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lowQualScore : ... . . ........ . . .................... . . ........ . .... ..... ...... . ............ ............ . .... .... ...... . . .. .... ... ..................... ... .... . . . . ..... .. ... . ..... . .................. ... ..... .. . ... ... ....... . .. ...... . ... . ...................................................................................... ..... ...................... . . .... . ..... ............ . . . ... ... .. ..... . . ........ . . .. ............................................ ....... ..... . . .. .... .. .......... . . . ... .. ............ .. . . .... ...... . . ....... ........ . .. . . ... .
lowQualScore : 888 3 3 22222222 6 3 44444444444444444444 3 1 33333333 1 7777 33333 666666 1 777777777777 111111111111 3 0000 1111 999999 1 1 88 5555 111 999999999999999999999 111 4444 2 2 2 2 66666 77 444 5 55555 2 777777777777777777 000 33333 88 7 333 333 8888888 4 22 111111 4 666 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66666 2222222222222222222222 4 4 2222 5 00000 333333333333 5 5 2 555 555 00 22222 4 0 88888888 3 3 44 88888888888888888888888888888888888888888888 4444444 44444 3 3 88 0000 88 3333333333 5 4 4 555 99 000000000000 22 3 7 7777 777777 4 4 5555555 44444444 0 44 5 2 777 0
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Reference ( gi|3 ) : GGGCTC--CGGTTGT-CA-GATA--------AT-G-AAC---C---TA-------T--TGT-A-T----TAA-T-TTGCT----C-----CC------A-AAT------------AA-C----TA-C--A-T----T----A------TG-TAA-ATA--AA----A--CC--CCACCCC----------T-AAAT-A-ATAT----AA-A-T-AA-A-----A--TCCA---CCA-C-A---A-AATACC--GC----A-A-T-ATTT-C-C-----G--T-CG---TT---TT-----A-AAAA-AA-AG------TG-T---AT-CA-AAT----T----GTAC-CT-TTA--A------AA---A---AG---TA-T-----TT-T--------------------------T-----AA----------------------A-A-C----G-ACC----AAA-----T------A-T-GCGTA---TTTTGGTGG---TGG--AT-----T-TTATT---T---CATA-T-TA--TT---------------AG--G---G--TG--G-G--TT---A---T-------T-----A-C-A--TA----A--T-GTA------T-A-TT-TGGGCGAGCAAA--TAA---------AT--AC-A-A----TA------G-TT-C-------AT--------TGTT-TG-ATAAC---CGAGGCCCCTGTG
gi|15 : GGGCTC---GGTTGT-CA-GATA--------AT-G-AAC-------TA-------T--TGT-A-T----TA--T-TTGCT----C-----CC------A-AAT------------AA------TA-A--A-T----T----A------TG-TAA-ATA--AA----A--CC--C-ACCCC----------T-AAAT-A-ATAT----AA-A-T-AA-A-----A--TCCA---CCACC-A---A-AAT-CC--GC------A-T-A-TT-C-C-----G--T-CG---TT---TT-------AAAA-AA-GG------TG-T---AT-CA--------T----GTAC-A--TTA--A------AA---A---AG---TA-T-----T
gi|7 : cagGGGCTC---GGTTGT-CA-GATA--------AT-G-AAC-------TA-------T--TGT-A-T----TA--T-TTGCT----C-----CC------A-AAT------------GA------TA-A--A-T----T----A------TG-TAA-ATA--AA----A--CC--C-ACCCC----------C-AAAT-A-ATAT----AA-A-T-AA-A-----A--TCCA---CCACC-A---A-AAT-CT--GC------A-T-ATTT---C-----G--T-CG---TT---TT-------AAAA-AA-GG------TG-T---AT-CA-TA-----T----GTAC-AT-TAA--A------AA---A---AG---TA-C-----TT-T--------------------------a
gi|5 : acagGGGCAT--CGGTTGT-CA-GATA--------AT-G-AAC-------TG-------T--TTC-A-T----TA--T-TTGCT----C-----CC------G-AAT------------AA------TA-A--A-T----C----A------TG-TAA-ATA--AA----G--CC--C-ACCCT----------T-AAAT-G-ATAT----AA-A-T-AA-A-----A--TCCC---TCA-C-C---A-AA-ACC--TT----C-A-T-ATTT---C-----G--T-CG---TT---TT-----A-----------------TG-TTACAC-TA-TGT----T----GCAT-ATGTT-----------A---C---AC---TT-T-----TT-C--------------------------T-----AA----------------------A-A-C----G-ATG----AAA-----A------G-T-GCGGA---TTAAGGTGG---TGG--AT-----T-TTATT---------TA-T-TA--TTTA-------------GG--G---G--TGC-G-GT-TT---A---TTTCCA--T-----G-C-A--CA----A--T-TTAT-----T-A-TT-CGG--GAGCAAA--T-----------AT----------------------TT-C-------AT--------TATC-TG-ATAAC---aatctttataatgtacatatgatatgcaccttatttgggagcaaataatacaatagttca
gi|4 : aagctGGGCTC---GGTTGT-CA--ATA--------AT-G-AGG---C---TA-------T--TGT-A-T----TA--T-TTG-T----C-----CC------A-A-T------------AA------TA----A-T----T----A------TG-TAA-ATA--AA----A---C--CCA-CCC----------T-AAAT-A-G-AT----AATA-T-AA-A-----A--TCCA---CCACC-A---A-AAT-CC--G-------A-T-ATTT------------T-CG---TT---AA-----A-AAAA-AA-GG------T--T---AT-CA-------------GTAC-A--TTA--A------AA---A---TG---TA-T-----TT-TTAATGTACATATGATACACTTTTTTAT-----AA----------------------A-A-C----G-ACG----AAA-----T------A-T-GCGGA----TTTGGTGG---T-G--AT-----T-TTAAT---T---TATA-T-TA--TT---------------TA--G---G--TG--GTT--TT---AT--T-------T-----A-C-A--Ttgt
gi|2 : acaggggctcggttgtcagtacattgctaataactaaaaGGGCTC--GGGTTGT-CA-GATA--------AT-G-A-T---C---TA-------T--TGTTA-T----TAC-T-TTGTT----T-----CCG-----A-AAT------------AA------TA-A--ACT----T----A------TGGTAA-ATA--CC----C--CC--CCCCCCCCCCGGGCGCGT-AAAT-ATATAT----AA-A-T-AA-A-----A--TCCA---CTA-C-A---A-AAT-CC--GCTATAA-A-T-GTTA-T-C-----A--T--G---TTACATT-----A-AAAA-AA-AA------TG-T---A--CA-TATGA--T----ACAC-CT-TT---------------------------T-----TT----------------------------------------------------------A-A-T----G-ACA----AAA-----A------ACT-GCGGA---TTTTGGTGG---TAG--ATC----T-TTATT--------ATA-T-CATTTT---------------AG--GAATG--TG--T-T--TT---ATG-T-------T-----A-C-A--TA----A--T--TA------T-T-AT-TGG--GAACAAA--ATA---------AT--AC-A-ACAGCTA------G-TT-CT------AT--------AATCATG-ACAAC---CTAG--CCCTGTtgt
gi|2 : acagGGGCTA---GGTTGT-CATGATT--------ATAG-AACTAGC---TG-------T--TGT-A-T----TAT-T-TTGTT----C-----CC------A-A-T------------AA------TA----A-T----T----A------TG-TAACATA--AA----A---C--ACATTCC----------TAAAAT-G-ATAT-----A-A-T-AA-AG----A--TCTA---CCACC-A---A-AAT-CC--GC----A-G-T--TTT-T-T-----G--T-CA---TT------------AAAA-AA-GG------TG-T---AT-CA-TA-----T----GTAC-AT-TT------------------------T--T-----TT-T--------------------------T-----AATGT-------------------A-A-CAT--G-ATA----ACATT---T------A-TAGCGGA---TTTT-GTAG---TGG--AT-----T-TTATT---T----ATA-TATA--TTTACGCGCCCGGGGGGGG--G---G--GG--G-G--GT---AT--T-------T-----ACC-A--TA----AG-T-TTAT-----T-A-TT-TCGG-AAACAAA--GTA---------ATA-AC-A-A----TA------G-AT-C-------AT--------TATC-TG-ACAAC---CCGAGCCCCTGT
gi|16 : GGGCTC---GGTTGT-CA-GATA--------GC-G-AAC---A----A-------T--TGT-A-T----TA--T-TTGCT----C-----CC------G-AAT------------AA-C-----A-A--A-T----T----A------TG-TAA-ATA--AA----A--CC--C-ACCCC----------T-AAAT-T-ATAT----AA-A-T-AA-A-----A--TCCA---CCACC-A---A-AAT-CC--GC------A-T--TTT-T-C-----G--T-CG---TT---TT-------ATAA-AA-GG------TG-T---AT-CA-TAT----tgt
gi|6 : tgtccGGGCTC---AGTTGT-CA-GATA--------AT-T-AAT---C---TAGAACTCTT--TGT-A-T----TA--T-TTGCT----A-----CC------G-AAT------------AA-T----TA----A-T----T----A------GG-T----------------------------------------AAAT-A-A--------------AA-A-----G--TCCA---TCA-CTA---A-AAT------C----A-A-C-ATTT-TTC-----G--T-CG---TT---T------A-AAAA-TA-AA------TA-T---AT-CA-AAT----TAAATGTAC-AT-CTG--A------AA---A---C-------T-----TTAT--------------------------C-----AA----------------------A-A-C----G-ACG----AAA-----A------A-T-ACGGA---TTGTGGTAA---TGG--GTATCGAT-TTATT---T----ATA-T-TA--TTT--------------AG--GA--G--TG--G-G--TT-------T-------T-----A-T-T--TA-------C-GTA--------A-TT-T---------AA--TAA----------T--AC-A-A----TA------G-TT-C-------AT--------TATC-GG-AAAAC---TGAGct
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gi|18 : cagGGGCTC---GGTTGT-CA-AATA--------AT-------------T--------T--TGT-A-T----TTA-T-TTGCT----C-----CC------G-AAT------------AA-TAAATCA-C--AAT----C----A------TG-TAA-ATA--AA----A--TT--C-ACCCC----------A-AAAT-A-ATAT----AA-A-G-AA-A-----A--TCTA---CCACC-G---A-AAT-CT--GC----------GTTTAT-C-----G--T-CA---TT---TT-----A-AAAC-AA-GG------TG-tgtaaataaaacccacccctaagtaatataaataaaatcgctcccaaattccgcatatttcgtcgttttaaaaaaatggtgtatcatatgtacatt
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gi|27 : cagGGGCTT---GGTTGT-CA-GATA--------AT-------------------------TAT-A-T----CA--T-TTGCT----C-----CC------A-AAT------------AA-------------------T----A------TG-TAA-ATA--AA----A--CC--at
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gi|32 : acagGGGCTCGATGGTCATGCA-GATA--------AT-G-AAC---T---T--------T--TGT-A-T----TA--T-TTGCT----C-----CC------G-AAT------------AA-atc
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gi|39 : cacagGGGCCC--CAGTTGT-CA-GATA--------AT-G-AA---------------------GT----------A-T-TTGTT----C-----CC------G-AAT------------AA-t
gi|34 : tttaGGGCTC---GGTTGT-CA-GATA--------AT-G-AAC---
gi|38 : tgcatctcctctgtcggttccaagtatcacagGGGCTC---GGTTGT-CA-GATA--------CT-G-AACAA-CATGTA-------T--TGT-A------TAA-T-TTt
gi|40 : cagGGGCTC---GGTTGT-CA-GATA--------AT-G-GAC---T---T--------T--TCT-A-T----T-A-T-TT
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gi|6 : gtatatatgtacaaGCTC---AGTTTT-CC-GATA--------AT-G-AA----C---TA-------T--TGT-A-T----T----------------------------------------------A-T----TA-A--A-T----T----A------CG-TAA-ATA--AA----A---C--CCACTCC----------T-AAAT-A-ATAT----AA-A-T-AA-ATCGATA--CCCA---TTACC-A---C-AAT-CC--GT------A-T--TTT-T-C-----G--T-CG---TT---TT--------GAT-AA-AG------TT-T----T-CA-GA-----T----GTAC-AT-TTA--ATTTGATAT---A---TT---TA-T-----TT-T--------------------------T------A----------------------A-A-C----G-ACG----AAA-----A------A-T-GTTGA---TTTTAGTGA---TGG--AC-----T-TT---------------T-TA--T---------------------------------------------T-------T-----A-C-C--TA----A--T--TAAT----T-A-TT-CGG--TAGCAAA--T-A---------AT--ACAA-A----GA------G-TT-CTAGATTAAT--------TATC-TG-ACAAC---TGA-GCCCCTGtcgatctg
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gi|5 : ggtcttGTTAT-CA-GATA--------AT-G-AA------------------------A-T------A-T-TTGCT----C-----CC------G-AAT------------AA------TA-A--A-T----TGTGCA------TG-GAA-ATA--AA-------CC--GCACCCC----------T-AAAT-A-ATA------A-A-T-AA-A-----A--TCCA---CCA-C-C---TTAAT-CC--GC----A-C-T---TT-T-C-----A--T-CG---TT---TT-----A-GAAA-AA--G------TG-T---AA-CA--------T----ATGC------A--A------CA---T---AG---TG-T-----AA-CA-------------------------T-----AA----------------------A-A-C----G-ACG----AAA-----T------A-T-GAAGG---TTTTGGTGA---GGG--AT-----T-TTATT---T----ATA-T-CA--TTTA-------------AG--G---G--TG--G-GCTTT---AT--T-------T-----A-C-A--TG----A--T-TTAT-----T-A-TT-CGG--GAGCAAA--T-A---------AT--GA-A-A----CA------G-TT-C-------AT--------TATC-TG-ACAAC---CGATG-CCCTGTagt
gi|1 : aagctTAT-CA-GATA--------AT-G-AAA---A---TA-------T--T----------------TGGCC----C-----CC------A-AAC------------AG-A----TAAT--A-T----T----G------TG-GGG-AAA--AA----A--TC--GCACCCCGC--------T-AAAT-G-ATA-----GA-G-T-AACA-----A--TCAC---CCATC-C---A-AAT-CC--GC----A-T-TTATT----C-----A--TATG---TT---TTTAGGGA-AAAATAG-GG------CG-T---ACACATAAA----T----GTACTCG-TTG--A------AA---AC--AC---CT-T-----TT-T--------------------------T-----AA----------------------A-G-A----A-ACC----GAA-----TCGAAAAA-T-GCG-A---TTT-GGTGG---TGG--AT-----T-T------------A-A-T-GG--TT---------------GG--G---G--TGCTG-C--TC---C---T-------T-----T-A-A--TA----A--T-ATACT----T-A-TT-ACGGTGAGCAAAATTAA---------TC--GT-T-AGT--TA------G-TT-C-------AT--------TATC-TG-ACAAC---CGA
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gi|9 : acatgta-CA-GGTAC-------AT-A-AAC---TA--TA-------TA-TGTCA-T----TAT-T-TTGCTG---C-----CCTCCGCAA-AAT------------TA-G----TA-TTAA-T----CTA--A------TG-TAA-ATATAAA----A--AC--CCACCAC----------C-AAAT-A-ATAT----AA-AGC-AA-AG----A--TCCACTCCCGCC-A---A-AAT-CCGGGT----A-GTT-ATTT-T-C-----G--TCCG---TC---TT--------CAA-AA-GG------TG-T---AT-----AT----T-----TAC-AT-TT---A------AA---A---AG---TA-C-----AT-T--------------------------T-----Atcccct
gi|7 : T-G-AAC-------TA-------T--TGT-A-T----TA--T-TTGCT----C-----CC------A-AAT------------AAGG----TG-C--A-TATCAT----A------TG-TAC-ATttcttcggatgtcttatattat
gi|8 : acaggggctcggttgtcagataatgaactattgtattatttgctcccaaatgataaattatgtaaataaaacccacccccaaataatataaataaaatccaccaccaaaatctgcatatttcgtcgttttaaaaaaggtgtatcatatgtacattaaaaaaagtactttaatctttata---TG-------T--TGT-A-T----CA--T-TTGCT----C-----CC------G-AATGATAAATTGTAAAA-A----TA-A--A-TAA--T----AAAAGTTTG-GAA-ATA--AA----A--CC--C-ACCCC----------T-AAAC-G-ATA------A-A-T-AA-A-----A--TCCA---CCACC-A---C-AA------GT----C-A-C-ATTT-CTC-----G--T-CG---TT---TT-------AGAA-AA-AG------TG-T---GT-CA-TATA---T----GTA--CT-TTA--A-----------------------------------------------------------C-----AA----------------------A-A-T----G-ACG----AAA-----A------A-T-GTAGA---TTTTGTTTA---TGG--AT-----T-TTA-T---T---GATA-T-TA--
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gi|22 : cacaggggatcggttg---AAT-------------A--C-TA--A-AT--T----A------TGTAA-ACC---AA----AC-------------------AAA-T-CATT--T----AA-A-TAA-A-T--TCCA---CAACGCTTAAAC-A-CC--GC----TTTTCTT-----GT-CG--TTTT-------------AA-AA-GG-----TGTA
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|7 : acagT-GAA----C---T---A----T---TG-T-A---T-T-A-TTT----G-CTC-CCA---AAT-------------A--A-aatctttataatgtacatatgatatgcaccttatttgggagcaaataatacaatagttca
gi|8 : acaggggctcggttgtcagataatgaactattgtattatttgctcccaaatgataaattatgtaaataaaacccacccccaaataatataaataaaatccaccaccaaaatctgcatatttcgtcgttttaaaaaaggtgtatcatatgtacattaaaaaaagtactttaatctttataatgtacatatgatatgcacc---T---G----T---TG-T-A---T-C-A-TTT----G-CTC-CCG---AATGATAAATTGTAAAA--A-TA--A-ATAAT----AAAAGTTTGGAA-ATA---AA----ACC-C-AC------C-CC--TAAA-C-GATA--------AA-T-AA-A-----A--TCCA---CCAC---CACAAG-TCACA----T-----TT-CT----CGT-CG--TTTT-----A-GA----AA-AA--G-----TGTGTC--ATATA--TGTA-C---TTTAA-------------------CAA---------AA----T----------GA--CG--A-AAA-AT-----GTAGATTTTGTTTATGGA--TTTTAT-TG-ATA------T-T-A
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|7 : GGGCTC-GGTTGTCA-GATA--------AT-GAA----C---T---A----T---TG-T-A---T-T-A-TTT----G-CTC-CCA---AAT-------------G--A-TA--A-AT--T----A------TGTAA-ATA---AA----ACC-C-AC------C-CC--CAAA-T-AATA--T----AAA-T-AA-A-----A--TCCA---CCAC---CAAAAT-CTGCA----T-----AT-TT----CGT-CG--TTTT-------AA----AA-AA-GG-----TGTATC--ATA----TGTA-C--ATTAAA------AAAAGTA-CTTT-
gi|7 : acagT-GAA----C---T---A----T---TG-T-A---T-T-A-TTT----G-CTC-CCA---AAT-------------A--A-aatctttataatgtacatatgatatgcaccttatttgggagcaaataatacaatagttca
gi|8 : acaggggctcggttgtcagataatgaactattgtattatttgctcccaaatgataaattatgtaaataaaacccacccccaaataatataaataaaatccaccaccaaaatctgcatatttcgtcgttttaaaaaaggtgtatcatatgtacattaaaaaaagtactttaatctttataatgtacatatgatatgcacc---T---G----T---TG-T-A---T-C-A-TTT----G-CTC-CCG---AATGATAAATTGTAAAA--A-TA--A-ATAAT----AAAAGTTTGGAA-ATA---AA----ACC-C-AC------C-CC--TAAA-C-GATA--------AA-T-AA-A-----A--TCCA---CCAC---CACAAG-TCACA----T-----TT-CT----CGT-CG--TTTT-----A-GA----AA-AA--G-----TGTGTC--ATATA--TGTA-C---TTTAA-------------------CAA---------AA----T----------GA--CG--A-AAA-AT-----GTAGATTTTGTTTATGGA--TTTTAT-TG-ATA------T-T-A
gi|9 : CA-GGTAC-------AT-AAA----C---T---A----TATATG-TCA---T-T-A-TTTTGCTG-CCCTCCGCAAAATT------------A--G-TATTA-AT--CTA--A------TGTAA-ATATAAAA----ACC-C-AC------C-AC--CAAA-T-AATA--T----AAAGC-AA-AG----A--TCCACTCCCGC---CAAAAT-CCGGG----TAGTTATT-TT----CGTCCG--TCTT--------C----AA-AA-GG-----TGT-----ATAT---T-TA-C--ATTT-A------AAAAGTA-CATT-TAccgagcccctgt
blockSeqs : C T TAATTCAT T AGTACATGTATAG A C ATA G T A TGCT . A GTAC GATAAATTGTAAA TT C TT . AA GTGC CAATCA C TAA TATG . C CCCGGG T A A AA TT TCAT G T . TCGAT TG CTC GCT A CTTT AGTTA . GAGG C AT AT TATC . T TACAC TG TA A A GA TTTGAT AC A TGTACTGATAACCTTTTTTTTT . CT T T TTATA CA TTATATATATTTACGCGCCCGGGGGGG T AG GGTT AT CC G . CG CG G A C A A CAT T CATGTT C A TAGATTA ACA TGCA GCC G
blockSeqs : . . C A CTAGCTGT . . . G . . T . T GCAA T . C . . . TA AAAGTT . . . . . . . T . A . . . . . G . . A . G A . . . A A . . . . . TA . G TA . A A TGTAAC . . . T . . ATATACATGTATTATTTG . . GGCT . C . . CG G . . . . . . T . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . CTTTAGT . . . . . . . . . A . . . . . . . CT . . . . . . . T . A . . . . . G . . . . A A . . . . A . . . . . T . A TA . A . AAATC . . . . . . TTATATTTATTTA . . AG . T . . TC G . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CTATATA . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . A TA . A . AAA . . . . . . TTATATCATTTAA . . GT . C . . CG A . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CTATAA . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . A TA . G . AAC . . . . . . TTCATATTATTA . . GG . C . . TG A . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CCTAT . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . A TA . A . AAC . . . . . . ATTATCTATTTA . . GG . C . . CG A . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CTAT . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . C TA . A . AAC . . . . . . . . . . . C . . TG G . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CTTC . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . A AA . A . AAT . . . . . . . . . . C G . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CTAT . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . A TA . . . . . C G . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CAAT . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . A T . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CTTT . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . C . G . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A T . . . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CTAT . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . A A . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GTTT . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CTAT . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CTAT . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . CTAT . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TT . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : CTAT***************** ** T** A****** T*** A** AAC*********************** ** TTATATCTATTTA*********************** GG**** C* CG* ** *** T**
originalCons : GGGCTC-GGTTGTCA-GATA--------AT-GAA----C---T---A----T---TG-T-A---T-T-A-TTT----G-CTC-CCG---AAT-------------A--A-TA--A-AT--T----A------TGTAA-ATA---AA----ACC-C-AC------C-CC--TAAA-T-AATA--T----AAA-T-AA-A-----A--TCCA---CCAC---CAAAAT-CCGCA----T-----TT-TT----CGT-CG--TTTT-----A-AA----AA-AA-GG-----TGTATC--ATAT---TGTA-C--ATTTAA------AAAAGTA-TTTT-TAA---------AA----C----------GA--CG--A-AAA-AT-----GCGGATTTTGGTGGTGGA--TTTTAT-TT-ATA------T-T-ATTT--------------GG-G--GTG--GG--TTAT--TTA-CATAA-TTTA-TTATT-CGGG-GAGCAAA--T-A-AT-AC-A---A--TA------G-TT-C-------AT---TATC----TGACAA---CCGA-GCCCCTGTG
finalCons : GGGCTC-GGTTGTCA-GATA--------AT-GAACTAT-----------------TG-T-A---T-T-A-TTT----G-CTC-CCG---AAT-------------A--A-TA--A-AT--T----A------TGTAA-ATA---AA----ACC-C-AC------C-CCT--AAA-T-AATA--T----AAA-T-AA-A-----A--TCCA---CCAC---CAAAAT-CCGCA----T-----TT-TT----CGT-CG--TTTTA------AA----AA-AA-GG-----TGTATC--ATAT---TGTA-CA--TTTAA------AAAAGTA-TTTT-TAAAAC-----------------------GA--CG--A-AAA-AT-----GCGGATTTTGGTGGTGGA--TTTTATTTATATCTATTTA-----------------------G-G--GTGGG----TTAT--TTAC-ATAA-TTTA-TTATTCG-GG-GAGCAAA--T-A-AT-AC-A---AT--A------G-TT-C-------AT---TATC----TGACAA---CCGA-GCCCCTGTG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): GATATAAAGTTGATTGAACAATCCTAATTTCTGTGGAAATGAGAGTGAGGGGTTGTTTCTAGATGTTATATTC
Unaligned ( gi|41 ): GAAAATGACATTGCGTTTGAGTTGCTGTTAGAAATG
Alignments
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consensus : GGGCTC-GGTTGTCA-GATA--------AT-GAA----C---T---A----T---TG-T-A---T-T-A-TTT----G-CTC-CCG---AAT-------------A--A-TA--A-AT--T----A------TGTAA-ATA---AA----ACC-C-AC------C-CC--TAAA-T-AATA--T----AAA-T-AA-A-----A--TCCA---CCAC---CAAAAT-CCGCA----T-----TT-TT----CGT-CG--TTTT-----A-AA----AA-AA-GG-----TGTATC--ATAT---TGTA-C--ATTTAA------AAAAGTA-TTTT-TAA---------AA----C----------GA--CG--A-AAA-AT-----GCGGATTTTGGTGGTGGA--TTTTATTT-ATAT-----CTATTT-A--------------G-G--GTG--GG--TTAT--TTA-CATAA-TTTA-TTATT-CGGG-GAGCAAA--T-A-AT-AC-A---A--TA------G-TT-C-------AT---TATC----TGACAA---CCGA-GCCCCTGTG
Reference ( family-2364 ) : GGGCTC-GGTTGTCA-GATA--------AT-GAA----C---T---A----T---TG-T-A---T-T-A-TTT----G-CTC-CCG---AAT-------------A--A-TA--A-AT--T----A------TGTAA-ATA---AA----ACC-C-AC------C-CC--TAAA-T-AATA--T----AAA-T-AA-A-----A--TCCA---CCAC---CAAAAT-CCGCA----T-----TT-TT----CGT-CG--TTTT-----A-AA----AA-AA-GG-----TGTATC--ATAT---TGTA-C--ATTTAA------AAAAGTA-TTTT-TAA---------AA----C----------GA--CG--A-AAA-AT-----GCGGATTTTGGTGGTGGA--TTTTATTT-ATAT-----CTATTT-A--------------G-G--GTG--GG--TTAT--TTA-CATAA-TTTA-TTATT-CGGG-GAGCAAA--T-A-AT-AC-A---A--TA------G-TT-C-------AT---TATC----TGACAA---CCGA-GCCCCTGTG
gi|1 : GCTC-G--TATCA-GATA--------AT-GAA--------------------------A---A-T-A-TTT----GGCCC-CCA---AAC-------------AG-A-TA--ATAT--T----G------TGGGG-AAA---AA----ATCGC-AC------C-CCGCTAAA-T-GATA-------GAG-T-AACA-----A--TCAC---CCAT---CCAAAT-CCGCA----T-----TTATT----CATATG--TTTTTAGGGA-AA----AATAG-GG-----CGTA-C--ACATAAATGTA-CTCGTTGAA------AACACCT-TTTT-TAA---------AGAAACC----------GAATCG--A-AAA-AT-----GCGA--TTTGGTGGTGGA--TTTAAT--------------GGTT-G--------------G-G--GTGCTGC--TCCT--TTA--ATAA-TATACTTATTACGGT-GAGCAAAATT-A-AT--C-GTT-AGTTA------G-TT-C-------AT---TATC----TGACAA---CCGA-TCC
gi|10 : GGGCTC-GGTTGTCA-GATA--------AT-GAA----C---T---A----T---TG-T-A---T-C-A-TTT----G-CTC-CCA---AAT-------------A--A-TA--A-AT--T----A------TGTAA-ATA---AA----ACC-C-AC------C-CC--AAAG-T-AATA--T----AAA-T-AA-A-----A--ttcccttgatgtgggtttgaattcgcggagacgaatattgaaaa
gi|10 : cagAN-------------A--A-TA--A-AT--T----A------TGTAA-ATA---AA----ACC-C-AC------C-CC--TAAG-T-AATA--T----AAA-T-AA-A-----A--T-CG---CTCC---CAAATT-CCGCA----T-----AT-TT----CGT-CG--TTTT-----A-AA----AA-AATGG-----TGTATC--ATA----TGTA-C--ATTcanaataaattatgtaaataaaacccacccctaagtaatataaataaaatcgctcccaaattccgcatatttcgtcgttttaaaaaaatggtgtatcatatgtacatt
gi|11 : caggggctcggttgtcagataatgaactattgtatcatttgctcccaaataataaattatgtaaataaaacccaccccaaagtaatataaataaaacGGCTC-GGTTGTCA-GATATAATTCATATTGAA----C---T---T----C---GG-T-A---T-T-A-TCT----G-TTC-CTA---AAC-------------A--A-TA--A-AT--T----A------TATAA-ATA---TG----ATC-A-AC------A-AC---AAA-T-TATATTT----AAA-T-AA-A-----A--TCCA---CTGC---CAAAAT-CCCCCCTTTT-----TT-TC----CCT-TG--TTT--------AA----AA-AG-GG-----GATATT--ATAT---T--------TTT--------AAAAGTACTTTT-TAA---------AA----
gi|12 : gtatatatgtacaaAA---------AA----A----------GA--CCCTA-AAA-AT-----TTGAATTTTAGCG-TGGA--TTTTACAT-ATACATGTATTATTT-G--------------GTG--GTG--AG--TT-T--TTA-------TTTA-TCATT-CGGG-GAGCGAA------------------------------T-C-------AT---TATC----TGACAA---tcgatctg
gi|13 : -TTTTATAA---------AAAT--C----------AA--CG--A-AAATAT-----GTGGATTTAAGTGGTGGACATTTTCTTT-ATAT-----TTATTT-A--------------G-GAGGTG--GT--TTATATTTA-CATAA-TTTA-TTGTT-CGAT-GAGC-AA--T-ACAT-AC-ACATA--TA------G----C-------ATACAAATC-----GACAAGCCTCGG-GCCTCTttttttttttttttttaaagatgcatcacacgtacgatatttttttttgcatgtacgatacatgtacatataagatacaccttttt
gi|13 : ag---T---A----TG--TG-T-A---TGT-A-TT-----G-CTCATCG---AAC-------------A--A-TA--A-AT--T----A------TGTAA-ATA---TA----AAC-C-AC------CTCC--TAAA-TAAATA--T----AAA-G-AA-A-----ATGTCCA---CCAC---TTAAAT-CCACA----TA----TT-TT----CGT-TGATTTTT-----ATAA----AA-AG-GG-----TGTA-C--ATAT---GGTA----GCTGAA------AAAAagggtgtacatatggtagctgaaaaaaaaaat
gi|14 : agagaggcccgaggcttgtcgatttgtatgctaGGTCTT-GGTTGTCA-GATA--------TT-GAA----C---TTTAG----T---TAAT-A---T-G-A-TCT----G-TGT-CTG---AAC-------------A--A-TA--A-AT--T----ACT----TGTAT-ATA---AATATGATC-A-AC------A-AC---AAA-T-CATA--TTCATAGA-T-AA-A-----A--CACA---CCGC---TAAAAT-CCGCT----T-----TT-TT----CGT-CG--TTTT-------GA----AA-AA-GG-----TGTATT--A-AA---TGTA-C--ATTTAA------AAAAaaaat
gi|15 : GGGCTC-GGTTGTCA-GATA--------AT-GAA----C---T---A----T---TG-T-A---T-T-A-TTT----G-CTC-CCA---AAT-------------A--A-TA--A-AT--T----A------TGTAA-ATA---AA----ACC-C-AC------C-CC--TAAA-T-AATA--T----AAA-T-AA-A-----A--TCCA---CCAC---CAAAAT-CCGCA----T-----AT-TC----CGT-CG--TTTT-------AA----AA-AA-GG-----TGTATC--A------TGTA-C--A-TTAA------AAAAGTA-TTagt
gi|16 : cagGGGCTC-GGTTGTCA-GATA--------GC-GAA----C---A---A----T---TG-T-A---T-T-A-TTT----G-CTC-CCG---AAT-------------A--A-CA--A-AT--T----A------TGTAA-ATA---AA----ACC-C-AC------C-CC--TAAA-T-TATA--T----AAA-T-AA-A-----A--TCCA---CCAC---CAAAAT-CCGCA----T-----TT-TT----CGT-CG--TTTT-------AT----AA-AA-GG-----TGTATC--ATAT---a
gi|17 : tgtccTCA-GATA--------AT-GAA----C---T---A----TAA-TA-T-A---T-T-A-TTT----G-CTC-CCA---AAT-------------A--A-TA--T-AC--C----A------TGTAA-ATA---AA----ACC-C-ACCCCGGGC-CC--TAAA-T-AATA--T----GAA-T-AA-A-----A--TCCA---CCAC---C-AAAT-CCGCA----T-----AT-TT----TGT-CG--TTTT-------AA----TA-AA-GG-----TGTATC--ATAct
gi|18 : acatgGGGCTC-GGTTGTCA-AATA--------AT------------T--------T---TG-T-A---T-TTA-TTT----G-CTC-CCG---AAT-------------A--A-TA--A-AT--C----ACAATCATGTAA-ATA---AA----ATT-C-AC------C-CC--AAAA-T-AATA--T----AAA-G-AA-A-----A--TCTA---CCAC---CGAAAT-CTGCG----T-----TT-AT----CGT-CA--TTTT-----A-AA----AC-AA-GG-----TGtcccct
gi|19 : ---AAT-------------ATTA-TA--T-AT--T----A------TATAA-ATA---TG----ATC-A-AC------A-AC---GAA-C-CATG--T----AAA-T-AA-A-----A--TCCA---CCGC---CAAAAT-CCG------T-----TT-TTGAGGGGT-CA--TTTA-----A-AA----AA-AA-GGTACACTGTACCTGGTATA--TGTA-C--ATTTAA------AAAAct
gi|2 : aacaataGGGCTA-GGTTGTCATGATT--------ATAGAA----C---T---AGCTGT---TG-T-A---T-T-A-TTTT---G-TTC-CC----AAT-------------A--A-TA--A--T--T----A------TGTAACATA---AA----ACA-C-AT------T-CC--TAAAAT-GATA--T----AA--T-AA-AG----A--TCTA---CCAC---CAAAAT-CCGCAG---T-----TT-TT----TGT-CA--TT---------AA----AA-AA-GG-----TGTATC--ATA----TGTA-C--ATTT-------------T--TTTT-TAATGT------AA----C-----------A--TG--ATAAC-ATTTATAGCGGATTTT-GTAGTGGA--TTTTATTT-ATAT-----ATATTT-ACGCGCCCGGGGGGGG-G--GGG--GG--GTAT--TTACCATAAGTTTA-TTATT-TCGG-AAACAAAG-T-A-ATAAC-A---A--TA------G-AT-C-------AT---TATC----TGACAAC--CCGA-GCCCCTGT
gi|20 : --TCAT--TTA-TATGA-ATTA-TTATT-CGAG-AA-CAAA--C-G-AT-GC-A---A---A------A-TTAC-------GA---TATC----TGACAA---TCAA-GCCCCTGTGtgt
gi|21 : t---T---G----T---TG-T-A---C-G-A-ATT----G-ATC-CCA---AAT-------------A--G-AA--G-AT--T----A------TATGA-TTA---AA----ACT-T-AT------C-CC--CAAA-T-TATA--T----CAA-T-GA-A-----G--TCCA---CCACA--AAAAAT-CTACT----G-----TT-TT----CGT-CG--TTTT-----A-aaaatgcatccatcattaaaatcggatatctaaaaaaagtgttttattcat
gi|22 : cacaggggatcggttg---AAT-------------A--C-TA--A-AT--T----A------TGTAA-ACC---AA----AC-------------------AAA-T-CATT--T----AAA-T-AA-A-----T--TCCA---CAACGCTTAAACA-CCGCT----T-----TT-CT----TGT-CG--TTTT-------------AA-AA-GG-----TGTA
gi|23 : actttagtttacgtatctgttcaatgtac---T---A----T---TG-T-A---T-T-A-TTT----G-CTC-CCT---AAT-------------G--A-TA--A-AA--G----A------TGTAA-ATA---AA----ACC-C-AC------C-CC--TAAA-T-AATA--T----GAA-T-GA-A-----A--TCCA---CCAC---AGAAAT-CTTTA----T-----TT-TT----CGC-CG--TTTT-----A-AA----Act
gi|24 : aggggctgggAA----C---T---T----T---AG-T-A---CGT-A-TCT----G-TTC-ATGTACAAT-------------A--C-TA--A-AT--T----A------TGTAA-ACA---A-------------------------CAAA-T-CATT--T----AAA-T-AA-A-----T--TCCA---CGCT---AAAAAC-CCGCT----T-----TT-TT----CGT-CG--TTTT-------------AA-AA-GG-----TGTATT--AT
gi|25 : at--TAAA-T-CATA--T----AAA-T-AA-A--------TCCA---CT---------------------T-----TT-TT----CAT-AA--TTTT-----A-AA----CA-AA-TG-----TGTATT--ATA----TGTA-C---CTTAA------AAAAGg
gi|26 : cacagggctcggttgtttaaatttcctggaacaatacaaA--A-AT--T----A------TGTAA-ATA---AA----ACC-C-AC------C-CC--TAAA-T-AATA--T----CAA-T-AA-A-----A--GCAA---TCTC---CAAAAT-CCGCA----T-----TT-TT----CTT-CGA-CTTT-----A-AATATCAA-TA-GG-----TGat
gi|27 : acaggtctgacacagcGGGCTT-GGTTGTCA-GATA--------AT-------------------------TA-T-A---T-C-A-TTT----G-CTC-CCA---AAT-------------A--A-----------T----A------TGTAA-ATA---AA----ACC-
gi|28 : gttttttaatgtatatatatatgatacacGGGCTC-GGTTGTCA-GATA--------AT-GAAAGTACATGT---A----TAG-TG-T-AATAT-T-A-CTT----G-TGC-CCA---AAC-------------A--G-TA--A-AT--T----A------AGCAA-ATA---AA----ACC-C-AT------C-ctgt
gi|29 : acagGGGCTC-GGTTGTCA-GATA--------AT-GAA----C---T---A----T---TG-T-A---T-T-A-TTT----C-CTC-CCA---AAT-------------T--A-TA--A-AT--T----A------TGTAA-ATA---AA----ACC-C-AC------C-CC--TAAA-T-AAT
gi|3 : cagGGGCTCCGGTTGTCA-GATA--------AT-GAA----CC--T---A----T---TG-T-A---T-T-AATTT----G-CTC-CCA---AAT-------------A--ACTA--C-AT--T----A------TGTAA-ATA---AA----ACC-CCAC------C-CC--TAAA-T-AATA--T----AAA-T-AA-A-----A--TCCA---CCAC----AAAATACCGCAA---TA----TT-TC----CGT-CG--TTTT-----A-AA----AA-AA-AG-----TGTATC--AAAT---TGTA-C--CTTTAA------AAAAGTA-TTTT-TAA---------AA----C----------GA--CC--A-AAT-AT-----GCGTATTTTGGTGGTGGA--TTTTATTTCATAT------TA-TT-A--------------G-G--GTG--GG--TTA---TTA-CATAA-TGTA--TATT-TGGGCGAGCAAA--TAA-AT-AC-A---A--TA------G-TT-C-------AT---TGTT----TGATAA---CCGAGGCCCCTGTG
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gi|32 : -TTTA-TTATT-CGGG--AGCAAA--T-A-AT-AC-A---A--AA------G-TT-C-------AT---TATCTGCATGACCA---TCGA-GCCCCTGTGa
gi|33 : -GAA----G---T---T----T---TG-T-A---T-C-A-TTT----G-TTC-CTG---AAT-------------G--A-TA--A-AT--T----A------TATAA-ATA---AA----ATT-C-AC------C-
gi|34 : A------G-TT-C-------AT---TATC----TGACAA---CCGA-GCCCCTGTGacaaa
gi|35 : tgcatctcctctgtcggttccaagtatA-TTATT-TGGG--AGC-----T-A-AT-A--A---A--TA------G-TT-C-------TT---TATC----TAACGA---CCGA-GCCCCTGTG
gi|36 : G-AAACAGA--T-A-AT-AC-T---A--AA------G-TT-A-------AA---TATC----TGACAA---CTCA-ACCCCTG
gi|37 : GG-GAGCAAA--T-A-AT-AC-T---A--TA------G-TT-C-------AT---TATC----TGACAA---CCGA-GCCCCTGTtgaa
gi|38 : AAA--T-T-AT-AC-A---A--TACATGTTG-TT-C-------AG---TATC----TGACAA---CCGA-GCCCCTGa
gi|39 : GGCCCC-AGTTGTCA-GATA--------AT-GAA----------------------G---------T-A-TTT----G-TTC-CCG---AAT-------------A--A-TA--A-A
gi|4 : GGGCTC-GGTTGTCA-G--------------------------------------TA-C-A---T-T----------G-CT--------AAT-------------A--ACTA--A-AA-------A------TGTAA-ATA---AA----ACC---AC------C-----TAAA-T-AATA--T----AAA-TTAA-A-----A--TC-A---CCAC---CAAA-T-CCGCA----T-----AT-TT----CGT-CG--TTTT-----A-TA----AA-AA-AG-----TGTATC--ATAT----GTA-C--ATT-AA------AAATACA-TTTT-TAATGTACTGATAA----CCTTTTTTTTTAA--CG--A-AAATAT------CGGATTTTGGTGGTGGA--TTTTATAT--TAT-----CTATTT-A--------------G-G--GTG--GGTTTTAT--TTA-CATAA--TTA-TTATT---GG-GA-CAAA--T-A-AT-AC-A---A--TA------GCCT-C-------AT---TAT-----TGACAA---CCGA-G-CCCTGTc
gi|40 : acagAAA--T-A-AT-AG-A---A--AA------G-TC-C-------AT---TATC----TGACAA---CCGA-GCCCATGT
gi|5 : GTTATCA-GATA--------AT-GAA--------------------------A---T---A-TTT----G-CTC-CCG---AAT-------------A--A-TA--A-AT--TGTGCA------TGGAA-ATA---AA----CCG-C-AC------C-CC--TAAA-T-AATA--------AA-T-AA-A-----A--TCCA---CCAC---CTTAAT-CCGCA----C-----TT-TT----CAT-CG--TTTT-----A-GA----AA-AA-G------TGTAAC--ATAT----GCAAC--AT-------------AGTG-TAACATAA---------AA----C----------GA--CG--A-AAT-AT-----GAAGGTTTTGGTGAGGGA--TTTTATTT-ATAT-----C-ATTTAA--------------G-G--GTG--GGCTTTAT--TTA-CATGA-TTTA-TTATT-C-GG-GAGCAAA--T-A-AT-GA-A---A--CA------G-TT-C-------AT---TATC----TGACAA---CCGA-TGCCCTGT
gi|6 : aagctGCTC-AGTTTTCC-GATA--------AT-GAA----C---T---A----T---TG-T-A---T-T-A-TT---------------------------------------A--A-AT--T----A------CGTAA-ATA---AA----ACC-C-AC------T-CC--TAAA-T-AATA--T----AAA-T-AA-ATCGATA--CCCA---TTAC---CACAAT-CCGTA----T-----TT-TT----CGT-CG--TTTT-----G-AT----AA-A---G-----TTT-TC--AGA----TGTA-C--ATTTAATTTGATATATTTA-TTTT-T-A---------AA----C----------GA--CG--A-AAA-AT-----GTTGATTTTAGTGATGGA--CTTT--------------------------------------------------TTAT--TTA-CCTAA-TTAA-TTATT-C-GG-TAGCAAA--T-A-AT-ACAA---A--GA------G-TT-CTAGATTAAT---TATC----TGACAA---CTGA-GCCCCTG
gi|7 : GGGCTC-GGTTGTCA-GATA--------AT-GAA----C---T---A----T---TG-T-A---T-T-A-TTT----G-CTC-CCA---AAT-------------G--A-TA--A-AT--T----A------TGTAA-ATA---AA----ACC-C-AC------C-CC--CAAA-T-AATA--T----AAA-T-AA-A-----A--TCCA---CCAC---CAAAAT-CTGCA----T-----AT-TT----CGT-CG--TTTT-------AA----AA-AA-GG-----TGTATC--ATA----TGTA-C--ATTAAA------AAAAGTA-CTTT-
gi|7 : acagT-GAA----C---T---A----T---TG-T-A---T-T-A-TTT----G-CTC-CCA---AAT-------------A--A-aatctttataatgtacatatgatatgcaccttatttgggagcaaataatacaatagttca
gi|8 : acaggggctcggttgtcagataatgaactattgtattatttgctcccaaatgataaattatgtaaataaaacccacccccaaataatataaataaaatccaccaccaaaatctgcatatttcgtcgttttaaaaaaggtgtatcatatgtacattaaaaaaagtactttaatctttataatgtacatatgatatgcacc---T---G----T---TG-T-A---T-C-A-TTT----G-CTC-CCG---AATGATAAATTGTAAAA--A-TA--A-ATAAT----AAAAGTTTGGAA-ATA---AA----ACC-C-AC------C-CC--TAAA-C-GATA--------AA-T-AA-A-----A--TCCA---CCAC---CACAAG-TCACA----T-----TT-CT----CGT-CG--TTTT-----A-GA----AA-AA--G-----TGTGTC--ATATA--TGTA-C---TTTAA-------------------CAA---------AA----T----------GA--CG--A-AAA-AT-----GTAGATTTTGTTTATGGA--TTTTATTG-ATAT-----
gi|9 : taCA-GGTAC-------AT-AAA----C---T---A----TATATG-TCA---T-T-A-TTTTGCTG-CCCTCCGCAAAATT------------A--G-TATTA-AT--CTA--A------TGTAA-ATATAAAA----ACC-C-AC------C-AC--CAAA-T-AATA--T----AAAGC-AA-AG----A--TCCACTCCCGC---CAAAAT-CCGGG----TAGTTATT-TT----CGTCCG--TCTT--------C----AA-AA-GG-----TGT-----ATAT---T-TA-C--ATTT-A------AAAAGTA-CATT-TAccgagcccctgt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): GATATAAAGTTGATTGAACAATCCTAATTTCTGTGGAAATGAGAGTGAGGGGTTGTTTCTAGATGTTATATTC
Unaligned ( gi|41 ): GAAAATGACATTGCGTTTGAGTTGCTGTTAGAAATG