTTTAGCCT-GG----CA-A-TGTATT----A---AC----AAT-GG--G--TG--CCCGGGGA--CTAAACGAGTATTACCT-AATAGG-GAAG-ATAAACTC-T--TGCCAACTT-----------------TGGA-CCTTGAA---ACCGCC-GTTGT--A-TTCAAAGAG------AA-----TGAGTGAGAG--AGA-ATTTCA-TTG-AAAGGTGAGCGAC-AGTGTGA--AATTGGAGATAAGGT-GTAGGGAAGACGCGAGA-GTA-AG-GATGT----TAGGGTGACAATAATG----------TAA------T-GAATT-A---ATAA-GTTA-GAGAC--T-TACCATGCTACTG--CCACT-A-AG---------TGT-ATG--AGCTGA-TTATACAG----C-ATGGAG--AGAGAAAAAAC----------CGT---G--------AC-ACTTAA--CATAGG-TA-----GCGTAGAT--CAA-------------T------ATATC-CA--GCGGGAG---C--A-GAAT-GT---GA--G---T----------------------GTG--GTT---GAG-ACT-GAGGACCGCCCACGGTTA-C----AGT---TACA-A-TATTCTAA-TAGTGTTT-AAC--CGAG---CGCGAT-AGAGATTAAAG-TTGGGCCTA-T--ACTCA----G-AA-ACTCGTTATCTT-C-CGTTA-----A-TAGA----GGTG--AT--ATGTGAAATAAAAGAA--GT-TGGGTA-TTTAA-TATATTACTTTTCACAATGTGGAATAAAAGAGTGTG-----TG--A--G-G-GTTAACT--AGAA-----T--GAACGAA----T-GTTTGTGC--GAG---AGGAGAAA-GCGCCTATATATGATCTCAC-----------------GAACTT-A-----------GAACCCTT-CC-AAAA-TACAAAAAACAAAT-AATGAAT--A-A-A----ATTGAA-------ATTT--A-AAAAAAGA---------C---TCAA------AAC-ACA--TG--AT-----TT---------------------ATAATAAAAAA--ATTATATGTGAATTATATTA--ACC----AG---TGGACCCAT---AA-GA---------AT-TG-CA--TGAAA--AAA-AA-T-GATCGGA---C-A--AAAGGGT--CTTCCAGTATTTT--CAGGGGACCAAAAAAA---CTTCCCAAGC-TGGA--A-AA-A--CT-CA-AA--AT-C----TACCCA-GT--------TGTAGACGTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTA
gi|27 : tgtaatttttcgcgcaacctgtcgtgccgcgagcccaacctgagttctaccccagcaacattgtcacgtaagaactgtcaaaaagaggagattcagccacctttgaaagcgagcgcgagcacgaatctgtatggaatcgcgttgatagtattggaattgatacaattgcgtgtaactaagcgagtaaatgggagtgagtgtaatatataacgtgtcgagtacgagataagcgcgcgctgcaatggctctgtCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AGTTGAATAA---GT-TTT-----------AAC-GTA-ATAAAGGT----TA---------T--TG----------TAA------T-GAAT--A---ATAA-GTTA-t
gi|21 : TATTG--C-ACT-T-AA---------TGT-AT---AGCTGA-TTATAAATTACAC-ATGGAG--A---AAAAAAA----------CAA---ACAAACACAAC-A----A--CA---G-TA-----GC----AT--CAACTCCT-AGTATACT------ATATC-CA--GCG--AG---C--A-GCAT-GA---G---G--------------------------GTG--ca
gi|9 : CT-T-AA---------TGT-AG---AGCTGA-TTAAACA-----C-ACAGAG-------AGAAAC----------T--------------AC-A----GTTTA---G-TA-----GC----AT--CAACTACT-G--------------------A--GTG--AG---C--A-GAAT-GA---GAATG---TTCTTTCACGTCCTCCAGACCCGGTGTGGTGA--GGA-ACC-GAT--------AC----A-C----A-TAAATAGA-A-TATTCTAACTA--GTTT-AGCAGC-AGTACCACCAT-AGA---TAAAG-TT--GCCTA-T--A--CA----GAAA-TCTTG-TATATT-C-CGTA------A-TAAATA--TATG--AA--ATA-----------AA--GT-TGGTTA-TTTGC-TTTACt
gi|9 : caataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---G---G---T----------------------GTG--GTGA--GGA-ACC-GAT--------AC----A-C----A-TAAATAGA-A-TATTCTAACTA--GTTT-AGCAGCA-GTACCACCAT-AGA---TAAAG-TT--GCCTA-T--A--CA----G-AAATCTTG-TATATT-C-CGT-------AATAAATA--TATG--AA--AT------------AAA-GT-TGGTT------A-TTTGC---------------------------TTTACTTC-TC--AATG-T-GTTAACTGTAAAA-----A--TGAC-AA----T-ATTTA--C--AAC---A----AA-------TGTAG---------T-----------------GAAC-------------------CCTT-CA-AAA--TACAA---CAAATTAAATGAAT--AGA-A----TTTAAA-------A-----A-AAAA---G---------T---TT-ATGATAAAAC-AAA--AA--AA-------------------------------------AA--ATT----------TA----A--A------AG---CTCAAACAC---AA-GATTTATTTTAA--TT-CA-TT---A--ACC-AA-T-A----GA---C-AC-AAA-AAT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CT--CCAGC--TG----A-AA-AAACT-TC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAttctcaatgtgttaactgtaaaaatgacaatatttacaacaaatgtagtgaacccttcaaaatacaacaaattaaatgaatagaatttaaaaaaaaagtttatgataaaacaaaaaaaaaatttaaaagctcaaacacaagatttattttaattcattaaccaatagacacaaaaatctccagttttcagaccaaaactccagctgaaaaaacttcaaatctccagttgtgacatgacagttctgtcacatgta
gi|13 : caataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttaatgtagagctgattaaacacacagagagaaactacagtttagtagcatcaactactgagtgagcagaatgagaatgttctttcacgtcctccagacccTACTTC-TC--AATG-T-GTTAAATGTAGAA-----TATTGAC-AA----TGTTTT---C--AAC---C----AAA-GC-CCTATAG---------T-----------------GAACTT-------------AAACCCTT-CA-AAAA-TACA---ACAAAGTAAATTAAT--A-ATA----TTTGA----------TT--A-AAAA---AAAGAAAAGTC---TC-A------AAC-ACA--AG--ATTTA--TT---------------------GT-------AA--ATT--------ATTA----G--ATT----AT---T------------A-AA---------A--TG----TTG--A--AAA-AA-T-A-TC-GA---C-A--AAA-AAT--C-TCCA---GTTT--CA---GACC---AAAA---CT--CCAGC--TGA---A-AA-A--CT-TC-AA--AT-C----T--CCA-TT--------T------GCGACA--TGACATGCAGTTCTGTCAC-ATG
gi|14 : ttTT---C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAACTT-ATGTTGAACTTAAAACCCTT-CA-AAAAT-ACAAAAACAAAATAAATGAAT--A-A-AA---TTTGAA--------TTT--A-AAAAAA-G---------C---TC-A------AAC-ACA--TG--AT-----TTATT------------------GT-------AA--ATT--------ATTA----A---CC----AA---TTGACACAT---AA-GA---------A--TG-CA-TTG--A--AAA-AAAT-G-GC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CT--CCAGC--TG----A-AA-AA-CT-TC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-AT
gi|18 : CCTT-CA-AAAAT-ACAA---CAAAGTAGATGAAT--A-A-AA---TTTGAA--------TAA--A-AAAA---G---------AAAATC-A------AAC-ACA--AG--AT-----TTATT------------------GT-------AA--ATT--------ATTA----A---CC----AA---TGGGCACAT---AA-GA---------A-----------------AA-TA-T-G-TC-GA---C-A--AAA-AAT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CT--CCAGC--TGA---A-AA-A--TT-TC-AA--AT-A----T--CCA-GT--------T------CTGTCA--
gi|17 : AAAT-ACAA---CAAAATAAATGAAT--A-A-AA---TTTGAATAAAAAAATTA--A-AAAA---G---------C---TC-A------AAC-CCACTTG--AT-----TTATT------------------GT-------AA--ATT--------GTTA----A---CG----AA---GGGACACAT---AA-GA---------A--AA-TG-TTG--A--AAA-AA-T-G-TT-GA---C-A--ATA-A-------------------------ATC---AAAA---CT--CAAGC--TGA---A-AA-A--CT-CC-AA--AT-CTCGAT--CTA-GT--------T------GCGACA--TGA----CAGca
gi|15 : A-------ATCT--ACAAGA---G---------C---AC-C------AAC-ACACCTG--ATATTACTT---------------------GT-------AC--ATT--------CATA----A--CCC----AG---TGGA-ACATC--AACGC---------A--TG-CA-TTG--ATGAAA-AA-T-G-TC-GAACAC-A--AAC-AGTGCT-TCCAG--CTTTATCA---GACC---GAAA---CT--CCTA---CGCTGAA-AA-A--CT-TC-AAAGATGC----TG-CCA-GTTTGAATCGT------GTGACACTCGA----CAGTTCT-TCAT-ATGTA
gi|19 : aatct---------C---TC-A------AAC-ACA--TG--AT-----TTATT------------------GT-------AA--ATT--------ATTG----ACCACCCTGCAG---TGGACACAT---AA-GA---------A--TG-CA-TTG--A--AAA-AA-T-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CT--CCAGC--TGA---A-AA-A--CT-TC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAt
gi|20 : A--ATT--------ATCA----A--ATT----AAAAATGGACACAT---AA------------A--CG-TT-TTT--A--AAA-AA-----------------------AT--C-TTGAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---TT--TCAGC--TG----A-AA-AA-CT-TC-AA--AT-C----T--CTA-GT--------T------GTGACA--TGA----TGGCTTTGTCAC-ATt
gi|26 : tCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CT--CTAGC--TG----A-AACA--CT-TC-AA--AT-C----T--CCA-GC--------T------GCGATG--TGA----CAGTTCTGTCAC-AT
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TCGCCGTTCAAAATTTTTGATTTGGTATATCCTTATCAACGGTGACAAATTATCGTGCAAGAAGCCATGTGGATTTTTTTTCCAGT
Unaligned ( gi|29 ): GTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTCACATGTATGTTATG
Unaligned ( gi|30 ): ATGTAATTTAAATCCCTGTTACACCCAACACAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111111 1 111 1111 11111111 111111 1 11 11111111 1111 11111111 1111111 111111 11 11 22222 11 22222222222 1111 22222222222 11 11 1111 11111111 2222 222222222 2222222222222 11111 11111 222222222222 1111 1111111 111 99999999999999999 333333333 111 11 11 333333333333333 1 111111 11111 33333333333333333333 11111 1111111 111 33333333333333 111 111111 222 666666666666666666666666666666666 11111 4444444444444444444 5555555555555555555555555555555555 22222222 11111111 2222 111 2222 2222 111 11111111 1111 111111111111111111111111111111 444444444444444444444 11111 11 11111111 44444444444444444444444444444444444444444 222 1 2222 2222222222222 1111111111111 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 111
lowQualScore : 77 777 77 888 4 9999 55 55 4 88888888 1 0 55 1 0 4 4 8888 55 4 4 333 66 0000 88888888 555555 66 5 0 88 888 5 4 4 4 4 777 77777 4 22222222 4 0000 44 11111111 4 5555555 777 4 7 4 333333 00 8 4 66 4 66 4 4 00 33333 0 8 55 4 4 66 00000000000 4 4 1111 4 777 4 55 4 44444444444 88888 11 8 777 55 4 33 55 4 4 4 4 55 2222 55 55 4 4 66666666 4 66 0000 5 888 5 5 888888888 5 5 5 66 4 4 4 4 4 4 4 4 55 4 55 8888888888888 55 00000 4 4 8 8 8 4 66 4 4 4 4 4 55 55 55 77777 4 444444444444 7777 8 99 4 4 4 9999999 777 222 55 4 8888 4 55555555555555555 4 4 4 4 4 55 55 2 333333333 3 4 0 111 00 4 4 55 777777777777777 0 4 4 444 111111 666 4 55 55 1 4 4 4 00000 4 777 55 8888 55555555555555555555 00000 2222222 4 99 777 4 4 333 5 5 5 66 8 11111111111111 4 555 4 000000 4 4 000 66 888888888888888888888888888888888 4 11111 9999 66 4444444444444444444 4 66 66 777 66 8 4 5555555555555555555555555555555555 66 5 22222222 55555555 1111 5 333 5 5 66 4 0 7777 2 5 888 5 66 5 66 66 0000 5 99 5 5 5 999 66666666 888 66 1 0000 5 5 5 555555555555555555555555555555 2 4 66 66 4 222222222222222222222 66 66 55555 66 4 4 22 8 4 55 22222222 4 4 33333333333333333333333333333333333333333 8 4 4 333 0 3 3 55 3 3 5555 4 0000000000000 3 5555555555555 555 555555 3 88 44 77777777777777777777777777777777777777777777777 2 888 33 6666 555 0 777 2 111111111 66 2 2 66 33 2 2 2 2 555 2 66 2 66 5 33 33 444 444 444 111 2 33 2 555 2 33 2 5555 66 2 99999999 777777 33 6666 3
lowQualScore : .. ... .. ... . .... .. .. . ........ . . .. . . . . .... .. . . ... .. .... ........ ...... .. . . .. ... . . . . . ... ..... . ........ . .... .. ........ . ....... ... . . . ...... .. . . .. . .. . . .. ..... . . .. . . .. ........... . . .... . ... . .. . ........... ..... .. . ... .. . .. .. . . . . .. .... .. .. . . ........ . .. .... . ... . . ......... . . . .. . . . . . . . . .. . .. ............. .. ..... . . . . . . .. . . . . . .. .. .. ..... . ............ .... . .. . . . ....... ... ... .. . .... . ................. . . . . . .. .. . ......... . . . ... .. . . .. ............... . . . ... ...... ... . .. .. . . . . ..... . ... .. .... .................... ..... ....... . .. ... . . ... . . . .. . .............. . ... . ...... . . ... .. ................................. . ..... .... .. ................... . .. .. ... .. . . .................................. .. . ........ ........ .... . ... . . .. . . .... . . ... . .. . .. .. .... . .. . . . ... ........ ... .. . .... . . . .............................. . . .. .. . ..................... .. .. ..... .. . . .. . . .. ........ . . ......................................... . . . ... . . . .. . . .... . ............. . ............. ... ...... . .. .. ............................................... . ... .. .... ... . ... . ......... .. . . .. .. . . . . ... . .. . .. . .. .. ... ... ... ... . .. . ... . .. . .... .. . ........ ...... .. .... .
lowQualScore : 99 999 99 888 4 4444 55 55 0 55555555 9 9 55 9 6 0 0 5555 55 0 0 999 99 6666 11111111 444444 99 0 9 88 888 0 5 0 0 0 000 66666 0 11111111 0 2222 66 00000000 4 0000000 888 4 1 4 999999 66 9 4 11 4 11 4 4 66 11111 9 9 00 4 4 11 11111111111 0 0 1111 0 000 0 55 0 55555555555 66666 00 0 000 55 0 55 55 0 0 0 0 55 5555 55 55 4 4 11111111 4 99 6666 0 888 0 0 888888888 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 55 5555555555555 55 00000 0 0 9 9 4 4 11 4 0 0 0 0 55 55 55 33333 0 000000000000 7777 0 55 0 0 0 9999999 000 555 55 9 5555 0 11111111111111111 0 0 0 0 0 55 55 3 222222222 2 0 9 000 66 4 4 00 888888888888888 0 4 0 666 555555 333 0 55 55 0 0 0 0 00000 0 000 55 5555 55555555555555555555 00000 5555555 0 55 000 0 0 888 0 0 0 11 9 11111111111111 0 000 0 777777 0 0 333 11 111111111111111111111111111111111 4 11111 4444 11 2222222222222222222 4 11 11 888 11 9 4 3333333333333333333333333333333333 11 0 00000000 22222222 2222 0 888 0 0 99 5 1 6666 5 0 888 0 99 0 99 99 6666 0 55 0 0 0 555 00000000 888 99 0 6666 0 0 0 222222222222222222222222222222 0 4 11 11 4 222222222222222222222 11 11 66666 11 4 4 99 0 0 55 99999999 0 0 88888888888888888888888888888888888888888 9 0 0 333 9 6 6 00 6 6 0000 4 9999999999999 3 4444444444444 444 000000 1 55 22 88888888888888888888888888888888888888888888888 9 444 99 1111 000 7 999 9 444444444 88 9 9 88 99 9 9 9 9 000 9 88 9 88 7 77 77 777 777 777 000 7 77 7 555 7 77 7 7777 33 7 77777777 777777 99 5555 3
consensus : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATT----TCA--------ACA--NC--AAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TT--AC-CG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATT-TTAT----TCAGT---C-CNAAG-CA--C---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--CA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AAC--A--CAATTAATG--TG-----TA-GT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--ACTT--G--TT-AT-TAAAG----GG-----ATAGC-TTTAGCCT-GG--TC-A-AT-GT--T----A---TCG---GA--GNGCC----G-ACTAA---A--G-GTA-T---CT-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTGA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--G-TTG-TA--TTCGAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAA--TAAGT-T-T-AA-----ACGTA-A---TAA--ATG----TTA---------T----------TG-----TA------NT-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---AGCTGA-TTATA-----CA-C-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---C---A-----AAC-----A--A--CA----G-TA-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CAGC--G--AG---C--A-GCAT-GA---G---G---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACC-G-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCGAGTACCACCAT-AGA---TAAAG-TT--GCCT-AT--A--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CGTN--ATA-----A--ATAT---GTG--AAATA----AA-GT-TGGTTA-TTT-A--TTTACA-AAA----------------AATTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAATTACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA-------ATTT--A-AAAA---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----T---TAT---------------T--------------------GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTA
Reference ( family-2380 ) : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATT----TCA--------ACA--GC--AAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TT--AC-CG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATT-TTAT----TCAGT---C-CAAAG-CA--C---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--CA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AAC--A--CAATTAATG--TG-----TA-GT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--ACTT--G--TT-AT-TAAAG----GG-----ATAGC-TTTAGCCT-GG--TC-A-AT-GT--T----A---TCG---GA--GNGCC----G-ACTAA---A--G-GT------CT-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTGA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--G-TTG-TA--TTCGAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAA--TANGT-T-T-AA-----ACGTA-A---TAA--ATG----TTA---------T----------TG-----TA------NT-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---AGCTGA-TTATA-----CA-C-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---C---A-----AAC-----A--A--CA----G-TA-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CAGC--G--AG---C--A-GCAT-GA---G---G---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACC-G-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCGAGTACCACCAT-AGA---TAAAG-TT--GCCT-AT--A--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CGTT--ATA-----A--ATAT---GTG--ANATA----AA-GT-TGGTTA-TTT-A--TTTAC---------------------AATTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAATTACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA-------ATTT--A-AAAA---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----T---T-----------------T--------------------GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTA
gi|1 : AAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATT----TCA--------ACAGGGC--AAAACAA-AAGTTAC-T---G-A-CAC-C-ACAA---TTTAGC-TG-TGTA-----C--GAAG--CAT--T-TGA-GTGTCA---A--TGGTCAAATT-TTCTTTTCTCAGT---T-CACAG-CA--CACTTGC-TGTTA-CA--TTGGCAATA--GGCA-CTAATATT---A-T-CCACTT--CT-TGCTACGAGCACCACA-GG-T---G-T-AG--ATTTTT-CGC---AC-CTG--TCG-TG------------CC---T-GA--TCTAAC---CCGC-C--GC--A-CA-TC-T-C--C----A--AATC--TGTCGAAA-A--------TT-CA--CAGACGCTGT---TTGAAA-A-CGGG------CA-C-AATCTGTG--TTT-C-TG-G-ATTC-C-T-TGGATTTT--ATT-AAGGATATACAGAACTTA--CAATTAA-G--TGACGCATA-GTGTAATCTAACATTCAATAACA--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--ACTT--GGTTT-AT-TAAAG----AGGATAAATAGC--TTAGCCT-GG--TC-A-AT-GT--TACAAA---TCG---GA--GTGCC----G-ACTAA---C--GAGTATTAG-CT-AATA-G-GAAG-ATAA-CTCTT--TAC--ACTTGACGCTG--C-AA----AA-AGC-----------C--G-TTG-TATGTTCAAAGA----------------AATAAAGGTAAAATCTTTCA-T-G-AAA------TTACGA-TG-AA--AGTTGAA--TAAGTCT-T-AA-----ACGC--A---TAA--ACG----TTA---------T----------TGACAATTATGATACAT-GAAT--ACGCATAAGATTA-GAGG---T-TAC-AT-CTATGGCCC-ACTAG----------A-TGTAATACGAGCTGA-TTATA------A-CAATGGAGAGAGAAAA--AACA--T---ACTGTTAACAGCGTA--G--CA----G-TACGTAGGC----AT--C-AC------------T------ATATCGCAGC--G--AG---C--ACGCATGGA---G---GGC-T----------------------GTG--G-TGA--------GGACTGG-----AGACACGTA-CAGT---TACAGA-TATTCTAACTA--GTTTA--AGC-----CAAGCAT-AGA---TAAAG-TT--GCTTGAT--A--CGAAGCG-AACCCTTG-TATCTT-CGCGTTCAGTA-----G--ATATATAGTGGAACATA----AA-GTGTGGTTA-CTC-A---TTA----------------------AGTTTA-TTC-T--C---ATGTT---------------------GTTAAC--T--AGGAACACCT--TGAC-AAGTAGTTTGT-C--AACAAGA----AAA-GC-CCTATAT---------TATTGCAATCGCCAAGACGAA-----------CTTAAAAACCCTTACACAAAATCA-AAA-A-AA-AAATAAATGAAT--A-A-ATAT-TTTGAA-------TTTA--A-AAAA---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----T---C-----------------TATATACAAAAAAATTATTTGGTAAATTAT-T---A--ACC----AT---CGGAC-CAT---AA-G---------AAACTGCCA-TGG--A--GCA-AAT-G-TC-GA---A-A--AAC-ATT--C-----G--TTTT--AA---GA-C---AAAA----TCC---A-GCTTT-G-ACAAAGTCTC-AC--AT-G----T--CCA-GC--------T------
gi|10 : ATGTGATTCTCCC--GGA---GGGAGA---TA-AAA----TCTCTCGAT--TTT--G-AG--------ATCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAA-TC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATT----TAA--------TCA--TC--AAA--AA-AA-TTA--T---G-ACCGC-C-C-AA---TT--AT-CG-TGTA-----C--GAAG-CCTT--T-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATT-TTAG----TCAGT---C-CCAAG-CA--C---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--TT-A-CTA--ATT-----TTCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--TA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--ACTT--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AACA-A--CAATTAATG--TG-----TA-GT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--ACTT--GT-TT-AT-TAAA-----GT-----ATTGC--TTAGCCTAGG--TC-A-------------A---TCG---GA--GTGT-------ATTA-----------------CT-AATAGG-GAAG-ATAA-CTA-T--CAC--ATTTGA----C--CAAAAGCGAA-AGTAGAA---ACagctgcagctgatccgtcaatctcgattgccagaacattctgtctcacatgtatggc
gi|11 : acTTCTCCC--GGCCGGG--AGA---TA-AAAAACGTCTCCCGATGCTTT--GTAGTAATACTAACCCCCTC
gi|11 : CCGCTAAAAAGCTTATAAATCATGCTAAACC--GTGCATTT-CAGA-AA--ATT----TCA--------ACA---CTAAAA--AA-AAATTA--TATGG-ACCGCGCAA-AA---TT--ACACGCTGTGGTACCC--GAAGCCCAT--TCTGATGCGTCAGAGA--TAGTCAAATT-TAAT----TCAGCTCAC-CAAAC-CAAGCG--TGAATG-TA-AT--TT-GCAATACGGG-AGCTAT-ATCAG-A-TTCCACATA-CT-T-CT--GAATACAATA-GG-CTGGG-T-AG--A-TTTTCCAC---AC-CTGGTCCGATGGA---------ACCAAAT-GAAGTCTAAC---C--T-CTGGCTAG-CA-TC-TCC--A----A--AATC--agacccaagccaagccaagtgcgttccgggtgggtgccaccgctaaaaagcttataaatcatgctaaaccgtgcatttcagaaaatttcaacactaaaaaaaaattatatggaccgcgcaaaattacacgctgtggtacccgaagcccattctgatgcgtcagagatagtcaaatttaattcagctcaccaaaccaagcgtgaatgtaatttgcaatacgggagctatatcagattccacatacttctgaatacaataggctgggtagattttccacacctggtccgatggaaccaaatgaagtctaacctctggctagcatctccaaaatcccgtacgtttcttacaattcacaacaccg
gi|12 : ttctcccggccgggagataaaaaacgtctcccgatgctttgtagtaatactaaccccctcagacccaagccaagccaagtgcgttccgggtgggtgccaG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--CTA-----AAC--AA-CAATTAATG--TT-----TA-GT-TAAT-TAACATGTA-TGA-A--C-C-CTGCA-TG-TTC-TA--T--ACTT--G--TTTAT-TAAAG----G------ATAGC-TT-AGCCT-GGG-TC-A-AT-GT--T----A---TCG---GA--GGGCC----G-ACTA-----------------CT-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTAA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--G-TTG-TA--TTCGAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGT-AAA-ATTTCA-T-G-A-------------------A--AGTTGAA--TATGT-T-A-AA-----ACGTG-A---TAA--ATG----TTA---------T----------TG-----TA------TT-GAAT--A---ATAAA-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-TA---------A-TGT-AT---AGCTGA-TTATA-----TA-C-ATccgtacgtttcttacaattcacaacaccg
gi|13 : TTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAA--TGTAGAA-----TATTGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---C----AAA-GC-CCTATAG---------T-----------------GAA-----------CTT-AAA-CCCTT-CA-AAAAT-ACAA----CA-AAGTAAATTAAT--A-ATA----TTTGA----------TT--A-AAAA---AAAGAAAAGTC---TC------AAAC-ACA--AG--AT----T---TAT---------------T--------------------GTAAATTAT-TA--G--ATT----AT---T------------A-A---------AA--TG----TTG--A--AAA-AAT-A-TC-GA---C-A--AAA-AAT--C-TCCAG--TTT---CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-TT--------T------GCGACA--TGACATGCAGTTCTGTCAC-ATG
gi|14 : T-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAACTTATGTTGAACTT-AAAACCCTT-CA-AAAAT-ACAAA-AACA-AAATAAATGAAT--A-A-AA---TTTGAA--------TTT--A-AAAAAA-G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----T---TAT---------------T--------------------GTAAATTAT-T---A--ACC----AA---TTGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTGA-A--AAA-AAT-G-GC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-AT
gi|15 : A-------ATCT--ACAAGA---G---------C---AC------CAAC-ACACCTG--ATATTAC---T-----------------T--------------------GTACATTCA-TA--A--CCC----AG---TGGA-ACATC--AACG---------CA--TG-CA-TTG--ATGAAA-AAT-G-TC-GAACAC-A--AAC-AGTGCT-TCCAG--CTTTATCA---GACC---GAAA---CTCCT--ACGC--T-G-A-AAAACTTC-AAAGATGC----TG-CCA-GTTTGAATCGT------GTGACACTCGA----CAGTTCT-TCAT-ATGTA
gi|16 : aatct-C-A-AA---TT--AC-CG-TGAA-----A--GAAG-------------ATGTCA---G--T-GTTAAATT-TT----------T---T-CCAAG-CA--C---TG--TG-TA-CG--TT-GCGATC--AG-A-CTA--ATT-----TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--CA-G--------------A-TTTT-CAC---AT-CTG-------------------ATC---TAGG--CCC-AC---C--C-T--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-t
gi|17 : ttcaaaattttttacgtggtagatctatatcgttatcaacgatgaA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-AA---TTTGAATAAAAAAATTA--A-AAAA---G---------C---TC------AAAC-CCACTTG--AT----T---TAT---------------T--------------------GTAAATTGT-TA--A---CG----AA---GGGACACAT---AA-G---------AA--AA-TG-TTG--A--AAA-AAT-G-TT-GA---C-A--ATA-A-------------------------ATC---AAAA---CTCA---A-GC--T-G-A-AAAACTCC-AA--AT-CTCGAT--CTA-GT--------T------GCGACA--TGA----CAG
gi|18 : aaatacCCTT-CA-AAAAT-ACAA----CA-AAGTAGATGAAT--A-A-AA---TTTGAA--------TAA--A-AAAA---G---------AAAATC------AAAC-ACA--AG--AT----T---TAT---------------T--------------------GTAAATTAT-TA--A---CC----AA---TGGGCACAT---AA-G---------AA-----------------AA-TAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AAT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAATTTC-AA--AT-A----T--CCA-GT--------T------CTGTCA--
gi|19 : ---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----T---TAT---------------T--------------------GTAAATTAT-TG--ACCACCCTGCAG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAca
gi|2 : ATGTGCTT-TCCC--GGC---G--GGAGATTA-AAA----TCTCCCGAT--TTTTTG-AGG-------ACTCCCTCCGTTCCCTCCGGCTAAAAG--T-AAAAATC-T-T----CCCGGT-CATTTTCA---AA--ATT----TCA--------ACA--TC--AAA--AA-AATTTAATT---GGACCGC-C-A-AAAAATT--AC-CG-TGTA-----C--GAAG-CCATGTT-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATTCTTAT----TCAGT---C-C-AAG-CA--C---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CG-T-CT--GAACAC--CACGGTT--GG-TAAG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--CTT--GC--A-CATTC-T-TCAA----A--AATC--TGT--AAA-A--------TT-CA--CAC---CC-T---TTGAAA-ACC---------CA-C-AATCT-TGGTTTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--A-A-----AACAAA--CAATTAATG--TG-----TA-GT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-CTTTGCA-TG-CTC-TA--T--ACTTTGG--TT-AT-TAAA-----GG-----ATAGC-TT--GCCT-GGGTTC-A-AT-GT--T----A---TCG---GAAGGGGCT----GAACTTACTTA--G-GTTC----CT-AATAGGAGAAGAATAA-CTC-T--CAC--ACTTAA----AACC-AAAGCGAACAGTAGGAAATACCGCAGG-TT--TAT-TTCGAAAAA-TATAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCATT-GCAAA------TTAC-A-TG-GGACAGTTGAA--TATGT-T-T-AA-----ACGTA-A---TCA--ATG----TTA---------T----------TG-----TA------TTGGAAT--A---ATAAA-TTAGGAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-----A------------TATA-----CA-C-ATGGAATTAAAAAA--A-----C---A-----AACA----A--A--CAG---G-TA-----GC----ATTCCAACTCCTAG------T------TAATC-CAGC--G--AATGTC--AGGCAT-GA---G---G---T----------------------GTG--G-TGAGGG-----GGACT-G-----AGAC----ATCAGTC--TACA-ATTATTCTTAATA--GTTTAGCAGCAAGTACCACCAT-AGA---TAAAGTTT--GCCT-AT--A--CG----G-AA-ACTTG-TATCTTCC-CGTA--ATA-----A--TTAT---GTT--GAATA----AATGT-TGGTTATTTT-AATTTTACAAAAAAAA-------------AATGTACTTC-T--TCAAATG-TC--------------------GTTAAC--T--AGAAT----T--TGAC-AA-T--TTT-T-C--AAC---A----AAAGGC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAA-TACAAATA-CA-AAATAAATGAAT--A-A-AGAATTTTG-A-------ATTTAAA-AAAA---G---------C---TC------AAACGACA--TG--AT----TTA-T-----------------T--------------------GTAAATTA--TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CATTTG--A--AAACAATAG-TC-GA---C-AAGAGA-AGT--CTTCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAAGACTTCC---A-GC--T-GAA-AAAACATCAAA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCACAATGTt
gi|20 : AATTAT-CA--A--ATT----AAAAATGGACACAT---AA------------A--CG-TT-TTT--A--AAA-AA----------------------AT--C-TTGAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---TTTC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CTA-GT--------T------GTGACA--TGA----TGGCTTTGTCAC-AT
gi|21 : tTATTG--C-ACT-T----------AATGT-AT---AGCTGA-TTATAAATTACA-C-ATGGAGAAAAAAAACAAACAAAC---AC----AAC-----A--A--CA----G-TA-----GC----AT--CAACTCCT-AGTATACT------ATATC-CAGC--G--AG---C--A-GCAT-GA---G---G--------------------------GTG--
gi|22 : ATGCAATACTTTT--GGCAG-G--AGA---TA-AAA----TCTCCCCAT--TTT--G-AG--------CCCCCTTCCTGTACCTTCCGCTAAAAG--TT-AAAATA-T-C----CC--GT-CATTT-t
gi|23 : ac-C-A-AA---TT--AT-CG-TGCA-----A--GAAG-CCAT--G-TG
gi|24 : tcgccgttcaaaatttttgatttggtatatccttatcaacggtgaAT--TTT--G-AG--------GTACCCTCCCG-ACCTCCCGCTAA-----TTAGAA------T----GC--GT-CA-TT-CA---AATTATTGTAATCATCATTGACGCA--GT--AAA--AA-AAgattttttttccagt
gi|25 : ctATGTGATTCTCCCAGGGG---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ATCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAATG--T
gi|26 : tacCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCT---A-GC--T-G-A-AACACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GC--------T------GCGATG--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATgtatacccatc
gi|27 : CA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AGTTGAA--TAAGT-T-T-TA-----ACGTA-A---TAA--AGG----TTA---------T----------TG-----TA------AT-GAAT--A---ATAAG-TTA-ac
gi|28 : ---TA-AAA----TCTCCTGAT--TTT--G-AG---------CCCCCTCCCGTCCCTCCGGCTAAAAG--TT-AAAATC-T-C----CC--AT-CATTT-CA---Aca
gi|3 : G-T-AA--T-TTTT-CGCGCAAC-CTG--TCG-TGCCGCGAGCCCAACC---T-GAGTTCT-AC---C--C-CA-GC--AACA-TTGT-C--ACGTAA--GAAC--TGTC-AAA-AAGAGGAGATT-CAGCCA----CC-T---TTGAAA-G-CGAGCGCGAGCA-CGAATC--TG--T----ATG-GAA-TCGCGT-T-GATAGT--ATTGGA--ATT-----GAT--A--CAATT-GCG--TG-----TA-AC-TAA
gi|3 : t-CTGCAATGGCTC-TG--TTTACTT--G--T--AT-GAGAGAAGAGG-----ATAGCCTTTAGCCT-GG---C-A-AT-GTATT----A---ACAAT-GG--GTGCCCGGGG-ACTAA---ACGA-GTATTAC-CT-AATAGG-GAAG-ATAAACTC-T--TGCCAACTT---------------TGGA-CCTTGAA---ACCGCC-G-TTG-TA--TTCAAAGA---GAA--------TGAGTGAGAG--AGA-ATTTCA-TTG-AAAGGTGAGCGAC-AGTGTGA--AATTGGAGATAAGG-TGT-AGGGAAGACGCG-AGAGTAAGGATG----TTAGGGTGACAATAA--------TG-----TA------AT-GAATT-A---ATAAG-TTA-GAGAC--T-TACCATGCTACTG--CCACT-A----------AGTGT-ATG--AGCTGA-TTATA-----CAGC-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---CGTGA-----CACTT---A--A--CATAG-G-TA-----GCGTAGAT--CAA-------------T------ATATC-CAGCGGG--AG---C--A-GAAT-GT---GA--G---T----------------------GTG--GTTGA--GACTGAGGACC-GCCCACGGTT----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAA-TAGTGTTTAAC--CGAG---CGCGAT-AGAGATTAAAG-TTGGGCCT-AT--ACTCA----G-AA-ACTCGTTATCTT-C-CGTTA-ATAGAGGTG--ATAT---GTG--AAATAAAAGAA-GT-TGGGTA-TTT-A---ATAT---------------------A--TTACTTT-TCAC--AATG-TGGAATAAAAGAGTGTGTGAGGGTTAAC--T--AGAA-----T--GAACGAA-T-GTTTGTGC--GAG---AGGAGAAA-GCGCCTATATATGATCTCAC-----------------GAA-----------CTT-AGAACCCTT-CC-AAAA-TACAAA-A-AACAAAT-AATGAAT--A-A-A----ATTGAA-------ATTT--A-AAAAAAGA---------C---TCA-----AAAC-ACA--TG--AT----T---TATAATAAAAAAATTATAT--------------------GTGAATTATATT--A--ACC----AG---TGGACCCAT---AA-G---------AAT-TG-CA--TGAAA--AAA-AAT-GATCGGA---C-A--AAAGGGT--CTTCCAGTATTTT--CAGGGGACCAAAAAAA---CTTCCCAA-GC--TGG-A-AAAACTCA-AA--AT-C----TACCCA-GT--------TGTAGACGTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAgcgagtaaatgggagtgagtgtaatatataacgtgtcgagtacgagataagcgcgcgctgcaatggctctgtttacttgtatgagagaagaggatagcctttagcctggcaatgtattaacaatgggtgcccggggactaaacgagtattacctaatagggaagataaactcttgccaactttggaccttgaaaccgccgttgtattcaaagagaatgagtgagagagaatttcattgaaaggtgagcgacagtgtgaaattggagataaggtgtagggaagacgcgagagtaaggatgttagggtgacaataatgtaatgaattaataagttagagacttaccatgctactgccactaagtgtatgagctgattatacagcatggagagagaaaaaaccgtgacacttaacataggtagcgtagatcaatatatccagcgggagcagaatgtgagtgtggttgagactgaggaccgcccacggttacagttacaatattctaatagtgtttaaccgagcgcgatagagattaaagttgggcctatactcagaaactcgttatcttccgttaatagaggtgatatgtgaaataaaagaagttgggtatttaatatattacttttcacaatgtggaataaaagagtgtgtgagggttaactagaatgaacgaatgtttgtgcgagaggagaaagcgcctatatatgatctcacgaacttagaacccttccaaaatacaaaaaacaaataatgaataaaattgaaatttaaaaaaagactcaaaacacatgatttataataaaaaaattatatgtgaattatattaaccagtggacccataagaattgcatgaaaaaaaatgatcggacaaaagggtcttccagtattttcaggggaccaaaaaaacttcccaagctggaaaaactcaaaatctacccagttgtagacgtgacatgacagttctgtcacatgtat
gi|4 : tgtaatttttcgcgcaacctgtcgtgccgcgagcccaacctgagttctaccccagcaacattgtcacgtaagaactgtcaaaaagaggagattcagccacctttgaaagcgagcgcgagcacgaatctgtatggaatcgcgttgatagtattggaattgatacaattgcgtgtaactaagcgagtaaatgggagtgagtgtaatatataacgtgtcgagtacgagataagcgcgcgA-AAA----TCTCCCGAT--TT---G-AG--------ACCCC-TCCCGTCCCTCCCGCTAAA-G--TTAAAA-TC-T-C----CC--GT-CATTT-CAGCAAA--ATT----TCA--------ACA--TC--AAA--AATAAATTAAAT---G-ACGTG-C-A-AA---TT-----TG-TGTA-----C--GAAG-C-AT--T-TGA-GTGTCA---AATC-GTCAAATT---AT-----CAGT---C-CCAAGTCA--C---TG--TGGTA-CAATTT-GCAATA--GG-A-CAA--CTTCATACTCCCAC-TTCCT-T-CT--GAACAC-----GG-T--GGAT-AGTGACTTTT-CAC---ACACTG--TCT-TG-----------GAC---TAGA--TCT-AC---C--T-C--TC--A-CA-CT-C-C--A----A--AATTCTTGTC-AAA-A--------TTTCA--CAA---CC-T---TTGAAA-A-C---------CAAC-AATCT-TG--TTTGCATGTG-A-TC-C-TAT-GATCTC--ATT-TA--ATA-----ACC--AACCAATTAATGGCTG-----TA-GT---ATCTAAC-TTCACTGA-AACC-C-TTGCA-TG-CTC-TA--T--ACTT--G--TTTAT-TAAAG----G------ATAGC-CT-AGCCT-GG--TC-A-AT-GT--T----A---TCA---AG--AGGCC----G-A-TAA----------------CTGAATAGG---AG-ATAA-CTC-TACTAC--ACTTTA----A--CCAAAGCGAA-AGTAGAA---ACCG---G-TTG-TA--TT-GAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAG-TAAAT-ATTTCA-T-A-AA--------TAC-A-TG-GA--AGTTGAA---ATTT-T-TGAA-----ACGTA-A---TCA--ATG----TTA---------T----------TG-----TA------TT-GAATCAG---ATAAA-TTA--AGACGTT-CAC-GT-TTATTG--CGACT-TA---------A-TGT-ATA--AGCTGAGTTATA-----CA-C-AT-GATA---AAAA--AAC-------------AAC-----A--A--CA----GTTA-----GC----AT--CAACATCT-A------TCGCTCAAT-TC-CA-C--GGCAG---CTTA-GCTT-GAGTGG---G---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACTAG-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTATCTG--G-TTAGCAGCGA-TACCA-CATAAGA---TAAGT-TT--G-CT-ATAAA--CAC---G-GA-CCTTG-TATC-T-C-CGTCA-ATA-----A--ATA----GTG--ATA-A----AA-GT-TGGTTA-TTT-A--TTTACATAAA----------------AATT--CTTCTT--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC--A-T--TTT-T-CAAAACA--A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------AAA-----------CTTAAAAAACCTT-CA-AAA---ACAAATA-C--AAATAAATGAATTAA-A-A----TTTG-A-------ATTTAAA-AAAA---G---------C---TCA-----AAAC-ACA--TGAAAT----TGTAT-----------------T--------------------GTAAA-TAT-TATTA--ACC----AG---T-GACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAA-T-TC-GA---CGA--AAA-AGTC-C-TCCAA--GTTT--CA---GACC---AAAA---CTCCAA-A-GC--T-G-----AACTTC-AA--TT-C----T--CCAGGT--------T------GTGA-A--TGA----CAGTT-TGTCAC-ATt
gi|5 : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACTCCCTCCCG-CCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATT--CA---AA--ATT----TCA--------ACA--AT--AAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TT--AC-TG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTG-CA---A--T-GTCAAATT-CTAT----TCAGC---C-CAAAG-CA--C---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GC-A-CTA--ATT---A-TC--AC-T--CG-T-CT--GAACAC--CA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--AT---A--AATC--TGTC-AAA-A---------T-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AAC--A--CAATTAATG--TG-----TA-GT-TAAT-TAAC-TTCA-TGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-AT--T--ACTT--G--TT-AT-TAAAG----GA-----ATAGC-TTTAGCCT-GG--TC-A-AT-GT--T----A---TCG---GA--GGGCC----G-ACTA-----------------CT-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTAA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--G-TTGTTA--TTCGAAAAACTGTACAAGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAA--TATGT-T-T-AA-----AAGTA-A---TCA--ATG----TTA---------T----------TG-----TA------TT-GAAT--A---ATAAA-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---AGCTGA-TTATA-----GA-C-ATGGAGA---AAAA--AAC---CA--A-----AAC-----A--A--CA----G-TA-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CAGC--G--AG---C--A-GCAT-GA---G---G---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACT-G-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCAAGTACCACCAT-AGA---TAAAG-TT--GCCT--T--A--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T--ATA-----A--AT-T---GTG--ATAT-----AA-GT-TGGTTA-TTTAA--TTTACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T--TTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAATTACAAATA-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA-------ATTT--A-AAAA---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--A-----T---T-----------------T--------------------GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--GTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-G---T-G---AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAt
gi|6 : ATGTGATTC-CCC--GGC---G--GGA---GATAAA----TCTCC-GAT--TTT--G-AG--------ACCCCTCACCGTCC-TCCCGCTAAAAG--TTAAAA-TC-T-C----CC--AT-CATTT-CA---AA----T----TCA--------ACA--GC--AAA--AA-AA-TTA--T---G-ACGCC-C-A-AA---TT--A---G-TGTA-----C--AAAG-CCAT--T-TGA--TGTCC---A--T-GTCAATTT-TT-T----TCAGT---TACAA---CA------TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCC-AC-T--CT-T-CT--GAACAC--------T--GG-T-AG--A-TTTT-CA----AC-CTG--TCC-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-T--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AA-CT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATATT--AT---A--ATA-----TCA--A--CAATTAATG--TG-----TA-GT-TAAT-TAAC-TTCATTAA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--ACTT--G--T---T-TAAAA----AG-----ATAGC--TTAGCCTGGG--TC-ATAT-G---T----A---TCAATCGA--GATGC----G-ACTAATG-A--G-ATTA----CT-AATAAG-GAAG-ATAA--TC-T--CAC--ACTTGACCT-G--CAAAAACGAA-AGTAGAA---ACCGC--G-TTG-TA--TTCAAAA----------------GAATAAAGGT-AAA-ATTTCA-T---AAA------TTAC---T--GA--AGTTGAA--TAAGT-T-T-AA-----ACGTA-A---TAA--ATGTAACTTA---------C----------TG-----TA------AT-GGAT--A---AT-AG-TTA-GA-A---TATAC-GT-CTATTG--C-ACT-TAATCAAGTTAA-TGT-AT---AGCTGA-TTATA-----TA-C-ATGGAGA---AAAA--AAC---T----------AC-----A--GTTCA----G-TA-----GC----AT--CAACTCC---------T------ATATC-CAGC--G--A----C--A-GCAT-GA---G---GGTNN----------------------NNN--N-NNN--N-----NNNNN-N-----NNNN----N-NNNN---NNNN-N-NNNNNNNNCTA--GTTTAGCAGC---------------A---TAAAG-TT--GCCT-AT--A--CA----G-AA--CTTG-TATCTT-C-C-TA--AT------A--ATAT---GTG--AAATA----AA--T-TGGTTA-TTT------------------------------AATTAACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T------------------AA-----------CTT--AAACCCTT-CA-AAA--TACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTG-A-------ATTTAAA-AAAA---G---------C---TC------AAAC-ACA--T---AT----TA--T-----------------T--------------------GTAAATTAT-T---A--ACC----AA---TGGACACATAGAAA-T---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C----AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---ACAA---CTCG---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA--T--------T------GTGACA--TGA----CCATTCTGTCAC-ATGTA
gi|7 : ac-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATATAC--AACTTA--CAATTAATG--AG-----TA-GT-TAAT-TAAC-TTCAATAA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--ACTT--GT-TT-AT-TAAA-----GG-----ATAGC--TTAGCCT-GG--TC-A-AT-GT--TATCAA---TCG---GA--GTGCC----G-ACTAA---ACGA-GTATTA--CT-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--TAC--ACTTGACCT-G--C-AA------------AA---ACCGC--G-TTG-TA--TTCAAAA----------------GAATAAAGGT-AAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AGTTGAA--TAAGT-T-T-AA-----ACGCA-A---TAA--ATG----TTA---------TTGACAATTAATG-----TA------AT-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-AT-CTACTG--C-ACT-A----------A-TGT-AT---AGCTGA-TTATA-----CA-C-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---T---ACTGT-AAC-----AGTA--CAGTACG-TA-----GC----AT--CAAC------------T------ATATC-CAGC--G--AG---C--A-GCAT-GAG--G---G---T----------------------GTG--G-TGAG-G-----GGACT-G-----AGACACGTA-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTA---------ACCACCAT-AGA---TAAAG-TT--GCCT-AT--A--CAG---G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CGTT--ATA-----GATATAT---GTG--AAATA----AA-GT-TGGTTA-TTT------------------------------AATTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GA
gi|8 : ttttgaaatgacgggagattttcacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA--T---G-ACC-C-C-A-TA---T---AC-TG-TGTA-----TTAGAAG-CCAT----------GTCA---T--T-GCGCATTT-TTAA----GTAGT---C-CCAAG-CA--C---TG--TG-TAACA--TT-GCAATC--AG-A-CTA--ATT---T-TTCCAC-TT-CTGT-CT--GAA-AC--CA-GG----GG-T-AGT-A-TTTT-CAC---AC-CT-------TG-----------ATC---A-GA--GTT-ACTGGC--C-CA-GC--A-CA-CC-T-C--A----GTGAATC--CGTC-AAATA--------TT-CA--CA----CC-TCTTTTGAAATA-C---------CA-T-GATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTTGCATG-AA--TTA-----AAC--AAACAATTATGG--TG-----TAAGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--CGC-CTGCA-TG-CTTATGAAT--ACTT--G--TTTATATAAAA----GG-----ATAGC-TT-GG----GG--TCCA-ATTGTA-T----AAATTTG---GA--G--------------A---A--G-GTACTGTACT-ATTAGG-GAAG-A-AA-C-C-T--CAC--ACTTGG----T--C-AAAGCGAA-AGTAGAAC--ACCGC--GGTTG-TAG-TTCGAAAA--TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-TTTTCA---G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AATTTAA--TAAGT-T-T-AA-----ATTTAGA---TAA--GTG----TTAT--------T----------TG-----TA------TA-AGAT--A---ATAAG-TTA-CAG
gi|9 : caaaatttgttattcaacaCT-T----------AATGT-AG---AGCTGA-TTAAA-----CA-C-ACAGAGAG-----A--AAC---T----------AC-----A--GTTTA----G-TA-----GC----AT--CAACTACT-G--------------------AGT--G--AG---C--A-GAAT-GA---GAATG---TTCTTTCACGTCCTCCAGACCCGGTGTGG-TGA--G-----GAACC-G-----ATAC----A-CA-TAAATAGA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGC-AGTACCACCAT-AGA---TAAAG-TT--GCCT-AT--A--CA----GAAA-TCTTG-TATATT-C-CGTA--ATA-----A--ATAT---ATG--AAATA----AA-GT-TGGTTA-TTT-G--C---------------------------TTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAACTGT--AAAA-----A--TGAC-AA-T-ATTT-A-C--AAC---A----AA-------TGTAG---------T-----------------G-------------------AACCCTT-CA-AAA--TAC--A-A-CA-AATTAAATGAAT--AGA-A----TTTAAA-------A-----A-AAAA---G---------T---TTATGATAAAAC-AAA--AA--A-------------------------------------------------AAAAT--T-TA--A--A------AG---CTCAAACAC---AA-GATTTATTTTAA--TT-CA-TT---A--ACC-AAT-A----GA---C-AC-AAA-AAT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-GAA-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): GTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTCACATGTATGTTATG
Unaligned ( gi|30 ): ATGTAATTTAAATCCCTGTTACACCCAACACAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111111 1 111 1 11 11111111 1111 11111111 1111111 111111 11 11 22222 11 22222222222 1111 22222222222 11 11 1111 11111111 2222 222222222 2222222222222 11111 11111 222222222222 1111 1111111 11111111 88888888888888888 333333333 111 11 11 333333333333333 111111 11111 222222222 2222222222 1111111 111 33333333333333 111 111111 111 666666666666666666666666666666666 11111 4444444444444444444 666666666666666666666666666666 22222222 11111111 2222 111 2222 11 2222 111 11111111 1111 1111111111111111111111111111111111 444444444444444444444 11111 11 11111111 44444444444444444444444444444444444444444 222 1 2222 2222222222222 111111111 111111 2222222222222222222222222222222222222 111111111 111
lowQualScore : 77 777 77 888 4 9999 55 55 4 88888888 1 0 55 1 0 4 4 8888 55 4 4 333 66 5 777 5 77 5 0 88 888 5 4 4 4 4 777 77777 4 22222222 4 0000 44 11111111 4 5555555 4 222222 5 4 8888 00 8 4 66 4 66 4 4 00 33333 0 8 55 4 4 66 00000000000 4 4 1111 4 777 4 55 4 44444444444 88888 11 8 777 55 4 33 55 4 4 4 4 55 2222 55 55 4 4 66666666 4 66 0000 5 888 5 5 888888888 5 5 5 66 4 4 4 4 4 4 4 4 55 4 55 8888888888888 55 00000 4 4 8 8 8 4 66 4 4 4 4 4 55 55 55 77777 4 444444444444 7777 8 99 4 4 4 1111111 777 55555555 55 4 8888 4 33333333333333333 4 4 4 4 4 55 55 2 333333333 1 4 0 111 55 4 55 222222222222222 4 66 4 444 111111 666 4 55 55 4 4 55 00000 4 777 55 8888 000000000 55 7777777777 2222222 4 99 777 4 4 333 5 5 5 66 8 11111111111111 4 111 4 4 000000 4 4 777 66 888888888888888888888888888888888 4 11111 9999 66 4444444444444444444 4 66 66 777 66 8 4 4 000000000000000000000000000000 66 5 22222222 55555555 1111 5 333 5 5 66 4 0 7777 2 5 888 5 66 5 33 0000 5 99 5 5 5 5 222 5 66666666 888 66 0000 5 5 5 3333333333333333333333333333333333 4 66 66 4 222222222222222222222 66 66 55555 66 4 4 22 8 4 55 22222222 4 4 33333333333333333333333333333333333333333 8 4 4 333 0 3 3 55 3 3 5555 4 0000000000000 3 44 555 222222222 555 555555 3 88 44 7777777777777777777777777777777777777 44 2 888 33 6666 555 0 777 2 111111111 66 2 2 66 33 2 2 2 2 555 2 66 2 66 5 33 33 444 444 444 111 2 33 2 555 2 33 2 5555 66 2 99999999 777777 33 6666 3
lowQualScore : .. ... .. ... . .... .. .. . ........ . . .. . . . . .... .. . . ... .. . ... . .. . . .. ... . . . . . ... ..... . ........ . .... .. ........ . ....... . ...... . . .... .. . . .. . .. . . .. ..... . . .. . . .. ........... . . .... . ... . .. . ........... ..... .. . ... .. . .. .. . . . . .. .... .. .. . . ........ . .. .... . ... . . ......... . . . .. . . . . . . . . .. . .. ............. .. ..... . . . . . . .. . . . . . .. .. .. ..... . ............ .... . .. . . . ....... ... ........ .. . .... . ................. . . . . . .. .. . ......... . . . ... .. . .. ............... . .. . ... ...... ... . .. .. . . .. ..... . ... .. .... ......... .. .......... ....... . .. ... . . ... . . . .. . .............. . ... . . ...... . . ... .. ................................. . ..... .... .. ................... . .. .. ... .. . . . .............................. .. . ........ ........ .... . ... . . .. . . .... . . ... . .. . .. .... . .. . . . . ... . ........ ... .. .... . . . .................................. . .. .. . ..................... .. .. ..... .. . . .. . . .. ........ . . ......................................... . . . ... . . . .. . . .... . ............. . .. ... ......... ... ...... . .. .. ..................................... .. . ... .. .... ... . ... . ......... .. . . .. .. . . . . ... . .. . .. . .. .. ... ... ... ... . .. . ... . .. . .... .. . ........ ...... .. .... .
lowQualScore : 99 999 99 888 4 4444 55 55 0 55555555 9 9 55 9 6 0 0 5555 55 0 0 999 99 0 999 0 99 7 9 88 888 0 5 0 0 0 000 66666 0 11111111 0 2222 66 00000000 4 0000000 4 888888 3 4 9999 66 9 4 11 4 11 4 4 66 11111 9 9 00 4 4 11 11111111111 0 0 1111 0 000 0 55 0 55555555555 66666 00 0 000 55 0 55 55 0 0 0 0 55 5555 55 55 4 4 11111111 4 99 6666 0 888 0 0 888888888 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 55 5555555555555 55 00000 0 0 9 9 4 4 11 4 0 0 0 0 55 55 55 33333 0 000000000000 7777 0 55 0 0 0 4444444 000 88888888 55 9 5555 0 99999999999999999 0 0 0 0 0 55 55 3 222222222 6 0 9 000 00 4 00 333333333333333 6 44 0 666 555555 333 0 55 55 0 0 55 00000 0 000 55 5555 000000000 55 5555555555 5555555 0 55 000 0 0 888 0 0 0 11 9 11111111111111 0 000 0 0 777777 0 0 777 11 111111111111111111111111111111111 4 11111 4444 11 2222222222222222222 4 11 11 888 11 9 4 4 999999999999999999999999999999 11 0 00000000 22222222 2222 0 888 0 0 99 5 1 6666 5 0 888 0 99 0 88 6666 0 55 0 0 0 0 888 0 00000000 888 99 6666 0 0 0 8888888888888888888888888888888888 4 11 11 4 222222222222222222222 11 11 66666 11 4 4 99 0 0 55 99999999 0 0 88888888888888888888888888888888888888888 9 0 0 333 9 6 6 00 6 6 0000 4 9999999999999 3 66 888 333333333 444 000000 1 55 22 8888888888888888888888888888888888888 22 9 444 99 1111 000 7 999 9 444444444 88 9 9 88 99 9 9 9 9 000 9 88 9 88 7 77 77 777 777 777 000 7 77 7 555 7 77 7 7777 33 7 77777777 777777 99 5555 3
consensus : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTCAA-CA--NC-AAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TT--AC-CG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATT-TTAT----TCAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--CA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AAC--A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--ACTT--G--TT-AT-TAAAG----GG-----ATAGC-TTTAGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--GNGCC----G-ACTAA---A--G-GTATTA--CT-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTGA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTG-TA--TTCGAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TAA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------NT-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----CA-C-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---C---A-----AAC-----A--A--CA----GT-A-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GA-G---G---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACC-G-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCGAGTACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T--AA-TA-----A--ATAT---GTGAA--ATA----AA-GT-TGGTTA-TTT-A--TTTAC----A-----------------AAAAATTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAATTACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA-------ATTT--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTA
Reference ( family-2380 ) : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTCAA-CA--NC-AAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TT--AC-CG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATT-TTAT----TCAG-TC------CNAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--CA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AAC--A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--ACTT--G--TT-AT-TAAAG----GG-----ATAGC-TTTAGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--GNGCC----G-ACTAA---A--G-GTAT----CT-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTGA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTG-TA--TTCGAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TAA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------NT-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----CA-C-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---C---A-----AAC-----A--A--CA----GT-A-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GA-G---G---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACC-G-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCGAGTACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T--NA-TA-----A--ATAT---GTGAA--ATA----AA-GT-TGGTTA-TTT-A--TTTAC----A-----------------AAAAATTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAATTACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA-------ATTT--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTA
gi|1 : AAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTCAA-CAGGGC-AAAACAA-AAGTTAC-T---G-A-CAC-C-ACAA---TTTAGC-TG-TGTA-----C--GAAG--CAT--T-TGA-GTGTCA---A--TGGTCAAATT-TTCTTTTCTCAG-TT------CACAG-CACACTTGC-TGTTA-CA--TTGGCAATA--GGCA-CTAATATT---A-T-CCACTT--CT-TGCTACGAGCACCACA-GG-T---G-T-AG--ATTTTT-CGC---AC-CTG--TCG-TG------------CC---T-GA--TCTAAC---CCGC-C--GC--A-CA-TC-T-C--C----A--AATC--TGTCGAAA-A--------TT-CA--CAGACGCTGT---TTGAAA-A-CGGG------CA-C-AATCTGTG--TTT-C-TG-G-ATTC-C-T-TGGATTTT--ATT-AAGGATATACAGAACTTA--CAATTAA-G--TGACGCAT-AGTGTAATCTAACATTCAATAACA--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--ACTT--GGTTT-AT-TAAAG----AGGATAAATAGC--TTAGCCT-GG--T-CA-A-TGT--TACAAA---TC----G---GA--GTGCC----G-ACTAA---C--GAGTATTAG-CT-AATA-G-GAAG-ATAA-CTCTT--TAC--ACTTGACGCTG--C-AA----AA-AGC-----------C--GTTG-TATGTTCAAAGA----------------AATAAAGGTAAAATCTTTCA-T-G-AAA------TTACGA-TG-AA--AGTTGAA--TAAGTCT-T--AA-----ACGC--A---TAA--ACG----TTA---------T--TGACAAT-----TATGATACAT-GAAT--ACGCATAAGATTA-GAGG---T-TAC-AT-CTATGGCCC-ACTAG----------A-TGTAATACGA-GCTGA-TTATA------A-CAATGGAGAGAGAAAA--AACA--T---ACTGTTAACAGCGTA--G--CA----GT-ACGTAGGC----AT--C-AC------------T------ATATCGCA--GC--GAG---C--ACGCATGGA-G---GGC-T----------------------GTG--G-TGA--------GGACTGG-----AGACACGTA-CAGT---TACAGA-TATTCTAACTA--GTTTA--AGC-----CAAGCATA-GA---TAAAG-TT--GCTTGATA--CGAAGCG-AACCCTTG-TATCTT-CGCG-TTCAG-TA-----G--ATATATAGTGGAACATA----AA-GTGTGGTTA-CTC-A--TT---------------------------AAGTTTA-TTC-T--C---ATGTT---------------------GTTAAC--T--AGGAACACCT--TGAC-AAGTAGTTTGT-C--AACAAGA----AAA-GC-CCTATAT---------TATTGCAATCGCCAAGACGAA-----------CTTAAAAACCCTTACACAAAATCA-AAA-A-AA-AAATAAATGAAT--A-A-ATAT-TTTGAA-------TTTA--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--ATTCTATATACAAAAAAAT-TA-T---------------TTGGTAAATTAT-T---A--ACC----AT---CGGAC-CAT---AA-G---------AAACTGCCA-TGG--A--GCA-AAT-G-TC-GA---A-A--AAC-ATT--C-----G--TTTT--AA---GA-C---AAAA----TCC---A-GCTTT-G-ACAAAGTCTC-AC--AT-G----T--CCA-GC--------T------
gi|10 : ATGTGATTCTCCC--GGA---GGGAGA---TA-AAA----TCTCTCGAT--TTT--G-AG--------ATCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAA-TC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTAAT-CA--TC-AAA--AA-AA-TTA--T---G-ACCGC-C-C-AA---TT--AT-CG-TGTA-----C--GAAG-CCTT--T-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATT-TTAG----TCAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--TT-A-CTA--ATT-----TTCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--TA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--ACTT--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AACA-A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--ACTT--GT-TT-AT-TAAA-----GT-----ATTGC--TTAGCCTAGG--T-CA-------------A---TC----G---GA--GTGT-------ATTA-----------------CT-AATAGG-GAAG-ATAA-CTA-T--CAC--ATTTGA----C--CAAAAGCGAA-AGTAGAA---ACagctgcagctgatccgtcaatctcgattgccagaacattctgtctcacatgtatggc
gi|11 : acTTCTCCC--GGCCGGG--AGA---TA-AAAAACGTCTCCCGATGCTTT--GTAGTAATACTAACCCCCTC
gi|11 : CCGCTAAAAAGCTTATAAATCATGCTAAACC--GTGCATTT-CAGA-AA--ATTTCAA-CA--CTAAAA--AA-AAATTA--TATGG-ACCGCGCAA-AA---TT--ACACGCTGTGGTACCC--GAAGCCCAT--TCTGATGCGTCAGAGA--TAGTCAAATT-TAAT----TCAGCTCACCAAACCAAG-CG----TGAATG-TA-AT--TT-GCAATACGGG-AGCTAT-ATCAG-A-TTCCACATA-CT-T-CT--GAATACAATA-GG-CTGGG-T-AG--A-TTTTCCAC---AC-CTGGTCCGATGGA---------ACCAAAT-GAAGTCTAAC---C--T-CTGGCTAG-CA-TC-TCC--A----A--AATC--agacccaagccaagccaagtgcgttccgggtgggtgccaccgctaaaaagcttataaatcatgctaaaccgtgcatttcagaaaatttcaacactaaaaaaaaattatatggaccgcgcaaaattacacgctgtggtacccgaagcccattctgatgcgtcagagatagtcaaatttaattcagctcaccaaaccaagcgtgaatgtaatttgcaatacgggagctatatcagattccacatacttctgaatacaataggctgggtagattttccacacctggtccgatggaaccaaatgaagtctaacctctggctagcatctccaaaatcccgtacgtttcttacaattcacaacaccg
gi|12 : ttctcccggccgggagataaaaaacgtctcccgatgctttgtagtaatactaaccccctcagacccaagccaagccaagtgcgttccgggtgggtgccaG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--CTA-----AAC--AA-CAATTAATG--TT-----T-AGT-TAAT-TAACATGTA-TGA-A--C-C-CTGCA-TG-TTC-TA--T--ACTT--G--TTTAT-TAAAG----G------ATAGC-TT-AGCCT-GGG-T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--GGGCC----G-ACTA-----------------CT-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTAA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTG-TA--TTCGAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGT-AAA-ATTTCA-T-G-A-------------------A--AGTTGAA--TATGT-T-A--AA-----ACGTG-A---TAA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TT-GAAT--A---ATAAA-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-TA---------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----TA-C-ATccgtacgtttcttacaattcacaacaccg
gi|13 : TTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAA--TGTAGAA-----TATTGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---C----AAA-GC-CCTATAG---------T-----------------GAA-----------CTT-AAA-CCCTT-CA-AAAAT-ACAA----CA-AAGTAAATTAAT--A-ATA----TTTGA----------TT--A-AAA--A---AAAGAAAAGTC---TC------AAAC-ACA--AG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--G--ATT----AT---T------------A-A---------AA--TG----TTG--A--AAA-AAT-A-TC-GA---C-A--AAA-AAT--C-TCCAG--TTT---CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-TT--------T------GCGACA--TGACATGCAGTTCTGTCAC-ATG
gi|14 : T-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAACTTATGTTGAACTT-AAAACCCTT-CA-AAAAT-ACAAA-AACA-AAATAAATGAAT--A-A-AA---TTTGAA--------TTT--A-AAAAAA---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-T---A--ACC----AA---TTGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTGA-A--AAA-AAT-G-GC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-AT
gi|15 : A-------ATCT--ACAAG--A---G---------C---AC------CAAC-ACACCTG--ATA---------------T-TACT---------------T--GTACATTCA-TA--A--CCC----AG---TGGA-ACATC--AACG---------CA--TG-CA-TTG--ATGAAA-AAT-G-TC-GAACAC-A--AAC-AGTGCT-TCCAG--CTTTATCA---GACC---GAAA---CTCCT--ACGC--T-G-A-AAAACTTC-AAAGATGC----TG-CCA-GTTTGAATCGT------GTGACACTCGA----CAGTTCT-TCAT-ATGTA
gi|16 : aatct-C-A-AA---TT--AC-CG-TGAA-----A--GAAG-------------ATGTCA---G--T-GTTAAATT-TT-----------TT------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CG--TT-GCGATC--AG-A-CTA--ATT-----TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--CA-G--------------A-TTTT-CAC---AT-CTG-------------------ATC---TAGG--CCC-AC---C--C-T--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-t
gi|17 : ttcaaaattttttacgtggtagatctatatcgttatcaacgatgaA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-AA---TTTGAATAAAAAAATTA--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-CCACTTG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTGT-TA--A---CG----AA---GGGACACAT---AA-G---------AA--AA-TG-TTG--A--AAA-AAT-G-TT-GA---C-A--ATA-A-------------------------ATC---AAAA---CTCA---A-GC--T-G-A-AAAACTCC-AA--AT-CTCGAT--CTA-GT--------T------GCGACA--TGA----CAG
gi|18 : aaatacCCTT-CA-AAAAT-ACAA----CA-AAGTAGATGAAT--A-A-AA---TTTGAA--------TAA--A-AAA--A---G---------AAAATC------AAAC-ACA--AG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--A---CC----AA---TGGGCACAT---AA-G---------AA-----------------AA-TAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AAT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAATTTC-AA--AT-A----T--CCA-GT--------T------CTGTCA--
gi|19 : ---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TG--ACCACCCTGCAG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAca
gi|2 : ATGTGCTT-TCCC--GGC---G--GGAGATTA-AAA----TCTCCCGAT--TTTTTG-AGG-------ACTCCCTCCGTTCCCTCCGGCTAAAAG--T-AAAAATC-T-T----CCCGGT-CATTTTCA---AA--ATTTCAA-CA--TC-AAA--AA-AATTTAATT---GGACCGC-C-A-AAAAATT--AC-CG-TGTA-----C--GAAG-CCATGTT-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATTCTTAT----TCAG-TC------C-AAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CG-T-CT--GAACAC--CACGGTT--GG-TAAG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--CTT--GC--A-CATTC-T-TCAA----A--AATC--TGT--AAA-A--------TT-CA--CAC---CC-T---TTGAAA-ACC---------CA-C-AATCT-TGGTTTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--A-A-----AACAAA--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-CTTTGCA-TG-CTC-TA--T--ACTTTGG--TT-AT-TAAA-----GG-----ATAGC-TT--GCCT-GGGTT-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GAAGGGGCT----GAACTTACTTA--G-GTTC----CT-AATAGGAGAAGAATAA-CTC-T--CAC--ACTTAA----AACC-AAAGCGAACAGTAGGAAATACCGCAGGTT--TAT-TTCGAAAAA-TATAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCATT-GCAAA------TTAC-A-TG-GGACAGTTGAA--TATGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TCA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TTGGAAT--A---ATAAA-TTAGGAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-----A-------------TATA-----CA-C-ATGGAATTAAAAAA--A-----C---A-----AACA----A--A--CAG---GT-A-----GC----ATTCCAACTCCTAG------T------TAATC-CA--GC--GAATGTC--AGGCAT-GA-G---G---T----------------------GTG--G-TGAGGG-----GGACT-G-----AGAC----ATCAGTC--TACA-ATTATTCTTAATA--GTTTAGCAGCAAGTACCACCATA-GA---TAAAGTTT--GCCT-ATA--CG----G-AA-ACTTG-TATCTTCC-CG-T--AA-TA-----A--TTAT---GTTGA--ATA----AATGT-TGGTTATTTT-AATTTTACAAAAA-----------------AAAAATGTACTTC-T--TCAAATG-TC--------------------GTTAAC--T--AGAAT----T--TGAC-AA-T--TTT-T-C--AAC---A----AAAGGC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAA-TACAAATA-CA-AAATAAATGAAT--A-A-AGAATTTTG-A-------ATTTAAA-AAA--A---G---------C---TC------AAACGACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTA--TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CATTTG--A--AAACAATAG-TC-GA---C-AAGAGA-AGT--CTTCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAAGACTTCC---A-GC--T-GAA-AAAACATCAAA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCACAATGTt
gi|20 : AATTAT-CA--A--ATT----AAAAATGGACACAT---AA------------A--CG-TT-TTT--A--AAA-AA----------------------AT--C-TTGAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---TTTC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CTA-GT--------T------GTGACA--TGA----TGGCTTTGTCAC-AT
gi|21 : tTATTG--C-ACT-T----------AATGT-AT---A-GCTGA-TTATAAATTACA-C-ATGGAGAAAAAAAACAAACAAAC---AC----AAC-----A--A--CA----GT-A-----GC----AT--CAACTCCT-AGTATACT------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GA-G---G--------------------------GTG--
gi|22 : ATGCAATACTTTT--GGCAG-G--AGA---TA-AAA----TCTCCCCAT--TTT--G-AG--------CCCCCTTCCTGTACCTTCCGCTAAAAG--TT-AAAATA-T-C----CC--GT-CATTT-t
gi|23 : ac-C-A-AA---TT--AT-CG-TGCA-----A--GAAG-CCAT--G-TG
gi|24 : tcgccgttcaaaatttttgatttggtatatccttatcaacggtgaAT--TTT--G-AG--------GTACCCTCCCG-ACCTCCCGCTAA-----TTAGAA------T----GC--GT-CA-TT-CA---AATTATTGTAATCA--TC-Agattttttttccagt
gi|25 : ctATGTGATTCTCCCAGGGG---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ATCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAATG--Tttgacgcagtaaaaaaa
gi|26 : tacCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCT---A-GC--T-G-A-AACACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GC--------T------GCGATG--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATgtatacccatc
gi|27 : CA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--TA-----ACGTA-A---TAA--AGG----TTA---------T--TG----------TA------AT-GAAT--A---ATAAG-TTA-ac
gi|28 : ---TA-AAA----TCTCCTGAT--TTT--G-AG---------CCCCCTCCCGTCCCTCCGGCTAAAAG--TT-AAAATC-T-C----CC--AT-CATTT-CA---Aca
gi|3 : G-T-AA--T-TTTT-CGCGCAAC-CTG--TCG-TGCCGCGAGCCCAACC---T-GAGTTCT-AC---C--C-CA-GC--AACA-TTGT-C--ACGTAA--GAAC--TGTC-AAA-AAGAGGAGATT-CAGCCA----CC-T---TTGAAA-G-CGAGCGCGAGCA-CGAATC--TG--T----ATG-GAA-TCGCGT-T-GATAGT--ATTGGA--ATT-----GAT--A--CAATT-GCG--TG-----T-AAC-TAA
gi|3 : t-CTGCAATGGCTC-TG--TTTACTT--G--T--AT-GAGAGAAGAGG-----ATAGCCTTTAGCCT-GG----CA-A-TGTATT----A---AC----AAT-GG--GTGCCCGGGG-ACTAA---ACGA-GTATTAC-CT-AATAGG-GAAG-ATAAACTC-T--TGCCAACTT---------------TGGA-CCTTGAA---ACCGCC-GTTG-TA--TTCAAAGA---GAA--------TGAGTGAGAG--AGA-ATTTCA-TTG-AAAGGTGAGCGAC-AGTGTGA--AATTGGAGATAAGG-TGT--AGGGAAGACGCG-AGAGTAAGGATG----TTAGGGTGACAATAATG----------TA------AT-GAATT-A---ATAAG-TTA-GAGAC--T-TACCATGCTACTG--CCACT-A----------AGTGT-ATG--A-GCTGA-TTATA-----CAGC-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---CGTGA-----CACTT---A--A--CATAG-GT-A-----GCGTAGAT--CAA-------------T------ATATC-CA--GCGGGAG---C--A-GAAT-GT-GA--G---T----------------------GTG--GTTGA--GACTGAGGACC-GCCCACGGTT----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAA-TAGTGTTTAAC--CGAG---CGCGATA-GAGATTAAAG-TTGGGCCT-ATACTCA----G-AA-ACTCGTTATCTT-C-CGTT--AA-TAGAGGTG--ATAT---GTGAA--ATAAAAGAA-GT-TGGGTA-TTT-A---ATAT----A-----------------------TTACTTT-TCAC--AATG-TGGAATAAAAGAGTGTGTGAGGGTTAAC--T--AGAA-----T--GAACGAA-T-GTTTGTGC--GAG---AGGAGAAA-GCGCCTATATATGATCTCAC-----------------GAA-----------CTT-AGAACCCTT-CC-AAAA-TACAAA-A-AACAAAT-AATGAAT--A-A-A----ATTGAA-------ATTT--A-AAA--AAAGA---------C---TCA-----AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-TAATAAAAAAATTATAT--GTGAATTATATT--A--ACC----AG---TGGACCCAT---AA-G---------AAT-TG-CA--TGAAA--AAA-AAT-GATCGGA---C-A--AAAGGGT--CTTCCAGTATTTT--CAGGGGACCAAAAAAA---CTTCCCAA-GC--TGG-A-AAAACTCA-AA--AT-C----TACCCA-GT--------TGTAGACGTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAgcgagtaaatgggagtgagtgtaatatataacgtgtcgagtacgagataagcgcgcgctgcaatggctctgtttacttgtatgagagaagaggatagcctttagcctggcaatgtattaacaatgggtgcccggggactaaacgagtattacctaatagggaagataaactcttgccaactttggaccttgaaaccgccgttgtattcaaagagaatgagtgagagagaatttcattgaaaggtgagcgacagtgtgaaattggagataaggtgtagggaagacgcgagagtaaggatgttagggtgacaataatgtaatgaattaataagttagagacttaccatgctactgccactaagtgtatgagctgattatacagcatggagagagaaaaaaccgtgacacttaacataggtagcgtagatcaatatatccagcgggagcagaatgtgagtgtggttgagactgaggaccgcccacggttacagttacaatattctaatagtgtttaaccgagcgcgatagagattaaagttgggcctatactcagaaactcgttatcttccgttaatagaggtgatatgtgaaataaaagaagttgggtatttaatatattacttttcacaatgtggaataaaagagtgtgtgagggttaactagaatgaacgaatgtttgtgcgagaggagaaagcgcctatatatgatctcacgaacttagaacccttccaaaatacaaaaaacaaataatgaataaaattgaaatttaaaaaaagactcaaaacacatgatttataataaaaaaattatatgtgaattatattaaccagtggacccataagaattgcatgaaaaaaaatgatcggacaaaagggtcttccagtattttcaggggaccaaaaaaacttcccaagctggaaaaactcaaaatctacccagttgtagacgtgacatgacagttctgtcacatgtat
gi|4 : tgtaatttttcgcgcaacctgtcgtgccgcgagcccaacctgagttctaccccagcaacattgtcacgtaagaactgtcaaaaagaggagattcagccacctttgaaagcgagcgcgagcacgaatctgtatggaatcgcgttgatagtattggaattgatacaattgcgtgtaactaagcgagtaaatgggagtgagtgtaatatataacgtgtcgagtacgagataagcgcgcgA-AAA----TCTCCCGAT--TT---G-AG--------ACCCC-TCCCGTCCCTCCCGCTAAA-G--TTAAAA-TC-T-C----CC--GT-CATTT-CAGCAAA--ATTTCAA-CA--TC-AAA--AATAAATTAAAT---G-ACGTG-C-A-AA---TT-----TG-TGTA-----C--GAAG-C-AT--T-TGA-GTGTCA---AATC-GTCAAATT---AT-----CAG-TC------CCAAGTCAC---TG--TGGTA-CAATTT-GCAATA--GG-A-CAA--CTTCATACTCCCAC-TTCCT-T-CT--GAACAC-----GG-T--GGAT-AGTGACTTTT-CAC---ACACTG--TCT-TG-----------GAC---TAGA--TCT-AC---C--T-C--TC--A-CA-CT-C-C--A----A--AATTCTTGTC-AAA-A--------TTTCA--CAA---CC-T---TTGAAA-A-C---------CAAC-AATCT-TG--TTTGCATGTG-A-TC-C-TAT-GATCTC--ATT-TA--ATA-----ACC--AACCAATTAATGGCTG-----T-AGT---ATCTAAC-TTCACTGA-AACC-C-TTGCA-TG-CTC-TA--T--ACTT--G--TTTAT-TAAAG----G------ATAGC-CT-AGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----A---AG--AGGCC----G-A-TAA----------------CTGAATAGG---AG-ATAA-CTC-TACTAC--ACTTTA----A--CCAAAGCGAA-AGTAGAA---ACCG---GTTG-TA--TT-GAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAG-TAAAT-ATTTCA-T-A-AA--------TAC-A-TG-GA--AGTTGAA----ATT-T-TTGAA-----ACGTA-A---TCA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TT-GAATCAG---ATAAA-TTA--AGACGTT-CAC-GT-TTATTG--CGACT-T----------AATGT-AT---AAGCTGAGTTATA-----CA-C-ATG---ATA-AAAA--AAC-------------AAC-----A--A--CA----GTTA-----GC----AT--CAACATCT-A------TCGCTCAAT-TC-CACGGC---AG---CTTA-GCTT-GA-GTGGG---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACTAG-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTATCTG--GTT-AGCAGCGA-TACCAC-ATAAGA---TAAGT-TT--GC-T-ATAAACAC---G-GA-CCTTG-TATCT--C-CG-T--CAATA-----A--ATA----GTGAT--A-A----AA-GT-TGGTTA-TTT-A--TTTAC----AT----------------AAAAATT--CTTCTT--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC--A-T--TTT-T-CAAAACA--A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------AAA-----------CTTAAAAAACCTT-CA-AAA---ACAAATA-C--AAATAAATGAATTAA-A-A----TTTG-A-------ATTTAAA-AAA--A---G---------C---TCA-----AAAC-ACA--TGAAAT----------------TGTA-T---------------T--GTAAA-TAT-TATTA--ACC----AG---T-GACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAA-T-TC-GA---CGA--AAA-AGTC-C-TCCAA--GTTT--CA---GACC---AAAA---CTCCAA-A-GC--T-G-----AACTTC-AA--TT-C----T--CCAGGT--------T------GTGA-A--TGA----CAGTT-TGTCAC-ATt
gi|5 : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACTCCCTCCCG-CCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATT--CA---AA--ATTTCAA-CA--AT-AAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TT--AC-TG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTG-CA---A--T-GTCAAATT-CTAT----TCAG-CC------CAAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GC-A-CTA--ATT---A-TC--AC-T--CG-T-CT--GAACAC--CA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--AT---A--AATC--TGTC-AAA-A---------T-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AAC--A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCA-TGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-AT--T--ACTT--G--TT-AT-TAAAG----GA-----ATAGC-TTTAGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--GGGCC----G-ACTA-----------------CT-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTAA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTGTTA--TTCGAAAAACTGTACAAGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAA--TATGT-T-T--AA-----AAGTA-A---TCA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TT-GAAT--A---ATAAA-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----GA-C-ATGGAGA---AAAA--AAC---CA--A-----AAC-----A--A--CA----GT-A-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GA-G---G---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACT-G-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCAAGTACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT--TA--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T---A-TA-----A--AT-T---GTGAT--AT-----AA-GT-TGGTTA-TTTAA--TTTAC----AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T--TTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAATTACAAATA-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA-------ATTT--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT---------------------T---------------T--GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--GTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-G---T-G---AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAt
gi|6 : ATGTGATTC-CCC--GGC---G--GGA---GATAAA----TCTCC-GAT--TTT--G-AG--------ACCCCTCACCGTCC-TCCCGCTAAAAG--TTAAAA-TC-T-C----CC--AT-CATTT-CA---AA----TTCAA-CA--GC-AAA--AA-AA-TTA--T---G-ACGCC-C-A-AA---TT--A---G-TGTA-----C--AAAG-CCAT--T-TGA--TGTCC---A--T-GTCAATTT-TT-T----TCAG-TT------ACAA--CA----TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCC-AC-T--CT-T-CT--GAACAC--------T--GG-T-AG--A-TTTT-CA----AC-CTG--TCC-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-T--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AA-CT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATATT--AT---A--ATA-----TCA--A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCATTAA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--ACTT--G--T---T-TAAAA----AG-----ATAGC--TTAGCCTGGG--T-CATA-TG---T----A---TC----AATCGA--GATGC----G-ACTAA---T--G-AGATTA--CT-AATAAG-GAAG-ATAA--TC-T--CAC--ACTTGACCT-G--CAAAAACGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTG-TA--TTCAAAA----------------GAATAAAGGT-AAA-ATTTCA-T---AAA------TTAC---T--GA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TAA--ATGTAACTTA---------C--TG----------TA------AT-GGAT--A---AT-AG-TTA-GA-A---TATAC-GT-CTATTG--C-ACT-TAATCAAGTTAA-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----TA-C-ATGGAGA---AAAA--AAC---T----------AC-----A--GTTCA----GT-A-----GC----AT--CAACTCC---------T------ATATC-CA--GC--GA----C--A-GCAT-GA-G---GGTNN----------------------NNN--N-NNN--N-----NNNNN-N-----NNNN----N-NNNN---NNNN-N-NNNNNNNNCTA--GTTTAGCAGC---------------A---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CA----G-AA--CTTG-TATCTT-C-C--T--AA-T------A--ATAT---GTGAA--ATA----AA--T-TGGTTA-TTT----------------------------------AATTAACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T------------------AA-----------CTT--AAACCCTT-CA-AAA--TACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTG-A-------ATTTAAA-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TA--------------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-T---A--ACC----AA---TGGACACATAGAAA-T---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C----AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---ACAA---CTCG---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA--T--------T------GTGACA--TGA----CCATTCTGTCAC-ATGTA
gi|7 : ac-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATATAC--AACTTA--CAATTAATG--AG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCAATAA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--ACTT--G--TTTAT-TAAAG----G------ATAGC-TT-AGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TCAATCG---GA--GTGCC----G-ACTAA---ACGA-GTATTA--CT-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--TAC--ACTTGACCT-G--C-AAA------------A---ACCGC--GTTG-TA--TTCAAAA----------------GAATAAAGGTAAAA--TTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGCA-A---TAA--ATG----TTA---------T--TGACAATTAATGTA------AT-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-AT-CTACTG--C-ACT-A----------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----CA-C-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---T---ACTGT-AAC-----AGTA--CAGTACGT-A-----GC----AT--CAAC------------T------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GAGG---G---T----------------------GTG--G-TGAG-G-----GGACT-G-----AGACACGTA-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTA---------ACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CAG---G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T--TA-TA-----GATATAT---GTGAA--ATA----AA-GT-TGGTTA-TTT----------------------------------AATTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GA
gi|8 : ttttgaaatgacgggagattttcacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA--T---G-ACC-C-C-A-TA---T---AC-TG-TGTA-----TTAGAAG-CCAT----------GTCA---T--T-GCGCATTT-TTAA----GTAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TAACA--TT-GCAATC--AG-A-CTA--ATT---T-TTCCAC-TT-CTGT-CT--GAA-AC--CA-GG----GG-T-AGT-A-TTTT-CAC---AC-CT-------TG-----------ATC---A-GA--GTT-ACTGGC--C-CA-GC--A-CA-CC-T-C--A----GTGAATC--CGTC-AAATA--------TT-CA--CA----CC-TCTTTTGAAATA-C---------CA-T-GATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTTGCATG-AA--TTA-----AACAAA--CAATTATGG--TG-----TAAGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--CGC-CTGCA-TG-CTTATGAAT--ACTT--GT-TT-ATATAAAA----GG-----ATAGC--TTGG----GG--TCCA-ATTGTA-T----AAATTT----G---GA--G--------------A---A--G-GTACTGTACT-ATTAGG-GAAG-A-AA-C-C-T--CAC--ACTTGG----T--C-AAAGCGAA-AGTAGAAC--ACCGCG-GTTG-TAG-TTCG-AAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-TTTTCA---G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AATTTAA--TAAGT-T-T--AA-----ATTTAGA---TAA--GTG----TTAT--------T--TG----------TA------TA-AGAT--A---ATAAG-TTA-CAG
gi|9 : caaaatttgttattcaacaCT-T----------AATGT-AG---A-GCTGA-TTAAA-----CA-C-ACAGAGAG-----A--AAC---T----------AC-----A--GTTTA----GT-A-----GC----AT--CAACTACT-G--------------------A--GT--GAG---C--A-GAAT-GA-GAATG---TTCTTTCACGTCCTCCAGACCCGGTGTGG-TGA--G-----GAACC-G-----ATAC----A-CA-TAAATAGA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGC-AGTACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CA----GAAA-TCTTG-TATATT-C-CG-T--AA-TA-----A--ATAT---ATGAA--ATA----AA-GT-TGGTTA-TTT-G--C-------------------------------TTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAACTGT--AAAA-----A--TGAC-AA-T-ATTT-A-C--AAC---A----AA-------TGTAG---------T-----------------G-------------------AACCCTT-CA-AAA--TAC--A-A-CA-AATTAAATGAAT--AGA-A----TTTAAA-------A-----A-AAA--A---G---------T---TTATGATAAAAC-AAA--AA--A--------------------A----------------------AAAT--T-TA--A--A------AG---CTCAAACAC---AA-GATTTATTTTAA--TT-CA-TT---A--ACC-AAT-A----GA---C-AC-AAA-AAT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-GAA-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): GTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTCACATGTATGTTATG
Unaligned ( gi|30 ): ATGTAATTTAAATCCCTGTTACACCCAACACAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111111 1 111 1 11 11111111 1111 11111111 1111111 1111111 11 11 22222 11 22222222222 1111 22222222222 11 11 1111 11111111 2222 222222222 2222222222222 11111 11111 222222222222 1111 1111111 11111111 44444444444444444444444444 333333333 111 11 11 333333333333333 111111 11111 222222222 2222222222 1111111 111 33333333333333 111 111111 111 666666666666666666666666666666666 11111 4444444444444444444 666666666666666666666666666666 22222222 11111111 2222 111 2222 11 2222 111 11111111 1111 1111111111111111111111111111111111 444444444444444444444 11111 11 11111111 44444444444444444444444444444444444444444 222 1 2222 2222222222222 111111111 111111 2222222222222222222222222222222222222 111111111 111
lowQualScore : 77 777 77 888 4 9999 55 55 4 88888888 1 0 55 1 0 4 4 8888 55 4 4 333 66 5 777 5 77 5 0 88 888 5 4 4 4 4 777 77777 4 22222222 4 0000 44 11111111 4 5555555 4 3333333 4 8888 00 8 4 66 4 66 4 4 00 33333 0 8 55 4 4 66 00000000000 4 4 1111 4 777 4 55 4 44444444444 88888 11 8 777 55 4 33 55 4 4 4 4 55 2222 55 55 4 4 66666666 4 66 0000 5 888 5 5 888888888 5 5 5 66 4 4 4 4 4 4 4 4 55 4 55 8888888888888 55 00000 4 4 8 8 8 4 66 4 4 4 4 4 55 55 55 77777 4 444444444444 7777 8 99 4 4 4 1111111 777 55555555 55 4 77777777777777777777777777 4 4 4 4 4 4 4 55 55 2 333333333 1 4 0 111 00 4 4 55 777777777777777 4 66 4 444 111111 666 4 55 55 4 4 55 00000 4 777 55 8888 000000000 55 7777777777 2222222 4 99 777 4 4 333 5 5 5 66 8 11111111111111 4 111 4 4 000000 4 4 777 66 888888888888888888888888888888888 4 11111 9999 66 4444444444444444444 4 66 66 777 66 8 4 4 000000000000000000000000000000 66 5 22222222 55555555 1111 5 333 5 5 66 4 0 7777 2 5 888 5 66 5 33 0000 5 99 5 5 5 5 222 66666666 888 66 0000 5 5 5 3333333333333333333333333333333333 4 66 66 4 222222222222222222222 66 66 55555 66 4 4 22 8 4 55 22222222 4 4 33333333333333333333333333333333333333333 8 4 4 333 0 3 3 55 3 3 5555 4 0000000000000 3 44 555 222222222 555 555555 3 88 44 7777777777777777777777777777777777777 44 2 888 33 6666 555 0 777 2 111111111 66 2 2 66 33 2 2 2 2 555 2 66 2 66 5 33 33 444 444 444 111 2 33 2 555 2 33 2 5555 66 2 99999999 777777 33 6666 3
lowQualScore : .. ... .. ... . .... .. .. . ........ . . .. . . . . .... .. . . ... .. . ... . .. . . .. ... . . . . . ... ..... . ........ . .... .. ........ . ....... . ....... . .... .. . . .. . .. . . .. ..... . . .. . . .. ........... . . .... . ... . .. . ........... ..... .. . ... .. . .. .. . . . . .. .... .. .. . . ........ . .. .... . ... . . ......... . . . .. . . . . . . . . .. . .. ............. .. ..... . . . . . . .. . . . . . .. .. .. ..... . ............ .... . .. . . . ....... ... ........ .. . .......................... . . . . . . . .. .. . ......... . . . ... .. . . .. ............... . .. . ... ...... ... . .. .. . . .. ..... . ... .. .... ......... .. .......... ....... . .. ... . . ... . . . .. . .............. . ... . . ...... . . ... .. ................................. . ..... .... .. ................... . .. .. ... .. . . . .............................. .. . ........ ........ .... . ... . . .. . . .... . . ... . .. . .. .... . .. . . . . ... ........ ... .. .... . . . .................................. . .. .. . ..................... .. .. ..... .. . . .. . . .. ........ . . ......................................... . . . ... . . . .. . . .... . ............. . .. ... ......... ... ...... . .. .. ..................................... .. . ... .. .... ... . ... . ......... .. . . .. .. . . . . ... . .. . .. . .. .. ... ... ... ... . .. . ... . .. . .... .. . ........ ...... .. .... .
lowQualScore : 99 999 99 888 4 4444 55 55 0 55555555 9 9 55 9 6 0 0 5555 55 0 0 999 99 0 999 0 99 7 9 88 888 0 5 0 0 0 000 66666 0 11111111 0 2222 66 00000000 4 0000000 4 7777777 4 9999 66 9 4 11 4 11 4 4 66 11111 9 9 00 4 4 11 11111111111 0 0 1111 0 000 0 55 0 55555555555 66666 00 0 000 55 0 55 55 0 0 0 0 55 5555 55 55 4 4 11111111 4 99 6666 0 888 0 0 888888888 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 55 5555555555555 55 00000 0 0 9 9 4 4 11 4 0 0 0 0 55 55 55 33333 0 000000000000 7777 0 55 0 0 0 4444444 000 88888888 55 9 44444444444444444444444444 0 0 0 0 0 0 0 55 55 3 222222222 6 0 9 000 66 4 4 00 888888888888888 6 44 0 666 555555 333 0 55 55 0 0 55 00000 0 000 55 5555 000000000 55 5555555555 5555555 0 55 000 0 0 888 0 0 0 11 9 11111111111111 0 000 0 0 777777 0 0 777 11 111111111111111111111111111111111 4 11111 4444 11 2222222222222222222 4 11 11 888 11 9 4 4 999999999999999999999999999999 11 0 00000000 22222222 2222 0 888 0 0 99 5 1 6666 5 0 888 0 99 0 88 6666 0 55 0 0 0 0 222 00000000 888 99 6666 0 0 0 8888888888888888888888888888888888 4 11 11 4 222222222222222222222 11 11 66666 11 4 4 99 0 0 55 99999999 0 0 88888888888888888888888888888888888888888 9 0 0 333 9 6 6 00 6 6 0000 4 9999999999999 3 66 888 333333333 444 000000 1 55 22 8888888888888888888888888888888888888 22 9 444 99 1111 000 7 999 9 444444444 88 9 9 88 99 9 9 9 9 000 9 88 9 88 7 77 77 777 777 777 000 7 77 7 555 7 77 7 7777 33 7 77777777 777777 99 5555 3
consensus : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTCAA-CA--NC-AAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TT--AC-CG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATT-TTAT----TCAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--CA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AAC--A--CAATTAATG--TG-----TA-GT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--ACTT--G--TTTAT-TAAAG----GG-----ATAGC-TTTAGCCT-GG--TC-A-AT-GT--T----A---TC----G---GA--GNGCC----G-ACTAA---A--G-GTATT--A-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTGA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--G-TTG-TA--TTCGAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TAA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------NT-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----CA-C-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---C---A-----AAC-----A--A--CA----GT-A-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GA-G---G---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACC-G-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCGAGTACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T--AATA-----A--ATAT---GTGAA--ATA----AA-GT-TGGTTA-TTT-A--TTTAC----A-----------------AAAAATTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAATTACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA-------ATTT--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTA
Reference ( family-2380 ) : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTCAA-CA--NC-AAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TT--AC-CG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATT-TTAT----TCAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--CA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AAC--A--CAATTAATG--TG-----TA-GT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--ACTT--G--TT-AT-TAAAG----GG-----ATAGC-TTTAGCCT-GG--TC-A-AT-GT--T----A---TC----G---GA--GNGCC----G-ACTAA---A--G-GTATT--A-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTGA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--G-TTG-TA--TTCGAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TAA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------NT-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----CA-C-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---C---A-----AAC-----A--A--CA----GT-A-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GA-G---G---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACC-G-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCGAGTACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T--AATA-----A--ATAT---GTGAA--ATA----AA-GT-TGGTTA-TTT-A--TTTAC----A-----------------AAAAATTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAATTACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA-------ATTT--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTA
gi|1 : AAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTCAA-CAGGGC-AAAACAA-AAGTTAC-T---G-A-CAC-C-ACAA---TTTAGC-TG-TGTA-----C--GAAG--CAT--T-TGA-GTGTCA---A--TGGTCAAATT-TTCTTTTCTCAG-TT------CACAG-CACACTTGC-TGTTA-CA--TTGGCAATA--GGCA-CTAATATT---A-T-CCACTT--CT-TGCTACGAGCACCACA-GG-T---G-T-AG--ATTTTT-CGC---AC-CTG--TCG-TG------------CC---T-GA--TCTAAC---CCGC-C--GC--A-CA-TC-T-C--C----A--AATC--TGTCGAAA-A--------TT-CA--CAGACGCTGT---TTGAAA-A-CGGG------CA-C-AATCTGTG--TTT-C-TG-G-ATTC-C-T-TGGATTTT--ATT-AAGGATATACAGAACTTA--CAATTAA-G--TGACGCATA-GTGTAATCTAACATTCAATAACA--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--ACTT--GGTTT-AT-TAAAG----AGGATAAATAGC--TTAGCCT-GG--TC-A-AT-GT--TACAAA---TC----G---GA--GTGCC----G-ACTAA---C--GAGTATT--AGC-T-AATA-G-GAAG-ATAA-CTCTT--TAC--ACTTGACGCTG--C-AA----AA-AGC-----------C--G-TTG-TATGTTCAAAGA----------------AATAAAGGTAAAATCTTTCA-T-G-AAA------TTACGA-TG-AA--AGTTGAA--TAAGTCT-T--AA-----ACGC--A---TAA--ACG----TTA---------T--TGACAAT-----TATGATACAT-GAAT--ACGCATAAGATTA-GAGG---T-TAC-AT-CTATGGCCC-ACTAG----------A-TGTAATACGA-GCTGA-TTATA------A-CAATGGAGAGAGAAAA--AACA--T---ACTGTTAACAGCGTA--G--CA----GT-ACGTAGGC----AT--C-AC------------T------ATATCGCA--GC--GAG---C--ACGCATGGA-G---GGC-T----------------------GTG--G-TGA--------GGACTGG-----AGACACGTA-CAGT---TACAGA-TATTCTAACTA--GTTTA--AGC-----CAAGCATA-GA---TAAAG-TT--GCTTGATA--CGAAGCG-AACCCTTG-TATCTT-CGCG-TTCAGTA-----G--ATATATAGTGGAACATA----AA-GTGTGGTTA-CTC-A--TT---------------------------AAGTTTA-TTC-T--C---ATGTT---------------------GTTAAC--T--AGGAACACCT--TGAC-AAGTAGTTTGT-C--AACAAGA----AAA-GC-CCTATAT---------TATTGCAATCGCCAAGACGAA-----------CTTAAAAACCCTTACACAAAATCA-AAA-A-AA-AAATAAATGAAT--A-A-ATAT-TTTGAA-------TTTA--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--ATTCTATATACAAAAAAAT-TA-T---------------TTGGTAAATTAT-T---A--ACC----AT---CGGAC-CAT---AA-G---------AAACTGCCA-TGG--A--GCA-AAT-G-TC-GA---A-A--AAC-ATT--C-----G--TTTT--AA---GA-C---AAAA----TCC---A-GCTTT-G-ACAAAGTCTC-AC--AT-G----T--CCA-GC--------T------
gi|10 : ATGTGATTCTCCC--GGA---GGGAGA---TA-AAA----TCTCTCGAT--TTT--G-AG--------ATCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAA-TC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTAAT-CA--TC-AAA--AA-AA-TTA--T---G-ACCGC-C-C-AA---TT--AT-CG-TGTA-----C--GAAG-CCTT--T-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATT-TTAG----TCAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--TT-A-CTA--ATT-----TTCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--TA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--ACTT--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AACA-A--CAATTAATG--TG-----TA-GT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--ACTT--GT-TT-AT-TAAA-----GT-----ATTGC--TTAGCCTAGG--TC-A-------------A---TC----G---GA--GT----------------------GTATT--A-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTA-T--CAC--ATTTGA----C--CAAAAGCGAA-AGTAGAA---ACagctgcagctgatccgtcaatctcgattgccagaacattctgtctcacatgtatggc
gi|11 : acTTCTCCC--GGCCGGG--AGA---TA-AAAAACGTCTCCCGATGCTTT--GTAGTAATACTAACCCCCTC
gi|11 : CCGCTAAAAAGCTTATAAATCATGCTAAACC--GTGCATTT-CAGA-AA--ATTTCAA-CA--CTAAAA--AA-AAATTA--TATGG-ACCGCGCAA-AA---TT--ACACGCTGTGGTACCC--GAAGCCCAT--TCTGATGCGTCAGAGA--TAGTCAAATT-TAAT----TCAGCTCACCAAACCAAG-CG----TGAATG-TA-AT--TT-GCAATACGGG-AGCTAT-ATCAG-A-TTCCACATA-CT-T-CT--GAATACAATA-GG-CTGGG-T-AG--A-TTTTCCAC---AC-CTGGTCCGATGGA---------ACCAAAT-GAAGTCTAAC---C--T-CTGGCTAG-CA-TC-TCC--A----A--AATC--agacccaagccaagccaagtgcgttccgggtgggtgccaccgctaaaaagcttataaatcatgctaaaccgtgcatttcagaaaatttcaacactaaaaaaaaattatatggaccgcgcaaaattacacgctgtggtacccgaagcccattctgatgcgtcagagatagtcaaatttaattcagctcaccaaaccaagcgtgaatgtaatttgcaatacgggagctatatcagattccacatacttctgaatacaataggctgggtagattttccacacctggtccgatggaaccaaatgaagtctaacctctggctagcatctccaaaatcccgtacgtttcttacaattcacaacaccg
gi|12 : ttctcccggccgggagataaaaaacgtctcccgatgctttgtagtaatactaaccccctcagacccaagccaagccaagtgcgttccgggtgggtgccaG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--CTA-----AAC--AA-CAATTAATG--TT-----TA-GT-TAAT-TAACATGTA-TGA-A--C-C-CTGCA-TG-TTC-TA--T--ACTT--G--TTTAT-TAAAG----G------ATAGC-TT-AGCCT-GGG-TC-A-AT-GT--T----A---TC----G---GA--GGGCC----G-ACTA------------------C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTAA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--G-TTG-TA--TTCGAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGT-AAA-ATTTCA-T-G-A-------------------A--AGTTGAA--TATGT-T-A--AA-----ACGTG-A---TAA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TT-GAAT--A---ATAAA-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-TA---------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----TA-C-ATccgtacgtttcttacaattcacaacaccg
gi|13 : TTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAA--TGTAGAA-----TATTGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---C----AAA-GC-CCTATAG---------T-----------------GAA-----------CTT-AAA-CCCTT-CA-AAAAT-ACAA----CA-AAGTAAATTAAT--A-ATA----TTTGA----------TT--A-AAA--A---AAAGAAAAGTC---TC------AAAC-ACA--AG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--G--ATT----AT---T------------A-A---------AA--TG----TTG--A--AAA-AAT-A-TC-GA---C-A--AAA-AAT--C-TCCAG--TTT---CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-TT--------T------GCGACA--TGACATGCAGTTCTGTCAC-ATG
gi|14 : T-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAACTTATGTTGAACTT-AAAACCCTT-CA-AAAAT-ACAAA-AACA-AAATAAATGAAT--A-A-AA---TTTGAA--------TTT--A-AAAAAA---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-T---A--ACC----AA---TTGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTGA-A--AAA-AAT-G-GC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-AT
gi|15 : A-------ATCT--ACAAG--A---G---------C---AC------CAAC-ACACCTG--ATA---------------T-TACT---------------T--GTACATTCA-TA--A--CCC----AG---TGGA-ACATC--AACG---------CA--TG-CA-TTG--ATGAAA-AAT-G-TC-GAACAC-A--AAC-AGTGCT-TCCAG--CTTTATCA---GACC---GAAA---CTCCT--ACGC--T-G-A-AAAACTTC-AAAGATGC----TG-CCA-GTTTGAATCGT------GTGACACTCGA----CAGTTCT-TCAT-ATGTA
gi|16 : aatct-C-A-AA---TT--AC-CG-TGAA-----A--GAAG-------------ATGTCA---G--T-GTTAAATT-TT-----------TT------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CG--TT-GCGATC--AG-A-CTA--ATT-----TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--CA-G--------------A-TTTT-CAC---AT-CTG-------------------ATC---TAGG--CCC-AC---C--C-T--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-t
gi|17 : ttcaaaattttttacgtggtagatctatatcgttatcaacgatgaA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-AA---TTTGAATAAAAAAATTA--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-CCACTTG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTGT-TA--A---CG----AA---GGGACACAT---AA-G---------AA--AA-TG-TTG--A--AAA-AAT-G-TT-GA---C-A--ATA-A-------------------------ATC---AAAA---CTCA---A-GC--T-G-A-AAAACTCC-AA--AT-CTCGAT--CTA-GT--------T------GCGACA--TGA----CAG
gi|18 : aaatacCCTT-CA-AAAAT-ACAA----CA-AAGTAGATGAAT--A-A-AA---TTTGAA--------TAA--A-AAA--A---G---------AAAATC------AAAC-ACA--AG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--A---CC----AA---TGGGCACAT---AA-G---------AA-----------------AA-TAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AAT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAATTTC-AA--AT-A----T--CCA-GT--------T------CTGTCA--
gi|19 : ---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TG--ACCACCCTGCAG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAca
gi|2 : ATGTGCTT-TCCC--GGC---G--GGAGATTA-AAA----TCTCCCGAT--TTTTTG-AGG-------ACTCCCTCCGTTCCCTCCGGCTAAAAG--T-AAAAATC-T-T----CCCGGT-CATTTTCA---AA--ATTTCAA-CA--TC-AAA--AA-AATTTAATT---GGACCGC-C-A-AAAAATT--AC-CG-TGTA-----C--GAAG-CCATGTT-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATTCTTAT----TCAG-T-------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CG-T-CT--GAACAC--CACGGTT--GG-TAAG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--CTT--GC--A-CATTC-T-TCAA----A--AATC--TGT--AAA-A--------TT-CA--CAC---CC-T---TTGAAA-ACC---------CA-C-AATCT-TGGTTTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--A-A-----AACAAA--CAATTAATG--TG-----TA-GT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-CTTTGCA-TG-CTC-TA--T--ACTTTGG--TT-AT-TAAA-----GG-----ATAGC-TT--GCCT-GGGTTC-A-AT-GT--T----A---TC----G---GAAGGGGCT----GAACTTACTTA--G-G--TT--C-C-T-AATAGGAGAAGAATAA-CTC-T--CAC--ACTTAA----AACC-AAAGCGAACAGTAGGAAATACCGCAGG-TT--TAT-TTCGAAAAA-TATAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCATT-GCAAA------TTAC-A-TG-GGACAGTTGAA--TATGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TCA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TTGGAAT--A---ATAAA-TTAGGAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-----A-------------TATA-----CA-C-ATGGAATTAAAAAA--A-----C---A-----AACA----A--A--CAG---GT-A-----GC----ATTCCAACTCCTAG------T------TAATC-CA--GC--GAATGTC--AGGCAT-GA-G---G---T----------------------GTG--G-TGAGGG-----GGACT-G-----AGAC----ATCAGTC--TACA-ATTATTCTTAATA--GTTTAGCAGCAAGTACCACCATA-GA---TAAAGTTT--GCCT-ATA--CG----G-AA-ACTTG-TATCTTCC-CG-T--AATA-----A--TTAT---GTTGA--ATA----AATGT-TGGTTATTTT-AATTTTACAAAAA-----------------AAAAATGTACTTC-T--TCAAATG-TC--------------------GTTAAC--T--AGAAT----T--TGAC-AA-T--TTT-T-C--AAC---A----AAAGGC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAA-TACAAATA-CA-AAATAAATGAAT--A-A-AGAATTTTG-A-------ATTTAAA-AAA--A---G---------C---TC------AAACGACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTA--TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CATTTG--A--AAACAATAG-TC-GA---C-AAGAGA-AGT--CTTCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAAGACTTCC---A-GC--T-GAA-AAAACATCAAA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCACAATGTt
gi|20 : AATTAT-CA--A--ATT----AAAAATGGACACAT---AA------------A--CG-TT-TTT--A--AAA-AA----------------------AT--C-TTGAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---TTTC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CTA-GT--------T------GTGACA--TGA----TGGCTTTGTCAC-AT
gi|21 : tTATTG--C-ACT-T----------AATGT-AT---A-GCTGA-TTATAAATTACA-C-ATGGAGAAAAAAAACAAACAAAC---AC----AAC-----A--A--CA----GT-A-----GC----AT--CAACTCCT-AGTATACT------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GA-G---G--------------------------GTG--
gi|22 : ATGCAATACTTTT--GGCAG-G--AGA---TA-AAA----TCTCCCCAT--TTT--G-AG--------CCCCCTTCCTGTACCTTCCGCTAAAAG--TT-AAAATA-T-C----CC--GT-CATTT-t
gi|23 : ac-C-A-AA---TT--AT-CG-TGCA-----A--GAAG-CCAT--G-TG
gi|24 : tcgccgttcaaaatttttgatttggtatatccttatcaacggtgaAT--TTT--G-AG--------GTACCCTCCCG-ACCTCCCGCTAA-----TTAGAA------T----GC--GT-CA-TT-CA---AATTATTGTAATCA--TC-Agattttttttccagt
gi|25 : ctATGTGATTCTCCCAGGGG---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ATCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAATG--Tttgacgcagtaaaaaaa
gi|26 : tacCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCT---A-GC--T-G-A-AACACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GC--------T------GCGATG--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATgtatacccatc
gi|27 : CA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--TA-----ACGTA-A---TAA--AGG----TTA---------T--TG----------TA------AT-GAAT--A---ATAAG-TTA-ac
gi|28 : ---TA-AAA----TCTCCTGAT--TTT--G-AG---------CCCCCTCCCGTCCCTCCGGCTAAAAG--TT-AAAATC-T-C----CC--AT-CATTT-CA---Aca
gi|3 : G-T-AA--T-TTTT-CGCGCAAC-CTG--TCG-TGCCGCGAGCCCAACC---T-GAGTTCT-AC---C--C-CA-GC--AACA-TTGT-C--ACGTAA--GAAC--TGTC-AAA-AAGAGGAGATT-CAGCCA----CC-T---TTGAAA-G-CGAGCGCGAGCA-CGAATC--TG--T----ATG-GAA-TCGCGT-T-GATAGT--ATTGGA--ATT-----GAT--A--CAATT-GCG--TG-----TA-AC-TAA
gi|3 : t-CTGCAATGGCTC-TG--TTTACTT--G--T--AT-GAGAGAAGAGG-----ATAGCCTTTAGCCT-GG---C-A-AT-GTATT----A---AC----AAT-GG--GTGCCCGGGG-ACTAA---ACGA-GTATT--A-CCT-AATAGG-GAAG-ATAAACTC-T--TGCCAACTT---------------TGGA-CCTTGAA---ACCGCC-G-TTG-TA--TTCAAAGA---GAA--------TGAGTGAGAG--AGA-ATTTCA-TTG-AAAGGTGAGCGAC-AGTGTGA--AATTGGAGATAAGG-TGT--AGGGAAGACGCG-AGAGTAAGGATG----TTAGGGTGACAATAATG----------TA------AT-GAATT-A---ATAAG-TTA-GAGAC--T-TACCATGCTACTG--CCACT-A----------AGTGT-ATG--A-GCTGA-TTATA-----CAGC-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---CGTGA-----CACTT---A--A--CATAG-GT-A-----GCGTAGAT--CAA-------------T------ATATC-CA--GCGGGAG---C--A-GAAT-GT-GA--G---T----------------------GTG--GTTGA--GACTGAGGACC-GCCCACGGTT----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAA-TAGTGTTTAAC--CGAG---CGCGATA-GAGATTAAAG-TTGGGCCT-ATACTCA----G-AA-ACTCGTTATCTT-C-CGTT--AATAGAGGTG--ATAT---GTGAA--ATAAAAGAA-GT-TGGGTA-TTT-A---ATAT----A-----------------------TTACTTT-TCAC--AATG-TGGAATAAAAGAGTGTGTGAGGGTTAAC--T--AGAA-----T--GAACGAA-T-GTTTGTGC--GAG---AGGAGAAA-GCGCCTATATATGATCTCAC-----------------GAA-----------CTT-AGAACCCTT-CC-AAAA-TACAAA-A-AACAAAT-AATGAAT--A-A-A----ATTGAA-------ATTT--A-AAA--AAAGA---------C---TCA-----AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-TAATAAAAAAATTATAT--GTGAATTATATT--A--ACC----AG---TGGACCCAT---AA-G---------AAT-TG-CA--TGAAA--AAA-AAT-GATCGGA---C-A--AAAGGGT--CTTCCAGTATTTT--CAGGGGACCAAAAAAA---CTTCCCAA-GC--TGG-A-AAAACTCA-AA--AT-C----TACCCA-GT--------TGTAGACGTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAgcgagtaaatgggagtgagtgtaatatataacgtgtcgagtacgagataagcgcgcgctgcaatggctctgtttacttgtatgagagaagaggatagcctttagcctggcaatgtattaacaatgggtgcccggggactaaacgagtattacctaatagggaagataaactcttgccaactttggaccttgaaaccgccgttgtattcaaagagaatgagtgagagagaatttcattgaaaggtgagcgacagtgtgaaattggagataaggtgtagggaagacgcgagagtaaggatgttagggtgacaataatgtaatgaattaataagttagagacttaccatgctactgccactaagtgtatgagctgattatacagcatggagagagaaaaaaccgtgacacttaacataggtagcgtagatcaatatatccagcgggagcagaatgtgagtgtggttgagactgaggaccgcccacggttacagttacaatattctaatagtgtttaaccgagcgcgatagagattaaagttgggcctatactcagaaactcgttatcttccgttaatagaggtgatatgtgaaataaaagaagttgggtatttaatatattacttttcacaatgtggaataaaagagtgtgtgagggttaactagaatgaacgaatgtttgtgcgagaggagaaagcgcctatatatgatctcacgaacttagaacccttccaaaatacaaaaaacaaataatgaataaaattgaaatttaaaaaaagactcaaaacacatgatttataataaaaaaattatatgtgaattatattaaccagtggacccataagaattgcatgaaaaaaaatgatcggacaaaagggtcttccagtattttcaggggaccaaaaaaacttcccaagctggaaaaactcaaaatctacccagttgtagacgtgacatgacagttctgtcacatgtat
gi|4 : tgtaatttttcgcgcaacctgtcgtgccgcgagcccaacctgagttctaccccagcaacattgtcacgtaagaactgtcaaaaagaggagattcagccacctttgaaagcgagcgcgagcacgaatctgtatggaatcgcgttgatagtattggaattgatacaattgcgtgtaactaagcgagtaaatgggagtgagtgtaatatataacgtgtcgagtacgagataagcgcgcgA-AAA----TCTCCCGAT--TT---G-AG--------ACCCC-TCCCGTCCCTCCCGCTAAA-G--TTAAAA-TC-T-C----CC--GT-CATTT-CAGCAAA--ATTTCAA-CA--TC-AAA--AATAAATTAAAT---G-ACGTG-C-A-AA---TT-----TG-TGTA-----C--GAAG-C-AT--T-TGA-GTGTCA---AATC-GTCAAATT---AT-----CAG-TC------CCAAGTCAC---TG--TGGTA-CAATTT-GCAATA--GG-A-CAA--CTTCATACTCCCAC-TTCCT-T-CT--GAACAC-----GG-T--GGAT-AGTGACTTTT-CAC---ACACTG--TCT-TG-----------GAC---TAGA--TCT-AC---C--T-C--TC--A-CA-CT-C-C--A----A--AATTCTTGTC-AAA-A--------TTTCA--CAA---CC-T---TTGAAA-A-C---------CAAC-AATCT-TG--TTTGCATGTG-A-TC-C-TAT-GATCTC--ATT-TA--ATA-----ACC--AACCAATTAATGGCTG-----TA-GT---ATCTAAC-TTCACTGA-AACC-C-TTGCA-TG-CTC-TA--T--ACTT--G--TTTAT-TAAAG----G------ATAGC-CT-AGCCT-GG--TC-A-AT-GT--T----A---TC----A---AG--AGGCC----G-A-------------TA----A-C-TGAATAGG---AG-ATAA-CTC-TACTAC--ACTTTA----A--CCAAAGCGAA-AGTAGAA---ACCG---G-TTG-TA--TT-GAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAG-TAAAT-ATTTCA-T-A-AA--------TAC-A-TG-GA--AGTTGAA----ATT-T-TTGAA-----ACGTA-A---TCA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TT-GAATCAG---ATAAA-TTA--AGACGTT-CAC-GT-TTATTG--CGACT-T----------AATGT-AT---AAGCTGAGTTATA-----CA-C-ATG---ATA-AAAA--AAC-------------AAC-----A--A--CA----GTTA-----GC----AT--CAACATCT-A------TCGCTCAAT-TC-CACGGC---AG---CTTA-GCTT-GA-GTGGG---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACTAG-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTATCTG--GTT-AGCAGCGA-TACCAC-ATAAGA---TAAGT-TT--GC-T-ATAAACAC---G-GA-CCTTG-TATCT--C-CG-TC-AATA-----A--ATA----GTGAT--A-A----AA-GT-TGGTTA-TTT-A--TTTAC----AT----------------AAAAATT--CTTCTT--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC--A-T--TTT-T-CAAAACA--A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------AAA-----------CTTAAAAAACCTT-CA-AAA---ACAAATA-C--AAATAAATGAATTAA-A-A----TTTG-A-------ATTTAAA-AAA--A---G---------C---TCA-----AAAC-ACA--TGAAAT----------------TGTA-T---------------T--GTAAA-TAT-TATTA--ACC----AG---T-GACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAA-T-TC-GA---CGA--AAA-AGTC-C-TCCAA--GTTT--CA---GACC---AAAA---CTCCAA-A-GC--T-G-----AACTTC-AA--TT-C----T--CCAGGT--------T------GTGA-A--TGA----CAGTT-TGTCAC-ATt
gi|5 : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACTCCCTCCCG-CCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATT--CA---AA--ATTTCAA-CA--AT-AAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TT--AC-TG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTG-CA---A--T-GTCAAATT-CTAT----TCAG-CC------CAAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GC-A-CTA--ATT---A-TC--AC-T--CG-T-CT--GAACAC--CA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--AT---A--AATC--TGTC-AAA-A---------T-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AAC--A--CAATTAATG--TG-----TA-GT-TAAT-TAAC-TTCA-TGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-AT--T--ACTT--G--TT-AT-TAAAG----GA-----ATAGC-TTTAGCCT-GG--TC-A-AT-GT--T----A---TC----G---GA--GGGCC----G-AC---------------T--A-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTAA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--G-TTGTTA--TTCGAAAAACTGTACAAGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAA--TATGT-T-T--AA-----AAGTA-A---TCA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TT-GAAT--A---ATAAA-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----GA-C-ATGGAGA---AAAA--AAC---CA--A-----AAC-----A--A--CA----GT-A-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GA-G---G---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACT-G-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCAAGTACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT--TA--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T---ATA-----A--AT-T---GTGAT--AT-----AA-GT-TGGTTA-TTTAA--TTTAC----AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T--TTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAATTACAAATA-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA-------ATTT--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT---------------------T---------------T--GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--GTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-G---T-G---AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAt
gi|6 : ATGTGATTC-CCC--GGC---G--GGA---GATAAA----TCTCC-GAT--TTT--G-AG--------ACCCCTCACCGTCC-TCCCGCTAAAAG--TTAAAA-TC-T-C----CC--AT-CATTT-CA---AA----TTCAA-CA--GC-AAA--AA-AA-TTA--T---G-ACGCC-C-A-AA---TT--A---G-TGTA-----C--AAAG-CCAT--T-TGA--TGTCC---A--T-GTCAATTT-TT-T----TCAG-TT------ACAA--CA----TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCC-AC-T--CT-T-CT--GAACAC--------T--GG-T-AG--A-TTTT-CA----AC-CTG--TCC-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-T--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AA-CT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATATT--AT---A--ATA-----TCA--A--CAATTAATG--TG-----TA-GT-TAAT-TAAC-TTCATTAA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--ACTT--G--T---T-TAAAA----AG-----ATAGC--TTAGCCTGGG--TC-ATAT-G---T----A---TC----AATCGA--GATGC----G-ACTAA---T--G-AGATT--A-C-T-AATAAG-GAAG-ATAA--TC-T--CAC--ACTTGACCT-G--CAAAAACGAA-AGTAGAA---ACCGC--G-TTG-TA--TTCAAAA----------------GAATAAAGGT-AAA-ATTTCA-T---AAA------TTAC---T--GA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TAA--ATGTAACTTA---------C--TG----------TA------AT-GGAT--A---AT-AG-TTA-GA-A---TATAC-GT-CTATTG--C-ACT-TAATCAAGTTAA-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----TA-C-ATGGAGA---AAAA--AAC---T----------AC-----A--GTTCA----GT-A-----GC----AT--CAACTCC---------T------ATATC-CA--GC--GA----C--A-GCAT-GA-G---GGTNN----------------------NNN--N-NNN--N-----NNNNN-N-----NNNN----N-NNNN---NNNN-N-NNNNNNNNCTA--GTTTAGCAGC---------------A---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CA----G-AA--CTTG-TATCTT-C-C--T--AAT------A--ATAT---GTGAA--ATA----AA--T-TGGTTA-TTT----------------------------------AATTAACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T------------------AA-----------CTT--AAACCCTT-CA-AAA--TACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTG-A-------ATTTAAA-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TA--------------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-T---A--ACC----AA---TGGACACATAGAAA-T---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C----AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---ACAA---CTCG---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA--T--------T------GTGACA--TGA----CCATTCTGTCAC-ATGTA
gi|7 : ac-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATATAC--AACTTA--CAATTAATG--AG-----TA-GT-TAAT-TAAC-TTCAATAA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--ACTT--G--TTTAT-TAAAG----G------ATAGC-TT-AGCCT-GG--TC-A-AT-GT--T----A---TCAATCG---GA--GTGCC----G-ACTAA---ACGA-GTATT--A-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--TAC--ACTTGACCT-G--C-AAA------------A---ACCGC--G-TTG-TA--TTCAAAA----------------GAATAAAGGTAAAA--TTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGCA-A---TAA--ATG----TTA---------T--TGACAATTAATGTA------AT-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-AT-CTACTG--C-ACT-A----------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----CA-C-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---T---ACTGT-AAC-----AGTA--CAGTACGT-A-----GC----AT--CAAC------------T------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GAGG---G---T----------------------GTG--G-TGAG-G-----GGACT-G-----AGACACGTA-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTA---------ACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CAG---G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T--TATA-----GATATAT---GTGAA--ATA----AA-GT-TGGTTA-TTT----------------------------------AATTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GA
gi|8 : ttttgaaatgacgggagattttcacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA--T---G-ACC-C-C-A-TA---T---AC-TG-TGTA-----TTAGAAG-CCAT----------GTCA---T--T-GCGCATTT-TTAA----GTAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TAACA--TT-GCAATC--AG-A-CTA--ATT---T-TTCCAC-TT-CTGT-CT--GAA-AC--CA-GG----GG-T-AGT-A-TTTT-CAC---AC-CT-------TG-----------ATC---A-GA--GTT-ACTGGC--C-CA-GC--A-CA-CC-T-C--A----GTGAATC--CGTC-AAATA--------TT-CA--CA----CC-TCTTTTGAAATA-C---------CA-T-GATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTTGCATG-AA--TTA-----AAC--AAACAATTATGG--TG-----TAAGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--CGC-CTGCA-TG-CTTATGAAT--ACTT--G--TTTATATAAAA----GG-----ATAGC-TT-GG----GG--TCCA-ATTGTA-T----AAATTT----G---GA--G--------------A---A--G-GTACTGTA-C-T-ATTAGG-GAAG-A-AA-C-C-T--CAC--ACTTGG----T--C-AAAGCGAA-AGTAGAAC--ACCGC--GGTTG-TAG-TTCGAAAA--TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-TTTTCA---G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AATTTAA--TAAGT-T-T--AA-----ATTTAGA---TAA--GTG----TTAT--------T--TG----------TA------TA-AGAT--A---ATAAG-TTA-CAG
gi|9 : caaaatttgttattcaacaCT-T----------AATGT-AG---A-GCTGA-TTAAA-----CA-C-ACAGAGAG-----A--AAC---T----------AC-----A--GTTTA----GT-A-----GC----AT--CAACTACT-G--------------------A--GT--GAG---C--A-GAAT-GA-GAATG---TTCTTTCACGTCCTCCAGACCCGGTGTGG-TGA--G-----GAACC-G-----ATAC----A-CA-TAAATAGA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGC-AGTACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CA----GAAA-TCTTG-TATATT-C-CG-T--AATA-----A--ATAT---ATGAA--ATA----AA-GT-TGGTTA-TTT-G--C-------------------------------TTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAACTGT--AAAA-----A--TGAC-AA-T-ATTT-A-C--AAC---A----AA-------TGTAG---------T-----------------G-------------------AACCCTT-CA-AAA--TAC--A-A-CA-AATTAAATGAAT--AGA-A----TTTAAA-------A-----A-AAA--A---G---------T---TTATGATAAAAC-AAA--AA--A--------------------A----------------------AAAT--T-TA--A--A------AG---CTCAAACAC---AA-GATTTATTTTAA--TT-CA-TT---A--ACC-AAT-A----GA---C-AC-AAA-AAT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-GAA-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): GTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTCACATGTATGTTATG
Unaligned ( gi|30 ): ATGTAATTTAAATCCCTGTTACACCCAACACAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111111 1 111 1 11 11111111 1111 11111111 1111111 1111111 11 11 22222 11 22222222222 1111 22222222222 11 11 1111 11111111 2222 222222222 2222222222222 11111 222222222222 1111 1111111 11111111 5555555555555555555555555 333333333 111 11 11 333333333333333 111111 11111 222222222 2222222222 1111111 111 33333333333333 111 111111 111 666666666666666666666666666666666 11111 4444444444444444444 666666666666666666666666666666 22222222 11111111 2222 111 2222 11 2222 111 11111111 1111 1111111111111111111111111111111111 444444444444444444444 11111 11 11111111 44444444444444444444444444444444444444444 222 1 2222 2222222222222 111111111 111111 2222222222222222222222222222222222222 111111111 111
lowQualScore : 77 777 77 888 4 9999 55 55 4 88888888 1 0 55 1 0 4 4 8888 55 4 4 333 66 5 777 5 77 5 0 88 888 5 4 4 4 4 777 77777 4 22222222 4 0000 44 11111111 4 5555555 4 3333333 4 8888 00 8 4 66 4 66 4 4 00 33333 0 8 55 4 4 66 00000000000 4 4 1111 4 777 4 55 4 44444444444 88888 11 8 777 55 4 33 55 4 4 4 4 55 2222 55 55 4 4 66666666 4 66 0000 5 888 5 5 888888888 5 5 5 66 4 4 4 4 4 4 4 4 55 4 55 8888888888888 55 00000 4 4 8 8 8 4 66 4 4 4 4 4 55 55 4 4 0 4 444444444444 7777 8 99 4 4 4 1111111 777 55555555 55 4 1111111111111111111111111 4 4 4 4 4 4 4 55 55 2 333333333 1 4 0 111 55 4 55 222222222222222 4 66 4 444 111111 666 4 55 55 4 4 55 00000 4 777 55 8888 000000000 55 7777777777 2222222 4 99 777 4 4 333 5 5 5 66 8 11111111111111 4 111 4 4 000000 4 4 777 66 888888888888888888888888888888888 4 11111 9999 66 4444444444444444444 4 66 66 777 66 8 4 4 000000000000000000000000000000 66 5 22222222 55555555 1111 5 333 5 5 66 4 0 7777 2 5 888 5 66 5 33 0000 5 99 5 5 5 5 222 66666666 888 66 0000 5 5 5 3333333333333333333333333333333333 4 66 66 4 222222222222222222222 66 66 55555 66 4 4 22 8 4 55 22222222 4 4 33333333333333333333333333333333333333333 8 4 4 333 0 3 3 55 3 3 5555 4 0000000000000 3 44 555 222222222 555 555555 3 88 44 7777777777777777777777777777777777777 44 2 888 33 6666 555 0 777 2 111111111 66 2 2 66 33 2 2 2 2 555 2 66 2 66 5 33 33 444 444 444 111 2 33 2 555 2 33 2 5555 66 2 99999999 777777 33 6666 3
lowQualScore : .. ... .. ... . .... .. .. . ........ . . .. . . . . .... .. . . ... .. . ... . .. . . .. ... . . . . . ... ..... . ........ . .... .. ........ . ....... . ....... . .... .. . . .. . .. . . .. ..... . . .. . . .. ........... . . .... . ... . .. . ........... ..... .. . ... .. . .. .. . . . . .. .... .. .. . . ........ . .. .... . ... . . ......... . . . .. . . . . . . . . .. . .. ............. .. ..... . . . . . . .. . . . . . .. .. . . . . ............ .... . .. . . . ....... ... ........ .. . ......................... . . . . . . . .. .. . ......... . . . ... .. . .. ............... . .. . ... ...... ... . .. .. . . .. ..... . ... .. .... ......... .. .......... ....... . .. ... . . ... . . . .. . .............. . ... . . ...... . . ... .. ................................. . ..... .... .. ................... . .. .. ... .. . . . .............................. .. . ........ ........ .... . ... . . .. . . .... . . ... . .. . .. .... . .. . . . . ... ........ ... .. .... . . . .................................. . .. .. . ..................... .. .. ..... .. . . .. . . .. ........ . . ......................................... . . . ... . . . .. . . .... . ............. . .. ... ......... ... ...... . .. .. ..................................... .. . ... .. .... ... . ... . ......... .. . . .. .. . . . . ... . .. . .. . .. .. ... ... ... ... . .. . ... . .. . .... .. . ........ ...... .. .... .
lowQualScore : 99 999 99 888 4 4444 55 55 0 55555555 9 9 55 9 6 0 0 5555 55 0 0 999 99 0 999 0 99 7 9 88 888 0 5 0 0 0 000 66666 0 11111111 0 2222 66 00000000 4 0000000 4 7777777 4 9999 66 9 4 11 4 11 4 4 66 11111 9 9 00 4 4 11 11111111111 0 0 1111 0 000 0 55 0 55555555555 66666 00 0 000 55 0 55 55 0 0 0 0 55 5555 55 55 4 4 11111111 4 99 6666 0 888 0 0 888888888 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 55 5555555555555 55 00000 0 0 9 9 4 4 11 4 0 0 0 0 55 55 0 0 8 0 000000000000 7777 0 55 0 0 0 4444444 000 88888888 55 9 6666666666666666666666666 0 0 0 0 0 0 0 55 55 3 222222222 6 0 9 000 00 4 00 333333333333333 6 44 0 666 555555 333 0 55 55 0 0 55 00000 0 000 55 5555 000000000 55 5555555555 5555555 0 55 000 0 0 888 0 0 0 11 9 11111111111111 0 000 0 0 777777 0 0 777 11 111111111111111111111111111111111 4 11111 4444 11 2222222222222222222 4 11 11 888 11 9 4 4 999999999999999999999999999999 11 0 00000000 22222222 2222 0 888 0 0 99 5 1 6666 5 0 888 0 99 0 88 6666 0 55 0 0 0 0 222 00000000 888 99 6666 0 0 0 8888888888888888888888888888888888 4 11 11 4 222222222222222222222 11 11 66666 11 4 4 99 0 0 55 99999999 0 0 88888888888888888888888888888888888888888 9 0 0 333 9 6 6 00 6 6 0000 4 9999999999999 3 66 888 333333333 444 000000 1 55 22 8888888888888888888888888888888888888 22 9 444 99 1111 000 7 999 9 444444444 88 9 9 88 99 9 9 9 9 000 9 88 9 88 7 77 77 777 777 777 000 7 77 7 555 7 77 7 7777 33 7 77777777 777777 99 5555 3
consensus : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTCAA-CA--NC-AAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TT--AC-CG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATT-TTAT----TCAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--CA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AAC--A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TT-GTTTAT-TAAAG----GG-----ATAGC-TTTAGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--GNGCC----G-ACTAA---A--G-GTAT--TA-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTGA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTG-TA--TTCGAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TAA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------NT-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----CA-C-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---C---A-----AAC-----A--A--CA----GT-A-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GA-G---G---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACC-G-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCGAGTACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T--AATA-----A--ATAT---GTGAA--ATA----AA-GT-TGGTTA-TTT-A--TTTAC----A-----------------AAAAATTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAATTACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA-------ATTT--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTA
Reference ( family-2380 ) : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTCAA-CA--NC-AAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TT--AC-CG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATT-TTAT----TCAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--CA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AAC--A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TT-GTTTAT-TAAAG----GG-----ATAGC-TTTAGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--GNGCC----G-ACTAA---A--G-GTAT--TA-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTGA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTG-TA--TTCGAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TAA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------NT-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----CA-C-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---C---A-----AAC-----A--A--CA----GT-A-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GA-G---G---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACC-G-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCGAGTACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T--AATA-----A--ATAT---GTGAA--ATA----AA-GT-TGGTTA-TTT-A--TTTAC----A-----------------AAAAATTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAATTACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA-------ATTT--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTA
gi|1 : AAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTCAA-CAGGGC-AAAACAA-AAGTTAC-T---G-A-CAC-C-ACAA---TTTAGC-TG-TGTA-----C--GAAG--CAT--T-TGA-GTGTCA---A--TGGTCAAATT-TTCTTTTCTCAG-TT------CACAG-CACACTTGC-TGTTA-CA--TTGGCAATA--GGCA-CTAATATT---A-T-CCACTT--CT-TGCTACGAGCACCACA-GG-T---G-T-AG--ATTTTT-CGC---AC-CTG--TCG-TG------------CC---T-GA--TCTAAC---CCGC-C--GC--A-CA-TC-T-C--C----A--AATC--TGTCGAAA-A--------TT-CA--CAGACGCTGT---TTGAAA-A-CGGG------CA-C-AATCTGTG--TTT-C-TG-G-ATTC-C-T-TGGATTTT--ATT-AAGGATATACAGAACTTA--CAATTAA-G--TGACGCAT-AGTGTAATCTAACATTCAATAACA--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TTGGTTTAT-TAAAG----AGGATAAATAGC--TTAGCCT-GG--T-CA-A-TGT--TACAAA---TC----G---GA--GTGCC----G-ACTAA---C--GAGTAT--TAGC-T-AATA-G-GAAG-ATAA-CTCTT--TAC--ACTTGACGCTG--C-AA----AA-AGC-----------C--GTTG-TATGTTCAAAGA----------------AATAAAGGTAAAATCTTTCA-T-G-AAA------TTACGA-TG-AA--AGTTGAA--TAAGTCT-T--AA-----ACGC--A---TAA--ACG----TTA---------T--TGACAAT-----TATGATACAT-GAAT--ACGCATAAGATTA-GAGG---T-TAC-AT-CTATGGCCC-ACTAG----------A-TGTAATACGA-GCTGA-TTATA------A-CAATGGAGAGAGAAAA--AACA--T---ACTGTTAACAGCGTA--G--CA----GT-ACGTAGGC----AT--C-AC------------T------ATATCGCA--GC--GAG---C--ACGCATGGA-G---GGC-T----------------------GTG--G-TGA--------GGACTGG-----AGACACGTA-CAGT---TACAGA-TATTCTAACTA--GTTTA--AGC-----CAAGCATA-GA---TAAAG-TT--GCTTGATA--CGAAGCG-AACCCTTG-TATCTT-CGCG-TTCAGTA-----G--ATATATAGTGGAACATA----AA-GTGTGGTTA-CTC-A--TT---------------------------AAGTTTA-TTC-T--C---ATGTT---------------------GTTAAC--T--AGGAACACCT--TGAC-AAGTAGTTTGT-C--AACAAGA----AAA-GC-CCTATAT---------TATTGCAATCGCCAAGACGAA-----------CTTAAAAACCCTTACACAAAATCA-AAA-A-AA-AAATAAATGAAT--A-A-ATAT-TTTGAA-------TTTA--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--ATTCTATATACAAAAAAAT-TA-T---------------TTGGTAAATTAT-T---A--ACC----AT---CGGAC-CAT---AA-G---------AAACTGCCA-TGG--A--GCA-AAT-G-TC-GA---A-A--AAC-ATT--C-----G--TTTT--AA---GA-C---AAAA----TCC---A-GCTTT-G-ACAAAGTCTC-AC--AT-G----T--CCA-GC--------T------
gi|10 : ATGTGATTCTCCC--GGA---GGGAGA---TA-AAA----TCTCTCGAT--TTT--G-AG--------ATCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAA-TC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTAAT-CA--TC-AAA--AA-AA-TTA--T---G-ACCGC-C-C-AA---TT--AT-CG-TGTA-----C--GAAG-CCTT--T-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATT-TTAG----TCAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--TT-A-CTA--ATT-----TTCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--TA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--ACTT--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AACA-A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TT-GTTTAT-TAAA-----GT-----ATTGC--TTAGCCTAGG--T-CA-------------A---TC----G---GA--GT----------------------GTAT--TA-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTA-T--CAC--ATTTGA----C--CAAAAGCGAA-AGTAGAA---ACagctgcagctgatccgtcaatctcgattgccagaacattctgtctcacatgtatggc
gi|11 : acTTCTCCC--GGCCGGG--AGA---TA-AAAAACGTCTCCCGATGCTTT--GTAGTAATACTAACCCCCTC
gi|11 : CCGCTAAAAAGCTTATAAATCATGCTAAACC--GTGCATTT-CAGA-AA--ATTTCAA-CA--CTAAAA--AA-AAATTA--TATGG-ACCGCGCAA-AA---TT--ACACGCTGTGGTACCC--GAAGCCCAT--TCTGATGCGTCAGAGA--TAGTCAAATT-TAAT----TCAGCTCACCAAACCAAG-CG----TGAATG-TA-AT--TT-GCAATACGGG-AGCTAT-ATCAG-A-TTCCACATA-CT-T-CT--GAATACAATA-GG-CTGGG-T-AG--A-TTTTCCAC---AC-CTGGTCCGATGGA---------ACCAAAT-GAAGTCTAAC---C--T-CTGGCTAG-CA-TC-TCC--A----A--AATC--agacccaagccaagccaagtgcgttccgggtgggtgccaccgctaaaaagcttataaatcatgctaaaccgtgcatttcagaaaatttcaacactaaaaaaaaattatatggaccgcgcaaaattacacgctgtggtacccgaagcccattctgatgcgtcagagatagtcaaatttaattcagctcaccaaaccaagcgtgaatgtaatttgcaatacgggagctatatcagattccacatacttctgaatacaataggctgggtagattttccacacctggtccgatggaaccaaatgaagtctaacctctggctagcatctccaaaatcccgtacgtttcttacaattcacaacaccg
gi|12 : ttctcccggccgggagataaaaaacgtctcccgatgctttgtagtaatactaaccccctcagacccaagccaagccaagtgcgttccgggtgggtgccaG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--CTA-----AAC--AA-CAATTAATG--TT-----T-AGT-TAAT-TAACATGTA-TGA-A--C-C-CTGCA-TG-TTC-TA--T--AC-TT-GTTTAT-TAAAG----G------ATAGC-TT-AGCCT-GGG-T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--GGGCC----G-ACTA------------------C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTAA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTG-TA--TTCGAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGT-AAA-ATTTCA-T-G-A-------------------A--AGTTGAA--TATGT-T-A--AA-----ACGTG-A---TAA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TT-GAAT--A---ATAAA-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-TA---------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----TA-C-ATccgtacgtttcttacaattcacaacaccg
gi|13 : TTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAA--TGTAGAA-----TATTGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---C----AAA-GC-CCTATAG---------T-----------------GAA-----------CTT-AAA-CCCTT-CA-AAAAT-ACAA----CA-AAGTAAATTAAT--A-ATA----TTTGA----------TT--A-AAA--A---AAAGAAAAGTC---TC------AAAC-ACA--AG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--G--ATT----AT---T------------A-A---------AA--TG----TTG--A--AAA-AAT-A-TC-GA---C-A--AAA-AAT--C-TCCAG--TTT---CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-TT--------T------GCGACA--TGACATGCAGTTCTGTCAC-ATG
gi|14 : T-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAACTTATGTTGAACTT-AAAACCCTT-CA-AAAAT-ACAAA-AACA-AAATAAATGAAT--A-A-AA---TTTGAA--------TTT--A-AAAAAA---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-T---A--ACC----AA---TTGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTGA-A--AAA-AAT-G-GC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-AT
gi|15 : A-------ATCT--ACAAG--A---G---------C---AC------CAAC-ACACCTG--ATA---------------T-TACT---------------T--GTACATTCA-TA--A--CCC----AG---TGGA-ACATC--AACG---------CA--TG-CA-TTG--ATGAAA-AAT-G-TC-GAACAC-A--AAC-AGTGCT-TCCAG--CTTTATCA---GACC---GAAA---CTCCT--ACGC--T-G-A-AAAACTTC-AAAGATGC----TG-CCA-GTTTGAATCGT------GTGACACTCGA----CAGTTCT-TCAT-ATGTA
gi|16 : aatct-C-A-AA---TT--AC-CG-TGAA-----A--GAAG-------------ATGTCA---G--T-GTTAAATT-TT-----------TT------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CG--TT-GCGATC--AG-A-CTA--ATT-----TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--CA-G--------------A-TTTT-CAC---AT-CTG-------------------ATC---TAGG--CCC-AC---C--C-T--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-t
gi|17 : ttcaaaattttttacgtggtagatctatatcgttatcaacgatgaA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-AA---TTTGAATAAAAAAATTA--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-CCACTTG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTGT-TA--A---CG----AA---GGGACACAT---AA-G---------AA--AA-TG-TTG--A--AAA-AAT-G-TT-GA---C-A--ATA-A-------------------------ATC---AAAA---CTCA---A-GC--T-G-A-AAAACTCC-AA--AT-CTCGAT--CTA-GT--------T------GCGACA--TGA----CAG
gi|18 : aaatacCCTT-CA-AAAAT-ACAA----CA-AAGTAGATGAAT--A-A-AA---TTTGAA--------TAA--A-AAA--A---G---------AAAATC------AAAC-ACA--AG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--A---CC----AA---TGGGCACAT---AA-G---------AA-----------------AA-TAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AAT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAATTTC-AA--AT-A----T--CCA-GT--------T------CTGTCA--
gi|19 : ---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TG--ACCACCCTGCAG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAca
gi|2 : ATGTGCTT-TCCC--GGC---G--GGAGATTA-AAA----TCTCCCGAT--TTTTTG-AGG-------ACTCCCTCCGTTCCCTCCGGCTAAAAG--T-AAAAATC-T-T----CCCGGT-CATTTTCA---AA--ATTTCAA-CA--TC-AAA--AA-AATTTAATT---GGACCGC-C-A-AAAAATT--AC-CG-TGTA-----C--GAAG-CCATGTT-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATTCTTAT----TCAG-T-------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CG-T-CT--GAACAC--CACGGTT--GG-TAAG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--CTT--GC--A-CATTC-T-TCAA----A--AATC--TGT--AAA-A--------TT-CA--CAC---CC-T---TTGAAA-ACC---------CA-C-AATCT-TGGTTTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--A-A-----AACAAA--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-CTTTGCA-TG-CTC-TA--T--ACTTT-GGTTAT-TAAA-----GG-----ATAGC-TT--GCCT-GGGTT-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GAAGGGGCT----GAACTTACTTA--G-G--T--TC-C-T-AATAGGAGAAGAATAA-CTC-T--CAC--ACTTAA----AACC-AAAGCGAACAGTAGGAAATACCGCAGGTT--TAT-TTCGAAAAA-TATAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCATT-GCAAA------TTAC-A-TG-GGACAGTTGAA--TATGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TCA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TTGGAAT--A---ATAAA-TTAGGAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-----A-------------TATA-----CA-C-ATGGAATTAAAAAA--A-----C---A-----AACA----A--A--CAG---GT-A-----GC----ATTCCAACTCCTAG------T------TAATC-CA--GC--GAATGTC--AGGCAT-GA-G---G---T----------------------GTG--G-TGAGGG-----GGACT-G-----AGAC----ATCAGTC--TACA-ATTATTCTTAATA--GTTTAGCAGCAAGTACCACCATA-GA---TAAAGTTT--GCCT-ATA--CG----G-AA-ACTTG-TATCTTCC-CG-T--AATA-----A--TTAT---GTTGA--ATA----AATGT-TGGTTATTTT-AATTTTACAAAAA-----------------AAAAATGTACTTC-T--TCAAATG-TC--------------------GTTAAC--T--AGAAT----T--TGAC-AA-T--TTT-T-C--AAC---A----AAAGGC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAA-TACAAATA-CA-AAATAAATGAAT--A-A-AGAATTTTG-A-------ATTTAAA-AAA--A---G---------C---TC------AAACGACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTA--TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CATTTG--A--AAACAATAG-TC-GA---C-AAGAGA-AGT--CTTCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAAGACTTCC---A-GC--T-GAA-AAAACATCAAA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCACAATGTt
gi|20 : AATTAT-CA--A--ATT----AAAAATGGACACAT---AA------------A--CG-TT-TTT--A--AAA-AA----------------------AT--C-TTGAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---TTTC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CTA-GT--------T------GTGACA--TGA----TGGCTTTGTCAC-AT
gi|21 : tTATTG--C-ACT-T----------AATGT-AT---A-GCTGA-TTATAAATTACA-C-ATGGAGAAAAAAAACAAACAAAC---AC----AAC-----A--A--CA----GT-A-----GC----AT--CAACTCCT-AGTATACT------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GA-G---G--------------------------GTG--
gi|22 : ATGCAATACTTTT--GGCAG-G--AGA---TA-AAA----TCTCCCCAT--TTT--G-AG--------CCCCCTTCCTGTACCTTCCGCTAAAAG--TT-AAAATA-T-C----CC--GT-CATTT-t
gi|23 : ac-C-A-AA---TT--AT-CG-TGCA-----A--GAAG-CCAT--G-TG
gi|24 : tcgccgttcaaaatttttgatttggtatatccttatcaacggtgaAT--TTT--G-AG--------GTACCCTCCCG-ACCTCCCGCTAA-----TTAGAA------T----GC--GT-CA-TT-CA---AATTATTGTAATCA--TC-Agattttttttccagt
gi|25 : ctATGTGATTCTCCCAGGGG---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ATCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAATG--Tttgacgcagtaaaaaaa
gi|26 : tacCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCT---A-GC--T-G-A-AACACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GC--------T------GCGATG--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATgtatacccatc
gi|27 : CA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--TA-----ACGTA-A---TAA--AGG----TTA---------T--TG----------TA------AT-GAAT--A---ATAAG-TTA-ac
gi|28 : ---TA-AAA----TCTCCTGAT--TTT--G-AG---------CCCCCTCCCGTCCCTCCGGCTAAAAG--TT-AAAATC-T-C----CC--AT-CATTT-CA---Aca
gi|3 : G-T-AA--T-TTTT-CGCGCAAC-CTG--TCG-TGCCGCGAGCCCAACC---T-GAGTTCT-AC---C--C-CA-GC--AACA-TTGT-C--ACGTAA--GAAC--TGTC-AAA-AAGAGGAGATT-CAGCCA----CC-T---TTGAAA-G-CGAGCGCGAGCA-CGAATC--TG--T----ATG-GAA-TCGCGT-T-GATAGT--ATTGGA--ATT-----GAT--A--CAATT-GCG--TG-----T-AAC-TAA
gi|3 : t-CTGCAATGGCTC-TG--TTTAC-TT-GT--AT-GAGAGAAGAGG-----ATAGCCTTTAGCCT-GG----CA-A-TGTATT----A---AC----AAT-GG--GTGCCCGGGG-ACTAA---ACGA-GTAT--TA-CCT-AATAGG-GAAG-ATAAACTC-T--TGCCAACTT---------------TGGA-CCTTGAA---ACCGCC-GTTG-TA--TTCAAAGA---GAA--------TGAGTGAGAG--AGA-ATTTCA-TTG-AAAGGTGAGCGAC-AGTGTGA--AATTGGAGATAAGG-TGT--AGGGAAGACGCG-AGAGTAAGGATG----TTAGGGTGACAATAATG----------TA------AT-GAATT-A---ATAAG-TTA-GAGAC--T-TACCATGCTACTG--CCACT-A----------AGTGT-ATG--A-GCTGA-TTATA-----CAGC-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---CGTGA-----CACTT---A--A--CATAG-GT-A-----GCGTAGAT--CAA-------------T------ATATC-CA--GCGGGAG---C--A-GAAT-GT-GA--G---T----------------------GTG--GTTGA--GACTGAGGACC-GCCCACGGTT----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAA-TAGTGTTTAAC--CGAG---CGCGATA-GAGATTAAAG-TTGGGCCT-ATACTCA----G-AA-ACTCGTTATCTT-C-CGTT--AATAGAGGTG--ATAT---GTGAA--ATAAAAGAA-GT-TGGGTA-TTT-A---ATAT----A-----------------------TTACTTT-TCAC--AATG-TGGAATAAAAGAGTGTGTGAGGGTTAAC--T--AGAA-----T--GAACGAA-T-GTTTGTGC--GAG---AGGAGAAA-GCGCCTATATATGATCTCAC-----------------GAA-----------CTT-AGAACCCTT-CC-AAAA-TACAAA-A-AACAAAT-AATGAAT--A-A-A----ATTGAA-------ATTT--A-AAA--AAAGA---------C---TCA-----AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-TAATAAAAAAATTATAT--GTGAATTATATT--A--ACC----AG---TGGACCCAT---AA-G---------AAT-TG-CA--TGAAA--AAA-AAT-GATCGGA---C-A--AAAGGGT--CTTCCAGTATTTT--CAGGGGACCAAAAAAA---CTTCCCAA-GC--TGG-A-AAAACTCA-AA--AT-C----TACCCA-GT--------TGTAGACGTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAgcgagtaaatgggagtgagtgtaatatataacgtgtcgagtacgagataagcgcgcgctgcaatggctctgtttacttgtatgagagaagaggatagcctttagcctggcaatgtattaacaatgggtgcccggggactaaacgagtattacctaatagggaagataaactcttgccaactttggaccttgaaaccgccgttgtattcaaagagaatgagtgagagagaatttcattgaaaggtgagcgacagtgtgaaattggagataaggtgtagggaagacgcgagagtaaggatgttagggtgacaataatgtaatgaattaataagttagagacttaccatgctactgccactaagtgtatgagctgattatacagcatggagagagaaaaaaccgtgacacttaacataggtagcgtagatcaatatatccagcgggagcagaatgtgagtgtggttgagactgaggaccgcccacggttacagttacaatattctaatagtgtttaaccgagcgcgatagagattaaagttgggcctatactcagaaactcgttatcttccgttaatagaggtgatatgtgaaataaaagaagttgggtatttaatatattacttttcacaatgtggaataaaagagtgtgtgagggttaactagaatgaacgaatgtttgtgcgagaggagaaagcgcctatatatgatctcacgaacttagaacccttccaaaatacaaaaaacaaataatgaataaaattgaaatttaaaaaaagactcaaaacacatgatttataataaaaaaattatatgtgaattatattaaccagtggacccataagaattgcatgaaaaaaaatgatcggacaaaagggtcttccagtattttcaggggaccaaaaaaacttcccaagctggaaaaactcaaaatctacccagttgtagacgtgacatgacagttctgtcacatgtat
gi|4 : tgtaatttttcgcgcaacctgtcgtgccgcgagcccaacctgagttctaccccagcaacattgtcacgtaagaactgtcaaaaagaggagattcagccacctttgaaagcgagcgcgagcacgaatctgtatggaatcgcgttgatagtattggaattgatacaattgcgtgtaactaagcgagtaaatgggagtgagtgtaatatataacgtgtcgagtacgagataagcgcgcgA-AAA----TCTCCCGAT--TT---G-AG--------ACCCC-TCCCGTCCCTCCCGCTAAA-G--TTAAAA-TC-T-C----CC--GT-CATTT-CAGCAAA--ATTTCAA-CA--TC-AAA--AATAAATTAAAT---G-ACGTG-C-A-AA---TT-----TG-TGTA-----C--GAAG-C-AT--T-TGA-GTGTCA---AATC-GTCAAATT---AT-----CAG-TC------CCAAGTCAC---TG--TGGTA-CAATTT-GCAATA--GG-A-CAA--CTTCATACTCCCAC-TTCCT-T-CT--GAACAC-----GG-T--GGAT-AGTGACTTTT-CAC---ACACTG--TCT-TG-----------GAC---TAGA--TCT-AC---C--T-C--TC--A-CA-CT-C-C--A----A--AATTCTTGTC-AAA-A--------TTTCA--CAA---CC-T---TTGAAA-A-C---------CAAC-AATCT-TG--TTTGCATGTG-A-TC-C-TAT-GATCTC--ATT-TA--ATA-----ACC--AACCAATTAATGGCTG-----T-AGT---ATCTAAC-TTCACTGA-AACC-C-TTGCA-TG-CTC-TA--T--AC-TT-GTTTAT-TAAAG----G------ATAGC-CT-AGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----A---AG--AGGCC----G-A-------------TA----A-C-TGAATAGG---AG-ATAA-CTC-TACTAC--ACTTTA----A--CCAAAGCGAA-AGTAGAA---ACCG---GTTG-TA--TT-GAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAG-TAAAT-ATTTCA-T-A-AA--------TAC-A-TG-GA--AGTTGAA----ATT-T-TTGAA-----ACGTA-A---TCA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TT-GAATCAG---ATAAA-TTA--AGACGTT-CAC-GT-TTATTG--CGACT-T----------AATGT-AT---AAGCTGAGTTATA-----CA-C-ATG---ATA-AAAA--AAC-------------AAC-----A--A--CA----GTTA-----GC----AT--CAACATCT-A------TCGCTCAAT-TC-CACGGC---AG---CTTA-GCTT-GA-GTGGG---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACTAG-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTATCTG--GTT-AGCAGCGA-TACCAC-ATAAGA---TAAGT-TT--GC-T-ATAAACAC---G-GA-CCTTG-TATCT--C-CG-TC-AATA-----A--ATA----GTGAT--A-A----AA-GT-TGGTTA-TTT-A--TTTAC----AT----------------AAAAATT--CTTCTT--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC--A-T--TTT-T-CAAAACA--A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------AAA-----------CTTAAAAAACCTT-CA-AAA---ACAAATA-C--AAATAAATGAATTAA-A-A----TTTG-A-------ATTTAAA-AAA--A---G---------C---TCA-----AAAC-ACA--TGAAAT----------------TGTA-T---------------T--GTAAA-TAT-TATTA--ACC----AG---T-GACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAA-T-TC-GA---CGA--AAA-AGTC-C-TCCAA--GTTT--CA---GACC---AAAA---CTCCAA-A-GC--T-G-----AACTTC-AA--TT-C----T--CCAGGT--------T------GTGA-A--TGA----CAGTT-TGTCAC-ATt
gi|5 : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACTCCCTCCCG-CCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATT--CA---AA--ATTTCAA-CA--AT-AAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TT--AC-TG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTG-CA---A--T-GTCAAATT-CTAT----TCAG-CC------CAAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GC-A-CTA--ATT---A-TC--AC-T--CG-T-CT--GAACAC--CA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--AT---A--AATC--TGTC-AAA-A---------T-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AAC--A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCA-TGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-AT--T--AC-TT-G-TTAT-TAAAG----GA-----ATAGC-TTTAGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--GGGCC----G-AC-----------------TA-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTAA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTGTTA--TTCGAAAAACTGTACAAGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAA--TATGT-T-T--AA-----AAGTA-A---TCA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TT-GAAT--A---ATAAA-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----GA-C-ATGGAGA---AAAA--AAC---CA--A-----AAC-----A--A--CA----GT-A-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GA-G---G---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACT-G-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCAAGTACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT--TA--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T---ATA-----A--AT-T---GTGAT--AT-----AA-GT-TGGTTA-TTTAA--TTTAC----AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T--TTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAATTACAAATA-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA-------ATTT--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT---------------------T---------------T--GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--GTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-G---T-G---AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAt
gi|6 : ATGTGATTC-CCC--GGC---G--GGA---GATAAA----TCTCC-GAT--TTT--G-AG--------ACCCCTCACCGTCC-TCCCGCTAAAAG--TTAAAA-TC-T-C----CC--AT-CATTT-CA---AA----TTCAA-CA--GC-AAA--AA-AA-TTA--T---G-ACGCC-C-A-AA---TT--A---G-TGTA-----C--AAAG-CCAT--T-TGA--TGTCC---A--T-GTCAATTT-TT-T----TCAG-TT------ACAA--CA----TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCC-AC-T--CT-T-CT--GAACAC--------T--GG-T-AG--A-TTTT-CA----AC-CTG--TCC-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-T--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AA-CT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATATT--AT---A--ATA-----TCA--A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCATTAA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TT-GT---T-TAAAA----AG-----ATAGC--TTAGCCTGGG--T-CATA-TG---T----A---TC----AATCGA--GATGC----G-ACTAA---T--G-AGAT--TA-C-T-AATAAG-GAAG-ATAA--TC-T--CAC--ACTTGACCT-G--CAAAAACGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTG-TA--TTCAAAA----------------GAATAAAGGT-AAA-ATTTCA-T---AAA------TTAC---T--GA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TAA--ATGTAACTTA---------C--TG----------TA------AT-GGAT--A---AT-AG-TTA-GA-A---TATAC-GT-CTATTG--C-ACT-TAATCAAGTTAA-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----TA-C-ATGGAGA---AAAA--AAC---T----------AC-----A--GTTCA----GT-A-----GC----AT--CAACTCC---------T------ATATC-CA--GC--GA----C--A-GCAT-GA-G---GGTNN----------------------NNN--N-NNN--N-----NNNNN-N-----NNNN----N-NNNN---NNNN-N-NNNNNNNNCTA--GTTTAGCAGC---------------A---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CA----G-AA--CTTG-TATCTT-C-C--T--AAT------A--ATAT---GTGAA--ATA----AA--T-TGGTTA-TTT----------------------------------AATTAACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T------------------AA-----------CTT--AAACCCTT-CA-AAA--TACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTG-A-------ATTTAAA-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TA--------------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-T---A--ACC----AA---TGGACACATAGAAA-T---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C----AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---ACAA---CTCG---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA--T--------T------GTGACA--TGA----CCATTCTGTCAC-ATGTA
gi|7 : ac-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATATAC--AACTTA--CAATTAATG--AG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCAATAA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TT-GTTTAT-TAAAG----G------ATAGC-TT-AGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TCAATCG---GA--GTGCC----G-ACTAA---ACGA-GTAT--TA-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--TAC--ACTTGACCT-G--C-AAA------------A---ACCGC--GTTG-TA--TTCAAAA----------------GAATAAAGGTAAAA--TTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGCA-A---TAA--ATG----TTA---------T--TGACAATTAATGTA------AT-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-AT-CTACTG--C-ACT-A----------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----CA-C-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---T---ACTGT-AAC-----AGTA--CAGTACGT-A-----GC----AT--CAAC------------T------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GAGG---G---T----------------------GTG--G-TGAG-G-----GGACT-G-----AGACACGTA-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTA---------ACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CAG---G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T--TATA-----GATATAT---GTGAA--ATA----AA-GT-TGGTTA-TTT----------------------------------AATTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GA
gi|8 : ttttgaaatgacgggagattttcacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA--T---G-ACC-C-C-A-TA---T---AC-TG-TGTA-----TTAGAAG-CCAT----------GTCA---T--T-GCGCATTT-TTAA----GTAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TAACA--TT-GCAATC--AG-A-CTA--ATT---T-TTCCAC-TT-CTGT-CT--GAA-AC--CA-GG----GG-T-AGT-A-TTTT-CAC---AC-CT-------TG-----------ATC---A-GA--GTT-ACTGGC--C-CA-GC--A-CA-CC-T-C--A----GTGAATC--CGTC-AAATA--------TT-CA--CA----CC-TCTTTTGAAATA-C---------CA-T-GATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTTGCATG-AA--TTA-----AACAAA--CAATTATGG--TG-----TAAGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--CGC-CTGCA-TG-CTTATGAAT--AC-TT-GTTTATATAAAA----GG-----ATAGC--TTGG----GG--TCCA-ATTGTA-T----AAATTT----G---GA--G--------------A---A--G-GTACTGTA-C-T-ATTAGG-GAAG-A-AA-C-C-T--CAC--ACTTGG----T--C-AAAGCGAA-AGTAGAAC--ACCGCG-GTTG-TAG-TTCG-AAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-TTTTCA---G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AATTTAA--TAAGT-T-T--AA-----ATTTAGA---TAA--GTG----TTAT--------T--TG----------TA------TA-AGAT--A---ATAAG-TTA-CAG
gi|9 : caaaatttgttattcaacaCT-T----------AATGT-AG---A-GCTGA-TTAAA-----CA-C-ACAGAGAG-----A--AAC---T----------AC-----A--GTTTA----GT-A-----GC----AT--CAACTACT-G--------------------A--GT--GAG---C--A-GAAT-GA-GAATG---TTCTTTCACGTCCTCCAGACCCGGTGTGG-TGA--G-----GAACC-G-----ATAC----A-CA-TAAATAGA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGC-AGTACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CA----GAAA-TCTTG-TATATT-C-CG-T--AATA-----A--ATAT---ATGAA--ATA----AA-GT-TGGTTA-TTT-G--C-------------------------------TTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAACTGT--AAAA-----A--TGAC-AA-T-ATTT-A-C--AAC---A----AA-------TGTAG---------T-----------------G-------------------AACCCTT-CA-AAA--TAC--A-A-CA-AATTAAATGAAT--AGA-A----TTTAAA-------A-----A-AAA--A---G---------T---TTATGATAAAAC-AAA--AA--A--------------------A----------------------AAAT--T-TA--A--A------AG---CTCAAACAC---AA-GATTTATTTTAA--TT-CA-TT---A--ACC-AAT-A----GA---C-AC-AAA-AAT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-GAA-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): GTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTCACATGTATGTTATG
Unaligned ( gi|30 ): ATGTAATTTAAATCCCTGTTACACCCAACACAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111111 1 111 1 11 11111111 1111 11111111 1111111 1111111 11 11 22222 11 22222222222 1111 22222222222 11 11 1111 11111111 2222 222222222 2222222222222 11111 222222222222 1111 1111111 11111111 5555555555555555555555555 333333333 111 11 11 333333333333333 111111 11111 222222222 2222222222 1111111 111 33333333333333 111 111111 111 666666666666666666666666666666666 11111 4444444444444444444 666666666666666666666666666666 22222222 11111111 2222 111 2222 11 2222 111 11111111 1111 1111111111111111111111111111111111 444444444444444444444 11111 11 11111111 44444444444444444444444444444444444444444 222 1 2222 2222222222222 111111111 111111 2222222222222222222222222222222222222 111111111 111
lowQualScore : 77 777 77 888 4 9999 55 55 4 88888888 1 0 55 1 0 4 4 8888 55 4 4 333 66 5 777 5 77 5 0 88 888 5 4 4 4 4 777 77777 4 22222222 4 0000 44 11111111 4 5555555 4 3333333 4 8888 00 8 4 66 4 66 4 4 00 33333 0 8 55 4 4 66 00000000000 4 4 1111 4 777 4 55 4 44444444444 88888 11 8 777 55 4 33 55 4 4 4 4 55 2222 55 55 4 4 66666666 4 66 0000 5 888 5 5 888888888 5 5 5 66 4 4 4 4 4 4 4 4 55 4 55 8888888888888 55 00000 4 4 8 8 8 4 66 4 4 4 4 4 55 55 4 4 0 4 444444444444 7777 8 99 4 4 4 1111111 777 55555555 55 4 1111111111111111111111111 4 4 4 4 4 4 4 55 55 2 333333333 1 4 0 111 55 4 55 222222222222222 4 66 4 444 111111 666 4 55 55 4 4 55 00000 4 777 55 8888 000000000 55 7777777777 2222222 4 99 777 4 4 333 5 5 5 66 8 11111111111111 4 111 4 4 000000 4 4 777 66 888888888888888888888888888888888 4 11111 9999 66 4444444444444444444 4 66 66 777 66 8 4 4 000000000000000000000000000000 66 5 22222222 55555555 1111 5 333 5 5 66 4 0 7777 2 5 888 5 66 5 33 0000 5 99 5 5 5 5 222 66666666 888 66 0000 5 5 5 3333333333333333333333333333333333 4 66 66 4 222222222222222222222 66 66 55555 66 4 4 22 8 4 55 22222222 4 4 33333333333333333333333333333333333333333 8 4 4 333 0 3 3 55 3 3 5555 4 0000000000000 3 44 555 222222222 555 555555 3 88 44 7777777777777777777777777777777777777 44 2 888 33 6666 555 0 777 2 111111111 66 2 2 66 33 2 2 2 2 555 2 66 2 66 5 33 33 444 444 444 111 2 33 2 555 2 33 2 5555 66 2 99999999 777777 33 6666 3
lowQualScore : .. ... .. ... . .... .. .. . ........ . . .. . . . . .... .. . . ... .. . ... . .. . . .. ... . . . . . ... ..... . ........ . .... .. ........ . ....... . ....... . .... .. . . .. . .. . . .. ..... . . .. . . .. ........... . . .... . ... . .. . ........... ..... .. . ... .. . .. .. . . . . .. .... .. .. . . ........ . .. .... . ... . . ......... . . . .. . . . . . . . . .. . .. ............. .. ..... . . . . . . .. . . . . . .. .. . . . . ............ .... . .. . . . ....... ... ........ .. . ......................... . . . . . . . .. .. . ......... . . . ... .. . .. ............... . .. . ... ...... ... . .. .. . . .. ..... . ... .. .... ......... .. .......... ....... . .. ... . . ... . . . .. . .............. . ... . . ...... . . ... .. ................................. . ..... .... .. ................... . .. .. ... .. . . . .............................. .. . ........ ........ .... . ... . . .. . . .... . . ... . .. . .. .... . .. . . . . ... ........ ... .. .... . . . .................................. . .. .. . ..................... .. .. ..... .. . . .. . . .. ........ . . ......................................... . . . ... . . . .. . . .... . ............. . .. ... ......... ... ...... . .. .. ..................................... .. . ... .. .... ... . ... . ......... .. . . .. .. . . . . ... . .. . .. . .. .. ... ... ... ... . .. . ... . .. . .... .. . ........ ...... .. .... .
lowQualScore : 99 999 99 888 4 4444 55 55 0 55555555 9 9 55 9 6 0 0 5555 55 0 0 999 99 0 999 0 99 7 9 88 888 0 5 0 0 0 000 66666 0 11111111 0 2222 66 00000000 4 0000000 4 7777777 4 9999 66 9 4 11 4 11 4 4 66 11111 9 9 00 4 4 11 11111111111 0 0 1111 0 000 0 55 0 55555555555 66666 00 0 000 55 0 55 55 0 0 0 0 55 5555 55 55 4 4 11111111 4 99 6666 0 888 0 0 888888888 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 55 5555555555555 55 00000 0 0 9 9 4 4 11 4 0 0 0 0 55 55 0 0 8 0 000000000000 7777 0 55 0 0 0 4444444 000 88888888 55 9 6666666666666666666666666 0 0 0 0 0 0 0 55 55 3 222222222 6 0 9 000 00 4 00 333333333333333 6 44 0 666 555555 333 0 55 55 0 0 55 00000 0 000 55 5555 000000000 55 5555555555 5555555 0 55 000 0 0 888 0 0 0 11 9 11111111111111 0 000 0 0 777777 0 0 777 11 111111111111111111111111111111111 4 11111 4444 11 2222222222222222222 4 11 11 888 11 9 4 4 999999999999999999999999999999 11 0 00000000 22222222 2222 0 888 0 0 99 5 1 6666 5 0 888 0 99 0 88 6666 0 55 0 0 0 0 222 00000000 888 99 6666 0 0 0 8888888888888888888888888888888888 4 11 11 4 222222222222222222222 11 11 66666 11 4 4 99 0 0 55 99999999 0 0 88888888888888888888888888888888888888888 9 0 0 333 9 6 6 00 6 6 0000 4 9999999999999 3 66 888 333333333 444 000000 1 55 22 8888888888888888888888888888888888888 22 9 444 99 1111 000 7 999 9 444444444 88 9 9 88 99 9 9 9 9 000 9 88 9 88 7 77 77 777 777 777 000 7 77 7 555 7 77 7 7777 33 7 77777777 777777 99 5555 3
consensus : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTCAA-CA--NC-AAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TT--AC-CG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATT-TTAT----TCAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--CA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AAC--A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TT-GTTTAT-TAAAG----GG-----ATAGC-TTTAGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--GNGCC----G-ACTAA---A--G-GTAT--TA-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTGA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTG-TA--TTCGAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TAA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------NT-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----CA-C-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---C---A-----AAC-----A--A--CA----GT-A-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GA-G---G---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACC-G-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCGAGTACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T--AATA-----A--ATAT---GTGAA--ATA----AA-GT-TGGTTA-TTT-A--TTTAC----A-----------------AAAAATTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAATTACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA-------ATTT--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTA
Reference ( family-2380 ) : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTCAA-CA--NC-AAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TT--AC-CG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATT-TTAT----TCAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--CA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AAC--A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TT-GTTTAT-TAAAG----GG-----ATAGC-TTTAGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--GNGCC----G-ACTAA---A--G-GTAT--TA-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTGA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTG-TA--TTCGAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TAA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------NT-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----CA-C-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---C---A-----AAC-----A--A--CA----GT-A-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GA-G---G---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACC-G-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCGAGTACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T--AATA-----A--ATAT---GTGAA--ATA----AA-GT-TGGTTA-TTT-A--TTTAC----A-----------------AAAAATTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAATTACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA-------ATTT--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTA
gi|1 : AAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTCAA-CAGGGC-AAAACAA-AAGTTAC-T---G-A-CAC-C-ACAA---TTTAGC-TG-TGTA-----C--GAAG--CAT--T-TGA-GTGTCA---A--TGGTCAAATT-TTCTTTTCTCAG-TT------CACAG-CACACTTGC-TGTTA-CA--TTGGCAATA--GGCA-CTAATATT---A-T-CCACTT--CT-TGCTACGAGCACCACA-GG-T---G-T-AG--ATTTTT-CGC---AC-CTG--TCG-TG------------CC---T-GA--TCTAAC---CCGC-C--GC--A-CA-TC-T-C--C----A--AATC--TGTCGAAA-A--------TT-CA--CAGACGCTGT---TTGAAA-A-CGGG------CA-C-AATCTGTG--TTT-C-TG-G-ATTC-C-T-TGGATTTT--ATT-AAGGATATACAGAACTTA--CAATTAA-G--TGACGCAT-AGTGTAATCTAACATTCAATAACA--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TTGGTTTAT-TAAAG----AGGATAAATAGC--TTAGCCT-GG--T-CA-A-TGT--TACAAA---TC----G---GA--GTGCC----G-ACTAA---C--GAGTAT--TAGC-T-AATA-G-GAAG-ATAA-CTCTT--TAC--ACTTGACGCTG--C-AA----AA-AGC-----------C--GTTG-TATGTTCAAAGA----------------AATAAAGGTAAAATCTTTCA-T-G-AAA------TTACGA-TG-AA--AGTTGAA--TAAGTCT-T--AA-----ACGC--A---TAA--ACG----TTA---------T--TGACAAT-----TATGATACAT-GAAT--ACGCATAAGATTA-GAGG---T-TAC-AT-CTATGGCCC-ACTAG----------A-TGTAATACGA-GCTGA-TTATA------A-CAATGGAGAGAGAAAA--AACA--T---ACTGTTAACAGCGTA--G--CA----GT-ACGTAGGC----AT--C-AC------------T------ATATCGCA--GC--GAG---C--ACGCATGGA-G---GGC-T----------------------GTG--G-TGA--------GGACTGG-----AGACACGTA-CAGT---TACAGA-TATTCTAACTA--GTTTA--AGC-----CAAGCATA-GA---TAAAG-TT--GCTTGATA--CGAAGCG-AACCCTTG-TATCTT-CGCG-TTCAGTA-----G--ATATATAGTGGAACATA----AA-GTGTGGTTA-CTC-A--TT---------------------------AAGTTTA-TTC-T--C---ATGTT---------------------GTTAAC--T--AGGAACACCT--TGAC-AAGTAGTTTGT-C--AACAAGA----AAA-GC-CCTATAT---------TATTGCAATCGCCAAGACGAA-----------CTTAAAAACCCTTACACAAAATCA-AAA-A-AA-AAATAAATGAAT--A-A-ATAT-TTTGAA-------TTTA--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--ATTCTATATACAAAAAAAT-TA-T---------------TTGGTAAATTAT-T---A--ACC----AT---CGGAC-CAT---AA-G---------AAACTGCCA-TGG--A--GCA-AAT-G-TC-GA---A-A--AAC-ATT--C-----G--TTTT--AA---GA-C---AAAA----TCC---A-GCTTT-G-ACAAAGTCTC-AC--AT-G----T--CCA-GC--------T------
gi|10 : ATGTGATTCTCCC--GGA---GGGAGA---TA-AAA----TCTCTCGAT--TTT--G-AG--------ATCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAA-TC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTAAT-CA--TC-AAA--AA-AA-TTA--T---G-ACCGC-C-C-AA---TT--AT-CG-TGTA-----C--GAAG-CCTT--T-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATT-TTAG----TCAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--TT-A-CTA--ATT-----TTCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--TA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--ACTT--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AACA-A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TT-GTTTAT-TAAA-----GT-----ATTGC--TTAGCCTAGG--T-CA-------------A---TC----G---GA--GT----------------------GTAT--TA-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTA-T--CAC--ATTTGA----C--CAAAAGCGAA-AGTAGAA---ACagctgcagctgatccgtcaatctcgattgccagaacattctgtctcacatgtatggc
gi|11 : acTTCTCCC--GGCCGGG--AGA---TA-AAAAACGTCTCCCGATGCTTT--GTAGTAATACTAACCCCCTC
gi|11 : CCGCTAAAAAGCTTATAAATCATGCTAAACC--GTGCATTT-CAGA-AA--ATTTCAA-CA--CTAAAA--AA-AAATTA--TATGG-ACCGCGCAA-AA---TT--ACACGCTGTGGTACCC--GAAGCCCAT--TCTGATGCGTCAGAGA--TAGTCAAATT-TAAT----TCAGCTCACCAAACCAAG-CG----TGAATG-TA-AT--TT-GCAATACGGG-AGCTAT-ATCAG-A-TTCCACATA-CT-T-CT--GAATACAATA-GG-CTGGG-T-AG--A-TTTTCCAC---AC-CTGGTCCGATGGA---------ACCAAAT-GAAGTCTAAC---C--T-CTGGCTAG-CA-TC-TCC--A----A--AATC--agacccaagccaagccaagtgcgttccgggtgggtgccaccgctaaaaagcttataaatcatgctaaaccgtgcatttcagaaaatttcaacactaaaaaaaaattatatggaccgcgcaaaattacacgctgtggtacccgaagcccattctgatgcgtcagagatagtcaaatttaattcagctcaccaaaccaagcgtgaatgtaatttgcaatacgggagctatatcagattccacatacttctgaatacaataggctgggtagattttccacacctggtccgatggaaccaaatgaagtctaacctctggctagcatctccaaaatcccgtacgtttcttacaattcacaacaccg
gi|12 : ttctcccggccgggagataaaaaacgtctcccgatgctttgtagtaatactaaccccctcagacccaagccaagccaagtgcgttccgggtgggtgccaG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--CTA-----AAC--AA-CAATTAATG--TT-----T-AGT-TAAT-TAACATGTA-TGA-A--C-C-CTGCA-TG-TTC-TA--T--AC-TT-GTTTAT-TAAAG----G------ATAGC-TT-AGCCT-GGG-T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--GGGCC----G-ACTA------------------C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTAA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTG-TA--TTCGAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGT-AAA-ATTTCA-T-G-A-------------------A--AGTTGAA--TATGT-T-A--AA-----ACGTG-A---TAA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TT-GAAT--A---ATAAA-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-TA---------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----TA-C-ATccgtacgtttcttacaattcacaacaccg
gi|13 : TTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAA--TGTAGAA-----TATTGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---C----AAA-GC-CCTATAG---------T-----------------GAA-----------CTT-AAA-CCCTT-CA-AAAAT-ACAA----CA-AAGTAAATTAAT--A-ATA----TTTGA----------TT--A-AAA--A---AAAGAAAAGTC---TC------AAAC-ACA--AG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--G--ATT----AT---T------------A-A---------AA--TG----TTG--A--AAA-AAT-A-TC-GA---C-A--AAA-AAT--C-TCCAG--TTT---CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-TT--------T------GCGACA--TGACATGCAGTTCTGTCAC-ATG
gi|14 : T-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAACTTATGTTGAACTT-AAAACCCTT-CA-AAAAT-ACAAA-AACA-AAATAAATGAAT--A-A-AA---TTTGAA--------TTT--A-AAAAAA---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-T---A--ACC----AA---TTGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTGA-A--AAA-AAT-G-GC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-AT
gi|15 : A-------ATCT--ACAAG--A---G---------C---AC------CAAC-ACACCTG--ATA---------------T-TACT---------------T--GTACATTCA-TA--A--CCC----AG---TGGA-ACATC--AACG---------CA--TG-CA-TTG--ATGAAA-AAT-G-TC-GAACAC-A--AAC-AGTGCT-TCCAG--CTTTATCA---GACC---GAAA---CTCCT--ACGC--T-G-A-AAAACTTC-AAAGATGC----TG-CCA-GTTTGAATCGT------GTGACACTCGA----CAGTTCT-TCAT-ATGTA
gi|16 : aatct-C-A-AA---TT--AC-CG-TGAA-----A--GAAG-------------ATGTCA---G--T-GTTAAATT-TT-----------TT------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CG--TT-GCGATC--AG-A-CTA--ATT-----TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--CA-G--------------A-TTTT-CAC---AT-CTG-------------------ATC---TAGG--CCC-AC---C--C-T--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-t
gi|17 : ttcaaaattttttacgtggtagatctatatcgttatcaacgatgaA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-AA---TTTGAATAAAAAAATTA--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-CCACTTG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTGT-TA--A---CG----AA---GGGACACAT---AA-G---------AA--AA-TG-TTG--A--AAA-AAT-G-TT-GA---C-A--ATA-A-------------------------ATC---AAAA---CTCA---A-GC--T-G-A-AAAACTCC-AA--AT-CTCGAT--CTA-GT--------T------GCGACA--TGA----CAG
gi|18 : aaatacCCTT-CA-AAAAT-ACAA----CA-AAGTAGATGAAT--A-A-AA---TTTGAA--------TAA--A-AAA--A---G---------AAAATC------AAAC-ACA--AG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--A---CC----AA---TGGGCACAT---AA-G---------AA-----------------AA-TAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AAT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAATTTC-AA--AT-A----T--CCA-GT--------T------CTGTCA--
gi|19 : ---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TG--ACCACCCTGCAG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAca
gi|2 : ATGTGCTT-TCCC--GGC---G--GGAGATTA-AAA----TCTCCCGAT--TTTTTG-AGG-------ACTCCCTCCGTTCCCTCCGGCTAAAAG--T-AAAAATC-T-T----CCCGGT-CATTTTCA---AA--ATTTCAA-CA--TC-AAA--AA-AATTTAATT---GGACCGC-C-A-AAAAATT--AC-CG-TGTA-----C--GAAG-CCATGTT-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATTCTTAT----TCAG-T-------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CG-T-CT--GAACAC--CACGGTT--GG-TAAG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--CTT--GC--A-CATTC-T-TCAA----A--AATC--TGT--AAA-A--------TT-CA--CAC---CC-T---TTGAAA-ACC---------CA-C-AATCT-TGGTTTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--A-A-----AACAAA--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-CTTTGCA-TG-CTC-TA--T--ACTTT-GGTTAT-TAAA-----GG-----ATAGC-TT--GCCT-GGGTT-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GAAGGGGCT----GAACTTACTTA--G-G--T--TC-C-T-AATAGGAGAAGAATAA-CTC-T--CAC--ACTTAA----AACC-AAAGCGAACAGTAGGAAATACCGCAGGTT--TAT-TTCGAAAAA-TATAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCATT-GCAAA------TTAC-A-TG-GGACAGTTGAA--TATGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TCA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TTGGAAT--A---ATAAA-TTAGGAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-----A-------------TATA-----CA-C-ATGGAATTAAAAAA--A-----C---A-----AACA----A--A--CAG---GT-A-----GC----ATTCCAACTCCTAG------T------TAATC-CA--GC--GAATGTC--AGGCAT-GA-G---G---T----------------------GTG--G-TGAGGG-----GGACT-G-----AGAC----ATCAGTC--TACA-ATTATTCTTAATA--GTTTAGCAGCAAGTACCACCATA-GA---TAAAGTTT--GCCT-ATA--CG----G-AA-ACTTG-TATCTTCC-CG-T--AATA-----A--TTAT---GTTGA--ATA----AATGT-TGGTTATTTT-AATTTTACAAAAA-----------------AAAAATGTACTTC-T--TCAAATG-TC--------------------GTTAAC--T--AGAAT----T--TGAC-AA-T--TTT-T-C--AAC---A----AAAGGC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAA-TACAAATA-CA-AAATAAATGAAT--A-A-AGAATTTTG-A-------ATTTAAA-AAA--A---G---------C---TC------AAACGACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTA--TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CATTTG--A--AAACAATAG-TC-GA---C-AAGAGA-AGT--CTTCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAAGACTTCC---A-GC--T-GAA-AAAACATCAAA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCACAATGTt
gi|20 : AATTAT-CA--A--ATT----AAAAATGGACACAT---AA------------A--CG-TT-TTT--A--AAA-AA----------------------AT--C-TTGAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---TTTC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CTA-GT--------T------GTGACA--TGA----TGGCTTTGTCAC-AT
gi|21 : tTATTG--C-ACT-T----------AATGT-AT---A-GCTGA-TTATAAATTACA-C-ATGGAGAAAAAAAACAAACAAAC---AC----AAC-----A--A--CA----GT-A-----GC----AT--CAACTCCT-AGTATACT------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GA-G---G--------------------------GTG--
gi|22 : ATGCAATACTTTT--GGCAG-G--AGA---TA-AAA----TCTCCCCAT--TTT--G-AG--------CCCCCTTCCTGTACCTTCCGCTAAAAG--TT-AAAATA-T-C----CC--GT-CATTT-t
gi|23 : ac-C-A-AA---TT--AT-CG-TGCA-----A--GAAG-CCAT--G-TG
gi|24 : tcgccgttcaaaatttttgatttggtatatccttatcaacggtgaAT--TTT--G-AG--------GTACCCTCCCG-ACCTCCCGCTAA-----TTAGAA------T----GC--GT-CA-TT-CA---AATTATTGTAATCA--TC-Agattttttttccagt
gi|25 : ctATGTGATTCTCCCAGGGG---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ATCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAATG--Tttgacgcagtaaaaaaa
gi|26 : tacCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCT---A-GC--T-G-A-AACACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GC--------T------GCGATG--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATgtatacccatc
gi|27 : CA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--TA-----ACGTA-A---TAA--AGG----TTA---------T--TG----------TA------AT-GAAT--A---ATAAG-TTA-ac
gi|28 : ---TA-AAA----TCTCCTGAT--TTT--G-AG---------CCCCCTCCCGTCCCTCCGGCTAAAAG--TT-AAAATC-T-C----CC--AT-CATTT-CA---Aca
gi|3 : G-T-AA--T-TTTT-CGCGCAAC-CTG--TCG-TGCCGCGAGCCCAACC---T-GAGTTCT-AC---C--C-CA-GC--AACA-TTGT-C--ACGTAA--GAAC--TGTC-AAA-AAGAGGAGATT-CAGCCA----CC-T---TTGAAA-G-CGAGCGCGAGCA-CGAATC--TG--T----ATG-GAA-TCGCGT-T-GATAGT--ATTGGA--ATT-----GAT--A--CAATT-GCG--TG-----T-AAC-TAA
gi|3 : t-CTGCAATGGCTC-TG--TTTAC-TT-GT--AT-GAGAGAAGAGG-----ATAGCCTTTAGCCT-GG----CA-A-TGTATT----A---AC----AAT-GG--GTGCCCGGGG-ACTAA---ACGA-GTAT--TA-CCT-AATAGG-GAAG-ATAAACTC-T--TGCCAACTT---------------TGGA-CCTTGAA---ACCGCC-GTTG-TA--TTCAAAGA---GAA--------TGAGTGAGAG--AGA-ATTTCA-TTG-AAAGGTGAGCGAC-AGTGTGA--AATTGGAGATAAGG-TGT--AGGGAAGACGCG-AGAGTAAGGATG----TTAGGGTGACAATAATG----------TA------AT-GAATT-A---ATAAG-TTA-GAGAC--T-TACCATGCTACTG--CCACT-A----------AGTGT-ATG--A-GCTGA-TTATA-----CAGC-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---CGTGA-----CACTT---A--A--CATAG-GT-A-----GCGTAGAT--CAA-------------T------ATATC-CA--GCGGGAG---C--A-GAAT-GT-GA--G---T----------------------GTG--GTTGA--GACTGAGGACC-GCCCACGGTT----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAA-TAGTGTTTAAC--CGAG---CGCGATA-GAGATTAAAG-TTGGGCCT-ATACTCA----G-AA-ACTCGTTATCTT-C-CGTT--AATAGAGGTG--ATAT---GTGAA--ATAAAAGAA-GT-TGGGTA-TTT-A---ATAT----A-----------------------TTACTTT-TCAC--AATG-TGGAATAAAAGAGTGTGTGAGGGTTAAC--T--AGAA-----T--GAACGAA-T-GTTTGTGC--GAG---AGGAGAAA-GCGCCTATATATGATCTCAC-----------------GAA-----------CTT-AGAACCCTT-CC-AAAA-TACAAA-A-AACAAAT-AATGAAT--A-A-A----ATTGAA-------ATTT--A-AAA--AAAGA---------C---TCA-----AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-TAATAAAAAAATTATAT--GTGAATTATATT--A--ACC----AG---TGGACCCAT---AA-G---------AAT-TG-CA--TGAAA--AAA-AAT-GATCGGA---C-A--AAAGGGT--CTTCCAGTATTTT--CAGGGGACCAAAAAAA---CTTCCCAA-GC--TGG-A-AAAACTCA-AA--AT-C----TACCCA-GT--------TGTAGACGTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAgcgagtaaatgggagtgagtgtaatatataacgtgtcgagtacgagataagcgcgcgctgcaatggctctgtttacttgtatgagagaagaggatagcctttagcctggcaatgtattaacaatgggtgcccggggactaaacgagtattacctaatagggaagataaactcttgccaactttggaccttgaaaccgccgttgtattcaaagagaatgagtgagagagaatttcattgaaaggtgagcgacagtgtgaaattggagataaggtgtagggaagacgcgagagtaaggatgttagggtgacaataatgtaatgaattaataagttagagacttaccatgctactgccactaagtgtatgagctgattatacagcatggagagagaaaaaaccgtgacacttaacataggtagcgtagatcaatatatccagcgggagcagaatgtgagtgtggttgagactgaggaccgcccacggttacagttacaatattctaatagtgtttaaccgagcgcgatagagattaaagttgggcctatactcagaaactcgttatcttccgttaatagaggtgatatgtgaaataaaagaagttgggtatttaatatattacttttcacaatgtggaataaaagagtgtgtgagggttaactagaatgaacgaatgtttgtgcgagaggagaaagcgcctatatatgatctcacgaacttagaacccttccaaaatacaaaaaacaaataatgaataaaattgaaatttaaaaaaagactcaaaacacatgatttataataaaaaaattatatgtgaattatattaaccagtggacccataagaattgcatgaaaaaaaatgatcggacaaaagggtcttccagtattttcaggggaccaaaaaaacttcccaagctggaaaaactcaaaatctacccagttgtagacgtgacatgacagttctgtcacatgtat
gi|4 : tgtaatttttcgcgcaacctgtcgtgccgcgagcccaacctgagttctaccccagcaacattgtcacgtaagaactgtcaaaaagaggagattcagccacctttgaaagcgagcgcgagcacgaatctgtatggaatcgcgttgatagtattggaattgatacaattgcgtgtaactaagcgagtaaatgggagtgagtgtaatatataacgtgtcgagtacgagataagcgcgcgA-AAA----TCTCCCGAT--TT---G-AG--------ACCCC-TCCCGTCCCTCCCGCTAAA-G--TTAAAA-TC-T-C----CC--GT-CATTT-CAGCAAA--ATTTCAA-CA--TC-AAA--AATAAATTAAAT---G-ACGTG-C-A-AA---TT-----TG-TGTA-----C--GAAG-C-AT--T-TGA-GTGTCA---AATC-GTCAAATT---AT-----CAG-TC------CCAAGTCAC---TG--TGGTA-CAATTT-GCAATA--GG-A-CAA--CTTCATACTCCCAC-TTCCT-T-CT--GAACAC-----GG-T--GGAT-AGTGACTTTT-CAC---ACACTG--TCT-TG-----------GAC---TAGA--TCT-AC---C--T-C--TC--A-CA-CT-C-C--A----A--AATTCTTGTC-AAA-A--------TTTCA--CAA---CC-T---TTGAAA-A-C---------CAAC-AATCT-TG--TTTGCATGTG-A-TC-C-TAT-GATCTC--ATT-TA--ATA-----ACC--AACCAATTAATGGCTG-----T-AGT---ATCTAAC-TTCACTGA-AACC-C-TTGCA-TG-CTC-TA--T--AC-TT-GTTTAT-TAAAG----G------ATAGC-CT-AGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----A---AG--AGGCC----G-A-------------TA----A-C-TGAATAGG---AG-ATAA-CTC-TACTAC--ACTTTA----A--CCAAAGCGAA-AGTAGAA---ACCG---GTTG-TA--TT-GAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAG-TAAAT-ATTTCA-T-A-AA--------TAC-A-TG-GA--AGTTGAA----ATT-T-TTGAA-----ACGTA-A---TCA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TT-GAATCAG---ATAAA-TTA--AGACGTT-CAC-GT-TTATTG--CGACT-T----------AATGT-AT---AAGCTGAGTTATA-----CA-C-ATG---ATA-AAAA--AAC-------------AAC-----A--A--CA----GTTA-----GC----AT--CAACATCT-A------TCGCTCAAT-TC-CACGGC---AG---CTTA-GCTT-GA-GTGGG---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACTAG-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTATCTG--GTT-AGCAGCGA-TACCAC-ATAAGA---TAAGT-TT--GC-T-ATAAACAC---G-GA-CCTTG-TATCT--C-CG-TC-AATA-----A--ATA----GTGAT--A-A----AA-GT-TGGTTA-TTT-A--TTTAC----AT----------------AAAAATT--CTTCTT--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC--A-T--TTT-T-CAAAACA--A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------AAA-----------CTTAAAAAACCTT-CA-AAA---ACAAATA-C--AAATAAATGAATTAA-A-A----TTTG-A-------ATTTAAA-AAA--A---G---------C---TCA-----AAAC-ACA--TGAAAT----------------TGTA-T---------------T--GTAAA-TAT-TATTA--ACC----AG---T-GACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAA-T-TC-GA---CGA--AAA-AGTC-C-TCCAA--GTTT--CA---GACC---AAAA---CTCCAA-A-GC--T-G-----AACTTC-AA--TT-C----T--CCAGGT--------T------GTGA-A--TGA----CAGTT-TGTCAC-ATt
gi|5 : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACTCCCTCCCG-CCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATT--CA---AA--ATTTCAA-CA--AT-AAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TT--AC-TG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTG-CA---A--T-GTCAAATT-CTAT----TCAG-CC------CAAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GC-A-CTA--ATT---A-TC--AC-T--CG-T-CT--GAACAC--CA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--AT---A--AATC--TGTC-AAA-A---------T-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AAC--A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCA-TGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-AT--T--AC-TT-G-TTAT-TAAAG----GA-----ATAGC-TTTAGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--GGGCC----G-AC-----------------TA-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTAA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTGTTA--TTCGAAAAACTGTACAAGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAA--TATGT-T-T--AA-----AAGTA-A---TCA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TT-GAAT--A---ATAAA-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----GA-C-ATGGAGA---AAAA--AAC---CA--A-----AAC-----A--A--CA----GT-A-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GA-G---G---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACT-G-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCAAGTACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT--TA--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T---ATA-----A--AT-T---GTGAT--AT-----AA-GT-TGGTTA-TTTAA--TTTAC----AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T--TTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAATTACAAATA-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA-------ATTT--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT---------------------T---------------T--GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--GTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-G---T-G---AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAt
gi|6 : ATGTGATTC-CCC--GGC---G--GGA---GATAAA----TCTCC-GAT--TTT--G-AG--------ACCCCTCACCGTCC-TCCCGCTAAAAG--TTAAAA-TC-T-C----CC--AT-CATTT-CA---AA----TTCAA-CA--GC-AAA--AA-AA-TTA--T---G-ACGCC-C-A-AA---TT--A---G-TGTA-----C--AAAG-CCAT--T-TGA--TGTCC---A--T-GTCAATTT-TT-T----TCAG-TT------ACAA--CA----TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCC-AC-T--CT-T-CT--GAACAC--------T--GG-T-AG--A-TTTT-CA----AC-CTG--TCC-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-T--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AA-CT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATATT--AT---A--ATA-----TCA--A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCATTAA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TT-GT---T-TAAAA----AG-----ATAGC--TTAGCCTGGG--T-CATA-TG---T----A---TC----AATCGA--GATGC----G-ACTAA---T--G-AGAT--TA-C-T-AATAAG-GAAG-ATAA--TC-T--CAC--ACTTGACCT-G--CAAAAACGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTG-TA--TTCAAAA----------------GAATAAAGGT-AAA-ATTTCA-T---AAA------TTAC---T--GA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TAA--ATGTAACTTA---------C--TG----------TA------AT-GGAT--A---AT-AG-TTA-GA-A---TATAC-GT-CTATTG--C-ACT-TAATCAAGTTAA-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----TA-C-ATGGAGA---AAAA--AAC---T----------AC-----A--GTTCA----GT-A-----GC----AT--CAACTCC---------T------ATATC-CA--GC--GA----C--A-GCAT-GA-G---GGTNN----------------------NNN--N-NNN--N-----NNNNN-N-----NNNN----N-NNNN---NNNN-N-NNNNNNNNCTA--GTTTAGCAGC---------------A---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CA----G-AA--CTTG-TATCTT-C-C--T--AAT------A--ATAT---GTGAA--ATA----AA--T-TGGTTA-TTT----------------------------------AATTAACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T------------------AA-----------CTT--AAACCCTT-CA-AAA--TACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTG-A-------ATTTAAA-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TA--------------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-T---A--ACC----AA---TGGACACATAGAAA-T---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C----AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---ACAA---CTCG---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA--T--------T------GTGACA--TGA----CCATTCTGTCAC-ATGTA
gi|7 : ac-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATATAC--AACTTA--CAATTAATG--AG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCAATAA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TT-GTTTAT-TAAAG----G------ATAGC-TT-AGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TCAATCG---GA--GTGCC----G-ACTAA---ACGA-GTAT--TA-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--TAC--ACTTGACCT-G--C-AAA------------A---ACCGC--GTTG-TA--TTCAAAA----------------GAATAAAGGTAAAA--TTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGCA-A---TAA--ATG----TTA---------T--TGACAATTAATGTA------AT-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-AT-CTACTG--C-ACT-A----------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----CA-C-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---T---ACTGT-AAC-----AGTA--CAGTACGT-A-----GC----AT--CAAC------------T------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GAGG---G---T----------------------GTG--G-TGAG-G-----GGACT-G-----AGACACGTA-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTA---------ACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CAG---G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T--TATA-----GATATAT---GTGAA--ATA----AA-GT-TGGTTA-TTT----------------------------------AATTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GA
gi|8 : ttttgaaatgacgggagattttcacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA--T---G-ACC-C-C-A-TA---T---AC-TG-TGTA-----TTAGAAG-CCAT----------GTCA---T--T-GCGCATTT-TTAA----GTAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TAACA--TT-GCAATC--AG-A-CTA--ATT---T-TTCCAC-TT-CTGT-CT--GAA-AC--CA-GG----GG-T-AGT-A-TTTT-CAC---AC-CT-------TG-----------ATC---A-GA--GTT-ACTGGC--C-CA-GC--A-CA-CC-T-C--A----GTGAATC--CGTC-AAATA--------TT-CA--CA----CC-TCTTTTGAAATA-C---------CA-T-GATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTTGCATG-AA--TTA-----AACAAA--CAATTATGG--TG-----TAAGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--CGC-CTGCA-TG-CTTATGAAT--AC-TT-GTTTATATAAAA----GG-----ATAGC--TTGG----GG--TCCA-ATTGTA-T----AAATTT----G---GA--G--------------A---A--G-GTACTGTA-C-T-ATTAGG-GAAG-A-AA-C-C-T--CAC--ACTTGG----T--C-AAAGCGAA-AGTAGAAC--ACCGCG-GTTG-TAG-TTCG-AAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-TTTTCA---G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AATTTAA--TAAGT-T-T--AA-----ATTTAGA---TAA--GTG----TTAT--------T--TG----------TA------TA-AGAT--A---ATAAG-TTA-CAG
gi|9 : caaaatttgttattcaacaCT-T----------AATGT-AG---A-GCTGA-TTAAA-----CA-C-ACAGAGAG-----A--AAC---T----------AC-----A--GTTTA----GT-A-----GC----AT--CAACTACT-G--------------------A--GT--GAG---C--A-GAAT-GA-GAATG---TTCTTTCACGTCCTCCAGACCCGGTGTGG-TGA--G-----GAACC-G-----ATAC----A-CA-TAAATAGA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGC-AGTACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CA----GAAA-TCTTG-TATATT-C-CG-T--AATA-----A--ATAT---ATGAA--ATA----AA-GT-TGGTTA-TTT-G--C-------------------------------TTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAACTGT--AAAA-----A--TGAC-AA-T-ATTT-A-C--AAC---A----AA-------TGTAG---------T-----------------G-------------------AACCCTT-CA-AAA--TAC--A-A-CA-AATTAAATGAAT--AGA-A----TTTAAA-------A-----A-AAA--A---G---------T---TTATGATAAAAC-AAA--AA--A--------------------A----------------------AAAT--T-TA--A--A------AG---CTCAAACAC---AA-GATTTATTTTAA--TT-CA-TT---A--ACC-AAT-A----GA---C-AC-AAA-AAT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-GAA-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAgc
blockSeqs : AG CGG . GAT T AACG GC TT T TAATACTA T GC A A A G TAAA CG G T GCA TT T T A . T A AT ATG G G G A . AAA ACA C GTACCC C GTT TG GAGATA C AGT C CACCAAA T C AA G A AT . CG . G T CATAC A TC G . . AATAGGCTG A A TGAC C GCA A GT A CCGCGAGCCCA AAAT AG A TGG . T TG TA A T G C CA CGTA TG CT . T AGAGGAGA T GC C . CTT T C GAGCGCGAG A G . GT G T A . G G A . GC G . TACAACTTA GC . A . C A C . AC G T A G A AA TT T . A GAAGAGG CTTT A GT C T T ATT AAT AATCG AG T CGGGGACTAAACGAGTAT . C G A A A . AC CA G CCTGCA G C AAT AG T T AACTGTACAAGTCGC A A T GC GGTGAG AG T AC GA . G TG GGAAG G GAG GG TAAC GGGTGACAA AA ACAATTAATG T G CA . . G CGT A C G . C TAATCAAGTTAA . G A G AATTAC G . TAA CA TACTGTAACAGTACAGTAC T . GTAG TC TCCTAGTATACT . CG GG TGT TT G . G AATGTTCTTTCACGTCCTCCAGACCCG TG T GACTGA CGCCCAC ACGT T AAA . T GT G AAGT C A GAT T GG . CT C A A T C . T CA GAGGTG . . AAAG T . T AATTTACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA T CA CA . GGAATAAAAGAGTGTGTGAGG TG GT T AT G . G G G AA AGGAG G G TGAACTTATGTTGAA A . . ATT T A C TA G T GAAT A TAAAAAAATTA C AA AAG AAGAAAAGT AAA ATGATA G CC AA TTATAATAAAAAAATTATA . A ATT CC CTGC AAA AGA C ATTTATTTT T . T AA TG C A A G ACA G AG G GC T TA AT GGG AAA GAC CCA C . G AA A AG G TCGA AC G TTGAATCG GTAGAC CT . A
blockSeqs : . AG . . . . . . . G T . A A . . . . . . GA . . C . . . T AA . . G . . . . AT . TTA . TC G AATC . ATT . C . C . . . . . . . . . AGA . A . . . CACGGTT . . TA . . . . . GA TA GT . . . . A . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AACAAA . . . . . . C . . . . . . . . . . . . GGA TTT G G . . . AT . AATC . G GAACTTACTTAGGT . . . . . . . . . A CCTGC G . C C . G AATGTACAGTCGC A A . TG . A . . . . . . . . . . . T . . T . T . . . C . . . . G TAA . . . . T . . AAA . CGTGACACTTAACATAG . . . . ATCTATCGCTCA . . . . . . . . TGGGT . . GGG TAG . . C . . . A AAGT G . . . . . AA G . A . . . . A GAT . . . . . . AATTTTACAAAAAAAA . . . . C . . . . . . G . . . AA . . ATGATCTCACGAA . . . AT T . . . . . A A ATTTAA . . . . . A . CT . ATTACT . . A . . . C . . . . . A . . . . . . . C . C T . . . . . AA . . . AA . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . A A . . . . . . . . . T . . . A . . . G . . . . AC . C . T A AT . ATT . T . C . . . . . . . . . A . T . . . TAGGT . . A . . . . . . TA . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACCAAC . . . . . . C . . . . . . . . . . . . AAG TT . . . . . T . AAT . G GACTAAACGAGTAT . . . . . . . . . A AACC G . . G . . AATATACAGTCGC A A . G . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . TAA . . . . C . . GAG . AAACACAACAACA . . . . TCCTAGT . . . . . . . . GGTNN . . GG TG . . . . . . G GAG C . . . . . . . . C . . . . A A . . . . . . ATTTACATAAA . . . . . . . . . . . G . . . C . . TGAA . . . AT T . . . . . A A ATTTAA . . . . . A . . . TGTAT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . A A . . . . . . . . . T . . . A . . . T . . . . AC . A . G G GT . ATT . C . C . . . . . . . . . A . . . . . CAGGT . . A . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AACAAA . . . . . . T . . . . . . . . . . . . AGG TT . . . . . T . G . T GACTAATGAGAT . . . . . . . . . T CCA G . . . . . AATGTACAGTCGC A A . G . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . AAG . . . . C . . GAG . CAAACAAACAG . . . . TCCTGT . . . . . . . . AGT . . G TG . . . . . . G GAT C . . . . . . . . C . . . . A A . . . . . . AATATA . . . . . . . . . . . G . . . A . . TGAA . . . AT . . . . . . A A ATTTAA . . . . . . . . . TTAT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . A A . . . . . . . . . T . . . . . . . G . . . . AT . C . T G AT . AAG . C . C . . . . . . . . . A . . . . . CAGG . . A . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AACAA . . . . . . A . . . . . . . . . . . . GT TT . . . . . T . G . G AAGGTACTG . . . . . . . . . A ACC G . . . . . AATGTACAGTCGC A A . A . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . TAA . . . . C . . TA . CAAAACAACA . . . . TACTG . . . . . . . . GT . . G NN . . . . . . G AGT C . . . . . . . . C . . . . T A . . . . . . GC . . . . . . . . . . . A . . . A . . TAAA . . . AT . . . . . . . A ATCT . . . . . . . . . TTAT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . A . . . . . . . C . . . . AC . A . T G AT . AT . T . C . . . . . . . . . T . . . . . CAG . . A . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AACAA . . . . . . C . . . . . . . . . . . . GG CT . . . . . T . G . G GACTA . . . . . . . . . G GC A . . . . . AGAA . A . G . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . TAA . . . . G . . G . TACAGTTCA . . . . TCCT . . . . . . . . GT . . N TG . . . . . . G . . . . . . . . . . T . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . TGAA . . . AT . . . . . . . A ATTT . . . . . . . . . TTAT . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . AC . C . T . AT . TT . C . . . . . . . . . . . . . . . . . GGT . . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GG TT . . . . . T . A . A GTAT . . . . . . . . . G GC G . . . . . . . T . G . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . TA . . . . T . . . . TACAGTTTA . . . . T . . . . . . . . GT . . G CG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . TAA . . . T . . . . . . . A ATTT . . . . . . . . . TTAT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AACA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GG TT . . . . . T . G . T GATA . . . . . . . . . G TC . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . TA . . . . C . . . . AACAACA . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . A . . TG . . . T . . . . . . . . TTT . . . . . . . . . TTAT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TCAA . . . . . . . . . . . . . GG TT . . . . . . . G . . GAC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . AA . . . . C . . . . . A . . . . . . . . . . . . . TAA . . . . . . . . . TTAT . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TT . . . . . . . . . TTAT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** T** ** ** AC*** AT****** ATT**** C*** ** ** ** CAGGT****** A*** ** **** ********* ** AACAAA******* ***** GG********** T****** GACTAAGTAT*************** GC******* ** AATGTACAGTCGC** A* A** ********** N****** *** ** *** C***** CAAACAACA************************ ***** TCCTGT************* GT**************************** G******* TG****** **** GAGT **** C* A** *** ** ATAAA***************************** ***** G* A******* TGAA************************************* AT* **** ATTTA******** TTAT********************************* ** A** ** ** A** ****
originalCons : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTCAA-CA--NC-AAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TT--AC-CG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATT-TTAT----TCAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--CA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATA-----AAC--A--CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TT-GTTTAT-TAAAG----GG-----ATAGC-TTTAGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--GNGCC----G-ACTAA---A--G-GTAT--TA-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTGA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTG-TA--TTCGAAAAA-TGTAC-AGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TAA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------NT-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATA-----CA-C-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---C---A-----AAC-----A--A--CA----GT-A-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GA-G---G---T----------------------GTG--G-TGA--G-----GGACC-G-----AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCGAGTACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T--AATA-----A--ATAT---GTGAA--ATA----AA-GT-TGGTTA-TTT-A--TTTAC----A-----------------AAAAATTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAATTACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA-------ATTT--A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTA
finalCons : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTCAA-CAT--C-AAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TTAC---CG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTGTCAAT------GTCAAATT-TTATT----CAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACACCAGGT------GG-T-AGA---TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATAAACAAA-------CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TT-GTTTAT-TAAAGG----------ATAGC-TTTAGCCT-GG--T-CA-A-TGTT------A---TC----G---GA--GNGCCGACTAAGTAT---------------TA-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTGAGC-------AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTG-TA--TTCGAAAAATGTACAGTCGC--TGAATAAAGGTAAAAA-TTTCA-T-G-AAA------TTACA--TG-GA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TAA--ATG----TTA---------T--TG----------TAN------T-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---A-GCTGA-TTATAC-----A-C-ATGGAGAGAGAAAA--AACCAAACAACA------------------------GT-A-----GC----AT--CAACTCCTGT-------------ATATC-CA--GC--GAG---C--A-GCAT-GA-GGT----------------------------GTG--G-TGAG-------GGACTG------AGAC----A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCGAGTACCACCATA-GA---TAAAG-TT--GCCT-ATA--CA----G-AAC-CTTG-TATCTT-C-CG-TA--ATA-----A--ATAT---GTGAA--ATA----AA-GT-TGGTTA-TTTATAAA-----------------------------AATTTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-TG-TTT-T-C--AACA-------AAA-GC-CCTATATTGAA-------------------------------------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAAT-ACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAAATTTA--------A-AAA--A---G---------C---TC------AAAC-ACA--TG--ATTTAT---------------------------------T--GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-G---------AA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-GA--AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): GTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTCACATGTATGTTATG
Unaligned ( gi|30 ): ATGTAATTTAAATCCCTGTTACACCCAACACAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111111 1 111 111 1 11 11111111 1111 11111111 1111111 1111111 11 11 22222 11 22222222222 1111 22222222222 11 11 1111 11111111 2222 222222222 22222222 11111 111111 1111 1111111 11111111 5555555555555555555555555555555 333333333 111 11 11 333333333333333 111111 11111 222222222 2222222222 1111111 111 33333333333333 111 111111 222 666666666666666666666666666666666 11111 4444444444444444444 5555555555555555555555555555555555 11 1 44444444444 111 2222 2222 111 11111111 1111 2222222222222222222222222222222222222222222 444444444444444444444 11111 11 11111111 44444444444444444444444444444444444444444 1111 2222 2222222222222 22222222222222222 11111111 2222222222222222 111111111111111 111 111
lowQualScore : 77 777 77 888 4 9999 55 55 4 88888888 1 0 55 1 0 4 4 8888 55 4 4 333 66 5 222 77 5 0 88 888 5 4 4 4 4 777 77777 4 22222222 4 0000 44 11111111 4 5555555 4 3333333 4 8888 00 8 4 66 4 66 4 4 00 33333 0 8 55 4 4 66 00000000000 4 4 1111 4 777 4 55 4 44444444444 88888 11 8 777 55 4 33 55 4 4 4 4 55 2222 55 55 4 4 66666666 4 66 0000 5 888 5 5 888888888 5 5 5 66 4 4 4 4 4 4 4 4 55 4 55 0 00000000 55 00000 4 4 8 8 8 4 66 4 4 4 4 4 55 55 4 4 777 4 4 111111 4 7777 8 99 4 4 4 1111111 777 55555555 55 33 2222222222222222222222222222222 4 4 4 4 4 4 55 55 2 333333333 1 4 0 111 55 4 55 222222222222222 4 66 4 444 111111 666 4 55 55 4 4 55 00000 4 777 55 8888 000000000 55 7777777777 2222222 4 99 777 4 4 333 5 5 5 66 8 11111111111111 4 555 4 000000 4 4 000 66 888888888888888888888888888888888 4 11111 9999 66 4444444444444444444 4 66 66 777 66 8 4 5555555555555555555555555555555555 66 11 0 5 55555555555 5 333 5 5 66 4 0 7777 2 5 888 5 66 5 66 66 0000 5 99 5 5 5 5 222 66666666 888 66 0000 5 5 1111111111111111111111111111111111111111111 4 4 66 66 4 222222222222222222222 66 66 55555 66 4 4 22 8 4 55 22222222 4 4 33333333333333333333333333333333333333333 8 4 77 3 6666 3 55 3 3 5555 4444444444444 1 7777 33333333333333333 44 11111111 555 6 3 88 44 3333333333333333 3 3 999999999999999 44 2 111 33 6666 5555 0 777 2 66 4444 66 33 2 2 2 2 55555555 2 0 66 5 33 33 444 444 444 111 2 33 2 555 2 33 2 5555 66 2 99999999 777777 33 6666 3
lowQualScore : .. ... .. ... . .... .. .. . ........ . . .. . . . . .... .. . . ... .. . ... .. . . .. ... . . . . . ... ..... . ........ . .... .. ........ . ....... . ....... . .... .. . . .. . .. . . .. ..... . . .. . . .. ........... . . .... . ... . .. . ........... ..... .. . ... .. . .. .. . . . . .. .... .. .. . . ........ . .. .... . ... . . ......... . . . .. . . . . . . . . .. . .. . ........ .. ..... . . . . . . .. . . . . . .. .. . . ... . . ...... . .... . .. . . . ....... ... ........ .. .. ............................... . . . . . . .. .. . ......... . . . ... .. . .. ............... . .. . ... ...... ... . .. .. . . .. ..... . ... .. .... ......... .. .......... ....... . .. ... . . ... . . . .. . .............. . ... . ...... . . ... .. ................................. . ..... .... .. ................... . .. .. ... .. . . .................................. .. .. . . ........... . ... . . .. . . .... . . ... . .. . .. .. .... . .. . . . . ... ........ ... .. .... . . ........................................... . . .. .. . ..................... .. .. ..... .. . . .. . . .. ........ . . ......................................... . . .. . .... . .. . . .... ............. . .... ................. .. ........ ... . . .. .. ................ . . ............... .. . ... .. .... .... . ... . .. .... .. .. . . . . ........ . . .. . .. .. ... ... ... ... . .. . ... . .. . .... .. . ........ ...... .. .... .
lowQualScore : 99 999 99 888 4 4444 55 55 0 55555555 9 9 55 9 6 0 0 5555 55 0 0 999 99 0 111 99 7 9 88 888 0 5 0 0 0 000 66666 0 11111111 0 2222 66 00000000 4 0000000 4 7777777 4 9999 66 9 4 11 4 11 4 4 66 11111 9 9 00 4 4 11 11111111111 0 0 1111 0 000 0 55 0 55555555555 66666 00 0 000 55 0 55 55 0 0 0 0 55 5555 55 55 4 4 11111111 4 99 6666 0 888 0 0 888888888 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 55 1 77777777 55 00000 0 0 9 9 4 4 11 4 0 0 0 0 55 55 0 0 000 0 0 555555 0 7777 0 55 0 0 0 4444444 000 88888888 55 55 5555555555555555555555555555555 0 0 0 0 0 0 55 55 3 222222222 6 0 9 000 00 4 00 333333333333333 6 44 0 666 555555 333 0 55 55 0 0 55 00000 0 000 55 5555 000000000 55 5555555555 5555555 0 55 000 0 0 888 0 0 0 11 9 11111111111111 0 000 0 777777 0 0 333 11 111111111111111111111111111111111 4 11111 4444 11 2222222222222222222 4 11 11 888 11 9 4 3333333333333333333333333333333333 11 99 0 0 00000000000 0 888 0 0 99 5 1 6666 5 0 888 0 99 0 99 99 6666 0 55 0 0 0 0 222 00000000 888 99 6666 0 0 1111111111111111111111111111111111111111111 4 4 11 11 4 222222222222222222222 11 11 66666 11 4 4 99 0 0 55 99999999 0 0 88888888888888888888888888888888888888888 9 0 22 6 5555 6 00 6 6 0000 9999999999999 8 1111 33333333333333333 66 22222222 444 2 1 55 22 5555555555555555 1 1 222222222222222 22 9 999 99 1111 4444 1 999 9 88 2222 88 99 9 9 9 9 11111111 9 6 88 7 77 77 777 777 777 000 7 77 7 555 7 77 7 7777 33 7 77777777 777777 99 5555 3
consensus : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTCAA-CA--TCAAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TT--AC-CG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATT-TTAT----TCAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--CA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATAAACAA-----ACAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TT-GTTT---AT-T-AAAG------GA-TAGC-TTTAGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--GNGCC----G-----ACTA---A----GTAT--TA-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTGA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTGT-A--TTCGAAAAA-TGTACA-GTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TAA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------NT-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---AGCTGA-TTATA-----CA-C-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---C---A-----AAC-----A--A--CA----G-TA-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CAGC--G--AG---C--A-GCAT-GA---G---G---T----------------------GTG--GTGA--GGGACT-GA-GAC-----------A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCGAGTACCACCAT-AGA---TAAAG-TT--GCCT-AT--A--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T--AATA-----A--ATAT---GTGAA--ATA----AA-GT-TGGTTATTT------A---T----------A--------------------AAAAT-TTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAA-TACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA------A------TTTA----AAAA-----------------A--G--------C---TC-AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-GAA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTA
Reference ( family-2380 ) : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTCAA-CA--TCAAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TT--AC-CG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATT-TTAT----TCAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--CA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATAAACAA-----ACAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TT-GTTT---AT-T-AAAG------GA-TAGC-TTTAGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--GNGCC----G-----ACTA---A----GTAT--TA-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTGA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTGT-A--TTCGAAAAA-TGTACA-GTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TAA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------NT-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---AGCTGA-TTATA-----CA-C-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---C---A-----AAC-----A--A--CA----G-TA-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CAGC--G--AG---C--A-GCAT-GA---G---G---T----------------------GTG--GTGA--GGGACT-GA-GAC-----------A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCGAGTACCACCAT-AGA---TAAAG-TT--GCCT-AT--A--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T--AATA-----A--ATAT---GTGAA--ATA----AA-GT-TGGTTATTT------A---T----------A--------------------AAAAT-TTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAA-TACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA------A------TTTA----AAAA-----------------A--G--------C---TC-AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-GAA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTA
gi|1 : AAAATC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTCAA-CAGGGCAAAACAA-AAGTTAC-T---G-A-CAC-C-ACAA---TTTAGC-TG-TGTA-----C--GAAG--CAT--T-TGA-GTGTCA---A--TGGTCAAATT-TTCTTTTCTCAG-TT------CACAG-CACACTTGC-TGTTA-CA--TTGGCAATA--GGCA-CTAATATT---A-T-CCACTT--CT-TGCTACGAGCACCACA-GG-T---G-T-AG--ATTTTT-CGC---AC-CTG--TCG-TG------------CC---T-GA--TCTAAC---CCGC-C--GC--A-CA-TC-T-C--C----A--AATC--TGTCGAAA-A--------TT-CA--CAGACGCTGT---TTGAAA-A-CGGG------CA-C-AATCTGTG--TTT-C-TG-G-ATTC-C-T-TGGATTTT--ATT-AAGGATATACAGAACTTACAATTAA-G--TGACGCAT-AGTGTAATCTAACATTCAATAACA--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TTGGTTT---AT-T-AAAGAGGATAAA-TAGC--TTAGCCT-GG--T-CA-A-TGT--TACAAA---TC----G---GA--GTGCC----G-----ACTAACGA----GTAT--TAGC-T-AATA-G-GAAG-ATAA-CTCTT--TAC--ACTTGACGCTG--C-AA----AA-AGC-----------C--GTTGT-ATGTTCAAAGA----------------AATAAAGGTAAAATCTTTCA-T-G-AAA------TTACGA-TG-AA--AGTTGAA--TAAGTCT-T--AA-----ACGC--A---TAA--ACG----TTA---------T--TGACAAT-----TATGATACAT-GAAT--ACGCATAAGATTA-GAGG---T-TAC-AT-CTATGGCCC-ACTAG----------A-TGTAATACGAGCTGA-TTATA------A-CAATGGAGAGAGAAAA--AACA--T---ACTGTTAACAGCGTA--G--CA----G-TACGTAGGC----AT--C-AC------------T------ATATCGCAGC--G--AG---C--ACGCATGGA---G---GGC-T----------------------GTG--GTGA---GGACTGGA-GACACGT-------A-CAGT---TACAGA-TATTCTAACTA--GTTTA--AGC-----CAAGCAT-AGA---TAAAG-TT--GCTTGAT--A--CGAAGCG-AACCCTTG-TATCTT-CGCG-TTCAGTA-----G--ATATATAGTGGAACATA----AA-GTGTGGTTACTC------A---T-------------------------------TAAGT-TTA-TTC-T--C---ATGTT---------------------GTTAAC--T--AGGAACACCT--TGAC-AAGTAGTTTGT-C--AACAAGA----AAA-GC-CCTATAT---------TATTGCAATCGCCAAGACGAA-----------CTTAAAAACCCTTACACAAAA-TCAAAA-A-AA-AAATAAATGAAT--A-A-ATAT-TTTG-A------A------TTTA----AAAA-----------------A--G--------C---TC-AAAC-ACA--TG--ATTCTATATACAAAAAAAT-TA-T---------------TTGGTAAATTAT-T---A--ACC----AT---CGGAC-CAT---AA-GAAACTGCCA-TGG--A--GCA-AAT-G-TC-GA---A-A--AAC-ATT--C-----G--TTTT--AA---GA-C---AAAA----TCC---A-GCTTT-G-ACAAAGTCTC-AC--AT-G----T--CCA-GC--------T------
gi|10 : ATGTGATTCTCCC--GGA---GGGAGA---TA-AAA----TCTCTCGAT--TTT--G-AG--------ATCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAA-TC-T-C----CC--GT-CATTT-CA---AA--ATTTAAT-CA--TCAAA--AA-AA-TTA--T---G-ACCGC-C-C-AA---TT--AT-CG-TGTA-----C--GAAG-CCTT--T-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATT-TTAG----TCAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--TT-A-CTA--ATT-----TTCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--TA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--ACTT--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATAAAC-A-----ACAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TT-GTTT---AT-T-AAAG------TA-TTGC--TTAGCCTAGG--T-CA-------------A---TC----G---GA--GT-------------------------GTAT--TA-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTA-T--CAC--ATTTGA----C--CAAAAGCGAA-AGTAGAA---ACagctgcagctgatccgtcaatctcgattgccagaacattctgtctcacatgtatggc
gi|11 : acTTCTCCC--GGCCGGG--AGA---TA-AAAAACGTCTCCCGATGCTTT--GTAGTAATACTAACCCCCTC
gi|11 : CCGCTAAAAAGCTTATAAATCATGCTAAACC--GTGCATTT-CAGA-AA--ATTTCAA-CAC-TAAAA--AA-AAATTA--TATGG-ACCGCGCAA-AA---TT--ACACGCTGTGGTACCC--GAAGCCCAT--TCTGATGCGTCAGAGA--TAGTCAAATT-TAAT----TCAGCTCACCAAACCAAG-CG----TGAATG-TA-AT--TT-GCAATACGGG-AGCTAT-ATCAG-A-TTCCACATA-CT-T-CT--GAATACAATA-GG-CTGGG-T-AG--A-TTTTCCAC---AC-CTGGTCCGATGGA---------ACCAAAT-GAAGTCTAAC---C--T-CTGGCTAG-CA-TC-TCC--A----A--AATC--agacccaagccaagccaagtgcgttccgggtgggtgccaccgctaaaaagcttataaatcatgctaaaccgtgcatttcagaaaatttcaacactaaaaaaaaattatatggaccgcgcaaaattacacgctgtggtacccgaagcccattctgatgcgtcagagatagtcaaatttaattcagctcaccaaaccaagcgtgaatgtaatttgcaatacgggagctatatcagattccacatacttctgaatacaataggctgggtagattttccacacctggtccgatggaaccaaatgaagtctaacctctggctagcatctccaaaatcccgtacgtttcttacaattcacaacaccg
gi|12 : ttctcccggccgggagataaaaaacgtctcccgatgctttgtagtaatactaaccccctcagacccaagccaagccaagtgcgttccgggtgggtgccaG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--CTAAACAA------CAATTAATG--TT-----T-AGT-TAAT-TAACATGTA-TGA-A--C-C-CTGCA-TG-TTC-TA--T--AC-TT-GTTT---AT-T-AAAG------GA-TAGC-TT-AGCCT-GGG-T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--GGGCC----G-----ACTA-----------------C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTAA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTGT-A--TTCGAAAAA-TGTACA-GTCGCTGAATAAAGGT-AAA-ATTTCA-T-G-A-------------------A--AGTTGAA--TATGT-T-A--AA-----ACGTG-A---TAA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TT-GAAT--A---ATAAA-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-TA---------A-TGT-AT---AGCTGA-TTATA-----TA-C-ATccgtacgtttcttacaattcacaacaccg
gi|13 : T-TTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAA--TGTAGAA-----TATTGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---C----AAA-GC-CCTATAG---------T-----------------GAA-----------CTT-AAA-CCCTT-CA-AAAA-TACAA----CA-AAGTAAATTAAT--A-ATA----TTTGA---------------TTA----AAAA-----------------A--AAGAAAAGTC---TC-AAAC-ACA--AG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--G--ATT----AT---T------------A-AAA--TG----TTG--A--AAA-AAT-A-TC-GA---C-A--AAA-AAT--C-TCCAG--TTT---CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-TT--------T------GCGACA--TGACATGCAGTTCTGTCAC-ATG
gi|14 : T-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAACTTATGTTGAACTT-AAAACCCTT-CA-AAAA-TACAAA-AACA-AAATAAATGAAT--A-A-AA---TTTGAA------T------TTAA----AAAA-----------------A--G--------C---TC-AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-T---A--ACC----AA---TTGACACAT---AA-GAA--TG-CA-TTGA-A--AAA-AAT-G-GC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-AT
gi|15 : A------A------TCTA----CAAG-----------------A--G--------C---AC-CAAC-ACACCTG--ATA---------------T-TACT---------------T--GTACATTCA-TA--A--CCC----AG---TGGA-ACATC--AACGCA--TG-CA-TTG--ATGAAA-AAT-G-TC-GAACAC-A--AAC-AGTGCT-TCCAG--CTTTATCA---GACC---GAAA---CTCCT--ACGC--T-G-A-AAAACTTC-AAAGATGC----TG-CCA-GTTTGAATCGT------GTGACACTCGA----CAGTTCT-TCAT-ATGTA
gi|16 : aatct-C-A-AA---TT--AC-CG-TGAA-----A--GAAG-------------ATGTCA---G--T-GTTAAATT-TT-----------TT------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CG--TT-GCGATC--AG-A-CTA--ATT-----TCCCAC-T--CT-T-CT--GAACAC--CA-G--------------A-TTTT-CAC---AT-CTG-------------------ATC---TAGG--CCC-AC---C--C-T--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-t
gi|17 : ttcaaaattttttacgtggtagatctatatcgttatcaacgatgaAAA-TACAA----CA-AAATAAATGAAT--A-A-AA---TTTGAATAAAAAA------ATTA----AAAA-----------------A--G--------C---TC-AAAC-CCACTTG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTGT-TA--A---CG----AA---GGGACACAT---AA-GAA--AA-TG-TTG--A--AAA-AAT-G-TT-GA---C-A--ATA-A-------------------------ATC---AAAA---CTCA---A-GC--T-G-A-AAAACTCC-AA--AT-CTCGAT--CTA-GT--------T------GCGACA--TGA----CAG
gi|18 : CCTT-CA-AAAA-TACAA----CA-AAGTAGATGAAT--A-A-AA---TTTGAA--------------TAA----AAAA-----------------A--G--------AAAATC-AAAC-ACA--AG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TA--A---CC----AA---TGGGCACAT---AA-GAA-----------------AA-TAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AAT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAATTTC-AA--AT-A----T--CCA-GT--------T------CTGTCA--
gi|19 : --------C---TC-AAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-TG--ACCACCCTGCAG---TGGACACAT---AA-GAA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAca
gi|2 : ATGTGCTT-TCCC--GGC---G--GGAGATTA-AAA----TCTCCCGAT--TTTTTG-AGG-------ACTCCCTCCGTTCCCTCCGGCTAAAAG--T-AAAAATC-T-T----CCCGGT-CATTTTCA---AA--ATTTCAA-CA--TCAAA--AA-AATTTAATT---GGACCGC-C-A-AAAAATT--AC-CG-TGTA-----C--GAAG-CCATGTT-TGA-GTGTCA---A--T-GTCAAATTCTTAT----TCAG-T-------CCAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCCCAC-T--CG-T-CT--GAACAC--CACGGTT--GG-TAAG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--CTT--GC--A-CATTC-T-TCAA----A--AATC--TGT--AAA-A--------TT-CA--CAC---CC-T---TTGAAA-ACC---------CA-C-AATCT-TGGTTTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--A-AAACAA-----ACAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--C-CTTTGCA-TG-CTC-TA--T--ACTTT-GGTT---AT-T-AAAG------GA-TAGC-TT--GCCT-GGGTT-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GAAGGGGCT----GAACTTACTT---A----G-GT--TC-C-T-AATAGGAGAAGAATAA-CTC-T--CAC--ACTTAA----AACC-AAAGCGAACAGTAGGAAATACCGCAGGTT-T-AT-TTCGAAAAA-TATACA-GTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCATT-GCAAA------TTAC-A-TG-GGACAGTTGAA--TATGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TCA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TTGGAAT--A---ATAAA-TTAGGAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-----A------------TATA-----CA-C-ATGGAATTAAAAAA--A-----C---A-----AACA----A--A--CAG---G-TA-----GC----ATTCCAACTCCTAG------T------TAATC-CAGC--G--AATGTC--AGGCAT-GA---G---G---T----------------------GTG--GTGAGGGGGACT-GA-GAC-----------ATCAGTC--TACA-ATTATTCTTAATA--GTTTAGCAGCAAGTACCACCAT-AGA---TAAAGTTT--GCCT-AT--A--CG----G-AA-ACTTG-TATCTTCC-CG-T--AATA-----A--TTAT---GTTGA--ATA----AATGT-TGGTTATTTTA----A---TTTTACAAAAAA--------------------AAAAT-GTACTTC-T--TCAAATG-TC--------------------GTTAAC--T--AGAAT----T--TGAC-AA-T--TTT-T-C--AAC---A----AAAGGC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAA-TACAAATA-CA-AAATAAATGAAT--A-A-AGAATTTTGAA------T------TTAA----AAAA-----------------A--G--------C---TC-AAACGACA--TG--AT----------------T-TA-T---------------T--GTAAATTA--TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-GAA--TG-CATTTG--A--AAACAATAG-TC-GA---C-AAGAGA-AGT--CTTCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAAGACTTCC---A-GC--T-GAA-AAAACATCAAA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCACAATGTt
gi|20 : AATTAT-CA--A--ATT----AAAAATGGACACAT---AA---A--CG-TT-TTT--A--AAA-AA----------------------AT--C-TTGAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---TTTC---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CTA-GT--------T------GTGACA--TGA----TGGCTTTGTCAC-AT
gi|21 : tTATTG--C-ACT-T----------AATGT-AT---AGCTGA-TTATAAATTACA-C-ATGGAGAAAAAAAACAAACAAAC---AC----AAC-----A--A--CA----G-TA-----GC----AT--CAACTCCT-AGTATACT------ATATC-CAGC--G--AG---C--A-GCAT-GA---G---G--------------------------GTG--
gi|22 : ATGCAATACTTTT--GGCAG-G--AGA---TA-AAA----TCTCCCCAT--TTT--G-AG--------CCCCCTTCCTGTACCTTCCGCTAAAAG--TT-AAAATA-T-C----CC--GT-CATTT-t
gi|23 : ac-C-A-AA---TT--AT-CG-TGCA-----A--GAAG-CCAT--G-TG
gi|24 : tcgccgttcaaaatttttgatttggtatatccttatcaacggtgaAT--TTT--G-AG--------GTACCCTCCCG-ACCTCCCGCTAA-----TTAGAA------T----GC--GT-CA-TT-CA---AATTATTGTAATCA--TCAgattttttttccagt
gi|25 : ctATGTGATTCTCCCAGGGG---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ATCCCCTCCCGTCCCTCCCGCTAAATG--Tttgacgcagtaaaaaaa
gi|26 : tacCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCT---A-GC--T-G-A-AACACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GC--------T------GCGATG--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATgtatacccatc
gi|27 : CA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--TA-----ACGTA-A---TAA--AGG----TTA---------T--TG----------TA------AT-GAAT--A---ATAAG-TTA-ac
gi|28 : ---TA-AAA----TCTCCTGAT--TTT--G-AG---------CCCCCTCCCGTCCCTCCGGCTAAAAG--TT-AAAATC-T-C----CC--AT-CATTT-CA---Aca
gi|3 : G-T-AA--T-TTTT-CGCGCAAC-CTG--TCG-TGCCGCGAGCCCAACC---T-GAGTTCT-AC---C--C-CA-GC--AACA-TTGT-C--ACGTAA--GAAC--TGTC-AAA-AAGAGGAGATT-CAGCCA----CC-T---TTGAAA-G-CGAGCGCGAGCA-CGAATC--TG--T----ATG-GAA-TCGCGT-T-GATAGT--ATTGGA--ATTGAT-------ACAATT-GCG--TG-----T-AAC-TAA
gi|3 : t-CTGCAATGGCTC-TG--TTTAC-TT-GTATGAGAG-A-AGAG------GA-TAGCCTTTAGCCT-GG----CA-A-TGTATT----A---AC----AAT-GG--GTGCCCGGGG-----ACTA---AACGAGTAT--TA-CCT-AATAGG-GAAG-ATAAACTC-T--TGCCAACTT---------------TGGA-CCTTGAA---ACCGCC-GTTGT-A--TTCAAAGA---GAA--------TGAGTGAGAG--AGA-ATTTCA-TTG-AAAGGTGAGCGAC-AGTGTGA--AATTGGAGATAAGG-TGT--AGGGAAGACGCG-AGAGTAAGGATG----TTAGGGTGACAATAATG----------TA------AT-GAATT-A---ATAAG-TTA-GAGAC--T-TACCATGCTACTG--CCACT-A----------AGTGT-ATG--AGCTGA-TTATA-----CAGC-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---CGTGA-----CACTT---A--A--CATAG-G-TA-----GCGTAGAT--CAA-------------T------ATATC-CAGCGGG--AG---C--A-GAAT-GT---GA--G---T----------------------GTG--GTT---GAGACT-GAGGACCGCCCACGGTTA-CAGT---TACA-A-TATTCTAA-TAGTGTTTAAC--CGAG---CGCGAT-AGAGATTAAAG-TTGGGCCT-AT--ACTCA----G-AA-ACTCGTTATCTT-C-CGTT--AATAGAGGTG--ATAT---GTGAA--ATAAAAGAA-GT-TGGGTATTT------------------------------------------AATATATTACTTT-TCAC--AATG-TGGAATAAAAGAGTGTGTGAGGGTTAAC--T--AGAA-----T--GAACGAA-T-GTTTGTGC--GAG---AGGAGAAA-GCGCCTATATATGATCTCAC-----------------GAA-----------CTT-AGAACCCTT-CC-AAAA-TACAAA-A-AACAAAT-AATGAAT--A-A-A----ATTGAA------A------TTTA----AAAA-----------------AAGA--------C---TCAAAAC-ACA--TG--AT----------------T-TA-TAATAAAAAAATTATAT--GTGAATTATATT--A--ACC----AG---TGGACCCAT---AA-GAAT-TG-CA--TGAAA--AAA-AAT-GATCGGA---C-A--AAAGGGT--CTTCCAGTATTTT--CAGGGGACCAAAAAAA---CTTCCCAA-GC--TGG-A-AAAACTCA-AA--AT-C----TACCCA-GT--------TGTAGACGTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAgcgagtaaatgggagtgagtgtaatatataacgtgtcgagtacgagataagcgcgcgctgcaatggctctgtttacttgtatgagagaagaggatagcctttagcctggcaatgtattaacaatgggtgcccggggactaaacgagtattacctaatagggaagataaactcttgccaactttggaccttgaaaccgccgttgtattcaaagagaatgagtgagagagaatttcattgaaaggtgagcgacagtgtgaaattggagataaggtgtagggaagacgcgagagtaaggatgttagggtgacaataatgtaatgaattaataagttagagacttaccatgctactgccactaagtgtatgagctgattatacagcatggagagagaaaaaaccgtgacacttaacataggtagcgtagatcaatatatccagcgggagcagaatgtgagtgtggttgagactgaggaccgcccacggttacagttacaatattctaatagtgtttaaccgagcgcgatagagattaaagttgggcctatactcagaaactcgttatcttccgttaatagaggtgatatgtgaaataaaagaagttgggtatttaatatattacttttcacaatgtggaataaaagagtgtgtgagggttaactagaatgaacgaatgtttgtgcgagaggagaaagcgcctatatatgatctcacgaacttagaacccttccaaaatacaaaaaacaaataatgaataaaattgaaatttaaaaaaagactcaaaacacatgatttataataaaaaaattatatgtgaattatattaaccagtggacccataagaattgcatgaaaaaaaatgatcggacaaaagggtcttccagtattttcaggggaccaaaaaaacttcccaagctggaaaaactcaaaatctacccagttgtagacgtgacatgacagttctgtcacatgtat
gi|4 : tgtaatttttcgcgcaacctgtcgtgccgcgagcccaacctgagttctaccccagcaacattgtcacgtaagaactgtcaaaaagaggagattcagccacctttgaaagcgagcgcgagcacgaatctgtatggaatcgcgttgatagtattggaattgatacaattgcgtgtaactaagcgagtaaatgggagtgagtgtaatatataacgtgtcgagtacgagataagcgcgcgA-AAA----TCTCCCGAT--TT---G-AG--------ACCCC-TCCCGTCCCTCCCGCTAAA-G--TTAAAA-TC-T-C----CC--GT-CATTT-CAGCAAA--ATTTCAA-CA--TCAAA--AATAAATTAAAT---G-ACGTG-C-A-AA---TT-----TG-TGTA-----C--GAAG-C-AT--T-TGA-GTGTCA---AATC-GTCAAATT---AT-----CAG-TC------CCAAGTCAC---TG--TGGTA-CAATTT-GCAATA--GG-A-CAA--CTTCATACTCCCAC-TTCCT-T-CT--GAACAC-----GG-T--GGAT-AGTGACTTTT-CAC---ACACTG--TCT-TG-----------GAC---TAGA--TCT-AC---C--T-C--TC--A-CA-CT-C-C--A----A--AATTCTTGTC-AAA-A--------TTTCA--CAA---CC-T---TTGAAA-A-C---------CAAC-AATCT-TG--TTTGCATGTG-A-TC-C-TAT-GATCTC--ATT-TA--ATAACCAA-----CCAATTAATGGCTG-----T-AGT---ATCTAAC-TTCACTGA-AACC-C-TTGCA-TG-CTC-TA--T--AC-TT-GTTT---AT-T-AAAG------GA-TAGC-CT-AGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----A---AG--AGGCC----G-----A------------TA----A-C-TGAATAGG---AG-ATAA-CTC-TACTAC--ACTTTA----A--CCAAAGCGAA-AGTAGAA---ACCG---GTTGT-A--TT-GAAAAA-TGTACA-GTCGCTGAATAAAG-TAAAT-ATTTCA-T-A-AA--------TAC-A-TG-GA--AGTTGA----AATT-T-TTGAA-----ACGTA-A---TCA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TT-GAATCAG---ATAAA-TTA--AGACGTT-CAC-GT-TTATTG--CGACT-TA---------A-TGT-ATA--AGCTGAGTTATA-----CA-C-AT-GATA---AAAA--AAC-------------AAC-----A--A--CA----GTTA-----GC----AT--CAACATCT-A------TCGCTCAAT-TC-CA-C--GGCAG---CTTA-GCTT-GAGTGG---G---T----------------------GTG--GTGA--GGGACTAGA-GAC-----------A-CAGT---TACA-A-TATTCTATCTG--G-TTAGCAGCGA-TACCA-CATAAGA---TAAGT-TT--G-CT-ATAAA--CAC---G-GA-CCTTG-TATC-T-C-CG-TC-AATA-----A--ATA----GTGAT--A-A----AA-GT-TGGTTATTTATTTACA---T----------A--------------------AAAAT-T--CTTCTT--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC--A-T--TTT-T-CAAAACA--A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------AAA-----------CTTAAAAAACCTT-CA-AAA---ACAAATA-C--AAATAAATGAATTAA-A-A----TTTGAA------T------TTAA----AAAA-----------------A--G--------C---TCAAAAC-ACA--TGAAAT----------------TGTA-T---------------T--GTAAA-TAT-TATTA--ACC----AG---T-GACACAT---AA-GAA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAA-T-TC-GA---CGA--AAA-AGTC-C-TCCAA--GTTT--CA---GACC---AAAA---CTCCAA-A-GC--T-G-----AACTTC-AA--TT-C----T--CCAGGT--------T------GTGA-A--TGA----CAGTT-TGTCAC-ATt
gi|5 : ATGTGATTCTCCC--GGC---G--AGA---TA-AAA----TCTCCCGAT--TTT--G-AG--------ACTCCCTCCCG-CCCTCCCGCTAAAAG--TTAAAAATC-T-C----CC--GT-CATT--CA---AA--ATTTCAA-CA--ATAAA--AA-AAATTA--T---G-ACCGC-C-A-AA---TT--AC-TG-TGTA-----C--GAAG-CCAT--T-TGA-GTG-CA---A--T-GTCAAATT-CTAT----TCAG-CC------CAAAG-CAC---TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GC-A-CTA--ATT---A-TC--AC-T--CG-T-CT--GAACAC--CA-GG-T--GG-T-AG--A-TTTT-CAC---AC-CTG--TCG-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-C--GC--A-CA-TC-T-C--AT---A--AATC--TGTC-AAA-A--------T--CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATAAACA-------CAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCA-TGA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-AT--T--AC-TT-GTT----AT-T-AAAG------GAATAGC-TTTAGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TC----G---GA--GGGCC----G-----ACTA-----------------C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--CAC--ACTTAA----G--C-AAAGCGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTGTTA--TTCGAAAAACTGTACAAGTCGCTGAATAAAGGTAAAA-ATTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-GA--AGTTGAA--TATGT-T-T--AA-----AAGTA-A---TCA--ATG----TTA---------T--TG----------TA------TT-GAAT--A---ATAAA-TTA-GAGA---T-TAC-GT-CTATTG--C-ACT-T----------A-TGT-AT---AGCTGA-TTATA-----GA-C-ATGGAGA---AAAA--AAC---CA--A-----AAC-----A--A--CA----G-TA-----GC----AT--CAACTCCT-G------T------ATATC-CAGC--G--AG---C--A-GCAT-GA---G---G---T----------------------GTG--GTGA--GGGACT-GA-GAC-----------A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGCAAGTACCACCAT-AGA---TAAAG-TT--GCCT--T--A--CA----G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T---ATA-----A--AT-T---GTGAT--AT-----AA-GT-TGGTTATTT------AATTT----------ACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAT-GTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T--TTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GAA-----------CTT-AAAACCCTT-CA-AAAATTACAAATA-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA------A------TTT-----AAAA-----------------A--G--------C---TC-AAAC-ACA--TG--AT---------------------T---------------T--GTAAATTAT-TA--A--ACC----AG---TGGACACAT---AA-GAA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C-A--AAA-AGT--C-TCCAG--GTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-G---T-G---AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAt
gi|6 : ATGTGATTC-CCC--GGC---G--GGA---GATAAA----TCTCC-GAT--TTT--G-AG--------ACCCCTCACCGTCC-TCCCGCTAAAAG--TTAAAA-TC-T-C----CC--AT-CATTT-CA---AA----TTCAA-CA--GCAAA--AA-AA-TTA--T---G-ACGCC-C-A-AA---TT--A---G-TGTA-----C--AAAG-CCAT--T-TGA--TGTCC---A--T-GTCAATTT-TT-T----TCAG-TT------ACAA--CA----TG--TG-TA-CA--TT-GCAATA--GG-A-CTA--ATT---A-TCC-AC-T--CT-T-CT--GAACAC--------T--GG-T-AG--A-TTTT-CA----AC-CTG--TCC-TG-----------ACC---T-GA--TCT-AC---C--C-T--GC--A-CA-TC-T-C--A----A--AATC--TGTC-AAA-A--------TT-CA--CA----CC-T---TTGAAA-A-C---------CA-C-AA-CT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATATT--AT---A--AT--ATCA-----ACAATTAATG--TG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCATTAA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TT-GTTT---A----AAAA------GA-TAGC--TTAGCCTGGG--T-CATA-TG---T----A---TC----AATCGA--GATGC----G-----ACTAATGA----G-AT--TA-C-T-AATAAG-GAAG-ATAA--TC-T--CAC--ACTTGACCT-G--CAAAAACGAA-AGTAGAA---ACCGC--GTTGT-A--TTCAAAA----------------GAATAAAGGT-AAA-ATTTCA-T---AAA------TTAC---T--GA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGTA-A---TAA--ATGTAACTTA---------C--TG----------TA------AT-GGAT--A---AT-AG-TTA-GA-A---TATAC-GT-CTATTG--C-ACT-TAATCAAGTTAA-TGT-AT---AGCTGA-TTATA-----TA-C-ATGGAGA---AAAA--AAC---T----------AC-----A--GTTCA----G-TA-----GC----AT--CAACTCC---------T------ATATC-CAGC--G--A----C--A-GCAT-GA---G---GGTNN----------------------NNN--NNNN--NNNNNN-NN-NNN-----------N-NNNN---NNNN-N-NNNNNNNNCTA--GTTTAGCAGC---------------A---TAAAG-TT--GCCT-AT--A--CA----G-AA--CTTG-TATCTT-C-C--T--AAT------A--ATAT---GTGAA--ATA----AA--T-TGGTTATTT--------------------------------------------AAT-TAACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T------------------AA-----------CTT--AAACCCTT-C--AAAA-TACAAA-A-CA-AAATAAATGAAT--A-A-A----TTTGAA------T------TTAA----AAAA-----------------A--G--------C---TC-AAAC-ACA--TA--------------------T-TA-T---------------T--GTAAATTAT-T---A--ACC----AA---TGGACACATAGAAA-TAA--TG-CA-TTG--A--AAA-AAT-G-TC-GA---C----AAA-AGT--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---ACAA---CTCG---A-GC--T-G-A-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA--T--------T------GTGACA--TGA----CCATTCTGTCAC-ATGTA
gi|7 : ac-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTT--ATT-AA--ATATACAACTT--ACAATTAATG--AG-----T-AGT-TAAT-TAAC-TTCAATAA-A--C-C-CTGCA-TG-CTC-TG--T--AC-TT-GTTT---AT-T-AAAG------GA-TAGC-TT-AGCCT-GG--T-CA-A-TGT--T----A---TCAATCG---GA--GTGCC----G-----ACTA---AACGAGTAT--TA-C-T-AATAGG-GAAG-ATAA-CTC-T--TAC--ACTTGACCT-G--C-AAA------------A---ACCGC--GTTGT-A--TTCAAAA----------------GAATAAAGGTAAAA--TTTCA-T-G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AGTTGAA--TAAGT-T-T--AA-----ACGCA-A---TAA--ATG----TTA---------T--TGACAATTAATGTA------AT-GAAT--A---ATAAG-TTA-GAGA---T-TAC-AT-CTACTG--C-ACT-A----------A-TGT-AT---AGCTGA-TTATA-----CA-C-ATGGAGAGAGAAAA--AAC---T---ACTGT-AAC-----AGTA--CAGTACG-TA-----GC----AT--CAAC------------T------ATATC-CAGC--G--AG---C--A-GCAT-GAG--G---G---T----------------------GTG--GTGAG-GGGACT-GA-GACACGT-------A-CAGT---TACA-A-TATTCTAACTA--GTTTA---------ACCACCAT-AGA---TAAAG-TT--GCCT-AT--A--CAG---G-AA-CCTTG-TATCTT-C-CG-T--TATA-----GATATAT---GTGAA--ATA----AA-GT-TGGTTATTT--------------------------------------------AAT-TTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAAC--T--AGAA-----T--TGAC-AA-T-GTTT-T-C--AAC---A----AAA-GC-CCTATAT---------T-----------------GA
gi|8 : ttttgaaatgacgggagattttcacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA--T---G-ACC-C-C-A-TA---T---AC-TG-TGTA-----TTAGAAG-CCAT----------GTCA---T--T-GCGCATTT-TTAA----GTAG-TC------CCAAG-CAC---TG--TG-TAACA--TT-GCAATC--AG-A-CTA--ATT---T-TTCCAC-TT-CTGT-CT--GAA-AC--CA-GG----GG-T-AGT-A-TTTT-CAC---AC-CT-------TG-----------ATC---A-GA--GTT-ACTGGC--C-CA-GC--A-CA-CC-T-C--A----GTGAATC--CGTC-AAATA--------TT-CA--CA----CC-TCTTTTGAAATA-C---------CA-T-GATCT-TG--TTT-CATG-G-A-TC-C-T-T-GATTTTGCATG-AA--TTAAACAA-----ACAATTATGG--TG-----TAAGT-TAAT-TAAC-TTCACTGA-A--CGC-CTGCA-TG-CTTATGAAT--AC-TT-GTTT---ATATAAAAG------GA-TAGC--TTGG----GG--TCCA-ATTGTA-T----AAATTT----G---GA--GA----------------A---G----GTACTGTA-C-T-ATTAGG-GAAG-A-AA-C-C-T--CAC--ACTTGG----T--C-AAAGCGAA-AGTAGAAC--ACCGCG-GTTGT-AG-TTCG-AAAA-TGTACA-GTCGCTGAATAAAGGTAAAA-TTTTCA---G-AAA------TTAC-A-TG-AA--AATTTAA--TAAGT-T-T--AA-----ATTTAGA---TAA--GTG----TTAT--------T--TG----------TA------TA-AGAT--A---ATAAG-TTA-CAG
gi|9 : caaaatttgttattcaacaCT-T----------AATGT-AG---AGCTGA-TTAAA-----CA-C-ACAGAGAG-----A--AAC---T----------AC-----A--GTTTA----G-TA-----GC----AT--CAACTACT-G--------------------AGT--G--AG---C--A-GAAT-GA---GAATG---TTCTTTCACGTCCTCCAGACCCGGTGTGGTGA--GGAACC-GA-TAC-----------A-CA-TAAATAGA-A-TATTCTAACTA--GTTTAGCAGC-AGTACCACCAT-AGA---TAAAG-TT--GCCT-AT--A--CA----GAAA-TCTTG-TATATT-C-CG-T--AATA-----A--ATAT---ATGAA--ATA----AA-GT-TGGTTATTT------G---C-----------------------------------T-TTACTTC-T--C--AATG-T---------------------GTTAACTGT--AAAA-----A--TGAC-AA-T-ATTT-A-C--AAC---A----AA-------TGTAG---------T-----------------G-------------------AACCCTT-C--AAAA-TAC--A-A-CA-AATTAAATGAAT--AGA-A----TTTAAA------AAAAAAGTTTATGATAAAACAAAAAAAAAATTTAAAA--G--------C---TC-AAAC-ACA--AG--AT----------------T-TA-T---------------T--TTAATTCAT-T---A--ACC----AA---TAGACACA-----------------------A--AAA--------------------------T--C-TCCAG--TTTT--CA---GACC---AAAA---CTCC---A-GC--T-GAA-AAAACTTC-AA--AT-C----T--CCA-GT--------T------GTGACA--TGA----CAGTTCTGTCAC-ATGTAgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): GTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTCACATGTATGTTATG
Unaligned ( gi|30 ): ATGTAATTTAAATCCCTGTTACACCCAACACAT