lowQualScore : 2 666 22 6666 2 2 2 888888
lowQualScore : . ... .. .... . . . ......
lowQualScore : 0 222 88 2222 0 0 1 222222
consensus : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-CAA-TCAT------ATCCCC
Reference ( gi|11 ) : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-CAA-TCAT------ATCCCC
gi|16 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-CAA-TCAT------ATCCC
gi|6 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-CAA-TCAT------ATCCC
gi|7 : CGAGCTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-CAA-TCAT------ATCCCCtt
gi|13 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-CAA-TGAT------ATCCCCt
gi|15 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACT-CAA--AAACGT----C-A-CAA-TCAT------ATCCCC
gi|4 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----A-A-CAA-TCAT------ATTCCC
gi|3 : CGAGTTGCGCAGT-AGACACTTCAA--AAACGT----C-A-CAA-TCAT------ATCCCCtt
gi|22 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--GAACGT----C-A-CAA-TCAT------t
gi|18 : CAAGTTGCACAGT-G---ATTTCAA--AAA-GT----C-A-CAA-TCAT------ATCCC
gi|12 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTT-A--AAACGTA---C-A--AA-TCAT------ATCCCCa
gi|5 : CGAGTTGCGCAGT-ACT-ATTTCAA--AAACGT----C-A-CAA-TCAGA-----ATCCCt
gi|9 : CGAGT-GCGCAGT-G---AC-TCAA--AAACGTTTTCC-A-CAA-TCAT------ATCC
gi|2 : tCGAGT-GCGCAGT-G---ACTTCAA--AAAACT----C-ACCAATTCAT------ATCCCC
gi|23 : tCGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACCT----C-A-ttc
gi|14 : CGATTTGCGCAGT-G---ACTT-AA--AAAAAT----CTA-TAA-CCAT------ATTCCC
gi|8 : GAGTTGCGCAGT-G---ACTTCCA--AAACGT----C-A-CAA-TCAT------ATCCCC
gi|1 : tGAGTAGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-CAA-TCATTATATAATCCCCt
gi|20 : tAGCTGTGCAGT-G---ACCCCAA--AGACGT----C-G-GAA-TCAC------ATtt
gi|21 : tccGTTGCGCAGT-G---ATTTCAA--ACACGC----C-A-CAA-TCTT------ACCCC
gi|17 : TTGCGCAGTTG---ACTTCAAGAAAACGT----C-A-CAA-TCAT------ATCCC
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTGGCGGGCAGTGACCATTCAAAATCCGTCACCACAATCATTA
Unaligned ( gi|19 ): TAATTAATTCACAGAAAAACAGTTCCATTACCCCCTTTAGG
Alignments
lowQualScore : 1 666 22 4444 1 1 2 2 777777
lowQualScore : . ... .. .... . . . . ......
lowQualScore : 9 000 66 0000 9 9 0 0 888888
consensus : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCC
Reference ( family-2338 ) : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCC
gi|1 : GAGTAGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCATTATATAATCCCC
gi|11 : tCGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCCtt
gi|12 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTT-A--AAACGT------A-CAAA-TCAT------ATCCCC
gi|13 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TGAT------ATCCCCt
gi|14 : CGATTTGCGCAGT-G---ACTT-AA--AAAAAT----CTA-T-AA-CCAT------ATTCCC
gi|15 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACT-CAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCC
gi|16 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCC
gi|17 : TTGCGCAGTTG---ACTTCAAGAAAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCC
gi|18 : tCAAGTTGCACAGT-G---ATTTCAA--AAA-GT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCC
gi|2 : CGAGT-GCGCAGT-G---ACTTCAA--AAAACT----C-ACC-AATTCAT------ATCCCCa
gi|20 : tAGCTGTGCAGT-G---ACCCCAA--AGACGT----C-G-G-AA-TCAC------ATttc
gi|21 : tccGTTGCGCAGT-G---ATTTCAA--ACACGC----C-A-C-AA-TCTT------ACCCC
gi|22 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--GAACGT----C-A-C-AA-TCAT------
gi|23 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACCT----C-A-
gi|3 : CGAGTTGCGCAGT-AGACACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCC
gi|4 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----A-A-C-AA-TCAT------ATTCCCt
gi|5 : CGAGTTGCGCAGT-ACT-ATTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAGA-----ATCCCtt
gi|6 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCC
gi|7 : CGAGCTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCCtt
gi|8 : GAGTTGCGCAGT-G---ACTTCCA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCCt
gi|9 : tCGAGT-GCGCAGT-G---AC-TCAA--AAACGTTTTCC-A-C-AA-TCAT------ATCCt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTGGCGGGCAGTGACCATTCAAAATCCGTCACCACAATCATTA
Unaligned ( gi|19 ): TAATTAATTCACAGAAAAACAGTTCCATTACCCCCTTTAGG
Alignments
lowQualScore : 1 666 22 4444 1 1 2 2 777777
lowQualScore : . ... .. .... . . . . ......
lowQualScore : 9 000 66 0000 9 9 0 0 888888
consensus : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCC
Reference ( family-2338 ) : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCC
gi|1 : GAGTAGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCATTATATAATCCCC
gi|11 : tCGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCCtt
gi|12 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTT-A--AAACGT------A-CAAA-TCAT------ATCCCC
gi|13 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TGAT------ATCCCCt
gi|14 : CGATTTGCGCAGT-G---ACTT-AA--AAAAAT----CTA-T-AA-CCAT------ATTCCC
gi|15 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACT-CAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCC
gi|16 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCC
gi|17 : TTGCGCAGTTG---ACTTCAAGAAAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCC
gi|18 : tCAAGTTGCACAGT-G---ATTTCAA--AAA-GT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCC
gi|2 : CGAGT-GCGCAGT-G---ACTTCAA--AAAACT----C-ACC-AATTCAT------ATCCCCa
gi|20 : tAGCTGTGCAGT-G---ACCCCAA--AGACGT----C-G-G-AA-TCAC------ATttc
gi|21 : tccGTTGCGCAGT-G---ATTTCAA--ACACGC----C-A-C-AA-TCTT------ACCCC
gi|22 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--GAACGT----C-A-C-AA-TCAT------
gi|23 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACCT----C-A-
gi|3 : CGAGTTGCGCAGT-AGACACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCC
gi|4 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----A-A-C-AA-TCAT------ATTCCCt
gi|5 : CGAGTTGCGCAGT-ACT-ATTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAGA-----ATCCCtt
gi|6 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCC
gi|7 : CGAGCTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCCtt
gi|8 : GAGTTGCGCAGT-G---ACTTCCA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCCt
gi|9 : tCGAGT-GCGCAGT-G---AC-TCAA--AAACGTTTTCC-A-C-AA-TCAT------ATCCt
blockSeqs : T GAC GA TTTC T C A T A
blockSeqs : . CT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : ******
originalCons : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCC
finalCons : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTGGCGGGCAGTGACCATTCAAAATCCGTCACCACAATCATTA
Unaligned ( gi|19 ): TAATTAATTCACAGAAAAACAGTTCCATTACCCCCTTTAGG
Alignments
lowQualScore : 1 666 22 4444 1 1 2 2 777777
lowQualScore : . ... .. .... . . . . ......
lowQualScore : 9 000 66 0000 9 9 0 0 888888
consensus : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCC
Reference ( family-2338 ) : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCC
gi|1 : GAGTAGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCATTATATAATCCCC
gi|11 : tCGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCCtt
gi|12 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTT-A--AAACGT------A-CAAA-TCAT------ATCCCC
gi|13 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TGAT------ATCCCCt
gi|14 : CGATTTGCGCAGT-G---ACTT-AA--AAAAAT----CTA-T-AA-CCAT------ATTCCC
gi|15 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACT-CAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCC
gi|16 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCC
gi|17 : TTGCGCAGTTG---ACTTCAAGAAAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCC
gi|18 : tCAAGTTGCACAGT-G---ATTTCAA--AAA-GT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCC
gi|2 : CGAGT-GCGCAGT-G---ACTTCAA--AAAACT----C-ACC-AATTCAT------ATCCCCa
gi|20 : tAGCTGTGCAGT-G---ACCCCAA--AGACGT----C-G-G-AA-TCAC------ATttc
gi|21 : tccGTTGCGCAGT-G---ATTTCAA--ACACGC----C-A-C-AA-TCTT------ACCCC
gi|22 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--GAACGT----C-A-C-AA-TCAT------
gi|23 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACCT----C-A-
gi|3 : CGAGTTGCGCAGT-AGACACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCC
gi|4 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----A-A-C-AA-TCAT------ATTCCCt
gi|5 : CGAGTTGCGCAGT-ACT-ATTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAGA-----ATCCCtt
gi|6 : CGAGTTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCC
gi|7 : CGAGCTGCGCAGT-G---ACTTCAA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCCtt
gi|8 : GAGTTGCGCAGT-G---ACTTCCA--AAACGT----C-A-C-AA-TCAT------ATCCCCt
gi|9 : tCGAGT-GCGCAGT-G---AC-TCAA--AAACGTTTTCC-A-C-AA-TCAT------ATCCt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTGGCGGGCAGTGACCATTCAAAATCCGTCACCACAATCATTA
Unaligned ( gi|19 ): TAATTAATTCACAGAAAAACAGTTCCATTACCCCCTTTAGG