lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 11 222222 1 222222 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444444 1111111111111111 1111111111111 333333333333333333333333333333333 33333333 111
lowQualScore : 5 6 22 2 4 111111 3 333333 555 6 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 3 1 11 5555555555555 44444 1 6666666 1 222222 0 555555 222 9999999999999999999999999999999999 222222 2222 0 22222 0 11 2222222 22222 444 11 3333333333333333 0 222 33333333 11 44444 22222 111 444444 11 111 333333333 22 111 1 111 0000000000000 5555555 3333 66666 11 11 1 999999999999999999999999999999999 555 3 33 88888888 888 5 0
lowQualScore : . . .. . . ...... . ...... ... . ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . . .. ............. ..... . ....... . ...... . ...... ... .................................. ...... .... . ..... . .. ....... ..... ... .. ................ . ... ........ .. ..... ..... ... ...... .. ... ......... .. ... . ... ............. ....... .... ..... .. .. . ................................. ... . .. ........ ... . .
lowQualScore : 0 0 00 5 0 000000 3 888888 888 5 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 3 0 44 6666666666666 77777 1 2222222 0 888888 9 222222 888 4444444444444444444444444444444444 666666 8888 9 22222 9 22 8888888 22222 222 22 6666666666666666 8 222 00000000 11 22222 99999 333 222222 11 444 444444444 88 555 0 999 6666666666666 4444444 8888 55555 77 88 3 555555555555555555555555555555555 000 3 22 11111111 444 6 8
consensus : NCTCATTCATTNANTTGATGTGTGTNAT-AATT-AATTATTGCTCTCTTCAATTGAACT----------GATGCGCGCATCAAA-AA-CGA-------TT-AATTATTGCT----TCNNT----TTAA-----TTG--TN-GTACGC--ATCAAAT--TATTGCTCTCTC-C-----CATTG--AAT----GT-CA---CGA---ATTC--AGTAATATT-TC-CACCATANT----T------A-TGCGCG-CA----T-CAAA-T----------------C-ATAA------T-ATTGCT-CTCATCAATTGAA-TTN--N-T--G-CG-C--GCA--TCAAA-TCA--AT--T---ATTG------C---TCTCATC--AATTGN-----A--TNAA--T---GCG-CGC-N-TCAA-------------A-TCA---ATT---AC---AA----AT----TA--TTGCTCTC--------A-----------TCA-T-------CAG--T-TG-AA-T--T---------G---AT-----G-CG------CG-C------A-TT------A---A---T----G----T---T--------------G-A------T----G-A-----G-AG--CA-------AT-----A---A--T----T-------G---A-T---T--------TG--A-----T-----G--CGCG-----C--A---TTAA---------TTC-A---ATTGAT-GAGA---GC-----AAT-----A-------A----TT---G-A-TT--T-G--A---TG--------TA---C---------G-C---ATTAATTCAAT--TG-TAATTAAGAGC-ANTAATCGATTTATTT
Reference ( gi|1 ) : GCTGATCCGCTGAATTGATGGGTGTTAT-AATTTAACTGTTGCTCTCTCCAAATGAACT----------GGTG---ACATCAAA-AACTGA------ATTGAATTATTGCT----TCACT----TTAA-----TTG--TA-GCACACTGATTGAAT--TATTGCTCTTTTTC-----CATTG--AAT----GT-CA---TTA---ATTC--AGTAATATT-TC-CACCACACT----T------A-TGCACC-CA----T-TAAA-T----------------CTATAA------T-ACTGTT-CTCATCAATTGAA-TCT--T-T--G-TG-A--GCA--TCAAA-TCA--AT--T---ATTG------C---TTTCATC--AACTGC-----A--TAAA--T---GTA-AAC-T-TCAA-------------A-TCA---ATT---AC---AA----AT---GTA--TTGCTCTC--------A--------GACTCA-T-------CAG--T-TG-AA-T--T---------G---AT-----G-CA------CA-C------A-TT------A---A---T----G----T---T--------------G-A------T----G-A-----G-AG--CA-------AT-----A---A--T----T-------A---A-T---T--------TG--A-----T-----G--TGCA-----C--A---TTAA---------TTC-A---ATTGAT-GAGA---GC-----ATT-----A-------A----TT---G-A-TT--T-G--C---TG--------TA---T---------T-C---ATTAATTCAGT--TGGTAATTAAGAGC-ATTAATTGATTTATTTTG
gi|2 : CTCATTCATTCAATTAATGTGTATAAT-AATTAAATAATTGCTCTTTTCAATTGAATTAATGATATTTGGAG---ATATCTTC-AACCGATCCACAATTGGACCAATGCT-----CTCT----TTAACAAAATTA--AT-GCACAC--ATC-AAT-------CCCTTGCACAAAAGCGTTGTAAAT----GA-TA---CAAGATATTT----TAATATT-TT--ATCAT--T----T------A-T--ACC-AAGCT-C-CAAA-T-------------------TAA------A-ATTATC-CTCTTCA-TTAAA-T---------G-CG-C--GCA--TTAA--TTG--AG--T---AATG------C---GAGCAAT--AATTGA-----A--TCAA--C---GCG-AAC-T-TGAA-------------C-TAA---ATT---A---------------ATA--TTA-------------------------TCA-T-------TAT--G-TG-GA-T--C---------A---CT-----G-CT------CA-A------A-TC------A---A---TTCAAG----C------------------A-A------T----G-A-----G-AG--CT-------AA-----A---A--A----T-------G---A-T---T--------TG--A-----T-----G--CACG-----C--A---TTAG---------TTC-A---ATTGAG-GAGA---GCAAT--ATT-----A-------A----TT---
gi|14 : TGATTTGATGTG-GTCATCAATTCAATTATTGCTCTCATCAAa
gi|2 : gagcaataatattgatttgatgtgctcattgatgagagcattgatT-AATT-AA-TATTGCTCTCCTCAATTGAACT----------AATGCGTGCATCAAA-tttatttgacgaacttaccaatggtgcttgtaaaatca
gi|7 : ctcattcattcaattaatgtgtataataattaaataattgctcttttcaattgaattaatgatatttggagatatcttcaaccgatccacaattggaccaatgctctctttaacaaaattaatgcacacatcaatcccttgcacaaaagcgttgtaaatgatacaagatattttaatattttatcatttataccaagctccaaattaaaattatcctcttcattaaatgcgcgcattaattgagtaatgcgagcaataattgaatcaacgcgaacttgaactaaattaatattatcattatgtggatcactgctcaaatcaattcaagcaatgagagctaaaaatgaTATTGCTCTCTC-AACTGAATT----------AATG----TA-CAAA-AA------------TCAATTATTGTC----TCAATCAACTGAA-----TTA--TGTGTACA---ATCAAATATTATTGC-CT----------CATC---AAT----TT-CAACGTTA---AATC--AAT--TATTGTCTCATCATAAC----TGAATTAA-TGTACA-CG----TGTAAA-T-------------------TAA------T-TATGTTTCTCTTCAATTGAA-GTTGATAT--G-CG-C--GCAT-TTATT-TCA--AT--T---AT
gi|17 : cAATTGAACT----------GATGCGCACATCAAATAAATAA------TTT--ATTATTGCTCTTATCAAT----TCAA-----TTG--Tttgattt
gi|25 : aatatttccaccaAATTATTGCT-----CTCT----TTAA-----TTGGTTA-ATGCGCGGGTTAAAT--TATTGCTCTCTTT------AACTG--AAT----acagtcatgtattatattgcgcgcaaaagtcaa
gi|7 : tta--TATTGCTCTCT--C-----AACTG--AATTAATGTACA---AAA---ATCA--ATTATTGTC-TC-AATCA-ACTGAATT------A-TGTGTA-CAA---T-CAAA-T------------------AT--------T-ATTGC--CTCATCAATT----TC-------------A--ACG--TTAAA-TCA--AT--T---ATTG----------TCTCATCATAACTGA-----A--TTAA--T---GTA-CACGT-GTAA-------------A-TTA---ATT---A----------------TG--TTTCTCT-------------------------T-------CAA--T-TG-AAGT--T---------GAT-AT-----G-CG------CG-C------A-TT------T---A---T----gatt
gi|8 : cataattgaa-----CATTA--AAT-----T-TA---TTT---ATACCAAGCAATATT-TC-CACCACATT----A------A-TGCACA-CATCATT-TAAG-TAGTGAATTAGTATGCACTACAAATCGATT-A-TGTT--TTA--AATTGAA-T-G--A-T--G-CG-C--GCA--TTAAATTCT--AC--C---ATTG------C---ACTCATC--AA-TGA-----A--T-AA--T---GCG-CAC-A-GCAA-------------A-CCA---GT---------AA----A----------TGCT----------------------CTCG-T-------CAG--T-TA-CA-T--T---------G---AT-----ATTG------TA-C------A-TT------A---A---ttgattt
gi|13 : agatATTG--AA-----GA-CA---CGA---ATTC--AAT--CATT-GCGCGCAATAAA----T------AATGCACA-CA----T-CATA-T----------------CAATCA------T---TGCT-CTCATCAGTTGAA-TTA--T-T--G-CG-C--ACA--Tc
gi|6 : ggagcgtcataccaatt--AGCAATAAT-TT-CACTACAAT----G------G-TGTGAG-CA----T-TAAAAT----------------TTATAG------T---TG---------AATTGA---------T--G-CG-A--GCA--TCAAA-TCA--AT--TGCTATTG------C---ACTCATC--GACTTA-----A--TTAA--T---ATG-CGC-T-GTAA-------------A-TCATGCATT---AT---AATTTAAT----TA--TTGCGC----------A--------G---CA-G-------TAA--T-GG-AA-TATT---------G---AT-----G-CG------CA-C------A-TC------A---A---TTTC-A----T---T--------------G-A------T----G-A-----G-AG--CA-------AT-----A---A--T----T-------A---T-T---T--------TG--A-----T-----G--CGttgatgagagcagtatttgat
gi|4 : ttcaaaagaataaacaaagagatcgagctccaaattaaattttgcgATATT----T------G-CGCAGC-GG----T-TCAA-T----------------TCAT--------T-ATTGCT-TTCATTAATTCAG-TTG--A-T--G-TG-C--GCA--TCAAA-TCAC-AT--T---CTTG------C---TCTCATC--t
gi|24 : caaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaataatggaattaatgcaccttcgaattaataatcgcttttcatcggtttagttaatgcacgcattcattgctgtcattattctctatgT----T------A-TGCGCG-CA----T-CAAA-T----------------CTATTA------T-ATTGCT-CTCATTGATTGAG-Tttcaaattatttcactttaataagtagagaggcg
gi|14 : a------A-TG-ACCACA----T-CAAA-T----------------C---AA------TCAATGCT-CTCATCAAT------------------G-A--GCACATCAAA-TCAATAT--T---ATTG------C---Tagctattgatgagagcaatacatgtaa
gi|20 : gA----T-TAAA-T----------------G---AA------T---TGCT-CACATTAATTGAA-TTA--A-T--G-CG----GCA--TCAAA-TCA--GT--T---TTTG------C---TCTTATT--Acaattcaattattgctctcatcaatttatttgacgaacttaccaatggtgcttgtaaaatca
gi|22 : gA----T-CAAA-T-----------------TA-AG------T-ATTGTT-TTCATCAATTCAG-TTC--T-T--G-CG-C--GCT--TGAAT-TCA--AT--T---ATTG------C---ataagaattaattcaatt
gi|7 : tatcaattccattattgcacAAA-T----------------C---AA------T-ATTGCT-CTC-TCAACTGAA-TTA--A-T--G-TA-----CA---AAAA-TCA--AT--T---ATTG------T---CTCAATC--AACTGA-----AT-TATG--T---GTACAA----TCAAATATTATTGCCTCA-TCA---ATTTCAACGTTAA----ATCAATTA--TTG-TCTC--------A-----------TCA-T--------AA--C-TG-AA-T--T---------A---AT-----G-TA------CA-CGTGTAAA-TT------AATTA---T----G----T---T--------------T-C------T------------------CT-------TC-----A---A--T----TG------A---A-G---T--------TG--A-----T-----A--TGCG-----C--GCATTTAT---------TTC-A---ATT-AT-G
gi|24 : ------T-ATTGCT-CTCATCAAT---A-GCT--T-TATG-CG-C--GCA--TCAAA-TCT--ATTAT---ATTG------C---TCTCATT--GATTG
gi|14 : aactCATTGATTGAT-TTG--A-T--G-TG-G--TCA--TCAAT-TCA--AT--T---ATTG------C---TCTCATC--AATTcatgtaa
gi|16 : gagcaataatattgatttgatgtgctcattgatgagagCATCAACTGAA-T-TAAT-T--G--G-A--GCA--ACAAT-TGA--AT--T---ACTA------G---T--------AATTGC-----A--TG--------------C-T-TCAA-------------A-TTA---ATC---AT---------------TA---TACCCTC-------------------TTCA-T------------T-TG-GA-T--T---------A---AT-----G-TC------CG-C------A-TTAATTCAA---A---T----A----T---T----------------A------T----G-A-----G-AG--Ctatttgacgaacttaccaatggtgcttgtaaaatca
gi|9 : CATCAGTTGAA-T-----------TA-A--------TAAA-ACA--AT--T---ACCG------------TGATTG-AATTG------A--TA----T---GTG---C-T-TCAA-------------AATCA---AGT---AC---TA---------GTA--ATCCTCTC-------------------------------------T-TC-AA-T--T------------------------------CA--------A-TT------A---A---T-------------------------------------T------A-----G-AG--CA-------AA-----A---A--T------------A---A-T---T--------TT--AAT---T-----A--CGCG-----C--A---TTAA---------TTCAA---ATTGAA-AAGA---GC-----AAT-----A-------AC---TT---GAA-TT--T-G--gc
gi|14 : aaattaaatttgcgagcaataatttcaccaccttaaatgcgcggAATTGAA-T------T--GATG-ACCACA--TCAAA-TCA--AT--C---AATG------C---TCTCATC--AA------------------T---GAG-CAC-A-TCAA-------------A-TCA---AT---------------AT----TA--TTGCTCata
gi|19 : AATTGAA-TTA--A-T--G-TG-T--GCA--TCAAA-T--------T---ATTA------C---TCTCATC--AATTGT-----A--TAGATTT---GTG-----T------------------A-TCA---ATT---TC---AT----AT---ATG--TTACT----------------------CTCA-T-------CAA--T-TA-AA-T--C---------G---AT-----attgctctcatcaatttatttgacgaacttaccaatggtgcttgtaaaatca
gi|5 : TTGAA-TAT--T-T--G-CG-C--GCGGTTCAAT-TCA--AT--T---ATTG------C---TTTCATT--AATT-C-----AG-TTGA--T---GTG-CGC-A-TCAA-------------A-TCAC--ATT----C-------------------TTGCTCTC--------ATCCATAGAGAATCAATGA-----CAG--C----AA-T--G---------A---AT-----G-CG------TG-C------A-TT------A---A---CTAA-A----C---C--------------G-A------T----G-A-----A-AG--CG-------AT-----T---A--T----T-------A---A-T---T--------CG--A-----A-----G--CGTG-----C--A---TTAA---------TTC-C---ATT
gi|4 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaatTTGAAATAT--T-T--G-CGCA--GCGGTTCAAT-TCA---T--T---ATTG------C---TTTCATT--AATT-C-----AG-TTGA--T---GTG-CGC-A-TCAA-------------A-TCAC--ATT----C-------------------TTGCTCTCATCCATAGA--------GAATAA-TGA-----CAG--C----AA-T--G---------A---AT-----G-CG------TG-C------A-TT------A---A---CTAA-A----C---C--------------G-A------T----GAA-----A-AG--CG-------AT-----T---A--T----T-------A---A-T---T--------CG--A-----A-----G---GTG-----C--A---TTAA---------TTC-C---ATTattatttcactttaataagtagagaggcgc
gi|12 : caaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaatT--T-T--G-TA-----CA--ACAAA-TCA--AT--T---ATTG------C---TCTCACC--AATTTT--------------T---G-----C-TCTC---------------A-TCA---AT---------AA----AT---TTG--ATGTTTT---------------------TGA-G-------CAGTAT-TGAAA-T--A---------A---AT-----G-TG------TG-C------T-TC------A---GT--T----G----TGACT--------------G-A------T----G-A-----C-AA--CA-------AT-----A---A--A----T-------A---A-T---G--------TG--A--------------TGCA-----C--A---attatttcactttaataagtagagaggcg
gi|6 : -T--G-TG-A--GCA--TTAAA---A--TT--T---AT---------------------AGTTGA-----A--TTGA--T---GCG-AGC-A-TCAA-------------A-TCA---ATT---GC---------------TA--TTGCACTC--------ATC------GACTTAAT-------TAA--TATG-CG-C--T---------GTAAAT-------CA------TG-C------A-TT------ATA-A---T---------T---T--------------A-A------TTATTG-C-----GCAG--CA-------GT-----A---A--T----GG------A---A-TA--T--------TG--A-----T-----G--CGCA-----C--A---TCAA---------TTT-C---ATTGAT-GAGA---GC-----AAT-----A-------A----TT---A-T-TT--T-G--A---TG--------tca
gi|3 : ttcaaaagaataaacaaagagatcgagctccaaattaaattttgcgagcaataatttcactacaatgg-T--G-CG-C--ACA--TCAAA-TAA--AT--T---TTTG------C---TCTCATC--TATTGcgt
gi|12 : ttctttaaaagaatagatgcgcgcattatttccttatacataatcattgtaactaatttaagatatcttcagttgaattaaagagatcatcgaatcattcataccaagctccaaattaaattttgcaagcaatattttcaccacgttgatgcgcgcatcaattc-TG-T--GCA--TCACA-TTA--TT--T---ATTG------T---TGTCATC--AGT--C-----A--CAAC--T---G-A-AGC-A--CAC-------------A-TTT---ATT---TC---AA----------TA--CTGCTCAA--------A--------AAC--A-T-------CAA--A-TT-TA-T--T---------G---AT-----G-AG------AG-C------A---------A---A---A----A----T---T--------------G-G------T----G-A-----G-AG--CA-------AT-----A---A--T----T-------G---A-T---T--------TG--T-----T-----G--TACA-----A--A---TCAtcacttctaacattgcgtgcaatatcaattactgcccgcaataaatcaattcattctcgcattacttaggtgagaagagcgataattgatt
gi|13 : G-A--GCG--TCATA-CCA--AT--T---ATTGAAGACACGAATTCAATC--A-TTGCGCGCAA--TAAA--TAATGCA-CAC-A-TCAT-------------A-TCA---ATC---A--------------------TTGCTCTC--------A---------------T-------CAG--T-TG-AA-T--T---------A---TT-----G-CG------CA-C------A-T-------------------------T---T--------------G-A------T----G-A-----G-AG--CA-------GT-----A---T--T----T-------G---A-T---
gi|6 : g--GCA--TCAAA-ATA--AT--T---ATTG------C---TCTCATC--AATGAA-----A--TTGA--T---GTG-CGC-A-TCAA---------------T-----ATT---CC---A------T----TA--CTGCT---------------------GCGCA-A-------TAA--T-TA-AA-T--TATAATGCATG---ATTTACAG-CG------CA-T------A-TT------A---A---TTAA-G----T---C--------------G-A------T----G-A-----G-TG--CA-------AT-----AGCAA--T----T-------G---A-T---T--------TG--A-----T-----G--CTCG-----C--A---TCAA---------TTC-A---ACT
gi|2 : ttcaaaagaataaacaaagagatcgagctccaaattaaattttgcgagcaataatttcactacaatggtgtgagcattaaaatttatAA-TTA--AT------ATTG------C---TCTCCTC--AATTGA-----A--CTAA--T---GCG-TGC-A-TCAA-------------A-TC----ATT---------------T---TTA----GCT----------------------CTCA-T-------TGC--T-TG-AA-T--T---------G---ATTTGA-G-CAGTGATCCA-C------A--T------A---A-----------------T--------------G-A------T----A-A-----T-AT--TA-------AT------------T----T-------A---G-T---T--------CA--A-----------G--TTCG-----C--G---TTGA---------TTC-A---ATTATT-GCTC---GC-----ATT-----A-------C----TC---A-A-TTAAT-G--CG--CG--------CA---T----------------TTAATGAAGA--GGATAATTgt
gi|7 : ctcattcattcaattaatgtgtataataattaaataattgctcttttcaattgaattaatgatatttggagatatcttcaaccgatccacaattggaccaatgctctctttaacaaaattaatgcacacatcaatcccttgcacaaaagcgttgtaaatgatacaagatattttaatattttatcatttataccaagctccaaattaaATC--AACTTC-----AATTGAA--G---AGA-AAC-A-T--A-------------A-TTA---ATTT--AC---AC----GT---GTACATTAAT-TC--------A--------G--TTA-TGATGAGACAA--T----AA-T--T---------G---AT-----T-TA-------A-C------G-TT------G---A---A----A----T---T--------------G-A------T----G-A-----G--G--CA-------AT-----A---A--T----------------A-T---T--------TG--A-----TT----G--TACA-----C--A---T-AA---------TTC-A---GTTGATTGAGA----C-----AAT-----A-------A----TT---G-A-TT--T----T---TG--------TA---------------C---ATTAATTCAGT--TGA-----GAGAGC-AAT-ATTGATTTa
gi|5 : cataattgaaataaatgcgcgcat-----A--TTAA--T---GCA-CGC-T-TCGA-------------A-TTA---AT---------------A------A--TCGCTTTC--------A---------------T-------CGG--T-TT-AG-T--T---------A---AT-----G-CA------CG-C------A-TT------C---A---TTGCTG----T---CATTGATTCTCTATGG-A------T----G-A-----G-AG--CA-------AG-----A---A--TG---T-------G---A-T---T--------TG--A-----T-----G--CGCA-----C--A---TCAA---------CTG-A---ATTAAT-GAAA---GC-----AAT-----A-------A----TT---G-A-AT--T-GAAC---CGCGCGCAAATA---T---------T-CAA-ATTATTTCACT--T--TAA-TAAG
gi|4 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaataatgga-----A--TTAA--T---GCA-C-C-T-TCGA-------------A-TTA---AT---------------A------A--TCGCTTT---------------------TCA-T-------CGG--T-TT-AG-T--T---------A---AT-----G-CA------CG-C------A-TT------C---A---TTGCTG----T---CATTATTCTCTATG-G-A------T----G-A-----G-AG--CA-------AG-----A---A--TG---T-------G---A-T---T--------TG--A-----T-----G--CGCA-----C--A---TCAA---------CTG-A---ATTAAT-GAAA---GCAATA-ATG-----A-------A----TT---G-A-AC--C-G--C---TGCGCAAA--TA---T---------T-TCAAATTATTTCACT--T--TAA-TAAGtagagaggcgc
gi|3 : caaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaataatggaCAC-------------A-TCA---A-----AT---AA----AT---TT---TTGCTCTC--------A---------------T-------CTA--T-TGGAA-T--T---------G---AT-----G-CG------CG-C------A-TC------A---A---C----G--------T--------------G-G------T----G-A-----A------A-------AT-----A-----------------------------T--------TG--C-----T--------TGCA--------A-----AA---------TTT-A---ATT--T-G-GA---GCTTGGTATG-----A-------A-----T---G-A-TT--C-G--A---TG---------A---TC--------T-C---TTTAATTCAAC--TGtagagaggcg
gi|22 : ttctttaaaagaatagatgcgcgcattatttccttatacataatcattgtaactaatttaagatatctt-------------A-TCA---ATT---CC---A------T----TA--TTGC----------------------ACGCA-A-------TAA--T-TG-AA-T--T---------C---AA-----G-CG------CG-C------A-AG------A---AC--T----GAA--T---T--------------G-A------T----G-A-----A-AA--CA-------AT-----A---C--T----T-------A---A-T---T--------TG--A-----T-----cgcatcacttctaacattgcgtgcaatatcaattactgcccgcaataaatcaattcattctcgcattacttaggtgagaagagcgataattgatt
gi|9 : t-------------A-TCA---AAT---TC---AA----GT----TA--TTGCTCTT-------------------TTCA----------AT--T-TG-AA-T--T---------A---AT-----G-CG------CG-T------AATT------A---A----------------------------------------------------------------------------A---A--T----T-------A---T-T---T--------T------------------TGCT-----CTAA---TTAA---------TTG-A---ATTGAA-GAGA---GG-----ATT-----ACT-----AGTACTT---G-ATTT--T-G--A---AG--------CA---C---------A-T---ATCAATTCAATCACGGTAATT
gi|13 : aaattaaatttgcgagcaataatttcaccaccttaaatgcgcggcatcagttgaattaataaaacC---AA----AT-----A--CTGCTCTC--------A---------------T-------CAA---------------------------AT-----G-TG------CG-C------A-AT------A---A---TTCA-A----C---T--------------G-A------T----G-A-----G-AG--CA-------AT-----G---A--T----T-------G---A-T---A--------TG--A-----T-----G--TGTG-----C--A---TTAT---------TT------AT---T-GCGC---GC-----AAT-----G-------A----TT---GAA-TT--C-G------TG--------TC---T---------T-C---AATAATTa
gi|6 : ggagcgtcataccA----AT----TA--TTGCTCTC--------A---------------T-------CAA--T-GA-AA-T--T---------G---AT-----G-TG------CG-C------A-TC------A---A---T----A----T---T--------------CCA------T----T-ACTGCTG-CG--CA-------AT-----A---A--T----T-------A---AAT---TATAATGCATG--A-----TTTACAG--CGCA-----T--A---TTAA---------TTA-A---GTCGAT-GAGT---GC-----AATAGC--A-------A----TT---G-A-TT--T-G--A---TG--------CT---C---------G-C---ATCAATTCAat
gi|10 : ttcaaaagaataaacaaagagatcgagctccaaattaaattttgcgagcaataatttcactacaatggtgtgagcattaaaatttatagtA----AT---G-A--TTGCTCTC---------------------C--T-------CAG--T-TG-AA-C--T---------A---AT-----G-TG------CG-C------A-AT------A---A---T----attttgatgcgt
gi|16 : ataaatgaGCTCTC--------A--------TAAT-A-T------------T-TG-AA-T--T---------A---AT-----G-CG------GA-C------A-TT------A---A---T----C----CAAAT--------------G-A------A----G-A-----G-GGTATA-------AT-----G---A--T----T-------A---A-T---T--------TG--A-----A-----GCATGCA--------A---TTAC---------T-------AGTAAT----------------TC-----A-------A----TT---G----T--T-G--C---TC--------CA-------------------ATTAATTCAGT--TGATcaattcctgtgcgcattgattaaatgcgattcattgaaaaggaacaatacgtgatcatcgaatccgcagaatagtgaataaaatcgtcaatgcaatattaaatacgtacaacaaaattgaagata
gi|11 : TC--------A--------AACT-G-T-------TAA--A-TG-GA-T--C---------G---TT-----G-CG------CG-C------A-TT------A---A---T----GTCAAT---T--------------G-A------T----G-A-----A-CG--CA-------AT-----G---C--C----T-------A---A-T---C--------AGACA-----T-----G--CGCG-----C--A---TGAG---------TT--A----------GAGAGCCGC-----AAT-----A-------A----TT---G-ggc
gi|12 : cttcaataatacaatatcaataatttgatttgacgtgcgcaTCA-T-------CAG--T-CACAA-C--T---------G---AA-----G-CA------CA-C------A-TTTATTTCA---A---T----A----C---T--------------G-C------TC---A-A-----A-AA--CA-------TC-----A---AATT----T-------A---------T--------TG--A-----T-----G--AGAG-----C--A-----AA-------------A---ATTGGT-GAGA---GC-----AAT-----A-------A----TT---G-A-TT--T-G--T---TG--------TA---
gi|21 : tgtgcatcacattatttattgttgCA-G-------CAG--T-TG-AA-T--T---------G---AT-----G-CG------CG-C------A-CC------A---G---T----G----T---T--------------GTAAAATATT----G-C-----G-CG--CA-------A------A---A--TC---T-------A---A-T---T--------TG--A-----caaatca
gi|15 : gtcatttataccgagtcA-T-------TAC--T-TG-AA-A--T---------G---AT-----G-CA------CG-C------A-TT------A---ATTCT----G----C---T--------------G-A------T----G-C-----A-TG--CATCGAAATAT-----A---A--T----C-------A---------T--------TA--A-----T----------CG-----C--A---TCTA---------TTC-A---ATTGAT-Gc
gi|14 : tccaccacttcgatgtgca--T-TG-AT-T--T---------G---AT-----G-TG------CT-C------A-TT-------------------------------------------G-A------T----G-A-----G-AG--CA-------TT-----G---A--T----T-------G---A-T---T--------TG--A-----T-----G--TGGT-----C--A---TCAA---------TTC-A---ATTATT-GCTC---TC-----ATC-----A-------A----TT---T-A-TT--T-G--A---CG--------AA---C---------T-T---ACCAATttgcacacattgaatcaattat
gi|20 : gagcaataata-TG-AT-T--T---------G---AT-----G-C-------CG-C------A-TT------A---A---TTCA-A----T---T--------------A-A------T----G-T-----G-AG--CA-------AT-----------------T-------C---A-T---T--------TA--A-----T-----A--TAAG-----A--A---TTAA---------TTC-A---ATTggtgcttgtaaaatca
gi|10 : gtaataagagcaaaaac-TG-AA-T--T---------A---TT-----G-CG------CA-C------A-TT------A---G---TTCA-A----C---T--------------G-A------G----G-A-----G-AG--CA-------AT-----C---A--T----T-------C---A-A---T--------TC--C-----T-----G--TGCG-----C--A---TTGA---------TTA-A---AT
gi|2 : ataaaG-GA-T--T---------G---AT-----G-TG------TG-C------A-TT------A---A---TTTT-G----T---T--------------A-A------A----G-A-----G-AG--CA-------TTGGTCCA---A--T----T-------GTGGA-TCGGT--------TG--AAGATAT-----C--TCCAAATATC--A---TTAA---------TTC-A---ATTGAA-AAGA---GCA----ATT-----A-------T----TT---A-A--T--T-A--T---TA--------TA---C---------A-C---ATTAATTgcgattcattgaaaaggaacaatacgtgatcatcgaatccgcagaatagtgaataaaatcgtcaatgcaatattaaatacgtacaacaaaattgaagata
gi|24 : ctcattcattcG-AT-T--T---------G---AT-----G-CG------CG-C------A-TA------A---AGC-T----A----T---T--------------G-A------T----G-A-----G-AG--CA-------AT-----A---cttgcacaaaagcgttgtaaatgatacaagatattttaatattttatcatttataccaagctccaaattaaaattatcctcttcattaaatgcgcgcattaattgagtaatgcgagcaataattgaatcaacgcgaacttgaactaaattaatattatcattatgtggatcactgctcaaatcaattcaagcaatgagagctaaaaatgatttgatgcacgcattagttcaattgaggagagcaatattaatta
gi|19 : aactcaatcaatgagagcaatataata-AA-T--T---------G---AT-----A-CA------CA-A------A-TC------T---A---T----ACAA-T---T--------------G-A------T----G-A-----G-AG--TA-------AT-----A---A--T----T--------------------------TG--A-----T-----G--CACA-----C--A---TTAA---------TTC-A---ATTcatgtaa
gi|3 : -T--T---------G---AT-----G-CG------CG-C------A-TC------A---A---TTCCAA----T---A--------------G-A------T----G-A-----G-AG--CA-------AA-----A---A--T----T-------T---A-T---T--------TG--A-----T-----G--TGCG-----C--A---TCAC---------TTC-tcatatatgttactctcatcaattaaatcgat
gi|8 : ttctttaaaagaatagatgcgcgcattatttccttatacataatcattgtaactaatttaagatatcttcagttgaattaaagagatcatcgaatcattcataccaagctccaaattaaattttgcaagcaatattttcaccacg-T--T---------A---AT-----G-TA------CAAT------A-TC------A---A---T----G----TAACT--------------G-A------C----G-A-----G-AG--CA-------TT-----T---A--C----T-------G---G-T---T--------TG--C-----T-----G--TGCG-----C--A---TT-A---------TTC-----ATTGAT-GAGT---GC-----AAT-----G-------G----TA---GAA-TT--T-A--A---TG--------CG---C---------G-C---ATC-ATTCAAT--T--TAA-----AAC-A-TAATCGATTTGTtaacattgcgtgcaatatcaattactgcccgcaataaatcaattcattctcgcattacttaggtgagaagagcgataattgatt
gi|30 : agatcattaaatttatttataccaagcaatatttccaccacattaatgcacacatcatttaagtagtgaattagtatgcact-T--T---------G---AT-----G-CG------CA-C------A-TC------A---AC--T----GAA--T---T--------------A-A------T----G-A-----A-AG--CA-------AT-----A---A--T----T-------G---A-A---T--------TG--AAC---C-----G--CGCG-----C--A---c
gi|17 : tA------CA--------A-TT------G---A--------A----T---T--------------G-A------T----A-A-----G-AG--CA-------AT-----A---A--TAAATT-------ATTTA-T---T--------TG--A-----T-----G--TGCG-----C--A---TCAG---------TTC-A---ATT
gi|6 : aatatttccacca------CA-A------A-TT------A---A---A----T----T---T-----------------------T----G-C-----G-AG--CA-------AT-----A---A--T----TTCACTACA---A-T-------------G--G-----T-----G--TGAG-----C--A---TTAAAATTTATAGTTG-A---ATTGAT-GCGA---GC-----ATC-----A-------A----AT---C-A-AT--T-G--CTATTG--------CA---C---------T-C---ATCGACTTAAT--TAATAacagtcatgtattatattgcgcgcaaaagtcaa
gi|3 : ttcaaaagaataaacaaagagatcgagctc------CA-A------A-TT------A---A---A----T----T---T-----------------------T----G-C-----A-AG--CA-------AT-----A---T--T----TTCACC--A---C-G---T--------TG--A-----T-----G--CGCG-----C--A---TCAA---------TTCCA---ATAGAT-GAGA---GC-----AAA-----A-------A----TT---T-A-TT--T-G--A---TG--------TG---C---------G-C---ATCACTTCtgcgctgtaaatcatgcattataatttaattattgcgcagcagtaatggaatattgatgcgcacatcaatttcattgatgagagcaataattattttgatgcgt
gi|19 : ttctttaaaagaatagatgcgcgcattatttccttatacataatcattgtaactaatttaagatatcttcagttgaattaaagagatcatcgaatcattcataccaagctc-TT------A---A---T-------------T--------------G-A------T----G-A-----G-AG--TA-------AC-----ATATA--T----G-------A---A-A---T--------TG--A-----T-----A--CACA-----A--A---TCTA---------TAC-A---ATTGAT-GAGA---G--------T-----A-------A-----T---A-A-TT--T-G--A---TG--------CA---C---------A-C---ATTAATTCAAT--Ttaacattgcgtgcaatatcaattactgcccgcaataaatcaattcattctcgcattacttaggtgagaagagcgataattgatt
gi|25 : -TT------A---A---TTCA-G----T---T--------------A-A------A----G-A-----G-AG--CA-------AT-----A---A--T----T--------------------------TA--A-----C-----C--CGCG-----C--A---TTAA---------C-C-A---ATTAAA-GAGA---GC-----AAT-----A-------A----TT---G-A-TT--atcgat
gi|26 : -TT------A---A---TTCA-A----T---T--------------A-C------T----G-A-----G-AG--CA-------AA-----A---G--T----T-------A---C-T---T--------T---A-----T-----G--CGTG-----C--A---TTAA---------TTG-A---ATTGAA-GAGG---GC-----A
gi|14 : ----T---T--------------G-A------T----G-A-----G-AG--CA-------AT-----A---A--T----T-------G---A-A---T--------TG--A-----T-----G--ACCA-----C--A---TCAA---------ATC-A---ATCAAT-Gagat
gi|20 : gagcaataatattgatttgatgtgctcattgatgagag---T--------------A-A------T----A-A-----G-AG--CA-------AA-----A---A--C----T-------G---A-T---T--------TG--A-----T-----G--C-CG-----C--A---TTAA---------TTC-A---ATTAAT-GTGA---GC-------------A-------A----TT---C-A-TT--T-A--A---TA--------TA---A---------G-A---ATTAATTCAAT--Ttttatttgacgaacttaccaatggtgcttgtaaaatca
gi|24 : g-A------T----G-A-----G-AG--CA-------AT-----ATA-A--T----A-------G---A-T---T--------TG--A-----T-----G--CGCG-----C--A----TAA---------AGC-T---ATTGAT-GAGA---GC-----AAT-----A-------
gi|14 : aactcaatca-----G-AG--CA-------AT-----A---A--TAT--T-------G---A-T---T--------TG--A-----T-----G--TGC---------------------------TC-A----TTGAT-GAGA---GC-----ATT-----G-------A----TT---G-A-TT--T-G--A---TG--------TG---G---------T-C---ATCAATTCAAT--T----ATT----GC-TCTCATCAATTTATTTcatgtaa
gi|22 : G--CA-------AT-----A---A--T----TG------A---A-T---T--------CA--A-----------G--CGCG-----C--A---AGAA---------CTG-A---ATTGAT-GAAA---AC-----AAT-----A-------C----TT---A-A-TT--T-G--gacgaacttaccaatggtgcttgtaaaatca
gi|10 : tatcaattccattattgcac-------AT-----A---A--A----T-------G---A-A---T--------TA--T-----T-----G--CGCA-----C--A---TTAG---------TTC-A---ACTGAG-GAGA---GC-----AAT-----C-------A----TT---C-A-AT--T-C--C---TG--------TG---C---------G-C---ATTGATTat
gi|30 : -T---T--------TG--A-----T-----G--CGCA-----C--A---TCAA---------CTG-A---ATTAAT-GAAA---GC-----AAT-----A-------A----TT---G-A-AT--T-G--aaatgcgattcattgaaaaggaacaatacgtgatcatcgaatccgcagaatagtgaataaaatcgtcaatgcaatattaaatacgtacaacaaaattgaagata
gi|29 : -T---T--------TG--A-----T-----G--TGCG-----C--A---TTAA---------TTG-A---ACTGAC-GGGA---AC-----AGT-----A-------A-----T---G-A--T--T-G------TG--------TAGGTC---------T-C---ATTAaaccgcgcgca
gi|15 : -T---T--------CG--A-----T-----G--TGCA-----C--A---TCAA---------TTG-A---ATAGAT-GCGA---TT-----AAT-----G-------A----TT---ATA-TT--TCG--A---TG--------CA---T---------G-C---ATCAG--CAG-------AATTAA
gi|2 : tccaccac---T--------TG--A-----T-----G--TGTG-----C--A---TTAA---------TTT-T---GTTAAA-GAGA---GC-----ATTGGTCCA-------A----TTGTGG-A-TC--G-G--T---TGAAGA----TA---TCTCCAAATAT-C---ATTAATTCAAT--TG--AA--AAGAGCAATTATTTAA-TTATTtgcgtgcatcatttcaagtaatttgcacacattgaatcaattat
gi|16 : ctcattcattcaattaatgtgtat---T--------TA--A-----T-----G--TCCG-----C--A---TTAA---------TTC-AAATATT-AT-GAGA---GC-----tcccttgcacaaaagcgttgtaaatgatacaagatattttaatattttatcatttataccaagctccaaattaaaattatcctcttcattaaatgcgcgcattaattgagtaatgcgagcaataattgaatcaacgcgaacttgaactaaattaatattatcattatgtggatcactgctcaaatcaattcaagcaatgagagctaaaaatgatttgatgcacgcattagttcaattgaggagagcaatattaatta
gi|13 : --A-----T-----G--TGCG-----C--A---ATAA---------TTC-A---ACTGAT-GAGA---GC-----AAT-----G-------A----TT---G-A-TA--T-G--A---TG--------TG---T---------G-C---ATTATTTtccaaatgaagagggtataatgattaatttgaagcatgcaattactagtaattcaattgttgctccaattaattcagttgatggc
gi|14 : ggagcgtcataccaattattgaagacacgaattcaatcattgcgcgcaat-----C--G---TCAA---------ATA-A---ATTGAT-GAGA---GC-----AAT-----A-------A----TT---G-A-AT--T-G--A---TG---------A---C---------CAC---ATCAAATCAAT--ttgatgagagcagtatttgat
gi|25 : gagcaataatattgatttgatgtgctcattgatgagagcattg---TTAA---------TTC-A---GTTAAA-GAGA---GC-----AAT-----A-------A----TTT--A-A-CC--C-G--C----G-------------------------C---ATTAAC-CAAT--TA--AA--GAGAGC-AATAATTGATTaacttaccaatggtgcttgtaaaatca
gi|17 : AA---------TTG-A---ATTGAT-AAGA---GC-----AAT-----AATAAATTA----TT---T-A-TT--T-G--A---TG--------TG---C---------G-C---ATCAGTTCAAT--T
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTATAATTATTTAGATAGGCCGATCTCCAATATTGAATGAAAGAGATTACCAAGCTCCAAATAAAATTTCGCGAGCACAAATTTATGCGCCCATCAATT
Unaligned ( gi|23 ): ATACCAAATTCCAAAAGTTTTGCGAGCAATAACTCCACCACATACGCCGAAAACATCGACTGAATTGATGAGAACAA
Unaligned ( gi|27 ): ATGCAAAATCATTGTAAATATTCAACGATATCTTTAACTGAATTAAACAGATCATCAGA
Unaligned ( gi|28 ): AATTTAATACGCGCATCGACTGAATTAATAAAAGCACATTTAAGTTGAATTAACTGTGC
Unaligned ( gi|31 ): TTAAATTTTGCGCACATTTTGCAACACTTGTGTCGCGCAACAATACA
Alignments
lowQualScore : 1 22222222 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 11111 9999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5555555555555555555555555555555555 11111111111 111 22222222
lowQualScore : 2 1 1 0 1 7 0 1 77777777 777 55 3 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 77 0 44444 55 2 4 99 2 999 5555555555555555555555555555555555555555555555555 11 555555 4 55 5555 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 4 33 2 666 55 1 8888888888 1 22 444 2 0 22 444 4 2 111 333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 2 2 77777 2 33 33 2 666666 4444444444444444444444444444444444 444 3 33 2 22 2 55 0 0 4444 9999999999 2 88888888 2 33333333333 555 3 222 2 5 5 88888888 1
lowQualScore : . . . . . . . . ........ ... .. . ............................................................... ...... .. . ..... .. . . .. . ... ................................................. .. ...... . .. .... ............................................................ . . .. . ... .. . .......... . .. ... . . .. ... . . ... ... .............................................................. . . . ..... . .. .. . ...... .................................. ... . .. . .. . .. . . .... .......... . ........ . ........... ... . ... . . . ........ .
lowQualScore : 5 0 0 7 0 3 0 2 00000000 555 22 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 666666 66 9 33333 00 2 6 22 8 111 7777777777777777777777777777777777777777777777777 11 555555 0 55 5555 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 4 77 1 777 00 6 5555555555 7 44 888 9 1 33 555 5 1 222 555 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 9 1 44444 1 11 11 4 888888 8888888888888888888888888888888888 444 1 22 2 99 3 00 3 3 5555 7777777777 2 99999999 8 66666666666 000 3 555 5 7 7 22222222 0
consensus : NCTNATCCGTTGAATTAATGTGTGTAATAATT-AATT---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGC------GCG----CA--TCA-----------A--AA---AT--AATT------A-ATT----ATTGC-T----TCAATTCAA-----TTGNTGCGCAC--ATCGAATCATT--------GCTCT-TC--NC--ATTG--AATGT-CGCGA---ATT-AGCAATATTTCCACCA--C-ACTT-ATGCGC--GCA-T--CA-----------A--AT--ATAATAT-TG-CTC----T-CA-----T-C------------A-AT-T-GA-ATTNATGCGCGCA--TCAAAT-CA-------A-T--T---ATTGCTCTCATCA--ATT-GAATTAATGCGCG-CAT-CAA---AT------CA---ATTAC--A------A----AT---TATT---GCTCTCA---TC--------ATCAGTT-G-----AA-T--TGAT--G-CGCGCATT------AA------TT---G----T---T-------------GAT---GAGAG--CA-AT--AAT--TGATTTGA----TGCGCG----------C-AT------TAATTCAATTGATGAGAGC----A----A-T---AATTGATTTGA-TGTG---CGCATTAATTC-A-ATT-G-AATTAAGAGCANTAATCGATTTATTT
Reference ( family-2356 ) : NCTCATTCATTNANTTGATGTGTGTNATAATT-AATT---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGC------GCG----CA--TCA-----------A--AA---AC--GATT------A-ATT----ATTGC-T----TCNNTTTAA-----TTGTNGTACGC--ATCAAATTATT--------GCTCTCTC--CC--ATTG--AATGT-CACGA---ATTCAGTAATATTTCCACCA--T-ANTT-ATGCGC--GCA-T--CA-----------A--ATC-ATAATAT-TG-CTC----T-CA-----T-C------------A-AT-T-GA-ATTNNTGCGCGCA--TCAAAT-CA-------A-T--T---ATTGCTCTCATCA--ATT-GNATNAATGCGCG-CNT-CAA---AT------CA---ATTAC--A------A----AT---TATT---GCTCTCA---TC--------ATCAGTT-G-----AA-T--TGAT--G-CGCGCATT------AA------T----G----T---T-------------GAT---GAGAG--CA-AT--AAT--TGATTTGA----TGCGCG----------C-AT------TAATTCAATTGATGAGAGC----A----A-T---AATTGATTTGA-TGTA---CGCATTAATTC-A-ATT-GTAATTAAGAGCANTAATCGATTTATTT
gi|1 : CTGATCCGCTGAATTGATGGGTGTTATAATTTAACT---G-T--TGC---TCTCTCCAAATGAACTGGTG---------A----CA--TCA-----------A--AA---ACTGAATTG-----A-ATT----ATTGC-T----TCACTTTAA-----TTGTAGCACACTGATTGAATTATT--------GCTCTTTTT-CC--ATTG--AATGT-CATTA---ATTCAGTAATATTTCCACCA--C-ACTT-ATGCAC--CCA-T--TA-----------A--ATCTATAATAC-TG-TTC----T-CA-----T-C------------A-AT-T-GA-ATCTTTGTGAGCA--TCAAAT-CA-------A-T--T---ATTGCTTTCATCA--ACT-GCATAAATGTAAA-CTT-CAA---AT------CA---ATTAC--A------A----ATG--TATT---GCTCTCAGACTC--------ATCAGTT-G-----AA-T--TGAT--G-CACACATT------AA------T----G----T---T-------------GAT---GAGAG--CA-AT--AAT--TAATTTGA----TGTGCA----------C-AT------TAATTCAATTGATGAGAGC----A----T-T---AATTGATTTGC-TGTA---TTCATTAATTC-A-GTTGGTAATTAAGAGCATTAATTGATTTATTT
gi|10 : g-AT--AAA--TGAATTAT----TGCGCA----------C-AT------TAGTTCAACTGAGGAGAGC----A----A-T---CATTCAATTCC-TGTG---CGCATTGATTA-A-ATtg
gi|10 : C-T----TCAATTT--------TGTTGTACGT--ATTTAAT-ATT--------GC------------ATTG--A-------CGA---TTT------TATT--CACTA--T----T-CTGCG---GAT-T--CG-----------ATGATC-ACG-TAT-TG-TTCCTTTT-CAATGAAT-C------------GCAT-T-TA-ATCAATGCGCACA--GGAATT-GA-------A-T--G---ATTGCTCTCCTCA--GTT-GAACTAATGTGCG-CAA-TAA---TT------CA---TTTAgcgattcattgaaaaggaacaatacgtgatcatcgaatccgcagaatagtgaataaaatcgtcaatgcaatattaaatacgtacaacaaaattgaagata
gi|11 : a-ACTC-ATGCGC--GCA-TGTCT-----------G--ATT-A-GGCAT-TG-CGT----T-CA-----T-C------------A-AT-T-GACATTAATGCGCGCA--AC-GAT-CC-------A-T-------------TTAACA--GT-----TTGATGCGCA-CGT-CAA---AT---------------C--A------A----AT---TATT---GATATTG---T---------ATTA-TT-G-----AA-ata
gi|11 : c-AATT---A-T--TGCGGCTCTCT-------AACTCATGC------GCG----CATGTC---------------------T--GATT------A-GGC----ATTGCGT----TCA--TCAA-----TTGtagagagccgcaataattg
gi|12 : cttcaataatacaatatcaataatttgatttgacgtgcgcatcaaactgttaaatggatcgttgcgcgcattaatgt---AT------CAC--ATTAT---------------T---TATT---GTT---G---TC--------ATCAGTC-AC----AA-C--TGAA--G-CACACATTTATTTCAA------T----A----C---T-------------GCT---CAAAA--AC-ATCAAAT--TTATT-GA----TGAGAG----------C-A--------AA---AATTGGTGAGAGC----A----A-T---AATTGATTTGT-TGTA---Cg
gi|13 : tgtgcGCG--TCATAC-CA-------A-T--T---ATTGAAGACACGA--ATT-CAATCATTGCGCG-CAA-TAA---ATAATGCACAC--ATCAT--ATC----A----AT---CATT---GCTCTCA---T-----------CAGTT-G-----AA-T--TATT--G-CGCACAT-------------------------T---T-------------GAT---GAGAG--CA-GT--ATT--TGATaaatca
gi|14 : ggaGAG--CA-AT--AATATTGATTTGA----TGTGC-------------------------TCA-TTGATGAGAGC----A----T-T---GATTGATTTGA-TGTG---GTCATCAATTC-A-ATT----ATT----GCTCTCATCAATTTATTT
gi|14 : -ATTGGTAAGTTCG--TCAAAT-AA-------A-T--T---GATGAGAGCAATA--ATT-GAATTGATGACCA-CAT-CAA---AT------CA---AT--C--A------A------------T---GCTCTCA---TC--------Agacgaacttaccaatggtgcttgtaaaatca
gi|15 : gagcaataatattgatttgatgtgctcatATTGATTCAATGTGTGCAA--ATT-ACTTGAAA-TGATGC---ACGCATTAATTCTGCTGATGC------ATG----CA--TCG-----------A--AAT--AT--AATC------A-TTA----ATCGC-A----TCTATTCAA-----TTGATGTGCAC--ATCGAAggtgcttgtaaaatca
gi|16 : tccaccac---GCTCTCA---TA--------AT-ATTT-G-----AA-T--TAAT--G-CGGACATT------AA------T----C----CAAAT-------------GAA---GAGGGTATA-AT--GAT--TAATTTGA----AGCATG----------CAATTACTAGTAATTCAATTGTTGCT-CC----A----ATT---AATTCAGTTGA-TGtat
gi|17 : AATTGAACTGATGC------GCA----CA--TCA-----------AATAA---AT--AATT------T-ATT----ATTGC-TCTTATCAATTCAA-----TTGTTGgc
gi|17 : aatatttccac-ACTT-TTGCGC--GCA--------------------AT--ATAATACATGACTG----T-----------------------A-AT-T-GA-ACTGATGCGCACA--TCAAAT-AAATAATTTA-T--T---ATTGCTCTTATCA--ATT-CAATacagtcatgtattatattgcgcgcaaaagtcaa
gi|19 : aatatttccaccaaca------------A-AT-T-GA-ATTAATGTGTGCA--TCAAAT---------------T---ATTACTCTCATCA--ATT-GTATAGATTTGTG-T---------AT------CA---ATTTC--A------T----ATA--TGTT---ACTC------TC--------ATCAATT-A-----AA-T--CGAT--caa
gi|2 : CTCATTCATTCAATTAATGTGTATAATAATT-AAAT---AAT--TGC---TCTTTTCAATTGAATTAATGATATTTGGAGATATCT--TCA-----------ACCGATCCAC--AATT------GGACC----AATGC-T-----CTCTTTAACAAAATTAATGCACAC--ATCAATCCCTT--------GCACAAAA--GC--GTTGTAAATGA-TACAAGATATTT--TAATATTTT-ATCA--T---TT-ATAC-CAAGCT-C--CA-----------A--AT---TAAAAT-TA-TCC----T-CT-----T-C------------A--T-T-AA-AT----GCGCGCA--TTAA-T-TG-------A-G--T---AATGCGAGCAATA--ATT-GAATCAACGCGAA-CTT-GAA---CT------AA---ATTA---A------T----AT---TAT---------CA---TT--------AT--GT--G-----GA-T--CACT--G-CTCAAATC------AA------TTCAAG----C-----------------AAT---GAGAG--CT-AA--AAA--TGATTTGA----TGCACG----------C-AT------TAGTTCAATTGAGGAGAGC----A----A-T----ATTAATT
gi|20 : ---T-------------AAT---AAGAG--CA-AA--AAC--TGATTTGA----TGC-CG----------C-AT------TAATTCAATTAATGTGAGC---------------AATTCATTTAA-TATA---AGAATTAATTC-A-ATT-a
gi|21 : gC--------AGCAGTT-G-----AA-T--TGAT--G-CGCGCACC------AG------T----G----T---T-------------G-T---AA------A-AT---AT--------------TGCGCG----------C-A-------AAATCTAATT--TGAGA
gi|22 : gtcatttataccgagA-T--CA-----------A--ATT-A-AGTAT-TG-TTT----T-CA-----T-C------------A-AT-T-CA-GTTCTTGCGCGCT--TGAATT-CA-------A-T--T---ATTGCGTGCAATA--ATG-GAATTGATc
gi|24 : tTAT-TG-CTC----T-CA-----T-C------------A-AT-A-GC--TTTATGCGCGCA--TCAAAT-CT-------A-TTAT---ATTGCTCTCATTG--ATT-GAGT
gi|25 : aTT------AA------TTCA-G----T---T-------------AAA---GAGAG--CA-AT--A------ATTTAA----CCCGCG----------C-AT------TAA-CCAATTAAAGAGAGC----A----A-T---AATTGATTcatgtaa
gi|26 : ATCT-TG-CCC----T-CT-----T-C------------A-AT-T-CA-ATTAATGCACGCA--TAAAGT--A-------A-C--T---TTTGCTCTCAGTA--ATT-GAATTAA
gi|28 : ATTTAA----TACGCG----------C-AT------CGACTGAATTAATAAAAGC----AC---A-TTTAAGTTGAATTAACTGTG---C
gi|29 : aTTTGA----TGTGCG----------C-AT------TAATTGAACTGACGGGAAC----A----G-T---AA-TGATT--G-TGTAGGTCTCATTA
gi|3 : TCTTTAAAAGAATAGATGC------GCG----CA--TTATTTCCTTATACA--TA---AT--CATTGTAACTA-ATTTAAGATATC-T----TCAGTTGAA-----TTAAAGAGATC--ATCGAATCATTCATACCAAGCTC---C--AA--ATTA--AATTT-TGCAA--------GCAATATTTTCACCA--C-GTTG-ATGCGC--GCA-T--CA--------------------------------------------------------------AT-TCCA-ATAGATGAGAGCA--AAAATT-TA-------T-T--T---GATGTGCGCATCA--CTT-CTAACATTGCGTG-CA---AT---AT------CA---ATTAC----------------------T---GCCCGCA-------------ATAAATC-------AA-T--TCAT--T-CTCGCATT------AC------TTA--G----G---T-------------GAG---AAGAG--CG-AT--AAT--TGATT
gi|3 : tA-----T-G------------A-AT-T-GA-TTTATTGCGGGCA--GTAATT-GA------------T---ATTGCACGCAATG--TTA-GAAGTGATGCGCA-CAT-CAA---AT------------------A------A----AT---TTTT---GCTCTCA---TCT-------AT---TG-G-----AA-T--TGAT--G-CGCGCATC------AA------C----G----T-----------------GGT---GAAA------AT--A-T--TGCTT------------G----------C-AA-------AATTTAATT--TG-GAGC----TTGGTA-T---GAATGATTCGA-TGAT---CTCTTTAATTC-A-ACT-G
gi|3 : ttctttaaaagaatagatgcgcgcattatttccttatacataatcattgtaactaatttaagatatcttAAT-CA-------A-T--T---ATCGCTCTTCTCA--CCT-AAGT-AATGCGAG-AAT-GAATTGAT------TT---ATTGC--GGGCAGTA----ATTGATATT---GCACGCA-------------AT--GTTAG-----AA-G--TGAT--G-CGCACATC------AAATAAATT----T----T---T-------------GCT---CTCAT--C---T--ATT--GGAATTGA----TGCGCG----------C-AT------CAAtctcgcattacttaggtgagaagagcgataattgatt
gi|3 : ttctttaaaagaatagatgcgcgcattatttccttatacataatcattgtaactaatttaagatatcttcagttgaattaaagagatcatcgaatcattcataccaagctccaaattaaattttgcaagcaatattttcaccacg--T-ATTTGATGTGC--GCA-T--CA-----------C--TTC--TAACAT-TG-C---------G-----TGC------------A-ATAT-CA-ATTACTGCCCGCA--ATAAAT-CA-------A-T--TC--ATT-CTCGCATTA--CTT-AGGTGA
gi|30 : ttctttaaaagaatagatgcgcgcattatttccttatacataatcattgtaactaatttaagatatcttcagttgaattaaagagatcatcgaatcattcataccaagctccaaattaaattttgcaagcaatattttcaccacgttgatgcgcgcatcaattccaatagatgagagcaaaaattTGCGCGCGGTTCAATT-CA-------A-T--T---ATTGCTTTCATTA--ATT-CAGTTGATGTGCG-CAT-CAA---Agaagagcgataattgatt
gi|4 : A--ATG-GAATTAATGCAC--CTT-CGA---AT------TA---AT-----------------A-----ATC---GCTTT-----TC--------ATCGGTT-T-----AG-T--TAAT--G-CACGCATT------CA------TTGCTG----T---CATTATTCTCTATGGAT---GAGAG--CA-AG--AATG-TGATTTGA----TGCGCA----------C-AT------CAACTGAATTAATGAAAGC----A----A-T---AA-TGAATTGA-
gi|4 : caaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaat--AAA--TAATTTGAAATATTTGCG----------C-AG------CGGTTCAATTCATTATTGCTTTCA----T-T---AATTCAGTTGA-TGTG---CGCATCAAATC-ACATT-accgctgcgcaaatatttcaaattatttcactttaataagtagagaggcg
gi|5 : caaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaataatggaattaatgcaccttcgaattaataatcgcttttcatcggtttagttaatgcacgcattcattgctgtcattattctctatggatgagagcaagT-T-GA-ATATTTGCGCGCGGTTCAATT-CA-------A-T--T---ATTGCTTTCATTA--ATT-CAGTTGATGTGCG-CAT-CAA---AT------C-------AC--------------AT---TCTT---GCTCTCA---TCCATAGAGAATCAA-T-GACAGCAA-T--GAAT--G-CGTGCATT------AA------CTAA-A----C---C-------------GAT---GAAAG--CG-AT--TAT--TAATTCGA----AGCGTG----------C-AT------TAATTCCATTcactttaataagtagagaggcg
gi|5 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaat------------A-ATGT-GA-TTTGATGCGCACA--TCAACT-GA-------A-T--T---AATGAAAGCAATA--ATT-GAATTGAACCGCG-CG--CAA---AT-----------ATT-C--A------A----AT---TATT---TCACTT----TA--------ATAAGTA-G-----A------GAG--G-CGCattatttcactttaataagtagagaggcgc
gi|6 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaataatggaattaatgcacgcttcgaattaataatcgctttcatcggtttagttaatgcacgcattcattgctgtcattgattctctatggatgagagcaag--ATTA--AATTT-TGCGA--------GCAATAATTTCACTA--C-AATG-GTGTGA--GCA-T--TA-----------A--A--------AT-T-----------TA-----T--------------A-GT-T-GA-ATTGATGCGAGCA--TCAAAT-CA-------A-T--TGCTATTGCACTCATCG--ACT-TAATTAATATGCG-CTG-TAA---AT------CATGCATTAT--A------ATTTAAT---TATT---GCGC--A---GC--------AGTAATG-G-----AA-TATTGAT--G-CGCACATC------AA------TTTC-A----T---T-------------GAT---GAGAG--CA-AT--AAT--TATTTTGA----TGCG
gi|7 : ttcaaaagaataaacaaagagatcgagctccaa--ATCAA--TATT--------GCTCTCTCAACTGAATT---AATGTACAAAA---ATCAATTATTGTCTCAATCAACTGAATT-ATGTGT--ACAAT--CA-----------A--AT--AT--TAT-TG-C-C----T-CA-----T-C------------A-AT-T------TCA-----ACG--TTAAAT-CA-------A-T--T---ATTG-TCTCATCATAACT-GAATTAATGTACA-CGTGTAA---AT------TA---ATTA--------------------TGTT---TCTCT----------------TCAATT-G-----AAGT--TGATATG-CGCGCATT------TA------T----t
gi|8 : cataattgaaAGCAATATTTCCACCA--C-ATTA-ATGCAC--ACA-T--CATTTAAGTAGTGA--AT---TAGTAT--G-CAC----TACAAA---T-CGATTATGTTTTAA-AT-T-GA-AT-GATGCGCGCA--TTAAATTCT-------A-C--C---ATTGCACTCATCA--AT--GAAT-AATGCGCA-CAG-CAA---AC------CA---GT-----A------A----A-------T---GCTC------TC--------GTCAGTT-A-----CA-T--TGAT--ATTGTACATT------AA------tt
gi|9 : agatcattaaatttatttatacca------------A-AT-T-AA-ATT--TGCGAGCA------AT--A-------A-T--T----------TCACCA--CCT----TAAATGCGCGGCAT-CAG---TT------GA---ATTAATAA------A----AC---AATT---AC---------C--------GTGA-TT-G-----AA-T--TGAT--A-TGTGCTTC------AA----------------------------------AAT---CA-AG--TA-CT--AGT--------AA----TCCTCT----------C-TT------CAATTCAATTAATTAGAGC----A----A-A---AATAATTTTAA-T-TACG-CGCATTAATTCAA-ATT-G-AA--AAGAGCAATAAc
gi|9 : aA--TCAAATTCA-------AGT--T---ATTGCTCTTTTCA--ATTTGAATTAATGCGCG-T------------------A---ATTA---A------A----AT---TATTTTTGCTCT-A-------------ATTAATT-G-----AA-T--TGAA--G-AGAGGATT------AC------T----AGTACT---T-------------GATTTTGA-AG--CACAT--A-T--CAATTCAA----T-CACGGTAATTGTTTT-AT------TAATTCAACTGATGcttgaatttgata
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTATAATTATTTAGATAGGCCGATCTCCAATATTGAATGAAAGAGATTACCAAGCTCCAAATAAAATTTCGCGAGCACAAATTTATGCGCCCATCAATT
Unaligned ( gi|23 ): ATACCAAATTCCAAAAGTTTTGCGAGCAATAACTCCACCACATACGCCGAAAACATCGACTGAATTGATGAGAACAA
Unaligned ( gi|27 ): ATGCAAAATCATTGTAAATATTCAACGATATCTTTAACTGAATTAAACAGATCATCAGA
Unaligned ( gi|31 ): TTAAATTTTGCGCACATTTTGCAACACTTGTGTCGCGCAACAATACA
Alignments
lowQualScore : 2222222222 111 111 999999999999999999999999999999999999 2222222222222 111111 2222222 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66666666666666666666666666666666666666666666666 5555555555555555555555555555555555555555 1111 33333333333333 1
lowQualScore : 1 0 333 8 0000000000 444 9999 3 111 22 555555555555555555555555555555555555 7777777777777 0 666666 5 1 0000000 11 3 11111111111111111111111111111111111111111111111111 5 1 11 2 66 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 1 2 22 2 66 0 4 333 666 55 66 33 0 2 0 9999 2 555555 11111111111111111111111111111111111111111111111 3 444 88888 33 33 2 11 6666666666666666666666666666666666666666 33 8888 33 2 5555 2 8888888 2 3 444 555 3 3 1 0000 4 0 5 11111111111111 55 5
lowQualScore : . . ... . .......... ... .... . ... .. .................................... ............. . ...... . . ....... .. . .................................................. . . .. . .. ........................................................................... . . . . .. . .. . . ... ... .. .. .. . . . .... . ...... ............................................... . ... ..... .. .. . .. ........................................ .. .... .. . .... . ....... . . ... ... . . . .... . . . .............. .. .
lowQualScore : 0 8 555 0 0000000000 000 7777 7 777 00 555555555555555555555555555555555555 5555555555555 3 222222 7 0 2222222 00 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111 7 4 55 1 99 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 7 1 7 55 4 55 7 4 777 999 22 22 22 4 1 1 1111 4 999999 33333333333333333333333333333333333333333333333 9 777 88888 44 77 9 11 3333333333333333333333333333333333333333 44 1111 44 5 3333 9 4444444 9 1 000 888 3 3 7 0000 4 2 7 55555555555555 00 2
consensus : NCTNATCCGTTGAATTAATGCGTGCAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACT---GATGCGCGCA-------T------------CAA--AAT----AT--AATT-----AATN----ATCGC-T----TCAATTCAATTG------ATGCGCAC--ATCGAATCATT--------GCTCTT-CG--NA------TTA--AATNTTGCGA---ATT--GCAATATT-TTCACCACACTNA--TGCG----C--GC--AT--CA----AAT---------TAA-TAT-TGCNCT-C------A--T--C------------A-AT-TGA-ATTGATG-CGCGCA--TCAAAT-C-AAT---TATTGCTCTCATCAATTGAATTAA-TGCGCGCAT--CAAA-T-CA---ATT--------ACA----AAT-TA--TTGCTCTCA---T-C--------ATCAG--TTG-----A--ATT--GATG-CGCGCATTAATT---G--------------T---TG----------------ATGAGAG--CAATAAT--TGATTTGA--T-GCG----CGC-AT------TAATTC-AATTGAT-GAGAGCA-A-T---AA-TTG-ATTTGA--TG-TGCGC-ATTAATTCAATTG--AATTAAGA---GCNTTCATCGATTTATTT
Reference ( family-2356 ) : NCTNATCCGTTGAATTAATGTGTGTAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACT---GATGCGCGCA-------T------------CAA--AA-----AT--AATT-----AATT----ATTGC-T----TCAATTCAATTG------NTGCGCAC--ATCGAATCATT--------GCTCTT-CN--CA------TTG--AATGTCGCGA---ATT-AGCAATATT-TCCACCACACTTA--TGCG----C--GC--AT--CA----AAT--A------TAA-TAT-TGCTCT-C------A--T--C------------A-AT-TGA-ATTNATG-CGCGCA--TCAAAT-C-AAT---TATTGCTCTCATCAATTGAATTAA-TGCGCGCAT--CAAA-T-CA---ATT--------ACA----AAT-TA--TTGCTCTCA---T-C--------ATCAG--TTG-----A--ATT--GATG-CGCGCATTAATT---G--------------T---TG----------------ATGAGAG--CAATAAT--TGATTTGA--T-GCG----CGC-AT------TAATTC-AATTGAT-GAGAGCA-A-T---AA-TTG-ATTTGA--TG-TGCGC-ATTAATTCAATTG--AATTAAGA---GCANTAATCGATTTATTT
gi|1 : CTGATCCGCTGAATTGATGGGTGTTATAATTTAAC-T---G-T--TGC---TCTCTCCAAATGAACT---GGTG---ACA-------T------------CAA--AA-----ACTGAATTG----AATT----ATTGC-T----TCACTTTAATTG------TAGCACACTGATTGAATTATT--------GCTCTT-TTTCCA------TTG--AATGTCATTA---ATTCAGTAATATT-TCCACCACACTTA--TGCA----C--CC--AT--TA----AATCTA------TAA-TAC-TGTTCT-C------A--T--C------------A-AT-TGA-ATCTTTG-TGAGCA--TCAAAT-C-AAT---TATTGCTTTCATCAACTGCATAAA-TGTAAACTT--CAAA-T-CA---ATT--------ACA----AATGTA--TTGCTCTCAGACT-C--------ATCAG--TTG-----A--ATT--GATG-CACACATTAAT----G--------------T---TG----------------ATGAGAG--CAATAAT--TAATTTGA--T-GTG----CAC-AT------TAATTC-AATTGAT-GAGAGCA-T-T---AA-TTG-ATTTGC--TG-TATTC-ATTAATTCAGTTGGTAATTAAGA---GCATTAATTGATTTATTT
gi|10 : gATAAA--TGAATTAT--T-GCG----CAC-AT------TAGTTC-AACTGAG-GAGAGCA-A-T---CA-TTC-AATTCC--TG-TGCGC-ATTGATTAAATtg
gi|10 : TT--------GTTGTA-CG--TA------TTT--AATATTGC-----ATT-GACGATTTTATTCACTA---TTC--TGCGGATTC--GATGAT--CA----CGT--A------T---TGT-TCCTTT-TCAATGAA--T--C------------GCAT-TTA-ATCAATG-CGCACA--GGAATT-G-AAT---GATTGCTCTCCTCAGTTGAACTAA-TGTGCGCAA--TAAT-T-CA---TTT--------Agcgattcattgaaaaggaacaatacgtgatcatcgaatccgcagaatagtgaataaaatcgtcaatgcaatattaaatacgtacaacaaaattgaagata
gi|11 : aACTCA--TGCG----C--GC--ATGTCT----GAT---------TAGGCAT-TGCGTT-C------A--T--C------------A-AT-TGACATTAATG-CGCGCA--AC-GAT-C-CAT-----------TTAACAGT----TTGA-TGCGCACGT--CAAA-T------------------CA----AAT-TA--TTGATATTG---T----------ATTA---TTG-----A--Aaattgaagata
gi|11 : c-AAT-T---A-T--TGCGGCTCTCT-------AACT---CATGCGCGCATG-----T------------C------------T--GATT-----AGGC----ATTGCGT----TCA--TCAATTGACATTAATGCGCGC--AACGATCCATT--------tagagagccgcaataattg
gi|12 : cttcaataatacaatatcaataatttgatttgacgtgcgcatcaaactgttaTGATT-TGTACA--ACAAAT-C-AAT---TATTGCTCTCACCAATT---TT---TGCTCTCAT--C-AA-T-AA---AT------------------T-TG--ATGTTTT-----T-G--------AGCAGTATTGA----A--ATA--AATG-TGTGCTTCAGTT---G--------------TGACTG----------------ATGACAA--CAATAAA--TAATGTGA--T-GCA----Cg
gi|13 : tT-C------A--TACC------------A-AT-T---ATTGAAGACACGAA--T----T-C-AAT---CATTGCGCGCA---AT--AAATAA-TGCACACAT--CATA-T-CA---ATC--------A--------------TTGCTCTCA---T------------CAG--TTG-----A--ATT--ATTG-CGCACAT-----------------------T---TG----------------ATGAGAG--CAGTATT--TGAT
gi|14 : ggagcgGAG--CAATAATATTGATTTGA--T-GTG----C---------------TC-A-TTGAT-GAGAGCA-T-T---GA-TTG-ATTTGA--TG-TGGTC-ATCAATTCAATT----ATT-------GCTCTCATCAATTTATTT
gi|15 : TTGATTCAATGTGTGCAA--ATT-ACT-TGAAA-TGATGC---ACGCATTAATTCTGCT---GATGCATGCA-------T------------CGA--AAT----AT--AATC-----ATTA----ATCGC-A----TCTATTCAATTG------ATGTGCAC--ATCGAAgacgaacttaccaatggtgcttgtaaaatca
gi|16 : tccaccacGCTCTCA---T-A--------AT-AT--TTG-----A--ATT--AATG-CGGACATTAATCCA-A--------------A---TG----------------AAGAGGGTATAATGAT--TAATTTGA--A-GCA----TGCAATTACTAGTAATTC-AATTGTT-GCT-CCA-ATT---AA-TTC-AGTTGA--TG-ttat
gi|17 : TGCGCGCAATA--T-AATAC---A-T--GAC---TGT----AATTGAACT---GATGCGCACA-------T------------CAAATAA-----AT--AATT-----TATT----ATTGC-TCTTATCAATTCAATTG------TTGgc
gi|19 : aatatttccac------------A-AT-TGA-ATTAATG-TGTGCA--TCAAAT---------TATTACTCTCATCAATTGTATAGA-TTTGTGT-------A-T-CA---ATT--------TCA----TATATG--TTACTC------T-C--------ATCAA--TTA-----A--ATC--GATaaagtcaa
gi|2 : CTCATTCATTCAATTAATGTGTATAATAATT-AAA-T---AAT--TGC---TCTTTTCAATTGAATTAATGATATTTGGAGATATCTT------------CAACCGATCC--AC--AATTGGACCAATG----CTCTC-T----TTAACAAAATTA------ATGCACAC--ATC-AATC-------------CCTTGCA--CAAAAGCGTTGTAAATGATACAAGATATT--TTAATATT-TT-ATCAT--TTA--TAC-----CAAGC--TC--CA----AAT---------TAA-AAT-TATCCT-C------T--T--C------------A--T-TAA-AT----G-CGCGCA--TTAA-T-T-GAG---TAATGCGAGCAATAATTGAATCAA-CGCGAACTT--GAAC-T-AA---ATT--------A-A----TAT-TA--T------CA---T-T--------AT--G--T-G-----G--ATC--ACTG-CTCAAATCAATTCAAG--------------C----A----------------ATGAGAG--CTAAAAA--TGATTTGA--T-GCA----CGC-AT------TAGTTC-AATTGAG-GAGAGCA-A-T----A-TTA-ATT
gi|20 : ---TA----------------ATAAGAG--CAAAAAC--TGATTTGA--T-GC-----CGC-AT------TAATTC-AATTAAT-GTGAGC--------AA-TTC-ATTTAA--TA-TAAGA-ATTAATTCAATTa
gi|21 : g-C--------AGCAG--TTG-----A--ATT--GATG-CGCGCACCAG-T---G--------------T---TG-----------------TAA------AAT-AT------------T-GCG----CGC-A-------AAATCT-AATT--T-GAGA
gi|22 : gtcatttataccgag--AT--CA----AAT---------TAAGTAT-TGTTTT-C------A--T--C------------A-AT-TCA-GTTCTTG-CGCGCT--TGAATT-C-AAT---TATTGCGTGCAATAATGGAATTGA-Tc
gi|24 : t-TAT-TGCTCT-C------A--T--C------------A-AT-AGC--TTTATG-CGCGCA--TCAAAT-C-TATTA-TATTGCTCTCATTGATTGAGTT
gi|25 : TTAATTCA-G--------------T---TA----------------AAGAGAG--CAATA------ATTTAA--C-CCG----CGC-AT------TAA-CC-AATTAAA-GAGAGCA-A-T---AA-TTG-ATTcatgtaa
gi|26 : A-TCT-TGCCCT-C------T--T--C------------A-AT-TCA-ATTAATG-CACGCA--TAAAGT---AAC---TTTTGCTCTCAGTAATTGAATTAA-
gi|28 : ATTTAA--T-ACG----CGC-AT------CGACTG-AATTAAT-AAAAGCACA-TTTAAG-TTG-AATTAAC-TG-TGC
gi|29 : aAAT-C-A-T---TACTGTTCCCGTCAGTTCAATTAA-TGCGCACAT--CAAA-
gi|3 : TCTTTAAAAGAATA---GATGCGCGCA-------TTATTTCCTTATACAT--AATCATTGT--AACT-----AATTTAAGATATC-T----TCAGTTGAATTA------AAGAGATC--ATCGAATCATTCATACCAAGCTC---CA--AA------TTA--AATTTTGCAA--------GCAATATT-TTCACCACGTTGA--TGCG----C--GC--AT--CA----ATT--C------CAA-TAGATGAGAG-C------A--A--A------------A-AT-TTA-TTTGATG-TGCGCA--TCACTT-CTAA-------------CAT-------------TGCGTGCA----ATA-T-CA---ATT--------AC--------------TGCCCGCA--------------ATAAA--TC------A--ATT--CATT-CTCGCATTACTTA--G--------------G---TG----------------AGAAGAG--CGATAAT--TGATTgtgtaggtctcatta
gi|30 : tTG-CGCGCGGTTCAATT-C-AAT---TATTGCTTTCATTAATTCAGTTGA-TGTGCGCAT--CAAA-
gi|4 : --------------T---TA----------------ATGAGAG--CAATAAT--GGAATTAA--T-GCACCTTCGA-AT------TAAT---AATCG
gi|4 : caaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttAATGGAATTAA-TGCAC-CTT--CGAA-T-TA---AT-----------------A---A--TCGCTTT-----T-C--------ATCGG--TTT-----A--GTT--AATG-CACGCATTCATT---G--------------C---TGTCATTATTCTCTATGGATGAGAG--CAAGAATG-TGATTTGA--T-GCG----CAC-AT------CAACTG-AATTAAT-GAAAGCA-A-T---AA--TG-AATTGAACCGCTGCGCAAATATTTCAActtttcatcggtttagttaatgcacgcattcattgctgtcattattctctatggatgagagcaagaatgtgatttgatgcgcacatcaactgaattaatgaaagcaataatgaattgaaccgctgcgcaaatatttcaaattatttcactttaataagtagagaggcg
gi|5 : caaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaatTTAAT-GAGAGCA-A-T---AA-TGG-AATTAA--TG-CACGC------TTC----G--AATTAATAATCGCTTTCATCGGTTTAGTTattatttcactttaataagtagagaggcg
gi|5 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttT-TGA-ATATTTG-CGCGCGGTTCAATT-C-AAT---TATTGCTTTCATTAATTCAGTTGA-TGTGCGCAT--CAAA-T-C---------------AC------AT-TC--TTGCTCTCA---T-CCATAGAGAATCAA---TGACAGCA--ATG--AATG-CGTGCATTAACTAA-A--------------C---CG----------------ATGAAAG--CGATTAT--TAATTCGA--A-GCG----TGC-AT------TAATTC-CATTaatgcacgcattcattgctgtcattgattctctatggatgagagcaagaatgtgatttgatgcgcacatcaactgaattaatgaaagcaataattgaattgaaccgcgcgcaaatattcaaattatttcactttaataagtagagaggcgc
gi|5 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaat------------A-ATGTGA-TTTGATG-CGCACA--TCAACT-G-AAT---TAATGAAAGCAATAATTGAATTGA-ACCGCGCG---CAAA-T------ATT---------CA----AAT-TA--TTTCACTT----T-A--------ATAAG--TAG-----A-------GAGG-CGCattatttcactttaataagtagagaggcgc
gi|6 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaataatggaattaatgcacgcttcgaattaataatcgctttcatcggtttagttaatgcacgcattcattgctgtcattgattctctatggatgagagcaagCTC-CA--AA------TTA--AATTTTGCGA--------GCAATAAT-TTCACTACAATGG--TGTG----A--GC--AT--TA----AA---------------AT-T------T------A--T---------------A-GT-TGA-ATTGATG-CGAGCA--TCAAAT-C-AATTGCTATTGCACTCATCGACTTAATTAA-TATGCGCTG--TAAA-T-CATGCATT--------ATAATTTAAT-TA--TTG--CGCA---G-C--------AGTAA--TGG-----AATATT--GATG-CGCACATCAATTTC-A--------------T---TG----------------ATGAGAG--CAATAAT--TATTTTGA--T-GCG----
gi|7 : ttcaaaagaataaacaaagagatcgagCAT-AATTGAAATAAATGCGCGCATATCAAC-TTCA---ATTGAAGAGAAACAT---AAT-TAATTTACACGTG---TAC--------ATTAA--TTC-----A--GTTATGATG-AG-ACAATAATT---GATTTAACGTTGAAAT---TG----------------ATGAG-G--CAATAAT----ATTTGA--TTGTA----CAC-AT-------AATTC-AGTTGATTGAGA-CA-A-T---AA-TTG-ATTT----T--TGTAC-ATTAATTCAGTTG--A---GAGA---GCAAT-ATTGATTTt
gi|8 : -AGCAATATT-TCCACCACATTAA--TGCA----C--AC--AT--CATTTAAGT--AGTGAATTAG-TAT--GCACTAC------AAAT--CGATTATGTTTTAA-AT-TGA-AT-GATG-CGCGCA--TTAAATTC-TAC---CATTGCACTCATCAAT-GAAT-AA-TGCGCACAG--CAAA-C-CA---GT-----------A----AA-------TGCTC------T-C--------GTCAG--TTA-----C--ATT--GATATTGTACATTAA
gi|9 : agatcattaaatttatttataccaA------TTA--AAT-TTGCGA--------GCAATAAT-TTCACCAC-CTTAAATGCG----C--G----------------------------------GC-----------A--T--C------------A-GT-TGA-ATTAAT------------AAAA-C-AAT---TACCGT-------GATTGAATTGA-TATGTGCTT--CAAAAT-CA---AGT--------ACT----AGT-AA--TC-CTCTC----------------------TTC-----A--ATT--CA--------ATTAATT-------------------------------------------AGAG--CAAAAAT---AATTTTAATT-ACG----CGC-AT------TAATTCAAATTGAA-AAGAGCA-A-T---AACTTGAATTTGA--Tc
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTATAATTATTTAGATAGGCCGATCTCCAATATTGAATGAAAGAGATTACCAAGCTCCAAATAAAATTTCGCGAGCACAAATTTATGCGCCCATCAATT
Unaligned ( gi|23 ): ATACCAAATTCCAAAAGTTTTGCGAGCAATAACTCCACCACATACGCCGAAAACATCGACTGAATTGATGAGAACAA
Unaligned ( gi|27 ): ATGCAAAATCATTGTAAATATTCAACGATATCTTTAACTGAATTAAACAGATCATCAGA
Unaligned ( gi|31 ): TTAAATTTTGCGCACATTTTGCAACACTTGTGTCGCGCAACAATACA
Alignments
lowQualScore : 2222222222 111 66666666666666666666666666666666666666666666666 2222222222222 111111 111111 11 44444444444444444444 1111111 4444444444 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6666666666666666666666666666666666666666 111111 1111111 22222
lowQualScore : 1 4 333 8 0000000000 444 9999 3 66666666666666666666666666666666666666666666666 6666666666666 2 666666 5 1 999999 11 1 00000000000000000000 77 2222222 8888888888 5 5 2 6 8888 66 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 2 1 2 1 2 55 0 55 22 666 777 77 0 0 2 0 7777 2 22 444 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 444 3 22 7777777777777777777777777777777777777777 33 66 44 3 0 3 000000 3 3 3 3 3 1 6666 4 44 888 0 1111111 0 3 88888 99 5 3
lowQualScore : . . ... . .......... ... .... . ............................................... ............. . ...... . . ...... .. . .................... .. ....... .......... . . . . .... .. ...................................................................... . . . . . . .. . .. .. ... ... .. . . . . .... . .. ... .............................................................. .. ... . .. ........................................ .. .. .. . . . ...... . . . . . . .... . .. ... . ....... . . ..... .. . .
lowQualScore : 0 2 555 0 0000000000 000 7777 7 00000000000000000000000000000000000000000000000 7777777777777 2 222222 7 0 222222 00 4 77777777777777777777 33 6666666 6666666666 0 0 5 4 4444 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 5 9 4 4 1 88 4 11 22 666 222 00 7 6 0 4 6666 2 99 444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77 444 1 88 4444444444444444444444444444444444444444 99 33 22 1 4 6 555555 6 3 3 3 3 7 0000 4 88 555 2 9999999 8 8 88888 00 0 0
consensus : NCTNATCCGTTGAATTAATGCGTGCAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGC------GCG----CATCA---------A--A-AT--A-------T-AATT-----AATN----ATCGC-T----TCAATTCAATTG------ATGCGCAC--ATCGAACCATT--------GCTCT---N---CGNATTAAATTT-----TGCGA---ATT--G-CAATATT-TTCACCACACTNA--TGCGC--GCAT--CA-----------A--AT---T--A-A-TAT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATTGATG-CGCGCA--TCAAA-TC-AAT---TATTGCTCTCATCAATTGAATTGA-TGCGCGCAT--CAAA-T-CA---ATT--------ACA----AAT-TA--TTGCTCTCA---T-C--------ATCAG--TTG-----A--ATT--GATG-CGCGCATTAATT---G--------------T---TG----------------ATGAGAG--CAATAAT--TGATTTGA--T-GCGCGC-AT------TAATTC-AATTGAT-GAGAGCAA-TAA-TTG-ATTTGA--TG-TGCGC-ATTAATTCAATTG--AATTAANAATCGC-TTTCATCGATTTANTT
Reference ( family-2356 ) : NCTNATCCGTTGAATTAATGCGTGCAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGC------GCG----CATCA---------A--A-AT--A-------T-AATT-----AATN----ATCGC-T----TCAATTCAATTG------ATGCGCAC--ATCGAATCATT--------GCTCT---T---CGNATTAAATNT-----TGCGA---ATT--G-CAATATT-TTCACCACACTNA--TGCGC--GCAT--CA-----------A--AT---T--A-A-TAT-TGCNC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATTGATG-CGCGCA--TCAAA-TC-AAT---TATTGCTCTCATCAATTGAATTAA-TGCGCGCAT--CAAA-T-CA---ATT--------ACA----AAT-TA--TTGCTCTCA---T-C--------ATCAG--TTG-----A--ATT--GATG-CGCGCATTAATT---G--------------T---TG----------------ATGAGAG--CAATAAT--TGATTTGA--T-GCGCGC-AT------TAATTC-AATTGAT-GAGAGCAA-TAA-TTG-ATTTGA--TG-TGCGC-ATTAATTCAATTG--AATTAAGA---GC-NTTCATCGATTTATTT
gi|1 : CTGATCCGCTGAATTGATGGGTGTTATAATTTAAC-T---G-T--TGC---TCTCTCCAAATGAACTGGTG---------A----CATCA---------A--A-AA--C-------TGAATTG----AATT----ATTGC-T----TCACTTTAATTG------TAGCACACTGATTGAATTATT--------GCTCT---TTTTC-CATTGAATGT-----CATTA---ATTCAG-TAATATT-TCCACCACACTTA--TGCAC--CCAT--TA-----------A--ATCTAT--A-A-TAC-TGTTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATCTTTG-TGAGCA--TCAAA-TC-AAT---TATTGCTTTCATCAACTGCATAAA-TGTAAACTT--CAAA-T-CA---ATT--------ACA----AATGTA--TTGCTCTCAGACT-C--------ATCAG--TTG-----A--ATT--GATG-CACACATTAAT----G--------------T---TG----------------ATGAGAG--CAATAAT--TAATTTGA--T-GTGCAC-AT------TAATTC-AATTGAT-GAGAGCAT-TAA-TTG-ATTTGC--TG-TATTC-ATTAATTCAGTTGGTAATTAAGA---GC-ATTAATTGATTTATTT
gi|10 : gATAAA--TGAATTAT--T-GCGCAC-AT------TAGTTC-AACTGAG-GAGAGCAA-TCA-TTC-AATTCC--TG-TGCGC-ATTGATTAAATtg
gi|10 : TT--------GTTGT---A---CGTATTTAATAT-----TGC-----ATT--GACGATTTTATTCACTATTCT-------GC--GGATT-CG-----------ATGAT---C--ACG-TAT-TGTTCCTTTT-C--AATGAAT--C------------GCAT-TTA-ATCAATG-CGCACA--GGAAT-TG-AAT---GATTGCTCTCCTCAGTTGAACTAA-TGTGCGCAA--TAAT-T-CA---TTT--------Agcgattcattgaaaaggaacaatacgtgatcatcgaatccgcagaatagtgaataaaatcgtcaatgcaatattaaatacgtacaacaaaattgaagata
gi|11 : aACTCA--TGCGC--GCATGTCT-----------G--AT---T--A-GGCAT-TGCGT----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGACATTAATG-CGCGCA--AC-GA-TC-CAT-----------TTAACAGT----TTGA-TGCGCACGT--CAAA-T------------------CA----AAT-TA--TTGATATTG---T----------ATTA---TTG-----A--Aaattgaagata
gi|11 : c-AAT-T---A-T--TGCGGCTCTCT-------AACTCATGC------GCG----CAT----------------GT--C-------T-GATT-----AGGC----ATTGCGT----TCA--TCAATTGACATTAATGCGCGC--AACGATCCATT--------tagagagccgcaataattg
gi|12 : cttcaataatacaatatcaataatttgatttgacgtgcgcatcaaactgttaTGATT-TGTACA--ACAAA-TC-AAT---TATTGCTCTCACCAATT---TT---TGCTCTCAT--C-AA-T-AA---AT------------------T-TG--ATGTTTT-----T-G--------AGCAGTATTGA----A--ATA--AATG-TGTGCTTCAGTT---G--------------TGACTG----------------ATGACAA--CAATAAA--TAATGTGA--T-GCACg
gi|13 : t----T-C--A-----TACC------------A-AT-T---ATTGAAGACACGAA--T-----TC-AAT---CATTGCGCGCA---AT--AAATAA-TGCACACAT--CATA-T-CA---ATC--------A--------------TTGCTCTCA---T------------CAG--TTG-----A--ATT--ATTG-CGCACAT-----------------------T---TG----------------ATGAGAG--CAGTATT--TGAT
gi|14 : ggagcgGAG--CAATAATATTGATTTGA--T-GTGC---------------TC-A-TTGAT-GAGAGCAT-TGA-TTG-ATTTGA--TG-TGGTC-ATCAATTCAATT----ATT-------GC-TCTCATCAATTTATTT
gi|14 : -ATTGGTA-AGTTCG--TCAAA-TA-AAT---TGATGAGAGCAATAATTGAATTGA-TGACCACAT--CAAA-T-CA---AT----------CA----A--------TGCTCTCA---T-C--------Agacgaacttaccaatggtgcttgtaaaatca
gi|15 : gagcaataatattgatttgatgtgctcatTTGATTCAATGTGTGCAA--ATT-ACT-TGAAA-TGATGC---ACGCATTAATTCTGCTGATGC------ATG----CATCG---------A--A-AT--A-------T-AATC-----ATTA----ATCGC-A----TCTATTCAATTG------ATGTGCAC--ATCGAAggtgcttgtaaaatca
gi|16 : tccaccacGCTCTCA---T-A--------AT-AT--TTG-----A--ATT--AATG-CGGACATTAATCCA-A--------------A---TG----------------AAGAGGGTATAATGAT--TAATTTGA--A-GCATGCAATTACTAGTAATTC-AATTGTT-GCT-CCAATTAA-TTC-AGTTGA--TG-ttat
gi|17 : TGCGCGCAATA--T-AATAC---A-T--GAC---TGT----AATTGAACTGATGC------GCA----CATCA---------A--ATAA--A-------T-AATT-----TATT----ATTGC-TCTTATCAATTCAATTG------TTGgc
gi|19 : aatatttccac------------A-AT-TGA-ATTAATG-TGTGCA--TCAAA-T--------TATTACTCTCATCAATTGTATAGA-TTTGTGT-------A-T-CA---ATT--------TCA----TATATG--TTACTC------T-C--------ATCAA--TTA-----A--ATC--GATaaagtcaa
gi|2 : CTCATTCATTCAATTAATGTGTATAATAATT-AAA-T---AAT--TGC---TCTTTTCAATTGAATTAATGATATTTGGAGATATCTTCA---------ACCG-ATCCA-------C-AATTGGACCAATG----CTCTC-T----TTAACAAAATTA------ATGCACAC--ATCAATCCCTT--------GCACAAAAG---CGTTGTAAATGA-----TACAAGATATT--T-TAATATT-TT-ATCAT--TTA--TAC-CAAGCTC--CA-----------A--AT---T--A-A-AAT-TATCC----T-C--T-----T--C------------A--T-TAA-AT----G-CGCGCA--TTAA--TT-GAG---TAATGCGAGCAATAATTGAATCAA-CGCGAACTT--GAAC-T-AA---ATT--------A-A----TAT-TA--T------CA---T-T--------AT--G--T-G-----G--ATC--ACTG-CTCAAATCAATTCAAG--------------C----A----------------ATGAGAG--CTAAAAA--TGATTTGA--T-GCACGC-AT------TAGTTC-AATTGAG-GAGAGCAA-T-A-TTA-ATT
gi|20 : ---TA----------------ATAAGAG--CAAAAAC--TGATTTGA--T-GC-CGC-AT------TAATTC-AATTAAT-GTGAGC----AA-TTC-ATTTAA--TA-TAAGA-ATTAATTCAATTa
gi|21 : g---T---CAAATTAGATTT-----TGCG------C--G-CAATATT-TT-ACAACACTGG--TGCGC--GCAT--CA-----------A--TT---C--A-ACTGC-TGC
gi|22 : gtcatttataccgagtcAT--CA-----------A--AT---T--A-AGTAT-TGTTT----T-C--A-----T--C------------A-AT-TCA-GTTCTTG-CGCGCT--TGAAT-TC-AAT---TATTGCGTGCAATAATGGAATTGA-T
gi|24 : t-TAT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-AGC--TTTATG-CGCGCA--TCAAA-TC-TATTA-TATTGCTCTCATTGATTGAGTT
gi|25 : TTAATTCA-G--------------T---TA----------------AAGAGAG--CAATA------ATTTAA--C-CCGCGC-AT------TAA-CC-AATTAAA-GAGAGCAA-TAA-TTG-ATTcatgtaa
gi|26 : -A-TCT-TGCCC----T-C--T-----T--C------------A-AT-TCA-ATTAATG-CACGCA--TAAAG-T--AAC---TTTTGCTCTCAGTAATTGAATTAA-
gi|28 : T--CA-----------A--CT---T--A-A--ATGTGCTT----T-T--A-----T--T------------A-AT-TCA-GTCGATG-CGCGTA--TTAAA-T
gi|29 : aAA-TC-A-T---TACTGTTCCCGTCAGTTCAATTAA-TGCGCACAT--CAAA-attaactgtgc
gi|3 : TCTTTAAAAGAATAGATGC------GCG----CATTATTTCCTTATA--C-AT--AATCATTGT-AACT-----AATTTAAGATATC-T----TCAGTTGAATTA------AAGAGATC--ATCGAATCATTCATACCAAGCTC--------CAAATTAAATTT-----TGCAA--------G-CAATATT-TTCACCACGTTGA--TGCGC--GCAT--CA-----------A---T---TCCA-A-TAGATGAGA----G-C--A-----A--A------------A-AT-TTA-TTTGATG-TGCGCA--TCACT-TCTAA-------------CAT-------------TGCGTGCA----ATA-T-CA---ATT--------AC--------------TGCCCGCA--------------ATAAA--TC------A--ATT--CATT-CTCGCATTACTTA--G--------------G---TG----------------AGAAGAG--CGATAAT--TGATTgtgtaggtctcatta
gi|30 : tTG-CGCGCGGTTCAAT-TC-AAT---TATTGCTTTCATTAATTCAGTTGA-TGTGCGCAT--CAAA-
gi|4 : TTAAT-GAGAGCAA-TAA-TGG-AATTAA--TG-CAC-C------TTC----G--AATTAATAATCGCTTTTCATCGGTTTAGTT
gi|4 : caaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttAATGGAATTAA-TGCAC-CTT--CGAA-T-TA---AT-----------------A---A--TCGCTTT-----T-C--------ATCGG--TTT-----A--GTT--AATG-CACGCATTCATT---G--------------C---TGTCATTATTCTCTATGGATGAGAG--CAAGAATG-TGATTTGA--T-GCGCAC-AT------CAACTG-AATTAAT-GAAAGCAA-TAA--TG-AATTGAACCGCTGCGCAAATATTTCAAaatgcacgcattcattgctgtcattattctctatggatgagagcaagaatgtgatttgatgcgcacatcaactgaattaatgaaagcaataatgaattgaaccgctgcgcaaatatttcaaattatttcactttaataagtagagaggcg
gi|5 : caaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaatTTAAT-GAGAGCAA-TAA-TGG-AATTAA--TG-CACGC------TTC----G--AATTAATAATCGC-TTTCATCGGTTTAGTTattatttcactttaataagtagagaggcg
gi|5 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttT-TGA-ATATTTG-CGCGCGGTTCAAT-TC-AAT---TATTGCTTTCATTAATTCAGTTGA-TGTGCGCAT--CAAA-T-C---------------AC------AT-TC--TTGCTCTCA---T-CCATAGAGAATCAA---TGACAGCA--ATG--AATG-CGTGCATTAACTAA-A--------------C---CG----------------ATGAAAG--CGATTAT--TAATTCGA--A-GCGTGC-AT------TAATTC-CATTaatgcacgcattcattgctgtcattgattctctatggatgagagcaagaatgtgatttgatgcgcacatcaactgaattaatgaaagcaataattgaattgaaccgcgcgcaaatattcaaattatttcactttaataagtagagaggcgc
gi|5 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaat------------A-ATGTGA-TTTGATG-CGCACA--TCAAC-TG-AAT---TAATGAAAGCAATAATTGAATTGA-ACCGCGCG---CAAA-T------ATT---------CA----AAT-TA--TTTCACTT----T-A--------ATAAG--TAG-----A-------GAGG-CGCattatttcactttaataagtagagaggcgc
gi|6 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaataatggaattaatgcacgcttcgaattaataatcgctttcatcggtttagttaatgcacgcattcattgctgtcattgattctctatggatgagagcaagCT---C---CAAATTAAATTT-----TGCGA--------G-CAATAAT-TTCACTACAATGG--TGTGA--GCAT--TA-----------A--A------------AT-T----------T--A-----T---------------A-GT-TGA-ATTGATG-CGAGCA--TCAAA-TC-AATTGCTATTGCACTCATCGACTTAATTAA-TATGCGCTG--TAAA-T-CATGCATT--------ATAATTTAAT-TA--TTG--CGCA---G-C--------AGTAA--TGG-----AATATT--GATG-CGCACATCAATTTC-A--------------T---TG----------------ATGAGAG--CAATAAT--TATTTTGA--T-GCG
gi|7 : ttcaaaagaataaacaaagagatcgagCAT-AATTGAAATAAATGCGCGCATATCAAC-TTCA---ATTGAAGAGAAACAT---AAT-TAATTTACACGTG---TAC--------ATTAA--TTC-----A--GTTATGATG-AG-ACAATAATT---GATTTAACGTTGAAAT---TG----------------ATGAG-G--CAATAAT----ATTTGA--TTGTACAC-AT-------AATTC-AGTTGATTGAGA-CAA-TAA-TTG-ATTT----T--TGTAC-ATTAATTCAGTTG--A---GAGA---GC-AAT-ATTGATTTt
gi|8 : ATTAAATTTATTTATACCA---A----G-CAATATT-TCCACCACATTAA--TGCAC--ACAT--CATTTAAGTAGTGA--AT---T--A-G-TA--TGCAC----TACAAA-----T--CGATTATGTTTTAA-AT-TGA-A-TGATG-CGCGCA--TTAAATTC-TAC---CATTGCACTCATCAA-TGAA-TAA-TGCGCACAG--CAAA-C-CA---GT-----------A----AA-------TGCTC------T-C--------GTCAG--TTA-----C--ATT--GATATTGTACATTAA
gi|9 : agatcATTAAAT-T-----TGCGA--------G-CAATAAT-TTCACCAC-CTTAAATGCGC--G--------------------------------------GC-----------A-----T--C------------A-GT-TGA-ATTAAT------------AAA-AC-AAT---TACCGT-------GATTGAATTGA-TATGTGCTT--CAAAAT-CA---AGT--------ACT----AGT-AA--TC-CTCTC----------------------TTC-----A--ATT--CA--------ATTAATT-------------------------------------------AGAG--CAAAAAT---AATTTTAATT-ACGCGC-AT------TAATTCAAATTGAA-AAGAGCAA-TAACTTGAATTTGA--Tc
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTATAATTATTTAGATAGGCCGATCTCCAATATTGAATGAAAGAGATTACCAAGCTCCAAATAAAATTTCGCGAGCACAAATTTATGCGCCCATCAATT
Unaligned ( gi|23 ): ATACCAAATTCCAAAAGTTTTGCGAGCAATAACTCCACCACATACGCCGAAAACATCGACTGAATTGATGAGAACAA
Unaligned ( gi|27 ): ATGCAAAATCATTGTAAATATTCAACGATATCTTTAACTGAATTAAACAGATCATCAGA
Unaligned ( gi|31 ): TTAAATTTTGCGCACATTTTGCAACACTTGTGTCGCGCAACAATACA
Alignments
lowQualScore : 2222222222 111 66666666666666666666666666666666666666666666666 2222222222222 111111 111111 11 44444444444444444 11111 5555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 11111111111 66666666666666
lowQualScore : 1 4 333 8 0000000000 444 9999 3 66666666666666666666666666666666666666666666666 6666666666666 2 666666 5 1 999999 11 1 00000000000000000 77 00000 4444444444 4 4 5 66 6666 3 44 4444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 0 2 2 1 00000 0 66 2 999 77 2 44 22 333 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 33 0 33 222222 999999 55555555555 3 4 3 33 0 3 3 2 1 5 1 22222222222222 1
lowQualScore : . . ... . .......... ... .... . ............................................... ............. . ...... . . ...... .. . ................. .. ..... .......... . . . .. .... . .. .... .................................................................. . . . . . . ..... . .. . ... .. . .. .. ... . ................................................................................................ .. .. . .. ...... ...... ........... . . . .. . . . . . . . .............. .
lowQualScore : 0 2 555 0 0000000000 000 7777 7 00000000000000000000000000000000000000000000000 7777777777777 2 222222 7 0 222222 00 4 00000000000000000 33 00000 0000000000 0 0 0 99 8888 3 66 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 1 1 0 8 9 00000 6 99 0 888 33 0 66 44 666 5 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 77 3 99 999999 666666 88888888888 3 7 3 99 5 3 3 3 7 7 4 22222222222222 0
consensus : NCTNATCCGTTGAATTAATGCGTGCAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGC------GCG----CATCA---------A--A-AT--A-------T-AATT-----AATN----ATCGC-T----TCAATTCAATTG------ATGCGCAC--ATCGAACCATT--------GCTCT----CGNATTAAATTT-----TGCGA---A----G-CAATATT-TTCACCACACTNA--TG-CGC--GCA--T-CA-----------A--AT---T--A-A-TAT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATTGATG-CGCGCA-----TCAAN-TC-AAT---TATTGCTCTC-ATCAATTG-AATTGATGCGCGC-ATCAAA-TCA---ATTACA----AAT-TATTGCTCT----CA---TC--------A---TCA--GTTG-----A--ATTGATG-CGCGCATTAATT---GT-TGATGAGAG--CAATAAT--TGATTTGA--TGCGCGC------AT------TAA-----------TTC-AATTGATG-AGAGCAA-TAA-TTG-ATTTGATGCGCGCA-TTAATTCAATTG--AATTAA-AATCGCTCTCATCGATTTATTT
Reference ( family-2356 ) : NCTNATCCGTTGAATTAATGCGTGCAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGC------GCG----CATCA---------A--A-AT--A-------T-AATT-----AATN----ATCGC-T----TCAATTCAATTG------ATGCGCAC--ATCGAACCATT--------GCTCTN---CGNATTAAATTT-----TGCGA---ATT--G-CAATATT-TTCACCACACTNA--TG-CGC--GCA--T-CA-----------A--AT---T--A-A-TAT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATTGATG-CGCGCA-----TCAAA-TC-AAT---TATTGCTCTC-ATCAATTG-AATTGATGCGCGC-ATCAAA-TCA---ATTACA----AAT-TATTGCTCT----CA---TC--------A---TCA--GTTG-----A--ATTGATG-CGCGCATTAATT---GT-TGATGAGAG--CAATAAT--TGATTTGA--TGCGCGC------AT------TAA-----------TTC-AATTGATG-AGAGCAA-TAA-TTG-ATTTGATGTGCGCA-TTAATTCAATTG--AATTAANAATCGCTTTCATCGATTTANTT
gi|1 : CTGATCCGCTGAATTGATGGGTGTTATAATTTAAC-T---G-T--TGC---TCTCTCCAAATGAACTGGTG---------A----CATCA---------A--A-AA--C-------TGAATTG----AATT----ATTGC-T----TCACTTTAATTG------TAGCACACTGATTGAATTATT--------GCTCTTTTTC-CATTGAATGT-----CATTA---ATTCAG-TAATATT-TCCACCACACTTA--TG-CAC--CCA--T-TA-----------A--ATCTAT--A-A-TAC-TGTTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATCTTTG-TGAGCA-----TCAAA-TC-AAT---TATTGCTTTC-ATCAACTG-CATAAATGTAAAC-TTCAAA-TCA---ATTACA----AATGTATTGCTCT----CAGACTC--------A---TCA--GTTG-----A--ATTGATG-CACACATTAAT----GT-TGATGAGAG--CAATAAT--TAATTTGA--TGTGCAC------AT------TAA-----------TTC-AATTGATG-AGAGCAT-TAA-TTG-ATTTGCTGTATTCA-TTAATTCAGTTGGTAATTAAGA---GCATTAATTGATTTATTT
gi|10 : gATAAA--TGAATTAT--TGCGCAC------AT------TAG-----------TTC-AACTGAGG-AGAGCAA-TCA-TTC-AATTCCTGTGCGCA-TTGATTAAATtg
gi|10 : TT--------GTTGTA---CGTATTTAATAT-----TGC-----ATT--GACGATTTTATTCACTATTCT--------GC--GGA--TTCG-----------ATGAT---C--ACG-TAT-TGTTCCTTTT-C--AATGAAT--C------------GCAT-TTA-ATCAATG-CGCACA-----GGAAT-TG-AAT---GATTGCTCTC-CTCAGTTG-AACTAATGTGCGC-AATAAT-TCA---TTTAgcgattcattgaaaaggaacaatacgtgatcatcgaatccgcagaatagtgaataaaatcgtcaatgcaatattaaatacgtacaacaaaattgaagata
gi|11 : aACTCA--TG-CGC--GCATGT-CT-----------G--AT---T--AGG-CAT-TGCGT----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGACATTAATG-CGCGCA-----AC-GA-TC-CAT-----------TT-AACAGT-----TTGATGCGCAC-GTCAAA-T---------CA----AAT-TATTGATAT----TG---T---------A---TTA---TTG-----A--Aaattgaagata
gi|11 : c-AAT-T---A-T--TGCGGCTCTCT-------AACTCATGC------GCG----CAT----------------GT--C-------T-GATT-----AGGC----ATTGCGT----TCA--TCAATTGACATTAATGCGCGC--AACGATCCATT--------tagagagccgcaataattg
gi|12 : cttcaataatacaatatcaataatttgatttgacgtgcgcatcaaactgttaGTGCA-----TCACA-TT-ATT---TATTGTTGTC-ATCAGTCACAACTGAAGCACAC-ATT----T-----ATTTCA----A---TACTGCTCAAAAACA---TC--------A-----A--ATTT-----A---TTGATG-AGAGCAAAAATT---G----GTGAGAG--CAATAAT--TGATTTGT--TGg
gi|13 : t----T-C--A-----TACC------------A-AT-T---ATTGAAGACACGAA-----T-----TC-AAT---CATTGCGCGC-A---AT---AAATAATGCACAC-ATCATA-TCA---ATCA------------TTGCTCT----CA---T--------------CA--GTTG-----A--ATTATTG-CGCACAT---------T-TGATGAGAG--CAGTATT--TGATtacaaatca
gi|14 : ggagcgGAG--CAATAATATTGATTTGA--TGTGC-------------------------------TC-A-TTGATG-AGAGCAT-TGA-TTG-ATTTGATGTGGTCA-TCAATTCAATT-----------ATTGCTCTCATCAATTTATTT
gi|14 : -ATTGGTA-AGTTCG-----TCAAA-TA-AAT---TGATGAGAGC-AATAATTG-AATTGATGACCAC-ATCAAA-TCA---AT--CA----A------TGCTCT----CA---TC--------A---gacgaacttaccaatggtgcttgtaaaatca
gi|15 : gagcaataatattgatttgatgtgctcatTTGATTCAATGTGTGCAA--ATT-ACT-TGAAA-TGATGC---ACGCATTAATTCTGCTGATGC------ATG----CATCG---------A--A-AT--A-------T-AATC-----ATTA----ATCGC-A----TCTATTCAATTG------ATGTGCAC--ATCGAAggtgcttgtaaaatca
gi|16 : tccaccacGCTCT----CA---TA--------A---T-A--TTTG-----A--ATTAATG-CGGACATTAATCCA-AA-TGAAGAGGGTATAATGAT--TAATTTGA--AGCATGCA-----ATTACTAGTAA-----------TTC-AATTGTTG-CT-CCAATTAA-TTC-AGTTGATGttat
gi|17 : TGCGCGCAATA--T-AATAC---A-T--GAC---TGT----AATTGAACTGATGC------GCA----CATCA---------A--ATAA--A-------T-AATT-----TATT----ATTGC-TCTTATCAATTCAATTG------TTGgc
gi|19 : aatatttccacATTAA--TG-TGT--GCA--T-CA-----------A--AT---T--A-----T-TACTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGT-ATAGATT-TGTGTA-----TCAAT-TT-CATATATGTTACTCTC-ATCAATTA-AATCGATaaagtcaa
gi|2 : aattgaCTCATTCATTCAATTAATGTGTATAATAATT-AAA-T---AAT--TGC---TCTTTTCAATTGAATTAATGATATTTGGAGATATCTTCA---------ACCG-ATCCA-------C-AATTGGACCAATG----CTCTC-T----TTAACAAAATTA------ATGCACAC--ATCAATCCCTT--------GCACAAAAGCGTTGTAAATGA-----TACAAGATATT--T-TAATATT-TT-ATCAT--TTA--TA-C-CAAGCT--C-CA-----------A--AT---T--A-A-AAT-TATCC----T-C--T-----T--C------------A--T-TAA-AT----G-CGCGCA-----TTAA--TT-GAG---TAATGCGAGC-AATAATTG-AATCAACGCGAAC-TTGAAC-TAA---ATTA-A----TAT-TAT----------CA---TT--------A---T----GT-G-----G--ATCACTG-CTCAAATCAATTCAAGC--AATGAGAG--CTAAAAA--TGATTTGA--TGCACGC------AT------TAG-----------TTC-AATTGAGG-AGAGCAA-T-A-TTA-ATT
gi|20 : -TAATAAGAG--CAAAAAC--TGATTTGA--TGC-CGC------AT------TAA-----------TTC-AATTAATG-TGAGC----AA-TTC-ATTTAATATAAGAA-TTAATTCAATTa
gi|21 : gTCT----CAAATTAGATTT-----TGCG------C--G-CAATATT-TT-ACAACACTGG--TG-CGC--GCA--T-CA-----------A--TT---C--A----AC-TGCT
gi|22 : gtcatttataccgagA--T-CA-----------A--AT---T--A-AGTAT-TGTTT----T-C--A-----T--C------------A-AT-TCA-GTTCTTG-CGCGCT-----TGAAT-TC-AAT---TATTGCGTGC-AATAATGG-AATTGATgc
gi|23 : tAAGTTT-----TGCGA--------G-CAATAAC-TCCACCAC----A--TA-CGC---------CG-----------A--A-------A-A----------------C--A-----T--C------------G-AC-TGA-ATTGATG-
gi|24 : ataccaaattccaa-TAT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-AGC--TTTATG-CGCGCA-----TCAAA-TC-TATTA-TATTGCTCTC-ATTGATTG-AGTTagaacaa
gi|25 : TTAATTCA-GT-TAAAGAGAG--CAATAAT--T----TAA--CCCGCGC------AT------TAA-----------C-C-AATTAAAG-AGAGCAA-TAA-TTG-ATTcatgtaa
gi|26 : -A-TCT-TGCCC----T-C--T-----T--C------------A-AT-TCA-ATTAATG-CACGCA-----TAAAG-T--AAC---TTTTGCTCTC-AGTAATTG-AATTAA
gi|28 : --T-CA-----------A--CT---T--A-A--ATGTGCTT----T-T--A-----T--T------------A-AT-TCA-GTCGATG-CGCGTA-----TTAAA-T
gi|29 : aTTTGA--TGTGCGC------AT------TAA-----------TTG-AACTGACG-GGAACAG-TAA--TG-ATTattaactgtgc
gi|3 : TCTTTAAAAGAATAGATGC------GCG----CATTATTTCCTTATA--C-AT--AATCATTGT-AACT-----AATTTAAGATATC-T----TCAGTTGAATTA------AAGAGATC--ATCGAATCATTCATACCAAGCTC-----CAAATTAAATTT-----TGCAA--------G-CAATATT-TTCACCACGTTGA--TG-CGC--GCA--T-CA-----------A---T---TCCA-A-TAGATGAGA----G-C--A-----A--A------------A-AT-TTA-TTTGATG-TGCGCA-----TCACT-TCTAA-------------C-AT-------------TGCGTGC-A--ATA-TCA---ATTAC------------TGCCCG----CA-------------A---TAA--ATC------A--ATTCATT-CTCGCATTACTTA--GG-TGAGAAGAG--CGATAAT--TGATTgtgtaggtctcatta
gi|30 : tTG-CGCGCGGT---TCAAT-TC-AAT---TATTGCTTTC-ATTAATTC-AGTTGATGTGCGC-ATCAAA-
gi|31 : TTAAATTT-----TGC----------G-C-ACATT-TT-GCAACACTTG--TGTCGC--GCA--A-CA-----------A--
gi|4 : T-TGA-AAT-ATT-TGCGCAGCGGTTCAAT-TC-A-T---TATTGCTTTC-ATTAATTC-AGTTGATGTGCGC-ATCAAA-TC-------AC------AT-TCTTGCTCT----CA---TC-------------CA---TAG-----A--G---------------AA--------TAATGACAG--CAATGA----------A--TGCGTGC------AT------TAA-----------CTA-AACCGATGAAAAGCGA-TTA-TTA-ATTCGAAG-GTGCA-TTAATTCCATT-----------ATTGCTCTCATtaca
gi|5 : caaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaTTAATG-AGAGCAA-TAA-TGG-AATTAATGCACGC------TTC----G--AATTAATAATCGCTTTCATCGGTTTAGTTattatttcactttaataagtagagaggcg
gi|5 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttT-TGA-ATATTTG-CGCGCGGT---TCAAT-TC-AAT---TATTGCTTTC-ATTAATTC-AGTTGATGTGCGC-ATCAAA-TC-------AC------AT-TCTTGCTCT----CA---TCCATAGAGAA---TCA--A-TGACAGCA--ATGAATG-CGTGCATTAACTAA-AC-CGATGAAAG--CGATTAT--TAATTCGA--AGCGTGC------AT------TAA-----------TTC-CATTaatgcacgcattcattgctgtcattgattctctatggatgagagcaagaatgtgatttgatgcgcacatcaactgaattaatgaaagcaataattgaattgaaccgcgcgcaaatattcaaattatttcactttaataagtagagaggcgc
gi|5 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaat------------A-ATGTGA-TTTGATG-CGCACA-----TCAAC-TG-AAT---TAATGAAAGC-AATAATTG-AATTGAACCGCGC-G-CAAA-T-----ATT-CA----AAT-TATTTCACT----T----TA--------A---TAA--GTAG-----A-----GAGG-CGCattatttcactttaataagtagagaggcgc
gi|6 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaataatggaattaatgcacgcttcgaattaataatcgctttcatcggtttagttaatgcacgcattcattgctgtcattgattctctatggatgagagcaagCTC---CAAATTAAATTT-----TGCGA--------G-CAATAAT-TTCACTACAATGG--TG-TGA--GCA--T-TA-----------A--A------------AT-T----------T--A-----T---------------A-GT-TGA-ATTGATG-CGAGCA-----TCAAA-TC-AATTGCTATTGCACTC-ATCGACTT-AATTAATATGCGC-TGTAAA-TCATGCATTATAATTTAAT-TATTG--CG----CA---GC--------A---GTA--ATGG-----AATATTGATG-CGCACATCAATTTC-AT-TGATGAGAG--CAATAAT--TATTTTGA--TGCG
gi|7 : ttcaaaagaataaacaaagagatcgagA-----------A--AT---C--A-A-TAT-TGCTC----T-C--------T--C------------A-AC-TGA-ATTAATG-TACA-A-------AAA-TC-AAT---TATTG-TCTCAATCAACTG-AATT-ATGTGTACAATCAAA-T----------------AT-TATTGC-CT----CA---TC--------AATTTCAACGTTA-----A--ATCAAT--------T--ATT---GTCTCAT-------C-ATAAC--TGAATTAA--TGTACACGTGTAAAT------TAATTATGTTTCTCTTC-AATTGA------------AG-TTG-AT---ATGCGCGCATTTATTTCAATTt
gi|8 : catATTAAATTTATTTATACCA---A----G-CAATATT-TCCACCACATTAA--TG-CAC--ACA--T-CATTTAAGTAGTGA--AT---T--A-G-TA--TGCAC----TACAAA-----T--CGATTATGTTTTAA-AT-TGA-A-TGATG-CGCGCA-----TTAAATTC-TAC---CATTGCACTC-ATCAA-TG-AA-TAATGCGCAC-AGCAAA-CCA---GT---A----AA-----TGCTC----------TC--------G---TCA--GTTA-----C--ATTGATATTGTACATTAA
gi|9 : agatcATTAAATTT------GCGA--------G-CAATAAT-TTCACCAC-CTTAAATG-CGC--G---------------------------------------GC-----------A-----T--C------------A-GT-TGA-ATTAAT---------------AAA-AC-AAT---TACCGT--------GATTG-AATTGATATGTGC-TTCAAAATCA---AGTACT----AGT-AATC-CTCT----C------------------------TTC-----A--ATTCA--------ATTAATT-----------AGAG--CAAAAAT---AATTTTAATTACGCGC------AT------TAA-----------TTCAAATTGAAA-AGAGCAA-TAACTTGAATTTGATc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTATAATTATTTAGATAGGCCGATCTCCAATATTGAATGAAAGAGATTACCAAGCTCCAAATAAAATTTCGCGAGCACAAATTTATGCGCCCATCAATT
Unaligned ( gi|27 ): ATGCAAAATCATTGTAAATATTCAACGATATCTTTAACTGAATTAAACAGATCATCAGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111
lowQualScore : 1 1 1111111111 111 666666666666666666666666666666666666666666666 2222222222222 111111 111111 11 22222222 444444444 11111 44444444444444444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 11111111111 1111111111111
lowQualScore : 1 3 0 2 1 5 0 3 6666666666 111 555 1 777777777777777777777777777777777777777777777 5 4444444444444 2 666666 5 1 999999 11 1 99999999 666666666 77 00000 33333333333333333 4 5 66 6666 3 44 5555 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 2 2 3 1 11111 1 1 1 888 333 1 888 1 66 22 0 222 2 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777 1 44 111111 99999999999 4 5 4 33 2 4 4 888 6 0000000000000
lowQualScore : . . . . . . . . .......... ... ... . ............................................. . ............. . ...... . . ...... .. . ........ ......... .. ..... ................. . . .. .... . .. .... .................................................................. . . . . . ..... . . . ... ... . ... . .. .. . ... . ........................................................................................ ... . .. ...... ........... . . . .. . . . ... . .............
lowQualScore : 0 3 7 5 4 6 8 3 2222222222 777 666 9 666666666666666666666666666666666666666666666 7 6666666666666 2 222222 7 0 222222 00 4 00000000 666666666 33 00000 22222222222222222 0 0 99 8888 3 66 2222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 1 0 6 9 44444 8 0 8 999 222 8 777 8 44 44 1 777 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 4 66 555555 00000000000 0 0 0 88 6 0 0 000 7 5555555555555
consensus : NCTNATC-CGTTNAATCAATGCGCGCAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGC------GCG----CATCA---------A--A-AT--A-------T-AATT-----AATN----ATCGC-T----TCAATTCAATTG------ATGCGCAC--ATCGAACCATT--------GCTC----T----CGNATTAAATTT-----TGC---GAA----G------CAATATT-TTCACCACACTNA--TG-CGC--GCA--T-CA-----------A--AT---T--A-A-TAT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATTGATG-CGCGCA-----TC-AATTC-AAT---T---AT-TGCTCTC-ATCAATTG-AATTGATGCGCGC-ATCAAA-TCA---ATTACA----AAT-TATTGCTCT----CA---TCA---TCA--GTTGA--ATTGATG-CGCGCATTAAT-----T---GT-TGATGAGAGCAATAAT--TGATTTGA--TGCGCGC------ATTAA-----------TTC-AATTGATG-AGAGCAATAA-TTG-ATTCGATGCGNGCA-TTAATTCAATT----------ATTGCTCTCATCGATTTATTT
Reference ( family-2356 ) : NCTNATC-CGTTGAATTAATGCGTGCAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGC------GCG----CATCA---------A--A-AT--A-------T-AATT-----AATN----ATCGC-T----TCAATTCAATTG------ATGCGCAC--ATCGAACCATT--------GCTC----T----CGNATTAAATTT-----TGC---GAA----G------CAATATT-TTCACCACACTNA--TG-CGC--GCA--T-CA-----------A--AT---T--A-A-TAT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATTGATG-CGCGCA-----TC-AANTC-AAT---T---AT-TGCTCTC-ATCAATTG-AATTGATGCGCGC-ATCAAA-TCA---ATTACA----AAT-TATTGCTCT----CA---TCA---TCA--GTTGA--ATTGATG-CGCGCATTAAT-----T---GT-TGATGAGAGCAATAAT--TGATTTGA--TGCGCGC------ATTAA-----------TTC-AATTGATG-AGAGCAATAA-TTG-ATTTGATGCGCGCA-TTAATTCAATTG--AATTAAAATCGCTCTCATCGATTTATTT
gi|1 : CTGATC-CGCTGAATTGATGGGTGTTATAATTTAAC-T---G-T--TGC---TCTCTCCAAATGAACTGGTG---------A----CATCA---------A--A-AA--C-------TGAATTG----AATT----ATTGC-T----TCACTTTAATTG------TAGCACACTGATTGAATTATT--------GCTC----TTTTTC-CATTGAATGT-----CAT---TAATTCAG------TAATATT-TCCACCACACTTA--TG-CAC--CCA--T-TA-----------A--ATCTAT--A-A-TAC-TGTTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATCTTTG-TGAGCA-----TC-AAATC-AAT---T---AT-TGCTTTC-ATCAACTG-CATAAATGTAAAC-TTCAAA-TCA---ATTACA----AATGTATTGCTCT----CAGACTCA---TCA--GTTGA--ATTGATG-CACACATTAAT---------GT-TGATGAGAGCAATAAT--TAATTTGA--TGTGCAC------ATTAA-----------TTC-AATTGATG-AGAGCATTAA-TTG-ATTTGCTGTATTCA-TTAATTCAGTTGGTAATTAAGA--GCATTAATTGATTTATTT
gi|10 : g----CGTATTTAATAT-----TGCATTGA------------CGATTTTATTCACTATTCT--------GC--GGA--TTCG-----------ATGAT---C--ACG-TAT-TGTTCCTTTT-C--AATGAAT--C------------GCAT-TTA-ATCAATG-CGCACA-----GG-AATTG-AAT---G---AT-TGCTCTC-CTCAGTTG-AACTAATGTGCGC-AATAAT-TCA---TTTAtg
gi|10 : aATCGCATTTAATCAATGCGCACAGGAATTGAAT-G---A-T--TGC---TCTCCTCAGTTGAACTAATGT------GCG----CA---------------------A-------T-AATT-----CATtacaacaaaattgaagata
gi|11 : ataaACTCA--TG-CGC--GCATGT-CT-----------G--AT---T--AGG-CAT-TGCGT----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGACATTAATG-CGCGCA-----AC-GATCC-ATT---T---A----------A-CAGT-----TTGATGCGCAC-GTCAAA-T---------CA----AAT-TATTGATAT----TG---T-A---TTA---TTGA--Atcattgaaaaggaacaatacgtgatcatcgaatccgcagaatagtgaataaaatcgtcaatgcaatattaaatacgtacaacaaaattgaagata
gi|11 : c-AAT-T---A-T--TGCGGCTCTCT-------AACTCATGC------GCG----CAT----------------GT--C-------T-GATT-----AGGC----ATTGCGT----TCA--TCAATTGACATTAATGCGCGC--AACGATCCATT--------tagagagccgcaataattg
gi|12 : cttcaataatacaatatcaataatttgatttgacgtgcgcatcaaactgttaGTGCA-----TC-ACATT-ATT---T---AT-TGTTGTC-ATCAGTCACAACTGAAGCACAC-ATT----T-----ATTTCA----A---TACTGCTCAAAAACA---TCA-----A--ATTTA---TTGATG-AGAGCAAAAAT-----T---G----GTGAGAGCAATAAT--TGATTTGT--TGg
gi|13 : t----T-C--A-----TACC------------A-AT-T---ATTGAAGACACG----------AATTC-AAT---C---AT-TGCGCGC-A---AT---AAATAATGCACAC-ATCATA-TCA---ATCA------------TTGCTCT----CA---T------CA--GTTGA--ATTATTG-CGCACAT--------------T-TGATGAGAGCAGTATT--TGATtacaaatca
gi|14 : ggagcgGAGCAATAATATTGATTTGA--TGTGC-------------------------TC-A-TTGATG-AGAGCATTGA-TTG-ATTTGATGTGGTCA-TCAATTCAATT----------ATTGCTCTCATCAATTTATTT
gi|14 : -ATTGGTA-AGTTCG-----TC-AAATA-AAT---T---GA-TGAGAGC-AATAATTG-AATTGATGACCAC-ATCAAA-TCA---AT--CA----A------TGCTCT----CA---TCA---gacgaacttaccaatggtgcttgtaaaatca
gi|15 : gagcaataatattgatttgatgtgctcatTTGATTCAATGTGTGCAA--ATT-ACT-TGAAA-TGATGC---ACGCATTAATTCTGCTGATGC------ATG----CATCG---------A--A-AT--A-------T-AATC-----ATTA----ATCGC-A----TCTATTCAATTG------ATGTGCAC--ATCGAAggtgcttgtaaaatca
gi|16 : tccaccac-C--A-----T--C------------A-AC-TGA-ATTAATT-GGAGCA-----AC-AATTG-AAT---T---AC-TAGT-------AATTG-CAT--------GC-TTCAAA-TTA---ATCA--------T-TAT-ACCCT----CT---TCA---T-----TTGG--ATTAATG-TCCGCATTAATTCAAAT---AT-T-ATGAGAGCttat
gi|17 : TGCGCGCAATA--T-AATAC---A-T--GAC---TGT----AATTGAACTGATGC------GCA----CATCA---------A--ATAA--A-------T-AATT-----TATT----ATTGC-TCTTATCAATTCAATTG------TTGgc
gi|19 : aatatttccacATTAA--TG-TGT--GCA--T-CA-----------A--AT---T--A-----T-TACTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGT-ATAGATT-TGTGTA-----TC-AATTT-CATATAT---GT-TACTCTC-ATCAATTA-AATCGATaaagtcaa
gi|2 : aattgaCTCATT-CATTCAATTAATGTGTATAATAATT-AAA-T---AAT--TGC---TCTTTTCAATTGAATTAATGATATTTGGAGATATCTTCA---------ACCG-ATCCA-------C-AATTGGACCAATG----CTCTC-T----TTAACAAAATTA------ATGCACAC--ATCAATCCCTT--------GCACAAAAG----CGTTGTAAATGA-----TAC----AA----GATATTTTAATATT-TT-ATCAT--TTA--TA-C-CAAGCT--C-CA-----------A--AT---T--A-A-AAT-TATCC----T-C--T-----T--C------------A--T-TAA-AT----G-CGCGCA-----TT-AATTG-AGT---A---AT--GCGAGC-AATAATTG-AATCAACGCGAAC-TTGAAC-TAA---ATTA-A----TAT-TAT----------CA---TTA---T----GT-GG--ATCACTG-CTCAAATCAAT-----TCAAGC--AATGAGAGCTAAAAA--TGATTTGA--TGCACGC------ATTAG-----------TTC-AATTGAGG-AGAGCAAT-A-TTA-ATT
gi|20 : -TAATAAGAGCAAAAAC--TGATTTGA--TGC-CGC------ATTAA-----------TTC-AATTAATG-TGAGC---AA-TTC-ATTTAATATAAGAA-TTAATTCAATTa
gi|21 : gTC----T----CAAATTAGATTT-----TGC---GC-----G------CAATATT-TT-ACAACACTGG--TG-CGC--GCA--T-CA-----------A--TT---C--A----AC-TGCT
gi|22 : gtcatttataccgagA--T-CA-----------A--AT---T--A-AGTAT-TGTTT----T-C--A-----T--C------------A-AT-TCA-GTTCTTG-CGCGCT-----TG-AATTC-AAT---T---AT-TGCGTGC-AATAATGG-AATTGATgc
gi|23 : tAAGTTT-----TGC---GA-----G------CAATAAC-TCCACCAC----A--TA-CGC---------CG-----------A--A-------A-A----------------C--A-----T--C------------G-AC-TGA-ATTGATG-
gi|24 : ataccaaattccaa-TAT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-AGC--TTTATG-CGCGCA-----TC-AAATC-TATTA-T---AT-TGCTCTC-ATTGATTG-AGTTagaacaa
gi|25 : TTAAT-----TCA-GT-TAAAGAGAGCAATAAT--T----TAA--CCCGCGC------ATTAA-----------C-C-AATTAAAG-AGAGCAATAA-TTG-ATTcatgtaa
gi|26 : -A-TCT-TGCCC----T-C--T-----T--C------------A-AT-TCA-ATTAATG-CACGCA-----TA-AAGT--AAC---T---TT-TGCTCTC-AGTAATTG-AATTAA
gi|28 : GCACAG----TT-AATTC-AAC---TTAAATGTGCTTTT-ATTAATTC-AGTCGATGCGCGT-ATTAAA-T
gi|29 : aTTTGA--TGTGCGC------ATTAA-----------TTG-AACTGACG-GGAACAGTAA--TG-ATT
gi|3 : TCTTTAAAAGAATAGATGC------GCG----CATTATTTCCTTATA--C-AT--AATCATTGT-AACT-----AATTTAAGATATC-T----TCAGTTGAATTA------AAGAGATC--ATCGAATCATTCATACCAAGCTC---------CAAATTAAATTT-----TGC----AA----G------CAATATT-TTCACCACGTTGA--TG-CGC--GCA--T-CA-----------A---T---TCCA-A-TAGATGAGA----G-C--A-----A--A------------A-AT-TTA-TTTGATG-TGCGCA-----TC-ACTTCTAA-----------------C-AT-------------TGCGTGC-A--ATA-TCA---ATTAC------------TGCCCG----CA-----A---TAA--ATC-A--ATTCATT-CTCGCATTACT-----TA--GG-TGAGAAGAGCGATAAT--TGATTgtgtaggtctcatta
gi|30 : tTG-CGCGCGGT---TC-AATTC-AAT---T---AT-TGCTTTC-ATTAATTC-AGTTGATGTGCGC-ATCAAA-
gi|31 : TTAAATTT-----TGC----------G------C-ACATT-TT-GCAACACTTG--TGTCGC--GCA--A-CA-----------A--
gi|4 : T-TGA-AAT-ATT-TGCGCAGCGGTTC-AATTC-A-T---T---AT-TGCTTTC-ATTAATTC-AGTTGATGTGCGC-ATCAAA-TC-------AC------AT-TCTTGCTCT----CA---TC-----CA---TAGA--G---------------AA-------------TAATGACAGCAATGA----------A--TGCGTGC------ATTAA-----------CTA-AACCGATGAAAAGCGATTA-TTA-ATTCGAAG-GTGCA-TTAATTCCATT----------ATTGCTCTCATtaca
gi|5 : caaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaT-TGA-ATATTTG-CGCGCGGT---TC-AATTC-AAT---T---AT-TGCTTTC-ATTAATTC-AGTTGATGTGCGC-ATCAAA-TC-------AC------AT-TCTTGCTCT----CA---TC-----CA---TAGA-----GA--------ATCA----------------ATGACAGCAATGA----------A--TGCGTGC------ATTAA-----------CTA-AACCGATG-AAAGCGATTA-TTA-ATTCGAAGCGTGCA-TTAATTCCATT----------ATTGCTCTCATattatttcactttaataagtagagaggcg
gi|5 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgtttta------------A-ATGTGA-TTTGATG-CGCACA-----TC-AACTG-AAT---T---AA-TGAAAGC-AATAATTG-AATTGAACCGCGC-G-CAAA-T-----ATT-CA----AAT-TATTTCACT----T----TAA---TAA--GTAGA-----GAGG-CGCattatttcactttaataagtagagaggcgc
gi|6 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaataatggaattaatgcacgcttcgaattaataatcgctttcatcggtttagttaatgcacgcattcattgctgtcattgattctctatggatgagagcaag--------GCTC---------CAAATTAAATTT-----TGC---GA-----G------CAATAAT-TTCACTACAATGG--TG-TGA--GCA--T-TA-----------A--A------------AT-T----------T--A-----T---------------A-GT-TGA-ATTGATG-CGAGCA-----TC-AAATC-AATTGCT---AT-TGCACTC-ATCGACTT-AATTAATATGCGC-TGTAAA-TCATGCATTATAATTTAAT-TATTG--CG----CA---GCA---GTA--ATGGAATATTGATG-CGCACATCAAT-----TTC-AT-TGATGAGAGCAATAAT--TATTTTGA--TGCG
gi|7 : ttcaaaagaataaacaaagagatcgaA-----------A--AT---C--A-A-TAT-TGCTC----T-C--------T--C------------A-AC-TGA-ATTAATG-TACA-A--------AAATC-AAT---T---AT-TG-TCTCAATCAACTG-AATT-ATGTGTACAATCAAA-T----------------AT-TATTGC-CT----CA---TCAATTTCAACGTTAA--ATCAAT--------T--AT-----T---GTCTCAT-----C-ATAAC--TGAATTAA--TGTACACGTGTAAATTAATTATGTTTCTCTTC-AATTGA-----------AG-TTG-AT---ATGCGCGCATTTATTTCAATTt
gi|8 : catATTAAATTTATTTATAC---CAA----G------CAATATT-TCCACCACATTAA--TG-CAC--ACA--T-CATTTAAGTAGTGA--AT---T--A-G-TA--TGCAC----TACAAA-----T--CGATTATGTTTTAA-AT-TGA-A-TGATG-CGCGCA-----TTAAATTC-TAC---C---AT-TGCACTC-ATCAA-TG-AA-TAATGCGCAC-AGCAAA-CCA---GT---A----AA-----TGCTC----------TCG---TCA--GTTAC--ATTGATATTGTACATTAA
gi|9 : agatcATTAAATTT------GC---GA-----G------CAATAAT-TTCACCAC-CTTAAATG-CGC--G---------------------------------------GC-----------A-----T--C------------A-GT-TGA-ATTAAT----------------AAAAC-AAT---T---AC-CGT--------GATTG-AATTGATATGTGC-TTCAAAATCA---AGTACT----AGT-AATC-CTCT----C----------------TTCA--ATTCA--------ATTAAT-----T-----------AGAGCAAAAAT---AATTTTAATTACGCGC------ATTAA-----------TTCAAATTGAAA-AGAGCAATAACTTGAATTTGATc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTATAATTATTTAGATAGGCCGATCTCCAATATTGAATGAAAGAGATTACCAAGCTCCAAATAAAATTTCGCGAGCACAAATTTATGCGCCCATCAATT
Unaligned ( gi|27 ): ATGCAAAATCATTGTAAATATTCAACGATATCTTTAACTGAATTAAACAGATCATCAGA
Alignments
lowQualScore : 1 1 1111111111 111 666666666666666666666666666666666666666666666 2222222222222 111111 111111 11 22222222 444444444 11111 44444444444444444 2222222222222222222222222222 111111111111 11111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 1111 1111
lowQualScore : 1 3 0 1 1 5 0 3 6666666666 111 555 1 777777777777777777777777777777777777777777777 5 4444444444444 2 666666 5 1 999999 11 1 99999999 666666666 77 00000 33333333333333333 4 5 66 5555 3 44 66 9999999999999999999999999999 22 777777 2 77777777 33 222222222222 2 2 0 33 3 2 22222222 1 22 777 333 44 55 666 33 44 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 555 444 0 0 44 3 3 1 3 55 0 4 4 4 1 0 6 1 5 666666 2222 4444 2
lowQualScore : . . . . . . . . .......... ... ... . ............................................. . ............. . ...... . . ...... .. . ........ ......... .. ..... ................. . . .. .... . .. .. ............................ .. ...... . ........ .. ............ . . . .. . . ........ . .. ... ... .. .. ... .. .. ............................................................................................................. ... ... . . .. . . . . .. . . . . . . . . . ...... .... .... .
lowQualScore : 0 3 7 0 4 6 8 3 2222222222 777 666 9 666666666666666666666666666666666666666666666 7 6666666666666 2 222222 7 0 222222 00 4 00000000 666666666 33 00000 22222222222222222 0 0 99 6666 1 22 88 9999999999999999999999999999 99 777777 5 00000000 44 111111111111 4 1 1 22 4 0 00000000 9 88 000 555 88 77 444 66 22 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 000 999 6 2 22 6 6 6 6 55 1 1 0 0 4 8 3 0 7 444444 1111 2222 0
consensus : NCTNATC-CGTTNAATCAATGCGCGCAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGC------GCG----CATCA---------A--A-AT--A-------T-AATT-----AATN----ATCGC-T----TCAATTCAATTG------ATGCGCAC--ATCGAACCATT--------GCTC----T----CGNATTAAATTT-----TGC---GAA----G------CAATATT-TTCACCACACTNA--TG-CGC--GCAT--CA-----------A--AT---T--A-A-T-AT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATTGATG-CGCGCA-----TC-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCTCTCA-TCAATTG-AATTGATGCGCGCA-TCAA-------------A-TCA---ATTACA----A----------AT-TATTGCTCT----CA---TCATCAGTTGA--ATTGATG-CGCAC------ATTAATT---GTTGATGAGAGCAAT---AAT--TGATTTGA--TGCGCGCA-TTAATTC-AATTGATG-AGAG--CAATAA-TTG-ATTTGATGCGTGC-AT------TAATTCAATT----ATT----GCTCTCATCAATTTATTT
Reference ( family-2356 ) : NCTNATC-CGTTNAATCAATGCGCGCAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGC------GCG----CATCA---------A--A-AT--A-------T-AATT-----AATN----ATCGC-T----TCAATTCAATTG------ATGCGCAC--ATCGAACCATT--------GCTC----T----CGNATTAAATTT-----TGC---GAA----G------CAATATT-TTCACCACACTNA--TG-CGC--GCAT--CA-----------A--AT---T--A-A-T-AT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATTGATG-CGCGCA-----TC-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCTCTCA-TCAATTG-AATTGATGCGCGCA-TCAA-------------A-TCA---ATTACA----A----------AT-TATTGCTCT----CA---TCATCAGTTGA--ATTGATG-CGCGC------ATTAATT---GTTGATGAGAGCAAT---AAT--TGATTTGA--TGCGCGCA-TTAATTC-AATTGATG-AGAG--CAATAA-TTG-ATTCGATGCGNGC-AT------TAATTCAATT----ATT----GCTCTCATCGATTTATTT
gi|1 : CTGATC-CGCTGAATTGATGGGTGTTATAATTTAAC-T---G-T--TGC---TCTCTCCAAATGAACTGGTG---------A----CATCA---------A--A-AA--C-------TGAATTG----AATT----ATTGC-T----TCACTTTAATTG------TAGCACACTGATTGAATTATT--------GCTC----TTTTTC-CATTGAATGT-----CAT---TAATTCAG------TAATATT-TCCACCACACTTA--TG-CAC--CCAT--TA-----------A--ATCTAT--A-A-T-AC-TGTTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATCTTTG-TGAGCA-----TC-A-AATC-AAT---T---AT--TGCTTTCA-TCAACTG-CATAAATGTAAACT-TCAA-------------A-TCA---ATTACA----A----------ATGTATTGCTCT----CAGACTCATCAGTTGA--ATTGATG-CACAC------ATTAAT----GTTGATGAGAGCAAT---AAT--TAATTTGA--TGTGCACA-TTAATTC-AATTGATG-AGAG--CATTAA-TTG-ATTTGCTGTATTC-AT------TAATTCAGTTGGTAATTAAGAGCATTAATTGATTTATTT
gi|10 : g----CGTATTTAATAT-----TGCATTGA------------CGATTTTATTCACTATTCT--------GC--GGATT-CG-----------ATGAT---C--ACG-T-AT-TGTTCCTTTT-C--AATGAAT--C------------GCAT-TTA-ATCAATG-CGCACA-----GG-A-ATTG-AAT---G---AT--TGCTCTCC-TCAGTTG-AACTAATGTGCGCA-ATAA-------------T-TCA---TTTAtg
gi|10 : aATCGCATTTAATCAATGCGCACAGGAATTGAAT-G---A-T--TGC---TCTCCTCAGTTGAACTAATGT------GCG----CA---------------------A-------T-AATT-----CATtacaacaaaattgaagata
gi|11 : ataaACTCA--TG-CGC--GCATGTCT-----------G--AT---T--A-GGC-AT-TGCGT----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGACATTAATG-CGCGCA-----AC-G-ATCC-ATT---T---A----------A--CAGT-----TTGATGCGCACG-TCAA-------------A-T---------CA----A----------AT-TATTGATAT----TG---T-ATTA-TTGA--Atcattgaaaaggaacaatacgtgatcatcgaatccgcagaatagtgaataaaatcgtcaatgcaatattaaatacgtacaacaaaattgaagata
gi|11 : c-AAT-T---A-T--TGCGGCTCTCT-------AACTCATGC------GCG----CAT----------------GT--C-------T-GATT-----AGGC----ATTGCGT----TCA--TCAATTGACATTAATGCGCGC--AACGATCCATT--------tagagagccgcaataattg
gi|12 : cttcaataatacaatatcaataatttgatttgacgtgcgcatcaaactgttaGTGCA-----TC-ACATT--ATT---T---AT--TGTTGTCA-TCAGTCACAACTGAAGCACACA-TT-----------------T-----ATTTCA----A-------------TACTGCTCAAAAACA---TCA--AATTTA---TTGATG-AGAGC------AAAAATT---G---GTGAGAGCAAT---AAT--TGATTTGT--TGg
gi|12 : tGATTTGTAC-AA------CAAATCAATT----ATT----GCTCTCACCAATTTtacaaatca
gi|13 : tgtgcatcacattatttattgttgtcatcagtcacaactgaagcacacatttatttcaatactgctcaaaaacatcaaatttattgatgagagcaa----T-C--A-----TACC------------A-AT-T---ATTGAAGACACG----------A-ATTC-AAT---C---AT--TGCGCGCA----AT---AAATAATGCACACA-TCAT-------------A-TCA---ATCA----------------------TTGCTCT----CA---T---CAGTTGA--ATTATTG-CGCAC------AT---------TTGATGAGAGCAGT---ATT--TGATa
gi|14 : ggagcgGAGCAAT---AATATTGATTTGA--TGTGC---------TC-A-TTGATG-AGAG--CATTGA-TTG-ATTTGATGTGGTC-AT------CAATTCAATT----ATT----GCTCTCATCAATTTATTT
gi|14 : TGA--TG-TGG--TCAT--CA-----------A--TT---C--A-A-TTAT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TTA-TTTGACG-AACTTA-----CC-A-ATgacgaacttaccaatggtgcttgtaaaatca
gi|15 : gagcaataatattgatttgatgtgctcattgatgagagcattgattgattTTGATTCAATGTGTGCAA--ATT-ACT-TGAAA-TGATGC---ACGCATTAATTCTGCTGATGC------ATG----CATCG---------A--A-AT--A-------T-AATC-----ATTA----ATCGC-A----TCTATTCAATTG------ATGTGCAC--ATCGAAggtgcttgtaaaatca
gi|16 : tccaccacAAT---ATT--TGAATTAA--TGCGGACA-TTAATCC-AAATGAAG-AGGGTATAATGA-TTA-ATTTGAAGCATGCAATTACTAGTAATTCAATT----GTT----GCTCCAATTAATTCAGTTttat
gi|17 : gctctcatTGCGCGCAATA--T-AATAC---A-T--GAC---TGT----AATTGAACTGATGC------GCA----CATCA---------A--ATAA--A-------T-AATT-----TATT----ATTGC-TCTTATCAATTCAATTG------TTGgatggc
gi|19 : aatatttccacATTAA--TG-TGT--GCAT--CA-----------A--AT---T--A------T-TACTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGT-ATAGATT-TGTGTA-----TC-A-ATTT-CATATAT---GT--TACTCTCA-TCAATTA-AATCGATaaagtcaa
gi|2 : aattgaCTCATT-CATTCAATTAATGTGTATAATAATT-AAA-T---AAT--TGC---TCTTTTCAATTGAATTAATGATATTTGGAGATATCTTCA---------ACCG-ATCCA-------C-AATTGGACCAATG----CTCTC-T----TTAACAAAATTA------ATGCACAC--ATCAATCCCTT--------GCACAAAAG----CGTTGTAAATGA-----TAC----AA----GATATTTTAATATT-TT-ATCAT--TTA--TA-C-CAAGCTC--CA-----------A--AT---T--A-A-A-AT-TATCC----T-C--T-----T--C--------------AT-TAA-----ATG-CGCGCA-----TT-A-ATT--GAG---T---AA--TGCGAGCA-ATAATTG-AATCAACGCGAACT-TGAA-------------C-TAA---ATTA-A----T----------AT-TA------T----CA---TTAT--G-TGG--ATCACTG-CTCAA------ATCAATTCAAG-CAATGAGAGCTAA---AAA--TGATTTGA--TGCACGCA-TTAGTTC-AATTGAGG-AGAG--CAAT-A-TTA-ATT
gi|20 : TAATAAGAGCAAA---AAC--TGATTTGA--TGC-CGCA-TTAATTC-AATTAATG-TGAG--C---AA-TTC-ATTTAATATAAGA-AT------TAATTCAATT----a
gi|21 : gTC----T----CAAATTAGATTT-----TGC---GC-----G------CAATATT-TT-ACAACACTGG--TG-CGC--GCAT--CA-----------A--TT---C--A-----AC-TGCT
gi|22 : gtcatttataccgagAT--CA-----------A--AT---T--A-AGT-AT-TGTTT----T-C--A-----T--C------------A-AT-TCA-GTTCTTG-CGCGCT-----TG-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCGTGCA-ATAATGG-AATTGATgc
gi|23 : tAAGTTT-----TGC---GA-----G------CAATAAC-TCCACCAC----A--TA-CGC--------CG-----------A--A-------A-A-----------------C--A-----T--C------------G-AC-TGA-ATTGATG-
gi|24 : ataccaaattccaa-T-AT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-AGC--TTTATG-CGCGCA-----TC-A-AATC-TAT---T---ATATTGCTCTCA-TTGATTG-AGTTagaacaa
gi|25 : TTAATTCA-GTTAAAGAGAGCAAT---AAT--T----TAA--CCCGCGCA-TTAAC-C-AATTAAAG-AGAG--CAATAA-TTG-ATTcatgtaa
gi|26 : -A-T-CT-TGCCC----T-C--T-----T--C------------A-AT-TCA-ATTAATG-CACGCA-----TA-A-AGT--AAC---T---TT--TGCTCTCA-GTAATTG-AATTAA
gi|28 : GCACAG----TT-A-ATTC-AAC---TTAAATG-TGCTTTTA-TTAATTC-AGTCGATGCGCGTA-TTAA-------------A-T
gi|29 : aTTTGA--TGTGCGCA-TTAATTG-AACTGACG-GGAA--CAGTAA--TG-ATT
gi|3 : TCTTTAAAAGAATAGATGC------GCG----CATTATTTCCTTATA--C-AT--AATCATTGT-AACT-----AATTTAAGATATC-T----TCAGTTGAATTA------AAGAGATC--ATCGAATCATTCATACCAAGCTC---------CAAATTAAATTT-----TGC----AA----G------CAATATT-TTCACCACGTTGA--TG-CGC--GCAT--CA-----------A---T---TCCA-A-T-AGATGAGA----G-C--A-----A--A------------A-AT-TTA-TTTGATG-TGCGCA-----TC-A-CTTCTAA------------------CA-T-------------TGCGTGCA---AT-------------A-TCA---ATTAC----------------------TGCCCG----CA-----ATAAATC-A--ATTCATT-CTCGC------ATTACTTA--GGTGAGAAGAGCGAT---AAT--TGATTgtgtaggtctcatta
gi|30 : tTG-CGCGCGGT---TC-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCTTTCA-TTAATTC-AGTTGATGTGCGCA-TCAA-------------A-
gi|31 : TTAAATTT-----TGC----------G------C-ACATT-TT-GCAACACTTG--TGTCGC--GCAA--CA-----------A--
gi|4 : T-TGA-AAT-ATT-TGCGCAGCGGTTC-A-ATTC-A-T---T---AT--TGCTTTCA-TTAATTC-AGTTGATGTGCGCA-TCAA-------------A-TC-------AC----------------AT-TCTTGCTCT----CA---TC--CA-TAGA--G---------------------AA-------TAATGACAGCAAT---GA----------A--TGCGTGCA-TTAACTA-AACCGATGAAAAG--CGATTA-TTA-ATTCGAAG-GTGC-AT------TAATTCCATT----ATT----GCTCTCATtaca
gi|5 : caaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaT-TGA-ATATTTG-CGCGCGGT---TC-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCTTTCA-TTAATTC-AGTTGATGTGCGCA-TCAA-------------A-TC-------AC----------------AT-TCTTGCTCT----CA---TC--CA-TAGA-----GA--------------ATCA----------ATGACAGCAAT---GA----------A--TGCGTGCA-TTAACTA-AACCGATG-AAAG--CGATTA-TTA-ATTCGAAGCGTGC-AT------TAATTCCATT----ATT----GCTCTCATattatttcactttaataagtagagaggcg
gi|5 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgtttta------------A-ATGTGA-TTTGATG-CGCACA-----TC-A-ACTG-AAT---T---AA--TGAAAGCA-ATAATTG-AATTGAACCGCGCG--CAA-------------A-T-----ATT-CA----A----------AT-TATTTCACT----T----TAATAAGTAGA-----GAGG-CGCattatttcactttaataagtagagaggcgc
gi|6 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaataatggaattaatgcacgcttcgaattaataatcgctttcatcggtttagttaatgcacgcattcattgctgtcattgattctctatggatgagagcaag--------GCTC---------CAAATTAAATTT-----TGC---GA-----G------CAATAAT-TTCACTACAATGG--TG-TGA--GCAT--TA-----------A--A-------------AT-T----------T--A-----T---------------A-GT-TGA-ATTGATG-CGAGCA-----TC-A-AATC-AATTGCT---AT--TGCACTCA-TCGACTT-AATTAATATGCGCT-GTAA-------------A-TCATGCATTATAATTTA----------AT-TATTG--CG----CA---GCAGTAATGGAATATTGATG-CGCAC------ATCAATTTC-ATTGATGAGAGCAAT---AAT--TATTTTGA--TGCG
gi|7 : ttcaaaagaataaacaaagagatcgaA-----------A--AT---C--A-A-T-AT-TGCTC----T-C--------T--C------------A-AC-TGA-ATTAATG-TACAAA--------A-AT-C-AAT---T---AT--TG-TCTCAATCAACTG-AATT-ATGTGTACAATCAAATATTATTGCCTCA-TCA---ATTTCA----ACGTTAAATCAAT-TATTG-TCT----CA---TCAT-AACTGA--ATTAATG-TACACGTGTAAATTAATTAT-GTTTCTCTT--CAATTGAAGT--TGAT---A--TGCGCGCATTTATTTC-AATT-ATG-t
gi|8 : ATTAAATTTATTTATAC---CAA----G------CAATATT-TCCACCACATTAA--TG-CAC--ACAT--CATTTAAGTAGTGA--AT---T--A-G-T-A--TGCAC----TACAAA-----T--CGATTATGTTTTAA-AT-TGA-A-TGATG-CGCGCA-----TTAA-ATTC-TAC---C---AT--TGCACTCA-TCAA-TG-AA-TAATGCGCACA-GCAA-------------A-CCA---GT---A----A----------A-----TGCTC----------TCGTCAGTTAC--ATTGATATTGTAC------ATTAA
gi|9 : agatcATTAAATTT------GC---GA-----G------CAATAAT-TTCACCAC-CTTAAATG-CGC--G---------------------------------------GC-----------A-----T--C------------A-GT-TGA-ATTAAT----------------A-AAAC-AAT---T---AC--CGT--------GATTG-AATTGATATGTGCT-TCAA-------------AATCA---AGTACT----A----------GT-AATC-CTCT----C-----------TTCA--ATTCA--------------ATTAATT----------AGAGCAAA---AAT---AATTTTAATTACGCGCA-TTAATTCAAATTGAAA-AGAG--CAATAACTTGAATTTGATc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTATAATTATTTAGATAGGCCGATCTCCAATATTGAATGAAAGAGATTACCAAGCTCCAAATAAAATTTCGCGAGCACAAATTTATGCGCCCATCAATT
Unaligned ( gi|27 ): ATGCAAAATCATTGTAAATATTCAACGATATCTTTAACTGAATTAAACAGATCATCAGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1111111111 111 666666666666666666666666666666666666666666666 2222222222222 111111 111111 11 22222222 444444444 11111 44444444444444444 2222222222222222222222222222 111111111111 11111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 11111111111 111111 1111 1111
lowQualScore : 1 3 0 1 1 5 0 3 6666666666 111 555 1 777777777777777777777777777777777777777777777 5 4444444444444 2 666666 5 1 999999 11 1 99999999 666666666 77 00000 33333333333333333 4 5 66 5555 3 44 66 9999999999999999999999999999 22 777777 2 77777777 33 222222222222 2 2 0 33 3 2 22222222 1 22 777 333 44 55 2 44 33 333 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555 0 44 000000 77777777777 3 6 3 55 11 2 3 3 4 5 5 444444 0000 4444 0
lowQualScore : . . . . . . . . .......... ... ... . ............................................. . ............. . ...... . . ...... .. . ........ ......... .. ..... ................. . . .. .... . .. .. ............................ .. ...... . ........ .. ............ . . . .. . . ........ . .. ... ... .. .. . .. .. ... . ................................................................................... ... . .. ...... ........... . . . .. .. . . . . . . ...... .... .... .
lowQualScore : 0 3 7 0 4 6 8 3 2222222222 777 666 9 666666666666666666666666666666666666666666666 7 6666666666666 2 222222 7 0 222222 00 4 00000000 666666666 33 00000 22222222222222222 0 0 99 6666 1 22 88 9999999999999999999999999999 99 777777 5 00000000 44 111111111111 4 1 1 22 4 0 00000000 9 88 000 555 88 77 0 44 66 666 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 999 6 22 555555 33333333333 6 1 6 00 88 9 6 6 2 0 0 444444 6666 2222 7
consensus : NCTNATC-CGTTNAATCAATGCGCGCAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGC------GCG----CATCA---------A--A-AT--A-------T-AATT-----AATN----ATCGC-T----TCAATTCAATTG------ATGCGCAC--ATCGAACCATT--------GCTC----T----CGNATTAAATTT-----TGC---GAA----G------CAATATT-TTCACCACACTNA--TG-CGC--GCAT--CA-----------A--AT---T--A-A-T-AT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATTGATG-CGCGCA-----TC-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCTCTC-ATCAATTG-AATTGATGCGCGC-ATCAAA-TCA---ATTACA----AAT-TATTGCTCT----CA---TCA---TCA--GTTGA--ATTGATG-CGCACATTAATT---GT-TGATGAGAGCAATAAT--TGATTTGA--TGCGCGC------ATTAA-----------TTC-AATTGANGAGA-G--CAATAA-TTG-ATTTGATGCGTGC-A-T------TAATTCAATT----ATT----GCTCTCATTAATTTATTT
Reference ( family-2356 ) : NCTNATC-CGTTNAATCAATGCGCGCAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGC------GCG----CATCA---------A--A-AT--A-------T-AATT-----AATN----ATCGC-T----TCAATTCAATTG------ATGCGCAC--ATCGAACCATT--------GCTC----T----CGNATTAAATTT-----TGC---GAA----G------CAATATT-TTCACCACACTNA--TG-CGC--GCAT--CA-----------A--AT---T--A-A-T-AT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATTGATG-CGCGCA-----TC-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCTCTC-ATCAATTG-AATTGATGCGCGC-ATCAAA-TCA---ATTACA----AAT-TATTGCTCT----CA---TCA---TCA--GTTGA--ATTGATG-CGCACATTAATT---GT-TGATGAGAGCAATAAT--TGATTTGA--TGCGCGC------ATTAA-----------TTC-AATTGATGAGA-G--CAATAA-TTG-ATTTGATGCGTGC-A-T------TAATTCAATT----ATT----GCTCTCATCAATTTATTT
gi|1 : CTGATC-CGCTGAATTGATGGGTGTTATAATTTAAC-T---G-T--TGC---TCTCTCCAAATGAACTGGTG---------A----CATCA---------A--A-AA--C-------TGAATTG----AATT----ATTGC-T----TCACTTTAATTG------TAGCACACTGATTGAATTATT--------GCTC----TTTTTC-CATTGAATGT-----CAT---TAATTCAG------TAATATT-TCCACCACACTTA--TG-CAC--CCAT--TA-----------A--ATCTAT--A-A-T-AC-TGTTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATCTTTG-TGAGCA-----TC-A-AATC-AAT---T---AT--TGCTTTC-ATCAACTG-CATAAATGTAAAC-TTCAAA-TCA---ATTACA----AATGTATTGCTCT----CAGACTCA---TCA--GTTGA--ATTGATG-CACACATTAAT----GT-TGATGAGAGCAATAAT--TAATTTGA--TGTGCAC------ATTAA-----------TTC-AATTGATGAGA-G--CATTAA-TTG-ATTTGCTGTATTC-A-T------TAATTCAGTTGGTAATTAAGAGCATTAATTGATTTATTT
gi|10 : g----CGTATTTAATAT-----TGCATTGA------------CGATTTTATTCACTATTCT--------GC--GGATT-CG-----------ATGAT---C--ACG-T-AT-TGTTCCTTTT-C--AATGAAT--C------------GCAT-TTA-ATCAATG-CGCACA-----GG-A-ATTG-AAT---G---AT--TGCTCTC-CTCAGTTG-AACTAATGTGCGC-AATAAT-TCA---TTTAtg
gi|10 : aATCGCATTTAATCAATGCGCACAGGAATTGAAT-G---A-T--TGC---TCTCCTCAGTTGAACTAATGT------GCG----CA---------------------A-------T-AATT-----CATtacaacaaaattgaagata
gi|11 : ataaACTCA--TG-CGC--GCATGTCT-----------G--AT---T--A-GGC-AT-TGCGT----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGACATTAATG-CGCGCA-----AC-G-ATCC-ATT---T---A-----------A-CAGT-----TTGATGCGCAC-GTCAAA-T---------CA----AAT-TATTGATAT----TG---T-A---TTA---TTGA--Atcattgaaaaggaacaatacgtgatcatcgaatccgcagaatagtgaataaaatcgtcaatgcaatattaaatacgtacaacaaaattgaagata
gi|11 : c-AAT-T---A-T--TGCGGCTCTCT-------AACTCATGC------GCG----CAT----------------GT--C-------T-GATT-----AGGC----ATTGCGT----TCA--TCAATTGACATTAATGCGCGC--AACGATCCATT--------tagagagccgcaataattg
gi|12 : cttcaataatacaatatcaataatttgatttgacgtgcgcatcaaactgttaGTGCA-----TC-ACATT--ATT---T---AT--TGTTGTC-ATCAGTCACAACTGAAGCACAC-ATT----T-----ATTTCA----A---TACTGCTCAAAAACA---TCA-----A--ATTTA---TTGATG-AGAGCAAAAATT---G----GTGAGAGCAATAAT--TGATTTGT--TGg
gi|12 : tTGATTTGTAC-A-A------CAAATCAATT----ATT----GCTCTCACCAATTTtacaaatca
gi|13 : tgtgcatcacattatttattgttgtcatcagtcacaactgaagcacacatttatttcaatactgctcaaaaacatcaaatttattgatgagagcaa----T-C--A-----TACC------------A-AT-T---ATTGAAGACACG----------A-ATTC-AAT---C---AT--TGCGCGC-A---AT---AAATAATGCACAC-ATCATA-TCA---ATCA------------TTGCTCT----CA---T------CA--GTTGA--ATTATTG-CGCACAT---------T-TGATGAGAGCAGTATT--TGAT
gi|14 : ggagcgGAGCAATAATATTGATTTGA--TGTGC-------------------------TC-A-TTGATGAGA-G--CATTGA-TTG-ATTTGATGTGGTC-A-T------CAATTCAATT----ATT----GCTCTCATCAATTTATTT
gi|14 : TGA--TG-TGG--TCAT--CA-----------A--TT---C--A-A-TTAT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TTA-TTTGACG-AACTTA-----CC-A-ATgacgaacttaccaatggtgcttgtaaaatca
gi|15 : gagcaataatattgatttgatgtgctcattgatgagagcattgattgattTTGATTCAATGTGTGCAA--ATT-ACT-TGAAA-TGATGC---ACGCATTAATTCTGCTGATGC------ATG----CATCG---------A--A-AT--A-------T-AATC-----ATTA----ATCGC-A----TCTATTCAATTG------ATGTGCAC--ATCGAAggtgcttgtaaaatca
gi|16 : tccaccacAATATT--TGAATTAA--TGCGGAC------ATTAA-----------TCC-AAATGAAGAGG-GTATAATGA-TTA-ATTTGAAGCATGCAA-TTACTAGTAATTCAATT----GTT----GCTCCAATTAATTCAGTTttat
gi|17 : gctctcatTGCGCGCAATA--T-AATAC---A-T--GAC---TGT----AATTGAACTGATGC------GCA----CATCA---------A--ATAA--A-------T-AATT-----TATT----ATTGC-TCTTATCAATTCAATTG------TTGgatggc
gi|19 : aatatttccacATTAA--TG-TGT--GCAT--CA-----------A--AT---T--A------T-TACTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGT-ATAGATT-TGTGTA-----TC-A-ATTT-CATATAT---GT--TACTCTC-ATCAATTA-AATCGATaaagtcaa
gi|2 : aattgaCTCATT-CATTCAATTAATGTGTATAATAATT-AAA-T---AAT--TGC---TCTTTTCAATTGAATTAATGATATTTGGAGATATCTTCA---------ACCG-ATCCA-------C-AATTGGACCAATG----CTCTC-T----TTAACAAAATTA------ATGCACAC--ATCAATCCCTT--------GCACAAAAG----CGTTGTAAATGA-----TAC----AA----GATATTTTAATATT-TT-ATCAT--TTA--TA-C-CAAGCTC--CA-----------A--AT---T--A-A-A-AT-TATCC----T-C--T-----T--C--------------AT-TAA-----ATG-CGCGCA-----TT-A-ATT--GAG---T---AA--TGCGAGC-AATAATTG-AATCAACGCGAAC-TTGAAC-TAA---ATTA-A----TAT-TA------T----CA---TTA---T----G-TGG--ATCACTG-CTCAAATCAATTCAAG--CAATGAGAGCTAAAAA--TGATTTGA--TGCACGC------ATTAG-----------TTC-AATTGAGGAGA-G--CAAT-A-TTA-ATT
gi|20 : -TAATAAGAGCAAAAAC--TGATTTGA--TGC-CGC------ATTAA-----------TTC-AATTAATGTGA-G--C---AA-TTC-ATTTAATATAAGA-A-T------TAATTCAATT----a
gi|21 : gTC----T----CAAATTAGATTT-----TGC---GC-----G------CAATATT-TT-ACAACACTGG--TG-CGC--GCAT--CA-----------A--TT---C--A-----AC-TGCT
gi|22 : gtcatttataccgagAT--CA-----------A--AT---T--A-AGT-AT-TGTTT----T-C--A-----T--C------------A-AT-TCA-GTTCTTG-CGCGCT-----TG-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCGTGC-AATAATGG-AATTGATgc
gi|23 : tAAGTTT-----TGC---GA-----G------CAATAAC-TCCACCAC----A--TA-CGC--------CG-----------A--A-------A-A-----------------C--A-----T--C------------G-AC-TGA-ATTGATG-
gi|24 : ataccaaattccaa-T-AT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-AGC--TTTATG-CGCGCA-----TC-A-AATC-TAT---T---ATATTGCTCTC-ATTGATTG-AGTTagaacaa
gi|25 : TTAATTCA-GT-TAAAGAGAGCAATAAT--T----TAA--CCCGCGC------ATTAA-----------C-C-AATTAAAGAGA-G--CAATAA-TTG-ATTcatgtaa
gi|26 : -A-T-CT-TGCCC----T-C--T-----T--C------------A-AT-TCA-ATTAATG-CACGCA-----TA-A-AGT--AAC---T---TT--TGCTCTC-AGTAATTG-AATTAA
gi|28 : GCACAG----TT-A-ATTC-AAC---TTAAATG-TGCTTTT-ATTAATTC-AGTCGATGCGCGT-ATTAAA-T
gi|29 : aTTTGA--TGTGCGC------ATTAA-----------TTG-AACTGACGGGA-A--CAGTAA--TG-ATT
gi|3 : TCTTTAAAAGAATAGATGC------GCG----CATTATTTCCTTATA--C-AT--AATCATTGT-AACT-----AATTTAAGATATC-T----TCAGTTGAATTA------AAGAGATC--ATCGAATCATTCATACCAAGCTC---------CAAATTAAATTT-----TGC----AA----G------CAATATT-TTCACCACGTTGA--TG-CGC--GCAT--CA-----------A---T---TCCA-A-T-AGATGAGA----G-C--A-----A--A------------A-AT-TTA-TTTGATG-TGCGCA-----TC-A-CTTCTAA------------------C-AT-------------TGCGTGC-A--ATA-TCA---ATTAC------------TGCCCG----CA-----A---TAA--ATC-A--ATTCATT-CTCGCATTACTTA--GG-TGAGAAGAGCGATAAT--TGATTgtgtaggtctcatta
gi|30 : tTG-CGCGCGGT---TC-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCTTTC-ATTAATTC-AGTTGATGTGCGC-ATCAAA-
gi|31 : TTAAATTT-----TGC----------G------C-ACATT-TT-GCAACACTTG--TGTCGC--GCAA--CA-----------A--
gi|4 : T-TGA-AAT-ATT-TGCGCAGCGGTTC-A-ATTC-A-T---T---AT--TGCTTTC-ATTAATTC-AGTTGATGTGCGC-ATCAAA-TCA-------CA------T-TCTTGCTCT----CA---TC-----CA---TAGA--G---------------AAT--------AATGACAGCAATGA----------A--TGCGTGC------ATTAA-----------CTA-AACCGATGAAAAG--CGATTA-TTA-ATTCGAAG-GTGC-A-T------TAATTCCATT----ATT----GCTCTCATTAAtaca
gi|5 : caaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttT-TGA-ATATTTG-CGCGCGGT---TC-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCTTTC-ATTAATTC-AGTTGATGTGCGC-ATCAAA-TC-------AC------AT-TCTTGCTCT----CA---TC-----CA---TAGA-----GA--------ATCA-----------ATGACAGCAATGA----------A--TGCGTGC------ATTAA-----------CTA-AACCGATGAAA-G--CGATTA-TTA-ATTCGAAGCGTGC-A-T------TAATTCCATT----ATT----GCTCTCATTAAattatttcactttaataagtagagaggcg
gi|5 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgtt------------A-ATGTGA-TTTGATG-CGCACA-----TC-A-ACTG-AAT---T---AA--TGAAAGC-AATAATTG-AATTGAACCGCGC-G-CAAA-T-----ATT-CA----AAT-TATTTCACT----T----TAA---TAA--GTAGA-----GAGG-CGCattatttcactttaataagtagagaggcgc
gi|6 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaataatggaattaatgcacgcttcgaattaataatcgctttcatcggtttagttaatgcacgcattcattgctgtcattgattctctatggatgagagcaag--------GCTC---------CAAATTAAATTT-----TGC---GA-----G------CAATAAT-TTCACTACAATGG--TG-TGA--GCAT--TA-----------A--A-------------AT-T----------T--A-----T---------------A-GT-TGA-ATTGATG-CGAGCA-----TC-A-AATC-AATTGCT---AT--TGCACTC-ATCGACTT-AATTAATATGCGC-TGTAAA-TCATGCATTATAATTTAAT-TATTG--CG----CA---GCA---GTA--ATGGAATATTGATG-CGCACATCAATTTC-AT-TGATGAGAGCAATAAT--TATTTTGA--TGCG
gi|7 : ttcaaaagaataaacaaagagatcgaA-----------A--AT---C--A-A-T-AT-TGCTC----T-C--------T--C------------A-AC-TGA-ATTAATG-TACAAA--------A-AT-C-AAT---T---AT--TG-TCTCAATCAACTG-AATT-ATGTGTACAATCAAA-T----------------AT-TATTGC-CT----CA---TCAATTTCAACGTTAA--AT--------CA-ATT-ATT---GTCTCAT-----C-ATAAC--TGAATTAA--TGTACACGTGTAAATTAATTATGTTTCTCTTC-AATTGA-------------AG-TTG-AT---ATGCGCGC-ATT------TATTTCAATT----ATt
gi|8 : cATTAAATTTATTTATAC---CAA----G------CAATATT-TCCACCACATTAA--TG-CAC--ACAT--CATTTAAGTAGTGA--AT---T--A-G-T-A--TGCAC----TACAAA-----T--CGATTATGTTTTAA-AT-TGA-A-TGATG-CGCGCA-----TTAA-ATTC-TAC---C---AT--TGCACTC-ATCAA-TG-AA-TAATGCGCAC-AGCAAA-CCA---GT---A----AA-----TGCTC----------TCG---TCA--GTTAC--ATTGATATTGTACATTAA
gi|9 : agatcATTAAATTT------GC---GA-----G------CAATAAT-TTCACCAC-CTTAAATG-CGC--G---------------------------------------GC-----------A-----T--C------------A-GT-TGA-ATTAAT----------------A-AAAC-AAT---T---AC--CGT--------GATTG-AATTGATATGTGC-TTCAAAATCA---AGTACT----AGT-AATC-CTCT----C----------------TTCA--ATT-------CA-ATTAATT-----------AGAGCAAAAAT---AATTTTAATTACGCGC------ATTAA-----------TTCAAATTGAAAAGA-G--CAATAACTTGAATTTGATc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTATAATTATTTAGATAGGCCGATCTCCAATATTGAATGAAAGAGATTACCAAGCTCCAAATAAAATTTCGCGAGCACAAATTTATGCGCCCATCAATT
Unaligned ( gi|27 ): ATGCAAAATCATTGTAAATATTCAACGATATCTTTAACTGAATTAAACAGATCATCAGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1111111111 111 666666666666666666666666666666666666666666666 2222222222222 111111 111111 11 22222222 444444444 11111 44444444444444444 2222222222222222222222222222 111111111111 11111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 11111111111 111111 1111
lowQualScore : 1 3 0 1 1 5 0 3 6666666666 111 555 1 777777777777777777777777777777777777777777777 5 4444444444444 2 666666 5 1 999999 11 1 99999999 666666666 77 00000 33333333333333333 4 5 66 5555 3 44 66 9999999999999999999999999999 22 777777 2 77777777 33 222222222222 2 2 0 33 3 2 22222222 1 22 777 333 44 55 2 44 33 333 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555 0 44 000000 77777777777 3 1 44 44 0 3 3 444 7777 0 77 4 4 222222 9999 2222 3
lowQualScore : . . . . . . . . .......... ... ... . ............................................. . ............. . ...... . . ...... .. . ........ ......... .. ..... ................. . . .. .... . .. .. ............................ .. ...... . ........ .. ............ . . . .. . . ........ . .. ... ... .. .. . .. .. ... . ................................................................................... ... . .. ...... ........... . . .. .. . . . ... .... . .. . . ...... .... .... .
lowQualScore : 0 3 7 0 4 6 8 3 2222222222 777 666 9 666666666666666666666666666666666666666666666 7 6666666666666 2 222222 7 0 222222 00 4 00000000 666666666 33 00000 22222222222222222 0 0 99 6666 1 22 88 9999999999999999999999999999 99 777777 5 00000000 44 111111111111 4 1 1 22 4 0 00000000 9 88 000 555 88 77 0 44 66 666 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 999 6 22 555555 33333333333 3 0 00 66 6 9 3 111 1111 3 11 4 4 888888 4444 1111 0
consensus : NCTNATC-CGTTNAATCAATGCGCGCAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGC------GCG----CATCA---------A--A-AT--A-------T-AATT-----AATN----ATCGC-T----TCAATTCAATTG------ATGCGCAC--ATCGAACCATT--------GCTC----T----CGNATTAAATTT-----TGC---GAA----G------CAATATT-TTCACCACACTNA--TG-CGC--GCAT--CA-----------A--AT---T--A-A-T-AT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATTGATG-CGCGCA-----TC-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCTCTC-ATCAATTG-AATTGATGCGCGC-ATCAAA-TCA---ATTACA----AAT-TATTGCTCT----CA---TCA---TCA--GTTGA--ATTGATG-CGCACATTAATT---GT-TGATGAGAGCAATAAT--TGATTTGA--TGCGCGC------ATTAA-----------TTCAA-TTGANG-AGAG--CAATAA-TT-G-A----TTTGATGC-GCGC-A-T------TAATTCAATT----ATT----GCTCTCATTAATTTANTT
Reference ( family-2356 ) : NCTNATC-CGTTNAATCAATGCGCGCAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGC------GCG----CATCA---------A--A-AT--A-------T-AATT-----AATN----ATCGC-T----TCAATTCAATTG------ATGCGCAC--ATCGAACCATT--------GCTC----T----CGNATTAAATTT-----TGC---GAA----G------CAATATT-TTCACCACACTNA--TG-CGC--GCAT--CA-----------A--AT---T--A-A-T-AT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATTGATG-CGCGCA-----TC-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCTCTC-ATCAATTG-AATTGATGCGCGC-ATCAAA-TCA---ATTACA----AAT-TATTGCTCT----CA---TCA---TCA--GTTGA--ATTGATG-CGCACATTAATT---GT-TGATGAGAGCAATAAT--TGATTTGA--TGCGCGC------ATTAA-----------TTCAA-TTGANG-AGAG--CAATAA-TT-G-A----TTTGATGC-GTGC-A-T------TAATTCAATT----ATT----GCTCTCATTAATTTATTT
gi|1 : CTGATC-CGCTGAATTGATGGGTGTTATAATTTAAC-T---G-T--TGC---TCTCTCCAAATGAACTGGTG---------A----CATCA---------A--A-AA--C-------TGAATTG----AATT----ATTGC-T----TCACTTTAATTG------TAGCACACTGATTGAATTATT--------GCTC----TTTTTC-CATTGAATGT-----CAT---TAATTCAG------TAATATT-TCCACCACACTTA--TG-CAC--CCAT--TA-----------A--ATCTAT--A-A-T-AC-TGTTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATCTTTG-TGAGCA-----TC-A-AATC-AAT---T---AT--TGCTTTC-ATCAACTG-CATAAATGTAAAC-TTCAAA-TCA---ATTACA----AATGTATTGCTCT----CAGACTCA---TCA--GTTGA--ATTGATG-CACACATTAAT----GT-TGATGAGAGCAATAAT--TAATTTGA--TGTGCAC------ATTAA-----------TTCAA-TTGATG-AGAG--CATTAA-TT-G-A----TTTGCTGT-ATTC-A-T------TAATTCAGTTGGTAATTAAGAGCATTAATTGATTTATTT
gi|10 : g----CGTATTTAATAT-----TGCATTGA------------CGATTTTATTCACTATTCT--------GC--GGATT-CG-----------ATGAT---C--ACG-T-AT-TGTTCCTTTT-C--AATGAAT--C------------GCAT-TTA-ATCAATG-CGCACA-----GG-A-ATTG-AAT---G---AT--TGCTCTC-CTCAGTTG-AACTAATGTGCGC-AATAAT-TCA---TTTAtg
gi|10 : aATCGCATTTAATCAATGCGCACAGGAATTGAAT-G---A-T--TGC---TCTCCTCAGTTGAACTAATGT------GCG----CA---------------------A-------T-AATT-----CATtacaacaaaattgaagata
gi|11 : ataaACTCA--TG-CGC--GCATGTCT-----------G--AT---T--A-GGC-AT-TGCGT----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGACATTAATG-CGCGCA-----AC-G-ATCC-ATT---T---A-----------A-CAGT-----TTGATGCGCAC-GTCAAA-T---------CA----AAT-TATTGATAT----TG---T-A---TTA---TTGA--Atcattgaaaaggaacaatacgtgatcatcgaatccgcagaatagtgaataaaatcgtcaatgcaatattaaatacgtacaacaaaattgaagata
gi|11 : c-AAT-T---A-T--TGCGGCTCTCT-------AACTCATGC------GCG----CAT----------------GT--C-------T-GATT-----AGGC----ATTGCGT----TCA--TCAATTGACATTAATGCGCGC--AACGATCCATT--------tagagagccgcaataattg
gi|12 : cttcaataatacaatatcaataatttgatttgacgtgcgcatcaaactgttaGTGCA-----TC-ACATT--ATT---T---AT--TGTTGTC-ATCAGTCACAACTGAAGCACAC-ATT----T-----ATTTCA----A---TACTGCTCAAAAACA---TCA-----A--ATTTA---TTGATG-AGAGCAAAAATT---G----GTGAGAGCAATAAT--TGATTTGT--TGg
gi|12 : tTGATTT-GTAC-A-A------CAAATCAATT----ATT----GCTCTCACCAATTTtacaaatca
gi|13 : tgtgcatcacattatttattgttgtcatcagtcacaactgaagcacacatttatttcaatactgctcaaaaacatcaaatttattgatgagagcaa----T-C--A-----TACC------------A-AT-T---ATTGAAGACACG----------A-ATTC-AAT---C---AT--TGCGCGC-A---AT---AAATAATGCACAC-ATCATA-TCA---ATCA------------TTGCTCT----CA---T------CA--GTTGA--ATTATTG-CGCACAT---------T-TGATGAGAGCAGTATT--TGAT
gi|14 : ggagcgGAGCAATAATATTGATTTGA--TGTGC-------------------------TCA--TTGATG-AGAG--CATTGA-TT-G-A----TTTGATGT-GGTC-A-T------CAATTCAATT----ATT----GCTCTCATCAATTTATTT
gi|14 : TGA--TG-TGG--TCAT--CA-----------A--TT---C--A-A-TTAT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TTA-TTTGACG-AACTTA-----CC-A-ATgacgaacttaccaatggtgcttgtaaaatca
gi|15 : gagcaataatattgatttgatgtgctcattgatgagagcattgattgattTTGATTCAATGTGTGCAA--ATT-ACT-TGAAA-TGATGC---ACGCATTAATTCTGCTGATGC------ATG----CATCG---------A--A-AT--A-------T-AATC-----ATTA----ATCGC-A----TCTATTCAATTG------ATGTGCAC--ATCGAAggtgcttgtaaaatca
gi|16 : tccaccacAATATT--TGAATTAA--TGCGGAC------ATTAA-----------TCCAA-ATGAAG-AGGGTATAATGA-TT-A-A----TTTGAAGC-ATGCAA-TTACTAGTAATTCAATT----GTT----GCTCCAATTAATTCAGTTttat
gi|17 : gctctcatTGCGCGCAATA--T-AATAC---A-T--GAC---TGT----AATTGAACTGATGC------GCA----CATCA---------A--ATAA--A-------T-AATT-----TATT----ATTGC-TCTTATCAATTCAATTG------TTGgatggc
gi|19 : aatatttccacATTAA--TG-TGT--GCAT--CA-----------A--AT---T--A------T-TACTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGT-ATAGATT-TGTGTA-----TC-A-ATTT-CATATAT---GT--TACTCTC-ATCAATTA-AATCGATaaagtcaa
gi|2 : aattgaCTCATT-CATTCAATTAATGTGTATAATAATT-AAA-T---AAT--TGC---TCTTTTCAATTGAATTAATGATATTTGGAGATATCTTCA---------ACCG-ATCCA-------C-AATTGGACCAATG----CTCTC-T----TTAACAAAATTA------ATGCACAC--ATCAATCCCTT--------GCACAAAAG----CGTTGTAAATGA-----TAC----AA----GATATTTTAATATT-TT-ATCAT--TTA--TA-C-CAAGCTC--CA-----------A--AT---T--A-A-A-AT-TATCC----T-C--T-----T--C--------------AT-TAA-----ATG-CGCGCA-----TT-A-ATT--GAG---T---AA--TGCGAGC-AATAATTG-AATCAACGCGAAC-TTGAAC-TAA---ATTA-A----TAT-TA------T----CA---TTA---T----G-TGG--ATCACTG-CTCAAATCAATTCAAG--CAATGAGAGCTAAAAA--TGATTTGA--TGCACGC------ATTAG-----------TTCAA-TTGAGG-AGAG--CAAT-A-TT-A-A----TT
gi|20 : -TAATAAGAGCAAAAAC--TGATTTGA--TGC-CGC------ATTAA-----------TTCAA-TTAATG-TGAG--C---AA-TT-C-A----TTTAATAT-AAGA-A-T------TAATTCAATT----a
gi|21 : gTC----T----CAAATTAGATTT-----TGC---GC-----G------CAATATT-TT-ACAACACTGG--TG-CGC--GCAT--CA-----------A--TT---C--A-----AC-TGCT
gi|22 : gtcatttataccgagAT--CA-----------A--AT---T--A-AGT-AT-TGTTT----T-C--A-----T--C------------A-AT-TCA-GTTCTTG-CGCGCT-----TG-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCGTGC-AATAATGG-AATTGATgc
gi|23 : tAAGTTT-----TGC---GA-----G------CAATAAC-TCCACCAC----A--TA-CGC--------CG-----------A--A-------A-A-----------------C--A-----T--C------------G-AC-TGA-ATTGATG-
gi|24 : ataccaaattccaa-T-AT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-AGC--TTTATG-CGCGCA-----TC-A-AATC-TAT---T---ATATTGCTCTC-ATTGATTG-AGTTagaacaa
gi|25 : TTAATTCA-GT-TAAAGAGAGCAATAAT--T----TAA--CCCGCGC------ATTAA-----------C-CAA-TTAAAG-AGAG--CAATAA-TT-G-A----TTcatgtaa
gi|26 : -A-T-CT-TGCCC----T-C--T-----T--C------------A-AT-TCA-ATTAATG-CACGCA-----TA-A-AGT--AAC---T---TT--TGCTCTC-AGTAATTG-AATTAA
gi|28 : GCACAG----TT-A-ATTC-AAC---TTAAATG-TGCTTTT-ATTAATTC-AGTCGATGCGCGT-ATTAAA-T
gi|29 : aTTTGA--TGTGCGC------ATTAA-----------TTGAA-CTGACG-GGAA--CAGTAA--T-G-A----TT
gi|3 : TCTTTAAAAGAATAGATGC------GCG----CATTATTTCCTTATA--C-AT--AATCATTGT-AACT-----AATTTAAGATATC-T----TCAGTTGAATTA------AAGAGATC--ATCGAATCATTCATACCAAGCTC---------CAAATTAAATTT-----TGC----AA----G------CAATATT-TTCACCACGTTGA--TG-CGC--GCAT--CA-----------A---T---TCCA-A-T-AGATGAGA----G-C--A-----A--A------------A-AT-TTA-TTTGATG-TGCGCA-----TC-A-CTTCTAA------------------C-AT-------------TGCGTGC-A--ATA-TCA---ATTAC------------TGCCCG----CA-----A---TAA--ATC-A--ATTCATT-CTCGCATTACTTA--GG-TGAGAAGAGCGATAAT--TGATTgtgtaggtctcatta
gi|30 : tTG-CGCGCGGT---TC-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCTTTC-ATTAATTC-AGTTGATGTGCGC-ATCAAA-
gi|31 : TTAAATTT-----TGC----------G------C-ACATT-TT-GCAACACTTG--TGTCGC--GCAA--CA-----------A--
gi|4 : T-TGA-AAT-ATT-TGCGCAGCGGTTC-A-ATTC-A-T---T---AT--TGCTTTC-ATTAATTC-AGTTGATGTGCGC-ATCAAA-TC-------AC------AT-TCTTGCTCT----CA---TC-----CA---TAGA--G---------------AA--------TAATGACAGCAATGA----------A--TGCGTGC------ATTAA-----------CTAAA-CCGATGAAAAG--CGATTA-TT-A-A----TTCGAAG--GTGC-A-T------TAATTCCATT----ATT----GCTCTCATTAAtaca
gi|4 : caaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttA-TTAAAG-TGA----AATAA-TTTG-AAATATTTG-CGCAGCGG-T-T------CAATTCA-TT----ATT----GCTTTCATTAATTCAGTTattatttcactttaataagtagagaggcg
gi|5 : caaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaataatggaattaatgcaccttcgaattaataatcgcttttcatcggtttagttaatgcacgcattcattgctgtcattattctctatggatgagagcaagaatgtgatttgatgcgcacatcT-TGA-ATATTTG-CGCGCGGT---TC-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCTTTC-ATTAATTC-AGTTGATGTGCGC-ATCAAA-TC-------AC------AT-TCTTGCTCT----CA---TC-----CA---TAGA-----GA--------ATCA-----------ATGACAGCAATGA----------A--TGCGTGC------ATTAA-----------CTAAA-CCGATG-AAAG--CGATTA-TT-A-A----TTCGAAGC-GTGC-A-T------TAATTCCATT----ATT----GCTCTCATTAAaagtagagaggcg
gi|5 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgtt------------A-ATGTGA-TTTGATG-CGCACA-----TC-A-ACTG-AAT---T---AA--TGAAAGC-AATAATTG-AATTGAACCGCGC-G-CAAA-T-----ATT-CA----AAT-TATTTCACT----T----TAA---TAA--GTAGA-----GAGG-CGCattatttcactttaataagtagagaggcgc
gi|6 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaataatggaattaatgcacgcttcgaattaataatcgctttcatcggtttagttaatgcacgcattcattgctgtcattgattctctatggatgagagcaag--------GCTC---------CAAATTAAATTT-----TGC---GA-----G------CAATAAT-TTCACTACAATGG--TG-TGA--GCAT--TA-----------A--A-------------AT-T----------T--A-----T---------------A-GT-TGA-ATTGATG-CGAGCA-----TC-A-AATC-AATTGCT---AT--TGCACTC-ATCGACTT-AATTAATATGCGC-TGTAAA-TCATGCATTATAATTTAAT-TATTG--CG----CA---GCA---GTA--ATGGAATATTGATG-CGCACATCAATTTC-AT-TGATGAGAGCAATAAT--TATTTTGA--TGCG
gi|7 : ttcaaaagaataaacaaagagatcgaA-----------A--AT---C--A-A-T-AT-TGCTC----T-C--------T--C------------A-AC-TGA-ATTAATG-TACAAA--------A-AT-C-AAT---T---AT--TG-TCTCAATCAACTG-AATT-ATGTGTACAATCAAA-T----------------AT-TATTGC-CT----CA---TCAATTTCAACGTTAA--AT--------CA-ATT-ATT---GTCTCAT-----C-ATAAC--TGAATTAA--TGTACACGTGTAAATTAATTATGTTTCTCTTCAA-TTGAAG--------------TT-G-A----T---ATGC-GCGC-ATT------TATTTCAATT----ATt
gi|8 : cATTAAATTTATTTATAC---CAA----G------CAATATT-TCCACCACATTAA--TG-CAC--ACAT--CATTTAAGTAGTGA--AT---T--A-G-T-A--TGCAC----TACAAA-----T--CGATTATGTTTTAA-AT-TGA-A-TGATG-CGCGCA-----TTAA-ATTC-TAC---C---AT--TGCACTC-ATCAA-TG-AA-TAATGCGCAC-AGCAAA-CCA---GT---A----AA-----TGCTC----------TCG---TCA--GTTAC--ATTGATATTGTACATTAA
gi|9 : agatcATTAAATTT------GC---GA-----G------CAATAAT-TTCACCAC-CTTAAATG-CGC--G---------------------------------------GC-----------A-----T--C------------A-GT-TGA-ATTAAT----------------A-AAAC-AAT---T---AC--CGT--------GATTG-AATTGATATGTGC-TTCAAAATCA---AGTACT----AGT-AATC-CTCT----C----------------TTCA--ATT-------CA-ATTAATT-----------AGAGCAAAAAT---AATTTTAATTACGCGC------ATTAA-----------TTCAAATTGAAA-AGAG--CAATAACTT-GAA----TTTGATc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTATAATTATTTAGATAGGCCGATCTCCAATATTGAATGAAAGAGATTACCAAGCTCCAAATAAAATTTCGCGAGCACAAATTTATGCGCCCATCAATT
Unaligned ( gi|27 ): ATGCAAAATCATTGTAAATATTCAACGATATCTTTAACTGAATTAAACAGATCATCAGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1111111111 111 666666666666666666666666666666666666666666666 2222222222222 111111 111111 11 22222222 444444444 11111 44444444444444444 2222222222222222222222222222 111111111111 11111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 11111111111 111111 1111
lowQualScore : 1 3 0 1 1 5 0 3 6666666666 111 555 1 777777777777777777777777777777777777777777777 5 4444444444444 2 666666 5 1 999999 11 1 99999999 666666666 77 00000 33333333333333333 4 5 66 5555 3 44 66 9999999999999999999999999999 22 777777 2 77777777 33 222222222222 2 2 0 33 3 2 22222222 1 22 777 333 44 55 2 44 33 333 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555 0 44 000000 77777777777 3 1 44 44 0 3 3 444 7777 0 77 4 4 4 222222 9999 2222 1
lowQualScore : . . . . . . . . .......... ... ... . ............................................. . ............. . ...... . . ...... .. . ........ ......... .. ..... ................. . . .. .... . .. .. ............................ .. ...... . ........ .. ............ . . . .. . . ........ . .. ... ... .. .. . .. .. ... . ................................................................................... ... . .. ...... ........... . . .. .. . . . ... .... . .. . . . ...... .... .... .
lowQualScore : 0 3 7 0 4 6 8 3 2222222222 777 666 9 666666666666666666666666666666666666666666666 7 6666666666666 2 222222 7 0 222222 00 4 00000000 666666666 33 00000 22222222222222222 0 0 99 6666 1 22 88 9999999999999999999999999999 99 777777 5 00000000 44 111111111111 4 1 1 22 4 0 00000000 9 88 000 555 88 77 0 44 66 666 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 999 6 22 555555 33333333333 3 0 00 66 6 9 3 111 1111 3 11 4 4 4 888888 4444 1111 0
consensus : NCTNATC-CGTTNAATCAATGCGCGCAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGC------GCG----CATCA---------A--A-AT--A-------T-AATT-----AATN----ATCGC-T----TCAATTCAATTG------ATGCGCAC--ATCGAACCATT--------GCTC----T----CGNATTAAATTT-----TGC---GAA----G------CAATATT-TTCACCACACTNA--TG-CGC--GCAT--CA-----------A--AT---T--A-A-T-AT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATTGATG-CGCGCA-----TC-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCTCTC-ATCAATTG-AATTGATGCGCGC-ATCAAA-TCA---ATTACA----AAT-TATTGCTCT----CA---TCA---TCA--GTTGA--ATTGATG-CGCACATTAATT---GT-TGATGAGAGCAATAAT--TGATTTGA--TGCGCGC------ATTAA-----------TTCAA-TTGANG-AGAG--CAATAA-TT-G-A----TTTGATGC-GCGC-A-T------TAATTCAATT----ATT----GCTCTCATTAATTTANTT
Reference ( family-2356 ) : NCTNATC-CGTTNAATCAATGCGCGCAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGC------GCG----CATCA---------A--A-AT--A-------T-AATT-----AATN----ATCGC-T----TCAATTCAATTG------ATGCGCAC--ATCGAACCATT--------GCTC----T----CGNATTAAATTT-----TGC---GAA----G------CAATATT-TTCACCACACTNA--TG-CGC--GCAT--CA-----------A--AT---T--A-A-T-AT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATTGATG-CGCGCA-----TC-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCTCTC-ATCAATTG-AATTGATGCGCGC-ATCAAA-TCA---ATTACA----AAT-TATTGCTCT----CA---TCA---TCA--GTTGA--ATTGATG-CGCACATTAATT---GT-TGATGAGAGCAATAAT--TGATTTGA--TGCGCGC------ATTAA-----------TTCAA-TTGANG-AGAG--CAATAA-TT-G-A----TTTGATGC-GCGC-A-T------TAATTCAATT----ATT----GCTCTCATTAATTTANTT
gi|1 : CTGATC-CGCTGAATTGATGGGTGTTATAATTTAAC-T---G-T--TGC---TCTCTCCAAATGAACTGGTG---------A----CATCA---------A--A-AA--C-------TGAATTG----AATT----ATTGC-T----TCACTTTAATTG------TAGCACACTGATTGAATTATT--------GCTC----TTTTTC-CATTGAATGT-----CAT---TAATTCAG------TAATATT-TCCACCACACTTA--TG-CAC--CCAT--TA-----------A--ATCTAT--A-A-T-AC-TGTTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATCTTTG-TGAGCA-----TC-A-AATC-AAT---T---AT--TGCTTTC-ATCAACTG-CATAAATGTAAAC-TTCAAA-TCA---ATTACA----AATGTATTGCTCT----CAGACTCA---TCA--GTTGA--ATTGATG-CACACATTAAT----GT-TGATGAGAGCAATAAT--TAATTTGA--TGTGCAC------ATTAA-----------TTCAA-TTGATG-AGAG--CATTAA-TT-G-A----TTTGCTGT-ATTC-A-T------TAATTCAGTTGGTAATTAAGAGCATTAATTGATTTATTT
gi|10 : g----CGTATTTAATAT-----TGCATTGA------------CGATTTTATTCACTATTCT--------GC--GGATT-CG-----------ATGAT---C--ACG-T-AT-TGTTCCTTTT-C--AATGAAT--C------------GCAT-TTA-ATCAATG-CGCACA-----GG-A-ATTG-AAT---G---AT--TGCTCTC-CTCAGTTG-AACTAATGTGCGC-AATAAT-TCA---TTTAtg
gi|10 : aATCGCATTTAATCAATGCGCACAGGAATTGAAT-G---A-T--TGC---TCTCCTCAGTTGAACTAATGT------GCG----CA---------------------A-------T-AATT-----CATtacaacaaaattgaagata
gi|11 : ataaACTCA--TG-CGC--GCATGTCT-----------G--AT---T--A-GGC-AT-TGCGT----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGACATTAATG-CGCGCA-----AC-G-ATCC-ATT---T---A-----------A-CAGT-----TTGATGCGCAC-GTCAAA-T---------CA----AAT-TATTGATAT----TG---T-A---TTA---TTGA--Atcattgaaaaggaacaatacgtgatcatcgaatccgcagaatagtgaataaaatcgtcaatgcaatattaaatacgtacaacaaaattgaagata
gi|11 : c-AAT-T---A-T--TGCGGCTCTCT-------AACTCATGC------GCG----CAT----------------GT--C-------T-GATT-----AGGC----ATTGCGT----TCA--TCAATTGACATTAATGCGCGC--AACGATCCATT--------tagagagccgcaataattg
gi|12 : cttcaataatacaatatcaataatttgatttgacgtgcgcatcaaactgttaGTGCA-----TC-ACATT--ATT---T---AT--TGTTGTC-ATCAGTCACAACTGAAGCACAC-ATT----T-----ATTTCA----A---TACTGCTCAAAAACA---TCA-----A--ATTTA---TTGATG-AGAGCAAAAATT---G----GTGAGAGCAATAAT--TGATTTGT--TGg
gi|12 : tTGATTT-GTAC-A-A------CAAATCAATT----ATT----GCTCTCACCAATTTtacaaatca
gi|13 : tgtgcatcacattatttattgttgtcatcagtcacaactgaagcacacatttatttcaatactgctcaaaaacatcaaatttattgatgagagcaa----T-C--A-----TACC------------A-AT-T---ATTGAAGACACG----------A-ATTC-AAT---C---AT--TGCGCGC-A---AT---AAATAATGCACAC-ATCATA-TCA---ATCA------------TTGCTCT----CA---T------CA--GTTGA--ATTATTG-CGCACAT---------T-TGATGAGAGCAGTATT--TGAT
gi|14 : ggagcgGAGCAATAATATTGATTTGA--TGTGC-------------------------TCA--TTGATG-AGAG--CATTGA-TT-G-A----TTTGATGT-GGTC-A-T------CAATTCAATT----ATT----GCTCTCATCAATTTATTT
gi|14 : TGA--TG-TGG--TCAT--CA-----------A--TT---C--A-A-TTAT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TTA-TTTGACG-AACTTA-----CC-A-ATgacgaacttaccaatggtgcttgtaaaatca
gi|15 : gagcaataatattgatttgatgtgctcattgatgagagcattgattgattTTGATTCAATGTGTGCAA--ATT-ACT-TGAAA-TGATGC---ACGCATTAATTCTGCTGATGC------ATG----CATCG---------A--A-AT--A-------T-AATC-----ATTA----ATCGC-A----TCTATTCAATTG------ATGTGCAC--ATCGAAggtgcttgtaaaatca
gi|16 : tccaccacAATATT--TGAATTAA--TGCGGAC------ATTAA-----------TCCAA-ATGAAG-AGGGTATAATGA-TT-A-A----TTTGAAGC-ATGCAA-TTACTAGTAATTCAATT----GTT----GCTCCAATTAATTCAGTTttat
gi|17 : gctctcatTGCGCGCAATA--T-AATAC---A-T--GAC---TGT----AATTGAACTGATGC------GCA----CATCA---------A--ATAA--A-------T-AATT-----TATT----ATTGC-TCTTATCAATTCAATTG------TTGgatggc
gi|19 : aatatttccacATTAA--TG-TGT--GCAT--CA-----------A--AT---T--A------T-TACTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGT-ATAGATT-TGTGTA-----TC-A-ATTT-CATATAT---GT--TACTCTC-ATCAATTA-AATCGATaaagtcaa
gi|2 : aattgaCTCATT-CATTCAATTAATGTGTATAATAATT-AAA-T---AAT--TGC---TCTTTTCAATTGAATTAATGATATTTGGAGATATCTTCA---------ACCG-ATCCA-------C-AATTGGACCAATG----CTCTC-T----TTAACAAAATTA------ATGCACAC--ATCAATCCCTT--------GCACAAAAG----CGTTGTAAATGA-----TAC----AA----GATATTTTAATATT-TT-ATCAT--TTA--TA-C-CAAGCTC--CA-----------A--AT---T--A-A-A-AT-TATCC----T-C--T-----T--C--------------AT-TAA-----ATG-CGCGCA-----TT-A-ATT--GAG---T---AA--TGCGAGC-AATAATTG-AATCAACGCGAAC-TTGAAC-TAA---ATTA-A----TAT-TA------T----CA---TTA---T----G-TGG--ATCACTG-CTCAAATCAATTCAAG--CAATGAGAGCTAAAAA--TGATTTGA--TGCACGC------ATTAG-----------TTCAA-TTGAGG-AGAG--CAAT-A-TT-A-A----TT
gi|20 : -TAATAAGAGCAAAAAC--TGATTTGA--TGC-CGC------ATTAA-----------TTCAA-TTAATG-TGAG--C---AA-TT-C-A----TTTAATAT-AAGA-A-T------TAATTCAATT----a
gi|21 : gTC----T----CAAATTAGATTT-----TGC---GC-----G------CAATATT-TT-ACAACACTGG--TG-CGC--GCAT--CA-----------A--TT---C--A-----AC-TGCT
gi|22 : gtcatttataccgagAT--CA-----------A--AT---T--A-AGT-AT-TGTTT----T-C--A-----T--C------------A-AT-TCA-GTTCTTG-CGCGCT-----TG-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCGTGC-AATAATGG-AATTGATgc
gi|23 : tAAGTTT-----TGC---GA-----G------CAATAAC-TCCACCAC----A--TA-CGC--------CG-----------A--A-------A-A-----------------C--A-----T--C------------G-AC-TGA-ATTGATG-
gi|24 : ataccaaattccaa-T-AT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-AGC--TTTATG-CGCGCA-----TC-A-AATC-TAT---T---ATATTGCTCTC-ATTGATTG-AGTTagaacaa
gi|25 : TTAATTCA-GT-TAAAGAGAGCAATAAT--T----TAA--CCCGCGC------ATTAA-----------C-CAA-TTAAAG-AGAG--CAATAA-TT-G-A----TTcatgtaa
gi|26 : -A-T-CT-TGCCC----T-C--T-----T--C------------A-AT-TCA-ATTAATG-CACGCA-----TA-A-AGT--AAC---T---TT--TGCTCTC-AGTAATTG-AATTAA
gi|28 : GCACAG----TT-A-ATTC-AAC---TTAAATG-TGCTTTT-ATTAATTC-AGTCGATGCGCGT-ATTAAA-T
gi|29 : aTTTGA--TGTGCGC------ATTAA-----------TTGAA-CTGACG-GGAA--CAGTAA--T-G-A----TT
gi|3 : TCTTTAAAAGAATAGATGC------GCG----CATTATTTCCTTATA--C-AT--AATCATTGT-AACT-----AATTTAAGATATC-T----TCAGTTGAATTA------AAGAGATC--ATCGAATCATTCATACCAAGCTC---------CAAATTAAATTT-----TGC----AA----G------CAATATT-TTCACCACGTTGA--TG-CGC--GCAT--CA-----------A---T---TCCA-A-T-AGATGAGA----G-C--A-----A--A------------A-AT-TTA-TTTGATG-TGCGCA-----TC-A-CTTCTAA------------------C-AT-------------TGCGTGC-A--ATA-TCA---ATTAC------------TGCCCG----CA-----A---TAA--ATC-A--ATTCATT-CTCGCATTACTTA--GG-TGAGAAGAGCGATAAT--TGATTgtgtaggtctcatta
gi|30 : tTG-CGCGCGGT---TC-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCTTTC-ATTAATTC-AGTTGATGTGCGC-ATCAAA-
gi|31 : TTAAATTT-----TGC----------G------C-ACATT-TT-GCAACACTTG--TGTCGC--GCAA--CA-----------A--
gi|4 : T-TGA-AAT-ATT-TGCGCAGCGGTTC-A-ATTC-A-T---T---AT--TGCTTTC-ATTAATTC-AGTTGATGTGCGC-ATCAAA-TC-------AC------AT-TCTTGCTCT----CA---TC-----CA---TAGA--G---------------AA--------TAATGACAGCAATGA----------A--TGCGTGC------ATTAA-----------CTAAA-CCGATGAAAAG--CGATTA-TT-A-A----TTCGAAG--GTGC-A-T------TAATTCCATT----ATT----GCTCTCATTAAtaca
gi|4 : caaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttA-TTAAAG-TGA----AATAA-TTTG-AAATATTTG-CGCAGCGG-T-T------CAATTCA-TT----ATT----GCTTTCATTAATTCAGTTattatttcactttaataagtagagaggcg
gi|5 : caaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaataatggaattaatgcaccttcgaattaataatcgcttttcatcggtttagttaatgcacgcattcattgctgtcattattctctatggatgagagcaagaatgtgatttgatgcgcacatcT-TGA-ATATTTG-CGCGCGGT---TC-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCTTTC-ATTAATTC-AGTTGATGTGCGC-ATCAAA-TC-------AC------AT-TCTTGCTCT----CA---TC-----CA---TAGA-----GA--------ATCA-----------ATGACAGCAATGA----------A--TGCGTGC------ATTAA-----------CTAAA-CCGATG-AAAG--CGATTA-TT-A-A----TTCGAAGC-GTGC-A-T------TAATTCCATT----ATT----GCTCTCATTAAaagtagagaggcg
gi|5 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgtt------------A-ATGTGA-TTTGATG-CGCACA-----TC-A-ACTG-AAT---T---AA--TGAAAGC-AATAATTG-AATTGAACCGCGC-G-CAAA-T-----ATT-CA----AAT-TATTTCACT----T----TAA---TAA--GTAGA-----GAGG-CGCattatttcactttaataagtagagaggcgc
gi|6 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaataatggaattaatgcacgcttcgaattaataatcgctttcatcggtttagttaatgcacgcattcattgctgtcattgattctctatggatgagagcaag--------GCTC---------CAAATTAAATTT-----TGC---GA-----G------CAATAAT-TTCACTACAATGG--TG-TGA--GCAT--TA-----------A--A-------------AT-T----------T--A-----T---------------A-GT-TGA-ATTGATG-CGAGCA-----TC-A-AATC-AATTGCT---AT--TGCACTC-ATCGACTT-AATTAATATGCGC-TGTAAA-TCATGCATTATAATTTAAT-TATTG--CG----CA---GCA---GTA--ATGGAATATTGATG-CGCACATCAATTTC-AT-TGATGAGAGCAATAAT--TATTTTGA--TGCG
gi|7 : ttcaaaagaataaacaaagagatcgaA-----------A--AT---C--A-A-T-AT-TGCTC----T-C--------T--C------------A-AC-TGA-ATTAATG-TACAAA--------A-AT-C-AAT---T---AT--TG-TCTCAATCAACTG-AATT-ATGTGTACAATCAAA-T----------------AT-TATTGC-CT----CA---TCAATTTCAACGTTAA--AT--------CA-ATT-ATT---GTCTCAT-----C-ATAAC--TGAATTAA--TGTACACGTGTAAATTAATTATGTTTCTCTTCAA-TTGAAG--------------TT-G-A----T---ATGC-GCGC-ATT------TATTTCAATT----ATt
gi|8 : cATTAAATTTATTTATAC---CAA----G------CAATATT-TCCACCACATTAA--TG-CAC--ACAT--CATTTAAGTAGTGA--AT---T--A-G-T-A--TGCAC----TACAAA-----T--CGATTATGTTTTAA-AT-TGA-A-TGATG-CGCGCA-----TTAA-ATTC-TAC---C---AT--TGCACTC-ATCAA-TG-AA-TAATGCGCAC-AGCAAA-CCA---GT---A----AA-----TGCTC----------TCG---TCA--GTTAC--ATTGATATTGTACATTAA
gi|9 : agatcATTAAATTT------GC---GA-----G------CAATAAT-TTCACCAC-CTTAAATG-CGC--G---------------------------------------GC-----------A-----T--C------------A-GT-TGA-ATTAAT----------------A-AAAC-AAT---T---AC--CGT--------GATTG-AATTGATATGTGC-TTCAAAATCA---AGTACT----AGT-AATC-CTCT----C----------------TTCA--ATT-------CA-ATTAATT-----------AGAGCAAAAAT---AATTTTAATTACGCGC------ATTAA-----------TTCAAATTGAAA-AGAG--CAATAACTT-GAA----TTTGATc
blockSeqs : C G T C G G TGAAATGA GGC CTC T CGCGCATTATTTCCTTATACATAATCATTG . GGACCAATG T TCTTA A C ACATTA . T CATACCAA AAAAG GT ATTTA AAGATATTT A C TC TAAA T AA GT TTTAAGTAGTGAATTAGT GA TCCTTT A AATGAA AC GATTATGTTTTA C G CA A A GCGGTTC C CT ATA TAA AT TC A TC AC AAT A CATGCATTATAATTTAATTATTGCGCAGCAGTAATGGAATATTGATGCGCACATCAATTTCATTG TAT AT GTGTAA TTATGTTTCTC A T AA TA G C TG AATA CA T A T TACTAG . . T
blockSeqs : . G T T . ACAT . ATT T ATATTTGGAGATATCTTCAACCGATCCA . AATTTAAG C GT A C . . A . T GT . ATTGA . C AC CA . . T ATGATCACGT T GT . AAA . . . . A A . GTTC . G TGC . G TG . TC G AA . ATTTCAATACTGCTCAAAAACATCAAATTTATTGATGAGAGCAAAAATTG T . . . . A A . G . GA . T G . . . . . G
blockSeqs : C C T . TAAT . TTC T CGCACATCAAATAAA . AGGC T A A C . . T . . AA . CAAG . C AT GA . . . GATTAGGC T TC . A . . . . A G . GTTC . C . . . GC . TC A GT . AAATTAATATTATCATTATGTGGATCACTGCTCAAATCAATTCAAGCA T . . . . G A . A . G . T T . . . . . G
blockSeqs : T . . GAT . TTT T CATGCATCGAAATA . ATTA C T G A . . A . . AA . GCG . C AC AA . . . ATTCAATT T TC . A . . . . T G . GTT . C . . . TC . AT G AT . CAATTACTGCCCGCAATAAATCAATTCATTCTCGCATTACTTAGGTG T . . . . T A . A . A . C A . . . . .
blockSeqs : . TAT . T A CGCGCATGTC . TATT A T . G . AA . GAG . C GT TA . . . AATTAAGT T CC . A . . . . A G . TTA . T . . . GA . AT G AT . ATTATTGCCTCATCAATTTCAACGTTAAATCAATTATTGTCTC A . . . . A T . A . A . T T . . . . .
blockSeqs : . . TGCGCAA . . AAG . C AC GG . . . ATTCCAAT T TT . A . . . . G C . GG . C . . . GT . TT G TT . CAATCATTGCTCTCATCAGTTGAATTATTGCGCACATTTG C . . . . C A . T . C . C C . . . . .
blockSeqs : . GAG . . AA GA . . . AATTAAA C TC . T . . . . A G . AC . C . . . TC . GT G AT . CAAGTACTAGTAATCCTCTCTTCAATTCAATTAATT T . . . . T G . A . G . C T . . . .
blockSeqs : . GAG . . AT TG . . . AATCAAT T CC . A . . . . A T . TC . C . . . TC . TT C AT . CACATTCTTGCTCTCATCCATAGAGAATCA T . . . . A T . T . G . . C . . . .
blockSeqs : . G . . C GG . . . AATTA T GA . A . . . . T A . CC . C . . . TT . TT C AT . CACATTCTTGCTCTCATCCATAGAGAATA T . . . . T A . A . A .
blockSeqs : . AA . . . ATTCA T TC . A . . . . A G . TC . C . . . TT . TT C AT . C . . . . A A . . . A .
blockSeqs : . A . . . AAAA T AC . T . . . . A T . TT . C . . . TT . TT C TG . T . . A . . . . G .
blockSeqs : . . . . AA T . . A . . . . T G . TG . G . . . TT . AT G AG . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . A G . TC . C . . . AA . TC T TT . .
blockSeqs : . . . A . . . . A A . TA . C . . . AC . TC G A .
blockSeqs : . . . . . . . A G . TC . C . . . TC . TC G G .
blockSeqs : . . . A A . TC . C . . . AC . C G
blockSeqs : . . . . TC . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : CGCGCATCAACATA******************************* ANTN********* ** ********* AA GAG************** AATCAAT********************* **** ****
originalCons : NCTNATC-CGTTNAATCAATGCGCGCAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGC------GCG----CATCA---------A--A-AT--A-------T-AATT-----AATN----ATCGC-T----TCAATTCAATTG------ATGCGCAC--ATCGAACCATT--------GCTC----T----CGNATTAAATTT-----TGC---GAA----G------CAATATT-TTCACCACACTNA--TG-CGC--GCAT--CA-----------A--AT---T--A-A-T-AT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATTGATG-CGCGCA-----TC-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCTCTC-ATCAATTG-AATTGATGCGCGC-ATCAAA-TCA---ATTACA----AAT-TATTGCTCT----CA---TCA---TCA--GTTGA--ATTGATG-CGCACATTAATT---GT-TGATGAGAGCAATAAT--TGATTTGA--TGCGCGC------ATTAA-----------TTCAA-TTGANG-AGAG--CAATAA-TT-G-A----TTTGATGC-GCGC-A-T------TAATTCAATT----ATT----GCTCTCATTAATTTANTT
finalCons : NCTNATC-CGTTNAATCAATGCGCGCAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGCGCGCATCAACATA-------------------------------T-AATTANTN---------ATCGC-T----TCAATTCAATTG------ATGCGCAC--ATCGAACCATT--------GCTC---------CAAATTAAATTT-----TGCGAG--------------CAATATT-TTCACCACACTNA--TG-CGC--GCAT--CAAATCAAT---------------------AT-TGCTC----T-C--A-----T--C------------A-AT-TGA-ATTGATG-CGCGCA-----TC-A-ATTC-AAT---T---AT--TGCTCTC-ATCAATTG-AATTGATGCGCGC-ATCAAA-TCA---ATTACA----AAT-TATTGCTCT----CA---TCA---TCA--GTTGA--ATTGATG-CGCACATTAATT---GT-TGATGAGAGCAATAAT--TGATTTGA--TGCGCGC------ATTAA-----------TTCAA-TTGANG-AGAG--CAATAA-TT-G-A----TTTGATGC-GCGC-A-T------TAATTCAATT----ATT----GCTCTCATTAATTTANTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTATAATTATTTAGATAGGCCGATCTCCAATATTGAATGAAAGAGATTACCAAGCTCCAAATAAAATTTCGCGAGCACAAATTTATGCGCCCATCAATT
Unaligned ( gi|27 ): ATGCAAAATCATTGTAAATATTCAACGATATCTTTAACTGAATTAAACAGATCATCAGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1111111111 111 77777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222 111111 111111 11 22222222 111111 11111 111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 11111111111 111111 1111
lowQualScore : 1 3 0 1 1 5 0 3 6666666666 111 555 1 44444444444444444444444444444444444444444444 5 9999999999999 2 666666 5 1 999999 11 1 44444444 666666 7777 3 7777 7777 44444 000000000000 2 3 2 55 888 2 2 33 55 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 0 6666 2 1 11111 1 1 1 666 333 44 44 2 33 555 333 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777 0 44 000000 77777777777 3 1 44 44 0 3 3 444 7777 0 77 4 4 4 222222 9999 2222 1
lowQualScore : . . . . . . . . .......... ... ... . ............................................ . ............. . ...... . . ...... .. . ........ ...... .... . .... .... ..... ............ . . . .. ... . . .. .. ............................................................... . . . .... . . ..... . . . ... ... .. .. . .. ... ... . ................................................................................... ... . .. ...... ........... . . .. .. . . . ... .... . .. . . . ...... .... .... .
lowQualScore : 0 3 7 0 4 6 8 3 2222222222 777 666 9 00000000000000000000000000000000000000000000 7 0000000000000 2 222222 7 0 222222 00 4 22222222 444444 7777 6 7777 7777 11111 777777777777 5 6 8 55 222 7 7 77 99 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 0 8 2222 8 9 44444 8 8 9 777 333 55 44 0 99 111 666 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 6 22 555555 33333333333 6 0 00 66 6 9 3 111 1111 3 11 4 4 4 888888 4444 1111 0
consensus : NCTNATC-CGTTNAATCAATGCGCGCAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGC------GCG----CATCA---------A---AT--A-------T-AATT-----AATT----ATCGC-T----TCAATTCAATTG------ATGCGCAC--ATCGAACCATT--------GCTC------CAAA----T-T----AAAT----TT-----TGC---GAG------CAATATT-TTCACCACACT--NATG-C-GC--GCAT--CA-----------A--ATC---A-A-T-AT-TGCTC----T-CA-----T--C------------A-AT-TGA----ATTGATG-CGCGCA-----TCA-A-TTC-AAT---T---AT--TGCTCTC-ATCAATTG-AATTGATGCGCGC-ATC-AAATCA---ATTACA----AAT-TATTGCTCT----CA---TCA---TCA--GTTGA--ATTGATG-CGCACATTAATT---GT-TGATGAGAGCAATAAT--TGATTTGA--TGCGCGC------ATTAA-----------TTC-AATTGANG-AGAG--CAATAA-TT-G-A----TTTGATGC-GCGC-A-T------TAATTCAATT----ATT----GCTCTCATTAATTTANTT
Reference ( family-2356 ) : NCTNATC-CGTTNAATCAATGCGCGCAATAATT-AAT-T---A-T--TGC---TCTCTTCAATTGAACTGATGC------GCG----CATCA---------AC--AT--A-------T-AATT-----ANTN----ATCGC-T----TCAATTCAATTG------ATGCGCAC--ATCGAACCATT--------GCTC------CAAA----T-T----AAAT----TT-----TGC---GAG------CAATATT-TTCACCACACT--NATG-C-GC--GCAT--CA-----------A--ATC---A-A-T-AT-TGCTC----T-CA-----T--C------------A-AT-TGA----ATTGATG-CGCGCA-----TCA-A-TTC-AAT---T---AT--TGCTCTC-ATCAATTG-AATTGATGCGCGC-ATC-AAATCA---ATTACA----AAT-TATTGCTCT----CA---TCA---TCA--GTTGA--ATTGATG-CGCACATTAATT---GT-TGATGAGAGCAATAAT--TGATTTGA--TGCGCGC------ATTAA-----------TTC-AATTGANG-AGAG--CAATAA-TT-G-A----TTTGATGC-GCGC-A-T------TAATTCAATT----ATT----GCTCTCATTAATTTANTT
gi|1 : CTGATC-CGCTGAATTGATGGGTGTTATAATTTAAC-T---G-T--TGC---TCTCTCCAAATGAACTGGTG---------A----CATCA---------AA--AA--C-------TGAATTG----AATT----ATTGC-T----TCACTTTAATTG------TAGCACACTGATTGAATTATT--------GCTCTTTTTCCA------T-T----GAATGTCATTAA---TTC----AG------TAATATT-TCCACCACACT--TATG-C-AC--CCAT--TA-----------A--ATCTATA-A-T-AC-TGTTC----T-CA-----T--C------------A-AT-TGA----ATCTTTG-TGAGCA-----TCA-A-ATC-AAT---T---AT--TGCTTTC-ATCAACTG-CATAAATGTAAAC-TTC-AAATCA---ATTACA----AATGTATTGCTCT----CAGACTCA---TCA--GTTGA--ATTGATG-CACACATTAAT----GT-TGATGAGAGCAATAAT--TAATTTGA--TGTGCAC------ATTAA-----------TTC-AATTGATG-AGAG--CATTAA-TT-G-A----TTTGCTGT-ATTC-A-T------TAATTCAGTTGGTAATTAAGAGCATTAATTGATTTATTT
gi|10 : gATCGCATTTAATCAATGCGCACAGGAATTGAAT-G---A-T--TGC---TCTCCTCAGTTGAACTAATGT------GCG----CA--------------------A-------T-AATTC----ATTT----ATtg
gi|10 : A----T-T----TAAT----AT-----TGCATTGA-------CGATTTTATTCACTATTCT---------GC--GGATT-CG-----------ATGATC---ACG-T-AT-TGTTCCTTTT-CAATGAAT--C------------GCAT-TTA----ATCAATG-CGCACA-----GGA-A-TTG-AAT---G---AT--TGCTCTC-CTCAGTTG-AACTAATGTGCGC-AAT-AATTCA---TTTAtcattgaaaaggaacaatacgtgatcatcgaatccgcagaatagtgaataaaatcgtcaatgcaatattaaatacgtacaacaaaattgaagata
gi|11 : aACT--CATG-C-GC--GCATGTCT-----------G--ATT---A-GGC-AT-TGCGT----T-CA-----T--C------------A-AT-TGAC---ATTAATG-CGCGCA-----ACG-A-TCC-ATT---T---A-----------A-CAGT-----TTGATGCGCAC-GTC-AAAT---------CA----AAT-TATTGATAT----TG---T-A---TTA---TTGA--Aacgtacaacaaaattgaagata
gi|11 : c-AAT-T---A-T--TGCGGCTCTCT-------AACTCATGC------GCG----CAT---------------GT--C-------T-GATT-----AGGC----ATTGCGT----TCA--TCAATTGACATTAATGCGCGC--AACGATCCATT--------tagagagccgcaataattg
gi|12 : cttcaataatacaatatcaataatttgatttgacgtgcgcatcaaactgttaGTGCA-----TCACA-TT--ATT---T---AT--TGTTGTC-ATCAGTCACAACTGAAGCACAC-ATT----T-----ATTTCA----A---TACTGCTCAAAAACA---TCA-----A--ATTTA---TTGATG-AGAGCAAAAATT---G----GTGAGAGCAATAAT--TGATTTGT--TGg
gi|12 : tTGATTT-GTAC-A-A------CAAATCAATT----ATT----GCTCTCACCAATTTtacaaatca
gi|13 : tgtgcatcacattatttattgttgtcatcagtcacaactgaagcacacatttatttcaatactgctcaaaaacatcaaatttattgatgagagcaa----T-CA-----TACC------------A-AT-T------ATTGAAGACACG---------A-A-TTC-AAT---C---AT--TGCGCGC-A---AT---AAATAATGCACAC-ATC-ATATCA---ATCA------------TTGCTCT----CA---T------CA--GTTGA--ATTATTG-CGCACAT---------T-TGATGAGAGCAGTATT--TGAT
gi|14 : ggagcgGAGCAATAATATTGATTTGA--TGTGC-------------------------TC-A-TTGATG-AGAG--CATTGA-TT-G-A----TTTGATGT-GGTC-A-T------CAATTCAATT----ATT----GCTCTCATCAATTTATTT
gi|14 : T--GATG-T-GG--TCAT--CA-----------A--TTC---A-A-TTAT-TGCTC----T-CA-----T--C------------A-AT-TTA----TTTGACG-AACTTA-----CCA-A-Tgacgaacttaccaatggtgcttgtaaaatca
gi|15 : gagcaataatattgatttgatgtgctcattgatgagagcattgattgattTTGATTCAATGTGTGCAA--ATT-ACT-TGAAA-TGATGC---ACGCATTAATTCTGCTGATGC------ATG----CATCG---------AA--AT--A-------T-AATC-----ATTA----ATCGC-A----TCTATTCAATTG------ATGTGCAC--ATCGAAggtgcttgtaaaatca
gi|16 : tccaccacAATATT--TGAATTAA--TGCGGAC------ATTAA-----------TCC-AAATGAAG-AGGGTATAATGA-TT-A-A----TTTGAAGC-ATGCAA-TTACTAGTAATTCAATT----GTT----GCTCCAATTAATTCAGTTttat
gi|17 : gctctcatTGCGCGCAATA--T-AATAC---A-T--GAC---TGT----AATTGAACTGATGC------GCA----CATCA---------A---ATAAA-------T-AATT-----TATT----ATTGC-TCTTATCAATTCAATTG------TTGgatggc
gi|18 : aatatttccac--------GCTC------CAAA----T-A----AAAT----TT-----CGC---GAG------CA-----------CAAATT--TATG-C-GC--CCAT--CA-----------A--aaagtcaa
gi|19 : ttataattatttagataggccgatctccaatattgaatgaaagagattaccaaATT--AATG-T-GT--GCAT--CA-----------A--AT--------T-AT-TACTC----T-CA-----T--C------------A-AT-TGT----ATAGATT-TGTGTA-----TCA-A-TTT-CATATAT---GT--TACTCTC-ATCAATTA-AATCGATtt
gi|2 : aattgaCTCATT-CATTCAATTAATGTGTATAATAATT-AAA-T---AAT--TGC---TCTTTTCAATTGAATTAATGATATTTGGAGATATCTTCA---------ACCGATCCA-------C-AATTGGACCAATG----CTCTC-T----TTAACAAAATTA------ATGCACAC--ATCAATCCCTT--------GCAC------AAAAGCGTTGT----AAAT----GA-----TAC---AAGATATTTTAATATT-TT-ATCAT--T--TATA-C--CAAGCTC--CA-----------A--ATT---A-A-A-AT-TATCC----T-CT-----T--C------------A--T-TAA----AT----G-CGCGCA-----TTA-A-TTG-AGT---A---AT---GCGAGC-AATAATTG-AATCAACGCGAAC-TTG-AACTAA---ATTA-A----TAT-TAT----------CA---TTA---T----GT-GG--ATCACTG-CTCAAATCAATTCAAGC--AATGAGAGCTAAAAA--TGATTTGA--TGCACGC------ATTAG-----------TTC-AATTGAGG-AGAG--CAAT-A-TT-A-A----TT
gi|20 : -TAATAAGAGCAAAAAC--TGATTTGA--TGC-CGC------ATTAA-----------TTC-AATTAATG-TGAG--C---AA-TT-C-A----TTTAATAT-AAGA-A-T------TAATTCAATT----a
gi|21 : gCATT--TATA-CCGA--GTCT--CA-----------A--ATT---AGA-T-TT-TGCGC----G-CA-----A--T------------A-TT-TTACAACACTGGTG-CGCGCA-----TCA-A-TTC-AAC---T---GC--TGC
gi|21 : gt------CAAA----T-T----AGAT----TT-----TGC---GCG------CAATATT-TT-ACAACACT--GGTG-C-GC--GCAT--CA-----------A--TTC---A-----AC-TGCT
gi|22 : gtcatttataccgagtctAT--CA-----------A--ATT---A-AGT-AT-TGTTT----T-CA-----T--C------------A-AT-TCA----GTTCTTG-CGCGCT-----TGA-A-TTC-AAT---T---AT--TGCGTGC-AATAATGG-AATTGATgc
gi|23 : tC------CAAA----T-TCCAAAAGT----TT-----TGC---GAG------CAATAAC-TCCACCAC------ATA-C-GC--------CG-----------A--A-----A-A-----------------CA-----T--C------------G-AC-TGA----ATTGATG-
gi|24 : ata-T-AT-TGCTC----T-CA-----T--C------------A-AT-AGC-----TTTATG-CGCGCA-----TCA-A-ATC-TAT---T---ATATTGCTCTC-ATTGATTG-AGTTagaacaa
gi|25 : TTAATTCA-GT-TAAAGAGAGCAATAAT--T----TAA--CCCGCGC------ATTAA-----------C-C-AATTAAAG-AGAG--CAATAA-TT-G-A----TTcatgtaa
gi|26 : -A-T-CT-TGCCC----T-CT-----T--C------------A-AT-TCA----ATTAATG-CACGCA-----TAA-A-GT--AAC---T---TT--TGCTCTC-AGTAATTG-AATTAA
gi|28 : GCACAG----TTA-A-TTC-AAC---TTAAATG-TGCTTTT-ATTAATTC-AGTCGATGCGCGT-ATT-AAAT
gi|29 : aTTTGA--TGTGCGC------ATTAA-----------TTG-AACTGACG-GGAA--CAGTAA--T-G-A----TT
gi|3 : TCTTTAAAAGAATAGATGC------GCG----CATTATTTCCTTATAC--AT--AATCATTGT-AACT-----AATTTAAGATATC-T----TCAGTTGAATTA------AAGAGATC--ATCGAATCATTCATACCAAGCTC------CAAA----T-T----AAAT----TT-----TGC---AAG------CAATATT-TTCACCACGTT--GATG-C-GC--GCAT--CA-----------A--TTCC--A-A-T-AGATGAGA----G-CA-----A--A------------A-AT-TTA----TTTGATG-TGCGCA-----TCA-C-TTCTAA------------------C-AT-------------TGCGTGC-A---ATATCA---ATTAC------------TGCCCG----CA-----A---TAA--ATC-A--ATTCATT-CTCGCATTACTTA--GG-TGAGAAGAGCGATAAT--TGATTgtgtaggtctcatta
gi|30 : tTG-CGCGCGGT---TCA-A-TTC-AAT---T---AT--TGCTTTC-ATTAATTC-AGTTGATGTGCGC-ATC-AAA
gi|31 : ----T-T----AAAT----TT-----TGC---GCA------CA----T-TTTGCAACACT--TGTGTC-GC--GCAA--CA-----------A--
gi|4 : T-TGA----AAT-ATT-TGCGCAGCGGTTCA-A-TTC-A-T---T---AT--TGCTTTC-ATTAATTC-AGTTGATGTGCGC-ATC-AAATC-------AC------AT-TCTTGCTCT----CA---TC-----CA---TAGA--G---------------AA--------TAATGACAGCAATGA----------A--TGCGTGC------ATTAA-----------CTA-AACCGATGAAAAG--CGATTA-TT-A-A----TTCGAAG--GTGC-A-T------TAATTCCATT----ATT----GCTCTCATTAAtaca
gi|4 : caaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttATTAAAG-TGA----AATAA-TTTG-AAATATTTG-CGCAGCGG-T-T------CAATTCA-TT----ATT----GCTTTCATTAATTCAGTTattatttcactttaataagtagagaggcg
gi|5 : caaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaataatggaattaatgcaccttcgaattaataatcgcttttcatcggtttagttaatgcacgcattcattgctgtcattattctctatggatgagagcaagaatgtgatttgatgcgcacatcT-TGA----ATATTTG-CGCGCGGT---TCA-A-TTC-AAT---T---AT--TGCTTTC-ATTAATTC-AGTTGATGTGCGC-ATC-AAATC-------AC------AT-TCTTGCTCT----CA---TC-----CA---TAGA-----GA--------ATCA-----------ATGACAGCAATGA----------A--TGCGTGC------ATTAA-----------CTA-AACCGATG-AAAG--CGATTA-TT-A-A----TTCGAAGC-GTGC-A-T------TAATTCCATT----ATT----GCTCTCATTAAaagtagagaggcg
gi|5 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgtt------------A-ATGTGA----TTTGATG-CGCACA-----TCA-A-CTG-AAT---T---AA--TGAAAGC-AATAATTG-AATTGAACCGCGC-G-C-AAAT-----ATT-CA----AAT-TATTTCACT----T----TAA---TAA--GTAGA-----GAGG-CGCattatttcactttaataagtagagaggcgc
gi|6 : aaataaaattattttattttgaatgtaaaagcgttttaatgagagcaataatggaattaatgcacgcttcgaattaataatcgctttcatcggtttagttaatgcacgcattcattgctgtcattgattctctatggatgagagcaag--------GCTC------CAAA----T-T----AAAT----TT-----TGC---GAG------CAATAAT-TTCACTACAAT--GGTG-T-GA--GCAT--TA-----------A--------A-A-T-------------T-TA-----T---------------A-GT-TGA----ATTGATG-CGAGCA-----TCA-A-ATC-AATTGCT---AT--TGCACTC-ATCGACTT-AATTAATATGCGC-TGT-AAATCATGCATTATAATTTAAT-TATTG--CG----CA---GCA---GTA--ATGGAATATTGATG-CGCACATCAATTTC-AT-TGATGAGAGCAATAAT--TATTTTGA--TGCG
gi|7 : ttcaaaagaataaacaaagagatcgaA-----------A--ATC---A-A-T-AT-TGCTC----T-C------T--C------------A-AC-TGA----ATTAATG-TACAAA-------A-A--TC-AAT---T---AT--TG-TCTCAATCAACTG-AATT-ATGTGTACAATC-AAAT----------------AT-TATTGC-CT----CA---TCAATTTCAACGTTAA--AT--------CA-ATT-ATT---GTCTCAT-----C-ATAAC--TGAATTAA--TGTACACGTGTAAATTAATTATGTTTCTCTTC-AATTGAAG--------------TT-G-A----T---ATGC-GCGC-ATT------TATTTCAATT----ATt
gi|8 : cA----T-T----AAAT----TTATTTATACC--AAG------CAATATT-TCCACCACATT--AATG-C-AC--ACAT--CATTTAAGTAGTGA--ATT---A-G-T-AT--GCAC----TACAAA---T--CGATTATGTTTTAA-AT-TGA----AT-GATG-CGCGCA-----TTA-AATTC-TAC---C---AT--TGCACTC-ATCAAT-G-AAT-AATGCGCAC-AGC-AAACCA---GT---A----AAT-----GCTC----------TCG---TCA--GTTAC--ATTGATATTGTACATTAA
gi|9 : agatcAAA----T-T----AAAT----TT------GC---GAG------CAATAAT-TTCACCAC-CTTAAATG-C-GC--G-------------------------------------G---------CA-----T--C------------A-GT-TGA----ATTAAT---------------A-A-AAC-AAT---T---AC--CG--------TGATTG-AATTGATATGTGC-TTCAAAATCA---AGTACT----AGT-AATC-CTCT----C----------------TTCA--ATT-------CA-ATTAATT-----------AGAGCAA-AAA--TAATTTTAATTACGCGC------ATTAA-----------TTCAAATTGAAA-AGAG--CAATAACTT-GAA----TTTGATc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): ATGCAAAATCATTGTAAATATTCAACGATATCTTTAACTGAATTAAACAGATCATCAGA